專利名稱：：細(xì)菌的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及增稠性質(zhì)(texturizingproperties)改進(jìn)的快速酸化的乳酸菌(lacticacidbacterium)及其他。
背景技術(shù)：
：食品工業(yè)使用細(xì)菌來改善食物的味道(taste)和稠度(texture),也延長(zhǎng)這些食物的貨架期(shelflife)。在乳品行業(yè)，常用乳酸菌來，例如，使奶(milk)酸化(通過發(fā)酵)并使摻入它們的產(chǎn)物稠度增加。常用于食品工業(yè)的乳酸菌中，例子包括鏈球菌屬(5Vreptococcw力、乳球菌屬(丄actococcw)、乳桿菌屬(丄a"o6ac/〃Ms)、明串J求菌屬(丄ewco"oytoc)、片J求菌屬(尸ecfococcw"和雙^支沖干菌屬(5折(ioZocten'廳)。屬于嗜熱鏈球菌(&reptococcwf/7ew2op/n7w)的乳酸菌單獨(dú)或與其它細(xì)菌一起廣泛用于制備食品特別是發(fā)酵產(chǎn)品。尤其是將它們用于配制生產(chǎn)發(fā)酵奶(fermentedmilk)如酸奶(yogurt)時(shí)所用的酵素(ferment)。有些細(xì)菌在發(fā)酵產(chǎn)品的稠度生成中起決定性作用。此特征與多糖的生成緊密相連。在嗜熱鏈球菌多個(gè)菌抹中區(qū)分出增稠和非增稠(non-texturizing)菌株是可能的。除外，培養(yǎng)物如起子培養(yǎng)物(starterculture)在食品工業(yè)中廣泛用于生產(chǎn)發(fā)酵的產(chǎn)品，包括奶制品(如酸奶、黃油和干酪(cheese))、肉制品、培烤制品、酒類和蔬菜制品。制備培養(yǎng)物耗費(fèi)大量勞力，占用很多空間和裝備，并且在繁殖過程中傳染腐敗菌和/或噬菌體的風(fēng)險(xiǎn)很大。因細(xì)菌噬菌體(噬菌體)感染和擴(kuò)增所致細(xì)菌培養(yǎng)失敗是細(xì)菌培養(yǎng)物工業(yè)應(yīng)用的主要問題。有多種不同的噬菌體，它們攻擊細(xì)菌的機(jī)理不同。而新的細(xì)菌噬菌體林也不斷出現(xiàn)。在工業(yè)中，將噬菌體感染、乃至細(xì)菌培養(yǎng)失敗的幾率減至最小的策略包括(i)使用混合的起子培養(yǎng)物；和(ii)交替使用具有不同的噬菌體易感譜(susceptibilityprofile)的菌抹(菌林輪換)。(i)傳統(tǒng)上，乳品行業(yè)的起子培養(yǎng)物都是乳酸菌菌林的混合物?；旌系钠鹱优囵B(yǎng)物的復(fù)雜組成確保一定水平的對(duì)抗噬菌體攻擊的抗性。然而，混合的菌抹培養(yǎng)物重復(fù)再培養(yǎng)(sub-culturing)使單個(gè)菌株的分布出現(xiàn)不可預(yù)測(cè)的改變，最終導(dǎo)致不理想的菌林優(yōu)勢(shì)(dominance)。這導(dǎo)致更容易被噬菌體攻擊并增加發(fā)酵失敗的風(fēng)險(xiǎn)。(ii)交替使用對(duì)不同噬菌體敏感的細(xì)菌菌林是另一種限制噬菌體發(fā)展的途徑。然而，為了提供高效可靠的輪換方案而鑒定并選出足夠數(shù)量的具有不同噬菌體譜的菌抹是困難且費(fèi)力的。另外，持續(xù)使用菌抹需要小心監(jiān)測(cè)新的感染性噬菌體，且需要迅速將被新的噬菌體感染的菌株替換為抗性菌抹。在事先需制備大量的生產(chǎn)用起子(bulkstarter)培養(yǎng)物的工廠，通常不可能做出如此迅速的反應(yīng)。本領(lǐng)域一直需要提供改進(jìn)的細(xì)菌菌林用于食品/飼料工業(yè)-如增稠性質(zhì)改進(jìn)的細(xì)菌菌抹。具有噬菌體抗性的改良細(xì)菌菌抹特別理想。發(fā)明概述本文所述的快速酸化的乳酸菌具有多項(xiàng)優(yōu)點(diǎn)。例如，該快速酸化的乳酸菌在使摻入它的培養(yǎng)基增稠方面具有優(yōu)點(diǎn)。又例如，它使得有可能從例如發(fā)酵奶獲得凝膠，其發(fā)稠、粘、掛糖(coated)、易拉絲(stringy)、攪不動(dòng)(resistanttostirring)和/或無(wú)顆斗立。有利地是，所述快速酸化的乳酸菌具有抗細(xì)菌噬菌體的抗性，因而細(xì)菌噬菌體感染、乃至細(xì)菌培養(yǎng)失敗的幾率被降到最小。這是本文所述乳酸菌的重要特性，因?yàn)樗档土松a(chǎn)過程中出現(xiàn)噬菌體的風(fēng)險(xiǎn)，如果出現(xiàn)噬菌體，可能要將生產(chǎn)中止一段時(shí)間來排除污染。最有利地是，本文所述快速酸化的乳酸菌具有有利的增稠性質(zhì)而且是抗噬菌體的。本發(fā)明的概要方面本發(fā)明的各方面體現(xiàn)在隨后的權(quán)利要求中。第一方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s(帕斯卡.秒)。一個(gè)特別優(yōu)選的方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s并且該細(xì)菌是抗噬菌體的。另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與其具有7至少75%同一'性的同源物(homologue)。另一方面提供了分離的嗜熱鏈球菌菌抹，該菌抹在2006年6月14日由DaniscoDeutschlandNiebiillGmbH,Buch-JohannsenStrasse.l,Niebiill-D-25899,Germany根據(jù)布達(dá)佩斯條約以保藏號(hào)18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)。我們?cè)诖舜_認(rèn)，保藏人已授權(quán)申請(qǐng)人在此申請(qǐng)中提及該保藏的生物材料，并且無(wú)保留且不可改變地同意確保公眾可得到該保藏材料。也提供了包含本文所述的乳酸菌或菌抹的細(xì)胞培養(yǎng)物。另一方面提供了食物、食物添加劑(foodadditive)、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑(nutritionalsupplement)、或益生菌補(bǔ)充物(probioticsupplement),其包含本文所述的乳酸菌、菌抹、或細(xì)胞培養(yǎng)物。制備食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的方法，其包含將所述乳酸菌、菌抹、或細(xì)胞培養(yǎng)物加入所述食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的步驟。其他方面，用本文所述的方法獲得或可獲得的食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物。也描述了所述乳酸菌、菌林、或細(xì)胞培養(yǎng)物用于制備食物、食物添加劑、伺料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的用途。其他方面，我們描述了改良(modifying)食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的粘度的方法，其包含將所述乳酸菌、菌抹、或細(xì)胞培養(yǎng)物加入所述食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物。也提供了用本文所述的方法獲得或可獲得的食物、食物添加劑、伺料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物。另一方面提供了所述乳酸菌、菌抹、或細(xì)胞培養(yǎng)物用于改良食物、食物添加劑、伺料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的粘度的用途。也描述了鑒定屬于鏈球菌屬的細(xì)菌的方法，其包含篩選所述細(xì)菌的SEQIDNo.19所述的序列或與其具有至少75%同一性的同源物的步驟。也描述了鑒定屬于鏈球菌屬的細(xì)菌的方法，其包含用至少一個(gè)正向的和至少一個(gè)反向的寡核苦酸引物擴(kuò)增細(xì)菌的CRISPR基因座的步驟，其中所述引物分別位于在嗜熱鏈球菌DSMZ-18344中缺無(wú)的一或多個(gè)CRISPR間隔區(qū)(spacer)的對(duì)側(cè)側(cè)翼。其他方面也提供了用所述方法鑒定或可鑒定的屬于鏈球菌屬的細(xì)菌。另一方面描述了核苷酸序列，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與其具有至少75%同一性的同源物。也提供了與所述核苷酸序列互補(bǔ)的核苷酸序列，如同包含所述核苷S交序列的構(gòu)建體或載體。其他方面描述了包含所述構(gòu)建體或載體的宿主細(xì)胞。也提供了寡核苷酸引物，其能與所述核苷酸序列雜交。其他方面描述了所述寡核香酸引物用于鑒定屬于鏈球菌屬的細(xì)菌的用途。也提供了如上所述的乳酸菌、分離的培養(yǎng)物、細(xì)胞培養(yǎng)物、食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、益生菌補(bǔ)充物、方法、用途、核酸序列、構(gòu)建體、載體、宿主細(xì)胞、氨基酸序列、或寡核苷酸引物，其參照隨后的說明書和圖。本發(fā)明的其他方面體現(xiàn)在隨后的權(quán)利要求和隨后的描述和討論中。這些方面體現(xiàn)在分開的標(biāo)題部分中。然而，要理解在每個(gè)標(biāo)題部分下的指導(dǎo)都不應(yīng)限于該特定的標(biāo)題部分。優(yōu)選實(shí)施方案優(yōu)選地，該細(xì)菌是抗噬菌體的。優(yōu)選地，該細(xì)菌選自鏈球菌屬、乳球菌屬、乳桿菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和雙歧桿菌屬組成的組。優(yōu)選地，該細(xì)菌是嗜熱鏈球菌。優(yōu)選地，該嗜熱鏈球菌屬于遺傳簇(geneticcluster)CL0189。優(yōu)選地，該乳酸菌包含SEQIDNo.20所述的序列。優(yōu)選地，所述細(xì)胞培養(yǎng)物是起子培養(yǎng)物(starterculture)、益生菌培養(yǎng)物(probioticculture)或々大食4卜充劑(dietarysupplement)。優(yōu)選地，所述培養(yǎng)物包含一或多種其它乳酸菌，所述乳酸菌選自鏈球菌屬、乳球菌屬、乳桿菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和雙歧桿菌屬。優(yōu)選地，所述培養(yǎng)物包含一或多種其它乳酸菌，所述乳酸菌選自德氏乳斥干菌j呆力口利亞亞種(丄actokzc/〃wsc/e/6rwechYsubsp.5w/g"Wcw"、嗜酸乳4干菌9(丄actoZac/〃1^acWop/zz7w力、干酷乳4干菌(丄acto6ac/〃wscose()禾口/或只又it支一干菌種。優(yōu)選地，該食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物是乳類、肉類或谷類食物、食物添加劑、詞料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物。優(yōu)選地，該乳類食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物是發(fā)酵奶、酸奶、稀奶油(cream)、熟化奶油(maturedcream)、干酪、清爽干酪(fromagefrais)、奶飲料(milkbeverage)、力口工的干酪(processedcheese)、奶油《廿食(creamdessert)、農(nóng)家干酪(cottagecheese)或嬰兒奶(infantmilk)。優(yōu)選地，所述奶包含動(dòng)物和/或植物源性奶。優(yōu)選地，該食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物包含發(fā)酵的食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物或由其組成。優(yōu)選地，該食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物包含乳類食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物或由其組成。優(yōu)選地，所述正向寡核苷酸引物與SEQIDNo.1雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3，SEQIDNo.4,SEQIDNo.5，SEQIDNo.6，SEQIDNo.7,SEQIDNo.8,SEQIDNo.9,SEQIDNo.10,SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15，SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。優(yōu)選地，所述正向寡核香酸引物與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3，SEQIDNo.4，SEQIDNo.5,SEQIDNo.6,SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，且反向寡核香酸引物與SEQIDNo.9,SEQIDNo.10，SEQIDNo.11，SEQIDNo.12，SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。優(yōu)選地，所述正向寡核苷酸引物與SEQIDNo.2，SEQIDNo.3,SEQIDNo.4,SEQIDNo.5,SEQIDNo.6，SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.18雜交。優(yōu)選地，所述正向寡核普酸引物與—SEQIDNo.9，SEQIDNo.10,SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交，且所述反向寡核普酸引物與SEQIDNo.18雜交。優(yōu)選地，所述屬于鏈球菌屬的細(xì)菌是嗜熱鏈球菌。優(yōu)選地，該嗜熱鏈球菌菌林屬于遺傳簇CL0189。優(yōu)選地，該嗜熱鏈球菌菌抹與在2006年6月14日以保藏號(hào)18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌抹具有基本相同的特征。優(yōu)選地，該嗜熱鏈球菌菌株與在2006年6月14日以保藏號(hào)18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌林相同。本文所用術(shù)語(yǔ)"快速酸化的菌林"優(yōu)選指具有如下性質(zhì)的菌林(在下文標(biāo)題為"發(fā)酵奶加工(Process)"的部分中所述的發(fā)酵奶加工之后)在43°C，當(dāng)接種速度為1E6cfli/ml奶-lE7cfu/ml奶時(shí)，酸化速度小于-0.0100upH/min，達(dá)到pH4.6所需時(shí)間少于540分鐘。附圖簡(jiǎn)述圖1嗜熱鏈球菌(51.Awmo;/n7w)CNCM1-2423、嗜熱鏈5求菌CNCM1-2425和嗜熱鏈球菌DSMZ-18344用EPSADPCR-RFLP所獲得結(jié)果的比較。圖2嗜熱鏈球菌eps遺傳簇的結(jié)構(gòu)。所有已知的eps操縱子由常見的近端部分(proximalpart)(epsA-B-C-D基因)及隨后的高度可變部分組成。圖3嗜熱鏈球菌DSMZ-18344、嗜熱鏈球菌CNCM1-2425、嗜熱鏈球菌CNRZ385和嗜熱鏈球菌CNCM1-2423的CRISPR1基因座的間隔區(qū)序列示意圖。每個(gè)矩形代表一個(gè)間隔區(qū)序列。
發(fā)明內(nèi)容乳酸菌本文所用的術(shù)語(yǔ)"乳酸菌，，指革蘭氏陽(yáng)性、微需氧(microaerophillic)或厭氧的細(xì)菌，其發(fā)酵糖產(chǎn)生酸，包括乳酸(作為主要產(chǎn)生的酸)、乙酸、曱酸和丙酸。它們?cè)诜诸惿蠈儆诤癖诰T(Firmicutes)。乳酸菌缺乏過氧化氫酶，是一組不均一的細(xì)菌(heterogeneousgroup),其中的球菌有氣球菌屬(/leraccw力、腸球菌屬、享U求菌屬、明串球菌屬、Oe"OCOCOtf、片球菌屬、鏈球菌屬、四4關(guān)3求菌屬(refragewococcws)、漫游3求菌屬(^jfgococcw)和『e&化〃a，才干菌有乳才干菌屬和肉4干菌屬(Carwo6a"en'wm)。工業(yè)最常用的乳酸菌為乳球菌屬、乳桿菌屬、雙歧桿菌屬、鏈球菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和丙酸桿菌屬(尸ra;/om'k^feWMm)。因此在一個(gè)實(shí)施方案中優(yōu)選所述乳酸菌選自此組中的屬。特別的優(yōu)選實(shí)施方案中，所述乳酸菌屬于鏈球菌屬。乳酸菌的優(yōu)選種是嗜熱鏈球菌。優(yōu)選地，所述嗜熱鏈球菌屬于遺傳簇CL0189。嗜熱鏈球菌是天然存在于奶中并廣泛用于食物特別是乳業(yè)中的菌種，因?yàn)樗梢杂糜谑巩a(chǎn)物如奶酸化并增稠。它是同型發(fā)酵的(homofermentative)嗜熱菌。本文更詳細(xì)地描述，乳酸菌的起子培養(yǎng)物常作為包含一或多個(gè)物種的混合菌株培養(yǎng)物用于食品業(yè)。優(yōu)選菌林的混合物包括本文所述乳酸菌與一或多個(gè)鏈球菌菌抹(如不同的嗜熱鏈球菌菌抹)的混合物，或與一或多個(gè)屬于乳球菌屬、乳桿菌屬、雙歧桿菌屬、鏈球菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和/或丙酸桿菌屬的菌抹的混合物。優(yōu)選本文所述的乳酸菌與德氏乳桿菌保加利亞亞種、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌、乳酸乳球菌(Z^ctococcw/acfe)和/或雙歧桿菌的混合物。特別優(yōu)選本文所述的乳酸菌與德氏乳桿菌保加利亞亞種的混合物。此種菌林培養(yǎng)物混合物常用于作酸奶起子培養(yǎng)物，其物種間存在共生關(guān)系(Rajagopal等.JDa/75W"21,p.894-899，1990)。該乳酸菌及其混合物可用于本文所述的培養(yǎng)。一方面提供了快速酸化的乳酸菌，其使得發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s。另外，酸化速度的加快也降低噬菌體感染導(dǎo)致的發(fā)酵失敗的風(fēng)險(xiǎn)。優(yōu)選地，所述細(xì)菌包含SEQIDNo.19所述的序列或與其具有至少75%同一性的同源物。優(yōu)選地，所述細(xì)菌包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或書卞生物。另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與其具有至少75%同一性的同源物。12另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物。特別優(yōu)選的方面，本發(fā)明涉及在2006年6月14日以保藏號(hào)18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌林。所述乳酸菌可以是本文所述乳酸菌的突變體和/或變體。優(yōu)選地，此突變體和/或變體乳酸菌具有本發(fā)明嗜熱鏈球菌菌林的一或多項(xiàng)(優(yōu)選所有)特征，如所述突變體和/或變體乳酸菌是快速酸化的乳酸菌；和/或所述突變體和/或變體乳酸菌使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa，s，優(yōu)選約68Pa,s;和/或所述突變體和/或變體乳酸菌是抗噬菌體的；和/或所述突變體和/或變體乳酸菌屬于遺傳簇CL0189;和/或所述突變體和/或變體乳酸菌包含SEQIDNo.20所述的序列；和/或所述突變體和/或變體乳酸菌包含SEQIDNo.19所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物。酸化活性酸化活性常用三個(gè)參數(shù)表征酸化動(dòng)力學(xué)、可滴定S吏度(titratableacidity)和最終的發(fā)酵pH，其確定產(chǎn)物的感官特征及其保存質(zhì)量(preservationquality),以及在產(chǎn)物保存期間出現(xiàn)(develop)的后酸化(post-acidification)。有利的是，酸化速度快使得有可能縮短產(chǎn)物對(duì)污染物敏感的時(shí)間段(pH>4.7)從而降低細(xì)菌污染的風(fēng)險(xiǎn)。酸化速度加快也通過提高所述工業(yè)材料的產(chǎn)率和靈活性而提高所述方法的經(jīng)濟(jì)效益?？捎枚喾N本領(lǐng)域已知的方法確定乳酸菌的酸化活性。例如，所述乳酸菌可以先在液態(tài)培基(broth)中培養(yǎng)，然后在補(bǔ)充了酵母提取物和葡萄糖的無(wú)菌復(fù)原的(reconstituted)脫脂奶中作兩輪連續(xù)繼代培養(yǎng)。然后用24-h活化的培養(yǎng)物接種無(wú)菌的復(fù)原脫脂奶，并在溫育期間用pH計(jì)確定pH改變。有利的是，本發(fā)明的乳酸菌是快速酸化的，因?yàn)樗梢员憩F(xiàn)出在發(fā)酵過程中使奶快速酸化的特征。優(yōu)選地，酸化速度從約-0.013upH/min到約-0.019upH/min。更優(yōu)選地，酸化速度從約-0.0135upH/min到約-0.018upH/min。更優(yōu)選地，S交化速度從約-0.014upH/min到約-0.017upH/min。更優(yōu)選地，酸化速度從約-0.0145upH/min到約-0.017upH/min。更優(yōu)選地，酸化速度從約-0.015upH/min到約-0.017upH/min。更優(yōu)選地，酸化速度從約-0.015upH/min到約-0.017upH/min。最優(yōu)選地，酸化速度為約-0.0169upH/min。此酸化速度與其它快速酸化的細(xì)菌菌抹相比更優(yōu)越-如嗜熱鏈球菌CNCM1-2423、嗜熱鏈3泉菌CNCM1-2980和嗜熱鏈球菌CNCM1-2425分別為0.0129upH/min、0.0167upH/min和0.0209upH/min。嗜熱鏈球菌CNCM1-2423之前已以保藏號(hào)1-2423保藏于CNCM,并描述于WO2004/085607中。嗜熱鏈球菌CNCM1-2425之前已以保藏號(hào)1-2425保藏于CNCM。嗜熱鏈球菌CNCM1-2980之前已以保藏號(hào)1-2980保藏于CNCM,并描述于WO2004/085607中?？焖偎峄氖葻徭溓蚓?，通常在43。C+/-1。C，當(dāng)接種速度為1E6cfu/ml奶-1E7cfb/ml奶時(shí)，使奶凝結(jié)所需時(shí)間不到540分鐘的細(xì)菌。酸化的最快速度是pH相對(duì)于時(shí)間的曲線的最大值。此最終的測(cè)定結(jié)果可以用CINAC裝置(YsebaertLtd)進(jìn)行奶的在線pH測(cè)量來獲得。一個(gè)實(shí)施方案中，酸化速度用本領(lǐng)域通常已知的方法測(cè)定。通常，酸化速度通過在一段時(shí)間內(nèi)監(jiān)測(cè)pH的改變來測(cè)定。另一個(gè)實(shí)施方案中，用CINAC裝置測(cè)定酸化速度，該裝置是在乳業(yè)廣泛用來分析乳酸菌的酸化性質(zhì)的設(shè)備。測(cè)定酸化速度的自動(dòng)系統(tǒng)是本領(lǐng)域一般技術(shù)人員公知的。例如，可參見(例如)FR2629612。Corrieu,G.dProcess(ISSN0998-6650);1992,No.1068,pp24-27(10ref.)中介紹了CINAC自動(dòng)系統(tǒng)。增稠/粘度如本文所述，提供了具有改進(jìn)的增稠性質(zhì)或活性的乳酸菌。尤其是，該乳酸菌展示了賦予發(fā)酵培養(yǎng)基粘度的性質(zhì)。所述乳酸菌產(chǎn)生發(fā)酵奶具有約62Pa.s以上的粘度，更優(yōu)選超過約65Pa.s，更優(yōu)選超過約68Pa.s。優(yōu)選地，此乳酸菌產(chǎn)生的發(fā)酵奶具有約62^3到約753.3的粘度，優(yōu)選約65Pa.s到約75Pa.s，更優(yōu)選約62Pa.s到約68Pa.s，最優(yōu)選約65到約68Pa.s，更優(yōu)選約68Pa.s.優(yōu)選在約6°C儲(chǔ)存14天后測(cè)定粘度。本文所述的乳酸菌是強(qiáng)增稠的。一個(gè)實(shí)施方案中，所述乳酸菌產(chǎn)生的發(fā)酵奶具有用本文所述的一或多種方法測(cè)定的本文所述粘度。多種流變學(xué)測(cè)定是本領(lǐng)域已知的-如流動(dòng)性(flow)和粘度。發(fā)酵奶加工一個(gè)實(shí)施方案中，產(chǎn)生實(shí)驗(yàn)室規(guī)模的新鮮發(fā)酵奶。奶基(milkbase)由補(bǔ)充了3。/。(w/w)半脫脂奶粉的商業(yè)化UHT(超高溫滅菌)奶組成。將所述奶基混合，90。C+/-0.2。C加熱10min+/-lmin，然后在調(diào)節(jié)至43。C+/-1。C的水浴中冷卻至43。C+/-1。C，再將該奶裝到125ml玻璃燒杯中。以1E6-1E7cfu/ml的比例向該奶中接種細(xì)菌。發(fā)酵在43。C+A1。C進(jìn)行，期間不攪拌，當(dāng)pH到達(dá)4.6+/-0.05時(shí)終止發(fā)酵。此時(shí)，迅速將新鮮發(fā)酵奶在不足1小時(shí)內(nèi)冷卻至6。C+/1。C。最終，在此溫度將產(chǎn)物儲(chǔ)存28天。測(cè)定粘度的方法一個(gè)實(shí)施方案中，對(duì)6。C儲(chǔ)藏1、7、14和28天后的發(fā)酵奶，在6。C進(jìn)行粘度測(cè)定。所用的裝備是安裝在Helipath座(stand)(BrookfieldEngineeringLaboratories,Inc.)上的RVFtypeBrookfield粘度計(jì)(BrookfieldEngineeringLaboratories,Inc.)。該粘度計(jì)配有了C型針，針的擺動(dòng)速度是10rpm。根據(jù)本發(fā)明，此方法是測(cè)定粘度的優(yōu)選方法。測(cè)定流動(dòng)性的方法另一個(gè)實(shí)施方案中，對(duì)6。C儲(chǔ)藏14天、且已攪拌過的發(fā)酵奶，在6。C進(jìn)行流動(dòng)性測(cè)定。所用的裝備是ARI000-N流變計(jì)(rheometer)(TAInstruments),其配有同軸圓柱體(半徑1=15mm,半徑2=13.83mm,高度32mm,氣隙=2mm)。上升節(jié)段(segment)在1分鐘內(nèi)施加從0到60Pa連續(xù)快速(continuoussweep)線性變化的切應(yīng)力(shearstress)[Pa]。下降節(jié)段在1分鐘內(nèi)施加從60到0Pa連續(xù)快速線性變化的切應(yīng)力[Pa]。所取數(shù)值是觸變面積(thixotropicarea)(Pa/s)和屈月良應(yīng)力(yieldstress)(Pa);后者#4居Casson才莫型來計(jì)算。根據(jù)本發(fā)明，可以用本文所述的乳酸菌改變或調(diào)節(jié)食物、食物添加劑、伺料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的粘度。優(yōu)選使所述粘度增加。細(xì)菌噬菌體本文所用的術(shù)語(yǔ)"細(xì)菌噬菌體，，具有在本領(lǐng)域理解的常用含義，即為選擇性感染一或多種細(xì)菌的病毒。很多細(xì)菌噬菌體對(duì)具體屬或種或菌抹的細(xì)菌特異。術(shù)語(yǔ)"細(xì)菌噬菌體，，與術(shù)語(yǔ)"噬菌體"同義。細(xì)菌噬菌體可以是裂解性細(xì)菌噬菌體或溶原性(lysogenic)細(xì)菌噬菌體。裂解性細(xì)菌噬菌體是沿裂解途徑完成裂解周期、而不進(jìn)入溶原途徑的噬菌體。裂解性細(xì)菌噬菌體進(jìn)行病毒復(fù)制，導(dǎo)致細(xì)胞膜裂解、細(xì)胞破壞、釋放能感染其它細(xì)胞的子代細(xì)菌噬菌體顆粒。溶原性細(xì)菌噬菌體是能進(jìn)入溶原途徑的噬菌體，在該途經(jīng)中，噬菌體在完成其裂解周期之前變成細(xì)胞基因組的休眠、沉默(passive)部分。細(xì)菌噬菌體可包括但不限于屬于如下任何病毒家族的細(xì)菌噬菌體覆蓋嗜菌體科(Corticoviridae)、囊狀嗟菌體科(Cystoviridae)、絲狀嗟菌體科(Inoviridae)、光滑噬菌體科(Leviviridae)、」微小噬菌體科(Microviridae)、肌尾噬菌體科(Myoviridae)、短尾噬菌體科(Podoviridae)、長(zhǎng)尾噬菌體科(Siphoviridae)、或復(fù)層嗟菌體科(Tectiviridae)。有利的是，本發(fā)明乳酸菌是抗噬菌體的。近20多年來，已核實(shí)了超過1000種對(duì)工業(yè)用嗜熱鏈球菌菌抹有毒性的噬菌體。這群噬菌體經(jīng)過深入研究確定了它們的宿主譜(hostspectmm)。這使得能夠鑒定一組共60種代表上述噬菌體群體中鑒定出的所有宿主語(yǔ)的噬菌體。這些代表性的噬菌體分別在菌抹DSMZ18344、CNCMI-2423和CNCM1-2425中進(jìn)行測(cè)試，如本文所述。發(fā)現(xiàn)CNCMI-2423對(duì)噬菌體D4126和D3215敏感，菌抹CNCMI-2425對(duì)噬菌體D4369敏感，而本發(fā)明菌林DSMZ-18344抗所有被測(cè)的代表性噬菌體。一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的乳酸菌抗噬菌體D4126和/或D3215和/或噬菌體D4369。一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的乳酸菌抗一或多種細(xì)菌噬菌體或一或多組細(xì)菌噬菌體。另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的乳酸菌抵與菌抹CNCM1-2423和/或CNCM1-2425抗相同的細(xì)菌噬菌體。16CRISPR基因座本文所用的術(shù)語(yǔ)"CRISPR基因座"被限定為DNA節(jié)段，其包括所有的CRISPR重復(fù)序列，從第一個(gè)CRISPR重復(fù)序列的第一個(gè)核苷酸開始，至最后一個(gè)(末端)CRISPR重復(fù)序列的最后一個(gè)核苷酸結(jié)束。CRISPR基因座是一類獨(dú)特的散在短序列重復(fù)(SSR)，其首先在大腸桿菌中識(shí)別出來(Ishino等.(1987)乂^cfen'o/.169:5429-5433;Nakata&a/.(1989)Sacten'o/.171:3553-3556)。類4以的散在SSR已在//a/o/eraxmet&errawe/、化膿鏈3求菌(5^eptococcw/^oge"e;y)、魚腥藻屬(^wo^aewa)、和結(jié)核分枝桿菌(Afyco6a"ehMwft^en^/as7'力中鑒定出(Groenen等.(1993)Mo/.M"/cra6/。/.10:1057-1065;Hoeda/.(1999)/"/e"5:254-263;Masepohl等.(1996)S/oc/z/w.B/op/z;^.1307:26-30;Mojica"a/.(1995)7Wo/.M/cra6/o/.17:85-93)。這種CRISPR基因座區(qū)別于其它SSR之處在于重復(fù)序列的結(jié)構(gòu)，其被稱為規(guī)則間隔短重復(fù)序列(SRSR)(Janssen等.(2002)OM7GS1,/"feg.S/o/.6:23-33;Mojicada/.(2000)Mo/.36:244-246)。這種重復(fù)序列是成簇出現(xiàn)的短元件，總是被固定長(zhǎng)度的獨(dú)特間插序列有規(guī)律地隔開(Mojica等.(2000)ikfo/.M/cra&o/.36:244-246)。這種重復(fù)序列在各個(gè)菌抹間是高度保守的，但散在重復(fù)序列的數(shù)目和間隔區(qū)域的順序在各個(gè)菌抹之間不同(vanEmbdenda/.(2000)JBa"e"W.182:2393-2401)。Jansen等.(2002)描述了CRISPR基因座的共有結(jié)構(gòu)特征(i)存在多個(gè)短同向重復(fù)，它們?cè)谥付ɑ蜃鶅?nèi)無(wú)序列變異或很少變異；(ii)在類似大小的重復(fù)序列之間存在不重復(fù)的間隔區(qū)序列；(iii)多數(shù)帶多重CRISPR基因座的物種中存在共有的幾百個(gè)堿基對(duì)的前導(dǎo)序列(leader);(iv)所述基因座內(nèi)缺乏長(zhǎng)的開放讀碼框；和(v)存在一或多個(gè)cos基因。CRISPR重復(fù)序列通常是24-40bp的部分回文式短序列，包含最多11bp的內(nèi)部和末端反轉(zhuǎn)重復(fù)序列。盡管已經(jīng)檢測(cè)到了分離的元件，它們通常是成簇(每個(gè)基因組最多約20以上)排列的重復(fù)單位，被獨(dú)特的20-58bp間插序列間隔。CRISPR重復(fù)序列在給定基因組內(nèi)通常是均一的，其中大多數(shù)是相同的。然而，在例如古纟田菌(Archaea)中有不均一(heterogeneity)的情況(Mojica&a/.2000)。有利的是，可用所述CRISPR基因座來分類和/或篩選細(xì)菌。17本領(lǐng)域熟練技術(shù)人員會(huì)理解，有很多不同的方法來篩選/分類細(xì)菌。用于這方面的多種方法參見例如J.Sambrook,E.F.Fritsch,andT.Maniatis,1989,Mo/ecw/arCfowz'wg.'爿Z/a6orato^yAfo/wa/,SecondEdition,Books1-3,ColdSpringHarborLaboratoryPress;Ausubel，F(xiàn).M.等.(1995和季刊增補(bǔ)本；Cw/rewf/Vofoco/sA/o/ecw/or^/o/o^,ch.9，13禾口16，JohnWiley&Sons,NewYork,N.Y.);B.Roe,J.Cmbtree,andA.Kahn，1996,Zso/<a"cw<a"diS^wewc/wg:Ewe油.a/7fec/zm々wes,JohnWiley&Sons;M.丄Gait(Editor),1984,(9//go層c/eo/7'cfe/Sy^/zei-爿戶raWca/^praac/z,IrlPress;和D.M.J.LilleyandJ.E.Dahlberg,1992,Mef/zocfeo/五w2ym0/0gy:DiVJ5^wcfwre尸aW^Sy涵e^/V2戶,ca/j，/戸's￡WJMethodsinEnzymology,AcademicPress。一個(gè)實(shí)施方案中，使用擴(kuò)增。"擴(kuò)增"指產(chǎn)生額外拷貝的核酸序列。擴(kuò)增技術(shù)包括但不限于寬泛地分類為變溫循環(huán)(thermalcycling)擴(kuò)增方法和等溫(isothermal)擴(kuò)增方法的方法。適當(dāng)?shù)淖儨匮h(huán)方法包括，例如連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Ge"owb4:560,(1989);和5We"ce241:1077(1988))、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)(US4,683,195;US4，683，202;和US4,965,188)以及實(shí)時(shí)PCR;聚合酶連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PolymeraseLigaseChainReaction)(PCRMethodsandApplic.(1991)1:5-16);Gap-LCR(WO90/01069);修復(fù)鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RepairChainReaction)(EP439,182);和3SR(Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.(1989)86:1173-1177;Pro"Natl.Acad.Sci.U.S.A.(19卯)87:1874-1878;和WO92/0880)。等溫?cái)U(kuò)增方法包括,例^口4連置4灸才廣i曾(StrandDisplacementAmplification,SDA)(尸rac.7Vaf.爿cadUSA89:392-396(1992》、Q-beta-復(fù)制酶(Ao/7k^"o/ogy6:1197-1202(1988));基于核酸的序列擴(kuò)增(NASBA)(所o/7fec/z"o/ogy13:563-565(1995));和自動(dòng)維持序列復(fù)制(Self-SustainedSequenceReplication)CPrac.iVW.爿cac/.USA87:1874-1878(1990》。在本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方案中，擴(kuò)增方法是PCR。通常這用本領(lǐng)域公知的PCR4支術(shù)進(jìn)4亍(DieffenbachandDveksler(1995)尸Ci尸n.mer，a丄a60raf07Ma麗a/(ColdSpringHarborPress,Plainview,NewYork)。本領(lǐng)域公知，可設(shè)計(jì)寡核苷酸引物用于擴(kuò)增反應(yīng)來擴(kuò)增所需的序列。"引物"是指純化的限制酶消化物中天然出現(xiàn)的寡核苷酸或合成產(chǎn)生的寡核苦酸，當(dāng)處在與核酸鏈互補(bǔ)的引物延伸產(chǎn)物被誘導(dǎo)合成的條件(即存在核苦酸和誘導(dǎo)劑如DNA聚合酶，并處在適當(dāng)溫度及pH)時(shí)，這種寡核香酸能作為合成起始點(diǎn)起作用。引物優(yōu)選是單鏈以使擴(kuò)增效力達(dá)到最大，但也可以是雙鏈。如果是雙鏈的，所述引物先經(jīng)過處理將兩條鏈分開，再用于制備延伸產(chǎn)物。優(yōu)選所述引物是寡脫氧核糖核苷酸。所述引物必須足夠長(zhǎng)以便在有誘導(dǎo)劑時(shí)引發(fā)延伸產(chǎn)物的合成。所述引物的確切長(zhǎng)度依賴多項(xiàng)因素，包括溫度、引物來源、以及使用的方法。PCR引物優(yōu)選長(zhǎng)約至少IO個(gè)核苷酸(如長(zhǎng)為11,12，13，14,15,16,17,18或19個(gè)核苷酸)，且最優(yōu)選長(zhǎng)約至少20個(gè)核苷酸。設(shè)計(jì)PCR引物并進(jìn)行PCR克隆的方法通是本領(lǐng)域已知的，可參見Sambrooke/1a/.(1989)Mo/ecw/arC7om'wgvjZ^6orato/^Afowwa/(2ded.，ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview,NewYork)。也參見Innis等.，eds.(1990)Pratoco/s:^GW(ietoMef/zoA朋d々///ca"ora(AcademicPress,NewYork);InnisandGelfand,eds.(1995)PC75Vrafeg7'es(AcademicPress,NewYork);和InnisandGelfand，eds.(1999)戶CTMe//zo<isMa層a/(AcademicPress,NewYork)。已知的PCR方法包括但不限于，使用成對(duì)引物、嵌套？j物(nestedprimers)、單個(gè)特異性引物、簡(jiǎn)并引物、基因特異性引物、載體特異性引物、部分錯(cuò)配型引物等的方法。適當(dāng)?shù)?，可以利用靶向前?dǎo)序列和尾序列(trailer)內(nèi)保守區(qū)段的引物，通過擴(kuò)增(如PCR擴(kuò)增)CRISPR(如CRISPRl)基因座來篩選細(xì)菌(Bolotina/.,(2005)MZcra6油gv151(8):2551-61)。適當(dāng)?shù)兀梢酝ㄟ^擴(kuò)增(如PCR擴(kuò)增)CRISPR(如CRISPR1)基因座的所選部分來篩選細(xì)菌。在此方面，已經(jīng)驚訝地發(fā)現(xiàn)本文所述的嗜熱鏈球菌菌抹比例如嗜熱鏈3求菌CNCM1-2425和嗜熱鏈球菌CNRZ385少5個(gè)CRISPR間隔區(qū)。特別是，本發(fā)明的嗜熱鏈球菌菌抹與例如嗜熱鏈球菌CNCM1-2425和嗜熱鏈球菌CNRZ385相比，缺少?gòu)腃RISPR間隔區(qū)的5'末端起的第1、2、10、11和12個(gè)CRISPR1間隔區(qū)。本領(lǐng)域:技術(shù)人員可理解，本發(fā)明嗜熱《連J求菌菌抹的這種性質(zhì)可以有利地用于檢測(cè)此菌林，因?yàn)楫?dāng)至少與嗜熱鏈球菌CNCM1-2425和嗜熱鏈球菌CNRZ385比較時(shí)，會(huì)獲得不同長(zhǎng)度的擴(kuò)增子。所以，例如，可設(shè)計(jì)第一引物，使之CRISPR基因座5'末端的前導(dǎo)序列雜交，并設(shè)計(jì)第二引物，使之與本發(fā)明嗜熱鏈球菌菌林中的第2個(gè)缺失的CRISPR間隔區(qū)序列的下游和/或第12個(gè)缺失的CRISPR間隔區(qū)的下游雜交。又例如，可設(shè)計(jì)第一引物，使之第2個(gè)缺失的CRISPR間隔區(qū)序列的下游雜交，并設(shè)計(jì)第二引物，使之與第12個(gè)缺失的CRISPR間隔區(qū)的下游雜交。優(yōu)選地，所述細(xì)菌用特異性或?qū)嵸|(zhì)上(substantially)與本文所述核苷酸序列雜交的寡核苷酸引物來篩選。一方面，提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌林的方法，其包括使用寡核苷酸引物，所述引物與SEQIDNo.19或與SEQIDNo.19的具有至少75%同一性的同源物特異性雜交。另一方面，提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包括使用寡核苷酸引物，所述引物位于嗜熱鏈球菌DSMZ-18344中所缺失的CRISPR間隔區(qū)的側(cè)翼。一個(gè)實(shí)施方案中，所述正向引物與標(biāo)記為C,D，E,F,QH，或I的一或多個(gè)CRISPR1間隔區(qū)(見圖3)雜交。所述反向引物與標(biāo)記為M，N，O，P,Q，或R的一或多個(gè)CRISPR1間隔區(qū)(見圖3)雜交。適當(dāng)?shù)?，引物不與標(biāo)記為S的間隔區(qū)雜交。通常，用DSMZ18344擴(kuò)增的片段比用本文所述其它菌林如CNCMI-2425擴(kuò)增的片段短約200bp。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用與SEQIDNo.1雜交的正向寡核苷酸引物和與SEQIDNo.18雜交的反向寡核苷酸引物。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，前者與SEQIDNo.1雜交，后者與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3，SEQIDNo.4,SEQIDNo.5，SEQIDNo.6，SEQIDNo.7,SEQIDNo.8,SEQIDNo.9,SEQIDNo.10,SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13，SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，前者與SEQIDNo.2，SEQIDNo.3,SEQIDNo.4，SEQIDNo.5,SEQIDNo.6，SEQIDNo.7,SEQIDNo.8的任一雜交，后者與SEQIDNo.9，SEQIDNo.10,SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，前者與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3,SEQIDNo.4，SEQIDNo.5，SEQIDNo.6,SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，后者與SEQIDNo.18雜交。另一方面提供了鑒定嗜熱鏈球菌菌抹的方法，其包含使用正向寡核苷酸引物和反向寡核苷酸引物，前者與SEQIDNo.9,SEQIDNo.10，SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14，SEQIDNo.15，SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交，后者與任何SEQIDNo.18雜交。優(yōu)選地，不使用與SEQIDNo.15和SEQIDNo.16雜交的正向和/或反向寡核香酸引物。所述正向寡核苷酸引物甚至可與SEQIDNo.2上游的序列雜交。所述反向引物甚至可與SEQIDNo.18下游的序列雜交。在擴(kuò)增/;險(xiǎn)測(cè)后，所擴(kuò)增的序列可用本領(lǐng)域已知的多種方法來鑒定。例如，所擴(kuò)增的序列可通過測(cè)定擴(kuò)增產(chǎn)物的限制酶消化模式來鑒定。由此，一旦擴(kuò)增了DNA，就可以用一或多種限制酶進(jìn)行消化(如切割)。本文所用的術(shù)語(yǔ)"限制酶"是指一組酶(如細(xì)菌的酶)，其中的每種酶在雙鏈DNA的特定核苷酸序列處或其附近進(jìn)行切割。限制酶是本領(lǐng)域公知的，可以從例如多種商業(yè)來源輕易獲得(例如，NewEnglandBiolabs,Inc.,Beverly,Massachusetts)。類似的，使用限制酶的方法也是本領(lǐng)域公知的和常規(guī)的。在切割CRISPR基因座或其部分時(shí)產(chǎn)生10-24個(gè)DNA片段的限制酶是可用的。用限制酶獲得的DNA片段可通過例如凝膠電泳上的泳帶來監(jiān)測(cè)。限制酶可用來產(chǎn)生限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RestrictionFragmentLengthPolymorphisms,RFLP)。RFLP通過用限制性內(nèi)切酶切割("限制")DNA分子來產(chǎn)生。目前已分離出數(shù)百種這樣的酶，它們由細(xì)菌天然產(chǎn)生?；旧希?xì)菌使用這些酶作為防御系統(tǒng)，識(shí)別并然后剪切(限制)可能進(jìn)入細(xì)菌細(xì)胞的任何異源DNA分子(如病毒感染)。目前發(fā)現(xiàn)的數(shù)百種不同限制酶分別切割(即"剪切"或"限制")構(gòu)成所有DNA分子的4種基本核苦酸(A，T,G,C)的不同序列，如一種酶可能特異且唯一地識(shí)別A-A-T-G-A-C序列，而另一種可能特異且唯一地識(shí)別G-T-A-C-T-A序列，等等。所述識(shí)別序列因所述酶的不同而有長(zhǎng)度差異，短的只有4個(gè)核苷酸，長(zhǎng)的可達(dá)21個(gè)核苷酸。識(shí)別序列越長(zhǎng)，所產(chǎn)生的限制21性片段越少，識(shí)別位點(diǎn)約大，在整個(gè)DNA中重復(fù)的可能性越小。又例如，所擴(kuò)增的序列可通過確定或進(jìn)一步確定擴(kuò)增產(chǎn)物的大小差異來鑒定，如上所述。分離可以通過適合分離DNA的任何方法進(jìn)行，包括但不限于，凝膠電泳、高效液相色譜(HPLC)、質(zhì)譜分析、以及使用微流控裝置(microfluidicdevice)。一個(gè)實(shí)施方案中，所述擴(kuò)增產(chǎn)物或DNA片段用瓊脂糖凝膠電泳分離。凝膠電泳通過大小電荷不同的分子在電流作用下穿過靜態(tài)凝膠的運(yùn)動(dòng)速度而進(jìn)行分離。這些分離的擴(kuò)增產(chǎn)物或DNA片段可以容易地觀察到，例如通過用溴化乙啶染色和在UV照射下觀察凝膠。帶型反映出限制性消化的DNA或擴(kuò)增產(chǎn)物的大小。又例如，所擴(kuò)增的序列可以通過測(cè)序擴(kuò)增產(chǎn)物來鑒定?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域已知的任何方法來獲得擴(kuò)增產(chǎn)物的序列，包括自動(dòng)的和手動(dòng)的測(cè)序方法。參見例如，Sambrook等.(1989)Mo/ecw/wC/ow'"g.'爿丄fl6orato/jMa歷a/(2ded"ColdSpringHarborLaboratoryPress,Plainview,NewYork;Roe(1996)ZW」/so/加'0/75^we/7">7g(EssentialTechniquesSeries,JohnWiley&Sons)。優(yōu)選地，根據(jù)本發(fā)明方法鑒定的嗜熱鏈球菌與2006年6月14日以保藏號(hào)18344保藏在DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,Mascheroder^Veg1b，D-38124Braunschweig)的嗜熱《連球菌菌抹具有實(shí)質(zhì)相同的特征。本發(fā)明上下文中，短語(yǔ)"實(shí)質(zhì)相同的特征"指嗜熱鏈球菌菌抹具有2006年6月14曰以保藏號(hào)18344保藏在DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌林的一或多種(優(yōu)選所有)特征。適當(dāng)?shù)?，被鑒定的嗜熱鏈球菌是快速酸化的乳酸菌；和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s、優(yōu)選約68Pa,s;和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌是抗噬菌體的；和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌屬于遺傳簇CL0189;和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌包含SEQIDNo.20所述的序列；和/或被鑒定的嗜熱鏈球菌包含SEQIDNo.19所述的序列或或其變體、片段、同源物或衍生物。CRISPR取向(ORIENTATION)22為了避免疑問，在本發(fā)明上下文中，CRISPR基因座取向如下。CRISPR前導(dǎo)序列是具有指定大小的保守DNA節(jié)段。例如，嗜熱鏈球菌LMG18311(登錄號(hào)CP000024)的CRISPR1前導(dǎo)序列是緊接基因^/MM的終止密碼子之后、恰好止于第1個(gè)重復(fù)序列之前的DNA節(jié)段。所述CRISPR前導(dǎo)序列位于CRISPR基因座的5'末端。該CRISPR前導(dǎo)序列位于緊接CRISPR基因座第1個(gè)CRISPR重復(fù)序列的上游。CRISPR尾序列是有指定大小的保守DNA節(jié)段。例如，嗜熱鏈球菌LMG18311(登錄號(hào)CP000024)的CRISPR1尾序列是緊接末端重復(fù)序列之后、恰好止于基因sw06W(位于相對(duì)的DNA鏈上)的終止密碼子之前的DNA節(jié)段。CRISPR尾序列位于CRISPR基因座的3'末端。該CRISPR尾序列位于緊接末端重復(fù)序列的下游。例如，嗜熱鏈球菌菌抹CNRZ1066的CRISPR1基因座中的CRISPR前導(dǎo)序列和CRISPR尾序列是o/57^前導(dǎo)序列AAATTTCATTTGAG-3'C/ZSi^尾序列5'-TTGATTCAACATAAAAAGCCAGTTCAATTGAACTTGGCTTT-3'CRISPR前導(dǎo)序列對(duì)應(yīng)于嗜熱鏈球菌的全長(zhǎng)基因組(CP000024)中的位置625038到625100，且CRISPR尾序列對(duì)應(yīng)于位置627845到627885。為了避免疑問，"上游"指5'方向而"下游"指3'方向。EPS已知乳酸菌能夠在它們的培養(yǎng)基中產(chǎn)生兩類多糖，稱為同多糖(homopolysaccharide)如葡聚糖(dextmn)或果聚糖(levan)，其由單個(gè)糖的重復(fù)序列組裝(assembly)組成，和雜多糖(heteropolysaccharide),其常稱為胞外多糖(exopolysaccharide)或EPS(EPS對(duì)于術(shù)語(yǔ)"胞外多糖"是短的)，是由形成重復(fù)單位的若干不同糖的組裝組成的(CerningJ.，Bacterieslactiques,[Lacticbacteria],VolI，bydeRoissartHandLuquetF.M.，Lorica,309-329,1994)。產(chǎn)生EPS的乳酸菌能賦予酸化奶粘稠性(ropy)性質(zhì)和/或柔滑的(creamy)質(zhì)地(Ceming等.，F(xiàn)EMSMicrobiol.,87，113-130,1990)。EPS也能體現(xiàn)特別有利于人或動(dòng)物健康的生物活性，如抗腫瘤或益生菌的活性，例如(OdaM.etaLAgric.Biol.Chem.，47,1623-1625，1983;EP94870139.6)。已經(jīng)表征了嗜熱鏈球菌中的獨(dú)特EPS遺傳簇。在每個(gè)這些簇中分布的調(diào)節(jié)性和結(jié)構(gòu)性基因顯示了在其它鏈球菌菌種(5yptoc0ccwspp)中保留的調(diào)控結(jié)構(gòu)(modularorganisation)。盡管大多EPS-相關(guān)的基因和基因產(chǎn)物的功能(現(xiàn)叫作e/w或QM)，僅僅是從序列或結(jié)構(gòu)同源性推導(dǎo)的，每個(gè)簇的5'區(qū)域顯示出編碼參與調(diào)節(jié)EPS合成、鏈長(zhǎng)度確定(determination)、和膜轉(zhuǎn)位(translocation)的蛋白質(zhì)。這些開放閱讀框之后，是如下基因，所述基因編碼糖基-l-磷5義轉(zhuǎn)移酶和裝配基本的重復(fù)單位的糖基轉(zhuǎn)移酶，以及參與重復(fù)單位聚合的酶。最后，這些簇的3'末端通常包含如下基因，其對(duì)應(yīng)于參與聚合體亞單位膜轉(zhuǎn)位的其它蛋白質(zhì)，以及產(chǎn)生糖核苷酸前體所需的酶(如TV-乙酰-D-半乳糖胺；其為EPS特有的(即未見于其它細(xì)胞聚合物)。嗜熱鏈球菌e/w簇的5'區(qū)域中的開始四個(gè)基因e戸yi-D，在這種及其它EPS+鏈球菌菌種都是高度保守的，顯示出對(duì)EPS合成有調(diào)節(jié)(epW和印W)、聚合O戸C)、和膜轉(zhuǎn)位(ep^D)的功用。e戸五編碼糖基-l-磷酸轉(zhuǎn)移酶，該酶催化裝配EPS基礎(chǔ)重復(fù)單位的頭一步向脂-磷酸(lipid-phosphate)載體加入己糖-l-磷酸。下游的基因顯示編碼糖基轉(zhuǎn)移酶、輸出/聚合功能、糖生物合成，及一些功能未知的酶。在嗜熱鏈球菌及其它乳酸菌中已經(jīng)鑒定了編碼多種糖基轉(zhuǎn)移酶的基因。本發(fā)明乳酸菌包含EPS遺傳簇，該遺傳簇包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物。令人驚訝地，本文所述的乳酸菌與嗜熱鏈球菌CNCMI-2425(從遺傳簇序列起始到約位置3900)(即e/^E基因)具有高度eps序列類似性，并與嗜熱鏈球菌CNCMI-2423(從約位置3900到序列末端)具有高度e戸序列類似性。雜交本發(fā)明也包括與本發(fā)明序列互補(bǔ)的序列，或能夠與本發(fā)明序列或其互補(bǔ)序列雜交的序列。本文所用的術(shù)語(yǔ)"雜交"應(yīng)包括"核酸鏈與互補(bǔ)鏈通過堿基配對(duì)來連接的方法"以及在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)中采用的擴(kuò)增方法。本發(fā)明也包括核苷酸序列或其任何衍生物、片段或衍生物的用途，所述序列能夠與互補(bǔ)于本文所討論的受試序列的序列雜交。本發(fā)明也包括能夠與本文所討論的核苷酸序列雜交的序列的互補(bǔ)序列。如BergerandKimmel(1987，GuidetoMolecularCloningTechniques,MethodsinEnzymology,Vol.152,AcademicPress,SanDiegoCA沐導(dǎo)，雜交條件是基于核苷酸結(jié)合復(fù)合體的解鏈溫度(Tm)，并賦予了如下解釋的限定的"嚴(yán)謹(jǐn)度"。最高嚴(yán)謹(jǐn)度常出現(xiàn)于約Tm-5°C(探針的Tm下5°C);高嚴(yán)謹(jǐn)度在Tm下約5°C到10。C;中等嚴(yán)謹(jǐn)度在Tm下約10。C到20°C;而低嚴(yán)謹(jǐn)度在Tm下約20。C到25。C。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解，最高嚴(yán)謹(jǐn)度雜交可用于鑒定或檢測(cè)相同的核苷酸序列而中等(或低)嚴(yán)謹(jǐn)度雜交可用于鑒定或檢測(cè)類似的或相關(guān)的多核苷酸序列。優(yōu)選地，本發(fā)明包括能夠與編碼多肽的核苷酸序列在高嚴(yán)謹(jǐn)度條件或中等嚴(yán)謹(jǐn)度條件雜交的序列的互補(bǔ)序列，所述多肽具有本文限定的具體性質(zhì)。更優(yōu)選地，本發(fā)明包括能夠與編碼多肽的核苷酸序列在高嚴(yán)謹(jǐn)度條件(如65。C和0.1xSSC{lxSSC=0.15MNaCl,0.015M檸檬酸鈉pH7.0"雜交的序列的互補(bǔ)序列，所述多肽具有本文限定的具體性質(zhì)。本發(fā)明也涉及能夠與本文討論的核苷酸序列雜交的核苷酸序列(包括所討論的那些序列的互補(bǔ)序列)。本發(fā)明也涉及能與本文討論的核苷酸序列雜交的序列(包括所討論的那些序列的互補(bǔ)序歹'J)的互補(bǔ)核苷酸序列。本發(fā)明的范圍內(nèi)也包括能夠與本文討論的核苷酸序列在中等到最高嚴(yán)謹(jǐn)度的條件雜交的多核苷酸序列。在優(yōu)選的方面，本發(fā)明包括能夠與本文討論的核苷酸序列或其互補(bǔ)物在嚴(yán)謹(jǐn)條件(如50°C和0.2xSSC)雜交的核苷酸序列。更優(yōu)選的方面，本發(fā)明包括能夠與本文討論的核普酸序列或其互補(bǔ)物在高嚴(yán)謹(jǐn)度條件(如65°C和O.lxSSC)雜交的核苷酸序列。實(shí)質(zhì)上適當(dāng)?shù)?，本文所述的寡核普酸引物與其各自的核酸實(shí)質(zhì)上退火或?qū)嵸|(zhì)上雜交。這意味著寡核普酸-如引物-應(yīng)足夠互補(bǔ)來與其各自的核酸雜交或退25火。所述寡核苷酸序列不需要反映其各自核酸的確切序列，并且并且事實(shí)上是"簡(jiǎn)并的"。非互補(bǔ)堿基或其它序列可以散布到寡核苷酸或核酸中，前提是所述寡核香酸序列與所述序列具有足夠互補(bǔ)性來允許雜交。由此，例如，用于PCR增殖的引物可選擇"實(shí)質(zhì)上"與所擴(kuò)增的特定序列互補(bǔ)。起子培養(yǎng)物起子培養(yǎng)物廣泛用于食品產(chǎn)業(yè)來制備產(chǎn)物(如發(fā)酵產(chǎn)物)，包括奶產(chǎn)品-如酸奶和干酪。用于制備很多發(fā)酵奶、干酪和黃油產(chǎn)物的起子培養(yǎng)物包括細(xì)菌，常分類為乳酸菌的培養(yǎng)物。這些細(xì)菌起子培養(yǎng)物通過起一些作用給多種乳品(dairyproduct)帶來特定特征。細(xì)菌的商業(yè)非濃縮培養(yǎng)物在產(chǎn)業(yè)中稱為'母發(fā)酵劑(motherculture)'，在被加入可食用的起始材料(startingmaterial)(如奶)之前，并在制備處例如乳品中繁殖，用于發(fā)酵。在制備處繁殖用于接種到可食用的起始材料的起子培養(yǎng)物被稱為'生產(chǎn)用起子，。所述細(xì)菌起子培養(yǎng)物可由本文所述的乳酸菌組成，即為純培養(yǎng)物。此時(shí)，基本所有的或至少絕大部分的細(xì)菌起子培養(yǎng)物常會(huì)包含相同的細(xì)菌?？蛇x的，所述起子培養(yǎng)物可以包含若千細(xì)菌菌抹，即其可以是限定的混合培養(yǎng)物。例如，所述起子培養(yǎng)物可以適用于乳業(yè)。當(dāng)用于乳業(yè)時(shí)，所述起子培養(yǎng)物可以另外包含乳酸菌物種，雙歧桿菌物種，短桿菌(B"W^cfeWMm)物種，和/或丙酸桿菌物種。乳酸菌培養(yǎng)物常用于制備發(fā)酵奶產(chǎn)品-如酪乳(buttermilk)、酸奶或酸奶油(sourcream),以及制備黃油和干酪，例如Brie或Harvati。合適的乳酸菌包括如下物種的常用菌林乳球菌屬、鏈球菌屬、乳桿菌屬(包括嗜酸乳桿菌(丄acto6(3c〃/us(3"'(io//zz7Ms))、腸3求菌(J5"feracoccM力、片3求菌屬、明串球菌屬和(9ewococcw,或其組合。乳球菌物種包括廣泛應(yīng)用的乳酸乳球菌(Z^ctococcw/acfe)，包括乳酸乳球菌乳酸亞種(subsp.丄acto)、乳酸乳球菌乳酸生物變體二乙酰乳酸亞種(subsp./acto6/ovard&ce(v7ac他)和乳酸乳J求菌乳月旨亞種(subsp.Oemon》。其它乳酸菌物種包括明串球菌菌種(丄eMcomwtocsp.)、嗜熱鏈球菌、德氏乳桿菌保加利亞亞種和瑞士乳桿菌(丄""o^c/〃附/^/v幼'cw力。乳酸菌的嗜溫的(Mesophilic)培養(yǎng)物，常用于制備發(fā)酵奶產(chǎn)品，如酪乳、酸奶或酸奶油，以及用于制備黃油和干酪，例如Brie或Harvati。另夕卜，可在所述制備中加入益生菌菌株如乳酸雙歧桿菌(B訴ttok^ter/Mw/ac他)、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌，以提高風(fēng)味或促進(jìn)健康。常用于制備切德干酪(cheddar)和蒙特瑞(MontereyJack)干酪的乳酸菌培養(yǎng)物包括嗜熱鏈球菌、乳酸乳球菌乳酸亞種和乳酸乳球菌乳脂亞種，或其組合。常用于制備意式干酪如Pastafilata或帕爾馬干酪(parmesan)的乳酸菌的嗜熱培養(yǎng)物，包括嗜熱鏈球菌和德氏乳桿菌保加利亞亞種。其它乳桿菌種-如瑞士乳桿菌-可在制備中^皮加入來獲得理想風(fēng)味。選擇用于本發(fā)明起子培養(yǎng)物的生物體取決于所制備和處理的產(chǎn)物的具體種類。因此，例如，對(duì)于制備干酪和黃油，廣泛使用乳球菌種、明串球菌種和乳桿菌種的嗜熱培養(yǎng)物，而對(duì)于酸奶和其它發(fā)酵奶產(chǎn)品，常用鏈球菌種和乳桿菌種的嗜熱菌株。所述起子培養(yǎng)物甚至可以是干燥的起子培養(yǎng)物。所述起子培養(yǎng)物可以是濃縮的起子培養(yǎng)物。所述起子培養(yǎng)物可以是在直接接種中使用的濃縮起子培養(yǎng)物。所述起子培養(yǎng)物可以是冷凍的起子培養(yǎng)物。制備起子培養(yǎng)物可以用本領(lǐng)域公知技術(shù)(如US4,621,058公開的那些)制備起子培養(yǎng)物。舉個(gè)例子，制備起子培養(yǎng)物可以通過將接種物例如細(xì)菌引入生長(zhǎng)培養(yǎng)基，來制備接種的培養(yǎng)基，并使該接種的培養(yǎng)基成熟(ripen)來制備起子培養(yǎng)物。制備干燥的起子培養(yǎng)物干燥的起子培養(yǎng)物可用本領(lǐng)域公知技術(shù)制備，如US4，423,079和US4,140,800所討-論的那些。用于本發(fā)明的干燥起子培養(yǎng)物可能是固體制備物的形式。固體制備物的例子包括但不限于片、丸(pellet)、膠嚢、散粉(dusts)、顆粒和粉末，它們可27以是濕化的(wettable)、噴霧干燥的(spray-dried)、冷凍干燥的(freeze-dried)或凍干的(lyophilised)。用于本發(fā)明的干燥起子培養(yǎng)物可以呈深凍的(deepfrozen)丸形式或冷凍干燥的粉末形式。呈深凍的顆粒形式或冷凍干燥的粉末形式的干燥起子培養(yǎng)物可根據(jù)本領(lǐng)域已知的技術(shù)制備。用于本發(fā)明的起子培養(yǎng)物可以呈濃縮物形式，其包含實(shí)質(zhì)上高濃度的一或多種細(xì)菌。優(yōu)選所述濃度可用水稀釋或重懸于水或其它合適稀釋劑，例如，合適的生長(zhǎng)培養(yǎng)基或礦物或植物油，來用于本發(fā)明。濃縮物形式的本發(fā)明干燥起子培養(yǎng)物可根據(jù)本領(lǐng)域已知的技術(shù)制備，例如通過離心、過濾或這些技術(shù)的組合。產(chǎn)物本發(fā)明包括從乳酸菌制備、包括或包含乳酸菌的任何產(chǎn)物。合適的產(chǎn)物包括但不限于食物、食物原料(foodstuff)、食物添加劑、食物補(bǔ)充劑(foodsupplement)、伺料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物、美容品或藥品。這些包括但不限于水果、豆科植物(legume)、飼料作物(foddercrop)和植物，包括衍生產(chǎn)物、谷類(grain)和谷類-衍生的產(chǎn)物、乳類食物和乳類食物-衍生的產(chǎn)物、肉類、禽類和海鮮類食物。術(shù)語(yǔ)"食物，，以廣義使用，且包括伺料、食物原料、食品配料(foodingredient)、食物補(bǔ)充劑、和功能食物(functionalfood)。這里，術(shù)語(yǔ)"食物，，以廣義使用-并包括用于人的食物以及用于動(dòng)物的食物(即飼料)。在優(yōu)選的方面，所述食物是用于人消費(fèi)的。本文所用的術(shù)語(yǔ)"食物組分"包括是或可以加入食物的配制劑，并包括可以低水平在很多產(chǎn)品中使用的配制劑，所述產(chǎn)品需要例如，酸化或乳化。本文所用的術(shù)語(yǔ)"功能食物"指能夠不僅提供營(yíng)養(yǎng)作用和/或味道滿意度、而且能夠帶給顧客進(jìn)一步有益作用的食物。盡管對(duì)于功能食物沒有合法限定，大多數(shù)對(duì)此領(lǐng)域感興趣的當(dāng)事人(subject)同意存在市場(chǎng)化為具有特定保健作用的食物。本文所述的細(xì)菌可以是-或可被加入-食物組分、食物補(bǔ)充劑、或功能食物。所述食物可以是溶態(tài)或固態(tài)-這取決于應(yīng)用的用途和/或模式和/或施用模式。本文所述細(xì)菌可用于制備食物產(chǎn)品如糖果產(chǎn)品、乳品、肉類產(chǎn)品、禽類產(chǎn)品、漁業(yè)產(chǎn)品和焙烤產(chǎn)品的一或多種。舉個(gè)例子，所述細(xì)菌可用作軟飲料、果汁或飲料的組分，包含乳清蛋白、保健茶(healthtea)、可可飲品(drink)、奶飲料和乳酸菌飲料、酸奶、飲用型酸奶(drinkingyoghurt)和紅酒。本發(fā)明在其它方面也提供制備食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑或益生菌補(bǔ)充物的方法，該方法包括將本發(fā)明乳酸菌和食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、益生菌補(bǔ)充物和/或食物或飼料組分(如用于食物的起始材料)混合。優(yōu)選本文所述的食物是乳品。更優(yōu)選地，本文所述的乳品是如下的一或多種酸奶、干酪(如酸凝乳(acidcurd)干酪、硬干酪、半硬干酪、松軟)、酪乳、夸克干酪(quark)、酸奶油、酸乳酒(kefir)、發(fā)酵的基于乳清-飲料、馬奶酒(koumiss)、奶飲料、酸奶飲品(yoghurtdrink)、發(fā)酵奶、熟化奶油、干酪、清爽干酪、奶、乳品滯留物(retentate)、加工的干酪、奶油甜食、或嬰兒奶。優(yōu)選地，本文所述的食物是發(fā)酵的食品。更優(yōu)選地，本文所述的食物是發(fā)酵的乳品-如奶飲料、酸奶飲品、發(fā)酵奶、熟化奶油、干酪、清爽干酪、乳品滯留物、加工的干酪、奶油甜食、或嬰兒奶。優(yōu)選地，本發(fā)明所述的乳品包含動(dòng)物和/或#_物源性奶。乳被理解為動(dòng)物源性奶，如母牛、山羊、綿羊、水牛、斑馬、馬、驢、或^^駝等等。例如，所述奶可以是天然狀態(tài)、復(fù)原奶、脫脂奶或補(bǔ)充了為了細(xì)菌生長(zhǎng)或?yàn)榱诉M(jìn)一步加工發(fā)酵奶所必需的化合物，如脂肪、酵母提取物的蛋白質(zhì)、胨和/或表面活性劑的奶。術(shù)語(yǔ)奶也適用通常所稱的植物奶，也就是已經(jīng)被處理的植物材料、或其它如豆科植物(大豆(soyabean)、鷹嘴豆(chickpea)、小扁豆(lentil)等等)或油菜(油菜(colza)、大豆、芝麻、棉花等等)的提取物，該提取物包含溶液或膠狀懸浮體中的蛋白質(zhì)，其通過化學(xué)作用、通過酸化發(fā)酵和/或加熱可以凝集。最后，詞語(yǔ)奶也指動(dòng)物奶和植物奶的混合物。在一個(gè)實(shí)施方案中，術(shù)語(yǔ)"奶"指補(bǔ)充了3。/。(w/w)半脫脂奶粉的商品化UHT奶，其通過在90。C+/-0.2。C加熱10min+/-lmin進(jìn)行巴氏消毒。另一方面提供了制備發(fā)酵奶產(chǎn)品的方法，其中所述方法包含在至少存在本文所述的乳酸菌、培養(yǎng)物或起子培養(yǎng)物時(shí)發(fā)酵奶底物。優(yōu)選所述奶底物是奶。優(yōu)選所述奶底物包含固體部分(item)。優(yōu)選所迷固體部分包含水果、巧克力產(chǎn)品或谷類食物(cereal)或由其組成。序列對(duì)于本發(fā)明的一些實(shí)施方案，優(yōu)選該序列是天然存在的核g吏序列。所述核酸序列可以是基因組的、合成的或重組來源的DNA或RNA，如cDNA。所述核苦酸序列可以是雙鏈的或單鏈的，無(wú)論是否代表正義或反義的鏈或其組合。如本文所述，重組的核酸序列可以用重組DNA技術(shù)制備。本發(fā)明所包括的核酸和核酸序列可以被分離或?qū)嵸|(zhì)上純化。通過"分離，，或"實(shí)質(zhì)上純化"指核酸分子或其生物活性片段或變體、同源物或衍生物實(shí)質(zhì)上或根本(essentially)無(wú)在天然狀態(tài)常見與所述核酸連接的組分。這些組分包括其它細(xì)胞材料、重組制備的培養(yǎng)基、以及化學(xué)合成核酸所用的多種化學(xué)口C70"分離的"核酸序列或核酸常無(wú)在衍生所述核酸的生物體的基因組DNA中位于所需核酸側(cè)翼的核酸序列(如位于5'或3'末端的編碼序列)。然而，所述分子可包括一些其它石咸基或部分，其不會(huì)負(fù)面影響所述組分(composition)的基本性質(zhì)。一方面提供了SEQIDNo.19所述的核苷酸序列或其片段、變體、同源物或書f生物。另一方面提供了SEQIDNo.19所述的序列或與其有至少75%同一性的同源物。適當(dāng)?shù)兀诒葘?duì)全長(zhǎng)的CRISPR基因座時(shí)，SEQIDNo.19所述的序列或其同源物具有至少75%的同一性。變體/同源物沐f生物/片段本發(fā)明包括核酸序列的變體、同源物、衍生物或片段的用途。術(shù)語(yǔ)"變體，，用于指與野生型序列不同的天然存在的核苷酸序列。術(shù)語(yǔ)"變體"指包含部分(fraction)的野生型序列的核苷酸序列。它可包含序列的一或多個(gè)大的鄰近部分(section)或多個(gè)小部分。優(yōu)選所述序列包含野生型序列的至少50%，更優(yōu)選至少65%,更優(yōu)選至少80%,更優(yōu)選至少85%,更優(yōu)選至少90%，更優(yōu)選至少95%,更優(yōu)選至少96%,更優(yōu)選至少97%,更優(yōu)選至少98%，最優(yōu)選至少99%。優(yōu)選所述片段保留野生型核苷酸序列的50%，更優(yōu)選60%，更優(yōu)選70%，更優(yōu)選80%，更優(yōu)選85%,更優(yōu)選90%，更優(yōu)選95%，更優(yōu)選地96%,更優(yōu)選97%，更優(yōu)選98%，或最優(yōu)選99%活性。所述片段可以是功能性片段。分子的"功能性片段"可理解為保留或具有與完整分子實(shí)質(zhì)上相同的生物活性的片段。所有情況下，分子的功能性片段保留完整分子的至少10%并至少約25%,50%，75%,80%，85%，90%,95%,96%,97%，98%或99%的生物活性。術(shù)語(yǔ)"同源物"指與受試的核苷酸序列具有某種同源性的實(shí)體(entity)。這里，術(shù)語(yǔ)"同源性，，可與"同一性，，等同。在本文上下文中，同源性序列應(yīng)包括核苷酸序列，其包括可以與受試序列至少60,70，75,85或90%等同,優(yōu)選至少95%,96%，97%，98%或99%等同的核苷酸序列。盡管同源性也可用相似性來考慮，但在本發(fā)明上下文中優(yōu)選通過序列同一性來表示同源性?？赏ㄟ^目測(cè)，或更通常借助于容易可得的序列比較程序，進(jìn)行同源性比較。這些可購(gòu)買的計(jì)算機(jī)程序能夠在兩或多個(gè)序列間計(jì)算％同源性。可在鄰近序列計(jì)算°/。同源性。這被稱為"無(wú)缺口的(ungapped)"比對(duì)。通常，僅在相對(duì)較少的殘基中進(jìn)行這些無(wú)缺口的比對(duì)。大多數(shù)序列比較方法被設(shè)計(jì)來產(chǎn)生最合理比對(duì)，其考慮到了可能的插入和缺失，但沒有在總體同源性計(jì)分中不當(dāng)罰分。這是通過在序列比對(duì)中插入"缺口"實(shí)現(xiàn)的，來試圖使局部同源性最大化。然而，這些更復(fù)雜的方法給在比對(duì)中出現(xiàn)的每個(gè)缺口指定"缺口罰分"。"仿射缺口得分(A伍negapcost)"常使用，給存在的缺口計(jì)相對(duì)較高的分，而給缺口中每個(gè)隨后的殘基計(jì)較少罰分。這是最常用的缺口計(jì)分系統(tǒng)。高缺口罰分當(dāng)然會(huì)產(chǎn)生有較少缺口的最合理比對(duì)。大多數(shù)比對(duì)程序可修改缺口罰分。然而，在使用此軟件用于序列比較時(shí)，優(yōu)選使用缺省值。例如，在使用GCGWisconsinBestfit包(package)時(shí)，對(duì)于氨基酸序列的缺省缺口罰分為每個(gè)缺口-12且每個(gè)延伸-4。由此，計(jì)算最大的％同源性最初需要考慮到缺口罰分，產(chǎn)生最適比對(duì)。31適合進(jìn)行此比對(duì)的計(jì)算機(jī)程序是GCGWisconsinBestfit包(UniversityofWisconsin,U.S.A.;Devereux等.，1984,jVmc/^c爿c油iesearc/i12:387)。可進(jìn)行序列比較的其它軟件包括但不限于，BLAST包(參見Ausubel等.，1999同上一第18章)、FASTA(Atschul等.，1990,J.Mol.Biol.,403-410)、GENEWORKS比較工具套裝(suite)和CLUSTAL。BLAST和FASTA都可用于離線和在線檢索(參見Ausubel等.，l"9同上，7-58到7-60頁(yè))。然而，對(duì)于一些應(yīng)用，優(yōu)選使用GCGBestfit程序。稱為BLAST2Sequences的新工具也可用來比較蛋白質(zhì)和核苦酸序列(參見FEMSMicrobiolLett1999174(2):247-50;FEMSMicrobiolLett1999177(1):187-8)。盡管最終的％同源性可以用同一性的方式來測(cè)量，比對(duì)方法自身通常不是基于全或無(wú)的成對(duì)比較。然而，通常使用有尺度(scaled)的相似性計(jì)分矩陣，該矩陣基于化學(xué)相似性或進(jìn)化距離給每個(gè)成對(duì)比較指定得分。常用的矩陣?yán)邮荁LOSUM62矩陣-BLAST程序套裝的缺省矩陣。GCGWisconsin程序常使用公共的缺省值或客戶符號(hào)比較表(customsymbolcomparisontable)(如果提供的話)(更多細(xì)節(jié)參見用戶手冊(cè))。對(duì)于一些應(yīng)用，GCG包優(yōu)選使用公共的缺省值，或者對(duì)于其它軟件使用缺省矩陣-如BLOSUM62。一旦軟件產(chǎn)生最佳比對(duì)，就可以計(jì)算％同源性，優(yōu)選地％序列同一性。該軟件通常在部分的序列比較中這樣操作并產(chǎn)生數(shù)字結(jié)果。在測(cè)定序列同一性時(shí)應(yīng)該使用GapPenalties,然后優(yōu)選使用如下參數(shù):對(duì)于BLASTGAPOPEN0GAPEXTENSION0對(duì)于CLUSTALDNA蛋白質(zhì)WORDSIZE21K三倍體(triple)GAPPENALTY1010GAPEXTENSION0.10.1所述核苷酸序列中可包括合成的或修飾的核苷酸。本領(lǐng)域已知對(duì)寡核普酸的一些不同類的修飾。這些包括磷酸曱酯和硫代磷酸酯骨架和/或在分子的3'和/或5'末端加入吖咬或聚賴氨酸鏈。為本發(fā)明的目的，應(yīng)理解可以用任何本領(lǐng)域已有方法來修飾核苷酸序列。可進(jìn)行這些修飾來提高本發(fā)明可用的核32苷酸序列的體內(nèi)活性或壽命。載體本文所述的一或多個(gè)核苷酸序列可存在于載體中。所述核苷酸序列可以可操作地與調(diào)節(jié)序列連接，從而該調(diào)節(jié)序列能夠使所述核香酸序列被合適的宿主生物體表達(dá)，即所述宿主可以是表達(dá)載體。術(shù)語(yǔ)"表達(dá)載體"指能夠體內(nèi)或體外表達(dá)的構(gòu)建體。優(yōu)選地，所述表達(dá)載體摻入到生物體的基因組中。術(shù)語(yǔ)"摻入"優(yōu)選包括穩(wěn)定摻入到基因組中。所述載體可以如下所述轉(zhuǎn)化入合適的宿主細(xì)胞中，來表達(dá)具有本文限定的具體特征的多肽。理想的載體，如質(zhì)粒、粘粒、病毒或噬菌體載體，通常依賴于引入它的宿主細(xì)月包。所述載體可包含一或多種可選標(biāo)記基因-如賦予抗生素抗性的基因，所述抗性如氨千青霉素、卡那霉素、氯霉素或四環(huán)素抗性?？蛇x地，可以通過共轉(zhuǎn)化實(shí)現(xiàn)選4奪(如W091/17243所述)。所述載體還可包含使所述載體在所需宿主細(xì)胞中復(fù)制的核苦酸序列。這樣的序列例子是質(zhì)粒pUC19,pACYC177,pUB110,pE194，pAMBl和pIJ702的復(fù)制起點(diǎn)。構(gòu)建體術(shù)語(yǔ)"構(gòu)建體，，-與術(shù)語(yǔ)同義如"結(jié)合物(conjugate)"、"盒(cassette)"和"雜合體(hybrid)"-包括直接或間接與啟動(dòng)子連接的核苷S臾序列。間接連接的例子是在啟動(dòng)子和本發(fā)明核苦^列之間提供合適的間隔區(qū)組如內(nèi)含子序歹1)，如8111-內(nèi)含子或ADH內(nèi)含子。對(duì)于與本發(fā)明有關(guān)的術(shù)語(yǔ)"融合的"也是這樣，其包括直接或間接連接。在有些情況下，這些術(shù)語(yǔ)不包括蛋白質(zhì)的編碼核苷酸序列通所述構(gòu)建體甚至可以包含或表達(dá)標(biāo)記物，這可允許選擇基因構(gòu)建體。對(duì)于一些應(yīng)用，優(yōu)選所述構(gòu)建體包含至少一個(gè)與啟動(dòng)子可操作連接的核苷酸序列。宿主細(xì)月包術(shù)語(yǔ)"宿主細(xì)胞"包括任何包含核香酸序列、構(gòu)建體或載體的細(xì)胞。可選擇所述細(xì)胞來匹配所述載體，并可以例如是原核的(例如細(xì)菌的)、真菌的、酵母的或植物的細(xì)胞。優(yōu)選地，所述宿主細(xì)胞不是人細(xì)胞。合適的細(xì)菌宿主生物體的例子有革蘭氏陰性細(xì)菌或革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌。通用重組DNA方法4支術(shù)本發(fā)明利用，除了另外指出，在本領(lǐng)域一般技術(shù)人員的能力范圍內(nèi)的生化、分子生物學(xué)、微生物和重組DNA的常用技術(shù)。這些技術(shù)解釋于下述文獻(xiàn)中。例如參見J.Sambrook，E.F.Fritsch,andT.Maniatis,1989,Mo/簡(jiǎn)/arC7om'w爿丄a6orafw7Ma"認(rèn)/，SecondEdition,Books1-3,ColdSpringHarborLaboratoryPress;Ausubel,F.M.等.(1995和季千l)增才卜；Cwrew/)ratocoAMo/ecw/ar腸/(9gy,ch.9,13和16,JohnWiley&Sons,NewYork,N.Y.);B.Roe,J.Crabtree,andA.Kahn，1996,/)M4/so/加'ow朋dASegwewc/wgvElwew"a/rec/zw々wes，JohnWiley&Sons;M.J.Gait(Editor),1984,(9//go/wc/eo^feiS聲/zes7、爿Pra"/ca/^praac/z，IrlPress;and,D.M.J.LilleyandJ.E.Dahlberg:1992,Mef/zo(iso/￡>7z_ywo/og>vDA^4iSVrwc^wre尸aW爿iSy/7f/zewSawci尸/^w.ca//i腦/，So/DjVJMethodsinEnzymology,AcademicPress。每份常規(guī)文本在此引入本文作為參考。其它方面另一方面提供了乳酸菌，其包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物，優(yōu)選與其具有至少99%同一性的同源物。另一方面提供了核苷酸序列，其包含SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物，優(yōu)選與其具有至少99%同一性的同源物。另一方面提供了鑒定乳酸菌的方法，其包含篩選細(xì)菌的SEQIDNo.20所述的序列或其變體、片段、同源物或衍生物，優(yōu)選與其具有至少99%同一性的同源物的步驟。另一方面提供了微生物嗜熱鏈球菌菌株，該菌抹在2006年6月14日由DaniscoDeutschlandNiebiillGmbH,Buch-JohannsenStrasse.l，Niebiill-D-25899,Germany根據(jù)布達(dá)佩斯條約以保藏號(hào)18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig),或其具有所保藏的嗜熱鏈球菌菌林的一或多種特征的突變體或變體。現(xiàn)在將通過實(shí)施例更進(jìn)一步描述本發(fā)明，其應(yīng)當(dāng)視為有助于本領(lǐng)域一般技術(shù)人員進(jìn)行本發(fā)明，并無(wú)論如何不應(yīng)限制本發(fā)明的范圍。實(shí)施例實(shí)施例1嗜熱鏈球菌7S3W是奶的快速酸化劑(acW訴er)在發(fā)酵過程中，奶的酸化速度是-0.0153upH/min，與此相比，嗜熱鏈球菌CNCM1-2423、嗜熱鏈球菌CNCM1-2980和嗜熱鏈球菌CNCM1-2425的酸化速度分別為0.0129upH/min、0.0167upH/min和0.0209upH/min。實(shí)施例2嗜熱鏈球菌AS7kfZ-7W"產(chǎn)生了具有良好粘度的發(fā)酵奶生成實(shí)驗(yàn)室規(guī)模的新鮮發(fā)酵奶。奶基由補(bǔ)充了3。/。(w/w)半脫脂奶粉的商品化UHT奶組成，混合后，90。0+/-0.2。(3加熱10min+/-lmin,然后在調(diào)節(jié)至43°C+/-1°C的水浴中冷卻到43°C+/-1°C，將奶分裝到125ml玻璃燒杯中。奶以1E6-1E7cfu/ml的比例接種細(xì)菌。在43°C+/-1°C進(jìn)行發(fā)酵且不攪拌，當(dāng)pH到達(dá)4.6+/-0.05時(shí)終止發(fā)酵。此時(shí)，將新鮮發(fā)酵奶在不足l小時(shí)內(nèi)迅速冷卻到6。C+/1。C。最終，在此溫度將產(chǎn)物儲(chǔ)存28天。在這樣制備發(fā)酵奶后，用Brookfield粘度計(jì)和任何一種粘度測(cè)定法進(jìn)行測(cè)定。發(fā)酵奶在6°C儲(chǔ)存14天后的粘度是68Pa.s。通常，被確定為高度增稠的菌抹所產(chǎn)生的發(fā)酵奶具有超過45Pa.s的粘度，低于12.0Pa的Casson屈服應(yīng)力，和低于1000Pa/s的觸變面積。表1顯示了三種增稠型嗜熱鏈球菌菌株的流變學(xué)性質(zhì)比較。實(shí)施例3嗜熱鏈球菌ASMZ-7S"4的分子分析35EPSADPCR-RFLP方法是建立嗜熱鏈球菌菌林之間的遺傳連鎖的分子方法。嗜熱鏈球菌的基因組DNA用DNeasyTissueKit(Qiagen)純化。純化的DNA然后通過PCR用如下參凄t擴(kuò)增PCRA應(yīng)混合物組成(50jiL):-DNA聚合酶緩沖液xl-MgCl22mM-每種dNTP200jaM-基因纟且DNA100-500ng-引物EPSA632(5'-AAATgAATTCAgAgCAAgCACTTg-3')200nM-引物EPSD1064(5'-gTCATgTCAACTTTATTAAggACg-3')200nM-DNA聚合酶1.25單位-H20qsp50jiL擴(kuò)增參數(shù)-在94。C預(yù)變性1分鐘-在94。C變性30秒，在56。C雜交30秒，在72。C延伸3分鐘，35個(gè)循環(huán)-在72。C延伸6分鐘。擴(kuò)增后，用1.5。/。瓊脂糖凝膠電泳檢查PCR產(chǎn)物。擴(kuò)增產(chǎn)物的大小約為2.5kb。然后用兩種限制酶FoH和Mw/I在如下條件消化該P(yáng)CR產(chǎn)物-PCR產(chǎn)物15-30nL-緩沖液2(NewEnglandBiolabs)xl-BSA(NewEnglandBiolabs)xl-Fokl(NewEnglandBiolabs)l單位-Mnll(NewEnglandBiolabs)l單位-H20qsp50|uL在37。C溫育l小時(shí)。用3%瓊脂糖凝月交電泳分析該消化的產(chǎn)物。將上述方法應(yīng)用于嗜熱鏈球菌DSMZ-18344，結(jié)果將該菌抹劃分在已知為CL0189的遺傳簇內(nèi)。這可進(jìn)一步通過測(cè)序其e/w操縱子的近端部分(即EPSAD方法所耙向的染色體區(qū)域)來確認(rèn)。嗜熱鏈球菌DSMZ-18344的EPSADPCR-RFLP圖譜顯示于圖1中。從此圖可看出，嗜熱鏈球菌DSMZ-18344與作為CL0189遺傳簇代表菌抹的嗜熱鏈球菌CNCMI-2425的圖譜具有遺傳連鎖。外發(fā)現(xiàn)，嗜熱鏈球菌DSMZ-18344e戸操縱子的此部分與嗜熱鏈球菌CNCMI-2425菌抹的此部分有區(qū)別，但與嗜熱鏈球菌CNCMI-2423的該部分以及同屬于嗜熱鏈球菌CNCMI-2423遺傳簇(即CL0089，Genbank登錄號(hào)AF373595)的其它菌抹(還包含嗜熱鏈球菌CNCMI-2426和嗜熱鏈球菌Sfi39)的此部分相似。圖2顯示了e，操縱子的遠(yuǎn)端部分的示意結(jié)構(gòu)和菌抹之間的相似性。eps操縱子的遠(yuǎn)端部分的序列數(shù)據(jù)以及EPSAD聚類(clustering)數(shù)據(jù)一起提示，嗜熱鏈球菌DSMZ-18344的eps操縱子是嵌合操縱子，其由來自嗜熱鏈球菌CNCMI-2425(或相關(guān)菌抹)該操縱子的近端部分以及來自嗜熱鏈球菌CNCMI-2423(或相關(guān)菌抹)該操縱子的遠(yuǎn)端部分組成。DSMZ-18344(或來自其它嗜熱鏈球菌的相關(guān)菌林)的方法。嗜熱鏈球菌CNCMI-2423菌抹是一種快速酸化的菌林，其在發(fā)酵奶中表現(xiàn)出所需增稠特征，而嗜熱鏈球菌CNCMI-2425即使快速酸化，也不具有這些感興趣的增稠特征。在嗜熱鏈球菌中，e戸操縱子的遠(yuǎn)端部分包含編碼糖基轉(zhuǎn)移酶的基因。已知這些酶負(fù)責(zé)構(gòu)成胞外多糖的多糖單元的結(jié)構(gòu)，而且此胞外多糖的性質(zhì)被認(rèn)為至少部分地負(fù)責(zé)該菌抹的增稠特征。因此，e戸操縱子的嵌合結(jié)構(gòu)可解釋其增稠能力。實(shí)施例4嗜熱鏈球菌Z)57WZ-7S3"的C^75尸i間隔區(qū)CRISPR基因座的間隔區(qū)序列是一種菌林或其相關(guān)菌抹高度特異性的遺傳特征。嗜熱鏈球菌DSMZ-18344的CRISPRl基因座的間隔區(qū)已被測(cè)序，并與嗜熱鏈球菌CNCM1-2425、嗜熱鏈球菌CNCMI-2423的間隔區(qū)及其它間隔區(qū)序列比較。僅發(fā)現(xiàn)與嗜熱鏈球菌CNRZ385(Genbank登錄號(hào)DQ072992)和CNCMI-2425(及相關(guān)菌抹)有相似性。有趣的是，此CRISP驢因座內(nèi)的間隔區(qū)具有37不同的組成(缺失5個(gè)間隔區(qū))，并且鑒定了l個(gè)額外的間隔區(qū)。嗜熱鏈球菌DSMZ-18344的溶菌型，以及嗜熱鏈球菌DSMZ-18344溶菌型與CL0189基因型的多個(gè)菌抹之間觀察到的差異見表2。實(shí)施例5嗜熱鏈球菌DSMZ-7W"是抗噬菌體的近20多年來，已核實(shí)了超過1000種對(duì)工業(yè)用嗜熱鏈球菌菌抹有毒性的噬菌體。這群噬菌體經(jīng)過深入研究確定了它們的宿主譜。這使得能夠鑒定一組共60種代表上述噬菌體群體中鑒定出的所有宿主譜的噬菌體。這些代表性的噬菌體分別在菌抹DSMZ18344、CNCMI-2423和CNCMI-2425中進(jìn)4于測(cè)試，如上所述。發(fā)現(xiàn)CNCMI-2423對(duì)噬菌體D4126和D3215敏感，菌林CNCMI-2425對(duì)噬菌體D4369敏感，而菌抹DSMZ-18344抗所有被測(cè)的代表性嗟菌體。表l<table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table>序列(5'-3')SEQIDNo.1嗜熱《連球菌DSMZ-18344CRISPRl序列的前導(dǎo)序列actatgtgggtataaaaacatcaaaatttcatttgagSE(JIDNo.2嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(l)aatatctacaggtcactacaaagctacgctSEQIDNo.3嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(2)gttggggtgtgtttgtaacggcgtatgctaSE(JIDNo.4嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(3)tcaatcaggtgacggtgatgcttatattaaSEQIDNo.5嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(4)catacatgatagtttgtcaacacttttgatSEQIDNo.6嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(5)tcagcatttggtttacatgacccacgtctgSEQIDNo.7嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(6)caatcaacaggtttgactgattataacggtSE(JIDNo.8嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(7)tagctacacatgaattttattacaatggtgSEQIDNo.9嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(8)ccgttcttcaaacgttaaattccaaggtgtSEQIDNo.10嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(9)gctgcgaLtta_tga_c3a_tgctgtctgtaia_ggSEQIDNo.11嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(IO)gaagaatttattaataaagatggttctgctSEQIDNo.12嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(ll)aggcagaaaagaagtattttggtaagtatgSEQIDNo.13嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(12)a_a_a_tggttta_tcga_caaga_aaatgaia_gct:SEQIDNo.14嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(13)ccaaatttgcattatacaaaacgctccttcSEQIDNo.15嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(M)atcctaactgctt仁gctaactacatcatggSEQIDNo.16嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPR1間隔區(qū)(15)atcctaactgctttgctgactacatcatggSEQIDNo.17嗜熱《連球菌DSMZ-18344CRISPRl間隔區(qū)(16)taacaagataagattagtcgtcttctacatSEQIDNo.18嗜熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl序列的尾序列ttgattcaacataaaaagccagttcaattgaacttggctttSEQIDNo.19「熱鏈球菌DSMZ-18344CRISPRl序列atctacaggtcactacaaagctatcaatcaggtgaccccaLcgtctggtttttgta_ctctcaagatttaagtaeLCtgtac￡L￡LCC￡LatcaiaLcaggtttgactgaittataacggttctcaagatttaagtaactgtacaacccgttcttcaaacgttaaattccaaggtgtgtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacgctgcgattatgacaatgctgtctgtaagggtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacgaagaatttattaataaagatggttctgctgtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacaggcagasLaagaagtattttggtaagtatggtttttgtactctcaagatttaagtaactgtacaacaaatggtttatcgatgtactctca_a_ga111a_a_gtaia_ct￡LgeLtttaagta_a_ctaactgtacagtttgattcaaceLtaaaaagccagttcaattgaacttggcttt:ctcaagatttaagtSEQIDNo.20嗜熱鏈球菌DSMZ-18344EPS遺傳蔟cttga_tgtcagctctcaaaaaaga_taaa_a_aagttgatgttaaagttgatgatgttgcttcatatcaagaagcttatgataatctcaagtctggcaaatctaaagctatggtcttgagtggctcttatgctagcctattagagtctgtcaatagtaaccttgcttcaaatctaaaaacaatttatacttataaaiattaaaaagaageiataacaactctgcaaaccaiagtagattcaaaagtcttcaatatttatattagtggtattgatacctacggttcgatttcaacagtgtcacgttcagatgtcaataLttattatgacagtaaacatga^tacacataagattctcttgacgactactccacgtgatgcatacgttaagattcctggtggtggggcaaaccagtatgataaattaacccacgcaggtatttatggtgttgaaacatctgaacaaactctggaagatctatatggtactggtggtgtgacagtccataLaLtg5Ltc5LagctttcaLC5LSLgtcttcaLtgggaiagtttgatttja_a_cgcta:ctgcgatccaagactctgttcagacaaatatttctttggataccattaatgctttggctaatacacacggacaattgacctcttatgcgatgccaaattctagtctttacatgatgaaactagataatttagatcctca^ttggtgaaagttatgcccagggggtacgteiagattgtttcaacatcccaaeLeLaigcagasLgcagaagcactttatccagacttaactatttattatggaggtgaactttatagtaatgttttgagagcgggggtaacgcctattgttgctcatattgagcgctatgatgccaatagctcacatgtcctcaaacca^agctctttggagataaagaaaaagtaagaaagaatcttgggccgagaccaccatttatgaaagatgcttatgaaattgttaaaaagaactacggtttataggagatattatgaatcaagata^cactaaaagtgatgaaatcgacgtsctagcattgctacataaactttggacgaagaagcttttgattcttttcacagctttttatttcgctatctatgttgttaatcaggcaacagataataataatctttctgctcaagatttgcaagctgcgcaaacacttgctaataaggttcgtgaagttgcttcaaaaaaaatcaagaaggtgacaaaagttgaagatttcacaatgctcgaagaagctaaattgccagagtcaccatcttcaecaaatatcaaacttaatgtgcttcttggggcagtgcttggaggattccttgcagtggttggtgtattggta_cgtgaaatcctagaitgatcgtgttcgccgtcca_ga_a_gatgtggaa_ga_tgcccttggaatggcacttcttggaattgtccctgataceigataaaatttaaggagaaga^atgcctctattaaagttagtaa_aatctaaagtaa_a_ctttgccaa￡Lcaaacagaagagtattacaatgccattcgcacaaatattcaattttctggtgctcagattaaagtgattgcgattagctctgttgaagctggtgaaggaaaatcaacgacatctcttaacttggcgatttcatttgctagtgttgggctccgaacacttctgattgatgctgatactcgtaattctgttttttcaggtacattta_a_atca_a_a_tg"a_gccttata_aaggtct:ttcaaattttctttcaggaaatgccgatgetegtagtegttatgcagttattattgcccatcaggctgatgccagtcttttggttacagcagctgggaaaatcaaacgtcgtttcgtaactaaggccgtcgaacaattggaacaiaagtggttctcagttcttaggtgtcgtccttaataaagttgacatgacagttgataaatatggatcatatggttcttacggtcattcaagagcacatcgtcgtagaaaaggatagcattaatggggatgatgcggctcctaccatatacagagattacccaaggaagtattgtccttttaggtgtcgtacatgtagtgtcttactatatcagtagttattatgaaaatcttaagtatagaggctacttggatgaactcattgcaactgtcaaatattgtttcatatttgctctaattgcaacatttctctcgttttttgcagatggaagtttttcaatctcacgtcgcggacttctttacgtcaccatgatttcaggtgttctcttatacgttacaaatactgttcttaagtatttccgctcatctatttatacacgtcgtaaaagtaacaagaatattctcttgatttctgatcaggcacgtcttgataatgttttgtatgcatcaccttttgagatcatgggaattccagtttctattaatttgaatgcccttgaat:acgttttccctagttggtttggtgctctgtgggattgttggaatcttcctttatccacttattcgtaaggatggtgggccagccatttttgctcaagaccgtgtgggagaaaatggacgtatctttattggacgtttcattcgtaaaacaagtcttgatgaacttccacaattttggaatgtcctaaaa_ggtgata_tgagcttggttggga_ca_cgtcctcca_a_cagttgatgagtatgaa_aLa_atata_cacctgaacagaaacgtcgtttaagttttaaacctggtatcactggtctttggcaagtaaacggatggacaatctggcgtgatatcaaaatcttattga^aacaattaaagtagtagtaaaacagtttatatcgttggttctaaggggattccagcaaaatatggtggatttgagacctttgttgagaagttgacagagttccaacaagacaaagatatccaatattatgtagcttgtatccctaaaaagaactccctaacggtcgtggctactttgtttagtctaaacactttgaataggcgaaagaatatggggagcgccttccttatttactgaitaitgtsiaacctggaattactggttattatctccaatattacagcaccaagaacgacatcaagcttctaatacgtacaatttca42<formula>formulaseeoriginaldocumentpage43</formula>atttatttttatgttaacaggaaaaattctactgttaatggtacttttaatataaaaaagctttcatctgaagcacatcgtcgaatgatatgggcatatttteigtacactaaatcaagttttatcatcaactaatgaacacgatattgatttatatgcgccacaattagtagcttatctccttaaacaggataaattcataaaaaggaatacttttattcccaaaagagataagattgcatttacattcagcacataataatggatctatcttttctacagtcatttgctttgcagagaaggatttgtttatgcagcgattcggatgctcacggatcgccgcgttcEicgaagctgatttcatgaagaaacaggccttgaatctgaiacggtggctatcatacgcataacgatcaa^catcttaacgactacggcaccaattaatctcaccacgattaatgaacccatgtcggtcattactgagcagattaaaacaattcgaaccaatatcaattttgcggctactgaccataagctacgaacagtgga_gta_tgcca_a_ggaa_gga_a_ggcaagcaagtcttactggtcgatgctgacttgcgagccaatcagattgacgatgtgaatgatgcaattcatcccgtcattggcaatctataattgtataaatagtatgtatactttataacaatggagtgttttaatgaatcttttgtttagtcacaatgattttctgggtggcagactaatcaagtataaaatagcttatactagttgacaacatcccgtgataattattaeicttatcaagtacsggccaaaaitactggagcttaacaggaacttagcagtaatttccgatttaatctgtagtcatcataatattaaggtaatcaaccaaaaaacttttg"tagatgcagatgac3aaattaagccagactttgttagctcgctctatcaaattgtaagagcttatatgctcgctaagttagttgctacatcacctgaaccaaattatgcatata二cstaaaagttattctgcttgattaagaatggtaagatttcaccatctatatacttttattagggtagtataggagtcggtttgtatgggaiatcgtca^gattgcctttgttagggataatcaggtcaaaatgtcttttcaatccattgctatagttgcagctgcatttgatatctcttggttttttatgggaattattttcctatttgtcaaatcttacaatgatttgaatatatatatattgataacagttttagtcacgagctccggcttttttgatcagtctgataaaatagttaaactggttttggctatttatagtaaaattaaggagtacatgtacgcaggtttttcttttgtgtcggcaatttcgattcctatgatgtttggtctgatagctattactcctaaattcgtgccacttttttttacatctgtgtcggtgttcattggagcgatagtcaatttaatgttaaatattccactgattatatatcaactttttataattcataaacagcttaatttgcatacactgttttcggatttatctaagtatggatttaiggtacctgcctttaggatttttaLattcaaaggatttaiggtaLcttatggttgtactaaagagatttcaggacatcgaaaggateittcgtaaaaatttctggggtatttaitaccctccaattgattgcgactattttgtctcttgtcttgtatacatcattatgtttgttctttccatataataaacatcgtgagttcatgctctctacgactattccggctgttgtcagtggttttaacagaggctttggtatgggttattcaiattgeLatttttcaaggateittcatcaaaggtcttgtcggtgctatcatttatattgtcttgattattgtcttacgtgtcgttgatatgaaagacttgaagcaacagttaatgaaaaactaaggagaaaaatatgtacgattatcttatagtaaaagtgattgacaagcgtgatcacattggtggcaatatctactgtgaagatgttgaaggtattaatgttcacaagtatggtgctcacattttccatacctcaaataaaaaagtttgccetaggaattccgatcggtggttacaatgtcatcattgaaaaitatgcttggagaitgtagaagaagaagctgagaaaaatgacaaggttatcttctgtggacgtcttgcagattataaiatactacgacatgcacgtggtcattgagcgtgctctagaagtcgttgagaaagaatttatttacggataggtcctctttttatgtatgttcagtgtgatgaagacacgtttcttaa^gttgatgaagtttctaaaaccgaagcccaaccgtttgatgtctttgatcaacttattagtcgcttcaagttttgcgtttggatagtccgtttctagtgcgtttttgatgtattgcttgtgtctaagaaaagtcctaaagacagtttgaaaatagtgattgaccttgctcctattttcctctatcagacgatcaagaacgatttttgcgtttggaaagagtctgcgggctagtgggatataagctcca_ga_cttatcc45二acgatagacagtggacgtcgacacacgaagtcttcttgcaatatcagttagtgacactttctcagttaggagttgtgtaactttttgttggaictagattggagatttggtagtttttctcaacgatagatgtctaagataaattgaatggtttcaattcctaaaagtgtgaccaaactgataatgacaaactgt11ga_a_a_11a_gtattgatacagta^aggccacctaaatggaatgaagta述方法和體系所作的多種修改(modification)和變更對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員都是顯而易見，而不背離本發(fā)明范圍和精神。盡管已經(jīng)結(jié)合具體優(yōu)選的實(shí)施方案描述了本發(fā)明，應(yīng)理解所要求的本發(fā)明不應(yīng)不當(dāng)限于這些具體的實(shí)施方案。事實(shí)上，為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明，對(duì)所述模式所作的各種對(duì)那些生化、微生物和分子生物學(xué)或相關(guān)領(lǐng)域的技術(shù)人員顯而易見的修改，都應(yīng)在下述權(quán)利要求的范圍內(nèi)。權(quán)利要求1.快速酸化的乳酸菌，其在于6℃儲(chǔ)藏14天后使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s。2.根據(jù)權(quán)利要求l的乳酸菌，其中所述細(xì)菌是抗噬菌體的。3.根據(jù)權(quán)利要求1或2的乳酸菌，其中所述細(xì)菌選自鏈球菌屬、乳球菌屬、乳桿菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和雙歧桿菌屬組成的組。4.根據(jù)權(quán)利要求l-3任一項(xiàng)的乳酸菌，其中所述細(xì)菌是嗜熱鏈球菌。5.根據(jù)權(quán)利要求4的乳酸菌，其中所述嗜熱鏈球菌屬于遺傳簇CL0189。6.根據(jù)權(quán)利要求1-5任一項(xiàng)的乳酸菌，其中所述細(xì)菌包含SEQIDNo.20所述的序列。7.乳酸菌，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與該序列有至少75%同一性的同源物。8.分離的嗜熱鏈球菌菌抹，其在2006年6月14日以保藏號(hào)18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)。9.細(xì)胞培養(yǎng)物，其包含根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項(xiàng)的乳酸菌或根據(jù)權(quán)利要求8的菌4朱。10.根據(jù)權(quán)利要求9的細(xì)胞培養(yǎng)物，其中所述細(xì)胞培養(yǎng)物是起子培養(yǎng)物、益生菌培養(yǎng)物或飲食補(bǔ)充劑。11.根據(jù)權(quán)利要求9或10的細(xì)胞培養(yǎng)物，其中所述培養(yǎng)物包含一或多種其它乳酸菌，所述其它乳酸菌選自由鏈球菌屬、乳球菌屬、乳桿菌屬、明串球菌屬、片球菌屬和雙jt支桿菌屬組成的租。12.根據(jù)權(quán)利要求9-ll任一項(xiàng)的細(xì)胞培養(yǎng)物，其中所述培養(yǎng)物包含一或多種其它乳酸菌，所述乳酸菌選自德氏乳桿菌保加利亞亞種、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌和/或雙歧桿菌。13.食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物，其包含根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項(xiàng)的乳酸菌、根據(jù)權(quán)利要求8的菌抹、或根據(jù)權(quán)利要求9-12任一項(xiàng)的細(xì)胞培養(yǎng)物。14.根據(jù)權(quán)利要求13的食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物，其中所述食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物是乳類、肉類或谷類的食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物。15.根據(jù)權(quán)利要求14的乳類食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物，其中所述乳類食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物是發(fā)酵奶、酸奶、稀奶油、熟化奶油、干酪、清爽干酪、奶々大料、加工的干酪、奶油《甘食、農(nóng)家干酪或嬰兒奶。16.根據(jù)權(quán)利要求15的食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物，其中所述奶包含動(dòng)物源性和/或^i物源性的奶。17.制備食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的方法，其包含將根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項(xiàng)的乳酸菌、根據(jù)權(quán)利要求8的菌林、或根據(jù)權(quán)利要求9-12任一項(xiàng)的細(xì)胞培養(yǎng)物加入所述食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的步驟。18.根據(jù)權(quán)利要求17的方法，其中所述食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物包含發(fā)酵的食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物或由其組成。19.根據(jù)權(quán)利要求17或18的方法，其中所述食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物包含乳類的食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物或由其組成。20.用權(quán)利要求17-19任一項(xiàng)的方法獲得或可獲得的食物、食物添加劑、祠料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物。21.根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項(xiàng)的乳酸菌、根據(jù)權(quán)利要求8的菌抹或根據(jù)權(quán)利要求9-12任一項(xiàng)的細(xì)胞培養(yǎng)物的用途，用于制備食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物。22.調(diào)節(jié)(例如改良)食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的粘度的方法，其包含將根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項(xiàng)的乳酸菌、根據(jù)權(quán)利要求8的菌抹或根據(jù)權(quán)利要求9-12任一項(xiàng)的細(xì)胞培養(yǎng)物加入所述食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物中。23.食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物，其通過權(quán)利要求22的方法獲得或可獲得。24.根據(jù)權(quán)利要求l-7任一項(xiàng)的乳酸菌、根據(jù)權(quán)利要求8的菌抹、或根據(jù)權(quán)利要求9-12任一項(xiàng)的細(xì)胞培養(yǎng)物的用途，用于改良食物、食物添加劑、飼料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、或益生菌補(bǔ)充物的粘度。25.鑒定屬于鏈球菌屬的細(xì)菌的方法，其包含篩選所述細(xì)菌的SEQIDNo.19所述的序列或與該序列具有至少75%同一性的同源物的步驟。26.鑒定屬于鏈球菌屬的細(xì)菌的方法，其包含用至少一個(gè)正向的和至少一個(gè)反向的寡核普酸引物擴(kuò)增細(xì)菌的CRISPR基因座的步驟，其中所述引物分別位于在嗜熱《連J求菌DSMZ-18344中缺無(wú)的一或多個(gè)CRISPR間隔區(qū)的對(duì)側(cè)側(cè)翼。27.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述正向寡核苦酸引物與SEQIDNo.1雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.2，SEQIDNo.3，SEQIDNo.4,SEQIDNo.5,SEQIDNo.6，SEQIDNo.7,SEQIDNo.8，SEQIDNo.9，SEQIDNo.10，SEQIDNo.11,SEQIDNo.12,SEQIDNo.13，SEQIDNo.14SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。28.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述正向寡核苦酸引物與SEQIDNo.2,SEQIDNo.3,SEQIDNo.4,SEQIDNo.5，SEQIDNo.6,SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.9,SEQIDNo.10，SEQIDNo.11,SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15，SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交。29.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述正向寡核苷酸引物與SEQIDNo.2，SEQIDNo.3,SEQIDNo.4,SEQIDNo.5，SEQIDNo.6,SEQIDNo.7和/或SEQIDNo.8的任一雜交，且所述反向寡核普酸引物與SEQIDNo.18雜交。30.根據(jù)權(quán)利要求26的方法，其中所述正向寡核苷酸引物與SEQIDNo.9，SEQIDNo.10，SEQIDNo.11，SEQIDNo.12,SEQIDNo.13,SEQIDNo.14,SEQIDNo.15,SEQIDNo.16和/或SEQIDNo.17的任一雜交，且所述反向寡核苷酸引物與SEQIDNo.18雜交。31.根據(jù)權(quán)利要求25-30任一項(xiàng)的方法，其中所述屬于鏈球菌屬的細(xì)菌是嗜熱鏈球菌。32.根據(jù)權(quán)利要求31的方法，其中所述嗜熱鏈球菌菌林屬于遺傳簇CL0189。33.根據(jù)權(quán)利要求31或32的方法，其中所述嗜熱鏈球菌菌林與在2006年6月14日以保藏號(hào)18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b,D-38124Braunschweig)的嗜熱鏈球菌菌林具有基本相同的特征。34.根據(jù)權(quán)利要求31-33任一項(xiàng)的方法，其中所述嗜熱鏈球菌菌林與在2006年6月14日以保藏號(hào)18344保藏于DSMZ(DeutscheSammlungvonMikroorganismenundZellkulturenGmbH,MascheroderWeg1b，D-38124Braunschweig)的嗜熱《連3求菌菌4朱相同。35.屬于鏈球菌屬的細(xì)菌，其通過根據(jù)權(quán)利要求25-34任一項(xiàng)的方法鑒定或可鑒定。36.核苷酸序列，其包含SEQIDNo.19所述的序列或與該序列有至少75%同一性的同源物。37.核苷酸序列，其與權(quán)利要求36的核苷酸序列互補(bǔ)。38.構(gòu)建體或載體，其包含根據(jù)權(quán)利要求36或37的核苷酸序列。39.宿主細(xì)胞，其包含根據(jù)權(quán)利要求38的構(gòu)建體或載體。40.寡核普酸引物，其能與權(quán)利要求36或37的核苷酸序列雜交。41.根據(jù)權(quán)利要求40的寡核苷酸引物的用途，用于鑒定屬于鏈球菌屬的細(xì)菌。42.如上所述的乳酸菌、分離的培養(yǎng)物、細(xì)胞培養(yǎng)物、食物、食物添加劑、伺料、營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)充劑、益生菌補(bǔ)充物、方法、用途、核酸序列、構(gòu)建體、載體、宿主細(xì)胞、氨基酸序列、或寡核香酸引物，其參照隨后的說明書和圖。全文摘要本發(fā)明一方面涉及快速酸化的乳酸菌，其在儲(chǔ)藏于6℃14天后使發(fā)酵奶的粘度超過約62Pa.s。文檔編號(hào)C12N15/52GK101505607SQ200780030447公開日2009年8月12日申請(qǐng)日期2007年6月8日優(yōu)先權(quán)日2006年6月16日發(fā)明者喬基姆·施沃比,克里斯托夫·弗里莫克斯,菲利普·霍瓦思申請(qǐng)人:丹尼斯科公司