用于結(jié)直腸癌的診斷性基因標(biāo)記系列的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明一般地涉及一種篩查腫瘤初起、初起傾向性和/或進(jìn)展的方法。更具體地，本發(fā)明涉及一種通過(guò)篩選一系列基因標(biāo)記的甲基化水平的變化，篩查腫瘤初起、初起傾向性和/或進(jìn)展的方法。本發(fā)明的方法用于一系列應(yīng)用中，所述應(yīng)用包括但不限于涉及診斷和/或監(jiān)測(cè)結(jié)直腸腫瘤(如結(jié)直腸腺癌)的那些應(yīng)用。
【專利說(shuō)明】用于結(jié)直腸癌的診斷性基因標(biāo)記系列 發(fā)明領(lǐng)域
[0001] 本發(fā)明一般地涉及一種篩查腫瘤初起、初起傾向性和/或進(jìn)展的方法。更具體地， 本發(fā)明涉及一種通過(guò)篩選一系列基因標(biāo)記的甲基化水平的變化，篩查腫瘤初起、初起傾向 性和/或進(jìn)展的方法。本發(fā)明的方法用于一系列應(yīng)用中，所述應(yīng)用包括但不限于涉及診斷 和/或監(jiān)測(cè)結(jié)直腸腫瘤（如結(jié)直腸腺癌）的那些應(yīng)用。

【背景技術(shù)】
[0002] 結(jié)直腸癌包括結(jié)腸、直腸和盲腸中的癌性生長(zhǎng)物。世界范圍每年655, 000例死亡， 它是美國(guó)第4位最常見(jiàn)的癌癥形式并且是西方世界癌癥死亡的第3位主導(dǎo)原因。結(jié)直腸癌 源自結(jié)腸中的腺瘤息肉。這些蕈型生長(zhǎng)物通常是良性的，但是一些生長(zhǎng)物隨時(shí)間推移形成 癌。通常借助結(jié)腸鏡檢查診斷局限化結(jié)腸癌。
[0003] 限于結(jié)腸壁內(nèi)部的侵襲性癌（I期和II期）是用手術(shù)可治愈的。如果不治療， 它們擴(kuò)散至局部淋巴結(jié)（III期），其中至多73 %通過(guò)手術(shù)和化療可治愈。轉(zhuǎn)移至遠(yuǎn) 離部位的癌（IV期）通常不是可治愈的，不過(guò)化療可以延長(zhǎng)存活，并且在罕見(jiàn)情況下， 手術(shù)和化療一起徹底作用于患者直至治愈（Markowitz和1^1^38]1〇11;[，2009，1^』叩1· J. Med. 361 (25) :2449-60)。將放射用于直腸癌。
[0004] 結(jié)直腸癌的前奏是腺瘤。腺瘤是上皮源良性腫瘤或腫瘤，其源自腺組織或顯示清 晰界定的腺結(jié)構(gòu)。一些腺瘤顯示可識(shí)別的組織成分，如纖維組織（纖維腺瘤）和上皮結(jié)構(gòu)， 而其他腺瘤，如支氣管腺瘤，產(chǎn)生可能引起臨床綜合征的活性化合物。
[0005] 腺瘤可以進(jìn)展變成侵襲性腫瘤并隨后稱作腺癌。因此，將腺癌定義為源自腺結(jié)構(gòu) 的惡性上皮腫瘤，所述腺結(jié)構(gòu)是身體許多器官的組成部分。術(shù)語(yǔ)"腺癌"也適用于顯示腺狀 生長(zhǎng)樣式的腫瘤。這些腫瘤可以根據(jù)它們產(chǎn)生的物質(zhì)細(xì)分，例如分泌黏液的腺癌和漿液性 腺癌，或根據(jù)其細(xì)胞微觀排列成的樣式細(xì)分，例如乳頭狀和濾泡狀腺癌。這些癌瘤可以是實(shí) 體的或囊性的（囊腺癌）。每種器官可以產(chǎn)生顯示多種組織學(xué)類型的腫瘤，例如卵巢可以產(chǎn) 生粘液腺癌和囊腺癌。
[0006] 不同器官中的腺瘤表現(xiàn)不同。通常，癌瘤在腺瘤內(nèi)部存在（即癌灶已經(jīng)在良性病 灶內(nèi)部形成）的總幾率是大約5%。然而，這與腺瘤的大小相關(guān)。例如，在大腸（特別是結(jié) 腸和直腸）中，在小于1厘米的腺瘤中，癌幾乎不出現(xiàn)在腺瘤內(nèi)部。這種形成在大于4厘 米的腺瘤中估計(jì)占40至50%并且顯示某種組織病理學(xué)變化如絨毛狀變化或高等級(jí)異型增 生。異型增生程度更高的腺瘤具有更高的癌瘤發(fā)生率。在任何給定的結(jié)直腸腺瘤中，器官 中現(xiàn)在或未來(lái)存在癌的預(yù)測(cè)物包括從管狀至絨毛狀形態(tài)的尺寸（尤其大于9_)變化程度、 存在高等級(jí)異型增生和稱作"鋸齒狀腺瘤"的形態(tài)學(xué)變化。在任何給定的個(gè)體中，額外特 征：年齡漸增、家族性發(fā)生結(jié)直腸腺瘤或癌、男性性別或多個(gè)腺瘤預(yù)測(cè)了器官中未來(lái)增加的 癌風(fēng)險(xiǎn)-所謂癌風(fēng)險(xiǎn)因素。除了存在腺瘤及其尺寸之外，這些因素中沒(méi)有一個(gè)經(jīng)客觀地定 義并且就所討論特征的精確定義而言，除數(shù)目和尺寸之外的全部那些特征均受觀察者誤差 和混淆影響。因?yàn)檫@類因素可能難以評(píng)估和限定，所以它們作為當(dāng)前或未來(lái)癌風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)測(cè) 物的價(jià)值是不精確的。
[0007] -旦零星腺瘤已經(jīng)形成，則新腺瘤出現(xiàn)的幾率在26個(gè)月內(nèi)是大約30%。
[0008] 結(jié)直腸癌的癥狀取決于腫瘤在腸中位置和是否已經(jīng)轉(zhuǎn)移。不過(guò)，許多癥狀可能在 其他疾病中也出現(xiàn)，因此，癥狀可能不令人信服地診斷結(jié)直腸癌。
[0009] 如果腫瘤位于更靠近肛門(mén)，則局部癥狀更有可能出現(xiàn)?？赡艽嬖谂疟懔?xí)慣變化 (在另一種病因不存在的情況下新出現(xiàn)的便秘或腹瀉）、排便未盡感和糞便直徑縮減。里急 后重和糞便形狀的變化均是直腸癌的特征。下胃腸道出血，包括糞便中排出鮮紅色血液，可 以指示結(jié)直腸癌，黏液存在增加也可以指示結(jié)直腸癌。浙青樣大便（具有柏油外觀的黑色 糞便）正常情況下在上胃腸道出血（如來(lái)自十二指潰瘍）時(shí)出現(xiàn)，但當(dāng)病患位于大腸起始 端時(shí)，有時(shí)在結(jié)直腸癌中出現(xiàn)。
[0010] 大到足以充滿整個(gè)腸腔的腫瘤可以導(dǎo)致腸道阻塞。這種情況以便秘、腹痛、腹脹和 嘔吐為特征。這偶爾導(dǎo)致阻塞性和脹氣性腸穿孔并引起腹膜炎。
[0011] 當(dāng)結(jié)直腸癌已經(jīng)變成更晚期時(shí)，這種疾病的某些局部影響出現(xiàn)。當(dāng)撫觸腹部時(shí)，更 可能感知到巨大腫瘤，并且可能在體檢上被醫(yī)生感知。這種疾病可以侵入其他器官，并且可 以在尿道或陰道分泌物造成出血或空氣。
[0012] 如果腫瘤已經(jīng)造成慢性潛隱性出血，則缺鐵性貧血可能發(fā)生。這可以體驗(yàn)為乏力、 心悸并因臉色蒼白而引人注目。結(jié)直腸癌也可以導(dǎo)致體重減輕，通常歸因于食欲下降。
[0013] 更不尋常的構(gòu)造性癥狀是不明原因發(fā)熱和幾種副腫瘤綜合征之一。最常見(jiàn)的副腫 瘤綜合征是血栓形成，通常是深靜脈血栓形成。
[0014] 結(jié)直腸癌最常見(jiàn)地?cái)U(kuò)散至肝臟。這可能察覺(jué)不到，但是肝臟中的巨大種植物可以 造成黃疸和腹痛（歸因于膽囊拉伸）。如果腫瘤種植物阻塞膽管，則黃疸可以伴發(fā)膽道阻塞 的其他特征，如灰白糞便。
[0015] 結(jié)直腸癌可以經(jīng)過(guò)許多年形成顯影并且結(jié)直腸癌的早期檢測(cè)大大改善預(yù)后。甚至 些許嘗試執(zhí)行結(jié)直腸癌篩查方法也可以產(chǎn)生癌死亡減少。盡管如此，結(jié)直腸癌篩查率仍低。 目前存在可用于這個(gè)目的的幾種不同檢驗(yàn) ：
[0016] ?數(shù)字式盲腸檢杳：醫(yī)牛將潤(rùn)滑的戴手套的手指插入盲腸中以觸撙異常區(qū)域。這 種方法僅探測(cè)直腸遠(yuǎn)端部分中大到足以感知的腫瘤，但是用作初篩檢驗(yàn)。
[0017] ?羞便遵血檢驗(yàn)：一項(xiàng)針對(duì)糞便中血液的檢驗(yàn)。兩種類型的檢驗(yàn)法可以用于檢測(cè) 糞便中的潛血，即基于愈創(chuàng)木脂的檢驗(yàn)（化學(xué)檢驗(yàn)）和免疫化學(xué)檢驗(yàn)。免疫化學(xué)檢驗(yàn)的靈 敏度優(yōu)于化學(xué)檢驗(yàn)的靈敏度，而特異性并未不可接受地降低（Weitzel JN(1999年12月）， "Genetic cancer risk assessment. Putting it all together(遺傳性癌癥風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估·綜 合考慮）"· Cancer 86(1 ISuppl) :2483-92)。
[0018] ?內(nèi)窺鏡法：
[0019] 〇乙狀結(jié)腸鏡法：將照明探頭(乙狀結(jié)腸鏡）插入直腸和下結(jié)腸以檢查息肉和其 他畸形。
[0020] O結(jié)腸鏡法:將稱作結(jié)腸鏡的照明探頭插入直腸和整個(gè)結(jié)腸以尋找可能由癌引起 的息肉和其他畸形。結(jié)腸鏡法具有以下優(yōu)點(diǎn)：如果在這個(gè)術(shù)式期間找到息肉，可以立即移除 它們。也可以取得組織用于活組織檢查。
[0021] ?鋇灌腸雙重造影（DCBE):首先，取得過(guò)夜制備物以清潔結(jié)腸。施用含有硫酸鋇 的灌腸劑，隨后將空氣噴注入結(jié)腸，使其鼓脹。結(jié)果是在結(jié)腸內(nèi)襯上于X射線膠片上可見(jiàn)到 的鋇薄層。以這種方式可以檢出癌或前癌息肉。這項(xiàng)技術(shù)可能錯(cuò)過(guò)（較不常見(jiàn)的）扁平息 肉。
[0022] ·虛擬結(jié)腸鏡法將(上文）鋇灌腸雙重造影中的X射線膠片替換為專用計(jì)算機(jī)斷 層成像并且需要專用工作站軟件，以便放射科醫(yī)師解讀。在針對(duì)息肉的靈敏度方面，這項(xiàng)技 術(shù)接近于結(jié)腸鏡法。然而，仍必須通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)結(jié)腸鏡法移除任何息肉。
[0023] ?標(biāo)準(zhǔn)計(jì)算機(jī)軸向斷層成像是一種X射線方法，所述方法可以用來(lái)確定癌擴(kuò)散程 度，但靈敏度不足以用于篩查。在出于其他原因所進(jìn)行的CAT掃描中發(fā)現(xiàn)一些癌。
[0024] ?血液檢驗(yàn)：針對(duì)升尚水平的某些蛋白質(zhì)測(cè)量患者的血液可以指TK腫瘤負(fù)荷。具 體而言，血液中高水平的癌胚抗原（CEA)可以指示腺癌轉(zhuǎn)移。盡管這些檢驗(yàn)經(jīng)常是假陽(yáng)性 或假陰性的并且不推薦用于篩查，但它們可以用于評(píng)估疾病復(fù)發(fā)。CA19-9和CA 242生物標(biāo) 記可以指示e-選擇素相關(guān)的轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)，幫助跟蹤治療進(jìn)展并評(píng)估疾病復(fù)發(fā)。最近，一種用 于檢測(cè)血漿中S印tin 9基因的甲基化序列測(cè)定法也已經(jīng)可用于輔助診斷結(jié)直腸癌。
[0025] · if電子發(fā)射斷層攝影術(shù)（PET)是一種立體掃描技術(shù)，其中將放射性糖注射至患 者中，糖積存在具有高代謝活動(dòng)的組織中，并且通過(guò)測(cè)量來(lái)自糖的輻射發(fā)射形成圖像。因?yàn)?癌細(xì)胞經(jīng)常具有很高的代謝速率，所以這項(xiàng)技術(shù)可以用來(lái)區(qū)分良性腫瘤和惡性腫瘤。PET不 用于篩查并且（仍）不用于結(jié)直腸癌病例的例行病情檢查。
[0026] ?糞便DNA檢驗(yàn)是一項(xiàng)篩查結(jié)直腸癌的新興技術(shù)。惡變前腺瘤和癌從它們的細(xì)胞 中散播DNA標(biāo)記，所述DNA標(biāo)記在消化過(guò)程期間不降解并且在糞便中保持穩(wěn)定。捕獲，隨后 PCR，將DNA擴(kuò)增至分析可檢測(cè)的水平。
[0027] ?高C-反應(yīng)蛋白水平作為風(fēng)險(xiǎn)標(biāo)記
[0028] 盡管存在這些檢驗(yàn)，但診斷仍是問(wèn)題。大部分更敏感的檢驗(yàn)具有相當(dāng)?shù)那秩胄郧?昂貴，并且因此患者吞咽意愿低。因此持續(xù)需要開(kāi)發(fā)簡(jiǎn)單和更有信息的診斷方案或診斷輔 助措施以能夠針對(duì)更可能已經(jīng)形成腺瘤或癌瘤的人指導(dǎo)結(jié)腸鏡法。簡(jiǎn)單和精確的篩查檢驗(yàn) 將使得建立適用性廣泛得多的篩查系統(tǒng)成為可能。
[0029] 為此目的，最近已經(jīng)在已經(jīng)形成大腸腫瘤的個(gè)體中鑒定到就它們的表達(dá)水平而言 受調(diào)節(jié)的遺傳標(biāo)記。這些標(biāo)記中的一些就它們的表達(dá)水平而言上調(diào)，而其他下調(diào)。但是，大 多數(shù)這些標(biāo)記共有的特征和遺傳標(biāo)記表達(dá)水平總體上作為診斷物的用途在于，它們經(jīng)常僅 顯示中度水平的靈敏度和特異性。迫切尋求開(kāi)發(fā)提供高水平靈敏度和特異性的診斷方案。
[0030] 在導(dǎo)致本發(fā)明的工作中，已經(jīng)出乎意料地確定，實(shí)際上確定基因標(biāo)記BCAT1、 IKZFl、IRF4、GRASP和CAHM，盡管各自分別是就診斷結(jié)直腸瘤形成發(fā)展而言顯示用途的眾 多基因標(biāo)記之一，但整體地能夠比單獨(dú)或與其他不相關(guān)基因標(biāo)記一起分析這些基因標(biāo)記中 任一者時(shí)實(shí)現(xiàn)顯著更高的靈敏度水平或特異性。更具體的講，可以如此涉及篩查這5個(gè)特 定標(biāo)記中任何兩種或更多種標(biāo)記的甲基化水平增加，從而實(shí)現(xiàn)先前不可實(shí)現(xiàn)的特異性或靈 敏度水平。
[0031] 考慮到在差異性基因表達(dá)分析研究中已經(jīng)證實(shí)在瘤形成中顯示受調(diào)節(jié)的表達(dá)水 平的基因標(biāo)記的巨大數(shù)目，如下鑒定是出乎意料和未預(yù)料到的：5個(gè)特定標(biāo)記可以相對(duì)這 些標(biāo)記單獨(dú)或相對(duì)于其他標(biāo)記組實(shí)際上總體提供改善的診斷結(jié)果。
[0032] 發(fā)明簡(jiǎn)述
[0033] 遍及整個(gè)說(shuō)明書(shū)和后續(xù)權(quán)利要求書(shū)，除非上下文另外要求，否則詞匯"包含"及其 變化形式如"包括"及"包含有"應(yīng)理解為表示包括所陳述的整數(shù)或步驟或者所陳述的整數(shù) 或步驟組，但不排除任何其它整數(shù)或步驟或任何其它整數(shù)或步驟組。
[0034] 如本文所用，術(shù)語(yǔ)"源自"應(yīng)當(dāng)理解為表示，特定的整體或整體群組已經(jīng)起源于指 定的物種，但是不必然已經(jīng)從指定的來(lái)源直接獲得。除非上下文另外清楚地說(shuō)明，否則單數(shù) 形式"一個(gè)"、"一種"和"該"包括復(fù)數(shù)指稱。
[0035] 除非另外限定，否則本文中所用的全部技術(shù)與科學(xué)術(shù)語(yǔ)具有如本發(fā)明所屬領(lǐng)域的 普通技術(shù)人員通常理解的相同含義。
[0036] 主題說(shuō)明書(shū)含有核苷酸序列信息，所述核苷酸序列信使用在參考文獻(xiàn)后提供的程 序PatentIn 3. 5準(zhǔn)備。每個(gè)核苷酸序列在序列表中由數(shù)字指示符〈210>后接序列標(biāo)識(shí)符 (例如〈210>1、〈210>2等）來(lái)確定。序列的長(zhǎng)度、類型（DNA等）和每個(gè)序列的來(lái)源生物由 分別以數(shù)字指示符域〈211>、〈212>和〈213>提供的信息指示。本說(shuō)明書(shū)中提到的核苷酸序 列由指示符SEQ ID NO:后接序列標(biāo)識(shí)符確定（例如SEQ ID NO: 1、SEQ ID N0:2等）。本 說(shuō)明書(shū)中提到的序列標(biāo)識(shí)符與序列表中以數(shù)字指示符域〈400>提供的信息相關(guān)，所述數(shù)字 指示符域后接序列標(biāo)識(shí)（例如〈400>1、〈400>2等）。即，如本說(shuō)明書(shū)中詳述的SEQ ID N0:1 與序列表中顯不為〈400>1的序列相關(guān)。
[0037] 本發(fā)明的一個(gè)方面涉及一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè)大腸 腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估DNA區(qū)域的甲基化狀態(tài)，所 述DNA區(qū)域選自：
[0038] (i)由Hgl9坐標(biāo)中任何兩個(gè)或多個(gè)限定的區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0039] (l)chrl2:24962958. . 25102393
[0040] (2)chr7:50344378. . . 50472798
[0041] (3)chr6:391739. . 411443 ；
[0042] (4)chrl2:52400748. · 52409671 ;和
[0043] (5)chr6:163834097. · 163834982 ;或
[0044] (ii)以下任何兩個(gè)或多個(gè)的基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0045] (I) BCATl (2) IKZFl (3) IRF4 (4) GRASP 和（5) CAHM
[0046] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組⑴和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0047] 在另一個(gè)方面，所述方法涉及鑒定其中任一個(gè)所述DNA區(qū)域顯示出更高甲基化水 平的生物樣品。
[0048] 在另一個(gè)方面，所述方法涉及鑒定其中兩個(gè)或更多個(gè)所述DNA區(qū)域顯示出更高甲 基化水平的生物樣品。
[0049] 在又一個(gè)方面，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè)大腸腫瘤 的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀態(tài)：
[0050] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0051] (l)chrl2:24962958. · 25102393 ;和
[0052] (2)chr7:50344378. . . 50472798 ；
[0053] 和任選地（3)chr6:391739. · 411443、（4)chrl2:52400748.·52409671 和（5) chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0054] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0055] (I)BCATl;和
[0056] (2) IKZFl ；
[0057] 和任選地（3) IRF4、（4) GRASP和（5) CAHM中的一個(gè)或多個(gè)，
[0058] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0059] 在這個(gè)方面的一個(gè)實(shí)施方案中，受篩選的基因標(biāo)記系是：
[0060] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0061] (l)chrl2:24962958. . 25102393
[0062] (2)chr7:50344378. ·· 50472798 ;和
[0063] (3) chr6:391739. · 411443 ;或
[0064] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0065] (l)BCATl、（2) IKZFl 和（3) IRF4。
[0066] 在這個(gè)方面的另一個(gè)實(shí)施方案中，受篩選的基因標(biāo)記系是：
[0067] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0068] (l)chrl2:24962958. . 25102393
[0069] (2)chr7:50344378. ·· 50472798 和
[0070] (4)chrl2:52400748. · 52409671 ;或
[0071] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0072] (1)BCAT1、2)IKZF1 ;和（4)GRASP。
[0073] 在這個(gè)方面的又一個(gè)實(shí)施方案中，受篩選的基因標(biāo)記系是：
[0074] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0075] (l)chrl2:24962958. . 25102393
[0076] (2)chr7:50344378. ·· 50472798 和
[0077] (5)chr6:163834097. · 163834982 ;或
[0078] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0079] (l)BCATl、（2)IKZF1 和（5)CAHM。
[0080] 在這個(gè)方面的再一個(gè)實(shí)施方案中，受篩選的基因標(biāo)記系是：
[0081] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0082] (l)chrl2:24962958. . 25102393
[0083] (2)chr7:50344378. . . 50472798
[0084] (3) chr6:391739. · 411443 ;和
[0085] (4)chrl2:52400748. · 52409671 ;或
[0086] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0087] (l)BCATl、（2) IKZF1、（3) IRF4 和（4)GRASP。
[0088] 在這個(gè)方面的另外又一個(gè)實(shí)施方案中，受篩選的基因標(biāo)記系是：
[0089] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0090] (l)chrl2:24962958. . 25102393
[0091] (2) chr7:50344378. . . 50472798
[0092] (3)chr6:391739. · 411443 ;和
[0093] (5)chr6:163834097. · 163834982 ;或
[0094] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0095] (l)BCATl、（2) IKZF1、（3) IRF4 和（5)CAHM。
[0096] 在這個(gè)方面的又一個(gè)實(shí)施方案中，受篩選的基因標(biāo)記系是：
[0097] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0098] (l)chrl2:24962958. . 25102393
[0099] (2)chr7:50344378. . . 50472798
[0100] (4)chrl2:52400748. · 52409671 ;和
[0101] (5)chr6:163834097. · 163834982 ;或
[0102] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0103] (l)BCATl、（2)IKZF1、（4)GRASP 和（5)CAHM。
[0104] 在這個(gè)方面的另外又一個(gè)實(shí)施方案中，受篩選的基因標(biāo)記系是：
[0105] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0106] (I)chrl2:24962958. · 25102393
[0107] (2)chr7:50344378. . . 50472798
[0108] (3) chr6:391739. . 411443
[0109] (4)chrl2:52400748. · 52409671 ;和
[0110] (5)chr6:163834097. · 163834982 ;或
[0111] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0112] (1)8〇八11、（2)11(2卩1、（3)11^4、（4)6狀5?和（5)〇八腿。
[0113] 在另一個(gè)實(shí)施方案，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè)大腸 腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀態(tài)：
[0114] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0115] (l)chrl2:24962958. · 25102393 ;和
[0116] (5)chr6:163834097. . 163834982 ；
[0117] 和任選地（2)chr7:50344378. ·· 50472798、（3)chr6:391739. · 411443 和（4) chrl2:52400748. . 52409671 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0118] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0119] (I)BCATl;和
[0120] (5) CAHM;
[0121] 和任選地（2) IKZFl、（3) IRF4和（4) GRASP中的一個(gè)或多個(gè)，
[0122] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0123] 在又一個(gè)實(shí)施方案，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè)大腸 腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀態(tài)：
[0124] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0125] (2)chr7:50344378. · 50472798 ;和
[0126] (5)chr6:163834097. . 163834982 ；
[0127] 和任選地（l)chrl2:24962958. · 25102393、（3)chr6:391739. · 411443 和（4) chrl2:52400748. . 52409671 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0128] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0129] (2) IKZFljP
[0130] (5) CAHM;
[0131] 和任選地（l)BCATl、（3) IRF4和（4) GRASP中的一個(gè)或多個(gè)，
[0132] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0133] 在又一個(gè)實(shí)施方案，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè)大腸 腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀態(tài)：
[0134] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0135] (l)chrl2:24962958. · 25102393 ;和
[0136] (3) chr6:391739. . 411443 ；
[0137] 和任選地（2) chr7:50344378. ·· 50472798、（4) chrl2:52400748. · 52409671 和（5) chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0138] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0139] (I)BCATl;和
[0140] (3) IRF4 ；
[0141] 和任選地（2) IKZFl、（4) GRASP和（5) CAHM中的一個(gè)或多個(gè)，
[0142] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0143] 在另外又一個(gè)實(shí)施方案，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè) 大腸腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀 態(tài)：
[0144] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0145] (l)chrl2:24962958. · 25102393 ;和
[0146] (4)chrl2:52400748. . 52409671 ；
[0147] 和任選地（2)chr7:50344378. ·· 50472798、（3)chr6:391739. · 411443 和（5) chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0148] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0149] (I)BCATl;和
[0150] (4) GRASP;
[0151] 和任選地（2) IKZFl、（3) IRF4和（5) CAHM中的一個(gè)或多個(gè)，
[0152] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0153] 在另外再一個(gè)實(shí)施方案，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè) 大腸腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀 態(tài)：
[0154] ⑴由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0155] (2)chr7:50344378. · 50472798 ;和
[0156] (3) chr6:391739. . 411443 ；
[0157] 和任選地（l)chrl2:24962958. · 25102393、（4) chrl2:52400748. · 52409671 和（5) chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0158] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0159] (2) IKZFljP
[0160] (3) IRF4 ；
[0161] 和任選地（l)BCATl、（4) GRASP和（5) CAHM中的一個(gè)或多個(gè)，
[0162] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0163] 在仍又一個(gè)實(shí)施方案，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè)大 腸腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀態(tài)：
[0164] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0165] (2)chr7:50344378. · 50472798 ;和
[0166] (4) chrl2:52400748. . 52409671 ；
[0167] 和任選地（l)chrl2:24962958. · 25102393、（3)chr6:391739.·411443 和（5) chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0168] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0169] (2) IKZFljP
[0170] (4) GRASP ；
[0171] 和任選地（I)BCATl、（3) IRF4和（5) CAHM中的一個(gè)或多個(gè)，
[0172] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0173] 在另外又一個(gè)實(shí)施方案，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè) 大腸腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀 態(tài)：
[0174] (i)由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域,包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0175] (3) chr6:391739. · 411443 ;和
[0176] (4)chrl2:52400748. . 52409671 ；
[0177] 和任選地（I) chrl2:24962958. · 25102393、（2) chr7:50344378. ·· 50472798 和（5) chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0178] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0179] (3)IRF4;和
[0180] (4) GRASP;
[0181] 和任選地（I)BCATl、（2) IKZFl和（5) CAHM中的一個(gè)或多個(gè)，
[0182] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0183] 在另一個(gè)實(shí)施方案，提供一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè)大腸 腫瘤的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估如下區(qū)域的甲基化狀態(tài)：
[0184] ⑴由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb :
[0185] (3) chr6:391739. · 411443 ;和
[0186] (5)chr6:163834097. . 163834982 ；
[0187] 和任選地（l)chrl2:24962958. · 25102393、（2) chr7:50344378. ·· 50472798 和（4) chrl2:52400748. . 52409671 中的一個(gè)或多個(gè)；或
[0188] (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb :
[0189] (3)IRF4;和
[0190] (5) CAHM;
[0191] 和任選地（l)BCATl、（2) IKZFl和（4) GRASP中的一個(gè)或多個(gè)，
[0192] 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一 DNA區(qū)域的較高甲基化 水平指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
[0193] 下文參考其中找到已經(jīng)確定顯示特殊用途的亞區(qū)域的基因和染色體區(qū)域列出這 些亞區(qū)域：
[0194] (I)BCAT 亞區(qū)域 chrl2:25101992-25102093(SEQ ID N0:1 或相應(yīng)的負(fù)鏈）和 chrl2:25101909-25101995 (SEQ ID NO: 2 或相應(yīng)的負(fù)鏈）
[0195] (2)IKZF1 亞區(qū)域 chr7:50343867-50343961(SEQ ID N0:3 或相應(yīng)的負(fù)鏈）和 chr7:50343804-5033895 (SEQ ID NO: 4 或相應(yīng)的負(fù)鏈）
[0196] (3) IRF4 亞區(qū)域 chr6:392036-392145 (SEQ ID NO: 5 或相應(yīng)的負(fù)鏈）
[0197] (4) GRASP 亞區(qū)域：chrl2:52399672-52399922、chrl2:52400821-52401051 (SEQ ID N0:6 或相應(yīng)的負(fù)鏈）、chrl2:52401407-52401664(SEQ ID N0:7 或相應(yīng)的負(fù)鏈） chrl2:52400866-52400973 和 Chrl2:52401107-52401664。
[0198] (5)CAHM 亞區(qū)域：chr6:163834295-163834500(SEQ ID N0:8 或相應(yīng)的負(fù)鏈）、 chr6:163834621-163834906、chr6:163834393-163834455 和 chr6:163834393-163834519。
[0199] 如果本發(fā)明的方法包括分析GRASP的甲基化，則主題殘基是：
[0200]

【權(quán)利要求】
1. 一種篩查個(gè)體中大腸腫瘤初起或初起傾向性或監(jiān)測(cè)大腸腫瘤的方法，所述方法包括 在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估DNA區(qū)域的甲基化狀態(tài)，所述DNA區(qū)域選自： (i) 由Hgl9坐標(biāo)中任何兩個(gè)或多個(gè)限定的區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. . . 50472798 (3)chr6:391739. . 411443 ； (4)chrl2:52400748.?52409671 ;和 (5)chr6:163834097. ? 163834982 ;或 (ii) 以下任何兩個(gè)或多個(gè)的基因區(qū)域，包括其上游2kb: (1)BCAT1(2)IKZF1(3)IRF4(4)GRASP和（5)CAHM 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估 以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. ? 25102393 ;和 (2)chr7:50344378. . . 50472798 ； 和任選地（3)chr6:391739.. 411443、（4)chrl2:52400748..52409671 和（5)chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (1)BCATl;和 (2)IKZF1 ； 和任選地（3)IRF4、（4)GRASP和（5)CAHM中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中受篩選的基因標(biāo)記系是： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. -- 50472798 ;和 (3)chr6:391739. ? 411443 ;或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (l)BCATl、（2)IKZF1 和（3)IRF4。
4. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中受篩選的基因標(biāo)記系是： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. -- 50472798 和 (3)chrl2:52400748.?52409671 ;或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (1)BCAT1、2)IKZF1 ;和（4)GRASP。
5. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中受篩選的基因標(biāo)記系是： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. -- 50472798 和 (5)chr6:163834097. ? 163834982 ;或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (l)BCATl、（2)IKZF1 和（5)CAHM。
6. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中受篩選的基因標(biāo)記系是： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. . . 50472798 (3)chr6:391739. ? 411443 ;和 (3)chrl2:52400748. ? 52409671 ;或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (l)BCATl、（2)IKZF1、（3)IRF4 和（4)GRASP。
7. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中受篩選的基因標(biāo)記系是： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. . . 50472798 (3)chr6:391739. ? 411443 ;和 (5)chr6:163834097. ? 163834982 ;或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (l)BCATl、（2)IKZF1、（3)IRF4 和（5)CAHM。
8. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中受篩選的基因標(biāo)記系是： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. . . 50472798 (4)chrl2:52400748.?52409671 ;和 (5)chr6:163834097. ? 163834982 ;或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (l)BCATl、（2)IKZF1、（4)GRASP和（5)CAHM。
9. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中受篩選的基因標(biāo)記系是： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. . . 50472798 (3)chr6:391739. . 411443 (4)chrl2:52400748.?52409671 ;和 (5)chr6:163834097. ? 163834982 ;或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (1)8〇八!1、（2)11(2卩1、（3)11^4、（4)6狀5?和（5)〇八腿。
10. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng) 估以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (l)chrl2:24962958. ? 25102393 ;和 (5)chr6:163834097. . 163834982 ； 和任選地（2)chr7:50344378...50472798、（3)chr6:391739..411443 和（4)chrl2:52400748. . 52409671 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (l)BCATl;和 (5)CAHM； 和任選地（2)IKZF1、（3)IRF4和（4)GRASP中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的所述DNA區(qū)域的較高甲基化水平指示 有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
11. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng) 估以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (1) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (2)chr7:50344378. ? 50472798 ;和 (5)chr6:163834097. . 163834982 ； 和任選地（I)chrl2:24962958..25102393、（3)chr6:391739..411443 和（4)chrl2:52400748. . 52409671 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (2)IKZF1 ;和 (5)CAHM； 和任選地（l)BCATl、（3)IRF4和（4)GRASP中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
12. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng) 估以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (l)chrl2:24962958. ? 25102393 ;和 (3)chr6:391739. . 411443 ； 和任選地（2)chr7:50344378.--50472798、 （4)chrl2:52400748..52409671 和（5)chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (l)BCATl;和 (3)IRF4 ； 和任選地（2)IKZF1、（4)GRASP和（5)CAHM中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
13. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng) 估以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (l)chrl2:24962958. ? 25102393 ;和 (4)chrl2:52400748. . 52409671 ； 和任選地（2)chr7:50344378...50472798、（3)chr6:391739..411443 和（5)chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (l)BCATl;和 (4)GRASP； 和任選地（2)IKZF1、（3)IRF4和（5)CAHM中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
14. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng) 估以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (1) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (2)chr7:50344378. ? 50472798 ;和 (3)chr6:391739. . 411443 ； 和任選地（l)chrl2:24962958. ? 25102393、（4)chrl2:52400748. .52409671 和（5)chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (2)IKZF1 ;和 (3) IRF4 ； 和任選地（l)BCATl、（4)GRASP和（5)CAHM中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
15. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng) 估以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (1) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (2)chr7:50344378. ? 50472798 ;和 (4)chrl2:52400748. . 52409671 ； 和任選地（I)chrl2:24962958..25102393、（3)chr6:391739..411443 和（5)chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii)以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (2)IKZF1 ;和 (4)GRASP； 和任選地（l)BCATl、（3)IRF4和（5)CAHM中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
16. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng) 估以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (3)chr6:391739. ? 411443 ;和 (4)chrl2:52400748. . 52409671 ； 和任選地（l)chrl2:24962958. ? 25102393、（2)chr7:50344378. -- 50472798 和（5)chr6:163834097. . 163834982 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (3) IRF4 ;和 (4)GRASP； 和任選地（l)BCATl、（2)IKZF1和（5)CAHM中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
17. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng) 估以下區(qū)域的甲基化狀態(tài)： (i) 由Hgl9坐標(biāo)限定的DNA區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (3)chr6:391739. ? 411443 ;和 (5)chr6:163834097. . 163834982 ； 和任選地（l)chrl2:24962958. ? 25102393、（2)chr7:50344378. -- 50472798 和（4)chrl2:52400748. . 52409671 中的一個(gè)或多個(gè)；或 (ii) 以下基因區(qū)域，包括其上游2kb: (3)IRF4 ;和 (5)CAHM； 和任選地（l)BCATl、（2)IKZF1和（4)GRASP中的一個(gè)或多個(gè)， 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少之一DNA區(qū)域的較高甲基化水平 指示有大腸腫瘤或大腸瘤形成狀態(tài)初起的傾向性。
18. 根據(jù)權(quán)利要求1至17中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述DNA區(qū)域的任一個(gè)顯示出較 高水平的甲基化。
19. 根據(jù)權(quán)利要求1至17中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述DNA區(qū)域的任意兩個(gè)或多個(gè) 顯示出較高水平的甲基化。
20. 根據(jù)權(quán)利要求1至19中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述腫瘤細(xì)胞是腺瘤或腺癌。
21. 根據(jù)權(quán)利要求1至20中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述對(duì)照水平是非腫瘤水平。
22. 根據(jù)權(quán)利要求1至21中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述瘤形成是結(jié)直腸瘤形成。
23. 根據(jù)權(quán)利要求1至22中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣品是糞便樣品、灌腸洗 滌、手術(shù)切除、組織活組織檢查樣品或血液樣品。
24. 根據(jù)權(quán)利要求1至23中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過(guò)篩查針對(duì)基因組DNA的改變 評(píng)估所述表達(dá)水平。
25. 根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中所述針對(duì)基因組DNA的改變是針對(duì)DNA甲基化 的變化。
26. 根據(jù)權(quán)利要求1至25中任一項(xiàng)所述的方法，其中在選自以下的一個(gè)或多個(gè)染色體 亞區(qū)域中評(píng)估所述甲基化： (l)BCAT亞區(qū)域chrl2:25101992-25102093(SEQIDN0:1 或相應(yīng)的負(fù)鏈）和chrl2:25101909-25101995(SEQIDNO: 2 或相應(yīng)的負(fù)鏈） (l)IKZFl亞區(qū)域chr7:50343867-50343961(SEQIDN0:3 或相應(yīng)的負(fù)鏈）和chr7:50343804-5033895(SEQIDNO: 4 或相應(yīng)的負(fù)鏈） (3) IRF4 亞區(qū)域chr6:392036-392145(SEQIDNO: 5 或相應(yīng)的負(fù)鏈） (4)GRASP亞區(qū)域：chrl2:52399672-52399922、chrl2:52400821-52401051(SEQ IDN0:6 或相應(yīng)的負(fù)鏈）、chrl2:52401407-52401664(SEQIDN0:7 或相應(yīng)的負(fù)鏈） chrl2:52400866-52400973 和Chrl2:52401107-52401664。 (5) CAHM亞區(qū)域：chr6:163834295-163834500(SEQIDN0:8 或相應(yīng)的負(fù)鏈）、 chr6:163834621-163834906、chr6:163834393-163834455 和chr6:163834393-163834519。
27. 根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法，其中所述亞區(qū)域選自SEQIDNO. 1、SEQIDNO. 2、 應(yīng)負(fù)鏈。
28. 根據(jù)權(quán)利要求26或27所述的方法，所述方法包括評(píng)估一個(gè)或多個(gè)胞嘧啶殘基的甲 基化，所述胞嘧啶殘基選自： (GRASP) chrl2:52399713chrl2:52399731chrl2:52399749chrl2:52399783chrl2:52399796chrl2:52399808chrl2:52399823chrl2:52399835 chrl2:52399891 chrl2:52400847chrl2:52400850chrl2:52400859chrl2:52400866 chrl2:52400869chrl2:52400873chrl2:52400881chrl2:52400886 chrl2:52400893chrl2:52400895chrl2:52400899chrl2:52400902 chrl2:52400907chrl2:52400913chrl2:52400919chrl2:52400932 chrl2:52400938chrl2:52400958chrl2:52400962chrl2:52400971 chrl2:52400973chrl2:52400976chrl2:52400998chrl2:52401008 chrl2:52401010chrl2:52401012chrl2:52401016chrl2:52401019 chrl2:52401025chrl2:52401041chrl2:52401044chrl2:52401053 chrl2:52401060chrl2:52401064chrl2:52401092chrl2:52401118 chrl2:52401438chrl2:52401448chrl2:52401460chrl2:52401465 chrl2:52401474chrl2:52401477chrl2:52401479chrl2:52401483 chrl2:52401504chrl2:52401514chrl2:52401523chrl2:52401540 chrl2:52401553chrl2:52401576chrl2:52401588chrl2:52401595 chrl2:52401599chrl2:52401604chrl2:52401606chrl2:52401634 chrl2:52401640chrl2:52401644chrl2:52401659 chrl2:52401160chrl2:52401165chrl2:52401174chrl2:52401177chrl2:52401179chrl2:52401183chrl2:52401204chr!2:52401215 chrl2:52401223chrl2:52401240chrl2:52401253chrl2:52401288 chrl2:52401295chr!2:52401299chrl2:52401304chrl2:52401334 chrl2:52401340chrl2:52401344chrl2:52401359 (CAHM) chr6:163834330chr6:163834332chr6:163834357chr6:163834373chr6:163834384chr6:163834390 chr6:163834392chr6:163834406chr6:163834412 chr6:163834419chr6:163834443chr6:163834448 chr6:163834452chr6:163834464chr6:163834483 chr6:163834653chr6:163834660chr6:163834672 chr6:163834675chr6:163834678chr6:163834681 chr6:163834815chr6:163834824chr6:163834835 chr6:163834840chr6:163834853chr6:163834855 chr6:163834858chr6:163834863chr6:163834869 chr6:163834872 (IKZFl) chr7:50343869 chr7:50343872 chr7:50343883 chr7:50343889 chr7:50343890 chr7:50343897 chr7:50343907 chr7:50343909 chr7:50343914 chr7:50343934 chr7:50343939 chr7:50343950 chr7:50343959 chr7:50343805 chr7:50343822 chr7:50343824 chr7:50343826 chr7:50343829 chr7:50343831 chr7:50343833 chr7:50343838 chr7:50343847 chr7:50343850 chr7:50343858 chr7:50343864 chr7:50343869 chr7:50343872 chr7:50343890 (IRF4) chr6:392036 chr6:392047 chr6:392049 chr6:392057 chr6:392060 chr6:392066 chr6:392080 chr6:392094 chr6:392102 chr6:392131 或在對(duì)側(cè)DNA鏈上第n+l位置處的相應(yīng)胞嘧啶。
29. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述方法包括在來(lái)自所述個(gè)體的生物樣品中評(píng)估DNA 區(qū)域的表達(dá)水平，所述DNA區(qū)域選自： (i) 由Hgl9坐標(biāo)中任何兩個(gè)或多個(gè)限定的區(qū)域，包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的2kb: (1)chrl2:24962958. . 25102393 (2)chr7:50344378. . . 50472798 (3)chr6:391739. ? 411443 ;或 (4)chrl2:52400748. ? 52409671 ;和 (5)chr6:163834097. ? 163834982 ;或 (ii) 以下任何兩個(gè)或多個(gè)的基因區(qū)域，包括其上游2kb: (1)BCAT1(2)IKZF1(3)IRF4(4)GRASP和（5)CAHM 其中相對(duì)于對(duì)照水平而言組（i)和/或（ii)的至少一個(gè)DNA區(qū)域的較低表達(dá)水平指 示有大腸腫瘤或瘤形成狀態(tài)初起傾向性。
30. 根據(jù)權(quán)利要求1至29中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述哺乳動(dòng)物是人。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK104411835SQ201380033710
【公開(kāi)日】2015年3月11日 申請(qǐng)日期:2013年5月10日 優(yōu)先權(quán)日:2012年5月11日
【發(fā)明者】P·莫里, L·拉普因忒, S·派德森 申請(qǐng)人:臨床基因組學(xué)股份有限公司, 聯(lián)邦科學(xué)和工業(yè)研究組織