專利名稱：：用于治療免疫相關(guān)疾病的新組合物和方法用于治療免疫相關(guān)疾病的新組合物和方法發(fā)明領(lǐng)域本發(fā)明涉及可用于診斷和治療免疫相關(guān)疾病的組合物和方法。
背景技術(shù)：
：免疫相關(guān)和炎性疾病是相當(dāng)復(fù)雜的、常常是多個(gè)互聯(lián)的生物學(xué)途徑的表現(xiàn)或結(jié)果，這些生物學(xué)途徑在正常生理學(xué)中對(duì)于應(yīng)答攻擊或損傷、啟動(dòng)對(duì)攻擊或損傷的修復(fù)、和發(fā)動(dòng)針對(duì)外來生物體的先天性和獲得性防御是至關(guān)重要的。在這些正常生理學(xué)途徑引起另外的攻擊或損傷時(shí)，或是與應(yīng)答的強(qiáng)度直接相關(guān)，作為異常調(diào)節(jié)或過度刺激的后果，作為與自身的反應(yīng)，或者作為上述的組合，發(fā)生疾病或病理學(xué)。盡管這些疾病的起源常常牽涉多步驟途徑，而且常常是多個(gè)不同的生物學(xué)系統(tǒng)/途徑，一個(gè)或多個(gè)這些途徑中臨界點(diǎn)的干預(yù)可具有改善或治療效果。治療性干預(yù)可以通過有害過程/途徑的拮抗作用或有益過程/途徑的刺激作用而發(fā)生。許多免疫相關(guān)疾病是已知的，而且已經(jīng)廣泛研究。此類疾病包括免疫介導(dǎo)的炎性疾病、非免疫介導(dǎo)的炎性疾病、傳染病、免疫缺陷病、瘤形成等。T淋巴細(xì)胞(T細(xì)胞)是哺乳動(dòng)物免疫應(yīng)答的一種重要成分。T細(xì)胞識(shí)別與由主要組織相容性復(fù)合物(MHC)內(nèi)基因編碼的自身分子關(guān)聯(lián)的抗原?？乖梢耘cMHC分子一起展示在抗原呈遞細(xì)胞、病毒感染細(xì)胞、癌細(xì)胞、移植物等的表面上。T細(xì)胞系統(tǒng)消除這些對(duì)宿主哺乳動(dòng)物構(gòu)成健康威脅的改變的細(xì)胞。T細(xì)胞包括輔助性T細(xì)胞和細(xì)胞毒性T細(xì)胞。輔助性T細(xì)胞在識(shí)別抗原呈遞細(xì)胞上的抗原-MHC復(fù)合物后廣泛增殖。輔助性T細(xì)胞還分泌在B細(xì)胞、細(xì)胞毒性T細(xì)胞和參與免疫應(yīng)答的多種其它細(xì)胞的激活中扮演重要角色的多種細(xì)胞因子，即淋巴因子。免疫相關(guān)疾病可通過遏制免疫應(yīng)答來治療。使用抑制具有免疫刺激活性的分子的中和性抗體在免疫介導(dǎo)的和炎性的疾病的治療中將是有益的。抑制免疫應(yīng)答的分子可用于抑制免疫應(yīng)答及因此改善免疫相關(guān)疾病(蛋白質(zhì)直接1吏用或經(jīng)由抗體激動(dòng)劑的使用)。CD4+T細(xì)胞已知是炎癥的重要調(diào)節(jié)物。在此，激活了CD4+T細(xì)胞，并分析了在激活時(shí)差異表達(dá)的基因語。如此，激活特異基因可能是潛在的治療靶。體內(nèi)共刺激是生產(chǎn)性免疫增殖應(yīng)答所必需的。共刺激分子表相當(dāng)廣泛，而且仍然不清楚是哪些共刺激分子在不同類型和階段的炎癥中扮演重要角色。術(shù)語炎性腸紊亂("IBD")描述了起因未知的一組慢性炎性紊亂，其中腸變成發(fā)炎，常常引起反復(fù)的腹部絞痛或腹瀉。IBD在美國的流行程度估計(jì)是約200例每IOO，OOO人。IBD患者可分成兩大組，具有潰瘍性結(jié)腸炎("UC，，)的和具有克羅恩氏(Crohn)病的("CD")。在有UC的患者中，存在主要牽涉結(jié)腸粘膜的炎性反應(yīng)。炎癥通常是均勻且連續(xù)的，沒有正常粘膜的居間區(qū)。表面粘膜細(xì)胞以及隱窩上皮和粘膜下層牽涉炎性反應(yīng)且伴有嗜中性粒細(xì)胞浸潤。最終，這種情形通常發(fā)展成上皮損傷，且上皮細(xì)胞的喪失導(dǎo)致結(jié)腸的多處潰瘍、纖維化、發(fā)育異常和縱向退縮。CD與UC的不同之處在于炎癥延伸穿過腸壁的所有層，而且牽涉腸系膜以及淋巴結(jié)。CD可影響消化道的任何部分，從口至肛門。該病常常是不連續(xù)的，即嚴(yán)重患病腸段與表觀無病區(qū)分開。在CD中，腸壁還增厚，這可導(dǎo)致閉塞。另外，瘺和裂隙不是罕見的。臨床上，IBD的特征為常常導(dǎo)致慢性、不可預(yù)測(cè)的進(jìn)程的多種多樣表現(xiàn)。血性腹瀉和腹痛常常伴有發(fā)燒和體重減輕。貧血不是罕見的，正如嚴(yán)重的疲勞。范圍從關(guān)節(jié)痛至急性關(guān)節(jié)炎的關(guān)節(jié)表現(xiàn)以及肝功能異常常常與IBD有關(guān)。與一般人群相比，IBD患者還具有升高的結(jié)腸癌風(fēng)險(xiǎn)。在IBD急性"發(fā)作，，期間，工作和其它正?；顒?dòng)通常是不可能的，患者通常入院。盡管IBD的起因仍然未知，已經(jīng)牽連幾種因素，諸如遺傳、感染和免疫學(xué)易感性。IBD在高加索人(白種人)中常見得多，尤其是猶太人后裔。該狀況的慢性炎性性質(zhì)促使深入研究可能的感染原因。盡管已經(jīng)找到了激發(fā)急性炎癥的因素，尚未找到引起與IBD有關(guān)的慢性炎癥的因素。IBD是自身免疫病的假說得到先前所述IBD的腸外表現(xiàn)有關(guān)節(jié)關(guān)節(jié)炎及通過諸如腎上腺糖皮質(zhì)激素、環(huán)孢霉素和硫唑嘌呤等治療劑的處理對(duì)IBD的已知積極響應(yīng)已知遏制免疫應(yīng)答的支持。另外，胃腸道比機(jī)體的任何其它器官更多的連續(xù)暴露于潛在抗原性物質(zhì)諸如來自食物的蛋白質(zhì)、細(xì)菌副產(chǎn)物(LPS)等。另外，結(jié)腸癌的風(fēng)險(xiǎn)在具有嚴(yán)重潰瘍性結(jié)腸炎的患者中高度升高，特別是如果該病已經(jīng)存在了數(shù)年的話。由于大量出血、慢性虛弱性不適、結(jié)腸穿孔、或癌癥風(fēng)險(xiǎn)，約20-25%的IBD患者最終需要手術(shù)切除結(jié)腸。在其它形式的醫(yī)學(xué)處理失敗時(shí)或者在類固醇或其它藥物的副作用威脅患者健康時(shí)，有時(shí)也進(jìn)行手術(shù)。因?yàn)槭中g(shù)是侵入性的且徹底改變生活，它不是非常想要的治療方案，而且通常是最后求助的治療方法。為了更好的理解這種疾病及(可能的話)治療它，進(jìn)行實(shí)驗(yàn)以確定在CD和UC二者中與正常組織相比都上調(diào)的基因。盡管有上文鑒定的免疫紊亂研究中的進(jìn)展，非常需要能夠檢測(cè)哺乳動(dòng)物中是否存在免疫紊亂和有效降低這些紊亂的另外的診斷劑和治療劑。因此，本發(fā)明的一個(gè)目的是鑒定和表征牽涉多種免疫紊亂、在多種免疫細(xì)胞中過表達(dá)的多肽，及4吏用該多肽和編碼核酸來生成可用于哺乳動(dòng)物中免疫紊亂的治療性處理和診斷性;險(xiǎn)測(cè)的組合物。發(fā)明概述A.實(shí)施方案本發(fā)明關(guān)注可用于在哺乳動(dòng)物，包括人中診斷和治療免疫相關(guān)疾病的組合物和方法。本發(fā)明基于蛋白質(zhì)(包括激動(dòng)性和拮抗性抗體)的鑒定，那是在哺乳動(dòng)物中激發(fā)免疫應(yīng)答的結(jié)果。免疫相關(guān)疾病可通過遏制或增強(qiáng)免疫應(yīng)答來治療。增強(qiáng)免疫應(yīng)答的分子激發(fā)或加強(qiáng)對(duì)抗原的免疫應(yīng)答。激發(fā)免疫應(yīng)答的分子可用于其中增強(qiáng)免疫應(yīng)答將是有益的治療。或者，遏制免疫應(yīng)答的分子削弱或降^f氐對(duì)抗原的免疫應(yīng)答(例如中和性抗體)。遏制免疫應(yīng)答的分子可用于其中削弱免疫應(yīng)答將是有益的治療(例如炎癥)。因此，PR087299多肽、其激動(dòng)劑和拮抗劑還可用于制備用于治療免疫相關(guān)和炎性疾病的藥物和藥品。在一個(gè)具體的方面，此類藥物和藥品包含治療有效量的PR087299多肽、其激動(dòng)劑或拮抗劑及藥學(xué)可接受載體。優(yōu)選的是，混合物是無菌的。在又一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注鑒定PR087299多肽的激動(dòng)劑或拮抗劑的方法，包括使PR087299多肽接觸候選分子并監(jiān)測(cè)由所述PR087299多肽介導(dǎo)的生物學(xué)活性。優(yōu)選的是，PR087299多肽是天然序列PR087299多肽。在一個(gè)具體的方面，PR087299激動(dòng)劑或拮抗劑是抗PR087299抗體。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注包含PR087299多肽或結(jié)合該多肽的激動(dòng)性或拮抗性抗體且其與載體或賦形劑混合的組合物。在一個(gè)方面，組合物包含治療有效量的多肽或抗體。在另一個(gè)方面，當(dāng)組合物包含免疫激發(fā)分子時(shí)，該組合物可用于(a)增加炎性細(xì)胞浸潤進(jìn)入有所需要的哺乳動(dòng)物的組織，(b)激發(fā)或增強(qiáng)有所需要的哺乳動(dòng)物中的免疫應(yīng)答，(c)增加有所需要的哺乳動(dòng)物中免疫細(xì)胞應(yīng)答抗原的增殖，(d)激發(fā)免疫細(xì)胞的活性，或(e)增加血管通透性。在又一個(gè)方面，當(dāng)組合物包含免疫抑制分子時(shí)，該組合物可用于(a)降低炎性細(xì)胞浸潤進(jìn)入有所需要的哺乳動(dòng)物的組織，(b)抑制或降低有所需要的哺乳動(dòng)物中的免疫應(yīng)答，(c)降低免疫細(xì)胞的活性，或(d)降低有所需要的哺乳動(dòng)物中免疫細(xì)胞應(yīng)答抗原的增殖。在另一個(gè)方面，組合物包含其它活性成分，它們可以是例如其它抗體或者細(xì)胞毒劑或化療劑。優(yōu)選的是，組合物是無菌的。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注在有所需要的哺乳動(dòng)物中治療免疫相關(guān)紊亂的方法，包括對(duì)哺乳動(dòng)物施用有效量的PR087299多肽、其激動(dòng)劑、或其拮抗劑。在一個(gè)優(yōu)選的方面，所述免疫相關(guān)紊亂選自系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、骨關(guān)節(jié)炎、幼發(fā)型慢性關(guān)節(jié)炎、脊推關(guān)節(jié)病、系統(tǒng)性硬化、特發(fā)性炎性肌病、斯耶格倫氏(Sj6gren)綜合征、系統(tǒng)性血管炎、結(jié)節(jié)病、自身免疫性溶血性貧血、自身免疫性血小板減少癥、曱狀腺炎、糖尿病、免疫介導(dǎo)的腎病、中樞和周圍神經(jīng)系統(tǒng)的脫髓鞘病諸如多發(fā)性硬化、特發(fā)性脫髓鞘多神經(jīng)病或格-巴二氏(Guillain-Barr6)綜合征和慢性炎性脫髓鞘多神經(jīng)病、肝膽病諸如傳染性、自身免疫性慢性活動(dòng)性肝炎、原發(fā)性膽汁性肝硬化、肉芽腫性肝炎和硬化性膽管炎、炎性腸病、麩膠敏感性腸病和惠普爾氏(Whipple)病、自身免疫或免疫介導(dǎo)的皮膚病包括大皰性皮膚病、多形紅斑和接觸性皮炎、銀屑病、變應(yīng)性疾病諸如哮喘、變應(yīng)性鼻炎、特應(yīng)性皮炎、食物過敏和蕁麻滲、肺的免疫學(xué)疾病諸如嗜曙紅細(xì)胞性肺炎、特發(fā)性肺纖維化和超敏感性肺炎、移植相關(guān)疾病包括移植物排斥和移植物抗宿主病。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了特異性結(jié)合任何上述或下述多肽的抗體。任選的是，抗體是單克隆抗體、人源化抗體、抗體片段或單鏈抗體。在一個(gè)方面，本發(fā)明關(guān)注結(jié)合PR087299多肽的分離的抗體。在另一個(gè)方面，抗體:f莫擬PR087299多肽的活性(激動(dòng)性抗體)，或者相反，抗體抑制或中和PR087299多肽的活性(拮抗性抗體)。在另一個(gè)方面，抗體是單克隆抗體，優(yōu)選具有非人互補(bǔ)決定區(qū)(CDR)殘基和人框架區(qū)(FR)殘基?？贵w可以進(jìn)行標(biāo)記，而且可以固定在固相支持物上。在又一個(gè)方面，抗體是抗體片段、單克隆抗體、單鏈抗體、或抗獨(dú)特型抗體。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含抗PR087299抗體且其與藥學(xué)可接受載體混合的組合物。在一個(gè)方面，組合物包含治療有效量的抗體。優(yōu)選的是，組合物是無菌的。組合物可以以液體藥物劑型的形式施用，它可以保存以實(shí)現(xiàn)延長的貯藏穩(wěn)定性?；蛘?，抗體是單克隆抗體、抗體片段、人源化抗體、或單鏈抗體。在又一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注制品，其包括(a)包含PR087299多肽或其激動(dòng)劑或拮抗劑的組合物；(b)裝有所述組合物的容器；和(c)貼在所述容器上的標(biāo)簽或包括在所述容器中的包裝插頁，指出所述PR087299多肽或其激動(dòng)劑或拮抗劑在治療免疫相關(guān)疾病中的用途。組合物可包含治療有效量的PR087299多肽或其激動(dòng)劑或拮抗劑。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注在哺乳動(dòng)物中診斷免疫相關(guān)疾病的方法，包括檢測(cè)(a)從哺乳動(dòng)物獲得的組織細(xì)胞的測(cè)試樣品中和(b)相同細(xì)胞類型的已知正常組織細(xì)胞的對(duì)照樣品中編碼PR087299多肽的基因的表達(dá)水平，其中測(cè)試樣品中與對(duì)照樣品相比表達(dá)水平更高或更低指示獲取測(cè)試組織細(xì)月包的哺乳動(dòng)物中存在免疫相關(guān)疾病。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注在哺乳動(dòng)物中診斷免疫病的方法，包括(a)使抗PR087299抗體接觸從哺乳動(dòng)物獲得的組織細(xì)胞的測(cè)試樣品，并(b)^r測(cè)測(cè)試樣品中是否形成抗體和PR087299多肽之間的復(fù)合物，其中所述復(fù)合物的形成指示所述疾病的存在與否。檢測(cè)可以是定性的或定量的，而且可以與監(jiān)測(cè)相同細(xì)胞類型的已知正常組織細(xì)胞的對(duì)照樣品中復(fù)合物形成比較進(jìn)行。測(cè)試樣品中形成更大量的復(fù)合物指示獲取測(cè)試組織細(xì)胞的哺乳動(dòng)物中免疫病的存在與否。抗體優(yōu)選攜帶可檢測(cè)標(biāo)記物。復(fù)合物形成可通過例如光學(xué)顯微鏡檢術(shù)、流式細(xì)胞術(shù)、熒光測(cè)定法或本領(lǐng)域已知的其它技術(shù)來監(jiān)觀'J。測(cè)試樣品通常從懷疑患有免疫系統(tǒng)缺陷或異常的個(gè)體獲得的。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了檢測(cè)樣品中是否存在PR087299多肽的方法，包括使懷疑含有PR087299多肽的細(xì)胞的測(cè)試樣品暴露于抗PR087299抗體并測(cè)定所述抗體與所述細(xì)胞樣品的結(jié)合。在一個(gè)具體的方面，樣品包含懷疑含有PR087299多肽的細(xì)胞，而抗體結(jié)合該細(xì)胞?？贵w優(yōu)選進(jìn)行可檢測(cè)標(biāo)記和/或結(jié)合于固相支持物。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注免疫相關(guān)疾病診斷試劑盒，包括合適包裝的抗PR087299抗體和載體。試劑盒優(yōu)選包括4吏用抗體才企測(cè)PR087299多肽是否存在的說明書。優(yōu)選的是，載體是藥學(xué)可接受的。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注診斷試劑盒，包括合適包裝的抗.PR087299抗體。試劑盒優(yōu)選包括使用抗體^r測(cè)PR087299多肽的說明書。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了在哺乳動(dòng)物中診斷免疫相關(guān)疾病的方法，包括檢測(cè)從所述哺乳動(dòng)物獲得的組織細(xì)胞的測(cè)試樣品中是否存在PR087299多肽，其中所述測(cè)試樣品中PR087299多肽的存在與否指示所述哺乳動(dòng)物中存在免疫相關(guān)疾病。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注鑒定PR087299多肽的激動(dòng)劑的方法，包括(a)在適于誘導(dǎo)通常由PR087299多肽誘導(dǎo)的細(xì)胞應(yīng)答的條件下使細(xì)胞和《寺篩選測(cè)試化合物接觸；并(b)測(cè)定所述細(xì)胞應(yīng)答的誘導(dǎo)以確定該測(cè)試化合物是否是有效的激動(dòng)劑，其中所述細(xì)胞應(yīng)答的誘導(dǎo)指示所述測(cè)試化合物是有效的激動(dòng)劑。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注鑒定能夠抑制PR087299多肽活性的'化合物的方法，包括使候選化合物與PROS7299多肽在足以容許這兩種成分相互作用的條件和時(shí)間下接觸，并測(cè)定PR087299多肽活性是否受到抑制。在一個(gè)具體的方面，候選化合物或PR087299多肽中任一固定在固相支持物上。在另一個(gè)方面，非固定化成分?jǐn)y帶可檢測(cè)標(biāo)記物。在一個(gè)優(yōu)選的方面，此方法包括如下步驟(a)在存在PR087299多肽時(shí)在適于誘導(dǎo)通常由PR087299多肽誘導(dǎo)的細(xì)胞應(yīng)答的條件下使細(xì)胞和待篩選測(cè)試化合物接觸；并(b)測(cè)定所述細(xì)胞應(yīng)答的誘導(dǎo)以確定該測(cè)試化合物是否是有效的拮抗劑。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了鑒定抑制PR087299多肽在通常表達(dá)該多肽的細(xì)胞中表達(dá)的化合物的方法，其中所述方法包括使細(xì)胞與測(cè)試化合物接觸并測(cè)定PR087299多肽表達(dá)是否受到抑制。在一個(gè)優(yōu)選的方面，此方法包括如下步驟(a)在適于容許PR087299多肽表達(dá)的條件下使細(xì)胞和待篩選測(cè)試化合物接觸；并(b)測(cè)定對(duì)所述多肽表達(dá)的抑制。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注用于在患有免疫相關(guān)紊亂的哺乳動(dòng)物中治療該免疫相關(guān)紊亂的方法，包括對(duì)哺乳動(dòng)物施用編碼(a)PR087299多肽、(b)PR087299多肽的激動(dòng)劑、或(c)PR087299多肽的拮抗劑中任一的核酸分子，其中所述激動(dòng)劑或拮抗劑可以是抗PR087299抗體。在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，哺乳動(dòng)物是人。在另一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，核酸經(jīng)回體(exv/vo)基因療法施用。在又一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，核酸包含在栽體，更優(yōu)選腺病毒、腺伴隨病毒、慢病毒或逆轉(zhuǎn)錄病毒載體內(nèi)。在又一個(gè)方面，本發(fā)明提供了重組病毒顆粒，其包含基本上由啟動(dòng)子，編碼(a)PR087299多肽、(b)PR087299多肽的激動(dòng)性多肽、或(c)PR087299多肽的拮抗性多肽的核酸，和供多肽細(xì)胞分泌的信號(hào)序列組成的病毒載體，其中病毒載體與病毒結(jié)構(gòu)蛋白關(guān)聯(lián)。優(yōu)選的是，信號(hào)序列來自哺乳動(dòng)物，諸如來自天然PR087299多肽。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注回體生產(chǎn)者細(xì)胞，其包含表達(dá)逆轉(zhuǎn)錄病毒結(jié)構(gòu)蛋白的核酸構(gòu)建物且還包含基本上由啟動(dòng)子，編碼(a)PR087299多肽、(b)PR087299多肽的激動(dòng)性多肽、或(c)PR087299多肽的拮抗性多肽的核酸，和供多肽細(xì)胞分泌的信號(hào)序列組成的逆轉(zhuǎn)錄病毒載體，其中所述生產(chǎn)者細(xì)胞包裝逆轉(zhuǎn)錄病毒載體且其與結(jié)構(gòu)蛋白關(guān)聯(lián)以生成重組逆轉(zhuǎn)錄病毒顆粒。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了在哺乳動(dòng)物中提高免疫細(xì)胞活性的方法，包括對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用(a)PR087299多肽、(b)PR087299多肽的激動(dòng)劑、或(c)PR087299多肽的拮抗劑，其中哺乳動(dòng)物中免疫細(xì)胞的活性得到提高。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了在哺乳動(dòng)物中提高免疫細(xì)胞增殖的方法，包括對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用(a)PR087299多肽、(b)PR087299多肽的激動(dòng)劑、或(c)PR087299多肽的拮抗劑，其中哺乳動(dòng)物中免疫細(xì)胞的增殖得到提高。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了在哺乳動(dòng)物中降低免疫細(xì)胞增殖的方法，包括對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用(a)PR087299多肽、(b)PR087299多肽的激動(dòng)劑、或(c)PR087299多肽的拮抗劑，其中哺乳動(dòng)物中免疫細(xì)胞的增殖得到降低。B.另外的實(shí)施方案在本發(fā)明的其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含編碼任何本文所述多肽的DNA的載體。還提供了包含任何此類載體的宿主細(xì)胞。作為例子，宿主細(xì)胞可以是CHO細(xì)胞、大腸桿菌或酵母。還提供了用于生成任何本文所述多肽的方法，包括在適于表達(dá)期望多肽的條件下培養(yǎng)宿主細(xì)胞并從細(xì)胞培養(yǎng)物回收期望多肽。在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含任何本文所述多肽且其與異源多肽或氨基酸序列融合的嵌合分子。此類嵌合分子的例子包括與表位標(biāo)簽序列或免疫5求蛋白Fc區(qū)融合的任何本文所述多肽。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了特異性結(jié)合任何前述或后述多肽的抗體。任選的是，抗體是單克隆抗體、人源化抗體、抗體片段或單鏈抗體。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了可用于分離基因組和cDNA核苷酸序列或用作反義探針的寡核苷酸探針，其中這些探針可衍生自任何前述或后述核苷酸序列。在其它實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含編碼PR087299多肽的核苷酸序列的分離的核酸分子。在一個(gè)方面，分離的核酸分子包含與(a)編碼具有如本文所披露的全長氨基酸序列、如本文所披露的缺少信號(hào)肽的氨基酸序列、如本文所披露的具有或沒有信號(hào)肽的跨膜蛋白質(zhì)胞外結(jié)構(gòu)域的PR087299多肽或如本文所披露的全長氨基酸序列的任何其它具體限定片段的DNA分子，或(b)(a)的DNA分子的互補(bǔ)物具有至少約80%核酸序列同一性，或者至少約81%核酸序列同一性，或者至少約82%核酸序列同一性，或者至少約83%核酸序列同一性，或者至少約84%核酸序列同一性，或者至少約85%核酸序列同一性，或者至少約86%核酸序列同一性，或者至少約87%核酸序列同一性，或者至少約88%核酸序列同一性，或者至少約89%核酸序列同一性，或者至少約90%核#列同一性，或者至少約91%核酸序列同一性，或者至少約92%核酸序列同一性，或者至少約93%核酸序列同一性，或者至少約94%核酸序列同一性，或者至少約95%核酉交序列同一性，或者至少約96%核@吏序列同一性，或者至少約97%核酸序列同一性，或者至少約98。/。核酸序列同一性和或者至少約99%核酸序列同一性的核香S史序列。在其它方面，分離的核酸分子包含與(a)包含本文所披露的全長PR087299多肽cDNA的編碼序列、本文所披露的缺少信號(hào)肽的PR087299多肽的編碼序列、本文所披露的具有或沒有信號(hào)肽的跨膜PR087299多肽胞外結(jié)構(gòu)域的編碼序列或本文所披露的全長氨基酸序列的任何其它具體限定片段的編碼序列的DNA分子，或(b)(a)的DNA分子的互補(bǔ)物具有至少約80%核酸序列同一性，或者至少約81%核酸序列同一性，或者至少約82%核酸序列同一性，或者至少約83%核酸序列同一性，或者至少約84%核酸序列同一性，或者至少約85°/。核酸序列同一性，或者至少約86%核酸序列同一性，或者至少約87%核酸序列同一性，或者至少約88%核酸序列同一性，或者至少約89%核酸序列同一性，或者至少約90%核酸序列同一性，或者至少約91%核酸序列同一性，或者至少約92%核酸序列同一性，或者至少約93°/。核酸序列同一性，或者至少約94%核酸序列同一性，或者至少約95%核酸序列同一性，或者至少約96%核酸序列同一性，或者至少約97%核酸序列同一性，或者至少約98%核酸序列同一性和或者至少約99%核酸序列同一性的核苷酸序列。在又一個(gè)方面，本發(fā)明關(guān)注包含與編碼如圖2(SEQIDN0:2)所示相同成熟多肽的DNA分子具有至少約80%核酸序列同一性，或者至少約81%核酸序列同一性，或者至少約82%核酸序列同一性，或者至少約83%核酸序列同一性，或者至少約84%核酸序列同一性，或者至少約85%核酸序列同一性，或者至少約86%核酸序列同一性，或者至少約87%核酸序列同一性，或者至少約88%核酸序列同一性，或者至少約89%核酸序列同一性，或者至少約90%核酸序列同一性，或者至少約91%核酸序列同一性，或者至少約92%核酸序列同一性，或者至少約93%核酸序列同一性，或者至少約94%核酸序列同一性，或者至少約95%核酸序列同一性，或者至少約96%核酸序列同一性，或者至少約97%核酸序列同一性，或者至少約98%核酸序列同一性和或者至少約99%核酸序列同一性的核苷酸序列的分離的核酸分子。在另一個(gè)方面，本發(fā)明提供了包含編碼其跨膜結(jié)構(gòu)域或是刪除或是滅活的PR087299多肽的核芬酸序列或與所述編碼核苷酸序列互補(bǔ)的核香酸序列的分離的核酸分子，其中所述多肽的跨膜結(jié)構(gòu)域在本文中有披露。因此，設(shè)想了本文所述PR087299多肽的可溶性胞外結(jié)構(gòu)域。另一個(gè)實(shí)施方案致力于PR087299多肽編碼序列或其互補(bǔ)物的片段，它們可用作例如PR087299多肽編碼片段(可任選編碼包含供抗PR087299抗體的結(jié)合位點(diǎn)的多肽)的雜交探針，或用作反義寡核苦酸探針。此類核酸片段通常至少長約20個(gè)核苦酸，或者至少長約30個(gè)核苷酸，或者至少長約40個(gè)核苷酸，或者至少長約50個(gè)核苷酸，或者至少長約60個(gè)核苷酸，或者至少長約70個(gè)核苷酸，或者至少長約80個(gè)核苷酸，或者至少長約90個(gè)核苦酸，或者至少長約IOO個(gè)核苷酸，或者至少長約110個(gè)核苷酸，或者至少長約120個(gè)核香酸，或者至少長約130個(gè)核香酸，或者至少長約140個(gè)核苷酸，或者至少長約150個(gè)核香酸，或者至少長約160個(gè)核苷酸，或者至少長約170個(gè)核苷酸，或者至少長約180個(gè)核苷酸，或者至少長約190個(gè)核苷酸，或者至少長約200個(gè)核苦酸，或者至少長約250個(gè)核普酸，或者至少長約300個(gè)核苷酸，或者至少長約350個(gè)核苷酸，或者至少長約400個(gè)核苷酸，或者至少長約450個(gè)核苷酸，或者至少長約500個(gè)核苷酸，或者至少長約600個(gè)核香酸，或者至少長約700個(gè)核苷酸，或者至少長約800個(gè)核苷酸，或者至少長約900個(gè)核苷酸和或者至少長約1000個(gè)核苦酸，其中在此語境中，術(shù)語"約"意指所述核苷酸序列長度加上或減去所述長度的10%。注意到PR087299多肽編碼核苷酸序列的新片段可以常規(guī)方式確定，即使用多種眾所周知的序列對(duì)比程序中的任一種將PR087299多肽編碼核苷酸序列與其它已知核苦酸序列對(duì)比，并確定哪個(gè)(些)PR087299多肽編碼核苷酸序列片段是新的。本文設(shè)想了所有此類PR087299多肽編碼核苷酸序列。還設(shè)想了由這些核苷酸分子片段編碼的PR087299多肽片段，優(yōu)選那些包含供抗PR087299抗體的結(jié)合位點(diǎn)的PR087299多肽片段。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了由上文鑒定的任何分離的核酸序列編碼的分離的PR087299多肽。在某一個(gè)方面，本發(fā)明關(guān)注包含與具有本文所披露的全長氨基酸序列、本文所披露的缺少信號(hào)肽的氨基酸序列、本文所披露的具有或沒有信號(hào)肽的跨膜蛋白質(zhì)胞外結(jié)構(gòu)域的PR087299多肽或本文所披露的全長氨基S殳序列的任何其它具體限定片段具有至少約80%氨基酸序列同一性，或者至少約81%氨基酸序列同一性，或者至少約82%氨基酸序列同一性，或者至少約83%氨基酸序列同一性，或者至少約84%氨基,列同一性，或者至少約85。/。氨基酸序列同一性，或者至少約86°/。氨基酸序列同一性，或者至少約87%氨基酸序列同一性，或者至少約88%氨基酸序列同一性，或者至少約89%氨基*列同一性，或者至少約卯°/。氨基酸序列同一性，或者至少約91%氨基酸序列同一性，或者至少約92%氨基*列同一性，或者至少約93。/。氨基酉^f列同一性，或者至少約94%氨基酸序列同一性，或者至少約95%氨基酸序列同一性，或者至少約96%氨基酸序列同一性，或者至少約97%氨基*列同一性，或者至少約98%氨基酸序列同一性和或者至少約99%氨基酸序列同一性的氨基,列的分離的PR087299多肽。在又一個(gè)方面，本發(fā)明關(guān)注包含與圖2(SEQIDNO:2)所示氨基酸序列具有至少約80%氨基1^列同一性，或者至少約81%氨基酸序列同一性，或者至少約82°/。氨基酸序列同一性，或者至少約83%氨基酸序列同一性，或者至少約84%氨基酸序列同一性，或者至少約85%氨基酸序列同一性，或者至少約86%氨基酸序列同一性，或者至少約87%氨基酸序列同一性，或者至少約88%氨基酸序列同一性，或者至少約89%氨基酸序列同一性，或者至少約90%氨基酸序列同一性，或者至少約91。/。氨基酸序列同一性，或者至少約92%氨基酸序列同一性，或者至少約93。/。M酸序列同一性，或者至少約94%氨基酸序列同一性，或者至少約95%氨基酸序列同一性，或者至少約96°/。氨基酸序列同一性，或者至少約97%氨基酸序列同一性，或者至少約98%氨基酸序列同一性和或者至少約99%氨基酸序列同一性的氨基酸序列的分離的PR087299多肽。在一個(gè)具體的方面，本發(fā)明提供了沒有N-末端信號(hào)序列和/或起始曱硫氨酸且由編碼上文所述氨基^列的核苷^列編碼的分離的PR087299多肽。本文還描述了用于生成它的方法，其中所述方法包括在適于表達(dá)PR087299多肽的條件下培養(yǎng)包含如下載體的宿主細(xì)胞，所述載體包含適宜的編碼核酸分子，并從細(xì)胞培養(yǎng)物回收PR087299多肽。在另一個(gè)方面，本發(fā)明提供了其跨膜結(jié)構(gòu)域或是刪除或是滅活的分離的PR087299多肽。本文還描述了用于生成它的方法，其中所述方法包括在適于表達(dá)PR087299多肽的條件下培養(yǎng)包含如下載體的宿主細(xì)胞，所述載體包含適宜的編碼核酸分子，并從細(xì)胞培養(yǎng)物回收PR087299多肽。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注本文所定義的天然PR087299多肽的激動(dòng)劑和拮抗劑。在一個(gè)具體的實(shí)施方案中，激動(dòng)劑或拮抗劑是抗PR087299抗體或小分子。在又一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注鑒定PR087299多肽的激動(dòng)劑或拮抗劑的方法，包括使PR087299多肽與候選分子接觸，并監(jiān)測(cè)由所述PR087299多肽介導(dǎo)的生物學(xué)活性。優(yōu)選的是，PR087299多肽是天然PR087299多肽。在還有一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明關(guān)注包含PR087299多肽、或本文所述PR087299多肽的激動(dòng)劑或拮抗劑、或抗PR087299抗體，連同載體的組合物。任選的是，載體是藥學(xué)可接受載體。本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案致力于PR087299多肽、或本文所述其激動(dòng)劑或拮抗劑、或抗PR087299抗體用于制備可用于治療對(duì)PR087299多肽、其激動(dòng)劑或拮抗劑、或抗PR087299抗體有響應(yīng)的狀況的藥物的用途。附圖簡述本專利的文件包含至少一幅彩色制成的附圖。本專利及彩色附圖的拷貝將由專利和商標(biāo)局(thePatentandTrademarkOffice)在提出要求和支付必要費(fèi)用后提供。圖1顯示了天然序列PR087299cDNA的核苷酸序列(SEQIDNO:l)，其中SEQIDNO:l是本文中稱為"DNA332467"的克隆。圖2顯示了由圖1所示SEQIDNO:1的編碼序列衍生的氨基酸序列(SEQIDNO:2)。圖3顯示了天然序列HVEMcDNA(HVEM)的核苦酸序列(SEQIDNO:3)，其中SEQIDNO:3是本文中稱為"HVEM"的克隆。圖4顯示了由圖3所示SEQIDNO:3的編碼序列衍生的氨基酸序列(SEQIDNO:4)。圖5顯示了天然序列LIGHT的核苦酸序列(SEQIDNO:5),其中SEQIDNO:5是本文中稱為"LIGHT"的克隆。圖6顯示了由圖5所示SEQIDNO:5的編碼序列衍生的氨基酸序列(SEQIDNO:6)。圖7顯示了變異序列PR087299的核芬酸序列(SEQIDNO:7),其中SEQIDNO:7是本文中稱為"PR087299.short"的克隆。圖8顯示了由圖7所示SEQIDNO:7的編碼序列衍生的氨基酸序列(SEQIDNO:8)。圖9顯示了變異序列PR087299的核苷酸序列(SEQIDNO:9)，其中SEQIDNO:9是本文中稱為"PR087299.AFTNIP"的克隆。圖10顯示了由圖9所示SEQIDNO:9的編碼序列衍生的氨基^列(SEQIDNO:IO)。圖11顯示了PR087299cDNA的核酸變體。圖12顯示了PR087299變體的多肽翻譯。圖13顯示了激動(dòng)性抗體對(duì)CD4+T細(xì)胞增殖的抑制。圖14顯示了PR087299與HVEM的特異性結(jié)合。圖15顯示了在與其它家族成員比較時(shí)PR087299與HVEM的結(jié)合。圖16顯示了PR087299與HVEM的結(jié)合對(duì)pH敏感。圖17顯示了PR087299與用HVEM轉(zhuǎn)染的細(xì)胞上HVEM的結(jié)合。圖18顯示了PR087299的抗體可阻斷與HVEM的相互作用。圖19顯示了PR087299和LIGHT可同時(shí)結(jié)合HVEM。圖20顯示了PR087299不受LIGHT阻斷與HVEM的相互作用。圖21顯示了BP-2肽和gD阻斷PR087299/HVEM相互作用。圖22顯示了PR087299對(duì)CD4+T細(xì)胞的抑制效果。圖23顯示了HVEM-Fc對(duì)PR087299的活化在GVHR模型中促進(jìn)存活。優(yōu)選實(shí)施方案的詳述I.定義本文中描述的PR087299多肽可從多種來源分離，諸如人組織類型或其它來源，或者通過重組或合成方法制備。本說明書中涉及"PR087299多肽"的所有公開內(nèi)容適用于個(gè)別的以及共同的每一種多肽。例如，關(guān)于多肽的制備、純化、衍生、針對(duì)該多肽的抗體的形成、施用、含有該多肽的組合物、用該多肽治療疾病、等等的描述適用于本發(fā)明的個(gè)別的每一種多肽。術(shù)語"PR087299多肽，，還包括本文中公開的PR087299多肽的變體。"天然序列PR087299多肽"包括與衍生自自然界的相應(yīng)PR087299多肽具有相同氨基酸序列的多肽。此類天然序列PR087299多肽可從自然界分離，或者可通過重組或合成手段生成。術(shù)語"天然序列PR087299多肽"明確涵蓋天然存在的截短或分泌形式的特定PR087299多肽(例如胞外結(jié)構(gòu)域序列)、該多肽的天然存在變體形式(例如可變剪接形式)和天然存在等位變體。在本發(fā)明的多個(gè)實(shí)施方案中，本文中公開的天然序列PR087299多肽是包含附圖中所示全長氨基酸序列的成熟或全長天然序列多肽。起始和終止密碼子在圖中以粗體和下劃線顯示。然而，盡管附圖中公開的PR087299多肽據(jù)顯示以本文中指派為圖中第1位氨基酸的曱硫氨酸殘基開始，可以想到且有可能的是，可采用位于圖中第l位氨基酸上游或下游的其它甲硫氨酸殘基作為PR087299多肽的起始氨基酸殘基。PR087299多肽"胞外結(jié)構(gòu)域"或"ECD"指基本上不含跨膜結(jié)構(gòu)域和月包質(zhì)結(jié)構(gòu)域的PR087299多肽形式。通常，PR087299多肽ECD具有少于1%的所述^爭膜結(jié)構(gòu)域和/或月包質(zhì)結(jié)構(gòu)域，優(yōu)選具有少于0.5%的所述結(jié)構(gòu)域。可以理解，為本發(fā)明PR087299多肽鑒定的任何跨膜結(jié)構(gòu)域是依照本領(lǐng)域常規(guī)用于鑒定該種類型疏水性結(jié)構(gòu)域的標(biāo)準(zhǔn)鑒定的?？缒そY(jié)構(gòu)域的精確邊界可以變化，但最有可能是本文中最初鑒定的結(jié)構(gòu)域任一末端不超過約5個(gè)氨基酸。因此，任選的是，PR087299多肽的胞外結(jié)構(gòu)域可含有實(shí)施例或說明書中鑒定的跨膜結(jié)構(gòu)域/胞外結(jié)構(gòu)域邊界任一側(cè)的約5個(gè)或更少氨基酸，而且本發(fā)明設(shè)想了具有或沒有相關(guān)信號(hào)肽的此類多肽及編碼它們的核酸。"PR087299多肽變體"意指與本文中所公開的全長天然序列PR087299多肽序列、本文中所公開的缺乏信號(hào)肽的PR087299多肽序列、本文中所公開的具有或沒有信號(hào)肽的PR087299多肽胞外結(jié)構(gòu)域、或本文中所公開的全長PR087299多肽序列的任何其它片段具有至少約80%的列同一性的上文或下文所定義的活性PR087299多肽。此類PR087299多肽變體包括例如其中全長天然氨基酸序列的N-或C-末端添加或刪除一個(gè)或多個(gè)氛基酸殘基的PR087299多肽。通常，PR087299多肽變體與本文中所公開的全長天然序列PR087299多肽序列、本文中所公開的缺乏信號(hào)肽的PR087299多肽序列、本文中所公開的具有或沒有信號(hào)肽的PR087299多肽胞外結(jié)構(gòu)域、或本文中所公開的全長PR087299多肽序列的任何其它特別限定片段具有至少約80%的氨基#列同一性，或者至少約81%的氨基酸序列同一性，或者至少約82%的氨基酸序列同一性，或者至少約83%的氨基酸序列同一性，或者至少約84%的氨基酸序列同一性，或者至少約85°/。的氨基酸序列同一性，或者至少約86%的氨基酸序列同一性，或者至少約87%的氨基酸序列同一性，或者至少約88°/。的氨基酸序列同一性，或者至少約89%的氨基酸序列同一性，或者至少約卯％的氨基酸序列同一性，或者至少約91°/。的氨基酸序列同一性，或者至少約92%的氨基酸序列同一性，或者至少約93。/。的氨基S^f列同一性，或者至少約94%的氨基酸序列同一性，或者至少約95%的氨基酸序列同一性，或者至少約96%的氨基酸序列同一性，或者至少約97%的氨基酸序列同一性，或者至少約98%的氨基酸序列同一性和或者至少約99%的氨基酸序列同一性。通常，PR087299變體多肽至少長約IO個(gè)氨基酸，或者至少長約20個(gè)氨基酸，或者至少長約30個(gè)氨基酸，或者至少長約40個(gè)氨基酸，或者至少長約50個(gè)氨基酸，或者至少長約60個(gè)氨基酸，或者至少長約70個(gè)氨基酸，或者至少長約80個(gè)氨基酸，或者至少長約90個(gè)氨基酸，或者至少長約100個(gè)氨基酸，或者至少長約150個(gè)氨基酸，或者至少長約200個(gè)氨基酸，或者至少長約300個(gè)氨基酸或更多。關(guān)于本文中所鑒定的PR087299多肽序列的"百分比O)氨基酸序列同一性"定義為對(duì)比序列并在必要時(shí)引入缺口以獲取最大百分比序列同一性后，且不將任何保守替代視為序列同一性的一部分時(shí)，候選序列中與特定PR087299多肽序列中的氨基酸殘基相同的氛基酸殘基的百分率?？梢员绢I(lǐng)域技術(shù)范圍內(nèi)的多種方式進(jìn)行測(cè)定百分比氨基酸序列同一性目的的序列對(duì)比，例如使用公眾可得到的計(jì)算機(jī)軟件，諸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)軟件。本領(lǐng)域技術(shù)人員可決定測(cè)量對(duì)比的適宜參數(shù)，包括對(duì)所比較序列全長獲得最大對(duì)比所需的任何算法。然而，為了本發(fā)明，%氨基酸序列同一性值是使用序列比較計(jì)算機(jī)程序ALIGN-2獲得的，其中下文表l中提供了ALIGN-2程序的完整源代碼。ALIGN-2序列比較計(jì)算機(jī)程序由Genentech公司編寫，下文表1所示源代碼已經(jīng)連同用戶文檔一起提交給美國版權(quán)局(USCopyrightO伍ce,WashingtonD.C.,20559),并以美國版權(quán)注冊(cè)號(hào)TXU510087注冊(cè)。公眾可通過Genentech公司(SouthSanFrancisco,Califomia)得到ALIGN-2程序，或者可從下文表1中提供的源代碼編譯。ALIGN2程序應(yīng)當(dāng)編譯成在UNIX操作系統(tǒng)，優(yōu)選數(shù)碼UNIXV4.0D上使用。所有序列比較參數(shù)由ALIGN-2程序設(shè)定且不變。在采用ALIGN-2用于氨基酸序列比較的情況中，給定氨基酸序列A相對(duì)于(to)、與(with)、或針對(duì)(against)給定氨基^f列B的°/。氨基酸序列同一性(或者可表述為具有或包含相對(duì)于、與、或針對(duì)給定氨基酸序列B的某一%氨基酸序列同一性的給定氨基*列A)如下計(jì)算分?jǐn)?shù)X/Y乘100其中X是由序列對(duì)比程序ALIGN-2在該程序的A和B對(duì)比中評(píng)分為相同匹配的氨基酸殘基數(shù)，且其中Y是B中的氨基酸殘基總數(shù)?？梢灶I(lǐng)會(huì)，若氨基酸序列A的長度與氨基酸序列B的長度不相等，則A相對(duì)于B的％氨基酸序列同一性將不等于B相對(duì)于A的％氨基酸序列同一性。作為使用這種方法的°/。氨基酸序列同一性計(jì)算的例子，表2和3演示了如何計(jì)算指派為"比較蛋白質(zhì)"的氨基酸序列相對(duì)于指派為"PR087299"的氨基酸序列的％氨基酉1^列同一性，其中"PR087299"代表目的假設(shè)PR087299多肽的氨基酸序列，"比較蛋白質(zhì)"代表目的"PR087299"多肽針對(duì)其進(jìn)行比較的多肽的氨基酸序列，而"X"、"Y，，和"Z"各自代表不同假設(shè)氨基酸殘基。除非另有具體說明，本文中所使用的所有％氨基酸序列同一性值都是依照上一^殳所述，使用ALIGN-2計(jì)算機(jī)程序獲得的。然而，％氨基酸序列同一性值也可使用WU-BLAST-2計(jì)算機(jī)程序(Altschuletal.,MethodsinEnzymology266:460-480(1996))如下所述獲得。大多數(shù)WU-BLAST-2檢索參數(shù)設(shè)成缺省值。不設(shè)成缺省值的參數(shù)，即可調(diào)整參數(shù)設(shè)成如下值交疊跨度=1,交疊分?jǐn)?shù)=0.125,詞閾值(T)-ll，和評(píng)分矩陣-BLOSUM62。在采用WU-BLAST-2時(shí)，。/。氨基酸序列同一性值是通過將(a)通過WU-BLAST-2確定的具有衍生自天然PR087299多肽的序列的目的PR087299多肽氨基酸序列和目的比較氨基酸序列(即目的PR087299多肽與之進(jìn)行比較的序列，它可以是PR087299變體多肽)之間的匹配相同氨基酸殘基數(shù)除以(b)目的PR087299多肽的氨基酸殘基總數(shù)確定的。例如，在敘述"包含與氨基^列B具有至少80%氨基酸序列同一性的氨基酸序列A的多肽，，中，氨基酸序列A是目的比較氨基酸序列，而氨基酸序列B是目的PR087299多肽的氨基,列。百分比氨基酸序列同一性也可使用序列比較程序NCBI-BLAST2(Altschuletal.,NucleicAcidsRes.25:3389-3402(1997))確定。NCBI-BLAST2序列比較程序可從http:〃www.ncbi.nlm.nih.gov下載，或者以其它方式從NationalInstituteofHealth(Bethesda，MD)獲得。NCBI-BLAST2使用幾項(xiàng)檢索參數(shù)，其中所有這些檢索參數(shù)設(shè)成缺省值，包括例如未遮掩=是，鏈=全部，期望發(fā)生=10，最小低復(fù)雜性長度=15/5,多通過e值-O.Ol，多通過常數(shù)=25，最終缺口對(duì)比的降低(dropoff)-25，評(píng)分矩陣-BLOSUM62。在采用NCBI-BLAST2用于氨基Sl序列比較的情況中，給定氨基酸序列A對(duì)、與、或相對(duì)于給定氨基酸序列B的。/。氨基酸序列同一性(可另外表述為給定氨基酸序列A具有或包含對(duì)、與、或相對(duì)于給定氨基酸序列B的一定的％氨基酸序列同一性)計(jì)算如下X/Y分?jǐn)?shù)x100其中X是序列對(duì)比程序NCBI-BLAST2在該程序的A和B對(duì)比中評(píng)分為相同匹配的氨基酸殘基數(shù)，而Y是B中氨基酸殘基總數(shù)。應(yīng)理解，當(dāng)氨基酸序列A的長度不等于氨基酸序列B的長度時(shí)，A對(duì)B的％氨基酸序列同一性不等于B對(duì)A的％氨基酸序列同一性。"PR087299變體多核苷酸"或"PR087299變體核酸序列"意指編碼下文所定義的活性PR087299多肽且與編碼本文中所公開的全長天然序列PR087299多肽序列、本文中所公開的缺乏信號(hào)肽的全長天然序列PR087299多肽序列、本文中所公開的具有或沒有信號(hào)肽的PR087299多肽胞外結(jié)構(gòu)域、或本文中所公開的全長PR087299多肽序列的任何其它片段的核苷酸序列具有至少約80%核酸序列同一性的核酸分子。通常，PR087299變體多核苷酸與編碼本文中所公開的全長天然序列PR087299多肽序列、本文中所公開的缺乏信號(hào)肽的全長天然序列PR087299多肽序列、本文中所公開的具有或沒有信號(hào)序列的PR087299多肽胞外結(jié)構(gòu)域、或本文中所公開的全長PR087299多肽序列的任何其它片段的核酸序列具有至少約80%的核#列同一性，或者至少約81%的核酸序列同一性，或者至少約82%的核酸序列同一性，或者至少約83%的核酸序列同一性，或者至少約84%的核酸序列同一性，或者至少約85%的核酸序列同一性，或者至少約86%的核酸序列同一性，或者至少約87°/。的核酸序列同一性，或者至少約88%的核酸序列同一性，或者至少約89°/。的核酸序列同一性，或者至少約90%的核酸序列同一性，或者至少約91%的核酸序列同一性，或者至少約92。/。的核酸序列同一性，或者至少約93%的核酸序列同一性，或者至少約94%的核@交序列同一性，或者至少約95%的核酸序列同一性，或者至少約96%的核酸序列同一性，或者至少約97%的核酸序列同一性，或者至少約98%的核酸序列同一性和或者至少約99%的核@1^列同一性。變體不涵蓋天然核苷^列。通常，PR087299變體多核苷酸至少長約30個(gè)核苷酸，或者至少長約60個(gè)核苦酸，或者至少長約卯個(gè)核香酸，或者至少長約120個(gè)核苷酸，或者至少長約150個(gè)核芬酸，或者至少長約180個(gè)核苷酸，或者至少長約210個(gè)核芬酸，或者至少長約240個(gè)核苷酸，或者至少長約270個(gè)核苷酸，或者至少長約300個(gè)核芬酸，或者至少長約450個(gè)核苦酸，或者至少長約600個(gè)核苷酸，或者至少長約卯O個(gè)核苷酸或更多。關(guān)于本文中所鑒定的PR087299編碼核酸序列的"百分比(％)核酸序列同一性"定義為對(duì)比序列并在必要時(shí)引入缺口以獲取最大百分比序列同一性后，候選序列中與目的PR087299核酸序列中的核苷酸相同的核苷酸的百分率。可以本領(lǐng)域技術(shù)范圍內(nèi)的多種方式進(jìn)行測(cè)定百分比核S^列同一性目的的序列對(duì)比，例如使用公眾可得到的計(jì)算機(jī)軟件，諸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)軟件。然而，為了本發(fā)明，％核酸序列同一性值是使用序列比較計(jì)算機(jī)程序ALIGN-2獲得的，其中下文表1中提供了ALIGN-2程序的完整源代碼。ALIGN-2序列比較計(jì)算機(jī)程序由Genentech公司編寫，下文表1所示源代碼已經(jīng)連同用戶文檔一起提交給美國版權(quán)局(USCopyrightOffice,WashingtonD.C.,20559)，并以美國版權(quán)注冊(cè)號(hào)TXU510087注冊(cè)。7>眾可通過Genentech,>司(SouthSanFrancisco,California)得到ALIGN-2程序，或者可從下文表l中提供的源代碼編譯。ALIGN2程序應(yīng)當(dāng)編譯成在UNIX操作系統(tǒng)，優(yōu)選數(shù)碼UNIXV4.0D上使用。所有序列比較參數(shù)由ALIGN-2程序設(shè)定且不變。在采用ALIGN-2來比較核酸序列的情況中，給定核S臾序列C相對(duì)于(to)、與(with)、或針對(duì)(against)給定氨基酸序列D的。/。核酸序列同一性(或者可表述為具有或包含相對(duì)于、與、或針對(duì)給定核酸序列D的某一％核酸序列同一性的給定核酸序列C)如下計(jì)算分?jǐn)?shù)W/Z乘100其中W是由序列對(duì)比程序ALIGN-2在該程序的C和D對(duì)比中評(píng)分為相同匹配的核苦酸數(shù)，且其中Z是D中的核苷酸總數(shù)?？梢灶I(lǐng)會(huì)，若核酸序列C的長度與核酸序列D的長度不相等，則C相對(duì)于D的％核酸序列同一性將不等于D相對(duì)于C的％核酸序列同一性。作為％核酸序列同一性計(jì)算的例子，表4和5演示了如何計(jì)算指派為"比較DNA"的核酸序列相對(duì)于指派為"PR087299-DNA"的核酸序列的。/。核酸序列同一性，其中"PR087299-DNA"代表目的假設(shè)PR087299編碼核酸序列，"比較DNA"代表目的"PR087299-DNA"核酸分子針對(duì)其進(jìn)行比較的核酸分子的核苷酸序列，而"N"、"L，，和"V"各自代表不同假設(shè)核苷酸。除非另有具體說明，本文中所使用的所有％核酸序列同一性值都是依照上一段所述，使用ALIGN-2計(jì)算機(jī)程序獲得的。然而，％核酸序列同一性值也可使用WU-BLAST-2計(jì)算機(jī)程序(Altschuletal.,MethodsinEnzymology266:460-480(1996))如下所述獲得。大多數(shù)WU-BLAST-2檢索參數(shù)設(shè)成缺省值。不設(shè)成缺省值的參數(shù)，即可調(diào)整參數(shù)設(shè)成如下值交疊跨度-1，交疊分?jǐn)?shù)=0.125,詞閾值(T)-ll,和評(píng)分矩陣=BLOSUM62。在采用WU-BLAST-2時(shí)，。/。核酸序列同一性值是通過將(a)通過WU-BLAST-2確定的具有書f生自天然序列PR087299多肽編碼核酸的序列的目的PR087299多碼核酸分子與之進(jìn)行比較的序列，它可以是變體PR087299多核苷酸)之間的匹配相同核苷酸數(shù)除以(b)目的PR087299多肽編碼核酸分子的核苷酸總數(shù)確定的。例如，在敘述"包含與核酸序列B具有至少80%核酸序列同一性的核酸序列A的分離的核酸分子"中，核^列A是目的比較核酸分子，而核酸序列B是目的PR087299多肽編碼核酸分子的核酸序列。百分比核酸序列同一性也可使用序列比較程序NCBI-BLAST2(Altschuletal.，NucleicAcidsRes.25:3389-3402(1997))確定。NCBI-BLAST2序列比較禾呈序可/人http:〃www.ncbi.nlm.nih.gov下載,或者以其它方式/人NationalInstituteofHealth(Bethesda，MD)獲得。NCBI-BLAST2使用幾項(xiàng)檢索參數(shù)，其中所有檢索參數(shù)設(shè)成缺省值，包括例如未遮掩=是,鏈=全部，期望發(fā)生=10,最小低復(fù)雜性長度=15/5，多通過e值-0.01，多通過常數(shù)=25,最終缺口對(duì)比的降<氐=25，評(píng)分矩陣-BLOSUM62。在采用NCBI-BLAST2用于序列比較的情況中，給定核酸序列C對(duì)、與、或相對(duì)于給定核酸序列D的°/。核酸序列同一性(可另外表述為給定核酸序列C具有或包含對(duì)、與、或相對(duì)于給定核酸序列D的一定的％核酸序列同一性)計(jì)算如下W/Z分?jǐn)?shù)x100其中W是序列對(duì)比程序NCBI-BLAST2在該程序的C和D對(duì)比中評(píng)分為相同匹配的核苦酸數(shù)，而Z是D中核苦酸總數(shù)。應(yīng)理解，當(dāng)核i^f列C的長度不等于核酸序列D的長度時(shí)，C對(duì)D的％核酸序列同一性不等于D對(duì)C的°/。核酸序列同一性。在其它實(shí)施方案中，PR087299變體多核苷酸是編碼活性PR087299多肽且能夠與編碼本文中所公開的全長PR087299多肽的核苷酸序列雜交，優(yōu)選在嚴(yán)格雜交和洗滌條件下雜交的核酸分子。PR087299變體多肽可以是那些由PR087299變體多核苷酸編碼的變體多肽。"分離的"，在用于描述本文中所公開的各種多肽時(shí)，意指已經(jīng)鑒定且與/由其天然環(huán)境的一種成分分開和/或回收的多肽。其天然環(huán)境的污染性成分指通常會(huì)干擾該多肽的診斷或治療用途的物質(zhì)，可包括酶、激素、和其它蛋白質(zhì)性質(zhì)或非蛋白質(zhì)性質(zhì)的溶質(zhì)。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，將多肽純化至(1)足以通過使用轉(zhuǎn)杯式測(cè)序儀獲得至少15個(gè)殘基的N-末端或內(nèi)部氨基酸序列的程度，或(2)根據(jù)使用考馬斯藍(lán)或優(yōu)選銀染色的非還原或還原條件下的SDS-PAGE,達(dá)到同質(zhì)。既然PR087299多肽天然環(huán)境的至少一種成分不會(huì)存在，那么分離的多肽包括重組細(xì)胞內(nèi)的原位多肽。然而，分離的多肽通常通過至少一個(gè)純化步驟來制備。"分離的"PR087299多肽編碼核酸或其它多肽編碼核酸指已經(jīng)鑒定且與該多肽編碼核酸的天然來源中通常與之相關(guān)的至少一種污染性核酸分子分開的核酸分子。分離的多肽編碼核酸分子不同于在自然界中發(fā)現(xiàn)它時(shí)的形式或背景。分離的多肽編碼核酸分子因此與存在于天然細(xì)胞中時(shí)的特定多肽編碼核酸分子有區(qū)別。然而，分離的多肽編碼核酸分子包括通常表達(dá)該多肽的細(xì)胞中所包含的多肽編碼核酸分子，例如當(dāng)所述核酸分子在所述細(xì)胞中的染色體定位不同于它在天然細(xì)胞中的染色體定位時(shí)。術(shù)語"控制序列"指在特定宿主生物體中表達(dá)可操作連接的編碼序列所必需的DNA序列。例如，適于原核生物的控制序列包括啟動(dòng)子、任選的操縱基因序列、和核糖體結(jié)合位點(diǎn)。已知真核細(xì)胞利用啟動(dòng)子、多腺苷酸化信號(hào)、和增強(qiáng)子。若一條核酸與另一條核酸序列處于功能性相互關(guān)系中，則它是"可操作連接"的。例如，若前序列(presequence)或分泌前導(dǎo)(secretoryleader)的DNA表達(dá)成參與多肽分泌的前蛋白質(zhì)(preprotein),則它與多肽的DNA可操作連接；若啟動(dòng)子或增強(qiáng)子影響編碼序列的轉(zhuǎn)錄，則它與該序列可操作連接；或者，若核糖體結(jié)合位點(diǎn)的位置促進(jìn)翻譯，則它與編碼序列可操作連接。通常，"可^:作連接，，意味著相連的DNA序列是相鄰的，而且在分泌前導(dǎo)的情況中意味著相鄰且處于閱讀狀態(tài)。然而，增強(qiáng)子不必相鄰。連接可通過在方便的限制性位點(diǎn)處的連接反應(yīng)來實(shí)現(xiàn)。如果沒有此類位點(diǎn)，那么依照常規(guī)實(shí)踐使用合成的寡核苷酸銜接頭或接頭。術(shù)語"抗體，，以最廣義使用，明確覆蓋例如單一抗PR087299單克隆抗體(包括激動(dòng)性、拮抗性、和中和性抗體)、具有多表位特異性的抗PR087299抗體組合物、單鏈抗PR087299抗體、和抗PR087299抗體片段(見下文)。術(shù)語"單克隆抗體"在用于本文時(shí)指從一群基本上同質(zhì)的抗體獲得的抗體，即構(gòu)成群體的各個(gè)抗體相同，除了可能以極小量存在的可能的天然存在突變外。雜交反應(yīng)的"嚴(yán)格性，，可以容易的由本領(lǐng)域普通技術(shù)人員確定，而且通常根據(jù)探針長度、洗滌溫度、和鹽濃度憑經(jīng)驗(yàn)計(jì)算。通常，較長的探針要求較高的溫度以正確退火，而較短的探針需要較低的溫度。雜交通常依賴于當(dāng)互補(bǔ)鏈存在于低于其解鏈溫度的環(huán)境中時(shí)變性DNA重新退火的能力。探針和可雜交序列之間的期望同源性程度越高，可使用的相對(duì)溫度也越高。結(jié)果是，推斷出較高相對(duì)溫度將趨向于使反應(yīng)條件更為嚴(yán)格，而較低溫度也就較不嚴(yán)格。關(guān)于雜交反應(yīng)嚴(yán)格性的另外細(xì)節(jié)和解釋，參見Ausubel等人,《CurrentProtocolsinMolecularBiology》,WileyIntersciencePublishers,1995。"嚴(yán)格條件"或"高嚴(yán)格性條件"，如本文中所定義的，可如下鑒別(1)采用低離子強(qiáng)度和高溫進(jìn)行洗滌，例如0.015M氯化鈉/0.0015M檸檬酸鈉/0.1%十二烷基辟u酸鈉，5(TC;(2)在雜交過程中采用變性劑，諸如甲酰胺，例如50。/。(v/v)曱酰胺及0.1%牛血清清蛋白/0.1%Ficoll/0.1%聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸鈉緩沖液pH6.5,含750mJVI氯化鈉，75mM檸檬酸鈉，42。C;或(3)于42。C采用50%曱酰胺，5xSSC(0.75MNaCl,0.075M檸檬酸鈉)，50mM磷酸鈉(pH6.8),0.1%焦磷酸鈉，5xDenhardt氏溶液，超聲波處理的鮭魚精DNA(50pg/ml),0.1%SDS,和10%硫酸右旋糖香，以及于42。C在0.2xSSC(氯化鈉/檸檬酸鈉)和50%曱酰胺中洗滌，接著在含EDTA的O.lxSSC中于55。C進(jìn)行高嚴(yán)格性洗滌。"中等嚴(yán)格條件，，可以如Sambrook等人，《MolecularCloning:ALaboratoryManual》，NewYork,ColdSpringHarborPress,1989所述鑒別，包括使用比上文所述較不嚴(yán)格的洗滌溶液和雜交條件(例如溫度、離子強(qiáng)度和。/t)SDS)。中等嚴(yán)格條件的一個(gè)例子是于37。C在含20%曱酰胺，5xSSC(150mMNaCl，15mM檸檬酸三鈉)，50rnM磷酸鈉(pH7.6)，5xDenhardt氏溶液，10°/。硫酸右旋糖苷，和20mg/ml變性剪切的鮭魚精DNA的溶液中溫育過夜，接著在lxSSC中于約37-50。C洗滌濾膜。技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到如何根據(jù)需要調(diào)整溫度、離子強(qiáng)度等以適應(yīng)諸如探針長度等因素。術(shù)語"表位標(biāo)記的"在用于本文時(shí)指包含與"標(biāo)簽多肽"融合的PR087299'多肽的嵌合多肽。標(biāo)簽多肽具有足夠殘基以提供表位而可制備針對(duì)其的抗體，但又足夠短使得其不干擾與其融合的多肽的活性。標(biāo)簽多肽優(yōu)選還是相當(dāng)獨(dú)特的，使得所述抗體基本上不與其它表位發(fā)生交叉反應(yīng)。合適的標(biāo)簽多肽通常具有至少6個(gè)氨基酸殘基且通常在約8個(gè)到約50個(gè)氨基酸殘基之間(優(yōu)選在約10個(gè)到約20個(gè)氨基酸殘基之間)。在用于本文時(shí)，術(shù)語"免疫粘附素"指將異源蛋白質(zhì)("粘附素")的結(jié)合特異性與免疫球蛋白恒定區(qū)的效應(yīng)物功能聯(lián)合起來的抗體樣分子。在結(jié)構(gòu)上，免疫粘附素包括不同于抗體的抗原識(shí)別和結(jié)合位點(diǎn)(即是"異源"的)、具有期望結(jié)合特異性的氨基酸序列和免疫球蛋白恒定區(qū)序列的融合物。免疫粘附素分子的粘附素部分通常是至少包含受體或配體的結(jié)合位點(diǎn)的連續(xù)(contiguous)氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定區(qū)序列可從任何免疫球蛋白獲得，諸如IgG-l、IgG-2、IgG-3或IgG-4亞型、IgA(包括IgA-l和lgA-2)、IgE、IgD或IgM。"有活性的"或"活性"為了本發(fā)明指保留天然或天然存在PR087299的生物學(xué)和/或免疫學(xué)活性的PR087299多肽形式，其中"生物學(xué)"活性指由天然或天然存在PR087299引起的，誘導(dǎo)針對(duì)天然或天然存在PR087299所具有的抗原性表位的抗體生成的能力以外的生物學(xué)功能(或是抑制性的或是刺激性的)，而"免疫學(xué)"活性指誘導(dǎo)針對(duì)天然或天然存在PR087299所具有的抗原性表位的抗體生成的能力。術(shù)語"拮抗劑"以最廣義使用，包括部分或完全阻斷、抑制、或中和本文中所公開的天然PR087299多肽的生物學(xué)活性的任何分子。類似的，術(shù)語"激動(dòng)劑"以最廣義使用，包括模擬本文中所公開的天然PR087299多肽的生物學(xué)活性的任何分子。合適的激動(dòng)劑或拮抗劑分子明確包括激動(dòng)性或拮抗.性抗體或抗體片,更、天然PR087299多肽的片段或氨基S^f列變體、肽、反義寡核苷酸、有機(jī)小分子等。用于鑒定PR087299多肽的激動(dòng)劑或拮抗劑的方法可包括使PR087299多肽接觸候選激動(dòng)劑或拮抗劑分子并測(cè)量通常與PR087299多肽有關(guān)的一種或多種生物學(xué)活性的可檢測(cè)變化。"處理，，或"治療"指治療性處理及預(yù)防性或防范性措施二者，其中目標(biāo)是預(yù)防或減緩(減輕)所針對(duì)的病理學(xué)狀況或紊亂。需要治療的受試者包括早就患有紊亂的受試者以及傾向于患上紊亂的受試者或要預(yù)防紊亂的受試者。"長期"施用指以與短期模式相反的連續(xù)模式施用藥劑，從而將初始治療效果(活性)維持較長的一段時(shí)間。"間歇"施用指并非連續(xù)不間斷進(jìn)行的處理，本質(zhì)上是循環(huán)的。對(duì)于治療而言，"哺乳動(dòng)物"指歸入哺乳類的任何動(dòng)物，包括人、家畜和牲畜，及動(dòng)物園、運(yùn)動(dòng)或?qū)櫸飫?dòng)物，諸如犬、貓、牛、馬、綿羊、豬、山羊、兔等。優(yōu)選的是，哺乳動(dòng)物指人。"聯(lián)合"一種或多種其它治療劑的施用包括同時(shí)(共同)施用和任意次序的連續(xù)施用。"載體"在用于本文時(shí)包括藥學(xué)可接受的載體、賦形劑或穩(wěn)定劑，它們?cè)谒捎玫膭┝亢蜐舛葘?duì)暴露于其的細(xì)胞或哺乳動(dòng)物是無毒的。通常，生理學(xué)可接受的載體是pH緩沖水溶液。生理學(xué)可接受載體的例子包括緩沖劑，諸如磷酸鹽、檸檬酸鹽和其它有機(jī)酸；抗氧化劑，包括抗壞血酸；低分子量(少于約10個(gè)殘基)多肽；蛋白質(zhì)，諸如血清清蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，諸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，諸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、精氨酸或賴氨酸；單糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，諸如EDTA;糖醇，諸如甘露醇或山梨醇；成鹽相反離子，諸如鈉；和/或非離子表面活性劑，諸如TWEENtm、聚乙二醇(PEG)和PLURONICStm。"抗體片段"包含完整抗體的一部分，優(yōu)選完整抗體的抗原結(jié)合區(qū)或可變區(qū)?？贵w片段的例子包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段；雙抗體；線性抗體(Zapataetal.，ProteinEng.8(10):1057-1062(1995));單鏈抗體分子；及由抗體片段形成的多特異性抗體。用木瓜蛋白酶消化抗體產(chǎn)生兩個(gè)相同的抗原結(jié)合片段，稱作"Fab"片段，各自具有一個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)，和一個(gè)殘余"Fc"片段，其名稱反映了它易于結(jié)晶的能力。胃蛋白酶處理產(chǎn)生一個(gè)F(ab')2片段，它具有兩個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)且仍能夠交聯(lián)抗原。"Fv，，是包含完整抗原識(shí)別和結(jié)合位點(diǎn)的最小抗體片段。此片段由緊密、非共價(jià)結(jié)合的一個(gè)重鏈可變區(qū)和一個(gè)輕鏈可變區(qū)的二聚體組成。正是在這種構(gòu)造中，各個(gè)可變區(qū)的三個(gè)CDR相互作用而在V『VL二聚體表面確定了一個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)。六個(gè)CDR共同賦予抗體以抗原結(jié)合特異性。然而，即使是單個(gè)可變區(qū)(或只包含對(duì)抗原特異的三個(gè)CDR的半個(gè)Fv)也具有識(shí)別和結(jié)合抗原的能力，盡管親和力低于完整結(jié)合位點(diǎn)。Fab片段還包含輕鏈的恒定區(qū)和重鏈的第一恒定區(qū)(CHl)。Fab，片段因在重鏈CHl結(jié)構(gòu)域的羧基末端增加了少數(shù)殘基而與Fab片段有所不同，包括來自抗體鉸鏈區(qū)的一個(gè)或多個(gè)半胱氨酸。Fab，-SH是本文中對(duì)其中恒定區(qū)半胱氨酸殘基攜帶游離硫醇基的Fab，的稱謂。F(ab')2抗體片段最初是作為成對(duì)Fab，片段生成的，在Fab，片段之間具有鉸鏈半胱氨酸。還知道抗體片段的其它化學(xué)偶聯(lián)。根據(jù)其恒定區(qū)的氛基酸序列，來自任何脊推動(dòng)物物種的抗體(免疫球蛋白)的"輕鏈"可歸入兩種截然不同類型中的一種，稱作卡帕(k)和拉姆達(dá)(人)。根據(jù)其重鏈恒定區(qū)的氨基i^列，免疫球蛋白可歸入不同的類別。免疫球蛋白有五種主要的類別IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中有些可進(jìn)一步分為亞類(同種型)，例如IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgAl和IgA2。"單鏈Fv"或"sFv"抗體片段包含抗體的VH和VL結(jié)構(gòu)域，其中這些結(jié)構(gòu)域存在于一條多肽鏈上。優(yōu)選的是，F(xiàn)v多肽在Vh和VL結(jié)構(gòu)域之間還包含多肽接頭，使得sFv能夠形成抗原結(jié)合期望的結(jié)構(gòu)。關(guān)于sFv的綜述參見Pliickthun,《ThePharmacologyofMonoclonalAntibodies》,vol.113，Rosenburg和Moore編，Springer曙Verlag，NewYork,pp.269-315，1994。術(shù)語"雙抗體"指具有兩個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)的小型抗體片段，該片段在同一條多肽鏈(VH-VL)中包含相連的重鏈可變區(qū)(VH)和輕鏈可變區(qū)(Vl)。通過使用過短的接頭使得同一條鏈上的兩個(gè)結(jié)構(gòu)域之間不能配對(duì)，迫使結(jié)構(gòu)域與另一條鏈的互補(bǔ)結(jié)構(gòu)域配對(duì)，并產(chǎn)生兩個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)。雙抗體更完整的描述于例如EP404,097;WO93/11161;Hollingeretal.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993)。"分離的"抗體指已經(jīng)鑒定且與/由其天然環(huán)境的一種成分分開和/或回收的抗體。其天然環(huán)境的污染性成分指會(huì)干擾該抗體的診斷或治療用途的物質(zhì)，可包括酶、激素、和其它蛋白質(zhì)性質(zhì)或非蛋白質(zhì)性質(zhì)的溶質(zhì)。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，將抗體純化至(1)根據(jù)Lowry方法的測(cè)定，抗體重量超過95%,最優(yōu)選重量超過99%，(2)足以通過使用轉(zhuǎn)杯式測(cè)序儀獲得至少15個(gè)殘基的N-末端或內(nèi)部氨基酸序列的程度，或(3)根據(jù)使用考馬斯藍(lán)或優(yōu)選銀染色的還原性或非還原性條件下的SDS-PAGE，達(dá)到同質(zhì)。既然抗體天然環(huán)境的至少一種成分不會(huì)存在，那么分離的抗體包括重組細(xì)胞內(nèi)的原位抗體。然而，分離的抗體通常通過至少一個(gè)純化步驟來制備。"特異性結(jié)合"特定多肽或特定多肽上的表位或者對(duì)其"特異"的抗體指結(jié)合該特定多肽或特定多肽上的表位且基本上不結(jié)合任何其它多肽或多肽表位的抗體。詞"標(biāo)記物"在用于本文時(shí)指與抗體直接或間接偶聯(lián)從而產(chǎn)生"經(jīng)標(biāo)記"抗體的可檢測(cè)化合物或組合物。標(biāo)記物可以是自身就可檢測(cè)的(例如放射性同位素標(biāo)記物或熒光標(biāo)記物)，或者在酶標(biāo)記物的情況中，可催化可檢測(cè)的底物化合物或組合物的化學(xué)改變。"固相"意指本發(fā)明的抗體可粘附其上的非水性基質(zhì)。本文中所涵蓋的固相的例子包括那些部分或完全由玻璃(例如可控孔徑玻璃)、多糖(例如瓊脂糖)、聚丙烯酰胺、聚苯乙烯、聚乙烯醇和聚硅氧烷(silicone)制成的固相。在某些實(shí)施方案中，根據(jù)語境，固相可包括測(cè)定板的孑L;在其它實(shí)施方案中，它指純化柱(例如親和層析柱)。此術(shù)語還包括離散顆粒的不連續(xù)固相，諸如美國專利4,275,149中所述。"脂質(zhì)體"指由各種類型脂質(zhì)、磷脂和/或表面活性劑構(gòu)成的，可用于對(duì)哺乳動(dòng)物^投遞藥物(諸如PR087299多肽或其抗體)的小嚢泡。與生物膜的脂質(zhì)排列相似，脂質(zhì)體的成分通常排列成雙層形式。"小分子"在本文中定義為分子量小于約500道爾頓。術(shù)語"免疫相關(guān)疾病"指哺乳動(dòng)物中由哺乳動(dòng)物免疫系統(tǒng)成分引起、介導(dǎo)、或以其它方式促成發(fā)病的疾病。還包括刺激或干預(yù)免疫應(yīng)答對(duì)疾病發(fā)展具有改善作用的疾病。此術(shù)語包括免疫介導(dǎo)的炎性疾病、非免疫介導(dǎo)的炎性疾病、傳染病、免疫缺陷病、瘤形成等。術(shù)語"T細(xì)胞介導(dǎo)的疾病"指其中T細(xì)胞直接或間接介導(dǎo)或以其它方式促成哺乳動(dòng)物發(fā)病的疾病。T細(xì)胞介導(dǎo)的疾病可能與細(xì)胞介導(dǎo)的效應(yīng)、淋巴因子介導(dǎo)的效應(yīng)等有關(guān)，甚至與B細(xì)胞有關(guān)的效應(yīng)，如果B細(xì)胞受到刺激的話，例如受到由T細(xì)胞分泌的淋巴因子的刺激。可依照本發(fā)明治療的免疫相關(guān)和炎性疾病的例子，其中有些是免疫或T細(xì)胞介導(dǎo)的，包括系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、幼年型慢性關(guān)節(jié)炎、脊推關(guān)節(jié)病、系統(tǒng)性硬化(硬皮病)、特發(fā)性炎性肌病(皮肌炎、多肌炎)、斯耶格倫氏(Sj6gren)綜合征、系統(tǒng)性血管炎、結(jié)節(jié)病、自身免疫性溶血性貧血(免疫性全血細(xì)胞減少癥、陣發(fā)性夜間血紅蛋白尿)、自身免疫性血小板減少癥(特發(fā)性血小板減少性紫癜、免疫介導(dǎo)的血小板減少癥)、曱狀腺炎(格雷夫斯氏(Graves)病、橋本氏(Hashimoto)曱狀腺炎、幼年型淋巴細(xì)胞性曱狀腺炎、萎縮性曱狀腺炎)、糖尿病、免疫介導(dǎo)的腎病(腎小球腎炎、腎小管間質(zhì)性腎炎)、中樞和周圍神經(jīng)系統(tǒng)的脫髓鞘病諸如多發(fā)性硬化、特發(fā)性脫髓鞘多神經(jīng)病或格-巴二氏(Guillain-Barr6)綜合征、和慢性炎性脫髓鞘多神經(jīng)病、肝膽病諸如傳染性肝炎(曱型、乙型、丙型、丁型、戊型和其它非嗜肝病毒肝炎)、自身免疫性慢性活動(dòng)性肝炎、原發(fā)性膽汁性肝硬化、肉芽腫性肝炎、和硬化性膽管炎、炎性腸病(潰瘍性結(jié)腸炎、克羅恩氏(Crohn)病)、麩膠敏感性腸病、和惠普爾氏(Whipple)病、自身免疫性或免疫介導(dǎo)的皮膚病包括大皰性皮膚病、多形紅斑和接觸性皮炎、4艮屑病、變應(yīng)性疾病諸如哮喘、變應(yīng)性鼻炎、特應(yīng)性皮炎、食物超敏反應(yīng)和蕁麻疹、肺的免疫學(xué)疾病諸如嗜曙紅細(xì)胞性肺炎、特發(fā)性肺纖維化和超敏感性肺炎、移植相關(guān)疾病包括移植物排斥和移植物抗宿主疾病。傳染病包括病毒性疾病諸如AIDS(fflV感染)、曱型、乙型、丙型、丁型和戊型肝炎等，細(xì)菌感染，真菌感染，原生動(dòng)物感染和寄生蟲感染。術(shù)語"有效量"指導(dǎo)致具體所述目的得以實(shí)現(xiàn)的PR087299多肽和/或激動(dòng)劑/拮抗劑的濃度或量。PR087299多肽或其激動(dòng)劑或拮抗劑的"有效量"可憑經(jīng)驗(yàn)確定。另外，"治療有效量"指有效實(shí)現(xiàn)所述治療效果的PR087299多肽和/或激動(dòng)劑/拮抗劑的濃度或量。該量也可憑經(jīng)-驗(yàn)確定。術(shù)語"細(xì)胞毒劑，，在用于本文時(shí)指抑制或防止細(xì)胞的功能和/或引起細(xì)胞破壞的物質(zhì)。該術(shù)語意圖包括放射性同位素，例如At211、I131、I125、Y9G、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32和Lu的放射性同位素；化療劑，例如曱氨蝶呤(methotrexate)、阿霉素(adriamycin)、長春花生物》威類(vincaalkaloids)(長春新堿(vincristine)、長春石咸(vinblastine)、依托泊香(etoposide))、多柔比星(doxorubicin),美法侖(melphalan)、絲裂霉素(mitomycin)C、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、柔紅霉素(daunorubicin)或其它嵌入劑；酶及其片段，諸如溶核酶(nucleolyticenzyme);抗生素；和毒素，諸如小分子毒素或者細(xì)菌、真菌、植物或動(dòng)物起源的酶活毒素，包括其片段和/或變體；及下文披露的各種抗腫瘤藥或抗癌藥。下文記載了其它細(xì)胞毒劑。殺腫瘤藥引起腫瘤細(xì)胞的破壞。細(xì)胞毒素可共價(jià)附著于將該毒素靶向表達(dá)某種抗原的特定目的細(xì)胞的抗體?？捎玫募?xì)胞毒素及其接頭包括但不限于下列接頭MC=馬來酰亞胺己?；鵙alCit=纈氨酸-瓜氨酸，蛋白酶可切割接頭中的二肽位點(diǎn)瓜氨酸=2-氨基-5-脲基戊酸PAB=對(duì)氨基千基氨基曱?；?接頭的"自我犧牲"(selfimmolative)部分)Me=N-曱基-纈氨酸瓜氨酸，其中接頭肽鍵經(jīng)過修飾而防止其受到組織蛋白酶B的切割MC(PEG)6-OH=馬來酰亞胺己?；?聚乙二醇，附著于抗體半胱氨酸SPP=N-琥珀酰亞氨基4-(2-吡"《羞硫代)戊酸酯SMCC-N-琥珀酰亞氨基4-(N-馬來酰亞胺曱基)環(huán)己烷-l-羧酸酯細(xì)月包毒性藥物:MMAE=monomethylauristatinE(MW718)MMAF=auristatinE(MMAE)在藥物的C-末端具有苯丙氨酸的變體(MW731.5)MMAF-DMAEA=C-末端苯丙氨酸以酰胺鍵連有DMAEA(二曱氨基乙胺)的MMAF(MW801.5)MMAF-TEG=苯丙氨酸以三縮四乙二醇酯化的MMAFMMAF-NtBu=C-末端以酰胺附有N-^又丁基的MMAFAEVB=auristatinE戊酰基千腙，酸不穩(wěn)定接頭經(jīng)AE的C-末端(MW732)AFP=AuristatinF苯二胺；(以苯二胺間隔物經(jīng)C-末端與抗體相連的苯丙氨酸變體)(MW732)"生長抑制劑"在用于本文時(shí)指在體外或在體內(nèi)抑制細(xì)胞生長的化合物或組合物。因此，生長抑制劑可以是顯著降低S期細(xì)胞百分比的藥劑。生長抑制劑的例子包括阻斷細(xì)胞周期行進(jìn)(處于S期以外的位置)的藥劑，諸如誘導(dǎo)Gl停滯和M期停滯的藥劑。經(jīng)典的M期阻斷劑包括長春藥類(vincas)(長春新堿(vincristine)和長春堿(vinblastine))、紫杉烷類(taxanes)、和拓樸異構(gòu)酶II抑制劑諸如多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、柔紅霉素(daunorubicin)、依托泊苷(etoposide)和博來霉素(bleomycin)。那些阻滯G1的藥劑也溢出進(jìn)入S期停滯，例如DNA烷化劑類諸如他莫昔芬(tamoxifen)、潑尼^^(prednisone)、達(dá)卡巴"秦(dacarbazine)、乂又氯乙基曱胺(mechlorethamine)、順柏(cisplatin)、曱氨蝶呤(methotrexate)、5-氟尿嘧咬(5匿fluorouracil)和ara-C。更多信息可參見《TheMolecularBasisofCancer》,Mendelsohn和Israel編，第1章，題為"Cellcycleregulation,oncogenes,andantineoplasticdrugs",Murakami等人，WBSaunders,Philadelphia,1995，尤其是第13頁。紫杉烷類(紫杉醇(paclitaxel)和多西他賽(docetaxel))都是衍生自紫杉樹的抗癌藥。衍生自歐洲紫杉的多西他賽(TAXOTERE⑧，Rhone-PoulencRorer)是紫杉醇(TAXOL,Bristol-MyersSquibb)的半合成類似物。紫杉醇和多西他賽促進(jìn)由微管蛋白二聚體裝配成微管并通過防止解聚使微管穩(wěn)定，導(dǎo)致對(duì)細(xì)胞有絲分裂的抑制。"化療劑"指可用于治療癌癥的化學(xué)化合物?；焺┑睦影ò⒚顾?adriamycin)、多柔比星(doxorubicin)、表柔比星(epirubicin)、5-氟尿嘧吱(5-fluorouracil)、阿糖胞芬(cytosinearabinoside)("Ara-C")、環(huán)磷酰胺(cyclophosphamide)、塞替派(thiotepa)、白消安(busulfan)、環(huán)磷酖胺(cytoxan)、類紫杉醇(toxoids)例如紫杉醇(paclitaxel)(Taxol,Bristol-MyersSquibbOncology,Princeton,NJ)和多西他塞(doxetaxel)(Taxotere，Rh6ne-PoulencRorer，Antony,France)、泰索帝(taxotere)、曱氨蝶呤(methotrexate)、順柏(cisplatin)、美法侖(melphalan)、長春堿(vinblastine)、寸專來霉素(bleomycin)、依托泊苷(etoposide)、異磷酰胺(ifosfamide)、絲裂霉素(mitomycin)C、米托'蒽酉昆(mitoxantrone)、長春#斤石成(vincristine)、長春瑞；賓(vinorelbine)、卡4白(carboplatin)、替尼泊香(teniposide)、道i若霉素(daunomycin)、洋紅霉素(carminomycin)、氨基喋呤(aminopterin)、放線菌素D(dactinomycin)、絲裂霉素類(mitomycins)、埃斯波霉素類(esperamicins)(參見美國專利4,675,187)、美法侖(melphalan)和其它相關(guān)氮芥類。該定義還包括作用為調(diào)節(jié)或抑制激素對(duì)肺瘤作用的抗激素劑，諸如他莫昔芬(tamoxifen)和奧那司S同(onapristone)。術(shù)語"細(xì)胞因子"指由一種細(xì)胞群釋^L的、作為細(xì)胞間介質(zhì)作用于另一細(xì)胞的蛋白質(zhì)的通稱。此類細(xì)胞因子的例子有淋巴因子、單核因子和傳統(tǒng)的多肽激素。細(xì)胞因子中包括生長激素，諸如人生長激素、N-曱硫氨酰人生長激素和牛生長激素；曱狀旁腺素；曱狀腺素；胰島素；胰島素原；松馳素；松馳素原；糖蛋白激素類，諸如促卵泡激素(FSH)、促曱狀腺激素(TSH)和促黃體激素(LH);肝生長因子；成纖維細(xì)胞生長因子；促乳素；胎盤催乳激素；腫瘤壞死因子-a和-p;穆勒氏(Mullerian)抑制性物質(zhì)；小鼠促性腺激素相關(guān)肽；抑制素；激活素；血管內(nèi)皮生長因子；整聯(lián)蛋白；血小板生成素(TPO);神經(jīng)生長因子，諸如NGF-p;血小板衍生生長因子；轉(zhuǎn)化生長因子(TGF)，諸如TGF-a和TGF-P;胰島素樣生長因子-I和-II;促紅細(xì)胞生成素(EPO);骨誘導(dǎo)因子；干擾素，諸如干擾素-a、-P和-r，集落刺激因子(CSF),諸如巨噬細(xì)胞CSF(M-CSF)、粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞CSF(GM-CSF)和粒細(xì)胞CSF(G-CSF);白介素(IL)，諸如IL-1、IL-la、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL國7、IL-8、IL-9、IL-ll、IL-12;腫瘤壞死因子，諸如TNF-a或TNF-(3;及其它多-肽因子，包括LIF和kit配體(KL)。在用于本文時(shí)，術(shù)語細(xì)胞因子包括來自天然來源或來自重組細(xì)胞培養(yǎng)物的蛋白質(zhì)及天然序列細(xì)胞因子的生物學(xué)活性等效物。在用于本文時(shí)，術(shù)語"免疫粘附素"指將異源蛋白質(zhì)("粘附素")的結(jié)合特異性與免疫球蛋白恒定區(qū)的效應(yīng)物功能聯(lián)合起來的抗體樣分子。在結(jié)構(gòu)上，免疫粘附素包括不同于抗體的抗原識(shí)別和結(jié)合位點(diǎn)(即是"異源"的)、具有期望結(jié)合特異性的氨基S吏序列和免疫球蛋白恒定區(qū)序列的融合物。免疫粘附素分子的粘附素部分通常是至少包含受體或配體的結(jié)合位點(diǎn)的連續(xù)(contiguous)氨基酸序列。免疫粘附素中的免疫球蛋白恒定區(qū)序列可從任何免疫球蛋白獲得，諸如IgG畫l、IgG-2、IgG-3或IgG-4亞型、IgA(包括IgA-l和lgA-2)、IgE、IgD或IgM。在用于本文時(shí)，術(shù)語"炎性細(xì)胞，，指增強(qiáng)炎性應(yīng)答的細(xì)胞，諸如單核細(xì)'胞、嗜曙紅細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和多形核嗜中性細(xì)胞(PMN)。表l/**C-Cincreasedfrom12to15*ZisaverageofEQ*BisaverageofND*matchwitfistopis一M;stop-stop=0;j(joker)match=0*/-#define—M-8/*valueofamatchwithastop*/int—day[26][26]={/*Abcdefghijklmnopqrstuvwxyz*//*A*/{2,0,-2,0,0,-4,l,-l，陽l,0,-1,-2,-1，0，_M,1,0,-2,1,1,0，0,-6,0,-3,0},/*B*/i0，3,-4，3，2,-5，0,1,-2,0,0,-3,-2,2,:M,-1,1,0,0,0,0,-2,-5，0,-3,l;，/*c*/i-2，-4，15,-5,-5,-4，-3，-3，-2，0，-5，-6，-5,;，—m，-3,-5，-4，0,-2,0,-2,-8,0,0,-5}，/*D*/{0,3,-5,4,3,-6,1,l，-2,0，0,-4,-3,2，j^，-1,2,-1，0,0，0,-2,-7，0,-4，2},/*E*//F"17/*G*//*H*//*I*//承J+//*K*//*L*//*M*//*N*//*O*//*p*//*Q*//*R*//*S*//*T*//*U*//*V*//*W*//*X*/"Y//*Z*/0，2,-5,3，4,-5,0，1,-2,0,0,-3，-2,1,—M,-l,2,-1,0,0，0,-2,-7,0,-4,3},-4,-5，—4，-6，-5,9,-5,-2，1,0,-5,2，0，-4,—M，-5,-5,-4，-3,-3,0,-1,0,0,7,-5},1,0,-3,1,0，-5，5，-2，-3,0,-2,-4,-3,0,:M，-l,-l,-3,1，0，0,-1,-7，0,-5,0}，-1,1,-3，1,l，-2，-2,6,-2,0,0,-2,-2,2，—M,0,3,2，-l,-l,0,-2,-3，0，0,2},-1,-2,-2,-2,-2，1,-3,-2，5,0,-2，2,2,-2，—M,-2,-2,-2,-l，0,0,4,-5,0,-l，-2}，0,0，0,0,0，0,0，0，0，0,0，0，0,0，—"，0,0，0,0，0,0,0，0,0,0，0}，-1,0，-5,0,0，-5，-2,0,-2,0，5,-3,0,1:—M,-l，1,3,0，0，0,-2,-3,0,-4,0},-2，-3，-6，-4，-3,2,-4,-2，2，0,-3,6,4，-3:M,-3，-2,-3，-3,-l，0，2,-2,0,-1,-2}，-1,-2,-5,-3,-2,0,-3,-2,2，0，0,4,6,-2,:M,-2,-l,0,-2,-1,0，2,-4，0,-2,-1},0，2,-4,2,1,-4,0,2,-2,0,l，-3，-2,2,》,-1，1，0,1,0,0,-2,-4,0,-2,1},—MJvi—MJVLM—KM>—HJ^—MJVt—MA一Ni一M^Ni—HM>—Ni—MJVt—M)，,—l,-r,-37-l,:l,-S,-l;0，:2,5,-l:-3,-2,D^0,0,1:0，"5,-1,-6,O,-;,'0，1,-5,2,2,-5,-1,3,-2,0,1,-2,-1,1，》，0,4,0,-2,-5,0,-4，3}，-2,0,-4,-l，-l,-4,-3,2,-2，0,3,-3,0，O:M,0,1,6,O，-l,0,-2,2,0,-4,0}，1,0，0，0,0,-3,0,0,-3,-2,1，》，l,隱l,0,2，1,0,-1,-2,0,-3，0},1，0,-2,0,0，-3,0,-1，0,0,O，-l，-l,O,二M,O，-l,-l,1，3，0,0，-5,0,-3,0}，0，0，0，0,0,0,0,0,0,0，0，0,0,0，》，0,0,0,0,0,0，0,0,0，0,0},0,-2,-2，-2，-2,-l，-l，-2,4，0,-2，2，2，-5，—M，-1,-2,-2,-1,0,0，4,-6，0,-2,-2}，-6,-5,-8,-7,-7，0,-7,-3,-5,0,-3,-2,-4,-4,—M，-6,-5,2，-2，-5，0,-6,17,0，0,-6},0,0，0,0,0，0,0,0，0，0,0，0，0，0，—Ni",0,0,0,0，0,0,0,0,0，0，0}，-3，-3，0,-4,-4，7，-5，0,-1,0,-4,-1,-2,-5，—M，-5，"4,-4,-3,-3,0,-2,0，0，10,-4}，0,1,-5,2,3，-5,0,2,-2，0，0,-2,-1,1，》，0,3,0，0,0,0,-2,-6,0,-4，4}#include<stdio.h>#include<ctype.h>#defineMAXJMP16#defineMAXGAP24#defineJMPS1024#defineMX4/*maxjumpsinadiag*//*don'tcontinuetopenalizegapslargerthanthis*//*maxjmpsinanpath*//*saveifthere'satleastMX-1basessincelastjmpV#defineDMAT#defineDMIS#defineDINS0弁defineDINS1#definePINS0#definePINS108184/*valueofmatchingbases*//*penaltyformismatchedbases*//*penaltyforagap*//*penaltyperbase*//*penaltyforagap*//*penaltyperrescue中/structjmp{shortn[MAXJMP];unsignedshortx[MAXJMP];/*sizeofjmp(negfordely)*//*baseno.ofjmpinseqx*//*limitss叫to2A16-1*/structdiag{intscore;longoffset;shortijmp;structjmpjp;/*scoreatlastjmp*//*offsetofprevblock*//*currentjmpindex*//*listofjmps*/structpath{intshortintspc;n[JMPS];x[JMPS];/*numberofleadingspaces*//*sizeofjmp(gap)*//*locofjmp(lastelembeforegap)<formula>formulaseeoriginaldocumentpage39</formula>fprintf(stderr，"Thesequencescanbeinupper-orlower-case\n");fprintf(stderr,"Anylinesbeginningwith';'orareignoredW);fprintf(stderr,"Outputisinthefile\"align.outV'\n");exit(l);namex[O]=av[l];namex[l]=av[2];seqx，&len0);seqxfl〗=getseq(namex〖1〗,&lenl);xbm=(dna)一dbval:_pbval;endgaps=0jofile="align.out";nw(》readjmps();prim();/*1topenalizeendgaps*//*outputfile*//*fillinthematrix,getthepossiblejmps*//*gettheactualjmps*//*printstats，alignment*/cleanup(O》/*unlinkanytmpfiles*/dothealignment,returnbestscore:main()dna:valuesinFitchandSmith，PNAS,80，1382-1386,1983一pro:PAM250values*Whenscoresareequal,weprefermismatchestoanygap,prefereanewgaptoexten3inganongoinggap，andpreferagapinseqx*toagapinseqy.承/nw()charintintintintintregisterregisterregisterregisterTx,*py;*ndely,*ddy;/*seqsandptrs*//*keeptrackofdely*/ndelx，delx;/*keeptrackofdelx*/*tmp;/*forswappingrowO,rowl*/mis;/*scoreforeachtype*/insO,insl;/*insertionpenalties*/id;/*diagonalindex*/ij;/*jmpindex*/*col0,*coll;/*scoreforcurr，lastrowxx，yy;/*indexintoseqs*dx=(structdiag*)g__calloc("togetdiags"，len0+lenl+l，sizeof(structdiag));ndely=(int*)g—calloc("togetndely"，lenl+1,sizeof(int));dely=(int*)g—calloc("togetdely",lenl+I,sizeof(int));colO=(int*)g—calloc("togetcolO"，lenl+1,sizeof(int));coll=(int*)g__calloc("togetcoll",lenl+l，sizeof(int));insO=(dna)l5lNS0:PINS0;insl=(dna)腦S1:PINS1;smax=-10000;if(endgaps){for(co10=dely[O]=-insO，yy=1;yy<=lenl;yy++){cok)〖yy]=dely[yy]-col0[yy-l]-insl;ndely[yy]=yy;colO[O]=0;/*WatermanBullMathBiol84*/elsefor(yy=1;yy<=lenl;yy++)dely[yy]=-insO;/*fillinmatchmatrixfor(px二seqx[O]，xx=1;xx<=lenO;px++，xx++){/*initializefirstentryincolif(endgaps){if(xx==l)coll[O]elseCO,ndelx=xx;else{coll[O]-O;delx=-insO;ndelx=0;:delx:delx::-(insO+insl);:colO[O]-insl;"nwfor(py=seqx[l]，yy=1;yy<=lenl;py++，yy++){mis-colO[yy-l];if(dna)mis+=(xbm[承px濕，A，〗&xbm[豐py-，A，])DMAT:DMIS;elsemis+=—day[*px-，A'][*py-'A'];/*updatepenaltyfordelinxseq;*favornewdeloverongongdel*ignoreMAXGAPifweightingendgapsif(endgaps1|ndely[yy]<MAXGAP){if"10〖yy]-insO>=dely[yy]){dey[yy〗=col0[yy]-(insO+insl);ndely[yy]=1;Jelse{dely[yy]-=insl;ndely[yy]++s}else{if(col0[yy]-(insO+insl)>=dely[yy]){dely[yy〗=col0[yy〗-(insO+insl);ndely[yy]=1;}elsendely[yy]++5/*updatepenaltyfordelinyseq;*favornewdeloverongongdelif(endgaps||ndelx<MAXGAP){if(coll[yy-l〗-insO>=delx){delx=coll[yy-l]-(insO+insl);ndelx=1;<formula>formulaseeoriginaldocumentpage42</formula>if(xx==lenO&&yy<lenl){/*lastcolif(endgaps)coll[yy]-=insO+insl*(lenl-yy);if(coll[yy]>smax){smax=coll[yy];dmax=id;if(endgaps&&xx<lenO)coll[yy-l]*=insO+insl*(lenO-xx);if(coll[yy-i]>smax){smax=coll[yy-l];dmax=id;top=colO;colO=coll;coll=top;(void)free((char*)ndely);(void)free((char"dely);(void)free((char*)col0);(void)free((char"coll);}*print()—onlyroutinevisibleoutsidethismodule*static:*getmat()—tracebackbestpath,countmatches:print()*pr一align()—printalignmentofdescribedinarrayp[]:print()*dumpGlock()—dumpablockoflineswithnumbers,stars:pr一aHgn()*numsO隱-putoutanumberline:dumpblockO*putline()—Putoutaline(name,[num],seq，[num]):dumpblock()*stars()--putalineofstars:dumpblock()*stripname()—stripanypathandprefixfromaseqname*/#include"nw.h'#defineSPC3弁drfineP—LINE256/*maximumoutputline*/弁de打neP一SPC3/*spacebetweennameornumandseq*/extern—day[26][26];intolen;/*setoutputlinelength*/FILE*fx;/*outputfile*/print()printintlx,ly，firstgap,lastgap;/*overlap*/if((fx=fopen(ofile,"w"))==0){fprintf(stderr，"％s:can'twrite%s\n"，prog,ofile);cleanup(l);fprintf(fx，"<firstsequence:%s(length=%d)\n"，namex[O],lenO);fprintf(fx，"<secondsequence:%s(length=0/od)\n"，namex:[l]，lenl);<formula>formulaseeoriginaldocumentpage44</formula><formula>formulaseeoriginaldocumentpage45</formula>staticnm;staticlmax;static響；staticnc[2];staticni[2];staticsiz[2];staticchar*ps[2];staticchar*po[2];staticcharout[2][PLINE]staticcharstar[PLINE];/*matchesincore—forchecking*//*lengthsofstrippedfilenames*//*jmpindexforapath*//*numberatstartofcurrentline*//*currentelemnumber—forgapping*//*ptrtocurrentelement*//*ptrtonextoutputcharslot*//*outputline*//*setbystars()*//**printalignmentofdescribedinstructpathpp[]staticpr一align()intnn;/*charcount*/intmore;registeri;for(i=0，lmax=0;i<2;i++){nn=stripname(namex[i]);if(nn>lmax)lmax=nn;nc[i]-1;.ni[i]-l;siz[i]=ij[i]=0;ps[i]=s叫x[i];po[i]=out[i];}for(nn=nm=0,more=1;more;){,,.pr—alignfor(i=more=0;i<2;i~H~){*dowehavemoreofthissequence1承/if(!承p柳continue;more++;if(pp卩]鄰c){/*leadingspace*/*po[i]++=,';pp[i]平墨-;elseif(siz[i]){/*inagap*/*po[i]++='-，；siz[i]—;else{/*we'reputtingaseqelement*po[i]=*ps[i];if(islower(*ps[i]))*ps[i]=toupper(*ps[i]);po[i]++;ps[i]++;*areweatnextgapforthisseqif(ni[i]==pp[i].x[ij[i]]){/承*weneedtomergeallgaps*atthislocationsiz[i]=pp[i].n[ij[i]++];while(ni[i]==pp卩].x[ij[i]])siZ[i]+-pp[i].n[ij[i]++];ni[i]++;if(++nn=olen||!more&&nn){d腦pblock();for(i=0;i<2;i++)po[i]=out[i];mi=0;/**dumpablockoflines,includingnumbers,stars:pr一align()承/staticdumpblock()dumpblockregisterfor(i=0;i<2;i++)*po[i]—='\0';...dumpblock(void)putc('\n'，fk);for(i=0;i<2;i++){if(*out[i]&&(*out[i〗!=''II,卩])!='')){if(i=0)nums(i);if(i=0&&*out[l])stars();putline(i);if(i=0&&*out[l])fj)rintf(fx,star);if(i=l)nums(i);/**putoutanumberline:dumpblock()static纖s(ix)n鵬intix;/*indexinout[]holdingseqline*/charnline[P一LINE];registeri,j;registerchar*pn,*px,*py;for(pn=nline,i=0;i<lmax+P—SPC;i++,pn++)*pn='';for(i=nc[ix],py=out[ix];*py;py++，pn++){if(*py==''11*py=='-j*pn—'';else{if(i%10=011(i==1&&nc[ix]!=l)Mj=(i<O)-i:i;for(px=pn;j;j/=10,px—)*px=j%10+'0';if(i<0)else*pn=nc[ix]=i;for(pn=nline;*pn;pn++)(void)putc(*pn，fx);(void)putc('\n，，fx);*putoutaline(name，[mim]，seq，[num]):dumpblock()*/staticputline(ix)putlineintix;{",putlineinti;registerchar*px;for(px=namex[ix]，i=0;*px&&*px!=':，；px++，i++)(void)putc(豐pXsfx);for(;i<lmax+P一SPC;i++)(void)putc('，，fx);/*thesecountfrom1:*ni[]iscurrentelement(fromI)*nc[]isnumberatstartofcurrentlinefor(px=out[ix];*px;px++)(void)putc(*px&0x7F,fx);(void)putc('\n'，fx);/**putalineofstars(seqsalwaysinout[O]，out[l]):dumpblock()<formula>formulaseeoriginaldocumentpage49</formula><formula>formulaseeoriginaldocumentpage50</formula>getseqpy=pseq+4;*len=tlen;rewind(fp);while(fgets(line，1024,fp)){if(*line==';'||*line=，<，||*line==，>')continue;for(px=line;*px!=，\n，；px++){if(isupper(*px》*py++=*pxjelseif(islower(*px))*py++=toupper(*px);if(index("ATGCU",(py-l)))natgc++;*py++=W;*py="V)';(void)fclose(fp);dna=natgc>ftlen/3);return(pseq+4);char*g一calloc(msg,nx，sz)char*msg;intnx，sz;/*program,callingroutine*//*numberandsizeofelements*/g一callocchar一px，*calloc();if((px=calloc((unsigned)nx,(unsigned)sz))=0){if(*msg5{fprintf(stderr，"％s:g一calloc()failed%s(n=%d,sz=%d)\n",prog,msg，nx，sz);exk(l);return(px);/**getfinaljmpsfromdx[]ortmpfile,setpp[]，resetdmax:main()readjmps()readjmpsintfd=-l;intsiz,i0,il;registeri，j,xx;(void)fclose(助if((fd=open(j腿e,O—RDONLY，0》<0){fprintf(stderr,"%s:can'topen()%s\n",prog,jname);cleanup(l);<formula>formulaseeoriginaldocumentpage52</formula>if(fd>=0)(void)close(fd)j(void)unlink(jname);g=o;offset=0;/**writeafilledjmpstructoffsetoftheprevone(ifany):nw()承/writejmps(ix)writejmpsintixjchar承mktempO)if{if(mktemp(jname)<0){fprintf(stderr，"％s:can'tmktemp()%s\n",prog，jname);cleanup(l);if朋=fopen(jname,"w"))—0){fprintf(stderr，"％s:can'twrite0/os\n"，prog,jname);exit(l);(void)fwrite((char*)&dx[ix].jp,sizeof(structjmp)，1,g);(void)fwrite((char*)&dxfixj.offset,sizeof(dx[ix].offset),1，g);表2PR087299XXXXXXXXXXXXXXX(長度=15個(gè)絲酸)比較蛋白質(zhì)XXXXXYYYYYYY(長度-12個(gè)M酸)0/c4J^酸序列同一性=(ALIGN-2測(cè)定為兩種多肽序列之間相同匹配的氨基酸殘基數(shù))+(PR087299多肽的#^酸殘基總數(shù))=5+15=33.3%表3PR087299XXXXXXXXXX(長度=10個(gè)氨基酸)比較蛋白質(zhì)XXXXXYYYYYYZZYZ(長度=15個(gè)氨基酸)%氨基酸序列同一性=(ALIGN-2測(cè)定為兩種多肽序列之間相同匹配的氨基酸殘基數(shù))+(PR087299多肽的氨基酸殘基總數(shù))=5+10=50%表4PR087299-DNANNNNNNNNNNNNNN(長度=14個(gè)核苷酸)比較DNANNNNNNLLLLLLLLLL(長度=16個(gè)核苦酸)%核酸序列同一性=(ALIGN-2測(cè)定為兩種核酸序列間相同匹配的核苷酸數(shù))+(PR087299-DNA核酸序列的核苷酸總數(shù))=6+14=42.9%表5PR087299-DNANNNNNNNNNNNN(長度=12個(gè)核苦酸)比較DNANNNNLLLVV(長度=9個(gè)核苷酸)0/(^t亂亭列同一性=(ALIGN-2測(cè)定為兩種核酸序列間相同匹配的核苦酸數(shù))+(PR087299-DNA核酸序列的核苷酸總數(shù))=4+12=33.3%II.本發(fā)明的組合物和方法爿.全炎尸及gg7^^多應(yīng)本發(fā)明提供了新鑒定并分離的核苷酸序列，其編碼本申請(qǐng)中稱為PR087299多肽的多肽。具體的說，已經(jīng)鑒定并分離了編碼多種PR087299多肽的cDNA，正如下文實(shí)施例進(jìn)一步詳細(xì)公開的。那些克隆的實(shí)際核苷酸序列可以由熟練技術(shù)人員使用本領(lǐng)域常規(guī)方法通過對(duì)所保藏克隆測(cè)序來容易的測(cè)定。預(yù)測(cè)的氨基酸序列可使用常規(guī)技術(shù)從核苷酸序列確定。對(duì)于本文所述PR087299多肽及編碼核酸，申請(qǐng)人已經(jīng)鑒定了認(rèn)為是根據(jù)那時(shí)可獲得的序列信息最好的可鑒定讀碼框。除了本文所述全長天然序列PR087299多肽，設(shè)想了可制備PR087299變體。PR087299變體可通過將適宜的核苷酸改變引入PR087299DNA和/或通過合成期望PR087299多肽來制備。本領(lǐng)域技術(shù)人員將領(lǐng)會(huì)，氨基酸改變可改變PR087299的翻譯后加工，諸如改變糖基化位點(diǎn)的數(shù)目或位置或者改變膜錨定特征。可在本文所述天然全長序列PR087299中或在PR087299的各個(gè)結(jié)構(gòu)域中進(jìn)行變異，例如使用例如美國專利5,364,934所述的保守和非保守突變的任何技術(shù)和指導(dǎo)方針。變異可以是編碼PR087299的一個(gè)或多個(gè)密碼子的替代、刪除或插入，其導(dǎo)致PR087299的氨基酸序列相對(duì)于天然序列PR087299的改變。任選的是，變異是通過PR087299的一個(gè)或多個(gè)結(jié)構(gòu)域中至少一個(gè)氨基酸為任何其它氨基酸所替代。通過比較PR087299的序列與同源已知蛋白質(zhì)分子的序列，并將高同源區(qū)中進(jìn)行的氨基酸序列改變的數(shù)目最少化，可發(fā)現(xiàn)確定哪些氨基酸殘基可插入、替代或刪除而不會(huì)對(duì)期望活性有不利影響的方針。氨基酸替代可以是將一種氨基酸用具有相似結(jié)構(gòu)和/或化學(xué)特性的另一種氨基酸替代的結(jié)果，諸如用絲氨酸替代亮氨酸，即保守氨基酸替代。插入或刪除可任選在約1個(gè)至5個(gè)氨基酸的范圍內(nèi)。可通過在序列中系統(tǒng)進(jìn)行氨基酸插入、刪除或替代，并對(duì)所得變體測(cè)試由全長或成熟天然序列展示的活性來確定可容許的變異。本文提供了PR087299多肽的片段。例如，在與全長天然蛋白質(zhì)比較時(shí)，此類片段可在N-末端或C-末端截短，或者可缺少內(nèi)部殘基。某些片段缺少對(duì)于PR087299多肽的期望生物學(xué)活性不是至關(guān)重要的氨基酸殘基。PR087299片段可通過多種常規(guī)技術(shù)中的任一種來制備。期望肽片段可化學(xué)合成。一種備選方法牽涉通過酶促消化產(chǎn)生PR087299片段，例如通過用已知在由特定氨基酸殘基限定的位點(diǎn)處切割蛋白質(zhì)的酶處理蛋白質(zhì)，或者通過用合適的限制酶消化DNA，并分離期望片段。還有一種合適的技術(shù)牽涉分離并通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增編碼期望多肽片段的DNA片段。限定DNA片段期望末端的寡核苷酸在PCR中用作5'和3'引物。優(yōu)選的是，PR087299多肽片段與本文所公開的天然PR087299多肽共享至少一種生物學(xué)和/或免疫學(xué)活性。在具體實(shí)施方案中，感興趣的保守替代見表6標(biāo)題"優(yōu)選替代"下所示。如果此類替代導(dǎo)致生物學(xué)活性的改變，那么可引入表6中稱為"例示替代，，的更實(shí)質(zhì)性改變，或者如下文關(guān)于氨基酸類別進(jìn)一步所述的，并篩選產(chǎn)物。表6<table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table>對(duì)PR087299多肽的功能或免疫學(xué)身份的實(shí)質(zhì)性修飾通過選擇在保持以下方面的效果上顯著不同的替代來完成(a)替代區(qū)域的多肽主鏈的結(jié)構(gòu)，例如作為折疊片或螺旋構(gòu)象，(b)靶位點(diǎn)處分子的電荷或疏水性，或(c)側(cè)鏈的體積。根據(jù)共同的側(cè)鏈特性，天然存在殘基可如下分組(1)疏水性的正亮氨酸、Met、Ala、Val、Leu、Ile;(2)中性、親水性的Cys、Ser、Thr;(3)酸性的Asp、Glu;(4)堿性的Asn、Gln、His、Lys、Arg;(5)影響鏈取向的殘基Gly、Pro;和(6)芳香族的Trp、Tyr、Phe。非保守替代將需要用這些類別之一中的一個(gè)成員交換另一個(gè)類別的。還可以將此類替代殘基引入保守替代位點(diǎn)，或者更優(yōu)選的是，引入剩余的(非保守)位點(diǎn)。變異可使用本領(lǐng)域知道的方法來進(jìn)行，諸如寡核苷酸介導(dǎo)的(定點(diǎn))誘變、丙氨酸掃描、及PCR誘變。可對(duì)克隆的DNA進(jìn)行定點(diǎn)誘變(Carteretal.,Nucl.AcidsRes.13:4331(1986);Zolleretal.,Nucl.AcidsRes.10:6487(1987))、盒式誘變(Wellsetal.，Gene34:315(1985))、限制性選擇誘變(restrictionselectionmutagenesis)(Wellsetal.,Philos,Trans.R.Soc.LondonSerA317:415(1986))或其它已知技術(shù)以產(chǎn)生PR087299變體DNA。還可采用掃描氨基酸分析來鑒定沿著鄰近序列的一個(gè)或多個(gè)氨基酸。在優(yōu)選的掃描用氨基酸中有相對(duì)較小的中性氨基酸。此類氨基酸包括丙氨酸、甘氨酸、絲氨酸和半胱氨酸。丙氨酸通常是這組中的優(yōu)選掃描用氨基酸，因?yàn)樗藎3-碳上的側(cè)鏈，而且不大可能改變變體的主鏈構(gòu)象(CunninghamandWells,Science244:1081-1085(1989))。丙氨酸通常也是優(yōu)選的，因?yàn)樗亲畛Ｒ姷陌被帷Ａ硐Σ?，常常在隱蔽位置和暴露位置都能發(fā)現(xiàn)它(Creighton，TheProteins,W.H.Freeman&Co"N.Y.;Chothia,J.Mol.Biol.150:1(1976))。如果丙氨酸替代不產(chǎn)生足夠量的變體，那么可使用等排(isoteric)氨基酸。C.尸AOg7房的修謬對(duì)PR087299的共價(jià)修飾包括在本發(fā)明的范圍內(nèi)。一種類型的共價(jià)修飾包括使PR087299多肽的靶氨基酸殘基與有機(jī)衍生化試劑反應(yīng)，該有機(jī)衍生化試劑能夠與PR087299的選定側(cè)鏈或者N-或C-末端殘基起反應(yīng)。用雙功能試劑進(jìn)行的衍生化可用于例如使PR087299與不溶于水的支持基質(zhì)或表面交聯(lián)，以用于抗PR087299抗體的純化方法，反之亦然。常用的交聯(lián)劑包括例如1,1-雙(重氮-乙?；?-2-苯乙烷、戊二醛、N-羥基琥珀酰亞胺酯例如與4-疊氮水楊酸形成的酯、同雙功能亞氨酸酯包括二琥珀酰亞胺酯諸如3，3'-二疏代雙(琥珀酰亞氨基丙酸酯)、雙功能馬來酰亞胺諸如雙-N-馬來酰亞胺-l,S-辛烷和諸如曱基-3-[(對(duì)-疊氮苯基)二硫代]丙酰亞胺酯等試劑。其它修飾包括谷氨酰胺酰和天冬酰胺酰殘基分別脫酰胺為相應(yīng)的谷氨酰和天冬氨酰殘基，脯氨酸和賴氨酸的羥基化，絲氨?；蛱K氨酰殘基的羥基的磷酸化，賴氨酸、精氨酸和組氨酸側(cè)鏈的a-氨基的甲基化(T.E.Creighton，Proteins:StructureandMolecularProperties,W.H.Freeman&Co,，SanFrancisco,pp.79-86(1983))，N-末端胺的乙?；叭魏蜟-末端羧基的酰胺化。本發(fā)明范圍內(nèi)所包括的對(duì)PR087299多肽的另一類共價(jià)修飾包括改變多肽的天然糖基化樣式。"改變天然糖基化樣式"在本文中意圖指刪除一個(gè)或多個(gè)在天然序列PR087299中發(fā)現(xiàn)的碳水化合物模塊(moiety)(或是通過消除潛在糖基化位點(diǎn)，或是通過以化學(xué)和/或酶促手段刪除糖基化)，和/或添加一個(gè)或多個(gè)在天然序列PR087299中不存在的糖基化位點(diǎn)。另外，此短語包括天然蛋白質(zhì)糖基化中的定性改變，牽涉所存在的多種碳水化合物模塊的本質(zhì)和比例的改變。向PR087299多肽中添加糖基化位點(diǎn)可通過改變氨基酸序列而實(shí)現(xiàn)。改變可通過例如向天然序列PR087299中添加或替代一個(gè)或多個(gè)絲氨酸或蘇氨酸殘基來進(jìn)行(用于O-連接的糖基化位點(diǎn))?？扇芜x通過DNA水平的變化來改變PR087299氨基酸序列，特別是通過在預(yù)先選擇的堿基處突變編碼PR087299多肽的DNA,從而產(chǎn)生將翻譯成期望氨基酸的密碼子。增加PR087299多肽上碳水化合物模塊的數(shù)目的另一種方法是通過使糖苷與多肽化學(xué)或酶促偶聯(lián)。本領(lǐng)域?qū)Υ祟惙椒ㄓ忻枋?，例?987年9月11日公開的WO87/05330，和AplinandWriston,CRCCrit.Rev.Biochem.，pp.259-306(1981)。去除PR087299多肽上存在的碳水化合物模塊可通過化學(xué)或酶促方法來實(shí)現(xiàn)，或者通過編碼充當(dāng)糖基化靶物的氨基酸殘基的密碼子的突變替代。化學(xué)脫糖基化技術(shù)是本領(lǐng)域已知的，而且描述于例如Hakimuddinetal.,Arch.Biochem.Biophys.259:52(1987)和Edgeetal"Anal.Biochem.118:131(1981)。酶促切割多肽上的碳水化合物模塊可通過使用多種內(nèi)切和外切糖苷酶來實(shí)現(xiàn)，如Thotakuraetal.,Meth.Enzymol.138:350(1987)所述。對(duì)PR087299的另一類共價(jià)修飾包括，以美國專利4，640，835;4,496,689;4，301，144;4,670,417;4,791,192或4,179,337所述方式，將PR087299多肽與多種非蛋白質(zhì)性質(zhì)的聚合物之一連接，例如聚乙二醇(PEG)、聚丙二醇或聚氧化亞烷基(polyoxyalkylene)。還可以形成嵌合分子的方式修飾本發(fā)明的PR087299,所述嵌合分子包含與另一種異源多肽或氨基酸序列融合的PR087299。在一個(gè)實(shí)施方案中，此類嵌合分子包括帶有標(biāo)簽多肽的PR087299的融合物，所述標(biāo)簽多肽提供了抗標(biāo)簽抗體可選擇性結(jié)合的表位。表位標(biāo)簽通常位于PR087299的氨基或氣基末端。此類表位標(biāo)記形式的PR087299的存在可使用針對(duì)所述標(biāo)簽多肽的抗體來檢測(cè)。而且，表位標(biāo)簽的提供使PR087299易于使用抗標(biāo)簽抗體或另一類結(jié)合所述表位標(biāo)簽的親和基質(zhì)通過親和純化來純化。多種標(biāo)簽多肽及其各自抗體是本領(lǐng)域公知的。例子包括多組氨酸(poly-his)或多-組氨酸-甘氨酸(poly-his-gly)標(biāo)簽；流感HA標(biāo)簽多肽及其抗體12CA5(Fieldetal"Mol.Cell.Biol.8:2159-2165(1988));c-myc標(biāo)簽及其抗體8F9，3C7，6E10,G4，B7和9E10(Evanetal.，MolecularandCellularBiology5:3610-3616(1985));及單純皰滲病毒糖蛋白D(gD)標(biāo)簽及其抗體(Paborskyetal.,ProteinEngineering3(6):547-553(1990))。其它標(biāo)簽多肽包括Flag肽(Hoppetal.,BioTechnology6:1204-1210(1988》；KT3表位肽(Martinetal.,Science255:192-194(1992));a-微管蛋白表位肽(Skinneretal.,J.Biol.Chem.266:15163-15166(1991));及T7基因10蛋白肽標(biāo)簽(Lutz-Freyermuthetal.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA87:6393-6397(1990))。在一個(gè)備選實(shí)施方案中，嵌合分子可包括PR087299與免疫球蛋白或免疫球蛋白特定區(qū)域的融合物。對(duì)于二價(jià)形式的嵌合分子(也稱為"免疫粘附素")，此類融合物可以是與IgG分子Fc區(qū)的融合。Ig融合物優(yōu)選包含用可溶形式(跨膜結(jié)構(gòu)域刪除或失活)的PR087299多肽置換Ig分子內(nèi)至少一個(gè)可變區(qū)的替代。在一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施方案中，免疫球蛋白融合物包含IgGl分子的鉸鏈區(qū)、CH2區(qū)和CH3區(qū)，或者鉸鏈區(qū)、CHi區(qū)、CH2區(qū)和CH3區(qū)。關(guān)于免疫球蛋白融合物的制備還可參見1995年6月27日授權(quán)的美國專利5,428,130。D.P及gg7，的浙務(wù)下面的描述主要涉及通過培養(yǎng)用包含PR087299核酸的載體轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染的細(xì)胞來生成PR087299。當(dāng)然設(shè)想了可采用本領(lǐng)域公知的備選方法來制備PR087299。例如，可使用固相技術(shù)通過直接肽合成來生成PR087299序列或其告卩分(參見例j口Stewartetal.,Solid-PhasePeptideSynthesis,W.H.FreemanCo.,SanFrancisco,CA,1969;Merrifield,J.Am.Chem.Soc.85:2149-2154(1963))。體外蛋白質(zhì)合成可使用手工技術(shù)或通過自動(dòng)化來進(jìn)行。自動(dòng)化合成可侈'HW吏用AppliedBiosystemsPeptideSynthesizer(FosterCity,CA)依照制造商的說明書來完成。PR087299的多個(gè)部分可分開化學(xué)合成，并使用化學(xué)或酶促方法組合以生成全長PR087299。1.編碼PR087299的DNA的分離編碼PR087299的DNA可以從cDNA文庫獲得，所述cDNA文庫從認(rèn)為具有所述PR087299mRNA且以可檢測(cè)水平表達(dá)它的組織制備。因此，人的PR087299DNA可以方便的從以人組織制備的cDNA文庫獲得，諸如實(shí)施例中所述。PR087299編碼基因也可從基因組文庫或通過已知的合成流程(例如自動(dòng)化核酸合成)獲得?？梢杂迷O(shè)計(jì)用于鑒定目的基因或由其編碼的蛋白質(zhì)的探針(諸如PR087299的抗體或至少約20-80個(gè)堿基的寡核苷酸)篩選文庫。用選定揮:針篩選cDNA或基因組文庫可使用標(biāo)準(zhǔn)流程進(jìn)行，諸如Sambrooketal.,MolecularCloning:ALaboratoryManual,NewYork,ColdSpringHarborLaboratoryPress,1989所述。分離編碼PR087299的基因的一種備選方法是使用PCR方法學(xué)(Sambrooketal.，見上文；Dieffenbachetal.,PCRPrimer:ALaboratoryManual,ColdSpringHarborLaboratoryPress,1995)。下文實(shí)施例描述了用于篩選cDNA文庫的技術(shù)。選作探針的寡核苷^列應(yīng)該足夠長且足夠明確(unambiguous),使得假陽性降到最低。寡核苷酸優(yōu)選是標(biāo)記的，使得它在與所篩選文庫中的DNA雜交時(shí)可檢測(cè)出。標(biāo)記方法是本領(lǐng)域公知的，包括使用放射標(biāo)記物，像3》-標(biāo)記的ATP、生物素化或酶標(biāo)記。雜交條件，包括中等嚴(yán)格性和高度嚴(yán)格性，見Sambrooketal，見上文。在此類文庫篩選方法中鑒定的序列可以與保藏的和公共數(shù)據(jù)庫諸如GenBank或其它私有序列數(shù)據(jù)庫中可得到的其它已知序列比較和對(duì)比。分子限定區(qū)域內(nèi)的或跨越全長序列的序列同一性(或是在氨基酸水平上或是在核苷酸水平上)可使用本領(lǐng)域知道的和本文描述的方法來測(cè)定。..具有蛋白質(zhì)編碼序列的核酸可通過使用本文首次公開的推斷氨基酸序列篩選選定cDNA或基因組文庫來獲得，并且必要時(shí)，使用Sambrooketal.，見上文所述常規(guī)引物延伸流程來檢測(cè)可能不會(huì)逆轉(zhuǎn)錄為cDNA的mRNA的前體和加工中間產(chǎn)物。2.宿主細(xì)胞的選擇和轉(zhuǎn)化將宿主細(xì)胞用本文所述用于PR087299生成的表達(dá)或克隆載體轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)化，并在為了誘導(dǎo)啟動(dòng)子、選擇轉(zhuǎn)化子、或擴(kuò)增編碼期望序列的基因而恰當(dāng)調(diào)整的常規(guī)營養(yǎng)培養(yǎng)基中培養(yǎng)。培養(yǎng)條件，諸如培養(yǎng)基、溫度、pH等等，可以由熟練技術(shù)人員無需過多實(shí)驗(yàn)就選擇。通常，用于使細(xì)胞培養(yǎng)物生產(chǎn)力最大化的原理、方案和實(shí)用技術(shù)可參見MammalianCellBiotechnology:aPracticalApproach,M.Butler,ed.,IRLPress,1991和Sambrooketal.，見上文。真核細(xì)胞轉(zhuǎn)染和原核細(xì)胞轉(zhuǎn)化的方法是普通技術(shù)人員所知道的，例如.CaCl2、CaP04、脂質(zhì)體介導(dǎo)的和電穿孔。根據(jù)所用宿主細(xì)胞，轉(zhuǎn)化使用對(duì)此類細(xì)胞適宜的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行。采用氯化鈣的鈣處理，如Sambrooketal.，見上文所述，或電穿孔通常用于原核細(xì)胞。用根瘤土壤桿菌(Jgra6a"en'wm^me/ac/ms)的感染用于某些植物細(xì)胞的轉(zhuǎn)化，如Shawetal.，Gene23:315(1983)和1989年6月29日公開的WO89/05859所述。對(duì)于沒有此類細(xì)胞壁的哺乳動(dòng)物細(xì)胞，可采用GrahamandvanderEb,Virology52:456-457(1978)的磷酸釣沉淀法。哺乳動(dòng)物細(xì)胞宿主系統(tǒng)轉(zhuǎn)染的一般情況參見美國專利4，399，216。進(jìn)入酵母的轉(zhuǎn)化通常依照VanSolingenetal"J.Bact.130:946(1977)和Hsiaoetal"Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)76:3829(1979)的方法來進(jìn)行。然而，也可使用用于將DNA導(dǎo)入細(xì)胞的其它方法，諸如核顯微注射、電穿孔、細(xì)菌原生質(zhì)體與完整細(xì)胞的融合、或聚陽離子例如polybrene、聚鳥氨酸。關(guān)于用于轉(zhuǎn)化哺乳動(dòng)物細(xì)胞的多種技術(shù)見Keownetal.，MethodsinEnzymology185:527-537(1990)和Mansouretal,,Nature336:348-352(1988)。適于克隆或表達(dá)本文載體中的DNA的宿主細(xì)胞包括原核生物、酵母、或高等真核細(xì)胞。合適的原核生物包括但不限于真細(xì)菌，諸如革蘭氏陰性或革蘭氏陽性生物體，例如腸桿菌科，諸如大腸桿菌。多種大腸桿菌菌抹是公眾可獲得的，諸如大腸桿菌K12菌抹MM294(ATCC31,446);大腸桿菌X1776(ATCC31,537);大腸桿菌菌抹W3110(ATCC27，325)和K5772(ATCC53,635)。其它合適的原核生物宿主細(xì)胞包括腸桿菌科，諸如埃希氏菌屬(五"/^n'c/z/a)例如大腸埃希氏菌(￡co//)、腸桿菌屬(五"&ra6a"e"、歐文氏菌屬(五rvWm'a)、克雷伯氏菌屬(ii7efo/e//a)、變形菌屬(尸rafe^)、沙門氏菌屬(5^/mowe〃a)例如鼠傷寒沙門氏菌(S"/zwo"e〃a^/w'w)、沙雷氏菌屬(5^raWa)例如粘質(zhì)沙雷氏菌(marcasc<ms)、和志賀氏菌屬(57zZge//a)，以及芽孢桿菌屬(5ac////)諸如枯草芽孢桿菌(及wto'fc)和地衣芽孢桿菌(5./z'c/zem/om^X例如1989年4月12日出版的DD266,710中公開的地衣芽孢桿菌41P)、假單胞菌屬(尸化woomo憩s)諸如銅綠假單胞菌(Paen^z'wosa)、和鏈霉菌屬(S&eptomycas)。這些例子是例示性的而非限制性的。菌抹W3110是一個(gè)特別優(yōu)選的宿主或親本宿主，因?yàn)樗怯糜谥亟MDNA產(chǎn)物發(fā)酵的常用宿主菌抹。優(yōu)選的是，宿主細(xì)胞分泌最小量的蛋白水解酶。例如，菌抹W3110可以修飾，在編碼對(duì)宿主而言內(nèi)源的蛋白質(zhì)的基因中產(chǎn)生遺傳突變，此類宿主的例子包括大腸桿菌W3110菌林1A2，其具有完整基因型to"」；大腸桿菌W3110菌抹9E4，其具有完整基因型to^4大腸桿菌W3110菌抹27C7(ATCC55，244)，其具有完整基因型to"p/w^4￡/5^g尸omprfew/;大腸桿菌W3110菌抹37D6,其具有完整基因型to"^p化3p/o4(brgF畫/ac」M9om;7V&7//vG大腸桿菌W3110菌抹40B4,它是具有非卡那霉素抗性血g尸刪除突變的菌林37D6;及具有1990年8月7日授權(quán)的美國專利4,946,783中公開的突變型周質(zhì)蛋白酶的大腸桿菌菌抹。或者，體外克隆方法，例如PCR或其它核酸聚合酶反應(yīng)也是合適的。除了原核生物以外，真核微生物，諸如絲狀真菌或酵母也是PR087299編碼載體的合適克隆或表達(dá)宿主。酉良酒糖酵母(SaccAaramycescwevis/ae)是常用的低等真核宿主微生物。其它的包括粟酒裂殖糖酵母(iSc/^msacc/zaram少ces/om6e)(BeachandNurse,Nature290:140(1981);EP139,383，1985年5月2日公開)；克魯維酵母屬(幻i^yveramyc^)宿主(美國專利4,943,529;Fleeretal.，Bio/Technology9:968-975(1991))諸如例如乳酸克魯維酵母(尤./^r他)(MW98-8C，CBS683，CBS4574;Louvencourtetal.,LBacteriol.154(2):737-742(1983))、脆壁克魯維酵母(iC.)(ATCC12，424)、保加利亞克魯維酵母(/C^/gan'cw)(ATCC16，045)、威克克魯維酵母(AT.H^yferam")(ATCC24,178)、AT.vra/W(ATCC56,500)、果蠅克魯維酵母(《.cteo盧/a畫)(ATCC36,906;VandenBergetal.，Bio/Technology8:135(1990))、耐熱克魯維酵母(尺.Aew20to/erara)、和馬克思克魯維酵母(尺.ma;a/am^);亞羅酵母屬(Krnw^)(EP402,226);巴斯德畢赤酵母(乃'c/z/a戸to",j)(EP183,070;Sreekrishnaetal"J.BasicMicrobiol.28:265-278(1988));假絲酵母屬(Ca"^fo);瑞氏木霉(7Hc/wcfenwareas/a)(EP244,234);粗并造l^孑包菌(A^/raworacrowa)(Caseetal"Proc.Natl.Acad.Sci.USA76:5259-5263(1979));許旺酵母屬(5b/wa"m'om_ycas)諸如許旺酵母(Sc/mw2"Zom;;c^occz'cfe"tofo)(EP394,538，1990年10月31日z^開)；和絲狀真菌諸如例如脈孢菌屬(A^wYw;ora)、青霉屬(尸^/"7//"附)、彎頸霉屬(ro/用octo^/m)(WO91/00357,1991年1月10日公開)、和曲霉屬(^y/erg///w>s)宿主諸^口才勾巢曲霉(AmV/w/a"s)(Balanceetal.，Biochem.Biophvs.Res.Commun.112:284-289(1983);Tilburnetal.，Gene26:205-221(1983);Yeltonetal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA81:1470-1474(1984))和黑曲霉U.)(KellyandHynes，EMBOJ.4:475-479(1985))。曱基營養(yǎng)型酵母(Methylotropicyeast)適于本發(fā)明，包括^(旦不限于能夠在曱醇上生長的、選自以下屬的酵母漢遜氏酵母屬(//"化咖/0)、假絲酵母屬(aw&^)、克勒克氏酵母屬(〖/oecfera)、畢赤氏酵母屬(尸/c/w'a)、糖酵母屬(Sacc^ram;^M)、球擬酵母屬(7bra/o戸/力、和紅酵母屬(i/zo^tonJa)。作為這類酵母的例子的具體物種列表可參見C.Anthony,TheBiochemistryofMethylotrophs,269(1982)。適用于表達(dá)糖基化PR087299的宿主細(xì)胞衍生自多細(xì)胞生物體。無脊推動(dòng)物細(xì)胞的例子包括昆蟲細(xì)胞諸如果蠅S2和夜蛾Sf9,以及植物細(xì)胞。有用哺乳動(dòng)物宿主細(xì)胞系的例子包括中國倉鼠卵巢(CHO)和COS細(xì)胞。更具體的例子包括用SV40轉(zhuǎn)化的猴腎CV1系(C0S-7，ATCCCRL1651);人胚腎系(293或?yàn)榱嗽趹腋∨囵B(yǎng)中生長而亞克隆的293細(xì)胞，Grahametal.，J.GenVirol.36:59(1977));中國倉鼠卵巢細(xì)胞ADHFR(CHO,UrlaubandChasin，Proc,Natl.Acad.Sci.USA77:4216(1980));小鼠塞托利(sertoli)細(xì)胞(TM4,Mather,Biol.Reprod.23:243-251(1980));人肺細(xì)胞(W138,ATCCCCL75);人肝細(xì)胞(HepG2，HB8065);和小鼠乳腺腫瘤(MMT060562,ATCCCCL51)。認(rèn)為適宜宿主細(xì)胞的選擇在本領(lǐng)域技術(shù)范圍內(nèi)。3.復(fù)制型載體的選擇和^f吏用可以將編碼PR087299的核酸(例如cDNA或基因組DNA)插入復(fù)制型載體用于克隆(DNA擴(kuò)增)或表達(dá)。多種載體是公眾可得到的。載體可以是例如質(zhì)粒、粘粒、病毒顆?；蚴删w的形式?？梢酝ㄟ^多種方法將適宜的核酸序列插入載體。通常，使用本領(lǐng)域已知的技術(shù)將DNA插入適宜的限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)。載體構(gòu)件通常包括但不限于下列一種或多種信號(hào)序列、復(fù)制起點(diǎn)、一種或多種標(biāo)記基因、增強(qiáng)子元件、啟動(dòng)子、和轉(zhuǎn)錄終止序列。包含一種或多種這些構(gòu)件的合適載體的構(gòu)建采用技術(shù)人員已知的標(biāo)準(zhǔn)連接技術(shù)。PR087299不僅可以直接重組生產(chǎn)，而且可以作為與異源多肽的融合多肽，所述異源多肽可以是在成熟蛋白質(zhì)或多肽的N-末端具有特定切割位點(diǎn)的信號(hào)序列或其它多肽。通常，信號(hào)序列可以是載體的構(gòu)件，或者它可以是插入載體的PR087299編碼DNA的一部分。信號(hào)序列可以是原核信號(hào)序列，選自例如堿性磷酸酶、青霉素酶、lpp、或熱穩(wěn)定的腸毒素II前導(dǎo)序列。為了酵母分泌，信號(hào)序列可以是例如酵母轉(zhuǎn)化酶前導(dǎo)序列、a因子前導(dǎo)序列(包括糖酵母和克魯維酵母的a-因子前導(dǎo)序列，后者見美國專利5,010,182)、或酸性磷酸酶前導(dǎo)序列、白色假絲酵母葡糖淀粉酶前導(dǎo)序列(1990年4月4日公開的EP362,179)、或1990年11月15日公開的WO90/13646中描述的信號(hào)。在哺乳動(dòng)物細(xì)胞表達(dá)中，可以使用哺乳動(dòng)物信號(hào)序列來指導(dǎo)蛋白質(zhì)的分泌，諸如來自相同或相關(guān)物種的分泌型多肽的信號(hào)序列，以及病毒分泌前導(dǎo)序列。表達(dá)和克隆載體都包含能夠使載體在一種或多種選擇的宿主細(xì)胞中復(fù)制的核酸序列。眾所周知多種細(xì)菌、酵母、和病毒的此類序列。來自質(zhì)粒pBR322的復(fù)制起點(diǎn)適合于大多數(shù)革蘭氏陰性細(xì)菌，質(zhì)粒起點(diǎn)適合于酵母,而各種病毒起點(diǎn)(SV40、多瘤病毒、腺病毒、VSV、或BPV)可用于哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的克隆載體。表達(dá)和克隆載體通常將包含選擇基因，也稱為選擇標(biāo)志。典型的選擇基因編碼如下蛋白質(zhì)(a)賦予抗生素或其它毒素抗性，例如氨千青霉素、新霉素、曱氨蝶呤、或四環(huán)素；(b)補(bǔ)足營養(yǎng)缺陷；或(c)提供不能由復(fù)合培養(yǎng)基獲得的關(guān)鍵營養(yǎng)物，例如編碼芽孢桿菌D-丙氨酸消旋酶的基因。適于哺乳動(dòng)物細(xì)胞的選擇標(biāo)志的一個(gè)例子是能夠鑒定有能力攝取PR087299編碼核酸的細(xì)胞的選擇標(biāo)志，諸如DHFR或胸苷激酶。在采用野生型DHFR時(shí)，適宜的宿主細(xì)胞是DHFR活性缺陷的CHO細(xì)胞系，其制備和繁殖如Urlaubetal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA77:4216(1980)所述。適用于酵母的選擇基因?yàn)榇嬖谟诮湍纲|(zhì)粒YRp7中的？r;7基因(Stinchcombetal.，1979,Nature282:39;Kingsmanetal.，1979,Gene7:141;Tschemperetal.，1980，Gene10:157)。印7基因?yàn)槿狈υ谏彼嶂猩L能力的酵母突變抹，例如ATCCNo.44076或PEP4-1提供了選擇標(biāo)志(Jones,1977,Genetics85:12)。表達(dá)和克隆載體通常包含與PR087299編碼核酸序列可操作連接的啟動(dòng)子以指導(dǎo)mRNA合成。受到多種潛在宿主細(xì)胞識(shí)別的啟動(dòng)子是眾所周知的。適用于原核宿主的啟動(dòng)子包括P-內(nèi)酰胺酶和乳糖啟動(dòng)子系統(tǒng)(Changetal.,Nature275:615(1978);Goeddeletal.,Nature281:544(1979))、堿性磷酸酶、色氨酸(trp)啟動(dòng)子系統(tǒng)(Goeddel,NucleicacidsRes.8:4057(1980);EP36.776)、和雜合啟動(dòng)子諸如tac啟動(dòng)子(deBoeretal..Proc.Natl.Acad.Sci.USA80:21-25(1983))。用于細(xì)菌系統(tǒng)的啟動(dòng)子還將包含與編碼PR087299的DNA可操作連接的Shine-Dalgarno(S,D.)序列。適用于酵母宿主的啟動(dòng)子序列的例子包括3-磷酸甘油酸激酶(Hitzemanetal.，J.Biol.Chem.255:2073(1980》或其它糖酵解酶(Hessetal.,J.Adv.EnzymeReg.7:149(1968);Holland,Biochemistry17:4900(1978))的啟動(dòng)子，諸如烯醇酶、甘油醛-3-磷酸脫氫酶、己糖激酶、丙酮酸脫羧酶、磷酸果糖激酶、葡萄糖-6-磷酸異構(gòu)酶、3-磷酸甘油酸變位酶、丙酮酸激酶、磷酸丙糖異構(gòu)酶、磷酸葡萄糖異構(gòu)酶、和葡糖激酶。作為具有由生長條件控制轉(zhuǎn)錄的額外優(yōu)點(diǎn)的誘導(dǎo)型啟動(dòng)子的其它酵母啟動(dòng)子是醇脫氫酶2、異細(xì)胞色素C、酸性磷酸酶、與氮代謝有關(guān)的降解酶、金屬硫蛋白、甘油醛-3-磷酸脫氫酶、及負(fù)責(zé)麥芽糖和半乳糖利用的酶的啟動(dòng)子區(qū)。適用于酵母表達(dá)的載體和啟動(dòng)子進(jìn)一步描述于EP73,657。在哺乳動(dòng)物宿主細(xì)胞中由載體轉(zhuǎn)錄PR087299受到例如由病毒諸如多瘤病毒、禽痘病毒(1^9年7月5日公開的UK2,211，504)、腺病毒(諸如腺病毒2)、牛乳頭瘤病毒、禽類肉瘤病毒、巨細(xì)胞病毒、逆轉(zhuǎn)錄病毒、乙肝病毒和猿猴病毒40(SV40)基因組、由異源哺乳動(dòng)物啟動(dòng)子例如肌動(dòng)蛋白啟動(dòng)子或免疫球蛋白啟動(dòng)子、及由熱休克啟動(dòng)子獲得的啟動(dòng)子的控制，倘若此類啟動(dòng)子與宿主細(xì)胞系統(tǒng)相容的話?？赏ㄟ^在載體中插入增強(qiáng)子序列來提高高等真核細(xì)胞對(duì)編碼PR087299的DNA的轉(zhuǎn)錄。增強(qiáng)子是DNA的順式作用元件，通常大約10至300bp,作用于啟動(dòng)子以增加轉(zhuǎn)錄?，F(xiàn)在知道來自哺乳動(dòng)物基因(球蛋白、彈性蛋白酶、清蛋白、a-胎蛋白和胰島素)的許多增強(qiáng)子序列。然而，通常使用來自真核細(xì)胞病毒的增強(qiáng)子。例子包括SV40復(fù)制起點(diǎn)晚期一側(cè)的增強(qiáng)子(bp100-270)、巨細(xì)胞病毒早期啟動(dòng)子增強(qiáng)子、多瘤病毒復(fù)制起點(diǎn)晚期一側(cè)的增強(qiáng)子、和腺病毒增強(qiáng)子。增強(qiáng)子可以剪接到載體中，位于PR087299編碼序列的5'或3'位置，但是優(yōu)選位于啟動(dòng)子的5'位點(diǎn)。用于真核宿主細(xì)胞(酵母、真菌、昆蟲、植物、動(dòng)物、人、或來自其它多細(xì)胞生物體的有核細(xì)胞)的表達(dá)載體還將包含終止轉(zhuǎn)錄和穩(wěn)定mRNA所必需的序列。此類序列通常可以由真核或病毒DNA或cDNA非翻譯區(qū)的5'端和偶爾的3'端獲得。這些區(qū)域包含在編碼PR087299的mRNA的非翻譯部分中轉(zhuǎn)錄成聚腺苷酸化片段的核苷酸區(qū)段。適合在改動(dòng)后在重組脊推動(dòng)物細(xì)力包培養(yǎng)物中合成PR087299的其它方法、載體和宿主細(xì)月包見Gethingetal.，Nature293:620-625(1981);Manteietal.,Nature281:40-46(1979);EP117,060;和EP117,058。4.;險(xiǎn)測(cè)基因擴(kuò)增/表達(dá)基因的擴(kuò)增和/或表達(dá)可以在樣品中直接測(cè)量，例如根據(jù)本文提供的序列，使用適宜的標(biāo)記探針，通過常規(guī)的Southern印跡、對(duì)mRNA轉(zhuǎn)錄定量的Northern印跡(Thomas,Proc.Natl.Acad.Sci.USA77:5201-5205(1980))、點(diǎn)印跡(DNA分析)或原位雜交?；蛘?，可采用能識(shí)別特定雙鏈體的抗體，所述雙鏈體包括DNA雙鏈體、RNA雙鏈體、及DNA-RNA雜合雙鏈體或DNA-蛋白質(zhì)雙鏈體。繼而可標(biāo)記抗體，并可進(jìn)行測(cè)定法，其中將雙鏈體結(jié)合到表面上，從而在雙鏈體在表面上形成時(shí)，可4企測(cè)與雙鏈體結(jié)合的抗體的存在。或者，為了直接對(duì)基因產(chǎn)物的表達(dá)定量，可通過免疫學(xué)方法測(cè)量基因表達(dá)，諸如細(xì)胞或組織切片的免疫組化染色和細(xì)胞培養(yǎng)物或體液的測(cè)定法?？捎糜诿庖呓M化染色和/或樣品液體測(cè)定法的抗體可以是單克隆的或多克隆的，而且可以在任何哺乳動(dòng)物中制備。方便的是，可針對(duì)天然序列PR087299多且編碼特定抗體表位的外源序列來制備抗體。5.多肽的純化可以從培養(yǎng)液或從宿主細(xì)胞裂解物中回收各種形式的PR087299。如果是膜結(jié)合的，那么可使用合適的去污劑溶液(例如Triton-X100)或通過酶促裂解4吏其從膜釋放。PR087299表達(dá)中所采用的細(xì)胞可通過多種物理或化學(xué)手段破裂，諸如凍融循環(huán)、超聲處理、機(jī)械破裂、或細(xì)胞溶解劑。可能期望從重組細(xì)胞蛋白質(zhì)或多肽純化PR087299。下面的流程是合適純化流程的例示在離子交換柱上的分級(jí)；乙醇沉淀；反相HPLC;在硅土或陽離子交換樹脂諸如DEAE上的層析；層析聚焦；SDS-PAGE;硫酸銨沉淀；使用例如SephadexG-75的凝膠過濾；蛋白ASepharose柱以除去污染物諸如IgG;及結(jié)合PR087299的表位標(biāo)記形式的金屬螯合柱?？刹捎枚喾N蛋白質(zhì)純化方法，此類方法是本領(lǐng)域已知的，并描述于例如Deutscher,MethodsinEnzymology,182(1990);Scopes,ProteinPurification:PrinciplesandPractice,Springer-Verlag,NewYork(1982)。純化步驟的選擇將取決于例如所用生成過程的性質(zhì)和所產(chǎn)生的具體PR087299。￡.逸織為、布表達(dá)PR087299的組織的位置可通過測(cè)定各種人組織中的mRNA表達(dá)來鑒定。此類基因的定位提供了關(guān)于哪些組織最有可能受刺激和抑制PR087299多肽活性影響的信息。基因在特定組織中的定位還為下文討論的活性阻斷測(cè)定法提供了樣品組織。如前所述，各種組織中的基因表達(dá)可根據(jù)本文中提供的序列，使用恰當(dāng)標(biāo)記的探針，通過常規(guī)Southern印跡、對(duì)mRNA轉(zhuǎn)錄定量的Northern印跡(Thomas,Prac.Ato/.Xcaof.Scz'.(7&4,77:5201-5205(1980))、點(diǎn)印跡(DNA分析)、或原位雜交來測(cè)量?；蛘?，可采用識(shí)別特定雙鏈體，包括DNA雙鏈體、RNA雙鏈體、及DNA-RNA雜合雙鏈體或DNA-蛋白質(zhì)雙鏈體的抗體?；蛘?，多種組織中的基因表達(dá)可通過免疫學(xué)方法來測(cè)量，諸如組織切片的免疫組化染色及細(xì)胞培養(yǎng)物或體液的測(cè)定法，以直接對(duì)基因產(chǎn)物的表達(dá)定量?？捎糜诿庖呓M化染色和/或樣品液測(cè)定法的抗體可以是單克隆的或多克隆的，而且可以在任何哺乳動(dòng)物中制備。方便的是，可針對(duì)天然序列PR087299多肽或針對(duì)基于編碼PR087299多肽的DNA序列的合成肽或針對(duì)與編碼PR087299多肽和編碼特定抗體表位的DNA融合的外源序列制備抗體。下F在伴潛合^f《PR087299多肽的活性可進(jìn)一步通過抗體結(jié)合研究來驗(yàn)證，其中分別測(cè)試了抗PR087299抗體抑制PR087299多肽對(duì)組織細(xì)胞的作用的能力。例示性抗體包括多克隆的、單克隆的、人源化的、雙特異性的、和異源偶聯(lián)的抗體，下文將描述它們的制備?？贵w結(jié)合研究可在任何已知測(cè)定法中進(jìn)行，諸如竟?fàn)幮越Y(jié)合測(cè)定法、直接和間接三明治式測(cè)定法、及免疫沉淀測(cè)定法。Zola，《MonoclonalAntibodies:AManualofTechniques》，第147-158頁，CRCPress,Inc.，1987。竟?fàn)幮越Y(jié)合測(cè)定法依賴于經(jīng)標(biāo)記標(biāo)準(zhǔn)品與測(cè)試樣品分析物竟?fàn)幣c有限量的抗體結(jié)合的能力。測(cè)試樣品中靶蛋白質(zhì)的量與變成與抗體結(jié)合的標(biāo)準(zhǔn)品的量成反比。為了便于測(cè)定變成結(jié)合的標(biāo)準(zhǔn)品的量，抗體優(yōu)選在竟?fàn)幹盎蛑蟛蝗芑?，使得與抗體結(jié)合的標(biāo)準(zhǔn)品和分析物可方便的與仍然未結(jié)合的標(biāo)準(zhǔn)品和分析物分開。三明治式測(cè)定法牽涉使用兩種抗體，各自能夠結(jié)合待檢測(cè)蛋白質(zhì)的不同免疫原性部分或表位。在三明治式測(cè)定法中，使測(cè)試樣品分析物受到固定化在固相支持物上的第一抗體的結(jié)合，此后使第二抗體結(jié)合分析物，如此形成不溶性三元復(fù)合物。參見例如美國專利第4,376,110號(hào)。第二抗體自身可以是用可檢測(cè)模塊標(biāo)記的(直接三明治式測(cè)定法)，或者可以使用用可檢測(cè)模塊標(biāo)記的抗免疫球蛋白抗體測(cè)量(間接三明治式測(cè)定法)。例如，三明治式測(cè)定法的一種類型是ELISA測(cè)定法，在這種情況中可檢測(cè)模塊是酶。對(duì)于免疫組化，組織樣品可以是新鮮的或冷凍的，或者可以是例如在石蠟中包埋的且用防腐劑諸如福爾馬林固定的。G差于勿/《的承/4:法免疫相關(guān)疾病的基于細(xì)胞的測(cè)定法和動(dòng)物模型可用于進(jìn)一步理解本文中所鑒定的基因和多肽與免疫相關(guān)疾病的形成和發(fā)病機(jī)理之間的關(guān)系。在一種不同的方法中，將已知牽涉特定免疫相關(guān)疾病的細(xì)胞類型的細(xì)胞用本文所述cDNA轉(zhuǎn)染，并分析這些cDNA刺激或抑制免疫功能的能力。合適細(xì)胞可用期望基因轉(zhuǎn)染，并監(jiān)測(cè)免疫功能活性。然后此類轉(zhuǎn)染細(xì)胞系可用于測(cè)試多克隆或單克隆抗體或者抗體組合物抑制或刺激免疫功能，例如調(diào)控T細(xì)胞增殖或炎性細(xì)胞浸潤的能力。用本文中所鑒定的基因的編碼序列轉(zhuǎn)染的細(xì)胞可進(jìn)一步用于鑒定用于治療免疫相關(guān)疾病的藥物候選物。另外，衍生自轉(zhuǎn)基因動(dòng)物(如下文所述)的原代培養(yǎng)物可用于本文中的基于細(xì)胞的測(cè)定法，盡管優(yōu)選穩(wěn)定的細(xì)胞系。從轉(zhuǎn)基因動(dòng)物衍生連續(xù)細(xì)胞系的技術(shù)是本領(lǐng)域眾所周知的(參見例如Small"a/.,Mo/.Ce//.說o/.，5:642-648(簡))。一種合適的基于細(xì)胞的測(cè)定法是混合淋巴細(xì)胞反應(yīng)(MLR)。《CurrentProtocolsinImmunology》，單元3.12，JEColigan,AMKruisbeek,DHMarglies,EMShevach,WStrober纟扁,NationalInstitutesofHealth,JohnWiley&Sons,Inc.。在此測(cè)定法中，測(cè)定測(cè)試化合物刺激或抑制激活的T細(xì)胞增殖的能力。將響應(yīng)者T細(xì)胞的懸浮液與同種異基因刺激物細(xì)胞一起培養(yǎng)，并通過氖化胸苦攝取測(cè)量T細(xì)胞增殖。此測(cè)定法是T細(xì)胞反應(yīng)性的通用測(cè)量方法。由于大多數(shù)T細(xì)胞在激活時(shí)響應(yīng)并生成IL-2，因此此測(cè)定法中響應(yīng)度的差異部分反映了響應(yīng)性細(xì)胞的IL-2生成的差異。MLR結(jié)果可通過標(biāo)準(zhǔn)淋巴因子(IL畫2)^r測(cè)測(cè)定法來^ri正。《CurrentProtocolsinImmunology》，見上文，3.15,6.3。MLR測(cè)定法中的增殖性T細(xì)胞響應(yīng)可能是由于測(cè)定分子的直接促有絲分裂特性或外部抗原誘導(dǎo)的激活。T細(xì)胞激活要求經(jīng)由T細(xì)胞受體(TCR)介導(dǎo)的抗原特異信號(hào)和經(jīng)由第二配體結(jié)合相互作用例如B7(CD80,CD86)/CD28結(jié)合相互作用介導(dǎo)的共刺激信號(hào)。CD28交聯(lián)^t是高激活的T細(xì)胞的淋巴因子分泌。T細(xì)胞激活具有正負(fù)兩種控制，經(jīng)由具有積極或消極作用的配體的結(jié)合。CD28和CTLA-4是Ig超家族中結(jié)合B7的相關(guān)糖蛋白。結(jié)合B7的CD28對(duì)T細(xì)胞激活具有積極的共刺激效果；相反，結(jié)合B7的CTLA-4具有T細(xì)胞解激活效果。Chambers,C.A.andAllison,J,P.,Cwr./www"o/"9:396(1997);Schwartz,R.H.，CW/，71:1065(1992);Linsey，P.S.andLedbetter,J.A.,iev./w聽w/"11:191(1993);June,C.H.a/.,/wmw"o/.r。勿,15:321(1994);Jenkins,M.K,,/附附柳/"1:405(1994)。在共刺激測(cè)定法中，對(duì)PR087299多肽測(cè)定T細(xì)胞共刺激或抑制活性。如在本發(fā)明中那樣刺激性化合物的直接使用在使用4-1BB糖蛋白的實(shí)驗(yàn)中得到-驗(yàn)證，4-lBB是腫瘤壞死因子受體家族的成員，結(jié)合接觸過抗原的T細(xì)胞上表達(dá)的配體(4-1BBL)并發(fā)出T細(xì)胞激活和生長信號(hào)。Alderson，M.E.efa/.,/mmwo/.，24:2219(1994)。激動(dòng)劑刺激性化合物的使用也已經(jīng)通過實(shí)驗(yàn)得到驗(yàn)證。通過激動(dòng)性抗4國1BB抗體處理的4-1BB激活增強(qiáng)腫瘤的根除。Hellstrom,I.andHellstrom,K.E.,iev./附w""o/.，18:1(1998)。下文更詳細(xì)描述的腫瘤治療的免疫輔助療法是本發(fā)明刺激性化合物的用途的另一個(gè)例子?；蛘?，免疫刺激或增強(qiáng)效果還可通過施用具有血管通透性增強(qiáng)特性的PR087299來實(shí)現(xiàn)。血管通透性增強(qiáng)對(duì)可通過局部免疫細(xì)胞(例如單核細(xì)胞、嗜曙紅粒細(xì)胞、PMN)浸潤和炎癥削弱的紊亂將是有益的。另一方面，PR087299多肽，以及作為T細(xì)胞增殖/激活、淋巴因子分泌、和/或血管通透性的直接抑制物的本發(fā)明的其它化合物，可直接用于遏制免疫過最佳的或自身免疫性的應(yīng)答的免疫相關(guān)疾病。本發(fā)明化合物的此用途已經(jīng)通過上文所述實(shí)驗(yàn)得到驗(yàn)證，其中結(jié)合受體B7的CTLA-4使T細(xì)胞解激活。本發(fā)明的直接抑制性化合物以類似方式發(fā)揮功能。遏制血管通透性的化合物的用途預(yù)計(jì)將是減輕炎癥。此類用途在治療與過度發(fā)炎有關(guān)的狀況中將是有益的?；蛘?，結(jié)合刺激性PR087299多肽并阻斷這些分子的刺激效果的化合物，例如抗體，產(chǎn)生凈抑制效果且可通過抑制T細(xì)胞增殖/激活和/或淋巴因子分泌而用于遏制T細(xì)胞介導(dǎo)的免疫應(yīng)答。多肽刺激效果的阻斷遏制哺乳動(dòng)物的免疫應(yīng)答。此用途已經(jīng)在使用IL-2抗體的實(shí)驗(yàn)中得到驗(yàn)證。在這些實(shí)驗(yàn)中，抗體結(jié)合IL-2并阻斷IL-2結(jié)合其受體，由此實(shí)現(xiàn)T細(xì)胞抑制效果。//絲微基于細(xì)胞的體外測(cè)定法的結(jié)果可進(jìn)一步使用體內(nèi)動(dòng)物模型和T細(xì)胞功能的測(cè)定法來驗(yàn)證。多種眾所周知的動(dòng)物模型可用于進(jìn)一步理解本文中所鑒定的基因在免疫相關(guān)疾病的形成和發(fā)病機(jī)理中的作用，及測(cè)試候選治療劑的功效，包括抗體及天然多肽的其它拮抗劑，包括小分子拮抗劑。此類才莫型的體內(nèi)本質(zhì)使得它們能預(yù)報(bào)在人類患者中的響應(yīng)。免疫相關(guān)疾病的動(dòng)物模型包括非重組的和重組的(轉(zhuǎn)基因的)兩種動(dòng)物。非重組動(dòng)物模型包括例如嚙齒類，例如鼠模型。此類模型可使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)，例如皮下注射、尾靜脈注射、脾植入、腹膜內(nèi)植入、腎嚢下的植入等，通過將細(xì)胞導(dǎo)入同基因小鼠來生成。移植物抗宿主病在將有免疫能力的細(xì)胞移植到免疫遏制或耐受患者中時(shí)發(fā)生。供體細(xì)胞識(shí)別并應(yīng)答宿主抗原。應(yīng)答可從危及生命的嚴(yán)重炎癥至腹瀉和體重減輕的輕微病例變化。移植物抗宿主病模型提供了評(píng)估針對(duì)MHC抗原和次要移植物抗原的T細(xì)胞反應(yīng)性的手段。一種合適的流程詳細(xì)記載于《CurrentProtocolsinImmunology》,J.E.Cologan，A.MKruisbeek，D.H.Margulies,E.M.Shevach和W.Strober編，JohnWiley&Sons,Inc.,1994,單元4.3。皮膚同種異體移植物排斥的動(dòng)物模型是測(cè)試T細(xì)胞介導(dǎo)體內(nèi)組織破壞的手段及其在移植物排斥中的作用的測(cè)量方法。最常用的和公認(rèn)的模型使用鼠尾部皮膚移植物。重復(fù)實(shí)驗(yàn)證明皮膚同種異體移植物排斥是由T細(xì)胞、輔助T細(xì)月包和殺傷效應(yīng)物T細(xì)胞而非抗體介導(dǎo)的。Auchincloss,H.Jr.andSachs,D.H.，《FundamentalImmunology》,第2版,W.E.Paul編，RavenPress,NY,1989，889-992。一種合適的流程詳細(xì)記載于《CurrentProtocolsinImmunology》，見上文，單元4.4。可用于測(cè)試本發(fā)明化合物的其它移才直物排斥模型有異基因心臟移植才莫型，記載于Tanabe,M.a/.，rrarap/a"to"o",58:23(1994)及Tinubu，S,A,a/.，/mmw"o/"4330-4338(1994)。遲發(fā)型超敏感性的動(dòng)物模型同樣提供了細(xì)胞介導(dǎo)的免疫功能的測(cè)定法。遲發(fā)型超敏感性反應(yīng)是T細(xì)胞介導(dǎo)的體內(nèi)免疫應(yīng)答，特征為在抗原挑戰(zhàn)后一段時(shí)間流逝后才達(dá)到峰值的炎癥。這些反應(yīng)也在組織特異性自身免疫病中發(fā)生，諸如多發(fā)性硬化(MS)和實(shí)驗(yàn)性自身免疫性腦脊髓炎(EAE,MS的一種模型)。一種合適的流程詳細(xì)記載于《CurrentProtocolsinImmunology》，見上文，單元4.5。EAE是T細(xì)胞介導(dǎo)的自身免疫病，特征為T細(xì)胞和單核細(xì)胞炎癥和隨后中樞神經(jīng)系統(tǒng)中軸突的脫髓鞘。EAE通常認(rèn)為是人MS的相關(guān)動(dòng)物模型。Bolton,C.,Mw/印/eSc/m^，1:143(1995)。急性和復(fù)發(fā)-緩和兩種模型都已開發(fā)。本發(fā)明的化合物可針對(duì)免疫介導(dǎo)的脫髓鞘病測(cè)試T細(xì)胞刺激性或抑制性5舌'f生，4吏用《CurrentProtocolsinImmunology》，見上文，單元15.1牙口15.2中所述方案。還可參見髓磷脂疾病的模型，其中將少突膠質(zhì)細(xì)胞或施旺(Schwann)細(xì)胞移植到中樞神經(jīng)系統(tǒng)中，如Duncan,I.D."a/.,Mo/ec.Med7b^y,554-561(1997)所迷。接觸超敏感性是細(xì)胞介導(dǎo)的免疫功能的一種簡單的遲發(fā)型超敏感性體內(nèi)測(cè)定法。在此流程中，使皮膚暴露于外源半抗原，它引起遲發(fā)型超敏感性反應(yīng)，對(duì)此測(cè)量和定量。接觸敏感性牽涉初始敏化階段，隨后是引發(fā)階段。引發(fā)階段在T淋巴細(xì)胞遭遇它們先前已經(jīng)接觸過的抗原時(shí)發(fā)生。發(fā)生腫脹和發(fā)炎，使之成為人過敏性接觸性皮炎的卓越模型。一種合適的流程詳細(xì)記載于《CurrentProtocolsinImmunology》，見上文，單元4.2。還可參見Grabbe，S.andSchwarz,T，/mmw".7baby，19(1):37-44(1998)。關(guān)節(jié)炎的動(dòng)物模型是膠原誘發(fā)的關(guān)節(jié)炎。此模型共享人自身免疫性類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的臨床、組織學(xué)和免疫學(xué)特征，是人自身免疫性關(guān)節(jié)炎的公認(rèn)模型。小鼠和大鼠模型的特征為滑膜炎、軟骨和軟骨下骨的侵蝕。本發(fā)明的化合物可使用《CurrentProtocolsinImmunology》，見上文，單元15.5中記載的方案來測(cè)試針對(duì)自身免疫性關(guān)節(jié)炎的活性。還可參見使用Issekutz，A.C.e/a/.，/附mwwo/ogv，88:569(1996)中記載的CD18和VLA-4整聯(lián)蛋白的單克隆抗體的模型。已經(jīng)記載了一種譯喘模型，其中通過用卵清蛋白使動(dòng)物敏化，然后用通過氣霧劑投遞的相同蛋白質(zhì)對(duì)動(dòng)物挑戰(zhàn)而誘導(dǎo)抗原誘發(fā)的氣道高反應(yīng)性、肺嗜曙紅細(xì)胞增多和炎癥。幾種動(dòng)物模型(豚鼠、大鼠、非人靈長類)在用氣霧劑抗原挑戰(zhàn)后顯示與人的特應(yīng)性哮喘相似的癥狀。鼠模型具有人哞喘的許多特征。測(cè)試本發(fā)明化合物在治療哮喘中的活性和效力的合適流程記載于Wolyniec,W.W.W"/.，J附.Jiei^V:Ce//Mo/.歷o/.，18:777(1998)及其引用的參考文獻(xiàn)。另外，本發(fā)明的化合物可在銀屑病樣疾病的動(dòng)物模型上測(cè)試。有證據(jù)表明銀屑病的T細(xì)胞發(fā)病機(jī)理。本發(fā)明的化合物可在Schon，M.P.effl/.，A/af.MW.，3:183(1997)記載的scid/scid小鼠模型中測(cè)試，其中小鼠展示與銀屑病類似的組織病理學(xué)皮膚損傷。另一種合適的模型是如Nickoloff，B.J.&"/.,爿m./Pa仇，146:580(1995)所述制備的人皮膚/scid小鼠嵌合體。重組(轉(zhuǎn)基因)動(dòng)物模型可使用用于生成轉(zhuǎn)基因動(dòng)物的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)通過將本文中所鑒定的基因的編碼部分導(dǎo)入目的動(dòng)物的基因組來改造?？沙洚?dāng)轉(zhuǎn)基因操作對(duì)象的動(dòng)物包括但不限于小鼠、大鼠、兔、豚鼠、綿羊、山羊、豬和非人靈長類，例如狒狒、黑猩猩和猴。本領(lǐng)域已知的用于將轉(zhuǎn)基因?qū)氪祟悇?dòng)物的技術(shù)包括原核顯微注射(pronucleicmicroinjection)(HoppeandWanger,美國專利第4,873,191號(hào))；逆轉(zhuǎn)錄病毒介導(dǎo)的基因轉(zhuǎn)移進(jìn)入種系(例如VanderPutten^a/.,尸rac.Ato/.JcadSc/.t/&4，82:6148-615(1985));胚胎干細(xì)胞中的基因?qū)ぐ?Thompson"a/.，Ce//,56:313-321(1989));胚胎電穿孔(Lo,Mo/.Ce/.說o/.,3:1803-1814(1983));精子介導(dǎo)的基因轉(zhuǎn)移(Lavitrano"a/.,Cell，57:717-73(1989))。綜述參見例如美國專利第4,736,866號(hào)。為了本發(fā)明的目的，轉(zhuǎn)基因動(dòng)物包括那些只在其部分細(xì)胞中攜帶轉(zhuǎn)基因的動(dòng)物("鑲嵌動(dòng)物")。轉(zhuǎn)基因可作為單一轉(zhuǎn)基因或者串聯(lián)物例如頭-頭或頭-尾串聯(lián)物整合。還可能如下將轉(zhuǎn)基因選擇性導(dǎo)入特定細(xì)胞類型，例如Lasko&a/.,iVa"^cad89:6232-636(1992)的才支術(shù)。轉(zhuǎn)基因在轉(zhuǎn)基因動(dòng)物中的表達(dá)可通過標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)來監(jiān)測(cè)。例如，Southern印跡分析或PCR擴(kuò)增可用于驗(yàn)證轉(zhuǎn)基因的整合。然后可使用諸如原位雜交、Northern印跡分析、PCR或免疫細(xì)胞化學(xué)的技術(shù)分析mRNA表達(dá)水平。動(dòng)物可進(jìn)一步檢驗(yàn)免疫病病理學(xué)的征候，例如通過組織學(xué)檢驗(yàn)以測(cè)定免疫細(xì)胞進(jìn)入特定組織的浸潤。還可進(jìn)行阻斷實(shí)驗(yàn)，其中用本發(fā)明的化合物處理轉(zhuǎn)基因動(dòng)物以測(cè)定化合物刺激或抑制T細(xì)胞增殖的程度。在這些實(shí)驗(yàn)中，將如上所述制備的結(jié)合PR087299多肽的阻斷性抗體施用于動(dòng)物并測(cè)定對(duì)免疫功能的效果?；蛘?，可構(gòu)建"敲除"動(dòng)物，它由于編碼本文中所鑒定的多肽的內(nèi)源基因和導(dǎo)入動(dòng)物胚胎細(xì)胞的改變的編碼該多肽的基因組DNA之間的同源重組而具有缺陷的或改變的編碼該多肽的基因。例如，編碼特定多肽的cDNA可依照已建立的技術(shù)用于克隆編碼該多肽的基因組DNA。可以將編碼特定多肽的基因組DNA的一部分刪除或用另一基因替換，諸如可用于監(jiān)測(cè)整合的、編碼選擇標(biāo)志的基因。通常，載體中包含數(shù)千堿基未改變的側(cè)翼DNA(5'和3'末端都有)(關(guān)于同源重組載體的描述參見例如ThomasandCapecchi,Cell,51:503(1987))。將載體導(dǎo)入胚胎干細(xì)胞系(例如通過電穿孔)，并選擇其中所導(dǎo)入DNA與內(nèi)源DNA發(fā)生同源重組的細(xì)胞(參見例如Li"a/.,Cell,69:915(1992))。然后將所選細(xì)胞注射到動(dòng)物(例如小鼠或大鼠)的胚泡.中以開j成聚集嵌合體(參見侈'B口Bradley,在《TeratocarcinomasandEmbryonicStemCells:APracticalApproach》中，E.J.Robertson編，IRL，Oxford,1987,第113-152頁)。然后可將嵌合胚植入合適的假孕雌性代孕動(dòng)物，并使胚胎足月產(chǎn)生"敲除"動(dòng)物。在其生殖細(xì)胞中包含同源重組DNA的后代可通過標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)鑒定，并用于繁殖其中動(dòng)物的所有細(xì)胞都包含同源重組DNA的動(dòng)物。敲除動(dòng)物可以在例如由于缺乏該多肽而具有抵御某些病理狀況的能力和形成病理狀況方面表4i。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的免疫刺激性化合物可用于腫瘤(癌癥)治療的免疫輔助療法?，F(xiàn)在已經(jīng)明確確立了T細(xì)胞識(shí)別人腫瘤特異抗原。由MAGE、BAGE和GAGE基因家族編碼的一組腫瘤抗原在所有成人正常組織中是沉默的，但在腫瘤中以顯著量表達(dá)，諸如黑素瘤、肺肺瘤、頭和頸腫瘤、及膀胱癌。DeSmet,C.&a/.，iVoc.扁.^cadSc/.,,93:7149(1996)。已經(jīng)證明T細(xì)胞的共刺激在體外和在體內(nèi)都誘導(dǎo)腫瘤消退和抗腫瘤應(yīng)答。Melero，I.淑weU/"'"e,3:682(1997);Kwon,E.D.e/a/.，iVoc.胸/.爿c。d94:8099(1997);Lynch，D.H.Wa/"AtowreAfecfc/"e，3:625(1997);Finn,O.J.andLotze，M.T.，《//m/mmo/.，21:114(1998)。本發(fā)明的刺激性化合物可作為佐藥單獨(dú)施用，或者聯(lián)合生長調(diào)節(jié)劑、細(xì)胞毒劑或化療劑，以刺激T細(xì)胞增殖/激活和對(duì)腫瘤抗原的抗腫瘤應(yīng)答。生長調(diào)節(jié)劑、細(xì)胞毒劑或化療劑可以使用已知施用方案以常規(guī)量施用。本發(fā)明化合物的免疫刺激活性容許降低生長調(diào)節(jié)劑、細(xì)胞毒劑或化療劑的量，由此潛在降低對(duì)患者的毒性。7秀參候逸游的尿逸浙;C法藥物候選物的篩選測(cè)定法設(shè)計(jì)成鑒定與本文中所鑒定的基因編碼的多肽或其生物學(xué)活性片段結(jié)合或復(fù)合或者以其它方式千擾所編碼多肽與其它細(xì)胞蛋白質(zhì)相互作用的化合物。此類篩選測(cè)定法將包括可適應(yīng)化學(xué)文庫高通量篩選，使之特別適于鑒定小分子藥物候選物的測(cè)定法。所設(shè)想的小分子包括合成的有機(jī)或無機(jī)化合物，包括肽，優(yōu)選可溶性肽、(多)肽-免疫球蛋白融合物、和特別是抗體，包括但不限于多克隆和單克隆抗體及抗體片段、單鏈抗體、抗獨(dú)特型抗體、及此類抗體或片段的嵌合的或人源化的型式，以及人抗體和抗體片段。測(cè)定法可以多種形式進(jìn)行，包括蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)結(jié)合測(cè)定法、生化篩選測(cè)定法、免疫測(cè)定法和基于細(xì)胞的測(cè)定法，它們?cè)诒绢I(lǐng)域已全面表征。所有測(cè)定法的共同之處在于它們要求使藥物候選物接觸由本文中所鑒定的核酸編碼的多肽，接觸的條件和時(shí)間足以容許這兩種成分相互作用。在結(jié)合測(cè)定法中，相互作用指結(jié)合，而且可分離或檢測(cè)反應(yīng)混合物中形成的復(fù)合物。在一個(gè)具體的實(shí)施方案中，將由本文中所鑒定的基因編碼的多肽或藥物候選物通過共價(jià)或非共價(jià)附著固定在固相上，例如微量滴定板上。非共價(jià)附著通常是通過用多肽溶液包被固相并千燥來實(shí)現(xiàn)的。或者，可將對(duì)待固定多肽特異的固定化抗體，例如單克隆抗體，用于將它錨定至固相表面。測(cè)定法如下進(jìn)行，將非固定化成分(它可以用可檢測(cè)標(biāo)記物標(biāo)記)添加至固定化成分(例如含錨定成分的經(jīng)包被表面)。當(dāng)反應(yīng)完成時(shí)，除去未反應(yīng)成分，例如通過清洗，并檢測(cè)錨定在固相表面上的復(fù)合物。若最初的非固定化成分?jǐn)y帶可檢測(cè)標(biāo)記物，則固定在表面上的標(biāo)記物的檢出指示發(fā)生了復(fù)合。若最初的非固定化成分不攜帶標(biāo)記物，則可通過例如使用特異性結(jié)合固定化復(fù)合物的經(jīng)標(biāo)記抗體來檢測(cè)復(fù)合。如果候選化合物與由本文中所鑒定的基因編碼的特定蛋白質(zhì)相互作用但不結(jié)合它，那么與該蛋白質(zhì)的相互作用可通過眾所周知的用于檢測(cè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的方法來測(cè)定。此類測(cè)定法包括諸如交聯(lián)、免疫共沉淀、及經(jīng)由梯度或?qū)游鲋墓布兓膫鹘y(tǒng)方法。另外，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用可通過使用Fields及其同事描述的基于酵母的遺傳系統(tǒng)(FieldsandSong，淑we(London),340:245-246(1989);Chiene/a/"尸rac.扁.Jcad園，88:9578-9582(1991))如ChevrayandNathans,iVoc.W"http://.5W.t/5L4，89:5789-5793(1991)所公開的來監(jiān)測(cè)。許多轉(zhuǎn)錄激活物，諸如酵母GAL4,由兩個(gè)物理上離散的;f莫塊結(jié)構(gòu)域組成，一個(gè)作為DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域，另一個(gè)作為轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域。前述出版物中記載的酵母表達(dá)系統(tǒng)(通常稱為"雙雜交系統(tǒng)，，)利用了這種特性，采用兩種雜合蛋白，在其中之一中靶蛋白質(zhì)與GAL4的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域融合，在另一中候選活化蛋白質(zhì)與激活結(jié)構(gòu)域融合。GALl-lacZ報(bào)道基因在GAL4激活的啟動(dòng)子控制下的表達(dá)依賴于GAL4活性經(jīng)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的重建。含相互作用多肽的菌落用p-半乳糖苷酶的顯色底物來檢測(cè)。使用雙雜交技術(shù)來鑒定兩種特定蛋白質(zhì)之間的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的完整試劑盒(MATCHMAKER)可從Clontech購得。此系統(tǒng)還可延伸至對(duì)參與特定蛋白質(zhì)相互作用的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的作圖以及指出對(duì)這些相互作用至關(guān)重要的氨基酸殘基。備包含基因產(chǎn)物及胞內(nèi)或胞外組分的反應(yīng)混合物。為了測(cè)試測(cè)試化合物抑制結(jié)合的能力，在缺乏和存在測(cè)試化合物時(shí)進(jìn)行反應(yīng)。另外，可以向第三份反應(yīng)混合物中加入安慰劑，作為陽性對(duì)照。如上所述監(jiān)測(cè)混合物中存在的基因產(chǎn)物和胞內(nèi)或胞外組分之間的結(jié)合(復(fù)合物形成)。對(duì)照反應(yīng)中形成復(fù)合物但含有測(cè)試化合物的反應(yīng)混合物中沒有形成復(fù)合物表明，測(cè)試化合物干擾基因產(chǎn)物與其反應(yīng)配偶體的相互作用。夂.于治《危瘦初^^病的遂合參和才法可用于治療免疫相關(guān)疾病的組合物包括但不限于抑制或刺激免疫功能，例如T細(xì)胞增殖/激活、淋巴因子釋放、或免疫細(xì)胞浸潤的蛋白質(zhì)、抗體、有機(jī)小分子、肽、磷酸肽、反義和核酶分子、三股螺旋分子等。例如，反義RNA和DNA分子通過與靶mRNA雜交并阻止蛋白質(zhì)翻譯來直接阻斷mRNA的翻譯而起作用。在使用反義DNA時(shí)，優(yōu)選衍生自翻i斧起始位點(diǎn)的寡脫氧核糖核苷酸，例如靶基因核苷酸序列的約-10和+10位置之間。核酶是能夠催化RNA特異切割的酶活性RNA分子。核酶通過與互補(bǔ)靶RNA的序列特異性雜交及后續(xù)內(nèi)切核酸切割起作用。潛在RNA靶物內(nèi)的特定核酶切割位點(diǎn)可通過已知技術(shù)來鑒定。進(jìn)一步細(xì)節(jié)參見例如Rossi,CurrentBiology4,469-471(1994)及PCT公開號(hào)WO97/33551(1997年9月18日公開)。用于抑制轉(zhuǎn)錄的三股螺旋形式的核酸分子應(yīng)當(dāng)是單鏈且由脫氧核苷酸構(gòu)成。這些寡核苷酸的堿基組成設(shè)計(jì)成使其經(jīng)Hoogsteen堿基配對(duì)原則促進(jìn)三股螺旋形成，這通常要求雙鏈體的一條鏈上有一長段嘌呤或嘧啶。進(jìn)一步細(xì)節(jié)參見例如PCT公開號(hào)WO97/33551，見上文。這些分子可通過上文討論的任何篩選測(cè)定法或其任意組合和/或通過本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的任何其它篩選技術(shù)來鑒定。lpj;os7，拔體本發(fā)明還提供了抗PR087299抗體。例示性的抗體包括多克隆的、單克隆的、人源化的、雙特異性的、和異源偶聯(lián)的抗體。1.多克隆抗體抗PR087299抗體可包括多克隆抗體。用于制備多克隆抗體的方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。多克隆抗體可在哺乳動(dòng)物中生成，例如通過一次或多次注射免疫劑和根據(jù)需要的佐劑。通常，免疫劑和/或佐劑將通過多次皮下或腹膜內(nèi)注射而注射到哺乳動(dòng)物中。免疫劑可包括PR087299多肽或其融合蛋白。將免疫劑與已知在所免疫哺乳動(dòng)物中有免疫原性的蛋白質(zhì)偶聯(lián)可能是有用的。此類免疫原性蛋白質(zhì)的例子包括但不限于匙孔緘血藍(lán)蛋白、血清清蛋白、牛曱狀腺球蛋白和大豆胰蛋白酶抑制劑?？刹捎玫淖魟┑睦影ǜナ贤耆魟┖蚆PL-TDM佐劑(單磷酰基脂質(zhì)A、合成的海藻糖dicorynomycolate)。免疫方案可以由本領(lǐng)域技術(shù)人員無需過多實(shí)驗(yàn)做出選擇。2.單克隆抗體或者，抗PR087299抗體可以是單克隆抗體。單克隆抗體可使用雜交瘤法制備，諸如KohlerandMilstein，Nature256:495(1975)所述。在雜交瘤法中，小鼠、倉鼠或其它適宜的宿主動(dòng)物通常用免疫劑免疫以引發(fā)生成或能夠生成將特異性結(jié)合免疫劑的抗體的淋巴細(xì)胞?；蛘撸梢栽隗w外免疫淋巴細(xì)胞。免疫劑將通常包括PR087299多肽或其融合蛋白。通常，或是使用外周血淋巴細(xì)胞("PBL，，)，若希望人起源的細(xì)胞，或是使用脾細(xì)胞或淋巴節(jié)細(xì)胞，若希望非人哺乳動(dòng)物來源。然后，使用合適的融合劑，諸如聚乙二醇，將淋巴細(xì)胞與7Jc生化細(xì)胞系融合以形成雜交瘤細(xì)胞(Goding,MonoclonalAntibodies:PrinciplesandPractice,AcademicPress(1986)，pp.59-103)。？ic生4b細(xì)胞系通常是轉(zhuǎn)化的哺乳動(dòng)物細(xì)胞，特別是嚙齒類、牛和人起源的骨髓瘤細(xì)胞。通常，采用大鼠或小鼠骨髓瘤細(xì)胞系。雜交瘤細(xì)胞可在合適的培養(yǎng)基中培養(yǎng)，所述培養(yǎng)基優(yōu)選含有抑制未融合的永生化細(xì)胞生長或存活的一種或多種物質(zhì)。例如，如果親本細(xì)胞缺乏酶次黃噤呤鳥噪呤磷酸核糖轉(zhuǎn)移酶(HGPRT或HPRT)，那么用于雜交瘤的培養(yǎng)基通常將含有次黃噪呤、氨基喋呤和胸苷("HAT培養(yǎng)基")，這些物質(zhì)阻止HGPRT缺陷細(xì)胞生長。優(yōu)選的永生化細(xì)胞系是那些高效融合、支持選定的抗體生成細(xì)胞穩(wěn)定的高水平的表達(dá)抗體、并對(duì)諸如HAT培養(yǎng)基等培養(yǎng)基敏感的細(xì)胞系。更優(yōu)選的永生化細(xì)胞系是鼠源骨髓瘤系，可從例如索爾克研究所細(xì)胞分配中心(SalkInstituteCellDistributionCenter,SanDiege，California,USA)和美國典型培養(yǎng)物保藏中心(AmericanTypeCultureCollection,Manassas,Virginia,USA)獲得。用于生成人單克隆抗體的人骨髓瘤和小鼠-人異源骨髓瘤細(xì)胞系也已有描述(Kozbor,J.Immunol.133:3001(1984);Brodeuretal"MonoclonalAntibodyProductionTechniquesandApplications,MarcelDekker,Inc.,NewYork(1987)pp.51-63)。然后可對(duì)雜交瘤細(xì)胞在其中培養(yǎng)的培養(yǎng)基測(cè)定針對(duì)PR087299的單克隆抗體的存在。優(yōu)選的是，通過免疫沉淀或通過體外結(jié)合測(cè)定法，諸如放射免疫測(cè)定法(RIA)或酶:i關(guān)免疫吸附測(cè)定法(ELISA),測(cè)定由雜交瘤細(xì)力包生成的單克隆抗體的結(jié)合特異性。此類技術(shù)和測(cè)定法是本領(lǐng)域已知的。單克隆抗體的結(jié)合親和力可通過例如MunsonandPollard,Anal.Biochem.107:220(1980)的Scatchard分析來測(cè)定。在鑒定得到期望的雜交瘤細(xì)胞后，該克隆可通過有限稀釋流程進(jìn)行亞克隆，并通過標(biāo)準(zhǔn)方法進(jìn)行培養(yǎng)(Goding，見上文)。適于這一目的的培養(yǎng)基包括例如Dulbecco氏改良的Eagle氏培養(yǎng)基或RPM-1640培養(yǎng)基?；蛘?，雜交瘤細(xì)胞可在哺乳動(dòng)物中作為腹水進(jìn)行體內(nèi)培養(yǎng)?？赏ㄟ^常規(guī)免疫球蛋白純化流程，諸如例如蛋白A-Sepharose、羥磷灰石層析、凝膠電泳、透析或親和層析，將亞克隆分泌的單克隆抗體與培養(yǎng)基或腹水分開或純化。單克隆抗體還可通過重組DNA技術(shù)來生成，諸如美國專利4,816,567中所述。編碼本發(fā)明單克隆抗體的DNA易于使用常規(guī)流程分離和測(cè)序(例如使用能夠特異性結(jié)合編碼鼠源抗體重鏈和輕鏈的基因的寡核苷酸探針)。本發(fā)明的雜交瘤細(xì)胞是此類DNA的優(yōu)選來源。一旦分離，可將DNA置于表達(dá)載體中，然后將該表達(dá)載體轉(zhuǎn)染到不另外產(chǎn)生免疫球蛋白蛋白質(zhì)的宿主細(xì)胞中，諸如猿猴COS細(xì)胞、中國倉鼠卵巢(CHO)細(xì)胞或骨髓瘤細(xì)胞，以在重組宿主細(xì)胞中獲得單克隆抗體的合成。還可以修飾DNA，例如通過替代，即用人重鏈和輕鏈恒定區(qū)的編碼序列代替同源鼠源序列(美國專利4,816，567;Morrisonetal.，見上文)，或者通過共價(jià)接合免疫球蛋白編碼序列和非免疫球蛋白多肽的整個(gè)或部分編碼序列?？捎么祟惙敲庖咔虻鞍锥嚯奶娲景l(fā)明抗體的恒定區(qū)，或者可用它替代本發(fā)明抗體的一個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)的可變區(qū)以產(chǎn)生嵌合二價(jià)抗體。抗體可以是單價(jià)抗體。用于制備單價(jià)抗體的方法是本領(lǐng)域眾所周知的。例如，一種方法牽涉免疫球蛋白輕鏈和經(jīng)修飾重鏈的重組表達(dá)。重鏈通常在Fc區(qū)中的任何點(diǎn)截短，從而防止重鏈交聯(lián)?；蛘?，相關(guān)半胱氨酸殘基用另一種氨基酸殘基替代或者刪除，從而防止交聯(lián)。體外方法也適于制備單價(jià)抗體。消化抗體以生成其片段，特別是Fab片段，可使用本領(lǐng)域已知的常規(guī)技術(shù)來完成。3.人抗體和人源化抗體本發(fā)明的抗PR087299抗體還可包4舌人源化抗體或人抗體。非人(例如鼠源)抗體的人源化形式指最低限度包含衍生自非人免疫球蛋白的序列的嵌合免疫球蛋白、免疫球蛋白鏈或其片段(諸如Fv、Fab、Fab'、F(ab')2或抗體的其它抗原結(jié)合子序列)。人源化抗體包括人免疫球蛋白(受體抗體)中的互補(bǔ)決定區(qū)(CDR)殘基用具有期望特異性、親和力和能力的非人物種(供體抗體)諸如小鼠、大鼠或兔的CDR殘基替換的抗體。在有些情況中，將人免疫球蛋白的Fv框架殘基用相應(yīng)的非人殘基替換。人源化抗體還可包含在受體抗體和輸入CDR或框架序列中都沒有發(fā)現(xiàn)的殘基。通常，人源化抗體將包含至少一個(gè)、通常兩個(gè)基本上整個(gè)如下可變區(qū)，其中整個(gè)或基本上整個(gè)CDR對(duì)應(yīng)于非人免疫球蛋白的CDR，且整個(gè)或基本上整個(gè)FR是人免疫球蛋白共有序列的FR。人源化抗體任選還將包含至少部分免疫球蛋白恒定區(qū)(Fc)，通常是人免疫球蛋白的恒定區(qū)(Jonesetal.,Nature321:522-525(1986);Riechmannetal.，Nature332:323-329(1988);Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596(1992)。用于人源化非人抗體的方法是本領(lǐng)域眾所周知的。通常，人源化抗體中引入了一個(gè)或多個(gè)來自非人來源的氨基酸殘基。這些非人氨基酸殘基常常稱作"輸入"殘基，它們通常取自"輸入"可變區(qū)。人源化可基本上遵循Winter及其同事的方法進(jìn)行(Jonesetal.，Nature321:522-525(1986);Riechmannetal.，Nature332:323-327(1988);Verhoeyenetal.,Science239:1534-1536(1988》，即用嚙齒類CDR或CDR序列替代人抗體的相應(yīng)序列。因此，此類"人源化"抗體是嵌合抗體(美國專利4,816,567),其中基本上少于整個(gè)人可變區(qū)用來自非人物種的相應(yīng)序列替代。在實(shí)踐中，人源化抗體通常是其中一些CDR殘基和可能的一些FR殘基用來自嚙齒類抗體中類似位點(diǎn)的殘基替代的人抗體。還可使用本領(lǐng)域已知的多種技術(shù)生成人抗體，包括噬菌體展示庫(HoogenboomandWinter,J.Mol.Biol.227:381(1991);Marksetal.,J.Mol.Biol.222:581(1991))。Cole等人和Boerner等人的技術(shù)也可用于制備人單克隆抗體(Coleetal.，MonoclonalAntibodiesandCancerTherapy,AlanR.Liss，p.77(1985);Boemeretal.,J.Immunol.147(1):86-95(1991))。類似的,人抗體可通過將人免疫球蛋白基因座導(dǎo)入內(nèi)源免疫球蛋白基因已經(jīng)部分或完全滅活的轉(zhuǎn)基因動(dòng)物，例如小鼠來生成。在攻擊時(shí)，觀察到人抗體生成，在所有方面與在人體中看到的非常相像，包括基因重排、裝配和抗體全集。此方法記載于例如美國專利5,545,807;5,545,806;5,569,825;5,625,126;5,633,425;5,661,016，及下列科學(xué)出版物Marksetal.,Bio/Technology10:779-783(1992);Lonbergetal.,Nature368:856-859(1994);Morrison,Nature368:812-13(1994);Fishwildetal"NatureBiotechnology14:845-51(1996);Neuberger,NatureBiotechnology14:826(1996);LonbergandHuszar,Intern.Rev.Immunol.13:65-93(1995)。抗體還可以如上所述使用已知的選擇和/或誘變方法進(jìn)行親和力成熟。優(yōu)選的親和力成熟的抗體具有比用于制備該成熟抗體的起始抗體(通常是鼠的、人源化的或人的)高5倍，更優(yōu)選10倍，甚至更優(yōu)選20或30倍的親和力。4.雙特異性抗體雙特異性抗體指對(duì)至少兩種不同抗原具有結(jié)合特異性的單克隆，優(yōu)選人或人源化抗體。在這種情況中，一種結(jié)合特異性是對(duì)PR087299，另一種是對(duì)任何其它抗原，優(yōu)選對(duì)細(xì)胞表面蛋白或者受體或受體亞基。用于生成雙特異性抗體的方法是本領(lǐng)域已知的。傳統(tǒng)上，雙特異性抗體的重組生成基于兩對(duì)免疫球蛋白重鏈-輕鏈的共表達(dá)，其中兩種重鏈具有不同的特異性(MillsteinandCudlo,Nature305:537-539(1983))。由于免疫球蛋白重鏈和輕鏈的隨4幾分配，這些雜交瘤(四源雜交瘤(quadroma))生成十種不同抗體分子的潛在混合物，其中只有一種具有正確的雙特異性結(jié)構(gòu)。正確分子的純化通常通過親和層析步驟來完成。1993年5月13日公開的WO93/08829及Trauneckeretal.，EMBOJ.10:3655-3659(1991)中披露了類似的流程?？蓪⒕哂衅谕Y(jié)合特異性(抗體-抗原結(jié)合位點(diǎn))的抗體可變區(qū)與免疫球蛋白恒定區(qū)序列融合。融合優(yōu)選使用包含至少部分鉸鏈、CH2和CH3區(qū)的免疫球蛋白重鏈恒定區(qū)。優(yōu)選在至少一種融合物中存在包含輕鏈結(jié)合所必需的位點(diǎn)的第一重鏈恒定區(qū)(CH1)。將編碼免疫球蛋白重鏈融合物及，如果需要，免疫球蛋白輕鏈的DNA插入分開的表達(dá)載體，并共轉(zhuǎn)染到合適的宿主生物體中。關(guān)于生成雙特異性抗體的更多詳情參見例如Sureshetal.,MethodsinEnzymology121:210(1986)。根據(jù)WO96/27011中描述的另一種方法，可改造一對(duì)抗體分子之間的界面，將從重組細(xì)胞培養(yǎng)物中回收的異二聚體的百分比最大化。優(yōu)選的界面包含抗體恒定區(qū)的至少部分Ch3區(qū)。在該方法中，將第一抗體分子界面的一個(gè)或多個(gè)小氨基酸側(cè)鏈用較大側(cè)鏈(例如酪氨酸或色氨酸)替換。通過用較小氨基酸側(cè)鏈(例如丙氨酸或蘇氨酸)替換大氨基酸側(cè)鏈，在第二抗體分子的界面上產(chǎn)生針對(duì)大側(cè)鏈的相同或相似大小的補(bǔ)償性"空腔"。這提供了較之其它不想要的終產(chǎn)物諸如同二聚體提高異二聚體產(chǎn)量的機(jī)制。雙特異性抗體可制備成全長抗體或抗體片段(例如F(ab，)2雙特異性抗體)。文獻(xiàn)中描述了由抗體片段生成雙特異性抗體的技術(shù)。例如，可使用化學(xué)連接來制備雙特異性抗體。Brennanetal.,Science229:81(1985)描述了通過蛋白水解切割完整抗體以生成F(ab')2片段的流程。將這些片段在存在二辟b醇絡(luò)合劑亞砷酸鈉以穩(wěn)定鄰近的二硫醇并防止分子間二硫鍵的形成的情況下還原。然后將產(chǎn)生的Fab，片段轉(zhuǎn)變?yōu)榱虼趸郊姿狨?lNB)衍生物。然后將Fab'-TNB衍生物之一通過琉基乙胺的還原重新恢復(fù)成Fab'-硫醇，并與等摩爾量的另一種Fab'-TNB衍生物混合，以形成雙特異性抗體。產(chǎn)生的雙特異性抗體可用作酶的選擇性固定化試劑。Fab，片段可直接從大腸桿菌中回收，并化學(xué)偶聯(lián)以形成雙特異性抗體。Shalabyetal.，J.Exp.Med.175:217-225(1992)描述了生成完全人源化的雙特異性抗體F(ab')2分子。每個(gè)Fab'片段由大腸桿菌分開分泌，并在體外進(jìn)行定向化學(xué)偶聯(lián)以形成雙特異性抗體。如此形成的雙特異性抗體能夠結(jié)合it^達(dá)ErbB2受體的細(xì)胞和正常人T細(xì)胞，以及觸發(fā)人細(xì)胞毒性淋巴細(xì)胞針對(duì)人乳房腫瘤靶的溶解活性。還描述了從重組細(xì)胞培養(yǎng)物直接制備和分離雙特異性抗體片段的多種技術(shù)。例如，已使用亮氨酸拉鏈生成雙特異性抗體。Kostelnyetal.,J.Immunol.148(5):1547-1553(1992)。將來自Fos和Jun蛋白的亮氨酸拉鏈肽通過基因融合與兩種不同抗體的Fab'部分連接?？贵w同二聚體在鉸鏈區(qū)還原而形成單體，然后重新氧化而形成抗體異二聚體。這種方法也可用于生成抗體同二聚體。由Hollingeretal.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993)描述的"雙抗體"技術(shù)提供了制備雙特異性抗體片段的替代機(jī)制。該片段包含通過接頭相連的重鏈可變區(qū)(Vh)和輕鏈可變區(qū)(vo，所述接頭太短使得同一條鏈上的兩個(gè)結(jié)構(gòu)域之間不能配對(duì)。因此，迫使一個(gè)片段上的VH和V^結(jié)構(gòu)域與另一個(gè)片段上的互補(bǔ)V^和VH結(jié)構(gòu)域配對(duì)，由此形成兩個(gè)抗原結(jié)合位點(diǎn)。還報(bào)道了通過使用單鏈Fv(sFv)二聚體制備雙特異性抗體片段的另一種策略。參見Gruberetal.，J.Immunol.152:5368(1994)。設(shè)想了具有超過兩個(gè)效價(jià)的抗體。例如，可制備三特異性抗體。Tuttetal.,J.Immunol.147:60(1991)。例示性的雙特異性抗體可結(jié)合本文中給定PR087299多肽上的兩種不同表位?；蛘?，可以將抗PR087299多肽臂與結(jié)合白細(xì)胞上觸發(fā)分子諸如T細(xì)胞受體分子(例如CD2、CD3、CD28、或B7)或IgG的Fc受體(FcyR)諸如FcyRI(CD64)、FcyRII(CD32)和FcyRIII(CD16)的臂聯(lián)合起來，從而將細(xì)胞防御機(jī)制聚焦于表達(dá)特定PR087299多肽的細(xì)胞。雙特異性抗體還可用于將細(xì)胞毒劑定位于表達(dá)特定PR087299多肽的細(xì)胞。這些抗體擁有PROS7299結(jié)合臂及結(jié)合細(xì)胞毒劑或放射性核素螯合劑諸如EOTUBE、DPTA、DOTA或TETA的臂。另一種感興趣的雙特異性抗體結(jié)合PR087299多肽，還結(jié)合組織因子(TF)。5.異源偶聯(lián)抗體異源偶聯(lián)抗體也在本發(fā)明的范圍之內(nèi)。異源偶聯(lián)抗體由兩種共價(jià)連接的抗體構(gòu)成。此類抗體建議例如用于將免疫系統(tǒng)細(xì)胞靶向不想要的細(xì)胞(美國專利4,676,980)及用于治療HIV感染(WO91/00360;WO92/200373;EP03089)。設(shè)想了可在體外使用合成蛋白質(zhì)化學(xué)的已知方法制備抗體，包括那些涉及交聯(lián)劑的方法。例如，可使用二硫化物交換反應(yīng)或通過形成疏醚鍵來構(gòu)建免疫毒素。適于此目的的試劑的例子包括亞氨基疏醇酉旨/鹽(iminothiolate)和4-巰基丁亞氨酸曱酯(methyl-4-mercaptobutyrimidate)及例如美國專利4,676,980中所公開的。6.效應(yīng)物功能工程改造可能希望在效應(yīng)物功能方面修飾本發(fā)明的抗體，從而增強(qiáng)例如抗體在治療癌癥中的效力。例如，可向Fc區(qū)中引入半胱氨酸殘基，從而使得在該區(qū)中形成鏈間二硫鍵。如此生成的同二聚體抗體可具有改善的內(nèi)在化能力和/或提高的補(bǔ)體介導(dǎo)的細(xì)胞殺傷和抗體依賴性細(xì)胞細(xì)胞毒性(ADCC)。參見Caronetal"J.Exp.Med.176:1191-1195(1992)和Shopes，J.Immunol.148:2918-2922(1992)。具有增強(qiáng)的抗腫瘤活性的同二聚體抗體還可使用如Wolffetal.，CancerResearch53:2560-2565(1993)中描述的異雙功能交聯(lián)劑來制備?；蛘?，抗體可改造成具有雙重Fc區(qū)，由此可具有增強(qiáng)的補(bǔ)體溶解和ADCC能力。參見Stevensonetal.,Anti-CancerDrugDesign3:219-230(1989)。7.免疫偶聯(lián)物本發(fā)明還關(guān)于包含偶聯(lián)有細(xì)胞毒劑的抗體的免疫偶聯(lián)物，所述細(xì)胞毒劑諸如化療劑、毒素(如細(xì)菌、真菌、植物或動(dòng)物起源的酶活性毒素或其片段)或放射性同位素(即放射偶聯(lián)物)。上文已經(jīng)描述了可用于生成此類免疫偶聯(lián)物的化療劑。可使用的酶活性毒素及其片段包括白喉毒素A鏈、白喉毒素的非結(jié)合活性片段、外毒素A鏈(來自銅纟錄作支單月包菌尸"wdomo"osaen^/"o^)、蓖麻毒蛋白(ricin)A鏈、相思豆毒蛋白(abrin)A鏈、蒴蓮根毒蛋白(modeccin)A鏈、a-帚曲霉素(sarcin)、油桐(^/ew份es々;y/")毒蛋白、香石竹(dianthin)毒蛋白、美洲商陸(尸/z7to/aca^wen'cawa)毒蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜0WbwoW/c"c/2ara""")抑制4勿、麻瘋樹毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、月巴急草(^2paowan'ao^c/wa/Zs)抑制物、白樹毒蛋白(gelonin)、絲林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依諾霉素(enomycin)和單端孑包菌素(trichothecenes)。多種放射性核素可用于生成放射偶聯(lián)抗體。例子包括^Bi、131I、131In、9(^和186Re。抗體和細(xì)胞毒劑的偶聯(lián)物可使用多種雙功能蛋白質(zhì)偶聯(lián)劑來制備，諸如N-琥珀酰亞氨基-3-(2-吡咬基二硫代)丙酸酯(SPDP)、亞氨基硫烷(IT)、亞氨酸酯(諸如鹽酸己二酰亞氨酸二曱酯)、活性酯類(諸如辛二酸二琥珀酰亞氨基酯)、醛類(諸如戊二醛)、雙疊氮化合物(諸如雙(對(duì)-疊氮苯曱酰基)己二胺)、雙重氮衍生物(諸如雙(對(duì)-重氮苯甲?；?己二胺)、二異氰酸酯(諸如曱苯2，6-二異氰酸酯)、和雙活性氟化合物(諸如1，5-二氟-2,4-二硝基苯)的雙功能衍生物。例如，可如Vitettaetal.，Science238:1098(1987)中所述制備蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14標(biāo)記的l-異硫氰酸苯曱基-3-曱基二亞乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于將放射性核苷酸與抗體偶聯(lián)的例示性螯合劑。參見WO94/11026。在另一個(gè)實(shí)施方案中，可將抗體與"受體"(諸如鏈霉親合素)偶聯(lián)從而用于腫瘤預(yù)先靶向，其中對(duì)患者施用抗體-受體偶聯(lián)物，接著使用清除劑由循環(huán)中清除未結(jié)合的偶聯(lián)物，然后施用與細(xì)胞毒劑(如放射性核素)偶聯(lián)的"配體"(如生物素)。8.免疫脂質(zhì)體本文中所公開的抗體還可配制成免疫脂質(zhì)體。含有抗體的脂質(zhì)體可通過本領(lǐng)域已知方法來制備，諸如Epsteinetal.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA82:3688(1985);Hwangetal.，Pro"Natl.Acad.Sci.USA77:4030(1980);美國專利4,485,045和4,544，545。循環(huán)時(shí)間延長的脂質(zhì)體披露于美國專利5，013，556。可用包含磷脂酰膽堿、膽固醇和PEG衍生化磷脂酰乙醇胺(PEG-PE)的脂類組合物通過反相蒸發(fā)法生成特別有用的脂質(zhì)體。將脂質(zhì)體擠過具有設(shè)定孔徑的濾器，產(chǎn)生具有期望直徑的脂質(zhì)體?？扇鏜artinetal.，J.Biol.Chem.257:286-288(1982)中所述，將本發(fā)明抗體的Fab，片段經(jīng)二硫化物交換反應(yīng)與脂質(zhì)體偶聯(lián)。任選在脂質(zhì)體中包含化療劑(諸如多柔比星(Doxorubicin))。參見Gabizonetal.,J.NationalCancerInst.81(19):1484(1989)。本發(fā)明的活性PR087299分子(例如PR087299多肽、抗PR087299抗體、和/或各自變體)以及通過上文公開的篩選測(cè)定法鑒定的其它分子，可以藥用組合物的形式施用以治療免疫相關(guān)疾病。本發(fā)明的活性PR087299分子，優(yōu)選多肽或抗體的治療用配制劑如下制備供貯存，即以凍干劑型或水溶液的形式，將具有期望純度的活性分子與任選的藥學(xué)可接受的載體、賦形劑或穩(wěn)定劑混合(Remington'sPharmaceuticalSciences,16thedition,Osol,A.Ed.，1980)?？山邮艿妮d體、賦形劑或穩(wěn)定劑在所采用的劑量和濃度對(duì)接受者是無毒的，包括緩沖劑，諸如磷酸鹽、檸檬酸鹽和其它有機(jī)酸；抗氧化劑，包括抗壞血酸和曱硫氨酸；防腐劑(諸如氯化十八烷基二曱基千基銨；氯化己烷雙胺；苯扎氯銨、苯索氯銨；酚、丁醇或苯曱醇；對(duì)羥基苯曱酸烷基酯，諸如對(duì)羥基苯曱酸曱酯或丙酯；鄰苯二酚；間苯二酚；環(huán)己醇；3-戊醇；和間曱酚)；低分子量(少于約10個(gè)殘基)多肽；蛋白質(zhì)，諸如血清清蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，諸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，諸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、組氨酸、精氨酸或賴氨酸；單糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，諸如EDTA;糖類，諸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成鹽相反離子，諸如鈉；金屬復(fù)合物(例如Zn-蛋白質(zhì)復(fù)合物)；和/或非離子表面活性劑，諸如tweentm、PLURONICStm或聚乙二醇(PEG)。通過本文公開的篩選測(cè)定法鑒定的化合物可使用本領(lǐng)域眾所周知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)以類似方式配制。脂轉(zhuǎn)染或脂質(zhì)體也可用于將PR087299分子投遞到細(xì)胞中。在使用抗體片段時(shí)，優(yōu)選特異性結(jié)合耙蛋白質(zhì)的結(jié)合結(jié)構(gòu)域的最小抑制性片段。例如，基于抗體的可變區(qū)序列，可設(shè)計(jì)保留結(jié)合耙蛋白質(zhì)序列的能力的肽分子。此類肽可化學(xué)合成和/或通過重組DNA技術(shù)生成(參見例如Marascoetal.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:7889-7893(1993))。本文中的配制劑還可含有超過一種所治療具體適應(yīng)癥所必需的活性化合物，優(yōu)選活性互補(bǔ)且彼此沒有不利影響的。或者/另外，組合物還可包含細(xì)胞毒劑、細(xì)胞因子或生長抑制劑。合適的是，此類分子以對(duì)于預(yù)定目的有效的量組合存在?；钚訮R087299分子還可包載于例如通過凝聚技術(shù)或通過界面聚合制備的孩么膠嚢中(例如分別是羥曱基纖維素或明膠孩支膠嚢和聚(曱基丙烯酸曱酉旨)微膠嚢)、在膠狀藥物投遞系統(tǒng)中(例如脂質(zhì)體、清蛋白微球體、微乳劑、納米顆粒和納米膠嚢)、或在粗滴乳狀液中。此類沖支術(shù)7>開于例如Remington'sPharmaceuticalSciences,16thedition,Osol，A.Ed"1980。用于體內(nèi)施用的配制劑必須是無菌的。這可容易的通過4吏用無菌濾膜過濾來實(shí)現(xiàn)?？芍苽銹R087299分子的持續(xù)釋放制劑。持續(xù)釋放制劑的合適例子包括含有抗體的固體疏水性聚合物半透性基質(zhì)，該基質(zhì)是定型產(chǎn)品的形式，例如薄膜或微膠嚢。持續(xù)釋放基質(zhì)的例子包括聚酯、水凝膠(例如聚(2-羥乙基-曱基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚交酯(美國專利3,773,919)、L-谷氨酸和L-谷氨酸y-乙酯的共聚物、不可降解的乙烯-乙酸乙烯、可降解的乳酸-乙醇酸共聚物諸如LUPRONDEPOT(由乳酸-乙醇酸共聚物和醋酸亮丙瑞林構(gòu)成的可注射微球體)及聚-D-(-)-3-羥基丁酸。雖然諸如乙烯-乙酸乙烯和乳酸-乙醇酸等聚合物能夠釋放分子達(dá)100天以上，但是某些水凝膠釋放蛋白質(zhì)的時(shí)間較短。當(dāng)膠嚢化抗體在體內(nèi)長時(shí)間維持時(shí)，它們可能由于暴露于37°C的潮濕環(huán)境而變性或聚集，導(dǎo)致生物學(xué)活性損失和免疫原性可能改變?？梢愿鶕?jù)相關(guān)機(jī)制來設(shè)計(jì)合理的穩(wěn)定化策略。例如，如果發(fā)現(xiàn)聚集機(jī)制是經(jīng)由硫醇-二硫化物互換的分子間S-S鍵形成，那么可通過修飾巰基殘基、由酸性溶液凍干、控制濕度、采用適宜添加劑和開發(fā)特定聚合物基質(zhì)組合物來實(shí)現(xiàn)穩(wěn)定。設(shè)想了本發(fā)明的多肽、抗體和其它活性化合物可用于治療多種免疫相關(guān)疾病和狀況，諸如T細(xì)胞介導(dǎo)的疾病，包括那些特征為炎性細(xì)胞浸潤進(jìn)入組織、刺激T細(xì)胞增殖、抑制T細(xì)胞增殖、提高或降低血管通透性或其抑制的。將用本發(fā)明的多肽、抗體和其它化合物治療的例示性狀況或紊亂包括但不限于系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、幼發(fā)型慢性關(guān)節(jié)炎、骨關(guān)節(jié)炎、脊推關(guān)節(jié)病、系統(tǒng)性硬化(硬皮病)、特發(fā)性免疫性肌病(皮肌炎、多肌炎)、斯耶格倫氏(Sj6gren)綜合征、系統(tǒng)性血管炎、結(jié)節(jié)病、自身免疫性溶血性貧血(免疫性全血細(xì)胞減少癥、陣發(fā)性夜間血紅蛋白尿)、自身免疫性血小板減少癥(特發(fā)性血小板減少性紫癜、免疫介導(dǎo)的血小板減少癥)、曱狀腺炎(格雷夫斯氏(Graves)病、橋本氏(Hashimoto)曱狀腺炎、幼年型淋巴細(xì)胞性甲狀腺炎、萎縮性曱狀腺炎)、糖尿病、免疫介導(dǎo)的腎病(腎小球腎炎、腎小管間質(zhì)性腎炎)、中樞和周圍神經(jīng)系統(tǒng)的脫髓鞘病諸如多發(fā)性硬化、特發(fā)性脫髓鞘多神經(jīng)病或格-巴二氏(Guillain-Barr。綜合征、和慢性炎性脫髓鞘多神經(jīng)病、肝膽病諸如傳染性肝炎(甲型、乙型、丙型、丁型、戊型和其它非嗜肝病毒肝炎)、自身免疫性慢性活動(dòng)性肝炎、原發(fā)性膽汁性肝硬化、肉芽腫性肝炎和硬化性膽管炎、炎性腸病(潰瘍性結(jié)腸炎、克羅恩氏(Crohn)病)、麩膠敏感性腸病、和惠普爾氏(Whipple)病、自身免疫或免疫介導(dǎo)的皮膚病包括大皰性皮膚病、多形紅斑和接觸性皮炎、4艮屑病、變應(yīng)性疾病諸如哮喘、變應(yīng)性鼻炎、特應(yīng)性皮炎、食物過敏和蕁麻滲、肺的免疫學(xué)疾病諸如嗜曙紅細(xì)胞性肺炎、特發(fā)性肺纖維化和超敏感性肺炎、移植相關(guān)疾病包括移植物排斥和移植物抗宿主病。在系統(tǒng)性紅斑狼瘡中，疾病的主要介質(zhì)是生成對(duì)自身蛋白質(zhì)/組織的自身反應(yīng)性抗體及隨后生成免疫介導(dǎo)的炎癥?？贵w或是直接或是間接介導(dǎo)組織損傷。盡管T淋巴細(xì)胞未顯示出直接牽涉組織損傷，然而T淋巴細(xì)胞是形成自身反應(yīng)性抗體所要求的。疾病的發(fā)生因此依賴T淋巴細(xì)胞。多個(gè)器官和系統(tǒng)在臨床上受到影響，包括腎、肺、肌肉骨骼系統(tǒng)、粘膜皮膚、眼、中樞神經(jīng)系統(tǒng)、心血管系統(tǒng)、胃腸道、骨髓和血液。類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)是一種慢性系統(tǒng)性自身免疫性炎性疾病，主要牽涉多個(gè)關(guān)節(jié)的滑膜，由此導(dǎo)致對(duì)關(guān)節(jié)軟骨的損傷。發(fā)病機(jī)制依賴T淋巴細(xì)胞，而且與類風(fēng)濕因子，針對(duì)自身IgG的自身抗體的生成有關(guān)，由此導(dǎo)致免疫復(fù)合物的形成，它在關(guān)節(jié)液和血液中達(dá)到高水平。關(guān)節(jié)中的這些復(fù)合物可誘發(fā)顯著的淋巴細(xì)胞和單核細(xì)胞浸潤到滑膜中及隨后顯著的滑膜變化；關(guān)節(jié)腔/液受到類似細(xì)胞的浸潤及添加許多嗜中性粒細(xì)胞。受影響的組織主要是關(guān)節(jié)，常常是對(duì)稱樣式。然而，關(guān)節(jié)外疾病也存在兩種主要形式。一種形式是形成關(guān)節(jié)外損傷，伴有正在進(jìn)行的漸進(jìn)性關(guān)節(jié)病和肺纖維化、血管炎和皮膚潰瘍的典型損傷。關(guān)節(jié)外疾病的第二種形式是所謂的費(fèi)爾提氏(Felty)綜合征，它發(fā)生在RA病程晚期，有時(shí)在關(guān)節(jié)病已經(jīng)沉寂后，且牽涉出現(xiàn)嗜中性粒細(xì)胞減少癥、血小板減少癥和脾肺大。這可伴隨著多個(gè)器官中的血管炎及梗塞、皮膚潰瘍和壞疽的形成?；颊哌€常常在受影響關(guān)節(jié)上面的皮下組織中形成類風(fēng)濕性節(jié)結(jié)；晚期的節(jié)結(jié)具有由混合的炎性細(xì)胞浸潤物包圍的壞死中心?？稍赗A中出現(xiàn)的其它表現(xiàn)包括心包炎、胸膜炎、冠狀動(dòng)脈炎、伴有肺纖維化的間質(zhì)性肺炎、干燥性角膜結(jié)膜炎和類風(fēng)濕性節(jié)結(jié)。幼發(fā)型慢性關(guān)節(jié)炎是一種慢性特發(fā)性炎性疾病，常常開始于16歲之前。其表型與RA有些相似；類風(fēng)濕因子陽性的一些患者歸入幼發(fā)型類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。疾病細(xì)分為三種主要類別少數(shù)關(guān)節(jié)的、多關(guān)節(jié)的和系統(tǒng)性的。關(guān)節(jié)炎可以是嚴(yán)重的，通常是破壞性的，并導(dǎo)致關(guān)節(jié)僵硬和生長遲緩。其它表現(xiàn)可包括慢性前葡萄膜炎和系統(tǒng)性淀粉樣變。脊推關(guān)節(jié)病是具有一些普遍臨床特征且普遍與HLA-B27基因產(chǎn)物表達(dá).有關(guān)的一組紊亂。這些紊亂包括強(qiáng)直性脊柱炎、萊特爾氏(Reiter)綜合征(反應(yīng)性關(guān)節(jié)炎)、與炎性腸病有關(guān)的關(guān)節(jié)炎、與銀屑病相關(guān)的脊推炎、幼發(fā)型脊推關(guān)節(jié)病及無差別(undifferentiated)脊推關(guān)節(jié)病。區(qū)別性特征包括具有或沒有脊稚炎的骶髏關(guān)節(jié)炎；炎性不對(duì)稱關(guān)節(jié)炎；與HLA-B27有關(guān)(血清學(xué)上定義的MHCI型HLA-B基因座的等位基因)；眼炎癥；及與其它類風(fēng)濕性疾病有關(guān)的自身抗體的缺乏。對(duì)于誘發(fā)疾病來說關(guān)鍵的最相關(guān)細(xì)胞是CD8+T淋巴細(xì)胞，靶向由MHCI型分子呈遞的抗原的細(xì)胞。CD8+T細(xì)胞可與MHCI型等位基因HLA-B27反應(yīng)，就像它是由MHCI型分子表達(dá)的外源肽。已有假設(shè)，HLA-B27的表位可能模擬細(xì)菌或其它微生物的抗原性表位，因此誘導(dǎo)CD8+T細(xì)胞應(yīng)答。系統(tǒng)性硬化(硬皮病)的病因?qū)W未知。疾病的特點(diǎn)是皮膚硬化；這可能是由活性炎性過程誘導(dǎo)的。硬皮病可以是局部的或系統(tǒng)性的；血管損傷是普遍的，而且微血管系統(tǒng)中的內(nèi)皮細(xì)胞損傷是系統(tǒng)性硬化發(fā)展中的早期且重要的事件；血管損傷可能由免疫介導(dǎo)。皮膚損傷中存在單核細(xì)胞浸潤物及在許多患者中存在抗核抗體暗示免疫學(xué)基礎(chǔ)。ICAM-1常常在皮膚損傷中成纖維細(xì)胞的細(xì)胞表面上調(diào)，說明T細(xì)胞與這些細(xì)胞相互作用可能在疾病的發(fā)病機(jī)理中起作用。牽涉的其它器官包括胃腸道平滑肌萎縮和纖維化，導(dǎo)致異常蠕動(dòng)/運(yùn)動(dòng)；腎同中心內(nèi)皮下內(nèi)膜增生，影響小弓形和葉間動(dòng)脈，從而降低腎皮質(zhì)血流，導(dǎo)致蛋白尿、氮血癥和高血壓；骨骼肌萎縮、間質(zhì)性纖維化、炎癥；肺間質(zhì)性肺炎和間質(zhì)性纖維化；及心收縮帶壞死、疤痕化/纖維化。特發(fā)性炎性肌病，包括皮肌炎、多肌炎和其它，是導(dǎo)致肌肉軟弱的未知病因的慢性肌肉炎性紊亂。肌肉損傷/發(fā)炎常常是對(duì)稱的和漸進(jìn)的。自身抗體與大多數(shù)形式有關(guān)。這些肌炎特異性自身抗體針對(duì)并抑制牽涉蛋白質(zhì)合成的成分、蛋白質(zhì)和RNA的功能。斯耶格倫氏(Sj6gren)綜合征是由免疫介導(dǎo)的炎癥及隨后淚腺和唾液腺功能破壞引起的。該病可能與炎性結(jié)締組織疾病有關(guān)或伴隨著炎性結(jié)締組織疾病。該病與針對(duì)Ro和La抗原的自身抗體生成有關(guān)，這兩種抗原都是'J、RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。損害導(dǎo)致干燥性角膜結(jié)膜炎、口干燥、及其它表現(xiàn)或關(guān)聯(lián)，包括膽汁性肝^更化、外周或感覺神經(jīng)病、和可觸知的紫瘋。系統(tǒng)性血管炎是這樣的疾病，其中原發(fā)性損傷是炎癥，后續(xù)對(duì)血管的損傷導(dǎo)致由受影響血管供應(yīng)的組織缺血/壞死/變性，且在有些情況中最終導(dǎo)致終端器官功能障礙。血管炎病還可作為其它免疫-發(fā)炎介導(dǎo)疾病諸如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、系統(tǒng)性硬化等的繼發(fā)損傷或后遺癥發(fā)生，特別是在還與免疫復(fù)合物形成有關(guān)的疾病中。原發(fā)性系統(tǒng)性血管炎組中的疾病包括系統(tǒng)性壞死性血管炎節(jié)結(jié)性多動(dòng)脈炎、過敏性血管炎和肉芽腫病、多脈管炎；韋格納氏(Wegener)肉芽肺??；淋巴瘤樣肉芽胂病；和巨細(xì)胞性動(dòng)脈炎。各種各樣的血管炎病包括粘膜與皮膚淋巴結(jié)綜合征(MLNS或川畸氏(Kawasaki)病)、分離的CNS血管炎、貝切特氏(Behet)病、血栓閉塞性血管炎(伯格氏(Buerger)病)和皮膚壞死性小靜脈炎。所列大多數(shù)類型的血管炎的發(fā)病機(jī)理認(rèn)為主要是由于免疫球蛋白復(fù)合物在血管壁中沉積及隨后經(jīng)ADCC、補(bǔ)體活化或者兩者誘導(dǎo)的炎性應(yīng)答。節(jié)結(jié)病是病因?qū)W未知，特征在于幾乎機(jī)體任何組織中都存在上皮樣肉芽腫的狀況；最常見的是牽涉肺。發(fā)病機(jī)理牽涉患病部位持續(xù)存在活化的巨噬細(xì)胞和淋巴樣細(xì)胞及隨后由這些細(xì)胞類型釋放局部和系統(tǒng)性活性產(chǎn)物而導(dǎo)致的慢性后遺癥。自身免疫性溶血性貧血，包括自身免疫性溶血性貧血、免疫性全血細(xì)胞減少癥和陣發(fā)性夜間血紅蛋白尿，是由于生成與紅細(xì)胞(和在有些情況中以及其它血細(xì)胞，包括血小板)表面表達(dá)的抗原反應(yīng)的抗體的結(jié)果，是經(jīng)補(bǔ)體介導(dǎo)的溶解和/或ADCC/Fc受體介導(dǎo)的機(jī)制去除那些抗體包被細(xì)胞的反映。在自身免疫性血小板減少癥，包括血小板減少性紫癜，和其它臨床背景中免疫介導(dǎo)的血小板減少癥中，由于抗體或補(bǔ)體附著于血小板及隨后經(jīng)補(bǔ)體溶解、ADCC或Fc受體介導(dǎo)的機(jī)制去除而發(fā)生血小板破壞/去除。曱狀腺炎，包括格雷夫斯氏(Graves)病、橋本氏(Hashimoto)甲狀腺炎、幼發(fā)型淋巴細(xì)胞性曱狀腺炎和萎縮性曱狀腺炎，是由于針對(duì)曱狀腺抗原的自身免疫應(yīng)答及產(chǎn)生與存在于曱狀腺中且通常對(duì)甲狀腺特異的蛋白質(zhì)反應(yīng)的抗體?，F(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ桶ㄗ园l(fā)性模型大鼠(BUF和BB大鼠)和雞(肥胖雞品系)；可誘導(dǎo)模型用甲狀腺球蛋白、曱狀腺微粒體抗原(甲狀腺過氧化物酶)免疫動(dòng)物。I型糖尿病或胰島素依賴性糖尿病是胰島J3細(xì)胞的自身免疫性破壞；該破壞由自身抗體和自身反應(yīng)性T細(xì)胞介導(dǎo)。胰島素或胰島素受體的抗體也可產(chǎn)生胰島素不響應(yīng)的表型。免疫介導(dǎo)的腎病，包括腎小球腎炎和腎小管間質(zhì)性腎炎，是由于抗體或T淋巴細(xì)胞介導(dǎo)的對(duì)腎組織的損傷，或是直接由于生成針對(duì)腎抗原的自身反應(yīng)性抗體或T細(xì)胞，或是間接由于針對(duì)其它非腎抗原有反應(yīng)性的抗體和/或免疫復(fù)合物在腎中沉積。因此，導(dǎo)致免疫復(fù)合物形成的其它免疫介導(dǎo)的疾病也可作為間接后遺癥誘導(dǎo)免疫介導(dǎo)的腎病。直接和間接的免疫機(jī)制都導(dǎo)致炎性應(yīng)答，它在腎組織中產(chǎn)生/誘導(dǎo)損傷形成，導(dǎo)致器官功能受損，在有些情況中發(fā)展成腎衰竭。體液和細(xì)胞兩種免疫機(jī)制都可牽涉損傷的發(fā)病機(jī)理。中樞和周圍神經(jīng)系統(tǒng)的脫髓鞘病，包括多發(fā)性硬化；特發(fā)性脫髓鞘多神經(jīng)病或格-巴二氏(Gumain-Barr6)綜合征；和慢性炎性脫髓鞘多神經(jīng)病，認(rèn)為具有自身免疫基礎(chǔ)，而且由于對(duì)少突膠質(zhì)細(xì)胞或?qū)λ梓[脂直接造成損害而導(dǎo)致神經(jīng)脫髓鞘。在MS中，有證據(jù)表明該病的誘導(dǎo)和發(fā)展依賴T淋巴細(xì)胞。多發(fā)性硬化是依賴T淋巴細(xì)胞的脫髓鞘病，而且具有復(fù)發(fā)-緩和過程或漫長的漸進(jìn)過程。病因未知；然而，病毒感染、遺傳惡病質(zhì)、環(huán)境和自身免疫性都會(huì)起作用。損傷含有主要由T淋巴細(xì)胞介導(dǎo)的浸潤物、小膠質(zhì)細(xì)胞和浸潤的巨噬細(xì)胞；CD4+T淋巴細(xì)胞是損傷處的主要細(xì)胞類型。少突膠質(zhì)細(xì)胞死亡和隨后脫髓鞘的機(jī)理未知，但是可能是由T淋巴細(xì)胞驅(qū)動(dòng)的。炎性和纖維化肺病，包括嗜曙紅細(xì)胞性肺炎；特發(fā)性肺纖維化和超敏性肺炎，可能牽涉不受調(diào)控的免疫-發(fā)炎應(yīng)答。抑制該應(yīng)答將具有治療益處。自身免疫或免疫介導(dǎo)的皮膚病，包括大皰性皮膚病、多形性紅斑和接觸性皮炎，由自身抗體介導(dǎo)，其發(fā)生依賴T淋巴細(xì)胞。銀屑病是T淋巴細(xì)胞介導(dǎo)的炎性疾病。損傷含有T淋巴細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和抗原加工細(xì)胞，及一些嗜中性粒細(xì)胞的浸潤物。變應(yīng)性疾病，包括津喘；變應(yīng)性鼻炎；特應(yīng)性皮炎；食物超敏性；和蕁麻滲，依賴T淋巴細(xì)胞。這些疾病主要由T淋巴細(xì)胞誘導(dǎo)的炎癥、IgE介導(dǎo)的炎癥或二者組合介導(dǎo)。移植相關(guān)疾病，包括移植排斥和移植物抗宿主病(GVHD),依賴T淋巴細(xì)胞；抑制T淋巴細(xì)胞功能具有改善作用。其中干預(yù)免疫和/或炎性應(yīng)答有益的其它疾病有傳染病，包括4旦不限于病毒感染(包括但不限于AIDS、曱型、乙型、丙型、丁型、戊型肝炎和皰滲)、細(xì)菌感染、真菌感染、及原生動(dòng)物和寄生蟲感染(刺激MLR的分子(或衍生物/激動(dòng)劑)可在治療上用于增強(qiáng)對(duì)傳染因子的免疫應(yīng)答)；免疫缺陷病(刺激MLR的分子沐f生物/激動(dòng)劑可在治療上用于增強(qiáng)對(duì)遺傳性、獲得性、感染誘發(fā)的(如在HIV感染中)或醫(yī)源性(即如源自化療)免疫缺陷的狀況的免疫應(yīng)答)；和瘤形成。已經(jīng)證實(shí)，有些人癌癥患者形成了對(duì)瘤細(xì)胞上抗原的抗體和/或T淋巴細(xì)胞應(yīng)答。還在瘤形成的動(dòng)物模型中證明，增強(qiáng)免疫應(yīng)答可導(dǎo)致該特定瘤的排斥或消退。在MLR中增強(qiáng)T淋巴細(xì)胞應(yīng)答的分子可用于在體內(nèi)增強(qiáng)針對(duì)瘤形成的免疫應(yīng)答。在MLR中增強(qiáng)T淋巴細(xì)胞增殖性應(yīng)答的分子(或以激動(dòng)性方式影響相同受體的小分子激動(dòng)劑或抗體)可在治療上用于治療癌癥。在MLR中抑制淋巴細(xì)胞應(yīng)答的分子在體內(nèi)在瘤形成過程中也起到遏制對(duì)瘤的免疫應(yīng)答的作用；此類分子可以是由瘤細(xì)胞自身表達(dá)的，或者它們的表達(dá)是由瘤在其它細(xì)胞中誘導(dǎo)的。此類抑制性分子的拮抗作用(或是用抗體、小分子拮抗劑或是通過其它手段)增強(qiáng)免疫介導(dǎo)的腫瘤排斥。另外，抑制具有促炎特性的分子在再灌注損傷、中風(fēng)、心肌梗死、動(dòng)脈粥樣硬化、急性肺損傷、失血性休克、燒傷、敗血病/感染性休克、急性腎小管壞死、子宮內(nèi)膜異位癥、變性關(guān)節(jié)病和胰腺炎中可能具有治療效益。依照已知方法，諸如靜脈內(nèi)施用，如推注或通過持續(xù)一段時(shí)間的連續(xù)輸注，通過肌肉內(nèi)、腹膜內(nèi)、腦脊髓內(nèi)、皮下、關(guān)節(jié)內(nèi)、滑膜內(nèi)、鞘內(nèi)、口月良、局部或p及入(鼻內(nèi)、肺內(nèi))路徑，將本發(fā)明的化合物例如多肽或抗體施用于哺乳動(dòng)物，優(yōu)選人。優(yōu)選靜脈內(nèi)或吸入施用多肽和抗體。在免疫輔助療法中，可將其它治療方案，諸如施用抗癌藥，與施用本發(fā)明的蛋白質(zhì)、抗體或化合物聯(lián)合。例如，將用本發(fā)明的免疫佐藥治療的患者還可接受抗癌藥(化療劑)或放射療法。此類化療劑的制備和劑量給藥方案可依照制造商的說明書使用，或者由熟練從業(yè)人員憑經(jīng)驗(yàn)決定。此類化療劑的制備和劑量給藥方案還記載于《ChemotherapyService》，M.C.Perry編，Williams&Wilkins,Baltimore,MD(1992)?；焺┛稍谑┯妹庖咦羲幹盎蛑?，或者可以與它同時(shí)給予。另外，抗雌激素化合物諸如他莫昔芬或抗孕酮諸如奧那司酮(參見EP616812)可以以此類分子知道的劑量給予。可能希望還施用針對(duì)其它免疫疾病相關(guān)或腫瘤相關(guān)抗原的抗體，諸如結(jié)合CD20、CDlla、CD18、ErbB2、EGFR、ErbB3、ErbB4或血管內(nèi)皮生長因子(VEGF)的抗體?；蛘?另外，可將本文中所公開的結(jié)合相同或者兩種或多種不同抗原的兩種或多種抗體共施用于患者。有時(shí)，還對(duì)患者施用一種或多種細(xì)胞因子可能是有益的。在一個(gè)實(shí)施方案中，PR087299多肽與生長抑制劑共施用。例如，可首先施用生長抑制劑，后續(xù)PR087299多肽。然而，還設(shè)想了同時(shí)施用或首先施用。生長抑制劑的合適劑量就是那些目前所使用的，而且可由于生長抑制劑和PR087299多肽的聯(lián)合作用(協(xié)同作用)而降低。對(duì)于免疫相關(guān)疾病的治療或嚴(yán)重程度降低，本發(fā)明化合物的適宜劑量將取決于如上文所定義的待治療疾病的類型、疾病的嚴(yán)重程度和進(jìn)程，無論施用藥劑是為了預(yù)防還是治療目的、先前的療法、患者的臨床病史和對(duì)化合物的響應(yīng)、及主治醫(yī)師的判斷。將化合物恰當(dāng)?shù)囊淮涡曰蛲ㄟ^一系列治療施用于患者。例如，根據(jù)疾病的類型和嚴(yán)重程度，對(duì)患者施用的初始候選劑量是約l|ig/kg-15mg/kg(例如0.1-20mg/kg)多肽或抗體，無"i侖是例如通過一次或多次分開的施用，或是通過連續(xù)輸注。典型日劑量的范圍可以是約lpg/kg-100mg/kg或更多，取決于上文所述因素。對(duì)于持續(xù)數(shù)天或更長的重復(fù)施用，根據(jù)狀況，持續(xù)治療直至出現(xiàn)期望的對(duì)疾病癥狀的遏制。然而，其它劑量方案可能是有用的。此療法的進(jìn)程易于通過常規(guī)4支術(shù)和測(cè)定法監(jiān)測(cè)。a^品在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方案中，提供了包含可用于診斷或治療上文所述紊亂的物質(zhì)(例如，包含PR087299分子)的制品。制品包含容器和用法說明書。合適的容器包括例如瓶子、小管、注射器和試管。容器可以由多種材料制成，諸如玻璃或塑料。容器中裝有有效診斷或治療狀況的組合物，而且可具有無菌存取口(例如容器可以是具有皮下注射針頭可刺穿的塞子的靜脈內(nèi)溶液袋或小管)。組合物中的活性劑通常是本發(fā)明的多肽或抗體。容器上或與容器相關(guān)的用法說明書或標(biāo)簽指明該組合物用于診斷或治療所選擇的狀況。制品還可包含第二容器，其中裝有制藥學(xué)可接受的緩沖劑，諸如磷酸鹽緩沖鹽水、林格氏(Ringer)溶液和/或右旋糖溶液。它還可包含商業(yè)和使用者立場上所期望的其它物質(zhì)，包括其它緩沖劑、稀釋劑、濾器、針頭、注射器和帶有使用說明書的包裝插頁。PA瘦;^;^疾病的》街和^^細(xì)胞表面蛋白質(zhì)，諸如在某些免疫相關(guān)疾病中過表達(dá)的蛋白質(zhì)，是藥物候選物或疾病治療的卓越靶物。此類蛋白質(zhì)及由在免疫相關(guān)疾病狀態(tài)中擴(kuò)增的基因編碼的分泌型蛋白質(zhì)在這些疾病的診斷和預(yù)后中找到了額外用途。例如，針對(duì)在多發(fā)性硬化、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎或其它免疫相關(guān)疾病中擴(kuò)增的基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的抗體可用作診斷劑或預(yù)后劑。例如，抗體，包括抗體片段，可用于定性或定量檢測(cè)由擴(kuò)增的或過表達(dá)的基因編碼的蛋白質(zhì)("標(biāo)志物基因產(chǎn)物")的表達(dá)。抗體優(yōu)選配備了可才企測(cè)的，例如熒光標(biāo)記物，而且可通過光學(xué)顯孩"竟;險(xiǎn)術(shù)、流式細(xì)胞術(shù)、熒光測(cè)定法或本領(lǐng)域知道的其它技術(shù)來監(jiān)測(cè)結(jié)合。這些技術(shù)是特別合適的，如果過表達(dá)的基因編碼細(xì)胞表面蛋白質(zhì)的話。此類結(jié)合測(cè)定法基本上如上文所述進(jìn)行?？贵w結(jié)合標(biāo)志物基因產(chǎn)物的原位檢測(cè)可通過例如免疫熒光或免疫電子顯微鏡檢術(shù)來進(jìn)行。為此目的，自患者采集組織學(xué)標(biāo)本，并對(duì)它施加經(jīng)標(biāo)記抗體，優(yōu)選將抗體覆蓋在生物學(xué)樣品上。此流程還容許測(cè)定標(biāo)志物基因產(chǎn)物在所檢驗(yàn)組織中的分布。對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見的是，極其多種組織學(xué)方法可容易的用于原位檢測(cè)。提供下列實(shí)施例僅僅為了例示目的，而非意圖以任何方式限制本發(fā)明的范圍。在此完整收入本說明書中引用的所有專利和文獻(xiàn)作為參考。實(shí)施例除非另有說明，實(shí)施例中提及的商品化試劑依照制造商的說明書使用。下文實(shí)施例和整篇說明書中以ATCC編號(hào)所鑒別的那些細(xì)胞的來源是美國典型培養(yǎng)物保藏中心(AmericanTypeCultureCollection,Manassas,VA)。實(shí)施例1:PR087299的克隆搜索表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)DNA數(shù)據(jù)庫(MerckAVashingtonUniversity),鑒定出包含目的結(jié)構(gòu)域，尤其是免疫球蛋白(Ig)結(jié)構(gòu)域和免疫受體基于酪氨酸抑制基序(ITIM)的EST。搜索使用計(jì)算機(jī)程序BLAST或BLAST2進(jìn)行[Altschuletal.，MethodsinEnzymology266:460-480(1996)]，比較目的結(jié)構(gòu)域與序列的6種讀碼框翻譯結(jié)果。將BLAST得分為70(或在有些情況中為90)或更高且不編碼已知蛋白質(zhì)的比較用程序"phrap"(PhilGreen,UniversityofWashington,Seattle,Washington)簇集并在必要時(shí)裝配成共有DNA序列?；谌缟纤鲂蛄校铣晒押塑账醠)以通過PCR鑒定包含目的序列的cDNA文庫，和2)作為探針用于分離PR087299的全長編碼序列的克隆。正向和反向PCR引物的范圍通常是20-30個(gè)核苷酸，常常設(shè)計(jì)成產(chǎn)生長約100-1000bp的PCR產(chǎn)物。4果針序列通常長40-55nt。在有些情況中，當(dāng)共有序列大于約l-1.5kbp時(shí)，合成另外的寡核苷酸。為了對(duì)幾個(gè)文庫篩選全長克隆,依照Ausubeletal.，CurrentProtocolsinMolecularBiology,見上文,通過PCR擴(kuò)增用PCR引物對(duì)篩選來自文庫的DNA。然后，使用探針寡核苷酸和引物對(duì)之一，將陽性文庫用于分離編碼目的基因的克隆。所采用的寡核苷酸探針如下正向引物hBTig.EcoRI.F25'TTGAATTCATGAAGACATTGCCTGCCATGC3'(SEQIDNO:11)反向引物hBTig.BamHI.R25'TTGGATCCTTAACTCCTCACACATATGGATGCATATTC3'(SEQIDNO:12)克隆中使用了人血cDNA文庫。用于分離cDNA克隆的cDNA文庫是通過標(biāo)準(zhǔn)方法使用商品化試劑(諸如購自Invitrogen,SanDiego，CA)構(gòu)建的。將cDNA用含Notl位點(diǎn)的寡dT引發(fā)，與Sail半磷酸化(hemikinased)銜接頭以平端連接，用Notl切割，通過凝膠電泳恰當(dāng)分離，并以限定取向克隆到合適的克隆載體(諸如pRKB或pRKD;pRK5B是不含Sfil位點(diǎn)的pRK5D前體；參見Holmesetal.，Science253:1278-1280(1991))的唯一Xhol和Notl位點(diǎn)間。圖1(SEQIDNO:l)顯示了克隆的完整核苷酸序列，在本文中稱為DNA332467。DNA332467克隆含單一可讀框，表觀翻譯起始位點(diǎn)位于核苷酸第24-26位，終止信號(hào)位于核苷酸第891-893位(圖1,SEQIDNO:l)。預(yù)測(cè)多肽前體長289個(gè)氨基酸，計(jì)算分子量約32781道爾頓，估算pi約6.27。對(duì)圖2(SEQIDNO:2)所示全長PR087299序列的分析證明存在如圖2所示多個(gè)重要多肽結(jié)構(gòu)域，其中為這些多肽結(jié)構(gòu)域給出的位置大致如圖所示。使用圖2(SEQIDNO:2)所示全長序列的ALIGN-2序列對(duì)比分析，對(duì)當(dāng)前蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的分析證明PR087299氨基酸序列和已知蛋白質(zhì)序列之間不存在序列同一性。實(shí)施例2:PR087299變體的克隆對(duì)來自16名不同供體的B細(xì)胞RNA篩選PR087299的序列變體。對(duì)此RNA進(jìn)行RT-PCR以生成全長PR087299。將PCR產(chǎn)物克隆到容許高通量測(cè)序的載體中，并通過雙通路測(cè)序分析。幾個(gè)PR087299變體顯示出最低限度變異(圖IIA-F)。然而，找到了一種外顯子3刪除即跨膜結(jié)構(gòu)域刪除的截短形式(圖7,SEQIDNO:7)。該截短形式刪除了天然蛋白質(zhì)的核苷酸403-547,產(chǎn)生長度只有241個(gè)氨基酸的變異PR087299多肽(圖8,SEQIDNO:8)，而天然PR087299的長度是289個(gè)氨基酸。缺少跨膜結(jié)構(gòu)域可能意味著此PR087299變體是一種分泌形式。發(fā)現(xiàn)了在外顯子3的5'端包含18個(gè)i威基對(duì)插入的另一種PR087299變體(圖9,SEQIDNO:9)。此18個(gè)堿基對(duì)插入編碼另外的6個(gè)氨基酸(AFTNIP)，插入PR087299編碼核酸的讀碼框，產(chǎn)生長度為295個(gè)氨基酸的變異PR087299多肽(圖10,SEQIDNO:10)。圖12A-B顯示了短型和AFTNIP型二者及其它變體。所有PR087299多肽的氨基酸51-117處找到的IgG結(jié)構(gòu)域?qū)τ赑R087299多肽的功能可能是重要的。實(shí)施例3:受刺激后T細(xì)胞的微陣列分析常常包含數(shù)以千計(jì)的基因序列的核酸微陣列可用于鑒定在患病組織中較之其正常對(duì)應(yīng)物差異表達(dá)的基因。在使用核酸微陣列時(shí)，將來自測(cè)試和對(duì)照組織樣品的測(cè)試和對(duì)照mRNA樣品逆轉(zhuǎn)錄并標(biāo)記以產(chǎn)生cDNA探針。然后將cDNA探針與固定在固相支持物上的核酸陣列雜交。陣列的設(shè)置使得陣列各成員的序列和位置是已知的。例如，可將已知在某些疾病狀態(tài)表達(dá)的基因選集排列在固相支持物上。標(biāo)記4笨針與特定陣列成員的雜交指示衍生該探針的樣品表達(dá)該基因。若來自測(cè)試(在這種情況中，激活的CD4+T細(xì)胞)樣品的4笨針的雜交信號(hào)大于來自對(duì)照(在這種情況中，未受刺激的CD4+T細(xì)胞)樣品的探針的雜交信號(hào)，則在測(cè)試組織中過表達(dá)的一種或多種基因得到鑒定。此結(jié)果的意義是在測(cè)試組織中過表達(dá)的蛋白質(zhì)不僅可用作疾病狀況存在的診斷標(biāo)志物，而且還可用作疾病狀況治療的治療靶。核酸雜交和微陣列技術(shù)的方法學(xué)是本領(lǐng)域眾所周知的。在一個(gè)實(shí)施例中，用于雜交的核酸和探針的特定制備物、載玻片和雜交條件都詳細(xì)記載于2001年3月30日提交的PCT專利申請(qǐng)流水號(hào)PCT/US01/10482，在此收入作為參考。在此實(shí)驗(yàn)中，使用含用于生成分離的CD4+T細(xì)胞群的抗CD8、抗CD16、抗CD19、抗CD36和抗CD56抗體的RossetteSepTM方案(購自StemCellTechnologies,VancouverBC)從單一供體純化CD4+T細(xì)胞。用抗CD3抗體(以不刺激增殖的濃度使用)及ICAM-1或抗CD28抗體激活分離的CD4+T細(xì)胞。24或72小時(shí)時(shí)，收獲細(xì)胞，提取RNA,并在Affimax(AfifymetrixInc.SantaClara，CAM效陣列上運(yùn)行分析。純化后立即收獲未刺激的(靜息)細(xì)胞并進(jìn)行相同的分析。比較其表達(dá)在激活細(xì)胞較之靜息細(xì)胞中在兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)中任一時(shí)上調(diào)的基因。這些實(shí)驗(yàn)的結(jié)果是本發(fā)明的PR087299多肽在用抗CD3/ICAM-1和抗CD3/抗CD28激活的分離的CD4+T細(xì)胞中與分離的靜息CD4+T細(xì)胞相比顯著過表達(dá)。如上所述，這些數(shù)據(jù)證明本發(fā)明的PR087299多肽不僅可用作一種或多種免疫紊亂存在的診斷標(biāo)志物，而且還可用作這些免疫紊亂治療的治療靶。實(shí)施例4:淋巴瘤中的PR087299淋巴瘤在美國是第6位最常見的惡性腫瘤。估計(jì)在美國1990年新發(fā)43,000例淋巴瘤。非何杰金氏(Hodgkin)淋巴瘤占到其中大半，第二位的何杰金氏淋巴瘤遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后。非何杰金氏淋巴瘤的發(fā)病率隨年齡逐漸升高。但在何杰金氏病中，20-30歲患者發(fā)病率較高，30-55歲之間達(dá)到穩(wěn)定水平，55歲后再次升高。男性對(duì)何杰金氏病和非何杰金氏淋巴瘤二者的風(fēng)險(xiǎn)都比女性高。惡性淋巴瘤的主要臨床表現(xiàn)是淋巴結(jié)腫脹，癥狀包括發(fā)燒、不適和體重減輕。淋巴瘤的常見原發(fā)部位包括鎖骨上、腋窩、縱隔、主動(dòng)脈周、子宮頸和腹股溝淋巴結(jié)。淋巴瘤還有可能轉(zhuǎn)移至其它器官。何杰金氏病最早由ThomasHodgkin在1832年記載。何杰金氏病是淋巴樣細(xì)胞的無限制增殖，淋巴樣細(xì)胞變得更大，具有豐富的淺色細(xì)胞質(zhì)和兩個(gè)或更多含較大核仁的卵形、具裂片細(xì)胞核。具有這種外觀的細(xì)胞稱為里-施(Reed-Sternberg)細(xì)胞。里-施細(xì)胞對(duì)于何杰金氏病的診斷是重要的，但它們的單獨(dú)存在不足以做出診斷。何杰金氏病與非何杰金氏淋巴瘤在細(xì)胞類型、淋巴結(jié)組織學(xué)和癥狀學(xué)諸如發(fā)燒方面截然不同。何杰金氏病通常表現(xiàn)為一組周圍淋巴結(jié)增大，可牽涉鄰近的結(jié)，但很少是結(jié)外的。何杰金氏病的起因未知，但在先埃-巴(EpsteinBarr)病毒感染和bcl-2易位與何杰金氏病的形成有關(guān)。非何杰金氏淋巴瘤是淋巴結(jié)中出現(xiàn)的免疫系統(tǒng)的瘤，但在諸如細(xì)胞類型和患者所展現(xiàn)的癥狀學(xué)等因素方面與何杰金氏病有差異。大多數(shù)非何杰金氏淋巴瘤是B細(xì)胞表型的，標(biāo)志物CD19和CD20呈陽性。較少數(shù)目是T細(xì)胞淋巴瘤，對(duì)標(biāo)志物CD2和CD3呈陽性。分析含基因表達(dá)信息的私有數(shù)據(jù)庫(GeneExpress⑧，GeneLogicInc.,Gaithersburg，MD)，試圖鑒定PR087299多肽(及其編碼核酸)是否在淋巴瘤中較之正常淋巴組織顯著上調(diào)。具體而言，使用可通過GeneLogic公司(Gaithersburg,MD)獲得的、與GeneExpress數(shù)據(jù)庫一起使用的軟件或Genentech公司編寫和開發(fā)的、與GeneExpress⑧數(shù)據(jù)庫一起使用的私有軟件進(jìn)行GeneExpress⑧數(shù)據(jù)庫的分析。分析中陽性命中的評(píng)估基于若干標(biāo)準(zhǔn)，包括例如組織特異性、腫瘤特異性、及正常的必要組織和/或正常的增殖組織中的表達(dá)水平。結(jié)果是PR087299確實(shí)證實(shí)在淋巴瘤中較之其它腫瘤和正常組織有高表達(dá)。實(shí)施例5:炎性腸病中的PR087299在此實(shí)驗(yàn)中，使用微陣列測(cè)定法來尋找在IBD中較之正常腸組織過表達(dá)的基因。從IBD患者獲取活檢樣品。對(duì)于每位IBD患者，樣品取自患病(或是UC或是克羅恩氏病)組織和健康腸，從而可以更好的比較表達(dá)樣式。所有樣品保存于-70。C直至準(zhǔn)備好RNA分離。將活檢樣品在600ulRLT緩沖液(+BME)中勻漿，使用QiagenRneasy微型柱(Qiagen)及柱上DNA酶處理遵循制造商的指導(dǎo)分離RNA。RNA分離后，使用RiboGreen(MolecularProbes)遵循制造商的指導(dǎo)對(duì)RNA定量，在瓊脂糖凝膠上檢查完整性。標(biāo)記適量的RNA供微陣列分析，在私有的Genentech微陣列和AffymetricsTM微陣列上運(yùn)行樣品。比較在IBD組織中較之正常腸表達(dá)上調(diào)的基因，將來自同一患者正常腸和IBD組織的活檢樣品相比。此實(shí)驗(yàn)的結(jié)果顯示PR087299鑒定為在克羅恩氏病樣品中較之正常腸組織顯著過表達(dá)。實(shí)施例6:PR087299在NK細(xì)胞中的表達(dá)天然殺傷(NK)細(xì)胞是先天性免疫系統(tǒng)的重要效應(yīng)細(xì)胞。它們特化成實(shí)施對(duì)已經(jīng)感染病毒、寄生蟲或者已經(jīng)變成癌性的宿主細(xì)胞的殺傷。在表型上，NK細(xì)胞大型粒狀淋巴細(xì)胞，占到循環(huán)中淋巴細(xì)胞群的約2%。它們通常以細(xì)胞表面表達(dá)的CD56和CD16來鑒定。它們?cè)诠撬柚袕呐cT細(xì)胞共享的CD34+前體細(xì)胞成熟而成。成熟NK細(xì)胞與T細(xì)胞共享CD8表達(dá)、溶細(xì)胞機(jī)械、和有些KIR，但仍然在缺少CD3和T細(xì)胞受體方面與T細(xì)胞截然不同。像細(xì)胞毒性T細(xì)胞，它們含有顆粒，其中充滿介導(dǎo)靶細(xì)胞溶解的孔形成蛋白、細(xì)胞毒素、絲氨酸酯酶、和蛋白聚糖。細(xì)胞毒性T細(xì)胞和NK細(xì)胞二者都在接觸時(shí)通過結(jié)合它們的靶物并爆發(fā)式投遞它們的致死化學(xué)品，在靶細(xì)胞的膜中生成孔來發(fā)揮殺傷作用。不像細(xì)胞毒性T細(xì)胞，NK細(xì)胞不需要在啟動(dòng)溶解前識(shí)別特定抗原。相反，NK細(xì)胞激活可以由已經(jīng)顯示出介導(dǎo)增殖和細(xì)胞毒性活性的生長因子和細(xì)胞因子(特別是IL-2、IL-12和IL-15)或者由兩類NK細(xì)胞受體之間的精密平衡(一類激活細(xì)胞，另一類抑制細(xì)胞)介導(dǎo)。殺傷Ig樣受體(KIR)是在遭遇細(xì)胞表面上的I型MHC分子時(shí)傳送抑制信號(hào)的NK細(xì)胞受體。這對(duì)于殺傷癌性細(xì)胞和病毒感染細(xì)胞二者是重要的。因?yàn)椴《境３６糁艻型MHC在其感染的細(xì)胞中表達(dá)，病毒感染細(xì)胞變得對(duì)NK細(xì)胞的殺傷作用易感。同樣，癌細(xì)胞降低或沒有I型MHC表達(dá)，它們也變得對(duì)NK細(xì)胞的殺傷作用易感。天然細(xì)胞毒性受體(NCR)構(gòu)成了NK細(xì)胞上的激活受體家族。在有些效應(yīng)物-靶物系統(tǒng)中，NCR的表面密度與NK細(xì)胞的溶細(xì)胞活性有關(guān)，而在其它系統(tǒng)中，殺傷作用需要NCR、另一種激活受體NKG2D及其銜接(adaptor)多肽DAP10之間的合作。另夕卜，共受體諸如2B4和NTB-A的參與可影響信號(hào)強(qiáng)度。NCR和NKG2D、凝血素和MICA、MICB的配體分別不由大多數(shù)正常細(xì)胞表達(dá)，但在大多數(shù)胂瘤細(xì)胞系中誘導(dǎo)。腫瘤細(xì)胞對(duì)配體的表達(dá)觸發(fā)顯著的免疫應(yīng)答，導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞排斥。用IL-15或IL-12激活NK細(xì)胞已經(jīng)顯示出誘導(dǎo)細(xì)胞毒和增殖兩種效果。連接粘附分子2(JAM2)已經(jīng)顯示出結(jié)合NK細(xì)胞，而且假說在淋巴細(xì)胞外滲至發(fā)炎部位中發(fā)揮作用。因此，比較這三種激活模式較之靜息NK細(xì)胞的基因差異表達(dá)的DNA微陣列實(shí)驗(yàn)有可能揭示NK細(xì)胞活性的新基因或新基因關(guān)聯(lián)?？砷_發(fā)通過這些樣t陣列揭示的靶特異基因的治療用抗體、肽或小分子，用于治療免疫介導(dǎo)的炎性疾病和惡性腫瘤。通過負(fù)選擇使用NK細(xì)胞分離試劑盒及MACSTM磁性細(xì)胞分選系統(tǒng)(MiltenyiBiotec)從白血球袋(leukopack)分離外周血NK細(xì)胞。通過PE抗CD56的染色確認(rèn)細(xì)胞純度供FACS分析。細(xì)胞制備物的純度范圍從89%至96°/。。細(xì)胞培養(yǎng)在6孔板中建立體外培養(yǎng)物，每孔5ml培養(yǎng)液。培養(yǎng)基RPMI1640，10%熱滅活的FBS，100單位/mL青霉素，100mg/mL鏈霉素，2mML-谷氨酰胺,和5.5xl(T5Mp-巰基乙醇。實(shí)驗(yàn)處理時(shí)間0小時(shí)，未處理CD56(+)細(xì)胞；時(shí)間16小時(shí)，未處理、IL2(10nM)、IL15(lOnM)、JAM-IT(10nM)刺激。通過CD56和CD69的細(xì)胞表面表達(dá)的FACS，監(jiān)測(cè)NK細(xì)胞的激活。在此系列實(shí)驗(yàn)中確定了，與正常靜息NK細(xì)胞相比，PR087299在CD56+NK細(xì)胞中表達(dá)。實(shí)施例7:PR087299作為雜交探針的用途下面的方法描述了編碼PR087299的核苷酸序列作為雜交探針的用途。采用包含本文所4皮露的全長或成熟PR087299的編碼序列的DNA作為才笨針用于篩選人組織cDNA文庫或人組織基因組文庫中的同源DNA(諸如那些編碼PR087299的天然存在變體的)。含任一文庫DNA的濾膜的雜交和清洗在下面的高嚴(yán)格性條件下進(jìn)行。放射性標(biāo)記的PR087299衍生探針與濾膜的雜交在50%曱酰胺，5xSSC,0.1%SDS，0.1°/。焦磷酸鈉，50mM磷酸鈉pH6.8，2xDenhardt氏溶液和10%硫酸右旋糖苦的溶液中于42°C進(jìn)行20小時(shí)。濾膜的清洗在O.lxSSC和0.1%SDS的水溶液中于42°C進(jìn)行。然后可使用本領(lǐng)域已知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)來鑒定與編碼全長天然序列PR087299的DNA具有期望序列同一性的DNA。實(shí)施例8:PR087299在大腸桿菌中的表達(dá)此實(shí)施例通過大腸桿菌中的重組表達(dá)例示了非糖基化形式的PR087299的制備。首先使用選定的PCR引物擴(kuò)增編碼PR087299的DNA序列。引物應(yīng)當(dāng)包含與選定的表達(dá)載體上的限制酶位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的限制酶位點(diǎn)?？刹捎枚喾N表達(dá)載體。合適載體的一個(gè)例子是pBR322(衍生自大腸桿菌；參見Bolivaretal.，Gene，2:95(1977))，它包含氨節(jié)青霉素和四環(huán)素抗性的基因。將載體用限制酶消化并去磷酸化。然后將PCR擴(kuò)增序列連接到載體中。載體優(yōu)選包含編碼抗生素抗性基因、trp啟動(dòng)子、多組氨酸前導(dǎo)(包含頭6個(gè)STII密碼子、多組氨酸序列和腸激酶切割位點(diǎn))、PR087299編碼區(qū)、X轉(zhuǎn)錄終止子和argU基因的序列。然后使用Sambrooketal.,見上文中描述的方法用連接混合液轉(zhuǎn)化選定的大腸桿菌菌抹。通過在LB平板上生長的能力來鑒定轉(zhuǎn)化子，然后挑選抗生素抗性菌落。可分離質(zhì)粒DNA,并通過限制性分析和DNA測(cè)序進(jìn)行確i人。選定的克隆可在液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)過夜，諸如補(bǔ)充有抗生素的LB培養(yǎng)基。隨后可用過夜培養(yǎng)物接種大規(guī)模培養(yǎng)。然后將細(xì)胞培養(yǎng)至期望光密度，在此期間開啟表達(dá)啟動(dòng)子。將細(xì)胞再培養(yǎng)若干小時(shí)后，可通過離心收獲細(xì)胞。通過離心收獲的細(xì)胞沉淀物可使用本領(lǐng)域已知的多種試劑溶解，然后可使用金屬螯合柱在容許蛋白質(zhì)緊密結(jié)合的條件下純化溶解的PR087299蛋白質(zhì)。4吏用如下流程，PR087299可以多組氨酸標(biāo)記形式在大腸桿菌中表達(dá)。首先用選定的PCR引物擴(kuò)增編碼PR087299的DNA。引物包含與選定的表達(dá)載體上的限制酶位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的限制酶位點(diǎn)，及提供有效和可靠的翻譯起始、金屬螯合柱上的快速純化及腸激酶的蛋白水解切除的其它有用序列。然后將PCR擴(kuò)增的多組氨酸標(biāo)記的序列連接到表達(dá)載體中，用于轉(zhuǎn)化基于菌抹52(W3110ftihA(tonA)longa正rpoHts(htpRts)clpP(lacIq))的大腸桿菌宿主。首先將轉(zhuǎn)化子在含50mg/ml羧芐青霉素的LB培養(yǎng)基中于30。C振蕩培養(yǎng)至O.D.600達(dá)到3-5。然后將培養(yǎng)物在CRAP培養(yǎng)基(通過在500mL水中混和3.57g(NH4)2S04，0.71g檸檬酸鈉*21120,1.07gKC1,5.36gDifco酵母提耳又物,5.36gShe伍eldhycaseSF，以及l(fā)lOmMMPOSpH7.3,.Q.55%(w/v)葡萄糖和7mMMgS04來配制)中稀釋50-100倍，并于30°C振蕩培養(yǎng)大約20-30小時(shí)。取出樣品，通過SDS-PAGE分析來驗(yàn)證表達(dá)，并將大量培養(yǎng)物離心以沉淀細(xì)胞。冷凍細(xì)胞沉淀物直至純化和重折疊。將來自0.5至1升發(fā)酵液的大腸桿菌細(xì)胞漿(6-10g沉淀物)重懸于10倍體積(w/v)的7M胍，20mMTrispH8緩沖液。加入固體亞好u酸鈉和連四硫酸鈉至終濃度分別為0.1M和0.02M,并將溶液于4°C攪動(dòng)過夜。此步驟產(chǎn)生所有半胱氨酸殘基通過亞硫酸酰化(sulfitolization)而封閉的變性蛋白質(zhì)。將溶液在Beckman超速離心機(jī)中以40,000rpm離心30分鐘。將上清液用3-5倍體積的金屬螯合柱緩沖液(6M胍，20mMTrispH7.4)稀釋，并通過0.22微米濾器過濾至澄清。將澄清的提取物加到在金屬螯合柱緩沖液中平衡的5mlQiagenNi國NTA金屬螯合柱上。用含50mM咪唑(Calbiochem,Utrolgrade)pH7.4的另外緩沖液清洗柱子。用含250mM咪唑的緩沖液洗脫蛋白質(zhì)。合并含有期望蛋白質(zhì)的級(jí)分并貯存于4°C。利用根據(jù)蛋白質(zhì)的氨基酸序列計(jì)算的消光系數(shù)通過其在280nm的吸光度估計(jì)其濃度。通過將樣品在新鮮配制的重折疊緩沖液中緩慢稀釋使蛋白質(zhì)重折疊，所述重折疊緩沖液含20mMTrispH8.6,0.3MNaCl，2.5M尿素，5mM半胱氨酸，20mM甘氨酸和lmMEDTA。選擇重折疊體積使得最終的蛋白質(zhì)濃度在50至100pg/ml之間。將重折疊溶液于4°C溫和攪動(dòng)12-36小時(shí)。通過加入TFA至終濃度0.4%(pH大約3)終止重折疊反應(yīng)。在進(jìn)一步純化蛋白質(zhì)之前，將溶液通過0.22微米濾器過濾，并加入乙腈至終濃度2-10%。將重折疊蛋白質(zhì)在PorosRl/H反相柱上層析，使用0.1%TFA作為流動(dòng)緩沖液，并用10至80%的乙腈梯度洗脫。在SDS聚丙烯酰胺凝膠上分析具A280吸光度的級(jí)分的等分試樣，并合并含均一重折疊蛋白質(zhì)的級(jí)分。通常，大多數(shù)蛋白質(zhì)的正確重折疊形式在最低乙腈濃度得到洗脫，因?yàn)槟切┬问绞亲罹o湊的，使其疏水內(nèi)部免于與反相樹脂的相互作用。聚集形式常常在較高乙腈濃度得到洗脫。除了從期望形式中解除蛋白質(zhì)的錯(cuò)誤折疊形式，反相步驟還從樣品中去除內(nèi)毒素。合并含期望折疊的PR087299多肽的級(jí)分，并用對(duì)準(zhǔn)溶液的溫和氮流去除乙腈。通過透析或通過使用在配制緩沖液中平衡的G25Superfine(Pharmacia)樹脂的凝膠過濾將蛋白質(zhì)配制到含0.14M氯化鈉和4%甘露醇的20mMHepespH6.8中，并無菌過濾。本文所7>開的PR087299多肽已經(jīng)如上所述成功表達(dá)。實(shí)施例9:PR087299在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的表達(dá)此實(shí)施例通過哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的重組表達(dá)例示了潛在糖基化形式的PR087299的制備。采用載體pRK5(參見1989年3月15日公開的EP307,247)作為表達(dá)載體。任選的是，使用諸如Sambrooketal.,見上文中描述的連接方法，將PR087299DNA連接到經(jīng)選定的限制酶消化的pRK5中以容許插入PR087299DNA。所得載體稱為pRK5-PR087299。在一個(gè)實(shí)施方案中，選定的宿主細(xì)胞可以是293細(xì)胞。將人293細(xì)胞(ATCCCCL1573)在組織培養(yǎng)亞中在諸如補(bǔ)充有胎牛血清和任選的營養(yǎng)成分和/或抗生素的DMEM等培養(yǎng)基中培養(yǎng)至匯合。將約10嗎pRK5-PRO87299DNA與約ljxg編碼VARNA基因的DNA(Thimmappayaetal.，Cell,31:543(1982))混合，并溶于500^1lmMTris-HCl，0.1mMEDTA,0.227MCaCl2。向此混合液中逐滴加入500^150mMHEPES(pH7.35)，280mMNaCl，1.5mMNaP04,并于25。C沉淀10分鐘。將沉淀物懸浮并加到293細(xì)胞中，使其于37。C靜置約4小時(shí)。吸去培養(yǎng)基并加入2ml含20。/。甘油的PBS達(dá)30秒。然后用無血清培養(yǎng)基清洗293細(xì)胞，加入新鮮培養(yǎng)基，并將細(xì)胞溫育約5天。轉(zhuǎn)染后大約24小時(shí)，去除培養(yǎng)基，并用培養(yǎng)基(單獨(dú))或含200^iCi/ml"S-半胱氨酸和200pCi/ml"S-曱硫氨酸的培養(yǎng)基置換。溫育12小時(shí)后，收集條件培養(yǎng)基，在旋轉(zhuǎn)濾器上濃縮，并加到15%SDS凝膠上。處理后的凝膠可干燥，并對(duì)膠片曝光選定的一段時(shí)間以顯現(xiàn)PR087299多肽的存在。含轉(zhuǎn)染細(xì)胞的培養(yǎng)物可進(jìn)行進(jìn)一步溫育(在無血清培養(yǎng)基中)，并在選定的生物測(cè)定法中測(cè)試培養(yǎng)基。在一種備選技術(shù)中，可4吏用Somparyracetal.,Proc.Natl.Acad.Sci.，12:7575(1981)描述的硫酸右旋糖苷法將PR087299瞬時(shí)導(dǎo)入293細(xì)胞。將293細(xì)胞在旋轉(zhuǎn)搖瓶中培養(yǎng)至最大密度，加入700嗎pRK5-PRO87299DNA。首先通過離心從旋轉(zhuǎn)搖瓶濃縮細(xì)胞并用PBS清洗。將DNA-右旋糖苷沉淀物在細(xì)胞沉淀物上溫育4小時(shí)。將細(xì)胞用20%甘油處理90秒，用組織培養(yǎng)基清洗，再次放入裝有組織培養(yǎng)基、5嗎/ml牛胰島素和0.1pg/ml牛運(yùn)鐵蛋白的旋轉(zhuǎn)搖瓶。大約4天后，將條件培養(yǎng)基離心并過濾以去除細(xì)胞和碎片。然后可通過任何選定的方法諸如透析和/或柱層析來濃縮并純化含所表達(dá)PR087299的樣品。在另一個(gè)實(shí)施方案中，可在CHO細(xì)胞中表達(dá)PR087299。可使用已知試劑諸如CaP04或DEAE-右旋糖苷將pRK5-PR087299轉(zhuǎn)染到CHO細(xì)胞中。如上所述，可將細(xì)胞培養(yǎng)物溫育，并用培養(yǎng)基(單獨(dú)的)或含放射性標(biāo)記物諸如"S-曱硫氨酸的培養(yǎng)基置換培養(yǎng)基。測(cè)定PR087299多肽的存在后，可用無血清培養(yǎng)基置換培養(yǎng)基。優(yōu)選的是，將培養(yǎng)物溫育約6天，然后收獲條培養(yǎng)液。還可在宿主CHO細(xì)胞中表達(dá)表位標(biāo)記的PROS7299?？蓪R087299亞克隆到pRK5載體外。亞克隆插入片段可進(jìn)行PCR以融合到桿狀病毒表達(dá)載體中，與選定的表位標(biāo)簽諸如多組氨酸標(biāo)簽處于同一讀碼框。然后可將多組氨酸標(biāo)記的PR087299插入片段亞克隆到含SV40啟動(dòng)子/增強(qiáng)子的載體中，所述載體包含選擇標(biāo)記諸如DHFR以選擇穩(wěn)定的克隆。最后，可用含SV40啟動(dòng)子/增強(qiáng)子的載體轉(zhuǎn)染CHO細(xì)胞(如上所述)?？扇缟纤鲞M(jìn)行標(biāo)記以驗(yàn)證表達(dá)。然后可通過任何選定的方法諸如N產(chǎn)-螯合親和層析來濃縮并純化含所表達(dá)多組氨酸標(biāo)記的PR087299的培養(yǎng)液。PR087299還可通過瞬時(shí)表達(dá)流程在CHO和/或COS細(xì)胞中表達(dá)，或者通過其它穩(wěn)定表達(dá)流程在CHO細(xì)胞中表達(dá)。CHO細(xì)胞中的穩(wěn)定表達(dá)使用如下流程進(jìn)行。將蛋白質(zhì)作為IgG構(gòu)建物(免疫粘附素)表達(dá)，其中將相應(yīng)蛋白質(zhì)的可溶形式(例如胞外結(jié)構(gòu)域)的編碼序列與含鉸鏈、CH2和CH3結(jié)構(gòu)域的IgGl恒定區(qū)序列融合，和/或是多組氨酸標(biāo)記形式。PCR才廣i曾后，4吏用長口Ausubeletal.,CurrentProtocolsofMolecularBiology,Unit3.16，JohnWileyandSons(1997)中所描述的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)將各DNA亞克隆到CHO表達(dá)載體中。將CHO表達(dá)載體構(gòu)建成在目的DNA的5，和3'具有相容限制性位點(diǎn)以容許cDNA方便的穿梭。用于在CHO細(xì)胞中表達(dá)的載體如Lucasetal.,Nucl.AcidsRes.24:9(1774-1779)(1996)中所述，利用SV40早期啟動(dòng)子/增強(qiáng)子來驅(qū)動(dòng)目的cDNA和二氫葉酸還原酶(DHFR)的表達(dá)。DHFR表達(dá)容許選擇質(zhì)粒在轉(zhuǎn)染后的穩(wěn)定維持。使用商品化轉(zhuǎn)染試劑Superfect(Quiagen)、Dosper或Fugene(BoehringerMannheim)將12微克期望質(zhì)粒DNA導(dǎo)入大約lxl(^個(gè)CHO細(xì)胞。如Lucasetal.,見上文中所述培養(yǎng)細(xì)胞。將大約3xl07個(gè)細(xì)胞凍存于安瓿中以供如下所述的進(jìn)一步培養(yǎng)和生產(chǎn)。通過置于水浴中融化含質(zhì)粒DNA的安瓿并震蕩混合。將內(nèi)容物轉(zhuǎn)移到裝有l(wèi)OmL培養(yǎng)基的離心管中，并以lOOOrpm離心5分鐘。吸出上清液，并將細(xì)胞重懸于10mL選擇培養(yǎng)基(含5%0.2pm滲濾胎牛血清的0.2|im過濾PS20)。然后將細(xì)胞等分到裝有90mL選擇培養(yǎng)基的lOOmL轉(zhuǎn)瓶中。1-2天后，將細(xì)胞轉(zhuǎn)移到裝有150mL選擇性生長培養(yǎng)基的250mL轉(zhuǎn)瓶中，并于37°C溫育。再過2-3天后，以3xl()S個(gè)細(xì)胞/mL接種250mL、500mL和2000mL轉(zhuǎn)瓶。通過離心并重懸于生產(chǎn)培養(yǎng)基而用新鮮培養(yǎng)基置換細(xì)胞培養(yǎng)基。盡管可采用任何合適的CHO培養(yǎng)基，實(shí)際上可使用1992年6月16日授權(quán)的美國專利5,122,469中描述的生產(chǎn)培養(yǎng)基。以1.2xl(^個(gè)細(xì)胞/mL接種3L生產(chǎn)轉(zhuǎn)瓶。第0天，測(cè)定pH。第1天，對(duì)轉(zhuǎn)瓶采樣并開始噴入過濾空氣。第2天，對(duì)轉(zhuǎn)瓶采樣，將溫度轉(zhuǎn)變成33。C,并加入30mL500g/L葡萄糖和0.6mL10%防沫劑(例如35%聚二曱基硅氧烷乳液，DowCorning365醫(yī)用乳液)。在整個(gè)生產(chǎn)過程中，根據(jù)需要調(diào)節(jié)pH使其保持在7.2左右。10天后，或者直至存活力降至70%以下，通過離心收獲細(xì)胞培養(yǎng)物并通過0.22jim濾器過濾。濾出液貯存于4°C或立即加到柱上以進(jìn)行純化。對(duì)于多組氨酸標(biāo)記的構(gòu)建物，使用Ni-NTA柱(Qiagen)純化蛋白質(zhì)。純化前，向條件培養(yǎng)基中加入咪唑至濃度5mM。于4°C用泵將條件培養(yǎng)基以4-5ml/分鐘的流速加到在含0.3MNaCl和5mM咪唑的20mMHepespH7.4中平衡的6mlNi-NTA柱上。加樣后，用另外的平衡緩沖液清洗柱子，并用含0.25M咪唑的平衡緩沖液洗脫蛋白質(zhì)。隨后將高度純化的蛋白質(zhì)用25mlG25Superfine(Pharmacia)柱脫鹽至含10mMHepes，0.14MNaCl和4%甘露醇,pH6.8的貯存緩沖液中，并貯存于-80。C。免疫粘附素(含F(xiàn)c)構(gòu)建物如下從條件培養(yǎng)基中純化。用泵將條件培養(yǎng)物加到在20mM磷酸鈉緩沖液，pH6.8中平衡的5ml蛋白A柱(Pharmada)上。加樣后，用平衡緩沖液徹底清洗柱子，然后用100mM檸檬酸，pH3.5進(jìn)行洗脫。洗脫的蛋白質(zhì)立即通過將lml級(jí)分收集到裝有275pLlMTris緩沖液，pH9的管中而中和。隨后如上文關(guān)于多組氨酸標(biāo)記的蛋白質(zhì)所述將高度純化的蛋白質(zhì)脫鹽至貯存緩沖液中。通過SDS聚丙烯酰胺凝膠和經(jīng)Edman降解的N-末端氨基酸測(cè)序評(píng)估均一性。本文所公開的許多PR087299多肽已經(jīng)如上所述成功表達(dá)。實(shí)施例10:PR087299在酵母中的表達(dá)下面的方法描述了PR087299在酵母中的重組表達(dá)。首先，構(gòu)建酵母表達(dá)載體用于由ADH2/GAPDH啟動(dòng)子的PR087299的細(xì)胞內(nèi)生成或分泌。將編碼PR087299和啟動(dòng)子的DNA插入選定質(zhì)粒的合適限制酶位點(diǎn)以指導(dǎo)PR087299的細(xì)胞內(nèi)表達(dá)。對(duì)于分泌，可將編碼PR087299的DNA與編碼用于PR087299表達(dá)的ADH2/GAPDH啟動(dòng)子、天然PR087299信號(hào)肽或其它哺乳動(dòng)物信號(hào)肽或者例如酵母a因子或轉(zhuǎn)化酶分泌信號(hào)/前導(dǎo)序列、及接頭序列(如果需要)的DNA—起克隆到選定的質(zhì)粒中。然后可以用上文所述表達(dá)質(zhì)粒轉(zhuǎn)化酵母細(xì)胞諸如酵母菌抹ABllO，并在選定的發(fā)酵培養(yǎng)基中培養(yǎng)。經(jīng)轉(zhuǎn)化酵母的上清液可通過使用10%三氯乙酸的沉淀及通過SDS-PAGE的分離、隨后使用考馬斯藍(lán)的凝膠染色進(jìn)行分析。隨后可通過離心從發(fā)酵培養(yǎng)液中去除酵母細(xì)胞并使用選定的針筒濾器濃縮培養(yǎng)液來分離和純化重組PR087299。含PR087299的濃縮液可使用選定的柱層析樹脂進(jìn)一步純化。本文所7>開的許多PR087299多肽已經(jīng)如上所述成功表達(dá)。實(shí)施例11:PR087299在桿狀病毒感染的昆蟲細(xì)胞中的表達(dá)下面的方法描述了PR087299在桿狀病毒感染的昆蟲細(xì)胞中的重組表達(dá)。將編碼PR087299的序列融合到桿狀病毒表達(dá)載體內(nèi)所包含的表位標(biāo)簽的上游。此類表位標(biāo)簽包括多組氨酸標(biāo)簽和免疫球蛋白標(biāo)簽(像IgG的Fc區(qū))。可采用多種質(zhì)粒，包括衍生自商品化質(zhì)粒諸如pVL1393(Novagen)的質(zhì)粒。簡而言之，用與5'和3'區(qū)互補(bǔ)的引物通過PCR擴(kuò)增編碼PR087299的序列或PR087299編碼序列的期望部分，諸如編碼跨膜蛋白質(zhì)胞外結(jié)構(gòu)域的序列或編碼成熟蛋白質(zhì)的序列，如果所述蛋白質(zhì)是細(xì)胞外的話。5'引物將摻入側(cè)翼(選定的)限制酶位點(diǎn)。然后用那些選定的限制酶消化產(chǎn)物，并亞克隆到表達(dá)載體中。使用脂轉(zhuǎn)染試劑(lipofectin，可從GIBCO-BRL購買)將上述質(zhì)粒和BaculoGold病毒DNA(Pharmingen)共轉(zhuǎn)染到草地夜蛾(5^c^o;tera/n^pm^)("Sf9")細(xì)胞(ATCCCRL1711)中，產(chǎn)生重組桿狀病毒。于28°C溫育4-5天后，收獲釋放的病毒并用于進(jìn)一步擴(kuò)增。病毒感染和蛋白質(zhì)表達(dá):i口O'Reilleyetal.,Baculovirusexpressionvectors:ALaboratoryManual,Oxford:OxfordUniversityPress(1994)所述進(jìn)行。然后可純化所表達(dá)的多組氨酸標(biāo)記的PR087299,例如通過如下的Ni2+-螯合親和層;f斤。如Rupertetal.，Nature,362:175-179(1993)所述從重組病毒感染的Sf9細(xì)胞制備提取物。筒而言之，清洗Sf9細(xì)胞，重懸于超聲處理緩沖液(25mLHepespH7.9，12.5mMMgCl2，O.lmMEDTA，10%甘油，0.1%NP-40,0.4MKCl),在冰上超聲處理2次各20秒。通過離心使超聲處理物澄清，將上清液在加樣緩沖液(50mM磷酸鹽，300mMNaCl，10%甘油，pH7.8)中稀釋50倍并通過0.45pm濾器過濾。制備柱床體積5mL的N產(chǎn)-NTA瓊脂糖柱(可從Qiagen購買)，用25rnL水清洗并用25mL加樣緩沖液平衡。將過濾后的細(xì)胞提取物以0.5mL/分鐘加到柱上。用加樣緩沖液清洗柱子至基線A280，此時(shí)開始收集級(jí)分。接著，用第二清洗緩沖液(50mM磷酸鹽，300mMNaCl，10%甘油，pH6.0)清洗柱子，洗脫非特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)。再次達(dá)到八28?；€后，用第二清洗緩沖液中的0至500mM咪唑梯度沖洗柱子。收集lmL級(jí)分，并通過SDS-PAGE和4艮染或者通過使用偶聯(lián)有石咸性磷酸酶的Ni2+-NTA(Qiagen)的Western印跡進(jìn)行分析。合并含所洗脫His,。標(biāo)記的PR087299的級(jí)分，并針對(duì)加樣緩沖液進(jìn)行透析。或者，IgG標(biāo)記的(或Fc標(biāo)記的)PR087299的純化可使用已知的層析技術(shù)進(jìn)行，包括例如蛋白A或蛋白G柱層析。本文所公開的許多PR087299多肽已經(jīng)如上所述成功表達(dá)。實(shí)施例12:結(jié)合PR087299的抗體的制備特異性結(jié)合PR087299的抗體通過用PR087299-Fc構(gòu)建物免疫小鼠而生成。此構(gòu)建物是通過將編碼PR087299胞外結(jié)構(gòu)域(氨基酸1-155)的區(qū)域連接到含人Fc結(jié)構(gòu)域的質(zhì)粒中而生成的，由此生成PR087299(ECD)-Fc嵌合物。制備此蛋白質(zhì)，純化，并注射到小鼠爪墊中。用于生成單克隆抗體的技術(shù)是本領(lǐng)域已知的，且描述于例如Goding,見上文。用在完全弗氏佐劑中乳化的PR087299(ECD)-Fc嵌合物通過1-100微克量的皮下或腹膜內(nèi)注射免疫小鼠諸如Balb/c?；蛘撸瑢⒚庖咴贛PL-TDM佐劑(RibiImmunochemicalResearch,Hamilton,MT)中乳化并注射到動(dòng)物的后爪墊中。10至12天后用在選定佐劑中乳化的追加PR087299(ECD)-Fc嵌合物對(duì)已免疫小鼠進(jìn)行加強(qiáng)免疫。此后，持續(xù)數(shù)周，還可通過追加免疫注射對(duì)小鼠進(jìn)行加強(qiáng)免疫。可通過眼窩后放血定期從小鼠獲取血清樣品，用于在ELISA測(cè)定法中測(cè)試以檢測(cè)抗PR087299抗體。在檢測(cè)到合適的抗體滴度后，對(duì)抗體呈"陽性"的動(dòng)物進(jìn)行最后的PR087299(ECD)-Fc嵌合物靜脈內(nèi)注射。3至4天后，處死小鼠并收獲脾細(xì)胞。然后將脾細(xì)胞與選定的鼠骨髓瘤細(xì)胞系融合(使用35%聚乙二醇)，諸如P3X63AgU丄可從ATCC，No.CRL1597獲取。融合產(chǎn)生雜交瘤細(xì)胞，然后可分配到96孔組織培養(yǎng)板中，其中裝有HAT(次黃嘌呤、氨基喋呤和胸苷)培養(yǎng)基以抑制未融合細(xì)胞、骨髓瘤雜合體和脾細(xì)胞雜合體的增殖。在ELISA中對(duì)雜交瘤細(xì)胞篩選針對(duì)PR087299的反應(yīng)性。產(chǎn)生了特異性結(jié)合PR087299的9種抗體。將陽性雜交瘤細(xì)胞腹膜內(nèi)注射到同基因Balb/c小鼠中以生成含有抗PR087299單克隆抗體的腹水?；蛘?，可在組織培養(yǎng)瓶或滾瓶中培養(yǎng)雜交瘤細(xì)胞。腹水中生成的單克隆抗體的純化可使用硫酸胺沉淀后續(xù)凝膠排阻層析來完成。或者，可采用基于抗體與蛋白A或蛋白G結(jié)合的親和層析。如先前所述，產(chǎn)生了特異性結(jié)合PR087299的9種抗體。在這9種抗體中，稱為5F5.1的抗體測(cè)定為激動(dòng)性抗體。激動(dòng)劑活性是通過對(duì)CD4十T細(xì)胞增殖的抑制測(cè)定的。如先前實(shí)施例2中所述從人血分離CD4+T細(xì)胞，與交聯(lián)的板結(jié)合抗體一起培養(yǎng)。準(zhǔn)備好96孔板，即與濃度為1(Hig/ml的山羊抗小鼠IgG—起于37。C溫育過夜并用PBS清洗以除去過量物。向含有或不含抗PR087229抗體的IgG包被板中加入抗CD3/抗CD28抗體。根據(jù)胸苷攝取的測(cè)量，抗CD3(0.1pg/ml)和抗CD28(0.25嗎/ml)的組合刺激CD4+T細(xì)胞增殖，而添加抗PR087299抗體將增殖降低5倍(圖13)?？笴D3抗體單獨(dú)使用不顯示增殖，對(duì)照抗體也不顯示增殖。5F5.1抗PR087299抗體的激動(dòng)劑活性可通過熱滅活而消除。5F5.1雜交瘤系依照布達(dá)佩斯條約保藏于ATCC(見實(shí)施例19)。使用可溶性抗體進(jìn)行了第二個(gè)實(shí)驗(yàn)。抗CD3(10pg/ml)和抗CD28(5嗎/ml)在加到細(xì)胞培養(yǎng)基中時(shí)也顯示出提高CD4+T細(xì)胞增殖?？筆R087299抗體與兩種刺激性抗體一起加到細(xì)胞培養(yǎng)基中顯示出將CD4+T細(xì)胞增殖抑制可達(dá)50%。所用抗PR087299抗體的范圍是5-200pg/ml，對(duì)CD4+細(xì)胞增殖的抑制作用在此范圍中是劑量依賴性的?？贵w5E10是特異性結(jié)合PR087229但不具有激動(dòng)性效果的抗體。此抗體顯示出識(shí)別初級(jí)B細(xì)胞和CD4+T細(xì)胞上的PR087299。使用FACS分析，它還可識(shí)別PROS7299轉(zhuǎn)染細(xì)胞。5E10抗體一貫不具有激動(dòng)性效果。因此，已經(jīng)生成了特異性結(jié)合PR087299的抗體?？筆R087299拮抗性抗體可用于刺激免疫應(yīng)答，它在治療免疫缺陷和防止病原體感染中將是有用的?？筆R087299激動(dòng)性抗體可用于P爭低CD4+T細(xì)胞的增殖，因此P爭低免疫應(yīng)答，它在治療自身免疫病、淋巴瘤和炎性腸病中將是有用的。實(shí)施例13:PR087299多肽使用特異性抗體的純化可通過蛋白質(zhì)純化領(lǐng)域的多種標(biāo)準(zhǔn):技術(shù)來純化天然或重組PR087299多肽。例如，使用對(duì)目的PR087299多肽特異的抗體通過免疫親和層析純化原PROS7299多肽、成熟PR087299多肽或前PR087299多肽。通常，免疫親和柱是通過將抗PR087299多肽抗體與活化的層析樹脂共價(jià)偶聯(lián)而構(gòu)建的。多克隆免疫球蛋白是通過用硫酸胺沉淀或通過固定化蛋白A(PharmaciaLKBBiotechnology,Piscataway,N.J.)純化從免疫血清中制備的。同樣的，單克隆抗體是通過硫酸胺沉淀或固定化蛋白A層析從小鼠腹水中制備的。將部分純化的免疫球蛋白共價(jià)附著于層析樹脂諸如CnBr活化的SEPHAROSE(PharmaciaLKBBiotechnology),依照制造商的說明書將抗體與樹脂偶聯(lián)，封閉樹脂，并清洗衍生的樹脂。此類免疫親和柱通過從細(xì)胞制備含可溶形式PR087299多肽的級(jí)分而用于PR087299多肽的純化。此制備物是通過向全細(xì)胞或經(jīng)差速離心獲得的亞細(xì)胞級(jí)分中加入去污劑的溶解或通過本領(lǐng)域眾所周知的其它方法衍生的?；蛘?，含信號(hào)序列的可溶性PR087299多肽可以有用數(shù)量分泌到培養(yǎng)細(xì)胞的培養(yǎng)基中。使含可溶性PR087299多肽的制備物流過免疫親和柱，并在容許PR087299多肽優(yōu)先吸附的條件下清洗柱子(例如存在去污劑時(shí)的高離子強(qiáng)度緩沖液)。然后，在破壞抗體/PRD87299多肽結(jié)合的條件下(例如低pH緩沖液，諸如大約pH2-3，或高濃度離液劑，諸如尿素或硫氰酸根離子)洗脫柱子，并收集PR087299多肽。實(shí)施例14:藥物篩選本發(fā)明特別可用于在任何多種藥物篩選技術(shù)中使用PR087299多肽或其結(jié)合片段篩選化合物。此類測(cè)試中所采用的PR087299多肽或片段可以是游離于溶液中，附著于固相支持物，攜帶在細(xì)胞表面上，或位于細(xì)胞內(nèi)。一種藥物篩選方法利用經(jīng)表達(dá)PR087299多肽或片段的重組核酸穩(wěn)定轉(zhuǎn)化的真核或原核宿主細(xì)胞。在竟?fàn)幮越Y(jié)合測(cè)定法中針對(duì)此類轉(zhuǎn)化細(xì)胞篩選藥物。此類細(xì)胞，或是存活或是固定形式，可用于標(biāo)準(zhǔn)結(jié)合測(cè)定法?？蓽y(cè)量例如PR087299多肽或片段和所測(cè)試試劑之間復(fù)合物的形成。或者，可檢驗(yàn)PR087299多肽和其靶T細(xì)胞或靶受體之間復(fù)合物形成因所測(cè)試試劑引起的減少。因此，本發(fā)明提供了錄選可影響PR087299多肽相關(guān)疾病或紊亂的藥物或任何其它試劑的方法。這些方法包括^使此類試劑與PR087299多肽或其片段接觸并通過本領(lǐng)域眾所周知的方法測(cè)定(i)是否存在試劑和PR087299多肽或片段之間的復(fù)合物，或(ii)是否存在PR087299多肽或片段和細(xì)胞之間的復(fù)合物。在此類竟?fàn)幮越Y(jié)合測(cè)定中，PR087299多肽或片段通常進(jìn)行了標(biāo)記。適當(dāng)溫育后，將游離PR087299多肽或片段與以結(jié)合形式存在的分開，游離或未復(fù)合標(biāo)記物的量是特定試劑結(jié)合PR087299多肽或干預(yù)PR087299多肽/細(xì)胞復(fù)合物的能力的測(cè)量手段。高通量篩選，詳細(xì)記載于1984年9月13日公開的WO84/03564。簡而言之，在固相基質(zhì)諸如塑料針或一些其它表面上合成許多不同小肽測(cè)試化合物。在應(yīng)用于PR087299多肽時(shí)，使肽測(cè)試化合物與PR087299多肽反應(yīng)并清洗。通過本領(lǐng)域眾所周知的方法檢測(cè)結(jié)合的PR087299多肽。也可將純化的PR087299多肽直接包被到板上用于上述藥物篩選技術(shù)。另外，非中和性抗體可用于捕捉肽并將其固定在固相支持物上。本發(fā)明還設(shè)想了竟?fàn)幮运幬锖Y選測(cè)定法的用途，其中能夠特異性結(jié)合PR087299多肽的中和性抗體與測(cè)試化合物竟?fàn)幣cPR087299多肽或其片段的結(jié)合。以這種方式，抗體可用于檢測(cè)與PR087299多肽共享一種或多種抗原性決定簇的4壬何肽的存在。實(shí)施例15:理性藥物i殳計(jì)理性藥物設(shè)計(jì)的目標(biāo)是生成目的生物學(xué)活性多肽(即PR087299多肽)或與它們相互作用的小分子例如激動(dòng)劑、拮抗劑或抑制劑的結(jié)構(gòu)類似物。任何這些例子可用于形成作為更有活性或穩(wěn)定形式的PR087299多肽或者在體內(nèi)增強(qiáng)或干預(yù)PR087299多肽功能的藥物(參見Hodgson，Bio/Technology，9:19-21(簡))。在一種方法中，通過x射線結(jié)晶學(xué)、通過計(jì)算機(jī)建模、或最常見的是通過這兩種方法的聯(lián)合，測(cè)定了PR087299多肽或PR087299多肽-抑制劑復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)。PR087299多肽的形狀和電荷都必須確定以闡明分子的結(jié)構(gòu)和確定活性位點(diǎn)。不太常見的是，關(guān)于PR087299多肽的有用結(jié)構(gòu)信息可通過基于同源蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的建模來獲得。在這兩種情況中，使用相關(guān)結(jié)構(gòu)信息來設(shè)計(jì)類似PR087299多肽樣分子或鑒定有效抑制劑。理性藥物設(shè)計(jì)的有用例子可包括如BraxtonandWells,Biochemistry31:7796-7801(1992)所示具有改進(jìn)活性或穩(wěn)定性的分子，或者如Athaudaetal.,J.Biochem.113:742-746(1993)所示充當(dāng)天然肽的抑制劑、激動(dòng)劑或拮抗劑的分子。還有可能分離通過如上所述功能測(cè)定法選擇的靶特異性抗體，然后解析其晶體結(jié)構(gòu)。這種方法原則上產(chǎn)生藥核(pharmacore)，隨后可在此基礎(chǔ)上設(shè)計(jì)藥物。通過生成有功能的、有藥理學(xué)活性的抗體的抗獨(dú)特型抗體(抗id)，有可能繞過蛋白質(zhì)結(jié)晶學(xué)。作為鏡像的鏡像，抗id的結(jié)合位點(diǎn)預(yù)期將是最初受體的類似物。然后可將抗id用于從化學(xué)或生物學(xué)生成的肽庫中鑒定和分離肽。然后所分離的肽將充當(dāng)藥核。根據(jù)本發(fā)明，可獲得足量的PR087299多肽以進(jìn)行諸如X射線結(jié)晶學(xué)等分析性研究。另外，本文所提供的關(guān)于PR087299多肽氨基酸序列的知識(shí)將為那些采用計(jì)算機(jī)建模技術(shù)替代或補(bǔ)充x射線結(jié)晶學(xué)的提供指導(dǎo)。實(shí)施例16:PR087299特異性結(jié)合HVEM蛋白質(zhì)文庫篩選確定了PR087299特異性結(jié)合HVEM。將PR087299的胞外結(jié)構(gòu)域與人Fc融合，產(chǎn)生PR087299(ECD)-Fc。此融合蛋白以胺偶聯(lián)Biacore(BIAcore，Inc.,Piscataway,NJ)CM5傳感器芯片，大約9000響應(yīng)單位，大體如Chen，Yetal.,J.MolBiol293:865-881(1999)中所述。簡而言之，依照供應(yīng)商的說明書用鹽酸N-乙基-N，-(3-二曱氨丙基)-碳二亞胺(EDC)和N-羥基琥珀酰亞胺(NHS)活化羧曱基化右旋糖苷生物傳感器芯片(CM5，BIAcoreInc.)。將PR087299(ECD)-Fc稀釋并以一定流速注入以達(dá)到大約9000響應(yīng)單位(RU)的偶聯(lián)蛋白質(zhì)。在同一芯片上的第二流動(dòng)槽中，以胺偶聯(lián)對(duì)照蛋白質(zhì)，人PR04346-Fc(Genbank編號(hào)AK057097),大約18500響應(yīng)單位。注入1M乙醇胺以封閉未反應(yīng)基團(tuán)。然后以2pg/ml的濃度注入來自SPDI蛋白質(zhì)文庫(由大約2000種蛋白質(zhì)組成)的個(gè)別蛋白質(zhì)，通過響應(yīng)單位作為時(shí)間函數(shù)的變化來評(píng)估結(jié)合情況。發(fā)現(xiàn)HVEM結(jié)合PR087299(ECD)-Fc，但不結(jié)合對(duì)照PR04346-Fc。如圖14中所示，PR087299和HVEM的結(jié)合導(dǎo)致超過對(duì)照1200響應(yīng)單位的高度顯著增加。使用簡單的一對(duì)一朗繆爾(Langmuir)結(jié)合模型(BIAcoreTM評(píng)估軟件3.2版)通過同時(shí)擬合結(jié)合和解離傳感圖來計(jì)算結(jié)合速率(kon)和解離速率(koff)。作為比率koff/kon來計(jì)算平衡解離常數(shù)(Kd)。如圖15中所示，PR087299選擇性結(jié)合HVEM。在此實(shí)驗(yàn)中，將PR087299(ECD)-Fc和CD28家族成員hCTLA4-Fc、hPD-l-Fc、hICOS-Fc或hCD28-Fc以胺偶聯(lián)BiacoreCM5芯片，大約8000響應(yīng)單位。然后各自測(cè)定其結(jié)合HVEM的能力。為了生成HVEM-Fc蛋白質(zhì)，將編碼HVEM氨基酸1-199的核酸與Fc連接，產(chǎn)生HVEM-Fc融合蛋白。將此HVEM-Fc克隆到表達(dá)載體中，它在穩(wěn)定轉(zhuǎn)染到CHO細(xì)胞中后將生成融合蛋白。使用蛋白ASepharose(Amersham)通過親和層析將所有Fc標(biāo)記的蛋白質(zhì)純化至超過900/。純度。結(jié)果是以5pl/min注入的2|ig/mlHVEM-Fc選擇性結(jié)合PR087299，但不結(jié)合所測(cè)試CD28家族成員的其它成員。通過測(cè)試對(duì)其已知配體的結(jié)合響應(yīng)(數(shù)據(jù)未顯示)證實(shí)了各CD28家族成員的活性是陽性的(CD28家族成員和配體購自R&Dsystems)。PR087299對(duì)HVEM的結(jié)合依賴pH，但不依賴NaCl濃度。如上所述使用BiacoreTM測(cè)定法，HVEM-Fc的兩份獨(dú)立純化物結(jié)合以胺偶聯(lián)至BiacoreCM5芯片的PR087299。如圖16中所示，結(jié)合不受2.5MNaCl處理的破壞；但PR087299/HVEM復(fù)合物可用lOmM甘氨酸pH3.0解離。PR087299/HVEM相互作用可受PR087299的抗體的阻斷。在此實(shí)-瞼中，將HVEM-Fc以胺與BiacoreCM5傳感器芯片偶聯(lián)，大約7500響應(yīng)單位。以5nl/min的流速注入PR087299(ECD)-Fc達(dá)兩分鐘。注入后105秒記錄響應(yīng)單位(RU)。PR087299(ECD)-Fc(8nM)產(chǎn)生100RU的響應(yīng)。將各抗體以漸增的濃度與PR087299(ECD)-Fc(8nM)預(yù)先混合并溫育1小時(shí)。然后以隨機(jī)次序一式兩份測(cè)量各樣品的結(jié)合情況，每次注入后用10mM甘氨酸pH2.5使結(jié)合表面再生。如圖18中所示，抗PRO87299抗體5E10和3B1.9以濃度依賴性方式阻斷PR087299與HVEM的結(jié)合，而激動(dòng)性抗體5F5.1不具有阻斷效果。單獨(dú)注入抗體不顯示與固定化HVEM的結(jié)合(數(shù)據(jù)未顯示)。濃度是根據(jù)PR087299(ECD)-Fc的表觀降低分子量(55kDa)和150kDa的抗體質(zhì)量計(jì)算的。PR087299在基于細(xì)胞的測(cè)定法中結(jié)合HVEM。在此實(shí)驗(yàn)中，將人293細(xì)胞(ATCCCCL1573)在組織培養(yǎng)板中在諸如補(bǔ)充有胎牛血清和任選的營養(yǎng)成分和/或抗生素的DMEM等培養(yǎng)基中培養(yǎng)至匯合。將約10pgpRK5-HVEMDNA與約1pg編碼VARNA基因(Thimmappayaetal.，Cell31:543(1982))的DNA混合，并溶于500pl1mMTris-HCl，0.1mMEDTA，0.227MCaCl2。向此混合液中逐滴加入500^150rnMHEPES(pH7.35)，280mMNaCl，1.5mMNaP04,并于25°C沉淀10分鐘。將沉淀物懸浮并加到293細(xì)胞中，使其于37。C靜置約4小時(shí)。吸去培養(yǎng)基并加入2ml含20。/。甘油的PBS達(dá)30秒。然后用無血清培養(yǎng)基清洗293細(xì)胞，加入新鮮培養(yǎng)基，并將細(xì)胞溫育約5天。或者，將約10ngpRK5-HVEMDNA與LipofectAMINE(Gibco/BRL,GaithersburgMD)試劑混合，遵循制造商的說明書進(jìn)行轉(zhuǎn)染。用HVEM轉(zhuǎn)染293細(xì)胞后，將它們與1125放射性標(biāo)記的PR087299(ECD)-Fc—起溫育，容許結(jié)合發(fā)生。然后用未標(biāo)記的PR087299(ECD)-Fc竟?fàn)幍舴派湫詷?biāo)記的PR087299，通過Scatchard分析測(cè)定估算結(jié)合位點(diǎn)總數(shù)和解離常數(shù)(Kd)。圖17(A)是Scatchard圖，圖17(B)是置換圖，顯示PR087299(ECD)-Fc結(jié)合HVEM瞬時(shí)轉(zhuǎn)染細(xì)胞。此數(shù)據(jù)顯示PR087299的Kd是約25nM。放射性標(biāo)記的PR087299(ECD)-Fc對(duì)模擬轉(zhuǎn)染293HEK細(xì)胞的總結(jié)合是對(duì)HVEM轉(zhuǎn)染細(xì)胞的2.5%(數(shù)據(jù)未顯示)。使用這種方法學(xué)，測(cè)定了HVEM/LIGHT/PR087299相互作用的親和力。它顯示于下文表7。表7<table>tableseeoriginaldocumentpage111</column></row><table>正如此實(shí)施例中先前所討論的，抗PR087299抗體(3B1.9)劑量依賴性的與PR087299(ECD)-Fc竟?fàn)帉?duì)HVEM的結(jié)合?？傊?，才艮據(jù)經(jīng)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用、蛋白質(zhì)-抗體阻斷和體內(nèi)分析的測(cè)定而確定，這份資料顯示PR087299特異性結(jié)合HVEM。實(shí)施例17:PR087299和LIGHT可同時(shí)結(jié)合HVEM出版物已經(jīng)顯示LIGHT(GenBank編號(hào)NM_172014，SEQIDNO:5，SEQIDNO:6)可結(jié)合HVEM(Marsters，S.A.etal.,Curr.Biol.8(9):525-528(1998);MauriD.N.etal.,Immunity8:21-30(1998))。為了確認(rèn)LIGHT和PR087299可同時(shí)結(jié)合HVEM，我們進(jìn)行了共結(jié)合實(shí)驗(yàn)。將HVEM-Fc以胺與BiacoreCM5傳感器芯片偶聯(lián)，大約150響應(yīng)單位。為了達(dá)到近乎飽和的PR087299-Fc結(jié)合，固定較小量的HVEM-Fc是重要的。圖19顯示了LIGHT(25nM)和PR087299-Fc(17nM)以5nl/min獨(dú)立注入1200秒(分別是紅色和藍(lán)色曲線)。然后以相同方式注入相同終濃度的LIGHT和PR087299-Fc混合物(綠色曲線)。獨(dú)立注入的LIGHT和PR087299-Fc傳感圖(灰色曲線)的計(jì)算和緊密匹配實(shí)驗(yàn)凄t據(jù)，證實(shí)了LIGHT和PR087299能夠同時(shí)結(jié)合HVEM。濃度是根據(jù)25kDa的LIGHT單體分子量和PR087299-Fc的降低分子量(55kDa)的。PR087299與HVEM的相互作用不受LIGHT阻斷。將PR087299-Fc以胺與BiacoreTMCM5傳感器芯片偶聯(lián)，大約9800響應(yīng)單位。將LIGHT(購自Alexis,Cat力552-018-C010)以漸增的濃度與4nMHVEM—起溫育1小時(shí)。如圖20中所示，PR087299-Fc/HVEM結(jié)合不受濃度漸增至終濃度300nM的LIGHT阻斷。LIGHT活性通過與CM5傳感器芯片上固定化HVEM-Fc的結(jié)合得到證實(shí)(數(shù)據(jù)未顯示)。單獨(dú)的LIGHT不結(jié)合固定化PR087299-Fc(數(shù)據(jù)未顯示)。所有結(jié)合傳感圖是以隨機(jī)次序、一式兩份運(yùn)行的。響應(yīng)單位是作為基線和以5pl/min注入2分鐘結(jié)束前15秒之間的差異記錄的。濃度是基于LIGHT單體的分子量為25kDa而單體HVEM的分子量為55kDa。此數(shù)據(jù)顯示LIGHT不阻斷HVEM對(duì)PR087299的結(jié)合。HVEM最初鑒定為單純皰滲病毒-1(HSV-1)進(jìn)入細(xì)胞的入口的細(xì)胞受體，而且顯示結(jié)合HSV-1糖蛋白D(gD)(Mongomeryetal.，Cell87:427-436(1996))。HVEM包含三個(gè)富含半胱氨酸結(jié)構(gòu)域(CRD)，它是所有TNFR家族成員的常見結(jié)構(gòu)特征。與HVEM復(fù)合的gD蛋白質(zhì)的晶體結(jié)構(gòu)解析顯示，HVEM的第一個(gè)CRD結(jié)合gD蛋白質(zhì)，而HVEM的第二個(gè)CRD為第一個(gè)CRD提供結(jié)構(gòu)支持(Carfietal.,Mol.Cell8:169-179(2001))。結(jié)果是PR087299與LIGHT相互作用且不竟?fàn)嶩VEM結(jié)合，導(dǎo)致PR087299與HVEM/LIGHT復(fù)合物的外表面相互作用的假說。為了檢驗(yàn)這種假說，生成了能夠阻斷HVEM結(jié)合皰滲糖蛋白D(gD)但不結(jié)合LIGHT的噬菌體衍生肽(BP-2)(Sarriasetal.，Mol.Immuno.37:665-673:(2000))。在抑制gD結(jié)合的濃度，BP-2抑制PR087299與HVEM的結(jié)合(圖21A)。在一項(xiàng)直接比較中，重組gD蛋白質(zhì)(A290-299形式；Milneetal.，JVirology77:8962-8972(2003))還抑制HVEM結(jié)合PR087299(圖21B)。此結(jié)果在顯示重組gD(A2卯-299)抑制可溶性PR087299-Fc和HVEM-Fc對(duì)表達(dá)HVEM或PR087299的293細(xì)胞的結(jié)合(分別是圖21C和D)的細(xì)胞結(jié)合測(cè)定法中得到重復(fù)。這些結(jié)果表明，PR087299在不同于LIGHT結(jié)合位點(diǎn)的位點(diǎn)上與HVEM的第一個(gè)CRD相互作用。PR087299與LIGHT和HVEM二者相互作用的發(fā)現(xiàn)將容許生成可選擇性抑制PR087299/HVEM相互作用但不破壞PR087299/LIGHT相互作用的針對(duì)HVEM的抗體或小分子。這項(xiàng)發(fā)現(xiàn)設(shè)想的另一種類型的抗體或小分子是將阻斷PR087299/HVEM相互作用和PR087299/LIGHT相互作用二者的抗體或小分子。這兩類不同的分子可具有不同治療效果。實(shí)施例18:PR087299抑制T細(xì)胞激活如實(shí)施例1中所述，克隆PR087299供進(jìn)一步研究含ITIM結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)。PR087299的胞內(nèi)結(jié)構(gòu)域包含兩個(gè)可誘導(dǎo)磷酸化的ITIM結(jié)構(gòu)域，容許募集和結(jié)合SHP-1和SHP-2,表明PR087299的功能是抑制性的(WatanabeN.,etal.，NatureImmuno.1-10(2003))。在此實(shí)驗(yàn)中，用不同濃度的固定化抗CD3抗體刺激初級(jí)CD4+T細(xì)胞。還通過使用預(yù)包被抗Fc抗體將Fc標(biāo)記的對(duì)照蛋白質(zhì)，HVEM-Fc或DcR3-Fc交聯(lián)到板上。通過溫育72小時(shí)后的rf胸苦摻入，測(cè)量CD4+T細(xì)胞的增殖。此實(shí)驗(yàn)以一式三個(gè)3L進(jìn)行，以平均值顯示抑制作用(圖22A)。假說HVEM由于其對(duì)LIGHT的阻斷而對(duì)T細(xì)胞增殖是抑制性的。此實(shí)驗(yàn)顯示，不是HVEM/LIGHT阻遏而是HVEM活化PR087299引起了T細(xì)胞增殖的降低。為了進(jìn)一步顯示PR087299對(duì)T細(xì)胞增殖是抑制性的，如上所述進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)，但包括抑制性抗PR087299抗體3B1.9。3B1.9抗體顯示出阻斷PR087299與HVEM的結(jié)合(見實(shí)施例16)。通過板固定化抗CD3和+AHVEM刺激CD4+T細(xì)胞。然后將3B1.9抗體和對(duì)照抗體加到培養(yǎng)基中。數(shù)據(jù)顯示3B1.9抗體可干擾PR087299/HVEM相互作用，如此解除細(xì)胞的抑制信號(hào)。結(jié)果是3B1.9處理細(xì)胞以與未處理細(xì)胞相同的速率增殖(圖22B)。只有在使用高濃度的HVEM時(shí)，3B1.9抗體才是無效的。此數(shù)據(jù)證明PR087299或激動(dòng)性抗體可用于遏制T細(xì)胞相關(guān)自身免疫病，或者相反，拮抗性抗體諸如3B1.9將可用于刺激T細(xì)胞以防止病原體感染。實(shí)施例19:移植物抗宿主病移植物抗宿主病在將免疫活性細(xì)胞移植到免疫遏制或耐受的患者中時(shí)發(fā)生。供體T細(xì)胞識(shí)別宿主抗原并變得激活、分泌細(xì)胞因子、增殖和分化成效應(yīng)細(xì)胞。這種應(yīng)答稱為移植物抗宿主反應(yīng)(GVHR)。GVHR應(yīng)答包括多器官綜合征，而且結(jié)果可從危及生命的嚴(yán)重炎癥至腹瀉和體重減輕的輕微病例變化。小鼠中的移植物抗宿主病模型已經(jīng)用于模擬骨髓移植后發(fā)生的急性和慢性GVHR和自身免疫病的臨床紊亂。一種通用流程詳細(xì)記載于CurrentProtocolsinImmunology,見上文，unit4.3。在這種情況中，通過Ficol梯度/人正常供體的白血球袋純化人PBMC。使用MACSCD8和NK細(xì)胞消減試劑盒消減CD8和NK細(xì)胞。第0天將40x106個(gè)細(xì)胞注射到8-10周齡雌性SCIDBeige小鼠中。在第0、2、4、6、8、10天靜脈內(nèi)注射100pgHVEM-Fc或?qū)φ盏鞍踪|(zhì)。如圖23中所示，GVHR模型中HVEM-Fc對(duì)PR087299的活化顯著延長存活。未用HVEM-Fc處理的小鼠在重建(reconstitution)后第13天達(dá)到100%死亡率。用HVEM-Fc處理的小鼠在一個(gè)流程中存活至重建后第19天，在另一個(gè)流程中存活至重建后第30天。此結(jié)果表明激動(dòng)劑對(duì)PR087299的活化將可用于組織移植，其中施用PR087299激動(dòng)劑將預(yù)防或減輕宿主對(duì)移植組織的排斥。實(shí)施例20:材料保藏以下雜交瘤細(xì)月包系已保藏于美國典型培養(yǎng)物保藏中心(AmericanTyptCultureCollection,10801UniversityBlvd.,Manassas,VA20110-2209USA)(ATCC):雜交瘤/抗體名稱ATCC編號(hào)保藏曰期Btig5F5.1PTA-未指定2004年11月10日Btig3B1.9PTA-未指定2004年11月10日此保藏是依據(jù)布達(dá)佩斯條約關(guān)于國際承認(rèn)的用于專利程序的微生物保藏的規(guī)定及其(布達(dá)佩斯條約)細(xì)則進(jìn)行的。這保證了從保藏之日起維持存活培養(yǎng)物30年。此細(xì)胞系可根據(jù)布達(dá)佩斯條約的條款通過ATCC獲得，并服從Genentech公司和ATCC之間的協(xié)議，它保證了(a)在專利申請(qǐng)懸而未決期間依據(jù)37CFRgl.l4和35USCS122由委員決定的個(gè)人有資格獲取所述培養(yǎng)物，及(b)在所述專利授予后對(duì)公眾獲取所保藏培養(yǎng)物的所有限制將不可撤回的取消。本申請(qǐng)的受讓人已同意若保藏的培養(yǎng)物在合適條件下培養(yǎng)時(shí)死亡、丟失或遭到破壞，則他將在接到通知后迅速用同一培養(yǎng)物的存活樣本更換。所保的權(quán)利實(shí)踐本發(fā)明的許可。認(rèn)為前述書面說明足以使本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠?qū)嵺`本發(fā)明。本發(fā)明并不限于所保藏材料的范圍，因?yàn)樗２貙?shí)施方案意圖作為本發(fā)明某些方面的單一例示，而且功能上相當(dāng)?shù)娜魏螛?gòu)建物都在本發(fā)明的范圍內(nèi)。本文中的材料保藏并非承認(rèn)本文中所包含的書面說明不足以能夠?qū)嵺`本發(fā)明的任何方面，包括其最佳模式，也不能解釋為將權(quán)利要求的范圍限制于它所描述的具體例示。實(shí)際上，根據(jù)上面的描述，除了本文所顯示和描述的，本發(fā)明的多種修飾對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員是顯而易見的，而且在所附權(quán)利要求的范圍內(nèi)。權(quán)利要求1.分離的核酸，其與包含圖1(SEQIDNO1)所示核苷酸序列的核苷酸序列具有至少80％核酸序列同一性。2.分離的核酸，其與編碼圖2(SEQIDNO:2)所示多肽的核苷S臾序列具有至少80%核酸序列同一性。3.分離的核酸，其由圖l(SEQIDNO:l)所示核苷酸序列的全長編碼序列組成。4.分離的核酸，其由圖7(SEQIDNO:7)所示核苷酸序列的編碼序列組成。5.分離的核酸，其由圖9(SEQIDNO:9)所示核苷酸序列的編碼序列組成。6.包含權(quán)利要求1的核酸的載體。7.權(quán)利要求6的栽體，可操作連接受到經(jīng)該載體轉(zhuǎn)化的宿主細(xì)胞識(shí)別的控制序列。8.包含權(quán)利要求7的載體的宿主細(xì)胞。9.權(quán)利要求8的宿主細(xì)胞，其中所述細(xì)胞是CHO細(xì)胞、大腸桿菌細(xì)胞或酵母細(xì)胞。10.用于生成PR087299多肽的方法，包括在適于表達(dá)所述PR087299多肽的條件下培養(yǎng)權(quán)利要求9的宿主細(xì)胞并從細(xì)胞培養(yǎng)物回收所述PR087299多肽。11.分離的多肽，其與圖2(SEQIDNO:2)所示多肽的氨基斷列具有至少80%氨基酸序列同一性。12.分離的多肽，其與圖8(SEQIDNO:8)所示多肽的氨基酸序列具有至少80%氨基酸序列同一性。13.分離的多肽，其由圖10(SEQIDNO:10)所示多肽的氨基酸序列組成。14.嵌合分子，其包含依照權(quán)利要求11的多肽且其與異源氨基酸序列融合。15.權(quán)利要求14的嵌合分子，其中所述異源M酸序列是表位標(biāo)簽序列或免疫球蛋白的Fc區(qū)。16.抗體，其特異性結(jié)合與圖2(SEQIDNO:2)具有至少80%氨基酸序列同一性的PR087299多肽。17.抗體，其特異性結(jié)合如圖2(SEQIDNO:2)所示PROS7299的氨基酸1-155。18.抗體，其特異性結(jié)合與圖8(SEQIDNO:8)具有至少80%氨基酸序列同一性的PR087299變體。19.抗體，其特異性結(jié)合如圖10(SEQIDNO:10)所示PRO87299變體。20.抗體，但不阻斷LIGHT(SEQIDNO:6)相互作用21.抗體，但不阻斷HVEM(SEQIDNO:4)相互作用。22.權(quán)利要求16的抗體，其中所述抗體是PR087299激動(dòng)劑。23.權(quán)利要求16的抗體，其中所述抗體抑制CD4+T細(xì)胞增殖。24.權(quán)利要求16的抗體，其中所述抗體抑制淋巴瘤細(xì)胞增殖。25.權(quán)利要求16的抗體，其中所述抗體抑制NK細(xì)胞增殖。26.權(quán)利要求16的抗體，其中所述抗體是單克隆抗體、人源化抗體或單鏈抗體。27.分離的抗體，其由雜交瘤Btig5F5.1(ATCC編號(hào)_)或雜交瘤Btig3B1.9(ATCC編號(hào)_)生成。28.分離的抗體，其具有由雜交瘤Btig5F5.1(ATCC編號(hào)_)或雜交瘤Btig3B1.9(ATCC編號(hào)_)生成的抗體的生物學(xué)活性，其中所述生物學(xué)活性是抑制CD4+T細(xì)胞增殖。29.權(quán)利要求16的抗體，其是抗體片段。30.權(quán)利要求16的抗體，其是嵌合或人源化抗體。31.權(quán)利要求16的抗體，其與生長抑制劑偶聯(lián)。32.權(quán)利要求16的抗體，其與細(xì)胞毒劑偶聯(lián)。33.權(quán)利要求32的抗體，其中所述細(xì)胞毒劑選自抗生素、放射性同位素和溶核酶。34.權(quán)利要求32的抗體，其中所述細(xì)胞毒劑是毒素。35.權(quán)利要求34的抗體，其中所述毒素選自auristatin、美登木素生物堿和加利車霉素。36.權(quán)利要求34的抗體，其中所述毒素選自MMAE(monomethylauristatinE)、MMAF、MMAF-DMAEA、(MMAF-二曱氨基乙胺)、MMAF-TEG(MMAF-三縮四乙二醇)、MMAF-NtBu、和AEVB(auristatinE戊酰千腙)、及AFP(AuristatinF苯二胺)。37.權(quán)利要求34的抗體，其中毒素通過接頭共價(jià)附著于抗體。38.權(quán)利要求34的抗體，其中所述接頭選自馬來酰亞胺己?；?MC)、纈氨酸-瓜氨酸(val-cit,vc)、瓜氨酸(2-氨基-5-脲基戊酸)、PAB(對(duì)氨基芐基氨基曱?；?、Me(N-曱基-纈氨酸瓜氨酸)、MC(PEG)6-OH(馬來酰亞胺己酰基-聚乙二醇)、SPP(N-琥珀酰亞氨基4-(2-吡p定基硫代)戊酸酯)、SMCC(N-琥珀酰亞氨基4-(N-馬來酰亞胺曱基)環(huán)己烷-1羧酸酯)、和MC-vc-PAB。39.權(quán)利要求16的抗體，其是在細(xì)菌中生成的抗體。40.權(quán)利要求16的抗體，其是在CHO細(xì)胞中生成的抗體。41.權(quán)利要求16的抗體，其是可檢測(cè)標(biāo)記的抗體。42.組合物，其包含權(quán)利要求16的抗體連同藥學(xué)可接受載體。43.組合物，其包含(a)權(quán)利要求11的多肽、(b)所述多肽的激動(dòng)劑、(c)所述多肽的拮抗劑、或(d)結(jié)合所述多肽的抗體，連同載體。44.權(quán)利要求43的組合物，其包含治療有效量的(a)、(b)、(c)或(d)。45.制品，其包括(a)容器；(b)所述容器上的標(biāo)簽；和(c)裝在所述容器內(nèi)的包含結(jié)合PR087299多肽的抗體的組合物，其中所述容器上的標(biāo)簽指示所述組合物可用于治療免疫相關(guān)疾病、淋巴瘤或炎'性腸病。46.在哺乳動(dòng)物中激發(fā)免疫應(yīng)答的方法，所述方法包括對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用有效量的特異性結(jié)合PR087299的抗體，其中所述免疫應(yīng)答得到激發(fā)。47.在有所需要的哺乳動(dòng)物中減輕免疫相關(guān)紊亂的方法，包括對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用治療有效量的(a)特異性結(jié)合PR087299的抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM國Fc、或其片段，(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片H或(d)PR087299的小分子激動(dòng)劑。48.權(quán)利要求47的方法，其中所述免疫相關(guān)紊亂是系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、骨關(guān)節(jié)炎、幼發(fā)型慢性關(guān)節(jié)炎、脊推關(guān)節(jié)病、系統(tǒng)性硬化、特發(fā)性炎性肌病、斯耶格倫氏綜合征、系統(tǒng)性血管炎、結(jié)節(jié)病、自身免疫性溶血性貧血、自身免疫性血小板減少癥、甲狀腺炎、糖尿病、免疫介導(dǎo)的腎病、中樞或周圍神經(jīng)系統(tǒng)的脫髓鞘病、特發(fā)性脫髓鞘多神經(jīng)病、格-巴二氏綜合征、慢性炎性脫髓鞘多神經(jīng)病、肝膽病、傳染性或自身免疫性慢性活動(dòng)性肝炎、原發(fā)性膽汁性肝硬化、肉芽腫性肝炎、硬化性膽管炎、炎性腸病、麩膠敏感性腸病、惠普爾氏病、自身免疫或免疫介導(dǎo)的皮膚病、大皰性皮膚病、多形紅斑、接觸性皮炎、4艮屑病、變應(yīng)性疾病、哮喘、變應(yīng)性鼻炎、特應(yīng)性皮炎、食物過敏、蕁麻滲、肺的免疫學(xué)疾病、嗜曙紅細(xì)胞性肺炎、特發(fā)性肺纖維化、超每文感性肺炎、移植相關(guān)疾病、移植物排斥或移植物抗宿主病。49.用于測(cè)定懷疑含有PR087299多肽的樣品中是否存在所述多肽的方法，所述方法包括(1)使所述樣品暴露于(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片段，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片段；并(2)測(cè)定與PR087299的結(jié)合。50.在哺乳動(dòng)物中診斷免疫相關(guān)疾病的方法，所述方法包括(1)使特異性結(jié)合PR087299的(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片H或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片段接觸從所述哺乳動(dòng)物獲得的組織細(xì)胞的測(cè)試樣品；并(2)檢測(cè)測(cè)試樣品中是否形成(a)、(b)或(c)與PR087299多肽之間的復(fù)合物，其中所述復(fù)合物的形成指示獲取測(cè)試組織細(xì)胞的哺乳動(dòng)物中存在免疫相關(guān)疾病。51.在哺乳動(dòng)物中診斷炎性免疫應(yīng)答的方法，所述方法包括檢測(cè)從哺乳動(dòng)物獲得的組織細(xì)胞的測(cè)試樣品中和相同細(xì)胞類型的已知正常組織細(xì)胞的對(duì)照樣品中PR087299多肽的表達(dá)水平，包括(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片l殳，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片革殳，其中測(cè)試樣品中與對(duì)照樣品相比所述PR087299多肽的表達(dá)水平更高或更低指示獲取測(cè)試組織細(xì)胞的哺乳動(dòng)物中存在炎性免疫應(yīng)答。52.在哺乳動(dòng)物中診斷淋巴瘤的方法，所述方法包括檢測(cè)從哺乳動(dòng)物獲得的組織細(xì)胞的測(cè)試樣品中和相同細(xì)胞類型的已知正常組織細(xì)胞的對(duì)照樣品中PR087299多肽的表達(dá)水平，包括(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片^殳，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片段，其中測(cè)試樣品中與對(duì)照樣品相比所述PR087299多肽的表達(dá)水平更高或更低指示獲取測(cè)試組織細(xì)胞的哺乳動(dòng)物中存在淋巴瘤。53.在有所需要的哺乳動(dòng)物中減輕淋巴瘤的方法，包括對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用治療有效量的特異性結(jié)合PR087299多肽的(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片萃殳，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片H。54.在哺乳動(dòng)物中"^斷炎性腸病的方法，所述方法包括檢測(cè)從哺乳動(dòng)物獲得的組織細(xì)胞的測(cè)試樣品中和相同細(xì)胞類型的已知正常組織細(xì)胞的對(duì)照樣品中PR087299多肽的表達(dá)水平，包括(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片段，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片,殳，其中測(cè)試樣品中與對(duì)照樣品相比所述PR087299多肽的表達(dá)水平更高或更低指示獲取測(cè)試組織細(xì)胞的哺乳動(dòng)物中存在炎性腸病。55.在有所需要的哺乳動(dòng)物中減輕炎性腸病的方法，包括對(duì)所述哺乳動(dòng)物施用治療有效量的特異性結(jié)合PR087299的(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片萃史，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片段。56.篩選調(diào)控PR087299的候選化合物的方法，包括如下步驟(1)將包含PR087299的混合物與(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片4殳，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片段和候選化合物一起在不存在候選化合物時(shí)PROS7299以參比親和力結(jié)合(a)、(b)或(c)的條件下溫育；(2)4僉測(cè)在存在候選化合物時(shí)PR08M9對(duì)(a)、(b)或(c)的結(jié)合親和力以測(cè)定候選化合物親和力，其中參比親和力和候選化合物親和力之間有差異指示該候選化合物調(diào)控PR087299。57.篩選調(diào)控PR087299的候選化合物的方法，包括如下步驟(1)用PR08"7299轉(zhuǎn)染細(xì)胞；(2)使候選化合物接觸經(jīng)PR087299轉(zhuǎn)染的細(xì)胞；(3)使經(jīng)PR087299轉(zhuǎn)染的細(xì)胞接觸(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片4殳，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT國Fc、或其片段作為降低轉(zhuǎn)染細(xì)胞增殖的手段；(4)將候選化合物接觸的經(jīng)PR087299轉(zhuǎn)染的細(xì)胞之細(xì)胞增殖的降低與(a)、(b)或(c)接觸的經(jīng)PR087299轉(zhuǎn)染的細(xì)胞進(jìn)行比較，其中經(jīng)PR087299轉(zhuǎn)染的細(xì)胞增殖降低指示該候選化合物調(diào)控PR087299。58.篩選調(diào)控PR087299的候選化合物的方法，包括如下步驟(1)分離CD4+T細(xì)月包；(2)使分離的CD4+T細(xì)胞接觸候選化合物；(3)使分離的CD4+T細(xì)胞接觸(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片,更，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT國Fc、或其片段作為降低CD4+T細(xì)胞增殖的手段；(4)將(2)的細(xì)胞增殖的降低與(3)進(jìn)行比較，其中CD4+T細(xì)胞增殖降低指示該候選化合物調(diào)控PR087299。59.在哺乳動(dòng)物中減輕移植組織排斥的方法，包括施用有效量的(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片萃殳，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片H由此移植組織排斥得到減輕。60.在哺乳動(dòng)物中減輕移植細(xì)胞排斥的方法，包括施用有效量的(a)抗PR087299抗體，(b)HVEM(SEQIDNO:4)、HVEM-Fc、或其片^殳，或(c)LIGHT(SEQIDNO:6)、LIGHT-Fc、或其片段，由此移植細(xì)胞排斥得到減輕。全文摘要本發(fā)明涉及含有新的蛋白質(zhì)的組合物及使用這些組合物來診斷和治療免疫相關(guān)疾病的方法。文檔編號(hào)C07K16/00GK101421298SQ200480044827公開日2009年4月29日申請(qǐng)日期2004年11月12日優(yōu)先權(quán)日2004年11月12日發(fā)明者丹尼爾·L·伊頓,伯恩德·蘭尼克,凱利·M·洛耶特,利諾·岡薩雷茲,希拉里·克拉克,歐陽文軍申請(qǐng)人:健泰科生物技術(shù)公司