本發(fā)明涉及棉花輔助育種，更具體地說，它涉及一種海島棉纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、海島棉(gossypium?barbad?ense?l.)因其優(yōu)異的纖維品質(zhì)而聞名，一直以來作為高檔紡織品的重要原材料。indel(insertion-deletion)多態(tài)性在植物基因組中具有豐富的遺傳變異形式，主要由轉(zhuǎn)座因子移動(dòng)、復(fù)制、基因組內(nèi)滑動(dòng)和不平等交換引起，該標(biāo)記多為共顯性標(biāo)記，有較好的穩(wěn)定性和多態(tài)性，在基因組中廣泛分布，其分布和密度僅次于snps。纖維強(qiáng)度是復(fù)雜的數(shù)量性狀，易受到外界環(huán)境因素的影響，通過傳統(tǒng)的表型選擇存在效率低、準(zhǔn)確性差的問題。分子標(biāo)記輔助選擇(mas)是對(duì)基因型進(jìn)行直接選擇，不受生長(zhǎng)條件、取樣部位和株齡影響，可實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)基因的加速聚合，縮短育種周期。目前利用分子標(biāo)記輔助選擇種質(zhì)資源已經(jīng)廣泛應(yīng)用于小麥、水稻、玉米等作物中，但近年來在棉花纖維品質(zhì)分子標(biāo)記輔助選擇育種的相關(guān)研究較少。

2、海島棉具有優(yōu)異的纖維品質(zhì)，目前對(duì)于棉花分子標(biāo)記開發(fā)的相關(guān)研究有很多，但是針對(duì)纖維品質(zhì)的研究鮮有報(bào)道，對(duì)于海島棉分子標(biāo)記開發(fā)也只在抗逆、抗病等方面，然而纖維品質(zhì)分子標(biāo)記開發(fā)的研究較少。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)存在的不足，本發(fā)明的目的在于提供一種海島棉纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記及其應(yīng)用。所述qtl位點(diǎn)位于海島棉d03染色體qfs-chr21-1:3270717bp-3902216bp,所述緊密連鎖indel分子標(biāo)記為indel-3l2和indel-3r3，所述indel-3l2位于海島棉03號(hào)染色體d03：3274389bp，所述indel-3r3位于海島棉03號(hào)染色體d03：3986566bp；所述qtl位點(diǎn)平均解釋表型變異率為10.11％。

2、所述的纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記indel-3l2，所述分子標(biāo)記indel-3l2的引物序列為：

3、indel-3l2-f：ccgaacaaagggttaaatcg，

4、indel-3l2-r：ttcgactgccagacaaataa。

5、所述的纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記indel-3r3，所述分子標(biāo)記indel-3r3的引物序列為：

6、indel-3r3-f：taaatttccctcctttcggc，

7、indel-3r3-r：tgattgagtatgggttttgg。

8、本發(fā)明所述的indel分子標(biāo)記indel-3l2和/或indel-3r3在選育高纖維強(qiáng)度棉花品種中的應(yīng)用。

9、本發(fā)明所述的indel分子標(biāo)記indel-3l2和/或indel-3r3的引物對(duì)在檢測(cè)所述的海島棉纖維強(qiáng)度qtl中的應(yīng)用。

10、本發(fā)明所述的indel分子標(biāo)記indel-3l2和/或indel-3r3的引物對(duì)在選育高纖維強(qiáng)度棉花品種中的應(yīng)用。

11、一種篩選上述纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記的方法，包括以下步驟：

12、s1、利用海島棉品種pima?s-7和5917構(gòu)建f5:6重組自交系(ril)群體；

13、s2、在上述ril家系群體中通過多年的纖維強(qiáng)度數(shù)據(jù)篩選出纖維強(qiáng)度極端家系材料；

14、s3、通過引物基因分型結(jié)果與纖維強(qiáng)度數(shù)據(jù)結(jié)合，篩選得到標(biāo)記分型結(jié)果與纖維強(qiáng)度表型高度連鎖的兩個(gè)indel分子標(biāo)記；

15、s4、對(duì)上述indel分子標(biāo)記分別或組合對(duì)若干份品種(系)進(jìn)行基因型鑒定，驗(yàn)證其對(duì)高強(qiáng)纖維材料選擇的有效性。

16、綜上所述，本發(fā)明具有以下有益效果：針對(duì)海島棉纖維強(qiáng)度區(qū)間qfs-chr21-1兩側(cè)開發(fā)2個(gè)與纖維強(qiáng)度緊密連鎖的indel分子標(biāo)記，在ril家系群體與海島棉資源材料中分型后，所區(qū)分材料間纖維強(qiáng)度具有極顯著差異，組合兩標(biāo)記所區(qū)分材料間仍具有顯著差異，可以應(yīng)用于棉花高纖維強(qiáng)度優(yōu)良材料的快速鑒別和選育，為快速鑒定及篩選大規(guī)模高纖維強(qiáng)度棉花群體奠定基礎(chǔ)，為后續(xù)棉花分子育種做出貢獻(xiàn)。

技術(shù)特征：

1.一種海島棉纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記，其特征在于，所述qtl位點(diǎn)位于海島棉d03染色體qfs-chr21-1:3270717bp-3902216bp，所述緊密連鎖indel分子標(biāo)記為indel-3l2和indel-3r3，所述indel-3l2位于海島棉03號(hào)染色體d03：3274389bp，所述indel-3r3位于海島棉03號(hào)染色體d03：3986566bp；所述qtl位點(diǎn)平均解釋表型變異率為10.11％。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述海島棉纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記，其特征在于，所述的纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記indel-3l2，所述分子標(biāo)記indel-3l2的引物序列為：

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述海島棉纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記，其特征在于，所述的纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記indel-3r3，所述分子標(biāo)記indel-3r3的引物序列為：

4.一種indel分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于，所述的indel分子標(biāo)記indel-3l2和/或indel-3r3在選育高纖維強(qiáng)度棉花品種中的應(yīng)用。

5.一種indel分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于，所述的indel分子標(biāo)記indel-3l2和/或indel-3r3的引物對(duì)在檢測(cè)所述的海島棉纖維強(qiáng)度qtl中的應(yīng)用。

6.一種indel分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于，所述的indel分子標(biāo)記indel-3l2和/或indel-3r3的引物對(duì)在選育高纖維強(qiáng)度棉花品種中的應(yīng)用。

7.一種篩選纖維強(qiáng)度qtl緊密連鎖indel分子標(biāo)記的方法，其特征在于，包括以下步驟：

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種海島棉纖維強(qiáng)度QTL緊密連鎖InDel分子標(biāo)記及其應(yīng)用，涉及棉花輔助育種的技術(shù)領(lǐng)域，其技術(shù)方案要點(diǎn)是：所述QTL位點(diǎn)位于海島棉D(zhuǎn)03染色體qFS?chr21?1:3270717bp?3902216bp,所述緊密連鎖InDel分子標(biāo)記為InDel?3L2和InDel?3R3，所述InDel?3L2位于海島棉03號(hào)染色體D03：3274389bp，所述InDel?3R3位于海島棉03號(hào)染色體D03：3986566bp；所述QTL位點(diǎn)平均解釋表型變異率為10.11％。

技術(shù)研發(fā)人員：鄭凱,陳全家,呂濤,孫國(guó)清,陳琴,蔡永生,曲延英
受保護(hù)的技術(shù)使用者：新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/10/10