本發(fā)明涉及分子標(biāo)記，特別是涉及一種鑒定分蘗數(shù)qtl?lnt2的分子標(biāo)記及應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、大麥(hordeum?vulgare?l.)是屬于禾本科(gramineae)、小麥族(triticum)的一年生或越年生草本植物。大麥?zhǔn)鞘澜缰匾墓阮愖魑镏唬浞N植遍布世界各地，在全球作物產(chǎn)量中排名第五位，廣泛應(yīng)用于飼料及食品工業(yè)，也是釀造啤酒的主要原料。同時研究證明，大麥籽粒中所含的β-葡聚糖是青稞最具開發(fā)利用價值的保健功能成分，已經(jīng)明確β-葡聚糖具有降血脂、降膽固醇和預(yù)防心血管疾病等的作用。

2、分蘗是影響農(nóng)作物產(chǎn)量的決定性因素之一，分蘗的發(fā)生是一個非常復(fù)雜的過程，受內(nèi)部遺傳因素和外部環(huán)境條件的共同調(diào)控。分蘗芽的生長發(fā)育情況將直接影響作物有效穗數(shù)進(jìn)而影響其單位產(chǎn)量。對分蘗數(shù)相關(guān)基因進(jìn)行定位可為選育高產(chǎn)大麥品種提供理論依據(jù)。

3、分蘗數(shù)是數(shù)量性狀(quantitativetraitlocus，qtl)，受到多基因的控制，并且受環(huán)境作用影響很大。近年來，合理的分蘗數(shù)逐漸成為研究的熱點。在水稻、玉米、小麥中都有對分蘗數(shù)qtl研究的相關(guān)報道，而大麥旗葉的卻是很少。babb對uniculm2(cul2.b)突變體研究發(fā)現(xiàn)，cul2.b基因在從腋芽分生組織的生長到形成分蘗中起作用，并將cul2.b定位在大麥6h染色體上rflp分子標(biāo)記abg458和kfp128之間，與基因rob1緊密連鎖。lnt1.a是一個隱形單基因，可能像水稻基因monoculm1一樣調(diào)控腋芽分生組織的起始。lnt1.a被定位在距ssr分子標(biāo)記gbm1043的5.8cm處，序列分析證明jubel2是lnt1.a的候選基因。

4、分子標(biāo)記輔助選擇，不依賴于表現(xiàn)型選擇，即不受環(huán)境條件、基因間互作、基因型與環(huán)境互作等多種因素的影響，而是直接對基因型進(jìn)行選擇，因而能大大提高育種效率。高分辨熔解曲線(highresolutionmelting,hrm)技術(shù)近年來國際上興起的一種snp及突變研究工具。這種檢測方法具有操作簡便、特異性好、高通量、快速、檢測成本低、結(jié)果準(zhǔn)確等優(yōu)勢，并且實現(xiàn)了真正的閉管操作而受到普遍的關(guān)注。因此，篩選出與分蘗數(shù)qtl緊密連鎖的，且適用于熒光定量pcr平臺kasp技術(shù)的分子標(biāo)記，不僅能對大麥分蘗數(shù)基因進(jìn)行選擇，有效調(diào)控大麥株型，塑造合理的分蘗數(shù)群體，同時還能提高選擇通量、速度和準(zhǔn)確性，從而有利于解決大規(guī)模推廣應(yīng)用的技術(shù)瓶頸，對規(guī)?；牧即篼溣N群體質(zhì)量和產(chǎn)量具有重要意義。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的是提供一種鑒定分蘗數(shù)qtl?lnt2的分子標(biāo)記及應(yīng)用，以解決上述現(xiàn)有技術(shù)存在的問題。該分子標(biāo)記與大麥分蘗數(shù)qtl?lnt2顯著相關(guān)，用于分子標(biāo)記輔助選擇的準(zhǔn)確性高，提高適應(yīng)不同環(huán)境的大麥分蘗數(shù)品種的選擇鑒定效率，且成功率高。

2、為實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供了如下方案：

3、本發(fā)明提供本發(fā)明提供一種鑒定分蘗數(shù)qtl?lnt2的分子標(biāo)記kasp1765，所述分子標(biāo)記kasp1765的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，在所述核苷酸序列的第26bp處堿基存在一個snp位點，為a/g突變。

4、本發(fā)明還提供一種鑒定分蘗數(shù)性狀的kasp引物組合，包括兩條正向引物和一條通用反向引物；所述兩條正向引物的核苷酸序列分別如seq?id?no.2和seq?id?no.3所示，所述通用反向引物的核苷酸序列如seq?id?no.4所示。

5、本發(fā)明還提供上述的kasp引物組合在制備鑒別大麥分蘗數(shù)性狀的產(chǎn)品中的應(yīng)用。

6、進(jìn)一步地，所述產(chǎn)品為試劑盒。

7、本發(fā)明還提供一種鑒別大麥分蘗數(shù)性狀的產(chǎn)品，包括上述的kasp引物組合。

8、進(jìn)一步地，所述產(chǎn)品為試劑盒。

9、本發(fā)明還提供上述的分子標(biāo)記kasp1765、kasp引物組合或產(chǎn)品在鑒別大麥分蘗數(shù)性狀中的應(yīng)用。

10、本發(fā)明還提供一種鑒別大麥分蘗數(shù)性狀的方法，包括以下步驟：

11、提取得到待檢大麥的dna；

12、以所述dna為模板，利用上述的kasp引物組合進(jìn)行熒光定量pcr擴(kuò)增，得到待檢大麥的基因型，根據(jù)所述基因型判斷所述待檢大麥的分蘗數(shù)性狀：gg基因型大麥的分蘗數(shù)低于aa基因型大麥。

13、進(jìn)一步地，所述熒光定量pcr擴(kuò)增的反應(yīng)體系為：2×kasp?master?mix?5μl，kaspassay?mix?0.14μl，模板dna?50ng，dnase/rnase-free去離子水補足至10μl。

14、進(jìn)一步地，所述熒光定量pcr擴(kuò)增的反應(yīng)程序為：95℃活化15min；95℃變性20s，65℃退火延伸60s，循環(huán)10次，每次退火延伸溫度降低1℃；94℃變性20s，57℃退火延伸60s，循環(huán)30次；37℃60s，采集熒光信號。

15、本發(fā)明公開了以下技術(shù)效果：

16、本發(fā)明首次公開了來自大麥ciho?11530的分蘗數(shù)qtl?lnt2，位于大麥6h染色體，與大麥分蘗數(shù)性狀顯著相關(guān)。該qtl在大麥產(chǎn)量(調(diào)控分蘗數(shù)性狀)育種中具有較高的利用價值。本發(fā)明首次公開了基于熒光定量pcr平臺精確檢測大麥ciho?11530的分蘗數(shù)qtllnt2的分子標(biāo)記kasp1765，檢測準(zhǔn)確高效、擴(kuò)增方便穩(wěn)定。本發(fā)明公開的分子標(biāo)記kasp1765與分蘗數(shù)qtl?lnt2顯著相關(guān)，用于分子標(biāo)記輔助選擇的準(zhǔn)確性高，提高適應(yīng)不同環(huán)境的大麥分蘗數(shù)品種的選擇鑒定效率，且成功率高。

技術(shù)特征：

1.一種鑒定分蘗數(shù)qtl?lnt2的分子標(biāo)記kasp1765，其特征在于，所述分子標(biāo)記kasp1765的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，在所述核苷酸序列的第26bp處堿基存在一個snp位點，為a/g突變。

2.一種鑒定分蘗數(shù)性狀的kasp引物組合，其特征在于，包括兩條正向引物和一條通用反向引物；所述兩條正向引物的核苷酸序列分別如seq?id?no.2和seq?id?no.3所示，所述通用反向引物的核苷酸序列如seq?id?no.4所示。

3.一種如權(quán)利要求2所述的kasp引物組合在制備鑒別大麥分蘗數(shù)性狀的產(chǎn)品中的應(yīng)用。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的應(yīng)用，其特征在于，所述產(chǎn)品為試劑盒。

5.一種鑒別大麥分蘗數(shù)性狀的產(chǎn)品，其特征在于，包括權(quán)利要求2所述的kasp引物組合。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的產(chǎn)品，其特征在于，所述產(chǎn)品為試劑盒。

7.一種如權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記kasp1765、權(quán)利要求2所述的kasp引物組合或權(quán)利要求5或6所述的產(chǎn)品在鑒別大麥分蘗數(shù)性狀中的應(yīng)用。

8.一種鑒別大麥分蘗數(shù)性狀的方法，其特征在于，包括以下步驟：

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，所述熒光定量pcr擴(kuò)增的反應(yīng)體系為：2×kasp?master?mix?5μl，kaspassay?mix?0.14μl，模板dna?50ng，dnase/rnase-free去離子水補足至10μl。

10.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，所述熒光定量pcr擴(kuò)增的反應(yīng)程序為：95℃活化15min；95℃變性20s，65℃退火延伸60s，循環(huán)10次，每次退火延伸溫度降低1℃；94℃變性20s，57℃退火延伸60s，循環(huán)30次；37℃60s，采集熒光信號。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明公開了一種鑒定分蘗數(shù)QTL?LNT2的分子標(biāo)記及應(yīng)用，涉及分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域。該分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.1所示，在所述核苷酸序列的第26bp處堿基存在一個SNP位點，為A/G突變。本發(fā)明首次公開了基于熒光定量PCR平臺精確檢測大麥CIHO?11530的分蘗數(shù)QTL?LNT2的分子標(biāo)記KASP1765，檢測準(zhǔn)確高效、擴(kuò)增方便穩(wěn)定。本發(fā)明公開的分子標(biāo)記KASP1765與分蘗數(shù)QTL?LNT2顯著相關(guān)，用于分子標(biāo)記輔助選擇的準(zhǔn)確性高，提高適應(yīng)不同環(huán)境的分蘗數(shù)品種的選擇鑒定效率，且成功率高。

技術(shù)研發(fā)人員：劉亞西,侯帥,林宇,王智強,周紅,石浩然,武方琨,吳鋒鍇,汪青軍
受保護(hù)的技術(shù)使用者：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/10/10