專利名稱：利用ssr標(biāo)記快速檢測(cè)低頻外源染色體小片段或基因的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一種檢測(cè)待測(cè)樣本中是否含有目的DNA的方法，特別涉及一種利用SSR標(biāo)記快速檢測(cè)低頻外源染色體小片段或基因的方法。
背景技術(shù)：
植物遺傳改良是通過對(duì)目標(biāo)基因進(jìn)行選擇，實(shí)現(xiàn)優(yōu)良基因聚合的過程。如果在目標(biāo)基因?qū)胫参锏倪^程中，對(duì)被轉(zhuǎn)移的基因及其載體——外源染色體或染色體片段進(jìn)行追蹤和鑒定，可以提高選擇的準(zhǔn)確性，從而縮短育種周期，提高育種效率。因此，對(duì)導(dǎo)入植物背景中的外源染色體或染色體片段、以及其所攜帶的外源基因進(jìn)行有效鑒定十分重要。目前， 基于遺傳標(biāo)記系統(tǒng)而建立起來的鑒定外源染色體或基因的方法，主要包括形態(tài)標(biāo)記、細(xì)胞學(xué)標(biāo)記、生化標(biāo)記、原位雜交和分子標(biāo)記等，其中分子標(biāo)記是最有效鑒定方法之一。近年來隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，出現(xiàn)了限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)、隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA (RAPD)、擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(AFIP)、簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)標(biāo)記和單核苷酸多態(tài)性(SNP)等多種分子標(biāo)記技術(shù)。這些方法精確可靠，而且可以彌補(bǔ)顯帶技術(shù)和原位雜交技術(shù)只能鑒定較大片段的外源染色體的缺點(diǎn)，可以鑒定檢測(cè)比較小的外源染色體片段。通過運(yùn)用RFLP，RAPD, AFLP, SSR, SNP等方法建立各種外源染色體片段或基因的分子標(biāo)記，然后利用這些標(biāo)記來鑒定轉(zhuǎn)移到植物背景中的外源遺傳物質(zhì)。傳統(tǒng)方法鑒定各種抗性和抗病基因及其他性狀比較費(fèi)時(shí)費(fèi)力，利用與這些基因和性狀連鎖的分子標(biāo)記進(jìn)行檢測(cè)和鑒定，不僅省時(shí)省力，而且準(zhǔn)確性聞，提聞了效率。齊莉莉等對(duì)源于族毛麥染色體6V上抗白粉病基因的分子標(biāo)記的研究，用OPHl7，0PAL01，0PHAN03及0PHAL03等引物擴(kuò)增出簇毛麥的特異帶，可作為來源于簇毛麥6VS抗白粉病基因Pro21的RAPD標(biāo)記。劉志勇等進(jìn)一步將0PH17轉(zhuǎn)化為與Pm21連鎖的SCAR標(biāo)記，即SCAR1400和SCAR1265。王芙蓉、張軍、劉任重等利用花粉管通道導(dǎo)入技術(shù)將海島棉品種海7124的基因組總DNA導(dǎo)入陸地棉栽培品種石遠(yuǎn)321中，獲得了纖維品質(zhì)優(yōu)良的新種質(zhì)系，利用SSR標(biāo)記對(duì)變異材料進(jìn)行研究發(fā)現(xiàn)，外源DNA已經(jīng)整合在陸地棉的基因組中，并推測(cè)某些DNA片段可能是通過同源重組的機(jī)制整合到陸地棉染色體上。染色體片段置換系(chromosomesegment substitution lines, CSSL)是利用雜交、回交和分子標(biāo)記輔助選擇(marker-assisted selection, MAS)構(gòu)建的覆蓋作物整個(gè)基因組的一系列近等基因系。它的基因組內(nèi)只有來自供體親本的一個(gè)純合的染色體片段，而基因組的其余部分與輪回親本相同。它是進(jìn)行基因組研究，特別是QTL定位的理想材料。南京農(nóng)業(yè)大學(xué)王鵬、張?zhí)煺娴热艘躁懙孛捱z傳標(biāo)準(zhǔn)系TM-I為受體親本，海島棉海7124為供體親本在BC5S1代借助分子標(biāo)記輔助選擇(MAS)培育了一套由330個(gè)株系構(gòu)成的染色體片段置換系。在科學(xué)實(shí)驗(yàn)中，往往我們可以碰到在一個(gè)大群體中，對(duì)一個(gè)或少數(shù)幾個(gè)陽性植株或目標(biāo)基因進(jìn)行篩選鑒定。若逐個(gè)篩選鑒定，不僅需要大量人力物力，而且需要較長(zhǎng)時(shí)間，才能獲得鑒定結(jié)果。因此，探尋出一條捷徑，提高大群體中低頻率外源染色體片段或基因的篩選鑒定效率，就顯得尤為重要。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的是提供一種檢測(cè)待測(cè)樣本中是否含有目的DNA的方法。該方法尤其適用于含有低頻目的基因的大量待測(cè)樣本的檢測(cè)。本發(fā)明所提供的檢測(cè)待測(cè)樣本中是否含有目的DNA的方法具體可包括如下步驟(a)將N個(gè)待測(cè)樣本按照如式(I)所示的矩陣A進(jìn)行排列。
權(quán)利要求
1.一種檢測(cè)待測(cè)樣本中是否含有目的DNA的方法，包括如下步驟 (a)將N個(gè)待測(cè)樣本按照如式(I)所示的矩陣A進(jìn)行排列；
2.一種檢測(cè)待測(cè)樣本中是否含有目的DNA的方法，包括如下步驟 (a)將N個(gè)待測(cè)樣本按照如式(I)所示的矩陣A進(jìn)行排列；
全文摘要
本發(fā)明公開了一種檢測(cè)待測(cè)樣本中是否含有目的DNA的方法。該方法包括如下步驟將待測(cè)樣本進(jìn)行矩陣排列；分別作行混合和列混合；分別檢測(cè)混合后樣本是否含目的DNA或其等價(jià)遺傳標(biāo)記物；將結(jié)果陽性的混合樣本對(duì)應(yīng)的混合前待測(cè)樣本均作標(biāo)記；若結(jié)果陽性的行混合樣本只有1個(gè)，和/或結(jié)果陽性的列混合樣本只有1個(gè)，則標(biāo)記兩次的待測(cè)樣本含目的DNA，其余待測(cè)樣本不含目的DNA；若結(jié)果陽性的行混合樣本和列混合樣本均有2個(gè)以上，則分別檢測(cè)標(biāo)記兩次的待測(cè)樣本是否含目的DNA或其等價(jià)遺傳標(biāo)記物，結(jié)果陽性的待測(cè)樣本含目的DNA，其余待測(cè)樣本不含目的DNA。該方法用于植物遺傳背景外源染色體片段或基因的追蹤和鑒定，可節(jié)約實(shí)驗(yàn)成本，提高工作效率、加快實(shí)驗(yàn)進(jìn)程。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102888462SQ20121039911
公開日2013年1月23日 申請(qǐng)日期2012年10月18日 優(yōu)先權(quán)日2012年10月18日
發(fā)明者宿俊吉, 陳紅, 相吉山, 鄧福軍, 吳嫚, 甘尚權(quán), 劉洋 申請(qǐng)人:新疆農(nóng)墾科學(xué)院