專利名稱：診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及用于上皮性卵巢癌(EOC)的診斷、預(yù)后和成像的新試劑和其用途。
背景技術(shù)：
引言 上皮性卵巢癌(EOC)是婦科惡性腫瘤引起的死亡的首要原因以及女性中第五個最常見的癌癥相關(guān)死亡的原因。在2008年，據(jù)估計21650個新的卵巢癌病例將在美國得到診斷，15520 個將死于此疾病(Jemal A, Siegel R, Ward E 等人 Cancer statistics, 2008. CA :a cancer journal for clinicians 2008;58:71-96)。EOC 的存活率與發(fā)病率的不良比例與高比例的晚期才得以診斷的病例以及缺少對晚期難治性疾病的有效治療相關(guān)。盡管有手術(shù)技術(shù)的改進和更定向治療法如貝伐單抗(bevacizimab)的到來，患有EOC的患者的存活率停留在 5 年為 45% (Jemal A, Siegel R,ffard E 等人 Cancer statistics, 2008. CA a cancer journal for clinicians 2008 ;58 :71-96)。這樣不良的預(yù)后統(tǒng)計學(xué)表明急需改善我們對EOC的分子機理的理解，以便開發(fā)更好的預(yù)后性分析法和預(yù)測性分析法以及鑒定新的治療靶標。
上皮性卵巢癌包括三種主要的組織學(xué)亞型漿液型、粘蛋白型和子宮內(nèi)膜型。漿液型EOC包括漿液性囊瘤、漿液性良性囊腺瘤、帶有上皮細胞增殖活性和核異常而沒有浸潤的破壞性生長(低潛力或臨界惡性)的漿液性囊腺瘤，以及漿液性囊腺癌 (cystadenocarcinomas)。粘蛋白型EOC包括粘蛋白性囊瘤、粘蛋白性良性囊腺瘤、帶有上皮細胞增殖活性和核異常而沒有浸潤的破壞性生長(低潛力或臨界惡性)的粘蛋白性囊腺瘤，以及粘蛋白性囊腺癌。子宮內(nèi)膜型EOC包括子宮內(nèi)膜性腫瘤(與子宮內(nèi)膜中的腺癌相似)、子宮內(nèi)膜良性囊腫、帶有上皮細胞增殖活性和核異常而沒有浸潤的破壞性生長(低潛力或臨界惡性)的子宮內(nèi)膜腫瘤，以及子宮內(nèi)膜腺癌。
還存在兩種另外的較不普遍的組織學(xué)亞型透明細胞和未分化的細胞。
另外，EOC可以通過“階段”分類，這取決于它們在卵巢外擴散有多遠。因此，階段 I被定義為限制在一個或兩個卵巢中的卵巢癌。階段II被定義為已經(jīng)擴散至盆腔器官(例如子宮、輸卵管)，但沒有擴散至腹部器官的卵巢癌。階段III被定義為已經(jīng)擴散至腹部器官或淋巴系統(tǒng)(例如盆腔或腹部淋巴結(jié)，在肝臟上，在腸上)的卵巢癌。最后，階段IV被定義為已經(jīng)擴散至遠端位點(例如肺，在肝臟內(nèi)部，腦，頸部淋巴結(jié))的卵巢癌。
EOC還可以根據(jù)癌細胞的外觀分級。低級(或1級)意思是癌細胞看起來非常像卵巢的正常細胞；它們通常生長緩慢且不太可能擴散。中級(或2級)意思是細胞比低級細胞看起來更異常。高級(或3級)意思是細胞看起來非常異常。它們可能生長更快且更可能擴散。
因此，EOC大多數(shù)其他癌一樣是復(fù)雜的異質(zhì)性疾病，受多種遺傳改變和表觀遺傳改變的影響和控制，引起增加的攻擊性表型(MartinR. Novel approaches in advancing the treatment of epithelial ovarian cancer :the role of angiogenesisinhibition. Journal of clinical oncology 2007 ；25 :2894-901 ；Naora H 禾口 Montell DJ. Ovarian cancer metastasis integrating insights from disparate model organisms. Nature reviews 2005;5:355-66)?，F(xiàn)在公認單個腫瘤的特性和其生命過程由多種隨時間而獲得的體細胞突變(例如TP53、PTEN、RAS)和主體對環(huán)境因素(例如暴露于雌激素或煙草)反應(yīng)的持續(xù)演變引起(West Μ, Ginsburg G, Huang A和Nevins J. Embracing the complexity of genomic data for personalized medicine. Genome Res 2006 ; 16 : 559-66)。在某些情況下，這些體細胞突變位于內(nèi)在種系的變異之上(例如BRCA1/2) (West Μ, Ginsburg G, Huang A 禾口 Nevins J. Embracing the complexity of genomic data for personalized medicine. Genome Res 2006 ； 16 :559-66 ；Prat J, Ribe A 禾口 Gallardo A. Hereditary ovarian cancer. Human pathology2005 ;36 :861_70) 。 ^Ai臺0 !,^;: ， EOC最好地被認為是復(fù)雜相關(guān)疾病的集合，其在腫瘤表型、疾病結(jié)果和治療反應(yīng)中被極大的天然異質(zhì)性所代表。主要的挑戰(zhàn)是必然地鑒定和完全地驗證可以準確描述歸于EOC的異質(zhì)性的診斷和預(yù)后性生物標記。另外，需要準確的預(yù)測性生物標記從而指導(dǎo)現(xiàn)行的治療規(guī)程， 并指導(dǎo)新定向治療的開發(fā)和應(yīng)用。
技術(shù)(如DNA微陣列、基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué))在過去的十年中促進了翻譯研究，幫助我們增加對腫瘤生成的分子和遺傳基礎(chǔ)的理解以及提供向臨床腫瘤學(xué)實踐增加新方法的機會?！皁mic技術(shù)”的基本前提是對基因組(DNA)、轉(zhuǎn)錄組(mRNA)、 蛋白質(zhì)組(蛋白質(zhì))或代謝組(代謝產(chǎn)物)改變的全面檢查可以通過向現(xiàn)有技術(shù)提供優(yōu)異的診斷測試和治療效率而提供對疾病的生理學(xué)和機制的深刻了解(Brerman DJ, Kelly C, Rexhepaj E ^A Contribution of DNA and Tissue Microarray Technology to the Identification and Validation of Biomarkers and Personalised Medicine in Breast Cancer. Cancer Genomics and Proteomics2007 ;4 :3-16)。特別是將 DNA 微陣列技術(shù)應(yīng)用于癌生物學(xué)已經(jīng)引起對腫瘤內(nèi)基礎(chǔ)病理生理學(xué)通路和相互作用的復(fù)雜性的不斷增長的理角軍(Duffy MJ,Kelly ZD,Culhane AC,O'Brien S 禾口 Gallagher WM. DNA microarray-based gene expression profiling in cancer :aiding cancer diagnosis, assessing prognosis and predicting response to therapy. Current Pharmacogenomics 2005 ； 3 :289-304 ；Brennan DJ, 0' Brien SL, Fagan A 等人 Application of DNA microarray technology in determining breast cancer prognosis and therapeutic response. Expert Opin Biol Ther 2005;5:1069-83)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)篩選加速了對基因型-表型相互關(guān)系的研究，其共同的目的是闡明正常組織和疾病狀態(tài)(如癌)中基因的功能性分類學(xué) (Brennan D, 0' Brien S,Fagan A 等人 Application of DNA microarray technology in determining breast cancer prognosis and therapeutic response. Expert Opin Biol Ther 2005 ；5 :1069-83)。
但是，仍然有對用于診斷和預(yù)后EOC的改進試劑和方法的需求。

發(fā)明內(nèi)容
發(fā)明簡述 本發(fā)明的第一個方面提供了能夠選擇性結(jié)合至Soxll蛋白的結(jié)合部分，或能夠選擇性結(jié)合至編碼所述蛋白質(zhì)的核酸分子的結(jié)合部分，其用于診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)。
應(yīng)該理解的是本發(fā)明還提供能夠選擇性結(jié)合至Soxll蛋白或編碼所述蛋白質(zhì)的核酸分子的結(jié)合部分在制備用于上皮性卵巢癌(EOC)的診斷或預(yù)后性試劑中的用途。
我們定義“Soxll蛋白”包括人Soxll蛋白的氨基酸序列，如本文圖4中所示，以及其天然存在的同源物。
因此，我們還包括通過數(shù)據(jù)庫登錄號BAA88122、AAH25789、AAB08518、AAH25789和 P35716鑒定的Soxll蛋白。
本發(fā)明人使用免疫組織化學(xué)分析驚訝地將Soxll鑒定為用于EOC的新診斷/預(yù)后性抗原。這不僅是顯示Soxll在EOC細胞中過表達的首次報道，還是Soxll在高風(fēng)險EOC 群中相對于低風(fēng)險EOC群中的差異性表達的首次報道。因此，Soxll提供了用于診斷EOC患者以及幫助準確診斷和/或預(yù)后這一攻擊性惡性腫瘤的有價值的標記。
我們定義“診斷”包括鑒定個體可能患有的癌的存在和/或類型的行為或方法。因此，在一個具體實施方案中，診斷包括將特定的癌類型即EOC與一種或多種其他的癌區(qū)分開。在另外的具體實施方案中，本發(fā)明的結(jié)合部分用于基于總的存活率和/或癌特異性存活率將EOC患者分成臨床上相關(guān)的組。
我們定義“預(yù)后”包括預(yù)測癌的可能病程和結(jié)果的行為或方法，例如確定存活可能性和/或無復(fù)發(fā)存活(Rre)可能性。
“結(jié)合部分，，意思是能夠結(jié)合至Soxl 1蛋白或編碼所述蛋白質(zhì)的mRNA的分子或?qū)嶓w。
本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，本發(fā)明的結(jié)合部分可以用于診斷或預(yù)后任何組織學(xué)亞型的EOC(例如漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞、未分化的或無分類的)。
在一個具體實施方案中，結(jié)合部分用于診斷或預(yù)后屬于特定組織學(xué)亞型的E0C。因此，EOC可以屬于選自漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞和未分化或無分類的組織學(xué)亞型。
同樣，結(jié)合部分可以用于診斷或預(yù)后與特異性級別(例如高級)的細胞相關(guān)的 EOC。
還應(yīng)理解的是本發(fā)明的結(jié)合部分可以用于體內(nèi)或體外。
在一個具體實施方案中，本發(fā)明的結(jié)合部分用于作為上皮性卵巢癌(EOC)唯一生物標記的Soxll表達的檢測。例如，Soxll表達可以作為用于將EOC與一種或多種其他癌區(qū)分開的唯一生物標記。
或者，本發(fā)明的結(jié)合部分可以與一種或多種另外的結(jié)合部分聯(lián)合使用，所述另外的結(jié)合部分用于檢測一種或多種另外的用于上皮性卵巢癌(EOC)的生物標記。因此，結(jié)合部分可以與少于20個另外的結(jié)合部分，例如少于15、10、8、6、5、4、3、2或1個另外的結(jié)合部分聯(lián)合使用。
在一個特定的具體實施方案中，本發(fā)明的結(jié)合部分用于檢測Soxll的核表達和/ 或細胞質(zhì)表達。
我們定義“選擇性結(jié)合”包括相對于另外的多肽或核酸更強地結(jié)合至Soxll的結(jié)合部分；優(yōu)選所述結(jié)合為強至少10倍，優(yōu)選強至少50倍和甚至更優(yōu)選強至少100倍。優(yōu)選結(jié)合部分只結(jié)合至Soxll多肽或核酸。
本文使用的術(shù)語“多肽”意思是多種氨基酸通過肽鍵連接在一起。術(shù)語“肽”可以與術(shù)語“多肽”交換使用，但是肽可以由兩種或兩種以上的多肽組成。
本文使用的術(shù)語“氨基酸”包括標準的20個遺傳編碼的氨基酸和其相應(yīng)的“D”形式立體異構(gòu)體(與天然“L”形式相比)、ω -氨基酸，其它天然存在的氨基酸、非常規(guī)氨基酸 (例如α，α-二取代的氨基酸、N-烷基氨基酸等)和化學(xué)衍生的氨基酸。
當一個氨基酸被特異性列舉時，如“丙氨酸”或“Ala”或“A”，該術(shù)語是指L-丙氨酸或D-丙氨酸，除非另外明確地說明。其他非常規(guī)氨基酸也可以是本發(fā)明多肽的適合成分，只要所需功能性質(zhì)被多肽保留。對于所顯示的肽，每個編碼的氨基酸殘基在適當?shù)那闆r下由單個字母的命名所代表，對應(yīng)于常規(guī)氨基酸的俗名。
本發(fā)明的基于核酸的結(jié)合部分優(yōu)選是DNA，但還可以是RNA或人工核酸如PNA。
本發(fā)明的第二個方面提供了能夠選擇性結(jié)合至Soxll蛋白或編碼所述蛋白質(zhì)的核酸分子的結(jié)合部分，其用于檢測樣品中的上皮性卵巢癌(EOC)細胞。
在一個具體實施方案中，結(jié)合部分用于檢測屬于特定組織學(xué)亞型(例如漿液型、 粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞和未分化或無分類的)的E0C。
同樣，結(jié)合部分可以用于檢測與特定級別(例如高級)的細胞相關(guān)的E0C。
本發(fā)明的一個具體實施方案提供了根據(jù)第一方面或第二方面的結(jié)合部分，其能夠選擇性結(jié)合至Soxll蛋白。優(yōu)選地，Soxll蛋白是人蛋白質(zhì)。
通常，結(jié)合部分能夠選擇性結(jié)合至含有SEQ ID NO=I的氨基酸序列(見圖4)的多肽和/或其天然變體。
我們定義“天然變體”包括天然發(fā)現(xiàn)的Soxll蛋白，例如等位基因變體。
多肽的變體包括含有與已知氨基酸序列具有至少60%同一性的序列，優(yōu)選與所述序列具有至少70%或80%或85%或90%的同一性，且更優(yōu)選與所述SEQ ID N0:1的氨基酸序列具有至少95%、96%、97%、98%或99%的同一性。
百分比同一性可以通過例如Expasy工具站點(http //www. ch. embnet. org/ software/LALIGN_form. html)上的 LALIGN 程序(Huang 禾Π Miller, Adv. App 1. Math. (1991) 12 :337-357)，使用總體比對選擇，得分矩陣BL0SUM62，開口空隙罰分-14，延伸空隙罰分-4作為參數(shù)而確定。或者，兩種多肽之間的百分比序列同一性可以使用合適的計算機程序，例如威斯康星大學(xué)的遺傳計算組的GAP程序確定，且應(yīng)理解的是百分比同一性的計算是關(guān)于序列被優(yōu)化比對的多肽。
優(yōu)選結(jié)合部分包含多肽或由多肽組成。
多肽結(jié)合部分可以通過篩選鑒定。用于鑒定肽或其他選擇性結(jié)合靶蛋白質(zhì)或多肽的分子的合適的方法或篩選可以包括將靶蛋白質(zhì)或多肽與測試肽或其他分子在結(jié)合可以發(fā)生的條件下接觸，然后測定測試分子或肽是否結(jié)合靶蛋白質(zhì)或肽。檢測兩個部分之間結(jié)合的方法在生物化學(xué)領(lǐng)域中是熟知的。優(yōu)選地，已知的噬菌體展示技術(shù)被用于鑒定適于用作結(jié)合部分的肽或其他配體分子。另外的方法包括酵母雙雜交系統(tǒng)。
更優(yōu)選地，結(jié)合部分包含抗體或抗原結(jié)合片段或其變體或由抗體或抗原結(jié)合片段或其變體組成。
我們定義“抗體”包括基本上完整的抗體分子以及嵌合抗體、人源化抗體、人抗體 (其中至少一個氨基酸相對于天然存在的人抗體是突變的)、單鏈抗體、雙特異性抗體、抗體重鏈、抗體輕鏈、抗體重鏈和/或輕鏈的同二聚體和異二聚體，以及其抗原結(jié)合片段和衍生物。
“抗原結(jié)合片段”意思是能夠結(jié)合至Soxll蛋白的抗體的功能性片段。
優(yōu)選地，抗原結(jié)合片段選自Fv片段(例如單鏈Fv和二硫鍵合的Fv)、Fab樣片段 (例如Fab片段、Fab’片段和F (ab) 2片段)、單可變結(jié)構(gòu)域(例如Vh和八結(jié)構(gòu)域)和結(jié)構(gòu)域抗體(dAb，包括單和雙的格式[即dAb-連接子-dAb])。
使用抗體片段而不是整個抗體有多個優(yōu)點。片段的較小尺寸可以引起改善的藥理學(xué)性質(zhì)，如對固體組織更好的穿透性。另外，抗原結(jié)合片段如!^13113(^￥和(^13抗體片段可以在大腸桿菌(E.coli)中表達并從大腸桿菌中分泌，因此允許促進大量所述片段的產(chǎn)生。
還包括在本發(fā)明范圍內(nèi)的是抗體和其抗原結(jié)合片段的修飾版本，例如通過共價連接聚乙二醇或其它適當?shù)木酆衔镞M行修飾。
產(chǎn)生抗體和抗體片段的方法是本領(lǐng)域中熟知的。例如，抗體可以通過以下幾種方法中的任一種產(chǎn)生所述方法應(yīng)用了抗體分子體內(nèi)產(chǎn)生的誘導(dǎo)、免疫球蛋白庫的篩選 (Orlandi.等 A 1989. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. Α. 86 :3833-3837 ；Winter ^ A, 1991, Nature 349 =293-299)或通過培養(yǎng)物中細胞系產(chǎn)生單克隆抗體分子。這些包括但不限于雜交瘤技術(shù)、人B細胞雜交瘤技術(shù)和EB病毒(EBV)雜交瘤技術(shù)(Kohler等人1975. Nature 256 :4950497 ；Kozbor 等人 1985. J. Immunol. Methods 81 :31-42 ；Cote 等人 1983. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80 :2026-2030 ；Cole 等人 1984. Mol. Cell. Biol. 62 :109-120)。
所選抗原的合適的單克隆抗體可以通過已知的技術(shù)制備，例如那些在 "Monoclonal Antibodies :A manual of techniques，，，H Zola (CRC Press, 1988) 禾口 "Monoclonal Hybridoma Antibodies !Techniques and Applications，，，JGR HurrelKCRC Press, 1982)中公開的技術(shù)。
抗體片段可以使用本領(lǐng)域熟知的方法獲得(見例如Harlow&Lane,1988, "Antibodies :A Laboratory Manual，，，Cold Spring Harbor Laboratory, New York)。例如，根據(jù)本發(fā)明的抗體片段可以通過蛋白水解抗體或通過在大腸桿菌或哺乳動物細胞(例如中國倉鼠卵巢細胞培養(yǎng)物或其它蛋白質(zhì)表達系統(tǒng))中表達編碼片段的DNA而制備。或者， 抗體片段可以通過常規(guī)方法用胃蛋白酶或木瓜蛋白酶消化整個抗體而獲得。
本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解對于人的治療或診斷而言，人源化抗體是優(yōu)選使用的。非人的(例如鼠類)抗體的人源化形式是遺傳工程化的嵌合抗體或優(yōu)選具有源自非人抗體的最小部分的抗體片段。人源化抗體包括這樣的抗體其中人抗體(受體抗體)的互補決定區(qū)被來自非人物種(供體抗體)如小鼠、大鼠、兔的具有所需功能性的互補決定區(qū)的殘基所替代。在一些情況下，人抗體的Fv骨架殘基被相應(yīng)的非人殘基所替代。人源化抗體還可以包含在受體抗體中或在引進的互補決定區(qū)或骨架序列中都找不到的殘基。通常，人源化抗體包含基本上所有的至少一個和通常兩個可變結(jié)構(gòu)域，其中所有的或基本上所有的互補決定區(qū)對應(yīng)于非人抗體的那些互補決定區(qū)，以及所有的或基本上所有的骨架區(qū)對應(yīng)于相關(guān)人共有序列的那些骨架區(qū)。人源化抗體還最佳地包括至少一部分抗體恒定區(qū)，如Fc區(qū)，其通常源自人抗體(見例如 Jones 等人 1986. Nature 321 :522-525 ；Riechmann 等人 1988，Nature 332 :323-329 ；Presta,1992，Curr.Op. Struct. Biol. 2 :593-596)。
人源化非人抗體的方法是本領(lǐng)域中熟知的。通常，人源化抗體具有一個或幾個從非人來源引入的氨基酸殘基。這些非人的氨基酸殘基(通常被稱為引入的殘基)通常取自引入的可變結(jié)構(gòu)域。人源化可以通過用相應(yīng)的嚙齒動物互補決定區(qū)置換人互補決定區(qū)而基本上如所述見例如(Jones 等人 1986，Nature 321 :522-525 ；Reichmann 等人 1988. Nature 332 :323-327 ；Verhoeyen 等人，1988，Science239 :1534-15361 ；US 4，816，567)進行。因此，這樣的人源化抗體是嵌合抗體，其中大幅小于完整人可變結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)域被來自非人物種的相應(yīng)序列置換。實際上，人源化抗體可以是典型的人抗體，其中一些互補決定區(qū)殘基和可能地一些骨架殘基被來自嚙齒動物抗體中相似位點的殘基置換。
人源化抗體還可以使用本領(lǐng)域中各種已知的技術(shù)得以鑒定，包括噬菌體展示文庫(見例如 Hoogenboom 和 Winter, 1991，J. Mol. Biol. 227 :381 ；Marks 等人 1991，J. Mol. Biol. 222 581 ；Cole 等人 1985, In :Monoclonal antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, pp. 77 ；Boerner 等人 1991. J. Immunol. 147 :86-95)。
一旦獲得合適的抗體，可以對其測試活性，例如通過ELISA測試。
本發(fā)明的另一個具體實施方案提供了能夠選擇性結(jié)合至編碼Soxll蛋白的核酸分子的結(jié)合部分。
優(yōu)選地，結(jié)合部分能夠選擇性結(jié)合至編碼多肽的核酸分子，所述多肽包含SEQ ID NO 1的氨基酸序列和/或其天然變體。
更優(yōu)選地，結(jié)合部分包含核酸分子或由核酸分子組成。甚至更優(yōu)選地，結(jié)合部分包含DNA分子或由DNA分子組成。有利地，結(jié)合部分包含SEQ ID NO :2的核苷酸序列的片段 (見圖5)或其片段或變體的互補序列，或由SEQ ID NO :2的核苷酸序列的片段(見圖5)或其片段或變體的互補序列組成。方便地，所述核酸分子的長度為5至100個核苷酸。更方便地，所述核酸分子的長度為15至35個核苷酸。
優(yōu)選地，結(jié)合部分包含可檢測部分。
我們定義“可檢測部分”的意思是這樣的部分將本發(fā)明的化合物給予至患者后， 當其定位于靶位點時，可以通常非侵入性地在身體和定位的靶位點的外部被檢測到。因此， 本發(fā)明該具體實施方案的化合物可用于成像和診斷。
通常，可檢測部分是用于成像的放射性原子或包含用于成像的放射性原子。合適的放射性原子包括用于閃爍法研究的99mTc和1231。其它容易檢測的部分包括例如用于磁共振成像(MRI)的自旋標記如123I、mI、mIn、19F、13C、15N、170、釓、錳或鐵。顯然，本發(fā)明的化合物必須具有足夠的適當原子同位素，以便分子容易地得以檢測。
放射性或其它的標記可以以已知的方式整合進入本發(fā)明的化合物中。例如，如果結(jié)合部分是多肽，其可以生物合成或可以使用合適的包括例如用氟19代替氫的氨基酸前體通過化學(xué)氨基酸合成進行合成。標記如99mTc、123I、186Rh、188Rh和111 h可以例如通過結(jié)合部分中的半胱氨酸殘基連接。釔-90可以通過賴氨酸殘基連接。I0D0GEN方法(Fraker等人 1978,Biochem. Biophys. Res. Comm. 80 :49-57)可以用于整合 123I0 參考文獻("Monoclonal Antibodies in Immunoscintigraphy，，，J-F Chatal, CRC Press, 1989)詳細描述了其它方法。
因此，在本發(fā)明的另一個具體實施方案中，放射性原子選自锝-99m、碘-123、 碘-125、碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、磷-32、硫-35、氘、氚、錸-186、錸-188或釔-90。
本發(fā)明的第三方面提供了診斷個體中上皮性卵巢癌(EOC)的方法，所述方法包括 (a)提供來自個體的上皮性卵巢細胞樣品；和 (b)確定細胞樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量。
其中Soxll蛋白和/或mRNA的水平是具有上皮性卵巢癌(EOC)個體的指征。
特別地，高水平的Soxll蛋白和/或mRNA是具有上皮性卵巢癌(EOC)個體的指征。
在一個具體實施方案中，所述方法用于診斷屬于特異性組織學(xué)亞型(例如漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞和未分化的或無分類的)的E0C。
同樣，所述方法可以用于診斷與特定級別(例如高級)細胞相關(guān)的E0C。
在一個具體實施方案中，所述方法進一步包括在上皮性卵巢癌細胞上對EOC進行一個或多個另外的診斷測試，從而證實所述診斷。
本發(fā)明的第四個方面提供了在個體中預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)的方法，所述方法包括 (a)提供來自個體上皮性卵巢癌細胞的樣品；和 (b)確定細胞樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量。
其中Soxll蛋白和/或mRNA的水平是個體無復(fù)發(fā)存活機會的指征。
在一個具體實施方案中，所述方法用于預(yù)后屬于特定組織學(xué)亞型(例如漿液型、 粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞和未分化的或無分類的)的E0C。
同樣，所述方法可以用于預(yù)后與特定級別(例如高級)細胞相關(guān)的E0C。
“無復(fù)發(fā)存活機會”的意思是個體存活一段給定時間如1年、2年、3年、5年、10年或更長的概率。
在一個具體實施方案中，高水平的Soxll蛋白和/或mRNA是具有增加的無復(fù)發(fā)存活(Rre)個體的指征。
“增加的無復(fù)發(fā)存活”的意思是當與上皮性卵巢癌(EOC)患者的平均人群相比時， 無復(fù)發(fā)存活的概率較高，例如所述概率可以增加至少0. 05,0. 1,0. 2,0. 3,0. 4或0. 5或更
^^ ο 在另外的具體實施方案中，低水平的Soxll蛋白和/或mRNA是具有降低的無復(fù)發(fā)存活(RR5)個體的指征。
“降低的無復(fù)發(fā)存活”的意思是當與上皮性卵巢癌(EOC)患者的平均人群相比時， 無復(fù)發(fā)存活的概率較低，例如所述概率可以降低至少0. 05,0. 1,0. 2,0. 3,0. 4或0. 5或更
^^ ο 本發(fā)明的第五方面提供了檢測個體中上皮性卵巢癌(EOC)的方法，所述方法包括 (a)提供來自個體的細胞樣品；和 (b)確定細胞樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量。
其中Soxll蛋白和/或mRNA的水平是具有上皮性卵巢癌(EOC)細胞的個體的指征。
在一個具體實施方案中，所述方法用于檢測屬于特定組織學(xué)亞型(例如漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞和未分化的或無分類的)的EOC的細胞。
同樣，所述方法可以用于檢測與特定級別(例如高級)細胞相關(guān)的EOC的細胞。
特別地，高水平的Soxll蛋白和/或mRNA是具有上皮性卵巢癌(EOC)個體的指征。
“高水平的Soxll蛋白和/或mRNA”的意思是與非癌的(例如健康的)上皮性卵巢細胞相比，Soxll蛋白和/或mRNA的量高至少10%，例如高20%、30%、40%、50%、60%、 70 %,80 %,90 %UOO %,120 %, 150 %,200 %,300 %A00 %>500 %,600 700%,800%, 900 %、1000 %、1500 %、2000 %、3000 %、4000 %、5000 %、10000 % 或更多。
“低水平的Soxll蛋白和/或mRNA”的意思是Soxll蛋白和/或mRNA的量與非癌的上皮性卵巢細胞中的量無統(tǒng)計學(xué)上的不同。
技術(shù)人員將理解，本發(fā)明的方法可以在體內(nèi)或體外進行。
在一個具體實施方案中，所述方法包括檢測作為診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC) 的唯一生物標記的Soxll的表達(如上所述)。
或者，本發(fā)明的結(jié)合部分可以與一種或多種另外的結(jié)合部分聯(lián)合使用，所述另外的結(jié)合部分用于檢測一種或多種另外的用于診斷或預(yù)后EOC的生物標記。因此，所述結(jié)合部分可以與少于20種另外的結(jié)合部分，例如少于15、10、8、6、5、4、3、2或1種另外的結(jié)合部分聯(lián)合使用。
在一個具體實施方案中，所述方法包括檢測Soxll的核和/或細胞質(zhì)的表達。
優(yōu)選地，待測試的細胞樣品是組織樣品的形式。
方便地，樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量用根據(jù)本發(fā)明第一方面或第二方面的結(jié)合部分確定。
本發(fā)明方法的另外的具體實施方案包括用對照樣品中的Soxll蛋白和/或mRNA 的量比較待測試細胞樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量。
有利地，對照樣品是包含非癌的上皮性卵巢細胞的陰性對照樣品或由非癌的上皮性卵巢細胞組成的陰性對照樣品。
有利地，或另外，對照樣品是包含上皮性卵巢癌細胞的陽性對照樣品或由上皮性卵巢癌細胞組成的陽性對照樣品。所述卵巢上皮細胞可以是與高無復(fù)發(fā)存活(RR5)相關(guān)的 EOC細胞或與低無復(fù)發(fā)存活(Rre)相關(guān)的EOC細胞。
通常，本發(fā)明的方法的步驟(b)使用選自宏陣列、微陣列(包括組織微陣列)、納米陣列、逆轉(zhuǎn)錄PCR、實時PCR或原位PCR的方法進行。
本發(fā)明的第三或第四方面的另外具體實施方案包括確定待測試細胞樣品中另外的EOC生物標記蛋白質(zhì)和/或mRNA的水平，例如p53、雌激素受體和/或孕酮受體。
本發(fā)明的第六方面提供了使個體體內(nèi)上皮性卵巢癌(EOC)細胞成像的方法，所述方法包括給予個體有效量的根據(jù)本發(fā)明第一或第二方面的結(jié)合部分。
在一個具體實施方案中，所述方法用于使屬于特定組織學(xué)亞型(例如漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞和未分化的或無分類的)E0C細胞成像。
同樣，所述方法可以用于使與特定級別(例如高級)細胞相關(guān)的EOC細胞成像。
本文使用的術(shù)語“有效量”是指為給定的給藥方案提供足夠可檢測信號的量。這是經(jīng)計算與需要的添加劑和稀釋劑(即載體或給藥載體)聯(lián)合而產(chǎn)生所需信號強度的活性物質(zhì)的預(yù)定量。如本領(lǐng)域技術(shù)人員理解的，化合物的量可以根據(jù)其特異活性變化。合適的劑量可以含有經(jīng)計算與所需稀釋劑聯(lián)合而產(chǎn)生所需信號強度的活性組合物的預(yù)定量。在制備本發(fā)明組合物的方法和用途中，提供了活性成分的有效量。一般技術(shù)的醫(yī)療或獸醫(yī)技術(shù)人員可以根據(jù)患者的特征，如年齡、體重、性別、狀況、合并癥、其它本領(lǐng)域熟知的疾病等確定有效量。
通常，本發(fā)明的第六方面包括檢測個體中結(jié)合部分位置的步驟。優(yōu)選地，Soxll蛋白和/或編碼其的mRNA用作上皮性卵巢癌(EOC)細胞的標記。
本發(fā)明的第七方面提供了上述定義的結(jié)合部分在制備用于診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)的藥物中的用途。
作為第八方面，本發(fā)明另外提供作為上皮性卵巢癌(EOC)細胞生物標記的Soxll 蛋白和/或編碼其的mRNA的用途。
在一個具體實施方案中，Soxll蛋白和/或編碼其的mRNA用作屬于特定組織學(xué)亞型(例如漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞和未分化的或無分類的)E0C的生物標記。
同樣，Soxll蛋白和/或編碼其的mRNA可以用作屬于特定級別(例如高級)的EOC 的生物標記。
應(yīng)理解Soxll可以用作上皮性卵巢癌(EOC)的唯一生物標記。
或者，Soxll可以與一種或多種另外的生物標記聯(lián)合使用。但是優(yōu)選地，Soxll與少于20種另外的用于方法中的生物標記，例如少于15、10、8、6、5、4、3、2或1種另外的生物標記聯(lián)合使用。
本發(fā)明第九方面提供了篩選在診斷和/或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)中有效力的分子的方法，所述方法包括以下步驟 (a)將待測試的分子與Soxll蛋白和/或編碼其的mRNA(或與所述蛋白質(zhì)或mRNA 的片段)接觸；和 (b)檢測含有蛋白質(zhì)和/或mRNA(或其片段)和待測試的分子的復(fù)合物的存在。
在一個具體實施方案中，方法用于篩選在診斷和/或預(yù)后屬于特定組織學(xué)亞型 (例如漿液型、粘蛋白性、子宮內(nèi)膜型)的EOC中有效力的分子。
同樣，所述方法可以用于篩選在診斷和/或預(yù)后與特定級別(例如高級)細胞相關(guān)的EOC中有效力的分子。
檢測和/或測定蛋白質(zhì)和/或核酸的濃度的方法對本領(lǐng)域技術(shù)人員是熟知的，見例如 Sambrook 禾口 Russell (上述)。
用于檢測和/或測定蛋白質(zhì)的優(yōu)選方法包括Wfestern印跡、North-Western印跡、 免疫吸附測定法(ELISA)、抗體微陣列、組織微陣列(TMA)、免疫沉淀、原位雜交和其他免疫組織化學(xué)技術(shù)、放射免疫測定法(RIA)、免疫放射測定法(IRMA)和免疫酶測定法(IEMA)，包括使用單克隆和/或多克隆抗體的三明治測定法。舉例性的三明治測定法由美國專利號 4，376，110和4，486，530中David等人所述，據(jù)此通過參考并入。載玻片上的細胞抗體染色可以用于細胞學(xué)實驗室診斷測試中熟知的方法中，如本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的。
通常，ELISA包括使用產(chǎn)生有色反應(yīng)產(chǎn)物的酶(通常在固相測定法中)。酶如辣根過氧化物酶和磷酸酶已經(jīng)被廣泛應(yīng)用。放大磷酸酶反應(yīng)的方法是使用作為底物的NADP從而產(chǎn)生現(xiàn)在作為第二酶系統(tǒng)的輔酶的NAD。來自大腸桿菌(Escherichia coli)的焦磷酸酶提供良好的偶聯(lián)，因為所述酶不在組織中存在，是穩(wěn)定的，且產(chǎn)生好的反應(yīng)顏色。也可以使用基于酶的化學(xué)發(fā)光系統(tǒng)，如熒光素酶。
經(jīng)常使用與維生素生物素的偶聯(lián)，因為其可以容易地通過其與酶連接的卵白素或抗生物素蛋白鏈菌素(其以高特異性和親和力結(jié)合卵白素或抗生物素蛋白鏈菌素)的反應(yīng)得以檢測。
檢測和/或測定核酸(例如mRNA)的優(yōu)選方法包括southern印跡、northern印跡、聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)、逆轉(zhuǎn)錄酶PCR(RT-PCR)、定量實時PCR(qRT-PCR)、納米陣列、宏陣列、放射自顯影和原位雜交。
在典型的具體實施方案中，上皮性卵巢癌(EOC)細胞的存在通過檢測細胞核和/ 或細胞質(zhì)中Soxll蛋白和/或核酸得到檢測。優(yōu)選地，如上述，通過例如原位雜交分析中的核亮染，淋巴瘤細胞的核/細胞質(zhì)以相對高的量表達Soxll蛋白和/或核酸。


優(yōu)選地，現(xiàn)在將參考下列附圖描述具體表現(xiàn)本發(fā)明某些方面的非限制性例子 圖1 :Soxll蛋白在卵巢癌中的表達。
Soxll的免疫組織化學(xué)染色顯示，只有細胞質(zhì)表達(A)和細胞質(zhì)和核的表達(B)。 去卷積算法的相應(yīng)批注圖像顯示藍色的基質(zhì)、黃色和橙色的細胞質(zhì)染色和紅色的核表達。
圖2. Soxll蛋白在卵巢癌中的表達和存活。
基于條形圖，Soxll的表達被分類為低、中和高㈧?；谌齻€Soxll組的RFS的 Kaplan Meier評估(B)?；诟吆椭械人降腟oxll與低水平Soxll的比較的RFS的Kaplan Meier 評估(C)。
圖3.人類Soxll蛋白的氨基酸序列。
圖4.人類SOXll mRNA的核酸序列。
圖5.子宮內(nèi)膜型卵巢癌中的總存活率(25年) 比較了帶有多于或少于10% Soxll陽性腫瘤細胞的患者的25年總存活率。當患者被檢查過后(由于死亡以外的其他原因從研究中被除去)，在線上用打鉤符號指示。
圖6.子宮內(nèi)膜型卵巢癌中的總存活率(5年) 比較了帶有多于或少于10% Soxll陽性腫瘤細胞的患者的5年總存活率。當患者被檢查過后(由于死亡以外的其他原因從研究中被除去)，在線上用打鉤符號指示。
圖7.子宮內(nèi)膜型卵巢癌中癌特異性存活率(5年) 比較了帶有多于或少于10% Soxll陽性腫瘤細胞的患者的5年癌特異性存活率。 當患者被檢查過后(由于死亡以外的其他原因從研究中被除去)，在線上用打鉤符號指示。
圖8.高級EOC的總存活率05年) 比較了帶有多于或少于10% Soxll陽性腫瘤細胞的高級患者的25年總存活率。 當患者被檢查過后(由于死亡以外的其他原因從研究中被除去)，在線上用打鉤符號指示。
圖9.高級EOC的癌特異性(25年)存活率 比較了帶有多于或少于10% Soxll陽性腫瘤細胞的高級患者的25年癌特異性存活率。當患者被檢查過后(由于死亡以外的其他原因從研究中被除去)，在線上用打鉤符號指示。
具體實施例方式實施例A 引言 轉(zhuǎn)錄因子Soxl 1是Sox基因家族的成員，已經(jīng)被定位在染色體2p25. 3上 (Azuma T, Ao S, Saito Y 等人 Human SOXl 1, an upregulated gene during the neural differentiation, has a long 3 ' untranslated region. DNA research 1999 ；6 357-60)。Sox蛋白被鑒定為含有DNA結(jié)合高遷移率組(HMG)結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)，所述結(jié)構(gòu)域具有與雄性性別決定基因Sry的HMG結(jié)構(gòu)域的強氨基酸同源性(通常> 50 % ) (ffegner M. From head to toes :the multiple facets of Sox proteins. Nucleic acids researchl999 ；27 :1409-20)。20個以上的直系同源Sox基因已經(jīng)在人和小鼠基因組中得到鑒定，根據(jù)HMG結(jié)構(gòu)域內(nèi)和外的同源性程度將家族成員分為8個亞群(Schepers GE, Teasdale RD 禾口 Koopman P.Twenty pairs of sox :extent，homology, and nomenclature of the mouse and human sox transcription factor gene families. Developmental cell2002 ;3 :167-70)。Sox蛋白通過結(jié)合至DNA的小溝并誘導(dǎo)DNA的急劇彎曲使得它們在轉(zhuǎn)錄增強子復(fù)合物的組裝中起到關(guān)鍵的建筑作用而作為轉(zhuǎn)錄因子發(fā)揮作用(Dy P， Penzo-Mendez A，Wang H 等人 The three SoxC proteins Sox4, Soxll andSoxl2 exhibit overlapping expression patterns and molecular properties. Nucleic acidsresearch 2008 ；36 :3101-17 ；van de Wetering M 禾口 Clevers H. Sequence-specific interaction of the HMG box proteins TCF-I and SRY occurs within the minor groove of a Watson-Crick double helix. The EMBO journal 1992;11:3039-44)。除了蛋白質(zhì)-DNA 的相互作用，Sox蛋白還與各種其他的轉(zhuǎn)錄因子相互作用從而增加其效力和作用的特異性 (Dy P，Penzo-Mendez A，Wang H 等人 The three SoxC proteins Sox4，Soxlland Soxl2 exhibit overlapping expression patterns and molecular properties. Nucleic acids research 2008 ；36 :3101-17)。
Soxll 與 Sox4 和 Soxl2 一起屬于 C 亞群(Schepers GE，Teasdale RD 和 Koopman P.Twenty pairs of sox :extent, homology,and nomenclature of the mouse and human sox transcription factor gene families. Developmental cell 2002 ；3 :167-70)，所有三種蛋白質(zhì)在C末端轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域和HMG結(jié)構(gòu)域中都顯示高程度的同源性(Dy P， Penzo-Mendez A，Wang H 等人 The three SoxC proteins Sox4, Soxll and Soxl2exhibit overlapping expression patterns and molecular properties.Nucleic acids research 2008 ；36 :3101-17 ； Jay P，Goze C，Marsollier C 等人 The human SOXll gene cloning，chromosomal assignment and tissue expression. Genomics 1995 ;29 :541-5)0 Soxll和在心臟、神經(jīng)和其它主要胚胎過程中起主要作用，同時對Soxl2知道得很少 (Dy P，Penzo-Mendez A，Wang H 等人 The three SoxC proteins Sox4，Soxlland Soxl2 exhibit overlapping expression patterns and molecular properties. Nucleic acids research 2008 ；36 :3101-17)。
近來，我們證明核kxll在外套細胞淋巴瘤(MCL)中被特異性上調(diào)，且將MCL 與其他 B 細胞淋巴瘤區(qū)分幵(Ek S，Dictor M，Jerkeman M，Jirstrom K 禾口 BorrebaeckCA. Nuclear expression of the non B cell lineage Soxll transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008 ;111 :800- 。Sox4 是 B 細胞譜系禾口 T 細胞譜系的淋巴細胞中重要的轉(zhuǎn)錄因子(Wegner Μ. From head to toes :the multiple facets of Sox proteins. Nucleic acids research 1999 ；27 :1409-20 ；van de Wetering Μ,Oosterwegel Μ,van Norren K 禾口 Clevers H. Sox_4,an Sry-Iike HMG box protein,is a transcriptional activator in lymphocytes. The EMBO journal 1993 ；12 :3847-54) 且對B淋巴細胞生成是決定性的(Smith E和Sigvardsson M. The roles of transcription factors in B lymphocyte commitment, development, and transformation. Journal of leukocyte biology 2004 ;75 :973-81)，同時Soxll沒有已知的淋巴細胞生成功能且不在 B 細胞中表達(Ek S, Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K 禾口 Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B-cell lineage Soxll transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008;111:800-5)。Sox4 和 Soxll 都在成神經(jīng)管細胞瘤中表達(Lee CJ, Appleby VJ, Orme AT, Chan WI 禾口 Scotting PJ. Differential expression of S0X4and SOXll in medulloblastoma. Journal of neuro-oncology 2002 ；57 201-14)，Soxll還在惡性神經(jīng)膠質(zhì)瘤中過表達(Weigle B, Ebner R，Temme A等人Highly specific overexpression of the transcription factor SOXll in human malignant gliomas. Oncology reports 2005;13:139-44)。另外，Sox4 在膀胱癌中表達，具有與改善患者結(jié)果相關(guān)的增加水平的表達(Aaboe M, Birkenkamp-Demtroder K，Wiuf C等人 S0X4 expression in bladder carcinoma :clinical aspects and in vitro functional characterization. Cancer research 2006 ；66 :3434-42)。
這一研究概括了大量正常組織和腫瘤中的Soxll mRNA的表達，顯示SoxlImRNA在大量的惡性組織中過表達。另外，我們特異地檢查了 EOC中Soxll蛋白的表達，并證明增加水平的Soxll蛋白(如通過圖像分析確定的)與增加的無復(fù)發(fā)存活(RFS)相關(guān)。
材料和方法 轉(zhuǎn)錄圖譜 大量人組織中S0X11基因mRNA的表達水平從硅轉(zhuǎn)錄組學(xué)(silico transcriptomics, 1ST)數(shù)據(jù)庫中取得，所述數(shù)據(jù)庫含有來自使用Affymetrix基因表達微陣列分析的14095個樣品的元分析的數(shù)據(jù)。
患者和腫瘤樣品 本研究中使用的TMA從連續(xù)的一群76個患者中構(gòu)建，所述患者在都柏林的國家婦產(chǎn)醫(yī)院被診斷患有原發(fā)侵入性上皮性卵巢癌，中間的隨訪時間為4. 3年?；颊呷涸诒?中有總結(jié)。標準的手術(shù)方法為經(jīng)腹全子宮切除術(shù)、兩側(cè)輸卵管-卵巢切除術(shù)和具有腹膜液或洗出物的細胞學(xué)評估的網(wǎng)膜切除術(shù)。在可能的地方將殘余病患切除至2cm以下。在所有的病例中記錄殘余病患的階段和體積(無殘余病患，殘余病患大于2cm或2cm以下)。輔助化學(xué)療法在1992年以前由順鉬或碳鉬組成，從1992年至2002年與紫杉醇聯(lián)合。沒有患者接受新輔助化學(xué)療法。從研究中排除良性或臨界卵巢癌、非上皮性卵巢癌和具有典型次級卵巢癌的組織學(xué)特征的病例。診斷樣本都在愛爾蘭都柏林的國家婦產(chǎn)醫(yī)院的病理學(xué)系用甲醛固定并用石蠟包埋。所有的組織塊在構(gòu)建TMA之前都在此系中儲存。全部倫理認可從都柏林的國家婦產(chǎn)醫(yī)院的倫理學(xué)會獲得。
18 組織微陣列和免疫組織化學(xué) 76個石蠟包埋的腫瘤樣本用于組織微陣列(TMA)的構(gòu)建。侵入性癌的代表區(qū)域在蘇木精和伊紅染色的載玻片上被標記，并使用手動組織陣列器(MTA-LBeecher Inc,WI) 構(gòu)建TMA。所述陣列由每個患者4個核心組成。從每個供體塊中提取兩個1.0mm的核心，并在受體塊上組裝。受體塊被限制至每個為約100個核心。通常，核心從病例腫瘤的周圍部分取出，在病例中腫瘤具有清楚的邊界。在更擴散生長的腫瘤中，首先靶向具有最高腫瘤細胞密度的區(qū)域。避免壞死的組織。
將TMA切片G μ m)干燥、脫石蠟、再水化并放入濃度遞減的乙醇中。在pH 9. 0的 BORGdecloaker(Biocare，Concord, CA，美國)中進行熱介導(dǎo)的抗原修復(fù)，然后將切片于室溫用兔抗人Soxll—抗(1 100)染色25分鐘。如上所述，產(chǎn)生這一特異性抗體(Ek S， Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K 禾口 Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B—cell lineage Soxll transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood 2008 ；111 :800-5)并靴向下列蛋白質(zhì)序列FMVWSKIERRKIMEQSPDMHNAEISKRLGKRWKMLKDSE KIPFIREAERLRLKHMADYPDYKYRPRKKPKMDPSAKPSASQSPEKSAAGGGGGSAGGGAGGAKTSKGSSKK[SEQ ID NO 3] 根據(jù)制造商的規(guī)程，使用含有生物素化的山羊抗兔/小鼠二抗、抗生物素蛋白鏈菌素/辣根過氧化物酶復(fù)合物和3，3’ - 二氨基聯(lián)苯的Dako REAL Detection系統(tǒng)檢測信號。載玻片用 Mayers 蘇木精(Sigma-Aldrich，M Louis, M0)復(fù)染。
圖像獲取、管理和自動分析 使用Aperio ScanScope XT Slide Scanner (Aperio Technologies,Vista,CA)系統(tǒng)以20X物鏡獲得全載玻片數(shù)字圖像。使用TMA Lab(Aperio)將載玻片去陣列從而觀察單個核心。使用彩色去卷積算法(Aperio)開發(fā)了 Soxll表達的定量得分模型。
統(tǒng)計學(xué)分析 使用Spearman氏I^ho相關(guān)性評估來自個體腫瘤核心之間的關(guān)系，使用x 2測試評估臨床數(shù)據(jù)分布和腫瘤特征在具有高和低Soxll表達(如下述)的樣品之間的差異。使用 Kaplan-Meier分析和時序檢驗(log rank test)說明RFS之間的差異。使用Cox比例風(fēng)險回歸模型(regression proportional hazards models)評估 RFS 和 Soxll，階段和等級的關(guān)系。使用SPSS版本11. O (SPSS Inc, Chicago, IL)進行所有的計算。P值< 0. 05被認為統(tǒng)計學(xué)上顯著。
結(jié)果 Soxll mRNA在ιΗ常和腫瘤組織中的表達 使用Affymetrix基因表達微陣列在14095個分析的樣品中進行Soxll mRNA表達水平的元分析(metanalysis)。
增加水平的Soxll mRNA表達在上皮性卵巢癌樣品中是明顯的(數(shù)據(jù)未顯示)。
Soxll蛋白在卵巢癌中的表達 已經(jīng)將Soxll鑒定為上皮性卵巢癌細胞中過表達的基因，使用EOC中的IHC檢查 Soxll蛋白的表達，如圖1所示。Soxll的表達專一地在腫瘤上皮中可見，IHC信號在核和細胞質(zhì)中都明顯。只有當伴隨細胞質(zhì)信號時Soxll的核表達才存在，而部分(49% )腫瘤確實顯示了無核信號時的細胞質(zhì)表達(圖1)。
誦i寸圖像分析確定的Soxll表汰他定量確定 然后使用圖像分析方法，特別是通過使用商業(yè)彩色去卷積算法(Aperio)確定了 Soxll表達的定量確定。作為算法的結(jié)果，產(chǎn)生了擬彩色“標記”(mark-up)圖像，因此允許證實所述算法準確地鑒定了上皮和基質(zhì)像素(圖1)。近期出版了對所述算法的全部描述 (Brennan DJ, Rexhepaj E, O' Brien SL 等人 Altered Cytoplasmic-to-NucIear Ratio of Survivin Is a Prognostic Indicator in Breast Cancer. Clinical cancer research 2008；14 :2681-9)。
使用所述算法對每個核心計算了 Soxll的總強度(Tl)。在來自個體腫瘤的一式四份的核心之間對TI有強相關(guān)性(Spearman氏Rho = 0. 858，ρ < 0. 001)，這表明Soxll在卵巢癌中有同源模式的表達，且適于基于TMA的分析。由于腫瘤以一式四份進行排列，每個腫瘤的中間值用于進一步的分析。所述算法準確地區(qū)分開所有核心中的核和細胞質(zhì)的染色， 如通過組織病理學(xué)證實的。
整個群的Soxll圖像分析數(shù)據(jù)的直方圖顯示在圖加中。使用該直方圖，將腫瘤置入三個分類中高、中和低水平的Soxll表達，如通過圖像分析確定的?；趫D像分析分類， 20% (n = 17)的腫瘤被歸類為具有高水平43% (n = 35)、中等水平和(n = 24)低/ 陰性水平的Soxll表達，如通過圖像分析確定的。在高表達組中的腫瘤都顯示了核和細胞質(zhì)Soxll的表達，同時那些在中等組中的通常只顯示細胞質(zhì)Soxll。在Soxll表達和年齡、 疾病的級別或階段之間沒有找到聯(lián)系。
誦i寸自動圖像分析確定的Soxll表汰和存活少個的聯(lián)系 基于Soxll表達的RFS的Kaplan Meier分析顯示在高、中和低組之間RFS的逐步降低(p = 0. 033)(圖2b)。進一步子集的分析顯示，具有低水平Soxll表達的患者與高和中等Soxll表達者(如通過圖像分析確定的)相比，RFS顯著降低(p = 0. 02)(圖2c)。我們繼續(xù)進行RFS的多變量Cox回歸分析，其顯示當與階段和級別相比時，Soxll表達是RFS 的獨立預(yù)測物(HR = 0. 56,95% CI = 0. 319-0. 997，ρ = 0. 049)。
討論 在這一研究中，我們結(jié)合了轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)的元分析、TMA和自動圖像分析來鑒定并證實 Soxll是上皮性卵巢癌(EOC)中的預(yù)后生物標記。這一研究首次公開了 Soxll表達和EOC 預(yù)后之間的關(guān)系。之前將Soxll鑒定為MCL中的新診斷標記(EkS，Dictor Μ, Jerkeman Μ, Jirstrom K 禾口 Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B-cell lineage Soxll transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood2008 ;111 :800-5),我們繼續(xù)使用含有來自14095個分析的樣品的元分析數(shù)據(jù)的1ST數(shù)據(jù)庫，使用AfTymetrix基因表達微陣列來描繪Soxll mRNA在EOC細胞中的表達。
然后，我們繼續(xù)使用TMA和IHC的定量自動分析來評估與無復(fù)發(fā)存活相關(guān)的Soxll 蛋白在EOC中的表達。這顯示了核和細胞質(zhì)隔室中上皮特異性Soxll的表達。增加的Soxll 水平，特別是核Soxll與增加的RFS相關(guān)，且當控制級別和階段時，Cox回歸多變量分析顯示Soxll是RFS的獨立預(yù)測物(見表2)。
Soxll在胚胎發(fā)生和組織重塑中發(fā)揮重要作用，因此在整個胚胎的原腸胚形成和早期后原腸胚形成的發(fā)育中存在(Hargrave M, Wright Ε, Kun J等人Expression of the Soxll gene in mouse embryos suggests roles in neuronal maturation andepithelio-mesenchymal induction. Developmental dynamics 1997 ；210 :79-86 ；Sock Ε, Rettig SD, Enderich J 等人 Gene targeting reveals a widespread role for the high—mobility—group transcription factor Soxll in tissue remodeling. Molecular and cellular biology 2004;24:6635-44)。后來，在發(fā)育過程中，Soxll顯著表達在發(fā)育中的神經(jīng)系統(tǒng)中以及整個胚胎中上皮-間充質(zhì)相互作用發(fā)生的許多位點上(Hargrave M, Wright Ε, Kun J 等人 Expression of the Soxll gene in mouse embryos suggests roles in neuronal maturation and epithelio-mesenchymal induction. Developmental dynamics 1997 ；210 :79-86)。在這樣的上皮-間充質(zhì)相互作用的位點上，Soxll可以在間充質(zhì)或上皮的隔室中找到，且已經(jīng)假定其參與誘導(dǎo)重塑(Hargrave M等人，1997上述)。kxll 在多數(shù)組織中的表達是瞬時的，并且作為結(jié)果，與其在胚胎發(fā)生過程中的廣泛表達相反，在終極分化的成人組織中幾乎找不到Soxll表達(Sock EiRettig SDiEnderich J等人Gene targeting reveals a widespread role for the high—mobility—group transcription factor Soxll in tissue remodeling. Molecular and cellular biology 2004 ；24 6635-44)。我們的發(fā)現(xiàn)補足了為何Soxll的表達在正常組織中缺失的這些數(shù)據(jù)。
Soxll在腫瘤發(fā)生中發(fā)揮的作用仍然需要全面闡明。如前面提及的，SoxllmRNA 的顯著上調(diào)在EOC細胞中是明顯的。Soxll在成人組織中的確切功能作用未完全得到理解，雖然Sox蛋白似乎起到雙重的作用(i)DNA結(jié)合和(ii)轉(zhuǎn)錄伴侶選擇，其可以允許選擇性地將單個Sox蛋白募集至特定的基因(Ek S, Dictor M, Jerkeman M, Jirstrom K和 Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B~cell lineage Soxll transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood2008 ;111 :800-5)。同時，許多研究已經(jīng)描述了 Soxll 在神經(jīng)膠質(zhì)瘤(Weigle B, Ebner R, Temme A 等人 Highly specific overexpression of the transcription factor SOXll in human malignant gliomas. Oncology reports 2005 ; 13 :139-44)、成神經(jīng)細胞瘤(Lee CJ, Appleby VJ, Orme AT, Chan WI 禾口 Scotting PJ. Differential expression of S0X4 andSOXll in medulloblastoma. Journal of neuro-oncology 2002 ；57 :201-14)禾口 MCL(Ek S, Dictor Μ, Jerkeman Μ, Jirstrom K 禾口 Borrebaeck CA. Nuclear expression of the non B-cell lineage Soxll transcription factor identifies mantle cell lymphoma. Blood2008 ；111 :800-5) 43 表達，其在這些腫瘤中的功能作用沒有得到完全理解。
總之，這是首次對Soxll在EOC中差別表達的描述。我們的發(fā)現(xiàn)證實Soxll是EOC 中增加的RFS的獨立預(yù)測物。
表1.患者和腫瘤的特征
年齡 中間(范圍)52 (31-77)
組織學(xué)漿液型粘蛋白型子宮內(nèi)膜型透明細胞其它級別
良好分化的中度分化的不良分化的表2. RFS的多變量 οχ回歸分析
HR
Soxll~“
(高/中相對于低)0.56
階段
(連續(xù)的)1.92
級別
(良好和中度分化的相對于不良分化的)1.08
50 4 17 1 4
12 29 35
0 21 54
95.0% CI P 值
0.319 - 0.997 0.049 0.971 - 3.800 0.061
0.740 - 1.562 0.702 *對表中所有其它的變量進行調(diào)整 縮寫HR =風(fēng)險率，95% CI = 95%置信區(qū)間 實施例B 引言 上皮性卵巢癌(EOC)包含三種主要組織學(xué)亞型(漿液型、粘蛋白型和子宮內(nèi)膜型)，還可以基于階段和級別分成亞群。子宮內(nèi)膜型腫瘤構(gòu)成所有卵巢腫瘤的約2%至4%， 其大多數(shù)(約80%)是惡性的，代表所有卵巢癌的10%至20%。
材料和方法 將高級EOC和子宮內(nèi)膜型EOC的切片進行Soxll的染色，并如前述進行分析 (Brennan ^A 2009, European Journal of Cancer, 45 (8) : 1510—1517)。
結(jié)果和討論 如圖5、6和7中顯示的，使用子宮內(nèi)膜型EOC的Soxll可以預(yù)測總的和癌特異性的存活。還有，如圖8和9中顯示的，使用高級EOC的Soxll可以預(yù)測總的和癌特異性的存活。
當計算癌特異性存活概率時，與當計算總的存活相比，只使用癌相關(guān)死亡的數(shù)據(jù)。
這些數(shù)據(jù)顯示Soxll可以用于高級EOC和子宮內(nèi)膜型卵巢癌中從而基于總的和癌特異性的存活將患者分成臨床相關(guān)的組。
CN 102186994 A
說明書16/17頁階段
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22 總之，Soxll不僅是作為組的EOC的有用生物標記，還可以用于具有不同臨床和/ 或組織學(xué)特征的患者的亞群。
權(quán)利要求
1.一種選擇性結(jié)合至Soxll蛋白，或結(jié)合至編碼所述蛋白的核酸分子的結(jié)合部分，其用于診斷和/或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)。
2.一種選擇性結(jié)合至Soxll蛋白，或結(jié)合至編碼所述蛋白的核酸分子的結(jié)合部分，其用于檢測上皮性卵巢癌(EOC)細胞。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的結(jié)合部分，其用于診斷上皮性卵巢癌(EOC)。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的結(jié)合部分，其用于預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)。
5.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其中EOC屬于選自漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞或未分化或無分類的組織學(xué)亞型。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的結(jié)合部分，其中EOC是漿液型E0C。
7.根據(jù)權(quán)利要求5所述的結(jié)合部分，其中EOC是粘蛋白型E0C。
8.根據(jù)權(quán)利要求5所述的結(jié)合部分，其中EOC是子宮內(nèi)膜型E0C。
9.根據(jù)權(quán)利要求5所述的結(jié)合部分，其中EOC是透明細胞E0C。
10.根據(jù)權(quán)利要求5所述的結(jié)合部分，其中EOC是未分化的或無分類的E0C。
11.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其體內(nèi)使用。
12.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其體外使用。
13.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其用于檢測作為診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)的唯一生物標記的Soxll表達。
14.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其用于與一種或多種另外的結(jié)合部分聯(lián)合使用，所述另外的結(jié)合部分用于檢測一種或多種另外的診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌 (EOC)的生物標記。
15.根據(jù)權(quán)利要求14所述的結(jié)合部分，其用于與少于20種另外的結(jié)合部分，例如少于 15、10、8、6、5、4、3、2或1種另外的結(jié)合部分聯(lián)合使用。
16.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其用于檢測Soxll的核和/或細胞質(zhì)的表達。
17.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分選擇性結(jié)合至 Soxll蛋白。
18.根據(jù)權(quán)利要求17所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分選擇性結(jié)合至包含SEQID NO 1的氨基酸序列的多肽和/或其天然變體。
19.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分包含多肽或由多肽組成。
20.根據(jù)權(quán)利要求19所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分包含抗體或其抗原結(jié)合片段或變體，或由抗體或其抗原結(jié)合片段或變體組成。
21.根據(jù)權(quán)利要求20所述的結(jié)合部分，其中抗體是單克隆抗體。
22.根據(jù)權(quán)利要求20或21所述的結(jié)合部分，其中抗體或其抗原結(jié)合片段或變體選自 Fv片段、Fab樣片段、單可變結(jié)構(gòu)域或結(jié)構(gòu)域抗體。
23.根據(jù)權(quán)利要求20至22任一項所述的結(jié)合部分，其中抗體或其抗原結(jié)合片段或變體是人源化的。
24.根據(jù)權(quán)利要求1至16任一項所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分選擇性結(jié)合至編碼Soxll蛋白的核酸分子。
25.根據(jù)權(quán)利要求M所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分選擇性結(jié)合至編碼多肽的核酸分子，所述多肽包含SEQ ID NO 1的氨基酸序列和/或其天然變體。
26.根據(jù)權(quán)利要求對或25所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分包含核酸分子或由核酸分子組成。
27.根據(jù)權(quán)利要求M所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分包含DNA分子或由DNA分子組成。
28.根據(jù)權(quán)利要求M至27所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分包含SEQID NO :2的核苷酸序列片段或其互補序列或其變體，或由SEQ ID NO :2的核苷酸序列片段或其互補序列或其變體組成。
29.根據(jù)權(quán)利要求沈至觀任一項所述的結(jié)合部分，其中核酸分子的長度為5至100個核苷酸。
30.根據(jù)權(quán)利要求四所述的結(jié)合部分，其中核酸分子的長度為15至35個核苷酸。
31.根據(jù)前述權(quán)利要求任一項所述的結(jié)合部分，其中所述結(jié)合部分包含可檢測的部分。
32.根據(jù)權(quán)利要求31所述的結(jié)合部分，其中可檢測部分包含放射性原子或由放射性原子組成。
33.根據(jù)權(quán)利要求32所述的結(jié)合部分，其中放射性原子選自锝-99m、碘-123、碘-125、 碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、磷-32、硫-35、氘、氚、錸-186、錸-188 或釔-90。
34.診斷個體中上皮性卵巢癌(EOC)的方法，所述方法包括(a)提供來自個體的上皮性卵巢細胞樣品；和(b)確定細胞樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量，其中Soxll蛋白和/或mRNA的水平是患有上皮性卵巢癌(EOC)的個體的指征。
35.根據(jù)權(quán)利要求34所述的方法，其中高水平的Soxll蛋白和/或mRNA是患有上皮性卵巢癌(EOC)的個體的指征。
36.根據(jù)權(quán)利要求34或35所述的方法，其中EOC屬于選自漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞或未分化或無分類的組織學(xué)亞型。
37.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中EOC是漿液型E0C。
38.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中EOC是粘蛋白型E0C。
39.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中EOC是子宮內(nèi)膜型E0C。
40.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中EOC是透明細胞E0C。
41.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其中EOC是未分化的或無分類的E0C。
42.一種預(yù)后個體中上皮性卵巢癌(EOC)的方法，所述方法包括(a)提供來自個體的上皮性卵巢癌細胞的樣品；和(b)確定細胞樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量，其中Soxll蛋白和/或mRNA的水平是具有增加的無復(fù)發(fā)存活(RR5)個體的指征。
43.根據(jù)權(quán)利要求42所述的方法，其中EOC屬于選自漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞或未分化或無分類的組織學(xué)亞型。
44.根據(jù)權(quán)利要求43所述的方法，其中EOC是漿液型E0C。
45.根據(jù)權(quán)利要求43所述的方法，其中EOC是粘蛋白型E0C。
46.根據(jù)權(quán)利要求43所述的方法，其中EOC是子宮內(nèi)膜型E0C。
47.根據(jù)權(quán)利要求43所述的方法，其中EOC是透明細胞E0C。
48.根據(jù)權(quán)利要求43所述的方法，其中EOC是未分化的或無分類的E0C。
49.根據(jù)權(quán)利要求42至48任一項所述的方法，其中高水平的Soxll蛋白和/或mRNA 是具有增加的無復(fù)發(fā)存活(RR5)個體的指征。
50.根據(jù)權(quán)利要求42至48任一項所述的方法，其中低水平的Soxll蛋白和/或mRNA 是具有降低的無復(fù)發(fā)存活(RR5)個體的指征。
51.一種檢測個體中上皮性卵巢癌(EOC)細胞的方法，所述方法包括(a)提供來自個體的上皮性卵巢細胞的樣品；和(b)確定細胞樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量，其中Soxll蛋白和/或mRNA的水平是具有上皮性卵巢癌(EOC)細胞的個體的指征。
52.根據(jù)權(quán)利要求51所述的方法，其中高水平的Soxll蛋白和/或mRNA是細胞為上皮性卵巢癌(EOC)細胞的指征。
53.根據(jù)權(quán)利要求51至52所述的方法，其中EOC屬于選自漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞或未分化或無分類的組織學(xué)亞型。
54.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法，其中EOC是漿液型E0C。
55.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法，其中EOC是粘蛋白型E0C。
56.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法，其中EOC是子宮內(nèi)膜型E0C。
57.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法，其中EOC是透明細胞E0C。
58.根據(jù)權(quán)利要求53所述的方法，其中EOC是未分化的或無分類的E0C。
59.根據(jù)權(quán)利要求34至58任一項所述的方法，其中所述方法在體內(nèi)進行。
60.根據(jù)權(quán)利要求34至58任一項所述的方法，其中所述方法在體外進行。
61.根據(jù)權(quán)利要求34至60任一項所述的方法，其中將Soxll用作唯一的生物標記。
62.根據(jù)權(quán)利要求34至61任一項所述的方法，其中Soxll與一種或多種另外的診斷或預(yù)后EOC的生物標記聯(lián)合使用。
63.根據(jù)權(quán)利要求62所述的方法，其中少于20種另外的生物標記，例如少于15、10、8、 6、5、4、3、2或1種另外的生物標記用于本方法中。
64.根據(jù)權(quán)利要求34至63任一項所述的方法，其中所述方法包括檢測Soxll的核和/ 或細胞質(zhì)的表達。
65.根據(jù)權(quán)利要求34、32至64任一項所述的方法，其中待測試的細胞樣品是組織樣品的形式。
66.根據(jù)權(quán)利要求34至65任一項所述的方法，其中使用根據(jù)權(quán)利要求1至31任一項所述的結(jié)合部分測定樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量。
67.根據(jù)權(quán)利要求34至66任一項所述的方法，其進一步包括將待測試細胞樣品中的 Soxll蛋白和/或mRNA的量與對照樣品中Soxll蛋白和/或mRNA的量進行比較。
68.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法，其中對照樣品是包含非癌的上皮性卵巢細胞或由非癌的上皮性卵巢細胞組成的陰性對照樣品。
69.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法，其中對照樣品是包含上皮性卵巢癌(EOC)細胞或由上皮性卵巢癌(EOC)細胞組成的陽性對照樣品。
70.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法，其中上皮性卵巢癌(EOC)細胞是高無復(fù)發(fā)存活 (RFS)相關(guān)的EOC細胞。
71.根據(jù)權(quán)利要求67所述的方法，其中上皮性卵巢癌(EOC)細胞是低無復(fù)發(fā)存活 (RFS)相關(guān)的EOC細胞。
72.根據(jù)權(quán)利要求34至71任一項所述的方法，其中步驟(b)使用選自宏陣列篩選、微陣列篩選、納米陣列篩選、逆轉(zhuǎn)錄PCR、實時PCR或原位PCR的方法進行。
73.一種在個體體內(nèi)使上皮性卵巢癌(EOC)細胞成像的方法，所述方法包括給予個體有效量的如權(quán)利要求1至33任一項定義的結(jié)合部分。
74.根據(jù)權(quán)利要求73所述的方法，其進一步包括在個體中檢測結(jié)合部分位置的步驟。
75.一種根據(jù)權(quán)利要求1至33任一項定義的結(jié)合部分在制備用于診斷上皮性卵巢癌 (EOC)的藥物中的用途。
76.一種根據(jù)權(quán)利要求1至33任一項定義的結(jié)合部分在制備用于預(yù)后上皮性卵巢癌 (EOC)的藥物中的用途。
77.—種Soxll蛋白和/或編碼所述蛋白的mRNA作為生物標記用于診斷上皮性卵巢癌 (EOC)細胞的用途。
78.—種Soxll蛋白和/或編碼所述蛋白的mRNA作為生物標記用于預(yù)后上皮性卵巢癌 (EOC)細胞的用途。
79.根據(jù)權(quán)利要求75至78任一項所述的用途，其中EOC屬于選自漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞或未分化的或無分類的組織學(xué)亞型。
80.根據(jù)權(quán)利要求79所述的用途，其中EOC是漿液型E0C。
81.根據(jù)權(quán)利要求79所述的用途，其中EOC是粘蛋白型E0C。
82.根據(jù)權(quán)利要求79所述的用途，其中EOC是子宮內(nèi)膜型E0C。
83.根據(jù)權(quán)利要求79所述的用途，其中EOC是透明細胞E0C。
84.根據(jù)權(quán)利要求79所述的用途，其中EOC是未分化的或無分類的E0C。
85.根據(jù)權(quán)利要求77至84任一項所述的用途，其中Soxll用作唯一的生物標記。
86.根據(jù)權(quán)利要求77至84任一項所述的用途，其中Soxll與一種或多種另外的生物標記聯(lián)合使用。
87.根據(jù)權(quán)利要求86所述的用途，其中少于20種另外的生物標記，例如少于15、10、8、 6、5、4、3、2或1種另外的生物標記用于本方法中。
88.—種篩選在診斷和/或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)中有效力的分子的方法，所述方法包括以下步驟(a)將待測試的分子與Soxl1蛋白和/或編碼所述蛋白的mRNA (或與所述蛋白或mRNA 的片段)接觸；和(b)檢測含有該蛋白質(zhì)和/或mRNA(或其片段)和待測試分子的復(fù)合物的存在。
89.根據(jù)權(quán)利要求88所述的方法，其中EOC屬于選自漿液型、粘蛋白型、子宮內(nèi)膜型、透明細胞或未分化的或無分類的組織學(xué)組。
90.根據(jù)權(quán)利要求89所述的方法，其中EOC是漿液型E0C。
91.根據(jù)權(quán)利要求89所述的方法，其中EOC是粘蛋白型E0C。
92.根據(jù)權(quán)利要求89所述的方法，其中EOC是子宮內(nèi)膜型E0C。
93.根據(jù)權(quán)利要求89所述的方法，其中EOC是透明細胞E0C。
94.根據(jù)權(quán)利要求89所述的方法，其中EOC是未分化的或無分類的E0C。
95.一種參考說明書并基本上如本文所述的診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)的結(jié)合部分。
96.一種參考說明書并基本上如本文所述的檢測樣品中上皮性卵巢癌(EOC)細胞的結(jié)合部分。
97.一種參考說明書并基本上如本文所述的診斷或預(yù)后個體中上皮性卵巢癌(EOC)的方法。
98.一種參考說明書并基本上如本文所述的使個體體內(nèi)上皮性卵巢癌(EOC)細胞成像的方法。
99.一種參考說明書并基本上如本文所述的結(jié)合部分在制備用于診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)的藥物中的用途。
100.一種參考說明書并基本上如本文所述的作為上皮性卵巢癌(EOC)細胞標記的 Soxll蛋白和/或編碼所述蛋白的mRNA的用途。
101.一種參考說明書并基本上如本文所述的篩選在診斷、預(yù)后和/或治療上皮性卵巢癌(EOC)中具有效力的分子的方法。
全文摘要
本發(fā)明提供了選擇性結(jié)合至用于成像、診斷或預(yù)后上皮性卵巢癌(EOC)的Sox11蛋白和/或mRNA的結(jié)合部分。任選地，所述部分是抗體或其抗原結(jié)合片段。有利地，所述部分包含另外的容易檢測的部分。本發(fā)明還提供了使EOC細胞成像的方法以及診斷或預(yù)后個體中EOC的方法。本發(fā)明的另外方面提供了鑒定與EOC相關(guān)的細胞的方法，所述方法包括分析待測試細胞樣品中基因表達的模式以及將其與已知淋巴瘤細胞樣品中的基因表達模式相比較。優(yōu)選地，如果Sox11的表達相對于正常B細胞為上調(diào)，待測試細胞被鑒定為EOC細胞。優(yōu)選地，如果Sox11的表達相對于非癌的上皮性卵巢細胞為上調(diào)，EOC細胞被鑒定為與增加的無復(fù)發(fā)存活相關(guān)。優(yōu)選地，如果與非癌的上皮性卵巢細胞相比，Sox11的表達是相似的或下調(diào)，EOC細胞被鑒定為與降低的無復(fù)發(fā)存活相關(guān)。
文檔編號C12Q1/68GK102186994SQ200980141243
公開日2011年9月14日 申請日期2009年9月1日 優(yōu)先權(quán)日2008年9月1日
發(fā)明者C·A·K·博雷貝克, S·C·A·埃克, D·J·布倫南 申請人:伊繆諾維亞公司