国产精品1024永久观看,大尺度欧美暖暖视频在线观看,亚洲宅男精品一区在线观看,欧美日韩一区二区三区视频,2021中文字幕在线观看

  • <option id="fbvk0"></option>
    1. <rt id="fbvk0"><tr id="fbvk0"></tr></rt>
      <center id="fbvk0"><optgroup id="fbvk0"></optgroup></center>
      <center id="fbvk0"></center>

      <li id="fbvk0"><abbr id="fbvk0"><dl id="fbvk0"></dl></abbr></li>

      與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記及應(yīng)用的制作方法

      文檔序號:475532閱讀:793來源:國知局
      與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的snp分子標(biāo)記及應(yīng)用的制作方法
      【專利摘要】本發(fā)明屬于家畜分子標(biāo)記制備【技術(shù)領(lǐng)域】,具體涉及一個(gè)與豬肉肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)的SNP分子標(biāo)記定位及應(yīng)用。該SNP分子標(biāo)記由全基因組關(guān)聯(lián)分析中得到,其核苷酸序列如序列表SEQ?ID?NO:1以及圖2所示。本發(fā)明的標(biāo)記可用于豬肌內(nèi)脂肪含量性狀的相關(guān)檢測中。
      【專利說明】與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用
      【技術(shù)領(lǐng)域】
      [0001]本發(fā)明屬于家畜分子標(biāo)記制備【技術(shù)領(lǐng)域】,具體涉及一個(gè)與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及應(yīng)用。
      【背景技術(shù)】
      [0002]在豬育種工作中,育種者一直將提高瘦肉率和降低背膘厚作為主要育種目標(biāo)。雖然這種選育方式已取得了顯著的成效,但是它的遺傳選擇最終導(dǎo)致肌內(nèi)脂肪含量的下降,進(jìn)而導(dǎo)致豬肉品質(zhì)的下降。隨著消費(fèi)者對肉質(zhì)要求的不斷提高,改善豬肉品質(zhì)的遺傳研究已成為畜牧業(yè)的研究熱點(diǎn)。
      [0003]肌肉中的脂肪分為肌間脂肪和肌內(nèi)脂肪(intramuscular fat, IMF) 0肌間脂肪位于肌肉組織周邊,由脂肪細(xì)胞組成。肌內(nèi)脂肪包括肌細(xì)胞內(nèi)的脂質(zhì)和肌細(xì)胞外的脂質(zhì)。肌細(xì)胞內(nèi)的脂質(zhì)即位于肌纖維細(xì)胞質(zhì)中的脂滴。肉眼很難觀察到這部分脂肪,因此它不為肌內(nèi)脂肪的主要部分。肌細(xì)胞外的脂質(zhì)存在于肌外膜、肌束膜和肌內(nèi)膜上,即肌肉組織中結(jié)締組織間隙和毛細(xì)血管周圍的脂肪細(xì)胞。這部分脂肪就是肉眼可見的“大理石紋”(Harperand Pethick2004, "How might marbling begin ? "Animal Production Science44 (7):653-662.)。肌內(nèi)脂肪含量是一個(gè)重要的肉質(zhì)性狀,也是影響肉的嫩度,風(fēng)味和多汁性的一個(gè)重要因素。與此同時(shí),肌內(nèi)脂肪含量是一個(gè)遺傳力相對較高的性狀,但由于只能在屠宰后進(jìn)行測量,因此采取傳統(tǒng)的育種方法無法進(jìn)行有效的選育。隨著高通量豬基因組測序的完成和高密度的SNP (Single nucleotide polymorphism,單核苷酸多態(tài)性)芯片的開發(fā)使得全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide Association Study, GWAS),即從DNA水平尋找和識(shí)別與重要經(jīng)濟(jì)性質(zhì)有關(guān)的候選基因或特定地基因組區(qū)域并以此作為分子標(biāo)記用于標(biāo)記輔助選擇成為可能。GWAS為豬的育種開辟了另一條研究途徑。它相對候選基因法和QTL定位,可以更準(zhǔn)確的定位和識(shí)別新基因,并且已在家畜育種中得到了廣泛的應(yīng)用。
      [0004]目前為止,有關(guān)豬肌內(nèi)脂肪含量的候選基因,目前已有多例報(bào)道,其中研究得較清楚的是脂肪酸結(jié)合蛋白基因(H-FABP和A-FABP)、黑皮質(zhì)素受體-4基因(MC4R)、過氧化物酶增殖子活性受體Y基因(PPAR Y)、脂肪細(xì)胞定向和分化因子I基因(ADDl)、脂蛋白脂酶(LPL)基因和激素敏感性脂肪酶基因(HSL)。
      [0005]前人研究表明,乙酰輔酶A合成酶(acetoacety1-CoA synthetase, AACS)是一種利用酮體合成脂肪酸和膽固醇的關(guān)鍵酶。在細(xì)胞質(zhì)中,它可以將乙酰乙酸轉(zhuǎn)化成乙酰輔酶A,最終為脂質(zhì)生成提供乙?;T?T3-L1細(xì)胞中敲低AACS的表達(dá)可以抑制3T3-L1 細(xì)胞分化以及脂肪細(xì)胞標(biāo)記基因 PPARy (peroxisome-proliferator-activatedreceptor gamma)和 C/EBP a (CCAAT/enhancer binding protein α)的表達(dá)(The role ofacetoacety1-CoA synthetase, a ketone body-utilizing enzyme, in3T3-Lladipocytedifferentiation.Biol Pharm Bull.2012 ;35 (11): 1980-5.) ? 與此同時(shí),在成脂過程中,AACS 啟動(dòng)子活性主要受 C/EBP α 調(diào)控(Transcriptional regulation of ketonebody-utilizing enzyme, acetoacety1-CoA synthetase, by C/EBPalpha duringadipocyte differentiation.Biochim Biophys Acta.2008Jun_Jul ; 1779 (6-7):414-9.)。這說明AACS在前脂肪細(xì)胞分化中起了重要作用。除此之外,有研究報(bào)道AACS啟動(dòng)子受PPAR Y 和 SREBP-2 調(diào)控(Transcriptional regulation of the human acetoacety1-CoAsynthetase gene by PPARgamma.Biochem J.2010Mar29 ;427(2):255-64 ;Acetoacety1-CoAsynthetase, a ketone body-utilizing enzyme, is controlled by SREBP_2and affectsserum cholesterol levels)。其中,Spl (stimulating protein-1)直接誘導(dǎo)促進(jìn)脂肪生成的PPARy 與 AACS 的結(jié)合(Transcriptional regulation of the human acetoacety 1-CoAsynthetase gene by PPARgamma.Biochem J.2010Mar29 ;427 (2):255-64)。而 SREBP-2是亮氨酸拉鏈轉(zhuǎn)錄因子。當(dāng)它結(jié)合到固醇調(diào)控元件上時(shí),它可以調(diào)控膽固醇合成中的限速酶 HMGCR(A direct role for sterol regulatory element binding protein inactivation of3-hydroxy-3-methylglutaryI coenzyme A reductase gene, J.Biol.Chem.271 (1996) 12247 - 12253 ;SREBP-2,asecondbasic - helix - loop - helix - leucinezipper protein that stimulates transcription by binding to a sterol regulatoryelement, Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A.90 (1993) 11603 - 11607.)。
      [0006]至今,尚未見全面研究豬AACS基因功能的報(bào)道,而研究突變位點(diǎn)在群體中的多態(tài)性,并進(jìn)行性狀關(guān)聯(lián)分析是研究基因功能的一個(gè)非常有力的手段。因此, 申請人:運(yùn)用全基因組關(guān)聯(lián)分析的方法對這個(gè)基因的部分內(nèi)含子進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析和多態(tài)研究,并首次在豬AACS基因的內(nèi)含子找到的肉質(zhì)性狀SNP分子標(biāo)記。

      【發(fā)明內(nèi)容】

      [0007]本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)的缺陷,提供一個(gè)與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。本發(fā)明運(yùn)用全基因組關(guān)聯(lián)分析的方法尋找與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記,以此作為豬肉質(zhì)性狀,特別是豬肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)的SNP分子標(biāo)記在標(biāo)記輔助選擇中的應(yīng)用。
      [0008]本發(fā)明通過以下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn):
      [0009] 申請人:克隆得到一個(gè)與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記,該分子標(biāo)記的核苷酸序列如下所示:
      [0010]GCTTCAGGAGCTCTCGTCTAAGAGCTTGCTCACGCTTTATATATAGTTTGTCTGTGTTGCCTGGCAACCACATCCT TTTTTTCTCTTCCCCCATCTCTCTCTTTTTTTTAACCCTTCCTAAATTGCATGTAAAGCAACTTCTGCTAAATACTCGTCCTCGGRGGGTACGCAAGCCCAGCCCTGCATGTCCAATTGGCTTTTCCCCAGTGTGGTTTTAGCATATTCTCAAATTATTAATGAGATAATTAATTTTTAACTTTTTAAAGAGCCACTGGGGTGCTCTTGCTCTTGCCTTTTAAG
      [0011]上述序列162位的堿基R是A或G,導(dǎo)致多態(tài)性。
      [0012] 申請人:提供了一種與豬肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的制備方法,其在于下列步驟:
      [0013]I)提取豬基因組DNA ;
      [0014]2)采集豬的背最長肌,用石油醚提取法測定兩次試驗(yàn)豬背最長肌肉樣的肌內(nèi)脂肪含量;取兩次所測結(jié)果的平均值作為該肉樣的肌內(nèi)脂肪含量;
      [0015] 3)將豬基因組DNA樣品在全基因組芯片上作基因分型;[0016]4)采用PLINK軟件進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,從中選取與豬肌內(nèi)脂肪含量顯著關(guān)聯(lián)的SNP,運(yùn)用Ensembl網(wǎng)站的Variant Effect Predictor工具,注釋該SNP,然后利用生物信息學(xué)方法,對目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的基因進(jìn)行功能注釋,通過QTLdb網(wǎng)站檢索該位點(diǎn)是否落在報(bào)道的與豬肌內(nèi)脂肪含量有關(guān)的QTL中,進(jìn)一步確定與豬肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)聯(lián)的SNP。
      [0017]本發(fā)明通過全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)的方法得到與豬肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)聯(lián)的SNP分子標(biāo)記,為豬的分子標(biāo)記輔助選擇提供了一個(gè)新的分子標(biāo)記。
      [0018] 更詳細(xì)的技術(shù)方案參見《【具體實(shí)施方式】》。
      【專利附圖】

      【附圖說明】
      [0019]序列表SEQ ID NO:1是從NCBI網(wǎng)站下載的與豬肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)基因AACS第16個(gè)內(nèi)含子部分核苷酸序列,經(jīng)過檢測分析得到本發(fā)明的第一個(gè)分子標(biāo)記,序列長度為300bp,在該序列的162bp處存在一個(gè)等位基因的突變,即由A突變?yōu)镚。
      [0020]圖1:是本發(fā)明的技術(shù)流程圖。
      [0021]圖2:本發(fā)明克隆的豬AACS基因第16個(gè)內(nèi)含子的部分序列,其中位于豬14號染色體AACS基因第16個(gè)內(nèi)含子第218位堿基處(在本克隆的片段中為162bp處)的即括號內(nèi)為等位基因的突變位點(diǎn)。
      【具體實(shí)施方式】
      [0022]實(shí)施例1
      [0023]一、實(shí)驗(yàn)樣品采集
      [0024]實(shí)驗(yàn)豬群來自湖北金林原種畜牧有限公司種豬場的233頭純種大白豬公豬(已閹害I],體重為90kg左右)。豬群自由采食、飲水,整個(gè)飼喂方式、飼養(yǎng)條件等始終保持一致,為常規(guī)方法。
      [0025]在屠宰前,采集所有試驗(yàn)豬的耳組織樣品,放入75%乙醇中保存,為提取豬基因組DNA(具體方法參照北京天根生化技術(shù)有限公司生產(chǎn)的基因組DNA試劑盒說明書)備用。屠宰完后,從胸、腰椎間砍斷脊柱與眼肌。然后切取左半胴體背最長肌為肉樣,用于豬肌內(nèi)脂肪含量測定。
      [0026]二、背最長肌肌內(nèi)脂肪含量測定
      [0027]試驗(yàn)豬屠宰后2h內(nèi),取左半胴體胸、腰椎結(jié)合處背最長肌肉樣使用石油醚提取法測定肌內(nèi)脂肪含量;取兩次所測結(jié)果的平均值,作為該肉樣的肌內(nèi)脂肪含量。具體操作如下:
      [0028]I)采集最末胸椎與第一腰椎結(jié)合處背最長肌肉樣,用絞肉機(jī)將肉樣絞成肉糜狀;
      [0029]2)稱取勻化肉樣IOg(Wl)置于研缽內(nèi),分次加入甲醇研磨至甲醇總量達(dá)60ml ;
      [0030]3)研磨液傾入250ml具塞三角瓶內(nèi),然后分次加入氯仿至氯仿總量達(dá)90ml,研磨液倒入同一三角瓶內(nèi);
      [0031]4)最后用少量甲醇和氯仿洗滌研缽,洗液一并倒入三角瓶內(nèi)(殘?jiān)驳谷肴瞧績?nèi));
      [0032]5)靜置過夜,靜止時(shí)間不少于24h ;
      [0033]6)用中性定量濾紙將廣口瓶中的液體過濾于筒型分液漏斗內(nèi),用少量甲醇和氯仿洗滌瓶內(nèi)殘?jiān)翢o殘跡;
      [0034]7)加入30ml蒸餾水至分液漏斗內(nèi),旋搖約Imin后靜置分層;上層為甲醇一水層,下層為氯仿一脂肪層;
      [0035]8)用潔凈知重50ml燒杯(W3),取下層液50ml,記為V2 ;
      [0036]9)用100mL量筒量取剩余的下層液體,并記下體積Vl ;
      [0037]10)將燒杯置于加熱板上加熱,待氯仿?lián)]發(fā)后將燒杯置烘箱中,在105±2°C烘Ih ;
      [0038]11)取出燒杯置于干燥器中冷卻至室溫稱重(W2)。
      [0039]12)測定結(jié)果計(jì)算:
      [0040]肌內(nèi)脂肪(%) = (W2-W3) / [ffl X V2/ (V1+V2) ] X 100[0041 ] 二、豬基因組DNA的提取與檢測
      [0042]試驗(yàn)采用北京天根生化技術(shù)有限公司生產(chǎn)的基因組DNA試劑盒(TIANamp GenomicDNA KU,按該試劑盒提供的所明書操作)從豬耳組織中提取豬基因組DNA,具體操作如下:
      [0043]I)用眼科手術(shù)剪(用前酒精棉擦拭干凈)將取自大白豬耳樣剪成糊狀,加200 μ I緩沖
      [0044]液GA (該試劑盒自帶),振蕩至徹底懸浮。
      [0045]2)加入20 μ I蛋白酶K溶液(該試劑盒自帶),混勻,置于56°C水浴鍋消化過夜。
      [0046]3)加入200 μ I緩沖液GB (該試劑盒自帶),充分顛倒混勻,70°C放置10分鐘,溶
      液應(yīng)變清亮,簡短離心以去除管蓋內(nèi)壁的水珠。
      [0047]4)加入200 μ I無水乙醇,充分振蕩混勻15秒,此時(shí)可能會(huì)出現(xiàn)絮狀沉淀,簡短離心以去除管蓋內(nèi)壁的水珠。
      [0048]5)將上一步所得溶液和絮狀沉淀都加入一個(gè)吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),12000rpm(~13,400Xg)離心30sec,倒掉廢液,將吸附柱CB3放回收集管中。
      [0049]6)向吸附柱CB3中加入500 μ I緩沖液⑶(該試劑盒自帶),12000rpm離心30秒,倒掉廢液,將吸附柱CB3放入收集管中。
      [0050]7)向吸附柱CB3中加入600 μ I漂洗液PW(該試劑盒自帶),12000rpm離心30秒,
      倒掉廢液,將吸附柱CB3放入收集管中。
      [0051]8)重復(fù)操作步驟7。
      [0052]9)將吸附柱CB3放回收集管中,12,OOOrpm離心2分鐘,倒掉廢液。將吸附柱CB3置于室溫放置數(shù)分鐘,以徹底晾干吸附材料中殘余的漂洗液。
      [0053]10)將吸附柱CB3轉(zhuǎn)入一個(gè)干凈的離心管中,向吸附膜的中間部位懸空滴加50-200 μ I洗脫緩沖液TE,室溫放置2-5分鐘,12,OOOrpm離心2分鐘,將溶液收集到離心管中。
      [0054]11)取2 μ L上一步所得溶液DNA溶液和I μ L加樣緩沖液混勻,上樣于1.2%的瓊脂糖凝膠,120V電壓電泳20分鐘左右,紫外燈下觀測電泳結(jié)果并拍照,以判斷DNA的完整性。用 NanoDrop2000 核酸蛋白分析儀(Thermo Fisher Scientific,USA)對提取后的 DNA進(jìn)行質(zhì)量檢測,A260/A280的比值在1.7-2.1之間,A260/A230在1.8-2.2之間被判定為合格。對合格的DNA進(jìn)行濃度測定,然后將濃度統(tǒng)一稀釋至200ng/ μ L,放入_20°C的冰箱存放。不合格的DNA樣品則需要重新提取。 [0055]四、SNP芯片基因型判定及基因型數(shù)據(jù)的質(zhì)控[0056]將233頭豬耳樣中提取的基因組DNA樣品在Illumina公司研制的PorcineSNP60BeadChip全基因組芯片上雜交。該芯片中包含61177個(gè)SNP位點(diǎn)。
      [0057]采用PLINK軟件對所有個(gè)體的原始基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控檢驗(yàn),以SNP基因型檢出率(SNP call rate) >90%、最小等位基因頻率(minor allele frequency, MAF) >0.01、哈代-溫伯格平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium, HWE)檢驗(yàn)的P值〈10-6以及樣本檢出率(sample call rate) >90%等指標(biāo)為標(biāo)準(zhǔn)。
      [0058]五、數(shù)據(jù)整理與分析
      [0059]I)表型數(shù)據(jù)分析
      [0060]利用SAS9.2統(tǒng)計(jì)分析軟件,對豬肌內(nèi)脂肪含量測定值,進(jìn)行描述性統(tǒng)計(jì)分析,包括計(jì)算該性狀的平均值、標(biāo)準(zhǔn)差、最大值和最小值。
      [0061]2)全基因組關(guān)聯(lián)分析
      [0062]采用PL INK軟件,進(jìn)行GWAS分析。 申請人:運(yùn)用下述混合模型分析數(shù)據(jù)。模型為:
      [0063]Yij = μ +Genotypei+ ε i j
      [0064]其中,Yij為處理后的性狀值;μ為每個(gè)性狀的均值;genotypei為基因型效應(yīng);ε ij為隨機(jī)效應(yīng)。
      [0065]3)檢驗(yàn)SNP與性狀關(guān)聯(lián)的顯著性。
      [0066]當(dāng)某個(gè)SNP符合P〈10_4條件時(shí),我們就認(rèn)為這個(gè)SNP達(dá)到了全基因組的基因組水
      平顯著。
      [0067]4) SNP 注釋
      [0068]根據(jù)芯片SNP 信息,在 Ensembl 網(wǎng)站(www.ensembl.0rg)的 Sus scrofa Buidl0.2數(shù)據(jù)庫中,運(yùn)用Variant Effect Predictor工具,注釋該SNP,即確定SNP位點(diǎn)所在染色體及其在染色體上的物理位置,并由此確定這些顯著SNPs在Ensembl數(shù)據(jù)庫中已知基因的內(nèi)部還是側(cè)翼區(qū)域內(nèi)。然后利用生物信息學(xué)方法,根據(jù)Ensembl、NCBI (www.ncb1.nlm.nih.gov)、DAVID(david.abcc.ncifcrf.gov)等網(wǎng)站提供的基因結(jié)構(gòu)、基因類型、基因功能和通路等信息,對目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的基因進(jìn)行功能注釋。最后通過QTLdb (cn.animalgenome.0rg/cg1-bin/QTLdb/index)網(wǎng)站檢索該位點(diǎn)是否落在已報(bào)到的與豬肌內(nèi)脂肪含量有關(guān)的QTLs中,進(jìn)一步確定與豬肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)聯(lián)的SNPs。
      [0069]六、結(jié)果分析
      [0070]對豬AACS基因第16個(gè)內(nèi)含子多態(tài)性位點(diǎn)rs80998394 (ASGA0062434)基因型檢測結(jié)果表明在233個(gè)個(gè)體中AA(AA)基因型有11個(gè),AB(AG)基因型有95個(gè),BB(GG)基因型有126個(gè)。此外,還有一個(gè)個(gè)體的基因型沒檢測到。所分析的肉質(zhì)性狀是豬肌內(nèi)脂肪含量。所得到的相關(guān)性狀是肌內(nèi)脂肪含量。結(jié)果見表2。
      [0071]表1AACS基因第16個(gè)內(nèi)含子多態(tài)性位點(diǎn)rs80998394基因型與豬肌內(nèi)脂肪含量的
      關(guān)聯(lián)分析
      [0072]
      肉質(zhì)性狀A(yù)JCS第16個(gè)內(nèi)含子
      肌內(nèi)脂肪含量0.0009333**[0073]注:*表不差異顯著,P〈0.05 表不差異極顯著P〈0.01 ;表中性狀值為平均數(shù)土標(biāo)準(zhǔn)誤。(以下表格中同)
      [0074]由表1可知:AACS基因第16個(gè)內(nèi)含子的SNP位點(diǎn)rs80998394與豬肌內(nèi)脂肪含量呈極顯著相關(guān)(p〈0.01)。對豬肌內(nèi)脂肪含量值有顯著影響的AACS基因第16個(gè)內(nèi)含子中SNP位點(diǎn)rs80998394基因型與豬肌內(nèi)脂肪含量關(guān)聯(lián)分析的詳細(xì)結(jié)果見表2。
      [0075]表2SNPs位點(diǎn)rs80998394 (AACS)基因型肌內(nèi)脂肪含量的最小二乘均數(shù)
      [0076]
      【權(quán)利要求】
      1.一個(gè)與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記,其特征在于,所述的分子標(biāo)記的核苷酸序列如下所示:
      GCTTCAGGAGCTCTCGTCTAAGAGCTTGCTCACGCTTTATATATAGTTTGTCTGTGTTGCCTGGCAACCACATCCTTTTTTTCTCTTCCCCCATCTCTCTCTTTTTTTTAACCCTTCCTAAATTGCATGTAAAGCAACTTCTGCTAAATACTCGTCCTCGGRGGGTACGCAAGCCCAGCCCTGCATGTCCAATTGGCTTTTCCCCAGTGTGGTTTTAGCATATTCTCAAATTATTAATGAGATAATTAATTTTTAACTTTTTAAAGAGCCACTGGGGTGCTCTTGCTCTTGCCTTTTAAG上述序列162位的堿基R是A或G,導(dǎo)致多態(tài)性。
      2.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記在豬肌內(nèi)脂肪含量檢測中的應(yīng)用。
      3.一種與豬肌內(nèi)脂肪含量性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的制備方法,其特征在于下列步驟: 1)提取豬基因組DNA; 2)采集豬的背最長肌,用石油醚提取法測定兩次試驗(yàn)豬背最長肌肉樣的肌內(nèi)脂肪含量;取兩次所測結(jié)果的平均值作為該肉樣的肌內(nèi)脂肪含量; 3)將豬基因組DNA樣品在全基因組芯片上作基因分型; 4)采用PLINK軟件進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,從中選取與豬肌內(nèi)脂肪含量顯著關(guān)聯(lián)的SNP,運(yùn)用Ensembl網(wǎng)站的Variant Effect Predictor工具,注釋該SNP,然后利用生物信息學(xué)方法,對目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的基因進(jìn)行功能注釋,通過QTLdb網(wǎng)站檢索該位點(diǎn)是否落在報(bào)道的與豬肌內(nèi)脂肪含量 有關(guān)的QTL中,進(jìn)一步確定與豬肌內(nèi)脂肪含量相關(guān)聯(lián)的SNP。
      【文檔編號】C12Q1/68GK103966209SQ201410183178
      【公開日】2014年8月6日 申請日期:2014年5月2日 優(yōu)先權(quán)日:2014年5月2日
      【發(fā)明者】趙書紅, 董謙, 曹建華, 李新云, 朱猛進(jìn), 李世軍 申請人:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
      網(wǎng)友詢問留言 已有0條留言
      • 還沒有人留言評論。精彩留言會(huì)獲得點(diǎn)贊!
      1