專利名稱：：Sparc微環(huán)境標(biāo)簽在癌癥治療中的應(yīng)用的制作方法SPARC微環(huán)境標(biāo)簽在癌癥治療中的應(yīng)用相關(guān)案例本申請要求2009年9月18日提交的美國臨時(shí)專利申請No.61/27，969(將其通過引用并入本文)的利益。
背景技術(shù)：
：酸性的富含半胱氨酸的分泌蛋白(也被稱作骨粘連蛋白(osteonectin)，BM40或SPARC，在下文中“SPARC”)，是一種基質(zhì)相關(guān)的蛋白質(zhì)，其引起細(xì)胞形狀的變化，抑制細(xì)胞周期進(jìn)展和影響細(xì)胞外基質(zhì)的合成(Bradshaw等人，Proc.Nat.Acad.Sci.USA100:6045-6050(2003))。鼠SPARC基因于1986年被克隆(Mason等人，EMBOJ.51465-1472(1986))，全長人SPARCcDNA于1987年得到克隆和測序(Swaroop等人，Genomics2:37-47(1988))。SPARC的表達(dá)在發(fā)育上受到調(diào)控，主要在正常發(fā)育或響應(yīng)于損傷而發(fā)生重塑的組織中表達(dá)。例如，在發(fā)育中的骨和牙齒中高水平表達(dá)SPARC蛋白(參見，例如，Lane等人，F(xiàn)ASEBJ.，8，163173(1994)；Yan&Sage，J.Histochem.Cytochem.471495-1505(1999))。SPARC在幾種侵襲性癌癥中被上調(diào)，但在相應(yīng)的正常組織中不存在(Porter等人，J.Histochem.Cytochem.，43，791(1995))。SPARC的表達(dá)在多種腫瘤(例如，膀胱、肝、卵巢、腎、腸和乳腺)中被誘導(dǎo)。例如，在膀胱癌中，SPARC的表達(dá)與晚期癌癥相關(guān)。已顯示T2或更晚期的侵襲性膀胱癌相對于Tl期的膀胱瘤(或更加較淺表性腫瘤)表達(dá)更高水SPARC和更加不良的預(yù)后(參見，例如，Yamanaka等人，J.Urology，166，24952499(2001))在腦膜瘤中，SPARC的表達(dá)僅與侵襲性腫瘤相關(guān)(參見，例如，Rempel等人，ClincalCancerRes.，5,237241(1999))0也已在74.5%的原位侵襲性乳腺癌損傷(參見，例如，Bellahcene,^人，Am.J.Pathol.，146，95100(1995))和2%的乳腺浸潤性導(dǎo)管癌(參見，例如，Kim等人，J.KoreanMed.Sci.，13，652657(1998))中檢測到SPARC的表達(dá)。SPARC的表達(dá)還與乳腺癌的頻繁微鈣化相關(guān)(參見，例如，Bellahcene等人，同上)，這表明SPARC表達(dá)可能負(fù)責(zé)乳腺轉(zhuǎn)移灶對骨的親和性。令人驚訝地，還顯示SPARC在某些系統(tǒng)中具有抗腫瘤活性。SPARC是一種有力的細(xì)胞周期抑制劑，將細(xì)胞阻止在Gl中期(Yan&Sage，J.Histochem.Cytochem.471495-1505(1999))，并且已顯示SPARC的誘導(dǎo)型表達(dá)在體外模型系統(tǒng)中抑制乳腺癌細(xì)胞的增殖(Dhanesuan等人，BreastCancerRes.Treat.75:73-85(2002))。類似地，外源SPARC可以以濃度依賴性方式減少HOSE(人卵巢表面上皮)和卵巢癌細(xì)胞的增殖。此外，SPARC誘導(dǎo)卵巢癌細(xì)胞的細(xì)胞凋亡。此外，已報(bào)導(dǎo)了細(xì)胞例如卵巢上皮細(xì)胞上的SPARC受體。已有人提出，SPARC對其受體的結(jié)合可能觸發(fā)介導(dǎo)SPARC的腫瘤抑制功能的組織特異性信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑(Yiu等人，Am.J.Pathol.159=609-622(2001))也已報(bào)導(dǎo)純化的SPARC在體內(nèi)異種移植物模型系統(tǒng)中抑制血管生成和減弱神經(jīng)母細(xì)胞瘤的腫瘤生長(Chlenski等人，CancerRes.62:7357-7363(2002))ο這些看起來相矛盾的結(jié)果可能是由于SPARC的許多形式所致，這些形式因未成熟SPARC的差異剪接和翻譯后修飾而引起。因此，例如，成纖維細(xì)胞SPARC是與血小板SPARC不同的分子。此外，SPARC被差異性糖基化。(參見Kaufman等人，Glycobiology14(7)609-619(2004))。SPARC易于被多種蛋白酶降解，并且似乎在細(xì)胞外環(huán)境中發(fā)生轉(zhuǎn)換。細(xì)胞外蛋白酶對SPARC的轉(zhuǎn)換導(dǎo)致新型SPARC表位的暴露(Lane&Sage，F(xiàn)ASEBJ.8(2)163-173(1994))。這些因素導(dǎo)致了寬范圍的免疫組織學(xué)染色模式。每一種抗體可產(chǎn)生顯著不同的染色模式。癌癥現(xiàn)主要利用三類別型的療法手術(shù)、放射療法和化學(xué)療法之一或其組合來進(jìn)行治療。手術(shù)通常僅對于治療癌癥的早期是有效的。對于超過50%的患癌個(gè)體，在他們被診斷時(shí)，他們不再是有效手術(shù)治療的候選者。放射療法僅對于患有處于癌癥的早期和中期的臨床局限性疾病的患者有效，對于具有轉(zhuǎn)移的癌癥晚期是無效的。化學(xué)療法包括細(xì)胞復(fù)制或細(xì)胞代謝的破壞。化學(xué)療法可以是有效的，但存在嚴(yán)重的副作用，例如嘔吐、低白細(xì)胞(WBC)、脫發(fā)、體重減輕和其它毒效應(yīng)。由于極端的毒副作用，許多患有癌癥的個(gè)體不能成功地完成完整的化學(xué)治療方案?；瘜W(xué)療法誘導(dǎo)的副作用明顯影響了個(gè)體的生活質(zhì)量并且可顯著地影響個(gè)體對治療的順從性。此外，與化學(xué)治療劑相關(guān)的有害副作用通常是此類藥物施用的主要劑量限制性毒性(DLT)。例如，粘膜炎為幾種抗癌劑(包括抗代謝物細(xì)胞毒性劑5-FU、甲氨蝶呤和抗腫瘤抗生素例如多柔比星)的主要劑量限制性毒性。當(dāng)嚴(yán)重時(shí)，這類化學(xué)療法誘導(dǎo)的副作用中的許多副作用可導(dǎo)致住院治療，或需要利用治療疼痛的鎮(zhèn)痛藥來進(jìn)行治療。此外，對化學(xué)療法的較差耐受性在一些患癌個(gè)體中可導(dǎo)致死亡?？拱┧幬锏臉O端副作用是由較差的靶特異性引起的。藥物在大多數(shù)正常器官以及目標(biāo)靶即腫瘤中循環(huán)。引起副作用的較差靶特異性還降低了化學(xué)療法的功效，因?yàn)橹挥幸徊糠炙幬锉徽_靶向?；煰煼ǖ墓πб蚩拱┧幬镌诎心[瘤中的較短保留而被進(jìn)一步降低。由于癌癥的嚴(yán)重性和廣泛性，存在對此類疾病或障礙的有效治療的巨大需要，這些治療能夠克服手術(shù)、化學(xué)療法和放射治療的缺點(diǎn)。具體地，鑒于與化學(xué)療法相關(guān)的嚴(yán)重副作用，需要鑒定將對化學(xué)治療方案產(chǎn)生響應(yīng)或不響應(yīng)的腫瘤。本文中描述的本發(fā)明提供了基于利用不同SPARC抗體觀察到的異質(zhì)免疫組織學(xué)進(jìn)行癌癥治療的新型方法。發(fā)明概述本發(fā)明提供了利用療法治療第一哺乳動物的腫瘤的方法，所述方法包括確定用于該療法兩個(gè)或更多個(gè)預(yù)測性SPARC微環(huán)境標(biāo)簽(SPARCMicroenvironmentalSignature,“SMS”)，包括制備來自對所述療法具有已知結(jié)果的其它哺乳動物的腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片；利用第一抗SPARC抗體對來自對所述治療具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；利用第二抗SPARC抗體對來自對該療法具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；測定第一抗SPARC抗體對來自對該療法具有已知結(jié)果的其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤在腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)(acellularstroma)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織(anatomy)或其任何組合的免疫染色模式，和第二抗體對腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的免疫染色，從而確定來自對該療法具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的SMS；使來自具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的腫瘤SMS聚類成兩個(gè)或更多個(gè)結(jié)果組，其中來自每一個(gè)結(jié)果組的簇的SMS質(zhì)心(centroid)定義了預(yù)測性SMS。然后，通過包含下述的方法確定來自第一哺乳動物的腫瘤的SMS制備第一哺乳動物的腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片；利用第一抗SPARC抗體對來自所述第一哺乳動物的腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；利用第二抗SPARC抗體對來自所述第一哺乳動物的腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；測定第一抗SPARC抗體對第一哺乳動物的腫瘤針對于腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的免疫染色模式和第二抗體對第一哺乳動物的腫瘤針對于腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的免疫染色，從而確定第一哺乳動物的腫瘤SMS；和測定第一哺乳動物的腫瘤SMS與(a)中測定的預(yù)測性SMS的歐幾里德距離(Euclidiandistance)，并且將第一哺乳動物的腫瘤分類為具有最接近的預(yù)測性SMS的結(jié)果組的成員。如果第一哺乳動物的腫瘤SMS作圖至對該療法產(chǎn)生響應(yīng)的結(jié)果組，則給該第一哺乳動物施用治療有效量的所述療法。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施方案包括，其中第一哺乳動物的相同腫瘤類型與所研究的所有所述“其它哺乳動物”的腫瘤類型相同?？墒褂萌魏芜m當(dāng)?shù)寞煼?，包括化學(xué)療法、放射療法、手術(shù)療法、替代療法(alternativetherapy)及其組合。適當(dāng)?shù)寞煼òɡ绨╪ab-紫杉醇的療法。適當(dāng)?shù)哪[瘤包括乳腺癌、前列腺癌和黑素瘤?？赏ㄟ^任何適當(dāng)?shù)姆椒ㄟM(jìn)行聚類，包括例如K-均值聚類(K-meansculstering)、自組織地圖GelfOrganizingMap)和層次聚類(Hierarchicalclustering)。本發(fā)明提供了利用化學(xué)治療方案或其它合適的療法治療哺乳動物內(nèi)的腫瘤的方法，包括a.制備所述腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片以獲得SPARC微環(huán)境標(biāo)簽(SMS)，b.利用第一抗SPARC抗體對腫瘤的組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色，c.利用第二抗SPARC抗體對所述腫瘤的組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色，d.測定第一抗SPARC抗體對腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色和第二抗體對腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色，e.如果測定的SM符合指示使用所述化學(xué)治療方案或其它適當(dāng)療法的預(yù)定SMS的標(biāo)準(zhǔn)，則施用治療有效量的所述療法。本發(fā)明提供的指示療法使用的預(yù)定SMS包括包含如下免疫染色特征的SMS，所述免疫染色特征為利用第一抗體產(chǎn)生至少49%的間質(zhì)染色陽性，以及利用第二抗體染色至少如下成纖維細(xì)胞評分為66、成纖維細(xì)胞強(qiáng)度為41、腫瘤強(qiáng)度為26、炎癥細(xì)胞強(qiáng)度為51、炎癥細(xì)胞評分為55、血管％為33、腫瘤評分為54、血管強(qiáng)度為64、成纖維細(xì)胞％為54、血管強(qiáng)度為64、成纖維細(xì)胞％為54、血管強(qiáng)度為64、炎癥細(xì)胞％為43和間質(zhì)評分為62，其中所述療法為包括nab-紫杉醇的方案，并且所述腫瘤為胰腺癌。即，應(yīng)用包括這16個(gè)來自腫瘤中SPARC表達(dá)的標(biāo)準(zhǔn)的SMS來指示應(yīng)當(dāng)使用療法。根據(jù)本發(fā)明的以及該預(yù)定SMS組中的這類預(yù)定SMS也包括只由腫瘤中SPARC表達(dá)的這些標(biāo)準(zhǔn)中的2-15個(gè)組成的SMS。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員將容易地認(rèn)識到，可通過其它系列的腫瘤進(jìn)行聚類分析來鑒定另外的預(yù)定SMS。本發(fā)明還提供了用于預(yù)測哺乳動物中的腫瘤對化學(xué)治療方案或其它適當(dāng)療法的響應(yīng)的試劑盒，其中包括a.利用第一抗SPARC抗體的免疫染色，其中第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色，和b.利用第二抗SPARC抗體的免疫染色，其中第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色。本發(fā)明還提供了預(yù)測對化學(xué)療法或其它適當(dāng)療法的響應(yīng)以及具有腫瘤的哺乳動物對于腫瘤進(jìn)展或因腫瘤而死亡是否低風(fēng)險(xiǎn)的方法，所述方法包括制備所述腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片以獲得SPARC微環(huán)境標(biāo)簽(SMQ，用第一抗SPARC抗體免疫染色腫瘤的組織學(xué)切片，其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色，用第二抗SPARC抗體對腫瘤的組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色，測定利用第一抗SPARC抗體對腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色，以及利用第二抗體對腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色，以及，如果存在預(yù)定SMS，則預(yù)測對化學(xué)療法的陽性響應(yīng)或者疾病進(jìn)展或死亡存在低風(fēng)險(xiǎn)。本發(fā)明還提供了預(yù)測哺乳動物內(nèi)的腫瘤對化學(xué)治療方案的響應(yīng)(包括定義為但不限于病理響應(yīng)、總體存活或無疾病進(jìn)展存活(progressionfreesurvival)的響應(yīng))的方法，包括用抗SPARC抗體對所述腫瘤的組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述抗SPARC抗體識別被MAB941單克隆抗體識別的表位，以及如果該抗SPARC抗體對組織學(xué)切片中的腫瘤細(xì)胞存在染色，則預(yù)測對所述化學(xué)治療方案的不良響應(yīng)。具體地，本發(fā)明提供了預(yù)測胰腺癌對化學(xué)治療方案的響應(yīng)的方法，其中所述化學(xué)治療方案包括施用白蛋白結(jié)合型納米顆粒紫杉醇和吉西他濱。本發(fā)明還提供了用于預(yù)測哺乳動物中的腫瘤對化學(xué)治療方案的響應(yīng)的方法，包括用識別被AF941多克隆抗體識別的免疫顯性表位(imunodominantepitope)的抗SPARC抗體對腫瘤的組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，以及如果該抗SPARC抗體對組織學(xué)切片中的腫瘤細(xì)胞有染色，則預(yù)測對所述化學(xué)治療方案的陽性響應(yīng)。具體地，本發(fā)明提供了預(yù)測腫瘤對化學(xué)治療方案的響應(yīng)的方法，其中所述化學(xué)治療方案包括施用白蛋白結(jié)合型納米顆粒紫杉醇和吉西他濱。由本發(fā)明提供的任何方法均包括其中所述哺乳動物為人患者的方法。幾個(gè)附圖視圖的概述圖1描述了由兩種不同抗SPARC抗體(單克隆(A)、多克隆(B))產(chǎn)生的SPARC免疫染色的不同模式。圖2描述了利用基于nab-紫杉醇的方案治療的、并且表達(dá)或不表達(dá)D染色模式的乳腺癌患者的存活曲線。圖3描述了來自乳腺癌患者的無疾病進(jìn)展存活(PFS)數(shù)據(jù)的K-均值聚類的熱圖。圖4A-C描述了反映TN㈧、ER(B)和I3R(C)狀態(tài)對乳腺癌的無疾病進(jìn)展存活(PFS)的影響的存活曲線。圖5描述了反映SMS(SPARC微環(huán)境標(biāo)簽)和TN狀態(tài)對乳腺癌的PFS的影響的存活曲線。圖6描述了反映SMS和ER狀態(tài)對乳腺癌的PFS的影響的存活曲線。圖7描述了反映SMS和I3R狀態(tài)對乳腺癌的PFS的影響的存活曲線。圖8描述了來自使用5個(gè)存活類別(survivalcategory)對乳腺癌患者的響應(yīng)數(shù)據(jù)的聚類的熱圖。圖9描述了來自使用2個(gè)存活類別對乳腺癌患者的響應(yīng)數(shù)據(jù)的聚類的熱圖。圖10描述了來自將患者分成良好預(yù)后和不良預(yù)后SMS組的胰腺癌PFS數(shù)據(jù)的K-均值聚類的熱圖。圖11描述了基于SMS的胰腺癌內(nèi)無疾病進(jìn)展存活(A)和總體存活(OS)(B)的存活曲線。圖12描述了基于CA19狀態(tài)的胰腺癌無疾病進(jìn)展存活(A)和總體存活⑴S)(B)的存活曲線。圖13描述了反映SMS和CA19狀態(tài)對胰腺癌PFS的影響的存活曲線。圖14描述了反映SMS和CA19對胰腺癌OS的影響的存活曲線。圖15描述了來自將患者分成良好和不良PFS組的黑素瘤患者PFS數(shù)據(jù)的K-均值聚類的熱圖。圖16描述了基于SMS的黑素瘤PFS(A)和總體存活(OS)⑶的存活曲線。發(fā)明詳述如本文中所使用的，術(shù)語“腫瘤”是指任何贅生性生長、增殖或細(xì)胞團(tuán)，無論是良性還是惡性的(癌性的)，無論是原發(fā)部位損傷還是轉(zhuǎn)移灶。如本文中所使用的，術(shù)語“癌癥”是指由對正常生長控制已失去易感性的細(xì)胞的增殖引起或表征的增殖性障礙。相同組織類型的癌癥通常源于相同組織，并且可基于它們的生物學(xué)特征而被分成不同亞型。癌癥的4個(gè)常見類型為癌(上皮組織衍生的)、肉瘤(結(jié)締組織或中胚層衍生的)、白血病(造血組織衍生的)和淋巴瘤(淋巴組織衍生的)。已知200多種不同類型的癌癥，身體的每一個(gè)器官和組織可被影響。癌癥的一些具體實(shí)例(不限制癌癥的定義)可包括黑素瘤、白血病、星形細(xì)胞瘤、膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤、淋巴瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、何杰金氏淋巴瘤和慢性淋巴細(xì)胞性白血病。可被不同癌癥影響的器官和組織的實(shí)例包括胰腺、乳腺、甲狀腺、卵巢、子宮、睪丸、前列腺、甲狀腺、垂體、腎上腺、腎、胃、食道或直腸、頭與頸、骨、神經(jīng)系統(tǒng)、皮膚、血液、鼻咽組織、肺、泌尿道、宮頸、陰道、外分泌腺和內(nèi)分泌腺。可選擇地，癌癥可以為多中心的或具有不明原發(fā)部位(CUPS)。如本文中所使用的，“癌細(xì)胞”是指已經(jīng)歷轉(zhuǎn)化事件并且其生長的調(diào)控不再達(dá)到與所述轉(zhuǎn)化事件之前相同的程度的細(xì)胞。如本文中所使用的，“藥劑”為可被施用給患者或測試受試者、能夠產(chǎn)生效應(yīng)的組合物。所述效應(yīng)可以是化學(xué)、生物或物理效應(yīng)，所述患者或測試受試者可以是人或非人動物例如嚙齒類動物或轉(zhuǎn)基因小鼠。所述組合物可包括合成制造的、自然界中發(fā)現(xiàn)的或部分合成來源的具有不同分子組成的小的有機(jī)或無機(jī)分子。該組中包括的是核苷酸、核酸、氨基酸、肽、多肽、蛋白質(zhì)或包含這類實(shí)體中至少一種的復(fù)合物。藥劑可由單獨(dú)的或與藥學(xué)上可接受的賦形劑組合的有效組合物組成。如本文中所使用的，“藥學(xué)上可接受的賦形劑”包括生理上相容的任何和所有溶劑、分散介質(zhì)、包衣、抗菌劑、抗微生物或抗真菌劑、等滲劑和吸收延遲劑等。賦形劑可適合于靜脈內(nèi)、腹膜內(nèi)、肌內(nèi)、硬膜內(nèi)或口服施用。賦形劑可包括無菌含水溶液或分散體，用于臨時(shí)制備無菌注射液或分散體。這類介質(zhì)用于制備藥劑的用途在本領(lǐng)域是已知的。如本文中所使用的，藥劑、藥物或療法的“有效量”或“藥理有效量”或“治療有效量”是指在施用后其在使用期間達(dá)到所遞送的藥劑、藥物或療法的治療水平的濃度的量。這可取決于遞送模式、劑量的時(shí)期、接受藥劑的受試者的年齡、體重、一般健康狀況、性別和飲食。確定何種劑量是“藥理有效量”需要在本領(lǐng)域普通技術(shù)人員的能力之內(nèi)的常規(guī)最優(yōu)化?；诮o定的治療方案殺死癌細(xì)胞或縮小腫瘤大小、降低總癌癥生長(即通過減少血管元件(angioelement))和/或抑制轉(zhuǎn)移的能力，可將癌癥或癌細(xì)胞描述為對該治療方案或化學(xué)治療劑“敏感”或“具有抗性”。對治療方案有抗性的癌細(xì)胞可能對所述方案不響應(yīng)并且可能繼續(xù)增殖。對治療方案敏感的癌細(xì)胞可對所述方案有響應(yīng)，從而導(dǎo)致細(xì)胞死亡、腫瘤大小的減小、總體生長(腫瘤負(fù)荷)減少或轉(zhuǎn)移的抑制。如本文中所使用的，“治療方案”或“療法”是指施用對癌細(xì)胞有害的至少一種試劑。按照本發(fā)明使用的適當(dāng)?shù)闹委煼桨赴ǖ幌抻凇盎瘜W(xué)治療方案”、“放射治療方案”、“替代治療方案”及其組合。如本文中所使用的，“化學(xué)療法”是指至少一種有害地破壞癌細(xì)胞的化學(xué)治療劑的施用。存在許多臨床醫(yī)生可獲得的這類化學(xué)治療劑?？梢砸詥未未髣┝?singlebolusdose)施用化學(xué)治療劑給受試者，或可以在一段時(shí)間內(nèi)以更小的劑量施用所述化學(xué)治療劑?？墒褂脝我换瘜W(xué)治療劑(單藥療法(single-agenttherapy))或可組合使用超過一種試劑(聯(lián)合治療(combinationtherapy)).可單獨(dú)使用化學(xué)療法來治療一些類型的癌癥。可選擇地，可將化學(xué)療法與其它類型的治療例如本文中描述的放射療法或替代療法(例如免疫療法)組合使用。此外，可將化學(xué)增敏劑與化學(xué)治療劑以聯(lián)合治療的方式施用。如本文中所使用的，“化學(xué)治療劑”或“抗癌藥”是指可用于治療癌癥并且通常具有直接殺死癌細(xì)胞的能力的藥劑。化學(xué)治療劑的實(shí)例包括烷化劑、抗代謝藥、天然產(chǎn)物、激素和拮抗劑以及混雜劑(miscellaneousagents)。備選名稱的實(shí)例示于括號內(nèi)。烷化劑的實(shí)例包括氮芥例如二氯甲基二乙胺、環(huán)磷酰胺、異環(huán)磷酰胺、美法侖(L-沙可來新)和苯丁酸氮芥；乙烯亞胺類和甲基蜜胺類例如六甲嘧胺和噻替派；烷基磺酸鹽例如白消安；亞硝基脲例如卡莫司汀(BCNU)、司莫司汀(甲基-CCNU)、洛莫司汀(CCNU)和鏈佐星(鏈脲霉素)；DNA合成拮抗劑例如磷酸雌莫司??；和三嗪例如達(dá)卡巴嗪(DTIC，二甲基-三azeno咪唑羧酰胺)和替莫唑胺。抗代謝藥的實(shí)例包括葉酸類似物例如甲氨蝶呤(氨甲蝶呤)；嘧啶類似物例如氟尿嘧啶(5-氟尿嘧啶，5-FU、5FU)、氟尿苷(氟脫氧尿苷，F(xiàn)UdR)、阿糖胞苷(胞嘧啶阿糖核苷)和吉西他濱；嘌呤類似物例如巰基嘌呤(6-巰基嘌呤，6-MP)、硫鳥嘌呤(6-硫鳥嘌呤，TG)和噴司他丁O’-脫氧助間型霉素，脫氧助間型霉素)、克拉屈濱和氟達(dá)拉濱；以及拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑例如安吖啶。天然產(chǎn)物的實(shí)例包括長春花生物堿類例如長春堿(VLB)和長春新堿；紫杉烷類例如紫杉醇和多西他賽(泰索帝)；表鬼白毒素例如依托泊苷和替尼泊苷；喜樹堿例如托泊替坎和伊立替康；抗生素例如更生霉素(放線菌素D)、柔紅霉素(道諾霉素，紅比霉素)、多柔比星、博來霉素、絲裂霉素(絲裂霉素C)、伊達(dá)比星、表柔比星；酶例如L-天冬酰胺酶；和生物反應(yīng)調(diào)節(jié)劑(biologicalresponsemodifier)例如干擾素α和白細(xì)胞介素2。激素和拮抗劑的實(shí)例包括促黃體釋放激素(luteinisingreleasinghormone)激動劑例如布舍瑞林；腎上腺皮質(zhì)類固醇例如潑尼松和相關(guān)制劑；孕激素例如己酸羥孕酮、醋酸甲羥孕酮和醋酸甲地孕酮；雌激素例如二乙基己烯雌酚和炔雌醇以及相關(guān)制劑；雌激素拮抗劑例如他莫昔芬和阿那曲唑；雄激素例如丙酸睪酮和氟甲睪酮以及相關(guān)制劑；雄激素拮抗劑例如氟他胺和比卡魯胺；和促性腺激素-釋放激素類似物例如亮丙瑞林?；祀s劑的實(shí)例包括沙立度胺；鉬配位絡(luò)合物例如順鉬(順-DDP)、奧沙利鉬和卡鉬；蒽二酮類例如米托蒽醌；取代的脲類例如羥基脲；甲基胼衍生物例如丙卡巴胼(N-甲基胼，MIH)；腎上腺皮質(zhì)抑制劑例如米托坦(0，p’-DDD)和氨魯米特；RXR激動劑例如貝沙羅??；和酪氨酸激酶抑制劑例如伊馬替尼。此類藥物的備選名稱和商品名稱以及化學(xué)治療劑的其它實(shí)例和它們的使用方法(包括給藥和施用方案)對于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員來說是已知的。具體地，按照本發(fā)明使用的適當(dāng)?shù)幕瘜W(xué)治療劑包括但不限于納米顆粒白蛋白結(jié)合型紫杉醇。Abraxane，也稱為ABI-007，是一種優(yōu)選的化學(xué)治療劑。Abraxane為紫杉醇的白蛋白-納米顆粒制劑。當(dāng)利用鹽水重建時(shí)，使用白蛋白納米顆粒作為媒介物導(dǎo)致膠體形成?；谂R床研究，已知Abraxane的使用具有與Taxol相比較有所減少的超敏反應(yīng)的特征。因此，術(shù)前用藥法(premedication)對于接受Abraxane的患者不是必需的。白蛋白-納米顆粒制劑的其它有利方面是通過排除毒性乳化劑，有可能以比對于Taxol可能采用的間隔更頻繁的間隔施用更高劑量的紫杉醇。由于(i)更高的可耐受劑量(300mg/m2)、(ii)更長的半衰期、(iii)延長的局部腫瘤可獲得性和/或(iv)持續(xù)的體內(nèi)釋放Abraxane，存在實(shí)體瘤中看到增強(qiáng)功效的潛能。陽性響應(yīng)被定義為包括但不限于病理響應(yīng)(腫瘤大小或負(fù)荷的減小)、總體存活或無疾病進(jìn)展存活，如由度量方式至少5%，優(yōu)選至少10%，更優(yōu)選至少15%，更優(yōu)選至少20%，最優(yōu)選至少25%或更多的提高顯示的?？蛇x擇地，該度量方式顯示與無替代療法或替代療法之前相比較有統(tǒng)計(jì)上顯著的量的提高。陰性響應(yīng)包括但不限于病理進(jìn)展、總存活或無疾病進(jìn)展存活減小。如本文中所使用的，術(shù)語“放射治療方案”或“放射療法”是指殺死癌細(xì)胞的輻射的施用。輻射與細(xì)胞內(nèi)的各種分子相互作用，但導(dǎo)致細(xì)胞死亡的主要靶為脫氧核糖核酸(DNA)。然而，放射療法通常還導(dǎo)致對細(xì)胞膜和細(xì)胞核膜或其它細(xì)胞器的損傷。DNA損傷通常包括糖-磷酸主鏈的單鏈和雙鏈斷裂。此外，存在DNA與蛋白質(zhì)的交聯(lián)，這可破壞細(xì)胞功能。取決于輻射的類型，DNA損傷的機(jī)制可變化，相對生物有效性同樣地也可變化。例如，重粒子(即質(zhì)子、中子)直接破壞DNA并且具有更大的相對生物有效性。電磁場輻射通過主要由細(xì)胞水的電離產(chǎn)生的短壽命羥基自由基導(dǎo)致間接電離作用。輻射的臨床應(yīng)用由外線束輻射(來自外部來源)和距離放射療法(brachytherapy)(使用植入或插入患者的輻射源)組成。外線束輻射由X射線和/或Y射線組成，而距離放射療法應(yīng)用衰變并且發(fā)射α粒子或β粒子以及射線的放射性核。還可將放射療法與化學(xué)療法組合使用，其中化學(xué)治療劑用作放射增敏劑。適合于個(gè)體患者的放射療法的具體選擇可由進(jìn)行護(hù)理的本領(lǐng)域技術(shù)人員通過考慮癌癥的組織和分期來確定。如本文中所使用的，術(shù)語“替代治療方案”或“替代療法”可包括例如生物反應(yīng)調(diào)節(jié)劑(包括多肽、碳水化合物和脂質(zhì)生物響應(yīng)調(diào)節(jié)劑)、毒素、凝集素、抗血管生成因子、受體酪氨酸激酶抑制劑(例如IreSSaTM(吉非替尼)、Tarceva(埃羅替尼)、ErbitUX(西妥昔單抗)、伊馬替尼甲磺酸鹽(Gleevec)、蛋白體抑制劑(例如硼替佐米，Velcade)；VEGFR2抑制劑例如PTK787(ZK222584)、極光激酶抑制劑(例如ΖΜ447439)；雷帕霉素的哺乳動物靶(mTOR)抑制劑、環(huán)加氧酶-2(C0X-2)抑制劑、雷帕霉素抑制劑(例如西羅莫司，Rapamime)；法呢?；D(zhuǎn)移酶抑制劑(例如替吡法尼，Zarnestra)；基質(zhì)金屬蛋白酶抑制劑(例如BAY12-9566；硫酸化多糖tecogalan)；血管生成抑制劑(例如Avastin(貝伐單抗)；夫馬潔林(fumagillin)的類似物例如TNP-4；羧胺三唑；BB-94和BB-2516；沙立度胺；白細(xì)胞介素-12；利諾胺；肽片段；以及針對血管生長因子和血管生長因子受體的抗體)；血小板衍生生長因子受體抑制劑、蛋白激酶C抑制劑、絲裂原活化激酶(mitogen-activatedkinase)抑制劑、絲裂原活化蛋白激酶激酶抑制劑、勞斯肉瘤病毒轉(zhuǎn)化癌基因(SRC)抑制劑、組蛋白脫乙酰基酶抑制劑、小低氧誘導(dǎo)因子抑制劑、hedgehog抑制劑和TGF-β信號轉(zhuǎn)導(dǎo)抑制劑。此外，也可在替代治療方案中考慮使用免疫治療劑。實(shí)例包括趨化因子、化學(xué)趨向素(chemotaxin)、細(xì)胞因子、白細(xì)胞介素或組織因子。適當(dāng)?shù)拿庖咧委焺┻€包括含血清或Y球蛋白的預(yù)先形成抗體；非特異性免疫刺激佐劑；活性特異性免疫療法；和過繼免疫療法。此外，替代療法可包括其它基于生物學(xué)的化學(xué)實(shí)體，例如多核苷酸，包括反義分子、多肽、抗體、基因療法載體等?？蓪⒋祟愄娲委焺﹩为?dú)或組合或與本文中描述的其它治療方案組合施用。替代治療方案中使用的此類試劑的備選名稱和商品名稱以及替代治療方案中使用的其它實(shí)例和它們的使用方法(包括給藥和施用方案)對于本領(lǐng)域醫(yī)生來說是已知的。此外，在聯(lián)合療法的替代治療方案中使用化學(xué)治療劑和其它試劑的方法(包括給藥和施用方案)對于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員來說也是已知的。具體地，適當(dāng)?shù)奶娲委煼桨赴ǖ幌抻卺槍Π┘?xì)胞表面上的分子的抗體，例如針對Her2(例如，曲妥珠單抗)、EGF或EGF受體、VEGF(例如，貝伐珠單抗)或VEGF受體CD20等的抗體。治療劑還包括介導(dǎo)補(bǔ)體激活、細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性、誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡、誘導(dǎo)細(xì)胞死亡和調(diào)理中的一個(gè)項(xiàng)或多項(xiàng)的任何抗體或抗體片段。例如，這樣的抗體片段可以是完整或部分Fc結(jié)構(gòu)域。如本文中所使用的，術(shù)語“組織學(xué)切片”是指適合用于封固在顯微鏡載玻片上并且利用任何適當(dāng)?shù)姆桨溉旧慕M織樣品薄切片。如本文中所使用的，“對組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色”是指因抗體與作為細(xì)胞內(nèi)基質(zhì)的細(xì)胞組分結(jié)合而產(chǎn)生的組織學(xué)切片的細(xì)胞和細(xì)胞內(nèi)基質(zhì)的染色。如本文中所使用的，為了“顯著(predominantly)”或“優(yōu)先(preferentially)，，染色某一結(jié)構(gòu)(例如，癌細(xì)胞優(yōu)先于成纖維細(xì)胞)，組織學(xué)切片中被優(yōu)先染色的結(jié)構(gòu)的免疫染色應(yīng)當(dāng)具有通過病理學(xué)家利用任何適當(dāng)?shù)南到y(tǒng)分級的強(qiáng)度，例如當(dāng)由本領(lǐng)域普通技術(shù)人員利用顯微鏡觀察時(shí)為3/3，同時(shí)所有其它結(jié)構(gòu)染色只具有1/3的強(qiáng)度或顯示0/3(無染色)。如本文中所使用的，術(shù)語“表位”是指被抗體結(jié)合的三維結(jié)構(gòu)，特別地被抗體靶向13的氨基酸序列。如本文中所使用的，術(shù)語“被MAB941單克隆抗體識別的表位”是指被MAB941單克隆抗體結(jié)合的SPARC的氨基酸序列。(SPARC單克隆抗體(R&DSystems,Minneapolis,MN)，目錄號MAB941)。如本文中所使用的，“免疫顯性表位”是指被多克隆抗血清中的抗體以最大集合親合力(collectiveavidity)結(jié)合的三維結(jié)構(gòu)。具體地，表位在利用該多克隆抗血清的免疫染色方案中負(fù)責(zé)染色模式。如本文中所使用的，術(shù)語“被AF941多克隆抗體識別的免疫顯性SPARC表位”是指發(fā)現(xiàn)AF941多克隆抗血清對其有最大親合力的SPARC肽和氨基酸序列。因此，對這類SPARC肽和氨基酸序列的結(jié)合和染色導(dǎo)致大部分被觀察到的免疫染色。(SPARC多克隆抗體(R&DSystems,Minneapolis,MN)，目錄號AF941)?！翱贵w”意指但不限于單克隆抗體、多克隆抗體、二聚體、多聚體、多特異性抗體(例如，雙特異性抗體)。抗體可以是鼠、人、人源化、嵌合抗體或來源于其它物種?？贵w為由免疫系統(tǒng)產(chǎn)生的蛋白質(zhì)，其能夠識別并且結(jié)合特定抗原。靶抗原通常具有被多個(gè)抗體上的CDR識別的多個(gè)結(jié)合位點(diǎn)，也稱為表位。特異性結(jié)合不同表位的每一種抗體具有不同的結(jié)構(gòu)。因此，一種抗原具有超過一種相應(yīng)的抗體?？贵w包括全長免疫球蛋白分子或全長免疫球蛋白分子的免疫學(xué)活性部分，即包含免疫特異性結(jié)合目標(biāo)靶的抗原或其部分的抗原結(jié)合部位的分子。靶包括癌細(xì)胞或產(chǎn)生與自身免疫疾病相關(guān)的自身免疫抗體的其它細(xì)胞。本文中公開的免疫球蛋白可以是免疫球蛋白分子的任何類別(例如，IgG、IgE、IgM、IgD和IgA)或亞類(例如，IgGUIgG2、IgG3、IgG4、IgAl和IgA2)。免疫球蛋白可來源于任何物種?！翱贵w片段”包括全長抗體的一部分，其保持期望的生物活性?！翱贵w片段”通常為抗原結(jié)合部分或其可變區(qū)?？贵w片段的實(shí)例包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段；雙體；線性抗體；由Fab表達(dá)文庫產(chǎn)生的片段、抗獨(dú)特型(抗-Id)抗體、CDR(互補(bǔ)決定區(qū))和任何上述抗體的表位結(jié)合片段，其免疫特異性結(jié)合癌細(xì)胞抗原、病毒抗原或微生物抗原，單鏈抗體分子；和從抗體片段形成的多特異性抗體。本文中提及的單克隆抗體明確地包括“嵌合”抗體，其中重鏈和/或輕鏈的一部分與源自特定物種的抗體或?qū)儆谔囟贵w類或亞類的抗體中的相應(yīng)序列相同或同源，而鏈的其余部分與源自另一物種的抗體或?qū)儆诹硪豢贵w類或亞類的抗體中的相應(yīng)序列相同或同源，以及此類抗體的片段，只要它們顯示需要的生物活性(美國專利No.4，816，567)。本文中的目標(biāo)嵌合抗體包括“靈長類源化的(primatized)，，抗體，其包含源自非人靈長類動物(例如，舊大陸猴或猿猴)的可變結(jié)構(gòu)域抗原結(jié)合序列和人恒定區(qū)序列。“抗體依賴性的細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性”和“ADCC”是指細(xì)胞介導(dǎo)的反應(yīng)，其中表達(dá)Fc受體(FcR)的非特異性細(xì)胞毒性細(xì)胞(例如，天然殺傷(NK)細(xì)胞、嗜中性白細(xì)胞和巨噬細(xì)胞)識別靶細(xì)胞上的結(jié)合抗體，隨后引起靶細(xì)胞裂解。介導(dǎo)ADCC的主要細(xì)胞即NK細(xì)胞僅表達(dá)Fe.^1111，而單核細(xì)胞表達(dá)!7(^11、？(^111和？(^1111。為了測定目標(biāo)分子的ADCC活性，可以進(jìn)行體外ADCC測定(美國專禾IjNo.5，003，621；美國專利No.5，821，337)。用于此類測定的有用的效應(yīng)細(xì)胞包括外周血單個(gè)核細(xì)胞(PBMC)和天然殺傷(NK)細(xì)胞?！罢T導(dǎo)細(xì)胞死亡”的抗體為引起活細(xì)胞變成不存活的抗體。可以在補(bǔ)體和免疫效應(yīng)細(xì)胞不存在的情況下測定體外細(xì)胞死亡，以區(qū)分由抗體依賴性的細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性(ADCC)或補(bǔ)體依賴細(xì)胞毒性(CDC)誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡。因此，可以使用熱滅活的血清(即，在補(bǔ)體不存在的情況下)和在免疫效應(yīng)細(xì)胞不存在的情況下進(jìn)行細(xì)胞死亡的測定。為了測定抗體是否能夠誘導(dǎo)細(xì)胞死亡，可以測定相對于未處理的細(xì)胞而言膜完整性的喪失，這可以通過碘化丙啶(PI)、臺盼藍(lán)或7AAD的攝取來評價(jià)。細(xì)胞死亡誘導(dǎo)性抗體是在PI攝取測定中誘導(dǎo)BT474細(xì)胞攝取PI的那些抗體?！罢T導(dǎo)細(xì)胞凋亡”的抗體是誘導(dǎo)程序性細(xì)胞死亡的抗體，如通過膜聯(lián)蛋白V的結(jié)合、DNA的片段化、細(xì)胞皺縮、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膨脹、細(xì)胞片段化和/或膜囊泡(稱作凋亡小體)的形成來測定。如本文中所使用的，“化學(xué)增敏劑”或“致敏物質(zhì)”為可增強(qiáng)化學(xué)治療劑、放射治療或替代治療方案的療效，從而增強(qiáng)這樣的治療或試劑的功效的藥劑。也可在動物例如人或嚙齒類動物中通過例如在一段時(shí)間內(nèi)測量腫瘤大小、腫瘤負(fù)荷或轉(zhuǎn)移灶的發(fā)病率來測量腫瘤或癌細(xì)胞對治療的敏感性或抗性。例如，對于人進(jìn)行約2、約3、約4或約6個(gè)月，對于小鼠進(jìn)行約2-4、約3-5或約4-6周。如果與在這樣的組合物或方法不存在的情況下的治療敏感性或抗性相比較，治療敏感性增加或抗性減小達(dá)到約10%或更高，例如約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%或更高或約為2倍、約為3倍、約為4倍、約為5倍、約為10倍、約為15倍、約為20倍或更多，則所述組合物或治療方法可增加腫瘤或癌細(xì)胞對治療性治療的反應(yīng)敏感性。測定對治療性治療的敏感性或抗性在本領(lǐng)域是常規(guī)的，并且在本領(lǐng)域普通技術(shù)人員的能力范圍之內(nèi)。術(shù)語“肽”、“多肽”和“蛋白質(zhì)”可互換使用，意指由通過肽鍵或經(jīng)修飾的肽鍵例如肽等排物(P印tideisostere)(經(jīng)修飾的肽鍵)(其可為肽提供額外的期望的性質(zhì)例如增加半衰期)共價(jià)連接的至少兩個(gè)氨基酸殘基組成的化合物。肽可包括至少兩個(gè)氨基酸。本文中描述的包含氨基酸的肽或蛋白質(zhì)還可通過天然過程例如翻譯后加工或通過本領(lǐng)域公知的化學(xué)修飾技術(shù)進(jìn)行進(jìn)一步修飾。修飾可在肽中的任何地方發(fā)生，包括肽主鏈、氨基酸側(cè)鏈和氨基或羧基末端。應(yīng)理解，相同類型的修飾可以以相同或不同的程度存在于給定肽的若干位置上。可利用本領(lǐng)域普通技術(shù)人員已知的任何適當(dāng)方法制備組織陣列并且對其進(jìn)行染色。例如，可排列來自福爾馬林固定的、石蠟包埋的腫瘤塊的組織核心(每塊2個(gè)來自最具代表性的區(qū)域的核心)(BeecherInstruments,SilverSpring,Md)以產(chǎn)生各自測量為2.Omm的核心的組織微陣列并且將其置于帶正電荷的載玻片上。隨后將具有樣品的載玻片置于60°C烘箱中進(jìn)行1小時(shí)，冷卻，通過二甲苯脫蠟和通過梯度乙醇溶液至水對其再水化。將所有載玻片于3%過氧化氫水溶液中猝滅5分鐘以封閉內(nèi)源過氧化物酶?？衫萌魏芜m當(dāng)?shù)募夹g(shù)例如加熱法(其中將樣品置于檸檬酸溶液，PH6.1(編號S1699，Dako,Carpinteria,Calif)中于94°C(使用蔬菜蒸籠(vegetablesteamer))下進(jìn)行20分鐘，然后冷卻15分鐘)來進(jìn)行抗原修復(fù)。隨后將載玻片置于DakoAutostainer免疫染色系統(tǒng)上以用于利用適當(dāng)?shù)目贵w進(jìn)行的免疫組織化學(xué)。該方法基于如下物質(zhì)的連續(xù)施用(1)抗待定位的抗原的一抗，⑵生物素化的連接抗體，⑶綴合有酶的鏈霉抗生物素蛋白和⑷底物色素原(DAB)。隨后在Richard-Allan蘇木精(Kalamazoo，Mich)中對載玻片進(jìn)行復(fù)染，通過梯度乙醇溶液脫水，然后蓋上蓋玻片?？墒褂帽绢I(lǐng)域普通技術(shù)人員已知的任何適當(dāng)?shù)姆桨高M(jìn)行2-色雙免疫染色。例如，可以以4μπι切割石蠟包埋的組織塊，將其置于帶正荷的載玻片上，但不限于此。隨后將具有樣品的載玻片置于60°C烘箱中進(jìn)行1小時(shí)，冷卻，通過二甲苯脫蠟和通過梯度乙醇溶液至水對其再水化。將所有載玻片于3%過氧化氫水溶液中猝滅5分鐘以封閉內(nèi)源過氧化物酶?？衫帽绢I(lǐng)域普通技術(shù)人員已知的任何適當(dāng)?shù)姆桨高M(jìn)行抗原修復(fù)。例如利用加熱法，其中將樣品置于檸檬酸溶液(PH6.1)中于94°C(使用蔬菜蒸籠)進(jìn)行25分鐘(與對于先前提及的單一抗體的20分鐘相比較)，隨后冷卻15分鐘。隨后將載玻片置于DakoAutostainer免疫染色系統(tǒng)上以用于免疫組織化學(xué)。將第一一抗在室溫下溫育30分鐘。將檢測系統(tǒng)EnVision+duallink(Dak0，編號K4061)溫育30分鐘。最后，加入DAB色素原。在應(yīng)用第二一抗前，加入無血清的蛋白質(zhì)封閉劑(Dako，編號X0909)以使本底和一抗之間的交叉反應(yīng)降至最低。將第二一抗在室溫下溫育1小時(shí)。再將EnVision+duallink(Dako,codeK4061)用作檢測系統(tǒng)，并且溫育30分鐘。可將NovaRED(VectorLaboratories，Burlingame，Calif)與第二一抗一起使用以便可容易地區(qū)分由所述兩種抗體產(chǎn)生的染色。隨后在Richard-Allan蘇木精中對載玻片進(jìn)行復(fù)染，通過梯度乙醇溶液脫水，蓋上蓋玻片?？墒褂媒M織微陣列測定腫瘤和成纖維細(xì)胞SPARC染色的正確分布來鑒定適當(dāng)?shù)目筍PARC抗體?？墒褂猛ㄟ^本領(lǐng)域已知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)制備的單克隆和多克隆抗體。nj^ffiBeecherInstrumentsMicroTissueArrayergitW一式二份重復(fù)的0.6-mm核心的組織微陣列。可從完成的陣列塊切割4微米厚的切片，將其轉(zhuǎn)移至硅烷化的載玻片上。隨后可用蘇木精和伊紅對來自這些陣列的切片進(jìn)行染色以估計(jì)適合性。微波抗原修復(fù)可由將載玻片在高壓鍋(pressurecooker)(NordicWare)中置于IOmM檸檬酸鹽緩沖液(pH6.0)中和以大功率進(jìn)行微波加熱直至緩沖液在壓力下沸騰4分鐘組成。此時(shí)，終止微波加熱，將載玻片在高壓鍋內(nèi)再溫育20分鐘，之后將它們?nèi)〕?，進(jìn)行漂洗。蛋白酶抗原修復(fù)由按照提供商推薦的方案在蛋白酶-1溶液(Ventana)中進(jìn)行的4分鐘溫育組成。還可使用本領(lǐng)域已知的標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行表位作圖。例如，使用hingAntibodiesbyEdHarlow禾口DavidLane.ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY，USA，1999(通過將其引用整體并入本文)的第11章“EpitopeMapping”的方案。通過對表位作圖，可利用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)容易地產(chǎn)生表位特異性抗體。用于確定SPARC微環(huán)境標(biāo)簽(SMQ的方法是利用第一抗SPARC抗體(其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色)和利用第二抗SPARC抗體(其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色)對腫瘤的組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色。利用兩種不同的抗體測定SPARC表達(dá)的七個(gè)組分腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)(間質(zhì))、血管、神經(jīng)和其它正常解剖組織。測定每一個(gè)視野內(nèi)染色細(xì)胞的百分比、染色強(qiáng)度(0-4)和腫瘤的每一個(gè)組分的評分(因變量)(每患者的總變量7個(gè)組分χ2種抗體χ3個(gè)評分=42個(gè)被評分變量)。評分組合了陽性細(xì)胞％和染色強(qiáng)度。如果沒有細(xì)胞或沒有組分被陽性染色則評分為負(fù)數(shù)。如果少于10%的細(xì)胞為陽性(無論染色強(qiáng)度如何)，強(qiáng)度為2+或更小并且少于20%的細(xì)胞為陽性，或強(qiáng)度為1+并且少于30%的細(xì)胞為陽性，則評分為“弱陽性”。如果強(qiáng)度為4+并且10-40%的細(xì)胞為陽性，強(qiáng)度為3+并且10-50%的細(xì)胞為陽性，強(qiáng)度為2+并且20-70%的細(xì)胞為陽性，或強(qiáng)度為4+或更小并且10-40%的細(xì)胞為陽性，或強(qiáng)度為1+或更小并且超過30%的細(xì)胞為陽性，則評分為“中等陽性”。如果強(qiáng)度為4+并且超過40%的細(xì)胞為陽性，或強(qiáng)度為3+并且超過50%的細(xì)胞為陽性，強(qiáng)度為2+并且超過70%的細(xì)胞為陽性，則評分為“強(qiáng)陽性”。使用Elementspring軟件組中的聚類程序和Nexus陣列分析程序挖掘該數(shù)據(jù)。此外，對于聚類分析顯示對各種結(jié)果參數(shù)區(qū)分力較差的參數(shù)，測定ANOVA或t-檢驗(yàn)(未成對的)統(tǒng)計(jì)。層次聚類為廣泛使用的數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)，其提供了數(shù)據(jù)的良好‘一遍通過(firstpass)’分析。其包括反復(fù)使用幾個(gè)技術(shù)之一，從一個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)(即，測量的參數(shù)值)或“要素”開始，然后將要素與它們的最接近的鄰居組合，逐漸建立簇(cluster)和簇聯(lián)合(association)0最終結(jié)果為層次樹(hierarchicaltree)(例如，圖3)。各簇之間的距離由它們的平均表達(dá)模式之間的距離確定。以為所有生物學(xué)家熟悉和容易理解的層次樹或系統(tǒng)樹圖的形式產(chǎn)生了簇的可視展現(xiàn)。這種樹結(jié)構(gòu)使得可容易地視覺上看出要素或要素組之間的表達(dá)模式的相似程度如何。非層次聚類技術(shù)將N個(gè)要素歸類至K個(gè)簇中。兩個(gè)具體實(shí)例為K-均值聚類(K-Meansclustering)和自組織地圖(SelfOrganizingMaps)。K-均值聚類始于預(yù)定(K)數(shù)目的簇，或“質(zhì)心”，并且包括3步驟過程。第一，將各要素隨機(jī)分配至質(zhì)心。第二，隨后計(jì)算平均的簇間和簇內(nèi)距離。最后，將要素從一個(gè)簇移至另一個(gè)簇。重復(fù)步驟2和3直至簇內(nèi)距離最小化和簇間距離最大化，這通常導(dǎo)致K個(gè)圓形簇。將新要素分類在具有最接近的質(zhì)心的簇中。質(zhì)心是簇中所有點(diǎn)的平均值。K-均值聚類擅長于在其中組的數(shù)目已知時(shí)對要素進(jìn)行聚類。例如，可按照K-均值聚類來分析包含癌性和非癌性組織的數(shù)據(jù)集以鑒定2組基因因癌癥而改變的基因和未改變的基因。通過神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)將節(jié)點(diǎn)反復(fù)作圖至η維“要素空間”來產(chǎn)生自組織地圖(SOM)。該技術(shù)整合了現(xiàn)有知識，因?yàn)樵诜治鲋百x予了部分結(jié)構(gòu)(必須分配簇的數(shù)目和維數(shù))。隨后，產(chǎn)生隨機(jī)向量，將其加至每一個(gè)節(jié)點(diǎn)。然后，計(jì)算向量與隨機(jī)選擇的基因之間的距離。更新離所述基因最接近的向量，使其更象要素的向量。重復(fù)該方法數(shù)千次直至不能再產(chǎn)生變化。該方法將高維要素空間轉(zhuǎn)變成更易操縱和更易理解的某種東西。SPARC微環(huán)境標(biāo)簽(SMQ意指利用兩種抗SPARC抗體的染色模式，如通過每一種抗體的免疫染色的組織學(xué)定位、強(qiáng)度和頻率所顯示的。關(guān)于“聚類”，其意指使用任何適當(dāng)?shù)木垲惙椒ɑ赟MS的臨床結(jié)果而將SMS分組和鑒定有助于區(qū)分一組與另一組的SMS組分。適當(dāng)?shù)姆椒òɡ鏚-均值、自組織地圖和層次聚類(其全都可利用本領(lǐng)域普通技術(shù)人員已知的商購可得的軟件來進(jìn)行)?！百|(zhì)心”是確定聚類組的參數(shù)范圍。在本申請中，其明確地是指區(qū)分不同SMS組的SMS組分值，例如，用于分類為“應(yīng)答者”的標(biāo)準(zhǔn)。分配至結(jié)果組是確定哪個(gè)質(zhì)心最好地代表可獲得的確定你所屬組的數(shù)據(jù)的方法。雖然所有聚類技術(shù)在某些條件下很出色，但它們也具有局限性，這對本領(lǐng)域普通技術(shù)人員來說是已知的。例如，層次聚類對可能反映或不反映現(xiàn)實(shí)性的數(shù)據(jù)賦予剛性關(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)(rigidrelationalstructure)。K-均值聚類和SOM產(chǎn)生需要預(yù)定數(shù)目的簇。這在某些情況下十分合適，但對于完全未知的探索性數(shù)據(jù)分析如確定基因關(guān)系而言，不能事先確定簇的適當(dāng)數(shù)目。K-均值聚類具有另外的局限性，即其產(chǎn)生相當(dāng)圓的簇，從而導(dǎo)致不能準(zhǔn)確地鑒定封閉的或具有幾何形狀的簇。最后，雖然聚類分析顯示了要素組之間的聯(lián)系，但不能得出關(guān)于簇內(nèi)各要素之間關(guān)系(例如作用的方向)的結(jié)論。減少要素的數(shù)目是一個(gè)重要的步驟，理想地在可應(yīng)用上述分類方法之前進(jìn)行該步驟。應(yīng)當(dāng)進(jìn)行該步驟以保持盡可能多的判別信息來提高學(xué)習(xí)精度(learningaccuracy)0正確定義的要素應(yīng)當(dāng)對于相同類別的所有樣品具有相同的表達(dá)模式，并且對于屬于不同類別的樣品具有不同的表達(dá)模式。用于類別預(yù)測的“最接近收縮質(zhì)心(nearestshrunkencentroid)”法使用“縮小的”質(zhì)心作為每一個(gè)類別的原型，并且鑒定最佳地表征每一個(gè)類別的要素亞組。所述方法通過與閾值比較而將每一個(gè)類別質(zhì)心向所有類別的總體質(zhì)心收縮。該收縮通過消除噪音要素的作用而使得分類更準(zhǔn)確，因此自動地選擇要素。將新樣品的要素特征與這些類別質(zhì)心的每一個(gè)相比較。以平方距離最接近其質(zhì)心的類別為該新樣品的預(yù)測的類別。在選擇用于分類的適當(dāng)要素中要考慮兩個(gè)因素類別內(nèi)的距離和類別之間的距離。當(dāng)同一類別內(nèi)的所有樣品的要素水平相當(dāng)一致(具有小的變化)，但在不同類別的樣品之間極不相同時(shí)，該要素被認(rèn)為是分類的良好候選者?；蚓哂胁煌悇e的判別信息。在最接近收縮質(zhì)心法中，進(jìn)一步考慮類別內(nèi)的變化以測量類別內(nèi)基因的良好度(goodness)。將類別質(zhì)心與要素的總體質(zhì)心之間的差異除以每一個(gè)類別中的差異，以給具有更小差異的要素提供更大的權(quán)重。將閾值用于所得的標(biāo)準(zhǔn)化類別質(zhì)心差異。如果其對于所有類別均較小，則將其設(shè)置為0，這意味著消除了所述要素。這樣可減少用于最終預(yù)測模型的要素?cái)?shù)目?？蓪㈥P(guān)聯(lián)法則用于鑒定要素之間的關(guān)系、基因與幾個(gè)其它組要素之間的關(guān)系，并且最終可指示特定的治療作用。第一步驟是離散化數(shù)據(jù)并且將其轉(zhuǎn)變成布爾或第三記法(tertiarynotation)。隨后建立截?cái)嘀?，針對該值將?shù)據(jù)歸類為上調(diào)或下調(diào)。具有高于此截?cái)嘀档臄?shù)值的被上調(diào)基因被分配數(shù)值‘1’。具有低于該截?cái)嘀档臄?shù)值的被下調(diào)基因被分配數(shù)值‘0’。可選擇地，可分配兩個(gè)截?cái)嘀?，并且可將基因歸類為被上調(diào)的(并且分配數(shù)值1)、被下調(diào)的(并且分配數(shù)值-1)或未改變(并且分配數(shù)值0)?？墒褂醚苌梢种苿┑娜魏芜m當(dāng)劑量，例如，以約5mg/kg至約15mg/kg的劑量施用阿瓦斯丁，給藥周期為至少1周。疏水性化學(xué)治療劑具有為1.0或更少，優(yōu)選2.0或更少，最優(yōu)選5.0或更少的HLB(HLB為親水/親脂平衡數(shù))，包括例如藥劑埃博霉素(Epothilone)、多西他賽、紫杉醇。微管抑制劑例如紫杉烷類包括埃博霉素、多西他賽、紫杉醇及其組合?！捌浣M合”是指包括超過一種藥物例如多西他賽和紫杉醇的劑型的施用以及連續(xù)的、但時(shí)間上分開的埃博霉素、多西他賽和紫杉醇施用(例如，在一個(gè)周期中使用多西他賽，并且在下一個(gè)周期中使用紫杉醇)。特別優(yōu)選的化學(xué)治療劑包括蛋白質(zhì)結(jié)合藥物的顆粒，包括但不限于，其中組成蛋白質(zhì)結(jié)合藥物顆粒的蛋白質(zhì)包括白蛋白，包括其中超過50%的化學(xué)治療劑以納米顆粒形式存在。最優(yōu)選地，所述化學(xué)治療劑包括白蛋白結(jié)合型紫杉醇的顆粒，例如Abraxane。適當(dāng)?shù)募{米顆粒制劑不限于以納米顆粒形式包含至少約50%活性劑的那些制劑。其它適當(dāng)?shù)募{米顆粒制劑包含至少約60%，優(yōu)選至少約70%，更優(yōu)選至少約80%，或更優(yōu)選至少約90%的以納米顆粒形式存在的活性劑。此外，這樣的納米顆粒制劑可最優(yōu)選包含至少約95%至至少約98%的以納米顆粒形式存在的活性劑。Her2陽性乳腺癌的適當(dāng)療法還包括含有6個(gè)周期的下述處理的方案在每一個(gè)觀天的周期的第1、8、15天以125mg/m2施加新輔助療法(neoadjuvant)nab-紫杉醇、在每一個(gè)28天的周期的第1天施加卡鉬AUC6；以％ig/kg負(fù)荷施用曲妥珠單抗，然后以ang/kg/wk施用曲妥珠單抗和以5mg/kg/wk施用貝伐珠單抗；然后手術(shù)去除原發(fā)性腫瘤；以及術(shù)后治療有效量的曲妥珠單抗和貝伐珠單抗，進(jìn)行52周。Her2陰性乳腺癌的適當(dāng)療法包括例如，術(shù)前療法，包括利用nab-紫杉醇(175mg/m2)、吉西他濱QOOOmg/m2)和表柔比星(50mg/m2)的6個(gè)14天周期；然后手術(shù)去除；以及術(shù)后療法，包括G個(gè)14天的周期)和nab-紫杉醇(220mg/m2)+吉西他濱(2000mg/m2)。下列實(shí)施例進(jìn)一步舉例說明本發(fā)明，但當(dāng)然不應(yīng)當(dāng)被解釋為以任何方式限制其范圍。實(shí)施例1本研究的目的是評估腫瘤微環(huán)境中哪一種SPARC同種型和功能負(fù)責(zé)患者的結(jié)果，以及特別地確定SPARC免疫染色的模式與利用納米顆粒白蛋白結(jié)合型(nab)紫杉醇(即，Abraxane)的患者結(jié)果之間是否存在相關(guān)性。nab-紫杉醇可利用白蛋白運(yùn)輸?shù)膬?nèi)源途徑來進(jìn)入腫瘤細(xì)胞，包括內(nèi)源細(xì)胞gp60-白蛋白受體運(yùn)輸和結(jié)合由腫瘤分泌的SPARC。頭頸癌的初始臨床前研究和小型回顧性臨床研究表明腫瘤組織內(nèi)增加的內(nèi)源SPARC可預(yù)測對nab-紫杉醇治療的有利響應(yīng)(Desai等人，2009，TransOne.2，59—64)。進(jìn)行4個(gè)前瞻性研究，以確定SPARC腫瘤免疫染色模式即“SPARC微環(huán)境標(biāo)簽”(SMQ是否可區(qū)分在利用nab-紫杉醇方案治療時(shí)具有低和高復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的患者。評估來自這4個(gè)臨床試驗(yàn)的患者結(jié)果(表1)。表1.提供樣品和結(jié)果數(shù)據(jù)的臨床試驗(yàn)權(quán)利要求1.利用化學(xué)治療方案治療哺乳動物中的腫瘤的方法，包括a.制備所述腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片以用于免疫組織學(xué)；b.利用第一抗SPARC抗體對所述腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；c.利用第二抗SPARC抗體對所述腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；d.測定所述第一抗SPARC抗體對該腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色和所述第二抗體對該腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色，從而確定SPARC微環(huán)境特征(SMS)；e.如果所述腫瘤SMS符合預(yù)定SMS的標(biāo)準(zhǔn)，則施用治療有效量的治療方案。2.權(quán)利要求1的方法，其中所述預(yù)定SMS包括具有如下組成特征的免疫染色利用第一抗體有至少49%的間質(zhì)染色陽性，以及利用第二抗體染色至少如下成纖維細(xì)胞評分為66、成纖維細(xì)胞強(qiáng)度為41、腫瘤強(qiáng)度為26、炎癥細(xì)胞強(qiáng)度為51、炎癥細(xì)胞評分為55、血管％為33、腫瘤評分為M、血管強(qiáng)度為64、成纖維細(xì)胞％為M、血管強(qiáng)度為64、炎癥細(xì)胞％為43和間質(zhì)評分為62，其中所述療法為包括nab-紫杉醇的方案，并且所述腫瘤為胰腺癌。3.權(quán)利要求1或2中任一項(xiàng)的方法，其中所述腫瘤選自口腔腫瘤、咽腫瘤、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、骨腫瘤、軟骨瘤、骨轉(zhuǎn)移瘤、肉瘤、皮膚腫瘤、黑素瘤、乳腺腫瘤、生殖系統(tǒng)腫瘤、泌尿道腫瘤、眼眶腫瘤、腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤、甲狀腺腫瘤、食管腫瘤、胃腫瘤、小腸腫瘤、結(jié)腸腫瘤、直腸腫瘤、肛門腫瘤、肝腫瘤、膽囊腫瘤、胰腺腫瘤、喉腫瘤、肺腫瘤、支氣管腫瘤、非小細(xì)胞肺癌、小細(xì)胞肺癌、宮頸腫瘤、宮體腫瘤、卵巢腫瘤、外陰腫瘤、陰道腫瘤、前列腺腫瘤、前列腺癌、睪丸腫瘤、陰莖腫瘤、膀胱腫瘤、腎腫瘤、腎盂腫瘤、輸尿管腫瘤、頭頸腫瘤、甲狀旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多發(fā)性骨髓瘤、白血病、急性淋巴細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病、急性髓樣白血病和慢性髓樣白血病。4.權(quán)利要求3的方法，其中所述腫瘤為胰腺癌。5.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的方法，其中所述哺乳動物為人。6.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)的方法，其中所述化學(xué)治療方案包括紫杉醇。7.權(quán)利要求6的方法，其中所述化學(xué)治療方案包括nab-紫杉醇。8.用于預(yù)測哺乳動物內(nèi)的腫瘤對化學(xué)治療方案的響應(yīng)的方法，包括a.制備所述腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片以獲得SPARC微環(huán)境標(biāo)簽(SMS)；b.利用第一抗SPARC抗體對所述腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞中的SPARC染色；c.利用第二抗SPARC抗體對所述腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞中的SPARC染色；d.測定所述第一抗SPARC抗體對所述腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色和所述第二抗體對腫瘤血管和腫瘤間質(zhì)的染色；e.如果所述免疫染色證實(shí)了預(yù)定SMS，則預(yù)測對所述化學(xué)治療方案有陽性響應(yīng)。9.權(quán)利要求8的方法，其中所述預(yù)定SMS包括具有如下組成特征的免疫染色利用所述第一抗體有至少82%的間質(zhì)染色陽性，以及利用所述第二抗體染色至少如下成纖維細(xì)胞評分為87、成纖維細(xì)胞強(qiáng)度為68、腫瘤強(qiáng)度為49、炎癥細(xì)胞強(qiáng)度為42、炎癥細(xì)胞評分為67、血管％為68、腫瘤評分為76、血管強(qiáng)度為46、成纖維細(xì)胞％為51、血管強(qiáng)度為75、炎癥細(xì)胞％為59和間質(zhì)評分為62，其中所述療法為包括nab-紫杉醇的方案，并且所述腫瘤為胰腺癌。10.權(quán)利要求8或9中任一項(xiàng)的方法，其中所述腫瘤選自口腔腫瘤、咽腫瘤、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、骨腫瘤、軟骨瘤、骨轉(zhuǎn)移瘤、肉瘤、皮膚腫瘤、黑素瘤、乳腺腫瘤、生殖系統(tǒng)腫瘤、泌尿道腫瘤、眼眶腫瘤、腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤、甲狀腺腫瘤、食管腫瘤、胃腫瘤、小腸腫瘤、結(jié)腸腫瘤、直腸腫瘤、肛門腫瘤、肝腫瘤、膽囊腫瘤、胰腺腫瘤、喉腫瘤、肺腫瘤、支氣管腫瘤、非小細(xì)胞肺癌、小細(xì)胞肺癌、宮頸腫瘤、宮體腫瘤、卵巢腫瘤、外陰腫瘤、陰道腫瘤、前列腺腫瘤、前列腺癌、睪丸腫瘤、陰莖腫瘤、膀胱腫瘤、腎腫瘤、腎盂腫瘤、輸尿管腫瘤、頭頸腫瘤、甲狀旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多發(fā)性骨髓瘤、白血病、急性淋巴細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病、急性髓樣白血病和慢性髓樣白血病。11.權(quán)利要求10的方法，其中所述腫瘤為胰腺腫瘤。12.權(quán)利要求8-10中任一項(xiàng)的方法，其中所述哺乳動物為人。13.權(quán)利要求8-10中任一項(xiàng)的方法，其中所述化學(xué)治療方案包括紫杉醇。14.權(quán)利要求8-10中任一項(xiàng)的方法，其中所述化學(xué)治療方案包括nab-紫杉醇。15.用于預(yù)測具有腫瘤的哺乳動物中該腫瘤的進(jìn)展是否低風(fēng)險(xiǎn)的方法，包括a.制備所述腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片以獲得SPARC微環(huán)境標(biāo)簽(SMS)；b.利用第一抗SPARC抗體對所述腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；c.利用第二抗SPARC抗體對所述腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；d.測定所述第一抗SPARC抗體對所述腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色和所述第二抗體對所述腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的染色；和e.如果所述腫瘤SMS符合預(yù)定SMS的標(biāo)準(zhǔn)，則確定存在進(jìn)展的低風(fēng)險(xiǎn)。16.權(quán)利要求15的方法，其中所述腫瘤為乳腺癌，并且所述預(yù)定SMS包括具有如下組成特征的免疫染色利用第一抗體產(chǎn)生至少82%的間質(zhì)染色陽性，以及利用第二抗體染色至少如下成纖維細(xì)胞評分為87、成纖維細(xì)胞強(qiáng)度為68、腫瘤強(qiáng)度為49、炎癥細(xì)胞強(qiáng)度為42、炎癥細(xì)胞評分為67、血管％為68、腫瘤評分為76、血管強(qiáng)度為46、成纖維細(xì)胞％為51、血管強(qiáng)度為75、炎癥細(xì)胞％為59和間質(zhì)評分為62，其中所述療法為包括nab-紫杉醇的方案，并且所述腫瘤為胰腺癌。17.權(quán)利要求15或16中任一項(xiàng)的方法，其中所述腫瘤選自口腔腫瘤、咽腫瘤、消化系統(tǒng)腫瘤、呼吸系統(tǒng)腫瘤、骨腫瘤、軟骨瘤、骨轉(zhuǎn)移瘤、肉瘤、皮膚腫瘤、黑素瘤、乳腺腫瘤、生殖系統(tǒng)腫瘤、泌尿道腫瘤、眼眶腫瘤、腦和中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤、甲狀腺腫瘤、食管腫瘤、胃腫瘤、小腸腫瘤、結(jié)腸腫瘤、直腸腫瘤、肛門腫瘤、肝腫瘤、膽囊腫瘤、胰腺腫瘤、喉腫瘤、肺腫瘤、支氣管腫瘤、非小細(xì)胞肺癌、小細(xì)胞肺癌、宮頸腫瘤、宮體腫瘤、卵巢腫瘤、外陰腫瘤、陰道腫瘤、前列腺腫瘤、前列腺癌、睪丸腫瘤、陰莖腫瘤、泌尿膀胱腫瘤、腎腫瘤、腎盂腫瘤、輸尿管腫瘤、頭頸腫瘤、甲狀旁腺癌、何杰金病、非何杰金淋巴瘤、多發(fā)性骨髓瘤、白血病、急性淋巴細(xì)胞性白血病、慢性淋巴細(xì)胞性白血病、急性髓樣白血病和慢性髓樣白血病。18.權(quán)利要求17的方法，其中所述腫瘤為胰腺癌。19.權(quán)利要求17的方法，其中所述腫瘤為乳腺癌。20.權(quán)利要求15-17中任一項(xiàng)的方法，其中所述哺乳動物為人。21.權(quán)利要求15-17中任一項(xiàng)的方法，其中利用包括紫杉醇的化學(xué)治療方案治療所述哺乳動物。22.權(quán)利要求15-17中任一項(xiàng)的方法，其中所述化學(xué)治療方案包括nab-紫杉醇。23.利用療法治療第一哺乳動物的腫瘤的方法，包括a.測定該療法的兩個(gè)或更多個(gè)預(yù)測性SMS，包括i.制備來自對該療法具有已知結(jié)果的其它哺乳動物的腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片；.利用第一抗SPARC抗體對來自對該療法具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；iii.利用第二抗SPARC抗體對來自對該療法具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；iv.確定所述第一抗SPARC抗體對來自對該療法具有已知結(jié)果的其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤在所述腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的免疫染色模式，和所述第二抗體對來自對該療法具有已知結(jié)果的其它哺乳動物的腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的免疫染色，從而確定來自對該療法具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的SMS；v.將來自對該療法具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的腫瘤SMS聚類成兩個(gè)或更多個(gè)結(jié)果組，其中每一個(gè)結(jié)果組的SMS質(zhì)心定義了預(yù)測性SMS；b.通過包含下述的方法確定來自所述第一哺乳動物的腫瘤的SMSi.制備來自所述第一哺乳動物的腫瘤的多個(gè)組織學(xué)切片；.利用第一抗SPARC抗體對來自所述第一哺乳動物的所述腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第一抗SPARC抗體優(yōu)先對腫瘤細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色；iii.利用第二抗SPARC抗體對來自所述第一哺乳動物的所述腫瘤的一個(gè)或多個(gè)所述組織學(xué)切片進(jìn)行免疫染色，其中所述第二抗SPARC抗體優(yōu)先對成纖維細(xì)胞內(nèi)的SPARC染色，iv.測定第一抗SPARC抗體對所述第一哺乳動物的腫瘤在該腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的免疫染色模式和所述第二抗體對所述第一哺乳動物的所述腫瘤在該腫瘤內(nèi)的腫瘤細(xì)胞、成纖維細(xì)胞、炎癥細(xì)胞、無細(xì)胞間質(zhì)/基質(zhì)、血管、神經(jīng)組織、正常解剖組織或其任何組合的免疫染色，從而確定所述第一哺乳動物的腫瘤SMS；c.測定來自所述第一哺乳動物的腫瘤的SMS與(a)中測定的預(yù)測性SMS的歐幾里德距離，并且將來自第一哺乳動物的所述腫瘤分類為具有最接近的預(yù)測性SMS的結(jié)果組的成員；d.如果來自所述第一哺乳動物的腫瘤的SMS作圖至響應(yīng)所述療法的結(jié)果組，則給所述第一哺乳動物施用治療有效量的所述療法。24.權(quán)利要求23的方法，其中所述第一哺乳動物的腫瘤與來自對該療法具有已知結(jié)果的其它哺乳動物的所述腫瘤屬于相同類型。25.權(quán)利要求23的方法，其中所述療法包括nab-紫杉醇。26.權(quán)利要求23的方法，其中來自所述第一哺乳動物的所述腫瘤為胰腺癌。27.權(quán)利要求23的方法，其中通過K-均值、自組織地圖和層次聚類中的一個(gè)或多個(gè)進(jìn)行來自對該療法具有已知結(jié)果的所述其它哺乳動物的每一個(gè)腫瘤的腫瘤SMS的聚類。全文摘要本發(fā)明提供了用于預(yù)測對療法包括化學(xué)療法、放射療法、手術(shù)療法和聯(lián)合治療的響應(yīng)的基于抗SPARC抗體的多參數(shù)技術(shù)。文檔編號G01N33/53GK102576016SQ201080047076公開日2012年7月11日申請日期2010年9月20日優(yōu)先權(quán)日2009年9月18日發(fā)明者N·德賽,V·德留申請人:阿布拉西斯生物科學(xué)有限責(zé)任公司