本發(fā)明涉及植物育種，尤其涉及一種與白菜毛刺性狀相關的snp位點及其應用。

背景技術(shù)：

1、大白菜（brassica?rapa?ssp.?pekinensis?l）是現(xiàn)有主要的蔬菜作物之一，毛刺是大白菜組織表皮上的顯著性狀。大白菜的毛刺主要分布在葉片正表面、葉柄和葉片背面的葉脈部分。大白菜的毛刺屬于非腺毛類型，目前有較多報道發(fā)現(xiàn)非腺毛刺與食草昆蟲抗性存在關聯(lián)，并且與毛刺形成相關的基因會參與到下游吲哚類葡萄糖醇（igs）的合成從而提升白菜對病害的耐受性。

2、表皮毛由植株表皮細胞發(fā)育分化而來，是一種特殊的結(jié)構(gòu)，在很多植株的葉、莖、果實和其他地方存在著毛刺。毛刺在葉片上密集的生長可以減少葉片上機械損傷、減少葉片水分的損失和抵御昆蟲的侵害，同時毛刺生成的代謝途徑過程中參與了植株的發(fā)育和植株抵抗病害過程中的代謝物生成。近年來育種學家對白菜毛刺基因進行遺傳性狀、基因定位及相關基因的表達進行了研究，探索毛刺表達模式及決定基因。

3、與白菜毛刺相關基因調(diào)控過程相對復雜，開發(fā)大白菜毛刺相關基因的分子標記對研究白菜毛刺基因和毛刺性狀具有一定意義，并且開發(fā)得到的分子標記也能夠用于分子標記輔助育種。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、為了解決現(xiàn)有技術(shù)存在的問題，本發(fā)明提供一種與白菜毛刺性狀相關的snp位點及其應用。通過對該snp位點的多態(tài)性進行檢測可以實現(xiàn)對待測白菜毛刺性狀的高效鑒定。

2、第一方面，本發(fā)明提供一種snp位點，所述snp位點基于基因組版本brara?chiifu3.0，位于a06染色體第24918527位，多態(tài)性為t/c。

3、進一步地，所述snp位點位于核酸第30位，多態(tài)性為t/c，所述核酸包括如seq?idno.1或seq?id?no.2所示的核苷酸序列。

4、具體核苷酸序列如下：

5、cttatggtatactctctcccaaatccagatggtctttaatagctaaaagggtacctggaaggacagataaccaagtcaagaatcactggaacactcatctcag（seq?id?no.1）。

6、cttatggtatactctctcccaaatccagacggtctttaatagctaaaagggtacctggaaggacagataaccaagtcaagaatcactggaacactcatctcag（seq?id?no.2）。

7、第二方面，本發(fā)明提供一種引物對，包括：

8、正向引物：5’-?cttatggtatactctctcccaaatccagc-3’；

9、反向引物：5’-?ctgagatgagtgttccagtgattcttg-3’。

10、第三方面，本發(fā)明提供一種試劑盒，所述試劑盒包括所述snp位點或所述引物對。

11、進一步地，所述試劑盒還包括：pcr反應緩沖液、dna聚合酶、dntp和ddh2o。

12、第四方面，本發(fā)明提供所述snp位點，或所述引物對，或所述試劑盒在鑒定白菜毛刺性狀中的應用。

13、本發(fā)明進一步提供所述snp位點，或所述引物對，或所述試劑盒在如下任意一項中的應用：

14、i）白菜的分子標記輔助育種；

15、ii）培育帶毛刺白菜品種，或培育無毛刺白菜品種；

16、iii）檢測白菜的毛刺相關基因。

17、進一步地，所述白菜包括大白菜、小白菜、烏塌菜、青梗菜或菜心中的一種或多種。

18、第五方面，本發(fā)明提供一種鑒定白菜毛刺性狀的方法，包括：

19、檢測待測白菜所述snp位點的多態(tài)性；根據(jù)檢測結(jié)果判斷所述待測白菜的毛刺性狀。

20、進一步地，包括：

21、獲取所述待測白菜的基因組dna，通過所述的引物對進行pcr擴增；

22、將pcr擴增產(chǎn)物酶切后進行檢測，根據(jù)酶切產(chǎn)物的檢測結(jié)果判斷所述待測白菜的毛刺性狀。

23、進一步地，若所述酶切產(chǎn)物只有103bp的擴增產(chǎn)物，則所述待測白菜的毛刺性狀為無毛刺；若所述酶切產(chǎn)物只包括74bp的擴增產(chǎn)物，或包括103bp和74bp的擴增產(chǎn)物，則所述待測白菜的毛刺性狀為有毛刺。

24、進一步地，所述pcr擴增的反應程序為：95~97℃、3~5min；95~97℃、15~30s，64~68℃、15~30s，72~74℃、20~45s，35~40個循環(huán)；72~74℃、5~10min。

25、進一步地，以10μl體系計，所述pcr擴增的反應體系包括：2×rapid?taq?mastermix?5μl，正向引物（10μm）?0.3μl，反向引物（10?μm）?0.3μl，gdna?1μl，ddh2o：3.4μl。

26、進一步地，所述酶切采用pvull內(nèi)切酶酶切。

27、進一步地，可以提取待測白菜的整體或植株的一部分的基因組dna，例如葉片、莖，本發(fā)明優(yōu)選使用待測植株葉片。

28、本發(fā)明具備如下有益效果：

29、本發(fā)明研究得到一種與白菜的毛刺性狀有關的snp位點，并且針對該snp位點開發(fā)了dcaps分子標記，以及相應的檢測白菜毛刺性狀的方法。本發(fā)明提供的方法可以有效區(qū)分鑒定有毛刺白菜和無毛刺白菜，并且具備較高的準確性。本發(fā)明提供的dcaps分子標記以及相應的檢測方法可以用于培育不同毛刺性狀的白菜品種，用于白菜的分子標記輔助選育，這在白菜育種領域具有重要的應用價值。

技術(shù)特征：

1.一種snp位點，其特征在于，所述snp位點基于基因組版本brara?chiifu?3.0，位于a06染色體第24918527位，多態(tài)性為t/c。

2.一種snp位點，其特征在于，所述snp位點位于核酸第30位，多態(tài)性為t/c，所述核酸包括如seq?id?no.1或seq?id?no.2所示的核苷酸序列。

3.一種引物對，其特征在于，包括：

4.一種試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括權(quán)利要求1或2所述的snp位點，或權(quán)利要求3所述的引物對。

5.權(quán)利要求1或2所述的snp位點，或權(quán)利要求3所述的引物對，或權(quán)利要求4所述的試劑盒在鑒定白菜毛刺性狀中的應用。

6.權(quán)利要求1或2所述的snp位點，或權(quán)利要求3所述的引物對，或權(quán)利要求4所述的試劑盒在如下任意一項中的應用：

7.根據(jù)權(quán)利要求5或6所述的應用，其特征在于，所述白菜包括大白菜、小白菜、烏塌菜、青梗菜或菜心中的一種或多種。

8.一種鑒定白菜毛刺性狀的方法，其特征在于，包括：

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，包括：

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于，若所述酶切產(chǎn)物只有103bp的擴增產(chǎn)物，則所述待測白菜的毛刺性狀為無毛刺；若所述酶切產(chǎn)物只包括74bp的擴增產(chǎn)物，或包括103bp和74bp的擴增產(chǎn)物，則所述待測白菜的毛刺性狀為有毛刺。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明涉及植物育種技術(shù)領域，尤其涉及一種與白菜毛刺性狀相關的SNP位點及其應用。所述SNP位點基于基因組版本Brara?Chiifu?3.0，位于A04染色體第24918527位，多態(tài)性為T/C。所述SNP位點位于核酸第30位，多態(tài)性為T/C，所述核酸包括如SEQ?ID?NO.1或SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列。本發(fā)明研究得到一種與白菜毛刺性狀相關的SNP位點，通過對該SNP位點多態(tài)性的檢測可以實現(xiàn)對待測白菜的毛刺性狀的鑒定。本發(fā)明提供的SNP位點以及相應的引物對具有較高的鑒定準確性，可以作為白菜育種的分子標記輔助選擇工具，在實際生產(chǎn)中具有重要意義。

技術(shù)研發(fā)人員：李國亮,王紹興,張淑江,李菲,章時蕃,張慧,孫日飛
受保護的技術(shù)使用者：中國農(nóng)業(yè)科學院蔬菜花卉研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/10/24