專利名稱：：白血病疾病基因和其用途的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及白血病疾病基因和使用所述白血病疾病基因診斷和治療白血病的方法。
背景技術(shù)：
：骨髓增生異常綜合癥(MDS)是以可變的臨床過程和結(jié)果為特征的一組不同種類的骨髓細(xì)胞前體克隆病癥。約30呢患有MDS的患者最終發(fā)展成急性髓性白血病(AML)，并且特別適用于這一小組患者的早期鑒別的臨床診斷分析將集中幫助對這些個體的治療選擇。近期的表達(dá)圖譜研究已揭示出MDS患者與AML患者的AC133+造血干細(xì)胞片斷的差異(Miyazato等人(2001)Blood98:422-427)。在從iMDS患者的骨髓中純化的CD34+細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜中也已觀察到類似結(jié)果，所述來自MDS患者的轉(zhuǎn)錄譜已與來自健康個體的CD34+細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜完全不同(Hofmann等人(2002)Blood100:3553-3560)。然而，這些研究涉及特定細(xì)胞亞型的陽性選擇，而這種選擇既費力又費時。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明提供含有外周血單核細(xì)胞(PBMC)的外周血樣用于診斷或評估AML和MDS的進(jìn)展或治療的用途。本發(fā)明無需從血樣中陽性選擇特定細(xì)胞亞型，從而能夠允許對白血病的快速診斷和評定。因此，適用于本發(fā)明的外周血樣包括(但不限于)全血樣本或包含未分離PBMC的樣本。在許多情況下，所使用的外周血樣包含富集的未分離PBMC。"富集"意謂樣本中PBMC所占百分比高于其在全血中所占百分比。在許多情況下，富集樣本中至少75%、80%、85%、90%、95%、99%或100%的細(xì)胞為PBMC。富集的未分離PBMC可以通過Ficoll梯度離心或使用細(xì)胞純化管(CPT)從全血制備。還可以使用其它常規(guī)方法制備富集的未分離PBMC。本發(fā)明提供其表達(dá)譜表明白血病的存在、狀態(tài)、進(jìn)展或治療情況的基因。適用于本發(fā)明的白血病包括(但不限于)AML和MDS。舉例來說，表4列出相對于無疾病個體的PBMC，在MDS患者的PBMC中差別表達(dá)的基因。表6列出相對于MDS患者的PBMC，在AML患者的PBMC中差別表達(dá)的基因。表8列出其表達(dá)水平可用于區(qū)別患AML的人類與患MDS的人類、患AML的人類與無疾病人類和患MDS的人類與無疾病人類的基因。還可能根據(jù)本發(fā)明分析急性淋巴母細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病、慢性髓性白血病或毛細(xì)胞白血病。因此，一方面，本發(fā)明提供使用表4或表6的基因診斷或監(jiān)測個體的白血病(諸如AML或MDS)的發(fā)生、發(fā)展、進(jìn)展或治療情況的方法。所述方法包括從所述個體的外周血樣中產(chǎn)生基因表達(dá)譜，和將所述基因表達(dá)譜與一個或一個以上參考表達(dá)譜(例如，代表無疾病人類的表達(dá)譜、代表患白血病人類的表達(dá)譜或代表具交界性診斷的人類的表達(dá)譜)相比較?；虮磉_(dá)譜和參考表達(dá)譜包括PBMC中一個或一個以上選自表4或表6的基因的表達(dá)模式。在一些實施例中，與表2中所述的基因不同的基因選自表4或表6，但可以另外包括表2中所述的基因。在一些實施例中，選自表4或表6的基因也為表8中所述的基因。所述基因表達(dá)譜與所述一個或一個以上參考表達(dá)譜之間的差異或相似性表明個體的白血病的存在、不存在、發(fā)生、發(fā)展、進(jìn)展或治療有效性。基因表達(dá)譜和參考表達(dá)譜可以包括僅一個基因或兩個或兩個以上(例如，三個或三個以上、四個或四個以上、五個或五個以上、六個或六個以上、八個或八個以上、十個或十個以上、十五個或十五個以上、二十個或二十個以上、四十個或四十個以上、六十個或六十個以上、一百個或一百個以上、兩百個或兩百個以上、三百個或三百個以上或四百個或四百個以上)基因的表達(dá)模式。在一些實施例中，使用較少數(shù)量(例如，2個、至多3個、至多4個、至多5個、至多6個、至多8個、至多10個、至多15個、至多20個、至多40個、至多60個、至多100個或至多200個)的基因?？梢酝ㄟ^測量個體的外周血樣中各基因的RNA轉(zhuǎn)錄物的含量來測定所關(guān)注的個體的白血病疾病基因的表達(dá)譜。適用于這一目的的方法包括(但不限于)定量RT-PCR、核酸陣列、Northern印跡法、原位雜交、狹縫印跡法和核酸酶保護分析。還可以通過測量個體的外周血樣中各基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的含量來測定白血病疾病基因的表達(dá)譜。適用于這一目的的方法包括(但不限于)免疫分析(例如，ELISA、RIA、FACS或Western印跡法)、蛋白質(zhì)陣列、二維凝膠電泳和質(zhì)譜法。本發(fā)明中所使用的典型參考表達(dá)譜包括表明無疾病人類或患有已知白血病的患者的外周血樣中白血病疾病基因的表達(dá)模式的值或范圍。在一實例中，參考表達(dá)譜包含無疾病人類的外周血樣中各白血病疾病基因的平均表達(dá)水平。在另一實例中，參考表達(dá)譜包含患有已知白血病的患者的外周血樣中各白血病疾病基因的平均表達(dá)水平。在另一實施例中，參考表達(dá)譜包含兩個或兩個以上個別表達(dá)譜，各所述表達(dá)譜都為不同白血病患者或無疾病人類的外周血樣中白血病疾病基因的表達(dá)譜。在另一實施例中，參考表達(dá)譜包含反映無疾病人類或患有已知白血病的患者的外周血樣中各白血病疾病基因表達(dá)水平的變化的范圍。本發(fā)明中所使用的參考表達(dá)譜可以使用與所關(guān)注的個體的外周血樣相同類型的外周血樣并且遵循相同的制備程序和方法來制備。而參考表達(dá)譜可以預(yù)先測定或預(yù)先記錄。其還可以與測量所關(guān)注的個體的表達(dá)譜同時測定或在其之后測定?？梢匀斯せ螂娮臃绞竭M(jìn)行對所關(guān)注的個體的表達(dá)譜與參考表達(dá)譜的比較。所關(guān)注的個體的表達(dá)譜與參考表達(dá)譜之間的差異或相似性表明個體的白血病的存在與否或進(jìn)展與否。在一些實施例中，在最近鄰分析或微陣列顯著性分析中，所述比較中所使用的各白血病疾病基因的表達(dá)水平與類別差異相關(guān)。類別差異表示無疾病人類和特定白血病患者的未分離PBMC中基因的理想表達(dá)模式(例如，在無疾病人類的PBMC中都極高而在白血病患者的PBMC中都極低，或反之亦然)。可以通過使用fc最近鄰算法或加權(quán)投票算法(weightedvotingalgorithm)將所關(guān)注的個體的白血病疾病基因的表達(dá)譜與相同基因的參考表達(dá)譜相比較來預(yù)測所關(guān)注的個體(無疾病個體相對于白血病個體)的疾病狀態(tài)。根據(jù)比較，可以診斷取樣的個體患有白血病或診斷為無疾??；或能夠評定現(xiàn)存白血病的變化，諸如與進(jìn)展或治療相關(guān)的變化。本發(fā)明還提供一種診斷或監(jiān)測MDS的發(fā)生、發(fā)展、進(jìn)展或治療的通用方法。所述方法包括從個體的外周血樣中產(chǎn)生基因表達(dá)譜，和將基因表達(dá)譜與一個或一個以上參考表達(dá)譜(例如，代表無疾病人類的表達(dá)譜、代表患MDS人類的表達(dá)譜、代表患非MDS白血病(諸如AML)人類的表達(dá)譜或代表具交界性診斷的人類的表達(dá)譜)相比較。所述基因表達(dá)譜和所述一個或一個以上參考表達(dá)譜包含PBMC中一個或一個以上MDS疾病基因的表達(dá)模式。所述基因表達(dá)譜與所述一個或一個以上參考表達(dá)譜之間的差異或相似性表明個體的MDS的存在、不存在、發(fā)生、發(fā)展、進(jìn)展或治療有效性。MDS疾病基因可以視情況包括一個或一個以上選自表4、表6或表8的基因。基因表達(dá)譜和參考表達(dá)譜可以包括僅一個基因或兩個或兩個以上(例如，三個或三個以上、四個或四個以上、五個或五個以上、六個或六個以上、八個或八個以上、十個或十個以上、十五個或十五個以上、二十個或二十個以上、四十個或四十個以上、六十個或六十個以上、一百個或一百個以上、兩百個或兩百個以上、三百個或三百個以上或四百個或四百個以上)基因的表達(dá)模式。在一些實施例中，使用較少數(shù)量(例如，2個、至多3個、至多4個、至多5個、至多6個、至多8個、至多10個、至多15個、至多20個、至多40個、至多60個、至多100個或至多200個)的基因。可以例如通過/t最近鄰分析法或加權(quán)投票算法進(jìn)行基因表達(dá)譜與參考表達(dá)譜的比較。根據(jù)比較，可以診斷取樣的個體患有MDS或診斷為無MDS或無疾??；或能夠評定現(xiàn)存MDS的變化，諸如與進(jìn)展或治療相關(guān)的變化。本發(fā)明還提供一種使用一個或一個以上獲自表6的基因鑒別可能發(fā)展成急性髓性白血病(AML)的MDS患者的方法。所述方法包括從獲自MDS患者的外周血樣中產(chǎn)生基因表達(dá)譜，和將基因表達(dá)譜與一個或一個以上參考表達(dá)譜(例如，代表患AML人類的表達(dá)譜、代表己知發(fā)展成AML的患MDS人類的表達(dá)譜或代表已知不會發(fā)展成AML的患MDS人類的表達(dá)譜)相比較。所述基因表達(dá)譜和所述一個或一個以上參考表達(dá)譜包括PBMC中一個或一個以上選自表6的白血病疾病基因的表達(dá)模式。所述基因表達(dá)譜與所述一個或一個以上參考表達(dá)譜之間的差異或相似性表明MDS患者發(fā)展成AML的可能性。選自表6的白血病疾病基因視情況不同于表2中所述的基因，但也可以包括表2中的基因。選自表6的白血病疾病基因視情況也為表8中所述的基因。另一方面，本發(fā)明提供用于評估所關(guān)注的患者的白血病的治療有效性的方法。這些方法包含將所關(guān)注的患者的外周血樣中至少一個白血病疾病基因的表達(dá)譜與相同基因的參考表達(dá)譜相比較，其中所述外周血樣是在起始治療后從患者體內(nèi)分離，并且當(dāng)與無疾病人類體內(nèi)的未分離PBMC相比較時，所使用的各白血病疾病基因在患有經(jīng)評估的白血病的患者的未分離PBMC中差別表達(dá)。在一實例中，所評定的白血病為MDS，并且所使用的白血病疾病基因包括一個或一個以上選自表4的基因。治療期間，所關(guān)注的患者的白血病疾病基因的表達(dá)譜與無疾病人類的相應(yīng)表達(dá)譜之間差異的消除或減少表明對所關(guān)注的患者的治療有效性。與常規(guī)方法相比，基于基因表達(dá)譜的方法可能對檢測疾病進(jìn)展或緩解具有提高的敏感性。另一方面，本發(fā)明提供用于評估對于防止所關(guān)注的患者由MDS發(fā)展成AML的治療的有效性的方法。這些方法包含將所關(guān)注的患者的外周血樣中的至少一個白血病疾病基因的表達(dá)譜與相同基因的參考表達(dá)譜相比較，其中所述外周血樣是在起始治療后從患者體內(nèi)分離，并且當(dāng)與AML患者相比較時，所使用的各白血病疾病基因在MDS患者的未分離PBMC中差別表達(dá)。適用于這一目的的白血病疾病基因的實例包括(但不限于)表6中所述的基因。治療期間，所關(guān)注的患者的白血病疾病基因的表達(dá)譜表明對于防止患者由MDS發(fā)展成AML的治療的有效性。本發(fā)明還提供例如可用于診斷MDS或其它白血病的陣列。所述陣列包括具有若干地址(address)的底物；各地址上安置有不同探針，諸如不同的核酸序列或不同的抗體可變區(qū)。在一些實施例中，至少15%(或至少30%或至少50%)的地址具有能夠特異性檢測PBMC中的MDS疾病基因的探針；所述MDS疾病基因視情況選自表4。在其它實施例中，至少15%(或至少30%或至少50%)的地址具有能夠特異性檢測選自表4或表6的基因的探針；所選擇的基因與表2中所述的基因不同，但也可以包括表2中的基因。本發(fā)明還提供可能編碼于計算機可讀媒體中的以數(shù)字編碼的表達(dá)譜，其例如可用作評估外周血樣的基因表達(dá)譜的參考表達(dá)譜。各表達(dá)譜包括一個或一個以上以數(shù)字編碼的表達(dá)信號，所述信號包括表示選自表4或表6的基因的表達(dá)情況的值；所選擇的基因不同于表2中所述的基因，但包括表示得自表2的基因表達(dá)情況的值的以數(shù)字編碼的表達(dá)信號可另外包括于表達(dá)譜中。以數(shù)字編碼的表達(dá)信號的值可以例如表示患MDS人類或患AML人類的PBMC中基因的表達(dá)情況。各表達(dá)譜可以包括單一以數(shù)字編碼的表達(dá)信號，或可以包括兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個或九個以上以數(shù)字編碼的表達(dá)信號，諸如至少十個、至少二十個、至少三十個、至少四十個、至少五十個、至少一百個或至少兩百個表達(dá)信號。另一方面，本發(fā)明提供可用于診斷白血病的試劑盒。在一實施例中，所述試劑盒包括一個或一個以上能夠特異性檢測PBMC中的MDS疾病基因(視情況選自表4)的探針。所述探針視情況為在嚴(yán)格雜交條件或核酸陣列雜交條件下與MDS疾病基因的RNA轉(zhuǎn)錄物或其互補序列雜交的聚核苷酸，或視情況為結(jié)合MDS疾病基因產(chǎn)物的抗體可變結(jié)構(gòu)域。在另一實施例中，所述試劑盒包括一個或一個以上能夠特異性檢測選自表4和表6的基因的探針；所選擇的基因與表2中所述的基因不同，但也可以另外包括針對表2中的基因的探針。選自表4和表6的基因還可以視情況為表8中所述的基因。試劑盒還包括一個或一個以上對照，其各自表示可通過探針檢測的基因的參考表達(dá)水平。另一方面，本發(fā)明提供一種對白血病(諸如AML或MDS)的治療過程作決定(例如選擇支付類別)的方法。所述方法包括根據(jù)作為個體外周血樣中一個或一個以上基因表達(dá)的函數(shù)的值，將所述個體分配到某一類別中，從而作出關(guān)于所述個體的決定。所述基因包括一個或一個以上得自表4和表6而非表2中所述基因中的基因，但也可以考慮表2中所述基因的表達(dá)。在一些實施例中，所述一個或一個以上基因也選自表8所述的基因。所述決定可例如包括基于將所述個體分配到所述類別中來選擇治療，諸如AML治療、MDS治療、其它白血病治療或不進(jìn)行治療。所述決定還可包括根據(jù)所述分配投與治療或拒絕投與治療；提出、遞交或接收處方；或批準(zhǔn)、支付或轉(zhuǎn)移資金以支付治療。如本文所使用的"治療"是指處理疾病或病況；或確定所述疾病或病況的成因或癥狀；或例如通過改良另一治療的效力或確定副作用來改良所述治療的任何行動(與所述行動打算作為例如預(yù)防、治療或減輕無關(guān))。所述決定可諸如記錄于計算機可讀媒體中。本發(fā)明還提供一種提供關(guān)于作出有關(guān)個體的決定的信息的方法。所述方法包括提供(例如，通過接收)對個體的評估，其中所述評估是通過本文所述的方法作出，諸如通過測定所述個體的外周血樣中一個或一個以上基因的表達(dá)水平從而提供一個值來作出評估。所述基因包括一個或一個以上得自表4和表6而非表2中所述基因中的基因，但也可以考慮表2中所述基因的表達(dá)。所述方法還包括提供所述值與參考值的比較，從而提供關(guān)于作出有關(guān)所述個體的決定的信息。所述方法還可包括作出所述決定或諸如通過計算機、光盤、電話、傳真或信件與另一方交流所述信息。所述決定可包括選擇支付的個體；或當(dāng)所述個體呈現(xiàn)在白血病(例如，AML或MDS)中所觀察到的基因表達(dá)水平、模式或譜圖時，提出或批準(zhǔn)對第一期行動進(jìn)行支付，并且當(dāng)所述個體呈現(xiàn)在不同白血病(例如，MDS或AML)或無白血病人類中所觀察到的基因表達(dá)水平、模式或譜圖時，提出或批準(zhǔn)對第二期行動進(jìn)行支付。支付可從第一方到第二方。第一方可為除患者外的其它方，諸如第三方支付人、保險公司、用人單位、用人單位贊助的健康計劃、HMO或政府實體。在一些實施例中，第二方選自個體、護理人員、治療醫(yī)師、HMO、醫(yī)院、政府實體或銷售或供應(yīng)藥物的實體。一方面，本發(fā)明提供一種進(jìn)行數(shù)據(jù)記錄的方法。所述方法包括將本文所述方法的結(jié)果輸入記錄(例如，計算機可讀記錄)中。在一些實施例中，所述記錄經(jīng)評估和/或遞交到第三方支付人、保險公司、用人單位、用人單位贊助的健康計劃、HMO或政府實體或護理人員、治療醫(yī)師、HMO、醫(yī)院、政府實體或銷售或供應(yīng)藥物的實體。一方面，本發(fā)明提供一種提供數(shù)據(jù)的方法。所述方法包括提供例如通過本文所述的方法產(chǎn)生的本文所述的數(shù)據(jù)，以提供記錄(例如本文所述的記錄)以確定是否提供支付。在一些實施例中，所述數(shù)據(jù)是由計算機、光盤、電話、傳真、電子郵件或信件提供。在一些實施例中，所述數(shù)據(jù)是由第一方提供到第二方。在一些實施例中，第一方選自個體、護理人員、治療醫(yī)師、HMO、醫(yī)院、政府實體或銷售或供應(yīng)藥物的實體。在一些實施例中，第二方為第三方支付人、保險公司、用人單位、用人單位贊助的健康計劃、HMO或政府實體。在一些實施例中，第一方選自個體、護理人員、治療醫(yī)師、HMO、醫(yī)院、保險公司或銷售或供應(yīng)藥物的實體，且第二方為政府實體。在一些實施例中，第一方選自個體、護理人員、治療醫(yī)師、HMO、醫(yī)院、保險公司或銷售或供應(yīng)藥物的實體，且第二方為保險公司。一方面，本發(fā)明提供一種發(fā)送本文所述的記錄的方法。所述方法包括第一方諸如通過計算機、光盤、電話、傳真、電子郵件或信件將所述記錄遞交給第二方。在一些實施例中，第二方選自個體、護理人員、治療醫(yī)師、HMO、醫(yī)院、政府實體或銷售或供應(yīng)藥物的實體。在一些實施例中，第一方為保險公司或政府實體，且第二方選自個體、護理人員、治療醫(yī)師、HMO、醫(yī)院、政府實體或銷售或供應(yīng)藥物的實體。在一些實施例中，第一方為政府實體或保險公司，且第二方選自個體、護理人員、治療醫(yī)師、HMO、醫(yī)院、保險公司或銷售或供應(yīng)藥物的實體。本發(fā)明的其它特征、目的和優(yōu)勢將在下文的具體實施方式中顯而易見。然而，應(yīng)理解，盡管具體實施方式指出本發(fā)明的優(yōu)選實施例，但其僅以說明的方式而非限定性方式給出。所屬領(lǐng)域技術(shù)人員根據(jù)具體實施方式將了解在本發(fā)明范圍內(nèi)所作的各種改變和變更。無具體實施例方式本發(fā)明提供全血樣本或包含未分離PBMC的樣本用于診斷或監(jiān)測AML和MDS的進(jìn)展或治療的用途。當(dāng)與無疾病人類相比時，在AML(或MDS)患者的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因可得以鑒別。這些基因可用作診斷或評估對所關(guān)注患者的AML(或MDS)的治療的替代標(biāo)記。當(dāng)與MDS患者相比時，在AML患者的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因也可得以鑒別。這些基因可用于監(jiān)測所關(guān)注的患者的MDS的進(jìn)展。本發(fā)明無需進(jìn)行特定細(xì)胞亞型(例如，CD34+或AC133+)的陽性選擇，從而能夠允許對AML和MDS進(jìn)行快速診斷和評估。類似地，可根據(jù)本發(fā)明評定其它白血病，諸如急性淋巴母細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病、慢性髓性白血病或毛細(xì)胞白血病。本發(fā)明的各個方面將于以下分節(jié)中進(jìn)一步進(jìn)行詳述。分節(jié)的使用不打算限制本發(fā)明。各分節(jié)可適用于本發(fā)明的任何方面。在本申請案中，除非另作說明，否則"或"的使用意謂"和/或"。A.腳，瘋疾諒基順層方茲本發(fā)明提供核酸陣列的用途，其是用于鑒別與無疾病人類或患有不同類型白血病的患者相比，在白血病患者的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因。核酸陣列允許一次性定量檢測大量基因的表達(dá)譜。適用于這一目的的核酸陣列的非限制性實例包括0^"^@微陣列(Affymetrix，SantaClara,CA)、cDNA微陣列(AgilentTechnologies,PaloAlto,CA)和微珠陣列(美國專利第6,288,220號和第6,391,562號)?？捎靡粋€或一個以上標(biāo)記部分對欲與核酸陣列雜交的聚核苷酸進(jìn)行標(biāo)記，以允許檢測雜交聚核苷酸復(fù)合物。標(biāo)記部分可包括可通過光譜、光化學(xué)、生物化學(xué)、生物電子學(xué)、免疫化學(xué)、電學(xué)、光學(xué)或化學(xué)方式檢測的組成。示范性標(biāo)記部分包括(但不限于)放射性同位素、化學(xué)發(fā)光化合物、經(jīng)標(biāo)記結(jié)合蛋白、重金屬原子、光譜標(biāo)記(諸如熒光標(biāo)記或染料)、磁性標(biāo)記、連接酶、質(zhì)譜標(biāo)簽、自旋標(biāo)記、電子轉(zhuǎn)移供體和受體等。欲與核酸陣列雜交的聚核苷酸可為cDNA、cRNA或其它類型的核酸分子?？梢约冸s交或差別雜交格式進(jìn)行雜交反應(yīng)。在純雜交格式中，將得自一個樣本(諸如AML或MDS患者或無疾病人類的未分離PBMC)的聚核苷酸與核酸陣列上的探針雜交。形成雜交復(fù)合物后所檢測的信號與所述樣本中的聚核苷酸水平相關(guān)。在差別雜交格式中，用不同標(biāo)記部分(例如，分別為Cy3和Cy5)對得自兩個生物樣本(諸如一個來自AML或MDS患者且另一個來自無疾病人類)的聚核苷酸進(jìn)行標(biāo)記。使這些經(jīng)不同標(biāo)記的聚核苷酸的混合物與核酸陣列雜交。隨后，在可獨立檢測來自兩種不同標(biāo)記的發(fā)射的條件下檢驗核酸陣列。可使用市售軟件(諸如Affymetrix或AgilentTechnologies所提供的軟件)分析從核酸陣列聚集的信號。雜交實驗中還包括諸如針對掃描靈敏度、探針標(biāo)記或cDNA定量的對照。在許多實施例中，在進(jìn)行進(jìn)一步分析之前，依比例確定核酸陣列的信號或?qū)⑵錁?biāo)準(zhǔn)化?？蓪⒒虻谋磉_(dá)信號標(biāo)準(zhǔn)化，從而當(dāng)在類似測試條件下使用一種以上陣列時可考慮雜交強度的變化。也可使用從各陣列上所含的內(nèi)部標(biāo)準(zhǔn)化對照得到的強度使個別聚核苷酸復(fù)合物的雜交信號標(biāo)準(zhǔn)化。此外，可使用所述樣本中具有相對一致表達(dá)水平的基因使其它基因的表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化。在一實施例中，使所述樣本的表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化，從而使平均值為零，且標(biāo)準(zhǔn)差為1。在另一實施例中，對來自核酸陣列的表達(dá)信號進(jìn)行排除基因的差異過濾，從而展示不同種類樣本中的最小或不顯著的差異。將白血病患者的未分離PBMC的表達(dá)譜與無疾病人類的相應(yīng)表達(dá)譜相比較。當(dāng)與無疾病人類的未分離PBMC相比時，在白血病患者的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因可得以鑒別。這些基因在下文中稱為白血病疾病基因。"差別表達(dá)"意謂，白血病患者的未分離PBMC中白血病疾病基因的平均表達(dá)水平在統(tǒng)計學(xué)上與無疾病人類的未分離PBMC中的表達(dá)水平顯著不同。在許多情況中，有關(guān)所觀察的差異的Studentt檢驗(例如，兩側(cè)分布(two-taileddistribution)、兩組樣本的不等方差(twosampleunequalvariance))的p值不超過0.05、0.01、0.005、0.001、0.0005、0.0001或更低。白血病患者的未分離PBMC中白血病疾病基因的平均表達(dá)水平可實質(zhì)上高于或低于無疾病PBMC中的表達(dá)水平。舉例來說，白血病患者的PBMC中白血病疾病基因的平均表達(dá)水平可比無疾病人類的PBMC中的表達(dá)水平高或低至少1、2、3、4、5、10、20倍或更高倍數(shù)。類似地，可對在患有不同白血病(例如，AML對比MDS)的患者中差別表達(dá)的白血病疾病基因進(jìn)行鑒別。也可使用監(jiān)督或無監(jiān)督聚類算法(supervisedorunsupervisedclusteringalgorithm)鑒別白血病疾病基因。監(jiān)督聚類算法的非限制性實例包括最近鄰分析法、支持向量機(supportvectormachines)、SAM(微陣列顯著性分析)方法、人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(artificialneuralnetwork)和SPLASH。無監(jiān)督聚類算法的非限制性實例包括自組織圖(self-organizedmap，SOM)、k平均、主成分分析(principalcomponentanalysis)禾口分級聚類(hierarchicalclustering)。最近鄰分析法(也稱為近鄰分析法)描述于Golub等人，(1999)Science286:531-537:Slonim等人,(2000)Procs.oftheFourthAnnualInternationalConferenceonComputationalMolecularBiology,Tokyo,Japan.4月8日到11日，第263-272頁；和美國專利第6,647,341號中，所有所述專利文獻(xiàn)都是以引用的方式并入本文中。在所述分析中，各基因的表達(dá)譜可以表達(dá)向量g^(e,，e2，e3,...，en)表示，其中e,與第i個樣本中基因"g"的表達(dá)水平相對應(yīng)。類別差異可以理想化表達(dá)模式C二(d,C2，C3.,.，Cn)表示，其中&=1或-1，這視第i個樣本是從類別0還是類別1中分離而定。類別0包括具有第一疾病狀態(tài)(例如無疾病)的個體，且類別1包括具有第二疾病狀態(tài)(例如AML或MDS)的個體。也可使用其它形式的類別差異。通常，類別差異表示一種理想化表達(dá)模式，其中基因表達(dá)水平在一個類別的樣本中都極高，而在另一類別的樣本中都極低。基因"g"與類別差異之間的相關(guān)性可通過信雜比分?jǐn)?shù)來測量P(g,c)=[w(g)-H2(g)]/[a《g)+a2(g)]，其中m(g)和w(g)分別表示類別O和類別1中基因"g"的經(jīng)對數(shù)變換的表達(dá)水平的平均值，且a!(g)和a2(g)分別表示類別0和類別1中基因"g"的經(jīng)對數(shù)變換的表達(dá)水平的標(biāo)準(zhǔn)差。較高的信雜比分?jǐn)?shù)絕對值表明，基因在一個類別中比在另一類別中的表達(dá)水平高。在一實例中，用于得出信雜比分?jǐn)?shù)的樣本包含富集的未分離PBMC或經(jīng)純化的未分離PBMC，且因此信雜比分?jǐn)?shù)P(g,c)表示類別差異與未分離PBMC中基因"g"的表達(dá)水平之間的相關(guān)性。如所屬領(lǐng)域技術(shù)人員所了解，也可通過其它方法，諸如通過Pearson相關(guān)系數(shù)或歐氏距離(Euclideandistance)測量基因"g"與類別差異之間的相關(guān)性?？墒褂秒S機假設(shè)檢驗(randompermutationtest)來評價未分離PBMC的基因表達(dá)譜與類別差異之間的相關(guān)性的顯著性。當(dāng)與隨機模式相比較時，類別差異的近鄰內(nèi)基因的異常高的密度表明，許多所述基因都具有與類別差異顯著相關(guān)的表達(dá)模式。可通過近鄰分析圖以圖解方式觀察基因與類別差異之間的相關(guān)性，其中y軸表示在類別差異周圍各個近鄰內(nèi)基因的數(shù)量，且x軸表示近鄰的尺寸(即P(g，c))。圖中還可包括展示關(guān)于隨機假設(shè)的類別差異的相應(yīng)近鄰內(nèi)基因數(shù)量的不同顯著性水平的曲線。在許多實施例中，由本發(fā)明所鑒別的白血病疾病基因在近鄰分析圖中都高于平均顯著性水平。這意謂著，這些白血病疾病基因中每一基因的相關(guān)性量度P(g，c)都使得具有P(g，C)尺寸的類別差異近鄰內(nèi)基因的數(shù)量大于隨機假設(shè)的類別差異的相應(yīng)近鄰內(nèi)處于平均顯著性水平的基因數(shù)量。本發(fā)明所鑒別的白血病疾病基因也可超過40%、30%、20%、10%、5%、2%或1%顯著性水平。如本文所使用的x呢顯著性水平意謂，x呢的隨機近鄰含有與類別差異周圍的實際近鄰?fù)瑯佣嗟幕??？墒褂猛ㄟ^最近鄰分析法所鑒別的白血病疾病基因構(gòu)建類別預(yù)測因子。每一類別預(yù)測因子都包括兩個或兩個以上白血病疾病基因，并且可用于將所關(guān)注的個體分配到疾病狀態(tài)(例如，AML、MDS或無疾病)中。在一實施例中，類別預(yù)測因子包括經(jīng)假設(shè)檢驗證實與類別差異顯著相關(guān)的白血病疾病基因(諸如高于1%、2%、5%、10%、20%、30%、40%或50%顯著性水平的基因)或由所述基因組成。在另一個實施例中，類別預(yù)測因子包括具有P(g,c)的最大絕對值的白血病疾病基因或由所述基因組成。也可使用SAM法將疾病狀態(tài)與未分離PBMC中的基因表達(dá)譜聯(lián)系起來。可使用微陣列預(yù)測分析(PAM)法鑒別能最好表征預(yù)定疾病或無疾病類別并且預(yù)測新樣本的類別成員的類別預(yù)測因子。例如參看Tibshirani等人，(2002)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.99:6567-6572。本發(fā)明的類別預(yù)測因子的預(yù)測準(zhǔn)確性可以通過k倍交叉驗證(諸如IO倍交叉驗證、4倍交叉驗證或留一交叉驗證)評估。在典型的k倍交叉驗證中，將數(shù)據(jù)分成約相同大小的k個子集。將模型訓(xùn)練k次，每一次都從訓(xùn)練集中留出一個子集，并且將遺漏的子集用作測試樣本以計算預(yù)測誤差。如果k等于樣本尺寸，那么其為留一交叉驗證。還可使用其它方法來鑒別白血病疾病基因。這些方法包括(但不限于)定量RT-PCR、Northern印跡法、原位雜交、蛋白質(zhì)陣列、免疫分析(例如ELISA、RIA或Western印跡法)、差異顯示技術(shù)、基因表達(dá)的連續(xù)分析(SAGE)、代表性差異分析法(RDA)、消減雜交、GeneCalling(CuraGen,NewHaven,CT)和總基因表達(dá)分析(TOGA)。由此鑒別的基因相對于一類個體在另一類個體的未分離PBMC中差別表達(dá)，各類個體具有不同的疾病狀態(tài)(例如，AML、MDS或無疾病)。也可使用上述方法鑒別其在未分離PBMC中的表達(dá)譜預(yù)示白血病患者的白血病進(jìn)展的不同階段或?qū)χ委熜灾委煹牟煌R床反應(yīng)的基因。舉例來說，可將最終發(fā)展成AML的MDS患者的PBMC中的基因表達(dá)譜與不發(fā)展成AML的MDS患者的相應(yīng)基因表達(dá)譜相比較。可對在這兩類患者中差別表達(dá)的基因進(jìn)行鑒別并且將其用于預(yù)測MDS到AML的進(jìn)展。另舉例來說，可根據(jù)白血病患者對治療性治療的反應(yīng)將其分組。隨后使用全局性基因表達(dá)分析來鑒別相對于一組患者在另一組患者的PBMC中差別表達(dá)的基因。由此鑒別的基因?qū)㈩A(yù)示白血病患者對治療性治療反應(yīng)的臨床結(jié)果。5.AML浙MZW疾諒基^必鑒激使用HG-U133AGenechips(Affymetrix，Inc.)鑒別AML或MDS疾病基因。對當(dāng)與無疾病人類相比時在AML(或MDS)患者的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因進(jìn)行鑒別。還對當(dāng)與MDS患者相比時在AML患者的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因進(jìn)行鑒別。表1中列出當(dāng)與AML樣本雜交時，HG-U133AGenechips⑧上與無疾病樣本相比展示升高或降低的信號的限定符。表1中的每一限定符都與AML疾病基因?qū)?yīng)，當(dāng)與無疾病人類相比時，所述AML疾病基因在AML患者的未分離PBMC中差別表達(dá)。各限定符的雜交信號表示未分離PBMC中相應(yīng)基因的表達(dá)水平。表1還說明有關(guān)AML("AML平均值")或無疾病樣本("無疾病平均值")的各限定符的平均雜交信號。還提供這些信號的標(biāo)準(zhǔn)差(分別為"AMLStDev"和"無疾病StDev")。此外，還提供AML與無疾病雜交信號之間的比率("AML/無疾病")和針對所觀察的差異的Studentt檢驗(例如，兩側(cè)分布、兩組樣本的不等方差)的p值。表1.相對無疾病PBMC在AMLPBMC中差別表達(dá)的基因<table>tableseeoriginaldocumentpage16</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage17</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage18</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage19</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage20</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage21</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage22</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage26</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage30</column></row><table>表2.對于相對于無疾病PBMC在AMLPBMC中差別表達(dá)的基因的注釋<table>tableseeoriginaldocumentpage30</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage31</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage32</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage33</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage34</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage35</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage36</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage37</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage39</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage40</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage47</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage48</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage49</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage51</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage53</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table><table>complextableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table>HG-U133AGenechip⑧上的每一限定符都表示一組與Genechip⑧上的個別區(qū)域穩(wěn)定連接的寡核苷酸探針(PM或良好匹配探針)。由限定符鑒別的基因的RNA轉(zhuǎn)錄物(或其互補序列)可在核酸陣列雜交條件下與至少一個具有所述限定符的寡核苷酸探針雜交。基因的RNA轉(zhuǎn)錄物(或其互補序列)在核酸陣列雜交條件下優(yōu)選不與具有所述限定符的錯配(MM)探針雜交。錯配探針與對應(yīng)的PM探針的不同之處在于，錯配探針的中心處或鄰近錯配探針中心處存在單一同數(shù)取代(homomericsubstitution)。舉例來說，對于25-mer的PM探針來說，MM探針在第13位處具有同數(shù)堿基改變。在一實施例中，由限定符鑒別的基因的RNA轉(zhuǎn)錄物(或其互補序列)可在核酸陣列雜交條件下與至少50%、60%、70%、80%、90%或100%的具有所述限定符的PM探針雜交，但不與相應(yīng)的錯配探針雜交。如通過相應(yīng)探針對的雜交強度差異(即，PM-MM)比總體雜交強度(即，PM+MM)的比率所測量，這些PM探針中每一個的辨識分?jǐn)?shù)(R)可不低于0,015、0.02、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5或更高。在另一實施例中，當(dāng)根據(jù)制造商的說明與HG-U133AGenechip⑧雜交時，基因的RNA轉(zhuǎn)錄物(或其互補序列)在默認(rèn)設(shè)置(即，臨界值T為0.015且顯著性水平a,為0.4)下在相應(yīng)限定符處產(chǎn)生"存在"指令。參看GeneChipExpressionAnalysis-DataAnalysisFundamentals(第701190部分，第2修訂本，Affymetrix,Inc.2002)，其整體內(nèi)容是以引用的方式并入本文中。HG-U133AGenechips⑧上各PM探針的序列和得到PM探針的耙序列可易于從Affymetrix網(wǎng)站的Affymetrix序列數(shù)據(jù)庫獲得。例如參看HG-U133A—probe—tab.zip，其整體內(nèi)容是以引用的方式并入本文中。表2列出以表1中的限定符表示的基因。這些基因以及其相應(yīng)的unigeneiD和Entrez登記號都是根據(jù)AffymetrixGenechip⑧注釋逬行鑒別。Unigene是由非重復(fù)的基因?qū)蚓垲?gene-orientedcluster)構(gòu)成。據(jù)信，各Unigene聚類包括表示獨特基因的序列。Entrez數(shù)據(jù)庫收集各種來源的序列，諸如GenBanJc、RefS叫和PUB。各限定符的寡核苷酸探針可從其相應(yīng)的Entrez序列獲得。表3中描述當(dāng)與MDS樣本雜交時，與無疾病樣本相比展示升高或降低的信號的限定符。己提供MDS("MDS平均值")或無疾病("無疾病平均值")樣本在各限定符處的平均雜交信號，以及其相應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)差(分別為"MDSStDev"和"無疾病StDev")。此外，還提供平均雜交信號之間的比率("MDS/無疾病")和針對所觀察的差異的Studentt檢驗(例如，兩側(cè)分布、兩組樣本的不等方差)的p值。表4進(jìn)一步描述以表3中的限定符表示的基因。表5中描述當(dāng)與AML樣本雜交時，與MDS樣本相比展示升高或降低的信號的限定符。與表1和表3類似，表5中提供AML或MDS樣本在各限定符處的平均雜交信號(分別為"AML平均值"和"MDS平均值")、相應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)差(分別為"AMLStDcv"和"MDSSteDev")、雜交信號之間的比率("AML/MDS")和針對所觀察的差異的p值。在表6中進(jìn)一歩描述以表5中的限定符表示的基因。表3.相對于無疾病PBMC在MDSPBMC中差別表達(dá)的基因<table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage64</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table>96%、97%、98%、99%或更高序列一致性)的基因進(jìn)行鑒別。由此鑒別的基因的RNA轉(zhuǎn)錄物(或其互補序列)可在嚴(yán)格雜交條件下或核酸陣列雜交條件下與具有所述限定符的PM探針雜交。因此，表1、3和5中的限定符不僅表示所述表中明確描述的基因，而且還表示未列出但仍然能夠在嚴(yán)格雜交條件或核酸陣列雜交條件下與具有所述限定符的PM探針雜交的基因。如本文所使用，"嚴(yán)格條件"至少與表7中的條件G-L—樣嚴(yán)格。"高度嚴(yán)格條件"至少與表7中的條件A-F—樣嚴(yán)格。對于每一條件來說，雜交都是在相應(yīng)雜交條件(雜交溫度和緩沖液)下進(jìn)行約4小時，接著在相應(yīng)洗滌條件(洗滌溫度和緩沖液)下進(jìn)行兩次各20分鐘的洗滌。表7.嚴(yán)格條件<table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table>、雜交體長度為雜交聚核苷酸的雜交區(qū)所預(yù)期的長度。當(dāng)將聚核苷酸與未知序列的靶聚核苷酸雜交時，假定雜交體長度為雜交聚核苷酸的長度。當(dāng)雜交已知序列的聚核苷酸時，雜交體長度可通過比對聚核苷酸序列且鑒別具有最佳序列互補性的區(qū)域加以測定。h:雜交和洗滌緩沖液中，可用SSPE(lxSSPE為0.15MNaCl、10mMNaH2P04和1.25mMEDTA，pH7.4)替代SSC(lxSSC為0.15MNaCl和15mM擰檬酸鈉)。TB*-TR*:預(yù)期長度小于50個堿基對的雜交體的雜交溫度應(yīng)比雜交體的熔解溫度(Tm)低5-l(TC，其中T^是根據(jù)以下等式確定。對長度小于18個堿基對的雜交體來說，Tmrc)=2(八+丁堿基的數(shù)目)+4(0+(:堿基的數(shù)目)。對長度在18個與49個堿基對之間的雜交體來說，Tm(°C)=81.5+16.6(log10Na+)+0.41(G+C%)-(600/N),其中N為雜交體中堿基的數(shù)目，且Na+為雜交緩沖液中鈉離子的摩爾濃度(對于lxSSC來說，Na+=0.165M)。C.MDS、AMI或,S7^&錄游茨后、珍箭浙治#遂齊本發(fā)明的白血病疾病基因可用于MDS、AML或其它白血病的診斷和預(yù)后。舉例來說，所述疾病基因可用于鑒別可能發(fā)展成急性髓性白血病(AML)的MDS患者。還可以使用白血病疾病基因評估所關(guān)注的患者的白血病的進(jìn)展或治療有效性?？梢愿鶕?jù)本發(fā)明評定任何類型的白血病。這些白血病的實例包括(但不限于)AML、MDS、急性淋巴母細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病、慢性髓性白血病和毛細(xì)胞白血病。所述診斷和預(yù)后通常涉及所關(guān)注的白血病患者的一個或一個以上疾病基因的外周血表達(dá)譜與至少一個參考表達(dá)譜的比較。在一實施例中，對用于診斷和預(yù)后的疾病基因加以選擇，從而在基于類別的相關(guān)性分析(諸如，最近鄰分析法)中使各疾病基因的外周血表達(dá)譜與類別差異聯(lián)系起來，其中所述類別差異表示具有不同臨床結(jié)果的白血病患者的外周血樣中所選基因的理想化表達(dá)模式。在許多情況下，在隨機假定檢驗中，所選疾病基因以高于50%、25%、10%、5%或1%的顯著性水平與類別差異相關(guān)。還可對疾病基因加以選擇，從而使一類白血病患者的外周血樣中各疾病基因的平均表達(dá)譜在統(tǒng)計學(xué)上與另一類白血病患者或無疾病人類中的表達(dá)譜不同。舉例來說，針對所觀察的差異的Studentt檢驗的p值可不超過0.05、0.01、0.005、0,001或更低。此夕卜，可對疾病基因加以選擇，從而使一類患者中各疾病基因的平均外周血表達(dá)水平與另一類患者或無疾病人類中的表達(dá)水平具有至少2倍、3倍、4倍、5倍、10倍或20倍的差異?？蓪⑺P(guān)注的個體的外周血樣中白血病疾病基因的表達(dá)譜與相同基因的參考表達(dá)譜相比較，以用于診斷或評估所關(guān)注的個體的白血病的進(jìn)展或治療情況。參考表達(dá)譜可使用與所關(guān)注的個體的外周血樣相同類型的外周血樣(例如，全血樣本或包含富集的未分離PBMC的血樣)制備。兩種表達(dá)譜可以使用相同的制備程序或方法來制備。因此，對于所關(guān)注的個體的表達(dá)譜中的每一組分來說，參考表達(dá)譜中存在至少一種相應(yīng)的組分。參考表達(dá)譜可以經(jīng)預(yù)先測定或預(yù)先記錄。其還可以與測定所關(guān)注的個體的表達(dá)譜同時制備或在其之后制備。本發(fā)明所使用的每一表達(dá)譜都可具有任何格式，諸如表格格式、圖形格式或電子或數(shù)字格式。本發(fā)明中所使用的參考表達(dá)譜通常包括表明無疾病人類或患有已知白血病的患者的外周血樣中白血病疾病基因的表達(dá)模式的值或范圍，或由所述值或范圍組成。在一實施例中，參考表達(dá)譜包含無疾病人類的外周血樣中各白血病疾病基因的平均表達(dá)水平。在另一實例中，參考表達(dá)譜包含患有所研究的白血病的患者的外周血樣中各白血病疾病基因的平均表達(dá)水平?？墒褂萌魏吻笃骄椒ǎ?但不限于)算數(shù)平均、調(diào)和平均、絕對值平均、對數(shù)變換值的平均和加權(quán)平均。參考表達(dá)譜可包括多種表達(dá)譜，各表達(dá)譜都表示臨床結(jié)果已知或可測定的特定白血病患者中疾病基因的外周血表達(dá)模式。舉例來說，參考表達(dá)譜可包括兩個或兩個以上個別表達(dá)譜，其各自表示不同白血病患者或無疾病志愿者的外周血樣中白血病疾病基因的表達(dá)譜?？梢允褂媚Ｊ阶R別算法(諸如，加權(quán)投票算法、&最近鄰算法或支持向量機)來比較所關(guān)注的個體的表達(dá)譜與這些個別參考表達(dá)譜。適用于本發(fā)明的參考表達(dá)譜可含有所使用的各白血病疾病基因的表達(dá)水平范圍?？蓪Ω鞣秶右赃x擇以反映無疾病人類或患有已知白血病的患者的外周血樣中相應(yīng)基因的表達(dá)水平的變化。舉例來說，可選擇所述范圍為距無疾病人類(或患有已知白血病的患者)的外周血樣中相應(yīng)基因的平均表達(dá)水平的一個標(biāo)準(zhǔn)差(或其倍數(shù)或分?jǐn)?shù))的范圍。當(dāng)所關(guān)注的個體的基因表達(dá)水平在所述范圍內(nèi)時，可對于所述基因作出"類似"指令。其它類型的參考表達(dá)譜也可用于本發(fā)明中。舉例來說，可以將數(shù)值界限值用作參考。可以任何形式構(gòu)建所關(guān)注的患者的表達(dá)譜和參考表達(dá)譜。在一實施例中，表達(dá)譜包含結(jié)果預(yù)測中所使用的各疾病基因的表達(dá)水平。表達(dá)水平可為絕對水平、標(biāo)準(zhǔn)化水平或相對水平。適當(dāng)?shù)臉?biāo)準(zhǔn)化程序包括(但不限于)核酸陣列基因表達(dá)分析中所使用的程序或ffill等人，(2001)GenomeBiol.,2:research0055.1-0055.13中所述的程序。在一實例中，使表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化，從而使平均值為零且標(biāo)準(zhǔn)差為1。在另一實例中，如所屬領(lǐng)域技術(shù)人員所了解，根據(jù)內(nèi)部或外部對照將表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化。在又一實例中，將表達(dá)水平對比血樣中一種或一種以上具有已知豐度的對照轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。在許多情況下，使用相同或相當(dāng)?shù)姆椒?gòu)建所關(guān)注的患者的表達(dá)譜和參考表達(dá)譜。在另一實施例中，所比較的各表達(dá)譜包含不同疾病基因表達(dá)水平之間的一個或一個以上比率。表達(dá)譜還可包括能夠表示基因表達(dá)模式的其它量度。適用于本發(fā)明的外周血樣包括(但不限于)全血樣本或包含未分離PBMC的樣本。在許多實施例中，使用包含富集的未分離PBMC的外周血樣。"富集"意謂樣本中PBMC的百分比高于其在全血中的百分比。在許多情況中，富集樣本中至少75%、80%、85%、90%、95%、99%或100%的細(xì)胞為PBMC。適用于制備富集的未分離PBMC的方法包括(但不限于)Ficoll梯度離心或細(xì)胞純化管(CPT)。還可以使用其它常規(guī)方法制備富集的未分離PBMC。表達(dá)譜的構(gòu)建通常涉及檢測用于診斷或預(yù)后中的各疾病基因的表達(dá)水平。有多種方法可用于這一目的。舉例來說，可通過測量基因的RNA轉(zhuǎn)錄物的水平來測定基因表達(dá)水平。適當(dāng)方法包括(但不限于)定量RT-PCR、Northern印跡法、原位雜交、狹縫印跡法、核酸酶保護分析和核酸陣列(包括微珠陣列)。還可通過測量由基因編碼的多肽的水平來測定基因表達(dá)水平。適當(dāng)方法包括(但不限于)免疫分析(諸如，ELISA、RIA、FACS或Western印跡法)、二維凝膠電泳、質(zhì)譜法或蛋白質(zhì)分析。所關(guān)注個體的白血病疾病基因的表達(dá)譜可以通過測量所述個體外周血樣中各所述基因的RNA轉(zhuǎn)錄物水平來進(jìn)行測定。適用于這一目的的方法包括(但不限于)定量RT-PCR、競爭性RT-PCR、實時RT-PCR、差別顯示RT-PCR、Northern印跡法、原位雜交、狹縫印跡法、核酸酶保護分析和核酸陣列(包括微珠陣列)。還可以通過測量所關(guān)注個體的外周血樣中各所述基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物水平來測定白血病疾病基因的表達(dá)譜。適用于這一目的的方法包括(但不限于)免疫分析(例如，ELISA(酶聯(lián)免疫吸附分析)、RIA(放射免疫分析)、FACS(熒光活化細(xì)胞分揀器)、Western印跡法、斑點印跡法、免疫組織化學(xué)或基于抗體的放射成像、蛋白質(zhì)分析、高通量蛋白質(zhì)測序、二維SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳和質(zhì)譜法。此外，還可以使用由白血病疾病基因編碼的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的生物活性(例如，酶活性或蛋白質(zhì)/DNA結(jié)合活性)來測量所關(guān)注外周血樣中基因的表達(dá)水平。白血病疾病基因的表達(dá)譜可具有任何形式。在一實施例中，表達(dá)譜包括所使用的各白血病疾病基因的表達(dá)水平。各表達(dá)水平可為絕對表達(dá)水平，或經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平或相對表達(dá)水平。適用于使不同基因的表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化的方法包括(但不限于)Hill等人，(2001)GenomeBiol，2:research0055.1-0055.13禾口GenechipExpressionAnalysis-DataAnalysisFundamentals(第701190部分，第2修訂本，Affymetrix,Inc.,2002)中所述的方法，所述文獻(xiàn)都是以全文引用的方式并入本文中。在一實例中，各白血病疾病基因的表達(dá)水平是根據(jù)內(nèi)部或外部對照標(biāo)準(zhǔn)化。還可以將各白血病疾病基因的表達(dá)水平對比所使用的樣本中一種或一種以上具有已知豐度的對照轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。白血病疾病基因的表達(dá)譜還可包括不同白血病疾病基因表達(dá)水平之間的一個或一個以上比率(例如，在白血病患者的PBMC中上調(diào)的基因的表達(dá)水平與下調(diào)的基因的表達(dá)水平之間的比率)。白血病疾病基因與非白血病疾病基因的表達(dá)水平之間的比率也可用于構(gòu)建白血病疾病基因的表達(dá)譜。還可以使用表明基因表達(dá)模式的其它量度來制備基因表達(dá)譜。所關(guān)注的個體的表達(dá)譜與參考表達(dá)譜之間的差異或相似性可以通過評定兩種表達(dá)譜中相應(yīng)組分之間的差異或相似性來測定。適用于這一目的的方法包括(但不限于)倍數(shù)變化或絕對差異。在一實例中，如果所關(guān)注的個體的白血病疾病基因的表達(dá)水平與參考表達(dá)譜中相應(yīng)的參考水平之間的差異小于參考水平的50%、40%、30%、20%或10%，那么認(rèn)為這兩種水平類似。在另一實例中，如果所關(guān)注的個體的白血病疾病基因的表達(dá)水平在參考表達(dá)譜中的相應(yīng)參考水平的標(biāo)準(zhǔn)差(或其倍數(shù)或分?jǐn)?shù))的范圍內(nèi)，那么認(rèn)為所述所關(guān)注的個體的白血病疾病基因的表達(dá)水平與所述參考水平類似?？蓪τ嘘P(guān)所關(guān)注的個體的表達(dá)譜與參考表達(dá)譜之間的整體相似性的標(biāo)準(zhǔn)加以選擇，從而使白血病診斷或評定的準(zhǔn)確性(正確指令與不正確指令的總和中正確指令所占比率)相對較高。舉例來說，可對相似性標(biāo)準(zhǔn)加以選擇從而使白血病診斷或評定的準(zhǔn)確性為至少50%、60%、70%、80%、90%或更高。在一實例中，如果認(rèn)為所關(guān)注的個體的表達(dá)譜中至少50%、60%、70%、80%、90%或更高百分比的組分與參考表達(dá)譜中的相應(yīng)組分類似，那么作出整體類似的指令。表達(dá)譜中的不同組分在比較中可具有相同或不同的權(quán)重。也可以將基于基因表達(dá)的方法與其它臨床測試組合以提高白血病診斷或評定的準(zhǔn)確性。加權(quán)投票算法能夠?qū)㈩悇e成員分配到所關(guān)注的個體。參看Golub等人，屌^i:乂；和Slonim等人，廚J:文。適用于這一目的的軟件程序包括(但不限于)GeneCluster2軟件(BroadInstitute,Cambridge,MA)。在一種形式的加權(quán)投票分析中，將所關(guān)注的個體分配到兩類(即，類別0和類別1)中的一類中，每一類別表示不同的疾病狀態(tài)(例如，AML、MDS或無疾病)。舉例來說，類別0可包括無疾病人類且類別1包括MDS(或AML)患者。另舉例來說，類別0可包括AML患者且類別1包括MDS患者。一組AML或MDS疾病基因可選自表2、4或6以形成分類因子(即，類別預(yù)測因子)。所述分類因子中的每一基因?qū)⒓訖?quán)投票投到兩類(類別0和類別1)中的一類中?；?g"的得票數(shù)可定義為vg=ag(xg-bg)，其中ag等于P(g，c)并且反映基因"g"的表達(dá)水平與類別0和類別1之間的類別差異之間的相關(guān)性。bg等于[x0(g)+xl(g)]/2，其為類別0和類別1中基因"g"的表達(dá)水平的平均對數(shù)的平均值。Xg表示所關(guān)注的樣本中基因"g"的表達(dá)水平的標(biāo)準(zhǔn)化對數(shù)。正Vg表示類別0的得票數(shù)，且負(fù)vg表示類別1的得票數(shù)。VO表示所有正得票數(shù)的總和，且VI表示所有負(fù)得票數(shù)的總和的絕對值。預(yù)測強度PS定義為PS=(V0-V1)/(V0+Vl)?？墒褂媒徊骝炞C來評估根據(jù)加權(quán)投票算法產(chǎn)生的類別預(yù)測因子的準(zhǔn)確性。在一實施例中，交叉驗證包括預(yù)扣己用于近鄰分析中用于鑒別疾病基因的樣本。類別預(yù)測因子是基于保留樣本產(chǎn)生且隨后用于預(yù)測所預(yù)扣的樣本的類別。對已用于近鄰分析中的每一樣本重復(fù)這一過程。通過交叉驗證評估具有不同白血病疾病基因的類別預(yù)測因子，并且可對具有最準(zhǔn)確預(yù)測的最佳類別預(yù)測因子進(jìn)行鑒別。可將任何數(shù)量的白血病疾病基因用于本發(fā)明中。在一實施例中，將至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多個選自表2的基因用于所關(guān)注的個體的AML的診斷或?qū)λ鯝ML的治療有效性的評估。在另一實施例中，將至少l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多個選自表4的基因用于所關(guān)注的個體的MDS的診斷或?qū)λ鯩DS的治療有效性的評估。在另一實施例中，將至少l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多個選自表6的基因用于診斷或評估所關(guān)注的個體的MDS的進(jìn)展或治療。在其它實施例中，將選自表2、4或6的基因的組合用于診斷或評估所關(guān)注的個體的AML或MDS的進(jìn)展或治療。可對本發(fā)明中所使用的白血病疾病基因進(jìn)行選擇以使其具有不大于0.05、0.01、0.005、0.001、0.0005、0.0001或更低的p值。還可對白血病疾病基因進(jìn)行選擇以使其包括與無疾病人類相比在白血病患者體內(nèi)上調(diào)的基因，以及與無疾病人類相比在白血病患者體內(nèi)下調(diào)的基因。為改良白血病診斷或評定的準(zhǔn)確性，也可以通過使用優(yōu)化算法(諸如美國專利申請案20040214179中所述的均值方差算法)來選擇白血病疾病基因。當(dāng)使用加權(quán)投票算法或fc最近鄰算法時，可對類別預(yù)測因子中的白血病疾病基因進(jìn)行選擇，從而使其與近鄰分析中的類別差異顯著相關(guān)。舉例來說，可選擇在近鄰分析中大于1%、5%或10%顯著性水平的白血病疾病基因。參看Golub等人，廚JrjJV和Slonim等人，/^丄文。類別預(yù)測因子中的白血病疾病基因還可包括上調(diào)最高的白血病疾病基因，以及下調(diào)最高的白血病疾病基因。在一實例中，本發(fā)明中所使用的類別預(yù)測因子包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、20、40或更多個選自表2或表4的基因或由所述基因組成。類別預(yù)測因子可包括至少兩組基因。第一組包括一個或一個以上具有至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更高AML/無疾病比率(或MDS/無疾病比率)的基因，且第二組包括一個或一個以上具有不大于0.5、0.333、0.25、0.2、0.1或更低AML/無疾病比率(或MDS/無疾病比率)的基因。在另一實例中，本發(fā)明中所使用的類別預(yù)測因子包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、20、40或更多個選自表6的基因或由所述基因組成。類別預(yù)測因子還可包括至少兩組基因。第一組包括一個或一個以上具有至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更高AML/MDS比率的基因，且第二組包括一個或一個以上具有不大于0.5、0.333、0.25、0.2、0.1或更低AML/MDS比率的基因。除表2、4和6中所述的基因外，本發(fā)明還涵蓋其它白血病疾病基因用于診斷或評定所關(guān)注的個體的白血病的進(jìn)展或治療的用途。這些基因能夠在嚴(yán)格雜交條件或核酸陣列雜交條件下與選自表2、4和6的限定符雜交。如本文所使用，如果基因的RNA轉(zhuǎn)錄物(或其互補序列，這視限定符的寡核苷酸探針的鏈型而定)可以與限定符的至少一個寡核苷酸探針雜交，那么所述基因可以與所述限定符雜交。在許多情況中，基因的RNA轉(zhuǎn)錄物(或其互補序列)可在嚴(yán)格雜交條件或核酸陣列雜交條件下與限定符的至少50%、60%、70%、80%、90%或100%的寡核苷酸探針雜交，并且在AffymetrixGenechip⑧上在默認(rèn)設(shè)置(即，臨界值T為0.015且顯著性水平ot為0.4)下于所述限定符處產(chǎn)生"存在"指令。參看GeneChipExpressionAnalysis-DataAnalysisFundamentals(第701190部分，第2修訂本，Affymetrix,Inc.2002)。有關(guān)AML、MDS和其它血液或骨髓疾病的臨床問題在于患者對治療高度可變的反應(yīng)。藥物動力學(xué)的基本概念是理解與可用治療選擇相關(guān)的患者的基因型，且隨后個別地考慮針對所述患者的最適當(dāng)選擇。根據(jù)本發(fā)明，可根據(jù)對指定療法的不同反應(yīng)建立患者的不同類別。當(dāng)與一種反應(yīng)類別相比較時在另一種反應(yīng)類別的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因可使用全局基因表達(dá)分析來鑒別。這些基因為預(yù)測所關(guān)注的患者是否或多或少對治療具反應(yīng)性的分子標(biāo)記。就經(jīng)預(yù)測具有有利結(jié)果的患者來說，可考慮使治療毒性最小化的嘗試，而就經(jīng)預(yù)測對所述治療無反應(yīng)的患者來說，可研究用其它治療或?qū)嶒灧桨高M(jìn)行的治療。在一實施例中，將患者分成至少兩類(類別O和類別1)。類別O包括起始治療后在指定時間段(諸如一年)內(nèi)死亡的患者。類別1包括起始治療后在超過所述指定時間段仍存活的患者?？蓪Ξ?dāng)與類別1患者的未分離PBMC相比時，在類別0患者的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因進(jìn)行鑒別。這些基因為患者臨床結(jié)果的預(yù)后標(biāo)記。還可使用其它臨床結(jié)果標(biāo)準(zhǔn)(諸如，癥狀緩解/未緩解、進(jìn)展時間、完全反應(yīng)、部分反應(yīng)、穩(wěn)定疾病或進(jìn)展性疾病)對白血病患者進(jìn)行分類以鑒別相應(yīng)的預(yù)后基因。本發(fā)明的白血病疾病基因還可用于鑒別或測試用于AML或MDS治療的藥物。藥物候選物降低或消除未分離PBMC中AML或MDS疾病基因的異常表達(dá)的能力表明所述藥物候選物對于治療AML或MDS的有效性。所屬領(lǐng)域中眾所周知用于篩選或評估藥物候選物的方法。這些方法可以在動物模型中或在人類臨床試驗過程中進(jìn)行。本發(fā)明還涵蓋編碼AML或MDS疾病基因的表達(dá)載體。這些AML或MDS疾病基因可以在AML或MDS腫瘤細(xì)胞中低表達(dá)。通過將表達(dá)載體引入有需要的患者，可以校正這些基因的異常表達(dá)。適用于這一目的的表達(dá)載體和基因傳遞技術(shù)已為所屬領(lǐng)域眾所周知。此外，本發(fā)明涵蓋AML或MDS疾病基因的反義序列或編碼其的表達(dá)載體。所述AML或MDS疾病基因可以在AML或MDS腫瘤細(xì)胞中過度表達(dá)。通過引入反義序列或編碼其的表達(dá)載體，可以校正這些疾病基因的異常表達(dá)。還可通過RNA干擾("RNAi")來抑制AML或MDS疾病基因的表達(dá)。RNAi是一種用于轉(zhuǎn)錄后基因沉默("PTGS")的技術(shù)，其中特別消除靶基因的活性。RNAi在許多方面類似于植物中的PTGS并且已在包括錐體蟲、水螅、渦蟲、線蟲和果蠅(黑腹果蠅(Drosophilamelanogaster))的許多非脊椎動物中檢測到。其可涉及于轉(zhuǎn)座元件活動的調(diào)節(jié)和抗病毒狀態(tài)的形成中。哺乳動物系統(tǒng)中的RNAi已揭示于PCT申請案WO00/63364中。在一實施例中，將具有至少約21個核苷酸的dsRNA引入細(xì)胞中以使靶基因的表達(dá)沉默。此外，本發(fā)明提供特異性識別由AML或MDS疾病基因編碼的多肽的抗體?？蓪⑦@些抗體投與有需要的患者。在一實施例中，本發(fā)明的抗體可實質(zhì)上降低或抑制疾病基因的活性。舉例來說，所述抗體可將疾病基因的活性降低至少約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。本發(fā)明的適當(dāng)抗體包括(但不限于)多克隆抗體、單克隆抗體、嵌合抗體、人源化抗體、單鏈抗體、Fab片段或由Fab表達(dá)文庫產(chǎn)生的片段。在許多實施例中，本發(fā)明的抗體可以至少106M—1、107M"、108M"、1(^M"或更高的結(jié)合親和力常數(shù)Ka與個別AML或MDS疾病基因產(chǎn)物或其它所需抗原結(jié)合?？芍苽浒景l(fā)明的抗體或聚核苷酸的醫(yī)藥組合物?？蓪︶t(yī)藥組合物進(jìn)行調(diào)配以使其與其預(yù)定投藥途徑相適應(yīng)。投藥途徑的實例包括(但不限于)不經(jīng)腸、靜脈內(nèi)、真皮內(nèi)、皮下、經(jīng)口、經(jīng)吸入、透皮、經(jīng)局部、透粘膜和經(jīng)直腸投藥。用于制備所需醫(yī)藥組合物的方法已為所屬領(lǐng)域眾所周知。本發(fā)明另外提供用于診斷或監(jiān)測AML或MDS的進(jìn)展或治療的試劑盒或裝置。在一實施例中，本發(fā)明的試劑盒或裝置包括一個或一個以上聚核苷酸或基本上由一個或一個以上聚核苷酸組成，各所述聚核苷酸能夠在嚴(yán)格條件下與選自表2、4或6的基因雜交。所述聚核苷酸可經(jīng)熒光、放射性或其它可檢測的部分標(biāo)記。所述聚核苷酸還可不經(jīng)標(biāo)記。試劑盒或裝置中可以包括任何數(shù)量的聚核苷酸。舉例來說，試劑盒或裝置中可包括至少1、2、3、4、5、10、15、20或更多個聚核苷酸，各聚核苷酸都能夠在嚴(yán)格條件下與選自表2、4或6的不同的個別基因雜交。在一實例中，試劑盒或裝置中所包括的聚核苷酸是密封于小瓶、管、瓶或另一包含構(gòu)件中。在另一實例中，聚核苷酸與一種或一種以上底物穩(wěn)定連接?？稍谒龅孜锷现苯舆M(jìn)行核酸雜交。本發(fā)明的試劑盒或裝置中還可包括雜交試劑。在另一實施例中，本發(fā)明的試劑盒或裝置包括一種或一種以上對由選自表2、4或6的基因編碼的多肽具特異性的抗體或基本上由所述抗體組成。所述抗體可經(jīng)一個或一個以上可檢測部分標(biāo)記以允許檢測抗體-抗原復(fù)合物。所述抗體還可不經(jīng)標(biāo)記。試劑盒或裝置中可以包括任何數(shù)量的抗體。舉例來說，試劑盒或裝置中可包括至少1、2、3、4、5、10、15、20或更多種抗體，并且這些抗體中的每一個都可特異性識別不同的個別AML或MDS疾病基因產(chǎn)物。本發(fā)明的試劑盒或裝置中還可包括免疫檢測試劑(諸如二級抗體、對照或酶底物)。在一實例中，本發(fā)明的試劑盒包括一個或一個以上密封一種或一種以上抗體的容器。在另一實例中，使本發(fā)明裝置中的所述抗體與一種或一種以上底物穩(wěn)定連接。適用于這一目的的底物包括(但不限于)薄膜、膜、柱基質(zhì)或微量滴定板孔?？芍苯訉λ龅孜镞M(jìn)行免疫分析。此外，本發(fā)明的特征在于系統(tǒng)能夠比較所關(guān)注的表達(dá)譜與至少一種參考表達(dá)譜。在許多實施例中，參考表達(dá)譜存儲于數(shù)據(jù)庫中。可以電子方式，諸如通過使用計算機系統(tǒng)來進(jìn)行所關(guān)注的表達(dá)譜與參考表達(dá)譜之間的比較。計算機系統(tǒng)通常包含與存儲表示欲比較表達(dá)譜的數(shù)據(jù)的存儲器耦合的處理器。在一實施例中，所述存儲器可讀取并且可再寫?？蓪Ρ磉_(dá)譜進(jìn)行更正或修改。計算機系統(tǒng)包括一個或一個以上能夠使處理器比較表達(dá)譜的程序。在一實施例中，計算機系統(tǒng)包括能夠執(zhí)行加權(quán)投票算法或&最近鄰算法的程序。在另一實施例中，計算機系統(tǒng)與核酸陣列耦合，由此雜交信號可直接饋入所述系統(tǒng)中。^fMDS、AML,真g/^fe諒游厥f、珍銜或澄#遂^游試^/*此外，本發(fā)明提供可用于MDS、AML或其它白血病的預(yù)后、診斷或治療選擇的試劑盒。各試劑盒包括至少一個針對白血病疾病基因(例如選自表2、4或6的基因)的探針或基本上由至少一個針對白血病疾病基因(例如選自表2、4或6的基因)的探針組成。還可包括有利于試劑盒使用的試劑或緩沖液?？蓪⑷魏晤愋偷奶结樣糜诒景l(fā)明中，諸如雜交探針、擴增引物或抗體。在一實施例中，本發(fā)明的試劑盒包括至少1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、IO個或更多個聚核苷酸探針或引物，或基本上由至少1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、IO個或更多個聚核苷酸探針或引物組成。各探針/引物可在嚴(yán)格雜交條件或核酸陣列雜交條件下與不同的個別白血病疾病基因雜交。如本文所使用，如果聚核苷酸可與基因的RNA轉(zhuǎn)錄物或其互補序列雜交，那么所述聚核苷酸可與所述基因雜交。在另一實施例中，本發(fā)明的試劑盒包括一種或一種以上抗體，所述抗體中每一個都能夠與由不同的個別白血病疾病基因編碼的多肽結(jié)合。在一實例中，本發(fā)明的試劑盒包括針對至少1個、2個、3個、4個、5個、10個、15個、20個、25個、30個、35個、40個、45個、50個、55個、60個、65個、70個、75個或更多個選自表2、4或6的基因的探針(例如，雜交或PCR擴增探針或抗體)，或基本上由所述探針組成。本發(fā)明中所使用的探針可經(jīng)標(biāo)記或未經(jīng)標(biāo)記。可通過光譜、光化學(xué)、生物化學(xué)、生物電子學(xué)、免疫化學(xué)、電學(xué)、光學(xué)、化學(xué)方式或任何其它方式檢測經(jīng)標(biāo)記探針。探針的示范性標(biāo)記部分包括放射性同位素、化學(xué)發(fā)光化合物、經(jīng)標(biāo)記結(jié)合蛋白、重金屬原子、光譜標(biāo)記(諸如熒光標(biāo)記和染料)、磁性標(biāo)記、連接酶、質(zhì)譜標(biāo)簽、自旋標(biāo)記、電子轉(zhuǎn)移供體和受體等。本發(fā)明的試劑盒還可具有含有緩沖液或報告因子構(gòu)件的容器。此外，所述試劑盒可包括用于進(jìn)行陽性對照或陰性對照的試劑。在一實施例中，本發(fā)明中所使用的探針與一個或一個以上底物載體穩(wěn)定地連接?？稍谒龅孜镙d體上直接進(jìn)行核酸雜交或免疫分析。用于這一目的的適當(dāng)?shù)孜镙d體包括(但不限于)玻璃、二氧化硅、陶瓷、尼龍、石英晶片、凝膠、金屬、紙、微珠、管、纖維、薄膜、膜、柱基質(zhì)或微量滴定板孔。本發(fā)明的試劑盒還可含有一個或一個以上對照，其各自表示可由所述試劑盒中所含的一個或一個以上探針檢測的疾病基因的參考表達(dá)水平。應(yīng)了解，上述實施例和以下實例僅出于說明的目的而非限制的目的給出。所屬領(lǐng)域技術(shù)人員根據(jù)本發(fā)明將易于了解本發(fā)明范圍內(nèi)的各種改變和變更。￡.實辨PfiA/C^7/WA從無疾病志愿者、MDS患者和AML患者收集全血。接收有關(guān)這些臨床研究的藥物動力學(xué)部分的知會同意書并且使所述方案經(jīng)參與臨床現(xiàn)場處的當(dāng)?shù)厝梭w試驗委員會(InstitutionalReviewBoard)批準(zhǔn)。MDS患者主要為白種人并且平均年齡為66歲(在52-84歲的范圍內(nèi))。AML患者僅為白種人并且平均年齡為45歲(在19-65歲的范圍內(nèi))。無疾病志愿者僅為白種人并且平均年齡為23歲(在18-32歲的范圍內(nèi))。AML患者的納入標(biāo)準(zhǔn)包括骨髓中母細(xì)胞過量20%;根據(jù)FAB分類系統(tǒng)進(jìn)行的AML的形態(tài)學(xué)診斷；和指示CD33+狀態(tài)的流式細(xì)胞分析。MDS患者的納入標(biāo)準(zhǔn)包括MDS的形態(tài)學(xué)診斷，和難治性貧血、伴有環(huán)狀鐵粒幼紅細(xì)胞的難治性貧血、母細(xì)胞增多性難治性貧血或轉(zhuǎn)化型母細(xì)胞增多性難治性貧血(其中疾病穩(wěn)定性已經(jīng)證實歷時最短2個月時間)的FAB分類。將血樣抽入CPTCellPreparationVacutainerTube(BectonDickinson)中。根據(jù)制造商的方案(BectonDickinson),通過Ficoll梯度來分離PBMC。使用QiagenRNeasy⑧微型試劑盒(Qiagen,Valencia,CA)將總RNA從未分離的PBMC小球中分離。,辨么^潛浙Ge""/^⑧染f叛伊游產(chǎn)主。使用修改的Lockhart等人，(1996)NatureBiotechnology14:1675-1680中所述的程序來制備針對寡核苷酸陣列的經(jīng)標(biāo)記靶。使用在5'端含有T7DNA聚合酶啟動子的寡聚-(dT)24引物將2微克總RNA轉(zhuǎn)化成cDNA。將所述cDNA用作使用T7DNA聚合酶試劑盒(Ambion，Woodlands,TX,USA)和生物素化CTP和UTP(Enzo,Farmingdale，NY,USA)進(jìn)行的活體外轉(zhuǎn)錄的模板。在94。C下，在40pL最終體積的40mMTris-乙酸鹽(pH8.0)、100mMKOAc、30mMMgOAc中使經(jīng)標(biāo)記cRNA破碎35分鐘。實辨丄與A^y附em';c微,搏染爻浙資為^,將個別患病和無疾病樣本與HG-U133AGenechips(Affymetrix)雜交。未匯集任何樣本。在具有100pg/mL鯡魚精DNA和50ng/mL乙酰化BSA的lxMES緩沖液中對10昭經(jīng)標(biāo)記靶進(jìn)行稀釋。如ffill等人(2000)Science2卯:809-812中所述，為使陣列彼此標(biāo)準(zhǔn)化并且為評價寡核苷酸陣列的靈敏性，使各雜交反應(yīng)中包括11個細(xì)菌基因的活體外合成的轉(zhuǎn)錄物。就關(guān)于總體轉(zhuǎn)錄物的對照轉(zhuǎn)錄物的數(shù)量來說，這些轉(zhuǎn)錄物的豐度在1:300,000(3ppm)到1:1000(1000ppm)的范圍內(nèi)。如通過這些對照轉(zhuǎn)錄物的信號反應(yīng)所測定，所述陣列的檢測靈敏性可在介于約1:300,000與1:100,000個拷貝/百萬之間的范圍內(nèi)。使經(jīng)標(biāo)記探針在99。C下變性5分鐘，且隨后在45'C下變性5分鐘，并且將其與由超過12,500個人類基因組成的寡核苷酸陣列(HG-U133A，Affymetrix)雜交。使陣列在45。C下雜交16小時。雜交緩沖液包括100mMMES、1M[Na+]、20mMEDTA和0.01%Tween20。雜交后，用洗滌緩沖液6xSSPET充分洗滌料筒(例如在室溫下洗滌三次每次歷時至少10分鐘)。這些雜交和洗滌條件統(tǒng)稱為"核酸陣列雜交條件"。隨后用偶合抗生蛋白鏈菌素的藻紅蛋白對經(jīng)洗滌的料筒進(jìn)行染色。12xMES儲備液含有1.22MMES和0.89M[Na+]。為獲得1000ml儲備液，可通過混合70.4gMES游離酸單水合物、193.3gMES鈉鹽和800ml分子生物學(xué)級水并且將其調(diào)到1000ml的體積來制備所述儲備液。pH值應(yīng)介于6.5與6,7之間?？梢酝ㄟ^將8.3ml12xMES儲備液、17.7ml5MNaCl、4.0ml0.5MEDTA、0.1ml10%Tween20和19.9ml水混合來制備2x雜交緩沖液。6xSSPET含有0.9MNaCl、60mMNaH2P04、6mMEDTA(pH7.4)和0.005%TritonX-100。在一些情況中，所述洗滌緩沖液經(jīng)較為嚴(yán)格的洗漆緩沖液替換?？梢酝ㄟ^將83.3ml12xMES儲備液、5.2ml5MNaCl、1.0ml10%Tween20和910.5ml水混合來制備1000ml的所述嚴(yán)格洗滌緩沖液。實辨《基房表達(dá)教薪游分叛數(shù)據(jù)分析和有關(guān)不存在/存在指令的確定是使用Genechip3.2軟件(Affymetrix)對原始熒光強度值進(jìn)行。使用縮放頻率標(biāo)準(zhǔn)化方法將各轉(zhuǎn)錄物的"平均差異"值標(biāo)準(zhǔn)化為"頻率"值，其中將刺入各雜交溶液中的具有已知豐度的11種對照cRNA的平均差異用于產(chǎn)生整體校準(zhǔn)曲線。參看Hill等人(2001)Ge醒eBiol.，2(12):research0055.1-0055.13，所述文獻(xiàn)的整體內(nèi)容是以引用的方式并入本文中。隨后使用這一校準(zhǔn)將所有轉(zhuǎn)錄物的平均差異值轉(zhuǎn)化成在1:300,000(3百萬分率(ppm))到1:1000(lOOOppm)范圍內(nèi)以百萬分率為單位表示的頻率估計值。Genechip3.2軟件使用計算關(guān)于基因"不存在"或"存在"的可能性以及關(guān)于陣列上所表示的各轉(zhuǎn)錄物的特定雜交強度值或"平均差異"的算法。這些計算中所使用的算法在AffymetrixGenechip分析套件用戶指南中得以描述。如果特定轉(zhuǎn)錄物滿足以下標(biāo)準(zhǔn)，那么可對其進(jìn)行進(jìn)一步計算。首先，在所述分析中排除在所有樣本中經(jīng)Genechip3.2軟件標(biāo)為"不存在"的基因。其次'在進(jìn)行陣列間轉(zhuǎn)錄物水平的比較時，需要基因存在于至少一個陣列上。再次，為比較各組間的轉(zhuǎn)錄物水平，應(yīng)用Studentt檢驗來鑒別頻率值具有顯著差異(p<0.05)的轉(zhuǎn)錄物子集。在許多情況中，還使用第四個標(biāo)準(zhǔn)，其需要基因的統(tǒng)計學(xué)顯著性子集中頻率值的平均改變倍數(shù)為2倍或更高倍數(shù)?？梢允褂肊isen等人(1998)Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A.,95:14863-1486S中所述的程序進(jìn)行基于表達(dá)譜的相似性進(jìn)行的基因和/或陣列的無監(jiān)督分級聚類?？梢允褂肎olub等人(同上文)中所述的量度進(jìn)行最近鄰預(yù)測分析和監(jiān)督聚類分析。對于分級聚類和最近鄰預(yù)測分析來說，可以首先對數(shù)據(jù)進(jìn)行對數(shù)轉(zhuǎn)化，并且隨后使其標(biāo)準(zhǔn)化以具有為O的平均值和為1的方差。可以使用Studentt檢驗比較無疾病、AML和MDSPBMC的表達(dá)譜。不大于0.05(例如，不大于O.Ol、0.001或更低值)的p值可用于表明統(tǒng)計學(xué)顯著性。fc最近鄰方法可用于進(jìn)行使用相關(guān)性度量[P(g,c)=Oil-p2)/(ol+cj2)]對真實數(shù)據(jù)和隨機假設(shè)的數(shù)據(jù)進(jìn)行的近鄰分析，在所述相關(guān)性度量中，g為基因g的表達(dá)載體，c為類別載體，pl和cj1分別定義類別1中基因g的平均表達(dá)水平和標(biāo)準(zhǔn)差，并且和ct2分別定義類別2中基因的平均表達(dá)水平和標(biāo)準(zhǔn)差?？梢詫⒂嘘P(guān)在真實類別差異(AML對無疾病、MDS對無疾病或AML對MDS)中所觀察的統(tǒng)計學(xué)最顯著的基因的相關(guān)性的測量值與在隨機假設(shè)的類別差異中所觀察的相關(guān)性的統(tǒng)計學(xué)最顯著的測量值相比較?？梢?00種隨機假設(shè)類別的最高1%、5%和平均距離測量值相對于AML對無疾病、MDS對無疾病或AML對MDS的經(jīng)觀察的距離測量值作圖，以展示由本發(fā)明所鑒別的白血病疾病基因的統(tǒng)計驗證。劣辨5.^f,M^疾瘋/;/MZW對AML游基厲分類厲7對24種限定符標(biāo)記(8種cDNA表示定義AML的7個基因；8種cDNA表示定義MDS的7個基因；并且8種cDNA表示定義無疾病的8個基因)進(jìn)行鑒別。這一標(biāo)記可準(zhǔn)確預(yù)測無疾病個體、MDS患者或AML患者的PBMC樣本并對所述樣本加以分類。這一標(biāo)記還可將快速MDS進(jìn)展因子(progressor)鑒別為"AML"，其中暗含對MDS患者的AML進(jìn)展的早期檢測。24種限定符標(biāo)記中的限定符都列于下文的表8中。對于每一限定符來說，與所述限定符相關(guān)的信雜比值提供于標(biāo)為"得分"的一列中。每一信雜比值都大于相鄰列"Perm1%"中的值，這表示當(dāng)將基因譜的標(biāo)記打亂且隨后使用相同的類別尺寸進(jìn)行比較時所觀察的最高1%的隨機假設(shè)的信雜比值。因此，限定符的實際信雜比值優(yōu)于最高1%的隨機假設(shè)的信雜比值。相應(yīng)的人類基因是通過名稱、符號、染色體位置("胞質(zhì)基因染色體帶(CytoBand)")、Unigene編號和GenBank登記號來標(biāo)識。用于鑒別AML的人類基因包括myb、人神經(jīng)元蛋白3.1、人髓過氧化物酶、人過氧化氫酶、人CGI-49、人干細(xì)胞生長因子和人絲氨酸肽酶抑制劑Kazal型2(頂體素-胰蛋白酶抑制劑)。用于鑒別MDS的人類基因包括人NEDD4L、人谷胱甘肽過氧化物酶3、人X連接Kx血型(X-linkedKxbloodgroup)、人突觸核蛋白cu人染色體8開放閱讀框51/假想蛋白MGC3113、人干擾素a可誘導(dǎo)蛋白27和人轉(zhuǎn)谷氨酰胺酶3。用于鑒別無疾病個體的PBMC的人類基因包括人染色體21開放閱讀框7、人p淀粉樣A4前體蛋白結(jié)合家族A成員2、人KIAA0449、人僅F盒蛋白21、人死亡效應(yīng)器纖維形成Ced-4樣細(xì)胞凋亡蛋白、人鋅指蛋白14、人血管活性腸肽受體1和人KIAA0443。外周血單核細(xì)胞的基因表達(dá)模式是通過45名無疾病個體、36名經(jīng)診斷患有AML的患者和20名具有MDS的初始診斷的患者的寡核苷酸陣列測量。對這些群組的比較將鑒別出易于使AML和MDS與健康志愿者分開的轉(zhuǎn)錄差異，并且注釋揭示出，許多差異似乎是由這些患者的循環(huán)中CD34+母細(xì)胞增殖引起的。接下來，根據(jù)外周血中的轉(zhuǎn)錄譜來研究區(qū)別MDS患者與AML患者的可能性。在具有MDS的初始診斷的20名患者中，有6名患者的樣本經(jīng)測定為1)部位病理學(xué)家與中心病理學(xué)家之間具有矛盾診斷的MDS患者(n=3)，或2)采血后迅速進(jìn)展的MDS患者(<3個月，n=3)。將對健康、AML和無進(jìn)展因子的MDS樣本的訓(xùn)練集進(jìn)行的監(jiān)督方法用于鑒別與健康個體、穩(wěn)定MDS患者和AML患者的譜圖相關(guān)的基因分類因子。8基因分類因子最具預(yù)測性，其顯示所述訓(xùn)練集中94%的總體準(zhǔn)確性(66名個體中有62名經(jīng)留一交叉驗證正確分配)。訓(xùn)練集中的四個錯誤分類樣本中的一個是來自具有矛盾診斷的MDS患者，其在交叉驗證后被"錯誤分類"為AML。當(dāng)將8基因分類因子應(yīng)用于測試集中的剩余樣本時，這一分類因子以類似準(zhǔn)確率(87%的類別分配總體準(zhǔn)確率)鑒別出測試集中的剩余確切樣本。這種8基因預(yù)測因子還將具矛盾診斷的患者的兩個樣本和具有短時疾病進(jìn)展的MDS患者的所有三個樣本指定為源于AML患者。這些初步結(jié)果表明，診斷為MDS的患者的類AML轉(zhuǎn)錄譜可早于AML進(jìn)展的標(biāo)準(zhǔn)臨床證據(jù)(例如，母細(xì)胞增殖)出現(xiàn)。從這些研究得到的結(jié)果表明，外周血中所選轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)模式能夠提供對于具有通常與MDS的診斷相關(guān)的母細(xì)胞百分含量的白血病患者中AML進(jìn)展的早期指標(biāo)。表8.AML、MDS和正常PBMC的24個限定符的分類因子<table>complextableseeoriginaldocumentpage89</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage90</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage91</column></row><table>本發(fā)明的上述描述提供說明和描述，但不打算為詳盡的或?qū)⒈景l(fā)明限定于所揭示的準(zhǔn)確描述中。修改和變更可能與上述教示相符或可以從本發(fā)明的實踐中獲取。因此，應(yīng)注意，本發(fā)明的范圍是由權(quán)利要求書和其等效內(nèi)容限定。權(quán)利要求1.一種診斷或監(jiān)測骨髓增生異常綜合癥(MDS)的發(fā)生、發(fā)展、進(jìn)展或治療的方法，所述方法包含以下步驟(1)從個體的外周血樣中產(chǎn)生基因表達(dá)譜；和(2)將所述基因表達(dá)譜與一個或一個以上參考表達(dá)譜相比較，其中所述基因表達(dá)譜和所述一個或一個以上參考表達(dá)譜包含外周血單核細(xì)胞(PBMC)中一個或一個以上MDS疾病基因的表達(dá)模式，且其中所述基因表達(dá)譜與所述一個或一個以上參考表達(dá)譜之間的差異或相似性表明所述個體中MDS的存在、不存在、發(fā)生、發(fā)展、進(jìn)展或治療有效性。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述外周血樣包含全血或富集的未分離PBMC。3.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述一個或一個以上MDS疾病基因包含一個或一個以上選自表4或表6的基因。4.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述一個或一個以上MDS疾病基因包含十個或十個以上選自表4或表6的基因。5.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述一個或一個以上MDS疾病基因包含一個或一個以上選自表8的MDS疾病基因。6.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述一個或一個參考表達(dá)譜包含代表無疾病人類的參考表達(dá)譜。7.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一權(quán)利要求所述的方法，其中步驟(2)包含通過A最近鄰分析法或加權(quán)投票算法比較所述基因表達(dá)譜與所述一個或一個以上參考表達(dá)譜。8.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一權(quán)利要求所述的方法，其另外包含根據(jù)步驟(2)的比較來診斷或評定所述個體的MDS的步驟。9.一種診斷或監(jiān)測個體中白血病的發(fā)生、發(fā)展、進(jìn)展或治療的方法，所述方法包含以下步驟(1)從所述個體的外周血樣中產(chǎn)生基因表達(dá)譜；和(2)將所述基因表達(dá)譜與一個或一個以上參考表達(dá)譜相比較，其中所述基因表達(dá)譜和所述一個或一個以上參考表達(dá)譜包含外周血單核細(xì)胞(PBMC)中一個或一個以上選自表4或表6的白血病疾病基因的表達(dá)模式，其中所述基因表達(dá)譜與所述一個或一個以上參考表達(dá)譜之間的差異或相似性表明所述個體中白血病的存在、不存在、發(fā)生、發(fā)展、進(jìn)展或治療有效性，其中所述一個或一個以上白血病疾病基因未列于表2中。10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述外周血樣包含全血或富集的未分離PBMC。11.根據(jù)權(quán)利要求9或IO所述的方法，其中所述一個或一個以上白血病疾病基因包含十個或十個以上選自表4或表6的基因。12.根據(jù)權(quán)利要求9至11中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述一個或一個以上選自表4或表6的白血病疾病基因包含一個或一個以上也列于表8中的基因。13.根據(jù)權(quán)利要求9至12中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述一個或一個以上參考表達(dá)譜包含代表無疾病人類的參考表達(dá)譜。14.根據(jù)權(quán)利要求9至13中任一權(quán)利要求所述的方法，其中步驟(2)包含通過&最近鄰分析法或加權(quán)投票算法比較所述基因表達(dá)譜與所述一個或一個以上參考表達(dá)譜。15.根據(jù)權(quán)利要求9至14中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述白血病為急性髓性白血病。16.根據(jù)權(quán)利要求9至14中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述白血病為骨髓增生異常綜合癥。17.根據(jù)權(quán)利要求9至16中任一權(quán)利要求所述的方法，其另外包含根據(jù)步驟(2)的比較來診斷或評定所述個體中白血病的步驟。18.—種鑒別可能發(fā)展成急性髓性白血病(AML)的MDS患者的方法，所述方法包含以下步驟(1)從MDS患者的外周血樣中產(chǎn)生基因表達(dá)譜；(2)將所述基因表達(dá)譜與一個或一個以上參考表達(dá)譜相比較，其中所述基因表達(dá)譜和所述一個或一個以上參考表達(dá)譜包含外周血單核細(xì)胞(PBMC)中一個或一個以上選自表6的白血病疾病基因的表達(dá)模式，其中所述基因表達(dá)譜與所述一個或一個以上參考表達(dá)譜之間的差異或相似性表明所述MDS患者發(fā)展成AML的可能性。19.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中所述一個或一個參考表達(dá)譜包含代表AML患者的參考表達(dá)譜。20.根據(jù)權(quán)利要求18或19所述的方法，其中所述外周血樣包含全血或富集的未分離PBMC。21.根據(jù)權(quán)利要求18至20中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述一個或一個以上選自表6的白血病疾病基因也列于表8中。22.—種用于診斷骨髓增生異常綜合癥(MDS)的方法中的陣列，其包含具有多個地址的底物，各地址包含安置于其上的不同探針，其中至少15%的所述多個地址具有安置于其上的探針，所述探針可特異性地檢測外周血單核細(xì)胞中的MDS疾病基因。23.根據(jù)權(quán)利要求22所述的陣列，其中至少30%的所述多個地址具有安置于其上的探針，所述探針可特異性地檢測外周血單核細(xì)胞中的MDS疾病基因。24.根據(jù)權(quán)利要求22所述的陣列，其中至少50%的所述多個地址具有安置于其上的探針，所述探針可特異性地檢測外周血單核細(xì)胞中的MDS疾病基因。25.根據(jù)權(quán)利要求22至24中任一權(quán)利要求所述的陣列，其中所述MDS疾病基因選自表4。26.根據(jù)權(quán)利要求22至25中任一權(quán)利要求所述的陣列，其中所述探針為核酸探針。27.根據(jù)權(quán)利要求22至25中任一權(quán)利要求所述的陣列，其中所述探針為抗體探針。28.—種用于診斷白血病的方法中的陣列，其包含具有多個地址的底物，各地址包含安置于其上的不同探針，其中至少15%的所述多個地址具有安置于其上的探針，所述探針可特異性檢測選自表4或表6的基因，其中所述基因未列于表2中。29.根據(jù)權(quán)利要求28所述的陣列，其中至少30%的所述多個地址具有安置于其上的探針，所述探針可特異性檢測選自表4或表6的基因，其中所述基因未列于表2中。30.根據(jù)權(quán)利要求28所述的陣列，其中至少50%的所述多個地址具有安置于其上的探針，其可特異性檢測選自表4或表6的基因，其中所述基因未列于表2中。31.根據(jù)權(quán)利要求2S至30中任一權(quán)利要求所述的陣列，其中所述探針為核酸探針。32.根據(jù)權(quán)利要求28至30中任一權(quán)利要求所述的陣列，其中所述探針為抗體探針。33.—種計算機可讀媒體，其包含以數(shù)字編碼的表達(dá)譜，所述表達(dá)譜包含多個以數(shù)字編碼的表達(dá)信號，其中所述多個以數(shù)字編碼的表達(dá)信號中的每一個都包含代表選自表4或表6的基因的表達(dá)的值，其中所述基因未列于表2中。34.根據(jù)權(quán)利要求33所述的計算機可讀媒體，其中所述值表示患有骨髓增生異常綜合癥(MDS)患者的外周血單核細(xì)胞中所述基因的表達(dá)。35.根據(jù)權(quán)利要求33所述的計算機可讀媒體，其中所述值表示患有急性髓性白血病(AML)患者的外周血單核細(xì)胞中所述基因的表達(dá)。36.根據(jù)權(quán)利要求33所述的計算機可讀媒體，其中所述以數(shù)字編碼的表達(dá)譜包含至少十個以數(shù)字編碼的表達(dá)信號。37.—種用于診斷骨髓增生異常綜合癥(MDS)的試劑盒，所述試劑盒包含a)—個或一個以上探針，其可特異性檢測外周血單核細(xì)胞中的MDS疾病基因；和b)—個或一個以上對照，其各自表示可通過所述一個或一個以上探針檢測的MDS疾病基因的參考表達(dá)水平。38.根據(jù)權(quán)利要求37所述的試劑盒，其中所述MDS疾病基因選自表4。39.根據(jù)權(quán)利要求38所述的試劑盒，其中所述選自表4的MDS疾病基因也列于表8中。40.—種用于診斷白血病的試劑盒，所述試劑盒包含a)—個或一個以上探針，其可特異性檢測選自表4或表6的基因，其中所述基因未列于表2中；和b)—個或一個以上對照，其各自表示可通過所述一個或一個以上探針檢測的疾病基因的參考表達(dá)水平。41.根據(jù)權(quán)利要求40所述的試劑盒，其中所述選自表4或表6的基因也列于表8中。42.—種作出關(guān)于個體的決定的方法，所述方法包含以下步驟根據(jù)作為所述個體的外周血樣中一個或一個以上選自表4或表6的基因的表達(dá)的函數(shù)的值，將所述個體分配到某一類別中，其中所述基因未列于表2中，從而作出關(guān)于所述個體的決定。43.根據(jù)權(quán)利要求42所述的方法，其中所述一個或一個以上選自表4或表6的基因也列于表8中。44.根據(jù)權(quán)利要求42或43所述的方法，其中記錄所述決定。45.根據(jù)權(quán)利要求44所述的方法，其中所述決定記錄于計算機可讀媒體中。46.根據(jù)權(quán)利要求42至45中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述方法另外包括根據(jù)所述分配選擇白血病治療法。47.根據(jù)權(quán)利要求42至46中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述方法另外包括根據(jù)所述分配投與白血病治療。48.根據(jù)權(quán)利要求42至47中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述方法另外包括根據(jù)所述分配提出、遞交或接收關(guān)于白血病治療的處方。49.根據(jù)權(quán)利要求42至48中任一權(quán)利要求所述的方法，其中所述方法另外包括根據(jù)所述分配批準(zhǔn)白血病治療、支付白血病治療的費用或轉(zhuǎn)移資金以支付白血病治療的費用。全文摘要本發(fā)明提供全血樣本或包含外周血單核細(xì)胞(PBMC)的樣本用于診斷或評估白血病的進(jìn)展或治療的用途。根據(jù)本發(fā)明，當(dāng)與無疾病人類或患有分化型白血病的患者相比較時可以鑒別在白血病患者的未分離PBMC中差別表達(dá)的基因。這些基因為白血病疾病基因并且能夠用于檢測所關(guān)注的個體中白血病的存在或進(jìn)展?？捎糜诒景l(fā)明的白血病包括(但不限于)急性髓性白血病(AML)和骨髓增生異常綜合癥(MDS)。AML或MDS疾病基因的非限制性實例提供于表2、4和6中。文檔編號C12Q1/68GK101180407SQ200680017012公開日2008年5月14日申請日期2006年5月18日優(yōu)先權(quán)日2005年5月18日發(fā)明者安德魯·J·多爾納,珍妮弗·安·斯托弗,納塔莉·C·特溫,邁克爾·E·布爾奇斯基申請人:惠氏公司