背景技術(shù)：

1、許多用于分析核酸的技術(shù)，例如通過測(cè)序來表征核酸嚴(yán)重依賴于用作分析的輸入的核酸的質(zhì)量。樣品制備通常包括組織裂解、核酸提取和純化的步驟。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本公開的各方面涉及用于從生物樣品中提取和/或純化核酸的組合物和方法。本公開部分基于多面體剛性基材，當(dāng)與生物樣品的核酸接觸時(shí)，所述多面體剛性基材與所述樣品中的大dna分子相互作用（例如，吸附、結(jié)合、螯合等）。與先前利用的dna提取或純化方法相比，然后可以以更小損傷（例如，dna剪切）將與所述基材相互作用的所述大dna分子從所述生物樣品中分離。

2、因此，在一些方面，本公開提供了用于從生物樣品中分離核酸的方法，所述方法包含：獲得生物樣品，所述生物樣品包含核酸；使所述生物樣品與多面體剛性基材接觸；將所述樣品的所述核酸吸附到所述多面體剛性基材上；洗滌所述多面體剛性基材以去除所述生物樣品的非核酸組分；從所述多面體剛性基材釋放所述核酸以產(chǎn)生從所述生物樣品中分離的核酸。

3、在一些實(shí)施例中，核酸包含dna。在一些實(shí)施例中，dna是基因組dna（gdna）。在一些實(shí)施例中，核酸包含高分子量（hmw）dna。在一些實(shí)施例中，hmw?dna包含大小為至少30?kb的dna。在一些實(shí)施例中，hmw?dna包含大小為至少50?kb、大小為至少100?kb、大小為至少200kb、大小為至少300?kb、大小為至少500?kb或大小為至少1?mb的dna。

4、在一些實(shí)施例中，生物樣品包含組織樣品、血液樣品、組織裂解物或細(xì)胞裂解物。在一些實(shí)施例中，組織裂解物或細(xì)胞裂解物已經(jīng)預(yù)先從所述生物樣品中獲得。

5、在一些實(shí)施例中，獲得生物樣品包含裂解所述生物樣品的細(xì)胞或組織以產(chǎn)生細(xì)胞裂解物或組織裂解物。

6、在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材包含4至50個(gè)面或由其組成。在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材包含12個(gè)面或由其組成。在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材形成規(guī)則形狀。在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材形成不規(guī)則形狀。

7、在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材形成星形形狀。在一些實(shí)施例中，星形形狀是規(guī)則星形形狀。在一些實(shí)施例中，星形形狀包含五個(gè)點(diǎn)。在一些實(shí)施例中，星形形狀的每個(gè)外角介于71度與73度之間（例如，71度、72度、73度或其間的任何角度）。在一些實(shí)施例中，星形形狀的每個(gè)點(diǎn)的每個(gè)內(nèi)角介于53度與56度之間（例如，53度、54度、55度、56度或其間的任何角度，如54.3度）。

8、在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材的每個(gè)邊緣是基本上光滑的。在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材的每個(gè)面是基本上光滑的。

9、在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材的外徑長(zhǎng)度介于約5?mm與約7?mm之間。在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材的外徑長(zhǎng)度為6?mm。在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材的厚度介于0.1?mm與0.5?mm之間。

10、在一些實(shí)施例中，多面體剛性基材包含金屬或由其組成。在一些實(shí)施例中，金屬包含不銹鋼或由其組成。在一些實(shí)施例中，不銹鋼是304不銹鋼、316不銹鋼、420不銹鋼或440不銹鋼。

11、在一些實(shí)施例中，將所述樣品的核酸吸附到所述多面體剛性基材上包含提供所述樣品的所述核酸在所述基材的表面上成核并形成一個(gè)或多個(gè)核酸聚集體的條件。在一些實(shí)施例中，所述條件包含使所述生物樣品與異丙醇、精胺、水或te緩沖液接觸。

12、在一些實(shí)施例中，洗滌包含在所述生物樣品與洗滌緩沖液接觸之后對(duì)所述生物樣品進(jìn)行離心。在一些實(shí)施例中，洗滌包含進(jìn)行洗滌步驟（例如，與洗滌緩沖液接觸、離心、去除洗滌緩沖液等）多于一次（例如，2、3、4、5次或更多次）。

13、在一些實(shí)施例中，從所述生物樣品中去除的所述非核酸組分包含一種或多種蛋白質(zhì)、rna分子、鹽、碳水化合物或其它細(xì)胞碎片。

14、在一些實(shí)施例中，從所述基材釋放所述核酸包含使所述基材與異丙醇、精胺、水或te緩沖液接觸。

15、在一些實(shí)施例中，分離的核酸包含基因組dna（gdna）或由其組成。在一些實(shí)施例中，分離的核酸包含高分子量（hmw）dna或由其組成。

16、在一些實(shí)施例中，分離的hmw?dna包含至少30?kb。在一些實(shí)施例中，與根據(jù)利用圓形形狀固體基材或珠粒的方法制備的核酸制劑相比，分離的核酸包含剪切較少的dna。

17、在一些方面，本公開提供了一種試劑盒，所述試劑盒包含：（a）微量離心管；以及（b）如本文所述的多面體剛性基材。

18、在一些實(shí)施例中，所述試劑盒進(jìn)一步包含一種或多種緩沖液（例如，裂解緩沖液、洗滌緩沖液、洗脫緩沖液等）。在一些實(shí)施例中，所述一種或多種緩沖液包含精胺。

19、在一些實(shí)施例中，本公開提供了一種核酸（例如，dna）測(cè)序的方法，所述方法包含：根據(jù)如本文所描述的方法獲得分離的核酸；以及使用測(cè)序設(shè)備（例如，適用于超長(zhǎng)讀段測(cè)序的測(cè)序設(shè)備）對(duì)分離的核酸進(jìn)行測(cè)序。

技術(shù)特征：

1.一種用于從生物樣品中分離核酸的方法，所述方法包含：

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述核酸包含dna，任選地其中所述dna是基因組dna（gdna）。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述核酸包含高分子量（hmw）dna。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其中所述hmw?dna包含至少30?kb。

5.根據(jù)權(quán)利要求1至4中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述hmw?dna包含大小為至少50?kb的dna、大小為至少100?kb的dna、大小為至少200?kb的dna、大小為至少300?kb的dna、大小為至少500?kb的dna或大小為至少1?mb的dna。

6.根據(jù)權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣品包含組織樣品、血液樣品、組織裂解物或細(xì)胞裂解物。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述組織裂解物或細(xì)胞裂解物已經(jīng)預(yù)先從所述生物樣品中獲得。

8.根據(jù)權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)所述的方法，其中獲得所述生物樣品包含裂解所述生物樣品的細(xì)胞或組織以產(chǎn)生細(xì)胞裂解物或組織裂解物。

9.根據(jù)權(quán)利要求1至9中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材包含4至50個(gè)面。

10.根據(jù)權(quán)利要求1至9中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材包含12個(gè)面。

11.根據(jù)權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材形成規(guī)則形狀。

12.根據(jù)權(quán)利要求1至11中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材形成不規(guī)則形狀。

13.根據(jù)權(quán)利要求1至12中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材形成星形形狀。

14.根據(jù)權(quán)利要求1至11中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述星形形狀是規(guī)則星形形狀。

15.根據(jù)權(quán)利要求13或14所述的方法，其中所述星形形狀包含五個(gè)點(diǎn)。

16.根據(jù)權(quán)利要求13至15中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述星形形狀的每個(gè)外角介于71度與73度之間。

17.根據(jù)權(quán)利要求13至16中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述星形形狀的每個(gè)點(diǎn)的每個(gè)內(nèi)角介于53度與56度之間。

18.根據(jù)權(quán)利要求1至17中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材的每個(gè)邊緣是基本上光滑的。

19.根據(jù)權(quán)利要求1至18中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材的外徑長(zhǎng)度介于約5?mm與約7?mm之間。

20.根據(jù)權(quán)利要求1至19中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材的外徑長(zhǎng)度為6?mm。

21.根據(jù)權(quán)利要求1至20中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材的厚度介于0.1?mm與0.5?mm之間。

22.根據(jù)權(quán)利要求1至21中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多面體剛性基材包含金屬或由其組成。

23.根據(jù)權(quán)利要求22所述的方法，其中所述金屬包含不銹鋼，任選地其中所述不銹鋼是304不銹鋼、316不銹鋼、420不銹鋼或440不銹鋼。

24.根據(jù)權(quán)利要求1至23中任一項(xiàng)所述的方法，其中將所述樣品的所述核酸吸附到所述多面體剛性基材上包含提供所述樣品的所述核酸在所述基材的表面上成核并形成一個(gè)或多個(gè)核酸聚集體的條件。

25.根據(jù)權(quán)利要求24所述的方法，其中所述條件包含使所述生物樣品與異丙醇、精胺、水或te緩沖液接觸。

26.根據(jù)權(quán)利要求1至25中任一項(xiàng)所述的方法，其中洗滌包含在使所述生物樣品與洗滌緩沖液接觸之后對(duì)所述生物樣品進(jìn)行離心。

27.根據(jù)權(quán)利要求1至26中任一項(xiàng)所述的方法，其中從所述生物樣品中去除的所述非核酸組分包含一種或多種蛋白質(zhì)、rna分子、鹽、碳水化合物或其它細(xì)胞碎片。

28.根據(jù)權(quán)利要求1至27中任一項(xiàng)所述的方法，其中從所述基材釋放所述核酸包含使所述基材與異丙醇、精胺、水或te緩沖液接觸。

29.根據(jù)權(quán)利要求1至28中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述分離的核酸包含基因組dna（gdna）或由其組成。

30.根據(jù)權(quán)利要求1至29中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述分離的核酸包含高分子量（hmw）dna或由其組成，任選地其中所述hmw?dna包含大小為至少30?kb的dna。

技術(shù)總結(jié)
本公開的各方面涉及用于從生物樣品中提取和/或純化核酸的方法。本公開部分基于以下方法，所述方法包含：在所述核酸與多面體剛性基材相互作用（例如，吸附或結(jié)合）以形成聚集體的條件下，使樣品中的DNA與所述基材接觸；以及在洗滌或其它樣品處理技術(shù)之后，從所述基材上洗脫分離的或經(jīng)純化的DNA。在一些實(shí)施例中，相對(duì)于先前采用的基材，本公開所描述的方法使得分離的或經(jīng)純化的DNA的剪切較少。所得的分離的核酸可以用于測(cè)序，例如超長(zhǎng)讀段DNA測(cè)序。

技術(shù)研發(fā)人員：S·C·梅耶斯
受保護(hù)的技術(shù)使用者：牛津納米孔科技公開有限公司
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/10