用于識(shí)別適于用vegf拮抗劑治療的患者的生物標(biāo)記物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明提供了檢測(cè)一種或多種生物標(biāo)記物的表達(dá)以識(shí)別和治療有可能對(duì)VEGF拮抗劑治療敏感的患者的方法和組合物。本發(fā)明還提供了用于所述方法的試劑盒和制品。
【專利說明】用于識(shí)別適于用VEGF拮抗劑治療的患者的生物標(biāo)記物

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及用于識(shí)別會(huì)受益于用VEGF拮抗劑（例如抗-VEGF抗體）治療的患者 的方法。

【背景技術(shù)】
[0002] 測(cè)量生物標(biāo)記物（例如血漿中分泌的蛋白）的表達(dá)水平可以是識(shí)別對(duì)特定療法， 例如用VEGF拮抗劑（例如抗-VEGF抗體）進(jìn)行的治療有反應(yīng)的患者和患者群體的一種有 效方法。
[0003] 需要的是：測(cè)定哪些患者會(huì)對(duì)哪些治療有反應(yīng)的有效方法，以及將這些測(cè)定結(jié)果 與對(duì)使用VEGF拮抗劑療法（無論以單一試劑使用還是與其它試劑結(jié)合使用）的患者有效 的治療方法結(jié)合。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明提供了用于識(shí)別會(huì)受益于用VEGF拮抗劑（例如抗-VEGF抗體）治療的患 者的方法。這些患者是基于在表1或2中列出的基因的表達(dá)水平而被識(shí)別的。
[0005] 因此，本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案提供了確定患者是否有可能對(duì)用VEGF拮抗劑治療 有反應(yīng)的方法，所述方法包括（a)在向患者施用任何VEGF拮抗劑之前從所述患者獲得生物 樣品，檢測(cè)所述生物樣品中在表1或2中列出的至少一種基因的表達(dá)；以及（b)將所述至少 一種基因的表達(dá)水平與所述至少一種基因的對(duì)照表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中所述患者樣品中 所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化識(shí)別對(duì)VEGF拮抗劑的治療可能有反 應(yīng)的患者。
[0006] 本發(fā)明的另一實(shí)施方案提供了將VEGF拮抗劑對(duì)患者的治療效能優(yōu)化的方法，所 述方法包括（a)在向患者施用任何VEGF拮抗劑之前從所述患者所獲得生物樣品，檢測(cè)所述 生物樣品中在表1或2中列出的至少一種基因的表達(dá)；以及（b)將所述至少一種基因的表 達(dá)水平與所述至少一種基因的對(duì)照表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中所述患者樣品中所述至少一種 基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化識(shí)別對(duì)VEGF拮抗劑的治療可能有反應(yīng)的患者。
[0007] 關(guān)于上述實(shí)施方案，在一些其他實(shí)施方案中，所述患者處于被測(cè)試對(duì)VEGF拮抗劑 的反應(yīng)性的患者群中，對(duì)照水平是在所述患者群中所述至少一種基因的中位表達(dá)水平。在 一些實(shí)施方案中，在所述患者樣品中，所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變 化是增加的。在一些實(shí)施方案中，在所述患者樣品中，所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于 對(duì)照水平的變化是減少的。在一些實(shí)施方案中，從所述患者中獲得的生物樣品中的所述至 少一種基因是通過測(cè)量mRNA而被測(cè)量的。在一些實(shí)施方案中，從所述患者中獲得的生物樣 品中的所述至少一種基因的表達(dá)是通過測(cè)量血漿蛋白水平而被測(cè)量的。在一些實(shí)施方案 中，所述生物樣品為腫瘤組織。在一些實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括檢測(cè)在表1或2中 列出的至少第二、第三、第四或更多基因在來自所述患者的生物樣品中的表達(dá)。在一些實(shí)施 方案中，所述至少一種基因選自：Alkl、CD34、CD105、CD144、Col4al、Col4a2、D114、EFNB2、 EGFL7、ESM1、LAMA4、NG2、Nid2、Notchl、NRP1、NRP2、RGS5、Sema3f、TSP1、VEGFR1、VEGFR2、 VEGTO3和VIM。在一些實(shí)施方案中，VEGF拮抗劑為抗-VEGF抗體，例如貝伐單抗。在一些 實(shí)施方案中，所述患者患有血管發(fā)生血管發(fā)生性障礙。在一些實(shí)施方案中，所述患者患有選 自以下癌癥：結(jié)腸直腸癌、乳腺癌、肺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤和它們的組合。
[0008] 同樣參照上文列出的實(shí)施方案，所述方法可以進(jìn)一步包括（C)當(dāng)在患者樣品中檢 測(cè)到所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平有變化時(shí)，選擇VEGF拮抗劑治療該患 者。此外，所述方法可以包括（d)向所述患者施用VEGF拮抗劑（例如，抗-VEGF抗體，如貝 伐單抗）。
[0009] 本發(fā)明的另一實(shí)施方案提供了在被考慮接受治療的患者群體中針對(duì)具體患者選 擇療法的方法，所述方法包括：(a)在向患者施用任何VEGF拮抗劑之前從所述患者獲得生 物樣品，檢測(cè)所述生物樣品中在表1或2中列出的至少一種基因的表達(dá)；以及（b)將所述至 少一種基因的表達(dá)水平與所述至少一種基因的對(duì)照表達(dá)水進(jìn)行比較，其中所述患者樣品中 所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化可以識(shí)別對(duì)VEGF拮抗劑的治療可能 有反應(yīng)的患者；以及（c)如果所述患者被識(shí)別為可能對(duì)用VEGF進(jìn)行的治療有反應(yīng)，則選擇 VEGF拮抗劑用于治療；或（d)如果所述患者未被識(shí)別為可能對(duì)用VEGF拮抗劑的治療有反 應(yīng)，則選擇不是VEGF拮抗劑的治療劑。
[0010] 在一些實(shí)施方案中，對(duì)照水平是在患者群中所述至少一種基因的中位表達(dá)水平。 在一些實(shí)施方案中，在患者樣品中所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化是 增加的。在一些實(shí)施方案中，在患者樣品中所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平 的變化是減少的。在一些實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括檢測(cè)在表1或 2中列出的至少 第二、第三、第四或更多基因在來自所述患者的生物樣品中的表達(dá)。在一些實(shí)施方案中，（d) 的治療劑是選自以下的藥物：抗-腫瘤劑、化學(xué)治療劑、生長抑制劑、細(xì)胞毒劑和它們的組 合。在一些實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括（e)如果患者被識(shí)別為可能對(duì)用VEGF拮抗劑 的治療有反應(yīng)，則向所述患者施用有效量的VEGF拮抗劑。在一些實(shí)施方案中，VEGF拮抗劑 為抗-VEGF抗體，例如貝伐單抗。在一些實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括施用有效量的至 少一種第二藥物。在一些實(shí)施方案中，所述第二藥物選自：抗-腫瘤劑、化學(xué)治療劑、生長抑 制劑、細(xì)胞毒劑和它們的組合。
[0011] 本發(fā)明的另一實(shí)施方案提供了識(shí)別用于測(cè)定對(duì)VEGF拮抗劑的反應(yīng)性的生物標(biāo)記 物的方法，所述方法包括：(a)在向患者施用VEGF拮抗劑之前從所述患者獲得生物樣品，檢 測(cè)所述生物樣品中候選生物標(biāo)記物的表達(dá)；和（b)將所述候選生物標(biāo)記物的表達(dá)與所述候 選生物標(biāo)記物的對(duì)照表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中所述患者樣品中所述候選生物標(biāo)記物的表達(dá) 水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化可以識(shí)別候選生物標(biāo)記物，其為對(duì) VEGF拮抗劑的治療可能有 反應(yīng)的患者的生物標(biāo)記物。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照水平是在被測(cè)試對(duì)VEGF拮抗劑會(huì)有 反應(yīng)的可能性的患者群中所述至少一種基因的中位表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照水 平是所述至少一種基因在之前從患者獲得的樣品中的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，患者 以前曾用VEGF拮抗劑治療過，目前正經(jīng)歷轉(zhuǎn)移。在一些實(shí)施方案中，所述VEGF拮抗劑為 抗-VEGF抗體，例如貝伐單抗。此外，所述方法可以進(jìn)一步包括（c)選擇在表達(dá)水平上相 對(duì)于對(duì)照有變化的候選生物標(biāo)記物用作用于確定對(duì) VEGF拮抗劑治療的反應(yīng)性的生物標(biāo)記 物。
[0012] 在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了診斷患者中血管發(fā)生血管發(fā)生性障礙的方 法，所述方法包括步驟：(a)在向患者施用任何VEGF拮抗劑之前從所述患者獲得樣品，檢測(cè) 所述樣品中在表1或2中列出的至少一種基因或按照如上所述的方法識(shí)別的生物標(biāo)記物的 表達(dá)水平；以及（b)將所述至少一種基因或生物標(biāo)記物的表達(dá)水平與所述至少一種基因的 對(duì)照水平進(jìn)行比較；其中所述患者樣品中所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的 變化可以識(shí)別患有血管發(fā)生血管發(fā)生性障礙的患者。這些方法可以進(jìn)一步包括（c)當(dāng)在患 者樣品中檢測(cè)到所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平有變化時(shí)，選擇VEGF拮抗 劑治療所述患者。另外，所述方法可以進(jìn)一步包括（d)向所述患者施用VEGF拮抗劑。另外， 本文描述的方法可以包括如本文所描述的從患者獲得樣品的步驟。此外，本文描述的方法 可以如本文所描述針對(duì)被診斷患有癌癥的患者進(jìn)行以確定最佳治療方案。
[0013] 在上文列出的任何實(shí)施方案中，在患者樣品中至少一種基因或生物標(biāo)記物的 表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化可以通過按照如下算法計(jì)算患者樣品的VDV簽名得分 (signature score) (VDVi)而確定：
[0014]

【權(quán)利要求】
1. 一種確定患者是否可能對(duì)用VEGF拮抗劑的治療有反應(yīng)的方法，所述方法包括： (a) 在向患者給予任何VEGF拮抗劑之前檢測(cè)從所述患者獲得的生物樣品中在表1或2 中列出的至少一種基因的表達(dá)；以及 (b) 將所述至少一種基因的表達(dá)水平與所述至少一種基因的對(duì)照表達(dá)水平進(jìn)行比較， 其中在所述患者樣品中的所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化識(shí)別 了可能對(duì)用VEGF拮抗劑的治療有反應(yīng)的患者。
2. -種優(yōu)化VEGF拮抗劑對(duì)于患者的治療效力的方法，所述方法包括： (a) 在向患者給予任何VEGF拮抗劑之前檢測(cè)從所述患者獲得的生物樣品中在表1或2 中列出的至少一種基因的表達(dá)；以及 (b) 將所述至少一種基因的表達(dá)水平與所述至少一種基因的對(duì)照表達(dá)水平進(jìn)行比較， 其中在所述患者樣品中的所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化識(shí)別 了可能對(duì)用VEGF拮抗劑的治療有反應(yīng)的患者。
3. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述患者屬于被檢測(cè)對(duì)VEGF拮抗劑的反應(yīng)性 的患者群，對(duì)照水平是在所述患者群中所述至少一種基因的中位表達(dá)水平。
4. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中在所述患者樣品中所述至少一種基因的表達(dá) 水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化是增加的。
5. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中在所述患者樣品中所述至少一種基因的表達(dá) 水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化是減少的。
6. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中在從所述患者獲得的所述生物樣品中的所述 至少一種基因的表達(dá)是通過測(cè)量mRNA而被檢測(cè)的。
7. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中在從所述患者獲得的生物樣品中的所述至少 一種基因的表達(dá)是通過測(cè)量血漿蛋白水平而被檢測(cè)的。
8. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述生物樣品為腫瘤組織。
9. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，進(jìn)一步包括檢測(cè)在來自所述患者的所述生物樣品 中在表1或2中列出的至少一種第二基因的表達(dá)。
10. 根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，進(jìn)一步包括檢測(cè)在來自所述患者的所述生物樣品中 在表1或2中列出的至少一種第三基因的表達(dá)。
11. 根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，進(jìn)一步包括檢測(cè)在來自所述患者的所述生物樣品中 在表1或2中列出的至少一種第四基因的表達(dá)。
12. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述至少一種基因選自：Alkl、CD34、CD105、 CD144、Col4al、Col4a2、D114、EFNB2、EGFL7、ESM1、LAMA4、NG2、Nid2、Notchl、NRP1、NRP2、 RGS5、Sema3f、TSP1、VEGFR1、VEGFR2、VEGFR3 和 VM。
13. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述VEGF拮抗劑為抗-VEGF抗體。
14. 根據(jù)權(quán)利要求13所述的方法，其中所述抗-VEGF抗體為貝伐單抗。
15. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述患者患有血管發(fā)生性障礙。
16. 根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述患者患有選自以下的癌癥：結(jié)腸直腸癌、乳 腺癌、肺癌、成膠質(zhì)細(xì)胞瘤和它們的組合。
17. 根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，進(jìn)一步包括（c)當(dāng)檢測(cè)到在所述患者樣品中所 述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平有變化時(shí)選擇用于治療所述患者的VEGF拮抗 劑。
18. 根據(jù)權(quán)利要求17所述的方法，進(jìn)一步包括（d)向所述患者給予VEGF措抗劑。
19. 根據(jù)權(quán)利要求17或18所述的方法，其中所述VEGF拮抗劑為抗-VEGF抗體。
20. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中所述抗-VEGF抗體為貝伐單抗。
21. -種為考慮接受治療的患者群中的具體患者選擇治療法的方法，所述方法包括： (a) 在向患者給予任何VEGF拮抗劑之前檢測(cè)從所述患者獲得的生物樣品中在表1或2 中列出的至少一種基因的表達(dá)； (b) 將所述至少一種基因的表達(dá)水平與所述至少一種基因的對(duì)照表達(dá)水平進(jìn)行比較， 其中在所述患者樣品中的所述至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化識(shí)別 了可能對(duì)用VEGF拮抗劑的治療有反應(yīng)的患者，以及 (c) 如果所述患者被識(shí)別為可能對(duì)用VEGF拮抗劑的治療有反應(yīng)，則選擇VEGF拮抗劑作 為治療劑；或 (d) 如果所述患者未被識(shí)別為可能對(duì)用VEGF拮抗劑的治療有反應(yīng)，則選擇非VEGF拮抗 劑的治療劑。
22. 根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中對(duì)照水平是在患者群中所述至少一種基因的中 位表達(dá)水平。
23. 根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中在患者樣品中所述至少一種基因的表達(dá)水平相 對(duì)于對(duì)照水平的變化是增加的。
24. 根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中在患者樣品中所述至少一種基因的表達(dá)水平相 對(duì)于對(duì)照水平的變化是減少的。
25. 根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，進(jìn)一步包括檢測(cè)來自所述患者的所述生物樣品中在 表1或2中列出的至少一種第二基因的表達(dá)。
26. 根據(jù)權(quán)利要求邪所述的方法，進(jìn)一步包括檢測(cè)來自所述患者的所述生物樣品中在 表1或2中列出的至少一種第三基因的表達(dá)。
27. 根據(jù)權(quán)利要求26所述的方法，進(jìn)一步包括檢測(cè)來自所述患者的所述生物樣品中在 表1或2中列出的至少一種第四基因的表達(dá)。
28. 根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中（c)的治療劑是選自以下的藥物：抗-腫瘤劑、 化學(xué)治療劑、生長抑制劑、細(xì)胞毒劑和它們的組合。
29. 根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，進(jìn)一步包括： (e) 如果所述患者被識(shí)別為可能對(duì)用VEGF拮抗劑的治療有反應(yīng)，則向所述患者給予有 效量的VEGF拮抗劑。
30. 根據(jù)權(quán)利要求29所述的方法，其中所述VEGF拮抗劑為抗-VEGF抗體。
31. 根據(jù)權(quán)利要求3〇所述的方法，其中所述抗-VEGF抗體為貝伐單抗。
32. 根據(jù)權(quán)利要求31所述的方法，進(jìn)一步包括給予有效量的至少一種第二藥物。
33. 根據(jù)權(quán)利要求32所述的方法，其中所述第二藥物選自：抗-腫瘤劑、化學(xué)治療劑、 生長抑制劑、細(xì)胞毒劑和它們的組合。
34. 根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中（d)的治療劑是選自以下的藥物：抗-腫瘤劑、 化學(xué)治療劑、生長抑制劑、細(xì)胞毒劑和它們的組合。
35· -種識(shí)別生物標(biāo)記物的方法，所述生物標(biāo)記物用于確定對(duì)VEGF拮抗劑的反應(yīng)性， 所述方法包括： (a) 在向患者給予VEGF拮抗劑之前，檢測(cè)從所述患者獲得的生物樣品中候選生物標(biāo)記 物的表達(dá)；以及 (b) 比較候選生物標(biāo)記物的表達(dá)與候選生物標(biāo)記物的對(duì)照表達(dá)水平，其中在所述患者 樣品中候選生物標(biāo)記物的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化將所述候選生物標(biāo)記物識(shí)別為 可能對(duì)VEGF拮抗劑的治療有反應(yīng)的患者的生物標(biāo)記物。
36. 根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述對(duì)照水平是就他們對(duì)VEGF拮抗劑有反應(yīng)的 可能性受到檢測(cè)的患者群中所述至少一種基因的中位表達(dá)水平。
37. 根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述對(duì)照水平是在之前從所述患者獲得的樣品 中所述至少一種基因的表達(dá)水平。
38. 根據(jù)權(quán)利要求37所述的方法，其中所述患者之前曾用VEGF拮抗劑治療，目前正經(jīng) 歷轉(zhuǎn)移。
39. 根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述VEGF拮抗劑為抗-VEGF抗體。
40. 根據(jù)權(quán)利要求39所述的方法，其中所述抗-VEGF抗體為貝伐單抗。
41. 根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，進(jìn)一步包括（c)選擇在表達(dá)水平上相對(duì)于對(duì)照有變 化的候選生物標(biāo)記物用作確定對(duì)VEGF拮抗劑治療的反應(yīng)性的生物標(biāo)記物。
42. -種診斷患者中的血管發(fā)生性障礙的方法，所述方法包括以下步驟： (a) 在向患者給予任何VEGF拮抗劑之前，檢測(cè)從所述患者所獲得的樣品中在表1或2 中列出的至少一種基因或按照權(quán)利要求31所述的方法識(shí)別的生物標(biāo)記物的表達(dá)水平；以 及 (b) 將所述至少一種基因或生物標(biāo)記物的表達(dá)水平與所述至少一種基因的對(duì)照水平進(jìn) 行比較； 其中在所述患者樣品中至少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化識(shí)別了患有 血管發(fā)生性障礙的患者。
43. 根據(jù)權(quán)利要求42所述的方法，進(jìn)一步包括（c)當(dāng)檢測(cè)到在所述患者樣品中所述至 少一種基因的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平有變化時(shí)，選擇用于治療所述患者的VEGF拮抗劑。
44. 根據(jù)權(quán)利要求43所述的方法，進(jìn)一步包括（d)向所述患者給予VEGF拮抗劑。
45. 根據(jù)權(quán)利要求1、2、21、35或42中任一項(xiàng)所述的方法，其中在所述患者樣品中至少 一種基因或生物標(biāo)記物的表達(dá)水平相對(duì)于對(duì)照水平的變化通過按照如下算法計(jì)算患者樣 品的VDV簽名得分（VDV)而確定的：
其中Zg= Zg = 2，i，是樣品i的每種基因或生物標(biāo)記物g--從g = 1到g = η--的表達(dá)值的標(biāo)準(zhǔn)ζ-得分，并且 其中VDVi低于第一定義閾值表示相對(duì)于對(duì)照水平下降，VDVi高于第二定義閾值表示相 對(duì)于對(duì)照水平增加。
46. 根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法，其中每種基因或生物標(biāo)記物g-從g = 1到g = η--的表達(dá)值為每種基因 g-從g = 1到g = η--的qRT-PCR值。
47. 根據(jù)權(quán)利要求45所述的方法，其中所述第一定義閾值為從-4到-0· 5,所述第二定 義閾值為從0. 5到4。
48. 根據(jù)權(quán)利要求47所述的方法，其中所述第一定義閾值為從-4到-1，所述第二定義 閾值為從1到4。
49. 根據(jù)權(quán)利要求48所述的方法，其中所述第一定義閾值為從-4到-1. 5,所述第二定 義閾值為從1. 5到4。
50. 根據(jù)權(quán)利要求49所述的方法，其中所述第一定義閾值為從-4到-2,所述第二定義 閾值為從2到4。
【文檔編號(hào)】A61K39/00GK104203268SQ201380013876
【公開日】2014年12月10日 申請(qǐng)日期:2013年1月11日 優(yōu)先權(quán)日:2012年1月13日
【發(fā)明者】C.拜斯, M.布勞爾, M.施米特, M.辛格 申請(qǐng)人:霍夫曼-拉羅奇有限公司