專利名稱：一種arms2和htra1基因多態(tài)性檢測(cè)特異性引物和液相芯片的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)，具體的是涉及一種ARMS2和 HTRAl基因多態(tài)性檢測(cè)特異性引物和液相芯片。
背景技術(shù)：
老年黃斑變性(Age-related macular degeneration，AMD)是一種常見(jiàn)的由于黃斑部位的退行性改變而引起的眼衰老疾病，該病能逐漸地破壞中心視力并且最終導(dǎo)致失明。通常將有軟性玻璃膜疣、色素異常和地圖樣萎縮的AMD稱作干性AMD，而將有脈絡(luò)膜新生血管、視網(wǎng)膜色素上皮細(xì)胞(RPE)脫離或盤狀纖維化的AMD稱為濕性或新生血管性AMD。 最近幾十年，AMD已經(jīng)成為西方發(fā)達(dá)國(guó)家致盲主要原因之一，而隨著我國(guó)人口老齡化，AMD 等視網(wǎng)膜病患人數(shù)也在不斷增加，其發(fā)病機(jī)制及治療方法正越來(lái)越受到重視。研究表明，位于常染色體10(10q^)的黃斑變性易感基因2(the age-related maculaopathy susceptibility 2gene，ARMS2 或 L0C387715)和高溫必需因子 A_1 (high temperature factor A-I, HTRA1)與AMD的發(fā)生發(fā)展有關(guān)，是AMD的主要致病原因，其中， ARMS2基因負(fù)責(zé)編碼位于視網(wǎng)膜線粒體中蛋白的表達(dá)，該基因的位點(diǎn)突變，將導(dǎo)致其密碼子編碼氨基酸組成的改變，從而影響蛋白的活性和表達(dá)。最近研究表明，HTRAl基因上游4340bp處包含的ARMS2基因的部分3，UTR區(qū)域的 443堿基序列缺失Λ4堿基序列插入變異(insertion/deletion，I/D)與AMD的發(fā)生直接相關(guān)，此I/D基因突變將上調(diào)HTRAl基因的表達(dá)，HTRAl蛋白及其下游信號(hào)活性分子的改變影響了眼內(nèi)細(xì)胞外基質(zhì)代謝降解過(guò)程以及血管生成，繼而參與AMD致病過(guò)程。本發(fā)明目標(biāo)檢測(cè)的ARMS2和HTRAl基因突變位點(diǎn)，如表所示
權(quán)利要求
1.一種ARMS2和HTRAl基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是，主要包括有(A).針對(duì)每種突變分別設(shè)計(jì)的野生型和突變型的ASPE引物每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對(duì)目的基因突變的特異性引物組成，所述特異性引物為針對(duì)ARMS2 基因G72T突變位點(diǎn)的SEQ ID NO. 10及SEQ ID NO. 11、針對(duì)HTRAl基因C95G/A突變位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 12-14、針對(duì) HTRAl 基因 G60A 突變位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 15 及 SEQ ID NO. 16、和 / 或針對(duì)HTRAl基因I/D突變的SEQ ID NO. 17及SEQ ID NO. 18 ；所述tag序列選自SEQ ID NO. 1-9 ；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ ID NO. 19 SEQ ID NO. 27中的序列，且所述anti-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對(duì)；(C).用于擴(kuò)增出需要檢測(cè)的、具有相應(yīng)突變的目標(biāo)序列的引物。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的ARMS2和HTRAl基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是，所述擴(kuò)增引物為針對(duì)ARMS2基因G72T突變位點(diǎn)的SEQ ID NO.觀及SEQ ID NO. 29、針對(duì)HTRAl 基因C95G/A突變位點(diǎn)的SEQ ID NO. 30及SEQ ID NO. 31、針對(duì)HTRAl基因G60A突變位點(diǎn)的 SEQID NO. 32 及 SEQ ID NO. 33、和 / 或針對(duì) HTRAl 基因 I/D 突變的 SEQ ID NO. 34 及 SEQ ID NO. 35ο
3..根據(jù)權(quán)利要求1所述的ARMS2和HTRAl基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是，所述ASPE引物為由SEQ ID NO. 1和SEQ ID NO. 10組成的序列及由SEQ ID N0. 2和SEQ ID NO. 11組成的序列、由SEQ ID N0. 3和SEQ ID N0. 12組成的序列、由SEQ ID N0. 4和SEQ ID N0. 13組成的序列及由SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 14組成的序列、由SEQ ID N0. 6和 SEQ ID N0. 15組成的序列及由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 16組成的序列、和/或由SEQ ID N0. 8和SEQ ID N0. 17組成的序列及由SEQ ID N0. 9和SEQ ID N0. 18組成的序列。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的ARMS2和HTRAl基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是，(A).所述ASPE引物為由SEQID NO. 1和SEQ ID NO. 10組成的序列及由SEQ ID N0. 2 和SEQ ID NO. 11組成的序列、由SEQ ID N0. 3和SEQ ID N0. 12組成的序列、由SEQ ID N0. 4 和SEQ ID N0. 13組成的序列及由SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 14組成的序列、由SEQ ID N0. 6和SEQ ID N0. 15組成的序列及由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 16組成的序列、和由SEQ IDN0. 8和SEQ ID N0. 17組成的序列及由SEQ ID N0. 9和SEQ ID N0. 18組成的序列；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ ID N0. 19 SEQ ID N0. 27中的序列，且所述anti-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對(duì)；(C).所述擴(kuò)增引物為針對(duì)ARMS2基因G72T突變位點(diǎn)的SEQID N0. 28及SEQ IDN0. 29、針對(duì) HTRAl 基因 C95G/A 突變位點(diǎn)的 SEQ ID N0. 30 及 SEQ ID N0. 31、針對(duì) HTRAl 基因G60A突變位點(diǎn)的SEQ ID N0. 32及SEQ ID N0. 33、和針對(duì)HTRAl基因I/D突變的SEQ IDN0. 34 及 SEQ ID N0. 35。
5.根據(jù)權(quán)利要求1-4任一項(xiàng)所述的ARMS2和HTRAl基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征在于，所述間隔臂為5-10個(gè)T。
6.一種用于ARMS2和HTRAl基因多態(tài)性檢測(cè)的特異性引物，其特征是，主要包括有針對(duì)ARMS2基因G72T突變位點(diǎn)的SEQ ID NO. 10及SEQ ID N0. 11、針對(duì)HTRAl基因C95G/A突變位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 12-14、針對(duì)HTRAl 基因 G60A突變位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 15及 SEQ IDN0. 16、 和/或針對(duì)HTRAl基因I/D突變的SEQ ID NO. 17及SEQ ID NO. 18。
全文摘要
本發(fā)明公開(kāi)了一種ARMS2和HTRA1基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，主要包括有每種由5’端的tag序列和3’端針對(duì)目的基因突變的特異性引物組成的ASPE引物，所述特異性引物為針對(duì)ARMS2基因G72T突變位點(diǎn)的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.11、針對(duì)HTRA1基因C95G/A突變位點(diǎn)的SEQ ID NO.12-14、針對(duì)HTRA1基因G60A突變位點(diǎn)的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16、和/或針對(duì)HTRA1基因I/D突變的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18；有anti-tag序列包被的微球；擴(kuò)增引物。本發(fā)明所提供的檢測(cè)液相芯片的檢測(cè)結(jié)果與測(cè)序法的吻合率高達(dá)100％，能夠避免交叉反應(yīng)，實(shí)現(xiàn)多個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)的并行檢測(cè)。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102304569SQ201110110740
公開(kāi)日2012年1月4日 申請(qǐng)日期2011年4月29日 優(yōu)先權(quán)日2011年4月29日
發(fā)明者劉志明, 覃曉霞, 許嘉森, 郭婧 申請(qǐng)人:廣州益善生物技術(shù)有限公司