本發(fā)明涉及分子生物技術和分子標記，具體為豬料肉比性狀相關的snp分子標記及應用。

背景技術：

1、豬是家畜生產中重要的經濟動物。一萬年來，豬和人類一直有著密切而復雜的關系，野豬出現在東南亞，隨后傳播到歐亞大陸，家豬源自歐亞野豬的馴化，從馴化到現代育種實踐，人類塑造了家豬的基因組(groenen,m.a.,a.l.archibald,h.uenishi,c.k.tuggle,y.takeuchi,m.f.rothschild,c.rogel-gaillard,et?al.analyses?of?piggenomes?provide?insight?into?porcine?demography?and?evolution.nature?491,no.7424(nov?15?2012):393-8.)。飼料轉化效率是評估動物將飼料轉化為生體重的效能的一種指標，通常以飼料轉化比率(fcr)來表示。提高豬的飼料轉化效率，降低料肉比是豬育種的主要目標，因為飼料占總生產成本的很大比例(singh?k?m,shah?t?m,reddy?b,etal.taxonomic?and?gene-centric?metagenomics?of?the?fecal?microbiome?of?low?andhigh?feed?conversion?ratio(fcr)broilers[j].journal?of?applied?genetics,2014,55:145-154.)。探索發(fā)現飼料效率遺傳機制的相關分子標記有助于更好的展開豬的育種研究。

2、全基因組關聯分析(genome-wide?association?study,gwas)作為一種關聯分析方法，在復雜性狀的相關研究中具有比連鎖分析效果更好，統(tǒng)計效力更高的優(yōu)點，最初是1996年由risch和merikangas首次提出的(risch?n,merikangas?k.the?future?ofgenetic?studies?of?complex?human?diseases.[j].science,1996,273(3):350-354.)。gwas是通過ld檢測基因分型(或估算的)常見單核苷酸多態(tài)性標記和未知因果變異之間的關聯的有力工具，全基因組關聯分析已經被廣泛應用于各類研究，其中包括人類各種復雜疾病以及家畜重要經濟性狀等等(visscher?p?m,brown?m?a,mccarthy?m?i,et?al.fiveyears?of?gwas?discovery[j].the?american?journal?of?human?genetics,2012,90(1):7-24.)。然而，gwas系統(tǒng)和高分辨率的定位仍然缺乏，特別是在復雜的飼料效率相關性狀的背景下。

3、因此，需要借助新的方法探究豬料肉比性狀相關的snp分子標記，為豬料肉比性狀研究和豬育種提供有價值的參考。

技術實現思路

1、本發(fā)明的目的在于，探究豬料肉比性狀相關的新的snp分子標記，為豬料肉比性狀研究和豬育種提供有價值的參考。

2、有鑒于此，本發(fā)明的方案為：

3、本發(fā)明一個方面，提出豬料肉比性狀相關的snp分子標記，所述的snp分子標記的snp位點包括snp001～snp146，分別對應于豬參考基因組版本sscrofa11.1上的如下位置及突變：

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7、本發(fā)明的第二個方面在于。提出第一個方面所述snp分子標記在豬料肉比性狀研究和豬育種中的應用。

8、進一步地，所述豬料肉比性狀研究為利用第一個方面所述的豬snp分子標記鑒定豬料肉比性狀。

9、進一步地，所述豬育種為豬的分子標記輔助育種。

10、進一步地，所述snp分子標記為snp001、snp004、snp007、snp035、snp046、snp070、snp072、snp085、snp093、snp132中的至少一種。

11、本發(fā)明的第三個目的在于，提出一種檢測豬料肉比性狀的方法，步驟包括，檢測豬染色體上第一個方面所述的豬snp分子標記的核苷酸突變類型。具體地，根據snp位點依賴引物設計軟件，獲取用于擴增檢測野生型或突變型的引物，通過pcr擴增的方式從而實現基因型的檢測，從而判斷料肉比性狀。

12、本發(fā)明的第四個目的在于，提出一種豬的遺傳改良方法，確定種豬核心群中種豬的第一個方面所述的snp分子標記，并根據其中一種snp分子標記做出相應的選擇：種豬的繼代選育豬參考基因組sscrofa11.1版本染色體上的料肉比高的基因型，淘汰料肉比低的基因型。

13、進一步地，所述snp分子標記為snp001、snp004、snp007、snp035、snp046、snp070、snp072、snp085、snp093、snp132。

14、進一步地，所述選育過程如下：

15、對于分子標記snp001，選育2號染色體上23790bp處的ca型或aa型個體，淘汰該點的cc型個體；

16、對于分子標記snp004，選育2號染色體上2169979bp處的ga型個體，淘汰該點的gg型和aa型個體；

17、對于分子標記snp007，選育2號染色體上3171147bp處的tg型或gg型個體，淘汰該點的tt型個體；

18、對于分子標記snp035，選育7號染色體上30133410bp處的ag型或gg型個體，淘汰該點的aa型個體；

19、對于分子標記snp046，選育8號染色體第121639904bp處的aa型或gg型個體，淘汰該點的ag型個體；

20、對于分子標記snp070，選育9號染色體第83692432bp處的ga型或aa型個體，淘汰該點的gg型個體；

21、對于分子標記snp072，選育9號染色體第83985294bp處的ag型或gg型個體，淘汰該點的aa型個體；

22、對于分子標記snp085，選育9號染色體第86560801bp處的tt型或tc型，淘汰該點的cc型個體；

23、對于分子標記snp093，選育9號染色體第97344405bp處的gg型或aa型個體，淘汰該點的ga型個體；

24、對于分子標記snp132，選育16號染色體第32317904bp處的cc型個體，淘汰該點的cg型或gg型個體。

25、進一步地，所述繼代選育逐代進行，逐步提高snp位點優(yōu)勢等位基因型的頻率，從而改良和提高后代豬的繁殖性狀。

26、與現有技術相比，本發(fā)明具備以下有益效果：

27、本發(fā)明通過篩選得到的snp位點與豬料肉比性狀的相關性達到了顯著水平，為豬料肉比性狀的輔助選擇改良提供了新的分子標記，對于豬的輔助選育具有重要意義。

技術特征：

1.豬料肉比性狀相關的snp分子標記，其特征在于，所述的snp分子標記的snp位點包括snp001～snp146，分別對應于豬參考基因組版本sscrofa11.1上的如下位置及突變：

2.權利要求1所述snp分子標記在豬料肉比性狀研究和豬育種中的應用。

3.根據權利要求2所述的應用，其特征在于，所述豬料肉比性狀研究為利用權利要求1中所述的豬snp分子標記鑒定豬料肉比性狀。

4.根據權利要求2所述的應用，其特征在于，所述豬育種為豬的分子標記輔助育種。

5.根據權利要求2所述的應用，其特征在于，所述snp分子標記為snp001、snp004、snp007、snp035、snp046、snp070、snp072、snp085、snp093、snp132中的至少一種。

6.一種檢測豬料肉比性狀的方法，其特征在于，步驟包括，檢測豬染色體上權利要求1中所述的豬snp分子標記的核苷酸突變類型。

7.一種豬的遺傳改良方法，其特征在于，確定種豬核心群中種豬的權利要求1中所述的snp分子標記，并根據其中一種snp分子標記做出相應的選擇：種豬的繼代選育豬參考基因組sscrofa11.1版本染色體上的料肉比高的基因型，淘汰料肉比低的基因型。

8.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，所述snp分子標記為snp001、snp004、snp007、snp035、snp046、snp070、snp072、snp085、snp093、snp132。

9.根據權利要求8所述的方法，其特征在于，所述選育過程如下：

10.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，所述繼代選育逐代進行，逐步提高snp位點優(yōu)勢等位基因型的頻率，從而改良和提高后代豬的繁殖性狀。

技術總結
本發(fā)明公開了豬料肉比性狀相關的SNP分子標記及應用，通過整合豬的重測序數據，并將豬重測序數據比對到豬參考基因組Sscrofa11.1上，獲得SNP分型數據，利用混合線性模型進行全基因組分析，篩選出了與豬料肉比相關的146個SNP位點，這些SNP位點與豬料肉比性狀的相關性達到了顯著水平，為豬料肉比性狀的輔助選擇改良提供了新的分子標記，對于豬的輔助選育具有重要意義。

技術研發(fā)人員：李新云,孫佳慧,付亮亮,趙書紅,鄭竹清,劉小磊
受保護的技術使用者：華中農業(yè)大學
技術研發(fā)日：
技術公布日：2024/12/10