專利名稱：炎性腸病的基因表達(dá)標(biāo)志物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及炎性腸病發(fā)病機(jī)制中的基因表達(dá)序型，包括在炎性腸病的檢測(cè)和診斷 中的用途。
背景技術(shù)：
免疫相關(guān)和炎性疾病是相當(dāng)復(fù)雜的、常常是多個(gè)互聯(lián)的生物學(xué)途徑的表現(xiàn)或結(jié) 果，這些生物學(xué)途徑在正常生理學(xué)中對(duì)于應(yīng)答攻擊或損傷、啟動(dòng)對(duì)攻擊或損傷的修復(fù)、和發(fā) 動(dòng)針對(duì)外來生物體的先天性和獲得性防御是至關(guān)重要的。在這些正常生理學(xué)途徑引起另外 的攻擊或損傷時(shí)，或是與應(yīng)答的強(qiáng)度直接相關(guān)，作為異常調(diào)節(jié)或過度刺激的后果，作為與自 身的反應(yīng)，或者作為上述的組合，發(fā)生疾病或病理學(xué)狀況。盡管這些疾病的起源常常牽涉多步驟途徑，而且常常累及多個(gè)不同的生物學(xué)系統(tǒng) /途徑，一個(gè)或多個(gè)這些途徑中臨界點(diǎn)的干預(yù)可具有改善或治療效果。治療性干預(yù)可以通過 有害過程/途徑的拮抗作用或有益過程/途徑的刺激作用而發(fā)生。許多免疫相關(guān)疾病是已知的，而且已經(jīng)廣泛研究。此類疾病包括免疫介導(dǎo)的炎性 疾病、非免疫介導(dǎo)的炎性疾病、感染性疾病、免疫缺陷病、瘤形成等。術(shù)語炎性腸病(“IBD”)描述了起因未知的一組慢性炎性病癥，其中腸發(fā)生炎 癥，常常引起反復(fù)的腹部絞痛或腹瀉。IBD在美國的流行程度估計(jì)是每100，000人約200 例。IBD患者可分成兩大組，具有潰瘍性結(jié)腸炎(ulcerativecolitis) ( “UC”)的和具有 克羅恩氏病(Crohn’ s disease)的(“CD，，)。UC和CD都是慢性復(fù)發(fā)性疾病，而且是在 暴露于尚未明確確定的環(huán)境刺激的遺傳易感個(gè)體中發(fā)生的復(fù)雜臨床表現(xiàn)(Bonen和Cho， Gastroenterology. 2003 ；124 :521_536 ；Gaya et al. Lancet. 2006 ；367 :1271_1284)。盡管IBD的起因仍然未知，但已經(jīng)知道與幾種因素，諸如遺傳、感染和免疫學(xué)易感 性有關(guān)。IBD在高加索人(白種人)中常見得多，尤其是猶太人后裔。該狀況的慢性炎性性 質(zhì)促使深入研究可能的感染原因。盡管已經(jīng)找到了激發(fā)急性炎癥的因素，尚未找到引起與 IBD有關(guān)的慢性炎癥的因素。IBD是自身免疫病的假說得到先前所述IBD的腸外表現(xiàn)有關(guān) 節(jié)炎及用已知遏制免疫應(yīng)答的藥劑諸如腎上腺糖皮質(zhì)激素、環(huán)孢霉素和硫唑嘌呤治療IBD 獲得已知積極響應(yīng)的支持。另外，胃腸道比機(jī)體的任何其它器官更多地連續(xù)暴露于潛在抗 原性物質(zhì)諸如來自食物的蛋白質(zhì)、細(xì)菌副產(chǎn)物(LPS)等。UC和CD的診斷標(biāo)準(zhǔn)有足夠的交疊，使得有時(shí)不可能說清楚具體患者得的是哪種 ?。蝗欢?，通常看到的損害類型是不同的，是局部化的。UC大多出現(xiàn)在結(jié)腸中，接近直腸，而特征性的損害是粘膜淺表潰瘍；CD可出現(xiàn)在腸的任何部位，偶爾涉及胃、食管和十二指腸， 而且損害通常描述為廣泛的線性裂隙。IBD的當(dāng)前療法通常涉及施用抗炎劑或免疫抑制劑，諸如柳氮磺吡啶、皮質(zhì)類固 醇、6-巰基嘌呤/硫唑嘌呤、或環(huán)孢霉素，通常只帶來部分結(jié)果。如果抗炎/免疫抑制療法 失敗，那么結(jié)腸切除術(shù)是最后一道防線。不涉及直腸的CD的典型手術(shù)是沒有造瘺術(shù)的切除 術(shù)(切除患病腸段)和吻合術(shù)(重接)?？梢郧谐∧c或大腸節(jié)段。約30%的CD患者會(huì) 在診斷后第一年內(nèi)需要手術(shù)。在后續(xù)年份里，比率是每年約5%。不幸的是，CD的特征在于 高復(fù)發(fā)率；在首次手術(shù)后每年有約5%的患者需要第二次手術(shù)。改進(jìn)炎性腸病診斷涉及使用標(biāo)準(zhǔn)分類標(biāo)準(zhǔn)來評(píng)估疾病進(jìn)展?fàn)顟B(tài)。IBD中所使用的 分類系統(tǒng)包括 Truelove 和 Witts 指數(shù)(Truelove S. C.和 Witts，L. J. BrMed J. 1955 ；2 1041-1048)，其將結(jié)腸炎分類為輕度、中度、或重度，以及Lennard-Jones (Lennard-Jones JE. Scand J Gastroenterol Suppl 1989 ;170 :2_6)和簡(jiǎn)單臨床結(jié)腸炎活動(dòng)指數(shù)(SCCAI) (ffalmsley et al. Gut. 1998 ;43 :29_32)。這些系統(tǒng)跟蹤諸如每日腸運(yùn)動(dòng)、直腸出血、溫度、 心率、血紅蛋白水平、紅細(xì)胞沉降率、體重、血細(xì)胞比容得分、和血清清蛋白水平等變量。在大約10-15%的病例中，不能做出確定性的潰瘍性結(jié)腸炎或克羅恩氏病的診 斷，而且此類病例常常稱作“不明確的結(jié)腸炎(indeterminate colitis)”。有兩種抗體 檢測(cè)測(cè)試能幫助診斷，每一種測(cè)定血液中的抗體。所述抗體是“核周抗嗜中性粒細(xì)胞抗 體”(pANCA)和“抗釀酒酵母抗體”(ASCA)。大多數(shù)潰瘍性結(jié)腸炎患者具有pANCA抗體但 沒有ASCA抗體，而大多數(shù)克羅恩氏病患者具有ASCA抗體但沒有pANCA抗體。然而，這兩 種測(cè)試有缺點(diǎn)，因?yàn)橐恍┗颊邇煞N抗體都沒有，而一些克羅恩氏病患者可以只有pANCA抗 體。對(duì)于臨床實(shí)踐，一種會(huì)基于分子標(biāo)志物而非變量程度測(cè)量來指示IBD的存在和/或 進(jìn)展的可靠測(cè)試對(duì)于鑒定和/或治療IBD個(gè)體會(huì)是有用的。沒有假設(shè)，連鎖和關(guān)聯(lián)研究 鑒定了與UC有關(guān)的遺傳基因座，特別是染色體6上的MHC區(qū)(Rioux et al. Am J Hum Genet. 2000 ；66 :1863_1870 ；Stokkers et al. Gut. 1999 ；45 :395_401 ；Van Heel et al. Hum Mol Genet. 2004 ;13 :763-770)、染色體 12 上的 IBD2 基因座(Parkes et al. Am J Hum Genet. 2000 ；67 1605-1610 ；Satsangi et al. Nat Genet. 1996 ；14 199-202)和染色體5 上 的 IBD5基因座(Giallourakis et a 1. AmJ. Hum Genet. 2003 ；73 205-211 ；Palmieri et al Aliment Pharmacol Ther. 2006；23 :497_506 ；Russell et al.Gut. 2006 ；55 :1114_1123 ； Waller et al. Gut. 2006 ;55 :809_814)。在鑒定染色體7q上UC關(guān)聯(lián)的推定基因座的全英 國連鎖掃描之后，進(jìn)一步的研究將涉及細(xì)胞解毒的ABCBl (MDRl)基因的變體與UC聯(lián)系起來 (Satsangi et al. Nat Genet. 1996 ；14 199-202 ；Brant et al. Am J HumGenet. 2003 ；73 1282-1292 ；Ho et al. Gastroenterology. 2005 ；128 :288_296)。一種針對(duì)導(dǎo)致炎性腸病(IBD)中觀察到的慢性腸炎的復(fù)雜基因-基因和基因-環(huán) 境關(guān)系的鑒定和理解的補(bǔ)充方法是微陣列基因表達(dá)分析。微陣列容許在組織和細(xì)胞水平獲 得基因表達(dá)的全面圖像，如此幫助理解潛在的病理-生理過程(Stoughton et al.Annu Rev Biochem. 2005 ；74 :53_82)。1997年首次將微陣列分析應(yīng)用于IBD患者，將CD患者的手術(shù)切 除術(shù)中96種基因的表達(dá)與類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者的滑膜組織比較(Heller et al. Proc Natl Acad Sci U S Α. 1997 ；94 =2150-2155) 使用微陣列平臺(tái)來調(diào)查來自IBD患者的手術(shù)標(biāo)本 的進(jìn)一步研究鑒定了比較患病組織與對(duì)照時(shí)差異調(diào)節(jié)的多種新基因(Dieckgraefe etal.Physiol Genomics. 2000；4 :1_11 ；Lawrance et al. Hum Mol Genet. 2001；10 :445_456)。一種針對(duì)導(dǎo)致炎性腸病(IBD)中觀察到的慢性腸炎的復(fù)雜基因-基因和基因-環(huán) 境關(guān)系的鑒定和理解的補(bǔ)充方法是微陣列基因表達(dá)分析。微陣列容許在組織和細(xì)胞水平獲 得基因表達(dá)的全面圖像，如此幫助理解潛在的病理-生理過程(Stoughton et al.Annu Rev Biochem. 2005 ；74 :53_82)。1997年首次將微陣列分析應(yīng)用于IBD患者，將CD患者的手術(shù)切 除術(shù)中96種基因的表達(dá)與類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者的滑膜組織比較(Heller et al. Proc Natl Acad Sci U S Α. 1997 ；94 =2150-2155) 使用微陣列平臺(tái)來調(diào)查來自IBD患者的手術(shù)標(biāo)本 的進(jìn)一步研究鑒定了比較患病組織與對(duì)照時(shí)差異調(diào)節(jié)的多種新基因(Dieckgraefe etal. Physiol Genomics.2000 ；4 :1_11；Lawrance et al. Hum Mol Genet.2001 ；10 445-456)。內(nèi)窺鏡夾取粘膜活檢容許調(diào)查人員對(duì)來自較大范圍患者(涵蓋病情不太 嚴(yán)重的)的組織進(jìn)行微陣列分析。Langmarm等人使用微陣列技術(shù)來分析來自結(jié)腸 和回腸末端宏觀上不受影響的區(qū)域的活檢標(biāo)本中的22，283種基因(Langmarm et al. Gastroenterology. 2004 ；127 26-40)。涉及細(xì)胞解毒和生物轉(zhuǎn)化(孕燒X受體和MDR1) 的基因在UC患者的結(jié)腸中顯著下調(diào)，然而，這些基因在來自CD患者的活檢中的表達(dá)沒有變 化。Costello 和同事(Costello et al. PLoS Med. 2005 ；2 :el99)查看自健康對(duì)照、CD和 UC 患者獲得的內(nèi)窺鏡乙狀結(jié)腸活檢中33792種序列的表達(dá)。許多代表新蛋白質(zhì)的序列受到差 異調(diào)節(jié)，而且芯片分析提示這些蛋白質(zhì)具有與疾病發(fā)病機(jī)制有關(guān)的推定功能一轉(zhuǎn)錄因子、 信號(hào)傳導(dǎo)分子和細(xì)胞粘著。在對(duì)UC 患者的研究中，Okahara 等人(Aliment Pharmacol Ther. 2005 ；21 1091-1097)觀察到與不發(fā)炎的活檢相比，在發(fā)炎的活檢中遷移抑制因子相關(guān)蛋白 14(MRP14)、生長(zhǎng)相關(guān)癌基因γ (GROy)和血清淀粉狀蛋白Al (SAAl)上調(diào)而TIMPl和elfin 下調(diào)。在觀察41種趨化因子和21種趨化因子受體時(shí)，Puleston等人展示了趨化因子CXCL 1-3 和 8 和 CCL20 在活動(dòng)性結(jié)腸 CD 和 UC 中上調(diào)(Aliment Pharmacol Ther. 2005 ；21 109-120)。總之，這些研究例示了早期微陣列平臺(tái)和組織收集的不均一性。然而，盡管有這 些問題，還是一致地觀察到了多種基因的差異表達(dá)。盡管有上文鑒定的IBD研究中的進(jìn)展，還非常需要能夠檢測(cè)哺乳動(dòng)物中的IBD和 有效治療這種病癥的另外的診斷劑和治療劑。因此，本發(fā)明提供了與正常組織相比在IBD 中過表達(dá)的多核苷酸和多肽，使用那些多肽及其編碼核酸來檢測(cè)或診斷哺乳動(dòng)物受試者中 IBD的存在及隨后用合適的IBD治療劑治療那些檢測(cè)有IBD的受試者的方法。本發(fā)明提供了用于檢測(cè)炎性腸病(IBD)(包括潰瘍性結(jié)腸炎(UC)和克羅恩氏病 (CD))的存在和確定其進(jìn)展的方法。本文中所公開的發(fā)明提供了檢查哺乳動(dòng)物組織或細(xì)胞樣品中一種或多種基因表 達(dá)標(biāo)志物的表達(dá)的方法和測(cè)定法，其中一種或多種此類生物標(biāo)志物的表達(dá)預(yù)示采集組織或 細(xì)胞樣品的哺乳動(dòng)物受試者是否更有可能具有IBD。在本發(fā)明的各種實(shí)施方案中，所述方法 和測(cè)定法檢查基因表達(dá)標(biāo)志物(諸如表1、2、和3所列的)的表達(dá)并確定表達(dá)是否高于或低 于對(duì)照樣品。本發(fā)明的這些和其它實(shí)施方案對(duì)于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員會(huì)是顯而易見的。發(fā)明概述一方面，本發(fā)明關(guān)注檢測(cè)或診斷哺乳動(dòng)物受試者中的炎性腸病(IBD)的方法，包括確定自受試者獲得的生物學(xué)樣品中(i)編碼選自表1、2、或3的一種或多種多肽的一種或 多種核酸的，或(ii)選自表1、2、或3的一種或多種基因的RNA轉(zhuǎn)錄物或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá) 水平相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平不同，其中表達(dá)有差異指示受試者更有可能具有IBD。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述診斷或檢測(cè)哺乳動(dòng)物受試者中IBD的存在的方法包括確 定自受試者獲得的測(cè)試樣品中(i)編碼選自表1A、2、或3A的一種或多種多肽的一種或多種 核酸的；或(ii)選自表1A、2或3A的一種或多種基因的RNA轉(zhuǎn)錄物或其表達(dá)產(chǎn)物相對(duì)于對(duì) 照中的表達(dá)水平較高，其中較高水平的表達(dá)指示獲得測(cè)試樣品的受試者中IBD的存在。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述診斷或檢測(cè)哺乳動(dòng)物受試者中IBD的存在的方法包括 確定自受試者獲得的測(cè)試樣品中(i)編碼選自表IB或3B的一種或多種多肽的一種或多種 核酸的；或(ii)選自表IB或3B的一種或多種基因的RNA轉(zhuǎn)錄物或其表達(dá)產(chǎn)物相對(duì)于對(duì)照 中的表達(dá)水平較低，其中較低水平的表達(dá)指示獲得測(cè)試樣品的受試者中IBD的存在?！矫妫龇椒ㄡ槍?duì)診斷或檢測(cè)先前診斷有IBD且當(dāng)前處于減退的哺乳動(dòng)物受 試者中IBD的突發(fā)(flare-up)。所述受試者可已經(jīng)完成IBD治療或當(dāng)前正在接受IBD治 療。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括確定自哺乳動(dòng)物受試者獲得的生物學(xué)樣品中(i)編 碼選自表1、2、或3的一種或多種多肽的一種或多種核酸的；或(ii)選自表1、2或3的一 種或多種基因的RNA轉(zhuǎn)錄物或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平不同，其中 表達(dá)有差異指示受試者更有可能具有IBD突發(fā)?；蛘撸蓪⑺鰷y(cè)試樣品與在初始IBD診 斷之前、之后、或之時(shí)獲得的哺乳動(dòng)物受試者的在先測(cè)試樣品比較，如果可得的話。所有方面，所述哺乳動(dòng)物受試者優(yōu)選是人受試者，諸如診斷有IBD或有風(fēng)險(xiǎn)形成 IBD的人患者。所述受試者還可以是接受過在先IBD治療但處于IBD復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的IBD患者。對(duì)于本發(fā)明方法的所有方面，確定本文所述一種或多種基因(或編碼由一種或多 種此類基因表達(dá)的多肽的一種或多種核酸)的表達(dá)水平可以通過例如基因表達(dá)序型分析 的方法來獲得。所述基因表達(dá)序型分析的方法可以是例如基于PCR的方法。在各種實(shí)施方案中，所述診斷包括(i)編碼選自表1、2、或3的一種或多種多肽的 一種或多種核酸的；或(ii)選自表1、2或3的一種或多種基因的RNA轉(zhuǎn)錄物或其表達(dá)產(chǎn)物 的表達(dá)水平的定量，諸如通過免疫組織化學(xué)(IHC)和/或熒光原位雜交(FISH)。對(duì)于本發(fā)明的所有方面，所述基因的表達(dá)水平可以是相對(duì)于一種或多種參照基因 或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化的。對(duì)于本發(fā)明的所有方面，所述方法可進(jìn)一步包括確定至少兩種、三種、四種、五種、 六種、七種、八種、九種、十種、十一種、十二種、十三種、十四種、十五種、十六種、十七種、 十八種、十九種、或二十種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的證據(jù)。另一方面，本發(fā)明的方法還涵蓋此類基因(即如本文中所公開的IBD標(biāo)志物)的 集合/集(panel)基于其表達(dá)水平的證據(jù)的用途。在一些實(shí)施方案中，所述IBD標(biāo)志物集會(huì) 包括至少一種、兩種、三種、四種、五種、六種、七種、八種、九種、十種、i^一種、十二種、十三 種、十四種、十五種、十六種、十七種、十八種、十九種或二十種IBD標(biāo)志物。所述集合可包括 在IBD中相對(duì)于對(duì)照過表達(dá)的IBD標(biāo)志物、在IBD中相對(duì)于對(duì)照表達(dá)不足的IBD標(biāo)志物、或 在IBD中相對(duì)于對(duì)照既過表達(dá)又表達(dá)不足的IBD標(biāo)志物。此類集合可用于對(duì)哺乳動(dòng)物受試 者篩選一種或多種IBD標(biāo)志物的差異表達(dá)以做出受試者中是否存在IBD的決定。在一個(gè)實(shí)施方案中，構(gòu)成所述集合的IBD標(biāo)志物選自表1、2、和3。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述診斷或檢測(cè)哺乳動(dòng)物受試者中IBD的存在的方法包括確定自受試者獲得 的測(cè)試樣品中來自IBD標(biāo)志物集的RNA轉(zhuǎn)錄物或其表達(dá)產(chǎn)物相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平的差 異表達(dá)水平，其中差異表達(dá)水平指示獲得測(cè)試樣品的受試者中IBD的存在。測(cè)試樣品中的 差異表達(dá)可以是相對(duì)于對(duì)照的較高和/或較低，如本文中所討論的。對(duì)于本發(fā)明的所有方面，所述方法可進(jìn)一步包括創(chuàng)建匯總所述預(yù)測(cè)的報(bào)告的步 馬聚ο對(duì)于所有方面，依照本發(fā)明方法診斷或檢測(cè)的IBD是克羅恩氏病(CD)、潰瘍性結(jié) 腸炎(UC)、或CD和UC 二者。對(duì)于本發(fā)明的所有方面，自哺乳動(dòng)物受試者獲得的測(cè)試樣品可衍生自結(jié)腸組織活 檢。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述活檢是選自下組的組織回腸末端、升結(jié)腸、降結(jié)腸、和 乙狀結(jié)腸。在其它優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述活檢樣品來自發(fā)炎的結(jié)腸區(qū)域或來自不發(fā)炎的 結(jié)腸區(qū)域。所述發(fā)炎的結(jié)腸區(qū)域可以是急性發(fā)炎的或慢性發(fā)炎的。對(duì)于所有方面，確定表達(dá)水平可發(fā)生超過一次。對(duì)于本發(fā)明的所有方面，確定表達(dá) 水平可發(fā)生在患者在任何手術(shù)之前和/或之后接受任何治療之前。在一些實(shí)施方案中，確 定步驟指示手術(shù)之后哺乳動(dòng)物受試者中IBD的復(fù)發(fā)或指示所述哺乳動(dòng)物受試者中所述IBD 的突發(fā)。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述IBD是克羅恩氏病。另一方面，本發(fā)明關(guān)注治療哺乳動(dòng)物受試者的方法，其中已經(jīng)通過本文所述方法 檢測(cè)到IBD的存在。例如，在確定自哺乳動(dòng)物受試者獲得的測(cè)試樣品展現(xiàn)本文所述IBD標(biāo) 志物的一種或多種RNA轉(zhuǎn)錄物或相應(yīng)基因產(chǎn)物相對(duì)于對(duì)照的差異表達(dá)之后，所述哺乳動(dòng)物 受試者可施用IBD治療劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，治療有所需要的哺乳動(dòng)物受試者中IBD的方法包括(a)確定 相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平自所述受試者獲得的測(cè)試樣品中(i)編碼選自表1、2、或3的一種 或多種多肽的一種或多種核酸的；或(ii)選自表1、2或3的一種或多種基因的RNA轉(zhuǎn)錄物 或其表達(dá)產(chǎn)物的差異表達(dá)水平，其中所述差異表達(dá)水平指示獲得測(cè)試樣品的受試者中IBD 的存在；并(b)對(duì)所述受試者施用有效量的IBD治療劑。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述治 療IBD的方法包括(a)確定自受試者獲得的測(cè)試樣品中(i)編碼選自表1A、2、或3A的一種 或多種多肽的一種或多種核酸的；或(ii)選自表1A、2或3A的一種或多種基因的RNA轉(zhuǎn)錄 物或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平較高，其中較高水平的表達(dá)指示獲得 測(cè)試樣品的受試者中IBD的存在；并(b)對(duì)所述受試者施用有效量的IBD治療劑。在另一 個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述治療IBD的方法包括(a)確定自受試者獲得的測(cè)試樣品中(i) 編碼選自表IB或3B的一種或多種多肽的一種或多種核酸的；或(ii)選自表IB或3B的一 種或多種基因的RNA轉(zhuǎn)錄物或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平較低，其中 較低水平的表達(dá)指示獲得測(cè)試樣品的受試者中IBD的存在。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，所 述IBD治療劑是氨基水楊酸鹽、皮質(zhì)類固醇、和免疫抑制劑中一項(xiàng)或多項(xiàng)。一方面，上文所討論的IBD標(biāo)志物集在治療哺乳動(dòng)物受試者中的IBD的方法中是 有用的。在一個(gè)實(shí)施方案中，針對(duì)所述標(biāo)志物集篩選所述哺乳動(dòng)物受試者，并如果確定IBD 存在，那么可如本文中所討論的施用IBD治療劑。在一個(gè)不同的方面，本發(fā)明關(guān)注試劑盒，其包含適合于實(shí)施本發(fā)明方法的下列一 項(xiàng)或多項(xiàng)(1)提取緩沖液/試劑和方案(protocal) ； (2)逆轉(zhuǎn)錄緩沖液/試劑和方案；
9和(3)qPCR緩沖液/試劑和適合實(shí)施本發(fā)明方法的方案。所述試劑盒可包含數(shù)據(jù)檢索 (retrieval)和分析軟件。在一個(gè)實(shí)施方案中，其差異表達(dá)指示IBD的基因是GLI1。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所 述GLIl基因是GLIl變體。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，所述GLIl變體是如實(shí)施例4中所描 述的 rs2228226C — G(QllOOE)。通過述及將本文中所提及的所有出版物收入本文以披露和記載與所引用的出版 物有關(guān)的方法和/或材料。引用本文中所引用的出版物，以引用它們?cè)诒旧暾?qǐng)的申請(qǐng)日之 前公開的內(nèi)容。這里絕不能解釋為承認(rèn)本發(fā)明人沒有資格憑借較早的優(yōu)先權(quán)日或在先發(fā)明 日而早于所述出版物。另外，實(shí)際的出版日期可能與所顯示的出版日期不同，需要獨(dú)立的核查。附圖簡(jiǎn)述

圖1顯示了來自通過無監(jiān)督分級(jí)聚簇分析(unsupervised hierarchicalclustering)的對(duì)照患者的組織學(xué)正常活檢。圖2顯示了潰瘍性結(jié)腸炎患者和對(duì)照中防衛(wèi)素α 5和6的表達(dá)。圖3顯示了潰瘍性結(jié)腸炎和對(duì)照中基質(zhì)金屬蛋白酶(MMP) 3和7的表達(dá)。圖4顯示了對(duì)照和潰瘍性結(jié)腸炎發(fā)炎的和不發(fā)炎的乙狀結(jié)腸活檢中SAA1、IL_8、 防衛(wèi)素α 5、和防衛(wèi)素α 6的實(shí)時(shí)PCR表達(dá)。圖5顯示了對(duì)照和潰瘍性結(jié)腸炎發(fā)炎的和不發(fā)炎的乙狀結(jié)腸活檢中ΜΜΡ3、ΜΜΡ7、 S100A8、和TLR4的實(shí)時(shí)PCR表達(dá)。圖6顯示了潰瘍性結(jié)腸炎患者和對(duì)照的回腸末端和結(jié)腸中防衛(wèi)素α 5的原位雜 、-父。圖7顯示了潰瘍性結(jié)腸炎患者和對(duì)照的回腸末端和結(jié)腸中防衛(wèi)素α 6的原位雜 、-父。圖8Α和8Β描繪了編碼人DEFA6多肽的核酸序列(SEQ ID NO 1)和人DEFA6多肽 的氨基酸序列(SEQ ID NO :2)。圖9Α和9Β描繪了編碼人DEFA5多肽的核酸序列(SEQ ID NO 3)和人DEFA5多肽 的氨基酸序列(SEQ ID NO :4)。圖9C和9D描繪了編碼人DEFB14多肽的核酸序列(SEQ ID NO 210)和人DEFB14多肽的氨基酸序列(SEQ IDNO :211)。圖IOA和IOB描繪了編碼人IL3RA多肽的核酸序列(SEQ ID NO 5)和人IL3RA多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO :6)。圖IlA和IlB描繪了編碼人IL2RA多肽的核酸序列(SEQ ID NO 7)和人IL2RA多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO :8)。圖12Α和12Β描繪了編碼人REG3G多肽的核酸序列(SEQ ID NO 9)和人REG3G多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 10)。圖13A和13B描繪了編碼人REGlB多肽的核酸序列(SEQ ID NO 11)和人REGlB 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 12)。圖14A和14B描繪了編碼人KCND3多肽的核酸序列(SEQ ID NO 13)和人KCND3 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 14)。圖15A和15B描繪了編碼人MIP_3a多肽的核酸序列(SEQ ID NO 15)和人MIP_3a多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 16)。圖16A和16B描繪了編碼人ECGFl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 17)和人ECGFl 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 18)。圖17A和17B描繪了編碼人ILlB多肽的核酸序列(SEQ ID NO 19)和人ILlB多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 20)。圖18A和18B描繪了編碼人MIP2BGR0-g多肽的核酸序列(SEQ ID NO 21)和人 MIP2BGR0-g多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 22)。圖19A和19B描繪了編碼人CXCLl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 23)和人CXCLl 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 24)。圖20A和20B描繪了編碼人IAPl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 25)和人IAPl多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 26)。圖21A和21B描繪了編碼人CASP5多肽的核酸序列(SEQ ID NO 27)和人CASP5 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 28)。圖22k和22B描繪了編碼人DMBTl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 29)和人DMBTl 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 30)。圖23A和23B描繪了編碼人PCDH17多肽的核酸序列(SEQ ID NO 31)和人PCDH17 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 32)。圖24A和24B描繪了編碼人IFITMl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 33)和人IFITMl 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 34)。圖25A和25B描繪了編碼人PDZK1IP1多肽的核酸序列(SEQ ID NO :35)和人 PDZK1IP1多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO :36)。圖26A和26B描繪了編碼人IRTA2多肽的核酸序列(SEQ ID NO 37)和人IRTA2 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 38)。圖27A和27B描繪了編碼人SLC40A1多肽的核酸序列(SEQ ID NO 39)和人 SLC40A1多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 40)。圖28A和28B描繪了編碼人IGHV4-4多肽的核酸序列(SEQ ID NO :41)和人 IGHV4-4多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 42)。圖29A和29B描繪了編碼人REG3G多肽的核酸序列(SEQ ID NO 43)和人REG3G 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 44)。圖30A和30B描繪了編碼人AQP9多肽的核酸序列(SEQ ID NO 45)和人AQP9多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 46)。圖31A和31B描繪了編碼人0LFM4多肽的核酸序列(SEQ ID NO 47)和人0LFM4 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 48)。圖32A和32B描繪了編碼人S100A9多肽的核酸序列(SEQ ID NO 49)和人S100A9 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 50)。圖33A和33B描繪了編碼人UNC5CL多肽的核酸序列(SEQ ID NO 51)和人UNC5CL 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 52)。圖34A和34B描繪了編碼人GPRllO多肽的核酸序列(SEQ ID NO 53)和人GPRllO 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 54)。
圖35A和35B描繪了編碼人HLA-G多肽的核酸序列(SEQ ID NO 55)和人HLA-G 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 56)。圖36A和36B描繪了編碼人TAPl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 57)和人TAPl多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 58)。圖37A和37B描繪了編碼人MAP3K8多肽的核酸序列(SEQ ID NO 59)和人MAP3K8 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 60)。圖38A和38B描繪了編碼人UBD|GABBR1多肽的核酸序列(SEQ IDNO 61)和人 UBD I GABBRl多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO :62)。圖39A和39B描繪了編碼人DHX57多肽的核酸序列(SEQ ID NO 63)和人DHX57 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 64)。圖40A和40B描繪了編碼人MA多肽的核酸序列(SEQ ID NO 65)和人MA多肽的 氨基酸序列(SEQ ID NO 66)。圖41A和41B描繪了編碼人IGLJC0R18多肽的核酸序列(SEQ ID NO 67)和人 IGLJC0R18多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 68)。圖42A和42B描繪了編碼人HLA-G多肽的核酸序列(SEQ ID NO :69)和人HLA-G 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 70)。圖43A和43B描繪了編碼人SAAl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 71)和人SAAl多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 72)。圖44A和44B描繪了編碼人TAP2多肽的核酸序列(SEQ ID NO 73)和人TAP2多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 74)。圖45A和45B描繪了編碼人PCAA17448多肽的核酸序列(SEQ ID NO 75)和人 PCAA17448多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 76)。圖46A和46B描繪了編碼人LCN2多肽的核酸序列(SEQ ID NO 77)和人LCN2多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 78)。圖47A和47B描繪了編碼人ZBPl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 79)和人ZBPl多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 80)。圖48A和48B描繪了編碼人TNIP3多肽的核酸序列(SEQ ID NO 81)和人TNIP3 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 82)。圖49A和49B描繪了編碼人ZC3H12A多肽的核酸序列(SEQ ID NO 83)和人 ZC3H12A多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 84)。圖50A和50B描繪了編碼人CHI3L1多肽的核酸序列(SEQ ID NO 85)和人CHI3L1 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 86)。圖51A和51B描繪了編碼人FCGR3A多肽的核酸序列(SEQ ID NO 87)和人FCGR3A 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 88)。圖52A和52B描繪了編碼人SAMD9L多肽的核酸序列(SEQ ID NO 89)和人SAMD9L 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 90)。圖53A和53B描繪了編碼人MMP9多肽的核酸序列(SEQ ID NO 91)和人MMP9多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 92)。圖54A和54B描繪了編碼人MMP7多肽的核酸序列(SEQ ID NO 93)和人MMP7多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 94)。圖55A和55B描繪了編碼人BF多肽的核酸序列(SEQ ID NO 95)和人BF多肽的 氨基酸序列(SEQ ID NO 96)。圖56A和56B描繪了編碼人S100P多肽的核酸序列(SEQ ID NO 97)和人S100P 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 98)。圖57A和57B描繪了編碼人GRO多肽的核酸序列(SEQ ID NO 99)和人GRO多肽 的氨基酸序列(SEQ ID NO 100)。圖58A和58B描繪了編碼人INDO多肽的核酸序列(SEQ ID NO 101)和人INDO多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 102)。圖59A和59B描繪了編碼人TRIM22多肽的核酸序列(SEQ ID NO 103)和人TRIM22 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 104)。圖60A和60B描繪了編碼人SAA2多肽的核酸序列(SEQ ID NO 105)和人SAA2多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 106)。圖61A和61B描繪了編碼人NEU4多肽的核酸序列(SEQ ID NO 107)和人NEU4多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 108)。圖62A和62B描繪了編碼人IRTA2/FCRH5多肽的核酸序列(SEQ IDNO 109)和人 IRTA2/FCRH5 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:110)。圖63A和63B描繪了編碼人IGLJC0R18多肽的核酸序列(SEQ ID NO 111)和人 IGLJC0R18多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:112)。圖64A和64B描繪了編碼人IGHV4-4多肽的核酸序列(SEQ ID N0:113)和人 IGHV4-4多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:114)。圖65A和65B描繪了編碼人MMP9多肽的核酸序列(SEQ ID NO 115)和人MM9多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 116)0圖66A和66B描繪了編碼人GRO多肽的核酸序列(SEQ ID NO 117)和人GRO多肽 的氨基酸序列(SEQ ID NO: 118)。圖67A和67B描繪了編碼人MIP2BGR0-g多肽的核酸序列(SEQ IDNO 119)和人 MIP2BGR0-g多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:120)。圖68A和68B描繪了編碼人ILlB多肽的核酸序列(SEQ ID NO 121)和人ILlB多 肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:122)。圖69A和69B描繪了編碼人IL3RA多肽的核酸序列(SEQ ID NO 123)和人IL3RA 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:124)。圖70A禾口 70B描繪了編碼人CASPl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 125)和人CASPl 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:126)。圖71A和71B描繪了編碼人BV8多肽的核酸序列(SEQ ID NO 127)和人BV8多肽 的氨基酸序列(SEQ ID N0:128)。圖72A和72B描繪了編碼人用DAC7A多肽的核酸序列(SEQ ID NO 129)和人 HDAC7A多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO :130)。圖73A和73B描繪了編碼人ACVRLl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 131)和人ACVRLl 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:132)。
圖74A禾口 74B描繪了編碼人NR4A1多肽的核酸序列(SEQ ID NO 133)和人NR4A1 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 134)。圖75A和75B描繪了編碼人K5B多肽的核酸序列(SEQ ID NO 135)和人K5B多肽 的氨基酸序列(SEQ ID NO: 136)。圖76A和76B描繪了編碼人SILV多肽的核酸序列(SEQ ID NO 137)和人SILV多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 138)。圖77A和77B描繪了編碼人IRAK3多肽的核酸序列(SEQ ID NO 139)和人IRAK3 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 140)。圖78A禾口 78B描繪了編碼人IL-4多肽的核酸序列(SEQ ID NO 141)和人IL-4多 肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 142)。圖79A禾口 79B描繪了編碼人IL-13多肽的核酸序列(SEQ ID NO 143)和人IL-13 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:144)。圖80A和80B描繪了編碼人RAD50多肽的核酸序列(SEQ ID NO 145)和人RAD50 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:146)。圖81A和81B描繪了編碼人IL-5多肽的核酸序列(SEQ ID NO 147)和人IL-5多 肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:148)。圖82A和82B描繪了編碼人IRFl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 149)和人IRFl多 肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:150)。圖83A和83B描繪了編碼人PDLIM4多肽的核酸序列(SEQ ID NO 151)和人PDLIM4 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:152)。圖84A和84B描繪了編碼人CSF2多肽的核酸序列(SEQ ID NO 153)和人CSF2多 肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:154)。圖85A和85B描繪了編碼人IL-3多肽的核酸序列(SEQ ID NO 155)和人IL-3多 肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:156)。圖86A和86B描繪了編碼人MMP3多肽的核酸序列(SEQ ID NO 157)和人MMP3多 肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:158)。圖87A和87B描繪了編碼人IL-8多肽的核酸序列(SEQ ID NO 159)和人IL-8多 肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:160)。圖88A和88B描繪了編碼人TLR4多肽的核酸序列(SEQ ID NO 161)和人TLR4多 肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:162)。圖89A和89B描繪了編碼人HLA-DRB1多肽的核酸序列(SEQ ID NO 163)和人 HLA-DRBl多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:164)。圖90A和90B描繪了編碼人MMP19多肽的核酸序列(SEQ ID NO 165)和人MMP19 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:166)。圖91A禾口 91B描繪了編碼人TIMPl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 167)和人TIMPl 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:168)。圖92A和92B描繪了編碼人Elfin多肽的核酸序列(SEQ ID NO 169)和人Elfin 多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:170)。圖93A禾口 93B描繪了編碼人CXCLl多肽的核酸序列(SEQ ID NO 171)和人CXCLl多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 172)。圖94A和94B描繪了編碼人DH(ZP586A0522多肽的核酸序列(SEQ IDNO 173)和 人DFKZP586A0522多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 174) 圖95A和95B描繪了編碼人SLC39A5多肽的核酸序列(SEQ ID N0:175)和人 SLC39A5多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO :176)。圖96A禾口 96B描繪了編碼人GLI-1多肽的核酸序列(SEQ ID NO 177)和人GLI-1 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 178)。圖97A和97B描繪了編碼人HMGA2多肽的核酸序列(SEQ ID NO 179)和人HMGA2 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 180)。圖98A和98B描繪了編碼人SLC22A5多肽的核酸序列(SEQ ID N0:181)和人 SLC22A5多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO 182)。圖99A和99B描繪了編碼人SLC22A4多肽的核酸序列(SEQ ID N0:183)和人 SLC22A4多肽的氨基酸序列(SEQ ID N0:184)。圖100A和100B描繪了編碼人P4HA2多肽的核酸序列(SEQ ID NO 185)和人P4HA2 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 186)。圖IOlA和IOlB描繪了編碼人TSLP多肽的核酸序列(SEQ ID NO 187)和人TSLP 多肽的氨基酸序列(SEQ ID NO: 188)。圖102A和102B描繪了編碼人微管蛋白α 5/α 3多肽的核酸序列(SEQ IDNO 189) 和人微管蛋白α 5/α 3多肽的氨基酸序列(SEQ ID Ν0:190)。圖103Α和103Β描繪了編碼人微管蛋白α 6多肽的核酸序列(SEQ IDNO 191)和 人微管蛋白α 6多肽的氨基酸序列(SEQ ID Ν0:192)。圖104顯示了使用Mantel-Haenszel法對(duì)蘇格蘭、劍橋和瑞典中非同義 (non-synonymous)GLIl SNP rs2228226 的元分析(meta-analysis)。圖105顯示了 Q1100E破壞GLIl蛋白的保守區(qū)并降低GLIl轉(zhuǎn)錄活性。圖106顯示了健康成人結(jié)腸(HC)和潰瘍性結(jié)腸炎(UC)中Hedgehog(HH)信號(hào)傳 導(dǎo)構(gòu)件的表達(dá)。圖107顯示了結(jié)果，其中Glil+/-動(dòng)物在DSS處理后顯示死亡、嚴(yán)重的臨床癥狀、 和顯著的體重減輕。圖108顯示了 Glil+/-動(dòng)物應(yīng)答DSS處理展現(xiàn)比WT同窩幼仔更嚴(yán)重的腸炎。圖109顯示了 DSS處理后的Glil+/-和WT小鼠的細(xì)胞因子分析展現(xiàn)了強(qiáng)烈的促 炎性細(xì)胞因子激活。圖110A-B顯示了㈧編碼人含抑制蛋白(arrestin)域的5(ARRDC5)的核酸序列 (L0C342959)和(B)人ARRDC5多肽的氨基酸序列。圖111顯示了與人共濟(jì)失調(diào)蛋白3樣蛋白(ataxin 3-like，ATXN3L)對(duì)應(yīng)的核酸 序列。圖112A-B顯示了㈧編碼人促卵泡激素受體(FSHR)的核酸序列(L0C92552)和 ⑶人FSHR多肽的氨基酸序列。圖113A-B顯示了㈧編碼人血小板衍生生長(zhǎng)因子受體α多肽(PDGFRA)的核酸 序列和(B)人PDGFRA多肽的氨基酸序列。
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圖114A-B顯示了(A)人轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子β 3 (TGFB3)的核酸序列編碼和⑶人TGFB3 多肽的氨基酸序列。圖115Α-Β顯示了(A)編碼人含鉀通道四聚化域的8 (potassium channeltetramerisation domain containing 8，KCTD8)的核酸序列和(B)人 KCTD8 多月太
的氨基酸序列。圖116A-B顯示了(A)編碼人轉(zhuǎn)谷氨酰胺酶4 (TGM4)的核酸序列和⑶人TGM4多 肽的氨基酸序列。圖117A-B顯示了(A)編碼人TPD52L3腫瘤蛋白D52樣3 (NYD-SP25)的核酸序列 和(B)人NYD-SP25多肽的氨基酸序列。圖 118 顯示了與 misc_RNA(C3orf53)，F(xiàn)LJ33651 對(duì)應(yīng)的核酸序列。圖119顯示了與染色體10上EMX2相反鏈(不編碼蛋白質(zhì))(EMX20S)對(duì)應(yīng)的核酸 序列。圖120A-B顯示了(A)編碼人無翼型MMTV整合位點(diǎn)家族，成員16(WNT16)的核酸 序列和⑶人WNT16多肽的氨基酸序列。圖121A-C顯示了(A-B)編碼人sprouty相關(guān)，含EVHl域的2 (SPRED2)的核酸序 列和(C)人SPRED2的氨基酸序列。圖122A-C顯示了(A-B)編碼人染色體16可讀框65 (C16orf65)的核酸序列和(C) 人染色體16可讀框65(C16orf65)的氨基酸序列。圖123A-B顯示了(A)編碼人染色體12可讀框2 (C12orf2)的核酸序列和(B)人 染色體12可讀框2(C12orf2)的氨基酸序列。圖124A-B顯示了(A)編碼人多重PDZ域蛋白(MPDZ)的核酸序列和⑶人MPDZ
的氨基酸序列。圖125A-B顯示了㈧編碼人苯丙氨酸_tRNA合成酶2 (FARS2)的核酸序列和⑶ 人FARS2的氨基酸序列。圖126A-B顯示了㈧編碼人胱天蛋白酶8，凋亡相關(guān)半胱氨酸蛋白酶(CASP8)的 核酸序列和(B) ACASPS的氨基酸序列。圖127A-B顯示了(A)編碼人5'-核苷酸酶，胞外(ecto) (CD73) (NT5E)的核酸序 列和(B)人NT5E的氨基酸序列。圖128顯示了與人畸胎瘤衍生生長(zhǎng)因子3 (TDGF3)對(duì)應(yīng)的核酸序列。圖129A-B顯示了㈧編碼人嗜乳脂蛋白樣3 (BTNL3)的核酸序列和⑶人BTNL3 的氨基酸序列。圖130A-B顯示了(A)編碼人S100A8的核酸序列和(B)人S100A8的氨基酸序列。圖131A-B顯示了(A)編碼人CCL20的核酸序列和(B)人CCL20的氨基酸序列。發(fā)明詳述A.定義除非另有定義，本文中所使用的技術(shù)和科學(xué)術(shù)語與本發(fā)明所屬領(lǐng)域普通技術(shù)人 員通常的理解具有相同的含義。以下文獻(xiàn)為本領(lǐng)域技術(shù)人員提供了本申請(qǐng)中所使用的許 多術(shù)語的一般性指導(dǎo):Singleton et al. , Dictionary ofMicrobiology and Molecular Biology，第 二版，J. Wiley & Sons (New York, N. Y. 1994)，禾口 March，Advanced OrganicChemistry Reactions, Mechanisms andStructure,第四版，John Wiley & Sons (New York, N. Y. 1992)。本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)認(rèn)識(shí)到許多與本文中所描述的方法和材料相似或等同的方法 和材料，它們可以在本發(fā)明的實(shí)踐中使用。事實(shí)上，本發(fā)明絕非限于所描述的方法和材料。 為了本發(fā)明，下文定義了下列術(shù)語。術(shù)語“炎性腸病”或“IBD”用作潰瘍性結(jié)腸炎和克羅恩氏病的統(tǒng)稱。雖然這兩種 疾病一般認(rèn)為是兩種不同疾病，但是它們的共同特征，諸如表面上皮的斑狀壞死、腺隱窩附 近白細(xì)胞的局灶性積累、及上皮內(nèi)淋巴細(xì)胞(IEL)和慢性巨噬細(xì)胞子集的數(shù)目增加，有理 由認(rèn)為它們可以作為一個(gè)疾病組進(jìn)行治療。術(shù)語“克羅恩氏病”或“CD”在本文中用于指涉及胃腸道慢性炎癥的疾患?？肆_恩 氏相關(guān)炎癥通常影響腸，但是可發(fā)生于自口至肛門的任何部位。CD與UC的不同之處在于炎 癥穿過腸壁的所有層延伸，而且涉及腸系膜以及淋巴結(jié)。該疾病常常是不連續(xù)的，即嚴(yán)重患 病的腸段與表觀無病的區(qū)域是分開的。在⑶中，腸壁也增厚，這能導(dǎo)致閉塞，而且瘺和裂隙 的形成是常見的。如本文中所使用的，CD可以是數(shù)種CD類型中的一種或多種，包括但不限 于回腸結(jié)腸炎(影響回腸和大腸)；回腸炎(影響回腸)；胃十二指腸CD (胃和十二指腸中 的炎癥)；空腸回腸炎(空腸中炎癥的斑點(diǎn)樣斑)；和克羅恩氏(肉芽腫性)結(jié)腸炎(只影 響大腸)。術(shù)語“潰瘍性結(jié)腸炎”或“UC”在本文中用于指涉及大腸和直腸炎癥的疾患。在UC 患者中，有主要涉及結(jié)腸粘膜的炎性反應(yīng)。該炎癥通常是均勻且連續(xù)的，沒有正常粘膜的居 間區(qū)域。表面粘膜細(xì)胞以及隱窩上皮和粘膜下層涉及具有嗜中性粒細(xì)胞浸潤(rùn)的炎性反應(yīng)。 最終，此反應(yīng)通常進(jìn)展至上皮損傷和上皮細(xì)胞損失，導(dǎo)致結(jié)腸的多處潰瘍、纖維化、發(fā)育異 常和縱向退縮(retraction)。術(shù)語“非活動(dòng)性”IBD在本文中用于表示先前在個(gè)體中診斷為IBD但當(dāng)前處于減退 的IBD。這與“活動(dòng)性” IBD構(gòu)成對(duì)比，在后一種情況中，個(gè)體診斷有IBD但尚未接受治療。 另外，活動(dòng)性IBD可以是先前診斷并治療的IBD進(jìn)入減退(即變成非活動(dòng)性IBD)后的復(fù)發(fā)。 此類復(fù)發(fā)也可在本文中稱作IBD “突發(fā)(flare up)”。具有活動(dòng)性自身免疫性疾病(諸如 IBD)的哺乳動(dòng)物受試者可經(jīng)受突發(fā)，即病情活動(dòng)加重或相應(yīng)癥狀恢復(fù)的一段時(shí)間。突發(fā)可 應(yīng)答嚴(yán)重感染、變態(tài)反應(yīng)(allegic reactions)、生理應(yīng)激(physical stress)、情緒創(chuàng)傷、 手術(shù)、或環(huán)境因素而發(fā)生。術(shù)語“調(diào)控”在本文中用于表示基因的表達(dá)、或編碼一種或多種蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)亞 基的RNA分子或等同RNA分子的水平、或一種或多種蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)亞基的活性上調(diào)或下 調(diào)，使得表達(dá)、水平、或活性大于或小于在調(diào)控劑不存在的情況中所觀察到的。術(shù)語“抑制”、“下調(diào)”、“表達(dá)不足”和“降低”可互換使用，表示一種基因的表達(dá)、或 編碼一種或多種蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)亞基的RNA分子或等同RNA分子的水平、或一種或多種蛋 白質(zhì)或蛋白質(zhì)亞基的活性相對(duì)于一種或多種對(duì)照(諸如例如一種或多種陽性和/或陰性對(duì) 照)降低。術(shù)語“上調(diào)”或“過表達(dá)”用于表示一種基因的表達(dá)、或編碼一種或多種蛋白質(zhì)或 蛋白質(zhì)亞基的RNA分子或等同RNA分子水平、或一種或多種蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)亞基的活性相 對(duì)于一種或多種對(duì)照(諸如例如一種或多種陽性和/或陰性對(duì)照)升高。
術(shù)語“診斷”在用于本文時(shí)指鑒定分子或病理狀態(tài)、疾病或疾患，諸如鑒定IBD。術(shù)語“預(yù)后”在用于本文時(shí)指預(yù)測(cè)IBD形成或進(jìn)展的可能性，包括手術(shù)后的自身免 疫突發(fā)和復(fù)發(fā)。預(yù)后因子指那些一旦患者形成IBD，影響患者復(fù)發(fā)率和結(jié)果的，與IBD自然 史有關(guān)的變量。可能與較差的預(yù)后有關(guān)的臨床參數(shù)包括例如腹部包塊(abdominal mass) 或壓痛、皮疹、關(guān)節(jié)腫脹、口腔潰瘍、和腹鳴(腸道有咕?；?yàn)R潑聲音)。預(yù)后因子可用于將 患者歸入具有不同基線復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的亞組。IBD的“病理”包括所有危及患者康樂的現(xiàn)象。IBD病理主要?dú)w于腸中免疫系統(tǒng)的 異常激活，這能在沒有任何已知外來抗原的情況中導(dǎo)致慢性或急性炎癥，及隨后的潰瘍。在 臨床上，IBD的特征為多樣表現(xiàn)，常常導(dǎo)致慢性的、不可預(yù)測(cè)的過程。血性腹瀉和腹痛常常 伴有發(fā)熱和體重減輕。貧血是常見的，正如嚴(yán)重的疲勞。范圍從關(guān)節(jié)痛到急性關(guān)節(jié)炎的關(guān) 節(jié)表現(xiàn)以及肝功能異常常常與IBD有關(guān)。在IBD急性“攻擊”期間，工作和其它正常活動(dòng)通 常是不可能的，而且患者常常住院。這些疾病的病因未知，而且初始損害尚未清楚確定；然而，表面上皮的斑狀壞死、 腺隱窩附近白細(xì)胞的局灶性積累、及上皮內(nèi)淋巴細(xì)胞和某些巨噬細(xì)胞子集的數(shù)目增加已經(jīng) 被描述為推定的早期變化，尤其是在克羅恩氏病中。術(shù)語“治療”或“處理”指針對(duì)IBD的治療性處理及預(yù)防性或防范性措施二者，其 中目標(biāo)是預(yù)防或減緩(減輕)所針對(duì)的病理疾患或病癥。需要治療的受試者包括早就患有 IBD的受試者以及以及傾向于患上IBD的受試者或要預(yù)防IBD的受試者。一旦通過本文中 所公開的方法做出IBD診斷，那么治療目標(biāo)就是誘導(dǎo)和維持減退。適合于用作“IBD治療劑”的各種藥劑是本領(lǐng)域技術(shù)人員知道的。如本文中所描述 的，此類藥劑包括但不限于氨基水楊酸鹽、皮質(zhì)類固醇、和免疫抑制劑。術(shù)語“測(cè)試樣品”指來自懷疑具有IBD、已知具有IBD、或已知處于IBD減退的哺乳 動(dòng)物受試者的樣品。測(cè)試樣品可源自哺乳動(dòng)物受試者中的各種來源，包括但不限于血液、精 液、血清、尿液、骨髓、粘膜、組織、等。術(shù)語“對(duì)照，，或“對(duì)照樣品，，指預(yù)期其中的陰性結(jié)果有助于關(guān)聯(lián)測(cè)試樣品中的陽性 結(jié)果的陰性對(duì)照。適合于本發(fā)明的對(duì)照包括但不限于已知具有正常水平的基因表達(dá)的樣 品、自已知沒有IBD的哺乳動(dòng)物受試者獲得的樣品、和自已知正常的哺乳動(dòng)物受試者獲得 的樣品。對(duì)照也可以是自先前診斷有IBD并為IBD接受過治療、當(dāng)前處于減退的受試者獲 得的樣品；而且此類對(duì)照在確定處于消退的受試者中的任何IBD復(fù)發(fā)中是有用的。另外，對(duì) 照可以是含有與測(cè)試樣品中所含細(xì)胞具有相同起源的正常細(xì)胞的樣品。本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì) 領(lǐng)會(huì)適合于在本發(fā)明中使用的其它對(duì)照。術(shù)語“微陣列”指能雜交的陣列元件，優(yōu)選多核苷酸探針位于基質(zhì)上的有序排列。術(shù)語“多核苷酸”當(dāng)以單數(shù)或復(fù)數(shù)使用時(shí)，通常指任何多聚核糖核苷酸或多聚脫氧 核糖核苷酸，其可以是未修飾的RNA或DNA，或者是修飾的RNA或DNA。如此，舉例來說，如 本文中所定義的多核苷酸包括但不限于單鏈和雙鏈DNA、包括單鏈和雙鏈區(qū)的DNA、單鏈和 雙鏈RNA、及包括單鏈和雙鏈區(qū)的RNA、以及包含DNA和RNA的雜合分子，其中的DNA和RNA 可以是單鏈或更通常地是雙鏈或包括單鏈和雙鏈區(qū)。此外，當(dāng)在本文中使用時(shí)，術(shù)語“多核 苷酸”指包含RNA或DNA或同時(shí)包含RNA和DNA的三鏈區(qū)。這種區(qū)域中的鏈可來自相同的 分子或不同的分子。該區(qū)域可以包括一個(gè)或多個(gè)所述分子的整個(gè)，但更典型地僅是一些所述分子的區(qū)域。三股螺旋區(qū)的分子之一通常是寡核苷酸。術(shù)語“多核苷酸”明確包括cDNA。 該術(shù)語包括含有一個(gè)或多個(gè)修飾的堿基的DNA (包括cDNA)和RNA。如此，具有因穩(wěn)定性或 其它原因而被修飾的主鏈的DNA或RNA是本文中該術(shù)語所意指的“多核苷酸”。此外，包含 稀有堿基(諸如肌苷)或修飾的堿基(諸如氚化的堿基)的DNA或RNA包括在如本文中所 定義的術(shù)語“多核苷酸”的范圍內(nèi)。一般而言，術(shù)語“多核苷酸”涵蓋未修飾的多核苷酸的所 有化學(xué)、酶和/或代謝修飾形式，以及病毒和細(xì)胞(包括簡(jiǎn)單細(xì)胞和復(fù)雜細(xì)胞)特有的DNA 和RNA的化學(xué)形式。術(shù)語“寡核苷酸”指相對(duì)較短的多核苷酸，包括但不限于單鏈脫氧核糖核苷酸、單 鏈或雙鏈核糖核苷酸、RNA =DNA雜合物、及雙鏈DNA。寡核苷酸，諸如單鏈DNA探針寡核苷 酸，常常通過化學(xué)方法合成，例如使用商品化的自動(dòng)化寡核苷酸合成儀。然而，寡核苷酸可 通過多種其它方法制備，包括體外重組DNA介導(dǎo)的技術(shù)和通過DNA在細(xì)胞和生物體中的表 達(dá)。術(shù)語“差異表達(dá)的基因”、“差異的基因表達(dá)”和它們的同義詞可互換使用，指相對(duì) 于其在正常或?qū)φ帐茉囌咧械谋磉_(dá)，其在患病(特別是IBD，諸如UC或⑶)受試者中的表 達(dá)被激活至更高或更低水平的基因。該術(shù)語還包括其在同一疾病的不同階段的表達(dá)被激活 至更高或更低水平的基因。還應(yīng)當(dāng)理解的是差異表達(dá)的基因可在核酸水平或蛋白質(zhì)水平上 被激活或抑制，或可進(jìn)行可變剪接以產(chǎn)生不同的多肽產(chǎn)物。這樣的差異可通過例如mRNA水 平、多肽的表面表達(dá)、分泌或其它分配(partitioning)的改變而得以證實(shí)。差異的基因表 達(dá)可包括比較兩種或更多種基因或它們的基因產(chǎn)物之間的表達(dá)，或比較兩種或更多種基因 或它們的基因產(chǎn)物之間的表達(dá)比率，或甚至比較同一基因的兩種不同加工產(chǎn)物，其在正常 受試者和患病(特別是IBD)受試者之間或在同一疾病的不同階段之間是不同的。差異表達(dá) 包括在例如正常和患病細(xì)胞間或在經(jīng)歷了不同疾病事件或疾病階段的細(xì)胞間，基因或其表 達(dá)產(chǎn)物在時(shí)間或細(xì)胞表達(dá)圖式中有定量的以及定性的差異。為了本發(fā)明的目的，當(dāng)在正常 和患病受試者中給定基因的表達(dá)之間或在患病受試者的不同疾病發(fā)展階段中存在至少約2 倍、優(yōu)選至少約4倍、更優(yōu)選至少約6倍、最優(yōu)選至少約10倍差異時(shí)，就認(rèn)為存在“差異的基 因表達(dá)”。關(guān)于RNA轉(zhuǎn)錄物的術(shù)語“過表達(dá)”用于指通過對(duì)參考mRNA水平標(biāo)準(zhǔn)化所確定的轉(zhuǎn) 錄物水平，所述參考mRNA可以是標(biāo)本中檢測(cè)到的所有轉(zhuǎn)錄物或是特定的mRNA參考集合。短語“基因擴(kuò)增”指在特定細(xì)胞或細(xì)胞系中形成多拷貝的基因或基因片段的過程。 復(fù)制區(qū)(擴(kuò)增的DNA的區(qū)段)通常稱為“擴(kuò)增子”。一般而言，所產(chǎn)生的信使RNA(mRNA)的 量，即基因表達(dá)的水平，也按由所表達(dá)特定基因形成的拷貝數(shù)的比例增加。一般而言，術(shù)語“標(biāo)志物”或“生物標(biāo)志物”指染色體上的可鑒定的物理位置，諸如 限制性內(nèi)切核酸酶識(shí)別位點(diǎn)或基因，其繼承可被監(jiān)測(cè)。標(biāo)志物可以是稱作“基因表達(dá)標(biāo)志 物”的基因表達(dá)區(qū)，或沒有已知的編碼功能的一些DNA區(qū)段。如本文中所使用的，“IBD標(biāo)志 物”指表1、2、和3中所列舉的那些基因。雜交反應(yīng)的“嚴(yán)格性”容易為本領(lǐng)域普通技術(shù)人員所確定，并且通常取決于探針長(zhǎng) 度、洗滌溫度和鹽濃度憑經(jīng)驗(yàn)計(jì)算。一般而言，較長(zhǎng)的探針需要較高的溫度用于正確的退 火，而較短的探針則需要較低的溫度。當(dāng)互補(bǔ)鏈存在于低于它們解鏈溫度的環(huán)境中時(shí)，雜交 通常取決于變性DNA重新退火的能力。探針和能雜交的序列之間的期望同源性程度越高，就可使用越高的相對(duì)溫度。作為結(jié)果，更高的相對(duì)溫度趨向于使反應(yīng)條件更加嚴(yán)格，而更低 的溫度則更不嚴(yán)格。對(duì)于雜交反應(yīng)的嚴(yán)格性的補(bǔ)充細(xì)節(jié)及解釋參見Ausubel等的《Current Protocols in Molecular Biology)), Wiley Interscience Publishers, (1995)。如本文中所定義的，“嚴(yán)格條件”或“高嚴(yán)格條件”通常為(1)對(duì)于洗滌使用低離子 強(qiáng)度和高溫，例如0. 015M氯化鈉/0. 0015M檸檬酸鈉/0. 1 %十二烷基硫酸鈉，50°C ； (2)在 雜交期間使用變性劑，諸如甲酰胺，例如，50% (ν/ν)甲酰胺及0.1%牛血清清蛋白/0.1% Ficoll/0. 聚乙烯吡咯烷酮/具有750mM氯化鈉，75mM檸檬酸鈉的50mM磷酸鈉緩沖液 pH 6. 5，42 °C，或(3)使用 50% 甲酰胺，5x SSC (0. 75M NaCl，0. 075M 檸檬酸鈉)，50mM 磷酸 鈉(pH6. 8), 0. 焦磷酸鈉，5x Denhardt氏溶液，超聲處理的鮭精DNA (50 μ g/ml)，0. 1 % SDS和10%硫酸右旋糖苷，42°C，在42°C于0. 2x SSC (氯化鈉/檸檬酸鈉)，50%甲酰胺中 洗滌，然后在55°C由含有EDTA的0. Ix SSC組成的高嚴(yán)格洗滌?！爸械葒?yán)格條件”可規(guī)定為如 Sambrook 等的《Molecular Cloning =ALaboratory Manual》(New York Co Id Spring Harbor Press, 1989)所描述的，而且包括使用與上文所 述那些相比較不嚴(yán)格的洗滌溶液和雜交條件(例如溫度、離子強(qiáng)度和％ SDS)。中等嚴(yán)格條 件的一個(gè)例子是在含20%甲酰胺、5x SSC(150mM NaCl，15mM檸檬酸三鈉)、50mM磷酸鈉 (pH7. 6) ,5xDenhardt氏溶液、10%硫酸右旋糖苷和20mg/ml變性的剪切的鮭精DNA的溶液 中于37°C溫育過夜，然后于約37-50°C在Ix SSC中洗滌濾膜。本領(lǐng)域熟練技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)認(rèn) 識(shí)到如何根據(jù)適應(yīng)諸如探針長(zhǎng)度等因素的需要來調(diào)節(jié)溫度、離子強(qiáng)度等。在本發(fā)明的語境中，述及任何特定基因集中所列舉的“至少一種”、“至少兩種”、 “至少五種”、等基因意味著所列舉的基因的任一組合或任何組合和所有組合。術(shù)語“剪接”和“RNA剪接”可互換使用，指除去內(nèi)含子并連接外顯子以產(chǎn)生成熟 mRNA的RNA加工，其中成熟mRNA具有連續(xù)編碼序列且移入真核細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)。理論上，術(shù)語“外顯子”指體現(xiàn)在成熟RNA產(chǎn)物中的任何斷裂基因區(qū)段(B. Lewin. Genes IV Cell Press, Cambridge Mass. 1990)。理論上，術(shù)語“內(nèi)含子”指被轉(zhuǎn)錄但通過將 位于其任一側(cè)的外顯子剪接到一起而被從轉(zhuǎn)錄物中除去的任何DNA區(qū)段。在操作上，外顯 子序列出現(xiàn)在基因的mRNA序列中，基因通過參見SEQ ID編號(hào)來限定。在操作上，內(nèi)含子序 列是位于基因的基因組DNA中的間插序列，其兩側(cè)為外顯子序列且在它們的5’和3’邊界 具有GT和AG剪接共有序列。“干擾RNA”或“小干擾RNA (siRNA) ”指長(zhǎng)度通常小于約30個(gè)核苷酸且降低靶基因 表達(dá)的雙鏈RNA分子。干擾RNA可使用已知方法來鑒定和合成(Shi Y, Trends in Genetics 19(1) 9-12(2003) ；WO 2003/056012 ;W02003/064621)，而且 siRNA 文庫可通過商業(yè)途徑獲 得，例如 Dharmacon, Lafayette, Colorado。“天然序列”多肽指與衍生自自然界的多肽具有相同氨基酸序列的多肽，包括天然 存在或等位變體。此類天然序列多肽可以從自然界分離，或者可通過重組或合成手段生成。 如此，天然序列多肽可具有天然存在人多肽、鼠多肽、或來自任何其它哺乳類物種的多肽的 氨基酸序列。術(shù)語“抗體”在本文中以最廣義使用，明 覆蓋單克隆抗體、多克隆抗體、多特異性 抗體(例如雙特異性抗體)、及抗體片段，只要它們展現(xiàn)出期望的生物學(xué)活性。本發(fā)明具體 涵蓋針對(duì)本文中所公開的一種或多種IBD標(biāo)志物的抗體。此類抗體可稱作“抗IBD標(biāo)志物抗體”。術(shù)語“單克隆抗體”在用于本文時(shí)指從一群基本上同質(zhì)的抗體獲得的抗體，即構(gòu)成 群體的各個(gè)抗體相同和/或結(jié)合相同表位，除了生產(chǎn)單克隆抗體的過程中可能產(chǎn)生的可能 變體外，此類變體一般以極小量存在。此類單克隆抗體典型的包括包含結(jié)合靶物的多肽序 列的抗體，其中靶物結(jié)合多肽序列是通過包括從眾多多肽序列中選擇單一靶物結(jié)合多肽序 列在內(nèi)的過程得到的。單克隆抗體在本文中明確包括“嵌合”抗體，其中重鏈和/或輕鏈的一部分與衍生 自特定物種或?qū)儆谔囟贵w類別或亞類的抗體中的相應(yīng)序列相同或同源，而鏈的剩余部分 與衍生自另一物種或?qū)儆诹硪豢贵w類別或亞類的抗體中的相應(yīng)序列相同或同源，以及此類 抗體的片段，只要它們展現(xiàn)出期望的生物學(xué)活性(美國專利No. 4，816，567和Morrison et al.，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81 :6851_6855 (1984))。本文中感興趣的嵌合抗體包括包含 衍生自非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物(例如舊大陸猴類(Old World Monkey)、猿等)的可變域抗原結(jié)合 序列和人恒定區(qū)序列的“靈長(zhǎng)類化”抗體，以及“人源化抗體”。非人(例如嚙齒類)抗體的“人源化”形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋 白的序列的嵌合抗體。在極大程度上，人源化抗體指人免疫球蛋白(受體抗體)中的高變 區(qū)殘基用具有期望特異性、親和力和能力的非人物種(供體抗體)諸如小鼠、大鼠、家兔或 非人靈長(zhǎng)類的高變區(qū)殘基替換的免疫球蛋白。“完整抗體”在本文中指包含兩個(gè)抗原結(jié)合區(qū)及Fc區(qū)的抗體。優(yōu)選的是，完整抗體 具有功能性Fc區(qū)?！翱贵w片段”包含完整抗體的一部分，優(yōu)選包含其抗原結(jié)合區(qū)?？贵w片段的例子包 括Fab、Fab'、F(ab' )2和Fv片段；雙抗體(diabody)；線性抗體；單鏈抗體分子；及由抗 體片段形成的多特異性抗體?！疤烊豢贵w”指通常由兩條相同的輕(L)鏈和兩條相同的重(H)鏈構(gòu)成的約 150，000道爾頓的異四聚體糖蛋白。每條輕鏈通過一個(gè)共價(jià)二硫鍵與重鏈連接，而二硫鍵的 數(shù)目在不同免疫球蛋白同種型的重鏈間有變化。每條重鏈和輕鏈還具有間隔規(guī)律的鏈內(nèi)二 硫鍵。每條重鏈在一端具有一個(gè)可變域(Vh)，接著是多個(gè)恒定域。每條輕鏈在一端具有一 個(gè)可變域(VJ，而另一端是一個(gè)恒定域。輕鏈的恒定域與重鏈的第一恒定域排列在一起，而 輕鏈的可變域與重鏈的可變域排列在一起。認(rèn)為特定的氨基酸殘基在輕鏈與重鏈可變域之 間形成界面。術(shù)語“可變的”指可變域中的某些部分在抗體間序列差異廣泛且用于每種特定抗 體對(duì)其特定抗原的結(jié)合和特異性的實(shí)情。然而，變異性并非均勻分布于抗體的整個(gè)可變域。 它集中于輕鏈和重鏈可變域中稱作高變區(qū)的三個(gè)區(qū)段?？勺冇蛑懈痈叨缺Ｊ氐牟糠址Q作 框架區(qū)(FR)。天然重鏈和輕鏈的可變域各自包含四個(gè)FR，它們大多采取β-折疊片構(gòu)象，通 過形成環(huán)狀連接且在有些情況中形成β-折疊片結(jié)構(gòu)一部分的三個(gè)高變區(qū)連接。每條鏈中 的高變區(qū)通過FR非常接近的保持在一起，并與另一條鏈的高變區(qū)一起促成抗體的抗原結(jié) 合位點(diǎn)的形成(參見 Kabat et al. , Sequences of Proteins of Immunological Interest, 第5版，Public Health Service,National Institute of Health,Bethesda,MD. (1991))。術(shù)語“高變區(qū)”、“HVR”或“HV”在用于本文時(shí)指抗體可變域中序列上高度可變和 /或形成結(jié)構(gòu)上定義的環(huán)的區(qū)域。通常，抗體包含六個(gè)HVR:三個(gè)在VH中(H1、H2、H3)，三個(gè)在VL中(L1、L2、L3)。在天然抗體中，H3和L3展示這六個(gè)HVR的最大多樣性，而且認(rèn) 為特別是H3在賦予抗體以精密特異性中發(fā)揮獨(dú)特作用。參見例如Xu et al. Immunity 13:37-45(2000) Johnson 禾口 Wu，于 Methods in Molecular Biology 248:1—25 (Lo， ed.，HumanPress, Totowa，NJ，2003)。事實(shí)上，僅由重鏈組成的天然存在camelid抗體 在缺乏輕鏈時(shí)是有功能的且穩(wěn)定的。參見例如Hamers-Casterman et al. , Nature363 446-448(1993) R Sheriff et al. , Nature Struct. Biol. 3 :733_736(1996)。
本文中使用且涵蓋許多高變區(qū)的敘述。Kabat互補(bǔ)決定區(qū)(CDR)以序列變異性為 基石出且是最常用的(Kabat et al. , Sequences of Proteins of Immuno logical Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991))。Chothia 改為指結(jié)構(gòu)環(huán)的位置(Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196 901-917(1987))。Chothia CDR-Hl環(huán)的末端在使用Kabat編號(hào)規(guī)則編號(hào)時(shí)在H32與H34 之間變化(見下文)，取決于環(huán)的長(zhǎng)度(這是因?yàn)镵abat編號(hào)方案在H35A和H35B處放置 插入；如果35A和35B都不存在，那么該環(huán)在32處結(jié)束；如果只有35A存在，那么該環(huán)在33 處結(jié)束；如果35A和35B都存在，那么該環(huán)在34處結(jié)束)。AbM高變區(qū)代表Kabat⑶R與 Chothia結(jié)構(gòu)環(huán)之間的折衷，而且得到Oxford Molecular的AbM抗體建模軟件的使用?！敖?觸”高變區(qū)是以對(duì)可獲得的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)的分析為基礎(chǔ)的。下文記錄了這些高變區(qū)中每 一個(gè)的殘基。環(huán)KabatAbMChothia接觸
LlL24-L34L24-L34L24-L34L30-L36
L2L50-L56L50-L56L50-L56L46-L55
L3L89-L97L89-L97L89-L97L89-L96
HlH31-H35BH26-H35BH26-H32，33 或 34H30-H35B
(Kabat 編號(hào))
HlH31-H35H26-H35H26-H32H30-H35
(Chothia 編號(hào))
H2H50-H65H50-H58H52-H56H47-H58
H3H95-H102H95-H102H95-H102H93-H101
高變區(qū)可包括如下‘‘延伸的高變區(qū)”:VL 中的 24-36 或 24-34 (Li)、46-56
50-56 (L2)和 89-97 (L3)及 VH 中的 26-35B (Hl)、50_65、47_65 或 49-65 (H2)和 93-102、 94-102或95-102 (H3)。這些延伸的高變區(qū)通常是Kabat和Chothia定義的組合，其可任選 進(jìn)一步包括使用接觸定義鑒定的殘基。對(duì)于這些定義中的每一個(gè)，可變域殘基是依照Kabat 等，見上文編號(hào)的。用木瓜蛋白酶消化抗體產(chǎn)生兩個(gè)相同的抗原結(jié)合片段，稱為“Fab”片段，各自具有 一個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)，及一個(gè)剩余的“Fe”片段，其名稱反映了它易于結(jié)晶的能力。胃蛋白酶 處理產(chǎn)生一個(gè)F (ab' )2片段，它具有兩個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)且仍能夠交聯(lián)抗原?！癋v”是包含完整抗原識(shí)別和抗原結(jié)合位點(diǎn)的最小抗體片段。該區(qū)域由緊密、非共 價(jià)結(jié)合的一個(gè)重鏈可變域和一個(gè)輕鏈可變域的二聚體組成。正是在這種構(gòu)造中，每個(gè)可變 域的三個(gè)高變區(qū)相互作用而在二聚體表面上限定了一個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)。六個(gè)高變區(qū)
22一起賦予抗體以抗原結(jié)合特異性。然而，即使是單個(gè)可變域(或是只包含對(duì)抗原特異性的 三個(gè)CDR的半個(gè)Fv)也具有識(shí)別和結(jié)合抗原的能力，只是親和力低于完整結(jié)合位點(diǎn)。Fab片段還包含輕鏈的恒定域和重鏈的第一恒定域(CHl)。Fab'片段與Fab片段 的不同之處在于重鏈CHl結(jié)構(gòu)域的羧基末端增加了少數(shù)殘基，包括來自抗體鉸鏈區(qū)的一個(gè) 或多個(gè)半胱氨酸。Fab' -SH是本文中對(duì)其中恒定域半胱氨酸殘基攜帶至少一個(gè)游離硫醇 基的Fab'的稱謂。F(ab' )2抗體片段最初是作為在成對(duì)Fab‘片段之間有鉸鏈半胱氨酸 的成對(duì)Fab'片段生成的。還知道抗體片段的其它化學(xué)偶聯(lián)形式。根據(jù)其恒定域的氨基酸序列，來自任何脊椎動(dòng)物物種的抗體的“輕鏈”可歸入兩種 截然不同的型中的一種，稱作卡帕(κ)和拉姆達(dá)(λ)。術(shù)語“Fe區(qū)”在本文中用于定義免疫球蛋白重鏈的C-端區(qū)域，包括天然序列Fc 區(qū)和變異Fc區(qū)。雖然免疫球蛋白重鏈Fc區(qū)的邊界可以變化，但是人IgG重鏈Fc區(qū)通常定 義為自其Cys226或Pro230位置的氨基酸殘基至羧基末端的區(qū)段。Fc區(qū)的C-末端賴氨酸 (殘基447，依照EU編號(hào)系統(tǒng))可以消除，例如在生產(chǎn)或純化抗體的過程中，或者通過對(duì)編 碼抗體重鏈的核酸進(jìn)行重組工程改造。因而，完整抗體組合物可以包括所有K447殘基都被 消除的抗體群、無一 K447殘基被消除的抗體群、或者混合了有K447殘基的抗體和沒有K447 殘基的抗體的抗體群。除非另有說明，本文中免疫球蛋白重鏈的殘基編號(hào)方式是如Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda,MD (1991)中的 EU 索引的編號(hào)方式?！叭?Kabat 中的EU索引”指人IgGl EU抗體的殘基編號(hào)方式?！疤烊恍蛄蠪c區(qū)”包含與在自然界中找到的Fc區(qū)的氨基酸序列相同的氨基酸序 列。天然序列人Fc區(qū)包括天然序列人IgGl Fc區(qū)(非A和A同種異型)；天然序列人IgG2 Fc區(qū)；天然序列人IgG3 Fc區(qū)；和天然序列人IgG4 Fc區(qū)；及其天然存在變體?！白儺怓c區(qū)”包含由于至少一處氨基酸修飾(優(yōu)選一處或多處氨基酸替代)而與 天然序列Fc區(qū)有所不同的氨基酸序列。優(yōu)選的是，變異Fc區(qū)與天然序列Fc區(qū)相比或與親 本多肽的Fc區(qū)相比具有至少一處氨基酸替代，例如在天然序列Fc區(qū)中或在親本多肽的Fc 區(qū)中具有約1處至約10處氨基酸替代，優(yōu)選約1處至約5處氨基酸替代。變異Fc區(qū)在本 文中優(yōu)選與天然序列Fc區(qū)和/或親本多肽的Fc區(qū)擁有至少約80%的同源性，最優(yōu)選與它 們具有至少約90%的同源性，更優(yōu)選與它們具有至少約95%的同源性。根據(jù)其重鏈恒定域的氨基酸序列，完整抗體可歸入不同的類。完整抗體有五大類 IgA、IgD, IgE, IgG和IgM，其中有些可進(jìn)一步分為亞類(同種型)，例如IgGl、IgG2、IgG3、 IgG4、IgAl和IgA2。將與不同類的抗體對(duì)應(yīng)的重鏈恒定域分別稱作α、δ、ε、γ和μ。 不同類的免疫球蛋白的亞基結(jié)構(gòu)和三維構(gòu)造是眾所周知的?！皢捂淔v”或“scFv”抗體片段包含抗體的Vh和\結(jié)構(gòu)域，其中這些結(jié)構(gòu)域存在于 一條多肽鏈上。優(yōu)選的是，F(xiàn)v多肽在Vh與\結(jié)構(gòu)域之間進(jìn)一步包含多肽接頭，其使得scFv 能夠形成結(jié)合抗原的期望結(jié)構(gòu)。關(guān)于scFv的綜述參見PlUckthun，于《The Pharmacology of Monoclonal Antibodies》，第 113 卷，Rosenburg 禾口 Moore 編，Springer-Verlag, New York, 第 269-315 頁，1994。術(shù)語“雙抗體”指具有兩個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)的小型抗體片段，該片段在同一條多肽鏈(Vh-Vl)中包含相連的重鏈可變域(Vh)和輕鏈可變域。通過使用過短的接頭使得同一條 鏈上的兩個(gè)結(jié)構(gòu)域之間不能配對(duì)，迫使這些結(jié)構(gòu)域與另一條鏈的互補(bǔ)結(jié)構(gòu)域配對(duì)，從而產(chǎn) 生兩個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)。雙抗體更完整的記載于例如EP 404, 097 ；WO 93/11161 ；Hollinger et al.，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 :6444_6448 (1993)。“裸抗體(裸露的抗體)，，指未偶聯(lián)異源分子諸如小分子或放射性標(biāo)記物的抗體?！胺蛛x的”抗體指已經(jīng)鑒定且自其天然環(huán)境的一種成分分開和/或回收的抗體。其 天然環(huán)境的污染性成分指將會(huì)干擾該抗體的診斷或治療用途的物質(zhì)，可包括酶、激素、和其 它蛋白質(zhì)性質(zhì)或非蛋白質(zhì)性質(zhì)的溶質(zhì)。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，將抗體純化至(1)根據(jù)Lowry 法的測(cè)定，抗體重量超過95%，最優(yōu)選重量超過99%，(2)足以通過使用轉(zhuǎn)杯式測(cè)序儀獲得 至少15個(gè)殘基的N-末端或內(nèi)部氨基酸序列的程度，或(3)根據(jù)還原性或非還原性條件下 的SDS-PAGE及使用考馬斯藍(lán)或優(yōu)選的銀染色，達(dá)到同質(zhì)。既然抗體天然環(huán)境的至少一種成 分不會(huì)存在，那么分離的抗體包括重組細(xì)胞內(nèi)的原位抗體。然而，分離的抗體通常將通過至 少一個(gè)純化步驟來制備?！坝H和力成熟的”抗體指在抗體的一個(gè)或多個(gè)高變區(qū)中具有一處或多處改變、導(dǎo)致 該抗體對(duì)抗原的親和力與沒有這些改變的親本抗體相比有所改進(jìn)的抗體。優(yōu)選的親和力 成熟的抗體具有納摩爾或甚至皮摩爾量級(jí)的對(duì)靶抗原的親和力。親和力成熟的抗體可通 過本領(lǐng)域已知規(guī)程來生成。Marks et al.，Bio/Technology 10:779-783(1992)記載了通 過VH和VL結(jié)構(gòu)域改組進(jìn)行的親和力成熟。以下文獻(xiàn)記載了 HVR和/或框架殘基的隨機(jī)誘 ^ =Barbas et al. ， Proc. Nat. Acad. Sci. USA 91 3809-3813(1994) ；Schier et al. ，Gene 169 147-155(1995) ；Yelton et al.，J. Immunol. 155 1994-2004(1995) Jackson et al.， J. Immunol. 154(7) :3310_9 (1995) ；Hawkins et al.，J. Mol. Biol. 226 :889_896 (1992)?！鞍被嵝蛄凶凅w”抗體在本文中指具有與主要種類抗體不同的氨基酸序列的抗 體。通常，氨基酸序列變體將與主要種類抗體具有至少約70%的同源性，而且優(yōu)選的是，它 們將是與主要種類抗體至少約80%，更優(yōu)選至少約90%同源。氨基酸序列變體在主要種類 抗體氨基酸序列內(nèi)部或鄰近的某些位置具有替代、刪除和/或添加。本文中氨基酸序列變 體的例子包括酸性變體(例如脫酰胺抗體變體)、堿性變體、在其一條或兩條輕鏈上具有氨 基末端前導(dǎo)延伸(例如VHS-)的抗體、在其一條或兩條重鏈上具有C-末端賴氨酸殘基的抗 體、等，且包括重鏈和/或輕鏈氨基酸序列變異的組合。本文中特別感興趣的抗體變體是在 其一條或兩條輕鏈上包含氨基末端前導(dǎo)延伸的抗體，任選相對(duì)于主要種類抗體還包含其它 氨基酸序列和/或糖基化差異?！疤腔凅w”抗體在本文中指附著有一種或多種碳水化合物模塊且所述碳水化 合物與附著于主要種類抗體的一種或多種碳水化合物模塊不同的抗體。本文中糖基化變體 的例子包括其Fc區(qū)附著有Gl或G2寡糖結(jié)構(gòu)代替GO寡糖結(jié)構(gòu)的抗體、其一條或兩條輕鏈 附著有一種或兩種碳水化合物模塊的抗體、其一條或兩條重鏈沒有附著碳水化合物模塊的 抗體、等，及糖基化改變的組合。若抗體具有Fc區(qū)，則抗體的一條或兩條重鏈，例如殘基299處(298，Eu殘基編號(hào)) 可附著有寡糖結(jié)構(gòu)。對(duì)于Pertuzumab，GO是主要的寡糖結(jié)構(gòu)，而在Pertuzumab組合物中找 到的其它寡糖結(jié)構(gòu)諸如GO-F、G-I、Man5、Man6、Gl-I、Gl (1-6)、Gl (1-3)和G2的量較少。
0250]除非另有說明，“G1寡糖結(jié)構(gòu)”在本文中包括G1、G1-1、G1(1_6)和Gl (1-3)結(jié)構(gòu)。
“氨基末端前導(dǎo)延伸”在本文中指在抗體的任何一條或多條重鏈或輕鏈的氨基末 端存在的氨基末端前導(dǎo)序列的一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基。例示性的氨基末端前導(dǎo)延伸包含三 個(gè)氨基酸殘基，VHS或由其組成，它們存在于抗體變體的一條或所有兩條輕鏈上。“脫酰胺”抗體指其中一個(gè)或多個(gè)天冬酰胺殘基衍生成例如天冬氨酸、琥珀酰亞胺 或異天冬氨酸的抗體。B. 1本發(fā)明的一般描沭除非另有說明，本發(fā)明的實(shí)施將采用分子生物學(xué)(包括重組技術(shù))、微生物學(xué)、細(xì) 胞生物學(xué)、和生物化學(xué)的常規(guī)技術(shù)，這些都在本領(lǐng)域的技術(shù)范圍內(nèi)。這些技術(shù)在文獻(xiàn)中有 充分解釋，諸如"Molecular Cloning :A LaboratoryManual，，,第 2 版(Sambrook et al., 1989) ；"Oligonucleotide Synthesis”(Μ· J. Gait 編，1984) ；"Animal Cell Culture，，(R. I. Freshney編，1987) ；“Methods inEnzymology" (Academic Press, Inc. ) ；"Handbook of Experimental Immunology，，,第 4 版(D. Μ. Weir 禾口 C. C. Blackwell 編，Blackwell Science Inc.,1987) ；"GeneTransfer Vectors for Mammalian Cells”(J. Μ· Miller 禾口 Μ· P. Calos 編，1987) ；"Current Protocols in Molecular Biology”(F. M. Ausubel et al.編，1987)； 及 “PCR:The Polymerase Chain Reaction”，(Mullis et al.編，1994)。如上所述，IBD的檢測(cè)或診斷當(dāng)前是通過依賴在患者中觀察到的多種變量的各種 分類系統(tǒng)來獲得的。本發(fā)明基于與IBD有關(guān)的基因的鑒定。因而，此類基因的表達(dá)水平可 充當(dāng)診斷標(biāo)志物來鑒定IBD患者。如實(shí)施例中所討論的，在IBD患者中觀察到多種基因的 差異表達(dá)。如此，依照本發(fā)明，表1A-B、2、和3A-B中所列舉的基因已經(jīng)鑒定為在IBD中差異 表達(dá)。表IA提供了在IBD中上調(diào)的基因的列表。表IA
權(quán)利要求
一種診斷哺乳動(dòng)物受試者中炎性腸病(IBD)的存在的方法，包括確定自所述受試者獲得的測(cè)試樣品中編碼SEQ ID NO2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、194、197、199、201、203、205、207、和230任一所示多肽的核酸的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平較高，其中所述較高水平的表達(dá)指示獲得測(cè)試樣品的受試者中IBD的存在。
2.—種診斷哺乳動(dòng)物受試者中炎性腸病(IBD)的存在的方法，包括確定自所述受試 者獲得的測(cè)試樣品中編碼 SEQ ID NO :108、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、 211、213、215、217、219、221、223、225、和228任一所示多肽的核酸的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照 中的表達(dá)水平較低，其中所述較低水平的表達(dá)指示獲得測(cè)試樣品的受試者中IBD的存在。
3.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述哺乳動(dòng)物受試者是人受試者。
4.權(quán)利要求3的方法，其中所述表達(dá)水平的證據(jù)是通過基因表達(dá)序型分析的方法獲得的。
5.權(quán)利要求3的方法，其中所述方法是基于PCR的方法。
6.權(quán)利要求4的方法，其中所述表達(dá)水平是相對(duì)于一種或多種參照基因或其表達(dá)產(chǎn)物 的表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化的。
7.權(quán)利要求1或2的方法，包括確定至少兩種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的證據(jù)。
8.權(quán)利要求1或2的方法，包括確定至少三種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的證據(jù)。
9.權(quán)利要求1或2的方法，包括確定至少四種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的證據(jù)。
10.權(quán)利要求1或2的方法，包括確定至少五種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的證據(jù)。
11.權(quán)利要求1或2的方法，進(jìn)一步包括創(chuàng)建匯總所述IBD檢測(cè)的報(bào)告的步驟。
12.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述IBD是潰瘍性結(jié)腸炎。
13.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述IBD是克羅恩氏病。
14.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述IBD是潰瘍性結(jié)腸炎和克羅恩氏病。
15.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述測(cè)試樣品來自結(jié)腸組織活檢。
16.權(quán)利要求15的方法，其中所述活檢來自選自下組的組織回腸末端、升結(jié)腸、降結(jié) 腸、和乙狀結(jié)腸。
17.權(quán)利要求15的方法，其中所述活檢來自發(fā)炎的結(jié)腸區(qū)域。
18.權(quán)利要求15的方法，其中所述活檢來自不發(fā)炎的結(jié)腸區(qū)域。
19.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述確定步驟指示所述哺乳動(dòng)物受試者中IBD的復(fù) 發(fā)，且其中所述哺乳動(dòng)物受試者先前診斷有IBD并為所述先前診斷的IBD接受過治療。
20.權(quán)利要求19的方法，其中所述治療包括手術(shù)。
21.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述確定步驟指示所述哺乳動(dòng)物受試者中所述IBD的2突發(fā)。
22.—種治療有所需要的哺乳動(dòng)物受試者中炎性腸病(IBD)的方法，該方法包括下列 步驟(a)確定自所述受試者獲得的測(cè)試樣品中編碼SEQID N0:2、4、6、8、10、12、14、16、18、 20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、 70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、110、112、114、116、 118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、 156、158、160、162、164、166、168、170、172、194、197、199、201、203、205、207、和 230 任一所 示多肽的核酸的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平較高，其中所述較高水平的表達(dá)指示獲 得測(cè)試樣品的受試者中IBD的存在；并(b)對(duì)所述受試者施用有效量的IBD治療劑。
23.一種治療有所需要的哺乳動(dòng)物受試者中炎性腸病(IBD)的方法，該方法包括下列 步驟(a)確定自所述受試者獲得的測(cè)試樣品中編碼SEQID NO 108、174、176、178、180、182、 184、186、188、190、192、211、213、215、217、219、221、223、225、和 228 任一所示多肽的核酸 的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照中的表達(dá)水平較低，其中所述較低水平的表達(dá)指示獲得測(cè)試樣品的 受試者中IBD的存在；并(b)對(duì)所述受試者施用有效量的IBD治療劑。
24.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述哺乳動(dòng)物受試者是人受試者。
25.權(quán)利要求24的方法，其中所述表達(dá)水平的證據(jù)是通過基因表達(dá)序型分析的方法獲 得的。
26.權(quán)利要求24的方法，其中所述方法是基于PCR的方法。
27.權(quán)利要求25的方法，其中所述表達(dá)水平是相對(duì)于一種或多種參照基因或其表達(dá)產(chǎn) 物的表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化的。
28.權(quán)利要求22或23的方法，包括確定至少兩種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的 證據(jù)。
29.權(quán)利要求22或23的方法，包括確定至少三種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的 證據(jù)。
30.權(quán)利要求22或23的方法，包括確定至少四種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的 證據(jù)。
31.權(quán)利要求22或23的方法，包括確定至少五種所述基因或其表達(dá)產(chǎn)物的表達(dá)水平的 證據(jù)。
32.權(quán)利要求22或23的方法，進(jìn)一步包括創(chuàng)建匯總所述IBD檢測(cè)的報(bào)告的步驟。
33.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述IBD是潰瘍性結(jié)腸炎。
34.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述IBD是克羅恩氏病。
35.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述IBD是潰瘍性結(jié)腸炎和克羅恩氏病。
36.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述測(cè)試樣品來自結(jié)腸組織活檢。
37.權(quán)利要求36的方法，其中所述活檢來自選自下組的組織回腸末端、升結(jié)腸、降結(jié) 腸、和乙狀結(jié)腸。
38.權(quán)利要求36的方法，其中所述活檢來自發(fā)炎的結(jié)腸區(qū)域。
39.權(quán)利要求36的方法，其中所述活檢來自不發(fā)炎的結(jié)腸區(qū)域。
40.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述確定步驟指示所述哺乳動(dòng)物受試者中IBD的復(fù) 發(fā)，且其中所述哺乳動(dòng)物受試者先前診斷有IBD并為所述先前診斷的IBD接受過治療。
41.權(quán)利要求40的方法，其中所述治療包括手術(shù)。
42.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述確定步驟指示所述哺乳動(dòng)物受試者中所述IBD 的突發(fā)。
43.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述IBD治療劑是氨基水楊酸鹽。
44.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述IBD治療劑是皮質(zhì)類固醇。
45.權(quán)利要求22或23的方法，其中所述IBD治療劑是免疫抑制劑。
全文摘要
本發(fā)明涉及炎性腸病發(fā)病機(jī)制的基因表達(dá)序型分析的方法，其中測(cè)定來自哺乳動(dòng)物受試者的測(cè)試樣品中一種或多種IBD標(biāo)志物相對(duì)于對(duì)照的差異表達(dá)，其中測(cè)試樣品中有差異表達(dá)指示獲得測(cè)試樣品的哺乳動(dòng)物受試者中有IBD。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK101970689SQ200880125846
公開日2011年2月9日 申請(qǐng)日期2008年11月26日 優(yōu)先權(quán)日2007年11月29日
發(fā)明者亞歷山大·R·阿巴斯, 勞里·迪爾, 希拉里·克拉克, 杰克·薩特桑吉, 查爾斯·李斯, 科林·L·諾布爾 申請(qǐng)人:健泰科生物技術(shù)公司;愛丁堡大學(xué)老學(xué)院理事會(huì)