中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供一種中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物，屬于生物【技術(shù)領(lǐng)域】。本發(fā)明的12個(gè)鑒定位點(diǎn)的坐標(biāo)為：chr4_90338649、chr6_46031147、chr3_40173091、chr1_304503930、chr8_55949794、chr4_51135766、chr14_51320355、chr14_71621254、chr6_261199、chr1_82559795、chr15_101338073、chr4_81507260，12個(gè)鑒定位點(diǎn)中國家豬的優(yōu)勢等位基因分別是G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G。用于中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)擴(kuò)增的引物如表1所示。本發(fā)明的有益效果在于：篩選中國家豬遺傳組分中特有的單核苷酸標(biāo)記位點(diǎn)，通過現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)檢測分子標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，用于有效地鑒定并區(qū)分中國家豬品種與中國野豬血緣。為中國家豬的育種及種質(zhì)資源保護(hù)過程中種質(zhì)的鑒定提供準(zhǔn)確指導(dǎo)。
【專利說明】中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物
【技術(shù)領(lǐng)域】:
[0001]本發(fā)明提供一種中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物，屬于生物【技術(shù)領(lǐng)域】。
【背景技術(shù)】:
[0002]本發(fā)明基于全基因組重測序數(shù)據(jù)，與傳統(tǒng)的單一基因，如MClR基因以及AFLP等鑒別技術(shù)相比，本發(fā)明所給出的分子標(biāo)記位點(diǎn)更加全面地代表了中國家豬品種中受到選擇的經(jīng)濟(jì)性狀連鎖區(qū)域。解決了現(xiàn)如今中國多個(gè)家豬品種種質(zhì)資源混亂，難以排除野豬血緣的尷尬局面。12個(gè)分子標(biāo)記位點(diǎn)位于7條不同的染色體上，較單一基因的檢測效力更可信。與傳統(tǒng)鑒定技術(shù)微衛(wèi)星相比較，微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)雖然得到了較廣泛的應(yīng)用，但其隨機(jī)分布在遺傳圖譜上，不能直接與中國家豬品種所特有分子遺傳組分相關(guān)聯(lián)。

【發(fā)明內(nèi)容】
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[0003]本發(fā)明的目的是提供一種中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)及其位點(diǎn)擴(kuò)增引物，為中國家豬的育種及種質(zhì)資源保護(hù)過程中種質(zhì)的鑒定提供準(zhǔn)確指導(dǎo)。
[0004]本發(fā)明篩選中國家豬遺傳組分中特有的單核苷酸標(biāo)記位點(diǎn)，通過現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)檢測這12個(gè)分子標(biāo)記位點(diǎn)的基因型，用于有效地鑒定并區(qū)分中國家豬品種與中國野豬血緣。
[0005]本發(fā)明的技術(shù)方案主要包括:豬DNA的提取，Illumina 二代測序技術(shù)進(jìn)行全基因組重測序，在全基因組分析的基礎(chǔ)上篩選分子標(biāo)記并進(jìn)行擴(kuò)大群體驗(yàn)證。使用本方法對所要鑒定的個(gè)體進(jìn)行基因分型，在本發(fā)明的12個(gè)單核苷酸標(biāo)記位點(diǎn)上，不同的基因型被認(rèn)為是家豬、野豬兩個(gè)群體分別特有的，依此來判斷該個(gè)體屬于哪一群體。12個(gè)分子標(biāo)記位點(diǎn)的坐標(biāo)如下(基因組版本:NCBI Build Sscrofal0.2)。chr4_90338649、chr6_46031147、chr3_40173091、 chrl_304503930、 chr8_55949794、 chr4_51135766、 chrl4_51320355、chrl4_71621254、chr6_261199、chrl_82559795、chrl5_101338073、chr4_81507260，12 個(gè)位點(diǎn)中國家豬的優(yōu)勢等位基因分別是G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G。
[0006]用于中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)擴(kuò)增的引物如表1所示。
[0007]表1引物序列表
[0008]
【權(quán)利要求】
1.一種中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)，其特征在于該鑒定位點(diǎn)是基因組版本為NCBI Build Sscrofal0.2的12個(gè)鑒定位點(diǎn)，鑒定位點(diǎn)的坐標(biāo)是:chr4_90338649、chr6_46031147、 chr3_40173091、 chrl_304503930、 chr8_55949794、 chr4_51135766、chrl4_51320355、 chrl4_71621254、 chr6_261199、 chrl_82559795、 chrl5_101338073、chr4_81507260。
2.權(quán)利要求書I中所述的12個(gè)分子標(biāo)記位點(diǎn)，G、T、A、T、A、C、A、C、C、A、T、G是中國家豬的基因型。
3.在豬的樣品中擴(kuò)增含有權(quán)利要求書1-2所述的核苷酸多態(tài)位點(diǎn)的片段。
4.在豬的DNA樣品中對含有權(quán)利要求書1-3所述的核苷酸多態(tài)位點(diǎn)的片段進(jìn)行測序。
5.用于權(quán)利要求1-4所述的中國家豬品種種質(zhì)資源分子鑒定位點(diǎn)擴(kuò)增的引物為:
【文檔編號】C12Q1/68GK103789412SQ201310723429
【公開日】2014年5月14日 申請日期:2013年12月25日 優(yōu)先權(quán)日:2013年12月25日
【發(fā)明者】張亞平, 謝海兵, 韓徐曼 申請人:中國科學(xué)院昆明動物研究所