專利名稱：：用于遞送治療性肽的組合物和方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及用于定向遞送生物治療劑的方法和組合物。聯(lián)邦政府資助的研究或開發(fā)本發(fā)明在NIH-MARCE授予的U54AI57168和NIH授予的UOlA1075526的美國(guó)政府支持下完成。美國(guó)政府在本發(fā)明中享有一定權(quán)利。電子提交的序列表的引用序列表的正式副本作為ASCII格式的序列表以電子形式通過EFS-Web提交，文件名為405777SEQLIST.txt，創(chuàng)建于2011年5月19日，大小為15KB，并且與本說明書同時(shí)提交。該ASCII格式文件所包括的序列表是本說明書的組成部分，并且通過引用以其整體結(jié)合到本文中。
背景技術(shù)：
：各種發(fā)酵食品和乳制品中的乳酸菌(LAB)被人安全地消費(fèi)。這些LAB中的許多擁有“公認(rèn)安全的”(GenerallyRecognizedasSafe,GRAS)的地位，并且可在無不良作用的情況下，以接近I萬億個(gè)細(xì)胞/克食品的水平消費(fèi)。所選擇的LAB成員是耐酸的，但卻又是膽汁敏感性的，并且通過胃腸道時(shí)不能存活。因此，所選LAB的膽汁暴露可導(dǎo)致細(xì)胞完整性的破壞、透化和胞內(nèi)蛋白質(zhì)的釋放。這類微生物可經(jīng)口通過胃遞送到小腸，用于在微生物因膽汁引起透化時(shí)，定向遞送生物治療性肽。另外，微生物在膽汁透化時(shí)死亡，因此在經(jīng)口遞送后，保持包含在胃腸道內(nèi)。嗜熱鏈球菌^Streptococcusthermophilus)是一種草綠色群iyiridansgroup)的革蘭氏陽性乳酸菌。嗜熱鏈球菌通常存在于包括酸奶、發(fā)酵乳和乳酪在內(nèi)的發(fā)酵乳制品中。包含嗜熱鏈球菌的市售乳制品可用作抗生素相關(guān)腹瀉的療法(Hickson，2007，335(7610):80)。難逾麗(jClostridiumdiiTicile,C.是醫(yī)院細(xì)菌性腹灣最常見的原因，占抗生素相關(guān)腹瀉病例的10-20%。艱難梭菌感染可導(dǎo)致無癥狀攜帶、輕度腹瀉或暴發(fā)性假膜性結(jié)腸炎。這種厭氧細(xì)菌主要通過兩種大的外毒素即毒素A和毒素B的作用引起腸損害。當(dāng)體內(nèi)引入腸腔時(shí)，經(jīng)純化的毒素A(TxA)引起腸分泌、腸上皮破壞和出血性結(jié)腸炎。TxA誘導(dǎo)性腸炎的機(jī)制涉及毒素與腸細(xì)胞受體結(jié)合，導(dǎo)致引起腸分泌和腸蠕動(dòng)增強(qiáng)的感覺神經(jīng)和腸神經(jīng)活化、肥大細(xì)胞脫粒和粘膜被嗜中性粒細(xì)胞浸潤(rùn)。除其促炎和促分泌活性以外，TxA誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡和非凋亡性細(xì)胞死亡，這可造成腸粘膜破壞。具體地講，已經(jīng)表明，TxA影響腸粘膜修復(fù)過程的重要方面，例如上皮細(xì)胞遷移、細(xì)胞凋亡和經(jīng)上皮抗性的發(fā)展(Brito等(2005)DigDisandSci50(7):1271-1278)。谷氨酰胺(Gln)是腸細(xì)胞和結(jié)腸細(xì)胞兩者的主要燃料，并且是在正常和應(yīng)激兩種狀態(tài)下維持腸結(jié)構(gòu)所必需的(Cario等，EurJClinInvest.2000年5月30(5):419429)。研究顯示，谷氨酰胺補(bǔ)充(supplementation)防止絨毛萎縮和細(xì)菌移位(bacterialtranslocation)(與標(biāo)準(zhǔn)胃腸外營(yíng)養(yǎng)有關(guān)的病況)(VanDerHulst等，Lancet1993341:1363)。谷氨酰胺在若干代謝途徑中起關(guān)鍵作用。已認(rèn)識(shí)到其在組織培養(yǎng)中的重要性，而且它是哺乳動(dòng)物細(xì)胞中核苷酸、氨基糖和氨基酸生物合成的關(guān)鍵氮供體。預(yù)期當(dāng)粘膜屏障功能常被破壞時(shí)，谷氨酰胺的可用性在持續(xù)性腹瀉和營(yíng)養(yǎng)不良期間將尤其重要。動(dòng)物研究表明，富含谷氨酰胺的營(yíng)養(yǎng)可減弱細(xì)菌移位、改善營(yíng)養(yǎng)狀況、減少腸損傷，并在甲氨蝶呤誘發(fā)性小腸結(jié)腸炎致死模型中導(dǎo)致存活得到改善。丙氨酰-谷氨酰胺(Ala-Gln)是穩(wěn)定的谷氨酰胺衍生物，已經(jīng)表明其在酸性水溶液中穩(wěn)定得多(例如預(yù)期它們可面對(duì)患者的胃或腸)，并促使鹽和水的吸收相當(dāng)于葡萄糖(如果不是更好的話)的吸收(參見美國(guó)專利號(hào)5，561，111，其公開內(nèi)容明確結(jié)合到本文中)。穩(wěn)定的谷氨酰胺衍生物不僅僅可用于患腹瀉的營(yíng)養(yǎng)不良兒童，而且還可用于接受胃腸外(IV)流體或管喂食太長(zhǎng)時(shí)間的患者或者因感染或化學(xué)療法所致腸粘膜受損的患者。發(fā)明概述提供了用于定向遞送生物治療劑的方法和組合物。所述組合物包含膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌，其經(jīng)修飾以在膽汁暴露后釋放生物治療劑。通過本文公開的嗜熱鏈球菌細(xì)菌釋放的生物治療劑包括富含AQ和AQR的肽。本發(fā)明的方法包括將經(jīng)修飾以在膽汁暴露后釋放生物治療劑的嗜熱鏈球菌細(xì)菌給予受試者。給予嗜熱鏈球菌細(xì)菌促進(jìn)所需要的治療反應(yīng)?？蓪?duì)該細(xì)菌進(jìn)行修飾以表達(dá)和釋放富含AQ或AQR的肽，所述肽隨后抑制細(xì)胞凋亡或減少粘膜損害。因此，本發(fā)明的方法應(yīng)用于治療或預(yù)防各種胃腸病癥，包括艱難梭菌感染和抗生素相關(guān)腹寫。若干附圖簡(jiǎn)述已概括地以此方式對(duì)本發(fā)明進(jìn)行了描述，現(xiàn)將參照附圖進(jìn)行描述，附圖不必按比例繪制，其中:圖1表示通過胞外β-半乳糖苷酶活性定量測(cè)定的在膽汁暴露后所選嗜熱鏈球菌菌株的透化。圖2說明用于在嗜熱鏈球菌中表達(dá)富含AQ/AQR的肽的基本載體(pTRK989)。圖3說明用于在嗜熱鏈球菌中表達(dá)富含AQ/AQR的肽的載體。pTRK996編碼AGRP-FHO,pTRK997編碼AGRP-FHl，pTRK998編碼AGRP-FH2。圖4表示富含AQ的肽AGRP-FHO、AGRP-FHl和AGRP-FH2的FLAG-BAP蛋白質(zhì)印跡。各種肽的表達(dá)可在白色框內(nèi)所含區(qū)域看出。圖5表明在24小時(shí)時(shí),通過化學(xué)合成(Ala-gln)和生物合成(rAla-gln)的丙氨酰-谷氨酰胺體外促進(jìn)IEC-6細(xì)胞單層中的遷移。圖6說明通過用嗜熱鏈球菌治療，小鼠中使用UVA24的艱難梭菌感染減少。(A)計(jì)算每只小鼠(n^17只/組)相對(duì)于第O天體重的體重變化。與未治療對(duì)照小鼠(三角形)相比，嗜熱鏈球菌治療的小鼠(圓形)顯著較少地減輕體重(P=0.004，應(yīng)用Wilksλ多變量檢驗(yàn))。計(jì)算數(shù)據(jù)包括死于感染或因樣品收集而處以安樂死的小鼠的最終體重。(B)按照使用ELISA的檢測(cè)，與對(duì)照(UVA24)相比，在第3天和第5天嗜熱鏈球菌治療的小鼠(St+UVA24)在盲腸內(nèi)容物中顯示出較低水平的TcdA/B。(C)感染后3天與對(duì)照相比，用嗜熱鏈球菌治療的小鼠的結(jié)腸具有顯著較少的病理(P=0.006，采用MannWhitneyt檢驗(yàn))，而嗜熱鏈球菌治療的小鼠的盲腸組織顯示較少病理(P=0.279)。(D)按方法中所述，對(duì)在第3和4天腹瀉的發(fā)生率進(jìn)行評(píng)分，并應(yīng)用非配對(duì)t檢驗(yàn)進(jìn)行分析。圖7表明，來自嗜熱鏈球菌的分泌組分即乳酸減慢艱難梭菌生長(zhǎng)。㈧在HEPES緩沖液不存在或存在下，將來自嗜熱鏈球菌的經(jīng)過濾的上清液加入BHI(50%v/v)中，接種(105UVA24)，孵育24小時(shí)，并用平板計(jì)數(shù)法計(jì)數(shù)。(B)以不同濃度將純的L-乳酸加入BHI中，接種艱難梭菌，使之生長(zhǎng)24小時(shí)，并對(duì)細(xì)菌計(jì)數(shù)。(C)采用ELISA，測(cè)定艱難梭菌土L-乳酸土HEPES緩沖液生長(zhǎng)24小時(shí)的上清液(斜線柱)中TcdA/B的存在情況。圖8報(bào)告了以下結(jié)腸裂解物中的細(xì)胞因子應(yīng)答:用艱難梭菌(UVA24)+/-嗜熱鏈球菌(St+UVA24)感染的小鼠在感染后第3天的結(jié)腸裂解物、暴露于抗生素(AbxO)+/-嗜熱鏈球菌(St/AbxO)的小鼠的結(jié)腸裂解物和感染前正常小鼠(正常)+/_嗜熱鏈球菌(St/正常O)的結(jié)腸裂解物。發(fā)明詳述下面將參照附圖，在下文中對(duì)本發(fā)明作更全面的描述，其中示出了一些但非全部的本發(fā)明的實(shí)施方案。實(shí)際上，這些發(fā)明可以許多不同的形式體現(xiàn)，不應(yīng)解釋為限于本文所給出的實(shí)施方案；更確切地說，提供這些實(shí)施方案，使得本公開內(nèi)容可滿足適用的法律要求。在全文中，同類數(shù)是指同類要素。本文給出的本發(fā)明的許多修改和其它實(shí)施方案可使這些發(fā)明所屬領(lǐng)域技術(shù)人員想起具有前面描述和相關(guān)附圖中提供的教導(dǎo)的益處。因此，要了解的是，本發(fā)明不限于所公開的具體實(shí)施方案，且修改和其它實(shí)施方案欲包括在隨附權(quán)利要求書的范圍內(nèi)。雖然本文采用特定術(shù)語，但它們僅以通用和描述性含義使用，而非限制目的。概沭提供了用于定向遞送生物治療劑的方法和組合物，包括使用膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌將富含AQ/AQR的肽遞送至腸上皮的方法和組合物。這類方法和組合物可用于治療或預(yù)防由艱難梭菌感染所引起的腸損害。膽汁敏感性LAB可在抗生素治療之前、期間和/或之后提供以將治療性肽遞送至腸道，同時(shí)避免機(jī)會(huì)性感染的顧慮。通過經(jīng)胃的酸性環(huán)境而存活，本文公開的細(xì)菌可將治療性肽直接遞送至小腸。因此，提供各種細(xì)菌例如嗜熱鏈球菌及其使用方法，所述方法通過將治療劑或治療性肽遞送給有需要的受試者而促進(jìn)腸修復(fù)。膽汁敏感性乳酸菌提供了導(dǎo)致將治療劑定向遞送至受試者的胃腸道的方法和組合物。本文所用的“釋放”是指包含在細(xì)胞外膜內(nèi)的組分流出進(jìn)入環(huán)境中。術(shù)語“釋放”要理解為包括天然存在的組分或異源組分(例如肽)跨細(xì)胞膜流出或部分流出，使得所釋放的組分不再存在于細(xì)胞之內(nèi)。術(shù)語“釋放”要進(jìn)一步理解為包括細(xì)胞組分的部分流出，例如釋放可因細(xì)胞膜的透化或部分透化而產(chǎn)生。例如，在具體的實(shí)施方案中，本發(fā)明的微生物經(jīng)口給予受試者，并通過胃而存活，其中微生物隨后暴露于膽汁中，并釋放胞內(nèi)物質(zhì)，包括目標(biāo)生物治療劑。在一些實(shí)施方案中，生物治療劑的釋放足以治療或預(yù)防胃腸病癥。本文所用“膽汁敏感性的”是指微生物在暴露于膽汁后變得透化并釋放某些胞內(nèi)組分的能力。術(shù)語“膽汁”是指由大多數(shù)脊椎動(dòng)物的肝臟分泌的深綠色至黃褐色流體。本文所用“膽汁”意指包括膽汁鹽和膽汁酸，包括但不限于膽酸、脫氫膽酸、鵝脫氧膽酸、脫氧膽酸、甘氨膽酸、乙醇酸(glycholicacid)、甘氨脫氧膽酸、?；悄懰?、石膽酸、?；敲撗跄懰?、鵝脫氧膽酸、熊脫氧膽酸、牛磺-24，25-二氫-夫地酸鈉、甘氨二氫夫地酸鈉(sodiumglycodihydrofusidate)、聚氧乙烯_9_月桂基醚或其任何組合。本文所用“暴露于膽汁”是指其中本文所述細(xì)菌與膽汁接觸或本文所述細(xì)菌存在于膽汁存在的環(huán)境中的情況。暴露于膽汁可持續(xù)至少約I秒鐘、約5秒鐘、約15秒鐘、約30秒鐘、約I分鐘、約3分鐘、約5分鐘、約15分鐘、約30分鐘、約45分鐘、約I小時(shí)、約2小時(shí)、約3小時(shí)、約4小時(shí)、約5小時(shí)或足以透化膽汁敏感性細(xì)菌的膜的任何時(shí)間。在一些實(shí)施方案中，膽汁敏感性微生物在暴露于膽汁時(shí)不能存活。本文所用“不能存活”是指微生物或其部分不再能夠繁殖或進(jìn)行代謝功能的情況。在某些實(shí)施方案中，遞送生物治療劑所期望的胃腸部位的環(huán)境引起微生物的膜透化，其后生物不能存活。任何目標(biāo)微生物都可用于本文所述的方法和組合物。在一些實(shí)施方案中，微生物包括細(xì)菌。在具體的實(shí)施方案中，微生物包括益生菌(probioticbacterium)。本文所用術(shù)語“益生的”是指當(dāng)適量給予時(shí)賦予宿主健康益處的活微生物(FA02001:參見網(wǎng)址isapp.net/docs/ProbioticDefinition.pdf),有助于受試者腸道健康和均衡的至少一種生物。在具體的實(shí)施方案中，亦被稱作“友好的”、“有益的”或“良好的”細(xì)菌，當(dāng)被受試者攝入時(shí)，其促進(jìn)健康腸道的維持，促進(jìn)部分或完全減輕病癥和/或疾病的一種或多種癥狀。在一些實(shí)施方案中，本文所述微生物是乳酸菌。本文所用“乳酸菌”意指選自以下屬的預(yù)期細(xì)菌:氣球菌屬(Aerococcus)、肉桿菌屬iCarnobacteriuni)、腸球菌屬(Bnterococcus)、乳球菌屬{Lactococcus)、乳桿菌屬(Lactobacillus)、明串珠菌屬{Leuconostoc)、酒球菌屬、0enococcus)、片球菌屬ifediococcus)、鏈球菌屬{Streptococcus)、蜜蜂球菌屬(Molissococcus')、差異球菌屬(Alloiococcus')、狡詐球菌屬(ZbJiosigra/wJtt)、乳球形菌屬、四聯(lián)球菌屬(Tetragenococcus)、漫_游球菌屬(VagOcoccus)和威斯氏菌屬{Weissella、(Holzapfel等(2001)Am.J.Clin.Nutr.73:365S-373S;Sneath等(1986)Bergey，sManualofSystematicBacteriology第2卷，Lippincott,Williams和Wilkins,Hagerstown,MD)。在某些實(shí)施方案中，待使用的微生物是鏈球菌。在具體的實(shí)施方案中，待使用的微生物是嗜熱鏈球菌，例如嗜熱鏈球菌LMD-9。本文公開的細(xì)菌可標(biāo)為通過食品與藥物管理局(FoodandDrugAdministration)核準(zhǔn)的公認(rèn)安全的(GRAS)。那些標(biāo)為GRAS的生物被FDA視為安全的，因此豁免于美國(guó)聯(lián)邦食品、藥品和化妝品法案(FederalFood,Drug,andCosmeticAct)的食品添加劑限量要求。GRAS細(xì)菌可以是膽汁敏感性的，并可用于定向遞送生物治療劑。可對(duì)本發(fā)明的細(xì)菌進(jìn)行修飾(例如遺傳修飾)以表達(dá)目標(biāo)肽。本文所用術(shù)語“重組細(xì)菌”或“重組細(xì)菌細(xì)胞”是指含有至少一種遺傳變化的細(xì)菌或大量細(xì)菌細(xì)胞(其已用至少一個(gè)目標(biāo)基因轉(zhuǎn)化)，以及從如此改變的細(xì)胞傳下來且包含遺傳變化或目標(biāo)基因的一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞。因此，本文所用術(shù)語“修飾的”或“遺傳修飾的”或“遺傳修飾”是指遺傳變化，例如核酸的缺失、添加或取代。在某些實(shí)施方案中，修飾產(chǎn)生在遺傳上不同于野生型即天然存在的細(xì)菌的細(xì)菌。在一些實(shí)施方案中，遺傳變化是細(xì)菌中插入目標(biāo)編碼序列。編碼序列對(duì)于所述細(xì)菌可為同源或異源的。所謂“異源”欲指這樣的序列，其起源于外來物種，或者如果來源于相同物種，則是通過刻意的人為干預(yù)自其天然形式在組成和/或基因組的基因座方面進(jìn)行相當(dāng)大的修飾。例如，與異源多核苷酸有效連接的啟動(dòng)子來自不同于從中獲得多核苷酸的物種的物種，或者如果來自相同/類似物種，則其中一個(gè)或兩者自其原有形式進(jìn)行相當(dāng)大的修飾，或者對(duì)于有效連接的多核苷酸，啟動(dòng)子不是天然啟動(dòng)子。在一些實(shí)施方案中，異源多核苷酸序列編碼富含丙氨酰-谷氨酰胺(AQ)或丙氨酰-谷氨酰胺/精氨酸(AQR)的肽。治療劑所謂“治療劑”或“生物治療劑”意指這樣的物質(zhì)，其治愈、緩解、消除或減輕感染任何病癥或者人或動(dòng)物體機(jī)能障礙的癥狀，或者預(yù)防或降低感染任何病癥或者人或動(dòng)物體機(jī)能障礙的可能性。生物治療劑可以是任何肽、多肽、蛋白質(zhì)、疫苗、細(xì)胞因子、細(xì)菌素、碳水化合物、脂質(zhì)或當(dāng)向受試者提供時(shí)起治療劑作用的任何其它物質(zhì)。本文公開的細(xì)菌已被修飾以表達(dá)用于遞送到胃腸道內(nèi)的特定部位的治療性肽。所謂治療性肽意指任何肽，例如當(dāng)向受試者提供時(shí)起治療劑作用的富含AQ/AQR的肽。1.富含丙氨酰-谷氨酰胺的肽本文提供應(yīng)用本文公開的各種富含丙氨酰-谷氨酰胺的肽的組合物和方法。本文所用“富含丙氨酰-谷氨酰胺的肽”或“富含AQ的肽”或“富含ALA-GLN的肽”包括已被修飾以提高其丙氨酰-谷氨酰胺和谷氨酰胺含量的生物合成的肽、寡肽和蛋白質(zhì)。本文所用“富含丙氨酰-谷氨酰胺/精氨酸的肽”或“富含AQR的肽”或“富含ALA-GLN-ARG的肽”包括已被修飾以提高其丙氨酰-谷氨酰胺/精氨酸或谷氨酰胺/精氨酸含量的生物合成的肽、寡肽和蛋白質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，富含AQ的肽包含(GLN)、ALA(GLN)fl或(ALA_GLN)及其衍生物。這些肽可用作單獨(dú)的肽，或經(jīng)連接從而形成具有肽的重復(fù)單元的寡肽或蛋白質(zhì)?；蛘?，肽可與異類肽(unlikepeptide)連接以形成備選的肽、寡肽或蛋白質(zhì)。在一些情況下，肽可以是含有類肽(likepeptide)和異類肽的寡肽或蛋白質(zhì)或者與含有類肽和異類肽的寡肽或蛋白質(zhì)連接。肽、寡肽、蛋白質(zhì)或重復(fù)單元可含有蛋白酶切割位點(diǎn)或引導(dǎo)信號(hào)。蛋白酶切割位點(diǎn)可包括例如被胰蛋白酶或胰凝乳蛋白酶識(shí)別的位點(diǎn)。本文所用“富含AQ/AQR相關(guān)序列”或“富含AQ/AQR的多核苷酸序列”是指編碼富含AQ或AQR(AQ/AQR)的多肽的多核苷酸序列?？赏ㄟ^例如本領(lǐng)域普遍已知的測(cè)序或質(zhì)譜法測(cè)量AQ/AQR含量。富含AQ/AQR的多核苷酸序列的實(shí)例包括SEQIDNO:1、3、5、7、9或11。符號(hào)ALA在本文中被用來表示丙氨酸的縮寫，符號(hào)GLN是谷氨酰胺縮寫，符號(hào)ALA-GLN是二肽丙氨酰-谷氨酰胺。另外，本文所用ALA(GLN)fl表示在末端位置上具有丙氨酸和所連接的多個(gè)(η)谷氨酰胺單元的肽，而(ALA-GLN)i3表示由η個(gè)丙氨酰-谷氨酰胺亞單元組成的肽，(GLN)fl表示由η個(gè)谷氨酰胺亞單元組成的肽。另外，“η”記錄肽中亞單元或單元的數(shù)目。通常，本發(fā)明的肽含有約I和20個(gè)之間的亞單元或單元(例如η為約1-約20)。正如本文所公開的一樣，肽可以是獨(dú)立的種類或寡肽或蛋白質(zhì)的亞單元。本發(fā)明的富含AQ/AQR的肽包括SEQIDNO:2、4、6、8、10或12所給出的多肽序列、SEQIDNO:1、3、5、7、9或11所給出的核酸序列及其變體和片段。用于本發(fā)明的目的，術(shù)語“蛋白質(zhì)”、“肽單元”和“多肽”可互換使用。本文所用富AQ活性或富AQR活性是指富含AQ/AQR的肽抑制細(xì)胞凋亡和減少粘膜破壞的能力。所謂“抑制”、“阻抑”、“減少”或“降低”細(xì)胞凋亡或粘膜破壞欲指細(xì)胞或粘膜損傷在統(tǒng)計(jì)學(xué)上低于合適對(duì)照中的細(xì)胞或粘膜損傷。在具體的實(shí)施方案中，按照本公開主題，當(dāng)與合適對(duì)照比較時(shí)，抑制細(xì)胞凋亡或減少粘膜損傷導(dǎo)致細(xì)胞凋亡或粘膜損傷至少約95%降低、至少約90%降低、至少約80%降低、至少約70%降低、至少約60%降低、至少約50%降低、至少約40%降低、至少約30%降低、至少約20%降低、至少約10%降低或至少約5%降低。在其它實(shí)施方案中，當(dāng)與合適對(duì)照比較時(shí)，抑制細(xì)胞凋亡或減少粘膜損傷導(dǎo)致降低約3%-約15%、約10%-約25%、約20%-約35%、約30%-約45%、約40%-約55%、約50%-約65%、約60%-約75%、約70%-約90%、約70%-約80%、約70%-約85%、約80%-約95%、約90%-約100%。在本文其它部分論述了細(xì)胞凋亡和粘膜損傷水平的測(cè)定方法。.片段和變體依上下文而定，“片段”是指多肽或蛋白質(zhì)的氨基酸序列的一部分或者編碼多肽或蛋白質(zhì)的氨基酸序列的一部分的多核苷酸。片段可保持原蛋白質(zhì)的活性，因此，這類“活性”片段包括例如富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)的片段。富含AQ/AQR的多核苷酸序列的片段，例如編碼富含AQ/AQR的肽的SEQIDNO:1、3、5、7、9或11的片段可編碼有生物活性的蛋白質(zhì)片段。富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)的片段包括SEQIDNO:2、4、6、8、10和12的片段。生物活性核苷酸片段可通過分離富含AQ/AQR的多核苷酸或多肽的一部分，表達(dá)富含AQ/AQR的肽的編碼部分來制備，并且評(píng)價(jià)富含AQ/AQR的肽的編碼部分的AQ/AQR水平。富含AQ/AQR相關(guān)多核苷酸的片段包括SEQIDNO:1、3、5、7、9和11的片段。富含AQ/AQR相關(guān)多核苷酸的片段包含至少約15、約20、約50、約75、約100、約200、約250、約300、約350、約400、約450、約500、約550、約600、約650、約700、約750、約800、約850、約900、約950、約1000個(gè)核苷酸或至多為存在于本文公開的全長(zhǎng)富含AQ/AQR相關(guān)核苷酸序列的核苷酸總數(shù)。氨基酸序列的片段包括這樣的肽，其包含與富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)或不完全長(zhǎng)度蛋白質(zhì)的氨基酸序列充分相同或者來源于富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)或不完全長(zhǎng)度蛋白質(zhì)的氨基酸序列，并且顯示出富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)的至少一種活性(即與本文其它部分描述的AQ/AQR含量增加有關(guān)的活性)的氨基酸序列，但是其包括比本文公開的全長(zhǎng)富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)少的氨基酸。富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)的生物活性部分可以是多肽，即長(zhǎng)為例如約10、約25、約50、約100、約150、約200個(gè)連續(xù)氨基酸或至多為存在于本文公開的全長(zhǎng)富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)(即SEQIDNO:2、4、6、8、10或12)中的氨基酸的總數(shù)。這類生物活性部分可通過重組技術(shù)制備，并且可針對(duì)全長(zhǎng)富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)功能活性的一種或多種(例如抑制細(xì)胞凋亡和減少粘膜破壞)來進(jìn)行評(píng)價(jià)。本文所用片段包含SEQIDNO:2、4、6、8、10或12的至少5個(gè)鄰接氨基酸。然而，本發(fā)明包括其它片段，例如大于約6、約7、約8、約9、約10、約20、約50、約100、約200、約300、約400或大于約500個(gè)氨基酸的富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)的任何片段。在一些實(shí)施方案中，提供已被修飾以表達(dá)本文其它部分提供的富含AQ/AQR的核苷酸和氨基酸序列的變體的細(xì)菌。所謂“變體”欲指充分相同的序列。因此，本發(fā)明包括經(jīng)修飾以表達(dá)與編碼SEQIDNO:2、4、6、8、10或12中富含AQ/AQR的蛋白質(zhì)的核苷酸序列充分相同的富含AQ/AQR的核酸序列的細(xì)菌，或經(jīng)修飾以表達(dá)SEQIDNO:1、3、5、7、9或11的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列的細(xì)菌。變體還包括由本文公開的富含AQ/AQR的多核苷酸序列編碼的變體多肽。另外，本發(fā)明的多肽具有與SEQIDNO:2、4、6、8、10或12所示氨基酸序列充分相同的氨基酸序列。所謂“充分相同”欲指與第二種氨基酸序列或核苷酸序列相比，一種氨基酸序列或核苷酸序列含有足夠或最低數(shù)目的等同或相同的氨基酸殘基或核苷酸，因此提供共同的結(jié)構(gòu)域和/或表明共同的功能活性，例如抑制細(xì)胞凋亡和減少粘膜破壞。保守變體包括因遺傳密碼簡(jiǎn)并而不同的核苷酸序列?？偟恼f來，分別與SEQIDNO:2、4、6、8、10或12的任何氨基酸序列或SEQIDNO:1、3、5、7、9或11的任何核苷酸序列具有至少約45%、55%或65%同一性、優(yōu)選至少約70%或約75%同一性、更優(yōu)選至少約80%、約85%或約90%、最優(yōu)選至少約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%或約99.5%序列同一性的氨基酸序列或核苷酸序列，在本文中被定義為充分相同。本發(fā)明所包括的變體蛋白質(zhì)具有生物活性，即它們保持原富含AQ/AQR的序列所需功能活性，例如抑制細(xì)胞凋亡和減少粘膜破壞。參見例如Varcamonti等(2003)Appl.Environ.Microbiol.69:1287-1289。蛋白質(zhì)的生物活性變體可因少至1-15個(gè)氨基酸殘基、少至1-10個(gè)、例如6-10、少至5個(gè)、少至4、3、2個(gè)或甚至I個(gè)氨基酸殘基而不同于該蛋白質(zhì)。富含AQ/AQR的多肽可以多種方式改變，包括氨基酸取代、缺失、截短和插入。用于誘變和多核苷酸改變的方法是本領(lǐng)域眾所周知的。參見例如Kunkel(1985)Proc.NatLAcad.Sc1.USA82:488-492；KunkeI等(1987)MethodsinEnzymol.154:367-382;美國(guó)專利號(hào)4，873,192;Walker和Gaastra,主編(1983)TechniquesinMolecularBiology(MacMillanPublishingCompany,NewYork)和其中引述的參考文獻(xiàn)。至于不影響目標(biāo)蛋白質(zhì)的生物活性的氨基酸取代的指導(dǎo)可參見Dayhoff等(1978)AtlasofProteinSequenceandStructure(Natl.Biomed.Res.Found.,Washington,D.C.)的模型，通過引用結(jié)合到本文中。保守取代，例如可使一個(gè)氨基酸與另一個(gè)具有類似性質(zhì)的氨基酸交換。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)理解的是本文公開的富含AQ/AQR的多肽的活性可通過常規(guī)篩選測(cè)定法評(píng)價(jià)，例如本文其它部分描述的測(cè)定法評(píng)價(jià)。例如，可改變本文公開的富含AQ/AQR的多肽以包括FLAG標(biāo)簽表位，例如DYKDDDDK(SEQIDNO:13)(Hopp，1988，Bio/Technology，6:1204-1210)。FLAG標(biāo)簽表位的加入可助于本文公開的富含AQ/AQR的肽的檢測(cè)和純化。FLAG和3xFLAG可用于蛋白質(zhì)印跡法、免疫細(xì)胞化學(xué)、免疫沉淀、流式細(xì)胞術(shù)、蛋白質(zhì)純化和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用、細(xì)胞超微結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)定位的研究。這些小的親水標(biāo)簽當(dāng)與特異性和靈敏性抗FLAG抗體一起使用時(shí)，可改進(jìn)重組融合蛋白的檢測(cè)和純化。FLAG系統(tǒng)可利于低豐度蛋白質(zhì)的研究和不同蛋白質(zhì)表達(dá)方案的優(yōu)化。FLAG肽包括若干特定的單克隆和多克隆抗體和綴合物的結(jié)合部位，其各具有不同識(shí)別和結(jié)合特征。FLAG肽對(duì)于抗體和腸激酶(Ek)切割可能是可及的。考慮到FLAG標(biāo)簽表位的尺寸小，預(yù)期加入表位不會(huì)影響本文公開的肽的活性、分泌或轉(zhuǎn)運(yùn)。在兩個(gè)多核苷酸或多肽序列的情況下，本文所用“序列同一性”或“同一性”是指當(dāng)在規(guī)定的比較窗內(nèi)比對(duì)最大一致性時(shí)是相同的兩個(gè)序列的殘基。當(dāng)序列同一性的百分比用于指蛋白質(zhì)時(shí)，公認(rèn)的是不相同的殘基位置常常因保守氨基酸取代而不同，其中氨基酸殘基被具有類似化學(xué)性質(zhì)(例如電荷或疏水性)的其它氨基酸殘基取代，因此不改變分子的功能性質(zhì)。當(dāng)序列在保守取代方面不同時(shí)，可向上調(diào)整百分比序列同一性以對(duì)取代的保守性質(zhì)進(jìn)行校正。因這類保守取代不同的序列被稱為具有“序列相似性”或“相似性”。用于進(jìn)行這種調(diào)整的手段為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知。通常這包括對(duì)作為一部分而不是完全錯(cuò)配的保守取代評(píng)分，從而提高百分比序列同一性。因此，例如，如果把相同的氨基酸規(guī)定為I分，把非保守取代規(guī)定為零分，則把保守取代規(guī)定為零與I之間的分?jǐn)?shù)。計(jì)算保守取代的評(píng)分，如在程序PC/GENE(Intelligenetics,MountainView,California)中實(shí)施的。本文所用“序列同一性的百分比”意指通過比較窗內(nèi)兩個(gè)最佳比對(duì)序列而確定的值，其中與用于兩個(gè)序列的最佳比對(duì)的參比序列(其不含添加或缺失)相比，比較窗中多核苷酸序列的部分可包含添加或缺失(即空位)。如下計(jì)算百分比:確定出現(xiàn)在兩個(gè)序列中的相同核酸堿基或氨基酸殘基的位置數(shù)，得到匹配的位置數(shù)，將匹配的位置數(shù)除以比較窗的位置總數(shù)，并將結(jié)果乘以100，得到序列同一性的百分比。除非另有說明，否則本文提供的序列同一性/相似性值是指使用以下參數(shù)采用GAP10版得到的值:使用GAP權(quán)重(GAPWeight)為50、長(zhǎng)度權(quán)重(LengthWeight)為3和nwsgapdna.cmp評(píng)分矩陣的核苷酸序列的％同一'丨生和％相似性；使用GAP權(quán)重為8、長(zhǎng)度權(quán)重為2和BL0SUM62評(píng)分矩陣的氨基酸序列的％同一性和％相似性；或其任何等同程序。所謂“等同程序”欲指對(duì)于任何的兩個(gè)目標(biāo)序列，當(dāng)與通過GAP10版產(chǎn)生的相應(yīng)比對(duì)比較時(shí)，產(chǎn)生具有相同核苷酸或氨基酸殘基匹配和相同百分比序列同一性的比對(duì)的任何序列比較程序。ii1.重組表達(dá)載體在載體優(yōu)選表達(dá)載體中可包括編碼本發(fā)明的治療劑的核酸分子?！拜d體”是指能夠轉(zhuǎn)運(yùn)其所連接的另一核酸的核酸分子。表達(dá)載體包括一個(gè)或多個(gè)調(diào)節(jié)序列，并指導(dǎo)與之有效連接的基因表達(dá)。所謂“有效連接”意指目標(biāo)核苷酸序列與調(diào)節(jié)序列連接，使得允許該核苷酸序列表達(dá)(例如在體外轉(zhuǎn)錄/翻譯系統(tǒng)中或當(dāng)載體導(dǎo)入宿主細(xì)胞時(shí)在宿主細(xì)胞中)。術(shù)語“調(diào)節(jié)序列”欲包括可控的轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)子、操縱基因、增強(qiáng)子、轉(zhuǎn)錄終止子和其它表達(dá)調(diào)控元件例如翻譯控制序列(例如Shine-Dalgarno共有序列、起始和終止密碼子)。例如根據(jù)所使用的宿主細(xì)胞，這些調(diào)節(jié)序列可不同。載體可在宿主細(xì)胞中自主復(fù)制(附加型載體)或可整合至宿主細(xì)胞的基因組中，并與宿主基因組一起復(fù)制(非附加型哺乳動(dòng)物載體)。整合載體通常含有與細(xì)菌染色體同源的至少一個(gè)序列，其允許在載體和細(xì)菌染色體中同源的DNA之間發(fā)生重組。整合載體還可包含噬菌體或轉(zhuǎn)座子序列。附加型載體或質(zhì)粒是圓形的雙鏈DNA環(huán)，其它DNA區(qū)段可與之連接。當(dāng)采用重組DNA技術(shù)時(shí)，能夠在宿主中穩(wěn)定保持的質(zhì)粒一般是優(yōu)選的表達(dá)載體形式。本發(fā)明中所包括的表達(dá)構(gòu)建體或載體包含本發(fā)明的核酸構(gòu)建體，呈適于核酸在宿主細(xì)胞中表達(dá)的形式。本發(fā)明中包括在原核宿主細(xì)胞中的表達(dá)。本領(lǐng)域技術(shù)人員要理解的是，表達(dá)載體的設(shè)計(jì)可取決于以下這類因素:待轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞的選擇、所需蛋白質(zhì)的表達(dá)水平等?？蓪⒈景l(fā)明的表達(dá)載體導(dǎo)入宿主細(xì)胞中，從而產(chǎn)生由本文所述核酸編碼的蛋白質(zhì)或肽，包括融合蛋白或肽(例如富含AQ/AQR的肽、富含AQ/AQR的肽的突變體形式、富含AQ/AQR的融合肽等)。調(diào)節(jié)序列包括指導(dǎo)核苷酸序列的組成型表達(dá)的調(diào)節(jié)序列以及只在某些環(huán)境條件下指導(dǎo)核苷酸序列的誘導(dǎo)型表達(dá)的調(diào)節(jié)序列。細(xì)菌啟動(dòng)子是能夠結(jié)合細(xì)菌RNA聚合酶并引發(fā)編碼序列的下游(3’)(例如結(jié)構(gòu)基因)轉(zhuǎn)錄為mRNA的任何DNA序列。啟動(dòng)子可具有轉(zhuǎn)錄起始區(qū)，其通常被置于接近編碼序列的5’端。該轉(zhuǎn)錄起始區(qū)通常包括RNA聚合酶結(jié)合位點(diǎn)和轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。細(xì)菌啟動(dòng)子還可具有稱為操縱基因的第二結(jié)構(gòu)域，其可覆蓋相鄰的RNA聚合酶結(jié)合位點(diǎn)，在其上開始RNA合成。操縱基因允許負(fù)調(diào)節(jié)的(誘導(dǎo)型)轉(zhuǎn)錄，因?yàn)榛蜃枰治锟山Y(jié)合操縱基因，從而抑制特定基因的轉(zhuǎn)錄。在不存在負(fù)調(diào)節(jié)元件(例如操縱基因)時(shí)，可發(fā)生組成型表達(dá)。另外，正調(diào)節(jié)可通過基因激活蛋白結(jié)合序列實(shí)現(xiàn)，所述序列如果存在，則通常是RNA聚合酶結(jié)合序列的近端(5’)?；蚣せ畹鞍椎膶?shí)例是分解代謝激活蛋白(CAP)，其有助于啟動(dòng)Iac操縱子在大腸桿菌{Escherichiacoif)中轉(zhuǎn)錄(Raibaud等(1984)Annu.Rev.Genet.18:173)。因此，所調(diào)節(jié)的表達(dá)可以是正的或負(fù)的，從而提高或降低轉(zhuǎn)錄。正調(diào)節(jié)和負(fù)調(diào)節(jié)元件的其它實(shí)例是本領(lǐng)域眾所周知的。蛋白質(zhì)表達(dá)系統(tǒng)中可包括的各種啟動(dòng)子包括但不限于T7/LacO雜合啟動(dòng)子、trp啟動(dòng)子、T7啟動(dòng)子、Iac啟動(dòng)子、p6啟動(dòng)子和噬菌體λ啟動(dòng)子?？墒褂萌魏魏线m的啟動(dòng)子實(shí)施本發(fā)明，包括天然啟動(dòng)子或異源啟動(dòng)子。異源啟動(dòng)子可以是組成型活性的或誘導(dǎo)型。Kullen和Klaenhammer的美國(guó)專利號(hào)6，242，194給出了異源啟動(dòng)子的非限制實(shí)例。編碼代謝途徑酶的序列提供特別有用的啟動(dòng)子序列。實(shí)例包括來源于糖代謝酶的啟動(dòng)子序列，例如半乳糖、乳糖(lac)(Chang等(1987)Nature198:1056)和麥芽糖。其它實(shí)例包括來源于生物合成酶的啟動(dòng)子序列例如色氨酸(trp)(Goeddel等(1980)NucleicAcidsRes.8:4057；Yelverton等(1981)NucleicAcidsRes.9:731;美國(guó)專利號(hào)4，738，921；EP0公布號(hào)36，776和121，775)。β-內(nèi)酰胺酶(bla)啟動(dòng)子系統(tǒng)(ffeissmann,(1981)〃TheCloningofInterferonandOtherMistakes(干擾素的克隆和其它錯(cuò)D散子Interferon3(主編1.Gresser);卩遼菌體λPL(Shimatake等(1981)Nature292:128);阿拉伯糖-誘導(dǎo)型araB啟動(dòng)子(美國(guó)專利號(hào)5，028，530);以及T5(美國(guó)專利號(hào)4，689，406)啟動(dòng)子系統(tǒng)亦提供有用的啟動(dòng)子序列。另參見Balbas(2001)Mol.Biotech.19:251-267,其中論述了大腸桿菌表達(dá)系統(tǒng)。另外，非天然存在的合成啟動(dòng)子也起細(xì)菌啟動(dòng)子的作用。例如，可將一個(gè)細(xì)菌或噬菌體啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄活化序列與另一個(gè)細(xì)菌或噬菌體啟動(dòng)子的操縱子序列連接在一起，產(chǎn)生合成的雜合啟動(dòng)子(美國(guó)專利號(hào)4，551，433)。例如，tac(Amann等(1983)Gene25:167；deBoer等(1983)Proc.Natl.Acad.Sc1.80:21)和trc(Brosius等(1985)J.Biol.Chem.260:3539-3541)啟動(dòng)子是trp-lac雜合啟動(dòng)子，由受Iac阻抑物調(diào)節(jié)的trp啟動(dòng)子和Iac操縱子序列兩者組成。tac啟動(dòng)子具有作為誘導(dǎo)型調(diào)節(jié)序列的額外特征。因此，例如可通過加入異丙基-1-硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)，在細(xì)胞培養(yǎng)中誘導(dǎo)與tac啟動(dòng)子有效連接的編碼序列的表達(dá)。此外，細(xì)菌啟動(dòng)子可包括具有結(jié)合細(xì)菌RNA聚合酶和啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄能力的非細(xì)菌源的天然存在的啟動(dòng)子。非細(xì)菌源的天然存在的啟動(dòng)子還可與相容的RNA聚合酶偶聯(lián)以在原核生物中產(chǎn)生一些基因的高水平表達(dá)。噬菌體T7RNA聚合酶/啟動(dòng)子系統(tǒng)是偶聯(lián)的啟動(dòng)子系統(tǒng)的實(shí)例(Studier等(1986)J.Mol.BioL189:113;Tabor等(1985)Proc.Natl.Acad.Sc1.82:1074)。另外，雜合啟動(dòng)子也可由噬菌體啟動(dòng)子和大腸桿菌操縱基因區(qū)組成(ΕΡ0公布號(hào)267，851)。載體還可含有編碼該啟動(dòng)子的阻抑物(或誘導(dǎo)物)的基因。例如，本發(fā)明的誘導(dǎo)型載體可通過表達(dá)編碼LacI阻抑蛋白的基因，調(diào)節(jié)自Lac操縱基因(LacO)的轉(zhuǎn)錄。其它實(shí)例包括使用IexA基因以調(diào)節(jié)pRecA的表達(dá)以及使用trpO調(diào)節(jié)ptrp?？梢允褂迷黾幼枰殖潭?例如IacIq)或修飾誘導(dǎo)方式(例如λCI857，提供λpL熱誘導(dǎo)型或λCl+，提供λPL化學(xué)誘導(dǎo)型)的這類基因的等位基因。除功能性啟動(dòng)子序列以外，有效的核糖體結(jié)合接點(diǎn)也可用于融合構(gòu)建體的表達(dá)。在原核生物中，核糖體結(jié)合部位稱為Shine-Dalgarno(SD)序列，包括起始密碼子(ATG)和位于起始密碼子上游3-11個(gè)核苷酸處長(zhǎng)度為3-9個(gè)核苷酸的序列(Shine等(1975)Nature254:34)。SD序列被認(rèn)為通過SD序列和細(xì)菌16SrRNA的3’端之間堿基的配對(duì)而促進(jìn)mRNA與核糖體結(jié)合(Steitz等(1979)"GeneticSignalsandNucleotideSequencesinMessengerRNA(信使RNA中的遺傳信號(hào)和核昔酸序列)，〃載于RegulationandDevelopment:GeneExpression(iISR.F.Goldberger,PlenumPress,NY)。治療劑還可通過產(chǎn)生嵌合DNA分子(其編碼包含信號(hào)肽序列片段的蛋白質(zhì))而從細(xì)胞中分泌，所述信號(hào)肽序列片段使富含AQ/AQR的肽在細(xì)菌中分泌(美國(guó)專利號(hào)4，336，336)。信號(hào)序列片段通常編碼信號(hào)肽，所述信號(hào)肽由指導(dǎo)蛋白質(zhì)從細(xì)胞中分泌的疏水氨基酸組成。蛋白質(zhì)分泌到生長(zhǎng)培養(yǎng)基(革蘭氏陽性細(xì)菌)中，或分泌到位于細(xì)胞內(nèi)膜和外膜之間的周質(zhì)間隙(革蘭氏陰性細(xì)菌)中。優(yōu)選存在在信號(hào)肽片段和富含AQ/AQR的肽之間編碼的加工位點(diǎn)，其可在體內(nèi)或體外切割。編碼合適的信號(hào)序列的DNA可來源于所分泌的細(xì)菌蛋白質(zhì)的基因，例如大腸桿菌外膜蛋白質(zhì)基因(ompA)(Masui等(1983)FEBSLett.151(I):159-164;Ghrayeb等(1984)EMBOJ.3:2437-2442)和大腸桿菌堿性磷酸酶信號(hào)序列(phoA)(Oka等(1985)Proc.Natl.Acad.Sc1.82:7212)。其它原核信號(hào)包括例如青霉素酶的信號(hào)序列Ipp或熱穩(wěn)定的腸毒素II前導(dǎo)序列。細(xì)菌例如嗜熱鏈球菌一般利用起始密碼子ATG，其指定氨基酸甲硫氨酸(其在原核生物中被修飾為N-甲酰甲硫氨酸)。細(xì)菌還識(shí)別備選的起始密碼子，例如密碼子GTG和TTG，其分別編碼纈氨酸和亮氨酸。然而，當(dāng)它們用作起始密碼子時(shí)，這些密碼子指導(dǎo)甲硫氨酸而不是它們正常編碼的氨基酸的摻入。嗜熱鏈球菌識(shí)別這些備選的起始位點(diǎn)，并摻入甲硫氨酸作為第一氨基酸。通常，被細(xì)菌識(shí)別的轉(zhuǎn)錄終止序列是位于翻譯終止密碼子3’的調(diào)節(jié)區(qū)，因此，與啟動(dòng)子一起，位于編碼序列的側(cè)翼。這些序列指導(dǎo)mRNA的轉(zhuǎn)錄,所述mRNA可翻譯成由該DNA編碼的多肽。轉(zhuǎn)錄終止序列常常包括能夠形成莖環(huán)結(jié)構(gòu)的DNA序列(約50個(gè)核苷酸)，所述莖環(huán)結(jié)構(gòu)有助于終止轉(zhuǎn)錄。實(shí)例包括來源于具有強(qiáng)啟動(dòng)子的基因的轉(zhuǎn)錄終止序列，例如大腸桿菌中的trp基因以及其它生物合成基因。表達(dá)載體可具有用于插入治療劑的編碼序列的多個(gè)限制位點(diǎn)，使得它在調(diào)節(jié)區(qū)的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)之下。表達(dá)載體中還可包括確保將載體保持在細(xì)胞中的選擇標(biāo)記基因。優(yōu)選的選擇標(biāo)記包括賦予藥物(例如氨芐西林、氯霉素、紅霉素、卡那霉素(新霉素)和四環(huán)素)抗性的選擇標(biāo)記(Davies等(1978)Annu.Rev.Microbiol.32:469)。選擇標(biāo)記還可允許細(xì)胞在基本培養(yǎng)基中或在毒性代謝物存在下生長(zhǎng)，且可包括生物合成基因，例如在組氨酸、色氨酸和亮氨酸生物合成途徑中的生物合成基因。調(diào)節(jié)區(qū)對(duì)本發(fā)明的宿主細(xì)胞和/或核苷酸序列可以是天然(同源)的，或可以是外源(異源)的。調(diào)節(jié)區(qū)也可以是天然的或合成的。如果調(diào)節(jié)區(qū)對(duì)宿主細(xì)胞是“外源”或“異源”的，則意指該調(diào)節(jié)區(qū)不存在于調(diào)節(jié)區(qū)所導(dǎo)入的天然細(xì)胞中。如果調(diào)節(jié)區(qū)對(duì)編碼本發(fā)明的治療劑的核苷酸序列是“外源”或“異源”的，則意指該調(diào)節(jié)區(qū)不是編碼本發(fā)明治療劑的有效連接的核苷酸序列的天然或天然存在的調(diào)節(jié)區(qū)。例如，調(diào)節(jié)區(qū)可來源于噬菌體。雖然使用異源調(diào)節(jié)區(qū)表達(dá)該序列可能是優(yōu)選的，但是可使用天然區(qū)或同源區(qū)。可預(yù)期這類構(gòu)建體在某些情況下改變治療劑在宿主細(xì)胞中的表達(dá)水平。因此，即使正在表達(dá)天然肽，也可改變宿主細(xì)胞的表型。在制備表達(dá)盒時(shí)，可對(duì)各種DNA片段進(jìn)行操作，以便在合適的方向上提供DNA序列，適當(dāng)時(shí)在合適的讀框上提供。為此目的，可使用銜接子或接頭連接DNA片段，或者可涉及其它操作以提供方便的限制位點(diǎn)、除去過多的DNA、除去限制位點(diǎn)等。為此，可包括體外誘變、引物修復(fù)、限制酶切(restriction)、退火、再取代,例如轉(zhuǎn)換和顛換?；蛘?，可將上述組分一起置于轉(zhuǎn)化載體中。如上所述，轉(zhuǎn)化載體通常由選擇標(biāo)記組成，所述選擇標(biāo)記或在復(fù)制子中維持，或在整合載體中出現(xiàn)?？赏ㄟ^本領(lǐng)域已知方法將本發(fā)明的表達(dá)載體或氨基酸序列導(dǎo)入宿主細(xì)胞。所謂“導(dǎo)入”意指經(jīng)由常規(guī)轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染技術(shù)，或通過噬菌體介導(dǎo)的感染導(dǎo)入原核細(xì)胞中。本文所用術(shù)語“轉(zhuǎn)化”、“轉(zhuǎn)導(dǎo)”、“綴合”和“原生質(zhì)體融合”欲指用于將外源核酸(例如DNA)導(dǎo)入宿主細(xì)胞的各種本領(lǐng)域公認(rèn)技術(shù)，包括磷酸鈣或氯化鈣共沉淀、DEAE-葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染、月旨轉(zhuǎn)染或電穿孔。用于轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染宿主細(xì)胞的合適方法可參見Sambrook等(1989)MolecularCloning:ALaboratoryManual(第2版，ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NewYork)和其它實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)。將用于產(chǎn)生本發(fā)明的治療劑或多肽的細(xì)菌細(xì)胞培養(yǎng)在合適培養(yǎng)基中，如Sambrook等(1989)MolecularCloning,LaboratoryManual(第2版,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NewYork)中一般性描述的。本發(fā)明所包括的細(xì)菌菌株包括生物學(xué)上純的細(xì)菌培養(yǎng)物的菌株，其包含至少一個(gè)本發(fā)明的核苷酸或氨基酸序列。這些菌株可包括但不限于:乳桿菌屬、雙歧桿菌屬{Bifidobacterium)、嗜熱鏈球菌。如上所述，在一個(gè)實(shí)施方案中，治療劑是富含AQ/AQR的多肽?？墒褂卯愒椿蛲凑{(diào)節(jié)區(qū)，將這類多肽置于DNA構(gòu)建體中。具體地講，可使用P6啟動(dòng)子，表達(dá)富含AQ/AQR的多肽。雖然它可以在任何膽汁敏感性微生物中表達(dá)，但是在一個(gè)實(shí)施方案中，使用遺傳修飾的嗜熱鏈球菌細(xì)菌表達(dá)本文其它部分公開的富含AQ/AQR的多肽。治療和預(yù)防的方法。提供了治療和預(yù)防受試者的胃腸病癥的方法，所述方法包括給予本文其它部分描述的細(xì)菌。在一些實(shí)施方案中，給予細(xì)菌，例如嗜熱鏈球菌細(xì)菌，可在受試者中抑制細(xì)胞凋亡和減少與艱難梭菌釋放的毒素A有關(guān)的粘膜破壞。在其它實(shí)施方案中，給予表達(dá)至少一種治療劑的膽汁敏感性細(xì)菌，可在受試者中抑制細(xì)胞凋亡和減少與艱難梭菌釋放的毒素A有關(guān)的粘膜破壞。在一些實(shí)施方案中，提供用于治療和/或預(yù)防受試者的胃腸病癥、治療和/或預(yù)防與艱難梭菌感染有關(guān)的癥狀以及治療腸局部性疼痛的方法?！爸委煛痹诒疚闹卸x為治愈、愈合、減輕、緩解、改變、醫(yī)治、改善、改進(jìn)或影響患有胃腸病癥的受試者的病況或癥狀。待治療的受試者可能患有胃腸病癥或有發(fā)生胃腸病癥的風(fēng)險(xiǎn)，包括例如患有艱難梭菌感染或有發(fā)生艱難梭菌感染的風(fēng)險(xiǎn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，可在將抗生素給予患者之前、同時(shí)或之后給予重組膽汁敏感性細(xì)菌。給予細(xì)菌可用于預(yù)防或治療目的。所謂“預(yù)防”是指預(yù)防性地提供細(xì)菌，即在任何癥狀之前提供細(xì)菌。預(yù)防性給予重組細(xì)菌起預(yù)防或減輕任何后續(xù)癥狀的作用。當(dāng)治療性提供時(shí)，在癥狀開始時(shí)或之后提供細(xì)菌。治療性給予所述物質(zhì)起減輕任何實(shí)際癥狀的作用。所謂“受試者”是指動(dòng)物。在具體的實(shí)施方案中，受試者是哺乳動(dòng)物，例如靈長(zhǎng)類動(dòng)物或人。在其它實(shí)施方案中，受試者包括馴養(yǎng)動(dòng)物，例如貓科動(dòng)物或犬科動(dòng)物或農(nóng)用動(dòng)物，例如反芻動(dòng)物、馬、豬、家禽或綿羊。在具體的實(shí)施方案中，用本發(fā)明的藥物制劑進(jìn)行治療的受試者是人。在一些實(shí)施方案中，進(jìn)行治療的人可以是新生兒、嬰兒、幼童、青春期前的少年、青少年或成人。本發(fā)明的受試者可能患有胃腸病癥的癥狀或可能有胃腸病癥的風(fēng)險(xiǎn)(例如已進(jìn)行抗生素治療的受試者)。胃腸病癥本發(fā)明的方法涉及治療和/或預(yù)防胃腸病癥。本文所用術(shù)語“胃腸病癥”或“胃腸道病癥”是指胃腸道或腸的疾病。胃腸病癥包括例如由各種微生物引起的細(xì)菌感染，包括病毒例如輪狀病毒、巨細(xì)胞病毒、腸腺病毒、諾沃克病毒、小RNA病毒、腺病毒、冠狀病毒、杯狀病毒(杯狀病毒科(Caliciviridae))和牛病毒性腹瀉病毒；細(xì)菌，例如腸產(chǎn)毒性大腸桿菌和侵襲性大腸桿菌、志賀氏菌屬CS6i>e77a)、沙門氏菌屬(537^9/76^773)、弧菌屬{Vibrio、細(xì)菌(例如霍亂弧菌{Vibriocholerae))、艱難梭菌、產(chǎn)氣莢膜梭菌{Clostridiumperfringens)'1!'{Enterococcusfaecium){Enterococcusfaecalis)、金黃色葡萄球菌{Staphylococcusaureus)和空腸彎曲桿菌{Campylobacterjejuni)；原生動(dòng)物，例如微孢子蟲577/7.)、隱孢子蟲spp.)(例如小隱孢子蟲iCryptosporidiumparvum))、貝氏等孢子球蟲ijsosporabelli)、人酵母菌QilastocystisAominis)、脆雙核阿米巴{Dientamoebafragilis)、結(jié)腸小袋蟲{Balantiniumco7i)、貝氏等抱子球蟲{IsoporaAe77i)、圓抱子球蟲{CyIc1sporacayetanensis)、比氏腸胞微孢子蟲{Enterocytozoonbieneusi)、溶組織內(nèi)阿米巴(βηtamoebahistolytica)、蘭伯賈第蟲{GiardialambIia)(亦稱腸蘭伯式鞭毛蟲{LambIia)和腸道腦胞內(nèi)原蟲intest1tnalis);以及螺蟲，例如腸類圓線蟲{Strongyloidessiercorayis)?？股亟閷?dǎo)的正常胃腸菌群的破壞可導(dǎo)致胃腸病癥，包括真菌感染，例如侵襲性念珠菌病或艱難梭菌引起的抗生素相關(guān)性結(jié)腸炎。本發(fā)明的方法和組合物涉及炎癥性胃腸病癥的治療。本文所用術(shù)語“炎癥性胃腸病癥”或“炎癥性胃腸道病癥”是指由免疫系統(tǒng)或免疫系統(tǒng)的細(xì)胞介導(dǎo)的胃腸道或腸疾病。炎癥性胃腸病癥包括例如炎性腸病(IBD)，例如克羅恩病(Crohn’sdiseas)和潰瘍性結(jié)腸炎、淋巴細(xì)胞性結(jié)腸炎、顯微鏡下結(jié)腸炎、膠原性結(jié)腸炎、自身免疫性腸病、變應(yīng)性胃腸疾病和嗜酸性胃腸疾病，以及腹瀉、胃氣脹、氣脹、腹部絞痛、腹痛或便秘。在某些實(shí)施方案中，本發(fā)明的方法涉及肥胖癥或肥胖癥癥狀的治療或預(yù)防，肥胖癥癥狀包括IBD、腹瀉、胃氣脹、氣脹、腹部絞痛、腹痛或便秘。參見例如KadookaY等(2010)EurJClinNutr.64(6):636-43，通過引用結(jié)合到本文中。在一些實(shí)施方案中，炎癥的減少可包括刺激腸健全；降低腸通透性；改善粘蛋白合成、分泌和/或質(zhì)量；改善腸上皮的成熟和分化；改善營(yíng)養(yǎng)吸收；增加轉(zhuǎn)移抗微生物活性的可溶性因子的產(chǎn)生；刺激、改善或支持感染抗性；支持針對(duì)病毒或細(xì)菌感染的細(xì)胞或體液應(yīng)答；增加細(xì)胞毒性(抗病毒和抗腫瘤兩者)；支持全身和/或粘膜接種應(yīng)答；提高或支持細(xì)胞和/或體液免疫；提高或支持天然免疫(包括嗜中性粒細(xì)胞、吞噬細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和天然殺傷細(xì)胞活性)；提高或支持適應(yīng)性T細(xì)胞和B細(xì)胞免疫；刺激輔助T細(xì)胞I(Thl)細(xì)胞因子模式(提高IL-1、IL-2、IFN1、IL-12、TNF-α;人白細(xì)胞抗原-Dr(HLA-Dr)表達(dá))；抑制炎癥或產(chǎn)生全身和粘膜炎癥介質(zhì)(包括細(xì)胞因子和/或趨化因子)；通過降低總IgE和/或變應(yīng)原特異性IgE而降低敏化；降低變應(yīng)性細(xì)胞因子的產(chǎn)生；支持免疫球蛋白概況的Th2的產(chǎn)生及其組合。本文所用術(shù)語“促炎細(xì)胞因子”是指有利于炎癥的免疫調(diào)節(jié)細(xì)胞因子。本發(fā)明的促炎細(xì)胞因子包括ILl-a、ILl-β、TNF-α、IL-2,IL-3、IL-6、IL-7、IL-9、IL-12,IL-16,IL-17、IL-18、IL-22、VEGF、嗜伊紅粒細(xì)胞趨化因子(eotaxin)、KC、TNF-α、MIPla、MIP3a、LT、LIF、制癌蛋白或IFN-α、IFN-β、IFN-Y。本發(fā)明的方法和組合物包括降低促炎細(xì)胞因子產(chǎn)生的方法和組合物，其可降低或防止炎癥反應(yīng)或者預(yù)防或治療炎癥性胃腸道病癥。本文所用促炎細(xì)胞因子產(chǎn)生水平的降低包括與合適對(duì)照相比時(shí)受試者中促炎細(xì)胞因子產(chǎn)生水平的任何統(tǒng)計(jì)顯著性降低。這類降低可包括例如促炎細(xì)胞因子水平降低至少5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%ο測(cè)定細(xì)胞因子水平的方法是已知的，包括例如Leng，2008，/ABiolSciMedSci63(8):879-884。測(cè)定促炎細(xì)胞因子產(chǎn)生的方法包括多重微珠測(cè)定法(multiplexbeadassay)、ELISP0T和流式細(xì)胞術(shù)。參見例如Maecker,2005,SiCrImmunology6:13。本文所用“細(xì)胞凋亡”或“凋亡”是指保持細(xì)胞增殖和細(xì)胞消除間的平衡所必需的程序性細(xì)胞死亡。已知毒劑例如化學(xué)治療藥物、電離輻射、微生物和免疫介導(dǎo)的反應(yīng)提高腸上皮細(xì)胞中的細(xì)胞凋亡率，導(dǎo)致上皮損傷。細(xì)胞凋亡由胞內(nèi)半胱氨酸蛋白酶(稱為胱天蛋白酶)家族實(shí)施。在艱難梭菌相關(guān)性腹瀉中，由艱難梭菌釋放的毒素A可在腸上皮細(xì)胞、月巴大細(xì)胞和內(nèi)皮細(xì)胞中起誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡的作用，其可促使腸粘膜破壞。本文所用“粘膜破壞”是指刺激、炎癥、糜爛、潰瘍、上皮損傷、水腫或粘膜細(xì)胞的嗜中性粒細(xì)胞浸潤(rùn)。測(cè)定細(xì)胞凋亡和粘膜破壞的方法描述于本文的其它部分。要了解的是，給予細(xì)菌可促進(jìn)腸傷口愈合?？扇绫疚钠渌糠炙_的，通過測(cè)量細(xì)胞凋亡和粘膜破壞來測(cè)定傷口愈合，例如通過測(cè)量細(xì)胞遷移。在一些實(shí)施方案中，給予本發(fā)明的細(xì)菌導(dǎo)致在不干擾胱天蛋白酶6或9活化的情況下，抑制由TxA誘導(dǎo)的胱天蛋白酶8活化。在其它實(shí)施方案中，給予本發(fā)明的細(xì)菌導(dǎo)致誘導(dǎo)熱激蛋白(HSP)，例如HSP72。藥物組合物在一些實(shí)施方案中，將表達(dá)本發(fā)明治療劑的膽汁敏感性細(xì)菌菌株以營(yíng)養(yǎng)藥物組合物(nutraceuticalcomposition)例如營(yíng)養(yǎng)補(bǔ)劑和/或食品添加劑的形式給予受試者。在具體的實(shí)施方案中，藥物組合物包含已經(jīng)修飾以表達(dá)富含AQ/AQR的肽(例如SEQIDNO:1和2所示多核苷酸和多肽)的細(xì)菌。在其它實(shí)施方案中，將提取物以藥物組合物的形式給予受試者。如本文其它部分所述，給予可包括單劑量或多劑量給予。藥物組合物可以是液體制劑或固體制劑。當(dāng)藥物組合物是固體制劑時(shí)，其可配制成片劑、口含片(suckingtablet)、咀嚼片、口香糖、膠囊劑、小藥囊劑、散劑、顆粒劑、包衣顆粒、包衣片、腸包衣片、腸包衣膠囊、口溶條(meltingstrip)或膜。如果藥物組合物是液體制劑，則其可配制成口服溶液劑、混懸劑、乳劑或糖漿劑。所述組合物還可包含獨(dú)立選自(但不限于)以下的載體材料:乳酸發(fā)酵食品、發(fā)酵乳制品、抗性淀粉、膳食纖維、碳水化合物、蛋白質(zhì)和糖基化蛋白質(zhì)。藥物組合物可作為人類消費(fèi)的食品或農(nóng)業(yè)或馴養(yǎng)動(dòng)物消費(fèi)的飼料產(chǎn)品遞送。本文所用術(shù)語“藥物組合物”可配制成食物組合物、膳食補(bǔ)充劑、功能食品、醫(yī)藥用食品或營(yíng)養(yǎng)制品，只要達(dá)到所需作用，即治療或預(yù)防胃腸病癥。所述食物組合物可選自飲料、酸奶、果汁、冰淇淋、面包、餅干、薄脆餅干、谷類食物、健康條(healthbar)、涂味品(spreads)和營(yíng)養(yǎng)制品。食物組合物還可包含載體材料，其中所述載體材料選自乳酸發(fā)酵食品、發(fā)酵乳制品、抗性淀粉、膳食纖維、碳水化合物、蛋白質(zhì)和糖基化蛋白質(zhì)。按照本發(fā)明使用的或按照本發(fā)明產(chǎn)生的本發(fā)明的藥物組合物還可包含眾所周知的其它物質(zhì)，例如惰性溶媒或藥學(xué)上可接受的輔助劑、載體、防腐劑等。本公開內(nèi)容還包括本文公開的細(xì)菌彼此的組合和/或與可用于治療胃腸道病癥的一種或多種其它藥劑的組合。例如，本發(fā)明的細(xì)菌可與有效劑量的常規(guī)抗生素組合給予，所述抗生素包括甲硝唑、頭孢氨芐、環(huán)丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、吉米沙星、巴洛沙星、加替沙星、格帕沙星、帕珠沙星、司帕沙星、替馬沙星、依諾沙星、氟羅沙星、洛美沙星、那氟沙星、諾氟沙星、氧氟沙星、培氟沙星、蘆氟沙星、曲伐沙星、托氟沙星、克林霉素、四環(huán)素、氯霉素、頭孢西丁、頭孢美唑、頭孢替坦、多西環(huán)素、紅霉素、亞胺培南、美羅培南、替卡西林、哌拉西林、美洛西林(mezocillin)、三唑巴坦、氨芐西林及其組合。術(shù)語“組合給予”是指活性劑同時(shí)給予和序貫給予兩者。組合療法不限于本文提供的藥劑，而是包括用于治療病癥的任何組合物。治療有效量所謂“治療有效劑量”、“治療有效量”或“有效量”意指當(dāng)給予受試者時(shí)治療或預(yù)防胃腸病癥的本發(fā)明細(xì)菌的量。例如，給予治療有效量的本發(fā)明的細(xì)菌可在患有艱難梭菌感染的受試者中抑制細(xì)胞凋亡和減少粘膜破壞?！胺e極的治療反應(yīng)”是指例如改善胃腸病癥的至少一種癥狀的狀況。有效量的治療劑根據(jù)預(yù)定目的確定。術(shù)語“單位劑量“是指適用于受試者的物理獨(dú)立單位，各單位含有經(jīng)計(jì)算產(chǎn)生所需的與其給予(即合適的途徑和治療方案)相關(guān)的反應(yīng)的治療組合物的預(yù)定量。按照治療次數(shù)和單位劑量?jī)烧叩拇o予的量，取決于待治療的受試者、受試者的狀態(tài)和所需保護(hù)。治療組合物的確切量還取決于從業(yè)人員的判斷，并且為每個(gè)個(gè)體所特有。一般而言，重組細(xì)菌的劑量可隨例如患者的年齡、體重、身高、性別、一般醫(yī)學(xué)狀況和既往病史等因素而變化。在具體的實(shí)施方案中，可合乎需要的是，給予細(xì)菌的范圍為約IO4-約IO12CFU、約IO5-約IO11CFU、約IO6-約101°CFU、約IO8-約101°CFU或約IO8-約IO12CFU。在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，所述方法包括給予多劑量的細(xì)菌。所述方法可包括給予約1、約2、約3、約4、約5、約6、約7、約8、約9、約10、約15、約20、約25、約30、約35、約40或更多治療有效劑量的包含本文所述細(xì)菌的組合物。在一些實(shí)施方案中，在約I天、約2天、約3天、約4天、約5天、約6天、約7天、約10天、約14天、約21天、約30天或約30天以上的時(shí)程內(nèi)給予劑量。如此給予多劑量的組合物的頻率和持續(xù)時(shí)間，使得降低或預(yù)防炎癥反應(yīng)，從而治療或預(yù)防胃腸病癥。此外，用治療有效量的本發(fā)明的重組細(xì)菌治療受試者可包括單一治療或可包括系列治療。還應(yīng)理解的是，可在具體治療進(jìn)程中增加或減少用于治療的細(xì)菌的有效劑量。劑量的改變可起因于本領(lǐng)域已知的和本文描述的用于檢測(cè)炎癥的診斷測(cè)定結(jié)果，并且從該結(jié)果來看是顯然的。本文所用的冠詞“一個(gè)”“一種”是指一個(gè)或多于一個(gè)(即至少一個(gè))該冠詞的語法客體。舉例來說，“要素”意指一個(gè)或多個(gè)要素。本說明書中提及的所有出版物和專利申請(qǐng)表示本發(fā)明所屬領(lǐng)域技術(shù)人員的水平。所有出版物和專利申請(qǐng)均通過引用結(jié)合到本文中，其程度就像每個(gè)出版物或?qū)＠暾?qǐng)具體而單獨(dú)指明通過引用結(jié)合一樣。雖然為了清楚理解的目的，通過示例和實(shí)例以某種詳細(xì)程度對(duì)前述發(fā)明進(jìn)行了描述，但可在隨附權(quán)利要求書的范圍內(nèi)實(shí)施某些改變和修飾是顯而易見的。保藏材料申請(qǐng)人:以美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(AmericanTypeCultureCollection,ATCC)，Manassas,VA20110USA,ATCC保藏號(hào)XXXXXX對(duì)嗜熱鏈球菌LMD-9{StreptoccusthermophilusLMD-9)進(jìn)行了保藏。申請(qǐng)人還進(jìn)行了以下保藏:ATCC保藏號(hào)為XXXXXX的嗜熱鏈球菌NCK2071、ATCC保藏號(hào)為XXXXXX的嗜熱鏈球菌NCK2072，ATCC保藏號(hào)為XXXXXX的嗜熱鏈球菌NCK2073。自本申請(qǐng)?zhí)峤蝗掌谥?，在ATCC保藏的細(xì)菌培養(yǎng)物取自由NorthCarolinaStateUniversity,100SchaubHall,CampusBox7624,Raleigh,NorthCarolina,27695維持的保藏材料(deposits)。在本申請(qǐng)未決期間，向?qū)＠虡?biāo)局局長(zhǎng)及局長(zhǎng)授權(quán)而定的人員提出請(qǐng)求時(shí)，可獲得該保藏材料。在本申請(qǐng)任何權(quán)利要求的許可時(shí)，申請(qǐng)人將依照37C.F.R.§1.808使公眾可獲得該保藏材料。該保藏材料將在作為公共保藏機(jī)構(gòu)的ATCC保藏機(jī)構(gòu)維持達(dá)30年的時(shí)間，或在最新要求后5年，或?qū)＠蓪?shí)施期限(哪個(gè)期限較長(zhǎng)就維持該較長(zhǎng)的期限)，且如果保藏材料在該期限內(nèi)變得非存活的，則可更換。另外，申請(qǐng)人已符合或?qū)⒎?7C.F.R.§§1.801-1.809的全部要求，包括在保藏時(shí)提供樣品存活性的說明。申請(qǐng)人無權(quán)免除有關(guān)生物材料轉(zhuǎn)移或其商業(yè)運(yùn)輸時(shí)法律所強(qiáng)加的任何限制。根據(jù)上文提供的描述，提供下列實(shí)施方案:按照第一個(gè)方面，提供經(jīng)修飾以表達(dá)異源多肽的嗜熱鏈球菌細(xì)菌，其中所述異源多肽在暴露于膽汁后從所述細(xì)菌中釋放出來。在一個(gè)實(shí)施方案中，異源多肽是治療性多肽。在一個(gè)具體的實(shí)施方案中，異源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。在又一個(gè)實(shí)施方案中，富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自:a)一種肽，其包含與SEQIDN0:2或8所示氨基酸序列有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約97%、約98%或約99%序列同一性的氨基酸序列；b)一種肽，其包含與SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約97%、約98%或約99%序列同一性的氨基酸序列；c)一種肽，其包含與SEQIDNO:6或12所示氨基酸序列有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約97%、約98%或約99%序列同一性的氨基酸序列；d)一種肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一個(gè)的序列的核酸或與SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一個(gè)有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%或約99%序列同一性的核苷酸編碼；和e)一種肽，其因一個(gè)或幾個(gè)氨基酸而不同于SEQIDNO:2、4、6、8、10或12中的任一個(gè)。在又一個(gè)實(shí)施方案中，富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。在又一個(gè)實(shí)施方案中，前述實(shí)施方案中任一個(gè)的細(xì)菌在所述膽汁暴露后不能存活。在又一個(gè)實(shí)施方案中，前述實(shí)施方案中任一個(gè)的細(xì)菌是嗜熱鏈球菌LMD-9、嗜熱鏈球菌NCK2071、嗜熱鏈球菌NCK2072或嗜熱鏈球菌NCK2073。第二方面，提供制備嗜熱鏈球菌細(xì)菌的方法，所述方法包括對(duì)所述細(xì)菌進(jìn)行遺傳修飾以表達(dá)異源多肽，其中所述多肽在暴露于膽汁后從所述細(xì)菌中釋放。在又一個(gè)實(shí)施方案中，所述異源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。在又一個(gè)實(shí)施方案中，富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自:A)一種肽，其包含與SEQIDN0:2或8所示氨基酸序列有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約97%、約98%或約99%序列同一性的氨基酸序列；b)一種肽，其包含與SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約97%、約98%或約99%序列同一性的氨基酸序列；c)一種肽，其包含與SEQIDNO:6或12所示氨基酸序列有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約97%、約98%或約99%序列同一性的氨基酸序列；d)一種肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一個(gè)的序列的核酸或與SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一個(gè)有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%或約99%序列同一性的核苷酸編碼；和e)一種肽，其因一個(gè)或幾個(gè)氨基酸而不同于SEQIDNO:2、4、6、8、10或12中的任一個(gè)。在又一個(gè)實(shí)施方案中，所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。在又Iv實(shí)施方案中，所述細(xì)囷在所述膽汁暴露后不能存活。在又一個(gè)實(shí)施方案中，前述實(shí)施方案中任一個(gè)的細(xì)菌是嗜熱鏈球菌LMD-9、嗜熱鏈球菌NCK2071、嗜熱鏈球菌NCK2072或嗜熱鏈球菌NCK2073。按照第三個(gè)方面，提供將異源多肽遞送給受試者的方法，所述方法包括經(jīng)口給予受試者前述實(shí)施方案中任一個(gè)的細(xì)菌。按照第四個(gè)方面，提供治療或預(yù)防受試者的病癥的方法，所述方法包括經(jīng)口給予受試者治療有效量的前述實(shí)施方案中任一個(gè)的細(xì)菌。在又一個(gè)實(shí)施方案中，受試者是動(dòng)物，更具體地講是哺乳動(dòng)物。在另一個(gè)實(shí)施方案中，受試者是人。在又一個(gè)實(shí)施方案中，受試者是馴養(yǎng)動(dòng)物。在再一個(gè)實(shí)施方案中，受試者是農(nóng)用動(dòng)物。在又一個(gè)實(shí)施方案中，受試者患有胃腸病癥。在又一個(gè)實(shí)施方案中，所述病癥是細(xì)菌感染，更具體地講是艱難梭菌感染。在又一個(gè)實(shí)施方案中，以治療有效量給予細(xì)菌，其中細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。按照第五個(gè)方面，提供包含本文所述細(xì)菌的藥物組合物。按照第六個(gè)方面，提供包含本文所述重組細(xì)菌的食品或飼料產(chǎn)品。在又一個(gè)實(shí)施方案中，食品是乳制食品。按照第七個(gè)方面，提供用作藥物的本文所述細(xì)菌。按照第八個(gè)方面，提供用于治療或預(yù)防受試者的病癥的本文所述細(xì)菌。在又一個(gè)實(shí)施方案中，所述病癥是胃腸病癥。在又一個(gè)實(shí)施方案中，細(xì)菌用于治療細(xì)菌感染，更具體地講是艱難梭菌感染。在備選的實(shí)施方案中，所述病癥是炎性病癥。細(xì)菌用于減少炎癥。在一個(gè)實(shí)施方案中，細(xì)菌在所述受試者中減少一種或多種促炎細(xì)胞因子的產(chǎn)生，更具體地講，膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌減少M(fèi)IPla、MIP3a、IL-16、IL-22、VEGF、嗜伊紅粒細(xì)胞趨化因子、IL_lb、KC或LIF的產(chǎn)生。應(yīng)當(dāng)理解的是，以治療有效量提供細(xì)菌，其中細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。按照第九個(gè)方面，提供本文所述細(xì)菌作為藥物的用途。在一個(gè)實(shí)施方案中，藥物用于治療或預(yù)防受試者的病癥。在一個(gè)實(shí)施方案中，藥物用于治療胃腸病癥。在又一個(gè)實(shí)施方案中，所述病癥是細(xì)菌感染，更具體地講是艱難梭菌感染。在備選的優(yōu)選實(shí)施方案中，所述病癥是炎性病癥。所述藥物用于減少炎癥。在一個(gè)實(shí)施方案中，藥物在所述受試者中減少一種或多種促炎細(xì)胞因子的產(chǎn)生，更具體地講，膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌減少M(fèi)IPla、MIP3a、IL-16、IL-22、VEGF、嗜伊紅粒細(xì)胞趨化因子、IL-lb,KC或LIF的產(chǎn)生。按照第十個(gè)方面，提供治療受試者的炎癥性胃腸道病癥的方法，所述方法包括將治療有效量的分離的膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌給予受試者。按照第十一個(gè)方面，提供減少受試者的炎癥的方法，所述方法包括將治療有效量的分離的膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌給予受試者。在又一個(gè)實(shí)施方案中，受試者患有炎癥性胃腸病癥，更具體地講患有艱難梭菌感染。在另一個(gè)實(shí)施方案中，膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌在所述受試者中減少一種或多種促炎細(xì)胞因子的產(chǎn)生，更具體地講，膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌減少M(fèi)IPla、MIP3a、IL-16、IL-22、VEGF、嗜伊紅粒細(xì)胞趨化因子、IL-lb,KC或LIF的產(chǎn)生。應(yīng)當(dāng)理解的是，以治療有效量提供細(xì)菌，其中細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。根據(jù)上文提供的描述，進(jìn)一步提供下列實(shí)施方案:1.經(jīng)修飾以表達(dá)異源多肽的嗜熱鏈球菌細(xì)菌，其中所述異源多肽在暴露于膽汁后從所述細(xì)菌中釋放。2.實(shí)施方案I的細(xì)菌，其中所述異源多肽是治療性多肽。3.實(shí)施方案I或2的細(xì)菌，其中所述異源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。4.實(shí)施方案3的細(xì)菌，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自:a)一種肽，其包含與SEQID勵(lì):2或8所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；b)一種肽，其包含與SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%,98%或99%序列同一性的氨基酸序列；c)一種肽，其包含與SEQIDN0:6或12所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；d)一種肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中任一個(gè)所示核苷酸序列的多核苷酸編碼；和e)一種肽，其由包含與SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一個(gè)有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%或約99%序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸編碼。5.實(shí)施方案3的細(xì)菌，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。6.實(shí)施方案1-5中任一個(gè)的細(xì)菌，其中所述細(xì)菌在所述膽汁暴露后不能存活。7.實(shí)施方案1-6中任一個(gè)的細(xì)菌，其中所述嗜熱鏈球菌選自:a)嗜熱鏈球菌LMD-9，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；b)嗜熱鏈球菌NCK2071，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；c)嗜熱鏈球菌NCK2072，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；d)嗜熱鏈球菌NCK2073，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；和e)一種益生的嗜熱鏈球菌細(xì)菌。8.制備嗜熱鏈球菌細(xì)菌的方法，所述方法包括對(duì)所述細(xì)菌進(jìn)行遺傳修飾以表達(dá)異源多肽，其中所述多肽在暴露于膽汁后從所述細(xì)菌中釋放。9.實(shí)施方案8的方法，其中所述異源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。10.實(shí)施方案8或9的方法，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自:a)一種肽，其包含與SEQID勵(lì):2或8所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；b)一種肽，其包含與SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；c)一種肽，其包含與SEQIDN0:6或12所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%,98%或99%序列同一性的氨基酸序列；d)一種肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中任一個(gè)所示核苷酸序列的多核苷酸編碼；和e)一種肽，其由包含與SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一個(gè)有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%或約99%序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸編碼。11.實(shí)施方案8或9的方法，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。12.實(shí)施方案8-11中任一個(gè)的方法，其中所述細(xì)菌在所述膽汁暴露后不能存活。13.實(shí)施方案8-12中任一個(gè)的方法,其中所述嗜熱鏈球菌選自:a)嗜熱鏈球菌LMD-9，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；b)嗜熱鏈球菌NCK2071，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；c)嗜熱鏈球菌NCK2072，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；d)嗜熱鏈球菌NCK2073，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；和e)一種益生的嗜熱鏈球菌細(xì)菌。14.將異源多肽遞送給受試者的方法，所述方法包括經(jīng)口給予受試者實(shí)施方案1-7中任一個(gè)的細(xì)菌。15.治療或預(yù)防受試者的病癥的方法，所述方法包括經(jīng)口給予受試者治療有效量的實(shí)施方案1-7中任一個(gè)的細(xì)菌。16.實(shí)施方案14或15的方法,其中所述受試者是動(dòng)物。17.實(shí)施方案16的方法，其中所述受試者是哺乳動(dòng)物。18.實(shí)施方案17的方法，其中所述受試者是人。19.實(shí)施方案16的方法,其中所述受試者是馴養(yǎng)動(dòng)物。20.實(shí)施方案16的方法，其中所述受試者是農(nóng)用動(dòng)物。21.實(shí)施方案15-20中任一個(gè)的方法，其中所述病癥是胃腸病癥。22.實(shí)施方案15-20中任一個(gè)的方法，其中所述病癥是細(xì)菌感染。23.實(shí)施方案22的方法，其中所述細(xì)菌感染是艱難梭菌感染。24.實(shí)施方案14-23中任一個(gè)的方法，其中所述細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。25.藥物組合物，其包含實(shí)施方案1-7中任一個(gè)的細(xì)菌。26.食品或飼料產(chǎn)品，其包含實(shí)施方案1-7中任一個(gè)的細(xì)菌。27.實(shí)施方案24的食品,其中所述食品是乳制食品。28.用作藥物的實(shí)施方案1-7中任一個(gè)的細(xì)菌。29.用于治療或預(yù)防受試者的病癥的實(shí)施方案1-7中任一個(gè)的細(xì)菌。30.實(shí)施方案28或29的細(xì)菌，其中所述病癥是細(xì)菌感染。31.實(shí)施方案30的細(xì)菌，其中所述細(xì)菌感染是受試者中的艱難梭菌感染。32.實(shí)施方案28-31中任一個(gè)的細(xì)菌，其中將所述細(xì)菌配制為以治療有效量給予受試者，其中所述細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。33.實(shí)施方案1-7中任一個(gè)的細(xì)菌作為藥物的用途。34.實(shí)施方案33的細(xì)菌的用途，其中所述藥物用于治療或預(yù)防受試者的病癥。35.實(shí)施方案34的細(xì)菌的用途，其中所述病癥是細(xì)菌感染。36.實(shí)施方案35的細(xì)菌的用途，其中所述細(xì)菌感染是艱難梭菌感染。37.治療受試者的炎癥性胃腸道病癥的方法，所述方法包括將治療有效量的分離的膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌給予受試者。38.減少受試者的炎癥的方法，所述方法包括將治療有效量的分離的膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌給予受試者。39.實(shí)施方案37或38的方法，其中所述受試者患有炎癥性胃腸病癥。40.實(shí)施方案39的方法，其中所述炎癥性胃腸病癥是艱難梭菌感染。41.實(shí)施方案37-40中任一個(gè)的方法，其中所述膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌在所述受試者中減少一種或多種促炎細(xì)胞因子的產(chǎn)生。42.實(shí)施方案41的方法，其中所述促炎細(xì)胞因子選自:101&、103&、11^-16、IL-22、VEGF、嗜伊紅粒細(xì)胞趨化因子、IL-1b、KC和LIF或其任何組合。43.實(shí)施方案37-42中任一個(gè)的方法，其中所述細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。通過說明的方式而非通過限制的方式來提供下列實(shí)施例。實(shí)驗(yàn)實(shí)施例1根據(jù)下文所示富含Gln的過客結(jié)構(gòu)域(passengerdomain)的氨基酸序列，由GenScriptCorporation(Piscataway,NJ)構(gòu)建含有富含Gln的寡妝AGRP-FHO、AGRP-FH1和AGRP-FH2的質(zhì)粒pUC57-AGRP-FH0、pUC57-AGRP-FHl和pUC57_AGRP_FH2(表I)。3個(gè)寡肽的每一個(gè)含有FLAG標(biāo)簽表位(DYKDDDDK，SEQIDNO:13)。該表還含有編碼的富含Gln的寡肽的分子量和等電點(diǎn)的信息。過客結(jié)構(gòu)域的編碼區(qū)用來構(gòu)建下述嗜熱鏈球菌表達(dá)載體?？紤]長(zhǎng)度、Gln含量和釋放時(shí)可促進(jìn)其降解的蛋白酶切割位點(diǎn)的存在情況，可設(shè)計(jì)質(zhì)粒pUC57-AGRP-FH0、pUC57_AGRP_FHl和pUC57_AGRP_FH2中所含富含Gln的寡肽以改進(jìn)穩(wěn)定性。富含Gln的肽中也可包括其它氨基酸,例如在口服補(bǔ)液療法(oralrehydrationtherapy)中與Gln具有協(xié)同作用的精氨酸。表1:用于益生菌的第一代富含AQ/AQR的肽權(quán)利要求1.經(jīng)修飾以表達(dá)異源多肽的嗜熱鏈球菌細(xì)菌，其中所述異源多肽在暴露于膽汁后從所述細(xì)菌中釋放。2.權(quán)利要求1的細(xì)菌，其中所述異源多肽是治療性多肽。3.權(quán)利要求1或2的細(xì)菌，其中所述異源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。4.權(quán)利要求3的細(xì)菌，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自:a)一種肽，其包含與SEQID勵(lì):2或8所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；b)一種肽，其包含與SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；c)一種肽，其包含與SEQIDNO:6或12所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%,98%或99%序列同一性的氨基酸序列；d)一種肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中任一個(gè)所示核苷酸序列的多核苷酸編碼；和e)一種肽，其由包含與SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一個(gè)有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%或約99%序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸編碼。5.權(quán)利要求3的細(xì)菌，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。6.權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)的細(xì)菌，其中所述細(xì)菌在所述膽汁暴露后不能存活。7.權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的細(xì)菌，其中所述嗜熱鏈球菌選自:a)嗜熱鏈球菌LMD-9，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；b)嗜熱鏈球菌NCK2071，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；c)嗜熱鏈球菌NCK2072，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；d)嗜熱鏈球菌NCK2073，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；和e)一種益生的嗜熱鏈球菌細(xì)菌。8.制備嗜熱鏈球菌細(xì)菌的方法，所述方法包括對(duì)所述細(xì)菌進(jìn)行遺傳修飾以表達(dá)異源多肽，其中所述多肽在暴露于膽汁后從所述細(xì)菌中釋放。9.權(quán)利要求8的方法，其中所述異源多肽是富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽。10.權(quán)利要求8或9的方法，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自:a)一種肽，其包含與SEQID勵(lì):2或8所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；b)一種肽，其包含與SEQIDNO:4或10所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%、98%或99%序列同一性的氨基酸序列；c)一種肽，其包含與SEQIDNO:6或12所示氨基酸序列有至少70%、80%、90%、95%、97%,98%或99%序列同一性的氨基酸序列；d)一種肽，其由包含SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中任一個(gè)所示核苷酸序列的多核苷酸編碼；和e)一種肽，其由包含與SEQIDNO:1、3、5、7、9或11中的至少一個(gè)有至少約70%、約80%、約90%、約95%、約96%、約97%、約98%或約99%序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸編碼。11.權(quán)利要求8或9的方法，其中所述富含丙氨酸-谷氨酰胺的肽選自SEQIDNO:2、4、6、8、10或12。12.權(quán)利要求8-11中任一項(xiàng)的方法，其中所述細(xì)菌在所述膽汁暴露后不能存活。13.權(quán)利要求8-12中任一項(xiàng)的方法，其中所述嗜熱鏈球菌選自:a)嗜熱鏈球菌LMD-9，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；b)嗜熱鏈球菌NCK2071，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；c)嗜熱鏈球菌NCK2072，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；d)嗜熱鏈球菌NCK2073，已經(jīng)以ATCC登記號(hào)ATCC-XXXX保藏；和e)一種益生的嗜熱鏈球菌細(xì)菌。14.將異源多肽遞送給受試者的方法，所述方法包括經(jīng)口給予受試者權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的細(xì)菌。15.治療或預(yù)防受試者的病癥的方法，所述方法包括經(jīng)口給予受試者治療有效量的權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的細(xì)菌。16.權(quán)利要求14或15的方法，其中所述受試者是動(dòng)物。17.權(quán)利要求16的方法，其中所述受試者是哺乳動(dòng)物。18.權(quán)利要求17的方法，其中所述受試者是人。19.權(quán)利要求16的方法，其中所述受試者是馴養(yǎng)動(dòng)物。20.權(quán)利要求16的方法，其中所述受試者是農(nóng)用動(dòng)物。21.權(quán)利要求15-20中任一項(xiàng)的方法，其中所述病癥是胃腸病癥。22.權(quán)利要求15-20中任一項(xiàng)的方法，其中所述病癥是細(xì)菌感染。23.權(quán)利要求22的方法，其中所述細(xì)菌感染是艱難梭菌感染。24.權(quán)利要求14-23中任一項(xiàng)的方法，其中所述細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。25.藥物組合物，其包含權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的細(xì)菌。26.食品或飼料產(chǎn)品，其包含權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的細(xì)菌。27.權(quán)利要求26的食品,其中所述食品是乳制食品。28.用作藥物的權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的細(xì)菌。29.用于治療或預(yù)防受試者的病癥的權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的細(xì)菌。30.權(quán)利要求28或29的細(xì)菌，其中所述病癥是細(xì)菌感染。31.權(quán)利要求30的細(xì)菌，其中所述細(xì)菌感染是受試者中的艱難梭菌感染。32.權(quán)利要求28-31中任一項(xiàng)的細(xì)菌，其中將所述細(xì)菌配制為以治療有效量給予受試者，其中細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。33.權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的細(xì)菌作為藥物的用途。34.權(quán)利要求33的細(xì)菌的用途，其中所述藥物用于治療或預(yù)防受試者的病癥。35.權(quán)利要求34的細(xì)菌的用途，其中所述病癥是細(xì)菌感染。36.權(quán)利要求35的細(xì)菌的用途，其中所述細(xì)菌感染是艱難梭菌感染。37.治療受試者的炎癥性胃腸道病癥的方法，所述方法包括將治療有效量的分離的膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌給予受試者。38.減少受試者的炎癥的方法，所述方法包括將治療有效量的分離的膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌給予受試者。39.權(quán)利要求37或38的方法，其中所述受試者患有炎癥性胃腸病癥。40.權(quán)利要求39的方法，其中所述炎癥性胃腸病癥是艱難梭菌感染。41.權(quán)利要求37-40中任一項(xiàng)的方法，其中所述膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌在所述受試者中減少一種或多種促炎細(xì)胞因子的產(chǎn)生。42.權(quán)利要求41的方法，其中所述促炎細(xì)胞因子選自:MIPla、MIP3a、IL-16、IL-22、VEGF、嗜伊紅粒細(xì)胞趨化因子、IL-lb,KC和LIF或其任何組合。43.權(quán)利要求37-42中任一項(xiàng)的方法，其中所述細(xì)菌的治療有效量為約IO8-1O12CFU/天。全文摘要提供了用于定向遞送生物治療劑的方法和組合物。所述組合物包含經(jīng)修飾以在膽汁暴露后釋放生物治療劑的膽汁敏感性嗜熱鏈球菌細(xì)菌。通過本發(fā)明公開的嗜熱鏈球菌細(xì)菌釋放的生物治療劑包括富含AQ和AQR的肽。本發(fā)明的方法包括將經(jīng)修飾以在膽汁暴露后釋放生物治療劑的嗜熱鏈球菌細(xì)菌給予受試者。給予嗜熱鏈球菌細(xì)菌促進(jìn)所需要的治療反應(yīng)?？蓪?duì)該細(xì)菌進(jìn)行修飾以表達(dá)和釋放富含AQ或AQR的肽，所述肽隨后抑制細(xì)胞凋亡或減少粘膜損害。因此，本發(fā)明的方法應(yīng)用于治療或預(yù)防各種胃腸病癥，包括艱難梭菌感染和抗生素相關(guān)腹瀉。文檔編號(hào)C12N1/06GK103221420SQ201180035686公開日2013年7月24日申請(qǐng)日期2011年5月19日優(yōu)先權(quán)日2010年5月19日發(fā)明者T.R.克萊恩漢默,R.L.格蘭特,G.L.科林,E.杜爾馬斯,M.P.丁科,C.A.沃倫申請(qǐng)人:北卡羅萊納州立大學(xué),弗吉尼亞大學(xué)專利基金會(huì)