一組用于早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一組用于早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物，并提供了利用該組引物進(jìn)行多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)分析的方法。該組引物是從基因組文庫篩選設(shè)計的。該組引物PCR擴(kuò)增產(chǎn)物穩(wěn)定、多態(tài)性好，可用于多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)的分析。
【專利說明】—組用于早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明屬于植物保護(hù)領(lǐng)域，具體涉及一組用于早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物，可應(yīng)用于馬鈴薯早疫病原菌茄鏈格孢菌群體遺傳多樣性分析。
【背景技術(shù)】
[0002]馬鈴薯是繼水稻、小麥和玉米之后的世界第四大糧食作物，由茄鏈格孢菌(Alternaria solani Sorauer)引起的馬鈴薯早疫病在世界各地馬鈴薯種植區(qū)均有發(fā)生。早疫病菌在馬鈴薯生長期可反復(fù)多次侵染，以分生孢子形式在薯塊或土壤中越冬。目前在我國某些地區(qū)有越來越嚴(yán)重的趨勢，給當(dāng)?shù)伛R鈴薯生產(chǎn)造成了巨大損失。
[0003]微衛(wèi)星DNA又稱SSR(Simple sequence repeat)簡單序列重復(fù)，是以幾個堿基(一般為1-6個)為重復(fù)單位組成的簡單串聯(lián)重復(fù)序列，由核心序列和側(cè)翼序列組成，其核心序列呈串聯(lián)重復(fù)排列，由于重復(fù)單元的數(shù)目不同而使微衛(wèi)星呈現(xiàn)出多態(tài)性。由于微衛(wèi)星寡核苷酸的重復(fù)次數(shù)在同一物種的不同基因型間差異很大，因而SSR標(biāo)記呈現(xiàn)出多態(tài)性。相對于其他標(biāo)記，SSR標(biāo)記共顯性，多態(tài)性高，特別是具有分類學(xué)?；缘忍攸c，是植物病原菌的種類鑒定、無毒基因鑒定與作圖、起源與進(jìn)化、傳播與流行研究等最理想的分子標(biāo)記之一。到目前為止，國際上還沒有一套用以分析茄鏈格孢菌遺傳結(jié)構(gòu)的微衛(wèi)星引物。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004]本發(fā)明的目的在于提供用于馬鈴薯早疫病原菌茄鏈格孢菌群體遺傳多樣性分析的微衛(wèi)星引物，并進(jìn)一步給出了應(yīng)用該引物的PCR測定方法。
[0005]一組用于早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物，其特征在于微衛(wèi)星引物的核苷酸序列及指標(biāo)參數(shù)`如表1所示:
表1茄鏈格孢菌微衛(wèi)星引物及對應(yīng)的指標(biāo)參數(shù)
【權(quán)利要求】
1.一組用于早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物，其特征在于微衛(wèi)星引物的核苷酸序列為:
PAlF:TATTTCAGCAGGGCAAATCC, PAIR:ATGGACTCCGTCACCTTGTC ；
PA2F:CAATCGTGATGTCGTTACGG, PA2R: TCGCGCACTGTCTCTCTCTA ；
PA3F:GACGTTCGCTTCAAACCATT, PA3R:AGTCAGCGTGGTTCTGACCT ；
PA4F:AGCTGTGAGGGCAGCAGTAT, PA4R: TTCGGGTTGAAGTAACTGGC ；
PA5F:CTCATCCAGCAGATTCGACA, PA5R:AAGGCTTGGGAAAGAGAGGA ；
PA6F:CACTTCCCTACGCAGGTAGC, PA6R: TCGTCTCGCAATTACTCGTG ；
PA7F:AGCTGTGAGGGCAGCAGTAT, PA7R:AGTCAGCGTGGTTCTGACCT ?
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一組用于早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物，其特征在于所述的微衛(wèi)星引物的指標(biāo)參數(shù)為: 引物PAl重復(fù)基序為(TGC) 6，溶解溫度Tm為58°C，擴(kuò)增片段大小為190_202bp ； 引物PA2重復(fù)基序為(GTC) 9，溶解溫度Tm為58°C，擴(kuò)增片段大小為238_268bp ； 引物PA3重復(fù)基序為(GTC) 5，溶解溫度Tm為58°C，擴(kuò)增片段大小為189_195bp ； 引物PA4重復(fù)基序為(GTC) 5，溶解溫度Tm為58°C，擴(kuò)增片段大小為197_203bp ； 引物PA5重復(fù)基序為(ATC) 5，溶解溫度Tm為60°C，擴(kuò)增片段大小為235_253bp ； 引物PA6重復(fù)基序為(CA) 6，溶解溫度Tm為58°C，擴(kuò)增片段大小為218_224bp ； 引物PA7重復(fù)基序為(GTC) 5，溶解溫度Tm為60°C，擴(kuò)增片段大小為156_168bp。
3.根據(jù)權(quán)利要求1、2所述的一組用于早疫病原菌茄鏈格孢菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物，其特征在于:該組微衛(wèi)星引物用于馬鈴薯早疫病菌茄鏈格孢菌群體遺傳結(jié)構(gòu)分析。
【文檔編號】C12Q1/68GK103484539SQ201310385406
【公開日】2014年1月1日 申請日期:2013年8月30日 優(yōu)先權(quán)日:2013年8月30日
【發(fā)明者】祝雯, 蒙靜雯, 詹家綏 申請人:福建農(nóng)林大學(xué)