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      利用囊胚腔液游離dna檢測胚胎染色體異常的方法

      文檔序號:498281閱讀:1544來源:國知局
      利用囊胚腔液游離dna檢測胚胎染色體異常的方法
      【專利摘要】本發(fā)明涉及利用囊胚腔液游離DNA檢測胚胎染色體異常的方法,包括以下步驟:囊胚腔液游離DNA的獲取、囊胚腔液DNA的檢測、游離DNA全基因組擴增、全基因組擴增產(chǎn)物分析、基因組DNA進行片段化處理、片段化目的DNA進行定量分析和片段大小分析、文庫構(gòu)建、上機測序、生物信息分析。本發(fā)明采用的高通量測序法避免了傳統(tǒng)的DNA分析方法只能對單細胞基因組的部分區(qū)域進行研究的不足,能完整地分析單細胞基因組的遺傳信息,操作簡便,省時高效;同時,使用囊胚腔液游離DNA作為檢測樣本,取材方便、安全,導(dǎo)致后期胚胎發(fā)育出現(xiàn)異常的概率小,能保證胚胎在后續(xù)發(fā)育中不會受到影響。
      【專利說明】利用囊胚腔液游離DNA檢測胚胎染色體異常的方法 【【技術(shù)領(lǐng)域】】
      [0001] 本發(fā)明涉及分子細胞生物學(xué)領(lǐng)域,具體地說,是利用囊胚腔液游離DNA檢測胚胎 染色體異常的方法。 【【背景技術(shù)】】
      [0002] 生物體內(nèi)產(chǎn)生的某些特定生物標志物,諸如蛋白質(zhì)、肽、脂質(zhì)、RNA、DNA和他們的變 體與修飾,可應(yīng)用于疾病的診斷、預(yù)后和治療。這些生物標志物可存在于多種體液中,包括 血液、血漿、血清、母乳、腹水和尿液等,已被應(yīng)用于癌癥(前列腺癌、乳腺癌、肝癌、胰腺癌、 卵巢癌、食道癌、結(jié)腸癌等)、類似癌癥、B細胞淋巴瘤、帕金森氏病、阿爾茲海默氏病、性朊 病毒疾病等相關(guān)疾病和遺傳病檢測。目前已經(jīng)發(fā)現(xiàn)在孕婦外周血含有胎兒的循環(huán)游離DNA, 并通過胎兒游離DNA來檢測胎兒的染色體是否存在異常,此項技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于臨床。 而在腫瘤患者的血液中發(fā)現(xiàn)的腫瘤細胞游離DNA(ctDNA)目前也正在進行深入研究,有望 被應(yīng)用于腫瘤的臨床檢測和預(yù)后治療。
      [0003] 基于以往的研究,用囊胚腔液游離DNA代替胚胎單個細胞進行胚胎植入前的檢測 成為可能,胚胎植入前遺傳學(xué)檢測是指胚胎植入著床之前,對體外受精的胚胎進行染色體 數(shù)目和結(jié)構(gòu)異常的檢測,通過一次性檢測胚胎染色體的結(jié)構(gòu)和數(shù)目,分析胚胎是否有遺傳 物質(zhì)異常的一種早期產(chǎn)前篩查方法。傳統(tǒng)的胚胎植入前遺傳學(xué)篩查主要采用的樣本是卵裂 期單卵裂球1-2個或囊胚期滋養(yǎng)外胚層細胞5-10個。這種通過取卵裂期或囊胚期單細胞 進行胚胎植入前染色體篩查在臨床應(yīng)用較多,但是沒有大量的臨床數(shù)據(jù)證明,卵裂期或者 囊胚期的單細胞取材對胚胎后期發(fā)育是否存在影響,因此在臨床上尋找一種更安全的、對 胚胎沒有任何影響的檢測標志物非常有必要。
      [0004] 目前,相對于Array-CGH,高通量測序技術(shù)在胚胎植入前檢測上的應(yīng)用已被證實更 加準確、高效,因此利用囊胚腔游離DNA結(jié)合高通量測序技術(shù)進行胚胎植入前檢測在取材 和檢測方式上更具優(yōu)勢。而這首先需要建立通過囊胚腔液游離DNA高通量測序進行染色體 異常檢測的流程。本發(fā)明通過對小鼠囊胚腔液的檢測,發(fā)現(xiàn)在小鼠囊胚腔液中也存在游離 的DNA,并對DNA進行基因組擴增,利用高通量測序技術(shù),對擴增產(chǎn)物基因組DNA進行測序并 進行生物信息學(xué)分析,與單細胞測序結(jié)果進行比較分析,結(jié)果無明顯差異。這使得應(yīng)用二代 測序技術(shù)對人的囊胚腔液DNA進行胚胎植入前染色體檢測邁出了一大步。 【
      【發(fā)明內(nèi)容】

      [0005] 本發(fā)明的目的是針對現(xiàn)有技術(shù)中的不足,提供基于非治療目的的利用胚囊腔液游 離DNA檢測胚胎染色體異常的方法。
      [0006] 為實現(xiàn)上述目的,本發(fā)明采取的技術(shù)方案是:
      [0007] 基于非治療目的利用胚囊腔液游離DNA檢測胚胎染色體異常的方法,包括以下步 驟:
      [0008] (1)囊胚腔液游離DNA的獲?。菏褂梦⒋┐碳夹g(shù),利用無菌的針頭吸取,得到囊胚 腔液游離DNA。
      [0009] ⑵囊胚腔液DNA的檢測:使用實時熒光定量PCR的方法,檢測囊胚腔液微量DNA 的存在。
      [0010] (3)游離DNA全基因組擴增:對分離得到的囊胚腔液游離DNA,使用D0P-PCR法,利 用3'端ATGTGG這6個在人體中分布頻率極高的堿基作為引導(dǎo),以6個堿基的隨機序列來 決定特異的擴增起始位點,進行全基因組DNA擴增,以達到二代測序技術(shù)所要求的DNA起始 量。
      [0011] (4)全基因組擴增產(chǎn)物分析:對擴增的基因組DNA進行定量分析,分析檢測結(jié)果顯 示無降解、無污染、符合二代測序技術(shù)所要求的DNA起始量的樣品才可以進行下一步實驗; 所述定量分析方法為瓊脂糖凝膠電泳、Agilent2100Bioanalyzer檢測或QubitdsDNAHS AssayKit。
      [0012] (5)基因組DNA進行片段化處理:使用酶切處理方法,將基因組DNA處理為適合 Ion Proton測序系統(tǒng)上機需要的片段大小,所述基因組DNA為囊胚腔液游離DNA使用Sigma 基因組擴增試劑盒擴增后的DNA產(chǎn)物。
      [0013] (6)片段化目的DNA進行定量分析和片段大小分析:對于片段化后的DNA,使用 Qubit dsDNA HS Assay Kit 進行定量分析,使用 Agilent 2100Bioanalyzer 檢測進行片段 大小分析。
      [0014] (7)文庫構(gòu)建:采用常規(guī)的全基因組DNA文庫構(gòu)建方法進行上機測序前文庫構(gòu)建 處理;具體文庫構(gòu)建流程參考Life Tech的Ion Proton Library Protocol進行文庫構(gòu)建。
      [0015] (8)上機測序:文庫質(zhì)檢合格后,采用二代測序技術(shù)進行DNA測序,所述測序技 術(shù)為 Illumina Hiseq 2000 測序系統(tǒng)、AB Solid 4.0 測序系統(tǒng)、Roche GSFLX Titanium System 系統(tǒng)或 Life Technologies Ion Proton。
      [0016] (9)生物信息分析:對測序結(jié)果進行生物信息分析,通過對囊胚腔液游離DNA和正 常胚胎的測序數(shù)據(jù)進行分析、研究和比較來檢測胚胎染色體是否異常。
      [0017] 注:本發(fā)明的方法為應(yīng)用于實驗室科研及篩選,為非診斷或治療目的發(fā)明。
      [0018] 本發(fā)明的目的是利用囊胚腔液游離DNA建立囊胚腔液高通量測序流程,以取代胚 胎單細胞測序,作為胚胎植入前檢測的新方法。
      [0019] 本發(fā)明提取了小鼠囊胚腔液體,用熒光定量PCR進行目的片段的檢測,證實了小 鼠囊胚腔液中存在游離的基因組DNA。
      [0020] 本發(fā)明進一步將囊胚腔液游離DNA測序與囊胚腔細胞測序結(jié)果進行比較分析,證 實了囊胚腔液DNA測序結(jié)果與單細胞測序結(jié)果無明顯差異,操作流程如下:
      [0021] a、分離小鼠囊胚單細胞并進行裂解,得到完整的細胞基因組DNA;在顯微操作條 件下進行小鼠囊胚腔液游離DNA的抽取,獲得微量基因組DNA。
      [0022] b、進行單細胞和囊胚腔液DNA進行全基因組擴增
      [0023] 高通量測序技術(shù)要求起始DNA量為微克級別水平,需要經(jīng)過全基因組擴增技術(shù) (WGA),使DNA量達到能夠進行上機測序的要求。已知的全基因組擴增技術(shù)包括兩大類:基 于PCR基礎(chǔ)的WGA技術(shù)和基于等溫反應(yīng)基礎(chǔ)的WGA技術(shù),基于PCR基礎(chǔ)的WGA技術(shù)包括: PEP、D0P-PCR、LM-PCR和MALBAC,基于等溫反應(yīng)基礎(chǔ)的WGA技術(shù)如:PWGA、多重鏈置換擴增 (MDA,MultipleDisplancementAmplification),本發(fā)明使用的D0P-PCR擴增技術(shù),在全基 因組擴增后進行質(zhì)檢和篩選,保證擴增后的產(chǎn)物可以進行基因組測序。
      [0024] c、對擴增產(chǎn)物進行定量檢測及定性檢測
      [0025] 擴增產(chǎn)物定量檢測和定性分析的方法主要有瓊脂糖凝膠電泳法,Agilent2100生 物分析法,熒光定量PCR等等。
      [0026] d、檢測合格的樣品進行片段化處理
      [0027] 全基因組DNA進行片段化處理的方法有霧化、超聲片段化法以及酶切處理法等, 這些方法可以將基因組DNA處理成175bp左右的片段。
      [0028] e、片段化DNA文庫構(gòu)建并測序
      [0029] 片段化的DNA經(jīng)過末端修飾,使用末端修復(fù)酶進行修復(fù)處理,以產(chǎn)生平端化的 DNA,然后使用該試劑盒的連接酶,在DNA兩端加上接頭,以此為模板進行PCR擴增。將擴增 產(chǎn)物進行高通量測序,通過數(shù)據(jù)分析比較囊胚腔液DNA測序與囊胚細胞測序的區(qū)別。
      [0030] 在此基礎(chǔ)上,本發(fā)明還公布了一種利用小鼠囊胚腔液進行測序分析從而檢測小鼠 胚胎染色體異常的方法。
      [0031] 本發(fā)明優(yōu)點在于:利用本發(fā)明能高效地利用小鼠囊胚腔液DNA基因組進行分析和 研究。一方面,采用的高通量測序法避免了傳統(tǒng)的DNA分析方法只能對單細胞基因組的部 分區(qū)域進行研究的不足,完整地分析單細胞基因組的遺傳信息,操作簡便,省時高效;另一 方面,使用囊胚腔液游離DNA作為檢測樣本,取材方便、安全,導(dǎo)致后期胚胎發(fā)育出現(xiàn)異常 的概率小,能夠保證胚胎在后續(xù)發(fā)育過程中不會受到影響。 【【專利附圖】

      【附圖說明】】
      [0032] 附圖1是本發(fā)明的小鼠囊胚腔液DNA取樣過程。
      [0033] 附圖2是本發(fā)明實施例2中的小鼠胚胎單細胞基因組測序數(shù)據(jù)在每條染色體的覆 蓋率情況。(15x)
      [0034] 附圖3是本發(fā)明實施例2中的小鼠胚囊腔液DNA基因組測序數(shù)據(jù)在每條常染色體 的覆蓋率情況。(15x)
      [0035] 附圖4是本發(fā)明實施例2中的小鼠胚胎單細胞基因組測序數(shù)據(jù)在每條染色體的平 均測序深度情況。
      [0036] 附圖5是本發(fā)明實施例2中小鼠胚囊腔液DNA基因組測序數(shù)據(jù)在每條常染色體的 平均測序深度情況。
      [0037] 附圖6是小鼠胚胎單細胞測序和小鼠囊胚腔液DNA測序進行9號染色體缺失分 析。
      [0038] 附圖7是小鼠胚胎單細胞測序和小鼠囊胚腔液DNA測序進行5號染色體重復(fù)分 析。 【【具體實施方式】】
      [0039] 本發(fā)明公開了一種能夠利用囊胚腔液游離DNA進行全基因組DNA擴增并進行高通 量測序的方法,本發(fā)明的方法如下:
      [0040] 1.小鼠囊胚腔液游離DNA的獲取
      [0041] 囊胚腔液游離DNA的獲取:在顯微操作儀下,使用微穿刺技術(shù),利用無菌的針頭吸 取,得到囊胚腔液游離DNA。
      [0042] 2.小鼠囊胚腔液DNA的檢測
      [0043] 小鼠囊胚腔液DNA的檢測方法,采用實時熒光定量PCR的方法,熒光定量PCR可以 用來檢測微量DNA的存在,檢測方法靈敏、準確。
      [0044] 3.游離DNA全基因組擴增
      [0045] 對分離得到的胚胎單細胞和囊胚腔液游離DNA,進行全基因組DNA擴增,以達到二 代測序技術(shù)所要求的DNA起始量。本發(fā)明主要使用D0P-PCR法,此方法對主要是利用3'端 ATGTGG這6個在人體中分布頻率極高的堿基作為引導(dǎo),以6個堿基的隨機序列來決定特異 的擴增起始位點,從而達到擴增整個基因組的目的。
      [0046] 4?全基因組擴增產(chǎn)物分析
      [0047] 可以采用瓊脂糖凝膠電泳、Agilent2100Bioanalyzer檢測、QubitdsDNAHS AssayKit等方法對擴增的基因組DNA進行定量分析,檢測結(jié)果顯示無降解、無污染、符合 二代測序技術(shù)所要求的DNA起始量的樣品才可以進行下一步實驗。
      [0048] 5.基因組DNA進行片段化處理
      [0049] 本發(fā)明主要使用酶切處理方法,將基因組DNA處理為適合IonProton測序系統(tǒng)上 機需要的片段大小,基因組DNA主要為小鼠胚胎單細胞和小鼠囊胚腔液游離DNA使用Sigma 基因組擴增試劑盒擴增后的DNA產(chǎn)物。
      [0050] 6.片段化目的DNA進行分析和定量
      [0051] 對于片段化后的DNA,主要采用瓊脂糖凝膠電泳、Agilent2100Bioanalyzer檢 測、QubitdsDNAHSAssayKit等方法進行片段大小分析和定量分析。本發(fā)明使用Qubit dsDNAHSAssayKit進行定量分析、Agilent2100Bioanalyzer檢測進行片段大小分析。
      [0052] 7?文庫構(gòu)建
      [0053] 采用常規(guī)的全基因組DNA文庫構(gòu)建方法進行上機測序前文庫構(gòu)建處理,具體文庫 構(gòu)建流程參考LifeTech的IonProtonLibraryProtocol進行文庫構(gòu)建。
      [0054] 8?上機測序
      [0055] 文庫質(zhì)檢合格后,采用二代測序技術(shù)進行基因組DNA測序,如IlluminaHiseq 2000 測序系統(tǒng)、ABSolid4.0 測序系統(tǒng)化、RocheGSFLXTitaniumSystem系統(tǒng)和Life TechnologiesIonProton等測序儀,本發(fā)明使用IonProton測序系統(tǒng)。
      [0056] 9.生物信息分析
      [0057] 對測序結(jié)果進行生物信息分析,通過對小鼠囊胚腔液游離DNA和小鼠單細胞基因 組的測序數(shù)據(jù)進行分析、研究和比較。
      [0058] 下面結(jié)合附圖對本發(fā)明提供的【具體實施方式】作詳細說明。
      [0059] 實施例1小鼠囊胚腔液游離DNA檢測
      [0060] (1)囊胚腔液收集
      [0061] 小鼠囊胚腔液的獲得及處理:小鼠囊胚腔液DNA的獲取和小鼠單細胞的獲得是同 一個小鼠胚胎,以便于進行試驗結(jié)果比較。在顯微操作實驗室內(nèi),室溫條件下,采用微穿刺 技術(shù)取樣。在吸取囊胚腔液DNA過程中,避免細胞質(zhì)污染和滋養(yǎng)層細胞受損。小鼠囊胚腔 液DNA取樣過程如圖1所示。
      [0062] (2)目標基因和引物設(shè)計
      [0063] 使用GAPH和TBCD兩個基因作為檢測基因,設(shè)計引物進行定量分析檢測。GAPDH和 TBCD兩個基因的擴增片段大小為100bp和120bp。
      [0064] 擴增引物序列如下。
      [0065] GAPDH:
      [0066] PITGTCTCACCTTATTAGCC
      [0067] P2 CCGCAAAGATTTTCAGAG
      [0068] TBCD:
      [0069] P3 CTGCGAGCGCCGCCGAGG
      [0070] P4 TGTGCACCGCCGGCAAGC
      [0071] (3)Real-timePCR檢測
      [0072] 熒光定量PCR的反應(yīng)體系:
      [0073] 含有 PBS 的囊胚腔液(?),PI、P2、P3、P4 各 0? l(10iimol),SYBRGreen 10iil,PCR TagMIX 15iU,總的體系為30iU。輕彈管底將溶液混勻,短暫離心。反應(yīng)體系 配置操作時不要碰到PCR管,整個反應(yīng)體系配置在冰上進行。熒光定量PCR的反應(yīng)條件: 94°C lmin,{94°C 30s,50°C 30s,72°C 30s(40cycles)}。
      [0074] (4) PCR產(chǎn)物檢測分析
      [0075] 溶解曲線顯示結(jié)果均有單峰存在,配置2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物,以電 壓100V電泳30min,檢測結(jié)果顯示在100bp和120bp處有目的條帶出現(xiàn),說明囊胚液存在游 離 DNA。
      [0076] 實施例2
      [0077] 小鼠基因組測序覆蓋度比較(小鼠胚胎單細胞和小鼠囊胚腔液DNA)
      [0078] (1)單細胞分離和囊胚腔液DNA獲得及處理:
      [0079] 挑取10個小鼠胚胎單細胞樣本和10個小鼠囊胚腔液樣本,每個小鼠胚胎單細胞 樣本和小鼠囊胚腔液樣本分別 對應(yīng),來自同一個小鼠胚胎。
      [0080] a.小鼠胚胎單細胞分離及處理:在顯微鏡下,通過激光打孔技術(shù)分離出單個細 胞,分離的單個細胞放入含有不到2 yl PBS的200 yl PCR管中,加水至終體積為9 yl。 向PCR管中加入lyl新鮮配置好的細胞裂解緩沖液,混勻。將得到的混合液進行孵育: 50°C lh,99°C 4min,15°C hold,置于冰上冷卻,離心。
      [0081] b.小鼠囊胚腔液的獲得及處理:小鼠囊胚腔液DNA的獲取和小鼠單細胞的獲得是 同一個胚胎,以便進行試驗結(jié)果比較,在顯微操作實驗室內(nèi),室溫條件下,采用微穿刺技術(shù) 進行取樣。在吸取囊胚腔液DNA的過程中,避免細胞質(zhì)污染和滋養(yǎng)層細胞受損。
      [0082] (2)D0P-PCR全基因擴增
      [0083] a :使用 Sigma公司的GenomePlex Single Cell Whole Genome Amplification Kit 單細胞全基因組擴增試劑盒。在含有單細胞DNA的PCR管中(步驟1的產(chǎn)物)加入2 ill lx Single Cell Library Preparation Buffer,再力口入 1 y 1 Library Stabilization Solution,混勻,95°C2min,15°C hold。置冰上冷卻,離心,再置冰上。加入1 ul Library Preparation Enzyme,混勻并短暫離心。加熱樣品:16°C 20min,24°C 20min,37°C 20min, 75〇C 5min, 15°C hold〇
      [0084] b :向產(chǎn)物加入 7. 5 u 1 lOx Amplification Master Mix、48. 5 u 1 水、5 u 1 的 DNA Polymerase,混合均勻,離心,進行擴增,條件如下:
      [0085] 95°C 3min,{94°C 30s,65°C 5min (25cycle) },15°C hold。
      [0086] c :擴增產(chǎn)物進行純化,去掉離子和雜質(zhì)等。
      [0087] (3)擴增產(chǎn)物質(zhì)檢:
      [0088] 使用QubitdsDNA HS AssayKit檢測擴增產(chǎn)物濃度,按照試劑盒說明書進行操 作。檢測合格的產(chǎn)物,即總量超過1 U 1的產(chǎn)物,進行DNA文庫構(gòu)建及上機測序。經(jīng)檢測,本 發(fā)明中單細胞樣本擴增產(chǎn)物均大于1U 1,囊胚腔液樣本有9個擴增成功,其中1個樣本濃度 低于500ng,該樣本我們也進行了后續(xù)的建庫和測序。
      [0089] (4)片段化處理:
      [0090] 按照NEB Next dsDNA Fragmentase試劑盒說明書進行試驗操作,片段化處理結(jié) 束,使用 Qubit dsDNA HS Assay Kit 和 Agilent 2100 Bioanalyzer 進行結(jié)構(gòu)分析。
      [0091] (5)文庫構(gòu)建及上機測序
      [0092] 處理好的DNA樣品,采用IonProtonLibraryProtocol文庫構(gòu)建方法進行上機 測序前文庫構(gòu)建處理,文庫構(gòu)建流程包括末端補平、連接反應(yīng)和PCR擴增反應(yīng),文庫構(gòu)建產(chǎn) 物進行質(zhì)檢,質(zhì)檢合格后,采用IonProton測序系統(tǒng)進行小鼠胚胎單細胞和小鼠囊胚腔液 DNA測序分析。
      [0093] (6)生物信息分析
      [0094] 用15x的測序數(shù)據(jù)量進行統(tǒng)計分析,將測序所得序列與小鼠基因組進行比對分 析,統(tǒng)計各樣本的覆蓋率以及測序深度。圖2為小鼠胚胎單細胞基因組測序覆蓋率;圖3為 小鼠囊胚腔液游離DNA基因組測序覆蓋率;圖4為小鼠胚胎單細胞基因組測序平均深度; 圖5為小鼠囊胚腔液游離DNA基因組測序平均深度。結(jié)果顯示1個囊胚腔液樣本的覆蓋率 明顯偏低,可能是由于單細胞擴增失敗導(dǎo)致,其余囊胚腔液樣本與單細胞樣本分析結(jié)果無 明顯區(qū)別,說明囊胚腔液樣本可取代單細胞樣本進行染色體分析。10例小鼠囊胚單細胞及 小鼠囊胚腔液DNA測序覆蓋率和平均深度見表1。
      [0095] 表1 10例小鼠囊胚單細胞及小鼠囊胚腔液DNA測序覆蓋率和平均深度統(tǒng)計表
      [0096]
      【權(quán)利要求】
      1.基于非治療目的利用胚囊腔液游離DNA檢測胚胎染色體異常的方法,其特征在于, 包括以下步驟: (1) 囊胚腔液游離DNA的獲?。菏褂梦⒋┐碳夹g(shù),利用無菌的針頭吸取,得到囊胚腔液 游離DNA ; (2) 囊胚腔液DNA的檢測:使用實時熒光定量PCR的方法,檢測囊胚腔液微量DNA的存 在; (3) 游離DNA全基因組擴增:對分離得到的囊胚腔液游離DNA,使用DOP-PCR法,利用3' 端ATGTGG這6個在人體中分布頻率極高的堿基作為引導(dǎo),以6個堿基的隨機序列來決定特 異的擴增起始位點,進行全基因組DNA擴增,以達到二代測序技術(shù)所要求的DNA起始量; (4) 全基因組擴增產(chǎn)物分析:對擴增的基因組DNA進行定量分析,分析檢測結(jié)果顯示 無降解、無污染、符合二代測序技術(shù)所要求的DNA起始量的樣品才可以進行下一步實驗;所 述定量分析方法為瓊脂糖凝膠電泳、Agilent 2100Bioanalyzer檢測或Qubit dsDNA HS Assay Kit ; (5) 基因組DNA進行片段化處理:使用酶切處理方法,將基因組DNA處理為適合Ion Proton測序系統(tǒng)上機需要的片段大小,所述基因組DNA為囊胚腔液游離DNA使用Sigma基 因組擴增試劑盒擴增后的DNA產(chǎn)物; (6) 片段化目的DNA進行定量分析和片段大小分析:對于片段化后的DNA,使用Qubit dsDNA HS Assay Kit進行定量分析,使用Agilent 2100Bioanalyzer檢測進行片段大小分 析; (7) 文庫構(gòu)建:采用常規(guī)的全基因組DNA文庫構(gòu)建方法進行上機測序前文庫構(gòu)建處 理; (8) 上機測序:文庫質(zhì)檢合格后,采用二代測序技術(shù)進行DNA測序,所述測序技術(shù)為 Illumina Hiseq 2000 測序系統(tǒng)、AB Solid 4. 0 測序系統(tǒng)、RocheGSFLX Titanium System 系統(tǒng)或 Life Technologies Ion Proton ; (9) 生物信息分析:對測序結(jié)果進行生物信息分析,通過對囊胚腔液游離DNA和正常胚 胎的測序數(shù)據(jù)進行分析、研究和比較來檢測胚胎染色體是否異常。
      【文檔編號】C12Q1/68GK104450923SQ201410771006
      【公開日】2015年3月25日 申請日期:2014年12月15日 優(yōu)先權(quán)日:2014年12月15日
      【發(fā)明者】梁波, 孔令印, 冒艷, 楊晴, 吳小娟 申請人:賽業(yè)健康研究中心(太倉)有限公司
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