本發(fā)明涉及一種myh9基因分子標(biāo)記及其應(yīng)用，屬于生物。

背景技術(shù)：

1、蛋鴨的產(chǎn)蛋性能主要包括開產(chǎn)日齡、產(chǎn)蛋量、蛋品質(zhì)等性狀。蛋形指數(shù)是指禽蛋的長(zhǎng)徑與短徑的比值。蛋形指數(shù)既可以衡量蛋品質(zhì)的好壞，也是評(píng)價(jià)蛋鴨生產(chǎn)性能的關(guān)鍵指標(biāo)。蛋形指數(shù)接近理想值的鴨蛋也更容易在蛋托中整齊排列和穩(wěn)定放置，降低鴨蛋破損率，提高運(yùn)輸效率和經(jīng)濟(jì)效益。同時(shí)，外形規(guī)整（即蛋形指數(shù)符合標(biāo)準(zhǔn)）的鴨蛋在市場(chǎng)上更受消費(fèi)者青睞，對(duì)于養(yǎng)殖戶和銷售商來說，這有利于產(chǎn)品的分級(jí)銷售和提升產(chǎn)品附加值。蛋形指數(shù)與家禽的健康狀況緊密相關(guān)，不僅能體現(xiàn)蛋鴨的良好生產(chǎn)性能，還能反映出其整體健康狀況。當(dāng)?shù)靶沃笖?shù)在理想范圍內(nèi)時(shí)，胚胎在蛋內(nèi)各部位能更均衡地獲取氧氣和營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，有助于提高胚胎的存活率和發(fā)育質(zhì)量。例如，蛋形指數(shù)過大，蛋內(nèi)空間分布不均勻，胚胎在發(fā)育過程中，可能會(huì)導(dǎo)致局部營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)和氧氣供應(yīng)不足，影響胚胎細(xì)胞的正常分裂和分化。雛禽的破殼動(dòng)作是從內(nèi)部啄殼開始，然后逐漸擴(kuò)大破殼面積，蛋形指數(shù)過大使得蛋殼破裂的難度增加，可能會(huì)導(dǎo)致雛禽在出殼過程中體力耗盡，增加死胎率。當(dāng)?shù)靶沃笖?shù)過小時(shí)，蛋內(nèi)空間相對(duì)狹窄且分布不夠合理。胚胎在發(fā)育過程中可利用的空間有限，容易造成胚胎擁擠，影響其正常的形態(tài)構(gòu)建和器官發(fā)育。

2、綜上所述，蛋形指數(shù)是蛋鴨生產(chǎn)性能的重要組成部分，它受到多種因素的綜合影響。為了提高蛋形指數(shù)，養(yǎng)殖者需要從選擇良種、優(yōu)化飼料配方、改善飼養(yǎng)環(huán)境等多方面入手，實(shí)施精細(xì)化管理，以確保蛋鴨生產(chǎn)出高質(zhì)量的蛋品。同時(shí)，還需進(jìn)一步探索如何在不同環(huán)境下精準(zhǔn)調(diào)控蛋形指數(shù)，以實(shí)現(xiàn)蛋鴨產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。myh9又稱肌球蛋白ⅱa或非肌肉肌球蛋白重鏈9,是ⅱ類常規(guī)肌球蛋白的一個(gè)?226?kda?的亞基,以六聚酶的形式存在,由兩條重鏈和兩對(duì)輕鏈組成。盡管目前沒有直接證據(jù)表明myh9與蛋形指數(shù)存在明確關(guān)聯(lián)，但從理論上分析存在一些潛在的聯(lián)系可能性。myh9基因編碼的蛋白在細(xì)胞運(yùn)動(dòng)、細(xì)胞形態(tài)維持以及細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)運(yùn)輸?shù)确矫嬗兄匾饔?。在禽類體內(nèi)，細(xì)胞的這些生理過程可能會(huì)間接影響到蛋殼形成相關(guān)細(xì)胞的功能。例如，myh9可能通過調(diào)節(jié)參與蛋殼形成細(xì)胞的細(xì)胞骨架動(dòng)態(tài)變化，影響細(xì)胞的行為和代謝。而鈣是蛋殼形成的關(guān)鍵元素，myh9與鈣離子存在相互調(diào)節(jié)關(guān)系，它可能通過影響鈣的分布、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)以及鈣在蛋殼沉積過程中的作用，來影響蛋殼的形成過程。蛋形指數(shù)與蛋殼質(zhì)量、厚度等密切相關(guān)，蛋殼形成過程中鈣的利用效率和沉積模式的改變會(huì)使蛋形指數(shù)發(fā)生變化。所以，雖然還需要進(jìn)一步的研究來證實(shí)，但myh9有可能通過多種途徑對(duì)蛋形指數(shù)產(chǎn)生間接的影響。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的是針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)存在的缺陷，提出一種myh9基因分子標(biāo)記及其應(yīng)用，快速、準(zhǔn)確鑒定鴨蛋形指數(shù)。

2、本發(fā)明測(cè)量了金定母鴨30周齡時(shí)的蛋形指數(shù)，利用全基因組重測(cè)序技術(shù)進(jìn)行snp基因分型，通過全基因組關(guān)聯(lián)分析篩選得到與鴨蛋形指數(shù)顯著相關(guān)的myh9基因分子標(biāo)記，為鴨的蛋形指數(shù)性狀選育提供了新的基因和分子標(biāo)記資源。

3、本發(fā)明通過以下技術(shù)方案解決技術(shù)問題：首先提供一種myh9基因分子標(biāo)記，該分子標(biāo)記與鴨蛋形指數(shù)顯著相關(guān)，所述分子標(biāo)記位于鴨參考基因組gcf_015476345.1_zju1.0版本1號(hào)染色體第54768665位堿基，堿基突變?yōu)閠或c，序列如seq?id?no:3或seq?id?no:4所示第199位堿基；所述分子標(biāo)記檢測(cè)所需鴨dna特異性引物對(duì)的脫氧核糖核苷酸序列如seqid?no：1和seq?id?no：2所示。

4、將上述特異性引物對(duì)用于鴨蛋形指數(shù)的分子檢測(cè)。

5、本發(fā)明進(jìn)一步提供上述特異性引物的應(yīng)用，包括用于檢測(cè)鴨蛋形指數(shù)相關(guān)的snp基因型。具體應(yīng)用于pcr擴(kuò)增結(jié)合sanger測(cè)序檢測(cè)鴨蛋形指數(shù)相關(guān)snp基因型的方法，檢測(cè)方法包括以下步驟，

6、第一步、將待測(cè)鴨dna樣品，用鴨dna特異性引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增，得到擴(kuò)增產(chǎn)物，所述待測(cè)鴨dna樣品中含有鴨參考基因組gcf_015476345.1_zju1.0版本1號(hào)染色體第54768665位堿基；

7、第二步、將所述擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行sanger測(cè)序；

8、第三步、根據(jù)第二步的測(cè)序結(jié)果判斷目標(biāo)位點(diǎn)的分子標(biāo)記基因型。

9、上述方法的所述第一步中鴨dna特異性引物對(duì)的脫氧核糖核苷酸序列由

10、上游引物：5’-tctcatacactcccgaaga-3’（seq?id?no:?1）

11、下游引物：5’-tgtcatttcccaagtccc-3’（seq?id?no:?2）

12、組成，所述擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為277bp，包含鴨1號(hào)染色體上第54768665位堿基。

13、反應(yīng)體系終濃度以25μl計(jì)為：

14、待測(cè)鴨dna?50?ng

15、2?x?accurate?taq?master?mix?12.5μl

16、上游引物?1?μl

17、下游引物?1?μl

18、滅菌水?補(bǔ)充至25μl，

19、所述的pcr擴(kuò)增的反應(yīng)條件為94℃預(yù)變性5min；94℃變性30sec，55℃退火30sec，72℃延伸60sec，共30循環(huán)；72℃延伸2min；20℃保存。

20、擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列如seq?id?no：3或seq?id?no：4所示。

21、所述第三步中，判斷標(biāo)準(zhǔn)是snp位點(diǎn)為t/t基因型鴨的30周齡蛋形指數(shù)高于t/c基因型鴨和c/c基因型鴨，t/c基因型鴨的30周齡蛋形指數(shù)高于c/c基因型鴨。

22、本發(fā)明通過myh9基因分子標(biāo)記檢測(cè)鴨蛋形指數(shù)的基因型，發(fā)現(xiàn)t/t基因型個(gè)體30周齡蛋形指數(shù)高于t/c基因型和c/c基因型個(gè)體，t/c基因型個(gè)體蛋形指數(shù)高于c/c基因型個(gè)體。通過以待測(cè)鴨的基因組dna為模板，采用特異引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增，然后將該pcr擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行sanger測(cè)序和snp分子標(biāo)記基因分型，基于該snp分子標(biāo)記的基因型可以實(shí)現(xiàn)對(duì)鴨蛋形指數(shù)進(jìn)行選擇。在育種中，根據(jù)育種目標(biāo)，通過淘汰t/c基因型個(gè)體，保留t/t基因型或者c/c基因型個(gè)體，其有益效果是可以高效快速地鑒定鴨蛋形指數(shù)性狀，為優(yōu)質(zhì)鴨的早期選育提供科學(xué)依據(jù)。此外，本發(fā)明公開的檢測(cè)方法簡(jiǎn)單易操作，在實(shí)驗(yàn)室即可開展，也可以應(yīng)用到基因組育種技術(shù)中。

技術(shù)特征：

1.一種myh9基因分子標(biāo)記，其特征在于：所述分子標(biāo)記與鴨蛋形指數(shù)相關(guān)，其位于鴨參考基因組gcf_015476345.1_zju1.0版本1號(hào)染色體第54768665位堿基，堿基突變?yōu)閠或c，基因型為t/t、t/c和c/c；所述分子標(biāo)記的引物對(duì)的序列如seq?id?no：1和seq?id?no：2所示。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述myh9基因分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于：包括用于檢測(cè)與鴨蛋形指數(shù)相關(guān)的snp分子標(biāo)記基因型。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述myh9基因分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于：檢測(cè)方法包括以下步驟，

4.?根據(jù)權(quán)利要求3所述myh9基因分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于：所述第一步中引物對(duì)為鴨dna特異性引物對(duì)，其序列由上游引物seq?id?no:?1和下游引物seq?id?no:?2組成，所述擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為277bp，包含鴨參考基因組gcf_015476345.1_zju1.0版本1號(hào)染色體上第54768665位堿基。

5.?根據(jù)權(quán)利要求4所述myh9基因分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于：所述第一步中，反應(yīng)體系終濃度以25μl計(jì)為：

6.?根據(jù)權(quán)利要求5所述myh9基因分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于：擴(kuò)增產(chǎn)物的核苷酸序列如seq?id?no：3或seq?id?no：4所示。

7.根據(jù)權(quán)利要求5所述myh9基因分子標(biāo)記的應(yīng)用，其特征在于：所述第三步中，判斷標(biāo)準(zhǔn)是snp位點(diǎn)為t/t基因型鴨的蛋形指數(shù)高于t/c基因型鴨和c/c基因型鴨，t/c基因型鴨的蛋形指數(shù)高于c/c基因型鴨。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明涉及一種MYH9基因分子標(biāo)記及其應(yīng)用，屬于生物技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明的分子標(biāo)記位于鴨參考基因組GCF_015476345.1_ZJU1.0版本1號(hào)染色體第54768665位堿基，存在T/C多態(tài)性，位于MYH9基因內(nèi)含子區(qū)域；該分子標(biāo)記處存在T/T、T/C和C/C三種基因型，T/T基因型個(gè)體蛋形指數(shù)高于T/C基因型個(gè)體和C/C基因型個(gè)體，T/C基因型個(gè)體蛋形指數(shù)高于C/C基因型個(gè)體。本發(fā)明將上述分子標(biāo)記用于篩選優(yōu)質(zhì)鴨蛋形指數(shù)指標(biāo)，提高優(yōu)質(zhì)鴨蛋率，可應(yīng)用于優(yōu)質(zhì)鴨的早期選擇，有助于加快育種進(jìn)展，提高育種準(zhǔn)確性，降低育種成本和生產(chǎn)成本，對(duì)于優(yōu)質(zhì)鴨具有很大的經(jīng)濟(jì)應(yīng)用價(jià)值和育種價(jià)值。

技術(shù)研發(fā)人員：朱春紅,顧昊天,李慧芳,章雙杰,劉宏祥,王志成,陶志云,盧立志,徐文娟,宋衛(wèi)濤,耿明陽(yáng),穆金泉,涂劍鋒
受保護(hù)的技術(shù)使用者：江蘇省家禽科學(xué)研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/10