專利名稱：一種用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合、引物、探針和用途的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種基因組合、引物、探針和用途，尤其是一種用于檢測(cè)胃癌易感的基 因組合、引物、探針和用途。
背景技術(shù)：
胃癌是最常見消化道惡性腫瘤腫瘤之一，是嚴(yán)重威脅人類健康生命的常見病、多 發(fā)病。據(jù)統(tǒng)計(jì)，全世界每年約有90萬人新診斷為胃癌，在我國，胃癌占消化道惡性腫瘤第1 位，全身惡性腫瘤第3位。根據(jù)衛(wèi)生部衛(wèi)生信息統(tǒng)計(jì)中心2001年公布的資料，惡性腫瘤是 我國城市居民的第1位死因，死亡率為135. 59/10萬(24.9% )。其中，胃癌在惡性腫瘤死 因中居第3位。胃癌的發(fā)生、發(fā)展同其他惡性腫瘤一樣，屬多因素、多步驟、多階段和多基因 改變過程。近年來，某些基因的單核苷酸多態(tài)性(SNP)在惡性腫瘤易感性研究中倍受關(guān)注， 研究認(rèn)為亞甲基四氫葉酸還原酶基因(Methylenetetrahydrofolate reductase, MTHFR) 的C677T位點(diǎn)(rsl801133), CYP2E1的rs2031920位點(diǎn)，X線修復(fù)交叉互補(bǔ)基團(tuán)1 (X-ray repaircross-complementing group 1， XRCC1) ^ Arg399Gln ^ ^ (rs25487) R^-i^WB-苷核糖基轉(zhuǎn)移酶(Adenosine diphosphate ribotransferase，ADPRT)的 Ala762Val 位點(diǎn) (rsll36410)增加個(gè)體患胃癌的風(fēng)險(xiǎn)。MTHFR定位于染色體1ρ36. 3，整個(gè)編碼區(qū)長1980bp，包括11個(gè)外顯子，其cDNA序 列全長2. 2Kb。該基因的編碼產(chǎn)物是含有656個(gè)氨基酸殘基、相對(duì)分子量大約為150kDa的同 源二聚體，其氨基酸序列高度保守。MTHFR基因有多種突變類型，不同的突變類型對(duì)MTHFR 的酶活性和熱穩(wěn)定性產(chǎn)生不同的影響。至今，已發(fā)現(xiàn)MTHFR基因上有近30個(gè)SNP位點(diǎn)，其中 已有18個(gè)cSNP在GenBank數(shù)據(jù)庫登陸。1995年，有人發(fā)現(xiàn)了 MTHFR的C677T位點(diǎn)。該位 點(diǎn)位于MTHFR基因第4外顯子的葉酸鹽結(jié)合位點(diǎn)上。MTHFR基因第677位堿基胞嘧啶(C) 被胸腺嘧啶(T)置換，從而使一個(gè)高度保守的丙氨酸(Ala)變成了纈氨酸(Val)。C677T位 點(diǎn)位于MTHFR催化區(qū)域，該突變直接影響亞甲基四氫葉酸還原酶的活性和耐熱性，表現(xiàn)為 不同程度的酶活性降低并伴有耐熱性降低。葉酸是核苷酸DNA合成及甲基化的重要前體物質(zhì)，葉酸缺乏通過干擾DNA合成和 甲基化，進(jìn)而影響癌癥的發(fā)生。研究發(fā)現(xiàn)人群中MTHFR基因C677T位點(diǎn)變異導(dǎo)致酶活性下 降，使總?cè)~酸水平降低，特別是5-甲基四氫葉酸水平降低，5，50-亞基四氫葉酸積聚及細(xì)胞 內(nèi)葉酸衍生物構(gòu)成發(fā)生變化。研究表明MTHFR基因677TT基因型多態(tài)性是胃癌的危險(xiǎn)因素。大多數(shù)化學(xué)物質(zhì)需在代謝酶的作用下活化后才產(chǎn)生致癌效應(yīng)，主要的代謝酶有氧 化酶(I相)，如細(xì)胞色素P450氧化酶(CYPs)。前致癌物進(jìn)入人體內(nèi)經(jīng)CYP450催化，轉(zhuǎn)變 成親電子化合物攻擊細(xì)胞內(nèi)生物大分子，形成DNA加成物，啟動(dòng)致癌或致突變過程；由于這 些酶的基因多態(tài)性引起酶分子結(jié)構(gòu)、功能和水平改變，能影響細(xì)胞滅活致癌物和誘變劑的 能力，進(jìn)而被認(rèn)為與腫瘤易感性有關(guān)。CYP2E1是其中的一種，編碼二甲基亞硝胺D-脫甲基 酶(Debri soquine Hydroxylase，DBH)，主要參與食物中亞硝胺及其前體物和低分子量鹵 代烴類化合物在體內(nèi)的代謝。該基因定位于人類染色體10q24. 3-ter，長11. 4kb，含9個(gè)外顯子。CYP2E1的rs2031920位點(diǎn)，位于5-調(diào)控區(qū)內(nèi)由C — T的置換所致，研究認(rèn)為該位點(diǎn) 多態(tài)性與CYP2E1代謝酶轉(zhuǎn)錄活性增強(qiáng)相關(guān)，其突變基因型的表達(dá)較野生基因型高，TT基因 型增加患食管癌的風(fēng)險(xiǎn)。近年來，DNA修復(fù)基因在惡性腫瘤易感性研究中倍受關(guān)注。DNA損傷修復(fù)是一個(gè)多 種酶和蛋白質(zhì)參與的復(fù)雜過程，一旦相關(guān)基因發(fā)生突變，就會(huì)導(dǎo)致整個(gè)基因組DNA修復(fù)能 力下降，可能引起包括胃癌在內(nèi)的惡性腫瘤的發(fā)生和發(fā)展。X線修復(fù)交叉互補(bǔ)基因1 (X-ray repair cross-comp 1 ementinggroup 1，XRCC1)是第一個(gè)分離到的影響細(xì)胞對(duì)電離輻射敏 感性的哺乳動(dòng)物基因，它廣泛參與DNA損傷的修復(fù)，是目前研究較多的一種DNA修復(fù)基因。 XRCCl定位于人類染色體19q 13. 2-13. 3，大小為33kb，包含17個(gè)外顯子，編碼1個(gè)由633 個(gè)氨基酸組成的70kD的蛋白質(zhì)。XRCCl作為腳手架蛋白，通過直接與DNA聚合酶β、DNA連 接酶 III 和多聚二磷酸腺苷(adenosinediphosphate，ADP)核糖聚合酶(poly ADP-ribose polymerase,PARP)形成復(fù)合物，共同參與因電離輻射和氧化損傷引起的堿基切除修復(fù)和單 鏈斷裂修復(fù)，對(duì)維持基因的穩(wěn)定性發(fā)揮十分關(guān)鍵的作用。XRCCl基因的rs25487位點(diǎn)，導(dǎo)致 相應(yīng)氨基酸殘基Arg399Gln(G —A)的改變，該多態(tài)性使XRCCl蛋白質(zhì)的活性發(fā)生改變，突 變基因型AA被認(rèn)為與胃癌的發(fā)病相關(guān)。ADPRT是堿基切除修復(fù)(BER)系統(tǒng)的核心蛋白成員。ADPRT作為一種DNA結(jié)合蛋 白，通過識(shí)別DNA鏈斷裂并使多種核受體蛋白(包括自身)發(fā)生多聚ADP核糖化，從而參 與BER過程。當(dāng)ADPRT結(jié)合于DNA鏈斷裂處，會(huì)引發(fā)自身多聚ADP核糖化而激活。激活的 ADPRT與蛋白支架XRCCl相互作用，募集DNA聚合酶- β和DNA連接酶III形成復(fù)合體完 成DNA損傷修復(fù)過程。ADPRT有多個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，以rsll36410位點(diǎn)的研究最多。XRCCl的 rs25487多態(tài)位點(diǎn)恰好位于與ADPRT相互作用的BRCT-結(jié)構(gòu)域，因此這種基因-基因的交互 作用具有生物學(xué)依據(jù)，ADPRT的rsll36410多態(tài)位點(diǎn)和XRCCl的rs25487多態(tài)位點(diǎn)變異具 有交互作用，兩者同時(shí)變異降低堿基切除修復(fù)功能，影響個(gè)體對(duì)癌癥的易感性?，F(xiàn)有技術(shù)檢測(cè)胃癌易感人群，采用雜交芯片法或玻璃板芯片法，以及利用taqman 探針，該方法準(zhǔn)確率低、假陰性和假陽性率較高，且不能批量檢測(cè)；另一種直接測(cè)序法，雖準(zhǔn) 確率高，但其成本高、同樣不能實(shí)現(xiàn)批量檢測(cè)，因此現(xiàn)有方法均無法滿足大規(guī)模基因篩選的 要求。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是，通過檢測(cè)一組與胃癌易感性相關(guān)的基因及位點(diǎn)， 利用特異性引物和探針，通過單核苷酸延伸技術(shù)結(jié)合微陣列芯片技術(shù)，綜合檢測(cè)和分析受 檢人群是否攜帶“胃癌易感基因”，將胃癌易感人群從人群中篩選出來，改變不良的生活習(xí) 慣，達(dá)到預(yù)防的目的。為了解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明采用的技術(shù)方案是一種用于檢測(cè)胃癌易感的基 因組合，它包括與胃癌關(guān)系密切的4個(gè)基因的組合MTHFR基因、CYP2E1代謝酶基因、XRCCl 及ADPRT修復(fù)酶基因。包括下述SNP位點(diǎn):MTHFR基因的rsl801133位點(diǎn)，CYP2E1的rs2031920位點(diǎn)， XRCCl基因的rs25478位點(diǎn)，ADPRT基因的rsl 136410位點(diǎn)。所述的用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合，用于針對(duì)所述位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性的引物對(duì)和探針。所述的用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合設(shè)計(jì)的特異性引物，所述的特異性引物對(duì)的 序列如下，用于進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增，能同時(shí)擴(kuò)增出上述4個(gè)位點(diǎn)的基因片段針對(duì)rsl801133 位點(diǎn)ATGTCRGTGCAYGCCTTCAGCTTTGAGGCTGACCTGA針對(duì)rs2031920 位點(diǎn)ATGACTTTTATTTTCTTCATTTCTCATCTAACTGGCAATATATAGRAGTTCTTAATTC針對(duì)rs25478 位點(diǎn)RTGCGTAAGGAGTGGGTGTGTGTTCTCCGCTGGCAG針對(duì)rsl 136410 位點(diǎn)CACCTGGGTGAGTCTGTCTC
TATCATCAGACCCTCCCCT。所述的用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合設(shè)計(jì)的特異性探針，所述的特異性探針序列 如下，能同時(shí)對(duì)4個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)分型針對(duì)rsl801133 位點(diǎn)GAAAAGCTGCGTGATGATGAAATCG針對(duì)rs2031920 位點(diǎn)AAGATTCATTGTTAATATAAAAGTA針對(duì)rs25478 位點(diǎn)CGCATGCGTCGGCGGCTGCCCTCCC針對(duì)rsl 136410 位點(diǎn)TTTCTTTTGCTCCTCCAGGCCAAGG。所述的引物或探針，用于通過單核苷酸延伸技術(shù)結(jié)合微陣列芯片技術(shù)特異性檢出 胃癌病易感基因。本發(fā)明的有益效果是(1)分型結(jié)果準(zhǔn)確性高達(dá)99%以上，重復(fù)性好，沒有假陽性 影響；(2)同時(shí)檢測(cè)多個(gè)SNP位點(diǎn)，檢測(cè)成本低；(3)通量高，可一次對(duì)384個(gè)樣本進(jìn)行檢測(cè)； (4)操作簡便；(5)靈敏度高，每次檢測(cè)的DNA用量僅2ng。本發(fā)明通過單核苷酸延伸技術(shù) 結(jié)合微陣列芯片技術(shù)，利用特異性引物和探針對(duì)單核苷酸多態(tài)性(SNP)的基因分型準(zhǔn)確率 超過99%。
具體實(shí)施例方式本發(fā)明一種用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合，它包括與胃癌關(guān)系密切的4個(gè)基因的 組合MTHFR基因、CYP2E1代謝酶基因、XRCCl及ADPRT修復(fù)酶基因。包括下述SNP位點(diǎn) MTHFR基因的 rsl801133 位點(diǎn)，CYP2E1 的 rs2031920 位點(diǎn)，XRCCl 基因的 rs25478 位點(diǎn)，ADPRT 基因的rsl 136410位點(diǎn)。所述的用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合，用于針對(duì)所述位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性的引物對(duì)和 探針。本發(fā)明所述的引物是針對(duì)MTHFR基因的rsl801133位點(diǎn)，CYP2E1的rs2031920位 點(diǎn)，XRCCl基因的rs25478位點(diǎn)，ADPRT基因的rsll36410位點(diǎn)而設(shè)計(jì)，可用于進(jìn)行多重PCR 擴(kuò)增，可同時(shí)擴(kuò)增出上述4個(gè)位點(diǎn)的基因片段。設(shè)計(jì)這類引物是本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠輕易 完成的。優(yōu)選的，本發(fā)明中所述引物為具有如下序列針對(duì)rsl801133 位點(diǎn)ATGTCRGTGCAYGCCTTCAGCTTTGAGGCTGACCTGA針對(duì)rs2031920 位點(diǎn)ATGACTTTTATTTTCTTCATTTCTCATC
5
TAACTGGCAATATATAGRAGTTCTTAATTC針對(duì)rs25478 位點(diǎn)RTGCGTAAGGAGTGGGTGTGTGTTCTCCGCTGGCAG針對(duì)rsl 136410 位點(diǎn)CACCTGGGTGAGTCTGTCTCTATCATCAGACCCTCCCCT。特異性引物可用常規(guī)的合成技術(shù)進(jìn)行合成，本領(lǐng)域的技術(shù)人員能夠理解，本發(fā)明 的引物不限于這4條引物對(duì)。本發(fā)明所述探針，是針對(duì)MTHFR基因的rsl801133位點(diǎn)，CYP2E1的rs2031920位 點(diǎn)，XRCCl基因的rs25478位點(diǎn)，ADPRT基因的rsll36410位點(diǎn)而設(shè)計(jì)，可同時(shí)對(duì)3個(gè)位點(diǎn)進(jìn) 行檢測(cè)分型。設(shè)計(jì)這類探針是本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠輕易完成的。優(yōu)選的，本發(fā)明中所述探 針為具有如下序列針對(duì)rsl801133 位點(diǎn)GAAAAGCTGCGTGATGATGAAATCG針對(duì)rs2031920 位點(diǎn)AAGATTCATTGTTAATATAAAAGTA針對(duì)rs25478 位點(diǎn)CGCATGCGTCGGCGGCTGCCCTCCC針對(duì)rsl 136410 位點(diǎn)TTTCTTTTGCTCCTCCAGGCCAAGG。特異性探針可用常規(guī)的合成技術(shù)進(jìn)行合成，本領(lǐng)域的技術(shù)人員能夠理解，本發(fā)明 的特異性探針不限于這4條探針。本發(fā)明中所述探針特指單核苷酸延伸技術(shù)中的延伸引物，下面實(shí)施例中將敘述為 延伸引物。下面結(jié)合具體實(shí)施例對(duì)本發(fā)明作進(jìn)一步詳細(xì)說明IDNA 的提取取受檢者外周靜脈血，加入同等體積的細(xì)胞裂解液，裂解兩次，充分裂解白細(xì)胞， 離心棄上清后加入蛋白酶K緩沖液和蛋白酶K(50ug/ml)，65°C孵育10分鐘，異丙醇沉淀、 75 %乙醇洗滌兩次，晾干后溶于適量TB溶液中。2PCR 擴(kuò)增取受檢者的基因組DNA提取液加入96孔板中，進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增反應(yīng)總體積5ul，其中 IOM mol/L dNTPs 0. 0375ul, 10XPCR BufferO. 5ul, 25mmol/L MgCl2Iul,模板 DNA 30ng，6 重弓丨物混合液 10uM/Leach0. 025ul, Amplitaq Gold(5U/ul)0. lul，補(bǔ)足水到 5ul。置于 PCR 儀上反應(yīng)預(yù)變性 94°C Imin ；94°C 30sec, 55°C 30sec,72°C lmin，40 個(gè)循環(huán)；Hold 4°C。擴(kuò)增引物
IFATGTCRGTGCAYGCCTTC
IRAGCTTTGAGGCTGACCTGA
2FATGACTTTTATTTTCTTCATTTCTCATC
2RTAACTGGCAATATATAGRAGTTCTTAATTC
3FRTGCGTAAGGAGTGGGTG
3RTGTGTTCTCCGCTGGCAG
4FCACCTGGGTGAGTCTGTCTC
4RTATCATCAGACCCTCCCCT
3 純化在PCR擴(kuò)增產(chǎn)物中加入2ul Exo I-SAP-IT純化試劑(購自USB)。將96孔板放入 PCR 儀中進(jìn)行純化，純化程序37°C 30min,96°C lOmin，Hold4°C。4引物延伸反應(yīng)純化后的PCR產(chǎn)物中加入延伸反應(yīng)混合物extension Dilution Buffer3. 76ul, 延伸引物混合液(1010uM/L each) 0. 03ul, 20 XExtension Mix 0. 2ul，DNA 聚合酶 0. 02ul， 補(bǔ)足水到7ul。將裝有延伸反應(yīng)混合物的96孔板再次放入PCR儀中進(jìn)行延伸反應(yīng)，反應(yīng)程 序=Hold 96°C 3min ；94°C 20sec，40°C llsec，46 個(gè)循環(huán)；Hold 4°C。延伸引物序列IP GAAAAGCTGCGTGATGATGAAATCG2P AAGATTCATTGTTAATATAAAAGTA3P CGCATGCGTCGGCGGCTGCCCTCCC4P TTTCTTTTGCTCCTCCAGGCCAAGG以上延伸探針5’端具有與微陣列芯片地址引物對(duì)應(yīng)的地址序列。5延伸反應(yīng)結(jié)束后，加入雜交液可與微陣列芯片進(jìn)行雜交反應(yīng)。孵育溫度42 °C，孵育時(shí)間2小時(shí)。6激光掃描檢測(cè)熒光信號(hào)本發(fā)明將上述4個(gè)與胃癌易感、發(fā)生密切相關(guān)的基因進(jìn)行組合，通過大量的篩選 數(shù)據(jù)表明所述4個(gè)基因及位點(diǎn)MTHFR基因的rsl801133位點(diǎn)，CYP2E1的rs2031920位點(diǎn)， XRCCl基因的rs25487位點(diǎn)，ADPRT基因的rsl 136410位點(diǎn)，如4個(gè)基因都有位點(diǎn)發(fā)生突變， 則患胃癌的概率最高；三個(gè)基因發(fā)生突變次之；兩個(gè)或一個(gè)發(fā)生突變，患股骨頭壞死的概
率較小。本發(fā)明采用單核苷酸延伸技術(shù)和微陣列芯片技術(shù)相結(jié)合的方法，針對(duì)上述4個(gè)位 點(diǎn)，設(shè)計(jì)一套多重PCR引物，在一個(gè)擴(kuò)增反應(yīng)中同時(shí)擴(kuò)增攜帶SNP位點(diǎn)的4個(gè)基因片段，根 據(jù)SNP位點(diǎn)上游5’端23-25bp的序列設(shè)計(jì)寡核苷酸探針，此探針與序列雜交后3’末端位 于snp5’端上游Ibp處。檢測(cè)時(shí)聚合酶根據(jù)SNP攜帶的堿基在探針末端結(jié)合上一個(gè)攜帶熒 光的ddNTP，根據(jù)結(jié)合的ddNTP不同，其所攜帶的熒光顏色也不相同，在探針的5’端根據(jù)與 微陣列芯片結(jié)合位置的不同設(shè)計(jì)有不同的20bp的Tag地址序列，與微陣列芯片上對(duì)應(yīng)的序 列互補(bǔ)，延伸后的探針與微陣列芯片上對(duì)應(yīng)區(qū)域上的序列雜交，不同的探針結(jié)合在芯片的 不同區(qū)域，通過檢測(cè)對(duì)應(yīng)位置的熒光，達(dá)到同時(shí)進(jìn)行多個(gè)SNP分型的目的。疾病的發(fā)生是一個(gè)十分復(fù)雜的過程，受到多個(gè)蛋白和基因的共同影響，其中任何 一個(gè)酶的改變都會(huì)影響疾病的易感性。傳統(tǒng)的基因檢測(cè)疾病的方法受到方法的限制，往往 只能對(duì)一到兩個(gè)基因的多態(tài)性進(jìn)行分析，只能覆蓋一部份患病風(fēng)險(xiǎn)人群，對(duì)于由于其他基 因上的多態(tài)性造成的疾病患病風(fēng)險(xiǎn)不能及時(shí)的預(yù)警，檢測(cè)的準(zhǔn)確性因此會(huì)大幅降低，受檢 者不能全面的了解自身疾病的易感情況。本發(fā)明針對(duì)一種疾病不同的患病途徑檢測(cè)多個(gè)相關(guān)的基因和其多態(tài)性位點(diǎn)，能更 準(zhǔn)確更全面的檢測(cè)受檢者不同患病途徑的患病風(fēng)險(xiǎn)，能給受檢者提出具有針對(duì)性和有效地 健康建議，及時(shí)有效的避免其疾病的發(fā)生。由于本發(fā)明使用的檢測(cè)方法可以高通量，自動(dòng)化的檢測(cè)SNP，大幅降低了檢測(cè)成本，可以對(duì)不同患病途徑的多個(gè)基因同時(shí)進(jìn)行檢測(cè)，本發(fā)明針對(duì)胃癌不同的患病途徑的關(guān) 鍵酶基因?qū)ふ姨暨x了 4個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，能更準(zhǔn)確更全面的檢測(cè)受檢者不同患病途徑的患病 風(fēng)險(xiǎn)，能夠給受檢者提出具有針對(duì)性的健康建議，及時(shí)有效的避免其疾病的發(fā)生。本發(fā)明 通過單核苷酸延伸技術(shù)結(jié)合微陣列芯片技術(shù)，利用特異性引物和探針對(duì)單核苷酸多態(tài)性 (SNP)的基因分型準(zhǔn)確率超過99%，同時(shí)檢測(cè)上述4個(gè)基因?qū)z測(cè)、比較個(gè)體的胃癌易感性 具有重要意義。 綜上所述，本發(fā)明的內(nèi)容并不局限在上述的實(shí)施例中，相同領(lǐng)域內(nèi)的有識(shí)之士可 以在本發(fā)明的技術(shù)指導(dǎo)思想之內(nèi)可以輕易提出其他的實(shí)施例，但這種實(shí)施例都包括在本發(fā) 明的范圍之內(nèi)。
權(quán)利要求
一種用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合，其特征在于，它包括與胃癌關(guān)系密切的4個(gè)基因的組合MTHFR基因、CYP2E1代謝酶基因、XRCC1及ADPRT修復(fù)酶基因。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合，其特征在于，包括下述SNP位 點(diǎn)MTHFR 基因的 rsl801133 位點(diǎn)，CYP2E1 的 rs2031920 位點(diǎn)，XRCCl 基因的 rs25478 位點(diǎn)， ADPRT基因的rsl 136410位點(diǎn)。
3.如權(quán)利要求2所述的用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合，用于針對(duì)所述位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性 的引物對(duì)和探針。
4.如權(quán)利要求2所述的用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合設(shè)計(jì)的特異性引物，其特征在 于，所述的特異性引物對(duì)的序列如下，用于進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增，能同時(shí)擴(kuò)增出上述4個(gè)位點(diǎn) 的基因片段針對(duì) rsl801133 位點(diǎn)ATGTCRGTGCAYGCCTTC AGCTTTGAGGCTGACCTGA針對(duì) rs2031920 位點(diǎn)ATGACTTTTATTTTCTTCATTTCTCATC TAACTGGCAATATATAGRAGTTCTTAATTC 針對(duì) rs25478 位點(diǎn)RTGCGTAAGGAGTGGGTG TG TGTTCTCCGCTGGCAG針對(duì) rsl 136410 位點(diǎn)CACCTGGGTGAGTCTGTCTC TATCATCAGACCCTCCCCT。
5.如權(quán)利要求2所述的用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合設(shè)計(jì)的特異性探針，其特征在 于，所述的特異性探針序列如下，能同時(shí)對(duì)4個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè)分型針對(duì) rsl801133 位點(diǎn)GAAAAGCTGCGTGATGATGAAATCG 針對(duì) rs 2031920 位點(diǎn)AAGATTCATTGTTAATATAAAAGTA 針對(duì) rs25478 位點(diǎn)CGCATGCGTCGGCGGCTGCCCTCCC 針對(duì) rsl 136410 位點(diǎn)TTTCTTTTGCTCCTCCAGGCCAAGG。
6.如權(quán)利要求4或5所述的引物或探針，用于通過單核苷酸延伸技術(shù)結(jié)合微陣列芯片 技術(shù)特異性檢出胃癌病易感基因。
全文摘要
本發(fā)明公開了一種用于檢測(cè)胃癌易感的基因組合、引物、探針和用途，它包括與胃癌關(guān)系密切的4個(gè)基因的組合MTHFR基因、CYP2E1代謝酶基因、XRCC1及ADPRT修復(fù)酶基因。包括下述SNP位點(diǎn)MTHFR基因的rs1801133位點(diǎn)，CYP2E1的rs2031920位點(diǎn)，XRCC1基因的rs25478位點(diǎn)，ADPRT基因的rs1136410位點(diǎn)。通過檢測(cè)一組與胃癌易感性相關(guān)的基因及位點(diǎn)，利用特異性引物和探針，通過單核苷酸延伸技術(shù)結(jié)合微陣列芯片技術(shù)，綜合檢測(cè)和分析受檢人群是否攜帶“胃癌易感基因”，將胃癌易感人群從人群中篩選出來，改變不良的生活習(xí)慣，達(dá)到預(yù)防的目的。
文檔編號(hào)C12N15/11GK101962667SQ20091006988
公開日2011年2月2日 申請(qǐng)日期2009年7月24日 優(yōu)先權(quán)日2009年7月24日
發(fā)明者楊亞非 申請(qǐng)人:南京微宇基因工程有限公司