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      馬克思克魯維酵母營養(yǎng)缺陷型菌株及無痕基因組改造方法_2

      文檔序號:9391786閱讀:來源:國知局
      因序列設(shè)計PCR擴增引物,擴增提取URA3基因序列;
      [0058] 根據(jù)提取的URA3基因序列⑶S上下游分別設(shè)計引物,進行PCR擴增得到URA3基 因序列CDS上游片段和下游片段;將上游片段和下游片段與線性化載體片段克隆連接,獲 得URA3基因缺失突變質(zhì)粒;
      [0059] URA3基因缺失突變質(zhì)粒為模板擴增得到URA3基因缺失突變表達框線性DNA片 段,將該片段轉(zhuǎn)化馬克思克魯維酵母菌CGMCCNo. 10621菌株,得到敲除部或部分URA3基因 的馬克思克魯維酵母菌F頂-1 (ura3 A)〇
      [0060] 在第一種優(yōu)選實施例中,根據(jù)URA3基因序列⑶S上下游設(shè)計引物的方法包括: URA3基因序列⑶S上游、下游片段的5'和3'末端添加10-25bp的同源序列。更優(yōu)選地, URA3基因序列⑶S上游片段5'端和線性化載體片段的3'末端添加10-25bp的同源序列; URA3基因序列⑶S下游片段3'端和線性化載體片段的5'末端添加10-25bp的同源序列。
      [0061] 更優(yōu)選為根據(jù)URA3基因序列⑶S上下游設(shè)計的引物為:
      [0062]URA上游F :
      [0063] 5' -GATTACGAATTCGAGCTCGGTACCCCCATTTTCATCTAAGAATATATCTG-3 '
      [0064]URA3上游R :5 '-CGAGTACACTTAGAAGCGTATTGTGATGAGCATCC-3'
      [0065]URA3下游F :5 '-TACGCTTCTAAGTGTACTCGGATCAGAAGTTACAAG-3'
      [0066]URA3下游R :
      [0067] 5' -GACGATATCTCTAGAGGATCCCCCAGGTAACACAATACCGATTACTTG-3'
      [0068] 在第一種優(yōu)選實施例中,根據(jù)URA3基因序列設(shè)計PCR擴增引物優(yōu)選為:
      [0069] URA3F :5' -CCCATTTTCATCTAAGAATATATCTG-3'
      [0070] URA3R :5' -CAGGTAACACAATACCGATTACTTG-3'
      [0071] 在第一種優(yōu)選實施例中,所述線性化載體片段優(yōu)選為PMD-18T空載質(zhì)粒酶切厚的 線性化載體片段,所述酶切優(yōu)選為PstI、Smal雙酶切。
      [0072] 在第二種優(yōu)選實施例中,本發(fā)明敲除馬克思克魯維酵母菌F頂-l(ura3 A)的全部 或部分HIS3基因,得到在SC-Histidine營養(yǎng)缺陷培養(yǎng)基中不能生長的馬克思克魯維酵母 菌FIM-2 (ura3 A his3 A)0
      [0073]即第一基因為URA3基因、第二基因為HIS3基因;其中,優(yōu)選地,第二基因上游序列 為SEQIDNo. 18、第一下游序列為SEQIDNo. 19、第二下游序列為SEQIDNo. 21,第一基因 標(biāo)簽基因序列為SEQIDNo. 20。
      [0074] 其中,敲除全部或部分HIS3基因的步驟包括:
      [0075] 根據(jù)HIS3基因序列設(shè)計PCR擴增引物,擴增得到如下同源序列:HIS3基因序列上 游序列SEQIDNo. 18、下游序列SEQIDNo. 19和SEQIDNo. 21,擴增URA3標(biāo)簽基因序列 SEQIDNo. 20 ;
      [0076]擴增所得SEQIDNo. 18、SEQIDNo. 19、SEQIDNo. 20、SEQIDNo. 21 序列片段 與線性化載體DNA序列克隆連接,得到HIS3基因缺失突變質(zhì)粒;
      [0077] 酶切HIS3基因缺失突變質(zhì)粒得到HIS3基因缺失突變表達框,轉(zhuǎn)化 F頂-1 (ura3A)菌株,得到敲除部或部分URA3基因、HIS3基因的馬克思克魯維酵母菌 FIM-2 (ura3Ahis3A) 0
      [0078] 在第二種優(yōu)選實施例中,設(shè)計PCR擴增引物時,分別在SEQIDNo. 18、SEQID No. 19、SEQIDNo. 20、SEQIDNo. 21片段5'和3'末端添加10-25bp的同源序列。其中更 優(yōu)選為:SEQIDNo. 19片段3'和SEQIDNo. 21片段5'末端包含10-25bp同源序列,其中 SEQIDNo. 20片段5'和SEQIDNo. 19片段3'末端包含10-25bp同源序列,其中SEQID No. 19片段5'和線性化載體3'末端包含10-25bp同源序列,其中線性化載體5'和SEQID No. 21片段3'末端包含10-25bp同源序列。
      [0079] 更優(yōu)選為所述PCR擴增引物為:
      [0080] SEQIDNo. 18F:
      [0081] 5 ' -GATTACGAATTCGAGCTCGGTACCCATTCGGTGGCAAACCTCTATAAACGC-3 '
      [0082] SEQIDNo. 18R:
      [0083] AGAAATGTGGCCCGGGAGGACCAACCAGAGTGCTTCGCTAGGG-3,
      [0084] SEQIDNo. 19F:
      [0085] 5 ' -GATTACGAATTCGAGCTCGGTACCCCCACATTTCTTGGAGTCATTTGCGG-3 '
      [0086] SEQIDNo. 19R:
      [0087] 5' -TCCAATCAGAATTCGAGCTTCCCTAATCGAACCAAAGAATG-3,
      [0088] SEQIDNo. 20F:
      [0089] 5, -TCGATTAGGGAAGCTCGAATTCTGATTGGAAAGACCATTCTGC-3'
      [0090]SEQIDNo.20R:
      [0091] 5 ' -GACGATATCTCTAGAGGATCCCCTCCGAGTACACTCGAACCTCTGCTTGTTC-3 '
      [0092] SEQIDNo. 2IF:
      [0093] 5' -GGTTGGTCCTCCCGGGACCACATTTCTTGGAGTCATTTGCGG-3'
      [0094]SEQIDNo. 21R:
      [0095] 5' -GACGATATCTCTAGAGGATCCCCGTTGAAAGCGGAACTGTAACCCTTGC-3'
      [0096] 在第二種優(yōu)選實施例中,所述線性化載體DNA片段優(yōu)選為pMD-18T空載質(zhì)粒雙酶 切后所得線性化載體片段。所述雙酶切優(yōu)選為PstI、Smal雙酶切。
      [0097] 在第二種優(yōu)選實施例中,構(gòu)建HIS3基因缺失突變質(zhì)粒的方法包括:
      [0098] 利用所述同原序列,將SEQIDNo. 18、SEQIDNo. 21克隆連接到所述線性化載體 DNA片段,然后單酶切獲得包含SEQIDNo. 18、SEQIDNo. 21序列的線性化載體I;
      [0099] 將SEQIDNo. 19、SEQIDNo. 20克隆連接到所述線性化載體DNA片段,得到連接 質(zhì)粒,擴增所述連接質(zhì)粒,獲得SEQIDNo. 19-SEQIDNo. 20連接的DNA片段;利用同源序 列,將所述SEQIDNo. 19-SEQIDNo. 20連接的DNA片段與線性化載體I克隆連接,得到 HIS3基因缺失突變質(zhì)粒。
      [0100] 在第三種優(yōu)選實施例中,本發(fā)明敲除馬克思克魯維酵母菌F頂-l(ura3A)和/或 F頂-2 (ura3Ahis3A)的全部或部分ADE2基因,得到在SC-Adenine營養(yǎng)缺陷培養(yǎng)基中不能 生長的馬克思克魯維酵母菌。
      [0101] 即,第一基因為URA3基因、HIS3基因中的任意一種或幾種;第二基因為ADE2基 因;其中,優(yōu)選地,第二基因上游序列為SEQIDNo. 22、第一下游序列為SEQIDNo. 23、第二 下游序列為SEQIDNo. 24,第一基因標(biāo)簽基因序列為SEQIDNo. 20。
      [0102] 在第三種優(yōu)選實施例中,敲除馬克思克魯維酵母菌F頂-l(ura3A)的全部或部分 ADE2基因的方法包括:
      [0103] 克隆ADE2基因序列,用K.laticsKLLA0E02685g基因序列進行BLAST獲得三段同 源序列SEQIDNo. 22-SEQIDNo. 24 ;根據(jù)所得同源序列、以及SEQIDNo. 20設(shè)計引物,擴 增所述同源序列和SEQIDNo. 20 ;
      [0104] 擴增后的同源序列、以及SEQIDNo.20序列與線性化載體DNA片段克隆連接,得 到ADE2基因缺失突變質(zhì)粒;
      [0105] 酶切獲得ADE2基因缺失突變表達框,轉(zhuǎn)化F頂-l(ura3A)得到敲除部或部 分URA3基因、ADE2基因的馬克思克魯維酵母菌F頂-4 (ura3Aade2A);和/或轉(zhuǎn)化 F頂-2 (ura3Ahis3A),得到敲除部或部分URA3基因、HIS3基因、ADE2基因的馬克思克魯維 酵母菌FIM-5 (ura3Ahis3Aade2A)0
      [0106] 在第三種優(yōu)選實施例中,根據(jù)所得同源序列設(shè)計引物時,優(yōu)選為:分別在SEQID No. 22、SEQIDNo. 23、SEQIDNo. 24、SEQIDNo. 20 片段 5' 和 3' 末端添加 10-25bp同源 序列。更優(yōu)選為:SEQIDNo. 22片段3'和SEQIDNo. 23片段5'末端包含10-25bp同源 序列,SEQIDNo. 20片段3'和SEQIDNo. 24片段5'末端包含10-25bp同源序列,SEQID No. 22片段5'和線性化載體DNA序列3'末端包含10-25bp同源序列,線性化載體DNA序列 5'和SEQIDNo. 24片段3'末端包含10-25bp同源序列。更優(yōu)選地,所述引物為:
      [0107] SEQIDNo. 20F:
      [0108] 5' -ATCGTCCAAACGAATTCTGATTGGAAAGACCATTC-3'
      [0109] SEQIDNo. 20R:
      [0110] 5 ' -ATAGGCAAATAGGTCCGAGTACACTCGAACCTCTGCTTG-3 '
      [0111] SEQIDNo. 22F:
      [0112] 5 ' -CGAATTCGAGCTCGGTACCCGGATCCGATAGTGGAGGCCGCTCACAGATTG-3 '
      [0113] SEQIDNo. 22R:
      [0114] 5 ' -CCTAGAACATCTCTACACCGAAAATACC-3 '
      [0115] SEQIDNo. 23F:
      [0116] 5 ' -GAGATGTTCTAGGATTTGCCTATGCCAAAAGAATTCAC-3 '
      [0117] SEQIDNo. 23R:
      [0118]5 ' -TCAGAATTCGTTTGGACGATAGAATGCAAAGAATC-3 '
      [0119]SEQIDNo. 24F:
      [0120] 5' -CCTATTTGCCTATGCCAAAAGAATTCAC-3'
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