專利名稱：關(guān)于幽門螺桿菌的核酸序列和氨基酸序列及其疫苗組合物的制作方法
背景技術(shù)：
幽門螺桿菌是從人類胃活檢樣本發(fā)現(xiàn)并培養(yǎng)的革蘭氏陰性S型微需氧細(xì)菌。(Warren，J.R.和B.Marshall，(1983)Lancet11273-1275；以及Marshall等，(1984)Microbios Lett.2583-88)。幽門螺桿菌與慢性胃炎和十二指腸潰瘍密切相關(guān)。(Rathbone等，(1986)Gut27635-641)。此外，積累的證據(jù)表明，幽門螺桿菌在非潰瘍型消化不良、胃潰瘍和胃腺癌中起病因?qū)W作用。(Blaser M.J.，(1993)Trends Microbiol.1255-260)。該細(xì)菌經(jīng)口途徑傳播，并且隨著年齡的增加感染風(fēng)險(xiǎn)增加。(Taylor，D.N.和M.J.Blaser，(1991)Epidemiol.Rev.1342-50)。幽門螺桿菌定居于人胃粘膜，形成的感染持續(xù)數(shù)十年。幽門螺桿菌的感染在世界范圍內(nèi)流行。發(fā)達(dá)國(guó)家成人人群的感染率超過(guò)50％，而發(fā)展中國(guó)家20歲以上成人的感染率達(dá)90％。(Hopkins R.J.和J.G.Morris(1994)Am.J.Med.97265-277)。
人們對(duì)在胃環(huán)境定居和該病原體毒力所需的細(xì)菌因子知之甚少。推定的毒力因子的實(shí)例包括以下因子脲酶，一種可能在中和胃酸pH中起作用的酶(Eaton等，(1991)Infect.Immunol.592470-2475；Ferrero，R.L.和A.Lee(1991)Microb.Ecol.Hlth.Dis.4121-134；Labigne等，(1991)J.Bacteriol.1731920-1931)；負(fù)責(zé)跨粘膜層游動(dòng)性的細(xì)菌鞭毛蛋白(Hazell等，(1986)J.Inf.Dis.153658-663；Leying等，(1992)Mol.Microbiol.62863-2874；和Haas等，(1993)Mol.Microbiol.8753-760)；Vac A，一種誘導(dǎo)上皮細(xì)胞形成細(xì)胞內(nèi)空泡的細(xì)菌毒素(Schmitt，W.和R.Haas，(1994)Molecular Microbiol.12(2)307-319)；和幾種胃組織特異性粘附素(Boren等，(1993)Science2621892-1895；Evans等，(1993)J.Bacteriol.175674-683；和Falk等，(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA902035-203)。
目前可利用許多體外根除幽門螺桿菌感染的治療劑。(Huesca等，(1993)Zbl.Bakt.280244-252；Hopkins，R.J.和J.G.Morris，參見(jiàn)上文)。然而，由于細(xì)菌抗性、改變的藥物分布、病人不依從或藥物利用度差，許多這些治療的體內(nèi)有效性是次優(yōu)的。(Hopkins R.J.和J.G.Morris，參見(jiàn)上文)。用抗生素結(jié)合鉍的治療是用來(lái)治療幽門螺桿菌感染的標(biāo)準(zhǔn)方法的一部分。(Malfertheiner，P.和J.E.Dominguez-Munoz(1993)Clinical Therapeutics15增刊B37-48)。最近，質(zhì)子泵抑制劑和單一抗生素的組合已經(jīng)顯示減輕十二指腸潰瘍(Malfertheiner，P.和J.E.Doninguez-Munoz參見(jiàn)上文)。然而，使用抗生素藥劑的方法可能有出現(xiàn)抗這些藥劑的細(xì)菌菌株的問(wèn)題(Hopkins，R.J.和J.G.Morris，參見(jiàn)上文)。這些限制表明，需要新的更有效方法體內(nèi)對(duì)抗幽門螺桿菌感染。特別是，非常需要設(shè)計(jì)可以預(yù)防該細(xì)菌感染的新疫苗。發(fā)明概述本發(fā)明涉及新基因，例如編碼諸如來(lái)自生物幽門螺桿菌(H.pylori)的細(xì)菌表面蛋白的多肽的基因和其它相關(guān)基因；其基因產(chǎn)物；以及它們的用途。本發(fā)明的核酸和肽具有診斷和治療幽門螺桿菌和其它螺桿菌屬種的用途。它們也可以用來(lái)檢測(cè)樣品中幽門螺桿菌和其它根瘤菌屬種的存在；以及用來(lái)在干擾幽門螺桿菌生活周期或抑制幽門螺桿菌感染的能力方面篩選化合物。更具體地說(shuō)，本發(fā)明描述了對(duì)應(yīng)于幽門螺桿菌蛋白所有編碼序列的核酸組合物的特征，所述蛋白包括其表面蛋白或分泌蛋白或其部分；描述了能夠結(jié)合幽門螺桿菌蛋白的mRNA以阻斷蛋白翻譯的核酸的特征；描述了用肽合成和重組DNA技術(shù)生產(chǎn)幽門螺桿菌蛋白或其部分的方法的特征。本發(fā)明也描述了可用作檢測(cè)幽門螺桿菌感染的探針的抗體和核酸的特征。另外，保護(hù)抵抗幽門螺桿菌感染或治療幽門螺桿菌感染的疫苗組合物和方法也屬于本發(fā)明范圍。附圖詳述

圖1描述了5種幽門螺桿菌蛋白的氨基酸序列對(duì)比(以單字母氨基酸密碼描述，并以其氨基酸序列識(shí)別號(hào)標(biāo)示；從左至右顯示N末端至C末端)。
圖2描述3種幽門螺桿菌蛋白的N末端部分(以單字母氨基酸密碼描述，并以其氨基酸序列識(shí)別號(hào)標(biāo)示；從左至右顯示N末端至C末端)。發(fā)明詳述一方面，本發(fā)明描述了SEQ IN NO98的幽門螺桿菌多肽的重組或大致純制劑的特征。本發(fā)明也包括編碼SEQ ID NO98的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸，這種核酸包含于SEQ ID NO1中。本文描述的本發(fā)明的幽門螺桿菌多肽序列包含于序列表中，編碼本發(fā)明幽門螺桿菌多肽的核酸包含于序列表中。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO99氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO2核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO100氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO3核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO101氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO4核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO102氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO5核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO103氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO6核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO104氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO7核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO105氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO8核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO106氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO9核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO107氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO10核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO108氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO11核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO109氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO12核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO110氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO13核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO111氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO14核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO112氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO15核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO113氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO16核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO114氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO17核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO115氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO18核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO116氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO19核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO117氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO20核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO118氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO21核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO119氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO22核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO120氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO23核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO121氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO24核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO122氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO25核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO123氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO26核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO124氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO27核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO125氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO28核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO126氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO29核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO127氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO30核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO128氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO31核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO129氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO32核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO130氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO33核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO131氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO34核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO132氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO35核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO133氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO36核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO134氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO37核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO135氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO38核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO136氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO39核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO137氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO40核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO138氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO41核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO139氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO42核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO140氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO43核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO141氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO44核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO142氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO45核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO143氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO46核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO144氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO47核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO145氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO48核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO146氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO49核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO147氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO50核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO148氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO51核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO149氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO52核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO150氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO53核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO151氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO54核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO152氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO55核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO153氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO56核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO154氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO57核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO155氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO58核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO156氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO59核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO157氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO60核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO158氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO61核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO159氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO62核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO160氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO63核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO161氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO64核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO162氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO65核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO163氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO66核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO164氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO67核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO165氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO68核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO166氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO69核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO167氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO70核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO168氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO71核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO169氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO72核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO170氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO73核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO171氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO74核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO172氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO75核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO173氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO76核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO174氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO77核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO175氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO78核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO176氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO79核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO177氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO80核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO178氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO81核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO179氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO82核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO180氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO83核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO181氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO84核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO182氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO85核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO183氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO86核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO184氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO87核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO185氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO88核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO186氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO89核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO187氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO90核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO188氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO91核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO189氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO92核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO190氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO93核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO191氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO94核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO192氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO95核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO193氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO96核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼具有SEQ ID NO194氨基酸序列的幽門螺桿菌多肽的大致純的核酸的特征，諸如包含SEQ ID NO97核苷酸序列的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了其核苷酸序列編碼的幽門螺桿菌多肽至少大約60％同源于選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的氨基酸序列的分離的核酸的特征。在一個(gè)最佳實(shí)施方案中，所述分離的核酸包括選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列。
另一方面，本發(fā)明描述了其核苷酸序列編碼選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的幽門螺桿菌多肽的分離核酸的特征。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼幽門螺桿菌多肽的分離核酸的特征，所述分離核酸的核苷酸序列至少大約60％同源于選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列。
另一方面，本發(fā)明描述了編碼幽門螺桿菌多肽、其核苷酸序列在嚴(yán)格雜交條件下與具有選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列的核酸分子或其互補(bǔ)序列雜交的分離的核酸分子的特征。
另一方面，本發(fā)明描述了其核苷酸序列至少長(zhǎng)8個(gè)核苷酸的分離的核酸的特征，其中該序列在嚴(yán)格雜交條件下與具有選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列的核酸或其互補(bǔ)序列雜交。
特別優(yōu)選的是其核苷酸序列編碼幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段的分離核酸，所述核酸選自SEQ ID NO63、SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO27、SEQ ID NO28、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQ ID NO61、SEQ IDNO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQID NO91、SEQ ID NO94、SEQ ID NO5、SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO52、SEQ ID NO22、SEQ ID NO29、SEQ ID NO30、SEQ IDNO65、SEQ ID NO66、SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQID NO17、SEQ ID NO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43、SEQ ID NO44、SEQ ID NO38、SEQ ID NO39、SEQ ID NO1、SEQ ID NO2、SEQ ID NO6、SEQ ID NO34、SEQ ID NO35、SEQ ID NO60、SEQ ID NO69和SEQ ID NO83或其互補(bǔ)序列。
在一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由具有SEQ ID NO63的核苷酸序列的核酸或其互補(bǔ)序列編碼幽門螺桿菌鞭毛相關(guān)多肽或其片段。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)序列編碼的幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ IDNO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43、SEQ ID NO44、SEQID NO38和SEQ ID NO39。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)序列編碼的參與轉(zhuǎn)運(yùn)的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ IDNO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43和SEQ ID NO44。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)序列編碼的幽門螺桿菌外膜多肽或其片段SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ IDNO27、SEQ ID NO28、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQID NO61、SEQ ID NO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91、SEQ ID NO94、SEQ ID NO5、SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO52、SEQ ID NO22、SEQ ID NO29、SEQ IDNO30、SEQ ID NO65和SEQ ID NO66。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)序列編碼的具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO11、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO26、SEQ ID NO27、SEQ IDNO28、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO50、SEQID NO51、SEQ ID NO52、SEQ ID NO61、SEQ ID NO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91和SEQ ID NO94。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)序列編碼的具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端酷氨酸簇的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO11、SEQ IDNO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42和SEQ ID NO52。
特別優(yōu)選的是其核苷酸序列編碼選自以下的一種幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段的分離的核酸SEQ ID NO160、SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO110、SEQID NO111、SEQ ID NO120、SEQ ID NO121、SEQ ID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO148、SEQID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQ ID NO182、SEQ ID NO188、SEQ ID NO191、SEQID NO102、SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139、SEQ ID NO149、SEQ ID NO119、SEQID NO126、SEQ ID NO127、SEQ ID NO162、SEQ ID NO163、SEQ ID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140、SEQ ID NO141、SEQ ID NO135、SEQ ID NO136、SEQ ID NO98、SEQID NO99、SEQ ID NO103、SEQ ID NO131、SEQ ID NO132、SEQ ID NO157、SEQ ID NO166和SEQ ID NO180。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為具有SEQ ID NO160的氨基酸序列的幽門螺桿菌鞭毛相關(guān)多肽或其片段。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為選自以下的一種幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段SEQ ID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140、SEQ ID NO141、SEQ ID NO135和SEQID NO136。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段為選自以下的參與轉(zhuǎn)運(yùn)的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140和SEQ ID NO141。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為選自以下的一種幽門螺桿菌外膜多肽或其片段SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQ ID NO120、SEQ ID NO121、SEQ ID NO124、SEQID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO148、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQID NO182、SEQ ID NO188、SEQ ID NO191、SEQ ID NO102、SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQID NO139、SEQ ID NO149、SEQ ID NO119、SEQ ID NO126、SEQ ID NO127、SEQ ID NO162和SEQ ID NO163。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO108、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQ ID NO120、SEQID NO121、SEQ ID NO123、SEQ ID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139、SEQ ID NO147、SEQID NO148、SEQ ID NO149、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQ ID NO182、SEQID NO188和SEQ ID NO191。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端酪氨酸簇、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139和SEQ ID NO149。
特別優(yōu)選的是其核苷酸序列編碼幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段的分離的核酸，其中所述核酸選自SEQ ID NO57、SEQ ID NO58、SEQ ID NO86、SEQ ID NO87、SEQ ID NO88、SEQ IDNO89、SEQ ID NO92和SEQ ID NO93。
在一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為參與mRNA翻譯的幽門螺桿菌多肽或其片段，其中所述核酸選自SEQ IDNO57和SEQ ID NO58或其互補(bǔ)序列。
在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為參與基因組復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、重組和修復(fù)的幽門螺桿菌多肽或其片段，其中所述核酸選自SEQ ID NO86、SEQ ID NO87或其互補(bǔ)序列。
特別優(yōu)選的是其核苷酸序列編碼選自以下的幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段的分離的核酸SEQ ID NO154、SEQ ID NO155、SEQ ID NO183、SEQ ID NO184、SEQ ID NO185、SEQ ID NO186、SEQ ID NO189和SEQ ID NO190。
在一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為選自SEQ ID NO154和SEQ ID NO155、參與mRNA翻譯的幽門螺桿菌多肽或其片段。
在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為選自SEQ ID NO183和SEQ ID NO184、參與基因組復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、重組和修復(fù)的幽門螺桿菌多肽或其片段。
特別優(yōu)選的是其核苷酸序列編碼幽門螺桿菌分泌多肽或其片段的分離的核酸，其中所述核酸選自SEQ ID NO3、SEQ ID NO4、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO20、SEQ ID NO25、SEQ ID NO31、SEQ ID NO32、SEQ ID NO45、SEQ IDNO46、SEQ ID NO53、SEQ ID NO64、SEQ ID NO67、SEQID NO70、SEQ ID NO77、SEQ ID NO78、SEQ ID NO81、SEQ ID NO82、SEQ ID NO90、SEQ ID NO95和SEQ ID NO97或其互補(bǔ)序列。
特別優(yōu)選的是其核苷酸序列編碼選自以下的幽門螺桿菌分泌多肽或其片段的分離的核酸SEQ ID NO100、SEQ ID NO101、SEQ ID NO107、SEQ ID NO109、SEQ ID NO117、SEQ ID NO122、SEQ ID NO128、SEQ ID NO129、SEQ ID NO142、SEQID NO143、SEQ ID NO150、SEQ ID NO161、SEQ ID NO164、SEQ ID NO167、SEQ ID NO174、SEQ ID NO175、SEQID NO178、SEQ ID NO179、SEQ ID NO187、SEQ ID NO192和SEQ ID NO194。
特別優(yōu)選的是其核苷酸序列編碼幽門螺桿菌細(xì)胞多肽或其片段的分離的核酸，其中所述核酸選自SEQ ID NO15、SEQ ID NO16、SEQ ID NO21、SEQ ID NO33、SEQ ID NO37、SEQ IDNO40、SEQ ID NO41、SEQ ID NO47、SEQ ID NO54、SEQID NO55、SEQ ID NO56、SEQ ID NO59、SEQ ID NO62、SEQ ID NO68、SEQ ID NO71、SEQ ID NO72、SEQ ID NO73、SEQ ID NO74、SEQ ID NO75、SEQ ID NO76和SEQ IDNO96或其互補(bǔ)序列。
特別優(yōu)選的是其核苷酸序列編碼選自以下的幽門螺桿菌細(xì)胞多肽或其片段的分離的核酸SEQ ID NO112、SEQ ID NO113、SEQ ID NO118、SEQ ID NO130、SEQ ID NO134、SEQ ID NO137、SEQ ID NO138、SEQ ID NO144、SEQ ID NO151、SEQID NO152、SEQ ID NO153、SEQ ID NO156、SEQ ID NO159、SEQ ID NO165、SEQ ID NO168、SEQ ID NO169、SEQID NO170、SEQ ID NO171、SEQ ID NO172、SEQ ID NO173和SEQ ID NO193。
另一方面，本發(fā)明描述了一種探針的特征，該探針的核苷酸序列包含選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列的至少8個(gè)核苷酸。
另一方面，本發(fā)明描述了其氨基酸序列至少大約60％同源于選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的一種幽門螺桿菌多肽的分離的幽門蚴桿菌多肽的特征。
另一方面，本發(fā)明描述了由下述核酸編碼的分離的幽門螺桿菌多肽的特征，所述核酸的核苷酸序列至少約60％同源于選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的一種核苷酸序列。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述分離的幽門螺桿菌多肽由選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的一種核苷酸序列編碼。
另一方面，本發(fā)明描述了由下述核酸編碼的分離的幽門螺桿菌多肽的特征，所述核酸在嚴(yán)格雜交條件下與選自SEQ ID NO1-SEQ IDNO97的一種核酸或其互補(bǔ)序列雜交。
另一方面，本發(fā)明描述了其氨基酸序列選自SEQ ID NO97-SEQID NO194的分離的幽門螺桿菌多肽的特征。
特別優(yōu)選的是一種分離的幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO160、SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQID NO120、SEQ ID NO121、SEQ ID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO148、SEQ ID NO158、SEQID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQ ID NO182、SEQ ID NO188、SEQ ID NO191、SEQ ID NO102、SEQID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139、SEQ ID NO149、SEQ ID NO119、SEQ ID NO126、SEQID NO127、SEQ ID NO162、SEQ ID NO163、SEQ ID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQID NO116、SEQ ID NO140、SEQ ID NO141、SEQ ID NO135、SEQ ID NO136、SEQ ID NO98、SEQ ID NO99、SEQ IDNO103、SEQ ID NO131、SEQ ID NO132、SEQ ID NO157、SEQ ID NO166和SEQ ID NO180。
在一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為具有SEQ ID NO160的氨基酸序列的幽門螺桿菌鞭毛相關(guān)多肽或其片段。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為選自以下的幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段SEQ ID NO145、SEQ IDNO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140、SEQ ID NO141、SEQ ID NO135和SEQ ID NO136。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段為選自以下的參與轉(zhuǎn)運(yùn)的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO145、SEQID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140、SEQ ID NO141、SEQ ID NO135和SEQID NO136。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為選自以下的一種幽門螺桿菌外膜多肽或其片段SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQ ID NO120、SEQ ID NO121、SEQ ID NO124、SEQID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO148、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQID NO182、SEQ ID NO188、SEQ ID NO191、SEQ ID NO102、SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQID NO139、SEQ ID NO149、SEQ ID NO119、SEQ ID NO126、SEQ ID NO127、SEQ ID NO162和SEQ ID NO163。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO108、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQ ID NO120、SEQID NO121、SEQ ID NO123、SEQ ID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139、SEQ ID NO147、SEQID NO148、SEQ ID NO149、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQ ID NO182、SEQID NO188和SEQ ID NO191。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端酪氨酸簇、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139和SEQ ID NO149。
特別優(yōu)選的是一種分離的幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段，其中所述多肽由選自以下的核酸編碼SEQ ID NO63、SEQ IDNO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO13、SEQ IDNO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO27、SEQID NO28、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQ ID NO61、SEQ ID NO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91、SEQ ID NO94、SEQ ID NO5、SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ IDNO52、SEQ ID NO22、SEQ ID NO29、SEQ ID NO30、SEQID NO65、SEQ ID NO66、SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ ID NO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43、SEQ ID NO44、SEQ ID NO38、SEQ ID NO39、SEQ IDNO1、SEQ ID NO2、SEQ ID NO6、SEQ ID NO34、SEQ IDNO35、SEQ ID NO60和SEQ ID NO69、SEQ ID NO83。
在一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由具有SEQ ID NO63的核苷酸序列的核酸編碼的幽門螺桿菌鞭毛相關(guān)多肽或其片段。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ ID NO18、SEQ IDNO19、SEQ ID NO43、SEQ ID NO44、SEQ ID NO38和SEQID NO39。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的參與轉(zhuǎn)運(yùn)的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ IDNO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ ID NO18、SEQID NO19、SEQ ID NO43和SEQ ID NO44。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的幽門螺桿菌外膜多肽或其片段SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO27、SEQ IDNO28、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQ ID NO61、SEQID NO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91、SEQ ID NO94、SEQ ID NO5、SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ IDNO52、SEQ ID NO22、SEQ ID NO29、SEQ ID NO30、SEQID NO65和SEQ ID NO66。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ IDNO11、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQID NO24、SEQ ID NO26、SEQ ID NO27、SEQ ID NO28、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQ ID NO52、SEQ ID NO61、SEQ ID NO79、SEQ IDNO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91和SEQID NO94。
在另一實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端酪氨酸簇的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQID NO36、SEQ ID NO42和SEQ ID NO52。
特別優(yōu)選的是一種分離的幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO154、SEQ ID NO155、SEQ ID NO183、SEQ ID NO184、SEQ ID NO185、SEQ ID NO186、SEQIDNO189和SEQ ID NO190。
在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為選自SEQ ID NO154和SEQ ID NO155、參與mRNA翻譯的幽門螺桿菌多肽或其片段。
在一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為選自SEQ ID NO183和SEQ ID NO184、參與基因組復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、重組和修復(fù)的幽門螺桿菌多肽或其片段。
特別優(yōu)選的是一種分離的幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段，其中所述多肽由選自以下的核酸編碼SEQ ID NO57、SEQ ID NO58、SEQ ID NO86、SEQ ID NO87、SEQ ID NO88、SEQ ID NO89、SEQ ID NO92和SEQ ID NO93。
在一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為參與mRNA翻譯的幽門螺桿菌多肽或其片段，其中所述多肽由選自SEQID NO57和SEQ ID NO58的一種核酸編碼。
在一個(gè)實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為參與基因組復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、重組和修復(fù)的幽門螺桿菌多肽或其片段，其中所述多肽由選自SEQ ID NO86和SEQ ID NO87的一種核酸編碼。
特別優(yōu)選的是一種分離的幽門螺桿菌細(xì)胞多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO112、SEQ ID NO113、SEQ ID NO118、SEQ ID NO130、SEQ ID NO134、SEQ ID NO137、SEQID NO138、SEQ ID NO144、SEQ ID NO151、SEQ ID NO152、SEQ ID NO153、SEQ ID NO156、SEQ ID NO159、SEQID NO165、SEQ ID NO168、SEQ ID NO169、SEQ ID NO170、SEQ ID NO171、SEQ ID NO172、SEQ ID NO173和SEQID NO193。
特別優(yōu)選的是一種分離的幽門螺桿菌細(xì)胞多肽或其片段，其中所述多肽由選自以下的一種核酸編碼SEQ ID NO15、SEQ ID NO16、SEQ ID NO21、SEQ ID NO33、SEQ ID NO37、SEQ IDNO40、SEQ ID NO41、SEQ ID NO47、SEQ ID NO54、SEQID NO55、SEQ ID NO56、SEQ ID NO59、SEQ ID NO62、SEQ ID NO68、SEQ ID NO71、SEQ ID NO72、SEQ ID NO73、SEQ ID NO74、SEQ ID NO75、SEQ ID NO76和SEQ IDNO96。
特別優(yōu)選的是一種分離的幽門螺桿菌分泌多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO100、SEQ ID NO101、SEQ ID NO107、SEQ ID NO109、SEQ ID NO117、SEQ ID NO122、SEQID NO128、SEQ ID NO129、SEQ ID NO142、SEQ ID NO143、SEQ ID NO150、SEQ ID NO161、SEQ ID NO164、SEQID NO167、SEQ ID NO174、SEQ ID NO175、SEQ ID NO178、SEQ ID NO179、SEQ ID NO187、SEQ ID NO192和SEQID NO194。
特別優(yōu)選的是一種分離的幽門螺桿菌分泌多肽或其片段，其中所述多肽由選自以下的核酸編碼SEQ ID NO3、SEQ ID NO4、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO20、SEQ ID NO25、SEQ ID NO31、SEQ ID NO32、SEQ ID NO45、SEQ IDNO46、SEQ ID NO53、SEQ ID NO64、SEQ ID NO67、SEQID NO70、SEQ ID NO77、SEQ ID NO78、SEQ ID NO81、SEQ ID NO82、SEQ ID NO90、SEQ ID NO95和SEQ ID NO97。
另一方面，本發(fā)明描述了包含至少兩種幽門螺桿菌多肽或其片段的一種嵌合幽門螺桿菌多肽的特征，其中所述多肽由選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核酸序列編碼。
另一方面，本發(fā)明描述了包含至少兩種幽門螺桿菌多肽或其片段的一種嵌合幽門螺桿菌多肽的特征，其中所述多肽選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194。
另一方面，本發(fā)明描述了包含操作性連接至一種非幽門螺桿菌多肽的一種幽門螺桿菌多肽的融合蛋白的特征，所述幽門螺桿菌多肽包含選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的一種氨基酸序列。
另一方面，本發(fā)明描述了預(yù)防性或治療性治療幽門螺桿菌感染的疫苗制劑的特征，該制劑包含有效量的至少一種本發(fā)明分離的核酸。
另一方面，本發(fā)明描述了預(yù)防性或治療性治療幽門螺桿菌感染的疫苗制劑的特征，該制劑包含有效量的至少一種本發(fā)明的幽門螺桿菌多肽。
最好是，本發(fā)明的疫苗制劑還包含一種藥用可接受的載體。在一種實(shí)施方案中，所述藥用可接受的載體包括一種佐劑。在另一實(shí)施方案中，所述藥用可接受的載體包括一個(gè)傳遞系統(tǒng)，例如活載體，例如細(xì)菌或病毒。在另一實(shí)施方案中，所述藥用可接受的載體包括一種佐劑和一個(gè)傳遞系統(tǒng)。
另一方面，本發(fā)明描述了治療或降低受治療者的幽門螺桿菌感染或感染風(fēng)險(xiǎn)的方法的特征。該方法包括給予受治療者一種本發(fā)明的疫苗制劑，使得治療幽門螺桿菌感染或降低其風(fēng)險(xiǎn)。
另一方面，本發(fā)明描述了生產(chǎn)本發(fā)明疫苗制劑的方法的特征。該方法包括將至少一種分離的幽門螺桿菌多肽或其片段與藥用可接受的載體混合，由此形成疫苗制劑，其中所述幽門螺桿菌多肽選自SEQID NO98-SEQ ID NO194。
另一方面，本發(fā)明描述了生產(chǎn)本發(fā)明疫苗制劑的方法的特征。該方法包括在允許幽門螺桿菌或其片段表達(dá)的條件下培養(yǎng)細(xì)胞，其中所述幽門螺桿菌多肽選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194；從所述細(xì)胞分離所述幽門螺桿菌多肽；將至少一種分離的幽門螺桿菌多肽或其片段與藥用可接受的載體混合，由此形成疫苗制劑。
另一方面，本發(fā)明涉及各個(gè)幽門螺桿菌多肽成員或編碼這一成員的核酸，所述成員為上述各組的幽門螺桿菌多肽。
另一方面，本發(fā)明描述了能夠結(jié)合幽門螺桿菌mRNA的核酸的特征。這種核酸能夠用作反義核酸，以控制幽門螺桿菌mRNA的翻譯。再一方面，描述了能夠特異性結(jié)合于幽門螺桿菌核酸的核酸的特征。這些核酸本文也稱為互補(bǔ)序列，具有作為探針或和捕獲試劑的用途。
另一方面，本發(fā)明描述了一種表達(dá)系統(tǒng)的特征，該系統(tǒng)包含對(duì)應(yīng)于幽門螺桿菌核酸的可讀框。所述核酸還包含與計(jì)劃中的宿主相容的控制序列。該表達(dá)系統(tǒng)可用來(lái)制備對(duì)應(yīng)于幽門螺桿菌核酸的多肽。
另一方面，本發(fā)明描述了用該表達(dá)系統(tǒng)轉(zhuǎn)化以產(chǎn)生幽門螺桿菌多肽的細(xì)胞的特征。
另一方面，本發(fā)明描述了產(chǎn)生抗幽門螺桿菌多肽的抗體的特征，所述抗體能夠特異性地結(jié)合于幽門螺桿菌多肽。這類抗體具有作為免疫測(cè)定的試劑的用途，以評(píng)價(jià)幽門螺桿菌特異性抗原的豐度和分布。
另一方面，本發(fā)明描述了產(chǎn)生用于免疫個(gè)體以抵抗幽門螺桿菌的疫苗的方法的特征。該疫苗接種的方法包括用至少一種按照本發(fā)明的幽門螺桿菌多肽(例如一種表面多肽或分泌多肽或它們的活性部分)和藥用可接受載體免疫受治療者。這類疫苗具有治療和/或預(yù)防的用途。
另一方面，本發(fā)明提供產(chǎn)生疫苗的方法，所述疫苗包含一種修飾的免疫原性幽門螺桿菌多肽(例如一種表面多肽或分泌多肽或它們的活性部分)和藥理學(xué)可接受的載體。
另一方面，本發(fā)明描述了評(píng)價(jià)一種化合物(例如一種多肽，例如宿主細(xì)胞多肽的片段)結(jié)合幽門螺桿菌多肽的能力的方法的特征。該方法包括使該候選化合物與一種幽門螺桿菌多肽接觸，并確定該化合物是否結(jié)合幽門螺桿菌多肽或者與其相互作用。結(jié)合幽門螺桿菌的化合物為該細(xì)菌生活周期的激活劑或抑制劑的候選物。這些測(cè)定可以在體外或體內(nèi)進(jìn)行。
另一方面，本發(fā)明描述了評(píng)價(jià)一種化合物(例如一種多肽，例如宿主細(xì)胞多肽的片段)結(jié)合幽門螺桿菌核酸(例如DNA或RNA)的能力的方法的特征。該方法包括使該候選化合物與一種幽門螺桿菌核酸接觸，并確定該化合物是否結(jié)合幽門螺桿菌多肽或者與其相互作用。結(jié)合幽門螺桿菌的化合物為該細(xì)菌生活周期的激活劑或抑制劑的候選物。這些測(cè)定可以在體外或體內(nèi)進(jìn)行。
本發(fā)明描述了幽門螺桿菌多肽、最好是大致純的幽門螺桿菌多肽制劑或重組幽門螺桿菌多肽的特征。在最佳實(shí)施方案中，該多肽具有生物學(xué)活性；該多肽的氨基酸序列至少60％、70％、80％、90％、95％、98％或99％相同于或同源于序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸序列，優(yōu)選的是它與序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸序列具有大約65％序列同一性；最優(yōu)選的是，它與序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸序列具有大約92％至大約99％的序列同一性；該多肽的氨基酸序列與序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸序列基本上相同；該多肽長(zhǎng)度為至少5、10、20、50、100或150個(gè)氨基酸殘基；該多肽包括至少5個(gè)、優(yōu)選至少10個(gè)、更優(yōu)選至少20個(gè)、更優(yōu)選至少50、100或150個(gè)連續(xù)的序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸殘基。在再一實(shí)施方案中，本發(fā)明也包括與序列表中含有的本發(fā)明氨基酸序列的序列同一性的差異為約7％至約8％的氨基酸序列。
在最佳實(shí)施方案中，所述幽門螺桿菌多肽由序列表中含有的本發(fā)明的核酸編碼，或由與序列表中含有的本發(fā)明的核酸的同源性至少為60％、70％、80％、90％、95％、98％或99％的核酸編碼。
在一個(gè)最佳實(shí)施方案中，主題幽門螺桿菌多肽的氨基酸序列與序列表中含有的本發(fā)明序列于1、2、3、5、10或更多個(gè)殘基不同。然而，所述差異使得該幽門螺桿菌多肽表現(xiàn)出一種幽門螺桿菌的生物學(xué)活性，例如該幽門螺桿菌多肽保留天然產(chǎn)生的幽門螺桿菌多肽的一種生物學(xué)活性。
在最佳實(shí)施方案中，該多肽包括序列表中含有的本發(fā)明的所有氨基酸序列或其片段；該序列或片段符合讀框地融合于其它氨基酸殘基，最好是融合于編碼序列表中含有的本發(fā)明序列的基因組DNA 5’或3’的基因組DNA編碼的殘基。
在再一最佳實(shí)施方案中，該幽門螺桿菌多肽為重組融合蛋白，該蛋白具有第一種幽門螺桿菌多肽部分和第二種多肽部分(例如其氨基酸序列與幽門螺桿菌無(wú)關(guān)的第二種多肽部分)。該第二種多肽部分可以例如為谷胱苷肽-S-轉(zhuǎn)移酶、DNA結(jié)合域或聚合酶激活域中的任何一種。在最佳實(shí)施方案中，該融合蛋白可以用于雙雜交測(cè)定中。
本發(fā)明的多肽包括由于以下事件產(chǎn)生的那些多肽替代的轉(zhuǎn)錄事件、替代的RNA剪接事件和替代的翻譯和翻譯后事件。
本發(fā)明也包括免疫原性組分，該組分包括免疫原性制劑中的至少一種幽門螺桿菌多肽；該免疫原性組分能夠誘出對(duì)該幽門螺桿菌多肽特異性的免疫應(yīng)答，例如體液應(yīng)答、抗體應(yīng)答或細(xì)胞應(yīng)答。在最佳實(shí)施方案中，該免疫原性組分包括序列表中含有的本發(fā)明多肽的至少一種抗原決定簇。
另一方面，本發(fā)明提供大致純的核酸，其核苷酸序列編碼一種幽門螺桿菌多肽。在最佳實(shí)施方案中該編碼的多肽具有生物學(xué)活性；該編碼的多肽的氨基酸序列至少60％、70％、80％、90％、95％、98％或99％同源于序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸序列；該編碼的多肽的氨基酸序列與序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸序列基本相同；該編碼的多肽至少為5、10、20、100或150個(gè)氨基酸的長(zhǎng)度；該編碼的多肽包括至少5個(gè)、優(yōu)選至少10個(gè)、更優(yōu)選至少20個(gè)、更優(yōu)選至少50個(gè)、100個(gè)或150個(gè)連續(xù)的序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸。
在最佳實(shí)施方案中，本發(fā)明的核酸為序列表中含有的核酸；該核酸至少60％、70％、80％、90％、95％、98％或99％同源于序列表中含有的本發(fā)明的核酸序列。
在一種最佳實(shí)施方案中，該編碼的幽門螺桿菌多肽的氨基酸序列至少于1、2、3、5、10和更多個(gè)殘基不同于(例如由于氨基酸取代、加入或缺失至少一個(gè)氨基酸殘基)序列表中含有的本發(fā)明的序列。然而，所述差異使得該幽門螺桿菌編碼的多肽表現(xiàn)出一種幽門螺桿菌的生物學(xué)活性，例如該編碼的幽門螺桿菌酶保留天然產(chǎn)生的幽門螺桿菌的一種生物學(xué)活性。
在最佳實(shí)施方案中，該編碼的多肽包括序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸序列的全部或其片段；該序列或其片段符合讀框地融合于另外的氨基酸殘基，最好是融合于編碼序列表中含有的本發(fā)明序列的基因組DNA 5’或3’的基因組DNA編碼的殘基。
在最佳實(shí)施方案中，主題幽門螺桿菌核酸將包括轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)序列(例如至少一種轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)子或轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)子序列)，該序列操作性地連接于該幽門螺桿菌基因序列，例如以使得該幽門螺桿菌基因序列適于在重組宿主細(xì)胞中表達(dá)。
在又一最佳實(shí)施方案中，編碼本發(fā)明幽門螺桿菌多肽的核酸在嚴(yán)格條件下與核酸探針雜交，其中所述探針對(duì)應(yīng)于至少8個(gè)連續(xù)的序列表中含有的本發(fā)明的核苷酸；更優(yōu)選至少對(duì)應(yīng)于至少12個(gè)連續(xù)的序列表中含有的本發(fā)明的核苷酸；更優(yōu)選對(duì)應(yīng)于至少40個(gè)連續(xù)的序列表中含有的本發(fā)明的核苷酸。
在一個(gè)最佳實(shí)施方案中，該核酸編碼一種多肽，該多肽因至少一個(gè)氨基酸殘基不同于序列表中含有的本發(fā)明的序列。
在一個(gè)最佳實(shí)施方案中，該核酸至少有一個(gè)核苷酸不同于序列表中含有的本發(fā)明的核苷酸序列，而所述本發(fā)明的核苷酸序列編碼序列表中含有的本發(fā)明的氨基酸序列。
另一方面，本發(fā)明包括包含本文描述的一種幽門螺桿菌多肽或一種幽門螺桿菌多肽變異體的編碼核酸的載體；用該載體轉(zhuǎn)化的宿主細(xì)胞；生產(chǎn)重組幽門螺桿菌多肽或幽門螺桿菌多肽變異體的方法；包括例如在細(xì)胞培養(yǎng)基中培養(yǎng)所述細(xì)胞，并例如從所述細(xì)胞或所述細(xì)胞培養(yǎng)基中分離該幽門螺桿菌多肽或幽門螺桿菌多肽變異體。
另一方面，本發(fā)明描述了純化的重組核酸的特征，所述核酸與序列表中含有的本發(fā)明核酸至少有50％、60％、70％、80％、90％、95％、98％或99％的同源性。
本發(fā)明也提供包括大致純的寡核苷酸的探針或引物。所述寡核苷酸包括一個(gè)核苷酸序列區(qū)，該區(qū)在嚴(yán)格條件下與序列表中含有的本發(fā)明的有義序列或反義序列或其天然產(chǎn)生的突變體的至少8個(gè)連續(xù)核苷酸雜交。在最佳實(shí)施方案中，所述探針或引物還包括與其連接的標(biāo)記基團(tuán)。所述標(biāo)記基團(tuán)可以是例如放射性同位素、熒光化合物、酶和/或酶的輔因子。最好是，所述寡核苷酸至少長(zhǎng)8個(gè)寡核苷酸并少于10、20、30、50、100或150個(gè)核苷酸。
本發(fā)明也提供一種分離的幽門螺桿菌多肽，所述多肽由在嚴(yán)格條件下與序列表中含有的核酸雜交的核酸編碼。
本發(fā)明還提供編碼本發(fā)明多肽的核酸，例如RNA或DNA。這包括雙鏈核酸以及反義單鏈核酸。
其基因組序列已經(jīng)測(cè)序的幽門螺桿菌菌株已經(jīng)以菌株HP-J99保藏于美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(ATCC # 55679；由GenomeTherapeutics Corporation進(jìn)行了保藏，100 Beaver Street，Walthan，MA02154)。
本發(fā)明包括等位基因變異；天然突變體；誘導(dǎo)的突變體；有下述DNA編碼的蛋白，所述DNA在高或低的嚴(yán)格條件下與編碼序列表中含有的本發(fā)明多肽的核酸雜交(關(guān)于高嚴(yán)格性和低嚴(yán)格性，參見(jiàn)Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley & Sons，New York，1989，6.3.1-6.3.6和6.4.1-6.4.10，在此通過(guò)引用結(jié)合到本文中)；以及抗幽門螺桿菌多肽的抗血清特異性結(jié)合的多肽。本發(fā)明也包括片段，最好是生物活性片段。這些多肽和其它多肽本文也稱為幽門螺桿菌類似物或變異體。
已經(jīng)確定了幾種本發(fā)明幽門螺桿菌多肽的推測(cè)功能，如表1所示。
因此，基于這些鑒定功能的要求保護(hù)的幽門螺桿菌多肽的用途以及本文所述的其它功能也屬于本發(fā)明范圍。
另外，本發(fā)明包括特征如以下表1所示的幽門螺桿菌多肽，包括幽門螺桿菌胞外被膜蛋白、幽門螺桿菌分泌蛋白、幽門螺桿菌胞質(zhì)蛋白和幽門螺桿菌細(xì)胞蛋白。這些組的成員通過(guò)BLAST同源性檢索和檢索分泌信號(hào)或跨膜蛋白基元而鑒定。與表1多肽具顯著同源性的相關(guān)多肽也被認(rèn)為以表1所示的同源性方式分類。
表 1 定義本文所用的術(shù)語(yǔ)“純化的多肽”和“分離的多肽”以及“大致純的多肽制劑”在本文中可互換使用，是指已經(jīng)大致、最好是完全同與其天然存在的其它蛋白、脂質(zhì)和核酸分離的多肽。最好是該多肽也與用來(lái)純化其的例如抗體或凝膠基質(zhì)(例如聚丙烯酰胺)的物質(zhì)分離。最好是該多肽構(gòu)成所述純化制劑干重的至少10、20、50、70、80或95％。最好是，所述制劑含有足以允許蛋白測(cè)序的多肽；至少1、10或100μg該多肽；至少1、10或100mg該多肽。此外，本文所用的術(shù)語(yǔ)“純化的多肽”和“分離的多肽”以及“大致純的多肽制劑”既是指得自天然的多肽，也是指通過(guò)本文所述的重組DNA技術(shù)產(chǎn)生的多肽。
例如，一種“分離的”或“純化的”蛋白或其生物活性部分大致不含衍生該幽門螺桿菌蛋白的細(xì)胞或組織來(lái)源的細(xì)胞物質(zhì)或其它污染蛋白，或當(dāng)化學(xué)合成時(shí)大致不含化學(xué)前體或其它化學(xué)物質(zhì)。術(shù)語(yǔ)“大致不含細(xì)胞物質(zhì)”包括幽門螺桿菌蛋白的制劑，其中該蛋白與從中分離或重組產(chǎn)生該蛋白的細(xì)胞的細(xì)胞組分分離。在一個(gè)實(shí)施方案中，術(shù)語(yǔ)“大致不含細(xì)胞物質(zhì)”包括這樣的幽門螺桿菌蛋白制劑，所述制劑含有少于大約30％(干重)的非幽門螺桿菌蛋白(本文也稱為“污染蛋白”)，更優(yōu)選少于大約20％非幽門螺桿菌蛋白，再更優(yōu)選少于大約10％的非幽門螺桿菌蛋白，最優(yōu)選少于5％非幽門螺桿菌蛋白。當(dāng)重組生產(chǎn)幽門螺桿菌蛋白或其生物活性部分時(shí)，它也最好是大致不含培養(yǎng)基，即培養(yǎng)基占該蛋白制劑體積的不到大約20％，更優(yōu)選少于大約10％，最優(yōu)選少于大約5％術(shù)語(yǔ)“大致不含化學(xué)前體或其它化學(xué)物質(zhì)”包括幽門螺桿菌蛋白制劑，其中該蛋白與參與合成該蛋白的化學(xué)前體或其它化學(xué)藥品分離。在一個(gè)實(shí)施方案中，術(shù)語(yǔ)“大致不含化學(xué)前體或其它化學(xué)物質(zhì)”包括這樣的幽門螺桿菌蛋白制劑，它具有少于大約30％(干重)的化學(xué)前體或非幽門螺桿菌化學(xué)物質(zhì)，更優(yōu)選少于大約20％的化學(xué)前體或非幽門螺桿菌化學(xué)物質(zhì)，再更優(yōu)選少于大約10％的化學(xué)前體或非幽門螺桿菌化學(xué)物質(zhì)，最優(yōu)選少于大約5％的化學(xué)前體或非幽門螺桿菌化學(xué)物質(zhì)。
在植物或動(dòng)物細(xì)胞的情況下，純化的細(xì)胞制劑是指一種體外細(xì)胞制劑，而不是整個(gè)完整的植物或動(dòng)物。在培養(yǎng)細(xì)胞或微生物細(xì)胞的情況下，它包括至少10％、更優(yōu)選50％主題細(xì)胞的制劑。
純化或分離或大致純的核酸，例如大致純的DNA(是在本文中可互換的術(shù)語(yǔ))，為一種或兩種下述的核酸與衍生該核酸的生物體的天然存在的基因組中緊密相鄰(即，一個(gè)位于5’端及一個(gè)位于3’端)的兩個(gè)編碼序列非緊密相鄰；或它大致不含在衍生該核酸的生物體中存在的核酸。該術(shù)語(yǔ)包括例如加入載體(例如自主復(fù)制型質(zhì)粒或病毒)、或加入原核細(xì)胞和真核細(xì)胞基因組DNA中、或作為獨(dú)立于其它DNA序列的分離分子存在(例如通過(guò)PCR或限制性內(nèi)切核酸酶處理產(chǎn)生的cDNA或基因組DNA片段)的重組DNA。大致純的DNA也包括為編碼另一幽門螺桿菌DNA序列的雜種基因部分的重組DNA。
本文所用的“重疊群”是代表一段連續(xù)的生物體的基因組序列的核酸。
“可讀框”也稱為ORF，為編碼多肽的核酸區(qū)。該區(qū)可以代表編碼序列或總序列的一部分，可以從終止密碼子至終止密碼子或從起始密碼子至終止密碼子確定。
本文所用的“編碼序列”為置于合適的調(diào)節(jié)序列控制之下時(shí)，轉(zhuǎn)錄為信使RMA和/或翻譯為多肽的核酸。由5個(gè)引物末端的翻譯起始密碼子和三個(gè)引物末端的翻譯終止密碼子確定編碼序列的邊界。編碼序列可以包括但不限于信使RNA序列、合成DNA序列和重組核酸序列。
本文所用的核酸的“互補(bǔ)序列”是指參與于原始序列Watson-Crick堿基配對(duì)的反向平行或反義序列。
“基因產(chǎn)物”是由基因特異性編碼的蛋白和結(jié)構(gòu)RNA。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“探針”是指特異性結(jié)合于目的分子的核酸、肽或其它化學(xué)實(shí)體。探針常常與標(biāo)記結(jié)合，或能夠結(jié)合標(biāo)記。標(biāo)記為能夠檢測(cè)的化學(xué)部分。通常，標(biāo)記包括染料、放射性同位素、發(fā)光部分和化學(xué)發(fā)光部分、熒光團(tuán)、酶、沉淀劑、擴(kuò)增序列等。同樣，特異性結(jié)合于目的分子并將這種分子固定化的核酸、肽或其它化學(xué)實(shí)體本文稱為“捕獲配體”。捕獲配體通常與支持物結(jié)合或能夠結(jié)合支持物，所述支持物諸如硝酸纖維素、玻璃、尼龍膜、珠粒、顆粒等。雜交的特異性取決于諸如所述核苷酸的堿基對(duì)組成以及反應(yīng)溫度和鹽濃度的條件。本領(lǐng)域技術(shù)人員采用常規(guī)實(shí)驗(yàn)，可容易地辨別這些條件。
同源的是指兩種多肽之間或兩種核酸分子之間的序列相似性或序列同一性。當(dāng)同一堿基或氨基酸單體亞基占據(jù)兩個(gè)相比序列中的一個(gè)位置時(shí)，例如如果兩個(gè)DNA分子中的每一個(gè)中的一個(gè)位置均被腺苷酸占據(jù)，則所述分子在該位置是同源的。兩個(gè)序列之間的同源性百分比為這兩個(gè)序列共享的匹配或同源位置數(shù)除以所比較位置數(shù)×100的函數(shù)。例如，如果兩個(gè)序列中10個(gè)位置中的6個(gè)匹配或同源，則這兩個(gè)序列的同源性為60％。例如，DNA序列ATTGCC和TATGGC具有50％的同源性。一般而言，當(dāng)兩個(gè)序列序列對(duì)齊時(shí)進(jìn)行比較，以得出最大同源性。
當(dāng)至少核酸的一條鏈在限定的嚴(yán)格條件下可以退火至另一核酸時(shí)，核酸相互之間可雜交。如下確定雜交的嚴(yán)格性(a)進(jìn)行雜交和/或洗滌的溫度；以及(b)雜交溶液和洗滌溶液的離子強(qiáng)度和極性。雜交需要這兩種核酸具有互補(bǔ)序列；然而，根據(jù)雜交的嚴(yán)格性，可以容忍錯(cuò)配。通常，兩種序列在高嚴(yán)格性下(諸如于65℃、在0.5X SSC溶液中)的雜交需要所述序列基本上完全同源。中等嚴(yán)格性(諸如于65℃、2X SSC)和低嚴(yán)格性(諸如于55℃、2X SSC)的條件需要所述雜交序列之間相應(yīng)較低的整體互補(bǔ)性。(1X SSC為0.15M NaCl、0.015M檸檬酸鈉)。嚴(yán)格雜交條件的一個(gè)優(yōu)選的非限制性實(shí)例為于大約45℃、在6X氯化鈉/檸檬酸鈉(SSC)中雜交，然后于50-65℃、0.2XSSC、0.1％SDS中洗滌一次或多次。
術(shù)語(yǔ)肽、蛋白和多肽在本文中可互換使用。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“表面蛋白”是指所有表面可及的蛋白，例如內(nèi)膜蛋白和外膜蛋白、粘附于細(xì)胞壁的蛋白以及分泌蛋白。
如果一個(gè)多肽具有以下性質(zhì)中的一個(gè)、兩個(gè)以及最好是多個(gè)，則該多肽具有幽門螺桿菌的生物活性(1)如果在幽門螺桿菌感染過(guò)程中表達(dá)時(shí)，它可以促進(jìn)或介導(dǎo)幽門螺桿菌粘附于細(xì)胞；(2)它具有幽門螺桿菌蛋白特征性酶活性、結(jié)構(gòu)功能或調(diào)節(jié)功能；(3)其編碼基因可以拯救一種幽門螺桿菌基因中的致死突變；(4)或它在受治療者中具有免疫原性。如果一種多肽是具有上述性質(zhì)之一的多肽的拮抗劑、激動(dòng)劑或超級(jí)激動(dòng)劑，則該多肽具有生物活性。
生物活性片段或類似物是這樣的片段或類似物，它具有序列表中含有的本發(fā)明幽門螺桿菌多肽或天然存在的幽門螺桿菌多肽特征性的一種體內(nèi)或體外活性，例如本文所述一種或多種生物活性。尤其優(yōu)選的是體內(nèi)存在的片段，例如由轉(zhuǎn)錄后加工產(chǎn)生的片段或由另一種剪接的RNA的翻譯產(chǎn)生的片段。片段包括在天然或內(nèi)源細(xì)胞中表達(dá)的片段以及在表達(dá)系統(tǒng)(例如在CHO細(xì)胞中)產(chǎn)生的片段。因?yàn)橹T如幽門螺桿菌多肽的肽常常表現(xiàn)出一定范圍的生理性質(zhì)，并且因?yàn)檫@類性質(zhì)可能由該分子的不同的部分產(chǎn)生，所以有用的幽門螺桿菌片段或幽門螺桿菌類似物為在任何幽門螺桿菌活性的測(cè)定中表現(xiàn)出一種生物活性的片段或類似物。最優(yōu)選的是，該片段或類似物在任何體內(nèi)或體外測(cè)定中具有10％、優(yōu)選40％、更優(yōu)選60％、70％、80％或90％或更高的幽門螺桿菌的活性。
類似物可以在氨基酸序列上或在不涉及序列的方式上或在這兩個(gè)方面不同于天然存在的幽門螺桿菌多肽。非序列修飾包括乙?；?、甲基化、磷酸化、羧化或糖基化的改變。優(yōu)選的類似物包括其序列因一個(gè)或多個(gè)保守氨基酸取代或基本上不消除該幽門螺桿菌多肽生物活性的一個(gè)或多個(gè)非保守的氨基酸取代、缺失或插入而不同于野生型序列的幽門螺桿菌多肽(或其生物活性片段)。保守的取代通常包括一個(gè)氨基酸取代另一個(gè)具有相似特征的氨基酸，例如以下組內(nèi)的取代纈氨酸、甘氨酸；甘氨酸、丙氨酸；纈氨酸、異亮氨酸、亮氨酸；天冬氨酸、谷氨酸；天冬酰胺、谷氨酰胺；絲氨酸、蘇氨酸；賴氨酸、精氨酸；以及苯丙氨酸、酪氨酸。其它保守取代可以根據(jù)下表產(chǎn)生。
表 2保守性氨基酸取代
本發(fā)明內(nèi)的其它類似物是具有提高肽穩(wěn)定性的修飾的類似物；這類類似物可以在該肽序列中含有例如一個(gè)或多個(gè)非肽鍵(取代所述肽鍵)。也包括含有不是天然產(chǎn)生的L-氨基酸(例如D-氨基酸)或非天然產(chǎn)生或合成的氨基酸(例如β或γ氨基酸)的殘基的類似物；以及環(huán)狀類似物。
本文所用的用于幽門螺桿菌類似物的術(shù)語(yǔ)“片段”一般為長(zhǎng)至少大約20個(gè)殘基、更常見(jiàn)為至少大約40個(gè)殘基、最好至少大約60個(gè)殘基。幽門螺桿菌多肽的片段可以用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法產(chǎn)生。候選片段表現(xiàn)出幽門螺桿菌多肽生物活性的能力可以用如上所述的本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法評(píng)價(jià)。也包括含有該肽生物活性不需要的殘基的幽門螺桿菌多肽或由另一種mRNA剪接或另一種蛋白加工事件產(chǎn)生的多肽。
本文所用的“免疫原性組分”是諸如幽門螺桿菌多肽、或其類似物或片段的一部分，它能夠在宿主動(dòng)物中單獨(dú)或結(jié)合佐劑誘出體液免疫應(yīng)答和/或細(xì)胞免疫應(yīng)答。
本文所用的“抗原組分”是諸如幽門螺桿菌多肽、或其類似物或其片段，它能夠以足夠高的親和力結(jié)合于特異性抗體，以形成可檢測(cè)的抗原-抗體復(fù)合物。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“轉(zhuǎn)基因”是指部分或完全異源(即外源)于其引入的轉(zhuǎn)基因動(dòng)物或細(xì)胞的核酸、或同源于其引入的轉(zhuǎn)基因動(dòng)物或細(xì)胞的內(nèi)源基因、但設(shè)計(jì)插入或插入該細(xì)胞基因組中，其插入方式使得改變其插入的細(xì)胞基因組(例如，將其于不同于天然基因的位置插入或其插入導(dǎo)致失效)。轉(zhuǎn)基因可以包括一種或多種轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)序列和所選定核酸最佳表達(dá)可能所必需的任何其它核酸，諸如內(nèi)含子，所有這些序列均操作性地連接至所選定的核酸，轉(zhuǎn)基因也可以包括一個(gè)增強(qiáng)子序列。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“轉(zhuǎn)基因細(xì)胞”是指含有轉(zhuǎn)基因的細(xì)胞。
本文所用的“轉(zhuǎn)基因動(dòng)物”是指該動(dòng)物的一種或多種、最好是基本上所有的細(xì)胞含有轉(zhuǎn)基因的任何動(dòng)物。利用有意的基因操作(諸如通過(guò)感受態(tài)細(xì)胞的轉(zhuǎn)化或通過(guò)微注射或用重組病毒感染)，可以將該轉(zhuǎn)基因直接引入該細(xì)胞，或通過(guò)引入該細(xì)胞的前體間接地引入該細(xì)胞。該分子可以整合入染色體中，或它可以是染色體外復(fù)制型DNA。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“抗體”將包括與幽門螺桿菌多肽特異性反應(yīng)的抗體的片段。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“細(xì)胞特異性啟動(dòng)子”是指用作啟動(dòng)子(它即調(diào)節(jié)操作性連接于該啟動(dòng)子的選定DNA序列的表達(dá))并影響該選定的DNA在一種組織的特定細(xì)胞中表達(dá)的DNA序列。該術(shù)語(yǔ)也包括所謂的“滲漏”啟動(dòng)子，它調(diào)節(jié)選定的DNA主要在一種組織中的表達(dá)，但也引起在其它組織中表達(dá)。
本文所用的錯(cuò)表達(dá)是指非野生型方式的基因表達(dá)。它包括非野生型水平的表達(dá)，即過(guò)量表達(dá)或表達(dá)不足；該基因表達(dá)的時(shí)間或階段不同于野生型的一種表達(dá)方式，例如在一個(gè)預(yù)定的發(fā)育時(shí)期或階段表達(dá)增加或減少(與野生型相比)；在一種預(yù)定細(xì)胞類型或組織類型中表達(dá)減少(與野生型相比)而不同于野生型的一種表達(dá)方式；在剪接大小、氨基酸序列、翻譯后修飾(post-transitional modification)或所表達(dá)多肽的生物活性方面不同于野生型的表達(dá)方式；在環(huán)境刺激物或胞外刺激物對(duì)該基因表達(dá)的效應(yīng)方面不同于野生型的表達(dá)方式，例如在增加或降低該刺激強(qiáng)度情況下表達(dá)增加或降低(與野生型相比)的方式。
本文所用的指微生物或作為單細(xì)胞實(shí)體培養(yǎng)的高等真核生物細(xì)胞系的“宿主細(xì)胞”和其它這類術(shù)語(yǔ)，是指可以成為或已經(jīng)用作重組載體或其它轉(zhuǎn)移DNA的受體的細(xì)胞，包括已經(jīng)轉(zhuǎn)染的原始細(xì)胞的子代。本領(lǐng)域技術(shù)人員理解，由于偶然或有意的突變，單個(gè)親代細(xì)胞的子代的基因組DNA或總DNA compliment可以不必完全與原始親代相同。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“控制序列”是指其堿基序列由宿主生物體識(shí)別以影響與其連接的所編碼序列表達(dá)的核酸。根據(jù)宿主生物體，這類控制序列的性質(zhì)是不同的；在原核生物中，這類控制序列一般包括啟動(dòng)子、核糖體結(jié)合位點(diǎn)、終止子，在某些情況下包括操縱子；在真核生物中，這類控制序列一般包括啟動(dòng)子、終止子，在某些情況下包括增強(qiáng)子。術(shù)語(yǔ)控制序列是指最低限度包括其存在是表達(dá)所必需的所有組分，也可以包括其存在是有利的另外的組分，例如前導(dǎo)序列。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“操作性連接”是指連接序列使其以預(yù)定方式發(fā)揮作用。例如，將控制序列操作性連接于編碼序列，其連接方式使得在與該控制序列和宿主細(xì)胞相適應(yīng)的條件下達(dá)到該編碼序列表達(dá)。
本文所用的物質(zhì)的新陳代謝是指該物質(zhì)的表達(dá)、功能、作用或調(diào)節(jié)的任何方面。物質(zhì)的新陳代謝包括該物質(zhì)的修飾，例如共價(jià)修飾或非共價(jià)修飾。物質(zhì)的新陳代謝包括該物質(zhì)誘導(dǎo)的其它物質(zhì)的修飾，例如共價(jià)修飾或非共價(jià)修飾。物質(zhì)的新陳代謝也包括該物質(zhì)分布的變化。物質(zhì)的新陳代謝包括該物質(zhì)誘導(dǎo)的其它物質(zhì)分布的變化。
本文所用的“樣品”是指生物樣品，諸如從個(gè)體分離的組織或流體(包括但不限于血漿、血清、腦脊髓液、淋巴、淚、唾液和組織切片)或來(lái)自體外細(xì)胞培養(yǎng)物組分的樣品以及來(lái)自環(huán)境的樣品。
本發(fā)明的實(shí)施除非另有說(shuō)明，將使用化學(xué)、分子生物學(xué)、微生物學(xué)、重組DNA和免疫學(xué)的常規(guī)技術(shù)，這些均在本領(lǐng)域技術(shù)范圍內(nèi)。這類技術(shù)在文獻(xiàn)中進(jìn)行了全面的解釋。參見(jiàn)例如Sambrook，F(xiàn)ritsch和Maniatis，Molecular CloningLaboratory Manual第2版(1989)；DNACloning第I和II卷(D.N Glover編輯，1985)；Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait編輯，1984)；Nucleic acid Hybridization(B.D.Hames和S.J.Higgins編輯，1984)；Methods in Enzymology系列(Academic Press，Inc.)，特別是第154卷和第155卷(Wu和Grossman編輯)以及PCR-A PracticalApproach(McPherson，Quirke和Taylor編輯，1991)。I.幽門螺桿菌核酸的分離及其用途幽門螺桿菌基因組序列本發(fā)明提供幽門螺桿菌基因組的核苷酸序列，由此包括幽門螺桿菌基因組DNA的DNA序列文庫(kù)。下面的詳細(xì)描述提供幽門螺桿菌的核苷酸序列，也描述如何獲得所述序列以及如何鑒別ORF和蛋白編碼序列。也描述了在包括診斷和治療應(yīng)用的方法中使用公開(kāi)的幽門螺桿菌序列的方法。此外，該文庫(kù)可以用作鑒定和比較該幽門螺桿菌菌株和其它菌株中醫(yī)學(xué)上重要的序列的數(shù)據(jù)庫(kù)。
為了測(cè)定幽門螺桿菌的基因組序列，從一個(gè)幽門螺桿菌菌株(ATCC # 556679；由Genome Therapeutics Coporation保藏，100 BeaverStreet，Waltham，MA 02154)分離DNA，并通過(guò)噴霧機(jī)械剪切為2kb的中等大小。在通過(guò)凝膠電泳進(jìn)行大小分級(jí)分離后，將所述片段平端化，連接于連接寡核苷酸，并克隆入20個(gè)不同的pMPX載體(Rice等，基因組作圖和測(cè)序會(huì)議摘要，冷泉港，NY，5/11-5/15，1994，第225頁(yè))中的每一個(gè)，以構(gòu)建一系列“鳥槍法”亞克隆文庫(kù)。
用基本上如Church等，1988，Science240185；美國(guó)專利第4,942,124和5,149,624公開(kāi)的多步測(cè)序步驟，完成DNA測(cè)序。從合并的培養(yǎng)物中提取DNA，進(jìn)行化學(xué)或酶促測(cè)序。測(cè)序反應(yīng)物通過(guò)電泳分離，將產(chǎn)物轉(zhuǎn)移并共價(jià)連接于尼龍膜。最后，將所述膜與一系列標(biāo)記的與不同鳥槍法克隆載體中存在的“標(biāo)記”序列互補(bǔ)的寡核苷酸順序雜交。以該方式，可以從單組測(cè)序反應(yīng)物獲得許多序列。該克隆和測(cè)序方法在范例中更詳細(xì)地描述。
以該方式獲得的單個(gè)序列的解讀采用FLACONTM程序(Church等，1994，Automated DNA Sequencing amd Analysis，J.C.Venter編輯，Academic Press)和PHRAP(P.Green，DOE Human Genome ProgramContractor-Grantee Workshop V摘要，1996年1月，第157頁(yè))匯編。平均重疊群的長(zhǎng)度大約為3-4kb。
種種方法可以用來(lái)確定所述重疊群的順序，以獲得完整幽門螺桿菌基因組的連續(xù)序列。設(shè)計(jì)合成的與每個(gè)重疊群末端序列互補(bǔ)的寡核苷酸。這些寡核苷酸可以與例如λ噬菌體載體或質(zhì)粒載體中的幽門螺桿菌基因組DNA的文庫(kù)雜交，以鑒定含有對(duì)應(yīng)于各個(gè)重疊群之間連接區(qū)的序列的克隆。然后用這類克隆分離模板DNA，相同的寡核苷酸在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)中用作引物，以擴(kuò)增連接片段，然后確定其核苷酸序列。
分析幽門螺桿菌序列包含至少180個(gè)核苷酸的可讀框(ORF)的存在。作為基于終止密碼子-終止密碼子閱讀的ORF分析的結(jié)果，應(yīng)該理解，這些ORF可能不對(duì)應(yīng)于天然存在的幽門螺桿菌多肽的ORF。這些ORF可能含有指示天然存在的幽門螺桿菌多肽蛋白合成起始的起始密碼子。本文提供的ORF中的這類起始密碼子可以由相關(guān)領(lǐng)域的技術(shù)人員進(jìn)行鑒定，產(chǎn)生的ORF和所編碼的幽門螺桿菌多肽屬于本發(fā)明的范圍。例如，在所述ORF中，可以鑒別諸如AUG或GUG(編碼甲硫氨酸或纈氨酸)的密碼子，它作為蛋白合成的起始信號(hào)的部分，將該ORF修飾為對(duì)應(yīng)于天然存在的幽門螺桿菌多肽。通過(guò)用程序GENEMARKTM(Borodovsky and McIninch，1993，Comp.Chem.17123)評(píng)價(jià)這類序列的編碼潛力，定義預(yù)測(cè)的編碼區(qū)。其它幽門螺桿菌核酸可以通過(guò)用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)，從上述參考幽門螺桿菌菌株的DNA直接獲得本發(fā)明的核酸。關(guān)于PCR的細(xì)節(jié)，參見(jiàn)“PCR，APractical Approach”(McPherson，Quirke和Taylor編輯，IRL Press，Oxford，UK，1991)。在表達(dá)之前，用高保真PCR確保真實(shí)的DNA拷貝。另外，擴(kuò)增產(chǎn)物的真實(shí)性可以通過(guò)常規(guī)測(cè)序方法檢查。也可以通過(guò)利用PCR篩選所述文庫(kù)或通過(guò)本領(lǐng)域已知的合成寡核苷酸探針與所述文庫(kù)克隆或噬斑的濾膜影印物(參見(jiàn)例如Sambrook等，MolecularCloning，A Laboratory Manual第2版，1989，Cold Spring Habor Press，NY)雜交，獲得攜帶本發(fā)明中所述的所需序列的克隆。
也可能按照本文所述的方案，從cDNA文庫(kù)獲得編碼幽門螺桿菌多肽的核酸?？梢酝ㄟ^(guò)從合適菌株中分離總mRNA，獲得編碼幽門螺桿菌多肽的cDNA。然后從總mRNA可以制備雙鏈cDNA。隨后，可以采用任何一種已知技術(shù)，將所述cDNA插入合適的質(zhì)?；虿《?例如噬菌體)載體中。也可以采用建立的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)技術(shù)，依據(jù)本發(fā)明提供的核苷酸序列信息，克隆編碼幽門螺桿菌多肽的基因。本發(fā)明的核酸可以是DNA或RNA。序列表中含有優(yōu)選的本發(fā)明核酸。
本發(fā)明的核酸也可以采用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)化學(xué)合成。各種化學(xué)合成多聚脫氧核苷酸的方法是已知的，包括已經(jīng)在市售DNA合成儀中自動(dòng)合成的固相合成(象肽合成一樣)(參見(jiàn)例如Itakura等，美國(guó)專利第4,598,049號(hào)；Caruthers等，美國(guó)專利第4,458,066號(hào)；和Itakura的美國(guó)專利第4,401,796號(hào)和第4,373,071號(hào)，它們通過(guò)引用結(jié)合到本文中)。
根據(jù)本發(fā)明的特征分離或合成的核酸例如但不限于，可用作探針、引物、捕獲配體、反義基因和開(kāi)發(fā)合成對(duì)應(yīng)于這類序列的蛋白和肽的表達(dá)系統(tǒng)。作為探針、引物、捕獲配體和反義基因，該核酸通常包括所有或部分(大約20個(gè)或更多的核苷酸，具有形成穩(wěn)定雜交產(chǎn)物的特異性和能力)的序列表中含有的本發(fā)明核酸。以下進(jìn)一步詳細(xì)描述這些用途。
探針根據(jù)序列表中含有的本發(fā)明序列分離或合成的核酸，可以用作探針，以特異性地檢測(cè)幽門螺桿菌。用本申請(qǐng)中提出的序列信息，鑒定20個(gè)或更多的核苷酸的序列，這提供對(duì)于幽門螺桿菌和雜交條件下可能遇到的外來(lái)核酸所需的包含性(inclusivity)和排他性。更優(yōu)選的是，該序列將包含至少20-30個(gè)核苷酸，以賦予該探針和計(jì)劃的靶分子之間形成的雜交產(chǎn)物以穩(wěn)定性。
長(zhǎng)度大于1000個(gè)核苷酸的序列難以合成，但可以通過(guò)重組DNA技術(shù)產(chǎn)生。本領(lǐng)域技術(shù)人員容易認(rèn)識(shí)到，可以為用作探針的核酸提供標(biāo)記，以有助于雜交產(chǎn)物的檢測(cè)。
根據(jù)序列表中含有的本發(fā)明序列分離和合成的核酸，也可以用作探針，用本文所述的合適的嚴(yán)格雜交條件檢測(cè)其它螺桿菌菌種的同源區(qū)(尤其是同源基因)。
捕獲配體對(duì)于用作捕獲配體，以上述關(guān)于探針?biāo)龇绞竭x擇的核酸可以容易地與支持體結(jié)合。核酸與支持體結(jié)合的方式是眾所周知的。具有序列表中含有的本發(fā)明序列中的20個(gè)或更多核苷酸的核酸，具有從每種其它和其它生物體的核酸分離幽門螺桿菌核酸的用途。具有序列表中含有的本發(fā)明序列中的20個(gè)或更多核苷酸的核酸，也可以具有將其它螺桿菌菌種與每種其它或其它生物體分離的用途。最好是，該序列將包含至少20個(gè)核苷酸，以賦予該探針和計(jì)劃的靶分子之間形成的雜交產(chǎn)物以穩(wěn)定性。長(zhǎng)度大于1000個(gè)核苷酸的序列難以合成，但可以通過(guò)重組DNA技術(shù)產(chǎn)生。
引物根據(jù)本文所述序列分離或合成的核酸，具有作為引物以擴(kuò)增幽門螺桿菌核酸的用途。這些核酸也可以具有作為引物以擴(kuò)增其它螺桿菌菌種的核酸的用途。關(guān)于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)，具有序列表中含有的本發(fā)明的≥10-15個(gè)核苷酸的核酸序列，結(jié)合合適的酶和試劑，具有產(chǎn)生幽門螺桿菌核酸拷貝的用途。更優(yōu)選的是，該序列將包含20個(gè)或更多的核苷酸，以賦予該探針和計(jì)劃的靶分子之間形成的雜交產(chǎn)物以穩(wěn)定性。大于100個(gè)核苷酸的引物為獲得特異性的結(jié)合條件更難以控制。在表達(dá)之前，高保真PCR可以用來(lái)確保真實(shí)的DNA拷貝。另外，可以用常規(guī)測(cè)序方法檢查擴(kuò)增產(chǎn)物。
所述拷貝可以用于診斷測(cè)定，以檢測(cè)特定的序列，包括來(lái)自幽門螺桿菌和/或其它螺桿菌菌種的基因。所述拷貝也可以加入克隆載體和表達(dá)載體中，以產(chǎn)生對(duì)應(yīng)于PCR合成的核酸的多肽，如本文更詳細(xì)的描述。
反義根據(jù)本文所述序列分離或合成的核酸或核酸雜交衍生物，具有防止幽門螺桿菌基因表達(dá)的反義因子(antisense agent)的用途。這些序列也具有作為防止其它螺桿菌菌種的基因表達(dá)的反義因子的用途。
在一個(gè)實(shí)施方案中，將對(duì)應(yīng)于幽門螺桿菌核酸的核酸或衍生物加載入合適的載體(諸如脂質(zhì)體或噬菌體)中，以引入細(xì)菌細(xì)胞。例如具有20個(gè)或更多核苷酸的核酸能夠結(jié)合于細(xì)菌核酸或細(xì)菌信使RNA。最好是，該反義核酸包含20個(gè)或更多的核苷酸，以提供非天然存在核酸和細(xì)菌核酸和/或細(xì)菌信使RNA的雜交產(chǎn)物必需的穩(wěn)定性。其序列長(zhǎng)度大于1000個(gè)核苷酸的核酸難以合成，但可以采用重組DNA技術(shù)產(chǎn)生。將反義核酸加載入脂質(zhì)體的方法是本領(lǐng)域已知的，如1980年12月23日授予Papahadjopoulos等的美國(guó)專利4,241,046所例舉的。II.幽門螺桿菌核酸的表達(dá)根據(jù)本文所述序列分離或合成的核酸具有產(chǎn)生多肽的用途。序列表中例舉的本發(fā)明的核酸或編碼幽門螺桿菌多肽活性部分的核酸片段，可以克隆入合適的載體中，或用來(lái)分離核酸。該分離的核酸與合適的DNA接頭結(jié)合，并克隆入合適的載體中。
可以通過(guò)在可以特異性地測(cè)定所述基因或操縱子特定的基因產(chǎn)物的活性的條件下在細(xì)菌菌株中表達(dá)，確定特定基因或操縱子的功能。獲得，可以在表達(dá)菌株中大量產(chǎn)生基因產(chǎn)物，以用作抗原、工業(yè)試劑、用于結(jié)構(gòu)研究等。可以在缺失待測(cè)試基因活性的突變菌株中、或在不產(chǎn)生相同基因產(chǎn)物的菌株中完成該表達(dá)。這包括但不限于其它螺桿菌菌株、或諸如大腸桿菌、諾卡氏菌屬(Norcardia)、棒桿菌屬(Corynebacterium)、彎曲桿菌屬(Campylobacter)和鏈霉菌屬(Streptonmyces)菌種的其它細(xì)菌菌株。在某些情況下，表達(dá)宿主利用天然的螺桿菌啟動(dòng)子，而其它情況下，它對(duì)于用來(lái)自表達(dá)生物體的啟動(dòng)子序列驅(qū)動(dòng)該基因是必需的(例如大腸桿菌β-半乳糖苷酶啟動(dòng)子對(duì)于在大腸桿菌中表達(dá))。
為了用天然幽門螺桿菌啟動(dòng)子表達(dá)基因產(chǎn)物，可以使用諸如以下的方法。將含有目的基因的限制性片段與其結(jié)合的天然啟動(dòng)子元件和調(diào)節(jié)序列(用DNA序列數(shù)據(jù)鑒定)，一起克隆入合適的重組質(zhì)粒，該重組質(zhì)粒含有在宿主生物體中有功能的復(fù)制起點(diǎn)和一個(gè)合適的選擇標(biāo)記。這可以通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的多種方法完成。最優(yōu)選的是，這可以通過(guò)以下方法進(jìn)行，即通過(guò)用相同的限制性酶切割該質(zhì)粒和待克隆的片段，以產(chǎn)生可以將兩個(gè)片段連接在一起的相匹配的末端。通過(guò)例如電穿孔，將該重組質(zhì)粒引入該宿主生物體，并通過(guò)選擇該質(zhì)粒上的標(biāo)記，鑒別含有該重組質(zhì)粒的細(xì)胞。采用針對(duì)該基因產(chǎn)物特異的測(cè)定，檢測(cè)所需基因產(chǎn)物的表達(dá)。
在需要不同啟動(dòng)子的基因的情況下，特異性切割該基因體(編碼序列)，將其克隆入合適的表達(dá)質(zhì)粒中?？梢圆捎脦追N方法進(jìn)行該亞克隆，但最容易用以下方法完成，即通過(guò)PCR擴(kuò)增特定片段、并在用限制性酶或外切核酸酶處理以產(chǎn)生合適的用于克隆的末端后連接入表達(dá)質(zhì)粒中。
用于表達(dá)基因的合適的宿主細(xì)胞可以是原核細(xì)胞或真核細(xì)胞。例如，可以在諸如大腸桿菌的細(xì)菌細(xì)胞、昆蟲細(xì)胞(桿狀病毒)、酵母或諸如中國(guó)倉(cāng)鼠卵巢細(xì)胞(CHO)的哺乳動(dòng)物細(xì)胞中表達(dá)幽門螺桿菌多肽。其它合適的宿主細(xì)胞是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。
在諸如哺乳動(dòng)物、酵母或昆蟲細(xì)胞的真核細(xì)胞中的表達(dá)，可能導(dǎo)致重組肽產(chǎn)物的部分或完全糖基化和/或形成相關(guān)鏈間或鏈內(nèi)二硫鍵。在酵母釀酒酵母(S.cerivisae)中表達(dá)的載體實(shí)例包括pYepSecl(Baldari等，(1987)Embo J.6229-234)、pMFa(Kurjan和Herskowitz，(1982)Cell30933-943)、pJRY88(Schultz等，(1987)Gene54113-123)和pYES2(Unvitrogen Corporation，San Diego，CA)?？捎脕?lái)在培養(yǎng)的昆蟲細(xì)胞(SF 9細(xì)胞)中表達(dá)蛋白的桿狀病毒載體包括pAc系列(Smith等，(1983)Mol.Cell Biol.32156-2165)和pVL系列(Lucklow，V.A.和Summers，M.D.，(1989)Virology17031-39)。一般而言，COS細(xì)胞(Gluzman，Y.，(1981)Cell23175-182)與諸如pCDM 8(Aruffo，A.和Seed，B.，(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA848573-8577)的載體結(jié)合使用，以在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中進(jìn)行瞬時(shí)擴(kuò)增/表達(dá)，而CHO(dhfrChineseHamsterOvary)細(xì)胞與諸如pMT2PC(Kaufman等(1987)，EMBO J.6187-195)一起使用，用于在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中進(jìn)行穩(wěn)定擴(kuò)增/表達(dá)。可以通過(guò)常規(guī)技術(shù)，諸如磷酸鈣或氯化鈣共沉淀、DEAE-葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染或電穿孔，將載體DNA引入哺乳動(dòng)物細(xì)胞中。合適的轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞的方法可以參見(jiàn)Sambrook等(Molecular CloningA Laboratory Manual，第2版，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989))和其它實(shí)驗(yàn)教科書。
在原核生物中的表達(dá)最常在大腸桿菌中用或者融合或者非融合誘導(dǎo)型表達(dá)載體進(jìn)行。融合載體通常將大量NH2末端氨基酸加入表達(dá)的靶基因。這些NH2末端氨基酸通常稱為報(bào)道基團(tuán)。這類報(bào)道基團(tuán)通常用于兩個(gè)目的1)為了提高靶重組蛋白的溶解性；和2)有助于通過(guò)用作親和純化中的配體而純化靶重組蛋白。通常，在融合表達(dá)載體中，在該報(bào)道基團(tuán)和靶重組蛋白的接點(diǎn)引入蛋白水解切割位點(diǎn)，以能夠在純化融合蛋白后從該報(bào)道基團(tuán)分離靶重組蛋白。這類酶及其相關(guān)識(shí)別序列包括因子X(jué)a、凝血酶和腸激酶。典型的融合表達(dá)載體包括pGEX(Amrad Corp.，Melbourne，澳大利亞)、pMAL(New EnglandBiolabs，Beverly，MA)和pRIT5(Pharmacia，Piscataway，NJ)，它們分別將谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶、麥芽糖E結(jié)合蛋白或蛋白A融合于靶重組蛋白。優(yōu)選的報(bào)道基團(tuán)是poly(His)，它可以融合于該蛋白的氨基末端或羧基末端，并使得重組融合蛋白容易通過(guò)金屬螯合層析純化。
誘導(dǎo)型非融合表達(dá)載體包括pTrc(Amann等，(1988)Gene69301-315)和pET11d(Studier等，Gene Expression TechnologyMethods inEnzymology185，Academic Press，San Diego，California(1990)60-89)。靶基因表達(dá)依賴于宿主RNA聚合酶從pTrc中的雜種trp-lac融合啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄，而插入pET11d中的靶基因的表達(dá)依賴于共表達(dá)的病毒RNA聚合酶(T7 gn1)介導(dǎo)的從T7 gn 10-lac 0融合啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄。該病毒聚合酶由宿主菌株BL21(DE3)或HMS174(DE3)，從帶有在lacUV 5啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄控制下的T7 gn1的停留(resident)λ前噬菌體供應(yīng)。
例如，用指導(dǎo)編碼幽門螺桿菌多肽的核苷酸序列表達(dá)的核酸載體轉(zhuǎn)染的宿主細(xì)胞，可以在合適的條件下培養(yǎng)，以使得發(fā)生該多肽的表達(dá)?？梢苑置谠摱嚯?，并從細(xì)胞和含該肽的培養(yǎng)基的混合物中分離該多肽?；蛘?，該多肽可以保留在胞質(zhì)中，收獲細(xì)胞、將其裂解并分離蛋白。細(xì)胞培養(yǎng)物包括宿主細(xì)胞、培養(yǎng)基和其它副產(chǎn)物。適用于細(xì)胞培養(yǎng)的培養(yǎng)基是本領(lǐng)域熟知的?？梢杂眉兓鞍最I(lǐng)域已知的技術(shù)，包括離子交換層析、凝膠過(guò)濾層析、超濾、電泳和用這類多肽特異性抗體的免疫親和純化，從細(xì)胞培養(yǎng)基、宿主細(xì)胞或在這兩者中分離本發(fā)明的多肽。另外，在許多情況下，可以通過(guò)化學(xué)切割天然蛋白(例如胰蛋白酶消化)產(chǎn)生多肽，然后可以通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)純化切割產(chǎn)物。
在膜結(jié)合蛋白的情況下，這些蛋白可以如下從宿主細(xì)胞分離，即通過(guò)使膜結(jié)合蛋白部分與形成溶解的復(fù)合物的去垢劑接觸，這時(shí)所述膜結(jié)合蛋白不再完全包埋在膜部分中，至少在某些程度上溶解，這使得它可以從該膜部分中進(jìn)行層析分離。用幾種不同的標(biāo)準(zhǔn)選擇適于溶解這些復(fù)合物的去垢劑。例如，一個(gè)考慮的性質(zhì)是在該膜結(jié)合蛋白最少變性、使得該膜結(jié)合蛋白在該蛋白重建時(shí)恢復(fù)活性或功能性的情況下，該去垢劑溶解該幽門螺桿菌蛋白的能力。選擇去垢劑時(shí)考慮的另一性質(zhì)是該去垢劑的關(guān)鍵的微團(tuán)濃度，因?yàn)檫x擇的去垢劑最好具有高CMC值，以使得在重建后易于除去。選擇去垢劑時(shí)考慮的第三個(gè)性質(zhì)是該去垢劑的疏水性。通常，膜結(jié)合蛋白的疏水性非常強(qiáng)，因此也是疏水性的去垢劑(例如triton系列)對(duì)于溶解疏水性蛋白是有用的。對(duì)于去垢劑重要的另一性質(zhì)可能是該去垢劑以最小蛋白-蛋白相互作用除去該幽門螺桿菌蛋白的能力，以便于進(jìn)一步純化。應(yīng)該考慮的該去垢劑的第五個(gè)性質(zhì)是該去垢劑的電荷。例如，如果在純化過(guò)程中需要使用離子交換樹(shù)脂，則去垢劑最好為不帶電荷的去垢劑?？梢杂糜谧詈蠹兓襟E的層析技術(shù)是本領(lǐng)域已知的，包括疏水性相互作用層析、凝集素親和層析、離子交換層析、染料親和層析和免疫親和層析。
使重組幽門螺桿菌肽在大腸桿菌中的表達(dá)最大化的一個(gè)策略，是在蛋白水解切割該重組蛋白的能力受損的宿主細(xì)菌中表達(dá)該蛋白(Gottesman，S.，Gene Expression TechnologyMethods in Enzymeology185，Academic Press，San Diego，California(1990)119-128)。另一策略是改變待插入表達(dá)載體、編碼幽門螺桿菌多肽的核酸，使得每個(gè)氨基酸的各個(gè)密碼子是在高度表達(dá)的大腸桿菌蛋白中優(yōu)先使用的密碼子(Wada等，(1992)Nuc.Acids Res.202111-2118)。本發(fā)明核酸的這類改變可以用標(biāo)準(zhǔn)DNA合成技術(shù)進(jìn)行。
本發(fā)明核酸也可以采用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)化學(xué)合成。化學(xué)合成多聚脫氧核苷酸的各個(gè)方法是已知的，包括固相合成，它同肽合成一樣，已經(jīng)在市售DNA合成儀中完全自動(dòng)進(jìn)行(參見(jiàn)例如Itakura等，美國(guó)專利第4,598,049號(hào)；Caruthers等的美國(guó)專利第4,458,066號(hào)；和Itakura的美國(guó)專利第4,401,796號(hào)和第4,373,071號(hào)，它們通過(guò)引用結(jié)合到本文中)。III.幽門螺桿菌多肽本發(fā)明包括由公開(kāi)的幽門螺桿菌基因組序列編碼的分離的幽門螺桿菌多肽，包括序列表中含有的本發(fā)明多肽。本發(fā)明多肽最好長(zhǎng)至少5個(gè)氨基酸殘基。采用本文提供的DNA序列信息，可以采用本領(lǐng)域熟知的方法，推導(dǎo)出本發(fā)明包括的多肽的氨基酸序列。應(yīng)該理解，可以分離編碼幽門螺桿菌多肽的完整核酸序列，并根據(jù)僅編碼相關(guān)蛋白編碼區(qū)的片段的ORF進(jìn)行鑒定。這可以例如通過(guò)采用分離的編碼該ORF的核酸或其片段完成，以引發(fā)用幽門螺桿菌基因組DNA作為模板的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)；然后序列分析擴(kuò)增的產(chǎn)物。
可以從野生型或突變型幽門螺桿菌細(xì)胞或從已經(jīng)引入并表達(dá)幽門螺桿菌核酸的異源生物或細(xì)胞(包括但不限于細(xì)菌、酵母、昆蟲、植物和哺乳動(dòng)物細(xì)胞)分離本發(fā)明的多肽。此外，該多肽可以是部分重組融合蛋白。
可以采用諸如本文參考的工業(yè)自動(dòng)方法，化學(xué)合成本發(fā)明的幽門螺桿菌多肽。
本發(fā)明的幽門螺桿菌多肽也將包括本文所述的嵌合蛋白和截短的蛋白。嵌合幽門螺桿菌蛋白幽門螺桿菌嵌合多肽包含一種或多種融合在一起的幽門螺桿菌多肽?？梢酝ㄟ^(guò)將兩種或多種基因、或兩種或多種多肽編碼序列、或至少一種基因和至少一種多肽編碼序列串聯(lián)組合，制備這些組合的序列，隨后通過(guò)常規(guī)分子生物學(xué)技術(shù)表達(dá)這些編碼的蛋白。所述組合的核苷酸序列可以包含或者全長(zhǎng)幽門螺桿菌核苷酸或這類序列的片段(例如含有所編碼的幽門螺桿菌蛋白的免疫學(xué)相關(guān)部分的片段)的組合。則這些嵌合幽門螺桿菌蛋白具有每個(gè)單獨(dú)的幽門螺桿菌蛋白序列的聯(lián)合疫苗或協(xié)同疫苗的潛力，并且可以用于本發(fā)明的疫苗制劑中。截短的基因表達(dá)和蛋白產(chǎn)生由給定核苷酸序列編碼的幽門螺桿菌蛋白也可以以生物活性截短的形式使用。可以例如通過(guò)消除編碼核苷酸序列的或者5’和/或3’區(qū)，產(chǎn)生這類截短物。這類截短物可能影響所述編碼蛋白的重組表達(dá)和/或該蛋白隨后的純化。例如，截短編碼特定蛋白的預(yù)測(cè)輸出序列的核苷酸序列，可以改變?cè)摰鞍椎谋磉_(dá)?；蛘?，通過(guò)消除核酸編碼區(qū)的3’端截短幽門螺桿菌多肽的C末端，也可以提高蛋白表達(dá)和隨后的純化和使用，這些在以下實(shí)施例VIII中概述。編碼內(nèi)部幽門螺桿菌蛋白區(qū)的核酸區(qū)的缺失，也可以導(dǎo)致增加的蛋白表達(dá)、純化和/或作為疫苗候選物的效力。IV.編碼疫苗組分的核酸和有效抗幽門螺桿菌的因子的靶的鑒定公開(kāi)的幽門螺桿菌基因組序列包括指導(dǎo)核糖核酸和多肽合成的區(qū)段以及復(fù)制起點(diǎn)、啟動(dòng)子、其它類型的調(diào)節(jié)序列和基因間核酸。本發(fā)明包括編碼疫苗的免疫原性組分的核酸和有效抗幽門螺桿菌的因子的靶。用種種方法可以完成參與確定公開(kāi)序列功能的免疫原性組分的鑒定。以下簡(jiǎn)述這些方法的非限制性實(shí)施例。
與已知序列的同源性公開(kāi)的幽門螺桿菌序列與公眾可利用的數(shù)據(jù)庫(kù)中存在的先前報(bào)道的序列的計(jì)算機(jī)輔助比較，可用來(lái)鑒定功能性幽門螺桿菌核酸序列和多肽序列。應(yīng)該理解，蛋白編碼序列例如可以作為整體進(jìn)行比較，兩種蛋白之間在氨基酸水平的高度同源性(諸如＞80-90％)，表明這兩種蛋白也具有某些程度的功能同源性，諸如在參與新陳代謝、DNA合成或細(xì)胞壁合成中的酶和參與轉(zhuǎn)運(yùn)、細(xì)胞分裂等的蛋白中。另外，已經(jīng)鑒定了特定蛋白類別的許多結(jié)構(gòu)特征，并將其與特定的共有序列相聯(lián)系，所述共有序列諸如核苷酸、DNA、金屬離子和其它小分子的結(jié)合域；諸如磷酸化、酰化等的共價(jià)修飾位點(diǎn)；蛋白蛋白相互作用位點(diǎn)等。這些共有序列可以相當(dāng)短，因此可以僅代表完整蛋白編碼序列的一部分。因此，在一種幽門螺桿菌多肽中這一特征的鑒定可用來(lái)確定所編碼蛋白的功能，并鑒定有用的抗菌藥的靶。
與本發(fā)明特別相關(guān)的是分泌蛋白、跨膜蛋白和表面蛋白所共有的結(jié)構(gòu)特征，包括分泌信號(hào)肽和疏水性跨膜域。鑒定為含有推定信號(hào)序列和/或跨膜域的幽門螺桿菌蛋白可用作疫苗的免疫原性組分。
必需基因的鑒定編碼幽門螺桿菌生長(zhǎng)和生存所必需的蛋白的核酸是優(yōu)選的藥物靶。可以采用相關(guān)領(lǐng)域技術(shù)人員已知的技術(shù)，通過(guò)檢查缺失和/或中斷基因(即通過(guò)所謂的基因“失效(knockout)”)的效應(yīng)，測(cè)試幽門螺桿菌基因與該生物的生物相關(guān)性?？梢砸赃@種方式鑒定必需基因。
菌株特異性序列由于不同幽門螺桿菌菌株之間的進(jìn)化關(guān)系，相信本文公開(kāi)的幽門螺桿菌序列可用來(lái)鑒定和/或分辨先前已知的和新的幽門螺桿菌菌株。相信其它幽門螺桿菌菌株與本文公開(kāi)的序列將表現(xiàn)出至少70％的序列同源性。得自含幽門螺桿菌菌株樣品的DNA序列的系統(tǒng)分析和常規(guī)分析、以及與本發(fā)明序列的比較，使得可以鑒定可以用來(lái)鑒別菌株的序列以及所有幽門螺桿菌菌株所共有的序列。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供鑒別不同幽門螺桿菌菌株的核酸(包括探針)和肽和多肽序列。菌株特異性組分也可以通過(guò)它們誘出或與選擇性識(shí)別一種或多種幽門螺桿菌菌株的抗體反應(yīng)的能力而進(jìn)行功能鑒定。
在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明提供所有幽門螺桿菌菌株所共有、但在其它細(xì)菌菌種中未發(fā)現(xiàn)的核酸(包括探針)以及肽和多肽序列。具體實(shí)施例測(cè)定用于抗體和疫苗開(kāi)發(fā)的候選蛋白抗原用于疫苗開(kāi)發(fā)的候選蛋白抗原的選擇可以來(lái)自編碼幽門螺桿菌多肽的核酸。首先，可以分析該ORF與其它已知輸出蛋白或跨膜蛋白的同源性，采用Klein等(Klein，P.，Kanehsia，M.和DeLisi，C.(1985)Biochimica et Biophysica Acta 815，468-476)所述的判別分析進(jìn)行分析，以預(yù)測(cè)輸出蛋白和跨膜蛋白。
可以采用Wisconsin序列分析軟件包(Genetics Computer Group，University Research Park，575 Science Drive，Madison，WI 53711)中含有BLAST算法，將每個(gè)預(yù)測(cè)的ORF的氨基酸序列與當(dāng)前GenBank、SWISS-PROT和PIR數(shù)據(jù)庫(kù)中發(fā)現(xiàn)的所有序列比較，進(jìn)行同源性檢索。BLAST檢索該ORF和數(shù)據(jù)庫(kù)序列之間的局部序列對(duì)比，并報(bào)告一個(gè)可能性得分，表明在該數(shù)據(jù)庫(kù)中偶然發(fā)現(xiàn)該序列的可能性。與膜蛋白或輸出蛋白具有顯著同源性(例如同源性僅由于隨機(jī)機(jī)遇的可能性低于1×10-6)的ORF代表用于疫苗開(kāi)發(fā)的蛋白抗原。根據(jù)與其它生物中克隆的基因的序列同源性，可以將可能的功能提供給幽門螺桿菌基因。
判別分析(Klein等，見(jiàn)上文)可以用來(lái)檢查所述ORF的氨基酸序列。該算法使用ORF氨基酸序列中含有的特有信息，并將其與得自已知膜蛋白和輸出蛋白的性質(zhì)的信息進(jìn)行比較。這種比較預(yù)測(cè)哪些蛋白將為輸出蛋白、膜相關(guān)蛋白或胞質(zhì)蛋白。由該算法鑒別為輸出的或膜相關(guān)的OFR氨基酸序列可能是用于疫苗開(kāi)發(fā)的蛋白抗原。
表面暴露的外膜蛋白可能代表提供對(duì)幽門螺桿菌的保護(hù)性免疫應(yīng)答的最佳抗原。在可以用來(lái)協(xié)助預(yù)測(cè)這些外膜蛋白的算法中，包括在其C末端存在兩親性β-折疊區(qū)。已經(jīng)在革蘭氏陰性菌的大量外膜蛋白中檢測(cè)的該區(qū)，通常特征為大約于C末端的1、3、5、7和9位的疏水性殘基(Phe或Tyr)。重要的是，這些序列尚未在周質(zhì)蛋白的C末端檢測(cè)到，因此提供基于一級(jí)序列數(shù)據(jù)的這些蛋白類別之間的初步區(qū)別。Struyve等(J.Mol.Bio.218141-148，1991)先前已經(jīng)報(bào)道了該現(xiàn)象。
圖1也描述了在幽門螺桿菌的許多外膜蛋白中發(fā)現(xiàn)的另外的氨基酸序列基元。圖1中的氨基酸序列對(duì)比描述了有其氨基酸序列識(shí)別號(hào)標(biāo)記的5種幽門螺桿菌蛋白序列的部分，從左至右顯示N末端至C末端。發(fā)現(xiàn)6個(gè)區(qū)別框(標(biāo)記A-F)的相似氨基酸殘基，包括常常發(fā)現(xiàn)于外膜蛋白C末端附近位置的特殊疏水性殘基(Phe或Tyr；根據(jù)氨基酸殘基的單字母密碼為F或Y)。幾種共享基元的存在清楚地確立了該組蛋白成員之間的相似性。
另外，從幽門螺桿菌分離的外膜蛋白常常共享成熟N末端(即加工除去分泌信號(hào)后)附近的一個(gè)基元，如在圖2的框注氨基酸殘基中描述的。圖2描述了3種幽門螺桿菌蛋白的N末端部分(由其氨基酸序列識(shí)別號(hào)標(biāo)示，并從左至右顯示N末端至C末端)。
本領(lǐng)域技術(shù)人員已知，這些共享的序列基元是非常重要的，并確立了該組蛋白中的相似性。
很少不可能辨別該核酸序列中給定位置的多個(gè)可能的核苷酸。在那些情況下，如下通過(guò)擴(kuò)增的字母表示這些不確定性(ambiguity)這些是法定的IUPAC-IUB單字母堿基密碼密碼 堿基描述G鳥嘌呤A腺嘌呤T胸腺嘧啶C胞嘧啶R嘌呤 (A或G)Y嘧啶 (C或T或U)M氨基 (A或C)K酮(G或T)S強(qiáng)相互作用(C或G)W弱相互作用(A或T)H非G (A或C或T)B非A (C或G或T)V非T(非U) (A或C或G)D非C (A或G或T)N任一種(A或C或G或T)本發(fā)明的氨基酸翻譯通過(guò)將多義密碼子翻譯為字母“X”，說(shuō)明核酸序列中的不確定性。在所有情況下，根據(jù)基于標(biāo)準(zhǔn)遺傳密碼子的核酸序列的檢查，在一位置上的允許氨基酸殘基是清楚的。V.幽門螺桿菌核酸和多肽的片段和類似物的產(chǎn)生根據(jù)序列表中提供的本發(fā)明的幽門螺桿菌基因產(chǎn)物的發(fā)現(xiàn)，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以例如通過(guò)產(chǎn)生片段或類似物，改變公開(kāi)的結(jié)構(gòu)(幽門螺桿菌基因的結(jié)構(gòu))，并測(cè)試所述新產(chǎn)生的結(jié)構(gòu)的活性。下面討論相關(guān)領(lǐng)域技術(shù)人員已知允許產(chǎn)生并測(cè)試片段和類似物的技術(shù)的實(shí)施例。這些方法或類似方法可以用來(lái)制備多肽文庫(kù)，例如隨機(jī)肽文庫(kù)或細(xì)胞蛋白的片段或類似物文庫(kù)，并根據(jù)其結(jié)合幽門螺桿菌多肽的能力進(jìn)行篩選。這類篩選用來(lái)鑒定幽門螺桿菌的抑制劑。片段的產(chǎn)生可以以幾種方式，例如重組、蛋白水解消化或化學(xué)合成，產(chǎn)生蛋白的片段。可以通過(guò)除去編碼該多肽的核酸一端(用于末端片段)或兩端(用于內(nèi)部片段)，產(chǎn)生多肽的內(nèi)部片段或末端片段。誘變的DNA的表達(dá)產(chǎn)生多肽片段。用“末端一點(diǎn)一點(diǎn)地切下”的內(nèi)切核酸酶消化由此可以產(chǎn)生編碼一系列片段的DNA。編碼蛋白片段的DNA也可以通過(guò)隨機(jī)剪切、限制性消化或上述方法的組合而產(chǎn)生。
也可以采用本領(lǐng)域已知的技術(shù)，諸如常規(guī)Merrifield固相F-Moc或t-Boc化學(xué)法，化學(xué)合成片段。例如，可以將本發(fā)明的肽任意分為沒(méi)有片段重疊的所需長(zhǎng)度的片段，或分為所需長(zhǎng)度的重疊片段。核酸和多肽的改變隨機(jī)方法可以通過(guò)隨機(jī)誘變編碼蛋白或蛋白特定域或特定區(qū)的DNA，制備蛋白的氨基酸序列變異體。有用的方法包括PCR誘變和飽和誘變(saturation mutagenesis)。也可以通過(guò)合成一組簡(jiǎn)并寡核苷酸序列，產(chǎn)生隨機(jī)氨基酸序列變異體文庫(kù)。(篩選變異體文庫(kù)中的蛋白的方法在本文其它地方)。
(A)PCR誘變?cè)赑CR誘變中，可以用減低的Taq聚合酶保真度將隨機(jī)突變引入DNA的克隆片段中(Leung等，1989，Technique 111-15)。采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)，在降低Taq DNA聚合酶DNA合成的保真度的條件下，例如通過(guò)采用dGTP/dATP之比為5并將Mn2+加入PCR反應(yīng)中，擴(kuò)增待誘變的DNA區(qū)。將擴(kuò)增的DNA片段庫(kù)插入合適的克隆載體中，以提供隨機(jī)突變體文庫(kù)。
(B)飽和誘變飽和誘變?cè)试S將大量的單堿基置換快速引入克隆的DNA片段中(Mayers等，1985，Science 229242)。該技術(shù)包括例如通過(guò)體外化學(xué)處理或輻射單鏈DNA產(chǎn)生突變，并合成互補(bǔ)DNA鏈?？梢酝ㄟ^(guò)調(diào)節(jié)處理強(qiáng)度調(diào)節(jié)突變頻率，可以獲得基本上所有可能的堿基置換。因?yàn)樵摲椒ú簧婕巴蛔凅w片段的遺傳選擇，所以獲得中性置換以及改變功能的置換。點(diǎn)突變的分布不偏向保守序列基元。
(C)簡(jiǎn)并寡核苷酸也可以由一組簡(jiǎn)并寡核苷酸序列產(chǎn)生同源物(homolog)文庫(kù)?？梢栽谧詣?dòng)DNA合成儀中進(jìn)行簡(jiǎn)并序列的化學(xué)合成，然后將合成的基因連接入合適的表達(dá)載體。簡(jiǎn)并寡核苷酸的合成是本領(lǐng)域已知的(參見(jiàn)例如Narang，SA(1983)Tetrahedron 393；Itakura等(1981)Recombinant DNA，Proc 3rd Cleveland Sympos.Macromolecules，編輯AG Walton，AmsterdanElsevier第273-289頁(yè)；Itakura等(1984)Annu.Rev.Biochem.53323；Itakura等(1984)Science 1981056；Ike等(1983)Nucleic acidRes.11477)。這類技術(shù)已經(jīng)用于其它蛋白的定向進(jìn)化(參見(jiàn)例如Scott等(1990)Science 249386-390；Roberts等(1992)PNAS 892429-2433；Devlin等(1990)Science 249404-406；Cwirla等(1990)PNAS 876378-6382；以及美國(guó)專利第5,223,409號(hào)、第5,198,346號(hào)和第5,096,815號(hào))。核酸和多肽的改變定向誘變的方法非隨機(jī)誘變或定向誘變的技術(shù)可以用來(lái)提供特定的序列或特定區(qū)中的突變。這些技術(shù)可以用來(lái)產(chǎn)生變異體，包括例如蛋白的已知氨基酸序列殘基的缺失、插入或取代?？梢酝ㄟ^(guò)以下步驟單獨(dú)或系列修飾突變位置(1)用保守氨基酸取代第一個(gè)氨基酸，然后根據(jù)所得到的結(jié)果用多種基團(tuán)選擇進(jìn)行取代，(2)缺失靶殘基，或(3)將同一類或不同類的殘基插入鄰近定位位置，或選擇1-3的組合。
(A)丙氨酸掃描誘變丙氨酸掃描誘變是一種有用的方法，用來(lái)鑒別所需蛋白誘變的優(yōu)選位置或域的某些殘基或某些區(qū)，Cummingham和Wells(Science 2441081-1085，1989)。在丙氨酸掃描中，鑒別一個(gè)殘基或一組靶殘基(例如帶電荷殘基，諸如Arg、Asp、His、Lys和Glu)，并用一種中性或帶負(fù)電氨基酸(最優(yōu)選丙氨酸或多丙氨酸)取代。氨基酸的取代可以影響所述氨基酸與細(xì)胞內(nèi)或外的周圍水性環(huán)境的相互作用。然后，通過(guò)將另外的或其它變異體引入取代位點(diǎn)，精制表現(xiàn)出對(duì)取代的功能敏感性的那些域。困此，當(dāng)預(yù)定引入氨基酸序列突變的位點(diǎn)時(shí)，不必預(yù)定突變本身的性質(zhì)。例如，為了優(yōu)化給定位點(diǎn)的突變表現(xiàn)，可以于靶密碼子或靶區(qū)進(jìn)行丙氨酸掃描或隨機(jī)誘變，根據(jù)所需活性的最佳組合，篩選表達(dá)所需蛋白亞基的變異體。
(B)寡核苷酸介導(dǎo)的誘變寡核苷酸介導(dǎo)的誘變是一種有用的方法，用來(lái)制備DNA的置換、缺失和插入變異體，參見(jiàn)例如Adelman等，(DNA 2183，1983)。簡(jiǎn)而言之，通過(guò)將編碼一種突變的寡核苷酸與DNA模板雜交，從而改變所需DNA，在此模板為單鏈形式含有所需蛋白的未改變或天然DNA序列的質(zhì)?；蚴删w。雜交后，用DNA聚合酶合成完整的模板第二條互補(bǔ)鏈，這將由此摻入寡核苷酸引物，并將編碼所需蛋白的DNA中選定的改變。通常使用至少長(zhǎng)25個(gè)核苷酸的寡核苷酸。最適寡核苷酸具有12-15個(gè)核苷酸，該寡核苷酸與模板編碼該突變的任一端完全互補(bǔ)。這確保該寡核苷酸將正確地與單鏈DNA模板分子雜交。采用本領(lǐng)域已知的技術(shù)，諸如Crea等所述技術(shù)(Proc.Natl.Acad.Sci.USA，755765)，容易合成所述寡核苷酸。
(C)盒式誘變制備變異體的另一方法盒式誘變基于Wells等所述的技術(shù)(Gene，34315)。原材料為包括待突變蛋白亞基DNA的質(zhì)粒(或其它載體)。鑒定待突變的蛋白亞基DNA中的密碼子。在鑒定的突變位點(diǎn)的每一端必須有獨(dú)特的限制性內(nèi)切核酸酶位點(diǎn)。如果不存在這類限制性位點(diǎn)，則可以采用上述寡核苷酸介導(dǎo)的誘變方法產(chǎn)生這類限制性位點(diǎn)，以將這些限制性位點(diǎn)引入所需蛋白亞基DNA中的合適位置。將限制性位點(diǎn)引入質(zhì)粒后，在這些位點(diǎn)切割該質(zhì)粒，以使其線性化。采用標(biāo)準(zhǔn)方法，合成編碼限制性位點(diǎn)之間的DNA序列、但不含有所需突變的雙鏈寡核苷酸。獨(dú)立合成兩條鏈，然后用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)將其雜交在一起。該雙鏈寡核苷酸稱為盒。設(shè)計(jì)該盒，使其具有與該線性化質(zhì)粒末端相匹配的3’和5’末端，使得它可以直接與該質(zhì)粒連接。該質(zhì)?，F(xiàn)在含有突變的所需蛋白亞基的DNA序列。
(D)聯(lián)合誘變(combinatorial mutagenesis)也可以用聯(lián)合誘變產(chǎn)生突變體(Ladner等，Wo 88/06630)。在該方法中，對(duì)比一組同源物或其它相關(guān)蛋白的氨基酸序列，最好以有利于可能的最高同源性?？梢赃x擇出現(xiàn)在對(duì)比序列給定位置的所有氨基酸，以產(chǎn)生一套簡(jiǎn)并組合序列。通過(guò)核酸水平的聯(lián)合誘變，產(chǎn)生變異體的花斑文庫(kù)(Variegated library)，并由花斑基因文庫(kù)編碼。例如，可以將合成寡核苷酸的混合物酶促連接入基因序列，使得該套簡(jiǎn)并潛在序列可以作為單個(gè)肽表達(dá)，或者作為一套更大的含有該套簡(jiǎn)并序列的融合蛋白表達(dá)。幽門螺桿菌核酸和多肽的其它修飾對(duì)于諸如提高溶解度、增強(qiáng)穩(wěn)定性(例如體外儲(chǔ)存期限和對(duì)體內(nèi)蛋白水解降解的抗性)的目的，修飾幽門螺桿菌多肽的結(jié)構(gòu)是合理的?？梢援a(chǎn)生修飾的幽門螺桿菌蛋白或肽，在這些蛋白或肽中，其氨基酸序列已經(jīng)例如通過(guò)上述的氨基酸取代、缺失或插入而改變。
也可以通過(guò)用丙氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、亮氨酸或谷氨酸殘基取代半胱氨酸殘基，修飾幽門螺桿菌肽，以便通過(guò)二硫鍵的二聚化最小化。另外，可以化學(xué)修飾本發(fā)明蛋白片段的氨基酸側(cè)鏈。另一修飾是肽的環(huán)化。
為了增強(qiáng)穩(wěn)定性和/或反應(yīng)性，可以修飾幽門螺桿菌多肽，以在該蛋白的氨基酸序列中加入導(dǎo)致中性等位基因突變的一種或多種多態(tài)性。另外，可以置換或加入D-氨基酸、非天然氨基酸或非氨基酸類似物，以產(chǎn)生本發(fā)明范圍內(nèi)的修飾蛋白。此外，可以按照A.Sehon及其同事(Wie等，見(jiàn)上文)的方法，采用聚乙二醇(PEG)修飾幽門螺桿菌多肽，以產(chǎn)生與PEG綴合的蛋白。另外，PEG可以在該蛋白化學(xué)合成中加入。幽門螺桿菌蛋白的其它修飾包括還原/烷基化(Tarr，Mehtods ofProtein Microcharacterization，J.E.Silver編輯，Humana Press，Clifton NJ155-194(1986))；?；?Tarr，見(jiàn)上述)；與合適載體化學(xué)偶聯(lián)(Mishell和Shiigi編輯，Selected Methods in Cellular Immunology，WH Freeman，SanFrancisco，CA(1980)，美國(guó)專利4,939,239；或溫和福爾馬林處理(Marsh，(1971)Int.Arch.of Allergy and Appl.Immunol.，41199-215)。
為了有利于純化和潛在性地提高幽門螺桿菌蛋白或肽的溶解性，將氨基酸融合部分加入肽骨架是合理的。例如，可以將六組氨酸加入蛋白中，以通過(guò)固定化金屬離子親和層析進(jìn)行純化(Hochuli，E.等，(1988)Bio/Technology，61321-1325)。另外，為了有利于分離不含非相關(guān)序列的肽，可以在融合部分和該肽序列之間引入特定的內(nèi)切蛋白酶切割位點(diǎn)。
為了潛在性地有助于幽門螺桿菌多肽中正確的表位抗原加工，可以通過(guò)重組方法或合成方法，工程改造包含至少一個(gè)表位的各區(qū)之間規(guī)范的蛋白酶敏感位點(diǎn)。例如，在蛋白或片段的重組構(gòu)建期間，可以將諸如KK或RR的帶電荷的氨基酸對(duì)引入蛋白或片段內(nèi)各區(qū)之間。可以賦予產(chǎn)生的肽對(duì)組織蛋白酶和/或其它胰蛋白酶樣酶(這些酶將產(chǎn)生含有一個(gè)或多個(gè)表位的蛋白部分)切割的敏感性。另外，這類帶電荷的氨基酸殘基可以導(dǎo)致該肽的溶解性提高。篩選多肽和類似物的基本方法本領(lǐng)域已知篩選產(chǎn)生的突變基因產(chǎn)物的各種技術(shù)。篩選大基因文庫(kù)的技術(shù)通常包括將基因文庫(kù)克隆入復(fù)制型表達(dá)載體、用產(chǎn)生的載體文庫(kù)轉(zhuǎn)化合適的細(xì)胞和在檢測(cè)所需活性的條件下(例如，在該情況下，為結(jié)合幽門螺桿菌多肽或相互作用蛋白)表達(dá)所述基因，促進(jìn)相對(duì)容易的編碼檢測(cè)其產(chǎn)物的基因的載體的分離。下述的每種技術(shù)均適于篩選大量例如通過(guò)隨機(jī)誘變技術(shù)產(chǎn)生的序列的高通量分析。
(A)雙雜交系統(tǒng)諸如上述系統(tǒng)的雙雜交測(cè)定(正如本文所述的其它篩選方法一樣)可以用來(lái)鑒定多肽，例如天然產(chǎn)生的幽門螺桿菌多肽(例如細(xì)胞蛋白)或隨機(jī)產(chǎn)生的結(jié)合幽門螺桿菌蛋白的多肽的片段或類似物。(幽門螺桿菌域用作餌蛋白，變異體文庫(kù)作為魚融合蛋白表達(dá))。在類似的方式中，雙雜交測(cè)定(整正如本文所述的其它篩選方法一樣)可以用來(lái)發(fā)現(xiàn)結(jié)合幽門螺桿菌多肽的多肽。
(B)呈現(xiàn)文庫(kù)在篩選測(cè)定的一種方法中，候選肽呈現(xiàn)于細(xì)胞或病毒顆粒表面，在“淘選測(cè)定”中，測(cè)定特定細(xì)胞或病毒顆粒通過(guò)呈現(xiàn)的產(chǎn)物結(jié)合合適受體蛋白的能力。例如，該基因文庫(kù)可以克隆入細(xì)菌細(xì)胞表面膜蛋白的基因中，通過(guò)淘選測(cè)定產(chǎn)生的融合蛋白(Ladner等，WO 88/06630；Fuchs等(1991)Bio/Technology 91370-1371；和Goward等(1992)TIBS18136-140)?？梢砸韵嗨频姆绞绞褂每蓹z測(cè)標(biāo)記的配體，為潛在功能肽同源物評(píng)分。熒光標(biāo)記的配體(例如受體)可以用來(lái)檢測(cè)配體保留結(jié)合活性的同源物。使用熒光標(biāo)記配體，使得可在熒光顯微鏡下肉眼檢查并分離細(xì)胞，或者在細(xì)胞形態(tài)允許的情況下通過(guò)熒光激活細(xì)胞分選儀分離細(xì)胞。
基因文庫(kù)可以作為病毒顆粒表面上的融合蛋白表達(dá)。例如，在絲狀噬菌體系統(tǒng)中，外源肽序列可以在感染性噬菌體表面上表達(dá)，由此提供兩個(gè)顯著的益處。第一，由于這些噬菌體可以以大大超過(guò)1013噬菌體/ml的濃度用于親和基質(zhì)，因此可以一次篩選大量的噬菌體。第二，由于每個(gè)感染性噬菌體在其表面呈現(xiàn)一種基因產(chǎn)物，因此如果從親合基質(zhì)以低收率回收特定噬菌體，則可以通過(guò)另一輪感染擴(kuò)增該噬菌體。一組幾乎相同的大腸桿菌絲狀噬菌體M13、fd.和f1最常用于噬菌體呈現(xiàn)文庫(kù)。噬菌體gIII或gVIII被膜蛋白中的任一個(gè)可以用來(lái)產(chǎn)生融合蛋白，而不破壞最終的病毒顆粒的包裝。外源表位可以在pIII的NH2末端表達(dá)，并從大量過(guò)量的缺乏該表位的噬菌體中回收帶有該種類表位的噬菌體(Ladner等PCT公布WO 90/02909；Garrard等，PCR公布WO 92/09690；Marks等(1992)J.Biol.Chem.26716007-16010；Griffiths等(1993)EMBO J 12725-734；Clackson等(1991)Nature352624-628；和Barbas等(1992)PNAS 894457-4461)。
一種常用方法使用大腸桿菌的麥芽糖受體(外膜蛋白LamB)作為肽融合伴侶(Charbit等(1986)EMBO 5，3029-3037)。已經(jīng)將寡核苷酸插入編碼LamB基因的質(zhì)粒中，以產(chǎn)生融合入該蛋白一種胞外回環(huán)(loop)中的肽。可利用這些肽結(jié)合配體，例如結(jié)合抗體，并且當(dāng)將所述給予動(dòng)物時(shí)可以誘出免疫應(yīng)答。其它細(xì)胞表面蛋白，例如OmpA(Schorr等(1991)Vaccines 91，第387-392頁(yè))、PhoE(Agterberg等(1990)Gene 88，37-45)和PAL(Fuchs等(1991)Bio/Tech 9，1369-1372)，以及大的細(xì)菌表面結(jié)構(gòu)已經(jīng)用作肽呈現(xiàn)的載體?？梢詫㈦娜诤嫌诰鞍?，這是一種聚合形成細(xì)菌間交換遺傳信息的管道-菌毛的蛋白(Thiry等(1989)Appl.Environ.Microbiol.55，984-993)。由于菌毛在與其它細(xì)胞相互作用中的作用，它為將肽提呈給胞外環(huán)境提供有用的支持。用于肽呈現(xiàn)的另一大表面結(jié)構(gòu)是細(xì)菌的運(yùn)動(dòng)器官鞭毛。肽與亞基蛋白鞭毛的融合，提供在宿主細(xì)胞上許多肽拷貝的致密排列(Kuwajima等(1988)Bio/Tech.6，1080-1083)。其它細(xì)菌菌種的表面蛋白也已經(jīng)用作肽融合伴侶。實(shí)例包括葡萄球菌屬(Staphylococcus)蛋白A和奈瑟氏球菌屬(Neisseria)的外膜IgA蛋白酶(Hansson等(1992)J.Bacteriol.174，4239-4245和Klauser等(1990)EMBO J.9，1991-1999)。
在上述絲狀噬菌體系統(tǒng)和LamB系統(tǒng)中，由于其表面攜帶該肽的顆粒(細(xì)胞或噬菌體)內(nèi)含有編碼該肽的DNA，使該肽與該DNA之間發(fā)生物理上的聯(lián)系。捕獲該肽即捕獲所述顆粒和其中的DNA。另一方案使用DNA結(jié)合蛋白LacI，以形成肽和DNA之間的連接(Cull等(1992)PNAS USA 891865-1869)。該系統(tǒng)使用一種質(zhì)粒，該質(zhì)粒含有其3’端具有一個(gè)寡核苷酸克隆位點(diǎn)的LacI基因。在控制的阿拉伯糖誘導(dǎo)下，產(chǎn)生LacI肽融合蛋白。該融合體保留LacI結(jié)合短DNA序列(已知為L(zhǎng)acO操縱子(LacO))的能力。通過(guò)在表達(dá)載體上安裝兩個(gè)拷貝的LacO，LacI-肽融合體緊密地結(jié)合于其編碼質(zhì)粒。因?yàn)槊總€(gè)細(xì)胞中的質(zhì)粒僅含一個(gè)單個(gè)的寡核苷酸序列，并且每個(gè)細(xì)胞僅表達(dá)一個(gè)單個(gè)的肽序列，所以，所述肽變?yōu)樘禺愋缘夭⑶曳€(wěn)定地與指導(dǎo)其合成的DNA序列結(jié)合。溫和地裂解該文庫(kù)的細(xì)胞，并將肽-DNA復(fù)合物暴露于固定化受體基質(zhì)，以回收含有活性肽的復(fù)合物。結(jié)合的質(zhì)粒DNA然后再引入細(xì)胞中，以進(jìn)行擴(kuò)增并進(jìn)行DNA測(cè)序，以確定所述肽配體的身份。作為該方法實(shí)際用途的證明，制備大的十二肽的隨機(jī)文庫(kù)，并在產(chǎn)生的抗阿片樣肽強(qiáng)啡肽B的單克隆抗體上進(jìn)行選擇?；厥找唤M(cohort)肽，即所有因?qū)?yīng)于強(qiáng)啡肽B的六殘基部分的共有序列而相關(guān)的肽。(Cull等(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.89-1869)。
該方案有時(shí)稱為質(zhì)粒的肽，在兩個(gè)重要的方面不同于噬菌體呈現(xiàn)方法。第一，所述肽連接于該融合蛋白的C末端，導(dǎo)致該文庫(kù)成員作為具有游離羧基末端的肽呈現(xiàn)。兩種絲狀噬菌體被膜蛋白pIII和pVIII均通過(guò)其C末端錨定于該噬菌體，并且所述客肽(guest peptide)置入向外延伸的N末端域中。在某些設(shè)計(jì)中，噬菌體呈現(xiàn)的肽呈現(xiàn)在融合蛋白氨基末端的右邊。(Cwirla等(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.87，6378-6382)。第二個(gè)差異是影響文庫(kù)中實(shí)際存在的肽群體的一組生物學(xué)偏差(biological bias)。LacI融合分子限制在宿主細(xì)胞的胞質(zhì)中。在翻譯期間，所述噬菌體被膜融合體短暫地暴露于細(xì)胞，但迅速地通過(guò)內(nèi)膜分泌到周質(zhì)區(qū)室內(nèi)，通過(guò)其C末端疏水域保持錨定于質(zhì)膜內(nèi)，而含有所述肽的N末端突出到周質(zhì)中，同時(shí)等待裝配為噬菌體顆粒。LacI和噬菌體文庫(kù)中的肽由于它們暴露于不同的蛋白水解活性，因此可能顯著不同。噬菌體被膜蛋白需要跨內(nèi)膜轉(zhuǎn)運(yùn)和作為加入噬菌體序曲的信號(hào)肽酶加工。某些肽對(duì)這些加工施加有害的影響，并在文庫(kù)中代表性不足(Gallop等(1994)J.Med.Chem.37(9)1233-1251)。這些特定的傾向性不是LacI呈現(xiàn)系統(tǒng)中的因子。
重組隨機(jī)文庫(kù)中可利用的小肽數(shù)目是龐大的。通常制備107-109個(gè)獨(dú)立克隆的文庫(kù)。已經(jīng)產(chǎn)生了大至1011個(gè)重組體的文庫(kù)，但這種大小接近克隆文庫(kù)的實(shí)際極限。文庫(kù)大小的這種限制在含有隨機(jī)化區(qū)段的DNA轉(zhuǎn)化入宿主細(xì)菌細(xì)胞的步驟時(shí)發(fā)生。為了避開(kāi)這種限制，最近已經(jīng)開(kāi)發(fā)出一種基于多核糖體復(fù)合物中新生肽呈現(xiàn)的體外系統(tǒng)。該呈現(xiàn)文庫(kù)方法具有產(chǎn)生比目前可獲得的噬菌體/噬菌粒文庫(kù)或質(zhì)粒文庫(kù)高3-6個(gè)數(shù)量級(jí)的文庫(kù)。此外，所述文庫(kù)的構(gòu)建、肽的表達(dá)和篩選以完全無(wú)細(xì)胞形式進(jìn)行。
在該方法的一個(gè)應(yīng)用中(Gallop等(1994)J.Med.Chem.37(9)1233-1251)，構(gòu)建了編碼1012種十肽的分子DNA文庫(kù)，該文庫(kù)在大腸桿菌S30體外偶聯(lián)轉(zhuǎn)錄/翻譯系統(tǒng)中表達(dá)。選擇條件，以將核糖體安裝在mRNA上，使得大比例的RNA在多核糖體中積累，并產(chǎn)生含仍連接于其編碼RNA的新生肽的復(fù)合物。所述多核糖體強(qiáng)壯得足以以同篩選更常規(guī)的重組肽呈現(xiàn)文庫(kù)幾乎相同方式，在固定化受體上進(jìn)行親和純化。結(jié)合復(fù)合物的RNA可以回、轉(zhuǎn)化成cDNA、用PCR擴(kuò)增產(chǎn)生下一輪合成和篩選的模板。多核糖體呈現(xiàn)方法可以與噬菌體呈現(xiàn)系統(tǒng)偶聯(lián)。在幾輪篩選后，將來(lái)自富含多核糖體庫(kù)的cDNA克隆入噬菌粒載體。該載體既用作肽表達(dá)載體呈現(xiàn)融合至被膜蛋白的肽，又用作肽鑒定的DNA測(cè)序載體。通過(guò)在噬菌體表達(dá)多核糖體衍生肽，可以繼續(xù)該形式的親和選擇步驟，或在各個(gè)克隆上分析所述肽在噬菌體ELISA中的結(jié)合活性、或分析其在完全噬菌體ELISA(Barret等(1992)Anal.Biochem 204，357-364)中的結(jié)合特異性。為了鑒定所述活性肽的序列，人們可以對(duì)噬菌粒宿主產(chǎn)生的DNA進(jìn)行測(cè)序。多肽和類似物的第二次篩選在上述高通量測(cè)定后，可以進(jìn)行第二次篩選，以便進(jìn)一步鑒別生物活性，這使得本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠區(qū)別激動(dòng)劑和拮抗劑。所用的第二次篩選的類型將取決于需要測(cè)試的所需活性。例如，可以開(kāi)發(fā)一種測(cè)定，其中抑制目的蛋白及其各自配體之間相互作用的能力，可以用來(lái)從一組通過(guò)上述第一次篩選分離的肽片段鑒別拮抗劑。
因此，產(chǎn)生片段和類似物并測(cè)試它們的活性的方法是本領(lǐng)域已知的。一旦鑒別出目的核心序列，則獲得類似物和片段對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是常規(guī)技術(shù)。幽門螺桿菌多肽的肽模擬物本發(fā)明也提供主題幽門螺桿菌多肽的蛋白結(jié)合域的還原，以產(chǎn)生模擬物，例如肽因子或非肽因子。所述肽模擬物例如在幽門螺桿菌多肽結(jié)合天然產(chǎn)生的配體的情況下，能夠破壞多肽與其反配體的結(jié)合?？梢源_定主題幽門螺桿菌多肽參與多肽分子識(shí)別的關(guān)鍵殘基，并將其用來(lái)產(chǎn)生幽門螺桿菌衍生的競(jìng)爭(zhēng)性或非競(jìng)爭(zhēng)性抑制該幽門螺桿菌多肽與互作多肽結(jié)合的肽模擬物(參見(jiàn)例如歐洲專利申請(qǐng)EP-412,762A和EP-B31,080A)。
例如，掃描誘變可以用來(lái)將特定幽門螺桿菌多肽參與結(jié)合互作多肽的氨基酸殘基進(jìn)行作圖，可以產(chǎn)生肽模擬物(例如二氮雜或異喹啉衍生物)，它們模擬與互作多肽結(jié)合中的那些殘基，并且因此它們可以抑制幽門螺桿菌多肽與互作多肽的結(jié)合，并因此干擾幽門螺桿菌多肽的功能。例如，可以用苯并二氮雜產(chǎn)生這類殘基的非可水解肽類似物(例如參見(jiàn)Freidinger等，PeptidesChemistry and Biology，G.R.Marshall編輯，ESCOM PublisherLeiden，Netherlands，1988)、氮雜(例如參見(jiàn)Huffamn等，Peptideschemistry and Biology，G.R.Marshall編輯，ESCOM PublisherLeiden，Netherlands，1988)、取代的γ內(nèi)酰胺環(huán)(Garvey等，Peptideschemistry and Biology，G.R.Marshall編輯，ESCOMPublisherLeiden，Netherlands，1988)、酮-亞甲基假肽(Ewenson等(1986)J Med Chem 29295；和Ewenson等，PeptidesStructure and Function(Proceedings of the 9th American Peptide Symposium)Pierce Chemical Co.Rockland，IL，1985)、β-轉(zhuǎn)折二肽核心(Nagai等(1985)Tetrahedron Lett26647；和Sato等(1986)J Chem Soc Perkin Trans 11231)、以及β-氨基醇(Gordon等(1985)Biochem Biophys Res Commun 126419；以及Dann等(1986)Biochem Biophys Res Commun 13471)。VI.幽門螺桿菌核酸和多肽的疫苗制劑本發(fā)明也描述了針對(duì)幽門螺桿菌感染進(jìn)行保護(hù)或治療幽門螺桿菌感染的疫苗組合物或制劑(本文中可互換使用)的特征。本文所用的術(shù)語(yǔ)“治療幽門螺桿菌感染”是指現(xiàn)有的或確立的幽門螺桿菌感染的治療性治療。術(shù)語(yǔ)“針對(duì)幽門螺桿菌感染的保護(hù)”或“預(yù)防性治療”是指使用幽門螺桿菌疫苗制劑降低有幽門螺桿菌感染風(fēng)險(xiǎn)的受治療者的幽門螺桿菌感染的風(fēng)險(xiǎn)或預(yù)防幽門螺桿菌感染。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述疫苗組合物含有一種或多種來(lái)自幽門螺桿菌的免疫原性組分(諸如表面蛋白)或其片段以及藥學(xué)上可接受的載體。例如，在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的疫苗制劑含有至少一種幽門螺桿菌多肽或其片段的或來(lái)自相同或不同幽門螺桿菌抗原的幽門螺桿菌多肽或其片段的組合物。用于本發(fā)明疫苗制劑中的核酸和幽門螺桿菌多肽，包括序列表中陳述的核酸和多肽，最好是編碼表面蛋白的幽門螺桿菌核酸以及表面蛋白或其片段。例如優(yōu)選用于本發(fā)明疫苗組合物中的核酸和幽門螺桿菌多肽選自表1中提出的編碼胞外被膜蛋白的核酸和幽門螺桿菌胞外被膜蛋白。然而，編碼免疫原性幽門螺桿菌蛋白的任何核酸以及幽門螺桿菌多肽及其部分，均可以用于本發(fā)明中。這些疫苗具有治療和/或預(yù)防用途。
本發(fā)明的一個(gè)方面提供保護(hù)抵抗幽門螺桿菌感染的疫苗組合物，包含至少一種幽門螺桿菌蛋白的免疫原性片段和一種藥學(xué)上可接受的載體。優(yōu)選的片段包括至少長(zhǎng)大約10個(gè)氨基酸殘基、優(yōu)選長(zhǎng)大約10-20個(gè)氨基酸殘基、更優(yōu)選長(zhǎng)大約12-16個(gè)氨基酸殘基的肽。
例如通過(guò)篩選由編碼全長(zhǎng)幽門螺桿菌蛋白的核酸的相應(yīng)片段重組產(chǎn)生的多肽，可以獲得本發(fā)明的免疫原性組分。另外，可以采用本領(lǐng)域已知的技術(shù)，諸如常規(guī)Merrifield固相f-Moc或t-Boc化學(xué)，化學(xué)合成片段。
在一個(gè)實(shí)施方案中，根據(jù)該肽刺激T細(xì)胞的能力鑒定免疫原性組分。通過(guò)例如T細(xì)胞增殖或細(xì)胞因子分泌測(cè)定的刺激T細(xì)胞的肽，在本文中定義為包含至少一種T細(xì)胞表位。相信T細(xì)胞表位參與引起變態(tài)反應(yīng)臨床癥狀的蛋白變應(yīng)原免疫應(yīng)答的起始和永續(xù)性。認(rèn)為這些T細(xì)胞表位在T輔助細(xì)胞水平上通過(guò)與抗原提呈細(xì)胞表面上的合適HLA分子結(jié)合，觸發(fā)早期事件，由此刺激具有該表位的相關(guān)T細(xì)胞受體的T細(xì)胞亞群。這些事件導(dǎo)致T細(xì)胞增殖、淋巴因子分泌、局部炎性反應(yīng)、將其它免疫細(xì)胞募集至抗原/T細(xì)胞相互作用位點(diǎn)以及導(dǎo)致抗體產(chǎn)生的B細(xì)胞級(jí)聯(lián)的激活。T細(xì)胞表位是一種基本元件或T細(xì)胞受體識(shí)別的最小單位，在此所述表位包含受體識(shí)別所必需的氨基酸(例如大約6或7個(gè)氨基酸殘基)。模擬T細(xì)胞表位氨基酸序列的氨基酸序列屬于本發(fā)明范圍。
在另一實(shí)施方案中，本發(fā)明的免疫原性組分通過(guò)基因組疫苗接種鑒定。該基本方案基于下述的想法包含所有或部分病原體基因組(例如幽門螺桿菌基因組)的表達(dá)文庫(kù)當(dāng)用來(lái)遺傳免疫宿主時(shí)，可以提供保護(hù)。該表達(dá)文庫(kù)的免疫(ELI)與表達(dá)克隆類似，包括在可以用作基因疫苗的質(zhì)粒中還原病原體(例如幽門螺桿菌)的基因組表達(dá)文庫(kù)。所述質(zhì)粒也可以設(shè)計(jì)為編碼可以顯著刺激體液應(yīng)答的遺傳佐劑。這些遺傳佐劑可以在較遠(yuǎn)位點(diǎn)引入，并且在胞外以及在胞內(nèi)起作用。
這是一種疫苗生產(chǎn)的新方法，它有活/減毒病原體的許多優(yōu)點(diǎn)，但沒(méi)有感染的風(fēng)險(xiǎn)?？梢杂貌≡wDNA的表達(dá)文庫(kù)免疫宿主，由此產(chǎn)生活疫苗抗原提呈的效應(yīng)，而沒(méi)有風(fēng)險(xiǎn)。例如在本發(fā)明中，幽門螺桿菌基因組或粘粒或質(zhì)?？寺〉碾S機(jī)片段、以及通過(guò)基因組測(cè)序鑒定的基因的PCR產(chǎn)物，可以用來(lái)免疫宿主。該方法的可行性已經(jīng)用肺支原體(Mycoplasma pulmonis)證明(Brry等，Nature 377632-536，1995)，甚至一種嚙齒動(dòng)物的天然病原體肺支原體的部分表達(dá)文庫(kù)提供針對(duì)該病原體攻擊的保護(hù)作用。
ELI是一種技術(shù)，它甚至當(dāng)幾乎不了解病原體的生物學(xué)時(shí)，也允許生產(chǎn)非感染性多分體疫苗，因?yàn)镋LI使用免疫系統(tǒng)篩選候選基因。一旦分離出這些基因，則它們可以用作基因疫苗，或用于開(kāi)發(fā)重組蛋白疫苗。因此，ELI允許以系統(tǒng)的、主要為機(jī)械化方式生產(chǎn)疫苗。
可以采用幾種不同測(cè)定中的一種或多種，完成篩選免疫原性組分。例如，在體外，通過(guò)將已知或懷疑為免疫原性的肽與T細(xì)胞培養(yǎng)物中提呈合適MHC分子的抗原提呈細(xì)胞接觸，測(cè)定肽的T細(xì)胞刺激活性。結(jié)合必需的共同刺激，將結(jié)合合適的MHC分子的免疫原性幽門螺桿菌肽提呈給T細(xì)胞，具有將信號(hào)傳送至T細(xì)胞的效應(yīng)，這誘導(dǎo)產(chǎn)生提高水平的細(xì)胞因子，特別是白介素-2和白介素-4。可以獲得該培養(yǎng)上清液，并測(cè)定白介素-2或其它已知的細(xì)胞因子。例如，可以使用幾種白介素-2常規(guī)測(cè)定中的任何一種，諸如Proc.Natl.Acad.Sci.USA，861333(1989)中描述的測(cè)定方法，該文獻(xiàn)的相關(guān)部分通過(guò)引用結(jié)合到本文中。也可用Genzyme Corporation(Cambrige，MA)的干擾素產(chǎn)生測(cè)定的試劑盒。
或者，常用的T細(xì)胞增殖測(cè)定需要測(cè)定氚標(biāo)記的胸苷摻入。可以通過(guò)測(cè)定摻入培養(yǎng)細(xì)胞的復(fù)制DNA中的3H標(biāo)記胸苷的量，體外測(cè)定T細(xì)胞的增殖。因此，可以定量測(cè)定DNA合成速率，再定量測(cè)定細(xì)胞分裂速率。
含有一種或多種免疫原性組分(例如幽門螺桿菌多肽或其片段或編碼幽門螺桿菌多肽的核酸或其片段)的本發(fā)明的疫苗組合物或制劑，最好包括一種藥學(xué)上可接受的載體。術(shù)語(yǔ)“藥學(xué)上可接受的載體”將包括與藥物給予相適應(yīng)的任何一種和所有的溶劑、分散介質(zhì)、涂料、抗細(xì)菌劑和抗真菌劑、等滲劑和吸收延遲劑等。合適的藥學(xué)上可接受的載體包括例如水、鹽水、磷酸緩沖鹽溶液、葡萄糖、甘油、乙醇等的一種或多種以及它們的組合物。藥學(xué)上可接受的載體還可以包括少量的輔助物質(zhì)，諸如潤(rùn)濕劑或乳化劑、防腐劑或緩沖劑，它們?cè)黾佑拈T螺桿菌核酸和多肽的儲(chǔ)存期或效力。對(duì)于含有幽門螺桿菌多肽的本發(fā)明的疫苗制劑，所述多肽最好與本文所述的合適佐劑和/或傳遞系統(tǒng)一起給予。
對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見(jiàn)的是，本發(fā)明DNA或蛋白的治療有效量將特別取決于給藥方案、給予的幽門螺桿菌核酸或多肽的單位劑量、該蛋白或核酸是否結(jié)合其它治療劑給予、患者的免疫狀況和健康狀況以及特定蛋白或核酸的治療活性。
疫苗制劑通常胃腸外給予，例如通過(guò)皮下或肌內(nèi)注射給予。Wolff等(1990)Science2471465-1468和Sedegah等(1994)Immunology919866-9870描述了肌內(nèi)免疫的方法。其它給藥模式包括口服制劑和肺制劑、栓劑和經(jīng)皮給藥。相對(duì)于胃腸外方法，口服免疫是誘導(dǎo)抵抗幽門螺桿菌感染的保護(hù)作用的優(yōu)選方法。Czinn等(1993)Vaccine11637-642?？诜苿┌ㄟ@類通常使用的賦形劑，諸如藥用級(jí)甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸鎂、糖精鈉、纖維素、碳酸鎂等等。
在一個(gè)實(shí)施方案中，該疫苗制劑包括作為藥學(xué)上可接受載體的佐劑。用于本發(fā)明疫苗制劑中的合適佐劑的實(shí)例包括但不限于，氫氧化鋁；N-乙酰-胞壁酰-L-蘇氨酰基-D-異谷氨酰胺(thr-MDP)；N-乙酰-nor-胞壁酰-L-丙氨?；?D-異谷氨酰胺(CGP 11637，稱為nor-MDP)；N-乙酰胞壁酰-L-丙氨?；?D-異谷氨酰基-L-丙氨酸-2-(1’-2’-二棕櫚酰-sn-甘油基-3-羥基磷酰氧基)-乙胺(CGP 19835A，稱為MTP-PE)；RIBI，含有三種來(lái)自細(xì)菌的組分；單磷酰脂質(zhì)A；海藻糖二霉菌酸酯；細(xì)胞壁骨架(MPL+TDM+CWS)的2％角鯊烯/Tween 80乳液；以及霍亂毒素?？梢允褂玫钠渌魟┦腔魜y毒素的無(wú)毒衍生物(包括其B亞基)和/或幽門螺桿菌多肽與霍亂毒素或其B亞基、霍亂類菌素原、真菌多糖(包括裂裥菌素)、胞壁酰二肽、胞壁酰二肽的衍生物、佛波醇酯、大腸桿菌的不穩(wěn)定毒素、非幽門螺桿菌細(xì)菌裂解液、嵌段聚合物或皂苷的綴合物或遺傳改造的融合體。
在一個(gè)實(shí)施方案中，該疫苗制劑包括作為藥學(xué)上可接受載體的傳遞系統(tǒng)。用于本發(fā)明疫苗制劑的合適傳遞系統(tǒng)包括可生物降解的微囊或免疫刺激復(fù)合物(ISCOM)、蝸形物(cochleate)或脂質(zhì)體、遺傳改造的減毒活載體(諸如病毒或細(xì)菌)和重組(嵌合)病毒樣顆粒(例如藍(lán)舌病毒)。在本發(fā)明的另一實(shí)施方案中，該疫苗制劑包括一個(gè)傳遞系統(tǒng)和一種佐劑。
人類中的傳遞系統(tǒng)可以包括保護(hù)該抗原免受胃酸性環(huán)境損害的腸溶釋放膠囊，包含作為融合蛋白的不溶性形式的幽門螺桿菌多肽。本發(fā)明疫苗的合適載體為腸溶包衣膠囊和聚交酯-聚乙交酯微球體。合適稀釋劑為0.2N NaHCO3和/或鹽水。
本發(fā)明的疫苗在成人和兒童中可以作為初次預(yù)防劑給予，在成功地根除受感染宿主中的幽門螺桿菌后，作為第二次預(yù)防給予，或作為治療劑給予，目的是誘導(dǎo)易感宿主的免疫應(yīng)答以預(yù)防幽門螺桿菌感染。本發(fā)明疫苗給予的量可由本領(lǐng)域技術(shù)人員容易地確定。因此，關(guān)于成人，合適的劑量范圍為10μg-10g，最好為10μg-100mg，例如50μg-50mg。成人合適的劑量范圍也為5μg-500mg。相似的劑量范圍可以用于兒童。
佐劑的用量將取決于所用的佐劑類型。例如，當(dāng)粘膜佐劑為霍亂毒素時(shí)，其合適的用量為5μg-50μg，例如為10μg-35μg。當(dāng)以微囊形式使用時(shí)，該用量將取決于該微囊基質(zhì)中達(dá)到所需劑量的用量。該量的確定在本領(lǐng)域技術(shù)人員的技術(shù)范圍內(nèi)。
本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)認(rèn)識(shí)到，最適劑量或多或少地取決于該患者的體重、疾病、給藥途徑和其它因素。本領(lǐng)域技術(shù)人員也會(huì)認(rèn)識(shí)到，根據(jù)已知的口服疫苗(諸如基于大腸桿菌裂解液的疫苗)的結(jié)果(日劑量為6mg，直至總劑量為540mg)和產(chǎn)腸毒素大腸桿菌純化抗原的結(jié)果(4個(gè)劑量的1mg)(Schulman等，J.Urol.150917-921(1993))；Boedecker等，American Gastroenterological Assoc.999A-222(1993))，可以獲得合適的劑量水平。給藥次數(shù)取決于疾病、制劑和來(lái)自臨床試驗(yàn)的效力數(shù)據(jù)。對(duì)治療過(guò)程不設(shè)計(jì)任何限制，對(duì)于1個(gè)月的初次免疫時(shí)間表，該治療可以給予3-8次(Boedeker，American Gastroenterological Assoc.888A-222(1993))。
在一個(gè)最佳實(shí)施方案中，本發(fā)明的疫苗組合物可以基于殺傷的全大腸桿菌制劑(具有大腸桿菌表面上表達(dá)本發(fā)明的幽門螺桿菌蛋白的免疫原性片段)，或它可以基于大腸桿菌裂解液，其中殺傷的大腸桿菌用作載體或佐劑。
對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見(jiàn)的是，某些本發(fā)明的疫苗組合物可僅用來(lái)預(yù)防幽門螺桿菌感染，某些疫苗組合物可以僅用來(lái)治療幽門螺桿菌感染，某些疫苗組合物可用來(lái)既預(yù)防又治療幽門螺桿菌感染。在一個(gè)最佳實(shí)施方案中，本發(fā)明的疫苗組合物通過(guò)刺激針對(duì)幽門螺桿菌的體液和/或細(xì)胞介導(dǎo)的免疫，提供抵抗幽門螺桿菌感染的保護(hù)作用。應(yīng)該理解，減輕幽門螺桿菌感染的任何癥狀是所需的臨床目標(biāo)，包括減少用來(lái)治療幽門螺桿菌引起的疾病的藥物劑量，或增加患者血清或粘膜中抗體的產(chǎn)生。VII.與幽門螺桿菌多肽反應(yīng)的抗體本發(fā)明也包括與主題幽門螺桿菌多肽特異性反應(yīng)的抗體?？梢圆捎脴?biāo)準(zhǔn)方案(參見(jiàn)例如Harlow和Lane編輯的AntibodiesA LaboratoryManual(Cold Spring Harbor Press，1988))生產(chǎn)抗蛋白/抗肽抗血清或單克隆抗體。諸如小鼠、倉(cāng)鼠或兔子的哺乳動(dòng)物可以用免疫原性形式的該肽免疫。賦予蛋白或肽免疫原性的技術(shù)包括與載體綴合或其它本領(lǐng)域已知的技術(shù)。主題幽門螺桿菌多肽的免疫原性部分可以在佐劑存在下給予?？梢酝ㄟ^(guò)檢測(cè)血漿或血清中的抗體效價(jià)，監(jiān)測(cè)免疫進(jìn)程?？梢杂脴?biāo)準(zhǔn)ELISA或其它免疫測(cè)定與作為抗原的免疫原，評(píng)價(jià)抗體水平。
在一個(gè)最佳實(shí)施方案中，主題抗體對(duì)于本發(fā)明的幽門螺桿菌抗原決定簇為免疫特異性的，所述抗原決定簇例如為序列表中含有的本發(fā)明多肽的抗原決定簇、或密切相關(guān)的人類或非人類哺乳動(dòng)物同源物(例如90％同源，更優(yōu)選至少95％)。在再一本發(fā)明的最佳實(shí)施方案中，抗幽門螺桿菌抗體與例如與序列表中含有的本發(fā)明序列的同源性低于80％的蛋白基本上不交叉反應(yīng)(即，特異性反應(yīng))。“基本上不交叉反應(yīng)”是指該抗體對(duì)非同源性蛋白的結(jié)合親和力低于對(duì)序列表中含有的本發(fā)明蛋白的結(jié)合親和力的10％，更優(yōu)選低于5％，甚至更優(yōu)選低于1％。在一個(gè)最優(yōu)選的實(shí)施方案中，在細(xì)菌和哺乳動(dòng)物抗原之間沒(méi)有交叉反應(yīng)性。
本文所用的術(shù)語(yǔ)抗體計(jì)劃包括也與幽門螺桿菌多肽特異性反應(yīng)的抗體的片段?？梢圆捎贸Ｒ?guī)技術(shù)將抗體片段化，并如用于全抗體所述的相同方式，根據(jù)其用途篩選片段。例如，F(xiàn)(ab’)2片段可以用胃蛋白酶處理抗體而產(chǎn)生。可以處理產(chǎn)生的F(ab’)2片段，以還原二硫鍵，產(chǎn)生Fab’片段。本發(fā)明的抗體還計(jì)劃包括具有抗幽門螺桿菌部分的雙特異性嵌合分子。
針對(duì)幽門螺桿菌多肽或幽門螺桿菌多肽變異體的單克隆抗體和多克隆抗體(Ab)以及諸如Fab’和F(ab’)2的抗體片段，可以通過(guò)微注射本發(fā)明的抗幽門螺桿菌多肽抗體，用來(lái)阻斷幽門螺桿菌多肽的作用，并且使得可以研究特定的本發(fā)明幽門螺桿菌多肽在異常或不想要的胞內(nèi)信號(hào)發(fā)送、以及幽門螺桿菌正常細(xì)胞功能中的作用。
特異性結(jié)合幽門螺桿菌表位的抗體也可以用來(lái)對(duì)組織樣品進(jìn)行免疫組織化學(xué)染色，以便評(píng)價(jià)幽門螺桿菌抗原的豐度和表達(dá)型式?？褂拈T螺桿菌多肽抗體可以在診斷上用于免疫沉淀和免疫印跡分析，以作為臨床測(cè)試方法一部分檢測(cè)和評(píng)價(jià)組織或體液中的幽門螺桿菌水平。同樣，監(jiān)測(cè)個(gè)體中幽門螺桿菌多肽水平的能力可以允許檢測(cè)給定治療方案對(duì)于惠有這種疾病的個(gè)體的效力?？梢栽隗w液(諸如尿樣)中發(fā)現(xiàn)的細(xì)胞中測(cè)定幽門螺桿菌多肽的水平，或可以在諸如胃活檢產(chǎn)生的組織中測(cè)定。采用抗幽門螺桿菌抗體的診斷測(cè)定可以包括例如設(shè)計(jì)有助于早期診斷幽門螺桿菌感染的免疫測(cè)定。本發(fā)明也可以用作使用特異性幽門螺桿菌抗原檢測(cè)樣品中含有的抗體的方法，其中所述樣品來(lái)自該細(xì)菌感染的個(gè)體。
本發(fā)明的抗幽門螺桿菌多肽抗體的另一應(yīng)用，是免疫篩選在諸如λgt11、λgt18-23、λZAP和λORF8的表達(dá)載體中構(gòu)建的cDNA文庫(kù)。該類型的信使文庫(kù)具有插入正確讀框和以正確方向插入的編碼序列，可以產(chǎn)生融合蛋白。例如λgt11將產(chǎn)生其氨基末端包含β-半乳糖苷酶氨基酸序列、其羧基末端包含外源多肽的融合蛋白。然后，例如當(dāng)使由受感染平板影印的硝酸纖維素濾膜與抗幽門螺桿菌多肽抗體反應(yīng)時(shí)，可以用抗體檢測(cè)主題幽門螺桿菌多肽的抗原表位。然后，可以從受感染平板分離用該測(cè)定評(píng)分的噬菌體。因此，可以檢測(cè)幽門螺桿菌基因同源物的存在，并將其由其它物種中克隆，可以檢測(cè)并克隆其它的同種型(包括剪接變異體)。VIII.含有本發(fā)明核酸、多肽或抗體的試劑盒本發(fā)明的核酸、多肽和抗體可以與其它試劑和物品組合，形成試劑盒。用于診斷目的的試劑盒通常包括小瓶或其它合適容器中的所述核酸、多肽或抗體。試劑盒通常包括其它試劑，以進(jìn)行雜交反應(yīng)、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)或用于重建凍干組分，諸如水性介質(zhì)、鹽、緩沖液等。試劑盒也可以包括用于樣品加工的試劑，諸如去垢劑、離液鹽等。試劑盒也可以包括固定化試劑，諸如顆粒、支持體、孔、浸棒(dipstick)等。試劑盒也可以包括標(biāo)記工具，諸如染料、顯色試劑、放射性同位素、熒光劑、發(fā)光或化學(xué)發(fā)光劑、酶、嵌入劑等。用本文提供的核酸序列和氨基酸序列信息，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以容易地裝配試劑盒，以用于其特定目的。試劑盒還可以包括使用說(shuō)明。IX.采用幽門螺桿菌多肽的藥物篩選測(cè)定通過(guò)制備可用的純化和重組的幽門螺桿菌多肽，本發(fā)明提供可以用來(lái)篩選藥物的測(cè)定，其中所述藥物或者為正常細(xì)胞功能(在該情況下，為主題幽門螺桿菌多肽)或其在細(xì)胞信號(hào)發(fā)送中作用的激動(dòng)劑或拮抗劑。這類抑制劑或增效劑可以用作新的抵抗人類幽門螺桿菌感染的治療劑。種類繁多的測(cè)定形式會(huì)滿足需要，并且根據(jù)本發(fā)明，技術(shù)人員會(huì)充分了解這些測(cè)定形式。
在測(cè)試化合物和天然提取物文庫(kù)的許多藥物篩選中，需要高通量測(cè)定，以便使在給定的時(shí)間內(nèi)研究的化合物數(shù)目最大化。在諸如可以得自純化或半純化蛋白的無(wú)細(xì)胞系統(tǒng)中進(jìn)行的測(cè)定，常常優(yōu)選作為“初次”篩選，因?yàn)榭梢援a(chǎn)生它們以使得可以快速開(kāi)發(fā)，并相對(duì)容易地檢測(cè)分子靶中由受試化合物介導(dǎo)的改變。此外，受試化合物的細(xì)胞毒性和/或生物利用度在體外系統(tǒng)中一般可以忽略，而該測(cè)定主要集中在該藥物對(duì)分子靶的效應(yīng)，如可能表現(xiàn)在與其它蛋白的結(jié)合親和力的改變或分子靶酶性質(zhì)的改變。因此，在一個(gè)本發(fā)明例舉的篩選測(cè)定中，使該目的化合物與分離和純化的幽門螺桿菌多肽接觸。
可以用純化的幽門螺桿菌多肽及其片段，諸如具有酶活性的幽門螺桿菌多肽，在體外構(gòu)建篩選測(cè)定，使得該多肽的活性產(chǎn)生可檢測(cè)的反應(yīng)產(chǎn)物?？梢酝ㄟ^(guò)從采用受試化合物的各種濃度獲得的數(shù)據(jù)產(chǎn)生劑量反應(yīng)曲線，評(píng)價(jià)該化合物的效力。此外，可以進(jìn)行對(duì)照測(cè)定，以提供比較基線。合適的產(chǎn)物包括例如具有特殊吸收、熒光或化學(xué)發(fā)光性質(zhì)的那些產(chǎn)物，因?yàn)闄z測(cè)可以容易地自動(dòng)進(jìn)行。在該測(cè)定中可以測(cè)試種種合成或天然存在的化合物，以鑒別那些抑制或增強(qiáng)該幽門螺桿菌多肽的活性。這些活性化合物中的某些可以直接地、或通過(guò)化學(xué)改變促進(jìn)膜通透性或溶解性，也在活的全幽門螺桿菌細(xì)胞中抑制或增強(qiáng)相同的活性(例如酶活性)。
通過(guò)以下實(shí)施例進(jìn)一步說(shuō)明本發(fā)明，這些實(shí)施例不應(yīng)解釋為限制性的。該申請(qǐng)中引用的所有參考文獻(xiàn)和公開(kāi)的專利申請(qǐng)內(nèi)容均通過(guò)引用結(jié)合到本文中。
范例I.幽門螺桿菌DNA的克隆和測(cè)序按照Schleif R.F.和Wensink P.C.，Practical Methods in MolecularBiology，第98頁(yè)，Springer-Verlag，NY.，1981概述的基本DNA方案，進(jìn)行一點(diǎn)修改，分離幽門螺桿菌染色體DNA。簡(jiǎn)而言之，將細(xì)胞沉淀，重懸浮于TE(10mM Tris，1mM EDTA，ph 7.6)，加入GES裂解緩沖液(5.1M硫氰酸胍，0.1M EDTA，pH 8.0，0.5％N-月桂基肌氨酸)。冷卻懸浮液，加入乙酸胺，終濃度為0.2M。DNA首先用氯仿抽提，然后用苯酚-氯仿抽提，再用氯仿抽提。用異丙醇沉淀DNA，用70％EtOH洗滌2次，干燥并重懸浮于TE中。
分離后，將完整的基因組幽門螺桿菌DNA霧化(Bodenteich等，Automated DNA Sequencing and Analysis(J.C.Venter編輯)，AcademicPress，1994)為2000bp的平均大小。霧化后，將所述DNA濃縮，并在標(biāo)準(zhǔn)1％瓊脂糖凝膠上分離。從凝膠上切下對(duì)應(yīng)于大小大約為900-1300bp、1300-1700bp、1700-2200bp、2200-2700bp的幾個(gè)部分，通過(guò)GeneClean方法(Bio101，Inc.)純化。
然后用T4 DNA聚合酶將純化的DNA片段平端化。然后將愈合的DNA與以100-1000倍過(guò)量的獨(dú)特BstXI接頭連接物連接。這些接頭與BstXI切割的pMPX載體互補(bǔ)，而突出端不是自身互補(bǔ)的。因此，所述接頭不會(huì)連環(huán)化，切割的載體自身也不容易重連接。在1％瓊脂糖凝膠上將接頭連接的插入片段與未摻入的接頭分離，并用GeneClean純化。然后將接頭連接的插入片段連接于20種pMPX載體中的每一種，以構(gòu)建一系列“鳥槍”亞克隆文庫(kù)。所述載體在克隆位點(diǎn)含有框架外的LacZ基因，在克隆連接物-二聚體的事件中變?yōu)榉献x框，使得這些載體避免其藍(lán)色。
所有隨后的步驟均基于Church G.M.和Kieffier-Higgins S.，Science240185-188，1988概述的多重DNA測(cè)序方案。僅突出了對(duì)所述方案的主要修改。簡(jiǎn)而言之，將20種載體中的每一種轉(zhuǎn)化入DH5α感受態(tài)細(xì)胞(Gibco/BRL，DH5α轉(zhuǎn)化方案)。通過(guò)平板接種于含有氨芐青霉素、二甲氧基苯青霉素和IPTG/Xgal的抗生素平板，評(píng)估文庫(kù)。所述平板于37℃培養(yǎng)過(guò)夜。然后使用成功的轉(zhuǎn)化體將克隆鋪平板，并合并為多重庫(kù)。挑出所述克隆，合并于40ml生長(zhǎng)培養(yǎng)基中。培養(yǎng)物于37℃生長(zhǎng)過(guò)夜。采用Qiagen Midi-prep試劑盒和Tip-100柱(Qiagen，Inc.)純化DNA。以該方式，每個(gè)庫(kù)獲得100μg DNA。產(chǎn)生15個(gè)96孔板DNA，獲得5-10倍的序列豐余，假定平均讀碼長(zhǎng)度(read-lenght)為250-300個(gè)堿基。
然后，采用基于化學(xué)降解法的多重DNA測(cè)序(Church G.M.和Kieffer-Higgins S.，Sicence 240185-188，1988)，或用Sequithrem(Epicenter Technologies)的雙脫氧測(cè)序方案，對(duì)這些純化的DNA樣品測(cè)序。將測(cè)序反應(yīng)物電泳分離，通過(guò)從40cm凝膠上的直接轉(zhuǎn)移電泳(Richterich P.和Church G.M.，Methods in Enzymology 218187-222，1993)，或通過(guò)電印跡(church，見(jiàn)上述)，轉(zhuǎn)移到尼龍膜上。每塊凝膠電泳24個(gè)樣品。通過(guò)化學(xué)測(cè)序，獲得45個(gè)成功的膜，通過(guò)雙脫氧測(cè)序，產(chǎn)生8個(gè)成功的膜。通過(guò)暴露于紫外光，將所述DNA共價(jià)結(jié)合于所述膜上，并與同所述載體上的標(biāo)記序列互補(bǔ)的標(biāo)記寡核苷酸雜交(Church，見(jiàn)上述)。洗滌所述膜，以清洗去非特異性結(jié)合的探針，對(duì)X膠片曝光，以顯現(xiàn)各個(gè)序列梯。放射自顯影后，通過(guò)于65℃溫育，除去雜交的探針，用另一標(biāo)記序列重復(fù)雜交循環(huán)，直至對(duì)于化學(xué)測(cè)序膜，該膜已經(jīng)用探針探測(cè)38次，而對(duì)于雙脫氧測(cè)序膜，該膜已經(jīng)探測(cè)10次。因此，每塊凝膠產(chǎn)生大量的膜，每個(gè)膜含有新的測(cè)序信息。無(wú)論何時(shí)加工新的印跡，均是對(duì)加入每個(gè)庫(kù)種的內(nèi)標(biāo)序列進(jìn)行初次的探測(cè)。
用激光掃描光密度計(jì)(Molecular Dynamics，Sunnyvale，CA)產(chǎn)生所述薄膜的數(shù)字圖象。在計(jì)算機(jī)工作站(VaxStation 4000’s)，采用程序REPLICATM(Church等，Automated DNA Sequencing and Analysis(J.C.Venter編輯)，Academic Press，1994)，加工所述數(shù)字化圖象。圖象加工包括使泳道直化、調(diào)整對(duì)比度以平滑掉亮度差以及通過(guò)疊代高斯去卷積提高分辨率。然后在REPLICATM中自動(dòng)挑出序列，在儲(chǔ)存于項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫(kù)之前顯示用于交互校讀。通過(guò)快速可見(jiàn)掃描薄膜圖象，然后用鼠標(biāo)在顯示的圖象條帶上單擊以修飾堿基調(diào)入，完成校讀。因?yàn)榘ɑ蚪MDNA同一部分的多重序列讀碼提供用于編輯的足夠的序列豐余性，所以可以檢測(cè)到并校正許多序列錯(cuò)誤。每個(gè)序列自動(dòng)接受一個(gè)識(shí)別編號(hào)(對(duì)應(yīng)于微量滴定板、探針信息和泳道組號(hào))。該編號(hào)用作該序列的永久識(shí)別號(hào)，因此，它通?？梢澡b別任何特定序列的來(lái)源，而不用求助于特定的數(shù)據(jù)庫(kù)。
采用程序FALCON(Church，Church等，Automated DNA Sequencingand Analysis(J.C.Venter編輯)，Academic Press，1994)進(jìn)行幽門螺桿菌序列的常規(guī)裝配。該程序已證明對(duì)于大多數(shù)序列是快速而可靠的。用Genetics Computer Group(GCG)開(kāi)發(fā)的、與REPLICATM交互的修改版本的GelAssemble(Deverux等，Nucleic Acid Res.12387-95，1984)，顯示裝配的重疊群。這供給集成編輯器，允許從REPLICATM數(shù)據(jù)庫(kù)種瞬時(shí)調(diào)出多重序列凝膠圖像，并顯示以允許快速掃描重疊群，并校讀在裝配中在不同序列讀碼之間發(fā)生偏差的凝膠痕跡。II.重組幽門螺桿菌DNA序列的鑒定、克隆和表達(dá)為了便于幽門螺桿菌膜蛋白和分泌蛋白的克隆、表達(dá)和純化，選擇一個(gè)強(qiáng)有力的基因表達(dá)系統(tǒng)pET系統(tǒng)(Novagen)，用于在大腸桿菌種克隆和表達(dá)重組蛋白。此外，還將編碼肽標(biāo)記His標(biāo)記的一個(gè)DNA序列融合于目的DNA序列的3’端，以便有助于純化所述重組蛋白產(chǎn)物。選擇3’端進(jìn)行融合，以便避免任何5’末端信號(hào)序列的改變。上述的例外是ppiB，這是一個(gè)在表達(dá)研究中用作對(duì)照而克隆的基因。在該項(xiàng)研究中，幽門螺桿菌ppiB的序列含有一個(gè)融合于所述全長(zhǎng)基因5’端、編碼His標(biāo)記的DNA序列，因?yàn)樵摶虻牡鞍桩a(chǎn)物不含有信號(hào)序列，并作為胞質(zhì)蛋白表達(dá)。含有幽門螺桿菌J99菌株膜蛋白和分泌蛋白的ORF的DNA序列的PCR擴(kuò)增和克隆制備選擇用于從幽門螺桿菌J99菌株克隆的序列(來(lái)自本發(fā)明的DNA序列表)，用于通過(guò)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增克隆。設(shè)計(jì)和購(gòu)買對(duì)于可讀框(ORF)5’和3’端特異的合成寡核苷酸引物(GibcoBRL LifeTechnologies，Gaithersburg，MD，USA)(表3)。設(shè)計(jì)所有正向引物(對(duì)該序列5’端特異的)，以在5’末端盡頭包含一個(gè)NcoI克隆位點(diǎn)，除了HpSeq.4821082，它使用NdeI。設(shè)計(jì)這些引物，以允許在后接纈氨酸殘基和天然幽門螺桿菌DNA序列其余部分編碼序列的甲硫氨酸殘基起始蛋白翻譯。一個(gè)例外是幽門螺桿菌序列4821082，其起始甲硫氨酸后緊接天然幽門螺桿菌DNA序列的其余部分。所有的反向引物(對(duì)幽門螺桿菌ORF 3’端特異的)均在5’末端盡頭包括一個(gè)EcoRI位點(diǎn)，以允許將每個(gè)幽門螺桿菌序列克隆入pET-29b的讀框中。pET-28b載體提供編碼另外20個(gè)羧基末端氨基酸(在HpSeq.26380318和HpSeq.14640637中僅有19個(gè)氨基酸)的序列(包含6個(gè)組氨酸殘基(于C末端盡頭))，包含His標(biāo)記。如前所述，上述的一個(gè)例外是ppiB基因的載體構(gòu)建。對(duì)ppiB基因的5’端特異的合成寡核苷酸引物于其5’末端盡頭編碼一個(gè)BamHI位點(diǎn)，ppiB基因3’端的引物于其5’末端盡頭編碼一個(gè)XhoI位點(diǎn)。
表3用于PCR擴(kuò)增幽門螺桿菌DNA序列的寡核苷酸引物
由幽門螺桿菌J99菌株(ATCC #55679，由Genome TherapeuticsCorporation，100 Beaver Street，Walthman，MA 02154保藏)制備的基因組DNA用作PCR擴(kuò)增反應(yīng)的模板DNA源(Current Protocols inMolecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。為了擴(kuò)增含有幽門螺桿菌ORF的DNA序列，將基因組DNA(60納克)引入含有終體積為100μl的以下物質(zhì)的反應(yīng)小瓶中2mM MgCl2、1μM互補(bǔ)并鄰接于限定幽門螺桿菌ORF的合成寡核苷酸引物(正向引物和反向引物)、各種三磷酸脫氧核苷酸各0.2mM；dATP、dGTP、dCTP、dTTP和2.5單位熱穩(wěn)定的DNA聚合酶(Amplitaq，RocheMolecular Systems，Inc.，Branchburg，NJ，USA)。采用Perkin ElmerCetus/GeneAmp PCR系統(tǒng)9600熱循環(huán)儀，使用以下熱循環(huán)條件獲得每種ORF的擴(kuò)增DNA產(chǎn)物蛋白26054702、蛋白7116626、蛋白29479681、蛋白30100332和蛋白4821082于94℃變性2分鐘，2個(gè)循環(huán)94℃15秒，30℃15秒和72℃1.5分鐘23個(gè)循環(huán)94℃15秒，55℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束。蛋白16225006于94℃變性2分鐘，25個(gè)循環(huán)95℃15秒，55℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束。蛋白4721061于94℃變性2分鐘，2個(gè)循環(huán)94℃15秒，36℃15秒和72℃1.5分鐘23個(gè)循環(huán)94℃15秒，60℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束。蛋白26380318于94℃變性2分鐘，2個(gè)循環(huán)94℃15秒，38℃15秒和72℃1.5分鐘23個(gè)循環(huán)94℃15秒，62℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束。蛋白14640637于94℃變性2分鐘，2個(gè)循環(huán)94℃15秒，33℃15秒和72℃1.5分鐘30個(gè)循環(huán)94℃15秒，55℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束。擴(kuò)增幽門螺桿菌ppiB的條件于94℃變性2分鐘，2個(gè)循環(huán)94℃15秒，32℃15秒和72℃1.5分鐘25個(gè)循環(huán)94℃15秒，56℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束。
完成熱循環(huán)反應(yīng)時(shí)，洗滌每個(gè)擴(kuò)增DNA樣品，并采用QiaquickSpin PCR純化試劑盒(Qiagen，Gaithersburg，MD，USA)純化。所有擴(kuò)增的DNA樣品經(jīng)過(guò)用限制性內(nèi)切核酸酶NcoI和EcoRI(New EnglandBioLabs，Beverly，MA，USA)消化，或在HpSeq.48210182(SEQ ID NO1309)的情況下，用NdeI和EcoRI消化(Current Protocols in MolecularBiology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。然后，DNA樣品在1.0％NuSeive(FMC BioProducts，Rockland，ME USA)瓊脂糖凝膠上電泳。通過(guò)暴露于溴化乙錠和長(zhǎng)波UV輻射，使DNA顯現(xiàn)。從瓊脂糖凝膠分離的膠片中含有的DNA，用Bio 101 GeneClean試劑盒方案(Bio 101 Vista，CA，USA)純化。將幽門螺桿菌DNA序列克隆入pET-28b原核表達(dá)載體中制備pET-28b載體用于通過(guò)用NcoI和EcoRI消化克隆，或在幽門螺桿菌蛋白4821082的情況下，用NdeI和EcoRI消化(CurrentProtocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。在克隆ppiB時(shí)，使用pET-28a載體并制備克隆位點(diǎn)，以用于ppiB基因通過(guò)用BamHI和XhoI限制性內(nèi)切核酸酶消化進(jìn)行克隆，其中pET-28a載體編碼一個(gè)His標(biāo)記，該標(biāo)記融合于插入基因的5’端。
消化后，將DNA插入片段克隆入(Current Protocols in MolecularBiology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)預(yù)先消化的pET-28b表達(dá)載體中，除去擴(kuò)增的ppiB插入片段，將其克隆入pET-28a表達(dá)載體中。然后如上所述用連接反應(yīng)產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌BL21菌株(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。用重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化感受態(tài)細(xì)菌按照標(biāo)準(zhǔn)方法(Current Protocols in Molecular Biology，John Wileyand Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)，用攜帶克隆幽門螺桿菌序列的重組pET表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)化大腸桿菌菌株BL21或大腸桿菌菌株BL21(DE3)的感受態(tài)菌。簡(jiǎn)而言之，將1微升連接反應(yīng)物與50微升電感受態(tài)(electrocompetent)細(xì)胞混合，經(jīng)過(guò)高壓脈沖處理，此后，樣品于0.45毫升SOC培養(yǎng)基(0.5％酵母提取物、2.0％胰蛋白胨、10mM NaCl、2.5mM KCl、10mM MgCl2、10mM MgSO4和20mM葡萄糖)、37℃振蕩培養(yǎng)1小時(shí)。然后將樣品涂布在含有25微克/ml硫酸卡那霉素的LB瓊脂平板上生長(zhǎng)過(guò)夜。如上所述挑出并分析BL21的轉(zhuǎn)化菌落，以評(píng)價(jià)克隆插入片段。攜帶幽門螺桿菌序列的重組pET表達(dá)質(zhì)粒的鑒定采用用于初始PCR擴(kuò)增克隆反應(yīng)中對(duì)各個(gè)幽門螺桿菌序列特異的相同正向和反向引物，通過(guò)克隆的插入片段的PCR擴(kuò)增，分析用重組pET-28b-幽門螺桿菌ORF轉(zhuǎn)化的各個(gè)BL21克隆。成功的擴(kuò)增證實(shí)，幽門螺桿菌序列加入該表達(dá)載體中(Current Protocols in MolecularBiology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。由BL21轉(zhuǎn)化體分離和制備質(zhì)粒DNA挑出攜帶正確克隆的幽門螺桿菌ORF的重組pET-28b載體的各個(gè)克隆，于加有25微克/ml硫酸卡那霉素的5ml LB液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)過(guò)夜。第二天，分離質(zhì)粒DNA，并采用Qiagen質(zhì)粒純化方法(Qiagen Inc.，Chatsworth，CA，USA)純化。重組幽門螺桿菌序列在大腸桿菌中的表達(dá)可以在任何大腸桿菌K-12菌株(例如HMS174、HB101、JM109、DH5等)中繁殖pET載體，用于克隆或質(zhì)粒制備。用于表達(dá)的宿主包括含有一個(gè)T7 RNA聚合酶基因的染色體拷貝的大腸桿菌菌株。這些宿主是攜帶lacI基因、lacUV5啟動(dòng)子和T7 RNA聚合酶基因的噬菌體DE3、λ衍生物的溶原體。通過(guò)加入異丙基-B-D-硫代半乳糖苷(IPTG)誘導(dǎo)T7 RNA聚合酶，T7 RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄攜帶一個(gè)T7啟動(dòng)子和目的基因的任何靶質(zhì)粒，諸如pET-28b。所用的菌株包括BL21(DE3)(Studier，F(xiàn).W.，Rosenberg，A.H.，Dunn，J.J.和Dubendorff，J.W.(1990)Meth.Enzymol.185，60-89)。
為了表達(dá)重組幽門螺桿菌序列，用50納克按上述分離的質(zhì)粒，如上所述DNA轉(zhuǎn)化感受態(tài)BL21(DE3)細(xì)菌(由Novagen作為pET表達(dá)系統(tǒng)試劑盒的一部分提供)。LacZ基因(β-半乳糖苷酶)在所述幽門螺桿菌重組構(gòu)建物的pET系統(tǒng)中表達(dá)。轉(zhuǎn)化細(xì)胞于SOC培養(yǎng)基中培養(yǎng)1小時(shí)，然后將培養(yǎng)物在含有25微克/ml硫酸卡那霉素的LB平板上鋪平板。第二天，合并細(xì)菌菌落，于含有硫酸卡那霉素(25微克/ml)的LB培養(yǎng)基中生長(zhǎng)至于600nM的光密度為0.5-1.0 O.D.單位，此時(shí)，將1mMIPTG加入培養(yǎng)物中3小時(shí)，以誘導(dǎo)幽門螺桿菌重組DNA構(gòu)建物的基因表達(dá)。
用IPTG誘導(dǎo)基因表達(dá)后，通過(guò)在Sorvall RC-3B離心機(jī)中以3500×g于4℃離心15分鐘，沉淀細(xì)菌。將沉淀重懸浮于50毫升冷10mMTris-HCl pH 8.0、0.1M NaCl和0.1mM EDTA(STE緩沖液)中。然后于2000×g、4℃離心20分鐘。將濕沉淀稱重，并冷凍于-80℃，直至準(zhǔn)備用于蛋白純化。III.從大腸桿菌純化重組蛋白分析方法采用由氨基酸含量計(jì)算的吸光度系數(shù)，通過(guò)分光光度計(jì)定量測(cè)定純化蛋白制劑的濃度(Perkins，S.J.1986 Eur.J.Biochem.157，169-180)。也通過(guò)Bradford，M.M.(1976)Anal.Biochem.72，248-254和Lowry，O.H.，Rosebrough，N.，F(xiàn)arr，A.L.和Randall，R.J.(1951)J.Biol.Chem.193，第265-275頁(yè)的方法，采用牛血清白蛋白作為標(biāo)準(zhǔn)，測(cè)量蛋白濃度。
SDS-聚丙烯酰胺凝膠(12％或4.0-25％丙烯酰胺梯度凝膠)購(gòu)自BioRad(Hercules，CA，USA)，并用考馬斯亮藍(lán)染色。分子量標(biāo)記包括兔骨骼肌肌球蛋白(200kDa)、大腸桿菌β-半乳糖苷酶(116kDa)、兔肌磷酸化酶B(97.4kDa)、牛血清白蛋白(66.2kDa)、卵清蛋白(45kDa)、牛碳酸酐酶(31kDa)、大豆胰蛋白酶抑制劑(21.5kDa)、卵清溶菌酶(14.4kDa)和牛抑酶肽(6.5kDa)。1.可溶性蛋白的純化所有步驟均在4℃進(jìn)行。將冷凍細(xì)胞解凍，重懸浮于5倍體積裂解緩沖液(20mM Tris pH 7.9、0.5M NaCl、具有10％甘油的5mM咪唑、0.1％2-巰基乙醇、200μg/ml溶菌酶、1mM苯甲基磺酰氟(PMSF)和亮抑酶肽、抑酶肽、胃酶抑制劑、L-1-氯-3-[4-甲苯磺酰氨基]-7-氨基-2-庚酮(TLCK)、L-1-氯-3-[4-甲苯磺酰氨基]-4-苯基-2-丁酮(TPCK)和大豆胰蛋白酶抑制劑各10ug/ml)中，并數(shù)次通過(guò)小體積微量流化裝置(M-110S型，Microfluidics International Corporation，Newton，MA)將細(xì)胞破碎。用0.1％Brii 35制備勻漿，于100,000×g離心1小時(shí)，以產(chǎn)生清澈的上清液(粗提取物)。
通過(guò)0.8μm Supor濾器(Gelman Sciences，F(xiàn)RG)過(guò)濾后，將粗提取物直接上樣于Ni2+次氮基三乙酸酯-瓊脂糖(NTA)(Hochuli，E.，Dbeli，H.和Schacheer，A.(1987)J.Chromatography 411，177-184)，該柱床體積為5毫升，已在含有10％甘油、0.1％Brij 35和1mM PMSF的裂解緩沖液中預(yù)平衡。該柱用含10％甘油和0.1％Brij 35的250ml(50倍床體積)裂解緩沖液洗滌，連續(xù)用含有10％甘油、0.05％Brij 35、1mM PMSF和20、100、200和500mM咪唑的裂解緩沖液的順序步驟洗脫。通過(guò)于OD280nM的吸光度監(jiān)測(cè)流分，通過(guò)SDS-PAGE分析峰流分。含有該重組蛋白的流分于100mM咪唑洗脫。重組蛋白14640637和蛋白β-半乳糖苷酶(lacZ)和肽基-脯氨酰順?lè)串悩?gòu)酶(ppiB)合并來(lái)自Ni2+-NTA-瓊脂糖柱的含有該重組蛋白的流分，然后通過(guò)離心過(guò)濾(Centriprep-10，Amicon，MA)濃縮為大約5ml，直接上樣于180ml Sephacryl S-100 HR凝膠過(guò)濾介質(zhì)柱(1.6×91cm)，該柱已于A緩沖液(10mM Hepes，pH 7.5，100mM NaCl，0.1mM EGTA)中平衡，然后在A緩沖液中以18ml/h展開(kāi)。通過(guò)280nm的吸光度鑒定含有該重組蛋白的流分，并通過(guò)SDS-PAGE分析。合并流分，并通過(guò)離心過(guò)濾濃縮。重組蛋白7116626合并來(lái)自Ni2+-NTA-瓊脂糖柱的含有該重組蛋白的流分，然后對(duì)1升透析緩沖液(10mM MOPS pH 6.5、50mM NaCl、0.1mM EGTA、0.02％Brij 35和1mM PMSF)透析過(guò)夜。在早上，通過(guò)離心除去細(xì)小的白色沉淀，將產(chǎn)生的上清液上樣于8ml(8×75mm)MonoS高效液相層析柱(Pharmacia Biotechnology，Inc.，Piscataway，NJ，USA)，該柱已于含有50mM NaCl的B緩沖液(10mM MOSF，pH 6.5，0.1mM EGTA)中平衡。該柱用10倍床體積的含50mM NaCl的B緩沖液洗滌，用50mlNaCl增加(50-500mM)的線性梯度展開(kāi)。重組蛋白7116626作為尖峰于300mM NaCl處洗脫。2.從內(nèi)含體純化不溶性蛋白以下步驟于4℃進(jìn)行。將細(xì)胞沉淀重懸浮于裂解緩沖液中，所述裂解緩沖液含有10％甘油、200μg/ml溶菌酶、5mM EDTA、1mMPMSF和0.1％巰基乙醇。通過(guò)細(xì)胞破碎器后，制備產(chǎn)生的含有0.2％脫氧膽酸鹽的勻漿，攪拌10分鐘，然后以20,000×g離心30分鐘。沉淀用含有10％甘油、10mM EDTA、1％Triton X-100、1mM PMSF和0.1％巰基乙醇的裂解緩沖液洗滌，然后用含有1M尿素、1mMPMSF和0.1％2-巰基乙醇的裂解緩沖液洗滌數(shù)次。產(chǎn)生的白色沉淀主要由內(nèi)含體組成，不含破碎的細(xì)胞和膜物質(zhì)。重組蛋白26054702、16225006、30100332、4721061以下步驟于室溫下進(jìn)行。將純化的內(nèi)含體溶于20ml 8.0M尿素的裂解緩沖液中，所述裂解緩沖液具有1mM PMSF和1％2-巰基乙醇，于室溫溫育1小時(shí)。離心除去不溶解的物質(zhì)。將透明的上清液過(guò)濾，上樣于在8.0M尿素的裂解緩沖液中預(yù)平衡的Ni2+-NTA-瓊脂糖柱。該柱用250ml(50倍床體積)的含8M尿素、1mM PMSF、0.1％2-巰基乙醇的裂解緩沖液洗滌，并連續(xù)用含8M尿素、1mM PMSF、0.1％2-巰基乙醇和20、100、200及500mM咪唑的裂解緩沖液的隨后步驟展開(kāi)。通過(guò)OD280nm的吸光度監(jiān)測(cè)流分，并通過(guò)SDS-PAGE分析峰流分。含有該重組蛋白的流分于100mM咪唑洗脫。重組蛋白29479681、26380318將含有內(nèi)含體的沉淀溶解于含有8.0M尿素、1mM PMSF和0.1％2-巰基乙醇的B緩沖液中，于室溫溫育1小時(shí)。通過(guò)以20,000×g離心30分鐘除去不溶解的物質(zhì)，將透明的上清液上樣于在6M尿素、1mM PMSF、0.1％2-巰基乙醇的B緩沖液中預(yù)平衡的15ml(1.6×7.5cm)SP-Sepharose柱。該柱連續(xù)用10倍床體積緩沖液洗滌后，用0-500mM NaCl的線性梯度展開(kāi)。蛋白樣品的透析和濃縮通過(guò)對(duì)含0.5％脫氧膽酸鹽(DOC)的Tris緩沖液鹽水(TBS；10mMTris pH 8.0，150mM NaCl)透析，如下連續(xù)降低尿素濃度6M、4M、3M、2M、1M、0.5M，最后為沒(méi)有尿素的TBS，從所述蛋白樣品中慢慢除去尿素。每個(gè)透析步驟于室溫至少進(jìn)行4小時(shí)。
透析后，通過(guò)用Amicon攪拌槽，加壓過(guò)濾濃縮樣品。用Perkins(1986 Eur.J.Biochem.157，169-180)、Bradford((1976)Anal.Biochem.72，248-254)和Lowry((1951)J.Biol.Chem. 193，第265-275頁(yè))的方法，測(cè)定蛋白濃度。
采用上述方法純化的重組蛋白概述于以下表4。
表4
外膜蛋白
周質(zhì)/分泌蛋白
其它表面蛋白
內(nèi)膜蛋白
具有His標(biāo)記的對(duì)照蛋白
IV.幽門螺桿菌蛋白作為疫苗候選物的分析為了分析幽門螺桿菌蛋白以用于本發(fā)明的疫苗制劑，將幾種幽門螺桿菌蛋白進(jìn)行表達(dá)、免疫學(xué)特征鑒定，并在以下概述的動(dòng)物效力研究中進(jìn)行測(cè)試。具體地說(shuō)，在模擬人類中人幽門螺桿菌感染的小鼠/幽門螺桿菌模型中研究幽門螺桿菌蛋白免疫調(diào)節(jié)效應(yīng)。在這些研究中，測(cè)定口服免疫選定幽門螺桿菌多肽在幽門螺桿菌感染小鼠中的效應(yīng)。重組幽門螺桿菌序列的鑒定、克隆和表達(dá)為了便于克隆、表達(dá)和純化幽門螺桿菌的膜蛋白和/或分泌蛋白，選擇用于在大腸桿菌中克隆和表達(dá)重組蛋白的pET基因表達(dá)系統(tǒng)。此外，對(duì)于其氨基末端具有信號(hào)序列的蛋白，將編碼肽標(biāo)記(His標(biāo)記)的DNA序列融合于目的幽門螺桿菌DNA序列5’端，以便于純化所述重組蛋白產(chǎn)物。PCR擴(kuò)增和克隆含有幽門螺桿菌J99菌株膜蛋白和分泌蛋白ORF的DNA序列制備選定用于從幽門螺桿菌J99菌株克隆的序列，用于通過(guò)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增克隆。所有選定的序列編碼的幽門螺桿菌外膜蛋白與vac9(SEQ ID NO125)、vac10(SEQ ID NO147)、vac22(SEQID NO121)和vac41(SEQ ID NO176)序列均共享末端苯丙氨酸殘基。同樣，vac32(SEQ ID NO108)、vac36(SEQ ID NO149)和vac37(SEQ ID NO139)序列均共享一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端的一個(gè)酪氨酸簇。設(shè)計(jì)和購(gòu)得(BibcoBRL Life Technologies，Gaithersburg，MD，USA)對(duì)所述ORF預(yù)測(cè)成熟5’端和該預(yù)測(cè)的翻譯終止密碼子下游(3’)特異的每個(gè)目的ORF(表5)的合成寡核苷酸引物。設(shè)計(jì)所有的正向引物(對(duì)目的ORF區(qū)5’末端特異的)，以包括后接一個(gè)NdeI限制性位點(diǎn)的一個(gè)BamIII限制性位點(diǎn)。設(shè)計(jì)這些引物，以允許于該NdeI限制性位點(diǎn)序列內(nèi)編碼的甲硫氨酸殘基(在產(chǎn)生非His標(biāo)記的重組蛋白的情況下)起始蛋白翻譯，或允許符合讀框地與編碼His標(biāo)記的DNA序列融合(對(duì)于產(chǎn)生His標(biāo)記的重組蛋白)，然后接所述天然幽門螺桿菌DNA其余部分的編碼序列。設(shè)計(jì)所有反向寡核苷酸引物(對(duì)該ORF的預(yù)測(cè)翻譯終止密碼子下游(3’端)特異的)，以于5’端包含一個(gè)EcoRI限制性位點(diǎn)。這種引物組合使得能夠?qū)⒚總€(gè)目的ORF克隆入pET28b(以產(chǎn)生His標(biāo)記的重組蛋白)或pET30a(以產(chǎn)生非His標(biāo)記的或天然的重組蛋白)中。pET28b載體提供編碼另外20個(gè)氨基末端氨基酸(加上NdeI限制性位點(diǎn)內(nèi)的甲硫氨酸)的序列，所述末端氨基酸包括一段構(gòu)成His標(biāo)記的6個(gè)組氨酸殘基。
由幽門螺桿菌菌株J99 (ATCC 55679)制備的基因組DNA用作PCR擴(kuò)增反應(yīng)的模板DNA源(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。為了擴(kuò)增含有特定幽門螺桿菌ORF的DNA序列，將基因組DNA(50納克)加入反應(yīng)管中，所述反應(yīng)管含有對(duì)目的ORF特異的正向和反向合成寡核苷酸引物各200納克和45微升購(gòu)買的PCR SuperMix(GibcoBRL LifeTechnologies，Gaithersburg，MD，USA)，總共50微升。PCR SuperMix以1.1X濃度供應(yīng)，含有22mM Tris-HCl(pH 8.4)、5.5mM KCl、1.65mM MgCl2、dATP、dCTP、dGTP、dTTP各220μM、22單位重組Taq聚合酶/ml以及穩(wěn)定劑。采用Perkins Elmer Cetus/Gene Amp PCR系統(tǒng)熱循環(huán)儀，使用以下熱循環(huán)條件獲得每個(gè)ORF的擴(kuò)增DNA產(chǎn)物。
表5寡核苷酸引物
Vac32、Vac9和Vac22的序列于94℃變性30秒35個(gè)循環(huán)94℃15秒，55℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃8分鐘結(jié)束Vac10和Vac41的序列于94℃變性30秒35個(gè)循環(huán)94℃15秒，55℃15秒和72℃2.5分鐘反應(yīng)于72℃8分鐘結(jié)束Vac36和Vac37的序列變性2個(gè)循環(huán)94℃15秒，30℃15秒和72℃1.5分鐘23個(gè)循環(huán)94℃15秒，55℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束完成熱循環(huán)反應(yīng)時(shí)，每種擴(kuò)增DNA樣品在1.O％瓊脂糖凝膠上電泳。該DNA通過(guò)暴露于溴化乙錠和長(zhǎng)波UV輻射顯現(xiàn)，并在凝膠膠條中切出。用Wizard PCR Preps試劑盒(Promega Corp.，Madison，WI，USA)純化DNA，然后用BamHI和EcoRI消化(Current Protocols in MolecularBiology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。然后，消化的PCR擴(kuò)增子再如上電泳和純化。將幽門螺桿菌DNA序列連接入克隆載體在Vac9、10、22、31和32的情況下，制備pOK12載體(J.Vieira和J.Messing，Gene 100189-194，1991)，用于用BamHI和EcoRI消化克隆，而在Vac 41的情況下，制備pSU21載體(B.Bartolome等，Gene10275-78，1991)，用于用BamHI和EcoRI消化克隆(Current Protocols inMolecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。將所述載體在1.0％瓊脂糖凝膠上電泳，并采用Wizard PCR Preps試劑盒(Promega Corp.，Madison，WI，USA)純化。連接純化、消化的載體和純化、消化的擴(kuò)增幽門螺桿菌ORF后，按照標(biāo)準(zhǔn)方法(Current Protocolsin Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)將連接反應(yīng)的產(chǎn)物轉(zhuǎn)化入大腸桿菌JM109感受態(tài)細(xì)胞。通過(guò)在LB液體培養(yǎng)基(對(duì)于基于pOK12的質(zhì)粒加上25ug/ml硫酸卡那霉素，或?qū)τ诨趐SU21的質(zhì)粒加25ug/ml氯霉素)中過(guò)夜培養(yǎng)，篩選含有正確重組質(zhì)粒的各個(gè)細(xì)菌菌落，然后用Magic Minipreps系統(tǒng)(Promega Corp.，Madison，WI，USA)制備質(zhì)粒DNA，然后通過(guò)限制性消化進(jìn)行分析(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。將幽門螺桿菌DNA序列克隆入pET28b和pET30a原核表達(dá)載體制備pET28b和pET30a表達(dá)載體，以通過(guò)用NdeI和EcoRI消化克隆(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。通過(guò)用NdeI和EcoRI消化，從pOK12(Vac9、10、23、31和32)或pSU21(Vac41)質(zhì)粒骨架取出幽門螺桿菌DNA序列(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。pET28b、pET30a和幽門螺桿菌DNA序列均在1％瓊脂糖凝膠上電泳，并用Wizard PCR Preps試劑盒(Promega Corp.，Madison WI，USA)純化。連接純化、消化的表達(dá)載體和純化、消化的幽門螺桿菌DNA序列后，將連接反應(yīng)的產(chǎn)物轉(zhuǎn)化入大腸桿菌JM109感受態(tài)細(xì)胞(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。通過(guò)如上所述制備質(zhì)粒DNA，然后通過(guò)限制性消化分布型分析和DNA測(cè)序，篩選含有正確重組質(zhì)粒的各個(gè)細(xì)菌菌落(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。然后用這些重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化特定的大腸桿菌菌株。用重組表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)化感受態(tài)細(xì)菌按照標(biāo)準(zhǔn)方法制備感受態(tài)細(xì)菌菌株(BL21(DE3)、BL21(DE3)pLysS、HMS174(DE3)和HMS174(DE3)pLysS，并用攜帶克隆幽門螺桿菌序列的重組pET28b表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)化(Current Protocols inMolecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。這些表達(dá)宿主菌株含有一個(gè)染色體拷貝的T7 RNA聚合酶基因。這些宿主為一種λ衍生物噬菌體DE3的溶原體，該噬菌體攜帶lacI基因、lacUV5啟動(dòng)子和T7 RNA聚合酶基因。通過(guò)加入異丙基-β-D硫代半乳糖苷(IPTG)誘導(dǎo)T7 RNA聚合酶表達(dá)，然后T7 RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄攜帶T7啟動(dòng)子序列和目的基因的任何靶質(zhì)粒，諸如pET28b。重組幽門螺桿菌序列在大腸桿菌中的表達(dá)從含有25ug/ml硫酸卡那霉素(確保保持基于pET28b的重組質(zhì)粒)的LB瓊脂平板收集轉(zhuǎn)化體，并用來(lái)接種含有25ug/ml硫酸卡那霉素的LB液體培養(yǎng)基，并生長(zhǎng)至600nm的光密度為0.5-1.0 OD單位，此時(shí)，將1mM IPTG加入培養(yǎng)基中1-3小時(shí)，以誘導(dǎo)幽門螺桿菌重組DNA構(gòu)成物的基因表達(dá)。用IPTG誘導(dǎo)基因表達(dá)后，離心沉淀細(xì)菌，將其重懸浮于SDS-PAGE溶解緩沖液后，進(jìn)行SDS-PAGE(Current Protocolsin Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。采用標(biāo)準(zhǔn)方法(Current Protocols in Molecular Biology，John Wileyand Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)，通過(guò)用考馬斯亮藍(lán)染色顯現(xiàn)蛋白質(zhì)，或通過(guò)用特異性抗His標(biāo)記的單克隆抗體(Clontech，Palo Alto，CA，USA)進(jìn)行蛋白質(zhì)免疫印跡測(cè)定蛋白質(zhì)。然后選擇提供最高水平重組蛋白生產(chǎn)的宿主菌株，用于大規(guī)模誘導(dǎo)，以便純化重組蛋白。重組表達(dá)所有下列蛋白，以下列出最高水平表達(dá)的菌株BL21(DE3)(vac31，vac26，vac37)；BL21(DE3)pLysS(vac 9，32)；HMS174(DE3)(vac10，11)。重組蛋白的純化和特異性抗血清的產(chǎn)生如上接種大規(guī)模培養(yǎng)物，并使其生長(zhǎng)，并用1mM IPTG誘導(dǎo)3小時(shí)。誘導(dǎo)后，在Sorvall離心機(jī)中以3500×g于4℃離心15分鐘，沉淀細(xì)菌。所有表達(dá)的重組蛋白均存在于不溶性內(nèi)含體部分中。按照標(biāo)準(zhǔn)方案(Antibodies，Cold Spring Harbor Laboratory Press，E.Harlow和D.Lane編輯，1988)純化內(nèi)含體。由vac32產(chǎn)生的重組蛋白溶于8M尿素中，通過(guò)鎳層析(這里為REF)進(jìn)行部分純化。變性的重組蛋白通過(guò)在SDS-PAGE凝膠上電泳純化，在用考馬斯亮藍(lán)顯現(xiàn)后，從凝膠切下該蛋白，勻漿所述膠條。該材料用來(lái)按照標(biāo)準(zhǔn)方案(Antibodies，Cold SpringHarbor Laboratory Press，E.Harlow和D.Lane編輯，1988)在小鼠或兔子產(chǎn)生特異性多克隆抗體。重組蛋白的免疫學(xué)特征鑒定在試圖產(chǎn)生抗體的所有情況下，產(chǎn)生高效價(jià)抗血清，證實(shí)重組蛋白的免疫原性。此外，這些特異性抗血清用來(lái)分析由該克隆基因編碼的蛋白是否在幽門螺桿菌中表達(dá)。采用標(biāo)準(zhǔn)方案進(jìn)行蛋白質(zhì)免疫印跡分析(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)證實(shí)，幽門螺桿菌菌株J99的確表達(dá)與vac10、vac32、vac31、vac36抗血清反應(yīng)的預(yù)期分子量的蛋白。該特異性抗血清也用來(lái)測(cè)定大量幽門螺桿菌分離物之間抗原保守水平，所述幽門螺桿菌分離物得自世界的不同地理位點(diǎn)，并來(lái)自所有臨床表現(xiàn)類型，包括胃炎、十二指腸潰瘍、胃潰瘍和胃癌。發(fā)現(xiàn)每種菌株產(chǎn)生與每種抗血清特異性反應(yīng)的蛋白。
此外，將來(lái)自菌株J99、17874、AH244和SS1的幽門螺桿菌細(xì)胞分級(jí)分離為不同的細(xì)胞區(qū)室(Doig和Trust 1994 Infect.Immun.624526-4533O’Toole等1995 J.Bacteriol.1776049-6057)。用特異性抗血清通過(guò)蛋白質(zhì)免疫印跡探測(cè)這些部分，以鑒定該蛋白定位的部分。在所有情況下，通過(guò)本文所述的序列特征和基元檢索預(yù)測(cè)，該免疫反應(yīng)性蛋白存在于外膜中。證明蛋白作為疫苗的效力純化vac36用于效力研究所有以下步驟均于4℃進(jìn)行。將細(xì)胞沉淀重懸浮于每克細(xì)胞5倍體積的裂解緩沖液(50mM磷酸鈉pH 8.0，0.5M NaCl，5mM咪唑)中，所述裂解緩沖液含10mM EDTA、1mM苯甲基磺酰氟(PMSF)和0.1％β-巰基乙醇，數(shù)次通過(guò)小體積的微量流化裝置(M-110S型，Microfluidics International Corporation，Newton，MA)破碎細(xì)胞。將產(chǎn)生的勻漿制為含0.2％脫氧膽酸鈉(DOC)的勻漿，攪拌20分鐘，然后離心(10,000g×30min)。沉淀用含有10mM EDTA、1％Triton X-100、1mM PMSF和0.1％β-巰基乙醇的裂解緩沖液洗滌2次，然后用含有1M尿素、1mM PMSF和0.1％β-巰基乙醇的裂解緩沖液洗滌。產(chǎn)生的白色沉淀主要由內(nèi)含體組成，不含破碎的細(xì)胞和膜物質(zhì)。
將內(nèi)含體溶于20ml 6M鹽酸胍的裂解緩沖液中，所述裂解緩沖液具有1mM PMSF和0.1％β-巰基乙醇，于冰上孵育1小時(shí)。離心(100,000g×30min)除去不溶解的物質(zhì)。將透明的上清液通過(guò)0.8μmSupor濾器(Gelman Sciences，F(xiàn)RG)過(guò)濾，然后直接上樣于在6M鹽酸胍的裂解緩沖液(含有1mM PMSF和0.1％β-巰基乙醇)中預(yù)平衡的10ml Ni2+-NTA-瓊脂糖柱(Hochuli等，1987)。該柱用20ml(2倍床體積)的含6M鹽酸胍、1mM PMSF、0.1％β-巰基乙醇的裂解緩沖液洗滌，然后用含有0.5％Brij 35、1mM PMSF、0.1％β-巰基乙醇的100ml線性梯度(6M-0M鹽酸胍)的裂解緩沖液，慢慢除去鹽酸胍。接著，該柱用25ml咪唑增加的線性梯度(5-500mM)的裂解緩沖液展開(kāi)，所述裂解緩沖液含有0.5％Brij 35、1mM PMSF、0.1％β-巰基乙醇。重組蛋白作為集中于100mM咪唑的一個(gè)峰洗脫出。
合并含有所述重組蛋白的流分，然后通過(guò)離心過(guò)濾(Centriprep-10，Amicon，MA)濃縮為大約8ml，直接上樣于350ml Sephacyl S-100 HR凝膠過(guò)濾介質(zhì)柱(2.2×91cm)，該柱已于A緩沖液(50mM磷酸鈉，pH8.0，500mM NaCl，0.1mM EGTA，1mM PMSF，0.1％β-巰基乙醇，0.5％Brij 35)中平衡，然后在A緩沖液中以30ml/h展開(kāi)。通過(guò)280nm的吸光度鑒定含有該重組蛋白的流分，并通過(guò)SDS-PAGE分析。合并流分，濃縮為1.5-2mg/ml，然后對(duì)10 mM磷酸鉀pH 7.5、150mM NaCl、0.1mM EGTA和0.5％Brij 35透析過(guò)夜。定量測(cè)定透析物中蛋白的濃度并分裝，然后冷凍于-20℃。幽門螺桿菌感染的小鼠模型通過(guò)用幽門螺桿菌Sydey菌株SS1感染C57BL/6小鼠，產(chǎn)生幽門螺桿菌感染小鼠模型，用來(lái)評(píng)估重組幽門螺桿菌vac36的效力。該適應(yīng)小鼠(mouse-adapted)幽門螺桿菌菌株為cagA+vacA+，顯示在C57BL/6小鼠中的定居水平相當(dāng)于在人類中觀察到的水平，形成附著基架，定居至少8個(gè)月，并誘出慢性-活動(dòng)型胃炎和粘膜萎縮(Lee等，Gastroenterology，1121386-1397，1997)。劑量反應(yīng)研究已表明，用單次接種106生物體攻擊后8周的近交C57BL/6和Balb/C小鼠，其感染率為100％。胃幽門螺桿菌感染的評(píng)估通過(guò)培養(yǎng)胃組織和定量脲酶測(cè)定，檢測(cè)胃組織中幽門螺桿菌生物體的存在。在后一方法中，將占總竇區(qū)大約1/4的縱向竇節(jié)段置于1ml尿素液體培養(yǎng)基中。4小時(shí)后，通過(guò)分光光度測(cè)量A550，定量測(cè)定因尿素水解和pH升高產(chǎn)生的變色程度(Fox等，Ummunol.88400-406，1996)。測(cè)定敏感度為～103幽門螺桿菌生物體。陽(yáng)性(幽門螺桿菌感染的)胃組織定義為顯示高于平均A550值2個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差的樣品，其中平均A550得自一組未受攻擊、未感染的、年齡相當(dāng)?shù)膶?duì)照小鼠。對(duì)胃組織中免疫的局部免疫應(yīng)答的評(píng)估將來(lái)自食管至十二指腸接點(diǎn)的胃組織縱向切片包埋于OCT包埋化合物中，于液氮中冷凍，冷凍切片用識(shí)別CD4+或CD8+T細(xì)胞的單克隆抗體、或抗小鼠IgA的抗血清免疫染色，以鑒定含IgA(IgACC)的血漿細(xì)胞(Pappo等，Infect.Immun.631246-1252，1995)。局部胃免疫應(yīng)答的程度定量表示為CD4+、CD8+或IgACC細(xì)胞/mm2所檢查的胃區(qū)。純化的重組幽門螺桿菌vac36抗原的保護(hù)活性在小鼠中檢查得自幽門螺桿菌的純化重組vac36抗原干擾幽門螺桿菌感染建立的能力。多組(n＝10)6-8周齡雌性C57BL/6小鼠以每周次的間隔如下口服免疫4次1)100μg重組vac36抗原和10μg霍亂毒素(CT)佐劑，2)1mg幽門螺桿菌裂解液抗原和10μg CT，以及3)0.2M碳酸氫鹽緩沖液和10μg CT佐劑。2周后，通過(guò)口服108幽門螺桿菌生物體，連續(xù)3天攻擊小鼠。該實(shí)驗(yàn)在攻擊后2周終止，通過(guò)細(xì)菌菌落計(jì)數(shù)和定量脲酶測(cè)定，評(píng)估幽門螺桿菌感染水平。
用活幽門螺桿菌生物體攻擊時(shí)，用vac36抗原口服免疫干擾幽門螺桿菌感染的確立。通過(guò)胃脲酶活性和細(xì)菌計(jì)數(shù)測(cè)定進(jìn)行評(píng)價(jià)，用純化重組vac36抗原免疫的小鼠，表現(xiàn)出幽門螺桿菌定居水平顯著較低(表6)?？诜ac36抗原免疫也導(dǎo)致產(chǎn)生局部保護(hù)性胃免疫應(yīng)答。與未免疫的幽門螺桿菌感染小鼠相比，在vac36免疫小鼠的胃組織中募集較大數(shù)目的CD4+T細(xì)胞和IgACC(表7)。表6重組vac36抗原保護(hù)小鼠免受幽門螺桿菌的攻擊
a 脲酶活性表示為來(lái)自n＝10只小鼠/組雙份竇樣品的乎均A550±SEM。b 通過(guò)Wilcoxon秩和檢定與用單獨(dú)的CT佐劑免疫的小鼠相比c 胃組織中幽門螺桿菌水平通過(guò)細(xì)菌計(jì)數(shù)評(píng)價(jià)，表示為平均菌落形成單位±SEM表7vac36免疫小鼠用幽門螺桿菌攻擊時(shí)產(chǎn)生局部胃免疫應(yīng)答
a胃區(qū)平均細(xì)胞數(shù)/mm2±SEM*與未免疫的幽門螺桿菌感染小鼠相比時(shí)，Wilcoxon秩和檢定的p＜0.05V.幽門螺桿菌菌株中基因的序列變異分析從幾個(gè)幽門螺桿菌菌株克隆并序列分析了4個(gè)基因，以比較DNA序列和推定的氨基酸序列。該信息用來(lái)確定幽門螺桿菌J99和從人類患者中分離的其它幽門螺桿菌菌株之間的序列變異。染色體DNA的制備幽門螺桿菌菌株的培養(yǎng)物(列于表10)于BLBB(1％胰蛋白胨、1％Peptamin、0.1％葡萄糖、0.2％酵母提取物、0.5％氯化鈉、5％胎牛血清)生長(zhǎng)至OD600為0.2。細(xì)胞在Sorvall RC-3B中以3500×g于4℃離心15分鐘，將細(xì)胞沉淀重懸浮于0.95ml 10mM Tris-HCl、0.1mMEDTA(TE)中。加入終濃度為1mg/ml的溶菌酶以及SDS(至1％)和RNA酶A+T1(分別至0.5mg/ml和5單位/ml)，于37℃溫育1小時(shí)。然后加入蛋白酶K至終濃度為0.4mg/ml，將樣品于55℃溫育1小時(shí)以上。將NaCl加入樣品中，濃度為0.65M，小心混合，加入0.15ml10％CTAB的0.7M NaCl(最終為1％CTAB/70mM NaCl)，然后于65℃溫育20分鐘。此時(shí)，用氯仿異戊醇抽提樣品，然后用苯酚抽提，再用氯仿∶異戊醇抽提。用EtOH(1.5倍體積)或異丙醇(0.6倍體積)于-70℃沉淀DNA 10分鐘，在70％EtOH中洗滌，并重懸浮于TE。PCR擴(kuò)增和克隆由12個(gè)幽門螺桿菌菌株制備的基因組DNA用作PCR擴(kuò)增反應(yīng)的DNA模板源(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley andSons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。為了擴(kuò)增含有幽門螺桿菌ORF的DNA序列，將基因組DNA(10納克)加入雙份反應(yīng)的反應(yīng)小瓶中，該反應(yīng)小瓶含有2mM MgCl2、1μM與限定的幽門螺桿菌ORF互補(bǔ)并鄰接的合成寡核苷酸引物(正向和反向引物，參見(jiàn)表8)、每種環(huán)磷酸脫氧核苷酸各0.2mM；dATP，dGTP，dCTP，dTTP和0.5單位熱穩(wěn)定DNA聚合酶(Amplitaq，Roche Molecular Systems Inc.，Branchburg，NJ，USA)，終體積為20微升。表 8用于PCR擴(kuò)增幽門螺桿菌DNA序列的寡核苷酸引物
采用Perkin Elmer Cetus/GeneAmp PCR系統(tǒng)9600熱循環(huán)儀，使用以下熱循環(huán)條件獲得每種ORF的擴(kuò)增DNA產(chǎn)物蛋白7116626和蛋白346于94℃變性2分鐘，2個(gè)循環(huán)94℃15秒，30℃15秒和72℃1.5分鐘23個(gè)循環(huán)94℃15秒，55℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束。菌株AH55、5155、7958、AH24和J99的蛋白于94℃變性2分鐘，2個(gè)循環(huán)94℃15秒，30℃15秒和72℃1.5分鐘25個(gè)循環(huán)95℃15秒，55℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃6分鐘結(jié)束。菌株AH4、AH15、AH61、5294、5640、AH18和Hp244的蛋白26054702和蛋白294796813
于94℃變性2分鐘，2個(gè)循環(huán)94℃15秒、30℃20秒和72℃2分鐘23個(gè)循環(huán)94℃15秒，55℃20秒和72℃2分鐘反應(yīng)于72℃8分鐘結(jié)束。
熱循環(huán)反應(yīng)結(jié)束時(shí)，混合每對(duì)樣品，如下所述直接用來(lái)克隆入pCR克隆載體。將幽門螺桿菌DNA序列克隆入pCR TA克隆載體采用Original TA克隆試劑盒(Invitrogen，San Diego，CA)中描述的方法，將所有擴(kuò)增的插入片段克隆入pCR 2.1載體。然后如下所述用連接反應(yīng)的產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌菌株TOP10F’(在幽門螺桿菌序列350的情況下為INVaF’)。用重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化受態(tài)細(xì)菌按照標(biāo)準(zhǔn)方法(Current Protocols in Molecular Biology，John Wileyand Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)，用攜帶克隆的幽門螺桿菌序列的重組pCR表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)化感受態(tài)細(xì)菌大腸桿菌TOP10F’或大腸桿菌菌株INVaF’。簡(jiǎn)而言之，將2微升0.5μM BEM加入每個(gè)50微升感受態(tài)細(xì)胞的小瓶中。隨后，將2微升連接反應(yīng)物與感受態(tài)細(xì)胞混合，于冰上孵育30分鐘。然后細(xì)胞和連接反應(yīng)物于42℃進(jìn)行“熱休克”30秒，隨后再置于冰上2分鐘，此后，樣品于0.45毫升SOC培養(yǎng)基(0.5％酵母提取物、2.0％胰蛋白胨、10mM NaCl、2.5mM KCl、10mMMgCl2、10mM MgSO4和20mM葡萄糖)中于37℃振蕩培養(yǎng)1小時(shí)。然后將樣品涂布于含25微克/ml硫酸卡那霉素或100微克/ml氨芐青霉素的LB瓊脂平板上生長(zhǎng)過(guò)夜。然后挑出并分析轉(zhuǎn)化的TOP10F’或INVaF’菌落，以如下評(píng)價(jià)克隆的插入片段。攜帶幽門螺桿菌序列的重組PCR質(zhì)粒的鑒定采用原始PCR擴(kuò)增克隆反應(yīng)、對(duì)每種幽門螺桿菌序列特異的正向和反向引物，通過(guò)PCR擴(kuò)增克隆的插入片段，分析用重組pCR-幽門螺桿菌ORF轉(zhuǎn)化的各個(gè)TOP10F’或INVaF’克隆。成功的擴(kuò)增證實(shí)，所述幽門螺桿菌序列加入該克隆載體(Current Protocols in MolecularBiology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)中。
挑出攜帶正確克隆的幽門螺桿菌ORF的重組pCR載體的各個(gè)克隆，用于序列分析。采用標(biāo)準(zhǔn)方案(Perkin Elmer)，用載體特異性引物(如在PCRII或pCR2.1中發(fā)現(xiàn)的，Invitrogen，San Diego，CA)和對(duì)以下表9所列ORF特異的測(cè)序引物，在ABI測(cè)序儀上進(jìn)行序列分析。表9用于序列分析幽門螺桿菌DNA序列的寡核苷酸引物
結(jié)果為了確立這些實(shí)驗(yàn)中的PCR錯(cuò)誤率，對(duì)由幽門螺桿菌菌株J99的5個(gè)獨(dú)立的PCR反應(yīng)混合物制備的5個(gè)獨(dú)立的蛋白26054702克隆，在該DNA序列累積總共為4485個(gè)堿基、總長(zhǎng)度為897個(gè)核苷酸的長(zhǎng)度內(nèi)測(cè)序。將5個(gè)克隆的DNA序列與先前通過(guò)不同方法(即隨機(jī)鳥槍法克隆和測(cè)序)獲得的DNA序列進(jìn)行比較。本文所述實(shí)驗(yàn)的PCR錯(cuò)誤率測(cè)定為4485個(gè)堿基中2個(gè)堿基改變，這相當(dāng)于估計(jì)的不高于0.04％的錯(cuò)誤率。
在鑒定為基因并通過(guò)PCR方法由12個(gè)不同的幽門螺桿菌菌株擴(kuò)增4個(gè)不同可讀框上，進(jìn)行DNA測(cè)序分析。選擇用于該項(xiàng)研究的4個(gè)可讀框中的3個(gè)，其推定的氨基酸序列與其它細(xì)菌菌種中存在的特定蛋白顯示統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的BLAST同源性。那些ORF包括蛋白26054702，同源于編碼F.nonicida中ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的val A和B基因；蛋白7116626，同源于流感嗜血桿菌(H.influenzae)外膜中存在的脂蛋白e(P4)；蛋白29479681，同源于fecA-一種大腸桿菌二檸檬酸鐵(III)轉(zhuǎn)運(yùn)中的外膜受體。蛋白346鑒定為未知的可讀框，因?yàn)樗c公用數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列顯示低同源性。
為了評(píng)價(jià)不同幽門螺桿菌菌株的ORF中的保守或變異程度，將DNA序列和推導(dǎo)的蛋白序列中的改變與幽門螺桿菌J99菌株中發(fā)現(xiàn)的DNA序列和推導(dǎo)的蛋白序列比較(參見(jiàn)以下表10)。結(jié)果以通過(guò)隨機(jī)鳥槍法克隆測(cè)序的同幽門螺桿菌J99菌株的同一性百分比表示。為了控制J99序列中的任何變異，再?gòu)腏99細(xì)菌菌株將4個(gè)可讀框信息中的每個(gè)進(jìn)行克隆并測(cè)序，將該序列信息與已經(jīng)通過(guò)對(duì)J99菌株隨機(jī)鳥槍法測(cè)序克隆的插入片段收集的序列信息進(jìn)行比較。該數(shù)據(jù)證明，該DNA序列中有小至0.12％差異(蛋白346，J99菌株)至大約7％改變(蛋白26054702，菌株AH5)的變異。推導(dǎo)的蛋白序列或者未顯示變異(蛋白346，菌株AH18和AH24)，或顯示最高達(dá)7.66％氨基酸改變(蛋白26054702，菌株AH5)。表10幽門螺桿菌疫苗候選者的多菌株DNA序列分析J99蛋白編號(hào)26054702 26054702 7116626 7116626 29479681 29477968 346 3461區(qū)域長(zhǎng)度測(cè)序的 248 a.a. 746 nt. 232 a.a. 96nt.182 a.a. 548 nt. 273 a.a. 819 nt.測(cè)試的菌株氨基酸 核苷酸 氨基酸 核苷酸 氨基酸 核苷酸 氨基酸核苷酸同一性 同一性 同一性 同一性 同一性 同一性 同一性同一性J99 100.0％100.00％ 100.00％ 100.00％ 100.00％ 100.00％ 99.63％ 99.88％AH244 95.16％95.04％ n.d. n.d. 99.09％ 96.71％ 98.90％ 96.45％AH4 95.97％95.98％ 97.84％ 95.83％ n.d. n.d. 97.80％ 95.73％AH5 92.34％93.03％ 98.28％ 96.12％ 98.91％ 96.90％ 98.53％ 95.73％AH15 95.16％94.91％ 97.41％ 95.98％ 99.82％ 97.99％ 99.63％ 96.09％AH61 n.d. n.d. 97.84％ 95.98％ 99.27％ 97.44％ n.d. n.d.5155 n.d. n.d. n.d n.d. 99.45％ 97.08％ 98.53％ 95.60％5294 94.35％94.37％ 98.28％ 95.40％ 99.64％ 97.26％ 97.07％ 95.48％7958 94.35％94.10％ 97.84％ 95.40％ n.d. n.d. 99.63％ 96.46％5640 95.16％94.37％ 97.41％ 95.69％ 99.09％ 97.63％ 98.53％ 95.48％AH18 n.d. n.d. 98.71％ 95.69％ 99.64％ 97.44％ 100.00％ 95.97％AH24 94.75％95.04％ 97.84％ 95.40％ 99.27％ 96.71％ 100.00％ 96.46％n.d.＝未進(jìn)行VI.測(cè)定作為潛在治療靶的幽門螺桿菌必需基因的實(shí)驗(yàn)型失效方案從其蛋白產(chǎn)物似乎在諸如胞外被膜合成、DNA合成、轉(zhuǎn)錄、翻譯、調(diào)節(jié)和定居/毒性的必需細(xì)胞途徑中起關(guān)鍵作用的基因，選擇治療靶。
缺失幽門螺桿菌基因/ORF部分和插入誘變卡那霉素抗性盒，以便鑒定細(xì)胞必需基因，其方案由先前發(fā)表的方法(Labigne-Roussel等，1988，J.Bacteriology 170，第1704-1708頁(yè)；Cover等，1994，J.BiologicalChemistry 269，第10566-10573頁(yè)；Reyrat等，1995，Proc.Natl.Acad.Sci.92，第8768-8772頁(yè))進(jìn)行修改。結(jié)果是基因“失效”。幽門螺桿菌基因序列的鑒定和克隆從幽門螺桿菌基因組序列中鑒定選擇作為失效靶的基因或ORF(可讀框)的序列，并用來(lái)設(shè)計(jì)引物以特異性地?cái)U(kuò)增所述基因/ORF。在OLIGO程序(National Biosciences，Inc.，Plymouth，MN 55447，USA)的幫助下設(shè)計(jì)所有合成寡核苷酸引物，也可以購(gòu)自Gibco/BRL LifeTechnologies(Gaithersburg，MD，USA)。如果該ORF小于800-1000個(gè)堿基對(duì)，則選擇該可讀框外的側(cè)翼引物。
由幽門螺桿菌HpJ99菌株(ATCC55679；由Geneome TherapeuticsCorporation，100 Beaver Street，Waltham，MA 02154保藏)制備的基因組DNA，用作通過(guò)PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))(Current Protocols in MolecularBiology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)擴(kuò)增所述ORF的模板DNA源。對(duì)于從幽門螺桿菌制備基因組DNA，參見(jiàn)實(shí)施例I。通過(guò)將10納克基因組HpJ99 DNA加入反應(yīng)小瓶中進(jìn)行PCR擴(kuò)增，其中所述反應(yīng)小瓶含有10mM Tris pH 8.3、50mM KCl、2mMMgCl2、2μM合成寡核苷酸引物(正向＝F1，而反向＝R1)、0.2mM每種三磷酸脫氧核苷酸(dATP，dGTP，dCTP，dTTP)和1.25單位熱穩(wěn)定DNA聚合酶(Amplitaq，Roche Molecular Systems，Inc.，Branchburg，NJ，USA)，終體積為40微升。用Perkins Elmer Cetus/GeneAmp PCR系統(tǒng)9600熱循環(huán)儀進(jìn)行PCR。
在熱循反應(yīng)結(jié)束時(shí)，每個(gè)擴(kuò)增DNA的樣品在2％TAE瓊脂糖凝膠上用溴乙錠染色呈現(xiàn)(Current Protocols in Molecular Biology，JohnWiley和Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)，以確定由該反應(yīng)產(chǎn)生的預(yù)期大小的單個(gè)產(chǎn)物。然后洗滌擴(kuò)增的DNA，并用Qiaquick Spin PCR純化試劑盒(Qiagen，Gaithersburg，MD，USA)純化。
采用TA克隆策略(Current Protocols in Molecular Biology，JohnWiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)，將PCR產(chǎn)物克隆入pT7Blue T載體(分類號(hào)為69820-1，Novagen，Inc.，Madison，WI，USA)。通過(guò)將過(guò)量6倍摩爾濃度的所述PCR產(chǎn)物、10ng pT7Blue-T載體(Novagen)、1微升T4 DNA連接酶緩沖液(New England Biolabs，Beverly，MA，USA)和200單位的T4 DNA連接酶(New England Biolabs)混合為10微升的終反應(yīng)體積，完成將所述PCR產(chǎn)物連接入該載體中。讓連接反應(yīng)于16℃進(jìn)行16小時(shí)。
將連接產(chǎn)物電穿孔入電穿孔感受態(tài)XL-1 Blue或DH5-a大腸桿菌細(xì)胞(Clontech Lab.，Inc.Palo Alto，CA，USA)中(Current Protocols inMolecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。簡(jiǎn)而言之，將1微升連接反應(yīng)物與40微升電感受態(tài)細(xì)胞混合，經(jīng)過(guò)高壓脈沖(25微法拉，2.5kV，200ohms)，此后，樣品于0.45ml SOC培養(yǎng)基(0.5％酵母提取物、2％胰蛋白胨、10mM NaCl、2.5mM KCl、10mM MgCl2、10mM MgSO4和20mM葡萄糖)、37℃振蕩培養(yǎng)1小時(shí)。然后將樣品涂布在含有100微克/ml氨芐青霉素、0.3％X-gal和100微克/ml IPTG的LB(10g/l細(xì)菌培養(yǎng)用胰蛋白胨、5g/l細(xì)菌培養(yǎng)用酵母提取物、10g/l氯化鈉)平板上。這些平板于37℃培養(yǎng)過(guò)夜。選擇白色的氨芐青霉素抗性菌落，使其生長(zhǎng)于含有100微克/ml氨芐青霉素的5ml液體LB中，用Qiagen小量制備方案(Qiagen，Gaithsburg，MD，USA)分離質(zhì)粒DNA。
為了證實(shí)已經(jīng)克隆了正確的幽門螺桿菌DNA插入片段，使用用于J99幽門螺桿菌序列最初擴(kuò)增的相同正向和反向引物，將這些pT7Blue質(zhì)粒DNA用作PCR擴(kuò)增所述克隆的插入片段的模板。識(shí)別2％TAE(溴化乙錠染色的瓊脂糖凝膠)上顯現(xiàn)的引物和正確大小的PCR產(chǎn)物，證實(shí)已經(jīng)克隆了正確的插入片段。每個(gè)失效靶獲得2-6個(gè)這種證實(shí)的克隆，將其于-70℃冷凍貯存。為了最大限度地減小由PCR產(chǎn)生的錯(cuò)誤，合并分子這些證實(shí)的克隆的質(zhì)粒DNA，用于隨后的克隆步驟。
再用所述基因/ORF序列設(shè)計(jì)第二對(duì)引物，所述引物鄰接所述ORF內(nèi)或者待破壞或者待缺失的幽門螺桿菌DNA區(qū)(多至250個(gè)堿基對(duì))，但方向相反。先前分離克隆的環(huán)狀質(zhì)粒DNA庫(kù)用作該輪PCR的模板。由于該對(duì)缺失引物擴(kuò)增方向相反，因此引物之間ORF部分不包括在產(chǎn)生的PCR產(chǎn)物中。該P(yáng)CR產(chǎn)物為每端具有幽門螺桿菌DNA的線性DNA片段和它們之間的pT7Blue載體骨架，這本質(zhì)上導(dǎo)致所述ORF一部分的缺失。在1％TAE(溴化乙錠染色的瓊脂糖凝膠)上顯現(xiàn)該P(yáng)CR產(chǎn)物，以證實(shí)僅擴(kuò)增了正確大小的單一產(chǎn)物。
通過(guò)先前所用的TA克隆方法(Current Protocols in MolecularBiology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)，將卡那霉素抗性盒(labigne-Roussel等，1988，J.Bacteriology，170，1704-1708)連接于該P(yáng)CR產(chǎn)物。通過(guò)用EcoRI消化重組質(zhì)粒pCTB8kan(Cover等，1994，J.Biological Chemistry 269，第10566-10573頁(yè))，獲得含Campylobacter卡那霉素抗性基因的卡那霉素盒。在1％TAE凝膠上分離合適的片段(1.4kb)，用QIAquick凝膠提取試劑盒(Qiagen，Gaithersburg，MD，USA)分離。采用Klenow填平方案進(jìn)行該片段的末端修復(fù)，這涉及將4ug該DNA片段、1微升0.5mM dATP、dGTP、dCTP、dTTP、2微升Klenow緩沖液(New England Biolabs)和5單位Klenow DNA聚合酶I大(Klenow)片段(New England Biolabs)混合為20微升反應(yīng)物，于30℃溫育15分鐘，通過(guò)加熱至75℃10分鐘失活該酶。然后通過(guò)Qiaquick柱(Qiagen，Gaithersburg，MD，USA)純化該平端化的卡那霉素盒，以去除核苷酸。然后，通過(guò)在100微升反應(yīng)物中混合5微克平端卡那霉素盒、10mM Tris pH 8.3、50mM KCl、2mM MgCl2、5單位DNA聚合酶(Amplitaq，Roche Molecular Systems，Inc.，Branchburg，NJ，USA)、20微升5mM dTTP，于37℃溫育反應(yīng)物2小時(shí)。采用QIAquick柱(Qiagen，Gaithersburg，MD，USA)純化“Kan-T”盒。通過(guò)在10微升反應(yīng)物中混合10-25ng缺失引物PCR產(chǎn)物、50-75ng Kan-T盒DNA、1微升10x T4 DNA連接酶反應(yīng)混合物、0.5微升T4 DNA連接酶(NewEngland Biolabs，Beverly，MA，USA)，將所述缺失引物(F2和R2)的PCR產(chǎn)物連接于Kan-T盒，于16℃溫育16小時(shí)。
通過(guò)如前述的電穿孔，將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化入XL-1 Blue或DH5-a大腸桿菌。在SOC中回收后，將細(xì)胞平板接種于含100微克/ml氨芐青霉素的平板，于37℃生長(zhǎng)過(guò)夜。然后，將這些平板復(fù)制平板接種于含有25微克/ml卡那霉素的平板上，讓其生長(zhǎng)過(guò)夜。產(chǎn)生的菌落具有pT7Blue載體中存在的氨芐青霉素抗性基因，也具有新引入的卡那霉素抗性基因。將菌落挑到含有25微克/ml卡那霉素的LB中，采用Qiagen小量制備方案(Qiagen，Gaithersburg，MD，USA)從培養(yǎng)的細(xì)胞分離質(zhì)粒DNA。
通過(guò)PCR擴(kuò)增的幾個(gè)實(shí)驗(yàn)在這些質(zhì)粒上進(jìn)行，以證實(shí)卡那霉素插入幽門螺桿菌基因/ORF中，以測(cè)定卡那霉素抗性基因相對(duì)于幽門螺桿菌基因/ORF插入的方向。為證實(shí)將卡那霉素盒插入幽門螺桿菌序列，用所述質(zhì)粒DNA作為使用原始用來(lái)克隆幽門螺桿菌基因/ORF的該組引物的PCR擴(kuò)增的模板。正確的PCR產(chǎn)物為缺失的基因/ORF的大小，但是通過(guò)加入1.4kb卡那霉素盒使其大小增大。為了避免卡那霉素抗性盒對(duì)幽門螺桿菌基因表達(dá)的潛在極性影響，測(cè)定卡那霉素抗性基因相對(duì)于失效基因/ORF的方向，兩個(gè)方向最終均用于幽門螺桿菌轉(zhuǎn)化中(參見(jiàn)下文)。為了確定卡那霉素抗性基因插入的方向，由卡那霉素基因的末端設(shè)計(jì)引物(“Kan-1”5’-ATCTTACCTATCACCTCAAAT-3’(SEQ ID NO255))和“Kan-2”5’AGACAGCAACATCTTTGTGAA-3’(SEQ ID NO256))。通過(guò)使用每種克隆引物結(jié)合每種Kan引物(4個(gè)引物組合)，確定卡那霉素盒相對(duì)于幽門螺桿菌序列的方向。將陽(yáng)性克隆分類為“A”方向(幽門螺桿菌基因和卡那霉素抗性基因存在相同的轉(zhuǎn)錄方向)或“B”方向(幽門螺桿菌基因的轉(zhuǎn)錄方向與卡那霉素抗性基因的方向相反)。合并相同方向(A或B)的克隆，用于隨后的實(shí)驗(yàn)并獨(dú)立轉(zhuǎn)化入幽門螺桿菌。將質(zhì)粒DNA轉(zhuǎn)化入幽門螺桿菌細(xì)胞用2個(gè)幽門螺桿菌菌株進(jìn)行轉(zhuǎn)化ATCC55679，提供獲得幽門螺桿菌序列數(shù)據(jù)庫(kù)的DNA的臨床分離物；和AH244，已經(jīng)傳代并具有定居小鼠胃能力的分離物。用于轉(zhuǎn)化的細(xì)胞于37℃、10％CO2、100％濕度生長(zhǎng)于或者羊血瓊脂平板或生長(zhǎng)于Brucella肉湯液體中。細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期，進(jìn)行顯微鏡檢查，以確定細(xì)胞是“健康”(活躍運(yùn)動(dòng)的細(xì)胞)的，不是污染的。如果生長(zhǎng)于乎板上，通過(guò)用無(wú)菌接種環(huán)從該平板上刮下細(xì)胞，收獲細(xì)胞，懸浮于1ml Brucella肉湯中，離心下來(lái)(1分鐘，在eppendorf微量離心機(jī)中的最高速)，并重懸浮于200微升Brucella肉湯中。如果生長(zhǎng)于Brucella肉湯液體中，離心細(xì)胞(在Beckman TJ6離心機(jī)中，3000rpm 15分鐘)，將細(xì)胞沉淀重懸浮于200微升Brucella肉湯中。取等份細(xì)胞測(cè)定600nm的光密度，以便計(jì)算細(xì)胞濃度。將1等份(1-5 OD600單位/25微升)重懸浮細(xì)胞平板接種于預(yù)溫?zé)岬难蜓傊桨迳希瑢⒃撈桨逶儆?7℃、6％CO2、100％濕度溫育4小時(shí)。該溫育后，將10微升質(zhì)粒DNA(100微克/微升)點(diǎn)到這些細(xì)胞上。平行進(jìn)行陽(yáng)性對(duì)照(具有由卡那霉素抗性基因中斷的核糖核酸酶H基因的質(zhì)粒DNA)和陰性對(duì)照(無(wú)質(zhì)粒DNA)。將平板返回37℃、6％CO2再溫育4小時(shí)。然后，用于Brucella肉湯中濕潤(rùn)的藥簽將細(xì)胞涂布到該平板，于37℃、6％CO2生長(zhǎng)20小時(shí)。然后，將細(xì)胞轉(zhuǎn)移至含25微克/ml卡那霉素的羊血瓊脂平板，讓其于37℃、6％CO2、100％濕度生長(zhǎng)3-5天。如果出現(xiàn)菌落，挑出這些菌落，作為含有25微克/ml卡那霉素的新鮮羊血瓊脂平板上的斑片再生長(zhǎng)。
進(jìn)行3組PCR實(shí)驗(yàn)，以證實(shí)已經(jīng)由合適的染色體位置上的同源重組產(chǎn)生轉(zhuǎn)化體菌落。如下通過(guò)快速煮沸DNA制劑方法，獲得PCR模板(來(lái)自菌落的DNA)。將1等份菌落(用牙簽刺該菌落)引入100微升的1％Triton X-100、20mM Tris，pH 8.5，并煮沸6分鐘。加入等體積苯酚∶氯仿(1∶1)，并渦旋混合。將該混合物微量離心5分鐘，將上清液用作使用以下引物組合的PCR的模板，以證實(shí)于合適染色體位置的同源重組。
實(shí)驗(yàn)1.用最初用來(lái)擴(kuò)增該基因/ORF的克隆引物的PCR。于正確染色體位置的同源重組的陽(yáng)性結(jié)果應(yīng)該顯示單一的PCR產(chǎn)物，預(yù)期該產(chǎn)物大小為該缺失基因/ORF的大小，但加上1.4kb卡那霉素盒使其大小增大。恰好該基因/ORF大小的PCR產(chǎn)物證明該基因尚未失效，并且轉(zhuǎn)化體不是正確染色體位置上的同源重組的結(jié)果。
實(shí)驗(yàn)2.根據(jù)所用的質(zhì)粒DNA是“A”方向還是“B”方向，用F3(由該基因/ORF上游序列設(shè)計(jì)的、但不存在于該質(zhì)粒上的引物)和或者引物Kan-1或者Kan-2(由卡那霉素抗性基因末端設(shè)計(jì)的引物)進(jìn)行的PCR。于正確染色體位置上的同源重組將產(chǎn)生預(yù)期大小的單一PCR產(chǎn)物(即從F3的位置至卡那霉素抗性基因的插入位點(diǎn))。沒(méi)有不正確大小的一種或多種PCR產(chǎn)物將證明，該質(zhì)粒尚未整合于正確的位點(diǎn)，并且該基因尚未失效。
實(shí)驗(yàn)3.根據(jù)所用的質(zhì)粒DNA是“A”方向還是“B”方向，用R3(由該基因/ORF下游序列設(shè)計(jì)的、但不存在于該質(zhì)粒上的引物)和或者引物Kan-1或者Kan-2進(jìn)行的PCR。于正確染色體位置上的同源重組將產(chǎn)生預(yù)期大小的單一PCR產(chǎn)物(即從卡那霉素抗性基因的插入位點(diǎn)至R3的下游位置)。此外，沒(méi)有不正確大小的一種或多種PCR產(chǎn)物會(huì)證明，該質(zhì)粒尚未整合于正確的位點(diǎn)，并且該基因尚未失效。
所有以上三個(gè)實(shí)驗(yàn)均顯示陽(yáng)性結(jié)果的轉(zhuǎn)化體表明，該基因?qū)τ隗w外生存不是必需的。
對(duì)于每個(gè)轉(zhuǎn)化體，在任何一個(gè)上述三個(gè)實(shí)驗(yàn)中的陰性結(jié)果，表明該基因尚未破壞，并且該基因?qū)τ隗w外生存是必需的。
在由兩個(gè)獨(dú)立轉(zhuǎn)化未產(chǎn)生菌落的事件中，盡管核糖核酸酶H質(zhì)粒DNA破壞的陽(yáng)性對(duì)照產(chǎn)生轉(zhuǎn)化體，但在鋪平板用于菌落形成之前，對(duì)來(lái)自轉(zhuǎn)化體群體的DNA通過(guò)PCR進(jìn)一步分析該質(zhì)粒DNA。這將證實(shí)，該質(zhì)?？赡苓M(jìn)入所述細(xì)胞，并于正確位點(diǎn)經(jīng)歷同源重組。簡(jiǎn)而言之，按照上述轉(zhuǎn)化方案溫育質(zhì)粒DNA。在與質(zhì)粒DNA溫育后，立即從幽門螺桿菌細(xì)胞提取DNA，將該DNA用作以上實(shí)驗(yàn)2和實(shí)驗(yàn)3的模板。實(shí)驗(yàn)2和實(shí)驗(yàn)3中的陽(yáng)性結(jié)果將證明，該質(zhì)粒DNA可能進(jìn)入所述細(xì)胞，并于正確的染色體位置經(jīng)歷同源重組。如果實(shí)驗(yàn)2和實(shí)驗(yàn)3為陽(yáng)性，則不能獲得有生命力的轉(zhuǎn)化體表明，該基因是必需的，該基因破壞的細(xì)胞不能形成菌落。VII.高通量的藥物篩選測(cè)定克隆、表達(dá)和蛋白純化待用于高通量藥物篩選測(cè)定的幽門螺桿菌靶基因及其蛋白產(chǎn)物(例如幽門螺桿菌酶)的克隆、轉(zhuǎn)化、表達(dá)和純化，基本上按照以上實(shí)施例II和實(shí)施例III中所述進(jìn)行。以下作為一個(gè)具體實(shí)施例描述特定幽門螺桿菌基因產(chǎn)物肽基-脯氨酰順?lè)串悩?gòu)酶的篩選測(cè)定的開(kāi)發(fā)和應(yīng)用。酶測(cè)定基本上按Fisher(Fisher，G.等(1984)Biomed.Biochim.Acta431101-1111)所述進(jìn)行該測(cè)定。該測(cè)定測(cè)量測(cè)試肽N-琥珀酰-Ala-Ala-Pro-Phe-對(duì)硝基酰基苯胺(nitroailide)(Sigma # S-7388，批號(hào)84H5805)中Ala-Pro鍵的順?lè)串悩?gòu)。該測(cè)定與α-胰凝乳蛋白酶偶聯(lián)，其中該蛋白酶切割該測(cè)試肽的能力僅在所述Ala-Pro鍵為反式時(shí)發(fā)生。在BeckmanDU-650型分光光度計(jì)上于390nm跟蹤該測(cè)定中該測(cè)試肽向反式異構(gòu)體的轉(zhuǎn)化。以0.5秒的平均掃描時(shí)間，每秒收集數(shù)據(jù)。在終體積為400ul的35mM Hepes，pH 8.0與10μM α-胰凝乳蛋白酶(來(lái)自牛胰的1-5型，Sigma # C-7762，批號(hào)23H7020)和10nM PPI酶中進(jìn)行該測(cè)定。為了起始反應(yīng)，于室溫將10μl底物(2 mM N-琥珀酰-Ala-Ala-Pro-Phe-對(duì)硝基?；桨返腄MSO)加入390μl反應(yīng)混合物中。粗細(xì)菌提取物中的酶測(cè)定于對(duì)數(shù)中期(OD600nm～1)收獲Brucella肉湯中的50ml幽門螺桿菌(菌株J99)培養(yǎng)物，將其重懸浮于具有以下蛋白酶抑制劑的裂解緩沖液中1mM PMSF以及抑酶肽、亮抑酶肽、胃酶抑制劑、TLCK、TPCK和大豆胰蛋白酶抑制劑各10μg/ml。將該懸浮液進(jìn)行3個(gè)循環(huán)的凍融(于-70℃15分鐘，然后于室溫30分鐘)，然后進(jìn)行超聲處理(3個(gè)20秒的脈沖串)。將裂解液離心(12,000g×30分鐘)，如上分析上清液的酶活性。
在大腸桿菌中許多幽門螺桿菌酶可以以高水平的活性形式表達(dá)。這種純化蛋白的高產(chǎn)量供設(shè)計(jì)各種高通量藥物篩選測(cè)定之用。VIII.截短的基因表達(dá)和蛋白生產(chǎn)重組幽門螺桿菌序列的鑒定、克隆和表達(dá)為了便于克隆、表達(dá)和純化幽門螺桿菌的膜蛋白，選擇用于在大腸桿菌中克隆和表達(dá)重組蛋白的pET基因表達(dá)系統(tǒng)(Novagen)。此外，對(duì)于其氨基末端具有信號(hào)序列的蛋白，將編碼肽標(biāo)記(His標(biāo)記)的DNA序列融合于目的幽門螺桿菌DNA序列5’端，以便于純化所述重組蛋白產(chǎn)物。在某些情況下，將該DNA序列符合讀框地與谷胱苷肽-S-轉(zhuǎn)移酶蛋白一起克隆，以產(chǎn)生GST融合蛋白。用于這種情況的載體為Pharmacia LKB(Uppsala，瑞典)的pGEX系列。PCR擴(kuò)增和克隆含有幽門螺桿菌J99菌株膜蛋白和分泌蛋白ORF的DNA序列制備選定(選自本發(fā)明的DNA序列表)用于從幽門螺桿菌菌株J99克隆的序列，用于通過(guò)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增克隆。設(shè)計(jì)和購(gòu)得(GibcoBRL Life Technologies，Gaithersburg，MD，USA)用于目的ORF(表1)、對(duì)該ORF預(yù)測(cè)成熟5’端、以及或者該預(yù)測(cè)的翻譯終止密碼子下游(3’)或者該編碼區(qū)內(nèi)特定點(diǎn)特異的合成寡核苷酸引物。設(shè)計(jì)所有的正向引物(對(duì)目的ORF區(qū)5’末端特異的)，以包括或者一個(gè)BamHI或者一個(gè)NdeI限制性位點(diǎn)。設(shè)計(jì)NdeI限制性位點(diǎn)序列內(nèi)的這些引物，以允許于甲硫氨酸殘基(在產(chǎn)生非His標(biāo)記的重組蛋白的情況下，在NdeI限制性位點(diǎn)內(nèi)編碼的)起始蛋白翻譯，或以符合讀框地與編碼His標(biāo)記的DNA序列融合(對(duì)于產(chǎn)生His標(biāo)記的重組蛋白)，然后接所述天然幽門螺桿菌DNA其余部分的編碼序列。產(chǎn)生具有該BamHI限制性位點(diǎn)的引物，以符合讀框地與pGEX載體(Pharmacia LKB，Uppsala，瑞典)中的谷胱苷肽-S-轉(zhuǎn)移酶基因的C末端融合。設(shè)計(jì)所有反向引物，以于5’端包含一個(gè)EcoRI限制性位點(diǎn)。選擇幾種能引起該多肽截短的反向寡核苷酸引物，以除去C末端的某些部分，在這些情況下，5’末端的EcoRI限制性位點(diǎn)后接一個(gè)翻譯終止密碼子。這類引物組合使得能夠?qū)⒛康腛RF(或目的ORF的部分)克隆入pET28b(以產(chǎn)生His標(biāo)記的重組蛋白)、pET30a(以產(chǎn)生非His標(biāo)記的或天然的重組蛋白)或pGEX-4T或pGEX-5X系列(以產(chǎn)生GST融合蛋白)中。pET28b載體提供編碼另外20個(gè)氨基末端氨基酸(加上NdeI限制性位點(diǎn)內(nèi)的甲硫氨酸)的序列，所述氨基末端氨基酸包括一段構(gòu)成His標(biāo)記的6個(gè)組氨酸殘基，而pGEX載體將幽門螺桿菌蛋白融合于26,000Da的谷胱苷肽-S-轉(zhuǎn)移酶蛋白。
由幽門螺桿菌菌株J99(ATCC 55679)制備的基因組DNA用作PCR擴(kuò)增反應(yīng)的模板DNA源(Current Protocols in Moleculare Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。為了擴(kuò)增含有特定幽門螺桿菌ORF的DNA序列，將基因組DNA(50納克)加入反應(yīng)管中，所述反應(yīng)管含有對(duì)目的ORF特異的正向和反向合成寡核苷酸引物各200納克和45微升購(gòu)買的PCR SuperMix(GibcoBRL LifeTechnologies，Gaithersburg，MD，USA)，總共50微升。PCR SuperMix以1.1X濃度供應(yīng)，含有22mM Tris-HCl(pH 8.4)、55mM KCl、1.65mM MgCl2、dATP、dCTP、dGTP、dTTP各220μM、22單位重組Taq聚合酶/ml以及穩(wěn)定劑。采用Perkins Elmer Cetus/GeneAmp PCR系統(tǒng)熱循環(huán)儀，使用以下熱循環(huán)條件獲得每個(gè)ORF的擴(kuò)增DNA產(chǎn)物。表11寡核苷酸引物
Vac38的序列(全長(zhǎng)或截短的)于94℃變性30秒35個(gè)循環(huán)94℃15秒，55℃15秒和72℃1.5分鐘反應(yīng)于72℃8分鐘結(jié)束熱循環(huán)反應(yīng)結(jié)束時(shí)，在1.0％瓊脂糖凝膠上電泳每種擴(kuò)增DNA樣品。通過(guò)暴露于溴化乙錠和長(zhǎng)波UV輻射，顯現(xiàn)該DNA，并以膠條切出。用Wizard PCR Prep試劑盒(Promega Corp.，Madison WI，USA)純化DNA，然后經(jīng)過(guò)BamHI和EcoRI消化(Current Protocols in MoleculareBiology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。然后重電泳消化的PCR擴(kuò)增子并如前純化。將幽門螺桿菌DNA序列連接入克隆載體制備pOK12載體(J.Vieira和J.Messing，Gene 100189-194，1991)，用于用BamHI和EcoRI或在Vac41的情況下用NdeI和EcoRI消化的克隆(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。該載體在1.0％瓊脂糖凝膠上電泳并采用Wizard PCK Prep試劑盒(Promega Corp.，Madison WI，USA)進(jìn)行純化。將純化的消化載體和純化、消化的擴(kuò)增幽門螺桿菌ORF連接后，按照標(biāo)準(zhǔn)方法(Current Protocols in Moleculare Biology，John Wiley andSons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)將連接反應(yīng)物轉(zhuǎn)化入大腸桿菌JM109感受態(tài)細(xì)胞。通過(guò)在LB肉湯中培養(yǎng)過(guò)夜(加上25ug/ml硫酸卡那霉素)，然后用Magic小量制備系統(tǒng)(Promega Corp.，Madison WI，USA)制備質(zhì)粒DNA，篩選含有正確重組質(zhì)粒的各個(gè)細(xì)菌菌落，然后通過(guò)限制性消化分析(Current Protocols in Moleculare Biology，John Wiley andSons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。將幽門螺桿菌DNA序列克隆入pET28b、pET30a和pGEX4T-3原核表達(dá)載體制備pET28b和pET30a表達(dá)載體，用于通過(guò)以NdeI和EcoRI消化進(jìn)行克隆，以及制備pGEX4T-3載體，用于以BamHI和EcoRI消化進(jìn)行克隆(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。通過(guò)用NdeI和EcoRI消化或BamHI和EcoRI消化，從pOK12質(zhì)粒骨架取出幽門螺桿菌DNA序列(CurrentProtocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。在1％瓊脂糖凝膠上電泳pET28b、pET30a、pGEX4T-3和幽門螺桿菌DNA序列，并用Wizard PCR Prep試劑盒(PromegaCorp.，Madison WI，USA)純化。將純化的消化表達(dá)載體和純化、消化的幽門螺桿菌DNA序列連接后，將連接反應(yīng)物轉(zhuǎn)化入大腸桿菌JM109感受態(tài)細(xì)胞(Current Protocols in Moleculare Biology，John Wiley andSons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。通過(guò)如上所述制備質(zhì)粒DNA，隨后通過(guò)限制性消化分布型分析和DNA測(cè)序，篩選含有正確重組質(zhì)粒的各個(gè)細(xì)菌菌落(Current Protocols in Moleculare Biology，John Wiley andSons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。然后用這些重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化特定的大腸桿菌表達(dá)菌株。用重組表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)化受態(tài)細(xì)菌按照標(biāo)準(zhǔn)方法，制備感受態(tài)細(xì)菌菌株BL21(DE3)、BL21(DE3)pLysS、HMS174(DE3)和HMS173(DE3)pLysS，并用攜帶克隆的幽門螺桿菌序列的重組pET28b表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)化(Current Protocolsin Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。這些表達(dá)宿主菌株含有一個(gè)染色體拷貝的T7 RNA聚合酶基因。這些宿主為一種λ衍生物噬菌體DE3的溶原體，該噬菌體攜帶lacI基因、lacUV5啟動(dòng)子和T7 RNA聚合酶基因。通過(guò)加入異丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)誘導(dǎo)T7 RNA聚合酶表達(dá)，然后T7 RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄攜帶T7啟動(dòng)子序列和目的基因的任何靶質(zhì)粒，諸如pET28b。
按照標(biāo)準(zhǔn)方法(Current Protocols in Molecular Biology，John Wileyand Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)，制備感受態(tài)細(xì)菌菌株JM109和DH5α，并用攜帶克隆的幽門螺桿菌序列的重組pGEX4T-3表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)化。重組幽門螺桿菌序列在大腸桿菌中的表達(dá)從含有25ug/ml硫酸卡那霉素(確保保持基于pET28b的重組質(zhì)粒)或100ug/ml氨芐青霉素(確保保持基于pGEX4T-3的重組質(zhì)粒)的LB瓊脂平板收集轉(zhuǎn)化體，并用來(lái)接種含有25ug/ml硫酸卡那霉素或100ug/ml氨芐青霉素的LB液體培養(yǎng)基，并生長(zhǎng)至600nm的光密度為0.5-1.0 OD單位，此時(shí)，將1mM IPTG加入培養(yǎng)基中1-3小時(shí)，以誘導(dǎo)所述幽門螺桿菌重組DNA構(gòu)成物的基因表達(dá)。用IPTG誘導(dǎo)基因表達(dá)后，離心沉淀細(xì)菌，將其重懸浮于SDS-PAGE溶解緩沖液后，進(jìn)行SDS-PAGE(Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)。采用標(biāo)準(zhǔn)方法(Current Protocols inMolecular Biology，John Wiley and Sons，Inc.，F(xiàn).Ausubel等編輯，1994)，通過(guò)用考馬斯亮藍(lán)染色顯現(xiàn)蛋白質(zhì)，或通過(guò)用特異性抗His標(biāo)記的單克隆抗體(Clontech，Palo Alto，CA，USA或)抗GST標(biāo)記抗體(PharmaciaLKB)進(jìn)行蛋白質(zhì)免疫印跡檢測(cè)蛋白質(zhì)。然后選擇提供最高水平重組蛋白生產(chǎn)的宿主菌株，用于大規(guī)模誘導(dǎo)，以便純化該重組蛋白。所用的菌株為HMS174(DE3)(基于pET29b的構(gòu)成物)和DH5α(基于pGEX4T-3的構(gòu)成物)。
除去C末端區(qū)似乎在兩個(gè)系統(tǒng)中均提高表達(dá)水平，盡管這種增加在GST融合系統(tǒng)中顯著得多。產(chǎn)生的所有重組蛋白均具有根據(jù)DNA序列(如果需要)加上所述融合標(biāo)記的大小預(yù)測(cè)的分子量。該幽門螺桿菌蛋白的截短部分含有某些疏水性極強(qiáng)的序列，除去這些序列可能是表達(dá)增加的原因。相當(dāng)?shù)膶?shí)施方案本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)認(rèn)識(shí)到，或能夠確定，僅僅使用常規(guī)實(shí)驗(yàn)，許多實(shí)施方案相當(dāng)于本文所述的具體實(shí)施方案和方法。這類相當(dāng)?shù)膶?shí)施方案將包括在以下權(quán)利要求書的范圍內(nèi)。
序列表1)一般信息(i)申請(qǐng)人(A)姓名Astra Aktiebolag(B)街道S-151 85(C)城市Sodertalje(D)州(E)國(guó)家瑞典(F)郵政編碼(ii)發(fā)明名稱關(guān)于幽門螺桿菌的核酸序列和氨基酸序列及其疫苗組合物(iii)序列數(shù)275(iv)計(jì)算機(jī)可讀形式(A)媒體類型CD/ROM ISO9660(B)計(jì)算機(jī)(C)操作系統(tǒng)(D)軟件(v)當(dāng)前申請(qǐng)數(shù)據(jù)(A)申請(qǐng)?zhí)?B)申請(qǐng)日(vi)在先申請(qǐng)數(shù)據(jù)(A)申請(qǐng)?zhí)朥S 08/759,625(B)申請(qǐng)日19996年12月5日(vii)在先申請(qǐng)數(shù)據(jù)(A)申請(qǐng)?zhí)朥S 08/823,745(B)申請(qǐng)日1997年3月25日(viii)在先申請(qǐng)數(shù)據(jù)(A)申請(qǐng)?zhí)朥S 08/891,928(B)申請(qǐng)日1997年7月14日(ix)通信地址(A)收信人LAHIVE & COCKFIELD(B)街道28 State Street(C)城市波士頓(D)州Massachusetts
(E)國(guó)家美國(guó)(F)郵政編碼02109-1875(x)代理律師/代理人資料(A)姓名Mandragouras，Amy E.
(B)注冊(cè)號(hào)36，207(C)參考/檔案號(hào)GTN-011CP2PC(xi)電信資料(A)電話(617)227-7400(B)傳真(617)227-5941(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO1(i)序列特征(A)長(zhǎng)度687個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...687(xi)序列描述SEQ ID NO1ATGAGATTTA AGGGTTCAAG AGTGGAAGCG TTTTTAGGAG CGTTAGAATT TCAAGAGAAT 60GAATATGAAG AGTTTAAAGA GCTTTATGAG AGCTTAAAAA CCAAGCAAAA GCCCCACACT 120TTGTTCATTT CTTGCGTGGA TTCACGAGTC GTGCCTAATT TAATCACAGG CACCCAACCG 180GGCGAATTGT ATGTGATCCG CAACATGGGC AATGTGATCC CCCCTAAAAC AAGCTATAAA 240GAATCCCTTT CTACCATTGC GAGCGTTGAA TACGCTATCG CGCATGTGGG CGTTCAAAAC 300TTAATCATTT GCGGGCATAG CGATTGTGGG GCTTGCGGGA GCATTCATTT AATCCATGAT 360GAAACCACCA AAGCTAAAAC CCCTTACATT GCAAACTGGA TACAATTTTT AGAGCCTATT 420AAAGAAGAAT TAAAAAACCA CCCGCAATTC AGCAACCATT TCGCCAAGCG TTCATGGCTT 480ACAGAGCGTT TGAATGCGCG CTTGCAACTC AACAACCTCT TAAGCTATGA TTTCATTCAA 540GAAAGAGTAA TAAATAACGA ATTAAAAATT TTTGGTTGGC ACTATATCAT AGAAACAGGC 600AGGATTTATA ATTATAATTT TGAAAGCCAT TTTTTTGAGC CGATTGAAGA AACCATTAAA 660CAAAGGATAA GTCATGAAAA CTTCTAA 687(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO2(i)序列特征(A)長(zhǎng)度666個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...666(xi)序列描述SEQ ID NO2GTGGAAGCGT TTTTAGGAGC GTTAGAATTT CAAGAGAATG AATATGAAGA GTTTAAAGAG 60CTTTATGAGA GCTTAAAAAC CAAGCAAAAG CCCCACACTT TGTTCATTTC TTGCGTGGAT 120TCACGAGTCG TGCCTAATTT AATCACAGGC ACCCAACCGG GCGAATTGTA TGTGATCCGC 180AACATGGGCA ATGTGATCCC CCCTAAAACA AGCTATAAAG AATCCCTTTC TACCATTGCG 240AGCGTTGAAT ACGCTATCGC GCATGTGGGC GTTCAAAACT TAATCATTTG CGGGCATAGC 300GATTGTGGGG CTTGCGGGAG CATTCATTTA ATCCATGATG AAACCACCAA AGCTAAAACC 360CCTTACATTG CAAACTGGAT ACAATTTTTA GAGCCTATTA AAGAAGAATT AAAAAACCAC 420CCGCAATTCA GCAACCATTT CGCCAAGCGT TCATGGCTTA CAGAGCGTTT GAATGCGCGC 480TTGCAACTCA ACAACCTCTT AAGCTATGAT TTCATTCAAG AAAGAGTAAT AAATAACGAA 540TTAAAAATTT TTGGTTGGCA CTATATCATA GAAACAGGCA GGATTTATAA TTATAATTTT 600GAAAGCCATT TTTTTGAGCC GATTGAAGAA ACCATTAAAC AAAGGATAAG TCATGAAAAC 660TTCTAA 666(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO3
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1008個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1008(xi)序列描述SEQ ID NO3ATGTTAGTTA CTCGTTTTAA AAAAGCCTTC ATTTCTTATT CTTTAGGCGT GCTTGTTGTT 60TCATTATTAT TGAATGTGTG CAACGCTTCA GCACAAGAAG TCAAAGTCAA GGATTATTTT 120GGGGAGCAAA CCATAAAGCT TCCTGTTTCC AAAATAGCCT ATATAGGGAG TTATGTAGAA 180GTGCCTGCCA TGCTTAATGT TTGGGATAGG GTTGTAGGCG TTTCTGATTA TGCCTTTAAG 240GATGACATTG TCAAAGCCAC TCTCAAAGGC GAGGATCTTA AACGAGTCAA ACACATGAGC 300ACCGATCATA CAGCCGCGTT GAATGTGGAA TTATTAAAAA AGCTTAGCCC TGATCTTGTG 360GTAACCTTTG TGGGTAACCC TAAAGCGGTA GAGCATGCGA AAAAATTTGG GATTTCATTC 420CTTTCTTTCC AAGAGACAAC GATTGCAGAG GCCATGCAAG CTATGCAAGC TCAAGCCACG 480GTCTTAGAAA TTGACGCTTC CAAAAAATTC GCCAAAATGC AAGAAACTTT GGACTTTATT 540GCTGAGCGTT TGAAGGGCGT TAAAAAGAAA AAGGGGGTGG AGCTTTTCCA TAAAGCCAAT 600AAAATCAGCG GCCATCAAGC CATTAGCTCA GACATTTTAG AAAAAGGGGG TATAGATAAT 660TTTGGCTTGA AATACGTTAA GTTTGGACGC GCTGACATTA GTGTGGAAAA AATCGTTAAA 720GAAAACCCTG AAATCATTTT CATTTGGTGG GTAAGCCCAC TCACTCCTGA AGACGTGTTG 780AACAACCCTA AATTTTCCAC TATCAAAGCC ATTAAAAATA AGCAAGTCTA TAAGCTCCCC 840ACGATGGATA TTGGCGGTCC TAGAGCCCCA CTCATTAGTC TTTTTATCGC TTTAAAAGCC 900CACCCTGAAG CCTTTAAAGG CGTGGATATT AATGCGATAG TCAAAGATTA TTATAAAGTG 960GTCTTTGATT TGAATGATGC GGAAATTGAG CCATTCTTAT GGCACTGA 1008(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO4(i)序列特征(A)長(zhǎng)度825個(gè)堿基對(duì)
(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...825(xi)序列描述SEQ ID NO4ATGTTAGTTA CTCGTTTTAA AAAAGCCTTC ATTTCTTATT CTTTAGGCGT GCTTGTTGTT 60TCATTATTAT TGAATGTGTG CAACGCTTCA GCACAAGAAG TCAAAGTCAA GGATTATTTT 120GGGGAGCAAA CCATAAAGCT TCCTGTTTCC AAAATAGCCT ATATAGGGAG TTATGTAGAA 180GTGCCTGCCA TGCTTAATGT TTGGGATAGG GTTGTAGGCG TTTCTGATTA TGCCTTTAAG 240GATGACATTG TCAAAGCCAC TCTCAAAGGC GAGGATCTTA AACGAGTCAA ACACATGAGC 300ACCGATCATA CAGCCGCGTT GAATGTGGAA TTATTAAAAA AGCTTAGCCC TGATCTTGTG 360GTAACCTTTG TGGGTAACCC TAAAGCGGTA GAGCATGCGA AAAAATTTGG GATTTCATTC 420CTTTCTTTCC AAGAGACAAC GATTGCAGAG GCCATGCAAG CTATGCAAGC TCAAGCCACG 480GTCTTAGAAA TTGACGCTTC CAAAAAATTC GCCAAAATGC AAGAAACTTT GGACTTTATT 540GCTGATCGTT TGAAGGGCGT TAAAAAGAAA AAGGGGGTGG AGCTTTTCCA TAAAGCCAAT 600AAAATCAGCG GCCATCAAGC CATTAACTCA GACATTTTAC AACAAGGGGG TATTGATAAT 660TTTGGCTTGA AATACGTCAA GTTTGGACGC GCTGACATTA GTGTGGAAAA AATCGTTAAA 720GAAAACCCTG AAATCATTTT CATTAGGTGG GTAACCCCAC TCACTCCTGA TTACGTGTTG 780AACAACCCAA AATTTTCTAC TATCAATGCC ATTAAAAACA TATAA 825(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO5(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1287個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)
(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1287(xi)序列描述SEQ ID NO5ATGAAGAAAA AATTTCTGTC ATTAACCTTA GGTTCGCTTT TAGTTTCCGC TTTAAGCGCT 60GAAGACAACG GCTTTTTTGT GAGCGCCGGC TATCAAATCG GTGAATCCGC TCAAATGGTG 120AAAAACACCA AAGGCATTCA AGATCTTTCA GACAGCTATG AAAGATTGAA CAACCTTTTA 180ACGAATTATA GCGTCCTAAA CGCTCTCATC AGGCAGTCCG CCGACCCCAA CGCCATCAAT 240AACGCAAGGG GCAATTTGAA CGCGAGCGCG AAGAATTTGA TCAATGATAA AAAGAATTCC 300CCGGCGTATC AAGCCGTGCT TTTAGCCTTG AATGCGGCAG CGGGGTTGTG GCAAGTCATG 360AGCTATGCGA TCAGCCCTTG TGGTCCCGGT AAAGACACAA GCAAAAATGG GGGCGTTCAA 420ACTTTCCACA ACACGCCTTC AAATCAATGG GGAGGCACTA CCATTACTTG TGGCACTACT 480GGTTATGAAC CAGGACCATA CAGCATTTTA TCCACTGAAA ATTACGCGAA AATCAATAAA 540GCTTATCAAA TCATCCAAAA GGCTTTTGGG AGCAGCGGAA AAGATATTCC TGCCTTAAGC 600GACACCAACA CAGAACTCAA ATTCACAATC AATAAAAATA ATGGAAACAC GAATACGAAT 660AATAATGGAG AAGAAATTGT TACAAAAAAT AACGCTCAAG TTCTTTTAGA ACAGGCTAGC 720ACCATTATAA CTACCCTTAA TAGCGCATGC CCATGGATCA ACAATGGTGG TGCAGGTGGT 780GCGAGTAGTG GTAGTTTATG GGAAGGAATA TATTTGAAAG GCGATGGGAG CGCTTGCGGG 840ATTTTTAAAA ATGAAATCAG CGCGATTCAA GACATGATCA AAAACGCTGC AATAGCCGTA 900GAGCAATCCA AGATCGTTGC TGCAAACGCG CAAAACCAGC GCAACCTAGA CACCGGGAAG 960ACATTCAACC CCTATAAAGA CGCCAACTTC GCCCAAAGCA TGTTCGCTAA CGCCAAAGCG 1020CAAGCGGAGA TTTTAAACCG CGCCCAAGCA GTGGTGAAAG ACTTTGAAAG AATCCCTGCA 1080GAGTTCGTAA AAGACTCTTT AGGGGTGTGC CATGAAGTGC AAAACGGCCA TCTCCGTGGC 1140ACGCCATCCG GCACGGTAAC TGATAACACT TGGGGAGCCG GTTGCGCGTA TGTGGGAGAG 1200ACCGTAACGA ATCTAAAAGA CAGCATCGCT CATTTTGGCG ACCAAGCCGA GCGAATCCAT 1260AACGCGCGCA ACCTCGCTAC ACTTTAG 1287(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO6(i)序列特征(A)長(zhǎng)度537個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈
(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...537(xi)序列描述SEQ ID NO6ATGAACCCCT TATTGCAAGA TTATGCGCGC ATCCTTTTAG AATGGAATCA AACGCACAAC 60TTGAGCGGCG CGAGAAATTT AAGCGAATTA GAACCCCAGA TCACAGACGC TCTAAAGCCC 120TTAGAATTTG TCAAAGATTT TAAAAGCTGC TTGGATATTG GGAGCGGGGC GGGACTTCCT 180GCTATCCCTT TAGCCCTTGA AAAACCTGAA GCGCAATTCA TTCTTTTAGA GCCAAGGGTA 240AAAAGAGCGG CTTTTTTAAA CTACCTTAAA AGCGTTTTGC CTTTAAACAA CATTGAAATC 300ATTAAAAAGC GTTTAGAAGA TTATCAAAAT CTTTTACAAG TGGATTTAAT CACTTCTAGA 360GCGGTCGCTA GCTCTTCTTT TTTGATAGAA AAAAGCCAAC GCTTCCTAAA AGATAAGGGG 420TATTTTTTAT TCTATAAAGG CGAGCAGTTA AAGAATGAAA TCGCTTATAA AACCACTGAA 480TGCTTTATGC ATCAAAAGCG CGTTTATTTT TACAAATCAA AGGAAAGTTT ATGTTAA 537(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO7(i)序列特征(A)長(zhǎng)度723個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...723(xi)序列描述SEQ ID NO7TTGGGTCTTA AAAAACGAGC TATTTTATGG TCTTTAATGG GATTTTGTGC AGGATTGAGC 60GCGCTTGATT ATGACACCCT AGACCCAAAA TATTACAAAT ATATCAAGTA TTATAAGGCT 120TATGAAGATA AAGAAGTTGA AGAATTGATC AGAGACTTGA AAAGGGCGAA CGCTAAAAGC 180GGGCTTATTT TAGGGATCAA TACCGGTTTT TTTTATAACC ATGAAATCAT GGTCAAAACC 240AATAGCTCCA GTATCACCGG GAATATTTTA AATTATTTGT TCGCCTATGG CTTGCGTTTT 300GGCTATCAAA CTTTCAGGCC GTCGTTTTTT GCGCGCTTGG TTAAGCCCAA TATCATTGGC 360AGGCGCATCT ATATTCAATA TTATGGAGGA GCTCCTAAGA AAGCGGGCTT TGGGAGCGTG 420GGGTTTCAAT CGGTCATGTT GAATGGGGAT TTTTTATTAG ACTTTCCTTT GCCCTTTGTG 480GGGAAATACC TTTATATGGG GGGGTATATG GGTTTAGGCT TGGGGGTTGT GGCGCATGGG 540GTGAATTATA CGGCGGAATG GGGGATGTCT TTTAACGCAG GATTGGCTCT AACGGTATTA 600GAAAAAAACC GCATTGAATT TGAATTTAAA ATTTTGAATA ATTTCCCTTT TTTGCAATCT 660AATTCTTCAA AAGAGACTTG GTGGGGAGCT ATAGCAAGCA TTGGGTATCA ATATGTGTTC 720TAA723(2)INFORMAION FOR SEQ ID 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NO10(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1308個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1308(xi)序列描述SEQ ID NO10TTGATTTTCT TAAAAAAATC TCTTTGCGCG TTGTTAATTT CAGGTTTTTT CATACCACCC 60TTAATGAAAG CGGCTAGTTT TGTCTATGAC TTGAAGTTTA TGAGCTTTAA TTTCAATCTG 120GCTTCCCCTC CAAATAACCC CTATTGGAAT AGCCTAACCA AAATGCAAGG TCGTCTCATG 180CCTCAAATTG GCGTCCAATT AGACAAAAGA CAGGCCTTGA TGTTTGGGGC GTGGTTCATT 240CAAAATTTGC ACACGCATTA TAGCTATTTC CCTTATTCGT GGGGGGTTAC CATGTATTAC 300CAATACATAG GGAAAAATTT GAGATTTTTT TTAGGCATTG TGCCACGAAG CTATCAAATA 360GGGCATTACC CTTTAAGCGC TTTTAAAAAA CTTTTCTGGT TTATAGACCC TACTTTTAGG 420GGAGGAGCGT TCCAATTCAA ACCGGCTTAT GATCCCAATC GTTGGTGGAA TGGGTGGTTT 480GAGGGCGTTG TGGATTGGTA TGGGGGGCGT AATTGGAACA ACCAGCCCAA AAAGAAAAAT 540TACGATTTTG ATCAATTCTT GTATTTTGTT TCTTCAGAAT TTCAGTTTCT TAAAGGGTAT 600TTAGGTTTGG GGGGACAGCT TGTCATTTTT CATAACGCCA ACTCTCATAG TATGGGGGAT 660AACTACCCTT ATGGCGGGAA TTCCTACTTA AAACCAGGCG ATGCAACCCC ACAATGGCCT 720AATGGCTACC CTTATTTCAG CCAAAAAGAT AACCCACAAG GCGGAGAAAT AGGGAAATAC 780TCTAACCCTA CCATTTTAGA CAGGGTTTAT TACCATGCTT ATTTAAAAGC AGATTTTAAA 840AATCTCATGC CTTATATGGA CAATATTTTC ATGACCTTTG GCACGCAGTC GTCTCAAACC 900CATTATTGCG TGCGTTATGC TAGCGAGTGT AAAAACGCCC GATTTTATAA CAGCTTTGGG 960GGGGAATTTT ACGCTCAAGC GCAATACAAA GGCTTTGGGA TCTTTAACAG ATACTATTTT 1020TCCAACAAAC CCCAAATGCA TTTTTATGCC ACTTATGGCC AATCCCTTTA TACCGGATTG 1080CCATGGTATA GAGCCCCTAA TTTTGACATG ATAGGGCTTT ATTATCTTTA TAAAAACAAA 1140TGGTTAAGCG TGCGAGCGGA TGCGTTTTTT AGCTTTGTGG GTGGGGGCGA TGGGTACCAT 1200TTGTATGGCA AGGGGGGTAA GTGGTTTGTG ATGTATCAGC AATTTTTAAC CCTAACCATA 1260GACACAAGAG AGTTGATTGA TTTTGTCAAA TCTAAAATCC CTAAATAA 1308(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO11(i)序列特征(A)長(zhǎng)度663個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...663
(xi)序列描述SEQ ID NO11ATGAATAAAA CAACAATTAA AATATTAATG GGCATGGCGT TATTATCATC GCTTCAAGCC 60GCAGAGGCAG AGCTTGATGA AAAATCAAAA AAACCTAAAT TTGCGGATAG GAATACGTTT 120TATTTAGGGG TTGGGTATCA GCTTAGCGCG ATCAACACGT CTTTTAGCAC CAGTTCTATA 180GATAAATCGT ATTTCATGAC CGGCAATGGT TTTGGCGTGG TGTTGGGGGG GAAATTTGTG 240GCTAAAACGC AAGCTGTAGA GCATGTGGGT TTTCGTTACG GGTTGTTTTA TGATCAGACC 300TTTTCTTCTC ACAAATCCTA TATTTCTACC TATGGTTTAG AATTTAGCGG TTTGTGGGAC 360GCTTTCAATT CGCCAAAGAT GTTTTTGGGG TTGGAGTTTG GCTTAGGCAT CGCTGGGGCG 420ACTTACATGC CAGGAGGGGC CATGCATGGG ATTATCGCTC AATATTTAGG CAAAGAAAAT 480TCGCTTTTCC AATTGCTTGT GAAAGTGGGT TTTCGTTTTG GCTTTTTCCA CAATGAAATC 540ACCTTTGGGT TGAAATTCCC TGTCATTCCT AACAAAAAAA CGGAAATCGT TGATGGCTTG 600AGCGCGACCA CTTTATGGCA ACGCTTGCCG GTAGCCTATT TCAATTATAT CTATAATTTT 660TAG663(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO12(i)序列特征(A)長(zhǎng)度351個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...351(xi)序列描述SEQ ID NO12TTGAATCTCC ATTTTATGAA AGGATTTGTT ATGAGTGGAT TAAGAACATT TAGTTGTGTA 60GTGGTTTTAT GCGGTGCAAT GGTTAATGTA GCTGTAGCTG GTCCTAAAAT AGAGGCAAGG 120GGTGAATTAG GCAAATTTGT AGGGGGAGCT GTTGGAAATT TTGTTGGTGA TAAAATGGGC 180GGATTTGTTG GTGGTGCAAT AGGAGGATAT ATTGGGTCTG AAGTAGGCGA TAGGGTAGAA 240GATTATATCC GTGGCGTTGA TAGAGAGCCA CAAAACAAAG AACCACAAAC CCCAAGAGAA 300CCTATCCGTG ATTTTTATGA TTACGGCTAT AGTTTTGGGC ATGCTTGGTG A351(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO13(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1311個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1311(xi)序列描述SEQ ID NO13ATGTCAAGGG ATTTTAAATT TGATTCTAAC TATTTAAATG TCAATACCAA TCCTAAATTA 60GGCCCCGTTT ATACCAATCA AAATTATCCA GGATTTTTTA TCTTTGATCA TTTAAGGCGT 120TATGTGATGA ACGCTTTTGA GCCTAATTTG AACTTAGTTG TCAATACCAA TAAAGTTAAG 180CAAACTTTTA ATGTGGGCAT GCGTTTTATG ACAATGGATA TGTTCATTAG ATCCGATCAA 240AGCACATGCG AAAAAACAGA TATTATCAAT GGGGTGTGCC ACATGCCTCC TTATGTCCTT 300TCTAAAACGC CTAACAATAA TCAAGAAATG TTTAATAACT ATACAGCGGT ATGGTTGAGC 360GATAAAATAG AGTTTTTTGA TTCTAAATTG GTGATAACTC CAGGGCTTAG ATACACTTTT 420TTGAACTATA ACAACAAAGA GCCAGAAAAG CATGATTTTT CCGTATGGAC CAGTAAAAAA 480CAGCGTCAAA ACGAATGGAG TCCTGCCCTT AATATTGGCT ATAAACCTAT GGAAAATTGG 540ATATGGTATG CGAACTACCG CCGCAGTTTT ATCCCCCCAC AACACACAAT GGTAGGCATT 600ACTAGGACTA ATTACAACCA AATTTTTAAT GAAATTGAAG TGGGGCAGCG CTATAGTTAT 660AAAAATCTAT TGAGTTTTAA CACCAATTAT TTTGTGATTT TTGCCAAGCG TTACTATGCG 720GGAGGCTATA GCCCACAGCC TGTGGATGCC AGAAGTCAAG GGGTGGAATT GGAATTGTAT 780TACGCGCCGA TTAGGGGTTT GCAATTCCAT GTGGCTTACA CTTATATTGA TGCGCGCATC 840ACTTCTAACG CTGATGATAT TGCTTATTAT TTTACAGGCA TTGTCAATAA ACCCTTTGAC 900ATTAAAGGGA AGCGCTTGCC CTATGTGAGT CCTAACCAAT TCATATTTGA CATGATGTAT 960ACTTACAAGC ACACGACTTT TGGTATCAGC AGCTATTTTT ATAGCCGCGC TTATAGTTCC 1020ATGCTCAATC AAGCCAAAGA TCAAACCGTA TGCCTGCCCT TAAACCCAGA ATACACAGGG 1080GGGTTAAAGT ATGGTTGTAA TTCAGTGGGG TTATTGCCCT TGTATTTTGT GTTGAATGTC 1140CAAGTAAGCT CAATCTTATG GCAAAGCGGT AGGCATAAAA TCACAGGGAG TTTGCAAATC 1200AATAACCTTT TTAACATGAA GTATTATTTT AGGGGGATTG GCACAAGCCC TACAGGGAGA 1260GAACCCGCGC CAGGGAGATC CATTACAGCG TATTTGAATT ATGAGTTTTA A 1311(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO14(i)序列特征(A)長(zhǎng)度2304個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...2304(xi)序列描述SEQ ID NO14ATGAAAAGAA TTTTAGTTTC TTTGGCTGTT TTGAGTCATA GCGCGCATGC TGTCAAAACT 60CATAATTTGG AAAGGGTGGA AGCTTCAGGG GTGGCTAACG ATAAAGAAGC GCCTTTAAGC 120TGGAGGAGCA AGGAAGTTAG AAATTATATG GGTTCTCGCA CGGTGATTTC TAACAAGCAA 180CTCACTAAAA GCGCCAATCA AAGCATTGAA GAAGCTTTGC AAAATGTGCC AGGCGTGCAT 240ATTAGAAACT CTACCGGTAT TGGAGCTGTG CCTAGCATTT CCATTAGGGG GTTTGGTGCT 300GGAGGCCCAG GGCATTCTAA 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TTAATGTGGG CATGCGTTTT 1200ATGACAATGG ATATGTTCAT TAGATCCGAT CAAAGCACAT GCGAAAAAAC AGATATTATC 1260AATGGGGTGT GCCACATGCC TCCTTATGTC CTTTCTAAAA CGCCTAACAA TAATCAAGAA 1320ATGTTTAATA ACTATACAGC GGTATGGTTG AGCGATAAAA TAGAGTTTTT TGATTCTAAA 1380TTGGTGATAA GTCCAGGGCT TAGATACACT TTTTTGAACT ATAACAACAA AGAGCCAGAA 1440AAGCATGATT TTTCCGTATG GACCAGTAAA AAACAGCGTC AAAACGAATG GAGTCCTGCC 1500CTTAATATTG GCTATAAACC TATGGAAAAT TGGATATGGT ATGCGAACTA CCGCCGCAGT 1560TTTATCCCCC CACAACACAC AATGGTAGGC ATTACTAGGA CTAATTACAA CCAAATTTTT 1620AATGAAATTG AAGTGGGGCA GCGCTATAGT TATAAAAATC TATTGAGTTT TAACACCAAT 1680TATTTTGTGA TTTTTGCCAA GCGTTACTAT GCGGGAGGCT ATAGCCCACA GCCTGTGGAT 1740GCCAGAAGTC AAGGGGTGGA ATTGGAATTG TATTACGCGC CGATTAGGGG TTTGCAATTC 1800CATGTGGCTT ACACTTATAT TGATGCGCGC ATCACTTCTA ACGCTGATGA TATTGCTTAT 1860TATTTTACAG GCATTGTCAA TAAACCCTTT GACATTAAAG GGAAGCGCTT GCCCTATGTG 1920AGTCCTAACC AATTCATATT TGACATGATG TATACTTACA AGCACACGAC TTTTGGTATC 1980AGCAGCTATT TTTATAGCCG CGCTTATAGT TCCATGCTCA ATCAAGCCAA 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(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...348(xi)序列描述SEQ ID NO15TTGCACCCTC TATGCGCACA CGGCCAATGT GGAAGCGAAG CGATTGCGTG TTTAGAAGCC 60ATTAGCGTGG GGATTGTGCC TGTTATCGCT AATAGCCCTT TAAGCGCGAC CAGGCAATTC 120GCGCTAGATG AACGATCGTT ATTTGAGCCT AATAACGCTA AAGATTTGAG CGCTAAAATA 180GACTGGTGGT TAGAAAACAA ACTTGAAAGA GAAAGAATGC AAAACGAATA CGCTAAAAGC 240GCTTTAAACT ACACTTTAGA AAATTCAGTC ATTCAAATTG AAAAAGTTTA TGAAGAAGCG 300ATCAAAGATT TTAAAAACAA CCCCAACCTC TTTAAAACCT TATCGTAA 348(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO16(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1170個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1170(xi)序列描述SEQ ID NO16ATGGTTATTG TTTTAGTCGT GGATAGCTTT AAAGACACCA GTAATGGCAC TTCTATGACA 60GCGTTTCGTT TTTTTGAAGC GCTGAAAAAA AGAGGGCATG CGATGAGAGT GGTCGCCCCT 120CATGTGGATA ATTTAGGGAG TGAAGAAGAG GGGTATTACA ACCTTAAAGA GCGCTATATC 180CCCCTAGTTA CAGAAATTTC ACACAAGCAA CACATTCTTT TTGCCAAACC GGATGAAAAA 240ATTCTACGAA AGGCTTTTAA GGGAGCGGAT ATGATCCATA CTTACTTGCC TTTTTTGCTA 300GAAAAAACAG CCGTAAAAAT CGCGCGAGAA ATGCGAGTGC CTTATATTGG CTCTTTCCAT 360TTACAGCCAG AGCATATTTC TTATAACATG AAATTGGGGC AATTTTCTTG GCTAAATACC 420ATGCTTTTTT CATGGTTTAA ATCTTCGCAT TACCGCTATA TCCACCATAT CCATTGCCCA 480TCAAAATTCA TTGTAGAAGA ATTGGAAAAA TACAACTATG GAGGAAAAAA ATACGCTATC 540TCTAACGGCT TTGATCCCAT GTTTAAGTTT GAGCACCCGC AAAAAAGCCT TTTTGACACC 600ACGCCCTTTA AAATCGCTAT GGTAGGGCGC TATTCTAATG AAAAAAATCA AAGCGTTCTC 660ATTAAAGCGG TTGCTTTAAG CCGATACAAA CAAGACATTG TATTATTACT CAAAGGCAAG 720GGGCCTGATG AGAAAAAAAT CAAACTTCTA GCCCAAAAAC TAGGCGTAAA AACGGAGTTT 780GGGTTTGTCA ATTCCCATGA ATTGTTAGAG ATTTTAAAAA CTTGCACCCT CTATGCGCAC 840ACGGCCAATG TGGAAAGCGA AGCGATTGCG TGTTTAGAAG CCATTAGCGT GGGGATTGTG 900CCTGTTATCG CTAATAGCCC TTTAAGCGCG ACCAGGCAAT TCGCGCTAGA TGAACGATCG 960TTATTTGAGC CTAATAACGC TAAAGATTTG AGCGCTAAAA TAGACTGGTG GTTAGAAAAC 1020AAACTTGAAA GAGAAAGAAT GCAAAACGAA TACGCTAAAA GCGCTTTAAA CTACACTTTA 1080GAAAATTCAG TCATTCAAAT TGAAAAAGTT TATGAAGAAG CGATCAAAGA TTTTAAAAAC 1140AACCCCAACC TCTTTAAAAC CTTATCGTAA 1170(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO17(i)序列特征(A)長(zhǎng)度939個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...939(xi)序列描述SEQ ID NO17TTGGCTTCTT ACGGGTTTTT TTTAGGAGCG TTGTTTATTT TAGCGAGCGG GATCGTGTGC 60TTACAGACTG CCGGTAATCC CTTTGTAACC TTGCTTTCTA AAGGTAAAGA AGCCAGAAAC 120TTGGTTTTAG TCCAGGCGTT CAATTCGCTT GGCACGACTT TAGGGCCTAT TTTTGGGAGC 180TTGTTGATTT TTAGCGCGAC CAAAACGAGC GATAATTTAA GCCTGATAGA CAAGTTAGCG 240GACGCTAAAA GCGTTCAAAT GCCTTATTTG GGTTTAGCGG TGTTTTCGCT TCTTTTAGCG 300CTTGTGATGT ATCTTTTAAA ATTGCCTGAT GTGGAAAAAG AAATGCCCAA AGAAACGACG 360CAAAAAAGCC TGTTTTCGCA CAAACACTTT GTTTTTGGGG CTTTAGGGAT CTTTTTCTAT 420GTGGGGGGAG AAGTGGCGAT TGGATCATTC TTGGTGCTAA GCTTTGAAAA GCTTTTGAAT 480TTAGACGCTC AATCAAGCGC GCATTACTTG GTGTATTATT GGGGCGGCGC GATGGTAGGG 540CGTTTCTTAG GCAGCGCTTT GATGAATAAA ATCGCTCCTA ATAAATACCT GGCTTTCAAC 600GCCTTAAGCT CTATCATTCT TATCGCTTTG GCTATTCTTA TTGGAGGCAA GATCGCTTTA 660TTCGCTCTGA CTTTTGTGGG CTTTTTCAAC TCTATCATGT TCCCTACAAT CTTTTCTTTG 720GCTACGCTCA ATTTAGGGCA TCTCACTTCT AAGGCTTCTG GAGTGATTAG CATGGCGATT 780GTGGGAGGGG CGTTAATCCC CCCCATTCAA GGCGTGGTTA CAGACATGCT CACAGCAACC 840GAATCGAATC TGCTCTACGC TTATAGCGTG CCGTTGTTGT GCTATTTTTA TATCCTCTTC 900TTTGCACTTA AGGGGTATAA ACAAGAAGAA AACTCCTAA 939(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO18(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1224個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1224(xi)序列描述SEQ ID NO18ATGCAAAAAA CTTCTAACAC TTTAGCGCTG GGGAGTTTGA CGGCGCTATT CTTTCTAATG 60GGTTTTATCA CGGTTTTAAA CGACATTTTG ATCCCGCATT TAAAGCCCAT TTTTGACTTG 120ACCTATTTTG AAGCTTCGCT CATTCAATTT TGCTTTTTTG GGGCGTATTT CATCATGGGG 180GGAGTCTTTG GGAACGTGAT CAGTAAAATC GGCTACCCTT TTGGCGTGGT GCTTGGTTTT 240GTGATCACAG CGAGCGGGTG CGCGTTGTTT TATCCGGCGG CGCATTTTGG CTCTTACGGG 300TTTTTTTTAG GAGCGTTGTT TATTTTAGCG AGCGGGATCG TGTGCTTACA GACTGCCGGT 360AATCCCTTTG TAACCTTGCT TTCTAAAGGT AAAGAAGCCA GAAACTTGGT TTTAGTCCAG 420GCGTTCAATT CGCTTGGCAC GACTTTAGGG CCTATTTTTG GGAGCTTGTT GATTTTTAGC 480GCGACCAAAA CGAGCGATAA TTTAAGCCTG ATAGACAAGT TAGCGGACGC TAAAAGCGTT 540CAAATGCCTT ATTTGGGTTT AGCGGTGTTT TCGCTTCTTT TAGCGCTTGT GATGTATCTT 600TTAAAATTGC CTGATGTGGA AAAAGAAATG CCCAAAGAAA CGACGCAAAA AAGCCTGTTT 660TCGCACAAAC ACTTTGTTTT TGGGGCTTTA GGGATCTTTT TCTATGTGGG GGGAGAAGTG 720GCGATTGGAT CATTCTTGGT GCTAAGCTTT GAAAAGCTTT TGAATTTAGA CGCTCAATCA 780AGCGCGCATT ACTTGGTGTA TTATTGGGGC GGCGCGATGG TAGGGCGTTT CTTAGGCAGC 840GCTTTGATGA ATAAAATCGC TCCTAATAAA TACCTGGCTT TCAACGCCTT AAGCTCTATC 900ATTCTTATCG CTTTGGCTAT TCTTATTGGA GGCAAGATCG CTTTATTCGC TCTGACTTTT 960GTGGGCTTTT TCAACTCTAT CATGTTCCCT ACAATCTTTT CTTTGGCTAC GCTCAATTTA 1020GGGCATCTCA CTTCTAAGGC TTCTGGAGTG ATTAGCATGG CGATTGTGGG AGGGGCGTTA 1080ATCCCCCCCA TTCAAGGCGT GGTTACAGAC ATGCTCACAG CAACCGAATC GAATCTGCTC 1140TACGCTTATA GCGTGCCGTT GTTGTGCTAT TTTTATATCC TCTTCTTTGC ACTTAAGGGG 1200TATAAACAAG AAGAAAACTC CTAA1224(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO19(i)序列特征(A)長(zhǎng)度378個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...378(xi)序列描述SEQ ID NO19ATGAATAAAA TCGCTCCTAA TAAATACCTG GCTTTCGGCG CCTTAAGCTC TATCATTCTT 60ATCGCTTTGG CTATTCTTAT TGGAGGCAAG ATCGCTTTAT TCGCTCTGAC TTTTGTGGGC 120TTTTTCAACT CTATCATGTT CCCTACAATC TTTTCTTTGG CTACGCTCAA TTTAGGCATC 180TCACTTCTAA TGGCTTCTGG AGTGATTAGC ATGGCGATTG TGGGAGGGGC GTTAATCCCC 240CCCATTCAAG GCGTGGTTAC AGACATGCTC ACAGCAACCG AATCGAATCT GCTCTACGCT 300TATAGCGTGC CGTTGTTGTG CTATTTTTAT ATCCTCTTCT TTGCACTTAA GGGGTATAAA 360CAAGAAGAAA ACTCCTAA378(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO20(i)序列特征(A)長(zhǎng)度993個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...993(xi)序列描述SEQ ID NO20TTGAAAAAAA TATTACCGGC TTTGTTAATG GGGTTTGTGG GATTGAATGC TAGTGATCGT 60TTGTTAGAAA TCATGCGCCT TTATCAAAAA CAAGGCTTGG AAGTGGTGGG TCAAAAATTG 120GATTCTTATT TAGCGGATAA GTCTTTTTGG GCAGAAGAGC TTCAAAACAA GGACACGGAT 180TTTGGCTATT ATCAAAACAA GCAGTTTTTA TTTGTGGCGG ATAAATCCAA GCCCAGTTTG 240GAGTTTTATG AAATAGAAAA TAACATGCTT AAAAAAATCA ACAGCTCTAA AGCCCTTGTA 300GGCTCTAAAA AGGGCGATAA AACTTTAGAG GGCGATTTGG CCACGCCTAT TGGAGTGTAT 360CGTATCACGC AGAAATTAGA GCGTTTGGAT CAATATTATG GCGTTTTGGC TTTTGTAACG 420AATTACCCTA ATTTGTATGA CACTTTGAAA AAACGCACCG GGCATGGCAT TTGGGTGCAT 480GGAATGCCTT TAAATGGCGA TAGGAATGAA TTGAACACTA AGGGTTGCAT TGCGATTGAA 540AACCCTATTC TAAGCTCTTA TGACAAAGTG TTAAAAGGCG AAAAAGCGTT CCTTATCACT 600TATGAAGACA AGTTTTCCCC TAGCACTAAA GAAGAATTGA GCATGATTTT AAGCTCCCTT 660TTCCAATGGA AAGAAGCTTG GGCTAGGGGC GATTTTGAAC GCTACATGCG TTTTTATAAC 720CCCAATTTCA CTCGCTATGA CGGCATGAGT TTTAACGCTT TTAAAGAGTA TAAAAAAAGG 780GTGTTTGCAA AAAATGAAAA AAAGAATATC GCTTTTTCCT CTATCAATGT GATCCCTTAC 840CCCAACTCTC AAAACAAACG CTTGTTTTAT GTGGTATTTG ACCAAGATTA CAAAGCCTAC 900CAGCAAAACA AGCTCTCTTA TAGCTCCAAT TCTCAAAAAG AACTCTATGT AGAGATTGAA 960AACAATCAAG CGTCTATTAT AATGGAAAAA TAA 993(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO21
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度510個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...510(xi)序列描述SEQ ID NO21TTGTTTGAGA AATGGATTGG TCTGACCTTA CTCCTTAGTT CCTTAGGCTA TCCATGCCAA 60AAGGTAAGTA TTAGTTTCAA GCAATACGAA AATCTTATCC ATATCCATCA AAAAGGTTGC 120AACAATGAAG TGGTGTGCAG AACGCTCATC TCTATCGCTT TACTAGAAAG CTCTCTAGGG 180TTGAACAACA AGCGAGAAAA ATCCCTTAAA GACACTTCTT ACTCCATGTT CCATATCACC 240TTAAACACCG CTAAAAAGTT CTACCCTACC TATTCTAAAA CGCTCCTCAA AACCAAATTG 300TTAAATGATG TGGGTTTTGC GATCCAATTA GCCAAACAAA TTTTAAAAGA AAATTTTGAT 360TATTACCACC AAAAACACCC CAACAAAAGC GTGTATCAAT TAGTACAAAT GGCCATAGGC 420GCTTACAATG GGGGAATGAA ACACAACCCT AATGGCGCTT ACATGAAGAA GTTTCGTTGC 480ATTTATTCTC AAGTGCGATA CAACGAATAA 510(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO22(i)序列特征(A)長(zhǎng)度648個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)
(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...648(xi)序列描述SEQ ID NO22ATGAAAAAAC CCTACAGAAA GATTTCTGAT TATGCGATCG TGGGTGGTTT GAGCGCGTTA 60GTGATGGTAA GCATTGTGGG GTGTAAGAGC AATGCCGATG ACAAACCAAA AGAGCAAAGC 120TCTTTAAGTC AAAGCGTTCA AAAAGGCGCG TTTGTGATTT TAGAAGAGCA AAAGGATAAA 180TCTTACAAGG TTGTTGAAGA ATACCCCAGC TCAAGAACCC ACATTGTAGT GCGCGATTTG 240CAAGGCAATG AACGCGTGTT GAGCAATGAA GAGATTCAAA AGCTCATCAA AGAAGAAGAA 300GCCAAAATTG ATAACGGCAC GAGCAAGCTT GTCCAGCCTA ATAATGGAGG GAGTAATGAA 360GGATCAGGCT TTGGCTTGGG AAGCGCGATT TTAGGGAGCG CGGCGGGGGC GATTTTAGGG 420AGTTATATTG GCAATAAGCT TTTTAATAAC CCTAATTATC AGCAAAACGC CCAACGGACC 480TACAAATCCC CACAAGCTTA CCAACGCTCT CAAAATTCTT TTTCTAAAAG CGCACCCAGC 540GCTTCAAGCA TGGGCACAGC GAGTAAGGGA CAGAGCGGGT TTTTTGGCTC TAGTAGGCCT 600ACTAGTTCGC CTGCAATAAG CTCTGGGACA AGGGGCTTTA ACGCATAA 648(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO23(i)序列特征(A)長(zhǎng)度762個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...762
(xi)序列描述SEQ ID NO23TTGAAAACTC TATTTAGTGT TTATCTCTTT TTGTCGTTGA ATCCACTCTT TTTAGAAGCT 60AAAGAAATCA CTTGGTCTCA ATTCTTGGAA AATTTTAAAA ACAAGAATGA AGACGACAAA 120CCTAAACCCC TAACCATTGA CAAAAACAAT GAAAAACAGC AAATCCTAGA CAAAAACCAG 180CAAATCTTAA AAAGGGCTTT AGAAAAAAGC CTTAAATTTT TCTTTATTTT TGGATACAAC 240TATTCGCAAG CCGCTTATTC AACCACTAAT CAAAACTTGA CTCTTACGGC GAATAGCATA 300GGGTTTAACA CCGCTACAGG CTTGGAGCAT TTTTTAAGAA ACCACCCTAA AGTCGGTTTT 360AGAATCTTTA GCGTCTATAA CTATTTCCAT TCCGTTTCGC TCTCCCAGCC TCAAATCCTA 420ATGGTGCAAA ATTACGGAGG CGCGTTAGAT TTTTCTTGGA TTTTTGTGGA TAAAAAAACC 480TATCGCTTTA GGAGTTATTT AGGAATCGCT TTAGAGCAAG GGGTGTTGTT AGTGGATACG 540ATTAAAACCG GCTCTTTCAC AACCATCATC CCAAGAACCA AGAAAACCTT TTTTCAAGCC 600CCTTTGCGTT TTGGTTTTAT CGTGGATTTT ATCGGCTATT TGTCTTTGCA ATTAGGGATT 660GAAATGCCCT TAGTGAGGAA TGTTTTTTAC ACCTACAATA ACCATCAAGA AAGATTCAAA 720CCACGATTTA ACGCTAATCT TTCTTTAATC GTTTCGTTTT AG 762(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO24(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1011個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1011(xi)序列描述SEQ ID NO24TTGTTTTTCA AATTTATTTT ATGTTTATCA TTAGGAATAT TTGCATGGGC AAAAGAGGTC 60ATTCCCACCC CTTCAACCCC ATTAACGCCC TCTAAACGCT ATTCTATCAA TTTGATGACT 120GAAAATGATG GTTATATCAA TCCTTACATT GATGAGTATT ACACGGCAGG CAATCAAATA 180GGCTTTTCTA CTAAAGAGTT TGATTTTTCT AAAAATAAAG CGATGAAATG GTCTTCGTAT 240TTAGGGTTTT TCAATAAAAG CCCTAGGGTT ACTCGTTTTG GCATTTCTCT CGCCCAAGAC 300ATGTATACCC CCTCACTTGC AAACAGAAAA CTGGTGCATT TGCATGACAA CCACCCTTAT 360GGGGGGTATT TGAGGGTGAA TTTGAACGTG TATAACCGCC ATCAAACTTT CATGGAGTTA 420TTCACGATTT CTTTAGGCAC GACAGGCCAA GATTCTTTGG CCGCTCAAAC GCAGCGTCTC 480ATTCATAAAT GGGGTCATGA TCCCCAATTT TATGGCTGGA ACACGCAGCT CAAAAACGAA 540TTTATCTTTG AACTGCACTA CCAATTGCTT AAAAAAGTCC CCCTTTTAAA GACTCGTTTT 600TTTTCTATGG AGTTGATGCC TGGGTTTAAT GTGGAACTGG GTAATGCGAG GGATTATTTC 660CAACTCGGCT CGCTCTTTAG GGCTGGGTAT AACTTGGACG CTGATTATGG GGTCAATAAG 720GTCAATACCG CTTTTGATGG GGGCATGCCT TATAGCGATA AGTTTTCCAT CTATTTTTTT 780GCAGGGGCTT TTGGGCGCTT CCAACCCCTT AACATCTTCA TTCAAGGCAA TAGCCCTGAA 840ACTAGGGGCA TTGCCAATTT GGAATACTTT GTTTATGCCA GTGAAATAGG AGCGGCTATG 900ATGTGGCGTA GCCTCAGGGT GGCTTTTACA ATCACTGATA TTAGTAAAAC CTTTCAGTCC 960CAGCCTAAGC ACCATCAGAT CGGCACCTTA GAATTGAATT TCGCCTTTTG A 1011(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO25(i)序列特征(A)長(zhǎng)度327個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鏈詞misc_特征(B)位置1...327(xi)序列描述SEQ ID NO25ATGAAACCAA TCTTTAGCCT CTTTTTCCTC CTTATTGTTT TAAAAGCGCA CCCCATAAAC 60CCCTTATTAG AGCCGTTATA TTTCCCCAGT TACACGCAAT TTTTAGATTT AGAACCTCAT 120TTTGTCATTA AAAAAAAGCG CGCTTACAGG CCTTTTCAAT GGGGGAACAC TATTATTATC 180AAACGCCATG ATTTAGAAGA GCGCCAGAGC AACCAACCAA GCGATATTTT CCGCCAGAAC 240GCTGAAATCA ATGTGTCTTC TCAAACTTTT TTAAGAGGAA TCAGCAGCGC TTCTTCACGC 300ATAGTGATCG ATTCGGTCGC TCAGTAA327(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO26(i)序列特征(A)長(zhǎng)度588個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...588(xi)序列描述SEQ ID NO26ATGAGCAATA ACCCCTTTAA AAAAGTGGGC ATGATCAGCT CTCAAAACAA TAACGGCGCT 60TTGAACGGGC TTGGCGTGCA AGTGGGTTAT AAACAATTCT TTGGCGAAAG CAAAAGATGG 120GGGTTAAGGT ATTATGGTTT CTTTGATTAC AACCACGGCT ATATCAAATC CAGCTTTTTT 180AATTCTTCTT CTGATATATG GACTTATGGC GGTGGGAGCG ATTTGTTAGT GAATTTTATC 240AACGATAGCA TCACAAGAAA GAACAACAAG CTTTCTGTGG GTCTTTTTGG TGGTATCCAA 300CTAGCAGGGA CTACATGGCT TAATTCTCAA TACATGAATT TAACAGCGTT CAATAACCCT 360TACAGCGCGA AAGTCAATGC TTCCAATTTC CAATTTTTGT TCAATCTCGG CTTGAGGACG 420AATCTCGCTA CAGCTAAGAA AAAAGACAGC GAACGTTCCG CGCAACATGG CGTTGAACTG 480GGCATTAAAA TCCCTACCAT TAACACCAAT TATTATTCTT TTCTAGGCAC TAAGCTAGAA 540TACAGAAGGC TTTATAGCGT GTATCTCAAT TATGTGTTTG CTTATTAA 588(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO27(i)序列特征(A)長(zhǎng)度684個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀
(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...684(xi)序列描述SEQ ID NO27GTGCGTTTTG GTAAAATTGA TTATTTGAAC ATGCTCCCTT TTGATGTGTT TATCAAATCC 60TACCCCACCC CTTGTTATTT CAAACAATTC TTACGGCTTA AAAAAACCTA CCCCTCCAAA 120CTCAATGAGA GTTTTTTATT CAGGCGCATT GATGCGGGGT TTATTTCTTC TATCGCTGGC 180TATCCATTCG CTCTTTGTTC TTATTCTCTA GGCATTGTCG CTTATAAGGA AGTTTTAAGC 240GTGTTGGTTG TAAATAGAGA AAACGCTTTT GACAAAGAAA GCGCTTCTTC AAACGCCCTC 300TCTAAAGTGT TAGGGTTAAA AGGCGAGGTC TTAATCGGCA ATAAAGCGCT GCAATTTTAT 360TATTCCAACC CTAAAAAAGA TTTTATAGAT TTAGCCGCTC TGTGGTATGA AAAAAAACGC 420TTGCCGTTTG TTTTTGGGCG TCTGTGCTAT TATCAAAACA AGGATTTTTA CAAACGCTTG 480TCTTTAGCCT TCAAACATCA AAAAACAAAA ATCCCTCACT ACATCCTTAA AGAAGCCGCT 540TTGAAAACCA ACTTGAAACG CCAAGATATT CTAAACTACT TGCAAAAAAT TTACTACACT 600TTAGGCAAAA AGGAACAATC AGGCCTTAAA GCGTTCTATC GTGAATTGTT GTTCAAACGC 660ATCCAAAAAC CCAAGCGGTT TTAG 684(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO28(i)序列特征(A)長(zhǎng)度918個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)
(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...918(xi)序列描述SEQ ID NO28ATGGGTAGAA TTGAATCAAA AAAGCGTTTG AAAGCACTCA TTTTTTTAGC GAGTTTGGGG 60GTGTTGTGGG GCAATGCGGC TGAAAAAACG CCTTTTTTTA AAACTAAAAA CCACATTTAT 120TTGGGTTTTA GGCTAGGCAC AGGGGCTACT ACGCGCACAA GCATGTGGCA ACAAGCCTAT 180AAAGACAACC CCACTTGCCC TAGCAGCGTG TGTTATGGCG AGAAATTAGA AGCCCATTAT 240AAGGGGGGTA AAAACTTATC TTATACCGGG CAAATAGGCG ATGAAATAGC TTTTGATAAA 300TACCATATTT TAGGCTTAAG GGTGTGGGGG GATGTAGAAT ACGCTAAGGC TCAATTAGGT 360CAAAAAGTGG GGGGTAACAC CCTTTTATCC CAAGCGAATT ATAACCCAAG CGCGATTAAA 420ACCTACGATC CTACTTCAAA CGCTCAAGGC TCTTTAGTTT TGCAAAAAAC CCCAAGCCCC 480CAAGATTTCC TTTTCAATAA CGGGCATTTC ATGGCGTTTG GTTTGAACGT GAACATGTTT 540GTCAATCTCC CTATAGACAC CCTTTTAAAA CTCGCTTTAA AAACGGAAAA AATGCTGTTT 600TTTAAAATAG GCGTGTTTGG TGGGGGTGGG GTGGAATACG CAATCTTGTG GAGTCCTCAA 660TATAAAAATC AAAATACCCA TCAAGACGAT AAATTTTTTG CCGCAGGTGG GGGGTTTTTT 720GTGAATTTTG GAGGCTCTTT GTATATAGGC AAGCGCAACC GCTTCAATGT GGGGCTAAAA 780ATCCCTTATT ATAGCTTGAG CGCGCAAAGT TGGAAAAATT TTGGCTCTAG CAATGTGTGG 840CAGCAACAAA CGATCCGACA AAACTTCAGC GTTTTTAGGA ATAAUGAAGT TTTTGTCAGC 900TACGCGTTCT TGTTTTAG918(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO29(i)序列特征(A)長(zhǎng)度777個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...777(xi)序列描述SEQ ID NO29ATGTTTTTAA GATCATACCC AAAGCTTAGA TACGCTTTAT GTTTACCCCT ACTCACTGAG 60ACTTGCTATA GCGAGGAGCG CACTTTAAAT AAGGTTACCA CCCAAGCTAA AAGGATTTTC 120ACTTACAATA ATGAGTTTAA GGTTACTTCT AAAGAATTGG ATCAACGCCA AAGCAATGAA 180GTCAAAGACC TGTTTAGGAC TAACCCTGAT GTGAATGTGG GCGGAGGGAG CGTGATGGGG 240CAGAAAATCT ACGTGAGAGG CATTGAAGAC AGGCTTTTAA GGGTTACGGT GGATGGGGCT 300GCGCAAAATG GCAACATCTA CCACCACCAA GGCAACACCG TGATTGACCC TGGCATGCTC 360AAAAGCGTGG AAGTTACTAA AGGCGCGGCG AATGCGAGCG CGGGGCCAGG AGCGATCGCG 420GGAGTGATTA AAATGGAGAC TAAAGGAGCG GCTGATTTTA TCCCTAGGGG GAAAAATTAT 480GCAGCGAGTG GGGCGGTGAG TTTTTATACC AATTTTGGGG ACAGAGAGAC TTTTAGATCG 540GCCTATCAAA GCGCGCATTT TGATATTATC GCTTACTACA CGCACCAAAA TATTTTCTAT 600TATAGGAGCG GCGCCACAGT GATGAAAAAC CTTTTCAAAC CCACACAAGC CGATAAAGAG 660CCAGGAACTC CCACCGAGCA AAACAACGCT TTGATTAAAA TGAATGGCTA TTTGAGCGAC 720AGAGACACGC TCACTTTCAG CTGGAACATG ACACGAGATA ACGCCACACG CCTTTAA 777(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO30(i)序列特征(A)長(zhǎng)度579個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...579(xi)序列描述SEQ ID NO30ATGTTTTTAA GATCATACCC AAAGCTTAGA TACGCTTTAT GTTTACCCCT ACTCACTGAG 60ACTTGCTATA GCGAGGAGCG CACTTTAAAT AAGGTTACCA CCCAAGCTAA AAGGATTTTC 120ACTTACAATA ATGAGTTTAA GGTTACTTCT AAAGAATTGG ATCAACGCCA AAGCAATGAA 180GTCAAAGACC TGTTTAGGAC TAACCCTGAT GTGAATGTGG GCGGAGGGAG CGTGATGGGG 240CAGAAAATCT ACGTGAGAGG CATTGAAGAC AGGCTTTTAA GGGTTACGGT GGATGGGGCT 300GCGCAAAATG GCAACATTTA CCACCACCAA GGCAACACCG TGATTGACCC TGGCATGCTC 360AAAAGCGTGG AAGTTACTAA AGGCGCGGCG AATGCGAGCG CGGGGCCAGG AGCGATCGCG 420GGAGTGATTA AAATGGAGAC TAAAGGAGCG GCTGATTTTA TCCCTAGGGG GAAAAATTAT 480GCAGCGAGTG GGGCGGTGAG TTTTTATACC AATTTTGGGG ACAGAGAGAC TTTTAGATCG 540GCCTATCAAA GCGCGCATTT TGATATTATC GCTTACTAG 579(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO31(i)序列特征(A)長(zhǎng)度381個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...381(xi)序列描述SEQ ID NO31GTGCCCTTGA GTTTGGGAGG CAACCTCTTA AACCCTAACA ACAGTAGCGT GCTGAATTTA 60AAAAACAGCC AGCTTGTTTT TAGCGATCAA GGGAGCTTGA ATATCGCTAA CATTGATTTA 120CTAAGCGATC TGAATGGTAA TAAAAATCGT GTGTATAACA TCATTCAAGC GGACATGAAT 180GGTAATTGGT ATGAGCGTAT CAACTTCTTT GGCATGCGCA TTAATGATGG GATTTATGAC 240GCTAAAAACC AAACTTATAG TTTCACTAAC CCTCTCAATA ACGCCGTAAA ATTCACCGAG 300AGCTTTTTCA TACACCGCCT GTGCGGTTCG CTCTCTCAAA TACAAAAAAA AAAAAACACA 360ATAGTCTCAC CTCGGCTCTG A381(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO32
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1698個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1698(xi)序列描述SEQ ID NO32GTGTATTCTT ATAGCGATGA CGCACAAGGC GTGTTTTATC TCACGAGCAG CGTGAAAGGC 60TATTACAACC CCAACCAATC CTATCAAGCC AGCGGCAGCA ATAACACCAC GAAAAATAAC 120AATCTAACCT CTGAATCTTC TGTCATTTCG CAAACCTATA ACGCGCAAGG CAACCCTATC 180AGCGCGTTAC ACGTCTATAA CAAGGGCTAT AATTTCAGTA ATATCAAAGC GTTAGGGCAA 240ATGGCGCTCA AACTCTACCC TGAAATCAAA AAGATATTAG GGAATGATTT TTCGCTTTCA 300AGTTTGAGCA ATTTAAAAGG CGATGCGCTA AACCAGCTTA CCAAGCTCAT CACGCCTAGC 360GATTGGAAAA ACATTAACGA GTTGATTGAT AACGCAAACA ATTCGGTCGT GCAAAATTTC 420AATAACGGCA CTTTGATTAT AGGAGCGACT AAAATAGGGC AAACAGACAC CAATAGTGCG 480GTGGTTTTTG GGGGCTTGGG CTATCAAAAG CCTTGCGATT ACACTGATAT TGTGTGCCAA 540AAATTTAGAG GCACTTATTT GGGGCAGCTT TTGGAGTCCA ACTCCGCTGA TTTGGGCTAT 600ATTGACACGA CTTTTAACGC TAAAGAAATT TATCTTACCG GCACTTTAGG GAGCGGGAAC 660GCATGGGGGA CTGGGGGGAG TGCGAGCGTA ACTTTTAACA GCCAAACTTC GCTCATTCTC 720AACCAAGCGA ATATCGTAAG CTCGCAAACC GATGGGATTT TTAGCATGCT GGGTCAAGAG 780GGCATCAATA AGGTTTTCAA TCAAGCCGGG CTCGCTAATA TTTTGGGCGA AGTGGCAATG 840CAATCCATTA ACAAAGCCGG GGGATTAGGG AATTTGATAG TAAATACGCT AGGGAGTGAT 900AGCGTGATTG GGGGGTATTT AACGCCTGAG CAAAAAAATC AAACCCTAAG CCAGCTTTTG 960GGGCAGAATA ATTTTGATAA CCTCATGAAC GATAGCGGTT TGAACACGGC GATTAAGGAT 1020TTGATCAGAC AAAAATTAGG CTTTTGGACC GGGCTAGTGG GGGGATTAGC CGGACTGGGG 1080GGCATTGATT TGCAAAACCC TGAAAAGCTT ATAGGCAGCA TGTCCATCAA TGATTTATTG 1140AGTAAAAAGG GGTTGTTCAA TCAGATCACC GGCTTTATTT CCGCTAACGA TATAGGGCAA 1200GTCATAAGCG TGATGCTGCA AGATATTGTC AAGCCGAGCG ACGCTTTAAA AAACGATGTA 1260GCCGCTTTGG GCAAGCAAAT GATTGGCGAA TTTTTAGGCC AAGACACGCT CAATTCTTTA 1320GAAAGCTTGC TGCAAAACCA GCAGATTAAA AGCGTTTTAG ACAAAGTCTT AGCGGCTAAA 1380GGATTAGGGT CTATTTATGA ACAAGGTTTG GGGGATTTGA TCCCTAATCT TGGTAAAAAG 1440GGGATTTTCG CTCCCTATGG CTTGAGTCAA GTGTGGCAAA AAGGGGATTT TAGTTTCAAC 1500GCGCAAGGCA ATGTTTTTGT GCAAAATTCC ACTTTCTCTA ACGCTAATGG AGGCACGCTC 1560AGTTTTAACG CAGGAAATTC GCTCATTTTT GCCGGAAACA ACCACATCGC TTTCACTAAC 1620CATTCTGGAA CGCTCAATTT GTTGTCTAAT CAAGTTTCTA ACATTAACGT CACCATGCTT 1680AACGCAGCAA CGGCCTAA 1698(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO33(i)序列特征(A)長(zhǎng)度519個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...519(xi)序列描述SEQ ID NO33GTGTTTGGAT TGAGTTTGGC GGATATGATT TTAGAGCGTT TTAAAGATTT TATGAGAGAA 60TACCCTGAGC CTTACAAGTT TTTACAGGTT TTTTACGCGC AAGAAAAAGA ACGCTTCTTA 120AATCATAAAA TGAACGATTA TATCAAGCAA AATAAGAGCA AGGAAGAGGC TAGTATTTTG 180GCCAGACAAG GCTTTGTCAG CGTAATTGGA AGAGCGTTAG AAAAAATCAT AGAACTTTTA 240TTAAAAGATT TTTGTATTAA AAACAATGTA AAAATGACGA ACGATAAAAC CTTAAGGGCT 300AAGCGCATTA ATGGCGAATT AGATAAGGTC AAACGGGCTT TATTGGTGCA TTTTGGAGGA 360TATAGCGTTT TACCCGATAT TATTCTTTAT CAAACCAACA AAGATAATAT CAAAATCCTA 420GCGATTTTAT CGGTAAAAAA TTCGTTTAGA GAGCGTTTCA CAAAAGACGC CTTATTGGAA 480ATTAAAACTT TTGCAATCGC CTGTAACTTC TCACATTAA 519(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO34
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度996個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...996(xi)序列描述SEQ ID NO34ATGAAAAGAT TTGTTTTATT CTTGTTATTC ATATGTGTTT GCGTTTGCGT TCAAGCTTAC 60GCTGAGCAAG ATTACTTTTT TAGGGATTTT AAATCTATAG ATTTGCCCCA AAAACTCCAC 120CTTGATAAAA AGCTCTCCCA AACAATACAG CCATGCGCGC AACTTAACGC ATCAAAACAC 180TACACTGCTA CTGGGGTTAG AGAGCCTGAT GCCTGCACCA AGAGTTTTAA AAAATCCGCT 240ATGGTTTCCT ATGATTTAGC GCTAGGCTAT TTAGTGAGCC AAAACAAACC ATACGGCTTA 300AAAGCTATAG AGATTTTAAA CGCTTGGGCT AATGAGCTTC AAAGCGTGGA TACTTATCAA 360AGCGAGGACA ATATCAATTT TTACATGCCT TATATGAACA TGGCTTATTG GTTTGTCAAA 420AAAGAATTTC CTAGCCCAGA ATATGAAGAT TTCATTAGGC GGATGCGTCA GTATTCTCAA 480TCAGCTCTTA ACACTAACCA TGGGGCGTGG GGGATTCTCT TTGATGTGAG CTCTGCACTA 540GCGCTAGATG ATCATGCCCT TTTGCAAAGT AGCGCTAATC GGTGGCAGGA GTGGGTGTTT 600AAAGCCATAG ATGAGAACGG GGTTATTGCT AGCGCGATCA CTAGGAGCGA TACGAGCGAT 660TATCATGGCG GCCCTACAAA GGGCATTAAG GGGATAGCTT ATACCAATTT TGCGCTTCTT 720GCGATAACTA TATCAGGCGA ATTGCTTTTT GAGAACGGGT ATGATTTGTG GGGTAGTGGA 780GCCGGGCAAA GGCTCTCTGT GGCGTATAAC AAAGCCGCAA CATGGATTCT AAACCCTGAA 840ACTTTCCCCT ATTTTCAGCC TAACCTCATT GGGGTGCATA ACAACGCCTA TTTCATTATT 900TTAGCCAAAC ATTATTCTAG CCCTAGCGCG GATGAGCTTT TAGAGCAAGG CGATTTGCAT 960GAAGATGGCT TCAGGCTGAA ACTCCGATCG CCATGA996(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO35(i)序列特征
(A)長(zhǎng)度384個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...384(xi)序列描述SEQ ID NO35ATGCGTCAGT ATTCTCAATC AGCTCTTAAC ACTAACCATG GGGCGTGGGG GATTCTCTTT 60GATGTGAGCT CTGCACTAGC GCTAGATGAT CATGCCCTTT TGCAAAGTAG CGCTAATCGG 120TGGCAGGAGT GGGTGTTTAA AGCCATAGAT GAGAACGGGG TTATTGCTAG CGCGATCACT 180AGGAGCGATA CGAGCGATTA TCATGGCGGC CCTACAAAGG GCATTAAGGG GATAGCTTAT 240ACCAATTTTG CGCTTCTTGC GATAACTATA TCAGGCGAAT TGCTTTTTGA GAACGGGTAT 300GATTTGTGGG GTAGTGGAGC CGGGCAAAGG CTCTCTGTGG CGTATAACAA AGCCGCAACA 360TGGATTCTAA ACCCTGAAAC TTTC 384(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO36(i)序列特征(A)長(zhǎng)度738個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源
(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...738(xi)序列描述SEQ ID NO36TTGAGAACCT TGTTAAAAAT GTTGGTTGGT GTGAGCTTAC TAACACACGC TTTAATGGCT 60ACAGAAGAAA GCGCTGCCCC TTCTTGGACA AAAAATTTGT ATATGGGATT CAATTACCAA 120ACAGGTTCTA TCAATTTAAT GACTAATATT CATGAAGTTA GAGAAGTTAC TAGCTATCAA 180ACCGGTTACA CCAATGTAAT GACTAGCATT AATAGCGTTA AAAAACTCAC TAACATGGGT 240TCTAATGGGA TTGGCTTAGT CATGGGCTAT AACCACTTTT TCCATCCGGA TAAAGTCTTG 300GGTTTGCGCT ATTTTGCTTT TTTAGATTGG CAAGGCTATG GCATGAGATA CCCTAAAGGC 360TATTATGGGG GCAATAACAT GATCACTTAT GGCGTGGGCG TGGATGCGAT ATGGAATTTC 420TTCCAAGGGA GTTTTTATCA AGATGATATT GGCGTGGATA TTGGCGTTTT TGGGGGGATT 480GCGATTGCTG GGAATAGCTG GTATATTGGC AATAAAGGGC AGGAATTATT AGGCATCACC 540AATAGTAGTG CGGTTGATAA CACCTCTTTT CAATTCCTCT TTAACTTTGG TTTCAAAGCT 600TTATTTGTAG ATGAACATGA ATTTGAAATT GGGTTTAAAT TCCCCACTCT TAACAACAAA 660TACTACACCA CCGACGCGCT CAAGGTTCAA ATGCGTAGGG TCTTTGCCTT TTATGTGGGG 720TATAATTACC ACTTCTAA738(2)INFORMATION FORSEQ ID NO37(i)序列特征(A)長(zhǎng)度873個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...873
(xi)序列描述SEQ ID NO37ATGTTTGAAG AAATTACCCT AGCGCATAAG GACTTGTTTT CAAGGTTTTT ACAAACTCAA 60AAAATCGTTT TATCGGATGT GAGTTTTACC AATTGCTTTT TATGGCAGCA CGCAAGGCTC 120ATTCAAGTGG CTGTGATTAG GGATTGTTTG GTGATTCAAA CCACTTATGA AAACCAAAAA 180CCCTTTTATT TCTATCCTAT CGGTAAGAGG CCGCATGAAT GCGTGAAAGA GCTTTTGGAA 240TTAGAAAAAA ATTTAAGATT CCACTCCCTG ACTTTAGAGC AAAAAGACGA TTTGAAAGAC 300AATTTTGTAG GGGTGTTTGA TTTCACTTAC AACCGAGACA GGAGCGATTA TGTTTATTCT 360ATTGAAGAAC TAATCGCGCT CAAAGGGAAA AAATACCATA AGAAAAAAAA CCACTTAAAC 420CAGTTTTTAA CCAATCATGC GAATTTTGTT TATGAAAAAA TTTCTCCTCA AAACAGAAAG 480GAAGTTTTAG AAGCCTCTAA AGCGTGGTTT TTAGAAAGCC AGACCGATGA TATAGGGTTA 540ATCAACGAAA ATAAGGGCAT TCAAAGCGTT TTAGAAAATT ATGAAAGCTT GGATTTAAAG 600GGGGGGCTTA TTAGGGTTAA TGGGGAAATA GTCTCGTTTA GTTTTGGGGA AGTTTTAAAC 660GAAGAGAGCG CGCTCATCCA CATTGAAAAA GCCCGCACAG ATATTGCAGG CGCGTATCAA 720ATCATCAACC AACAATTGCT TTTGAATGAA TTTAGCCATT TAACTTACGC TAACAGAGAA 780GAAGATCTAG GATTAGAGGG CTTAAGAAGG TCTAAAATGA GCTATAACCC GGTGTTTTTG 840ATAGACAAAT ACGAAGCGGT TGCTAGAAAT TAA 873(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO38(i)序列特征(A)長(zhǎng)度333個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...333(xi)序列描述SEQ ID NO38ATGATGTTCA TTGTAGCGGT TTTGATGCTG GCGTTTTTGA TCTTTGTCCA TGAGTTAGGG 60CATTTCATTA TCGCTAGGAT TTGTGGGGTG AAAGTGGAAG TGTTTAGCAT TGGTTTTGGT 120AAAAAACTCT GGTTTTTCAA GCTTTTTGGC ACGCAATTCG CTCTGTCTTT GATCCCGCTT 180GGGGGCTATG TGAAATTAAA GGGCATGGAT AAAGAAGAAA ATGAAGAAAA TAAAATTAAT 240CAAGCGAATG ATAGCTACGC CAAAAAAGCC CTTTCCAAAA GCTATGGATA TTGTTTGGTG 300GGGCGTTTTT TAATTTTCTT TTTGCGGTTT TAG 333(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO39(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1056個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1056(xi)序列描述SEQ ID NO39ATGATGTTCA TTGTAGCGGT TTTGATGCTG GCGTTTTTGA TCTTTGTCCA TGAGTTAGGG 60CATTTCATTA TCGCTAGGAT TTGTGGGGTG AAAGTGGAAG TGTTTAGCAT TGGTTTTGGT 120AAAAAACTCT GGTTTTTCAA GCTTTTTGGC ACGCAATTCG CTCTGTCTTT GATCCCGCTT 180GGGGGCTATG TGAAATTAAA GGGCATGGAT AAAGAAGAAA ATGAAGAAAA TAAAATTAAT 240CAAGCGAATG ATAGCTACGC GCAAAAAAGC CCTTTCCAAA AGCTATGGAT ATTGTTTGGT 300GGGGCGTTTT TTAATTTTCT TTTTGCGGTT TTAGTGTATT TTTTTCTGGC ATTGAGCGGG 360GAAAAAGTCT TACTGCCCGT CATTGGCGGT TTAGAAAAAA ACGCGCTAGA AGCCGGGCTG 420TTAAAGGGGG ATAGAATCCT TTCTATCAAC CATCAAAAAA TAGCGAGTTT TAGAGAGATT 480AGAGAGATAG TGGCGCGTTC TCAAGGCGAG TTAATTTTAG AAATAGAGCG AAACAATCAG 540ATTTTAGAAA AACGACTGAC CCCCAAAATC GTGGCGGTGA TAAGCGAGTC TAATGATCCT 600AATGAAATCA TCAAGTATAA AATAATAGGC ATTAAACCGG ACATGCAAAA AATGGGCGTT 660GTCTCTTATT CCGTGTTTCA AGCGTTTGAA AAGGCTTTGA GTCGGTTTAA AGAGGGCGTT 720GTTTTGATTG TGGATTCTTT AAGGCGTTTG ATTATGGGGA GCGCTTCAGT TAAAGAATTG 780AGTGGGGTAA TAGGCATTGT GGGGGCGTTA AGCCATGCCA ATAGCGTGAG CATGCTTTTG 840TTGTTTGGGG CGTTTTTATC TATCAATCTA GGGATTTTAA ATTTATTACC CATTCCAGCC 900TTAGATGGGG CGCAAATGCT AGGGGTCGTT TTTAAAAATA TTTTTCATAT CGCTTTGCCA 960ACGCCCATAC AAAATGCGTT GTGGCTAGTG GGGGTGGGGT TTTTGGTTTT TGTCATGTTT 1020TTAGGGCTTT TTAATGACAT TACTCGTTTG CTATAA 1056(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO40(i)序列特征(A)長(zhǎng)度303個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...303(xi)序列描述SEQ ID NO40ATGCAAAAGA ATTTGGATAG TCTTTTAGAA AATTTAAGGG CTGAAATTGA TGCGTTGGAT 60AATGAATTGA GCGATCTTTT AGACAAACGC TTAGGAATCG CTTTAAAAAT CGCTCTCATC 120AAACAAGAAA GCCCCCAAGA AAACCCCATT TATTGCCCTA AAAGAGAGCA AGAGATTTTA 180AAACGACTCA GCCAAAGGGG TTTCAAGCAT TTGAATGGAG AAATCCTTGC AAGTTTTTAT 240GCAGAGGTTT TTAAGATTTC TAGAAATTTT CAAGAAAACG CCCTAAAAGA GTTAAAAAAA 300TAA303(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO41(i)序列特征(A)長(zhǎng)度525個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)
(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...525(xi)序列描述SEQ ID NO41GTGAAAATGC GTTTTTTTAG TGGTTTTGGG TTTGTTAATG AAAGCGTTTT GTTTGAAGAG 60TGGCTTTTAA AAGGGGCTTA TGATGTGTCA GGCTTTTCTA TGGGGGCGAT TAAGGCGATA 120GAATACGCCT ATAATGAAGT CTTGCAACAA CGGCGCATCC ATTCCTTATT GTTGTTTTCG 180CCTTGCATGC TAGCGCATAA GAGTTTGGCG TTCAAACGCT TGCAACTTTT CTTGTTTCAA 240AAAGATCCGC AAAGCTACAT GGATAACTTT TATAAGGAAG TGGGATTGGA CGCTCAATTG 300GAGCGTTTTA AAAAAGAGGG TTCTTTAGAA GAATTGGAAT TTTTATTGGA TTACAAGTAT 360AGTGATTCTA TAATTAGATT TTTATTGGAA AAGGGCGTGA AGATTGAAGT GTTTATCGGT 420TTAAAAGATA GAATCACTGA CATTCAAGCC CTTTTAGAAT TTTTTATGCC CTTAGTTCAA 480GTGTGGCAGT TTAAGGATTG TAACCATTTG TTGCAAAAAT CTTAA 525(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO42(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1416個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征
(B)位置1...1416(xi)序列描述SEQ ID NO42ATGAAAAATA CCAATACAAA AGAGATAAAG AATACAAGGA TGAAAAAAGG TTATAGTCAA 60TACCACACGC TCAAAAAAGG GCTTTTAAAA ACCGCTCTGC TTTTTAGCCT TCCTTTAAGC 120GTGGCGTTAG CTGAAGACGA TGGCTTTTAT ATGGGAGTGG GCTATCAAAT CGGCGGCGCG 180CAACAAAACA TCAACAACAA AGGCAGCACC CTAAGGAATA ATGTCATTGA TGATTTCCGC 240CAAGTGGGCG TGGGTATGGC AGGGGGTAAT GGGCTTTTAG CTTTAGCGAC AAACACGACC 300ATGGACGGTC TTTTAGGGAT AGGCAACCAA ATTGTCAATA CTAATACAAC TGTTGGCAAC 360AACAACGCAG AGTTAACCCA GTTTAAAAAA ATACTCCCCC AAATTGAACA ACGCTTTGAG 420ACGAATAAAA ACGCTTATAG CGTTCAAGCC TTGCAAGTGT ATTTGAGTAA TGTGCTTTAT 480AACTTGGTTA ATAATAGTAA TAATGGTAGG AATAATGGAG TCGTTCCTGA ATATGTAGGG 540ATTATAAAAG TTCTCTATGG TTCTCAAAAT GAATTCAGTC TCTTAGCCAC GGAGAGTGTG 600GCGCTTTTAA ACGCGGTCAC GAGAGTGAAT CTGGATAGTA ATTCGGTGTT TTTAAAAGGG 660CTATTAGCCC AAATGGAGCT TTTTAATGAC ACTTCTTCAG CAAAGCTAGG TCAGATCGCA 720GAAAACTTGA AGAACGGTGG TGCAGGGGCC ATGCTTCAAA AGGATGTGAA AACCATCTCG 780GATCGAATCG CTACTTACCA AGAGAATCTA AAACAGCTAG GAGGGATGTT AAAGAATTAC 840GATGAGCCAT ACCTACCCCA ATTTGGGCCA GGCACAAGCT CTCAGCATGG GGTTATTAAT 900GGCTTTGGCA TTCAAGTGGG CTATAAGCAA TTTTTTGGGA GCAAGAAGAA TATAGGCTTA 960CGATATTACG CTTTCTTTGA TTATGGCTTT ACGCAATTGG GCAGTCTTAA CAGTGCTGTT 1020AAAGCGAACA TCTTTACTTA TGGTGCTGGC ACGGACTTTT TATGGAATAT CTTTAGAAGG 1080GTTTTTAGCG ATCAGTCCTT GAATGTGGGG GTGTTTGGGG GCATTCAAAT AGCGGGTAAC 1140ACTTGGGATA GCTCTTTAAG AGGTCAAATT GAAAACTCGT TTAAAGAATA CCCCACTCCC 1200ACGAATTTCC AATTTTTGTT TAATTTGGGC TTAAGGGCTC ATTTTGCCAG CACCATGCAC 1260CGCCGGTTTT TGAGCGCGTC TCAAAGCATT CAGCATGGTA TGGAATTTGG CGTGAAAATC 1320CCAGCTATCA ATCAAAGGTA TTTGAAAGCG AATGGGGCTG ATGTGGATTA CAGGCGTTTG 1380TATGCGTTCT ATATCAATTA CACGATAGGT TTTTAA 1416(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO43(i)序列特征(A)長(zhǎng)度390個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)
(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...390(xi)序列描述SEQ ID NO43ATGAAAAGCA TCAGAAGAGG CGATGGGCTG AATGTTGTCC CTTTCATTGA TATTATGCTC 60GTCTTACTAG CGATTGTGTT GAGTATTTCT ACTTTTATCG CGCAAGGTAA GATTAAAGTC 120AGTCTCCCTA ACGCTAAAAA TGCGGAAAAA TCCCAGCCAA ACGATCAAAA AGTGGTGGTC 180ATCTCTGTGG ATGAGCATGA CAATATTTTC GTAGATGACA AACCGACGAA TTTAGAAGCT 240TTGAGCGCTG TAGTCAAGCA AACAGACCCT AAAACCCTTA TAGATTTAAA AAGCGACAAG 300AGCTCTCGTT TTGAAACTTT TATCAGCATT ATGGATATTT TAAAAGAGCA TAATCATGAA 360AATTTCTCCA TCTCCACGCA AGCTCAGTAA 390(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO44(i)序列特征(A)長(zhǎng)度225個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...225(xi)序列描述SEQ ID NO44ATGCTCGTCT TACTAGCGAT TGTGTTGAGT ATTTCTACTT TTATCGCGCA AGGTAAGATT 60AAAGTCAGTC TCCCTAACGC TAAAAATGCG GAAAAATCCC GACCAAACGA TCAAAAAGTG 120GTGGTCATCT CTGTGGATGA GCATGACAAT ATTTTCGTAG ATGACAAACC GACGAATTTA 180GAAGCTTTGA GCGCTGTAGT CAAGCAAACA GACCCTAAAA CCCTT 225(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO45(i)序列特征(A)長(zhǎng)度672個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...672(xi)序列描述SEQ ID NO45ATGTTTTCAC TTTCTTATGT TTCCAAGAAA TTTTTAAGCG TGTTGCTATT GATTTCGCTG 60TTTTTAAGCG CTTGCAAATC CAACAATAAA GACAAATTGG ATGAAAATCT TTTAAGCTCC 120GGCACTCAAA GCTCCAAAGA ATTAAACGAC AAGCGAGACA ATATAGACAA AAAGAGCTAC 180GCTGGTTTAG AAGATGTTTT TTTAGACAAC AAGTCCATTA GCCCTAATGA TAAATACATG 240CTTTTAGTTT TTGGCCGTAA TGGTTGCTCC TATTGTGAAA GGCTTAAAAA AGATCTCAAA 300AATGTCAAAG AATTGCGCAA CTATATTAAA GAGCATTTTA GTGCTTACTA TGTCAATATC 360AGCTATTCTA AAGAGCATAA TTTTAAAGTC GGCGATAAGG ATAAAAATGA TGAAAAAGAA 420ATCAAAATGT CCACAGAAGA ATTAGCGCAA ATTTATGCCG TCCAATCCAC CCCTACGATT 480GTTTTATCCG ATAAAACCGG CAAAACCATC TATGAATTGC CGGGCTATAT GCCTTCTGTG 540CAATTTTTAG CCGTGTTAGA ATTTATCGGC GATGGGAAGT ATCAAGACAC GAAAAACGAT 600GAGGATCTCA CTAAAAAATT AAAGGCTTAC ATCAAGTATA AAACCAACCT TTCTAAGAGC 650AAGTCCAGCT AG 672(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO46(i)序列特征(A)長(zhǎng)度351個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸
(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...351(xi)序列描述SEQ ID NO46TTGATGAAAT CTAAAATCAC TCATTTTATC GTTATCTCTT TTGTTTTAAG CGTGTTGAGC 60GCCTGCAAAG ATGAGCCTAA AAAATCGTCC CAATCGCACC AAAACAACAC TAAAACCACT 120CAAAACAATC AAATCAATCA ACCTAATAAG GATATAAAAA AGATTGAGCA TGAAGAAGAA 180GATGAAAAAG TCACCAAAGA AGTGAATGAT CTGATCAATA ACGAAAATAA AATTGATGAA 240ATCAATAATG AAGAAAACGC TGATCCTTCG CAAAAAAGAA CGAACAATGT TTTGCAACGA 300GCCACTAACC ACCAAGACAA TCTCAGTTCC CCACTCAACA GGAAGTATTA A 351(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO47(i)序列特征(A)長(zhǎng)度240個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征
(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...240(xi)序列描述SEQ ID NO47ATGTTTGAAA AAATACGCAA GATTTTAGCG GATATTGAAG ATTCGCAAAA TGAAATTGAA 60ATGCTTTTAA AATTAGCGAA TTTGAGTTTG GGGGATTTTA TTGAGATTAA AAGAGGGAGC 120ATGGACATGC CAAAGGGCGT GAATGAAGCG TTTTTTACGC AATTAAGCGA AGAAGTGGAG 180CGCCTAAAGG AGCTTATCAA CGCTTTGAAT AAAATCAAAA AAGGGTTATT GGTGTTTTAA 240(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO48(i)序列特征(A)長(zhǎng)度156個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...156(xi)序列描述SEQ ID NO48ATGTCTATGT TCATTTCTAA TCTGGCTTTC ACGAGCGAAC ATAAGGACGC TATGGAAGTG 60GCAAAAATTG CGATTTTACT CGGATCTTTG ATTTCTGGGA TCATAGGGGC TTTATATTTA 120TTCGCACTAG ATAAAAGAGC GGCTTTAAAG AAATAG156(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO49(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1350個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈
(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1350(xi)序列描述SEQ ID NO49ATGGGTTTGA AAATAAAAAT TTTAAGGTTG TCTATGAATC TCAAAAAAAC AGAAAACGCG 60CTCAGTTTGA CGCTTAAAAA CTTCATTAAA AGCGAGTCTT TTGGAGGGAT TTTCCTCTTT 120TTGAACGCCG TTTTAGCGAT GGTGGTGGCT AATTCGTTTT TAAAAGAAAG TTATTTTGCG 180CTATGGCACA CCCCTTTTGG GTTTCAAGTA GGGGATTTTT TTATCGGCTT TAGTTTGCAC 240AACTGGATTG ATGATGTCTT AATGGCGTTA TTCTTTTTAA TGATAGGCTT AGAGATCAAG 300CGAGAATTGT TGTTTGGGGA ATTATCCAGT TTTAAAAAAG CTTCTTTCCC TGTGATCGCA 360GCCATAGGGG GCATGATAGC TCCAGGATTG ATTTATTTTT TTCTTAACGC CAACACGCCC 420TCTCAGCATG GTTTTGGGAT CCCTATGGCA ACGGATATTG CGTTCGCTTT AGGCGTGATC 480ATGCTTTTAG GCAAGAGGGT GCCAACCGCC TTAAAGGTTT TTTTAATCAC TCTAGCGGTG 540GCTGATGACT TAGGGGCTAT TGTGGTGATC GCGCTCTTTT ATACCACGAA TTTAAAATTC 600GCATGGCTTT TAGGGGCTTT AGGGGTGGTT CTTGTTTTAG CCATATTGAA CCGCCTGAAT 660ATCCGATCGC TCATCCCTTA CTTGCTTTTA GGGGTGTTGC TTTGGTTTTG CGTGCATCAA 720AGCGGTATCC ATGCGACGAT CGCTGCGGTG GTTCTAGCTT TTATGATACC GGTGAAAATC 780CCTAAAGATT CTAAAAATGT AGAGCTTTTG GAATTAGGCA AACGATACGC AGAGACGAGT 840TCAGGAGTGC TTTTAACCAA AGAGCAGCAA GAAATCTTGC ATTCTATTGA AGAAAAAGCG 900AGTGCTTTAC AAAGCCCCTT AGAAAGATTG GAGCATTTTC TAGCCCCCAT CAGCGGGTAT 960TTCATCATGC CCTTATTCGC GTTTGCAAAC GCTGGGGTGA GCGTTGATTC TAGCATCAAT 1020TTAGAAGTGG ATAAGGTGCT TTTAGGGGTT ATTTTAGGGC TTTGTTTGGG CAAGCCTTTA 1080GGGATTTTCT TAATCACTTT CATAAGCGAA AAGCTTAAAA TCACTGCGCG CCCTAAAGGC 1140ATCGGCTGGT GGCATATTTT AGGGGCTGGG CTTTTAGCAG GGATTGGCTT TACCATGTCT 1200ATGTTCATTT CTAATCTGGC TTTCACGAGC GAACATAAGG ACGCTATGGA AGTGGCAAAA 1260ATTGCGATTT TACTCGGATC TTTGATTTCT GGGATCATAG GGGCTTTATA TTTATTCGCA 1320CTAGATAAAA GAGCGGCTTT AAAGAAATAG 1350(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO50
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度2448個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...2448(xi)序列描述SEQ ID NO50ATGAATGACA AGCGTTTTAG AAAATATTGT AGTTTTTCTA TTTTTTTGTC CTTATTAGGA 60ACGTTTGAAT TAGAGGCTAA AGAAGAAGAA AAAGAAGAAA AAAAGACAGA AAGGAACAAA 120GATAAAGAAA AGAACGCCCA ACACACTTTG GGTAAAGTTA CCACTCAAGC GGCTAAAATC 180TTTAATTACA ACAACCAGAC AACCATTTCA AGTAAAGAAT TAGAAAGAAG GCAAGCCAAC 240CAAATCAGCG ACATGTTTAG AAGAAACCCC AATATCAATG TGGGCGGTGG TGCGGTGATA 300GCGCAAAAAA TTTACGTGCG CGGTATTGAA GACAGATTGG CTAGGGTTAC GGTGGATGGC 360GTGGCGCAAA TGGGCGCAAG CTATGGGCAT CAAGGCAATA CAATCATTGA CCCTGGAATG 420CTCAAAAGCG TGGTGGTTAC CAAGGGGGCG GCTCAAGCGA GCGCGGGGCC TATGGCTTTA 480ATTGGCGCGA TCAAAATGGA GACTAGGAGC GCGAGCGATT TTATCCCTAA AGGCAAAGAC 540TACGCCATAA GTGGGGCTGC CACTTTTTTA ACCAACTTTG GGGATAGGGA AACCATTATG 600GGCGCTTATC GTAACCATCA TTTTGATGCG CTTTTGTATT ACACGCACCA AAATATTTTT 660TATTATCGTG ATGGGGATAA CGCGATGAAA AATCTTTTTG ACCCTAAAGC GGATAATAAA 720GTTACAGCAA GCCCTAGCGA ACAAAACAAT GTGATGGCTA AGATCAATGG TTATTTGAGC 780GAAAGGGATA CCTTAACGCT CAGTTATAAC ATGACTAGAG ATAACGCCAA TCGCCCTTTA 840AGAGCGAATT TTACCGGCAC TTTTTTACCC TATTCTTGTG GTGATTTCAA CGCTTTCCCT 900AACGAGAAAA ACCCTAGCGA TTGTTTGTTT GAAAATGACG CCAGTTTGTT TAAAACTTAT 960AGCGTCAATT TAGTGCATAA CGTGAGCTTG AATTATGAAA GGGAAGGGGG GAGTCGCTTT 1020GGCGATCCTA AATTAAAAAT CAATGGCTAC ACGAGCATTA GGAATGTCCA AATTGATCCG 1080CTTTTCAGAC CTAGCGATAT AGCGACTACC ATTCCTTTCA CCCCAAACCC GCAGCTCTCT 1140CAAGGCGAAG AAAATCAATG CGTGGCGCAA GGGGGCATTT ATGACGCTCT TAAACAAACT 1200TGCTCCATCA CTTTTAAAAG CCTTGGAGGG GGTTCTGTTG TCGCTAATAA AAATTTATTC 1260ATCATCAATT CTGGGTTTAA TGCGAACGTG ATCCACACCA TAGACCACAA GAATGACAAT 1320CTTTTGGAAT ACGGGTTGAA TTACCAGAAT TTAACCACTT TTGATAAAGC GATCCCTGAT 1380AGCGAATTAG TCAAGCCCGG CGATGCCCCT GATGCGTGCT TAAGAGTTAC AGGACCTGAT 1440GATCCTAACA TGAACGGGCG CTGCCAACGG AATGGCGCTA CGGCGAATGT GGTTGGGGTG 1500TATGCGCAAG CGAATTACAC CTTGCACCCT ATGGTAACTT TAGGGGCAGG GACTCGTTAT 1560GACGTTTATA CTTTAGTGGA TAAAGACTGG CAATTGCACG TAACTCAAGG GTTTAGCCCT 1620AGCGCGGCTT TAAACGTCTC GCCTTTAGAA AATTTGAATT TCAGGCTTTC TTACGCGTAT 1680GTAACTAGAG GCCCTATGCC TGGAGGTTTG GTGTGGATGC GTCAAGACAA TTTGCGCTAT 1740AACCGCAATT TAAAGCCAGA AATTGGGCAA AATGCGGAAT TTAACACCGA ATACAGCAGT 1800CAGTATTTTG ATTTCAGAGC CGCCGGTTTT GTCCAATTGA TTTCTAATTA CATCAATCAA 1860TTTTCTTCAA CGCTTTTTGT CACCAACTTG CCCGCACAAG ATATTATTTA TGTGCCTGGC 1920TATGAAGTTT CAGGGACGGC TAAATACAAG GGTTTTTCTT TAGGCTTGAG CGTGGCGCGA 1980TCATGGCCTT CTTTAAAAGG GCGTTTGATC GCTGACGTGT ATGAATTGGC GGCTACGACA 2040GGCAATGTGT TTATTTTAAC GGCAAGCTAT ACAATCCCAC GCACCGGCCT TAGCATCACT 2100TGGCTTTCAC GCTTTGTTAC TAATTTGAGT TATTGCTCTT ATAGCCCTTA TCGTAACGGC 2160CCTACGGATA TTGACAGAAG GCCTAGTAAT TGCCCTAAAA CGCCCGGGAT TTTTCATGTG 2220CATAAACCCG GCTATGGGGT GAGCAGTTTC TTTATCACTT ACAAGCCTAC TTATAAGAAA 2280CTCAAAGGGT TGAGCCTGAA CGCGGTGTTT AATAATGTTT TTAACCAACA ATATATTGAT 2340CAAGCAAGCC CGGTGATGAG CCCTGATGAA CCCAATCAAG ACAAATACGC AAGGGGCATG 2400GCAGAGCCTG GCTTTAACGC TAGGTTTGAA ATTTCTTATA AGTTTTAA 2448(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO51(i)序列特征(A)長(zhǎng)度2445個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...2445(xi)序列描述SEQ ID NO51ATGACAAGCG TTTTAGAAAA ATATTGTAGT TTTTCTATTT TTTTGTCCTT ATTAGGAACG60TTTGAATTAG AGGCTAAAGA AGAAGAAAAA GAAGAAAAAA AGACAGAAAG GAACAAAGAT 120AAAGAAAAGA ACGCCCAACA CACTTTGGGT AAAGTTACCA CTCAAGCGGC TAAAATCTTT 180AATTACAACA ACCAGACAAC CATTTCAAGT AAAGAATTAG AAAGAAGGCA AGCCAACCAA 240ATCAGCGACA TGTTTAGAAG AAACCCCAAT ATCAATGTGG GCGGTGGTGC GGTGATAGCG 300CAAAAAATTT ACGTGCGCGG TATTGAAGAC AGATTGGCTA GGGTTACGGT GGATGGCGTG 360GCGCAAATGG GCGCAAGCTA TGGGCATCAA GGCAATACAA TCATTGACCC TGGAATGCTC 420AAAAGCGTGG TGGTTACCAA GGGGGCGGCT CAAGCGAGCG CGGGGCCTAT GGCTTTAATT 480GGCGCGATCA AAATGGAGAC TAGGAGCGCG AGCGATTTTA TCCCTAAAGG CAAAGACTAC 540GCCATAAGTG GGGCTGCCAC TTTTTTAACC AACTTTGGGG ATAGGGAAAC CATTATGGGC 600GCTTATCGTA ACCATCATTT TGATGCGCTT TTGTATTACA CGCACCAAAA TATTTTTTAT 660TATCGTGATG GGGATAACGC GATGAAAAAT CTTTTTGACC CTAAAGCGGA TAATAAAGTT 720ACAGCAAGCC CTAGCGAACA AAACAATGTG ATGGCTAAGA TCAATGGTTA TTTGAGCGAA 780AGGGATACCT TAACGCTCAG TTATAACATG ACTAGAGATA ACGCCAATCG CCCTTTAAGA 840GCGAATTTTA CCGGCACTTT TTTACCCTAT TCTTGTGGTG ATTTCAACGC TTTCCCTAAC 900GAGAAAAACC CTAGCGATTG TTTGTTTGAA AATGACGCCA GTTTGTTTAA AACTTATAGC 960GTCAATTTAG TGCATAACGT GAGCTTGAAT TATGAAAGGG AAGGGGGGAG TCGCTTTGGC 1020GATCCTAAAT TAAAAATCAA TGGCTACACG AGCATTAGGA ATGTCCAAAT TGATCCGCTT 1080TTCAGACCTA GCGATATAGC GACTACCATT CCTTTCACCC CAAACCCGCA GCTCTCTCAA 1140GGCGAAGAAA ATCAATGCGT GGCGCAAGGG GGCATTTATG ACGCTCTTAA ACAAACTTGC 1200TCCATCACTT TTAAAAGCCT TGGAGGGGGT TCTGTTGTCG CTAATAAAAA TTTATTCATC 1260ATCAATTCTG GGTTTAATGC GAACGTGATC CACACCATAG ACCACAAGAA TGACAATCTT 1320TTGGAATACG GGTTGAATTA CCAGAATTTA ACCACTTTTG ATAAAGCGAT CCCTGATAGC 1380GAATTAGTCA AGCCCGGCGA TGCCCCTGAT GCGTGCTTAA GAGTTACAGG ACCTGATGAT 1440CCTAACATGA ACGGGCGCTG CCAACGGAAT GGCGCTACGG CGAATGTGGT TGGGGTGTAT 1500GCGCAAGCGA ATTACACCTT GCACCCTATG GTAACTTTAG GGGCAGGGAC TCGTTATGAC 1560GTTTATACTT TAGTGGATAA AGACTGGCAA TTGCACGTAA CTCAAGGGTT TAGCCCTAGC 1620GCGGCTTTAA ACGTCTCGCC TTTAGAAAAT TTGAATTTCA GGCTTTCTTA CGCGTATGTA 1680ACTAGAGGCC CTATGCCTGG AGGTTTGGTG TGGATGCGTC AAGACAATTT GCGCTATAAC 1740CGCAATTTAA AGCCAGAAAT TGGGCAAAAT GCGGAATTTA ACACCGAATA CAGCAGTCAG 1800TATTTTGATT TCAGAGCCGC CGGTTTTGTC CAATTGATTT CTAATTACAT CAATCAATTT 1860TCTTCAACGC TTTTTGTCAC CAACTTGCCC GCACAAGATA TTATTTATGT GCCTGGCTAT 1920GAAGTTTCAG GGACGGCTAA ATACAAGGGT TTTTCTTTAG GCTTGAGCGT GGCGCGATCA 1980TGGCCTTCTT TAAAAGGGCG TTTGATCGCT GACGTGTATG AATTGGCGGC TACGACAGGC 2040AATGTGTTTA TTTTAACGGC AAGCTATACA ATCCCACGCA CCGGCCTTAG CATCACTTGG 2100CTTTCACGCT TTGTTACTAA TTTGAGTTAT TGCTCTTATA GCCCTTATCG TAACGGCCCT 2160ACGGATATTG ACAGAAGGCC TAGTAATTGC CCTAAAACGC CCGGGATTTT TCATGTGCAT 2220AAACCCGGCT ATGGGGTGAG CAGTTTCTTT ATCACTTACA AGCCTACTTA TAAGAAACTC 2280AAAGGGTTGA GCCTGAACGC GGTGTTTAAT AATGTTTTTA ACCAACAATA TATTGATCAA 2340GCAAGCCCGG TGATGAGCCC TGATGAACCC AATCAAGACA AATACGCAAG GGGCATGGCA 2400GAGCCTGGCT TTAACGCTAG GTTTGAAATT TCTTATAAGT TTTAA 2445(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO52
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1584個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1584(xi)序列描述SEQ ID NO52ATGAAACAAA ATTTAAAGCC ATTCAAAATG ATTAAGGAAA ATTTAATGAC ACAATCTCAA 60AAAGTAAGAT TCTTAGCCCC TTTGAGCCTA GCGTTAAGCT TGAGCTTCAA TCCAGTGGGC 120GCTGAAGAAG ATGGGGGCTT TATGACCTTT GGGTATGAAT TAGGTCAGGT GGTCCAGCAA 180GTGAAAAACC CGGGTAAAAT CAAAGCCGAA GAATTAGCGG GCCTGTTAAA CTCTACCACG 240ACAAACAACA CCAATATCAA TATTGCAGGC ACAGGAGGGA ATGTCGCCGG GACTTTGGGC 300AACCTTTTTA TGAACCAATT GGGCAATTTG ATTGATTTGT ATCCTACTTT GAAAACTAAT 360AATCTTCACC AATGCGGTAG CACTAATAGC GGTAATGGCG CTACTGCTGC CGCTGCTACT 420AACAATAGCC CTTGTTTCCA AGGTAACCTG GCTCTTTATA ACGAAATGGT TGACTCTATC 480AAAACTTTGA GTCAAAACAT CAGCAAGAAC ATCTTTCAAG GCGACAACAA CACCACGAGC 540GCTAATCTCT CCAACCAGCT CAGTGAGTTG AACACCGCTA GCGTTTATTT GACTTACATG 600AACTCGTTCT TAAACGCCAA CAACCAAGCG GGTGGGATTT TTCAAAACAA CACCAATCAA 660GCTTACGAGA ATGGTGTTAC CGCTCAACAA ATCGCTTATG TCCTAAAGCA AGCTTCAATC 720ACTATGGGGC CAAGCGGTGA TAGTGGGGCT GCGGGAGCGT TTTTAGACGC CGCTTTAGCC 780CAACATGTTT TCAACTCGGC TAACGCTGGG AACGATTTGA GCGCTAAGGA ATTCACTAGC 840TTGGTGCAAA ACATCGTCAA TAATTCTCAA AACGCTTTAA CGCTAGCCAA CAACGCTAAC 900ATCAGCAATT CAACAGGCTA TCAAGTGAGC TATGGTGGGA ATATTGATCA AGCGCGCTCT 960ACCCAACTGT TAAACAACAC CACAAACACT TTGGCTAAAG TTACCGCTCT AAACAACGAG 1020CTTAAAGCTA ACCCATGGCT TGGGAATTTC GCTGCTGGTA ACAGCTCTCA AGTGAATGCG 1080TTTAACGGGT TTATCACTAA AATCGGTTAT AAGCAATTCT TCGGGGAAAA CAAGAATGTG 1140GGCTTACGCT ACTACGGGTT CTTCAGCTAT AACGGCGCGG GCGTGGGTAA TGGCCCCACT 1200TACAATCAAG TCAATCTGCT CACTTATGGG GTGGGGACTG ATGTGCTTTA CAATGTGTTT 1260AGCCGCTCTT TTGGCAGTAG GAGTCTTAAT GCGGGCTTCT TTGGGGGGAT CCAACTCGCA 1320GGGGACACTT ACATCAGCAC GCTAAGAAAC AGCCCTCAGC TTGCGAGCAG ACCTACAGCG 1380ACAAAATTCC AATTCTTGTT TGATGTGGGC TTACGCATGA ACTTTGGTAT CTTGAAAAAA 1440GACCTAAAAA GCCATAACCA GCATTCTATA GAAATCGGTG TGCAAATCCC TACGATTTAC 1500AACACTTACT ATAAAGCTGG TGGCGCTGAA GTGAAATACT TCCGCCCTTA TAGCGTGTAT 1560TGGGTCTATG GCTACGCCTT CTAA 1584(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO53(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1380個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1380(xi)序列描述SEQ ID NO53GTGGTGTTAT TAACAATGAC AAAACGACTT TTTAAAGGGT TGTTAGCGAT TTCTCTTGCG 60GTGAGTTTGC ATGGTGGTGA AGTTAAGGAA AAAAAGCCGG TCAAGCCGGT CAAAGAAGAT 120CCGCAAGAAT TAGCGGCTAA AAGGGTGGAA GCGTTCAGTC GTTTCTCTAA TGTGGTTACA 180GAAATTGAAA AAAAGTATGT GGATAAGATC AGTATTTCTG AGATCATGAC TAAAGCGATT 240GAAGGCTTAC TCTCTAATTT GGACGCGCAT TCAGCGTATT TGAATGAAAA GAAGTTTAAG 300GAATTTCAGG CCCAAACCGA GGGCGAATTT GGGGGGCTTG GGATCACGGT GGGCATGCGC 360GATGGCGTTT TGACCGTTAT TGCACCTTTA GAGGGCACTC CAGCTTACAA GGCTGGGGTT 420AAATCAGGCG ATAGCATTTT AAAAATCAAT AACGAAAGCA CGCTGAGCAT GAGCATTGAT 480GATGCGGTTA ATCTCATGCG CGGCAAGCCA AAAACCTCTA TTCAGATCAC TGTTGTTAGG 540AAAAATGAGC CAAAACCCTT GGTATTTAAT ATCGTTAGGG ATATTATCAA GATCCCCTCT 600GTCTATGTGA AAAAGATTAA AGACACACCT TATTTGTACG TGAGAGTCAA TTCTTTTGAT 660AAAAATGTTA CCAAATCGGT TTTAGACGGC TTGAAGGCTA ACCCTAACAT TAAGGGCGTT 720GTGTTGGATT TGAGGGGGAA TCCTGGAGGG CTATTAAACC AGGCGGTAGG CTTGTCTAAC 780CTTTTCATTA AAGAGGGGGT TTTAGTCTCT CAAAGAGGCA AAAATAAGGA GGAAAACTTA 840GAATACAAGG CTAATGGCAG AGCCCCTTAT ACCAATTTAC CTGTTGTGGT GTTAGTCAAT 900GGCGGTTCAG CGAGCGCGAG CGAGATCGTC GCAGGGGCAC TGCAAGATCA CAAGCGAGCC 960ATCATTATCG GTGAAAAAAC CTTTGGTAAG GGAAGCGTGC AAGTGTTGCT CCCTGTCAAT 1020AAAGACGAAG CCATTAAAAT CACGACCGCG CGCTATTATT TGCCGAGCGG GCGCACCATT 1080CAAGCTAAGG GGATCACGCC TGATATTGTG ATTTATCCGG GTAAAGTGCC AGAAAATGAA 1140AATAAATTCA GTTTGAAAGA AGCGGATTTA AAACACCATT TAGAGCAAGA GCTTAAAAAA 1200CTTGATGATA AAACCCCTAT TTCCAAAGAG GCGGATAAAG ACAAGAAAAG CGAAGAGGAA 1260AAAGAGGTTA CTCCTAAAAT GATCAATGAT GATATTCAGC TAAAAACCGC TATTGACAGC 1320TTGAAAACCT GGTCTATCGT AGATGAGAAA ATGGATGAAA AAGTGCCTAA GAAGAAATAA 1380(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO54(i)序列特征(A)長(zhǎng)度315個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...315(xi)序列描述SEQ ID NO54TTGCTTTTGC ACCCCTTGCA TGCTCATGCA CAAGTGCTTG GCTTCACAAA CCACGATCAC 60GCCCCTTGGC TCTATGATTT CATCAAAAGT TTCTGCAATT TGAGTGGTCA GCCTTTCTTG 120GATTTGCAGG CGTTTGCTAT AAATTTCAAT GAGTTTAGCG ATCGCGCTAA TGCCTACAAT 180CTTTTCCTTA GGGATATATC CCACGCTAAT ATTCCCAAAA AAAGGGAGCA AATGGTGCTC 240GCAAGTGGAG TAAAATTCAA TGTTTTGAGC CACTATCATT TCATCGCAAA CGCCTTGAAA 300ATACGCGCTT TTTAA 315(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO55
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度498個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...498(xi)序列描述SEQ ID NO55ATGATTGAAC TAATCTTACA CAATAAGTCC ATACAAATTG ATGAAACATT GCTGAATGTA 60AAAGAGCATT TAGAAAAGTT TTATTCAAAC AAAGAACAAG AGACAATCGC AAAAACCTTA 120GAGAGCCAAA CAGAGCTTAC TTGCAGTTAT TTATTGGATA AAGATTTTTC ATTGCTAGAA 180AAGCATTTAG AAAATAGCTT AGGGCATTTT ACTTTTGAGA GTGAGTTTGC CCTACTAAAA 240GACAAAGAGC CTTTGAATTT AGCTCAAATC AAACAAATCG GTGTTTTAAA GGTTATTACC 300TATGAAATGA CACAAGCCTT AAAAAATCAA ATCATTCATT TAACGCAAAT TGTCAATGAA 360GAAAATTTAG AGTTTGATGA AGAACTTGTT ATTTATCACT TAAATTTTAA GCTCAATCAA 420AATACTTACA AAGTGTTAGC GAAATTTTGC GTATTAAAAA AGAAAGGAAC ATTGCATGAA 480AAATTTAAGG CATTTTAG498(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO56(i)序列特征(A)長(zhǎng)度642個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)
(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...642(xi)序列描述SEQ ID NO56ATGGATACCG AAACACAAGA AAAGTTTTTA GCGTATTTGT TTGAAAAAGC TTTACAAAAA 60AATCTACAAG CTTATTGGAT AACAACAACT GAAACTAAGA ATGAATTAAC AAGAGAAGAG 120TTTTCAAATT TAATAAGAAA AACAATGATT GAACTAATCT TACACAATAA GTCCATACAA 180ATTGATGAAA CATTGCTGAA TGTAAAAGAG CATTTAGAAA AGTTTTATTC AAACAAAGAA 240CAAGAGACAA TCGCAAAAAC CTTAGAGAGC CAAACAGAGC TTACTTGCAG TTATTTATTG 300GATAAAGATT TTTCATTGCT AGAAAAGCAT TTAGAAAATA GCTTAGGGCA TTTTACTTTT 360GAGAGTGAGT TTGCCCTACT AAAAGACAAA GAGCCTTTGA ATTTAGCTCA AATCAAACAA 420ATCGGTGTTT TAAAGGTTAT TACCTATGAA ATGACACAAG CCTTAAAAAA TCAAATCATT 480CATTTAACGC AAATTGTCAA TGAAGAAAAT TTAGAGTTTG ATGAAGAACT TGTTATTTAT 540CACTTAAATT TTAAGCTCAA TCAAAATACT TACAAAGTGT TAGCGAAATT TTGCGTATTA 600AAAAAGAAAG GAACATTGCA TGAAAAATTT AAGGCATTTT AG 642(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO57(i)序列特征(A)長(zhǎng)度762個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...762
(xi)序列描述SEQ ID NO57ATGGCGATCT CTATTAAAAG CCCAAAAGAA ATCAAAGCCC TAAGAAAAGC CGGGGAATTA 60ACCGCTCAAG CGTTAGCCCT TTTAGAGCGA GAAGTAAGGC CTGGGGTTTC ACTTTTAGAG 120CTGGATAAAA TGGCTGAAGA TTTTATCAAA TCCTCGCATG CTAGGCCTGC TTTTAAGGGG 180CTCTATGGTT TCCCTAACTC TGTGTGCATG TCCTTAAATG AGGTGGTTAT TCATGGTATT 240CCTACGGATT ATGTTTTACA AGAAGGGGAT ATTATAGGCT TGGATTTGGG GGTGGAGGTG 300GATGGCTATT ATGGCGATTC AGCCCTCACG CTTCCCATAG GCGCGATAAG CCCGCAAGAT 360GAAAAATTGC TCGCTTGCTC TAAAGAGAGC TTGATGCATG CCATTAGCTC AATTAGAGTG 420GGCATGCATT TTAAAGAGTT GAGTCAGATT TTAGAGGGCG CTATTACAGA AAGGGGCTTT 480GTGCCTTTGA AGGGATTTTG CGGGCATGGC ATTGGTAAAA AGCCCCATGA AGAGCCAGAA 540ATCCCCAACT ACCTAGAAAA AGGCGTCAAA GCTAATAGCG GCCCTAAAAT CAAAGAGGGC 600ATGGTGTTTT GTTTAGAGCC TATGGTGTGT CAAAAACAAG GCGAGCCTAA AATACTAGCG 660GATAAGTGGA GCGTGGTTTC AGTGGATGGA CTTAACACAA GCCACCATGA GCATACTATC 720GCCATAGTTG GCAATAAAGC AGTGATTCTT ACGGAGCGTT AA 762(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO58(i)序列特征(A)長(zhǎng)度744個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...744(xi)序列描述SEQ ID NO58AAGCCCAAAA GAAATCAAAG CCCTAAGAAA AGCCGGGAAT TAACCGCTCA AGCGTTAGCC 60CTTTTAGAGC GAGAAGTAAG GCCTGGGGTT TCACTTTTAG AGCTGGATAA AATGGCTGAA 120GATTTTATCA AATCCTCGCA TGCTAGGCCT GCTTTTAAGG GGCTCTATGG TTTCCCTAAC 180TCTGTGTGCA TGTCCTTAAA TGAGGTGGTT ATTCATGGTA TTCCTACGGA TTATGTTTTA 240CAAGAAGGGG ATATTATAGG CTTGGATTTG GGGGTGGAGG TGGATGGCTA TTATGGCGAT 300TCAGCCCTCA CGCTTCCCAT AGGCGCGATA AGCCCGCAAG ATGAAAAATT GCTCGCTTGC 360TCTAAAGAGA GCTTGATGCA TGCCATTAGC TCAATTAGAG TGGGCATGCA TTTTAAAGAG 420TTGAGTCAGA TTTTAGAGGG CGCTATTACA GAAAGGGGCT TTGTGCCTTT GAAGGGATTT 480TGCGGGCATG GCATTGGTAA AAAGCCCCAT GAAGAGCCAG AAATCCCCAA CTACCTAGAA 540AAAGGCGTCA AAGCTAATAG CGGCCCTAAA ATCAAAGAGG GCATGGTGTT TTGTTTAGAG 600CCTATGGTGT GTCAAAAACA AGGCGAGCCT AAAATACTAG CGGATAAGTG GAGCGTGGTT 660TCAGTGGATG GACTTAACAC AAGCCACCAT GAGCATACTA TCGCCATAGT TGGCAATAAA 720GCAGTGATTC TTACGGAGCG TTAA 744(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO59(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1023個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1023(xi)序列描述SEQ ID NO59ATGTATCGTA AAGATTTGGA TAATTACTTA AAACAGCGCC TCCCTAAAGC GGTGTTTTTG 60TATGGGGAGT TTGATTTTTT CATCCATTAT TATATTCAAA CGATTAGCGC GCTTTTTAAA 120GGCAATAACC CTGACACAGA AACTTCGCTT TTTTATGCGA GCGATTATGA AAAAAGCCAG 180ATTGCGACCC TTTTAGAGCA GGATTCTTTA TTTGGAGGGA GCAGTTTAGT TATTTTAAAA 240CTGGATTTTG CATTGCATAA GAAATTTAAG GAAAATGATA TCAATCCTTT TTTAAAAGCT 300TTAGAGCGGC CTAGCCATAA TAGGCTTATC ATAGGGCTTT ATAATGCTAA AAGCGACACC 360ACAAAATACA AATACACTAG CGAAATTATC GTTAAATTTT TCCAAAAAAG CCCCTTGAAA 420GATGAAGCCA TTTGCGTGCG CTTTTTTACC CCTAAAGCGT GGGAGAGTTT GAAATTCTTG 480CAAGAAAGGG CTAATTTTTT GCATTTAGAC ATCAGCGGCC ATCTTTTAAA CGCTCTTTTT 540GAAATTAATA ACGAAGATTT AAGCGTTTCG TTTAACGATT TAGACAAGCT 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TGCAAGATGA GTTTGGCTAA ACTGGTTTTT 300AGGATTAAGA TCATTGATAT TTATTTAGCG GATTGCCCCA GTAGGGCTAT TTTATTGAAG 360CGTTTAGGGT TAAAAATCGT GGTTTTTCTA TGCCCCTTTT TATGGTTTGT GGTGTTTAAA 420AACCCCTATC ATAGGGCATG GCATGAAGAA AAAAGCAAAA GTCTTTTGGT GTTGTTTTAA 480(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO62(i)序列特征(A)長(zhǎng)度705個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)
(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...705(xi)序列描述SEQ ID NO62TTGAATACGG ACTTTAGCCA TATCACCGAT ATTGAGGGCA TGCGTTTTGT TAATGAAGAA 60GACGCTTTAA ACAAATTGAT TAATGAAATC CACACGCGCC ACATTGATTT AAAAGATTCC 120ATCATGCTCG CTTTGAGTTT TAACGCCTTG TATTTAGCTA ACGCTTTAGC GCAAAAATTT 180GGGGCGACTT ATGATATACT TTTTTTAGAA CCTATCTTAG CCCCTTTAAA CTCAAAGTGT 240GAAATCGCTT TAGTGAGTGA AAGCATGGAT ATAGTGATGA ATGAAAGTTT AATCAATTCC 300TTTGACATCG CTTTAGACTA TGTTTATGGG GAAGCCAAGC GGGCTTATGA AGAAGACATT 360CTGTCTCACA TCTATCAGTA TCGCAAAGGC AATGCGATCA AAAGCCTAAA AGATAAAAAT 420ATTTTTATCG TAGATAGGGG GATTGAGACC GGGTTTAGAG CAGGGTTAGG CGTGCAAACT 480TGTTTGAAAA AAGAATGCCA AGACATTTAT ATTTTAACCC CCATTCTCGC GCAAAATGTC 540GCTCAAGGCT TAGAAAGCTT GTGCGATGGG GTGATTAGCG TGTATCGCCC TGAATGTTTT 600GTCTCTGTGG AACACCATTA TAAAGAACTC AAGCGATTAA GCAATGAAGA AATTGAAAAA 660TACTTGGGCG CTAACAACGC GCCCAATCTC AAAAAGGAAC ATTAA 705(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO63(i)序列特征(A)長(zhǎng)度864個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...864(xi)序列描述SEQ ID NO63TTGAAACAAA GCGAAATGGC CATGGAATTT AATGATCCTA GGATGCGTTT TTTTATTGGC 60GATGTCAGGG ATTTAGAACG CTTGAATTAC GCTTTAGAGG GCGTGGATAT TTGTATCCAT 120GCGGCCGCGC TCAAGCATGT GCCTATCGCT GAATACAACC CCCTAGAATG CATTAAAACT 180AACATCATGG GAGCGAGCAA TGTGATTAAC GCATGCTTAA AAAATGAAAT CAGCCAGGTT 240ATTGCCCTAA GCACCGATAA AGCCGCTAAC CCCATTAACC TCTACGGCGC AACCAAATTG 300TGCAGCGACA AGCTCTTTGT GAGCGCGAAC AACTTTAAAG GCCCTTCTCA AACGCAATTT 360GGCGTGGTGC GTTATGGTAA TGTGGTGGGG AGTCGTGGGA GCGTGGTGCC GTTTTTTAAA 420AAATTAGTCC AAAACAAAGC GAGTGAAATC CCCATTACCG ATATTCGCAT GACACGATTT 480TGGATCACCT TAGATGAGGG GGTTTCTTTT GTGCTTAAAA GCTTGAAAAG AATGCATGGG 540GGGGAAATTT TTGTGCCTAA AATCCCCAGC ATGAAAATGA TTGATCTCGC CAAAGCCCTA 600GCCCCCAATA TCCCTACTAA AATCATAGGG ATTCGCCCGG GCGAAAAACT CCATGAAGTG 660ATGATCCCTA AAGATGAAAG CCATTTAGCC CTAGAATTTG AAGACTTTTT TATTATTCAG 720CCCACTATAA GCTTCCAAAC GCCTAAAGAT TACACGCTCA CCAAACTCCA TGAAAAAGGC 780CAAAAAGTCG CCCCTGATTT TGAATACAGC AGCCATACTA ATAACCAATG GCTAGAGCCT 840GATGATTTGT TAAAATTATT ATGA 864(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO64(i)序列特征(A)長(zhǎng)度606個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...606
(xi)序列描述SEQ ID NO64ATGCGTTTGC ACACTGCCTT TTTTGGTATT AATTCGTTGC TTGTCGCCAC TCTTTTGATA 60AGCGGTTGCA GTCTCTTTAA AAAGCGTAAC ACTAACGCTC AGCTAATCCC CCCTTCAGCT 120AACGGGTTGC AAGCCCCCAT TTATCCCCCA ACCAATTTCA CCCCCAGAAA GAGCATTCAG 180CCTCTCCCAA GCCCTCGCCT TGAGAATAAC GATCAGCCCA TCATTAGCTC TAATCCCACT 240AACGCTATCC CTAACACCCC CATTCTCACG CCCAATAATG TCATTGAGTT GAATGCGGTG 300GGCATGGGTG TGGCTCCAGA ATCCACCATT TCGCCCTCTC AAGCTCTAGC TTTAGCTAAG 360CGAGCGGCTA TTGTTGATGG CTACCGCCAG TTGGGTGAAA AAATGTATGG CATCAGAGTG 420AACGCTCAAG ACACCGTCAA AGACATGGTT TTACAAAATT CCGTGATTAA AACGAGAGTG 480AATGCCCTCA TTCGTAACGC TGAAATCACT GAGACTATCT ATAAAGACGG CTTGTGCCAG 540GTAAGCATGG AGCTTAAATT AGACGGCAGG ATTTGGTATC GTATTTTGAG CGGATCGAGA 600GGATAA 606(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO65(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1068個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1068(xi)序列描述SEQ ID NO65ATGAGTTATA CTATTAATAA ACGCTTTTCT GTGGGTGTGG GTTTAAGGGG GCTTTATGCG 60ACCGGGAGCT TTAATAACAC CGTTTATGTG CCTTTAGAGG GCGCTTCAGT TTTGAGCGCG 120GAGCAAATCT TAAACTTACC CAACAATGTT TTTGCCGATC AAGTGCCAAG TAACATGATG 180ACTTTATTAG GCAATATTGG CTACCAACCA GCGCTTAATT GCCAAAAAGC CGGTGGGGAC 240ATGAGTGATC AGAGCTGTCA AGAGTTTTAC AACGGCTTGA AAAAAATCAT GGGTTATAGC 300GGTTTAATCA AAGCGAGCGC GAATCTTTAT GGCACGACTC AAGTCGTGCA AAAATCTAAC 360GGACAAGGCG TATCGGGGGG GTATAGAGTG GGTTCGAGTT TGCGTGTGTT TGATCATGGC 420ATGTTTTCTG TGGTGTATAA TTCTTCAGTT ACCTTTAACA TGAAAGGCGG TTTGGTGGCT 480ATCACAGAGC TTGGCCCTTC TTTAGGGAGC GTTTTGACTA AAGGCAGCTT GAATATCAAT 540GTTTCACTCC CCCAAACTTT AAGCTTAGCC TACGCCCACC AATTTTTTAA AGATCGCCTA 600AGGGTTGAAG GGGTGTTTGA GCGCACTTTT TGGAGTCAAG GGAATAAATT TTTAGTCACC 660CCTGATTTTG CGAACGCCAC TTACAAGGGC TTGAGCGGGA CGGTGGCTTC CTTGGACTCT 720GAAACGCTTA AAAAAATGGT AGGCCTAGCG AATTTTAAAA GCGTGATGAA CATGGGGGCT 780GGCTGGAGGG ACACCAACAC CTTTAGATTA GGGGTAACTT ACATGGGTAA AAGCTTGCGT 840TTAATGGGCG CTATTGATTA TGATCAAGCC CCAAGCCCCC AAGACGCGAT AGGCATTCCG 900GACTCTAATG GCTATACCGT GGCTTTTGGG ACTAAATACA ATTTTAGGGG CTTTGATTTG 960GGCGTAGCGG GGAGTTTCAC TTTTAAGAGC AACCGCTCCA GTTTGTATCA ATCCCCAACT 1020ATTGGGCAAT TGAGAATCTT TAGCGCCTCT TTAGGCTATC GCTGGTAA 1068(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO66(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1764個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1764(xi)序列描述SEQ ID NO66ATGAAAAACT TTTCCCCACT CTATTGTCTT AAAAAGCTCA AAAAACGCCA TTTAATCGCT 60CTGAGTCTGC CCTTGCTTTC TTATGCGAAT GGCTTTAAAA TCCAAGAGCA AAGCTTGAAT 120GGCACGGCTT TAGGCTCGGC GTATGTCGCT GGGGCTAGGG GTGCTGACGC TTCTTTTTAC 180AACCCGGCTA ACATGGGCTT TACTAACGAT TGGGGCGAAA ACAGAAGCGA ATTTGAAATG 240ACCACCACCG TGATCAATAT CCCGGCCTTT AGCTTTAAAG TCCCTACGAC CAATCAAGGC 300TTATATTCGG TAACAAGTTT AGAAATTGAT AAAAGCCAAC AAAATATTTT AGGCATCATC 360AACACTATAG GGTTAGGCAA TATCCTTAAA GCGCTTGGCA ATACGGCCGC TACCAATGGC 420TTATCACAAG CTATCAATCG TGTTCAAGGG CTTATGAACT TAACCAATCA AAAAGTCGTA 480ACCCTCGCTT CAAAACCTGA CACTCAAATC GTGAATGGCT GGACAGGCAC GACTAATTTT 540GTTTTACCTA AATTCTTTTA TAAAACGCGC ACGCATAACG GCTTCACTTT TGGGGGGAGT 600TTTACCGCTC CTAGTGGGTT GGGTATGAAA TGGAATGGTA AGGGGGGGGA ATTTTTGCAT 660GACGTGTTTA TCATGATGGT AGAGCTTGCC CCTAGCATGA GTTATACTAT TAATAAACGC 720TTTTCTGTGG GTGTGGGTTT AAGGGGGCTT TATGCGACCG GGAGCTTTAA TAACACCGTT 780TATGTGCCTT TAGAGGGCGC TTCAGTTTTG AGCGCGGAGC AAATCTTAAA CTTACCCAAC 840AATGTTTTTG CCGATCAAGT GCCAAGTAAC ATGATGACTT TATTAGGCAA TATTGGCTAC 900CAACCAGCGC TTAATTGCCA AAAAGCCGGT GGGGACATGA GTGATCAGAG CTGTCAAGAG 960TTTTACAACG GCTTGAAAAA AATCATGGGT TATAGCGGTT TAATCAAAGC GAGCGCGAAT 1020CTTTATGGCA CGACTCAAGT CGTGCAAAAA TCTAACGGAC AAGGCGTATC GGGGGGGTAT 1080AGAGTGGGTT CGAGTTTGCG TGTGTTTGAT CATGGCATGT TTTCTGTGGT GTATAATTCT 1140TCAGTTACCT TTAACATGAA AGGCGGTTTG GTGGCTATCA CAGAGCTTGG CCCTTCTTTA 1200GGGAGCGTTT TGACTAAAGG CAGCTTGAAT ATCAATGTTT CACTCCCCCA AACTTTAAGC 1260TTAGCCTACG CCCACCAATT TTTTAAAGAT CGCCTAAGGG TTGAAGGGGT GTTTGAGCGC 1320ACTTTTTGGA GTCAAGGGAA TAAATTTTTA GTCACCCCTG ATTTTGCGAA CGCCACTTAC 1380AAGGGCTTGA GCGGGACGGT GGCTTCCTTG GACTCTGAAA CGCTTAAAAA AATGGTAGGC 1440CTAGCGAATT TTAAAAGCGT GATGAACATG GGGGCTGGCT GGAGGGACAC CAACACCTTT 1500AGATTAGGGG TAACTTACAT GGGTAAAAGC TTGCGTTTAA TGGGCGCTAT TGATTATGAT 1560CAAGCCCCAA GCCCCCAAGA CGCGATAGGC ATTCCGGACT CTAATGGCTA TACCGTGGCT 1620TTTGGGACTA AATACAATTT TAGGGGCTTT GATTTGGGCG TAGCGGGGAG TTTCACTTTT 1680AAGAGCAACC GCTCCAGTTT GTATCAATCC CCAACTATTG GGCAATTGAG AATCTTTAGC 1740GCCTCTTTAG GCTATCGCTG GTAA 1764(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO67(i)序列特征(A)長(zhǎng)度618個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征
(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...618(xi)序列描述SEQ ID NO67TTGATTTTTA GATTTTTCTT AATCTTAAGC CTTTTAAAAG GGGTTTTACT GGCCAAAAAG 60GATTGGAATT TTTTCAAACC TTTAGAGCCT ACTAAAAAAT ATTTTGGCTC TTTTAAAATC 120GGCTATCTTT ACCAACATGC AGAAACGACT AAAAGATTCC CCATCCGCCC TAAAAACCGC 180CCGCCTATTT TAATGGATAA AATTTACCAT GACGCTTCTT TGGGTTTTGA CGCAGGGTAT 240GTTTTGAAAA AGAAAGCTTT ATTGGGGGGG TATTTGGATG CAGGAATGGG CGATTCGTAT 300TTCATGAGCG CTGGGCTAGT CGCTGGGGTG AGGCTTTTTA AGGGGTGGGT TATCCCTAAA 360ATCGCCTTAG GCTATCAGCT TCAAATTTTA GGGGCTAAGA TTGATAAGTA TCAATTCAAT 420ATCCAATCAG CGGTGGGGAG TGTGGGCTTG TTTTTCAATG CGGCTAAAAA TTTTGGCTTG 480AGTATAGAAG CAAGGGGCGG TATCCCTTTT TATTTCATTC AGAGCAGGTT TTCTAAGGCT 540TTCGGCACGC CACGATTGAA TATCTATTCT GTTGGTATCA CATTCACTTT TTATGACTTT 600ACGAGATTTT TAGGGTAA618(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO68(i)序列特征(A)長(zhǎng)度762個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...762(xi)序列描述SEQ ID NO68TTGTGGCATG CTGCCTTTAG CGTTGGCGAG TGGGGATGGA ACGGCGATGA AATCCCCTAT 60AGGGATTGCG ATGAGTGGGG GCTTGATGAT TTCTATGGTG TTAAGCCTAC TGATTGTGCC 120GGTGTTTTAT CGTTTGCTCG CTCCCATAGA CGACAAAATC AAGCGGTTTT ATCAAAACCA 180AAAAGCTTTA GAATGAAAAA AATTGCTTTC ATTTTGGCTT TATGGGTGGG CTTGTTAGGG 240GCGTTTGAGC CTAAAAAAAG TCATATTTAT TTTGGGGCTA TGGTGGGTTT AGCCCCTGTT 300AAAATAACCC CAAAACCGGC TAGTGATTCT TCTTATACGG CTTTTTTATG GGGGGCTAAA 360GGGGGGTATC AATTCGCTTT TTTTAAAGCT CTAGCGTTAA GGGGTGAATT TTCCTACCTT 420ATGGCGATCA AACCCACCGC ACTGCACACG ATTAACACTT CTTTATTGAG TTTAAATATG 480GATGTGTTGA GCGATTTTTA CACTTATAAA AAATACAGCT TTGGGGTGTA TGGGGGGCTT 540GGGATAGGGT ATTTTTATCA AAGCAACCAT TTAGGCATGA AAAATAGTTC GTTTATGGGT 600TATAACGGCT TGTTTAATGT GGGGCTTGGC AGCACGATCG ATCGCCACCA CCGCGTAGAG 660CTTGGGGCTA AGATCCCTTT TTCAAAGACT AGAAATTCTT TTAAAAATTC TTATTTTTTA 720GAGAGCGTTT TTATCCATGC GGCTTATAGT TATATGTTTT AA 762(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO69(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1239個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1239(xi)序列描述SEQ ID NO69ATGGAATCAG TAAAAACAGT AAAAACAAAT AAAGTTGGCA AAAACACAGA GACAGCTAAC 60ACAGAGGCAA GTAAAGAGAC TCATTTTAAA CAAGCGAGTG CCATTACAAA TACGCTCCGA 120TCAATTGGTG GGATTTTTAC AAAAATTGCA AAGAAAGTTA GAGAACTTGT GAAAAAACAT 180CCCAAGAAAA GCAGTGTGGC ATTAGTAGTA TTGACCCATA TTGCGTGCAA GAGGGCAAAA 240GAATTGGACG ATAAAGTCCA AGATAAATCC AAACAAGCTG AAAAAGAAAA TCAAATCAAT 300TGGTGGAAAT ATTCAGGATT AACAATAGCG GCAAGTTTAT TATTAGCCGC TTGTAGCACT 360GGTGATATTG ATAAACAAAT AGAACTAGAA CAAGAAAAAA AGGAAGCAAATAAGAGTGGG 420ATAAAGTTAG AACAAGAAAG ACAGAAAACA GAACAAGAAA GACAGAAGAC AAATAAGAGT 480GAGATAGAGT TAGAACAAGA AAGACAAAAA ACAAACAAGA GTGGGATAGA ACTCGCTAAT 540AGTCAAATAA AAGCAGAACA AGAAAGACAA AAGACAGAAC AAGAAAAACA AAAAGCAAAT 600AAGAGTGAGA TAGAGTTAGA ACAGCAAAAA CAAAAGACAA TTAATACACA AAGAGATTTG 660ATTAAAGAAC AGAAAGATTT CATTAAAGAA ACAGAACAAA ATTGCCAAGA AAAACATGGC 720CAATTGTTTA TTAAAAAAGC AAGAATTAAG ACCGGTATTA CTACTGGTAT TGCCATAGAA 780ATAGAAGCTG AATGCAAAAC CCCTAAACCT GCAAAAACCA ATCAAACCCC TATCCAGCCA 840AAACACCTCC CAAACTCTAA ACAACCCCGC TCTCAAAGAG GATCAAAAGC GCAAGAGCTT 900ATCGCTTATT TGCAAAAAGA GCTAGAATCT CTGCCCTATT CGCAAAAAGC TATCGCTAAA 960CAAGTGGATT TTTATAAACC AAGTTCTATC GCTTATTTAG AACTAGACCC TAGAGATTTT 1020AAGGTTACAG AAGAATGGCA AAAAGAAAAT TTAAAAATAC GCTCTAAAGC TCAAGCTAAA 1080ATGCTTGAAA TGAGAAACCC ACAAGCCCAC CTTCCAACCT CTCAAAGCCT TTTGTTCGTT 1140CAAAAAATAT TTGCTGATAT TAATAAAGAA ATAGAAGCAG TTGCTAATAC TGAAAAGAAA 1200ACAGAAAAAG CGGGTTATGG TTATAGTAAA AGGATGTAG 1239(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO70(i)序列特征(A)長(zhǎng)度450個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...450(xi)序列描述SEQ ID NO70TTGAATTGGG AGCATTTGAT GAAAAAATTA GCGTTTTCTT TATTATTTAC AGGGACTTTT60TTGGGGCTTT TTTTGAATGC GAGTGATTTT 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(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...843(xi)序列描述SEQ ID NO72GTGTTTGACT CATTGGGCGG ATTTTTGGGG TATAAAACTT TTAAGCCGAT AGTGGATAAG60GTTAAAAATA TAAACGCTTG GATAAAAAAT TACGATAATA AAAAAGCTCA AGAGATTATG 120GGTTTTATAG AAAATCCTAC GCCTGATTTC CAAAATAATA AGTTTTTGTG TGTTTTAAAC 180CGACAAGGAA CAAGGCACAA CAATTATCTT GGTTTAACCT CTACAAACCT TCTAATCGGC 240GCGATCTATT TCTCCATCCG CCATTGCATC AAAGCCACAT GGCAAAACGA TAGGGATCAA 300TTCTACGCCC CTTATGATGA CGCTTTCCAA GACGACAGCG AGTTTAAAAA CAATTGTTTG 360GCGTTCATGC TTTTTCACAC CCAAAACCGC ATCACTGCCA CTCAAGGGAC TAACCATTTT 420ATCCCCTTTA GCGAAGATGA AGTTGATTCT AAAGAAAGGT ATTTGAGCCA TGCTTTATTA 480GACTTTTTAA AAGGCGAAAT CAAAGAACCT AAAAAGAGCG ATAGCCTCTT TTTAAACGCC 540AAAAAAGAAA ACAAGCCCCT AAAATTCAGC TCGAGCGCTT CAAAGGTGTT TGACGCTGGC 600AGAGAGATTT ATCGCTATTA CCACACACAA GATTTCATCC ACACCCCCTA TAACGCTAAC 660GCAAGCCTTT ATGACATCAA AGAATTTTTT CAAGGCCGTA ACAAGCAAGG CAGATTAAAC 720TCACCCACCA AAGCCAAAGA TGAATATTAC AAACAGCTTT ACGCTAACTT GCAATACGCC 780CTAAAAGATC TCGCCAAAGA AATACAGCCT AAAGTCTATG AATACGGATT TTTAAGGGAG 840TAG 843(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO73(i)序列特征(A)長(zhǎng)度930個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)
(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...930(xi)序列描述SEQ ID NO73TGTGACAGGG CAATTCCCCA TTGGCTTTTT AGTCTGGGAT ACCGCTACCC CCCCCCCTTA60AAACCAACCA ACGCGTTCAA TTTAGAAGTG TTTGACTCAT TGGGCGGATT TTTGGGGTAT 120AAAACTTTTA AGCCGATAGT GGATAAGGTT AAAAATATAA ACGCTTGGAT AAAAAATTAC 180GATAATAAAA AAGCTCAAGA GATTATGGGT TTTATAGAAA ATCCTACGCC TGATTTCCAA 240AATAATAAGT TTTTGTGTGT TTTAAACCGA CAAGGAACAA GGCACAACAA TTATCTTGGT 300TTAACCTCTA CAAACCTTCT AATCGGCGCG ATCTATTTCT CCATCCGCCA TTGCATCAAA 360GCCACATGGC AAAACGATAG GGATCAATTC TACGCCCCTT ATGATGACGC TTTCCAAGAC 420GACAGCGAGT TTAAAAACAA TTGTTTGGCG TTCATGCTTT TTCACACCCA AAACCGCATC 480ACTGCCACTC AAGGGACTAA CCATTTTATC CCCTTTAGCG AAGATGAAGT TGATTCTAAA 540GAAAGGTATT TGAGCCATGC TTTATTAGAC TTTTTAAAAG GCGAAATCAA AGAACCTAAA 600AAGAGCGATA GCCTCTTTTT AAACGCCAAA AAAGAAAACA AGCCCCTAAA ATTCAGCTCG 660AGCGCTTCAA AGGTGTTTGA CGCTGGCAGA GAGATTTATC GCTATTACCA CACACAAGAT 720TTCATCCACA CCCCCTATAA CGCTAACGCA AGCCTTTATG ACATCAAAGA ATTTTTTCAA 780GGCCGTAACA AGCAAGGCAG ATTAAACTCA CCCACCAAAG CCAAAGATGA ATATTACAAA 840CAGCTTTACG CTAACTTGCA ATACGCCCTA AAAGATCTCG CCAAAGAAAT ACAGCCTAAA 900GTCTATGAAT ACGGATTTTT AAGGGAGTAG930(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO74(i)序列特征(A)長(zhǎng)度564個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)
(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...564(xi)序列描述SEQ ID NO74TTGGAAACTT ATATCATTGA TGCAGATAAT ATAGATGGGG ATTTATTTTT CTATAATCTT60ACTAGAAACA GCAATGATTT TTCCATGTTG CCCGTTTTTG AACTCGATCG CATTGCCCAA 120AAAATTAGAA ATATTCTTAA AAAACATGGC AGTAGAAAAG ACATTATTTT AAAACACAAT 180GAAATTAAAG AAGCCTTTTT TAGCCCGTTC AAACCGCAGC TAAAAACCGT TCAAGTGTTC 240CTCTCGCACT CGCATGCGGA TAAAAATAAG GCTTTAGGGG TTAAGGACTA TTTGGAAAGC 300AAAACAAAAC GCAAAGTGTT TATCGATTCG CTTTTTTGGG ATTATAAAGA CGATGTTTTA 360AACAAATTGG CAAAACACGA TGATATAAGC AAGATTGAAG ACGCTTTCAC GCTCATTCTC 420AGAAAATCTT TACAAGATAT GATTGAAAAA TGCCCTTATT TTGTGTTTTT ACAAAGCAAG 480AACAGCGTTT CTAATCAAGG GCTATCACGC ATCACTTATT CCGCATGGAT TTATGAAGAA 540TTAAAAATCG CTTCATTCTA TTAG 564(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO75(i)序列特征(A)長(zhǎng)度597個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...597(xi)序列描述SEQ ID NO75TTGGAAACTT ATATCATTGA 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NO80(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1590個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征
(B)位置1...1590(xi)序列描述SEQ ID NO80ATGACTTATA TCAATTACAA CCAATTTTCT AGCGGTAACG GCAGTGGCTC TAAACCCCCA 60TGCCCCCCAT ACGAAAACCA AGCAAATTGT GTGGCTAAAG TGCCGCCTTT CACCTCTCAA 120GACGCTAAAA ATTTGACCAA TTTAATGCTG AACATGATGG CGGTGTTTGA TTCTAAATCT 180TGGGAAGACG CCGTCTTAAA CGCTCCTTTC CAATTCAGCG ACAACAACCT GTCAGCGCCA 240TGTTATTCTG ATTACCTTAC ATGCGTGAAT CCTTACAACG ATGGGCTTGT TGATCCTAAA 300TTGATCGCCA AAAATAAAGG AGATGAATAC AATATAGAAA ACGGGCAAAC AGGCTCAGTG 360ATATTAACGC CGCAAGATGT TATCTATAGC TATAGAGTCG CTAATAATAT TTATGTGAAT 420CTCTTGCCCA CAAGAGGAGG GGATTTAGGG TTAGGGTCTC AATATGGTGG CCCGAATGGC 480CCAGGCGATG ATGGCACCAA TTTTGGCGCT TTAGGGATAT TGTCCCCTTT CTTAGACCCT 540GAAATATTGT TTGGCAAAGA ATTGAATAAA GTCGCCATCA TGCAATTAAG AGACATCATC 600CATGAATACG GCCATACTTT AGGCTATACG CATAACGGGA ACATGACTTA TCAAAGAGTG 660CGCATGTGCG AAGAAAACAA TGGGCCAGAA GAGCGCTGTC AGGGCGGAAG GATAGAGCAA 720GTGGATGGGA AAGAAGTGCA AGTGTTTGAC AACGGGCATG AAGTGCGAGA CACCGATGGC 780TCTACCTATG ATGTGTGTTC TCGTTTTAAA GATAAGCCCT ATACAGCGGG CAGCTATCCT 840AATTCCATCT ATACCGATTG CTCTCAAGTC CCCGCTGGGC TTATAGGCGT TACCAGCGCT 900GTTTGGCAAC AACTCATTGA TCAAAACGCC CTACCGGTGG ATTTTACTAA TTTGAGCAGC 960CAAACCAACT ATTTGAACGC CAGCTTGAAC ACGCAAGACT TTGCGACCAC CATGCTTAGC 1020GCGATCAGTC AAAGCCTTTC ATCTTCTAAA TCTAGCGCCA CTACTTATCG CACTTCAAAA 1080ACCTCACGGC CCTTTGGAGC CCCCCTATTA GGCGTTAATC TTAAAATGGG CTATCAAAAA 1140TATTTTAATG ATTATCTAGG GTTGTCTTCT TATGGCATTA TCAAATACAA CTACGCTCAA 1200GCCAACAACG AAAAAATCCA GCAATTAAGC TATGGCGTGG GAATGGATGT GCTGTTTGAT 1260TTCATCACCA ATTACACTAA CGAAAAGAAC CCCAAAAGCA ATCTAACCAA GAAAGTTTTC 1320ACTTCCTCTC TTGGGGTGTT TGGGGGGTTA AGGGGCTTAT ACAACAGCTA TTATTTGTTG 1380AACCAATACA AAGGGAGCGG TAATTTAAAT GTGACCGGTG GGTTGAATTA CCGCTACAAG 1440CATTCCAAAT ATTCTATAGG CATTAGCGTT CCTTTGGTCC AGTTGAAATC TAGGATCGTT 1500TCTAGCGATG GTGCTTATAC CAATTCTATC ACCCTCAATG AAGGGGGCAG TCATTTTAAA 1560GTGTTTTTTA ATTACGGGTG GATTTTCTAA 1590(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO81(i)序列特征(A)長(zhǎng)度564個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)
(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...564(xi)序列描述SEQ ID NO81TTGGGTTGCG TATCAATGAC TCTAGGTATT GATGAAGCGG GGAGGGGGTG TTTGGCCGGT60TCGCTTTTTG TGGCGGGGGT GGTGTGTAAT GAAAAAATAG CCTTAGAATT TCTAAAAATG 120GGTCTTAAGG ATAGCAAGAA GCTCAGCCCC AAAAAGCGCT TTTTCTTAGA AGATAAAATC 180AAAACGCATG GTGAGGTGGG GTTTTTCGTG GTTAAAAAAA GCGCGAATGA AATTGATCAT 240TTGGGCTTAG GGGCGTGTTT GAAACTCGCT ATTGAAGAAA TTGTAGAAAA TGGTTGCTCT 300TTAGCCAATG AAATAAAAAT AGATGGCAAC ACGGCGTTTG GCTTGAACAA ACGCTACCCC 360AACATACAAA CCATCATCAA GGGCGATGAA ACAATCGCTC AAATCGCTAT GGCGTCTGTT 420TTGGCGAAAG CTTCTAAGGA TAGGGAAATG TTAGAACTGC ACGCTTTGTT TAAGGAATAC 480GGCTGGGATA AGAATTGCGG GTATGGGACT AAACAACATA TAGAAGCGAT CAATAAGCTA 540GGGGCTACGC TTTCATCGGC ATAG 564(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO82(i)序列特征(A)長(zhǎng)度615個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...615
(xi)序列描述SEQ ID NO82ATGACTCTAG GTATTGATGA AGCGGGGAGG GGGTGTTTGG CCGGTTCGCT TTTTGTGGCG 60GGGGTGGTGT GTAATGAAAA AATAGCCTTA GAATTTCTAA AAATGGGTCT TAAGGATAGC 120AAGAAGCTCA GCCCCAAAAA GCGCTTTTTC TTAGAAGATA AAATCAAAAC GCATGGTGAG 180GTGGGGTTTT TCGTGGTTAA AAAAAGCGCG AATGAAATTG ATCATTTGGG CTTAGGGGCG 240TGTTTGAAAC TCGCTATTGA AGAAATTGTA GAAAATGGTT GCTCTTTAGC CAATGAAATA 300AAAATAGATG GCAACACGGC GTTTGGCTTG AACAAACGCT ACCCCAACAT ACAAACCATC 360ATCAAGGGCG ATGAAACAAT CGCTCAAATC GCTATGGCGT CTGTTTTGGC GAAAGCTTCT 420AAGGATAGGG AAATGTTAGA ACTGCACGCT TTGTTTAAGG AATACGGCTG GGATAAGAAT 480TGCGGGTATG GGACTAAACA ACATATAGAA GCGATCAATA AGCTAGGGGC TACGCCTTTT 540CATCGGCATA GCTTCACGCT TAAAAACCGC ATCTTAAATC CCAAACTCTT AGAGGTGGAA 600CAACGCCTTG TTTAA 615(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO83(i)序列特征(A)長(zhǎng)度579個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...579(xi)序列描述SEQ ID NO83ATGAATGCAT TGAAAAAATT AAGTTTTTGC GCCTTGTTAT CCCTAGGCCT CTTCGCTCAA 60ACAGTGCATG CTCAGCATTT AAAGGACACG ATTAACTATC CTGATTGGCT TAAAATCAAT 120CTTTTTGATA AAAAGAACCC GCCCAATCAA TATGTCGGAT CGGCTTCAAT TTCTGGTAAA 180AGGAACGATT TTTATTCCAA TTACATCCCC TATGATGACA AATTGCCCCC TGAAAAGAAC 240GCTGAAGAAA TCGCTCTTTT AAGGGCCAGA ATGAACGCTT ACAGCACTTT AGAAAGCGCT 300TTACTCACTA AAATGTGCAA TCGCATTGTT AAAGCGCTTC AAGTTAAAAA TAATGTTATC 360AGCCATTTAT TCGGGTTTGT TGATTTTTTA ACGTCTAAAT CCATTTTGGC TAAAAGGTTC 420GTGGATACCA CCAACCATCG TGTGTATGTC ATGGTGCAAT TCCCTTTCAT TCAGCCTGAA 480GACTTAATCG CTTACTTTAA AGCCAAACGC ATCGACCTTT CTTTAGCGAG CGCTACCAAT 540CTCAGCGCCA TTTTAAACAA GGCGTTGTTC CACCTCTAA 579(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO84(i)序列特征(A)長(zhǎng)度261個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...261(xi)序列描述SEQ ID NO84ATGAATGCAT TGAAAAAATT AAGTTTTTGC GCCTTGTTAT CCCTAGGCCT CTTCGCTCAA60ACAGTGCATG CTCAGCATTT AAAGGACACG ATTAACTATC CTGATTGGCT TAAAATCAAT 120CTTTTTGATA AAAAGAACCC GCCCAATCAA TATGTCGGAT CGGCTTCAAT TTCTGGTAAA 180AGGAACGATT TTTATTCCAA TTACATCCCC TATGATGACA AATTGCCCCC TGAAAGACG240CTGAAGAAAT CGCTCTTTTA A 261(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO85(i)序列特征(A)長(zhǎng)度228個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀
(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...228(xi)序列描述SEQ ID NO85TTGAAAATTT TAACCCTTTT TTTGATAGGT TTAAACGCAT TGTTCGCCCT AGATTTGAAC 60GCGCTTAAAA CAGAAATCAA AGAAACCTAT CTCAAAGAAT ACAAAGACTT AAAATTGGAA 120ATTGAAACAA TTAATTTAGA AATCCCAGAG CGTTTTTCTC ACGCTTCCAT TTTAAGCTAT 180GAATTGAACG CTTCTAACAA GCTTAAAAAA GATGGGTCGT GTTTTTAA 228(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO86(i)序列特征(A)長(zhǎng)度636個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...636(xi)序列描述SEQ ID NO86ATGTTTTCAA TAATTCTGGG GGGGGGGGGG GGTAATACCC CATGCGGCTT GACATGGCAA 60CACTTCAAAT TAGGGGATTT GTTTGAAATT GAAAAAACCT TAAGCTTTAA TAAAGACGCT 120TTAACGCAAG GACAAGATTA CGATTATATT ACAAGAACTT CGCAAAATCA AGGCGTTTTG 180CAAACTACAG GATTTGTCAA TGCAGAAAAT TTAAACCCAC CATTTACTTG GAGTTTAGGG 240CTTTTGCAAA TGGATTTTTT CTATCGTAAA AAGTCATGGT ATGCGGGACA ATTCATGCGA 300AAAATCACAC CAAAAACTGA AATTAAAAAT AAAATTAATT CACGCATAGC CCACTATTTC 360ACAACGCTTT TAAACGCCTT AAAACGCCCT TTATTGAGTG TATTAGTTAG GGATATTGAT 420AAAACTTTTA GGGAGCAAAA AATCCAACTA CCCCTAAAAC CCACCGCTAA AACTCAAAGC 480CTTGATGGTA TTGATTTTGA TTTCATGCAC ACCCTAATCA ACGCCCTGAT GAAGCAAACC 540ATTCAAGGCG TGGTTCAATA CTGCGACGCT AAAATACAGG CTACAAAAGA AGTTATCAGC 600CAAGAAACGC CTATTCAAAA AGACTCGTTA TTTTGA636(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO87(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1221個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1221(xi)序列描述SEQ ID NO87GTGATTGGCC CCCTTAGCAG CCAACTCAAC GCTATTAAGT GGGGCGAGTT CAAATTAGGG 60GATTTGTTTG AAGCGAGTAA CGGCGATTTT GACATTCAAA AACGCCACAT CAATCATAAG 120GGCGAATTTG TCATCACCGC AGGGCTTAGC AATAATGGCG TTTTAGGGCA AAGCGATATA 180AAAGCAAAAG TTTTTGAAAG CCATACCATT ACTATTGACA TGTTTGGTTG CGCGTTTTAT 240CGCAGTTTTG CTTATAAAAT GGTAACACAT GCTAGGGTAT TTTCTCTCAA ACCTAAATTT 300GAAATCAACC ATAAAATCGG CTTGTTTTTA TCCACGCTAT TTTTTGGTTA CCATAAAAAA 360TTCGGCTATG AAAACATGTG TTCATGGGCA AAAATTAAAA ACGATAAAGT CATTCTACCC 420CTAAAACCCA CCGCTAACAC TCAAACCCTT GAGGGTATTG ATTTTGATTT CATGGAAAAA 480TTCATAGCCG AACTTGAGCA GTGTCGGCTC GCCGAACTTC AGGCTTATTT AAAAGCTACA 540GGGCTAGAAA ACACCACCCT TTCTAACGAT GAAGAAAATG CCCTTAATGT TTTCAATAAT 600TCTGGGGGGG GGGGGGGTAA TACCCCATGC GGCTTGACAT GGCAACACTT CAAATTAGGG 660GATTTGTTTG AAATTGAAAA AACCTTAAGC TTTAATAAAG ACGCTTTAAC GCAAGGACAA 720GATTACGATT ATATTACAAG AACTTCGCAA AATCAAGGCG TTTTGCAAAC TACAGGATTT 780GTCAATGCAG AAAATTTAAA CCCACCATTT ACTTGGAGTT TAGGGCTTTT GCAAATGGAT 840TTTTTCTATC GTAAAAAGTC ATGGTATGCG GGACAATTCA TGCGAAAAAT CACACCAAAA 900ACTGAAATTA AAAATAAAAT TAATTCACGC ATAGCCCACT ATTTCACAAC GCTTTTAAAC 960GCCTTAAAAC GCCCTTTATT GAGTGTATTA GTTAGGGATA TTGATAAAAC TTTTAGGGAG 1020CAAAAAATCC AACTACCCCT AAAACCCACC GCTAAAACTC AAAGCCTTGA TGGTATTGAT 1080TTTGATTTCA TGCACACCCT AATCAACGCC CTGATGAAGC AAACCATTCA AGGCGTGGTT 1140CAATACTGCG ACGCTAAAAT ACAGGCTACA AAAGAAGTTA TCAGCCAAGA AACGCCTATT 1200CAAAAAGACT CGTTATTTTG A 1221(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO88(i)序列特征(A)長(zhǎng)度828個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...828(xi)序列描述SEQ ID NO88ATGAGTAAGA GTTTATACCA AACTTTAAAC GTGAGCGAAA ACGCCAGCCA AGATGAAATC 60AAAAAATCCT ACCGCCGTTT AGCCAGGCAA TACCACCCGG ATTTGAATAA AACCAAAGAA 120GCCGAAGAGA AATTCAAAGA AATCAACGCC GCTTATGAAA TTTTGAGCGA TGAAGAAAAA 180CGCCGCCAAT ACGATCAATT TGGCGACAAC ATGTTTGGCG GGCAGAATTT CAGCGATTTT 240GCCAGAAGCC GTGGTCCTAG TGAAGATTTA GATGATATTT TAAGCTCTAT TTTTGGGAAA 300GGAGGCTTTT CGCAAAGATT TTCTCAAAAT TCGCAAGGCT TTTCTGGCTT TAATTTTTCC 360AATTTCGCCC CTGAAAATTT AGATGTAACC GCTATTTTAA ATGTCTCTGT TTTAGACACC 420CTTTTAGGCA ATAAAAAACA AGTGAGCGTC AATAATGAGA CTTTTAGCCT TAAAATCCCT 480ATCGGCGTGG AAGAGGGCGA AAAGATTAGG GTTCGCAACA AAGGGAAAAT GGGGCGAACG 540GGTAGGGGCG ATTTGCTCTT ACAGATCCAT ATTGAAGAAG ATGAAATGTA TAGGCGCGAA 600AAAGACGATA TTATCCAAAT CTTTGATTTA CCCTTAAAAA CGGCTCTTTT TGGAGGGAAA 660ATTGAAATCG CTACTTGGCA TAAAACCTTA ACCCTAACCA TTCCCCCTAA CACCAAAGCC 720ATGCAAAAAT TCCGCATCAA AGACAAAGGG ATCAAAAGCA GAAAAACTTC GCATGTGGGG 780GATTGTATTG CAAGCTCGTT TGATCTGCTA AAATTGAAAC GCTTCTAA 828(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO89(i)序列特征(A)長(zhǎng)度837個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...837(xi)序列描述SEQ ID NO89ATGAGTAAGA GTTTATACCA AACTTTAAAC GTGAGCGAAA ACGCCAGCCA AGATGAAATC60AAAAAATCCT ACCGCCGTTT AGCCAGGCAA TACCACCCGG ATTTGAATAA AACCAAAGAA 120GCCGAAGAGA AATTCAAAGA AATCAACGCC GCTTATGAAA TTTTGAGCGA TGAAGAAAAA 180CGCCGCCAAT ACGATCAATT TGGCGACAAC ATGTTTGGCG GGCAGAATTT CAGCGATTTT 240GCCAGAAGCC GTGGTCCTAG TGAAGATTTA GATGATATTT TAAGCTCTAT TTTTGGGAAA 300GGAGGCTTTT CGCAAAGATT TTCTCAAAAT TCGCAAGGCT TTTCTGGCTT TAATTTTTCC 360AATTTCGCCC CTGAAAATTT AGATGTAACC GCTATTTTAA ATGTCTCTGT TTTAGACACC 420CTTTTAGGCA ATAAAAAACA AGTGAGCGTC AATAATGAGA CTTTTAGCCT TAAAATCCCT 480ATCGGCGTGG AAGAGGGCGA AAAGATTAGG GTTCGCAACA AAGGGAAAAT GGGGCGAACG 540GGTAGGGGCG ATTTGCTCTT ACAGATCCAT ATTGAAGAAG ATGAAATGTA TAGGCGCGAA 600AAAGACGATA TTATCCAAAT CTTTGATTTA CCCTTAAAAA CGGCTCTTTT TGGAGGGAAA 660ATTGAAATCG CTACTTGGCA TAAAACCTTA ACCCTAACCA TTCCCCCTAA CACCAAAGCC 720ATGCAAAAAT TCCGCATCAA AGACAAAGGG ATCAAAAGCA GAAAAACTTC GCATGTGGGG 780GATTGTATTG CAAGCTCGTT TGATCTGCCT AAAATTGAAA CGCTTCTAAT GAGTTGA 837(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO90(i)序列特征(A)長(zhǎng)度699個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...699(xi)序列描述SEQ ID NO90GTGGTTCAAA AATTTAATTT TTATAAGACA GGTGGCATGC GTTTAAAACA TTTTAAGACA60TTCCTTTTTA TCACAATGGC GGTGATTGTG ATAGGCACTG GTTGTGCGAA TAAAAAGAAA 120AAAAAAGATG AATACAACAA ACCGGCGATC TTTTGGTATC AAGGGATTTT GAGAGAAATT 180CTTTTTGCTA ATTTAGAAAC AGCGGACAAT TACTATTCTT CCTTACAGAG CGAACACATC 240AATTCCCCCC TTGTCCCAGA AGCTATGCTA GCTTTAGGGC AAGCGCACAT GAAAAAGAAA 300GAGTATGTTT TAGCGTCTTT TTACTTTGAT GAATACATCA AGCGCTTTGG GACGAAGGAC 360AATGTGGATT ATTTGACCTT TTTGAAACTG CAATCGCATT ATTACGCTTT CAAAAACCAT 420TCTAAAGACC AGGAATTTAT CTCTAATTCT ATTGTGAGTT TAGGCGAATT TATAGAAAAA 480TACCCTAACA GCCGTTACCG CCCCTATGTA GAATACATGC AAATCAAATT CATTTTAGGG 540CAAAATGAGC TCAATCGCGC GATCGCGAAT GTCTATAAAA AACGCCACAA GCCCGAGGGC 600GTGAAACGCT ATTTAGAAAG GATAGATGAG ACTTTAGAAA AAGAGACTAA AGCCAAACCA 660TCGCACATGC CTTGGTATGT GTTAATTTTT GATTGGTAG 699(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO91(i)序列特征
(A)長(zhǎng)度345個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...345(xi)序列描述SEQ ID NO91ATGCGTTTTT TGAATAACAA ACATAGAGAA AAGGGCTTAA AGGCTGAAGA AGAAGCTTGC 60GGGTTTTTAA AAACGCTGGG TTTTGAAATG ATAGAGAGGA ACTTTTTTTC ACAATTTGGT 120GAAATTGATA TTATCGCTTT GAAAAAAGGG GTTTTGCATT TCATTGAAGT CAAAAGCGGG 180GAAAATTTTG ATCCCATTTA TGCGATCACG CCGAGCAAAT TAAAAAAGAT GATTAAAACG 240ATCCGCTGTT ATTTGTCTCA AAAAGATCCC AATAGCGATT TTTGCATTGA CGCTCTTATT 300GTGAAAAATG GTAAATTTGA GCTTTTAGAA AATATCACTT TTTAG 345(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO92(i)序列特征(A)長(zhǎng)度306個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...306(xi)序列描述SEQ ID NO92ATGGGCAGCA TTGGGGCTAT GACTAAAGGG AGCTCTGATA GGTATTTTCA AGAGGGCGTG 60GCGAGTGAAA AATTAGTCCC AGAAGGCATT GAGGGGCGTG TGCCTTATCG TGGTAAGGTT 120TCGGATATGA TTTTCCAATT AGTAGGGGGC GTGCGTTCTT CTATGGGGTA TCAGGGGGCG 180AAGAATATTT TGGAATTGTA TCAAAACGCT GAATTTGTAG AAATCACTAG CGCGGGGTTA 240AAAAAAAGCC ATGTGCATGG CGTGGATATT ACTAAAGAAG CCCCTAATAT TATGGGTGAA 300TTTTAA 306(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO93(i)序列特征(A)長(zhǎng)度1446個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...1446(xi)序列描述SEQ ID NO93ATGAGAATTT TACAAAGGGC TTTGACTTTT GAAGACGTGT TGATGGTGCC TAGAAAATCC60AGCGTTTTAC CTAAAGATGT GAGCTTAAAG TCTCGCCTAA CCAAAAACAT TGGTTTGAAT 120ATCCCTTTTA TTAGTGCGGC TATGGATACG GTTACAGAGC ATAAAACCGC TATCGCTATG 180GCGCGCCTTG GGGGTATTGG CATCGTGCAT AAAAACATGG ATATTCAAAC GCAAGTCAAA 240GAAATCACTA AAGTTAAAAA AAGCGAGAGC GGGGTGATTA ATGATCCTAT TTTTATCCAT 300GCGCACAGGA CGCTAGCGGA CGCTAAAGTC ATAACGGATA ATTATAAGAT TTCAGGCGTG 360CCTGTGGTAG ATGATAAGGG GTTGTTGATT GGGATTTTAA CCAACAGAGA CGTGCGTTTT 420GAAACCGATT TGAGTAAAAA AGTGGGCGAT GTGATGACTA AAATGCCTTT AGTTACCGCT 480CATGTGGGCA TTAGCTTAGA TGAAGCGAGC GATTTGATGC ACAAGCATAA GATTGAAAAA 540TTGCCCATTG TGGATAAAGA TAATGTTTTA AAAGGCTTGA TCACGATCAA AGACATTCAA 600AAACGCATTG AATACCCTGA GGCCAATAAA GATGATTTTG GGAGGTTGAG AGTGGGGGCG 660GCTATTGGAG TGGGGCAGTT GGATAGGGCT GAAATGTTAG TTAAAGCGGG GGTGGATGCG 720TTGGTGTTAG ACAGCGCGCA TGGGCATTCA GCCAATATTT TACACACTTT AGAAGAGATT 780AAAAAAAGCT TGGTAGTGGA TGTGATTGTG GGGAATGTGG TTACTAAAGA AGCCACAAGC 840GATTTGATTA GCGCGGGAGC GGACGCTGTT AAAGTGGGTA TTGGGCCAGG AAGCATTTGC 900ACCACTAGGA TTGTGGCCGG GGTGGGAATG CCCCAAGTGA GCGCAATTGA TAATTGCGTG 960GAAGTGGCGT CTAAATTTGA TATTCCTGTG ATTGCCGATG GAGGGATCCG CTATTCAGGC 1020GATGTGGCTA AGGCTCTAGC TTTAGGAGCA TCAAGCGTGA TGATAGGCTC TTTACTCGCT 1080GGCACAGAAG AATCTCCAGG GGATTTTATG ATTTACCAAG GGAGGCAATA TAAAAGCTAT 1140AGGGGCATGG GCAGCATTGG GGCTATGACT AAAGGGAGCT CTGATAGGTA TTTTCAAGAG 1200GGCGTGGCGA GTGAAAAATT AGTCCCAGAA GGCATTGAGG GGCGTGTGCC TTATCGTGGT 1260AAGGTTTCGG ATATGATTTT CCAATTAGTA GGGGGCGTGC GTTCTTCTAT GGGGTATCAG 1320GGGGCGAAGA ATATTTTGGA ATTGTATCAA AACGCTGAAT TTGTAGAAAT CACTAGCGCG 1380GGGTTAAAAG AAAGCCATGT GCATGGCGTG GATATTACTA AAGAAGCCCC TAATTATTAT 1440GGGTGA 1446(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO94(i)序列特征(A)長(zhǎng)度615個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...615(xi)序列描述SEQ ID NO94ATGCAAGGGT TTCTTTTACA AACACAAAGC ATAAGAGATG AAGATTTGAT CGTGCACGTT 60TTAACCAAAA ACCAGCTCAA AACCCTCTAT CGTTTCTATG GCAAACGCCA CAGCGTGCTG 120AATGTGGGTC GTAAAATTGA TTTTGAAGAA GAAAACGATG ATAAATTTTT ACCCAAGTTA 180AGGAATATTT TGCATTTAGG CTATATTTGG GAAAGAGAAA TGGAGCGCTT GTTTTTTTGG 240CAACGCTTTT GCGCTCTTTT GTTCAAGCAT TTAGAGGGCG TGCATTCTTT AGATAGCATC 300TATTTTGACA CTTTAGATGA TGGGGCTAGC AAACTCTCCA AACAGCACCC CTTAAGAGTG 360ATTTTAGAAA TGTATGCAGT CCTTTTGAAT TTTGAAGGGC GCTTGCAAAG TTACAATTCT 420TGTTTTTTAT GCGATGCAAA ATTAGAGCGT TCTGTCGCTT TAGCGCAAGG GTTTATTTTA 480GCGCACCCCT CTTGCTTGAA AGCTAAAAGC TTGGATTTAG AAAAAATCCA AGCTTTTTTC 540CGCACTCAAA GCACGATTGA TCTAGAAACA GAAGAAGTGG AAGAATTATG GCGCACGCTG 600AATTTAGGGT TTTGA 615(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO95(i)序列特征(A)長(zhǎng)度249個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...249(xi)序列描述SEQ ID NO95ATGGGCGTCG GACGGGTCGG CAATATGGCA CTGTTGGCGT GTGCAGGTCC GATGGGCATC 60GGCGCTATTG CTATCGCCAT TAACGGCGGC AGACAACGGT CGCGGATGTT GGTGGTCGAT 120ATAGACGACA AACGTCTGGA GCAGGTACAG AAGATGCTGC CGGGGAATTG GCGGCCAGTA 180ACGGCATTGA GCTGGTGTCT GTGCATACCA AAGCGAGGAG CGATCCGTGC CAGATGCTGC 240GAGCGCTGA 249(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO96
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度204個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...204(xi)序列描述SEQ ID NO96TTGTCCGGTA CAGCCGTGAG TTGCCGGTGC ACATGCCGCA TACAGTTGGT ATTGGTGCGC 60ACCAGCATCC CGGTTGTTAT CGGGTGCTCA TGCCCATTCC TTTCCAGTAT TGGGTTCACA 120ACGGGAACCC ACCAATCACC CGTTAAACGC TGCGGGGTTA ACGCCGGAAA AACACCGTCA 180AAAAAACATT TGCATTTAAA CTAA 204(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO97(i)序列特征(A)長(zhǎng)度345個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...345(xi)序列描述SEQ ID NO97GTGTGGCTGG CGGCGCTGGG CTTCCTGATC ACCGCGGTGG GGCTGCCGGT GATCACCGTG60ATCGCCCTGG CCAAGGTCGG CGGTTCGTCG ACGCCCTCAG CCATCCGATC GGCAGGTATG 120CCGGCGGCCT GCTGGCGGCG GTCTGCTACC TGGCGGTCGG CCCGCTGTTC GCCATTCCGC 180GCACCGCCAC GGTGTCCTTC GAAGGTCAGC GTGGTGCCGC TGCTCGGCGA AGAAGCGGCA 240CGGCGCTGTT CGTCTACAGC CTGGCGTACT TCCTCCTCGC CCTGGCCATC TCCCTCTACC 300CCGGTCGCCT GCTGGACACC GTCGGACGCT TCCTCGCCCC GCTGA 345(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO98(i)序列特征(A)長(zhǎng)度228個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc特征(B)位置1...228(xi)序列描述SEQ ID NO98Met Arg Phe Lys Gly Ser Arg Val Glu Ala Phe Leu Gly Ala Leu Glu1 5 10 15Phe Gln Glu Asn Glu Tyr Glu Glu Phe Lys Glu Leu Tyr Glu Ser Leu20 25 30Lys Thr Lys Gln Lys Pro His Thr Leu Phe Ile Ser Cys Val Asp Ser35 40 45Arg Val Val Pro Asn Leu Ile Thr Gly Thr Gln Pro Gly Glu Leu Tyr50 55 60Val Ile Arg Asn Met Gly Asn Val Ile Pro Pro Lys Thr Ser Tyr Lys65 70 75 80Glu Ser Leu Ser Thr Ile Ala Ser Val Glu Tyr Ala Ile Ala His Val85 90 95Gly Val Gln Asn Leu Ile Ile Cys Gly His Ser Asp Cys Gly Ala Cys100 105 110Gly Ser Ile His Leu Ile His Asp Glu Thr Thr Lys Ala Lys Thr Pro115 120 125Tyr Ile Ala Asn Trp Ile Gln Phe Leu Glu Pro Ile Lys Glu Glu Leu130 135 140Lys Asn His Pro Gln Phe Ser Asn His Phe Ala Lys Arg Ser Trp Leu145 150 155 160Thr Glu Arg Leu Asn Ala Arg Leu Gln Leu Asn Asn Leu Leu Ser Tyr165 170 175Asp Phe Ile Gln Glu Arg Val Ile Asn Asn Glu Leu Lys Ile Phe Gly180 185 190Trp His Tyr Ile Ile Glu Thr Gly Arg Ile Tyr Asn Tyr Asn Phe Glu195 200 205Ser His Phe Phe Glu Pro Ile Glu Glu Thr Ile Lys Gln Arg Ile Ser210 215 220His Glu Asn Phe225(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO99(i)序列特征(A)長(zhǎng)度221個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...221(xi)序列描述SEQ ID NO99Val Glu Ala Phe Leu Gly Ala Leu Glu Phe Gln Glu Asn Glu Tyr Glu1 5 10 15Glu Phe Lys Glu Leu Tyr Glu Ser Leu Lys Thr Lys Gln Lys Pro His20 25 30Thr Leu Phe Ile Ser Cys Val Asp Ser Arg Val Val Pro Asn Leu Ile35 40 45Thr Gly Thr Gln Pro Gly Glu Leu Tyr Val Ile Arg Asn Met Gly Asn50 55 60Val Ile Pro Pro Lys Thr Ser Tyr Lys Glu Ser Leu Ser Thr Ile Ala65 70 75 80Ser Val Glu Tyr Ala Ile Ala His Val Gly Val Gln Asn Leu Ile Ile85 90 95Cys Gly His Ser Asp Cys Gly Ala Cys Gly Ser Ile His Leu Ile His100 105 110Asp Glu Thr Thr Lys Ala Lys Thr Pro Tyr Ile Ala Asn Trp Ile Gln115 120 125Phe Leu Glu Pro Ile Lys Glu Glu Leu Lys Asn His Pro Gln Phe Ser130 135 140Asn His Phe Ala Lys Arg Ser Trp Leu Thr Glu Arg Leu Asn Ala Arg145 150 155 160Leu Gln Leu Asn Asn Leu Leu Ser Tyr Asp Phe Ile Gln Glu Arg Val165 170 175Ile Asn Asn Glu Leu Lys Ile Phe Gly Trp His Tyr Ile Ile Glu Thr180 185 190Gly Arg Ile Tyr Asn Tyr Asn Phe Glu Ser His Phe Phe Glu Pro Ile195 200 205Glu Glu Thr Ile Lys Gln Arg Ile Ser His Glu Asn Phe210 215 220(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO100(i)序列特征(A)長(zhǎng)度335個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征
(B)位置1...335(xi)序列描述SEQ ID NO100Met Leu Val Thr Arg Phe Lys Lys Ala Phe Ile Ser Tyr Ser Leu Gly1 5 10 15Val Leu Val Val Ser Leu Leu Leu Asn Val Cys Asn Ala Ser Ala Gln20 25 30Glu Val Lys Val Lys Asp Tyr Phe Gly Glu Gln Thr Ile Lys Leu Pro35 40 45Val Ser Lys Ile Ala Tyr Ile Gly Ser Tyr Val Glu Val Pro Ala Met50 55 60Leu Asn Val Trp Asp Arg Val Val Gly Val Ser Asp Tyr Ala Phe Lys65 70 75 80Asp Asp Ile Val Lys Ala Thr Leu Lys Gly Glu Asp Leu Lys Arg Val85 90 95Lys His Met Ser Thr Asp His Thr Ala Ala Leu Asn Val Glu Leu Leu100 105 110Lys Lys Leu Ser Pro Asp Leu Val Val Thr Phe Val Gly Asn Pro Lys115 120 125Ala Val
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(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...393(xi)序列描述SEQ ID NO106Met Thr Ser Ala Ser Ser His Ser Phe Lys Glu Gln Asp Phe His Ile1 5 10 15Pro Ile Ala Phe Ala Phe Asp Lys Asn Tyr Leu Ile Pro Ala Gly Ala20 25 30Cys Ile Tyr Ser Leu Leu Glu Ser Ile Ala Lys Ala Asn Lys Lys Ile35 40 45Arg Tyr Thr Leu His Ala Leu Val Val Gly Leu Asn Glu Glu Asp Lys50 55 60Thr Lys Leu Asn Gln Ile Thr Glu Pro Phe Lys Glu Phe Ala Val Leu65 70 75 80Glu Val Lys Asp Ile Glu Pro Phe Leu Asp Thr Ile Pro Asn Pro Phe85 90 95Asp Glu Asp Phe Thr Lys Arg Phe Ser Lys Met Val Leu Val Lys Tyr100 105 110Phe Leu Ala Asp Leu Phe Pro Lys Tyr Ser Lys Met Val Trp Ser Asp115 120 125Val Asp Val Ile Phe Cys Asn Glu Phe Ser Ala Asp Phe Leu Asn Ile130 135 140Lys Glu Asp Asp Glu Asn Tyr Phe Tyr Gly Val Tyr Asp Lys Ile Tyr145 150 155 160Pro Tyr Glu Gly Phe Phe Tyr Cys Asn Leu Thr Tyr Gln Arg Lys Asn165 170 175Gln Phe Cys Lys Lys Ile Leu Glu Ile Ile Arg Ala Gln Lys Ile Asp180 185 190Lys Glu Pro Gln Leu Thr Glu Phe Cys Arg Ser Lys Ile Ala Pro Leu195 200 205Lys Ile Glu Tyr Cys Ile Phe Pro His Tyr Tyr Ser Leu Ser Glu Glu210 215 220His Leu Lys Gly Val Ala Asn Ala Ile Tyr His Asn Thr Ile Lys Gln225 230 235 240Ala Leu Arg Glu Pro Ile Val Ile Gln Tyr Asp Ser His Pro Tyr Phe245 250 255Gln Ile Lys Pro Trp Thr Tyr Pro Phe Gly Leu Lys Ala Asp Leu Trp260 265 270Leu Asn Ala Leu Ala Lys Thr Pro Phe Met Ser Asp Trp Ser Tyr Leu275 280 285Ile Thr Gly Gly Gly Gly Ile Gly Gly Glu Lys Trp His Tyr Tyr His290 295 300Gly Ile Ala Ala Tyr His Tyr Tyr Phe Pro Leu Trp Lys Ala Glu Glu305 310 315 320Gln Ile Ala His Asp Ala Leu Lys Thr Phe Leu Lys His Tyr Phe Leu325 330 335His Ile His Glu Ile Pro Gln Asn Ala Arg Arg Arg Leu Phe Lys Tyr340 345 350Cys Ile Ser Ile Pro Leu Lys Ser Phe Ile Ser Lys Thr Leu Lys Phe355 360 365Leu Lys Leu His Ala Leu Val Lys Lys Ile Leu Ile Gln Leu Lys Leu370 375 380Leu Lys Lys Asn Gln Ser Gln Asn Phe385 390(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO107(i)序列特征(A)長(zhǎng)度435個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...435(xi)序列描述SEQ ID NO107Leu Ile Phe Leu Lys Lys Ser Leu Cys Ala Leu Leu Ile Ser Gly Phe1 5 10 15Phe Ile Pro Pro Leu Met Lys Ala Ala Ser Phe Val Tyr Asp Leu Lys20 25 30Phe Met Ser Phe Asn Phe Asn Leu Ala Ser Pro Pro Asn Asn Pro Tyr35 40 45Trp Asn Ser Leu Thr Lys Met Gln Gly Arg Leu Met Pro Gln Ile Gly50 55 60Val Gln Leu Asp Lys Arg Gln Ala Leu Met Phe Gly Ala Trp Phe Ile65 70 75 80Gln Asn Leu His Thr His Tyr Ser Tyr Phe Pro Tyr Ser Trp Gly Val85 90 95Thr Met Tyr Tyr Gln Tyr Ile Gly Lys Asn Leu Arg Phe Phe Leu Gly100 105 110Ile Val Pro Arg Ser Tyr Gln Ile Gly His Tyr Pro Leu Ser Ala Phe115 120 125Lys Lys Leu Phe Trp Phe Ile Asp Pro Thr Phe Arg Gly Gly Ala Phe130 135 140Gln Phe Lys Pro Ala Tyr Asp Pro Asn Arg Trp Trp Asn Gly Trp Phe145 150 155 160Glu Gly Val Val Asp Trp Tyr Gly Gly Arg Asn Trp Asn Asn Gln Pro165 170 175Lys Lys Lys Asn Tyr Asp Phe Asp Gln Phe Leu Tyr Phe Val Ser Ser180 185 190Glu Phe Gln Phe Leu Lys Gly Tyr Leu Gly Leu Gly Gly Gln Leu Val195 200 205Ile Phe His Asn Ala Asn Ser His Ser Met Gly Asp Asn Tyr Pro Tyr210 215 220Gly Gly Asn Ser Tyr Leu Lys Pro Gly Asp Ala Thr Pro Gln Trp Pro225 230 235 240Asn Gly Tyr Pro Tyr Phe Ser Gln Lys Asp Asn Pro Gln Gly Gly Glu245 250 255Ile Gly Lys Tyr Ser Asn Pro Thr Ile Leu Asp Arg Val Tyr Tyr His260 265 270Ala Tyr Leu Lys Ala Asp Phe Lys Asn Leu Met Pro Tyr Met Asp Asn275 280 285Ile Phe Met Thr Phe Gly Thr Gln Ser Ser Gln Thr His Tyr Cys Val290 295 300Arg Tyr Ala Ser Glu Cys Lys Asn Ala Arg Phe Tyr Asn Ser Phe Gly305 310 315 320Gly Glu Phe Tyr Ala Gln Ala Gln Tyr Lys Gly Phe Gly Ile Phe Asn325 330 335Arg Tyr Tyr Phe Ser Asn Lys Pro Gln Met His Phe Tyr Ala Thr Tyr340 345 350Gly Gln Ser Leu Tyr Thr Gly Leu Pro Trp Tyr Arg Ala Pro Asn Phe355 360 365Asp Met Ile Gly Leu Tyr Tyr Leu Tyr Lys Asn Lys Trp Leu Ser Val
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(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...115(xi)序列描述SEQ ID NO112Leu His Pro Leu Cys Ala His Gly Gln Cys Gly Ser Glu Ala Ile Ala1 5 10 15Cys Leu Glu Ala Ile Ser Val Gly Ile Val Pro Val Ile Ala Asn Ser20 25 30Pro Leu Ser Ala Thr Arg Gln Phe Ala Leu Asp Glu Arg Ser Leu Phe35 40 45Glu Pro Asn Asn Ala Lys Asp Leu Ser Ala Lys Ile Asp Trp Trp Leu50 55 60Glu Asn Lys Leu Glu Arg Glu Arg Met Gln Asn Glu Tyr Ala Lys Ser65 70 75 80Ala Leu Asn Tyr Thr Leu Glu Asn Ser Val Ile Gln Ile Glu Lys Val85 90 95Tyr Glu Glu Ala Ile Lys Asp Phe Lys Asn Asn Pro Asn Leu Phe Lys100 105 110Thr Leu Ser115(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO113(i)序列特征(A)長(zhǎng)度389個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...389
(xi)序列描述SEQ ID NO113Met Val Ile Val Leu Val Val Asp Ser Phe Lys Asp Thr Ser Asn Gly1 5 10 15Thr Ser Met Thr Ala Phe Arg Phe Phe Glu Ala Leu Lys Lys Arg Gly20 25 30His Ala Met Arg Val Val Ala Pro His Val Asp Asn Leu Gly Ser Glu35 40 45Glu Glu Gly Tyr Tyr Asn Leu Lys Glu Arg Tyr Ile Pro Leu Val Thr50 55 60Glu Ile Ser His Lys Gln His Ile Leu Phe Ala Lys Pro Asp Glu Lys65 70 75 80Ile Leu Arg Lys Ala Phe Lys Gly Ala Asp Met Ile His Thr Tyr Leu85 90 95Pro Phe Leu Leu Glu Lys Thr Ala Val Lys Ile Ala Arg Glu Met Arg100 105 110Val Pro Tyr Ile Gly Ser Phe His Leu Gln Pro Glu His Ile Ser Tyr115 120 125Asn Met Lys Leu Gly Gln Phe Ser Trp Leu Asn Thr Met Leu Phe Ser130 135 140Trp Phe Lys Ser Ser His Tyr Arg Tyr Ile His His Ile His Cys Pro145 150 155 160Ser Lys Phe Ile Val Glu Glu Leu Glu Lys Tyr Asn Tyr Gly Gly Lys165 170 175Lys Tyr Ala Ile Ser Asn Gly Phe Asp Pro Met Phe Lys Phe Glu His180 185 190Pro Gln Lys Ser Leu Phe Asp Thr Thr Pro Phe Lys Ile Ala Met Val195 200 205Gly Arg Tyr Ser Asn Glu Lys Asn Gln Ser Val Leu Ile Lys Ala Val210 215 220Ala Leu Ser Arg Tyr Lys Gln Asp Ile Val Leu Leu Leu Lys Gly Lys225 230 235 240Gly Pro Asp Glu Lys Lys Ile Lys Leu Leu Ala Gln Lys Leu Gly Val245 250 255Lys Thr Glu Phe Gly Phe Val Asn Ser His Glu Leu Leu Glu Ile Leu260 265 270Lys Thr Cys Thr Leu Tyr Ala His Thr Ala Asn Val Glu Ser Glu Ala275 280 285Ile Ala Cys Leu Glu Ala Ile Ser Val Gly Ile Val Pro Val Ile Ala290 295 300Asn Ser Pro Leu Ser Ala Thr Arg Gln Phe Ala Leu Asp Glu Arg Ser305 310 315 320Leu Phe Glu Pro Asn Asn Ala Lys Asp Leu Ser Ala Lys Ile Asp Trp325 330 335Trp Leu Glu Asn Lys Leu Glu Arg Glu Arg Met Gln Asn Glu Tyr Ala340 345 350Lys Ser Ala Leu Asn Tyr Thr Leu Glu Asn Ser Val Ile Gln Ile Glu355 360 365Lys Val Tyr Glu Glu Ala Ile Lys Asp Phe Lys Asn Asn Pro Asn Leu370 375 380Phe Lys Thr Leu Ser385(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO114(i)序列特征(A)長(zhǎng)度312個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...312(xi)序列描述SEQ ID NO114Leu Ala Ser Tyr Gly Phe Phe Leu Gly Ala Leu Phe Ile Leu Ala Ser1 5 10 15Gly Ile Val Cys Leu Gln Thr Ala Gly Asn Pro Phe Val Thr Leu Leu20 25 30Ser Lys Gly Lys Glu Ala Arg Asn Leu Val Leu Val Gln Ala Phe Asn35 40 45Ser Leu Gly Thr Thr Leu Gly Pro Ile Phe Gly Ser Leu Leu Ile Phe50 55 60Ser Ala Thr Lys Thr Ser Asp Asn Leu Ser Leu Ile Asp Lys Leu Ala65 70 75 80Asp Ala Lys Ser Val Gln Met Pro Tyr Leu Gly Leu Ala Val Phe Ser85 90 95Leu Leu Leu Ala Leu Val Met Tyr Leu Leu Lys Leu Pro Asp Val Glu100 105 110Lys Glu Met Pro Lys Glu Thr Thr Gln Lys Ser Leu Phe Ser His Lys115 120 125His Phe Val Phe Gly Ala Leu Gly Ile Phe Phe Tyr Val Gly Gly Glu130 135 140Val Ala Ile Gly Ser Phe Leu Val Leu Ser Phe Glu Lys Leu Leu Asn145 150 155 160Leu Asp Ala Gln Ser Ser Ala His Tyr Leu Val Tyr Tyr Trp Gly Gly165 170 175Ala Met Val Gly Arg Phe Leu Gly Ser Ala Leu Met Asn Lys Ile Ala180 185 190Pro Asn Lys Tyr Leu Ala Phe AsN Ala Leu Ser Ser Ile Ile Leu Ile195 200 205Ala Leu Ala Ile Leu Ile Gly Gly Lys Ile Ala Leu Phe Ala Leu Thr210 215 220Phe Val Gly Phe Phe Asn Ser Ile Met Phe Pro Thr Ile Phe Ser Leu225 230 235 240Ala Thr Leu Asn Leu Gly His Leu Thr Ser Lys Ala Ser Gly Val Ile245 250 255Ser Met Ala Ile Val Gly Gly Ala Leu Ile Pro Pro Ile Gln Gly Val260 265 270Val Thr Asp Met Leu Thr Ala Thr Glu Ser Asn Leu Leu Tyr Ala Tyr275 280 285Ser Val Pro Leu Leu Cys Tyr Phe Tyr Ile Leu Phe Phe Ala Leu Lys290 295 300Gly Tyr Lys Gln Glu Glu Asn Ser305 310(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO115(i)序列特征(A)長(zhǎng)度407個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...407(xi)序列描述SEQ ID NO115Met Gln Lys Thr Ser Asn Thr Leu Ala Leu Gly Ser Leu Thr Ala Leu1 5 10 15Phe Phe Leu Met Gly Phe Ile Thr Val Leu Asn Asp Ile Leu Ile Pro20 25 30His Leu Lys Pro Ile Phe Asp Leu Thr Tyr Phe Glu Ala Ser Leu Ile35 40 45Gln Phe Cys Phe Phe Gly Ala Tyr Phe Ile Met Gly Gly Val Phe Gly50 55 60Asn Val Ile Ser Lys Ile Gly Tyr Pro Phe Gly Val Val Leu Gly Phe65 70 75 80Val Ile Thr Ala Ser Gly Cys Ala Leu Phe Tyr Pro Ala Ala His Phe85 90 95Gly Ser Tyr Gly Phe Phe Leu Gly Ala Leu Phe Ile Leu Ala Ser Gly100 105 110Ile Val Cys Leu Gln Thr Ala Gly Asn Pro Phe Val Thr Leu Leu Ser115 120 125Lys Gly Lys Glu Ala Arg Asn Leu Val Leu Val Gln Ala Phe Asn Ser130 135 140Leu Gly Thr Thr Leu Gly Pro Ile Phe Gly Ser Leu Leu Ile Phe Ser145 150 155 160Ala Thr Lys Thr Ser Asp Asn Leu Ser Leu Ile Asp Lys Leu Ala Asp165 170 175Ala Lys Ser Val Gln Met Pro Tyr Leu Gly Leu Ala Val Phe Ser Leu180 185 190Leu Leu Ala Leu Val Met Tyr Leu Leu Lys Leu Pro Asp Val Glu Lys195 200 205Glu Met Pro Lys Glu Thr Thr Gln Lys Ser Leu Phe Ser His Lys His210 215 220Phe Val Phe Gly Ala Leu Gly Ile Phe Phe Tyr Val Gly Gly Glu Val225 230 235 240Ala Ile Gly Ser Phe Leu Val Leu Ser Phe Glu Lys Leu Leu Asn Leu245 250 255Asp Ala Gln Ser Ser Ala His Tyr Leu Val Tyr Tyr Trp Gly Gly Ala260 265 270Met Val Gly Arg Phe Leu Gly Ser Ala Leu Met Asn Lys Ile Ala Pro275 280 285Asn Lys Tyr Leu Ala Phe Asn Ala Leu Ser Ser Ile Ile Leu Ile Ala
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50 55 60Ala Ser Gly Val Ile Ser Met Ala Ile Val Gly Gly Ala Leu Ile Pro65 70 75 80Pro Ile Gln Gly Val Val Thr Asp Met Leu Thr Ala Thr Glu Ser Asn85 90 95Leu Leu Tyr Ala Tyr Ser Val Pro Leu Leu Cys Tyr Phe Tyr Ile Leu100 105 110Phe Phe Ala Leu Lys Gly Tyr Lys Gln Glu Glu Asn Ser115 120 125(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO117(i)序列特征(A)長(zhǎng)度330個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...330(xi)序列描述SEQ ID NO117Leu Lys Lys Ile Leu Pro Ala Leu Leu Met Gly Phe Val Gly Leu Asn1 5 10 15Ala Ser Asp Arg Leu Leu Glu Ile Met Arg Leu Tyr Gln Lys Gln Gly20 25 30Leu Glu Val Val Gly Gln Lys Leu Asp Ser Tyr Leu Ala Asp Lys Ser35 40 45Phe Trp Ala Glu Glu Leu Gln Asn Lys Asp Thr Asp Phe Gly Tyr Tyr50 55 60Gln Asn Lys Gln Phe Leu Phe Val Ala Asp Lys Ser Lys Pro Ser Leu65 70 75 80Glu Phe Tyr Glu Ile Glu Asn Asn Met Leu Lys Lys Ile Asn Ser Ser85 90 95Lys Ala Leu Val Gly Ser Lys Lys Gly Asp Lys Thr Leu Glu Gly Asp
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(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...169(xi)序列描述SEQ ID NO118Leu Phe Glu Lys Trp Ile Gly Leu Thr Leu Leu Leu Ser Ser Leu Gly1 5 10 15Tyr Pro Cys Gln Lys Val Ser Ile Ser Phe Lys Gln Tyr Glu Asn Leu20 25 30Ile His Ile His Gln Lys Gly Cys Asn Asn Glu Val Val Cys Arg Thr35 40 45Leu Ile Ser Ile Ala Leu Leu Glu Ser Ser Leu Gly Leu Asn Asn Lys50 55 60Arg Glu Lys Ser Leu Lys Asp Thr Ser Tyr Ser Met Phe His Ile Thr65 70 75 80Leu Asn Thr Ala Lys Lys Phe Tyr Pro Thr Tyr Ser Lys Thr Leu Leu85 90 95Lys Thr Lys Leu Leu Asn Asp Val Gly Phe Ala Ile Gln Leu Ala Lys100 105 110Gln Ile Leu Lys Glu Asn Phe Asp Tyr Tyr His Gln Lys His Pro Asn115 120 125Lys Ser Val Tyr Gln Leu Val Gln Met Ala Ile Gly Ala Tyr Asn Gly130 135 140Gly Met Lys His Asn Pro Asn Gly Ala Tyr Met Lys Lys Phe Arg Cys145 150 155 160Ile Tyr Ser Gln Val Arg Tyr Asn Glu165(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO119(i)序列特征(A)長(zhǎng)度215個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...215(xi)序列描述SEQ ID NO119Met Lys Lys Pro Tyr Arg Lys Ile Ser Asp Tyr Ala Ile Val Gly Gly1 5 10 15Leu Ser Ala Leu Val Met Val Ser Ile Val Gly Cys Lys Ser Asn Ala20 25 30Asp Asp Lys Pro Lys Glu Gln Ser Ser Leu Ser Gln Ser Val Gln Lys35 40 45Gly Ala Phe Val Ile Leu Glu Glu Gln Lys Asp Lys Ser Tyr Lys Val50 55 60Val Glu Glu Tyr Pro Ser Ser Arg Thr His Ile Val Val Arg Asp Leu65 70 75 80Gln Gly Asn Glu Arg Val Leu Ser Asn Glu Glu Ile Gln Lys Leu Ile85 90 95Lys Glu Glu Glu Ala Lys Ile Asp Asn Gly Thr Ser Lys Leu Val Gln100 105 110Pro Asn Asn Gly Gly Ser Asn Glu Gly Ser Gly Phe Gly Leu Gly Ser115 120 125Ala Ile Leu Gly Ser Ala Ala Gly Ala Ile Leu Gly Ser Tyr Ile Gly130 135 140Asn Lys Leu Phe Asn Asn Pro Asn Tyr Gln Gln Asn Ala Gln Arg Thr145 150 155 160Tyr Lys Ser Pro Gln Ala Tyr Gln Arg Ser Gln Asn Ser Phe Ser Lys165 170 175Ser Ala Pro Ser Ala Ser Ser Met Gly Thr Ala Ser Lys Gly Gln Ser180 185 190Gly Phe Phe Gly Ser Ser Arg Pro Thr Ser Ser Pro Ala Ile Ser Ser195 200 205Gly Thr Arg Gly Phe Asn Ala210 215(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO120(i)序列特征(A)長(zhǎng)度253個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性
(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...253(xi)序列描述SEQ ID NO120Leu Lys Thr Leu Phe Ser Val Tyr Leu Phe Leu Ser Leu Asn Pro Leu1 5 10 15Phe Leu Glu Ala Lys Glu Ile Thr Trp Ser Gln Phe Leu Glu Asn Phe20 25 30Lys Asn Lys Asn Glu Asp Asp Lys Pro Lys Pro Leu Thr Ile Asp Lys35 40 45Asn Asn Glu Lys Gln Gln Ile Leu Asp Lys Asn Gln Gln Ile Leu Lys50 55 60Arg Ala Leu Glu Lys Ser Leu Lys Phe Phe Phe Ile Phe Gly Tyr Asn65 70 75 80Tyr Ser Gln Ala Ala Tyr Ser Thr Thr Asn Gln Asn Leu Thr Leu Thr85 90 95Ala Asn Ser Ile Gly Phe Asn Thr Ala Thr Gly Leu Glu His Phe Leu100 105 110Arg Asn His Pro Lys Val Gly Phe Arg Ile Phe Ser Val Tyr Asn Tyr115 120 125Phe His Ser Val Ser Leu Ser Gln Pro Gln Ile Leu Met Val Gln Asn130 135 140Tyr Gly Gly Ala Leu Asp Phe Ser Trp Ile Phe Val Asp Lys Lys Thr145 150 155 160Tyr Arg Phe Arg Ser Tyr Leu Gly Ile Ala Leu Glu Gln Gly Val Leu165 170 175Leu Val Asp Thr Ile Lys Thr Gly Ser Phe Thr Thr Ile Ile Pro Arg180 185 190Thr Lys 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(B)位置1...305(xi)序列描述SEQ ID NO125Met Gly Arg Ile Glu Ser Lys Lys Arg Leu Lys Ala Leu Ile Phe Leu1 5 10 15Ala Ser Leu Gly Val Leu Trp Gly Asn Ala Ala Glu Lys Thr Pro Phe20 25 30Phe Lys Thr Lys Asn His Ile Tyr Leu Gly Phe Arg Leu Gly Thr Gly35 40 45Ala Thr Thr Arg Thr Ser Met Trp Gln Gln Ala Tyr Lys Asp Asn Pro50 55 60Thr Cys Pro Ser Ser Val Cys Tyr Gly Glu Lys Leu Glu Ala His Tyr65 70 75 80Lys Gly Gly Lys Asn Leu Ser Tyr Thr Gly Gln Ile Gly Asp Glu Ile85 90 95Ala Phe Asp Lys Tyr His Ile Leu Gly Leu Arg Val Trp Gly Asp Val100 105 110Glu Tyr Ala Lys Ala Gln Leu Gly Gln Lys Val Gly Gly Asn Thr Leu115 120 125Leu Ser Gln Ala Asn Tyr Asn Pro Ser Ala Ile Lys Thr Tyr Asp Pro130 135 140Thr Ser Asn Ala Gln Gly Ser Leu Val Leu Gln Lys Thr Pro Ser Pro145 150 155 160Gln Asp Phe Leu Phe Asn Asn Gly His Phe Met Ala Phe Gly Leu Asn165 170 175Val Asn Met Phe Val Asn Leu Pro Ile Asp Thr Leu Leu Lys Leu Ala180 185 190Leu Lys Thr Glu Lys Met Leu Phe Phe Lys Ile Gly Val Phe Gly Gly195 200 205Gly Gly Val Glu Tyr Ala Ile Leu Trp Ser Pro Gln Tyr Lys Asn Gln210 215 220Asn Thr His Gln Asp Asp Lys Phe Phe Ala Ala Gly Gly Gly Phe Phe225 230 235 240Val Asn Phe Gly Gly Ser Leu Tyr Ile Gly Lys Arg Asn Arg Phe Asn245 250 255Val Gly Leu Lys Ile Pro Tyr Tyr Ser Leu Ser Ala Gln Ser Trp Lys260 265 270Asn Phe Gly Ser Ser Asn Val Trp Gln Gln Gln Thr Ile Arg Gln Asn275 280 285Phe Ser Val Phe Arg Asn Lys Glu Val Phe Val Ser Tyr Ala Phe Leu290 295 300Phe305(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO126(i)序列特征(A)長(zhǎng)度258個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...258(xi)序列描述SEQ ID NO126Met Phe Leu Arg Ser Tyr Pro Lys Leu Arg Tyr Ala Leu Cys Leu Pro1 5 10 15Leu Leu Thr Glu Thr Cys Tyr Ser Glu Glu Arg Thr Leu Asn Lys Val20 25 30Thr Thr Gln Ala Lys Arg Ile Phe Thr Tyr Asn Asn Glu Phe Lys Val35 40 45Thr Ser Lys Glu Leu Asp Gln Arg Gln Ser Asn Glu Val Lys Asp Leu50 55 60Phe Arg Thr Asn Pro Asp Val Asn Val Gly Gly Gly Ser Val Met Gly65 70 75 80Gln Lys Ile Tyr Val Arg Gly Ile Glu Asp Arg Leu Leu Arg Val Thr85 90 95Val Asp Gly Ala Ala Gln Asn Gly Asn Ile Tyr His His Gln Gly Asn100 105 110Thr Val Ile Asp Pro Gly Met Leu Lys Ser Val Glu Val Thr Lys Gly115 120 125Ala Ala Asn Ala Ser Ala Gly Pro Gly Ala Ile Ala Gly Val Ile Lys130 135 140Met Glu Thr Lys Gly Ala Ala Asp Phe Ile Pro Arg Gly Lys Asn Tyr145 150 155 160Ala Ala Ser Gly Ala Val Ser Phe Tyr Thr Asn Phe Gly Asp Arg Glu
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(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...128(xi)序列描述SEQ ID NO132Met Arg Gln Tyr Ser Gln Ser Ala Leu Asn Thr Asn His Gly Ala Trp1 5 10 15Gly Ile Leu Phe Asp Val Ser Ser Ala Leu Ala Leu Asp Asp His Ala20 25 30Leu Leu Gln Ser Ser Ala Asn Arg Trp Gln Glu Trp Val Phe Lys Ala35 40 45Ile Asp Glu Asn Gly Val Ile Ala Ser Ala Ile Thr Arg Ser Asp Thr50 55 60Ser Asp Tyr His Gly Gly Pro Thr Lys Gly Ile Lys Gly Ile Ala Tyr65 70 75 80Thr Asn Phe Ala Leu Leu Ala Ile Thr Ile Ser Gly Glu Leu Leu Phe85 90 95Glu Asn Gly Tyr Asp Leu Trp Gly Ser Gly Ala Gly Gln Arg Leu Ser100 105 110Val Ala Tyr Asn Lys Ala Ala Thr Trp Ile Leu Asn Pro Glu Thr Phe115 120 125(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO133(i)序列特征(A)長(zhǎng)度245個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源
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(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...100(xi)序列描述SEQ ID NO137Met Gln Lys Asn Leu Asp Ser Leu Leu Glu Asn Leu Arg Ala Glu Ile1 5 10 15Asp Ala Leu Asp Asn Glu Leu Ser Asp Leu Leu Asp Lys Arg Leu Gly20 25 30Ile Ala Leu Lys Ile Ala Leu Ile Lys Gln Glu Ser Pro Gln Glu Asn35 40 45Pro Ile Tyr Cys Pro Lys Arg Glu Gln Glu Ile Leu Lys Arg Leu Ser50 55 60Gln Arg Gly Phe Lys His Leu Asn Gly Glu Ile Leu Ala Ser Phe Tyr65 70 75 80Ala Glu Val Phe Lys Ile Ser Arg Asn Phe Gln Glu Asn Ala Leu Lys85 90 95Glu Leu Lys Lys100(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO138(i)序列特征(A)長(zhǎng)度174個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...174(xi)序列描述SEQ ID NO138Val Lys Met Arg Phe Phe Ser Gly Phe Gly Phe Val Asn Glu Ser Val1 5 10 15Leu Phe Glu Glu Trp Leu Leu Lys Gly Ala Tyr Asp Val Ser Gly Phe
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20 25 30Leu Leu Phe Ser Leu Pro Leu Ser Val Ala Leu Ala Glu Asp Asp Gly35 40 45Phe Tyr Met Gly Val Gly Tyr Gln Ile Gly Gly Ala Gln Gln Asn Ile50 55 60Asn Asn Lys Gly Ser Thr Leu Arg Asn Asn Val Ile Asp Asp Phe Arg65 70 75 80Gln Val Gly Val Gly Met Ala Gly Gly Asn Gly Leu Leu Ala Leu Ala85 90 95Thr Asn Thr Thr Met Asp Ala Leu Leu Gly Ile Gly Asn Gln Ile Val100 105 110Asn Thr Asn Thr Thr Val Gly Asn Asn Asn Ala Glu Leu Thr Gln Phe115 120 125Lys Lys Ile Leu Pro Gln Ile Glu Gln Arg Phe Glu Thr Asn Lys Asn130 135 140Ala Tyr Ser Val Gln Ala Leu Gln Val Tyr Leu Ser Asn Val Leu Tyr145 150 155 160Asn Leu Val Asn Asn Ser Asn Asn Gly Ser Asn Asn Gly Val Val Pro165 170 175Glu Tyr Val Gly Ile Ile Lys Val Leu Tyr Gly Ser Gln Asn Glu Phe180 185 190Ser Leu Leu Ala Thr Glu Ser Val Ala Leu Leu Asn Ala Leu Thr Arg195 200 205Val Asn Leu Asp Ser Asn Ser Val Phe Leu Lys Gly Leu Leu Ala Gln210 215 220Met Gln Leu Phe Asn Asp Thr Ser Ser Ala Lys Leu Gly Gln Ile Ala225 230 235 240Glu Asn Leu Lys Asn Gly Gly Ala Gly Ala Met Leu Gln Lys Asp Val245 250 255Lys Thr Ile Ser Asp Arg Ile Ala Thr Tyr Gln Glu Asn Leu Lys Gln260 265 270Leu Gly Gly Met Leu Lys Asn Tyr Asp Glu Pro Tyr Leu Pro Gln Phe275 280 285Gly Pro Gly Thr Ser Ser Gln His Gly Val Ile Asn Gly Phe Gly Ile290 295 300Gln Val Gly Tyr Lys Gln Phe Phe Gly Ser Lys Lys Asn Ile Gly Leu305 310 315 320Arg Tyr Tyr Ala Phe Phe Asp Tyr Gly Phe Thr Gln Leu Gly Ser Leu325 330 335Asn Ser Ala Val Lys Ala Asn Ile Phe Thr Tyr Gly Ala Gly Thr Asp340 345 350Phe Leu Trp Asn Ile Phe Arg Arg Val Phe Ser Asp Gln Ser Leu Asn355 360 365Val Gly Val Phe Gly Gly Ile Gln Ile Ala Gly Asn Thr Trp Asp Ser370 375 380Ser Leu Arg Gly Gln Ile Glu Asn Ser Phe Lys Glu Tyr Pro Thr Pro385 390 395 400Thr Asn Phe Gln Phe Leu Phe Asn Leu Gly Leu Arg Ala His Phe Ala405 410 415Ser Thr Met His Arg Arg Phe Leu Ser Ala Ser Gln Ser Ile Gln His420 425 430Gly Met Glu Phe Gly Val Lys Ile Pro Ala Ile Asn Gln Arg Tyr Leu435 440 445Lys Ala Asn Gly Ala Asp Val Asp Tyr Arg Arg Leu Tyr Ala Phe Tyr450 455 460Ile Asn Tyr Thr Ile Gly Phe465 470(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO140(i)序列特征(A)長(zhǎng)度129個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...129(xi)序列描述SEQ ID NO140Met Lys Ser Ile Arg Arg Gly Asp Gly Leu Asn Val Val Pro Phe Ile1 5 10 15Asp Ile Met Leu Val Leu Leu Ala Ile Val Leu Ser Ile Ser Thr Phe20 25 30Ile Ala Gln Gly Lys Ile Lys Val Ser Leu Pro Asn Ala Lys Asn Ala35 40 45Glu Lys Ser Gln Pro Asn Asp Gln Lys Val Val Val Ile Ser Val Asp50 55 60Glu His Asp Asn Ile Phe Val Asp Asp Lys Pro Thr Asn Leu Glu Ala65 70 75 80Leu Ser Ala Val Val Lys Gln Thr Asp Pro Lys Thr Leu Ile Asp Leu85 90 95Lys Ser Asp Lys Ser Ser Arg Phe Glu Thr Phe Ile Ser Ile Met Asp100 105 110Ile Leu Lys Glu His Asn His Glu Asn Phe Ser Ile Ser Thr Gln Ala115 120 125Gln(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO141(i)序列特征(A)長(zhǎng)度75個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...75(xi)序列描述SEQ ID NO141Met Leu Val Leu Leu Ala Ile Val Leu Ser Ile Ser Thr Phe Ile Ala1 5 10 15Gln Gly Lys Ile Lys Val Ser Leu Pro Asn Ala Lys Asn Ala Glu Lys20 25 30Ser Arg Pro Asn Asp Gln Lys Val Val Val Ile Ser Val Asp Glu His35 40 45Asp Asn Ile Phe Val Asp Asp Lys Pro Thr Asn Leu Glu Ala Leu Ser50 55 60Ala Val Val Lys Gln Thr Asp Pro Lys Thr Leu65 70 75(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO142
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度223個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...223(xi)序列描述SEQ ID NO142Met Phe Ser Leu Ser Tyr Val Ser Lys Lys Phe Leu Ser Val Leu Leu1 5 10 15Leu Ile Ser Leu Phe Leu Ser Ala Cys Lys Ser Asn Asn Lys Asp Lys20 25 30Leu Asp Glu Asn Leu Leu Ser Ser Gly Thr Gln Ser Ser Lys Glu Leu35 40 45Asn Asp Lys Arg Asp Asn Ile Asp Lys Lys Ser Tyr Ala Gly Leu Glu50 55 60Asp Val Phe Leu Asp Asn Lys Ser Ile Ser Pro Asn Asp Lys Tyr Met65 70 75 80Leu Leu Val Phe Gly Arg Asn Gly Cys Ser Tyr Cys Glu Arg Leu Lys85 90 95Lys Asp Leu Lys Asn Val Lys Glu Leu Arg Asn Tyr Ile Lys Glu His100 105 110Phe Ser Ala Tyr Tyr Val Asn Ile Ser Tyr Ser Lys Glu His Asn Phe115 120 125Lys Val Gly Asp Lys Asp Lys Asn Asp Glu Lys Glu Ile Lys Met Ser130 135 140Thr Glu Glu Leu Ala Gln Ile Tyr Ala Val Gln Ser Thr Pro Thr Ile145 150 155 160Val Leu Ser Asp Lys Thr Gly Lys Thr Ile Tyr Glu Leu Pro Gly Tyr165 170 175Met Pro Ser Val Gln Phe Leu Ala Val Leu Glu Phe Ile Gly Asp Gly180 185 190Lys Tyr Gln Asp Thr Lys Asn Asp Glu Asp Leu Thr Lys Lys Leu Lys195 200 205Ala Tyr Ile Lys Tyr Lys Thr Asn Leu Ser Lys Ser Lys Ser Ser210 215 220(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO143(i)序列特征(A)長(zhǎng)度116個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...116(xi)序列描述SEQ ID NO143Leu Met Lys Ser Lys Ile Thr His Phe Ile Val Ile Ser Phe Val Leu1 5 10 15Ser Val Leu Ser Ala Cys Lys Asp Glu Pro Lys Lys Ser Ser Gln Ser20 25 30His Gln Asn Asn Thr Lys Thr Thr Gln Asn Asn Gln Ile Asn Gln Pro35 40 45Asn Lys Asp Ile Lys Lys Ile Glu His Glu Glu Glu Asp Glu Lys Val50 55 60Thr Lys Glu Val Asn Asp Leu Ile Asn Asn Glu Asn Lys Ile Asp Glu65 70 75 80Ile Asn Asn Glu Glu Asn Ala Asp Pro Ser Gln Lys Arg Thr Asn Asn85 90 95Val Leu Gln Arg Ala Thr Asn His Gln Asp AsnLeu Ser Ser Pro Leu100 105110Asn Arg Lys Tyr115(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO144
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度79個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置l...79(xi)序列描述SEQ ID NO144Met Phe Glu Lys Ile Arg Lys Ile Leu Ala Asp Ile Glu Asp Ser Gln1 5 10 15Asn Glu Ile Glu Met Leu Leu Lys Leu Ala Asn Leu Ser Leu Gly Asp20 25 30Phe Ile Glu Ile Lys Arg Gly Ser Met Asp Met Pro Lys Gly Val Asn35 40 45Glu Ala Phe Phe Thr Gln Leu Ser Glu Glu Val Glu Arg Leu Lys Glu50 55 60Leu Ile Asn Ala Leu Asn Lys Ile Lys Lys Gly Leu Leu Val Phe65 70 75(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO145(i)序列特征(A)長(zhǎng)度51個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...5l(xi)序列描述SEQ ID NO145Met Ser Met Phe Ile Ser Asn Leu Ala Phe Thr Ser Glu His Lys Asp1 5 10 15Ala Met Glu Val Ala Lys Ile Ala Ile Leu Leu Gly Ser Leu Ile Ser20 25 30Gly Ile Ile Gly Ala Leu Tyr Leu Phe Ala Leu Asp Lys Arg Ala Ala35 40 45Leu Lys Lys50(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO146(i)序列特征(A)長(zhǎng)度449個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...449(xi)序列描述SEQ ID NO146Met Gly Leu Lys Ile Lys Ile Leu Arg Leu Ser Met Asn Leu Lys Lys1 5 10 15Thr Glu Asn Ala Leu Ser Leu Thr Leu Lys Asn Phe Ile Lys Ser Glu20 25 30Ser Phe Gly Gly Ile Phe Leu Phe Leu Asn Ala Val Leu Ala Met Val35 40 45Val Ala Asn Ser Phe Leu Lys Glu Ser Tyr Phe Ala Leu Trp His Thr
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(A)長(zhǎng)度527個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...527(xi)序列描述SEQ ID NO149Met Lys Gln Asn Leu Lys Pro Phe Lys Met Ile Lys Glu Asn Leu Met1 5 10 15Thr Gln Ser Gln Lys Val Arg Phe Leu Ala Pro Leu Ser Leu Ala Leu20 25 30Ser Leu Ser Phe Asn Pro Val Gly Ala Glu Glu Asp Gly Gly Phe Met35 40 45Thr Phe Gly Tyr Glu Leu Gly Gln Val Val Gln Gln Val Lys Asn Pro50 55 60Gly Lys Ile Lys Ala Glu Glu Leu Ala Gly Leu Leu Asn Ser Thr Thr65 70 75 80Thr Asn Asn Thr Asn Ile Asn Ile Ala Gly Thr Gly Gly Asn Val Ala85 90 95Gly Thr Leu Gly Asn Leu Phe Met Asn Gln Leu Gly Asn Leu Ile Asp100 105 110Leu Tyr Pro Thr Leu Lys Thr Asn Asn Leu His Gln Cys Gly Ser Thr115 120 125Asn Ser Gly Asn Gly Ala Thr Ala Ala Ala Ala Thr Asn Asn Ser Pro130 135 140Cys Phe Gln Gly Asn Leu Ala Leu Tyr Asn Glu Met Val Asp Ser Ile145 150 155 160Lys Thr Leu Ser Gln Asn Ile Ser Lys Asn Ile Phe Gln Gly Asp Asn165 170 175Asn Thr Thr Ser Ala Asn Leu Ser Asn Gln Leu Ser Glu Leu Asn Thr180 185 190Ala Ser Val Tyr Leu Thr Tyr Met Asn Ser Phe Leu Asn Ala Asn Asn195 200 205Gln Ala Gly Gly Ile Phe Gln Asn Asn Thr Asn Gln Ala Tyr Glu Asn210 215 220Gly Val Thr Ala Gln Gln Ile Ala Tyr Val Leu Lys Gln Ala Ser Ile225 230 235 240Thr Met Gly Pro Ser Gly Asp Ser Gly Ala Ala Gly Ala Phe Leu Asp245 250 255Ala Ala Leu Ala Gln His Val Phe Asn Ser Ala Asn Ala Gly Asn Asp260 265 270Leu Ser Ala Lys Glu Phe Thr Ser Leu Val Gln Asn Ile Val Asn Asn275 280 285Ser Gln Asn Ala Leu Thr Leu Ala Asn Asn Ala Asn Ile Ser Asn Ser290 295 300Thr Gly Tyr Gln Val Ser Tyr Gly Gly Asn Ile Asp Gln Ala Arg Ser305 310 315 320Thr Gln Leu Leu Asn Asn Thr Thr Asn Thr Leu Ala Lys Val Thr Ala325 330 335Leu Asn Asn Glu Leu Lys Ala Asn Pro Trp Leu Gly Asn Phe Ala Ala340 345 350Gly Asn Ser Ser Gln Val Asn Ala Phe Asn Gly Phe Ile Thr Lys Ile355 360 365Gly Tyr Lys Gln Phe Phe Gly Glu Asn Lys Asn Val Gly Leu Arg Tyr370 375 380Tyr Gly Phe Phe Ser Tyr Asn Gly Ala Gly Val Gly Asn Gly Pro Thr385 390 395 400Tyr Asn Gln Val Asn Leu Leu Thr Tyr Gly Val Gly Thr Asp Val Leu405 410 415Tyr Asn Val Phe Ser Arg Ser Phe Gly Ser Arg Ser Leu Asn Ala Gly420 425 430Phe Phe Gly Gly Ile Gln Leu Ala Gly Asp Thr Tyr Ile Ser Thr Leu435 440 445Arg Asn Ser Pro Gln Leu Ala Ser Arg Pro Thr Ala Thr Lys Phe Gln450 455 460Phe Leu Phe Asp Val Gly Leu Arg Met Asn Phe Gly Ile Leu Lys Lys465 470 475 480Asp Leu Lys Ser His Asn Gln His Ser Ile Glu Ile Gly Val Gln Ile485 490 495Pro Thr Ile Tyr Asn Thr Tyr Tyr Lys Ala Gly Gly Ala Glu Val Lys500 505 510Tyr Phe Arg Pro Tyr Ser Val Tyr Trp Val Tyr Gly Tyr Ala Phe515 520 525(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO150
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度459個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...459(xi)序列描述SEQ ID NO150Val Val Leu Leu Thr Met Thr Lys Arg Leu Phe Lys Gly Leu Leu Ala1 5 10 15Ile Ser Leu Ala Val Ser Leu His Gly Gly Glu Val Lys Glu Lys Lys20 25 30Pro Val Lys Pro Val Lys Glu Asp Pro Gln Glu Leu Ala Ala Lys Arg35 40 45Val Glu Ala Phe Ser Arg Phe Ser Asn Val Val Thr Glu Ile Glu Lys50 55 60Lys Tyr Val Asp Lys Ile Ser Ile Ser Glu Ile Met Thr Lys Ala Ile65 70 75 80Glu Gly Leu Leu Ser Asn Leu Asp Ala His Ser Ala Tyr Leu Asn Glu85 90 95Lys Lys Phe Lys Glu Phe Gln Ala Gln Thr Glu Gly Glu Phe Gly Gly100 105 110Leu Gly Ile Thr Val Gly Met Arg Asp Gly Val Leu Thr Val Ile Ala115 120 125Pro Leu Glu Gly Thr Pro Ala Tyr Lys Ala Gly Val Lys Ser Gly Asp130 135 140Ser Ile Leu Lys Ile Asn Asn Glu Ser Thr Leu Ser Met Ser Ile Asp145 150 155 160Asp Ala Val Asn Leu Met Arg Gly Lys Pro Lys Thr Ser Ile Gln Ile165 170 175Thr Val Val Arg Lys Asn Glu Pro Lys Pro Leu Val Phe Asn Ile Val180 185 190Arg Asp Ile Ile Lys Ile Pro Ser Val Tyr Val Lys Lys Ile Lys Asp
195 200 205Thr Pro Tyr Leu Tyr Val Arg Val Asn Ser Phe Asp Lys Asn Val Thr210 215 220Lys Ser Val Leu Asp Gly Leu Lys Ala Asn Pro Asn Ile Lys Gly Val225 230 235 240Val Leu Asp Leu Arg Gly Asn Pro Gly Gly Leu Leu Asn Gln Ala Val245 250 255Gly Leu Ser Asn Leu Phe Ile Lys Glu Gly Val Leu Val Ser Gln Arg260 265 270Gly Lys Asn Lys Glu Glu Asn Leu Glu Tyr Lys Ala Asn Gly Arg Ala275 280 285Pro Tyr Thr Asn Leu Pro Val Val Val Leu Val Asn Gly Gly Ser Ala290 295 300Ser Ala Ser Glu Ile Val Ala Gly Ala Leu Gln Asp His Lys Arg Ala305 310 315 320Ile Ile Ile Gly Glu Lys Thr Phe Gly Lys Gly Ser Val Gln Val Leu325 330 335Leu Pro Val Asn Lys Asp Glu Ala Ile Lys Ile Thr Thr Ala Arg Tyr340 345 350Tyr Leu Pro Ser Gly Arg Thr Ile Gln Ala Lys Gly Ile Thr Pro Asp355 360 365Ile Val Ile Tyr Pro Gly Lys Val Pro Glu Asn Glu Asn Lys Phe Ser370 375 380Leu Lys Glu Ala Asp Leu Lys His His Leu Glu Gln Glu Leu Lys Lys385 390 395 400Leu Asp Asp Lys Thr Pro Ile Ser Lys Glu Ala Asp Lys Asp Lys Lys405 410 415Ser Glu Glu Glu Lys Glu Val Thr Pro Lys Met Ile Asn Asp Asp Ile420 425 430Gln Leu Lys Thr Ala Ile Asp Ser Leu Lys Thr Trp Ser Ile Val Asp435 440 445Glu Lys Met Asp Glu Lys Val Pro Lys Lys Lys450 455(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO151(i)序列特征(A)長(zhǎng)度104個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)
(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...104(xi)序列描述SEQ ID NO151Leu Leu Leu His Pro Leu His Ala His Ala Gln Val Leu Gly Phe Thr1 5 10 15Asn His Asp His Ala Pro Trp Leu Tyr Asp Phe Ile Lys Ser Phe Cys20 25 30Asn Leu Ser Gly Gln Pro Phe Leu Asp Leu Gln Ala Phe Ala Ile Asn35 40 45Phe Asn Glu Phe Ser Asp Arg Ala Asn Ala Tyr Asn Leu Phe Leu Arg50 55 60Asp Ile Ser His Ala Asn Ile Pro Lys Lys Arg Glu Gln Met Val Leu65 70 75 80Ala Ser Gly Val Lys Phe Asn Val Leu Ser His Tyr His Phe Ile Ala85 90 95Asn Ala Leu Lys Ile Arg Ala Phe100(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO152(i)序列特征(A)長(zhǎng)度165個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...165
(xi)序列描述SEQ ID NO152Met Ile Glu Leu Ile Leu His Asn Lys Ser Ile Gln Ile Asp Glu Thr1 5 10 15Leu Leu Asn Val Lys Glu His Leu Glu Lys Phe Tyr Ser Asn Lys Glu20 25 30Gln Glu Thr Ile Ala Lys Thr Leu Glu Ser Gln Thr Glu Leu Thr Cys35 40 45Ser Tyr Leu Leu Asp Lys Asp Phe Ser Leu Leu Glu Lys His Leu Glu50 55 60Asn Ser Leu Gly His Phe Thr Phe Glu Ser Glu Phe Ala Leu Leu Lys65 70 75 80Asp Lys Glu Pro Leu Asn Leu Ala Gln Ile Lys Gln Ile Gly Val Leu85 90 95Lys Val Ile Thr Tyr Glu Met Thr Gln Ala Leu Lys Asn Gln Ile Ile100 105 110His Leu Thr Gln Ile Val Asn Glu Glu Asn Leu Glu Phe Asp Glu Glu115 120 125Leu Val Ile Tyr His Leu Asn Phe Lys Leu Asn Gln Asn Thr Tyr Lys130 135 140Val Leu Ala Lys Phe Cys Val Leu Lys Lys Lys Gly Thr Leu His Glu145 150 155 160Lys Phe Lys Ala Phe165(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO153(i)序列特征(A)長(zhǎng)度213個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...213
(xi)序列描述SEQ ID NO153Met Asp Thr Glu Thr Gln Glu Lys Phe Leu Ala Tyr Leu Phe Glu Lys1 5 10 15Ala Leu Gln Lys Asn Leu Gln Ala Tyr Trp Ile Thr Thr Thr Glu Thr20 25 30Lys Asn Glu Leu Thr Arg Glu Glu Phe Ser Asn Leu Ile Arg Lys Thr35 40 45Met Ile Glu Leu Ile Leu His Asn Lys Ser Ile Gln Ile Asp Glu Thr50 55 60Leu Leu Asn Val Lys Glu His Leu Glu Lys Phe Tyr Ser Asn Lys Glu65 70 75 80Gln Glu Thr Ile Ala Lys Thr Leu Glu Ser Gln Thr Glu Leu Thr Cys85 90 95Ser Tyr Leu Leu Asp Lys Asp Phe Ser Leu Leu Glu Lys His Leu Glu100 105 110Asn Ser Leu Gly His Phe Thr Phe Glu Ser Glu Phe Ala Leu Leu Lys115 120 125Asp Lys Glu Pro Leu Asn Leu Ala Gln Ile Lys Gln Ile Gly Val Leu130 135 140Lys Val Ile Thr Tyr Glu Met Thr Gln Ala Leu Lys Asn Gln Ile Ile145 150 155 160His Leu Thr Gln Ile Val Asn Glu Glu Asn Leu Glu Phe Asp Glu Glu165 170 175Leu Val Ile Tyr His Leu Asn Phe Lys Leu Asn Gln Asn Thr Tyr Lys180 185 190Val Leu Ala Lys Phe Cys Val Leu Lys Lys Lys Gly Thr Leu His Glu195 200 205Lys Phe Lys Ala Phe210(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO154(i)序列特征(A)長(zhǎng)度253個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是
(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...253(xi)序列描述SEQ ID NO154Met Ala Ile Ser Ile Lys Ser Pro Lys Glu Ile Lys Ala Leu Arg Lys1 5 10 15Ala Gly Glu Leu Thr Ala Gln Ala Leu Ala Leu Leu Glu Arg Glu Val20 25 30Arg Pro Gly Val Ser Leu Leu Glu Leu Asp Lys Met Ala Glu Asp Phe35 40 45Ile Lys Ser Ser His Ala Arg Pro Ala Phe Lys Gly Leu Tyr Gly Phe50 55 60Pro Asn Ser Val Cys Met Ser Leu Asn Glu Val Val Ile His Gly Ile65 70 75 80Pro Thr Asp Tyr Val Leu Gln Glu Gly Asp Ile Ile Gly Leu Asp Leu85 90 95Gly Val Glu Val Asp Gly Tyr Tyr Gly Asp Ser Ala Leu Thr Leu Pro100 105 110Ile Gly Ala Ile Ser Pro Gln Asp Glu Lys Leu Leu Ala Cys Ser Lys115 120 125Glu Ser Leu Met His Ala Ile Ser Ser Ile Arg Val Gly Met His Phe130 135 140Lys Glu Leu Ser Gln Ile Leu Glu Gly Ala Ile Thr Glu Arg Gly Phe145 150 155 160Val Pro Leu Lys Gly Phe Cys Gly His Gly Ile Gly Lys Lys Pro His165 170 175Glu Glu Pro Glu Ile Pro Asn Tyr Leu Glu Lys Gly Val Lys Ala Asn180 185 190Ser Gly Pro Lys Ile Lys Glu Gly Met Val Phe Cys Leu Glu Pro Met195 200 205Val Cys Gln Lys Gln Gly Glu Pro Lys Ile Leu Ala Asp Lys Trp Ser210 215 220Val Val Ser Val Asp Gly Leu Asn Thr Ser His His Glu His Thr Ile225 230 235 240Ala Ile Val Gly Asn Lys Ala Val Ile Leu Thr Glu Arg245 250(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO155
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度247個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...247(xi)序列描述SEQ ID NO155Lys Pro Lys Arg Asn Gln Ser Pro Lys Lys Ser Arg Glu Leu Thr Ala1 5 10 15Gln Ala Leu Ala Leu Leu Glu Arg Glu Val Arg Pro Gly Val Ser Leu20 25 30Leu Glu Leu Asp Lys Met Ala Glu Asp Phe Ile Lys Ser Ser His Ala35 40 45Arg Pro Ala Phe Lys Gly Leu Tyr Gly Phe Pro Asn Ser Val Cys Met50 55 60Ser Leu Asn Glu Val Val Ile His Gly Ile Pro Thr Asp Tyr Val Leu65 70 75 80Gln Glu Gly Asp Ile Ile Gly Leu Asp Leu Gly Val Glu Val Asp Gly85 90 95Tyr Tyr Gly Asp Ser Ala Leu Thr Leu Pro Ile Gly Ala Ile Ser Pro100 105 110Gln Asp Glu Lys Leu Leu Ala Cys Ser Lys Glu Ser Leu Met His Ala115 120 125Ile Ser Ser Ile Arg Val Gly Met His Phe Lys Glu Leu Ser Gln Ile130 135 140Leu Glu Gly Ala Ile Thr Glu Arg Gly Phe Val Pro Leu Lys Gly Phe145 150 155 160Cys Gly His Gly Ile Gly Lys Lys Pro His Glu Glu Pro Glu Ile Pro165 170 175Asn Tyr Leu Glu Lys Gly Val Lys Ala Asn Ser Gly Pro Lys Ile Lys180 185 190Glu Gly Met Val Phe Cys Leu Glu Pro Met Val Cys Gln Lys Gln Gly195 200 205Glu Pro Lys Ile Leu Ala Asp Lys Trp Ser Val Val Ser Val Asp Gly210 215 220Leu Asn Thr Ser His His Glu His Thr Ile Ala Ile Val Gly Asn Lys225 230 235 240Ala Val Ile Leu Thr Glu Arg245(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO156(i)序列特征(A)長(zhǎng)度340個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...340(xi)序列描述SEQ ID NO156Met Tyr Arg Lys Asp Leu Asp Asn Tyr Leu Lys Gln Arg Leu Pro Lys1 5 10 15Ala Val Phe Leu Tyr Gly Glu Phe Asp Phe Phe Ile His Tyr Tyr Ile20 25 30Gln Thr Ile Ser Ala Leu Phe Lys Gly Asn Asn Pro Asp Thr Glu Thr35 40 45Ser Leu Phe Tyr Ala Ser Asp Tyr Glu Lys Ser Gln Ile Ala Thr Leu50 55 60Leu Glu Gln Asp Ser Leu Phe Gly Gly Ser Ser Leu Val Ile Leu Lys65 70 75 80Leu Asp Phe Ala Leu His Lys Lys Phe Lys Glu Asn Asp Ile Asn Pro85 90 95Phe Leu Lys Ala Leu Glu Arg Pro Ser His Asn Arg Leu Ile Ile Gly100 105 110Leu Tyr Asn Ala Lys Ser Asp Thr Thr Lys Tyr Lys Tyr Thr Ser Glu115 120 125Ile Ile Val Lys Phe Phe Gln Lys Ser Pro Leu Lys Asp Glu Ala Ile130 135 140Cys Val Arg Phe Phe Thr Pro Lys Ala Trp Glu Ser Leu Lys Phe Leu145 150 155 160Gln Glu Arg Ala Asn Phe Leu His Leu Asp Ile Ser Gly His Leu Leu165 170 175Asn Ala Leu Phe Glu Ile Asn Asn Glu Asp Leu Ser Val Ser Phe Asn180 185 190Asp Leu Asp Lys Leu Ala Val Leu Asn Ala Pro Ile Thr Leu Glu Asp195 200 205Ile Gln Glu Leu Ser Ser Asn Ala Gly Asp Met Asp Leu Gln Lys Leu210 215 220Ile Leu Gly Leu Phe Leu Lys Lys Ser Val Leu Asp Ile Tyr Asp Tyr225 230 235 240Leu Leu Lys Glu Gly Lys Lys Asp Ala Asp Ile Leu Arg Gly Leu Glu245 250 255Arg Tyr Phe Tyr Gln Leu Phe Leu Phe Phe Ala His Ile Lys Thr Thr260 265 270Gly Leu Met Asp Ala Lys Glu Val Leu Gly Tyr Ala Pro Pro Lys Glu275 280 285Ile Val Glu Asn Tyr Ala Lys Asn Ala Leu Arg Leu Lys Glu Ala Gly290 295 300Tyr Lys Arg Val Phe Glu Ile Phe Arg Leu Trp His Leu Gln Ser Met305 310 315 320Gln Gly Gln Lys Glu Leu Gly Phe Leu Tyr Leu Thr Pro Ile Gln Lys325 330 335Ile Ile Asn Pro340(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO157(i)序列特征(A)長(zhǎng)度200個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源
(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...200(xi)序列描述SEQ ID NO157Val Phe Met Thr Ser Ala Leu Leu Gly Leu Gln Ile Val Leu Ala Val1 5 10 15Leu Ile Val Val Val Val Leu Leu Gln Lys Ser Ser Ser Ile Gly Leu20 25 30Gly Ala Tyr Ser Gly Ser Asn Asp Ser Leu Phe Gly Ala Lys Gly Pro35 40 45Ala Ser Phe Met Ala Lys Leu Thr Met Phe Leu Gly Leu Leu Phe Val50 55 60Ile Asn Thr Ile Ala Leu Gly Tyr Phe Tyr Asn Lys Glu Tyr Gly Lys65 70 75 80Ser Val Leu Asp Glu Thr Lys Thr Asn Lys Glu Leu Ser Pro Leu Val85 90 95Pro Ala Thr Gly Thr Leu Asn Pro Thr Leu Asn Pro Thr Leu Asn Pro100 105 110Thr Leu Asn Pro Leu Glu Gln Ala Pro Thr Asn Pro Leu Met Pro Thr115 120 125Gln Thr Pro Lys Glu Leu Pro Lys Glu Pro Ala Lys Thr Pro Phe Val130 135 140Glu Ser Pro Lys Gln Asn Glu Lys Asn Glu Lys Asn Asp Ala Lys Glu145 150 155 160Asn Gly Ile Lys Gly Val Glu Lys Asn Lys Glu Asn Ala Lys Thr Pro165 170 175Pro Thr Thr His Gln Lys Pro Lys Thr His Ala Thr Thr Asn Ala His180 185 190Thr Asn Gln Lys Lys Asp Glu Lys195 200(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO158(i)序列特征(A)長(zhǎng)度159個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)
(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...159(xi)序列描述SEQ ID NO158Met Arg Ser Pro Asn Leu Glu Lys Glu Glu Thr Glu Ile Ile Glu Thr1 5 10 15Leu Leu Val Arg Glu Lys Met Arg Leu Cys Pro Leu Tyr Trp Arg Ile20 25 30Leu Ala Phe Leu Ile Asp Ser Leu Leu Val Ala Phe Leu Leu Ser Asp35 40 45Leu Leu Arg Ala Cys Ala Phe Leu His Ser Leu Tyr Trp Leu Thr Asn50 55 60Pro Ile Tyr Tyr Ser Ala Phe Val Val Met Gly Phe Ile Ile Leu Tyr65 70 75 80Gly Val Tyr Glu Ile Phe Phe Val Cys Leu Cys Lys Met Ser Leu Ala85 90 95Lys Leu Val Phe Arg Ile Lys Ile Ile Asp Ile Tyr Leu Ala Asp Cys100 105 110Pro Ser Arg Ala Ile Leu Leu Lys Arg Leu Gly Leu Lys Ile Val Val115 120 125Phe Leu Cys Pro Phe Leu Trp Phe Val Val Phe Lys Asn Pro Tyr His130 135 140Arg Ala Trp His Glu Glu Lys Ser Lys Ser Leu Leu Val Leu Phe145 150155(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO159(i)序列特征(A)長(zhǎng)度234個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是
(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...234(xi)序列描述SEQ ID NO159Leu Asn Thr Asp Phe Ser His Ile Thr Asp Ile Glu Gly Met Arg Phe1 5 10 15Val Asn Glu Glu Asp Ala Leu Asn Lys Leu Ile Asn Glu Ile His Thr20 25 30Arg His Ile Asp Leu Lys Asp Ser Ile Met Leu Ala Leu Ser Phe Asn35 40 45Ala Leu Tyr Leu Ala Asn Ala Leu Ala Gln Lys Phe Gly Ala Thr Tyr50 55 60Asp Ile Leu Phe Leu Glu Pro Ile Leu Ala Pro Leu Asn Ser Lys Cys65 70 75 80Glu Ile Ala Leu Val Ser Glu Ser Met Asp Ile Val Met Asn Glu Ser85 90 95Leu Ile Asn Ser Phe Asp Ile Ala Leu Asp Tyr Val Tyr Gly Glu Ala100 105 110Lys Arg Ala Tyr Glu Glu Asp Ile Leu Ser His Ile Tyr Gln Tyr Arg115 120 125Lys Gly Asn Ala Ile Lys Ser Leu Lys Asp Lys Asn Ile Phe Ile Val130 135 140Asp Arg Gly Ile Glu Thr Gly Phe Arg Ala Gly Leu Gly Val Gln Thr145 150 155 160Cys Leu Lys Lys Glu Cys Gln Asp Ile Tyr Ile Leu Thr Pro Ile Leu165 170 175Ala Gln Asn Val Ala Gln Gly Leu Glu Ser Leu Cys Asp Gly Val Ile180 185 190Ser Val Tyr Arg Pro Glu Cys Phe Val Ser Val Glu His His Tyr Lys195 200 205Glu Leu Lys Arg Leu Ser Asn Glu Glu Ile Glu Lys Tyr Leu Gly Ala210 215 220Asn Asn Ala Pro Asn Leu Lys Lys Glu His225 230(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO160
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度287個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...287(xi)序列描述SEQ ID NO160Leu Lys Gln Ser Glu Met Ala Met Glu Phe Asn Asp Pro Arg Met Arg1 5 10 15Phe Phe Ile Gly Asp Val Arg Asp Leu Glu Arg Leu Asn Tyr Ala Leu20 25 30Glu Gly Val Asp Ile Cys Ile His Ala Ala Ala Leu Lys His Val Pro35 40 45Ile Ala Glu Tyr Asn Pro Leu Glu Cys Ile Lys Thr Asn Ile Met Gly50 55 60Ala Ser Asn Val Ile Asn Ala Cys Leu Lys Asn Glu Ile Ser Gln Val65 70 75 80Ile Ala Leu Ser Thr Asp Lys Ala Ala Asn Pro Ile Asn Leu Tyr Gly85 90 95Ala Thr Lys Leu Cys Ser Asp Lys Leu Phe Val Ser Ala Asn Asn Phe100 105 110Lys Gly Pro Ser Gln Thr Gln Phe Gly Val Val Arg Tyr Gly Asn Val115 120 125Val Gly Ser Arg Gly Ser Val Val Pro Phe Phe Lys Lys Leu Val Gln130 135 140Asn Lys Ala Ser Glu Ile Pro Ile Thr Asp Ile Arg Met Thr Arg Phe145 150 155 160Trp Ile Thr Leu Asp Glu Gly Val Ser Phe Val Leu Lys Ser Leu Lys165 170 175Arg Met His Gly Gly Glu Ile Phe Val Pro Lys Ile Pro Ser Met Lys180 185 190Met Ile Asp Leu Ala Lys Ala Leu Ala Pro Asn Ile Pro Thr Lys Ile
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(A)長(zhǎng)度587個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...587(xi)序列描述SEQ ID NO163Met Lys Asn Phe Ser Pro Leu Tyr Cys Leu Lys Lys Leu Lys Lys Arg1 5 10 15His Leu Ile Ala Leu Ser Leu Pro Leu Leu Ser Tyr Ala Asn Gly Phe20 25 30Lys Ile Gln Glu Gln Ser Leu Asn Gly Thr Ala Leu Gly Ser Ala Tyr35 40 45Val Ala Gly Ala Arg Gly Ala Asp Ala Ser Phe Tyr Asn Pro Ala Asn50 55 60Met Gly Phe Thr Asn Asp Trp Gly Glu Asn Arg Ser Glu Phe Glu Met65 70 75 80Thr Thr Thr Val Ile Asn Ile Pro Ala Phe Ser Phe Lys Val Pro Thr85 90 95Thr Asn Gln Gly Leu Tyr Ser Val Thr Ser Leu Glu Ile Asp Lys Ser100 105 110Gln Gln Asn Ile Leu Gly Ile Ile Asn Thr Ile Gly Leu Gly Asn Ile115 120 125Leu Lys Ala Leu Gly Asn Thr Ala Ala Thr Asn Gly Leu Ser Gln Ala130 135 140Ile Asn Arg Val Gln Gly Leu Met Asn Leu Thr Asn Gln Lys Val Val145 150 155 160Thr Leu Ala Ser Lys Pro Asp Thr Gln Ile Val Asn Gly Trp Thr Gly165 170 175Thr Thr Asn Phe Val Leu Pro Lys Phe Phe Tyr Lys Thr Arg Thr His180 185 190Asn Gly Phe Thr Phe Gly Gly Ser Phe Thr Ala Pro Ser Gly Leu Gly195 200 205Met Lys Trp Asn Gly Lys Gly Gly Glu Phe Leu His Asp Val Phe Ile210 215 220Met Met Val Glu Leu Ala Pro Ser Met Ser Tyr Thr Ile Asn Lys Arg225 230 235 240Phe Ser Val Gly Val Gly Leu Arg Gly Leu Tyr Ala Thr Gly Ser Phe245 250 255Asn Asn Thr Val Tyr Val Pro Leu Glu Gly Ala Ser Val Leu Ser Ala260 265 270Glu Gln Ile Leu Asn Leu Pro Asn Asn Val Phe Ala Asp Gln Val Pro275 280 285Ser Asn Met Met Thr Leu Leu Gly Asn Ile Gly Tyr Gln Pro Ala Leu290 295 300Asn Cys Gln Lys Ala Gly Gly Asp Met Ser Asp Gln Ser Cys Gln Glu305 310 315 320Phe Tyr Asn Gly Leu Lys Lys Ile Met Gly Tyr Ser Gly Leu Ile Lys325 330 335Ala Ser Ala Asn Leu Tyr Gly Thr Thr Gln Val Val Gln Lys Ser Asn340 345 350Gly Gln Gly Val Ser Gly Gly Tyr Arg Val Gly Ser Ser Leu Arg Val355 360 365Phe Asp His Gly Met Phe Ser Val Val Tyr Asn Ser Ser Val Thr Phe370 375 380Asn Met Lys Gly Gly Leu Val Ala Ile Thr Glu Leu Gly Pro Ser Leu385 390 395 400Gly Ser Val Leu Thr Lys Gly Ser Leu Asn Ile Asn Val Ser Leu Pro405 410 415Gln Thr Leu Ser Leu Ala Tyr Ala His Gln Phe Phe Lys Asp Arg Leu420 425 430Arg Val Glu Gly Val Phe Glu Arg Thr Phe Trp Ser Gln Gly Asn Lys435 440 445Phe Leu Val Thr Pro Asp Phe Ala Asn Ala Thr Tyr Lys Gly Leu Ser450 455 460Gly Thr Val Ala Ser Leu Asp Ser Glu Thr Leu Lys Lys Met Val Gly465 470 475 480Leu Ala Asn Phe Lys Ser Val Met Asn Met Gly Ala Gly Trp Arg Asp485 490 495Thr Asn Thr Phe Arg Leu Gly Val Thr Tyr Met Gly Lys Ser Leu Arg500 505 510Leu Met Gly Ala Ile Asp Tyr Asp Gln Ala Pro Ser Pro Gln Asp Ala515 520 525Ile Gly Ile Pro Asp Ser Asn Gly Tyr Thr Val Ala Phe Gly Thr Lys530 535 540Tyr Asn Phe Arg Gly Phe Asp Leu Gly Val Ala Gly Ser Phe Thr Phe545 550 555 560Lys Ser Asn Arg Ser Ser Leu Tyr Gln Ser Pro Thr Ile Gly Gln Leu565 570 575Arg Ile Phe Ser Ala Ser Leu Gly Tyr Arg Trp580 585(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO164(i)序列特征(A)長(zhǎng)度205個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...205(xi)序列描述SEQ ID NO164Leu Ile Phe Arg Phe Phe Leu Ile Leu Ser Leu Leu Lys Gly Val Leu1 5 10 15Leu Ala Lys Lys Asp Trp Asn Phe Phe Lys Pro Leu Glu Pro Thr Lys20 25 30Lys Tyr Phe Gly Ser Phe Lys Ile Gly Tyr Leu Tyr Gln His Ala Glu35 40 45Thr Thr Lys Arg Phe Pro Ile Arg Pro Lys Asn Arg Pro Pro Ile Leu50 55 60Met Asp Lys Ile Tyr His Asp Ala Ser Leu Gly Phe Asp Ala Gly Tyr65 70 75 80Val Leu Lys Lys Lys Ala Leu Leu Gly Gly Tyr Leu Asp Ala Gly Met85 90 95Gly Asp Ser Tyr Phe Met Ser Ala Gly Leu Val Ala Gly Val Arg Leu100 105 110Phe Lys Gly Trp Val Ile Pro Lys Ile Ala Leu Gly Tyr Gln Leu Gln115 120 125Ile Leu Gly Ala Lys Ile Asp Lys Tyr Gln Phe Asn Ile Gln Ser Ala
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(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...211(xi)序列描述SEQ ID NO183Met Phe Ser Ile Ile Leu Gly Gly Gly Gly Gly Asn Thr Pro Cys Gly1 5 10 15Leu Thr Trp Gln His Phe Lys Leu Gly Asp Leu Phe Glu Ile Glu Lys20 25 30Thr Leu Ser Phe Asn Lys Asp Ala Leu Thr Gln Gly Gln Asp Tyr Asp35 40 45Tyr Ile Thr Arg Thr Ser Gln Asn Gln Gly Val Leu Gln Thr Thr Gly50 55 60Phe Val Asn Ala Glu Asn Leu Asn Pro Pro Phe Thr Trp Ser Leu Gly65 70 75 80Leu Leu Gln Met Asp Phe Phe Tyr Arg Lys Lys Ser Trp Tyr Ala Gly85 90 95Gln Phe Met Arg Lys Ile Thr Pro Lys Thr Glu Ile Lys Asn Lys Ile100 105 110Asn Ser Arg Ile Ala His Tyr Phe Thr Thr Leu Leu Asn Ala Leu Lys115 120 125Arg Pro Leu Leu Ser Val Leu Val Arg Asp Ile Asp Lys Thr Phe Arg130 135 140Glu Gln Lys Ile Gln Leu Pro Leu Lys Pro Thr Ala Lys Thr Gln Ser145 150 155 160Leu Asp Gly Ile Asp Phe Asp Phe Met His Thr Leu Ile Asn Ala Leu165 170 175Met Lys Gln Thr Ile Gln Gly Val Val Gln Tyr Cys Asp Ala Lys Ile180 185 190Gln Ala Thr Lys Glu Val Ile Ser Gln Glu Thr Pro Ile Gln Lys Asp195 200 205Ser Leu Phe210(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO184(i)序列特征(A)長(zhǎng)度406個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...406(xi)序列描述SEQ ID NO184Val Ile Gly Pro Leu Ser Ser Gln Leu Asn Ala Ile Lys Trp Gly Glu1 5 10 15Phe Lys Leu Gly Asp Leu Phe Glu Ala Ser Asn Gly Asp Phe Asp Ile20 25 30Gln Lys Arg His Ile Asn His Lys Gly Glu Phe Val Ile Thr Ala Gly35 40 45Leu Ser Asn Asn Gly Val Leu Gly Gln Ser Asp Ile Lys Ala Lys Val50 55 60Phe Glu Ser His Thr Ile Thr Ile Asp Met Phe Gly Cys Ala Phe Tyr65 70 75 80Arg Ser Phe Ala Tyr Lys Met Val Thr His Ala Arg Val Phe Ser Leu85 90 95Lys Pro Lys Phe Glu Ile Asn His Lys Ile Gly Leu Phe Leu Ser Thr100 105 110Leu Phe Phe Gly Tyr His Lys Lys Phe Gly Tyr Glu Asn Met Cys Ser115 120 125Trp Ala Lys Ile Lys Asn Asp Lys Val Ile Leu Pro Leu Lys Pro Thr130 135 140Ala Asn Thr Gln Thr Leu Glu Gly Ile Asp Phe Asp Phe Met Glu Lys145 150 155 160Phe Ile Ala Glu Leu Glu Gln Cys Arg Leu Ala Glu Leu Gln Ala Tyr165 170 175Leu Lys Ala Thr Gly Leu Glu Asn Thr Thr Leu Ser Asn Asp Glu Glu
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(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...275(xi)序列描述SEQ ID NO185Met Ser Lys Ser Leu Tyr Gln Thr Leu Asn Val Ser Glu Asn Ala Ser1 5 10 15Gln Asp Glu Ile Lys Lys Ser Tyr Arg Arg Leu Ala Arg Gln Tyr His20 25 30Pro Asp Leu Asn Lys Thr Lys Glu Ala Glu Glu Lys Phe Lys Glu Ile35 40 45Asn Ala Ala Tyr Glu Ile Leu Ser Asp Glu Glu Lys Arg Arg Gln Tyr50 55 60Asp Gln Phe Gly Asp Asn Met Phe Gly Gly Gln Asn Phe Ser Asp Phe65 70 75 80Ala Arg Ser Arg Gly Pro Ser Glu Asp Leu Asp Asp Ile Leu Ser Ser85 90 95Ile Phe Gly Lys Gly Gly Phe Ser Gln Arg Phe Ser Gln Asn Ser Gln100 105 110Gly Phe Ser Gly Phe Asn Phe Ser Asn Phe Ala Pro Glu Asn Leu Asp115 120 125Val Thr Ala Ile Leu Asn Val Ser Val Leu Asp Thr Leu Leu Gly Asn130 135 140Lys Lys Gln Val Ser Val Asn Asn Glu Thr Phe Ser Leu Lys Ile Pro145 150 155 160Ile Gly Val Glu Glu Gly Glu Lys Ile Arg Val Arg Asn Lys Gly Lys165 170 175Met Gly Arg Thr Gly Arg Gly Asp Leu Leu Leu Gln Ile His Ile Glu180 185 190Glu Asp Glu Met Tyr Arg Arg Glu Lys Asp Asp Ile Ile Gln Ile 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130 135 140Asp Ala Lys Leu Glu Arg Ser Val Ala Leu Ala Gln Gly Phe Ile Leu145 150 155 160Ala His Pro Ser Cys Leu Lys Ala Lys Ser Leu Asp Leu Glu Lys Ile165 170 175Gln Ala Phe Phe Arg Thr Gln Ser Thr Ile Asp Leu Glu Thr Glu Glu180 185 190Val Glu Glu Leu Trp Arg Thr Leu Asn Leu Gly Phe195 200(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO192(i)序列特征(A)長(zhǎng)度82個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...82(xi)序列描述SEQ ID NO192Met Gly Val Gly Arg Val Gly Asn Met Ala Leu Leu Ala Cys Ala Gly1 5 10 15Pro Met Gly Ile Gly Ala Ile Ala Ile Ala Ile Asn Gly Gly Arg Gln20 25 30Arg Ser Arg Met Leu Val Val Asp Ile Asp Asp Lys Arg Leu Glu Gln35 40 45Val Gln Lys Met Leu Pro Gly Asn Trp Arg Pro Val Thr Ala Leu Ser50 55 60Trp Cys Leu Cys Ile Pro Lys Arg Gly Ala Ile Arg Ala Arg Cys Cys65 70 75 80Glu Arg(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO193(i)序列特征(A)長(zhǎng)度67個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...67(xi)序列描述SEQ ID NO193Leu Ser Gly Thr Ala Val Ser Cys Arg Cys Thr Cys Arg Ile Gln Leul 5 10 15Val Leu Val Arg Thr Ser Ile Pro Val Val Ile Gly Cys Ser Cys Pro20 25 30Phe Leu Ser Ser Ile Gly Phe Thr Thr Gly Thr His Gln Ser Pro Val35 40 45Lys Arg Cys Gly Val Asn Ala Gly Lys Thr Pro Ser Lys Lys His Leu50 55 60His Leu Asn65(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO194(i)序列特征(A)長(zhǎng)度114個(gè)氨基酸(B)類型氨基酸(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)線性(ii)分子類型蛋白質(zhì)(iii)假說(shuō)是(vi)原始來(lái)源
(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...114(xi)序列描述SEQ ID NO194Val Trp Leu Ala Ala Leu Gly Phe Leu Ile Thr Ala Val Gly Leu Pro1 5 10 15Val Ile Thr Val Ile Ala Leu Ala Lys Val Gly Gly Ser Ser Thr Pro20 25 30Ser Ala Ile Arg Ser Ala Gly Met Pro Ala Ala Cys Trp Arg Arg Ser35 40 45Ala Thr Trp Arg Ser Ala Arg Cys Ser Pro Phe Arg Ala Pro Pro Arg50 55 60Cys Pro Ser Lys Val Ser Val Val Pro Leu Leu Gly Glu Glu Ala Ala65 70 75 80Arg Arg Cys Ser Ser Thr Ala Trp Arg Thr Ser Ser Ser Pro Trp Pro85 90 95Ser Pro Ser Thr Pro Val Ala Cys Trp Thr Pro Ser Asp Ala Ser Ser100 105 110Pro Arg(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO195(i)序列特征(A)長(zhǎng)度20個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征
(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...20(xi)序列描述SEQ ID NO195TATACCATGG TGGGCGCTAA 20(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO196(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO196ATGAATTCGA GTAAGGATTT TTG 23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO197(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)
(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO197TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO198(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO198TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC 23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO199(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)
(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO199ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO200(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO200ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA 25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO201(i)序列特征(A)長(zhǎng)度21個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(ii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...21(xi)序列描述SEQ ID NO201AATTCCATGG TGGGGGCTAT G 21(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO202(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源
(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO202ATGAATTCTC GATAGCCAAA ATC 23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO203(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO203AATTCCATGG TGCATAACTT CCATT25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO204(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀
(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO204AAGAATTCTC TAGCATCCAA ATGGA 25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO205(i)序列特征(A)長(zhǎng)度24個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...24(xi)序列描述SEQ ID NO205ATTTCCATGG TCATGTCTCA TATT24(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO206
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO206ATGAATTCCA TCTTTTATTC CAC23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO207(i)序列特征(A)長(zhǎng)度27個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征
(B)位置1...27(xi)序列描述SEQ ID NO207AACCATGGTG ATTTTAAGCA TTGAAAG 27(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO208(i)序列特征(A)長(zhǎng)度28個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...28(xi)序列描述SEQ ID NO208AAGAATTCCA CTCAAAATTT TTTAACAG 28(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO209(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)
(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO209GATCATCCAT ATGTTATCTT CTAAT 25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO210(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO210TGAATTCAAC CATTTTAACC CTG 23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO211(i)序列特征(A)長(zhǎng)度27個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸
(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...27(xi)序列描述SEQ ID NO211TATACCATGG TGAAATTTTT TCTTTTA 27(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO212(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO212AGAATTCAAT TGCGTCTTGT AAAAG 25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO213(i)序列特征(A)長(zhǎng)度24個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...24(xi)序列描述SEQ ID NO213TATACCATGG TGATGGACAA ACTC24(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO214(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO214ATGAATTCCC ACTTGGGGCG ATA 23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO215(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO215TTATGGATCC AAACCAATTA AAACT25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO216(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)
(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO216TATCTCGAGT TATAGAGAAG GGC 23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO217(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO217TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO218
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度24個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...24(xi)序列描述SEQ ID NO218TAGAATTCGC CTCTAAAACT TTAG24(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO219(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22
(xi)序列描述SEQ ID NO219TTAACCATGG TGAAAAGCGA TA 22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO220(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO220TAGAATTCGC ATAACGATCA ATC23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO221(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)
(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO221ATATCCATGG TGAGTTTGAT GA 22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO222(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO222ATGAATTCAA TTTTTTATTT TGCCA 25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO223(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈
(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO223AATTCCATGG CTATCCAAAT CCG 23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO224(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO224ATGAATTCGC CAAAATCGTA GTATT25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO225(i)序列特征(A)長(zhǎng)度24個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...24(xi)序列描述SEQ ID NO225GATACCATGG AATTTATGAA AAAG 24(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO226(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO226TGAATTCGAA AAAGTGTAGT TATAC25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO227(i)序列特征(A)長(zhǎng)度19個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...19(xi)序列描述SEQ ID NO227CCCTTCATTT TAGAAATCG 19(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO228(i)序列特征(A)長(zhǎng)度20個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)
(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...20(xi)序列描述SEQ ID NO228ATTTCAACCA ATTCAATGCG 20(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO229(i)序列特征(A)長(zhǎng)度20個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...20(xi)序列描述SEQ ID NO229GCCCCTTTTG ATTTGAAGCT 20(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO230(i)序列特征
(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO230TCGCTCCAAG ATACCAAGAA GT22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO231(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22
(xi)序列描述SEQ ID NO231CTTGAATTAG GGGCAAAGAT CG 22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO232(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO232ATGCGTTTTT ACCCAAAGAA GT22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO233(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)
(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO233ATAACGCCAC TTCCTTATTG GT22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO234(i)序列特征(A)長(zhǎng)度19個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...19(xi)序列描述SEQ ID NO234CTTTGGGTAA AAACGCATC19(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO235(i)序列特征(A)長(zhǎng)度20個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀
(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...20(xi)序列描述SEQ ID NO235CGATCTTTGA TCCTAATTCA 20(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO236(i)序列特征(A)長(zhǎng)度19個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...19(xi)序列描述SEQ ID NO236ATCAAGTTGC CTATGCTGA19(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO237(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO237TTGAACACTT TTGATTATGC GG 22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO238(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征
(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO238GGATTATGCG ATTGTTTTAC AAG 23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO239(i)序列特征(A)長(zhǎng)度21個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...21(xi)序列描述SEQ ID NO239GTCTTTAGCA AAAATGGCGT C 21(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO240(i)序列特征(A)長(zhǎng)度21個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)
(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...21(xi)序列描述SEQ ID NO240AATGAGCGTA AGAGAGCCTT C 21(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO241(i)序列特征(A)長(zhǎng)度18個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...18(xi)序列描述SEQ ID NO241CTTATGGGGG TATTGTCA18(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO242(i)序列特征(A)長(zhǎng)度18個(gè)堿基對(duì)
(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...18(xi)序列描述SEQ ID NO242AGCATGTGGG TATCCAGC 18(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO243(i)序列特征(A)長(zhǎng)度19個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...19(xi)序列描述SEQ ID NO243AGGTTGTTGC CTAAAGACT19(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO244(i)序列特征(A)長(zhǎng)度18個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...18(xi)序列描述SEQ ID NO244CTGCCTCCAC CTTTGATC 18(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO245(i)序列特征(A)長(zhǎng)度19個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源
(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...19(xi)序列描述SEQ ID NO245ACCAATATCA ATTGGCACT 19(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO246(i)序列特征(A)長(zhǎng)度18個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...18(xi)序列描述SEQ ID NO246ACTTGGAAAA GCTCTGCA 18(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO247(i)序列特征(A)長(zhǎng)度19個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀
(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...19(xi)序列描述SEQ ID NO247CTTGCTTGTC ATATCTAGC 19(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO248(i)序列特征(A)長(zhǎng)度18個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...18(xi)序列描述SEQ ID NO248GTTGAAGTGT TGGTGCTA 18(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO249
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO249CAAGCAAGTG GTTTGGTTTT AG 22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO250(i)序列特征(A)長(zhǎng)度22個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征
(B)位置1...22(xi)序列描述SEQ ID NO250TGGAAAGAGC AAATCATTGA AG22(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO251(i)序列特征(A)長(zhǎng)度21個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...21(xi)序列描述SEQ ID NO251GCCCATAATC AAAAAGCCCA T 21(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO252(i)序列特征(A)長(zhǎng)度24個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)
(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...24(xi)序列描述SEQ ID NO252CTAAAACCAA ACCACTTGCT TGTC 24(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO253(i)序列特征(A)長(zhǎng)度16個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...16(xi)序列描述SEQ ID NO253GTAAAACGAC GGCCAG 16(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO254(i)序列特征(A)長(zhǎng)度17個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸
(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...17(xi)序列描述SEQ ID NO254CAGGAAACAG CTATGAC 17(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO255(i)序列特征(A)長(zhǎng)度21個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...21(xi)序列描述SEQ ID NO255ATCTTACCTA TCACCTCAAA T21(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO256(i)序列特征(A)長(zhǎng)度21個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...21(xi)序列描述SEQ ID NO256AGACAGCAAC ATCTTTGTGA A21(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO257(i)序列特征(A)長(zhǎng)度50個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...50(xi)序列描述SEQ ID NO257CGCGGATCCA TATGGCTGAA AAAACGCCTT TTTTTAAAAC TAAAAACCAC50(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO258(i)序列特征(A)長(zhǎng)度34個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...34(xi)序列描述SEQ ID NO258CCGGAATTCA TCAGTATTCA ATGGGAATAA AGCC 34(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO259(i)序列特征(A)長(zhǎng)度50個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)
(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...50(xi)序列描述SEQ ID NO259CGCGGATCCA TATGAAAGAA GAAGAAAAAG AAGAAAAAAA GACAGAAAGG50(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO260(i)序列特征(A)長(zhǎng)度37個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...37(xi)序列描述SEQ ID NO260CCGGAATTCG CTTAAAAGAA AATAGTCCCC CAAACGC 37(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO261
(i)序列特征(A)長(zhǎng)度43個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...43(xi)序列描述SEQ ID NO261CGCGGATCCA TATGAAAGAG GTCATTCCCA CCCCTTCAAC CCC43(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO262(i)序列特征(A)長(zhǎng)度36個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...36
(xi)序列描述SEQ ID NO262CCGGAATTCA TATAAATATC ATATAGGCAG AAAAAC36(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO263(i)序列特征(A)長(zhǎng)度37個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...37(xi)序列描述SEQ ID NO263CGCGGATCCA TATGGAGGCA GAGCTTGATG AAAAATC37(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO264(i)序列特征(A)長(zhǎng)度36個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)
(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...36(xi)序列描述SEQ ID NO264CCGGAATTCG ATTGATTTTG TCAAATCTAA AATCCC36(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO265(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO265TATTATACAT ATGGAAGAAG ATGGG 25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO266(i)序列特征(A)長(zhǎng)度23個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈
(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...23(xi)序列描述SEQ ID NO266TAATCTCGAG TTTAGAAGGC GTA23(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO267(i)序列特征(A)長(zhǎng)度25個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...25(xi)序列描述SEQ ID NO267TTATATTCAT ATGGAAGACG ATGGC 25(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO268(i)序列特征(A)長(zhǎng)度24個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...24(xi)序列描述SEQ ID NO268AATTCTCGAG CCTCTTTATA AGCC 24(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO269(i)序列特征(A)長(zhǎng)度46個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌
(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...46(xi)序列描述SEQ ID NO269CGCGGATCCA TATGGTAGAA GCCTTTCAAA AACACCAAAA AGACGG 46(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO270(i)序列特征(A)長(zhǎng)度32個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...32(xi)序列描述SEQ ID NO270CCGGAATTCG GAGCCAATAG GGAGCTAAAG CC 32(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO271(i)序列特征(A)長(zhǎng)度31個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)
(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...31(xi)序列描述SEQ ID NO271CGGGATCCGA AGGTGATGGT GTTTATATAG G 31(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO272(i)序列特征(A)長(zhǎng)度32個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...32(xi)序列描述SEQ ID NO272CGCATATGGA AGGTGATGGT GTTTATATAG GG32(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO273(i)序列特征
(A)長(zhǎng)度37個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...37(xi)序列描述SEQ ID NO273GCGAATTCTC ACTCTTTCCA ATAGTTTGCT GCAGAGC37(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO274(i)序列特征(A)長(zhǎng)度37個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...37
(xi)序列描述SEQ ID NO274CCGGAATTCT TAATCCCGTT TCAAATGGTA ATAAAGG 37(2)INFORMATION FOR SEQ ID NO275(i)序列特征(A)長(zhǎng)度36個(gè)堿基對(duì)(B)類型核酸(C)鏈型雙鏈(D)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)環(huán)狀(ii)分子類型DNA(基因組)(iii)假說(shuō)蛋白質(zhì)(iv)反義蛋白質(zhì)(vi)原始來(lái)源(A)生物幽門螺桿菌(ix)特征(A)名稱/關(guān)鍵詞misc_特征(B)位置1...36(xi)序列描述SEQ ID NO275GCGAATTCCC TTTTATTTAA AAAGTGTAGT TATACC 3權(quán)利要求
1.其包含的核苷酸序列編碼幽門螺桿菌多肽的分離的核酸，其中所述幽門螺桿菌多肽與選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的氨基酸序列至少約60％同源。
2.分離的核酸，包含編碼選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的幽門螺桿菌多肽的核苷酸序列。
3.編碼幽門螺桿菌多肽的分離的核酸，包含與選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列的同源性至少為約60％的核苷酸序列。
4.權(quán)利要求1的分離的核酸，包含選自SEQ ID NO1-SEQ IDNO97的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列的核苷酸序列。
5.編碼幽門螺桿菌多肽的分離核酸分子，包含一種核苷酸序列，該序列在嚴(yán)格雜交條件下與包含選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列的核酸分子雜交。
6.分離的核酸，包含長(zhǎng)度至少為8個(gè)核苷酸的核苷酸序列，其中所述序列在嚴(yán)格雜交條件下與其核苷酸序列選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列的核酸雜交。
7.其包含的核苷酸序列編碼幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段的分離核酸，所述核酸選自SEQ ID NO63、SEQ ID NO7、SEQID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO27、SEQ ID NO28、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQ ID NO61、SEQ ID NO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ IDNO91、SEQ ID NO94、SEQ ID NO5、SEQ ID NO11、SEQID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO52、SEQ ID NO22、SEQ ID NO29、SEQ ID NO30、SEQ ID NO65、SEQ ID NO66、SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ IDNO17、SEQ ID NO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43、SEQID NO44、SEQ ID NO38、SEQ ID NO39、SEQ ID NO1、SEQ ID NO2、SEQ ID NO6、SEQ ID NO34、SEQ ID NO35、SEQ ID NO60、SEQ ID NO69和SEQ ID NO83或其互補(bǔ)物。
8.權(quán)利要求7的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由包含SEQ ID NO63的核苷酸序列或其互補(bǔ)物的幽門螺桿菌鞭毛相關(guān)多肽或其片段。
9.權(quán)利要求7的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)物編碼的幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ ID NO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43、SEQ ID NO44、SEQ ID NO38和SEQ ID NO39。
10.權(quán)利要求9的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)物編碼的參與轉(zhuǎn)運(yùn)的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ ID NO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43和SEQ IDNO44。
11.權(quán)利要求7的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)物編碼的幽門螺桿菌外膜多肽或其片段SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO27、SEQ ID NO28、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQ ID NO61、SEQ ID NO79、SEQ ID NO80、SEQ IDNO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91、SEQ ID NO94、SEQID NO5、SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO52、SEQ ID NO22、SEQ ID NO29、SEQ ID NO30、SEQ ID NO65和SEQ ID NO66。
12.權(quán)利要求11的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)物編碼的具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO11、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO26、SEQ IDNO27、SEQ ID NO28、SEQ ID NO42、SEQ ID NO50、SEQID NO51、SEQ ID NO52、SEQ ID NO61、SEQ ID NO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91和SEQ ID NO94。
13.權(quán)利要求12的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為由選自以下的核酸或其互補(bǔ)物編碼的具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端酪氨酸簇的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42和SEQ IDNO52。
14.其包含的核苷酸序列編碼幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段的分離核酸，其中所述多肽選自SEQ ID NO160、SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO110、SEQID NO111、SEQ ID NO120、SEQ ID NO121、SEQ ID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO148、SEQID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQ ID NO182、SEQ ID NO188、SEQ ID NO191、SEQID NO102、SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139、SEQ ID NO149、SEQ ID NO119、SEQID NO126、SEQ ID NO127、SEQ ID NO162、SEQ ID NO163、SEQ ID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140、SEQ ID NO141、SEQ ID NO135、SEQ ID NO136、SEQ ID NO98、SEQID NO99、SEQ ID NO103、SEQ ID NO131、SEQ ID NO132、SEQ ID NO157、SEQ ID NO166和SEQ ID NO180。
15.權(quán)利要求14的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為包含SEQ ID NO160氨基酸序列的幽門螺桿菌鞭毛相關(guān)多肽或其片段。
16.權(quán)利要求14的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為選自以下的一種幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段SEQID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140、SEQ ID NO141、SEQID NO135和SEQ ID NO136。
17.權(quán)利要求16的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段為選自以下的、參與轉(zhuǎn)運(yùn)的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140和SEQ ID NO141。
18.權(quán)利要求14的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為選自以下的一種幽門螺桿菌外膜多肽或其片段SEQID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQ ID NO120、SEQ ID NO121、SEQID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO148、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQID NO181、SEQ ID NO182、SEQ ID NO188、SEQ ID NO191、SEQ ID NO102、SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQID NO133、SEQ ID NO139、SEQ ID NO149、SEQ ID NO119、SEQ ID NO126、SEQ ID NO127、SEQ ID NO162和SEQID NO163。
19.權(quán)利要求18的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO108、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQID NO120、SEQ ID NO121、SEQ ID NO123、SEQ ID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139、SEQID NO147、SEQ ID NO148、SEQ ID NO149、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQID NO182、SEQ ID NO188和SEQ ID NO191。
20.權(quán)利要求19的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端酪氨酸簇、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139和SEQ ID NO149。
21.其包含的核苷酸序列編碼幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段的分離核酸，所述核酸選自SEQ ID NO57、SEQ ID NO58、SEQID NO86、SEQ ID NO87、SEQ ID NO88、SEQ ID NO89、SEQ ID NO92、SEQ IDNO93或其互補(bǔ)序列。
22.權(quán)利要求21的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為參與mRNA翻譯的幽門螺桿菌多肽或其片段，所述核酸選自SEQ ID NO57和SEQ ID NO58或其互補(bǔ)序列。
23.權(quán)利要求21的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為參與基因組復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、重組和修復(fù)的幽門螺桿菌多肽或其片段，所述核酸選自SEQ ID NO86和SEQ ID NO87或其互補(bǔ)序列。
24.其包含的核苷酸序列編碼幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段的分離核酸，其中所述多肽選自SEQ ID NO154、SEQ ID NO155、SEQ ID NO183、SEQ ID NO184、SEQ ID NO185、SEQID NO186、SEQ ID NO189和SEQ ID NO190。
25.權(quán)利要求24的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為選自SEQ ID NO154和SEQ ID NO155、參與mRNA翻譯的幽門螺桿菌多肽或其片段。
26.權(quán)利要求24的分離核酸，其中所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為選自SEQ ID NO183和SEQ ID NO184、參與基因組復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、重組和修復(fù)的幽門螺桿菌多肽或其片段。
27.其包含的核苷酸序列編碼幽門螺桿菌分泌多肽或其片段的分離核酸，所述核酸選自SEQ ID NO3、SEQ ID NO4、SEQ IDNO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO20、SEQ ID NO25、SEQID NO31、SEQ ID NO32、SEQ ID NO45、SEQ ID NO46、SEQ ID NO53、SEQ ID NO64、SEQ ID NO67、SEQ ID NO70、SEQ ID NO77、SEQ ID NO78、SEQ ID NO81、SEQ IDNO82、SEQ ID NO90、SEQ ID NO95和SEQ ID NO97或其互補(bǔ)序列。
28.分離的核酸，其包含的核苷酸序列編碼選自以下的幽門螺桿菌分泌多肽或其片段SEQ ID NO100、SEQ ID NO101、SEQ IDNO107、SEQ ID NO109、SEQ ID NO117、SEQ ID NO122、SEQ ID NO128、SEQ ID NO129、SEQ ID NO142、SEQ ID NO143、SEQ ID NO150、SEQ ID NO161、SEQ ID NO164、SEQID NO167、SEQ ID NO174、SEQ ID NO175、SEQ ID NO178、SEQ ID NO179、SEQ ID NO187、SEQ ID NO192和SEQID NO194。
29.其包含的核苷酸序列編碼幽門螺桿菌細(xì)胞多肽或其片段的分離核酸，所述核酸選自SEQ ID NO15、SEQ ID NO16、SEQID NO21、SEQ ID NO33、SEQ ID NO37、SEQ ID NO40、SEQ ID NO41、SEQ ID NO47、SEQ ID NO54、SEQ ID NO55、SEQ ID NO56、SEQ ID NO59、SEQ ID NO62、SEQ IDNO68、SEQ ID NO71、SEQ ID NO72、SEQ ID NO73、SEQID NO74、SEQ ID NO75、SEQ ID NO76和SEQ ID NO96或其互補(bǔ)序列。
30.其包含的核苷酸序列編碼幽門螺桿菌細(xì)胞多肽或其片段的分離核酸，其中所述多肽選自SEQ ID NO112、SEQ ID NO113、SEQ ID NO118、SEQ ID NO130、SEQ ID NO134、SEQID NO137、SEQ ID NO138、SEQ ID NO144、SEQ ID NO151、SEQ ID NO152、SEQ ID NO153、SEQ ID NO156、SEQID NO159、SEQ ID NO165、SEQ ID NO168、SEQ ID NO169、SEQ ID NO170、SEQ ID NO171、SEQ ID NO172、SEQID NO173和SEQ ID NO193。
31.探針，包含由選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列或其互補(bǔ)序列的至少8個(gè)核苷酸組成的核苷酸序列。
32.重組表達(dá)載體，包含操作性連接于轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)序列的權(quán)利要求1、2、3、4、5、6、7、14、21、24、27、28、29或30中任一項(xiàng)的核酸。
33.包含權(quán)利要求32的重組表達(dá)載體的細(xì)胞。
34.生產(chǎn)幽門螺桿菌多肽的方法，包括在允許表達(dá)所述多肽的條件下培養(yǎng)權(quán)利要求33的細(xì)胞。
35.權(quán)利要求34的方法，還包括從所述細(xì)胞純化所述多肽。
36.檢測(cè)樣品中螺桿菌屬核酸存在的方法，包括(a)使樣品與權(quán)利要求6或31中任一項(xiàng)的核酸接觸，使得在所述探針和樣品中螺桿菌屬核酸之間形成雜交物；以及(b)檢測(cè)步驟(a)中形成的雜交物，其中檢測(cè)到雜交物表明所述樣品中存在螺桿菌屬核酸。
37.分離的幽門螺桿菌多肽，其包含的氨基酸序列與選自SEQID NO98-SEQ ID NO194的幽門螺桿菌多肽的同源性至少為60％。
38.分離的幽門螺桿菌多肽，所述多肽由其包含的核苷酸序列與選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列至少約60％同源的核酸編碼。
39.權(quán)利要求28的分離的幽門螺桿菌多肽，其中所述多肽由選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核苷酸序列編碼。
40.分離的幽門螺桿菌多肽，所述多肽由在嚴(yán)格條件下與選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核酸或其互補(bǔ)序列雜交的核酸編碼。
41.分離的幽門螺桿菌多肽，包含選自SEQ ID NO97-SEQ IDNO194的氨基酸序列。
42.分離的幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO160、SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ IDNO106、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQ ID NO120、SEQ ID NO121、SEQ ID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO148、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQID NO177、SEQ ID NO181、SEQ ID NO182、SEQ ID NO188、SEQ ID NO191、SEQ ID NO102、SEQ ID NO108、SEQID NO123、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139、SEQ ID NO149、SEQ ID NO119、SEQ ID NO126、SEQ ID NO127、SEQID NO162、SEQ ID NO163、SEQ ID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQID NO140、SEQ ID NO141、SEQ ID NO135、SEQ ID NO136、SEQ ID NO98、SEQ ID NO99、SEQ ID NO103、SEQ IDNO131、SEQ ID NO132、SEQ ID NO157、SEQ ID NO166和SEQ ID NO180。
43.權(quán)利要求42的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為包含SEQ ID NO160氨基酸序列的一種幽門螺桿菌鞭毛相關(guān)多肽或其片段。
44.權(quán)利要求43的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為選自以下的一種幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段SEQID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140、SEQ ID NO141、SEQID NO135、SEQ ID NO136。
45.權(quán)利要求44的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段為參與轉(zhuǎn)運(yùn)、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQID NO145、SEQ ID NO146、SEQ ID NO114、SEQ ID NO115、SEQ ID NO116、SEQ ID NO140和SEQ ID NO141。
46.權(quán)利要求43的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為選自以下的一種幽門螺桿菌外膜多肽或其片段SEQID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQ ID NO120、SEQ ID NO121、SEQID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO148、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQID NO181、SEQ ID NO182、SEQ ID NO188、SEQ ID NO191、SEQ ID NO102、SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQID NO133、SEQ ID NO139、SEQ ID NO149、SEQ ID NO119、SEQ ID NO126、SEQ ID NO127、SEQ ID NO162和SEQID NO163。
47.權(quán)利要求46的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO104、SEQ ID NO105、SEQ ID NO106、SEQ ID NO108、SEQ ID NO110、SEQ ID NO111、SEQID NO120、SEQ ID NO121、SEQ ID NO123、SEQ ID NO124、SEQ ID NO125、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139、SEQID NO147、SEQ ID NO148、SEQ ID NO149、SEQ ID NO158、SEQ ID NO176、SEQ ID NO177、SEQ ID NO181、SEQID NO182、SEQ ID NO188和SEQ ID NO191。
48.權(quán)利要求47的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端酪氨酸簇、選自以下的一種幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO108、SEQ ID NO123、SEQ ID NO133、SEQ ID NO139和SEQ ID NO149。
49.分離的幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段，其中所述多肽由選自以下的核酸編碼SEQ ID NO63、SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO27、SEQ ID NO28、SEQ IDNO50、SEQ ID NO51、SEQ ID NO61、SEQ ID NO79、SEQID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91、SEQ ID NO94、SEQ ID NO5、SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO52、SEQ IDNO22、SEQ ID NO29、SEQ ID NO30、SEQ ID NO65、SEQID NO66、SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ ID NO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43、SEQ ID NO44、SEQ ID NO38、SEQ ID NO39、SEQ ID NO1、SEQ ID NO2、SEQ ID NO6、SEQ ID NO34、SEQ ID NO35、SEQ ID NO60、SEQ ID NO69和SEQ ID NO83。
50.權(quán)利要求49的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由包含SEQ ID NO63的核苷酸序列的核酸編碼的幽門螺桿菌鞭毛相關(guān)多肽或其片段。
51.權(quán)利要求49的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ IDNO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43、SEQ ID NO44、SEQID NO38和SEQ ID NO39。
52.權(quán)利要求51的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌內(nèi)膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的參與轉(zhuǎn)運(yùn)的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO48、SEQ ID NO49、SEQ ID NO17、SEQ IDNO18、SEQ ID NO19、SEQ ID NO43和SEQ ID NO44。
53.權(quán)利要求49的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞外被膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的幽門螺桿菌外膜多肽或其片段SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ ID NO9、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQ ID NO23、SEQ ID NO24、SEQ IDNO27、SEQ ID NO28、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQID NO61、SEQ ID NO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQ ID NO91、SEQ ID NO94、SEQ ID NO5、SEQ ID NO11、SEQ ID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO52、SEQ ID NO22、SEQ ID NO29、SEQ IDNO30、SEQ ID NO65和SEQ ID NO66。
54.權(quán)利要求53的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO7、SEQ ID NO8、SEQ IDNO9、SEQ ID NO11、SEQ ID NO13、SEQ ID NO14、SEQID NO23、SEQ ID NO24、SEQ ID NO26、SEQ ID NO27、SEQ ID NO28、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42、SEQ ID NO50、SEQ ID NO51、SEQ ID NO52、SEQ ID NO61、SEQ IDNO79、SEQ ID NO80、SEQ ID NO84、SEQ ID NO85、SEQID NO91和SEQ ID NO94。
55.權(quán)利要求54的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌外膜多肽或其片段為由選自以下的核酸編碼的具有一個(gè)末端苯丙氨酸殘基和C末端酪氨酸簇的幽門螺桿菌多肽或其片段SEQ ID NO11、SEQID NO26、SEQ ID NO36、SEQ ID NO42和SEQ ID NO52。
56.分離的幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO154、SEQ ID NO155、SEQ ID NO183、SEQ ID NO184、SEQ ID NO185、SEQ ID NO186、SEQ ID NO189和SEQID NO190。
57.權(quán)利要求56的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為選自SEQ ID NO154和SEQ ID NO155、參與mRNA翻譯的幽門螺桿菌多肽或其片段。
58.權(quán)利要求56的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為選自SEQ ID NO183和SEQ ID NO184、參與基因組復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、重組和修復(fù)的幽門螺桿菌多肽或其片段。
59.分離的幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段，其中所述多肽由選自以下的核酸編碼SEQ ID NO57、SEQ ID NO58、SEQ ID NO86、SEQ ID NO87、SEQ ID NO88、SEQ ID NO89、SEQ IDNO92和SEQ ID NO93。
60.權(quán)利要求59的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為參與mRNA翻譯的幽門螺桿菌多肽或其片段，所述多肽由選自SEQ ID NO57和SEQ ID NO58的一種核酸編碼。
61.權(quán)利要求59的分離多肽，其中所述幽門螺桿菌胞質(zhì)多肽或其片段為參與基因組復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、重組和修復(fù)的幽門螺桿菌多肽或其片段，所述多肽由選自SEQ ID NO86和SEQ ID NO87的一種核酸編碼。
62.分離的幽門螺桿菌細(xì)胞多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO112、SEQ ID NO113、SEQ ID NO118、SEQ ID NO130、SEQ ID NO134、SEQ ID NO137、SEQ ID NO138、SEQID NO144、SEQ ID NO151、SEQ ID NO152、SEQ ID NO153、SEQ ID NO156、SEQ ID NO159、SEQ ID NO165、SEQID NO168、SEQ ID NO169、SEQ ID NO170、SEQ ID NO171、SEQ ID NO172、SEQ ID NO173和SEQ ID NO193。
63.分離的幽門螺桿菌細(xì)胞多肽或其片段，其中所述多肽由選自以下的一種核酸編碼SEQ ID NO15、SEQ ID NO16、SEQ IDNO21、SEQ ID NO33、SEQ ID NO37、SEQ ID NO40、SEQID NO41、SEQ ID NO47、SEQ ID NO54、SEQ ID NO55、SEQ ID NO56、SEQ ID NO59、SEQ ID NO62、SEQ ID NO68、SEQ ID NO71、SEQ ID NO72、SEQ ID NO73、SEQ IDNO74、SEQ ID NO75、SEQ ID NO76和SEQ ID NO96。
64.分離的幽門螺桿菌分泌多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO100、SEQ ID NO101、SEQ ID NO107、SEQ ID NO109、SEQ ID NO117、SEQ ID NO122、SEQ ID NO128、SEQID NO129、SEQ ID NO142、SEQ ID NO143、SEQ ID NO150、SEQ ID NO161、SEQ ID NO164、SEQ ID NO167、SEQID NO174、SEQ ID NO175、SEQ ID NO178、SEQ ID NO179、SEQ ID NO187、SEQ ID NO192和SEQ ID NO194 。
65.分離的幽門螺桿菌分泌多肽或其片段，其中所述多肽由選自以下的核酸編碼SEQ ID NO3、SEQ ID NO4、SEQ ID NO10、SEQ ID NO12、SEQ ID NO20、SEQ ID NO25、SEQ IDNO31、SEQ ID NO32、SEQ ID NO45、SEQ ID NO46、SEQID NO53、SEQ ID NO64、SEQ ID NO67、SEQ ID NO70、SEQ ID NO77、SEQ ID NO78、SEQ ID NO81、SEQ ID NO82、SEQ ID NO90、SEQ ID NO95和SEQ ID NO97。
66.包含一種幽門螺桿菌多肽的融合蛋白，所述融合蛋白包含操作性連接至一種非幽門螺桿菌多肽、選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的一種氨基酸序列。
67.用于預(yù)防性或治療性治療幽門螺桿菌感染的疫苗制劑，包含有效量的至少一種權(quán)利要求1、2、3、4、5、6、7、14、21、24、27、28、29或30中任何權(quán)利要求的分離核酸。
68.用于預(yù)防性或治療性治療幽門螺桿菌感染的疫苗制劑，包含有效量的至少一種權(quán)利要求37、38、40、41、42、49、56、59、62、63、64或65中任何權(quán)利要求的幽門螺桿菌多肽或其片段。
69.權(quán)利要求67的疫苗制劑，還包含一種藥學(xué)上可接受的載體。
70.權(quán)利要求68的疫苗制劑，還包含一種藥學(xué)上可接受的載體。
71.權(quán)利要求69的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體包含一種佐劑。
72.權(quán)利要求70的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體包含一種佐劑。
73.權(quán)利要求69的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體包含一種傳遞系統(tǒng)。
74.權(quán)利要求70的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體包含一種傳遞系統(tǒng)。
75.權(quán)利要求73的疫苗制劑，其中所述傳遞系統(tǒng)包含一種活載體。
76.權(quán)利要求74的疫苗制劑，其中所述傳遞系統(tǒng)包含一種活載體。
77.權(quán)利要求75的疫苗制劑，其中所述活載體為細(xì)菌或病毒。
78.權(quán)利要求76的疫苗制劑，其中所述活載體為細(xì)菌或病毒。
79.權(quán)利要求73的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體還包含一種佐劑。
80.權(quán)利要求74的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體還包含一種佐劑。
81.用于預(yù)防性或治療性治療幽門螺桿菌感染的疫苗制劑，包含有效量的至少一種編碼幽門螺桿菌外膜多肽或其片段的分離核酸，所述核酸選自SEQ ID NO28、SEQ ID NO50、SEQ ID NO24、SEQ ID NO11、SEQ ID NO52、SEQ ID NO42和SEQ ID NO79。
82.權(quán)利要求81的疫苗制劑，其中所述核酸包含SEQ ID NO52的核苷酸序列。
83.用于預(yù)防性或治療性治療幽門螺桿菌感染的疫苗制劑，包含有效量的至少一種幽門螺桿菌外膜多肽或其片段，所述多肽選自SEQ ID NO125、SEQ ID NO147、SEQ ID NO121、SEQ ID NO108、SEQ ID NO149、SEQ ID NO139和SEQ ID NO176。
84.權(quán)利要求81的疫苗制劑，其中所述多肽包含SEQ ID NO149的氨基酸序列。
85.權(quán)利要求81或83的疫苗制劑，還包含一種藥學(xué)上可接受的載體。
86.權(quán)利要求85的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體包含一種佐劑。
87.權(quán)利要求85的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體包含一種傳遞系統(tǒng)。
88.權(quán)利要求87的疫苗制劑，其中所述傳遞系統(tǒng)包含一種活載體。
89.權(quán)利要求88的疫苗制劑，其中所述活載體為細(xì)菌或病毒。
90.權(quán)利要求86的疫苗制劑，其中所述藥學(xué)上可接受的載體還包含一種佐劑。
91.治療受治療者中幽門螺桿菌感染或降低其風(fēng)險(xiǎn)的方法，包括給予受治療者權(quán)利要求67的疫苗制劑，使得治療發(fā)生的幽門螺桿菌感染或降低其發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)。
92.治療受治療者中幽門螺桿菌感染或降低其風(fēng)險(xiǎn)的方法，包括給予受治療者權(quán)利要求68的疫苗制劑，使得治療發(fā)生的幽門螺桿菌感染或降低其發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)。
93.治療受治療者中幽門螺桿菌感染或降低其風(fēng)險(xiǎn)的方法，包括給予受治療者權(quán)利要求81的疫苗制劑，使得治療發(fā)生的幽門螺桿菌感染或降低其發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)。
94.治療受治療者中幽門螺桿菌感染或降低其風(fēng)險(xiǎn)的方法，包括給予受治療者權(quán)利要求83的疫苗制劑，使得治療發(fā)生的幽門螺桿菌感染或降低其發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)。
95.生產(chǎn)疫苗制劑的方法，包括將選自SEQ ID NO98-SEQ IDNO194的至少一種分離的幽門螺桿菌多肽或其片段與藥學(xué)上可接受的載體混合，以由此形成疫苗制劑。
96.生產(chǎn)疫苗制劑的方法，包括(a)提供選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的至少一種分離的幽門螺桿菌多肽或其片段；以及(b)將至少一種所述分離的幽門螺桿菌多肽或其片段與藥學(xué)上可接受的載體混合，以由此形成疫苗制劑。
97.生產(chǎn)疫苗制劑的方法，包括(a)在允許選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194的一種幽門螺桿菌多肽或其片段表達(dá)的條件下培養(yǎng)細(xì)胞；(b)從所述細(xì)胞分離所述幽門螺桿菌多肽或其片段；以及(c)將至少一種所述分離的幽門螺桿菌多肽或其片段與藥學(xué)上可接受的載體混合，以由此形成疫苗制劑。
98.嵌合幽門螺桿菌多肽，包含至少兩種幽門螺桿菌多肽或其片段，其中所述多肽由選自SEQ ID NO1-SEQ ID NO97的核酸序列編碼。
99.嵌合幽門螺桿菌多肽，包含至少兩種幽門螺桿菌多肽或其片段，其中所述多肽選自SEQ ID NO98-SEQ ID NO194。
全文摘要
描述了重組或大致純的幽門螺桿菌多肽制劑。也描述了編碼所述多肽的核酸。所述幽門螺桿菌多肽可用于診斷和疫苗組合物,其中該圖描述了5種幽門螺桿菌蛋白的氨基酸序列對(duì)比。
文檔編號(hào)C12N1/15GK1246799SQ97181630
公開(kāi)日2000年3月8日 申請(qǐng)日期1997年12月5日 優(yōu)先權(quán)日1996年12月5日
發(fā)明者D·史密斯, R·A·阿爾姆, P·C·多伊格, Z·卡波克, L·M·卡斯特里奧塔 申請(qǐng)人:阿斯特拉公司