專利名稱：：鑒定馴化的植物和動(dòng)物中進(jìn)化上顯著的多核苷酸和多肽序列改變的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及使用分子及進(jìn)化技術(shù)鑒定馴化的(domesticated)植物和動(dòng)物中對(duì)應(yīng)于商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀的多核苷酸和多肽序列。
背景技術(shù)：
：人類繁育植物和動(dòng)物已經(jīng)有幾千年的歷史，選擇某些有商業(yè)價(jià)值的和/或美學(xué)性狀。馴化的植物在如下性狀上不同于其野生祖先產(chǎn)量、短日照開花、蛋白質(zhì)和/或油含量、易于收獲、味道、抗病性和抗旱性。馴化的動(dòng)物在如下性狀上不同于其野生祖先脂肪和/或蛋白質(zhì)含量、產(chǎn)奶量、溫順性、生殖力和成熟時(shí)間。目前，導(dǎo)致上述差異的大多數(shù)基因還不清楚，重要的是，在這些基因中進(jìn)化提供這些能力的具體改變也不清楚。了解馴化的植物和動(dòng)物與其野生祖先之間的不同將為保持并提高這些性狀提供有用的信息。對(duì)于作物，鑒定控制希望的性狀的具體基因?qū)⒛軌蛴靡郧安豢赡艿姆绞街苯?、快速地改良。盡管馴化的種與其野生祖先之間同源基因或蛋白質(zhì)的比較可以提供關(guān)于保守分子序列和功能特征的有用信息，但是該方法有限地用于鑒定由于人類施加選擇壓力其序列發(fā)生改變的基因。隨著高級(jí)算法和分析方法的出現(xiàn)，能夠從DNA序列改變中得出關(guān)于哪些基因陽性選擇的更多信息。這些方法中最有效的是“KA/KS”，包括兩兩比較以下列比值排比的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列每個(gè)非同義位點(diǎn)的非同義核苷酸置換(KA)/每個(gè)同義位點(diǎn)的同義置換(KS)(其中非同義是指改變編碼的氨基酸的置換，同義是指不改變編碼的氨基酸的置換)?！癒A/KS型方法”包括這種方法及類似的方法。已經(jīng)用這些方法證明了達(dá)爾文(即自然)分子水平陽性選擇的發(fā)生，在同源蛋白質(zhì)中產(chǎn)生氨基酸差異。幾個(gè)研究小組已經(jīng)使用這些方法證明，一種具體蛋白質(zhì)的進(jìn)化比中性置換率更快，從而支持了達(dá)爾文分子水平陽性選擇的存在。例如，McDonald和Kreitman(1991)Nature351652-654提出了對(duì)中性蛋白質(zhì)進(jìn)化假說的一種統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)，它是根據(jù)基因座編碼區(qū)中氨基酸替代置換數(shù)量與同義置換數(shù)量的比較。當(dāng)對(duì)三個(gè)果蠅種的Adh基因座進(jìn)行這種檢驗(yàn)時(shí)，它們的結(jié)論是，該基因座已經(jīng)經(jīng)受在選擇上有利的突變的適應(yīng)固定(adaptivefixation)，適應(yīng)突變的選擇性固定可能是中性突變的有規(guī)律積累的一種可能的備選途徑，可解釋大多數(shù)蛋白質(zhì)進(jìn)化。Jenkins等人(1995)Proc.R.Soc.Lond.B261203-207使用McDonald&Kreitman檢驗(yàn)來研究控制轉(zhuǎn)錄的序列(非編碼序列)中是否發(fā)生適應(yīng)進(jìn)化。Nakashima等人(1995)Proc.Natl.Acad.SciUSA925606-5609使用Miyata和Yasunaga的方法對(duì)來自兩個(gè)蛇種的10種PLA2同功酶基因的核苷酸序列進(jìn)行兩兩比較；該方法包括比較非編碼區(qū)(包括內(nèi)含子(KN)和KA和KS)每個(gè)位點(diǎn)的核苷酸置換的數(shù)量。它們的結(jié)論是，蛋白質(zhì)編碼區(qū)以高于非編碼區(qū)(包括內(nèi)含子)的速度進(jìn)化。這種高度加速的置換速度引起PLA2同功酶基因的達(dá)爾文分子水平的進(jìn)化，產(chǎn)生新的生理活性，必將在捕獲獵物或防御捕食者方面提供強(qiáng)選擇優(yōu)勢(shì)。Endo等人(1996)Mol.Biol.Evol.13(5)685-690采用Nei和Gojobori的方法，其中dN是非同義置換的數(shù)量，dS是同義置換的數(shù)量，旨在證明基因的自然選擇。Metz和Palumbi(1996)Mol.Biol.Evol.13(2)397-406采用McDonald和Kreitman(同上)檢驗(yàn)以及屬于Nei和Gojobori、Nei和Jin以及Kumar、Tamura和Nei的方法；檢查Pn(每個(gè)替代位點(diǎn)的替代置換)和PS(每個(gè)沉默位點(diǎn)的沉默置換)的平均比例，以尋找海膽結(jié)合基因的陽性選擇的證據(jù)，研究它們是否已經(jīng)快速進(jìn)化，作為種形成的前奏。Goodwin等人(1996)Mol.Biol.Evol.13(2)346-358利用類似的方法檢查了一個(gè)具體鼠基因家族的進(jìn)化，結(jié)論是，該方法允許重要地基本了解在實(shí)驗(yàn)操作系統(tǒng)中選擇如何推動(dòng)遺傳分歧。Edwards等人(1995)使用簡(jiǎn)并引物從多個(gè)鳥種和鱷魚種中擴(kuò)增MHC基因座，然后利用Nei和Gojobori的方法分析(dN∶dS比)，從而將MHC研究擴(kuò)展到非哺乳類脊椎動(dòng)物。Whitfield等人(1993)Nature364713-715利用KA/KS分析尋找SRY基因(決定雄性性別)中位于保守區(qū)側(cè)翼的區(qū)域中的定向選擇。它們建議，SRY的快速進(jìn)化可能是生殖隔離的一個(gè)重要原因，產(chǎn)生新的種。Wettsetin等人(1996)Mol.Biol.Evol.13(1)56-66使用Kumar，Tamura和Nei的MEGA程序和系統(tǒng)發(fā)生分析來研究松鼠和有關(guān)嚙齒動(dòng)物中MHCI類基因的多樣化。Parham和Ohta(1996)Science27267-74宣稱，分析人類MHCI類多態(tài)性的產(chǎn)生和保持需要使用一種群體生物學(xué)方法，包括檢測(cè)選擇以及基因轉(zhuǎn)化和中性漂變。Hughes(1997)Mol.Biol.Evol.14(1)1-5比較了人類與嚙齒動(dòng)物之間超過100種直向同源(Orthologous)免疫球蛋白C2域，利用Nei和Gojobori的方法(dN∶dS比)檢驗(yàn)脊椎動(dòng)物免疫系統(tǒng)細(xì)胞中表達(dá)的蛋白質(zhì)通?？焖龠M(jìn)化這一假說。Swanson和Vacquier(1998)Science281710-712使用dN∶dS比證明溶素與溶素卵受體之間一致的進(jìn)化，并討論這種一致進(jìn)化在形成新種(物種形成)中的作用。Messier和Stewart(1997)Nature385151-154使用kA∶kS比證明靈長(zhǎng)類動(dòng)物溶菌酶中的陽性選擇。已經(jīng)在玉蜀黍(玉米的優(yōu)選農(nóng)業(yè)術(shù)語)中廣泛研究了與馴化有關(guān)的遺傳改變(Dorweiler(1993)Science262232-235)。對(duì)于玉米(玉蜀黍Zeamaysssp.mays)，有少量單基因改變清楚地說明了現(xiàn)在的馴化玉米植物與其野生祖先玉米草(teosinte)(Zeamayssspparuiglumis)之間的所有差異(Dorweiler，1993)。QTL(定量性狀基因座)分析證明(Doebley(1990)PNASUSA879888-9892)，僅有15種基因控制玉米的目的性狀，并解釋玉米與玉米草之間形態(tài)學(xué)的重要差異(Wang(1999)Nature398236-239)。重要的是，類似的少量基因可以控制其它草衍生的作物(包括水稻、小麥、粟和高粱)的目的性狀(Paterson(1995)Science2691714-1718)。實(shí)際上，對(duì)于玉米中的大多數(shù)相關(guān)基因，同源基因可以控制其它草衍生的作物中的類似性狀(Paterson，1995)。因此，在一種草衍生的作物中鑒定這些基因?qū)⒂兄阼b定其它所有作物中的同源基因。從上述文章中可以看出，用于鑒定快速進(jìn)化基因的分子進(jìn)化分析方法(KA/KS型方法)能夠用來實(shí)現(xiàn)許多不同的目的，最常見的是證實(shí)達(dá)爾文分子水平陽性選擇的存在，以及評(píng)價(jià)達(dá)爾文分子水平陽性選擇的頻率，闡明新種形成的機(jī)制，或者建立具體基因多態(tài)性的一個(gè)或多個(gè)來源。從上述文章和其它文獻(xiàn)中可以清楚地看到，沒有作者使用KA/KS型方法鑒定通過人工選擇壓力產(chǎn)生的馴化植物和動(dòng)物中的進(jìn)化改變。Turcich等人(1996)SexualPlantReproduction965-74描述了KS分析對(duì)于植物基因的用途，據(jù)信沒有人使用KA/KS型分析作為一種系統(tǒng)工具來鑒定馴化植物和動(dòng)物中含有具進(jìn)化上顯著的序列改變的基因，這些基因能夠用于希望的商業(yè)或美學(xué)性狀的發(fā)展、保持或提高。在馴化的種中鑒定已經(jīng)進(jìn)化，與同源祖先基因相比提供獨(dú)特、增強(qiáng)的或改變的功能的基因，能夠用來開發(fā)調(diào)節(jié)這些功能的試劑。鑒定已經(jīng)進(jìn)化的馴化種基因和具體核苷酸改變，以及進(jìn)一步表征這些進(jìn)化基因編碼的蛋白質(zhì)的物理和生物化學(xué)改變，能夠提供關(guān)于希望的性狀的機(jī)制的有價(jià)值信息。這種有價(jià)值的信息能夠用來發(fā)展可進(jìn)一步增強(qiáng)靶蛋白質(zhì)功能的試劑。此外，有關(guān)基因的進(jìn)一步改造能夠修飾或增強(qiáng)希望的性狀。另外，也發(fā)現(xiàn)鑒定的基因在控制其它馴化植物的目的性狀中起作用。一種類似的方法能夠鑒定馴化動(dòng)物的目的性狀的基因。此處引用的所有參考文獻(xiàn)均在此全文引用作為參考。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明涉及鑒定馴化植物或動(dòng)物中控制有商業(yè)價(jià)值的性狀的多核苷酸的方法。根據(jù)本發(fā)明的方法，發(fā)現(xiàn)控制有商業(yè)價(jià)值的性狀的這些多核苷酸，能夠用來進(jìn)一步增強(qiáng)這些性狀。鑒定為控制有商業(yè)價(jià)值的性狀(如抗旱性，抗病性或應(yīng)激抗性或產(chǎn)量，蛋白質(zhì)含量，短日照開花，含油量，易于收獲，味道等)的多核苷酸，能夠用來開發(fā)進(jìn)一步提高馴化植物的商業(yè)價(jià)值的組合物和方法。雖然希望鑒定控制有價(jià)值的性狀的多核苷酸，但是在植物和動(dòng)物基因組的上萬個(gè)基因中鑒定這些多核苷酸是具有挑戰(zhàn)性的。本發(fā)明包括使這些多核苷酸的搜索范圍變窄，方法是比較馴化生物與祖先生物的相應(yīng)多核苷酸序列，選擇那些含有具進(jìn)化上顯著的核苷酸改變的序列，一般顯示為Ka/Ks比＝1.0或更高。例如，Ka/Ks比＝1.0的祖先-現(xiàn)代植物多核苷酸對(duì)的亞組應(yīng)當(dāng)含有受中性進(jìn)化影響的多核苷酸，即該性狀的保守或改變未處于人類或自然施加的壓力下。然后能夠檢測(cè)編碼如抗旱性、抗病性或應(yīng)激抗性等性狀的多核苷酸，因?yàn)轳Z化顯著補(bǔ)充了這些功能，緩解了這些多核苷酸的自然選擇壓力。Ka/Ks比大于1.0的祖先-現(xiàn)代植物多核苷酸對(duì)的亞組應(yīng)當(dāng)含有受選擇影響的多核苷酸。然后能夠檢測(cè)編碼如產(chǎn)量、蛋白質(zhì)含量、短日照開花、含油量、易于收獲、味道等性狀的多核苷酸，因?yàn)檫@些性狀在植物(如作物)馴化過程中已經(jīng)處于人類施加的強(qiáng)烈、單向、不斷的選擇壓力下。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供如下方法，用于鑒定含有進(jìn)化上顯著的改變的多核苷酸和多肽序列，它們與馴化生物(包括植物和動(dòng)物)的商業(yè)或美學(xué)性狀有關(guān)。本發(fā)明利用比較基因組學(xué)鑒定可能與結(jié)構(gòu)、生物化學(xué)或生理?xiàng)l件有關(guān)(因此負(fù)責(zé))的具體基因改變，如商業(yè)或美學(xué)相關(guān)的性狀，并且利用由這些多核苷酸或多肽序列獲得的信息發(fā)展目的性狀增強(qiáng)的馴化生物。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，馴化植物或動(dòng)物的一種多核苷酸或多肽經(jīng)受人工選擇，產(chǎn)生在馴化種中存在而在野生祖先中不存在的進(jìn)化上顯著的改變。這種實(shí)施方案的一個(gè)例子是，該多核苷酸或多肽可能與作物產(chǎn)量比祖先提高有關(guān)。其它例子包括短日照開花(即只在每日日照少于一定的臨界時(shí)間長(zhǎng)度時(shí)才開花)、蛋白質(zhì)含量、含油量、易于收獲和味道。因此本發(fā)明能夠用來了解馴化生物中功能或性狀的基因和/或分子機(jī)制。該信息能夠用于設(shè)計(jì)多核苷酸，以便進(jìn)一步增強(qiáng)功能或性狀。例如，確定為負(fù)責(zé)作物產(chǎn)量提高的一種多核苷酸能夠進(jìn)行隨機(jī)或定向誘變，隨后檢測(cè)突變基因，鑒定進(jìn)一步提高性狀的基因。因此，一方面，提供鑒定編碼馴化生物(例如植物或動(dòng)物)的一種多肽的多核苷酸序列的方法，其中該多肽可能與一種商業(yè)或美學(xué)相關(guān)的性狀有關(guān)，與馴化生物的祖先相比，該性狀在馴化生物中是獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的，該方法包括下列步驟a)比較該馴化生物的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列與該野生祖先的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列；和b)選擇馴化生物中的一種多核苷酸序列，與野生祖先的相應(yīng)序列相比，其含有一個(gè)核苷酸改變，其中這種改變具有進(jìn)化意義。在本發(fā)明的另一方面，提供鑒定馴化生物(例如植物或動(dòng)物)的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列中進(jìn)化上顯著的改變的方法，包括下列步驟a)比較馴化生物的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列與馴化生物的野生祖先的相應(yīng)序列；b)選擇該馴化生物中的一種苷酸序列，與野生祖先的相應(yīng)序列相比，其含有一個(gè)核苷酸改變，其中這種改變具有進(jìn)化意義。在一些實(shí)施方案中，利用此處所述的任何方法鑒定的核苷酸改變是非同義置換。在有些實(shí)施方案中，根據(jù)核苷酸序列的非同義置換率(KA)確定核苷酸改變的進(jìn)化意義。在有些實(shí)施方案中，通過測(cè)定馴化生物多核苷酸與相應(yīng)祖先多核苷酸之間的KA/KS比，評(píng)價(jià)進(jìn)化上顯著的改變。在有些這樣的實(shí)施方案中，優(yōu)選地該比值至少約為0.75，或者更優(yōu)選地為1.0。隨著偏性提高，該比值至少約為1.0、1.25、1.50、2.00或更高。另一方面，本發(fā)明提供一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)馴化生物的有關(guān)性狀的試劑，該方法包括使至少一種候選試劑接觸一種細(xì)胞、模型系統(tǒng)或轉(zhuǎn)基因植物或動(dòng)物，后者表達(dá)含有進(jìn)化上顯著的改變的多核苷酸序列，或者接觸含有進(jìn)化上顯著的多肽的組合物，其中根據(jù)其調(diào)節(jié)多肽的功能或合成的能力鑒定該試劑。也提供一種方法，用于馴化生物的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列與野生祖先的蛋白質(zhì)編碼序列之間的大規(guī)模序列比較，該方法包括a)根據(jù)序列同源性排比馴化生物序列與來自野生祖先的相應(yīng)序列；b)鑒定馴化生物序列內(nèi)與來自野生祖先生物的同源序列相比的任何核苷酸改變。另一方面，本發(fā)明提供一種方法，用于將進(jìn)化上顯著的核苷酸改變與馴化生物中獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀相關(guān)聯(lián)，該方法包括a)根據(jù)此處所述的方法鑒定含有進(jìn)化上顯著的改變的核苷酸序列；b)分析馴化生物或模型系統(tǒng)中含有或不含鑒定的序列的功能效應(yīng)。這些方法中使用的馴化植物可以是玉米、水稻、西紅柿、馬鈴薯或現(xiàn)存或知道其野生祖先的任何馴化植物。例如，玉米的祖先是玉米草(Zeamaysparviglumis)；小麥的祖先是單粒小麥(Triticummonococcum)、T.speltoides和Aegilopstauschii；水稻的祖先是O.rufipogon。相關(guān)性狀可以是任何商業(yè)或美學(xué)相關(guān)的性狀，如產(chǎn)量、短日照開花、蛋白質(zhì)含量、含油量、抗旱性、味道、易于收獲或抗病性。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，馴化的植物是水稻，相關(guān)性狀是產(chǎn)量。在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，提供了鑒定祖先生物中與應(yīng)激抗性有關(guān)的多核苷酸的方法。在這一實(shí)施方案中，與祖先的多核苷酸相比，馴化生物的一種多核苷酸經(jīng)歷中性進(jìn)化，該多核苷酸與或者可能與應(yīng)激抗性有關(guān)，籍此突變?cè)隈Z化生物的多核苷酸中累積。相對(duì)于馴化生物，祖先的應(yīng)激抗性性狀可能是獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的。鑒定多核苷酸序列的方法包括a)比較馴化生物的多肽編碼核苷酸序列與野生祖先的多肽編碼核苷酸序列；b)選擇祖先生物中的一種多核苷酸序列，與馴化生物的相應(yīng)序列相比，其含有至少一個(gè)核苷酸改變，其中這種改變是進(jìn)化中性的。應(yīng)激抗性性狀可以是抗旱性、抗病性、抗蟲性、高鹽水平抗性或商業(yè)上重要的其它應(yīng)激抗性性狀。也提供一種方法，用于鑒定馴化生物的野生祖先的多肽編碼多核苷酸序列中的進(jìn)化中性改變，該方法包括a)比較該野生祖先的多肽編碼多核苷酸序列與該馴化生物的相應(yīng)序列；b)選擇馴化生物中的一種多核苷酸序列，與野生祖先的相應(yīng)序列相比，其含有一個(gè)核苷酸改變，其中這種改變是進(jìn)化中性的，該多核苷酸與野生祖先的應(yīng)激抗性性狀有關(guān)。中性進(jìn)化一般表示為KA/KS比為約0.75-1.25，更優(yōu)選地約0.9-1.1，最優(yōu)選地約1.0。KA/KS比較可以計(jì)算為祖先對(duì)馴化生物，或馴化生物對(duì)祖先生物。另一方面，本發(fā)明提供一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)一種生物(祖先或馴化生物)的應(yīng)激抗性性狀的試劑，其中至少一種候選試劑接觸祖先、馴化生物或表達(dá)與應(yīng)激抗性有關(guān)的多核苷酸序列的細(xì)胞或轉(zhuǎn)基因生物，其中根據(jù)調(diào)節(jié)多核苷酸編碼的多肽的功能的能力鑒定該試劑。也提供一種方法，用于野生祖先與馴化生物的多肽編碼核苷酸序列之間的大規(guī)模序列比較，其中該祖先多肽提供或者可能提供一種與應(yīng)激有關(guān)的性狀，與馴化生物相比，該性狀在野生祖先中是獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的，該方法包括a)根據(jù)序列同源性排比祖先與馴化的序列，和b)鑒定馴化生物序列中與祖先同源序列相比的任何核苷酸改變，其中這種改變是進(jìn)化中性的。另一方面，本發(fā)明提供一種方法，用于將一種進(jìn)化中性的核苷酸改變與馴化生物中獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀相關(guān)聯(lián)，該方法包括a)根據(jù)此處所述的方法鑒定含有進(jìn)化中性改變的核苷酸序列；和b)分析馴化生物中或模型系統(tǒng)中含有或不含鑒定的序列的功能效應(yīng)。附圖簡(jiǎn)述圖1顯示稻(O.sativa)cv.Nipponbare與O.rufipogon(NSGC5953)的EG307的核苷酸排比。該排比包括5’端的非翻譯區(qū)(UTR)，注意該基因的起始與終止密碼子。圖2顯示稻cv.Nipponbare與O.rufipogon(NSGC5953)的EG307的蛋白質(zhì)排比。該排比包括整個(gè)編碼(CDS)區(qū)。圖3顯示Zeamaysmays和Zeamaysparviglumis(玉米草，Benz967株)中EG307的基因編碼區(qū)的核苷酸序列。鑒定了起始與終止密碼子。圖4顯示Zeamaysmays和ZeamaysparviglumisEG307的蛋白質(zhì)排比。該排比包括推斷的全長(zhǎng)蛋白質(zhì)序列。圖5顯示對(duì)5種不同遺傳水稻圖譜作圖的標(biāo)記CDO1387和RZ672，表明這些標(biāo)記的范圍在5個(gè)圖譜中一致。EG307位于CDO1387的上游(約200kb)，1000粒重的QTL與標(biāo)記RZ672有關(guān)。圖6顯示稻(Nipponbare株)與O.rufigogon(5498株)的EG117的核苷酸排比，顯示有三個(gè)非同義改變。圖7顯示稻(Nipponbare株)與O.rufigogon(5498株)的EG117的蛋白質(zhì)排比。該排比包括含有終止密碼子的部分CDS區(qū)。稻與O.rufipogon的三個(gè)氨基酸差異以黑體表示。圖8顯示稻(Nipponbare株)與擬南芥(Araidopsis)PTR2-B(組氨酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，NP178313)的蛋白質(zhì)排比。發(fā)明詳述在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明使用比較基因組學(xué)鑒定馴化生物(例如植物和動(dòng)物)中陽性選擇的基因，和與商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀有關(guān)、因此可能有助于或?qū)е略撔誀畹木唧w基因改變。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明鑒定馴化生物的祖先中的進(jìn)化中性基因和與應(yīng)激抗性有關(guān)的基因改變。除非另外說明，本發(fā)明的實(shí)施使用屬于本領(lǐng)域技術(shù)的常規(guī)分子生物學(xué)、遺傳學(xué)和分子進(jìn)化技術(shù)。這些技術(shù)在如下文獻(xiàn)中充分說明《分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》，第二版(Sambrook等人，1989)；《寡核苷酸合成》(M.J.Gait編著，1984)；《現(xiàn)代分子生物學(xué)方法》(F.M.Ausubel等人編著，1987)；《PCR聚合酶鏈反應(yīng)》(Mullis等人編著，1994)；《分子進(jìn)化》(Li，1997)。I.定義如此處所用的“多核苷酸”是指任何長(zhǎng)度的核苷酸的聚合形式，是核糖核苷酸或脫氧核糖核苷酸，或其類似物。該術(shù)語是指分子的一級(jí)結(jié)構(gòu)，因此包括雙鏈和單鏈DNA，以及雙鏈和單鏈RNA。也包括修飾的多核苷酸，如甲基化和/或加帽的多核苷酸，含有修飾堿基、主鏈修飾的多核苷酸等。術(shù)語“多核苷酸”和“核苷酸序列”可以互換使用。如此處所用的“基因”是指含有編碼一種蛋白質(zhì)的序列的多核苷酸或多核苷酸部分。在本領(lǐng)域公知，基因也含有非編碼序列，如5′和3′側(cè)翼序列(如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、抑制子和其它調(diào)節(jié)序列)以及內(nèi)含子。術(shù)語“多肽”、“肽”和“蛋白質(zhì)”在此可以互換使用，是指任何長(zhǎng)度的氨基酸的聚合物。這些術(shù)語也包括通過包括糖基化、乙?；土姿峄趦?nèi)的反應(yīng)在翻譯后修飾的蛋白質(zhì)。術(shù)語“馴化的生物”是指經(jīng)受人工選擇壓力并發(fā)展商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀的活生物個(gè)體或其群體、種、亞種、變種、栽培種或株。在一些優(yōu)選實(shí)施方案中，馴化的生物是選自玉米、小麥、水稻、高粱、西紅柿或馬鈴薯的植物，或有商業(yè)意義的其它任何馴化植物，其祖先已知?！爸参铩笔翘幱谌魏伟l(fā)育階段的任何植物，特別是種子植物。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，馴化的生物是選自牛、馬、豬、貓和狗的動(dòng)物。馴化的生物及其祖先可能涉及不同種、亞種、變種、品種或株，或其任意組合。術(shù)語“野生祖先”或“祖先”是指進(jìn)化出馴化生物、種、亞種、變種、栽培種或株的前代生物、種、亞種、變種、栽培種或株。一種馴化的生物能夠有一個(gè)或一個(gè)以上的祖先。一般而言，馴化的植物能夠有一個(gè)或多個(gè)祖先，而馴化的動(dòng)物通常只有一個(gè)祖先。術(shù)語“商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀”在此用來指馴化生物(如植物或動(dòng)物)中存在的性狀，對(duì)它們的分析能夠提供關(guān)于發(fā)展改良生物或能夠調(diào)節(jié)負(fù)責(zé)該性狀的多肽或各自多核苷酸的試劑的信息(例如物理或生物化學(xué)數(shù)據(jù))。相對(duì)于祖先，商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀可能是獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的。“改變的”是指相關(guān)性狀在性質(zhì)上和數(shù)量上不同于祖先中的性狀。術(shù)語“KA/KS型方法”是指評(píng)價(jià)同源基因中非同義置換與同義置換之間的差異的方法，通常(但不總是)顯示為一個(gè)比值(包括確定非同義和同義位點(diǎn)的更嚴(yán)格的方法)。這些方法使用幾種命名體系命名，包括但不限于KA/KS、dN/dS、DN/DS。術(shù)語“進(jìn)化上顯著的改變”和“適應(yīng)性進(jìn)化改變”是指兩種生物、種、亞種、變種、栽培種和/或株之間的一個(gè)或多個(gè)核苷酸或肽序列改變，這可能是由于選擇壓力或陽性選擇壓力的減輕。測(cè)定是否存在進(jìn)化上顯著的改變的一種方法是使用KA/KS型分析法，如測(cè)定KA/KS比。一般而言，KA/KS比為1.0或更高被認(rèn)為是進(jìn)化上顯著的改變。嚴(yán)格地說，KA/KS比恰好等于1.0表示選擇壓力減輕(中性進(jìn)化)，KA/KS比大于1.0表示陽性選擇。然而，通常認(rèn)為GenBank和其它公開數(shù)據(jù)庫中的ESTs常常有一定程度的測(cè)序錯(cuò)誤，甚至有少數(shù)不正確的核苷酸能夠影響KA/KS比。由于這個(gè)原因，KA/KS比低至0.75的多核苷酸可以仔細(xì)地重新測(cè)序，重新評(píng)價(jià)選擇壓力(有中性進(jìn)化意義的改變)、陽性選擇壓力(有陽性進(jìn)化意義的改變)或陰性選擇壓力(進(jìn)化上保守的改變)的減輕。術(shù)語“有陽性進(jìn)化意義的改變”是指具體生物、種、亞種、變種、栽培種或株中進(jìn)化上顯著的改變，與其它有關(guān)生物相比，產(chǎn)生陽性的適應(yīng)改變。有陽性進(jìn)化意義的改變的一個(gè)例子是導(dǎo)致作物產(chǎn)量提高的改變。如上所述，KA/KS比大于1.0表示陽性選擇。隨著偏性增加，KA/KS值大于1.25、1.5和2.0。術(shù)語“有中性進(jìn)化意義的改變”是指一種多核苷酸或多肽改變，相對(duì)于祖先生物，其在馴化的生物中出現(xiàn)，在中性條件下發(fā)展。中性進(jìn)化改變的證據(jù)是KA/KS值約為0.75-1.25，優(yōu)選地約0.9-1.1，最優(yōu)選地等于約1.0。同樣，在中性進(jìn)化的情況下，推斷沒有“方向性”。該基因沒有限制地自由積累改變，因此祖先和馴化形式彼此改變。術(shù)語“抗性”是指，優(yōu)選地與非抗性生物相比時(shí)，一種生物顯示避免或減少疾病和/或疾病發(fā)展程度的能力。術(shù)語“敏感性”是指，優(yōu)選地與已知為抗性的生物相比時(shí)，一種生物不能避免或減少疾病和/或疾病發(fā)展的程度。眾所周知，抗性和敏感性在個(gè)體之間不同，對(duì)于本發(fā)明，這些術(shù)語也用于一個(gè)種內(nèi)的一組個(gè)體，抗性與敏感性的比較通?？傊阜N間差異，盡管也可以進(jìn)行種內(nèi)的比較。野生親緣生物的分類是可以改變的。因此，如果分類改變，以分類為基礎(chǔ)的種差異可能變?yōu)榉N內(nèi)差異。術(shù)語“應(yīng)激抗性”是指抵抗干旱、疾病、害蟲(包括但不限于昆蟲、食草動(dòng)物和微生物)、高鹽水平和其它內(nèi)部或外部不利刺激的能力，這些刺激傾向于破壞植物穩(wěn)態(tài)，如果不加校正可能導(dǎo)致紊亂、疾病或死亡。術(shù)語“同源的”或“同源物”或“直向同源物(ortholog)”在本領(lǐng)域公知，是指具有同一個(gè)祖先的有關(guān)序列，根據(jù)序列同一性程度測(cè)定。這些術(shù)語描述在一個(gè)種、亞種、變種、栽培種或株中發(fā)現(xiàn)的基因與另一個(gè)種、亞種、變種、栽培種或株中的相應(yīng)或相當(dāng)?shù)幕蛑g的關(guān)系。對(duì)于本發(fā)明，同源序列進(jìn)行比較。“同源序列”或“同源物”或“直向同源物”被認(rèn)為或者已知是功能相關(guān)的。功能關(guān)系可以用大量方式中的任何一種表示，包括但不限于(a)序列同一性程度；(b)相同或相似的生物功能。優(yōu)選地，(a)和(b)都使用。序列同一性程度可能不同，但是優(yōu)選地至少50％(當(dāng)使用本領(lǐng)域公知的標(biāo)準(zhǔn)序列排比程度時(shí))，更優(yōu)選地至少60％，更優(yōu)選地至少約75％，更優(yōu)選地至少約85％。同源性能夠用本領(lǐng)域易于獲得的軟件程序測(cè)定，如《現(xiàn)代分子生物學(xué)方法》(F.M.Ausubel等人編著，1987)Supplement30，7.718節(jié)，表7.71所述。優(yōu)選的排比程序是MacVector(OxfordMolecularLtd，Oxford，U.K.)和ALIGNPlus(ScientificandEducationalSoftware，Pennsylvania)。另一種優(yōu)選的排比程序是Sequencher(GeneCodes，AnnArbor，Michigan)，使用缺省參數(shù)。術(shù)語“核苷酸改變”是指本領(lǐng)域公知的核苷酸置換、缺失和/或插入?！翱醇一颉笔潜绢I(lǐng)域公知的一個(gè)術(shù)語，是指與普通細(xì)胞功能有關(guān)的基因，功能包括但不限于生長(zhǎng)、分裂、停滯、新陳代謝和/或死亡?！翱醇摇被蛲ǔＰ惺乖谝环N以上的細(xì)胞型中發(fā)現(xiàn)的功能。相反，細(xì)胞特異的基因通常在一種特定細(xì)胞型和/或類別中行使功能。如此處所用的術(shù)語“試劑”是指生物或化學(xué)化合物，如簡(jiǎn)單或復(fù)雜的有機(jī)或無機(jī)分子、肽、蛋白質(zhì)或寡核苷酸，其調(diào)節(jié)多核苷酸或多肽的功能。能夠合成一大批化合物，例如寡聚體，如寡肽和寡核苷酸，和以不同核心結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)合成的有機(jī)和無機(jī)化合物，它們也包括于術(shù)語“試劑”之內(nèi)。另外，許多自然來源能夠提供化合物進(jìn)行篩選，如植物或動(dòng)物提取物等。化合物能夠單獨(dú)檢測(cè)或互相組合檢測(cè)。術(shù)語“調(diào)節(jié)一種多核苷酸或多肽的功能”是指與不添加試劑相比，該多核苷酸或多肽的功能改變。調(diào)節(jié)可以在影響功能的任何水平上發(fā)生。一種多核苷酸或多肽的功能可能是直接或間接的，直接或間接地測(cè)定?！岸嗪塑账岬墓δ堋卑ǖ幌抻趶?fù)制；翻譯；表達(dá)模式。多核苷酸的功能也包括與該多核苷酸內(nèi)編碼的一種多肽有關(guān)的功能。例如，一種試劑，其作用于一種多核苷酸，并影響蛋白質(zhì)的表達(dá)、構(gòu)象、折疊(或其它物理特征)、與其它部分(如配體)的結(jié)合、活性(或其它功能特征)、調(diào)節(jié)和/或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或功能的其它方面，被認(rèn)為是具有調(diào)節(jié)的多核苷酸功能?！岸嚯牡墓δ堋卑ǖ幌抻跇?gòu)象、折疊(或其它物理特征)、與其它部分(如配體)結(jié)合、活性(或其它功能特征)和/或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或功能的其它方面。例如，一種試劑，其作用于一種多肽，并影響其構(gòu)象、折疊(或其它物理特征)、與其它部分(如配體)的結(jié)合、活性(或其它功能特征)和/或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或功能的其它方面，被認(rèn)為是具有調(diào)節(jié)的多肽功能。一種有效試劑能夠用來調(diào)節(jié)多肽功能的方式包括但不限于1)改變構(gòu)象、折疊或其它物理特征；2)改變與其自然配體的結(jié)合強(qiáng)度，或改變與配體結(jié)合的特異性；和3)改變多肽的活性。術(shù)語“靶位點(diǎn)”是指多肽中的一個(gè)位點(diǎn)，它可以是單氨基酸，和/或是結(jié)構(gòu)和/或功能基序的一部分，例如結(jié)合位點(diǎn)、二聚化結(jié)構(gòu)域或催化活性部位。靶位點(diǎn)可用于與一種試劑(如治療劑)直接或間接相互作用。術(shù)語“分子差異”包括任何結(jié)構(gòu)和/或功能差異。檢測(cè)這些差異的方法，以及這些差異的例子，在此描述?！肮δ苄?yīng)”是本領(lǐng)域公知的一個(gè)術(shù)語，是指在任何活性水平上直接或間接顯示的任何效應(yīng)。術(shù)語“易于收獲”是指為了消費(fèi)或其它商業(yè)加工，有利于手工或自動(dòng)化收集結(jié)構(gòu)或部分(例如果實(shí)、葉、根)的植物特性或特征。術(shù)語“產(chǎn)量”是指人類可以獲得的用于食物、治療、獸醫(yī)或其它市場(chǎng)的植物或動(dòng)物組織或材料的量。術(shù)語“提高的經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力”是指為了改進(jìn)希望的特征，調(diào)節(jié)商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀的能力。提高的產(chǎn)量和增強(qiáng)的應(yīng)激抗性是提高的經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力的兩個(gè)例子。II.本領(lǐng)域公知的一般方法對(duì)于本發(fā)明，來自馴化植物或動(dòng)物或其祖先的多核苷酸的來源可以是任何合適的來源，例如基因組序列或cDNA序列。優(yōu)選地比較cDNA序列。蛋白質(zhì)編碼序列能夠獲自可以獲得的私人、公開和/或商業(yè)數(shù)據(jù)庫，如此處所述的。這些數(shù)據(jù)庫作為進(jìn)行研究產(chǎn)生的分子序列數(shù)據(jù)的倉庫(repositories)。此外，蛋白質(zhì)編碼序列也可以獲自，例如，根據(jù)本領(lǐng)域公知的方法測(cè)序由細(xì)胞中表達(dá)的mRNA反轉(zhuǎn)錄的cDNA，或PCR擴(kuò)增。此外，基因組序列也可用于序列比較。在PCR后，基因組序列能夠獲自可以獲得的公開、私人和/或商業(yè)數(shù)據(jù)庫，或者來自基因組DNA文庫的測(cè)序或基因組DNA。在有些實(shí)施方案中，cDNA由mRNA制備，該mRNA獲自處于確定的發(fā)育階段的組織，或在生物經(jīng)歷某些環(huán)境條件后獲得的組織。本發(fā)明的序列比較使用的cDNA文庫能夠用常規(guī)cDNA文庫構(gòu)建技術(shù)構(gòu)建，這些技術(shù)在本領(lǐng)域的文獻(xiàn)中充分說明。總mRNA用作反轉(zhuǎn)錄cDNA的模板。將轉(zhuǎn)錄的cDNA亞克隆到適當(dāng)載體中，建立一個(gè)cDNA文庫。建立的cDNA文庫能夠?qū)θL(zhǎng)cDNA含量最大化，盡管也可以使用小于全長(zhǎng)的cDNA。此外，例如，也能夠根據(jù)Bonaldo等人(1996)GenomeResearch6791-806所述標(biāo)準(zhǔn)化序列頻率。從構(gòu)建的cDNA文庫中隨機(jī)選擇的cDNA克隆能夠用標(biāo)準(zhǔn)自動(dòng)化測(cè)序技術(shù)測(cè)序。優(yōu)選地，用全長(zhǎng)cDNA克隆進(jìn)行測(cè)序?？梢詼y(cè)序來自cDNA文庫的全部或大部分克隆，但是也能夠通過測(cè)序僅僅單個(gè)cDNA或幾個(gè)cDNA克隆實(shí)施本發(fā)明的某些實(shí)施方案。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，將要測(cè)序的cDNA克隆能夠根據(jù)其表達(dá)特異性預(yù)先篩選。為了篩選對(duì)應(yīng)于特異表達(dá)的活性基因的cDNA，能夠使用從同一動(dòng)物的其它器官、組織或細(xì)胞中獲得的mRNA對(duì)cDNA進(jìn)行扣減雜交。在適當(dāng)嚴(yán)格性和濃度的特定雜交條件下，與非組織特異性mRNA雜交、因而可能代表“看家”基因的那些cDNA將從cDNA庫中排除。因此，將要測(cè)序的剩余的cDNA更可能與組織特異的功能有關(guān)。對(duì)于扣減雜交，非組織特異性mRNA能夠獲自一種器官，或者優(yōu)選地獲自不同器官和細(xì)胞的組合。為了飽和組織特異性cDNA，使非組織特異性mRNA的含量最大化。此外，也能夠利用來自聯(lián)機(jī)數(shù)據(jù)庫的信息篩選或優(yōu)先考慮更可能與具體功能有關(guān)的cDNA。例如，使用根據(jù)候選馴化生物cDNA序列設(shè)計(jì)的引物，通過PCR，能夠選擇祖先cDNA候選物進(jìn)行測(cè)序。候選馴化生物的cDNA序列是，例如，只在具體組織(如骨骼肌)中發(fā)現(xiàn)的，或者對(duì)應(yīng)于在具體功能中可能重要的基因。這些組織特異性cDNA序列可以通過搜索聯(lián)機(jī)序列數(shù)據(jù)庫獲得，其中可能說明了關(guān)于cDNA序列的表達(dá)譜和/或生物活性的信息。已知馴化生物基因的祖先同源物的序列可以用本領(lǐng)域的標(biāo)準(zhǔn)方法獲得，如PCR方法(例如使用GeneAmpPCRSystem9700熱循環(huán)儀(AppliedBiosystems，Inc.))。例如，使用根據(jù)候選馴化生物cDNA序列設(shè)計(jì)的引物，通過PCR，能夠選擇用于測(cè)序的祖先cDNA候選物。對(duì)于PCR，可以利用本領(lǐng)域的標(biāo)準(zhǔn)方法，包括可以公開獲得的引物設(shè)計(jì)程序，如PRIMER_(WhiteheadInstitute)，由馴化生物的序列制備引物。擴(kuò)增的祖先序列然后可以用本領(lǐng)域的標(biāo)準(zhǔn)方法和儀器測(cè)序，如自動(dòng)測(cè)序儀(AppliedBiosystems，Inc.)。同樣，也能夠利用祖先基因模擬物獲得馴化生物中的相應(yīng)基因。III.馴化生物中陽性選擇的多核苷酸的鑒定在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，此處所述的方法能夠用來鑒定農(nóng)業(yè)上重要的馴化植物中控制目的性狀的基因。人類繁育馴化植物已經(jīng)有幾千年的歷史，但是不知道控制這些性狀的基因。對(duì)有關(guān)具體遺傳機(jī)制的了解將允許在分子水平上更快速、直接地干預(yù)，產(chǎn)生具有希望的或增強(qiáng)的性狀的植物。人類通過人工選擇對(duì)作物施加了強(qiáng)大的選擇壓力。這種壓力反映在馴化生物與其野生祖先的同源基因之間進(jìn)化上顯著的改變上。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，只有少數(shù)基因，例如每個(gè)種10-15個(gè)基因，控制馴化作物中具有商業(yè)意義的性狀。這些少數(shù)基因通過植物分子生物學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)方法非常難以鑒定。此處所述的KA/KS和有關(guān)分析能夠鑒定控制目的性狀的基因。對(duì)于任何目的作物，cDNA文庫能夠由馴化的種或亞種及其野生祖先構(gòu)建。如1999年1月29日提交的USSN09/240,915所述，每個(gè)cDNA文庫互相“BLAST搜索”，以鑒定同源多核苷酸。此外，技術(shù)人員也能夠獲取可以商品和/或公開獲得的基因組或cDNA數(shù)據(jù)庫，而不是構(gòu)建cDNA文庫。其次，進(jìn)行KA/KS或有關(guān)分析，鑒定在選擇壓力下快速進(jìn)化的選擇的基因。然后用標(biāo)準(zhǔn)分子和轉(zhuǎn)基因植物方法評(píng)價(jià)這些基因，來確定它們?cè)谏虡I(yè)或美學(xué)目的性狀中是否起作用。然后通過例如隨機(jī)或定點(diǎn)誘變操作目的基因，發(fā)展新的、改良的變種、亞種、株或栽培種。本發(fā)明的一般方法如下。簡(jiǎn)言之，從馴化生物和野生祖先中獲得核苷酸序列。馴化生物和祖先的核苷酸序列互相比較，鑒定同源序列。分析同源序列，鑒定在馴化生物與祖先之間具有核酸序列差異的序列。然后進(jìn)行分子進(jìn)化分析，定量及定性地估計(jì)這些差異的進(jìn)化意義。對(duì)于陽性選擇的基因，能夠進(jìn)行外類群分析，以鑒定在馴化生物中(或在祖先中)陽性選擇的基因。然后，在分子/遺傳同一性和生物學(xué)功能方面表征該序列。最后，能夠利用這些信息鑒定能夠調(diào)節(jié)該基因編碼的多肽的生物功能的試劑。本發(fā)明的普通方法需要比較祖先與馴化生物的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列。比較利用生物信息學(xué)，選擇含有核苷酸改變(進(jìn)化上顯著的改變)的序列。本發(fā)明能夠鑒定已經(jīng)進(jìn)化提供某些進(jìn)化優(yōu)勢(shì)的基因，以及鑒定特定進(jìn)化的改變。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，馴化的生物是稻(Oryzasativa)，野生祖先是Oryzarufipogon。對(duì)于本發(fā)明，通過標(biāo)準(zhǔn)測(cè)序技術(shù)從O.rufipogon克隆中獲得蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列。比較馴化生物及其祖先的蛋白質(zhì)編碼序列，鑒定同源序列。本發(fā)明涉及完成這種比較的所有適當(dāng)?shù)臋C(jī)制。排比可以手工進(jìn)行，也可以用軟件進(jìn)行(本領(lǐng)域公知合適的排比程序的實(shí)例)。優(yōu)選地，通過數(shù)據(jù)庫搜索，例如BLAST搜索，比較來自祖先的蛋白質(zhì)編碼序列與馴化種的序列。高得分“命中”，即在BLAST分析后顯示顯著相似性的序列，將獲得(retrieved)并分析。顯示顯著相似性的序列可能是具有至少約60％、至少約75％、至少約80％、至少約85％或者至少約90％序列同一性的序列。優(yōu)選地，進(jìn)一步分析顯示高于約80％同一性的序列。通過數(shù)據(jù)庫搜索鑒定的同源序列能夠用本領(lǐng)域公知且可以獲得的序列排比方法和程序完整排比，如Higgins等人(1992)CABIOS8189-191的常用的簡(jiǎn)單排比程序CLUSTALV。本發(fā)明提供一種方法，用于鑒定編碼馴化生物的一種多肽的多核苷酸序列，其中與其野生祖先相比，該多肽與或者可能與該馴化生物的產(chǎn)量提高有關(guān)，該方法包括a)比較該馴化生物的多肽編碼核苷酸序列與該野生祖先的多肽編碼核苷酸序列；和b)選擇馴化生物中的一種多核苷酸序列，與野生祖先中的相應(yīng)序列相比，該序列含有一個(gè)核苷酸改變，其中這種改變是有進(jìn)化意義的，從而鑒定馴化生物的多核苷酸序列。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，與產(chǎn)量提高有關(guān)的多肽是一種EG307多肽。在這種情況下，例如，從O.rufipogon中獲得的核苷酸序列作為查詢(query)序列，在GenBank中搜索稻ESTs，用來鑒定同源序列。應(yīng)當(dāng)指出，不需要完整的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列。實(shí)際上，可以比較部分cDNA序列。一旦通過下述方法鑒定目的序列，即能夠用其它克隆和/或生物信息學(xué)方法獲得目的基因或蛋白質(zhì)的整個(gè)編碼序列。此外，馴化生物與其祖先之間蛋白質(zhì)編碼序列的測(cè)序和同源性比較也可以用新發(fā)展的測(cè)序芯片技術(shù)同時(shí)進(jìn)行。參見，例如，Rava等人美國(guó)專利5,545,531。分析排比的馴化生物與祖先的蛋白質(zhì)編碼序列，鑒定具體位點(diǎn)的核苷酸序列差異。另外，本發(fā)明也涉及實(shí)現(xiàn)這一分析的任何適當(dāng)?shù)姆椒?。如果沒有核苷酸序列差異，通常不會(huì)進(jìn)一步分析祖先蛋白質(zhì)編碼序列。最初通常且優(yōu)選地檢查檢測(cè)的序列改變的精確性。優(yōu)選地，最初的檢查包括進(jìn)行下列一個(gè)或多個(gè)步驟，這些步驟均在本領(lǐng)域公知(a)發(fā)現(xiàn)祖先與馴化生物序列之間發(fā)生變化的點(diǎn)；(b)核對(duì)序列熒光圖(色譜)，確定祖先或馴化生物特有的堿基是否對(duì)應(yīng)于所述堿基特異的強(qiáng)烈、清楚的信號(hào)；(c)核對(duì)馴化生物的命中，發(fā)現(xiàn)是否有一個(gè)以上的馴化生物序列對(duì)應(yīng)于序列改變。同一基因的多個(gè)馴化生物序列在一個(gè)位點(diǎn)處含有相同的核苷酸，而在祖先序列的該位點(diǎn)處含有一個(gè)不同的核苷酸，這獨(dú)立地支持該馴化序列是準(zhǔn)確的，該改變是重要的。這些改變用數(shù)據(jù)庫信息和遺傳密碼檢查，確定這些核苷酸序列改變是否導(dǎo)致編碼蛋白質(zhì)的氨基酸序列的改變。如“核苷酸改變”的定義所述，本發(fā)明包括，與來自祖先的相應(yīng)序列相比，馴化生物的蛋白質(zhì)編碼多核苷酸序列中的至少一個(gè)核苷酸改變，它是置換、缺失或插入。優(yōu)選地，這種改變是一種核苷酸置換。更優(yōu)選地，在鑒定的序列中存在一個(gè)以上的置換，并且進(jìn)行分子進(jìn)化分析。能夠利用幾種不同的分子進(jìn)化分析或KA/KS型方法定量及定性地評(píng)價(jià)馴化種基因序列與相應(yīng)祖先的基因序列之間鑒定的核苷酸改變的進(jìn)化意義。Kreitman和Akashi(1995)Annu.Rev.Ecol.Syst.26403-422；Li，《分子進(jìn)化》，SinauerAssociates，Sunderland，MA，1997。例如，通過兩兩比較每個(gè)非同義位點(diǎn)的非同義核苷酸置換(KA)與每個(gè)同義位點(diǎn)的同義置換(KS)之比，能夠在蛋白質(zhì)編碼基因中檢測(cè)蛋白質(zhì)的陽性選擇(即分子水平的適應(yīng)性進(jìn)化)(Li等人，1985；Li，1993)?？梢允褂肒A與KS的任何比較，盡管以比值比較這兩個(gè)變量是特別方便且最有效的。通過用標(biāo)準(zhǔn)統(tǒng)計(jì)學(xué)方法顯示KA與KS之間統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的差異，鑒定這些序列。對(duì)于本發(fā)明，鑒定來自O(shè).rufipogon和稻的同源序列。一個(gè)O.rufipogon克隆，PBI0307H9的序列(SEQIDNO31)與GenBank中稻的序列的比較，顯示高KA/KS比。為了獲得完整的基因，即EG307，進(jìn)行幾個(gè)不同稻株的進(jìn)一步克隆和PCR，使得完整的基因序列能夠進(jìn)行KA/KS分析。這些方法在實(shí)施例10中詳述。O.rufipogon中EG307的完整序列(SEQIDNO28)和稻cv.Nipponbare1的完整序列(SEQIDNO25)在圖1中顯示。相應(yīng)的蛋白質(zhì)序列，SEQIDNO30和SEQIDNO27，在圖2中顯示。KA/KS比的概述在實(shí)施例11的表1中顯示。由于O.rufipogon與馴化株雜交繁育，某些株更類似于O.rufipogon。某些株的高KA/KS比表示進(jìn)化上顯著的改變。優(yōu)選地，利用Li等人的KA/KS分析計(jì)算機(jī)程序?qū)嵤┍景l(fā)明，盡管也能使用能夠檢測(cè)種間陽性選擇的基因的其它分析程序。Li等人(1985)Mol.Biol.Evol.2150-174；Li(1993)，參見JMol.Evol.3696-99；Messier和Stewart(1997)Nature385151-154；Nei(1987)《分子進(jìn)化遺傳學(xué)》(NewYork，ColumbiaUniversityPress)。KA/KS方法，包括根據(jù)比值比較基因的同源蛋白質(zhì)編碼區(qū)之間每個(gè)非同義位點(diǎn)的非同義置換率與每個(gè)同義位點(diǎn)的同義置換率，用來鑒定進(jìn)化過程中適應(yīng)選擇或中性選擇可能引起的序列置換。同義(“沉默”)置換是，由于遺傳密碼的簡(jiǎn)并性，使得編碼的氨基酸序列不變；非同義置換導(dǎo)致氨基酸替代。每種類型的改變的程度能夠分別估計(jì)為KA和KS，每個(gè)非同義位點(diǎn)的非同義置換數(shù)和每個(gè)同義位點(diǎn)的同義置換數(shù)。KA/KS的計(jì)算可以手工進(jìn)行，也可以利用軟件進(jìn)行。合適的程序的一個(gè)例子是MEGA(MolecularGeneticsInstitute，PennsylvaniaStateUniversity)。為了估計(jì)KA和KS，利用完整的或部分蛋白質(zhì)編碼序列計(jì)算同義和非同義置換以及非同義和同義位點(diǎn)的總數(shù)。分析的多核苷酸序列的長(zhǎng)度可以是任何合適的長(zhǎng)度。優(yōu)選地，為了測(cè)定全部顯著改變，比較整個(gè)編碼序列?？晒_獲得的計(jì)算機(jī)程序，如Li93(Li(1993)J.Mol.Evol.3696-99)或INA，能夠?yàn)樗械膬蓛杀容^計(jì)算KA和KS值。這種分析能夠進(jìn)一步適于以“滑動(dòng)窗口(slidingwindow)”方式檢查序列，使得少量的重要改變不被整個(gè)序列所掩蓋。“滑動(dòng)窗口”是指基因的連續(xù)、重疊的亞部分的檢查(亞部分可以是任何長(zhǎng)度)。例如，鑒定的基因EG307的滑動(dòng)窗口KA/KS分析顯示，與O.rufipogon相比，在許多稻株的EG307的5’端有大量非同義改變。在所有株中，該基因的3’端具有低比值。這些方法和結(jié)果在實(shí)施例11和表2-7中詳述。非同義與同義置換率的比較用KA/KS比表示。KA/KS反映適應(yīng)性進(jìn)化在研究的序列中起作用的程度。編碼序列的全長(zhǎng)或部分片段能夠進(jìn)行KA/KS分析。KA/KS比越高，序列經(jīng)歷適應(yīng)性進(jìn)化、非同義置換進(jìn)化上顯著的可能性越大。參見，例如，Messier和Stewart(1997)。優(yōu)選地，KA/KS比至少約0.75，更優(yōu)選地至少約1.0，更優(yōu)選地至少約1.25，更優(yōu)選地至少約1.50，或者更優(yōu)選地至少約2.00。優(yōu)選地，對(duì)所有升高的KA/KS比進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，包括但不限于標(biāo)準(zhǔn)方法，如Yang(1998)Mol.BiolEvol.37441-456所述的Studentt-檢驗(yàn)和似然比檢驗(yàn)。為了兩兩比較同源序列，KA/KS比顯著高于一致性強(qiáng)烈提示，陽性選擇已經(jīng)比僅僅由于偶然所能預(yù)期的固定了更多的氨基酸置換，這與該比值低于1的常見模式不同。Nei(1987)；Hughes和Hei(1988)Nature335167-170；Messier和Stewart(1994)CurrentBiol.4911-913；Kreitman和Akashi(1995)Ann.Rev.Ecol.Syst.26403-422；Messier和Stewart(1997)。比值低于1通常表示陰性或純化選擇的作用對(duì)保持不變的功能性有效蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)有強(qiáng)大壓力。比值約等于1表明在中性條件下進(jìn)化。對(duì)于來自祖先和馴化生物的同源基因的蛋白質(zhì)編碼區(qū)，所有計(jì)算KA/KS比的方法都是基于每個(gè)非同義位點(diǎn)的非同義置換數(shù)與每個(gè)同義位點(diǎn)的同義置換數(shù)的兩兩比較。每種方法對(duì)估計(jì)的“多個(gè)命中”(即同一位點(diǎn)處一個(gè)以上的核苷酸置換)進(jìn)行不同的校正。每種方法也使用DNA序列在進(jìn)化時(shí)間內(nèi)如何改變的不同模型。因此，優(yōu)選地，利用不同算法得出的組合結(jié)果提高檢測(cè)陽性選擇的基因的靈敏度水平和結(jié)果的置信度。優(yōu)選地，應(yīng)當(dāng)計(jì)算直向同源基因?qū)Φ腒A/KS比，與共生同源基因?qū)Σ煌?即特種形成產(chǎn)生的基因，不同于基因復(fù)制產(chǎn)生的基因)。Messier和Stewart(1997)。通過與其它祖先進(jìn)行另外的比較，可以發(fā)現(xiàn)這種差別，這允許建立系統(tǒng)進(jìn)化樹。當(dāng)直向同源基因用來建立進(jìn)化樹時(shí)，將產(chǎn)生公知的“物種樹”，即，將產(chǎn)生恢復(fù)已知的生物學(xué)樹的樹。相反，共生同源基因?qū)a(chǎn)生干擾已知的生物學(xué)樹的樹。應(yīng)當(dāng)理解，此處所述的方法能夠鑒定與蛋白質(zhì)編碼序列在功能上相關(guān)的祖先或馴化生物的多核苷酸序列。這些序列可包括但不限于非編碼序列或不編碼蛋白質(zhì)的編碼序列。例如，這些相關(guān)序列能夠在物理上鄰近基因組中的蛋白質(zhì)編碼序列，如內(nèi)含子或5’-和3’-側(cè)翼序列(包括控制元件，如啟動(dòng)子和增強(qiáng)子)。這些相關(guān)序列可以如下獲得搜索可以獲得的公開、私人和/或商業(yè)基因組數(shù)據(jù)庫，或者另外，用蛋白質(zhì)編碼序列作為探針篩查生物的基因組文庫并測(cè)序。本領(lǐng)域技術(shù)人員公知利用相關(guān)編碼序列獲得非編碼序列的方法和技術(shù)。通過分子進(jìn)化分析(如KA/KS分析)檢測(cè)的進(jìn)化上顯著的核苷酸改變，能夠進(jìn)一步評(píng)價(jià)它們?cè)隈Z化生物中的獨(dú)特出現(xiàn)或這些改變?cè)隈Z化生物中的獨(dú)特程度。例如，能夠檢測(cè)在與馴化生物具有共同祖先的相關(guān)種、亞種或其它生物的其它序列中是否存在馴化基因中鑒定的改變。這種比較(“外類群分析”)允許測(cè)定陽性選擇的基因在所述馴化生物中是否陽性選擇(不同于祖先)。例如，在EG307基因中鑒定的改變?cè)诖罅康局曛胁煌潭鹊罔b定。參見表2-7。另外，EG307的對(duì)應(yīng)物也在玉米，Zeamaysmays，其野生祖先，玉米草，Zeamaysparviglumis以及玉米的野生親緣Z.diploperennis和Z.luxurians中鑒定。參見實(shí)施例13和表9。水稻和玉米中的EG307在核苷酸水平上略有不同，但是蛋白質(zhì)序列比較相似。發(fā)現(xiàn)水稻和玉米是由它們的野生祖先獨(dú)立馴化的，顯示一致的模式與祖先植物(玉米草或祖先水稻)相比，現(xiàn)代作物(玉米或水稻)中的大多數(shù)氨基酸置換導(dǎo)致電荷/極性增加、溶解度提高、疏水性降低。這種模式最不可能在這兩個(gè)獨(dú)立馴化事件中偶然發(fā)生。這提示，這些置換是對(duì)人類進(jìn)行的馴化的相似反應(yīng)。這有力地證實(shí)了由于人類對(duì)這兩種谷物的馴化，EG307已經(jīng)被選擇。馴化生物與其祖先之間含有至少一個(gè)進(jìn)化上顯著的改變的序列能夠作為引物，進(jìn)行其它祖先蛋白質(zhì)編碼序列的PCR分析，測(cè)序產(chǎn)生的多核苷酸，觀察在其它祖先中是否存在同一改變。這些比較允許進(jìn)一步辨別，與其它祖先相比，適應(yīng)進(jìn)化改變是否是馴化譜系唯一的，以及與馴化種和其它祖先相比，適應(yīng)改變是否是祖先唯一的。在馴化生物中檢測(cè)而在其它祖先中檢測(cè)不到的核苷酸改變更可能代表馴化生物中的適應(yīng)進(jìn)化改變。此外，在一個(gè)祖先中檢測(cè)到，而在馴化生物或其它祖先中檢測(cè)不到的核苷酸改變，可能代表祖先適應(yīng)進(jìn)化改變。用于比較的其它祖先能夠根據(jù)它們與馴化生物的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系進(jìn)行選擇。這些比較的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性可以用建立的可以利用的程序測(cè)定，例如Messier和Stewart(1997)Nature385151-154使用的t-檢驗(yàn)。在統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯示高KA/KS比的基因極有可能經(jīng)歷適應(yīng)進(jìn)化。含有顯著改變的序列能夠作為來自不同馴化群體的基因組的探針，來觀察一個(gè)以上的馴化群體是否共同具有序列改變。來自不同馴化群體的基因序列能夠獲自數(shù)據(jù)庫，或者由大量無關(guān)、多樣化馴化群體PCR擴(kuò)增的DNA的直接測(cè)序。在不同馴化群體中存在鑒定的改變進(jìn)一步表明這些改變的進(jìn)化重要性。種間含有顯著改變的序列能夠使用本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的方法和技術(shù)，在分子/遺傳學(xué)同一性和生物功能方面進(jìn)一步表征。例如，利用可公開獲得的生物信息學(xué)程序，能夠?qū)⑿蛄羞z傳學(xué)和物理學(xué)定位于生物的基因組內(nèi)。核苷酸序列內(nèi)新鑒定的顯著性改變可能提示該基因在生物進(jìn)化中的可能的作用，以及與獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的功能的可能的聯(lián)系。利用本發(fā)明的技術(shù)，如實(shí)施例10所述發(fā)現(xiàn)了一種迄今為止仍不清楚的進(jìn)化上顯著的水稻基因，被稱為EG307。如實(shí)施例11所述在O.rufipogon與某些稻株之間進(jìn)行KA/KS分析，表明如表1所示的一個(gè)進(jìn)化上顯著的改變。該基因已經(jīng)陽性選擇。使用幾種不同的水稻圖譜，如實(shí)施例12所述，發(fā)現(xiàn)EG307在標(biāo)記RZ672的約10cM以內(nèi)，RZ672是與染色體3上存在的1000粒重的QTL有關(guān)的一種標(biāo)記。(1000粒重是隨機(jī)選擇的1000個(gè)飽滿水稻粒的三個(gè)不同樣品的重量(質(zhì)量))。這是產(chǎn)量的一種靈敏測(cè)量，考慮水稻粒之間存在的重量的個(gè)體差異。因此，RZ672標(biāo)記只有約10％的機(jī)會(huì)在一代內(nèi)與EG307分離，強(qiáng)烈提示EG307在控制產(chǎn)量提高方面起重要作用。也使用本發(fā)明的技術(shù)，如實(shí)施例14詳述，發(fā)現(xiàn)了一種迄今未知的進(jìn)化上顯著的水稻基因，被稱為EG3117。如實(shí)施例14所述在O.rufipogon與某些稻株之間進(jìn)行KA/KS分析，表明如表10所示的一個(gè)進(jìn)化上顯著的改變。該基因已經(jīng)陽性選擇。使用幾種不同的水稻圖譜，如實(shí)施例13和14所述，發(fā)現(xiàn)EG1117位于與標(biāo)記RZ672相同的BAC上，RZ672是與染色體3上存在的1000粒重的QTL有關(guān)的一種標(biāo)記。EG1117距EG307約2-3cM。根據(jù)進(jìn)化上顯著的KA/KS值與作圖數(shù)據(jù)的組合，本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠合理地推斷出EG307和EG1117是產(chǎn)量相關(guān)基因。制備并培育突變體或轉(zhuǎn)基因植物能夠容易地證實(shí)EG307和EG1117的產(chǎn)量提高功能。備選方法包括使用來自水稻的EG307和EG117序列、來自玉米的EG307和EG117基因的相關(guān)分析和系譜分析，其野生祖先如實(shí)施例13所述獲得。例如，通過同源物搜索可以進(jìn)一步表征推斷的含有鑒定序列的基因。推斷的基因與一種已知基因的共同同源性可以表示相似的生物作用或功能。表征推斷的基因序列的另一種典型方法是根據(jù)已知的序列基序。已知某些序列模式編碼具有特殊生物特征的蛋白質(zhì)區(qū)，如信號(hào)序列、DNA結(jié)合域或跨膜域。通過尋找基因在何處組織或細(xì)胞型特異地表達(dá)，也能進(jìn)一步評(píng)價(jià)鑒定的含有顯著改變的序列。例如，鑒定的編碼序列能夠作為探針，進(jìn)行原位mRNA雜交，這將揭示序列的表達(dá)模式。在某些組織中表達(dá)的基因可能是與該組織(例如發(fā)育的胚乳組織)的重要功能有關(guān)的更好候選者。也能確定一個(gè)種成員發(fā)育的每個(gè)階段中基因表達(dá)的時(shí)間安排。作為序列表征的另一種典型方法，通過對(duì)轉(zhuǎn)染的馴化生物(例如轉(zhuǎn)基因植物或動(dòng)物)中一種鑒定的基因的不同等位基因進(jìn)行功能測(cè)定，能夠估計(jì)含有顯著改變的鑒定的核苷酸序列的功能作用。植物功能測(cè)定的現(xiàn)有的例子包括使用微陣列，參見Seki等人，使用全長(zhǎng)cDNA微陣列在干旱和寒冷應(yīng)激下監(jiān)測(cè)1300種擬南芥基因的表達(dá)模式.PlantCell1361-72(2001)，和代謝譜，參見Roessner等人，代謝譜允許對(duì)遺傳或環(huán)境修飾的植物系統(tǒng)進(jìn)行全面的表型分型.PlantCell1311-29(2001)。作為序列表征的另一種典型方法，使用計(jì)算機(jī)程序可以模建并顯示來自馴化生物和祖先的同源蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)。具體、準(zhǔn)確地了解祖先蛋白質(zhì)中哪些氨基酸被置換，允許檢測(cè)可能與功能差異有關(guān)的結(jié)構(gòu)改變。因此，模建技術(shù)的使用與前段所述的功能作用的鑒定密切相關(guān)。這些技術(shù)的單個(gè)或組合使用構(gòu)成了本發(fā)明的部分。利用本方法鑒定的馴化生物的基因能夠用來鑒定具有共同祖先的其它種的同源基因。例如，玉米、水稻、小麥、粟、高粱和其它谷類具有共同的祖先，在水稻中鑒定的基因能夠直接產(chǎn)生其它草的同源基因。同樣，西紅柿和馬鈴薯具有共同的祖先，利用本方法在西紅柿中鑒定的基因預(yù)期在馬鈴薯中有同源物，反之亦然。本發(fā)明也提供一種檢測(cè)植物細(xì)胞中提高產(chǎn)量的基因的方法，包括a)在雜交條件下，EG307基因或其長(zhǎng)度超過12個(gè)核苷酸、優(yōu)選地超過30個(gè)核苷酸的部分接觸來自植物細(xì)胞的基因組DNA制品，該條件允許檢測(cè)與選自下列的核酸分子具有約50％或更高序列同一性的核苷酸分子序列SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQIDNO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，SEQIDNO18，SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO30，SEQIDNO31，SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，SEQIDNO64，SEQIDNO66，SEQIDNO67，SEQIDNO69，SEQIDNO70，SEQIDNO71，SEQIDNO73，SEQIDNO74，SEQIDNO75，SEQIDNO77，SEQIDNO59，SEQIDNO78，SEQIDNO80，SEQIDNO81，SEQIDNO82，SEQIDNO84，和SEQIDNO85；b)檢測(cè)雜交，由此可鑒定提高產(chǎn)量的基因。本發(fā)明也提供一種從重組植物細(xì)胞文庫中分離一種產(chǎn)量相關(guān)基因的方法，包括a)提供一種植物細(xì)胞DNA制品或重組植物細(xì)胞文庫；b)在允許檢測(cè)具有50％或更高序列同一性的基因雜交條件下，使該制品或植物細(xì)胞文庫接觸一種可檢測(cè)地標(biāo)記的EG307保守的寡核苷酸；和c)通過與可檢測(cè)標(biāo)記結(jié)合，分離一種產(chǎn)量相關(guān)基因。本發(fā)明也提供一種從植物細(xì)胞DNA中分離一種產(chǎn)量相關(guān)基因的方法，包括a)提供植物細(xì)胞DNA樣品；b)提供與EG307基因保守區(qū)具有序列同源性的一對(duì)寡核苷酸；c)在適于聚合酶鏈反應(yīng)介導(dǎo)的DNA擴(kuò)增的條件下，使寡核苷酸對(duì)與植物細(xì)胞DNA樣品結(jié)合；d)分離擴(kuò)增的產(chǎn)量相關(guān)基因或其片段。通過此處所述方法鑒定的序列能夠用來鑒定可用于調(diào)節(jié)馴化生物的獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的功能和/或利用這些序列改正這些能力的缺陷的試劑。例如，這些方法使用本領(lǐng)域公知的篩選技術(shù)，如體外系統(tǒng)、基于細(xì)胞的表達(dá)系統(tǒng)和轉(zhuǎn)基因動(dòng)物和植物。本發(fā)明提供的方法不僅可鑒定快速進(jìn)化的基因，而且指出能夠?qū)Φ鞍踪|(zhì)進(jìn)行的調(diào)節(jié)，這些蛋白質(zhì)因?yàn)樵谄渌N中存在，因此毒性可能不會(huì)太大。本發(fā)明也提供一種生產(chǎn)EG307多肽的方法，包括a)提供一種細(xì)胞，該細(xì)胞用為了在細(xì)胞中表達(dá)而定位的編碼EG307多肽的多核苷酸轉(zhuǎn)染；b)在表達(dá)該多核苷酸的條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞；和c)分離EG307多肽。本發(fā)明也提供檢測(cè)植物細(xì)胞中產(chǎn)量提高基因的一種方法，包括a)在雜交條件下，使長(zhǎng)度超過12個(gè)核苷酸、優(yōu)選地超過30個(gè)核苷酸的EG307或EG1117基因或其部分接觸來自植物細(xì)胞的基因組DNA的制品，該條件允許檢測(cè)與選自下列的核酸分子有大約50％或更高序列同一性的核酸分子序列SEQIDNO92，SEQIDNO93，SEQIDNO94，SEQIDNO96，SEQIDNO97，SEQIDNO98，SEQIDNO100，SEQIDNO101，SEQIDNO102，SEQIDNO103，SEQIDNO104，SEQIDNO104，SEQIDNO106，SEQIDNO107，SEQIDNO109，SEQIDNO110，SEQIDNO112，SEQIDNO113，SEQIDNO114，SEQIDNO116，SEQIDNO117，SEQIDNO119，SEQIDNO120，SEQIDNO121，SEQIDNO122，SEQIDNO123，SEQIDNO124，SEQIDNO125，SEQIDNO127，SEQIDNO128，SEQIDNO129，SEQIDNO130，SEQIDNO131，SEQIDNO133，SEQIDNO135，SEQIDNO136，SEQIDNO137，SEQIDNO138，SEQIDNO140，SEQIDNO141，SEQIDNO142，SEQIDNO144，SEQIDNO145，SEQIDNO146，SEQIDNO147，SEQIDNO149，SEQIDNO150，SEQIDNO151，SEQIDNO152，SEQIDNO154，SEQIDNO155，SEQIDNO157，SEQIDNO158，SEQIDNO160，SEQIDNO161，SEQIDNO162，SEQIDNO163，SEQIDNO165，SEQIDNO166，SEQIDNO167，和SEQIDNO168；和b)檢測(cè)雜交，從而可以鑒定一種提高產(chǎn)量的基因。本發(fā)明也提供從重組植物細(xì)胞文庫中分離產(chǎn)量相關(guān)基因的一種方法，包括a)提供植物細(xì)胞DNA的制劑或重組植物細(xì)胞文庫；b)在允許檢測(cè)具有50％或更高序列同一性的基因的雜交條件下，使植物細(xì)胞文庫制品接觸可檢測(cè)地標(biāo)記的EG307或EG1117保守寡核苷酸；和c)通過與可檢測(cè)的植物結(jié)合，分離一種產(chǎn)量相關(guān)的基因。本發(fā)明也提供從植物細(xì)胞DNA中分離產(chǎn)量相關(guān)基因的一種方法，包括a)提供一種植物細(xì)胞DNA樣品；b)提供與EG307或EG1117基因保守區(qū)有序列同源性的一對(duì)寡核苷酸；c)在適于聚合酶鏈反應(yīng)介導(dǎo)的DNA擴(kuò)增的條件下，使該寡核苷酸對(duì)與植物細(xì)胞DNA樣品結(jié)合；和d)分離擴(kuò)增的產(chǎn)量相關(guān)基因或其片段。通過此處所述的方法鑒定的序列能夠用來鑒定可用于使用這些序列調(diào)節(jié)馴化生物的獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的功能和/或校正這些能力的缺陷的試劑。這些方法例如使用本領(lǐng)域公知的篩查技術(shù)，如體外系統(tǒng)，基于細(xì)胞的表達(dá)系統(tǒng)和轉(zhuǎn)基因動(dòng)物和植物。本發(fā)明提供的方法不僅可以鑒定快速進(jìn)化的基因，而且表示能夠?qū)Φ鞍踪|(zhì)進(jìn)行的調(diào)節(jié)，由于該蛋白質(zhì)存在于其它種中，因此可能不會(huì)太毒。本發(fā)明也提供一種生產(chǎn)EG307或EG1117多肽的方法，包括a)提供一種細(xì)胞，該細(xì)胞用為了在細(xì)胞中表達(dá)而定位的編碼一種EG307或EG1117多肽的多核苷酸轉(zhuǎn)染；b)在表達(dá)該多核苷酸的條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞；和c)分離EG307或EG1117多肽。A.EG307多肽本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是一種分離的植物EG307多肽。如此處所用的，在一個(gè)實(shí)施方案中，EG307多肽是與約447個(gè)氨基酸的稻多肽有關(guān)(即具有結(jié)構(gòu)相似性)的一種多肽，其具有圖2所示的序列(SEQIDNO6)。實(shí)施例中詳細(xì)描述了最初對(duì)這種多肽的鑒定。一種優(yōu)選的EG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與下列至少一種基因雜交(a)編碼稻EG307多肽的基因(即稻基因)；(b)編碼O.rufipogonEG307多肽的基因(即O.rufipogon基因)；(c)編碼ZeamaysmaysEG307基因的基因；(d)編碼ZeamaysparviglumisEG307多肽的基因(即Z.maysparviglumis基因)；(e)編碼ZeadiploperennisEG307多肽的基因(即Z.diploperennis基因)；和(f)編碼ZealuxuriansEG307多肽的基因(即Z.luxurians基因)。應(yīng)當(dāng)指出，術(shù)語“一個(gè)”實(shí)體是指一個(gè)或多個(gè)實(shí)體；例如，一個(gè)基因是指一個(gè)或多個(gè)基因或至少一個(gè)基因。這樣，術(shù)語“一個(gè)”、“一個(gè)或多個(gè)”和“至少一個(gè)”在此能夠互換使用。也應(yīng)當(dāng)指出，術(shù)語“包含”、“包括”和“含有”能夠互換使用。如此處所用的嚴(yán)格雜交條件是指利用多核苷酸(包括寡核苷酸)鑒定具有相似核酸序列的分子的標(biāo)準(zhǔn)雜交條件。這些標(biāo)準(zhǔn)條件例如在Sambrook等人，《分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》，ColdSpringHarborLabsPress，1989中公開。這些條件的實(shí)例在本申請(qǐng)的實(shí)施例部分提供。如此處所用的稻EG307基因包括與天然稻EG307基因有關(guān)的所有核酸序列，如控制該基因編碼的稻EG307多肽產(chǎn)生的調(diào)節(jié)區(qū)(例如但不限于轉(zhuǎn)錄、翻譯或翻譯后控制區(qū))，以及自身的編碼區(qū)。在一個(gè)實(shí)施方案中，稻EG307基因包括核酸序列SEQIDNO4。核酸序列SEQIDNO4代表cDNA(互補(bǔ)DNA)多核苷酸的推斷序列，它的產(chǎn)生在實(shí)施方案中公開。應(yīng)當(dāng)指出，由于核酸測(cè)序技術(shù)不會(huì)完全沒有錯(cuò)誤，因此SEQIDNO4(以及此處所示的其它序列)最多代表編碼本發(fā)明的稻EG307多肽的表觀核酸序列。在另一個(gè)實(shí)施方案中，稻EG307基因可以是一種等位基因變體，包含與SEQIDNO4相似但不相同的序列。包含SEQIDNO1的稻EG307基因的一種等位基因變體是基因組中的一個(gè)基因座，其活性與相同的生物化學(xué)或發(fā)育過程有關(guān)，和/或一種基因，其存在于與包含SEQIDNO4的基因基本相同的基因座處，但是，例如由于突變或重組引起的自然變異，含有相似但不相同的序列。因?yàn)榛蚪M能夠經(jīng)歷重排，等位基因的物理排列不總是相同的。等位基因變體一般編碼與相比較的基因編碼的多肽活性相似的多肽。等位基因變體在基因的5’或3’非翻譯區(qū)(例如調(diào)節(jié)控制區(qū))也能夠包含改變。本領(lǐng)域技術(shù)人員公知等位基因變體，預(yù)期在特定水稻栽培種或株中發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槠浠蚪M是二倍體，和/或在群體中包含兩個(gè)或多個(gè)栽培種或株。例如，一般認(rèn)為下文詳述的含有SEQIDNO18所示核酸序列的稻多核苷酸代表稻的Kasalath株的等位基因變體。類似地，一種ZeamaysmaysEG307基因包含與自然Z.maysmaysEG307基因有關(guān)的所有核酸序列，如控制該基因編碼的Z.maysmaysEG307多肽產(chǎn)生的調(diào)節(jié)區(qū)以及其編碼區(qū)。在一個(gè)實(shí)施方案中，一種ZeamaysmaysEG307基因包含核酸序列SEQIDNO66。核酸序列SEQIDNO66代表推斷的cDNA多核苷酸的序列，它的產(chǎn)生在實(shí)施例中公開。在另一個(gè)實(shí)施方案中，一種ZeamaysmaysEG307基因可以是一種等位基因變體，其包含與SEQIDNO66相似但不相同的序列。根據(jù)本發(fā)明，一種分離的或生物純的多肽是從其天然環(huán)境中提取的一種多肽。同樣，“分離的”和“生物純的”不一定反映該多肽純化的程度。本發(fā)明的一種分離的EG307多肽能夠從其天然來源中獲得，能夠用重組DNA技術(shù)產(chǎn)生，或者能夠通過化學(xué)合成產(chǎn)生。本發(fā)明的一種EG307多肽可以根據(jù)在功能測(cè)定中行使天然EG307功能的能力鑒定?！疤烊籈G307多肽”是指稻、O.rufipogon、Z.maysmays和/或Z.maysparviglumis的全長(zhǎng)EG307多肽。短語“在功能測(cè)定中能夠行使天然EG307的功能”是指該多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約10％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG307多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約20％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG307多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約30％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG307多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約40％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG307多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約50％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG307多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約60％的活性。在更優(yōu)選的實(shí)施方案中，EG307多肽在功能測(cè)定中至少具有天然多肽的約70％的活性。在更優(yōu)選的實(shí)施方案中，EG307多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約80％的活性。在更優(yōu)選的實(shí)施方案中，該多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約90％的活性。功能測(cè)定的例子包括抗體結(jié)合測(cè)定或產(chǎn)量提高測(cè)定，如本申請(qǐng)書其它部分所詳述。如此處所用的分離的植物EG307多肽可以是一種全長(zhǎng)多肽或這種多肽的任何同源物。EG307同源物的例子包括氨基酸已經(jīng)缺失(例如多肽的截短形式，如肽)、插入、翻轉(zhuǎn)、置換和/或衍生(例如糖基化、磷酸化、乙酰化、肉豆蔻酯化、異戊二烯化(prenylation)、棕櫚?；?palmitoylation)、酰胺化和/或添加甘油磷脂酰肌醇)，使得該同源物具有天然EG307活性的EG307多肽。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)使用本領(lǐng)域公知的技術(shù)對(duì)動(dòng)物施用該同源物作為一種免疫原時(shí)，該動(dòng)物將產(chǎn)生針對(duì)天然EG307多肽的至少一個(gè)表位的體液和/或細(xì)胞免疫應(yīng)答。EG307同源物也能夠根據(jù)它們?cè)诠δ軠y(cè)定中行使EG307功能的能力選擇。植物EG307多肽同源物可能是自然等位基因變異或自然突變的結(jié)果。本發(fā)明的EG307多肽同源物也能夠應(yīng)用本領(lǐng)域公知的技術(shù)產(chǎn)生，包括但不限于，例如使用經(jīng)典或重組DNA技術(shù)直接修飾多肽或修飾編碼多肽的基因，以實(shí)現(xiàn)隨機(jī)或靶向誘變。根據(jù)本發(fā)明，模擬表位(mimetope)是指能夠模擬分離的本發(fā)明的植物EG307多肽在功能測(cè)定中行使本發(fā)明的EG307多肽功能的能力的任何化合物。模擬表位的例子包括但不限于抗獨(dú)特型抗體或其片段，其包含至少一個(gè)結(jié)合位點(diǎn)，該位點(diǎn)模擬分離的本發(fā)明的多肽的一個(gè)或多個(gè)表位；分離的多肽的非肽免疫原性部分(例如碳水化合物結(jié)構(gòu))；合成或天然有機(jī)分子，包括核酸，其結(jié)構(gòu)類似于分離的本發(fā)明的多肽的至少一個(gè)表位。能夠利用計(jì)算機(jī)產(chǎn)生的本發(fā)明的多肽的結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)這些模擬表位。模擬表位也能夠如下獲得產(chǎn)生分子的隨機(jī)樣品，如寡核苷酸、肽或其它有機(jī)分子，使用相應(yīng)的結(jié)合配偶體利用親和層析技術(shù)篩選這些樣品。本發(fā)明的EG307多肽同源物的最小大小足以由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸能夠與編碼相應(yīng)天然多肽的多核苷酸的互補(bǔ)序列形成穩(wěn)定的雜合體。因此，編碼這種多肽同源物的多核苷酸的大小取決于核酸組成和多核苷酸與互補(bǔ)序列之間的百分同源性，以及雜交條件本身(例如溫度、鹽濃度和甲酰胺濃度)。應(yīng)當(dāng)指出，根據(jù)同源序列是散布在整個(gè)多核苷酸中還是在多核苷酸的不同區(qū)域聚簇(即局部化)，形成穩(wěn)定雜合體所需的同源性程度可能不同。如果這些多核苷酸富含GC，多核苷酸的最小大小一般為至少約12個(gè)到約15個(gè)核苷酸，如果富含AT，長(zhǎng)度至少為約15個(gè)到約17個(gè)堿基。優(yōu)選地，多核苷酸的長(zhǎng)度至少為12個(gè)堿基。因此，編碼本發(fā)明的EG307多肽同源物的多核苷酸的最小大小為約12個(gè)到約18個(gè)核苷酸。除了實(shí)踐的限制之外，這種多核苷酸的最大大小沒有限制，因?yàn)樵摱嗪塑账峥赡馨虻囊徊糠帧⒄麄€(gè)基因或多個(gè)基因或其部分。類似的，本發(fā)明的EG307多肽同源物的最小大小為約4個(gè)到約6個(gè)氨基酸，優(yōu)選的大小取決于是希望這些多肽的全長(zhǎng)、融合、多價(jià)還是功能部分。優(yōu)選地，該多肽的長(zhǎng)度至少為30個(gè)氨基酸。任何一種植物EG307多肽都是本發(fā)明的合適的多肽。從中分離EG307多肽(包括天然多肽的分離或通過重組或合成技術(shù)生產(chǎn)多肽)的合適的植物包括玉米、小麥、大麥、黑麥、粟、鷹嘴豆、小扁豆、亞麻、橄欖、無花果、杏、開心果、胡桃、甜菜、防風(fēng)草、柑桔類水果(包括但不限于桔子、檸檬、酸橙、葡萄柚、紅桔、minneola和桔柚)、紅薯、菜豆、豌豆、菊苣、萵苣、卷心菜、花椰菜、花莖甘藍(lán)、蕪菁、小蘿卜、菠菜、蘆筍、洋蔥、蒜、胡椒、芹菜、倭瓜(squash)、南瓜、大麻、夏南瓜(zucchini)、蘋果、梨、榅桲、甜瓜、李子、櫻桃、桃、蜜桃、杏、草莓、葡萄、覆盆子、黑莓、菠蘿、鱷梨、番木瓜、芒果、香蕉、大豆、西紅柿、高粱、甘蔗、甜菜、向日葵、油菜籽、三葉草、煙草、胡蘿卜、棉花、紫花苜蓿、水稻、馬鈴薯、茄子、黃瓜、芥(Arabidopsis)，和木本植物，如針葉樹和落葉樹，水稻和玉米是優(yōu)選的。從中分離EG307多肽的優(yōu)選的水稻植物包括Nipponbare1和2、Lemont、IR64、Teqing、Azucena和稻的Kasalath1、2、3、4株。本發(fā)明的一種優(yōu)選的植物EG307多肽是這樣一種化合物，當(dāng)在植物中表達(dá)或調(diào)節(jié)時(shí)，能夠提高該植物的產(chǎn)量。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是一種融合多肽，其包含與融合片段連接的含EG307多肽的結(jié)構(gòu)域。包含一個(gè)融合片段作為本發(fā)明的EG307多肽的一部分能夠提高該多肽在生產(chǎn)、貯存和/或使用中的穩(wěn)定性。根據(jù)片段的特征，融合片段也能夠作為免疫增強(qiáng)劑，增強(qiáng)用含有這種融合片段的EG307多肽免疫動(dòng)物引起的免疫應(yīng)答。此外，融合片段也能夠作為簡(jiǎn)化EG307多肽純化的工具，例如允許利用親和層析純化獲得的融合多肽。一種合適的融合片段可以是具有希望的功能(例如，使多肽具有提高的穩(wěn)定性、提高的免疫原性，和/或簡(jiǎn)化多肽的純化)的任何大小的結(jié)構(gòu)域。在本發(fā)明的范圍內(nèi)也包括使用一種或多種融合片段。融合片段能夠與該多肽的含EG307結(jié)構(gòu)域的氨基端和/或羧基端連接。融合片段與融合多肽的含EG307結(jié)構(gòu)域之間的連接易被切割，這樣能夠簡(jiǎn)單地回收這些多肽的含EG307的結(jié)構(gòu)域。融合多肽優(yōu)選地通過培養(yǎng)一種重組細(xì)胞產(chǎn)生，該細(xì)胞用編碼一種多肽的融合多核苷酸轉(zhuǎn)化，該多肽包含與含EG307結(jié)構(gòu)域的羧基端和/或氨基端連接的融合片段。在本發(fā)明中使用的優(yōu)選的融合片段包括谷胱甘肽結(jié)合域；金屬結(jié)合域，如能夠與二價(jià)金屬離子結(jié)合的聚組氨酸片段；免疫球蛋白結(jié)合域，如多肽A、多肽G、T細(xì)胞、B細(xì)胞、Fc受體或互補(bǔ)多肽抗體結(jié)合域；糖結(jié)合域，如來自麥芽糖結(jié)合多肽的麥芽糖結(jié)合域；和/或“標(biāo)簽”域(例如β-半乳糖苷酶的至少一部分，strep標(biāo)簽肽，能夠用可與該結(jié)構(gòu)域結(jié)合的化合物(如單克隆抗體)純化的其它結(jié)構(gòu)域)。更優(yōu)選的融合片段包括金屬結(jié)合域，如聚組氨酸片段；麥芽糖結(jié)合域；strep標(biāo)簽肽。本發(fā)明優(yōu)選的植物EG307多肽是水稻EG307多肽和玉米EG307多肽。更優(yōu)選的EG307多肽是稻、O.rufipogon、Z.maysmays、Zeamaysparviglumis、Z.diploperennis和ZluzuriansEG307多肽。稻株包括Nipponbare、Azucena、Kasalath1、2、3和4、Teqing、Lemont和IR64。Z.maysparviglumis株包括Benz、BK4、IA19和Wilkes。Z.maysmays株包括BS7、HuoBai、Makki、Min13、Pira、Sari、Smena和W22。本發(fā)明的一種優(yōu)選的稻EG307多肽是由一種稻多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與下列代表的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQID.NO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，和/或SEQIDNO18。這種EG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與含有下列核酸序列的多核苷酸雜交SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQIDNO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，和/或SEQIDNO18。對(duì)EG307基因組核酸序列的檢查表明，該基因包含幾個(gè)區(qū)，包括第一個(gè)外顯子區(qū)、第一個(gè)內(nèi)含子區(qū)、第二個(gè)外顯子區(qū)、第二個(gè)內(nèi)含子區(qū)和第三個(gè)外顯子區(qū)。多核苷酸SEQIDNO4和SEQIDNO91代表稻(cv.Nipponbare)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO4和SEQIDNO91通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因非編碼部分的可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量不知，但是認(rèn)為約為6個(gè)。SEQIDNO4和SEQIDNO91的翻譯提示，稻EG307多核苷酸包含一個(gè)開放閱讀框。該閱讀框編碼一種約447個(gè)氨基酸的稻EG307多肽，其推斷的氨基酸序列如此處SEQIDNO6所示，假定開放閱讀框含有一個(gè)從SEQIDNO4的大約核苷酸37到大約核苷酸39的起始密碼子，和一個(gè)從SEQIDNO4的大約核苷酸2278到約核苷酸2280的終止密碼子，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO4的核苷酸1-126，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO91的核苷酸9-822，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO91的核苷酸823-1141，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO91的核苷酸1142-1222，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO91的核苷酸1223-2157。從SEQIDNO4的核苷酸37到約核苷酸2280的開放閱讀框如此處SEQIDNO5所示。類似地，稻(Azucena株)多核苷酸SEQIDNO1的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO1的大約核苷酸3到大約核苷酸2410的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO1的核苷酸1-92，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO1的核苷酸93-1075，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO1的核苷酸1076-1394，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO1的核苷酸1395-1475，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO1的核苷酸1476-2441。該開放閱讀框在此如SEQIDNO2所示，編碼如此處SEQIDNO3所示的多肽。類似地，稻(Teqing株)多核苷酸SEQIDNO7的翻譯提示存在一個(gè)從大約核苷酸21到大約核苷酸2421的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO7的核苷酸1-110，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO7的核苷酸111-1089，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO7的核苷酸1090-1405，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO7的核苷酸1406-1486，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO7的核苷酸1487-2461。該開放閱讀框在此如SEQIDNO8所示，編碼如此處SEQIDNO9所示的多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO10和SEQIDNO11代表稻(Lemont株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO10和SEQIDNO11通過數(shù)量未知的核苷酸連接。在該基因組序列中，基因的非編碼部分可能有插入/缺失，因此核苷酸的實(shí)際數(shù)量未知，但是認(rèn)為約10個(gè)。稻(Lemont株)多核苷酸SEQIDNO10和SEQIDNO11的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO10的大約核苷酸166到SEQIDNO11的大約核苷酸1547的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO10的核苷酸1-255，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO10的核苷酸255-451和SEQIDNO11的核苷酸1-212，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO11的核苷酸213-531，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO11的核苷酸532-612，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO11的核苷酸613-1616。該開放閱讀框在此如SEQIDNO12所示，編碼如此處SEQIDNO13所示的多肽。類似地，稻(IR64株)多核苷酸SEQIDNO14的翻譯提示存在一個(gè)從大約核苷酸1到大約核苷酸2400的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO14的核苷酸1-90，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO14的核苷酸91-1068，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO14的核苷酸1069-1384，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO14的核苷酸1385-1465，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO14的核苷酸1466-2459。該開放閱讀框在此如SEQIDNO14所示，編碼如此處SEQIDNO15所示的多肽。類似地，稻(Kasalath株)多核苷酸SEQIDNO17的翻譯提示存在一個(gè)從大約核苷酸2到大約核苷酸2402的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO17的核苷酸1-91，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO17的核苷酸92-1070，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO17的核苷酸1071-1386，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO17的核苷酸1387-1467，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO17的核苷酸1468-2432。該開放閱讀框在此如SEQIDNO18所示，編碼如此處SEQIDNO19所示的多肽。在SEQIDNO18中，對(duì)于Kasalath1株，位點(diǎn)889處的“N”是“G”，位點(diǎn)971處的“N”是“A”，使得SEQIDNO19的氨基酸殘基297是纈氨酸，氨基酸殘基324是谷氨酰胺。在SEQIDNO18中，對(duì)于Kasalath2株，位點(diǎn)889處的“N”是“G”，位點(diǎn)971處的“N”是“T”，使得SEQIDNO19中的氨基酸297是纈氨酸，氨基酸殘基324是亮氨酸。在SEQIDNO18中，對(duì)于Kasalath3株，位點(diǎn)889處的“N”是“C”，位點(diǎn)971處的“N”是“A”，使得SEQIDNO19的氨基酸殘基297為亮氨酸，氨基酸殘基324為谷氨酰胺。在SEQIDNO18中，對(duì)于Kasalath4株，位點(diǎn)889的“N”是“C”，位點(diǎn)971的“N”是“T”，使得SEQIDNO19中的氨基酸殘基297是亮氨酸，氨基酸殘基324是亮氨酸。本發(fā)明的一種優(yōu)選的稻EG307多肽是由一種多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸雜交SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQIDNO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，和/或SEQIDNO18。本發(fā)明優(yōu)選的O.rufipogonEG307多肽是由一種O.rufipogon多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO30，和/或SEQIDNO31。這種EG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與含有下列核酸序列的多核苷酸雜交SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO30，和/或SEQIDNO31。多核苷酸SEQIDNO27和SEQIDNO28代表O.rufipogon(5953株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO27和SEQIDNO28通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約23個(gè)。SEQIDNO27和SEQIDNO28的翻譯提示，O.rufipogonEG307多核苷酸包含一個(gè)開放閱讀框。該閱讀框編碼一種約446個(gè)氨基酸的O.rufipogonEG307多肽，其推斷的氨基酸序列如此處SEQIDNO30所示，假定該開放閱讀框含有一個(gè)從SEQIDNO27的大約核苷酸18到大約核苷酸20的起始密碼子，和一個(gè)從SEQIDNO28的大約核苷酸1330到大約核苷酸1332的終止密碼子，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO27的核苷酸1-107，不含第一個(gè)內(nèi)含子，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO28的核苷酸1-316，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO28的核苷酸317-397，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO28的核苷酸398-1332。該開放閱讀框從SEQIDNO27的核苷酸18到SEQIDNO28的約核苷酸1332，如此處SEQIDNO29所示。類似地，O.rufipogon(5948株)多核苷酸SEQIDNO20的翻譯提示存在一個(gè)從核苷酸1的5’側(cè)的大約15個(gè)核苷酸到大約核苷酸2385的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子未顯示，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO20的核苷酸1-1053，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO20的核苷酸1054-1369，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO20的核苷酸1370-1450，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO20的核苷酸1451-2447。該開放閱讀框如此處SEQIDNO21所示，編碼如此處SEQIDNO22所示的一種多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO23和SEQIDNO24代表O.rufipogon(5949株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO23和SEQIDNO24通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約13個(gè)。SEQIDNO23和SEQIDNO24的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO23的大約核苷酸57到SEQIDNO24的大約核苷酸1562的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO23的核苷酸1-146，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO24的核苷酸1-230，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO24的核苷酸231-546，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO24的核苷酸547-627，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO24的核苷酸628-1615。該開放閱讀框如SEQIDNO25所示，編碼如此處SEQIDNO26所示的一種多肽。類似地，O.rufipogon(IRCG105491株)多核苷酸SEQIDNO90的翻譯提示存在一個(gè)從大約核苷酸1到大約核苷酸1341的開放閱讀框。該開放閱讀框如此處SEQIDNO31所示，編碼如此處SEQIDNO32所示的一種多肽。本發(fā)明的一種優(yōu)選的O.rufipogonEG307多肽是由一種多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸雜交SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO30，和/或SEQIDNO31。本發(fā)明的一種優(yōu)選的ZeamaysparviglumisEG307多肽是由一種Zeamaysparviglumis多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交SEQIDNO66，SEQIDNO67，SEQIDNO69，SEQIDNO70，SEQIDNO71，SEQIDNO73，SEQIDNO74，SEQIDNO75，SEQIDNO77，SEQIDNO59，和/或SEQIDNO78。這種EG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與含有下列核酸序列的多核苷酸雜交SEQIDNO66，SEQIDNO67，SEQIDNO69，SEQIDNO70，SEQIDNO71，SEQIDNO73，SEQIDNO74，SEQIDNO75，SEQIDNO77，SEQIDNO59，和/或SEQIDNO78。SEQIDNO66的翻譯提示，ZeamaysparviglumisEG307多核苷酸(Benz株)包含一個(gè)開放閱讀框。該閱讀框編碼約為448個(gè)氨基酸的ZeamaysparviglumisEG307多肽，其推斷的氨基酸序列如此處SEQIDNO68所示，假定該開放閱讀框含有一個(gè)從SEQIDNO66的大約核苷酸1到大約核苷酸3的起始密碼子，和一個(gè)從SEQIDNO66的大約核苷酸2569到大約核苷酸2571的終止密碼子，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO66的核苷酸1-81，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO66的核苷酸82-1204，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO66的核苷酸1205-1517，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO66的核苷酸1518-1618，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO66的核苷酸1619-2644。該開放閱讀框從SEQIDNO66的核苷酸3到大約核苷酸2571，如此處SEQIDNO67所示。類似地，多核苷酸SEQIDNO69和SEQIDNO70代表Z.maysparviglumis(BK4株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO69和SEQIDNO70通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約10個(gè)。Z.maysparviglumis(BK4株)多核苷酸SEQIDNO69和SEQIDNO70的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO69的大約核苷酸10到SEQIDNO70的大約核苷酸1728的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO69的核苷酸1-90，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO69的核苷酸91-586和SEQIDNO70的核苷酸1-361，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO70的核苷酸362-674，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO70的核苷酸675-775，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO11的核苷酸776-1775。該開放閱讀框如SEQIDNO71所示，編碼如此處SEQIDNO72所示的一種多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO73和SEQIDNO74代表Z.maysparviglumis(IA19株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO73和SEQIDNO74通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約12個(gè)。Z.maysparviglumis(IA19株)多核苷酸SEQIDNO73和SEQIDNO74的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO73的大約核苷酸69到SEQIDNO74的大約核苷酸1280的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO73的核苷酸1-149，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO73的核苷酸150-305，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO74的核苷酸1-226，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO74的核苷酸227-327，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO74的核苷酸328-1309。該開放閱讀框如此處SEQIDNO75所示，編碼如此處SEQIDNO76所示的一種多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO77和SEQIDNO59代表Z.maysparviglumis(Wilkes株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO77和SEQIDNO59通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約14個(gè)。Z.maysparviglumis(Wilkes株)多核苷酸SEQIDNO77和SEQIDNO59的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO77的大約核苷酸36到SEQIDNO59的大約核苷酸1598的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO77的核苷酸1-86，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO59的核苷酸1-231，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO59的核苷酸232-544，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO59的核苷酸545-645，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO59的核苷酸656-1640。該開放閱讀框如此處SEQIDNO78所示，編碼如此處SEQIDNO79所示的一種多肽。本發(fā)明的一種優(yōu)選的EG307多肽是由一種多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸雜交SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，和/或SEQIDNO64。本發(fā)明的一種優(yōu)選的Z.maysmaysEG307多肽是由一種Z.maysmays多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，和/或SEQIDNO64。這種EG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格條件下可與含有下列核酸序列的多核苷酸雜交SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO59，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，和/或SEQIDNO64。多核苷酸SEQIDNO33和SEQIDNO34代表Z.maysmays(BS7株)中EG307基因的5′端和3′端。SEQIDNO33和SEQIDNO34由多個(gè)核苷酸連接在一起，由于基因非編碼部分中可能的插入/缺失，其確切數(shù)量未知，但是認(rèn)為約21個(gè)。SEQIDNO33和SEQIDNO34的翻譯提示，Z.maysmaysEG307多核苷酸含有一個(gè)開放閱讀框。該閱讀框編碼約448個(gè)氨基酸的Z.maysmaysEG307多肽，推斷的氨基酸序列如此處SEQIDNO36所示，假定該開放閱讀框含有一個(gè)從SEQIDNO33的大約核苷酸3到大約核苷酸5的起始密碼子，和一個(gè)從SEQIDNO34的大約核苷酸1396到大約核苷酸1398的終止密碼子，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO33的核苷酸1-83，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO33的核苷酸84-180和SEQIDNO34的核苷酸1-31，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO34的核苷酸32-344，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO34的核苷酸345-445，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO34的核苷酸446-1447。該開放閱讀框從SEQIDNO33的核苷酸3到SEQIDNO34的大約核苷酸1398，如此處SEQIDNO35所示。類似地，Z.maysmays(HuoBai株)多核苷酸SEQIDNO37的翻譯提示存在一個(gè)從大約核苷酸28到大約核苷酸2599的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO37的核苷酸1-108，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO37的核苷酸109-1232，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO37的核苷酸1233-1545，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO37的核苷酸1546-1646，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO37的核苷酸1647-2646。該開放閱讀框如此處SEQIDNO38所示，編碼如此處SEQIDNO39所示的一種多肽。類似地，核苷酸SEQIDNO40和SEQIDNO41代表Z.maysmays(Makki株)的EG307基因的5′端和3′端。SEQIDNO40和SEQIDNO41通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約20個(gè)。Z.maysmays(Makki株)多核苷酸SEQIDNO40和SEQIDNO41的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO40的大約核苷酸61到SEQIDNO41的大約核苷酸2263的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO40的核苷酸1-141，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO40的核苷酸142-262和SEQIDNO41的核苷酸1-896，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO41的核苷酸897-1209，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO41的核苷酸1210-1310，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO41的核苷酸1311-2311。該開放閱讀框如SEQIDNO42所示，編碼如此處SEQIDNO43所示的一種多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO44、SEQIDNO45和SEQIDNO46代表Z.maysmays(Min13株)的EG307基因從5′端到3′端的三個(gè)部分。SEQIDNO44、SEQIDNO45和SEQIDNO46通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為SEQIDNO44與SEQIDNO45之間為19個(gè)，SEQIDNO45與SEQIDNO46之間為17個(gè)。Z.maysmays(Min13株)多核苷酸SEQIDNO44、SEQIDNO45和SEQIDNO46的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO44的大約核苷酸45到SEQIDNO46的大約核苷酸1741的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO44的核苷酸1-125，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO45的核苷酸1-198和SEQIDNO46的核苷酸1-374，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO46的核苷酸375-687，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO46的核苷酸688-788，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO46的核苷酸789-1787。該開放閱讀框如此處SEQIDNO47所示，編碼如此處SEQIDNO48所示的一種多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO49和SEQIDNO50代表Z.maysmays(Pira株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO49和SEQIDNO50通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知。Z.maysmays(Pira株)多核苷酸SEQIDNO49和SEQIDNO50的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO49的大約核苷酸31到SEQIDNO50的大約核苷酸1722的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO49的核苷酸1-111，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO49的核苷酸112-495和SEQIDNO50的核苷酸1-355，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO50的核苷酸356-668，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO50的核苷酸669-769，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO50的核苷酸770-1768。該開放閱讀框如此處SEQIDNO51所示，編碼如此處SEQIDNO52所示的一種多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO53和SEQIDNO54代表Z.maysmays(Sari株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO53和SEQIDNO54通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約22個(gè)。Z.maysmays(Pira株)多核苷酸SEQIDNO53和SEQIDNO54的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO53的大約核苷酸19到SEQIDNO54的大約核苷酸1756的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO53的核苷酸1-99，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO53的核苷酸100-212和SEQIDNO54的核苷酸1-389，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO54的核苷酸390-702，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO54的核苷酸703-803，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO54的核苷酸804-1803。該開放閱讀框如此處SEQIDNO55所示，編碼如此處SEQIDNO56所示的一種多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO57和SEQIDNO58代表Z.maysmays(Smena株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO57和SEQIDNO58通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為是14個(gè)。Z.maysmays(Smena株)多核苷酸SEQIDNO57和SEQIDNO58的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO57的大約核苷酸68到SEQIDNO58的大約核苷酸2199的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO57的核苷酸1-148，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO57的核苷酸149-305和SEQIDNO58的核苷酸1-834，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO58的核苷酸835-1147，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO58的核苷酸1148-1248，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO58的核苷酸1249-2208。另外，序列SEQIDNO59在SEQIDNO59的核苷酸738之后的開始處還含有一個(gè)缺失。該開放閱讀框如此處SEQIDNO60所示，編碼如此處SEQIDNO61所示的一種多肽。類似地，多核苷酸SEQIDNO62和SEQIDNO63代表Z.maysmays(W22株)的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO62和SEQIDNO63通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約22個(gè)。Z.maysmays(W22株)多核苷酸SEQIDNO62和SEQIDNO63的翻譯提示存在一個(gè)從SEQIDNO62的大約核苷酸1到SEQIDNO63的大約核苷酸1367的開放閱讀框，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO62的核苷酸1-81，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO62的核苷酸82-893，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO63的核苷酸1-313，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO63的核苷酸314-414，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO63的核苷酸415-1411。該開放閱讀框如此處SEQIDNO64所示，編碼如此處SEQIDNO65所示的一種多肽。本發(fā)明的一種優(yōu)選的Z.maysmaysEG307多肽是由一種多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸雜交SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，和/或SEQIDNO64。本發(fā)明的一種優(yōu)選的O.rufipogonEG307多肽是由一種多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸雜交SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO30，和/或SEQIDNO31。本發(fā)明的一種優(yōu)選的ZeadiploperennisEG307多肽是由一種Zeamaysparviglumis多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與SEQIDNO80、SEQIDNO81和/或SEQIDNO82代表的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交。這種EG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與含有核酸序列SEQIDNO80、SEQIDNO81和/或SEQIDNO82的多核苷酸雜交。多核苷酸SEQIDNO80和SEQIDNO81代表Z.diploperennis的EG307基因的5′和3′端。SEQIDNO80和SEQIDNO81通過多個(gè)核苷酸連接，由于該基因的非編碼部分中可能的插入/缺失，其準(zhǔn)確數(shù)量未知，但是認(rèn)為約24個(gè)。本發(fā)明的一種優(yōu)選的ZeadiploperennisEG307多肽是由一種Zeadiploperennis多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與SEQIDNO80和SEQIDNO81代表的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交。這種EG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與含有核酸序列SEQIDNO80和SEQIDNO81的多核苷酸雜交。SEQIDNO80和SEQIDNO81的翻譯提示，ZeamaysdiploperennisEG307多核苷酸含有一個(gè)開放閱讀框。該閱讀框編碼一種約448個(gè)氨基酸的ZeadiploperennisEG307多肽，其推斷的氨基酸序列如此處SEQIDNO83所示，假定該開放閱讀框含有從SEQIDNO80的大約核苷酸21到大約核苷酸23的起始密碼子，和從SEQIDNO81的大約核苷酸1656到大約核苷酸1658的終止密碼子，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO80的核苷酸1-101，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO80的核苷酸102-225和SEQIDNO81的核苷酸1-291，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO81的核苷酸292-313，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO81的核苷酸314-705，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO81的核苷酸706-1672。該開放閱讀框從SEQIDNO80的核苷酸21到SEQIDNO81的約核苷酸1658，如此處SEQIDNO82所示。本發(fā)明的一種優(yōu)選的Z.diploperennisEG307多肽是由一種多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與SEQIDNO80、SEQIDNO81和/或SEQIDNO82代表的多核苷酸雜交。本發(fā)明的一種優(yōu)選的ZealuxuriansEG307多肽是由一種Zealuxurians多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與SEQIDNO84和/或SEQIDNO85所示多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交。這種EG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與含有核苷酸序列SEQIDNO84和/或SEQIDNO85的多核苷酸雜交。SEQIDNO84的翻譯提示，ZealuxuriansEG307多核苷酸含有一個(gè)開放閱讀框。該閱讀框編碼一種約448個(gè)氨基酸的ZealuxuriansEG307多肽，其推斷的氨基酸序列如此處SEQIDNO86所示，假定該開放閱讀框含有一個(gè)從SEQIDNO84的大約核苷酸5到大約核苷酸7的起始密碼子，和一個(gè)從SEQIDNO84的大約核苷酸2365到大約核苷酸2367的終止密碼子，第一個(gè)外顯子包括SEQIDNO84的核苷酸1-85，第一個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO84的核苷酸86-998，第二個(gè)外顯子包括SEQIDNO84的核苷酸999-1311，第二個(gè)內(nèi)含子包括SEQIDNO84的核苷酸1312-1414，第三個(gè)外顯子包括SEQIDNO84的核苷酸1415-2423。該開放閱讀框從SEQIDNO84的核苷酸5到約核苷酸2367，如此處SEQIDNO85所示。本發(fā)明的一種優(yōu)選的Z.luxuriansEG307多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與SEQIDNO84和/或SEQIDNO85代表的多核苷酸雜交。多種稻、O.rufipogon、Z.maysmays、Z.maysparviglumis、Z.diploperennis和Z.luxuriansEG307核酸序列和氨基酸序列的比較表明，這些植物種具有相似的EG307基因和多肽。當(dāng)互相比較時(shí)，來自稻和O.rufipogon不同株的EG307的編碼區(qū)的核苷酸序列具有99.0％的序列同一性，這說明它們是同源的。所有水稻序列，包括祖先的和現(xiàn)代的，都具有相同的終止密碼子(TAG)，而且(對(duì)于我們迄今收集的5′UTR序列)，5′UTR序列具有98.4％的序列同一性。稻和O.rufipogon不同株的蛋白質(zhì)序列具有98.2％的序列同一性，再次證明了它們是同源序列。來自水稻的EG307的蛋白質(zhì)序列與來自玉米的EG307的蛋白質(zhì)序列大約94％相同，再次證明了它們的同源性。玉米EG307和玉米草EG307的蛋白質(zhì)序列具有99.8％的序列同一性。在稻、O.rufipogon、Z.maysmays、Z.maysparviglumis、Z.diploperennis和Z.luxuriansEG307核酸序列和氨基酸序列之間發(fā)現(xiàn)這種程度的同一性支持了獲得任何植物EG307多肽和多核苷酸的能力，假定多肽和核酸序列在此公開。這些植物EG307多肽和編碼它們的多核苷酸代表用于提高植物產(chǎn)量的新型化合物。本發(fā)明優(yōu)選的植物EG307多肽包括如下多肽，它們包含的氨基酸序列與此處公開的本發(fā)明的稻、O.rufipogon、Z.maysmays、Z.maysparviglumis、Z.diploperennis和Z.luxuriansEG307多肽的一種或多種氨基酸序列至少約30％相同，優(yōu)選地至少約50％，更優(yōu)選地至少約75％，更優(yōu)選地至少約80％，更優(yōu)選地至少約85％，更優(yōu)選地至少約90％，更優(yōu)選地至少約95％，更優(yōu)選地至少約98％相同。本發(fā)明的更優(yōu)選的植物EG307多肽包括由SEQIDNO1和/或SEQIDNO2的至少一部分編碼的多肽，因此，含有至少包含SEQIDNO3的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO4、SEQIDNO81和/或SEQIDNO5的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO6的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO7和/或SEQIDNO8的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO9的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO10、SEQIDNO11和/或SEQIDNO12的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO13的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO14和/或SEQIDNO15的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO16的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO17和/或SEQIDNO18的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO19的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO20和/或SEQIDNO21的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO22的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO23、SEQIDNO24和/或SEQIDNO25的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO26的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO27、SEQIDNO28和/或SEQIDNO29的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO30的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO90和/或SEQIDNO31的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO32的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO33、SEQIDNO34和/或SEQIDNO35的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO36的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO37和/或SEQIDNO38的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO39的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO40、SEQIDNO41和/或SEQIDNO42的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO43的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO44、SEQIDNO45、SEQIDNO46和/或SEQIDNO47的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO48的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO49、SEQIDNO50和/或SEQIDNO51的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO52的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO53、SEQIDNO54和/或SEQIDNO55的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO56的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO57、SEQIDNO58和/或SEQIDNO60的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO61的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO62、SEQIDNO63和/或SEQIDNO64的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO65的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO66和/或SEQIDNO67的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO68的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO69、SEQIDNO70和/或SEQIDNO71的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO72的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO73、SEQIDNO74和/或SEQIDNO75的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO76的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO77、SEQIDNO59和/或SEQIDNO78的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO79的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO80、SEQIDNO81和/或SEQIDNO82的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO83的一部分的氨基酸序列；以及由SEQIDNO84和/或SEQIDNO85的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO86的一部分的氨基酸序列。如此處所用的一種多核苷酸或多肽的“至少一部分”是指如上所述具有這些序列的最小大小特征的一部分，或全長(zhǎng)分子的任何較大的片段，可達(dá)及包括全長(zhǎng)分子。例如，一種多核苷酸的一部分可以是12個(gè)核苷酸、13個(gè)核苷酸、14個(gè)核苷酸、15個(gè)核苷酸等，直到全長(zhǎng)多核苷酸。類似地，一種多肽的一部分可以是4個(gè)氨基酸、5個(gè)氨基酸、6個(gè)氨基酸、7個(gè)氨基酸等，直到全長(zhǎng)多肽。將要使用的部分的長(zhǎng)度將取決于具體用途。如上所述，用作雜交探針的多核苷酸的一部分可以短至12個(gè)核苷酸。用作表位的多肽的一部分可以短至4個(gè)氨基酸。行使全長(zhǎng)多肽功能的多肽的一部分通常超過4個(gè)氨基酸。本發(fā)明特別優(yōu)選的植物EG307多肽是包含下列序列的多肽SEQIDNO3，SEQIDNO6，SEQIDNO9，SEQIDNO13，SEQIDNO16，SEQIDNO19，SEQIDNO22，SEQIDNO26，SEQIDNO30，SEQIDNO32，SEQIDNO36，SEQIDNO39，SEQIDNO43，SEQIDNO48，SEQIDNO52，SEQIDNO56，SEQIDNO61，SEQIDNO65，SEQIDNO68.SEQIDNO72，SEQIDNO76，SEQIDNO79，SEQIDNO83和/或SEQIDNO86(包括但不限于編碼的多肽、全長(zhǎng)多肽、加工的多肽、融合多肽和多價(jià)多肽)，以及如下多肽它們是至少包含上述SEQIDNos的部分的多肽的截短同源物。生產(chǎn)這些多肽的方法的實(shí)例在此公開，包括在實(shí)施例部分內(nèi)。B.EG1117多肽本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是一種分離的植物EG1117多肽。在一個(gè)實(shí)施方案中，如此處所用的EG307多肽是與約552個(gè)氨基酸的O.rufigogon多肽有關(guān)(即具有結(jié)構(gòu)相似性)的一種多肽，其含有圖7所示的序列(SEQIDNO95)。實(shí)施例中詳細(xì)描述了最初對(duì)這種多肽的鑒定。一種優(yōu)選的EG1117多肽由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與下列至少一種基因雜交(a)編碼稻EG1117多肽的基因(即稻基因)；(b)編碼O.rufipogonEG1117多肽的基因(即O.rufipogon基因)；(c)編碼ZeamaysmaysEG1117基因的基因；(d)編碼ZeamaysparviglumisEG1117多肽的基因(即Z.maysparviglumis基因)。如此處所用的稻EG1117基因包括與天然稻EG307基因有關(guān)的所有核酸序列，如控制該基因編碼的稻EG1117多肽產(chǎn)生的調(diào)節(jié)區(qū)(例如但不限于轉(zhuǎn)錄、翻譯或翻譯后控制區(qū))，及其編碼區(qū)。在一個(gè)實(shí)施方案中，稻EG1117基因包含核酸序列SEQIDNO4。核酸序列SEQIDNO4代表推斷的cDNA(互補(bǔ)DNA)多核苷酸的序列，其產(chǎn)生在實(shí)施例中公開。應(yīng)當(dāng)指出，由于核酸測(cè)序技術(shù)不會(huì)完全沒有錯(cuò)誤，因此SEQIDNO4(以及此處所示的其它序列)最多代表編碼本發(fā)明的稻EG307多肽的多核苷酸的表觀核酸序列。在另一個(gè)實(shí)施方案中，稻EG1117基因可以是一種等位基因變體，包含與SEQIDNO92和/或SEQIDNO93相似但不相同的序列。可以根據(jù)在功能測(cè)定中行使天然EG1117功能的能力，鑒定本發(fā)明的一種EG1117多肽?！疤烊籈G1117多肽”是指稻、O.rufipogon、Z.maysmays和/或Z.maysparviglumis的全長(zhǎng)EG1117多肽。短語“在功能測(cè)定中能夠行使天然EG1117的功能”是指該多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約10％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG1117多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約20％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG1117多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約30％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG1117多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約40％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，EG1117多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約50％的活性。在其它優(yōu)選實(shí)施方案中，該多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約60％的活性。在更優(yōu)選的實(shí)施方案中，該多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約70％的活性。在更優(yōu)選的實(shí)施方案中，該多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約80％的活性。在更優(yōu)選的實(shí)施方案中，該多肽在功能測(cè)定中具有天然多肽的至少約90％的活性。功能測(cè)定的例子包括抗體結(jié)合測(cè)定或產(chǎn)量提高測(cè)定，如本申請(qǐng)書其它部分所詳述。如此處所用的分離的植物EG1117多肽可以是一種全長(zhǎng)多肽或這種多肽的任何同源物。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)使用本領(lǐng)域公知的技術(shù)對(duì)動(dòng)物施用該同源物作為一種免疫原時(shí)，該動(dòng)物將產(chǎn)生針對(duì)天然EG1117多肽的至少一個(gè)表位的體液和/或細(xì)胞免疫應(yīng)答。EG1117同源物也能夠根據(jù)它們?cè)诠δ軠y(cè)定中行使EG1117功能的能力選擇。植物EG1117多肽同源物可能是自然等位基因變異或自然突變的結(jié)果。本發(fā)明的EG1117多肽同源物也能夠用本領(lǐng)域公知的技術(shù)產(chǎn)生，包括但不限于，例如使用經(jīng)典的或重組DNA技術(shù)直接修飾多肽或修飾編碼該多肽的基因，以實(shí)現(xiàn)隨機(jī)或靶向誘變。根據(jù)本發(fā)明，模擬表位是指能夠模擬分離的本發(fā)明的植物EG307多肽在功能測(cè)定中行使本發(fā)明的EG307多肽功能的能力的任何化合物。模擬表位的例子包括但不限于抗獨(dú)特型抗體或其片段，其包含至少一個(gè)結(jié)合位點(diǎn)，該位點(diǎn)模擬分離的本發(fā)明的多肽的一個(gè)或多個(gè)表位；分離的多肽的非肽免疫原性部分(例如碳水化合物結(jié)構(gòu))；合成或自然有機(jī)分子，包括核酸，其結(jié)構(gòu)類似于分離的本發(fā)明的多肽的至少一個(gè)表位。能夠利用計(jì)算機(jī)產(chǎn)生的本發(fā)明的多肽的結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)這些模擬表位。模擬表位也能夠如下獲得產(chǎn)生分子的隨機(jī)樣品，如寡核苷酸、肽或其它有機(jī)分子，使用相應(yīng)的結(jié)合配偶體利用親和層析技術(shù)篩選這些樣品。本發(fā)明的EG307多肽同源物的最小大小足以由一種多核苷酸編碼，該多核苷酸能夠與編碼相應(yīng)天然多肽的多核苷酸的互補(bǔ)序列形成穩(wěn)定的雜合體。最小大小特征在此公開。任何植物EG1117多肽都是本發(fā)明的合適的多肽。分離EG1117多肽(包括天然多肽的分離或通過重組或合成技術(shù)生產(chǎn)多肽)的合適的植物包括標(biāo)題為“EG307多肽”的部分所述。本發(fā)明的一種優(yōu)選的植物EG1117多肽是一種化合物，當(dāng)在植物中表達(dá)或調(diào)節(jié)時(shí)，能夠提高該植物的產(chǎn)量。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是一種融合多肽，其包含與融合片段連接的含有EG1117多肽的結(jié)構(gòu)域。本發(fā)明優(yōu)選的植物EG1117多肽是水稻EG1117多肽和玉米EG1117多肽。更優(yōu)選的EG1117多肽是稻、O.rufipogon、Z.maysmays和ZeamaysparviglumisEG1117多肽。稻株包括Nipponbare、Azucena、Kasalath1、2、3和4、Teqing、Lemont和IR64。Z.maysparviglumis株包括Benz、BK4、IA19和Wilkes。Z.maysmays株包括BS7、HuoBai、Makki、Min13、Pira、Sari、Smena和W22。本發(fā)明的一種優(yōu)選的O.rufipogonEG1117多肽是由一種O.rufipogon多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交SEQIDNO92，SEQIDNO93，SEQIDNO94，SEQIDNO96，SEQIDNO97和/或SEQIDNO98。本發(fā)明的一種優(yōu)選的稻EG1117多肽是由一種稻多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交SEQIDNO100，SEQIDNO101，SEQIDNO102，SEQIDNO103，SEQIDNO104，SEQIDNO104，SEQIDNO106，SEQIDNO107，SEQIDNO109，SEQIDNO110，SEQIDNO112，SEQIDNO113，SEQIDNO114，SEQIDNO116，SEQIDNO117。本發(fā)明的一種優(yōu)選的Z.maysmaysEG1117多肽是由一種Z.maysmays多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交SEQIDNO119，SEQIDNO120，SEQIDNO122，SEQIDNO123，SEQIDNO124，SEQIDNO125，SEQIDNO127，SEQIDNO128，SEQIDNO129，SEQIDNO130，SEQIDNO133，SEQIDNO135，SEQIDNO136，SEQIDNO137，SEQIDNO138，SEQIDNO140，SEQIDNO141，SEQIDNO142，SEQIDNO144，SEQIDNO145，SEQIDNO146，SEQIDNO147，SEQIDNO149，SEQIDNO150，SEQIDNO151，SEQIDNO152，SEQIDNO154，SEQIDNO155。本發(fā)明的一種優(yōu)選的Z.maysparviglumisEG1117多肽是由一種Z.maysparviglumis多核苷酸編碼的多肽，該多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與如下所示的多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交SEQIDNO157，SEQIDNO158，SEQIDNO160，SEQIDNO161，SEQIDNO162，SEQIDNO163，SEQIDNO165，SEQIDNO166，SEQIDNO167和/或SEQIDNO168。對(duì)水稻EG1117基因組核酸序列的研究表明，該基因含有幾個(gè)區(qū)，包括第一個(gè)外顯子區(qū)、第一個(gè)內(nèi)含子區(qū)、第二個(gè)外顯子區(qū)、第二個(gè)內(nèi)含子區(qū)、第三個(gè)外顯子區(qū)、第三個(gè)內(nèi)含子區(qū)和第四個(gè)外顯子區(qū)。這些區(qū)在每種EG1117水稻和水稻祖先的基因組核酸序列中的位置總結(jié)于下表中這些基因組序列的翻譯提示，O.rufipogon和稻EG1117多核苷酸含有開放閱讀框。利用推斷的稻Nipponbare株的蛋白質(zhì)序列進(jìn)行BLAST搜索。對(duì)擬南芥PTR2-B(組氨酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，NP_178313)的極強(qiáng)的蛋白質(zhì)BLAST命中提示水稻序列只丟失了編碼序列(CDS)的大約30個(gè)密碼子(圖8)。最后，推斷的編碼序列和蛋白質(zhì)序列顯示如下已經(jīng)測(cè)定了玉米和玉米草的EG1117的部分序列。該信息總結(jié)于下表中這些基因組序列的翻譯提示，Z.maysmays和Z.maysparviglumisEG1117多核苷酸含有開放閱讀框。開放閱讀框的信息總結(jié)于下表中本發(fā)明優(yōu)選的植物EG1117多肽包括如下多肽，其含有的氨基酸序列與此處公開的本發(fā)明的稻、O.rufipogon、Z.maysmays和Z.maysparviglumisEG1117多肽的一種或多種氨基酸序列至少約30％，優(yōu)選地至少約50％，更優(yōu)選地至少約75％，更優(yōu)選地至少約80％，更優(yōu)選地至少約85％，更優(yōu)選地至少約90％，更優(yōu)選地至少約95％，更優(yōu)選地至少約98％相同。本發(fā)明的更優(yōu)選的植物EG1117多肽包括由SEQIDNO92、SEQIDNO93和/或SEQIDNO94的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO95的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO96、SEQIDNO97和/或SEQIDNO98的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO99的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO100和/或SEQIDNO101的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO102的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO103和/或SEQIDNO104的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO105的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO106和/或SEQIDNO107的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO108的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO109和/或SEQIDNO110的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO111的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO112、SEQIDNO113和/或SEQIDNO114的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO115的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO116和/或SEQIDNO117的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO118的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO119和/或SEQIDNO120的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO121的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO122、SEQIDNO123、SEQIDNO124和/或SEQIDNO125的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO126的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO127、SEQIDNO128、SEQIDNO129和/或SEQIDNO130的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO131的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO132和/或SEQIDNO133的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO134的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO135、SEQIDNO136、SEQIDNO137和/或SEQIDNO138的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO139的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO140、SEQIDNO141和/或SEQIDNO142的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO143的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO144、SEQIDNO145、SEQIDNO146和/或SEQIDNO147的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO148的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO149、SEQIDNO150、SEQIDNO151和/或SEQIDNO152的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO153的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO154和/或SEQIDNO155的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO156的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO157和/或SEQIDNO158的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO159的一部分的氨基酸序列；由SEQIDNO160、SEQIDNO161、SEQIDNO162和/或SEQIDNO163的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO164的一部分的氨基酸序列；以及由SEQIDNO165、SEQIDNO166、SEQIDNO167和/或SEQIDNO168的至少一部分編碼的多肽，因此含有至少包含SEQIDNO169的一部分的氨基酸序列。如此處所用的一種多核苷酸或多肽的“至少一部分”是指如上所述具有這些序列的最小大小特征的一部分，或全長(zhǎng)分子的任何較大的片段，可達(dá)及包括全長(zhǎng)分子。例如，一種多核苷酸的一部分可以是12個(gè)核苷酸、13個(gè)核苷酸、14個(gè)核苷酸、15個(gè)核苷酸等，直到全長(zhǎng)多核苷酸。類似地，一種多肽的一部分可以是4個(gè)氨基酸、5個(gè)氨基酸、6個(gè)氨基酸、7個(gè)氨基酸等，直到全長(zhǎng)多肽。將要使用的部分的長(zhǎng)度將取決于具體用途。如上所述，用作雜交探針的多核苷酸的一部分可以短至12個(gè)核苷酸。用作表位的多肽的一部分可以短至4個(gè)氨基酸。行使全長(zhǎng)多肽功能的多肽的一部分通常超過4個(gè)氨基酸。本發(fā)明特別優(yōu)選的植物EG1117多肽是包含下列序列的多肽SEQIDNO95，SEQIDNO99，SEQIDNO102，SEQIDNO105，SEQIDNO108，SEQIDNO111，SEQIDNO115，SEQIDNO118，SEQIDNO121，SEQIDNO126，SEQIDNO131，SEQIDNO134，SEQIDNO139，SEQIDNO143，SEQIDNO148，SEQIDNO153，SEQIDNO156，SEQIDNO159，SEQIDNO164，SEQIDNO169，和/或SEQIDNO170(包括但不限于編碼的多肽、全長(zhǎng)多肽、加工的多肽、融合多肽和多價(jià)多肽)，以及如下多肽，它們是至少包含上述SEQIDNos的部分的多肽的截短同源物。生產(chǎn)這些多肽的方法的實(shí)例在此公開，包括于實(shí)施例部分中。C.EG307多核苷酸本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是一種分離的植物多核苷酸，在嚴(yán)格雜交條件下，該多核苷酸可與下列至少一種基因雜交稻EG307基因，O.rufipogonEG307基因，Z.maysmaysEG307基因，Z.maysparviglumisEG307基因，Z.diploperennisEG307基因，和Z.luxurians基因。這些基因的鑒定的特征在此前描述。本發(fā)明的一種多核苷酸可能包含分離的天然植物EG307基因或其同源物，后者在下文更詳細(xì)地描述。本發(fā)明的一種多核苷酸可能包含一個(gè)或多個(gè)調(diào)節(jié)區(qū)、全長(zhǎng)或部分編碼區(qū)或其組合。本發(fā)明的多核苷酸的最小大小是在嚴(yán)格雜交條件下能夠與上述基因之一形成穩(wěn)定雜合體的最小大小。合適的和優(yōu)選的植物在上文中公開。根據(jù)本發(fā)明，一種分離的多核苷酸是從其天然環(huán)境中分離的多核苷酸(即已經(jīng)經(jīng)歷人工操作)。因此，“分離的”不反映多核苷酸純化的程度。分離的多核苷酸可能包括DNA、RNA或DNA或RNA的衍生物。本發(fā)明的一種分離的植物EG307多核苷酸能夠從其天然來源中獲得，作為整個(gè)(即完整的)基因或能夠與該基因形成穩(wěn)定雜合體的一部分。一種分離的植物EG307多核苷酸也能夠用重組DNA技術(shù)(例如聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴(kuò)增，克隆)或化學(xué)合成產(chǎn)生。分離的植物EG307多核苷酸包括天然多核苷酸及其同源物，包括但不限于天然等位基因變體和修飾的多核苷酸，其中核苷酸已經(jīng)以一定方式插入、缺失、置換和/或反轉(zhuǎn)，使得這種修飾基本不會(huì)干擾該多核苷酸編碼本發(fā)明的EG307多肽或在嚴(yán)格條件下與天然基因分離物形成穩(wěn)定雜合體的能力。一種植物EG307多核苷酸同源物能夠用本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的大量方法生產(chǎn)(參見，例如，Sambrook等人，同上)。例如，多核苷酸能夠用多種技術(shù)修飾，包括但不限于經(jīng)典誘變技術(shù)和重組DNA技術(shù)，如多核苷酸的定點(diǎn)誘變、化學(xué)處理，以誘導(dǎo)突變，核酸片段的限制酶切，核酸片段的連接，聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)擴(kuò)增，和/或核酸序列的選定區(qū)域的誘變，寡核苷酸混合物的合成和混合物基團(tuán)的連接，以“建立”多核苷酸的混合物及其組合。根據(jù)核酸編碼的多肽的功能(例如引發(fā)針對(duì)EG307多肽的至少一個(gè)表位的免疫應(yīng)答的能力，提高含有EG307基因的轉(zhuǎn)基因植物的產(chǎn)量的能力)篩選，和/或通過與稻EG307基因、O.rufipogonEG307基因、Z.maysmaysEG307基因、Z.maysparviglumisEG307基因、Z.diploperennisEG307基因和/或Z.luxuriansEG307基因的雜交，能夠從修飾的核酸的混合物中選擇多核苷酸同源物。本發(fā)明的一種分離的多核苷酸可能包含編碼至少一種本發(fā)明的植物EG307多肽的核酸序列，這些多肽的例子在此公開。盡管短語“多核苷酸”主要是指物理多核苷酸，而短語“核酸序列”主要是指多核苷酸上的核苷酸序列，但是這兩個(gè)短語可以互換使用，特別是在用于能夠編碼EG307多肽的多核苷酸或核酸序列時(shí)。如此前公開的，本發(fā)明的植物EG307多肽包括但不限于含有全長(zhǎng)植物EG307編碼區(qū)的多肽，含有部分植物EG307編碼區(qū)的多肽，融合多肽，多價(jià)保護(hù)性多肽，及其組合。至少某些本發(fā)明的多核苷酸編碼可與來自一種動(dòng)物的免疫血清選擇性結(jié)合的多肽，該動(dòng)物事先用分離該多核苷酸的EG307多肽免疫。本發(fā)明的一種優(yōu)選的多核苷酸當(dāng)在適當(dāng)?shù)闹参镏斜磉_(dá)時(shí)，能夠提高植物的產(chǎn)量。如下文更詳細(xì)地公開的，這種多核苷酸可能是或者編碼一種反義RNA、能夠形成三股螺旋的分子、核酶或其它基于核酸的化合物。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是一種植物EG307多核苷酸，它在嚴(yán)格雜交條件下可與本發(fā)明的一種EG307多核苷酸雜交，或與這種EG307多核苷酸的同源物雜交，或與這種多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交。本發(fā)明的任何核酸序列的多核苷酸互補(bǔ)序列是指與顯示其序列的鏈互補(bǔ)(即能夠與其形成完全的雙螺旋)的多核苷酸的核酸序列。應(yīng)當(dāng)指出，本發(fā)明的雙鏈核酸分子，其一條鏈的核酸序列已經(jīng)測(cè)定，用SEQIDNO表示，也包含序列與該SEQIDNO互補(bǔ)的互補(bǔ)鏈。因此，本發(fā)明的多核苷酸可以是雙鏈或單鏈，包括在嚴(yán)格雜交條件下與此處命名的SEQIDNO和/或與該SEQIDNO的互補(bǔ)序列形成穩(wěn)定雜合體的多核苷酸，它們可能在此命名或者沒有命名。本領(lǐng)域技術(shù)人員公知推斷互補(bǔ)序列的方法。優(yōu)選的是一種EG307多核苷酸，其包含與編碼EG307多肽至少一部分的核酸序列的相應(yīng)區(qū)至少約65％、優(yōu)選地至少約70％、更優(yōu)選地至少約75％、更優(yōu)選地至少約80％、更優(yōu)選地至少約85％、更優(yōu)選地至少約90％、更優(yōu)選地至少約95％同源的核酸序列。特別優(yōu)選的是一種EG307多核苷酸，它能夠編碼植物中自然存在的一種EG307多肽的至少一部分。本發(fā)明特別優(yōu)選的EG307多核苷酸在嚴(yán)格條件下可與下列至少一種多核苷酸雜交SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQIDNO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，SEQIDNO18，SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO90，SEQIDNO31，SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，SEQIDNO64，SEQIDNO66，SEQIDNO67，SEQIDNO69，SEQIDNO70，SEQIDNO71，SEQIDNO73，SEQIDNO74，SEQIDNO75，SEQIDNO77，SEQIDNO59，SEQIDNO78，SEQIDNO80，SEQIDNO81，SEQIDNO82，SEQIDNO84，和/或SEQIDNO85，或這種多核苷酸的同源物或互補(bǔ)序列。本發(fā)明的一種優(yōu)選的多核苷酸包含下列核酸序列的至少一部分SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQIDNO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，SEQIDNO18，SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO30，SEQIDNO31，SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，SEQIDNO64，SEQIDNO66，SEQIDNO67，SEQIDNO69，SEQIDNO70，SEQIDNO71，SEQIDNO73，SEQIDNO74，SEQIDNO75，SEQIDNO77，SEQIDNO59，和/或SEQIDNO78，它能夠與下列基因雜交(即在嚴(yán)格雜交條件下雜交)本發(fā)明的稻EG307基因，O.rufipogonEG307基因，Z.maysmaysEG307基因，Z.maysparviglumisEG307基因，Z.diploperennisEG307基因和/或Z.luxuriansEG307基因，以及是這些多核苷酸中任一種的等位基因變體的多核苷酸。這些優(yōu)選的多核苷酸除了SEQIDNos中所包含的以外可能還包含核苷酸，例如但不限于全長(zhǎng)基因，全長(zhǎng)編碼區(qū)，編碼一種融合多肽的多核苷酸，和/或編碼一種多價(jià)保護(hù)性化合物的多核苷酸。本發(fā)明也包括編碼至少包含SEQIDNO3一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO6一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO9一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO13一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO16一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO19一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO22一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO26一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO30一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO36一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO39一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO43一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO48一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO52一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO56一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO61一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO65一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO68一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO72一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO76一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO79一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼至少包含SEQIDNO83一部分的一種多肽的多核苷酸，和/或編碼至少包含SEQIDNO86一部分的一種多肽的多核苷酸，包括已經(jīng)修飾從而適應(yīng)表達(dá)這些多核苷酸的細(xì)胞的密碼子使用特性的多核苷酸。了解本發(fā)明的某些植物EG307多核苷酸的核酸序列使得本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠，例如(a)制備這些多核苷酸的拷貝，(b)獲得包含這些多核苷酸的至少一部分的多核苷酸(例如包含全長(zhǎng)基因、全長(zhǎng)編碼區(qū)、調(diào)節(jié)控制序列、截短的編碼區(qū)的多核苷酸)，和(c)獲得其它植物的EG307多核苷酸，特別是如實(shí)施例部分詳述，了解本發(fā)明的稻EG307多核苷酸使得能夠分離本發(fā)明的O.rufipogon、Zeamaysmays、Zeamaysparviglumis、Z.diploperennis和Z.luxuriansEG307多核苷酸。這些多核苷酸能夠用多種方法獲得，包括用本發(fā)明的抗體篩查適當(dāng)?shù)谋磉_(dá)文庫；使用本發(fā)明的寡核苷酸探針篩查適當(dāng)文庫或DNA的傳統(tǒng)克隆技術(shù)；和使用本發(fā)明的寡核苷酸引物PCR擴(kuò)增適當(dāng)?shù)奈膸旎駾NA。將要篩查或擴(kuò)增多核苷酸的優(yōu)選文庫包括如下文庫由分離的植物組織制備的基因組DNA文庫、BAC文庫、YAC文庫、cDNA文庫，這些組織包括但不限于莖、繁殖結(jié)構(gòu)/組織、葉、根和分蘗；以及由來自上述任何或所有組織的合并cDNA構(gòu)建的文庫。對(duì)于水稻，可從Clemson大學(xué)獲得的BAC文庫是優(yōu)選的。類似地，將要篩查或擴(kuò)增多核苷酸的優(yōu)選DNA來源包括植物基因組DNA?？寺〖皵U(kuò)增基因的技術(shù)例如在Sambrook等人，同上，和Galun&Breiman，《轉(zhuǎn)基因植物)》，ImperialCollegePress，1997中公開。本發(fā)明也包括是如下寡核苷酸的多核苷酸，該寡核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下能夠與其它、優(yōu)選地較長(zhǎng)的本發(fā)明的多核苷酸的互補(bǔ)區(qū)雜交，如包含植物EG307基因的多核苷酸或其它植物EG307多核苷酸。本發(fā)明的寡核苷酸可以是RNA、DNA或其衍生物。這些寡核苷酸的最小大小是在指定寡核苷酸與本發(fā)明的另一種多核苷酸的互補(bǔ)序列之間形成穩(wěn)定雜合體所需的大小。最小大小的特征在此公開。寡核苷酸的大小也必須足以使用根據(jù)本發(fā)明的寡核苷酸。本發(fā)明的寡核苷酸能夠用于多種用途，包括但不限于用作探針鑒定其它多核苷酸，用作引物擴(kuò)增或延伸多核苷酸，用作靶標(biāo)進(jìn)行表達(dá)分析，用作候選物進(jìn)行定向誘變和/或回收，或者在農(nóng)業(yè)用途中用來改變EG307多肽的產(chǎn)量或活性。這些農(nóng)業(yè)用途包括在例如基于反義、三股螺旋形成、核酶和/或RNA藥物的技術(shù)中使用這些寡核苷酸。因此本發(fā)明包括這些寡核苷酸和方法，以利用一種或多種這樣的技術(shù)提高植物的經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力。D.EG1117多核苷酸本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是一種分離的植物多核苷酸，它在嚴(yán)格雜交條件下可與下列至少一種基因雜交稻EG1117基因，O.rufipogonEG1117基因，Z.maysmaysEG1117基因，和Z.maysparviglumisEG1117基因。這些基因的鑒定的特征在此前描述。本發(fā)明的一種多核苷酸可能包含一種分離的天然植物EG1117基因或其同源物。本發(fā)明的一種多核苷酸可能包含一個(gè)或多個(gè)調(diào)節(jié)區(qū)、全長(zhǎng)或部分編碼區(qū)或其組合。本發(fā)明的多核苷酸的最小大小是在嚴(yán)格雜交條件下能夠與上述基因之一形成穩(wěn)定雜合體的最小大小。合適的和優(yōu)選的植物在上文中公開。分離的EG1117基因及其同源物的特征在上文標(biāo)題為“EG307多核苷酸”的部分中描述。本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案是一種植物EG1117多核苷酸，它在嚴(yán)格雜交條件下可與本發(fā)明的EG1117多核苷酸雜交，或與這種EG1117多核苷酸的同源物雜交，或與這種多核苷酸的互補(bǔ)序列雜交。優(yōu)選的是一種EG1117多核苷酸，其包含的核酸序列與編碼一種EG1117多肽至少一部分的核酸序列的相應(yīng)區(qū)至少約65％、優(yōu)選地至少約70％、更優(yōu)選地至少約75％、更優(yōu)選地至少約80％、更優(yōu)選地至少約85％、更優(yōu)選地至少約90％、更優(yōu)選地至少約95％同源。特別優(yōu)選的是一種EG1117多核苷酸，它能夠編碼植物中天然存在的一種EG1117多肽的至少一部分。本發(fā)明特別優(yōu)選的EG1117多核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下可與下列至少一種多核苷酸雜交，或與這些多核苷酸的同源物或互補(bǔ)序列雜交。本發(fā)明的一種優(yōu)選的多核苷酸包含核酸序列SEQIDNO92的至少一部分，它能夠雜交(即在嚴(yán)格雜交條件下雜交)本發(fā)明的稻EG1117基因，O.rufipogonEG1117基因，Z.maysmaysEG1117基因，和/或Z.maysparviglumisEG1117基因，以及是這些多核苷酸的等位基因變體的多核苷酸。這些優(yōu)選的多核苷酸除了SEQIDNos中所包含的之外還可能包含如下核苷酸，例如但不限于全長(zhǎng)基因、全長(zhǎng)編碼區(qū)、編碼一種融合多肽的多核苷酸和/或編碼一種多價(jià)保護(hù)性化合物的多核苷酸。本發(fā)明優(yōu)選的多核苷酸包含下列核酸序列的至少一部分SEQIDNO92，SEQIDNO93，SEQIDNO94，SEQIDNO96，SEQIDNO97，SEQIDNO98，SEQIDNO100，SEQIDNO101，SEQIDNO102，SEQIDNO103，SEQIDNO104，SEQIDNO104，SEQIDNO106，SEQIDNO107，SEQIDNO109，SEQIDNO110，SEQIDNO112，SEQIDNO113，SEQIDNO114，SEQIDNO116，SEQIDNO117，SEQIDNO119，SEQIDNO120，SEQIDNO121，SEQIDNO122，SEQIDNO123，SEQIDNO124，SEQIDNO125，SEQIDNO127，SEQIDNO128，SEQIDNO129，SEQIDNO130，SEQIDNO131，SEQIDNO133，SEQIDNO135，SEQIDNO136，SEQIDNO137，SEQIDNO138，SEQIDNO140，SEQIDNO141，SEQIDNO142，SEQIDNO144，SEQIDNO145，SEQIDNO146，SEQIDNO147，SEQIDNO149，SEQIDNO150，SEQIDNO151，SEQIDNO152，SEQIDNO154，SEQIDNO155，SEQIDNO157，SEQIDNO158，SEQIDNO160，SEQIDNO161，SEQIDNO162，SEQIDNO163，SEQIDNO165，SEQIDNO166，SEQIDNO167，和/或SEQIDNO168，它們能夠雜交(即在嚴(yán)格雜交條件下雜交)本發(fā)明的稻EG1117基因、O.rufipogonEG1117基因、Z.maysmaysEG1117基因和/或Z.maysparviglumisEG1117基因，以及是任何一種這類多核苷酸的等位基因變體的多核苷酸。這些優(yōu)選的多核苷酸除了SEQIDNos中所包含的之外還可能包含如下核苷酸，例如但不限于全長(zhǎng)基因、全長(zhǎng)編碼區(qū)、編碼一種融合多肽的多核苷酸和/或編碼一種多價(jià)保護(hù)性化合物的多核苷酸。本發(fā)明也包括編碼包含SEQIDNO95至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO99至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO102至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO105至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO108至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO111至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO115至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO118至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO121至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO126至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO131至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO134至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO139至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO143至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO148至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO153至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO156至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO159至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO164至少一部分的一種多肽的多核苷酸，編碼包含SEQIDNO169至少一部分的一種多肽的多核苷酸，包括已經(jīng)修飾從而適應(yīng)表達(dá)這些多核苷酸的細(xì)胞的密碼子使用特性的多核苷酸。了解本發(fā)明的某些植物EG1117多核苷酸的核酸序列使得本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠，例如(a)制備這些多核苷酸的拷貝，(b)獲得包含這些多核苷酸的至少一部分的多核苷酸(例如包含全長(zhǎng)基因、全長(zhǎng)編碼區(qū)、調(diào)節(jié)控制序列、截短的編碼區(qū)的多核苷酸)，和(c)獲得其它植物的EG1117多核苷酸，特別是如實(shí)施例部分詳述，了解本發(fā)明的稻EG1117多核苷酸使得能夠分離本發(fā)明的稻、Zeamaysmays和ZeamaysparviglumisEG1117多核苷酸。這些多核苷酸能夠用多種方法獲得，包括用本發(fā)明的抗體篩查適當(dāng)?shù)谋磉_(dá)文庫；使用本發(fā)明的寡核苷酸探針篩查適當(dāng)文庫或DNA的傳統(tǒng)克隆技術(shù)；和使用本發(fā)明的寡核苷酸引物PCR擴(kuò)增適當(dāng)?shù)奈膸旎駾NA。優(yōu)選的文庫在上文標(biāo)題為“EG307多核苷酸”的部分中描述。本發(fā)明也包括是如下寡核苷酸的多核苷酸，該寡核苷酸在嚴(yán)格雜交條件下能夠與其它、優(yōu)選地較長(zhǎng)的本發(fā)明的多核苷酸的互補(bǔ)區(qū)雜交，如包含植物EG1117基因的多核苷酸或其它植物EG1117多核苷酸。本發(fā)明的寡核苷酸可以是RNA、DNA或其衍生物。這些寡核苷酸的最小大小是在指定寡核苷酸與本發(fā)明的另一種多核苷酸的互補(bǔ)序列之間形成穩(wěn)定雜合體所需的大小。最小大小的特征在此公開。寡核苷酸的大小也必須足以使用根據(jù)本發(fā)明的寡核苷酸。這些用途在上文標(biāo)題為“EG307多核苷酸”的部分中描述。E.重組分子本發(fā)明也包括一種重組載體，其包含至少一種本發(fā)明的植物EG307或EG1117多核苷酸，該多核苷酸插入能夠?qū)⒃摱嗪塑账彷斔偷剿拗骷?xì)胞的任何一種載體中。這種載體含有異源核酸序列，即不與本發(fā)明的多核苷酸自然相鄰、來源于產(chǎn)生該多核苷酸的種之外的其它種的核酸序列。如此處所用的，衍生的多核苷酸在序列上與多核苷酸或多核苷酸的部分相同或相似，但是可能含有修飾，如修飾的堿基、骨架修飾、核苷酸改變等。載體可以是RNA或DNA，是原核或真核的，一般是病毒或質(zhì)粒。重組載體能夠用于本發(fā)明的植物EG307或EG1117多核苷酸的克隆、測(cè)序和/或其它操作。一種類型的重組載體，在此被稱為重組分子，并在下文更詳細(xì)地描述，能夠在本發(fā)明的多核苷酸的表達(dá)中使用。優(yōu)選的重組載體能夠在轉(zhuǎn)化的細(xì)胞中復(fù)制。本發(fā)明的重組載體中包含的合適和優(yōu)選的多核苷酸如此處關(guān)于合適的和優(yōu)選的植物EG307或EG1117多核苷酸本身所公開的。在本發(fā)明的重組載體、特別是重組分子中包含的特別優(yōu)選的多核苷酸包括SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQIDNO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，SEQIDNO18，SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO30，SEQIDNO31，SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，SEQIDNO64，SEQIDNO66，SEQIDNO67，SEQIDNO69，SEQIDNO70，SEQIDNO71，SEQIDNO73，SEQIDNO74，SEQIDNO75，SEQIDNO77，SEQIDNO59，和/或SEQIDNO78。本發(fā)明的重組載體、特別是重組分子中包含的備選的優(yōu)選多核苷酸包括SEQIDNO92，SEQIDNO93，SEQIDNO94，SEQIDNO96，SEQIDNO97，SEQIDNO98，SEQIDNO100，SEQIDNO101，SEQIDNO102，SEQIDNO103，SEQIDNO104，SEQIDNO104，SEQIDNO106，SEQIDNO107，SEQIDNO109，SEQIDNO110，SEQIDNO112，SEQIDNO113，SEQIDNO114，SEQIDNO116，SEQIDNO117，SEQIDNO119，SEQIDNO120，SEQIDNO121，SEQIDNO122，SEQIDNO123，SEQIDNO124，SEQIDNO125，SEQIDNO127，SEQIDNO128，SEQIDNO129，SEQIDNO130，SEQIDNO131，SEQIDNO133，SEQIDNO135，SEQIDNO136，SEQIDNO137，SEQIDNO138，SEQIDNO140，SEQIDNO141，SEQIDNO142，SEQIDNO144，SEQIDNO145，SEQIDNO146，SEQIDNO147，SEQIDNO149，SEQIDNO150，SEQIDNO151，SEQIDNO152，SEQIDNO154，SEQIDNO155，SEQIDNO157，SEQIDNO158，SEQIDNO160，SEQIDNO161，SEQIDNO162，SEQIDNO163，SEQIDNO165，SEQIDNO166，SEQIDNO167，和/或SEQIDNO168。分離的本發(fā)明的植物EG307或EG1117多肽能夠用多種方法產(chǎn)生，包括天然多肽的生產(chǎn)和回收，重組多肽的生產(chǎn)和回收，多肽的化學(xué)合成。在一個(gè)實(shí)施方案中，分離的本發(fā)明的多肽如下產(chǎn)生在有效產(chǎn)生該多肽的條件下培養(yǎng)能夠表達(dá)該多肽的細(xì)胞，并回收該多肽。將要培養(yǎng)的一種優(yōu)選的細(xì)胞是能夠表達(dá)該多肽的重組細(xì)胞，用本發(fā)明的一種或多種多核苷酸轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞產(chǎn)生的重組細(xì)胞。用一種多核苷酸轉(zhuǎn)化細(xì)胞能夠通過將多核苷酸插入細(xì)胞內(nèi)的任何方法實(shí)現(xiàn)。轉(zhuǎn)化技術(shù)包括但不限于轉(zhuǎn)染、電穿孔、顯微注射、脂轉(zhuǎn)染、吸附和原生質(zhì)體融合。重組細(xì)胞可以是單細(xì)胞的，或者可以生長(zhǎng)為組織、器官或多細(xì)胞生物。轉(zhuǎn)化的本發(fā)明的多核苷酸可能保留在染色體外，或者可能整合到轉(zhuǎn)化(即重組)細(xì)胞染色體內(nèi)的一個(gè)或多個(gè)位點(diǎn)，這樣它們被表達(dá)的能力得以保留。用來轉(zhuǎn)化細(xì)胞的合適的和優(yōu)選的多核苷酸如此處關(guān)于合適的和優(yōu)選的植物EG307orEG1117多核苷酸本身所公開的。本發(fā)明的重組細(xì)胞中包含的特別優(yōu)選的多核苷酸包括SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQIDNO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，SEQIDNO18，SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，SEQIDNO30，SEQIDNO31，SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，SEQIDNO64，SEQIDNO66，SEQIDNO67，SEQIDNO69，SEQIDNO70，SEQIDNO71，SEQIDNO73，SEQIDNO74，SEQIDNO75，SEQIDNO77，SEQIDNO59，SEQIDNO78，SEQIDNO80，SEQIDNO81，SEQIDNO82，SEQIDNO84，和/或SEQIDNO85。本發(fā)明的重組細(xì)胞中包含的備選的優(yōu)選多核苷酸包括SEQIDNO92，SEQIDNO93，SEQIDNO94，SEQIDNO96，SEQIDNO97，SEQIDNO98，SEQIDNO100，SEQIDNO101，SEQIDNO102，SEQIDNO103，SEQIDNO104，SEQIDNO104，SEQIDNO106，SEQIDNO107，SEQIDNO109，SEQIDNO110，SEQIDNO112，SEQIDNO113，SEQIDNO114，SEQIDNO116，SEQIDNO117，SEQIDNO119，SEQIDNO120，SEQIDNO121，SEQIDNO122，SEQIDNO123，SEQIDNO124，SEQIDNO125，SEQIDNO127，SEQIDNO128，SEQIDNO129，SEQIDNO130，SEQIDNO131，SEQIDNO133，SEQIDNO135，SEQIDNO136，SEQIDNO137，SEQIDNO138，SEQIDNO140，SEQIDNO141，SEQIDNO142，SEQIDNO144，SEQIDNO145，SEQIDNO146，SEQIDNO147，SEQIDNO149，SEQIDNO150，SEQIDNO151，SEQIDNO152，SEQIDNO154，SEQIDNO155，SEQIDNO157，SEQIDNO158，SEQIDNO160，SEQIDNO161，SEQIDNO162，SEQIDNO163，SEQIDNO165，SEQIDNO166，SEQIDNO167，和/或SEQIDNO168。用于轉(zhuǎn)化的合適的宿主細(xì)胞包括能夠用本發(fā)明的多核苷酸轉(zhuǎn)化的任何細(xì)胞。宿主細(xì)胞可以是未轉(zhuǎn)化的細(xì)胞或者已經(jīng)用至少一種多核苷酸轉(zhuǎn)化的細(xì)胞。本發(fā)明的宿主細(xì)胞能夠內(nèi)源(即自然)地產(chǎn)生本發(fā)明的EG307或EG1117多肽，或者在用至少一種本發(fā)明的多核苷酸轉(zhuǎn)化后能夠產(chǎn)生這種多肽。本發(fā)明的宿主細(xì)胞可以是能夠產(chǎn)生至少一種本發(fā)明的多肽的任何細(xì)胞，包括細(xì)菌、真菌(包括酵母和稻瘟病，Magnaporthegrisea)、寄生蟲(包括線蟲，特別是劍線蟲屬(Xiphinema)、螺旋線蟲屬(Helicotylenchus)和矮化線蟲屬(Tylenchlohynchus))、昆蟲、其它動(dòng)物和植物細(xì)胞。用于轉(zhuǎn)化的合適的宿主病毒包括能夠用本發(fā)明的多核苷酸轉(zhuǎn)化的任何病毒，包括但不限于水稻條紋枯葉病毒和echinochloahojablanca病毒。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中使用在植物組織內(nèi)能夠存活并復(fù)制的非致病共生細(xì)菌，即所謂的內(nèi)生植物，或能夠在根際葉隙定居的非致病共生細(xì)菌，即所謂的附生植物。這些細(xì)菌包括農(nóng)桿菌屬(Agrobacterium)、產(chǎn)堿菌屬(Alcaligenes)、固氮螺菌屬(Azospirillum)、固氮菌屬(Azotobacter)、芽孢桿菌屬(Bacillus)、棍狀桿菌屬(Clavibacter)、腸桿菌屬(Enterobacter)、歐文氏菌屬(Erwinia)、黃桿菌屬(Flavobacter)、克雷伯氏菌屬(Klebsiella)、假單胞菌屬(Pseudomonas)、根瘤菌屬(Rhizobium)、沙雷氏菌屬(Serratia)、鏈霉菌屬(Streptomyces)和黃單胞菌屬(Xanthomonas)的細(xì)菌。共生真菌，如木霉屬(Trichoderma)和粘帚霉屬(Gliocladium)也可能是為了同一目的表達(dá)本發(fā)明的核苷酸序列的宿主。重組細(xì)胞優(yōu)選地通過用一種或多種重組分子轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞產(chǎn)生，每一種分子均包含本發(fā)明的一種或多種多核苷酸，這些多核苷酸與含有一個(gè)或多個(gè)轉(zhuǎn)錄控制序列的表達(dá)載體有效連接。短語“有效連接”是指一種多核苷酸插入一種表達(dá)載體中，使得該分子在轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞時(shí)能夠在正確的閱讀框內(nèi)表達(dá)。如此處所用的，表達(dá)載體是能夠轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞和實(shí)現(xiàn)指定多核苷酸表達(dá)的DNA或RNA載體。優(yōu)選地，表達(dá)載體也能夠在宿主細(xì)胞內(nèi)復(fù)制。表達(dá)載體可以是原核或真核的，一般是病毒或質(zhì)粒。本發(fā)明的表達(dá)載體包括在本發(fā)明的重組細(xì)胞(包括細(xì)菌、真菌、寄生蟲、昆蟲、其它動(dòng)物和植物細(xì)胞)中起作用(即直接基因表達(dá))的任何載體。本發(fā)明優(yōu)選的表達(dá)載體可以在細(xì)菌、酵母、真菌、昆蟲和哺乳動(dòng)物細(xì)胞中、優(yōu)選地在以上公開的細(xì)胞型中直接基因表達(dá)。本發(fā)明的重組分子也可以(a)含有分泌信號(hào)(即信號(hào)片段核酸序列)，使得表達(dá)的本發(fā)明的EG307或EG1117多肽能夠從產(chǎn)生該多肽的細(xì)胞中分泌，和/或(b)含有融合序列，使本發(fā)明的多核苷酸表達(dá)為融合多肽。適當(dāng)?shù)男盘?hào)片段和融合片段核酸編碼的融合片段的例子在此公開。真核重組分子可包含在本發(fā)明的多核苷酸的核酸序列周圍和/或之內(nèi)的間插和/或非翻譯序列。適當(dāng)?shù)男盘?hào)片段包括能夠指導(dǎo)本發(fā)明的多肽分泌的天然信號(hào)片段或任何異源信號(hào)片段。用來增強(qiáng)器官和細(xì)胞器特異性表達(dá)的優(yōu)選的信號(hào)和融合序列包括但不限于arcelin-5，參見Goossens，A.等人。菜豆(Phaseolusvulgaris)的arcelin-5基因指導(dǎo)在轉(zhuǎn)基因Phaseolusacutifolius和擬南芥植物中高種子特異性的表達(dá).PlantPhysiology(1999)1201095-1104，菜豆蛋白，參見Sengupta-Gopalan，C.等人，菜豆β-菜豆蛋白基因在煙草種子中發(fā)育調(diào)節(jié)的表達(dá).PNAS(1985)823320-3324，富含羥脯氨酸的糖蛋白，絲氨酸蛋白酶抑制劑(serpin)，參見Yan，X.等人，信號(hào)序列與修飾的β-葡糖醛酸糖苷酶基因的基因融合導(dǎo)致β-葡糖醛酸糖苷酶蛋白在分泌途徑/質(zhì)膜中的保留.PlantPhysiology(1997)115915-924，N-乙酰氨基葡糖轉(zhuǎn)移酶1，參見Essl，D.等人，來自煙草N-乙酰葡糖胺基轉(zhuǎn)移酶I的N端77個(gè)氨基酸足以在Nicotianabenthamiana細(xì)胞的高爾基體中保留報(bào)道蛋白質(zhì).FebsLetters(1999)453(1-2)169-73，白蛋白，參見Vandekerckhove，J.等人，利用修飾的2S種子貯存蛋白質(zhì)在轉(zhuǎn)基因植物中產(chǎn)生內(nèi)啡肽.BioTechnology7929-932(1989)和PR1，參見Pen，J.等人，活性工業(yè)酶在植物中的高效生產(chǎn).IndustrialCropsandProd.(1993)1241-250。本發(fā)明的多核苷酸能夠與含有調(diào)節(jié)序列的表達(dá)載體有效連接，這些調(diào)節(jié)序列如轉(zhuǎn)錄控制序列、翻譯控制序列、復(fù)制起點(diǎn)和與重組細(xì)胞相容并且控制本發(fā)明的多核苷酸表達(dá)的其它調(diào)節(jié)序列。具體而言，本發(fā)明的重組分子包含轉(zhuǎn)錄控制序列。轉(zhuǎn)錄控制序列是控制轉(zhuǎn)錄起始、延伸和終止的序列。包括那些轉(zhuǎn)錄控制序列，它們足以使啟動(dòng)子依賴的基因表達(dá)可以細(xì)胞型特異的、組織特異的控制，或者可以被外部信號(hào)或試劑誘導(dǎo)；這些元件可位于天然基因的5′或3′區(qū)。特別重要的轉(zhuǎn)錄控制序列是控制轉(zhuǎn)錄起始的序列，如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、操縱基因和抑制序列。合適的轉(zhuǎn)錄控制序列包括能夠在至少一種本發(fā)明的重組細(xì)胞中起作用的任何轉(zhuǎn)錄控制序列。本領(lǐng)域技術(shù)人員公知多種這樣的轉(zhuǎn)錄控制序列。優(yōu)選的轉(zhuǎn)錄控制序列包括在細(xì)菌、酵母、真菌、昆蟲和哺乳動(dòng)物細(xì)胞中起作用的序列，例如但不限于tac、lac、trp、trc、oxy-pro、omp/lpp、rrnB、噬菌體lambda(λ)(如λpL和λpR和包含這些啟動(dòng)子的融合體)、噬菌體T7、T71ac、噬菌體T3、噬菌體SP6、噬菌體SP01、金屬硫蛋白、α-交配因子、畢赤酵母乙醇氧化酶、甲病毒亞基因組啟動(dòng)子(如辛德畢斯病毒亞基因組啟動(dòng)子)、抗生素抗性基因、桿狀病毒、美洲棉鈴蟲昆蟲病毒、痘苗病毒、皰疹病毒、痘病毒、腺病毒、巨細(xì)胞病毒(如直接早期啟動(dòng)子、猿猴病毒40、逆轉(zhuǎn)錄病毒、肌動(dòng)蛋白、逆轉(zhuǎn)錄病毒長(zhǎng)末端重復(fù)片段、勞斯肉瘤病毒、熱休克、磷酸鹽和硝酸鹽轉(zhuǎn)錄控制序列，以及能夠控制原核或真核細(xì)胞中的基因表達(dá)的其它序列。特別優(yōu)選的轉(zhuǎn)錄控制序列是植物轉(zhuǎn)錄控制序列。轉(zhuǎn)錄控制序列的選擇根據(jù)表達(dá)的時(shí)間和空間需要而不同，也取決于靶種。因此，本發(fā)明的核苷酸序列在任何植物器官(葉、根、幼苗、未成熟的或成熟的繁殖結(jié)構(gòu)等)中或在任何植物發(fā)育階段的表達(dá)是優(yōu)選的。盡管來自雙子葉植物的多種轉(zhuǎn)錄控制序列在單子葉植物中顯示有效，反之亦然，但是理想的是在雙子葉植物中表達(dá)選擇雙子葉植物轉(zhuǎn)錄控制序列，在單子葉植物中表達(dá)選擇單子葉植物啟動(dòng)子。然而，選擇的轉(zhuǎn)錄控制序列的來源沒有限制；只要它們能夠引導(dǎo)核苷酸序列在希望的細(xì)胞中表達(dá)就足夠了。組成型表達(dá)的優(yōu)選轉(zhuǎn)錄控制序列包括但不限于來自編碼肌動(dòng)蛋白或遍在蛋白的基因的啟動(dòng)子和CaMV35S和19S啟動(dòng)子。本發(fā)明的核苷酸序列也能夠在化學(xué)調(diào)節(jié)啟動(dòng)子的調(diào)節(jié)下表達(dá)。這使得當(dāng)用誘導(dǎo)化學(xué)試劑處理作物時(shí)，只有EG307或EG1117多肽能夠合成?；瘜W(xué)誘導(dǎo)基因表達(dá)的優(yōu)選技術(shù)在公開的申請(qǐng)EP0332104(授予Ciba-Geigy)和美國(guó)專利號(hào)5,614,395中詳細(xì)描述。一種優(yōu)選的化學(xué)誘導(dǎo)啟動(dòng)子是煙草PR-1a啟動(dòng)子。優(yōu)選的一類啟動(dòng)子是被植物的生理狀態(tài)(即創(chuàng)傷誘導(dǎo)、水應(yīng)激誘導(dǎo)、鹽應(yīng)激誘導(dǎo)、疾病誘導(dǎo)等)誘導(dǎo)的啟動(dòng)子。已經(jīng)描述了在創(chuàng)傷部位以及植物病原體感染部位表達(dá)的大量啟動(dòng)子。理想地，這種啟動(dòng)子應(yīng)當(dāng)只在感染部位局部有活性，這樣，EG307或EG1117多肽只在希望積累的細(xì)胞中積累。優(yōu)選的這類啟動(dòng)子包括以下所述Stanford等人Mol.Gen.Genet.215200-208(1989)，Xu等人PlantMolec.Biol.22573-588(1993)，Logemann等人PlantCell1151-158(1989)，Rohrmeier和Lehle，PlantMolec.Biol.22783-792(1993)，F(xiàn)irek等人PlantMolec.Biol.22129-142(1993)，和Warner等人PlantJ.3191-201(1993)。優(yōu)選的組織特異性表達(dá)模式包括但不限于綠色組織特異的、根特異的、莖特異的和花特異的。適于在綠色組織中表達(dá)的啟動(dòng)子包括調(diào)節(jié)參與光合作用的基因的多種啟動(dòng)子和從單子葉植物和雙子葉植物中克隆的多種啟動(dòng)子。一種優(yōu)選的啟動(dòng)子是來自磷酸烯醇羧化酶基因的玉米PEPC啟動(dòng)子(Hudspeth和Grula，PlantMolec.Biol.12579-589(1989))。根特異性表達(dá)的一種優(yōu)選啟動(dòng)子是deFramond(FEBS290103-106(1991)；授予Ciba-Geigy的EP0452269)所述的。一種優(yōu)選的莖特異性啟動(dòng)子是美國(guó)專利號(hào)5,625,136(授予Ciba-Geigy)所述，它引導(dǎo)玉米trpA基因的表達(dá)。本發(fā)明的一種重組分子是可能包含上述任何多核苷酸至少之一的分子，該多核苷酸至少與能夠有效調(diào)節(jié)該多核苷酸在轉(zhuǎn)化細(xì)胞中表達(dá)的任何轉(zhuǎn)錄控制序列之一有效連接，它們的例子在此公開。本發(fā)明的重組細(xì)胞包括至少用本發(fā)明的任何多核苷酸之一轉(zhuǎn)化的任何細(xì)胞。合適的和優(yōu)選的多核苷酸以及轉(zhuǎn)移到細(xì)胞中的合適的和優(yōu)選的重組分子在此公開。本發(fā)明的重組細(xì)胞也能夠用包含植物EG307或EG1117多核苷酸的一種或多種重組分子共轉(zhuǎn)化，這些多核苷酸編碼一種或多種本發(fā)明的多肽和一種或多種在植物中表達(dá)時(shí)有用的其它多肽。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，使用重組DNA技術(shù)能夠提高轉(zhuǎn)化的多核苷酸的表達(dá)，方法是例如操作該多核苷酸在宿主細(xì)胞內(nèi)的拷貝數(shù)，該多核苷酸的轉(zhuǎn)錄效率，獲得的轉(zhuǎn)錄物的翻譯效率，以及翻譯后修飾的效率。可用于提高本發(fā)明的多核苷酸表達(dá)的重組技術(shù)包括但不限于有效連接多核苷酸與高拷貝數(shù)質(zhì)粒，向一種或多種宿主細(xì)胞染色體內(nèi)整合多核苷酸，向質(zhì)粒內(nèi)添加載體穩(wěn)定序列，轉(zhuǎn)錄控制信號(hào)(例如啟動(dòng)子、操縱基因、增強(qiáng)子)的置換或修飾，翻譯控制信號(hào)(例如核糖體結(jié)合位點(diǎn)、Shine-Dalgarno序列)的置換或修飾，為了符合宿主細(xì)胞的密碼子使用，修飾本發(fā)明的多核苷酸，刪除去穩(wěn)定轉(zhuǎn)錄物的序列，以及在發(fā)酵過程中使用在時(shí)間上分開重組細(xì)胞生長(zhǎng)與重組酶產(chǎn)生的控制信號(hào)。破碎、修飾或衍生編碼這種多肽的多核苷酸可以提高表達(dá)的本發(fā)明的重組多肽的活性。本發(fā)明的重組細(xì)胞能夠用來生產(chǎn)一種或多種本發(fā)明的多肽，方法是在有效產(chǎn)生這種多肽的條件下培養(yǎng)這些細(xì)胞，并回收該多肽。生產(chǎn)多肽的有效條件包括但不限于允許多肽產(chǎn)生的合適的培養(yǎng)基、生物反應(yīng)器，溫度、pH和氧氣條件。合適的或有效的培養(yǎng)基是指本發(fā)明的細(xì)胞在其中培養(yǎng)時(shí)能夠產(chǎn)生本發(fā)明的EG307或EG1117多肽的任何培養(yǎng)基。這種培養(yǎng)基一般是含有可同化的碳、氮和磷酸源以及合適的鹽、礦物質(zhì)、金屬和其它養(yǎng)分(如維生素)的水培養(yǎng)基。該培養(yǎng)基可含有復(fù)合養(yǎng)分，或者可以是已知成分的基本培養(yǎng)基。本發(fā)明的細(xì)胞能夠在常規(guī)發(fā)酵生物反應(yīng)器中培養(yǎng)，包括但不限于分批、補(bǔ)料分批、細(xì)胞再循環(huán)和連續(xù)發(fā)酵罐。培養(yǎng)也能夠在搖瓶、試管、微量滴定皿和培養(yǎng)皿中進(jìn)行。以適于重組細(xì)胞的溫度、pH和氧含量進(jìn)行培養(yǎng)。本領(lǐng)域技術(shù)人員了解這些培養(yǎng)條件。根據(jù)用于生產(chǎn)的載體和宿主系統(tǒng)，產(chǎn)生的本發(fā)明的多肽可以保留在重組細(xì)胞內(nèi)；分泌到發(fā)酵培養(yǎng)基內(nèi)；分泌到兩層細(xì)胞膜之間的間隙內(nèi)，如大腸桿菌的周質(zhì)間隙；或者保留在細(xì)胞或病毒膜的外表面上。短語“回收多肽”僅僅是指收集含有該多肽的全部發(fā)酵培養(yǎng)基，不需要其它分離或純化步驟。本發(fā)明的多肽能夠用多種標(biāo)準(zhǔn)多肽純化技術(shù)純化，例如但不限于親和層析、離子交換層析、過濾、電泳、疏水相互作用層析、凝膠過濾層析、反相層析、伴刀豆球蛋白A層析、色譜焦聚和差示溶解(differentialsolubilization)。本發(fā)明的多肽優(yōu)選地以“基本純”的形式獲取。如此處所用的“基本純”是指允許有效使用該多肽作為診斷或檢測(cè)化合物的純度，是指隨著偏性增加，至少50％、60％、70％、80％、90％、95％或98％同源。F.轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞和轉(zhuǎn)基因植物對(duì)于EG307和EG1117，特別優(yōu)選的重組細(xì)胞是植物細(xì)胞。“植物細(xì)胞”是指用半透膜限制并且含有質(zhì)體的任何自體繁殖細(xì)胞。如果希望進(jìn)一步繁殖，這種細(xì)胞也需要細(xì)胞壁。如此處所用的植物細(xì)胞包括但不限于藻類、藍(lán)細(xì)菌、種子、懸浮培養(yǎng)物、胚、分生組織區(qū)、愈傷組織、葉、根、芽、配子體、孢子體、花粉和小孢子。在一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，至少一種(或兩種)本發(fā)明的EG307或EG1117多肽或其等位基因或突變形式在高等生物(如植物)中表達(dá)。在這種情況下，表達(dá)有效量的多肽的轉(zhuǎn)基因植物顯示經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力提高。本發(fā)明的一種核苷酸序列插入一種表達(dá)盒內(nèi)，然后優(yōu)選地穩(wěn)定整合到該植物的基因組中。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，核苷酸序列包含于一種非致病性自復(fù)制病毒中。根據(jù)本發(fā)明轉(zhuǎn)化的植物可以是單子葉植物或雙子葉植物，包括但不限于玉米、小麥、大麥、黑麥、粟、鷹嘴豆、小扁豆、亞麻、橄欖、無花果、杏、開心果、胡桃、甜菜、防風(fēng)草、柑桔類水果，包括但不限于桔子、檸檬、酸橙、葡萄柚、紅桔、minneola和桔柚、紅薯、菜豆、豌豆、菊苣、萵苣、卷心菜、花椰菜、花莖甘藍(lán)、蕪菁、小蘿卜、菠菜、蘆筍、洋蔥、蒜、胡椒、芹菜、倭瓜、南瓜、大麻、夏南瓜、蘋果、梨、榅桲、甜瓜、李子、櫻桃、桃、蜜桃、杏、草莓、葡萄、覆盆子、黑莓、菠蘿、鱷梨、番木瓜、芒果、香蕉、大豆、西紅柿、高粱、甘蔗、甜菜、向日葵、油菜籽、三葉草、煙草、胡蘿卜、棉花、紫花苜蓿、水稻、馬鈴薯、茄子、黃瓜、擬南芥，和木本植物，如針葉樹和落葉樹。一旦希望的核苷酸序列轉(zhuǎn)化一個(gè)具體植物種，即可以使用傳統(tǒng)繁育技術(shù)在該種中繁殖，或者轉(zhuǎn)移到同一種的其它品種中，尤其包括商業(yè)品種。因此，本發(fā)明提供一種生產(chǎn)轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞或轉(zhuǎn)基因植物的方法，包括下列步驟a)轉(zhuǎn)染一種植物細(xì)胞，使之含有一種異源DNA片段，該片段編碼一種蛋白質(zhì)且來源于不是該細(xì)胞天然的EG307和/或EG1117多核苷酸(該多核苷酸實(shí)際上是天然的，但是表達(dá)模式可能在發(fā)育上改變，仍然導(dǎo)致優(yōu)選的效果)；其中該多核苷酸與能夠有效用于轉(zhuǎn)基因蛋白質(zhì)表達(dá)的一個(gè)啟動(dòng)子有效連接；b)任選地在由其再生為轉(zhuǎn)基因植物的條件下培養(yǎng)并保持該細(xì)胞；c)任選地在該DNA表達(dá)的條件下生長(zhǎng)該轉(zhuǎn)基因植物，因此該植物中EG307和/或EG1117多肽的總量改變。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，該方法還包括獲得及生長(zhǎng)該轉(zhuǎn)基因植物的其它幾代后代的步驟，它們含有所述異源DNA片段，其中該異源DNA片段表達(dá)。如此處所用的“異源DNA”，或者在有些情況下的“轉(zhuǎn)基因”，是指外源基因或多核苷酸，或天然或內(nèi)源基因或多核苷酸的其它或修飾形式(也許由不同啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng))，以用特異性的方式改變植物的性狀。本發(fā)明也提供含有編碼EG307和/或EG1117多肽的異源DNA的植物細(xì)胞。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞是轉(zhuǎn)基因植物的繁殖材料。本發(fā)明也提供轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，包括用一種構(gòu)建體轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，該構(gòu)建體含有啟動(dòng)子、增強(qiáng)子或來自進(jìn)化上顯著的EG307和/或EG1117多核苷酸的內(nèi)含子多核苷酸，和編碼一種報(bào)道蛋白的多核苷酸。本發(fā)明也提供一種提高植物的經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力的方法，包括a)產(chǎn)生一種轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞，其含有編碼EG307和/或EG1117多肽的轉(zhuǎn)基因，因此EG307和/或EG1117在該植物中的表達(dá)改變；和b)由轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞生長(zhǎng)為轉(zhuǎn)基因植物，其中EG307和/或EG1117轉(zhuǎn)基因在該轉(zhuǎn)基因植物中表達(dá)。轉(zhuǎn)基因的表達(dá)包括EG307和/或EG1117表達(dá)的增加。在有些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)基因的表達(dá)產(chǎn)生一種RNA，該RNA可干擾天然EG307和/或EG1117基因，使得天然基因的表達(dá)消除或減少，導(dǎo)致有用的結(jié)果。本發(fā)明也提供一種轉(zhuǎn)基因植物，其含有編碼EG307和/或EG1117多肽的異源DNA，它在植物組織中表達(dá)，包括在導(dǎo)入植物內(nèi)的載體中表達(dá)。本發(fā)明也提供一種分離的多核苷酸，其包含與植物組織中編碼EG307和/或EG1117基因的多核苷酸有效連接的轉(zhuǎn)錄控制元件。在優(yōu)選實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)錄控制元件是對(duì)于EG307和/或EG1117基因天然的啟動(dòng)子。本發(fā)明也提供一種制備轉(zhuǎn)染的細(xì)胞的方法，包括a)鑒定馴化植物中一種進(jìn)化上顯著的EG307和/或EG1117多核苷酸；b)利用該EG307和/或EG1117多核苷酸鑒定一種非多肽編碼序列，可以是轉(zhuǎn)錄或翻譯調(diào)節(jié)元件、增強(qiáng)子、內(nèi)含子或其它5′或3′側(cè)翼序列；c)裝配一種構(gòu)建體，其含有非多肽編碼序列和編碼一種報(bào)道蛋白的多核苷酸；和d)用該構(gòu)建體轉(zhuǎn)染一種宿主細(xì)胞。本發(fā)明也提供根據(jù)該方法產(chǎn)生的轉(zhuǎn)染的細(xì)胞。在一個(gè)實(shí)施方案中，宿主細(xì)胞是一種植物細(xì)胞，該方法還包括在適于再生轉(zhuǎn)基因植物的條件下培養(yǎng)及保持細(xì)胞的步驟。也提供利用該方法產(chǎn)生的轉(zhuǎn)基因植物。本發(fā)明的一種核苷酸序列優(yōu)選地在轉(zhuǎn)基因植物中表達(dá)，從而導(dǎo)致相應(yīng)的EG307和/或EG1117多肽在轉(zhuǎn)基因植物中生物合成。這樣，產(chǎn)生具有與經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力提高有關(guān)的特征的轉(zhuǎn)基因植物。為了在轉(zhuǎn)基因植物中表達(dá)，本發(fā)明的核苷酸序列可能需要修飾和優(yōu)化。盡管優(yōu)選的基因序列可以在單子葉植物和雙子葉植物種中充分表達(dá)，但是能夠修飾這些序列來解決單子葉植物或雙子葉植物的特定密碼子偏性和GC含量偏性，因?yàn)橐呀?jīng)顯示這些偏性不同(Murray等人Nucl.AcidsRes.17.477-498(1989))。需要在核苷酸序列內(nèi)進(jìn)行的所有改變，如上所述，均使用公開的專利申請(qǐng)EP0385962(Monsanto)、EP0359472(Lubrizol)和WO93/07278(Ciba-Geigy)所述的方法，利用眾所周知的定點(diǎn)誘變、PCR和合成基因構(gòu)建技術(shù)進(jìn)行。為使翻譯有效起始，與起始甲硫氨酸相鄰的序列可能需要修飾。例如，它們能夠通過包含已知在植物中有效的序列加以修飾。Joshi建議了用于植物的一種合適的共有序列(NAR156643-6653(1987))，Clontech建議了另外一種共有翻譯起始子(1993/1994目錄，210頁)。這些共有序列適于本發(fā)明的核苷酸序列使用。這些序列摻入含有該核苷酸序列的構(gòu)建體內(nèi)，可達(dá)及包含ATG(而使第二個(gè)氨基酸不修飾)，或者另外可達(dá)及包含ATG之后的GTC(具有修飾轉(zhuǎn)基因的第二個(gè)氨基酸的可能性)。核苷酸序列在轉(zhuǎn)基因植物中的表達(dá)由顯示在植物中起作用的轉(zhuǎn)錄控制元件驅(qū)動(dòng)。用一種在這些調(diào)節(jié)元件控制下的多核苷酸轉(zhuǎn)化植物導(dǎo)致轉(zhuǎn)化植物中受控制的表達(dá)。這些轉(zhuǎn)錄控制元件如上所述。除了選擇合適的轉(zhuǎn)錄起始子之外，為了在植物中表達(dá)EG307和/或EG1117多肽，構(gòu)建需要一個(gè)合適的轉(zhuǎn)錄終止子與異源核苷酸序列的下游連接。本領(lǐng)域可以獲得并公知幾種這樣的終止子(例如來自CaMV的tm1，來自rbcS的E9)。在本發(fā)明上下文中能夠使用已知在植物中起作用的任何合適的終止子。多種其它序列能夠摻入本發(fā)明所述的表達(dá)盒中。包括顯示可增強(qiáng)表達(dá)的序列，如內(nèi)含子序列(例如來自Adhl和bronzel)和病毒前導(dǎo)序列(例如來自TMV、MCMV和AMV)。本發(fā)明也提供一種提高植物產(chǎn)量的方法，包括a)產(chǎn)生一種轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞，其含有編碼EG307和/或EG1117多肽的一種轉(zhuǎn)基因，該轉(zhuǎn)基因在適于控制表達(dá)基因的調(diào)節(jié)序列的控制下；和b)由轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞生長(zhǎng)為轉(zhuǎn)基因植物，其中EG307和/或EG1117轉(zhuǎn)基因在該轉(zhuǎn)基因植物中表達(dá)。本發(fā)明也提供一種提高植物產(chǎn)量的方法，包括a)產(chǎn)生含有一種轉(zhuǎn)基因的一種轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞，該轉(zhuǎn)基因含有EG307和/或EG1117基因，處于導(dǎo)致EG307和/或EG1117基因組成型表達(dá)的啟動(dòng)子控制下；和b)由轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞生長(zhǎng)為轉(zhuǎn)基因植物，其中EG307和/或EG1117轉(zhuǎn)基因在該轉(zhuǎn)基因植物中組成型表達(dá)。本發(fā)明也提供在轉(zhuǎn)基因植物中導(dǎo)致可控產(chǎn)量的一種方法，包括a)產(chǎn)生含有一種轉(zhuǎn)基因的一種轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞，該轉(zhuǎn)基因含有EG307和/或EG1117基因，處于導(dǎo)致EG307和/或EG1117基因可控表達(dá)的啟動(dòng)子控制下；和b)由轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞生長(zhǎng)為轉(zhuǎn)基因植物，其中EG307和/或EG1117轉(zhuǎn)基因在該轉(zhuǎn)基因植物中可控表達(dá)。在一個(gè)實(shí)施方案中，使用組織特異性、細(xì)胞型特異性啟動(dòng)子，或者通過引入外部信號(hào)或試劑(如化學(xué)信號(hào)或試劑)激活的啟動(dòng)子，表達(dá)EG307和/或EG1117基因。優(yōu)選地將本發(fā)明的核苷酸序列的表達(dá)靶向植物中不同的細(xì)胞位置。在有些情況下，定位于細(xì)胞溶質(zhì)中可能是希望的，而在其它情況下，定位于一些亞細(xì)胞器中可能是優(yōu)選的。異源DNA編碼的多肽的亞細(xì)胞定位利用本領(lǐng)域公知的技術(shù)進(jìn)行。一般而言，操作編碼來自已知細(xì)胞器靶向的基因產(chǎn)物的靶肽的DNA，并與核苷酸序列的下游融合。對(duì)于葉綠體，已知許多這樣的靶序列，它們?cè)诋愒礃?gòu)建中的作用已經(jīng)顯示。本發(fā)明的核苷酸序列的表達(dá)也靶向宿主細(xì)胞的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)或液泡。其實(shí)現(xiàn)方法在本領(lǐng)域公知。適于植物轉(zhuǎn)化的載體在本申請(qǐng)書其它部分描述。對(duì)于農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化，二元載體或攜帶至少一種T-DNA邊界序列的載體是合適的，而對(duì)于直接基因轉(zhuǎn)移，任何載體都是合適的，僅含目的構(gòu)建的線性DNA可能是優(yōu)選的。在直接基因轉(zhuǎn)移的情況下，能夠采取用一種DNA種轉(zhuǎn)化或共轉(zhuǎn)化(Schocher等人Biotechnology41093-1096(1986))。對(duì)于直接基因轉(zhuǎn)移和農(nóng)桿菌介導(dǎo)的轉(zhuǎn)移，通常(但不是必須)用可提供抗生素(卡那霉素、潮霉素或氨甲喋呤)或除草劑(basta)抗性的選擇性標(biāo)記物進(jìn)行轉(zhuǎn)化。然而，選擇性標(biāo)記物的選擇不是本發(fā)明的關(guān)鍵。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的核苷酸序列直接轉(zhuǎn)化質(zhì)體基因組。質(zhì)體轉(zhuǎn)化的一個(gè)主要優(yōu)點(diǎn)是質(zhì)體能夠在一個(gè)啟動(dòng)子控制下表達(dá)多個(gè)開放閱讀框。質(zhì)體轉(zhuǎn)化技術(shù)在美國(guó)專利號(hào)5,451,513、5,545,817和5,545,818、PCT申請(qǐng)?zhí)朩O95/16783和McBride等人(1994)Proc.Natl.Acad.Sci.USA91，7301-7305中廣泛描述。葉綠體轉(zhuǎn)化的基本技術(shù)包括向合適的靶組織中導(dǎo)入克隆的質(zhì)體DNA位于選擇性標(biāo)記側(cè)翼的區(qū)域，以及目的基因，例如使用biolistics或原生質(zhì)體轉(zhuǎn)化(例如氯化鈣或PEG介導(dǎo)的轉(zhuǎn)化)。1-1.5kb側(cè)翼區(qū)，被稱為靶向序列，有利于與質(zhì)體基因組的同源重組，因此允許質(zhì)體基因組(plastome)的特定區(qū)域的置換或修飾。最初，利用提供大觀霉素和/或鏈霉素抗性的葉綠體16SrRNA和rps12基因中的點(diǎn)突變作為轉(zhuǎn)化的選擇性標(biāo)記(Svab，Z.，Hajdukiewicz，P.和Maliga，P.(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87，8526-8530；Staub，J.M.和Maliga，P.(1992)PlantCell4，39-45)。這產(chǎn)生穩(wěn)定的同質(zhì)轉(zhuǎn)化子，頻率約為每100次靶葉轟擊一個(gè)轉(zhuǎn)化子。這些標(biāo)記之間存在克隆位點(diǎn)允許產(chǎn)生質(zhì)體靶向載體，用于導(dǎo)入外源基因(Staub，J.M.和Maliga，P.(1993)EMBOJ.12，601-606)。將隱性rRNA或r-多肽抗生素抗性基因替換為一種顯性選擇性標(biāo)記，編碼大觀霉素解毒酶氨基葡糖苷-3’-乙酰轉(zhuǎn)移酶的細(xì)菌aadA基因，可使轉(zhuǎn)化頻率大大提高(Svab，Z.和Maliga，P.(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA90，913-917)。以前，這種標(biāo)記已經(jīng)成功用于綠藻萊因哈德衣藻(Chlamydomonasreinhardtii)的質(zhì)體基因組的高頻率轉(zhuǎn)化(Goldschmidt-Clermont，M.(1991)Nucl.AcidsRes.194083-4089)。本領(lǐng)域公知可用于質(zhì)體轉(zhuǎn)化的其它選擇性標(biāo)記，包括在本發(fā)明的范圍內(nèi)。一般而言，轉(zhuǎn)化后大約需要15-20次細(xì)胞分裂循環(huán)才能達(dá)到同質(zhì)體(homoplastidic)狀態(tài)。質(zhì)體表達(dá)，其中通過同源重組將基因插入每個(gè)植物細(xì)胞中存在的所有幾千個(gè)拷貝的環(huán)狀質(zhì)體基因組中，利用優(yōu)于核表達(dá)基因的大量拷貝數(shù)的優(yōu)點(diǎn)，使得表達(dá)水平能夠輕易地超過可溶性總植物多肽的10％。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，本發(fā)明的核苷酸序列插入質(zhì)體靶向載體中，轉(zhuǎn)化希望的植物宿主的質(zhì)體基因組。獲得對(duì)于含有本發(fā)明的核苷酸序列的質(zhì)體基因組而言同質(zhì)的植物，優(yōu)先能夠高表達(dá)該核苷酸序列。本發(fā)明也提供一種鑒定與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因的方法，包括a)提供一種植物組織樣品；b)向植物組織樣品內(nèi)導(dǎo)入一種候選的與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因；c)在植物組織樣品內(nèi)表達(dá)候選的與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因；和d)確定植物組織樣品是否顯示產(chǎn)量反應(yīng)改變，因此反應(yīng)的改變鑒定一種與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因。本發(fā)明也提供根據(jù)該方法分離的與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因。如此處所用的產(chǎn)量反應(yīng)用本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的技術(shù)測(cè)定。對(duì)于谷類，例如，使用下列一種或多種計(jì)量測(cè)定產(chǎn)量反應(yīng)粒重、粒長(zhǎng)、粒重/1000粒、圓錐花序大小、圓錐花序數(shù)和谷粒/圓錐花序數(shù)。G.EG307或EG1117抗體本發(fā)明也包括能夠與本發(fā)明的EG307或EG1117多肽或其模擬位選擇性結(jié)合的分離的抗體。這些抗體在此也被稱為抗EG307或抗EG1117抗體。該實(shí)施方案特別優(yōu)選的抗體包括抗稻EG307抗體、抗O.rufipogonEG307抗體、抗Z.maysEG307抗體、抗稻EG1117抗體、抗O.rufipogonEG1117抗體、抗Z.maysEG117抗體。分離的抗體是從其自然環(huán)境中分離的抗體。術(shù)語“分離的”不是指這些抗體的純度狀態(tài)。因此，分離的抗體可能包括含有這些抗體的抗血清，或以不同程度純化的抗體。如此處所用的術(shù)語“選擇性結(jié)合”是指本發(fā)明的抗體優(yōu)先結(jié)合本發(fā)明的指定多肽及其模擬表位的能力。結(jié)合能夠用本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的多種方法測(cè)定，包括免疫印跡測(cè)定、免疫沉淀測(cè)定、放射免疫測(cè)定、酶免疫測(cè)定(例如ELISA)、免疫熒光抗體測(cè)定和免疫電子顯微鏡檢查；參見，例如Sambrook等人，同上，Harlow和Lane，1990，同上。本發(fā)明的抗體可以是多克隆或單克隆抗體。本發(fā)明的抗體包括功能相當(dāng)物，如抗體片段和基因工程抗體，包括能夠與用來獲得抗體的多肽或模擬表位的至少一個(gè)表位選擇性結(jié)合的單鏈抗體。本發(fā)明的抗體也包括能夠結(jié)合一個(gè)以上表位的嵌合抗體。產(chǎn)生的優(yōu)選的抗體針對(duì)本發(fā)明的多核苷酸編碼(至少部分編碼)的多肽或其模擬表位。生產(chǎn)本發(fā)明的抗體的一種優(yōu)選方法包括(a)對(duì)動(dòng)物施用有效量的本發(fā)明的多肽或其模擬表位，產(chǎn)生抗體，和(b)回收該抗體。在另一種方法中，利用如前公開的生產(chǎn)本發(fā)明的EG307或EG1117多肽的技術(shù)重組生產(chǎn)本發(fā)明的抗體。本發(fā)明的抗體在本發(fā)明的范圍內(nèi)具有多種可能的用途。例如，這些抗體能夠用作測(cè)定試劑，檢測(cè)植物的EG307或EG1117表達(dá)，和/或(b)作為工具篩查表達(dá)文庫，和/或從多肽與其它污染物的混合物中回收希望的本發(fā)明的多肽。此外，為了直接殺死這些植物，也能夠用本發(fā)明的抗體使細(xì)胞毒性劑靶向植物。利用本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的技術(shù)，將這些抗體與細(xì)胞毒性劑偶聯(lián)(即穩(wěn)定連接)，能夠?qū)崿F(xiàn)靶向。本領(lǐng)域技術(shù)人員公知合適的細(xì)胞毒性劑。合適的細(xì)胞毒性劑包括但不限于雙鏈多肽(即具有A鏈和B鏈的毒素)，如白喉毒素、蓖麻蛋白毒素、假單胞菌外毒素、modeccin毒素、相思豆毒蛋白毒素和志賀菌毒素；單鏈毒素，如商陸抗病毒多肽、α-鵝膏毒環(huán)肽和核糖體抑制多肽；和化學(xué)毒素，如苯丙氨酸氮芥(melphalan)、氨甲喋呤、氮芥、阿霉素和柔紅霉素。優(yōu)選的雙鏈毒素經(jīng)過修飾包含毒素的毒性域和轉(zhuǎn)位域，但是缺乏毒性內(nèi)部的細(xì)胞結(jié)合域。H.生長(zhǎng)促進(jìn)組合物的配制本發(fā)明也包括含有本發(fā)明的EG307或EG1117多肽中至少一種或兩種的組合物。為了有效控制生長(zhǎng)，這些組合物優(yōu)選地含有足量的多肽。根據(jù)靶作物和環(huán)境條件，如濕度、溫度或土壤類型，其含量不同。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，含有EG307和/或EG1117多肽的組合物包含表達(dá)該多肽的宿主細(xì)胞，沒有另外純化。在另一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，表達(dá)EG307和/或EG1117多肽的細(xì)胞在用作生長(zhǎng)促進(jìn)劑之前凍干。在另一個(gè)實(shí)施方案中，改造EG307或EG1117多肽，使之從宿主細(xì)胞中分泌。當(dāng)希望從表達(dá)該多肽的宿主細(xì)胞中純化該多肽時(shí)，達(dá)到EG307或EG1117多肽的不同程度的純化。本發(fā)明還包括制備含有至少一種本發(fā)明的EG307或EG1117多肽的組合物，它們與此處所述的一種或多種化合物或一組化合物均勻混合。本發(fā)明也涉及處理植物的方法，包括對(duì)植物應(yīng)用EG307或EG1117多肽或含有EG307或EG1117多肽的組合物。EG307或EG1117多肽能夠以組合物的形式對(duì)作物地區(qū)應(yīng)用，或者用其它化合物同時(shí)或連續(xù)處理植物。這些化合物可以是肥料或微量營(yíng)養(yǎng)物的供體或影響植物生長(zhǎng)的其它制品。它們也可能是選擇性除草劑、殺蟲劑、殺真菌劑、殺細(xì)菌劑、殺線蟲劑、殺軟體動(dòng)物劑或幾種這樣的制品的混合物，必要時(shí)與配制領(lǐng)域常用的其它載體、表面活性劑或促進(jìn)應(yīng)用的佐劑一起使用。合適的載體和佐劑可以是固體或液體，對(duì)應(yīng)于配制技術(shù)中常用的物質(zhì)，例如天然或再生的礦物質(zhì)、溶劑、分散劑、濕潤(rùn)劑、增粘劑、粘合劑或肥料。本發(fā)明的一種優(yōu)選的使用EG307或EG1117多肽的方法是向土壤、水或植物的葉子噴灑。施用次數(shù)和施用頻率取決于植物的類型和希望提高的產(chǎn)量。EG307或EG1117多肽也能經(jīng)由土壤通過根滲透到植物中(系統(tǒng)作用)，方法包括用液體組合物浸透植物的局部，以固體形式對(duì)土壤施用化合物，例如以顆粒形式(土壤施用)。EG307或EG1117多肽也可以對(duì)種子施用(覆蓋)，方法包括用含有EG307或EG1117多肽的液體制劑滲透種子，或用固體制劑覆蓋它們。在特殊情況下，其它施用類型也是可能的，例如選擇性處理植物的莖或芽。EG307或EG1117多肽以未修飾的形式使用，優(yōu)選地與配制領(lǐng)域常用的佐劑一起使用，因此以公知的方法配制成可乳化的濃縮物、可覆蓋(coatable)的糊，可直接噴灑或稀釋的溶液，稀釋的乳劑，可濕潤(rùn)的粉末，可溶性粉末，粉塵，顆粒，以及例如包封于聚合物中。如同組合物的性質(zhì)，根據(jù)預(yù)期目的和主要環(huán)境選擇施用方法，如噴灑、霧化、粉化、分散或傾注。含有EG307或EG1117多肽，適當(dāng)?shù)睾泄腆w或液體佐劑的制劑、組合物或制品，用公知的方法制備，例如均勻混合和/或研磨EG307或EG1117多肽與添加劑，例如溶劑，固體載體，以及適當(dāng)時(shí)的表面活性化合物(表面活性劑)。合適的溶劑包括芳香烴，優(yōu)選地含有8-12個(gè)碳原子的部分，例如二甲苯混合物或取代的萘，鄰苯二甲酸酯，如鄰苯二甲酸二丁酯或鄰苯二甲酸二辛酯，脂肪烴，如環(huán)己烷或石蠟，醇類和二醇類，及其醚和酯，如乙醇、乙二醇一甲基或一乙基酯，酮，如環(huán)己酮，強(qiáng)極性溶劑，如N-甲基-2-吡咯烷酮、二甲亞砜或二甲基甲酰胺，以及環(huán)氧化的植物油，如環(huán)氧化的椰子油或豆油或水。例如用于粉塵和可分散粉末的固體載體通常是自然礦物質(zhì)填料，如方解石、滑石粉、高嶺土、蒙脫石或綠坡縷石。為了改善物理性質(zhì)，也能添加高度分散的硅酸或高度分散的可吸附聚合物。合適的顆?；捷d體是多孔類型的，例如浮石粉、碎磚、海泡石或膨潤(rùn)土；合適的非吸附載體是如方解石或沙子的材料。另外，也能夠使用大量無機(jī)或有機(jī)性質(zhì)的預(yù)先顆?；牟牧希?，特別是白云石或粉碎的植物殘?jiān)?。合適的表面活性化合物是具有良好乳化、分散和濕潤(rùn)性質(zhì)的非離子、陽離子和/或陰離子表面活性劑。術(shù)語“表面活性劑”也被理解為含有表面活性劑的混合物。合適的陰離子表面活性劑可以是水溶性皂類或水溶性合成表面活性化合物。合適的皂類是堿金屬鹽、堿土金屬鹽或高級(jí)脂肪酸(10-22個(gè)碳原子的鏈)的未取代的或取代的銨鹽，例如油酸或硬脂酸的鈉鹽或鉀鹽，或者能夠從如椰子油或動(dòng)物油(tallowoil)中獲得的天然脂肪酸混合物的鈉鹽或鉀鹽。也可以使用脂肪酸甲基牛磺酸鹽。然而，更常使用所謂的合成表面活性劑，特別是脂肪磺酸鹽、脂肪硫酸鹽、磺酸苯并咪唑衍生物或烷基芳基磺酸鹽。脂肪磺酸鹽或硫酸鹽通常是堿金屬鹽、堿土金屬鹽或未取代的或取代的銨鹽的形式，含有8-22個(gè)碳的烷基，也包括烷基的烷基部分，例如可由天然脂肪酸獲得的木質(zhì)素磺酸、十二烷基硫酸或脂肪醇硫酸的鈉鹽或鈣鹽。這些化合物也含有硫酸酯的鹽和脂肪醇的磺酸/環(huán)氧乙烷加合物?；撬峄谋讲⑦溥蜓苌飪?yōu)選地含有2個(gè)磺酸基團(tuán)和一個(gè)含8-22個(gè)碳原子的脂肪酸基。烷基芳基磺酸鹽的例子有十二烷基苯磺酸、二丁基萘磺酸或萘磺酸的鈉、鈣或三乙醇胺鹽/甲醛縮合產(chǎn)物。相應(yīng)的磷酸，例如對(duì)壬基酚與4-14摩爾環(huán)氧乙烷的加合物的磷酸酯鹽，也是合適的。非離子表面活性劑優(yōu)選地是脂肪族或環(huán)脂族醇或飽和或不飽和脂肪酸和烷基酚的聚乙二醇乙醚衍生物，該衍生物在(脂肪族)烴部分含有3-30個(gè)乙二醇醚基團(tuán)和8-20個(gè)碳原子，在烷基酚的烷基部分含有6-18個(gè)碳原子。其它合適的非離子表面活性劑有聚環(huán)氧乙烷與聚丙二醇、乙二胺丙二醇和烷基聚丙二醇的水溶性加合物，烷基鏈中含有1-10個(gè)碳原子，該加合物含有20-250個(gè)乙二醇醚基團(tuán)和10-100個(gè)丙二醇醚基團(tuán)。這些化合物的每個(gè)丙二醇單元通常含有1-5個(gè)乙二醇單元。非離子表面活性劑的代表性例子有壬酚聚乙氧基乙醇、蓖麻油聚乙二醇醚、聚丙烯/聚環(huán)氧乙烷加合物、三丁基苯氧基聚乙氧基乙醇、聚乙二醇和辛基苯氧基乙氧基乙醇。聚乙二醇山梨聚糖的脂肪酸酯和聚乙二醇山梨聚糖三油酸酯也是合適的非離子表面活性劑。陽離子表面活性劑優(yōu)選地是季銨鹽，其含有至少一個(gè)C8-C22烷基作為N-取代基，和低等未取代的或鹵代烷基、芐基或低等羥烷基作為其它取代基。這些鹽優(yōu)選地是鹵化物、甲基硫酸鹽或乙基硫酸鹽的形式，例如硬脂酰三甲基氯化銨或芐基二(2-氯乙基)乙基溴化銨。配制領(lǐng)域常用的表面活性劑如下所述《McCutcheon去污劑和乳化劑手冊(cè)》，MCPublishingCorp.Ringwood，N.J.，1979，Sisely和Wood，《表面活性劑大全》(EncyclopediaofSurfaceActiveAgents)，ChemicalPublishingCo.，Inc.NewYork，1980。IV.在中性條件下進(jìn)化的基因的鑒定如此處所詳述，KA/KS分析允許鑒定陽性選擇的蛋白質(zhì)編碼基因；然而，這類分析也能用來鑒定另一類進(jìn)化上顯著的基因，這些基因在中性條件下進(jìn)化。KA/KS比＞1預(yù)示陽性選擇的作用，而相反，KA/KS比＜1提示蛋白質(zhì)編碼基因已經(jīng)陰性選擇(即保守)。如此處所述，大多數(shù)基因(實(shí)際上絕大多數(shù))都保守。只有少數(shù)基因顯示KA/KS比＞1，因?yàn)闃O少數(shù)基因陽性選擇。如此處所述，在谷類(以及其它作物)馴化過程中被陽性選擇的基因具有顯著的商業(yè)價(jià)值；然而，馴化植物中含有的另一類基因既沒有被陽性選擇(在馴化后代中產(chǎn)生希望的、增強(qiáng)的性狀)也沒有陰性選擇(保守)。如上所述，這一亞類植物基因也具有顯著的商業(yè)價(jià)值，這類基因能夠用此處所述的KA/KS分析鑒定。這些基因包括使植物抵抗干旱、疾病、害蟲(包括但不限于昆蟲、食植動(dòng)物和微生物)、高鹽水平和其它應(yīng)激的基因。遭受害蟲攻擊、干旱或高鹽水平損害等等，使農(nóng)民、種子公司和大型農(nóng)業(yè)公司一年損失幾十億美元，因此，鑒定使野生植物抵抗這些應(yīng)激的基因具有重要的社會(huì)(對(duì)于饑餓的世界)和經(jīng)濟(jì)意義。檢測(cè)這些基因的方法如下。在植物第一次馴化后(隨后，當(dāng)后代進(jìn)一步馴化時(shí))，它們被“嬌養(yǎng)(pampered)”，例如，人類供應(yīng)充足的水分來滿足植物的需要。因此，植物不需要“自己”應(yīng)對(duì)干旱應(yīng)激。類似地，人類消滅昆蟲害蟲(用物理方法或通過使用殺蟲劑)，使馴化的植物遠(yuǎn)離食植動(dòng)物，以致馴化的植物不會(huì)經(jīng)常面臨對(duì)付這些害蟲。實(shí)際上，已經(jīng)證實(shí)，例如，馴化的谷類對(duì)干旱、高鹽水平、害蟲和其它應(yīng)激通常比其野生親本/祖先更脆弱。這是因?yàn)樯锿ǔ２粫?huì)保持生存不需要的能力。由于人類接管了這些作用，馴化的植物能夠節(jié)省保持編碼應(yīng)激相關(guān)性狀的基因的高代謝成本(“代謝浪費(fèi)”)。這種抗性的損失肯定來源于祖先與其嬌養(yǎng)的馴化后代之間的遺傳差異(即改變)。導(dǎo)致功能喪失的這些遺傳改變能夠通過三個(gè)不同的機(jī)制發(fā)生。后代作物的基因組中實(shí)際上可能丟失了編碼這些性狀的基因?；虻膩G失已經(jīng)得到證實(shí)，是一種眾所周知的現(xiàn)象。類似地，在后代作物中編碼“不需要的”性狀的基因仍然可能存在于基因組中，但是由于例如啟動(dòng)子改變，而不再表達(dá)。此外，編碼這些不需要的性狀的基因仍然可以是基因組的一部分，仍然可以表達(dá)，但是這些基因可能含有積累的核苷酸置換，使得蛋白質(zhì)產(chǎn)物沒有功能性或者比祖先同源物功能性更差。這些基因因此中性進(jìn)化。中性氨基酸置換在沒有選擇壓力(陽性或陰性)的基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物中積累。對(duì)于不需要保持目的基因的功能蛋白質(zhì)產(chǎn)物的馴化植物，存在分子中性條件。包括編碼如害蟲、疾病、干旱、鹽等抗性的性狀的基因。這些完全不受限制的中性進(jìn)化的基因是利用KA/KS分析檢測(cè)的完美候選者，因?yàn)楫?dāng)比較來自祖先和后代植物的同源物時(shí)，中性進(jìn)化的基因理想地顯示KA/KS比＝1。因此，在此發(fā)明的和描述的方法包括祖先植物的cDNA文庫的高通量測(cè)序，對(duì)來自現(xiàn)代后代的數(shù)據(jù)庫BLASTING搜索EST，以及對(duì)同源對(duì)進(jìn)行KA/KS分析。對(duì)于陽性選擇的基因，該方法的細(xì)節(jié)在本專利其它部分說明。KA/KS比＝1的基因是控制重要應(yīng)激抗性性狀的一組基因，利用這一比值能夠有效、快速地鑒定這些基因。有商業(yè)價(jià)值的這一組基因包括編碼希望的性狀的基因，如害蟲、疾病、干旱、高鹽水平抗性等。為了最好地鑒定這些基因，對(duì)現(xiàn)代馴化的和祖先的種的EST測(cè)序應(yīng)當(dāng)以高精確度標(biāo)準(zhǔn)非常仔細(xì)地進(jìn)行。人們能夠利用GenBank中可以獲得的谷類EST數(shù)據(jù)庫，人們也可以從為此目的特別制備的cDNA文庫中重新測(cè)序ESTs。測(cè)序的精確度是重要的，因?yàn)檫@將在祖先與KA/KS比＝1的現(xiàn)代同源物之間產(chǎn)生極窄的基因?qū)Ρ容^分布。這將使假陽性的數(shù)量減至最少，從而加快了該方法。當(dāng)篩選方法的精確度未嚴(yán)格控制或未知時(shí)，測(cè)序錯(cuò)誤有可能模糊了1.0的KA/KS比，為此，仔細(xì)檢查約0.75-1.25的KA/KS值，作為中性進(jìn)化的證據(jù)。在中性條件下進(jìn)化的多核苷酸然后能在已知數(shù)量性狀基因座之一或QTL上作圖，從而可以快速、明確地鑒定該多核苷酸控制的具體應(yīng)激抗性性狀。V.用于試劑鑒定的篩選方法本發(fā)明也提供使用以上述方法鑒定及表征的多核苷酸和多肽的篩選方法。這些篩選方法可用于鑒定如下試劑，這些試劑可調(diào)節(jié)多核苷酸或多肽的功能，可用于提高或減少馴化的或祖先生物的特征。這些方法通常需要至少一種待測(cè)試劑接觸一種馴化生物、祖先生物或轉(zhuǎn)基因生物或用上述方法鑒定的多核苷酸序列或這些多核苷酸序列編碼的多肽制品轉(zhuǎn)染的細(xì)胞，其中根據(jù)調(diào)節(jié)多核苷酸序列或多肽的功能的能力鑒定試劑。例如，一種試劑可以是施加于或接觸一種馴化植物或動(dòng)物的化合物，在希望的時(shí)間誘導(dǎo)鑒定的基因的表達(dá)。特別是對(duì)于植物，例如能夠使用一種試劑在適當(dāng)?shù)臅r(shí)間誘導(dǎo)開花。如此處所用的術(shù)語“試劑”是指生物或化學(xué)化合物，如簡(jiǎn)單或復(fù)雜的有機(jī)或無機(jī)分子、肽、蛋白質(zhì)或寡核苷酸。能夠合成一大批化合物，例如寡聚物，如寡肽和寡核苷酸，和以不同核心結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的合成有機(jī)和無機(jī)化合物，它們也包括于術(shù)語“試劑“中。另外，多種自然來源能夠提供化合物進(jìn)行篩選，如植物或動(dòng)物提取物，等等。化合物能夠單獨(dú)或互相組合地檢測(cè)。“調(diào)節(jié)一種多核苷酸或多肽的功能”是指與不添加一種試劑相比，該多核苷酸或多肽的功能改變。調(diào)節(jié)可以在影響功能的任何水平上發(fā)生。一種多核苷酸或多肽功能可以是直接的或間接的，可以直接或間接測(cè)定。多核苷酸的“功能”包括但不限于復(fù)制、翻譯和表達(dá)模式。多核苷酸功能也包括與該多核苷酸內(nèi)編碼的多肽有關(guān)的功能。例如，一種試劑，其作用于多核苷酸并影響蛋白質(zhì)的表達(dá)、構(gòu)象、折疊(或其它物理特性)、與其它部分(如配體)的結(jié)合、活性(或其它功能特征)、調(diào)節(jié)和/或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或功能的其它方面，被認(rèn)為具有調(diào)節(jié)的多核苷酸功能。一種有效試劑能夠用來調(diào)節(jié)多核苷酸表達(dá)的方法包括但不限于1)修飾轉(zhuǎn)錄因子與多核苷酸中轉(zhuǎn)錄因子反應(yīng)元件的結(jié)合；2)修飾多核苷酸表達(dá)所必需的兩種轉(zhuǎn)錄因子之間的相互作用；3)改變多核苷酸表達(dá)所必需的轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)入核內(nèi)的能力；4)抑制與多核苷酸轉(zhuǎn)錄有關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子的激活；5)修飾一種細(xì)胞表面受體，該受體通常與一種配體相互作用，它與配體的結(jié)合導(dǎo)致該多核苷酸的表達(dá)；6)抑制導(dǎo)致多核苷酸表達(dá)的信號(hào)傳導(dǎo)級(jí)聯(lián)的一種成分的滅活；和7)增強(qiáng)與多核苷酸轉(zhuǎn)錄有關(guān)的一種轉(zhuǎn)錄因子的激活。多肽的“功能”包括但不限于構(gòu)象，折疊(或其它物理特性)，與其它部分(如配體)的結(jié)合，活性(或其它功能特性)，和/或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或功能的其它方面。例如，一種試劑，其作用于一種多肽并影響其構(gòu)象、折疊(或其它物理特性)、與其它部分(如配體)的結(jié)合、活性(或其它功能特征)和/或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或功能的其它方面，被認(rèn)為具有調(diào)節(jié)的多肽功能。一種有效試劑能夠用來調(diào)節(jié)多肽功能的方法包括但不限于1)改變構(gòu)象、折疊或其它物理特性；2)改變與其天然配體的結(jié)合強(qiáng)度，或改變與配體結(jié)合的特異性；和3)改變多肽的活性。將要篩選的試劑的選擇通常由幾個(gè)參數(shù)支配，如具體的多核苷酸或多肽靶標(biāo)、了解的功能、三維結(jié)構(gòu)(已知或推測(cè)的)和原理化合物設(shè)計(jì)的其它方面。也能夠利用組合化學(xué)的技術(shù)生產(chǎn)大量候選物。本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠設(shè)計(jì)和/或獲得合適的試劑進(jìn)行檢測(cè)。此處所述的體內(nèi)篩選測(cè)定可能比常規(guī)藥物篩選測(cè)定有幾個(gè)優(yōu)點(diǎn)1)如果一種試劑必須進(jìn)入細(xì)胞才能獲得希望的治療效果，體內(nèi)測(cè)定能夠指出該試劑是否能夠進(jìn)入細(xì)胞；2)體內(nèi)篩選測(cè)定能夠鑒定以下試劑，該試劑以加入測(cè)定系統(tǒng)中的狀態(tài)不能引發(fā)與多核苷酸或多肽功能調(diào)節(jié)有關(guān)的至少一個(gè)特征，但是一旦以成為有效試劑的方式進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)，即由細(xì)胞成分修飾；3)最重要的是，體內(nèi)測(cè)定系統(tǒng)允許鑒定可影響一種途徑的任何成分的試劑，該途徑最終導(dǎo)致與多核苷酸或多肽功能有關(guān)的特征。篩選通常如下進(jìn)行向以本發(fā)明的方法鑒定的多核苷酸轉(zhuǎn)染的適當(dāng)細(xì)胞樣品中加入一種試劑，監(jiān)測(cè)該該多核苷酸或多核苷酸內(nèi)編碼的多肽的功能的影響，即調(diào)節(jié)。該實(shí)驗(yàn)優(yōu)選地包括未接受候選試劑的對(duì)照樣品。然后用任何合適的表型標(biāo)準(zhǔn)比較處理的和未處理的細(xì)胞，包括但不限于顯微鏡分析、生存力測(cè)試、復(fù)制能力、組織學(xué)檢查、與細(xì)胞結(jié)合的具體RNA或多肽水平、細(xì)胞或細(xì)胞裂解物表達(dá)的酶活性水平、當(dāng)暴露于傳染物時(shí)細(xì)胞的相互作用，以及細(xì)胞與其它細(xì)胞或成分相互作用的能力。處理的與未處理的細(xì)胞之間的差異顯示候選試劑引起的影響。該試劑最好對(duì)實(shí)驗(yàn)細(xì)胞比對(duì)對(duì)照細(xì)胞有更大的影響。合適的宿主細(xì)胞包括但不限于真核細(xì)胞，優(yōu)選地植物或動(dòng)物細(xì)胞。細(xì)胞的選擇至少部分取決于預(yù)期的測(cè)定的性質(zhì)。為了檢測(cè)上調(diào)多核苷酸表達(dá)的試劑，用目的多核苷酸轉(zhuǎn)染一種合適的宿主細(xì)胞，使得該多核苷酸表達(dá)(在此使用時(shí)，表達(dá)包括轉(zhuǎn)錄和/或翻譯)，與一種待測(cè)試劑接觸。一種試劑將檢測(cè)導(dǎo)致mRNA和/或多肽表達(dá)增強(qiáng)的能力。制備載體和轉(zhuǎn)染的方法在本領(lǐng)域公知?！稗D(zhuǎn)染”包括導(dǎo)入外源序列的任何方法，包括例如脂轉(zhuǎn)染、轉(zhuǎn)導(dǎo)、感染或電穿孔。外源多核苷酸可以作為非整合載體(如質(zhì)粒)保持，或者可以整合到宿主基因組內(nèi)。為了鑒定特異激活轉(zhuǎn)錄的試劑，轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)區(qū)能夠與報(bào)道基因連接，該構(gòu)建體加入到適當(dāng)?shù)乃拗骷?xì)胞中。如此處所用的術(shù)語“報(bào)道基因”是指一種基因，其編碼一種能夠被鑒定的基因產(chǎn)物(即報(bào)道蛋白)。報(bào)道基因包括但不限于堿性磷酸酶、氯霉素乙酰轉(zhuǎn)移酶、β-半乳糖苷酶、螢光素酶和綠色熒光蛋白(GFP)。報(bào)道基因產(chǎn)物的鑒定方法包括但不限于酶測(cè)定和熒光測(cè)定。用來檢測(cè)產(chǎn)物的報(bào)道基因和測(cè)定法在本領(lǐng)域公知，例如Ausubel等人(1987)和定期更新所述。報(bào)道基因、報(bào)道基因測(cè)定和試劑盒也可以從商業(yè)來源獲得。合適的細(xì)胞的例子包括但不限于植物、真菌、酵母、哺乳動(dòng)物和其它真核細(xì)胞。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)知道轉(zhuǎn)染真核細(xì)胞的技術(shù)，包括制備合適的載體，如病毒載體；將載體導(dǎo)入細(xì)胞內(nèi)，例如通過電穿孔；選擇已經(jīng)轉(zhuǎn)化的細(xì)胞，例如使用報(bào)道或藥物敏感性成分。根據(jù)報(bào)道基因產(chǎn)物的活性評(píng)價(jià)一種試劑對(duì)這些構(gòu)建體中調(diào)節(jié)區(qū)轉(zhuǎn)錄的影響。除了在上述通常抑制的條件下表達(dá)增強(qiáng)之外，當(dāng)通常表達(dá)時(shí)表達(dá)可能減少。一種試劑通過降低轉(zhuǎn)錄速度可能實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)，上述報(bào)道基因系統(tǒng)將是一種測(cè)定方法。評(píng)價(jià)這些試劑的宿主細(xì)胞需要獲準(zhǔn)進(jìn)行表達(dá)。能夠利用(從目的多核苷酸)轉(zhuǎn)錄mRNA的細(xì)胞鑒定特異性調(diào)節(jié)mRNA的半衰期和/或mRNA翻譯的試劑。也將利用這些細(xì)胞評(píng)價(jià)一種試劑對(duì)多肽加工和/或翻譯后修飾的影響。一種試劑能夠通過修飾多肽的更新(turn-over)(即延長(zhǎng)或縮短半衰期)調(diào)節(jié)細(xì)胞中多肽的含量。通過在該試劑存在下檢測(cè)產(chǎn)物以及檢測(cè)無關(guān)mRNA和多肽的產(chǎn)物，檢測(cè)該試劑對(duì)mRNA和多肽的特異性。本領(lǐng)域技術(shù)人員公知檢測(cè)mRNA半衰期、蛋白質(zhì)加工和蛋白質(zhì)更新的方法。體內(nèi)篩選方法也能夠用于鑒定通過直接與多肽相互作用調(diào)節(jié)多肽功能的試劑。這些試劑能夠阻斷正常的多肽-配體相互作用，或者能夠增強(qiáng)或穩(wěn)定這種相互作用。這些試劑也能夠改變?cè)摱嚯牡臉?gòu)象。該試劑的作用能夠用免疫沉淀反應(yīng)測(cè)定。將利用合適的抗體沉淀該多肽和與它緊密結(jié)合的任何蛋白質(zhì)。通過比較從處理的細(xì)胞和未處理的細(xì)胞中免疫沉淀的多肽，能夠鑒定一種增強(qiáng)或抑制多肽-配體相互作用的試劑。多肽-配體相互作用也能夠用可將多肽之間緊密但是非共價(jià)的相互作用轉(zhuǎn)化為共價(jià)相互作用的交聯(lián)試劑評(píng)價(jià)。本領(lǐng)域技術(shù)人員公知檢測(cè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的技術(shù)。本領(lǐng)域技術(shù)人員也公知評(píng)價(jià)蛋白質(zhì)構(gòu)象的技術(shù)。也應(yīng)當(dāng)理解，篩選方法可包括體外方法，如無細(xì)胞轉(zhuǎn)錄或翻譯系統(tǒng)。在這些系統(tǒng)中，可發(fā)生轉(zhuǎn)錄或翻譯，并檢測(cè)一種試劑調(diào)節(jié)功能的能力。對(duì)于測(cè)定一種試劑是否調(diào)節(jié)mRNA或多核苷酸轉(zhuǎn)錄的測(cè)定法，可以使用體外轉(zhuǎn)錄/翻譯系統(tǒng)。這些系統(tǒng)可以購得，提供了生產(chǎn)對(duì)應(yīng)于目的多核苷酸序列的mRNA的一種體外方法。在制備mRNA后，它可以體外翻譯，并比較翻譯產(chǎn)物。不含任何試劑的體外表達(dá)系統(tǒng)(陰性對(duì)照)與含有一種試劑的體外表達(dá)系統(tǒng)之間翻譯產(chǎn)物的比較表明該試劑是否影響翻譯。對(duì)照與待測(cè)多核苷酸之間翻譯產(chǎn)物的比較表明該試劑如果在此水平上起作用，是否選擇性影響翻譯(不同于以普通、非選擇性或非特異性方式影響翻譯)。多肽功能的調(diào)節(jié)能夠用多種方法實(shí)現(xiàn)，包括但不限于上述體內(nèi)和體外測(cè)定以及使用蛋白質(zhì)制品的體外測(cè)定。能夠從自然或重組來源中提取和/或純化多肽，產(chǎn)生蛋白質(zhì)制品。能夠向蛋白質(zhì)制品樣品中加入一種試劑，監(jiān)測(cè)其影響；即該試劑是否以及如何作用于多肽并影響其構(gòu)象、折疊(或其它物理特性)、與其它部分(如配體)的結(jié)合、活性(或其它功能特征)和/或蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或功能的其它方面，被認(rèn)為具有調(diào)節(jié)的多肽功能。在測(cè)定一種試劑的一個(gè)實(shí)施例中，其中該試劑可與通過此處所述方法鑒定的多核苷酸編碼的多肽結(jié)合，首先在原核或真核表達(dá)系統(tǒng)中重組表達(dá)一種多肽為天然或融合蛋白，其中(如上所述鑒定的多核苷酸編碼的)多肽與良好表征的表位或蛋白質(zhì)偶聯(lián)。然后，例如通過使用抗體或抗表位抗體的免疫沉淀，或者通過與固定的偶聯(lián)物的配體結(jié)合，純化重組多肽。然后利用由多肽或融合蛋白制成的親和柱篩選適當(dāng)標(biāo)記的化合物的混合物。合適的標(biāo)記物包括但不限于熒光染料、放射性同位素、酶和化學(xué)發(fā)光化合物。使用本領(lǐng)域技術(shù)人員常規(guī)使用的條件(例如高鹽、去污劑)通過洗滌能夠分離未結(jié)合的和結(jié)合的化合物。使用只含偶聯(lián)物或表位的親和柱，通過預(yù)先清除化合物混合物，能夠使與親和柱的非特異性結(jié)合達(dá)到最小。能夠利用類似的方法篩選競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合多肽的試劑。除了親和層析之外，還有其它技術(shù)，如測(cè)定解鏈溫度的變化或在結(jié)合另一種分子后改變的蛋白質(zhì)的熒光各向異性。例如，為了測(cè)定不同試劑的結(jié)合活性，可以使用與多肽共價(jià)偶聯(lián)的傳感器芯片(由PharmaciaBiosensor提供，Stitt等人(1995)Cell80661-670)進(jìn)行BIAcore測(cè)定。也應(yīng)當(dāng)理解，本發(fā)明的體外篩選方法包括結(jié)構(gòu)或原理的藥物設(shè)計(jì)，其中一種多肽的氨基酸序列、三維原子結(jié)構(gòu)或其它性質(zhì)為設(shè)計(jì)預(yù)期與多肽結(jié)合的試劑提供了基礎(chǔ)。上下文中試劑的設(shè)計(jì)和/或選擇通常由幾個(gè)參數(shù)支配，如馴化生物和同源祖先多肽的并列比較、了解的多肽靶標(biāo)的功能、三維結(jié)構(gòu)(已知的或推測(cè)的)和原理藥物設(shè)計(jì)的其它方面。也能夠利用組合化學(xué)的技術(shù)產(chǎn)生大量候選試劑。本發(fā)明的篩選方法也涉及本領(lǐng)域公知的轉(zhuǎn)基因動(dòng)物和植物系統(tǒng)。上述篩選方法代表主要的篩選，用來檢測(cè)可顯示調(diào)節(jié)多核苷酸或多肽功能的活性的任何試劑。技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，為了進(jìn)一步評(píng)價(jià)一種試劑，第二次檢測(cè)可能是必要的。例如，第二次篩選可包括在使用本領(lǐng)域公知的小鼠和其它動(dòng)物模型(如大鼠)的試驗(yàn)中，或在馴化或祖先植物或動(dòng)物本身中，檢測(cè)該試劑。另外，將進(jìn)行一種細(xì)胞毒性測(cè)定，進(jìn)一步證實(shí)在初次篩選中檢測(cè)為陽性的試劑適用于活生物。任何細(xì)胞毒性測(cè)定均適用于該目的，包括，例如MTT測(cè)定(Promega)。在本說明書中前面詳述的篩選方法可以具體地用于EG307或EG1117。因此，本發(fā)明提供一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)EG307或EG1117多核苷酸的非多肽編碼區(qū)的功能的試劑，該方法包括使一種宿主細(xì)胞接觸至少一種候選試劑，該細(xì)胞用一種構(gòu)建體轉(zhuǎn)染，該構(gòu)建體含有與報(bào)道基因編碼區(qū)有效連接的非多肽編碼區(qū)，其中根據(jù)調(diào)節(jié)該報(bào)道多核苷酸轉(zhuǎn)錄或翻譯的能力鑒定該試劑。本發(fā)明也提供利用該方法鑒定的試劑。本發(fā)明也提供一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)進(jìn)化上顯著的EG307或EG1117多核苷酸的非多肽編碼區(qū)的功能的試劑，該方法包括使含有EG307或EG1117多核苷酸的植物或轉(zhuǎn)基因植物接觸至少一種候選試劑，其中根據(jù)調(diào)節(jié)該報(bào)道多核苷酸轉(zhuǎn)錄或翻譯的能力鑒定該試劑。本發(fā)明也提供利用該方法鑒定的試劑。本發(fā)明也提供一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)產(chǎn)量的試劑，該方法包括使至少一種候選試劑接觸含有EG307或EG1117基因的植物或細(xì)胞，其中根據(jù)調(diào)節(jié)產(chǎn)量的能力鑒定該試劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，該植物或細(xì)胞用編碼EG307或EG1117基因的多核苷酸轉(zhuǎn)染。本發(fā)明也提供利用該方法鑒定的試劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，鑒定的試劑通過調(diào)節(jié)編碼該多肽的多核苷酸的功能調(diào)節(jié)產(chǎn)量。在另一個(gè)實(shí)施方案中，鑒定的試劑通過調(diào)節(jié)多肽的功能調(diào)節(jié)產(chǎn)量。本發(fā)明也包括用此處所述的篩選方法鑒定的試劑。下列實(shí)施例用來進(jìn)一步幫助本領(lǐng)域技術(shù)人員。這些實(shí)施例旨在說明，因此不應(yīng)被視為限制本發(fā)明。本申請(qǐng)中描述了大量典型修飾和變化，本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解。這些變化屬于此處所述并要求保護(hù)的本發(fā)明的范圍內(nèi)。實(shí)施例實(shí)施例1cDNA文庫的構(gòu)建一種馴化植物或動(dòng)物的cDNA文庫用來自該植物或動(dòng)物的一種合適的組織構(gòu)建。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)知道根據(jù)目的性狀分析的適當(dāng)組織。此外，也可以使用整個(gè)生物。例如，已知1天的植物幼苗表達(dá)大多數(shù)植物基因。從組織中提取總RNA(RNeasy試劑盒，Quiagen；RNAse-freeRapidTotalRNA試劑盒，5Prime--3Prime，Inc.，或任何類似的和合適的產(chǎn)物)，根據(jù)常規(guī)分子克隆方法測(cè)定RNA的完整性和純度。分離PolyA+RNA(Mini-Oligo(dT)CelluloseSpinColumns，5Prime--3Prime，Inc.，或任何類似的和合適的產(chǎn)物)作為模板，用oligo(dT)為引物，進(jìn)行cDNA的反轉(zhuǎn)錄。利用可以購得的試劑盒處理并修飾合成的cDNA，以進(jìn)行克隆。然后將重組子包裝于宿主細(xì)胞系中繁殖。擴(kuò)增一部分包裝混合物，其余部分在擴(kuò)增前保留。文庫可以標(biāo)準(zhǔn)化，測(cè)定文庫中獨(dú)立重組子的數(shù)量。實(shí)施例2序列比較從cDNA文庫中隨機(jī)選擇的祖先cDNA克隆用自動(dòng)測(cè)序儀測(cè)序，如ABI377或MegaBACE1000或任何類似的及合適的產(chǎn)品。利用克隆載體常用的引物，如M13通用引物和反向引物進(jìn)行測(cè)序。對(duì)于通過末端測(cè)序不能完全測(cè)序的插入片段，能夠利用染料標(biāo)記的終止子或定制引物填充剩余的缺口。最初檢查檢測(cè)到的序列差異的精確性，方法是例如發(fā)現(xiàn)馴化序列與祖先序列之間的差異；核對(duì)序列熒光譜(色譜)，確定似乎是馴化生物特有的堿基是否對(duì)應(yīng)于所述堿基特異的強(qiáng)烈、清晰信號(hào)；核對(duì)馴化生物的命中，發(fā)現(xiàn)是否有一條以上的序列對(duì)應(yīng)于序列改變；以及必要時(shí)本領(lǐng)域公知的其它方法。同一基因的多個(gè)馴化生物序列在一個(gè)位點(diǎn)處含有相同的核苷酸，而在祖先的該位點(diǎn)處含有一個(gè)不同的核苷酸，這獨(dú)立地支持該馴化序列是準(zhǔn)確的，馴化/祖先差異是真實(shí)的。這些改變用公開或商品數(shù)據(jù)庫信息和遺傳密碼檢查，決定這些DNA序列的改變是否導(dǎo)致編碼蛋白質(zhì)的氨基酸序列的改變。也能夠通過編碼蛋白質(zhì)的直接測(cè)序檢查這些序列。實(shí)施例3分子進(jìn)化分析所比較的馴化植物或動(dòng)物和野生祖先序列進(jìn)行KA/KS分析。在此分析中，可公開或商業(yè)獲得的計(jì)算機(jī)程序，如Li93和INA，用來測(cè)定如上所述研究的每個(gè)序列中，每個(gè)位點(diǎn)的非同義改變的數(shù)量(KA)除以每個(gè)位點(diǎn)的同義改變的數(shù)量(KS)。能夠使用全長(zhǎng)編碼區(qū)或編碼區(qū)的部分片段。KA/KS比越高，序列經(jīng)歷適應(yīng)進(jìn)化的可能性越大。KA/KS值的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性用已經(jīng)建立的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法和可以利用的程序如t-檢驗(yàn)測(cè)定。為了進(jìn)一步支持高KA/KS比的重要性，所研究的馴化序列能夠與其它進(jìn)化上接近的種相比較。這些比較允許進(jìn)一步辨別，與其它緊密相關(guān)的種相比，適應(yīng)進(jìn)化改變是否是馴化植物或動(dòng)物譜系獨(dú)特的。這些序列也能夠如下檢測(cè)直接測(cè)序來自幾個(gè)不同馴化群體的代表的目的基因，評(píng)價(jià)該序列在馴化植物或動(dòng)物中保守到何種程度。實(shí)施例4cDNA文庫的構(gòu)建玉米草cDNA文庫用完整的玉米草1天幼苗或其它合適的植物組織構(gòu)建。從幼苗組織中提取總RNA，RNA的完整性和純度利用常規(guī)分子克隆方法測(cè)定。選擇PolyA+RNA作為模板，以oligo(dT)為引物，進(jìn)行cDNA反轉(zhuǎn)錄。為了克隆，用可以購買的試劑盒處理并修飾合成的cDNA。重組子然后包裝于宿主細(xì)胞系中繁殖。擴(kuò)增部分包裝混合物，其余的在擴(kuò)增前保留。利用建立的方法用重組DNA轉(zhuǎn)染大腸桿菌宿主細(xì)胞。該文庫可以標(biāo)準(zhǔn)化，并測(cè)定文庫中獨(dú)立重組子的數(shù)量。實(shí)施例5序列比較從cDNA文庫中隨機(jī)選擇的玉米草幼苗cDNA克隆用自動(dòng)測(cè)序儀測(cè)序，如ABI377。利用克隆載體常用的引物，如M13通用引物和反向引物進(jìn)行測(cè)序。對(duì)于通過末端測(cè)序不能完全測(cè)序的插入片段，利用染料標(biāo)記的終止子填充剩余的缺口。通過數(shù)據(jù)庫搜索，獲得的玉米草序列與馴化玉米序列相比較。對(duì)于許多種，包括玉米，基因組數(shù)據(jù)庫可以公開或商品獲得。玉米數(shù)據(jù)庫的一個(gè)例子可在密蘇里大學(xué)MaizeDB網(wǎng)站上發(fā)現(xiàn)。MaizeDB是現(xiàn)在知道的關(guān)于玉米基因組及其表達(dá)的公開的互聯(lián)網(wǎng)入口。其它合適的玉米EST(表達(dá)序列標(biāo)簽)數(shù)據(jù)庫由私人擁有和維護(hù)。獲取并分析高得分“命中”，即在同源性分析后顯示顯著(例如＞80％)相似性的序列。這兩種同源序列然后用Higgins等人發(fā)展的排比程序CLUSTALV排比。任何序列趨異，包括核苷酸置換、插入和缺失，能夠通過排比檢測(cè)并記錄。最初核對(duì)檢測(cè)的序列差異的精確性，方法是發(fā)現(xiàn)玉米草與玉米序列之間存在差異的點(diǎn)；核對(duì)序列熒光譜(色譜)，確定似乎是玉米特有的堿基是否對(duì)應(yīng)于所述堿基特異的強(qiáng)烈、清晰信號(hào)；檢對(duì)玉米的命中，發(fā)現(xiàn)是否有一條以上的玉米序列對(duì)應(yīng)于序列改變；以及必要時(shí)本領(lǐng)域公知的其它方法。同一基因的多個(gè)馴化生物序列在一個(gè)位點(diǎn)處含有相同的核苷酸，而在祖先的該位點(diǎn)處含有一個(gè)不同的核苷酸，這獨(dú)立地支持玉米序列是準(zhǔn)確的，玉米草/玉米差異是真實(shí)的。這些改變用公開/商品數(shù)據(jù)庫信息和遺傳密碼檢查，決定這些DNA序列的改變是否導(dǎo)致編碼蛋白質(zhì)的氨基酸序列的改變。也能夠通過編碼蛋白質(zhì)的直接測(cè)序檢查這些序列。實(shí)施例6分子進(jìn)化分析所比較的玉米草和玉米序列進(jìn)行KA/KS分析。在此分析中，可公開或商品獲得的計(jì)算機(jī)程序，如Li93和INA，用來測(cè)定如上所述研究的每個(gè)序列中，每個(gè)位點(diǎn)的非同義改變的數(shù)量(KA)除以每個(gè)位點(diǎn)的同義改變的數(shù)量(KS)。該KA/KS比已經(jīng)反映適應(yīng)進(jìn)化，即陽性選擇的程度，在研究的序列中起作用。在這些比較分析中一般使用全長(zhǎng)編碼區(qū)。然而，也能夠有效地使用編碼區(qū)的部分片段。KA/KS比越高，序列經(jīng)歷適應(yīng)進(jìn)化的可能性越大。KA/KS值的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性用已經(jīng)建立的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法和可以利用的程序如t-檢驗(yàn)測(cè)定。在玉米草與玉米基因之間顯示統(tǒng)計(jì)學(xué)上高KA/KS比的基因非常可能經(jīng)歷適應(yīng)進(jìn)化。為了進(jìn)一步支持高KA/KS比的重要性，所研究的序列能夠與其它祖先玉米種相比較。這些比較允許進(jìn)一步辨別，與其它祖先相比，適應(yīng)進(jìn)化改變是否是馴化玉米譜系獨(dú)特的。這些序列也能夠如下檢測(cè)直接測(cè)序來自幾個(gè)不同玉米群體的代表的目的基因，評(píng)價(jià)該序列在玉米種中保守到何種程度。實(shí)施例7KA/KS方法對(duì)于從數(shù)據(jù)庫中獲得的玉米和玉米草同源序列的應(yīng)用在Genbank(通過國(guó)家生物技術(shù)信息中心網(wǎng)站的Entrez核苷酸數(shù)據(jù)庫可以獲得)上可以獲得的馴化玉米與玉米草序列的比較顯示至少4個(gè)同源基因waxy，A1*，A1和球蛋白，其序列可以從玉米和玉米草中獲得。比較玉米和玉米草的這些基因的所有可以獲得的序列。KA/KS比用Li93和/或INA測(cè)定盡管預(yù)計(jì)在玉米中發(fā)現(xiàn)的多態(tài)性(多個(gè)等位基因拷貝)和/或多倍性(每個(gè)細(xì)胞2組以上的染色體)使得KA/KS分析更加復(fù)雜或困難，但是發(fā)現(xiàn)這不是事實(shí)。上述KA/KS值表明這些基因不被陽性選擇，但是該實(shí)施例說明KA/KS方法能夠用于從數(shù)據(jù)庫中獲得的玉米及其玉米草序列。實(shí)施例8利用轉(zhuǎn)基因植物對(duì)蛋白質(zhì)功能的研究通過評(píng)價(jià)轉(zhuǎn)基因玉米植物中基因的每個(gè)等位基因，能夠評(píng)價(jià)根據(jù)實(shí)施例4-7的方法獲得的陽性選擇的玉米基因的功能作用。利用Peng等人(1999)Nature400256-261所述的修改的方法，能夠產(chǎn)生轉(zhuǎn)基因植物。轉(zhuǎn)基因植物或其蛋白質(zhì)提取物的生理學(xué)、形態(tài)學(xué)和/或生物化學(xué)檢查可使每個(gè)等位基因與具體表型關(guān)聯(lián)起來。實(shí)施例9陽性選擇的基因?qū)TL作圖QTL(定量性狀基因座)分析已經(jīng)定義了含有控制幾個(gè)玉米目的表型性狀(包括植物高度和含油量)的基因的染色體區(qū)。通過在已知QTL之一上物理作圖利用該方法鑒定的每種陽性選擇的基因，能夠快速、明確地鑒定每種陽性選擇的基因控制的具體性狀。實(shí)施例10新基因EG307的發(fā)現(xiàn)一種標(biāo)準(zhǔn)化的cDNA文庫由Oryzarufipogon的合并組織(包括葉、圓錐花序和莖)構(gòu)建，已知Oryzarufipogon是現(xiàn)代水稻的祖先的種。首先用MegaBACE1000測(cè)序儀(APBiotech)測(cè)序被命名為PBI0307H9的一個(gè)克隆，作為高通量測(cè)序計(jì)劃的一部分。(SEQIDNO89)該克隆的序列在GenBank數(shù)據(jù)庫的BLAST搜索中用作檢索序列。命中4個(gè)無名水稻ESTs(保藏號(hào)AU093345，C29145，ISAJ0161，AU056792)。進(jìn)一步測(cè)序顯示PBI307H9是部分cDNA克隆。與GenBank中馴化稻的EST相比，PBI307H9具有高KA/KS比。cDNA擴(kuò)增和測(cè)序如下進(jìn)行從O.rufipogon(NSGC5953株)和稻cv.Nipponbare(QiagenRNeasyPlantMiniKit目錄號(hào)74903)中分離總RNA。利用dT引物合成第一鏈cDNA(APBiotechReady-to-GoT-PrimedFirst-StrandKit目錄號(hào)27-9263-01)，然后進(jìn)行PCR分析(QiagenHotStarTaqMasterMixKit目錄號(hào)203445)。為了便于命名，克隆PBI0307H9中所含的基因在此以及全文中被命名為EG307。開始時(shí)，在最后確定序列之前，來源于現(xiàn)代稻的EG307和祖先水稻(O.rufipogon)EG307的KA/KS比為1.7。一旦這些部分序列在O.rufipogon和稻中得到證實(shí)，即利用基因特異性引物進(jìn)行5′RACE(ClontechSMARTRACEcDNA擴(kuò)增試劑盒目錄號(hào)K1811-1)，獲得該基因的5′端。完整基因，被命名為EG307，含有一個(gè)長(zhǎng)1344bp的編碼區(qū)。稻和O.rufipogon中完整EG307CDS(1344bp)的最終確證允許兩兩比較大量O.rufipogon和稻株。許多這樣的比較產(chǎn)生大于1的KA/KS比，有些具有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。這明顯證實(shí)了陽性選擇對(duì)EG307基因的作用。當(dāng)施加于祖先水稻的選擇壓力是人為的時(shí)，這明顯證實(shí)EG307是在水稻的人類馴化中選擇的基因。通過BLAST搜索GenBank的非多余部分，沒有鑒定到EG307的同源物，如上所述，通過在GenBank的EST部分BLAST，只鑒定了4個(gè)水稻基因(AU093345、AU056792、C29145和ISA0161)。所有4個(gè)EST基本上都未表征。實(shí)施例11EG307的進(jìn)一步KA/KS分析為了確定稻中存在的EG307基因的遺傳多樣性程度，利用Qiagen方案(DNeasyPlantMiniKit目錄號(hào)69103)，從幾個(gè)不同的稻株(獲自國(guó)家小谷粒保藏中心(NationalSmallGrainsCollection)，U.S.D.A.，Aberdeen，Idaho)中分離基因組DNA。然后在來自下列6個(gè)不同稻株的基因組DNA中對(duì)EG307測(cè)序Nipponbare，Lemont，IR64，Teqing，Azucena，和Kasalath。與O.rufipogon相比，每個(gè)這樣的株的KA/KS比均不同。表1顯示編碼區(qū)的全部1344個(gè)堿基的結(jié)果。表1檢查的O.rufipogon(IRGC105491株)與所有稻株的全部CDSKA/KS比。在O.rufipogon與所有這些稻株之間非翻譯(UTR)區(qū)存在差異。由于稻株之間不同程度的雜交培育，預(yù)期有寬范圍的KA/KS比。由于O.rufipogon與馴化株之間的雜交培育，有些比其它的更類似于O.rufipogon。為了O.rufipogonEG307蛋白質(zhì)編碼區(qū)與每個(gè)稻株的蛋白質(zhì)編碼區(qū)之間的所有兩兩比較能夠測(cè)序，進(jìn)行滑動(dòng)窗口分析。這允許鑒定在馴化過程中選擇的蛋白質(zhì)的具體區(qū)域。這種準(zhǔn)確定位使一種靶向方法能夠表征祖先蛋白質(zhì)與馴化后代作物的蛋白質(zhì)之間重要的改變。這可允許發(fā)展針對(duì)蛋白質(zhì)的這些重要結(jié)構(gòu)域的試劑，旨在提高產(chǎn)量?！按翱凇钡拈L(zhǎng)度在大多數(shù)情況下為150bp，有50bp與相鄰的窗口重疊。(因此，一個(gè)例子是，如果從CDS的5’端開始閱讀，第一個(gè)窗口長(zhǎng)度為150bp，相鄰的第二個(gè)窗口位于其3’側(cè)。第二個(gè)窗口的長(zhǎng)度也是150，在第二個(gè)窗口的5’端與第一個(gè)窗口重疊50bp，第三個(gè)窗口也是150bp，在第三個(gè)窗口的5’端與第二個(gè)窗口重疊50bp。因此，第二個(gè)窗口與相鄰的鄰居各重疊50bp。)另外，進(jìn)行第二個(gè)窗口分析，其中CDS大致分成兩半。這允許更大的核苷酸樣品大小，因此能夠進(jìn)行精確的統(tǒng)計(jì)學(xué)采樣。應(yīng)當(dāng)指出，盡管KA/KS常規(guī)表示為一個(gè)比值，但是實(shí)際上是一種方法，用來詢問“Ka值超過Ks值統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的數(shù)量了嗎？”。因此，當(dāng)Ks＝0時(shí)，如同在祖先水稻-現(xiàn)代水稻比較中通常發(fā)生的(因?yàn)橹挥写蠹s7000-8000年的馴化歷史)，由于分?jǐn)?shù)的分母等于0，所以無法計(jì)算比值。然而，如果(Ka-Ks)差是統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的，這些比較仍可檢測(cè)陽性選擇的作用。因此，對(duì)于下表中顯示的幾個(gè)比較，能夠檢測(cè)陽性選擇，只要這種比較是統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的。如同Ka/Ks比是顯著的那些比較一樣，它們以粗體顯示。應(yīng)當(dāng)指出，由于核苷酸置換方法的隨機(jī)性，不是所有與現(xiàn)代水稻株的比較都預(yù)期顯示陽性選擇的證據(jù)，特別是由于已知發(fā)生O.rufipogon與現(xiàn)代稻之間的雜交培育。表2O.rufipogon(NSGC5948株)與稻“Nipponbare”株的滑動(dòng)窗口Ka/Ks比。注意所有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的比較都以粗體顯示。在此重要地指出，當(dāng)使用第一個(gè)大窗口時(shí)，有統(tǒng)計(jì)學(xué)證據(jù)支持O.rufipogon與Nipponbare比較中顯示的陽性選擇。這是祖先O.rufipogon與馴化稻(Nipponbare株)EG307同源物之間發(fā)生陽性選擇(由于人類馴化)的良好證據(jù)。如上所述，由于核苷酸置換方法的隨機(jī)性，不是與現(xiàn)代水稻株的所有比較都預(yù)期顯示陽性選擇的證據(jù)。另外，如上所述，O.rufipogon與某些馴化株之間發(fā)生雜交培育，進(jìn)一步模糊了選擇信號(hào)。然而，該分析解釋的是EG307基因上發(fā)生了陽性選擇。表3O.rufipogonNSGC5948株與稻(“Lemont”株)的滑動(dòng)窗口Ka/Ks比。注意所有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的比較都以粗體顯示。在此重要地指出，當(dāng)使用第一個(gè)大窗口時(shí)，有統(tǒng)計(jì)學(xué)證據(jù)支持O.rufipogon與Lemont比較中顯示的陽性選擇。這是祖先O.rufipogon與馴化稻(Lemont株)EG307同源物之間發(fā)生陽性選擇(由于人類馴化)的良好證據(jù)。如上所述，由于核苷酸置換方法的隨機(jī)性，不是與現(xiàn)代水稻株的所有比較都預(yù)期顯示陽性選擇的證據(jù)。另外，如上所述，O.rufipogon與某些馴化株之間發(fā)生雜交培育，進(jìn)一步模糊了選擇信號(hào)。然而，該分析解釋的是EG307基因上發(fā)生了陽性選擇。表4O.rufipogonNSGC5948株與稻(“IR64”株)的滑動(dòng)窗口Ka/Ks比。注意所有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的比較都以粗體顯示。注意來自O(shè).rufipogon與稻IR64株的EG307的蛋白質(zhì)編碼區(qū)序列相同，因此，Ka/Ks值等于0。IR64是一種低產(chǎn)量現(xiàn)代株(個(gè)人通信，ShannonPinson，ResearchGeneticist，USA-ARSRiceResearchUnit，Beaumont，TX)，可能與野生O.rufipogon大量雜種繁殖。表5O.rufipogonNSGC5948株與稻(“Teqing”株)的滑動(dòng)窗口Ka/Ks比。注意所有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的比較都以粗體顯示。注意來自O(shè).rufipogon與稻Teqing株的EG307序列的比較沒有顯示Ka/Ks比大于1。然而，如上所述，由于核苷酸置換方法的隨機(jī)性，不是與現(xiàn)代水稻株的所有比較都預(yù)期顯示陽性選擇的證據(jù)。另外，如上所述，O.rufipogon與某些馴化株之間發(fā)生雜交培育，進(jìn)一步模糊了選擇信號(hào)。表6O.rufipogonNSGC5948株與稻(“Azucena”株)的滑動(dòng)窗口Ka/Ks比。注意所有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的比較都以粗體顯示。在此重要地指出，當(dāng)使用第一個(gè)大窗口時(shí)，有統(tǒng)計(jì)學(xué)證據(jù)支持O.rufipogon與Azucena比較中顯示的陽性選擇。這是祖先O.rufipogon與馴化稻(Azucena株)EG307同源物之間發(fā)生陽性選擇(由于人類馴化)的良好證據(jù)。如上所述，由于核苷酸置換方法的隨機(jī)性，不是與現(xiàn)代水稻株的所有比較都預(yù)期顯示陽性選擇的證據(jù)。另外，如上所述，O.rufipogon與某些馴化株之間發(fā)生雜交培育，進(jìn)一步模糊了選擇信號(hào)。然而，該分析再一次解釋的是EG307基因上發(fā)生了陽性選擇。表7O.rufipogonNSGC5948株與稻(“Kasalath4”株)的滑動(dòng)窗口Ka/Ks比。注意所有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著的比較都以粗體顯示。注意只顯示了Kasalath4的滑動(dòng)窗口。該序列中有4個(gè)等位基因差異(被稱為Kasalath1、2、3、4)，它們只有一個(gè)核苷酸不同，為了清楚起見，我們選擇只顯示一個(gè)。但是顯示了全部CDS序列的Ka/Ks比。注意來自O(shè).rufipogon與稻Kasalath株的EG307序列之間的比較不顯示Ka/Ks大于1。然而，如上所述，由于核苷酸置換方法的隨機(jī)性，不是與現(xiàn)代水稻株的所有比較都預(yù)期顯示陽性選擇的證據(jù)。另外，如上所述，O.rufipogon與某些馴化株之間發(fā)生雜交培育，進(jìn)一步模糊了選擇信號(hào)。在完成了O.rufipogonNSGC5953株中EG307的測(cè)序后，利用完整的序列設(shè)計(jì)擴(kuò)增引物。這些引物然后在聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)中使用，從其它幾個(gè)O.rufipogon株中擴(kuò)增EG307基因，包括NSGC5948、NSGC5949和IRGC105491。然后對(duì)所有這些株測(cè)序擴(kuò)增的EG307基因。實(shí)施例12EG307的作圖EG307然后在水稻中物理作圖。Clemson大學(xué)已經(jīng)制成了一個(gè)水稻Nipponbare細(xì)菌人工染色體(BAC)文庫；參見Budiman，M.A.1999，“兩種模式作物西紅柿和水稻的深覆蓋BAC文庫的構(gòu)建和表征，以及西紅柿中染色體向jointless-2步移的啟動(dòng)”。博士學(xué)位論文，TexasA&MUniversity，CollegeStation，TX。文庫克隆能夠以雜交濾紙的形式從Clemson獲得。篩選中使用的兩種不同的水稻BAC文庫購自Clemson大學(xué)基因組學(xué)研究所(CUGI)。OSJNBa文庫在CUGI由japonica水稻株(Nipponbare變種)的基因組DNA構(gòu)建，平均插入大小為130kb，覆蓋11個(gè)基因組相當(dāng)物。這是國(guó)際水稻基因組測(cè)序計(jì)劃最廣泛使用的文庫之一。它在pBeloBAC11的HindIII位點(diǎn)構(gòu)建，含有36,864個(gè)克隆。OSJNBb文庫也在CUGI由japonica水稻株(Nipponbare變種)的基因組DNA構(gòu)建，平均插入大小為120kb，覆蓋15個(gè)基因組相當(dāng)物。這是國(guó)際水稻基因組測(cè)序計(jì)劃最廣泛使用的另外一種文庫。它在pIndigoBac536的EcoRl位點(diǎn)構(gòu)建，含有55,296個(gè)克隆。DIG方案(BMB-RochePCRDIG探針合成試劑盒，目錄號(hào)1636090)成功標(biāo)記了獨(dú)特的EG307494bpPCR產(chǎn)物(引物5′-GAGTTCACAGGACAGCAGCA-3′(SEQIDNO87)和5′-CAATTCTCTGAGATGCCTTGG-3′)(SEQIDNO88)，用來篩查水稻BAC濾紙。按照DIG方案利用化學(xué)發(fā)光能夠容易地檢測(cè)印跡(BMB-RocheDIG發(fā)光檢測(cè)試劑盒目錄號(hào)1636090)。兩個(gè)不同的稻文庫，OSJNBa和OSJNBb，篩查總共5個(gè)不同的濾紙，三個(gè)覆蓋OSJNBb文庫，兩個(gè)覆蓋OSJNBa文庫。表8顯示所有三次篩查鑒定的各個(gè)ABC表8所有用EG307494bpPCR產(chǎn)物篩查BAC文庫鑒定的各種BAC。本領(lǐng)域技術(shù)人員知道允許一種基因?qū)σ环N具體重疊群或染色體物理作圖的參考數(shù)據(jù)，可以在CUGI發(fā)布給濾紙組或文庫購買者的網(wǎng)頁上獲得。與重疊群113也有幾個(gè)模糊、不顯著的雜交，也在染色體上。水稻重疊群80位于染色體3上，含有66個(gè)BAC和7個(gè)標(biāo)記。根據(jù)重疊群80內(nèi)所有這些BAC的重疊判斷，EG307位于染色體3短臂上標(biāo)記CDO1387的大約200kb上游。以前在RiceGenes中的數(shù)據(jù)，由USDA-ARS發(fā)展并產(chǎn)生的可公開獲得的基因組數(shù)據(jù)庫，現(xiàn)在整合到Gramene中。Gramene最近受USDAIFAFS計(jì)劃資助，產(chǎn)生一個(gè)醫(yī)藥(curated)、開放資源的、可以網(wǎng)絡(luò)獲得的數(shù)據(jù)資源，用于草的比較基因組分析。它提供來自Cornell大學(xué)、日本水稻基因組研究計(jì)劃(JRGP)和韓國(guó)水稻基因組研究計(jì)劃(KRGRP)的大量水稻遺傳圖譜，以及與來自其它草(玉米、燕麥和小麥)的圖譜相比較。利用RiceGenes網(wǎng)站，CDO1387標(biāo)記對(duì)幾個(gè)不同的水稻圖譜作圖。也存在對(duì)該區(qū)域作圖的幾個(gè)QTL，但是它們中的許多具有幾乎覆蓋整個(gè)染色體的更寬的范圍。1000粒重的一個(gè)得到證明的QTL對(duì)染色體3的該區(qū)域作圖，與標(biāo)記RZ672有關(guān)(S.R.McCouch等人Genetics150899-909Oct98)。在一張圖(R3)上，CDO1387對(duì)30.4cM作圖，RZ672對(duì)39cM作圖，這兩種標(biāo)記都在相似的范圍內(nèi)對(duì)其它4種水稻圖譜(水稻-CU-3、3RC94、3RC00和3RW99)作圖(圖5)。因此，EG307位于該QTL標(biāo)記的～10cM之內(nèi)。R3圖譜也含有一個(gè)BAC，OSJNBaO091P11，對(duì)21.45cM-21.95cM作圖。在篩查水稻ABC文庫后，對(duì)于該BAC和同一重疊群中的其它任何BAC，EG307是陰性的。水稻的粒重QTL區(qū)也與水稻與玉米之間的某些同線性研究有關(guān)，表明水稻染色體3S與玉米染色體1S和9L之間的同線性(W.A.Wilson等人Genetics153(1)453-473Sep99)。實(shí)施例13玉米和玉米草中EG307的鑒定通過BLAST(使用水稻EG307序列)在GenBank中搜索玉米基因組鑒定了兩個(gè)玉米EST，保藏號(hào)為BE511288和BG320985，它們似乎是同源的。設(shè)計(jì)引物，以便成功擴(kuò)增玉米(Zeamays)和玉米草(Zeamaysparviglumis)EG307同源物(SEQIDNO33和SEQIDNO34，含有一個(gè)建議的由SEQIDNO35表示的開放閱讀框，和SEQIDNO66，含有一個(gè)建議的由SEQIDNO67表示的開放閱讀框)。(推斷玉米和玉米草的蛋白質(zhì)序列；由SEQIDNO36和SEQIDNO68表示)。表9顯示玉米與玉米草相比較的Ka/Ks估計(jì)。表9玉米草(Zeamaysparviglumis)與現(xiàn)代玉米(Zeamays)的Ka/Ks比。盡管這些Ka/Ks值不顯示比值大于1，但是仍然證明了陽性選擇。表征了祖先水稻與其現(xiàn)代馴化后代之間的所有氨基酸置換，并對(duì)玉米草及其后代，現(xiàn)代玉米，進(jìn)行了相同的分析。在兩種(獨(dú)立的)馴化情況下，觀察到一致的模式與祖先植物(玉米草或祖先水稻)相比，現(xiàn)代作物(玉米或水稻)中幾乎所有的氨基酸置換均導(dǎo)致電荷/極性增加，溶解度提高，疏水性降低。這種模式最不可能在這兩個(gè)獨(dú)立馴化事件中偶然發(fā)生。這提示，這些置換對(duì)人類造成的馴化有相似的反應(yīng)。這有力地證明，由于人類對(duì)這兩種谷類的馴化，EG307已經(jīng)選擇。在完成一個(gè)玉米草株的EG307測(cè)序后，利用完成的序列設(shè)計(jì)擴(kuò)增引物。這些引物然后在聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)中使用，從其它幾個(gè)玉米草株以及幾個(gè)現(xiàn)代玉米株中擴(kuò)增EG307基因。然后對(duì)所有這些株的擴(kuò)增的EG307基因進(jìn)行測(cè)序。盡管為了清楚和理解起見，已經(jīng)通過圖示和實(shí)施例詳細(xì)描述了本發(fā)明，但是本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，能夠進(jìn)行某些改變和修飾。因此，這些描述和實(shí)施例不應(yīng)被視為限制附加權(quán)利要求書所述的本發(fā)明的范圍。實(shí)施例14新基因EG1117的發(fā)現(xiàn)和KAKS分析在EG高通量測(cè)序計(jì)劃中，首先用MegaBACE1000測(cè)序儀(APBiotech)測(cè)序克隆IWF1117H5(下文稱為EG1117)。該克隆從標(biāo)準(zhǔn)化的cDNA文庫(IncyteGenomics)測(cè)序，該文庫由來自祖先水稻Oryzarufipogon的材料構(gòu)建。GenBankBLAST結(jié)果命中三個(gè)無名水稻ESTs(AU055884，AU055885，BI808367)，兩個(gè)無名玉米ESTs(AI783000，AW000223)，和兩個(gè)無名小麥ESTs(BE444456，BE443845)。進(jìn)一步的測(cè)序顯示，IWF1117H5是一個(gè)部分cDNA克隆。與GenBank中馴化水稻(Oryzasativa)的ESTs相比較時(shí)，Ka/Ks比除以0。按照Qiagen的方案(DNeasyPlantMiniKit目錄號(hào)69103)，從稻的幾個(gè)不同的栽培種中分離基因組DNA。從O.rufipogon和稻cv.Nipponbare中分離總RNA(QiagenRNeasyPlantMiniKit目錄號(hào)74903)。使用dT引物合成第一鏈cDNA(APBiotechReady-To-GoT-PrimedFirst-StrandKit目錄號(hào)27-9263-01)，然后進(jìn)行PCR分析(QiagenHotStarTaqMasterMixKit目錄號(hào)203445)。也對(duì)玉蜀黍(玉米)、Zeamaysparviglumis(玉米草)和Triticumaestivum(現(xiàn)代小麥)進(jìn)行這些方案。一旦這些部分序列在O.rufipogon和稻中得到證實(shí)，即用基因特異性引物進(jìn)行反向PCR，試圖獲得該基因的5′端。迄今為止，O.rufipogon和稻中的1659bpCDS(圖6和7)已經(jīng)鑒定。這個(gè)部分序列包含終止密碼子。EG1117然后在來自以下6種不同稻株的基因組DNA中部分測(cè)序Nipponbare，Lemont，IR64，Teqing，Azucena和Kasalath。與O.rufipogon5948株相比，所有這些株的Ka/Ks比都不同。編碼區(qū)1656個(gè)堿基的Ka/Ks比如下表10O.rufipogonNSGC5948株與不同稻株的Ka/Ks比由于稻株之間雜交培育的量，預(yù)期Ka/Ks比范圍較寬。由于O.rufipogon與馴化株之間的雜交培育，其中一些類似于O.rufipogon。利用推斷的稻Nipponbare株的蛋白質(zhì)序列進(jìn)行BLAST搜索。極強(qiáng)的蛋白質(zhì)BLAST命中擬南芥PTR2-B(組氨酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，NP_178313)(SEQIDNO170)提示，水稻序列只丟失CDS的約30個(gè)密碼子(圖8)。同源性搜索結(jié)果提示，EG1117基因編碼一種蛋白質(zhì)，該蛋白質(zhì)與包括真菌、植物、昆蟲和哺乳動(dòng)物在內(nèi)的廣泛的種中發(fā)現(xiàn)的肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白家族非常相似。(參見Koh等人(2002)Arabidopsis.PlantPhysiol.12821-29；Hauser等人(2001)Mol.Membr.Biol.18105-12；Hauser等人(2000)J.Biol.Chem.2753037-42；Lubkowitz等人(1997)Microbiology143-387-96；Steiner等人(1995)Mol.Microbiol16825-34)。EG1117編碼一種577個(gè)氨基酸的蛋白質(zhì)，該蛋白質(zhì)似乎有12個(gè)推斷的跨膜域區(qū)。EG1117的KA/KS分析提示，在水稻馴化過程中EG1117基因的至少一部分被強(qiáng)烈選擇。顯然這種具體蛋白質(zhì)是獨(dú)特的，盡管它顯示與大量良好表征的肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白有明顯的結(jié)構(gòu)同源性(Steiner等人(1995))。該序列似乎編碼預(yù)測(cè)的該蛋白質(zhì)家族特有的12個(gè)跨膜域。EG1117蛋白顯然不僅與肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白同源，而且與寡肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和硝酸鹽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白同源(Lubkowitz等人(1997)；Lin等人(2000)PlantPhysiol.122379-88；West等人(1998)PlantJ.15221229)。與其它類型的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白沒有同源性。肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白是整合膜蛋白，在二肽/三肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白中一般含有12個(gè)跨膜域，在寡肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白中可含有12-14個(gè)跨膜域。肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白質(zhì)家族(PTR家族)已經(jīng)在酵母和植物中廣泛研究。這些蛋白質(zhì)一般有助于二肽/三肽或寡肽以質(zhì)子依賴的方式穿過細(xì)胞膜轉(zhuǎn)運(yùn)。這些載體偶聯(lián)穿膜肽運(yùn)動(dòng)與內(nèi)部定向電化學(xué)梯度的質(zhì)子運(yùn)動(dòng)，使得肽的轉(zhuǎn)運(yùn)與底物梯度相反地發(fā)生(Nakazono等人(1996)Curr.Genet.29412-16；Matsukura等人(2000)PlantPhysiol.12485-93；Toyofuku等人，(2000)PlantCellPhysiol.41940-47；Hirose等人(1997)PlantCellPhysiol.381389-1396；Horie等人(2001)PlantJ.27129-38)。肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白一般進(jìn)行所有可能的二肽和三肽的序列獨(dú)立的轉(zhuǎn)運(yùn)。含有氨基酸的L-對(duì)映異構(gòu)體的肽全部顯示立體選擇性，其結(jié)合親和力高于含有D-對(duì)映異構(gòu)體的肽。目前，使不同轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的結(jié)構(gòu)與它們的底物特異性或親和性相關(guān)聯(lián)是不可能的。已經(jīng)鑒定了多個(gè)種的多種不同的肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白。這些蛋白質(zhì)的全面排比使得研究人員能夠鑒定一般在該家族所有成員中發(fā)現(xiàn)的主要氨基酸序列中的基序。在肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白家族的PTR-2成員中，已經(jīng)鑒定了“FYING”基序，以第5個(gè)跨膜域(TMD5)中的保守F-Y-x-x-I-N-x-G-S-L殘基和跨膜域10(TMD10)中的W-Q-I-P-Q-Y基序或E-x-C-E-R-F-x-Y-Y-G基序命名(Becket等人(2001)inPEPTIDESTHEWAVEOFTHEFUTURE，M.Lebl和R.A.Houghten編著.AmericanPeptideSociety，957-58)。有趣的是，釀酒酵母中FYING基序的定點(diǎn)誘變導(dǎo)致二肽的生長(zhǎng)減弱，對(duì)毒性二肽的敏感性降低，放射性標(biāo)記的二亮氨酸消除。這些數(shù)據(jù)提示，F(xiàn)YING基序在底物識(shí)別和/或易位中起重要作用。對(duì)于植物，文獻(xiàn)中證實(shí)肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白不僅在肽和硝酸鹽的營(yíng)養(yǎng)攝取中重要，而且這些轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白影響對(duì)生長(zhǎng)素、致病毒素和其它發(fā)育過程的反應(yīng)。對(duì)于擬南芥肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，AtPRT2，證明含有毒性乙硫氨酸的肽影響根的生長(zhǎng)，認(rèn)為該肽由這種特定轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)(Steiner等人(1994)PlantCell61289-99)。在后一項(xiàng)研究中，顯示通過AtPTR2-B基因的有義或反義構(gòu)建體的重組表達(dá)，AtPTR2-B蛋白的過量表達(dá)或表達(dá)的抑制導(dǎo)致轉(zhuǎn)基因似南芥植物開花延遲和種子發(fā)育停滯(Song等人(1997)PlantPhysiol.114927-935)。這提示肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白可能對(duì)植物的生長(zhǎng)和發(fā)育都有極深刻的影響。推斷的EG1117肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的進(jìn)一步分析證實(shí)，與其它典型植物PTR-2型蛋白質(zhì)相比，F(xiàn)YING基序?qū)嶋H上存在于EG1117的TMD5中。另外，EG1117在TMD10中含有一個(gè)WQVPQY基序，這與其它典型植物PTR-2型蛋白質(zhì)相同。DIALIGN局部排比程序(Morgenstern(1999)Bioinformatics15211-218)產(chǎn)生的多重序列排比證實(shí)，不同PTR-2型植物蛋白質(zhì)序列與水稻EG1117蛋白質(zhì)幾乎95％排比，在氨基酸水平上有大約70％的同源性。在稻和O.rufipogen蛋白質(zhì)中，只有三個(gè)非同義氨基酸置換。這些置換是結(jié)構(gòu)上重要的置換，可以顯著改變推斷的肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的功能或特異性。在一個(gè)情況中，我們將谷氨酰胺(極性不帶電荷)改變?yōu)榻M氨酸(堿性)氨基酸。在其它兩個(gè)位點(diǎn)，我們發(fā)現(xiàn)酸性天冬氨酸改變?yōu)椴粠щ姾傻母拾彼?，酸性谷氨酸改變?yōu)椴粠щ姾傻母拾彼?。所有三個(gè)改變通常向堿性更強(qiáng)的電荷譜轉(zhuǎn)變。實(shí)施例15EG1117的作圖水稻EG1117然后物理作圖。DIG方案(BMB-RochePCRDIG探針合成試劑盒，目錄號(hào)1636090)成功標(biāo)記一種獨(dú)特的EG1117657bpPCR產(chǎn)物(引物5′-TCCTGCATCCCTCTCAACTT-3′和5′-GCATTGGATTCGATGAATGT-3′)，篩查來自Clemson大學(xué)的水稻BAC濾紙。最后按照DIG方案利用化學(xué)發(fā)光檢測(cè)這些印跡(BMB-RocheDIG發(fā)光檢測(cè)試劑盒目錄號(hào)1636090)。兩個(gè)不同的稻文庫(OSJNBa和OSJNBb)篩查總共2個(gè)不同的濾紙。以下是兩次篩查鑒定的BAC。表11所有用EG1117PCR產(chǎn)物篩查BAC文庫鑒定的各種BAC。水稻重疊群58位于染色體3上，含有181個(gè)BAC和15個(gè)標(biāo)記。EG1117對(duì)與標(biāo)記CDO1387、C236、C875、R2778和R2015相同的BAC作圖。在圖譜3RJ98上，它們均對(duì)35.8cM作圖。該標(biāo)記對(duì)幾個(gè)不同的水稻圖譜作圖，通過RiceGenes或Gramene網(wǎng)站評(píng)價(jià)。也有幾個(gè)QTL對(duì)該區(qū)域作圖。1000粒重的一個(gè)得到證明的QTL在染色體3的該區(qū)域中，與標(biāo)記RZ672有關(guān)(McCouch，S.R.等人Genetics150899-909)。在一張圖上，CDO1387對(duì)30.4cM作圖，RZ672對(duì)39cM作圖，這兩種標(biāo)記都在相似的范圍內(nèi)對(duì)其它4個(gè)水稻圖譜作圖。水稻的該區(qū)域也與水稻與玉米之間的某些研究有關(guān)，表明水稻染色體3S與玉米染色體1S和9L之間的同線性(Wilson，W.A.等人Genetics153(1)453-473)。實(shí)施例16EG307與EG1117的關(guān)系EG1117和以前描述的基因EG307對(duì)同一ClemsonBAC重疊群58作圖。EG1117朝向在EG307約3cM上游的p-臂的末端。EG1117對(duì)與重疊群58上多種標(biāo)記相同的BAC作圖，EG307對(duì)同一重疊群作圖，但是標(biāo)記不對(duì)陽性BAC直接作圖。利用來自水稻基因組計(jì)劃(RGP)的公開的YAC水稻圖譜的數(shù)據(jù)進(jìn)行不同的分析，RGP是國(guó)家農(nóng)學(xué)研究所(NIAS)和農(nóng)業(yè)、林業(yè)、漁業(yè)技術(shù)創(chuàng)新社會(huì)研究所(STAFF)的一項(xiàng)聯(lián)合計(jì)劃，和日本農(nóng)業(yè)、林業(yè)、漁業(yè)省(MAFF)基因組研究計(jì)劃的一部分。RGP數(shù)據(jù)庫使這兩個(gè)基因(EG1117和EG307)在染色體3上分開2cM。該YAC圖譜已經(jīng)由PlantCell接收準(zhǔn)備發(fā)表(Wu，J.等人，2002PlantCell，發(fā)表前的拷貝)。在BLAST搜索后(見上)，EG1117命中AU055884和AU055885。這兩個(gè)GenBankEST個(gè)體均來自克隆S20126，對(duì)YACsY2533和Y5488作圖。這些YAC用S10968錨定，在33.5cM處對(duì)染色體3作圖。這兩個(gè)基因出科意料的接近提示可能的功能相關(guān)。EG307和EG1117可以一起作用，提高產(chǎn)量。我們推測(cè)EG307可能是EG1117的一種轉(zhuǎn)錄因子，因而產(chǎn)生一種植物操縱子。所有跡象都表明EG307和EG1117是影響農(nóng)業(yè)上重要的性狀的基因的合理候選物，這是根據(jù)1)對(duì)水稻馴化和祖先種的KA/KS分析，2)與粒重QTL的關(guān)聯(lián)，和3)祖先與馴化種之間氨基酸置換的一種進(jìn)化模式。根據(jù)水稻中的KA/KS分析，EG1117也顯示馴化過程中強(qiáng)陽性選擇的證據(jù)。EG1117編碼一種與肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白家族同源的蛋白質(zhì)。該家族的其它成員在植物中已經(jīng)顯示影響生長(zhǎng)、開花和種子發(fā)育。EG1117也與粒重的QTL有關(guān)。這是巧合的可能性極小。它們是用來證實(shí)這些基因與農(nóng)業(yè)相關(guān)的理想基因。實(shí)施例17產(chǎn)量候選物的驗(yàn)證組合分析和譜系分析EG307和EG1117在控制谷類產(chǎn)量上的作用能夠通過產(chǎn)生轉(zhuǎn)基因植物證實(shí)，如本專利其它部分所述；另一個(gè)證據(jù)支持來自于組合分析和譜系分析。組合分析包括在大量良好表征的水稻株中測(cè)序每個(gè)候選基因，了解這些基因是否與已知的性狀有關(guān)。測(cè)序13個(gè)良好表征的現(xiàn)代水稻株的EG307，確定在所有9個(gè)最高產(chǎn)量株中存在衍生的、陽性選擇的等位基因，而祖先等位基因存在于4個(gè)最低產(chǎn)量株中。通過檢查表12發(fā)現(xiàn)的模式非常驚人。這補(bǔ)充了EG307確實(shí)影響產(chǎn)量的證據(jù)，即它可能是所謂的“產(chǎn)量”基因。為了闡明EG307蛋白的功能，將測(cè)定與其相互作用的水稻蛋白質(zhì)。這種“牽連犯罪(guilt-by-association)”方法在人們希望鑒定與未知蛋白質(zhì)有關(guān)的可能的途徑或功能時(shí)有用(評(píng)論(2001)Nature410)。測(cè)定相互作用的蛋白質(zhì)的兩種方法包括整體篩選法，如酵母雙雜交法，以及更直接的方法，利用未知蛋白質(zhì)的重組表達(dá)形式根據(jù)它們相互作用的親和力分離相互作用的蛋白質(zhì)。顯示了這兩種方法的實(shí)驗(yàn)方法和設(shè)計(jì)的簡(jiǎn)述。A.酵母雙雜交(YTH)篩選。對(duì)相互作用的蛋白質(zhì)的YTH篩選方法依賴于產(chǎn)生目的蛋白質(zhì)與轉(zhuǎn)錄激活因子蛋白質(zhì)結(jié)合域的一半(餌)的重組融合體，以及使用與轉(zhuǎn)錄激活因子激活域的另一半(靶蛋白)融合的可能的蛋白質(zhì)編碼區(qū)的cDNA文庫。如果餌靶蛋白相互作用，轉(zhuǎn)錄因子的兩半(結(jié)合域和激活域)聚集在一起，一個(gè)啟動(dòng)報(bào)道基因的轉(zhuǎn)錄。一般使用兩個(gè)基本類型的YTH系統(tǒng)，用于標(biāo)準(zhǔn)YTH的基于GAL4的系統(tǒng)(Fields等人(1989)Nature3402445-246)和基于LexA的“相互作用-捕獲”(IT)方法(Golemis等人(1997)《現(xiàn)代分子生物學(xué)方法》，F(xiàn).M.Asubel等人編著，JohnWiley&Sons，NY；Golemis等人(1997)《細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)》，D.L.SpSeptor，R.Goldman，和L.Leinwand編著，ColdSpringHarborLaboratoryPress)。兩個(gè)水稻YTHcDNA文庫(L與Mil-Yang)可以從Eugentech，Inc.(YusongTaejon，Korea)購買。這些文庫在StratageneHybriZAP_(基于GAL4的系統(tǒng))由cDNA產(chǎn)生，該cDNA利用從長(zhǎng)出長(zhǎng)度＜2cm或＞2cm的穗的水稻中分離的mRNA產(chǎn)生。重要的是，我們從EG307表達(dá)的RT-PCR分析知道，EG307蛋白應(yīng)當(dāng)存在于這些組織中。因此，這些文庫可能表達(dá)與EG307蛋白相互作用的蛋白質(zhì)。實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)。HybriZAPYTH系統(tǒng)特定的標(biāo)準(zhǔn)試劑、酵母株、載體和DNA分離/測(cè)序從Stratagene獲得。利用稻芽mRNA的RT-PCR擴(kuò)增克隆EG307的編碼區(qū)。PCR擴(kuò)增的插入片段克隆到線性化的pBD-GAL4Cam噬菌粒載體內(nèi)，在氯霉素平板上篩選攜帶插入片段的轉(zhuǎn)化子，產(chǎn)生“餌”質(zhì)粒。EG307的克隆連接和編碼區(qū)在EG用標(biāo)準(zhǔn)測(cè)序技術(shù)測(cè)序，確保使用適當(dāng)?shù)拈喿x框，并且在EG307擴(kuò)增過程中沒有突變引入。來自Eugentech的兩種商品文庫被該公司報(bào)道為從初級(jí)文庫中一輪擴(kuò)增，以2×108pfu提供。文庫I(＜2cm穗)最初有1×106pfu的復(fù)雜性，擴(kuò)增的文庫滴度為3.6×108pfu/ml。文庫I中的插入大小為0.5-3.0kb。文庫II(＞2cm穗)最初有5×105pfu的復(fù)雜性，擴(kuò)增的文庫滴度為4×106pfu/ml。文庫II中的插入大小為0.5-1.6kb。由于這些預(yù)先制備的文庫能夠以極其合理的價(jià)格購到，因此需要謹(jǐn)慎使用這種具體系統(tǒng)進(jìn)行最初的YTH捕獲。使用Stratagene的YRG-2酵母感受態(tài)細(xì)胞文庫試劑盒，餌質(zhì)粒和靶質(zhì)粒文庫共轉(zhuǎn)染酵母株YRG-2。通過YRG-2營(yíng)養(yǎng)缺陷型突變的互補(bǔ)篩選攜帶這兩種質(zhì)粒的酵母。在該情況下，餌質(zhì)粒和靶質(zhì)粒應(yīng)當(dāng)補(bǔ)充YRG-2株的色氨酸和亮氨酸營(yíng)養(yǎng)缺陷型。利用通過這種共轉(zhuǎn)染生長(zhǎng)的菌落產(chǎn)生酵母文庫，然后在缺乏組氨酸和含有X-gal的平板上進(jìn)一步篩選，篩選相互作用的靶蛋白。YRG-2株攜帶另外兩種報(bào)道質(zhì)粒。一種在HIS基因上游攜帶GAL4結(jié)合序列，用來補(bǔ)充YRG-2組氨酸營(yíng)養(yǎng)缺陷型突變。另一種質(zhì)粒在LacZ報(bào)道基因上游攜帶GAL4結(jié)合序列。當(dāng)酵母平板接種含有X-gal的平板時(shí)，這允許報(bào)道基因表達(dá)的藍(lán)/白選擇。在相互作用篩選過程中，只有含有相互作用的餌靶組合的酵母能夠補(bǔ)充組氨酸營(yíng)養(yǎng)缺陷型，也導(dǎo)致LacZ的表達(dá)以及X-gal底物轉(zhuǎn)化為藍(lán)色產(chǎn)物。對(duì)相互作用的這種雙篩選有助于限制鑒定的假陽性菌落的數(shù)量。另外，在某種程度上，藍(lán)色底物產(chǎn)生的強(qiáng)度表示餌與靶蛋白之間相互作用的強(qiáng)度。挑取相互作用的菌落，分離DNA，對(duì)來自幾百個(gè)菌落的靶質(zhì)粒的插入序列進(jìn)行測(cè)序。翻譯這些序列，對(duì)蛋白質(zhì)序列(全長(zhǎng)編碼區(qū)和來自EST的可能的開放閱讀框)搜索。當(dāng)多種相同的序列被鑒定為靶標(biāo)時(shí)，可能優(yōu)先選擇蛋白質(zhì)，代表一種相互作用的蛋白質(zhì)。如果一種序列只代表一次或幾次，它是一種非特異相互作用的蛋白質(zhì)，或在cDNA文庫中代表有限次數(shù)的轉(zhuǎn)錄物。多個(gè)類別的相互作用蛋白質(zhì)應(yīng)當(dāng)這樣鑒定。理想地，已知功能的蛋白質(zhì)高度代表，合理的功能或途徑容易地鑒定。如果相互作用的蛋白質(zhì)未知，但是與已知的蛋白質(zhì)同源，仍然可能根據(jù)已知的公共信息設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)來證實(shí)相互作用的相關(guān)性。存有疑問的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用將用其它體外和體內(nèi)研究證實(shí)。如果時(shí)間允許，將在I期進(jìn)行更簡(jiǎn)單的試驗(yàn)證實(shí)相互作用。在制備其它試劑如抗體和重組蛋白后，進(jìn)行如親和pull-downs和far-westerns的測(cè)定。必要時(shí)產(chǎn)生餌蛋白(EG307)以及推斷的相互作用蛋白的重組蛋白，作為表位標(biāo)記的融合蛋白(GST、myc、V5、生物素標(biāo)簽)。有關(guān)體內(nèi)相互作用的其它證據(jù)，如適當(dāng)構(gòu)建的兩種綠色熒光融合蛋白之間的熒光能量轉(zhuǎn)移，可能是最終證實(shí)體內(nèi)相互作用所必需的，也是可能影響這種相互作用的確定因素。然而，這些實(shí)驗(yàn)顯然超出了I期的范圍。YTH搜索有可能鑒定餌蛋白本身結(jié)合GAL4轉(zhuǎn)錄激活序列，并導(dǎo)致報(bào)道系統(tǒng)的激活。如果發(fā)生這種情況，將構(gòu)建獨(dú)立表達(dá)EG307蛋白的兩半的兩種餌構(gòu)建體。檢測(cè)這些構(gòu)建體中YRG-2中GAL4報(bào)道基因的直接激活。如果直接激活為陰性，將對(duì)餌靶相互作用重新篩查cDNA靶文庫。如果從預(yù)先制備的商品YTH文庫中未鑒定出相互作用的蛋白質(zhì)，可能是這些文庫質(zhì)量較差，或者GAL4YTH系統(tǒng)不敏感，不足以鑒定實(shí)際的相互作用蛋白質(zhì)。在任一種情況下，可以認(rèn)為在相互作用-捕獲系統(tǒng)(LexA)中構(gòu)建了備選文庫。這些文庫然后作為進(jìn)一步表征其它任何未知候選蛋白質(zhì)的基礎(chǔ)。實(shí)施例20利用物理方法直接分離和鑒定相互作用的蛋白質(zhì)為了從植物組織中直接分離相互作用的蛋白質(zhì)，親和分離溶解的不同植物組織中存在的蛋白質(zhì)。分離的相互作用的蛋白質(zhì)進(jìn)行有限的蛋白水解，通過質(zhì)譜分析法分析獲得的肽片段，確定是產(chǎn)生代表已知的還是預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)的肽片段模式。利用Pharmacia的pGEX-5X-I(AmershamPharmacia)將EG307蛋白克隆到細(xì)菌表達(dá)系統(tǒng)中，產(chǎn)生GST-EG307融合蛋白。用IPTG誘導(dǎo)表達(dá)的培養(yǎng)物的細(xì)菌裂解液在谷胱甘肽sepharose珠上純化融合蛋白。使游離谷胱甘肽通過該柱，通過與固相競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合，從珠上洗脫可溶性蛋白質(zhì)。重組GST-EG307當(dāng)與新鮮谷胱甘肽sepharose珠重新偶聯(lián)時(shí)，能夠用作親和配體。此外，通過用因子Xa處理融合蛋白去除GST域，也能夠獲得游離EG307蛋白。預(yù)測(cè)的EG307蛋白中沒有因子Xa蛋白酶位點(diǎn)。通過標(biāo)準(zhǔn)的差示組織破壞和澄清技術(shù)產(chǎn)生從大量稻幼苗(200-300克)中分離的植物細(xì)胞裂解物。為了分離細(xì)胞溶質(zhì)蛋白質(zhì)，在蛋白酶抑制劑混合物存在下，利用polytron組織勻漿器細(xì)胞和超聲儀通過機(jī)械剪切破壞細(xì)胞，而使組織裂解物保持低溫。通過低速差速離心去除碎片，隨后高速離心去除不可溶的凝聚蛋白質(zhì)，澄清可溶性細(xì)胞溶質(zhì)裂解物。為了在不可溶級(jí)分中分離蛋白質(zhì)，使用不同去污劑如NP-40、Brijg35和去氧膽酸鹽溶解從這些不可溶膜級(jí)分中分離的膜結(jié)合蛋白質(zhì)。不可溶物質(zhì)通過離心去除。植物細(xì)胞裂解物分別通過谷胱甘肽-sepharoseGST-EG307珠。該珠用不同離子強(qiáng)度的緩沖液洗滌，除去結(jié)合較弱的蛋白質(zhì)。結(jié)合的蛋白質(zhì)然后用低pH、高鹽或變性的去污劑洗脫。純蛋白質(zhì)在SDS-PAGE凝膠上電泳，條帶用與質(zhì)譜法相容的銀染色試劑或考馬斯藍(lán)染色。從凝膠上切下目的條帶，冷凍以備日后分析。這些蛋白質(zhì)送往質(zhì)譜設(shè)施進(jìn)行有限蛋白水解，隨后進(jìn)行質(zhì)譜分析，測(cè)定蛋白水解肽特征以及相互作用蛋白質(zhì)的身份。該技術(shù)允許鑒定相互作用的蛋白質(zhì)，只要這種相互作用的親和性是特異的且強(qiáng)到足以確保EG307蛋白與可能的相互作用蛋白質(zhì)之間緊密結(jié)合。如果該蛋白質(zhì)與其它蛋白質(zhì)同源，這些數(shù)據(jù)然后可用于鑒定相互作用的蛋白質(zhì)。由于缺乏對(duì)EG307蛋白的親和性，顯然利用該方法不可能鑒定蛋白質(zhì)。此外，利用上述方法產(chǎn)生的裂解物中可能不含相互作用的蛋白質(zhì)。如果有太多的蛋白質(zhì)似乎結(jié)合谷胱甘肽-sephGST-EG307珠，這些蛋白質(zhì)可能非特異地結(jié)合sepharose、谷胱甘肽、谷胱甘肽合成酶或通過N端GST與EG307融合產(chǎn)生的人工表位。為了消除一些這樣的非特異性相互作用，裂解物單獨(dú)用sepharose珠、用谷胱甘肽-sepharose以及與谷胱甘肽珠偶聯(lián)的無關(guān)GST-融合蛋白預(yù)先清除。如果在預(yù)先清除步驟之后非特異帶仍然存在，則利用更嚴(yán)格的洗滌和結(jié)合條件限制與該引誘蛋白結(jié)合的蛋白質(zhì)，如高鹽、低鹽、提高或降低pH、添加非離子去污劑，如Tween-20。實(shí)施例21測(cè)定編碼一種具有推斷的肽轉(zhuǎn)運(yùn)功能的新型蛋白質(zhì)的基因候選EG1117的功能由于EG1117蛋白可能編碼一種形式的肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，根據(jù)insilico同源性數(shù)據(jù)，提示它是PTR-2蛋白質(zhì)家族的一個(gè)成員，進(jìn)行直接評(píng)價(jià)這種具體功能的實(shí)驗(yàn)。使用兩種互補(bǔ)但是獨(dú)立的評(píng)價(jià)。首先，利用檢查酵母中異源肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白功能的一種方法檢查EG1117的馴化和祖先形式穿過細(xì)胞膜轉(zhuǎn)運(yùn)肽的能力，以及補(bǔ)充酵母PTR-2缺失突變體中營(yíng)養(yǎng)缺陷型氨基酸需要的能力。其次，在含有毒性乙硫氨酸的肽的存在下，利用水稻幼苗的馴化和祖先種將可能的肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白突變與可測(cè)定的馴化與祖先水稻種之間的表型差異關(guān)聯(lián)起來。在營(yíng)養(yǎng)缺陷型酵母中的異源肽轉(zhuǎn)運(yùn)功能的互補(bǔ)分析。在這些研究中，我們采用以前描述的用來鑒定新型擬南芥肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的方法，其中使用特別設(shè)計(jì)的營(yíng)養(yǎng)缺陷型突變酵母株，它們?cè)谵D(zhuǎn)運(yùn)二肽/三肽的能力上也有一個(gè)突變(Steiner等人，1994)。這種異源系統(tǒng)證實(shí)，植物肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白能夠克隆到酵母細(xì)胞內(nèi)，通過補(bǔ)充酵母株的營(yíng)養(yǎng)缺陷型氨基酸需要，能夠測(cè)定重組表達(dá)的蛋白質(zhì)功能。這是一種簡(jiǎn)單但是有效的測(cè)定，可快速獲得關(guān)于兩種EG1117形式的功能的信息。親本酵母株BY4742[Mata，his3-，leu2-，lys2-，ura2-]和YKR093WORF缺失突變體來自可從ATCC獲得的“完整酵母缺失陣列收集”，其中PTR-2基因缺失，被命名為BY4742-ptr2。這兩株均可從ATCC獲得。EG1117的馴化和祖先形式克隆到pYES2.1-TOPO-TA載體內(nèi)(Invitrogen，Inc.)，該載體可使推斷的PTR-2蛋白在酵母BY4742-ptr2營(yíng)養(yǎng)缺陷株中重組表達(dá)。轉(zhuǎn)染體的篩選在缺乏尿嘧啶的平板上進(jìn)行。從轉(zhuǎn)染體中再分離質(zhì)粒DNA，利用EG1117特異的引物分析，證實(shí)該株攜帶適當(dāng)?shù)馁|(zhì)粒。蛋白質(zhì)表達(dá)受培養(yǎng)基中半乳糖的存在控制。轉(zhuǎn)染體在含有半乳糖的培養(yǎng)基中生長(zhǎng)，通過western印跡分析載體添加的C端V5表位標(biāo)簽，監(jiān)測(cè)EG1117蛋白的表達(dá)。下面顯示在補(bǔ)充和根生長(zhǎng)試驗(yàn)中使用的肽Eth＝硫堇，是甲硫氨酸的一種有毒衍生物。所有對(duì)營(yíng)養(yǎng)缺陷型表型的篩選都在缺乏亮氨酸的平板上進(jìn)行。為了檢測(cè)EG1117是否編碼一種肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，商業(yè)合成并純化上述肽。由于每個(gè)肽都攜帶一個(gè)亮氨酸，如果將該肽轉(zhuǎn)運(yùn)到用一種功能肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白轉(zhuǎn)染的亮氨酸營(yíng)養(yǎng)缺陷株BY4742-ptr2中，并在半乳糖存在下生長(zhǎng)，該株應(yīng)當(dāng)能夠生長(zhǎng)。將要進(jìn)行的第二種測(cè)定是一種抑制測(cè)定。在此情況下，BY4742-ptr2EG307轉(zhuǎn)染體以及作為對(duì)照的BY4742親本和BY4742-ptr2缺失體，作為菌苔接種到Y(jié)PG(酵母提取物，蛋白胨，半乳糖)平板上，毒性乙硫氨酸-肽衍生物向膜片上印跡，并置于酵母菌苔上(Steiner等人，1994)。因此膜片周圍的清潔區(qū)表示該酵母表達(dá)一種功能轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，可使該酵母將毒性肽轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞內(nèi)，殺死細(xì)胞。如果EG1117蛋白的馴化和祖先形式都補(bǔ)充氨基酸營(yíng)養(yǎng)缺陷型突變，提示它們都是功能轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，則進(jìn)行下列實(shí)驗(yàn)。為了評(píng)價(jià)pH或陽離子依賴性，平板接種培養(yǎng)基的pH或離子強(qiáng)度將變化，并且測(cè)定攜帶EG1117蛋白的轉(zhuǎn)染體在補(bǔ)充肽存在下生長(zhǎng)或者在毒性肽存在下死亡的能力。同樣，為了評(píng)價(jià)肽親和力的可能的差異，評(píng)價(jià)特定肽或該肽的毒性變體對(duì)酵母轉(zhuǎn)化子生長(zhǎng)的劑量應(yīng)答影響。我們非?？赡馨l(fā)現(xiàn)，EG1117蛋白實(shí)際上編碼一種肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白。這兩種形式的蛋白質(zhì)也可能在其功能上顯示可以測(cè)量的差異，也許特異性/選擇性、最適pH或親和力的改變是明顯的。盡管在酸性到更多堿性特征的氨基酸序列中存在非同義改變，這些改變可能位于該蛋白質(zhì)的一個(gè)不重要的區(qū)域中。此外，這些改變也可能不改變?cè)摰鞍踪|(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，不足以改變其功能。這些蛋白質(zhì)不太可能不轉(zhuǎn)運(yùn)肽，然而，EG1117蛋白可能是其它一些底物的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白。在該情況下，在沒有EG1117轉(zhuǎn)運(yùn)肽的任何證據(jù)時(shí)，可以使用同一系統(tǒng)或至少轉(zhuǎn)染的酵母來分類一些其它功能。例如，能夠檢測(cè)適當(dāng)營(yíng)養(yǎng)缺陷株中的單糖或多糖轉(zhuǎn)運(yùn)能力。此外，靶向轉(zhuǎn)運(yùn)功能的其它酵母缺失突變體也能夠與現(xiàn)有的轉(zhuǎn)染體繁殖。在該情況下，繁殖的酵母在選擇平板上生長(zhǎng)將表示該具體缺失突變互補(bǔ)。利用這種策略，能夠掃描大量可公開獲得的不同酵母缺失突變體(Brachman等人(1998)Yeast14115-132。實(shí)施例22祖先和馴化的水稻幼苗對(duì)含有乙硫氨酸的毒性肽的不同敏感性這些研究試圖直接在體內(nèi)證明該EG1117蛋白在馴化的和祖先水稻株中起不同作用。轉(zhuǎn)運(yùn)毒性肽的能力導(dǎo)致攝取毒性肽的細(xì)胞死亡。功能的缺乏可能表現(xiàn)為對(duì)毒性肽影響幼苗根持續(xù)生長(zhǎng)的抗性。表型差異的缺乏提示EG1117未表達(dá)，或者其它轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白補(bǔ)償選擇的EG1117蛋白的改變的功能。在這些研究中使用用于擬南芥的方法的一種修改方法(Steiner等人，1994)。使來自O(shè).sativa和O.rufipogen的水稻種子發(fā)芽，然后幼苗在黑暗、潮濕的容器中在水稻培養(yǎng)基上繼續(xù)生長(zhǎng)。幼苗暴露于浸有含乙硫氨酸的毒性肽或非毒性肽(作為對(duì)照)的盤中。最初的實(shí)驗(yàn)集中在測(cè)定對(duì)毒性肽的敏感性是否存在顯著差異。如果沒有觀察到顯著差異，在一個(gè)較大規(guī)模的實(shí)驗(yàn)中使用一定劑量范圍的毒性肽進(jìn)行其它實(shí)驗(yàn)，來測(cè)定是否存在對(duì)毒性肽的不同敏感性。這暗示兩個(gè)水稻株中存在肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的功能活性的差異。這組研究的結(jié)果取決于是否有其它的肽轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制補(bǔ)充假定的EG1117編碼的蛋白質(zhì)的差異。只要EG1117是水稻使用的主要肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，或者具有對(duì)于水稻植物生長(zhǎng)至關(guān)重要的獨(dú)特功能，馴化的與祖先形式之間EG1117功能的任何差異都應(yīng)當(dāng)表現(xiàn)為對(duì)毒性肽的敏感性的差異。在擬南芥中進(jìn)行的類似實(shí)驗(yàn)成功地證明了單PTR-2蛋白是單肽轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)的一部分(Steiner等人，1994)。因此，單肽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的突變體產(chǎn)生生長(zhǎng)抑制的顯著結(jié)果。具體而言，這些研究顯示，由于早期胚中PTR-2表達(dá)的發(fā)育阻斷，PTR-2蛋白的缺失或PTR-2蛋白表達(dá)的缺乏導(dǎo)致植物對(duì)周圍環(huán)境中存在毒性肽的抗性。水稻幼苗的生長(zhǎng)可能相似，通過改變水稻幼苗的生長(zhǎng)，能夠容易地顯示EG1117功能的任何差異。序列表<110>EvolutionaryGenomicsLLC<120>鑒定馴化的植物和動(dòng)物中進(jìn)化上顯著的多核苷酸和多肽序列改變的方法<130>GENO200.1.6/PCT<150>US60/349,088<151>2002-01-16<150>US60/349,661<151>2002-01-17<150>US60/368,541<151>2002-03-29<150>US10/079,042<151>2002-02-19<160>145<170>PatentInversion3.2<210>1<211>2441<212>DNA<213>Oryzasativacv.Azucena<400>1ccatgtcgaggtgcttcccctacccgccgccggggtacgtgcgaaacccagtggtggccg60tggccgcggccgaagcgcaggcgaccactaaggtttgttgaaccatcggatttacacacg120cacgtgccggatcatttgctcttgcctgttggttttgatcggatctgttggttgtgcgtg180tgtgatttggggatcgcacgtgcggggaagctaacctttgcatggataacttgagatttg240tgaggccgcgcttcgaccagatcggtcgccaatcttttagtggctgaccgtggaaagagg300atattactgaccttcggtttgctaattttggttgtgccgttgaatctgaaataaccagaa360tagtcatggggaaaaaagtctgatctggaaggttcgaattacatttctatatattgttgt420gctcccagacgatggttgcaagaaatcactcatgctggataaaattgtggatgtaagagt480ctgcagtcgttaaaatctggaaacagcacattttgccgtagtaaatttgaatccatgttg540ctgtctcgttattggtgtgttacgagtaacctgtgtgttgttatctccgcttggactaga600ttccaagtaatccagtgccttcatgacctgcaaattctatgcctatgaagtaacatgaac660agtttgtatgtatgtattctgttgatgcatacttgcattatttgtgagatgtacatgttg720tggtaaaattttgcattcaccatatagaaatagtaactgactatccttgtttagttcgaa780aactactgcaggtttagttattctctgttgccaagagtgcttgttatgattgtaagggtt840acagttctgtgactaaccatgtaacaaatatattaaggattatcaaattattctatgtga900agtgtccgtgccctaattgtgttatcttctgtaactgatagcacaacatttgtttcctgc960tgtgtgcttgtgtaaattggtacttcatcattactatatatttcaaagaaaattctgcat1020tgcattcccgtcgtccgttctaaatcagaactgacgattgctctggtggctgaagctcca1080gaaagaaagggaaaaggctgaaaagaagaaagagaaaaggagtgacaggaaagctcttcc1140acatggtgagatatccaagcattcaaagcgaacccaccacaagaagagaaaacatgaaga1200catcaataatgctgatcagaagtcccggaaggtttcctccatggaacctggtgagcaatt1260ggagaagagtggactctcagaagagcatggagctccttgctttactcagacagagcatgg1320ctctccagagagttcacaggacagcagcaagagaagaaaggttgtgttacccagtcctag1380ccaagctaagaatggtgaggccctttcttgcatttgtcttcttttagctggtgatgttga1440attggtttgacttatcctgaattatcatcttgcaggtaacatccttcgaataaagataag1500aagagatcaagattcttcagcttccctttcggagaaatctaatgttgtacaaacaccagt1560tcatcaaatgggatcagtttcatctctgccaagtaagaaaaactcaatgcaaccacacaa1620caccgaaatgatggtgagaacagcatcaacccagcagcaaagcatcaaaggtgattttca1680agcagtaccgaaacaaggtatgccaaccccagcaaaagtcatgccaagagtcgatgttcc1740tccatctatgagggcatcaaaggaaaggattggccttcgtcctgcagagatgttggccaa1800tgttggtccttcaccctccaaggcaaaacagattgtcaatcctgcagctgctaaggttac1860acaaagagttgatcctccacctgccaaggcatctcagagaattgatcctctgttgccatc1920caaggttcatatagatgctactcgatcttttacgaaggtctcccagacagagatcaagcc1980ggaagtacagcccccaattctgaaggtgcctgtggctatgcctaccatcaatcgtcagca2040gattgacacctcgcagcccaaagaagagccttgctcctctggcaggaatgctgaagctgc2100ttcagtatcagtagagaagcagtccaagtcagatcgcaaaaagagccgcaaggctgagaa2160gaaagagaagaagttcaaagatttatttgttacctgggatcctccgtctatggaaatgga2220tgatatggatctcggggaccaggattggctgcttgatagtacgaggaaacctgatgctgg2280cattggcaactgcagagaaattgttgatccacttacttctcaatcagcagagcagttctc2340attgcagcctagggcgattcatttaccagaccttcatgtctatcagttgccatatgtggt2400tccattctaggtttgtgtagtgagatggagtaggtgagaag2441<210>2<211>1344<212>DNA<213>Oryzasativacv.Azucena<220><221>CDS<222>(1)..(1344)<400>2atgtcgaggtgcttcccctacccgccgccggggtacgtgcgaaaccca48MetSerArgCysPheProTyrProProProGlyTyrValArgAsnPro151015gtggtggccgtggccgcggccgaagcgcaggcgaccactaagctccag96ValValAlaValAlaAlaAlaGluAlaGlnAlaThrThrLysLeuGln202530aaagaaagggaaaaggctgaaaagaagaaagagaaaaggagtgacagg144LysGluArgGluLysAlaGluLysLysLysGluLysArgSerAspArg354045aaagctcttccacatggtgagatatccaagcattcaaagcgaacccac192LysAlaLeuProHisGlyGluIleSerLysHisSerLysArgThrHis505560cacaagaagagaaaacatgaagacatcaataatgctgatcagaagtcc240HisLysLysArgLysHisGluAspIleAsnAsnAlaAspGlnLysSer65707580cggaaggtttcctccatggaacctggtgagcaattggagaagagtgga288ArgLysValSerSerMetGluProGlyGluGlnLeuGluLysSerGly859095ctctcagaagagcatggagctccttgctttactcagacagagcatggc336LeuSerGluGluHisGlyAlaProCysPheThrGlnThrGluHisGly100105110tct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(30)<223>位置30處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(31)..(31)<223>位置31處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(32)..(32)<223>位置32處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(33)..(33)<223>位置33處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(34)..(34)<223>位置34處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(35)..(35)<223>位置35處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(36)..(36)<223>位置36處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(37)..(37)<223>位置37處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(38)..(38)<223>位置38處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(39)..(39)<223>位置39處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，GIy，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(40)..(40)<223>位置40處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<223>位置41處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(42)..(42)<223>位置42處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(43)..(43)<223>位置43處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(44)..(44)<223>位置44處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(45)..(45)<223>位置45處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(46)..(46)<223>位置46處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(47)..(47)<223>位置47處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(48)..(48)<223>位置48處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(49)..(49)<223>位置49處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(50)..(50)<223>位置50處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(51)..(51)<223>位置51處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(52)..(52)<223>位置52處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(53)..(53)<223>位置53處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(54)..(54)<223>位置54處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(55)..(55)<223>位置55處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(56)..(56)<223>位置56處Xaa代表Lys，Asn，Arg，Ser，Thr，Ile，Met，Glu，Asp，Gly，Ala，Val，Gln，His，Pro，Leu，Tyr，Trp，Cys，或Phe.<220><221>misc_feature<222>(324)..(324)<223>位置324處Xaa代表Glu，或Asp.<400>76MetSerArgCysPheProTyrProProProGlyTyrValArgAsnPro151015ValAlaValAlaGluProGluSerThrAlaLysXaaXaaXaaXaaXaa202530XaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaa354045XaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaXaaSerLysHisSerHisLysLysArg505560LysLeuGluAspValIleLysAlaGluGlnValProLysArgValPro65707580LysGluSerValGluGlnLeuGluLysSerGlyLeuSerGluGluHis859095GlyAlaProSerPheValHisThrIleArgAspSerProGluSerSer100105110GlnAspSerGlyLysArgArgLysValValLeuSerSerProSerGln115120125ProLysAsnGlyAsnIleLeuArgPheLysIleLysSerSerGlnAsp130135140ProGlnSerAlaValLeuGluLysProArgValLeuGluGlnProLeu145150155160ValGlnGlnMetGlySerGlySerSerLeuSerGlyLysGlnAsnSer165170175IleHisHisLysMetAsnValArgSerThrSerGlyGlnArgArgVal180185190AsnGlyAspSerGlnAlaValGlnLysCysLeuIleThrGluSerPro195200205AlaLysThrMetGlnArgLeuValProGlnProAlaAlaLysValThr210215220HisProValAspProGlnSerAlaValLysValProValGlyArgSer225230235240GlyLeuProLeuLysSerSerGlySerValAspProSerProAlaArg245250255ValMetArgArgPheAspProProProValLysMetMetSerGlnArg260265270ValHisHisProAlaSerMetValSerGlnLysValAspProProPhe275280285ProLysValLeuHisLysGluThrGlySerValValArgLeuProGlu290295300AlaThrArgProThrValLeuGlnLysProLysAspLeuProAlaIle305310315320LysGlnGlnXaaIleArgThrSerSerSerLysGluGluProCysPhe325330335SerGlyArgAsnAlaGluAlaValGlnValGlnAspThrLysLeuSer340345350ArgSerAspMetLysLysIleArgLysAlaGluLysLysAspLysLys355360365PheArgAspLeuPheValThrTrpAsnProValLeuIleGluAsnGlu370375380GlySerAspLeuGlyAspGluAspT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gacacatg180ttactgtgtacttgtgatcttgttaaatgcttgcttgtaaatgcaacgattgtaactaag240taacataacttaaggctcaggaggaccagacacatgttacttgcataattgtattttttt300caagtatgttatgcctgtaaggagcttgatttgtggatttcatatcttttattgtgtggc360tactataatattttatctacctctcttgtgtgtaggttccttgatagagctgctgttatc420tcatctgctgatctgaagagtgaatcctttaccgacccatggaagctttgcacagttacc480caggtggaagaattgaagatcctaataagaatgtttcccatttgggctactactatcata540ttcagtgctgtt552<210>145<211>511<212>DNA<213>Zeamaysteosinte株Wilkes<400>145gcattgggtctttcaacattcctcctgcatctctctccacttttgatgtaatcagcgtca60tcatgtgggtcccactctatgaccgcatcctggtgccactagctagaaaattcactggaa120gggagaagggtttttctgagctacagcggatgggaattggattagtcctgtccattctcg180cgatggtatctgcagctctagttgagttgaagcgtttagagattgccaggtctgaaggtc240tcattcatgagaaggctgctgttccaatgagcattctttggcaaataccacaatatttct300tggtgggcgctgctgaggtgtttacttgtattggtcaagttgagttcttttacgatcagg360ccccagatgccatgaggagtttatgtagtgcacttgcacttattacagtctcactgggaa420actatataagctccatcatactgacattggtgtcgtacattacaactcagggaggagatc480ctggatggatccctgacaatctgaatgaagg51權(quán)利要求1.一種方法，用于鑒別編碼馴化生物的多肽的多核苷酸序列，其中與該馴化生物野生祖先相比該多肽與或者可能與所述馴化生物的產(chǎn)量提高有關(guān)，該方法包括下列步驟a)將該馴化生物的多肽編碼核苷酸序列與該野生祖先的多肽編碼核苷酸序列相比較；和b)選擇馴化生物中的一種多核苷酸序列，與野生祖先中的相應(yīng)序列相比，該序列含有核苷酸改變，其中這種改變進(jìn)化上顯著，從而鑒別馴化生物的多核苷酸序列。2.權(quán)利要求1的方法，其中與產(chǎn)量提高有關(guān)的多肽是EG307或EG1117多肽。3.一種生產(chǎn)轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞或轉(zhuǎn)基因植物的方法，包括下列步驟a)轉(zhuǎn)染一種植物細(xì)胞，使之含有一種異源DNA區(qū)段，該區(qū)段編碼一種多肽，并且來源于不是該細(xì)胞天然的EG307和EG1117多核苷酸；其中該多核苷酸與能夠有效用于轉(zhuǎn)基因蛋白質(zhì)表達(dá)的啟動(dòng)子有效連接；b)任選地，在由所述細(xì)胞再生轉(zhuǎn)基因植物的條件下生長(zhǎng)并保持該細(xì)胞；c)任選地，在該DNA表達(dá)的條件下生長(zhǎng)該轉(zhuǎn)基因植物，由此該植物中的EG307或EG1117多肽的總量提高。4.權(quán)利要求3的方法，它還包括獲得并生長(zhǎng)該轉(zhuǎn)基因植物的其它后代的步驟，該植物中含有所述異源DNA區(qū)段，其中該異源DNA區(qū)段表達(dá)。5.植物細(xì)胞，其含有編碼EG307或EG1117多肽的異源DNA。6.一種轉(zhuǎn)基因植物的繁殖材料，其含有根據(jù)權(quán)利要求5的轉(zhuǎn)基因植物細(xì)胞。7.一種轉(zhuǎn)基因植物，其含有編碼在植物組織中表達(dá)的EG307或EG1117多肽的異源DNA。8.一種分離的多核苷酸，其含有一個(gè)啟動(dòng)子，該啟動(dòng)子與編碼植物組織中EG307或EG1117基因的多核苷酸有效連接。9.權(quán)利要求8的分離的多核苷酸，其中該多核苷酸是一種重組多核苷酸。10.權(quán)利要求8的方法，其中所述啟動(dòng)子是EG307或EG1117基因天然的啟動(dòng)子。11.一種制備轉(zhuǎn)染的細(xì)胞的方法，其包括a)鑒定馴化植物的祖先中一種進(jìn)化上顯著的EG307或EG1117多核苷酸，或馴化植物中相應(yīng)的多核苷酸；b)使用該EG307或EG1117多核苷酸鑒定一種非多肽編碼序列，其可以是轉(zhuǎn)錄或翻譯調(diào)節(jié)元件、增強(qiáng)子、內(nèi)含子或其它5′或3′側(cè)翼序列；c)裝配一種構(gòu)建體，其含有與編碼報(bào)道蛋白的多核苷酸有效連接的非多肽編碼序列；和d)用該構(gòu)建體轉(zhuǎn)染宿主細(xì)胞。12.根據(jù)權(quán)利要求11的方法產(chǎn)生的經(jīng)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞。13.一種制備轉(zhuǎn)基因植物的方法，包括權(quán)利要求11的方法，其中該宿主細(xì)胞是一種植物細(xì)胞，該方法還包括在由所述細(xì)胞再生為轉(zhuǎn)基因植物的條件下生長(zhǎng)并保持該細(xì)胞的步驟。14.一種通過權(quán)利要求12的方法產(chǎn)生的轉(zhuǎn)基因植物。15.一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)進(jìn)化上顯著的EG307或EG1117多核苷酸的非多肽編碼區(qū)的功能的試劑，該方法包括使權(quán)利要求11的轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞接觸至少一種候選試劑，其中根據(jù)調(diào)節(jié)該報(bào)道多核苷酸的轉(zhuǎn)錄或翻譯的能力鑒定該試劑。16.一種用權(quán)利要求15的方法鑒定的試劑。17.一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)進(jìn)化上顯著的EG307或EG1117多核苷酸的非多肽編碼區(qū)的功能的試劑，該方法包括使權(quán)利要求13的轉(zhuǎn)基因植物接觸至少一種候選試劑，其中根據(jù)調(diào)節(jié)該報(bào)道多核苷酸的轉(zhuǎn)錄或翻譯的能力鑒定該試劑。18.一種用權(quán)利要求17的方法鑒定的試劑。19.一種經(jīng)轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，包括用一種構(gòu)建體轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，該構(gòu)建體含有來自進(jìn)化上顯著的EG307或EG1117多核苷酸的內(nèi)含子多核苷酸或啟動(dòng)子、增強(qiáng)子，或其任意組合，與編碼一種報(bào)道蛋白的多核苷酸有效連接。20.一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)產(chǎn)量的一種試劑，該方法包括使至少一種候選試劑接觸含有EG307或EG1117基因的植物或細(xì)胞，其中根據(jù)調(diào)節(jié)產(chǎn)量的能力鑒定該試劑。21.權(quán)利要求20的方法，其中植物或細(xì)胞用編碼EG307或EG1117基因的多核苷酸轉(zhuǎn)染。22.一種按照權(quán)利要求20的方法鑒定的試劑。23.權(quán)利要求20的方法，其中所述鑒定的試劑通過調(diào)節(jié)編碼多肽的多核苷酸的功能調(diào)節(jié)產(chǎn)量。24.權(quán)利要求20的方法，其中所述鑒定的試劑通過調(diào)節(jié)多肽的功能調(diào)節(jié)產(chǎn)量。25.一種導(dǎo)致植物產(chǎn)量提高的方法，包括a)產(chǎn)生一種轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞，其含有編碼EG307或EG1117多肽的異源DNA，籍此EG307或EG1117在該植物細(xì)胞中表達(dá)；和b)由轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞生長(zhǎng)為轉(zhuǎn)基因植物，其中EG307或EG1117轉(zhuǎn)基因在該轉(zhuǎn)基因植物中表達(dá)。26.權(quán)利要求25的方法，其中所述轉(zhuǎn)基因處于適于轉(zhuǎn)基因受控表達(dá)的調(diào)節(jié)序列控制下。27.一種生產(chǎn)EG307或EG1117多肽的方法，其包括a)提供一種細(xì)胞，該細(xì)胞用為了在細(xì)胞中表達(dá)而定位的編碼EG307或EG1117多肽的多核苷酸轉(zhuǎn)染；b)在表達(dá)該多核苷酸的條件下培養(yǎng)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞；和c)分離EG307或EG1117多肽。28.權(quán)利要求25的方法，其中編碼EG307或EG1117基因的異源DNA處于導(dǎo)致EG307或EG1117基因組成型表達(dá)的啟動(dòng)子控制下。29.權(quán)利要求25的方法，其中編碼EG307或EG1117基因的異源DNA處于導(dǎo)致EG307或EG1117基因受控表達(dá)的啟動(dòng)子控制下。30.權(quán)利要求29的方法，其中使用一種組織特異性或細(xì)胞類型特異性啟動(dòng)子，或者使用引入外部信號(hào)或試劑(如化學(xué)信號(hào)或試劑)可以激活的啟動(dòng)子，表達(dá)EG307或EG1117基因。31.一種從植物細(xì)胞中分離與產(chǎn)量有關(guān)的基因或其片段的方法，包括a)提供植物細(xì)胞多核苷酸的樣品；b)提供與EG307或EG1117基因的保守區(qū)具有序列同源性的一對(duì)寡核苷酸；c)在適于聚合酶鏈反應(yīng)介導(dǎo)的多核苷酸擴(kuò)增的條件下，寡核苷酸對(duì)與植物細(xì)胞多核苷酸樣品結(jié)合；和d)分離擴(kuò)增的與產(chǎn)量有關(guān)多核苷酸或其片段。32.一種按照權(quán)利要求31的方法分離的與產(chǎn)量有關(guān)的植物多核苷酸。33.一種分離與產(chǎn)量有關(guān)的多核苷酸的方法，包括a)提供選自基因組植物細(xì)胞DNA和重組植物細(xì)胞文庫多核苷酸的多核苷酸制品；b)在可以檢測(cè)具有50％或更高序列同一性的多核苷酸的雜交條件下，使該制品接觸EG307或EG1117寡核苷酸；和c)通過與EG307或EG1117寡核苷酸結(jié)合分離與產(chǎn)量有關(guān)的多核苷酸。34.權(quán)利要求33的方法，其中EG307或EG1117寡核苷酸被可檢測(cè)地標(biāo)記，通過與可檢測(cè)標(biāo)記結(jié)合分離與產(chǎn)量有關(guān)的基因。35.權(quán)利要求33的方法，其中EG307或EG1117寡核苷酸的長(zhǎng)度至少為12個(gè)核苷酸。36.權(quán)利要求33的方法，其中EG307或EG1117寡核苷酸的長(zhǎng)度至少為30個(gè)核苷酸。37.一種鑒定與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因的方法，包括a)提供一種植物組織樣品；b)向植物組織樣品中導(dǎo)入一種候選的與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因；c)在植物組織樣品內(nèi)表達(dá)候選的與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因；和d)確定植物組織樣品是否顯示產(chǎn)量反應(yīng)改變，籍此反應(yīng)的改變鑒定與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因。38.一種根據(jù)權(quán)利要求37的方法分離的與植物產(chǎn)量有關(guān)的基因。39.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，其選自SEQIDNO92，SEQIDNO93，SEQIDNO94，SEQIDNO96，SEQIDNO97，和SEQIDNO98；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。40.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，其選自SEQIDNO100，SEQIDNO101，SEQIDNO103，SEQIDNO104，SEQIDNO106，SEQIDNO107，SEQIDNO109，SEQIDNO110，SEQIDNO112，SEQIDNO113，SEQIDNO114，SEQIDNO116，和SEQIDNO117；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。41.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，其選自SEQIDNO119，SEQIDNO120，SEQIDNO121，SEQIDNO122，SEQIDNO123，SEQIDNO124，SEQIDNO125，SEQIDNO127，SEQIDNO128，SEQIDNO129，SEQIDNO130，SEQIDNO131，SEQIDNO133，SEQIDNO135，SEQIDNO136，SEQIDNO137，SEQIDNO138，SEQIDNO140，SEQIDNO141，SEQIDNO142，SEQIDNO144，SEQIDNO145，SEQIDNO146，SEQIDNO147，SEQIDNO149，SEQIDNO150，SEQIDNO151，SEQIDNO152，SEQIDNO154，和SEQIDNO155；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。42.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，其選自SEQIDNO157，SEQIDNO158，SEQIDNO160，SEQIDNO161，SEQIDNO162，SEQIDNO163，SEQIDNO165，SEQIDNO166，SEQIDNO167，和SEQIDNO168；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。43.一種分離的多肽，其選自a)由選自下列的多核苷酸編碼的一種多肽SEQIDNO92，SEQIDNO93，SEQIDNO94，SEQIDNO96，SEQIDNO97，和SEQIDNO98；和b)由一種多核苷酸編碼的一種多肽，該多核苷酸與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。44.一種分離的多肽，其選自a)由選自下列的多核苷酸編碼的一種多肽SEQIDNO100，SEQIDNO101，SEQIDNO103，SEQIDNO104，SEQIDNO106，SEQIDNO107，SEQIDNO109，SEQIDNO110，SEQIDNO112，SEQIDNO113，SEQIDNO114，SEQIDNO116，和SEQIDNO117；和b)由一種多核苷酸編碼的一種多肽，該多核苷酸與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。45.一種分離的多肽，其選自a)由選自下列的多核苷酸編碼的一種多肽SEQIDNO119，SEQIDNO120，SEQIDNO121，SEQIDNO122，SEQIDNO123，SEQIDNO124，SEQIDNO125，SEQIDNO127，SEQIDNO128，SEQIDNO129，SEQIDNO130，SEQIDNO131，SEQIDNO133，SEQIDNO135，SEQIDNO136，SEQIDNO137，SEQIDNO138，SEQIDNO140，SEQIDNO141，SEQIDNO142，SEQIDNO144，SEQIDNO145，SEQIDNO146，SEQIDNO147，SEQIDNO149，SEQIDNO150，SEQIDNO151，SEQIDNO152，SEQIDNO154，和SEQIDNO155；和b)由一種多核苷酸編碼的一種多肽，該多核苷酸與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。46.一種分離的多肽，其選自a)由選自下列的多核苷酸編碼的一種多肽SEQIDNO157，SEQIDNO158，SEQIDNO160，SEQIDNO161，SEQIDNO162，SEQIDNO163，SEQIDNO165，SEQIDNO166，SEQIDNO167，和SEQIDNO168；和b)由一種多核苷酸編碼的一種多肽，該多核苷酸與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。47.一種方法，用于鑒定編碼野生祖先或馴化生物的多肽的多核苷酸序列，其中該多肽與或者可能與該野生祖先或馴化生物的經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力的提高有關(guān)，該方法包括下列步驟a)比較該野生祖先與該馴化生物的多肽編碼核苷酸序列；和b)選擇馴化生物或野生祖先中的一種多核苷酸序列，分別與野生祖先或馴化生物中的相應(yīng)序列相比，其含有核苷酸改變，其中這種改變是進(jìn)化中性或，有積極的進(jìn)化意義，從而鑒定編碼與經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)力提高有關(guān)的一種多肽的多核苷酸。48.一種方法，用于鑒定編碼馴化生物的野生祖先的一種多肽的多核苷酸序列，其中與馴化生物相比，該多肽與或者可能與該馴化生物的野生祖先中的獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的應(yīng)激抗性性狀有關(guān)，該方法包括下列步驟a)將該馴化生物的多肽編碼核苷酸序列與該野生祖先的多肽編碼核苷酸序列比較；和b)選擇野生祖先中的一種多核苷酸序列，與馴化生物中的相應(yīng)序列相比，該序列含有核苷酸改變，其中這種改變是進(jìn)化中性的，從而鑒定野生祖先的多核苷酸序列。49.權(quán)利要求48的方法，其中所述馴化生物是一種植物，選自玉米、水稻、西紅柿、馬鈴薯和其祖先已知的其它馴化植物。50.權(quán)利要求49的方法，其中所述馴化植物是玉米，所述野生祖先是玉米草。51.權(quán)利要求48的方法，其中所述馴化生物的蛋白質(zhì)編碼的核苷酸序列對(duì)應(yīng)于cDNA。52.權(quán)利要求48的方法，其中所述核苷酸改變是一種非同義置換。53.權(quán)利要求48的方法，其中馴化生物是一種植物，應(yīng)激抗性性狀選自抗旱性、抗病性、抗蟲性、高鹽水平抗性和具有商業(yè)意義的其它應(yīng)激抗性性狀。54.一種方法，用于鑒定可調(diào)節(jié)馴化生物的野生祖先中的應(yīng)激抗性性狀的試劑，該方法包括使至少一種候選試劑接觸野生祖先、馴化生物或表達(dá)權(quán)利要求48中鑒定的多核苷酸序列的細(xì)胞或轉(zhuǎn)基因生物，其中根據(jù)調(diào)節(jié)多核苷酸的功能或鑒定的多核苷酸序列所編碼之多肽的功能的能力鑒定該試劑。55.一種方法，通過施用權(quán)利要求54的試劑調(diào)節(jié)馴化生物的野生祖先中的應(yīng)激抗性。56.一種方法，用于為馴化生物中多核苷酸序列編碼的多肽序列鑒定一種試劑，該多核苷酸序列對(duì)應(yīng)于權(quán)利要求48的野生型祖先應(yīng)激抗性多核苷酸序列，該方法包括使至少一種候選試劑接觸馴化生物、祖先生物或表達(dá)多核苷酸序列的細(xì)胞或轉(zhuǎn)基因生物，其中根據(jù)調(diào)節(jié)多肽序列的功能的能力鑒定該試劑。57.一種方法，通過施用權(quán)利要求56的試劑調(diào)節(jié)馴化生物中的應(yīng)激抗性。58.一種方法，用于鑒定馴化生物的野生祖先的多肽編碼多核苷酸序列中的進(jìn)化中性改變，該方法包括下列步驟a)將該野生祖先的多肽編碼多核苷酸序列與該馴化生物的相應(yīng)序列比較；和b)選擇該馴化生物中的一種多核苷酸序列，與野生祖先的相應(yīng)序列相比，該序列含有核苷酸改變，其中這種改變是進(jìn)化中性的，該多核苷酸與馴化生物的野生祖先的應(yīng)激抗性性狀有關(guān)，籍此鑒定多核苷酸中進(jìn)化中性的改變。59.權(quán)利要求58的方法，其中所述馴化生物是一種植物，選自玉米、水稻、西紅柿、馬鈴薯和其祖先已知的其它馴化植物。60.權(quán)利要求58的方法，其中所述馴化植物是玉米，所述野生祖先是玉米草。61.權(quán)利要求58的方法，其中所述馴化生物的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列對(duì)應(yīng)于cDNA。62.權(quán)利要求58的方法，其中所述核苷酸改變是一種非同義置換。63.權(quán)利要求58的方法，其中馴化生物是一種植物，相關(guān)性狀選自抗旱性、抗病性、抗蟲性、高鹽水平抗性和具有商業(yè)意義的其它應(yīng)激抗性性狀。64.一種方法，用于馴化生物之野生祖先的多肽編碼核苷酸序列與馴化生物的多肽編碼序列之間的大規(guī)模序列比較，其中野生祖先生物多肽提供或者可能提供，與馴化生物相比，在野生祖先中獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的應(yīng)激抗性性狀，該方法包括a)根據(jù)序列同源性排比野生祖先序列與來自馴化生物的相應(yīng)序列；和b)鑒定馴化生物序列或野生序列內(nèi)分別與來自野生祖先或馴化生物的同源序列相比的任何核苷酸改變。65.權(quán)利要求64的方法，其中所述馴化生物是一種植物，選自玉米、水稻、西紅柿、馬鈴薯和其祖先已知的其它馴化植物。66.權(quán)利要求65的方法，其中所述馴化植物是玉米，所述野生祖先是玉米草。67.權(quán)利要求64的方法，其中所述馴化種的蛋白質(zhì)編碼核苷酸序列對(duì)應(yīng)于cDNA。68.一種方法，用于將進(jìn)化中性的核苷酸改變與馴化生物的野生祖先中獨(dú)特、增強(qiáng)或改變的應(yīng)激抗性性狀相關(guān)聯(lián)，該方法包括a)鑒定根據(jù)權(quán)利要求48的一種核苷酸序列；和b)分析馴化生物或祖先生物中存在或不存在所鑒定的序列之功能效應(yīng)。69.一種制備轉(zhuǎn)染的植物細(xì)胞或轉(zhuǎn)基因植物的方法，包括下列步驟a)轉(zhuǎn)化一種植物細(xì)胞，使之含有編碼權(quán)利要求48的野生祖先的應(yīng)激抗性多肽的多核苷酸，其中該多核苷酸與能夠有效用于轉(zhuǎn)基因蛋白質(zhì)表達(dá)的啟動(dòng)子有效連接；b)任選地在由所述細(xì)胞再生為轉(zhuǎn)基因植物的條件下培養(yǎng)并保持該細(xì)胞。70.通過權(quán)利要求69的方法產(chǎn)生的轉(zhuǎn)染細(xì)胞。71.通過權(quán)利要求69的方法產(chǎn)生的轉(zhuǎn)基因植物。72.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，選自SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQID.NO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，和SEQIDNO18；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。73.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，選自SEQIDNO20，SEQIDNO21，SEQIDNO23，SEQIDNO24，SEQIDNO25，SEQIDNO27，SEQIDNO28，SEQIDNO29，和SEQIDNO90；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。74.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，選自SEQIDNO33，SEQIDNO34，SEQIDNO35，SEQIDNO37，SEQIDNO38，SEQIDNO40，SEQIDNO41，SEQIDNO42，SEQIDNO44，SEQIDNO45，SEQIDNO46，SEQIDNO47，SEQIDNO49，SEQIDNO50，SEQIDNO51，SEQIDNO53，SEQIDNO54，SEQIDNO55，SEQIDNO57，SEQIDNO58，SEQIDNO60，SEQIDNO62，SEQIDNO63，和SEQIDNO64；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。75.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，選自SEQIDNO66，SEQIDNO67，SEQIDNO69，SEQIDNO70，SEQIDNO71，SEQIDNO73，SEQIDNO74，SEQIDNO75，SEQIDNO77，SEQIDNO59，和SEQIDNO78；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。76.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，選自SEQIDNO80，SEQIDNO81，和SEQIDNO82；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。77.一種分離的多核苷酸，其選自a)一種多核苷酸，選自SEQIDNO84和SEQIDNO85；和b)一種多核苷酸，它與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。78.一種分離的多肽，其選自a)由選自下列的一種多核苷酸編碼的一種多肽SEQIDNO1，SEQIDNO91，SEQID.NO2，SEQIDNO4，SEQIDNO5，SEQIDNO7，SEQIDNO10，SEQIDNO11，SEQIDNO12，SEQIDNO14，SEQIDNO15，SEQIDNO17，和SEQIDNO18；和b)由一種多核苷酸編碼的一種多肽，該多核苷酸與a)的多核苷酸有至少85％的同源性，導(dǎo)致與a)的多核苷酸基本相同的產(chǎn)量。全文摘要本發(fā)明提供用于鑒定可能與馴化植物或動(dòng)物中商業(yè)或美學(xué)相關(guān)性狀有關(guān)的多核苷酸和多肽序列的方法。這些方法利用來自馴化生物與其祖先的同源基因的比較，鑒定進(jìn)化上顯著的改變和進(jìn)化中性的改變。這樣鑒定的序列可用于增強(qiáng)馴化生物或其野生祖先中商業(yè)或美學(xué)上希望的性狀。文檔編號(hào)C12N15/82GK1630731SQ03804847公開日2005年6月22日申請(qǐng)日期2003年1月16日優(yōu)先權(quán)日2002年1月16日發(fā)明者W·梅西爾申請(qǐng)人:進(jìn)化基因組學(xué)有限責(zé)任公司