一種酮還原酶突變體及其制備方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及一種酮還原酶突變體及其制備方法,其源于釀酒酵母的野生型酮還原酶,能夠使5-羥基-3-氧代己酸酯轉(zhuǎn)化為對應(yīng)的順式3,5-二羥基己酸酯,具有I46V、S127N、Q144K中的一個(gè)或多個(gè)突變。本發(fā)明的酮還原酶突變體具有明顯的高比酶活,比野生型酮還原酶提高了2-100倍,利用該酶可生物催化5-羥基-3-氧代己酸酯以生產(chǎn)對應(yīng)的順式3,5-二羥基己酸酯;反應(yīng)條件溫和,對設(shè)備要求低,生產(chǎn)過程無需高溫或者冷卻,能耗低,由于酶催化具有高效,專一的選擇性,故以此法生產(chǎn)他汀類藥物關(guān)鍵中間體順式 3,5-二羥基己酸酯無副產(chǎn)物產(chǎn)生,純化方便;此外反應(yīng)絕大部分溶劑為水,三廢排放低,綠色環(huán)保。
【專利說明】一種酮還原酶突變體及其制備方法
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及酮還原酶突變體及其制備方法,特別涉及一種源于釀酒酵母的酮還原酶突變體及其高效制備方法。
【背景技術(shù)】
[0002]阿托伐他汀鈣(商品名LIPIT0R由輝瑞公司銷售)、羅蘇伐他汀鈣(商品名CREST0R由阿斯利康公司銷售)以及匹伐他汀(商標(biāo)名Lipalo由Nissan Chemical及Kowa公司在日本銷售),是重要的降膽固醇他汀類藥物。而立體異構(gòu)純的順式3,5-二羥基己酸酯是這些重要的他汀類藥物的關(guān)鍵的手性中間體。在已知的制備這些手性中間體的諸多途徑中,包括化學(xué)法和酶法,都具有很多缺點(diǎn)。由于化學(xué)法合成過程條件苛刻,副反應(yīng)多,產(chǎn)品分離純化難度大,得率低,成本高,使其難以成為用于商品規(guī)模合成的理想方法。采用酶法制備立體異構(gòu)純的順式3,5- 二羥基己酸酯需要使用具有立體選擇性的酮還原酶,但現(xiàn)有的野生型酮還原酶催化活性很較低,使用10g/L粗酶粉20小時(shí)僅可轉(zhuǎn)化lg/L的酮底物,也使其難以成為用于商品規(guī)模合成的理想方法。
【發(fā)明內(nèi)容】
[0003]本發(fā)明的目的是提供一種酶催化活性高的酮還原酶及其制備方法。
[0004]實(shí)現(xiàn)本發(fā)明目的的技術(shù)方案是:釀酒酵母(Saccharomces cerevisiae)中天然存在的野生型酮還原酶,能夠使5-羥基-3-氧代己酸酯轉(zhuǎn)化為對應(yīng)的順式3,5- 二羥基己酸酯。本公開內(nèi)容的發(fā)明人已發(fā)現(xiàn)包括在一定位置突變的酮還原酶與釀酒酵母(Saccharomces cerevisiae)產(chǎn)生的野生型酮還原酶(SEQ ID NO:2)相比表現(xiàn)出增加的催化活性?!耙吧屯€原酶”、“野生型KRED酶”及“野生型KRED酮還原酶”指由源自釀酒酵母(Saccharomces cerevisiae)的野生型酮還原酶基因SEQ ID N0:1編碼的,并具有SEQ ID NO:2的氨基酸序列的酮還原酶。該酶能立體選擇地還原5-羥基-3-氧代己酸酯的3-氧代基因以產(chǎn)生對應(yīng)的順式3,5- 二羥基己酸酯?!耙吧汀敝概c自然中所發(fā)現(xiàn)的一樣的材料或物質(zhì)的形式。例如野生型的蛋白質(zhì)或核酸序列是可以從自然界中的分離并且未經(jīng)過人為修飾的,在生物體中存在的原始序列形式?!霸黾拥拇呋钚浴敝冈隗w外或體內(nèi)試驗(yàn)中所測量的與野生型酮還原酶相比,表現(xiàn)出使底物(例如5-羥基-3-氧代己酸酯)向產(chǎn)物(例如順式3,5-二羥基己酸酯)轉(zhuǎn)化率增加的酮還原酶。
[0005]本發(fā)明提供一種酮還原酶突變體,其源于釀酒酵母(Saccharomces cerevisiae)的野生型酮還原酶,能夠立體選擇地還原5-羥基-3-氧代己酸酯的3-氧代基因以產(chǎn)生對應(yīng)的順式3,5- 二羥基己酸酯。所述酮還原酶突變體,與SEQ ID N0.2的野生型酮還原酶相比表現(xiàn)出更強(qiáng)的催化活性。酮還原酶突變體和編碼這種突變體的多核苷酸可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員通常使用的方法制備。突變體可以通過使編碼該酶的體外重組、多核苷酸誘變、DNA改組、易錯PCR和定向進(jìn)化方法等獲得。
[0006]上述酮還原酶突變體,具有選自以下特征中的一個(gè)或多個(gè)突變:I46V,S127N,Q144K。
[0007]上述酮還原酶突變體,優(yōu)先自序列SEQ ID N0.4。全長突變的酮還原酶對于保持酶的催化活性并不是必需的。相應(yīng)地,應(yīng)考慮酮還原酶突變體的截短的類似物和有催化活性的片段。例如,在一些實(shí)施方案中,C端或N端的數(shù)個(gè)氨基酸可以被刪去。任何特定的截短的類似物或片段可以利用相應(yīng)的試驗(yàn)來評估催化活性。同樣的,額外的氨基酸殘基可以被添加到一個(gè)或兩個(gè)末端而不影響催化活性。額外序列可以是功能性的或非功能性的。例如,額外氨基酸序列可以被用來幫助純化,做為標(biāo)記,或執(zhí)行一些其它的功能。因此,本公開內(nèi)容的酮還原酶突變體可以是融合蛋白的形式,其中酮還原酶突變體(或其片段)諸如通過助溶標(biāo)簽(如SUMO蛋白)、純化標(biāo)簽(如結(jié)合金屬的His標(biāo)簽)和細(xì)菌定位信號(如分泌信號)的實(shí)例而非限制的方式被融合到其它蛋白質(zhì)。
[0008]本發(fā)明提供一種酮還原酶突變體,其酮還原酶活性比野生型酮還原酶的活性至少增強(qiáng)2-100倍。
[0009]上述酮還原酶酶基因突變體,其優(yōu)選自SEQ ID N0.3,其已經(jīng)過序列優(yōu)化以適于在大腸桿菌中表達(dá)。在一些實(shí)施方案中,多核苷酸包括被優(yōu)化用于在特定類型的宿主細(xì)胞中表達(dá)的密碼子。用于各種不同類型的微生物的密碼子的使用和偏好性是已知的,因?yàn)槠涫怯糜谠谶@些微生物的表達(dá)特定的氨基酸的優(yōu)化的密碼子。
[0010]本發(fā)明提供一種重組質(zhì)粒,其優(yōu)選自SEQ ID N0.5,比pET系列及pQE系列表達(dá)載體相比其具有更嚴(yán)謹(jǐn)?shù)谋磉_(dá)控制。在一些實(shí)施方案中,控制序列包括啟動子、前導(dǎo)序列、多腺苷酸化序列、前肽序列、信號肽序列和轉(zhuǎn)錄終止子等。對于細(xì)菌宿主細(xì)胞,指導(dǎo)編碼序列的轉(zhuǎn)錄的適合的啟動子包括但不限于從噬菌體T5、噬菌體T7、噬菌體lambda、大腸桿菌lacUV5操縱子、大腸桿菌trp操縱子、大腸桿菌tac操縱子等。
[0011]本發(fā)明提供一種宿主細(xì)胞,優(yōu)選自大腸桿菌W3110,DH1,和JM109中的一種。表達(dá)酮還原酶突變體的表達(dá)載體可以包含允許載體整合到宿主細(xì)胞基因組中或者載體在細(xì)菌中獨(dú)立于基因組自主復(fù)制的元件。為整合到宿主細(xì)胞基因組中,載體可以通過recombineering重組工程使載體整合到基因組中。
[0012]本發(fā)明提供一種制備酮還原酶突變體的方法,其特征在于包括以下步驟:(a)構(gòu)建表達(dá)酮還原酶突變體的基因工程菌,所述基因工程菌包括宿主細(xì)胞,表達(dá)載體以及酮還原酶突變體基因;(b)篩選得到所述基因工程菌;(C)培養(yǎng)所述基因工程菌;(d)誘導(dǎo)表達(dá)所述基因工程菌;(e)收集和制備酮還原酶突變體。
[0013]所述步驟(a)為將來自釀酒酵母(Saccharomces cerevisiae)的編碼野生型酮還原酶的多核苷酸(SEQ ID NO:I)進(jìn)行序列優(yōu)化后通過全基因合成的方式獲得。將優(yōu)化后的編碼酮還原酶的多核苷酸克隆到表達(dá)載體(SEQ ID N0.5)的啟動子的控制下,得到可以表達(dá)野生型酮還原酶的質(zhì)粒。將所得質(zhì)粒通過標(biāo)準(zhǔn)方法轉(zhuǎn)化到大腸桿菌DHl中。所用克隆方法為同源重組的方式,所用到的擴(kuò)增引物為:
[0014]F:5' ATTAAAGAGGAGAAATTAACATATGTCTTTCCACCAGCAGTTCTTCA 3’;
[0015]R:5’ AACAGGAGTCCAAGCTCAGCTTATTAAACTTTCTGAGCAGCGTAGTTG 3’。類似的,將編碼酮還原酶突變體的多核苷酸(SEQ ID NO:3)克隆到表達(dá)載體(SEQ ID N0.5)的啟動子的控制下,得到可以表達(dá)酮還原酶突變體的質(zhì)粒。將所得質(zhì)粒通過標(biāo)準(zhǔn)方法轉(zhuǎn)化到大腸桿菌DHl中。
[0016]所述步驟(c)為挑取含有目的表達(dá)載體的大腸桿菌單菌落接種于1ml高壓滅菌后的第一培養(yǎng)基中,30°C,250rpm過夜培養(yǎng);次日取IL三角瓶,按1:100的接種比例接入到10ml高壓滅菌后的第二培養(yǎng)基中,于30°C中培養(yǎng)至菌體OD 5_6,立刻將三角瓶置于25°C搖床中,250rpm培養(yǎng)lh,加入IPTG至終濃度0.1mM,并于25°C,250rpm繼續(xù)培養(yǎng)15h。
[0017]所述第一培養(yǎng)基為:胰蛋白胨10 g/L,酵母提取物5 g/L,磷酸氫二鈉3.55 g/L,磷酸二氫鉀3.4 g/L,氯化銨2.68 g/L,硫酸鈉0.71 g/L,七水硫酸鎂0.493 g/L,六水氯化鐵0.027 g/L,甘油5g/L,葡萄糖0.8g/L,滅菌后添加氨節(jié)青霉素至100mg/L。
[0018]所述第二培養(yǎng)基為:胰蛋白胨10 g/L,酵母提取物5 g/L,磷酸氫二鈉3.55 g/L,磷酸二氫鉀3.4 g/L,氯化銨2.68 g/L,硫酸鈉0.71 g/L,七水硫酸鎂0.493 g/L,六水氯化鐵 0.027 g/L,甘油 5g/L,葡萄糖 0.3g/L。
[0019]本發(fā)明具有積極的效果:(1)本發(fā)明的酮還原酶突變體具有明顯的高比酶活,比野生型酮還原酶提高了 2-100倍,利用該酶可生物催化5-羥基-3-氧代己酸酯以生產(chǎn)對應(yīng)的順式3,5- 二羥基己酸酯;(2)本發(fā)明反應(yīng)條件溫和,對設(shè)備要求低,生產(chǎn)過程無需高溫或者冷卻,能耗低,由于酶催化具有高效,專一的選擇性,故以此法生產(chǎn)他汀類藥物關(guān)鍵中間體順式3,5-二羥基己酸酯無副產(chǎn)物產(chǎn)生,純化方便;(3)反應(yīng)絕大部分溶劑為水,三廢排放低,綠色環(huán)保。
【具體實(shí)施方式】
[0020](實(shí)施例1)
[0021]野生型及酮還原酶突變體表達(dá)載體的構(gòu)建
[0022]將來自釀酒酵母(Saccharomces cerevisiae)的編碼野生型酮還原酶的多核苷酸(SEQ ID NO: I)進(jìn)行序列優(yōu)化后通過全基因合成的方式獲得。將優(yōu)化后的編碼酮還原酶的多核苷酸克隆到表達(dá)載體(SEQ ID N0.5)的啟動子的控制下,得到可以表達(dá)野生型酮還原酶的質(zhì)粒。將所得質(zhì)粒通過標(biāo)準(zhǔn)方法轉(zhuǎn)化到大腸桿菌DHl中。所用克隆方法為同源重組的方式,所用到的擴(kuò)增引物為:
[0023]F:5’ ATTAAAGAGGAGAAATTAACATATGTCTTTCCACCAGCAGTTCTTCA 3’ ;
[0024]R:5’ AACAGGAGTCCAAGCTCAGCTTATTAAACTTTCTGAGCAGCGTAGTTG 3’ 。
[0025]類似的,將編碼酮還原酶突變體的多核苷酸(SEQ ID NO:3)克隆到表達(dá)載體(SEQID N0.5)的啟動子的控制下,得到可以表達(dá)酮還原酶突變體的質(zhì)粒。將所得質(zhì)粒通過標(biāo)準(zhǔn)方法轉(zhuǎn)化到大腸桿菌DHl中。
[0026]酮還原酶突變體的制備
[0027]挑取含有目的表達(dá)載體的大腸桿菌DHl單菌落接種于1ml高壓滅菌后的培養(yǎng)基中:胰蛋白胨10 g/L,酵母提取物5 g/L,磷酸氫二鈉3.55 g/L,磷酸二氫鉀3.4 g/L,氯化銨2.68 g/L,硫酸鈉0.71 g/L,七水硫酸鎂0.493 g/L,六水氯化鐵0.027 g/L,甘油5g/L,葡萄糖0.8g/L,滅菌后添加氨芐青霉素至100mg/L。30°C,250rpm過夜培養(yǎng)。次日取IL三角瓶,按1:100的接種比例接入到10ml高壓滅菌后的培養(yǎng)基中:胰蛋白胨10 g/L,酵母提取物5 g/L,磷酸氫二鈉3.55 g/L,磷酸二氫鉀3.4 g/L,氯化銨2.68 g/L,硫酸鈉0.71 g/L,七水硫酸鎂0.493 g/L,六水氯化鐵0.027 g/L,甘油5g/L,葡萄糖0.3g/L。滅菌后添加卡那霉素至50mg/L。于30°C中培養(yǎng)至菌體OD 5-6,立刻將三角瓶置于25°C搖床中,250rpm培養(yǎng)lh。加入IPTG至終濃度0.1mM,并于25°C,250rpm繼續(xù)培養(yǎng)15h。
[0028]培養(yǎng)結(jié)束后,將培養(yǎng)液于4°C,6000g下離心20min最終得到濕菌體2.2g。然后將沉淀用蒸餾水清洗兩次,收集菌體。再次用蒸餾水重懸,在超聲破碎儀下破碎至澄清。破碎后于4°C,12000g下離心30min,收集上清,預(yù)冷至_70°C后用冷凍干燥機(jī)制備凍干粉。最終得到粗酶凍干粉0.35g。
[0029]酮還原酶活性的測定
[0030]由于NADPH在340nm處有吸收峰,而NADP在340nm處無吸收峰,故可通過檢測反應(yīng)過程中NADPH吸光值的變化,而計(jì)算酮還原酶的活性。酮還原酶活力測定體系為:3ml反應(yīng)體系中,依次加入1.5ml 10mM pH7.0 PBS緩沖液,加入終濃度0.2mM NADPH,2mM 6-氰基-(5R)-羥基-3-氧代己酸叔丁酯,加雙蒸水補(bǔ)至2.9ml,充分混勻后置于25°C水浴中。將實(shí)施2中制備的酮還原酶干粉按適當(dāng)?shù)谋壤♂尯螅?0ul加入反應(yīng)體系中,混勻后于340nm處檢測每分鐘的吸光度變化值。參照NADPH標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算酮還原酶的酶活。單位酶活(U)定義為每分鐘生成lymol NADP所需要的酶量。用同樣方法檢測野生型酮還原酶的酶活。根據(jù)檢測的結(jié)果計(jì)算得到改進(jìn)后的酮還原酶突變體比野生型酮還原酶酶活提升了92.8 倍。
[0031]以上所述的具體實(shí)施例,對本發(fā)明的目的、技術(shù)方案和有益效果進(jìn)行了進(jìn)一步詳細(xì)說明,所應(yīng)理解的是,以上所述僅為本發(fā)明的具體實(shí)施例而已,并不用于限制本發(fā)明,凡在本發(fā)明的精神和原則之內(nèi),所做的任何修改、等同替換、改進(jìn)等,均應(yīng)包含在本發(fā)明的保護(hù)范圍之內(nèi)。
[0032]序列表
[0033]<110>南京朗恩生物科技有限公司
[0034]<120> 一種酮還原酶突變體及其制備方法
[0035]〈130〉2013
[0036]〈160〉4
[0037]〈170〉PatentIn vers1n 3.3
[0038]〈210〉I
[0039]〈211〉939
[0040]〈212〉DNA
[0041]〈213〉釀酒酵母(Saccharomces cerevisiae)
[0042]〈400〉I
[0043]atgtcatttc accaacagtt ctttaccttg aataatggaa ataaaatccc cgcaatcgcc 60
[0044]atcattggga caggtactag atggtataaa aacgaagaaa cggatgctac cttttcgaac 120
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[0059]〈210〉2
[0060]〈211〉312
[0061]〈212〉PRT
[0062]〈213〉釀酒酵母(Saccharomces cerevisiae)
[0063]〈400〉2
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[0148]Leu Tyr Lys Ser Gly Lys Ala Lys Asn lie Gly Val Ser Asn Phe Ala
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[0150]Val Glu Asp Leu Gln Arg lie Leu Lys Val Ala Glu Val Lys Pro Gln
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[0152]Val Asn Gln lie Glu Phe Ser Pro Phe Leu Gln Asn Gln Thr Pro Gly
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[0154]lie Tyr Lys Phe Cys Gln Glu His Asp lie Leu Val Glu Ala Tyr Ser
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[0156]Pro Leu Gly Pro Leu Gln Lys Lys Thr Ala Gln Asp Asp Ser Gln Pro
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[0158]Phe Phe Glu Tyr Val Lys Glu Leu Ser Glu Lys Tyr lie Lys Ser Glu
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[0160]Ala Gln lie lie Leu Arg Trp Val Thr Lys Arg Gly Val Leu Pro Val
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[0176]attgtgagcg ctcacaattc cacagaattc attaaagagg agaaattaacatatgaagct120
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[0178]gatttgttca gaacgctcgg ttgccgccgg gcgtttttta ttggtgagaatccaagctag240
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[0231]aggcgtatca cgaggccctt tcgtcttcac3390
【權(quán)利要求】
1.一種酮還原酶突變體,其源于釀酒酵母的野生型酮還原酶,能夠使5-羥基-3-氧代己酸酯轉(zhuǎn)化為對應(yīng)的順式3,5-二羥基己酸酯,具有以下特征中的一個(gè)或多個(gè)突變:I46V、S127N、Q144K。
2.一種如權(quán)利要求1所述的酮還原酶突變體,其序列為SEQ ID N0.4。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的酮還原酶突變體,其酮還原酶活性比野生型酮還原酶的活性至少增強(qiáng)2-100倍。
4.一種多核苷酸,其編碼如權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的重組多肽。
5.如權(quán)利要求4所述的多核苷酸,其序列為SEQID N0.3。
6.—種重組質(zhì)粒,其包括表達(dá)載體連接權(quán)利要求5所述的多核苷,所述載體序列為SEQID N0.5。
7.—種宿主細(xì)胞,其包含權(quán)利要求6所述的重組質(zhì)粒。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的宿主細(xì)胞,其特征在于:所述細(xì)胞是大腸桿菌,為大腸桿菌W3110, DHU JM109 中的一種。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的宿主細(xì)胞,其中所述重組質(zhì)粒的密碼子已經(jīng)為在所述宿主細(xì)胞中表達(dá)而進(jìn)行了優(yōu)化。
10.一種如權(quán)利要求1、所述酮還原酶突變體的制備方法,包括以下步驟:(a)采用釀酒酵母構(gòu)建表達(dá)酮還原酶突變體的基因工程菌,所述基因工程菌包括宿主細(xì)胞,表達(dá)載體以及酮還原酶突變體基因,所述宿主細(xì)胞為大腸桿菌W3110,DH1,和JM109中的一種;(b)篩選得到所述基因工程菌;(c)培養(yǎng)所述基因工程菌;(d)誘導(dǎo)表達(dá)所述基因工程菌;(e)收集和制備酮還原酶突變體。
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述酮還原酶突變體的制備方法,其特征在于:所述步驟(c)為挑取含有目的表達(dá)載體的大腸桿菌單菌落接種于1ml高壓滅菌后的第一培養(yǎng)基中,30°C,250rpm過夜培養(yǎng);次日取IL三角瓶,按1:100的接種比例接入到10ml高壓滅菌后的第二培養(yǎng)基中,于30°C中培養(yǎng)至菌體OD 5-6,立刻將三角瓶置于25°C搖床中,250rpm培養(yǎng)Ih,加入IPTG至終濃度0.1mM,并于25°C,250rpm繼續(xù)培養(yǎng)15h。
12.—種生產(chǎn)他汀類藥物的關(guān)鍵的手性中間體的方法,包括在與權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的酮還原酶突變體的存在下,使5-羥基-3-氧代己酸酯還原成對應(yīng)的順式3,5- 二羥基己酸酯。
【文檔編號】C12N9/04GK104342410SQ201310319519
【公開日】2015年2月11日 申請日期:2013年7月26日 優(yōu)先權(quán)日:2013年7月26日
【發(fā)明者】丁雪峰 申請人:南京朗恩生物科技有限公司