專利名稱：利用ssr指紋技術監(jiān)測家禽品種資源保種效果的方法
技術領域：
本發(fā)明涉及利用SSR指紋技術對家禽品種資源的基因組DNA進行分析，屬于分子生物學技術領域背景技術目前對家禽品種資源保種效果的監(jiān)測還是局限于常規(guī)育種技術手段，主要通過對保種群各世代的產(chǎn)蛋量、蛋重、蛋品質等主要經(jīng)濟性狀進行測定；對羽速、羽色、膚色、冠形等質量性狀進行觀察記錄，通過觀察保種群世代之間的有無變化來監(jiān)測保種效果，從表型上來反應保種群各世代在質量遺傳性狀上的穩(wěn)定性，未深入到分子水平。然而，由于小群保種是高度的近親繁殖，加之較高強度的選擇壓，某些隱性基因難免不丟失。而保種的目的就是保存禽種所有的基因，維持群體的基因頻率基本不變。因此，利用常規(guī)育種方法很難達到監(jiān)測保種效果的目的。

發(fā)明內容
本發(fā)明的目的就是克服常規(guī)育種方法監(jiān)測保種效果不夠準確的缺陷，發(fā)明一種從分子水平進行家禽品種資源保種效果監(jiān)測的方法。
本發(fā)明的技術方案是這樣實現(xiàn)的利用SSR指紋技術監(jiān)測家禽品種資源保種效果的方法，其特征是利用SSR指紋技術對隨機抽樣的家禽品種資源保種群的基因組DNA進行遺傳檢測，通過計算每個保種群中的等位基因組成及其頻率、群體雜合度、多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)，建立每個品種資源保種群分子標記檔案，每經(jīng)過2-3個保種世代后，再用同樣的方法，選用同樣的SSR引物進行遺傳分析，通過分析不同世代間的群體在各個位點的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等參數(shù)變化情況來監(jiān)測保種效果，其步驟如下(1)從家禽品種資源保種群中隨機抽取樣本家禽的血樣，用酚-氯仿法提取基因組DNA，樣本家禽的性別比為公∶母＝1∶3，樣本家禽要盡可能分布到所有家系中；(2)篩選引物25-30對，篩選引物的要求是獲得的等位基因數(shù)目在6個以上；各微衛(wèi)星座位彼此不連鎖，盡可能多的分布在各條染色體上；(3)利用25-30對SSR引物對所保存的品種資源的基因組DNA進行遺傳分析，計算保種群體在各個SSR座位上的等位基因組成及其頻率、各個群體的基因雜合度和多態(tài)信息含量；(4)將以上分析方法和分析結果建立地方家禽品種資源保種群分子標記檔案；(5)每經(jīng)過2-3個世代再對每個保種群按上述(1)、(2)、(3)步驟進行重新遺傳檢測；(6)分析比較每個群體在各個座位上基因是否丟失，基因頻率、雜合度及多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)的變化差異是否顯著。
所述的分子標記檔案是將一個世代抽取的血樣、DNA在-70℃以下保存，將所用SSR引物名稱、序列、擴增反應體系、條帶判別的標準、分析獲得的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等數(shù)據(jù)進行存檔。生物的遺傳變異主要是由DNA的差異造成的，而DNA的差異則主要表現(xiàn)在堿基排列順序的不同。SSR標記正可以反映這種差異。因此，只有通過利用分子的手段，全面分析群體基因組DNA，才能達到監(jiān)測保種效果的目的。
具體實施例方式
1、從家禽品種資源保種群中隨機抽取15只公雞和45只母雞的血樣用酚-氯仿法提取基因組DNA；樣本的抽取盡可能分布到所有的家系；2、篩選25-30對SSR引物，引物篩選的要求是獲得的等位基因數(shù)目在6個以上；各微衛(wèi)星座位彼此不連鎖，盡可能多的分布在各條染色體上，在多個參考家系和無關品種中均表現(xiàn)為多態(tài)；擴增效果好，條帶清晰可辨；重復性好；3、利用25-30對SSR引物對所保存的品種資源的基因組DNA進行遺傳分析，計算保種群體在各個SSR座位上的等位基因組成及其頻率，各個群體的基因雜合度和多態(tài)信息含量；4、將以上分析方法和分析結果建立家禽品種資源保種群分子標記檔案，將一個世代抽取的血樣、DNA在-70℃以下保存，將所用SSR引物名稱、序列、擴增反應體系、條帶判別的標準、分析獲得的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等數(shù)據(jù)進行存檔。
5、每經(jīng)過2-3個世代再對每個保種群按上述實施方式的1，2，3個步驟進行重新遺傳檢測；6、分析比較每個群體在各個座位上基因是否丟失，基因頻率、雜合度及多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)的變化差異是否顯著。如果不顯著，表明保種效果好，如果差異顯著表明保種效果差，要采取措施，調整保種方法。
權利要求
1.利用SSR指紋技術監(jiān)測家禽品種資源保種效果的方法，其特征是利用SSR指紋技術對隨機抽樣的家禽品種資源保種群的基因組DNA進行遺傳檢測，通過計算每個保種群中的等位基因組成及其頻率、群體雜合度、多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)，建立每個品種資源保種群分子標記檔案，每經(jīng)過2-3個保種世代后，再用同樣的方法，選用同樣的SSR引物進行遺傳分析，通過分析不同世代間的群體在各個位點的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等參數(shù)變化情況來監(jiān)測保種效果，其步驟如下(1)從隨機抽樣的家禽品種資源保種群中抽取樣本家禽的血樣用酚-氯仿法提取基因組DNA，樣本家禽的性別比為公∶母＝1∶3，樣本家禽要盡可能分布到所有家系中；(2)篩選引物25-30對，篩選引物的要求是獲得的等位基因數(shù)目在6個以上；各微衛(wèi)星座位彼此不連鎖，盡可能多的分布在各條染色體上；(3)利用25-30對SSR引物對所保存的品種資源的基因組DNA進行遺傳分析，計算保種群體在各個SSR座位上的等位基因組成及其頻率，各個群體的基因雜合度和多態(tài)信息含量；(4)將以上分析方法和分析結果建立地方家禽品種資源保種群分子標記檔案；(5)每經(jīng)過2-3個世代再對每個保種群按上述(1)、(2)、(3)步驟重新進行遺傳檢測；(6)分析比較每個群體在各個座位上基因是否丟失，基因頻率、雜合度及多態(tài)信息含量等遺傳參數(shù)的變化差異是否顯著。
2.根據(jù)權利要求1所述的利用SSR指紋技術監(jiān)測地方家禽品種資源保種效果的方法，其特征是所述的家禽品種是雞、鴨和鵝。
3.根據(jù)權利要求1所述的利用SSR指紋技術監(jiān)測地方家禽品種資源保種效果的方法，其特征是所述的分子標記檔案是將一個世代抽取的血樣、DNA在-70℃以下保存，將所用SSR引物名稱、序列、擴增反應體系、條帶判別的標準、分析獲得的等位基因及其頻率、群體平均雜合度和多態(tài)信息含量等數(shù)據(jù)進行存檔。
全文摘要
利用SSR指紋技術監(jiān)測家禽品種資源保種效果的方法，屬于分子生物學技術領域。本發(fā)明的技術方案是這樣實現(xiàn)的利用SSR指紋技術對隨機抽樣的家禽品種資源保種群的基因組DNA進行遺傳檢測，通過計算遺傳參數(shù)，建立每個品種資源保種群分子標記檔案，并且每經(jīng)過2－3個保種世代后，再用同樣的方法進行遺傳檢測并進行遺傳參數(shù)的分析，根據(jù)遺傳參數(shù)變化情況監(jiān)測保種效果。本發(fā)明由于利用分子生物學技術全面分析群體基因組DNA，并建立保種群分子標記檔案，提高了監(jiān)測保種效果的科學性和準確性，在家禽資源保護領域有很好的應用前景。
文檔編號C12Q1/68GK1858252SQ20061003884
公開日2006年11月8日 申請日期2006年3月10日 優(yōu)先權日2006年3月10日
發(fā)明者高玉時, 屠云潔, 童海兵, 周新民, 顧榮 申請人:江蘇省家禽科學研究所