專利名稱：：用于脊髓損傷中抗Nogo-A抗體治療的生物標記的制作方法
技術領域：
：本發(fā)明一般地涉及組織樣品的體外(/ww7w)分析性檢驗，并且更具體地涉及因施用抗Nogo-A抗體所誘導的基因表達方面。
背景技術：
：Nogo-A在抑制神經(jīng)突長出中發(fā)揮重要作用。針對Nogo-A的抗體已經(jīng)證實引起脊髓損傷后的軸突再生及功能性恢復。大量的微陣列基因表達概況研究已經(jīng)闡述了脊髓損傷后的分子變化。綜述見BareyreFM&SchwabME，7Ve"^fe7Ve"fYwc/.26:555-563(2003)。然而，本領域中持續(xù)需要抗Nogo-A抗體治療效力的早期外周生物標記。此類生物標記將用于區(qū)分應答者與非應答者以及指導臨床環(huán)境下的給藥。發(fā)明簡述本發(fā)明提供對因使用抗Nogo-A抗體抑制Nogo-A功能而產(chǎn)生的分子變化的描述。已經(jīng)在體內系統(tǒng)中使用基因組方法鑒定了受Nogo-A抑制或減少的影響的基因及功能性途徑。本發(fā)明也涉及在臨床狀況下增進中樞神經(jīng)系統(tǒng)恢復、增進神經(jīng)元連接再生及增進神經(jīng)元塑性及突觸塑性的新分子耙，其中所述的臨床狀況例如但不僅僅是損傷如創(chuàng)傷或中風、神經(jīng)變性疾病如但不排它性地是阿爾茨海默氏病、帕金森病、亨廷頓舞蹈病、肌萎縮性側索硬化、抑郁以及其中軸突或樹突的病理是疾病過程的部分或疾病結果的任何其它病癥，如但不排它性地是任何脫髓鞘病，如多發(fā)性硬化。本發(fā)明也涉及靶向Nogo-A和/或因抑制Nogo-A而受影響的基因及途徑的新適應癥，其例如但不排它性地是神經(jīng)變性疾病(阿爾茨海默氏病、帕金森病、亨廷頓舞蹈病、ALS)、抑癥，如但不排它性地是任何脫髓鞘病，如多發(fā)性硬化。尤其，本發(fā)明涉及用于預測受試者對包含抗Nogo-A抗體的藥物應答的方法，其中在施用包含抗Nogo-A抗體的所述藥物之前和之后評估表25中至少一種基因的表達，并且其中在施用包含抗Nogo-A抗體的所述藥物后表25中所述至少一種基因的所述表達與在包含抗Nogo-A抗體的藥物的所述施用之前該基因的表達比較。在具體實施方案中，在施用包含抗Nogo-A抗體的藥物后表25中至少一種基因的所述表達與所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前該基因的表達比較時的失調指示對包含抗Nogo-A抗體的藥物的所述施用的陽性應答(應答者)。在另一個實施方案中，在施用包含抗Nogo-A抗體的藥物后表25中至少一種基因的所述表達與所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前該基因的表達比較時缺乏失調指示缺少對包含抗Nogo-A抗體的藥物的所述施用的應答(非應答者)。在優(yōu)選的實施方案中，在施用包含抗Nogo-A抗體的藥物后表25中至少一種基因的所述表達的失調是與所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前該基因的表達比較時，大于或等于1.2倍并且統(tǒng)計學顯著(p0.05，斯氏t檢驗)的表達改變。在最優(yōu)選的實施方案中，評估黏著基因族、細胞骨架基因族及信號基因族的每個族中至少一種基因的表達，其中所述的黏著基因族由鈣黏著蛋白11、釣勦著蛋白2、釣勦著蛋白8、鈣縣著蛋白22、Eph受體A3、Eph受體A4、肝配蛋白A3、肝配蛋白B2、Eph受體B2、腦信號蛋白4A、腦信號蛋白4D、腦信號蛋白4F、腦信號蛋白6A、腦信號蛋白6B、semaF胞質結構域相關蛋白3和叢蛋白B2構成，其中所述的細胞骨架基因族由加帽蛋白(細肌絲)類凝溶膠蛋白、酪蛋白激酶1S、中心體肌動蛋白、凝溶膠蛋白、微管相關蛋白質tau和神經(jīng)絲68構成，并且其中所述的信號基因族由Rho-GDP解離抑制物1、二氫嘧咬酶相關蛋白2、二氫嘧啶酶相關蛋白1、二氫嘧啶酶相關蛋白5構成。在另一個實施方案中，評估了表25中全部基因的表達。在本發(fā)明的一個實施方案中，在施用包含抗Nogo-A抗體的藥物后表25中至少一種基因的表達與所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前該基因的表達比較時的失調表明中樞神經(jīng)系統(tǒng)再生。本發(fā)明的方法可以在體外開展。本發(fā)明還包含抗Nogo-A抗體在制造用于在患者群中治療中樞神經(jīng)系統(tǒng)損傷的藥物中的用途，其中如本文中所述選擇患者群。優(yōu)選地，抗Nogo-A抗體是與人Nogo-A片段從第342-357位氨基酸的表位結合的完全的人單克隆抗體(IgG4/k)。本發(fā)明也涉及用于在受試者中以抗Nogo-A抗體治療中樞神經(jīng)系統(tǒng)損傷的方法和用于在施用抗Nogo-A抗體后的受試者中診斷中樞神經(jīng)系統(tǒng)再生的方法。此外，本發(fā)明還包含用于開展本文中所述方法的試劑盒，該試劑盒包含至少兩種探針，每種探針能夠特異性地檢測表25中一種基因的表達，其中所述的至少兩種探針不檢測相同基因的表達。因抑制Nogo-A而受影響的基因及分子途徑本身可以治療性地作為針對與可由Nogo-A抗體療法治療的那些病癥相似病癥的靶標。備選地，設計用于因抑制Nogo-A而受影響的基因及途徑的新治療法可以用作添加療法以增進Nogo-A抑制的療效。此外，因抑制Nogo-A而受影響的基因及途徑為Nogo-A的抑制提供治療適應癥，如，但不排它性地是其中神經(jīng)元塑性或突觸塑性受影響的病癥，如認知損傷相關的神經(jīng)變性疾病(阿爾茨海默氏病、帕金森病、亨廷頓舞蹈病)及精神障礙。附圖簡述附圖以舉例方式而非限制性方式描述優(yōu)選的實施方案。在圖中，相似的參考數(shù)字指相同或相似的要素。圖1.由GSEA在T8中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上免疫及防雄卩相關性轉錄物的富集。圖2.由GSEA在T8中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上細胞因子及趨化因子介導的信號傳導途徑的富集。圖3.由GSEA在T8中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上Jak-stat級聯(lián)相關性轉錄物的富集。圖4.由GSEA在T8中所鑒定的治療二周后在11C7的方向上氧化磷酸化相關性轉錄物的富集。圖5.由GSEA在T8中所鑒定的治療二周后在11C7的方向上突觸傳遞相關性轉錄物的富集。圖6.由GSEA在Tl-7中所鑒定的治療一周后在IgG的方向上ECM介導信號傳導相關性轉錄物的富集。圖7.由GSEA在Tl-7中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上脂類代謝相關性轉錄物的富集。圖8.由GSEA在Tl-7中所鑒定的治療一周后在IgG的方向上生長因子穩(wěn)態(tài)相關性轉錄物的富集。圖9.由GSEA在Ll-5中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上免疫及防御相關性轉錄物的富集。圖10.由GSEA在L1-5中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上信號轉導相關性轉錄物的富集。圖11.由GSEA在L1-5中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上細胞通信相關性轉錄物的富集。圖12.由GSEA在Ll-5中所鑒定的治療二周后在IgG的方向上免疫及防御相關性轉錄物的富集。圖13.由GSEA在Ll-5中所鑒定的治療二周后在IgG的方向上細胞通信相關性轉錄物的富集。圖14.由GSEA在L1-5中所鑒定的治療二周后在11C7的方向上突觸傳遞相關性轉錄物的富集。圖15.由GSEA在運動-體感皮層中所鑒定的治療二周后在IgG的方向上亨廷頓舞蹈病相關性轉錄物的富集。圖16.由GSEA在運動-體感皮層中所鑒定的治療二周后在IgG的方向上EGF受體介導的信號傳導相關性轉錄物的富集。圖17.由GSEA在運動-體感皮層中所鑒定的治療二周后在IgG的方向上FGF受體介導的信號傳導相關性轉錄物的富集。圖18.由GSEA在運動-體感皮層中所鑒定的治療二周后在IgG的方向上NGF受體介導的信號傳導相關性轉錄物的富集。圖19.由GSEA在血液中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上受體介導的胞吞作用相關性轉錄物的富集。圖20.由GSEA在血液中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上干擾素介導的免疫相關性轉錄物的富集。圖21.由GSEA在血液中所鑒定的治療一周后在IgG的方向上神經(jīng)活性配體-受體相互作用相關性轉錄物的富集。圖22.由GSEA在血液中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上巨噬細胞介導的免疫相關性轉錄物的富集。圖23.由GSEA在血液中所鑒定的治療一周后在IgG的方向上Illb信號傳導相關性轉錄物的富集。圖24.由GSEA在血液中所鑒定的治療一周后在11C7的方向上B細胞活化相關性轉錄物的富集。圖25.由GSEA在血液中所鑒定的治療二周后在IgG的方向上免疫及防御相關性轉錄物的富集。圖26.脊髓中11C7治療一周后Cxcr4及Cxcll2(slit-robo途徑)的上調。發(fā)明詳述將理解的是本發(fā)明的某些方面、模式、實施方案、變型及特點在以下多個詳細的水平上描述以便提供對本發(fā)明的實質性理解。通常，這類公開提供用于診斷及治療有需求的受試者的有用生物標記。因此，本發(fā)明的多個方面涉及診斷/治療方法和試劑盒以鑒定具有疾病素質的個體或將個體就藥物應答性、副作用或最適藥物劑量方面分類。方法及試劑盒用于研究疾病病因學、研究靼向性藥物的效力、預測疾病的個體易感性以及預測對耙向基因產(chǎn)物的藥物的個體應答性。因此，如下是說明這些方面的多個具體實施方案。本Jt效的W^核茅磁及多應。大鼠脊髓損傷模型中的基因表達概況分析在小鼠抗Nogo-A單克隆抗體11C7治療后實施并且在治療7日和14曰后在不同組織中與用抗植物凝集素IgG治療的對照小鼠比較，產(chǎn)生12個不同比較。數(shù)據(jù)組接受如下分析(l)統(tǒng)計限制(Welcht-檢驗pO.0S)及通過倍數(shù)變化分級；并且(2)基因簇富集分析(GSEA),其中此分析是最先由MoothaVK等，7VW.34:267-273(2003)及隨后由Subramanian等7VW/.U.SA102(43):15545-50(2005)引入的一種數(shù)據(jù)的途徑中心觀念。該分析導致鑒定在三種或更多種組織中在兩個時間中任一個時間點上受治療顯著影響的24條途徑。通過治療效果大小進行分級，其中治療效果大小以每個治療組中顯著差異性表達的基因的數(shù)目及前100個顯著改變的轉錄物的倍數(shù)變化為基礎，遠離損傷部位(Ll-5)的脊髓、損傷部位(T8)以及血液是治療一周后受影響最大的組織，運動-體感皮層及接近于損傷部位(Tl-7)的脊髓是二周治療后受影響最大的區(qū)域。在兩個時間中任一個時間點上，僅在額皮層中觀察到最少的作用。GSEA鑒定免疫及防御、蛋白質代謝及磷酸化、核苷、核苷酸及核酸代謝、神經(jīng)元活性以及Jak-stat級聯(lián)為整體上受影響最大的途徑。全部這些途徑在3-4種組織中共同受到影響。在大鼠中脊髄損傷后鞘內施加的抗Nogo-A治療在脊髓內具有最大作用。促進軸突導向及神經(jīng)突長出的基因在抗Nogo-A治療后在脊髓中上調，抑制性信號下調。在神經(jīng)突長出/軸突導向相關的途徑中，GSEA指示slit-robo介導的軸突導向途徑最經(jīng)常地受11C7治療影響。此途徑的兩個成員Cxcl12及Cxc4r因11C7而以協(xié)調的方式在治療一周后在所研究脊髓的全部節(jié)段中上調。Cxcl12及Cxc4r最近由LieberamI爭，A^inw47:667-679(2005)鑒定為是在發(fā)育期間定義哺乳動物運動軸突的初始軌道中的重要參與者。此研究結果提示該途徑受11C7治療影響并且因此可能對再生期間的抗Nogo作用機制有貢獻。在損傷部位，EGF-受體介導的信號傳導途徑在治療一周后受11C7上調，但在治療二周后下調。在運動皮層區(qū)中，EGF-受體介導的信號傳導途徑在治療一周后以及治療二周后11C7下調。鑒定具有顯著富集(qO.OOl)的總共24條途徑在三種或多種組織中在兩個時間中任一個時間點上受抗Nogo-A治療影響。受影響最大的途徑基本上與免疫及防御、蛋白質代謝及磷酸化和神經(jīng)元活性有關。突觸傳遞相關的探針組在抗Nogo-A治療二周后腰段脊髓中上調。該結果在基因表達水平上證實受損脊髓及皮層運動區(qū)為鞘內施加的抗Nogo-A抗體療法的主要作用部位。該分析鑒定了新的候選分子及新的候選途徑如肌纖蛋白和split-robo途徑作為抗Nogo-A治療的可能靶標。該結果也指出免疫防御相關性途徑強烈參與療效。TAQMAN分析證實所選擇的研究結果涉及分泌性蛋白Sfrp4、Mmp9和肌纖蛋白。^7V0go拔#。公布的PCT專利申請WO00/31235公開了針對Nogo蛋白質及其衍生物所產(chǎn)生的幾種抗體。對于抗Nogo抗體(包括單克隆抗體及其片段)以及其使用方法的實例，見BregmanBS等，7V"m,e378:498-501(1995);BrosamleC等，/A^"my"..20:8061-8068(2000);BareyreFM等，/A^"r仍d.22:7097-7110(2002);Chen等，7Va似"403:434-439(2000);FiedlerM等，/VW"Vi五rtg.15:931-941(2002);MerklerD等，/A^"r仍c/.21:3665-3673(2001);OertleT等，/A^w/wd.23:5393-5406(2003);PapadopoulosCM等，.Ann.Neurol.(2002)和VonMeyenburgJ等，fjc/;JVe"A154:583-594(1998)。對于抗Nogo抗體在中風模型的用途,還見WiessnerC等，In尸Aflr廳co/ogvOfe6m//sc/^附iVi，編者KrieglsteinJ和KlumppS,(2003)第343-353頁；以及WiessnerC等，Cere6."/oorfF/ow在Af"M.23:154-165(2003)。實施例中所用抗NogoA抗體的劑量已經(jīng)證實在相同的模型中引起功能性恢復。Liebscher等，7Ve"ro/.58:706-719(2005)。公布的PCT專利申請WO00/31235也公開了針對NogoA序列產(chǎn)生的兩種抗血清，即ASBruna和AS472。還見公布的PCT專利申請WO2000/05364Al，該專利申請公開了針對Nogo蛋白質片段的抗體。在實施例中，抗Nogo-A抗體11C7:小鼠單克隆抗體(mAb)llC7針對與大鼠第623-640位氨基酸序列對應的18aa肽Nogo-A產(chǎn)生；以在PBS中3mg/ml的濃度使用。對照抗體是針對植物凝集素的小鼠單克隆IgG，以在PBS中3mg/ml的濃度使用。這兩種抗體的生物化學特性和中和特性在OertleT等，/TVe"nwd.23:5393-5406(2003)中描述。在本發(fā)明的一個實施方案中，抗Nogo抗體是從用人免疫球蛋白基因遺傳重建的小鼠中產(chǎn)生的完全的人單克隆抗體(IgG4/K)并且其與人Nogo-A片段從aa342-357的表位結合。見公布的PCT專利申請WO90/05191及WO00/31235。因此，本發(fā)明涉及局部缺血性腦損傷(中風)、創(chuàng)傷性腦損傷(頭損傷)、多發(fā)性硬化(MS)、肌萎縮性側索硬化(ALS)、阿爾茨海默氏病。本發(fā)明也涉及神經(jīng)纖維損壞后的軸突再生和提高的萌發(fā)；外周神經(jīng)系統(tǒng)及中樞神經(jīng)系統(tǒng)的多種疾病、神經(jīng)變性疾病如阿爾茨海默氏病、帕金森病、AL、Lewy樣病理或其它常見癡呆，顱、腦及脊髓創(chuàng)傷后的疾病、中風或脫髓鞘性疾病，包括多發(fā)性硬化、單相型脫髓鞘、腦脊髓炎、多灶性白質腦病、全腦炎、胼胝體變性、腦橋髓鞘溶解癥、腎上腺腦白質營養(yǎng)不良、佩-梅病、海綿狀變性、亞歷山大病、卡納萬病、異染性腦白質營養(yǎng)不良和球形細胞腦白質營養(yǎng)不良；涉及^L網(wǎng)膜細胞或角膜細胞變性的退行性眼病，包括局部缺血性視網(wǎng)膜病變、前部局部缺血性視神經(jīng)病變、視神經(jīng)炎、年齡相關性黃斑變性、糖尿病性視網(wǎng)膜病變、嚢樣黃斑水腫、視網(wǎng)膜色素變性、青年遺傳性黃斑變性、Best卵黃狀視網(wǎng)膜變性、先天性黒矇和其他遺傳性視網(wǎng)膜變性、病理性近視、早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜病變、Leber遺傳性視神經(jīng)病變、角膜移植或角膜屈光手術后的影響、單純皰滲病毒性角膜炎。定乂。以下提供如本說明書中所用某些術語的定義。其它術語的定義可以在美國能源部科學辦公室人類基因組計劃(http:〃www.ornl.gov/sd/techresoiices/Humaii_Genome/glossary/)提供的詞匯表中找到。在實施本發(fā)明中，使用分子生物學、微生物學及重組DNA中眾多的常規(guī)技術。這些技術是眾所周知的并且在例如尸rotoa/s,ViAfo/ecw/"r說o/^j，第巻，Ausubel編輯(1997);Sambrook等，Afo/ecw/flrC7柳Vig:爿丄fl^onitofyAffl聰"/，,二戚(ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NewYork,1989);O麵"g'.爿尸mctor/々/wwcA，第I及II巻，GloverD編輯(1985);0//gow"c/eoftVfe5^fi^re喊Gait編輯(1984);7Vwc/e/cJ"V/場6nVfe",/ow，Harness和Higgins，編者(1985);7Vflwscn[p^mflwrf7Va/istoVfi，Hames&Higgins，編者(1984);爿w/顧/O//Cw/,"re，F(xiàn)reshney編輯(1986);7m歸緒/WO/Zs朋</五"Z戸"(1RLPress,1986);Perbal，J戶m"/c"/(7w/fifetoAfo/ec"/frC7ow/wg，.叢書，'Vi五"z戸o/.(AcademicPress,Inc.，1984);GeneTransferVectorsforMammalianCells,Miller和Calos，編者(ColdSpringHarborLaboratory,NewYork,1987)以及編者分別是Wu和Grossman及Wu的MW/^Ai>i￡>igwo/o^，第154和155巻中解釋.如本文中所用，術語"抗體"包括，但不限于例如多克隆抗體、單克隆抗體、人源化或嵌合抗體和足以使抗體片段與蛋白質結合的有生物學功能的抗體片段。在本發(fā)明的實施方案中，抗體是抗Nogo抗體。術語"生物學樣品"意圖包括，但不限于例如分離自受試者的組織、細胞和生物流體以及在受試者中存在的組織、細胞及流體。在實施例中，生物學樣品是中樞神經(jīng)系統(tǒng)樣品。然而，預期使用其它生物學樣品。合適的"生物學樣品，，例如是血液、血清、淋巴、內皮細胞、痰、尿、糞便或精液。中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)組織液和/或腦脊液(CSF)尤其適合本發(fā)明的方法。如本文中所用，術語"臨床應答"意指如下情況的任意或全部對應答，無應答及不利應答(即副作用)的定量測量。如本文中所用，術語"臨床試驗"意指設計旨在收集有關對特定療法應答的臨床數(shù)據(jù)的任何研究，并且包括，但不限于I、II及III期臨床試驗。^L用標準方法來定義患者群及招募受試者。如本文中所用，術語化合物的"有效量"是足夠實現(xiàn)所需治療作用和/或預防作用的量，例如導致預防正在治療的疾病或減輕與該疾病有關的癥狀的量。施用至受試者的化合物的量將取決于疾病的類型及嚴重性并且取決于個體特點，如一般健康狀況、年齡、性別、體重及藥物耐受。它還取決疾病的程度、嚴重性及類型。技術人員將能夠根據(jù)這些因素及其它因素確定適宜的劑量。一般地，足夠實現(xiàn)治療或預防作用的本發(fā)明化合物的有效量是約0.000001mg/千克體重/日到約10,000mg/千克體重/日。優(yōu)選的劑量是約0.0001mg/千克體重/日到約l，OOOmg/千克體重/日。另一個優(yōu)選的劑量是約0.01mg/千克體重/日到約100mg/千克體重/日。本發(fā)明的化合物也可以彼此組合或與一種或多種另外的治療化合物組合加以施用。在實施例中，實施例中所用抗NogoA抗體的劑量已經(jīng)證實在相同的模型中引起功能性恢復。Liebscher等，A^"/W.58:706-719(2005)。也見公布的PCT專利申請WO2000/05364Al，該專利申請公開了針對Nogo蛋白質片段的抗體。如本文中所用，"表達"包括但不限于如下情況的一種或多種將基因轉錄成前體mRNA;將前體mRNA剪接并且另外加工以產(chǎn)生成熟mRNA;使mRNA穩(wěn)定；將成熟mRNA翻譯成蛋白質(包括密碼子選擇及mRNA可獲得性)；以及根據(jù)正確表達和功能的需要，使翻譯產(chǎn)物糖基化和/或其它修飾。如本文中所用，術語"基因"意指含有用于調節(jié)RNA產(chǎn)物生物合成的全部信息的DNA節(jié)段，包括啟動子、外顯子、內含子及控制表達的其它非翻譯區(qū)。如本文中所用，術語"基因型"意指在個體中在一對同源染色體上的基因座中于一個或多個多態(tài)性位點內存在的核苷酸對的未定相的(unphased)5，-3，序列。如本文中所用，基因型包括全基因型和/或亞基因型。如本文中所用，術語"基因座"意指染色體或DNA分子上與基因或物理特征或表型特征相對應的位置。如本文中所用，術語"同基因，，意指群體中存在的給定基因的不同形式。13如本文中所用，術語"突變體"意指來自野生型的作為突變作用結果的任何可遺傳性變異，例如，單核苷酸多態(tài)性。術語"突變體"在本說明書通篇范圍內可與術語"標記"、"生物標記"及"靶"互換使用。如本文中所用，術語"醫(yī)學狀況"包括，但不限于表現(xiàn)為需要治療的一種或多種身體和/或心理癥狀的任何狀況或疾病，并且包括先前及新近鑒定的疾病及其它病癥。如本文中所用，術語"核苷酸對"意指在來自個體的染色體的兩個拷貝上在多態(tài)性位點上發(fā)現(xiàn)的核苷酸。如本文中所用，術語"多態(tài)性位點"意指基因座中的位置，在該位置中至少兩種替代性序列存在于群體中，其中該位置最經(jīng)常具有不超過99%的頻率。如本文中所用，術語"群體，，可以是至少兩名個體的任何組。群體例如可以包括但不限于參考群體、群體組、家族群體、臨床群體及相同性別群體。如本文中所用，術語"定相的(phased)"在應用于基因座中兩個或多個多態(tài)性位點的核苷酸對的序列時，意指在單拷貝基因座上在這些多態(tài)性位點中存在的核苷酸的組合是已知的。如本文中所用，術語"多態(tài)性，，意指以>1%的頻率存在于群體中的任意序列變體。序列變體可以在顯著大于1%如5%或10%或更高的頻率存在。該術語還可以用來指在個體中在多態(tài)性位點上觀察到的序列變異。多態(tài)性包括核苷酸置換、插入、缺失及微衛(wèi)星并且可以但不必須產(chǎn)生在基因表達或蛋白質功能上的可檢測差異。如本文中所用，術語"多核苷酸"意指任意的RNA或DNA，其可以是未修飾的或修飾的RNA或DNA。多核苷酸包括，不限于單鏈及雙鏈DNA，作為單鏈區(qū)及雙鏈區(qū)的混合物的DNA、單鏈及雙鏈RNA、作為單鏈區(qū)及雙鏈區(qū)混合物的RNA，以及這樣的雜合分子，它們包含可以是單鏈或更常見地是雙鏈或是單鏈區(qū)及雙鏈區(qū)混合物的DNA及RNA。此外，多核苷酸指的是包含RNA或DNA或既有RNA又有DNA的三鏈區(qū)域。術語多核苷酸也包括含有一個或多個修飾堿基的DNA或RNA，以及具有為穩(wěn)定性或出于其它原因而已l務飾的主鏈的DNA或RNA。如本文中所用，術語"多肽"意指包含通過肽鍵或修飾的肽鍵(即肽等構物)彼此連接起來的兩個或多個氨基酸的任意多肽。多肽指的是短鏈，通常稱作肽、糖肽或低聚物，以及較長的鏈，一般稱作蛋白質。多肽可以含有除基因編碼的20種氨基酸之外的氨基酸。多肽包括通過天然過程如翻譯后加工或通過本領域眾所周知的化學修飾技術修飾的氨基酸序列。此類修飾在基本教科書及在更詳細的專著中，以及在大部頭的研究文獻中充分描述。如本文中所用，術語"參考標準群體"意指由一種或多種生物學特點(例如藥物應答性、基因型、單元型、表型等)表征的群體。如本文中所用，術語"參考標準基因表達概況"是在施用化合物之前在參考標準群體或單個受試者中觀察到的一種或多種基因的表達^^式。如本文中所用，術語"受試者，，意指受試者優(yōu)選地是哺乳動物、如人，但也可以是動物，包括但不限于家養(yǎng)動物(例如犬、貓等)、家畜(例如奶牛、綿羊、豬、馬等)和實驗動物(例如猴(如獼猴)、大鼠、小鼠、豚鼠等)。如本文中所用，"試驗樣品，，意指從目的受試者中得到的生物學樣品。例如，試驗樣品可以是生物流體(例如血清)、細胞樣品或組織，或分離的核酸或從其中衍生的多肽。如本文中所用，術語"失調"意指與對照相比大于或等于1.2倍并且是統(tǒng)計學顯著(p〈0.05，斯氏t檢驗)的改變。例如1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5或5倍數(shù)變化。如本文中所用，施用活性劑或藥物至受試者或患者包括自我施用以及由其它人施用。還理解的是治療或預防如所述醫(yī)學狀況的多種模式意指"基本上"，這包括完全和亞完全的治療或預防，并且其中實現(xiàn)一定的生物學或醫(yī)學相關的結果。本發(fā)明的一個或多個實施方案的細節(jié)在下文后續(xù)描述中闡述。雖然與本文中所述的那些方法及材料相似或等同的任意方法及材料可以在本發(fā)明的實施或試驗中使用，現(xiàn)在描述優(yōu)選的方法及材料。本發(fā)明的其它特征、目的和優(yōu)勢將從說明書以及權利要求書中顯而易見。在本說明書及所附權利要求書中，單數(shù)形式包括復數(shù)指稱，除非清楚地指出相反。除非另外定義，本文中所用的全部技術及科學術語具有本發(fā)明所屬領域的技術人員通常理解的相同含義。本文中引用地全部參考文獻在本文中完整引用作為參考并且以這樣的相同程度用于全部目的，如同具體并且單獨地指示將每篇獨立的出版物、專利或專利申請完整地引用作為參考用于全部目的一樣。^Vf乾差西^。靶區(qū)可以使用任何寡核苷酸指導的擴增方法擴增，所述擴增方法包括但不限于聚合酶鏈式反應(PCR)(美國專利號4,965,188)、連接酶鏈式反應(LCR)(Barany等，ZVoc.7Vfl,/.爿o^.S"CAS^，88:189-193(1991);公布的PCT專利申請WO90/01069)，和寡核苷酸連接測定(OLA)(Landegren等，Sdewce，241:1077-1080(1988))。在此類方法中用作引物或探針的寡核苷酸應當與含有多態(tài)性位點或與其接近的核酸區(qū)域特異性地雜交。其它已知的核酸擴增方法可以用來擴增靶區(qū)，包括基于轉錄的擴增系統(tǒng)(美國專利號5,130,238;EP0329822;美國專利號5,169,766，公布的PCT專利申請WO89/06700)及等溫方法(Walker等，7V""顛d5W.，USA，89:392-396(1992)。爭在_^~#并#慕核茅^與乾差忠殺充等位基因特異性寡核苷酸與靶多核普酸的雜交可以用這兩種實體在溶液中進行，或這種雜交可以在寡以例如由抗體-抗原相互作用、聚L-賴氨酸、鏈霉抗生物素蛋白或抗生物素蛋白-生物素、鹽橋、疏水性相互作用、化學鍵、紫外線交聯(lián)、焙烘作用等介導。等位基因特異性寡核苷酸可以在固相支持體上直接合成或在合成后連接至固相支持體上。合適在本發(fā)明的檢測方法中使用的固相支持體包括由硅、玻璃、塑料、紙等制成的基質，其中所述基質可以例如形成孑L(如在96孔平板中)、載玻片、板、膜、纖維、芯片、皿和珠。固相支持體可以進行處理、涂層或衍生化以促進等位基因特異性寡核苷酸或耙核酸的固定。個體基因的基因型或單元型也可以通過將含有該基因的一個或兩個拷貝的核酸樣品與如在WO95/11995中所述的核酸陣列及亞陣列雜交而確定。陣列將含有一組等位基因特異性寡核苷酸，其代表將在基因型或單元型中包括的每個多態(tài)性位點。也見Mio/""/wC7ow/"g爿Z^omto^vMaw"a/,第二版，Sambrook，F(xiàn)ritsch和Maniatis編輯(ColdSpringHarborLaboratoryPress,1989);Z)A^C7owi"g，第I和II巻，GloverDN編輯(1985);5y",to/s，GaitMJ編輯(1984);7V"c/eZcJ"V/母6W妝aft》w，HamesBD和HigginsSJ編者，1984)。^于存餘4'^示《萄4這成^^^炎凝的^#農(nóng)系鍵。本發(fā)明也提供計算機系統(tǒng)用于存儲并顯示對基因所測定的數(shù)據(jù)。多態(tài)性數(shù)據(jù)是這樣的信息，其包括，但不限于例如多態(tài)性位點的位置；在這些位點中的序列變異；多態(tài)性在一個或多個群體中的頻率；對基因所測定的不同基因型和/或單元型；一種或多種這些基因型和/或單元型在一個或多個群體中的頻率；性狀與該基因的基因型或單元型間的任何已知關聯(lián)。計算機系統(tǒng)包含計算機處理單元、顯示器和含有多態(tài)性數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫。多態(tài)性數(shù)據(jù)包括對參考群體中給定基因所鑒定的多態(tài)性、基因型及單元型。在優(yōu)選的實施方案中，計算機系統(tǒng)能夠產(chǎn)生顯示根據(jù)進化關系組織起來的基因表達i普的視圖。此外，計算機可以執(zhí)行如此程序，其中所述程序產(chǎn)生顯示在顯示設備上的視圖(或熒光屏圖像)并且用戶借助該程序與視圖交互并分析與基因及其基因組變異相關的大量信息，包括染色體位置、基因結構M因家族、基因表達數(shù)據(jù)、多態(tài)性數(shù)據(jù)、遺傳序列數(shù)據(jù)以及群體臨床數(shù)據(jù)(例如對一個或多個群體的有關人種地理學起源、臨床應答及基因表達語的數(shù)據(jù))。本文中所述的多態(tài)性數(shù)據(jù)可以存儲為關系數(shù)據(jù)庫的部分(例如Oracle數(shù)據(jù)庫的實例或一組ASCII平面文件)。這些多態(tài)性數(shù)據(jù)可以存儲在計算枳J更盤上或可以例如存儲在CD-ROM或存儲在可由計算機訪問的一種或多種其它存貯設備上。例如，數(shù)據(jù)可以存儲在通過網(wǎng)絡與計算機通訊的一個或多個數(shù)據(jù)庫中。在以下實施例中，如下文開展數(shù)據(jù)歸一化將低于0的值設為0.1。每個量值除以樣品中全部量值的第50.0百分位。此后，每個基因的歸一化通過歸一化至天然樣品的中位數(shù)表達值而進行。在實施例1中，載體與處理間差異性表達的基因在每個實驗中基于如下限制進行鑒定(l)粗濾進一步分析中所包含的探針組在任何條件下必須以4/6的重復中帶標記地存在(flaggedpresentin4/6ofreplicates)。原始數(shù)據(jù)信號強度必須在至少一個治療組中是最小50。(2)統(tǒng)計限制p<0.05(Wekht-檢驗(參數(shù)性))。相似的統(tǒng)計限制總是適用于待比較的不同組并且在每個比較中提到。在實施例1中，使用基因簇富集分析(GSEA)方法來分析微陣列數(shù)據(jù)。在超過75%的芯片上具有低于100的表達水平的基因作為低表達或不表達基因被拋棄。微陣列結果隨后在一系列配對比較中在成組條件(例如處理與對照)間進行分析。每種基因在條件,和#伴2下的相對表達水平計算為表達率<table>tableseeoriginaldocumentpage18</column></row><table>其中/^是基因Z在條件^下的平均表達值?；螂S后根據(jù)它們的表達率排序，以至于在條件7下具有比在條件2下更高表達的那些基因位于該列的頂端。其次，將可獲得基因簇的集合映射到排序的表上。該步驟實質上將先驗的生物學知識應用于實驗數(shù)據(jù)以鑒定以協(xié)調方式表達的功能性相關基因。一次處理一個基因簇。對于基因簇G，若差茵,.eG，則標注表達率r,'處于，該基因簇中，并且若差^;gG，則'不在，該基因簇中。計算雙尾Wilcoxon秩和檢驗以確定標注'處于，基因簇G中的基因是否在這個排序的表的頂端或底部富集。采用StoreyJD和TibshiraniR，ProcNatlAcadSciUSA100:9440-9445(2003)的錯誤發(fā)現(xiàn)率方法以將p-值轉化成多重檢驗修正的q-值。來自GSEA的輸出是與JV個可獲得的基因簇對應的一列q-值&，&，…，W和標記(/7，&…，/yv)，/,(頂部,底部)。小q-值^表明基因簇中的基因在表達率序列的頂部或底部顯著富集。實施例2也提供對GSEA分析方法的描述。本^坊^試WJ^應當理解的是本文中所述的本發(fā)明方法一般也可以包括本發(fā)明試劑盒的用途。本發(fā)明提供用于對個體中基因做單元型分型和/或基因分型的核酸及多肽檢測試劑盒。此類試劑盒用于受試者分類。通常，本發(fā)明的方法可以按照先體外后體內(oWw)方式開展，并且本發(fā)明具體構思此類先體外后體內方法。此外，在本發(fā)明的方法可以包括可以在人體或動物上實施的步驟時，本發(fā)明具體構思僅包括不在人體或動物體上實施的那些步驟的方法。本發(fā)明的試刺盒用于檢測生物學樣品中與本發(fā)明標記相對應的多肽或核酸的存在，其中所述的生物學樣品例如是任何體液，包括但不限于例如血清、血漿、淋巴、膽嚢液、尿、糞便、腦脊液、腹水或血液并且包括體組織的活組織檢查樣品。例如，試劑盒可以包含能夠檢測生物學樣品中多肽或mRNA的標記化合物或試劑(其中所述的mRNA編碼與本發(fā)明標記對應的多肽)并且包含用于確定樣品中多肽或mRNA的量的手段，例如與多肽結合的抗體或與編碼該多肽的DNA或mRNA結合的寡核苷酸探針。對于基于抗體的試劑盒，試劑盒可以包含例如(l)與對應于本發(fā)明標記的多肽結合的第一抗體，例如，該抗體與固相支持體連接；并且任選地；(2)不同的第二抗體，其中所述的第二抗體與這種多肽或第一抗體結合并與可檢測標記綴合。對于基于寡核苷酸的試劑盒，試劑盒可以包含例如(l)與編碼對應于本發(fā)明標記的多肽的核酸序列雜交的寡核苷酸，例如，以可檢測方式標記的寡核苷酸；或(2)用于擴增與本發(fā)明標記對應的核酸分子的引物對。試劑盒可以還包含例如緩沖劑、防腐劑或蛋白質穩(wěn)定劑。試劑盒還可以包含檢測可檢測標記所需要的組分，例如酶或底物。試劑盒也可以含有對照樣品或一系列對照樣品，其中對照樣品可以受到分析并且與試驗樣品比較。試劑盒的每種組分可以封裝在單個容器中并且各種容器全部可以置于單個包裝物中，與解釋利用該試劑盒所進行分析的結果的說明書在一起。在優(yōu)選的實施方案中，該試劑盒還可以包含DNA樣品收集手段。本發(fā)明的試劑盒可以在試劑盒容器表面或內部含有印刷品。印刷品描述如何使用試劑盒中含有的試劑，例如，如何在確定用于預防或治療受試者中醫(yī)學狀況的策略中使用本發(fā)明的生物標記。在幾個實施方案中，試劑的使用可以參考本發(fā)明的方法。在一個實施方案，試劑是用于確定相關基因的基因表達的基因芯片。炎菱試者與標涼參孝舉傳初^。為了推導對治療的臨床應答與基因表達i普間的相關性，需要得到關于受治療個體的群體即臨床群體表現(xiàn)的臨床應答方面的數(shù)據(jù)。這種臨床數(shù)據(jù)可以通過對臨床試驗結果的回溯性分析得到。備選地，臨床數(shù)據(jù)可以通過設計并實施一個或多個新的臨床試驗得到。臨床群體數(shù)據(jù)的分析用于定義標準參考群體，而標準參考群體則用來對參加臨床試驗或接受所選治療性治療的受試者分類。在優(yōu)選的實施方案中，包含在臨床群體中的受試者已經(jīng)對目的醫(yī)學狀況的存在加以分級。對潛在受試者的分級可以包括例如標準體檢或一種或多種實驗室檢驗。備選地，對受試者的分級可以包括使用基因表達語。例如，在基因表達譜與疾病易感性或嚴重性間存在強相關性的情況下，將基因表達鐠用作分級標準。此類標準參考群體包含共有基因表達模式i普特點的受試者。例如，生物標記基因表達特點用于本發(fā)明的方法以便與給定受試者中一種或多種基因表達產(chǎn)物的測量水平比較。用于本發(fā)明的方法中的這種基因表達產(chǎn)物包括但不限于例如與特定基因型組或該基因型組的基因表達產(chǎn)物多肽相關的特征性mRNA。在一個實施方案，基于受試者中一種或多種生物標記的測量水平與標準參考群體中所觀察到一種或多種生物標記的水平間的相似性，將受試者分成或分配至特定的基因型組或類。在本發(fā)明的一個實施方案中，目的治療性治療施用至試驗群體中的每個受試者，并且每個受試者對治療的應答使用一個或多個預定的標準進行測量。構思了在多種情況下，試驗群體將表現(xiàn)應答范圍，并且研究人員將選擇由各種應答構成的(例如低、中等、高)應答者組的數(shù)目。此外，對試驗群體中每名個體的基因做基因分型和/或單元型分型，這可以在施用治療之前或之后進4亍?？梢源缋粲玫慕y(tǒng)計分才斤方法在FisherLD和vanBelleG，丑/仍to他rics.'^AfC/ro^/ogy幼e/Tefl/幼5Wewces(Wiley誦lnterscience，NewYork，1993)中描述。這種分析也可以包括回歸計算，其中基因中的多態(tài)性位點最顯著地對表型上的差異作出貢獻。用于找到單元型內容與臨床應答間相關性的備選方法使用基于誤差最小化優(yōu)化算法的預測模型，其中所述算法之一是遺傳算法(JudsonR，"遺傳算法及它們在化學中的用途，，在ZwCo附/Mtorio朋/C7^附/W/j中，第10巻，第1-73頁，編者LipkowitzKB和BoydDB(VCHPublishers,NewYork,1997)。也可以使用模擬復性法(Press等，7Vw柳encfl/7^"》^/wC,77fe/SWe"斷c0附/"http://"《，笫10章(CambridgeUniversityPress,Cambridge,1992)、神經(jīng)網(wǎng)絡法(RichE和KnightK，/"te//^e"ce，第二版，第10章(McGraw-Hill，NewYork,1991)、標準梯度下降法(Press等，尤其第IO章)或其它全局或局部優(yōu)化方法等。關聯(lián)性也可以使用方差分析(ANOVA)技術進行分析，以確定臨床數(shù)據(jù)中多少變異由基因中多態(tài)性位點的不同亞組解釋。使用ANOVA來檢驗這樣的假設，即應答變量是否由可測量的一種或多種性狀或變量所致或與之相關。見FisherLD和vanBelleG，爿McAcito/og};幼e好efl/,/r5Wewces(Wiley-lnterscience，NewYork,1993》第10章。在已經(jīng)得到臨床數(shù)據(jù)及多態(tài)性數(shù)據(jù)后，產(chǎn)生個體應答與基因型或單元型內容間的相關性。相關性可以按照幾種方式產(chǎn)生。在一種方法，個體由其基因型或單元型(或單元型對)(也稱作多態(tài)性組)分組，并且隨后計算由各多態(tài)性組的成員表現(xiàn)的臨床應答的平均數(shù)及標準差。技術人員可以從上文所述的分析中構建預測作為基因型或單元型函數(shù)的臨床應答的數(shù)學模型。對臨床應答與基因的基因型或單元型(或單元型對)間關聯(lián)的鑒定可以是設計診斷方法以確定如此個體的^出，其中所述個體將會或不會對治療應答，或備選地將會在更低水平上應答并且因此可能需要更多治療，即藥物的更大劑量。診斷方法可以采取幾種形式中的一種例如直接DNA檢驗(即對基因中一個或多個多態(tài)性位點進行基因分型或單元型分型)、血清學試驗或體檢測量。唯一要求是在診斷性檢驗結果與作為基礎的基因型或單元型之間存在良好的相關性。在優(yōu)選的實施方案中，這種診斷方法使用上文所述的預測性單元型分型方法。;^刺屋夢。本發(fā)明也涉及預測醫(yī)學領域，在預測醫(yī)學中為預后性(預測性)目的而使用診斷性分析法、預后分析法以及監(jiān)測臨床試驗以預防性治療受試者。因此，本發(fā)明的一個方面涉及診斷性分析法，用于確定生物學樣品(例如、血液、血清、細胞、組織)環(huán)境下的生物標記分子表達以及生物標記分子活性，以便因而確定個體是否遭受疾病或病癥侵襲或具有發(fā)展病癥的風險，其中所述的病癥與異常的生物標記分子表達或活性相關。本發(fā)明也提供預后性(或預測性)分析法，用于確定個體是否具有發(fā)展與生物標記分子表達或活性相關的病癥的風險。此類分析法可以用于預后性或預測性目的以便因此在病癥發(fā)作前預防性地治療個體，其中所述病癥以生物標記多肽為特征或與^M目關。某些多肽在受試者的特定組織(或血液)中的水平可以指示給定藥物在施用至受試者時的毒性、效力、清除速率或代謝速率。本文中所述的方法也可以用來確定此類多肽在受試者中的水平以便輔助預測這類受試者對這些藥物的應答。本發(fā)明的另一個方面提供用于確定個體中突變多肽的活性以便因而為該個體選擇適宜治療性或預防性化合物的方法。本發(fā)明的方法允許選擇化合物(例如藥物)以便基于個體基因型(例如旨在確定個體對特定化合物的應答能力而檢驗的個體的基因型)治療性或預防性地治療該個體。豫者為Vf法.預后性化合物與生物標記分子(例如生物標記多肽或編碼性相關的病癥或具有發(fā)展該病癥風險的受試者(其如上文所述)。預后性化合物是與生物標記分子結合或連接的任何化合物，包括但不限于例如抗生物標記多肽的抗體、小分子、核酸、多肽、寡糖、脂類或其組合。備選地，受試者。因此，本發(fā)明提供用于鑒定與生物標記表達或活性相關的疾病或病癥的方法，在所述方法中試驗樣品從受試者得到并且對預后性化合物的結合或活性進行檢測，其中存在預后性化合物的結合或活性改變診斷受試的風險。如本文中所用，"試驗樣品"指的是從目的受試者中得到的生物學樣品。例如，試驗樣品可以是生物流體(例如血清)、細胞樣品或組織，或從其中衍生的分離的核酸或多肽。此外，本文中所述的預后分析法可以用來確定受試者是否可以施用化合物(例如激動劑、拮抗劑、肽模擬物、多肽、肽、核酸、小分子或其它藥物候選物)以治療生物標記相關性疾病或病。如本文中所用，施用化合物至受試者或患者包括自我施用以及由其它人施用。在一個實施方案，本文中所述的預后分析法用來確定受試者是否將對化合物應答。例如，此類方法可以用來確定受試者是否可以用治療化合物對生物標記相關性病癥(即生物標記相關性醫(yī)學狀況)有效治療。因此，本發(fā)明提供用于確定受試者是否可以用化合物對與生物標記表達或活性相關的病癥有效治療的方法，在所述方法中得到試驗樣品并且使用預后性化合物檢測生物標記分子(例如其中生物標記分子的存在，或與參考中生物標記的表達水平相比，生物標記分子改變的表達水平對可以施用化合物以治療生物標記相關性病癥的受試者具有診斷性)。存在這樣的多種疾病，即生物標記相關性疾病或醫(yī)學狀況，其中已知某些生物標記分子過量表達(或過低表達)的程度指示受試者是否會發(fā)展疾病。因此，檢測樣品中生物標記的方法可以用作預測受試者是否會發(fā)展疾病的方法。測定一種或多種生物標記在來自具有疾病發(fā)展風險的受試者的合適組織或血液樣品中的水平并且將其與合適對照(如沒有這種疾病發(fā)展風險的受試者中的水平)比較。與對照相比，樣品中一種或多種生物標記過量表達(或過低表達)的程度可以預測受試者將發(fā)展疾病的可能性。相對于對照的過量表達(或過低表達)越大，受試者越有可能發(fā)生疾病。本文中所述的方法可以例如通過使用包含至少一種探針試劑(例如本文中所述的抗生物標記多肽的抗體)的預包裝診斷試劑盒開展，其中所述預包裝診斷試劑盒可以例如在臨床環(huán)境下用于診斷這樣的患者，其表現(xiàn)涉及本發(fā)明生物標記的疾病或疾患的癥狀或家族史。此外，其中表達本發(fā)明生物標記的任何細胞類型或組織可以用于本文中所述的預后分析法中。J^刺/屁尿效力。監(jiān)測物質(例如藥物、化合物)對生物標記的表達或活性(例如調節(jié)異常細胞增殖和/或分化的能力)的影響可以應用于基本藥物篩選和臨床試驗中。例如，如通過本文中所述的篩選分析法確定的物質增加生物標記基因表達、蛋白質水平或上調生物標記活性的有效性可以在表現(xiàn)生物標記基因表達、蛋白質水平降低或生物標記活性下調的受試者的臨床試驗中進行監(jiān)測。備選地，如通過篩選分析法確定的降低生物標記基因表達、蛋白質水平或上調生物標記活性的物質有效性可以在表現(xiàn)生物標記基因表達、蛋白質水平增加或生物標記活性上調的受試者的臨床試驗中進行監(jiān)測。在此類臨床試驗中，生物標記并優(yōu)選在例如增殖性病癥及癌癥中有關的其它基因的表達或活性可以用作特定細胞應答性的"讀出"或標記。例如，可以鑒定細胞中受如此物質(例如化合物、藥物或小分子)治療調節(jié)的基因，包括編碼本發(fā)明生物標記的基因，其中所述的物質調節(jié)(例如在如本文中所述的篩選分析法中鑒定的)生物標記活性。因此，為了研究物質例如在臨床試中對細胞增殖病癥的作用，可以分離細胞，并且制備RNA并對其分析在病癥中有關的生物標記及其它基因的表達水平?；虮磉_的水平(即基因表達語)可以如本文中所述通過RNA印跡分析或RT-PCR，或備選地通過如本文中所述的方法之一測量所產(chǎn)生蛋白質的量，或通過測量基因或其它基因的活性水平進行定量。以這種方式，基因表達語可以用作指示細月包對物質的生理應答的標記。因此，這種應答狀態(tài)可以在用該物質處理個體之前或在此期間的多個時間點上確定。差厲4這及^試,》類?；虮磉_產(chǎn)物的標準對照水平通過測量不同對照組中的基因表達而確定。對照組的基因表達水平隨后與給定受試者中基因表達產(chǎn)物的測量水平比較。這種基因表達產(chǎn)物可以是與特定基因型組或這種基因型組的基因表達多肽產(chǎn)物相關的特征性mRNA?；跍y量水平與給定組的對照水平具有多大相似性，受試者可以分成或分配至特定的基因型組。如本領域技術人員將理解，在作出這種決定中存在一定程度的不確定性。因此，對照組水平的標準差可以用來作出概率性決定并且本發(fā)明的方法適用于多種基于概率的基因型組決定。因此，例如并且不作為限制，在一個實施方案中，若基因表達產(chǎn)物的測量水平處于任何對照組的均值的2.5個標準差范圍內，則該個體可以分配至這個基因型組中。在另一個實施方案中，若基因表達產(chǎn)物的測量水平處于任何對照組的均值的2.0個標準差范圍內，則該個體可以分配至這個基因型組中。在又一個實施方案中，若基因表達產(chǎn)物的測量水平處于任何對照組的均值的1.5個標準差范圍內，則該個體可以分配至這個基因型組中。在又一個實施方案中，若基因表達產(chǎn)物的測量水平處于任何對照組的均值的1.0個標準差或更小的范圍內，則該個體可以分配至這個基因型組中。因此，這個方法允許以多個概率度確定應當將特定受試者置于哪個組內，并且這種基因型組的分配隨后將決定個體應當歸入的風險類別。^參標記差竭4這^^豸。用于檢測生物學樣品中的本發(fā)明突變多肽或核酸的存在或不存在的示例性方法包括從試驗受試者中得到生物學樣品并且使生物學樣品與化合物或能夠檢測突變多肽或核酸(例如mRNA、基因組DNA)的化合物接觸，以至于在該生物樣品中檢測到突變基因的存在，其中所述的核酸編碼本發(fā)明的突變多肽。用于檢測突變mRNA或突變基因組DNA的化合物是能夠與突變mRNA或突變基因組DNA雜交的標記的核酸探針。核酸探針可以例如是全長的突變核酸或其部分，如具有至少5、15、30、50、100、250或500個核苷酸長度并且足以在嚴格條件下與突變mRNA或突變基因組DNA發(fā)生特異性雜交的寡核苷酸。用于本發(fā)明診斷性分析法中的其它合適探針在本文中描述。用于檢測本發(fā)明突變多肽的化合物的實例是針對本發(fā)明突變多肽所產(chǎn)生的能夠與突變多肽結合的抗體，優(yōu)選地是具有可檢測標記的抗體?？贵w可以是多克隆的或更優(yōu)選地是單克隆的?？梢允褂猛暾目贵w或其片段(例如Fab或F(ab，)2)。術語"標記的，，相對于探針或抗體而言意圖包含通過偶聯(lián)(即物理地連接)可檢測物質至探針或抗體而對探針或抗體的直接標記，以及通過與另一種受到直接標記的化合物的反應性而對探針或抗體的間接標記。間接標記的實例包括使用熒光標記的第二抗體檢測第一抗體，以及用生物素對DNA探針進行末端標記以至于DNA探針可以用熒光標記的鏈霉抗生物素蛋白檢測。也即，本發(fā)明的檢測的方法可以用來在體外及體內(iViWw)檢測生物學樣品中本發(fā)明的突變mRNA、多肽或基因組DNA。例如，用于檢測突變mRNA的體外技術包括Northern雜交及原位雜交。用于檢測本發(fā)明突變多肽的體外技術包括酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)、蛋白質印跡、免疫沉淀及免疫熒光。用于檢測本發(fā)明的突變基因組DNA的體外技術包括Southern雜交，此外，用于檢測突變多肽的體內技術包括向受試者導入標記的抗突變多肽抗體。例如，抗體可以用放射性標記物標記，其中所述i文射性標記物在受試者中的存在及位置可以通過標準成像技#測。在一個實施方案，生物學樣品含有來自試驗受試者的多肽分子。備選地，生物學樣品含有來自試驗受試者的mRNA分子或含有來自試驗受試者的基因組DNA分子。優(yōu)選的生物學樣品是通過常規(guī)手段從受試者中分離的外周血白細胞樣品。在實施本發(fā)明中，使用分子生物學、蛋白質生物化學、細胞生物學、免疫學、微生物學及重組DNA學中的眾多常規(guī)技術。這些技術是眾所周知的并且在例如C"/rewf/Vo似co/s/"Afo/"w/ar祝o/ogy，第I-III巻，Ausubel編輯(1997);Sambrook等，Afo/ec"/"/*C7o附Vig..jZ^0rfl,wyMaw做/，岸二應(ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY，1989);DiV^aomVig;^iV""/cfl/^/woad，第I及II巻，Glover編4辱(1985);0//^w"cfeCiVfeSj;"^m/s，G"^編4耳(1984);7V"c/e/c爿"V/母6n妝flft》w，Harness和Higgins,編者(1985);7hmsrn>ft》《flwd7>flws7ft'o，Hames和Higgins，編者(1984);O//C"http://we，F(xiàn)reshney編輯(1986);/附附o緒/zed0/&朋</J5yiz戸es(!RLPress,1986);Perbal，爿1Vfl"/ca/(7wiV/etoAfo/ecw/"rC7o/wg;叢書，Me仇￡>igwo/"(AcademicPress,Inc.,1984);GeneTransferVectorsforMammalianCells,Miller&Calos，編者(ColdSpringHarborLaboratory,NewYork,1987);和編者分別是Wu及Grossman,以及Wu的Me幼o必/w五"z戸o/ogy,第154和155巻中解釋。檢測并測量mRNA水平(即基因轉錄水平)以及多肽基因表達產(chǎn)物水平(即基因翻譯水平)的方法是本領域眾所周知的，并且包括核苷酸樣吏陣列的使用以及多肽檢測方法，其涉及質譜和/或抗體檢測及定量技術。還見Strachan和Read,/T"wmwiMo/ec"/iirGewefc，第二版(JohnWileyandSons,Inc.,NewYork,1999)。用于檢測本發(fā)明所述基因的基因表達的技術包括，但不限于RNA印跡法、RT-PCT、實時PCR、引物延長、RNA酶保護、RNA表達鐠及相關技術。用于通過檢測由本發(fā)明所述基因編碼的蛋白質產(chǎn)物而檢測基因表達的技術包括，但不限于例如識別蛋白質產(chǎn)物的抗體、蛋白質印跡、免疫熒光、免疫沉淀、ELISA及相關技術。這些技術對本領域技術人員而言是眾所周知的。SambrookJ.等，Mo/ec"/"rC7omVig..JLfl6omto/jAffl簡"/，第三版(ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarbor,NewYork,2000)。在一個實施方案，用于檢測基因表達的技術包括基因芯片的使用?；蛐酒臉嫿笆褂檬潜绢I域眾所周知的。見美國專利號5，202，231;5，445，934;5,525,464;5,695,940;5，744，305;5,795,716及5，800，992.還見JohnstonM，Cm/t.歷o/"8:R171-174(1998);IyerVR等，5Wewce，283:83-87(1999)并且EliasP，"新的人基因組'芯片，醞釀一場革命"L仍Jwge/^Z)似7j;7V^^(2003年10月3曰)。在以下實施例1中，微陣列雜交如微陣列系統(tǒng)制造商推薦進行(Affymetrix,SantaClara，California;表達分析技術手冊)。來自每個治療組的6份樣品分別(不合并)雜交到含有>31000個探針組的大鼠基因組RAE2302.0基因表達探針陣列組(Affymetrix,Inc.,SantaClara,California,美國)上。雙鏈cDNA以起始量大約5照全長總RNA，使用SuperscriptChoice系統(tǒng)(InvitrogenLifeTeehnologies)在T7-(dT)24DNA寡核苷酸引物存在下合成。合成后，將cDNA通過酚/氯仿/異戊醇萃取及乙醇沉淀法純化。純化的cDNA隨后使用BioArray⑧高產(chǎn)率RNA轉錄物標記試劑盒(ENZO)在生物素化的核糖核苷酸存在下進行體外轉錄，形成生物素標記的cRNA。標記的cRNA隨后在親和樹脂(RNeasy，Qiagen)上純化、定量并且片段化。將大約10照量的標記cRNA在45°C與表達探針陣列雜交大約16小時。隨后該陣列使用FluidicsWorkstation400400(Affymetrix)洗滌并用鏈霉抗生物素蛋白-藻紅蛋白(MolecularProbes)染色兩次。陣列隨后用共聚焦激光掃描儀(GeneArrayScanner,Agilent)掃描兩次，產(chǎn)生掃描圖像。該結果".dat-file"使用MAS5程序(Affymetrix)處理成".cel-file"。原始數(shù)據(jù)使用"靶強度"150轉化成表達水平。確定^^記差厲脊^。確定生物學樣品例如個體的組織或體液中標記基因表達產(chǎn)物的水平可以按照多種方式進行。眾多的表達檢測方法使用分離的RNA。對于體外方法，對mRNA分離無選擇性的任何RNA分離技術可以用于從細胞中純化RNA。例如見Ausubel等編輯，C"fr.Mo/.5"/.(JohnWiley&Sons,NY，1987-1999)。在一個實施方案，測定了標記基因的mRNA表達產(chǎn)物的水平。測量特定mRNA的水平的方法是本領域眾所周知的并且包括RNA印跡分析、逆轉錄PCR及實時定量PCR或通過與寡核苷酸陣列或^:陣列的雜交。在其它更優(yōu)選的實施方案中，測定表達水平可以通過測定體液或組織樣品(包括但不限于血液或血清)中基因的蛋白質或多肽表達產(chǎn)物的水平而進行。在具體實施方案中，與標記對應的mRNA的水平可以通過原位(/"W似)模式及通過體外模式，使用本領域已知的方法在生物學樣品中確定。此夕卜，大量的組織樣品可以使用本領域技術人眾所周知的技術，如美國專利號4,843,155的單步驟RNA分離方法便利地處理。分離的mRNA可以在包括但不限于Southern或Northern分析、PCR分析及探針陣列的雜交或擴增分析法中使用。一種用于檢測mRNA水平的優(yōu)選診斷方法包括使分離的mRNA與核酸分子(探針)接觸，其中所述的核酸分子可與待檢測基因所編碼的mRNA雜交。核酸探針可以例如是全長cDNA或其部分，如具有至少7、15、30、50、100、250或500個核苷酸長度并且足以在嚴格條件下與編碼本發(fā)明標記的mRNA或基因組DNA發(fā)生特異性雜交的寡核苷酸。用于本發(fā)明診斷性分析法的其它合適探針在本文中描述。mRNA與探針的雜交表明所提及的標記正在被表達。在一種模式中，例如通過將分離的mRNA在瓊脂糖凝膠上電泳并將mRNA從凝膠轉移到膜(如硝酸纖維素膜)上而將mRNA固定在固體表面上并與探針接觸。在備選的模式中，探針固定在固體表面并且mRNA與探針接觸，例如在Affymetrix基因芯片陣列中。技術人員可以便利地調整已知的mRNA檢測方法以檢測由本發(fā)明標記編碼的mRNA的水平。用于測定樣品中與本發(fā)明標記對應的mRNA的水平的備選方法包括核酸擴增方法，例如通過RT-PCR(實驗實施方案由Mullis，美國專利號4,683,232描述)；連接酶鏈式反應，Barany(1991)，丄X;自持性序列復制，Guatelli等，/Voc，7V"汰Jow/.&/，USA，87:1874-1878(1990);轉錄性擴增系統(tǒng)，Kwoh等，尸/w.7Va汰爿c"rf.5W.USA，86:1173-1177(1989);Q-B復制酶，Lizardi等，說o/.r"^fo/og，6:1197(1988);滾環(huán)復制，美國專利號5，854，033或任何其它核酸擴增方法進行，隨后使用本領域技術人員眾所周知的技術檢測已擴增的分子。這些檢測方案尤其用于檢測以極低的量存在的核酸分子。如本文中所用，擴增引物定義為可以與基因的5，區(qū)或3，區(qū)(分別是正鏈和負鏈，或負鏈和正鏈)復性并含有5，區(qū)及3，區(qū)間短的區(qū)域的一對核酸分子。通常，擴增引物具有約10-30個核苷酸長度并且在約50-200個核苷酸長度的區(qū)域的側翼。在適宜條件下及用適宜的試劑，此類引物允許擴增這樣的核酸分子，其包含兩側分布該引物的核苷酸序列。如上文指出，RT-PCR(實時定量PCR)是評估基因表達水平的一種方式，例如評估本發(fā)明基因(例如含有目的SNP和多態(tài)性的那些基因)的基因表達水平。RT-PCR分析法利用RNA逆轉錄酶來催化DNA鏈從RNA鏈(包括mRNA鏈)的合成?？梢蕴禺愋詸z測并且定量所產(chǎn)生的DNA并且該方法可以用來測定特定類別的mRNA的水平。一種用于進行這種分析的方法是在商標名稱TAQMAN(PEAppliedBiosystems，F(xiàn)osterCity,CA)下已知的并且利用AMPLITAQGOLDTMDNA聚合酶的5，核酸酶活性以在PCR反應期間切割特定形式的探針。這種特性形式的探針稱作TAQMANr,針。見Luthra等，J附./.尸fl^o厶，153:63-68(1998))。這種探針由具有5，報道分子染料和3，猝滅劑染料的寡核苷酸(通常s20聚體)構成。熒光報道分子染料如FAM(6-氣基焚光素)與寡核苷酸的5，末端共價連接。報道分子由通過位于3，末端的接頭臂所連接的TAMRA(6羧基-N,N，N，，N，-四甲基羅丹明)猝滅。見Kuimelis等，iV"c/.外附/.^r.,37:255-256(1997)及Mullah等，7Vwc/.v4cMs/d，26(4):1026-1031(1998))。在反應期間，探針的切割使報道分子染料與猝滅劑染料分開，導致增加的報道分子熒光。PCR產(chǎn)物的積累通過監(jiān)測報道分子染料的熒光增加而直接檢測。見Heid等，Ge朋附e/d，6(6):986-994(1996)。反應以循環(huán)期間的如此時間點為表征，此時首先檢測到PCR產(chǎn)物的擴增，而不是在固定次數(shù)的循環(huán)后積累的PCR產(chǎn)物量。核酸靶的初始拷貝數(shù)越高，越早觀察到熒光的顯著增加(Gibson等，Gem附eid，6:995-1001(1996))。當探針完整時，報道分子染料對猝滅劑染料的接近導致主要因F6rster-型能量轉移而阻遏報道分子熒光。見Lakowicz等，/.祝o/.C7ie附.，258:4794-4801(1983))。在PCR期間，若目的耙存在，則探針特異性地在正向引物位點與反向引物位點之間復性。AMPUTAQGOLDTMDNA聚合酶的5，-3，溶核活性僅在探針與靶標雜交才切割在報道分子與猝滅劑之間的探針。探針片段隨后從靶標中被替換，并且鏈的聚合繼續(xù)。該過程在每個循環(huán)中發(fā)生并且不干擾產(chǎn)物指數(shù)式聚集。探針的3，末端被封閉以阻止PCR期間探針延長。被動參考物是在TAQMANTM緩沖液中包含的一種染料并且不參與5，核酸酶分析法。被動參考物提供內標，可以在數(shù)據(jù)分析期間使報道分子染料信號對其歸一化。需要歸一化以校正因濃度或體積變化所致的熒光波動。如此實現(xiàn)歸一化，即對給定反應管，將報道分子染料發(fā)射強度除以被動參考物的發(fā)射強度而得到定義為Rn的比例(歸一化的報道分子)。閾循環(huán)或Ct值是首次檢測到ARn的統(tǒng)計顯著性增加時的循環(huán)。在Rn對循環(huán)數(shù)的曲線圖上，閾循環(huán)在序列檢測應用開始檢測到與PCR產(chǎn)物指數(shù)增長相關的信號增加時出現(xiàn)。為開展定量測量，在每個實驗中包括cRNA(標準)的連續(xù)稀釋物以構建精確及快速mRNA定量所必需的標準曲線。為了估計技術的可再現(xiàn)性，可以進行多次相同cRNA樣品的擴增。用于測量細胞轉錄狀態(tài)的其它技術產(chǎn)生了用于電泳分析的有限復雜性的限制性片段庫，如聯(lián)合雙限制酶消化和定相引物(phaseingprimer)的方法(例如見EP0534858Al)或這樣的方法，其選擇帶有與定義的mRNA末端最接近的位點的限制片段。例如見Prashar等，爿ow/.USA,93(2):659-663(1996))。其它方法以統(tǒng)計方式對cDNA庫采樣，如通過對多種cDNA的每一cDNA中的足夠堿基(例如20-50個堿基)測序以鑒定每種cDNA，或通過測序相對于已定義mRNA末端途徑模式在已知位置處產(chǎn)生的短標簽(例如9-10個堿基)。見例如Velculescu，Sde""，270:484-487(1995)。將樣品中的cDNA水平定量并且每種cDNA的平均值、平均數(shù)及標準差使用本領域技術人員眾所周知的標準統(tǒng)計方法確定。BaileyNTJ，AfC/^A/"第三版(CambridgeUniversityPress,1995)。備選地，表達水平可以作為相對表達水平提供。為確定標記基因的相對表達水平，在測定目的樣品的表達水平之前，對10份或更多份的正常生物學樣品與疾病生物學樣品、優(yōu)選50份或更多份樣品測定標記表達的水平。測定并且使用在大量樣品中所分析的每一基因的平均表達水平，作為該標記的基線表達水平。對試驗樣品所測定的標記表達水平(絕對表達水平)隨后除以對該標記所得到的平均表達值。這提供相對表達水平。優(yōu)選地，用于基線測定中的樣品來自無多態(tài)性的受試者。細胞源的選擇取決于相對表達水平的用途。使用正常組織內存在的表達作為平均表達得分有助于驗證所分析的標記是否具有(對正常細胞)特異性。此外隨著更多數(shù)據(jù)積累，可以修改平均表達值，基于積累的數(shù)據(jù)提供改進的相對表達值。^#標記差廚翻譯的刺定。在本發(fā)明的另一個實施方案中，檢測了與標記對應的多肽。對體液或組織中生物標記基因的生物標記多肽(又叫做生物標記、標記、標記蛋白質或標記多肽)表達產(chǎn)物的檢測可以用來確定多態(tài)性的存在或不存在，并且生物標記多肽表達產(chǎn)物的相對水平可以用來確定多態(tài)性是否以純合或雜合狀態(tài)存在(并且因此確定個體的風險類別)。也即，在本發(fā)明的另一個實施方案中，檢測了與標記對應的多肽(即生物標記多肽)。體液或組織樣品中這種生物標記多肽基因表達產(chǎn)物的水平可以由本領域已知的任何方法確定。^嫂趁辦才法。由本發(fā)明基因編碼的蛋白質的表達可以通過探針檢測，其中所述的探針以可檢測方式標記或可以隨后進行標記。通常，探針是識別所表達蛋白質的抗體。多種模式可以用來確定樣品是否含有與給定抗體結合的生物標記蛋白質。用于檢測本發(fā)明的生物標記多肽的免疫測定方法包括但不限于例如點印跡、蛋白質印跡、蛋白質芯片、竟爭性和非竟爭性蛋白質結合分析、酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)、免疫組織化學、熒光激活它方法，并且可商業(yè)地使用多種方法。技術人員可以方便地調整已知的蛋白質/抗體檢測方法以用于確定細胞是否表達本發(fā)明的標記以及確定血液或其它體組織中這種特定多肽表達產(chǎn)物的相對濃度。來自個體的蛋白質可以使用本領域技術人員眾所周知的技術分離。所用的蛋白質分離方法例如可以是在Harlow和Lane，^Iw船oWd'丄tf6omtof^Ma冊a/(ColdSpringHarbor,NewYork,1988))中描述的那些蛋白質分離方法?？梢允褂猛暾贵w或其片段例如Fab或F(ab，)2。識別特定表位的抗體片段可以通過已知技術產(chǎn)生。例如，此類片段包括但不限于可通過胃蛋白酶消化抗體分子而產(chǎn)生的F(ab，)2片段以及可通過還原F(ab，)2片段的二硫橋而產(chǎn)生的Fab片段。備選地，可以構建Fab表達文庫(見Huse等，5Wewce，246:1275-1281(1989))以允許快速而容易地鑒定具有所需特異性的單克隆Fab片段。術語"標記的"相對于探針或抗體而言意圖包含通過偶聯(lián)(即物理地連接)可檢測物質至探針或抗體而對探針或抗體的直接標記，以及通過與另一種受到直接標記的化合物的反應性而對探針或抗體的間接標記。間接標記的實例包括使用熒光標記的第二抗體檢測第一抗體，以及用生物素對DNA探針進行末端標記以至于DNA探針可以用熒光標記的鏈霉抗生物素蛋白檢測。作為針對特定抗原的均一抗體群的單克隆抗體(mAb)可以通過連續(xù)細32胞系培養(yǎng)而產(chǎn)生抗體分子的任意技術得到。這些技術包括但不限于Kohler&Milstdn，A^re，256:495-497(1975)的雜交瘤技術；和美國專利號4,376,110;Kosbor等，/附附"朋/.ro甴j;，4:72(1983)的人B-細胞雜交瘤技術；Cole等，iVfl汰fAS^，80:2026-2030(1983);以及EBV-雜交瘤技術，Cole等，Mowoc/otf/Jw^^/esawdCVmm*77rmi/^,第77-96頁(AlanR.Liss，Inc.，1985)。此類抗體可以是任意的免疫球蛋白類，包括lgG、IgM、IgE、IgA、IgG以及其任意的亞類。產(chǎn)生本發(fā)明mAb的雜交瘤可以在體外或體內培養(yǎng)。體內高效價mAb的產(chǎn)生使其成為目前優(yōu)選的產(chǎn)生方法。此外，可以使用旨在通過如此方式產(chǎn)生"嵌合抗體"而開發(fā)的技術(見Morrison等，iVoc.iV,/Jcflrf.USA，81:6851-6855(1984);Neuberger等，iV^""，312:604-608(1984)及Takeda等，TV","",314:452-454(1985))，也即把來自具有適宜抗原特異性的小鼠抗體分子的基因與來自具有適宜生物學活性的人抗體分子的基因剪接在一起。嵌合抗體是其中不同部分來自不同動物種的分子，如具有來自小鼠mAb和人免疫球蛋白恒定區(qū)的可變區(qū)或高變區(qū)的那些分子。備選地，可以修改所述用于產(chǎn)生單鏈抗體的技術(美國專利號4,946,778;Bird,S"e騰，242:423-426(1988);Huston等，尸亂胸"ow/.5W.USA,85:5879-5883(1988)和Ward等，7V"似re，334:544-546(1989)以產(chǎn)生差異性表達基因的單鏈抗體。如此形成單鏈抗體，即通過將Fv區(qū)的重鏈片段與輕鏈片段經(jīng)氨基酸橋連接，產(chǎn)生單鏈多肽。更優(yōu)選地，可以修改用于產(chǎn)生"人源化抗體"的技術以產(chǎn)生針對蛋白質、片段或其4汙生物的抗體。此類在美國專利號5,932,448;5,693,762;5,693,761;5,585,089;5,530,101;5，569，825;5,625,126;5,633,425;5,789,650;5,661,016及5，770，429中公開。識別特定表位的抗體片段可以通過已知技術產(chǎn)生。例如，此類片段包括但不限于可通過胃蛋白酶消化抗體分子而產(chǎn)生的F(ab，)2片段以及可通過還原F(ab，)2片段的二硫橋而產(chǎn)生的Fab片段。備選地，可以構建Fab表達文庫(見Huse等，5We""，246:1275-1281(1989))以允許快速而容易地鑒定具有所需特異性的單克隆Fab片段。在一種模式中，抗體或抗體片段可以用于方法如蛋白質印跡或免疫熒光技術中以檢測所表達的蛋白質。在這類用途中，一般優(yōu)選地將抗體或蛋白質固定在固相支持體上。合適固相支持體或栽體包括能夠結合抗原或抗體的任何支持體。眾所周知的支持體或栽體包括玻璃、聚苯乙烯、聚丙烯、聚乙烯、葡聚糖、尼龍、淀粉酶、天然和改性纖維素、聚丙烯酰胺、輝長巖和磁石。已知蛋白質在生物學樣品中表達的程度通過利用上文所述的抗體的免疫測定方法確定。為便于檢測，尤其優(yōu)選的是夾心ELISA,其存在多種變型，它們均意圖用于本發(fā)明的方法和分析法中。例如在常見的正向分析法中，未標記的抗體固定在固體基質上并且在合適的溫育時間后使待檢驗樣品與結合的分子接觸，持續(xù)的時間足以允許形成抗體-抗原二元復合體。此時，隨后添加并溫育第二抗體，其中所述的第二抗體用能夠誘導可檢測信號的報道分子標記，持續(xù)的時間足以形成抗體-抗原-標記抗體的三元復合體。洗去任何未反應的物質，并且抗原的存在通過觀察信號而確定或可以通過與含有已知量抗原的對照樣品相比較而定量。正向分析法的變型包括同時分析法，其中將樣品和抗體同時添加至結合的抗體上，或反向分析法，其中將標記的抗體及待檢驗樣品首先合并、溫育并添加至未標記的表面結合的抗體。這些技術是本領域技術人員眾所周知的，并且細微變化的可能性將是顯而易見的。如本文中所用，"夾心測定"意圖包含對基本雙位點技術的全部變型。對于本發(fā)明的免疫測定，唯一的限制性因素是標記的抗體必須是對由目的基因所表達的蛋白質特異的抗體。二舉凝應逸泳。蛋白質可以通過二維凝膠電泳系統(tǒng)分開并隨后鑒定和/或定量。二維凝膠電泳是本領域眾所周知的并且通常包括沿著第一方向的等點聚焦作用，隨后沿第二方向的SDSPAGE電泳(例如見，Hames等，GW^E7e"ro/7Aoresis1o/iVo,"7z51.'/1iVfl"/cflr/^4/7/nflc/r(IRLPress,NY，1990);Shevchenko等，iVw胸/.USA，93:14440-14445(1996);Sagliocco等，P^rW，12:1519-1533(1996)和Lander,274:536-539(1996))。產(chǎn)生的電泳圖鐠可以通過多種技術加以分析，包括質諳技術、蛋白質印跡及使用多克隆及單克隆抗體的免疫印跡分析和內部及氨基末端微量測序。使用這些技術，有可能鑒定在給定生理條件下(包括在暴露于藥物的細胞例如酵母中，或在例如因特定基因的缺失或過量表達而受修飾的細胞中)所產(chǎn)生的全部蛋白質的大部分。##。生物標記多肽的身份及表達水平均可以使用質譜技術(MS)確定?；贛S的分析方法學用于分析分離的生物標記多肽以及分析生物學樣品中的生物標記多肽。用于分析生物標記多肽的MS模式包括電離(I)技術，如但不限于MALDI，連續(xù)或脈沖式ESI及相關方法如離子噴霧或熱噴霧，以及質簇碰撞(MCI)(massiveclusterimpact)。此類離子源可以與檢測模式匹配，所述檢測模式包括線性或非線性反射器TOF、單個或多個四極桿、單個或多個扇形磁場、傅里葉變換-離子回旋加速器共振(FTICR)、離子阱及其組合如離子阱/TOF。為了電離，可以使用多種基質/波長組合(MALDI)或溶劑組合(ESI)。例如使用ESIMS(Valaskovic等，Sci'e恥e，273:1199-1202(1996))及MALDIMS(Li等，/爿附.C7^肌Soc.，118:1662-1663(1996))，已經(jīng)檢測到亞-埃摩爾水平的蛋白質。對于MS分析，生物標記多肽可以在適宜的溶液或試劑系統(tǒng)中增溶。溶液或試劑系統(tǒng)例如有機溶劑或無機溶劑的選擇將取決于生物標記多肽的特性及所開展MS的類型，并且以本領域眾所周知的方法為基礎。對于MALDI，例如見Vorm等，Z"a/.C7^肌，61:3281(1994),并且對于ESI，見Valaskovic等，爿《"/.C7ie肌，67:3802(1995)。肽的MS也例如在國際PCT申請?zhí)朩O93/24834和美國專利號5,792,664中描述。選擇這樣的溶劑，其中所述溶劑使生物標記多肽會因所導入用于氣化過程的能量而分解的風險最小化。降低生物標記多肽分解的風險可以通過例如將樣品包埋在基質中而實現(xiàn)。合適的基質可以是有機化合物如糖，例如戊糖或己糖，或多糖如纖維素。此類化合物以熱解方式分解成C02和H20以至于沒有形成可能導致化學反應的殘渣?；|也可以是基本上分解而不留下任何殘渣的無機化合物，如硝酸銨。這些溶劑及其它溶劑的用途是本領域技術人員已知的。例如見美國專利號5，062，935。電噴射MS已經(jīng)由Fenn等，/C/^附.，88:4451-4459(1984)以及在PCT申請?zhí)朩O90/14148中描述，并且目前的應用在綜述文章中總結。見Smith等，爿wa/.Oie肌，62:882-89(19卯)以及Ardrey，5^e"r仍o/^,4:10-18(1992)。借助ESI，對飛摩爾量的樣品中分子量的測定因存在多個離子峰而是極其精確的，其中所述的峰全部可以用于質量計算?；|輔助激光解吸(MALDI)是本文MS方法中一種優(yōu)選的方法。用于開展MALDI的方法是本領域技術人員眾所周知的。用于改進分辨率的多種方法也是已知的。例如，MALDI-TOF-MS中的分辨率可以通過降低離子提取期間高能碰撞的次數(shù)而改善。例如見Juhasz等，為V^C7^附.，68:941-946(1996);還例如見，美國專利號5,777,325;5，742，049;5,654,545;5,641,959;5，654，54及5,760,393對MALDI和延時提取方案的描述。MALDI-TOF:MS已經(jīng)由Hillenkamp等，Burlingame和McCloskey編者，第49-60頁(ElsevierSciencePubl"1990)描述。在優(yōu)選的實施方案中，生物學樣品例如體液或組織樣品中生物標記蛋白質的水平可以通過質譜(MS)方法測量，所述質譜方法包括但不限于本領域已知的那些方法，如下文更詳細描述的基質輔助激光解吸/電離飛行時間質鐠(MALDI-TOF-MS)和表面增強激光解吸/電離飛行時間質譜(SELDI畫TOF-MS)。3/ASx"/-roF-MS蛋^^檢承y拔^。在一些優(yōu)選的實施方案中，對生物學樣品例如體液或組織樣品中特定蛋白質或多肽基因表達產(chǎn)物的檢測通過MS、尤其基質輔助激光解吸/電離飛行時間質譜(MASLDI-TOF-MS)進行。這些^R術已經(jīng)用來分析大分子如蛋白質或生物分子并且利用樣品探針表面化學，其能夠選擇性捕獲分析物(包括完整大分子)并使之直接從探針表面解吸成為氣體(氣相)，并且在最優(yōu)選的實施方案中，無需添加的化學基質。在其它實施方案中，可以使用多種其它利用質語檢測標記的技術。見Afflws15^e"ro附e外C。"/emiceie/wW，Hillenkamp編輯，第354-362頁(1988);AftfssiS，"ro附"ij0w/emicei印oW，Karas和Hillenkamp編者，第416-417頁(1988);Karas和Hillenkamp，爿w"C7^附"60:2299-2301(1988)以及且Karas等，祝o附^/五"W/wiAf似s5^c&"/fi，18:841-843(1989)。激光束在TOF-MS中的用途在例如美國專利號4,694,167;4,686,366;4,295,046及5,045,694中顯示，其中所述專利在本文中完整引用作為參考。其它MS技術成功地促使高分子量生物聚合物揮發(fā)，而沒有片段化，并能夠使類型廣泛的生物大分子通過質譜分析。^面增強激^席^/冶庠(5^丄""。在本發(fā)明的優(yōu)選實施方案中，使用了采用具有如此表面的新MS探針元件組成的其它技術，其中所述的表面允許探針元件主動參與對特定分析物的捕獲和?？?，稱作親和質譜(AMS)。幾種類型新MS探針元件已經(jīng)設計用于表面增強親和捕獲(SEAC)。見Hutchens和Yip，及fly^V/Co附/mw".Af"^5^e"ro附.，7:576-580(1993)。SEAC探針元件已經(jīng)通過利用有關蛋白質表面結構及生物特異性分子識別的知識而成功地用來回收并系留不同類別的生物聚合物，尤其是蛋白質。在本發(fā)明又一個優(yōu)選的實施方案中，與本發(fā)明方法一起使用的檢測方法使用通用類型的探針元件，即借助表面增強激光解^^/電離(SELDI)的樣品呈遞方法。見SELDI專利美國專利號5，719，060;5，894，063;6，020，208;6,027,942;6,124,137以及美國專利申請?zhí)朥.S.2003/0003465。目的多肽可以經(jīng)接頭直接與支持體連接。可以使用本領域技術人員已多肽可以經(jīng)可變間隔區(qū)與支持體如珠綴合。接頭包括Rink酰胺接頭(例如見，Rink,7^mA^//wi2>汰，28:3787(1976));三苯甲基氯接頭(例如見，Leznoff，爿ceC7^附.11:327(1978))和Merrifield接頭(例如見，Bodansky爭，尸印ftV/e^威w、第二版(AcademicPress,NewYork,1976))。例如，三苯甲基接頭是已知的(例如見，美國專利號5,410,068和5,612,474)。氨基三苯甲基接頭也是已知的(例如見，美國專利號5,198,531)。其它接頭包括可以摻入融合蛋白并在宿主細胞中表達的那些接頭。此類接頭可以是選擇的氨基酸、酶底物或任何合適的肽。接頭可以例如在分離核酸時通過引物的合適選擇而產(chǎn)生。備選地，接頭可以由目的蛋白質的翻譯后l務飾作用添加。炎^奸工類(^Vi7Vw()窗定/農(nóng)。使用針工具固定目的多肽至固相支持體可以是特別有利的。針工具包括在本文中公開或本領域已知的那些針工具。例如見美國專利申請序號08〃86，988和08/787,639以及國際PCT申請?zhí)朩O98/20166。陣列例如4x4陣列中的針工具可以用于含有目的多肽的孔。在針工具具有與每一針尖連接的官能團，或固相支持體(例如官能化珠或順磁珠)與每個針連接時，孔中的多肽可以被捕獲(lpmol容積)。目的多肽尤其生物標記多肽可以因與針工具接觸而固定。進一步固定可以通過對針工具施加電場引起。例如見Juhasz等，Jwfl/"&，Jwtf/.C7^w.，68:941-946(1996)，并且還例如見美國專利號5，777，325;5，742,049;5,654,545;5,641,959及5,760,393對MALDI及延時提取方案的描述。針工具可以用于在陣列上以空間可尋址方式固定目的多肽。這類空間可尋址的或預可尋址的陣列可用于多種方法中，包括例如質量控制及氨基酸序列診斷。在美國申請?zhí)?8/786,988及08/787,639和國際PCT申請?zhí)朩O98/20166中描述的針工具是可以用來在固定的固相支持體表面上產(chǎn)生多肽的多要素陣列(multi-elementarrays)的串行及并行分配工具。^參夢炎,悉的^它才面。在本發(fā)明的多種實施方案中，可以測量生物活性狀態(tài)的方面或混合方面以便得到藥物及途徑應答。可以測量與表征細胞功能有關的蛋白質活性，并且本發(fā)明的實施方案可以以這類測量為基礎。活性測量可以通過適用于正在表征的特定活性的任何功能性、生物化學性或物理方法進行。在活性涉及化學轉化的情況下，細胞蛋白可以與天然底物接觸并且測量轉化速率。在活性涉及多亞基單元結合例如激活的DNA結合復合體與DNA結合的情況下，可以測量結合蛋白的量或這種結合的繼發(fā)后果，如所轉錄mRNA的量。當然在僅已知功能性活性的情況下，例如在細胞周期控制中，可以觀察功能的表現(xiàn)。無論如何獲知和測量，蛋白質活性的變化形成由本發(fā)明方法分析的應答數(shù)據(jù)。在備選及非限制性實施方案中，應答數(shù)據(jù)可以由細胞的生物學狀態(tài)的復合方面構成。應答數(shù)據(jù)可以例如從某些mRNA豐度的變化、某些蛋白質豐度的變化和某些蛋白質活性的變化中構造出來。給出如下實施例以便更充分說明本發(fā)明的優(yōu)選實施方案。這些實施例無論如何不應當理解為限制如所附權利要求所定義的本發(fā)明范圍。實施例1在以抗NOGOA抗體11C7治療后的大鼠脊髓損傷模型中的基因組學探索性研究；微陣列基因表達分析^#。本實施例的目的是顯示大鼠中因脊髓損傷后抗Nogo-A抗體治療而產(chǎn)生的基因表達變化，以便鑒定治療效力、作用機制或任何潛在不利作用的生物標記候選物。^n說^".實施例涉及生命的部分如下開展總共40只成年雌性Lewis大鼠(及fl"附wonv"/c附，160-1卯g)從無特定病原(SPF)種畜群(R.Janvier，Legenet-St-Isle，法國)中得到并且在標準化籠具(4型，Macrolon，Indulab，Hanstedt，德國)內以4—6只動物為組，在12小時晝/夜循環(huán)下按照標準規(guī)范飼養(yǎng)，不限制食物和飲水。將大鼠隨機分成5組兩組16只大鼠經(jīng)歷脊髓半切除處理并接受IgG或抗NogoA抗體(llC7)。第三組(8只大鼠的幼稚組)不經(jīng)歷手術并且不接受任何治療，結果治療組1)IgG治療7曰2)Nogo-A治療7曰3)IgG治療14曰4)Nogo-A治療14曰5)幼稚對照動物用隨機數(shù)字編號并且實驗員在全部步驟及實驗階段間自始至終對治療不知曉。全部治療、手術方法和處死及初始數(shù)據(jù)分析以盲法實施?？贵w代碼為"橙"和"黃"。戎#.抗Nogo-A抗體11C7:小鼠單克隆抗體(mAb)llC7，針對與大鼠第623-640位氨基酸序列對應的18aa肽Nogo-A產(chǎn)生；以PBS中3mg/ml的濃度使用。對照抗體是針對植物凝集素的小鼠單克隆IgG,以PBS中3mg/ml的濃度^f吏用。這兩種抗體的生物化學特性和中和特性在OertleT等，/A^"r仍c/.23:5393-5406(2003)中描述。手i才法。動物用皮下注射枸櫞酸芬太尼(120jLil/200g體重JanssenPharmaceutics,Beerse，比利時)和多美康(每200g體重在150|nl中0.75mgRochePharmaceuticals,Basle，瑞士)進行麻醉。應用含維生素A的眼膏(Blache，ChauvinNovopharmAG，瑞士)以在相對長時間的操作過程期間保護眼睛不脫水。在胸水平T8處用虹膜切開剪和鋒利的尖頭刀片產(chǎn)生包括帶CST的主突起以及背外側突起和腹內側突起的脊髓背半部的T形損傷。從腰水平L2/L3插入一只細的鞘內導管(32號，來自RECATHCO，AllisonPark,Pennsylvania,美國)并且上推至T9，通過滲透性微泵(5jil/h，3.1pg/|Lil，Alzet2ML2,CharlesRiverLaboratories,LesOncins，法國)送遞抗體至損傷部位持續(xù)2周。在手術后，將動物放在恒溫調節(jié)的加熱墊上直至完全清醒。不給予止痛藥或抗生素以便不影響結果。當動物顯出脫水病征時，皮下給予林格液(FreseniusKabiAG,Stans，瑞士)。^yS。分別在1周和2周后，大鼠用異氟烷輕度麻醉并斷頭處死。幼稚動物隨1周動物組一起處死。將1ml全血收集至EDTA管內，混合，用1mlNaCl0.9%稀釋，轉移至含有Fas的管內?；旌衔镌诟伤侠鋬觥Ｔ贚ith/Hep管中收集大約1ml全血，混合并且在2000xg離心10分鐘(冷卻)前置于冰上。上清液(血漿)在干冰上冷凍。暴露腦及脊髓，對特定組織區(qū)域采樣并且立即在千冰上冷凍。每組動物數(shù)及性別8只雌鼠/組，總共40只。年齡8-9周。體重160-190g。41研究設計，動物分配及試驗項目劑量組l組2組3組4組5化合物11C7IgG11C7IgG幼稚動物治療期7曰7曰14曰14曰無治療i.ti.ti.t,i.t.施用途徑和頻率通過微量泵連續(xù)施通過微量泵連續(xù)施通過微量泵連續(xù)施通過微量泵連續(xù)施無治療.用用用用最后給藥與處死間0小時O小時O小時0小時無治療的時間治療開始時的動物88888數(shù)動物數(shù)1-1617-3233-4849-64113-128對如下組織采樣1)在損傷的水平處胸段脊髓(T8)2)在高于損傷處胸段脊髓(T1-T7)3)頸段脊髓4)腰段脊髓5)腦-額皮層6)腦-運動皮質和體感皮質7)腦-枕葉皮質8)腦-紋狀體9)腦-海馬10)腦干12)腰DRG13)血液細胞14)血清15)CSF樣品在干冰上并且隨后在-80。C深冷冰箱中存儲直至進一步使用。如下組織樣品為基因表達鐠分析進行處理并分析1)在損傷的水平處胸段脊髓(T8)2)在高于損傷處胸段脊髓(T1-T7)3)腰段脊髓4)腦-額皮層5)腦-運動皮質和體感皮質6)血液細胞腦分成兩個半球并且左半球保持完整以便使用原位雜交/免疫組織化學進一步證實微陣列的發(fā)現(xiàn)，而右半球用于解剖。iA^爽承及銷^.簡而言之，總RNA通過酸性硫氰酸胍(acidguanidiniumthiocyanate)-酚畫氯仿提取(Trizol，InvitrogenLifeTechnologies)從每種冷凍組織切片中得到，并且總RNA隨后根據(jù)制造商說明書在親和樹脂(Rneasy，Qiagen)上純化并且定量?？俁NA由在人=260nm(A26加m)的吸光度定量，并且純度通過比例A26Qnm/A280nm估計。RNA分子的完整性通過4吏用Agilent2100Bioanalyzer(AgilentTechnologies,PaloAlto，California,美國)用非變性瓊脂糖凝膠電泳證實。保存每個單獨RNA樣品的等分試樣用于通過基于熒光的實時PCR(TAQMAN;Applera)證實微陣列的發(fā)現(xiàn)。RNA存儲在-80。C直至分析。微萍/y^r發(fā).全部微陣列雜交如微陣列系統(tǒng)制造商所推薦(Affymetrix，SantaClara，California;表達分析技術手冊)實施。來自每一治療組的6份樣品分別(不合并)在含有>31000個探針組的大鼠基因組RAE2302.0基因表達探針陣列組(Affymetrix，Inc.,SantaClara，California,美國)上雜交。雙鏈cDNA以起始量大約5全長總RNA，使用SuperscriptChoice系統(tǒng)(InvitrogenLifeTechnologies)在T7-(dT)24DNA寡核苷酸引物存在下合成。合成后，將cDNA通過酚/氯仿/異戊醇萃取及乙醇沉淀法純化。純化的cDNA隨后使用BioArray⑧高產(chǎn)率RNA轉錄物標記試劑盒(ENZO)在生物素化的核糖核苷酸存在下進行體外轉錄，形成生物素標記的cRNA。標記的cRNA隨后在親和樹脂(RNeasy,Qiagen)上純化、定量并且片段化。將大約10照量的標記cRNA在45。C與表達探針陣列雜交大約16小時。隨后該陣列4吏用GeneChipFluidicsWorkstation400(Affymetrix)洗滌并用鏈霉抗生物素蛋白-藻紅蛋白(MolecularProbes)染色兩次。陣列隨用共聚焦激光掃描儀(GeneArrayScanner,Agilent)掃描兩次，產(chǎn)生掃描圖像。該結果".dat-file"使用MAS5程序(Affymetrix)處理成".cel-file"。原始數(shù)據(jù)使用"耙強度"150轉化成表達水平炎拔為Vf。對脊髓組織T8(在損傷的水平處)及接近于損傷的脊髓組織Tl-7的數(shù)據(jù)組的初始數(shù)據(jù)分析以盲法開展。該分析導致鑒定代碼為"橙，，的樣品作為11C7治療組，此后，該代碼解密并且樣品身份得到證實。其余分析不是盲法的。^#控辦。對每個樣品研究如下的質量量值換算系數(shù)、背景、當前呼叫的百分比(percentpresentcalls)、AFFX-GAPDH3，:AFFX-GAPDH5，-比例、AFFX-GAPDH3，方差、AFFX-P肌動蛋白3，:AFFX-p肌動蛋白5，-比例。注意數(shù)據(jù)的均勻性。背景噪音水平的平均值和標準差決定了后續(xù)分析中所用的原始數(shù)據(jù)限制值。GAPDH3，方差是在各樣品之間變異的度量并且可以用作可靠倍數(shù)差異(reliablefolddifference)的標線。i要^為、為、浙。開展包括在RatGenome2.0上的全部探針組(11=15866)作為變量的主要成分分析(PCA)以便在使用Simca-P10.0軟件(Umetrics，Ume益，Sweden)對數(shù)據(jù)做對數(shù)變換及中心化后鑒定異常微陣列(outliermicroarray)。在剔除技術性異常值后，使用GeneSpring(SiliconGenetics,RedwoodCity,California,美國)7'0版重復進行PCA。炎凝々一化。在QC后，MAS5歸一化的微陣列數(shù)據(jù)輸入GeneSpring7.0版(SiliconGenetics)。分別對每種組織進行各自的實驗。如下對每個實驗歸一化將低于0的值設為0.1。每個量值除以該樣品中全部量值的第50，0百分位數(shù)。最后，每個基因的歸一化通過歸一化至幼稚樣品的中位數(shù)表達值而進行。:#尤羞#'/^瘋^賴差風載體與處理間差異性表達的基因在每個實驗中基于如下限制進行鑒定(1)粗濾進一步分析中所包含的探針組在任何條件下必須帶標記地存在于4/6的重復物中。原始數(shù)據(jù)信號強度必須在至少一個治療組中是最小值50。(2)統(tǒng)計限制pO.05(Welcht-檢驗(參數(shù)性))。相似的統(tǒng)計限制總是應用于待比較的不同組并且在每個比較中提到。差風襄,桌為V^T"E4人使用基因簇富集分析方法的自制實現(xiàn)來分析微陣列數(shù)據(jù)。在超過75%的芯片上具有低于100的表達水平的基因作為低表達或不表達基因被拋棄。微陣列結果隨后在一系列逐對比較中在成組條件(例如處理與對照)間進行分析。每種基因在條件/和務伴2下的相對表達水平計算為表達率^^二一其中/^是基因Z在條件j下的平均表達值。基因隨后根據(jù)它們的表達率排序，以至于在條件/下具有比在條件2下更高表達的那些基因位于該列的頂端。其次，將可獲得基因簇的集合映射到排序列(sortedlist)上。該步驟實質上將先驗的生物學知識應用于實驗數(shù)據(jù)以鑒定以協(xié)調方式表達的功能性相關基因。一次處理一個基因簇。對于基因簇G,若差廚/eG，則標注表達率r,.'處于，該基因簇中，并且若差西ygG，則'不在，該基因簇中。進行雙尾Wilcoxon秩和檢驗以確定標注'處于，基因簇G*中的基因是否在這個排序列的頂端或底部富集。采用StoreyJD和TibshiraniR,ProcNatlAcadSciUSA100:9440-9445(2003)的錯誤發(fā)現(xiàn)率方法以將p-值轉化成多重檢驗^^正的q-值。來自GSEA的輸出是與TV個可獲得的基因簇對應的一列q-值"7，《2，…，^和標記仏，&…，W，e(頂部，底部)。小q-值仏.表明基因簇C中的基因在表達率列表的頂部或底部顯著富集。潛采。對脊髓組織T8(在損傷的水平處)及接近于損傷的脊髓組織Tl-7的數(shù)據(jù)組的初始數(shù)據(jù)分析以盲法開展。該分析導致鑒定代碼為"橙"的樣品作為11C7治療組，此后，該代碼解密并且樣品身份得到證實。其余分析不是盲法進行的。#體7W在源諒^水"f義)。比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后643種和449種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.93±1.06并且在治療二周后是1.31±0.07。治療一周后的前100位基因表達變化列于在實施例2表4中并且在治療二周后的前100位基因表達變化列于表5。90%的前20位轉錄物在11C7治療一周后下調(而在總的差異性表達的轉錄物中，41%下調)。有意思的是，在這些轉錄物當中，存在7種轉錄物，它們編碼與胞外基質(ECM)和傷口愈合和/或瘢痕形成(無孢蛋白(asporin)前體、皮連蛋白(dermatopontin)、膠原)有關的蛋白質、2種分泌性巻曲樣蛋白(Sfrl2及4)、2種IGF結合蛋白(Igfbp5和6、IGF的負向調節(jié)蛋白)和肌纖蛋白/TIGR，其中肌纖蛋白/TIGR最近證實抑制神經(jīng)突長出并且在CNS損傷后在慢性神經(jīng)膠質癡痕中上調。JurynecMJ等，Afo/.CW/.7Ve"r^d.23:69-80(2003)?；虼馗患治?GSEA)鑒定到治療一周后具有差異性富集轉錄物顯著富集的總共30條途徑(實施例3的表16)。最顯著的富集在免疫及防御相關性轉錄物(圖1)、細胞因子及趨化因子介導的信號途徑(圖2)及Jak-stat級聯(lián)(圖3)中觀察到，均在11C7的方向上。就神經(jīng)系統(tǒng)相關的途徑而言，在11C7治療的動物中神經(jīng)元活性、神經(jīng)發(fā)生和神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞下調(qO.OOl)，而slit-robo介導的軸突導向(q-0.018)上調。在治療二周后，倍數(shù)變化顯著比治療1周后小。僅一種轉錄物受到>1.5倍的顯著差異調節(jié)(p53應答基因3，在11C7治療后上調1.6倍)。GSEA鑒定了其中觀察到差異性表達轉錄物的顯著富集的19條途徑。氧化磷酸化(圖4)、電子/離子/陽離子運輸、凝血、前mRNA加工和突觸傳遞(圖5)是其中最顯著受影響的途徑(實施例3的表21)。#^77-7f接近f橫銀舉在)。比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后566種和579種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.43±0.17并且在治療二周后是1.56±0.98。治療一周后的前100位基因表達變化列于表18中并且在治療二周后的前100位基因表達變化列于實施例3表19。在11C7治療一周后的最大變化再現(xiàn)了損傷部位中觀察到的主題前20位變化中的8個變化與ECM有關(腔蛋白聚糖、膠原lal-2及5al、纖蛋白2、四連蛋白(tetranectin)、基質糖蛋白SC1/ECM2)并且在以11C7治療后下調。在治療二周后，倍數(shù)變化比治療1周后略高。最大變化中的一些變化與編碼在淋巴細胞中所表達蛋白質的轉錄物下調有關?；虼馗患治?GSEA)鑒定了治療一周后5條途徑中的顯著富集(表18，實施例3)。治療二周后沒有途徑顯著受到影響(qO.OOl)。在一周后受影響最顯著的途徑是ECM介導信號傳導、脂類、脂肪酸及固醇代謝和生長因子穩(wěn)態(tài)(圖6-8)。脊體ZJ-5(^逸庠橫務部^)。比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后1303種和1301種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.72±0.5并且在治療二周后是1.91±2.0。治療一周后的前100位基因表達變化列于表1-5中并且在治療二周后的前100位基因表達變化列于實施例3表21。在11C7治療一周后的最大變化與由淋巴細胞表達的轉錄物(類似于Igy-2C鏈C恒定區(qū)(LOC362795)、mRNA、分泌性白細胞蛋白酶抑制物、淋巴細胞選凝素、脂籠蛋白2、凝血調節(jié)蛋白、趨化因子(C-X-C基序)配體12)有關并且當上調時，可能暗示在11C7治療后淋巴細胞向組織中的運輸增加。Sfrp4和肝配蛋白B1也在11C7治療后上調。在治療二周后，最顯著改變的轉錄物包括核受體MrgAlORF酰胺G蛋白偶聯(lián)受體(MrgalO)和核受體輔激活物3以及在11C7治療后下調的免疫相關性轉錄物。大多數(shù)的顯著變化與突觸傳遞或突觸嚢泡循環(huán)(突觸發(fā)生相關mRNA序列6、突觸嚢泡糖蛋白2b、突觸孔蛋白)有關并且在11C7治療后上調?；虼馗患治?GSEA)鑒定了治療一周后58條途徑中的顯著富集(表19，實施例3),以及治療二周后48條途徑中的顯著富集(表20，實施例3)。受影響最顯著的途治療一周后是免疫及防御、信號轉導及細胞通信(在11C7上均上調；圖8-10)并且在治療二周后是免疫及防御、細胞通信及突觸傳遞(圖11-13)。有意思的是，免疫及防御相關性途徑在治療二周后在IgG治療的方向上極為顯著地富集(在11C7治療后下調)。突觸傳遞、神經(jīng)元活性及神經(jīng)遞質釋方文相關途徑在11C7治療二周后顯著富集(上調)。適動-傳毒'發(fā)x^.比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后574種和910種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.42±0.19并且在治療二周后是1，46±0.09。治療一周后的前100位基因表達變化列于實施例3表20中并且在治療二周后的前100位基因表達變化列于表21。在治療一周后運動-體感皮層中的70%前100位變化是EST，因而使數(shù)據(jù)解釋復雜化。然而在改變的前100位中，已知的轉錄物是S100鈣結合蛋白A9(巨噬細胞表達的4丐粒蛋白B,在11C7治療后上調3倍)和Crmp5(瓦解蛋白應答介導物蛋白5，在11C7治療后上調)。瓦解蛋白-應答介導物蛋白(CRMP)在發(fā)育的腦中高度表達，在腦中它們參與神經(jīng)元分化的若干方面。在成人中，它們在持續(xù)神經(jīng)發(fā)生的區(qū)域內表達。VeyracA等，五w.丄A^wwc/.21:2635-2648(2005)。在治療二周后，80%的前100位變化是EST。基于多重檢驗修正分析，GSEA鑒定在治療一周后沒有途徑具有差異性表達轉錄物的顯著富集。在治療二周后，氧化磷酸化途徑顯示差異性表達基因的顯著富集(q〈0.001;表21，實施例3)。有趣的是，亨廷頓舞蹈病、EGF-、FGF-和NGF的信號途徑均受到影響，但是脫離推薦的顯著性水平(q<0.04vsq<0.001)。它們均在11C7治療后下調(圖M-l7)。受影響途徑中的少數(shù)途徑可能反映了在本數(shù)據(jù)組中不能歸入任何途徑的大量差異性表達的EST。^"發(fā)i。比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后657種和275種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.3±0.3并且在治療二周后是1.2±0.05。治療一周后的前100位基因表達變化在附件-l中列于表l-9中并且在治療二周后的前IOO位基因表達變化列于表1-10。僅13種轉錄物在治療一周后以及10種轉錄物在治療二周后差異性表達>1.3倍，從而表明應答該治療的非常弱的基因表達。在>1.3倍數(shù)變化中在治療一周后是由巨噬細胞表達的S100鉤結合蛋白A9(釣粒蛋白B)、與細胞分化有關的c-fos癌基因、Dusp6和Egr-l并且在治療二周后是stathmin1、Nr2f2、G蛋白偶聯(lián)受體27和髓鞘相關的少突膠質細胞堿性蛋白(Mobp;在11C7治療后上調l.28倍)。由于少數(shù)顯著變化，對額皮層數(shù)據(jù)組未進行GSEA。j&濕。比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后389種和427種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是2.U0.56并且在治療二周后是1.80±0.40。治療一周后的前100位基因表達變化在附件-1中列于表1-11中并且在治療二周后的前100位基因表達變化列于表1-12。11C7治療一周后的最大變化中有基質金屬蛋白酶Mmp8及Mmp9、Hipk3、分泌性白細胞蛋白酶抑制物(在一周后在Ll-5中也上調)及鈣粒蛋白A的上調。在治療二周后，類似于p淀粉狀蛋白結合蛋白(LOC362545)，mRNA及Creb結合蛋白在11C7治療后下調，而神經(jīng)保護性mGluR8及凋亡相關性Sfrp4在11C7治療后上調?；诙嘀貦z驗修正分析，GSEA鑒定到在治療一周后6條途徑具有差異性表達轉錄物的顯著富集(qO.001;附件-2，表l-7)。胞吞作用、胞內蛋白質運輸、受體介導的胞吞作用(圖18)、一般的小泡運輸、干擾素介導的免疫(圖19)、神經(jīng)活性配體-受體相互作用(圖20)、mapk信號傳導途徑、巨噬細胞介導的免疫(圖21)和隨后的Il-lb及B-細胞活化(分別是圖22及23)是受影響最大的途徑。有趣的是，在所有以上所提及富集方向除了神經(jīng)活性配體-受體相互作用以外，均是在11C7的方向上。這表明轉錄物的上調與11C7治療后的那些途徑有關。在治療二周后，8條途徑顯示差異性表達基因的顯著富集(qO.001;附件-2，表l-8)。蛋白質代謝及修飾、免疫及防御(圖24)以及蛋白質修飾屬于受影響最大的途徑。在治療二周后在血液中除一條途徑外的全部途徑均在IgG的方向上富集。^s&。本實施例的目的是與對照治療即小鼠抗植物凝集素IgG抗體相48比，在大鼠中鑒定在脊髓半切除后用單克隆小鼠抗Nogo-A抗體11C7治療一周和二周后的治療相關性改變。在治療一周后，最顯著的基因表達變化就數(shù)目和幅度而言在遠離損傷部位(Ll-5)處，見察到，其次是損傷部位(T8)和血液，而額皮層、運動-體感皮層和接近于損傷部位的脊髓(T1-7)則明顯更少受到影響(表2)。在治療二周后，最大影響尺度就基因表達而言在Ll-5中觀察到，隨后是對運動-體感皮層、接近于損傷部位的脊髓(Tl-7)及血液的相對類似的影響。治療二周后在T8及在額皮層中觀察到明顯較少的治療影響(表2)。表2在所研究的組織中基因表達變化的總結l周2周組織顯著變化的數(shù)目前100個的平均倍數(shù)變化作用大小級別組織顯著變化的數(shù)目前100個的平均倍數(shù)變化作用大小級別Ll畫513031.72±0.51Ll-513011.9U2.01T86431.93±1.062MCx9101.46±0.092血液3892.1±0.563Tl誦75791.56±0.982FCx6571.3±0.34血液4271.8±0.043MCx5741.42±0.195T84491.31±0.074Tl-75661.43±0.175FCx2751.2±0.055影響尺度級別是基于顯著性基因表達變化的數(shù)目及在該組織中前100位基因表達變化的平均倍數(shù)變化對所研究的組織分級。在損傷部位》見察到11C7的極強烈影響，在治療一周后下調與胞外基質和傷口愈合有關的轉錄物。無孢蛋白(asporin)前體、皮連蛋白、微原纖維相關的糖蛋白-2和幾種膠原以及兩種分泌性巻曲相關蛋白Sfrp2和Sfrp4處于位居前列的下調變化中，其中發(fā)現(xiàn)所述分泌性巻曲相關蛋白的表達與凋亡相關。發(fā)現(xiàn)肌纖蛋白/TIGR在llC7治療一周后下調2.67倍，其中肌纖蛋白/TIGR是CNS損傷后在慢性神經(jīng)膠質疤痕中表達上調并且在體內對背根神經(jīng)節(jié)神經(jīng)原具有神經(jīng)突長出抑制作用的一種分泌性糖蛋白(JurynecMJ等，Afo/.O//.7Vewwd23:69-80(2003))。提出肌纖蛋白是受抗Nogo-A治療抑制的新的神經(jīng)突長出抑制性分子。其它神經(jīng)突長出/軸突導向相關性變化包括通過GSEA鑒定(qO.02)的slit-robo介導的軸突導向途徑相關性轉錄物，其中所述的轉錄物編碼趨化因子(C-X-C基序)配體12和趨化因子(C-X-C基序)受體4。Cxcl12和CXCR4顯示在用11C7治療一周后在所研究全部脊髓節(jié)段中的一致性上調(圖M)。Cxcr4由其可溶性配體CxclU(Sdfl)的激活已經(jīng)證實在體外影響生長錐運動和神經(jīng)突延長(ArakawaY等，/.Ce//.161:381-391(2003);PujolF等，./CCSc/.118:1071-1080(2005);XiangY等，iVatA^Mnd.5:843-848(2002))。有趣的是，認為這種作用由Rho/ROCK途徑介導以至于低濃度的Cxcl12刺激了介導促進軸突延伸的Rho依賴性途徑。ArakawaY等，/.CW/.161:381-391(2003)。最近，顯示Cxcll2-CXCR4趨化因子信號傳導途徑定義了發(fā)育期間哺乳動物運動軸突的初始軌道。LieberamI爭，Neuron47:667-679(2005)。我們的研究結果認為該途徑可以因11C7治療而上調并且可以因此對再生期間抗NogoA的作用才幾制有貢獻。在個體基因水平上(但未經(jīng)GSEA鑒定)，與腦信號蛋白-瓦解蛋白介導性途徑有關的變化是在治療l周后在T8及在運動-體感皮層中觀察到介導對遷移性生長錐的排斥信號的semaA/腦信號蛋白3A及瓦解應答蛋白4和5——Crmp4/5被下調。GSEA首先由MoothaVK等，G^"e/.34:267-273(2003)描述為鑒定孩t陣列數(shù)據(jù)中功能性相關基因族之間協(xié)調性轉錄變化的方法?；虼馗患治龇椒ㄒ呀?jīng)在內部實現(xiàn)并且具有對原始方法學的若干改進[RD-2005-50762。通常在孩i陣列數(shù)據(jù)中，單個轉錄物水平的變化往往因細微的倍數(shù)變化而仍是不顯著的，而大多數(shù)影響整個途徑的此類變化將是顯著的。因為通常在神經(jīng)系統(tǒng)中觀察到的細微倍數(shù)變化(最有可能因不均一細胞群體的大的基因稀釋作用所致)，GSEA方法尤其在解釋源自神經(jīng)組織的數(shù)據(jù)時尤其令人感興趣。已經(jīng)從多種來源收集在本研究的GSEA中所導入的途徑信息，所述來源包括可公用的數(shù)據(jù)庫(KEGG)和專有數(shù)據(jù)庫(Celera、Pathart)。在三種或多種組織中具有顯著(qO.001)基因簇富集的總共24條途徑在表3中列出。受影響最大的途徑總體上是免疫及防御(4種組織)、蛋白質代謝及砩酸化(4種組織)、核苷、核苷酸及核酸代謝(4種組織)、神經(jīng)元活性(4種組織)及Jak-stat級聯(lián)(4種組織)。GSEA在本研究中揭示了免疫防御途徑中的極清晰效果，包括B細胞和T細胞介導的信號傳導、B細胞活化、巨嗷細胞-、NK-細胞介導以及嗜中性粒細胞介導的免疫、toll樣受體途徑和細胞因子及趨化因子介導的信號途徑。有趣的是，免疫及防御介導的途徑在治療一周后在11C7的方向上富集，但是在治療二周后在IgG的方向上富集。相同模式也在全部其它免疫機制相關性途徑中觀察到，如B-細胞、T-細胞、巨噬細胞及NK-細胞介導的免疫途徑。對免疫相關途徑的顯著影響最常見在脊髓的損傷部位(T8)及遠離此損傷部位的地方(Ll-5)和在血液中觀察到，而在血液中的富集方向與脊髓組織的富集方向一致。雖然沒有用顯微鏡詳細研究，但是這表明與IgG治療的動物相比，在用11C7治療一周后淋巴細胞、巨噬細胞和NK-細胞在血液和在受損脊髓中均增加，并且還可能淋巴細胞向受損脊髓中的運輸增加。由于已經(jīng)提出靶向Nogo-A胞外部分(Nogo-66)的抗體在多發(fā)性硬化動物模型中具有治療效力(KarnezisT等，2VfltTVe"nwd.7:736-744(2004);FontouraP等，丄J附/m/wo/.173:6981-6992(2004))，免疫相關性機制可能參與化合物的作用特別重要。在超過三種所研究組織中受到影響的其它顯著富集的途徑包括凋亡和凋亡信號途徑、凝血/凝固、細胞黏著介導的信號傳導、胞外基質蛋白介導的信號傳導、生長因子穩(wěn)態(tài)、癌基因、氧化磷酸化及突觸傳遞。富集方向在大多數(shù)途徑中與免疫相關性途徑中觀察到的富集方向相似，在治療一周后朝向11C7，而在治療二周后朝向IgG。一個令人感興趣的例外是突觸傳遞途徑，其中該途徑在11C7治療一周后下調，但在治療二周后則上調。神經(jīng)元活性以及神經(jīng)-神經(jīng)-突觸傳遞途徑遵循相同的模式并且在脊髓中在T8和Ll-5水平上顯著受到影響。在抗Nogo-A抗體的作用中鑒定出幾種生長因子途徑，包括EGF、FGF、NGF、PDGF和TGFP信號途徑從若干角度看是有意義的最近報道EGF-受體激活是軸突再生中來自髓磷脂和硫酸軟骨素的抑制性信號的介體，并且抑制EGF受體信號傳導導致?lián)p傷后視神經(jīng)的再生。HeZ&KoprivicaV，Annu.Rev.Neurosci.27:341-368(2004);KoprivicaV等,Science310:106-110(2005)。在本發(fā)明數(shù)據(jù)組中，EGF受體介導的信號途徑在血液和Ll-5中在11C7治療1周后上調，不過令人感興趣的是在運動曙體感皮層中在11C7治療二周后下調。PDGF信號途徑在11C7治療一周后在脊髓中所研究的全部三個水平上(T8、Tl-7、Ll-5)上相伴地上調。表3<table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table>表3在三種或多種組織中具有顯著基因簇富集的途徑<table>tableseeoriginaldocumentpage53</column></row><table>表3<table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table>表3<table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table>潛論。本結果在基因表達水平證實受損脊髓和皮層運動區(qū)作為鞘內施用的抗Nogo-A抗體治療的主要部位。本分析鑒定了新的候選分子及新的候選途徑作為抗Nogo-A治療的可能耙標，如肌纖蛋白和slit-robo途徑。該結果還指出免疫防御相關的途徑強烈涉及療效。選擇分泌性蛋白Sfrp4、Mmp9和肌纖蛋白作為療效的候選標記以進行進一步研究。進行對所選擇研究結果的TAQMAN證實。全部選擇的轉錄物得到證實(Sfrp2、Sfrp4、肌纖蛋白、無孢蛋白前體、皮連蛋白、Mmp9)。實施例2以抗NOGOA抗體11C7治療后的大鼠脊髓損傷;漠型中的基因組探索性研究；微陣列基因表達分析(續(xù))差塔#貧漠為V々G5"五4)?；虼馗患治?GSEA)如MoothaVK等，34:267-273(2003)所述進行。簡而言之，GSEA確定了給定基因簇的成員是否在兩個類之間的差異性表達最明顯的基因中富集。首先，基因基于差異度量(differenemetric)進行排序。差異度量可以是在兩個類別的均值的差異，其中所述的均值除以兩個診斷類別的標準差的總和，但i也可以使用其它差異度量。對于每一基因簇，進行稱作ES的富集測量。這是歸一化的Kolmogorov-Smirnov統(tǒng)計量?？紤]基于兩個類別之間的差異度量排序的基因Rl，..，RN與含有G個成員的基因簇S。我們定義當Ri不是S的成員，則《=—、，或當Ri是S的成員，貝'J《=口然后計算所有N個基因的動求和(ruimingsum)。ES定義為^戸max〉:j!■=1或觀察到的動求和的正偏差的最大值。對每個考慮的基因簇測量ES?；虼匾詠碜訡elera、Pathart和KEGG的途徑信息為基礎。為確定任意的給定基因簇是否顯示與該類別表型特征的相關性，將類別標記置換1000次，每次記錄全部基因簇范圍內的最大ES。在這個方面，檢驗單一假設。無效假設是沒有基因簇與類別特征相關。錄果。對脊髓組織T8(在損傷的水平處)及接近于損傷的脊髓組織Tl-7的數(shù)據(jù)集的初始數(shù)據(jù)分析以盲法開展。該分析導致鑒定編碼為"橙"的樣品作為11C7治療組，此后，該編碼解密并且樣品身份得到證實。其余分析不是盲法進行的。脊鑀rS(^務諒的,"f#入比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后643種和449種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.93±1.06并且在治療二周后是1.31±0.07。治療一周后的前20位基因表達變化列于表4中并且在治療二周后的前20位基因表達變化列于表5。卯％的前20位轉錄物在11C7治療一周后下調(而在總共差異性表達的轉錄物中，41%下調)。有意思的是，在這些轉錄物當中，存在7種轉錄物，它們編碼與胞外基質(ECM)和傷口愈合和/或斑痕形成(無孢蛋白前體、皮連蛋白、膠原)有關的蛋白質、2種分泌性巻曲樣蛋白(Sfr12及4)、2種IGF結合蛋白(Igfbp5和6、IGf的負向調節(jié)蛋白)和肌纖蛋白/TIGR，其中肌纖蛋白/TIGR最近證實抑制神經(jīng)突長出并且在CNS損傷后在慢性神經(jīng)膠質疤痕中上調。JurynecMJ等，Afo/.O//.7Vewf^c^23:69-80(2003)?；虼馗患治?GSEA)鑒定在用11C7治療一周后在免疫及防雄卩相關性轉錄物、細胞因子及趨化因子介導的信號途徑及Jak-stat級聯(lián)、凋亡抑制中以及在90條其它途徑中的顯著富集(表4)。就神經(jīng)系統(tǒng)相關的途徑而言，在11C7治療的動物中神經(jīng)元活性、神經(jīng)發(fā)生和神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞下調，而slit-robo介導的軸突導向上調。表4在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療一周后在脊髓中損傷水平(T8)處探針組名稱D畫值(ANOVA、的前20位基因表達變化在抗Nogo畫A治療與IgG治療中的倍數(shù)基因名稱常用名1381504—at1380726at0.0038690.0018931373674at6.91E-041391946—at1371732at0.0463990.0057261368394at0.040183變化0.10.10.32.90.30.31392832at0.0023010.4類似于無孢蛋白前體(LOC306805)，mRNA類似于無孢蛋白前體(LOC306805)，mRNA類似于微原纖維相關的糖蛋白-2(LOC362429)，mRNA選凝素，血小板Sdp皮連蛋白Dpt分泌性巻曲相關蛋白4Sfrp4轉錄的序列，其與蛋白質參考號:NPJ)04664.1(人)促血管生成素樣l前體；促血管生成素Y1;促血管生成素3[人具有強相似表4在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療一周后在脊髓中損傷水平(T8)處的前20位基因表達變化在抗探針組名稱Nogo-A治"療與feG治^療中的做變化基因名稱性常用名1387313—at0.0093351373947一at0.0055431372615一at0.0135821387625—at0.00166113卯119一at0.0374511376105—at0.0028821374070at0.0453851392965aat0.0215551397830at0.0354791383708at0.0051410.40.40.40.40.40.42.40.40"Myoc,TIGRDptAoc3肌纖蛋白皮連蛋白含銅的胺氧化酶3胰島素樣生長因子結合蛋白6分泌性巻曲相關蛋白2類似于XIV型膠原(LOC314981),mRNA谷胱甘肽過氧化Sfrp2轉錄的序列，其與蛋白質參考號:NP—071420.1(人)分泌性模塊式鈣結合蛋白1[人具有弱相似性胰島素樣生長因子結合蛋白5Igftp5轉錄的序列，其與蛋白質參考號:NPJ)04782.1(人)類p整聯(lián)蛋白1具有強相似性<table>tableseeoriginaldocumentpage59</column></row><table>表5在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q〈0.05)途徑名稱NF畫kB級聯(lián)B細胞及抗體介導的免疫粒細胞介導的免疫胞內蛋白質運輸toll樣受體信號途徑自然殺傷細胞介導的免疫細胞凋亡蛋白水解外胚層發(fā)育細胞運動性細胞因子/趨化因子介導的免疫凋亡信號途徑DNA代謝Jak-stat信號途徑蛋白質修飾凋亡蛋白質糖基化胞吞作用T-細胞介導的免疫細胞周期碎申經(jīng)元活性神經(jīng)發(fā)生造血toll受體信號途徑來源探針絲q值富集方向335.42E-0611C7Celera351.97E-0511C7214.45E-0511C7Cckra6234.45E-0511C7KEGG294.45E-0511C7135.94E-0511C7Cclcra2478.75E-0511C74000.0003211C7Celera1530.00032IgGCdera990.0003711C7310,00041911C7Celera公用510.00041911C71280.00041911C7公用80.00045511C7Cdcra5880.00049111C7KEGG390.00050111C7Cclcra880.00050311C7Celcra1640.00089411C7Celera580.0009311C7Celera3920.00111C7Celera2270.001IgGCdcra1430.0011IgGCelera530.0011911C7Cdcra公用150.0017411C7表5在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基<table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table>表5在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)探針途徑名稱來源公用q值富集方向信號傳導:褐家鼠:生理:凋亡:tnf信號途徑Pathart80.015711C7信號傳導:褐家鼠疾病類風濕性關節(jié)炎:白細胞介素信號途徑Pathart30.016411C7環(huán)核苷酸代謝Cclcra230.0164IgG非脊推動物過程Cclcra120.0164IgGPDGF信號途徑Celcra公用190.016511C7齒狀核紅核蒼白球丘腦下部核萎縮(drpla)KEGG120.017711C7淀粉及蔗糖代謝KEGG250.017911C7slit-robo介導的軸突導向公用30.018311C7生長因子穩(wěn)態(tài)80.0187IgG其它的核苷、核苷酸及核酸代謝Cekra180.020411C7信號傳導:褐家鼠疾病動脈粥樣硬化:nfkb信號途徑Pathart30.021611C7信號傳導:褐家鼠疾病動脈粥樣石更化:ldl信號途徑Pathart170.021611C7糖酵解/糖異生KEGG290.022311C7神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞240.0223IgG糖鞘脂代謝KEGG90.022311C7信號傳導褐家鼠生理其它的:fcerl信號途徑Pathart130.023611C7胞內信號級聯(lián)4380.025211C7在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱來源探針絲q值富集方向信號傳導:褐家鼠疾病動脈粥樣硬化:凝血調節(jié)蛋白信號途徑Pathart0.0262IgG由趨化因子及細胞因子信號途徑介導的炎癥公用480.028111C7信號傳導:褐家鼠:生理:凋亡:TGFP誘導的凋亡Pathart230.029111C7前/后4莫式形成50.0293IgG其它的多糖代謝Cclcra560.030211C7突觸傳遞810.0308IgGn-聚糖生物合成KEGG80.031711C7信號傳導:褐家鼠疾病多發(fā)性硬化:應答基因Pathart30.03211C7p53途徑公用120.03211C7信號傳導:褐家鼠:生理:凋亡"rail介導的凋亡Pathart50.03411C7DNA重組Gdcra130.037811C7受調節(jié)的胞吐作用500.037811C7血液循環(huán)及氣體交換160.0378IgG組氨酸代謝KEGG100.0395IgG補體介導的免疫160.040111C7一般的小泡運輸C!clera1800.040311C7單糖代謝Celera310.042811C7，六氯代環(huán)己烷降解KEGG50.043611C7膽固醇生物合成Celera公用110.04711C7類固醇生物合成KEGG140.047111C7在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基途徑名稱因的途徑(q0.05)來源探針q值富集方向Pathart4Pathart2260.0490.04930.049711C711C711C7信號傳導:褐家鼠:疾病阿爾茨海默氏病:igfl信號途徑信號傳導褐家鼠疾病粥樣硬化:ilip信號途徑B細胞活化Ctle^公用在治療二周后，倍數(shù)變化顯著比治療l周后小。僅一種轉錄物>1.5倍差異顯著受到調節(jié)(p53應答基因3在11C7治療后上調1.6倍)。GSEA鑒定了其中觀察到差異性表達轉錄物的顯著富集的45條途徑。氧化磷酸化、電子/離子/P曰離子運輸、mRNA加工和突觸傳遞是其中最顯著受影響的途徑沐6)。表6在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療二周后在脊髓中損傷水平fT8)處的前20位基因表達變化探針組名稱P-值函OVA)1383897at0.022836在抗NogoA治療中的倍數(shù)變化L6基因名稱常用1384687at0.0285760.7類似于調亡誘導因子(AIF)同源的線粒體相關的死亡誘導物；p53-應答基因3(LOC361843)，mRNA類似于外胚層-神經(jīng)皮質-1蛋白質(ENC-l)(LOC294674)，ENC-1mRNA表6在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療二周后在脊髓中損傷水平(T8)處的前20位基因表達變化1398648at0.0023461385349at0.0003201369476at0.0401451384863at0.0310621380611at0.0485421368726aat0.0096471389666at0.0480661384950at0.0040451387606at0.0234801368911at0.0480081384437at0.0282500.70.70.71.41.40.70.70.70.70.70.7類似于惡性纖維組織細胞瘤擴增的序列1;具有富亮氨酸串聯(lián)重復序列1的MFH擴增序列(LOC306508)，mRNA類似于中心粒蛋白4(LOC361934)，mRNA肝配蛋白Bl類似于copine家族成員(LOC361433),mRNA類似于FKBP51(LOC361810)，mRNA促性腺激素誘導性卵巢轉錄因子2類似于視桿細胞外節(jié)膜蛋白1(LOC309201)，mRNA類似于磷脂酰肌醇4-激酶2型p;II型磷脂酰肌醇4-激酶|5(LOC305419)，mRNA成纖維細胞生長因子2鉀內向整流通道超家族J成員8類似于染色質al同種型a的SWI/SNF相關的基質結合性肌動蛋白依賴的調節(jié)子；蔗糖非發(fā)酵2樣蛋白1;SNF2樣l;總體轉錄激活子同源序列(LOC317575)，mRNAEfnblGiot2FGF2Kcnj8表6在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療二周后在脊髓中損傷水平(T8)處的前20位基因表達變化1376828一at1395848at1375549—at1396214—at1382354at1396280at0.0458580.70.0228950.0356890.0186710.0210590.036851.31374589at0.0319090.81.30.80.80.8類似于視黃酸誘導蛋白3(LOC312790)，mRNA類似于唐氏綜合征候選區(qū)1樣蛋白2(LOC362627)，mRNA類似于Vezatin(LOC299738)，mRNA遍在蛋白特異性蛋白酶2kit酉己體類似于Ab2-008(LOC290270),mRNA類似于T54蛋白質(LOC302560),mRNA表7在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針組q值富集方向氧化磷酸化KEGG648.76E-0911C7Sebastian454.52E-07IgG電子運輸Cclera891.03E-0511C7離子運輸Celera2622.84E-0511C7核苷、核苷酸及核酸代謝13253.54E-05IgG凝血Cckra公105.67E-05IgG用在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針組q值富集方向陽離子運輸Cdcra2035.79E-0511C7氧化磷酸化Celera555.79E-0511C7前mRNA力口工1699.62E-05IgG突觸傳遞Cdera819.62E-0511C7未指定于途徑的表達的探針4曰7048NANA核糖體KEGG510.00027511C7膽固醇生物合成Celer3公胡110.0003511C7凝固:抗凝固乂干JSebastian180.00035IgG對脂類、脂肪酸及類固醇代Cclcra170.00038611C7謝的調節(jié)坤申經(jīng)元活小生Celera2270.00053611C7補體及凝固級聯(lián)KEGG240.000687IgG凝固:促凝固Sebastian270.000687IgG神經(jīng)一神經(jīng)突觸傳遞Celera240.00068711C7mRNA剪接1100.000885IgGmRNA轉錄調節(jié)5210.00106IgG凝血Celera300.00194IgGATP合成KEGG200.0019811C7細胞黏著2300.00221IgG細胞通信3880.00409IgG凝固:抗凝固抗凝固Sebastian80.0042IgG免疫及防御Celera4460.00858IgGDNA重組130.00958IgGmhci-介導的免疫150.010911C7蛋白質代謝及修飾Celera14200.014IgG前列腺素及白三烯代謝KEGG110.015IgG表7<table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table>#^77-7f接近:f橫務卑在入比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后566種和579種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.43±0.17并且在治療二周后是1.56±0.98。治療一周后的前20位基因表達變化列于表8中并且在治療二周后的前20位基因表達變化列于表9。在11C7治療一周后的最大變化再現(xiàn)了損傷部位中觀察到的主題前20位變化中的8個變化與ECM(腔蛋白聚糖、膠原lal-2及5al、纖蛋白2、四連蛋白、基質糖蛋白SC1/ECM2)有關并且在以11C7治療后下調。在治療二周后，倍數(shù)變化比治療1周后略高。最大變化中的一些變化與編碼在:林巴細胞中所表達蛋白質的轉錄物下調有關。基因簇富集分析(GSEA)鑒定了治療一周后35條途徑中的顯著富集(表10),以及治療二周后3條途徑中的顯著富集(表11;q<0.05;32p<0.05)。受影響最顯著的途徑在一周后是ECM介導的信號傳導、脂類代謝和生長因子穩(wěn)態(tài)，并且在治療二周后是離子運輸、生長因子穩(wěn)態(tài)和mRNA轉錄終止。表8在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療一周后在脊髓中Tl-7(接近于損探針組IDE;傷部位)處的前20位基因表達變化值(Welch檢驗)mRNAL85成對Ig樣受體-B(Pirb)mRNA，完整編碼區(qū)類似于類血小板衍生生長因子受體(LOC290771)，mRNA0.0488030.56腔蛋白聚糖0.041710.56降釣素/降釣素相關多肽a0.0428240.57編碼免疫球蛋白a重鏈(部分)的部分mRNA,完整恒定區(qū)0.0280171.74血漿銅藍蛋白0.0242120.58I型膠原，al0.0155140.58類似于胞外基質蛋白2前體(基1396733at0.0129991370493aat4.38E-041374616at0.0292710.551367749一at1370775—a一at1374334_at1368420—at1370864at1393210atCpCollal在基因名稱基因符號l419oco仏mt于似7c11治療后的倍數(shù)變化781表8在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療一周后在脊髓中Tl-7(接近于損探針組ID&傷部位)處的前20位基因表達變化值(Welcht-檢驗)1387854—at1377452at0.0235090.0471281370150_a—at0.0217571388116—at0.0477491371400_at0.0153381395333_at0.0350541368418一a一at0.0268481369955—at0.0085151389533一at0.0483181397180at0.0224560.590.601.620.631.590.661.490.680.690.701385430at0.022451.42質糖蛋白C1/ECM2)(LOC291018)，mRNAI型前膠原，a2Colla2類似于四連蛋白—(LOC316099)，mRNA甲狀腺素應答蛋白ThrspI型膠原，alCollal甲狀腺素應答蛋白Thrsp類似于髓磷脂P2蛋白-小鼠(LOC361918),mRNA血漿銅藍蛋白CpV型膠原，alCol5al纖蛋白2Fbln2類似于map激酶磷酸酶樣蛋白—MK-STYX(LOC360792),mRNA類似于高爾基體巻曲螺旋蛋白…GCC185(LOC309798),mRNA在基因名稱基因符號一7c11治療后的倍數(shù)化變70探針組ID傷部位)處的前20位基因表達變化p-值在基因名稱11C7(Welcht誦檢驗)1370394at1369304_at1368073_at1368472at1.26E-040.0275470.021049基因符號治療后的倍數(shù)變化1388272at0.0086040.131371262at0.0195970.160.010890.171387卯2aat0.006790.201388149at0.0335281.861398265at0.0367311.521.511.501.50類似于Ig，2B鏈C區(qū)(LOC299352),mRNA用于免疫球蛋白重鏈可變區(qū)(IGHV基因)的部分mRNA，克隆MZ180117大鼠抗乙酰膽堿受體的抗體基—因，重排的Ig，2a鏈，VDJC區(qū)，完整編碼區(qū)大鼠抗乙酰膽堿受體的抗體基—-因，K-鏈，VJC區(qū)，完整編碼區(qū)轉運蛋白1的ATP結合盒亞家Tapl族B(MDR/TAP)ATP結合盒亞家族Abcc9C(CFTR/MRP)成員96-丙酮酰四氫蝶呤合酶pts干擾素調節(jié)因子lIrfl鈣黏著蛋白EGFLAG七次跨膜Celsr3G-類型受體3于一傳1±脊二厶口、，/7c11體l抗Ao收抗鼠、一表9在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療二周后在脊髓中Tl-7(接近于損探針組ID傷部位)處的前20位基因表達變化p畫值在基因名稱Welch11C7t-檢驗)治療后的倍數(shù)變化1369885at0.0145861.46浮見前調節(jié)因子-1基因符號Porfl1387242at0.0126091.45干擾素誘導的雙鏈RNA依賴性Prkr1390340aat0.0276970.691368000_13847341395248atatat0.0128050.005840.0337830.690.700.70C3Ncam21378219—at0.0279760.711375765一at0.022590.711382691—at0.0068340.721384946at0.0133691.39類似于真核翻譯起始因子4GI(LOC287986)，mRNA補體組分3神經(jīng)細胞黏著分子2類似于ER降解增強性類a甘露糖苷酶；A130059K23Rik(LOC297504)，mRNA具有三十四肽重復序列2的谷氨Sgt2酰胺豐富的小蛋白神經(jīng)視錐蛋白樣Ca^結合蛋白2Nvjp2型剪接因子3b亞基l，155kDSf3bl類似于toll樣受體—1(LOC305354)，mRNA表9在用小鼠單克隆抗NogoA抗體11C7治療二周后在脊髓中Tl-7(接近于損傷部位)處的前20位基因表達變化探針組IDp-值在基因名稱基因(Welch11C7符號t-檢驗)治療后的倍數(shù)變化1391566—at0.0417490.73類似于Sentrin特異性蛋白酶畫—8(Sentrin/SUMO特異性蛋白酶SENP8)(LOC315723),mRNA表10在Tl-7數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑0><0.05)途徑名稱途徑來源探針q值富集方絲未指定于途徑的表達的探針組6854NANA胞外基質蛋白介導的信號傳導Celera371.11E-07IgG脂類、脂肪酸及類固醇代謝Celera3447.12E-0711C7生長因子穩(wěn)態(tài)70.000505IgG糖酵解Celera320.00068711C7糖酵解/糖異生KEGG280.00091311C7蛋白質代謝及修飾Celera13800.0026711C7碳固定KEGG130.0026711C7糖類代謝Celera2210.0031111C7阿爾茨海默氏病KEGG300.0039711C7胞內蛋白質運輸Celera6160.0039711C7胞吞作用氨基酸代謝免疫及防御運輸細胞通信應激反應氨基酸運輸Jak-stat級聯(lián)嘌呤代謝小分子運輸細胞l^著介導的信號傳導細胞結構胞吐作用丙氨酸及天冬氨酸代謝多方面的PDGF信號途徑阿爾茨海默氏病-早老蛋白途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:類風濕性關節(jié)炎:gh信號途徑磷酸戊糖途徑途徑信號傳導:褐家鼠:疾病阿爾茨海默氏病:淀粉狀蛋白p肽信號途徑受調節(jié)的胞吐作用凝血亨廷頓舞蹈病噤呤代謝氨基酸生物合成1620.0042311C71210.0042311C73880.0047611C7Cclcra4690.0056511C7Cclera3600.00565IgG660.0061511C7Cclcra320.0074811C7Celcra370.0074811C7560.0077611C7600細1611C71230.013IgG2610.015511C71330.015511C7KEGG110.016111C7Cclcra240.017611C7C!ekra公160.019411C7用Clekra公320.027911C7用Pathart40.0285IgGKEGG130.029311C7Pathart200.033211C7500.03811C7Cclcra250.038IgGKEGG230.044311C7KEGG380.044311C7Celera330.048511C7表ll在Tl-7數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針組p值q值富集方向離子運輸Celera2580.0002520.0406IgG生長因子穩(wěn)態(tài)Celera70.0002780.040611C7mRNA轉錄終止Celera了0.0003080.040611C7#鑀/^-5(^遠庠務務命在)。比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后1303種和1301種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.72±0.5并且在治療二周后是1.91±2.0。治療一周后的前20位基因表達變化列于表12中并且在治療二周后的前20位基因表達變化列于表13。在11C7治療一周后的最大變化再現(xiàn)了損傷部位中觀察到的主題前20位變化中的8個變化與ECM(腔蛋白聚糖、膠原lal-2及5al、纖蛋白2、四連蛋白、基質糖蛋白SC1/ECM2)有關并且在以11C7治療后下調。在治療二周后，倍數(shù)變化比治療1周后略高。最大變化中的一些變化與編碼在淋巴細胞中所表達蛋白質的轉錄物下調有關基因簇富集分析(GSEA)鑒定了治療一周后151條途徑中的顯著富集(表14)，以及治療二周后116條途徑中的顯著富集(表15)。極其有趣的是，免疫及防御相關性途徑在治療二周后在IgG治療的方向上高度顯著地富集(在11C7治療后下調)，而突觸傳遞、神經(jīng)元活性及神經(jīng)遞質釋》文的相關途徑中的轉錄物在11C7治療后顯著富集(上調)。表12用單克隆小鼠抗NogoA抗體11C7治療一周后在脊髓Ll-5(損傷部位遠端)處前20種基因表達的變化，濫s,，二t國test)變化—類似于IGGAMMA-2C1384218_at0.0488064.6CHAINCREGION—(LOC362795),mRNA1367998_at0.0362223.8分泌性白細胞蛋白酶抑制劑Slpi1369801at0.0369953.5選擇蛋白，淋巴細胞Sell1368441_at0.031552.9mesothelinMsln1374070_—at0.0332382.9谷胱甘肽過氧化物酶2Gpx21387868_—at0.023132.7脂多糖結合蛋白Lbp1384580一一at0.0253952.3補體成分6C61368448_at0.0461042.3潛在的轉化生長因子e結合蛋白2Ltbp21387011_at0.0303642.3脂籠蛋白2Lcn21385397_—at0.021582.2Abl-219mRNA，完整cds—1398589—at0.0443632.1類似于細胞表面受體FDF03(LOC288568),mRNA—1368卯0_at0.0085632.1血栓調節(jié)蛋白Thbd1374779__at0.0086262.0凝固因子XIIIaF13a1387655——at0.011321.9趨化因子(C-X-C基序)配體12Cxcl121393891——at0.021卯11.9類似于膠原otl(VIII)鏈前體(LOC304021),mRNA—1369301—陽at0.0327841.9類血管緊張素受體lAgtrll1367712—_at0.0433481.8金屬蛋白酶組織抑制劑1Timpl1368394，t0.040731.8分泌的巻曲相關蛋白4Sfrp41372889一at0.0201391.8基質蛋白F/G1Matrl1374626—，t0.0101981.8類似于富亮氨酸a-2-糖蛋白(LOC367455),mRNA—表13用單克隆小鼠抗NogoA抗體11C7治療兩周后在脊髓Ll-5(損傷部位遠端)處前20種基因表達的變化探針組名稱p誦值11C7基因名稱常用名(Welch后的T畫檢驗)倍數(shù)<table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table>1368565at1384878_at1370972xat0.021720.60.0368610.0162361.61.5類似于BAG-家族分子侶伴…蛋白調節(jié)子-3(結合BCL-2的athanogene-3)(BAG畫3)(Bcl-2-結合蛋白Bis)(LOC293524)，mRNA突觸孔蛋白Synpr不均一細胞核核糖核蛋白HnrpmM表14在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q〈0.05)途徑名稱途徑來源探針絲q值富集方魚未指定于途徑的表達的探針組6794NANA免疫及防雄卩3933.44E-4011C7信號轉導13365.02E-1511C7細胞通信Celera3505.14E-1511C7核糖體KEGG513.23E-1211C7蛋白質代謝及修飾Cckra13584.63E-1211C7Jak-stat級聯(lián)385.02E--0911C7巨噬細胞介導的免疫525.02E--0911C7整聯(lián)蛋白信號途徑Celera公田485.02E--0911C7中胚層發(fā)育用1615.02E.-0911C7突觸傳遞842.13E-08IgG細胞結構及運動性Celera4172.13E.■0811C7胞外基質蛋白介導的信號轉導Celera362.75E-■0811C7細胞表面受體介導的信號轉導5151.24E■0711C7B細胞及抗體介導的免疫Celera301.35E-■0711C7表14在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q〈0.05)途徑名稱途徑來源探針絲d值化:血管緊張素信號途徑蛋白質生物合成骨骼發(fā)育凋亡信號途徑凋亡神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞補體介導的免疫干擾素介導的免疫發(fā)育過程腫瘤發(fā)生其它的多糖代謝細胞黏著介導的信號傳導T-細胞介導的免疫神經(jīng)元活性核苷、核苷酸及核酸代謝細胞結構toll受體信號途徑CeleraCdcra公用CeleraCeleraCelcraCelcraCeleraCclcraGeleraCelera公用207294622826152950728052120492301255258142.60E-063.58E-063.59E-063.59E-065.35E-065.53E-066.32E-061.46E-051.61E-052.76E-053.07E-054.35E-054.35E-054.43E-056.22E-056.44E-05富集方魚補體及凝固級聯(lián)KEGG173.46E-0711C7細胞因子及趨化因子介導的信號途錄Celera587.40E-0711C71工Sebastian377.99E-0711C7粒細胞介導的免疫188.20E-0711C7凝血248.89E-0711C7蛋白水解3768.89E-0711C7信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬Pathart271.24E-0611C711C711C711C711C7IgG11C711C711C711C711C711C711C7IgG11C711C711C7表14在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱配體介導的信號傳導信號傳導:褐家鼠:生理:生長及分化:NGF信號途徑信號傳導:褐家鼠:生理:生長及分化:TGFp信號途徑凝固:促凝固血管發(fā)生mapk信號途徑TGF-p信號途徑:生理骨骼發(fā)B細胞活化信號傳導褐家;育:FGF信號途徑蛋白質修飾pi3激酶途徑信號傳導:褐家鼠疾病肥胖癥:應答基因信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:ldl信號途徑由趨化因子及細胞因子信號途徑介導的炎癥toll樣受體信號途徑造血途徑來源PathartPathartSebastianCelera公用KEGGCclcrsi公用Cdcrii公用PathartCcleraCelcraCelera公用PathartPathartCelera公用KEGGCelera探針1313355821725q值9.47E-050.0001350.0003080.0004010.000433富集方11C711C7150.00014811C7240.00016311C7570.00016311C7900.00024611C7290.00024911C7260.00025711C7200.00028711C711C711C711C7160.00043911C7150.0004411C7460.00045311C7270.00055211C7480.0005611C7表14<table>tableseeoriginaldocumentpage81</column></row><table>表14在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在sG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱NF-kB級聯(lián)脂類、脂肪酸及類固醇代謝阿爾茨海默氏病-早老蛋白途徑凝血蛋白質糖基化離子運輸?shù)蛲稣T導胞吞作用一般的小泡運輸信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:胰島素信號途徑p53途徑凋亡fas信號途徑胞內蛋白質運輸信號傳導:褐家鼠生理生長及分化:PDGF信號途徑胞內信號級聯(lián)信號傳導:褐家鼠疾病肥胖癥:瘦蛋白信號途徑其它的免疫及防御slit-robo介導的軸突導向途徑來源CclcraCclcra公用Celera公用CeleraCclcraCclcraPathartCelera公用KEGGCclcr3公用PathartCeleraPathartCeleryCelera公用探針2934131q值0.003890.003890.00433富集方魚11C711C711C70.0043311C7830.0044311C72570.00464IgG970.0051311C71610.0054111C71780.0054811C770.0058611C7110.0059211C7310.006411C7150馬611C76110.0071811C780.0071811C74200.0088211C7240.0088211C7290.0088611C730.0090911C7表14在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱信號傳導:褐家鼠疾病:II型糖尿病:ffa信號途徑信號傳導:褐家鼠生理生長及分化:FGF2信號途徑神經(jīng)遞質釋放應激反應信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:ill信號途徑信號傳導:褐家鼠:生理凋亡:NGF信號途徑信號傳導:褐家鼠生理凋亡:FGF信號途徑氧化應激反應蛋白質二硫鍵異構酶反應帕金森病信號傳導:褐家鼠:疾病:阿爾茨海默氏病:igfl信號途徑糖酵解/糖異生T-細胞活化其它的運輸癌基因前列腺素及白三烯代謝PDGF信號途徑途徑來源PathartPathartCelera公用Celera公用PathartKEGGCelera公用CclcraKEGGCelera公用探針q值13648427290.01360.0143富集方Pathart130.0093211C7Pathart110.0093211C7Celera190.00962IgGCelera650.0098511C7Pathart100.010211C7170.011211C780.011211C70.013611C711C711C70.015211C70.016511C70.016511C7260.016911C7540.016911C770.016911C7150.017311C7表14在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱mRNA剪接信號傳導:褐家鼠:疾病:肥胖癥:cntf信號途徑細胞因子/趨化因子介導的免疫糖類代謝卟啉及葉綠素代謝肌病毒病n-聚糖生物合成信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:亞油酸信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:aif介導的途徑凝固:促凝固杰克森實驗室出血小其它的凋亡亨廷頓舞蹈病信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:PDGF信號途徑煙堿型乙酰膽堿受體信號途徑維生素/輔因子運輸wnt信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:阿爾茨海默氏病:過氧化氫信號途徑其它的腫瘤發(fā)生細胞周期途徑來源PathartSebastianCderaCclcra公用PathartCelera公用KEGGPathartCeleraCelera公探針絲q值富集方Celera1070.017711C7Pathart60.017911C7Celera230.020311C7Celera2150.020311C7KEGG70.020311C7KEGG60.021911C7KEGG80.023111C7Pathart30.023411C750.023611C70.02711C790.02711C7440.027711C780.027811C7230.029611C790.029611C7580.030311C780.031911C7440.03211C750.03211C7表14在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在gG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)<table>tableseeoriginaldocumentpage85</column></row><table>表14在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在sG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑經(jīng)hif激活的低氧應答精氨酸及脯氨酸代謝糖酵解信號傳導:褐家鼠:疾病阿爾茨海默氏病:NGF信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病阿爾茨海默氏病:icaml信號途徑途徑來源Cclcr3公用KEGGCclcraPathartPathart探針絲13q值富集方魚0.046511C7200.046511C7320.046511C780.047311C750.047311C7在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑fq0.05)途徑名稱途徑來源探針q值富集方組魚免疫及防雄卩Celera3930IgG未指定于途徑的表達的探針組6794NANA細胞通信Celera3505.49E-11IgG突觸傳遞Celera841.15E-1011C7蛋白質代謝及修飾Celera13581.92E-10IgG胞外基質蛋白介導的信號傳導Celera361.08E-09IgG神經(jīng)元活性2301.89E-0911C7信號轉導Celera13362.28E-08IgGB細胞及抗體介導的免疫Cdcra305.37E-08IgG表15在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑fq0.05)途徑名稱途徑來源探針q值富集方絲魚巨噬細胞介導的免疫Celera525.72E-08IgGT-細胞介導的免疫491.66E-07IgG凝血246.46E-07IgG整聯(lián)蛋白信號途徑Celera公陽488.72E-07IgG補體及凝固級聯(lián)乂tjKEGG178.79E-07IgG癌基因542.21E-06IgG陽離子運輸1974.01E-0611C7肺瘤發(fā)生Cclcra2806.38E-06IgG離子運輸2576.92E-0611C7蛋白水解Cdcra3761.24E-05IgGSebastian372.01E-05IgG細胞因子及趨化因子介導的信號途Celera582.40E-05IgG徑神經(jīng)遞質釋方文192.40E-0511C7蛋白質修飾5588.85E-05IgG凋亡2288.85E-05IgG細胞黏著介導的信號傳導Cclcra1209.26E-05IgG神經(jīng)活性配體-受體相互作用KEGG52O扁lll11C7mhcii-介導的免疫Cclcra100.000115IgG其它的多糖代謝520.000144IgG核苷、核苷酸及核酸代謝12550.000191IgG神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞Cdera260.00024511C7表15在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱補體介導的免疫離子型谷氨酸受體途徑T-細胞活化配體介導的信號傳導骨駱發(fā)育中胚層發(fā)育凋亡信號途徑由趨化因子及細胞因子信號途徑介導的炎癥生長因子穩(wěn)態(tài)蛋白質糖基化p53途徑凋亡的抑制toll受體信號途徑Jak陽stat級聯(lián)NF-kB級聯(lián)B-細力包活4匕途徑來源探針q值CeleraGelera公用Celera公用C!dcra公用Celera公用GdcraCcleraCelera公用Celer8公用CeleraCclcr3公用絲152413129161460.0002450.0002450.0002450.0002820.0002960.000296富集方IgG11C7290.000245IgGIgGIgGIgGIgG460.000304IgG70.000316IgG830細341IgG110.000393IgG540.000439IgG140.000465IgG380.000533IgG290.000538IgG260.000611IgG<table>tableseeoriginaldocumentpage89</column></row><table>表15在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富途徑名稱集基因的途徑(qO,05)途徑來源的:fcerl信號途徑n-聚糖生物合成信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:tnf信號途徑其它的凋亡代謝型谷氨酸受體組iii途徑經(jīng)hif激活的低氧應答mRNA轉錄調節(jié)信號傳導:褐家鼠生理生長及分化:NGF信號途徑TGF-p信號途徑帕金森病血管發(fā)生信號傳導:褐家鼠:疾病:II型糖尿病:illb信號途徑電子運輸胰島素-igf途徑-促分裂原激活的蛋白激酶激酶-map激酶級聯(lián)KEGGPathartCeler3公用Celera公用PathartOlera公用KEGGGdcra公用PathartCdcm公用探針d值富集方絲魚80.00736IgG100.00752IgG90.00783IgG190.0078311C7130.00806IgG4800層21IgG330.00998IgG290.0112IgG160.011211C7570.0114IgG90.0117IgG890.013111C7140.0133IgG表15在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:Idl信號途徑自然殺傷細胞介導的免疫slit-robo介導的軸突導向單糖代謝淀粉及蔗糖代謝應激反應脂類、脂肪酸及類固醇代謝凝血肌醇磷酸代謝胞外運輸及輸入mRNA剪接信號傳導:褐家鼠疾病肥胖癥:應答基因pi3激酶途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:阿爾茨海默氏病:淀粉狀蛋白p肽信號途徑受體蛋白質絲氨酸/蘇氨酸激酶信號途徑MAPKKK級聯(lián)途徑來源探針q值富集方絲魚Pathart150.0136IgGCelera110.0138IgGCelera公30.0139IgG用Gelera270.0141IgGKEGG200.0141IgGCelera650.0141IgG3410.0142IgGCelera公70.0144IgG用KEGG220.0144IgGCckra350.014411C7Celera1070.0152IgGPathart160.0152IgGCelera公250.016IgG用Pathart190.0165IgGCelera280.0165IgGCelera1110.0178IgG表15<table>tableseeoriginaldocumentpage92</column></row><table>表15在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針q值Pathart信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:亞油酸信號途徑凝固:促凝固可能的正調節(jié)物血小Sebastian板聚集凝固:促凝固:合成及運輸信號傳導:褐家鼠:生理:炎癥:ill信號途徑磷脂代謝信號傳導:褐家鼠:生理:生長及分化:akt介導的途徑SebastianPathartCeleraPathart絲3325240.03560.03970.04030.04030.0456富集方魚IgG30.0387IgGIgGIgGIgGIgG運動-#4發(fā)^。比較IgG治療組與11C7治療組的Welcht-檢驗產(chǎn)生在分別治療一周和二周后1303種和1301種差異性表達的基因。前100個最大倍數(shù)變化的平均倍數(shù)變化在治療一周后是1.72±0.5并且在治療二周后是1.91±2.0。治療一周后的前20位基因表達變化列于表12中并且在治療二周后的前20位基因表達變化列于表13。在11C7治療一周后的最大變化再現(xiàn)了損傷部位中觀察到的主題前20位變化中的8個變化與ECM(腔蛋白聚糖、膠原lal-2及5al、纖蛋白2、四連蛋白、基質糖蛋白SC1/ECM2)有關并且在以11C7治療后下調。在治療二周后，倍數(shù)變化比治療1周后略高。最大變化中的一些變化與編碼在淋巴細胞中所表達蛋白質的轉錄物下調有關。基因簇富集分析(GSEA)鑒定了治療一周后151條途徑中的顯著富集(表14),以及治療二周后116條途徑中的顯著富集(表15)。受影響最顯著的途徑在一周后是ECM介導信號傳導、脂代謝和生長因子穩(wěn)態(tài)，并且在治療二周后是離子運輸、生長因子穩(wěn)態(tài)和mRNA轉錄終止。實施例3由基因蔟富集分析(GSEA)所鑒定的具有顯著基因富集的途徑列表表16在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱來源探針組q值富集方i未指定于途徑的表達的探針組7048NANA免疫及防御4461.94E-2111C7細胞因子及趨化因子介導的信號Celera692.47E-1211C7途徑Jak-stat級聯(lián)Celera428.52E-1011C7蛋白質代謝及修飾14201.56E-0911C7干擾素介導的免疫Cclcra321.17E-0811C7巨噬細胞介導的免疫581.77E-0811C7凋亡的抑制611.48E-0711C7核苷、核苷酸及核酸代謝13254.38E-0711C7NF畫kB級聯(lián)Celera335.42E-0611C7B細胞及抗體介導的免疫Celera351.97E-0511C7粒細胞介導的免疫Cclcra214.45E-0511C7胞內蛋白質運輸Cclcra6234.45E-0511C7toll樣受體信號途徑KEGG294.45E-0511C7自然殺傷細胞介導的免疫Cdcra135.94E-0511C7凋亡Celera2478.75E-0511C7蛋白水解4000.0003211C7外胚層發(fā)育1530.00032IgG細月包運動小生990.0003711C7細胞因子/趨化因子介導的免疫Cclcra310.00041911C7凋亡信號途徑Celera510.00041911C7表16在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基<table>tableseeoriginaldocumentpage95</column></row><table>表16在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)來源探針組途徑名稱q值富集方向細胞結構Cdcra2670.0097IgG信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣Pathart40.013211C7硬化:y干擾素信號途徑糖酵解340.013711C7信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣Pathart280.013711C7硬化:血管緊張素信號途徑信號傳導:褐家鼠:生理:生長及分Pathart120.013711C7化:FGF2信號途徑信號傳導:褐家鼠生理細胞黏Pathart190.0137IgG著:整聯(lián)蛋白信號途徑細胞周期調控Celera1850.014611C7蛋白質二硫鍵異構酶反應Cclcra0.015511C7pi3激酶途徑Celera240.015711C7公用信號傳導:褐家鼠:生理:凋亡:tnfPathart80.015711C7信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:類風濕性Pathart30.016411C7關節(jié)炎:白細胞介素信號途徑環(huán)核苷酸代謝Cclcra230.0164IgG非脊推動物過程120.0164IgGPDGF信號途徑190.016511C7公用齒狀核紅核蒼白球丘腦下部核萎KEGG120.017711C7縮(drpla)淀粉及蔗糖代謝KEGG250.017911C7slit-robo介導的軸突導向Cclcra30.018311C7公用生長因子穩(wěn)態(tài)Cclcr380.0187IgG96表16在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱來源探針組q值富集方-其它的核苷、核苷酸及核酸代謝Cclera180.020411C7信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣Pathart30.021611C7硬化:nfkb信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣Pathart170.021611C7硬化:ldl信號途徑糖酵解/糖異生KEGG290.022311C7神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞Cclcra240.0223IgG糖鞘脂代謝KEGG90.022311C7信號傳導褐家鼠生理其它Pathart130.023611C7的:fcerl信號途徑胞內信號級聯(lián)4380.025211C7信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣Pathart50.0262IgG硬化:凝血調節(jié)蛋白信號途徑由趨化因子及細胞因子信號途徑480.028111C7介導的炎癥公用信號傳導褐家鼠生理凋Pathart230.029111C7亡:TGFp+秀導的凋亡前/后才莫式形成50.0293IgG其它的多糖類代謝Cclera560.030211C7突觸傳遞810.0308IgGn-聚糖生物合成KEGG80.031711C7信號傳導:褐家鼠:疾病:多發(fā)性硬Pathart30.03211C7化:應答基因p53途徑公用120.03211C7信號傳導褐家鼠生理凋Pathart50.03411C7亡:trail介導的凋亡DNA重組Celera130.037811C7表16<table>tableseeoriginaldocumentpage98</column></row><table>表17<table>tableseeoriginaldocumentpage98</column></row><table>表17在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針組q值富集方向用陽離子運輸Celera2035.79E-0511C7氧化磷酸化555.79E-0511C7前mRNA加工Cclcra1699.62E-05IgG突觸傳遞Celera819.62E-0511C7未指定于途徑的表達的探針4曰7048NANA核糖體KEGG510.00027511C7膽固醇生物合成Celera公110.0003511C7凝固:抗凝固乂"Sebastian180.00035IgG對脂類、脂肪酸及類固醇代謝Celera170.00038611C7的調節(jié)坤申經(jīng)元活性Cckra2270.00053611C7補體及凝固級聯(lián)KEGG240.000687IgG凝固:促凝固Sebastian270.000687IgG神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞Celera240.00068711C7mRNA剪接Celera1100.000885IgGmRNA轉錄調節(jié)Celera5210.00106IgG凝血300.00194IgGATP合成KEGG200.0019811C7細胞黏著2300.00221IgG細胞通信Cdcra3880.00409IgG凝固:抗凝固抗凝固Sebastian80.0042IgG免疫及防御Cckra4460.00858IgGDNA重組Celera130.00958IgGmhci-介導的免疫Cckra150.010911C7蛋白質代謝及修飾Celera14200.014IgG表17在T8數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針組q值富集方向前列腺素及白三烯代謝KEGG110.015IgG應、激反應680.0155IgG類固醇生物合成KEGG140.017311C7輔酶及輔基代謝Celera440.0173IgGmRNA轉錄7040.0213IgGmhcii-介導的免疫100.021811C7維生素/輔因子運輸Cdcra100.0218IgG蛋白質糖基化Celera880.024IgGJak-stat級聯(lián)Celera420.0246IgG信號傳導:褐家鼠疾病動脈Pathart110.0275IgG粥樣硬化:tnf信號途徑嘧咬代謝Cdera320.0284IgG運輸4810.033711C7細胞因子及趨化因子介導的Celera690.0342IgG信號途徑煙堿型乙酰膽堿受體信號途Cclcr3公230.037311C7徑用中胚層發(fā)育Celera1710.0373IgG凝固:促凝固:凝固Sebastian40.0377IgG表18在Tl-7數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(qQ.05)途徑名稱途徑來源探針ci值富集方絲魚未指定于途徑的表達的探針組gSea6854NANA胞外基質蛋白介導的信號傳導Celera371.11E-07IgG表18在Tl-7數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針q值富集方絲魚脂類、脂肪酸及類固醇代謝Celera3447.12E-0711C7生長因子穩(wěn)態(tài)70.000505IgG糖酵解Cdera320.00068711C7糖酵解/糖異生KEGG280.00091311C7蛋白質代謝及修飾Cckra13800.0026711C7碳固定KEGG130.0026711C7糖類代謝Cclcra2210.0031111C7阿爾茨海默氏病KEGG300.0039711C7胞內蛋白質運輸6160細9711C7胞吞作用1620細2311C7氨基酸代謝Cdcra1210.0042311C7免疫及防御Cckra3880.0047611C7運輸Gelera4690.0056511C7細胞通信3600.00565IgG應、激反應Cclcra660.0061511C7氨基酸運輸320.0074811C7Jak-stat級聯(lián)370.0074811C7噤呤代謝560.0077611C7小分子運輸Cclera600.0081611C7細胞黏著介導的信號傳導1230.013IgG細胞結構Celera2610.015511C7胞吐作用Celcra1330.015511C7丙氨酸及天冬氨酸代謝KEGG110.016111C7多方面的240.017611C7PDGF信號途徑Gdcra公田160.019411C7阿爾茨海默氏病-早老蛋白途徑用Celera公320.027911C7表18<table>tableseeoriginaldocumentpage102</column></row><table>表19<table>tableseeoriginaldocumentpage102</column></row><table>表20<table>tableseeoriginaldocumentpage102</column></row><table>表20<table>tableseeoriginaldocumentpage103</column></row><table>表20在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱凋亡神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞補體介導的免疫干擾素介導的免疫發(fā)育過程胂瘤發(fā)生其它的多糖類代謝細胞勦著介導的信號傳導T-細胞介導的免疫神經(jīng)元活性核苷、核苷酸及核酸代謝細胞結構toll受體信號途徑配體介導的信號傳導信號傳導:褐家鼠:生理生長及分化:NGF信號途徑信號傳導:褐家鼠生理生長及分化:TGFp信號途徑凝固:促凝固血管發(fā)生mapk信號途徑TGF-卩信號途徑B細胞活化途徑來源探針q值富集方絲用2283.59E-0611C7Cclera265.35E-06IgGCclcra155.53E-0611C7Cclera296.32E-0611C75071.46E-0511C7Celera2801.61E-0511C7Celera522.76E-0511C7Celera1203.07E-0511C7Cclcra494.35E-0511C7Cclcra2304.35E-05IgGCclcra12554.43E-0511C72586.22E-0511C7Cclcrs公146.44E-0511C7用1319.47E-0511C7Pathart330.00013511C7Pathart150.00014811C7Sebastian240.00016311C7Celer3公570.00016311C7用KEGG卯0.00024611C7Celera公290.00024911C7用Cdcra公260.00025711C7表20在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集途徑名稱基因的途徑(q0.05)途徑來源信號傳導褐家鼠生理骨骼發(fā)育:FGF信號途徑蛋白質修飾細胞勦著pi3激酶途徑信號傳導:褐家鼠疾病:肥胖癥:應答基因信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:ldl信號途徑由趨化因子及細胞因子信號途徑介導的炎癥toll樣受體信號途徑造血信號傳導:褐家鼠:生理:凋亡:TGF卩誘導的凋亡Jak-stat信號途徑mRNA轉錄調節(jié)自然殺傷細胞介導的免疫生長因子穩(wěn)態(tài)信號傳導:褐家鼠:生理細胞黏著整聯(lián)蛋白信號途徑TGF-P信號途徑信號傳導:褐家鼠疾病:II型糖尿病:illb信號途徑用PathartCeleraCdcraCelera公用PathartPathartC!clcm公用KEGGPathartCelera公用CderaPathartKEGGPathart探針ci值富集方絲魚200.00028711C755821725274820480117180.0003080.0004010.0004330.0005520.000560.0006860.0007680.000860.001150.0012811C711C711C7160.00043911C7150.0004411C7460.00045311C711C711C711C760.00076811C711C711C711C711C7250.001511C790.001511C7表20在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑fq〈0.05)<table>tableseeoriginaldocumentpage106</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage107</column></row><table>表20在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱信號途徑氧化應激反應蛋白質二硫鍵異構酶反應帕金森病信號傳導:褐家鼠:疾病阿爾茨海默氏病:igil信號途徑糖酵解/糖異生T-細力包活4匕其它的運輸癌基因前列腺素及白三烯代謝PDGF信號途徑mRNA剪接信號傳導:褐家鼠:疾病:肥胖癥:cntf信號途徑細胞因子/趨化因子介導的免疫糖類代謝卟啉及葉綠素代謝肌病毒病n-聚糖生物合成信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:亞油酸信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬途徑來源Celera公用Celera公用PathartKEGGOlcra公用KEGGCelera公用Pathart10760.01770.0179絲魚130.013611C760.013611C7480.014311C740.015211C7270.016511C7290.016511C7260.016911C7540.016911C770.016911C7150.017311C711C711C7230.020311C7Celera2150.020311C7KEGG70.020311C7KEGG60.021911C7KEGG80.023111C7Pathart30.023411C7Pathart50.023611C7表20在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途<table>tableseeoriginaldocumentpage109</column></row><table>表20在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療一周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱信號傳導:褐家鼠:生理:炎癥:ill信號途徑其它蛋白質代謝EGF受體信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:II型糖尿病己糖胺介導的途徑y(tǒng)-六氯代環(huán)己烷降解代謝型谷氨酸受體組ii途徑吞噬作用信號傳導:褐家鼠:生理:凋亡:wnt信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:Y干擾素信號途徑受體蛋白質絲氨^/蘇氨酸激酶信號途徑經(jīng)hif激活的低氧應答精氨酸及脯氨酸代謝信號傳導:褐家鼠:疾病阿爾茨海默氏病:NGF信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病阿爾茨海默氏病icaml信號途徑途徑來源探針q值絲PathartCelera公用PathartKEGGCelera公用CckraPathartPathartCelera公用KEGGPathartPathart富集方魚20.040411C7270.0404IgG360.040511C7160.042311C740.042911C790.043111C7160.044311C770.045811C720.045811C7280.04611C7130.046511C7200.046511C7320.046511C780.047311C750.047311C7表21在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q〈0.05)途徑名稱途徑來源探針q值富集方魚免疫及防御Celera3930IgG未指定于途徑的表達的探針組6794NANA細胞通信3505.49E-11IgG突觸傳遞Celera841.15E-1011C7蛋白質代謝及修飾13581.92E-10IgG胞外基質蛋白介導的信號傳導Celera361.08E-09IgG碎申經(jīng)元活性Cclcra2301.89E-0911C7信號轉導13362.28E-08IgGB細胞及抗體介導的免疫Olera305.37E-08IgG巨噬細胞介導的免疫Celera525.72E-08IgGT-細胞介導的免疫Celera491.66E-07IgG凝血Celera246.46E-07IgG整聯(lián)蛋白信號途徑Cckra公488.72E-07IgG補體及凝固級聯(lián)用KEGG178.79E-07IgG癌基因Celera542.21E-06IgG陽離子運輸Cdcra1974.01E-0611C7肺瘤發(fā)生2806.38E-06IgG離子運輸Olera2576.92E-0611C7蛋白水解Celera3761.24E-05IgGSebastian372.01E-05IgG細胞因子及趨化因子介導的信號途認Celera582.40E-05IgG仁神經(jīng)遞質釋方文192.40E-0511C7蛋白質修飾Gelera5588.85E-05IgG凋亡Cckra2288.85E-05IgG細胞黏著介導的信號傳導Celera1209.26E-05IgG表21在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)T-細胞活化配體介導的信號傳導骨骼發(fā)育中胚層發(fā)育凋亡信號途徑由趨化因子及細胞因子信號途徑介導的炎癥生長因子穩(wěn)態(tài)蛋白質糖基化p53途徑凋亡的抑制toll受體信號途徑Jak-stat級聯(lián)NF-kB級聯(lián)B細力包活化用Celera公用CeleraCclcraCckraCelera公用Celera公用CeleraCelera公用CeleraCclcr3公用CeleraCeleraCelera公13129161460扁2450.0002820扁2960.00029683110扁3160.0003410.0003933829260.0005330扁5380.000611途徑名稱途徑來源探針q值富集方絲神經(jīng)活性配體-受體相互作用KEGG520.00011111C7mhcii-介導的免疫Celera100.000115IgG其它的多糖類代謝Celera520細144IgG核苷、核苷酸及核酸代謝Cdcra12550.000191IgG神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞Cclcra260.00024511C7補體介導的免疫Celera150.000245IgG離子型谷氨酸受體途徑Celera公240.00024511C7290.000245IgGIgGIgGIgGIgG460.000304IgGIgGIgGIgG540.000439IgG140.000465IgGIgGIgGIgG表21在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針q值富集力用魚信號傳導:褐家鼠:生理:細胞黏著:整Pathart180.000633IgG聯(lián)蛋白信號途徑細胞l^著Cdcra2170細卯5IgG煙酸及煙酰胺代謝KEGG160.000962IgG胰島素-igf途徑-蛋白激酶b信號傳Celera公180.00119IgG導級聯(lián)用氧化磷酸化KEGG650.0013911C7細胞結構及運動性Cdera4170.00145IgG氧化磷酸化Cdera560.0015111C7前mRNA加工1620.00158IgG凝固:抗凝固Sebastian130.00192IgG細月包運動小生940.00256IgG凝固:促凝固Sebastian240.00375IgG蛋白質二硫鍵異構酶反應60.00375IgGtoll樣受體信號途徑KEGG270.00421IgG粒細胞介導的免疫180.00473IgG凋亡KEGG310.00588IgG信號傳導:褐家鼠:疾病:類風濕性關Pathart40.00611IgG節(jié)炎:gh信號途徑信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬Pathart270.00652IgG化:血管緊張素信號途徑運輸Celera4640.006911C7信號傳導褐家鼠生理其它Pathart120.0071IgG的:fcerl信號途徑n-聚糖生物合成KEGG80.00736IgG表21在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集途徑名稱基因的途徑(q0.05)途徑來源探針q值信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:tnf信號途徑其它的凋亡代謝型谷氨酸受體組iii途徑經(jīng)hif激活的低氧應答mRNA轉錄調節(jié)信號傳導:褐家鼠生理:生長及分化:NGF信號途徑TGF-p信號途徑帕金森病血管發(fā)生信號傳導褐家鼠疾病:II型糖尿病:illb信號途徑電子運輸胰島素-igf途徑-促分裂原激活的蛋白激酶激酶-map激酶級聯(lián)信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬化:ldl信號途徑自然殺傷細胞介導的免疫slit-robo介導的軸突導向單糖類代謝淀粉及蔗糖代謝PathartCeleraCelera公用Celera公用PathartCelera公用KEGGCelera公用PathartCeleraCelera公用PathartCckraCdcra公用CeleraKEGG100.0075211327200.01380.01390.01410.0141富集方魚IgG90.00783IgG190.0078311C7130.00806IgG4800.00921IgG330.00998IgG290.0112IgG160.011211C7570.0114IgG90.0117IgG890.013111C7140.0133IgG150.0136IgGIgGIgGIgGIgG表21在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱應激反應脂類、脂肪酸及類固醇代謝凝血肌醇磷酸代謝胞外運輸及輸入mRNA剪接信號傳導:褐家鼠:疾病:肥胖癥:應答基因pi3激酶途徑信號傳導:褐家鼠:疾病阿爾茨海默氏病:淀粉狀蛋白p肽信號途徑受體蛋白質絲氨l蘇氨酸激酶信號途徑MAPKKK級聯(lián)fas信號途徑，代謝核糖體胞內信號級聯(lián)蛋白質生物合成白細胞介素信號途徑凝固:抗凝固抗凝固信號傳導:褐家鼠:生理:凋亡:TGF|5誘導的凋亡途徑來源探針q值富集方絲魚Cclcra650.0141IgGCelera3410.0142IgGCdcr3公70.0144IgG用KEGG220.0144IgG350.014411C71070.0152IgGPathart160.0152IgGCelera公250.016IgG用Pathart190.0165IgGCckra280.0165IgGCclcra1110.0178IgGCelera公150.0179IgG用KEGG90.0188IgGKEGG510.02IgGCelera4200.023IgGCelera2070.0232IgGCckrs公230.0249IgG用Sebastian60.0253IgGPathart200.0256IgG表21在Ll-5數(shù)據(jù)集上實施的GSEA。在IgG治療或11C7治療二周后具有富集基因的途徑(q0.05)途徑名稱途徑來源探針q值富集方絲魚其它的免疫及防御Cclcra290.0266IgG信號傳導:褐家鼠:疾病:肥胖癥:瘦蛋Pathart240.0273IgG白信號途徑膽汁酸生物合成KEGG100.0277IgG糖類代謝2150.0288IgG信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬Pathart0.0327IgG化:胰島素信號途徑凋亡誘導970.0332IgG經(jīng)coa連接的苯甲酸降解KEGG190.0334IgG吞噬作用Cdcra160.0337IgG細胞表面受體介導的信號轉導5150.0351IgG信號傳導:褐家鼠:疾病:動脈粥樣硬Pathart30.0356IgG化:亞油酸信號途徑凝固:促凝固可能的正調節(jié)物血小Sebastian30.0387IgG板聚集凝固:促凝固:合成及運輸Sebastian30.0397IgG信號傳導:褐家鼠:生理:炎癥:ill信Pathart20.0403IgG號途徑磷脂代謝520.0403IgG信號傳導:褐家鼠生理生長及分Pathart40.0456IgG化:akt介導的途徑實施例4在三種或多種組織中具有顯著的基因簇富集的途徑表22.在三種或多種組織中具有顯著的基因簇富集的途徑.途徑名稱途徑來源組織富集方向途徑名稱途徑來源組織富集方向CeleraT81wk11C7凋亡KEGGT81wk11C7L1-51wk11C7CeleraLl誦52wkIgGCelera公用T81wk11C7凋亡4言號途徑Celera公用Ll國51wk11C7Celera公用Ll畫52wkIgGCdcraT81wk11C7B細胞及抗體介導的免疫L1-51wk11C7OleraLl畫52wkIgGL151wk11C7凝血Ll-52wkIgGCelera公用T82wkIgGKEGGT82wkIgG補體及凝固級聯(lián)KEGGL1-51wk11C7KEGGLl誦52wkIgGT81wk11C7細胞因子及趨化因子介導的信號途徑CdcmL1-51wk11C7Ll-52wkIgGTl-71wkIgG胞外基質蛋白介導的信號傳導L151wk11C7Ll-52wkIgGTl-71wkIgG生長因子穩(wěn)態(tài)Ll畫51wk11C7CeleraLl-52wkIgG血液2wkIgG免疫及防御T81wk11C7L1-51wk11C7CdcraLl畫52wkIgG干擾素介導的免疫血液1wk11C7OleraT81wk11C7途徑名稱途徑來源組織富集方向CeleraL1-51wk11C7Celera血液2wkIgG胞內蛋白質運輸Celera血液1wk11C7CeleraT81wk11C7CeleraT81wk11C7L151wk11C7Jak-stat級聯(lián)CdcraLl-52wkIgGCelera公用T81wk11C7Celera公用L1-51wk11C7CeleraT81wk11C7巨噬細胞介導的免疫CeleraL1-51wk11C7CeleraLl畫52wkIgGT82wk11C7神經(jīng)-神經(jīng)突觸傳遞CdcraLl國51wkIgGLl-52wk11C7CdcraT81wkIgG一申經(jīng)元活性CeleraT82wk11C7L151wkIgGCdcraLl-52wk11C7Cckm血液2wkIgGT81wk11C7核苷、核苷酸及核酸代謝CeleraT82wkIgGCeleraLl誦51wk11C7U-52wkIgGCelera血液2wkIgG腫瘤發(fā)生CeleraL151wk11C7CeleraLl-52wkIgGKEGGT82wk11C7氧化磷酸化T82wk11C7KEGGLl畫52wk11C7KEGGMCx1wkIgG途徑名稱蛋白質代謝及修飾蛋白質修飾蛋白水解突觸傳遞T-細胞介導的免疫toll受體信號途徑途徑來源組織富集方向血液2wkIgGT81wk11C7Ll國51wk11C7Ll-52wkIgG血液2wkIgGT81wk11C7Ll誦51wk11C7Ll隱52wkIgGT81wk11C7L1-51wk11C7Ll-52wkIgGT82wk11C7L1-51wkIgGLl-52wk11C7T81wk11C7L1-51wk11C7Ll-52wkIgGL1-51wk11C7Ll-52wkIgGT81wk11C7L1-51wk11C7GekraCeleraCdcraCdcraCdcraCdcraCclcraCeleraCelcraCderaCelera公用Celera公用KEGGKEGG實施例5由GSEA鑒定的受抗NOGOA抗體治療影響的軸突導向和生長因子途徑表23.由GSEA鑒定受抗Nogo-A抗體療法影響的軸突導向和生長因子途徑途徑名稱途徑來源組織富集方向slit-robo介導的軸突導向Celera7>用T81wk11C7L1-51wk11C7途徑名稱EGF受體信號途徑FGF信號途徑NGF信號途徑途徑來源Celera公用Celera公用Pathart組織Tl畫71wkMotorcx2wkMotorcx2wkMotorCx2wk富集方向11C7IgGIgGIgG實施例6受SV129及BL6小鼠純系中NOGOA敲除和大鼠脊髓損傷模型中抗NOGOA抗體治療協(xié)調性地影響的途徑及基因族Nogo-A(200kDa，1163aa)因插入一個787aa的大外顯子(外顯子3)而與Nogo-B(55kDa，357aa)相異。Nogo-A敲除小鼠通過如Simonen等(20(B)所述的同源重組而產(chǎn)生。嵌合型Nogo-A敲除小鼠與Svl29小鼠或BL/6小鼠回交至少10代。在回交期間使用快速同類品系標記分析法(Markel等，1997)?？焖偻愑N或標記輔助同系生產(chǎn)法使用微衛(wèi)星標記以追蹤每一品系染色體節(jié)段的遺傳性。通過對于每一品系的標記的最高水平而選擇最佳育種小鼠(breedermice)。本研究中所用小鼠根據(jù)其標記鐠具有100%純的C57BL/6背景，并且對于129Xl/SvJ品系具有>99%純的背景。對于每個品系及基因型，將來自3只天然的、未損傷的、野生型和敲除小鼠(3月齡)的腰脊髓解剖并立即在液氮中冷凍。對于損傷微陣列實驗，每個基因型及品系的5只雌性小鼠(6-7周齡)借助小的虹膜切開剪(fineiridectomyscissors)進行脊髓損傷以產(chǎn)生背索和背外側索和背角的雙側損傷。損傷6日后，開展敞箱運動的Basso小鼠尺度行為分析(BassoMouseScalebehavioralanalysisforopen-fieldlocomotion)并且選擇每類另'J中具有最相似得分的5只小鼠用于微陣列分析。損傷一周后，解剖在中央具有損傷部位的1cm脊髓并將它立即在液氮中冷凍。對于探針制備，遵循Affymetrix(SantaClara，CA)基因芯片分析手冊中所述的方法。生物素化cRNA雜交到Affymetrix洗滌工作站450中的代表>45，000個探針組的AffymetrixMouseGenome4302.0陣列上，并且芯片隨后用AffymetrixScanner3000掃描。每個芯片用于與總數(shù)28份樣品中分離自單個動物的一份脊髓樣品的cRNA雜交。結果隨后使用AffymetrixMicroarraySuite5,然后用GeneSpring7.2(SiliconGenetics,RedwoodCity,CA)分析。為鑒定在脊髓損傷后1周于損傷動物及非損傷動物的天然和敲除型Svl29小鼠脊髓及BL/6小鼠脊髓中差異性表達的基因，對當前命令(presentcall)預篩選后，應用統(tǒng)計過濾(ANOVAp<0.05)和倍數(shù)變化閾值(>1.2/<0.66或>2/<0.5)。如此鑒定在脊髓損傷一周后在Svl29敲除小鼠和BL/6敲除小鼠以及在大鼠SCI模型共同受到影響的途徑和基因族，即在敲除動物與天然動物間，并且在大鼠SCI模型中在對照(IgG)治療的動物與11C7抗NogoA抗體治療的動物間，比較在雙向比較中所鑒定的差異性表達的基因。鑒定了113個共同受到影響的基因族。它們列于表24。表24協(xié)調性地受SV129及BL6小鼠純系中NOGOA敲除和大鼠脊髓損傷模型中抗NOGOA抗體治療影響的113個途徑及基因族<table>tableseeoriginaldocumentpage121</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage122</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage123</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage124</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage126</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage127</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage128</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage129</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage130</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage131</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage132</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage133</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage134</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage135</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage136</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage137</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage138</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage139</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage140</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage141</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage142</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage143</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage144</column></row><table>數(shù)據(jù)的統(tǒng)一以上數(shù)據(jù)進一步由2D凝膠和/或同位素-編碼親和標簽法(ICAT)(isotope-codedaffinitytag)證實。在表25中提供了認為是最相關的在抑制或下調Nogo-A后受差異性調節(jié)的基因列表。表25.最相關基因的列表<table>tableseeoriginaldocumentpage144</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage145</column></row><table>其它前列腺素E合酶Ptges苯并二氮雜革受體Bzrp雙糖鏈蛋白聚糖Bgn等同方案本發(fā)明不因本申請中所述的具體實施方案受到限制，其中所述的具體實施方案僅意圖說明本發(fā)明的各個方面?？梢赃M行本發(fā)明的眾多修改和變型而不脫離本發(fā)明的精神和范圍，如本領域技術人顯而易見。除了本文中列舉的那些方法和裝置外，本領域技術人員將從前面的描述中輕易知道在本發(fā)明范圍內的功能等同方法和裝置。此類修改和變型意圖處于所附;f又利要求的范圍內。本發(fā)明將僅受所附權利要求以及這些權利要求的等同權利要求的完整范圍的限制。權利要求1、用于預測受試者對包含抗Nogo-A抗體的藥物的應答的方法，其中在施用包含抗Nogo-A抗體的所述藥物之前和之后評估表25中至少一種基因的表達，并且其中將在施用包含抗Nogo-A抗體的所述藥物后表25的所述至少一種基因的所述表達與在所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前所述基因的表達進行比較。2、權利要求l所述的方法，其中在施用包含抗Nogo-A抗體的藥物后表25中至少一種基因的所述表達與所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前所述基因的表達比較時的失調表明對包含抗Nogo-A抗體的藥物的所述施用的陽性應答(應答者)。3、權利要求l所述的方法，其中在施用包含抗Nogo-A抗體的藥物后表25中至少一種基因的所述表達與所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前所述基因的表達比較時缺乏失調表明缺少對包含抗Nogo-A抗體的藥物的所述施用的應答(非應答者)。4、權利要求2或3所述的方法，其中在施用包含抗Nogo-A抗體的藥物后表25中至少一種基因的所述表達與所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前所述基因的表達比較時的失調是大于或等于1.2倍并且統(tǒng)計學顯著(p<0.05，斯氏t檢驗)的表達改變。5、權利要求l-4所述的方法，其中評估了黏著基因族、細胞骨架基因族及信號傳導基因族的每個族中至少一種基因的表達，其中所述的翻著基因族由鈣勦著蛋白11、鈣縣著蛋白2、鈣黏著蛋白8、鉤翱著蛋白22、Eph受體A3、Eph受體A4、肝配蛋白A3、肝配蛋白B2、Eph受體B2、腦信號蛋白4A、腦信號蛋白4D、腦信號蛋白4F、腦信號蛋白6A、腦信號蛋白6B、semaF胞質結構域相關蛋白3及叢蛋白B2組成，其中所述的細胞骨架基因族由加帽蛋白(細肌絲)類凝溶膠蛋白、酪蛋白激酶18、中心體肌動蛋白、凝溶膠蛋白、微管相關蛋白質T及神經(jīng)絲68組成，并且其中所述的信號傳導基因族由Rho-GDP解離抑制物1、二氫嘧啶酶相關蛋白2、二氫嘧啶酶相關蛋白1、二氫嘧啶酶相關蛋白5組成。6、權利要求l-5所迷的方法，其中評估表25中全部基因的表達。7、權利要求1所述的方法，其中在施用包含抗Nogo-A抗體的藥物后表25中至少一種基因的所述表達與所述施用包含抗Nogo-A抗體的藥物之前所述基因的表達比較時的失調表明中樞神經(jīng)系統(tǒng)再生。8、權利要求l-7所迷的方法，其在體外進行。9、抗Nogo-A抗體在制造用于在患者群中治療中樞神經(jīng)系統(tǒng)損傷的藥物的用途，其中通過權利要求1-8的方法選擇所述患者群。10、權利要求9所述的用途，其中抗Nogo-A抗體是與人Nogo-A片段的從第342-357位氨基酸的表位結合的完全的人單克隆抗體(IgG4/K)。11、用于在受試者中治療中樞神經(jīng)系統(tǒng)損傷的方法，其包括步驟(a)對具有中樞神經(jīng)系統(tǒng)損傷的受試者施用抗Nogo-A抗體；(b)根據(jù)權利要求l-8的方法確定受試者的基因表達i普；和(c)或者(i)如果生物標記的基因表達表明中樞神經(jīng)系統(tǒng)再生，那么繼續(xù)抗Nogo畫A抗體療法，或(ii)如果生物標記的基因表達不表明中樞神經(jīng)系統(tǒng)再生，那么4f止或減少抗Nogo-A抗體療法。12、用于在受試者中診斷中樞神經(jīng)系統(tǒng)再生的方法，其包括步驟(a)對受試者施用抗Nogo-A抗體；(b)根據(jù)權利要求l-8的方法確定受試者的基因表達傳；和(c)確定生物標記的基因表達是否表明中樞神經(jīng)系統(tǒng)再生。13、用于進4亍權利要求1-12的方法的試劑盒，其包含至少兩種探針，每種探針能夠特異檢測表25中一種基因的表達，其中所述至少兩種探針不檢測相同基因的表達。全文摘要本公開的內容在基因表達水平證實受損脊髓和皮層運動區(qū)作為鞘內應用的抗Nogo-A抗體治療的主要作用部位。該公開也提供用于通過評估選自如下至少一種基因的表達而監(jiān)測受試者對包含抗Nogo-A抗體的藥物應答的方法鈣黏著蛋白2、8、11或22；肝配蛋白A3或B2；Eph受體A3或A4；腦信號蛋白4A、4D、4F、6A或6B；叢蛋白B2；加帽蛋白(細肌絲，類凝溶膠蛋白)；酪蛋白激酶1δ；中心體肌動蛋白；凝溶膠蛋白；微管相關蛋白質τ；神經(jīng)絲68；肌纖蛋白；嗅介蛋白1或3；γ干擾素；Rho-GDP解離抑制物1、二氫嘧啶酶相關蛋白(CRMP)1、2或5；突觸核蛋白；淀粉狀蛋白β(A4)PP結合性A1；淀粉狀蛋白β(A4)前體樣蛋白1或2；前列腺素E合酶；苯并二氮雜受體或雙糖鏈蛋白聚糖。文檔編號G01N33/50GK101310183SQ200680042608公開日2008年11月19日申請日期2006年11月14日優(yōu)先權日2005年11月16日發(fā)明者A·K·米爾,A·金努寧,L·施內爾,L·蒙塔尼,L·迪穆,M·E·施瓦布申請人:諾瓦提斯公司;蘇黎世大學