專利名稱：在癌癥患者中診斷性使用的方法和組合物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及對于監(jiān)測用抗血管發(fā)生療法治療的癌癥患者和預(yù)測臨床結(jié)果有用的 方法和組合物。
背景技術(shù)：
癌癥是對人類健康的最致命威脅之一。僅在美國，癌癥每年影響近130萬新患者， 而且是位于心血管疾病之后的第二位死因，占4例死亡中的大約1例。實體瘤對大多數(shù)那 些死亡負有責任。雖然某些癌癥的醫(yī)學(xué)治療中已經(jīng)取得了重大進步，但是所有癌癥的總體 5年存活率在最近20年里只改進了約10%。癌癥(或稱作惡性腫瘤)以不受控制的方式 快速生長和轉(zhuǎn)移，使得及時檢測和處理極端困難。根據(jù)癌癥類型，患者通常有數(shù)個治療選項可用，包括化療、輻射和基于抗體的藥 物。對于預(yù)測不同治療方案的臨床結(jié)果有用的診斷方法會大大有利于這些患者的臨床管 理。數(shù)項研究探索了基因表達與特定癌癥類型的鑒定(例如通過突變特異性測定法、微陣 列分析、qPCR、等)的關(guān)聯(lián)。此類方法對于患者所呈現(xiàn)的癌癥的鑒定和歸類可能是有用的。 然而，關(guān)于基因表達對臨床結(jié)果的預(yù)測或預(yù)后價值所知道的要少得多。如此，需要客觀的、可再現(xiàn)的方法來預(yù)測癌癥患者的治療結(jié)果(諸如無進展存活) 或監(jiān)測此類治療的進展并由此為每位患者選擇最佳的治療方案。發(fā)明概述本發(fā)明的方法可以在多種設(shè)置中利用，包括例如幫助治療癌癥患者的方法或藥物 開發(fā)過程期間的患者選擇、預(yù)測用特定治療方案治療患者個體時成功的可能性；評估疾病 進展；監(jiān)測治療功效；為患者個體確定預(yù)后及評估個體受益于特定抗癌療法的傾向。本發(fā)明部分基于如下的發(fā)現(xiàn)，即患有癌癥的患者中某些生物標志物的表達水平 與單獨的抗血管發(fā)生療法的臨床好處降低有關(guān)。因而，在一個方面，本發(fā)明提供了一種 鑒定會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法的癌癥患 者的方法，包括檢測自患者獲得的樣品中表1所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水 平的步驟，其中所述樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達與參照樣品相比升高 指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法 (anti-cancertherapy other than or in addition to anti-angiogenic therapy)0 ^ 一個實施方案中，所述來自患者的樣品是在抗血管發(fā)生療法之前或開始時獲得的。在另一個方面，本發(fā)明提供了一種預(yù)測癌癥患者對抗血管發(fā)生療法的響應(yīng)性的方 法，包括測定自患者獲得的樣品中表1所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平，其中 所述樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與參照樣品相比升高指示所述患 者不太可能響應(yīng)單獨的抗血管發(fā)生療法。在一個實施方案中，所述來自患者的樣品是在抗血管發(fā)生療法之前或開始時獲得的。本發(fā)明還提供了一種治療癌癥患者的方法，包括給所述患者施用不同于抗血管發(fā) 生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法，其中自所述患者獲得的樣品與參照樣品相 比顯示表1所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平升高。在一個實施方案中，所述來 自患者的樣品是在抗血管發(fā)生療法之前或開始時獲得的。在又一個方面，本發(fā)明提供了一種為癌癥患者制備個性化基因組學(xué)序型 (personalized genomics profile)的方法，包括測定自患者獲得的樣品中表1所列一種或 多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平，比較所述表達水平與參照樣品中相應(yīng)基因或基因產(chǎn)物的 表達水平，并創(chuàng)建總結(jié)自此類分析獲得的數(shù)據(jù)的報告，其中所述報告包括為所述患者預(yù)測 單獨的抗血管發(fā)生療法的臨床好處的可能性，其中自所述患者獲得的樣品中所述一種或多 種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與所述參照樣品中的表達水平相比升高指示不同于抗血管 發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法的臨床好處的可能性升高。在一個實施方 案中，所述來自患者的樣品是在抗血管發(fā)生療法之前或開始時獲得的。臨床好處可以通過評估各種終點來測量，例如一定程度地抑制疾病進展，包括減 緩和完全阻滯；減少疾病發(fā)作和/或癥狀的數(shù)目；縮小損害尺寸；抑制(即減輕、減緩或完 全終止)疾病細胞浸潤入臨近周圍器官和/或組織；抑制(即減輕、減緩或完全終止)疾病 擴散；減輕自身免疫應(yīng)答，其可以但非必然導(dǎo)致疾病損害的消退或消融；一定程度地減輕 與病癥有關(guān)的一種或多種癥狀；治療后無疾病呈現(xiàn)(例如無進展存活)的長度延長；總體 存活延長；響應(yīng)率升高；和/或治療后給定時間點的死亡率降低。還提供了包括陣列的試劑盒，所述陣列包含能夠特異性雜交表1所列一種或多種 基因的多核苷酸，其中所述試劑盒進一步包括使用所述陣列來預(yù)測對單獨的抗血管發(fā)生療 法的響應(yīng)性的指令，其中所述一種或多種基因的表達與參照樣品中相應(yīng)基因的表達水平相 比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌 療法。本發(fā)明還提供了能夠檢測表1所列兩種或更多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平的 化合物套組(set of compound)，其中使用所述化合物套組測定得出，自癌癥患者獲得的樣 品中所述兩種或更多種基因或基因產(chǎn)物的表達與參照樣品相比升高指示所述患者會受益 于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。在一個實施方案中，所 述化合物套組能夠檢測表1所列所有基因或基因產(chǎn)物的表達水平。所述化合物套組可以是 例如多核苷酸或蛋白質(zhì)。在一個實施方案中，所述來自患者的樣品是在抗血管發(fā)生療法之 前或開始時獲得的。本發(fā)明還部分基于對于監(jiān)測抗血管發(fā)生療法治療進展有用的生物標志物的鑒定。 如此，本發(fā)明提供了一種監(jiān)測正在用抗血管發(fā)生療法治療的癌癥患者中的治療進展的方 法，包括測定第一次腫瘤評估時自患者獲得的樣品中表2所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物 的表達水平的步驟，其中第一次腫瘤評估時所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與 在抗血管發(fā)生療法之前或開始時自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn) 物的表達水平相比升高指示所述患者傾向于對單獨的抗血管發(fā)生療法的臨床好處降低。在另一個方面，本發(fā)明提供了一種鑒定會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗 血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法的癌癥患者的方法，包括測定第一次腫瘤評估時自患者獲得的樣品中表2所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平，其中第一次腫瘤評估時所述一 種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達與在治療之前或開始時自所述患者獲得的樣品中所述一 種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平相比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生 療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。在又一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種治療癌癥患者的方法，包括給所述患者 施用不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法，其中自所述患者獲得 的樣品顯示第一次腫瘤評估時表2所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與在抗血 管發(fā)生療法之前或開始時自所述患者獲得的樣品相比升高。還提供了包括陣列的試劑盒，所述陣列包含能夠特異性雜交表2所列一種或多種 基因的多核苷酸，其中所述試劑盒進一步包括使用所述陣列來檢測對單獨的抗血管發(fā)生療 法的響應(yīng)性的指令，其中第一次腫瘤評估時所述一種或多種基因的表達與在治療之前或開 始時所述一種或多種基因的表達水平相比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生 療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。本發(fā)明還提供了能夠檢測表2所列兩種或更多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平的 化合物套組，其中使用所述化合物套組測定得出，第一次腫瘤評估時自癌癥患者獲得的樣 品中所述兩種或更多種基因或基因產(chǎn)物的表達與在抗血管發(fā)生療法之前或開始時自所述 患者獲得的樣品相比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā) 生療法在內(nèi)的抗癌療法。在一個實施方案中，所述化合物套組能夠檢測表2所列所有基因 或基因產(chǎn)物的表達水平。所述化合物套組可以是例如多核苷酸或蛋白質(zhì)。在本發(fā)明的任何方法中，所述樣品可以是組織或細胞樣品或者是自血漿和/或血 清獲得的。在一些實施方案中，本發(fā)明的方法包括測定表1或2所列至少2、3、4、5、6、7、8、9、
10種或任何數(shù)目直至所有基因的表達水平。在一些實施方案中，所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平可以在核酸水 平、蛋白質(zhì)水平或者蛋白質(zhì)的分泌或表面表達水平測定。在本發(fā)明方法的一些實施方案中，所述癌癥是癌或癌瘤(carcinoma)、淋巴瘤 (lymphoma)、母細胞瘤(blastoma)、肉瘤(sarcoma)、和白血病(leukemia)。此類癌癥的 更具體例子包括鱗狀細胞癌、肺癌(包括小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺的腺癌、和肺的鱗 癌)、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌(包括胃腸癌)、胰腺癌、成膠質(zhì)細胞瘤、宮頸癌、卵巢癌、肝 癌、膀胱癌、肝肉瘤、乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)腸直腸癌、子宮內(nèi)膜癌或子宮癌、唾液腺癌、腎癌、肝 癌、前列腺癌、外陰癌、甲狀腺癌、肝癌和各種類型的頭頸癌，以及B細胞淋巴瘤(包括低級 /濾泡性非何杰金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴細胞性(SL)NHL ；中級/濾泡性NHL沖級彌漫 性NHL ；高級成免疫細胞性NHL ；高級成淋巴細胞性NHL ；高級小無核裂細胞性NHL ；貯積病 (bulky disease)NHL ；套細胞淋巴瘤；AIDS相關(guān)淋巴瘤；和瓦爾登斯特倫氏(Waldenstrom) 巨球蛋白血癥)；慢性淋巴細胞性白血病(CLL)；急性成淋巴細胞性白血病(ALL)；毛細 胞性白血?。宦猿伤杓毎园籽?；和移植后淋巴增殖性病癥(PTLD)，以及與瘢痣病 (Phakomatoses)JKW (諸如與腦瘤有關(guān)的)或梅格斯氏(Meigs)綜合征有關(guān)的異常血管 增殖。在一個實施方案中，所述癌癥是腎細胞癌。
本發(fā)明的方法可以與抗血管發(fā)生療法一起實施，所述抗血管發(fā)生療法包括施用抗 血管發(fā)生劑，諸如但不限于VEGF-A或VEGF-A受體(例如KDR受體或Flt-I受體)的抗體或 拮抗劑、抗PDGFR抑制劑諸如Gleevec (ImatinibMesylate)。抗血管發(fā)生劑還包括天然血 管發(fā)生抑制劑，例如血管他丁、內(nèi)皮他丁、等。參見例如Klagsbrun and D’Amore，Annu. Rev. Physiol. ,53 217-39 (1991) ；Streit and Detmar，Oncogene，22 :3172_3179 (2003)(例如 列舉惡性黑素瘤中的抗血管發(fā)生療法的表3) ；Ferrara & Alitalo，Nature Medicine5 1359-1364(1999) ；Tonini et al.，Oncogene, 22 6549-6556 (2003)(例如列舉已知的抗血 管發(fā)生因子的表2)；及Sato. Int. J. Clin. Oncol.，8 =200-206(2003)(例如列舉臨床試驗中 所使用的抗血管發(fā)生劑的表1)。在一些實施方案中，所述抗血管發(fā)生療法包括施用抗VEGF抗體。在一些實施方案 中，所述抗VEGF抗體是貝伐單抗(bevacizumab)。發(fā)明詳述除非另有說明，本發(fā)明的實施會采用分子生物學(xué)(包括重組技術(shù))、微生物學(xué)、 細胞生物學(xué)、生物化學(xué)、和免疫學(xué)的常規(guī)技術(shù)，這些都在本領(lǐng)域的技術(shù)范圍內(nèi)。此類技 術(shù)在文獻中有充分解釋，諸如"Molecular Cloning :ALaboratory Manual" , second edition(Sambrook et al. ,1989) ； " OligonucleotideSynthesis " (Μ. J. Gait, ed. ,1984) ； “ Animal Cell Culture “ (R. I. Freshney, ed. ,1987) ； “ Methods in Enzymology " (Academic Press, Inc.) ； " Current Protocols inMolecular Biology " (F. M. Ausubel et al. , eds. ,1987, and periodic updates) ； " PCR :The Polymerase Chain Reaction" (Mullis et al. , eds. ,1994)。除非另有定義，本文中所使用的技術(shù)和科學(xué)術(shù)語與本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人 員通常的理解具有相同的含義。以下文獻為本領(lǐng)域技術(shù)人員提供了本申請中所使用的許 多術(shù)語的一般性指導(dǎo):Singleton et al. , Dictionary ofMicrobiology and Molecular Biology 2nd ed. , J. Wiley & Sons (New York, N. Y. 1994),及 March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms andStructure 4th ed. , John Wiley & Sons(New York, N. Y. 1992)。通過述及完整收錄本文中所引用的所有參考文獻(包括專利申請和出版物)。I.定義術(shù)語“陣列”或“微陣列”在用于本文時指可雜交陣列元素，優(yōu)選多核苷酸探針(例 如寡核苷酸)在基片上的有序排列。基片可以是固體基片(諸如玻璃載玻片)或半固體基 片(諸如硝酸纖維素膜)。核苷酸序列可以是DNA、RNA、或其任意排列。“靶序列”、“靶核酸”或“靶蛋白質(zhì)”在用于本文時指想要檢測的感興趣的多核苷酸 或蛋白質(zhì)。一般而言，“模板”在用于本文時指包含靶核苷酸序列的多核苷酸。在有些情況 中，術(shù)語“靶序列”、“模板DNA”、“模板多核苷酸”、“靶核酸”、“靶多核苷酸”、及其變異可互換 使用?！皵U增”在用于本文時一般指生成多拷貝的所需序列的過程?！岸嗫截悺敝钢辽?個 拷貝?！翱截悺辈槐刂概c模板序列有完美的序列互補性或同一性。例如，拷貝可包括諸如脫 氧肌苷的核苷酸類似物、故意引入的序列改變(諸如通過包含能與模板雜交但不互補的序 列的引物而引入的序列改變)、和/或在擴增過程中發(fā)生的序列錯誤。
若基因、基因產(chǎn)物例如蛋白質(zhì)或生物標志物在第一樣品中的表達水平/量大于該 基因、基因產(chǎn)物例如蛋白質(zhì)或生物標志物在第二樣品中的表達水平/量，則該基因、蛋白質(zhì) 或生物標志物在第一樣品中的表達/量與第二樣品中的表達/量相比升高。表達水平/量 可以基于本領(lǐng)域已知的任何合適標準來測定，包括但不限于mRNA、cDNA、蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)片 段和/或基因拷貝。表達水平/量可以定性和/或定量測定。在一個實施方案中，基因、基 因產(chǎn)物例如蛋白質(zhì)或生物標志物在第一樣品中的表達水平/量的升高是相應(yīng)基因、基因產(chǎn) 物例如蛋白質(zhì)或生物標志物在第二樣品中的表達水平/量的至少約1. 5倍、1. 75倍、2倍、 3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、25倍、50倍、75倍、或100倍。在一個實施方案 中，將樣品關(guān)于所測定的RNA或蛋白質(zhì)的量的差異和所使用的RNA或蛋白質(zhì)樣品的質(zhì)量的 變異性二者標準化。此類標準化可以通過測量和引入某些標準化基因(包括公知的持家基 因，諸如GAPDH)的表達來實現(xiàn)?；蛘?，標準化可基于所有所測定基因或其大子集的均值或 中值信號(整體標準化辦法)。以逐個基因為基礎(chǔ)，將患者腫瘤mRNA或蛋白質(zhì)的測量標準 化量與參照集中找到的量比較?？梢詫⒚课换颊叩拿糠轀y試腫瘤的每種mRNA或蛋白質(zhì)的 標準化表達水平表述成相對于在參照集中測量得出的表達水平的百分比。在要分析的特定 患者樣品中測量得出的表達水平會落在此范圍內(nèi)的一些百分點處，這可通過本領(lǐng)域公知方 法來測定?！皺z測”包括任何檢測手段，包括直接和間接檢測。術(shù)語“樣品”在用于本文時指獲得自或衍生自感興趣的受試者的組合物，其包含有 待例如根據(jù)物理、生化、化學(xué)和/或生理特點來表征和/或鑒定的細胞和/或其它分子實 體。此類樣品包括自患者獲得的組織或細胞樣品。樣品還可以是自血漿獲得?！岸嗪塑账帷被颉昂怂帷痹诒疚闹锌苫Q使用，指任何長度的核苷酸聚合物，包括DNA 和RNA。核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經(jīng)過修飾的核苷酸或堿基、和/或其類 似物，或者是可通過DNA或RNA聚合酶摻入聚合物的任何底物。多核苷酸可包含經(jīng)過修飾 的核苷酸，諸如甲基化核苷酸及其類似物。如果有的話，對核苷酸結(jié)構(gòu)的修飾可以在裝配聚 合物之前或之后進行。核苷酸序列可以由非核苷酸組分中斷。多核苷酸可以在聚合后進一 步修飾，諸如通過與標記用組分偶聯(lián)。其它類型的修飾包括例如“帽”，將一個或多個天然存 在的核苷酸用類似物替代，核苷酸間修飾諸如例如具有不帶電荷連接(例如膦酸甲酯、磷 酸三酯、磷酰胺酯(phosphoamidate)、氨基甲酸酯等)和具有帶電荷連接(例如硫代磷酸 酯、二硫代磷酸酯等)的修飾，含有懸垂模塊(pendant moiety)諸如例如蛋白質(zhì)(例如核 酸酶、毒素、抗體、信號肽、聚L-賴氨酸等)的修飾、具有嵌入劑(例如吖啶、補骨脂素等) 的修飾、含有螯合劑(例如金屬、放射性金屬、硼、氧化性金屬等)的修飾、含有烷化劑的修 飾、具有經(jīng)修飾連接(例如α端基異構(gòu)核酸(anomeric nucleicacid)等)的修飾、以及未 修飾形式的多核苷酸。另外，通常存在于糖類中的任何羥基可以用例如膦酸(phosphonate) 基團、磷酸(phosphate)基團替換，用標準保護基團保護，或活化以制備與別的核苷酸的別 的連接，或者可偶聯(lián)至固相支持物。5'和3'末端OH可磷酸化或者用胺或1-20個碳原子 的有機加帽基團模塊取代。其它羥基也可衍生成標準保護基團。多核苷酸還可含有本領(lǐng) 域普遍知道的核糖或脫氧核糖糖類的類似物形式，包括例如2'-氧-甲基、2'-氧-烯 丙基、2' _氟-或2'-疊氮-核糖，碳環(huán)糖類似物，α-端基異構(gòu)糖，差向異構(gòu)糖諸如阿 拉伯糖、木糖或來蘇糖、吡喃糖、呋喃糖、景天庚酮糖，無環(huán)類似物及脫堿基核苷類似物諸如甲基核糖核苷?？捎脗溥x連接基團替換一個或多個磷酸二酯連接。這些備選連接基團包 括但不限于以下實施方案，其中磷酸酯用P (O)S ( “硫代酸酯” (thioate)),P(S)S( “二硫 代酸酯”(dithioate))、(O)NR2( “酰胺酯”(amidate))、P(0)R、P(O)OR'、CO 或 CH2( “甲 縮醛”(formacetal))替代，其中R或R'各自獨立為H或者取代或未取代的烷基(1_20個 C)，任選含有醚(-0-)連接、芳基、烯基、環(huán)烷基、環(huán)烯基或芳烷基(araldyl)。并非多核苷酸 中的所有連接都必需是相同的。前述描述適用于本文中提及的所有多核苷酸，包括RNA和 DNA?！肮押塑账帷痹谟糜诒疚臅r一般指短的多核苷酸，一般是單鏈，一般是合成的，長度 一般但不是必需小于約200個核苷酸。術(shù)語“寡核苷酸”與“多核苷酸”并不互相排斥。上 文關(guān)于多核苷酸的描述同樣地且完全適用于寡核苷酸?！耙铩币话闶嵌痰膯捂湺嗪塑账?，一般具有游離的3' -OH基團，其通過與靶序列 雜交而結(jié)合目的樣品中潛在存在的靶，然后促進與靶互補的多核苷酸的聚合。術(shù)語“生物標志物”在用于本文時一般指其在哺乳動物組織或細胞中/上的表達 可以通過標準方法(或本文所披露的方法)來檢測且預(yù)測、診斷和/或預(yù)后哺乳動物組織 或細胞對基于抑制血管發(fā)生的治療方案(例如抗血管發(fā)生劑，諸如VEGF特異性抗體)的敏 感性的分子，包括基因、蛋白質(zhì)、碳水化合物結(jié)構(gòu)或糖脂。任選的是，此類生物標志物的表達 測定出高于在對照/參照組織或細胞樣品中所觀察到的。此類生物標志物的表達可使用高 通量多路免疫測定法來測定，諸如那些可購自Rules Based Medicine, Inc.或MesoScale Discovery的。生物標志物的表達還可使用例如PCR或FACS測定法、免疫組織化學(xué)測定法 或基于基因芯片的測定法來測定。“組織或細胞樣品”指從受試者或患者的組織得到的細胞的集合。組織或細胞樣品 的來源可以是實體組織，像來自新鮮的、冷凍的和/或保存的器官或組織樣品或活檢樣品 或穿刺樣品；血液或任何血液組分；體液，諸如腦脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、或 間隙液；來自受試者的妊娠或發(fā)育任何時間的細胞；或血漿。組織樣品還可以是原代的或 培養(yǎng)的細胞或細胞系。任選的是，組織或細胞樣品是從癌性組織/器官得到的。組織樣品 可能包含在自然界中天然不與組織混雜的化合物，諸如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、營 養(yǎng)物、抗生素、等等。為本發(fā)明目的，組織樣品的“切片”指一塊或一片組織樣品，例如從組 織樣品上切下來的一薄片組織或細胞?！瓣P(guān)聯(lián)”或“聯(lián)系”指以任何方式將第一分析或方案的性能和/或結(jié)果與第二分析 或方案的性能和/或結(jié)果進行比較。例如，可以將第一分析或方案的結(jié)果用于實施第二分 析或方案，和/或，可以使用第一分析或方案的結(jié)果來決定是否應(yīng)當實施第二分析或方案。 就基因表達分析或方案的實施方案而言，可以使用基因表達分析或方案的結(jié)果來決定是否 應(yīng)當實施特定治療方案。術(shù)語“標記物”在用于本文時指與試劑諸如核酸探針或抗體直接或間接偶聯(lián)或融 合，以便于檢測它所偶聯(lián)或融合的試劑的化合物或組合物。標記物可以是自身可檢測的 (例如放射性同位素標記物或熒光標記物)，或者在酶標記物的情況中，可催化可檢測的底 物化合物或組合物的化學(xué)改變。“天然序列”多肽包括與衍生自自然界的多肽具有相同氨基酸序列的多肽。如此， 天然序列多肽可以具有來自任何哺乳動物的天然存在多肽的氨基酸序列。此類天然序列多肽可以從自然界分離，或者可以通過重組或合成手段來生產(chǎn)。術(shù)語“天然序列”多肽明確涵 蓋該多肽的天然存在的截短或分泌形式(例如胞外結(jié)構(gòu)域序列)、天然存在的變體形式(例 如可變剪接形式)、及天然存在的等位變體。多肽“變體”意指與天然序列多肽具有至少約80%氨基酸序列同一性的生物學(xué)活 性多肽。此類變體包括例如在多肽的N-末端或C-末端添加或刪除一個或多個氨基酸殘基 的多肽。通常，變體與天然序列多肽將具有至少約80%的氨基酸序列同一性，更優(yōu)選的是， 至少約90%的氨基酸序列同一性，和甚至更優(yōu)選的是，至少約95%的氨基酸序列同一性?！翱寡馨l(fā)生劑”或“血管發(fā)生抑制劑”指或直接或間接抑制血管發(fā)生 (angiogenesis)、血管生成(vasculogenesis)、或不想要的血管通透性的小分子量物質(zhì)、 多核苷酸、多肽、分離的蛋白質(zhì)、重組蛋白、抗體、或其偶聯(lián)物或融合蛋白。應(yīng)當理解，抗血 管發(fā)生劑包括那些結(jié)合并阻斷血管發(fā)生因子或其受體的血管發(fā)生活性的藥劑。例如，抗 血管發(fā)生劑是上文定義的血管發(fā)生劑的抗體或其它拮抗劑，例如VEGF-A的抗體、VEGF-A 受體(例如KDR受體或Flt-I受體)的抗體、抗PDGFR抑制劑諸如Gleevec (Imatinib Mesylate) 0抗血管發(fā)生劑還包括天然血管發(fā)生抑制劑，例如血管他丁(angiostatin)、 內(nèi)皮他丁 (endostatin)等。參見例如 Klagsbrun and D' Amore, Annu. Rev. Physiol. 53 217-39(1991) ；Streit and Detmar，Oncogene 22 :3172_3179(2003)(例如列舉惡 性黑素瘤中抗血管發(fā)生療法的表3) ；Ferrara & Alitalo，Nature Medicine5 (12) 1359-1364(1999) ；Tonini 等，Oncogene 22 6549-6556 (2003)(例如列舉已知抗血管發(fā)生 因子的表2) ；Sato, Int. J. Clin. Oncol. 8 =200-206(2003)(例如列舉臨床試驗中所使用的 抗血管發(fā)生劑的表1)。術(shù)語“VEGF”或“VEGF-A”用于指165個氨基酸的人血管內(nèi)皮細胞生長因子及相關(guān) 的121個、189個和206個氨基酸的人血管內(nèi)皮細胞生長因子，如Leung et al. Science, 246 1306 (1989)；及 Houck et al. Mol. Endocrin.，5 1806 (1991)所述，及其天然存在等位 基因形式和加工形式。VEGF-A是包括VEGF-B、VEGF-C、VEGF-D、VEGF-E、VEGF-F和PlGF在內(nèi) 的基因家族的一部分。VEGF-A主要結(jié)合兩種高親和力受體酪氨酸激酶，即VEGFR-I (Flt-I) 和VEGFR-2(Flk-l/KDR)，后者是VEGF-A血管內(nèi)皮細胞有絲分裂信號的主要遞質(zhì)。另外， 神經(jīng)氈蛋白-1已經(jīng)被鑒定為肝素結(jié)合VEGF-A同種型(isoform)的受體，而且可在血管發(fā) 育中發(fā)揮作用。術(shù)語“VEGF”或“VEGF-A”還指來自非人物種諸如小鼠、大鼠或靈長類動物 的VEGF。有時，來自特定物種的VEGF表示如下，hVEGF表示人VEGF，mVEGF表示鼠VEGF。 術(shù)語“VEGF”還用于指包含165個氨基酸的人血管內(nèi)皮細胞生長因子的氨基酸第8-109 位或第1-109位的截短形式多肽或多肽片段。本申請中可能通過例如“VEGF(8-109)”、 "VEGF(1-109) ”或"VEGF165”來鑒別任何此類形式VEGF?！敖囟痰摹碧烊籚EGF的氨基酸位置 如天然VEGF序列中所示編號。例如，截短的天然VEGF中的第17位氨基酸(甲硫氨酸)也 是天然VEGF中的第17位(甲硫氨酸)。截短的天然VEGF具有與天然VEGF相當?shù)膶DR 和Flt-I受體的結(jié)合親和力。"VEGF生物學(xué)活性”包括對任何VEGF受體的結(jié)合或任何VEGF信號傳導(dǎo)活性，調(diào)節(jié) 諸如對正常的和異常的血管發(fā)生(angiogenesis)和脈管發(fā)生(vasculogenesis) (Ferrara 禾口 Davis-Smyth(1997)Endocrine Rev. 18 4~25 ；Ferrara(1999)J. Mol. Med. 77 527-543)； 促進胚胎脈管發(fā)生和血管發(fā)生(Carmeliet etal. (1996)Nature 380 435-439 ；Ferraraet al. (1996)Nature 380:439-442)；及調(diào)控雌性生殖道中的和為了骨生長和軟骨形成的 周期性血管增殖(Ferrara et al. (1998)Nature Med. 4 336-340 ；Gerber et al. (1999) Nature Med. 5 :623_628)。在作為血管發(fā)生和脈管發(fā)生中的血管發(fā)生因子之外，VEGF，作為 多效生長因子，在生理過程諸如內(nèi)皮細胞存活、血管通透性和血管舒張、單核細胞趨化性和 鈣內(nèi)流中展現(xiàn)出多種生物學(xué)效應(yīng)(Ferrara和Davis-Smyth (1997)，見上文；及Cebe-Suarez et al. Cell. Mol. Life Sci. 63 :601_615 (2006))。此外，最近的研究報道了 VEGF 對少數(shù)非 內(nèi)皮細胞類型諸如視網(wǎng)膜色素上皮細胞、胰導(dǎo)管細胞、和許旺(Schwann)細胞的促有絲分 裂效應(yīng)(Guerrin et al. (1995) J. CellPhysiol. 164 385-394 ；Oberg-ffelsh et al. (1997) Mol. Cell. Endocrinol. 126 :125_132 ；Sonde 11 et al. (1999)J. Neurosci. 19 :5731_5740)。"VEGF特異性拮抗劑”指能夠中和、阻斷、抑制、消除、降低或干擾VEGF活性(包 括其與一種或多種VEGF受體的結(jié)合)的分子(肽基或非肽基分子)。優(yōu)選的是，VEGF特 異性拮抗劑將VEGF的表達水平或生物學(xué)活性降低或抑制了至少10%、20%、30%、40%、 50%、60%、70%、80%、90%或更多。優(yōu)選的是，受到VEGF特異性拮抗劑抑制的VEGF是 VEGF (8-109)、VEGF (1-109)、或VEGF165。在本發(fā)明的方法中有用的VEGF特異性拮抗劑包括 特異性結(jié)合VEGF的肽基或非肽基化合物，諸如抗VEGF抗體及其抗原結(jié)合片段、特異性結(jié) 合VEGF的多肽或其片段、和特異性結(jié)合VEGF由此使其隔絕與一種或多種受體(例如可溶 性VEGF受體蛋白質(zhì)或其VEGF結(jié)合片段，或嵌合VEGF受體蛋白質(zhì))結(jié)合的受體分子及衍生 物、至少與編碼VEGF多肽的核酸分子的片段互補的反義核酸寡聚物；至少與編碼VEGF多肽 的核酸分子的片段互補的小RNA ；靶向VEGF的核酶；針對VEGF的肽體(ρ印tibodies)；及 VEGF適體?！翱筕EGF抗體”指以足夠親和力和特異性結(jié)合VEGF的抗體。所選擇的抗體通常 會具有足夠強的對VEGF的結(jié)合親和力，例如，該抗體可以以介于IOOnM-IpM之間的Kd值結(jié) 合hVEGF。抗體親和力可通過例如基于表面等離振子共振的測定法(諸如PCT申請公開文 本NO.W02005/012359中所記載的BIAcore測定法)；酶聯(lián)免疫吸附測定法(ELISA)；和競 爭測定法(例如RIA)來測定。優(yōu)選的是，本發(fā)明的抗VEGF抗體可用作治療劑，用于靶向 和干擾其中牽涉VEGF活性的疾病或疾患。還有，該抗體可進行其它生物學(xué)活性測定法，例 如為了評估其作為治療劑的效力。此類測定法是本領(lǐng)域已知的，而且取決于抗體的靶抗原 和預(yù)定用途。例子包括HUVEC抑制測定法(如下文實施例中所描述的)；腫瘤細胞生長抑 制測定法(如例如WO 89/06692中所記載的)；抗體依賴性細胞的細胞毒性(ADCC)和補 體介導(dǎo)的細胞毒性(CDC)測定法(美國專利5，500，362)；及激動活性或造血測定法(參 見TO 95/27062)?？筕EGF抗體通常不會結(jié)合其它VEGF同系物，諸如VEGF-B或VEGF-C， 也不會結(jié)合其它生長因子，諸如P1GF、PDGF或bFGF。優(yōu)選的抗VEGF抗體包括與雜交瘤 ATCC HB 10709 所生成的單克隆抗 VEGF 抗體 A4. 6. 1 ；依照 Presta etal. (1997)Cancer Res. 57 =4593-4599生成的重組人源化抗VEGF單克隆抗體結(jié)合相同表位的單克隆抗體，包 括但不限于稱作貝伐單抗(Bevacizumab，BV ；AVASTIN )的抗體。貝伐單抗包括突變的 人IgGl框架區(qū)和來自鼠抗hVEGF單克隆抗體A. 4. 6. 1 (其阻斷人VEGF對其受體的結(jié)合) 的抗原結(jié)合互補決定區(qū)。貝伐單抗大約93%的氨基酸序列，包括大部分框架區(qū)，衍生自人 IgGl，而大約7%的序列衍生自鼠抗體A4. 6. 1。貝伐單抗具有約149，000道爾頓的分子量， 而且是糖基化的。貝伐單抗和其它人源化抗VEGF抗體進一步記載于2005年2月26日公告的美國專利No. 6，884，879。別的優(yōu)選的抗體包括G6或B20系列抗體(例如，G6-31、 B20-4. 1) JBPCT申請公開文本No. W02005/012359中所記載的。關(guān)于別的優(yōu)選的抗體，參見 美國專禾Ij No. 7，060，269 ；6，582，959 ；6，703，020 ；6，054，297 ；W098/45332 ；WO 96/30046 ； W094/10202 ；EP0666868B1 ；美國專利申請公開文本 No. 2006009360,20050186208, 20030206899，20030190317，20030203409，和 20050112126 ；及 Popkov et al. , Journal of Immunological Methods 288:149-164(2004)。其它優(yōu)選的抗體包括那些結(jié)合人VEGF上 功能性表位的，所述功能性表位包含殘基F17、M18、D19、Y21、Y25、Q89、191、K101、E103、和 C104 或者包含殘基 F17、Y21、Q22、Y25、D63、183 和 Q89。術(shù)語“抗體”以最廣義使用，明確覆蓋單克隆抗體(包括全長單克隆抗體)、多克隆 抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體)、及抗體片段，只要它們展現(xiàn)出期望的生物學(xué)活 性?！白钄嘈浴笨贵w或抗體“拮抗劑”指抑制或降低其所結(jié)合的抗原的生物學(xué)活性的抗 體。例如，例如，VEGF特異性拮抗性抗體結(jié)合VEGF并抑制VEGF誘導(dǎo)血管內(nèi)皮細胞增殖的 能力。優(yōu)選的是，阻斷性抗體或拮抗性抗體完全抑制抗原的生物學(xué)活性。除非另有說明，表述“多價抗體”貫穿本說明書用于指包含三個或更多抗原結(jié)合位 點的抗體。多價抗體優(yōu)選改造成具有三個或更多抗原結(jié)合位點，而且一般不是天然序列IgM 或IgA抗體?！癋v”片段是包含完整抗原識別和結(jié)合位點的抗體片段。該區(qū)域由緊密結(jié)合(該結(jié) 合的本質(zhì)可以是共價的，例如在scFv中)的一個重鏈可變域和一個輕鏈可變域的二聚體組 成。正是在這種構(gòu)造中，每個可變域的三個⑶R相互作用而在二聚體表面上限定了抗 原結(jié)合位點。六個CDR或其子集一起賦予抗體以抗原結(jié)合特異性。然而，即使是單個可變 域(或是只包含對抗原特異性的三個CDR的半個Fv)也具有識別和結(jié)合抗原的能力，只是 通常親和力低于完整結(jié)合位點。術(shù)語“單克隆抗體”在用于本文時指從一群基本上同質(zhì)的抗體獲得的抗體，即構(gòu)成 群體的各個抗體相同，除了可能以極小量存在的可能的天然存在突變形式外。單克隆抗體 是高度特異性的，針對單一抗原性位點。此外，與典型的包含針對不同決定簇(表位)的不 同抗體的常規(guī)(多克隆)抗體制備物不同，每種單克隆抗體針對抗原上的單一決定簇。修 飾語“單克隆”指示抗體從基本上同質(zhì)的抗體群獲得的特征，不應(yīng)解釋為要求通過任何特定 方法來生成抗體。例如，有待依照本發(fā)明使用的單克隆抗體可以通過首次由Kohler etal.， Nature 256:495(1975)記載的雜交瘤方法來制備，或者可以通過重組DNA方法來制備(參 見例如美國專利No. 4，816，567)?！皢慰寺】贵w”也可以使用例如Clackson et al. ,Nature 352 624-628(1991)及Marks et al.，J. Mol. Biol. 222 :581_597 (1991)中記載的技術(shù)從噬 菌體抗體庫分離。單克隆抗體在本文中明確包括“嵌合”抗體(免疫球蛋白)，其中重鏈和/或輕鏈的 一部分與衍生自特定物種或?qū)儆谔囟贵w類別或亞類的抗體中的相應(yīng)序列相同或同源，而 鏈的剩余部分與衍生自另一物種或?qū)儆诹硪豢贵w類別或亞類的抗體中的相應(yīng)序列相同或 同源，以及此類抗體的片段，只要它們展現(xiàn)出期望的生物學(xué)活性(美國專利No. 4，816，567 ； Morrison 等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81 :6851_6855) (1984)。非人(例如鼠)抗體的“人源化”形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋白的序列的嵌合抗體。在極大程度上，人源化抗體指人免疫球蛋白(受體抗體)中的高變區(qū)殘 基用具有期望特異性、親和力和能力的非人物種(供體抗體)諸如小鼠、大鼠、兔或非人靈 長類的高變區(qū)殘基替換的免疫球蛋白。在有些情況中，將人免疫球蛋白的Fv框架區(qū)(FR) 殘基用相應(yīng)的非人殘基替換。此外，人源化抗體可包含在受體抗體或供體抗體中沒有發(fā)現(xiàn) 的殘基。進行這些修飾是為了進一步改進抗體的性能。通常，人源化抗體包含至少一個、通 常兩個基本上整個如下可變區(qū)，其中所有或基本上所有高變環(huán)對應(yīng)于非人免疫球蛋白的高 變環(huán)，且所有或基本上所有FR區(qū)是人免疫球蛋白序列的FR。人源化抗體任選還包含至少部 分免疫球蛋白恒定區(qū)(Fe)，通常是人免疫球蛋白的恒定區(qū)。更多細節(jié)參見Jones et al., Nature 321:522-525(1986) ；Riechmannet al., Nature 332:323-329(1988) ；Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2 :593_596 (1992)?！叭丝贵w”指擁有與由人生成的抗體的氨基酸序列對應(yīng)的氨基酸序列和/或使用 本文所公開的用于生成人抗體的任何技術(shù)生成的抗體。人抗體的這種定義明確排除包含 非人抗原結(jié)合殘基的人源化抗體。人抗體可使用本領(lǐng)域已知的多種技術(shù)來生成。在一個 實施方案中，人抗體是從噬菌體文庫選擇的，該噬菌體文庫表達人抗體(Vaughan et al., Nature Biotechnology 14:309-314(1996) ；Sheets et al. , Proc. Natl. Acad. Sci. 95 6157-6162(1998) ；Hoogenboomand Winter, J.Mol. Biol. 227 381 (1991) ；Marks et al.， J. Mol. Biol. 222 :581 (1991))。人抗體還可通過將人免疫球蛋白基因座導(dǎo)入內(nèi)源免疫球 蛋白基因已經(jīng)部分或完全滅活的轉(zhuǎn)基因動物(例如小鼠)來生成。在受到攻擊時，觀察 到人抗體生成，它在所有方面與在人體中看到的極其相似，包括基因重排、裝配和抗體全 集。這種方法記載于例如美國專利 No. 5，545, 807 ；5, 545, 806 ；5, 569, 825 ；5, 625，126 ； 5, 633, 425 ；5，661，016，及以下科學(xué)出版物Marks et al.，Bio/Technology 10 779-783(1992) ；Lonberg et al. , Nature 368:856-859(1994) ；Morrison, Nature 368 812-13(1994) ；Fishwild et al. , Nature BiotechnologyH 845-51 (1996) ；Neuberger, Nature Biotechnology 14:826(1996) ；Lonberg andHuszar, Intern. Rev. Immunol. 13 65-93(1995)?；蛘?，人抗體可通過生成針對靶抗原的抗體的人B淋巴細胞的永生化來 制備(此類B淋巴細胞可從個體回收，或者可在體外免疫)。參見例如Cole et al., Monoclonal Antibodies andCancer Therapy,Alan R. Liss,p. 77(1985) ；Boerner et al., J. Immunol. 147(1) :86_95(1991)；及美國專利 No. 5，750，373?！胺蛛x的”多肽或“分離的”抗體指已經(jīng)鑒定且與/由其天然環(huán)境的一種成分分開和 /或回收的。多肽或抗體的天然環(huán)境的污染性成分指將會干擾其診斷或治療用途的物質(zhì)，可 包括酶、激素、和其它蛋白質(zhì)性質(zhì)或非蛋白質(zhì)性質(zhì)的溶質(zhì)。在優(yōu)選的實施方案中，將多肽或 抗體純化至(1)根據(jù)Lowry法的測定，多肽或抗體重量超過95%且最優(yōu)選重量超過99%， (2)足以通過使用轉(zhuǎn)杯式測序儀獲得至少15個殘基的N-末端或內(nèi)部氨基酸序列的程度， 或(3)根據(jù)使用考馬斯藍或優(yōu)選的銀染色的還原性或非還原性條件下的SDS-PAGE，達到同 質(zhì)。既然多肽的天然環(huán)境的至少一種成分不會存在，那么分離的多肽或抗體包括重組細胞 內(nèi)的原位多肽或抗體。然而，分離的多肽或抗體通常通過至少一個純化步驟來制備。在用于本文時，“治療”或“處理”指試圖改變所治療個體或細胞的自然進程的臨床 干預(yù)，可以是為了預(yù)防或在臨床病理學(xué)的進程中進行。治療的期望效果包括預(yù)防疾病的發(fā) 生或復(fù)發(fā)、緩解癥狀、削弱疾病的任何直接或間接病理學(xué)后果、減緩疾病進展的速率、改善或減輕疾病狀態(tài)、及免除或改善預(yù)后。在有些實施方案中，本發(fā)明的方法和組合物可用于試 圖延遲疾病或病癥的發(fā)生/發(fā)展?！坝行Я俊敝冈诒匦璧膭┝亢蜁r間上有效實現(xiàn)期望的治療或預(yù)防效果的量。治療劑 的“治療有效量”可根據(jù)諸如個體的疾病狀態(tài)、年齡、性別和體重及該抗體在個體中引發(fā)期 望應(yīng)答的能力等因素而變化。治療有效量還指該治療劑的治療有益效果勝過任何有毒或有 害后果的量?！邦A(yù)防有效量”指在必需的劑量和時間上有效實現(xiàn)期望的預(yù)防效果的量。通常 而非必然，由于預(yù)防劑量是在疾病發(fā)作之前或在疾病的早期用于受試者的，因此預(yù)防有效 量低于治療有效量。在癌變前、良性、早期或晚期腫瘤的情況中，血管發(fā)生抑制劑的治療有 效量可減少癌細胞數(shù)；縮小原發(fā)性腫瘤尺寸；抑制(即一定程度的減緩，優(yōu)選停止)癌細胞 浸潤到周圍器官中；抑制(即一定程度的減緩，優(yōu)選停止)腫瘤轉(zhuǎn)移；一定程度的抑制腫瘤 生長；和/或一定程度的減輕與病癥有關(guān)的一種或多種癥狀。就藥物可預(yù)防癌細胞生長和 /或殺死現(xiàn)有癌細胞的程度而言，它可以是抑制細胞的和/或毒害細胞的。對于癌癥療法， 體內(nèi)功效可以通過例如評估存活持續(xù)時間、距疾病進展的時間(TTP)、響應(yīng)率(RR)、響應(yīng)持 續(xù)時間、和/或生活質(zhì)量來測量。“無進展存活短”指第一次腫瘤評估時的進展。根據(jù)癌癥或腫瘤的類型，第一次腫 瘤評估的時間發(fā)生于治療啟動后約4、3、2或1個月。第一次腫瘤評估的時間取決于特定 疾病進展有多快。在一個實施方案中，腎癌的第一次腫瘤評估的時間是抗癌療法開始后56 天。術(shù)語“癌癥”和“癌性”指或描述哺乳動物中特征通常為細胞生長不受調(diào)控的生 理疾患。此定義中包括良性和惡性癌癥。癌癥的例子包括但不限于癌、淋巴瘤、母細胞瘤、 肉瘤、和白血病。此類癌癥的更具體例子包括鱗狀細胞癌、肺癌(包括小細胞肺癌、非小細 胞肺癌、肺的腺癌、和肺的鱗癌)、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌(gastric or stomach cancer) (包括胃腸癌)、胰腺癌、成膠質(zhì)細胞瘤、宮頸癌、卵巢癌、肝癌(liver cancer or hepatic carcinoma)、膀胱癌、肝瘤(hepatoma)、乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)腸直腸癌、子宮內(nèi)膜癌或子宮癌、 唾液腺癌、腎癌(kidney or renal cancer)、前列腺癌、外陰癌、甲狀腺癌、及各種類型的頭 和頸癌，以及B細胞淋巴瘤(包括低級/濾泡性非何杰金氏淋巴瘤(NHL)、小淋巴細胞性 (SL)NHL、中級/濾泡性NHL、中級彌漫性NHL、高級成免疫細胞性NHL、高級成淋巴細胞性 NHL、高級小無核裂細胞性NHL、貯積病(bulky disease) NHL、套細胞淋巴瘤、AIDS相關(guān)淋巴 瘤、和瓦爾登斯特倫氏(Waldenstrom)巨球蛋白血癥)、慢性淋巴細胞性白血病(CLL)、急 性成淋巴細胞性白血病(ALL)、毛細胞性白血病、慢性成髓細胞性白血病、和移植后淋巴增 殖性病癥(PTLD)、以及與瘢痣病(Phakomatoses)JKW (諸如與腦瘤有關(guān)的)和梅格斯氏 (Meigs)綜合征有關(guān)的異常血管增殖。“受試者”或“患者”指哺乳動物，包括但不限于人和非人哺乳動物，諸如牛、馬、犬、 綿羊、或貓。優(yōu)選的是，受試者或患者是人。術(shù)語“抗癌療法”指在治療癌癥中有用的療法?？拱┲委焺┑睦影ǖ?限于例如化療劑、生長抑制劑、細胞毒劑、放射療法中所使用的藥劑、抗血管發(fā)生劑、 凋亡劑、抗微管蛋白劑、和其它治療癌癥的藥劑，諸如抗HER-2抗體、抗CD20抗體、表 皮生長因子受體(EGFR)拮抗劑(例如酪氨酸激酶抑制劑)、HER1/EGFR抑制劑(例 如erlotinib (Tarceva ))、血小板衍生生長因子抑制劑(例如Gleevec (ImatinibMesylate))、⑶X_2抑制劑(例如celecoxib)、干擾素、細胞因子、結(jié)合一種或多種以下靶物 的拮抗劑(例如中和性抗體):ErbB2、ErbB3、ErbB4、PDGFR- β、BlyS、APRIL、BCMA 或 VEGF 受體、TRAIL/Apo2、和其它生物活性和有機化學(xué)劑，等。本發(fā)明還包括它們的組合。術(shù)語“抗血管發(fā)生療法”指對于抑制血管發(fā)生有用的療法，其包括施用抗血管發(fā)生 劑。術(shù)語“細胞毒劑”在用于本文時指抑制或阻止細胞功能和/或引起細胞破壞的物 質(zhì)。該術(shù)語意圖包括放射性同位素(例如I131、I125、Y90和Re186)、化療劑、和毒素諸如細菌、 真菌、植物或動物起源的酶活毒素或其片段?！盎焺敝缚捎糜谥委煱┌Y的化學(xué)化合物?；焺┑睦影捎糜谥委煱┌Y的 化學(xué)化合物?；焺┑睦影ㄍ榛瘎╊?alkylating agents)，諸如塞替派(thiotepa) 和 CYTOXAN 環(huán)磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯類(alkyl sulfonates)，諸 如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶類 (aziridines)，i者如苯佐替派(benzodepa)、卡波酉昆(carboquone)、美妥替派(meturedepa) 和烏瑞替派(ured印a)；乙撐亞胺類(ethylenimines)和甲基蜜胺類(methylamelamines)， 包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙撐蜜胺(triethylenemelamine)、三乙撐磷酰胺 (triethylenephosphoramide)、三乙撐硫代憐酉先胺(triethylenethiophosphoramide) 和三羥甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝內(nèi)酯類(acetogenins)(尤其是布拉他 Φ (bullatacin)禾口 ^fJ ii (bullatacinone)) ； ^ W M (camptothecin) ( ^ ^ 成類似物托泊替康(topotecan))；苔蘚抑素(bryostatin) ；callystatin ;CC_1065 (包 括其阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)和比折來新(bizelesin)合 成類似物)；隱藻素類(cryptophycinsM特別是隱藻素1和隱藻素8)；多拉司他 汀(dolastatin) ；duocarmycin (包括合成類似物，KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素 (eleutherobin) ；pancratistatin ；sarcodictyn ； 'M ^ M (spongistatin)；氣芥類 (nitrogen mustards)，諸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、膽 磷酰胺(cholophosphamide)、雌莫司汀(estramustine)、異環(huán)磷酰胺(ifosfamide)、雙氯 乙基甲胺(mechlorethamine)、鹽酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride) > 美法侖(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯芥膽甾醇(phenesterine)、潑尼莫 司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)、尿啼唆氮芥(uracil mustard)；亞 硝脲類(nitrosoureas),諸如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、 福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(Iomustine)、尼莫司汀(nimustine)禾口雷莫司 汀(ranimustine)；抗生素類，諸如烯二炔類抗生素(enediyne)(例如加利車霉素 (calicheamicin)，尤其是加利車霉素YlI和加利車霉素ω Il (參見例如Agnew(1994) Chem. Intl. Ed. Engl. 33 183-186)；蒽環(huán)類抗生素(dynemicin)，包括 dynemicin A ；二膦 酸鹽類(bisphosphonates)，諸如氯膦酸鹽(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)； 以及新制癌素(neocarzinostatin)發(fā)色團和相關(guān)色蛋白烯二炔類抗生素發(fā)色團)、阿 克拉霉素(aclacinomycin)、方文線菌素(actinomycin)、氨茴霉素(anthramycin)、偶氮 絲氨酸(azaserine)、博來霉素(bleomycin)、放線菌素 C (cactinomycin)、carabicin、 洋紅霉素(carminomycin)、嗜癌霉素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放線 菌素 D (dactinomycin)、柔紅霄素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6_ 二氮-5-氧-L-正亮氨酸、ADRIAMYCIN 多柔比星(doxorubicin)(包括嗎啉代多柔比星、氰 基嗎啉代多柔比星、2-吡咯代多柔比星和脫氧多柔比星)、表柔比星(印irubicin)、依索 比星(esorubicin)、伊達比星(idarubicin)、麻西羅霉素(marcellomycin)、絲裂霉素類 (mitomycins)諸如絲裂霉素 C、霉酚酸(mycophenolic acid)、諾拉霉素(nogalamycin)、 橄欖霉素(olivomycin)、培洛霉素(ρ印lomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤 霉素(puromycin)、三鐵阿霉素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑菌 素(streptonigrin)、鏈佐星(streptozocin)、殺結(jié)核菌素(tubercidin)、烏苯美司 (ubenimex)、凈司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代謝物類，諸如甲氨蝶呤 (methotrexate)和5_氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物，諸如二甲葉酸(denopterin)、甲氨 蝶呤(methotrexate)、蝶羅呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤類似物，諸 如氟達拉濱(fludarabine)、6_ 巰基嘌呤(mercaptopurine)、硫咪嘌呤(thiamiprine)、 硫鳥嘌呤(thioguanine)；嘧啶類似物，諸如安西他濱(ancitabine)、阿扎胞苷 (azacitidine)、6_ 氮尿苷(azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、 雙脫氧尿苷(dideoxyuridine)、去氧氟尿苷(doxifluridine)、依諾他濱(enocitabine)、 氟尿苷(floxuridine)；雄激素類，諸如卡魯睪酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮 (dromostanolone propionate)、表硫雄酉享(epitiostanol)、美雄燒(mepitiostane)、 睪內(nèi)酯(testolactone)；抗腎上腺類，諸如氨魯米特(aminoglutethimide)、米托坦 (mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如亞葉酸(folinic acid)；醋葡 醛內(nèi)酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸 (aminolevulinic acid)；恩尿啼唆(eniluracil)；安 口丫唆(amsacrine) ；bestrabucil ； 比生群(bisantrene)；依達曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defosfamide)；地美可辛 (demecolcine)；地口丫酉昆(diaziquone) ；elfornithine ；依禾lJSt 安(elliptinium acetate)； 埃坡霉素(印othilone)；依托格魯(etoglucid)；硝酸鎵；羥脲(hydroxyurea)；香 菇多糖(Ientinan)；氯尼達明(Ionidamine)；美登木素生物堿類(maytansinoids)， 諸如美登素(maytansine)禾口安絲菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)； 米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌達醇(mopidamol) ； 二 胺硝吖啶(nitracrine)；噴 司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌 (Iosoxantrone)；鬼白酸(podophyllinic acid) ；乙基酉先月井(ethylhydrazide)；丙卡 巴胼(procarbazine) ；PSK 多糖復(fù)合物(JHS Natural Products, Eugene, OR)；雷佐生 (razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐口南(sizofiran)；螺方寵錯(spirogermanium)；細交 鏈孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亞胺醌(triaziquone) ；2,2'，2〃 -三氯三乙胺；單 端孢菌素類(trichothecenes)(尤其是T-2毒素、疣孢菌素(verrucarin)A、桿孢菌素 (roridin)A 和蛇行菌素(anguidin))；烏拉坦(urethan)；長春地辛(vindesine)；達卡 巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine) ；二溴甘露酉享(mitobronitol) ；二溴 衛(wèi)矛酉享(mitolactol)；喊泊漠燒(pipobroman) ；gacytosine ；阿糖胞昔(arabinoside) (“Ara-C")；環(huán)磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiot印a)；類紫杉醇類(taxoids)，例 如 TAXOL中白利他塞(paclitaxel) (Bristol-Myers Squibb Oncology,Princeton,N. J.) > ABRAXANE 不含克列莫佛(Cremophor)、清蛋白改造納米顆粒劑型帕利他塞(Amer i can Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Illinois)禾口 TAXOTERE 多西他塞(doxetaxel)(Rhone- -Poulenc Rorer, Antony, France)；苯丁 酸氮芥(chlorambucil) ；GEMZAR 吉西他濱(gemcitabine) ；6-硫鳥嘌呤(thioguanine)；巰基嘌呤(mercaptopurine)； 甲氨蝶呤(methotrexate)；鉬類似物，諸如順鉬(cisplatin)和卡鉬(carboplatin)； 長春堿(vinblastine)；鉬(platinum)；依托泊苷(etoposide) (VP-16)；異環(huán)磷酰胺 (ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；長春新堿(vincristine) ；NAVELBINE 長春瑞濱(vinorelbine)；能滅瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依達曲沙 (edatrexate)；道諾霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；希羅達(xeloda)；伊 本膦酸鹽(ibandronate)；伊立替康(irinotecan) (Camptosar，CPT-11)(包括伊立替康及 5-FU和亞葉酸的治療方案)；拓撲異構(gòu)酶抑制劑RFS 2000;二氟甲基鳥氨酸(DMFO)；類視 黃酸類(retinoids)，諸如視黃酸(retinoic acid)；卡培他濱(capecitabine)；考布他汀 (combretastatin)；亞葉酸(Ieucovorin) (LV)；奧沙利鉬(oxaliplatin)，包括奧沙利鉬治 療方案(FOLFOX) ；PKC- α、Raf、H-Ras、EGFR (例如 erlotinib (Tarceva ))和 VEGF-A 的、降 低細胞增殖的抑制劑；及任何上述物質(zhì)的藥劑學(xué)可接受的鹽、酸或衍生物。該定義還包括作用于調(diào)節(jié)或抑制激素對腫瘤作用的抗激素劑諸如抗雌激素類和 選擇性雌激素受體調(diào)控物類(SERM)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括NOLVADEX 他莫昔芬)、雷洛昔芬(raloxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、4_羥基他莫昔芬、曲 沃昔芬(trioxifene)、那洛昔芬(keoxifene)、LY117018、奧那司酮(onapristone)和 FAREST0N 托瑞米芬(toremifene)；抑制在腎上腺中調(diào)節(jié)雌激素生成的芳香酶的芳香 酶抑制劑，諸如例如4(5)-咪唑、氨魯米特(aminoglutethimide)、MEGASE 醋酸甲地 孕酮(megestrolacetate)、AR0MASIN 依西美坦(exemestane)、福美坦(formestane)、 法倔唑(fadrozole)、RIVIS0R 伏羅唑(vorozole)、FEMARA 來曲唑(Ietrozole) 和ARIMIDEX 阿那曲唑(anastrozole)；抗雄激素類，諸如氟他米特(flutamide)、尼 魯米特(ni lutamide),比卡米特(bicalutamide)、亮丙瑞林(Ieuprolide)、和戈舍瑞 林(goserelin)；以及曲沙他濱(troxacitabine) (1，3_ 二氧戊環(huán)核苷胞嘧啶類似物)； 反義寡核苷酸，特別是抑制牽涉異常(abherant)細胞增殖的信號途經(jīng)中的基因表達 的反義寡核苷酸，諸如例如PKC-α、Raf和H-Ras ；核酶，諸如VEGF表達抑制劑(例如 ANGIOZYME⑩核酸)和HER2表達抑制劑；疫苗，諸如基因療法疫苗，例如ALLOVECTIN⑧疫 苗、LEUVECTIN 疫苗和 VAXID 疫苗；PROLEUKIN rIL-2 ；LURTOTECAN 泜拓撲異構(gòu)酶 1 抑 制劑；ABARELIX rmRH ；長春瑞濱(Vinorelbine)和埃斯波霉素(Esperamicins)(見美國 專利No. 4，675，187)；及任何上述物質(zhì)的藥劑學(xué)可接受的鹽、酸或衍生物。“放射療法”或“放療”指使用定向伽馬射線或貝塔射線來誘發(fā)對細胞的足夠損 傷，以限制細胞正常發(fā)揮功能的能力或全然破壞細胞。應(yīng)當領(lǐng)會，本領(lǐng)域知道許多方式來 確定治療的劑量和持續(xù)時間。典型的治療作為一次施用來給予，而典型的劑量范圍為每天 10-200個單位(戈瑞(Gray))?！敖档?減輕或抑制”指與參照相比降低活性、功能、和/或量。“降低或抑制”指 弓丨起優(yōu)選20 %或更多、更優(yōu)選50 %或更多、和最優(yōu)選75 %、85 %、90 %、95 %、或更多的總體 降低的能力。降低或抑制可以指所治療的病癥的癥狀、轉(zhuǎn)移的存在或大小、原發(fā)性腫瘤的大 小、或血管發(fā)生性病癥中血管的大小或數(shù)目。術(shù)語“診斷”在用于本文時指鑒定分子或病理狀態(tài)、疾病或疾患，諸如鑒定癌癥，或者指鑒定會受益于特定治療方案的癌癥患者。術(shù)語“預(yù)后”在用于本文時指預(yù)測抗癌療法 的治療好處的可能性。術(shù)語“預(yù)測”在用于本文時指患者將對特定抗癌療法有好的或不好 的響應(yīng)的可能性。在一個實施方案中，預(yù)測涉及那些響應(yīng)的程度。在一個實施方案中，預(yù)測 涉及患者在治療(例如用特定治療劑的治療)后是否存活或改善和/或存活或改善且某段 時間不復(fù)發(fā)疾病的可能性。本發(fā)明的預(yù)測方法在臨床上可用于做出治療決定，為任何特定 患者選擇最適宜的治療形式。本發(fā)明的預(yù)測方法是有價值的工具，用于預(yù)測患者是否可能 對治療方案有好的響應(yīng)，諸如給定的治療方案，包括例如施用給定的治療劑或組合、外科手 術(shù)干預(yù)、類固醇治療等，或用于預(yù)測患者在治療方案后是否可能長期存活?！盎颊唔憫?yīng)”可利用表明對患者有益處的任何終點來評估，包括但不限于(1) 一 定程度地抑制疾病進展，包括減緩和完全阻滯；(2)縮小損害尺寸；(3)抑制(即減輕、減緩 或完全終止)疾病細胞浸潤入臨近周圍器官和/或組織；(4)抑制(即減輕、減緩或完全終 止)疾病擴散；(5) 一定程度地減輕與病癥有關(guān)的一種或多種癥狀；(6)治療后無疾病呈現(xiàn) 的長度延長；和/或(8)治療后給定時間點的死亡率降低。術(shù)語“長期”存活在用于本文時指治療性處理后存活至少1年、5年、8年、或10年。II.血管發(fā)生抑制劑抗血管發(fā)生劑包括但不限于下列藥劑VEGF抑制劑，諸如VEGF特異性拮抗劑、EGF 抑制劑、EGFR抑制劑、TIE2抑制劑、IGFlR抑制劑、COX-II (環(huán)氧合酶II)抑制劑、MMP-2 (基 質(zhì)金屬蛋白酶2)抑制劑、和MMP_9(基質(zhì)金屬蛋白酶9)抑制劑、CP-547，632 (Pfizer Inc.， NY,USA)、Axitinib(Pfizerlnc. ；AG-013736)、ZD_6474(AstraZeneca)、AEE788(Novartis)、 AZD-2171)、VEGF Trap (Regeneron/Aventis)、Vatalanib (也稱作 PTK-787，ΖΚ-222584 Novartis & Schering A G)、Macugen(pegaptanib octasodium, ΝΧ-1838, ΕΥΕ-001,Pfizer Inc. /Gilead/Eyetech)> IM862(Cytran Inc. of Kirkland, Wash. , USA)；禾口 angiozyme,來 自 Ribozyme (Boulder，Colo.)和 Chiron (Emeryville，Calif.)的一種合成核酶，及其組合。 VEGF抑制劑披露于美國專利No. 6，534，524和6，235，764，將它們完整收入本文用于所有目 的。VEGF特異性拮抗劑指能夠結(jié)合VEGF，降低VEGF表達水平，或者中和、阻斷、抑 制、消除、降低或干擾VEGF生物學(xué)活性(包括VEGF與一種或多種VEGF受體的結(jié)合及 由VEGF介導(dǎo)的血管發(fā)生和內(nèi)皮細胞存活或增殖)的分子。在本發(fā)明的方法中有用的 VEGF特異性拮抗劑包括特異性結(jié)合VEGF的多肽、抗VEGF抗體及其抗原結(jié)合片段、特異 性結(jié)合VEGF由此使其隔絕與一種或多種受體結(jié)合的受體分子和衍生物、融合蛋白(例如 VEGF-Trap(Regeneron))、和 VEGF121-白樹毒素(Peregrine)。VEGF 特異性拮抗劑還包括 VEGF多肽的拮抗性變體、針對VEGF的反義核堿基寡聚物、針對VEGF的小RNA分子、RNA適 體、肽體、和針對VEGF的核酶。下文描述了這些每一項的例子。VEGF抑制劑諸如抗VEGF抗體包括以足夠親和力和特異性結(jié)合VEGF且能降低或抑 制VEGF生物學(xué)活性的任何抗體或其抗原結(jié)合片段。抗VEGF抗體通常不會結(jié)合其它VEGF 同系物，諸如VEGF-B或VEGF-C，也不會結(jié)合其它生長因子，諸如P1GF、PDGF或bFGF。優(yōu)選 的抗VEGF抗體包括與雜交瘤ATCC HB 10709所生成的單克隆抗VEGF抗體A4. 6. 1 ；依照 Presta et al. (1997)見上文生成的重組人源化抗VEGF單克隆抗體結(jié)合相同表位的單克 隆抗體，包括但不限于稱作貝伐單抗(Bevacizumab，BV ；AVASTIN )的抗體。貝伐單抗包括突變的人IgGl框架區(qū)和來自鼠抗hVEGF單克隆抗體A. 4. 6. 1 (其阻斷人VEGF對其受體 的結(jié)合)的抗原結(jié)合互補決定區(qū)。貝伐單抗和其它人源化抗VEGF抗體進一步記載于2005 年2月26日公告的美國專利No. 6，884，879。別的優(yōu)選的抗體包括G6或B20系列抗體 (例如，G6-31、B20-4. 1)，如PCT申請公開No. W02005/012359中所記載的。關(guān)于別的優(yōu)選 的抗體，參見美國專禾U No. 7，060，269，6，582，959，6，703，020 ；6，054，297 ；W098/45332 ；WO 96/30046 ；W094/10202 ；EP 0666868B1 ；美國專利申請公開 No. 2006009360,20050186208, 20030206899，20030190317，20030203409，及 20050112126 ；及 Popkov et al. , Journal of Immunological Methods 288 149-164 (2004)。其它優(yōu)選的抗體包括那些結(jié)合人VEGF上功 能性表位的抗體，所述功能性表位包含殘基F17、M18、D19、Y21、Y25、Q89、191、KlOl、E103、 和 C104 或者包含殘基 F17、Y21、Q22、Y25、D63、183 和 Q89。兩種表征最全面的VEGF受體是VEGFRl (也稱作Flt-I)和VEGFR2 (鼠同系物也稱 作KDR和FLK-1)。每一種受體對每一種VEGF家族成員的特異性有所不同，但是VEGF-A結(jié) 合Flt-I和KDR 二者。全長Flt-I受體包括具有七個Ig結(jié)構(gòu)域的胞外結(jié)構(gòu)域、跨膜結(jié)構(gòu)域、 和具有酪氨酸激酶活性的胞內(nèi)結(jié)構(gòu)域。胞外結(jié)構(gòu)域涉及VEGF結(jié)合，而胞內(nèi)結(jié)構(gòu)域涉及信號 轉(zhuǎn)導(dǎo)。特異性結(jié)合VEGF的VEGF受體分子或其片段可以在本發(fā)明的方法中用作結(jié)合和隔 絕VEGF蛋白，由此阻止它發(fā)信號的VEGF抑制劑。優(yōu)選的是，VEGF受體分子或其VEGF結(jié)合 片段是可溶性形式，諸如sFlt-Ι。受體的可溶性形式發(fā)揮對VEGF蛋白生物學(xué)活性的抑制效 應(yīng)，其通過結(jié)合VEGF，由此阻止它結(jié)合其在靶細胞表面上存在的天然受體來實現(xiàn)。還包括 VEGF受體融合蛋白，下文描述了它們的例子。嵌合VEGF受體蛋白指具有自至少兩種不同蛋白質(zhì)(其中至少一種是VEGF受體蛋 白，例如f It-I或KDR受體)衍生的氨基酸序列且能夠結(jié)合并抑制VEGF生物學(xué)活性的受體 分子。優(yōu)選的是，本發(fā)明的嵌合VEGF受體蛋白由自只有兩種不同VEGF受體分子衍生的氨基 酸序列組成；然而，可以將包含一個、兩個、三個、四個、五個、六個、或所有七個來自fit-i 和/或KDR受體胞外配體結(jié)合區(qū)的Ig樣結(jié)構(gòu)域的氨基酸序列連接至來自其它無關(guān)蛋白質(zhì) 的氨基酸序列，例如免疫球蛋白序列。與Ig樣結(jié)構(gòu)域組合的其它氨基酸序列對于本領(lǐng)域普 通技術(shù)人員會是顯而易見的。優(yōu)選的嵌合VEGF受體蛋白的例子包括可溶性Flt-l/Fc、KDR/ Fe、或 FLt 1/KDR/Fc (也稱作 VEGF Trap)(參見例如 PCT 申請公開文本 No. W097/44453)。本發(fā)明的可溶性VEGF受體蛋白或嵌合VEGF受體蛋白包括沒有經(jīng)跨膜結(jié)構(gòu)域而固 定至細胞表面的VEGF受體蛋白。因此，VEGF受體(包括嵌合受體蛋白)的可溶性形式，雖 然能夠結(jié)合并滅活VEGF，但是不包含跨膜結(jié)構(gòu)域，并如此一般不會變成與該分子在其中表 達的細胞的細胞膜相結(jié)合。別的VEGF抑制劑記載于例如WO 99/24440，PCT國際申請PCT/IB99/00797，WO 95/21613，WO 99/61422，美國專利 No. 6，534，524，美國專利 No. 5，834，504，WO 98/50356， 美國專禾Ij No. 5，883，113，美國專利No. 5，886，020，美國專利No. 5，792，783，美國專利 No. 6，653，308，WO 99/10349，WO 97/32856，WO 97/22596，WO 98/54093，WO 98/02438，WO 99/16755，及WO 98/02437，通過述及將它們都完整收入本文。III.本發(fā)明的方法本 發(fā)明部分基于與抗血管發(fā)生療法用于治療癌癥的臨床好處降低有關(guān)的特定生物標志物的鑒定。如此，所公開的方法和測定法提供了便利的、有效的、和潛在劃算的手段 來獲得在評估用于治療癌癥患者的適宜或有效療法中有用的數(shù)據(jù)和信息。例如，可以對癌 癥患者實施活檢以獲得組織或細胞樣品，并通過各種體外測定法來檢查所述樣品以確定表 1所列一種或多種基因的表達與對照或參照樣品相比是否升高。如果檢測到表達升高，那 么所述患者可能受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。如 此，本發(fā)明提供了一種鑒定會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的 抗癌療法的癌癥患者的方法，包括測定自患者獲得的樣品中表1所列一種或多種基因或基 因產(chǎn)物的表達水平，其中自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達 水平與參照樣品相比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā) 生療法在內(nèi)的抗癌療法。本發(fā)明還提供了一種篩選癌癥患者以確定用不同于抗血管發(fā)生療 法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法治療的合適性的方法，包括測定自患者獲得的樣 品中表1所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平，其中自所述患者獲得的樣品中所述 一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與參照樣品相比升高指示所述患者會受益于不同 于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。本發(fā)明進一步提供了一種預(yù)測 癌癥患者對抗血管發(fā)生療法的響應(yīng)性的方法，包括測定自患者獲得的樣品中表1所列一種 或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平，其中自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種基因或 基因產(chǎn)物的表達水平與參照樣品相比升高指示所述患者不太可能響應(yīng)單獨的抗血管發(fā)生 療法。還提供了一種治療癌癥患者的方法，包括給患者施用不同于抗血管發(fā)生療法或包括 抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法，其中自患者獲得的樣品顯示與參照樣品相比表1所列一 種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平升高。還鑒定了對于監(jiān)測抗血管發(fā)生療法的進展有用的生物標志物。如此，本發(fā)明提供 了一種監(jiān)測正在用抗血管發(fā)生療法治療的癌癥患者中的治療進展的方法，包括測定第一次 腫瘤評估時自患者獲得的樣品中表2所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平的步驟， 其中第一次腫瘤評估時所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與在抗血管發(fā)生療法 之前或開始時自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平相比 升高指示所述患者傾向于對單獨的抗血管發(fā)生療法的臨床好處降低。本發(fā)明還提供了一種 鑒定會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法的癌癥患者 的方法，包括測定第一次腫瘤評估時自患者獲得的樣品中表2所列一種或多種基因或基因 產(chǎn)物的表達水平，其中第一次腫瘤評估時所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達與在治療 之前或開始時自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平相比 升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療 法。本發(fā)明進一步提供了一種治療癌癥患者的方法，包括給患者施用不同于抗血管發(fā)生療 法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法，其中第一次腫瘤評估時自患者獲得的樣品顯示 與在抗血管發(fā)生療法之前或開始時自所述患者獲得的樣品相比表2中一種或多種基因或 基因產(chǎn)物的表達水平升高。本發(fā)明的方法涉及癌癥患者。所述癌癥可以是例如癌或癌瘤、淋巴瘤、母細胞瘤、 肉瘤、和/或白血病。此類癌癥的更具體例子包括鱗狀細胞癌、肺癌(包括小細胞肺癌、非 小細胞肺癌、肺的腺癌、和肺的鱗癌)、腹膜癌、肝細胞癌、胃癌(包括胃腸癌)、胰腺癌、成 膠質(zhì)細胞瘤、宮頸癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、肝瘤、乳腺癌、結(jié)腸癌、結(jié)腸直腸癌、子宮內(nèi)膜癌或子宮癌、唾液腺癌、腎癌、肝癌、前列腺癌、外陰癌、甲狀腺癌、肝癌和各種類型的頭頸癌， 以及B細胞淋巴瘤(包括低級/濾泡性非何杰金氏淋巴瘤(NHL)；小淋巴細胞性(SL)NHL; 中級/濾泡性NHL ；中級彌漫性NHL ；高級成免疫細胞性NHL ；高級成淋巴細胞性NHL ；高級 小無核裂細胞性NHL ；貯積病(bulkydisease)NHL ；套細胞淋巴瘤；AIDS相關(guān)淋巴瘤；和瓦 爾登斯特倫氏(Waldenstrom)巨球蛋白血癥)；慢性淋巴細胞性白血病(CLL)；急性成淋巴 細胞性白血病(ALL)；毛細胞性白血病；慢性成髓細胞性白血??；和移植后淋巴增殖性病癥 (PTLD)，以及與瘢痣病(Phakomat0ses)JjCW (諸如與腦瘤有關(guān)的)或梅格斯氏(Meigs)綜 合征有關(guān)的異常血管增殖。在一個實施方案中，所述癌癥是腎細胞癌。包含靶生物標志物的樣品可通過本領(lǐng)域公知的方法獲得，而且它們適于特定類型 和位置的感興趣癌癥。組織活檢通常用于獲得有代表性的癌性組織片?；蛘?，可以已知或 認為包含感興趣癌細胞的組織/流體的形式間接獲取細胞。例如，癌性損害的樣品可通過 切除術(shù)、支氣管鏡檢、細針抽吸、支氣管刷檢、或從痰/唾液、胸膜液或血液中獲得?？蓮陌?癥或腫瘤組織或從其它身體樣品諸如尿、痰、血清或血漿中檢測出基因或基因產(chǎn)物。上述用 于檢測癌性樣品中靶基因或基因產(chǎn)物的同樣技術(shù)可用于其它身體樣品。癌細胞從癌癥損害 部位脫落下來，并出現(xiàn)在這些身體樣品中。通過篩選這些身體樣品，可實現(xiàn)對于這些癌癥的 簡單早期診斷。另外，通過對這些身體樣品測試靶基因或基因產(chǎn)物，可以更加容易地監(jiān)測治 療的進程。對組織制備物富集癌細胞的手段是本領(lǐng)域已知的。例如，可以從石蠟或低溫保存 的切片中分離組織。癌細胞也可通過流式細胞術(shù)或激光捕捉顯微解剖而與正常細胞分開。 這些以及其它從正常細胞中分離癌性細胞的技術(shù)是本領(lǐng)域公知的。如果癌組織被正常細胞 高度污染，那么檢測簽名基因(signaturegene)或蛋白質(zhì)表達序型可能更為困難，然而最 小化污染和/或假陽性/陰性結(jié)果的技術(shù)是已知的，其中一些在下文有描述。例如，也可以 對樣品評估生物標志物的存在情況，所述標志物已知與感興趣的癌細胞有關(guān)但與相應(yīng)的正 常細胞無關(guān)，反之亦然。在本發(fā)明的方法中，獲得哺乳動物組織或細胞樣品并分析一種或多種生物標志物 的表達。樣品中各種生物標志物的表達可通過多種方法來分析，其中許多是本領(lǐng)域已知的 和熟練技術(shù)人員了解的，包括但不限于免疫組織化學(xué)和/或Western印跡分析、免疫沉淀、 分子結(jié)合測定法、ELISA、ELIFA、熒光活化的細胞分揀(FACS)等等、基于定量血液的測定 法(例如血清ELISA)(用于檢查例如蛋白質(zhì)表達水平)、生化酶促活性測定法、原位雜交、 Northern分析和/或PCR分析mRNA、以及可通過基因和/或組織陣列分析來實施的極其 多種測定法之任一。用于評估基因和基因產(chǎn)物的狀態(tài)的典型方案可見于例如Ausubel et al. eds. , 1995, Current Protocols In Molecular Biology,單兀 2 (Northern E口跡)、單兀 4 (Southern印跡)、單元15 (免疫印跡)和單元18 (PCR分析)。也可使用多路免疫測定法， 諸如那些自 Rules Based Medicine 或 MesoScale Discovery (MSD)可得的。在本發(fā)明的一些實施方案中，使用免疫組織化學(xué)和染色方案來檢驗樣品中靶蛋白 質(zhì)的表達。組織切片的免疫組織化學(xué)染色已經(jīng)顯示為評估或檢測樣品中蛋白質(zhì)存在的可靠 方法。免疫組織化學(xué)(“IHC”)技術(shù)利用抗體來探查和原位顯現(xiàn)細胞抗原，一般通過顯色或 熒光方法。對于樣品制備，可以使用來自哺乳動物(典型的是人類患者)的組織或細胞樣品。樣品的例子包括但不限于組織活檢、血液、肺吸出物、痰、淋巴液、血漿等。可以通過本領(lǐng)域 已知的多種規(guī)程來獲得樣品，包括但不限于手術(shù)切除、抽吸或活檢。組織可以是新鮮的或冷 凍的。在一個實施方案中，樣品是固定和包埋在石蠟或類似物中的?？梢酝ㄟ^常規(guī)方法來固定(即保存)組織樣品(參見例如“Manual ofHistological Staining Method of the Armed Forces Institute of Pathology, "3rdedition (1960)Lee G.Luna, HT(ASCP)Editor, The Blakston DivisionMcGraw-Hi11 Book Company, New York ；The Armed Forces Institute ofPathology Advanced Laboratory Methods in Histology and Pathology(1994) Ulreka V. Mikel, Editor,Armed Forces Institute of Pathology, American Registryof Pathology, Washington, D. C.)。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員將領(lǐng)會，固定劑的選擇由樣品是用于 組織學(xué)染色還是其它分析的目的來決定。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員還將領(lǐng)會，固定時長取決于 組織樣品的大小和所使用的固定劑。例如，可以使用中性緩沖的福爾馬林、Bouin氏液或低 聚甲醛來固定樣品?！愣?，將樣品首先固定，然后通過酒精遞增系列脫水，用石蠟或其它切片介質(zhì) 滲透和包埋使得該組織樣品可以切片?；蛘?，可以將組織切片并將所得切片固定。例如，可 以通過常規(guī)方法學(xué)將組織樣品包埋和加工(參見例如“Manual of Histological Staining Method of the Armed Forces Institute ofPathology",見上文)?？梢允褂玫氖灥睦?子包括但不限于Paraplast、Broloid、和Tissuemay。一旦將組織樣品包埋，就可以用切片 機等等將樣品切片(參見例如“Manual of Histological Staining Method of the Armed ForcesInstitute of Pathology”，見上文)。對于此規(guī)程，例如，切片的厚度范圍可以是約 3微米至約5微米。一旦切片，就可以通過數(shù)種標準方法將切片附著至載玻片。載玻片粘合 劑的例子包括但不限于硅烷、明膠、聚L-賴氨酸等等。例如，可以將石蠟包埋的切片附著于 帶正電荷的載玻片和/或聚L-賴氨酸包被的載玻片。若使用石蠟作為包埋材料，則一般將組織切片脫石蠟和復(fù)水?？梢酝ㄟ^數(shù)種方法 學(xué)將組織切片脫石蠟。例如，可以使用二甲苯和酒精逐漸遞減系列(參見例如“Manual of Histological Staining Method of the Armed ForcesInstitute of Pathology，，,見上 文)?；蛘撸梢允褂蒙唐坊拿撌炗梅怯袡C試劑，諸如徹1110-067(01^，!1011計011，11以狀)。任選的是，在樣品制備后，可以使用IHC來分析組織切片。IHC可以聯(lián)合別的技術(shù) 進行，諸如形態(tài)學(xué)染色和/或熒光原位雜交?？衫肐HC的兩種常用方法，即直接和間接測 定法。依照第一種測定法，直接測定抗體對靶抗原的結(jié)合。此直接測定法使用經(jīng)過標記的 試劑，諸如熒光標簽或酶標記的一抗，其可以在沒有進一步抗體相互作用的情況下顯現(xiàn)。在 一種典型的間接測定法中，未偶聯(lián)的一抗結(jié)合至抗原，然后經(jīng)過標記的二抗結(jié)合至一抗。若 二抗偶聯(lián)有酶標記物，則添加顯色或熒光底物以提供抗原顯現(xiàn)。因為數(shù)個二抗可以與一抗 上的不同表位起反應(yīng)，所以發(fā)生了信號放大。用于免疫組織化學(xué)的一抗和/或二抗通常用可檢測模塊標記抗體?？衫迷S多標 記物，一般可分成以下幾類(a)放射性同位素，諸如 35S、14C、125I、3H 和 1311。例如，可使用 CurrentProtocols in Immunology, Volumes 1 and 2, Coligen 等，Ed. , ffiley-Interscience, New York, New York, Pubs. 1991中描述的技術(shù)用放射性同位素標記抗體，并可使用閃爍計數(shù)來測量放射性。(b)膠體金顆粒。(c)熒光標記物，包括但不限于稀士螯合物(銪螯合物)、德州紅、若丹明、熒光 素、丹酰、麗絲胺、傘形酮、藻紅蛋白、藻藍蛋白、或商品化熒光團諸如SPECTRUM 0RANGE7和 SPECTRUM GREEN7和/或上述任一種或多種的衍生物。例如，可使用Current Protocols in Immunology，見上文中披露的技術(shù)使熒光標記物與抗體偶聯(lián)?？墒褂脽晒庥媽晒膺M行定量。(d)可利用各種酶_底物標記物且美國專利No. 4，275，149中提供了有關(guān)它們中的 一些的綜述。酶一般催化可使用多種技術(shù)測量的顯色底物的化學(xué)改變。例如，酶可以催化 可通過分光光度法測量的底物的顏色改變?；蛘?，酶可以改變底物的熒光或化學(xué)發(fā)光。上 文描述了用于對熒光改變進行定量的技術(shù)。化學(xué)發(fā)光底物通過化學(xué)反應(yīng)變成電子激發(fā)態(tài)， 然后可發(fā)射可測量(例如使用化學(xué)發(fā)光計)或給熒光受體提供能量的光。酶標記物的例子 包括螢光素酶(例如螢火蟲螢光素酶和細菌螢光素酶；美國專利No. 4，737，456)、螢光素、 2，3-二氫酞嗪二酮類、蘋果酸脫氫酶、尿素酶、過氧化物酶諸如辣根過氧化物酶(HRPO)、堿 性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶、半乳糖氧 化酶和葡萄糖-6-磷酸脫氫酶)、雜環(huán)氧化酶(諸如尿酸酶和黃嘌呤氧化酶)、乳過氧化物 酶、微過氧化物酶等。用于使酶與抗體偶聯(lián)的技術(shù)描述于0' Sullivan等Methods for the Preparation ofEnzyme-Antibody Conjugates for use in Enzyme Immunoassay, Methods inEnzym. , J. Langone & H. Van Vunakis Ed. , Academic Press, New York, 73: 147-166(1981)。酶-底物組合的例子包括例如(i)辣根過氧化物酶(HRPO)，其以過氧化氫為底物，其中過氧化氫氧化染料前體 (例如鄰苯二胺(OPD)或3，3' ,5,5' _四甲基聯(lián)苯胺鹽酸鹽(TMB))；(ii)堿性磷酸酶(AP)與作為顯色底物的對硝基苯基磷酸酯；和(iii) β -D-半乳糖苷酶(β -D-Gal)與顯色底物(例如對硝基苯基_β _D_半乳糖 苷)或熒光底物(例如4-甲基傘形基-β -D-半乳糖苷)。本領(lǐng)域技術(shù)人員可利用許多其它酶-底物組合。有關(guān)它們的一般性綜述參見美國 專利No. 4，275，149和4，318，980。有時，將標記物與抗體間接偶聯(lián)。熟練技術(shù)人員了解實 現(xiàn)這一目的的多種技術(shù)。例如，可將抗體與生物素偶聯(lián)，而且可以將上述四大類標記物中的 任一種與親合素偶聯(lián)，或反之亦然。生物素選擇性結(jié)合親合素，由此標記物可與抗體以這種 間接方式偶聯(lián)?；蛘撸瑸榱藢崿F(xiàn)標記物與抗體的間接偶聯(lián)，將抗體與小型半抗原偶聯(lián)，并將 上述不同類型的標記物之一與抗半抗原抗體偶聯(lián)。由此，可實現(xiàn)標記物與抗體的間接偶聯(lián)。在上文討論的樣品制備規(guī)程外，可能還需要在IHC之前、期間或之后對組織切片 進行進一步的處理。例如，可以實施表位修復(fù)法，諸如在檸檬酸鹽緩沖液中對組織樣品進行 加熱(參見例如 Leong et al. Appl. Immunohistochem. 4 (3) :201(1996))。在任選的封閉步驟后，組織切片在合適條件下暴露于第一抗體足夠時間，使得第 一抗體結(jié)合至組織樣品中的靶蛋白抗原。實現(xiàn)這一目的的適宜條件可以通過常規(guī)實驗來 確定?？贵w與樣品的結(jié)合程度通過使用上文討論的任一種可檢測標記物來測定。優(yōu)選的 是，標記物是酶標記物(例如HRP0)，其催化生色底物諸如3，3' _ 二氨基聯(lián)苯胺色原體
23(chromogen)的化學(xué)變化。優(yōu)選的是，將酶標記物偶聯(lián)至特異性結(jié)合第一抗體的抗體(例如 第一抗體是兔多克隆抗體，第二抗體是山羊抗兔抗體)。可以將如此制備的標本封固并蓋上 蓋玻片。然后進行載玻片評估，例如利用顯微鏡，并且可以采用本領(lǐng)域常規(guī)使用的染色強度 標準。在備選方法中，可以在足以使抗體-生物標志物復(fù)合物形成的條件下使樣品接觸 對所述生物標志物特異性的抗體，然后檢測所述復(fù)合物?？梢砸远喾N方式來檢測生物標志 物的存在，諸如通過Western印跡和ELISA規(guī)程，其用于測定極其廣泛的組織和樣品，包括 血漿或血清?？衫枚喾N使用這樣測定法的免疫測定技術(shù)，參見例如美國專利4，016，043 ； 4，424，279和4，018，653。這些包括非競爭性類型的單位點和雙位點或“三明治/夾心式” 測定法，以及傳統(tǒng)的競爭性結(jié)合測定法。這些測定法也包括經(jīng)標記抗體對靴生物標志物的 直接結(jié)合。三明治測定法是最有用且常用的測定法之一。三明治測定技術(shù)有許多變化形式， 本發(fā)明意圖涵蓋所有這些變化形式。簡言之，在一種典型的正向測定法(forward assay) 中，將未標記的抗體固定化在固體基片上，使待測試的樣品接觸所結(jié)合的分子。溫育足以容 許抗體-抗原復(fù)合物形成的合適長度的一段時間后，添加對抗原特異性的、用能夠生成可 檢測信號的報道分子標記的第二抗體并溫育足以使另一復(fù)合物即抗體-抗原-標記抗體形 成的一段時間。洗去任何未反應(yīng)的物質(zhì)，并通過由報道分子生成的信號的觀察結(jié)果來測定 抗原的存在。結(jié)果可以是定性的，即通過可見信號的簡單觀察，或者可以量化，即通過與包 含已知量生物標志物的對照樣品比較。這項測定法的變化形式包括同時測定法，其中將樣品和經(jīng)標記抗體二者同時添加 至所結(jié)合的抗體。這些技術(shù)是本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的，包括任何顯而易見的微小變化。在 一種典型的正向三明治測定法中，具有針對生物標志物的特異性的第一抗體或是共價的或 被動的結(jié)合至固體表面。所述固體表面典型地是玻璃或聚合物，最常用的聚合物是纖維素、 聚丙烯酰胺、尼龍、聚苯乙烯、聚氯乙稀或聚丙烯。所述固體支持物可以是管、珠、微孔板的 盤、或適于實施免疫測定法的任何其它表面的形式。結(jié)合過程是本領(lǐng)域眾所周知的，一般由 交聯(lián)、共價結(jié)合或物理吸附組成，清洗聚合物-抗體復(fù)合物，為測試樣品做好準備。將待測 樣品的等分試樣添加至固相復(fù)合物，并在合適條件(例如室溫至40°C，諸如25°C和32°C之 間，含兩端值)下溫育足夠時間(例如2-40分鐘或過夜，如果更方便的話)以容許抗體中 存在的任何亞基結(jié)合。溫育期后，將抗體亞基固相清洗并干燥并與對生物標志物的一部分 特異性的第二抗體一起溫育。所述第二抗體連接有用于指示第二抗體對分子標志物結(jié)合的 報道分子。一種備選方法牽涉將樣品中的靶生物標志物固定化，然后將固定化的靶物暴露于 未標記的或用報道分子標記的特異性抗體。根據(jù)靶物的量和報道分子信號的強度，所結(jié)合 的靶物可以是通過用抗體直接標記而可檢測的。或者，將經(jīng)標記的、對第一抗體特異性的第 二抗體暴露于靶物_第一抗體復(fù)合物以形成靶物_第一抗體_第二抗體三元復(fù)合物。該復(fù) 合物通過報道分子發(fā)射的信號來檢測。“報道分子”在用于本說明書時指通過其化學(xué)本質(zhì)提 供分析上可鑒定的信號從而容許檢測抗原所結(jié)合抗體的分子。這類測定法中最常用的報道 分子是酶、熒光團或含放射性核素的分子(即放射性同位素)和化學(xué)發(fā)光分子。在酶免疫測定法的情況中，有酶偶聯(lián)至第二抗體，一般通過戊二醛或高碘酸的手段。然而，正如易于領(lǐng)會的，有極其多種不同偶聯(lián)技術(shù)可供技術(shù)人員使用。常用的酶包括辣 根過氧化物酶、葡萄糖氧化酶、β “半乳糖苷酶和堿性磷酸酶等等。與特定酶一起使用的底 物一般選擇成在被相應(yīng)的酶水解后生成可檢測的顏色變化。合適的酶的例子包括堿性磷酸 酶和過氧化物酶。也有可能采用熒光底物，其生成熒光產(chǎn)物而非上文所述顯色底物。在所有 情況中，將酶標記的抗體添加至第一抗體_分子標志物復(fù)合物，容許結(jié)合，然后洗去過量的 試劑。然后將含有適宜底物的溶液添加至抗體-抗原-抗體復(fù)合物。底物與第二抗體所連 接的酶起反應(yīng)，給出定性可視信號，其可以進一步量化，通常通過分光光度法，以給出樣品 中存在的生物標志物的量的指示?；蛘撸梢詫晒饣衔?諸如熒光素和羅丹明)化學(xué) 偶聯(lián)至抗體而不改變其結(jié)合能力。在被特定波長的光照射而激活后，熒光團標記的抗體吸 收光能，在分子中誘導(dǎo)激發(fā)狀態(tài)，接著以光學(xué)顯微鏡在視覺上可檢測的特征性顏色發(fā)光。在 EIA中，容許熒光標記的抗體結(jié)合至第一抗體-分子標志物復(fù)合物。洗去未結(jié)合的試劑后， 將剩余的三元復(fù)合物然后暴露于適宜波長的光，所觀察到的熒光指示存在感興趣的分子標 志物。免疫熒光和EIA技術(shù)都是本領(lǐng)域已完善建立的。然而，也可以采用其它報道分子，諸 如放射性同位素、化學(xué)發(fā)光或生物發(fā)光分子。本發(fā)明涵蓋，上文所述技術(shù)也可用于檢測表1或2所列一種或多種靶基因的表達。本發(fā)明的方法進一步包括檢驗組織或細胞樣品中表1或2所列一種或多種靶基因 的mRNA的存在和/或表達的方案。用于評估細胞中mRNA的方法是眾所周知的，包括例如 使用互補DNA探針的雜交測定法(諸如使用經(jīng)標記的對表1或2所列一種或多種基因特異 性的RNA探針的原位雜交、Northern印跡和相關(guān)技術(shù))和各種核酸擴增測定法(諸如使用 對表1或2所列一種或多種基因特異性的互補引物的RT-PCR，及其它擴增型檢測方法，諸如 例如分支DNA、SISBA、TMA等等)?？梢允褂肗orthern、點印跡或PCR分析對來自哺乳動物的組織或細胞樣品測定 mRNA。例如，RT-PCR測定法(諸如定量PCR測定法)是本領(lǐng)域眾所周知的。在本發(fā)明的一 個例示性實施方案中，用于檢測生物學(xué)樣品中的靶mRNA的方法包括使用至少一種引物通 過逆轉(zhuǎn)錄自樣品生成cDNA ；使用靶多核苷酸作為有義和反義引物擴增如此生成的cDNA以 擴增其中的靶cDNA ；并檢測所擴增靶cDNA的存在。另外，此類方法可以包括一個或多個如 下步驟，其容許測定生物學(xué)樣品中靶mRNA的水平(例如通過同時檢驗“持家”基因諸如肌 動蛋白家族成員的比較性對照mRNA序列的水平)。任選的是，可以測定所擴增靶cDNA的序 列。本發(fā)明的任選方法包括通過微陣列技術(shù)檢驗或檢測組織或細胞樣品中mRNA(諸 如靶mRNA)的方案。使用核酸微陣列，將來自測試和對照組織樣品的測試和對照mRNA樣品 逆轉(zhuǎn)錄和標記以生成cDNA探針。然后將所述探針雜交至在固體支持物上固定化的核酸陣 列。所述該陣列配置成陣列的每個成員的序列和位置是已知的。例如，可以將其表達與抗 血管發(fā)生療法的臨床好處升高或降低有關(guān)的基因選集在固體支持物上形成陣列。經(jīng)標記探 針與特定陣列成員的雜交指示衍生該探針的樣品表達該基因。疾病組織的差異基因表達分 析可提供有價值的信息。微陣列技術(shù)利用核酸雜交技術(shù)和計算技術(shù)在單一實驗中評估數(shù)以 千計基因的mRNA表達序型(expression profile)(參見例如2001年10月11日公布的 WO 01/75166 ；參見例如美國專利 5，700，637 ；5，445，934 ；和 5，807，522 ；Lockart, Nature Biotechnology,14 1675—1680(1996) ；Cheung,V. G. et al. ,Nature Genetics 21 (Suppl)15-19 (1999)，關(guān)于陣列制作的討論)。DNA微陣列是包含基因片段的微型陣列，所述基因 片段或是在玻璃或其它基質(zhì)上直接合成或是點到玻璃或其它基質(zhì)上。單一陣列中通常呈現(xiàn) 數(shù)以千計的基因。一個典型的微陣列實驗牽涉以下步驟1)自分離自樣品的RNA制備熒光 標記的靶物；2)將經(jīng)標記的靶物雜交至微陣列；3)清洗，染色，和掃描陣列；4)分析掃描圖 像；并5)生成基因表達序型。當前使用兩種主要類型的DNA微陣列包含自cDNA制備的 PCR產(chǎn)物的基因表達陣列和寡核苷酸(通常25-70聚物)陣列。在形成陣列時，寡核苷酸可 以是預(yù)制并點到表面上的，或者是直接在表面上合成的(原位)。Affymetrix GeneChip 系統(tǒng)是包含通過在玻璃表面上直接合成寡核苷酸而制作 的陣列的商品化微陣列系統(tǒng)。探針/基因陣列寡核苷酸(通常25聚物)通過組合基于 半導(dǎo)體的光刻和固相化學(xué)合成技術(shù)直接合成到玻璃晶片上。每個陣列包含多至400，000種 不同寡聚物，每種寡聚物以數(shù)以百萬計拷貝存在。因為寡核苷酸探針是在陣列上已知位置 合成的，所以雜交樣式和信號強度可以通過Affymetrix Microarray Suite軟件解讀成基 因身份和相對表達水平。每種基因通過一系列不同寡核苷酸探針呈現(xiàn)在陣列上。每個探針 對由完全匹配寡核苷酸和錯配寡核苷酸組成。完全匹配探針具有與特定基因精確互補的序 列，因而測量該基因的表達。錯配探針因中央堿基位置的單一堿基替代而不同于完全匹配 探針，從而擾亂了靶基因轉(zhuǎn)錄物的結(jié)合。這有助于測定有助于對完全匹配寡聚物測得的信 號的背景和非特異性雜交。Microarray Suite軟件將錯配探針的雜交強度從完全匹配探 針的雜交強度中扣除，以確定每個探針集的絕對或特異強度。探針的選擇基于Genbank和 其它核苷酸庫的當前信息。認為其序列識別基因3’末端的獨特區(qū)域。使用基因芯片雜交 爐(“電轉(zhuǎn)烤爐”)來進行多至64個陣列的同時雜交。射流站實施探針陣列的清洗和染色。 它是完全自動化的，包括四個模塊，每個模塊持有一個探針陣列。每個模塊經(jīng)由Microarray Suite軟件使用預(yù)編程射流方案獨立控制。掃描儀是共焦激光熒光掃描儀，其測量由結(jié)合至 探針陣列的經(jīng)標記cRNA發(fā)射的熒光強度。安裝有Microarray Suite軟件的計算機工作站 控制射流站和掃描儀。Microarray Suite軟件可以控制多至八個射流站，使用探針陣列的 預(yù)編程的雜交、清洗、和染色方案。該軟件還獲取雜交強度數(shù)據(jù)并使用適宜的算法將其轉(zhuǎn)變 成每種基因的有/無呼叫(presence/absence call)。最后，該軟件通過比較分析來檢測各 實驗間基因表達的變化，并將輸出格式化為.txt文件，其可以與其它軟件程序一起用于進 一步的數(shù)據(jù)分析。組織或細胞樣品中選定生物標志物的表達還可以通過基于功能或活性的測定法 來檢驗。例如，若生物標志物是酶，則可以實施本領(lǐng)域已知測定法來測定或檢測組織或細胞 樣品中給定酶活性的存在。本發(fā)明的試劑盒具有許多實施方案。一個典型的實施方案是包括容器、所述容器 上的標簽、和所述容器內(nèi)的組合物的試劑盒，其中所述組合物包含能結(jié)合靶多肽序列(對 應(yīng)于表1或2所列一種或多種基因)的第一抗體，所述容器上的標簽指出該組合物可用于 評估至少一種類型的哺乳動物細胞中靶蛋白質(zhì)的存在，及使用抗體來評估至少一種類型的 哺乳動物細胞中靶蛋白質(zhì)存在的說明書。該試劑盒可以進一步包含一套用于制備組織樣品 并將抗體和探針應(yīng)用于組織樣品的同一切片的說明書和材料。該試劑盒可以包括第一抗體 和第二抗體二者，其中所述第二抗體偶聯(lián)有標記物，例如酶標記物。另一個實施方案是包括容器、所述容器上的標簽、和所述容器內(nèi)的組合物的試劑盒，其中所述組合物包含能在嚴格條件下與表1或2所列一種或多種基因的多核苷酸序列 雜交的一種或多種多核苷酸，所述容器上的標簽指出該組合物可用于評估至少一種類型的 哺乳動物細胞中表1或2所列一種或多種靶基因的存在，及使用多核苷酸來評估至少一種 類型的哺乳動物細胞中靶RNA或DNA存在的說明書。試劑盒中的其它任選成分包括一種或多種緩沖劑(例如封閉緩沖液、清洗緩沖 液、底物緩沖液等)、其它試劑(諸如可以被酶標記物化學(xué)改變的底物，例如色原)、表位修 復(fù)液、對照樣品(陽性和/或陰性對照)、對照載玻片等。劑量和施用對于本發(fā)明的方法，抗癌治療劑、抗血管發(fā)生劑和/或化療劑依照已知方法施用 給人類患者，諸如靜脈內(nèi)施用，例如作為推注或一段時間的連續(xù)輸注，通過肌肉內(nèi)、腹膜內(nèi)、 腦脊髓內(nèi)、皮下、關(guān)節(jié)內(nèi)、滑膜內(nèi)、鞘內(nèi)、口服、表面或吸入路徑。優(yōu)選靜脈內(nèi)或皮下施用抗 體。本發(fā)明的治療可涉及抗VEGF抗體與一種或多種化療劑的聯(lián)合施用。本發(fā)明涵蓋 不同化療劑的混合物(cocktail)的施用。聯(lián)合施用包括使用分開的配制劑或單一的藥物 配制劑的共施用，及任意次序的序貫施用，其中優(yōu)選有一段時間所有活性劑同時發(fā)揮其生 物學(xué)活性。此類化療劑的制備和劑量給藥方案可依照制造商的說明書使用或由熟練從業(yè) 人員根據(jù)經(jīng)驗確定?；煹闹苽浜蛣┝拷o藥方案還可參閱Chemotherapy Service Ed.， Μ. C. Perry, Williams &ffilkins, Baltimore, MD(1992) 化療劑可以在施用抗體之前或之 后，或者可以同時給予。為了預(yù)防或治療疾病，抗癌治療劑或抗血管發(fā)生劑的適宜劑量將取決于如上定義 的待治療疾病的類型、疾病的嚴重程度和進程、是為了預(yù)防還是治療目的施用藥劑、先前的 療法、患者的臨床史及對藥劑的響應(yīng)、及主治醫(yī)師的判斷。恰當?shù)膶⑺巹┮淮涡曰蛟谝幌盗?治療中施用給患者。在聯(lián)合治療方案中，以治療有效量或協(xié)同量施用本發(fā)明的組合物。在一 些實施方案中，所述抗血管發(fā)生劑是抗VEGF抗體。根據(jù)疾病類型和嚴重性，例如，約Iyg/ kg至50mg/kg(例如0. l-20mg/kg)抗體是向患者施用的初始候選劑量，無論是例如通過一 次或多次分開施用，或是通過連續(xù)輸注。根據(jù)上述因素，典型的每日劑量的范圍可以是約 1 μ g/kg至約100mg/kg或更多。對于持續(xù)數(shù)天或更長時間的重復(fù)施用，根據(jù)狀況，維持治療 直到發(fā)生對疾病癥狀的期望遏制。然而，可以用其它劑量方案。在一個優(yōu)選的方面，本發(fā)明 的抗體每兩至三周施用一次，劑量范圍為約5mg/kg至約15mg/kg。更優(yōu)選的是，此類劑量給 藥方案與化療方案聯(lián)合使用，作為治療轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌的一線療法。在一些方面，化療方 案包括傳統(tǒng)的高劑量間歇性施藥。在一些其它方面，用更小且更頻繁的劑量施用化療劑而 無預(yù)定的中斷(“節(jié)奏性化療(metronomicchemotherapy) ”)。本發(fā)明療法的進展可容易地 通過常規(guī)技術(shù)和測定法來監(jiān)測。在一些實施方案中，本發(fā)明方法中所使用的抗VEGF抗體是貝伐單抗。在某些實 施方案中，例如當聯(lián)合使用時，以約0. 05mg/kg至約15mg/kg的范圍施用貝伐單抗。在一 個實施方案中，可以給受試者施用約 0. 5mg/kg、l. 0mg/kg、2. 0mg/kg、3. 0mg/kg、4. 0mg/kg、 5. 0mg/kg、6. 0mg/kg、7. 0mg/kg、7. 5mg/kg、8. 0mg/kg、9. 0mg/kg、lOmg/kg 或 15mg/kg(或其 任意組合)的一劑或多劑。這些劑量可間歇施用，例如每天、每三天、每周或每兩至三周。在 另一個實施方案中，例如當聯(lián)合使用時，以隔周10mg/kg或每三周15mg/kg給受試者靜脈內(nèi)施用貝伐單抗。 僅僅出于例示目的，提供下列實施例，不應(yīng)解釋為限制本文中的教導(dǎo)。 實施例實施例1 自腎細胞癌患者的樣品收集生物標志物數(shù)據(jù)在基線和治療第56天(第一次腫瘤評估)自轉(zhuǎn)移性腎細胞癌患者收集血漿樣品。 所有樣品是自用10mg/kg貝伐單抗IV q2wks治療24個月的患者獲得的。在測定樣品中 特定基因的蛋白質(zhì)水平的測定法之前，在緩沖液中稀釋樣品。一式一份或一式兩份為每份 患者樣品生成四個稀釋點，它們在預(yù)備試驗中確定為落在每種測定法的標準范圍內(nèi)。使用 ELISA測定法或使用多路免疫測定法對樣品分析各蛋白質(zhì)的表達水平。通用ELISA測定法規(guī)稈將ELISA孔用磷酸鹽緩沖鹽水(PBS，pH 7. 4)中的1 μ g/ml捕捉抗體于2_8°C 包被過夜。清除包被液后，通過封閉液(PBS/0. 5% BSA, 150 μ 1/孔)與一起溫育1_2小 時，封閉非特異性結(jié)合位點。用清洗液(PBS/0.05% Tween)清洗板后，添加在測定緩沖液 (PBS/0.5% BSA/0.05% Tween-20/10ppm Proclin 300/0. 25% CHAPS/0. 35M NaCl/5mM EDTA，pH 7.4)中稀釋的標準品或樣品(100 μ 1/孔)。溫育2小時后，清洗板，添加偶聯(lián)有 HRP的抗體(100 μ 1/孔)并再溫育1小時。再次清洗后，添加IOOul四甲基聯(lián)苯胺底物 (TMB)，容許顯色15-30分鐘，并通過添加IM磷酸(100 μ 1/孔)來終止反應(yīng)。使用微量板 讀板儀(ThermoLabsystems，F(xiàn)inland)于450_630nm波長讀板。自標準曲線的4參數(shù)擬合 外推樣品中的蛋白質(zhì)濃度。多路免疫測定法數(shù)據(jù)還使用General Meso Scale Discovery MSD多路規(guī)程(血管損害組I、II和生長 因子組)收集免疫測定法數(shù)據(jù)。簡言之，將板在150ul/孔封閉液A(組I、II)或酪蛋白緩沖 液(生長因子組)中于室溫在搖動中封閉至少1小時。將板用PBS/0. 05% Tween-20(組I、 II)或PBS(生長因子組)清洗3次。向板添加40μ1/孔(組Ι、ΙΙ)測定稀釋液和10μ1/ 孔校準品或樣品(在封閉液A中1 5預(yù)稀釋(組Ι、ΙΙ))或25μ1/孔測定稀釋液和25μ1/ 孔校準品或樣品(在測定稀釋液中1 5預(yù)稀釋(生長因子組))，并將這些于室溫在搖動 中溫育2小時。將板清洗3次，之后添加25ul/孔檢測抗體試劑并于室溫在搖動中溫育1 小時。清洗板并添加150ul/孔含表面活性劑的IX閱讀緩沖液T并在MSD 6000成像儀上 讀數(shù)。還在Rules-Based Medicine (Austin, Texas)使用 HumanMAP 1· 6 版基于珠的測定 法收集多路免疫測定法數(shù)據(jù)。所述測定法是一式三份實施的。實施例2 生物標志物數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析對生物標志物數(shù)據(jù)的分析是使用熱圖進行的，熱圖是研究多變量數(shù)據(jù)(諸如自 DNA微陣列生成的數(shù)據(jù))例行實施的一類簇分析(Eisen，Μ. B.，SpelIman, P. Τ.，Brown, P. 0.，and Botstein, D. Cluster analysis and display ofgenome-wide expression patterns. PNAS 95 (25)，14863-14868，1998)。為在基線時測量得到的生物標志物數(shù)據(jù)、在 第一次腫瘤評估(第56天)時測量得到的數(shù)據(jù)、和這兩次評估(基線和第56天)之間的差 異分開生成熱圖。分析是使用廣泛可得的統(tǒng)計分析程序R實施的。為了為分析準備數(shù)據(jù)，首先如下將它們相對于Z得分標準化。在每個數(shù)據(jù)集內(nèi)，通過減去它們的均值來集中每種 生物標志物的數(shù)值，然后通過將集中后的數(shù)值除以它們的均方根值(這是通過計算集中后 的數(shù)值的平方的總和的平方根除以數(shù)值數(shù)目減1獲得的)來定標。對于差異熱圖，作為基 線和第56天Z得分之間的差異來計算Z得分，在組合數(shù)據(jù)集上計算。觀察到的生物標志物數(shù)值的Z得分指示該數(shù)值比觀察到的或建立的均值高或低 的標準偏差數(shù)目。Z得分的可能范圍介于負無窮大和正無窮大之間。為了為簇分析準備好 數(shù)據(jù)，我們將這些Z得分換算成Z得分分位數(shù)，它的可能范圍介于0和1之間。Z得分分位 數(shù)為標準正態(tài)隨機變量會距均值給定數(shù)目個標準偏差的概率。然后使用R中的熱圖功能以缺省值自Z得分分位數(shù)生成熱圖。這生成了數(shù)據(jù)的彩 色圖像，其中生物標志物的高表達以品紅色呈現(xiàn)，而低表達以青色呈現(xiàn)，其中表達是相當于 數(shù)據(jù)集中的其它樣品而言的。熱圖還使用分級聚簇算法將生物標志物和樣品重排次序，分 級聚簇算法是多變量數(shù)據(jù)分析中已完全建立的規(guī)程。分級聚簇算法首先將每種生物標志物 指派至其自己的簇，然后迭代連接兩個最相似的簇，直至只剩下單個簇。在每個階段，使用 它們的歐幾里得距離來計算各簇之間的距離。使用R中的缺省設(shè)置，也就是，使用完全連接 方法，計算兩個最接近的簇。通過檢查臨床協(xié)變量(也就是，無進展存活、對治療的響應(yīng)、和損害尺寸的變化) 和生物標志物的生物學(xué)特征來解釋這些分析生成的簇。在基線數(shù)據(jù)中，對熱圖的審查揭示 了一簇高表達基因(堿性成纖維細胞生長因子(bFGF)、Rantes、P選擇蛋白、PDGF、VEGF-C、 CD40配體、腦衍生神經(jīng)營養(yǎng)因子(BDNF)和纖溶酶原激活劑抑制劑-I (PAIl))，其符合作為 貝伐單抗治療的好響應(yīng)者的患者發(fā)生率高。然而，不是此類治療的所有響應(yīng)者都展現(xiàn)出這 些基因的高表達。在基線數(shù)據(jù)中，對熱圖的審查還揭示了一簇高表達基因，其符合無進展存 活短(例如小于4個月)的相對較高發(fā)生率。下文表1列出了這些基因。^ 1血清淀粉狀蛋白P補體C3ICAM 1觸珠蛋白C反應(yīng)性蛋白質(zhì)纖維蛋白原sNRPlα-1抗胰蛋白酶VCAM-I白介素6血清淀粉狀蛋白A差異熱圖揭示了與無進展存活短(例如小于4個月)有關(guān)的一簇高表達基因。下 文表2列出了這些基因。
表 2CD40 配體表皮生長因子(EGF)0160]1型金屬蛋白酶組織抑制劑(TIMP-I)0161]腦衍生神經(jīng)營養(yǎng)因子0162]1型纖溶酶原激活劑抑制劑(PAI-I)0163]VEGF C0164]干細胞因子0165]上皮衍生嗜中性粒細胞激活蛋白78(ENA-78，也稱作CXCL5)0166]堿性成纖維細胞生長因子0167]PDGF BB0168]RANTES0169]P-選擇蛋白0170]白介素180171]白介素Ira0172]白介素80173]巨噬細胞炎性蛋白1-α (MIP l-α，也稱作CCL3)0174]ICAM-I0175]CD400176]ICAM-I0177]α-1抗胰蛋白酶0178]腫瘤壞死因子受體II0179]β-2微球蛋白0180]免疫球蛋白IgM0181]免疫球蛋白IgA0182]白介素60183]降鈣素0184]基質(zhì)金屬蛋白酶9(ΜΜΡ-9)
權(quán)利要求
一種鑒定會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法的腎癌患者的方法，包括測定自患者獲得的樣品中表1所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平，其中自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與參照樣品相比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。
2. 一種預(yù)測腎癌患者對抗血管發(fā)生療法的響應(yīng)性的方法，包括測定自患者獲得的樣品中表1所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平， 其中自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與參照樣 品相比升高指示所述患者不太可能響應(yīng)單獨的抗血管發(fā)生療法。
3.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述抗血管發(fā)生療法包含施用VEGF特異性拮抗劑。
4.權(quán)利要求3的方法，其中所述VEGF特異性拮抗劑是抗VEGF抗體。
5.權(quán)利要求4的方法，其中所述抗VEGF抗體是貝伐單抗。
6.權(quán)利要求1或2的方法，其中自患者獲得的樣品是組織樣品或是自血漿獲得的。
7. 一種為腎癌患者制備個性化基因組學(xué)序型的方法，包括測定自患者獲得的樣品中表1所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平， 比較所述表達水平與參照樣品，并創(chuàng)建總結(jié)自所述測定和/或比較步驟獲得的數(shù)據(jù)的報告，其中所述報告包括為所述患 者預(yù)測的單獨的抗血管發(fā)生療法的臨床好處的可能性，其中自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與參照樣 品相比升高指示不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法的臨床好 處的可能性升高。
8. 一種包括陣列的試劑盒，所述陣列包含能夠特異性雜交表1所列一種或多種基因的 多核苷酸，其中所述試劑盒進一步包括使用所述陣列來預(yù)測腎癌患者對單獨的抗血管發(fā)生 療法的響應(yīng)性的指令，其中所述一種或多種基因的表達與參照樣品相比升高指示所述患者 會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。
9. 一種能夠檢測表1所列兩種或更多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平的化合物套組，其 中使用所述化合物套組測定得出，自腎癌患者獲得的樣品中所述兩種或更多種基因或基因 產(chǎn)物的表達與參照樣品相比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗 血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。
10.權(quán)利要求9的化合物套組，其中所述化合物是多核苷酸。
11.權(quán)利要求9的化合物套組，其中所述化合物是蛋白質(zhì)。
12.權(quán)利要求9的化合物套組，其中所述化合物套組能夠檢測表1所列所有基因或基因產(chǎn)物。
13.一種監(jiān)測正在用抗血管發(fā)生療法治療的腎癌患者中的治療進展的方法，包括 測定第一次腫瘤評估時自患者獲得的樣品中表2所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平，其中第一次腫瘤評估時所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與抗血管發(fā)生療 法之前或開始時自所述患者獲得的樣品相比升高指示所述患者傾向于對單獨的抗血管發(fā)生療法的臨床好處降低。
14.一種鑒定會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法 的腎癌患者的方法，包括測定第一次腫瘤評估時自患者獲得的樣品中表2所列一種或多種基因或基因產(chǎn)物的 表達水平，其中第一次腫瘤評估時所述一種或多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平與在抗血管發(fā)生 療法之前或開始時自所述患者獲得的樣品相比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管 發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。
15.權(quán)利要求13或14的方法，其中所述抗血管發(fā)生療法包含施用VEGF特異性拮抗劑。
16.權(quán)利要求15的方法，其中所述VEGF特異性拮抗劑是抗VEGF抗體。
17.權(quán)利要求16的方法，其中所述抗VEGF抗體是貝伐單抗。
18.權(quán)利要求13或14的方法，其中自患者獲得的樣品是組織樣品或是自血漿獲得的。
19.權(quán)利要求13的方法，其中降低的臨床好處是無進展存活短、響應(yīng)率低或總體存活低。
20.一種包括陣列的試劑盒，所述陣列包含能夠特異性雜交表2所列一種或多種基因 的多核苷酸，其中所述試劑盒進一步包括使用所述陣列來檢測腎癌患者對單獨的抗血管發(fā) 生療法的響應(yīng)性的指令，其中第一次腫瘤評估時自所述患者獲得的樣品中所述一種或多種 基因的表達與在抗血管發(fā)生療法之前或開始時自所述患者獲得的樣品相比升高指示所述 患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的抗癌療法。
21.一種能夠檢測表2所列兩種或更多種基因或基因產(chǎn)物的表達水平的化合物套組， 其中使用所述化合物套組測定得出，第一次腫瘤評估時自腎癌患者獲得的樣品中所述兩種 或更多種基因或基因產(chǎn)物的表達與在抗血管發(fā)生療法之前或開始時自所述患者獲得的樣 品相比升高指示所述患者會受益于不同于抗血管發(fā)生療法或包括抗血管發(fā)生療法在內(nèi)的 抗癌療法。
22.權(quán)利要求21的化合物套組，其中所述化合物是多核苷酸。
23.權(quán)利要求21的化合物套組，其中所述化合物是蛋白質(zhì)。
24.權(quán)利要求21的化合物套組，其中所述化合物套組能夠檢測表2所列所有基因或基 因產(chǎn)物。
全文摘要
本文中公開了對于鑒定有可能給癌癥患者賦予最佳臨床好處的療法有用的方法和組合物。
文檔編號C12Q1/68GK101910416SQ200880124321
公開日2010年12月8日 申請日期2008年11月5日 優(yōu)先權(quán)日2007年11月9日
發(fā)明者丹尼爾·S·陳, 托馬斯·D·吳, 珍妮弗·勒庫特 申請人:健泰科生物技術(shù)公司