專利名稱：梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本實用新型涉及一種試劑盒，尤其是涉及一種梅毒螺旋體POlA基因FQ-PCR檢測試劑盒。
背景技術(shù)：
梅毒(Syphilis)是一種由梅毒螺旋體(Treponema pallidum, TP)引起的性傳播疾病，其病原體是梅毒螺旋體 ，屬螺旋體科。梅毒螺旋體主要通過性接觸、輸血、創(chuàng)口或者胎盤等途徑傳播。梅毒螺旋體從感染區(qū)附近的淋巴結(jié)進入血液播散全身，使機體幾乎所有的組織及器官受累，臨床表現(xiàn)為全身性的，可分為不同臨床階段，包括一期、二期、三期和潛伏期。世界衛(wèi)生組織(WHO)曾樂觀地預言([I] WHO. Global prevalence and incidenceof selected curable sexually transmitted infections:Overview and estimates[J].Geneva:WHO, WHO/HIV/AIDS, 2001:1-30.)由于有高靈敏度檢測方法和高效的治療方案，梅毒是一種能夠通過公共衛(wèi)生措施得到成功控制的性傳播性疾病”。遺憾的是，由于至今仍然缺乏高靈敏的檢測方法和高效的治療方案，梅毒依然是嚴重危害人類健康的全世界范圍的公共衛(wèi)生問題。中國疾病控制中心的官方數(shù)據(jù)顯示2010年我國梅毒(Syphilis)的發(fā)病數(shù)為375309例，比2009年同期增長24. 50%。報告發(fā)病數(shù)僅次于病毒性肝炎和肺結(jié)核居第三位，居于性傳播疾病首位(中國疾控中心http://www. chinacdc. net. cn)。近年來，有關(guān)梅毒與艾滋病之間存在著互相促進的研究結(jié)果([2]Buchacz, K.，Klausner, J.
D., Kerndt, P. R. , et al. McElroy, P. D. and Schwendemann, J. HIV incidence among mendiagnosed with early syphilis in Atlanta, San Francisco, and Los Angeles, 2004to 2005[J] · Jaids-J Acq Tmm Def,2008, 47(2):234-240. [3]Ghanem, K. G. , Erbelding, E.J. , Wiener, Z. S. , et al. Serological response to syphilis treatment in HIV-positiveand HIV-negative patients attending sexually transmitted diseases clinics[J].Sex Transm Infect, 2007，83 (2) :97-101.)，使得梅毒的控制越發(fā)困難而且重要。無疑，人們對梅毒的防控過于樂觀，對梅毒的認識遠遠不夠。盡管青霉素成功應(yīng)用于治療各期梅毒已經(jīng)有50年歷史，但治療失敗可見于任何一種被推薦的治療方案。林麗蓉等([4]林麗蓉，楊波，潘錫濤，等.潛在的血源傳播患者梅毒血清學檢測方法的選擇[J].中華醫(yī)院感染學雜志，2010，. 20(10) :1491-1494)在對健康體檢者、門診患者和潛在血源傳播患者梅毒血清學調(diào)查中均發(fā)現(xiàn)，這些人群存在一定比例的梅毒感染率，推測本地區(qū)人群梅毒的檢出率應(yīng)該在2. 59%以上。顯然，梅毒感染者已經(jīng)較廣泛地存在于普通人群中。梅毒正以過去500年任何國家和地區(qū)都未曾有過的速度在中國傳播，由于存在隱性感染以及無法統(tǒng)計的私人診所患者患病率，目前看到的梅毒發(fā)病率或許只是梅毒現(xiàn)狀的冰山一角([5]Lin, L. R. , Fu, Z. G. , Dan, B. , Jing, et al. Developmentof a colloidal gold—immunochromatography assay to detect immunoglobulin Gantibodies to Treponema pallidum with TPN17 and TPN47[J]. Diagn Micr InfecDis, 2010，68(3) : 193-200. [6]Tucker JD, C. X. , Peeling RW. Syphilis and socialupheaval in china[J]. N Engl J Med, 2010, 362(18):1658-1661. [7]Chen, Z. Q. , Zhang, G.C. , Gong, X. D. , Lin, C. , Gao, X. , Liang, G. J. , Chen, X. S. , and Cohen, M. S. Syphilis inchina:Results of a national surveillance programme[J]. Lancet, 2007, 369:132-138.[8]Li-Rong Lin,Man-Li Tong,Zuo-Gen Fu,et al. Evaluation of a colloidalgold—immunochromatography assay in the detection of Treponema Pallidm specificIgM antibody in syphilis serofast reaction patients:a serologic marker for therelapse and infection of syphilis[J]. Diagnostic Microbiology and InfectiousDisease. 2011, 70:10-16)。實驗室檢查是診斷梅毒必不可少的方 法，也是判斷療效和復發(fā)的重要依據(jù)，包括暗視野顯微鏡檢查和血清學試驗。梅毒螺旋體感染早期，梅毒抗體還未產(chǎn)生或含量較低時，暗視野顯微鏡查找螺旋體成為最早的實驗室診斷方法，但敏感度較低，且易受肛門周圍非致病螺旋體的影響而產(chǎn)生假陽性。梅毒螺旋體尚不能進行體外培養(yǎng)，梅毒診斷與流行病學調(diào)查主要依賴于血清學試驗，包括特異性抗體和反應(yīng)素檢測兩大類型。反應(yīng)素檢測對早期梅毒檢測靈敏度不高，而且生物假陽性率較高，是主要用于療效觀察的一項血清學指標([9]林麗蓉，但冰，付左根，等.潛在血源傳播患者梅毒血清學TRUST/TPPA與IgM抗體聯(lián)合檢測.中國皮膚性病學雜志.2010，152(05) :446_448)。梅毒特異性抗體檢測的敏感性和特異性均較反應(yīng)素高。但是，梅毒特異性抗體檢測仍然存在著靈敏度不足的缺陷，尤其是早期梅毒患者抗體滴度較低。如果能建立一種方法能靈敏、特異和快速檢測到梅毒患者各類組織、體液中存在梅毒螺旋體，能證明梅毒螺旋體存在，那么這些棘手問題將迎刃而解。兔睪丸是梅毒螺旋體易感器官，少量梅毒螺旋體即可導致兔睪丸炎，因此，兔感染試驗被視為梅毒螺旋體檢測的最靈敏的方法。然而，兔感染試驗操作繁瑣，觀察時間要求3個月，甚至更長時間才能得到結(jié)果，臨床可操作性差。PCR擴增技術(shù)以梅毒螺旋體特異性的基因片段做為擴增模板，通過指數(shù)擴增實現(xiàn)了病原體的快速檢測，具有高效、靈敏和特異等優(yōu)勢。從理論上分析，通過優(yōu)化、改良PCR擴增技術(shù)，其檢測的靈敏度和特異性可以媲美兔感染試驗，而檢測時間僅僅需要2個小時([10]HAY P E, CLARKE JR,TAYL0R-R0BINS0N D, et al. Detection of treponemal DNA in the csf of patientswith syphilis and hiv infection using the polymerase chain reaction[J].Genitourin Med, 1990，66 (6) : 428-32)，有望成為解決這些棘手問題的最佳方法。.盡管國內(nèi)外有些企業(yè)研發(fā)出梅毒PCR檢測試劑，但尚未有進入臨床應(yīng)用的有注冊文號PCR檢測試劑，而僅僅停留在科研應(yīng)用。更嚴重的是，目前的PCR檢測試劑在研發(fā)過程中由于未經(jīng)嚴格的比對試驗，無一例外的存在靈敏度和特異性嚴重不足，其準確性不高，是目前梅毒PCR技術(shù)在臨床中應(yīng)用的瓶頸。polA 基因(DNApolymerase I gene of T. pallidum),是 T. pallidum 的持家基因，序列具有高度的保守性，其特別功能區(qū)，有豐富的半胱氨酸和四個獨一無二的插入?yún)^(qū)，在DNA復制與修復中起重要的作用。應(yīng)用polA基因檢測梅毒螺旋體，有較高的敏感性和特異性([II]Penton, J. and P. French, Primary syphils of theurethral meatus complicated by urethral stricture.Internationaljournal ofSTD&AIDS, 2011. 22(9) :527-528.)。在梅毒早期快速診斷、療效判斷、療程選擇、神經(jīng)梅毒確診、胎傳梅毒診斷，以及獻血員、孕產(chǎn)婦、婚前體檢、手術(shù)患者和輸血前篩查等領(lǐng)域發(fā)揮重大作用，有著目前常用的血清學檢測不可比擬的優(yōu)勢，將逐漸替代這些方法或作為這些方法的驗證試驗，具有廣闊的應(yīng)用前景和重要的社會、經(jīng)濟價值。
發(fā)明內(nèi)容本實用新型的目的是提供一種梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒。本實用新型設(shè)有DNA提取試劑瓶、耐熱DNA聚合酶瓶、PCR反應(yīng)液瓶、標準品瓶、質(zhì)控品瓶和包裝盒；所述DNA提取 試劑瓶、耐熱DNA聚合酶瓶、PCR反應(yīng)液瓶、標準品瓶和質(zhì)控品瓶設(shè)在包裝盒內(nèi)；所述DNA提取試劑瓶設(shè)有蛋白酶K瓶、裂解液瓶、無水乙醇瓶、抑制物去除液瓶、第I清洗緩沖液瓶、洗脫液瓶、第2清洗緩沖液瓶和含收集管的離心柱；所述標準品瓶設(shè)有6個含polA基因的標準品質(zhì)粒瓶；所述質(zhì)控品瓶設(shè)有陰性質(zhì)控品瓶和陽性質(zhì)控品瓶。所述耐熱DNA聚合酶瓶可采用Tag酶瓶。所述陰性質(zhì)控品為不含梅毒螺旋體DNA的樣品，陽性質(zhì)控品為含梅毒螺旋體DNA的樣品。所述6個含polA基因的標準品質(zhì)粒的濃度可分別為L O X 102copies/mL、I. OX IO3Cop ies/mL、I. OX 104copi es/mL、I. 0X105cop ies/mL、I. OXlO6Cop ies/mL 和1.0X 107copies/mL,共 6 個濃度。所述PCR反應(yīng)液的成份含有PCR緩沖液、MgCl2, dNTPs和polA基因引物、探針組成的混合物。所述耐熱DNA聚合酶(Tag酶)具有V - DNA聚合酶活性、5 ^ — 3' DNA外切核酸酶活性和可耐受高溫的聚合酶；所述耐熱DNA聚合酶(Tag酶)最好是半衰期>45min的高溫聚合酶。以下給出本實用新型的制備方法I)靶基因篩選，具體方法如下從基因庫(GENBANK)中篩選梅毒螺旋體poIA基因，poIA基因探針和弓丨物的設(shè)計采用 PCR 引物探針設(shè)計軟件 primer premier 5.0、Oligo 6· O、TM Utility vl. 3> Clustal X等設(shè)計軟件輔助完成，然后通過Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)進行同源性比對以保證其特異性，合成的引物和探針用TE溶解，使用ND-1000UV-VIS波長紫外/可見光掃描分光光度計進行濃度測定后，保存，所述TE為IOmM Tri-HCl，pH5. 0,0. ImM TA ；2) polA基因標準品質(zhì)粒的構(gòu)建，具體方法如下以硅膠膜-離心柱法提取梅毒螺旋體Nichols株DNA作為模板，采用步驟I)中的polA基因的引物，進行PCR擴增，具體過程如下將擴增產(chǎn)物經(jīng)過回收及純化后，在微量離心管中配制DNA溶液,后加入5 μ L等量的Solution 1,16°C反應(yīng)30min,與pMD18_T載體連接將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至DH5 α中，冰中放置30min，42°C加熱45s后，再在冰中放置lmin，力口入LB培養(yǎng)基，37°C震蕩培養(yǎng)60min后，在含有X_Gal、IPTG、Amp的LB瓊脂平板培養(yǎng)基上培養(yǎng)，形成單菌落，挑選白色菌落，進行增殖培養(yǎng)，提取質(zhì)粒并對其進行PCR，Xab I和Sal I雙酶切及測序鑒定后，將構(gòu)建好的質(zhì)粒進行單酶切線性化處理，再用紫外分光光度計定量并_20°C保存作為FQ-PCR的標準品；3) polA基因檢測試劑標準曲線制作，其具體方法如下[0019]包含polA基因的陽性克隆大腸桿菌在含Amp LB肉湯增菌，提取質(zhì)粒，取10 μ L質(zhì)粒用雙蒸水稀釋100倍,260nm, 280nm比色，純度=A26(I/A28(I,濃度=A260X 50 X 2 X 100 X IO-6X 6. 02 X IO23/(2806 X 324. 5 X 2) copies/mL,根據(jù)質(zhì)粒濃度，進行梯度稀釋，以每個濃度標準品作模板進行熒光定量反應(yīng)，確定線性范圍；4)制備PCR反應(yīng)液，其具體方法如下采用PCR緩沖液、MgCl2, dNTPs、polA基因引物、探針的混合物共同組成PCR反應(yīng)液；5)制備耐熱DNA聚合酶，其具體方法如下大腸桿菌用異丙基硫代_β-D半乳糖苷(IPTG)進 行誘導表達，誘導后的菌懸液IOOml 經(jīng) 5000r/min, 4°C離心 5min,以 IOml 緩沖液 I 重懸菌液，4°C，5000r/min,離心 5min,細菌沉淀再懸于5ml緩沖液I中，加入溶菌酶(Lys)使?jié)舛冗_5mg/ml，37°C水浴20min ;力口入5ml緩沖液II，75°C水浴45min,4°C, 15000r/min離心IOmin ;上清加入硫酸銨使達30%,4°C,1500r/min離心lOmin，沉淀溶于Iml緩沖液III中，并對緩沖液III在4°C條件下透析，每6h換液I次共4次，離心除去不溶物后，-20°C凍存；6)建立樣品處理方法，其具體方法如下使用梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑檢測梅毒螺旋體的樣本，采用硅膠膜-離心柱法提取模板DNA ；7)制備質(zhì)控品，其具體方法如下制備陰性質(zhì)控品選擇經(jīng)過臨床確認為陰性的臨床標本；制備陽性質(zhì)控品選擇經(jīng)過臨床確認為陽性的臨床標本經(jīng)稀釋獲得陽性質(zhì)控品；8)制備梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒，將DNA提取試劑、耐熱DNA聚合酶(Tag酶)、PCR反應(yīng)液、標準品和質(zhì)控品共同組成梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒。在步驟I)中，所述polA基因探針和引物的序列如表I所示。表I
IE基因序列名稱引物/探針序列上游引物序列 5I-AGGCTGTGCCAATCTGCTTTT-31 ροΙ Λ 丨、·游I 物) :列 S'-CACCCTTCTTTCCGCTCCTAA-S'
_-炎光探針序列 S1-FAM-AAGACAAAGGGmTGCCAC-BHQ I -3'所述ND-1000UV-VIS波長紫外/可見光掃描分光光度計可采用Nanedrop，美國產(chǎn)品，所述濃度測定的終濃度可為50μΜ。在步驟2)中，所述紫外分光光度計可采用752型紫外分光光度計。在步驟3)中，所述梯度稀釋可選 I. OX 102copies/mL、I. OX 103copies/mL、1.0X 104copies/mL> 1.0X 105copies/mL> 1.0X 106copies/mL> 1.0X 107copies/mL 6 個濃度作標準品。在步驟4)中，所述PCR緩沖液為pH=5. (TlO. O之間的穩(wěn)定緩沖時，最適ρΗ=7· 0 9· O ;引物的濃度為25ρπι01/μ L，熒光探針的濃度為20pmol/yL, dNTPs的濃度為2mmol/L ;續(xù)離子的濃度為15 20mmol/L。[0037]在步驟5)中，所述緩沖液 I 可為 50mmol/L tris-HCl, 50mmoI /T, Glucose, lmmol/LEDTA, pH8. 0 ;所述緩沖液 II可為 5mmol/L Tris-HCl, 50mmol/L KCl, lmmol/L EDTA, ImmoI/L PMSF,0. 5%Tween 20,0. 5%NP 40 ;所述緩沖液III可為 50ml mol/L Tris-HCl, lOmmol/LKCl, lmmol/L DTT，0. 5%PMSF，50% 甘油。在步驟6)中，所述樣本可包括組織、全血、分泌物等臨床標本；所述分泌物可包括皮膚、生殖器潰瘍、糜爛部分等的分泌物。在步驟8)中，所述耐熱DNA聚合酶的用量可為8 IOU/反應(yīng)。polA 基因(DNA polyme rase I gene of T. pallidum),是 T. pallidum 的持家基因，序列具有高度的保守性，其特別功能區(qū)，有豐富的半胱氨酸和四個獨一無二的插入?yún)^(qū)，在DNA復制與修復中起重要的作用。polA基因檢測血清中的梅毒螺旋體，有較高的敏感性和特異性。在梅毒早期快速診斷、療效判斷、療程選擇、神經(jīng)梅毒確診、胎傳梅毒診斷，以及獻血員、孕產(chǎn)婦、婚前體檢、手術(shù)患者和輸血前篩查等領(lǐng)域發(fā)揮重大作用，有著目前常用的血清學檢測不可比擬的優(yōu)勢，將逐漸替代這些方法或作為這些方法的驗證試驗，具有廣闊的應(yīng)用前景和重要的社會、經(jīng)濟價值。

圖I為本實用新型實施例的組裝示意圖。在圖I中，I 6分別為6個含polA基因的標準品質(zhì)粒瓶(標準品的6個濃度分別為I. OX 102copies/mL、l. OX 103copies/mL、1.0X 104copies/mL、1.0X 105copies/mL、1.0X 106copies/mL 和 1.0X 107copies/mL) ；7 為PCR反應(yīng)液瓶；8為含收集管的離心柱；9為陰性質(zhì)控品瓶；10為陽性質(zhì)控品瓶；11為Tag酶瓶；12為蛋白酶K瓶；13為裂解液瓶；14為無水乙醇瓶；15為抑制物去除液瓶；16為第I清洗緩沖液瓶；17為洗脫液瓶；18為第2清洗緩沖液；19為外包裝盒。圖2為標準品檢測結(jié)果。在圖2中。橫坐標代表標準品濃度copies/mL，縱坐標代表閾值循環(huán)數(shù);標記·:標準品 Slope -3. 533205，intercept :45. 18945，R2 :0. 999687。圖3為采用本實用新型建立的梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測方法進行標本檢測的擴增曲線。在圖3中，橫坐標為循環(huán)數(shù)，縱坐標為較正后的熒光強度；其中I 3為梅毒螺旋體陽性擴增曲線，4 5為梅毒螺旋體陰性擴增曲線，6為閾值線。
具體實施方式
以下實施例將結(jié)合附圖對本實用新型作進一步的說明。參見圖I，本實用新型實施例設(shè)有6個含polA基因的標準品質(zhì)粒瓶(標準品的 6 個濃度分別為 I. O X 102copies/mL、I. O X 103copies/mL、I. O X 104copies/mL、1.0X 105copies/mL、1.0X 106copies/mL 和 1.0X 107copies/mL) I 6、PCR 反應(yīng)液瓶 7、含收集管的離心柱8、陰性質(zhì)控品瓶9、陽性質(zhì)控品瓶10、Tag酶瓶11、蛋白酶K瓶12、裂解液瓶13、無水乙醇瓶14、抑制物去除液瓶15、第I清洗緩沖液瓶16、洗脫液瓶17、第2清洗緩沖液18和外包裝盒19。所述6個含polA基因的標準品質(zhì)粒瓶I 6、PCR反應(yīng)液瓶7、含收集管的離心柱8、陰性質(zhì)控品瓶9、陽性質(zhì)控品瓶10、Tag酶瓶11、蛋白酶K瓶12、裂解液瓶13、無水乙醇瓶14、抑制物去除液瓶15、第I清洗緩沖液瓶16、洗脫液瓶17和第2清洗緩沖液18均布在外包裝盒19內(nèi)。[0046]其中PCR反應(yīng)液的成份含有PCR緩沖液、MgCl2、dNTPs、polA基因的引物探針混合物。其中所述耐熱DNA聚合酶(Tag酶)具有:V - DNA聚合酶活性，5' - DNA外切核酸酶活性和可耐受高溫度的聚合酶。所述的耐熱聚合酶最好是95半衰期>45min的
高溫聚合酶。質(zhì)控品包含陰性質(zhì)控品和陽性質(zhì)控品，陰性質(zhì)控品為不含梅毒螺旋體DNA的樣品，陽性質(zhì)控品為含梅毒螺旋體DNA的樣品。以下給出本實用新型的制備方法I)靶基因篩選從GENBANK中篩選梅毒螺旋體高特異性、高靈敏度的polA基因。polA基因的引物、突光探針的設(shè)計米用primer premier 5. 0、01igo 6. 0、TM Utility vl. 3、Clustal X等設(shè)計軟件輔助完成，然后通過BLAST進行同源性比對以保證其特異性。合成的引物和探針用TE (IOmMTri-HCl，pH5. 0,0. ImM TA)溶解，使用ND-1000UV-VIS波長紫外/可見光掃描分光光度計(Nanedrop，美國)進行濃度測定，并將終濃度調(diào)成50 μ M，_20°C保存。2)polA基因標準品質(zhì)粒的構(gòu)建以硅膠膜-離心柱法提取梅毒螺旋體Nichols株DNA作為模板，采用步驟I)中的polA基因的引物，進行PCR擴增。過程如下將擴增產(chǎn)物經(jīng)過回收及純化后，在微量離心管中配制DNA溶液，后加入5 μ L等量的Solution I，16°C反應(yīng)30min，與pMD18_T載體連接將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至DH5a中，冰中放置30min，42°C加熱45s后，再在冰中放置lmin，加入LB培養(yǎng)基，37°C震蕩培養(yǎng)60min后，在含有X_Gal、IPTG、Amp的LB瓊脂平板培養(yǎng)基上培養(yǎng)，形成單菌落，挑選白色菌落，進行增殖培養(yǎng)，提取質(zhì)粒并對其進行PCR擴增，Xab I和Sal I雙酶切及測序鑒定后，將構(gòu)建好的質(zhì)粒進行單酶切線性化處理，再用752型紫外分光光度計定量并_20°C保存作為FQ-PCR的標準品。3) polA基因檢測試劑標準曲線制作包含polA基因的陽性克隆大腸桿菌在含Amp LB肉湯增菌，提取質(zhì)粒，取10 μ L質(zhì)粒用雙蒸水稀釋100倍,260nm, 280nm比色，純度=A26(I/A28(I,濃度=A260 X 50 X 2 X 100 X IO-6 X 6. 02 X IO23/(2806 X 324. 5 X 2) copies/mL,根據(jù)質(zhì)粒濃度，進行一定比例梯度稀釋，選 I. O X 102copies/mL、1.0X 103copies/mL、1.0X 104copies/mL、1.0X 105copies/mL、1.0X 106copies/mL、1.0X 107copies/mL 6 個濃度作標準品，分別以每個濃度標準品作模板進行熒光定量反應(yīng)，確定線性范圍。4) PCR反應(yīng)液制備PCR緩沖液、MgCl2, dNTPs、polA基因引物探針混合物共同組成PCR反應(yīng)液。5)耐熱DNA聚合酶的制備大腸桿菌用異丙基硫代_β-D半乳糖苷(IPTG)進行誘導表達，誘導后的菌懸液菌懸液 IOOml 經(jīng) 5000r/min, 4°C 離心 5min,以 IOml 緩沖液 I (50mmol/Ltris-HCl, SOmmoI /LGlucose, lmmol/L EDTA, ρΗ8· 0)重懸菌液，4°C，5000r/min,離心 5min,細菌沉淀再懸于5ml緩沖液I中，加入溶菌酶(Lys)使?jié)舛冗_5mg/ml，37°C水浴20min ;加入5ml緩沖液II (5mmol/L Tris2HCl,50mmol/L KCl,lmmol/L EDTA,lmmol/L PMSF,0. 5%Tween20,0. 5%NP40)，75°C水浴 45min,4°C,15000r/min 離心 IOmin ;上清加入硫酸銨使達 30%,4°C, 1500r/min 離心 lOmin。沉淀溶于 Iml 緩沖液III (50ml mol/L Tris-HCl, lOmmol/L KCl, lmmol/LDTT, 0. 5%PMSF，50%甘油)中，并對緩沖液III在4°C條件下透析，每6h換液I次共4次，離心除去不溶物后，-20°C凍存。6)樣品處理方法的建立使用梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑檢測梅毒螺旋體的樣本主要包括組織、全血、分泌物(皮膚、生殖器潰瘍、糜爛部分的分泌物)等臨床標本。采用硅膠膜-離心柱法提取模板DNA。7)質(zhì)控品制備陰性質(zhì)控品制備選擇經(jīng)過臨床確認為陰性的臨床標本。陽性質(zhì)控品制備選擇經(jīng)過臨床確認為陽性的臨床標本經(jīng)稀釋獲得陽性質(zhì)控品8)制備梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒DNA提取試劑、耐熱DNA聚合酶(Tag酶)、PCR反應(yīng)液、標準品和質(zhì)控品共同組成梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒。以下給出采用梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒檢測患者的臨床標本I.標本處理I. I分泌物(皮膚、生殖器潰瘍、糜爛部分的分泌物)加入ImL滅菌生理鹽水，充分震蕩搖勻，擠干棉拭子；吸取全部液體轉(zhuǎn)至I. 5mL離心管中，12，OOOrpm離心5min ;去上清，沉淀加滅菌生理鹽水ImL混勻，12，OOOrpm離心5min ;去上清,沉淀備用。I. 2硬下疳及皮損部位組織標本用適量滅菌生理鹽水清洗送檢組織沾帶的血液；取約50mg組織，加ImL滅菌生理鹽水用勻漿器研磨成組織勻漿，轉(zhuǎn)移至I. 5mL離心管中，12, OOOrpm離心5min ;去上清,沉淀加滅菌生理鹽水ImL混勻，12, OOOrpm離心5min ;去上清，沉淀備用。I. 3全血肝素抗凝靜脈血5mL，加等量的生理鹽水懸浮細胞。將細胞懸液小心加在與血液等量的淋巴細胞分離液上，室溫中，水平離心500g 20min。吸去最上層的血漿，收集血漿層和淋巴細胞分離液交界面的單個核細胞，盡量全部吸出PBMC。加I 2倍量Hanks液(洗滌液)，混勻后離心200 Xg lOmin，低速離心有利于去除細胞懸液中留存的血小板，去上清液。用同樣洗滌液洗滌細胞2次，每次離心500Xg lOmin，洗去殘留的淋巴細胞分離液，沉淀備用。2.質(zhì)控品處理取出陰性質(zhì)控品，8，OOOrpm離心數(shù)秒，100 μ L質(zhì)控品加入等量DNA濃縮液充分混勻；去上清，沉淀加滅菌生理鹽水ImL混勻，12，OOOrpm離心5min ;去上清,沉
淀備用。3. DNA提取(娃膠膜_離心柱法)用200 μ L的生理鹽水懸浮沉淀，加入50 μ L的蛋白酶K，再加入200 μ L的裂解液，蓋緊管蓋，漩渦振蕩15s以充分混勻，37°C溫育20min ；加入200 μ L無水乙醇，漩渦振蕩15s以充分混勻；將混合液全部吸至離心柱，室溫下12，OOOrpm離心lmin，將離心柱裝至新的收集管；將500 μ L的清洗緩沖液I加入離心柱，室溫下12，OOOrpm離心lmin，將離心柱裝至新的收集管；將500 μ L的清洗緩沖液II加入離心柱，室溫下12，OOOrpm離心lmin，將離心柱裝至新的收集管；將離心柱_收集管于室溫下最大轉(zhuǎn)速離心3min ;將離心柱取出，放置于新的I. 5mL離心管。打開離心柱蓋子,60°C放置2min (使用干式恒溫器，不能使用水浴鍋)；在離心柱的膜的正上方小心加入60°C預熱的洗脫液50 μ L,蓋緊管蓋,室溫靜置Imin后，12，OOOrpm離心lmin。離心管內(nèi)即為核酸溶液,建議立即使用，如需保存，置于_20°C。4.標準品處理8，OOOrpm離心數(shù)秒，備用。5. PCR擴增在PCR反應(yīng)管中加入2μ L處理后的樣品(包括樣本、質(zhì)控品、標準品)40μ L的PCR反應(yīng)液和3μ L的Taq酶，8，OOOrpm離心數(shù)秒，放入PCR儀器樣品槽進行擴增；95°C IOmin; 95 °C 15s, 55 °C 2min，72°C 30s (共 10 個循環(huán))；95°C 15s, 50 °C 20s,72°C 20s (共40個循環(huán))。6.根據(jù)標準品檢測的標準曲線(見圖2)，計算 得到各待測標本中的梅毒DNA的量(copies/mL)。所述的熒光定量PCR反應(yīng)可使用的儀器包括ABI實對PCR系統(tǒng)(例如7000,7300，7500，7900 等)；BioRad 實時 PCR 檢測系統(tǒng)、Roche 的 iCycler 等。以下給出本實用新型的性能檢定I)精密度試驗對同一樣本每天進行I批次檢測，每批重復檢測2次，共進行20天。收集20天的有效數(shù)據(jù)，進行重復性評價。2)分析靈敏度以 2000copies/mL、1000copies/mL、500copies/mL、250copies/mL4個濃度樣品每天重復8次檢測，連續(xù)做3次，95%檢出陽性的最低濃度值為分析靈敏度。3)特異性臨床常見泌尿生殖道感染患者分泌物標本150例，其中淋病50例、支原體感染50例、尖銳濕疣50例，分別進行DNA提取，熒光定量PCR檢測，同時做梅毒患者和正常人生殖道拭子為陽性和陰性對照，評價方法的特異性。4)線性范圍根據(jù)標準曲線的線性，維持相關(guān)系數(shù)在O. 97以上，判斷方法的線性范圍。5)試劑穩(wěn)定性用兩個濃度水平臨床樣本，每個濃度水平樣本重復測定至少6次，計算平均值。新配制及穩(wěn)定期末工作液應(yīng)在同次運行中測定，將儀器帶來的不精密度減到最小。測定新配制的試劑工作液和穩(wěn)定期末試劑工作液兩組平均值之間的一致性。以下給出具體實施例。實施例II)靶基因篩選參考文獻，從GENBANK中篩選梅毒螺旋體高特異性、高靈敏度的polA基因。polA基因引物、突光探針的設(shè)計米用 primer premier 5. 0、01igo 6. 0、TM Utility vl. 3、ClustalX等設(shè)計軟件輔助完成，然后通過BLAST進行同源性比對以保證其特異性。合成的引物和探針用 TEdOmM Tri-HCl，pH5. 0,0. ImM TA)溶解，使用 ND-1000UV-VIS 波長紫外 / 可見光掃描分光光度計(Nanedrop，美國)進行濃度測定，并將終濃度調(diào)成50 μ M，_20°C保存。2) polA基因標準品質(zhì)粒的構(gòu)建以硅膠膜-離心柱法提取梅毒螺旋體Nichols株DNA作為模板，采用步驟I)中的polA基因的引物，進行PCR擴增。過程如下將擴增產(chǎn)物經(jīng)過回收及純化后，在微量離心管中配制DNA溶液，后加入5 μ L等量的Solution I，16°C反應(yīng)30min，與pMD18_T載體連接將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至DH5a中，冰中放置30min，42°C加熱45s后，再在冰中放置lmin，加入LB培養(yǎng)基，37°C震蕩培養(yǎng)60min后，在含有X_Gal、IPTG、Amp的LB瓊脂平板培養(yǎng)基上培養(yǎng)，形成單菌落，挑選白色菌落，進行增殖培養(yǎng)，提取質(zhì)粒并對其進行PCR、Xab I和Sal I雙酶切及測序鑒定后，將構(gòu)建好的質(zhì)粒進行單酶切線性化處理，再用752型紫外分光光度計定量并_20°C保存作為FQ-PCR的標準品。3) polA基因檢測試劑標準曲線制作包含polA基因的陽性克隆大腸桿菌在含Amp LB肉湯增菌，提取質(zhì)粒，取10 μ L質(zhì)粒用雙蒸水稀釋100倍,260nm, 280nm比色，純度=A26(I/A28(I,濃度=A260 X 50 X 2 X 100 X IO-6 X 6. 02 X IO23/(2806 X 324. 5 X 2) copies/mL,根據(jù)質(zhì)粒濃度，進行一定比例梯度稀釋，選 I. O X 102copies/mL、1.0X 103copies/mL、1.0X 104copies/mL、1.0X 105copies/mL、1.0X 106copies/mL、1.0X 107copies/mL 6 個濃度作標準品，分別以每個濃度標準品作模板進行熒光定量反應(yīng)，確定線性范圍。4) PCR反應(yīng)液制備PCR緩沖液、MgCl2, dNTPs、polA基因引物探針混合物共同組成PCR反應(yīng)液。5)耐熱DNA聚合酶的制備大腸桿菌用異丙基硫代_β-D半乳糖苷(IPTG)進行誘導表達，誘導后的菌懸液菌懸液 IOOml 經(jīng) 5000r/min, 4°C 離心 5min,以 IOml 緩沖液 I (50mmol/Ltris-HCl, SOmmoI /L Glucose, lmmol/L EDTA, ρΗ8· O)重懸菌液,4°C，5000r/min,離心 5min,細菌沉淀再懸于5ml緩沖液I中，加入溶菌酶(Lys)使?jié)舛冗_5mg/ml，37°C水浴20min ;加入5ml緩沖液II (5mmol/L Tris-HCl,50mmol/L KCl,lmmol/L EDTA,lmmol/L PMSF,0. 5%Tween20,0. 5%NP40)，75°C水浴 45min,4°C,15000r/min 離心 IOmin ;上清加入硫酸銨使達 30%,4°C, 1500r/min 離心 lOmin。沉淀溶于 Iml 緩沖液III (50ml mol/LTris-HCl, 10mmol/L KCl, lmmol/LDTT, 0. 5%PMSF，50%甘油)中，并對緩沖液III在4°C條件下透析，每6h換液I次共4次，離心除去不溶物后，-20°C凍存。6)樣品處理方法的建立使用梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑檢測梅毒螺旋體的樣本主要包括組織、全血、分泌物(皮膚、生殖器潰瘍、糜爛部分的分泌物)等臨床標本。采用硅膠膜-離心柱法提取模板DNA。7)質(zhì)控品制備陰性質(zhì)控品制備選擇經(jīng)過臨床確認為陰性的臨床標本。陽性質(zhì)控品制備選擇經(jīng)過臨床確認為陽性的臨床標本經(jīng)稀釋獲得陽性質(zhì)控品8)制備梅毒螺旋體POlA基因FQ-PCR檢測試劑盒DNA提取試劑、耐熱DNA聚合酶(Tag酶)、PCR反應(yīng)液、標準品和質(zhì)控品共同組成梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒。9)標本處理生殖泌尿道分泌物棉拭子加入ImL滅菌生理鹽水，充分震蕩搖勻，擠干棉拭子；吸取全部液體轉(zhuǎn)至1.5mL離心管中，12，000印111離心51^11 ;去上清，沉淀加滅菌生理鹽水ImL混勻，12, OOOrpm離心5min ;去上清,沉淀備用。10)質(zhì)控品處理取出陰性質(zhì)控品，8，OOOrpm離心數(shù)秒，100 μ L質(zhì)控品加入等量DNA濃縮液充分混勻；去上清，沉淀加滅菌生理鹽水ImL混勻，12，OOOrpm離心5min ;去上
清，沉淀備用。IDDNA提取(硅膠膜-離心柱法):用200 μ L的生理鹽水懸浮沉淀，加入50 μ L的蛋白酶K，再加入200 μ L的裂解液，蓋緊管蓋，漩渦振蕩15s以充分混勻，37°C溫育20min ；加入200 μ L無水乙醇，漩渦振蕩15s以充分混勻；將混合液全部吸至離心柱，室溫下12，OOOrpm離心lmin，將離心柱裝至新的收集管；將500 μ L的清洗緩沖液I加入離心柱，室溫下12，OOOrpm離心lmin，將離心柱裝至新的收集管；將500 μ L的清洗緩沖液II加入離心柱，室溫下12，OOOrpm離心lmin，將離心柱裝至新的收集管；將離心柱_收集管于室溫下最大轉(zhuǎn)速離心3min ;將離心柱取出，放置于新的I. 5mL離心管。打開離心柱蓋子,60°C放置2min (使用干式恒溫器，不能使用水浴鍋)；在離心柱的膜的正上方小心加入60°C預熱的洗脫液50 μ L,蓋緊管蓋,室溫靜置Imin后，12，OOOrpm離心lmin。離心管內(nèi)即為核酸溶液,建議立即使用，如需保存，置于_20°C。12)標準品處理8，OOOrpm離心數(shù)秒，備用。13) PCR擴增在PCR反應(yīng)管中加入2μ L處理后的樣品(包括樣本、質(zhì)控品、標準品)40 μ L的PCR反應(yīng)液和3 μ L的Taq酶，8，OOOrpm離心數(shù)秒，放入PCR儀器樣品槽進行擴增；95°C IOmin; 95 °C 15s, 55 °C 2min，72°C 30s (共 10 個循環(huán))；95°C 15s, 50 °C 20s,72°C 20s (共40個循環(huán))。14)根據(jù)標準品檢測的標準曲線，計算得到各待測標本中的梅毒DNA的量(copies/mL)實施例2與實施例I相似，其區(qū)別在于待檢標本為硬下疳及皮損部位組織標本，標本用適量滅菌生理鹽水清洗送檢組織沾帶的血液；取約50mg組織，加ImL滅菌生理鹽水用勻漿器研磨成組織勻衆(zhòng)，轉(zhuǎn)移至I. 5mL離心管中，12，OOOrpm離心5min ;去上清,沉淀加滅菌生理鹽水ImL混勻，12，OOOrpm離心5min ;去上清，沉淀的DNA提取和PCR擴增同實施例I。實施例3與實施例I相似，其區(qū)別在于待檢標本為全血，肝素抗凝靜脈血5mL，加等量的生理鹽水懸浮細胞。將細胞懸液小心加在與血液等量的淋巴細胞分離液上，室溫中，水平離心500g20min。吸去最上層的血漿，收集血漿層和淋巴細胞分離液交界面的單個核細胞，盡量全部吸出PBMC。加I 2倍量Hanks液(洗滌液)，混勻后離心200 Xg lOmin，低速離心有利于去除細胞懸液中留存的血小板,去上清液。用同樣洗滌液洗滌細胞2次，每次離心500Xgl0min，洗去殘留的淋巴細胞分離液，沉淀的DNA提取和PCR擴增同實施例I。實施例4性能驗證試驗按實施例I的方案制備梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒，然后進行性能驗證。I)精密度試驗對同一樣本每天進行I批次檢測,每批重復檢測2次，共進行20天。收集20天的有效數(shù)據(jù)，進行重復性評價。2)分析靈敏度以 2000copies/mL、1000copies/mL、500copies/mL、250copies/mL4個濃度樣品每天重復8次檢測，連續(xù)做三次，95%檢出陽性的最低濃度值為分析靈敏度。3)特異性臨床常見泌尿生殖道感染患者分泌物標本150例，其中淋病50例、支原體感染50例、尖銳濕疣50例，分別進行DNA提取，熒光定量PCR檢測，同時做梅毒患者和正常人生殖道拭子為陽性和陰性對照，評價方法的特異性。4)線性范圍根據(jù)標準曲線的線性，維持相關(guān)系數(shù)在O. 97以上，判斷方法的線性范圍。5)試劑穩(wěn)定性用兩個濃度水平臨床樣本，每個濃度水平樣本重復測定至少6次，計算平均值。新配制及穩(wěn)定期末工作液應(yīng) 在同次運行中測定，將儀器帶來的不精密度減到最小。測定新配制的試劑工作液和穩(wěn)定期末試劑工作液兩組平均值之間的一致性。
權(quán)利要求1.梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒，其特征在于設(shè)有DNA提取試劑瓶、耐熱DNA聚合酶瓶、PCR反應(yīng)液瓶、標準品瓶、質(zhì)控品瓶和包裝盒；所述DNA提取試劑瓶、耐熱DNA聚合酶瓶、PCR反應(yīng)液瓶、標準品瓶和質(zhì)控品瓶設(shè)在包裝盒內(nèi)；所述DNA提取試劑瓶設(shè)有蛋白酶K瓶、裂解液瓶、無水こ醇瓶、抑制物去除液瓶、第I清洗緩沖液瓶、洗脫液瓶、第2清洗緩沖液瓶和含收集管的離心柱；所述標準品瓶設(shè)有6個含polA基因的標準品質(zhì)粒瓶；所述質(zhì)控品瓶設(shè)有陰性質(zhì)控品瓶和陽性質(zhì)控品瓶。
專利摘要梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒，涉及一種試劑盒。試劑盒設(shè)有DNA提取試劑瓶、耐熱DNA聚合酶瓶、PCR反應(yīng)液瓶、標準品瓶、質(zhì)控品瓶和包裝盒；DNA提取試劑瓶設(shè)有蛋白酶K瓶、裂解液瓶、無水乙醇瓶、抑制物去除液瓶、第1清洗緩沖液瓶、洗脫液瓶、第2清洗緩沖液瓶和含收集管的離心柱；標準品瓶設(shè)有6個含polA基因的標準品質(zhì)粒瓶；質(zhì)控品瓶設(shè)有陰性質(zhì)控品瓶和陽性質(zhì)控品瓶。先篩選靶基因，再構(gòu)建polA基因標準品質(zhì)粒，制作polA基因檢測試劑標準曲線后，先后制備PCR反應(yīng)液、耐熱DNA聚合酶，建立樣品處理方法后，制備質(zhì)控品，最后完成梅毒螺旋體polA基因FQ-PCR檢測試劑盒。
文檔編號C12R1/01GK202576424SQ2012202036
公開日2012年12月5日 申請日期2012年5月8日 優(yōu)先權(quán)日2012年5月8日
發(fā)明者劉莉莉, 林麗蓉, 張長弓, 童曼莉, 徐竟波, 楊天賜 申請人:廈門大學附屬中山醫(yī)院