檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型表達(dá)分子標(biāo)記及應(yīng)用的制作方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明提供了檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型表達(dá)分子標(biāo)記及應(yīng)用，可用于水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的鑒定。該分子標(biāo)記的核苷酸序列為SEQ ID No.1，利用本發(fā)明所述引物對(duì)，以水稻基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，可以得到與水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性基因緊密連鎖的基因型分子標(biāo)記。通過(guò)PCR擴(kuò)增分析可以明確該標(biāo)記的有無(wú)可以判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的有無(wú)，能夠用于水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性有無(wú)的檢測(cè)。該基因型分子標(biāo)記帶型簡(jiǎn)單、分布較密等特點(diǎn)具有SSR不可比擬的優(yōu)勢(shì)，能快速精確檢測(cè)亞種內(nèi)品種間的多態(tài)性，具有廣闊的應(yīng)用前景。
【專(zhuān)利說(shuō)明】檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型表達(dá)分子標(biāo)記及應(yīng)用

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及生物分子標(biāo)記領(lǐng)域，特別涉及檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型表 達(dá)分子標(biāo)記及應(yīng)用。

【背景技術(shù)】
[0002] 基因型是指生物的遺傳型，即控制性狀的基因組合類(lèi)型，是生物體從它的親本獲 得全部基因的總和。一個(gè)生物體的性狀是很多的，而控制這些性狀的全部基因就稱(chēng)為生物 體基因型。但一般是指生物體被研究性狀的有關(guān)基因組成，它是性狀表現(xiàn)的內(nèi)在因素，基因 型通過(guò)雜交實(shí)驗(yàn)來(lái)鑒定。如豌豆高桿的基因型可用DD或Dd表示，矮桿可用dd表示。
[0003] 盡管有大量的分子標(biāo)記技術(shù)已經(jīng)被開(kāi)發(fā)用于植物抗性鑒定，但是對(duì)于通過(guò)開(kāi)發(fā)基 因型分子標(biāo)記來(lái)鑒定植物抗性的分子標(biāo)記目前還沒(méi)有報(bào)道，由于基因型決定表型，加之我 們已有芯片技術(shù)已發(fā)現(xiàn)大量的基因型是與水稻基礎(chǔ)抗性相關(guān)，因此，開(kāi)發(fā)基因型分子標(biāo)記 能準(zhǔn)確快速鑒定植物基礎(chǔ)抗性，較其他中性分子標(biāo)記更能直接準(zhǔn)確判斷水稻基礎(chǔ)抗性。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 為解決上述現(xiàn)有技術(shù)存在的問(wèn)題，本發(fā)明的目的在于提供檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ) 抗性的基因型表達(dá)分子標(biāo)記及應(yīng)用，可用于水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的鑒定。利用本發(fā)明 的引物對(duì)，以水稻基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，可以得到與水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性基 因緊密連鎖的基因型分子標(biāo)記，該標(biāo)記在本發(fā)明中命名為M3。通過(guò)PCR擴(kuò)增分析可以明確 該標(biāo)記的有無(wú)可以判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的有無(wú)，能夠用于水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗 性有無(wú)的檢測(cè)。該基因型分子標(biāo)記帶型簡(jiǎn)單、分布較密等特點(diǎn)具有SSR不可比擬的優(yōu)勢(shì)，能 快速精確檢測(cè)亞種內(nèi)品種間的多態(tài)性，具有廣闊的應(yīng)用前景。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解，在 水稻抗瘟性鑒定中，除了通過(guò)上述PCR擴(kuò)增的方法獲得本發(fā)明的分子標(biāo)記外，也可以通過(guò) 傳統(tǒng)的水稻人工接種水稻品種的抗瘟性鑒定方法得到本發(fā)明的分子標(biāo)記。傳統(tǒng)水稻抗瘟性 鑒定方法容易受環(huán)境條件特別是溫度、濕度和人為因素的影響，而本發(fā)明的分子標(biāo)記能夠 克服環(huán)境條件的影響，提商鑒定的準(zhǔn)確性和效率。
[0005] 為達(dá)到上述目的，本發(fā)明的技術(shù)方案為：
[0006] 一種檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型表達(dá)分子標(biāo)記，該分子標(biāo)記的核苷酸序 列為 SEQ ID No. 1。
[0007] 進(jìn)一步的，所述檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型表達(dá)分子標(biāo)記的引物對(duì)為：
[0008] Prim3-F ：TCGCATCAGCATTCAACGAAC ；
[0009] Prim3-R :CGAAGAGGTTCTCGCCGTAG。
[0010] 進(jìn)一步的，所述檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型表達(dá)分子標(biāo)記的方法為：以 抗病和感病水稻總DNA為模板，用上述引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR擴(kuò)增條件為95°C預(yù)變性 3min、94°C變性lmin、55°C退火lmin、72°C延伸lmin，72°C延伸lOmin。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)3%瓊脂 糖凝膠電泳檢測(cè)，將目的條帶的大小與分子標(biāo)記進(jìn)行對(duì)比，含有分子標(biāo)記的水稻具備對(duì)稻 瘟病菌基礎(chǔ)抗性。
[0011] 進(jìn)一步的，所述分子標(biāo)記在水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性檢測(cè)及鑒定方面的應(yīng)用。
[0012] 相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)，本發(fā)明的有益效果為：
[0013] 本發(fā)明以水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型分子標(biāo)記可用于水稻基礎(chǔ)抗性鑒定。
[0014] 根據(jù)水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性侯選基因序列的特點(diǎn)，可以開(kāi)發(fā)一定的基因型分子 標(biāo)記。該分子標(biāo)記解決了傳統(tǒng)方法鑒定水稻基礎(chǔ)抗性的方法，避免了傳統(tǒng)方法鑒定水稻基 礎(chǔ)抗性時(shí)受環(huán)境條件以及接種時(shí)人為因素的影響而使鑒定結(jié)果不準(zhǔn)確，本發(fā)明的分子標(biāo)記 具有快速、準(zhǔn)確、不受環(huán)境和人為因素的干擾，能快速了解所鑒定的水稻品種是否具有基礎(chǔ) 抗性。本發(fā)明以水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型分子標(biāo)記可用于植物抗性基因的發(fā)掘等 方面。通過(guò)本發(fā)明的分子標(biāo)記，可充分挖掘水稻基礎(chǔ)抗性資源，為解決水稻抗瘟性育種資源 匱乏提供重要的信息。

【專(zhuān)利附圖】

【附圖說(shuō)明】
[0015] 圖1是基因型分子標(biāo)記檢測(cè)水稻品種Iiyub和麗江新團(tuán)黑谷水稻品種電泳圖。
[0016] 其中,M為Marker,泳道1為水稻品種Liyub,泳道2為水稻品種麗江新團(tuán)黑谷,泳 道3為陰性對(duì)照。

【具體實(shí)施方式】
[0017] 下面結(jié)合附圖及【具體實(shí)施方式】對(duì)本發(fā)明方案做進(jìn)一步詳細(xì)描述：
[0018] 本發(fā)明所用的水稻品種為云南傳統(tǒng)地方品種月亮谷，該品種是一個(gè)中抗水稻品 種，通過(guò)稻瘟病菌強(qiáng)致病菌株接種該水稻品種后提取水稻總RNA，獲得稻瘟病菌侵染月亮 谷轉(zhuǎn)錄組芯片，通過(guò)大量分析，發(fā)現(xiàn)月亮谷在受到稻瘟病菌侵染12h時(shí)，基因的表達(dá)量極 大地上調(diào)。在此基礎(chǔ)上，設(shè)計(jì)了本發(fā)明所用的基因型表達(dá)分子標(biāo)記M3,用于擴(kuò)增水稻基因 0s07g0124900。具體步驟如下：
[0019] (1)分別提取一個(gè)抗病水稻品種月亮谷的基因組DNA和一個(gè)感病水稻品種麗江新 團(tuán)黑谷的基因組DNA
[0020] (2)采用基因型表達(dá)分子標(biāo)記Prim3引物對(duì)分別對(duì)抗病水稻品種基因組DNA和感 病水稻品種基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR擴(kuò)增條件為95°C預(yù)變性3min、94°C變性lmin、 55°C退火 lmin、72°C延伸 lmin，72°C延伸 lOmin。
[0021] (3)用3 %瓊脂糖凝膠分離檢測(cè)PCR產(chǎn)物。
[0022] (4)將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，所得序列進(jìn)行比對(duì)，分析所檢測(cè)抗病水稻品種DNA 擴(kuò)增產(chǎn)物基因型和感病水稻品種DNA擴(kuò)增序列是否有無(wú)本發(fā)明所涉及得的基因型表達(dá)分 子標(biāo)記，以判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的有無(wú)。
[0023] 如圖1所示，為本發(fā)明基因型分子標(biāo)記檢測(cè)水稻品種Iiyub和麗江新團(tuán)黑谷水稻 品種電泳圖。
[0024] 其中,M為Marker,泳道1為水稻品種Liyub,泳道2為水稻品種麗江新團(tuán)黑谷,泳 道3為陰性對(duì)照。
[0025] 以上所述，僅為本發(fā)明的【具體實(shí)施方式】，但本發(fā)明的保護(hù)范圍并不局限于此，任何 不經(jīng)過(guò)創(chuàng)造性勞動(dòng)想到的變化或替換，都應(yīng)涵蓋在本發(fā)明的保護(hù)范圍之內(nèi)。因此，本發(fā)明的 保護(hù)范圍應(yīng)該以權(quán)利要求書(shū)所限定的保護(hù)范圍為準(zhǔn)。
[0026]

【權(quán)利要求】
1. 一種檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的基因型表達(dá)分子標(biāo)記，其特征在于，該分子標(biāo)記 的核苷酸序列為SEQ ID No. 1。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記，其特征在于，所述檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的 基因型表達(dá)分子標(biāo)記的引物對(duì)為： Prim3-F ：TCGCATCAGCATTCAACGAAC ； Prim3-R :CGAAGAGGTTCTCGCCGTAG。
3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的分子標(biāo)記，其特征在于，所述檢測(cè)水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的 基因型表達(dá)分子標(biāo)記的方法為：以抗病和感病水稻總DNA為模板，用上述引物進(jìn)行PCR擴(kuò) 增，PCR擴(kuò)增條件為95°C預(yù)變性3min、94°C變性lmin、55°C退火lmin、72°C延伸lmin，72°C 延伸lOmin，擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)3%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，將目的條帶的大小與分子標(biāo)記進(jìn)行對(duì) t匕，含有分子標(biāo)記的水稻具備對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性。
4. 權(quán)利要求1-3任一權(quán)利要求所述分子標(biāo)記在水稻稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性檢測(cè)及鑒定方 面的應(yīng)用。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK104404152SQ201410723122
【公開(kāi)日】2015年3月11日 申請(qǐng)日期:2014年12月3日 優(yōu)先權(quán)日:2014年12月3日
【發(fā)明者】李成云, 楊靜, 梁美玲, 劉林, 朱有勇 申請(qǐng)人:云南農(nóng)業(yè)大學(xué)