專利名稱：玉米中與耐旱性有關(guān)的遺傳標(biāo)記的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本申請(qǐng)披露的主題涉及玉米，如物種玉蜀黍(Zea mays)的玉米，以及其培育方法。更具體而言，本申請(qǐng)披露的主題涉及具有一種或多種改善的水優(yōu)化基因型(wateroptimization genotype)的玉米系,如玉蜀黍系，以及其培育方法,在一些實(shí)施方式中，該方法涉及遺傳標(biāo)記分析/或核酸序列分析。
背景技術(shù)：
干旱是對(duì)全世界的玉米生產(chǎn)的主要限制之一每年由于干旱，損失15%的世界玉米作物。干旱脅迫期可以發(fā)生在生長(zhǎng)季節(jié)期間的任何時(shí)間，但玉米對(duì)在剛剛在開(kāi)花以前和開(kāi)花期間的干旱脅迫(drought stress)特別敏感。當(dāng)在此關(guān)鍵時(shí)期中發(fā)生干旱脅迫時(shí),可以導(dǎo)致谷物產(chǎn)量的顯著下降。鑒定增強(qiáng)玉米的耐旱性的基因可以導(dǎo)致更高效的作物生產(chǎn)，其中通過(guò)便于具有增強(qiáng)的耐旱性的玉米植物的鑒定、選擇和生產(chǎn)。因此，植物育種的目標(biāo)是在單個(gè)植物中結(jié)合各種所期望的性狀。對(duì)于大田作物如玉米，這些性狀可以包括更高產(chǎn)量和更好農(nóng)藝質(zhì)量。然而，影響產(chǎn)量和農(nóng)藝質(zhì)量的基因座(genetic loci)并不總是已知的，并且即使已知，它們對(duì)上述性狀的貢獻(xiàn)也常常不清楚。因而，需要鑒定可以正面影響上述所期望性狀的新基因座和/或需要發(fā)現(xiàn)已知基因座具有上述性狀功能的能力。在發(fā)現(xiàn)以后，可以選擇這些所期望的基因座作為育種計(jì)劃的一部分，以產(chǎn)生攜帶所期望性狀的植物。用于產(chǎn)生上述植物的方法的一種示例性實(shí)施方式包括通過(guò)漸滲將來(lái)自具有所期望的遺傳信息的植物的核酸序列轉(zhuǎn)移到利用傳統(tǒng)育種技術(shù)并通過(guò)雜交植物而不具有所期望的遺傳信息的植物中?？梢岳脴?biāo)記輔助選擇(MAS)或標(biāo)記輔助培育(MAB)將所期望的基因座漸滲入市售植物品種。MAS和MAB涉及使用一種或多種分子標(biāo)記，用于鑒定和選擇那些子代植物，其包含編碼所期望的性狀的一種或多種基因座。上述鑒定和選擇可以基于與所期望的性狀有關(guān)的信息標(biāo)記的選擇。MAB還可以用來(lái)開(kāi)發(fā)攜帶感興趣的基因座的近等基因系(NIL)，從而便于更詳細(xì)地研究每種基因座對(duì)所期望的性狀的可能的影響，并且還是用于開(kāi)發(fā)回交近交系(BIL)種群的有效方法。玉米干旱是對(duì)全世界的玉米生產(chǎn)的主要限制之一。當(dāng)剛剛在開(kāi)花期以前或在開(kāi)花期期間發(fā)生干旱脅迫時(shí)，可以導(dǎo)致散粉-抽絲間隔(anthesis-silking interval)的長(zhǎng)度的增加和谷物產(chǎn)量的降低。每年由于干旱會(huì)損失15%的世界玉米作物、或超過(guò)19百萬(wàn)(1900萬(wàn))噸。鑒定可以增強(qiáng)玉米的干旱脅迫耐受性的候選基因可以使得在受影響地區(qū)中更高效地生產(chǎn)作物。因而，所需要的是新的方法和組合物，其用于相對(duì)于耐旱性來(lái)遺傳分析玉蜀黍(玉米)品種以及用于采用所獲得的信息來(lái)產(chǎn)生具有改善的水優(yōu)化性狀的新的玉蜀黍植物。

發(fā)明內(nèi)容
此發(fā)明內(nèi)容列出本申請(qǐng)披露的主題的若干種實(shí)施方式，并且在許多情況下列出這些實(shí)施方式的變化和置換。此發(fā)明內(nèi)容僅僅是眾多和多樣化實(shí)施方式的實(shí)例。提及給定實(shí)施方式的一種或多種代表性特點(diǎn)同樣是示例性的。這樣的實(shí)施方式通?？梢跃哂谢驔](méi)有所提及的特征，同樣，那些特征可以適用于本申請(qǐng)披露的主題的其它實(shí)施方式，而不管是否列在此發(fā)明內(nèi)容中。為了避免過(guò)度重復(fù)，此發(fā)明內(nèi)容并沒(méi)有列出或建議上述特點(diǎn)的所有可能 的組合。提供了組合物和方法，其用于鑒定、選擇和生產(chǎn)具有增強(qiáng)的耐旱性的玉米植物。還提供了耐旱玉米植物或種質(zhì)(germplasm)。在一些實(shí)施方式中，提供了用于鑒定耐旱玉米植物或種質(zhì)的方法。上述方法可以包括在玉米植物或種質(zhì)中檢測(cè)與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的標(biāo)記。在一些實(shí)施方式中，提供了用于產(chǎn)生耐旱玉米植物的方法。上述方法可以包括在玉米種質(zhì)中檢測(cè)與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的標(biāo)記的存在，并由所述玉米種質(zhì)產(chǎn)生子代植物。在一些實(shí)施方式中，利用標(biāo)記探針來(lái)檢測(cè)與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的標(biāo)記的存在。在一些這樣的實(shí)施方式中，在來(lái)自分離自玉米植物或種質(zhì)的核酸樣品的擴(kuò)增產(chǎn)物中檢測(cè)與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的標(biāo)記的存在。在一些實(shí)施方式中，標(biāo)記包括單體型(單倍體型，haplotype),并且多種探針用來(lái)檢測(cè)構(gòu)成單體型的等位基因。在一些這樣的實(shí)施方式中，在來(lái)自分離自玉米植物或種質(zhì)的核酸樣品的多種擴(kuò)增產(chǎn)物中檢測(cè)構(gòu)成單體型的等位基因。在一些實(shí)施方式中，提供了用于選擇耐旱玉米植物或種質(zhì)的方法。上述方法可以包括雜交第一玉米植物或種質(zhì)與第二玉米植物或種質(zhì)，其中第一玉米植物或種質(zhì)包含與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的標(biāo)記，以及選擇具有上述標(biāo)記的子代植物或種質(zhì)。在一些實(shí)施方式中，提供了將與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的等位基因漸滲(基因滲入，introgress)入玉米植物或種質(zhì)的方法。上述方法可以包括雜交包含與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的等位基因的第一玉米植物或種質(zhì)與缺少所述等位基因的第二玉米植物或種質(zhì)，并重復(fù)回交包含所述等位基因的子代植物與第二玉米植物或種質(zhì)，以產(chǎn)生包含與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的等位基因的耐旱玉米植物或種質(zhì)?？梢酝ㄟ^(guò)在它們的基因組中檢測(cè)與所述等位基因有關(guān)的標(biāo)記的存在來(lái)鑒定包含與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的等位基因的子代。還提供了通過(guò)本發(fā)明的任何方法來(lái)鑒定、產(chǎn)生或選擇的玉米植物和/或種質(zhì)，如源自通過(guò)這些方法鑒定、產(chǎn)生或選擇的玉米植物或種質(zhì)的任何子代或種子。還提供了包含與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的一種或多種標(biāo)記的非天然(非天然產(chǎn)生的)玉米植物和/或種質(zhì)。還提供了與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的分離和/或純化的標(biāo)記。上述標(biāo)記可以包含這樣的核苷酸序列，其至少85%、90%、95%、或99%相同于以下任何之一 SEQ ID NO: 1-117,400,和401、其反向互補(bǔ)序列、或其信息片段(informative fragment)或功能片段。
還提供了包含引物對(duì)的組合物，其中引物對(duì)能夠擴(kuò)增分離自玉米植物或種質(zhì)的核酸樣品以產(chǎn)生與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的標(biāo)記。上述組合物可以包含在表I中鑒定的擴(kuò)增引物對(duì)之一，基本上由、或由在表I中鑒定的擴(kuò)增引物對(duì)之一構(gòu)成?？梢杂糜诜治鏊畠?yōu)化基因座、等位基因、和單體型的示例性寡核苷酸引物的SEQID NO.
權(quán)利要求
1.一種用于產(chǎn)生具有增強(qiáng)的水優(yōu)化的雜種植物的方法，所述方法包括(a)提供包含第一基因型的第一植物，所述第一基因型包含單體型A-M的任何一種；(b)提供包含第二基因型的第二植物，所述第二基因型包含單體型A-M的任何一種，其中所述第二植物包含在所述第一植物中不存在的單體型A-M的至少一種；(c)雜交所述第一植物和所述第二玉米植物以產(chǎn)生F1代；以及(d)鑒定包含所期望的基因型的所述F1代的一個(gè)或多個(gè)成員，所述所期望的基因型包含單體型A-M的任何組合，其中所述所期望的基因型不同于(a)的所述第一基因型和(b) 的所述第二基因型，由此產(chǎn)生具有增強(qiáng)的水優(yōu)化的雜種植物。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述單體型定義如下1.單體型A包含在所述第一植物的基因組中的第8號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:1的位置115的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:1的位置270的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:1的位置301的位置處的T核苷酸、以及在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:1 的位置483的位置處的A核苷酸；i1.單體型B包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在SEQID NO: 7 的位置4497-4498處的缺失、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的4505位置的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4609的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4641 的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4792的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO:7的位置4836的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:7的位置4844的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4969的位置處的G核苷酸、以及在對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸；ii1.單體型C包含在所述第一植物的基因組中的在第2號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:8的位置217的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:8的位置390的位置處的G核苷酸、以及在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:8的位置477的位置處的A核苷酸；iv.單體型D包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 19的位置182的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置309的位置處的 A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置330的位置處的G核苷酸、以及在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置463的位置處的G核苷酸；V.單體型E包含在所述第一植物的基因組中的在第5號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 21的位置61的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 21的位置200的位置處的C核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:21的位置316-324的位置處的9個(gè)核苷酸的缺失；v1.單體型F包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 27的位置64的位置處的G核苷酸和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 27的位置254的位置處的T 核苷酸；vi1.單體型G包含在所述第一植物的基因組中的在第9號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 28的位置98的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 28的位置147的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:28的位置224的位置處的C核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:28 的位置496的位置處的T核苷酸；vii1.單體型H包括在所述第一植物的基因組中的在第4號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:30的位置259的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:30的位置306的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 30的位置398的位置處的A核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 30的位置1057的位置處的C核苷酸；ix.單體型I包含在所述第一植物的基因組中的在第6號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 36的位置500的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 36的位置568的位置處的G 核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:36的位置698的位置處的T核苷酸；X.單體型J包含在所述第一植物的基因組中的在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:42的位置238的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:42的位置266-268的核苷酸的缺失、和在對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO:42的位置808的位置處的C核苷酸；x1.單體型K包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:49的位置166的位置處的C核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:49的位置224的位置處的 A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:49的位置650的位置處的G核苷酸、以及在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 49的位置892的位置處的G核苷酸；以及xi1.單體型L包含在所述第一植物的基因組中的在第9號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:53的位置83、428、491、和548的位置處的C核苷酸；以及xii1.單體型M包含在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 400的位置83的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0:400的位置119的位置處的A核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0:400的位置601 的位置處的T核苷酸。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述具有增強(qiáng)的水優(yōu)化的雜種植物包括存在于所述第一植物中的每一種單體型A-M以及至少一種另外的單體型，所述另外的單體型選自存在于所述第二植物中的單體型A-M。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述第一植物是包含單體型A-M的至少一種的輪回親本，以及所述第二植物是供體，所述供體包含在所述第一植物中并 不存在的單體型A-M 的至少一種。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其中，所述第一植物對(duì)于單體型A-M的至少2、3、4、或 5種是純合的。
6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其中，所述雜種植物包含單體型A-M的至少3、4、5、6、 7、8、或9種。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述鑒定包括，相對(duì)于在所述第一植物或所述第二植物中存在的單體型A-M的每一種，基因分型通過(guò)雜交所述第一植物和所述第二植物產(chǎn)生的F1代的一個(gè)或多個(gè)成員。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述第一植物和所述第二植物是玉蜀黍(Zea mays)植物。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，和對(duì)照植物相比，增強(qiáng)的水優(yōu)化賦予在水分脅迫環(huán)境中的增加的或穩(wěn)定的產(chǎn)量。
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，可以較高的作物密度來(lái)種植所述具有增強(qiáng)的水優(yōu)化的雜種。
11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，當(dāng)在有利的水分含量下，所述具有增強(qiáng)的水優(yōu)化的雜種沒(méi)有賦予產(chǎn)量阻力。
12.一種通過(guò)權(quán)利要求1所述的方法產(chǎn)生的雜種玉蜀黍植物、或其細(xì)胞、組織培養(yǎng)物、種子、或部分。
13.一種通過(guò)回交和/或自交權(quán)利要求9所述的雜種玉蜀黍植物、和/或從權(quán)利要求9 所述的雜種玉蜀黍植物產(chǎn)生雙單倍體而產(chǎn)生的近交玉蜀黍植物、或其細(xì)胞、組織培養(yǎng)物、種子、或部分。
14.一種近交或雜種玉蜀黍植物，其基因組包含單體型A-M的至少3、4、5、6、7、8、或9 種，其中單體型A-M與水優(yōu)化相關(guān)，并且定義如下1.單體型A包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:1的位置115的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:1的位置270的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:1的位置301的位置處的T核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:1的位置483的位置處的A核苷酸；i1.單體型B包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在SEQID NO: 7 的位置4497-4498處的缺失、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4505的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4609的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4641 的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4792的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO: 7的位置4836的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4844的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:7的位置4969的位置處的G核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸；ii1.單體型C包含在所述第一植物的基因組中的在第2號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:8的位置217的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:8的位置390的位置處的G核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:8的位置477的位置處的A核苷酸；iv.單體型D包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 19的位置182的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置309的位置處的A 核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置330的位置處的G核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 19 的位置463的位置處的G核苷酸；V.單體型E包含在所述第一植物的基因組中的在第5號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 21的位置61的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 21的位置200的位置處的C核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:21的位置316-324的位置處的9個(gè)核苷酸的缺失；v1.單體型F包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 27的位置64的位置處的G核苷酸和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 27的位置254的位置處的T 核苷酸；vi1.單體型G包含在所述第一植物的基因組中的在第9號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 28的位置98的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 28的位置147的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:28的位置224的位置處的C核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ IDNO:28 的位置496的位置處的T核苷酸；vii1.單體型H包含在所述第一植物的基因組中的在第4號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:30的位置259的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:30的位置306的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 30的位置398的位置處的A核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:30的位置1057的位置處的C核苷酸；ix.單體型I包含在所述第一植物的基因組中的在第6號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQIDNO: 36的位置500的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 36的位置568的位置處的G 核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:36的位置698的位置處的T核苷酸；X.單體型J包含在所述第一植物的基因組中的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:42的位置238的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:42的位置266-268的核苷酸的缺失、和在對(duì)應(yīng)于 SEQ ID NO:42的位置808的位置處的C核苷酸；x1.單體型K包含在所述第一植物的基因組中的在第8號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO: 49的位置166的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 49的位置224的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:49的位置650的位置處的G核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:49 的位置892的位置處的G核苷酸；以及xi1.單體型L包含在所述第一植物的基因組中的在第9號(hào)染色體上的在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:53的位置83、428、491、和548的位置處的C核苷酸。
15.根據(jù)權(quán)利要求11所述的近交或雜種玉蜀黍植物，其中，所述近交或雜種玉蜀黍植物包含基因組，所述基因組包含單體型C、D、和G ;單體型C、D、和L ;單體型C、G、和H ;單體型C、G、和I ;單體型C、1、和L ;單體型E、G、和I ;單體型F、G、和H ;單體型A、C、F、和G ;單體型C、E、H、和I ;單體型C、G、H、和I ;單體型C、H、1、和K;單體型C、H、1、和L ;單體型E、F、G、和H;單體型A、C、G、H、和I ;單體型B、C、D、G、和L ;單體型C、E、G、H、和I ;單體型C、G、H、1、和L ;單體型 A、C、G、H、1、和 K ;以及單體型 C、E、F、G、H、1、JU L。
16.根據(jù)權(quán)利要求11所述的近交或雜種玉蜀黍植物，其中，所述近交或雜種玉蜀黍植物是雜種植物，所述雜種植物對(duì)于單體型A-M的至少一種是純合的。
17.根據(jù)權(quán)利要求8所述的雜種或近交玉蜀黍植物，其中，所述雜種或近交玉蜀黍植物進(jìn)一步包含編碼基因產(chǎn)物的轉(zhuǎn)基因，所述基因產(chǎn)物提供對(duì)除草劑的抗性，所述除草劑選自草甘膦、磺酰脲、咪唑啉酮、麥草畏、草銨膦、苯氧丙酸、環(huán)己烯酮、三嗪、苯甲腈、和溴苯腈。
18.一種用于鑒定玉蜀黍植物的方法，所述玉蜀黍植物包含與水優(yōu)化相關(guān)的至少一種等位基因，所述方法包括(a)基因分型具有至少一種核酸標(biāo)記的至少一種玉蜀黍植物，所述核酸標(biāo)記選自SEQ ID NO: 1-60 和 400 ;以及(b)選擇至少一種玉蜀黍植物，所述玉蜀黍植物包含與水優(yōu)化相關(guān)的至少一種核酸標(biāo)記中至少一種的等位基因。
19.一種通過(guò)將與水優(yōu)化性狀相關(guān)的基因座的感興趣的等位基因漸滲入玉蜀黍種質(zhì)所產(chǎn)生的玉蜀黍植物，其中所述漸滲包括(a)選擇包含與水優(yōu)化性狀相關(guān)的基因座的感興趣的等位基因的玉蜀黍植物，其中所述與水優(yōu)化性狀相關(guān)的基因座包含核苷酸序列，所述核苷酸序列至少90%相同于SEQ ID N0:l-117、400、和401的任何一種；以及(b)將所述感興趣的等位基因漸滲入缺少所述等位基因的玉蜀黍種質(zhì)。
20.一種鑒定和/或選擇耐旱玉米植物或種質(zhì)的方法，所述方法包括在所述玉米植物或種質(zhì)中檢測(cè)與增強(qiáng)的耐旱性有關(guān)的標(biāo)記的存在，其中所述標(biāo)記選自由以下組成的組在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 2的位置100的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 23的位置116的位置處的G 核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0:33的位置391的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:48的位置472的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 56的位置237的位置處的A核苷酸、 在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:57的位置173的位置處的T核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:60的位置267的位置處的G核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置309的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 25的位置562的位置處的G 核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:26的位置1271的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:44 的位置266的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 46的位置386的位置處的C核苷酸、 在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:48的位置472的位置處的A核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0:51的位置111的位置處的G核苷酸；在對(duì)應(yīng)于位置100的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:7的位置4641的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 23的位置217的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 24的位置746的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 29的位置258的位置處的C 核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:44的位置266的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:48 的位置472的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 55的位置193的位置處的G核苷酸、 和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 58的位置486的位置處的C核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0:2的位置264-271的位置處的核苷酸的缺失、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4641的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置309的位置處的A 核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:33的位置391的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ IDNO:56 的位置237的位置處的G核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 58的位置486的位置處的C核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置463的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 27的位置254的位置處的C 核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0:33的位置391的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQID N0:45的位置475的位置處的T核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 55的位置193的位置處的G核苷酸、 在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:56的位置516的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:59的位置 729的位置處的G核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:60的位置267的位置處的G核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4641的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置463的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 29的位置258的位置處的C核苷酸、 在對(duì)應(yīng)于SEQ IDNO: 55的位置193的位置處的G核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 56的位置 237的位置處的G核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:48的位置472的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 56的位置237的位置處的A 核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:57的位置173的位置處的T核苷酸； 在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 26的位置1271的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:44的位置266的位置處的A 核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:46的位置386的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQID NO:48 的位置472的位置處的A核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 51的位置111的位置處的G核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:7的位置4641的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0:29的位置258的位置處的C核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:47的位置87的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ IDNO:48的位置472的位置處的G核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:55的位置193 的位置處的G核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4641的位置處的A核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置309的位置處的A核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 56的位置237的位置處的G核苷酸； 在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 19的位置463的位置處的G核苷酸、在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:45的位置475的位置處的T 核苷酸、和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:55的位置193的位置處的G核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4641的位置處的A核苷酸；在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 7的位置4979-4981的位置處的TCC三核苷酸和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO: 46的位置386的位置處的C核苷酸；以及在對(duì)應(yīng)于SEQ ID NO:7的位置4641的位置處的A核苷酸和在對(duì)應(yīng)于SEQ ID N0:48的位置472的位置處的G核苷酸， 以及它們的組合，從而鑒定和/或選擇耐旱玉米植物或種質(zhì)。
全文摘要
本申請(qǐng)披露的主題涉及用來(lái)鑒定、選擇、和/或生產(chǎn)耐旱玉米植物或種質(zhì)的方法和組合物。還提供了通過(guò)本申請(qǐng)披露的主題的任何方法已鑒定、選擇、和/或生產(chǎn)的玉米植物或種質(zhì)。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK103025151SQ201080064686
公開(kāi)日2013年4月3日 申請(qǐng)日期2010年12月23日 優(yōu)先權(quán)日2009年12月23日
發(fā)明者文卡塔·克里希納·基肖爾, 保羅·阿爾滕多夫, 托馬斯·約瑟夫·普雷斯特, 克里斯·辛塞爾梅爾, 王道龍, 威廉·布里格斯, 索納莉·甘地, 戴維·福斯特, 克里斯蒂娜·肖爾克-格雷斯, 約瑟夫·達(dá)拉斯·克拉克, 艾倫·塞申斯, 卡里·丹尼斯·庫(kù)斯特, 喬恩阿龍·塔克·賴因德斯, 利瓦爾多·安德烈斯·古鐵雷斯羅賈斯, 酈美娟, 托德·沃納, 尼古拉斯·馬丁, 羅伯特·林恩·米勒, 約翰·阿布克爾, 戴爾·韋恩·斯考拉, 莫莉·杜恩, 蓋爾·戴斯, 萬(wàn)斯·卡里·克雷默 申請(qǐng)人:先正達(dá)參股股份有限公司