專利名稱：預(yù)測晚期非小細胞肺癌鉑類化療療效的分子標(biāo)記及其應(yīng)用的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于醫(yī)學(xué)分子遺傳學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種預(yù)測晚期非小細胞肺癌患者含鉬化療療效的分子標(biāo)記及其應(yīng)用。
背景技術(shù)：
肺癌是對人類健康和生命危害最大的惡性腫瘤之一，全球每年有一百多萬人死于肺癌，是目前腫瘤導(dǎo)致死亡的主要病因之一。非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)約占肺癌的80%，其中有三分之二的患者在確診時已經(jīng)處在晚期，失去了手術(shù)機會。 晚期NSCLC的標(biāo)準(zhǔn)治療是以化療為主的綜合治療，而鉬類藥物因其較強的抗腫瘤作用成為臨床治療NSCLC的常用藥。目前，以鉬類藥物為主的聯(lián)合化療方案在晚期NSCLC的治療中取得了顯著的療效有效率30%左右，中位生存期8 10個月，2年生存率10% 15%。然而從臨床上來看，不同個體對化療藥物的敏感性存在明顯不同，療效差異顯著。因此，深入研究影響NSCLC化療療效的相關(guān)因素，從而提高藥物的有效率，具有重要的臨床意義，這也是當(dāng)今肺癌個性化醫(yī)療的研究熱點。隨著分子生物學(xué)和基因組醫(yī)學(xué)的發(fā)展，針對肺癌個體化治療的研究已由傳統(tǒng)的基于體外藥敏實驗的研究方法逐步發(fā)展為建立在功能基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)基礎(chǔ)上的高通量篩選腫瘤化療的生物標(biāo)志物的研究方法，包括腫瘤組織表達譜、甲基化、miRNA以及單核苷酸多態(tài)性(single neucleotide polymorphism, SNP)等。其中，SNP因其存在的普遍性、 特異性、以及高通量檢測技術(shù)的成熟發(fā)展，逐漸成為在個體化治療研究中應(yīng)用最為廣泛的生物遺傳標(biāo)志。在肺癌療效評估方面，雖然肺癌組織的基因組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的變化和化療療效最直接相關(guān)，最有可能篩選得到有效的生物標(biāo)志物，然而大半的晚期肺癌患者不能手術(shù)，腫瘤組織不易獲取，因此常用比較容易獲得的外周血進行基因組SNP等多態(tài)性檢測，探索SNP與藥物療效的關(guān)系。總之，通過外周血細胞檢測DNA的基因多態(tài)性，成為肺癌療效評估常用的研究方法。核酸剪切通路(Nucleotide excision repair, NER)是哺乳動物細胞中修復(fù)鉬類導(dǎo)致的DNA損傷的主要途徑。XPD基因編碼了一個ATP依賴的解旋酶，它介導(dǎo)了 NER起始所需的DNA解旋過程。多項研究表明XPD上的多態(tài)可能通過改變其蛋白質(zhì)產(chǎn)物的功能而影響DNA修復(fù)能力。XPD的多個常見多態(tài)都與降低癌癥風(fēng)險相關(guān)。臨床和流行病學(xué)證據(jù)證實， Z/刃的位點與化療效果相關(guān)。但是，Z/刃上的另外兩個多態(tài)位點^and Asp312Asn與亞洲NSCLC患者的生存期的相關(guān)數(shù)據(jù)則未見報道。而對于位點也暫無其與生存期關(guān)系的流行病學(xué)研究。Asp312Asn (rsl799793) ^XPD基因第十外顯子上一個造成天冬氨酸突變?yōu)樘於０返腉到J的突變。而A1SpmA1Sp (rsl052555)則是同義突變位點。本發(fā)明研究了 Z/刃基因的多態(tài)位點與晚期NSCLC患者含鉬化療后生存期的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)3個SNP位點與NSCLC鉬類化療后生存期顯著相關(guān)，該分子標(biāo)記可用于預(yù)測晚期 NSCLC患者含鉬化療后生存期，為此類病人的個體化醫(yī)療提供依據(jù)。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于提供一種能夠預(yù)測晚期非小細胞肺癌患者含鉬化療療效(療后生存期)的分子標(biāo)記及其應(yīng)用。本發(fā)明提供的預(yù)測晚期NSCLC患者含鉬化療療效的分子標(biāo)記，該預(yù)測功能可通過對患者外周血基因組DNA的分子標(biāo)記進行檢測而實現(xiàn)。上述分子標(biāo)記包括與晚期非小細胞肺癌鉬類化療療效相關(guān)的萬刃基因，及該基因上單核苷酸多態(tài)位點As/^^S/7，AS//nASp。作為上述分子標(biāo)記的應(yīng)用，本發(fā)明還提供用以預(yù)測NSCLC患者含鉬化療療效的 XPD基因多態(tài)性檢測試劑盒。該試劑盒包括
(1)檢測萬刃基因上As/力· ，As/7’577多態(tài)位點基因型的特異性引物對。所述的特異性引物對是指針對萬刃基因As/Am，Asp7nAsp多態(tài)位點而設(shè)計，能特異性擴增出包含這2個SNP位點的DNA片段的引物對以及分別檢測出這2個SNP位點不同等位基因型的特異性引物序列。引物序列如表1所示，特異性引物對可用常規(guī)的合成技術(shù)進行合成。
權(quán)利要求
1.一種預(yù)測晚期非小細胞肺癌鉬類化療療效的分子標(biāo)記，其特征在于包括與晚期非小細胞肺癌鉬類化療后生存期相關(guān)的萬刃基因，及該基因上單核苷酸多態(tài)位點As/^^S/7， Asp711Asp o
2.一種預(yù)測晚期非小細胞肺癌鉬類化療療效的試劑盒，其特征在于包括檢測Z/刃基因上Asp312Asn,多態(tài)位點基因型的特異性引物對、1 U Taq酶ΙΟΟμΙ以及10 χ Taq 緩沖液lml,2 mM dNTP混合液ImlUU蝦堿性磷酸酶100μ1、 υ核酸外切酶ΙΟΟμΙ、BigDye v3. 1測序試劑及其配套緩沖液lml、120mM乙二胺四乙酸lml、95%甲酰胺1ml、無水乙醇和超純水。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑盒，其特征在于所述的特異性引物對為對如/力仰，正向引物SEQ ID NO. 1，反向引物SEQ ID NO. 2 ；對 AspniAsp,正向引物SEQ ID NO. 3，反向引物SEQ ID NO. 4。
全文摘要
本發(fā)明屬于醫(yī)學(xué)分子遺傳學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體為一種預(yù)測晚期非小細胞肺癌鉑類化療療效的分子標(biāo)記及其應(yīng)用。所述分子標(biāo)記包括與晚期非小細胞肺癌(NSCLC)鉑類化療后生存期相關(guān)的XPD基因，及該基因上單核苷酸多態(tài)位點Asp312Asn,Asp711Asp。作為上述分子標(biāo)記的應(yīng)用，本發(fā)明還提供用以預(yù)測NSCLC患者含鉑化療后生存期的XPD基因多態(tài)性檢測試劑盒。本發(fā)明可用于預(yù)測晚期非小細胞肺癌患者鉑類化療后生存期，為此類病患個體化治療的實現(xiàn)提供依據(jù)。
文檔編號C12N15/11GK102337281SQ20111031366
公開日2012年2月1日 申請日期2011年10月17日 優(yōu)先權(quán)日2011年10月17日
發(fā)明者盧大儒, 李歡, 范薇薇, 陳紅巖 申請人:復(fù)旦大學(xué)