與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel分子標(biāo)記的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了一個與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel分子標(biāo)記，命名為InDel-MLO1，由SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列片段組成；其中SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列片段與抗病基因共分離，SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列片段與感病基因共分離。本發(fā)明的InDel分子標(biāo)記具有高穩(wěn)定性，可以簡便、快速、高通量的應(yīng)用于黃瓜苗期白粉病抗性單株的輔助篩選；根據(jù)SEQ?ID?NO.5與SEQ?ID?No.6所示，由插入/缺失突變造成的抗性候選基因DNA長度的差異，還可以設(shè)計多對共顯性的InDel標(biāo)記作為白粉病抗性篩選的分子標(biāo)記。本發(fā)明的InDel標(biāo)記為白粉病抗性的分子標(biāo)記輔助育種奠定了基礎(chǔ)，這將大大加快黃瓜白粉病抗性分子育種的進(jìn)程。
【專利說明】與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel分子標(biāo)記

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及基因工程技術(shù)，具體涉及與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel 分子標(biāo)記。

【背景技術(shù)】
[0002] 黃瓜（Cucumis sativus L.)為葫蘆科（Cucurbitaceae) -年生草本蔓生攀緣植 物。原產(chǎn)喜馬拉雅山南麓的印度北部地區(qū)，我國已有2000多年的栽培歷史，是黃瓜的次生 起源中心。黃瓜作為世界十大重要的蔬菜作物之一，也是我國主栽蔬菜作物之一，其作為重 要的蔬菜作物歷來備受育種家的重視。
[0003] 近年，隨著設(shè)施栽培面積的不斷擴(kuò)大，可以反季節(jié)栽培，周年生產(chǎn)，黃瓜產(chǎn)量大幅 度增加，滿足了市場的需求。但是，由于從露地生產(chǎn)到設(shè)施栽培，條件發(fā)生了改變，尤其南方 地區(qū)高溫多濕氣候，在提高產(chǎn)量和品質(zhì)的同時，病害隨之加重，其中白粉病是最為嚴(yán)重的病 害之一。黃瓜白粉病是由專性寄生菌（Podosphaera xanthii)引起的真菌病害，可在黃瓜 整個生育期得病，尤其在生長中后期發(fā)病嚴(yán)重，使植株提早拉秧，造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。大 量增施農(nóng)藥，不但導(dǎo)致環(huán)境污染、農(nóng)藥殘留、食品安全等問題，而且還會導(dǎo)致白粉病菌產(chǎn)生 新的小種抗性，從而增加防治難度和種植戶生產(chǎn)成本。要從根本上解決這些問題，必須從源 頭做起，培育優(yōu)質(zhì)抗病黃瓜新品種，以滿足種植者和消費(fèi)者的需求，保護(hù)生態(tài)環(huán)境。
[0004] 常規(guī)的抗性育種費(fèi)時費(fèi)力，需要經(jīng)歷多代回交和雜交的過程；病害發(fā)生需要專門 的病圃進(jìn)行接種鑒定，且受環(huán)境影響較大；黃瓜白粉病抗性一般為隱性，回交育種過程中需 要每代自交以確認(rèn)隱性抗性的滲入；這些都增加了培育黃瓜抗病品種的難度。分子育種可 以大大加速抗病育種進(jìn)程，顯著縮短育種周期?，F(xiàn)代生物技術(shù)的迅猛發(fā)展，為抗病育種開辟 了新的途徑，利用生物技術(shù)培育抗病品種已成為目前的熱點(diǎn)。分子育種的前提是獲得相關(guān) 性狀的功能基因或與其緊密連鎖的分子標(biāo)記。利用分子標(biāo)記分析體系，在遺傳群體上鑒定 抗病遺傳規(guī)律，定位和克隆白粉病抗性基因，研究其功能和抗性的分子調(diào)控機(jī)制，可以為黃 瓜抗性基因的分子標(biāo)記輔助育種及分子設(shè)計育種提供理論依據(jù)。利用與抗病基因緊密連鎖 或共分離的分子標(biāo)記，開展分子標(biāo)記輔助選擇育種，可將多個抗病基因整合到一個品種，顯 著提高育種效率，縮短育種時間，而且大幅度提高了抗病的力度和持久性，這對于培育出滿 足種植者需求的黃瓜抗病新品種具有重要意義。
[0005] 雖然黃瓜白粉病的發(fā)生比較普遍和嚴(yán)重，但是關(guān)于其抗性基因定位和克隆的研究 較為薄弱，目前僅僅停留在主效基因/QTL定位的初級階段，尚未找到與白粉病抗性基因/ QTL共分離的標(biāo)記，更不用說基因的分離及抗病機(jī)理的深入研究。由于很多研究揭示黃瓜 白粉病抗性由多個隱性基因控制，因此諸多育種工作者對其進(jìn)行了 QTL分析。Sakata等利 用97株的黃瓜抗感重組自交系群體，在2006年首次定位了黃瓜白粉病抗性的QTL，檢測 到6個與溫度相關(guān)的QTL，其中一個在LGII上的主效QTL在20°C和26°C下均表現(xiàn)出抗性。 Liu等（2008a)利用構(gòu)建的黃瓜F2:3家系進(jìn)行了 QTL定位，共檢測到5個白粉病抗性QTL，分 布于連鎖群1、2、5上，單個QTL的貢獻(xiàn)率介于3. 4%?45%之間；同時，通過重組自交系共 檢測到4個白粉病抗性QTL，分別位于連鎖群1、2、4、6上，單個QTL的貢獻(xiàn)率介于5. 2%? 21.0%之間（Liu et al.，2008b)。沈麗平（2009)以高抗白粉病黃瓜品種JIN5和高感白 粉病黃瓜品種D8構(gòu)建的F2群體檢測到位于第3連鎖群上控制黃瓜白粉病抗性的2個QTL， 貢獻(xiàn)率為7. 6%和13. 5%。張圣平等（2011)利用抗感親本組合的F2和F2:3家系共檢測到 4個白粉病抗性的QTL。Fukino等（2013)以重組自交系為研究對象，在染色體1、3、4、5、6 上共檢測到9個QTL，單個QTL的貢獻(xiàn)率介于5%?44%之間，其中4個位點(diǎn)的效應(yīng)得到了 證實(shí)。He等（2013)利用F 2:3家系對黃瓜下胚軸、子葉和真葉的白粉抗性同時進(jìn)行了 QTL分 析，檢測到6個QTL，分別位于1、3、4、5號染色體上，其中2個主效QTL位于5號染色體的 40cM的區(qū)間內(nèi)，下胚軸抗性QTL對黃瓜白粉抗性起到了最重要的作用。
[0006] 上述多數(shù)研究表明，黃瓜白粉病抗性是多個基因控制的復(fù)雜性狀，而且抗性基因 的作用方式表現(xiàn)為隱性遺傳，這些因素?zé)o疑地增加了其精細(xì)定位與克隆的難度。由于黃瓜 白粉病對黃瓜生產(chǎn)影響很大，雖然對黃瓜白粉病抗性基因的定位研究較多，但是還沒有精 細(xì)定位及基因克隆的相關(guān)報道。目前已獲得的連鎖標(biāo)記遺傳距離較遠(yuǎn)，不利于分子標(biāo)記輔 助育種的開展，阻礙了抗病品種分子育種的進(jìn)程。因此，尋找與黃瓜白粉病抗性基因 /QTL 緊密連鎖、共分離的分子標(biāo)記，對其進(jìn)行精細(xì)定位與克隆，這不僅為其抗病分子育種提供良 好的技術(shù)支撐，也為揭開黃瓜白粉病抗性的分子機(jī)制奠定基礎(chǔ)。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0007] 本發(fā)明的目的，在于克服黃瓜白粉病抗性育種難度大的問題，提供一個基于黃瓜 白粉病抗性候選基因開發(fā)的與白粉主效基因 /QTL共分離的共顯性InDel分子標(biāo)記，并且此 標(biāo)記利用瓊脂糖凝膠電泳可以清晰的顯示出差異，方便應(yīng)用于白粉病抗性分子輔助育種。 本發(fā)明找到一個控制黃瓜白粉病抗性的候選基因 CsMLOl，并通過生物信息學(xué)、測序比對等 分析得到了初步確認(rèn)。通過親本間測序發(fā)現(xiàn)抗病親本中的一個1449bp的插入突變造成了 CsMLOl的功能缺失，從而導(dǎo)致了其抗病性狀。利用此插入/缺失突變，我們開發(fā)了一個與黃 瓜白粉病抗性主效QTL共分尚的InDel分子標(biāo)記，以便分子標(biāo)記輔助育種體系的建立。本 發(fā)明的分子標(biāo)記可簡便、快速、高通量地應(yīng)用于育種實(shí)踐。
[0008] 本發(fā)明是通過以下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn)的：一個與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的 InDel分子標(biāo)記，命名為InDel-MLOl，由SEQ ID NO. 1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID N0. 2 所示的核苷酸序列片段組成；其中SEQ ID NO. 1所示的核苷酸序列片段與抗病基因共分離， SEQ ID N0. 2所示的核苷酸序列片段與感病基因共分離。
[0009] 所述InDel-MLOl由SEQ ID N0. 3所示的上游引物和SEQ ID N0. 4所示的下游引 物擴(kuò)增得到。
[0010] 所述抗病基因的核苷酸序列如SEQ ID N0. 5所示，所述感病基因的核苷酸序列如 SEQ ID N0. 6 所示。
[0011] 由候選基因在多個黃瓜抗病自交系中測序得到SEQ ID NO. 5所示序列，由候選基 因在多個黃瓜感病自交系中測序得到SEQ ID N0. 6所示序列；兩者之間存在一個1449bp 的插入/缺失突變造成了基因的功能喪失，根據(jù)此插入/缺失突變，可以設(shè)計多個諸如 InDel-MLOl與白粉病抗性共分離的共顯性InDel分子標(biāo)記。
[0012] 上述SEQ ID NO. 1為InDel-MLOl在抗病親本擴(kuò)增的序列，由2213個核苷酸組成； SEQ ID NO. 2為InDel-MLOl在感病親本擴(kuò)增的序列，由764個核苷酸組成。經(jīng)過來自世界 各地的抗病、感病自交系的分子檢測分析，抗病自交系均擴(kuò)增出2213bp大小的條帶，而感 病自交系均擴(kuò)增出764bp大小的條帶。通過回交分離群體分析，此標(biāo)記與白粉病抗性主效 QTL共分離。因此，此共顯性的InDel標(biāo)記有利于白粉病抗性育種的分子標(biāo)記輔助體系的建 立，可簡便、快速、高通量地應(yīng)用于育種實(shí)踐。
[0013] 上述上游引物和下游引物由上海生工合成。
[0014] 本發(fā)明在白粉病抗性主效基因/QTL進(jìn)行精細(xì)定位的基礎(chǔ)上，通過對候選區(qū)間的 一個候選基因進(jìn)行分析，找到一個控制黃瓜白粉病抗性的候選基因 CsMLOl，由序列表中SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 6所示的核苷酸組成，分別由抗病親本和感病親本對候選基因測序 獲得；通過生物信息學(xué)、測序比對等分析，此候選基因得到了初步確認(rèn)。通過序列比對發(fā)現(xiàn) 抗病親本中的一個1449bp的插入突變造成了 CsMLOl的功能缺失，從而導(dǎo)致了其抗病性狀。 利用此插入/缺失突變，我們開發(fā)了一個與黃瓜白粉病抗性主效QTL共分離的InDel分子 標(biāo)記InDel-MLOl，并且可以根據(jù)此插入/缺失突變設(shè)計多個諸如InDel-MLOl與白粉病抗性 共分離的共顯性InDel分子標(biāo)記。
[0015] 與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明具有如下有益效果：傳統(tǒng)的抗性育種費(fèi)時費(fèi)力，需要通過 多代回交和雜交的過程。病害發(fā)生需要專門的病圃進(jìn)行接種鑒定，且受環(huán)境影響較大。黃 瓜白粉病抗性一般為隱性，回交育種過程中需要每代自交以確認(rèn)隱性抗性的滲入。由于白 粉病菌為專性活體寄生真菌，且抗性鑒定時容易導(dǎo)致育種單株的死亡，這些因素都增加了 白粉病抗性育種的周期和難度。本發(fā)明的共分離InDel分子標(biāo)記為共顯性，能夠區(qū)分純合 子和雜合子，在黃瓜苗期即可鑒定植株的基因型，省去了回交滲入過程中每代自交的步驟； 此InDel標(biāo)記條帶差異大，用0. 8%瓊脂糖凝膠電泳即可清晰地區(qū)分基因型，用它來跟蹤抗 性基因，既準(zhǔn)確又省時省力，可用于黃瓜白粉病抗性的分子標(biāo)記輔助育種，加速黃瓜白粉病 抗性育種的進(jìn)程。同時此共分離標(biāo)記將促進(jìn)白粉病抗性QTL/基因的分離，為白粉病抗性形 成的分子機(jī)制的深入研究奠定基礎(chǔ)。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0016] 圖1是候選基因 CsMLOl與其同源基因的氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹分析。大麥、 擬南芥、番茄、豌豆、玉米、甜瓜的白粉抗性同源基因與CsMLOl聚類在一起。
[0017] 圖2是分子標(biāo)記InDel-MLOl在不同的抗、感自交系的瓊脂糖凝膠電泳效果?？?病自交系都為2213bp大小的條帶，感病自交系都為764bp大小的條帶；Μ代表Marker DL2000。
[0018] 圖3是分子標(biāo)記InDel-MLOl在回交分離群體的瓊脂糖凝膠電泳效果。圖中所示， S05為感病親本，S1003為抗病親本，F(xiàn)i代表雜交一代；R和S分別代表回交分離群體中隨機(jī) 挑選的抗病和感病植株的檢測結(jié)果；Μ代表Marker DL2000。

【具體實(shí)施方式】
[0019] 一、黃瓜白粉病抗性候選基因的鑒定
[0020] 1、白粉病抗性候選基因的確定
[0021] 根據(jù)黃瓜抗、感組合的F2群體進(jìn)行BSA和初步的QTL分析得出，在第五染色體的 長臂末端找到一個主效QTL pm5. 1。為了精細(xì)定位并克隆這個主效QTL，以抗病親本S1003 為受體親本，感病親本S05為供體親本，結(jié)合MAS通過多代回交后自交，我們構(gòu)建了僅主效 QTL pm5. 1區(qū)域分離的回交群體BQFpBCA。通過對這2個回交分離群體進(jìn)行白粉病抗性 鑒定分析發(fā)現(xiàn)，此抗性QTL已經(jīng)轉(zhuǎn)化為單盂德爾因子，即單基因控制，且抗病為隱性遺傳。 通過主效QTL區(qū)域開發(fā)的分子標(biāo)記對回交分離群體的1077個單株進(jìn)行連鎖分析，結(jié)果將抗 病基因精細(xì)定位到SSR標(biāo)記UW065021與UW065094之間。這兩個標(biāo)記同時存在于已經(jīng)公布 的黃瓜品種9330基因組序列Scaffold000038和黃瓜品種Gyl4基因組序列Scaffold02978 中(http: //cucumber, vcru. wise, edu/wenglab/gyl4~9930/index, html)，物理距離分另ll為 164kb 和 170kb。
[0022] 通過 Gyl4 的基因組網(wǎng)站(http: //www. phytozome. net/cucumber, php)和 9930 的 基因組網(wǎng)站(http://cucumber, genomics, org. cn)對候選區(qū)間的基因進(jìn)行預(yù)測分析，并通 過FGENESH(http://sunl. softberry. com)進(jìn)行驗(yàn)證。通過這些基因的功能注釋，我們發(fā)現(xiàn) 一個編碼跨膜蛋白的負(fù)調(diào)控基因 CsMLOl。其在擬南芥和大麥中的同源基因賦予了其白粉病 的光譜、持久抗性；其在番茄、豌豆、甜瓜、玉米中的同源基因同樣賦予了白粉病的抗性。在 其它候選基因的功能注釋中未發(fā)現(xiàn)與白粉病抗性有任何關(guān)聯(lián)。因此，我們初步認(rèn)為CsMLOl 為白粉病抗性的候選基因。
[0023] 2、候選基因 CsMLOl的測序分析
[0024] 為確認(rèn)CsMLOl為白粉病抗性的候選基因，我們對多個抗、感白粉病的黃瓜自交系 進(jìn)行了測序分析。其中抗病自交系有：S1003、S06、S02、WI2757、Gyl4、SB-2和83G ;感病自 交系有：S05、53、Truelemon 和 Straight Eight。
[0025] 利用9930和Gyl4中CsMLOl的同源參考序列設(shè)計測序引物，保證每個測序引物 的擴(kuò)增序列有100_150bp的重疊，用于DNA片段的拼接。利用Takara公司的高保真長片 段擴(kuò)增酶 PrimeSTAR GXL DNA Polymerase 進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增，產(chǎn)品號為 Code No. R050A。PCR 的反應(yīng)體系為：基因組DNA 10 ng，引物0. 2ymol/L，200ymol/L dNTPs，lX緩沖液，1.25 U GXL DNA聚合酶，總反應(yīng)體系為50yL。擴(kuò)增程序?yàn)椋?0-35cycles，98°C 10s ;60°C 15s ; 68°C 2min。在PCR產(chǎn)物中加入goldview熒光染料3ul，4°C下放置lOmin讓染料同DNA結(jié)合， 然后加入上樣緩沖液2ul，混勻后通過1%瓊脂糖凝膠電泳分離，在紫外燈下切下目標(biāo)片段 放入1. 5ml的離心管中，用DNA回收試劑盒回收；其中DNA回收試劑盒為上海生工UNIQ-10 柱式DNA膠回收試劑盒，產(chǎn)品號為Cat. No. SK1132。將回收產(chǎn)物與測序引物一并送到上海桑 尼生物有限公司進(jìn)行相關(guān)序列的測定。
[0026] 根據(jù)測序結(jié)果顯示，抗病自交系CsMLOl的等位基因序列都為SEQ ID N0. 5所示的 5413bp的序列，而感病自交系CsMLOl的等位基因序列都為SEQ ID NO. 6所示的3966bp的 序列。通過FGENESH(http://sunl. softberry. com)對CsMLOl進(jìn)行基因預(yù)測，這個基因具 有15個外顯子，14個內(nèi)含子。利用DNAMAN軟件對抗、感序列進(jìn)行比對，我們發(fā)現(xiàn)在第11個 外顯子上，抗病序列有一個1449bp的大片段插入造成了基因的突變并導(dǎo)致此基因功能的 喪失，這與白粉病的隱性抗性遺傳模式相對應(yīng)。這種情況與大麥和擬南芥中的ML0基因類 似，其感病基因的功能喪失導(dǎo)致了隱性的抗病表型。因此，這進(jìn)一步證實(shí)了 CsMLOl為黃瓜 白粉病的抗性基因。
[0027] 3、系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹分析驗(yàn)證
[0028] 為進(jìn)一步確認(rèn)CsMLOl為白粉病抗性的候選基因，我們使用NCBI網(wǎng)站的BLAST搜 索引擎(http: //blast, ncbi. nlm. nih. gov/Blast. cgi)對 CsMLOl 同源基因的氨基酸序列 進(jìn)行了搜索，找到了大麥、擬南芥、番茄、豌豆、甜瓜、玉米的同源氨基酸序列。使用DNAMAN 軟件進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹分析，步驟如下：使用蛋白比對功能，采用默認(rèn)參數(shù)，先進(jìn)行氨 基酸序列的多序列比對；在比對結(jié)果出來后使用Phylogenetic Tree功能分析系統(tǒng)發(fā)育進(jìn) 化樹，參數(shù)使用Observed diverggency和toss gaps。通過系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn)，我們 找到的白粉病抗性候選基因 CsMLOl與大麥、擬南芥、番茄、豌豆、玉米、甜瓜的白粉抗性同 源基因聚類在一起（參見圖1)。在單子葉植物大麥、玉米和雙子葉植物擬南芥、番茄，豌豆 中，CsMLOl的這些同源基因都對白粉病起到了高抗甚至免疫的抗性。由于進(jìn)化上的同源性 和功能保守性，CsMLOl作為其在雙子葉植物黃瓜的同源基因可能也對白粉病抗性起到至關(guān) 重要的作用，這對CsMLOl作為黃瓜白粉病的抗性候選基因提供了進(jìn)一步的證據(jù)。
[0029] 二、基于黃瓜白粉病抗性候選基因的InDel標(biāo)記的開發(fā)與鑒定
[0030] 1、多個抗、感自交系的驗(yàn)證
[0031] 根據(jù)前述不同親本測序的結(jié)果，白粉病抗、感自交系CsMLOl的等位基因存在 1449bp的插入/缺失突變，我們根據(jù)此突變設(shè)計了 InDel標(biāo)記來進(jìn)一步確認(rèn)CsMLOl為白 粉病抗性基因。根據(jù)這個插入/缺失突變，我們利用Primer3. 0引物設(shè)計軟件在突變的兩 側(cè)設(shè)計正反向引物。為了使得設(shè)計的InDel標(biāo)記成為共顯性標(biāo)記，在瓊脂糖凝膠電泳分析 時可以清晰地區(qū)分抗、感差異條帶以及純合子和雜合子，又不至于使差異太大或太小，我們 盡量讓抗性親本的擴(kuò)增條帶在2000-2500bp，從而感病親本的擴(kuò)增條帶在550-1050bp。這 樣設(shè)計出來的標(biāo)記在瓊脂糖凝膠電泳的條帶就為共顯性，條帶差異也容易統(tǒng)計、區(qū)分。根 據(jù)此原則，我們成功設(shè)計了一個InDel標(biāo)記，命名為InDel-MLOl。由于片段較長，我們使用 的長片段擴(kuò)增酶PrimeSTAR GXL DNA Polymerase進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR的反應(yīng)體系為：基因 組 DNA5ng，引物(X2ymol/L，200ymol/L dNTPs，lX 緩沖液，0.25 U GXLDNA 聚合酶，總反 應(yīng)體系為 1〇μ?。擴(kuò)增程序?yàn)椋?0cycles，98°C 10s ;60°C 15s ;68°C 150s。擴(kuò)增后的 PCR 產(chǎn) 物加入2ul6 X熒光上樣緩沖液，混勻后使用0. 8 %的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳分析，100V電壓， 12min，然后進(jìn)行凝膠紫外成像。
[0032] 利用此InDel標(biāo)記技術(shù)，我們對包括定位親本在內(nèi)的來自世界不同地區(qū)的抗、感 自交系進(jìn)行了電泳分析驗(yàn)證。其中抗病自交系有：中國的S1003、S95,以色列的S06、S02， 歐洲的H35、SB-2,美洲的WI2757、Gyl4、83G，韓國的M3,共10個抗病黃瓜自交系；感病自 交系有：中國的S1001、S52、S110、316、Gl、gl、S51，以色列的S05,韓國的M12,美洲的53、 Truelemon，野生型黃瓜Hardwikia，共12個感病黃瓜自交系。結(jié)果顯示，在抗病自交系中只 擴(kuò)增出來2213bp大的片段，而感病自交系只擴(kuò)增出來764bp小的片段（參見圖2)，因此，這 個InDel標(biāo)記可以用來篩選不同的抗、感品種。
[0033] 2、群體共分離驗(yàn)證
[0034] 為了證明InDel標(biāo)記InDel-MLOl是否與白粉病抗性基因存在連鎖關(guān)系，我們利用 1109株的回交分離群體對此標(biāo)記進(jìn)行了群體連鎖分析驗(yàn)證。結(jié)果顯示，在群體中與抗病親 本有一致帶型的單株表現(xiàn)為抗病，與感病親本有一致帶型的植株為感病，雜合帶型的植株 也為感?。▍⒁妶D3)。此結(jié)果說明：此標(biāo)記為共顯性標(biāo)記，能夠區(qū)分純合子和雜合子；標(biāo)記 與白粉病抗性共分離。
[0035] 如圖3所示，電泳條帶清晰穩(wěn)定，用0. 8%的瓊脂糖凝膠電泳12min即可顯示出片 段差異。所以，此InDel標(biāo)記具有穩(wěn)定、快速和使用方便的優(yōu)點(diǎn)，同時可以清晰地區(qū)分純合 子和雜合子。本發(fā)明的分子標(biāo)記可應(yīng)用于黃瓜苗期白粉病抗、感單株的輔助篩選，為白粉病 抗性的分子標(biāo)記輔助育種奠定了基礎(chǔ)，這將大大加快黃瓜白粉病抗性分子育種的進(jìn)程。
[0036] 此外，根據(jù)抗、感自交系CsMLOl等位基因的1449bp的插入/缺失突變，我們還可 以由CsMLOl的基因序列在突變位點(diǎn)的兩側(cè)設(shè)計更多的共顯性標(biāo)記或者顯性標(biāo)記，用于分 子標(biāo)記輔助育種。
[0037] 序列表 <110>上海交通大學(xué) <120>與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel分子標(biāo)記 <160> 6 <210> 1 <211>2213 <212> DNA <213> 黃瓜（CMCWfifisaiivMsL.) <400 1 GCTATTTGCT GTTCTCTTCA TCCTAACCAA TACAAATGGT AAGCHACAA TCAGTGCATT 60 TCAGAGAAAC GTACTTGTCA ATTCCTTAGT TCCTTTCAAT CTCTGAGTAT TTATTGAGGA 120 ATGCTTGTTT TTTGTTCCAT ATCAGGGTGG TATTCATATC TATGGCTGCC TTTCATCTCC 180 TTAATTGTAA GCATTTTGCC ATCCATACTT CATTTATTTT CAAGCAATAG TCTTGTTTCA 240 TTCTTCATTC AACTTTGCCT CTTTTGTATA ATGCAGATAA TTCTATTGGT GGGAACAAAG 300 CTCCATGm TTATTGHGA TTTTATGGAA TCAATCTATA TTTCAnCAT TACTTAATAG 360 AGATACAAGC CTATATATAA CCATAGAGAA ATACACHAA GGAAATAATA TCAAATAATA 420 TCTCCTAAGA ATAATATCTC CTAAGAATAA TATCTCCTAA GAATAATATC TCCTAAGAAT 480 AATCTAATTA TAHAATACC CTCCCTCAAA CTCAAGGHG AAATCACAAA CTTGAGTTTG 540 CTAAGAACTA AGAAAAGAM CAATATATCT AGAATAGAAT AAAAAACCCG AAGAACAAAC 600 ACACAAAGAA CTTCTAGGCT AAAACAAACC CACGAAGAGC GAAACGAAGA ACTTCTGGGA 660 TAGAAACATA GATCCTCGTA TAGAGATCTA TAACAGAACC TAGGAAGAAC GAAACAAGAA 720 CTCCGGGGGC AAAATGAAAG AGCAAAACTG AAGCAAAGTA GAATCAAATC AGGATGAAAA 780 CGTGGTaGA AHGGGCAGG AGCGTTTCGT CATCAGAATG GAACTGAACG AACTAAACTA 840 AAGCAAGTCA GAATCAAACT GAACAGGAAA TCTGGATGAA CAGAACGAAA ACTGAAGAGA 900 ACTGAGAGGT TGAGTAGATA GAGAACHTG CGGCGnCTT CGCAAAAAGA GAAGATGCGT 960 TTCATGACGG CGAGCTOAC AAATGGAGAG CGGACAAAGC CGAACaGTG CGTCGTCGGC 1020 TGTGAGTGGA GCGGAGCGGT GGATCATGGA TCTGAACAAA GAnCACCCT CTTCAGGATC 1080 GGGAGTCTTC AATCTAAAGA GATTGTCTGC TACGAGTAAA GGGCGGCGGC GGCAGGTCGG 1140 TCTGATCTTG AACAGTATGA TTCGAAGGCG AAAGATGAAA TAAAACACGG ATCTGGAAGT 1200 CGAAGACACG AACAGAGATG CACGAACAAA TCGGTGCTTG CAATGTGCGC ACAAGTAGAT 1260 CTAAGTGAGG ACGAATGGAG AGCGGATATG GGTCGAGAGT GCGACGAACT GGGTCGAGAG 1320 TGCGACGAAC TGTGTGGATG GAAGGAGCAG TGATGGCGGA AGGAGCAGTG ATGGCAGAAG 1380 GAGTAGTGGC GiSCGGCAGCA GAATCAGAGA CGAGGATTH GATCTAGGAG GCAGAGCGAA 1440 TTACTTGGAG ACATGATGTG TATTGAHAC TGATGGGTAT GGCTCTGCCT CCGTCGACGA 1500 ATCAACGGAG GCAGACGACX： GGGGATGTGA CGGCTAGAAT ACAAGGAGAC TAAAACCCTA 1560 TAGCTCTGAT ACCATGTTGA TTTTATGGAA TCAATCTATA TnCATTCAT TACTTAATAG 1620 AGATACAAGC CTATATATAA CCATAGAGAA ATACACTTAA GGAAATAATA TCAAATAATA 1680 TCTCCTAAGA ATAATATCTC CTAAGAATAA TATCTCCTAA GAATAATATC TCCTAAGAAT 1740 AATCTAAHA TATTAATAAT TATAACTCAT ATGGGATTGA CAATTCAAGA AAGGGGTCAT 1800 GTTGTGAAGG GTGTTCCGGT CGHCAGCCT CGGGATGACC TGTTTTGGTT TGGACGTCCA 1860 CAACTTATTC TCTTCCTGAT CCACTTTGTT CTCTTTATGG TATTATTTTT AACAACGTTA 1920
[0038] TTTATGTTTC CACCAATAAT TTATTTTCCT CCCTGAGAAA ATGACAHCA TCCTGTGCTT 1980 GCAGAATGCA TTTCAGCTTG CCTTCTTTGC TTGGACCACr GTAAGCAATT CCTTTGAGAC 2040 CATTTTTCAA TCCAACTTTA GAAATTATCT ACACTGAGAA CCATATCAAG CAAACTTCCC 2100 CCTAATAATG TGTTTAATTC TCTTTCAGTA TGCATTTAAG TGGATGGGTT GTTOCATCA 2160 GCGAGTTGAA GATATTGTCA TCAGACTCTC AATGGGGTAA GTTCACAATA TGA 2213 <210>2 <211>764 <212>DNA <^13> 黃瓜（Οκα綱 <400 2 GCTATTTGCT GTTCTCTTCA TCCTAACCAA TACAMTGGT AAGCTTACAA TCAGTGCATT 60 TCAGAGAAAC GTACTTGTCA ATTCCTTAGT TCCTTTCAAT CTCTGAGTAT TTA1TGAGGA 120 ATGCTTGTTT TTTGTTCCAT ATCAGGGTGG TATTCATATC TATGGCTGCC HTCATCTCC 180 TTAATTGTAA GCATTTTGCC ATCCATACTT CATTTATTTT CAAGCAATAG TCTTGTHCA 240 TTCTTCATTC AACTTTGCCT CTTTTGTATA ATGCAGATAA TTCTATrGGT GGGAACAAAG 300 CTCCATGTTA TTATAACTCA TATGGGATTG ACMTTCAAG AAAGGGGTCA TGTTGTGAAG 360 GGTGTTCCGG TCGTTCAGCC TCGGGATGAC CTGrnTGGT TTGGACGTCC ACAACTTATT 420 CTCTTCCTGA TCCACTTTGT TCTCTTTATG GTATTATTTT TAACAACGTT ATTTATGTTT 480 CCACCAATM TTTATTTTCC TCCCTGAGAA WTGACATTC ATCCTGTGCr TGCAGMTGC 540 ATTTCAGCn GCCTTCTTTG CTTGGACCAC TGTAAGCAAT TCCTTTGAGA CCATHTTCA 600 ATCCAACTTT AGAAATTATC TACACTGAGA ACCATATCAA GCAAACTTCC CCCTAATAAT 660 GTGTTTAATT CTCrTTCAGT ATGCATHAA GTGGATGGGT TGTTTCCATC AGCGAGnGA 720 AGATAHCTC ATCAGACTCT CAATGGGGTA AGTTCACAAT ATGA 764 <210 3 <2!1>24 <212>DNA <213>人工序列 <400>3 GCTATTTGCT GTTCTCTTCA TOT 24 <210〉4 <211>24 <212>DNA <213>人工序列 <400>4 TCATAHGTG AACTTACCCC ATTC 24
[0039] <210 5 <211>5413 <212> DNA <213>黃瓜（Cucumis sativus L.) <400> 5 ATGGCTGAAT GTGGAACAGA GCAGCCTACT nGGAAGATA CCTCAACTTG GGCTGTTGCG 60 GnGTTTGTT mTCTTGGT TGTTATTTCA ATCTTCATTG MCATGTCAT TCACCTCACT 120 GGAAAGGTAG GCGTTCCTCT AAGAGTTCCT CAGTTATGTG HGAAATCCA CCAAACTGTT 180 AAATCTTTTT TGAGTTCAAC ATCATGTGGG GATGAGGGGG CATTGAACGG CTAATCTTH 240 GATTGAGAGT ATGTTACAAC TAATTGAGCT ATGCTCAGAT CTGCTCCCAA ACGGTTGAAT 300 CTGAGCTCAA GTATCATGCT TTTTTCAATA GTGAACTTCA HATAATGAT GATTTTAACT 360 TGGTGTGAGA ACTTTAATGT GCGHTTCAA AATTTAGTAC TGCAAAAGTT ΤΤΤΑΤΟΠΤΓ 420 GHGAAGTTG TGTTTCTGCA TAGCCGCAH AATCTAATAT GTTATGTCAT TTAAATCTGT 480 GCAGTGGCTG GAGAAAAGGC ACAAGCCAGC TCTTCHGAA GCTCTAGAAA AGGTTAAAGC 540 AGGTAGGAGG CGCATCTAGT CACCGTAGTT TTTTGTTAAT GTTTGTnTT CTCTTGTGTC 600 AAGGGCTGAC TGTTTATCTC TTATTTCCCT TCTCCCTTGT TGATGGTATC GTGAAGAGCT 660 TATGCTAnG GGAHCATAT CCCTACTTCT AACGATAGGC CAAGATGCTG TCACTCAAAT 720 TTGTGTnCG AAAGAGCTTG CAGCAACTTG GCTTCCCTGT GCAGCAAGAG CTAAAACAGG 780 AGTAAAAGTT GCGAAGAACA GTCGTCTTAG ACTTCTTGAA nTTTAGATC CTGACTATGG 840 TTCGAGGCGT ATTTTAGCCT CGAMGGAGA TGATGCATGC GCTMGAGGG TAAAGCCATC 900 TCTTTAAACT TCAAAACATA aCCTTAnG CAGAATTTCA TTTTTCTGCT CAGTAATAGA 960 CTAGCAAAAA TGTAATTGGC ATTACGTAGA AATTGAGHA GCTTATATTC CCAAATGAH 1020 GAAGCTTTCT GCGAAACAAT TTTGCAGGGC CAACTCGCTT TCGTGTCGGC ATATGGAATC 1080 CATCAGCTCC ATATTTTCAT CTTCGTATTG GCTGTCTTCC ATGTCCTATA CTGCATCATA 1140 ACTTTGGCTT TTGGCAGAAC AAAGGTAATC TTTAACCTTT TCCACGCCTC TGTTTCCCTT 1200 TTCCCTTCTT CTTTTTCATG AATTCCTTTT AATTGTAGAT GAGCAAATGG AAGGCCTGGG 1260 AGGATGAAAC CAAGACAATT GAATACCAGT ACTATAATGG TATAGTTTTC TTCAAAATCC 1320 ATATGAATGG GTAGATTAGA TTTTACAGTT mTAAAGCA CATTTGAnG TGTAATAACA 1380 TGAAAATCAT TTCATGAAAA GaCTTTTAA TAACCTATAA ATTTrTACTC AAATCACTAC 1440 TTTTCATACA TGCCTCAAGT ACCGAGCCTT HGTCATGAC TAATTGATAG AATCTCATAC 1500 AAGHGCAGA TCGTTmCA ACAGCATGGG ACGAAGTCCT TTTTTTATAT TTAATATTTT 1560 GCHCCTTn TTTAGACACA TGATGTCTn TTGTCATGn ATCAACATCT CTTACTGCAA 1620 AATGCATTCA nAGAAATTC TAAGCAAm GTAACHGTG AATTGATAAT TTCTGTATTG 1680 CAGATCCAGC AAGATTTAGA TTTGCTAGAG ATACTACGTT TGGACGCCGA CACTTGAGCT 1740 TCTGGAGTCG TACACCAATTT CCCTCTGGAT TGTGAGTGH TGTCTCAAAA TTAAATCAA 1800 GAAGAATTTG CTCATGACTAT GAAHTAACC TGGGAAGAAC ΤΑΑΑΑΤΤΑΠ CACTCTTCC 1860 TAGACACTCT TAGCAAATTAT TATAAAGGAT GATGCTCTTT TGAGTCGTCC ATCAAGGTT 1920 TTGATAGAAA AAAATCAMGA GATATATAGA TGAACGTCTT TCACAATGTT CTAATTGCA 1980 TTTGTGTCTC CTGATTCACTT CTGTGTACAA TCAAATAGTT TTAATTTCCC ACTGTTTCT 2040 CTTTATGTAT TTTATGGnn AAATTCTGAA AAAATTTCAG CGATAGTGAT GTTAGTTAA 2100 HCATAnCT GTTTCACAGGT TTGTTTCTTC AGACAAnCT TTGGATCAGT TACCAAGGT 2160 TGATTACATG ACACTGAGACA TGGATTCATC GTTGTAAGTA AAACATGTGA MTTGAAAT 2220 TGCATCAAAT CCACTTTTCAT ATAGTCAAGA TTCTGCACGT CCATTCTTCT TAACTTGAG 2280 CCGTTTTACA GGCACATCTTG CACCCGGAAG TGAAGTAAAA TnGATTTCC ACAAATACA 2340
[0040] TTAGCAGATC TCTGGMGACG ACTTTAMGT TGTTGTGGGG AHAGGnTG CTTCTOAT 2400 TATATMATA AATTTGAnTC ATTTATTGAT TTTTATCATA MATTTTGAC CAATTCTCT 2460 AATCTCTGCA GTCCCGCAATG TGGCTATTTG CTGTTCTCTT CATCCTMCC AATACMAT 2520 GGTMGCTTA CAATCAGTGCA TTTCAGAGAA ACGTACTTGT CAATTCCTI'A CTTCCTITC 2580 AATCTCTGAG TATTTATTGAG GAATGCTTGT nTTTGTTCC ATATCAGGGT GGTATTCAT 2640 ATCTATGGCT GCCHTCATCT CCTTAATTGT AAGCATTTTG CCATCCATAC TTCATTTAT 2700 TTTCAAGCAA TAGTCTTCTTT CATTCTTCAT TCMCTTTGC CTCTTTTGTA TAATGCAGA 2760 TAATTCTAIT GGTGGGAACAA AGCTCCATGT TATTATTGTT GATTTTATGG AATCMTCT 2820 ATATTTCATT CATTACTTAAT AGAGATACAA GCCTATATAT AACCATAGAG AAATACACT 2880 TAAGGAAATA ATATCAAATAA TATCTCCTAA GAATAATATC TCCTAAGAAT AATATCTCC 2940 TAAG^TAAT ATCTCCTAAGA ATAATCTAAT TATATTAATA CCCTCCCTCA AACTCAAGG 3000 TTGAAATCAC AAAdTGAGrr TGCTAAGAAC TAAGAAAAGA AACAATATAT CTAGAATAG 3060 MTAAAAAAC CCGAAGAACAA ACACACAAAG MCTTCTAGC. CTMAACAAA CCCACGAAG 3120 AGCGAMCGA AGAACTTCTGG GATAGAAACA TAGATCCTCG TATAGACATC TATMCAGA 3180 ACCTAGGAAG AACGAMCAAG AACTCCGGGG GCAAAATGAA AGAGCAAAAC TGAAGCAAA 3240 GTAGMTCAA ATCAGGATGAA AACGTGGTCT GAATTGGGCA GGAGCGTTTC CTCATCAGA 3300 ATGGAACTGA ACGAACTAAAC TAAAGCAAGT CAGAATCAAA CTGAACAGGA AATCTGGAT 3360 GAACAGAACG AMACTGAAGA GAACTGAGAG GTTGAGTAGA TAGAG^CTT TGCGGCGTT 3420 CHCGCAAAA AGAGAAGATGC GTTTCATGAC GGCGAGCTTC ACMATGGAG AGCGGACAA .?80 AGCCCAACCT GTGCGTCGTCG GCTGTGAGTG GAGCGGAGCG GTGGATCATG GATCTGAAC 3540 AAAGATTCAC CCTCTTCAGGA TCGGGAGTCT TCAATCTAAA GAGATTGTCT GGTACGAGT 3600 AAAGGGCGGC GGCGGCAGGTC GGTCTGATCT TGAACAGTAT GAHCGMGG CGAAAGATG 3660 AAATAAAACA CGGATCTGGM GTCGAAGACA CGAACAGAGA TGCACGAACA AATCGCTGC 3720 TTCCAATGTG CGCACAAGTAG ATCTAAGTGA GGACGAATGG AGAGCGGATA TGGGTCGAG 3780 AGTGCGACGA ACTGGGTCGAG AGTGCGACGA ACTGTGTGGA TGGAAGGAGC AGTGATGGC 3840 GGAAGGAGCA GTGATGGCAGA AGGAGTAGTG GCGGCGGCAG CAGAATCAGA CACGAGGAT 3900 TTTGATCTAG GAGGCAGAGCC AATTACTTGG AGACATGATG TGTATTGATT ACTGATGGG 3960 TATGGCTCTG CCTCCGTCGAC GAATCAACGG AGGCAGACGA GCGGGGATGT GACGGCTAG 4020 AATACAAGGA GACTAAAACCC TATAGCTCTG ATACCATGTT GATTTTATGG AATCAATCT 4080 ATATTTCATT CAHACTTAAT AGAGATACAA GCCTATATAT AACCATAGAG AAATACACT 4140 TAAGGAAATA ATATCAAATAA TATCTCCTAA GAATAATATC TCCTAAGAAT MTATCTCC <1200 TAAGAATAAT ATCTCCTAAGA ATAATCTAAT' TATATTAATA AHATAACTC ATATGGGAT 4260 TGACAATTCA AGAAAGGGGrC ATGITGTGAA GGGTGTTCCG GTCGTTCAGC CTCGGGATG 4320 ACCTGTTTTG GTTTGGACGTC CACAACTTAT TCTCTTCCTG ATCCACTTTG TTCTCTTTA 4380 TGGTATTATT TTTAACAACGT TATTTATGTT TCCACCAATA ATTTATHTC CTCCCTGAG 4440 AAAATGACAT TCATCCTGTGC TTGCAGAATG CATTTCAGCT TGCCTTCTTT GCTTCGACC 4500 ACTGTAAGCA ATTCCHTGAG ACCATTTTTC AATCCAACTT TAGAAATTAT CTACACTGA 4560 CAACCATATC AAGCAAACTTC CCCCTAATAA TGTGTTTAAT TCTCTTTCAG TATGCATTT 4620 AAGTGGATGG GTIGHTCCAT CAGCGAGTTG AAGATATTGT CATCAGACTC TCAATGGGG 4880 TAAGTTCACA ATATGAACTGT AAACAACCTG CGTTTCATCC TATCTATATG AACCACGAA 4740 CTGAAACCGA AATCGACAACT TTTACAGGGT TATCATACAA GTTCTCTGCA GHAIGTCA 4800 CACTCCCACT CTATGCTTTGi； TTACTCAGGT AATCATCAAG C^\AAATTCC TTCTATTTT 4860 ACTCTTCATC OTCITAAGAT CATTGATCTG TTITCHGAG MAAATTGAA CCCAAAATA 4920 GTTCCAATAG AGAATAGCGAC TCAnACCTT GTGTGATTTT HATATTCCA GATGGGCTC 4980 TAACATGAGA CCAACCAHTT CAACCACCGA GTGGCAACGG CATTGAAGAA CTGGCACCA 5040 CTCCGCCAAG AAGAACATGAA GCAGCACCGC AACCCAGACA GTACCTCACC ATTCTCAAG 5100
[0041] CAGGCCAGCT ACTCCAACTCA CGiOTGTCT CCTATTCACC TTCTGCACM ACATCAGCA 5160 TGGCAGCACA TCTCCCAGGCT ATCCGATGCC GAACCCGATC GTTGGGMGA GTTGCCTCC 5220 TTCHCACAC CATAGTAGAGC CCCCCATCAT GATAATCATC AAGATCAACA AGAACMTC 5280 TGAGACAATA ATTAGAGAACA GGAGATGACA GTTCAAGGAC CAAGTTCAAG TGAAACCGG 5340 HCCATAACA CGTCCTGCTCG CCCTCATCAG GAAATCACTA GGACTCCATC AGACHCrC 5400 ATHGCCAAA TGA 5413 <2106 <211> 3966 <212>DNA <213>黃瓜（Cwcamis sa/ivws L.) <400>6 ATGGCTGAAT GTGGAACAGA GCAGCGTAQ TTGGAAGATA CCTCAACTTG GGCTGTTGCG 60 GnGTTTGTT TrTTCTTGGT TGTTATTTCA ATCTTCATTG AACATGTCAT TCACCTCACT 120 GGAAAGGTAG GCGTTCCTCT AAGAGTTCCT CAGTTATGTG TTGAAATCCA CCAAAaGTT 180 AAATCATTTT TGAGTTCAAC ATCATGTGGG GATGAGGGGG CATTGAACCG CTAATCTTTT 240 GGTTGAGATT ATGTTACMC TMnGAGCT ATGCTCAGAT CTGCTCCCAA ACGGTTGAAT 300 CTGAGCTCAA GTATCATGCT TTTnCAATA GTGAACTTCA TTATAATGAT GATTTTAACT 360 TGGTGTGAGA ACTTTAATGT GCGTITTCAA AAnTAGTAC TGCAAAAGTT TTTATCTTTT 420 GTTGAAGTTG TGTTTCTGCA TAGCCGCATT AATCTAATAT GTTATGTCAT TTAMTCTGT 480 GCAGTGGCTG GAGAAAAGGC ACAAGCCAGC TCTTGTTGM CCTCTAGAjU AGGTTAMGC 540 AGGTAC-GAGG CGCATCTAGT CACCGTAGTT mTGTTAAT GTTTGTTTCT CTCTTGTGTC 600 AAGGGCTGAC TGTTTATCTC TTATTTCCCT TCTCCCTTGT TGATGGTATC GTGAAGAGCT 660 TATGCTATTG GGATTCATAT CCCTACTTCT AACGATAGGC CAAGATGCTG TCACTCAA.^T 720 TTGTGTTTCG MAGAGCTTG CAGCAACTTG GCTTCCCTGT GCAGCAAGAG CTAAAACAGG 780 AGTAAAAGTT GCGAAGAACA GTCGTCTTAG ACTTCTTGAA TTTTTAGATC CTGACTATGG 840 TTCGAGGCGT ATTTTAGCCT CGAAAGGAGA TGATGCATGC GCTAAGAGGG TAAAGCCATC 900 TCTTTAAACT TCAAAACATA CTCCTTATTG CAGAATTTCA TTTnCTGCT CAGTAATAGA 960 CTAGCAAAAA TGTAATTGGC ATTACGTAGA MTTGAGTTA GCTTATATTC CCAAATGATT 1020 GAAGCHTCT GCGAAACAAT TTTGCAGGGC CAACTCGCTT TCGTGTCGGC ATATGGAATC 1080 CATCAGCTCC ATATTTTCAT CTTCGTATTG GCTGTCTTCC ATGTCCTGTA CTGCATCATA 1140 ACTTTGGCTT TTGGCAGAAC AAAGGTAATC TTTAACCTTT TCCACGCCTC TGri'TCCCrT 1200 TTCCCTTCTT CnnTCATG AATTCCTTTT AATrGTAGAT GAGCAAATGG AAGGCCTGGG 1280 AGGATGAAAC CAAGACAATT GMTACCAGT ACTATAATGG TATAGTTTTC TTCAJIUTCC 1320 ATATGAATGG GTAGAHAGA TTTTACAGTT TTTTAAACCA CATTTGATTG TGTMTAACA 1380 TGAAMTCAT TTCATGAAAA GCTCTTTTAA TAACCTATAA ATTTTTACTC AAATCACTAC 1440 TTTTCATACA TGCCTCAAGT ACTGAGCCTT TTGTGATGAC TAGTTGA.TAG AATCTCATAC 1500 AAGTTGCAGA TCCTTTTTCA ACAGCATGGG ACGAAGTCCT ΤΤΓΤΤΤΑΤΑΤ TTAATATTTT 1560 GCTTCCmT TTTAGACACA TGATGTCTTT TTTGTCATGT TATCAACATC TCTTACTGCA 1620 GATGCATTCA TTAGA,UTTC TAAGCAATTT GTAACTTATG AATTGATAAT TTCTGTATTG 1680 CAGATCCAGC AAGATTTAGA TTTGCTAGAG ATACTACGTT TGGACGCCGA CACTTGAGCT 1740 TCTGGAGTCG TACACCAATT TCCCTCTGGA TTGTGAGTGT TTGTCTCAAA ATTAAATCAA 1800 GAAGAATTTG CTCATGACTA TGAAmGAC AACCTGGGAA GAACTMAAT TATTCACTCT 1860 TGCTAGMAC TCTTAGCii\A TTATTATAAA GGATGATGCT CmiGAGTC GTCCATCAAG 1920
[0042] GTITTGATAG AMAMTCM AGAGATCTAT AGATGMCGT CTTTCACMT CTTCTMTTG 1980 CATTTGTGTC TCCTGATTCA CTTCTGTGTA CAATCAAATA ΟΤΠΤΑΑΤΤΤ CCCACTGTTT 2040 CTCTTTATGT ATTTTATGGT TTTAAATTCT GAAAAAATTT CAGCGATAGT GATGTTAGTT 2100 AATTCATAH CTGTTTCACA GGTTTGTTTC TTCAGACAGT TCTTTGGATC AGTTACCAAG 2160 GTTGATTACA TGACACTGAG ACATGGATTC ATTCHGTAA GTAAAACATG TGAAATTGM 2220 ATTGCATCAA ATCCACTTTT CATATAGTCA AGAHCTCCT CGTCCATTCT TCTTAACTTG 2280 AGCCGTTTTA CAGGCACATC TTGCACCCC-G MGTGAAGTA AAATTTGAn TCCACAAATA 2340 CA1TAGCAGA TCTCTGGAAG ACGACTTTAA AG1TGTTGTG GGGATTAGGT TTGCTTCiTG 2400 ATTATATAM TAAATTTGAT TTCATTTATT GATTTTTATC ΑΤΑΑΑΑΤΠΤ GACCAATTCT 2460 CTAATCTCTG CAGTCCCGCA ATGTGC-CTAT TTGCTGTTCT CTTCATCCTA ACCAATACAA 2520 ATGGTAAGCT TACAATCAGT GCATTTCAGA GAAACGTACT TGTCAATTCC TTAGTTCCTT 2580 TCAATCTCTG AGTATTTATT GAGGAATGCT TGTTTTTTGT TCCATATCAG GGTGGTATTC 2640 ATATCTATGG CTGCCTTTCA TCTCCTTAAT TGTAAGCATT TTGCCATCCA TACTTCATTT 2700 ATTTTCAAGC AATAGTCTTG TTTCATTCTT CCTTCAACTT TGCCTCTTTT GTATAATGCA 2760 GATAATTCTA TTGGTGGGAA CAAAGCTCCA TGTTATTATA ACTCATATGG GATTGACAAT 2820 了CAAGAAAGG GGTCATGTTG TGAAGGGTGT TCCCGTCGTT CAGCCTCGGG ATGACCTGTT 2880 TTGGnTGGA CGTCCACAAC TTATTCTCTT CCTGATCCAC TTTGTTCTCT TTATGGTATT 2940 ATTTHAACA ACGITATITA TGTTTCCACC AATAATTTAT TITCCTCCCT GAGAAAATGA 3000 CATTCATCCT GTGCTTGCAG AATGCATTTC AGCTTGCCTT CTnGCTTGG ACCACAGTAA 3060 GCAATTCCTT TGAGACCATT TTTCAATCCA ACTTTAGAAA TTATCTACAC TGAGAACCAT 3120 ATCAAGCAAA CTTCCCCCTA ATAATGTGTT TMTTCTCTT TCAGTATGCA TTTAAGT(K；A 3180 TGGGTTGTTT CCATCAGCGA GTTGAAGATA 丁TGTCATCAG ACTCTCAATG GGGTAAGTTC 3240 ACMTATGAA CTGTMACAA CCTGCGTTTC ATCCTATCTA TATGAACCAC GAACTGAAAC 3300 CGAAATCGAC AACHTTACA GGGTTATCAT ACAAGTTCTC TGCAGTTATG TCACACTCCC 3360 ACTCTATGCT TTGGTTACTC AGGTAATCAT CAAGCAAAAA TTCCTTCTAT TTTACTCTTC 3420 ATCCTTCTTA AGATCATTGA TCTGTTTTCT TGAGAAAAAT TGAACTCAAA ATAGTTCCAA 3480 TAGAGAATAG CGACTCATTA CCTTGTGTGA TTTTTTATAT TCCAGATGGG CTCTAACATG 3540 AGACCAACCA TTTTCAACGA CCGAGTGGCG ACGGCATTGA AGAACTGGCA CCACTCAGCC 3600 AAGAAGAACA TGAAGCAGCA CCGCAACCCA GACAGTACCT CACCATTCTC AAGCAGGCCA 3680 GCTACTCCAA CTCACGGCAT GTaCCTATT CACCTTCTGC ACAAACATCA GCATGGCAGC 3720 ACATCTCCCA GGCTATCCGA TGCCGAACCC GATCGTTGGG AAGAGTTGCC TCCTTCTTCA 3780 CACCATAGTA GAGCCCCCCA TCATGATAAT CATCAAGATC AACAAGAACA ATCTGAGACA 3840 ATAATTAGAG AACAGGAGAT GACAGTTCAA GGACCAAGTT CAAGTGAAAC CGG1TCCATA 3900 ACACGTCCTG CTCGCCCTCA TCAGGAAATC ACTAGGACTC CATCAGACTT CTCATTTGCC 3960 AAATGA 3966
【權(quán)利要求】
1. 一個與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel分子標(biāo)記，命名為InDel-MLOl，由 SEQ ID NO. 1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO. 2所示的核苷酸序列片段組成；其中SEQ ID NO. 1所示的核苷酸序列片段與抗病基因共分離，SEQ ID NO. 2所示的核苷酸序列片段與 感病基因共分離。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel分子標(biāo)記，其特 征在于，所述InDel-MLOl由SEQ ID NO. 3所示的上游引物和SEQ ID NO. 4所示的下游引物 擴(kuò)增得到。
3. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel分子標(biāo)記，其特 征在于，所述抗病基因的核苷酸序列如SEQ ID NO. 5所示，所述感病基因的核苷酸序列如 SEQ ID NO. 6 所示。
4. 根據(jù)權(quán)利要求1或3所述的與黃瓜白粉病抗性主效基因共分離的InDel分子標(biāo)記， 其特征在于，由候選基因在多個黃瓜抗病自交系中測序得到SEQ ID NO. 5所示序列，由候選 基因在多個黃瓜感病自交系中測序得到SEQ ID NO. 6所示序列；兩者之間存在一個1449bp 的插入/缺失突變造成了基因的功能喪失，根據(jù)此插入/缺失突變，還可以設(shè)計多個諸如 InDel-MLOl與白粉病抗性共分離的共顯性InDel分子標(biāo)記。
【文檔編號】C12N15/11GK104152450SQ201410409203
【公開日】2014年11月19日 申請日期:2014年8月19日 優(yōu)先權(quán)日:2014年8月19日
【發(fā)明者】聶京濤, 蔡潤, 潘俊松, 何歡樂, 曲美玲 申請人:上海交通大學(xué)