專利名稱：來自基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物檢測的具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合的制作方法
來自基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物檢測的具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合 臨時專利申請的交叉參考 本專利申請要求2007年4月24日遞交的名為"具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn) 錄產(chǎn)物檢測"的相關(guān)臨時專利申請的優(yōu)先權(quán)，該申請在此通過引證全部并入本文。
背景技術(shù)：
許多人被遺傳性疾病所折磨，因此遺傳性疾病是許多研究和誤解的主體。 一些遺 傳性紊亂可能是由染色體數(shù)失常所引起的，例如，唐氏綜合癥(額外的21染色體)和克蘭 費爾特氏綜合癥(具有2個X染色體的男性)。分別通過改變基因表達(dá)或者獲得功能，三聯(lián) 體擴(kuò)增重復(fù)突變可以造成X染色體易損綜合癥或亨丁頓舞蹈癥。當(dāng)某些基因序列不以預(yù)期 形式存在時，會發(fā)生其他的遺傳性紊亂，例如，患有多發(fā)性硬化和II型糖尿病。目前，已知 大約4， 000例遺傳性紊亂，隨著對人類基因組的了解的深入，更多的遺傳性紊亂將會被發(fā) 現(xiàn)。大部分疾病是非常罕見的，千百萬人中才會有一例患者，而其他的疾病是較為常見的， 例如囊腫性纖維化，其中大約有5%的美國人攜帶至少一個拷貝的缺陷基因。
人類的遺傳組成是通過脫氧核糖核酸(DNA)來反映的。DNA是一種分子，該分子包 括核酸序列(即，核苷酸)，所述核酸序列形成了包括活生物體生長和作用的遺傳指令的密 碼。DNA序列或者遺傳序列是由任意四個具體核酸串聯(lián)構(gòu)成的，代表了真實的或者假設(shè)的 DNA分子或DNA鏈的一級結(jié)構(gòu)，具有攜帶信息的能力。如本領(lǐng)域內(nèi)已知的，可能的核酸(字 母)是A、C、G和T，分別代表了DNA核甘酸亞基鏈一與磷酸骨架共價相連的腺嘌呤、胞嘧啶、 鳥嘌呤和胸腺嘧啶堿基。通常序列之間相鄰打印，中間沒有空格，例如，序列AAAGTCTGAC。 四個以上核苷酸的串聯(lián)可以被叫做序列。 核糖核酸(RNA)是一種核酸聚合物，由核苷酸單體組成，作為DNA和核糖體之間 的信使，并且通過編碼氨基酸負(fù)責(zé)制備蛋白質(zhì)。RNA多聚核苷酸包括核糖糖基，與DNA不同 的是，DNA包括脫氧核糖糖基。通過叫做核糖核酸聚合酶的酶作用，從DNA中轉(zhuǎn)錄(合成) RNA，并且通過其他酶進(jìn)行進(jìn)一步加工。RNA作為基因翻譯成蛋白質(zhì)的模板，將氨基酸傳遞給 核糖體產(chǎn)生蛋白質(zhì)，并同時將轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物轉(zhuǎn)變成蛋白質(zhì)。 基因是核酸的一部分，該部分包括產(chǎn)生功能性產(chǎn)品所必須的信息，所述功能性產(chǎn) 品通常指蛋白質(zhì)?；虬ㄕ{(diào)節(jié)區(qū)域、轉(zhuǎn)錄區(qū)域和/或其他的功能性序列區(qū)域，調(diào)節(jié)區(qū)域指 令在什么情況下產(chǎn)生產(chǎn)品，轉(zhuǎn)錄區(qū)域指令產(chǎn)品的結(jié)構(gòu)?；虮舜酥g相互作用，影響身體發(fā) 展和行為舉止?；蛴虚L鏈DNA組成(在某些病毒中由RNA組成)，包括一種啟動子和一 種編碼序列，所述啟動子控制基因活性，編碼序列決定產(chǎn)生什么基因。當(dāng)基因是有活性的時 候，編碼序列被拷貝入叫做轉(zhuǎn)錄作用的過程中，產(chǎn)生一種基因信息的RNA拷貝。因此，這些 RNA通過遺傳密碼指導(dǎo)蛋白質(zhì)合成。然而，RNA還可以直接被使用，例如作為核糖體的一部 分直接被使用。由基因表達(dá)產(chǎn)生的分子，無論是RNA還是蛋白質(zhì)，都叫做基因產(chǎn)物。
有機(jī)體或者細(xì)胞中的總補充基因叫做它的基因組。有機(jī)體基因組的大小不嚴(yán) 格的取決于他的復(fù)雜性。在人類基因組中基因的數(shù)目估計是小雨30億個堿基對和大約 20， 000-25， 000個基因。
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正如前面提到的那樣，某些遺傳性紊亂可能由DNA序列不正確編碼引起。單一核 苷酸多形性或者SNP(有時也叫做"snp")是在同一種類成員間(或者在一個成員的成對染 色體之間)當(dāng)基因組中單一核苷酸一A、T、G、C不同時發(fā)生的DNA序列的變化。例如，來自 不同個體的兩個測序的DNA片段AAGCCTA和AAGCTTA，這兩個片段在單一核苷酸上包含差 異。在這種情況下，該位點被認(rèn)為具有兩個等位基因C和T。 在一個群體內(nèi)部，單一核苷酸多形性可以被賦予一種次要的等位基因出現(xiàn) 率 一 在攜帶較少常見變體的群體中的染色體與攜帶較多常見變體的群體中的染色體的比 例。通常，人們希望單一核苷酸多形性具有的次要等位基因出現(xiàn)率^ 1% (或者0.5%等 等)，而不是〃 所有的單一核苷酸多形性〃 (太大以至于不實用)。注意到人類群體之間的 變化是非常重要的，因此，在一個區(qū)域性或者種族性群體中包含的足夠常見的單一核苷酸 多形性可能在另一個群體中非常罕見。 單一核苷酸多形性可以屬于基因的編碼序列，基因的非編碼序列或者基因間區(qū) 域。由于所述遺傳密碼的退化，編碼序列內(nèi)部的單一核苷酸多形性不會必然改變所產(chǎn)生的 蛋白質(zhì)的氨基酸序列。能夠?qū)е孪嗤嚯男蛄械膯我缓塑账岫嘈涡缘膬煞N形式叫做同義 (有時也叫做靜態(tài)突變)-如果產(chǎn)生不同的多肽序列，就是非同義的。不在蛋白質(zhì)編碼區(qū)域 中的單一核苷酸多形性也可以具有基因剪接、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合或者非編碼RNA序列的效果。
人DNA序列的變化能夠影響人類疾病的發(fā)展和/或?qū)Σ≡w、化學(xué)物質(zhì)、藥物等等 的反應(yīng)。然而，已經(jīng)了解到DNA序列對生物學(xué)研究極為重要的一個方面是人類基因組之間 的比較區(qū)域(例如，來自相似人的比較DNA序列， 一個患有某種疾病而另一個不患有這種疾 病)。來自AffymetrixTM和lllumina 的技術(shù)能夠在幾天之內(nèi)測定幾十萬單一核苷酸多形 性的基因型，花費通常不超過$1， 000. 00。 微陣列分析技術(shù)通常被用于整理分析從DNA、 RNA和蛋白質(zhì)微陣列試驗中產(chǎn)生的 數(shù)據(jù)，從而允許研究員在單一實驗中調(diào)查大多數(shù)基因的表達(dá)狀態(tài)，在多數(shù)情況下，大多數(shù)基 因組是指有機(jī)體的整個基因組。這種實驗產(chǎn)生非常大量的遺傳數(shù)據(jù)，難以進(jìn)行分析，尤其在 缺少有效的基因注解的情況下。大多數(shù)微陣列廠家，例如AffymetrixTM，會提供商業(yè)可售的 數(shù)據(jù)分析軟件以及微陣列設(shè)備。 用于統(tǒng)計分析的專門化軟件工具能夠確定在微陣列實驗中相對于參考狀態(tài)基因 的超表達(dá)或不充分表達(dá)，這可能會幫助識別與具體表型有關(guān)的基因或者基因組。這種統(tǒng)計 標(biāo)準(zhǔn)程序一般會提供所關(guān)心的基因或者基因組的用戶信息，包括與數(shù)據(jù)庫和非冗余集合數(shù) 據(jù)庫(curated databases)和基因?qū)嶓w論相連，所述數(shù)據(jù)庫例如NCBI基因銀行，所述非冗 余集合數(shù)據(jù)庫例如Biocarta。 作為統(tǒng)計分析的結(jié)果，有機(jī)體的某一方面可能被定型?；蚨ㄐ蜕婕笆褂蒙飳?驗確定個體基因型的過程。目前進(jìn)行這一過程的方法包括聚合酶鏈反應(yīng)、DNA測序和與DNA 微陣列或磁珠雜交。該技術(shù)是檢測父親/母親時固有的，也是在調(diào)查與疾病有關(guān)的基因時 必須的。 個體有機(jī)物的表型或者是它的總物理性質(zhì)和結(jié)構(gòu)，或者是一種特征的特異性表 現(xiàn)，例如，身材、眼睛的顏色、或者個體間有變化的行為。表型很大程度上通過基因型來確 定，或者通過個體在染色體的一個或者一個以上位點攜帶的等位基因一致性來確定。許多 表型通過多重基因來確定并受到環(huán)境因素的影響。因此，一個或者幾個已知等位基因的一致性不總是能夠預(yù)測表型。 在本技術(shù)現(xiàn)有狀態(tài)的缺陷中，基因定型過程通常對單一病人或者單一進(jìn)樣研究樣 品的單一循環(huán)中完成，只注意基因定型的特定疾病。因此，這種結(jié)果對于其他相似狀態(tài)病人 任意可能的比較和分析來講是相對孤立的。因此，這種孤立導(dǎo)致不能在實驗所得結(jié)構(gòu)的診 斷和治療中起作用。目前沒有一種系統(tǒng)允許帶下劃線的數(shù)據(jù)共享，因此失去了整合數(shù)據(jù)所 有可能的有益效果。因此，當(dāng)收集遺傳物質(zhì)樣品時，只作為一種個體方法來進(jìn)行，不考慮結(jié) 合來自多種樣品來源(例如，人)的各個遺傳樣品數(shù)據(jù)能夠帶來的有益效果。這里需要一 種具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗，以及與此有關(guān)的系統(tǒng)和方法，從而允許來 源廣泛的各式各樣數(shù)據(jù)的同化。


當(dāng)與所附附圖結(jié)合理解時，本發(fā)明的前述方面和與之相伴的權(quán)利要求的優(yōu)點將會
變得更容易理解，同時通過參考如下詳細(xì)說明，會理解的更為透徹。其中 圖1是一種示意圖，顯示了根據(jù)這里公開的本發(fā)明的一種實施方案制備微陣列的
方法，所述微陣列在具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗中使用； 圖2是一種示意圖，顯示了根據(jù)這里公開的本發(fā)明的一種實施方案，從若干來源
的樣品中收集遺傳物質(zhì)樣品并檢測和分離用于分組的遺傳物質(zhì)鏈的方法； 圖3是一種示意圖，顯示了用于建立數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的系統(tǒng)和方法，根據(jù)這里公開的本
發(fā)明的一種實施方案，所述數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)在具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗中使 用； 圖4顯示了可能與信息數(shù)據(jù)庫有關(guān)的典型的數(shù)據(jù)排列，根據(jù)這里所公開的本發(fā)明 的一種實施方案，所述信息數(shù)據(jù)庫是由具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗獲得的 信息數(shù)據(jù)庫；并且 圖5是一種示意圖，根據(jù)這里公開的本發(fā)明的一種實施方案，顯示了用于建立具 有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗的方法和系統(tǒng)。
具體實施例方式
進(jìn)行下列討論使所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人員能夠制備并使用這里公開的主題內(nèi)容。在 不脫離這里所詳細(xì)描述的精神和范圍的情況下，這里描述的主要原則可以被應(yīng)用于除了這 里詳細(xì)描述的實施方案和應(yīng)用之外的實施方案和應(yīng)用中。這里公開的內(nèi)容不局限于具體描 述的實施方案，而是與能夠符合這里公開或建議的原則和特點的最寬范圍相一致。
這里公開的主體內(nèi)容與單一核苷酸多形性(SNP)以及插入/刪除(UD)遺傳性多 態(tài)現(xiàn)象的翻譯檢測有關(guān)，通過在定制的微陣列基因表達(dá)平臺上進(jìn)行熒光雜交作用完成檢測 RNA序列的成比例分析。單一核苷酸多形性(SNP)可以通過一種專門設(shè)計的方法識別(單 一核苷酸多形性(SNP)通常通過脫氧核糖核酸分析進(jìn)行評價)。這種獨特的試驗涉及的疾 病包括一系列常見的遺傳序列，經(jīng)過同行評議的文獻(xiàn)中公開了各種已知的疾病都與這一系 列的遺傳序列有關(guān)，所述疾病例如愛迪生氏病、貧血、哮喘、動脈粥樣硬化、孤獨癥、乳腺癌、 雌激素新陳代謝作用、巴塞多病(Grave' s disease)、激素代替治療、主要組織相容性復(fù)合 體(MHC)基因、傳染性疾病篩選板、存活力、狼瘡、多發(fā)性腦脊髓硬化癥、肥胖癥、關(guān)節(jié)變性病、前列腺癌和2型糖尿病。通過第三方臨床組獲得臨床樣品用于構(gòu)建發(fā)展基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫，并且部分與Swank MS基礎(chǔ)相關(guān)。同時進(jìn)一步的融合并利用Swank計劃的追隨者的合作和自愿努力，所述Swank計劃如 〃 多發(fā)性硬化飲食書〃 (Roy L. Swank所著)的記載。通過一定的試驗服務(wù)可以促進(jìn)對醫(yī)生和病人使用的實時表型/基因型結(jié)合檢驗的實時在線訪問。
新工藝的各種實施方案和方法包括與疾病相關(guān)的遺傳物質(zhì)樣品的結(jié)合和結(jié)合、以最適合分析及操作的方式制備具有代表性遺傳物質(zhì)樣品的微陣列、以及通過計算機(jī)網(wǎng)絡(luò)傳遞被同化并編輯的數(shù)據(jù)。下面的圖l-5描述了這些實施方案的各個方面。
圖1表示了全部100種用于制備數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)(例如，一種微陣列)的方法，根據(jù)這里所公開的發(fā)明的一種實施方案，所述數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)可以被用于具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗。該方法通常包括從病人體內(nèi)吸取血液樣品，所述病人在iio步驟預(yù)定了基因定型。當(dāng)然，為了同化與若干疾病相關(guān)的包含廣泛的數(shù)據(jù)庫，通常從多個來源吸取血液樣品。應(yīng)當(dāng)注意到，任何適用于獲得遺傳物質(zhì)(例如，脫氧核糖核酸和/或核糖核酸)的組織都可以被使用，例如肝臟組織。血液細(xì)胞可以容易的被收集和容易的被運輸，這是這種脫氧核糖核酸/核糖核酸來源更有效率并更為有效。通常使用適當(dāng)?shù)难菏占b置，例如血液收集管來收集血液樣品，所述血液收集管可以從Paxgene 處購得。 該樣品通常被貼上適當(dāng)?shù)臉?biāo)簽并且通過一種無名但可追蹤的病人識別方法進(jìn)行標(biāo)記。說得更精確些，所有的測量都在遵守健康保險便利及責(zé)任法案(HIPAA)的規(guī)定的情況下進(jìn)行，因此所述血液樣品可看作是相同的，并且不會偶然泄露特許信息。在收集的時候，可以對血液樣品儲存其他的人口統(tǒng)計學(xué)信息(例如，在標(biāo)簽上記錄，存貯在計算機(jī)數(shù)據(jù)庫中)。這種人口統(tǒng)計學(xué)信息可以包括許多不同的描述性表型特征，例如，年齡、性別、國籍、種族、具體的健康問題、職業(yè)、誕生地、目前的生活場所，等等。 然后從血液樣品獲得的特異性遺傳物質(zhì)，例如核糖核酸可以被檢測并在步驟112中使用核糖核酸分離試劑盒分離，所述試劑盒例如從QiagenTM獲得的試劑盒。如上所述，核糖核酸的分離可以再進(jìn)行收集的實際位點完成，或者可以在收集之后在遠(yuǎn)程實驗室中完成。在下面的圖2中更為詳細(xì)的描述了所述遺傳物質(zhì)的分離過程。 在步驟114中，使用熒光過程擴(kuò)增一種核糖核酸樣品中的特異性序列，其中所述熒光過程對預(yù)先確定的核糖核酸鏈具有特異性，所述預(yù)先確定的核糖核酸鏈可以從llluminaTM處獲得，商品名為DASl"。在一種作為選擇的實施方案中，脫氧核糖核酸中的特異性序列也可以通過相似的熒光過程擴(kuò)增，所述熒光過程對預(yù)先確定的脫氧核糖核酸鏈具有特異性，所述預(yù)先確定的脫氧核糖核酸鏈從llluminaTM處獲得，商品名為Golden GateTM。
遺傳物質(zhì)的分離之后通常進(jìn)行熒光標(biāo)記的拷貝擴(kuò)增，所述熒光標(biāo)記的拷貝隨后可能與附著有共同底物，即微陣列的特異性探針雜交。然而，經(jīng)過收集并分離的樣品可以在適合于分析的任意數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中排列并分析。如此，數(shù)據(jù)可以直接被基于計算機(jī)的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，例如一種數(shù)據(jù)庫所收集并吸收。 在步驟116中，所述被分離并擴(kuò)增的遺傳物質(zhì)樣品可以根據(jù)識別的遺傳物質(zhì)鏈進(jìn)行分組。根據(jù)預(yù)定格式在微陣列的微珠池中以一種特定的方式排列各個組。這種預(yù)定格式可以包括適合于分離的核糖核酸/脫氧核糖核酸鏈中所有識別基因個體分析的標(biāo)準(zhǔn)格式。其他的預(yù)定格式可以包括與一種或一種以上參照組樣品的參照組類似基因進(jìn)行并列式比較。其他的形式可以包括特異性的基因組，所述特異性基因組適合于具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合、多發(fā)性腦脊髓硬化癥結(jié)合、包含廣泛的診斷法集合、包含廣泛的預(yù)示性治療數(shù)據(jù)庫或 者其他任何樣品基因結(jié)合。 一旦以特異性方式制造出微陣列，所述方式或者類似形式的出 現(xiàn)可以為步驟118的分析做好準(zhǔn)備。西雅圖WA州的IGD-Intel公司所有的名為"用于制備 疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗微陣列的方法和系統(tǒng)"的專利申請中更為詳細(xì)的描述了每個微 陣列的制備方法，該專利通過引證在此全部并入本文。在微陣列中排列樣品的形式通常符 合與血液樣品分組有關(guān)的特異性，入下面圖2所述。 圖2顯示了一種示意圖，顯示了根據(jù)這里公開的本發(fā)明的一種實施方案，從若干 來源的樣品中收集血液樣品并識別用于分組的遺傳物質(zhì)鏈的方法。在這里公開的一種方法 的概括中，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以通過從許多相似來源的樣品種收集許多相似的血液樣品， 作為所述方法的開端，所述血液樣品適用于遺傳密碼分離和分析。然后，檢測并分離每種血 液樣品中遺傳物質(zhì)可識別的鏈，從而所述遺傳物質(zhì)鏈可以通過一種基因序列或者核苷酸序 列來識別。 其次，對于各個血液樣品，當(dāng)出現(xiàn)一種可識別的鏈時，根據(jù)其相似的可識別鏈，所 述樣品可以被分成各個樣品組，然后每類遺傳物質(zhì)分離鏈樣品組可以組成每個血液樣品遺 傳物質(zhì)組，因此，每組包括來自每種血液樣品的遺傳物質(zhì)相似的可識別鏈。 一旦完成分組， 每組遺傳物質(zhì)可能與一種疾病有關(guān)，所述疾病與該組所包括的可識別鏈或者其他可有效用 于診斷的相關(guān)數(shù)據(jù)有關(guān)。這些包含廣泛的步驟的各個方面如下所述。 在圖2中，一些不同來源的遺傳物質(zhì)通?？梢员挥糜讷@得一些不同的遺傳物質(zhì)樣 品。這一步驟在圖2中結(jié)合步驟200被表達(dá)，并且與圖1中單獨的步驟110有關(guān)。因此，不 同的并可識別的遺傳物質(zhì)樣品隨后可以被處理，從而檢測并分離具體的遺傳物質(zhì)，用于同 化入結(jié)合物中。這種過程包括核糖核酸的分離。 在步驟210中，從每個樣品中檢測并分離遺傳物質(zhì)鏈時可以識別特異性基因序列 (即，核苷酸序列)。在一種結(jié)合水平上，每個樣品通常具有第一鏈，例如，鏈A，從而所有可 以被鏈A識別的基因序列都可以被分離，并將樣品從其他鏈中分離出來。同樣的，每個樣品 的鏈B也可以被分離，并且，從而獲得其各自的分離樣品。對于鏈C以及每個樣品中遺傳物 質(zhì)的每種其他可識別的鏈也是一樣。雖然，圖2只表示了 3個特異性鏈，本領(lǐng)域普通技術(shù)人 員應(yīng)該理解，還有成千的潛在鏈可以被分離。在遞交本申請時，至少有1142種特異性可識 別鏈可以有效用于每種樣品的檢測和分離。 這種分離過程還可以包括根據(jù)上述特異性基因序列識別的核糖核酸鏈進(jìn)行的遺 傳物質(zhì)的分離。另外，所述遺傳物質(zhì)的分離還可以基于與顯示疾病的基因表達(dá)有關(guān)的基因 序列、基于與顯示一種性狀的基因表達(dá)有關(guān)的基因序列、基于與顯示一種表型的基因表達(dá) 有關(guān)的基因序列、和/或基于與顯示一種基因型的基因表達(dá)有關(guān)的基因序列。
在檢測、分離并識別了所有鏈的情況下，所有樣品中的每類鏈(即，所有鏈A分離 作用產(chǎn)生的樣品)都可以在步驟220被集合在一起，用于其他的結(jié)合和分析。同樣，所有鏈 A的表達(dá)可以被集合入組A 230，所有鏈B的表達(dá)可以被集合入組B 231，所有鏈C的表達(dá)可 以被集合入組C 232。這種集合考慮了一種結(jié)合水平上數(shù)據(jù)的同化作用，所述同化作用基于 與許多同化數(shù)據(jù)結(jié)合水平比較后的多種基因表達(dá)。具體而言，樣品來源的人口統(tǒng)計信息可 能與每個樣品都有關(guān)。 另外，與每個血液樣品有關(guān)的結(jié)合信息可以通過對相似的鏈進(jìn)行分組完成。這種結(jié)合包括將顯示可表達(dá)第一疾病的基因序列表達(dá)過程的血液樣品與該血液樣品的人口統(tǒng) 計信息相結(jié)合，將顯示可表達(dá)第一疾病的基因序列表達(dá)過程的血液樣品與顯示可表達(dá)第一 疾病的基因序列表達(dá)過程的另外一種血液樣品相結(jié)合；將顯示可表達(dá)第一疾病的基因序列 表達(dá)過程的血液樣品與顯示可表達(dá)第二疾病的基因序列表達(dá)過程的另外一種血液樣品相 結(jié)合；將顯示可表達(dá)第一疾病的基因序列表達(dá)過程的血液樣品和與這種第一疾病有關(guān)的治 療方法相結(jié)合；并且，將顯示可表達(dá)第一疾病的基因序列表達(dá)過程的血液樣品與一種特異 性多形性相結(jié)合。 分組過程產(chǎn)生許多適當(dāng)?shù)慕Y(jié)合，根據(jù)一種血液樣品與另一種血液樣品的結(jié)合從結(jié) 合的血液樣品中獲得的統(tǒng)計數(shù)據(jù)可以外推。這種統(tǒng)計數(shù)據(jù)包括表達(dá)速率，相互關(guān)聯(lián)的表達(dá) 速率，等等。 使用這種獨特的探針將會提供一種低成本的個體健康狀況基因評定方法，通過一 種新型并有效的臨床診斷獲得個體的健康狀況。另外，添加或者消除與給定疾病相關(guān)的探 針，如文獻(xiàn)中出現(xiàn)的新信息的記載，可以進(jìn)一步增強(qiáng)臨川診斷方法的優(yōu)勢。根據(jù)報道，本領(lǐng) 域技術(shù)人員可以理解，增加探針含量是一種設(shè)計中的未來方法。但是，進(jìn)一步地，所達(dá)臨床 診斷法也可以被擴(kuò)大，從而分別檢測各個成分，和/或進(jìn)行能夠解決不同疾病或者所關(guān)心 的生活方式的試驗。 現(xiàn)在可以從分組的遺傳物質(zhì)中收集的信息可以通過一種電腦服務(wù)器被結(jié)合入電 腦可讀媒介物中，例如，數(shù)據(jù)庫。然后，這些數(shù)據(jù)可以被任何連接的客戶電腦訪問，并因此從 結(jié)合的數(shù)據(jù)庫中，根據(jù)客戶電腦向電腦服務(wù)器的請求，將信息提供給客戶電腦。
圖3是一種示意圖，顯示了用于建立數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的系統(tǒng)和方法，根據(jù)這里公開的本
發(fā)明的一種實施方案，所述數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)在具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗中使 用。 由于各種來源的遺傳物質(zhì)的樣品被聚集，每種樣品可以唯一的通過該樣品的來源 來分離。例如，在圖3所示的所有樣品中，(即，樣品X 310到樣品M)，通過一種軌跡識別方 法可以唯一的識別出每種樣品。為了得到最后的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，第一樣品可以是樣品X，其他的 可以是樣品Y，如此類推直到最后的樣品，樣品M。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)該知道，這些樣品可以 根據(jù)如上圖2所述的一些特異性方法來處理，或者還可以在一種微陣列上被處理，所述微 陣列專門為這里所描述的方法和系統(tǒng)而制備。 —旦通過來源分別確認(rèn)出所有的樣品，每種樣品可以再具體分為具體的部分，其 中，每個具體部分可能顯示如上所述的特異性基因表達(dá)。在這里使用的"部分"是指任意量 的顯示特異性基因表達(dá)的遺傳物質(zhì)樣品。在任何情況下，"部分"都不表示一種具體的遺傳 物質(zhì)量或數(shù)量。因此，每種樣品可以具有許許多多的部分，因此，每個部分顯示一種特異性 基因表達(dá)。 在構(gòu)建數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)時，每個部分都可以在集合步驟311中進(jìn)一步的確認(rèn)為顯示一種 特異性基因表達(dá)(或者依情況所示，不表達(dá)所述基因)。因此，部分X1可以被確認(rèn)為具有一 種第一特異性核苷酸序列、部分X2可以被確認(rèn)為具有一種第二特異性核苷酸序列，等等， 直到最后的部分被確認(rèn)為具有一種第n特異性核苷酸序列。在將每個部分識別為包括第一 到第n的特異性核苷酸序列的情況下，保留這種來源(即，樣品X)的部分結(jié)合。樣品Y到 M中類似的部分也保持有這種來源樣品的特異性結(jié)合。簡而言之，樣品Y被分成部分Yi到Y(jié)n，分別唯一的顯示特異性第一到第n核苷酸序列。對所有第m樣品進(jìn)行這種分部分和結(jié)合的過程。 其次，在集合步驟312，每個部分都與各自的疾病有關(guān)。說得更精確些，部分XrXn與疾病DrDn有關(guān)，因此，與各個部分有關(guān)的每種疾病唯一的對應(yīng)于各個部分所顯示的特異性核苷酸序列。同樣的，部分YrYn與疾病DrDn有關(guān)，以此類推到第M部分，其中，M1-Mn與疾病Dl-Dn有關(guān)。 每種樣品的每種部分都與一種特定的疾病有關(guān)，在此基礎(chǔ)上，包含廣泛的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物數(shù)據(jù)可以被保存在單一數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)330中。適當(dāng)使用這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，以外推得到許多不同的結(jié)合和數(shù)據(jù)趨勢。 例如，如果在收集樣品的同時收集樣品來源的人口分布數(shù)據(jù)，通過將人口分布數(shù)
據(jù)與每個樣品中顯示這種遺傳疾病表達(dá)的部分相結(jié)合，可知人口分布數(shù)據(jù)還可能同時與特
異性基因表達(dá)有關(guān)。然后，在數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)內(nèi)部適當(dāng)?shù)氖褂眠@種數(shù)據(jù)結(jié)合，可以推導(dǎo)出與此相關(guān)
的數(shù)據(jù)，即該數(shù)據(jù)包括一種第一疾病，這種第一疾病與攜帶有該樣品來源人口統(tǒng)計信息的
樣品某一部分有關(guān)。總體來說，人口資料和特異性疾病的特異性趨勢可以被儲存。 作為另一個實施例，其他的趨勢數(shù)據(jù)可以通過將來自第一來源的樣品部分與來自
第二來源的樣品部分相結(jié)合來儲存，其中，所述第一來源的樣品顯示能夠表現(xiàn)出第一疾病
的特異性基因表達(dá)，所述第二來源的樣品顯示能夠表現(xiàn)第二疾病的特異性基因表達(dá)。然后，
使用這種適當(dāng)?shù)慕Y(jié)合，可以通過推導(dǎo)相關(guān)的數(shù)據(jù)儲存其他趨勢數(shù)據(jù)，所述相關(guān)數(shù)據(jù)包括來
自第一來源的樣品部分與來自第二來源的樣品部分，其中，所述第一來源的樣品顯示能夠
表現(xiàn)出第一疾病的特異性基因表達(dá)，所述第二來源的樣品顯示能夠表現(xiàn)第二疾病的特異性
基因表達(dá)。同樣的，這種趨勢數(shù)據(jù)可以通過將特異性多形性和某種特異性部分相結(jié)合來存
儲，所述特異性部分顯示與這種多形性有關(guān)的核苷酸序列。 關(guān)于多種疾病結(jié)合的其他信息可以通過將來自第一樣品的部分和來自第二來源的樣品部分相結(jié)合來儲存，其中，所述第一樣品分別顯示與第一和第二疾病有關(guān)的特異性基因表達(dá)，第二來源顯示與第一或第二疾病有關(guān)的特異性基因表達(dá)。在這些結(jié)合的基礎(chǔ)上，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可以推導(dǎo)關(guān)于來自第一來源的樣品部分的相關(guān)數(shù)據(jù)，該樣品部分顯示能夠表現(xiàn)第一疾病能夠的特異性基因表達(dá)；也可以推導(dǎo)出關(guān)于來自第一來源的樣品部分的相關(guān)數(shù)據(jù)，該樣品部分顯示能夠表現(xiàn)出第二疾病的特異性基因表達(dá)；還可以推導(dǎo)出關(guān)于來自第二來源的樣品部分，所述樣品部分顯示與第一或第二疾病有關(guān)的特異性基因表達(dá)，從而致力于產(chǎn)生其他的趨勢數(shù)據(jù)。 在另一個實施例中，可以通過將來自第一來源的樣品部分與關(guān)于第一疾病的治療相結(jié)合來表達(dá)治療數(shù)據(jù)，所述來自第一來源的樣品部分顯示能夠表現(xiàn)出第一疾病的特異性基因表達(dá)。進(jìn)一步的，這種治療數(shù)據(jù)還可以從這種相關(guān)性中推導(dǎo)得出，所述相關(guān)性包括將來自第一來源的樣品部分和與第一疾病有關(guān)的治療，所述來自第一來源的樣品部分顯示能夠表現(xiàn)出第一疾病的特異性基因表達(dá)。 圖4顯示了一種與信息數(shù)據(jù)庫有關(guān)的典型的數(shù)據(jù)排列，根據(jù)這里所公開的本發(fā)明的一種實施方案，所述信息數(shù)據(jù)庫是由具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗獲得的信息數(shù)據(jù)庫。根據(jù)圖4的公開，在數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)400中可以排列與遺傳物質(zhì)部分有關(guān)的數(shù)據(jù)，所述遺傳物質(zhì)部分是從可追蹤的樣品中滋生出來的。在圖4中，所述數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)可以結(jié)合特異性試驗470、 ID 411、多形性412、表達(dá)比率413和討論414。 特異性試驗410通常包括已知的核苷酸序列種類，其中，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員可 以進(jìn)行試驗確定存在或者不存在特異性遺傳疾病或者遺傳紊亂。根據(jù)多形性412和比率 413，討論414會顯示用于診斷的可能性，或者建議對于某種具體疾病的治療方法。
ID 411通常包括能夠去除個體顯著性并將這種個體顯著性替換為相關(guān)的表型特 點的獨特的識別測定法。 多形性412通常是指對分析樣品呈遞的特異性核苷酸，這種核苷酸可能與某種疾 病的存在有關(guān)。說得更精確些，在多形性412所識別的特異性核苷酸序列中涉及對每個個 體進(jìn)行檢測過程而產(chǎn)生的分析基因組序列的比例。 最后，數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)還可以包括討論414，討論414是從已經(jīng)發(fā)表的文獻(xiàn)和出版的臨床 研究實驗中獲得的臨床相關(guān)知識中總結(jié)出來的。 在數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的至少一些數(shù)據(jù)設(shè)置中，可以獲得具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄 產(chǎn)物實驗數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)具有以下特點一種第一有形數(shù)據(jù)組，可以操作儲存來 自特異性來源的遺傳物質(zhì)的表達(dá)數(shù)據(jù)結(jié)果，所述表達(dá)與第一疾病有關(guān)；一種第二有形數(shù)據(jù) 組，可以操作用來存儲數(shù)據(jù)源的識別方法并與第一有形數(shù)據(jù)組相結(jié)合；和一種第三有形數(shù) 據(jù)組，可以操作存儲至少一個其他的與第二疾病有關(guān)的結(jié)合，所述第二疾病與第二基因表 達(dá)有關(guān)。 其他的數(shù)據(jù)組可以包括一種第四有形數(shù)據(jù)組，可以操作用來存貯與第一疾病有關(guān)
的特異性試驗的識別方法；一種第五有形數(shù)據(jù)組，可以操作用來存儲于第一疾病和第一基
因表達(dá)有關(guān)的表達(dá)速率；以及一種第六有形數(shù)據(jù)組，可以操作用來存儲于第一疾病和與第
一基因表達(dá)有關(guān)的討論。這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)可以在固定于電腦可讀的媒介物中識別，例如，一種
數(shù)據(jù)庫，或者可以被固定到另一種媒介物中，例如，含有遺傳樣品微陣列的基質(zhì)材料。 在獨立基因表達(dá)微陣列平臺上，從人類基因組分離區(qū)域獲得的核酸序列的特異性
組合可以作為一種常見的內(nèi)容被反映。完整的核酸序列表形成人類基因組測試中的分析因
素，這可以形成基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物測試的基本特點，在臨床使用中通常能夠有效的檢測遺傳密
碼中的轉(zhuǎn)錄變量，有文獻(xiàn)證明所述遺傳密碼與疾病、治療劑反映結(jié)合，和/或疾病的治療有
關(guān)。通過定量(測定并評價組織內(nèi)部存在的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物)和定性(測定基因組區(qū)域)的方法，
檢測結(jié)果可以評價RNA。 這種核酸陣列可以由探針序列組成，所述探針序列被分離用于檢測給定的基因內(nèi) 部區(qū)域，所這給定的基因絕大部分能夠有效地顯示表達(dá)水平并表明多形性部分，顯示個體 實際表達(dá)的基因組中的序列。通過將擴(kuò)增部分與所述陣列雜交并分析從雜交過程產(chǎn)生的雜 交方式來檢測被認(rèn)為存在于樣品擴(kuò)增部分的核酸序列，所述樣品是從標(biāo)準(zhǔn)血液樣品和/或 疾病感染組織中分離出來的。 經(jīng)過全面的分析經(jīng)過同行評議的文獻(xiàn)(或者其他的定期更新內(nèi)容)，具有臨床相 關(guān)性要求的實驗結(jié)果的結(jié)合可以被獲取并記錄作為結(jié)論。通過現(xiàn)有的和正在進(jìn)行的企業(yè)結(jié) 合按季度協(xié)議評價或維持一種對等醫(yī)生支持網(wǎng)絡(luò)，可以對現(xiàn)有的要求進(jìn)行進(jìn)一步的改進(jìn)。
記載這種實驗結(jié)果的文章顯示了 1到50遺傳序列自己的結(jié)果。其他的關(guān)于至少 1142種剩余序列的結(jié)果可以通過交替測定獲得。通過給中相關(guān)的聚類分析方法(分級方 法、區(qū)分方法和結(jié)合方法)，這些測定可以使醫(yī)生相對于所有進(jìn)行這種測定的病人而言更好的掌握他們負(fù)責(zé)的病人的信息。按照需要實現(xiàn)的目標(biāo)可以進(jìn)一步的促進(jìn)為醫(yī)生/醫(yī)生網(wǎng)絡(luò) 提供實時基因型/表型結(jié)合的方案。醫(yī)生可以相對于所有進(jìn)行過這種實驗的個體的其他數(shù) 據(jù)分析他們自己負(fù)責(zé)的病人的數(shù)據(jù)。 經(jīng)評價的實施例的多形性可以是單一核苷酸多形性(SNP)、缺失、和/或刪除插入 序列。進(jìn)一步的，已經(jīng)確定出預(yù)計存在于所述方法部分的多形性。更進(jìn)一步的，所述核酸樣 品可以是基因組DNA、互補DNA、互補RNA、 RNA1總RNA或者信使核糖核酸。在這些變量中， 所述單一核苷酸多形性(SNP)、缺失或者插入可能與一種疾病、藥物的功效有關(guān)、和/或與 上述疾病發(fā)展或者減緩的傾向性有關(guān)。通常，輸出數(shù)據(jù)可以包含在電腦可讀的媒介物(例 如，一種CD或者DVD)中并傳遞給客戶，例如，訂閱的醫(yī)生。 圖5是一種示意圖，根據(jù)這里公開的本發(fā)明的一種實施方案，顯示了用于建立具 有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物試驗的方法和系統(tǒng)。在這個實施方案中，微陣列500 的特點在于根據(jù)每個樣品的結(jié)合具有不同識別的基因表達(dá)排列。其他的實施方案中也存在 其他的數(shù)據(jù)排列。因此，根據(jù)樣品已知的排列，存在的表型或其缺點的特異性表達(dá)方式確定 了從每種制備的微陣列500中獲得的信息類型。作為這種事實方案的結(jié)果，出現(xiàn)的特異性 方式表明單一核苷酸多形性(SNP)、插入或者缺失在不同的區(qū)域出現(xiàn)的可能性。
這種方式可以通過微陣列閱讀器501閱讀。微陣列閱讀裝置通常包括一種微陣列 站502，可以操作用來觀察微陣列500。如上所述，典型的微陣列500包括大量的存儲孔，用 于儲存遺傳物質(zhì)樣品?；|(zhì)中存在的孔可以被處理，從而每個行都適于雜交遺傳物質(zhì)樣品， 由此識別一種獨特的基因表達(dá)(即，每行一個基因)。進(jìn)一步的，對每個欄進(jìn)行處理，使每欄 中每行中的樣品與單一來源的遺傳物質(zhì)有關(guān)(即，每列一個人)。 微陣列閱讀器501通常也可以包括一種分析裝置510和一種記錄裝置520，分析裝 置510可以操作用來分析顯示在微陣列500上的方式，記錄裝置520可以操作用來傳遞分 析報告。另外，計算機(jī)系統(tǒng)550的接觸面可以對報告進(jìn)行分析從而在顯示器上顯示(未表 現(xiàn)出)和/或存儲于電腦可讀媒介物551中。所述微陣列閱讀器501還可以具有一種電子 微陣列評價儀540，可以操作用來從一系列從微陣列500中發(fā)送出來或者接收到的電脈沖 中確定基因表達(dá)方式。 微陣列500在繪制或表達(dá)經(jīng)處理的遺傳物質(zhì)組成的數(shù)據(jù)方面是相當(dāng)有效的。微陣 列500包括以下應(yīng)用。信使核糖核酸或者基因表達(dá)曲線檢測的數(shù)千基因同時表達(dá)的表達(dá) 水平與生物學(xué)和醫(yī)學(xué)的許多領(lǐng)域有關(guān)，例如，研究治療方法、疾病和發(fā)展階段。例如，微陣 列500可用于通過比較患病細(xì)胞和正常細(xì)胞的基因表達(dá)識別疾病基因。比較基因組雜交作 用-這種典型的使用包括評價單一種類中大基因組的重新排列。單一核苷酸多形性(SNP) 檢測-在一種種類的群體基因組中尋找單一核苷酸多形性。染色質(zhì)免疫沉淀研究-使用芯 片內(nèi)建芯片(chip-on-chip)技術(shù)確定基因組中蛋白結(jié)合占位情況。微陣列500其他的應(yīng) 用也是已知的和/或可以預(yù)料到，因此為了簡便起見在此不在論述。 使用可用于分析的微陣列500，并與其他制備的微陣列相結(jié)合，開始形成與疾病和 /或特異性基因序列的存在或缺失相關(guān)的包含廣泛的數(shù)據(jù)。微陣列500可以被掃描并選取 強(qiáng)度數(shù)據(jù)域原始樣品種存在/不存在遺傳物質(zhì)相結(jié)合。這些數(shù)據(jù)與其他的數(shù)據(jù)，例如診斷 和治療數(shù)據(jù)一起被吸收入已知大型信息數(shù)據(jù)庫中，從而提供關(guān)于一系列數(shù)據(jù)組大量的有關(guān) 信息。由于數(shù)據(jù)被吸收，還可以提供一種綜合性文獻(xiàn)檢索，報道具有基因序列變更的疾病的實際結(jié)合。所述數(shù)據(jù)是隨機(jī)匿名的，并且加載到中央存儲器中進(jìn)行樣品交叉對比并最終，較早的檢測到疾病。 盡管這里討論的實質(zhì)內(nèi)容可以進(jìn)行多種修飾和結(jié)構(gòu)變化，但其某些示例性的實施方案在這里已經(jīng)進(jìn)行了如上所述的詳細(xì)介紹并在附圖中有所顯示。另外，本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)該理解，這里的描述不意味著將要求保護(hù)的權(quán)利限制到這里公開的具體形式上，相反的，是意味著覆蓋所有修飾，結(jié)構(gòu)變化和落入本發(fā)明要求保護(hù)的精神和范圍內(nèi)的所有等價物。
權(quán)利要求
一種用于從多種遺傳物質(zhì)來源中集合基因?qū)＠a(chǎn)物數(shù)據(jù)的方法，該方法包括從多種遺傳物質(zhì)來源中獲得遺傳物質(zhì)樣品；對每個樣品，分離每個樣品的部分從而使每個部分顯示一種特異性基因表達(dá)，所述特異性基因表達(dá)與多種疾病的一種有關(guān)，每種分離的部分唯一的對應(yīng)于一種有關(guān)的疾?。粚⒚糠N部分與它的來源相結(jié)合；將每種部分與相應(yīng)的疾病相結(jié)合；并將每種結(jié)合存儲在一種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，進(jìn)一步包括將來源于每個樣品的人口統(tǒng)計數(shù)據(jù)與樣品 的每個部分相結(jié)合。
3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，進(jìn)一步包括從數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中推導(dǎo)結(jié)合的數(shù)據(jù)，所述結(jié)合 的數(shù)據(jù)包括與樣品一種部分有關(guān)的第一疾病和關(guān)于該樣品來源的人口統(tǒng)計信息。
4. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，進(jìn)一步包括將顯示代表第一疾病的特異性基因表達(dá)的 第一來源樣品部分與顯示代表第二疾病的特異性基因表達(dá)的第以來源的樣品部分相結(jié)合。
5. 根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，包括從數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中推導(dǎo)結(jié)合的數(shù)據(jù)，所述結(jié)合的數(shù)據(jù) 包括顯示代表第一疾病的特異性基因表達(dá)的第一來源樣品部分和顯示代表第二疾病的特 異性基因表達(dá)的第一來源樣品部分。
6. 根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，進(jìn)一步包括將顯示分別代表第一和第二疾病的特異性 基因表達(dá)的第一來源樣品部分與第二來源的樣品部分相結(jié)合，所述第二來源的樣品部分顯 示與第一或第二疾病有關(guān)的特異性基因表達(dá)。
7. 根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，進(jìn)一步包括從數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中推導(dǎo)結(jié)合的數(shù)據(jù)，所述結(jié)合 的數(shù)據(jù)包括顯示代表第一疾病的特異性基因表達(dá)的第一來源樣品部分；顯示代表第二疾病 的特異性基因表達(dá)的第一來源樣品部分；顯示與第一或第二疾病有關(guān)的特異性基因表達(dá)的 第二來源的樣品部分。
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9
10. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，進(jìn)一步包括將顯示代表第一疾病的特異性基因表達(dá) 的第一來源樣品部分和與第一疾病有關(guān)的治療方法相結(jié)合。
11. 根據(jù)權(quán)利要求io所述的方法，進(jìn)一步包括從數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中推導(dǎo)結(jié)合的數(shù)據(jù)，所述結(jié)合的數(shù)據(jù)包括將顯示代表第一疾病的特異性基因表達(dá)的第一來源樣品部分和與第一疾病 有關(guān)的治療方法相結(jié)合。
12. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，進(jìn)一步包括將顯示代表第一疾病的特異性基因表達(dá) 的第一來源樣品部分和與一種特異性多形性相結(jié)合。
13. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法，進(jìn)一步包括從數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)中推導(dǎo)結(jié)合的數(shù)據(jù)，所述結(jié) 合的數(shù)據(jù)包括將顯示代表第一疾病的特異性基因表達(dá)的第一來源樣品部分和與一種特異 性多形性相結(jié)合。
14. 一種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，包括固定在有形媒介物上的第一數(shù)據(jù)組，可以操作用來存儲來自 特異性來源的遺傳物質(zhì)中分離的基因表達(dá)，所述基因表達(dá)與第一疾病有關(guān)；固定在有形媒 介物上的第二數(shù)據(jù)組，可以造作用來存儲來源的識別并與第一有形數(shù)據(jù)組有關(guān)；固定在有 形媒介物上的第三數(shù)據(jù)組，可以操作用來存儲至少一種其他的關(guān)于第二疾病的結(jié)合，所述 第二疾病與第二基因表達(dá)有關(guān)。
15. 根據(jù)權(quán)利要求14所述的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，進(jìn)一步包括一種固定在有形媒介物上的第四數(shù) 據(jù)組，可以操作用來存貯與第一疾病有關(guān)的特異性試驗的識別方法。
16. 根據(jù)權(quán)利要求15所述的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，進(jìn)一步包括一種固定在有形媒介物上的第五數(shù)據(jù)組，可以操作用來存儲于第一疾病和第一基因表達(dá)有關(guān)的表達(dá)速率。
17. 根據(jù)權(quán)利要求16所述的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，進(jìn)一步包括一種固定在有形媒介物上的第六數(shù) 據(jù)組，可以操作用來存儲于第一疾病和與第一基因表達(dá)有關(guān)的討論。
18. —種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)閱讀裝置，包括一種微陣列站可以操作用來觀察微陣列，所述微陣列 包括大量的存儲孔，適用于儲存遺傳物質(zhì)樣品；每行適用于與遺傳物質(zhì)樣品雜交從而識別 一種獨特的基因表達(dá)；每欄適用于含有一種樣品，在欄中的每一行含有的每種樣品與單一 的遺傳物質(zhì)來源有關(guān)；一種分析裝置，可以操作用來分析至少一種微陣列的圖形；和一種 記錄裝置，可以操作用來傳遞分析報告。
19. 根據(jù)權(quán)利要求18所述的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)閱讀裝置，進(jìn)一步包括一種計算機(jī)系統(tǒng)接觸面， 從而在顯示器上顯示記錄的分析結(jié)果并存儲將其于電腦可讀媒介物中。
20. 根據(jù)權(quán)利要求18所述的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)閱讀裝置，其中所述分析裝置進(jìn)一步包括一種電 子微陣列評價儀，所述電子微陣列評價儀可以操作用來從一系列從微陣列500中發(fā)送出來 或者接收到的電脈沖中確定基因表達(dá)方式。
全文摘要
具有廣泛基礎(chǔ)的疾病結(jié)合的基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物檢測和數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。用于研究這種獨特試驗的疾病包括一類常用遺傳序列，在經(jīng)過同行評議的文獻(xiàn)中這種序列與多種已知疾病有關(guān)，例如，愛迪生氏病、貧血、哮喘、動脈粥樣硬化、孤獨癥、乳腺癌、雌激素新陳代謝、巴塞多病(Grave′s disease)、激素代替治療、主要組織相容性復(fù)合體(MHC)基因、存活力、狼瘡、多發(fā)性硬化、肥胖、關(guān)節(jié)變性病、前列腺癌、和2型糖尿病。可以從第三方獲得的臨床樣品來發(fā)展基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫。通過分析按規(guī)格改制的微陣列試驗服務(wù)可以促進(jìn)對醫(yī)生和病人進(jìn)行實時表型/基因型結(jié)合試驗的在線訪問。
文檔編號C12Q1/68GK101743320SQ200780053485
公開日2010年6月16日 申請日期2007年6月1日 優(yōu)先權(quán)日2007年4月24日
發(fā)明者D·I·斯波勒斯 申請人:伊維什遺傳診斷公司