專利名稱：用于診、查染色體微缺失綜合征的分子組合探針的制作方法
用于診、查染色體微缺失綜合征的分子組合探針技術(shù)領(lǐng)域
本發(fā)明屬生物技術(shù)領(lǐng)域，涉及染色體微缺失綜合征的分子探針，具體涉及用于診、 查染色體微缺失綜合征的分子組合探針。該探針可用于診斷、篩查常見的6種染色體微缺失綜合征。
背景技術(shù)：
據(jù)醫(yī)學(xué)研究報(bào)道，染色體微缺失綜合征尤其是常見的6種染色體微缺失綜合征分別為Williams 綜合征(Williams Syndrome, WS)、22qll 微缺失綜合征(22qll deletion syndrome, 22qlIDS)、Prader-ffilli 綜合征(PffS)、Angelman 綜合征(AS)、15ql3. 3 微缺失綜合征和Rett綜合癥(Rett syndrome, RTS);目前,上述微缺失綜合征的臨床診斷主要依靠臨床表現(xiàn)及相關(guān)的實(shí)驗(yàn)室和影像學(xué)檢查，其中，遺傳學(xué)診斷以FISH檢查為金標(biāo)準(zhǔn)，可有效地檢出大部分缺失；但是，所述微缺失綜合征的診斷主要為出生后檢查，產(chǎn)前診斷檢出率很少。
所述的Williams綜合征(Williams Syndrome, WS)通常的臨床表現(xiàn)為心血管疾病(彈性蛋白動(dòng)脈病，周圍肺動(dòng)脈狹窄，主動(dòng)脈瓣上狹窄，高血壓)，特殊面容，結(jié)締組織異常，智力低下，發(fā)育遲緩，代謝分泌異常(高血鈣，高鈣尿，甲狀腺功能減退，早熟)等癥狀; 有研究顯不，99%以上WS患者有Williams綜合征典型區(qū)域(Williams-Beuren syndrome critical region, WBSCR)包括ELN基因的連續(xù)缺失，臨床上通過(guò)FISH或目的區(qū)域突變分析檢測(cè)；所述的WBSCR的缺失和重復(fù)都可影響該區(qū)域基因組結(jié)構(gòu)，缺失可導(dǎo)致非等位同源重組，研究還顯示，WB有95%缺 失1. 55Mb，5%缺失1. 84Mb。
GTF2I, GTF2IRD1和GTF2IRD2這3個(gè)基因位于WBSCR和鄰近低拷貝區(qū)(low copy region, LCR)調(diào)節(jié)區(qū)域；上述TFI1-1基因家族的成員可結(jié)合啟動(dòng)子的不同區(qū)域和上游調(diào)節(jié)位點(diǎn)，在WB中起到重要作用；其中，ELN的缺失與結(jié)締組織異常包括心血管疾病相關(guān)；UMK1 在腦中表達(dá)，缺失會(huì)影響視覺(jué)建設(shè)性認(rèn)識(shí)；STX1A由神經(jīng)遞質(zhì)釋放和胰島素分泌，異常與WS 中糖尿病相關(guān)；但是，F(xiàn)KBP6、TBL2在WS發(fā)生中所起到的作用目前還未知。
所述的22qll微缺失綜合征(22qlldeletion syndrome, 22qllDS)是指由人類染色體22qll. 21-22qll. 23區(qū)域雜合性缺失引起的一類臨床癥候群，包括DiGeorge綜合征、 腭心面綜合征、椎干異常面容綜合征，Cayler心面綜合征和Opitz綜合征等數(shù)個(gè)具有相同遺傳學(xué)基礎(chǔ)的臨床綜合征，是人類最常見的微缺失綜合征，其發(fā)生率為1: 4000(活產(chǎn)嬰兒)，男女發(fā)病率無(wú)明顯差異，大部分病人(90-95%)可檢測(cè)到22號(hào)染色體長(zhǎng)臂近端染色體的微缺失。目前，有研究已在缺失區(qū)發(fā)現(xiàn)30多個(gè)基因，其中研究較多的基因有TBXl、 CRK0L、UfdlL、HIRA、CRKL、C0MT、PR0DH、ZDHHC8 等；TBX1 與心臟圓錐動(dòng)脈干畸形、顱面畸形、 胸腺、甲狀旁腺發(fā)育不良等表型密切相關(guān)。目前，臨床診斷主要依靠臨床表現(xiàn)及相關(guān)的實(shí)驗(yàn)室和影像學(xué)檢查，其中，遺傳學(xué)診斷以FISH檢查為金標(biāo)準(zhǔn)，可有效地檢出大部分缺失。
所述的Prader-Willi綜合征(PWS)，又稱張力減退-智力減退_性腺功能減退與肥胖綜合征，該綜合征為父源性染色體片段15qll. 2-ql3缺失(70% )、母源性15號(hào)染色體單親二體(uniparental disomy, UPD, > 25 % )和基因印跡缺陷(imprinting defect, ID，約< 5% )，上述三種突變都伴隨DNA異常甲基化。有研究發(fā)現(xiàn)有多個(gè)基因與 PWS相關(guān)，如SNRPN是導(dǎo)致PWS的關(guān)鍵基因，該基因父系遺傳，最初在大腦和心臟中表達(dá)； 所述的SNURF是雙功能蛋白控制DNA結(jié)合活性；NDN編碼DNA結(jié)合蛋白，抑蛋白(necdin homolog (mouse) ,NDN)缺失影響軸突分支生長(zhǎng),Ndn敲除小鼠的表型與PWS患者的缺陷非常相似。
所述的Angelman綜合征(AS)，又稱愉快木偶綜合征，與PWS遺傳機(jī)制相似， 但15qll_ql3缺失是由母源性15號(hào)染色體引起(70% )，父源性15號(hào)染色體單親二體 (uniparental disomy, UPD占5-7% )，基因印跡缺陷約占3-5%, UBE3A基因突變占11% ; 上述的前三種突變均伴有DNA異常甲基化。該綜合征患兒出生時(shí)常正常，6個(gè)月以后很快出現(xiàn)嚴(yán)重的發(fā)育遲緩；其診斷依賴臨床特征和分子遺傳學(xué)/細(xì)胞遺傳學(xué) 檢測(cè)。當(dāng)前系統(tǒng)分析源自雙親的特異性甲基化可檢測(cè)約78%的病例，其中包括了染色體15qll. 2_ql3片段的缺失、UH)和基因印跡缺陷。所述的UBE3A基因的序列分析可檢測(cè)另外約11%的突變，還有約 I %的病例有細(xì)胞遺傳學(xué)可見的染色體異常，三者相加可涵蓋90 %的AS病例，還有10 %的有典型臨床表型特征的病例尚不能從基因醫(yī)學(xué)上確認(rèn)。上述AS病例分為以下五種類型1 型為母源性15qll_ql3缺失，占70% ；11型為父源性15號(hào)染色體UPD，占5% ；111型為印跡缺陷，約占5% ;IV型為UBE3A基因突變，占10% ;V型為未知型，占10%。
所述的15ql3. 3微缺失綜合征具有大范圍高風(fēng)險(xiǎn)的臨床表型，包括智力障礙，心臟異常，癲癇，自閉癥，以及精神分裂。缺失與典型綜合征沒(méi)有直接相關(guān)性，普遍存在行為異常，集中力低，多動(dòng)，情緒波動(dòng)以及激進(jìn)或強(qiáng)迫行為；半數(shù)的15ql3.3缺失患者會(huì)智力低下。 所述的15ql3. 3缺失綜合征包括單一序列1. 5Mb缺失和500kb或更大片段重復(fù)。
目前，有研究發(fā)現(xiàn)，15q鄰近區(qū)域有一個(gè)高密度的低拷貝重復(fù)，2. OMb缺失導(dǎo)致6 個(gè)基因丟失MTMR15、TRPMU MTMR10, KLF13、0TUD7A 和 CHRNA7 ;所述的 15ql3. 3 微缺失中 CHRNA7單倍體不足可能是神經(jīng)發(fā)育異常的致病因素；所述的CHRNA7編碼突觸離子通道蛋白，介導(dǎo)神經(jīng)元信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，是癲癇、精神分裂和極端行為的候選基因；KLF13是心臟基因表達(dá)和心臟形成的調(diào)節(jié)因子。
所述的Rett綜合癥(Rett syndrome, RTS)為X連鎖顯性遺傳病，是嚴(yán)重的神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育障礙性疾病，常累及女孩，發(fā)病率為1/10，000-1/15，000。RTS患兒早期發(fā)育正常，常在大約6-24個(gè)月左右起病，首先表現(xiàn)為頭圍生長(zhǎng)減速或停滯，肌張力減退并且精神發(fā)育遲滯。有研究發(fā)現(xiàn)，該綜合癥的病因是Xq28上甲基化CpG結(jié)合蛋白2 (methyl-CpG binding protein-2, MECP2)基因突變。目前已發(fā)現(xiàn)MECP2基因有多種突變類型，包括點(diǎn)突變、堿基插入和缺失、外顯子重復(fù)或缺失等，不同類型的突變與癥狀嚴(yán)重性有關(guān)。國(guó)外有資料證明， 所述的MECP2基因存在10個(gè)左右的突變熱點(diǎn)，約占總突變的60% -70% ;通過(guò)對(duì)MECP2的整個(gè)編碼區(qū)進(jìn)行雙向測(cè)序和/或突變掃描，可檢測(cè)80%的經(jīng)典Rett綜合征和40%的不典型Rett綜合征患者。但是,通過(guò)MLPA方法可發(fā)現(xiàn)30%經(jīng)測(cè)序分析未見突變的經(jīng)典Rett綜合征患者的MECP2基因外顯子、多個(gè)外顯子和整個(gè)基因缺失，以及7%未發(fā)現(xiàn)突變的不典型 Rett綜合征患者的MECP2基因顯子、多個(gè)外顯子和整個(gè)基因缺失。
70年代，染色體G帶技術(shù)發(fā)現(xiàn)了顯微鏡下可見的染色體異常如缺失、重復(fù)、易位和倒置，從而明確了多種相關(guān)的染色體非平衡異常，但是傳統(tǒng)光學(xué)顯微鏡對(duì)于染色體結(jié)構(gòu)異常的最大分辨率在5-10Mb，高分辨率顯帶技術(shù)也就在3-5Mb，而限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性 (RFLP)分析，磁場(chǎng)凝膠電泳(PFGE)和熒光原位雜交(FISH)對(duì)于基因組的分辨率達(dá)到了 IO4-1O6水平。目前，以微陣列平臺(tái)為基礎(chǔ)的全基因組拷貝數(shù)變異分析技術(shù)的出現(xiàn)和迅速發(fā)展，使得定位和片斷大小的精確性進(jìn)一步提升，為染色體異常疾病的病因的解釋做出了革命性的貢獻(xiàn)。
2004年兩個(gè)研究小組幾乎同時(shí)在Nature和Science上報(bào)道了人體內(nèi)拷貝數(shù)變異 (Copy number variations, CNVs)現(xiàn)象的存在,其在整個(gè)基因組中覆蓋的核苷酸總數(shù)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)SNP的總數(shù)。所述的CNVs廣泛的存在于人類基因組，拷貝數(shù)的變化將影響一個(gè)較寬區(qū)域的基因組序列和很多可能基因的變化，故CNVs在研究人類遺傳性疾病方面的巨大潛力。 大量研究表明，精神性疾病、神經(jīng)性疾病、先天性疾病等都存在人類基因組CNV的異常，其中，所述的CNVs主要指介于Ikb和3Mb的DNA片段多態(tài)性，其恰好處于顯微鏡和高分辨率觀測(cè)范圍之間，屬于亞微觀范疇，可通過(guò)如熒光定量PCR、FISH、MLPA及微陣列技術(shù)等進(jìn)行檢測(cè)。
目前，臨床通常采用檢測(cè)基因組拷貝數(shù)變異的方法檢測(cè)上述染色體微缺失綜合征，但該方法存在以下缺點(diǎn)核型分析的分辨率有限，僅可以檢測(cè)到大于5Mb的重復(fù)/缺失; 定量PCR，通量低，不適于多位點(diǎn)的篩查檢測(cè)；FISH:每個(gè)探針僅能檢測(cè)一個(gè)位點(diǎn)，周期長(zhǎng)， 成本高;Array平臺(tái)的芯片檢測(cè)，成本高于MLPA，不適用于大樣本的篩查。發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的是提供涉及染色體微缺失綜合征的分子探針，具體涉及用于診、查染色體微缺失綜合 征的分子組合探針。該探針可用于診斷、篩查常見的6種染色體微缺失綜合征。
本發(fā)明的分子組合探針為一種可用于MLPA實(shí)驗(yàn)方法的探針，可針對(duì)臨床上單純依賴表型明確診斷較為困難、與智力發(fā)育相關(guān)的染色體微缺失綜合征(Williams綜合征、 22qll微缺失綜合征、Prader-Willi綜合征、Angelman綜合征、15ql3. 3微缺失綜合征和 Rett綜合癥)進(jìn)行經(jīng)濟(jì)、快速的篩查。
具體而言，本發(fā)明的用于診、查染色體微缺失綜合征的分子組合探針，其特征在于，包括Williams綜合征、22qll微缺失綜合征、Prader-Willi綜合征、Angelman綜合征、 15ql3. 3微缺失綜合征和Rett綜合癥的關(guān)鍵基因或關(guān)鍵區(qū)域內(nèi)的基因，或重復(fù)/缺失片段內(nèi)兩端的基因，以及滿足相應(yīng)條件的探針序列和引物序列，和磷酸化標(biāo)記。
本發(fā)明的組合探針可用于上述6種染色體微缺失患者的早期臨床診斷及篩查。
本發(fā)明中，所選擇的目的基因序列由http://Renome. ucsc. edu/CR1-bin/hRBlat 獲得，并區(qū)別標(biāo)記編碼區(qū)、SNP及重復(fù)序列。
本發(fā)明中，所述的探針均由左半序列和右半序列組成，左半序列5’端至3’端依次為左通用引物序列、左半探針序列；右半序列5’端至3’端依次為憐酸標(biāo)記、右半探針序列、右通用引物序列。左、右探針序列與靶序列相同，并可在連接酶的作用下直接相連；
本發(fā)明中，所述探針的左、右序列滿足如下條件(I)序列長(zhǎng)度唯一性；(2)GC含量在50%左右；(3) Tm值彡70V ； (4)在連接位點(diǎn)不含SNP ； (5)無(wú)二級(jí)結(jié)構(gòu)；(6)在人類基因組內(nèi)無(wú)相同重復(fù)序列；(7)序列加通用引物，磷酸標(biāo)記。
本發(fā)明中，所述的序列在人類基因組內(nèi)是否為特異性序列，可通過(guò)http:// genome, uses, edu/cg1-bin/hgBlat在線講行檢測(cè);GC含量檢測(cè)、Tm值檢測(cè)采用RawProbe 軟件;二級(jí)結(jié)構(gòu)的檢測(cè)http://mfold. rna. albany. edu在線講行。本發(fā)明中，所述的序列由Intrviogen公司化學(xué)合成。
本發(fā)明中，所述的探針針對(duì)的基因分別為
(I)Williams Beuren 綜合征FKBP6、TBL2、STX1A、LIMKl ；
(2)22qll 微缺失綜合征CLTCL1、HIRA、TBXl、SNAP29、ZNF74 ；
(3) Prader-Wi 11 i/AngeIman 綜合征NDN、UBE3A、GABRB3、0CA2 ；
(4) 15ql3. 3 缺失綜合征TRPM1、KLF13 ；
(5) Rett 綜合征MECP2 ；
(6)以及兩個(gè)性別標(biāo)志基因chX (HNRPH2)、chY (SRY)。
本發(fā)明中，所述的探針采用化學(xué)方法合成。
本發(fā)明中，合成后的序列，單個(gè)分裝，粉末試劑；按照每個(gè)序列所標(biāo)記的nmol值， 加TE稀釋至100 μ M濃度儲(chǔ)存，取出10 μ I儲(chǔ)存液，加去離子滅菌水稀釋至I μ M作為工作液。將所有序列混合，加去離子滅菌水最終稀釋至lfmol/μ 1，制得工作濃度的探針混合液；
所述的探針混合液，可用于多重連續(xù)探針擴(kuò)增技術(shù)；
本發(fā)明中，所述的試劑采用MRC公司的Ρ200探針空白試劑盒，其操作步驟為
I) DNA變性標(biāo)記O. 2ml Eppendorf管或8聯(lián)管；加入5 μ I DNA，其中DNA總量在 150-200ng ;在PCR儀上啟動(dòng)MLPA程序98°C 5分鐘，使DNA樣本變性，冷卻至25°C，取出；
2)雜交反應(yīng)制備雜交混合液，每個(gè)反應(yīng)包括1. 5μ I的MLPA緩沖液(黃色管)+1. 5 μ I探針(黑色管)，充分混勻；在PCR儀到達(dá)25°C時(shí)，每管加3 μ I雜交混合液，混勻。繼續(xù)MLPA程序95°C I分鐘，后60°C雜交16-20小時(shí)；
3)連接反應(yīng)制備連接混合液，每個(gè)反應(yīng)包括3 μ I連接酶-65緩沖液A (透明色管)+3 μ I連接酶-65緩沖液B (白色)+25 μ I去離子水，充分混勻；每個(gè)反應(yīng)加I μ I連接酶-65(綠色管)，輕柔混勻。繼續(xù)MLPA程序，在54°C暫停；在PCR儀到達(dá)54°C時(shí)，每管加 32 μ I連接混合液，混勻；繼續(xù)MLPA程序54°C 15分鐘(連接)，98°C 5分鐘使連接酶失活， 后在15°C暫停；
4) PCR反應(yīng)標(biāo)記新的PCR 8聯(lián)管。制備PCR緩沖混合液，每個(gè)反應(yīng)包括4 μ I SALSAPCR緩沖液(紅色管)+26 μ I去離子水，充分混勻；在新的8聯(lián)管中，每管加入30 μ I PCR緩沖混合液；在室溫下，將10 μ I連接產(chǎn)物加入相應(yīng)的新8聯(lián)管中；制備聚合酶混合液， 每個(gè)反應(yīng)包括2 μ I SALSAPCR引物(棕色管)+2 μ I SALSA酶緩沖液(藍(lán)色管)+5. 5 μ I去離子水+0. 5 μ I SALSA聚合酶(橘紅色管)，輕柔混勻，使用前4°C保存；繼續(xù)MLPA程序，在 60°C暫停。在PCR儀到達(dá)60°C時(shí)，每管加10 μ I聚合酶混合液，混勻；立刻繼續(xù)MLPA程序 35個(gè)循環(huán)95°C 30秒、60°C 30秒、72°C 60秒，后72°C 20分鐘，在15°C暫停；
5)毛細(xì)管電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物。
上述技術(shù)方案中所有基本分子生物學(xué)操作均參照MRC公司的《Synthetic probe design))和((Protocol MLPA_v29》。
本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)是；
提供用多重連續(xù)探針擴(kuò)增技術(shù)的組合探針，針對(duì)發(fā)病率相對(duì)較高、病因?yàn)槿旧w結(jié)構(gòu)重復(fù)或缺失、臨床常規(guī)檢測(cè)方法難以確診的Williams綜合征、22qll微缺失綜合征、 Prader-Willi綜合征、Angelman綜合征、15ql3. 3微缺失綜合征和Rett綜合癥等6種綜合征進(jìn)行臨床分子診斷篩查，其中的多重連接依賴式探針擴(kuò)增法(Multiplex ligation dependent probe amplification, MLPA)能克服突光定量PCR的缺點(diǎn)，一次能夠分析多個(gè)序列，并具有更高的分辨率、靈敏度和可重復(fù)性的優(yōu)點(diǎn)。同時(shí)，所述的MLPA較微陣列技術(shù)和 FISH的檢測(cè)方法經(jīng)濟(jì)、快捷，針對(duì)性更強(qiáng)，適合作為臨床的常規(guī)檢測(cè)方法。所述的探針可用于上述6種染色體微缺失綜合征的。
為了便于理解，以下將通過(guò)具體的附圖和實(shí)施例對(duì)本發(fā)明的組合探針進(jìn)行詳細(xì)地描述。需要特別指出的是，具體實(shí)例和附圖僅是為了說(shuō)明，顯然本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員可以根據(jù)本文說(shuō)明，在本發(fā)明的范圍內(nèi)對(duì)本發(fā)明做出各種各樣的修正和改變，這些修正和改變也納入本發(fā)明的范圍內(nèi)。


圖1為本發(fā)明中探針序列模建圖，其中，藍(lán)色部分為通用引物序列，紫色部分為與靶序列結(jié)合部位。綠色為靶序列。
圖2為本發(fā)明中MLPA操作步驟PCR設(shè)定程序示意圖。
圖3為本發(fā)明中陰性病例檢測(cè)結(jié)果原始圖像，其中，淺色峰為每個(gè)位點(diǎn)正常人拷貝數(shù)水平，深色峰為病例拷貝數(shù)水平，檢測(cè)病例各位點(diǎn)拷貝數(shù)與正常對(duì)照相同。
圖4為本發(fā)明中陽(yáng)性病例檢測(cè)結(jié)果原始圖像，其中，淺色峰為每個(gè)位點(diǎn)正常人拷貝數(shù)水平，深色峰為病例拷貝數(shù)水平，21號(hào)染色體涉及5個(gè)位點(diǎn)(箭頭指示)，拷貝數(shù)均低于正常對(duì)照。
具體實(shí)施方式
實(shí)施例1
常見染色體疾病及其關(guān)鍵基因的選擇
參考 http://www.ncb1.nlm.nih.Rov/sites/GeneTests/Review db = GeneTests中對(duì)WS、22Q11、PWS、AS、15ql3. 3微缺失和Rett綜合征6種綜合征的描述，根據(jù)該描述及已發(fā)表的相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道，選擇關(guān)鍵基因或關(guān)鍵區(qū)域。若尚未明確關(guān)鍵基因或關(guān)鍵區(qū)域，
(I)探針序列的設(shè)計(jì)
選擇的目的基因序列在http://Renome. ucsc. edu/CR1-bin/hRBlat獲得，并區(qū)別標(biāo)記編碼區(qū)、SNP及重復(fù)序列。
針對(duì)每個(gè)目的基因，探針均由左半序列和右半序列組成，左半序列5’端至3’端依次為左通用引物序列、左半探針序列；右半序列5’端至3’端依次為憐酸標(biāo)記、右半探針序列、右通用引物序列。左、右探針序列與目的基因的目的序列相同，并可在連接酶的作用下直接相連，如圖1所示。
左、右序列滿足如下條件1)序列長(zhǎng)度唯一性；2)GC含量在50%左右；3)Tm值 ^ 700C ；4)在連接位點(diǎn)不含SNP ；5)無(wú)二級(jí)結(jié)構(gòu)；6)在人類基因組內(nèi)無(wú)相同重復(fù)序列。
序列GC含量檢測(cè)、Tm值檢測(cè)采用Raw Probe軟件，如圖3所示；二級(jí)結(jié)構(gòu)的檢測(cè) http://mfold. rna. albany. edu在線進(jìn)行,如圖4所示；在人類基因組內(nèi)是否為特異性序歹lj，http: //genome, uses, edu/cg1-bin/hgBlat 在線進(jìn)行檢測(cè),如圖 5 所示。
(2)探針序列的合成
將設(shè)計(jì)好的序列，由Invitrogen公司合成。
實(shí)施例2
(I)陰性病例對(duì)照
選擇正常人群，QIAgen試劑盒提取全基因組DNA后，進(jìn)行MLPA實(shí)驗(yàn)，應(yīng)用 Genemarker Demo1. 80版本軟件,進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。結(jié)果如圖3所示。
(2)陽(yáng)性病例對(duì)照
選擇9例22qll綜合征，經(jīng)商業(yè)化MLPA試劑盒檢測(cè)驗(yàn)證，明確為22qll綜合征患者作為陽(yáng)性對(duì)照，QIAgen試劑盒提取全基因組DNA后，進(jìn)行MLPA實(shí)驗(yàn)，應(yīng)用GenemarkerDemo1. 80版本軟件，進(jìn)行數(shù)據(jù)分析(如圖4所示)。
權(quán)利要求
1.用于診、查染色體微缺失綜合征的分子組合探針，其特征在于，包括Williams綜合征、22qll微缺失綜合征、Prader-Willi綜合征、Angelman綜合征、15ql3. 3微缺失綜合征和Rett綜合癥的關(guān)鍵基因或關(guān)鍵區(qū)域內(nèi)的基因，或重復(fù)/缺失片段內(nèi)兩端的基因，以及滿足相應(yīng)條件的探針序列和引物序列，和磷酸化標(biāo)記。
2.按權(quán)利要求1所述的用于診、查染色體微缺失綜合征的分子組合探針，其特征在于，所述的探針序列由左半序列和右半序列組成，左半序列5’端至3’端依次為左通用引物序列、左半探針序列；右半序列5’端至3’端依次為憐酸標(biāo)記、右半探針序列、右通用引物序列；所述的左、右探針序列與靶序列相同，并可在連接酶的作用下直接相連；所述探針的左、右序列滿足如下條件(1)序列長(zhǎng)度唯一性；(2)GC含量在50%左右；(3)Tm 值≥ 700C ；(4)在連接位點(diǎn)不含SNP；(5)無(wú)二級(jí)結(jié)構(gòu)；(6)在人類基因組內(nèi)無(wú)相同重復(fù)序列；(7)序列加通用引物，磷酸標(biāo)記。
3.按權(quán)利要求1所述的用于診、查染色體微缺失綜合征的分子組合探針，其特征在于，所述的探針序列針對(duì)的基因?yàn)?1)WilliamsBeuren 綜合征:FKBP6、TBL2、STX1A、UMKl ；(2)22qll微缺失綜合征CLTCL1、HIRA、TBX1、SNAP29、ZNF74 ；(3)Prader-Wi 11 i/AngeIman 綜合征NDN、UBEM、GABRB3、OCA2 ；(4)15ql3. 3 缺失綜合征TRPMU KLF13 ；(5)Rett 綜合征MECP2 ；(6)以及兩個(gè)性別標(biāo)志基因chX(HNRPH2)、chY(SRY)。
4.按權(quán)利要求1所述的用于診、查染色體微缺失綜合征的分子組合探針，其特征在于，所述的探針采用化學(xué)方法合成。
全文摘要
本發(fā)明屬生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及用于診、查染色體微缺失綜合征的分子組合探針。本發(fā)明選擇Williams綜合征、22q 11微缺失綜合征、Prader-Willi綜合征、Angelman綜合征、15q13.3微缺失綜合征和Rett綜合癥的關(guān)鍵基因或關(guān)鍵區(qū)域內(nèi)的基因、或重復(fù)/缺失片段內(nèi)兩端的基因，根據(jù)所述的基因序列，選擇滿足相應(yīng)條件的序列作為探針序列，在探針左半序列5’端和右半探針3’端加通用引物序列，并加磷酸化標(biāo)記，制成可用于多重連續(xù)探針擴(kuò)增技術(shù)的組合探針。本發(fā)明的組合探針能克服熒光定量PCR的缺點(diǎn)，一次分析多個(gè)序列，具有更高的分辨率、靈敏度和可重復(fù)性?？捎糜谏鲜?種染色體微缺失綜合征的臨床分子診斷篩查。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK103014142SQ20111028902
公開日2013年4月3日 申請(qǐng)日期2011年9月26日 優(yōu)先權(quán)日2011年9月26日
發(fā)明者馬端, 王慧君, 朱海濤, 錢琰琰 申請(qǐng)人:復(fù)旦大學(xué)