布魯頓氏酪氨酸激酶(Bruton’s tyrosine kinase，Btk)，作為非受體酪氨酸激酶的Tec家族的成員，是一種在除T淋巴細(xì)胞和自然殺傷細(xì)胞之外的所有造血細(xì)胞類型中表達(dá)的關(guān)鍵信號(hào)傳導(dǎo)酶。Btk在使細(xì)胞表面B細(xì)胞受體(BCR)刺激與下游細(xì)胞內(nèi)應(yīng)答關(guān)聯(lián)的B細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)途徑中起主要作用。

在美國(guó)，彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)是最普遍類型的侵襲性非霍奇金氏淋巴瘤(non-Hodgkin’s lymphoma，NHL)。DLBCL的ABC亞型(ABC-DLBCL)占總DLBCL診斷的大約30％。盡管大多數(shù)DLBCL患者顯示對(duì)初始治療的響應(yīng)，但約三分之一的患者患有難治性疾病或在標(biāo)準(zhǔn)療法之后經(jīng)歷復(fù)發(fā)。B細(xì)胞受體(BCR)信號(hào)傳導(dǎo)是包括DLBCL的各種B細(xì)胞惡性腫瘤中的重要生長(zhǎng)和存活途徑。

發(fā)明概述

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種用于選擇患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體以供用依魯替尼(ibrutinib)治療的方法，其包括：(a)確定在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾；以及(b)如果在所述一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中不存在修飾，那么向所述個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在某些實(shí)施方案中，本文也公開一種監(jiān)測(cè)接受依魯替尼以治療彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法，其包括：(a)確定在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾；以及(b)如果所述個(gè)體在所述一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中具有修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開一種使接受依魯替尼以治療彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體的療法最優(yōu)化的方法，其包括：(a)確定在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾；以及(b)基于在所述一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾來(lái)改進(jìn)、中斷或繼續(xù)所述治療。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括確定在兩種或更多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾。在一些實(shí)施方案中，一種或多種生物標(biāo)志基因選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1和TSC2。在一些實(shí)施方案中，一種或多種生物標(biāo)志基因選自MLL2、RB1、TSC2及其組合，并且DLBCL是ABC-DLBCL。在一些實(shí)施方案中，修飾是堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11包含各基因中的一個(gè)或多個(gè)修飾。在一些實(shí)施方案中，與EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11基因相關(guān)的修飾導(dǎo)致EP300、MLL2、BCL2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，與BCL-2基因相關(guān)的修飾導(dǎo)致BCL-2蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，BCL-2蛋白包含一個(gè)或多個(gè)在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基4、9、33、47、48、49、60、68、74、113、114、120、122、129、131、165、197、198、200、201、203和206的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括A4S、Y9H、G33R、G47A、I48S、F49L、A60T、R68K、T74N、T74S、A113G、E114A、H120Y、T122S、R129H、A131V、E165D、G197R、G197S、A198V、G200S、D201N、S203N和206W。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括測(cè)試從個(gè)體獲得的含有編碼選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因的核酸分子的樣品，以及確定選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的所述基因各自是否含有一個(gè)或多個(gè)修飾。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是RNA。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是DNA。在一些實(shí)施方案中，DNA是基因組DNA。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括擴(kuò)增編碼選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的基因的核酸分子。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)等溫?cái)U(kuò)增或聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)PCR來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使核酸與序列特異性核酸探針接觸，其中所述序列特異性核酸探針結(jié)合編碼修飾的選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的基因的核酸，而不結(jié)合編碼野生型的選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的基因的核酸。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使用序列特異性核酸探針進(jìn)行PCR擴(kuò)增。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括從個(gè)體獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品含有來(lái)自個(gè)體的一個(gè)或多個(gè)腫瘤細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，樣品含有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。在一些實(shí)施方案中，樣品是在首次施用依魯替尼之前獲得的樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品是在首次施用依魯替尼之后1周、2周、3周、1個(gè)月、2個(gè)月、3個(gè)月、4個(gè)月、5個(gè)月、6個(gè)月、7個(gè)月、8個(gè)月、9個(gè)月、10個(gè)月、11個(gè)月、12個(gè)月、14個(gè)月、16個(gè)月、18個(gè)月、20個(gè)月、22個(gè)月或24個(gè)月獲得的樣品。在一些實(shí)施方案中，在用依魯替尼治療的過(guò)程中，獲得樣品1、2、3、4、5、6、7、8、9、10次。在一些實(shí)施方案中，一天一次、每天兩次、每天三次、每天四次或每天五次施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，以約40mg/天至約1000mg/天的劑量施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，口服施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括施用額外的治療劑。在一些實(shí)施方案中，額外的治療劑從化學(xué)治療劑或放射治療劑之中加以選擇。在一些實(shí)施方案中，化學(xué)治療劑從以下之中加以選擇：苯丁酸氮芥(chlorambucil)、異環(huán)磷酰胺(ifosfamide)、多柔比星(doxorubicin)、美沙拉嗪(mesalazine)、沙利度胺(thalidomide)、來(lái)那度胺(lenalidomide)、坦羅莫司(temsirolimus)、依維莫司(everolimus)、氟達(dá)拉濱(fludarabine)、福他替尼(fostamatinib)、紫杉醇(paclitaxel)、多西他賽(docetaxel)、奧法木單抗(ofatumumab)、利妥昔單抗(rituximab)、地塞米松(dexamethasone)、潑尼松(prednisone)、CAL-101、替伊莫單抗(ibritumomab)、托西莫單抗(tositumomab)、硼替佐米(bortezomib)、噴司他汀(pentostatin)、內(nèi)皮抑素(endostatin)或其組合。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼與額外治療劑同時(shí)、依序或間歇施用。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種用于選擇患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體來(lái)用依魯替尼治療的方法，其包括：(a)確定在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾；以及(b)如果在CD79B中存在所述芳族殘基修飾以及在MYD88中存在所述至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，那么向所述個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在某些實(shí)施方案中，本文也公開一種監(jiān)測(cè)接受依魯替尼以治療彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體是否對(duì)療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)療法響應(yīng)的方法，其包括：(a)確定在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾；以及(b)如果所述個(gè)體在CD79B中在氨基酸位置196處具有所述芳族殘基修飾以及在MYD88中具有所述至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法響應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，芳族殘基從苯丙氨酸或色氨酸之中加以選擇。在某些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開一種使接受依魯替尼以治療彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體的療法最優(yōu)化的方法，其包括：(a)確定在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾；以及(b)基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在所述芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在所述至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾來(lái)改進(jìn)、中斷或繼續(xù)所述治療。在一些實(shí)施方案中，存在CD79B和MYD88中的修飾的組合指示個(gè)體對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，芳族殘基是苯丙氨酸或色氨酸。在一些實(shí)施方案中，在CD79B中在氨基酸位置196處的修飾是Y196F。在一些實(shí)施方案中，在MYD88中在氨基酸位置198處的修飾是S198N。在一些實(shí)施方案中，在MYD88中在氨基酸位置265處的修飾是L265P。在一些實(shí)施方案中，CD79B和MYD88中的修飾的組合是Y196F和S198N或Y196F和L265P。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)或未分類的DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括測(cè)試從個(gè)體獲得的含有編碼CD79B和MYD88多肽的核酸分子的樣品，以及確定所述CD79B和MYD88多肽各自是否含有修飾。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是RNA或DNA。在一些實(shí)施方案中，DNA是基因組DNA。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括擴(kuò)增編碼CD79B和MYD88多肽的核酸分子。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)等溫?cái)U(kuò)增或聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)PCR來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使核酸與序列特異性核酸探針接觸，其中所述序列特異性核酸探針結(jié)合編碼修飾的CD79B和MYD88多肽的核酸，而不結(jié)合編碼野生型CD79B和MYD88多肽的核酸。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使用序列特異性核酸探針進(jìn)行PCR擴(kuò)增。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括從個(gè)體獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品含有來(lái)自個(gè)體的一個(gè)或多個(gè)腫瘤細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，樣品含有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。在一些實(shí)施方案中，樣品是在首次施用依魯替尼之前獲得的樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品是在首次施用依魯替尼之后1周、2周、3周、1個(gè)月、2個(gè)月、3個(gè)月、4個(gè)月、5個(gè)月、6個(gè)月、7個(gè)月、8個(gè)月、9個(gè)月、10個(gè)月、11個(gè)月、12個(gè)月、14個(gè)月、16個(gè)月、18個(gè)月、20個(gè)月、22個(gè)月或24個(gè)月獲得的樣品。在一些實(shí)施方案中，在用依魯替尼治療的過(guò)程中，獲得樣品1、2、3、4、5、6、7、8、9、10次。在一些實(shí)施方案中，一天一次、每天兩次、每天三次、每天四次或每天五次施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，以約40mg/天至約1000mg/天的劑量施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，口服施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括施用額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑從化學(xué)治療劑或放射治療劑之中加以選擇。在一些實(shí)施方案中，化學(xué)治療劑從以下之中加以選擇：苯丁酸氮芥、異環(huán)磷酰胺、多柔比星、美沙拉嗪、沙利度胺、來(lái)那度胺、坦羅莫司、依維莫司、氟達(dá)拉濱、福他替尼、紫杉醇、多西他賽、奧法木單抗、利妥昔單抗、地塞米松、潑尼松、CAL-101、替伊莫單抗、托西莫單抗、硼替佐米、噴司他汀、內(nèi)皮抑素或其組合。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼與額外治療劑同時(shí)、依序或間歇施用。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種用于選擇患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體以供用依魯替尼治療的方法，其包括：(a)確定在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾；以及(b)如果在ROS1中在氨基酸位置15處不存在所述修飾，那么向所述個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在某些實(shí)施方案中，本文也公開一種監(jiān)測(cè)接受依魯替尼以治療彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法，其包括：(a)確定在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾；以及(b)如果所述個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有所述修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性。在某些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開一種使接受依魯替尼以治療彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體的療法最優(yōu)化的方法，其包括：(a)確定在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾；以及(b)基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在所述修飾來(lái)改進(jìn)、中斷或繼續(xù)所述治療。在一些實(shí)施方案中，在ROS1中在氨基酸位置15處的修飾是A15G。在一些實(shí)施方案中，ROS1中的A15G修飾進(jìn)一步指示個(gè)體已顯現(xiàn)或可能顯現(xiàn)進(jìn)行性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括測(cè)試從個(gè)體獲得的含有編碼ROS1多肽的核酸分子的樣品，以及確定所述ROS1多肽是否在氨基酸位置15處含有修飾。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是RNA或DNA。在一些實(shí)施方案中，DNA是基因組DNA。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括擴(kuò)增編碼ROS1多肽的核酸分子。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)等溫?cái)U(kuò)增或聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)PCR來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使核酸與序列特異性核酸探針接觸，其中所述序列特異性核酸探針結(jié)合編碼修飾的ROS1多肽的核酸，而不結(jié)合編碼野生型ROS1多肽的核酸。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使用序列特異性核酸探針進(jìn)行PCR擴(kuò)增。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括從個(gè)體獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品含有來(lái)自個(gè)體的一個(gè)或多個(gè)腫瘤細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，樣品含有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。在一些實(shí)施方案中，樣品是在首次施用依魯替尼之前獲得的樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品是在首次施用依魯替尼之后1周、2周、3周、1個(gè)月、2個(gè)月、3個(gè)月、4個(gè)月、5個(gè)月、6個(gè)月、7個(gè)月、8個(gè)月、9個(gè)月、10個(gè)月、11個(gè)月、12個(gè)月、14個(gè)月、16個(gè)月、18個(gè)月、20個(gè)月、22個(gè)月或24個(gè)月獲得的樣品。在一些實(shí)施方案中，在用依魯替尼治療的過(guò)程中，獲得樣品1、2、3、4、5、6、7、8、9、10次。在一些實(shí)施方案中，一天一次、每天兩次、每天三次、每天四次或每天五次施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，以約40mg/天至約1000mg/天的劑量施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，口服施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括施用額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑從化學(xué)治療劑或放射治療劑之中加以選擇。在一些實(shí)施方案中，化學(xué)治療劑從以下之中加以選擇：苯丁酸氮芥、異環(huán)磷酰胺、多柔比星、美沙拉嗪、沙利度胺、來(lái)那度胺、坦羅莫司、依維莫司、氟達(dá)拉濱、福他替尼、紫杉醇、多西他賽、奧法木單抗、利妥昔單抗、地塞米松、潑尼松、CAL-101、替伊莫單抗、托西莫單抗、硼替佐米、噴司他汀、內(nèi)皮抑素或其組合。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼與額外治療劑同時(shí)、依序或間歇施用。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種評(píng)估患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體以進(jìn)行治療的方法，其包括：(a)測(cè)定至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平；以及(b)如果相對(duì)于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平存在增加，那么向所述個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在某些實(shí)施方案中，本文也公開一種監(jiān)測(cè)患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體的疾病進(jìn)展的方法，其包括：(a)測(cè)定至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN,1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平；以及(b)如果相對(duì)于對(duì)照，所述個(gè)體顯示至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為患有穩(wěn)定DLBCL。在一些實(shí)施方案中，相較于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加0.5倍、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、5.5倍、6倍、6.5倍、7倍、7.5倍、8倍、8.5倍、9倍、9.5倍、10倍、15倍、20倍、50倍或更多。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是患有進(jìn)行性DLBCL的個(gè)體中ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括測(cè)試從個(gè)體獲得的含有編碼ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9基因的核酸分子的樣品，以及測(cè)定所述ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是RNA。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使用微陣列檢測(cè)核酸分子。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括擴(kuò)增核酸分子。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)等溫?cái)U(kuò)增或聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)PCR來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括從個(gè)體獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品含有來(lái)自個(gè)體的一個(gè)或多個(gè)腫瘤細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，樣品含有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。在一些實(shí)施方案中，樣品是在首次施用依魯替尼之前獲得的樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品是在首次施用依魯替尼之后1周、2周、3周、1個(gè)月、2個(gè)月、3個(gè)月、4個(gè)月、5個(gè)月、6個(gè)月、7個(gè)月、8個(gè)月、9個(gè)月、10個(gè)月、11個(gè)月、12個(gè)月、14個(gè)月、16個(gè)月、18個(gè)月、20個(gè)月、22個(gè)月或24個(gè)月獲得的樣品。在一些實(shí)施方案中，在用依魯替尼治療的過(guò)程中，獲得樣品1、2、3、4、5、6、7、8、9、10次。在一些實(shí)施方案中，一天一次、每天兩次、每天三次、每天四次或每天五次施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，以約40mg/天至約1000mg/天的劑量施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，口服施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括施用額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑從化學(xué)治療劑或放射治療劑之中加以選擇。在一些實(shí)施方案中，化學(xué)治療劑從以下之中加以選擇：苯丁酸氮芥、異環(huán)磷酰胺、多柔比星、美沙拉嗪、沙利度胺、來(lái)那度胺、坦羅莫司、依維莫司、氟達(dá)拉濱、福他替尼、紫杉醇、多西他賽、奧法木單抗、利妥昔單抗、地塞米松、潑尼松、CAL-101、替伊莫單抗、托西莫單抗、硼替佐米、噴司他汀、內(nèi)皮抑素或其組合。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼與額外治療劑同時(shí)、依序或間歇施用。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種用于執(zhí)行本文公開的方法的試劑盒，其包括一種或多種用于確定樣品中在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾的試劑。在一些實(shí)施方案中，試劑盒包括結(jié)合編碼EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5或CARD11的核酸分子的核酸探針或引物。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種用于執(zhí)行本文公開的方法的試劑盒，其包括一種或多種用于確定樣品中在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾的試劑。在一些實(shí)施方案中，試劑盒包括結(jié)合編碼CD79B或MYD88多肽的核酸分子的核酸探針或引物。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種用于執(zhí)行本文公開的方法的試劑盒，其包括一種或多種用于確定樣品中在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾的試劑。在一些實(shí)施方案中，試劑盒包括結(jié)合編碼ROS1多肽的核酸分子的核酸探針或引物。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種用于執(zhí)行本文公開的方法的試劑盒，其包括一種或多種用于測(cè)定樣品中至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平的試劑。在一些實(shí)施方案中，試劑盒包括結(jié)合編碼ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1或HDAC9的核酸分子的核酸探針或引物。在一些實(shí)施方案中，試劑盒包括結(jié)合由ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1或HDAC9編碼的蛋白質(zhì)的抗體。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種評(píng)估患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體以進(jìn)行治療的系統(tǒng)，其包括：(a)數(shù)字處理裝置，所述裝置包括被配置來(lái)運(yùn)行可執(zhí)行指令的操作系統(tǒng)和電子存儲(chǔ)器；(b)儲(chǔ)存在所述電子存儲(chǔ)器中的數(shù)據(jù)集，其中所述數(shù)據(jù)集包含樣品中一種或多種生物標(biāo)志基因的數(shù)據(jù)，其中所述生物標(biāo)志基因選自由EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11組成的組；和(c)計(jì)算機(jī)程序，所述程序包括可由所述數(shù)字處理裝置執(zhí)行以產(chǎn)生應(yīng)用程序的指令，所述應(yīng)用程序包含：(i)第一軟件模塊，其被配置來(lái)分析所述數(shù)據(jù)集以確定在一種或多種生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾；和(ii)第二軟件模塊，其用以如果在所述一種或多種生物標(biāo)志基因中不存在修飾，那么將所述個(gè)體指定為用依魯替尼治療的候選者。在一些實(shí)施方案中，一種或多種生物標(biāo)志基因選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1和TSC2。在一些實(shí)施方案中，修飾是堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11包含各基因中的一個(gè)或多個(gè)修飾。在一些實(shí)施方案中，與EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11基因相關(guān)的修飾進(jìn)一步包括EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，與BCL-2基因相關(guān)的修飾進(jìn)一步包括BCL-2蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，BCL-2蛋白在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基4、9、33、47、48、49、60、68、74、113、114、120、122、129、131、165、197、198、200、201、203和206的位置處包含修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括A4S、Y9H、G33R、G47A、I48S、F49L、A60T、R68K、T74N、T74S、A113G、E114A、H120Y、T122S、R129H、A131V、E165D、G197R、G197S、A198V、G200S、D201N、S203N和206W。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括從個(gè)體獲得的樣品，其中所述樣品含有編碼選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因的核酸分子。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是RNA或DNA。在一些實(shí)施方案中，DNA是基因組DNA。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。在一些實(shí)施方案中，樣品含有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括被配置來(lái)提供生物標(biāo)志數(shù)據(jù)的分析裝置；其中所述分析裝置與數(shù)字處理裝置耦合。在一些實(shí)施方案中，分析裝置進(jìn)行微陣列分析。在一些實(shí)施方案中，使數(shù)字處理裝置連接于計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)。在一些實(shí)施方案中，第二軟件模塊進(jìn)一步產(chǎn)生報(bào)告，其中所述第二軟件模塊由數(shù)字處理裝置執(zhí)行。在一些實(shí)施方案中，第二軟件模塊將報(bào)告進(jìn)一步傳輸至終端用戶，其中所述第二軟件模塊由數(shù)字處理裝置執(zhí)行。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種核酸雜交陣列，其包含用于評(píng)估接受依魯替尼以治療彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的核酸探針，所述核酸探針基本上由與以下生物標(biāo)志基因雜交的核酸探針組成，所述生物標(biāo)志基因選自由EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11組成的組。在一些實(shí)施方案中，至少一種核酸探針與選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1和TSC2的生物標(biāo)志基因雜交。在一些實(shí)施方案中，生物標(biāo)志基因包含一個(gè)或多個(gè)修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾是堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11包含各基因中的一個(gè)或多個(gè)修飾。在一些實(shí)施方案中，陣列的用途包括確定在從個(gè)體獲得的樣品中在一種或多種生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾；以及如果所述個(gè)體在所述一種或多種生物標(biāo)志基因中具有修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種評(píng)估患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體以進(jìn)行治療的系統(tǒng)，其包括：(a)數(shù)字處理裝置，所述裝置包括被配置來(lái)運(yùn)行可執(zhí)行指令的操作系統(tǒng)和電子存儲(chǔ)器；(b)儲(chǔ)存在所述電子存儲(chǔ)器中的數(shù)據(jù)集，其中所述數(shù)據(jù)集包含樣品中一種或多種生物標(biāo)志基因的數(shù)據(jù)，其中所述生物標(biāo)志基因選自由ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9組成的組；和(c)計(jì)算機(jī)程序，所述程序包括可由所述數(shù)字處理裝置執(zhí)行以產(chǎn)生應(yīng)用程序的指令，所述應(yīng)用程序包含：(i)第三軟件模塊，其被配置來(lái)分析所述數(shù)據(jù)集以測(cè)定一種或多種生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平；(ii)第四軟件模塊，其被配置來(lái)將一種或多種生物標(biāo)志基因的所述表達(dá)水平與對(duì)照匹配；和(iii)第五軟件模塊，其用以如果相對(duì)于所述對(duì)照，所述一種或多種生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平存在增加，那么將所述個(gè)體指定為用依魯替尼治療的候選者。在一些實(shí)施方案中，相較于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加0.5倍、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、5.5倍、6倍、6.5倍、7倍、7.5倍、8倍、8.5倍、9倍、9.5倍、10倍、15倍、20倍、50倍或更多。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是患有進(jìn)行性DLBCL的個(gè)體中ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，系統(tǒng)進(jìn)一步包括從個(gè)體獲得的樣品，其中所述樣品含有編碼選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的核酸分子。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是RNA或DNA。在一些實(shí)施方案中，DNA是基因組DNA。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。在一些實(shí)施方案中，樣品含有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。在一些實(shí)施方案中，系統(tǒng)進(jìn)一步包括被配置來(lái)提供生物標(biāo)志數(shù)據(jù)的分析裝置；其中所述分析裝置與數(shù)字處理裝置耦合。在一些實(shí)施方案中，分析裝置進(jìn)行微陣列分析。在一些實(shí)施方案中，使數(shù)字處理裝置連接于計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)。在一些實(shí)施方案中，第五軟件模塊進(jìn)一步產(chǎn)生報(bào)告，其中所述第五軟件模塊由數(shù)字處理裝置執(zhí)行。在一些實(shí)施方案中，第五軟件模塊將報(bào)告進(jìn)一步傳輸至終端用戶，其中所述第五軟件模塊由數(shù)字處理裝置執(zhí)行。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種核酸雜交陣列，其包含用于評(píng)估患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體是否患有穩(wěn)定DLBCL的核酸探針，所述核酸探針基本上由與以下生物標(biāo)志基因雜交的核酸探針組成，所述生物標(biāo)志基因選自由ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9組成的組。在一些實(shí)施方案中，陣列的用途包括：(a)測(cè)定樣品中生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平；(b)將所述生物標(biāo)志基因的所述表達(dá)水平與對(duì)照進(jìn)行比較；以及(c)如果相對(duì)于對(duì)照，所述個(gè)體顯示至少一種生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為患有穩(wěn)定DLBCL。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是患有進(jìn)行性DLBCL的個(gè)體中ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種選擇患有非霍奇金氏淋巴瘤的個(gè)體以供用依魯替尼治療的方法，其包括：(a)測(cè)定生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平；以及(b)如果相對(duì)于對(duì)照，所述生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平不存在增加，那么向所述個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在某些實(shí)施方案中，本文也公開一種監(jiān)測(cè)患有非霍奇金氏淋巴瘤的個(gè)體的疾病進(jìn)展的方法，其包括：(a)測(cè)定生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平；以及(b)如果相對(duì)于對(duì)照，所述個(gè)體顯示所述生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為產(chǎn)生對(duì)依魯替尼的不敏感性。在一些實(shí)施方案中，相較于對(duì)照，生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平增加0.5倍、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、5.5倍、6倍、6.5倍、7倍、7.5倍、8倍、8.5倍、9倍、9.5倍、10倍、15倍、20倍、50倍或更多。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是對(duì)依魯替尼并非不敏感的個(gè)體中生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是尚未用依魯替尼治療的個(gè)體中生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphoma)、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥(Waldenstrom’s macroglobulinemia)、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤或前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病或縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是FL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性FL。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括測(cè)試含有編碼BCL-2基因的核酸分子的樣品。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是RNA。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使用微陣列檢測(cè)核酸分子。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括擴(kuò)增核酸分子。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)等溫?cái)U(kuò)增或聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)PCR來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括從個(gè)體獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品含有來(lái)自個(gè)體的一個(gè)或多個(gè)腫瘤細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，樣品含有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。在一些實(shí)施方案中，一天一次、每天兩次、每天三次、每天四次或每天五次施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，以約40mg/天至約1000mg/天的劑量施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，口服施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括施用額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑從化學(xué)治療劑或放射治療劑之中加以選擇。在一些實(shí)施方案中，化學(xué)治療劑從以下之中加以選擇：苯丁酸氮芥、異環(huán)磷酰胺、多柔比星、美沙拉嗪、沙利度胺、來(lái)那度胺、坦羅莫司、依維莫司、氟達(dá)拉濱、福他替尼、紫杉醇、多西他賽、奧法木單抗、利妥昔單抗、地塞米松、潑尼松、CAL-101、替伊莫單抗、托西莫單抗、硼替佐米、噴司他汀、內(nèi)皮抑素或其組合。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼與額外治療劑同時(shí)、依序或間歇施用。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種監(jiān)測(cè)患有非霍奇金氏淋巴瘤的個(gè)體的疾病進(jìn)展的方法，其包括：(a)測(cè)定生物標(biāo)志基因BCL-2的突變率；以及(b)如果相對(duì)于對(duì)照，所述個(gè)體顯示所述生物標(biāo)志基因BCL-2的所述突變率增加，那么將所述個(gè)體表征為產(chǎn)生對(duì)依魯替尼的不敏感性或可能產(chǎn)生對(duì)依魯替尼的不敏感性。在一些實(shí)施方案中，相較于對(duì)照，生物標(biāo)志基因BCL-2的突變率增加0.5倍、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、5.5倍、6倍、6.5倍、7倍、7.5倍、8倍、8.5倍、9倍、9.5倍、10倍、15倍、20倍、50倍或更多。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是生物標(biāo)志基因BCL-2，其為野生型BCL-2基因。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是來(lái)自對(duì)依魯替尼并非不敏感的個(gè)體的生物標(biāo)志基因BCL-2。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是來(lái)自尚未用依魯替尼治療的個(gè)體的生物標(biāo)志基因BCL-2。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤或前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病或縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是FL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性FL。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括測(cè)試含有編碼BCL-2基因的核酸分子的樣品。在一些實(shí)施方案中，核酸分子是RNA。在一些實(shí)施方案中，測(cè)試包括使用微陣列檢測(cè)核酸分子。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括擴(kuò)增核酸分子。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)等溫?cái)U(kuò)增或聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增通過(guò)PCR來(lái)進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括從個(gè)體獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品含有來(lái)自個(gè)體的一個(gè)或多個(gè)腫瘤細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，樣品含有循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)。在一些實(shí)施方案中，樣品是腫瘤活檢樣品、血液樣品、血清樣品、淋巴樣品或骨髓抽吸物。在一些實(shí)施方案中，一天一次、每天兩次、每天三次、每天四次或每天五次施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，以約40mg/天至約1000mg/天的劑量施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，口服施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，方法進(jìn)一步包括施用額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑從化學(xué)治療劑或放射治療劑之中加以選擇。在一些實(shí)施方案中，化學(xué)治療劑從以下之中加以選擇：苯丁酸氮芥、異環(huán)磷酰胺、多柔比星、美沙拉嗪、沙利度胺、來(lái)那度胺、坦羅莫司、依維莫司、氟達(dá)拉濱、福他替尼、紫杉醇、多西他賽、奧法木單抗、利妥昔單抗、地塞米松、潑尼松、CAL-101、替伊莫單抗、托西莫單抗、硼替佐米、噴司他汀、內(nèi)皮抑素或其組合。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼與額外治療劑同時(shí)、依序或間歇施用。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種治療非霍奇金氏淋巴瘤的方法，其包括向有此需要的個(gè)體施用治療有效量的包含BTK抑制劑和BCL-2抑制劑的組合。在一些實(shí)施方案中，相較于單獨(dú)施用BTK抑制劑和BCL-2抑制劑，組合提供協(xié)同治療作用。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤或前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是FL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，BCL-2抑制劑是ABT-199。

在某些實(shí)施方案中，本文公開一種治療依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤的方法，其包括向有此需要的個(gè)體施用治療有效量的包含依魯替尼和BCL-2抑制劑的組合。在一些實(shí)施方案中，相較于單獨(dú)施用依魯替尼和BCL-2抑制劑，組合提供協(xié)同治療作用。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤或前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤是依魯替尼抗性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤是依魯替尼抗性FL。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，BCL-2抑制劑是ABT-199。

在某些實(shí)施方案中，本文公開治療非霍奇金氏淋巴瘤的方法，其包括向有此需要的個(gè)體施用治療有效量的包含BTK抑制劑、BCL-2抑制劑和PI3K抑制劑的組合。在一些實(shí)施方案中，相較于施用BTK抑制劑與BCL-2抑制劑或施用BTK抑制劑與PI3K抑制劑，組合提供協(xié)同治療作用。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤或前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是GCB-DLBCL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，BCL-2抑制劑是ABT-199。在一些實(shí)施方案中，PI3K抑制劑是IPI-145。在一些實(shí)施方案中，組合包含依魯替尼、ABT-199和IPI-145。

在某些實(shí)施方案中，本文公開治療非霍奇金氏淋巴瘤的方法，其包括向有此需要的個(gè)體施用治療有效量的包含BTK抑制劑、BCL-2抑制劑和皮質(zhì)類固醇的組合。在一些實(shí)施方案中，相較于施用BTK抑制劑與BCL-2抑制劑或施用BTK抑制劑與皮質(zhì)類固醇，組合提供協(xié)同治療作用。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤或前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是GCB-DLBCL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是依魯替尼抗性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，BCL-2抑制劑是ABT-199。在一些實(shí)施方案中，皮質(zhì)類固醇是地塞米松。在一些實(shí)施方案中，組合包含依魯替尼、ABT-199和地塞米松。

在某些實(shí)施方案中，本文公開包含BTK抑制劑、BCL-2抑制劑和PI3K抑制劑的組合物。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，BCL-2抑制劑是ABT-199。在一些實(shí)施方案中，PI3K抑制劑是IPI-145。在一些實(shí)施方案中，組合物包含依魯替尼、ABT-199和IPI-145。

在某些實(shí)施方案中，本文公開包含BTK抑制劑、BCL-2抑制劑和皮質(zhì)類固醇的組合物。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，BCL-2抑制劑是ABT-199。在一些實(shí)施方案中，皮質(zhì)類固醇是地塞米松。在一些實(shí)施方案中，組合包含依魯替尼、ABT-199和地塞米松。

在某些實(shí)施方案中，本文公開依魯替尼用于治療在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中不存在修飾的個(gè)體的彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的用途。在一些實(shí)施方案中，個(gè)體在兩種或更多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中不存在修飾。在一些實(shí)施方案中，一種或多種生物標(biāo)志基因選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1和TSC2。在一些實(shí)施方案中，與EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11基因相關(guān)的修飾導(dǎo)致BCL2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，BCL-2蛋白包含一個(gè)或多個(gè)在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基4、9、33、47、48、49、60、68、74、113、114、120、122、129、131、165、197、198、200、201、203和206的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括A4S、Y9H、G33R、G47A、I48S、F49L、A60T、R68K、T74N、T74S、A113G、E114A、H120Y、T122S、R129H、A131V、E165D、G197R、G197S、A198V、G200S、D201N、S203N和206W。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。

在某些實(shí)施方案中，本文公開依魯替尼用于治療在CD79B中具有芳族殘基修飾以及在MYD88中具有至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾的個(gè)體的彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的用途。在一些實(shí)施方案中，在CD79B中在氨基酸位置196處的修飾是Y196F。在一些實(shí)施方案中，在MYD88中在氨基酸位置198處的修飾是S198N。在一些實(shí)施方案中，在MYD88中在氨基酸位置265處的修飾是L265P。在一些實(shí)施方案中，個(gè)體具有CD79B和MYD88中的修飾Y196F和S198N或Y196F和L265P的組合。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。

在某些實(shí)施方案中，本文公開依魯替尼用于治療在ROS1中在氨基酸位置15處不存在修飾的個(gè)體的彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的用途。在一些實(shí)施方案中，在ROS1中在氨基酸位置15處的修飾是A15G。在一些實(shí)施方案中，ROS1中的A15G修飾進(jìn)一步指示個(gè)體已顯現(xiàn)或可能顯現(xiàn)進(jìn)行性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。

附圖簡(jiǎn)述

本發(fā)明的各個(gè)方面特定地闡述于隨附權(quán)利要求中。將通過(guò)參照闡述其中利用本發(fā)明的原理的說(shuō)明性實(shí)施方案的以下詳細(xì)描述以及附圖來(lái)獲得對(duì)本發(fā)明的特征和優(yōu)勢(shì)的更充分了解，在所述附圖中：

圖1說(shuō)明用于基于本文所述的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因的修飾或表達(dá)水平來(lái)達(dá)成患者選擇、維持療法或治療方案優(yōu)化的概念示意圖。

圖2說(shuō)明待用于處理本文所述的系統(tǒng)和方法的示例性計(jì)算機(jī)服務(wù)器的概念示意圖。

圖3例示根據(jù)進(jìn)行性疾病(PD)、穩(wěn)定疾病(SD)、部分響應(yīng)(PR)和完全響應(yīng)(CR)分級(jí)的DLBCL患者的分布。腫瘤活檢樣品在給藥前從51名患者收集?；颊哌x自1106群組1、1106群組2和04753群組。

圖4例示DLBCL患者中不阻礙對(duì)依魯替尼治療的響應(yīng)的突變。將發(fā)生頻率顯示為患者的數(shù)目或患者的百分比。括號(hào)中的數(shù)字指示1106群組2中具有突變的患者的數(shù)目或具有突變的患者的百分比。

圖5例示DLBCL患者中影響對(duì)依魯替尼治療的響應(yīng)的突變。將發(fā)生頻率顯示為患者的數(shù)目或患者的百分比。括號(hào)中的數(shù)字指示1106群組2中具有突變的患者的數(shù)目或具有突變的患者的百分比。

圖6說(shuō)明突變?cè)贐CR信號(hào)傳導(dǎo)中的作用。

圖7說(shuō)明BCR信號(hào)傳導(dǎo)與通過(guò)NF-κB信號(hào)傳導(dǎo)途徑達(dá)成的NF-κB基因轉(zhuǎn)錄的活化之間的關(guān)系。箭號(hào)1、2和3說(shuō)明通向NF-κB信號(hào)傳導(dǎo)途徑的三個(gè)主要BCR信號(hào)傳導(dǎo)弧。

圖8說(shuō)明DLBCL患者11096-091-201中ROS1的信號(hào)肽區(qū)域中的A15G突變與依魯替尼治療后腫瘤復(fù)發(fā)之間的關(guān)系。將響應(yīng)-進(jìn)展(resp-prog)(藥物難治/復(fù)發(fā)階段)腫瘤活檢中的A15G的突變頻率與給藥前階段和原發(fā)-轉(zhuǎn)移(prim-met)(轉(zhuǎn)移)階段腫瘤活檢的所述突變頻率進(jìn)行比較。

圖9說(shuō)明被選擇用于使用Affymetrix U133plus 2.0基因陣列芯片進(jìn)行基因表達(dá)譜分析的DLBCL患者在響應(yīng)組之中的分布。PD代表進(jìn)行性疾病，SD代表穩(wěn)定疾病，PR代表部分響應(yīng)，并且CR代表完全緩解。樣品在給藥前從這67名患者收集?；颊哌x自1106群組1和2。

圖10A和圖10B說(shuō)明對(duì)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的非所要變化的移除，所述數(shù)據(jù)使用Affymetrix U133plus 2.0基因陣列芯片，從1106群組1和2，在修正批次效應(yīng)之前(圖10A)和之后(圖10B)獲得。

圖11例示在1106群組1和2的ABC亞型DLBCL患者之中與無(wú)進(jìn)展存活期(PFS)正性(第1-7行)或負(fù)性(第8-9行)相關(guān)的基因的表達(dá)譜。

圖12A-圖12D顯示DLBCL患者中在表達(dá)與PFS之間具有正性相關(guān)的基因的實(shí)例。圖12A和圖12B說(shuō)明完全緩解(CR)患者中的CCND2的表達(dá)水平高于患有進(jìn)行性疾病(PD)的患者；圖12C和圖12D說(shuō)明完全緩解(CR)患者中的SELL的表達(dá)水平高于患有進(jìn)行性疾病(PD)的患者。

圖13A-圖13D顯示DLBCL患者中在表達(dá)與PFS之間具有負(fù)性相關(guān)的基因的實(shí)例。圖13A和圖13B說(shuō)明完全緩解(CR)患者中的FGR的表達(dá)水平高于患有進(jìn)行性疾病(PD)的患者；圖13C和圖13D說(shuō)明完全緩解(CR)患者中的IGHA1的表達(dá)水平高于患有進(jìn)行性疾病(PD)的患者。

圖14A和圖14B顯示選自1106群組1、2和04753群組的DLBCL患者中分析物OPN的表達(dá)水平(圖14A)。PD患者(1106-PD、04753-PD)中的分析物水平高于SD(1106-SD、04753-SD)和CR患者(1106-CR、04753-CR)(圖14B)。

圖15A和圖15B顯示選自1106群組1、2和04753群組的DLBCL患者中分析物MMP-7的表達(dá)水平(圖15A)。PD患者(1106-PD、04753-PD)中的分析物水平高于SD(1106-SD、04753-SD)和CR患者(1106-CR、04753-CR)(圖15B)。

圖16A和圖16B顯示選自1106群組1、2和04753群組的DLBCL患者中分析物ALDR的表達(dá)水平(圖16A)。PD患者(1106-PD、04753-PD)中的分析物水平高于SD(1106-SD、04753-SD)和CR患者(1106-CR、04753-CR)(圖16B)。

圖17A和圖17B顯示選自1106群組1、2和04753群組的DLBCL患者中分析物HGF的表達(dá)水平(圖17A)。PD患者(1106-PD、04753-PD)中的分析物水平高于SD(1106-SD、04753-SD)和CR患者(1106-CR、04753-CR)(圖17B)。

圖18A-圖18C顯示依魯替尼抗性TMD8細(xì)胞或野生型TMD8細(xì)胞中BCL-2基因表達(dá)的比較。依魯替尼抗性TMD8細(xì)胞中的BCL-2基因表達(dá)高于野生型TMD8細(xì)胞。

圖19說(shuō)明不同亞種類的DLBCL腫瘤樣品中的BCL-2基因表達(dá)。觀察到來(lái)自對(duì)依魯替尼具有較好響應(yīng)的患者的腫瘤樣品中的BCL-2基因表達(dá)較低。

圖20說(shuō)明不同腫瘤樣品中的BCL-2突變率。從具有部分響應(yīng)(PR)或完全響應(yīng)(CR)的患者獲得的腫瘤樣品顯示突變率低于從患有進(jìn)行性疾病(PD)或穩(wěn)定疾病(SD)的患者獲得的腫瘤樣品。

圖21A-圖21C說(shuō)明DoHH2細(xì)胞系中的BCL-2表達(dá)。圖21A和圖21B顯示作為非霍奇金氏B細(xì)胞系的DoHH2中的BCL-2基因的表達(dá)，分別相對(duì)于GAPDH和肌動(dòng)蛋白進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。圖21C顯示在蛋白質(zhì)水平上的BCL-2表達(dá)。

圖22A-圖22D顯示依魯替尼和ABT-199的組合對(duì)野生型DoHH2增殖的影響。圖22A說(shuō)明依魯替尼和ABT-199的協(xié)同評(píng)分熱圖。圖22B顯示在ABT-199和依魯替尼存在下，DoHH2野生型細(xì)胞的生長(zhǎng)百分比。圖22C和22D顯示依魯替尼和ABT-199組合的協(xié)同評(píng)分。

圖23A-圖23D顯示依魯替尼和ABT-199的組合對(duì)依魯替尼抗性DoHH2增殖的影響。圖23A說(shuō)明依魯替尼和ABT-199的協(xié)同評(píng)分熱圖。圖23B顯示在ABT-199和依魯替尼存在下，DoHH2依魯替尼抗性細(xì)胞的生長(zhǎng)百分比。圖23C和23D顯示依魯替尼和ABT-199組合的協(xié)同評(píng)分。

圖24A-圖24D顯示依魯替尼和ABT-199的組合對(duì)依魯替尼抗性DoHH2增殖的影響。圖24A說(shuō)明依魯替尼和ABT-199的協(xié)同評(píng)分熱圖。圖24B顯示在ABT-199和依魯替尼存在下，DoHH2依魯替尼抗性細(xì)胞的第二群體的生長(zhǎng)百分比。圖24C和24D顯示依魯替尼和ABT-199組合的協(xié)同評(píng)分。

圖25A顯示在存在或不存在ABT-199下用依魯替尼處理的TMD8、HBL1和LY10細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖25B顯示TMD8、HTML1和LY10細(xì)胞的藥物劑量矩陣數(shù)據(jù)。圖25C顯示圖25B中的數(shù)據(jù)的等效線圖解分析。圖25D顯示在TMD8、HBL1和LY10細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199在指示濃度下的組合指數(shù)(C.I.)。

圖26A說(shuō)明用依魯替尼、ABT-199或其組合處理的TMD8細(xì)胞的粘附。圖26B說(shuō)明用依魯替尼、ABT-199或其組合處理的HBL1細(xì)胞的集落形成。圖26C顯示用依魯替尼、ABT-199或其組合處理的TMD8細(xì)胞的PI攝取和膜聯(lián)蛋白-V結(jié)合。圖26D顯示在治療之后腫瘤尺寸的變化。圖26E顯示TMD8腫瘤細(xì)胞的凋亡細(xì)胞群體。

圖27A顯示在存在或不存在ABT-199下用依魯替尼處理的GCB-DLBCL細(xì)胞(DLCL-2、RL和SU-DHL-4)的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖27B顯示在存在或不存在ABT-199下用依魯替尼處理的FL細(xì)胞(DoHH2和WSU-FSCCL)的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖27C顯示不同濃度的依魯替尼與在100nM(DLCL-2、RL和SU-DHL-4)、30nM(DoHH2)和100nm(WSU-FSCCL)下的ABT-199組合的C.I.。

圖28A顯示在存在或不存在ABT-100下用依魯替尼處理的LY10(BTK-C481S)的細(xì)胞生長(zhǎng)。圖28B顯示LY10(BTK-C481S)的藥物劑量矩陣數(shù)據(jù)。圖28C顯示對(duì)圖28B中的數(shù)據(jù)的等效線圖解分析。圖28D顯示在LY10(BTK-C481S)細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199在指示濃度下的C.I.。圖28E顯示用依魯替尼或依魯替尼和ABT-100的組合處理的HBL1抗性細(xì)胞和TMD8抗性細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)。圖28F說(shuō)明用依魯替尼、ABT-199或其組合處理的TMD8抗性細(xì)胞的粘附。圖28G顯示用依魯替尼或依魯替尼和ABT-199的組合處理的DoHH2抗性細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)。圖28H顯示在DoHH2抗性細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199在指示濃度下的C.I.。

圖29A顯示在TMD8-WT細(xì)胞相對(duì)于TMD8抗性細(xì)胞的情況下，凋亡相關(guān)基因的基因表達(dá)譜。圖29B顯示BAX、BCL-2和MCL-1的基因表達(dá)水平。圖29C顯示用ABT-199處理的TMD8-WT細(xì)胞和TMD8抗性細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)。圖29D顯示DoHH2-WT細(xì)胞和DoHH2抗性細(xì)胞中的BCL-2基因表達(dá)。

圖30A顯示來(lái)自ABC-DLBCL和GCB-DLBCL患者的腫瘤的BCL-2基因表達(dá)。圖30B顯示來(lái)自具有較不良響應(yīng)的ABC-DLBCL患者(PD+SD)的腫瘤的BCL-2基因表達(dá)。圖30C顯示具有低BCL-2和高BCL-2的患者的無(wú)進(jìn)展存活期(PFS)。

圖31說(shuō)明BCR信號(hào)傳導(dǎo)途徑中的關(guān)鍵分子以及靶向藥劑。顯示的是BCR信號(hào)傳導(dǎo)途徑中參與NF-κB活化的關(guān)鍵分子和靶向這個(gè)途徑的治療劑。BCR，B細(xì)胞受體；CD79A和CD79B，分化簇CD79A和CD79B；SYK，脾酪氨酸激酶；BTK，布魯頓酪氨酸激酶；PLCγ2，磷酸脂酶Cγ2；PKCβ，蛋白質(zhì)激酶Cβ；IKK，IκB激酶；NF-κB，核因子-κB；BCL-2，B細(xì)胞淋巴瘤2。

圖32A-圖32C顯示在存在或不存在不同濃度的ABT-199、IPI-145或其組合下用依魯替尼處理的DLCL-2細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。在圖32A中，ABT199濃度是10nM，而IPI-145濃度在10、100至1000nM的范圍內(nèi)。在圖32B中，ABT199濃度是30nm，而IPI-145濃度在10、100至1000nM的范圍內(nèi)。在圖32C中，ABT199濃度是100nm，而IPI145濃度在10、100至1000nM的范圍內(nèi)。

圖33A-圖33C顯示在存在或不存在不同濃度的ABT-199、IPI-145或其組合下用依魯替尼處理的SUDHL4、SDHL10和DLCL-2細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖33A顯示在不同濃度的依魯替尼、ABT-199(0、10或30nM)和IPI 145(0、10、100或1000nM)下的SUDHL4細(xì)胞。圖33B顯示在不同濃度的依魯替尼、ABT-199(0、10或30nM)和IPI-145(0、10、100或1000nM)下的SUDHL10細(xì)胞。圖33C顯示在不同濃度的依魯替尼、ABT-199(0、10或30nM)和IPI 145(0、10、100或1000nM)下的DLCL-2細(xì)胞。

圖34顯示在SUDHL4、SUDHL10和DLCL-2細(xì)胞的情況下，依魯替尼、ABT-199和IPI-145的組合在指示濃度下的C.I.值。

圖35A-圖35B顯示在存在或不存在不同濃度的ABT-199、地塞米松或其組合下用依魯替尼處理的SUDHL4和DLCL-2細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖35A顯示在不同濃度的依魯替尼、ABT-199和地塞米松下的SUDL4細(xì)胞。圖35B顯示在不同濃度的依魯替尼、ABT-199和地塞米松下的DLCL-2細(xì)胞。

圖36A-圖36B顯示在存在或不存在不同濃度的ABT-199、地塞米松或其組合下用依魯替尼處理的SUDHL6和SUDHL10細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖36A顯示在不同濃度的依魯替尼、ABT-199和地塞米松下的SUDL6細(xì)胞。圖36B顯示在不同濃度的依魯替尼、ABT-199和地塞米松下的SUDHL10細(xì)胞。

圖37顯示在存在或不存在不同濃度的ABT-199、地塞米松或其組合下用遞增濃度的依魯替尼處理的SUDHL4細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。

圖38顯示在存在或不存在不同濃度的ABT-199、地塞米松或其組合下用遞增濃度的依魯替尼處理的DLCL-2細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。

圖39顯示在存在或不存在不同濃度的ABT-199、地塞米松或其組合下用遞增濃度的依魯替尼處理的SUDHL6細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。

圖40顯示在存在或不存在不同濃度的ABT-199、地塞米松或其組合下用遞增濃度的依魯替尼處理的SUDHL10細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。

圖41顯示在SUDHL4、SUDHL6和DLCL-2細(xì)胞的情況下，依魯替尼、ABT-199和地塞米松的組合在指示濃度下的C.I.值。

發(fā)明詳述

本文提供用于分析一種或多種本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列、試劑盒、試劑、計(jì)算機(jī)軟件和報(bào)告。在一個(gè)方面，本文公開用于基于在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾來(lái)將患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的個(gè)體分級(jí)以供進(jìn)行治療的方法。在一些情況下，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在修飾指示個(gè)體已產(chǎn)生對(duì)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑進(jìn)行的療法的抗性，或可能產(chǎn)生對(duì)所述療法的抗性。在其它情況下，基于在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾來(lái)使個(gè)體的治療方案最優(yōu)化，例如改進(jìn)、中斷或繼續(xù)治療。

在另一方面，本文公開用于基于在CD79B中存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾來(lái)選擇患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的個(gè)體以供進(jìn)行治療的方法。在一些情況下，在CD79B中存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾指示個(gè)體對(duì)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)所述療法響應(yīng)。在其它情況下，基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾來(lái)使個(gè)體的治療方案最優(yōu)化，例如改進(jìn)、中斷或繼續(xù)治療。

在一些情況下，本文公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾來(lái)選擇患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的個(gè)體以供進(jìn)行治療的方法。在一些情況下，在ROS1中在氨基酸位置15處存在修飾指示個(gè)體已產(chǎn)生對(duì)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑進(jìn)行的療法的抗性或可能產(chǎn)生對(duì)所述療法的抗性。在其它情況下，基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾來(lái)使個(gè)體的治療方案最優(yōu)化，例如改進(jìn)、中斷或繼續(xù)治療。

在其它情況下，本文公開基于至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平來(lái)將患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的個(gè)體分類以供用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些情況下，相對(duì)于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平升高指示個(gè)體患有穩(wěn)定DLBCL。

本文也公開用于使用本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)評(píng)估患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的個(gè)體以供用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的系統(tǒng)。在一些情況下，系統(tǒng)包括通過(guò)分析技術(shù)來(lái)分析諸如DLBCL樣品的血液樣品以獲得生物標(biāo)志數(shù)據(jù)或分析測(cè)量結(jié)果(圖1)。隨后通過(guò)軟件來(lái)將生物標(biāo)志數(shù)據(jù)或分析測(cè)量結(jié)果編譯成數(shù)據(jù)集，接著分析所述數(shù)據(jù)集以確定一種或多種生物標(biāo)志指示，諸如在生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾或生物標(biāo)志的表達(dá)水平。結(jié)果用于在療法方案之前或期間將患者分級(jí)，監(jiān)測(cè)療法方案的進(jìn)展，或使療法方案最優(yōu)化。在一些情況下，將結(jié)果編譯成用于傳送至用戶的報(bào)告形式。

本文進(jìn)一步公開供與以上公開的方法和系統(tǒng)一起使用，使用本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因的試劑盒和陣列。在一些實(shí)施方案中，本文公開的試劑盒包括一種或多種用于確定在樣品中在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾的試劑、一種或多種用于確定在樣品中在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾的試劑、一種或多種用于確定在樣品中在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾的試劑、或一種或多種用于測(cè)定樣品中至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平的試劑。

在一些實(shí)施方案中，一種核酸雜交陣列包含用于評(píng)估接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療血液惡性腫瘤(例如DLBCL)的個(gè)體已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的核酸探針，所述核酸探針基本上由與以下生物標(biāo)志基因雜交的核酸探針組成，所述生物標(biāo)志基因選自由BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11組成的組。在一些實(shí)施方案中，一種核酸雜交陣列包含用于評(píng)估患有血液惡性腫瘤(例如DLBCL)的個(gè)體是否患有穩(wěn)定血液惡性腫瘤(例如穩(wěn)定DLBCL)的核酸探針，所述核酸探針基本上由與以下生物標(biāo)志基因雜交的核酸探針組成，所述生物標(biāo)志基因選自由ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9組成的組。

某些術(shù)語(yǔ)

除非另外定義，否則本文所用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)都具有與由要求保護(hù)的主題所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員通常理解相同的含義。應(yīng)當(dāng)理解，前述一般描述和以下詳細(xì)描述僅僅是示例性的和解釋性的，并且不限制任何要求保護(hù)的主題。在本申請(qǐng)中，除非另外明確陳述，否則單數(shù)的使用包括復(fù)數(shù)。必須注意的是，除非上下文另外明確地規(guī)定，否則如說(shuō)明書和所附權(quán)利要求中所用，單數(shù)形式“一”、“一個(gè)”和“所述”包括復(fù)數(shù)個(gè)指示物。在本申請(qǐng)中，除非另外陳述，否則“或”的使用意指“和/或”。此外，術(shù)語(yǔ)“包括(including)”以及其它形式諸如“包括(include)”、“包括(includes)”和“包括的(included)”的使用不具有限制性。

如本文所用，范圍和量可表示為“約”某一特定值或范圍。約也包括精確量。因此，“約5μL”意指“約5μL”以及“5μL”。通常，術(shù)語(yǔ)“約”包括將預(yù)期在實(shí)驗(yàn)誤差內(nèi)的量。

本文所用的章節(jié)標(biāo)題僅用于組織目的，并且不應(yīng)解釋為對(duì)所述主題的限制。

“抗體”和“免疫球蛋白”(Ig)是具有相同結(jié)構(gòu)特征的糖蛋白。所述術(shù)語(yǔ)以同義使用。在一些情況下，免疫球蛋白的抗原特異性為已知的。

術(shù)語(yǔ)“抗體”在最廣泛意義上使用，并且涵蓋完全裝配的抗體、可結(jié)合抗原的抗體片段(例如Fab、F(ab’)₂、Fv、單鏈抗體、微型雙功能抗體(diabody)、抗體嵌合體、雜合抗體、雙特異性抗體、人源化抗體等)以及包含先前各物的重組肽。

如本文所用的術(shù)語(yǔ)“單克隆抗體”和“mAb”是指從大致上均質(zhì)抗體群體獲得的抗體，即構(gòu)成所述群體的單個(gè)抗體是相同的，例外之處是可少量存在的可能天然存在突變。

“天然抗體”和“天然免疫球蛋白”通常是約150,000道爾頓(dalton)，由兩個(gè)相同輕(L)鏈和兩個(gè)相同重(H)鏈組成的異四聚糖蛋白。各輕鏈通過(guò)一個(gè)共價(jià)二硫鍵連接于重鏈，而在不同免疫球蛋白同種型的重鏈之間，二硫鍵數(shù)目有變化。各重鏈和輕鏈也具有規(guī)則間隔的鏈內(nèi)二硫橋。各重鏈在一端具有可變結(jié)構(gòu)域(V_H)，繼之以許多恒定結(jié)構(gòu)域。各輕鏈具有在一端的可變結(jié)構(gòu)域(V_L)和在它的另一端的恒定結(jié)構(gòu)域；輕鏈的恒定結(jié)構(gòu)域與重鏈的第一恒定結(jié)構(gòu)域?qū)R，而輕鏈可變結(jié)構(gòu)域與重鏈的可變結(jié)構(gòu)域?qū)R。據(jù)信特定氨基酸殘基形成輕鏈可變結(jié)構(gòu)域與重鏈可變結(jié)構(gòu)域之間的界面。

術(shù)語(yǔ)“可變”是指以下事實(shí)：在抗體之間，可變結(jié)構(gòu)域的某些部分在序列方面廣泛不同?？勺儏^(qū)賦予抗原結(jié)合特異性。然而，可變性并非均勻分布在抗體的整個(gè)可變結(jié)構(gòu)域中。在輕鏈可變結(jié)構(gòu)域與重鏈可變結(jié)構(gòu)域兩者中，它均集中在三個(gè)稱為互補(bǔ)決定區(qū)(CDR)或高變區(qū)的區(qū)段中?？勺兘Y(jié)構(gòu)域的更高度保守部分間隔于框架(FR)區(qū)中。天然重鏈和輕鏈的可變結(jié)構(gòu)域各自包含四個(gè)主要采用β折疊片構(gòu)型，由三個(gè)CDR連接的FR區(qū)，所述CDR形成連接β折疊片結(jié)構(gòu)，以及在一些情況下形成β折疊片結(jié)構(gòu)的一部分的環(huán)。各鏈中的CDR通過(guò)FR區(qū)緊密鄰近固持在一起，并且與來(lái)自另一鏈的CDR一起促進(jìn)形成抗體的抗原結(jié)合位點(diǎn)(參見Kabat等(1991)NIH出版號(hào)91-3242,第I卷,第647-669頁(yè))。恒定結(jié)構(gòu)域不直接涉及抗體與抗原的結(jié)合，但展現(xiàn)各種效應(yīng)物功能，諸如Fc受體(FcR)結(jié)合、抗體參與抗體依賴性細(xì)胞毒性、引發(fā)補(bǔ)體依賴性細(xì)胞毒性和肥大細(xì)胞脫粒。

當(dāng)在本文中使用時(shí)，術(shù)語(yǔ)“高變區(qū)”是指抗體的負(fù)責(zé)抗原結(jié)合的氨基酸殘基。高變區(qū)包含來(lái)自“互補(bǔ)決定區(qū)”或“CDR”的氨基酸殘基(即輕鏈可變結(jié)構(gòu)域中的殘基24-34(L1)、50-56(L2)和89-97(L3)以及重鏈可變結(jié)構(gòu)域中的殘基31-35(H1)、50-65(H2)和95-102(H3)；Kabat等(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institute of Health,Bethesda,Md.)和/或來(lái)自“高變環(huán)”的那些殘基(即輕鏈可變結(jié)構(gòu)域中的殘基26-32(L1)、50-52(L2)和91-96(L3)以及重鏈可變結(jié)構(gòu)域中的殘基(H1)、53-55(H2)和96-101(13)；Clothia和Lesk,(1987)J.Mol.Biol.,196:901-917)?！翱蚣堋被颉癋R”殘基是除如本文所認(rèn)為的高變區(qū)殘基以外的那些可變結(jié)構(gòu)域殘基。

“抗體片段”包含完整抗體的一部分，優(yōu)選是完整抗體的抗原結(jié)合區(qū)或可變區(qū)?？贵w片段的實(shí)例包括Fab、Fab、F(ab’)2和Fv片段；微型雙功能抗體；線性抗體(Zapata等(1995)Protein Eng.10:1057-1062)；單鏈抗體分子；和由抗體片段形成的多特異性抗體。木瓜蛋白酶消化抗體產(chǎn)生兩個(gè)相同抗原結(jié)合片段，稱為“Fab”片段，各自具有單一抗原結(jié)合位點(diǎn)；以及殘余“Fc”片段，其名稱反映它能夠易于結(jié)晶。胃蛋白酶處理會(huì)產(chǎn)生具有兩個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)，并且仍然能夠交聯(lián)抗原的F(ab’)2片段。

“Fv”是含有完全抗原識(shí)別和結(jié)合位點(diǎn)的最小抗體片段。這個(gè)區(qū)域由緊密非共價(jià)締合的一個(gè)重鏈可變結(jié)構(gòu)域和一個(gè)輕鏈可變結(jié)構(gòu)域的二聚體組成。就是在這個(gè)構(gòu)型中，各可變結(jié)構(gòu)域的三個(gè)CDR相互作用以在V_H-V_L二聚體的表面上界定抗原結(jié)合位點(diǎn)?？傊鶄€(gè)CDR對(duì)抗體賦予抗原結(jié)合特異性。然而，即使單一可變結(jié)構(gòu)域(或僅包含三個(gè)對(duì)抗原具有特異性的CDR的半個(gè)Fv)也能夠識(shí)別和結(jié)合抗原，但親和力低于整個(gè)結(jié)合位點(diǎn)。

Fab片段也含有輕鏈的恒定結(jié)構(gòu)域和重鏈的第一恒定結(jié)構(gòu)域(C_H1)。Fab片段與Fab’片段因在重鏈C_H1結(jié)構(gòu)域的羧基末端添加有少許殘基而不同，所述殘基包括一個(gè)或多個(gè)來(lái)自抗體鉸鏈區(qū)的半胱氨酸。Fab’-SH是在本文中Fab’的名稱，其中恒定結(jié)構(gòu)域的半胱氨酸殘基攜帶游離硫醇基團(tuán)。通過(guò)還原F(ab’)2片段的重鏈二硫橋來(lái)產(chǎn)生Fab’片段?？贵w片段的其它化學(xué)偶聯(lián)也是已知的。

來(lái)自任何脊椎動(dòng)物物種的抗體(免疫球蛋白)的“輕鏈”都可基于它們的恒定結(jié)構(gòu)域的氨基酸序列而被指定為稱為κ(kappa)和λ(lambda)的兩種明確不同類型中的一種。

視免疫球蛋白的重鏈的恒定結(jié)構(gòu)域的氨基酸序列而定，免疫球蛋白可被指定為不同類別。存在五種主要類別的人免疫球蛋白：IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，并且這些類別中的若干可進(jìn)一步分成子類(同種型)，例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2。對(duì)應(yīng)于免疫球蛋白的不同類別的重鏈恒定結(jié)構(gòu)域分別被稱為α、δ、ε、γ和μ。不同類別的免疫球蛋白的亞單位結(jié)構(gòu)和三維構(gòu)型是熟知的。不同同種型具有不同的效應(yīng)功能。舉例來(lái)說(shuō)，人IgG1和IgG3同種型具有ADCC(抗體依賴性細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性)活性。

如本文所用，術(shù)語(yǔ)“個(gè)體”、“受試者”和“患者”意指任何哺乳動(dòng)物。在一些實(shí)施方案中，哺乳動(dòng)物是人。在一些實(shí)施方案中，哺乳動(dòng)物是非人。所述術(shù)語(yǔ)都不要求或限于通過(guò)健康護(hù)理工作人員(例如醫(yī)生、注冊(cè)護(hù)士、護(hù)士從業(yè)者、醫(yī)師助手、護(hù)理員或收容所工作人員)的監(jiān)督(例如恒定或間歇)來(lái)表征的情況。

血液惡性腫瘤

血液惡性腫瘤是一組影響血液、骨髓和淋巴結(jié)的不同癌癥。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、T細(xì)胞惡性腫瘤或B細(xì)胞惡性腫瘤。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是T細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，T細(xì)胞惡性腫瘤包括未另外指定的外周T細(xì)胞淋巴瘤(PTCL-NOS)、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、血管免疫母細(xì)胞性淋巴瘤、皮膚T細(xì)胞淋巴瘤、成人T細(xì)胞白血病/淋巴瘤(ATLL)、母細(xì)胞性NK細(xì)胞淋巴瘤、腸病型T細(xì)胞淋巴瘤、肝脾γ-δT細(xì)胞淋巴瘤、成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、鼻NK/T細(xì)胞淋巴瘤或治療相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，額外B細(xì)胞惡性腫瘤包括急性成淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、急性單核細(xì)胞性白血病(AMoL)、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、多發(fā)性骨髓瘤、結(jié)外邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、結(jié)內(nèi)邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、伯基特氏淋巴瘤、非伯基特高度惡性B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性縱隔B細(xì)胞淋巴瘤(PMBL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、B細(xì)胞前淋巴細(xì)胞性白血病、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、脾邊緣區(qū)淋巴瘤、漿細(xì)胞骨髓瘤、漿細(xì)胞瘤、縱隔(胸腺)大B細(xì)胞淋巴瘤、血管內(nèi)大B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性滲出性淋巴瘤或淋巴瘤樣肉芽腫病。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤由B細(xì)胞形成。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤由T細(xì)胞形成。示例性非霍奇金氏淋巴瘤包括但不限于伯基特淋巴瘤、CLL、SLL、DLBCL、FL、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤和前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、CLL、SLL、DLBCL、FL、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病或縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是CLL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是SLL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是FL。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是套細(xì)胞淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，非霍奇金氏淋巴瘤是瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是伯基特淋巴瘤、CLL、SLL、DLBCL、FL、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病或縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是復(fù)發(fā)或難治性血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是復(fù)發(fā)血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是難治性血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，難治性血液惡性腫瘤含有對(duì)Btk抑制劑的獲得性抗性。在一些實(shí)施方案中，難治性血液惡性腫瘤含有對(duì)Btk抑制劑的獲得性不敏感性。在一些實(shí)施方案中，Btk抑制劑是依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，難治性血液惡性腫瘤是Btk抗性血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，難治性血液惡性腫瘤是Btk不敏感性血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是Btk抗性血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是Btk不敏感性血液惡性腫瘤。

在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性血液惡性腫瘤包括DLBCL、急性成淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、急性單核細(xì)胞性白血病(AMoL)、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、多發(fā)性骨髓瘤、結(jié)外邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、結(jié)內(nèi)邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、伯基特氏淋巴瘤、非伯基特高度惡性B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性縱隔B細(xì)胞淋巴瘤(PMBL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、B細(xì)胞前淋巴細(xì)胞性白血病、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、脾邊緣區(qū)淋巴瘤、漿細(xì)胞骨髓瘤、漿細(xì)胞瘤、縱隔(胸腺)大B細(xì)胞淋巴瘤、血管內(nèi)大B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性滲出性淋巴瘤或淋巴瘤樣肉芽腫病。

在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性血液惡性腫瘤是復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤包括伯基特淋巴瘤、CLL、SLL、DLBCL、FL、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤和前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、CLL、SLL、DLBCL、FL、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病或縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性CLL。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性SLL。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性FL。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性伯基特淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。在一些實(shí)施方案中，復(fù)發(fā)或難治性非霍奇金氏淋巴瘤是復(fù)發(fā)或難治性套細(xì)胞淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是轉(zhuǎn)移的血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的血液惡性腫瘤含有對(duì)Btk抑制劑的獲得性抗性。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的血液惡性腫瘤含有對(duì)Btk抑制劑的獲得性不敏感性。在一些實(shí)施方案中，Btk抑制劑是依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的血液惡性腫瘤是Btk抗性血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的血液惡性腫瘤是Btk不敏感性血液惡性腫瘤。

在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的血液惡性腫瘤包括DLBCL、急性成淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、急性單核細(xì)胞性白血病(AMoL)、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、多發(fā)性骨髓瘤、結(jié)外邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、結(jié)內(nèi)邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、伯基特氏淋巴瘤、非伯基特高度惡性B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性縱隔B細(xì)胞淋巴瘤(PMBL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、B細(xì)胞前淋巴細(xì)胞性白血病、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、脾邊緣區(qū)淋巴瘤、漿細(xì)胞骨髓瘤、漿細(xì)胞瘤、縱隔(胸腺)大B細(xì)胞淋巴瘤、血管內(nèi)大B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性滲出性淋巴瘤或淋巴瘤樣肉芽腫病。

在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的血液惡性腫瘤是轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤包括伯基特淋巴瘤、CLL、SLL、DLBCL、FL、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病、縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤、皮膚淋巴瘤、蕈樣真菌病、間變性大細(xì)胞淋巴瘤、外周T細(xì)胞淋巴瘤、腸病相關(guān)的T細(xì)胞淋巴瘤(EATL)、肝脾γδT細(xì)胞淋巴瘤和前體T成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤是伯基特淋巴瘤、CLL、SLL、DLBCL、FL、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、套細(xì)胞淋巴瘤、邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、毛細(xì)胞白血病或縱隔大B細(xì)胞淋巴瘤。

在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤是轉(zhuǎn)移的DLBCL。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤是轉(zhuǎn)移的CLL。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤是轉(zhuǎn)移的SLL。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤是轉(zhuǎn)移的FL。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤是轉(zhuǎn)移的伯基特淋巴瘤。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤是轉(zhuǎn)移的瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。在一些實(shí)施方案中，轉(zhuǎn)移的非霍奇金氏淋巴瘤是轉(zhuǎn)移的套細(xì)胞淋巴瘤。

彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)

在美國(guó)，彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)是最普遍類型的侵襲性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)?；加蠨LBCL的患者的臨床過(guò)程具有高度異質(zhì)性。盡管大多數(shù)DLBCL患者顯示對(duì)初始治療的響應(yīng)，但約三分之一的患者患有難治性疾病或在標(biāo)準(zhǔn)療法之后經(jīng)歷復(fù)發(fā)。DLBCL是一種臨床和生物異質(zhì)性疾病，其可通過(guò)若干臨床和分子確定性預(yù)測(cè)模型來(lái)說(shuō)明。在某些情況下，基因表達(dá)譜分析(GEP)已用于在DLBCL的情況下剖析分子異質(zhì)性和預(yù)測(cè)結(jié)果。GEP可區(qū)分兩種預(yù)測(cè)亞型，即生發(fā)中心B細(xì)胞樣(GCB)DLBCL和活化B細(xì)胞樣(ABC)DLBCL，在所述亞型功能性差異之中包括B細(xì)胞受體(BCR)信號(hào)傳導(dǎo)的活性。ABC DLBCL細(xì)胞具有它們的存活所高度依賴的長(zhǎng)期活性BCR信號(hào)傳導(dǎo)。

ABC-DLBCL的發(fā)病機(jī)理中的一個(gè)信號(hào)傳導(dǎo)途徑是由核因子(NF)-κB轉(zhuǎn)錄復(fù)合物介導(dǎo)的途徑。NF-κB家族包括5個(gè)成員(p50、p52、p65、c-rel和RelB)，其形成同二聚體和異二聚體，并且充當(dāng)轉(zhuǎn)錄因子以介導(dǎo)多種增殖應(yīng)答、凋亡應(yīng)答、炎癥性應(yīng)答和免疫應(yīng)答，而且對(duì)正常B細(xì)胞發(fā)育和存活至關(guān)重要。NF-κB由真核細(xì)胞廣泛用作控制細(xì)胞增殖和細(xì)胞存活的基因的調(diào)控子。因此，許多不同類型的人腫瘤具有錯(cuò)誤調(diào)控的NF-κB：也就是說(shuō)，NF-κB具有組成性活性?；钚訬F-κB開啟使細(xì)胞保持增殖，以及保護(hù)細(xì)胞免遭將另外導(dǎo)致它通過(guò)凋亡而死亡的條件的基因的表達(dá)。

ABC DLBCL對(duì)NF-kB的依賴性取決于在IkB激酶上游的包含CARD11、BCL10和MALT1(CBM復(fù)合物)的信號(hào)傳導(dǎo)途徑。干擾CBM途徑會(huì)壓制ABC DLBCL細(xì)胞中的NF-kB信號(hào)傳導(dǎo)，并且誘導(dǎo)凋亡。NF-kB途徑的組成性活性的分子基礎(chǔ)是當(dāng)前探究的主題，但ABC DLBCL的基因組的一些體細(xì)胞改變明確調(diào)用這個(gè)途徑。舉例來(lái)說(shuō)，DLBCL中CARD11的卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域的體細(xì)胞突變致使這個(gè)信號(hào)傳導(dǎo)骨架蛋白能夠自發(fā)地使與MALT1和BCL10的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用成核(nucleate)，從而導(dǎo)致IKK活性和NF-kB活化。B細(xì)胞受體信號(hào)傳導(dǎo)途徑的組成性活性已牽涉于具有野生型CARD11的ABC DLBCL中的NF-kB的活化中，并且這與B細(xì)胞受體亞單位CD79A和CD79B的細(xì)胞質(zhì)尾部?jī)?nèi)的突變相關(guān)聯(lián)。信號(hào)傳導(dǎo)銜接物(adapter)MYD88中的致癌性活化突變使NF-kB活化，并且與B細(xì)胞受體信號(hào)傳導(dǎo)協(xié)同維持ABC DLBCL細(xì)胞的存活。此外，NF-kB途徑的負(fù)性調(diào)控子A20中的失活突變幾乎僅僅存在于ABC DLBCL中。

早期和有效治療DLBCL是影響DLBCL患者的存活的關(guān)鍵因素。選擇DLBCL針對(duì)其具有抗性的治療方案會(huì)延遲有效癌癥治療的開始，并且可導(dǎo)致癌生長(zhǎng)和擴(kuò)散。這轉(zhuǎn)而可對(duì)患者的治療結(jié)果具有負(fù)性作用。與對(duì)例如BTK抑制劑的抗癌劑的響應(yīng)性相關(guān)的腫瘤特異性特征(諸如表達(dá)一種或多種特定基因和/或編碼蛋白質(zhì))適用作用于在較早階段鑒定可能對(duì)用BTK抑制劑進(jìn)行的治療響應(yīng)或無(wú)效的潛在患者的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志。因此，可選擇罹患表達(dá)這種生物標(biāo)志的DLBCL的患者來(lái)用BTK抑制劑治療。此外，生物標(biāo)志可用于評(píng)估對(duì)用BTK抑制劑進(jìn)行的治療的響應(yīng)。

本文公開用于使用本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)將患有DLBCL的患者分級(jí)以進(jìn)行治療的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列和試劑盒。本文也公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)在治療DLBCL期間監(jiān)測(cè)患者的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列和試劑盒。本文進(jìn)一步公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)使以TEC抑制劑進(jìn)行的治療方案最優(yōu)化的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列和試劑盒。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是ABC-DLBCL、GCB-DLBCL、雙重打擊(DH)DLBCL、三重打擊(TH)DLBCL或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑或BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

濾泡性淋巴瘤

濾泡性淋巴瘤(FL)是最常見的無(wú)痛性非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)，并且在一些情況下，占NHL病例的約20％至約30％。在一些情況下，常見疾病征象包括頸部、腋下、胃部或腹股溝中淋巴結(jié)腫大，以及疲勞、呼吸短促、盜汗和重量減輕。在一些實(shí)施方案中，在FL中觀察到BCL-2易位(例如t(14；18)(q32；q21))和BCL-6易位。

本文公開用于使用本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)將患有FL的患者分級(jí)以進(jìn)行治療的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列和試劑盒。本文也公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)在治療FL期間監(jiān)測(cè)患者的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列和試劑盒。本文另外公開用于測(cè)量生物標(biāo)志表達(dá)水平或生物標(biāo)志突變率以作為診斷、評(píng)估或監(jiān)測(cè)對(duì)TEC抑制劑的不敏感性的產(chǎn)生的手段的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列和試劑盒。本文也公開用于測(cè)量生物標(biāo)志表達(dá)水平或生物標(biāo)志突變率以作為診斷、評(píng)估或監(jiān)測(cè)患者對(duì)TEC抑制劑的響應(yīng)的手段的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列和試劑盒。本文進(jìn)一步公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)使以TEC抑制劑進(jìn)行的治療方案最優(yōu)化的方法、系統(tǒng)、組合物、陣列和試劑盒。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑或BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

CLL/SLL

慢性淋巴細(xì)胞性白血病和小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(CLL/SLL)通常被認(rèn)為是具有略微不同表現(xiàn)的相同疾病。癌性細(xì)胞聚集的位置決定其被稱為CLL或SLL。當(dāng)癌細(xì)胞主要存在于淋巴結(jié)(即淋巴系統(tǒng)(主要由見于體內(nèi)的微小脈管組成的系統(tǒng))的利馬豆(lima bean)形結(jié)構(gòu))中時(shí)，其被稱為SLL。SLL占所有淋巴瘤的約5％至10％。當(dāng)大部分癌細(xì)胞處于血流和骨髓中時(shí)，其被稱為CLL。

CLL與SLL兩者均為緩慢發(fā)展的疾病，但更常見的CLL往往更緩慢發(fā)展。以相同方式治療CLL和SLL。它們通常不被視為可用標(biāo)準(zhǔn)治療治愈，但根據(jù)疾病的階段和發(fā)展速率，大多數(shù)患者生存10年以上。偶爾隨著時(shí)間推移，這些緩慢發(fā)展的淋巴瘤可轉(zhuǎn)變成更具侵襲性淋巴瘤類型。

慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)是最常見的白血病類型。據(jù)估計(jì)，在美國(guó)有100,760人在CLL的情況下生存或處于從CLL緩解的狀態(tài)。被新診斷患有CLL的人中大多數(shù)(>75％)在50歲以上。當(dāng)前，CLL治療聚焦于控制疾病及其癥狀而非完全治愈。通過(guò)化學(xué)療法、放射療法、生物療法或骨髓移植來(lái)治療CLL。有時(shí)通過(guò)手術(shù)(脾切除術(shù)移除腫大脾)或通過(guò)放射療法(對(duì)腫大淋巴結(jié)“除積(de-bulking)”)來(lái)治療癥狀。雖然CLL在大多數(shù)情況下緩慢進(jìn)展，但通常認(rèn)為其不可治愈。某些CLL被歸類為高風(fēng)險(xiǎn)。如本文所用，“高風(fēng)險(xiǎn)CLL”意指具有以下至少一個(gè)特征的CLL：1)17p13-；2)11q22-；3)未突變的IgVH以及ZAP-70+和/或CD38+；或4)12號(hào)染色體三體性。

通常在患者的臨床癥狀或血細(xì)胞計(jì)數(shù)指示疾病已進(jìn)展到其可影響患者的生命質(zhì)量的點(diǎn)的時(shí)施用CLL治療。

小淋巴細(xì)胞性白血病(SLL)非常類似于上文所述的CLL，并且也是B細(xì)胞的癌癥。在SLL中，異常淋巴細(xì)胞主要影響淋巴結(jié)。然而，在CLL中，異常細(xì)胞主要影響血液和骨髓。脾在兩種病癥中均可受影響。SLL占所有非霍奇金淋巴瘤病例的約1/25。其可能在從成人期早期至老年的任何時(shí)候出現(xiàn)，但鮮有在50歲以下出現(xiàn)。SLL被視為無(wú)痛性淋巴瘤。這意味著疾病進(jìn)展非常緩慢，并且患者往往于在診斷后存活許多年。然而，大多數(shù)患者被診斷有晚期疾病，并且雖然SLL對(duì)多種化學(xué)療法藥物反應(yīng)良好，但其通常被視為不可治愈的。雖然一些癌癥往往在一種性別或另一性別中更常出現(xiàn)，但由于SLL的病例和死亡數(shù)在男性與女性中大致相同。在診斷時(shí)的平均年齡是60歲。

雖然SLL是無(wú)痛的，但它是持續(xù)進(jìn)行性的。該疾病的常見形式是對(duì)放射療法和/或化學(xué)療法具有高響應(yīng)率，伴有一段疾病緩解時(shí)期。該緩解期后數(shù)月或數(shù)年是不可避免的復(fù)發(fā)。再次治療導(dǎo)致再次響應(yīng)，但疾病將再次復(fù)發(fā)。這意味著，雖然SLL的短期預(yù)后相當(dāng)良好，但隨時(shí)間推移，許多患者顯現(xiàn)復(fù)發(fā)性疾病的致命性并發(fā)癥。考慮到通常被診斷為患有CLL和SLL的個(gè)體的年齡，本領(lǐng)域需要簡(jiǎn)單有效的疾病治療，這種治療的副作用達(dá)到最小程度，不會(huì)對(duì)患者的生命質(zhì)量構(gòu)成妨礙。本發(fā)明滿足了本領(lǐng)域中這種長(zhǎng)期存在的需求。

本文公開用于使用本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)將患有CLL/SLL的患者分級(jí)以進(jìn)行治療的方法。本文也公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)在治療CLL/SLL期間監(jiān)測(cè)患者的方法。本文進(jìn)一步公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)使以TEC抑制劑進(jìn)行的治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑或BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

套細(xì)胞淋巴瘤

套細(xì)胞淋巴瘤是B細(xì)胞淋巴瘤的亞型，其歸因于套區(qū)內(nèi)圍繞正常生發(fā)中心濾泡的CD5陽(yáng)性抗原-天然前生發(fā)中心B細(xì)胞。MCL細(xì)胞通常由于DNA中的t(11:14)染色體易位而過(guò)表達(dá)細(xì)胞周期蛋白(cyclin)D1。更具體來(lái)說(shuō)，易位發(fā)生在t(11；14)(q13；q32)處。僅約5％的淋巴瘤為這種類型。細(xì)胞在大小方面是較小至中等的。男性常常受影響?；颊叩钠骄挲g處于60多歲早期。當(dāng)診斷出淋巴瘤時(shí)，其通常廣泛分布，牽涉淋巴結(jié)、骨髓，并且極其經(jīng)常牽涉脾。套細(xì)胞淋巴瘤并非極快速生長(zhǎng)的淋巴瘤，但也難以治療。

本文公開用于使用本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)將患有套細(xì)胞淋巴瘤的患者分級(jí)以進(jìn)行治療的方法。本文也公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)在治療套細(xì)胞淋巴瘤期間監(jiān)測(cè)患者的方法。本文進(jìn)一步公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)使以TEC抑制劑進(jìn)行的治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑或BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥

瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥，也稱為淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤，是牽涉稱為淋巴細(xì)胞的白細(xì)胞亞型的癌癥。其特征在于終末分化的B淋巴細(xì)胞的不受控制的克隆增殖。其特征還在于產(chǎn)生稱為免疫球蛋白M(IgM)的抗體的淋巴瘤細(xì)胞。IgM抗體以較大的量在血液中循環(huán)，并且導(dǎo)致血液的液體部分增稠，類似于糖漿。這可導(dǎo)致流向許多器官的血流減小，這可導(dǎo)致視力問(wèn)題(由于眼睛后部的血管中的循環(huán)不暢)和由腦中血流不暢導(dǎo)致的神經(jīng)問(wèn)題(諸如頭痛、頭暈和混亂)。其它癥狀可包括感覺疲勞和虛弱，以及易出血傾向。未完全了解潛伏病因，但已鑒定了多個(gè)風(fēng)險(xiǎn)因素，包括染色體6上的基因座6p21.3。在具有伴有自體抗體的自體免疫疾病的個(gè)人史，以及與肝炎、人免疫缺陷病毒和立克次氏體病(rickettsiosis)相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)特定升高的人員中，發(fā)展WM的風(fēng)險(xiǎn)有2至3倍增加。

本文公開用于使用本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)將患有瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥的患者分級(jí)以進(jìn)行治療的方法。本文也公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)在治療瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥期間監(jiān)測(cè)患者的方法。本文進(jìn)一步公開用于使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)使以TEC抑制劑進(jìn)行的治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑或BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

生物標(biāo)志

在某些實(shí)施方案中，本文公開使用本文公開的生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)將患有血液惡性腫瘤的患者分級(jí)以進(jìn)行治療的方法。本文也公開使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)在治療血液惡性腫瘤期間監(jiān)測(cè)患者的方法。本文進(jìn)一步公開使用生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因來(lái)使治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、T細(xì)胞惡性腫瘤或B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是急性成淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、急性單核細(xì)胞性白血病(AMoL)、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、濾泡性淋巴瘤(FL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、多發(fā)性骨髓瘤、結(jié)外邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、結(jié)內(nèi)邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、伯基特氏淋巴瘤、非伯基特高度惡性B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性縱隔B細(xì)胞淋巴瘤(PMBL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、B細(xì)胞前淋巴細(xì)胞性白血病、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、脾邊緣區(qū)淋巴瘤、漿細(xì)胞骨髓瘤、漿細(xì)胞瘤、縱隔(胸腺)大B細(xì)胞淋巴瘤、血管內(nèi)大B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性滲出性淋巴瘤或淋巴瘤樣肉芽腫病。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)或瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，治療包括施用TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑、ITK抑制劑、TEC抑制劑、RLK抑制劑或BMX抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，基于在生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾或突變，或通過(guò)表達(dá)水平來(lái)評(píng)估生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因。在一些實(shí)施方案中，測(cè)定選自CDKN2A、CDKN2B、MYD88、PIK3C2G、CD79B、IRS2、BCL2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的基因中的修飾。在一些實(shí)施方案中，測(cè)定選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的基因中的修飾。在一些實(shí)施方案中，測(cè)定選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1和TSC2的基因中的修飾。

在一些實(shí)施方案中，基于表達(dá)水平來(lái)評(píng)估生物標(biāo)志或生物標(biāo)志基因。在一些情況下，將表達(dá)水平與參照水平進(jìn)行比較。在一些情況下，表達(dá)水平是增加的表達(dá)水平。在一些情況下，表達(dá)水平是降低的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測(cè)定選自CDKN2A、CDKN2B、MYD88、PIK3C2G、CD79B、IRS2、BCL2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測(cè)定選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測(cè)定選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1和TSC2的基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測(cè)定BCL-2的表達(dá)水平。

在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于選擇患有血液惡性腫瘤的患者或個(gè)體來(lái)如果在一種或多種所述生物標(biāo)志基因中不存在修飾，那么用TEC抑制劑治療。在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于監(jiān)測(cè)接受TEC抑制劑治療的個(gè)體以得出如果所述個(gè)體在一種或多種所述生物標(biāo)志基因中具有修飾，那么其產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性。在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于使接受TEC抑制劑的個(gè)體的療法最優(yōu)化。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、T細(xì)胞惡性腫瘤或B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)或瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)、雙重打擊(DH)DLBCL、三重打擊(TH)DLBCL或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑、ITK抑制劑、TEC抑制劑、RLK抑制劑或BMX抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于選擇患有DLBCL的患者或個(gè)體來(lái)如果在一種或多種所述生物標(biāo)志基因中不存在修飾，那么用ITK抑制劑治療。在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于監(jiān)測(cè)接受ITK抑制劑治療的個(gè)體以得出如果所述個(gè)體在一種或多種所述生物標(biāo)志基因中具有修飾，那么其產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性。在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于使接受ITK抑制劑的個(gè)體的療法最優(yōu)化。

在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于選擇患有DLBCL的患者或個(gè)體來(lái)如果在一種或多種所述生物標(biāo)志基因中不存在修飾，那么用BTK抑制劑治療。在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于監(jiān)測(cè)接受BTK抑制劑治療的個(gè)體以得出如果所述個(gè)體在一種或多種所述生物標(biāo)志基因中具有修飾，那么其產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性。在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于使接受BTK抑制劑的個(gè)體的療法最優(yōu)化。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑從以下之中加以選擇：依魯替尼(PCI-32765)、PCI-45292、PCI-45466、AVL-101/CC-101(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-263/CC-263(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-292/CC-292(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-291/CC-291(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、CNX 774(Avila Therapeutics)、BM S-488516(Bristol-Myers Squibb)、BMS-509744(Bristol-Myers Squibb)、CGI-1746(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CGI-560(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CTA-056、GDC-0834(Genentech)、HY-11066(也是CTK4I7891、HMS3265G21、HMS3265G22、HMS3265H21、HMS3265H22、439574-61-5、AG-F-54930)、ONO-4059(Ono Phar maceutical Co.,Ltd.)、ONO-WG37(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、PLS-123(Peking University)、RN486(Hoffmann-La Roche)、HM 71224(Hanmi Pharmaceutical Company Limited)、LFM-A13、BGB-3111(Beigene)、KBP-7536(KBP BioSciences)、ACP-196(Acerta Pharma)、JTE-051(Japan Tobacco Inc)、PRN1008(Principia)、CTP-730(Concert Pharmaceuticals)或GDC-0853(Genentech)。

在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于選擇患有DLBCL的患者或個(gè)體來(lái)如果在一種或多種所述生物標(biāo)志基因中不存在修飾，那么用依魯替尼治療。在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于監(jiān)測(cè)接受依魯替尼治療的個(gè)體以得出如果所述個(gè)體在一種或多種所述生物標(biāo)志基因中具有修飾，那么其產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性。在一些實(shí)施方案中，在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾用于使接受依魯替尼的個(gè)體的療法最優(yōu)化。

在一些實(shí)施方案中，與CARD11相關(guān)的修飾或突變包括在氨基酸位置117、250、248、128、249和232處的突變。在一些實(shí)施方案中，修飾是T117P、S250P、N248S、T128M、Q249P、L232LL、L232IL或L232LI。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開通過(guò)確定在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志來(lái)選擇患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的患者來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，本文公開通過(guò)以下方式來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法：確定在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志，以及如果所述個(gè)體在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中具有修飾，以及具有所述一種或多種額外生物標(biāo)志，那么將所述個(gè)體表征為具有抗性或可能變得具有抗性。本文也公開基于在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志來(lái)使治療方案最優(yōu)化的方法。

在某一實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括BTK中的突變或修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾是BTK中在氨基酸位置481處的突變。在一些實(shí)施方案中，突變是BTK中的C481S。在一些實(shí)施方案中，BTK中的C481突變伴有BTK中的額外突變。在一些實(shí)施方案中，BTK中的額外突變包括在以下氨基酸位置處的取代：L11、K12、S14、K19、F25、K27、R28、R33、Y39、Y40、E41、I61、V64、R82、Q103、V113、S115、T117、Q127、C154、C155、T184、P189、P190、Y223、W251、R288、L295、G302、R307、D308、V319、Y334、L358、Y361、H362、H364、N365、S366、L369、I370M、R372、L408、G414、Y418、I429、K430、E445、G462、Y476、M477、C502、C506、A508、M509、L512、L518、R520、D521、A523、R525、N526、V535、L542、R544、Y551、F559、R562、W563、E567、S578、W581、A582、F583、M587、E589、S592、G594、Y598、A607、G613、Y617、P619、A622、V626、M630、C633、R641、F644、L647、L652、V1065和A1185。在一些實(shí)施方案中，額外修飾從以下之中加以選擇：L11P、K12R、S14F、K19E、F25S、K27R、R28H、R28C、R28P、T33P、Y3S9、Y40C、Y40N、E41K、I61N、V64F、V64D、R82K、Q103QSFSSVR、V113D、S115F、T117P、Q127H、C154S、C155G、T184P、P189A、Y223F、W251L、R288W、R288Q、L295P、G302E、R307K、R307G、R307T、D308E、V319A、Y334S、L358F、Y361C、H362Q、H364P、N365Y、S366F、L369F、I370M、R372G、L408P、G414R、Y418H、I429N、K430E、E445D、G462D、G462V、Y476D、M477R、C502F、C502W、C506Y、C506R、A508D、M509I、M509V、L512P、L512Q、L518R、R520Q、D521G、D521H、D521N、A523E、R525G、R525P、R525Q、N526K、V535F、L542P、R544G、R544K、Y551F、F559S、R562W、R562P、W563L、E567K、S578Y、W581R、A582V、F583S、M587L、E589D、E589K、E589G、S592P、G594E、Y598C、A607D、G613D、Y617E、P619A、P619S、A622P、V626G、M630I、M630K、M630T、C633Y、R641C、F644L、F644S、L647P、L652P、V1065I和A1185V。

在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括PLCγ2中的突變。在一些實(shí)施方案中，PLCγ2中的突變是在氨基酸殘基665、707或其組合處的突變。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。

在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括細(xì)胞發(fā)生異常，諸如del(17p13.1)、del(13q14.3)、del(11q22.3)、del(11q23)、未突變IgVH以及ZAP-70+和/或CD38+、12號(hào)染色體三體性、t(11；14)(q13；q32)、t(14；19)(q32；q13)、t(2；14)(p13；q32)、del(13q14)、+(12q21)、del(6q21)、ATM del、p53del、t(15；17)；t(8；21)(q22；q22)、t(6；9)、inv(16)(p13q22)、del(16q)；inv(16)、t(16；16)、del(11q)、t(9；11)、t(11；19)、t(1；22)、del(5q)、+8、+21、+22、del(7q)、del(9q)、異常11q23、-5、-7、異常3q、復(fù)雜核型、t(14；19)、t(3:14)、t(11；14)、t(2；8)(p11；q24)、t(1；8)(p36；q24)、t(8:9)(q24；p13)、t(9；14)(p13；q32)、t(3:14)(q27；q32)或其組合。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開通過(guò)確定在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變來(lái)選擇患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的患者來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。在一些實(shí)施方案中，本文公開通過(guò)以下方式來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法：確定在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變，以及如果所述個(gè)體在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中具有修飾，以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處具有所述突變，那么將所述個(gè)體表征為具有抗性或可能變得具有抗性。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。本文也公開基于在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變來(lái)使治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開通過(guò)確定在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變來(lái)選擇患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的患者來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。在一些實(shí)施方案中，本文公開通過(guò)以下方式來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法：確定在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變，以及如果所述個(gè)體在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中具有修飾，以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處具有所述突變，那么將所述個(gè)體表征為具有抗性或可能變得具有抗性。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。本文也公開基于在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變來(lái)使治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開通過(guò)確定在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常來(lái)選擇患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的患者來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，本文公開通過(guò)以下方式來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法：確定在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常，以及如果所述個(gè)體在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中具有修飾，以及具有所述一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常，那么將所述個(gè)體表征為具有抗性或可能變得具有抗性。本文也公開基于在一種或多種選自BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾，以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常來(lái)使治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括細(xì)胞發(fā)生異常，諸如del(17p13.1)、del(13q14.3)、del(11q22.3)、del(11q23)、未突變IgVH以及ZAP-70+和/或CD38+、12號(hào)染色體三體性、t(11；14)(q13；q32)、t(14；19)(q32；q13)、t(2；14)(p13；q32)、del(13q14)、+(12q21)、del(6q21)、ATM del、p53del、t(15；17)；t(8；21)(q22；q22)、t(6；9)、inv(16)(p13q22)、del(16q)；inv(16)、t(16；16)、del(11q)、t(9；11)、t(11；19)、t(1；22)、del(5q)、+8、+21、+22、del(7q)、del(9q)、異常11q23、-5、-7、異常3q、復(fù)雜核型、t(14；19)、t(3:14)、t(11；14)、t(2；8)(p11；q24)、t(1；8)(p36；q24)、t(8:9)(q24；p13)、t(9；14)(p13；q32)、t(3:14)(q27；q32)或其組合。

在一些實(shí)施方案中，一種或多種生物標(biāo)志基因中的修飾包括堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，CDKN2A、CDKN2B、MYD88、PIK3C2G、CD79B、IRS2、BCL2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11包含各基因中的一個(gè)或多個(gè)修飾。在一些實(shí)施方案中，BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11包含各基因中的一個(gè)或多個(gè)修飾。在一些實(shí)施方案中，BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1和TSC2包含各基因中的一個(gè)或多個(gè)修飾。在一些實(shí)施方案中，生物標(biāo)志基因中的修飾也與氨基酸序列中的修飾相關(guān)聯(lián)。在一些實(shí)施方案中，生物標(biāo)志基因中的修飾或突變包括堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，這些修飾導(dǎo)致錯(cuò)義突變、無(wú)義突變或剪接位點(diǎn)突變。

在一些實(shí)施方案中，本文另外公開通過(guò)以下方式來(lái)選擇患有非霍奇金氏淋巴瘤(例如DLBCL、CLL、SLL、FL)的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法：測(cè)定生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平；以及如果相對(duì)于對(duì)照，所述生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平不存在增加，那么向所述個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在一些情況下，本文公開通過(guò)以下方式來(lái)監(jiān)測(cè)患有非霍奇金氏淋巴瘤(例如DLBCL、CLL、SLL、FL)的個(gè)體的疾病進(jìn)展的方法：測(cè)定生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平；以及如果相對(duì)于對(duì)照，所述個(gè)體顯示所述生物標(biāo)志基因BCL-2的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為產(chǎn)生對(duì)依魯替尼的不敏感性。在一些情況下，本文公開通過(guò)以下方式來(lái)監(jiān)測(cè)患有非霍奇金氏淋巴瘤(例如DLBCL、CLL、SLL、FL)的個(gè)體的疾病進(jìn)展的方法：測(cè)定生物標(biāo)志基因BCL-2的突變率；以及如果相對(duì)于對(duì)照，所述個(gè)體顯示所述生物標(biāo)志基因BCL-2的所述突變率增加，那么將所述個(gè)體表征為產(chǎn)生對(duì)依魯替尼的不敏感性或可能產(chǎn)生對(duì)依魯替尼的不敏感性。

在一些情況下，表達(dá)水平增加指示對(duì)TEC抑制劑(例如BTK抑制劑或ITK抑制劑)的不敏感性增加。在一些情況下，表達(dá)水平增加指示對(duì)BTK抑制劑(例如依魯替尼)的不敏感性增加。在一些情況下，表達(dá)水平增加指示對(duì)依魯替尼的不敏感性增加。在一些實(shí)施方案中，BCL-2基因的表達(dá)水平增加指示對(duì)TEC抑制劑(例如BTK抑制劑或ITK抑制劑)的不敏感性增加。在一些實(shí)施方案中，BCL-2基因的表達(dá)水平增加指示對(duì)BTK抑制劑(例如依魯替尼)的不敏感性增加。在一些實(shí)施方案中，BCL-2基因的表達(dá)水平增加指示對(duì)依魯替尼的不敏感性增加。

在一些情況下，BCL-2基因的突變率增加指示個(gè)體的更糟疾病進(jìn)展或?qū)缬肨EC抑制劑(例如BTK抑制劑或ITK抑制劑)進(jìn)行的治療的更差響應(yīng)。在一些情況下，BCL-2基因的突變率增加指示個(gè)體的更糟疾病進(jìn)展或?qū)缬肂TK抑制劑(例如依魯替尼)進(jìn)行的治療的更差響應(yīng)。在一些情況下，BCL-2基因的突變率增加指示個(gè)體的更糟疾病進(jìn)展或?qū)缬靡吏斕婺徇M(jìn)行的治療的更差響應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，突變是如圖20中所示的突變。

在一些情況下，BCL-2基因的突變率增加指示響應(yīng)于例如用TEC抑制劑(例如BTK抑制劑或ITK抑制劑)進(jìn)行的治療，個(gè)體患有進(jìn)行性疾病(PD)或穩(wěn)定疾病(SD)。在一些情況下，BCL-2基因的突變率增加指示響應(yīng)于例如用BTK抑制劑(例如依魯替尼)進(jìn)行的治療，個(gè)體患有進(jìn)行性疾病(PD)或穩(wěn)定疾病(SD)。在一些情況下，BCL-2基因的突變率增加指示響應(yīng)于例如依魯替尼治療，個(gè)體患有進(jìn)行性疾病(PD)或穩(wěn)定疾病(SD)。在一些實(shí)施方案中，突變是如圖20中所示的突變。

BCL-2

B細(xì)胞淋巴瘤2(BCL-2)是一種調(diào)控凋亡的原致癌基因。在正常B細(xì)胞中，BCL-2位于染色體18上的位置21.3處(基因識(shí)別符：596)。然而，在癌性B細(xì)胞中，BCL-2經(jīng)受與位于染色體14上的免疫球蛋白(IG)重鏈(IGH)基因的相互易位，為t(14；18)(q32；q21.3)。這個(gè)t(14；18)易位隨后將BCL-2置于接近重鏈基因增強(qiáng)子，其誘導(dǎo)BCL-2蛋白的表達(dá)水平增加。含有過(guò)度表達(dá)的BCL-2蛋白的B細(xì)胞變得具有凋亡抗性，并且在發(fā)生B細(xì)胞發(fā)育所處的生發(fā)中心中增殖。

在一些實(shí)施方案中，BCL-2基因的突變或修飾包括堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，BCL-2基因的修飾包括DNA重排，諸如t(14；18)(q32；q21.3)、t(2；18)(p11；q21.3)或t(18；22)(q21.3；q11)。在一些實(shí)施方案中，BCL-2基因的突變或修飾包括堿基取代、插入或缺失，諸如但不限于以下修飾：在染色體18上，在核酸位置60985385處從胸腺嘧啶成為胞嘧啶、在位置60985526處從鳥嘌呤成為胞嘧啶、在位置60985730處從鳥嘌呤成為腺嘌呤、在位置60985412處從胸腺嘧啶成為胞嘧啶、在位置60985644處從鳥嘌呤成為胞嘧啶、在位置60985803處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在位置60985840處從腺嘌呤成為胞嘧啶、在位置60985900處從胞嘧啶成為鳥嘌呤、在位置60985734處從胸腺嘧啶成為腺嘌呤、在位置60985800處從胞嘧啶成為鳥嘌呤、在位置60985803處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在位置60985854處從胸腺嘧啶成為鳥嘌呤或其組合。在一些實(shí)施方案中，堿基取代、插入或缺失導(dǎo)致錯(cuò)義突變、無(wú)義突變或剪接位點(diǎn)突變。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在染色體18上的修飾。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有FL的個(gè)體中在染色體18上的修飾。

在一些實(shí)施方案中，與BCL-2基因相關(guān)的修飾進(jìn)一步包括BCL-2蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，BCL-2蛋白中的修飾包括但不限于在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基2、3、4、9、11、16、20、25、33、34、45、47、48、49、56、57、59、60、68、74、86、90、108、113、114、118、119、120、122、125、129、131、157、163、165、172、180、197、198、200、201、203和/或206的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括A2P、H3P、A4S、Y9H、N11Y、M16L、H20Q、Q25L、G33R、D34H、A45T、G47A、I48S、F49L、T56S、P57L、P59A、A60T、R68K、T74N、T74S、L86V、P90S、Y108H、Y108C、A113G、E114A、Q118H、L119V、H120Y、T122S、T125S、R129H、A131V、M157L、N163S、E165D、N172S、Y180F、Y180D、G197R、G197S、A198V、G200S、D201N、S203N和/或206W。在一些實(shí)施方案中，BCL-2蛋白包含在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基4、9、33、47、48、49、60、68、74、113、114、120、122、129、131、165、197、198、200、201、203和/或206的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括A4S、Y9H、G33R、G47A、I48S、F49L、A60T、R68K、T74N、T74S、A113G、E114A、H120Y、T122S、R129H、A131V、E165D、G197R、G197S、A198V、G200S、D201N、S203N和/或206W。

在一些實(shí)施方案中，BCL-2蛋白包含在一個(gè)或多個(gè)如圖20中的序列比對(duì)中所示的氨基酸位置處的修飾。

在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中這些氨基酸殘基的修飾。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有FL的個(gè)體中這些氨基酸殘基的修飾。

如本文以及整篇所用，術(shù)語(yǔ)“原致癌基因”是指當(dāng)突變或異常表達(dá)時(shí)，誘導(dǎo)細(xì)胞變得具有癌性的細(xì)胞基因。

RB1

RB1或視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤蛋白是抑制為從G1期轉(zhuǎn)變?yōu)镾期所必需的基因的轉(zhuǎn)錄的腫瘤抑制蛋白。舉例來(lái)說(shuō)，RB1通過(guò)結(jié)合對(duì)G1期向S期轉(zhuǎn)變重要的E2啟動(dòng)子結(jié)合蛋白-二聚化配偶體(E2F-DP)復(fù)合物，由此使E2F-DP復(fù)合物失活來(lái)使含有受損害DNA的細(xì)胞停滯在G1期。此外，Rb-E2F/DP復(fù)合物也將HDAC蛋白吸引至染色質(zhì)，由此進(jìn)一步抑制DNA合成。

RB1基因位于染色體13上的位置14.2處(基因識(shí)別符：5925)。RB1中的突變或修飾在性質(zhì)上是異質(zhì)的。在一些實(shí)施方案中，存在超過(guò)1600個(gè)包括堿基取代、插入、缺失、拷貝數(shù)改變或DNA重排的不同突變。在一些實(shí)施方案中，突變或修飾包括在13q14處的缺失。在一些實(shí)施方案中，RB1的突變或修飾包括在染色體13上，在核酸位置48934213處從胸腺嘧啶修飾成為胞嘧啶。在一些實(shí)施方案中，堿基取代導(dǎo)致錯(cuò)義突變。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在染色體13上在核酸位置48934213處的修飾。

在一些實(shí)施方案中，與RB1基因相關(guān)的修飾進(jìn)一步包括RB1蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，RB1蛋白中的修飾包括在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基223的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾是L223P。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在氨基酸殘基223處的修飾。

LRP1B

低密度脂蛋白相關(guān)蛋白1B(LRP1B)屬于低密度脂蛋白受體的家族。與脂蛋白受體家族的其它成員類似，LRP1B可與其它膜結(jié)合受體(諸如整合素(integrin)和受體酪氨酸激酶)和細(xì)胞內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)分子締合。此外，LRP1B通過(guò)調(diào)控尿激酶血纖維蛋白溶酶原系統(tǒng)來(lái)調(diào)節(jié)細(xì)胞遷移和侵襲能力。此外，LRP1B通過(guò)由胞吞作用清除細(xì)胞外配體來(lái)調(diào)節(jié)細(xì)胞外微環(huán)境。LRP1B的失活導(dǎo)致細(xì)胞環(huán)境改變，此在一些情況下賦予細(xì)胞生長(zhǎng)和侵襲能力增加。

LRP1B基因位于染色體2上的位置21.2處(基因識(shí)別符：53353)。在一些實(shí)施方案中，LRP1B基因的修飾包括堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，LRP1B的修飾包括但不限于以下修飾：在染色體2上，在核酸位置141122343處從腺嘌呤成為胞嘧啶、在核酸位置141819760處從胞嘧啶成為腺嘌呤、在核酸位置142888255處從腺嘌呤成為鳥嘌呤、在核酸位置141299498處從胞嘧啶成為鳥嘌呤、在核酸位置142004875處從胸腺嘧啶成為鳥嘌呤、在核酸位置141122349處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置141128768處從腺嘌呤成為鳥嘌呤、在核酸位置141202004處從鳥嘌呤成為胸腺嘧啶、在核酸位置141202135處從腺嘌呤成為鳥嘌呤、在核酸位置141232883處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置141242979處從腺嘌呤成為鳥嘌呤、在核酸位置141643757處從鳥嘌呤成為腺嘌呤、在核酸位置141771142處從胸腺嘧啶成為鳥嘌呤、在核酸位置141986994處從鳥嘌呤成為腺嘌呤或其組合。在一些實(shí)施方案中，堿基取代、插入或缺失導(dǎo)致錯(cuò)義突變、無(wú)義突變或剪接位點(diǎn)突變。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在染色體2上的修飾。

在一些實(shí)施方案中，與LRP1B基因相關(guān)的修飾進(jìn)一步包括LRP1B蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，LRP1B蛋白中的修飾包括在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基15、171、203、366、778、846、1305、1452、2205、2413、2567、3120、3150、3352、3391、3397、3619、3671、3673和/或4436的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括L15S、N171T、P203L、D366Y、D778A、K846E、T1305I、A1452P、C2205F、V2413L、C2567S、Y3120H、C3150Y、V3150I、S3352P、C3391R、L3397M、C3619R、G3671E、I3673R和/或Y4436F。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在這些氨基酸殘基處的修飾。

PIM1

PIM1是編碼絲氨酸或蘇氨酸激酶的原致癌基因。在一些情況下，已關(guān)于鼠T細(xì)胞淋巴瘤來(lái)描述它，但此后已發(fā)現(xiàn)它在其它腫瘤細(xì)胞中高度表達(dá)。PIM1涉及于細(xì)胞周期進(jìn)展、凋亡、轉(zhuǎn)錄活化和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中。在DLBCL中，已顯示PIM1是導(dǎo)致堿基對(duì)取代和氨基酸取代的異常高突變的靶標(biāo)。PIM1基因位于染色體6上的位置21.2處(基因識(shí)別符：5292)。

在一些實(shí)施方案中，PIM1基因的修飾包括堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，PIM1的修飾包括但不限于以下修飾：在染色體6上，在核酸位置37138962處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置37138549處從鳥嘌呤成為胸腺嘧啶、在核酸位置37138906處從胸腺嘧啶成為腺嘌呤、在核酸位置37139045處從胞嘧啶成為鳥嘌呤、在核酸位置37139210處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置37138359處從胸腺嘧啶成為胞嘧啶、在核酸位置37138355處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置37138400處從胸腺嘧啶成為鳥嘌呤、在核酸位置37139033處從胞嘧啶成為腺嘌呤、在核酸位置37139204處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置37139210處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置37138549處從鳥嘌呤成為腺嘌呤或其組合。在一些實(shí)施方案中，堿基取代、插入或缺失導(dǎo)致錯(cuò)義突變、無(wú)義突變或剪接位點(diǎn)突變。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在染色體6上的修飾。

在一些實(shí)施方案中，與PIM1基因相關(guān)的修飾進(jìn)一步包括PIM1蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，PIM1蛋白中的修飾包括在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基2、3、17、24、28、81、82、101、109、125、129、164、172、182和/或184的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括K2F、K3S、C17G、K24N、G28-剪接、P81-剪接、N82K、S101F、W109-無(wú)義、P125S、P125T、L129V、L164F、N172S、L182F和/或L184F。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在這些氨基酸殘基處的修飾。

TSC2

結(jié)節(jié)性硬化復(fù)合物2(TSC2)是連同由TSC1基因編碼的錯(cuò)構(gòu)瘤蛋白(hamartin)一起調(diào)節(jié)細(xì)胞生長(zhǎng)、增殖和蛋白質(zhì)合成的腫瘤抑制蛋白。TSC2基因位于染色體6上的位置13.3處(基因識(shí)別符：7249)。

在一些實(shí)施方案中，TSC2基因的修飾包括堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，TSC2的修飾包括但不限于以下修飾：在染色體6上，在核酸位置2127694處從鳥嘌呤成為腺嘌呤、在核酸位置2122880處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置2121583處從鳥嘌呤成為腺嘌呤、在核酸位置2110779處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶或其組合。在一些實(shí)施方案中，堿基取代、插入或缺失導(dǎo)致錯(cuò)義突變、無(wú)義突變或剪接位點(diǎn)突變。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在染色體6上的修飾。

在一些實(shí)施方案中，與TSC2基因相關(guān)的修飾進(jìn)一步包括TSC2蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，TSC2蛋白中的修飾包括在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基638、751和/或978的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括V638M、R751-無(wú)義和/或R978H。在一些實(shí)施方案中，觀察到患有DLBCL的個(gè)體中在這些氨基酸殘基處的修飾。

CD79B和MYD88中的共同突變

在某些實(shí)施方案中，本文公開基于在CD79B和MYD88中存在或不存在共同突變來(lái)選擇患有血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用TEC抑制劑治療、在療法期間監(jiān)測(cè)個(gè)體、或使治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，存在CD79B和MYD88中的修飾的組合指示個(gè)體對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，修飾包括在CD79B(基因識(shí)別符：974；BC002975.1)中在氨基酸位置196處的芳族殘基修飾和在MYD88(基因識(shí)別符：4615；U84408.1)中至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾。在一些實(shí)施方案中，芳族殘基是苯丙氨酸或色氨酸。在一些實(shí)施方案中，在CD79B中在氨基酸位置196處的修飾是Y196F。在一些實(shí)施方案中，在MYD88中在氨基酸位置198處的修飾是S198N。在一些實(shí)施方案中，在MYD88中在氨基酸位置265處的修飾是L265P。在一些實(shí)施方案中，CD79B和MYD88中的修飾的組合是Y196F和S198N或Y196F和L265P。

在一些實(shí)施方案中，觀察到CD79B和MYD88中的額外共同突變。在一些實(shí)施方案中，CD79B中的額外修飾存在于對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基149、196和/或192的位置處。在一些實(shí)施方案中，額外修飾包括A149P、Y196S、E192D和/或Y196C。在一些實(shí)施方案中，MYD88包含在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基232、169、172和/或220的位置處的額外修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾是M232T、G169R、V172F和L220P。在一些實(shí)施方案中，CD79B和MYD88中的額外共同突變包括Y196C(CD79B)和L265P(MYD88)、以及E192D(CD79B)、Y196C(CD79B)和L265P(MYD88)。

在一些實(shí)施方案中，個(gè)體中存在以上公開的額外共同突變也將所述個(gè)體指示為對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，存在額外共同突變以較小可能性將個(gè)體指示為對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，存在額外共同突變不將個(gè)體指示為對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。

在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑、ITK抑制劑、TEC抑制劑、RLK抑制劑或BMX抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、T細(xì)胞惡性腫瘤或B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)或瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)、雙重打擊(DH)DLBCL、三重打擊(TH)DLBCL或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)或未分類DLBCL。

在一些實(shí)施方案中，在CD79B和MYD88中存在呈Y196F和S198N或Y196F和L265P形式的共同突變將患有DLBCL的個(gè)體表征為對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，在CD79B和MYD88中存在呈Y196F和S198N或Y196F和L265P形式的共同突變將患有DLBCL的個(gè)體表征為對(duì)用ITK抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用ITK抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，在CD79B和MYD88中存在呈Y196F和S198N或Y196F和L265P形式的共同突變將患有DLBCL的個(gè)體表征為對(duì)用BTK抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用BTK抑制劑進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑從以下之中加以選擇：依魯替尼(PCI-32765)、PCI-45292、PCI-45466、AVL-101/CC-101(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-263/CC-263(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-292/CC-292(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-291/CC-291(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、CNX 774(Avila Therapeutics)、BMS-488516(Bristol-Myers Squibb)、BMS-509744(Bristol-Myers Squibb)、CGI-1746(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CGI-560(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CTA-056、GDC-0834(Genentech)、HY-11066(也是CTK4I7891、HMS3265G21、HMS3265G22、HMS3265H21、HMS3265H22、439574-61-5、AG-F-54930)、ONO-4059(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、ONO-WG37(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、PLS-123(Peking University)、RN486(Hoffmann-La Roche)、HM71224(Hanmi Pharmaceutical Company Limited)、LFM-A13、BGB-3111(Beigene)、KBP-7536(KBP BioSciences)、ACP-196(Acerta Pharma)、JTE-051(Japan Tobacco Inc)、PRN1008(Principia)、CTP-730(Concert Pharmaceuticals)或GDC-0853(Genentech)。在一些實(shí)施方案中，在CD79B和MYD88中存在呈Y196F和S198N或Y196F和L265P形式的共同突變將患有DLBCL的個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性或可能對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的治療具有響應(yīng)性。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志來(lái)選擇患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否對(duì)療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)療法響應(yīng)的方法，以及如果所述個(gè)體在CD79B中在氨基酸位置196處具有所述芳族殘基修飾，在MYD88中具有至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及具有一種或多種額外生物標(biāo)志，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法響應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志來(lái)使療法最優(yōu)化的方法。

在某一實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括BTK中的突變或修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾是BTK中在氨基酸位置481處的突變。在一些實(shí)施方案中，突變是BTK中的C481S。在一些實(shí)施方案中，BTK中的C481突變伴有BTK中的額外突變。在一些實(shí)施方案中，BTK中的額外突變包括在以下氨基酸位置處的取代：L11、K12、S14、K19、F25、K27、R28、R33、Y39、Y40、E41、I61、V64、R82、Q103、V113、S115、T117、Q127、C154、C155、T184、P189、P190、Y223、W251、R288、L295、G302、R307、D308、V319、Y334、L358、Y361、H362、H364、N365、S366、L369、I370M、R372、L408、G414、Y418、I429、K430、E445、G462、Y476、M477、C502、C506、A508、M509、L512、L518、R520、D521、A523、R525、N526、V535、L542、R544、Y551、F559、R562、W563、E567、S578、W581、A582、F583、M587、E589、S592、G594、Y598、A607、G613、Y617、P619、A622、V626、M630、C633、R641、F644、L647、L652、V1065和A1185。在一些實(shí)施方案中，額外修飾從以下之中加以選擇：L11P、K12R、S14F、K19E、F25S、K27R、R28H、R28C、R28P、T33P、Y3S9、Y40C、Y40N、E41K、I61N、V64F、V64D、R82K、Q103QSFSSVR、V113D、S115F、T117P、Q127H、C154S、C155G、T184P、P189A、Y223F、W251L、R288W、R288Q、L295P、G302E、R307K、R307G、R307T、D308E、V319A、Y334S、L358F、Y361C、H362Q、H364P、N365Y、S366F、L369F、I370M、R372G、L408P、G414R、Y418H、I429N、K430E、E445D、G462D、G462V、Y476D、M477R、C502F、C502W、C506Y、C506R、A508D、M509I、M509V、L512P、L512Q、L518R、R520Q、D521G、D521H、D521N、A523E、R525G、R525P、R525Q、N526K、V535F、L542P、R544G、R544K、Y551F、F559S、R562W、R562P、W563L、E567K、S578Y、W581R、A582V、F583S、M587L、E589D、E589K、E589G、S592P、G594E、Y598C、A607D、G613D、Y617E、P619A、P619S、A622P、V626G、M630I、M630K、M630T、C633Y、R641C、F644L、F644S、L647P、L652P、V1065I和A1185V。

在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括PLCγ2中的突變。在一些實(shí)施方案中，PLCγ2中的突變是在氨基酸殘基665、707或其組合處的突變。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。

在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括細(xì)胞發(fā)生異常，諸如del(17p13.1)、del(13q14.3)、del(11q22.3)、del(11q23)、未突變IgVH以及ZAP-70+和/或CD38+、12號(hào)染色體三體性、t(11；14)(q13；q32)、t(14；19)(q32；q13)、t(2；14)(p13；q32)、del(13q14)、+(12q21)、del(6q21)、ATM del、p53del、t(15；17)；t(8；21)(q22；q22)、t(6；9)、inv(16)(p13q22)、del(16q)；inv(16)、t(16；16)、del(11q)、t(9；11)、t(11；19)、t(1；22)、del(5q)、+8、+21、+22、del(7q)、del(9q)、異常11q23、-5、-7、異常3q、復(fù)雜核型、t(14；19)、t(3:14)、t(11；14)、t(2；8)(p11；q24)、t(1；8)(p36；q24)、t(8:9)(q24；p13)、t(9；14)(p13；q32)、t(3:14)(q27；q32)或其組合。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變來(lái)選擇患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否對(duì)療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)療法響應(yīng)的方法，以及如果所述個(gè)體在CD79B中在氨基酸位置196處具有所述芳族殘基修飾，在MYD88中具有至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處具有所述突變，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法響應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變來(lái)使療法最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變來(lái)選擇患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否對(duì)療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)療法響應(yīng)的方法，以及如果所述個(gè)體在CD79B中在氨基酸位置196處具有所述芳族殘基修飾，在MYD88中具有至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處具有所述突變，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法響應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變來(lái)使療法最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常來(lái)選擇患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否對(duì)療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)療法響應(yīng)的方法，以及如果所述個(gè)體在CD79B中在氨基酸位置196處具有所述芳族殘基修飾，在MYD88中具有至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及具有一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法響應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾，在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常來(lái)使療法最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括細(xì)胞發(fā)生異常，諸如del(17p13.1)、del(13q14.3)、del(11q22.3)、del(11q23)、未突變IgVH以及ZAP-70+和/或CD38+、12號(hào)染色體三體性、t(11；14)(q13；q32)、t(14；19)(q32；q13)、t(2；14)(p13；q32)、del(13q14)、+(12q21)、del(6q21)、ATM del、p53del、t(15；17)；t(8；21)(q22；q22)、t(6；9)、inv(16)(p13q22)、del(16q)；inv(16)、t(16；16)、del(11q)、t(9；11)、t(11；19)、t(1；22)、del(5q)、+8、+21、+22、del(7q)、del(9q)、異常11q23、-5、-7、異常3q、復(fù)雜核型、t(14；19)、t(3:14)、t(11；14)、t(2；8)(p11；q24)、t(1；8)(p36；q24)、t(8:9)(q24；p13)、t(9；14)(p13；q32)、t(3:14)(q27；q32)或其組合。

ROS1

在某些實(shí)施方案中，本文公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾來(lái)選擇患有血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用TEC抑制劑治療、在療法期間監(jiān)測(cè)個(gè)體、或使治療方案最優(yōu)化的方法。ROS1是屬于酪氨酸激酶胰島素受體的無(wú)七(sevenless)亞家族的原致癌基因酪氨酸蛋白質(zhì)激酶。ROS1基因位于染色體6上(基因識(shí)別符：6098；1611455A)。ROS1蛋白的成分由富含糖蛋白的細(xì)胞外結(jié)構(gòu)域、跨膜結(jié)構(gòu)域和細(xì)胞內(nèi)酪氨酸激酶組成。ROS1重排涉及一定組庫(kù)的不同配偶體，從而使諸如FIG、SLC34A2、CD74、SDC4、EZR、KDELR2、CCDC6、TPM3和LRIG3的融合配偶體增加。盡管融合配偶體具有多樣性，但ROS1重排通常涉及保留酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域的保守ROS1斷裂點(diǎn)。酪氨酸激酶結(jié)構(gòu)域的保留可導(dǎo)致組成性激酶活化，此被提出會(huì)驅(qū)動(dòng)致癌性轉(zhuǎn)化。此外，ROS1融合導(dǎo)致SHP-1和SHP2的上調(diào)，以及磷酸肌醇-3激酶(PI3K)/AKT/mTOR、JAK/STAT和MAPK/ERK途徑的活化，其中這些下游信號(hào)促進(jìn)細(xì)胞存活和增殖。

在一些實(shí)施方案中，ROS1基因的修飾包括堿基取代、插入、缺失、DNA重排、拷貝數(shù)改變或其組合。在一些實(shí)施方案中，ROS1的修飾包括但不限于以下修飾：在染色體6上，在核酸位置117710558處從鳥嘌呤成為腺嘌呤、在核酸位置117641128處從胞嘧啶成為胸腺嘧啶、在核酸位置117708161處從腺嘌呤成為鳥嘌呤、在核酸位置117746695處從腺嘌呤成為鳥嘌呤或其組合。

在一些實(shí)施方案中，與ROS1基因相關(guān)的修飾進(jìn)一步包括ROS1蛋白中的修飾。在一些實(shí)施方案中，ROS1蛋白中的修飾包括在對(duì)應(yīng)于氨基酸殘基15、572、672和/或1948的位置處的修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾包括A15G、Q572-無(wú)義、A672-剪接和/或R1948H。在一些實(shí)施方案中，修飾是A15G。

在一些實(shí)施方案中，如果患有血液惡性腫瘤的個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，ROS1中的A15G修飾進(jìn)一步指示個(gè)體已顯現(xiàn)或可能顯現(xiàn)進(jìn)行性血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、T細(xì)胞惡性腫瘤或B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)或瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)、雙重打擊(DH)DLBCL、三重打擊(TH)DLBCL或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是進(jìn)行性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，如果患有DLBCL的個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，ROS1中的A15G修飾進(jìn)一步指示個(gè)體已顯現(xiàn)或可能顯現(xiàn)進(jìn)行性DLBCL。

在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑、ITK抑制劑、TEC抑制劑、RLK抑制劑或BMX抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，如果患有DLBCL的個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用ITK抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用ITK抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，ROS1中的A15G修飾進(jìn)一步指示個(gè)體已顯現(xiàn)或可能顯現(xiàn)進(jìn)行性DLBCL。

在一些實(shí)施方案中，如果患有DLBCL的個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用BTK抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用BTK抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，ROS1中的A15G修飾進(jìn)一步指示個(gè)體已顯現(xiàn)或可能顯現(xiàn)進(jìn)行性DLBCL。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑從以下之中加以選擇：依魯替尼(PCI-32765)、PCI-45292、PCI-45466、AVL-101/CC-101(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-263/CC-263(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-292/CC-292(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-291/CC-291(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、CNX 774(Avila Therapeutics)、BMS-488516(Bristol-Myers Squibb)、BMS-509744(Bristol-Myers Squibb)、CGI-1746(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CGI-560(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CTA-056、GDC-0834(Genentech)、HY-11066(也是CTK4I7891、HMS3265G21、HMS3265G22、HMS3265H21、HMS3265H22、439574-61-5、AG-F-54930)、ONO-4059(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、ONO-WG37(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、PLS-123(Peking University)、RN486(Hoffmann-La Roche)、HM71224(Hanmi Pharmaceutical Company Limited)、LFM-A13、BGB-3111(Beigene)、KBP-7536(KBP BioSciences)、ACP-196(Acerta Pharma)、JTE-051(Japan Tobacco Inc)、PRN1008(Principia)、CTP-730(Concert Pharmaceuticals)或GDC-0853(Genentech)。

在一些實(shí)施方案中，如果患有DLBCL的個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有修飾，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，ROS1中的A15G修飾進(jìn)一步指示個(gè)體已顯現(xiàn)或可能顯現(xiàn)進(jìn)行性DLBCL。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志來(lái)選擇患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法，以及如果所述個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有所述修飾以及具有所述一種或多種生物標(biāo)志，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及存在或不存在一種或多種額外生物標(biāo)志來(lái)使療法最優(yōu)化的方法。

在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括BTK中的突變或修飾。在一些實(shí)施方案中，修飾是BTK中在氨基酸位置481處的突變。在一些實(shí)施方案中，突變是BTK中的C481S。在一些實(shí)施方案中，BTK中的C481突變伴有BTK中的額外突變。在一些實(shí)施方案中，BTK中的額外突變包括在以下氨基酸位置處的取代：L11、K12、S14、K19、F25、K27、R28、R33、Y39、Y40、E41、I61、V64、R82、Q103、V113、S115、T117、Q127、C154、C155、T184、P189、P190、Y223、W251、R288、L295、G302、R307、D308、V319、Y334、L358、Y361、H362、H364、N365、S366、L369、I370M、R372、L408、G414、Y418、I429、K430、E445、G462、Y476、M477、C502、C506、A508、M509、L512、L518、R520、D521、A523、R525、N526、V535、L542、R544、Y551、F559、R562、W563、E567、S578、W581、A582、F583、M587、E589、S592、G594、Y598、A607、G613、Y617、P619、A622、V626、M630、C633、R641、F644、L647、L652、V1065和A1185。在一些實(shí)施方案中，額外修飾從以下之中加以選擇：L11P、K12R、S14F、K19E、F25S、K27R、R28H、R28C、R28P、T33P、Y3S9、Y40C、Y40N、E41K、I61N、V64F、V64D、R82K、Q103QSFSSVR、V113D、S115F、T117P、Q127H、C154S、C155G、T184P、P189A、Y223F、W251L、R288W、R288Q、L295P、G302E、R307K、R307G、R307T、D308E、V319A、Y334S、L358F、Y361C、H362Q、H364P、N365Y、S366F、L369F、I370M、R372G、L408P、G414R、Y418H、I429N、K430E、E445D、G462D、G462V、Y476D、M477R、C502F、C502W、C506Y、C506R、A508D、M509I、M509V、L512P、L512Q、L518R、R520Q、D521G、D521H、D521N、A523E、R525G、R525P、R525Q、N526K、V535F、L542P、R544G、R544K、Y551F、F559S、R562W、R562P、W563L、E567K、S578Y、W581R、A582V、F583S、M587L、E589D、E589K、E589G、S592P、G594E、Y598C、A607D、G613D、Y617E、P619A、P619S、A622P、V626G、M630I、M630K、M630T、C633Y、R641C、F644L、F644S、L647P、L652P、V1065I和A1185V。

在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括PLCγ2中的突變。在一些實(shí)施方案中，PLCγ2中的突變是在氨基酸殘基665、707或其組合處的突變。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。

在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括細(xì)胞發(fā)生異常，諸如del(17p13.1)、del(13q14.3)、del(11q22.3)、del(11q23)、未突變IgVH以及ZAP-70+和/或CD38+、12號(hào)染色體三體性、t(11；14)(q13；q32)、t(14；19)(q32；q13)、t(2；14)(p13；q32)、del(13q14)、+(12q21)、del(6q21)、ATM del、p53del、t(15；17)；t(8；21)(q22；q22)、t(6；9)、inv(16)(p13q22)、del(16q)；inv(16)、t(16；16)、del(11q)、t(9；11)、t(11；19)、t(1；22)、del(5q)、+8、+21、+22、del(7q)、del(9q)、異常11q23、-5、-7、異常3q、復(fù)雜核型、t(14；19)、t(3:14)、t(11；14)、t(2；8)(p11；q24)、t(1；8)(p36；q24)、t(8:9)(q24；p13)、t(9；14)(p13；q32)、t(3:14)(q27；q32)或其組合。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變來(lái)選擇患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法，以及如果所述個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有所述修飾以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處具有所述突變，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及在BTK中在氨基酸殘基位置481處存在或不存在突變來(lái)使療法最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是C481S。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變來(lái)選擇患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法，以及如果所述個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有所述修飾以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處具有所述突變，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及在PLCγ2中在氨基酸殘基位置665和/或707處存在或不存在突變來(lái)使療法最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，突變是R665W和S707F。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常來(lái)選擇患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法。在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常來(lái)監(jiān)測(cè)接受諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑以治療諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體是否已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的方法，以及如果所述個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有所述修飾以及具有所述細(xì)胞發(fā)生異常，那么將所述個(gè)體表征為對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用依魯替尼進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，本文也公開基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾以及存在或不存在一個(gè)或多個(gè)細(xì)胞發(fā)生異常來(lái)使療法最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括細(xì)胞發(fā)生異常，諸如del(17p13.1)、del(13q14.3)、del(11q22.3)、del(11q23)、未突變IgVH以及ZAP-70+和/或CD38+、12號(hào)染色體三體性、t(11；14)(q13；q32)、t(14；19)(q32；q13)、t(2；14)(p13；q32)、del(13q14)、+(12q21)、del(6q21)、ATM del、p53del、t(15；17)；t(8；21)(q22；q22)、t(6；9)、inv(16)(p13q22)、del(16q)；inv(16)、t(16；16)、del(11q)、t(9；11)、t(11；19)、t(1；22)、del(5q)、+8、+21、+22、del(7q)、del(9q)、異常11q23、-5、-7、異常3q、復(fù)雜核型、t(14；19)、t(3:14)、t(11；14)、t(2；8)(p11；q24)、t(1；8)(p36；q24)、t(8:9)(q24；p13)、t(9；14)(p13；q32)、t(3:14)(q27；q32)或其組合。

生物標(biāo)志ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9

在某些實(shí)施方案中，本文公開基于至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1、HDAC9、FGR和IGHA1的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平來(lái)選擇患有血液惡性腫瘤的個(gè)體來(lái)用TEC抑制劑治療，或監(jiān)測(cè)個(gè)體的疾病進(jìn)展的方法。在一些實(shí)施方案中，生物標(biāo)志基因選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9。ACTG2(腸平滑肌肌動(dòng)蛋白γ2)是細(xì)胞運(yùn)動(dòng)和細(xì)胞骨架維持中涉及的遍在表達(dá)的高度保守蛋白質(zhì)。LOR編碼作為角質(zhì)層(即表皮最外層)的主要蛋白質(zhì)組分的蛋白質(zhì)，即兜甲蛋白(loricrin)。在通過(guò)B細(xì)胞受體進(jìn)行刺激之后，GAPT(結(jié)合GRB2的銜接跨膜蛋白)負(fù)性調(diào)控B細(xì)胞增殖。CCND2(周期素D2)是周期素依賴性激酶的調(diào)控子，并且涉及于細(xì)胞周期調(diào)控中。SELL(選擇素L或CD62L)是見于淋巴細(xì)胞上的細(xì)胞粘附分子，并且涉及于淋巴細(xì)胞-內(nèi)皮細(xì)胞相互作用中。GEN1(Gen核酸內(nèi)切酶同源物1)編碼在同源性重組和DNA修復(fù)期間拆解(resolve)霍利迪接合體(Holliday junction)的核酸內(nèi)切酶。HDAC9或組蛋白脫乙酰基酶9是轉(zhuǎn)錄調(diào)控、細(xì)胞周期進(jìn)展和發(fā)育事件中涉及的酶。

在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平存在增加，那么向個(gè)體施用治療有效量的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，個(gè)體顯示至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為患有穩(wěn)定血液惡性腫瘤。

在一些實(shí)施方案中，相較于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加0.5倍、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、5.5倍、6倍、6.5倍、7倍、7.5倍、8倍、8.5倍、9倍、9.5倍、10倍、15倍、20倍、50倍、75倍、100倍、200倍、500倍、1000倍或更多。在一些實(shí)施方案中，相較于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加0.5倍、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、5.5倍、6倍、6.5倍、7倍、7.5倍、8倍、8.5倍、9倍、9.5倍、10倍、15倍、20倍、50倍或更多。

在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是患有進(jìn)行性血液惡性腫瘤的個(gè)體中ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是在用TEC抑制劑治療之前，個(gè)體中ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9基因的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是未患有血液惡性腫瘤的個(gè)體中ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9基因的表達(dá)水平。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、T細(xì)胞惡性腫瘤或B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)或瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)、雙重打擊(DH)DLBCL、三重打擊(TH)DLBCL或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)。

在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑、ITK抑制劑、TEC抑制劑、RLK抑制劑或BMX抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平存在增加，那么向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，個(gè)體顯示至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為患有穩(wěn)定DLBCL。

在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平存在增加，那么向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，個(gè)體顯示至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為患有穩(wěn)定DLBCL。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑從以下之中加以選擇：依魯替尼(PCI-32765)、PCI-45292、PCI-45466、AVL-101/CC-101(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-263/CC-263(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-292/CC-292(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-291/CC-291(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、CNX 774(Avila Therapeutics)、BMS-488516(Bristol-Myers Squibb)、BMS-509744(Bristol-Myers Squibb)、CGI-1746(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CGI-560(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CTA-056、GDC-0834(Genentech)、HY-11066(也是CTK4I7891、HMS3265G21、HMS3265G22、HMS3265H21、HMS3265H22、439574-61-5、AG-F-54930)、ONO-4059(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、ONO-WG37(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、PLS-123(Peking University)、RN486(Hoffmann-La Roche)、HM71224(Hanmi Pharmaceutical Company Limited)、LFM-A13、BGB-3111(Beigene)、KBP-7536(KBP BioSciences)、ACP-196(Acerta Pharma)、JTE-051(Japan Tobacco Inc)、PRN1008(Principia)、CTP-730(Concert Phar maceuticals)或GDC-0853(Genentech)。

在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平存在增加，那么向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，個(gè)體顯示至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為患有穩(wěn)定DLBCL。

在一些實(shí)施方案中，本文也公開通過(guò)以下方式來(lái)評(píng)估患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體以供用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療的方法：測(cè)定至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因；和一種或多種額外生物標(biāo)志的表達(dá)水平；以及如果至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因；和一種或多種額外生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在增加，那么向所述個(gè)體施用治療有效量的諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括CCL3、CCL4、miR155或其組合。

在一些實(shí)施方案中，本文進(jìn)一步公開通過(guò)以下方式來(lái)監(jiān)測(cè)患有諸如彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的血液惡性腫瘤的個(gè)體的疾病進(jìn)展的方法：測(cè)定至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因；和一種或多種額外生物標(biāo)志的表達(dá)水平；以及如果所述個(gè)體顯示至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因，和一種或多種額外生物標(biāo)志的表達(dá)水平增加，那么將所述個(gè)體表征為患有諸如穩(wěn)定DLBCL的穩(wěn)定血液惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，一種或多種額外生物標(biāo)志包括CCL3、CCL4、miR155或其組合。

額外生物標(biāo)志

在某些實(shí)施方案中，本文公開基于至少一種選自骨橋蛋白(osteopontin)、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平來(lái)選擇患有血液惡性腫瘤的個(gè)體以供用TEC抑制劑治療，或監(jiān)測(cè)個(gè)體的疾病進(jìn)展的方法。骨橋蛋白是主要在骨中表達(dá)，但也在包括巨噬細(xì)胞、嗜中性粒細(xì)胞、樹突細(xì)胞、T細(xì)胞和B細(xì)胞的免疫細(xì)胞中表達(dá)的細(xì)胞外結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，骨橋蛋白參與生物礦化、骨重塑、凋亡，并且介導(dǎo)細(xì)胞活化和細(xì)胞因子產(chǎn)生。MMP-7，即基質(zhì)金屬蛋白酶-7，是通過(guò)降解包括酪蛋白、1、II、IV和V型明膠、纖維結(jié)合蛋白(fibronectin)和蛋白聚糖的大分子來(lái)分解細(xì)胞外基質(zhì)的酶。在一些情況下，MMP-7的表達(dá)升高會(huì)促進(jìn)癌侵襲和血管生成。醛糖還原酶是NADPH依賴性氧化還原酶，其催化醛和羰基的還原，諸如使毒性脂質(zhì)醛羥基-反式-2-壬烯醇(HNE)還原成1,4-二羥基壬烯(DHN)，以及使它的谷胱甘肽綴合物GS-HNE還原成GS-DHN。在一些情況下，顯示醛糖還原酶涉及于某些癌細(xì)胞的由生長(zhǎng)因子誘導(dǎo)的增殖中，以及通過(guò)AKT/PI3K途徑來(lái)涉及于細(xì)胞周期進(jìn)展和諸如E2F-1、周期素和cdk的細(xì)胞周期相關(guān)蛋白質(zhì)的表達(dá)中。肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子(HGF)是旁分泌細(xì)胞生長(zhǎng)、運(yùn)動(dòng)和形態(tài)發(fā)生因子。HGF通過(guò)它與原致癌性c-Met受體相互作用來(lái)參與細(xì)胞生長(zhǎng)調(diào)控、運(yùn)動(dòng)和形態(tài)發(fā)生。c-Met由諸如伯基特氏淋巴瘤細(xì)胞系的若干淋巴瘤細(xì)胞系組成性表達(dá)。HGF誘導(dǎo)c-Met磷酸化，此導(dǎo)致整合素介導(dǎo)的與纖維結(jié)合蛋白粘附增強(qiáng)，并且促進(jìn)向成纖維細(xì)胞單層中侵襲。

在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在降低，那么向患有血液惡性腫瘤的個(gè)體施用治療有效量的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在升高，那么不向患有血液惡性腫瘤的個(gè)體施用治療有效量的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在降低，那么繼續(xù)治療方案。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在升高，那么中斷治療方案。在一些實(shí)施方案中，使骨橋蛋白的水平升高進(jìn)一步與較短總體存活期和無(wú)事件存活期相關(guān)聯(lián)。

在一些實(shí)施方案中，相較于骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的參照水平，骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的表達(dá)水平是0.5倍、1倍、1.5倍、2倍、2.5倍、3倍、3.5倍、4倍、4.5倍、5倍、5.5倍、6倍、6.5倍、7倍、7.5倍、8倍、8.5倍、9倍、9.5倍、10倍、15倍、20倍、50倍、75倍、100倍、200倍、500倍、1000倍或更多。

在一些實(shí)施方案中，參照水平是未患有血液惡性腫瘤的個(gè)體中骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，參照水平是在用TEC抑制劑治療之前，個(gè)體中骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，參照水平是患有穩(wěn)定血液惡性腫瘤的個(gè)體中骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的表達(dá)水平。

在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、T細(xì)胞惡性腫瘤或B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，血液惡性腫瘤是B細(xì)胞惡性腫瘤。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)或瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞惡性腫瘤是DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)、生發(fā)中心B細(xì)胞樣DLBCL(GBC-DLBCL)、雙重打擊(DH)DLBCL、三重打擊(TH)DLBCL或未分類DLBCL。在一些實(shí)施方案中，DLBCL是活化B細(xì)胞DLBCL(ABC-DLBCL)。

在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑、ITK抑制劑、TEC抑制劑、RLK抑制劑或BMX抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在降低，那么向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在升高，那么不向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在降低，那么繼續(xù)治療方案。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在升高，那么中斷治療方案。

在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在降低，那么向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在升高，那么不向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在降低，那么繼續(xù)治療方案。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在升高，那么中斷治療方案。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑從以下之中加以選擇：依魯替尼(PCI-32765)、PCI-45292、PCI-45466、AVL-101/CC-101(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-263/CC-263(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-292/CC-292(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-291/CC-291(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、CNX 774(Avila Therapeutics)、BMS-488516(Bristol-Myers Squibb)、BMS-509744(Bristol-Myers Squibb)、CGI-1746(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CGI-560(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CTA-056、GDC-0834(Genentech)、HY-11066(也是CTK4I7891、HMS3265G21、HMS3265G22、HMS3265H21、HMS3265H22、439574-61-5、AG-F-54930)、ONO-4059(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、ONO-WG37(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、PLS-123(Peking University)、RN486(Hoffmann-La Roche)、HM71224(Hanmi Pharmaceutical Company Limited)、LFM-A13、BGB-3111(Beigene)、KBP-7536(KBP BioSciences)、ACP-196(Acerta Pharma)、JTE-051(Japan Tobacco Inc)、PRN1008(Principia)、CTP-730(Concert Pharmaceuticals)或GDC-0853(Genentech)。

在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在降低，那么向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在升高，那么不向患有DLBCL的個(gè)體施用治療有效量的依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在降低，那么繼續(xù)治療方案。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于參照水平，至少一種選自骨橋蛋白、MMP-7、醛糖還原酶和HGF的生物標(biāo)志的表達(dá)水平存在升高，那么中斷治療方案。

診斷和治療方法

診斷方法

用于確定諸如EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5、CARD11、ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因和諸如CD79B、MYD88和ROS1的生物標(biāo)志的表達(dá)或存在的方法在本領(lǐng)域中是熟知的。通過(guò)RT-PCR、Qt-PCR、微陣列、Northern印跡或其它類似技術(shù)來(lái)測(cè)量生物標(biāo)志的突變或修飾和表達(dá)水平。例如通過(guò)ELISA、放射免疫測(cè)定(RIA)、電化學(xué)發(fā)光(ECL)、Western印跡、多路化技術(shù)或其它類似方法來(lái)測(cè)量從候選受試者獲得的血液樣品中生物標(biāo)志的循環(huán)水平。例如通過(guò)對(duì)表達(dá)這些細(xì)胞表面標(biāo)志中的任一個(gè)的細(xì)胞進(jìn)行流式細(xì)胞術(shù)、免疫組織化學(xué)分析、Western印跡、免疫沉淀、磁珠選擇和定量來(lái)測(cè)量生物標(biāo)志的細(xì)胞表面表達(dá)。

如本文所公開，使用為本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的任何檢測(cè)方法來(lái)實(shí)現(xiàn)在蛋白質(zhì)或核苷酸水平上確定目標(biāo)生物標(biāo)志的存在、修飾或表達(dá)。就“確定修飾”來(lái)說(shuō)，此意圖確定生物標(biāo)志基因或生物標(biāo)志蛋白質(zhì)內(nèi)的突變。如本文所用，“修飾”和“突變”可互換使用。在一些情況下，術(shù)語(yǔ)“生物標(biāo)志”是指目標(biāo)蛋白質(zhì)。在一些情況下，術(shù)語(yǔ)“生物標(biāo)志”是指目標(biāo)基因。在一些情況下，術(shù)語(yǔ)“生物標(biāo)志”和“生物標(biāo)志基因”可互換使用。就“檢測(cè)表達(dá)”或“檢測(cè)…的水平”來(lái)說(shuō)，此意圖確定生物樣品中生物標(biāo)志蛋白質(zhì)或基因的表達(dá)水平或存在。因此，“檢測(cè)表達(dá)”涵蓋以下情況：其中生物標(biāo)志被確定不表達(dá)，不以可檢測(cè)方式表達(dá)，以低水平表達(dá)，以正常水平表達(dá)，或過(guò)度表達(dá)。

在本文提供的方法的某些方面，分離、檢測(cè)或測(cè)量一個(gè)或多個(gè)淋巴細(xì)胞的亞群。在某些實(shí)施方案中，使用免疫表型分析技術(shù)來(lái)分離、檢測(cè)或測(cè)量一個(gè)或多個(gè)淋巴細(xì)胞的亞群。在其它實(shí)施方案中，使用熒光激活的細(xì)胞分選(FACS)技術(shù)來(lái)分離、檢測(cè)或測(cè)量一個(gè)或多個(gè)淋巴細(xì)胞的亞群。

在某些方面，使用例如免疫組織化學(xué)技術(shù)或基于核酸的技術(shù)(諸如原位雜交和RT-PCR)，在蛋白質(zhì)或核酸水平上檢測(cè)生物樣品中這些各種生物標(biāo)志和任何臨床適用預(yù)后標(biāo)志的修飾、表達(dá)或存在。在一個(gè)實(shí)施方案中，通過(guò)用于核酸擴(kuò)增的手段、用于核酸測(cè)序的手段、利用核酸微陣列(DNA和RNA)的手段、或用于使用特異性標(biāo)記的探針進(jìn)行原位雜交的手段來(lái)對(duì)一種或多種生物標(biāo)志的修飾、表達(dá)或存在進(jìn)行確定。

在一些實(shí)施方案中，通過(guò)凝膠電泳對(duì)一種或多種生物標(biāo)志的修飾、表達(dá)或存在進(jìn)行確定。在一個(gè)實(shí)施方案中，通過(guò)轉(zhuǎn)移至膜中，以及與特異性探針進(jìn)行雜交來(lái)進(jìn)行確定。

在其它實(shí)施方案中，通過(guò)診斷成像技術(shù)對(duì)一種或多種生物標(biāo)志的修飾、表達(dá)或存在進(jìn)行確定。

在其它實(shí)施方案中，通過(guò)可檢測(cè)固體基底對(duì)一種或多種生物標(biāo)志的修飾、表達(dá)或存在進(jìn)行確定。在一個(gè)實(shí)施方案中，可檢測(cè)固體基底是用抗體進(jìn)行官能化的順磁性納米粒子。

在另一方面，本文提供用于在治療過(guò)程之后檢測(cè)或測(cè)量殘余淋巴瘤以便指導(dǎo)繼續(xù)或中斷治療或從一種治療方案變?yōu)榱硪恢委煼桨傅姆椒?，其包括確定一種或多種來(lái)自受試者中一個(gè)或多個(gè)淋巴細(xì)胞亞群的生物標(biāo)志的表達(dá)或存在，其中所述治療過(guò)程是用Btk抑制劑(例如依魯替尼)治療。

用于檢測(cè)測(cè)試和對(duì)照生物樣品內(nèi)本文所述的生物標(biāo)志的修飾和表達(dá)的方法包括在核酸或蛋白質(zhì)水平上確定這些標(biāo)志的量或存在的任何方法。此類方法在本領(lǐng)域中是熟知的，并且包括但不限于western印跡、northern印跡、ELISA、免疫沉淀、免疫熒光、流式細(xì)胞術(shù)、免疫組織化學(xué)分析、核酸雜交技術(shù)、核酸逆轉(zhuǎn)錄方法和核酸擴(kuò)增方法。在特定實(shí)施方案中，使用例如針對(duì)特定生物標(biāo)志蛋白質(zhì)的抗體，在蛋白質(zhì)水平上檢測(cè)生物標(biāo)志的表達(dá)。這些抗體用于諸如Western印跡、ELISA、多路化技術(shù)、免疫沉淀或免疫組織化學(xué)技術(shù)的各種方法中。在一些實(shí)施方案中，通過(guò)ELISA來(lái)實(shí)現(xiàn)對(duì)生物標(biāo)志的檢測(cè)。在一些實(shí)施方案中，通過(guò)電化學(xué)發(fā)光(ECL)來(lái)實(shí)現(xiàn)對(duì)生物標(biāo)志的檢測(cè)。

在一些實(shí)施方案中，在核酸水平上確定一種或多種本文所述的生物標(biāo)志的修飾、表達(dá)或存在。用于評(píng)估表達(dá)的基于核酸的技術(shù)在本領(lǐng)域中是熟知的，并且包括例如測(cè)定生物樣品中生物標(biāo)志mRNA的水平。許多表達(dá)檢測(cè)方法使用分離的RNA。不阻止mRNA的分離來(lái)進(jìn)行選擇的任何RNA分離技術(shù)用于純化RNA(參見例如Ausubel等人編(1987-1999)Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley&Sons,New York)。另外，使用為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的技術(shù)，諸如像美國(guó)專利號(hào)4,843,155中公開的單步RNA分離方法，易于處理大量組織樣品。

因此，在一些實(shí)施方案中，使用核酸探針，在核酸水平上測(cè)定對(duì)生物標(biāo)志或其它目標(biāo)蛋白質(zhì)的檢測(cè)。術(shù)語(yǔ)“核酸探針”是指能夠選擇性結(jié)合明確預(yù)定靶標(biāo)核酸分子(例如核苷酸轉(zhuǎn)錄物)的任何分子。探針由本領(lǐng)域技術(shù)人員合成，或源于適當(dāng)?shù)纳镏苽湮?。探針被特定設(shè)計(jì)以例如用放射性標(biāo)記、熒光標(biāo)記、酶、化學(xué)發(fā)光標(biāo)簽、比色標(biāo)簽或以上討論或本領(lǐng)域中已知的其它標(biāo)記或標(biāo)簽來(lái)標(biāo)記。用作探針的分子的實(shí)例包括但不限于RNA和DNA。

舉例來(lái)說(shuō)，分離的mRNA用于雜交或擴(kuò)增測(cè)定中，所述測(cè)定包括但不限于Southern或Northern分析、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)分析和探針陣列。一種用于檢測(cè)mRNA水平的方法涉及使分離的mRNA與雜交于由所檢測(cè)的基因編碼的mRNA的核酸分子(探針)接觸。核酸探針包括例如全長(zhǎng)cDNA或其一部分，諸如長(zhǎng)度是至少7、15、30、50、100、250或500個(gè)核苷酸，并且足以在嚴(yán)格條件下特異性雜交于編碼生物標(biāo)志、本文在以上所述的生物標(biāo)志的mRNA或基因組DNA的寡核苷酸。mRNA與探針雜交指示生物標(biāo)志或其它目標(biāo)靶標(biāo)蛋白質(zhì)被表達(dá)。

在一個(gè)實(shí)施方案中，將mRNA固定在固體表面上，并且與探針接觸，例如通過(guò)使分離的mRNA在瓊脂糖凝膠上跑膠，以及將mRNA從凝膠轉(zhuǎn)移至諸如硝酸纖維素的膜中。在一替代性實(shí)施方案中，將探針固定在固體表面上，并且使mRNA與探針接觸，例如在基因芯片陣列的情況下。熟練技術(shù)人員易于改適已知mRNA檢測(cè)方法以用于檢測(cè)編碼生物標(biāo)志或其它目標(biāo)蛋白質(zhì)的mRNA的水平。

用于測(cè)定樣品中目標(biāo)mRNA的水平的替代性方法涉及例如通過(guò)RT-PCR(參見例如美國(guó)專利號(hào)4,683,202)、連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Barany(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:189 193)、自動(dòng)維持序列復(fù)制(Guatelli等(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874-1878)、轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增系統(tǒng)(Kwoh等(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173-1177)、Q-Beta復(fù)制酶(Lizardi等(1988)Bio/Technology 6:1197)、滾環(huán)復(fù)制(美國(guó)專利號(hào)5,854,033)或任何其它核酸擴(kuò)增方法進(jìn)行的核酸擴(kuò)增過(guò)程，隨后使用為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知的技術(shù)檢測(cè)擴(kuò)增的分子。如果核酸分子以極低數(shù)目存在，那么這些檢測(cè)方案尤其適用于檢測(cè)所述分子。在本發(fā)明的特定方面，通過(guò)定量熒光產(chǎn)生性RT-PCR(即TaqMan0系統(tǒng))來(lái)評(píng)估生物標(biāo)志表達(dá)。

使用膜印跡(諸如雜交分析(諸如Northern分析、斑點(diǎn)分析等)中所使用)、或微孔、樣品管、凝膠、珠?；蚶w維(或包括結(jié)合的核酸的任何固體載體)監(jiān)測(cè)目標(biāo)RNA的修飾或表達(dá)水平。參見美國(guó)專利號(hào)5,770,722、5,874,219、5,744,305、5,677,195和5,445,934，其以引用的方式并入本文。對(duì)表達(dá)的檢測(cè)也包括使用含核酸探針的溶液。

在一些實(shí)施方案中，微陣列用于確定一種或多種生物標(biāo)志的表達(dá)或存在。由于在不同實(shí)驗(yàn)之間的可重現(xiàn)性，所以微陣列特別充分適合于這個(gè)目的。DNA微陣列提供一種用于同時(shí)測(cè)量大量基因的表達(dá)水平的方法。各陣列由可重現(xiàn)樣式的連接于固體載體的捕集探針組成。使標(biāo)記的RNA或DNA雜交于陣列上的互補(bǔ)探針，接著通過(guò)激光掃描來(lái)檢測(cè)。測(cè)定陣列上各探針的雜交強(qiáng)度，并且換算成代表相對(duì)基因表達(dá)水平的定量值。參見美國(guó)專利號(hào)6,040,138、5,800,992、6,020,135、6,033,860、6,344,316和美國(guó)專利申請(qǐng)20120208706。高密度寡核苷酸陣列特別適用于確定樣品中許多RNA的基因表達(dá)譜。示例性微陣列芯片包括來(lái)自Foundation Medicine,Inc的FoundationOne和FoundationOne Heme；來(lái)自Affymetrix的人基因組U133Plus 2.0陣列；以及來(lái)自Myraid RBM的人250+v.2.0。

用于使用機(jī)械合成方法來(lái)合成這些陣列的技術(shù)描述于例如美國(guó)專利號(hào)5,384,261中。在一些實(shí)施方案中，在實(shí)際上任何形狀的表面或甚至許多表面上制造陣列。在一些實(shí)施方案中，陣列是平面陣列表面。在一些實(shí)施方案中，陣列包括處于珠粒、凝膠、聚合表面、纖維(諸如光纖)、玻璃或任何其它適當(dāng)基底上的肽或核酸，參見美國(guó)專利號(hào)5,770,358、5,789,162、5,708,153、6,040,193和5,800,992，其各自據(jù)此出于所有目的整體并入本文。在一些實(shí)施方案中，以使得允許用全包裝置(all-inclusive device)進(jìn)行診斷或其它操作的方式包裝陣列。

涵蓋用于特異性鑒定和定量候選受試者的生物樣品中的生物標(biāo)志(例如生物標(biāo)志、細(xì)胞存活或增殖的生物標(biāo)志、凋亡的生物標(biāo)志、Btk介導(dǎo)的信號(hào)傳導(dǎo)途徑的生物標(biāo)志)的任何手段。因此，在一些實(shí)施方案中，借助于能夠與生物樣品中目標(biāo)生物標(biāo)志蛋白質(zhì)或其生物活性變體特異性相互作用的結(jié)合蛋白來(lái)檢測(cè)那個(gè)生物標(biāo)志蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，使用標(biāo)記的抗體、其結(jié)合部分、或其它結(jié)合配偶體。當(dāng)在本文中使用時(shí)，措辭“標(biāo)記”是指直接或間接綴合于抗體以便產(chǎn)生“標(biāo)記的”抗體的可檢測(cè)化合物或組合物。在一些實(shí)施方案中，標(biāo)記本身可檢測(cè)(例如放射性同位素標(biāo)記或熒光標(biāo)記)，或在酶標(biāo)記的情況下，催化底物化合物或組合物的可檢測(cè)化學(xué)改變。

用于檢測(cè)生物標(biāo)志蛋白質(zhì)的抗體在來(lái)源方面是單克隆的或多克隆的，或是合成或重組產(chǎn)生的。使用為本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)檢測(cè)方法測(cè)定復(fù)合蛋白質(zhì)的量，例如與特異性結(jié)合生物標(biāo)志蛋白質(zhì)的結(jié)合蛋白(例如抗體)締合的生物標(biāo)志蛋白質(zhì)的量。對(duì)免疫測(cè)定設(shè)計(jì)、理論和方案的詳細(xì)綜述見于本領(lǐng)域中的眾多教科書中(參見例如Ausubel等人編(1995)Current Protocols in Molecular Biology)(Greene Publishing and Wiley-Interscience,NY))；Coligan等人編(1994)Current Protocols in Immunology(John Wiley&Sons,Inc.,New York,N.Y.)。

對(duì)用于標(biāo)記抗體的標(biāo)志的選擇將視應(yīng)用而變化。然而，對(duì)標(biāo)志的選擇可易于為本領(lǐng)域技術(shù)人員所確定。這些標(biāo)記的抗體在免疫測(cè)定中以及組織學(xué)應(yīng)用中用于檢測(cè)任何目標(biāo)生物標(biāo)志或蛋白質(zhì)的存在。標(biāo)記的抗體是多克隆的或單克隆的。此外，用如在本文中其它地方所述的放射性原子、酶、發(fā)色或熒光部分、或比色標(biāo)簽標(biāo)記用于檢測(cè)目標(biāo)蛋白質(zhì)的抗體。對(duì)標(biāo)簽化標(biāo)記的選擇也將取決于所需檢測(cè)限制。酶測(cè)定(ELISA)通常允許檢測(cè)通過(guò)酶標(biāo)簽化復(fù)合物與酶底物的相互作用所形成的顯色產(chǎn)物。充當(dāng)可檢測(cè)標(biāo)記的放射性核素包括例如1-131、1-123、1-125、Y-90、Re-188、Re-186、At-211、Cu-67、Bi-212和Pd-109。充當(dāng)可檢測(cè)標(biāo)記的酶的實(shí)例包括但不限于辣根過(guò)氧化物酶、堿性磷酸酶、β-半乳糖苷酶和葡萄糖-6-磷酸脫氫酶。發(fā)色部分包括但不限于熒光素和若丹明(rhodamine)。通過(guò)本領(lǐng)域中已知的方法來(lái)使抗體綴合于這些標(biāo)記。舉例來(lái)說(shuō)，借助于諸如二醛、碳二亞胺、二馬來(lái)酰亞胺等的偶聯(lián)劑來(lái)使酶和發(fā)色分子綴合于抗體。或者，通過(guò)配體-受體對(duì)來(lái)發(fā)生綴合。適合的配體-受體對(duì)的實(shí)例是生物素-抗生蛋白或生物素-鏈霉親和素、以及抗體-抗原。

在某些實(shí)施方案中，通過(guò)放射免疫測(cè)定或酶聯(lián)免疫測(cè)定(ELISA)、競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合酶聯(lián)免疫測(cè)定、斑點(diǎn)印跡(參見例如Promega Protocols and Applications Guide,Promega Corporation(1991))、Western印跡(參見例如Sambrook等(1989)Molecular Cloning,A Laboratory Manual,第3卷,第18章(Cold Spring Harbor LaboratoryPress,Plainview,N.Y.))、諸如高效液相色譜法(HPLC)的色譜法、或本領(lǐng)域中已知的其它測(cè)定來(lái)確定例如體液樣品的生物樣品內(nèi)一種或多種生物標(biāo)志或其它目標(biāo)蛋白質(zhì)的表達(dá)或存在。因此，檢測(cè)測(cè)定涉及諸如但不限于免疫印跡、免疫擴(kuò)散、免疫電泳或免疫沉淀的步驟。

在某些其它實(shí)施方案中，本文公開的方法適用于鑒定和治療為第一線腫瘤治療性治療所難治(即對(duì)所述治療具有抗性，或已變得對(duì)所述治療具有抗性)的血液惡性腫瘤，包括本文所列的那些。

樣品

在一些實(shí)施方案中，用于方法中的樣品從血液惡性細(xì)胞系的細(xì)胞獲得。在一些實(shí)施方案中，樣品從急性成淋巴細(xì)胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、急性單核細(xì)胞性白血病(AMoL)、慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)、高風(fēng)險(xiǎn)CLL、小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(SLL)、高風(fēng)險(xiǎn)SLL、濾泡性淋巴瘤(FL)、彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)、套細(xì)胞淋巴瘤(MCL)、瓦爾登斯特倫氏巨球蛋白血癥、多發(fā)性骨髓瘤、結(jié)外邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、結(jié)內(nèi)邊緣區(qū)B細(xì)胞淋巴瘤、伯基特氏淋巴瘤、非伯基特高度惡性B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性縱隔B細(xì)胞淋巴瘤(PMBL)、免疫母細(xì)胞性大細(xì)胞淋巴瘤、前體B成淋巴細(xì)胞性淋巴瘤、B細(xì)胞前淋巴細(xì)胞性白血病、淋巴漿細(xì)胞性淋巴瘤、脾邊緣區(qū)淋巴瘤、漿細(xì)胞骨髓瘤、漿細(xì)胞瘤、縱隔(胸腺)大B細(xì)胞淋巴瘤、血管內(nèi)大B細(xì)胞淋巴瘤、原發(fā)性滲出性淋巴瘤或淋巴瘤樣肉芽腫病細(xì)胞系的細(xì)胞獲得。在一些實(shí)施方案中，樣品從DLBCL細(xì)胞系的細(xì)胞獲得。

在一些實(shí)施方案中，樣品是DLBCL細(xì)胞或DLBCL細(xì)胞群體。在一些實(shí)施方案中，DLBCL細(xì)胞系是活化B細(xì)胞樣(ABC)-DLBCL細(xì)胞系。在一些實(shí)施方案中，DLBCL細(xì)胞系是生發(fā)中心B細(xì)胞樣(GCB)-DLBCL細(xì)胞系。在一些實(shí)施方案中，DLBCL細(xì)胞系是OCI-Ly1、OCI-Ly2、OCI-Ly3、OCI-Ly4、OCI-Ly6、OCI-Ly7、OCI-Ly10、OCI-Ly18、OCI-Ly19、U2932、DB、HBL-1、RIVA、SUDHL2或TMD8。在一些實(shí)施方案中，對(duì)用BTK抑制劑進(jìn)行的治療敏感的DLBCL細(xì)胞系是TMD8、HBL-1或OCI-Ly10。在一些實(shí)施方案中，對(duì)用BTK抑制劑進(jìn)行的治療具有抗性的DLBCL細(xì)胞系是OCI-Ly3、DB或OCI-Ly19。

在一些實(shí)施方案中，用于方法中的樣品來(lái)自患者的任何組織或流體。樣品包括但不限于全血、解離骨髓、骨髓抽吸物、胸膜液、腹膜液、中樞脊髓液、腹腔液、胰液、腦脊髓液、腦液、腹水、心包液、尿、唾液、支氣管灌洗物、汗液、淚液、耳流出物、痰、鞘膜積液、精液、陰道流出物、乳液、羊水以及呼吸道、腸道或泌尿生殖道分泌物。在特定實(shí)施方案中，樣品是血清樣品。在特定實(shí)施方案中，樣品來(lái)自作為淋巴系統(tǒng)或循環(huán)系統(tǒng)的一部分或與淋巴系統(tǒng)或循環(huán)系統(tǒng)相關(guān)的流體或組織。在一些實(shí)施方案中，樣品是作為靜脈、動(dòng)脈、外周、組織、臍帶血液樣品的血液樣品。在特定實(shí)施方案中，樣品是含有一個(gè)或多個(gè)外周血液?jiǎn)魏思?xì)胞(PBMC)的血液細(xì)胞樣品。在一些實(shí)施方案中，樣品含有一個(gè)或多個(gè)循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)。在一些實(shí)施方案中，樣品含有一個(gè)或多個(gè)散播腫瘤細(xì)胞(DTC，例如在骨髓抽吸物樣品中)。

在一些實(shí)施方案中，通過(guò)使用熟知和常規(guī)臨床方法獲得樣品的任何適合手段來(lái)從個(gè)體獲得樣品。用于從個(gè)體獲得流體樣品的程序是熟知的。舉例來(lái)說(shuō)，用于抽取和處理全血和淋巴的程序是熟知的，并且可用于獲得供在提供的方法中使用的樣品。通常，對(duì)于收集血液樣品，添加抗凝血?jiǎng)?例如EDTA、或檸檬酸鹽和肝素或CPD(檸檬酸鹽、磷酸鹽、右旋糖)或類似物質(zhì))至樣品中以防止血液凝結(jié)。在一些實(shí)施例中，將血液樣品收集在含有一定量的EDTA的收集管中以防止血液樣品凝結(jié)。

在一些實(shí)施方案中，以定期間隔進(jìn)行從個(gè)體收集樣品，所述定期間隔諸如像一天、兩天、三天、四天、五天、六天、一周、兩周、數(shù)周、四周、一個(gè)月、兩個(gè)月、三個(gè)月、四個(gè)月、五個(gè)月、六個(gè)月、一年、每日、每周、每?jī)稍?、每季度、每?jī)赡昊蛎磕辍?/p>

在一些實(shí)施方案中，相對(duì)于用TEC抑制劑治療，在預(yù)定時(shí)間或以定期間隔進(jìn)行樣品收集。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑、ITK抑制劑、TEC抑制劑、RLK抑制劑或BMX抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑。

在一些實(shí)施方案中，相對(duì)于用ITK抑制劑治療，在預(yù)定時(shí)間或以定期間隔進(jìn)行樣品收集。舉例來(lái)說(shuō)，在用ITK抑制劑治療之前、期間或之后，或在用ITK抑制劑連續(xù)治療之間，在預(yù)定時(shí)間或以定期間隔從患者收集樣品。在特定實(shí)施例中，在施用ITK抑制劑之前，從患者獲得樣品，接著在已實(shí)現(xiàn)用ITK抑制劑治療之后，再次以定期間隔從患者獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，向患者施用ITK抑制劑和一種或多種額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是不可逆ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是可逆ITK抑制劑。

在一些實(shí)施方案中，相對(duì)于用BTK抑制劑治療，在預(yù)定時(shí)間或以定期間隔進(jìn)行樣品收集。舉例來(lái)說(shuō)，在用BTK抑制劑治療之前、期間或之后，或在用BTK抑制劑連續(xù)治療之間，在預(yù)定時(shí)間或以定期間隔從患者收集樣品。在特定實(shí)施例中，在施用BTK抑制劑之前，從患者獲得樣品，接著在已實(shí)現(xiàn)用BTK抑制劑治療之后，再次以定期間隔從患者獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，向患者施用BTK抑制劑和一種或多種額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是不可逆BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是可逆BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑從以下之中加以選擇：依魯替尼(PCI-32765)、PCI-45292、PCI-45466、AVL-101/CC-101(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-263/CC-263(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-292/CC-292(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-291/CC-291(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、CNX 774(Avila Therapeutics)、BMS-488516(Bristol-Myers Squibb)、BMS-509744(Bristol-Myers Squibb)、CGI-1746(CGI Pharma/GileadSciences)、CGI-560(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CTA-056、GDC-0834(Genentech)、HY-11066(也是CTK4I7891、HMS3265G21、HMS3265G22、HMS3265H21、HMS3265H22、439574-61-5、AG-F-54930)、ONO-4059(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、ONO-WG37(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、PLS-123(Peking University)、RN486(Hoffmann-La Roche)、HM71224(Hanmi Pharmaceutical Company Limited)、LFM-A13、BGB-3111(Beigene)、KBP-7536(KBP BioSciences)、ACP-196(Acerta Pharma)、JTE-051(Japan Tobacco Inc)、PRN1008(Principia)、CTP-730(Concert Pharmaceuticals)或GDC-0853(Genentech)。

在一些實(shí)施方案中，相對(duì)于用依魯替尼治療，在預(yù)定時(shí)間或以定期間隔進(jìn)行樣品收集。舉例來(lái)說(shuō)，在用依魯替尼治療之前、期間或之后，或在用依魯替尼連續(xù)治療之間，在預(yù)定時(shí)間或以定期間隔從患者收集樣品。在特定實(shí)施例中，在施用依魯替尼之前，從患者獲得樣品，接著在已實(shí)現(xiàn)用依魯替尼治療之后，再次以定期間隔從患者獲得樣品。在一些實(shí)施方案中，向患者施用依魯替尼和一種或多種額外治療劑。

TEC家族激酶抑制劑

BTK是激酶的酪氨酸蛋白質(zhì)激酶(TEC)家族的成員。在一些實(shí)施方案中，TEC家族包含BTK、ITK、TEC、RLK和BMX。在一些實(shí)施方案中，共價(jià)TEC家族激酶抑制劑抑制BTK、ITK、TEC、RLK和BMX的激酶活性。在一些實(shí)施方案中，共價(jià)TEC家族激酶抑制劑是BTK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，共價(jià)TEC家族激酶抑制劑是ITK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，共價(jià)TEC家族激酶抑制劑是TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，共價(jià)TEC家族激酶抑制劑是RLK抑制劑。在一些實(shí)施方案中，共價(jià)TEC家族激酶抑制劑是BMK抑制劑。

BTK抑制劑化合物包括依魯替尼及其藥學(xué)上可接受的鹽

本文所述的BTK抑制劑化合物(即依魯替尼)對(duì)BTK和在酪氨酸激酶的與BTK中的半胱氨酸481的氨基酸序列位置同源的氨基酸序列位置中具有半胱氨酸殘基的激酶具有選擇性。BTK抑制劑化合物可與BTK的Cys 481形成共價(jià)鍵(例如通過(guò)邁克爾(Michael)反應(yīng))。

在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是具有以下結(jié)構(gòu)的式(A)的化合物：

其中：

A是N；

R₁是苯基-O-苯基或苯基-S-苯基；

R₂和R₃獨(dú)立地是H；

R₄是L₃-X-L₄-G，其中，

L₃是任選的，并且當(dāng)存在時(shí)，是鍵、任選取代或未取代的烷基、任選取代或未取代的環(huán)烷基、任選取代或未取代的烯基、任選取代或未取代的炔基；

X是任選的，并且當(dāng)存在時(shí)，是鍵、-O-、-C(＝O)-、-S-、-S(＝O)-、-S(＝O)₂-、-NH-、-NR₉-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-NR₉C(O)-、-C(O)NR₉-、-S(＝O)₂NH-、-NHS(＝O)₂-、-S(＝O)₂NR₉-、-NR₉S(＝O)₂-、-OC(O)NH-、-NHC(O)O-、-OC(O)NR₉-、-NR₉C(O)O-、-CH＝NO-、-ON＝CH-、-NR₁₀C(O)NR₁₀-、雜芳基-、芳基-、-NR₁₀C(＝NR₁₁)NR₁₀-、-NR₁₀C(＝NR₁₁)-、-C(＝NR₁₁)NR₁₀-、-OC(＝NR₁₁)-或-C(＝NR₁₁)O-；

L₄是任選的，并且當(dāng)存在時(shí)，是鍵、取代或未取代的烷基、取代或未取代的環(huán)烷基、取代或未取代的烯基、取代或未取代的炔基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的雜芳基、取代或未取代的雜環(huán)；

或L₃、X和L₄一起形成含氮雜環(huán)；

G是其中，

R₆、R₇和R₈獨(dú)立地從以下之中加以選擇：H、鹵素、CN、OH、取代或未取代的烷基或取代或未取代的雜烷基或取代或未取代的環(huán)烷基、取代或未取代的雜環(huán)烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的雜芳基；

各R₉獨(dú)立地從以下之中加以選擇：H、取代或未取代的低級(jí)烷基和取代或未取代的低級(jí)環(huán)烷基；

各R₁₀獨(dú)立地是H、取代或未取代的低級(jí)烷基或取代或未取代的低級(jí)環(huán)烷基；或

兩個(gè)R₁₀基團(tuán)可一起形成5、6、7或8元雜環(huán)；或

R₁₀和R₁₁可一起形成5、6、7或8元雜環(huán)；或各R₁₁獨(dú)立地選自H或取代或未取代的烷基；或其藥學(xué)上可接受的鹽。在一些實(shí)施方案中，L₃、X和L₄一起形成含氮雜環(huán)。在一些實(shí)施方案中，含氮雜環(huán)是哌啶基團(tuán)。在一些實(shí)施方案中，G是在一些實(shí)施方案中，式(A)化合物是1-[(3R)-3-[4-氨基-3-(4-苯氧基苯基)吡唑并[3,4-d]嘧啶-1-基]哌啶-1-基]丙-2-烯-1-酮。

在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是具有式(A1)的結(jié)構(gòu)的化合物：

其中

A獨(dú)立地選自N或CR₅；

R₁是H、L₂-(取代或未取代的烷基)、L₂-(取代或未取代的環(huán)烷基)、L₂-(取代或未取代的烯基)、L₂-(取代或未取代的環(huán)烯基)、L₂-(取代或未取代的雜環(huán))、L₂-(取代或未取代的雜芳基)或L₂-(取代或未取代的芳基)，其中L₂是鍵、O、S、-S(＝O)、-S(＝O)₂、C(＝O)、-(取代或未取代的C₁-C₆亞烷基)或-(取代或未取代的C₂-C₆亞烯基)；

R₂和R₃獨(dú)立地選自H、低級(jí)烷基和取代的低級(jí)烷基；

R₄是L₃-X-L₄-G，其中，

L₃是任選的，并且當(dāng)存在時(shí)，是鍵、或任選取代的選自亞烷基、亞雜烷基、亞芳基、亞雜芳基、烷基亞芳基、烷基亞雜芳基或烷基亞雜環(huán)烷基的基團(tuán)；

X是任選的，并且當(dāng)存在時(shí)，是鍵、O、-C(＝O)、S、-S(＝O)、-S(＝O)₂、-NH、-NR₉、-NHC(O)、-C(O)NH、-NR₉C(O)、-C(O)NR₉、-S(＝O)₂NH、-NHS(＝O)₂、-S(＝O)₂NR₉-、-NR₉S(＝O)₂、-OC(O)NH-、-NHC(O)O-、-OC(O)NR₉-、-NR₉C(O)O-、-CH＝NO-、-ON＝CH-、-NR₁₀C(O)NR₁₀-、亞雜芳基、亞芳基、-NR₁₀C(＝NR₁₁)NR₁₀-、-NR₁₀C(＝NR₁₁)-、-C(＝NR₁₁)NR₁₀-、-OC(＝NR₁₁)-或-C(＝NR₁₁)O-；

L₄是任選的，并且當(dāng)存在時(shí)，是鍵、取代或未取代的亞烷基、取代或未取代的亞環(huán)烷基、取代或未取代的亞烯基、取代或未取代的亞炔基、取代或未取代的亞芳基、取代或未取代的亞雜芳基、取代或未取代的亞雜環(huán)基；

或L₃、X和L₄一起形成含氮雜環(huán)、或任選取代的選自烷基、雜烷基、芳基、雜芳基、烷基芳基、烷基雜芳基或烷基雜環(huán)烷基的基團(tuán)；

G是其中R^b是H、取代或未取代的烷基、取代或未取代的環(huán)烷基；并且

R₇和R₈是H；

R₆是H、取代或未取代的C₁-C₄烷基、取代或未取代的C₁-C₄雜烷基、C₁-C₈烷基氨基烷基、C₁-C₈羥基烷基氨基烷基、C₁-C₈烷氧基烷基氨基烷基、取代或未取代的C₃-C₆環(huán)烷基、取代或未取代的C₁-C₈烷基C₃-C₆環(huán)烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的C₂-C₈雜環(huán)烷基、取代或未取代的雜芳基、C₁-C₄烷基(芳基)、C₁-C₄烷基(雜芳基)、C₁-C₈烷基醚、C₁-C₈烷基酰胺或C₁-C₄烷基(C₂-C₈雜環(huán)烷基)；

R₆和R₈是H；

R₇是H、取代或未取代的C₁-C₄烷基、取代或未取代的C₁-C₄雜烷基、C₁-C₈烷基氨基烷基、C₁-C₈羥基烷基氨基烷基、C₁-C₈烷氧基烷基氨基烷基、取代或未取代的C₃-C₆環(huán)烷基、取代或未取代的C₁-C₈烷基C₃-C₆環(huán)烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的C₂-C₈雜環(huán)烷基、取代或未取代的雜芳基、C₁-C₄烷基(芳基)、C₁-C₄烷基(雜芳基)、C₁-C₈烷基醚、C₁-C₈烷基酰胺或C₁-C₄烷基(C₂-C₈雜環(huán)烷基)；或

R₇和R₈一起形成鍵；

R₆是H、取代或未取代的C₁-C₄烷基、取代或未取代的C₁-C₄雜烷基、C₁-C₈烷基氨基烷基、C₁-C₈羥基烷基氨基烷基、C₁-C₈烷氧基烷基氨基烷基、取代或未取代的C₃-C₆環(huán)烷基、取代或未取代的C₁-C₈烷基C₃-C₆環(huán)烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的C₂-C₈雜環(huán)烷基、取代或未取代的雜芳基、C₁-C₄烷基(芳基)、C₁-C₄烷基(雜芳基)、C₁-C₈烷基醚、C₁-C₈烷基酰胺或C₁-C₄烷基(C₂-C₈雜環(huán)烷基)；或

R₅是H、鹵素、-L₆-(取代或未取代的C₁-C₃烷基)、-L₆-(取代或未取代的C₂-C₄烯基)、-L₆-(取代或未取代的雜芳基)或–L₆-(取代或未取代的芳基)，其中L₆是鍵、O、S、-S(＝O)、S(＝O)₂、NH、C(O)、-NHC(O)O、-OC(O)NH、-NHC(O)或-C(O)NH；

R₉從以下之中加以選擇：H、取代或未取代的低級(jí)烷基和取代或未取代的低級(jí)環(huán)烷基；

各R₁₀獨(dú)立地是H、取代或未取代的低級(jí)烷基或取代或未取代的低級(jí)環(huán)烷基；或

兩個(gè)R₁₀基團(tuán)可一起形成5、6、7或8元雜環(huán)；或

R₁₀和R₁₁可一起形成5、6、7或8元雜環(huán)；或

R₁₁選自H、–S(＝O)₂R₈、–S(＝O)₂NH₂、-C(O)R₈、-CN、-NO₂、雜芳基或雜烷基；及其藥物活性代謝物、藥學(xué)上可接受的溶劑化物、藥學(xué)上可接受的鹽或藥學(xué)上可接受的前藥。

在一些實(shí)施方案中，A獨(dú)立地選自N。在一些實(shí)施方案中，R1是L2-(取代或未取代的雜芳基)或L2-(取代或未取代的芳基)，其中L2是鍵、O、S、-S(＝O)、-S(＝O)2,C(＝O)、-(取代或未取代的C1-C6亞烷基)或-(取代或未取代的C2-C6亞烯基)。在另一實(shí)施方案中，R1是L2-(取代或未取代的芳基)，并且L2是鍵。在另一實(shí)施方案中，R1是L2-(取代的芳基)，其中L2是鍵，并且芳基被L3-(取代或未取代的雜芳基)或L3-(取代或未取代的芳基)取代。在另一實(shí)施方案中，L3是鍵、O、S、NHC(O)、C(O)NH。

在一些實(shí)施方案中，L3、X和L4一起形成含氮雜環(huán)。在另一實(shí)施方案中，L₃、X和L₄一起形成吡咯烷環(huán)或哌啶環(huán)。在另一實(shí)施方案中，L₃、X和L₄一起形成哌啶環(huán)。在一些實(shí)施方案中，G是在一些實(shí)施方案中，G是在一些實(shí)施方案中，R₆、R₇和R₈是H。

在一些實(shí)施方案中，共價(jià)Btk抑制劑的實(shí)例見于全部以引用的方式整體并入本文的以下專利和專利申請(qǐng)中：美國(guó)專利號(hào)7,514,444；美國(guó)專利號(hào)7,960,396；美國(guó)專利號(hào)8,236,812；美國(guó)專利號(hào)8,497,277；美國(guó)專利號(hào)8,563,563；美國(guó)專利號(hào)8,399,470；美國(guó)專利號(hào)8,088,781；美國(guó)專利號(hào)8,501,751；美國(guó)專利號(hào)8,008,309；美國(guó)專利號(hào)8,552,010；美國(guó)專利號(hào)7,732,454；美國(guó)專利號(hào)7,825,118；美國(guó)專利號(hào)8,377,946；美國(guó)專利號(hào)8,501,724；美國(guó)專利公布號(hào)2011-0039868；美國(guó)專利號(hào)8,232,280；美國(guó)專利號(hào)8,158,786；美國(guó)專利公布號(hào)2011-0281322；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0088912；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0108612；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0115889；美國(guó)專利公布號(hào)2013-0005745；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0122894；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0135944；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0214826；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0252821；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0252822；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0277254；美國(guó)專利公布號(hào)2010-0022561；美國(guó)專利公布號(hào)2010-0324050；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0283276；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0065201；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0178753；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0101113；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0101114；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0165328；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0184013；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0184567；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0202264；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0277225；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0277255；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0296089；美國(guó)專利公布號(hào)2013-0035334；美國(guó)專利公布號(hào)2012-0329130；美國(guó)專利公布號(hào)2013-0018060；美國(guó)專利公布號(hào)2010-0254905；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?0/826,720；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?0/828,590；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?3/654,173；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?3/849,399；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?3/890,498；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?3/952,531；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?4/033,344；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?4/073,543；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?4/073,594；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?4/079,508；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?4/080,640；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?4/080,649；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?4/069,222；PCT申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2008/58528；PCT申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2012/046779；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/582,199；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?3/619,466；PCT申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2012/72043；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/593,146；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/637,765；PCT申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2013/23918；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/781,975；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/727,031；PCT申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2013/7016；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/647,956；PCT申請(qǐng)?zhí)朠CT/US2013/41242；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/769,103；美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/842,321；和美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?1/884,888。

“依魯替尼”或“1-((R)-3-(4-氨基-3-(4-苯氧基苯基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-1-基)哌啶-1-基)丙-2-烯-1-酮”或“1-{(3R)-3-[4-氨基-3-(4-苯氧基苯基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-1-基]哌啶-1-基}丙-2-烯-1-酮”或“1-[(3R)-3-[4-氨基-3-(4-苯氧基苯基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-1-基]-1-哌啶基-2-丙烯-1-酮”或依魯替尼或任何其它適合名稱是指具有以下結(jié)構(gòu)的化合物：

多種藥學(xué)上可接受的鹽由依魯替尼形成，并且包括：

–通過(guò)使依魯替尼與有機(jī)酸反應(yīng)來(lái)形成的酸加成鹽，所述有機(jī)酸包括脂族單羧酸和二羧酸、苯基取代的鏈烷酸、羥基鏈烷酸、鏈烷二酸、芳族酸、脂族和芳族磺酸、氨基酸等，并且包括例如乙酸、三氟乙酸、丙酸、乙醇酸、丙酮酸、草酸、馬來(lái)酸、丙二酸、琥珀酸、富馬酸、酒石酸、檸檬酸、苯甲酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、乙磺酸、對(duì)甲苯磺酸、水楊酸等；

–通過(guò)使依魯替尼與無(wú)機(jī)酸反應(yīng)來(lái)形成的酸加成鹽，所述無(wú)機(jī)酸包括鹽酸、氫溴酸、硫酸、硝酸、磷酸、氫碘酸、氫氟酸、亞磷酸等。

關(guān)于依魯替尼的術(shù)語(yǔ)“藥學(xué)上可接受的鹽”是指依魯替尼的鹽，其不會(huì)導(dǎo)致施用其的哺乳動(dòng)物產(chǎn)生顯著刺激，并且不實(shí)質(zhì)上消除化合物的生物活性和特性。

應(yīng)當(dāng)理解，提及藥學(xué)上可接受的鹽包括溶劑加成形式(溶劑化物)。溶劑化物含有化學(xué)計(jì)量或非化學(xué)計(jì)量數(shù)量的溶劑，并且在產(chǎn)物形成或分離的過(guò)程中用藥學(xué)上可接受的溶劑形成，所述溶劑諸如水、乙醇、甲醇、甲基叔丁基醚(MTBE)、二異丙基醚(DIPE)、乙酸乙酯、乙酸異丙酯、異丙醇、甲基異丁基酮(MIBK)、甲乙酮(MEK)、丙酮、硝基甲烷、四氫呋喃(THF)、二氯甲烷(DCM)、二噁烷、庚烷、甲苯、苯甲醚、乙腈等。在一個(gè)方面，使用但限于第3類溶劑形成溶劑化物。溶劑的種類在例如International Conference on Harmonization of Technical Requirements for Registration of Pharmaceuticals for Human Use)(ICH),“Impurities:Guidelines for Residual Solvents),Q3C(R3),(2005年11月)中有所定義。當(dāng)溶劑為水時(shí)形成水合物，或當(dāng)溶劑為醇時(shí)形成醇化物。在一些實(shí)施方案中，在本文所述的過(guò)程期間，方便地制備或形成依魯替尼或其藥學(xué)上可接受的鹽的溶劑化物。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼的溶劑化物為無(wú)水的。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼或其藥學(xué)上可接受的鹽以非溶劑化物形式存在。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼或其藥學(xué)上可接受的鹽以非溶劑化物形式存在，并且是無(wú)水的。

在其它實(shí)施方案中，以多種形式制備依魯替尼或其藥學(xué)上可接受的鹽，包括但不限于非晶態(tài)相、結(jié)晶形式、研磨形式和納米顆粒形式。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼或其藥學(xué)上可接受的鹽是非晶態(tài)的。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼或其藥學(xué)上可接受的鹽是非晶態(tài)的并且無(wú)水的。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼或其藥學(xué)上可接受的鹽是結(jié)晶的。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼或其藥學(xué)上可接受的鹽是結(jié)晶的并且無(wú)水的。

在一些實(shí)施方案中，如美國(guó)專利號(hào)7,514,444中所概述制備依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，Btk抑制劑是PCI-45292、PCI-45466、AVL-101/CC-101(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-263/CC-263(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-292/CC-292(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、AVL-291/CC-291(Avila Therapeutics/Celgene Corporation)、CNX 774(Avila Therapeutics)、BMS-488516(Bristol-Myers Squibb)、BMS-509744(Bristol-Myers Squibb)、CGI-1746(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CGI-560(CGI Pharma/Gilead Sciences)、CTA-056、GDC-0834(Genentech)、HY-11066(也是CTK4I7891、HMS3265G21、HMS3265G22、HMS3265H21、HMS3265H22、439574-61-5、AG-F-54930)、ONO-4059(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、ONO-WG37(Ono Pharmaceutical Co.,Ltd.)、PLS-123(Peking University)、RN486(Hoffmann-La Roche)、HM71224(Hanmi Pharmaceutical Company Limited)、LFM-A13、BGB-3111(Beigene)、KBP-7536(KBP BioSciences)、ACP-196(Acerta Pharma)、JTE-051(Japan Tobacco Inc)、PRN1008(Principia)、CTP-730(Concert Pharmaceuticals)或GDC-0853(Genentech)。

在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是4-(叔丁基)-N-(2-甲基-3-(4-甲基-6-((4-(嗎啉-4-羰基)苯基)氨基)-5-氧代-4,5-二氫吡嗪-2-基)苯基)苯甲酰胺(CGI-1746)；7-苯甲基-1-(3-(哌啶-1-基)丙基)-2-(4-(吡啶-4-基)苯基)-1H-咪唑并[4,5-g]喹喔啉-6(5H)-酮(CTA-056)；(R)-N-(3-(6-(4-(1,4-二甲基-3-氧代哌嗪-2-基)苯基氨基)-4-甲基-5-氧代-4,5-二氫吡嗪-2-基)-2-甲基苯基)-4,5,6,7-四氫苯并[b]噻吩-2-甲酰胺(GDC-0834)；6-環(huán)丙基-8-氟-2-(2-羥基甲基-3-{1-甲基-5-[5-(4-甲基-哌嗪-1-基)-吡啶-2-基氨基]-6-氧代-1,6-二氫-吡啶-3-基}-苯基)-2H-異喹啉-1-酮(RN-486)；N-[5-[5-(4-乙酰基哌嗪-1-羰基)-4-甲氧基-2-甲基苯基]硫烷基-1,3-噻唑-2-基]-4-[(3,3-二甲基丁-2-基氨基)甲基]苯甲酰胺(BMS-509744、HY-11092)；或N-(5-((5-(4-乙酰基哌嗪-1-羰基)-4-甲氧基-2-甲基苯基)硫基)噻唑-2-基)-4-(((3-甲基丁-2-基)氨基)甲基)苯甲酰胺(HY11066)；或其藥學(xué)上可接受的鹽。

在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是：

或其藥學(xué)上可接受的鹽。

ITK抑制劑

在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑共價(jià)結(jié)合ITK的半胱氨酸442。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2002/0500071中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2005/070420中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2005/079791中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2007/076228中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2007/058832中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2004/016610中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2004/016611中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2004/016600中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2004/016615中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2005/026175中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2006/065946中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2007/027594中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2007/017455中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2008/025820中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2008/025821中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2008/025822中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2011/017219中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2011/090760中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2009/158571中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2009/051822中所述的ITK抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的US 20110281850中所述的Itk抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2014/082085中所述的Itk抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2014/093383中所述的Itk抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的US8759358中所述的Itk抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2014/105958中所述的Itk抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的US2014/0256704中所述的Itk抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的US20140315909中所述的Itk抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的US20140303161中所述的Itk抑制劑化合物。在一些實(shí)施方案中，Itk抑制劑是以引用的方式整體并入本文的WO2014/145403中所述的Itk抑制劑化合物。

在一些實(shí)施方案中，ITK抑制劑具有選自以下的結(jié)構(gòu)：

組合療法

在一些實(shí)施方案中，與用于治療血液惡性腫瘤的額外治療劑組合施用TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，TEC抑制劑是BTK抑制劑、ITK抑制劑、TEC抑制劑、RLK抑制劑或BMX抑制劑。在某些實(shí)施方案中，與用于治療血液惡性腫瘤的額外治療劑組合施用ITK抑制劑。在某些實(shí)施方案中，與用于治療血液惡性腫瘤的額外治療劑組合施用BTK抑制劑(例如依魯替尼)。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是B細(xì)胞受體途徑抑制劑。在一些實(shí)施方案中，B細(xì)胞受體途徑抑制劑是CD79A抑制劑、CD79B抑制劑、CD19抑制劑、Lyn抑制劑、Syk抑制劑、PI3K抑制劑、Blnk抑制劑、PLCγ抑制劑、PKCβ抑制劑或其組合。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是抗體、B細(xì)胞受體信號(hào)傳導(dǎo)抑制劑、PI3K抑制劑、IAP抑制劑、mTOR抑制劑、放射免疫治療劑、DNA損害劑、蛋白體抑制劑、組蛋白脫乙?；敢种苿⒌鞍踪|(zhì)激酶抑制劑、刺猬因子(hedgehog)抑制劑、Hsp90抑制劑、端粒酶抑制劑、Jak1/2抑制劑、蛋白酶抑制劑、PKC抑制劑、PARP抑制劑或其組合。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是LYN、SYK、JAK、PI3K、PLCγ、MAPK、HDAC、NF_KB或MEK的抑制劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自化學(xué)治療劑、生物劑、放射療法、骨髓移植或手術(shù)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑從化學(xué)治療劑、生物劑、放射療法、骨髓移植或手術(shù)之中加以選擇。在一些實(shí)施方案中，化學(xué)治療劑從以下之中加以選擇：苯丁酸氮芥、異環(huán)磷酰胺、多柔比星、美沙拉嗪、沙利度胺、來(lái)那度胺、坦羅莫司、依維莫司、氟達(dá)拉濱、福他替尼、紫杉醇、多西他賽、奧法木單抗、利妥昔單抗、地塞米松、潑尼松、CAL-101、替伊莫單抗、托西莫單抗、硼替佐米、噴司他汀、內(nèi)皮抑素或其組合。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括選自以下的藥劑：苯達(dá)莫司汀(bendamustine)、硼替佐米、來(lái)那度胺、艾代拉里斯(idelalisib)(GS-1101)、伏立諾他(vorinostat)、依維莫司、帕比司他(panobinostat)、坦羅莫司、羅米地辛(romidepsin)、伏立諾他、氟達(dá)拉濱、環(huán)磷酰胺(cyclophosphamide)、米托蒽醌(mitoxantrone)、噴司他汀(pentostatine)、潑尼松、依托泊苷(etopside)、丙卡巴肼(procarbazine)和沙利度胺。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是利妥昔單抗。在一些實(shí)施方案中，將利妥昔單抗作為維持療法加以進(jìn)一步施用。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是苯達(dá)莫司汀。在一些實(shí)施方案中，與利妥昔單抗組合施用硼替佐米。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是硼替佐米。在一些實(shí)施方案中，與利妥昔單抗組合施用苯達(dá)莫司汀。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是來(lái)那度胺。在一些實(shí)施方案中，與利妥昔單抗組合施用來(lái)那度胺。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是多藥劑治療方案。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括HyperCVAD方案(環(huán)磷酰胺、長(zhǎng)春新堿(vincristine)、多柔比星、地塞米松與甲氨蝶呤(methotrexate)和阿糖胞苷(cytarabine)交替)。在一些實(shí)施方案中，與利妥昔單抗組合施用HyperCVAD方案。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括R-CHOP方案(利妥昔單抗、環(huán)磷酰胺、多柔比星、長(zhǎng)春新堿和潑尼松)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括硼替佐米和利妥昔單抗。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括克拉屈濱(cladribine)和利妥昔單抗。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括FCR方案(FCR(氟達(dá)拉濱、環(huán)磷酰胺、利妥昔單抗))。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括FCMR方案(氟達(dá)拉濱、環(huán)磷酰胺、米托蒽醌、利妥昔單抗)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括FMR方案(氟達(dá)拉濱、米托蒽醌、利妥昔單抗)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括PCR方案(噴司他汀、環(huán)磷酰胺、利妥昔單抗)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括PEPC方案(潑尼松、依托泊苷、丙卡巴肼、環(huán)磷酰胺)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑包括用⁹⁰Y-替坦替伊莫單抗(ibritumomab tiuxetan)或¹³¹I-托西莫單抗進(jìn)行的放射免疫療法。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是自體干細(xì)胞移植。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：氮芥(Nitrogen Mustard)，諸如像苯達(dá)莫司汀、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、氮芥(chlormethine)、環(huán)磷酰胺、異環(huán)磷酰胺(ifosfamide)、美法侖(melphalan)、松龍苯芥(prednimustine)、氯乙環(huán)磷酰胺(trofosfamide)；烷基磺酸酯，如白消安(busulfan)、甘露舒凡(mannosulfan)、曲奧舒凡(treosulfan)；乙烯亞胺，如卡巴醌(carboquone)、噻替派(thiotepa)、三亞胺醌(triaziquone)；亞硝基脲，如卡莫司汀(carmustine)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)、雷莫司汀(ranimustine)、司莫司汀(semustine)、鏈脲霉素(streptozocin)；環(huán)氧化物，諸如像依托格魯(etoglucid)；其它烷化劑，諸如像達(dá)卡巴嗪(dacarbazine)、二溴甘露醇(mitobronitol)、哌泊溴烷(pipobroman)、替莫唑胺(temozolomide)；葉酸類似物，諸如像甲氨蝶呤、培美曲塞(permetrexed)、普拉曲沙(pralatrexate)、雷替曲塞(raltitrexed)；嘌呤類似物，諸如像克拉屈濱、氯法拉濱(clofarabine)、氟達(dá)拉濱、巰基嘌呤(mercaptopurine)、奈拉濱(nelarabine)、硫鳥嘌呤(tioguanine)；嘧啶類似物，諸如像阿扎胞苷(azacitidine)、卡培他濱(capecitabine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷、地西他濱(decitabine)、氟尿嘧啶(fluorouracil)、吉西他濱(gemcitabine)、替加氟(tegafur)；長(zhǎng)春花生物堿，諸如像長(zhǎng)春花堿(vinblastine)、長(zhǎng)春新堿、長(zhǎng)春地辛(vindesine)、長(zhǎng)春氟寧(vinflunine)、長(zhǎng)春瑞濱(vinorelbine)；鬼臼毒素(Podophyllotoxin)衍生物，諸如像依托泊苷、替尼泊苷(teniposide)；秋水仙堿(Colchicine)衍生物，諸如像地美可辛(demecolcine)；紫杉烷(Taxane)，諸如像多西他賽(docetaxel)、紫杉醇(paclitaxel)、聚谷氨酸紫杉醇(paclitaxel poliglumex)；其它植物生物堿和天然產(chǎn)物，諸如像曲貝替定(trabectedin)；放線菌素(Actinomycine)，諸如像更生霉素(dactinomycin)；蒽環(huán)霉素(Antracycline)，諸如像阿柔比星(aclarubicin)、柔紅霉素(daunorubicin)、多柔比星、表柔比星(epirubicin)、伊達(dá)比星(idarubicin)、米托蒽醌、吡柔比星(pirarubicin)、戊柔比星(valrubicin)、佐柔比星(zorubincin)；其它細(xì)胞毒性抗生素，諸如像博萊霉素(bleomycin)、伊沙匹隆(ixabepilone)、絲裂霉素(mitomycin)、光神霉素(plicamycin)；鉑化合物，諸如像卡鉑(carboplatin)、順鉑(cisplatin)、奧沙利鉑(oxaliplatin)、賽特鉑(satraplatin)；甲基肼，諸如像丙卡巴肼；敏化劑，諸如像氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)、乙丙昔羅(efaproxiral)、氨基乙酰丙酸甲酯(methyl aminolevulinate)、卟吩姆鈉(porfimer sodium)、替莫泊芬(temoporfin)；蛋白質(zhì)激酶抑制劑，諸如像達(dá)沙替尼(dasatinib)、厄洛替尼(erlotinib)、依維莫司、吉非替尼(gefitinib)、伊馬替尼(imatinib)、拉帕替尼(lapatinib)、尼羅替尼(nilotinib)、帕唑帕尼(pazonanib)、索拉非尼(sorafenib)、舒尼替尼(sunitinib)、坦羅莫司；其它抗贅生劑，諸如像阿利維甲酸(alitretinoin)、六甲蜜胺(altretamine)、安吖啶(amzacrine)、阿那格雷(anagrelide)、三氧化二砷(arsenic trioxide)、天冬酰胺酶(asparaginase)、蓓薩羅丁(bexarotene)、硼替佐米、塞來(lái)昔布(celecoxib)、地尼白介素(denileukin diftitox)、雌氮芥(estramustine)、羥基脲(hydroxycarbamide)、伊立替康(irinotecan)、洛尼代寧(lonidamine)、馬丙考(masoprocol)、米替福新(miltefosein)、米托胍腙(mitoguazone)、米托坦(mitotane)、奧利默森(oblimersen)、培加帕酶(pegaspargase)、噴司他汀、羅米地辛、腺病毒載體定位碼基因(sitimagene ceradenovec)、噻唑呋林(tiazofurine)、拓?fù)涮婵?topotecan)、維甲酸(tretinoin)、伏立諾他；雌激素，諸如像二乙基羥基二苯乙烯(diethylstilbenol)、乙炔雌二醇(ethinylestradiol)、磷雌酚(fosfestrol)、聚磷酸雌二醇(polyestradiol phosphate)；助孕素(Progestogen)，諸如像孕諾酮(gestonorone)、甲孕酮(medroxyprogesterone)、甲地孕酮(megestrol)；促性腺激素釋放激素類似物，諸如像布舍瑞林(buserelin)、戈舍瑞林(goserelin)、亮丙瑞林(leuprorelin)、曲普瑞林(triptorelin)；抗雌激素劑，諸如像氟維司群(fulvestrant)、他莫昔芬(tamoxifen)、托瑞米芬(toremifene)；抗雄激素劑，諸如像比卡魯胺(bicalutamide)、氟他胺(flutamide)、尼魯米特(nilutamide)、酶抑制劑、胺魯米特(aminoglutethimide)、阿那曲唑(anastrozole)、依西美坦(exemestane)、福美司坦(formestane)、來(lái)曲唑(letrozole)、伏氯唑(vorozole)；其它激素拮抗劑，諸如像阿巴瑞克(abarelix)、地加瑞克(degarelix)；免疫刺激劑，諸如像二鹽酸組胺(histamine dihydrochloride)、米法木肽(mifamurtide)、匹多莫德(pidotimod)、普樂(lè)沙福(plerixafor)、羅喹美克(roquinimex)、胸腺五肽(thymopentin)；免疫抑制劑，諸如像依維莫司、胍立莫司(gusperimus)、來(lái)氟米特(leflunomide)、麥考酚酸(mycophenolic acid)、西羅莫司(sirolimus)；鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶(Calcineurin)抑制劑，諸如像環(huán)孢素(ciclosporin)、他克莫司(tacrolimus)；其它免疫抑制劑，諸如像咪唑硫嘌呤(azathioprine)、來(lái)那度胺、甲氨蝶呤、沙利度胺；和放射性藥物，諸如像碘芐胍(iobenguane)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：干擾素、白介素、腫瘤壞死因子、生長(zhǎng)因子等。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：安西司亭(ancestim)、非格司亭(filgrastim)、來(lái)格司亭(lenograstim)、莫拉司亭(molgramostim)、培非司亭(pegfilgrastim)、沙莫司亭(sargramostim)；干擾素，諸如像天然干擾素α、干擾素α-2a、干擾素α-2b、復(fù)合α干擾素-1(interferon alfacon-1)、干擾素α-n1、天然干擾素β、干擾素β-1a、干擾素β-1b、干擾素γ、聚乙二醇干擾素α-2a(peginterferon alfa-2a)、聚乙二醇干擾素α-2b；白介素，諸如像阿地白介素(aldesleukin)、奧普瑞白介素(oprelvekin)；其它免疫刺激劑，諸如像BCG疫苗、乙酸格拉默(glatiramer acetate)、二鹽酸組胺、免疫花青(immunocyanin)、香菇多糖(lentinan)、黑素瘤疫苗、米法木肽、培加酶、匹多莫德、普樂(lè)沙福、聚肌胞苷酸(poly I:C)、聚ICLC、羅喹美克(roquinimex)、他索納明(tasonermin)、胸腺五肽；免疫抑制劑，諸如像阿巴西普(abatacept)、阿貝莫司(abetimus)、阿法賽特(alefacept)、抗淋巴細(xì)胞免疫球蛋白(馬)、抗胸腺細(xì)胞免疫球蛋白(兔)、依庫(kù)利珠單抗(eculizumab)、依法利珠單抗(efalizumab)、依維莫司、胍立莫司、來(lái)氟米特、莫羅單抗-CD3(muromab-CD3)、麥考酚酸、那他珠單抗(natalizumab)、西羅莫司；TNFα抑制劑，諸如像阿達(dá)木單抗(adalimumab)、阿非莫單抗(afelimomab)、聚乙二醇賽妥珠單抗(certolizumab pegol)、依那西普(etanercept)、戈利木單抗(golimumab)、英利昔單抗(infliximab)；白介素抑制劑，諸如像阿那白滯素(anakinra)、巴利昔單抗(basiliximab)、卡那單抗(canakinumab)、達(dá)利珠單抗(daclizumab)、美泊利單抗(mepolizumab)、利納西普(rilonacept)、托珠單抗(tocilizumab)、優(yōu)特克單抗(ustekinumab)；鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶抑制劑，諸如像環(huán)孢素、他克莫司；其它免疫抑制劑，諸如像咪唑硫嘌呤、來(lái)那度胺、甲氨蝶呤、沙利度胺。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：阿達(dá)木單抗、阿來(lái)珠單抗(Alemtuzumab)、巴利昔單抗、貝伐單抗(Bevacizumab)、西妥昔單抗(Cetuximab)、聚乙二醇賽妥珠單抗、達(dá)利珠單抗、依庫(kù)利珠單抗、依法利珠單抗、吉妥珠單抗(Gemtuzumab)、替坦替伊莫單抗、英利昔單抗、莫羅莫那-CD3(Muromonab-CD3)、那他珠單抗、帕尼單抗(Panitumumab)、雷珠單抗(Ranibizumab)、利妥昔單抗、托西莫單抗、曲妥珠單抗(Trastuzumab)等或其組合。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：?jiǎn)慰寺】贵w，諸如像阿來(lái)珠單抗、貝伐單抗、卡妥索單抗(catumaxomab)、西妥昔單抗、依決洛單抗(edrecolomab)、吉妥珠單抗、帕尼單抗、利妥昔單抗、曲妥珠單抗；免疫抑制劑：依庫(kù)利珠單抗、依法利珠單抗、莫羅單抗-CD3、那他珠單抗；TNFα抑制劑，諸如像阿達(dá)木單抗、阿非莫單抗、聚乙二醇賽妥珠單抗、戈利木單抗、英利昔單抗；白介素抑制劑：巴利昔單抗、卡那單抗、達(dá)利珠單抗、美泊利單抗、托珠單抗、優(yōu)特克單抗；放射性藥物：替坦替伊莫單抗、托西莫單抗；其它單克隆抗體，諸如像阿巴伏單抗(abagovomab)、阿德木單抗(adecatumumab)、阿來(lái)珠單抗、抗CD30單克隆抗體Xmab2513、抗MET單克隆抗體MetMab、阿泊珠單抗(apolizumab)、阿泊單抗(apomab)、阿西莫單抗(arcitumomab)、巴利昔單抗、雙特異性抗體2B1、蘭妥莫單抗(blinatumomab)、維多汀布妥昔單抗(brentuximab vedotin)、噴地肽卡羅單抗(capromab pendetide)、西妥木單抗(cixutumumab)、克勞西單抗(claudiximab)、可那木單抗(conatumumab)、達(dá)西珠單抗(dacetuzumab)、地諾單抗(denosumab)、依庫(kù)利珠單抗、依帕珠單抗(epratuzumab)、依帕珠單抗、厄馬索單抗(ertumaxomab)、埃達(dá)珠單抗(etaracizumab)、芬妥木單抗(figitumumab)、夫蘇木單抗(fresolimumab)、加利昔單抗(galiximab)、加尼圖單抗(ganitumab)、奧佐米星吉妥珠單抗(gemtuzumab ozogamicin)、格勒巴木單抗(glembatumumab)、替伊莫單抗、奧佐米星伊珠單抗(inotuzumab ozogamicin)、易普利單抗(ipilimumab)、來(lái)沙木單抗(lexatumumab)、林妥珠單抗(lintuzumab)、林妥珠單抗、魯卡木單抗(lucatumumab)、馬帕木單抗(mapatumumab)、馬妥珠單抗(matuzumab)、米拉珠單抗(milatuzumab)、單克隆抗體CC49、奈西木單抗(necitumumab)、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、奧戈伏單抗(oregovomab)、帕妥珠單抗(pertuzumab)、瑞瑪庫(kù)里單抗(ramacurimab)、雷珠單抗、希普利珠單抗(siplizumab)、松匹珠單抗(sonepcizumab)、他尼珠單抗(tanezumab)、托西莫單抗、曲妥珠單抗、曲美木單抗(tremelimumab)、西莫白介素圖考珠單抗(tucotuzumab celmoleukin)、維妥珠單抗(veltuzumab)、維利珠單抗(visilizumab)、伏洛昔單抗(volociximab)、扎魯木單抗(zalutumumab)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：影響腫瘤微環(huán)境，諸如細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)(例如磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)信號(hào)傳導(dǎo)途徑，來(lái)自B細(xì)胞受體和IgE受體的信號(hào)傳導(dǎo))的藥劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是PI3K信號(hào)傳導(dǎo)抑制劑或syc激酶抑制劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，syk抑制劑是R788。在另一實(shí)施方案中是PKCγ抑制劑，諸如僅舉例來(lái)說(shuō)是恩扎妥林(enzastaurin)。

影響腫瘤微環(huán)境的藥劑的實(shí)例包括PI3K信號(hào)傳導(dǎo)抑制劑、syc激酶抑制劑、蛋白質(zhì)激酶抑制劑，諸如像達(dá)沙替尼、厄洛替尼、依維莫司、吉非替尼、伊馬替尼、拉帕替尼、尼羅替尼、帕唑帕尼、索拉非尼、舒尼替尼、坦羅莫司；其它血管生成抑制劑，諸如像GT-111、JI-101、R1530；其它激酶抑制劑，諸如像AC220、AC480、ACE-041、AMG 900、AP24534、Arry-614、AT7519、AT9283、AV-951、阿西替尼、AZD1152、AZD7762、AZD8055、AZD8931、巴非替尼(bafetinib)、BAY 73-4506、BGJ398、BGT226、BI 811283、BI6727、BIBF 1120、BIBW 2992、BMS-690154、BMS-777607、BMS-863233、BSK-461364、CAL-101、CEP-11981、CYC116、DCC-2036、迪那昔利布(dinaciclib)、乳酸多韋替尼(dovitinib lactate)、E7050、EMD 1214063、ENMD-2076、福他替尼二鈉(fostamatinib disodium)、GSK2256098、GSK690693、INCB18424、INNO-406、JNJ-26483327、JX-594、KX2-391、利尼伐尼(linifanib)、LY2603618、MGCD265、MK-0457、MK1496、MLN8054、MLN8237、MP470、NMS-1116354、NMS-1286937、ON 01919.Na、OSI-027、OSI-930、Btk抑制劑、PF-00562271、PF-02341066、PF-03814735、PF-04217903、PF-04554878、PF-04691502、PF-3758309、PHA-739358、PLC3397、祖細(xì)胞生成素(progenipoietin)、R547、R763、雷莫蘆單抗(ramucirumab)、瑞戈非尼(regorafenib)、RO5185426、SAR103168、SCH 727965、SGI-1176、SGX523、SNS-314、TAK-593、TAK-901、TKI258、TLN-232、TTP607、XL147、XL228、XL281RO5126766、XL418、XL765。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：有絲分裂原活化蛋白激酶信號(hào)傳導(dǎo)的抑制劑，例如U0126、PD98059、PD184352、PD0325901、ARRY-142886、SB239063、SP600125、BAY 43-9006、渥曼青霉素(wortmannin)或LY294002；Syk抑制劑；mTOR抑制劑；和抗體(例如美羅華(rituxan))。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：阿霉素(Adriamycin)、更生霉素、博萊霉素、長(zhǎng)春花堿、順鉑、阿西維辛(acivicin)；阿柔比星；鹽酸阿考達(dá)唑(acodazole hydrochloride)；阿克羅寧(acronine)；阿多來(lái)新(adozelesin)；阿地白介素；六甲蜜胺；安波毒素(ambomycin)；乙酸阿美蒽醌(ametantrone acetate)；胺魯米特；安吖啶(amsacrine)；阿那曲唑；安曲霉素(anthramycin)；天冬酰胺酶；曲林菌素(asperlin)；阿扎胞苷(azacitidine)；阿替派(azetepa)；阿佐霉素(azotomycin)；巴馬司他(batimastat)；苯佐替派(benzodepa)；比卡魯胺；鹽酸比生群(bisantrene hydrochloride)；二甲磺酸雙奈法德(bisnafide dimesylate)；比折來(lái)新(bizelesin)；硫酸博萊霉素(bleomycin sulfate)；布喹那鈉(brequinar sodium)；溴匹立明(bropirimine)；白消安；放線菌素C(cactinomycin)；二甲睪酮(calusterone)；卡醋胺(caracemide)；卡貝替姆(carbetimer)；卡鉑；卡莫司??；鹽酸卡柔比星(carubicin hydrochloride)；卡折來(lái)新(carzelesin)；西地芬戈(cedefingol)；苯丁酸氮芥；西羅霉素(cirolemycin)；克拉屈濱；甲磺酸克立那托(crisnatol mesylate)；環(huán)磷酰胺；阿糖胞苷；達(dá)卡巴嗪(dacarbazine)；鹽酸柔紅霉素(daunorubicin hydrochloride)；地西他濱；右奧馬鉑(dexormaplatin)；地扎胍寧(dezaguanine)；甲磺酸地扎胍寧(dezaguanine mesylate)；地吖醌(diaziquone)；多柔比星；鹽酸多柔比星；屈洛昔芬(droloxifene)；檸檬酸屈洛昔芬(droloxifene citrate)；丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)；達(dá)佐霉素(duazomycin)；依達(dá)曲沙(edatrexate)；鹽酸依氟鳥氨酸(eflornithine hydrochloride)；依沙蘆星(elsamitrucin)；恩洛鉑(enloplatin)；恩普氨酯(enpromate)；依匹哌啶(epipropidine)；鹽酸表柔比星(epirubicin hydrochloride)；厄布洛唑(erbulozole)；鹽酸依索比星(esorubicin hydrochloride)；雌氮芥(estramustine)；雌氮芥磷酸鈉(estramustine phosphate sodium)；依他硝唑(etanidazole)；依托泊苷；磷酸依托泊苷；氯苯乙嘧胺(etoprine)；鹽酸法倔唑(fadrozole hydrochloride)；法扎拉濱(fazarabine)；芬維A胺(fenretinide)；氟尿苷(floxuridine)；磷酸氟達(dá)拉濱；氟尿嘧啶(fluorouracil)；氟西他濱(flurocitabine)；磷喹酮(fosquidone)；福司曲星鈉(fostriecin sodium)；吉西他濱；鹽酸吉西他濱；羥基脲；鹽酸伊達(dá)比星；異環(huán)磷酰胺；伊莫福新(iimofosine)；白介素Il(包括重組白介素II或rlL2)；干擾素α-2a；干擾素α-2b；干擾素α-n1；干擾素α-n3；干擾素β-l a；干擾素γ-l b；異丙鉑(iproplatin)；鹽酸伊立替康；乙酸蘭瑞肽(lanreotide acetate)；來(lái)曲唑；乙酸亮丙瑞林(leuprolide acetate)；鹽酸利阿唑(liarozole hydrochloride)；洛美曲索鈉(lometrexol sodium)；洛莫司汀(lomustine)；鹽酸洛索蒽醌(losoxantrone hydrochloride)；馬丙考(masoprocol)；美登素(maytansine)；鹽酸二氯甲基二乙胺(mechlorethamine hydrochloride)；乙酸甲地孕酮(megestrol acetate)；乙酸美侖孕酮(melengestrol acetate)；美法侖；美諾立爾(menogaril)；巰基嘌呤；甲氨蝶呤；甲氨蝶呤鈉；氯苯氨啶(metoprine)；美烏替派(meturedepa)；米丁度胺(mitindomide)；米托克星(mitocarcin)；絲裂紅素(mitocromin)；絲裂吉霉素(mitogillin)；絲裂馬菌素(mitomalcin)；絲裂霉素(mitomycin)；米托司培(mitosper)；米托坦(mitotane)；鹽酸米托蒽醌；麥考酚酸；諾考達(dá)唑(nocodazoie)；諾加霉素(nogalamycin)；奧馬鉑(ormaplatin)；亞磺酰吡啶(oxisuran)；培加帕酶(pegaspargase)；佩里霉素(peliomycin)；戊氮芥(pentamustine)；硫酸培洛霉素(peplomycin sulfate)；培磷酰胺(perfosfamide)；哌泊溴烷(pipobroman)；保釋芬(piposulfan)；鹽酸吡羅蒽醌(piroxantrone hydrochloride)；光神霉素(plicamycin)；普洛美坦(plomestane)；卟吩姆鈉；波福霉素(porfiromycin)；松龍苯芥(prednimustine)；鹽酸丙卡巴肼；嘌呤霉素(puromycin)；鹽酸嘌呤霉素(puromycin hydrochloride)；吡唑呋喃菌素(pyrazofurin)；利波腺苷(riboprine)；洛太米特(rogletimide)；沙芬戈(safingol)；鹽酸沙芬戈(safingol hydrochloride)；司莫司汀(semustine)；辛曲秦(simtrazene)；磷乙酰天冬氨酸鈉(sparfosate sodium)；稀疏霉素(sparsomycin)；鹽酸螺旋鍺(spirogermanium hydrochloride)；螺莫司汀(spiromustine)；螺鉑(spiroplatin)；鏈黑菌素(streptonigrin)；鏈脲霉素(streptozocin)；磺氯苯脲(sulofenur)；他利霉素(talisomycin)；替可加蘭鈉(tecogalan sodium)；替加氟；鹽酸替洛蒽醌(teloxantrone hydrochloride)；替莫泊芬(temoporfin)；替尼泊苷(teniposide)；替羅昔隆(teroxirone)；睪內(nèi)酯(testolactone)；硫咪嘌呤(thiamiprine)；硫鳥嘌呤；噻替派；噻唑呋林(tiazofurin)；替拉扎明(tirapazamine)；檸檬酸托瑞米芬(toremifene citrate)；乙酸曲托龍(trestolone acetate)；磷酸曲西立濱(triciribine phosphate)；三甲曲沙(trimetrexate)；葡萄糖醛酸三甲曲沙(trimetrexate glucuronate)；曲普瑞林(triptorelin)；鹽酸妥布氯唑(tubulozole hydrochloride)；尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；烏瑞替派(uredepa)；伐普肽(vapreotide)；維替泊芬(verteporfin)；硫酸長(zhǎng)春花堿(vinblastine sulfate)；硫酸長(zhǎng)春新堿；長(zhǎng)春地辛(vindesine)；硫酸長(zhǎng)春地辛(vindesine sulfate)；硫酸長(zhǎng)春匹定(vinepidine sulfate)；硫酸長(zhǎng)春甘酯(vinglycinate sulfate)；硫酸長(zhǎng)春羅辛(vinleurosine sulfate)；酒石酸長(zhǎng)春瑞濱(vinorelbine tartrate)；硫酸長(zhǎng)春羅定(vinrosidine sulfate)；硫酸長(zhǎng)春利定(vinzolidine sulfate)；伏氯唑(vorozole)；折尼鉑(zeniplatin)；凈司他汀(zinostatin)；鹽酸佐柔比星(zorubicin hydrochloride)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：20-表-1,25-二羥基維生素D3；5-乙炔基尿嘧啶；阿比特龍(abiraterone)；阿柔比星(aclarubicin)；?；幌?acylfulvene)；腺環(huán)戊醇(adecypenol)；阿多來(lái)新(adozelesin)；阿地白介素；ALL-TK拮抗劑；六甲蜜胺；氨莫司汀(ambamustine)；阿米多克斯(amidox)；阿米福汀(amifostine)；氨基乙酰丙酸；氨柔比星(amrubicin)；安吖啶；阿那格雷(anagrelide)；阿那曲唑；穿心蓮內(nèi)酯(andrographolide)；血管生成抑制劑；拮抗劑D；拮抗劑G；安雷利克斯(antarelix)；抗背側(cè)化形態(tài)發(fā)生蛋白質(zhì)-1；針對(duì)前列腺癌的抗雄激素劑；抗雌激素劑；抗瘤酮(antineoplaston)；反義寡核苷酸；甘氨酸阿非迪霉素(aphidicolin glycinate)；凋亡基因調(diào)節(jié)劑；凋亡調(diào)控劑；無(wú)嘌呤核酸；ara-CDP-DL-PTBA；精氨酸脫氨酶；阿蘇拉林(asulacrine)；阿他美坦(atamestane)；阿莫司汀(atrimustine)；阿西他汀1(axinastatin 1)；阿西他汀2；阿西他汀3；阿扎司瓊(azasetron)；阿扎毒素(azatoxin)；氮雜酪氨酸(azatyrosine)；漿果赤霉素(baccatin)III衍生物；巴覽醇(balanol)；巴馬司他(batimastat)；BCR/ABL拮抗劑；笨并二氫卟吩(benzochlorins)；苯甲?；宙邏A(benzoylstaurosporine)；β內(nèi)酰胺衍生物；β-阿勒新(beta-alethine)；貝他克拉霉素B(betaclamycin B)；樺木酸(betulinic acid)；bFGF抑制劑；比卡魯胺；比生群；雙氮丙啶基精胺(bisaziridinylspermine)；雙奈法德(bisnafide)；比曲特納A(bistratene A)；比折來(lái)新；布里菲特；溴匹立明；布多替鈦(budotitane)；丁硫氨酸亞砜亞胺(buthionine sulfoximine)；鈣泊三醇(calcipotriol)；卡弗他丁C(calphostin C)；喜樹堿(camptothecin)衍生物；金絲雀痘IL-2(canarypox IL-2)；卡培他濱(capecitabine)；甲酰胺-氨基-三唑；羧基酰胺基三唑；CaRest M3；CARN 700；軟骨源性抑制劑；卡折來(lái)新；酪蛋白激酶抑制劑(ICOS)；栗精胺(castanospermine)；殺菌肽B(cecropin B)；西曲瑞克(cetrorelix)；克洛林(chlorlns)；氯喹喔啉磺酰胺(chloroquinoxaline sulfonamide)；西卡前列素(cicaprost)；順式卟啉；克拉屈濱；克羅米芬(clomifene)類似物；克霉唑(clotrimazole)；碰撞霉素A(collismycin A)；碰撞霉素B；考布他汀A4(combretastatin A4)；考布他汀類似物；克納寧(conagenin)；甘藍(lán)海綿素816(crambescidin 816)；克立那托(crisnatol)；隱藻素8(cryptophycin 8)；隱藻素A衍生物；庫(kù)瑞辛A(curacin A)；環(huán)戊蒽醌(cyclopentanthraquinone)；環(huán)普拉坦(cycloplatam)；塞培霉素(cypemycin)；十八烷基磷酸阿糖胞苷；溶細(xì)胞因子；磷酸己烷雌酚(cytostatin)；達(dá)昔單抗(dacliximab)；地西他濱；脫氫膜海鞘素B(dehydrodidemnin B)；地洛瑞林(deslorelin)；地塞米松；右異環(huán)磷酰胺；右雷佐生(dexrazoxane)；右維拉帕米(dexverapamil)；地吖醌(diaziquone)；膜海鞘素B(didemnin B)；代多克斯(didox)；二乙基去甲精胺；二氫-5-氮雜胞苷；9-迪奧薩霉素(9-dioxamycin)；二苯基螺莫司汀(diphenyl spiromustine)；二十二醇；多拉司瓊(dolasetron)；脫氧氟尿苷(doxifluridine)；屈洛昔芬；屈大麻酚(dronabinol)；倍癌霉素SA(duocarmycin SA)；依布硒(ebselen)；依考莫司汀(ecomustine)；依地福新(edelfosine)；依決洛單抗；依氟鳥氨酸；欖香烯(elemene)；乙嘧替氟(emitefur)；表柔比星；愛普列特(epristeride)；雌氮芥類似物；雌激素激動(dòng)劑；雌激素拮抗劑；依他硝唑；磷酸依托泊苷；依西美坦(exemestane)；法倔唑(fadrozole)；法扎拉濱(fazarabine)；芬維A胺(fenretinide)；非格司亭(filgrastim)；非那雄胺(finasteride)；黃酮吡醇(flavopiridol)；氟卓斯汀(flezelastine)；氟海星酮(fluasterone)；氟達(dá)拉濱；鹽酸氟代柔紅霉素(fluorodaunorunicin hydrochloride)；福酚美克(forfenimex)；福美司坦(formestane)；福司曲星(fostriecin)；福莫司汀(fotemustine)；得克薩卟啉釓(gadolinium texaphyrin)；硝酸鎵；加洛他濱(galocitabine)；加尼瑞克(ganirelix)；明膠酶抑制劑；吉西他濱；谷胱甘肽抑制劑；亥舒凡(hepsulfam)；調(diào)蛋白(heregulin)；六亞甲基雙乙酰胺；金絲桃素(hypericin)；伊班膦酸(ibandronic acid)；伊達(dá)比星；碘昔芬(idoxifene)；伊決孟酮(idramantone)；依莫佛新(ilmofosine)；伊洛馬司他(ilomastat)；咪唑并吖啶酮(imidazoacridone)；咪喹莫特(imiquimod)；免疫刺激肽；胰島素-諸如像生長(zhǎng)因子-1受體抑制劑；干擾素激動(dòng)劑；干擾素；白介素；碘芐胍；碘代多柔比星(iododoxorubicin)；4-甘薯苦醇(ipomeanol,4-)；伊羅普拉(iroplact)；伊索拉定(irsogladine)；異本格唑(isobengazole)；異高軟海綿素B(isohomohalicondrin B)；伊他司瓊(itasetron)；加普拉洛肽(jasplakinolide)；卡哈拉肽F(kahalalide F)；三乙酸片螺素-N(lamellarin-N triacetate)；蘭瑞肽(lanreotide)；雷納霉素(leinamycin)；來(lái)格司亭(lenograstim)；硫酸香菇多糖(lentinan sulfate)；來(lái)普他汀(leptolstatin)；來(lái)曲唑；白血病抑制因子；白細(xì)胞α干擾素；亮脯利特+雌激素+孕酮；亮丙瑞林；左旋咪唑(levamisole)；利阿唑(liarozole)；線性聚胺類似物；親脂性二糖肽；親脂性鉑化合物；利索納得7(lissoclinamide 7)；樂(lè)鉑(lobaplatin)；蚯蚓磷脂(lombricine)；洛美曲索(lometrexol)；洛尼代寧(lonidamine)；洛索蒽醌(losoxantrone)；洛伐他汀(lovastatin)；羅唑利賓(loxoribine)；勒托替康(lurtotecan)；得克薩卟啉镥(lutetium texaphyrin)；里索菲林(lysofylline)；溶解肽；美坦辛(maitansine)；甘露他汀A(mannostatin A)；馬立馬司他(marimastat)；馬丙考；乳腺絲抑蛋白(maspin)；基質(zhì)溶解因子(matrilysin)抑制劑；基質(zhì)金屬蛋白酶抑制劑；美諾立爾(menogaril)；美巴龍(merbarone)；美替瑞林(meterelin)；甲硫氨酸酶(methioninase)；甲氧氯普胺(metoclopramide)；MIF抑制劑；米非司酮(mifepristone)；米替福新(miltefosine)；米立司亭(mirimostim)；錯(cuò)配雙鏈RNA；米托胍腙(mitoguazone)；二溴衛(wèi)矛醇(mitolactol)；絲裂霉素類似物；米托萘胺(mitonafide)；絲裂毒素成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子-皂素(saporin)；米托蒽醌；莫法羅汀(mofarotene)；莫拉司亭(molgramostim)；針對(duì)人絨毛膜促性腺激素(human chorionic gonadotrophin)的單克隆抗體；單磷?；|(zhì)A+分枝桿菌細(xì)胞壁sk；莫匹丹莫(mopidamol)；多藥物抗性基因抑制劑；基于多腫瘤抑制因子1的療法；芥類抗癌劑；美卡普羅B(mycaperoxide B)；分支桿菌細(xì)胞壁提取物；米利亞普隆(myriaporone)；N-乙?；啬橇?N-acetyldinaline)；N-取代的苯甲酰胺；那法瑞林(nafarelin)；那瑞替普(nagrestip)；納洛酮+戊唑星(naloxone+pentazocine)；納帕維(napavin)；萘萜二醇(naphterpin)；那托司亭(nartograstim)；奈達(dá)鉑(nedaplatin)；奈莫柔比星(nemorubicin)；奈立膦酸(neridronic acid)；中性內(nèi)肽酶(neutral endopeptidase)；尼魯米特(nilutamide)；尼薩霉素(nisamycin)；一氧化氮調(diào)節(jié)劑；氮氧化物抗氧化劑；尼多林(nitrullyn)；O6-苯甲基鳥嘌呤；奧曲肽(octreotide)；奧可斯酮(okicenone)；寡核苷酸；奧那司酮(onapristone)；昂丹司瓊(ondansetron)；昂丹司瓊；奧萊辛(oracin)；口服細(xì)胞因子誘導(dǎo)劑；奧馬鉑；奧沙特隆(osaterone)；奧沙利鉑；奧克斯霉素(oxaunomycin)；帕勞胺(palauamine)；棕櫚酰根霉素(palmitoylrhizoxin)；帕米膦酸(pamidronic acid)；人參炔三醇(panaxytriol)；帕諾米芬(panomifene)；副球菌素(parabactin)；帕折普汀(pazelliptine)；培加帕酶；培得星(peldesine)；戊聚糖多硫酸鈉；噴司他??；噴托唑(pentrozole)；全氟溴烷(perflubron)；培磷酰胺(perfosfamide)；紫蘇子醇(perillyl alcohol)；吩嗪霉素(phenazinomycin)；苯基乙酸鹽(phenylacetate)；磷酸酶抑制劑；匹西巴尼(picibanil)；鹽酸毛果蕓香堿(pilocarpine hydrochloride)；吡柔比星；吡曲克辛(piritrexim)；普拉色汀A(placetin A)；普拉色汀B；纖維蛋白溶酶原活化因子抑制劑；鉑絡(luò)合物；鉑化合物；鉑-三胺絡(luò)合物；卟吩姆鈉；波福霉素；潑尼松；丙基雙吖啶酮；前列腺素J2(prostaglandin J2)；蛋白酶體抑制劑；基于蛋白質(zhì)A的免疫調(diào)節(jié)劑；蛋白質(zhì)激酶C抑制劑；蛋白質(zhì)激酶C抑制劑、微藻(microalgal)；蛋白質(zhì)酪氨酸磷酸酶抑制劑；嘌呤核苷磷酸化酶抑制劑；紫紅素(purpurin)；吡唑并吖啶；吡哆醛化血紅蛋白聚氧乙烯綴合物；raf拮抗劑；雷替曲塞(raltitrexed)；拉莫司瓊(ramosetron)；ras法尼基(farnesyl)蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移酶抑制劑；ras抑制劑；ras-GAP抑制劑；脫甲基化瑞替普汀(retelliptine demethylated)；依替膦酸錸RE 186(rhenium Re 186etidronate)；根霉素(rhizoxin)；核酶(ribozyme)；RII維甲酰胺；洛太米特(rogletimide)；羅希吐堿(rohitukine)；羅莫肽(romurtide)；羅喹美克(roquinimex)；魯比津酮B1(rubiginone B1)；魯波克斯(ruboxyl)；沙芬戈；沙因托品(saintopin)；SarCNU；肌肉葉綠醇A(sarcophytol A)；沙莫司亭(sargramostim)；Sdi 1模擬物；司莫司汀(semustine)；衰老源性抑制劑1；有義寡核苷酸；信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)抑制劑；信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)調(diào)節(jié)劑；單鏈抗原結(jié)合蛋白；西索菲蘭(sizofiran)；索布佐生(sobuzoxane)；硼卡鈉(sodium borocaptate)；苯基乙酸鈉(sodium phenylacetate)；索爾醇(solverol)；促生長(zhǎng)因子(somatomedin)結(jié)合蛋白；索納明(sonermin)；膦門冬酸(sparfosic acid)；斯卡霉素D(spicamycin D)；螺莫司??；脾臟五肽(splenopentin)；海綿抑制素1(spongistatin 1)；角鯊胺(squalamine)；干細(xì)胞抑制劑；干細(xì)胞分裂抑制劑；斯提酰胺(stipiamide)；基質(zhì)溶解素抑制劑；薩菲諾辛(sulfinosine)；強(qiáng)效血管活性腸肽拮抗劑；蘇拉迪塔(suradista)；蘇拉明(suramin)；苦馬豆堿(swainsonine)；合成糖胺聚糖；他莫司汀(tallimustine)；甲碘化他莫昔芬(tamoxifen methiodide)；牛碘莫司汀(tauromustine)；他扎羅汀(tazarotene)；替可加蘭鈉(tecogalan sodium)；替加氟；碲吡喃鎓(tellurapyrylium)；端粒酶抑制劑；替莫泊芬(temoporfin)；替莫唑胺(temozolomide)；替尼泊苷(teniposide)；十氧化四氯；四佐胺(tetrazomine)；厚果糖松草堿(thaliblastine)；噻可拉林(thiocoraline)；血小板生成素(thrombopoietin)；血小板生成素模擬物；胸腺法新(thymalfasin)；胸腺生成素(thymopoietin)受體激動(dòng)劑；胸腺曲南(thymotrinan)；甲狀腺刺激激素(thyroid stimulating hormone)；本紫紅素乙酯錫(tin ethyl etiopurpurin)；替拉扎明(tirapazamine)；二氯化環(huán)戊二烯鈦(titanocene bichloride)；拓?fù)渖?topsentin)；托瑞米芬(toremifene)；全能性干細(xì)胞因子；翻譯抑制劑；維甲酸(tretinoin)；三乙?；蜍?；曲西立濱(triciribine)；三甲曲沙；曲普瑞林(triptorelin)；托烷司瓊(tropisetron)；妥羅雄脲(turosteride)；酪氨酸激酶抑制劑；酪氨酸磷酸化抑制劑(tyrphostin)；UBC抑制劑；烏苯美司(ubenimex)；泌尿生殖竇源性生長(zhǎng)抑制因子；尿激酶受體拮抗劑；伐普肽；瓦立奧林B(variolin B)；紅細(xì)胞基因療法載體系統(tǒng)；維拉雷瑣(velaresol)；藜蘆明(veramine)；瓦爾丁(verdin)；維替泊芬(verteporfin)；長(zhǎng)春瑞濱(vinorelbine)；威科薩汀(vinxaltine)；維塔辛(vitaxin)；伏氯唑(vorozole)；扎諾特隆(zanoterone)；折尼鉑(zeniplatin)；亞芐維C(zilascorb)；和凈司他汀斯酯(zinostatin stimalamer)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：烷化劑、抗代謝劑、天然產(chǎn)物或激素，例如氮芥(例如二氯甲基二乙胺、環(huán)磷酰胺、苯丁酸氮芥等)、烷基磺酸酯(例如白消安)、亞硝基脲(例如卡莫司汀、洛莫司汀等)或三氮烯(達(dá)卡巴嗪等)?？勾x劑的實(shí)例包括但不限于葉酸類似物(例如甲氨蝶呤)、或嘧啶類似物(例如阿糖胞苷)、嘌呤類似物(例如巰基嘌呤、硫鳥嘌呤、噴司他汀)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：氮芥(例如二氯甲基二乙胺、環(huán)磷酰胺、苯丁酸氮芥、美法侖等)、亞乙基亞胺和甲基蜜胺(例如六甲基蜜胺、噻替派)、烷基磺酸酯(例如白消安)、亞硝基脲(例如卡莫司汀、洛莫司汀、司莫司汀、鏈脲霉素等)或三氮烯(達(dá)卡巴嗪等)。抗代謝劑的實(shí)例包括但不限于葉酸類似物(例如甲氨蝶呤)、或嘧啶類似物(例如氟尿嘧啶、氟尿苷、阿糖胞苷)、嘌呤類似物(例如巰基嘌呤、硫鳥嘌呤、噴司他汀)。

在一些實(shí)施方案中，額外治療劑選自：通過(guò)由于穩(wěn)定化的微管而將細(xì)胞阻滯在G2-M期而起作用的藥劑，例如厄布洛唑(也稱為R-55104)、多拉司他汀10(Dolastatin 10)(也稱為DLS-10和NSC-376128)、羥乙基磺酸米伏布林(也稱為CI-980)、長(zhǎng)春新堿、NSC-639829、圓皮海綿內(nèi)酯(Discodermolide)(也稱為NVP-XX-A-296)、ABT-751(Abbott，也稱為E-7010)、阿托瑞亭(Altorhyrtin)(諸如阿托瑞亭A和阿托瑞亭C)、海綿抑制素(Spongistatin)(諸如海綿抑制素1、海綿抑制素2、海綿抑制素3、海綿抑制素4、海綿抑制素5、海綿抑制素6、海綿抑制素7、海綿抑制素8和海綿抑制素9)、鹽酸西馬多丁(Cemadotin hydrochloride)(也稱為L(zhǎng)U-103793和NSC-D-669356)、埃博霉素(Epothilone)(諸如埃博霉素A、埃博霉素B、埃博霉素C(也稱為脫氧埃博霉素A或dEpoA)、埃博霉素D(也被稱為KOS-862、dEpoB和脫氧埃博霉素B)、埃博霉素E、埃博霉素F、埃博霉素B N-氧化物、埃博霉素A N-氧化物、16-氮雜-埃博霉素B、21-氨基埃博霉素B(也稱為BMS-310705)、21-羥基埃博霉素D(也稱為脫氧埃博霉素F和dEpoF)、26-氟代埃博霉素)、澳瑞他汀PE(Auristatin PE)(也稱為NSC-654663)、索利多丁(Soblidotin)(也稱為TZT-1027)、LS-4559-P(Pharmacia，也稱為L(zhǎng)S-4577)、LS-4578(Pharmacia，也稱為L(zhǎng)S-477-P)、LS-4477(Pharmacia)、LS-4559(Pharmacia)、RPR-112378(Aventis)、硫酸長(zhǎng)春新堿、DZ-3358(Daiichi)、FR-182877(Fujisawa，也稱為WS-9885B)、GS-164(Takeda)、GS-198(Takeda)、KAR-2(Hungarian Academy of Sciences)、BSF-223651(BASF，也稱為ILX-651和LU-223651)、SAH-49960(Lilly/Novartis)、SDZ-268970(Lilly/Novartis)、AM-97(Armad/Kyowa Hakko)、AM-132(Armad)、AM-138(Armad/Kyowa Hakko)、IDN-5005(Indena)、隱藻素52(Cryptophycin 52)(也稱為L(zhǎng)Y-355703)、AC-7739(Ajinomoto，也稱為AVE-8063A和CS-39.HCI)、AC-7700(Ajinomoto，也稱為AVE-8062、AVE-8062A、CS-39-L-Ser.HCI和RPR-258062A)、維魯米德(Vitilevuamide)、微管溶素A(Tubulysin A)、加納單索(Canadensol)、矢車菊黃素(Centaureidin)(也稱為NSC-106969)、T-138067(Tularik，也稱為T-67、TL-138067和TI-138067)、COBRA-1(Parker Hughes Institute，也稱為DDE-261和WHI-261)、H10(Kansas State University)、H16(Kansas State University)、Oncocidin A1(也稱為BTO-956和DIME)、DDE-313(Parker Hughes Institute)、福佳立得B(Fijianolide B)、勞瑪立得(Laulimalide)、SPA-2(Parker Hughes Institute)、SPA-1(Parker Hughes Institute，也稱為SPIKET-P)、3-IAABU(細(xì)胞骨架/Mt.Sinai School of Medicine，也稱為MF-569)、那可丁(Narcosine)(也稱為NSC-5366)、那斯卡品(Nascapine)、D-24851(Asta Medica)、A-105972(Abbott)、哈米特林(Hemiasterlin)、3-BAABU(細(xì)胞骨架/Mt.Sinai School of Medicine，也稱為MF-191)、TMPN(Arizona State University)、二茂釩乙酰丙酮(Vanadocene acetylacetonate)、T-138026(Tularik)、曼薩曲爾(Monsatrol)、伊那斯納(lnanocine)(也稱為NSC-698666)、3-lAABE(Cytoskeleton/Mt.Sinai School of Medicine)、A-204197(Abbott)、T-607(Tuiarik，也稱為T-900607)、RPR-115781(Aventis)、軟珊瑚醇(Eleutherobin)(諸如脫甲基軟珊瑚醇、脫乙?；浬汉鞔?、異軟珊瑚醇A和Z-軟珊瑚醇)、卡里巴塞得(Caribaeoside)、卡里巴林(Caribaeolin)、大田軟海綿素B(Halichondrin B)、D-64131(AstaMedica)、D-68144(Asta Medica)、代佐那米德A(Diazonamide A)、A-293620(Abbott)、NPI-2350(Nereus)、根薯酮內(nèi)酯A(Taccalonolide A)、TUB-245(Aventis)、A-259754(Abbott)、代佐他汀(Diozostatin)、(-)-苯基阿斯汀((-)-Phenylahistin)(也稱為NSCL-96F037)、D-68838(Asta Medica)、D-68836(Asta Medica)、肌基質(zhì)蛋白B(Myoseverin B)、D-43411(Zentaris，也稱為D-81862)、A-289099(Abbott)、A-318315(Abbott)、HTI-286(也稱為SPA-110，三氟乙酸鹽)(Wyeth)、D-82317(Zentaris)、D-82318(Zentaris)、SC-12983(NCI)、瑞舒伐他汀(Resverastatin)磷酸鈉、BPR-OY-007(National Health Research Institutes)和SSR-250411(Sanofi)。

藥物組合物/制劑

在一些實(shí)施方案中，使用一種或多種有助于將活性化合物加工成可在藥學(xué)上使用的制劑的生理上可接受的載體(包括賦形劑和助劑)，以常規(guī)方式配制藥物組合物。適當(dāng)制劑取決于所選施用途徑。任何熟知技術(shù)、載體和賦形劑都可在適合時(shí)以及如本領(lǐng)域中所了解加以使用。本文所述的藥物組合物的概述可例如見于以下中：Remington:The Science and Practice of Pharmacy,第19版(Easton,Pa.:Mack Publishing Company,1995)；Hoover,John E.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pennsylvania 1975；Liberman,H.A.和Lachman,L.編,Pharmaceutical Dosage Forms,Marcel Decker,New York,N.Y.,1980；以及Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,第7版(Lippincott Williams&Wilkins1999)，其以引用的方式整體并入本文。

如本文所用，藥物組合物是指本文所述的化合物(諸如像依魯替尼)與其它化學(xué)組分諸如載體、穩(wěn)定劑、稀釋劑、分散劑、混懸劑、增稠劑和/或賦形劑的混合物。藥物組合物有利于將化合物施用給生物體。在實(shí)施本文提供的治療或使用方法時(shí)，以藥物組合物形式向患有待治療的疾病、病癥或病狀的哺乳動(dòng)物施用治療有效量的本文所述的化合物。優(yōu)選地，哺乳動(dòng)物是人。治療有效量可視疾病的嚴(yán)重性、受試者的年齡和相對(duì)健康狀況、所用化合物的效能和其它因素而廣泛變化?；衔锟蓡为?dú)使用或作為混合物的組分與一種或多種治療劑組合使用。

在某些實(shí)施方案中，組合物也包含一種或多種pH調(diào)整劑或緩沖劑，包括酸，諸如乙酸、硼酸、檸檬酸、乳酸、磷酸和鹽酸；堿，諸如氫氧化鈉、磷酸鈉、硼酸鈉、檸檬酸鈉、乙酸鈉、乳酸鈉和三-羥基甲基氨基甲烷；以及緩沖劑，諸如檸檬酸鹽/右旋糖、碳酸氫鈉和氯化銨。所述酸、堿和緩沖劑以將組合物的pH維持在可接受的范圍內(nèi)所需的量被納入。

在其它實(shí)施方案中，組合物也以使組合物的重量摩爾滲透濃度在可接受的范圍內(nèi)所需的量包括一種或多種鹽。所述鹽包括具有鈉、鉀或銨陽(yáng)離子和氯根、檸檬酸根、抗壞血酸根、硼酸根、磷酸根、碳酸氫根、硫酸根、硫代硫酸根或亞硫酸氫根陰離子的那些；適合鹽包括氯化鈉、氯化鉀、硫代硫酸鈉、亞硫酸氫鈉和硫酸銨。

如本文所用的術(shù)語(yǔ)“藥物組合”意指由由不止一種活性成分的混合或組合產(chǎn)生的產(chǎn)物，并且包括活性成分的固定組合與非固定組合兩者。術(shù)語(yǔ)“固定組合”意指活性成分，例如本文所述的化合物和活性助劑(co-agent)均以單個(gè)實(shí)體或劑量形式同時(shí)施用給患者。術(shù)語(yǔ)“非固定組合”意指活性成分，例如本文所述的化合物和活性助劑以單獨(dú)實(shí)體在沒有具體的居中的時(shí)間限制的情況下同時(shí)、并存或相繼地施用給患者，其中所述施用在患者體內(nèi)提供了這兩種化合物有效水平。后者也適用于混合療法，例如施用三種或更多種活性成分。

可通過(guò)多種施用途徑來(lái)向受試者施用本文所述的藥物制劑，所述施用途徑包括但不限于口服、胃腸外(例如靜脈內(nèi)、皮下、肌肉內(nèi))、鼻內(nèi)、經(jīng)頰、經(jīng)表面、經(jīng)直腸或經(jīng)皮施用途徑。本文所述的藥物制劑包括但不限于水性液體分散液、自乳化分散液、固溶體、脂質(zhì)體分散液、氣霧劑、固體劑型、粉劑、速釋制劑、控釋制劑、速熔制劑、片劑、膠囊、丸劑、緩釋制劑、延釋制劑、脈沖釋放制劑、多顆粒制劑和速釋和控釋混合制劑。

在一些實(shí)施方案中，以常規(guī)方式制造包含本文所述的化合物的藥物組合物，所述方式諸如僅舉例來(lái)說(shuō)，借助于常規(guī)混合、溶解、?；⑻且缕苽?、磨細(xì)、乳化、囊封、包埋或壓制方法。

“消泡劑”減少在加工期間起泡，所述起泡可導(dǎo)致水性分散液凝結(jié)，在成品膜劑中具有氣泡，或通常損害加工。示例性消泡劑包括硅乳液或脫水山梨糖醇倍半油酸酯。

“抗氧化劑”包括例如丁基化羥基甲苯(BHT)、抗壞血酸鈉、抗壞血酸、焦亞硫酸鈉和生育酚。在某些實(shí)施方案中，當(dāng)需要時(shí)，抗氧化劑增強(qiáng)化學(xué)穩(wěn)定性。

在某些實(shí)施方案中，本文提供的組合物也包含一種或多種防腐劑以抑制微生物活性。適合的防腐劑包括含汞物質(zhì)，諸如硼酸苯汞(merfen)和硫柳汞(thiomersal)；穩(wěn)定化二氧化氯；以及季銨化合物，諸如苯扎氯銨、十六烷基三甲基溴化銨和十六烷基氯化吡啶鎓。

在一些實(shí)施方案中，本文所述的制劑受益于抗氧化劑、金屬螯合劑、含硫醇化合物和其它一般性穩(wěn)定劑。所述所述穩(wěn)定劑的實(shí)例包括但不限于：(a)約0.5％至約2％w/v甘油，(b)約0.1％至約1％w/v甲硫氨酸，(c)約0.1％至約2％w/v單硫代甘油，(d)約1mM至約10mM EDTA，(e)約0.01％至約2％w/v抗壞血酸，(f)0.003％至約0.02％w/v聚山梨醇酯80，(g)0.001％至約0.05％w/v聚山梨醇酯20，(h)精氨酸，(i)肝素，(j)硫酸葡聚糖，(k)環(huán)糊精，(l)戊聚糖多硫酸酯和其它類肝素，(m)二價(jià)陽(yáng)離子，諸如鎂和鋅；或(n)其組合。

“粘合劑”賦予粘著特性，并且包括例如海藻酸及其鹽；纖維素衍生物，諸如羧甲基纖維素、甲基纖維素(例如)、羥丙基甲基纖維素、羥乙基纖維素、羥丙基纖維素(例如)、乙基纖維素(例如)和微晶纖維素(例如)；微晶右旋糖；直鏈淀粉；硅酸鎂鋁；多糖酸；膨潤(rùn)土；明膠；聚乙烯吡咯烷酮/乙酸乙烯酯共聚物；交聯(lián)聚維酮；聚維酮；淀粉；預(yù)膠化淀粉；黃蓍膠(tragacanth)、糊精、糖，諸如蔗糖(例如)、葡萄糖、右旋糖、糖蜜、甘露糖醇、山梨糖醇、木糖醇(例如)和乳糖；天然膠或合成膠，諸如阿拉伯膠、黃蓍膠、印度樹膠(ghatti gum)、依莎貝果殼粘液(mucilage of isapol husk)、聚乙烯吡咯烷酮(例如CL、CL、XL-10)、落葉松阿拉伯半乳聚糖、聚乙二醇、蠟、海藻酸鈉等。

“載體”或“載體物質(zhì)”包括任何通常在制藥學(xué)中使用的賦形劑，并且應(yīng)基于與本文公開的化合物(諸如依魯替尼的化合物)的相容性和所需劑型的釋放概況性質(zhì)加以選擇。示例性載體物質(zhì)包括例如粘合劑、混懸劑、崩解劑、填充劑、表面活性劑、增溶劑、穩(wěn)定劑、潤(rùn)滑劑、濕潤(rùn)劑、稀釋劑等?！八帉W(xué)上可相容的載體物質(zhì)”包括但不限于阿拉伯膠、明膠、膠體二氧化硅、甘油磷酸鈣、乳酸鈣、麥芽糖糊精、甘油、硅酸鎂、聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、膽固醇、膽固醇酯、酪蛋白酸鈉、大豆卵磷脂、?；悄懰帷⒘字Ｄ憠A、氯化鈉、磷酸三鈣、磷酸二鉀、纖維素和纖維素綴合物、糖硬脂酰基乳酰乳酸鈉、角叉菜膠、甘油單酯、甘油二酯、預(yù)膠化淀粉等。參見例如Remington:The Science and Practice of Pharmacy,第19版(Easton,Pa.:Mack Publishing Company,1995)；Hoover,John E.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pennsylvania 1975；Liberman,H.A.和Lachman,L.編,Pharmaceutical Dosage Forms,Marcel Decker,New York,N.Y.,1980；以及Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,第7版(Lippincott Williams&Wilkins1999)。

“分散劑”和/或“粘度調(diào)節(jié)劑”包括通過(guò)液體介質(zhì)或?；椒ɑ蚬不旆椒▉?lái)控制藥物的擴(kuò)散和均質(zhì)性的材料。在一些實(shí)施方案中，這些試劑也促進(jìn)包衣或蝕解基質(zhì)的有效性。示例性擴(kuò)散促進(jìn)劑/分散劑包括例如親水性聚合物、電解質(zhì)、60或80、PEG、聚乙烯吡咯烷酮(PVP；在商業(yè)上稱為)和基于碳水化合物的分散劑，諸如像羥丙基纖維素(例如HPC、HPC-SL和HPC-L)、羥丙基甲基纖維素(例如HPMC K100、HPMC K4M、HPMC K15M和HPMC K100M)、羧甲基纖維素鈉、甲基纖維素、羥乙基纖維素、羥丙基纖維素、羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯、醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯(HPMCAS)、非結(jié)晶纖維素、硅酸鎂鋁、三乙醇胺、聚乙烯醇(PVA)、乙烯基吡咯烷酮/乙酸乙烯酯共聚物(S630)、4-(1,1,3,3-四甲基丁基)-苯酚與氧化乙烯和甲醛的聚合物(也稱為泰洛沙泊(tyloxapol))、泊洛沙姆(poloxamer)(例如Pluronics和其是氧化乙烯和氧化丙烯的嵌段共聚物)；和泊洛沙胺(poloxamine)(例如Tetronic也稱為泊洛沙胺其是由依序添加氧化丙烯和氧化乙烯至乙二胺中所產(chǎn)生的四官能性嵌段共聚物(BASF Corporation,Parsippany,N.J.))、聚乙烯吡咯烷酮K12、聚乙烯吡咯烷酮K17、聚乙烯吡咯烷酮K25或聚乙烯吡咯烷酮K30、聚乙烯吡咯烷酮/乙酸乙烯酯共聚物(S-630)、聚乙二醇，例如聚乙二醇可具有約300至約6000、或約3350至約4000、或約7000至約5400的分子量，羧甲基纖維素鈉、甲基纖維素、聚山梨醇酯-80、海藻酸鈉、樹膠，諸如像黃蓍膠和阿拉伯樹膠、瓜爾膠、黃原膠(xanthan)，包括黃原膠(xanthan gum)，糖、纖維素制品，諸如像羧甲基纖維素鈉、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉，聚山梨醇酯-80、海藻酸鈉、聚乙氧基化脫水山梨糖醇單月桂酸酯、聚乙氧基化脫水山梨糖醇單月桂酸酯、聚維酮、卡波姆、聚乙烯醇(PVA)、海藻酸鹽、殼聚糖及其組合。諸如纖維素或三乙基纖維素的增塑劑也可用作分散劑。特別適用于脂質(zhì)體分散液和自乳化分散液中的分散劑是二肉豆蔻?；字Ｄ憠A、來(lái)自卵的天然磷脂酰膽堿、來(lái)自卵的天然磷脂酰甘油、膽固醇和肉豆蔻酸異丙酯。

一種或多種蝕解促進(jìn)劑與一種或多種擴(kuò)散促進(jìn)劑的組合也可用于本發(fā)明組合物中。

術(shù)語(yǔ)“稀釋劑”是指用于在遞送之前稀釋目標(biāo)化合物的化合物。稀釋劑也可用于使化合物穩(wěn)定，因?yàn)樗鼈兛商峁└€(wěn)定環(huán)境。溶解于緩沖溶液(其也可提供pH控制或維持)中的鹽在本領(lǐng)域中用作稀釋劑，包括但不限于磷酸鹽緩沖鹽水溶液。在某些實(shí)施方案中，稀釋劑使組合物的體積增加以有助于壓制或產(chǎn)生足以達(dá)成均質(zhì)共混物以進(jìn)行膠囊填充的體積。此類化合物包括例如乳糖、淀粉、甘露糖醇、山梨糖醇、右旋糖、微晶纖維素，諸如磷酸氫鈣、磷酸二鈣二水合物；磷酸三鈣、磷酸鈣；無(wú)水乳糖、噴霧干燥乳糖；預(yù)膠化淀粉、可壓縮糖，諸如(Amstar)；甘露糖醇、羥丙基甲基纖維素、醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯、基于蔗糖的稀釋劑、糖粉；硫酸氫鈣單水合物、硫酸鈣二水合物；乳酸鈣三水合物、葡萄糖結(jié)合劑；谷物水解固形物、直鏈淀粉；粉狀纖維素、碳酸鈣；甘氨酸、高嶺土；甘露糖醇、氯化鈉；肌醇、膨潤(rùn)土等。

術(shù)語(yǔ)“崩解”包括劑型在與胃腸液接觸時(shí)溶解與分散兩者。“崩解劑(Disintegration agent/disintegrant)”促進(jìn)物質(zhì)的分解或崩解。崩解劑的實(shí)例包括淀粉，例如天然淀粉，諸如玉米淀粉或馬鈴薯淀粉，預(yù)膠化淀粉，諸如National 1551或或羧甲淀粉鈉，諸如或纖維素，諸如木制品、甲基結(jié)晶纖維素，例如PH101、PH102、PH105、P100、Ming和甲基纖維素、交聯(lián)羧甲基纖維素或交聯(lián)纖維素，諸如交聯(lián)羧甲基纖維素鈉交聯(lián)羧甲基纖維素或交聯(lián)羧甲基纖維素；交聯(lián)淀粉，諸如羧甲淀粉鈉；交聯(lián)聚合物，諸如交聯(lián)聚維酮、交聯(lián)聚乙烯吡咯烷酮；海藻酸系物，諸如海藻酸或海藻酸的鹽，諸如海藻酸鈉；粘土，諸如HV(硅酸鎂鋁)；樹膠，諸如瓊脂、瓜爾膠、刺槐豆膠、刺梧桐膠、果膠或黃蓍膠；羧甲淀粉鈉；膨潤(rùn)土；天然海綿；表面活性劑；樹脂，諸如陽(yáng)離子交換樹脂，柑桔渣；月桂基硫酸鈉、月桂基硫酸鈉與淀粉組合等。

“藥物吸收”或“吸收”通常是指藥物從藥物施用部位跨越屏障向血管或作用部位中移動(dòng)的過(guò)程，例如藥物從胃腸道向門靜脈或淋巴系統(tǒng)中移動(dòng)。

“腸溶包衣”是在胃中保持大致上完整，但在小腸或結(jié)腸中溶解和釋放藥物的物質(zhì)。通常，腸溶包衣包含防止在胃的低pH環(huán)境中釋放，但在通常是6至7的pH的較高pH下離子化，并且因此在小腸或結(jié)腸中充分溶解以在其中釋放活性劑的聚合物質(zhì)。

“蝕解促進(jìn)劑”包括控制特定物質(zhì)在胃腸液中的蝕解的物質(zhì)。蝕解促進(jìn)劑通常為本領(lǐng)域普通技術(shù)人員所知。示例性蝕解促進(jìn)劑包括例如親水性聚合物、電解質(zhì)、蛋白質(zhì)、肽和氨基酸。

“填充劑”包括諸如乳糖、碳酸鈣、磷酸鈣、磷酸氫鈣、硫酸鈣、微晶纖維素、纖維素粉、右旋糖、葡萄糖結(jié)合劑、葡聚糖、淀粉、預(yù)膠化淀粉、蔗糖、木糖醇、乳糖醇、甘露糖醇、山梨糖醇、氯化鈉、聚乙二醇等的化合物。

適用于本文所述的制劑中的“調(diào)味劑”和/或“甜味劑”包括例如阿拉伯膠糖漿、安賽蜜(acesulfame K)、阿力甜(alitame)、茴香、蘋果、阿斯巴甜(aspartame)、香蕉、巴伐利亞奶油(Bavarian cream)、漿果、黑加侖、奶油糖果、檸檬酸鈣、樟腦、焦糖、櫻桃、櫻桃奶油、巧克力、肉桂、泡泡糖、柑桔、柑桔潘趣酒(citrus punch)、柑桔奶油、棉花糖、可可、可樂(lè)、冷櫻桃、冷柑桔、賽克拉美(cyclamate)、賽拉美(cylamate)、右旋糖、桉樹、丁香酚、果糖、果汁潘趣酒、姜、甘草亭酸鹽(glycyrrhetinate)、甘草(歐亞甘草(licorice))糖漿、葡萄、葡萄柚、蜂蜜、異麥芽酮糖醇、檸檬、酸橙、檸檬奶油、甘草酸單銨麥芽酚、甘露糖醇、楓樹、藥蜀葵(marshmallow)、薄荷醇、薄荷奶油、混合漿果、新橙皮苷DC(neohesperidine DC)、紐甜(neotame)、橙、梨、桃、胡椒薄荷、胡椒薄荷奶油、粉、樹莓、根汁汽水(root beer)、朗姆酒(rum)、糖精、黃樟素(safrole)、山梨糖醇、綠薄荷、綠薄荷奶油、草莓、草莓奶油、甜葉菊(stevia)、三氯蔗糖、蔗糖、糖精鈉、糖精、阿斯巴甜、乙?；前匪徕?acesulfame potassium)、甘露糖醇、非洲竹芋甜素(talin)、木糖醇、三氯蔗糖、山梨糖醇、瑞士奶油、塔格糖(tagatose)、紅桔(tangerine)、索馬甜(thaumatin)、百果糖(tutti fruitti)、香草、胡桃、西瓜、野櫻桃、冬青、木糖醇或這些調(diào)味成分的任何組合，例如茴香-薄荷醇、櫻桃-茴香、肉桂-橙、櫻桃-肉桂、巧克力-薄荷、蜂蜜-檸檬、檸檬-酸橙、檸檬-薄荷、薄荷醇-桉樹、橙-奶油、香草-薄荷及其混合物。

“潤(rùn)滑劑”和“助流劑”是防止、降低或抑制物質(zhì)粘著或摩擦的化合物。示例性潤(rùn)滑劑包括例如硬脂酸、氫氧化鈣、滑石粉、硬脂富馬酸鈉、烴，諸如礦物油或氫化植物油，諸如氫化大豆油高級(jí)脂肪酸和它們的堿金屬和堿土金屬鹽，諸如鋁鹽、鈣鹽、鎂鹽、鋅鹽、硬脂酸、硬脂酸鈉，甘油、滑石粉、蠟、硼酸、苯甲酸鈉、乙酸鈉、氯化鈉、亮氨酸、聚乙二醇(例如PEG-4000)或甲氧基聚乙二醇，諸如Carbowax^TM，油酸鈉、苯甲酸鈉、甘油基二十二烷酸酯、聚乙二醇、月桂基硫酸鎂或月桂基硫酸鈉、膠體二氧化硅，諸如Syloid^TM、淀粉，諸如玉米淀粉，硅酮油、表面活性劑等。

“可測(cè)量血清濃度”或“可測(cè)量血漿濃度”描述血清或血漿濃度，通常以在施用之后吸收至血流中的每mL、dL或L血清治療劑的mg、μg或ng計(jì)量。如本文所用，可測(cè)量血漿濃度通常以ng/ml或μg/ml計(jì)量。

“藥效學(xué)”是指決定在作用部位處相對(duì)于藥物濃度所觀察到的生物應(yīng)答的因素。

“藥代動(dòng)力學(xué)”是指決定在作用部位處達(dá)到和維持適當(dāng)藥物濃度的因素。

“增塑劑”是用于軟化微囊封物質(zhì)或薄膜包衣以使得它們脆性較小的化合物。合適的增塑劑包括例如聚乙二醇，諸如PEG 300、PEG 400、PEG 600、PEG 1450、PEG 3350和PEG 800，硬脂酸、丙二醇、油酸、三乙基纖維素和甘油三乙酸酯。在一些實(shí)施方案中，增塑劑也可充當(dāng)分散劑或濕潤(rùn)劑。

“增溶劑”包括諸如以下的化合物：甘油三乙酸酯、檸檬酸三乙酯、油酸乙酯、辛酸乙酯、月桂基硫酸鈉、多庫(kù)酯鈉、維生素E TPGS、二甲基乙酰胺、N-甲基吡咯烷酮、N-羥乙基吡咯烷酮、聚乙烯吡咯烷酮、羥丙基甲基纖維素、羥丙基環(huán)糊精、乙醇、正丁醇、異丙醇、膽固醇、膽汁鹽、聚乙二醇200-600、四氫糠醇聚乙二醇醚、二乙二醇單乙基醚(transcutol)、丙二醇和二甲基異山梨醇等的化合物。

“穩(wěn)定劑”包括諸如任何抗氧化劑、緩沖劑、酸、防腐劑等的化合物。

如本文所用的“穩(wěn)態(tài)”是當(dāng)在一個(gè)給藥間隔內(nèi)施用的藥物量等于消除的藥物量時(shí)，導(dǎo)致平穩(wěn)或恒定血漿藥物暴露。

“混懸劑”包括諸如以下的化合物：聚乙烯吡咯烷酮，例如聚乙烯吡咯烷酮K12、聚乙烯吡咯烷酮K17、聚乙烯吡咯烷酮K25或聚乙烯吡咯烷酮K30；乙烯基吡咯烷酮/乙酸乙烯酯共聚物(S630)；聚乙二醇，例如聚乙二醇可具有約300至約6000、或約3350至約4000、或約7000至約5400的分子量；羧甲基纖維素鈉、甲基纖維素、羥丙基甲基纖維素、乙酸硬脂酸羥甲基纖維素、聚山梨醇酯-80、羥乙基纖維素、海藻酸鈉；樹膠，諸如像黃蓍膠和阿拉伯樹膠、瓜爾膠、黃原膠(xanthan)，包括黃原膠(xanthan gum)；糖；纖維素制品，諸如像羧甲基纖維素鈉、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、羥丙基甲基纖維素、羥乙基纖維素；聚山梨醇酯-80；海藻酸鈉；聚乙氧基化脫水山梨糖醇單月桂酸酯；聚乙氧基化脫水山梨糖醇單月桂酸酯；聚維酮等。

“表面活性劑”包括諸如以下的化合物：月桂基硫酸鈉、多庫(kù)酯鈉、吐溫60或80、甘油三乙酸酯、維生素E TPGS、脫水山梨糖醇單油酸酯、聚氧乙烯脫水山梨糖醇單油酸酯、聚山梨醇酯、泊洛沙姆、膽汁鹽、單硬脂酸甘油酯、氧化乙烯和氧化丙烯的共聚物(例如(BASF))等。一些其它表面活性劑包括聚氧乙烯脂肪酸甘油酯和植物油，例如聚氧乙烯(60)氫化蓖麻油；以及聚氧乙烯烷基醚和烷基苯基醚，例如辛苯昔醇10(octoxynol 10)、辛苯昔醇40。在一些實(shí)施方案中，包括表面活性劑以增強(qiáng)物理穩(wěn)定性或達(dá)成其它目的。

“粘度增強(qiáng)劑”包括例如甲基纖維素、黃原膠、羧甲基纖維素、羥丙基纖維素、羥丙基甲基纖維素、醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯、羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯、卡波姆、聚乙烯醇、海藻酸鹽、阿拉伯膠、殼聚糖及其組合。

“濕潤(rùn)劑”包括諸如以下的化合物：油酸、單硬脂酸甘油酯、脫水山梨糖醇單油酸酯、脫水山梨糖醇單月桂酸酯、油酸三乙醇胺、聚氧乙烯脫水山梨糖醇單油酸酯、聚氧乙烯脫水山梨糖醇單月桂酸酯、多庫(kù)酯鈉、油酸鈉、月桂基硫酸鈉、多庫(kù)酯鈉、甘油三乙酸酯、吐溫80、維生素E TPGS、銨鹽等。

劑型

可配制本文所述的組合物以通過(guò)任何常規(guī)手段來(lái)向受試者施用，所述手段包括但不限于口服、胃腸外(例如靜脈內(nèi)、皮下或肌肉內(nèi))、經(jīng)頰、鼻內(nèi)、經(jīng)直腸或經(jīng)皮施用途徑。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“受試者”用于意指動(dòng)物，優(yōu)選是哺乳動(dòng)物，包括人或非人動(dòng)物。如本文所用，術(shù)語(yǔ)患者和受試者可互換使用。

此外，包含依魯替尼的本文所述的藥物組合物可配制成任何適合劑型，包括但不限于用于由待治療的患者口服攝取的水性口服分散液、液體、凝膠劑、糖漿、酏劑、漿液、混懸液等，固體口服劑型、氣霧劑、控釋制劑、速熔制劑、泡騰制劑、凍干制劑、片劑、粉劑、丸劑、糖衣片、膠囊、緩釋制劑、延釋制劑、脈沖釋放制劑、多顆粒制劑以及速釋和控釋混合制劑。

用于口服使用的藥物制劑可通過(guò)如下方式獲得：將一種或多種固體賦形劑與本文所述化合物中的一種或多種混合，任選地研磨所得的混合物，以及如果需要，在添加合適的助劑后加工顆?；旌衔?，以獲得片劑或糖衣丸芯。適合賦形劑包括例如填充劑，諸如糖，包括乳糖、蔗糖、甘露糖醇或山梨糖醇；纖維素制劑，諸如像玉米淀粉、小麥淀粉、稻米淀粉、馬鈴薯淀粉、明膠、黃蓍膠、甲基纖維素、微晶纖維素、羥丙基甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉；或其它賦形劑，諸如：聚乙烯吡咯烷酮(PVP或聚維酮)或磷酸鈣。在一些實(shí)施方案中，添加崩解劑，諸如交聯(lián)羧甲基纖維素鈉、聚乙烯吡咯烷酮、瓊脂或海藻酸或其鹽，諸如海藻酸鈉。

糖衣丸芯具有適合包衣。出于這個(gè)目的，在一些實(shí)施方案中，使用濃縮糖溶液，在特定實(shí)施方案中，其任選含有阿拉伯樹膠、滑石粉、聚乙烯吡咯烷酮、卡伯波凝膠(carbopol gel)、聚乙二醇和/或二氧化鈦、漆溶液和適合的有機(jī)溶劑或溶劑混合物。在一些實(shí)施方案中，添加染料或顏料至片劑或糖衣片包衣中以鑒定或表征活性化合物劑量的不同組合。

可口服使用的藥物制劑包括由明膠制成的推入配合膠囊(push-fit capsule)以及由明膠和增塑劑諸如甘油或山梨糖醇制成的密封軟膠囊。推入配合膠囊可含有活性成分與填充劑(諸如乳糖)、粘合劑(諸如淀粉)和/或潤(rùn)滑劑(諸如滑石粉或硬脂酸鎂)以及任選穩(wěn)定劑的混合物。在一些實(shí)施方案中，在軟膠囊中，活性化合物被溶解或混懸于適合液體，諸如脂肪油、液體石蠟或液體聚乙二醇中。此外，在一些實(shí)施方案中，添加穩(wěn)定劑。用于口服施用的所有制劑在劑量方面都應(yīng)適于所述施用。

在一些實(shí)施方案中，本文公開的固體劑型呈以下形式：片劑(包括混懸片劑、速熔片劑、咀嚼崩解片劑、速崩片劑、泡騰片劑或囊片)、丸劑、粉劑(包括無(wú)菌封裝粉劑、可分配粉劑或泡騰粉劑)、膠囊(包括軟膠囊或硬質(zhì)膠囊兩者，例如由動(dòng)物源性明膠或植物源性HPMC制得的膠囊、或“分散型膠囊”)、固體分散體、固溶體、生物可蝕解劑型、控釋制劑、脈沖釋放劑型、多顆粒劑型、丸粒、顆粒劑或氣霧劑。在其它實(shí)施方案中，藥物制劑呈粉劑形式。在其它實(shí)施方案中，藥物制劑呈包括但不限于速熔片劑的片劑形式。另外，在一些實(shí)施方案中，本文所述的藥物制劑以單個(gè)膠囊劑型或以多個(gè)膠囊劑型施用。在一些實(shí)施方案中，以2、或3、或4粒膠囊或片劑施用藥物制劑。

在一些實(shí)施方案中，通過(guò)將依魯替尼的顆粒與一種或多種藥物賦形劑混合以形成松散共混組合物來(lái)制備固體劑型，例如片劑、泡騰片劑和膠囊。當(dāng)提及這些松散共混組合物為均質(zhì)的時(shí)，其意指依魯替尼的顆粒均勻分散于整個(gè)組合物中，以使得組合物可易于細(xì)分成等效的單位劑型，諸如片劑、丸劑和膠囊。在一些實(shí)施方案中，個(gè)別單位劑量也包括膜包衣，該膜包衣在口服攝取后或在與稀釋劑接觸后分解。這些制劑可通過(guò)常規(guī)的藥理學(xué)技術(shù)制造。

常規(guī)的藥理學(xué)技術(shù)包括例如以下方法中的一種或組合：(1)干混，(2)直接壓制，(3)研磨，(4)干燥或無(wú)水制粒，(5)濕法制粒，或(6)融合。參見例如Lachman等,The Theory and Practice of Industrial Pharmacy(1986)。其它方法包括例如噴霧干燥、鍋包衣、熔融制粒、制粒、流化床噴霧干燥或包衣(例如沃斯特包衣(wurster coating))、切向涂布、頂噴、制片、擠出等。

本文所述的藥物固體劑型可包含本文所述的化合物和一種或多種藥學(xué)上可接受的添加劑，諸如相容載體、粘合劑、填充劑、混懸劑、調(diào)味劑、甜味劑、崩解劑、分散劑、表面活性劑、潤(rùn)滑劑、著色劑、稀釋劑、增溶劑、潤(rùn)燥劑、增塑劑、穩(wěn)定劑、滲透增強(qiáng)劑、濕潤(rùn)劑、消泡劑、抗氧化劑、防腐劑或其一種或多種組合。在其它方面，使用標(biāo)準(zhǔn)涂布工藝，諸如Remington’s Pharmaceutical Sciences,第20版(2000)中所述的那些，在依魯替尼的制劑的周圍提供膜包衣。在另一實(shí)施方案中，依魯替尼的顆粒中的一些或全部未被微膠囊化，并且無(wú)包衣。

用于本文所述的固體劑型中的合適載體包括但不限于阿拉伯膠、明膠、膠態(tài)二氧化硅、甘油磷酸鈣、乳酸鈣、麥芽糖糊精、甘油、硅酸鎂、酪蛋白酸鈉、大豆卵磷脂、氯化鈉、磷酸三鈣、磷酸二鉀、硬脂?；轷Ｈ樗徕c(sodium stearoyl lactylate)、角叉菜膠、單甘油酯、甘油二酯、預(yù)膠化淀粉、羥丙基甲基纖維素、醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯、蔗糖、微晶纖維素、乳糖、甘露糖醇等。

用于本文所述的固體劑型中的合適的填充劑包括但不限于乳糖、碳酸鈣、磷酸鈣、磷酸氫鈣、硫酸鈣、微晶纖維素、纖維素粉末、右旋糖、葡萄糖結(jié)合劑、葡聚糖、淀粉、預(yù)膠化淀粉、羥丙基甲基纖維素(HPMC)、羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯、醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯(HPMCAS)、蔗糖、木糖醇、乳糖醇、甘露糖醇、山梨糖醇、氯化鈉、聚乙二醇等。

為了使依魯替尼的化合物盡可能有效地從固體劑型基質(zhì)釋放，通常在制劑中使用崩解劑，尤其是當(dāng)用粘合劑壓制劑型時(shí)。崩解劑有助于在水分被吸入劑型時(shí)通過(guò)溶脹或毛細(xì)管作用使劑型基體碎裂。用于本文所述的固體劑型中的合適的崩解劑包括但不限于天然淀粉，諸如玉米淀粉或馬鈴薯淀粉；預(yù)膠化淀粉，諸如National 1551或或羧甲淀粉鈉，諸如或纖維素，諸如木制品；甲基結(jié)晶纖維素，例如PH101、PH102、PH105、P100、Ming和甲基纖維素、交聯(lián)羧甲基纖維素或交聯(lián)纖維素，諸如交聯(lián)羧甲基纖維素鈉交聯(lián)羧甲基纖維素(cross-linked carboxymethylcellulose)或交聯(lián)羧甲基纖維素(cross-linked croscarmellose)；交聯(lián)淀粉，諸如羧甲淀粉鈉；交聯(lián)聚合物，諸如交聯(lián)聚維酮、交聯(lián)聚乙烯吡咯烷酮；海藻酸鹽，諸如海藻酸；或海藻酸的鹽，諸如海藻酸鈉；粘土，諸如HV(硅酸鎂鋁)；樹膠，諸如瓊脂、瓜爾膠、刺槐豆膠、刺梧桐膠(Karaya)、果膠或黃蓍膠；羧甲淀粉鈉；膨潤(rùn)土；天然海綿；表面活性劑；樹脂，諸如陽(yáng)離子交換樹脂；柑桔渣；月桂基硫酸鈉；月桂基硫酸鈉與淀粉組合等。

粘合劑賦予固體口服劑型制劑以粘結(jié)性：對(duì)于粉末填充的膠囊制劑，它們有助于形成可被填充至軟殼或硬殼膠囊中的填塞物，而對(duì)于片劑制劑，它們確保片劑在壓制之后保持完整，并且有助于在壓制或填充步驟之前保證共混物均勻度。適于用作本文所述的固體劑型中的粘合劑的材料包括但不限于羧甲基纖維素、甲基纖維素(例如)、羥丙基甲基纖維素(例如羥丙基甲基纖維素USP Pharmacoat-603)、醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯(Aqoate HS-LF和HS)、羥乙基纖維素、羥丙基纖維素(例如)、乙基纖維素(例如)和微晶纖維素(例如)、微晶右旋糖、直鏈淀粉、硅酸鎂鋁、多糖酸、膨潤(rùn)土、明膠、聚乙烯吡咯烷酮/醋酸乙烯酯共聚物、交聯(lián)聚維酮、聚維酮、淀粉、預(yù)膠化淀粉、黃蓍膠、糊精、糖諸如蔗糖(例如)、葡萄糖、右旋糖、糖蜜、甘露糖醇、山梨糖醇、木糖醇(例如)、乳糖，天然或合成樹膠，諸如阿拉伯膠、黃蓍膠、印度樹膠(ghatti gum)、依莎貝果殼粘液，淀粉、聚乙烯吡咯烷酮(例如CL、CL、XL-10和K-12)、落葉松阿拉伯半乳聚糖、聚乙二醇、蠟、海藻酸鈉等。

一般來(lái)講，在粉末填充的明膠膠囊制劑中使用20-70％的粘合劑水平。片劑制劑中的粘合劑使用水平隨以下選擇而變化：直接壓制、濕法制粒、碾壓、或使用其他賦形劑，諸如填充劑，該填充劑自身可用作適度的粘合劑。本領(lǐng)域中的熟練配制者可確定制劑的粘合劑水平，但在片劑制劑中至多70％的粘合劑使用水平是常見的。

用于本文所述的固體劑型中的合適的潤(rùn)滑劑或助流劑包括但不限于硬脂酸、氫氧化鈣、滑石粉、玉米淀粉、硬脂富馬酸鈉、堿金屬和堿土金屬鹽(諸如鋁鹽、鈣鹽、鎂鹽、鋅鹽、硬脂酸、硬脂酸鈉、硬脂酸鎂、硬脂酸鋅)，蠟、硼酸、苯甲酸鈉、乙酸鈉、氯化鈉、亮氨酸、聚乙二醇或甲氧基聚乙二醇(諸如Carbowax^TM、PEG 4000、PEG 5000、PEG 6000)、丙二醇、油酸鈉、甘油基二十二烷酸酯、棕櫚酸硬脂酸甘油酯、苯甲酸甘油酯、月桂基硫酸鎂或月桂基硫酸鈉等。

用于本文所述的固體劑型的合適的稀釋劑包括但不限于糖類(包括乳糖、蔗糖和右旋糖)、多糖(包括葡萄糖結(jié)合劑和麥芽糖糊精)、多元醇(包括甘露糖醇、木糖醇和山梨糖醇)、環(huán)糊精等。

術(shù)語(yǔ)“非水溶性稀釋劑”代表常用于配制藥物的化合物，諸如磷酸鈣、硫酸鈣、淀粉、改性淀粉和微晶纖維素、以及微纖維素(例如具有約0.45g/cm³的密度，例如Avicel粉狀纖維素)以及滑石粉。

用于本文所述的固體劑型中的合適的濕潤(rùn)劑包括例如油酸、單硬脂酸甘油酯、脫水山梨糖醇單油酸酯、脫水山梨糖醇單月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯、聚氧乙烯脫水山梨糖醇單油酸酯、聚氧乙烯脫水山梨糖醇單月桂酸酯、季銨化合物(例如Polyquat)、油酸鈉、月桂基硫酸鈉、硬脂酸鎂、多庫(kù)酯鈉、甘油三乙酸酯、維生素E TPGS等。

用于本文所述的固體劑型中的合適的表面活性劑包括例如月桂基硫酸鈉、脫水山梨糖醇單油酸酯、聚氧乙烯脫水山梨糖醇單油酸酯、聚山梨醇酯、泊洛沙姆、膽汁鹽、單硬脂酸甘油酯、環(huán)氧乙烷與環(huán)氧丙烷的共聚物(例如(BASF))等。

用于本文所述的固體劑型中的合適的混懸劑包括但不限于聚乙烯吡咯烷酮(例如聚乙烯吡咯烷酮K12、聚乙烯吡咯烷酮K17、聚乙烯吡咯烷酮K25或聚乙烯吡咯烷酮K30)、聚乙二醇(例如聚乙二醇的分子量可為約300至約6000、或約3350至約4000、或約7000至約5400)、乙烯基吡咯烷酮/乙酸乙烯酯共聚物(S630)、羧甲基纖維素鈉、甲基纖維素、羥丙基甲基纖維素、聚山梨醇酯-80、羥乙基纖維素、海藻酸鈉、樹膠(諸如黃蓍膠和阿拉伯樹膠、瓜爾膠)、黃原膠(xanthan)(包括黃原膠(xanthan gum))、糖類、纖維素制品(諸如像羧甲基纖維素鈉、甲基纖維素、羧甲基纖維素鈉、羥丙基甲基纖維素、羥乙基纖維素)、聚山梨醇酯-80、海藻酸鈉、聚乙氧基化脫水山梨糖醇單月桂酸酯、聚乙氧基化脫水山梨糖醇單月桂酸酯、聚維酮等。

用于本文所述的固體劑型中的合適的抗氧化劑包括例如像丁基化羥基甲苯(BHT)、抗壞血酸鈉和生育酚。

應(yīng)當(dāng)了解，用于本文所述的固體劑型中的添加劑之間存在相當(dāng)多的重疊。因此，上面列出的添加劑應(yīng)當(dāng)視為僅僅是示例性的，并非對(duì)可包含于本文所述固體劑型的添加劑的類型進(jìn)行限制。根據(jù)所需的特定特性，本領(lǐng)域的技術(shù)人員可容易地測(cè)定此類添加劑的量。

在其它實(shí)施方案中，藥物制劑的一個(gè)或多個(gè)層為塑化的。示例性地，增塑劑通常是高沸點(diǎn)固體或液體。合適的增塑劑的添加量可為涂料組合物的約0.01重量％至約50重量％。增塑劑包括但不限于鄰苯二甲酸二乙酯、檸檬酸酯、聚乙二醇、甘油、乙酰化甘油酯、甘油三乙酸酯、聚丙二醇、聚乙二醇、檸檬酸三乙酯、癸二酸二丁酯、硬脂酸、硬脂醇(stearol)、硬脂酸酯和蓖麻油。

壓制片劑為通過(guò)壓實(shí)上述制劑的松散共混物制備的固體劑型。在各個(gè)實(shí)施方案中，被設(shè)計(jì)成溶解于口腔中的壓制片劑將包含一種或多種調(diào)味劑。在其它實(shí)施方案中，壓制片劑將包括圍繞最終壓制片劑的膜。在一些實(shí)施方案中，膜包衣可提供依魯替尼或第二藥劑從制劑的延遲釋放。在其它實(shí)施方案中，膜包衣有助于患者順從性(例如包衣或糖包衣)。包括的薄膜包衣通常在片劑重量的約1％至約3％的范圍內(nèi)。在其它實(shí)施方案中，壓制片劑包含一種或多種賦形劑。

在一些實(shí)施方案中，例如通過(guò)將上述依魯替尼或第二藥劑的制劑的松散共混物置于膠囊內(nèi)部來(lái)制備膠囊。在一些實(shí)施方案中，將制劑(非水性混懸液和溶液)置于軟質(zhì)明膠膠囊中。在其它實(shí)施方案中，將制劑置于標(biāo)準(zhǔn)明膠膠囊或非明膠膠囊(諸如包含HPMC的膠囊)中。在其它實(shí)施方案中，將制劑置于分散型膠囊中，其中這種膠囊可以整粒吞咽或者可以打開這種膠囊并將內(nèi)容物灑在食物上然后食用。在一些實(shí)施方案中，將治療劑量分成多粒(例如2粒、3粒或4粒)膠囊。在一些實(shí)施方案中，以膠囊形式遞送完整劑量的制劑。

在各個(gè)實(shí)施方案中，將依魯替尼的顆粒和一種或多種賦形劑干混并壓制成整體，諸如片劑，這種片劑的硬度足以提供在口服后基本上在小于約30分鐘，小于約35分鐘，小于約40分鐘，小于約45分鐘，小于約50分鐘，小于約55分鐘，或小于約60分鐘內(nèi)崩解從而將制劑釋放到胃腸液中的藥物組合物。

在另一方面，在一些實(shí)施方案中，劑型包括微膠囊化制劑。在一些實(shí)施方案中，一種或多種其它可相容的材料存在于微膠囊化材料中。示例性材料包括但不限于pH調(diào)節(jié)劑、溶蝕促進(jìn)劑、消泡劑、抗氧化劑、調(diào)味劑以及載體材料，諸如粘合劑、混懸劑、崩解劑、填充劑、表面活性劑、助溶劑、穩(wěn)定劑、潤(rùn)滑劑、濕潤(rùn)劑和稀釋劑。

可用于本文所述的微膠囊化的材料包括與依魯替尼相容的將任何依魯替尼的化合物與其它不相容賦形劑充分隔離的材料?？膳c任何依魯替尼的化合物相容的材料是在體內(nèi)延遲任何依魯替尼的化合物的釋放的那些。

可用于延遲包含本文所述的化合物的制劑的釋放的示例性的微膠囊化材料包括但不限于羥丙基纖維素醚(HPC)，諸如或Nisso HPC；低取代羥丙基纖維素醚(L-HPC)；羥丙基甲基纖維素醚(HPMC)，諸如Seppifilm-LC、Metolose SR、-E、Opadry YS、PrimaFlo、Benecel MP824和Benecel MP843；甲基纖維素聚合物，諸如-A、醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯Aqoat(HF-LS、HF-LG、HF-MS)和乙基纖維素(EC)及其混合物，諸如E461、-EC、聚乙烯醇(PVA)，諸如Opadry AMB；羥乙基纖維素，諸如羧甲基纖維素(CMC)和羧甲基纖維素的鹽，諸如-CMC；聚乙烯醇和聚乙二醇共聚物，諸如Kollicoat甘油單酯(Myverol)；甘油三酯(KLX)；聚乙二醇；改性食物淀粉；丙烯酸類聚合物和丙烯酸類聚合物與纖維素醚的混合物，諸如EPO、L30D-55、FS 30DL100-55、L100、S 100、RD100、E100、L12.5、S12.5、NE30D和NE 40D；鄰苯二甲酸醋酸纖維素；sepifilm，諸如HPMC和硬脂酸的混合物；環(huán)糊精以及這些材料的混合物。

在其它實(shí)施方案中，將諸如聚乙二醇(例如PEG 300、PEG 400、PEG 600、PEG 1450、PEG 3350和PEG 800)、硬脂酸、丙二醇、油酸和甘油三乙酸酯的增塑劑摻入到微膠囊化材料中。在其它實(shí)施方案中，可用于延遲藥物組合物的釋放的微膠囊化材料得自USP或國(guó)家處方集(National Formulary，NF)。在其它實(shí)施方案中，微膠囊化材料是Klucel。在其它實(shí)施方案中，微膠囊化材料是methocel。

在一些實(shí)施方案中，通過(guò)本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員已知的方法配制任何依魯替尼的微膠囊化化合物。此類已知方法包括例如噴霧干燥工藝、旋轉(zhuǎn)盤-溶劑工藝、熱熔工藝、噴霧冷卻方法、流化床、靜電沉積、離心擠出、旋轉(zhuǎn)懸浮分離、液體-氣體或固體-氣體界面的聚合反應(yīng)、壓力擠出或噴霧溶劑萃取浴。除這些方法之外，還可使用若干化學(xué)技術(shù)，例如復(fù)合凝聚、溶劑蒸發(fā)、聚合物間不相容性、液體介質(zhì)中的界面聚合、原位聚合、液中干燥和在液體介質(zhì)中的去溶劑化。此外，在一些實(shí)施方案中，使用其它方法，諸如碾壓、擠出/滾圓、凝聚或納米顆粒包衣。

在一個(gè)實(shí)施方案中，在配制成上述形式中的一者之前，將任何依魯替尼的化合物的顆粒微膠囊化。在另一個(gè)實(shí)施方案中，在通過(guò)使用標(biāo)準(zhǔn)涂布工序(諸如Remington’s Pharmaceutical Sciences,第20版(2000)中所述的那些)進(jìn)一步配制之前，將顆粒中的一些或大多數(shù)包衣。

在其它實(shí)施方案中，用一個(gè)或多個(gè)層將任何依魯替尼的化合物的固體劑量制劑增塑(包衣)。示例性地，增塑劑通常為高沸點(diǎn)固體或液體。合適的增塑劑的添加量可為涂布組合物的約0.01重量％至約50重量％。增塑劑包括但不限于鄰苯二甲酸二乙酯、檸檬酸酯、聚乙二醇、甘油、乙酰化甘油酯、甘油三乙酸酯、聚丙二醇、聚乙二醇、檸檬酸三乙酯、癸二酸二丁酯、硬脂酸、硬脂醇、硬脂酸酯和蓖麻油。

在其它實(shí)施方案中，將包含具有本文所述的任何依魯替尼的化合物的制劑的粉末配制成包含一種或多種藥物賦形劑和風(fēng)味劑。在一些實(shí)施方案中，例如通過(guò)將制劑和任選的藥物賦形劑混合以形成松散共混組合物來(lái)制備此類粉末。另外的實(shí)施方案還包含混懸劑和/或潤(rùn)濕劑。將該松散共混物均勻細(xì)分成單位劑量包裝或多劑量包裝單元。

在其它實(shí)施方案中，還根據(jù)本公開制備了泡騰粉末。泡騰鹽已用于將藥物分散于水中以供口服施用。泡騰鹽為通常由碳酸氫鈉、檸檬酸和/或酒石酸構(gòu)成的干混物中的搞好藥劑的顆?；虼址?。當(dāng)本文所述的組合物的鹽加入水時(shí)，酸和堿反應(yīng)以釋放二氧化碳?xì)怏w，從而導(dǎo)致“泡騰”。泡騰鹽的實(shí)例包括例如以下成分：碳酸氫鈉或碳酸氫鈉和碳酸鈉、檸檬酸和/或酒石酸的混合物。導(dǎo)致二氧化碳釋放的任何酸堿組合可用于替代碳酸氫鈉和檸檬酸和酒石酸的組合，只要成分適于藥物應(yīng)用并且導(dǎo)致約6.0或更高的pH。

在一些實(shí)施方案中，本文所述的固體劑型可配制為腸溶包衣的延釋口服劑型，即如本文所述的藥物組合物的口服劑型，其利用腸溶包衣影響胃腸道的小腸中的釋放。在一些實(shí)施方案中，腸溶包衣劑型是(包衣或未包衣的)壓制或模塑或擠塑片劑/模具，包含本身為包衣或未包衣的活性成分和/或其他組合物組分的顆粒、粉末、小球、小珠或粒子。在一些實(shí)施方案中，腸溶包衣口服劑型也是(包衣或未包衣的)膠囊，包含本身為包衣或未包衣的固體載體或組合物的小球、小珠或顆粒。

如本文所用，術(shù)語(yǔ)“延釋”是指遞送，以使得可以在腸道中的一些一般可預(yù)測(cè)位置實(shí)現(xiàn)釋放，這些位置在如果沒有延釋變化將實(shí)現(xiàn)釋放的位置的更遠(yuǎn)側(cè)。在一些實(shí)施方案中，用于延遲釋放的方法是包衣。任何包衣應(yīng)當(dāng)施加至足夠的厚度，使得整個(gè)包衣在pH低于約5時(shí)不會(huì)溶解于胃腸液中，但在pH為約5和更高時(shí)會(huì)溶解。預(yù)期任何表現(xiàn)出pH依賴性溶解度特征的陰離子聚合物可用作本文所述方法和組合物中的腸溶包衣，以實(shí)現(xiàn)遞送到下胃腸道。在一些實(shí)施方案中，本文所述的聚合物為陰離子羧基聚合物。在其他實(shí)施方案中，聚合物及其相容混合物以及它們的特性中的一些包括但不限于：

蟲膠，也稱為純化蟲膠，一種從昆蟲的樹脂分泌物獲得的精制品。這種包衣溶解于pH>7的介質(zhì)中；

丙烯酸類聚合物。丙烯酸類聚合物的性能(主要是其在生物流體中的溶解度)可根據(jù)取代程度和類型而變化。合適的丙烯酸類聚合物的實(shí)例包括甲基丙烯酸共聚物和甲基丙烯酸銨鹽共聚物。Eudragit系列E、L、S、RL、RS和NE(Rohm Pharma)以溶解于有機(jī)溶劑中、含水分散體或干粉的形式獲得。Eudragit系列RL、NE和RS不溶于胃腸道中但可滲透并且主要用于結(jié)腸靶向。Eudragit系列E在胃中溶解。Eudragit系列L、L-30D和S在胃中不溶解并且在腸內(nèi)溶解；

纖維素衍生物。適合纖維素衍生物的實(shí)例為：乙基纖維素；纖維素的偏乙酸酯與鄰苯二甲酸酐的反應(yīng)混合物。性能可根據(jù)取代程度和類型而變化。鄰苯二甲酸醋酸纖維素(CAP)在pH>6時(shí)溶解。Aquateric(FMC)為水基系統(tǒng)并且為顆粒<1μm的噴霧干燥CAP偽乳膠(psuedolatex)。Aquateric中的其它組分可包括普洛尼克(pluronic)、吐溫和乙?；瘑胃视王?。其它合適的纖維素衍生物包括：醋酸纖維素偏苯三酸酯(Eastman)；甲基纖維素(Pharmacoat、Methocel)；羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯(HPMCP)；羥丙基甲基纖維素琥珀酸酯(HPMCS)；和醋酸羥丙基甲基纖維素琥珀酸酯(例如AQOAT(Shin Etsu))。性能可根據(jù)取代程度和類型而變化。例如，諸如HP-50、HP-55、HP-55S、HP-55F級(jí)別的HPMCP是合適的。性能可根據(jù)取代程度和類型而變化。例如，合適級(jí)別的醋酸羥丙基甲基纖維素琥珀酸酯包括但不限于在pH為5時(shí)溶解的AS-LG(LF)、在pH為5.5時(shí)溶解的AS-MG(MF)和在更高pH時(shí)溶解的AS-HG(HF)。這些聚合物以顆粒形式，或以用于含水分散體的細(xì)粉末形式提供；聚醋酸乙烯鄰苯二甲酸酯(PVAP)。PVAP在pH>5時(shí)溶解，并且它對(duì)水蒸汽和胃液的滲透性小得多。

在一些實(shí)施方案中，包衣可以并且通常包含增塑劑和可能其它包衣賦形劑，諸如本領(lǐng)域熟知的著色劑、滑石粉和/或硬脂酸鎂。合適的增塑劑包括檸檬酸三乙酯(Citroflex 2)、甘油三乙酸酯(triacetin)(三醋酸甘油酯(glyceryl triacetate))、乙?；鶛幟仕崛阴?Citroflec A2)、Carbowax400(聚乙二醇400)、鄰苯二甲酸二乙酯、檸檬酸三丁酯、乙酰化甘油單酯、甘油、脂肪酸酯、丙二醇和鄰苯二甲酸二丁酯。具體地講，陰離子羧基丙烯酸類聚合物通常將包含10-25重量％的增塑劑，尤其是鄰苯二甲酸二丁酯、聚乙二醇、檸檬酸三乙酯和甘油三乙酸酯。采用常規(guī)的包衣技術(shù)諸如噴涂或鍋包衣來(lái)施加包衣。包衣厚度必須足以確?？诜┬捅３滞暾?，直至達(dá)到腸道中所需的局部遞送部位。

在一些實(shí)施方案中，除增塑劑之外，將著色劑、防粘劑、表面活性劑、消泡劑、潤(rùn)滑劑(例如巴西棕櫚蠟(carnuba wax)或PEG)添加至包衣，從而增溶或分散包衣材料，以及改善包衣性能和帶包衣的產(chǎn)品。

在其它實(shí)施方案中，使用脈沖劑型遞送本文所述的包含依魯替尼的制劑。脈沖劑型能夠在受控的滯后時(shí)間后的預(yù)定時(shí)間點(diǎn)或在具體位點(diǎn)提供一個(gè)或多個(gè)速釋脈沖。本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員已知的許多其它類型的控釋系統(tǒng)適合于與本文所述的制劑一起使用。此類遞送系統(tǒng)的實(shí)例包括例如基于聚合物的系統(tǒng)，諸如聚乳酸和聚乙醇酸、聚酸酐和聚己內(nèi)酯；多孔基質(zhì)，為脂質(zhì)的基于非聚合物的系統(tǒng)，包括固醇，諸如膽固醇、膽固醇酯和脂肪酸或中性脂肪，諸如甘油單酯、雙甘油酯和三甘油酯；水凝膠釋放系統(tǒng)；硅橡膠系統(tǒng)；基于肽的系統(tǒng)；蠟包衣、可生物蝕解的劑型、使用常規(guī)粘合劑的壓制片劑等。參見例如Liberman等,Pharmaceutical Dosage Forms,第2版,第1卷,第209-214頁(yè)(1990)；Singh等,Encyclopedia of Pharmaceutical Technology,第2版,第751-753頁(yè)(2002)；美國(guó)專利號(hào)4,327,725、4,624,848、4,968,509、5,461,140、5,456,923、5,516,527、5,622,721、5,686,105、5,700,410、5,977,175、6,465,014和6,932,983。

在一些實(shí)施方案中，提供了用于口服施用至受試者的藥物制劑，該制劑包含本文所述的依魯替尼的顆粒和至少一種分散劑或混懸劑。在一些實(shí)施方案中，制劑為用于混懸液的粉末和/或顆粒，并且在與水混合時(shí)，獲得基本上均勻的混懸液。

用于口服施用的液體制劑劑型可為選自包括但不限于藥學(xué)上可接受的水性口服分散液、乳液、溶液、酏劑、凝膠劑和糖漿的組的水性混懸液。參見例如Singh等,Encyclopedia of Pharmaceutical Technology,第2版,第754-757頁(yè)(2002)。此外，在一些實(shí)施方案中，液體劑型包括添加劑，諸如：(a)崩解劑；(b)分散劑；(c)濕潤(rùn)劑；(d)至少一種防腐劑，(e)粘度增強(qiáng)劑，(f)至少一種甜味劑，和(g)至少一種調(diào)味劑。在一些實(shí)施方案中，水性分散液可進(jìn)一步包括結(jié)晶抑制劑。

本文所述的水性混懸液和分散液可保持如USP藥劑師藥典(The USP Pharmacists’Pharmacopeia)(2005版,第905章)中定義的均質(zhì)狀態(tài)至少4小時(shí)。應(yīng)通過(guò)關(guān)于測(cè)定整個(gè)組合物的均質(zhì)性是可靠的取樣方法來(lái)測(cè)定均質(zhì)性。在一個(gè)實(shí)施方案中，通過(guò)持續(xù)少于1分鐘的物理攪拌，可將水性混懸液再混懸成均質(zhì)混懸液。在另一實(shí)施方案中，通過(guò)持續(xù)少于45秒的物理攪拌，可將水性混懸液再混懸成均質(zhì)混懸液。在另一實(shí)施方案中，通過(guò)持續(xù)少于30秒的物理攪拌，可將水性混懸液再混懸成均質(zhì)混懸液。在另一實(shí)施方案中，攪拌不為維持均質(zhì)水性分散液所必需。

用于水性混懸液和分散液中的崩解劑的實(shí)例包括但不限于淀粉，例如天然淀粉，諸如玉米淀粉或馬鈴薯淀粉，預(yù)膠化淀粉，諸如National 1551或或羧甲淀粉鈉，諸如或纖維素，諸如木制品、甲基結(jié)晶纖維素，例如PH101、PH102、PH105、P100、Ming和甲基纖維素、交聯(lián)羧甲基纖維素或交聯(lián)纖維素，諸如交聯(lián)羧甲基纖維素鈉交聯(lián)羧甲基纖維素或交聯(lián)羧甲基纖維素；交聯(lián)淀粉，諸如羧甲淀粉鈉；交聯(lián)聚合物，諸如交聯(lián)聚維酮；交聯(lián)聚乙烯吡咯烷酮；海藻酸系物，諸如海藻酸或海藻酸的鹽，諸如海藻酸鈉；粘土，諸如HV(硅酸鎂鋁)；樹膠，諸如瓊脂、瓜爾膠、刺槐豆膠、刺梧桐膠、果膠或黃蓍膠；羧甲淀粉鈉；膨潤(rùn)土；天然海綿；表面活性劑；樹脂，諸如陽(yáng)離子交換樹脂；柑桔渣；月桂基硫酸鈉；月桂基硫酸鈉與淀粉組合；等。

在一些實(shí)施方案中，適于本文所述的水性混懸液和分散液的分散劑在本領(lǐng)域中是已知的，并且包括例如親水性聚合物、電解質(zhì)、60或80、PEG、聚乙烯吡咯烷酮(PVP；在商業(yè)上稱為)和基于碳水化合物的分散劑，諸如像羥丙基纖維素和羥丙基纖維素醚(例如HPC、HPC-SL和HPC-L)、羥丙基甲基纖維素和羥丙基甲基纖維素醚(例如HPMC K100、HPMC K4M、HPMC K15M和HPMC K100M)、羧甲基纖維素鈉、甲基纖維素、羥乙基纖維素、羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯、醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯、非結(jié)晶纖維素、硅酸鎂鋁、三乙醇胺、聚乙烯醇(PVA)、聚乙烯吡咯烷酮/乙酸乙烯酯共聚物(例如S-630)、4-(1,1,3,3-四甲基丁基)-苯酚與氧化乙烯和甲醛的聚合物(也稱為泰洛沙泊)、泊洛沙姆(例如Pluronics和其是氧化乙烯和氧化丙烯的嵌段共聚物)；和泊洛沙胺(例如Tetronic也稱為泊洛沙胺，其是由依序添加氧化丙烯和氧化乙烯至乙二胺中所產(chǎn)生的四官能性嵌段共聚物(BASF Corporation,Parsippany,N.J.))。在其它實(shí)施方案中，分散劑選自不包含一種以下試劑的組：親水性聚合物；電解質(zhì)；60或80；PEG；聚乙烯吡咯烷酮(PVP)；羥丙基纖維素和羥丙基纖維素醚(例如HPC、HPC-SL和HPC-L)；羥丙基甲基纖維素和羥丙基甲基纖維素醚(例如HPMC K100、HPMC K4M、HPMCK15M、HPMC K100M和USP 2910(Shin-Etsu))；羧甲基纖維素鈉；甲基纖維素；羥乙基纖維素；羥丙基甲基纖維素鄰苯二甲酸酯；醋酸羥丙基甲基纖維素硬脂酸酯；非結(jié)晶纖維素；硅酸鎂鋁、三乙醇胺；聚乙烯醇(PVA)；4-(1,1,3,3-四甲基丁基)-苯酚與氧化乙烯和甲醛的聚合物、泊洛沙姆(例如Pluronics和，其是氧化乙烯和氧化丙烯的嵌段共聚物)；或泊洛沙胺(例如Tetronic也稱為泊洛沙胺)。

適于本文所述的水性混懸液和分散液的濕潤(rùn)劑在本領(lǐng)域中是已知的，并且包括但不限于鯨蠟醇、甘油單硬脂酸酯、聚氧乙烯脫水山梨糖醇脂肪酸酯(例如可商購(gòu)獲得的諸如像Tween和Tween(ICI Specialty Chemicals))和聚乙二醇(例如Carbowaxs和以及Carbopol(Union Carbide))、油酸、單硬脂酸甘油酯、脫水山梨糖醇單油酸酯、脫水山梨糖醇單月桂酸酯、油酸三乙醇胺、聚氧乙烯脫水山梨糖醇單油酸酯、聚氧乙烯脫水山梨糖醇單月桂酸酯、油酸鈉、月桂基硫酸鈉、多庫(kù)酯鈉、甘油三乙酸酯、維生素E TPGS、?；悄懰徕c、二甲基硅油、磷脂酰膽堿等。

適于本文所述的水性混懸液或分散液的防腐劑包括例如山梨酸鉀、對(duì)羥基苯甲酸酯(例如對(duì)羥基苯甲酸甲酯和對(duì)羥基苯甲酸丙酯)、苯甲酸和其鹽、對(duì)羥基苯甲酸的其它酯，諸如對(duì)羥基苯甲酸丁酯；醇，諸如乙醇或苯甲醇；酚類化合物，諸如苯酚；或季化合物，諸如苯扎氯銨。將如本文所用的防腐劑以足以抑制微生物生長(zhǎng)的濃度并入劑型中。

適于本文所述的水性混懸液或分散液的粘度增強(qiáng)劑包括但不限于甲基纖維素、黃原膠、羧甲基纖維素、羥丙基纖維素、羥丙基甲基纖維素、S-630、卡波姆、聚乙烯醇、海藻酸鹽、阿拉伯膠、殼聚糖及其組合。粘度增強(qiáng)劑的濃度將取決于所選試劑和所需粘度。

適于本文所述的水性混懸液或分散液的甜味劑的實(shí)例包括例如阿拉伯膠糖漿、安賽蜜K、阿力甜、茴香、蘋果、阿斯巴甜、香蕉、巴伐利亞奶油、漿果、黑加侖、奶油糖果、檸檬酸鈣、樟腦、焦糖、櫻桃、櫻桃奶油、巧克力、肉桂、泡泡糖、柑桔、柑桔潘趣酒、柑桔奶油、棉花糖、可可、可樂(lè)、冷櫻桃、冷柑桔、賽克拉美、賽拉美、右旋糖、桉樹、丁香酚、果糖、果汁潘趣酒、姜、甘草亭酸鹽、甘草(歐亞甘草)糖漿、葡萄、葡萄柚、蜂蜜、異麥芽酮糖醇、檸檬、酸橙、檸檬奶油、甘草酸單銨麥芽酚、甘露糖醇、楓樹、藥蜀葵、薄荷醇、薄荷奶油、混合漿果、新橙皮苷DC、紐甜、橙、梨、桃、胡椒薄荷、胡椒薄荷奶油、粉、樹莓、根汁汽水、朗姆酒、糖精、黃樟素、山梨糖醇、綠薄荷、綠薄荷奶油、草莓、草莓奶油、甜葉菊、三氯蔗糖、蔗糖、糖精鈉、糖精、阿斯巴甜、乙?；前匪徕?、甘露糖醇、非洲竹芋甜素、三氯蔗糖、山梨糖醇、瑞士奶油、塔格糖、紅桔、索馬甜、百果糖、香草、胡桃、西瓜、野櫻桃、冬青、木糖醇或這些調(diào)味成分的任何組合，例如茴香-薄荷醇、櫻桃-茴香、肉桂-橙、櫻桃-肉桂、巧克力-薄荷、蜂蜜-檸檬、檸檬-酸橙、檸檬-薄荷、薄荷醇-桉樹、橙-奶油、香草-薄荷及其混合物。在一個(gè)實(shí)施方案中，水性液體分散液可以在水性分散液的約0.001％至約1.0％體積的范圍內(nèi)的濃度包含甜味劑或調(diào)味劑。在另一實(shí)施方案中，水性液體分散液可以在水性分散液的約0.005％至約0.5％體積的范圍內(nèi)的濃度包含甜味劑或調(diào)味劑。在另一實(shí)施方案中，水性液體分散液可以在水性分散液的約0.01％至約1.0％體積的范圍內(nèi)的濃度包含甜味劑或調(diào)味劑。

除以上所列的添加劑之外，液體制劑也可包含本領(lǐng)域中通常使用的惰性稀釋劑(諸如水或其它溶劑)、增溶劑和乳化劑。示例性乳化劑是乙醇、異丙醇、碳酸乙酯、乙酸乙酯、苯甲醇、苯甲酸芐酯、丙二醇、1,3-丁二醇、二甲基甲酰胺、月桂基硫酸鈉、多庫(kù)酯鈉、膽固醇、膽固醇酯、?；悄懰?、磷脂酰膽堿、油(諸如棉籽油、花生油、玉米胚芽油、橄欖油、蓖麻油和芝麻油)、甘油、四氫呋喃甲醇、聚乙二醇、脫水山梨糖醇的脂肪酸酯、或這些物質(zhì)的混合物等。

在一些實(shí)施方案中，本文所述的藥物制劑可為自乳化藥物遞送系統(tǒng)(SEDDS)。乳液是一種不混溶相于另一不混溶相中的分散液，通常呈小滴形式。通常，通過(guò)劇烈機(jī)械分散來(lái)產(chǎn)生乳液。與乳液或微乳液相對(duì)比，當(dāng)添加至過(guò)量水中而不進(jìn)行任何外部機(jī)械分散或攪拌時(shí)，SEDDS自發(fā)地形成乳液。SEDDS的優(yōu)勢(shì)是使小滴分布在整個(gè)溶液中僅需要溫和混合。另外，可就在施用之前添加水或水相，此確保不穩(wěn)定或疏水性活性成分的穩(wěn)定性。因此，SEDDS提供用于口服和胃腸外遞送疏水性活性成分的有效遞送系統(tǒng)。在一些實(shí)施方案中，SEDDS在疏水性活性成分的生物可用度方面提供改進(jìn)。產(chǎn)生自乳化劑型的方法在本領(lǐng)域中是已知的，并且包括但不限于例如美國(guó)專利號(hào)5,858,401、6,667,048和6,960,563，其各自以引用的方式明確并入本文。

應(yīng)當(dāng)理解，上文列出的用于本文所述的含水分散體或混懸液中的添加劑之間存在重疊，因?yàn)榻o定添加劑通常被本領(lǐng)域的不同從業(yè)者不同地歸類，或常用于若干不同功能中的任何一者。因此，上面列出的添加劑應(yīng)當(dāng)視為僅僅是示例性的，并非對(duì)可包含于本文所述制劑的添加劑的類型進(jìn)行限制。根據(jù)所需的特定特性，本領(lǐng)域的技術(shù)人員可容易地確定此類添加劑的量。

鼻內(nèi)制劑

鼻內(nèi)制劑在本領(lǐng)域中是已知的，并且描述于例如美國(guó)專利號(hào)4,476,116、5,116,817和6,391,452中，所述專利各自以引用的方式明確并入本文。采用苯甲醇或其它適合防腐劑、氟碳化合物和/或本領(lǐng)域中已知的其它增溶劑或分散劑，將根據(jù)本領(lǐng)域中熟知的這些和其它技術(shù)制備的包含依魯替尼的制劑制備成于鹽水中的溶液。參見例如Ansel,H.C.等,Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,第6版(1995)。優(yōu)選地，用合適的無(wú)毒藥學(xué)上可接受的成分制備這些組合物和制劑。這些成分為在制備經(jīng)鼻劑型方面熟練的技術(shù)人員所知，并且這些成分中的一些可見于作為本領(lǐng)域中的標(biāo)準(zhǔn)參考書目的Remington:The Science and Practice of Pharmacy,第21版,2005中。對(duì)合適的載體的選擇非常取決于所需經(jīng)鼻劑型的確切性質(zhì)，例如溶液、混懸液、軟膏劑或凝膠劑。除活性成分之外，經(jīng)鼻劑型通常也含有大量水。在一些實(shí)施方案中，也存在少量其它成分，諸如pH調(diào)節(jié)劑、乳化劑或分散劑、防腐劑、表面活性劑、膠凝劑或緩沖劑和其它穩(wěn)定劑和增溶劑。經(jīng)鼻劑型應(yīng)與鼻分泌物等張。

在一些實(shí)施方案中，對(duì)于本文所述的通過(guò)吸入進(jìn)行的施用，藥物組合物呈作為氣霧劑、霧劑或粉末的形式。本文所述的藥物組合物以氣霧噴霧劑呈現(xiàn)形式在使用適合推進(jìn)劑(例如二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷、二氧化碳或其它適合氣體)下從加壓包裝或霧化器方便地遞送。在一些實(shí)施方案中，在加壓氣霧劑的情況下，通過(guò)提供用以遞送經(jīng)計(jì)量數(shù)量的閥來(lái)確定劑量單位。在一些實(shí)施方案中，配制用于吸入器或吹入器中的諸如僅舉例來(lái)說(shuō)由明膠制得的膠囊和藥筒，其含有本文所述的化合物和諸如乳糖或淀粉的適合粉末基質(zhì)的粉末混合物。

經(jīng)頰制劑

在一些實(shí)施方案中，使用本領(lǐng)域中已知的多種制劑來(lái)施用經(jīng)頰制劑。舉例來(lái)說(shuō)，所述制劑包括但不限于美國(guó)專利號(hào)4,229,447、4,596,795、4,755,386和5,739,136，其各自以引用的方式明確并入本文。此外，本文所述的經(jīng)頰劑型可進(jìn)一步包括也用于使劑型粘著于頰粘膜的生物可蝕解(可水解)聚合載體。制造經(jīng)頰劑型以便歷經(jīng)預(yù)定時(shí)期逐漸蝕解，在所述時(shí)期內(nèi)基本上始終提供遞送。如將由本領(lǐng)域技術(shù)人員所了解，經(jīng)頰藥物遞送避免在口服藥物施用的情況下遭遇的劣勢(shì)，例如吸收緩慢、活性劑被胃腸道中存在的流體降解和/或在肝臟中的首過(guò)失活(first-pass inactivation)。關(guān)于生物可蝕解(可水解)聚合載體，應(yīng)了解可使用實(shí)際上任何所述載體，只要所需藥物釋放概況不受損害，并且載體可與依魯替尼和在經(jīng)頰劑量單位中存在的任何其它組分相容即可。通常，聚合載體包括粘著于頰粘膜的濕潤(rùn)表面的親水性(水溶性和水可溶脹性)聚合物。適用于本文中的聚合載體的實(shí)例包括丙烯酸聚合物和共聚物，例如稱為“卡波姆”的那些(其可從B.F.Goodrich獲得，是一種此類聚合物)。在一些實(shí)施方案中，也將其它組分并入本文所述的經(jīng)頰劑型中，包括但不限于崩解劑、稀釋劑、粘合劑、潤(rùn)滑劑、調(diào)味劑、著色劑、防腐劑等。在一些實(shí)施方案中，對(duì)于經(jīng)頰或舌下施用，組合物采用以常規(guī)方式配制的片劑、糖錠、或凝膠劑的形式。

經(jīng)皮制劑

在一些實(shí)施方案中，使用本領(lǐng)域中已描述的多種裝置來(lái)施用本文所述的經(jīng)皮制劑。舉例來(lái)說(shuō)，所述裝置包括但不限于美國(guó)專利號(hào)3,598,122、3,598,123、3,710,795、3,731,683、3,742,951、3,814,097、3,921,636、3,972,995、3,993,072、3,993,073、3,996,934、4,031,894、4,060,084、4,069,307、4,077,407、4,201,211、4,230,105、4,292,299、4,292,303、5,336,168、5,665,378、5,837,280、5,869,090、6,923,983、6,929,801和6,946,144，其各自以引用的方式明確整體并入本文。

在一些實(shí)施方案中，本文所述的經(jīng)皮劑型并有某些在本領(lǐng)域中是常規(guī)的藥學(xué)上可接受的賦形劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，本文所述的經(jīng)皮制劑包括至少三種組分：(1)依魯替尼的化合物的制劑；(2)滲透增強(qiáng)劑；和(3)水性佐劑。此外，經(jīng)皮制劑可包括額外組分，諸如但不限于膠凝劑、乳膏和軟膏基質(zhì)等。在一些實(shí)施方案中，經(jīng)皮制劑可進(jìn)一步包括編織或非編織襯底材料以增強(qiáng)吸收以及防止經(jīng)皮制劑從皮膚脫離。在其它實(shí)施方案中，本文所述的經(jīng)皮制劑可維持飽和或過(guò)飽和狀態(tài)以促進(jìn)向皮膚中擴(kuò)散。

在一些實(shí)施方案中，適于經(jīng)皮施用本文所述的化合物的制劑采用經(jīng)皮遞送裝置和經(jīng)皮遞送貼片，并且可為溶解和/或分散在聚合物或粘著劑中的親脂性乳液或緩沖水溶液。在一些實(shí)施方案中，構(gòu)建所述貼片以用于連續(xù)、脈沖或按需遞送藥物制劑。更進(jìn)一步，可借助于離子電滲貼片等來(lái)實(shí)現(xiàn)經(jīng)皮遞送本文所述的化合物。另外，經(jīng)皮貼片可提供控制遞送依魯替尼。可通過(guò)使用速率控制膜或通過(guò)將化合物圈閉在聚合物基質(zhì)或凝膠內(nèi)來(lái)減緩吸收速率。相反，吸收增強(qiáng)劑可用于增加吸收。吸收增強(qiáng)劑或載體可包括可吸收的藥學(xué)上可接受溶劑以輔助穿過(guò)皮膚。舉例來(lái)說(shuō)，經(jīng)皮裝置呈繃帶形式，所述繃帶包括背襯構(gòu)件；含有化合物任選地以及載體的儲(chǔ)集器；任選地，用以歷經(jīng)延長(zhǎng)時(shí)期在控制和預(yù)定速率下將化合物遞送至宿主的皮膚的速率控制屏障；以及用以使裝置固定于皮膚的部件。

可注射制劑

在一些實(shí)施方案中，包含依魯替尼的化合物，適于肌肉內(nèi)、皮下或靜脈內(nèi)注射的制劑包括生理上可接受的無(wú)菌水性或非水性溶液、分散液、混懸液或乳液以及用于復(fù)水成無(wú)菌可注射溶液或分散液的無(wú)菌粉末。合適的水性和非水性載體、稀釋劑、溶劑或媒介物的實(shí)例包括水、乙醇、多元醇(丙二醇、聚乙二醇、甘油、克列莫佛(cremophor)等)、其適合混合物、植物油(諸如橄欖油)和可注射有機(jī)酯，諸如油酸乙酯。適當(dāng)?shù)牧鲃?dòng)性可例如通過(guò)使用包衣(諸如卵磷脂)，在分散液的情況下通過(guò)維持所需粒度，以及通過(guò)使用表面活性劑加以維持。在一些實(shí)施方案中，適于皮下注射的制劑也含有諸如防腐劑、濕潤(rùn)劑、乳化劑和分散劑的添加劑。防止微生物的生長(zhǎng)可通過(guò)各種抗細(xì)菌和抗真菌劑(諸如對(duì)羥基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸等)來(lái)確保。在一些實(shí)施方案中，也合乎需要的是包括等張劑，諸如糖、氯化鈉等?？赏ㄟ^(guò)使用延遲吸收的試劑(諸如單硬脂酸鋁和明膠)來(lái)導(dǎo)致可注射藥物形式的吸收延長(zhǎng)。

在一些實(shí)施方案中，對(duì)于靜脈內(nèi)注射，在水溶液中，優(yōu)選在生理上可相容的緩沖液(諸如漢克氏溶液(Hank’s solution)、林格氏溶液(Ringer’s solution)或生理鹽水緩沖液)中配制本文所述的化合物。對(duì)于經(jīng)粘膜施用，適合于待滲透的屏障的滲透劑用于制劑中。所述滲透劑通常在本領(lǐng)域中是已知的。在一些實(shí)施方案中，對(duì)于其它胃腸外注射，適當(dāng)?shù)闹苿┌ㄋ曰蚍撬匀芤?，?yōu)選使用生理上可相容的緩沖劑或賦形劑。此類賦形劑通常在本領(lǐng)域中是已知的。

在一些實(shí)施方案中，胃腸外注射涉及彈丸注射(bolus injection)或連續(xù)輸注。在一些實(shí)施方案中，注射用制劑以單位劑型呈現(xiàn)，例如于安瓿中或在添加防腐劑的情況下于多次劑量容器中。在一些實(shí)施方案中，本文所述的藥物組合物呈作為于油性或水性媒介物中的無(wú)菌混懸液、溶液或乳液的適于胃腸外注射的形式，并且含有配制劑，諸如混懸劑、穩(wěn)定劑和/或分散劑。用于胃腸外施用的藥物制劑包括呈水溶性形式的活性化合物的水溶液。另外，在一些實(shí)施方案中，將活性化合物的混懸液制備成適當(dāng)油性注射混懸液。合適的親脂性溶劑或媒介物包括脂肪油(諸如芝麻油)或合成脂肪酸酯(諸如油酸乙酯或甘油三酯)或脂質(zhì)體。在一些實(shí)施方案中，水性注射混懸液含有增加混懸液粘度的物質(zhì)，諸如羧甲基纖維素鈉、山梨糖醇或葡聚糖。任選地，在一些實(shí)施方案中，混懸液也含有合適的穩(wěn)定劑或增加化合物的溶解性以允許制備高度濃縮溶液的試劑?；蛘?，在一些實(shí)施方案中，活性成分呈用于在使用之前用適合媒介物(例如無(wú)菌無(wú)熱原水)復(fù)水的粉末形式。

其它制劑

在某些實(shí)施方案中，采用藥物化合物的遞送系統(tǒng)，諸如像脂質(zhì)體和乳液。在某些實(shí)施方案中，本文提供的組合物也可包括從以下之中加以選擇的粘膜粘著性聚合物：例如羧甲基纖維素、卡波姆(丙烯酸聚合物)、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚丙烯酰胺、聚卡波菲(polycarbophil)、丙烯酸/丙烯酸丁酯共聚物、海藻酸鈉和葡聚糖。

在一些實(shí)施方案中，局部施用本文所述的化合物，并且可將其配制成多種可局部施用的組合物，諸如溶液、混懸液、洗劑、凝膠劑、糊劑、含藥棒、香膏劑、乳膏劑或軟膏劑。此類藥物化合物可含有增溶劑、穩(wěn)定劑、張力增強(qiáng)劑、緩沖劑和防腐劑。

在一些實(shí)施方案中，將本文所述的化合物配制成含有常規(guī)栓劑基質(zhì)(諸如可可脂或其它甘油酯)以及合成聚合物(諸如聚乙烯吡咯烷酮、PEG等)的經(jīng)直腸組合物，諸如灌腸劑、經(jīng)直腸凝膠劑、經(jīng)直腸泡沫劑、經(jīng)直腸氣霧劑、栓劑、膠狀栓劑或滯留灌腸劑。在栓劑形式的組合物中，首先熔融的是低熔點(diǎn)蠟，諸如但不限于任選與可可脂組合的脂肪酸甘油酯的混合物。

給藥和治療方案

在一些實(shí)施方案中，施用的TEC抑制劑的量是10mg/天直至并包括1000mg/天。在一些實(shí)施方案中，施用的TEC抑制劑的量是約40mg/天至70mg/天。在一些實(shí)施方案中，每天施用的TEC抑制劑的量是約10mg、約11mg、約12mg、約13mg、約14mg、約15mg、約16mg、約17mg、約18mg、約19mg、約20mg、約25mg、約30mg、約35mg、約40mg、約45mg、約50mg、約55mg、約60mg、約65mg、約70mg、約75mg、約80mg、約85mg、約90mg、約95mg、約100mg、約110mg、約120mg、約125mg、約130mg、約135mg或約140mg。

在一些實(shí)施方案中，施用的ITK抑制劑的量是10mg/天直至并包括1000mg/天。在一些實(shí)施方案中，施用的ITK抑制劑的量是約40mg/天至70mg/天。在一些實(shí)施方案中，每天施用的ITK抑制劑的量是約10mg、約11mg、約12mg、約13mg、約14mg、約15mg、約16mg、約17mg、約18mg、約19mg、約20mg、約25mg、約30mg、約35mg、約40mg、約45mg、約50mg、約55mg、約60mg、約65mg、約70mg、約75mg、約80mg、約85mg、約90mg、約95mg、約100mg、約110mg、約120mg、約125mg、約130mg、約135mg或約140mg。

在一些實(shí)施方案中，施用的BTK抑制劑的量是10mg/天直至并包括1000mg/天。在一些實(shí)施方案中，施用的BTK抑制劑的量是約40mg/天至70mg/天。在一些實(shí)施方案中，每天施用的BTK抑制劑的量是約10mg、約11mg、約12mg、約13mg、約14mg、約15mg、約16mg、約17mg、約18mg、約19mg、約20mg、約25mg、約30mg、約35mg、約40mg、約45mg、約50mg、約55mg、約60mg、約65mg、約70mg、約75mg、約80mg、約85mg、約90mg、約95mg、約100mg、約110mg、約120mg、約125mg、約130mg、約135mg或約140mg。

在一些實(shí)施方案中，施用的依魯替尼的量是10mg/天直至并包括1000mg/天。在一些實(shí)施方案中，施用的依魯替尼的量是約40mg/天至70mg/天。在一些實(shí)施方案中，每天施用的依魯替尼的量是約10mg、約11mg、約12mg、約13mg、約14mg、約15mg、約16mg、約17mg、約18mg、約19mg、約20mg、約25mg、約30mg、約35mg、約40mg、約45mg、約50mg、約55mg、約60mg、約65mg、約70mg、約75mg、約80mg、約85mg、約90mg、約95mg、約100mg、約110mg、約120mg、約125mg、約130mg、約135mg或約140mg。在一些實(shí)施方案中，施用的依魯替尼的量是約40mg/天。在一些實(shí)施方案中，施用的依魯替尼的量是約50mg/天。在一些實(shí)施方案中，施用的依魯替尼的量是約60mg/天。在一些實(shí)施方案中，施用的依魯替尼的量是約70mg/天。

在一些實(shí)施方案中，每天一次、每天兩次或每天三次施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，每天一次施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，依魯替尼作為維持療法加以施用。

在一些實(shí)施方案中，施用本文公開的組合物以進(jìn)行防治性、治療性或維持治療。在一些實(shí)施方案中，針對(duì)治療性應(yīng)用施用本文公開的組合物。在一些實(shí)施方案中，針對(duì)治療性應(yīng)用施用本文公開的組合物。在一些實(shí)施方案中，本文公開的組合物作為例如處于緩解的患者的維持療法進(jìn)行施用。

在一些實(shí)施方案中，在其中患者的狀態(tài)改善的情況下，根據(jù)醫(yī)生的決策，連續(xù)施用化合物；或者，被施用藥物的劑量可以臨時(shí)減小或臨時(shí)中斷特定時(shí)間長(zhǎng)度(即“藥物假期”)。藥物假期的長(zhǎng)度可在2天與1年之間變化，僅舉例來(lái)說(shuō)包括2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天、12天、15天、20天、28天、35天、50天、70天、100天、120天、150天、180天、200天、250天、280天、300天、320天、350天或365天。在一些實(shí)施方案中，在藥物假期期間的劑量減小為10％-100％，僅舉例來(lái)說(shuō)包括10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％。

一旦患者的病癥出現(xiàn)改善，即如果需要的話施用維持劑量。隨后，施用劑量或頻率或兩者可隨癥狀變化而減小至保持改善的疾病、病狀或病癥的水平。然而，患者可能需要在任何癥狀復(fù)發(fā)時(shí)長(zhǎng)期間歇治療。

將對(duì)應(yīng)于此類量的給定藥劑的量將根據(jù)諸如以下的因素變化：諸如特定化合物、疾病的嚴(yán)重程度、需要治療的受試者或宿主的身份(例如重量)，但根據(jù)病例周圍的特定環(huán)境，包括例如被施用的具體試劑、施用途徑以及被治療的受試者或宿主，可以本領(lǐng)域已知的方式常規(guī)地測(cè)定。然而一般來(lái)講，用于成人治療的劑量將通常在0.02-5000mg/天或從約1-1500mg/天的范圍內(nèi)。在一些實(shí)施方案中，所需劑量便利地存在于單劑量中或作為同時(shí)(或在較短時(shí)間段內(nèi))或以適當(dāng)?shù)拈g隔(例如，每天2、3、4或更多次子劑量)施用的分劑量。

在一些實(shí)施方案中，本文所述的藥物組合物為適用于單次施用精確劑量的單位劑型。在單位劑型中，將制劑分成包含適當(dāng)量的一種或多種化合物的單位劑量。在一些實(shí)施方案中，單位劑量為包含離散量的制劑的包裝形式。非限制性實(shí)例為封裝片劑或膠囊以及在小瓶或安瓿中的粉末。水性混懸液組合物可封裝于單劑量不可重新閉合容器中?；蛘?，可使用多劑量可再閉合容器，在所述情況下在組合物中通常包含防腐劑。僅舉例來(lái)說(shuō)，在一些實(shí)施方案中，用于胃腸外注射的制劑以單位劑型(包括但不限于安瓿)或以添加了防腐劑的多劑量容器提供。

上述范圍僅僅是建議性的，因?yàn)殛P(guān)于個(gè)別治療方案有的變量數(shù)較大，并且從這些推薦值的相當(dāng)大的偏移并不罕見。在一些實(shí)施方案中，此類劑量根據(jù)多個(gè)變量改變，所述多個(gè)變量不限于所用化合物的活性、待治療的疾病或病癥、施用方式、個(gè)體受試者的要求、被治療疾病或病癥的嚴(yán)重程度以及從業(yè)者的判斷。

此類治療方案的毒性和治療功效可通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)藥物程序在細(xì)胞培養(yǎng)物或?qū)嶒?yàn)動(dòng)物中測(cè)定，包括但不限于測(cè)定LD50(對(duì)50％群體致死的劑量)和ED50(在50％群體中治療有效的劑量)。毒性和治療效果之間的劑量比為治療指數(shù)，并且其可以表示為L(zhǎng)D50和ED50之間的比率。表現(xiàn)出高治療指數(shù)的化合物是優(yōu)選的。由細(xì)胞培養(yǎng)物測(cè)定和動(dòng)物研究獲得的數(shù)據(jù)可用于配制用于人的劑量范圍。此類化合物的劑量?jī)?yōu)選地在包括具有最小毒性的ED50的循環(huán)濃度范圍內(nèi)。在一些實(shí)施方案中，劑量根據(jù)所用劑型和所用的施用途徑在該范圍內(nèi)變化。

維持療法

本文提供用于患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的受試者的維持療法的方法。在一些實(shí)施方案中，本文公開在治療期間監(jiān)測(cè)患者，以及使患有諸如DLBCL的血液惡性腫瘤的患者的治療方案最優(yōu)化的方法。在一些實(shí)施方案中，如果個(gè)體在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中具有修飾，那么將個(gè)體表征為已產(chǎn)生對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法的抗性或可能產(chǎn)生對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法的抗性。在一些實(shí)施方案中，基于在接受療法的個(gè)體中在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾來(lái)改進(jìn)治療方案。在一些實(shí)施方案中，如果個(gè)體在CD79B中在氨基酸位置196處具有芳族殘基修飾以及在MYD88中具有至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾，那么將個(gè)體表征為對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有響應(yīng)性或可能對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，基于在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾來(lái)改進(jìn)治療方案。在一些實(shí)施方案中，如果個(gè)體在ROS1中在氨基酸位置15處具有修飾，那么將個(gè)體表征為對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性或可能變得對(duì)用TEC抑制劑進(jìn)行的療法具有抗性。在一些實(shí)施方案中，基于在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾來(lái)改進(jìn)治療方案。在一些實(shí)施方案中，如果相對(duì)于對(duì)照，個(gè)體顯示至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平增加，那么將個(gè)體表征為患有穩(wěn)定血液惡性腫瘤。

在一些實(shí)施方案中，用于維持療法的方法包括用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療DLBCL持續(xù)6個(gè)月或更久的時(shí)期，諸如像6個(gè)月、7個(gè)月、8個(gè)月、9個(gè)月、10個(gè)月、11個(gè)月、12個(gè)月、13個(gè)月、14個(gè)月、15個(gè)月、16個(gè)月、17個(gè)月、18個(gè)月、19個(gè)月、20個(gè)月、21個(gè)月、22個(gè)月、23個(gè)月、24個(gè)月、25個(gè)月、26個(gè)月、27個(gè)月、28個(gè)月、29個(gè)月、30個(gè)月、31個(gè)月、32個(gè)月、33個(gè)月、34個(gè)月、35個(gè)月、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年或更久。在一些實(shí)施方案中，用于維持療法的方法包括用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑(例如依魯替尼)的TEC抑制劑治療諸如DLBCL的血液惡性腫瘤持續(xù)6個(gè)月或更久的時(shí)期，諸如像6個(gè)月、7個(gè)月、8個(gè)月、9個(gè)月、10個(gè)月、11個(gè)月、12個(gè)月、13個(gè)月、14個(gè)月、15個(gè)月、16個(gè)月、17個(gè)月、18個(gè)月、19個(gè)月、20個(gè)月、21個(gè)月、22個(gè)月、23個(gè)月、24個(gè)月、25個(gè)月、26個(gè)月、27個(gè)月、28個(gè)月、29個(gè)月、30個(gè)月、31個(gè)月、32個(gè)月、33個(gè)月、34個(gè)月、35個(gè)月、3年、4年、5年、6年、7年、8年、9年、10年或更久。

在一些實(shí)施方案中，每個(gè)月、每2個(gè)月、每3個(gè)月、每4個(gè)月、每5個(gè)月、每6個(gè)月、每7個(gè)月、每8個(gè)月、每9個(gè)月、每10個(gè)月、每11個(gè)月或每年監(jiān)測(cè)受試者以確定本文公開的生物標(biāo)志的修飾或表達(dá)水平。

在一些實(shí)施方案中，維持療法包括以多個(gè)循環(huán)來(lái)施用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，施用循環(huán)是1個(gè)月、2個(gè)月、3個(gè)月、4個(gè)月、6個(gè)月、6個(gè)月、7個(gè)月、8個(gè)月、9個(gè)月、10個(gè)月、11個(gè)月、12個(gè)月或更久。在一些實(shí)施方案中，施用循環(huán)包括歷經(jīng)所述循環(huán)施用單一治療劑量的諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，施用循環(huán)包括歷經(jīng)所述循環(huán)兩種或更多種不同劑量的諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，歷經(jīng)連續(xù)循環(huán)，諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的劑量不同。在一些實(shí)施方案中，歷經(jīng)連續(xù)循環(huán)，諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的劑量增加。在一些實(shí)施方案中，歷經(jīng)連續(xù)循環(huán)，諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的劑量相同。在一些實(shí)施方案中，BTK抑制劑是依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，維持療法包括以多個(gè)循環(huán)來(lái)施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，施用循環(huán)是1個(gè)月、2個(gè)月、3個(gè)月、4個(gè)月、6個(gè)月、6個(gè)月、7個(gè)月、8個(gè)月、9個(gè)月、10個(gè)月、11個(gè)月、12個(gè)月或更久。在一些實(shí)施方案中，施用循環(huán)包括歷經(jīng)所述循環(huán)施用單一治療劑量的依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，施用循環(huán)包括歷經(jīng)所述循環(huán)施用兩種或更多種不同劑量的依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，歷經(jīng)連續(xù)循環(huán)，依魯替尼的劑量不同。在一些實(shí)施方案中，歷經(jīng)連續(xù)循環(huán)，依魯替尼的劑量增加。在一些實(shí)施方案中，歷經(jīng)連續(xù)循環(huán)，依魯替尼的劑量相同。

在一些實(shí)施方案中，維持療法包括施用每日劑量的諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，諸如ITK抑制劑的TEC抑制劑的每日劑量或施用的每日劑量處于或約每天10mg至每天2000mg，諸如像每天約50mg至每天約1500mg，諸如像每天約100mg至每天約1000mg，諸如像每天約250mg至每天約850mg，諸如像每天約300mg至每天約600mg。在一特定實(shí)施方案中，諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的維持劑量是每天約840mg。在一特定實(shí)施方案中，諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的維持劑量是每天約560mg。在一特定實(shí)施方案中，諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的維持劑量是每天約420mg。在一特定實(shí)施方案中，諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的維持劑量是每天約140mg。

在一些實(shí)施方案中，維持療法包括施用每日劑量的依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，施用的依魯替尼的每日劑量處于或約每天約10mg至每天約2000mg，諸如像每天約50mg至每天約1500mg，諸如像每天約100mg至每天約1000mg，諸如像每天約250mg至每天約850mg，諸如像每天約300mg至每天約600mg。在一特定實(shí)施方案中，依魯替尼的維持劑量是每天約840mg。在一特定實(shí)施方案中，依魯替尼的維持劑量是每天約560mg。在一特定實(shí)施方案中，依魯替尼的維持劑量是每天約420mg。在一特定實(shí)施方案中，依魯替尼的維持劑量是每天約140mg。

在一些實(shí)施方案中，每天一次、每天兩次、每天三次或更頻繁施用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑。在一特定實(shí)施方案中，每天一次施用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑。

在一些實(shí)施方案中，每天一次、每天兩次、每天三次或更頻繁施用依魯替尼。在一特定實(shí)施方案中，每天一次施用依魯替尼。

在一些實(shí)施方案中，隨時(shí)間逐步增加諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的劑量。在一些實(shí)施方案中，歷經(jīng)預(yù)定時(shí)期，使諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑的劑量從處于或約1.25mg/kg/天逐步增加至處于或約12.5mg/kg/天。在一些實(shí)施方案中，預(yù)定時(shí)期是歷經(jīng)1個(gè)月、歷經(jīng)2個(gè)月、歷經(jīng)3個(gè)月、歷經(jīng)4個(gè)月、歷經(jīng)5個(gè)月、歷經(jīng)6個(gè)月、歷經(jīng)7個(gè)月、歷經(jīng)8個(gè)月、歷經(jīng)9個(gè)月、歷經(jīng)10個(gè)月、歷經(jīng)11個(gè)月、歷經(jīng)12個(gè)月、歷經(jīng)18個(gè)月、歷經(jīng)24個(gè)月或更久。

在一些實(shí)施方案中，隨時(shí)間逐步增加依魯替尼的劑量。在一些實(shí)施方案中，歷經(jīng)預(yù)定時(shí)期，使依魯替尼的劑量從處于或約1.25mg/kg/天逐步增加至處于或約12.5mg/kg/天。在一些實(shí)施方案中，預(yù)定時(shí)期是歷經(jīng)1個(gè)月、歷經(jīng)2個(gè)月、歷經(jīng)3個(gè)月、歷經(jīng)4個(gè)月、歷經(jīng)5個(gè)月、歷經(jīng)6個(gè)月、歷經(jīng)7個(gè)月、歷經(jīng)8個(gè)月、歷經(jīng)9個(gè)月、歷經(jīng)10個(gè)月、歷經(jīng)11個(gè)月、歷經(jīng)12個(gè)月、歷經(jīng)18個(gè)月、歷經(jīng)24個(gè)月或更久。

在一些實(shí)施方案中，施用循環(huán)包括與額外治療劑組合施用諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑。在一些實(shí)施方案中，與諸如ITK抑制劑或BTK抑制劑的TEC抑制劑同時(shí)、依序或間歇施用額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是抗癌劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是用于治療白血病、淋巴瘤或骨髓瘤的抗癌劑。在本文中其它地方提供用于與BTK抑制劑組合施用的示例性抗癌劑。在一特定實(shí)施方案中，抗癌劑是抗CD 20抗體(例如美羅華)。在一特定實(shí)施方案中，抗癌劑是苯達(dá)莫司汀。在一些實(shí)施方案中，額外抗癌劑是可逆Btk抑制劑。

在一些實(shí)施方案中，施用循環(huán)包括與額外治療劑組合施用依魯替尼。在一些實(shí)施方案中，與依魯替尼同時(shí)、依序或間歇施用額外治療劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是抗癌劑。在一些實(shí)施方案中，額外治療劑是用于治療白血病、淋巴瘤或骨髓瘤的抗癌劑。在本文中其它地方提供用于與依魯替尼組合施用的示例性抗癌劑。在一特定實(shí)施方案中，抗癌劑是抗CD 20抗體(例如美羅華)。在一特定實(shí)施方案中，抗癌劑是苯達(dá)莫司汀。在一些實(shí)施方案中，額外抗癌劑是可逆Btk抑制劑。

組合物、試劑盒和陣列

在某些實(shí)施方案中，本文公開供與一種或多種本文所述的方法一起使用的組合物、試劑盒和核酸雜交陣列。在一些實(shí)施方案中，本文公開的試劑盒包括一種或多種用于確定在樣品中在一種或多種選自EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11的生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾的試劑、一種或多種用于確定在樣品中在CD79B中在氨基酸位置196處存在或不存在芳族殘基修飾以及在MYD88中存在或不存在至少一個(gè)在氨基酸位置198或265處的修飾的試劑、一種或多種用于確定在樣品中在ROS1中在氨基酸位置15處存在或不存在修飾的試劑、或一種或多種用于測(cè)定樣品中至少一種選自ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9的生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平的試劑。

在一些實(shí)施方案中，核酸雜交陣列包含用于評(píng)估接受依魯替尼以治療彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體已產(chǎn)生或可能產(chǎn)生對(duì)療法的抗性的核酸探針，所述核酸探針基本上由與以下生物標(biāo)志基因雜交的核酸探針組成，所述生物標(biāo)志基因選自由EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11組成的組。在一些實(shí)施方案中，核酸雜交陣列包含用于評(píng)估患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體是否患有穩(wěn)定DLBCL的核酸探針，所述核酸探針基本上由與以下生物標(biāo)志基因雜交的核酸探針組成，所述生物標(biāo)志基因選自由ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9組成的組。

在一些情況下，組合物包含本文所述的任何組分、反應(yīng)混合物和/或中間體以及其任何組合。舉例來(lái)說(shuō)，本公開提供供與本文提供的方法一起使用的檢測(cè)試劑。在一些實(shí)施方案中，提供任何適合的檢測(cè)試劑，包括引物、探針、酶、抗體，如在本文中其它地方所述。

在一些情況下，試劑盒和核酸雜交陣列包括托架、包裝或容器，其被劃分成容納一個(gè)或多個(gè)容器，諸如小瓶、管等，每個(gè)容器包括將用于本文所述的方法中的一個(gè)獨(dú)立部件。合適的容器包括例如瓶、小瓶、注射器和試管。在一個(gè)實(shí)施方案中，容器由諸如玻璃或塑料的多種材料形成。

在一些情況下，本文提供的試劑盒和核酸雜交陣列含有封裝材料。藥物封裝材料的實(shí)例包括但不限于泡罩包裝、瓶、管、包、容器、瓶和適用于所選的制劑和預(yù)期的施用和治療方式的任何封裝材料。

舉例來(lái)說(shuō)，容器包括依魯替尼，任選呈組合物形式或與如本文公開的額外治療劑組合。所述試劑盒任選包括與其在本文所述的方法中應(yīng)用相關(guān)的識(shí)別描述或標(biāo)簽或說(shuō)明。

試劑盒通常包括列舉內(nèi)含物和/或使用說(shuō)明書的標(biāo)簽，以及具有使用說(shuō)明書的包裝說(shuō)明書。通常還將包括一套說(shuō)明書。

在一個(gè)實(shí)施方案中，標(biāo)簽在容器上或與容器相連。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)形成標(biāo)簽的字母、數(shù)字或其他字符附接、模塑或蝕刻到容器本身時(shí)，標(biāo)簽在容器上；當(dāng)標(biāo)簽存在于同樣保持容器的接收器或托架中，例如作為包裝說(shuō)明書時(shí)，標(biāo)簽與容器相連。在一個(gè)實(shí)施方案中，標(biāo)簽用于指示內(nèi)容物將用于特定治療應(yīng)用。標(biāo)簽也指示使用內(nèi)容物的指示，諸如在本文所述方法中。

在某些實(shí)施方案中，藥物組合物存在于包裝或分配裝置中，所述包裝或分配裝置包含一個(gè)或多個(gè)包含本文提供的化合物的單位劑型。包裝例如包含金屬箔或塑料箔，諸如泡罩包裝。在一個(gè)實(shí)施方案中，包裝或分配裝置附有施用說(shuō)明。在一個(gè)實(shí)施方案中，包裝或分配器也附有管理藥物的生產(chǎn)、使用和銷售的政府機(jī)構(gòu)規(guī)定的形式的與容器相連的告知書，該告知書反映了由政府機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)的人用或獸用藥物形式。此類告知書例如為由美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局批準(zhǔn)的用于處方藥的標(biāo)簽或已批準(zhǔn)的產(chǎn)品說(shuō)明書。在一個(gè)實(shí)施方案中，也制備了在相容的藥物載體中配制的、包含本文提供的化合物的組合物，其被置于適當(dāng)?shù)娜萜髦?，并且?biāo)記用于治療指示的病癥。

數(shù)字處理裝置

在某些實(shí)施方案中，本文公開評(píng)估患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體以供進(jìn)行治療的系統(tǒng)，其包括：(a)數(shù)字處理裝置，所述裝置包括被配置來(lái)運(yùn)行可執(zhí)行指令的操作系統(tǒng)和電子存儲(chǔ)器；(b)儲(chǔ)存在所述電子存儲(chǔ)器中的數(shù)據(jù)集，其中所述數(shù)據(jù)集包含樣品中一種或多種生物標(biāo)志基因的數(shù)據(jù)，其中所述生物標(biāo)志基因選自由EP300、MLL2、BCL-2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFRSF11A、SMAD4、PAX5和CARD11組成的組；和(c)計(jì)算機(jī)程序，所述程序包括可由所述數(shù)字處理裝置執(zhí)行以產(chǎn)生應(yīng)用程序的指令，所述應(yīng)用程序包含：(i)第一軟件模塊，其被配置來(lái)分析所述數(shù)據(jù)集以確定在一種或多種生物標(biāo)志基因中存在或不存在修飾；和(ii)第二軟件模塊，其用以如果在所述一種或多種生物標(biāo)志基因中不存在修飾，那么將所述個(gè)體指定為用依魯替尼治療的候選者。

在某些實(shí)施方案中，本文也公開評(píng)估患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的個(gè)體以進(jìn)行治療的系統(tǒng)，其包括：(a)數(shù)字處理裝置，所述裝置包括被配置來(lái)運(yùn)行可執(zhí)行指令的操作系統(tǒng)和電子存儲(chǔ)器；(b)儲(chǔ)存在所述電子存儲(chǔ)器中的數(shù)據(jù)集，其中所述數(shù)據(jù)集包含樣品中一種或多種生物標(biāo)志基因的數(shù)據(jù)，其中所述生物標(biāo)志基因選自由ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9組成的組；和(c)計(jì)算機(jī)程序，所述程序包括可由所述數(shù)字處理裝置執(zhí)行以產(chǎn)生應(yīng)用程序的指令，所述應(yīng)用程序包含：(i)第三軟件模塊，其被配置來(lái)分析所述數(shù)據(jù)集以測(cè)定一種或多種生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平；(ii)第四軟件模塊，其被配置來(lái)將一種或多種生物標(biāo)志基因的所述表達(dá)水平與對(duì)照相比；和(iii)第五軟件模塊，其用以如果相對(duì)于所述對(duì)照，所述一種或多種生物標(biāo)志基因的表達(dá)水平存在增加，那么將所述個(gè)體指定為用依魯替尼治療的候選者。

在一些實(shí)施方案中，本文所述的系統(tǒng)和方法包括數(shù)字處理裝置或其用途。在其它實(shí)施方案中，數(shù)字處理裝置包括一個(gè)或多個(gè)執(zhí)行所述裝置的功能的硬件中央處理單元(CPU)。在其它實(shí)施方案中，數(shù)字處理裝置進(jìn)一步包括被配置來(lái)運(yùn)行可執(zhí)行指令的操作系統(tǒng)。在一些實(shí)施方案中，任選使數(shù)字處理裝置連接于計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)。在其它實(shí)施方案中，任選使數(shù)字處理裝置連接于因特網(wǎng)(Internet)以使它訪問(wèn)萬(wàn)維網(wǎng)(World Wide Web)。在其它實(shí)施方案中，任選使數(shù)字處理裝置連接于云計(jì)算基礎(chǔ)設(shè)施。在其它實(shí)施方案中，任選使數(shù)字處理裝置連接于內(nèi)聯(lián)網(wǎng)。在其它實(shí)施方案中，任選使數(shù)字處理裝置連接于數(shù)據(jù)儲(chǔ)存裝置。

根據(jù)本文描述，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的數(shù)字處理裝置包括服務(wù)器計(jì)算機(jī)、臺(tái)式計(jì)算機(jī)、膝上型計(jì)算機(jī)、筆記本計(jì)算機(jī)、小型筆記本計(jì)算機(jī)、上網(wǎng)本(netbook)計(jì)算機(jī)、上網(wǎng)平板計(jì)算機(jī)、機(jī)頂計(jì)算機(jī)(set-top computer)、媒體串流裝置、手持式計(jì)算機(jī)、因特網(wǎng)設(shè)備、移動(dòng)智能手機(jī)、平板計(jì)算機(jī)、個(gè)人數(shù)字助理、視頻游戲控制臺(tái)和媒介。本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到許多智能手機(jī)適于在本文所述的系統(tǒng)中使用。本領(lǐng)域技術(shù)人員也將認(rèn)識(shí)到具有任選計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)連接性的選擇電視、視頻播放器和數(shù)字音樂(lè)播放器適于在本文所述的系統(tǒng)中使用。適合的平板計(jì)算機(jī)包括具有為本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的小冊(cè)(booklet)、石板(slate)和可轉(zhuǎn)換構(gòu)型的那些。

在一些實(shí)施方案中，數(shù)字處理裝置包括被配置來(lái)運(yùn)行可執(zhí)行指令的操作系統(tǒng)。操作系統(tǒng)是例如包括程序和數(shù)據(jù)的軟件，其管理裝置的硬件，并且為執(zhí)行應(yīng)用程序提供服務(wù)。本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到,非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的服務(wù)器操作系統(tǒng)包括FreeBSD、OpenBSD、Linux、Mac OS XWindows和本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到,非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的個(gè)人計(jì)算機(jī)操作系統(tǒng)包括Mac OS和UNIX樣操作系統(tǒng)，諸如在一些實(shí)施方案中，通過(guò)云計(jì)算來(lái)提供操作系統(tǒng)。本領(lǐng)域技術(shù)人員也將認(rèn)識(shí)到，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的移動(dòng)智能手機(jī)操作系統(tǒng)包括OS、Research InBlackBerryWindowsOS、WindowsOS、和本領(lǐng)域技術(shù)人員也將認(rèn)識(shí)到，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的媒體串流裝置操作系統(tǒng)包括AppleGoogleGoogleAmazon和本領(lǐng)域技術(shù)人員也將認(rèn)識(shí)到，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的視頻游戲控制臺(tái)操作系統(tǒng)包括XboxMicrosoft Xbox One、和

在一些實(shí)施方案中，裝置包括儲(chǔ)存和/或存儲(chǔ)裝置。儲(chǔ)存和/或存儲(chǔ)裝置是一種或多種用于暫時(shí)或永久儲(chǔ)存數(shù)據(jù)或程序的物理設(shè)備。在一些實(shí)施方案中，裝置是易失性存儲(chǔ)器，并且需要電力來(lái)維持儲(chǔ)存信息。在一些實(shí)施方案中，裝置是非易失性存儲(chǔ)器，并且在不對(duì)數(shù)字處理裝置供電時(shí)保留儲(chǔ)存信息。在其它實(shí)施方案中，非易失性存儲(chǔ)器包括閃速存儲(chǔ)器。在一些實(shí)施方案中，非易失性存儲(chǔ)器包括動(dòng)態(tài)隨機(jī)存取存儲(chǔ)器(DRAM)。在一些實(shí)施方案中，非易失性存儲(chǔ)器包括鐵電隨機(jī)存取存儲(chǔ)器(FRAM)。在一些實(shí)施方案中，非易失性存儲(chǔ)器包括相變隨機(jī)存取存儲(chǔ)器(PRAM)。在其它實(shí)施方案中，裝置是儲(chǔ)存裝置，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，包括CD-ROM、DVD、閃速存儲(chǔ)裝置、磁盤驅(qū)動(dòng)器、磁帶驅(qū)動(dòng)器、光盤驅(qū)動(dòng)器和基于云計(jì)算的儲(chǔ)存器。在其它實(shí)施方案中，儲(chǔ)存和/或存儲(chǔ)裝置是裝置(諸如本文公開的那些)的組合。

在一些實(shí)施方案中，數(shù)字處理裝置包括用以向用戶發(fā)送視覺信息的顯示器。在一些實(shí)施方案中，顯示器是陰極射線管(CRT)。在一些實(shí)施方案中，顯示器是液晶顯示器(LCD)。在其它實(shí)施方案中，顯示器是薄膜晶體管液晶顯示器(TFT-LCD)。在一些實(shí)施方案中，顯示器是有機(jī)發(fā)光二極管(OLED)顯示器。在各種其它實(shí)施方案中，OLED顯示器是無(wú)源矩陣OLED(PMOLED)或有源矩陣OLED(AMOLED)顯示器。在一些實(shí)施方案中，顯示器是等離子體顯示器。在其它實(shí)施方案中，顯示器是視頻投影機(jī)。在其它實(shí)施方案中，顯示器是裝置(諸如本文公開的那些)的組合。

在一些實(shí)施方案中，數(shù)字處理裝置包括用以接收來(lái)自用戶的信息的輸入裝置。在一些實(shí)施方案中，輸入裝置是鍵盤。在一些實(shí)施方案中，輸入裝置是定點(diǎn)裝置，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，包括鼠標(biāo)、跟蹤球、跟蹤板、操縱桿、游戲控制器或觸筆。在一些實(shí)施方案中，輸入裝置是觸摸屏或多點(diǎn)觸摸屏。在其它實(shí)施方案中，輸入裝置是用以捕集聲音或其它聲波輸入的麥克風(fēng)。在其它實(shí)施方案中，輸入裝置是攝像機(jī)或用以捕集運(yùn)動(dòng)或視覺輸入的其它傳感器。在其它實(shí)施方案中，輸入裝置是Kinect^TM、Leap Motion^TM等。在其它實(shí)施方案中，輸入裝置是裝置(諸如本文公開的那些)的組合。

非短暫計(jì)算機(jī)可讀儲(chǔ)存介質(zhì)

在一些實(shí)施方案中，本文公開的系統(tǒng)和方法包括一種或多種編碼有程序的非短暫計(jì)算機(jī)可讀儲(chǔ)存介質(zhì)，所述程序包括可由任選聯(lián)網(wǎng)數(shù)字處理裝置的操作系統(tǒng)執(zhí)行的指令。在其它實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)可讀儲(chǔ)存介質(zhì)是數(shù)字處理裝置的有形組件。在其它實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)可讀儲(chǔ)存介質(zhì)任選可從數(shù)字處理裝置移除。在一些實(shí)施方案中，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，計(jì)算機(jī)可讀儲(chǔ)存介質(zhì)包括CD-ROM、DVD、閃速存儲(chǔ)裝置、固態(tài)存儲(chǔ)器、磁盤驅(qū)動(dòng)器、磁帶驅(qū)動(dòng)器、光盤驅(qū)動(dòng)器、云計(jì)算系統(tǒng)和服務(wù)等。在一些情況下，將程序和指令永久、大致上永久、半永久或非短暫地編碼在介質(zhì)上。

計(jì)算機(jī)程序

在一些實(shí)施方案中，本文公開的系統(tǒng)和方法包括至少一種計(jì)算機(jī)程序或其用途。計(jì)算機(jī)程序包括可在數(shù)字處理裝置的CPU中執(zhí)行，被編寫以進(jìn)行指定任務(wù)的一系列指令。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)可讀指令以進(jìn)行特定任務(wù)或執(zhí)行特定抽象數(shù)據(jù)類型的程序模塊形式執(zhí)行，所述程序模塊諸如函數(shù)、對(duì)象、應(yīng)用編程接口(API)、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)等。鑒于本文提供的公開內(nèi)容，本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到在某些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序以各種形式的各種語(yǔ)言編寫。

在一些實(shí)施方案中，如在各種環(huán)境中所需，使計(jì)算機(jī)可讀指令的功能性組合或分布。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序包含一個(gè)指令序列。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序包含多個(gè)指令序列。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序從一個(gè)位置提供。在其它實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序從多個(gè)位置提供。在各個(gè)實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序包括一個(gè)或多個(gè)軟件模塊。在各個(gè)實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序部分地或完全地包括一種或多種網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序、一種或多種移動(dòng)應(yīng)用程序、一種或多種獨(dú)立應(yīng)用程序、一種或多種網(wǎng)絡(luò)瀏覽器插件、擴(kuò)展程序、外接程序(add-in)或附加程序(add-on)或其組合。

網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序

在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序包括網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序。鑒于本文提供的公開內(nèi)容，本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到在各個(gè)實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序利用一種或多種軟件框架和一種或多種數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序創(chuàng)建在諸如.NET或Ruby on Rail(RoR)的軟件框架上。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序利用一種或多種數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，包括關(guān)系、非關(guān)系、面向?qū)ο蟆㈥P(guān)聯(lián)和XML數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)。在其它實(shí)施方案中，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)包括SQL Server、mySQL^TM和本領(lǐng)域技術(shù)人員也將認(rèn)識(shí)到在各個(gè)實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序以一種或多種形式的一種或多種語(yǔ)言編寫。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序以一種或多種標(biāo)記語(yǔ)言、呈現(xiàn)定義語(yǔ)言、客戶端腳本語(yǔ)言、服務(wù)器端編碼語(yǔ)言、數(shù)據(jù)庫(kù)查詢語(yǔ)言或其組合編寫。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序在一定程度上以標(biāo)記語(yǔ)言，諸如超文本標(biāo)記語(yǔ)言(HTML)、可擴(kuò)展超文本標(biāo)記語(yǔ)言(XHTML)或可擴(kuò)展標(biāo)記語(yǔ)言(XML)編寫。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序在一定程度上以呈現(xiàn)定義語(yǔ)言，諸如層疊樣式表(CSS)編寫。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序在一定程度上以客戶端腳本語(yǔ)言，諸如異步Java腳本和XML(AJAX)、動(dòng)作腳本、Java腳本或編寫。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序在一定程度上以服務(wù)器端編碼語(yǔ)言，諸如動(dòng)態(tài)服務(wù)器頁(yè)面(ASP)、Perl、Java^TM、Java服務(wù)器頁(yè)面(JSP)、超文本預(yù)處理器(PHP)、Python^TM、Ruby、Tcl、Smalltalk、或Groovy編寫。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序在一定程度上以數(shù)據(jù)庫(kù)查詢語(yǔ)言，諸如結(jié)構(gòu)化查詢語(yǔ)言(SQL)編寫。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序整合企業(yè)服務(wù)器產(chǎn)品，諸如Lotus在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序包括媒體播放器元件。在各個(gè)其它實(shí)施方案中，媒體播放器元件利用許多適合多媒體技術(shù)中的一種或多種，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，包括HTML 5、Java^TM和

移動(dòng)應(yīng)用程序

在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序包括向移動(dòng)數(shù)字處理裝置提供的移動(dòng)應(yīng)用程序。在一些實(shí)施方案中，在制造移動(dòng)數(shù)字處理裝置時(shí)向它提供移動(dòng)應(yīng)用程序。在其它實(shí)施方案中，通過(guò)本文所述的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)向移動(dòng)數(shù)字處理裝置提供移動(dòng)應(yīng)用程序。

鑒于本文提供的公開內(nèi)容，通過(guò)為本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的技術(shù)，使用為本領(lǐng)域所知的硬件、語(yǔ)言和開發(fā)環(huán)境來(lái)創(chuàng)建移動(dòng)應(yīng)用程序。本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到移動(dòng)應(yīng)用程序以若干種語(yǔ)言編寫。非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的編程語(yǔ)言包括C、C++、C#、Objective-C、Java^TM、Java腳本、Pascal、Object Pascal、Python^TM、Ruby、VB.NET、WML和XHTML/HTML伴有或不伴有CSS、或其組合。

適合的移動(dòng)應(yīng)用程序開發(fā)環(huán)境可從若干來(lái)源獲得。非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，可商購(gòu)獲得的開發(fā)環(huán)境包括AirplaySDK、alcheMo、Celsius、Bedrock、Flash Lite、.NET精簡(jiǎn)框架、Rhomobile和WorkLight移動(dòng)平臺(tái)。其它開發(fā)環(huán)境可無(wú)成本獲得，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，包括Lazarus、MobiFlex、MoSync和Phonegap。此外，移動(dòng)裝置制造商銷售軟件開發(fā)套組，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，包括iPhone和iPad(iOS)SDK、Android^TM SDK、SDK、BREW SDK、OS SDK、Symbian SDK、webOS SDK和移動(dòng)SDK。

本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到用于銷售移動(dòng)應(yīng)用程序的若干商業(yè)論壇是可用的，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，包括應(yīng)用程序商店、Android^TM市場(chǎng)、應(yīng)用程序世界、針對(duì)Palm裝置的應(yīng)用程序商店、針對(duì)webOS的應(yīng)用程序目錄、移動(dòng)市場(chǎng)、針對(duì)裝置的Ovi商店、應(yīng)用程序和DSi商店。

獨(dú)立應(yīng)用程序

在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序包括獨(dú)立應(yīng)用程序，其是作為獨(dú)立計(jì)算機(jī)過(guò)程，而非現(xiàn)有過(guò)程的附加程序，例如而非作為插件運(yùn)行的程序。本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到常常編譯獨(dú)立應(yīng)用程序。編譯器是將以編程語(yǔ)言編寫的源代碼轉(zhuǎn)換成二進(jìn)制目標(biāo)代碼(諸如匯編語(yǔ)言或機(jī)器代碼)的計(jì)算機(jī)程序。非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的編譯編程語(yǔ)言包括C、C++、對(duì)象C、COBOL、Delphi、Eiffel、Java^TM、Lisp、Python^TM、Visual Basic和VB.NET或其組合。常常至少部分進(jìn)行編譯以創(chuàng)建可執(zhí)行程序。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序包括一種或多種可執(zhí)行編譯應(yīng)用程序。

網(wǎng)絡(luò)瀏覽器插件

在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)程序包括網(wǎng)絡(luò)瀏覽器插件。在計(jì)算的情況下，插件是一種或多種向較大軟件應(yīng)用程序添加特定功能性的軟件組件。軟件應(yīng)用程序的制造者支持插件以使得第三方開發(fā)者能夠創(chuàng)建使應(yīng)用程序擴(kuò)展的能力，支持易于添加新特征，以及降低應(yīng)用程序的大小。當(dāng)支持時(shí)，插件使得能夠定制軟件應(yīng)用程序的功能性。舉例來(lái)說(shuō)，插件通常在網(wǎng)絡(luò)瀏覽器中用于播放視頻，產(chǎn)生交互性，掃描病毒，以及顯示特定文件類型。本領(lǐng)域技術(shù)人員將熟悉若干網(wǎng)絡(luò)瀏覽器插件，包括播放器、和在一些實(shí)施方案中，工具欄包含一種或多種網(wǎng)絡(luò)瀏覽器擴(kuò)展程序、外接程序或附加程序。在一些實(shí)施方案中，工具欄包含一種或多種瀏覽器欄、工具條或桌面條。

鑒于本文提供的公開內(nèi)容，本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到使得能夠以各種編程語(yǔ)言開發(fā)插件的若干插件框架是可用的，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，包括C++、Delphi、Java^TM、PHP、Python^TM和VB.NET或其組合。

網(wǎng)絡(luò)瀏覽器(也稱為因特網(wǎng)瀏覽器)是被設(shè)計(jì)供與網(wǎng)絡(luò)連接的數(shù)字處理裝置一起使用，用于檢索、呈現(xiàn)和遍歷萬(wàn)維網(wǎng)上的信息資源的軟件應(yīng)用程序。非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的網(wǎng)絡(luò)瀏覽器包括InternetChrome、Opera和KDE Konqueror。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)瀏覽器是移動(dòng)網(wǎng)絡(luò)瀏覽器。移動(dòng)網(wǎng)絡(luò)瀏覽器(也稱為微型瀏覽器、小型瀏覽器和無(wú)線瀏覽器)被設(shè)計(jì)來(lái)在移動(dòng)數(shù)字處理裝置上使用，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，所述裝置包括手持式計(jì)算機(jī)、平板計(jì)算機(jī)、上網(wǎng)本計(jì)算機(jī)、小型筆記本計(jì)算機(jī)、智能手機(jī)、音樂(lè)播放器、個(gè)人數(shù)字助理(PDA)和手持式視頻游戲系統(tǒng)。非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的移動(dòng)網(wǎng)絡(luò)瀏覽器包括瀏覽器、RIM瀏覽器、Blazer、瀏覽器、移動(dòng)移動(dòng)InternetBasic Web、瀏覽器、Opera移動(dòng)和PSP^TM瀏覽器。

軟件模塊

在一些實(shí)施方案中，本文公開的系統(tǒng)和方法包括軟件、服務(wù)器和/或數(shù)據(jù)庫(kù)模塊或其用途。鑒于本文提供的公開內(nèi)容，通過(guò)為本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的技術(shù)，使用為本領(lǐng)域所知的機(jī)器、軟件和語(yǔ)言來(lái)創(chuàng)建軟件模塊。以眾多方式執(zhí)行本文公開的軟件模塊。在各個(gè)實(shí)施方案中，軟件模塊包含文件、一段代碼、編程對(duì)象、編程結(jié)構(gòu)或其組合。在其它各個(gè)實(shí)施方案中，軟件模塊包含多個(gè)文件、多段代碼、多個(gè)編程對(duì)象、多個(gè)編程結(jié)構(gòu)或其組合。在各個(gè)實(shí)施方案中，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，一個(gè)或多個(gè)軟件模塊構(gòu)成網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序、移動(dòng)應(yīng)用程序和獨(dú)立應(yīng)用程序。在一些實(shí)施方案中，軟件模塊在一個(gè)計(jì)算機(jī)程序或應(yīng)用程序中。在其它實(shí)施方案中，軟件模塊在超過(guò)一個(gè)計(jì)算機(jī)程序或應(yīng)用程序中。在一些實(shí)施方案中，使軟件模塊托管于一個(gè)機(jī)器上。在其它實(shí)施方案中，使軟件模塊托管于超過(guò)一個(gè)機(jī)器上。在其它實(shí)施方案中，使軟件模塊托管于云計(jì)算平臺(tái)上。在一些實(shí)施方案中，使軟件模塊托管于在一個(gè)位置處的一個(gè)或多個(gè)機(jī)器上。在其它實(shí)施方案中，使軟件模塊托管于在超過(guò)一個(gè)位置處的一個(gè)或多個(gè)機(jī)器上。

數(shù)據(jù)庫(kù)

在一些實(shí)施方案中，本文公開的方法和系統(tǒng)包括一種或多種數(shù)據(jù)庫(kù)或其用途。鑒于本文提供的公開內(nèi)容，本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到許多數(shù)據(jù)庫(kù)適于儲(chǔ)存和檢索在本文中其它地方描述的分析信息。在各個(gè)實(shí)施方案中，非限制性地舉例來(lái)說(shuō)，適合的數(shù)據(jù)庫(kù)包括關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)、非關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)、面向?qū)ο髷?shù)據(jù)庫(kù)、對(duì)象數(shù)據(jù)庫(kù)、實(shí)體-關(guān)系模型數(shù)據(jù)庫(kù)、關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫(kù)和XML數(shù)據(jù)庫(kù)。在一些實(shí)施方案中，數(shù)據(jù)庫(kù)基于因特網(wǎng)。在其它實(shí)施方案中，數(shù)據(jù)庫(kù)基于網(wǎng)絡(luò)。在其它實(shí)施方案中，數(shù)據(jù)庫(kù)基于云計(jì)算。在其它實(shí)施方案中，數(shù)據(jù)庫(kù)基于一種或多種本地計(jì)算機(jī)儲(chǔ)存裝置。

服務(wù)

在某些實(shí)施方案中，本文公開作為服務(wù)進(jìn)行操作的方法和系統(tǒng)。在一些實(shí)施方案中，服務(wù)提供者獲得客戶希望分析的DLBCL樣品。在一些實(shí)施方案中，服務(wù)提供者接著編碼待通過(guò)任何本文所述的方法來(lái)分析的各DLBCL樣品，進(jìn)行分析，并且向客戶提供報(bào)告。在一些實(shí)施方案中，客戶也進(jìn)行分析，并且向服務(wù)提供者提供結(jié)果以進(jìn)行解碼。在一些實(shí)施方案中，服務(wù)提供者接著向客戶提供解碼結(jié)果。在一些實(shí)施方案中，客戶也編碼DLBCL樣品，分析樣品，并且通過(guò)與本地(在客戶的位置處)或遠(yuǎn)程(例如在可通過(guò)網(wǎng)絡(luò)訪問(wèn)的服務(wù)器上)安裝的軟件互動(dòng)來(lái)解碼結(jié)果。在一些實(shí)施方案中，軟件產(chǎn)生報(bào)告并將所述報(bào)告?zhèn)鬏斨量蛻?。示例性客戶包括臨床實(shí)驗(yàn)室、醫(yī)院等。在一些實(shí)施方案中，客戶或團(tuán)體是需要或希望使用本發(fā)明的方法、系統(tǒng)、組合物和試劑盒的任何適合的客戶或團(tuán)體。

服務(wù)器

在一些實(shí)施方案中，在服務(wù)器或計(jì)算機(jī)服務(wù)器上處理本文提供的方法(圖2)。在一些實(shí)施方案中，服務(wù)器401包括中央處理單元(CPU，也是“處理器”)405，其是單核處理器、多核處理器或用于并行處理的多個(gè)處理器。在一些實(shí)施方案中，用作控制組件的一部分的處理器是微處理器。在一些實(shí)施方案中，服務(wù)器401也包括存儲(chǔ)器410(例如隨機(jī)存取存儲(chǔ)器、只讀存儲(chǔ)器、閃速存儲(chǔ)器)；電子儲(chǔ)存單元415(例如硬盤)；用于與一個(gè)或多個(gè)其它系統(tǒng)通信的通信接口420(例如網(wǎng)絡(luò)適配器)；和外圍裝置425，其包括高速緩沖存儲(chǔ)器、其它存儲(chǔ)器、數(shù)據(jù)儲(chǔ)存器和/或電子顯示適配器。存儲(chǔ)器410、儲(chǔ)存單元415、接口420和外圍裝置425通過(guò)諸如主板的通信總線(實(shí)線)與處理器405通信。在一些實(shí)施方案中，儲(chǔ)存單元415是用于儲(chǔ)存數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)儲(chǔ)存單元。借助于通信接口420，使服務(wù)器401可操作地耦合于計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)(“網(wǎng)絡(luò)”)430。在一些實(shí)施方案中，借助于額外硬件，處理器也可操作地耦合于網(wǎng)絡(luò)。在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)430是因特網(wǎng)、內(nèi)聯(lián)網(wǎng)和/或外聯(lián)網(wǎng)、與因特網(wǎng)通信的內(nèi)聯(lián)網(wǎng)和/或外聯(lián)網(wǎng)、電信或數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)。在一些實(shí)施方案中，借助于服務(wù)器401，網(wǎng)絡(luò)430執(zhí)行對(duì)等網(wǎng)絡(luò)，其使得耦合于服務(wù)器401的裝置能夠充當(dāng)客戶或服務(wù)器。在一些實(shí)施方案中，服務(wù)器能夠通過(guò)經(jīng)網(wǎng)絡(luò)430傳送的電子信號(hào)來(lái)傳輸和接收計(jì)算機(jī)可讀指令(例如裝置/系統(tǒng)操作方案或參數(shù))或數(shù)據(jù)(例如傳感器測(cè)量結(jié)果、由檢測(cè)代謝物獲得的原始數(shù)據(jù)、對(duì)由檢測(cè)代謝物獲得的原始數(shù)據(jù)的分析、對(duì)由檢測(cè)代謝物獲得的原始數(shù)據(jù)的解釋等)。此外，在一些實(shí)施方案中，網(wǎng)絡(luò)例如用于跨越國(guó)際邊界傳輸或接收數(shù)據(jù)。

在一些實(shí)施方案中，服務(wù)器401與一種或多種輸出裝置435(諸如顯示器或打印機(jī))，和/或與一種或多種輸入裝置440(諸如像鍵盤、鼠標(biāo)或操縱桿)通信。在一些實(shí)施方案中，顯示器是觸摸屏顯示器，在所述情況下，它充當(dāng)顯示裝置與輸入裝置兩者。在一些實(shí)施方案中，存在不同和/或額外輸入裝置，諸如發(fā)聲器、揚(yáng)聲器或麥克風(fēng)。在一些實(shí)施方案中，服務(wù)器使用多種操作系統(tǒng)中的任一種，諸如像若干版本的或或或中的任一個(gè)。

在一些實(shí)施方案中，儲(chǔ)存單元415儲(chǔ)存與操作本文所述的裝置、系統(tǒng)或方法相關(guān)的文件或數(shù)據(jù)。

在一些實(shí)施方案中，服務(wù)器通過(guò)網(wǎng)絡(luò)430與一種或多種遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)系統(tǒng)通信。在一些實(shí)施方案中，一種或多種遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括例如個(gè)人計(jì)算機(jī)、膝上型計(jì)算機(jī)、平板計(jì)算機(jī)、電話、智能手機(jī)或個(gè)人數(shù)字助理。

在一些實(shí)施方案中，控制組件包括單一服務(wù)器401。在其它情況下，系統(tǒng)包括通過(guò)內(nèi)聯(lián)網(wǎng)、外聯(lián)網(wǎng)和/或因特網(wǎng)來(lái)彼此通信的多個(gè)服務(wù)器。

在一些實(shí)施方案中，服務(wù)器401適合于儲(chǔ)存本文所述的裝置操作參數(shù)、方案、方法和其它潛在相關(guān)的信息。在一些實(shí)施方案中，將所述信息儲(chǔ)存在儲(chǔ)存單元415或服務(wù)器401上，并且通過(guò)網(wǎng)絡(luò)來(lái)傳輸所述數(shù)據(jù)。

實(shí)施例

這些實(shí)施例僅出于說(shuō)明目的而提供，并且不限制本文提供的權(quán)利要求的范圍。

實(shí)施例1：用于基因組突變分析、基因表達(dá)譜和分析物表達(dá)分析的患者群組

分析3個(gè)DLBCL患者群組。它們是1106群組1和2以及04753。

實(shí)施例2：突變對(duì)DLBCL的影響

分析總計(jì)51名患者的DNA突變，其中12名來(lái)自04753群組，31名來(lái)自1106群組1，并且8名來(lái)自1106群組2。也基于疾病進(jìn)展來(lái)將患者分組，28名是PD(疾病進(jìn)展)，10名是SD(穩(wěn)定疾病)，7名是PR(部分響應(yīng))，并且6名是CR(完全緩解)(圖3)。在任何依魯替尼給藥之前，從所有患者收集腫瘤活檢。將從所有患者的腫瘤活檢獲得的組織切片進(jìn)行福爾馬林固定和多聚甲醛包埋(FFPE)。從FFPE組織切片提取DNA，并且與含有374個(gè)癌癥相關(guān)基因和23個(gè)通常在癌癥中重排的其它基因的FoundationOne T5、T6和Heme組套(panel)(Foundation Medicine,Inc.,Cambridge,MA)雜交。

基于分析的突變或修飾是否與接受依魯替尼的患者中的抗性或可能指示所述抗性關(guān)聯(lián)來(lái)將它們分成兩組。不影響CR或PR組的生物標(biāo)志包括CDKN2A/B、MYD88、PIK3C2G、CD79B和IRS2(圖4)。影響對(duì)依魯替尼的響應(yīng)的生物標(biāo)志包括BCL2、RB1、LRP1B、PIM1、TSC2、TNFR、SF11A、SMAD4、PAX5和CARD11(圖5)。這些突變?cè)赑D患者群體內(nèi)是普遍的。

1名來(lái)自1106群組2的CR患者(ABC亞型DLBCL)在MYD88和CD79B中具有共同突變。兩種基因均涉及于最終調(diào)控NF-κB基因轉(zhuǎn)錄的通過(guò)NF-κB信號(hào)傳導(dǎo)途徑達(dá)成的活化或抑制的信號(hào)傳導(dǎo)途徑中(圖6和7)。CD79B和MYD88中的這個(gè)共同突變是Y196F和S198N或Y196F和L265P。

實(shí)施例3：ROS1突變A15G

來(lái)自1106群組的單名患者11096-091-201患有皮膚型DLBCL。所述患者對(duì)依魯替尼治療響應(yīng)，但接著復(fù)發(fā)。在以下3個(gè)不同階段收集腫瘤活檢：給藥前階段，即在用依魯替尼進(jìn)行任何治療之前(活檢樣品來(lái)自手臂)，轉(zhuǎn)移階段(活檢樣品來(lái)自腿部)和藥物難治/復(fù)發(fā)階段(活檢樣品來(lái)自手臂)。將從腫瘤活檢獲得的組織切片進(jìn)行福爾馬林固定和多聚甲醛包埋(FFPE)。從FFPE組織切片提取DNA，經(jīng)歷由含有374個(gè)癌癥相關(guān)基因和23個(gè)通常在癌癥中重排的其它基因的FoundationOne組套(Foundation Medicine,Inc.,Cambridge,MA)進(jìn)行的雜交捕集，并且在高度和均一覆蓋范圍的情況下測(cè)序。當(dāng)相較于在給藥前階段期間從患者的手臂收集以及在轉(zhuǎn)移階段期間從患者的腿部收集的活檢中的突變頻率時(shí)，在藥物難治/復(fù)發(fā)階段期間從患者的手臂收集的活檢樣品中，ROS1的信號(hào)肽區(qū)域中的單一突變A15G具有較高突變頻率(圖8)。

實(shí)施例4：基因表達(dá)譜對(duì)DLBCL患者的無(wú)進(jìn)展存活期(PFS)的影響

分析在任何依魯替尼給藥之前從60名屬于1106群組1的患者和7名屬于1106群組2的患者收集的腫瘤樣品的表達(dá)譜?；诩膊∵M(jìn)展來(lái)將1106群組1患者分組，40名是PD(疾病進(jìn)展)，7名是SD(穩(wěn)定疾病)，8名是PR(部分響應(yīng))，并且5名是CR(完全緩解)。也基于疾病進(jìn)展來(lái)將1106群組2患者分組，6名是PD(疾病進(jìn)展)，并且1名是CR(完全緩解)。患者分級(jí)顯示于圖9中。從給藥前腫瘤樣品提取RNA，并且相對(duì)于Affymetrix U133Plus 2.0基因陣列芯片進(jìn)行雜交，所述芯片分析超過(guò)47,000種轉(zhuǎn)錄物的相對(duì)表達(dá)水平。產(chǎn)生每名患者的一個(gè)由Affymetrix U133Plus 2.0基因陣列分析獲得的CEL文件。通過(guò)使用產(chǎn)生log(底是2)表達(dá)值的穩(wěn)健多芯片平均(RMA)方案處理CEL文件來(lái)計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)水平。接著通過(guò)使用可在R程序庫(kù)中獲得的“Survival”和“simPH”程序包來(lái)使RMA估計(jì)的表達(dá)值與無(wú)進(jìn)展存活期(PFS)相關(guān)聯(lián)。存活期數(shù)據(jù)用于計(jì)算各基因的Cox比例風(fēng)險(xiǎn)系數(shù)。所述系數(shù)是PFS的定量量度。群組2的基因表達(dá)譜分析數(shù)據(jù)初始顯示批次效應(yīng)，其隨后通過(guò)移除批次效應(yīng)來(lái)修正以移除1106群組1與群組2之間的非所要變化(圖10A和10B)。當(dāng)使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法分類時(shí)，也發(fā)現(xiàn)群組2樣品為ABC亞型。使用上述計(jì)算方法，7個(gè)基因被鑒定為與PFS正性相關(guān)。CR患者中的7個(gè)基因(ACTG2、LOR、GAPT、CCND2、SELL、GEN1和HDAC9)的表達(dá)水平比PD患者中高3-7倍(圖9)。CR患者中的CCND2(圖12A-B)和SELL(圖12C-D)的表達(dá)水平比PD患者中高約4倍。存在與PFS負(fù)性相關(guān)的2個(gè)其它基因FGR和IGHA1。CR患者中的FGR(圖13A-B)和IGHA1(圖13C-D)的表達(dá)水平比PD患者中低2-4倍。

實(shí)施例5：依魯替尼治療對(duì)1106群組2DLBCL患者中的蛋白質(zhì)表達(dá)水平的影響

使用Myriad RBM Human DiscoveryMAP250+v2.0免疫測(cè)定平臺(tái)(Myriad RBM,Inc.,Austin,TX)，測(cè)定來(lái)自8名來(lái)自1106群組2的患者的血清樣品的分析物的表達(dá)譜。此外，使用HANS-IHC算法，確定8名患者都不患有生發(fā)中心B亞型DBLCL。也基于疾病進(jìn)展來(lái)將患者分組，6名是PD(疾病進(jìn)展)，1名是SD(穩(wěn)定疾病)，并且1名是完全緩解(CR)。在任何依魯替尼給藥之前(給藥前)收集PD患者的血清樣品，但在給藥前和給藥后均收集SD患者和CR患者的血清樣品。盡管Human DiscoveryMAP250+v2.0被配備來(lái)測(cè)定240種分析物，但從分析排除59種分析物，作為它們的濃度低于定量下限(LLOQ)。通過(guò)取分析物水平與定量下限之間的比率的log(底是2)來(lái)使原始分析物水平標(biāo)準(zhǔn)化。接著使180種分析物的標(biāo)準(zhǔn)化水平經(jīng)受單因素(OneWay)分析。觀察到來(lái)自8名測(cè)試患者的180種分析物的表達(dá)水平可被分組成16種不同樣式。在6名PD患者中水平升高的分析物是骨橋蛋白(OPN)(圖14A)、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)(圖15A)、醛糖還原酶(ALDR)(圖16A)和肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子(HGF)(圖17A)。PD患者(1106-PD)中的OPN(圖14B)、MMP-7(圖15B)、ALDR(圖16B)和HGF(圖17B)的水平高于SD(1106-SD)和CR患者(1106-CR)。

實(shí)施例6：依魯替尼治療對(duì)04753群組DLBCL患者中的蛋白質(zhì)表達(dá)水平的影響

使用Myriad RBM Human DiscoveryMAP250+v2.0免疫測(cè)定平臺(tái)(Myriad RBM,Inc.,Austin,TX)，測(cè)定來(lái)自13名來(lái)自04753群組的患者的血清樣品的分析物的表達(dá)譜。在依魯替尼給藥后8天獲得血清樣品?；诨颊邔?duì)依魯替尼治療的響應(yīng)來(lái)將他們分組。各組是進(jìn)行性疾病(04753-PD)、穩(wěn)定疾病(047530-SD)、部分響應(yīng)(04753-PR)和完全緩解(04753-CR)。通過(guò)取分析物水平與定量下限之間的比率的log(底是2)來(lái)使原始分析物水平標(biāo)準(zhǔn)化。接著使分析物的標(biāo)準(zhǔn)化水平經(jīng)受單因素分析。在04753-PD患者中水平升高的分析物是骨橋蛋白(OPN)(圖14A)、基質(zhì)金屬蛋白酶7(MMP-7)(圖15A)、醛糖還原酶(ALDR)(圖16A)和肝細(xì)胞生長(zhǎng)因子(HGF)(圖17A)。PD患者(04753-PD)中的OPN(圖14B)、MMP-7(圖15B)、ALDR(圖16B)和HGF(圖17B)的水平高于SD(04753-SD)和CR患者(04753-CR)。

實(shí)施例7：BCL-2基因表達(dá)

在TMD8細(xì)胞的情況下的基因表達(dá)分析

使用GeneChip人轉(zhuǎn)錄物組陣列2.0分析野生型TMD8細(xì)胞和依魯替尼抗性TMD8細(xì)胞的基因表達(dá)。轉(zhuǎn)錄物組分析控制臺(tái)(Transcriptome Analysis Console)v2.0用于產(chǎn)生說(shuō)明一列凋亡相關(guān)基因的熱圖。

通過(guò)qPCR來(lái)測(cè)量BAX、BCL-2和MCL-1的基因表達(dá)。相對(duì)于GAPDH參照基因使表達(dá)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。所有數(shù)據(jù)都呈現(xiàn)為相對(duì)于野生型TMD8樣品的倍數(shù)變化。

用指示濃度(圖18C)的ABT-199處理野生型TMD8細(xì)胞和依魯替尼抗性TMD8細(xì)胞3天，并且使用CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定來(lái)確定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。

圖18A-圖18C顯示依魯替尼抗性TMD8細(xì)胞或野生型TMD8細(xì)胞中BCL-2基因表達(dá)的比較。依魯替尼抗性TMD8細(xì)胞中的BCL-2基因表達(dá)高于野生型TMD8細(xì)胞。

對(duì)來(lái)自DLBCL亞型的腫瘤樣品的BCL-2基因表達(dá)分析

使用穩(wěn)健多陣列平均(RMA)算法使Affymetrix HG-U133Plus 2數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化方法基于Wright,G.等PNAS 2003；100(17):9991-6的分類算法。在國(guó)立癌癥研究所(National Cancer Institute)分析DLBCL的亞型。對(duì)于ABC-DLBCL亞型分析，僅有基因表達(dá)譜分析(GEP)識(shí)別為ABC-DLBCL的樣品被單獨(dú)使用和標(biāo)準(zhǔn)化。使用秩積統(tǒng)計(jì)(rank product statistic)(RankProd R程序包)對(duì)依魯替尼ABC-DLBCL響應(yīng)者(CR+PR)與非響應(yīng)者(SD+PD)之間基因差異性表達(dá)進(jìn)行測(cè)試。對(duì)于ABC-DLBCL相對(duì)于GCB-DLBCL比較圖和熱圖，所有亞型都被一起標(biāo)準(zhǔn)化。以線性標(biāo)度將數(shù)據(jù)繪圖。

圖19說(shuō)明不同亞種類的DLBCL腫瘤樣品中的BCL-2基因表達(dá)。觀察到來(lái)自對(duì)依魯替尼具有較好響應(yīng)的患者的腫瘤樣品中的BCL-2基因表達(dá)較低。

對(duì)來(lái)自具有不同依魯替尼響應(yīng)的患者的腫瘤樣品的BCL-2基因表達(dá)分析

圖20頂部圖說(shuō)明在來(lái)自對(duì)依魯替尼具有不同響應(yīng)的患者的腫瘤樣品中鑒定的BCL-2突變頻率。

圖20底部圖說(shuō)明BCL2蛋白質(zhì)序列(Uniprot登記號(hào)P10415)與對(duì)應(yīng)于晶體結(jié)構(gòu)4MAN_A的序列之間的序列比對(duì)。使用ClustalW進(jìn)行序列比對(duì)，并且用Seaview顯現(xiàn)(通過(guò)缺省Seaview方案來(lái)對(duì)各物理性質(zhì)的氨基酸進(jìn)行顏色編碼，所述方案記載在http://pageperso.lif.univ-mrs.fr/～michel.vancaneghem/optionBio2/documents/seaview.help處)。這個(gè)PDB條目是BCL2與抑制劑4-[4-({4'-氯-3-[2-(二甲基氨基)乙氧基]聯(lián)苯-2-基}甲基)哌嗪-1-基]-2-(1H-吲哚-5-基氧基)-N-({3-硝基-4-[(四氫-2H-吡喃-4-基甲基)氨基]苯基}磺?；?苯甲酰胺的共晶體結(jié)構(gòu)。

BCL2編碼區(qū)中的突變產(chǎn)生在比對(duì)上指示(mut)，并且根據(jù)野生型表示(wt)的氨基酸取代。另外，在比對(duì)上用由數(shù)字指示的結(jié)構(gòu)域注釋BCL2的結(jié)構(gòu)域。抑制劑與蛋白質(zhì)之間的接觸用X標(biāo)記。通過(guò)使用2014-2版Schrodinger套件，在300K下在水中對(duì)復(fù)合物進(jìn)行12ns分子動(dòng)力學(xué)模擬，接著在Schrodinger’s Maestro內(nèi)分析所得軌跡數(shù)據(jù)來(lái)定位接觸。將接觸定義為蛋白質(zhì)殘基與抑制劑之間的物理相互作用。所述相互作用可為H鍵合、π-π堆積、疏水性相互作用和靜電相互作用。應(yīng)注意這是對(duì)復(fù)合物的實(shí)際晶體結(jié)構(gòu)進(jìn)行建模的結(jié)果。

實(shí)施例8：BCL-2抑制劑和依魯替尼在DoHH2細(xì)胞的情況下的組合作用

圖21說(shuō)明DoHH2細(xì)胞系中的BCL-2表達(dá)。圖21A和圖21B顯示作為非霍奇金氏B細(xì)胞系的DoHH2中的BCL-2基因表達(dá)，分別相對(duì)于GAPDH和肌動(dòng)蛋白進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。圖21C顯示在蛋白質(zhì)水平上的BCL-2表達(dá)。相較于野生型DoHH2細(xì)胞，在依魯替尼抗性DoHH2細(xì)胞中，BCL-2以較高水平表達(dá)。

圖22A-圖22D顯示依魯替尼和ABT-199的組合對(duì)野生型DoHH2增殖的影響。圖22A說(shuō)明依魯替尼和ABT-199的協(xié)同評(píng)分熱圖。圖22B顯示在ABT-199和依魯替尼存在下，DoHH2野生型細(xì)胞的生長(zhǎng)百分比。在一些情況下，EC50是2.079nM。圖22C和22D顯示依魯替尼和ABT-199組合的協(xié)同評(píng)分。

圖23A-圖23D顯示依魯替尼和ABT-199的組合對(duì)依魯替尼抗性DoHH2增殖的影響。圖23A說(shuō)明依魯替尼和ABT-199的協(xié)同評(píng)分熱圖。在一些情況下，EC50是329.7nM。圖23B顯示在ABT-199和依魯替尼存在下，DoHH2依魯替尼抗性細(xì)胞的生長(zhǎng)百分比。圖23C和23D顯示依魯替尼和ABT-199組合的協(xié)同評(píng)分。

圖24A-圖24D顯示依魯替尼和ABT-199的組合對(duì)依魯替尼抗性DoHH2增殖的影響。圖24A說(shuō)明依魯替尼和ABT-199的協(xié)同評(píng)分熱圖。圖24B顯示在ABT-199和依魯替尼存在下，DoHH2依魯替尼抗性細(xì)胞的第二群體的生長(zhǎng)百分比。在一些情況下，EC50是210.7nM。圖24C和24D顯示依魯替尼和ABT-199組合的協(xié)同評(píng)分。

實(shí)施例9：ABC-DLBCL、GCB-DLBCL和FL體外和體內(nèi)研究

方法

細(xì)胞培養(yǎng)和藥物

使ABC-DLBCL(TMD8、HBL1和LY10)、GCB-DLBCL(DLCL-2、RL和SU-DHL-4)和FL(DoHH2和WSU-FSCCL)細(xì)胞系在37℃下在5％CO₂存在下生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期。在具有10％FBS(Atlanta Biologicals)、1mM丙酮酸鈉(Life Technologies)和1％青霉素/鏈霉素(Life Technologies)的RPMI 1640培養(yǎng)基(Life Technologies)中培養(yǎng)TMD8和HBL1細(xì)胞。在具有20％肝素化正常人血漿(Equitech-Bio)、55mM 2-巰基乙醇(Life Technologies)和1％青霉素/鏈霉素的IMDM培養(yǎng)基(Life Technologies)中培養(yǎng)LY10細(xì)胞。在具有10％FBS(Atlanta Biologicals)和1％青霉素/鏈霉素(Life Technologies)的RPMI 1640培養(yǎng)基(Life Technologies)中培養(yǎng)DLCL-2、RL、SU-DHL-4、DoHH2和WSU-FSCCL細(xì)胞。通過(guò)在體外使親本細(xì)胞系與逐漸遞增濃度的依魯替尼一起培養(yǎng)延長(zhǎng)時(shí)期來(lái)產(chǎn)生HBL1、TMD8和DoHH2抗性細(xì)胞。通過(guò)將突變BTK(C481S)引入LY10細(xì)胞系中來(lái)產(chǎn)生LY10(BTK-C481S)。

細(xì)胞活力測(cè)定

根據(jù)制造商說(shuō)明書進(jìn)行發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定。簡(jiǎn)要來(lái)說(shuō)，在單一藥物或藥物組合存在下，將細(xì)胞以8,000-25,000個(gè)細(xì)胞/孔接種在96孔板中，持續(xù)3或5天。通過(guò)定量存在的ATP來(lái)測(cè)定培養(yǎng)物中活細(xì)胞的數(shù)目，所述ATP與檢測(cè)的發(fā)光信號(hào)成比例。用CalcuSyn(Biosoft)計(jì)算作為藥物互動(dòng)性量度的組合指數(shù)(C.I.)。通過(guò)Chalice Analyzer(Horizon CombinatoRx)來(lái)計(jì)算協(xié)同評(píng)分和等效線圖解。

粘附測(cè)定

在用含有10μg/ml纖維結(jié)合蛋白或4％BSA的PBS在4℃下涂布過(guò)夜的96孔板中一式三份進(jìn)行粘附測(cè)定。將用指示的藥物預(yù)處理過(guò)夜的細(xì)胞(5×10⁴)接種至各孔中，并且使其在37℃下在粘附培養(yǎng)基(含有1％BSA的RPMI-1640)中粘附30分鐘。在用預(yù)升溫的粘附培養(yǎng)基洗滌4次之后，通過(guò)溫和振蕩來(lái)在100μl CellTiter-Glo試劑中溶解粘附細(xì)胞，并且根據(jù)制造商方案在光度計(jì)上測(cè)量發(fā)光信號(hào)。

RT-PCR測(cè)定

Fast Cells-to-C_T^TM試劑盒(Life Technologies)用于提取總RNA，并且根據(jù)制造商說(shuō)明書使RNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA。由RT反應(yīng)獲得的4μl cDNA用于在QuantStudio^TM7Flex實(shí)時(shí)PCR系統(tǒng)(Life Technologies)上建立Taqman Q-RT-PCR。用于這個(gè)研究的基因表達(dá)測(cè)定物包括BCL-2(Hs00608023_m1)、BAX(Hs00180269_m1)、MCL-1(Hs01050896_m1)、GAPDH(Hs02758991_g1)和ACTB(Hs01060665_g1)。

異種移植物研究

所有動(dòng)物研究都根據(jù)機(jī)構(gòu)動(dòng)物護(hù)理和使用委員會(huì)(Institutional Animal Care and Use Committee,IACUC)關(guān)于動(dòng)物福利核準(zhǔn)的方案完成。用在含有基質(zhì)膠(Corning)的混懸液中的1×10⁷個(gè)TMD8細(xì)胞皮下接種CB17SCID小鼠(Charles River Laboratories)。當(dāng)腫瘤達(dá)到約100mm³時(shí)(在腫瘤接種之后16天)，隨機(jī)分配小鼠，并且通過(guò)口服管飼(oral gavage)來(lái)每日一次用依魯替尼(12mg/kg)、ABT-199(40mg/kg)或組合治療，其中每組10只小鼠。一周兩次測(cè)量腫瘤體積，并且以腫瘤體積＝(長(zhǎng)度×寬度²)×0.4加以計(jì)算。

凋亡測(cè)定

ApoDETECT^TM膜聯(lián)蛋白V-FITC試劑盒(Life Technologies)用于根據(jù)制造商說(shuō)明書檢測(cè)凋亡細(xì)胞群體。簡(jiǎn)要來(lái)說(shuō)，將細(xì)胞用冰冷PBS洗滌，并且以5×10⁵個(gè)細(xì)胞/毫升的濃度再混懸于1×結(jié)合緩沖液中。將膜聯(lián)蛋白V-FITC(10μl)添加至190μl細(xì)胞混懸液中，并且在室溫下孵育10分鐘。在用1×結(jié)合緩沖液洗滌之后，將細(xì)胞再混懸于190μl具有10μl 20μg/ml碘化丙錠的結(jié)合緩沖液中，并且通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)來(lái)分析。

集落形成測(cè)定

將HBL1細(xì)胞(每孔1000細(xì)胞)混懸于具有媒介物、依魯替尼、ABT-199或組合的含有0.9％甲基纖維素(Methocult^TM H4100，Stem Cell Technology)的培養(yǎng)基中，并且將0.3ml混合物接種在24孔培養(yǎng)板的各孔中。在第7天對(duì)集落計(jì)數(shù)。

微陣列數(shù)據(jù)分析和統(tǒng)計(jì)

人轉(zhuǎn)錄物組陣列2.0(HTA 2.0，Affymetrix)用于分析TMD8親本和依魯替尼抗性細(xì)胞系的基因表達(dá)。使用轉(zhuǎn)錄物組分析控制臺(tái)v2.0(Affymetrix)產(chǎn)生凋亡相關(guān)基因表達(dá)的熱圖。

使用人基因組U133Plus 2.0陣列(Affymetrix)分析來(lái)自2期PCYC-1106試驗(yàn)(NCT01325701)的FFPE試樣的基因表達(dá)，并且使用穩(wěn)健多陣列平均(RMA)算法使數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化?；诜诸愃惴▉?lái)鑒定DLBCL的亞型。對(duì)于局限于ABC-DLBCL亞型的分析，僅有基因表達(dá)譜分析(GEP)識(shí)別為ABC-DLBCL的樣品被單獨(dú)使用和標(biāo)準(zhǔn)化。使用秩積統(tǒng)計(jì)(RankProd R程序包)對(duì)依魯替尼ABC-DLBCL響應(yīng)者(CR+PR)與非響應(yīng)者(SD+PD)之間基因差異性表達(dá)進(jìn)行測(cè)試。對(duì)于ABC-DLBCL相對(duì)于GCB-DLBCL比較圖和熱圖，所有亞型都被一起標(biāo)準(zhǔn)化。以線性標(biāo)度將數(shù)據(jù)繪圖。

結(jié)果

在ABC-DLBCL細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199協(xié)同抑制細(xì)胞生長(zhǎng)(圖25A-圖25D)。(圖25A)用指示濃度的依魯替尼與ABT-199(10、30、100nM)或媒介物組合處理TMD8、HBL1和LY10細(xì)胞5天，并且通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定來(lái)確定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。(圖25B)TMD8、HBL1和LY10細(xì)胞的藥物劑量矩陣數(shù)據(jù)。數(shù)字指示相對(duì)于媒介物對(duì)照處理的細(xì)胞，用相應(yīng)化合物組合處理的細(xì)胞的生長(zhǎng)抑制百分比。使用顏色標(biāo)度將數(shù)據(jù)顯現(xiàn)在矩陣上。(圖25C)圖25B中的數(shù)據(jù)的等效線圖解分析和協(xié)同評(píng)分指示依魯替尼和ABT-199的組合具有協(xié)同作用。(圖25D)在TMD8、HBL1和LY10細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199在指示濃度下的C.I.。

依魯替尼和ABT-199的組合抑制細(xì)胞粘附和集落形成，增加凋亡細(xì)胞群體，并且抑制腫瘤生長(zhǎng)(圖26A-圖26C)。(圖26A)用媒介物、依魯替尼(0.1μM)、ABT-199(1μM)或組合將TMD8細(xì)胞預(yù)處理過(guò)夜，隨后接種至各板中以進(jìn)行粘附測(cè)定。用BSA涂布的各孔充當(dāng)陰性對(duì)照。從在所有治療組的情況下獲得的發(fā)光信號(hào)中減去在陰性對(duì)照的情況下獲得的發(fā)光信號(hào)。所有數(shù)據(jù)都呈現(xiàn)為相對(duì)于媒介物處理的樣品的發(fā)光信號(hào)倍數(shù)變化。各圖代表對(duì)3個(gè)孔的定量，表示為平均值±SD。(圖26B)將HBL1細(xì)胞接種在具有媒介物、依魯替尼(10nM)、ABT-199(50nM)或組合的0.9％MethoCult(1000個(gè)細(xì)胞/孔)中，并且在7天之后對(duì)集落形成評(píng)分。各圖代表對(duì)3個(gè)孔的定量，表示為平均值±SD。(圖26C)用依魯替尼(100nM)、ABT-199(1μM)或組合處理TMD8細(xì)胞1天，并且分析膜聯(lián)蛋白-V結(jié)合以及PI攝取。指示膜聯(lián)蛋白V陽(yáng)性細(xì)胞、PI陽(yáng)性細(xì)胞、或膜聯(lián)蛋白V與PI兩者雙重陽(yáng)性細(xì)胞的百分比。(圖26D)將TMD8腫瘤細(xì)胞植入CB17SCID小鼠中，并且當(dāng)腫瘤達(dá)到100mm3時(shí)，每日口服施用指示的藥物。一周兩次測(cè)量腫瘤。(圖26E)通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)來(lái)分析來(lái)自用指示的藥物治療的CB17SCID小鼠的TMD8腫瘤細(xì)胞的凋亡細(xì)胞群體(膜聯(lián)蛋白V陽(yáng)性和PI陰性)。

在GCB-DLBCL和FL細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199協(xié)同抑制細(xì)胞生長(zhǎng)(圖27A-27C)。(圖27A)用指示濃度的依魯替尼與ABT-199(10、30、100nM)或媒介物組合處理GCB-DLBCL細(xì)胞(DLCL-2、RL和SU-DHL-4)3天，并且通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定來(lái)確定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。(圖27B)用指示濃度的依魯替尼與ABT-199或媒介物組合處理FL細(xì)胞(DoHH2和WSU-FSCCL)3天，并且通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定來(lái)確定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。(圖27C)在GCB-DLBCL和FL細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199組合的C.I.。顯示的是不同濃度的依魯替尼與在100nM(DLCL-2、RL和SU-DHL-4)、30nM(DoHH2)和100nM(WSU-FSCCL)下的ABT-199組合的C.I.。

在依魯替尼抗性ABC-DLBCL細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199協(xié)同抑制細(xì)胞生長(zhǎng)(圖28A-圖28H)。(圖28A)用指示濃度的依魯替尼與ABT-199(10、30、100nM)或媒介物組合處理LY10(BTK-C481S)細(xì)胞5天，并且通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定來(lái)確定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。(圖28B)LY10(BTK-C481S)細(xì)胞的藥物劑量矩陣數(shù)據(jù)。(圖28C)圖28B中的數(shù)據(jù)的等效線圖解分析和協(xié)同評(píng)分。(圖28D)在LY10(BTK-C481S)細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199在指示濃度下的C.I.。(圖28E)用指示濃度的依魯替尼與ABT-199(10nM)或媒介物組合處理HBL1抗性細(xì)胞和TMD8抗性細(xì)胞3天，并且通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定來(lái)測(cè)定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。(圖28F)用媒介物、依魯替尼(0.1μM)、ABT-199(1μM)或組合將TMD8抗性細(xì)胞預(yù)處理過(guò)夜，隨后接種至各板中以進(jìn)行粘附測(cè)定。所有數(shù)據(jù)都呈現(xiàn)為相對(duì)于媒介物處理的樣品的發(fā)光信號(hào)倍數(shù)變化。各圖代表對(duì)3個(gè)孔的定量，表示為平均值±SD。(圖28G)用指示濃度的依魯替尼與ABT-199(1、3、10nM)或媒介物組合處理DoHH2抗性細(xì)胞3天，并且通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定來(lái)測(cè)定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。(圖28H)在DoHH2抗性細(xì)胞的情況下，依魯替尼和ABT-199在指示濃度下的C.I.。

TMD8抗性細(xì)胞具有更高BCL-2基因表達(dá)，并且對(duì)ABT-199更敏感(圖29A-圖29D)。(圖29A)在TMD8-WT細(xì)胞相對(duì)于TMD8抗性細(xì)胞的情況下，凋亡相關(guān)基因的基因表達(dá)譜的熱圖呈現(xiàn)。(圖29B)TMD8抗性細(xì)胞中的BCL-2基因表達(dá)增加。通過(guò)RT-QPCR測(cè)定來(lái)測(cè)定BAX、BCL-2和MCL-1的基因表達(dá)水平，并且GAPDH和ACTB用作參照基因。所有數(shù)據(jù)都呈現(xiàn)為相對(duì)于TMD8-WT樣品的倍數(shù)變化。(圖29C)相較于TMD8-WT細(xì)胞，TMD8抗性細(xì)胞對(duì)ABT-199更敏感。用ABT-199處理細(xì)胞3天，并且通過(guò)CellTiter-Glo發(fā)光細(xì)胞活力測(cè)定來(lái)確定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。(圖29D)DoHH2抗性細(xì)胞中的BCL-2基因表達(dá)增加。通過(guò)RT-QPCR測(cè)定來(lái)測(cè)定BCL-2的基因表達(dá)水平，并且GAPDH用作參照基因。數(shù)據(jù)呈現(xiàn)為相對(duì)于DoHH2-WT樣品的倍數(shù)變化。

觀察到來(lái)自對(duì)依魯替尼具有較不良響應(yīng)的患者的腫瘤中的BCL-2基因表達(dá)較高(圖30A-圖30C)。(圖30A)觀察到來(lái)自ABC-DLBCL患者和GCB-DLBCL患者的腫瘤中的差異性BCL-2基因表達(dá)。(圖30B)檢測(cè)到來(lái)自具有較不良響應(yīng)的ABC-DLBCL患者(PD+SD)的腫瘤中的BCL-2基因表達(dá)較高。分析BCL-2基因表達(dá)水平，并且基于秩的統(tǒng)計(jì)(RankProd)用于確定顯著性(p<0.001)。(圖30C)具有低BCL-2(黑色)和高BCL-2(紅色)基因表達(dá)的患者的無(wú)進(jìn)展存活期的卡普蘭-邁耶(Kaplan-Meier)存活曲線。具有較高BCL-2基因表達(dá)的ABC-DLBCL患者比具有較低BCL-2基因表達(dá)者具有顯著更差的存活期(p<0.05，對(duì)數(shù)秩檢驗(yàn))。

實(shí)施例10：Btk抑制劑、Bcl-2抑制劑和PI3K抑制劑的組合作用

在單獨(dú)Btk抑制劑依魯替尼；依魯替尼與Bcl-2抑制劑ABT-199一起；依魯替尼與PI3K抑制劑IPI-145一起；或依魯替尼與ABT-199和IPI-145一起存在下培養(yǎng)GCB-DLBCL細(xì)胞系(SUDHL4、SUDHL5、SUDHL6、SUDHL10、WSU-NHL、DLCL-2和RL)，并且確定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。在SUDHL4細(xì)胞系、SUDHL10細(xì)胞系和DLCL-2細(xì)胞系的情況下鑒定出依魯替尼/ABT-199/IPI-145組合的協(xié)同作用。圖32A-32C顯示在指示濃度下的單獨(dú)依魯替尼；依魯替尼和ABT-199；依魯替尼和IPI-145；或依魯替尼與ABT-199和IPI-145一起存在下生長(zhǎng)的DLCL-2細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖33A-33C顯示在指示濃度下的單獨(dú)依魯替尼；依魯替尼和ABT-199；依魯替尼和IPI-145；或依魯替尼與ABT-199和IPI-145一起存在下生長(zhǎng)的SUDHL4、SUDHL10和DLCL-2細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。計(jì)算依魯替尼、ABT-199和IPI-145的組合在SUDHL4、SUDHL10和DLCL-2細(xì)胞的情況下所述組合的C.I.值，并且所述C.I.值指示對(duì)這三種細(xì)胞系具有協(xié)同作用(圖34，顯示的數(shù)字是平均C.I.值)。

實(shí)施例11：Btk抑制劑、Bcl-2抑制劑和皮質(zhì)類固醇的組合作用

在單獨(dú)Btk抑制劑依魯替尼；依魯替尼與Bcl-2抑制劑ABT-199一起；依魯替尼與皮質(zhì)類固醇地塞米松一起；或依魯替尼與ABT-199和地塞米松一起存在下培養(yǎng)GCB-DLBCL細(xì)胞系(SUDHL4、SUDHL6、SUDHL10和DLCL-2)，并且測(cè)定藥物對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響。在SUDHL4細(xì)胞系、SUDHL6細(xì)胞系和DLCL-2細(xì)胞系的情況下鑒定出依魯替尼/ABT-199/地塞米松組合的協(xié)同作用。圖35A和35B顯示在指示濃度下的單獨(dú)依魯替尼；依魯替尼和ABT-199；依魯替尼和地塞米松；或依魯替尼與ABT-199和地塞米松存在下生長(zhǎng)的SUDHL4細(xì)胞和DLCL-2細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖36A和36B顯示在指示濃度下的單獨(dú)依魯替尼；依魯替尼和ABT-199；依魯替尼和地塞米松；或依魯替尼與ABT-199和地塞米松一起存在下生長(zhǎng)的SUDHL6和SUDHL10細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。圖37-40分別顯示在指示濃度下的單獨(dú)依魯替尼；依魯替尼和ABT-199；依魯替尼和地塞米松；或依魯替尼與ABT-199和地塞米松一起存在下生長(zhǎng)的SUDHL4細(xì)胞、DLCL-2細(xì)胞、SUDHL6和SUDHL10細(xì)胞的細(xì)胞生長(zhǎng)圖。計(jì)算依魯替尼、ABT-199和地塞米松的組合在SUDHL4、SUDHL6和DLCL-2細(xì)胞的情況下所述組合的C.I.值，并且所述C.I.值指示對(duì)這三種細(xì)胞系具有協(xié)同作用(圖41，顯示的數(shù)字是平均C.I.值)。

實(shí)施例12：用依魯替尼治療的彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤患者中的靶向基因的突變影響

通過(guò)靶向深度測(cè)序，探究317個(gè)靶向基因的基線突變對(duì)用依魯替尼治療的51名DLBCL患者的臨床響應(yīng)的影響?；谶@個(gè)突變影響分析，鑒定出用于預(yù)測(cè)DLBCL患者對(duì)依魯替尼的響應(yīng)的潛在生物標(biāo)志。特定來(lái)說(shuō)，鑒定出跨越所有DLBCL亞型(ABC、非GCB、GCB)以及獨(dú)特地在某一亞型內(nèi)的指示不良(或良好)臨床響應(yīng)的各組基因突變樣式。

方法：復(fù)審來(lái)自在PCYC-04753(NCT00849654)或PCYC-1106(NCT01325701)中招募的患者的各DLBCL樣品的H&E染色載片以確保足夠有核細(xì)胞結(jié)構(gòu)和腫瘤含量。從FFPE DLBCL腫瘤活檢的未染色切片提取DNA和RNA。遵循經(jīng)驗(yàn)證的基于NGS的方案，使用FoundationOne^TMHeme組套進(jìn)行測(cè)序以探詢405個(gè)基因的完整編碼DNA序列以及重排中涉及的31個(gè)基因的所選內(nèi)含子，和265個(gè)通常重排的基因的RNA序列以更好鑒定基因融合。一亞組樣品使用較早版本的FoundationOne^TM組套，其中僅提取DNA并對(duì)其測(cè)序。處理序列數(shù)據(jù)，并且分析堿基取代、插入、缺失、拷貝數(shù)改變和所選基因融合。計(jì)算317個(gè)基因的突變影響指數(shù)，并且繪圖以達(dá)成總體基因突變樣式識(shí)別。在其中有足夠樣本量可用于確定突變影響的統(tǒng)計(jì)顯著性的情況下進(jìn)行卡方(Chi-square)關(guān)聯(lián)檢驗(yàn)。探究并比較通過(guò)基因表達(dá)譜分析(GEP)和漢斯IHC(Hans’IHC)達(dá)成的DLBCL亞型分類。對(duì)于GEP，我們利用OmicSoft ArrayStudio的分類模塊來(lái)構(gòu)建線性判別分析(LDA)模型/分類器和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，以5折交叉驗(yàn)證程序進(jìn)行模型選擇。LDA是最佳表現(xiàn)性模型，并且被選擇用于最終GEP分類。因?yàn)閮H29(出自51)名患者具有中心實(shí)驗(yàn)室漢斯IHC分類信息，所以比較基于漢斯分類和GEP分類的突變影響結(jié)果的趨勢(shì)。

結(jié)果：由來(lái)自用依魯替尼單藥療法治療的DLBCL患者的基線腫瘤活檢產(chǎn)生單基因或多基因突變影響指數(shù)(MII)。在腫瘤活檢的GEP分類或漢斯IHC分類之間，MII通常是一致的。鑒定出被鑒定為與對(duì)依魯替尼的不良臨床響應(yīng)(SD或PD)相關(guān)的新型基線基因突變，諸如調(diào)控轉(zhuǎn)錄(例如在所有DLBCL亞型組合組中在EP300中的突變[p＝0.034]、在ABC-DLBCL中在RB1中的突變[p＝0.031])、表觀遺傳修飾(例如在ABC-DLBCL中在MLL2中的突變[p＝0.053])、程序化細(xì)胞死亡(在所有DLBCL亞型中在BCL2中的突變[p＝0.096])、和PI3K-AKT-mTOR途徑(例如在ABC-DLBCL中在TSC2中的突變[p＝0.031])中涉及的那些。被鑒定為指示良好臨床響應(yīng)的突變包括在ABC-DLBCL中在CD79B中的突變[p＝0.072]和在MYD88中的突變[p＝0.024]。在ABC-DLBCL患者中共同存在MYD88和CD79B突變(雙重突變體)顯示與良好臨床響應(yīng)的較強(qiáng)烈關(guān)聯(lián)[p＝0.004]。這個(gè)探究揭示潛伏在DLBCL亞型下的獨(dú)特突變樣式，并且強(qiáng)調(diào)需要個(gè)性化用藥方法來(lái)治療這些患者。

本文所述的實(shí)施例和實(shí)施方案僅出于說(shuō)明目的，并且向本領(lǐng)域技術(shù)人員所提議的各種修改或變化將包括在本申請(qǐng)的精神和權(quán)限以及隨附權(quán)利要求的范圍內(nèi)。