本發(fā)明屬于動物分子標記，具體涉及一組用于肉雞腹脂性狀選育snp分子標記和應用。

背景技術：

1、白羽快大型肉雞是世界，也是我國雞肉生產(chǎn)的主體。2023年，我國白羽快大型肉雞出欄量達到71.95億只，產(chǎn)肉量高達1429.37萬噸，雞肉成為我國僅次于豬肉的第二大消費肉類。肉雞生長速度與腹脂沉積呈正相關，如何在提高生長速度的同時，降低腹脂沉積，是肉雞育種的一大難題。利用傳統(tǒng)的表型選擇方法，可以實現(xiàn)降低腹脂率的目的，此方法需要屠宰大量雞只，根據(jù)屠宰雞只表型信息來評估其同胞的腹脂率，進而選擇留種個體。這種方法需要飼養(yǎng)、屠宰大量雞只，耗費大量人力、物力和財力，并且耗時較長。因此需要在全基因組水平上篩選出一種影響肉雞腹脂性狀snp分子標記，并采用該肉雞腹脂性狀snp分子標記進行選育育種，以實現(xiàn)對肉雞腹脂性狀的早期選擇。

技術實現(xiàn)思路

1、為解決上述問題，本發(fā)明提供一組用于肉雞腹脂性狀選育snp分子標記，能夠高效的將肉雞群體劃分成高腹脂肉雞和低腹脂肉雞群體。

2、為了實現(xiàn)上述目的，本發(fā)明所采用的技術方案如下：一種用于肉雞腹脂性狀選育的snp分子標記組合，所述snp分子標記組合由44283個snp分子標記組成，所述snp分子標記在雞參考基因組grcg6a上的染色位置和編號如本說明書中表1所示。

3、本發(fā)明還提供一種用于肉雞腹脂性狀選育的snp液相芯片，所述snp液相芯片包括用于檢測如上所述的snp分子標記組合的探針或引物。

4、進一步的，本發(fā)明還提供如上所述的用于肉雞腹脂性狀選育的snp分子標記組合或如上所述的用于肉雞腹脂性狀選育的snp液相芯片在肉雞腹脂性狀分析中的應用。

5、進一步的，本發(fā)明還提供如上所述的用于肉雞腹脂性狀選育的snp分子標記組合或如上所述的用于肉雞腹脂性狀選育的snp液相芯片在肉雞分子標記輔助選擇育種中的應用。

6、本發(fā)明還提供一種用于肉雞腹脂性狀選育的液相芯片的制作方法，包括以下步驟：

7、步驟一：選取東北農(nóng)業(yè)大學肉雞腹脂雙向選擇品系(northeast?agriculturaluniversity?broiler?lines?divergently?selected?for?abdominal?fat?content，neauhlf)和白羽快大型肉種雞a系、b系個體進行全基因組重測序，將測序得到的高質量序列與雞參考基因組grcg6a進行比對，使用gatk軟件進行snp變異檢測，質控后獲得高質量snp數(shù)據(jù)集；

8、步驟二：在高、低脂系肉雞的snp集合中，使用gpsm方法篩選在多世代選育過程中受到選擇的snp位點，此外，使用核苷酸多態(tài)性比值、遺傳分化指數(shù)和連續(xù)純合性片段三種方法進一步確定受選擇區(qū)域，同時，結合animal?qtl數(shù)據(jù)庫中的雞腹脂率相關qtl數(shù)據(jù)，保留位于受選擇區(qū)域和qtl區(qū)域的snp位點，作為來源于高、低脂系肉雞能夠區(qū)分腹脂水平的snp位點；

9、步驟三：在白羽快大型肉種雞的snp集合中，使用gwas方法篩選腹脂性狀相關的snp位點，作為來源于白羽快大型肉種雞a系、b系群體能夠區(qū)分高、低腹脂水平的snp位點；

10、步驟四：將來源于高、低脂系肉雞的snp位點和來源于白羽快大型肉種雞群體的snp位點進行合并去冗余后得到最終能夠區(qū)分高、低腹脂水平的snp標記，基于這些標記創(chuàng)制snp液相育種芯片，所述的snp標記在雞參考基因組grcg6a上的染色位置和編號如本說明書中表1所示。

11、進一步的，如上所述的步驟二中gpsm方法篩選的顯著位點閾值設置為基于bonferroni方法對矯正后的p值<0.05。

12、進一步的，如上所述的步驟三中gwas方法篩選的顯著位點閾值設置為p<1×10-3。

13、本發(fā)明還提供一種肉雞腹脂性狀選育的方法，該方法是一種利用機器學習方法判別白羽快大型肉雞腹脂性狀的群選方法，具體包括以下步驟：

14、步驟一：基于參考群體的afp表型數(shù)據(jù)，計算群體afp的平均值，將afp高于均值的個體標記為“胖”，低于均值的個體標記為“瘦”；

15、步驟二：基于液相芯片獲取參考群體和候選群體的基因分型數(shù)據(jù)，所述的液相芯片由檢測雞全基因組44283個snp分子標記組合的探針制得，所述snp分子標記在雞參考基因組grcg6a上的染色位置和編號如說明書表1所示；

16、步驟三：采用t-分布領域嵌入算法方法對樣本的基因型信息進行降維，并根據(jù)其平面位置判斷其基因型的相似性；

17、步驟四：將降維后的參考群體與候選群體之間的歐式距離作為衡量樣本間基因型相似性的標準；基于步驟三中的降維數(shù)據(jù)，首先在參考群體中計算“胖”和“瘦”兩類標簽的中心點位置，然后根據(jù)候選群體中樣本與這兩個中心點的歐式距離進行群體劃分。將候選群體中與“胖”群體中心點距離更近的個體劃分為“胖”群體，而與“瘦”群體中心點距離更近的個體劃分為“瘦”群體，從而實現(xiàn)對肉雞腹脂性狀的有效選育。

18、本發(fā)明的有益效果及優(yōu)點如下：本發(fā)明能夠實現(xiàn)對肉雞腹脂性狀相關snp進行精準的基因分型，極大提高了選種的準確性和效率，進而實現(xiàn)對低腹脂含量肉雞的高效選育，加速低脂優(yōu)質肉雞的選育進程。

技術特征：

1.一種用于肉雞腹脂性狀選育的snp分子標記組合，其特征在于，所述snp分子標記組合由44283個snp分子標記組成，所述snp分子標記在雞參考基因組grcg6a上的染色位置和編號如說明書表1所示。

2.一種用于肉雞腹脂性狀選育的snp液相芯片，其特征在于，所述snp液相芯片包括用于檢測如權利要求1所述的snp分子標記組合的探針或引物。

3.如權利要求1所述的用于肉雞腹脂性狀選育的snp分子標記組合或權利要求2所述的用于肉雞腹脂性狀選育的snp液相芯片在肉雞腹脂性狀分析中的應用。

4.如權利要求1所述的用于肉雞腹脂性狀選育的snp分子標記組合或權利要求2所述的用于肉雞腹脂性狀選育的snp液相芯片在肉雞分子標記輔助選擇育種中的應用。

5.一種用于肉雞腹脂性狀選育的液相芯片的制作方法，其特征在于，包括以下步驟：

6.根據(jù)權利要求5所述的液相芯片的制作方法，其特征在于：步驟二中gpsm方法篩選的顯著位點閾值設置為基于bonferroni方法對矯正后的p值<0.05。

7.根據(jù)權利要求6所述的液相芯片的制作方法，其特征在于：步驟三中gwas方法篩選的顯著位點閾值設置為p<1×10-3。

8.一種肉雞腹脂性狀選育的方法，其特征在于，包括以下步驟：

技術總結
本發(fā)明公開了一組用于肉雞腹脂性狀選育SNP分子標記和應用，屬于動物分子標記技術領域。所述的用于肉雞腹脂性狀選育SNP分子標記組合由44283個SNP分子標記組成，所述SNP分子標記在雞參考基因組GRCg6a上的染色位置和編號如本說明書中表1所示，同時本發(fā)明利用相關的SNP位點，構建了一種用于肉雞腹脂性狀選育的液相芯片。另外，本發(fā)明還提出了一個肉雞腹脂性狀選育的群選方法，通過該液相芯片進行基因分型，并使用群選方法對個體進行選種，能夠高效的選留出低腹脂肉雞群體，操作簡單且結果可靠，可推動低脂肉雞的選育工作。

技術研發(fā)人員：李輝,白雪,王有棟,冷麗
受保護的技術使用者：東北農(nóng)業(yè)大學
技術研發(fā)日：
技術公布日：2024/11/14