抗-c-Met抗體的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及結合人c-Met的胞外結構域的抗體或其抗原結合片段，包含此類c-Met抗體或其抗原結合片段的組合物和試劑盒，和使用其用于檢測人c-Met的方法，所述方法幫助鑒定具有表達或過表達人c-Met的腫瘤的患者和/或改善它們使用抗c-Met治療劑的治療應答。
【專利說明】抗-c_Met抗體
[000i] 本發(fā)明涉及醫(yī)藥領域。更特別地，本發(fā)明涉及抗體或其抗原結合片段，所述抗體或 其抗原結合片段結合人c-Met (也稱為MET)以形成可檢測的c-Met/抗-c-Met抗體復合 物，所述復合物可用于需要標記、做記號、或鑒定人c-Met的診斷技術，諸如成像、預后或預 測性應用，所述應用幫助鑒定具有表達或過表達人c-Met蛋白的腫瘤的患者和/或改善它 們使用抗c-Met療法的治療應答。
[0002] 蛋白c-Met是受體酪氨酸激酶超家族的成員，和肝細胞生長因子（HGF)的受體，也 稱為散射因子（SF)。成熟的人c-Met蛋白由完全胞外的a亞基、由胞外配體結合結構域、 單跨膜結構域，和細胞質酪氨酸激酶結構域組成的0亞基構成。
[0003] 已經顯示人c-Met受HGF的激活增強與侵襲性細胞表型相關的特征：增殖、遷移、 形態(tài)發(fā)生、存活和蛋白酶合成。人c-Met信號傳遞途徑是人癌癥中最頻繁失調的途徑之一， 并在幾乎所有類型的實體瘤中涉及。在許多類型的癌癥中觀察到人c-Met的刺激、過表達、 或突變，包括結腸、乳房、卵巢、肺、前列腺、胰腺、膽管、腦、甲狀腺、腎、胃癌以及黑素瘤和肉 瘤。HGF/c-Met信號傳遞軸的這些生物化學和遺傳學異常與癌癥患者中差的臨床結果和藥 物抗性相關。
[0004] 由于人C-Met信號傳遞途徑在調節(jié)腫瘤形成的初始步驟和隨后疾病擴散中的作 用，人c-Met被認為是使用處于研發(fā)中的HGF或c-Met的小分子和抗體拮抗劑的癌癥療法 的有吸引力的靶?？紤]到處于研發(fā)中的人c-Met的小分子和抗體拮抗劑，需要人c-Met的 診斷抗體用于分析患者癌癥。
[0005] PCT國際公開W02009/029591公布了命名為MET4的單克隆抗體，報道所述抗體結 合人c-Met的E⑶，并且能夠對福爾馬林固定石蠟包埋的（FFPE)腫瘤組織中的c-Met進行 染色。
[0006] 為了評價在使用人c-Met的小分子和抗體拮抗劑的治療前,治療期間,或治療后， 癌癥患者的腫瘤細胞中的人c-Met的表達或過表達的水平，需要備選的人c-Met診斷抗 體，所述抗體能夠特異性結合膜定位的人c-Met的ECD。此外，為了評價接受使用治療性抗 c-Met活性劑的治療的癌癥患者的腫瘤細胞中的人c-Met的表達或過表達的水平，需要人 c-Met診斷抗體，所述抗體當c-Met已經與治療性抗c-Met活性劑結合時能夠特異性結合人 c-Met。
[0007] 對于人c-Met診斷抗體，對人c-Met的特異性和選擇性也是極為重要的。避免與 c-Met的緊密相關的受體酪氨酸激酶家族成員，諸如人RON (也稱為MST1R)的交叉反應性對 于人c-Met診斷抗體是重要的。因此，也需要能夠特異性和選擇性地（例如，沒有與人RON 的顯著的結合）結合膜定位的人c-Met的人c-Met診斷抗體。
[0008] 因此，本發(fā)明提供了特異性結合人C-Met的ECD(SEQ ID NO :24)的抗體或其抗原 結合片段，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包含互補決定區(qū)（CDR) LCDR1、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDR1、HCDR2,和 HCDR3,其中 LCDRl 包含多肽 RASENIYSYLA(SEQ ID N0:1)，LCDR2 包含多肽 VYNAKPLAE(SEQ ID N0:2)，LCDR3 包含多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID NO :3)，HCDRl 包含多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID NO :4)，HCDR2 包含多 肽 GFHPGNSGTNYNQKFKG(SEQ ID N0:5)或 GFHPRNSGTNYNQKFKG(SEQ ID N0:6)，并且 HCDR3 包含多肽 TRGYYYDGSFTY(SEQ ID NO :7)。
[0009] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met的ECD (SEQ ID NO :24) 的抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包 含互補決定區(qū)（CDR) LCDRl、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDRl、HCDR2,和 HCDR3， 其中 LCDRl 包含多肽 RASENIYSYLA (SEQ ID NO : I)，LCDR2 包含多肽 VYNAKPLAE (SEQ ID NO :2)，LCDR3 包含多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID NO :3)，HCDRl 包含多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID NO :4)，HCDR2 包含多肽 GFHPGNSGTNYNQKFKG (SEQ ID NO :5)，并且 HCDR3 包含多肽 TRGYYYDGSFTY(SEQ ID NO ：7)〇
[0010] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人C-Met的ECD (SEQ ID NO :24) 的抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包 含互補決定區(qū)（CDR) LCDRl、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDRl、HCDR2,和 HCDR3， 其中 LCDRl 包含多肽 RASENIYSYLA (SEQ ID NO : I)，LCDR2 包含多肽 VYNAKPLAE (SEQ ID NO :2)，LCDR3 包含多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID NO :3)，HCDRl 包含多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID NO :4)，HCDR2 包含多肽 GFHPRNSGTNYNQKFKG (SEQ ID NO :6)，并且 HCDR3 包含多肽 TRGYYYDGSFTY(SEQ ID NO ：7)〇
[0011] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met的E⑶(SEQ ID NO :24)的 抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包含互 補決定區(qū)（CDR) LCDR1、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDR1、HCDR2,和 HCDR3,其中 LCDRl 是多肽 RASENIYSYLA (SEQ ID NO: 1)，LCDR2 是多肽 VYNAKPLAE (SEQ ID NO :2)，LCDR3 是多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID N0:3)，HCDR1 是多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID N0:4)，HCDR2 是 多肽GFHPGNSGTNYNQKFKG (SEQ ID NO :5)或GFHPRNSGTNYNQKFKG (SEQ ID NO :6)，并且HCDR3 是多肽 TRGYYYDGSFTY (SEQ ID NO :7)。
[0012] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met的E⑶(SEQ ID NO :24)的 抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包含互 補決定區(qū)（CDR) LCDR1、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDR1、HCDR2,和 HCDR3,其中 LCDRl 是多肽 RASENIYSYLA (SEQ ID NO: 1)，LCDR2 是多肽 VYNAKPLAE (SEQ ID NO :2)，LCDR3 是多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID N0:3)，HCDR1 是多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID N0:4)，HCDR2 是 多肽GFHPGNSGTNYNQKFKG (SEQ ID NO :5)，并且 HCDR3 是多肽 TRGYYYDGSFTY (SEQ ID NO :7)。
[0013] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met的ECD (SEQ ID NO :24) 的抗體，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包含互補決定區(qū)（⑶R) LCDR1、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDR1、HCDR2,和 HCDR3,其中 LCDRl 是多 肽 RASENIYSYLA (SEQ ID NO :1)，LCDR2 是多肽 VYNAKPLAE(SEQ ID NO :2)，LCDR3 是多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID N0:3)，HCDR1 是多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID N0:4)，HCDR2 是多肽 GFHPGNSGTNYNQKFKG (SEQ ID NO :5)，并且 HCDR3 是多肽 TRGYYYDGSFTY (SEQ ID NO :7)。
[0014] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met的E⑶(SEQ ID NO :24)的 抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包含互 補決定區(qū)（CDR) LCDR1、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDR1、HCDR2,和 HCDR3,其中 LCDRl 是多肽 RASENIYSYLA (SEQ ID NO: 1)，LCDR2 是多肽 VYNAKPLAE (SEQ ID NO :2)，LCDR3 是多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID N0:3)，HCDR1 是多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID N0:4)，HCDR2 是 多肽GFHPRNSGTNYNQKFKG(SEQ ID N0:6)，并且HCDR3 是多肽TRGYYYDGSFTY(SEQ ID N0:7)。
[0015] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met的ECD (SEQ ID NO :24) 的抗體，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包含互補決定區(qū)（⑶R) LCDR1、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDR1、HCDR2,和 HCDR3,其中 LCDRl 是多 肽 RASENIYSYLA(SEQ ID N0:1)，LCDR2 是多肽 VYNAKPLAE(SEQ ID N0:2)，LCDR3 是多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID N0:3)，HCDR1 是多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID N0:4)，HCDR2 是多肽 GFHPRNSGTNYNQKFKG(SEQ ID N0:6)，并且 HCDR3 是多肽 TRGYYYDGSFTY(SEQ ID N0:7)。
[0016] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met的E⑶(SEQ ID NO :24)的 抗體或其抗原結合片段，包含LCVR和HCVR，其中LCVR是多肽SEQ ID NO :8,并且HCVR是多 肽SEQ ID NO :9或SEQ ID NO :10。在另外的實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met 的ECD (SEQ ID NO :24)的抗體或其抗原結合片段，包含LCVR和HCVR，LCVR是多肽SEQ ID NO :8,并且HCVR是多肽SEQ ID NO :9。在另一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人 c-Met的ECD (SEQ ID NO :24)的抗體或其抗原結合片段，包含LCVR和HCVR，其中LCVR是多 肽 SEQ ID NO :8,并且 HCVR 是多肽 SEQ ID NO: 10。
[0017] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人C-Met的E⑶(SEQ ID NO :24)的 抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈（LC)和重鏈（HC)，其中LC是多肽SEQ ID NO :11，并且 HC是多肽SEQ ID NO :12或SEQ ID NO :13。在另外的實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結 合人c-Met的E⑶(SEQ ID NO :24)的抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈（LC)和重鏈（HC)， 其中LC是多肽SEQ ID NO :11，并且HC是多肽SEQ ID NO :12。在另一個實施方案中，本發(fā) 明提供了特異性結合人c-Met的ECD(SEQ ID NO :24)的抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈 (LC)和重鏈（HC)，其中LC是多肽SEQ ID NO :11，并且HC是多肽SEQ ID NO :13。
[0018] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人C-Met的E⑶(SEQ ID NO :24)的 抗體，包含兩條輕鏈和兩條重鏈，其中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并且每條重鏈是多肽 SEQ ID NO: 12。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了特異性結合人c-Met的ECD (SEQ ID NO: 24)的抗體，包含兩條輕鏈和兩條重鏈，其中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并且每條重鏈 是多肽 SEQ ID NO : 13。
[0019] 本發(fā)明提供了包含本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段的組合物，和可接受的運載 體、稀釋劑，或賦形劑。更特別地，本發(fā)明的組合物還包含一種或多種額外的診斷活性劑。
[0020] 本發(fā)明提供了包含本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段的試劑盒。在一個實施方案 中，本發(fā)明的試劑盒還包含容器，所述容器包含特異性結合本發(fā)明的抗體的第二抗體。在另 外的實施方案中，本發(fā)明的試劑盒還包含容器，所述容器包含特異性結合本發(fā)明的抗體的 第二抗體。優(yōu)選地，第二抗體是抗小鼠IgG抗體諸如抗小鼠IgGl抗體。
[0021] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了檢測由人細胞表達或過表達的人C-Met的方 法，包括：(a)在體外將細胞與本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段接觸；(b)移除任何未結 合的或非特異性結合的抗體或其抗原結合片段；和（c)檢測，并且任選地對與人c-Met的 ECD(SEQ ID NO :24)特異性結合的抗體或其抗原結合片段的量進行定量。在另外的實施方 案中，本發(fā)明提供了檢測由人細胞表達或過表達的人c-Met的方法，包括（a)在體外將細胞 與本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段接觸；(b)移除任何未結合的或非特異性結合的抗體或 其抗原結合片段；和（C)檢測，并且任選地對與人C-Met的E⑶(SEQ ID NO :24)特異性結 合的抗體或其抗原結合片段的量進行定量，其中人細胞是福爾馬林固定石蠟包埋的。在另 外的實施方案中，本發(fā)明提供了檢測由人細胞表達或過表達的人c-Met的方法，包括（a)在 體外將細胞與本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段接觸；(b)移除任何未結合的或非特異性結 合的抗體或其抗原結合片段；和（c)檢測，并且任選地對與人c-Met的E⑶(SEQ ID NO :24) 特異性結合的抗體或其抗原結合片段的量進行定量，并且其中檢測是通過直接或間接免疫 組織化學（IHC)進行的。
[0022] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了測定或監(jiān)控患者中對施用抗C-Met治療劑的應 答的方法，包括：(a)在施用抗c-Met治療劑之前從患者分離的第一樣品中，使用本發(fā)明的 抗體或其抗原結合片段測量人c-Met的量；(b)在施用抗c-Met治療劑之后從患者分離的 第二樣品中，使用本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段測量人c-Met的量；（c)測定較之第一樣 品，第二樣品中的人c-Met是否降低，其中人c-Met降低提示患者應答抗c-Met治療劑。
[0023] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了測定或監(jiān)控患者中對施用抗c-Met治療劑的應 答的方法，包括：(a)在施用抗c-Met治療劑之前從患者分離的第一樣品中，使用本發(fā)明的 抗體或其抗原結合片段測量人c-Met的量；(b)在施用抗c-Met治療劑之后從患者分離的 第二樣品中，使用本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段測量人c-Met的量；（c)測定較之第一 樣品，第二樣品中的人c-Met是否降低，其中人c-Met降低提示患者應答抗c-Met治療劑， 并且其中抗c-Met治療劑是包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體，其中每條輕鏈由多肽SEQ ID NO :20組成并且每條重鏈由多肽SEQ ID NO :22組成。
[0024] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了測定或監(jiān)控患者中對施用抗c-Met治療劑的應 答的方法，包括：(a)在施用抗c-Met治療劑之前從患者分離的第一樣品中，使用本發(fā)明的 抗體或其抗原結合片段測量人c-Met的量；(b)在施用抗c-Met治療劑之后從患者分離的 第二樣品中，使用本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段測量人c-Met的量；（c)測定較之第一樣 品，第二樣品中的人c-Met是否降低，其中人c-Met降低提示患者應答抗c-Met治療劑，并 且其中抗c-Met治療劑是N- (3-氟-4- (1-甲基-6- (1H-吡唑-4-基）-IH-吲唑-5-基氧基） 苯基）-1_ (4-氟苯基）-6-甲基-2-氧代-1，2-二氫吡啶-3-甲酰胺或6-(1-甲基-IH-吡 唑-4-基）-3-(2_甲基-2H-吲唑-5-基硫基）-[1，2,4]三唑并[4,3-b]噠嗪。
[0025] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了本發(fā)明的抗體，其用于診斷、預后和/或預測使 用抗c-Met治療抗體或小分子c-Met治療化合物的癌癥治療應答。
[0026] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段的用途，其用 于：
[0027] (a)檢測，并且任選地定量人細胞中或上的人c-Met ;
[0028] (b)檢測，并且任選地定量患者中表達或過表達人c-Met的腫瘤細胞；
[0029] (c)檢測，并且任選地定量患者的血液樣品中表達或過表達人c-Met的循環(huán)腫瘤 細胞；
[0030] (d)檢測，并且任選地定量來自癌癥患者的體液中表達或過表達人c-Met的腫瘤 細胞；
[0031] (e)評價個體是否具有組織或器官的癌癥，所述組織或器官中表達或過表達人 c-Met ；
[0032] (f)選擇具有適于使用抗c-Met治療劑的治療的腫瘤的患者；或
[0033] (g)測定對使用抗C-Met治療劑的治療的應答。
[0034] 在另外的實施方案中，本發(fā)明提供了本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段的用途，其 中通過IHC進行人c-Met的檢測，和，任選地，定量。在另外的實施方案中，本發(fā)明提供了本 發(fā)明的抗體或其抗原結合片段的用途，其中抗c-Met活性劑是包含兩條輕鏈和兩條重鏈的 抗體，其中每條輕鏈由多肽SEQ ID NO :20組成并且每條重鏈由多肽SEQ ID NO :22組成，或 其中抗c-Met活性劑是N- (3-氟-4- (1-甲基-6- (1H-吡唑-4-基）-IH-吲唑-5-基氧基） 苯基）-1_ (4-氟苯基）-6-甲基-2-氧代-1，2-二氫吡啶-3-甲酰胺或6-(1-甲基-IH-吡 唑-4-基）-3-(2_甲基-2H-吲唑-5-基硫基）-[1，2,4]三唑并[4,3-b]噠嗪。
[0035] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了選擇具有其中表達或過表達人c-Met的腫瘤的 患者的方法，用于使用抗c-Met治療抗體或小分子c-Met治療化合物的治療,所述方法包 括：(a)將腫瘤樣品與本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段接觸；(b)移除任何未結合的或非特 異性結合的抗體或其抗原結合片段；和（c)檢測，并且任選地對與人c-Met的ECD特異性結 合的抗體或其抗原結合片段的量進行定量，其中存在與人c-Met的ECD特異性結合的抗體 或其抗原結合片段將患者鑒定為適于使用抗c-Met治療抗體或小分子c-Met治療化合物的 治療。
[0036] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了預測患者對施用抗c-Met治療抗體或小分子 c-Met治療化合物的應答的方法，包括：(a)將來自患者的腫瘤樣品與本發(fā)明的抗體或其抗 原結合片段接觸；(b)移除任何未結合的或非特異性結合的抗體或其抗原結合片段；和（C) 檢測，并且任選地對與人c-Met的ECD特異性結合的抗體或其抗原結合片段的量進行定量， 其中存在與人c-Met的ECD特異性結合的抗體或其抗原結合片段提示患者將很可能應答施 用抗c-Met治療抗體或小分子c-Met治療化合物。
[0037] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了治療癌癥的方法，包括：(a)選擇需要其治療的 患者，其中患者具有其中表達或過表達人c-Met的腫瘤，如通過使用本發(fā)明的抗體或其抗 原結合片段檢測人c-Met測定的；和（b)使用抗c-Met治療劑治療患者，其中抗c-Met治療 劑是包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體，其中每條輕鏈由多肽SEQ ID NO :20組成并且每條重 鏈由多肽SEQ ID NO :22組成，或其中抗c-Met活性劑是N-(3-氟-4-(1-甲基-6-(1H-吡 唑-4-基）-IH-吲唑-5-基氧基）苯基）-1- (4-氟苯基）-6-甲基-2-氧代-1，2-二氫吡 啶-3-甲酰胺或6-(1_甲基-IH-吡唑-4-基）-3-(2_甲基-2H-吲唑-5-基硫基）-[1，2， 4]三唑并[4,3-b]噠嗪。在本發(fā)明的方法的多種實施方案中，受治療的癌癥是胃癌、非小細 胞肺癌、結腸癌、膽管癌、頭頸癌，或腎癌。在本發(fā)明的方法的多種實施方案中，使用包含兩 條輕鏈和兩條重鏈的抗體檢測人c-Met，其中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并且每條重鏈 是多肽SEQ ID NO :12,或使用包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體檢測人c-Met，其中每條輕鏈 是多肽SEQ ID NO: 11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO: 13。
[0038] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了治療患者中的癌癥的方法，包括測試來自患 者的生物樣品中人c-Met的存在并且如果測試樣品是人c-Met是陽性的，如使用本發(fā)明 的抗體或其抗原結合片段的檢測所測定的，則對患者施用治療有效量的抗c-Met治療 齊U，并且其中抗c-Met治療劑是包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體，其中每條輕鏈由多肽 SEQ ID NO :20組成并且每條重鏈由多肽SEQ ID NO :22組成，或其中抗c-Met活性劑是 N- (3-氟-4- (1-甲基-6- (1H-吡唑-4-基）-IH-吲唑-5-基氧基）苯基）-I- (4-氟苯 基）-6-甲基-2-氧代-1，2-二氫吡啶-3-甲酰胺或6- (1-甲基-IH-吡唑-4-基）-3- (2-甲 基-2H-吲唑-5-基硫基）-[1，2,4]三唑并[4,3-b]噠嗪。在本發(fā)明的方法的多種實施方 案中，受治療的癌癥是胃癌、非小細胞肺癌、結腸癌、膽管癌、頭頸癌，或腎癌。在本發(fā)明的方 法的多種實施方案中，使用包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體檢測人c-Met，其中每條輕鏈是 多肽SEQ ID NO: 11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO: 12,或使用包含兩條輕鏈和兩條重鏈 的抗體檢測人c-Met，其中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO: 13。在本發(fā)明的方法的多種實施方案中，生物樣品是福爾馬林固定石蠟包埋的。
[0039] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了治療患者中的癌癥的方法，包括對患者施用治 療有效量的抗c-Met治療劑，條件是如果測試來自患者的生物學樣品是人c-Met陽性的，如 使用本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段的檢測所測定的，則選擇用于治療的患者，并且其中 抗c-Met治療劑是包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體，其中每條輕鏈由多肽SEQ ID NO :20組 成并且每條重鏈由多肽SEQ ID NO :22組成，或者其中抗c-Met活性劑是N-(3-氟-4-(l-甲 基-6- (1H-吡唑-4-基）-IH-吲唑-5-基氧基）苯基）-1- (4-氟苯基）-6-甲基-2-氧代-1， 2-二氫吡啶-3-甲酰胺或6-(1-甲基-IH-吡唑-4-基）-3-(2-甲基-2H-吲唑-5-基硫 基）-[1，2,4]三唑并[4,3-b]噠嗪。在本發(fā)明的方法的多種實施方案中，受治療的癌癥是 胃癌、非小細胞肺癌、結腸癌、膽管癌、頭頸癌，或腎癌。在本發(fā)明的方法的多種實施方案中， 使用包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體檢測人c-Met，其中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并 且每條重鏈是多肽SEQ ID NO :12,或使用包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體檢測人c-Met，其 中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO :13。在本發(fā)明的方法的 多種實施方案中，生物樣品是福爾馬林固定石蠟包埋的。
[0040] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了抗C-Met治療劑，其用于治療癌癥，包括（a)選 擇需要其治療的患者，其中患者具有其中表達或過表達人c-Met的腫瘤，所述表達或過表 達如通過使用本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段檢測人c-Met測定的；和（b)使用抗c-Met 治療劑治療患者，其中抗c-Met治療劑是包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體，其中每條輕鏈 由多肽SEQ ID NO :20組成并且每條重鏈由多肽SEQ ID NO :22組成，或其中抗c-Met治療 劑是N- (3-氟-4- (1-甲基-6- (1H-吡唑-4-基）-IH-吲唑-5-基氧基）苯基）-1- (4-氟苯 基）-6-甲基-2-氧代-1，2-二氫吡啶-3-甲酰胺或6- (1-甲基-IH-吡唑-4-基）-3- (2-甲 基-2H-吲唑-5-基硫基）-[1，2,4]三唑并[4,3-b]噠嗪。在用于治療癌癥的本發(fā)明的多種 實施方案中，癌癥是胃癌、非小細胞肺癌、結腸癌、膽管癌、頭頸癌，或腎癌。在用于治療癌癥 的本發(fā)明的多種實施方案中，使用包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體檢測人c-Met，其中每條 輕鏈是多肽SEQ ID NO: 11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO :12,或使用包含兩條輕鏈和兩 條重鏈的抗體檢測人c-Met，其中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO :13。
[0041] 在一個實施方案中，本發(fā)明提供了抗c-Met治療劑，其用于治療癌癥，包括使用來 自患者的生物樣品進行體外測定法，通過使用本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段的檢測測定 人c-Met的存在，并且如果存在人c-Met對患者施用治療有效量的抗c-Met治療劑，其中 抗c-Met治療劑是包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體，其中每條輕鏈由多肽SEQ ID NO :20組 成并且每條重鏈由多肽SEQ ID NO :22組成，或其中抗c-Met治療劑是N-(3-氟-4-(1-甲 基-6- (1H-吡唑-4-基）-IH-吲唑-5-基氧基）苯基）-I- (4-氟苯基）-6-甲基-2-氧代-I， 2-二氫吡啶-3-甲酰胺或6-(1_甲基-IH-吡唑-4-基）-3-(2_甲基-2H-吲唑-5-基硫 基）-[1，2,4]三唑并[4,3-b]噠嗪。在用于治療癌癥的本發(fā)明的多種實施方案中，癌癥是 胃癌、非小細胞肺癌、結腸癌、膽管癌、頭頸癌，或腎癌。在用于治療癌癥的本發(fā)明的多種實 施方案中，使用包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體檢測人c-Met，其中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO :12,或使用包含兩條輕鏈和兩條重鏈的抗體檢測人 c-Met，其中每條輕鏈是多肽SEQ ID NO :11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO :13。
[0042] 在本發(fā)明的方法的多種實施方案中，通過免疫測定技術，諸如IHC、流式細胞術、 western印跡，或ELISA進行本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段與人c-Met的ECD的結合的檢 測。更優(yōu)選地，通過IHC進行本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段與人c-Met的ECD的結合的 檢測。
[0043] 在本發(fā)明此方面的另外的實施方案中，人細胞可以是福爾馬林固定石蠟包埋的， 并且檢測可以通過直接或間接IHC進行。間接IHC可以包括使用結合c-Met的第二、酶綴 合的單克隆抗體或其抗原結合片段或競爭性單克隆抗體或其抗原結合片段，并且c-Met可 以通過使用酶的生色底物檢測。
[0044] 在另一個實施方案中，本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段可用于檢測循環(huán)腫瘤細 胞（CTC)。CTC是從腫瘤流出的腫瘤細胞，在轉運過程中在血流內存活并在遠處的位點處 開始新生長。檢測CTC是有用的因為CTC可以在檢測到腫瘤之前在患者中發(fā)現。CTC也 可見于顯著比例的腫瘤復發(fā)時的患者中，并且在移除原發(fā)腫瘤后CTC在一些患者中持續(xù)。 有證據提示CTC源自原發(fā)腫瘤以及轉移腫瘤中的克隆并且其在腫瘤進展的全部階段反映 腫瘤負荷。因此，除了在早期診斷和預后中的潛在作用之外，CTC可在表征隨腫瘤進展的 基因和表型改變中起主要作用，從而幫助引導靶向療法。更特別地，本發(fā)明的抗體或其抗 原結合片段可用于捕獲、鑒定，和/或定量CTC的測定法中，諸如，例如，（:ellSeaixh?CTC測試（Veridex LLC，San Diego, CA)、磁激活的細胞分選系統(tǒng)（MACS?,Miltenyi BiotecGmbH，德國）、Dynal MagneticBeads⑨（Invitr〇gen)、EasySep⑧（Stem Cell Technologies，Vancouver 加拿大）、CTC 芯片（on-Q-ity，Waltham，M)，或本領域中已知 用于分離和檢測CTC的任何其他測試諸如在Slei jfer，等人.Circulating tumour cell detection on its wayto routine diagnostic implementation ? Eur J Cancer，43 (18): 2645-50 (2007) ；Lacroix M.，Significance，detection and markers of disseminated breast cancer cells.Endocr Relat Cancer.，13(4) :1033_67(2006);和 Pantel，等人， Detection，clinical relevance and specific biological properties of disseminating tumour cells. Nat Rev Cancer，8(5) :329_40(2008))中描述的那些。目前，CeilSeairh⑧CTC是唯一由USFDA批準的作為檢測和計數循環(huán)腫瘤細胞的自動化測試的診斷測試（Fed. Reg. 69 (91) : 26036-38 (2004)。CellSearch?測試的結果已經用于監(jiān)控轉移性前列腺 癌（Danila，等人，Circulating tumor cell number and prognosis in progressive castration-resistant prostate cancer. Clin Cancer Res-，13(23) :7053_58 (2007))、結 腸直腸癌（Cohen，等人，Isolation and characterization of circulating tumor cells in patients with metastatic colorectal cancer. Clin Colorectal Cancer 6(2)： 125-32(2006))，和乳腺癌（Cristofanilli，等人.Circulating tumor cells，disease progression, and survival in metastatic breast cancer. N Engl J Med.，351(8): 781-91(2004))中的疾病進展和療法效力。本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段，例如，本文描 述的，和特別地下表1中描述的抗體I或II，可用于此類方法中，例如Ge丨丨Seairh?:測試， 并且在一些情況中在療法開始以及C-Met介導的癌癥的治療過程中的任何時間進行。優(yōu) 選地，本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段連同對于其他多肽特異性的抗體一起可用于此類方 法中，所述多肽包括，但不限于，EPCAM、DAPI、CD45,和/或細胞角蛋白（包括，但不限于，細 胞角蛋白7、8、18,和/或19)。通過允許，例如，監(jiān)控疾病進程和療法效力，從此類測試生 成的信息對于其預后價值是有用的，并可以允許較早（以及進行中的）治療決定。此外， 通過允許可檢測地標記的本發(fā)明的抗體或其抗原結合片段和治療性抗c-Met抗體（諸如 W0/2010/059654中公開的）的同時結合，使用治療性抗c-Met抗體的治療的間斷，S卩，"洗 出（washing out)"治療抗體以允許診斷抗體結合c-Met，是不需要的。因此，必要時，本發(fā) 明的抗體或其抗原結合片段允許伴有診斷監(jiān)控的不間斷的治療性治療。
[0045] 如本文所用，"c-Met"或"人c-Met"指人c-Met ;c_Met的結構示意性地描述為：
[0046]
[0047] SEMA:Sema 結構域
【權利要求】
1. 特異性結合人c-Met的胞外結構域（ECD)(SEQ ID N0:24)的抗體或其抗原結合 片段，包含輕鏈可變區(qū)（LCVR)和重鏈可變區(qū)（HCVR)，其中LCVR包含互補決定區(qū)（⑶R) LCDR1、LCDR2,和 LCDR3,并且 HCVR 包含 CDR HCDR1、HCDR2,和 HCDR3,其中 LCDR1 包含多肽 RASENIYSYLA(SEQ ID N0:1)，LCDR2 包含多肽 VYNAKPLAE(SEQ ID N0:2)，LCDR3 包含多肽 CQHHYGTPFT(SEQ ID N0:3)，HCDR1 包含多肽 KASGYSFTSYWMY(SEQ ID N0:4)，HCDR2 包含多 含多肽 TRGYYYDGSFTY(SEQ ID N0:7)。
2. 權利要求1的抗體或其抗原結合片段，其中IXDR1是多肽RASENIYSYLA(SEQ ID NO: 1)，LCDR2 是多肽 VYNAKPLAE (SEQ ID NO: 2)，LCDR3 是多肽 CQHHYGTPFT (SEQ ID NO: 3)， HCDR1 是多肽 KASGYSFTSYWMY (SEQ ID NO: 4)，HCDR2 是多肽 GFHPGNSGTNYNQKFKG (SEQ ID N0:5)或 GFHPRNSGTNYNQKFKG(SEQ ID N0:6)，并且 HCDR3 是多肽 TRGYYYDGSFTY(SEQ ID NO:7)〇
3. 權利要求1或2的抗體或其抗原結合片段，其中HCDR2包含多肽 GFHPGNSGTNYNQKFKG(SEQ ID NO:5)。
4. 權利要求1或2的抗體或其抗原結合片段，其中HCDR2包含多肽 GFHPRNSGTNYNQKFKG(SEQ ID N0:6)〇
5. 權利要求1、2或3的抗體或其抗原結合片段，其中HCDR2是多肽 GFHPGNSGTNYNQKFKG(SEQ ID NO:5)。
6. 權利要求1、2或4的抗體或其抗原結合片段，其中HCDR2是多肽 GFHPRNSGTNYNQKFKG(SEQ ID NO:6)。
7. 權利要求2的抗體或其抗原結合片段，包含LCVR和HCVR，其中LCVR是多肽SEQ ID NO:8,并且 HCVR 是多肽 SEQ ID NO:9 或 SEQ ID NO: 10。
8. 權利要求7的抗體或其抗原結合片段，其中LCVR是多肽SEQ ID NO: 8,并且HCVR是 多肽 SEQ ID NO:9。
9. 權利要求7的抗體或其抗原結合片段，其中LCVR是多肽SEQ ID NO: 8,并且HCVR是 多肽 SEQ ID NO: 10。
10. 權利要求2或7的抗體或其抗原結合片段，包含輕鏈（LC)和重鏈（HC)，其中LC是 多肽5￡〇10勵：11，并且11(：是多肽5￡〇10勵：12或5￡〇10勵：13。
11. 權利要求10的抗體或其抗原結合片段，其中LC是多肽SEQ ID NO: 11，并且HC是 多肽 SEQ ID N0:12。
12. 權利要求10的抗體或其抗原結合片段，其中LC是多肽SEQ ID NO: 11，并且HC是 多肽 SEQ ID NO: 13。
13. 權利要求2、7或10中任一項的抗體，包含兩條輕鏈和兩條重鏈，其中每條輕鏈是多 肽SEQ ID NO: 11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO: 12。
14. 權利要求2、7或10中任一項的抗體，包含兩條輕鏈和兩條重鏈，其中每條輕鏈是多 肽SEQ ID NO: 11，并且每條重鏈是多肽SEQ ID NO: 13。
15. 組合物，其包含權利要求1-14中任一項的抗體或其抗原結合片段，以及可接受的 載體、稀釋劑，或賦形劑。
16. 權利要求15的組合物，其還包含一種或多種額外的診斷劑。
17. 試劑盒，其包含權利要求1-14中任一項的抗體或其抗原結合片段。
18. 權利要求17的試劑盒，其還包含含有與抗體結合的第二抗體的容器。
19. 檢測由人細胞表達或過表達的人c-Met的方法，包括： (a) 在體外將細胞與權利要求1-14中任一項的抗體或其抗原結合片段接觸； (b) 移除任何未結合的或非特異性結合的抗體或其抗原結合片段；和 (c) 檢測并且任選地，對與人c-Met的E⑶(SEQ ID NO: 24)特異性結合的抗體或其抗原 結合片段的量進行定量。
20. 權利要求19的方法，其中人細胞是福爾馬林固定石蠟包埋的。
21. 權利要求19或20的方法，其中檢測是通過直接或間接免疫組織化學進行的。
【文檔編號】C07K16/28GK104334581SQ201380024306
【公開日】2015年2月4日 申請日期:2013年5月1日 優(yōu)先權日:2012年5月9日
【發(fā)明者】G·博伊萊恩, J·戴維斯, I·J·德寧, L·劉, J·盧, P·E·瓦揚古 申請人:伊萊利利公司