對nedd8活化酶(nae)抑制劑的反應(yīng)的生物標(biāo)記的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明揭示標(biāo)記，其突變狀態(tài)與對用NAE抑制劑治療的敏感性相關(guān)。突變狀態(tài)通過測量與標(biāo)記基因相關(guān)的標(biāo)記的特征確定。提供用于評定標(biāo)記基因的標(biāo)記以預(yù)測對NAE抑制治療的反應(yīng)的組合物和方法。
【專利說明】對NEDD8活化酶(NAE)抑制劑的反應(yīng)的生物標(biāo)記
[0001]相關(guān)申請案
[0002]本申請案要求2011年10月28日提交的美國臨時申請案第61/552，686號的優(yōu)先權(quán)。上述申請案的全部內(nèi)容以引用的方式并入本文中。
[0003]序列表
[0004]本申請案包含以電子可讀形式與此一起提交的序列表。所述序列表文件創(chuàng)建于2012年10月26日，命名為“序列表.txt”并且其大小是149kb(153，088個字節(jié))。序列表.txt文件中的序列表的全部內(nèi)容以這種引用的方式并入本文中。

【背景技術(shù)】
[0005]當(dāng)細(xì)胞的基因型或表型以不受正常組織環(huán)境限制的不受控制生長的方式改變時，這些細(xì)胞發(fā)生癌變。一或多個基因突變、擴(kuò)增、缺失、過度表達(dá)或表達(dá)不足。染色體部分會丟失或從一個位置移動到另一個。一些癌癥具有特征性圖案，基因型或表型借此改變。
[0006]許多基因具有與癌癥相關(guān)的突變。一些基因具有可以發(fā)生突變的多個位點(diǎn)。許多癌癥具有一個以上基因的突變和/或錯誤表達(dá)。基因突變會促進(jìn)腫瘤進(jìn)展、腫瘤生長率或腫瘤是否將轉(zhuǎn)移。 一些突變會影響腫瘤細(xì)胞是否將對療法起反應(yīng)。
[0007]多種藥劑治療癌癥。血液和骨髓的癌癥通常用類固醇/糖皮質(zhì)激素、酰亞胺、蛋白酶體抑制劑和烷基化劑治療。其它組織的癌癥通常用烷基化劑、拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑、激酶抑制劑、微管抑制劑、血管生成抑制劑或其它藥劑治療。一些患者對一種療法的反應(yīng)優(yōu)于另一種，呈現(xiàn)患者遵從有效療法的多種治療途徑的潛能。繼續(xù)進(jìn)行最終證實(shí)對患者無效的療法會丟失所述患者治療計劃早期的寶貴時間。許多患者承受不起治療方案的試誤選擇的時間。有利并準(zhǔn)確的治療決策促成疾病的有效管理。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0008]本發(fā)明涉及通過測量本文中所提供的標(biāo)記的量、存在或變化對腫瘤進(jìn)行預(yù)后和計劃治療。這些標(biāo)記可預(yù)測在用NEDD8活化酶(NAE)抑制劑，例如1_取代的氨基磺酸甲酯治療之后，是否將存在有利結(jié)果(例如良好反應(yīng)、長進(jìn)展時間和/或長期存活)。例如體外測定遺傳標(biāo)記的存在、量或變化(例如至少一個標(biāo)記基因的突變狀態(tài))的包含腫瘤細(xì)胞的測試樣品鑒別特定患者，這些患者預(yù)期例如用NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯治療具有有利結(jié)果并且其疾病可以進(jìn)行可管理地標(biāo)準(zhǔn)治療或較不具有侵襲性的治療；以及那些患者，這些患者預(yù)期具有不利的治療結(jié)果并且可能需要組合治療和/或用NAE抑制劑更具侵襲性的治療的替代性治療以確保有利結(jié)果和/或成功管理疾病。
[0009]在一個方面，本發(fā)明提供適用于測定所述標(biāo)記的特征(例如量、存在或變化)的試劑盒。在另一個方面，本發(fā)明提供確定預(yù)后和治療或疾病管理策略的方法。在這些方面，測量包含腫瘤細(xì)胞的樣品中的標(biāo)記的特征，例如大小、序列、組成或量。在一個實(shí)施例中，所述腫瘤是液體腫瘤，例如血液腫瘤，例如急性骨髓性白血病、骨髓發(fā)育不良綜合癥或多發(fā)性骨髓瘤。在另一個實(shí)施例中，所述腫瘤是實(shí)體腫瘤，例如黑素瘤、非小細(xì)胞肺癌、食道癌、膀胱癌、成神經(jīng)細(xì)胞瘤癌、間皮瘤、胰臟癌。
[0010]在各種實(shí)施例中，測量對應(yīng)于本文所述的具有一或多個突變(例如體細(xì)胞突變)的標(biāo)記基因的特征，例如DNA的大小、序列、組成或量；RNA的大小、序列、組成或量和/或蛋白質(zhì)的大小、序列、組成或量。當(dāng)分析顯示關(guān)于標(biāo)記基因的信息時，例如基因是否突變、突變的一致性和/或突變基因的RNA或蛋白質(zhì)量表明過度表達(dá)抑或表達(dá)不足，獲得促成預(yù)后或治療或疾病管理策略的有用信息。在一個實(shí)施例中，確定El酶抑制，例如NAE抑制，例如MLN4924療法策略。
[0011]適用于確定預(yù)后或治療或疾病管理策略的測試的標(biāo)記基因選自由以下組成的群組:神經(jīng)纖維瘤蛋白2 (NF2)、母親抗DPP同源物4 (mothers against decapentaplegichomolog4 ；SMAD4)、賴氨酸特異性脫甲基酶6A(KDM6A)、腫瘤蛋白p53 (TP53)、周期素依賴性激酶抑制劑2A(⑶KN2A)、周期素依賴性激酶抑制劑2A pl4變異體(⑶KN2A_pl4)，在一些情況下，F(xiàn)盒和包含7的WD重復(fù)結(jié)構(gòu)域(FBXW7)以及在一些情況下，腺瘤性結(jié)腸息肉病(APC)。每一標(biāo)記基因包括突變或改變，所述突變或改變在DNA中的存在或例如其對標(biāo)記RNA和/或蛋白質(zhì)特征(例如量、大小、序列或組成)的影響可以提供關(guān)于確定預(yù)后或治療或疾病管理的信息。在一些實(shí)施例中，例如在包含腫瘤細(xì)胞的樣品中適用作標(biāo)記的基因或突變體或其修飾形式所具有的DNA、RNA和/或蛋白質(zhì)特征(例如大小、序列、組成或量)不同于正常的DNA、RNA和/或蛋白質(zhì)。本文中描述稱為“標(biāo)記基因”的這些基因的修飾的實(shí)例，所述基因的突變或量可以提供此類信息。
[0012] 本發(fā)明標(biāo)記的突變提供關(guān)于例如用NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯治療之后的結(jié)果的信息。通過檢查腫瘤中所鑒別的標(biāo)記中的一或多者的特征，例如大小、序列、組成或量，有可能確定何種治療劑、藥劑組合、給藥和/或投藥方案預(yù)期在治療之后提供有利結(jié)果。通過檢查癌癥中所鑒別的標(biāo)記或標(biāo)記組中的一或多者的特征，例如大小、序列、組成或量，還有可能確定何種治療劑、藥劑組合、給藥和/或投藥方案在治療之后較不可能提供有利結(jié)果。通過檢查所鑒別的標(biāo)記中的一或多者的特征，例如大小、序列、組成或量，有可能因此消除無效或不當(dāng)?shù)闹委焺┗蛑委煼桨?。重要地，可以基于逐個患者(patient-by-patient)進(jìn)行這些確定。因此，可以確定特定治療方案是否可能有益于特定患者或患者類型，和/或特定方案是否應(yīng)該開始抑或避免、繼續(xù)、中斷或改變。
[0013]本發(fā)明是針對鑒別和/或選擇癌癥患者的方法，所述癌癥患者預(yù)期在投與治療方案，例如包含NAE抑制劑的治療方案，例如1-取代的氨基磺酸甲酯治療之后展現(xiàn)有利結(jié)果。此外提供鑒別預(yù)期在投與此類治療方案之后具有不利結(jié)果的患者的方法。這些方法通常包括測量、確定、接收、儲存或傳遞關(guān)于患者的腫瘤(例如患者的癌細(xì)胞，例如血液癌細(xì)胞或?qū)嶓w腫瘤細(xì)胞)中的一或多個標(biāo)記或標(biāo)記基因的突變的特征，例如大小、序列、組成或量的信息，任選地將所述特征與參考標(biāo)記的特征，例如大小、序列、組成或量進(jìn)行比較；并且在又一實(shí)施例中，鑒別或建議樣品的結(jié)果是否對應(yīng)于治療方案，例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯治療方案的有利結(jié)果。
[0014]此外提供的方法包括治療方法，其進(jìn)一步包括以下步驟:當(dāng)在標(biāo)記基因中突變的存在或患者標(biāo)記的特征，例如大小、序列、組成或量表明所述患者預(yù)期用療法，例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯治療方案展現(xiàn)有利結(jié)果時，相應(yīng)地開始、繼續(xù)或啟動療法。另外，所述方法包括治療方法，其進(jìn)一步包括以下步驟:例如如相比于經(jīng)鑒別具有有利結(jié)果的接受相同治療方案的患者，當(dāng)標(biāo)記基因中突變的存在或患者標(biāo)記的特征，例如大小、序列、組成或量表明所述患者預(yù)期用治療，例如用NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯方案展現(xiàn)不利結(jié)果時，相應(yīng)地停止、中斷、改變或暫停療法。在另一個方面，提供基于標(biāo)記基因中突變的存在或本文所述的患者標(biāo)記中的一或多者的特征，例如、大小、序列、組成或量來分析尚未用療法，例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法治療的患者并且鑒別和預(yù)測治療結(jié)果的方法。這些方法可包括不用所述療法，例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法治療，用療法，例如NAE抑制劑治療或用1-取代的氨基磺酸甲酯療法與一種另外的附加療法的組合治療；用NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法的替代性療法治療；或用更具侵襲性的給藥和/或投藥方案療法，例如El酶抑制劑，例如NAE抑制劑治療，例如如相比于經(jīng)鑒別具有標(biāo)準(zhǔn)NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法的有利結(jié)果的患者的給藥和/或投藥方案。因此，所提供的本發(fā)明方法可以消除療法，例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法方案的無效或不當(dāng)?shù)氖褂谩?br> [0015]附加方法包括測定藥劑活性、藥劑功效或鑒別新治療劑或組合的方法。這些方法包括基于藥劑影響標(biāo)記基因中突變的存在或本發(fā)明標(biāo)記的特征，例如大小、序列、組成或量的能力，鑒別所述藥劑適用作例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯，用于治療癌癥，例如血液癌癥(例如多發(fā)性骨髓瘤、白血病、淋巴瘤等)或?qū)嶓w腫瘤癌癥(例如黑素瘤、食道癌或膀胱癌)的方法。舉例來說，以表明患癌癥患者的有利結(jié)果的方式減少或增加標(biāo)記基因中突變的存在或所提供的標(biāo)記的特征，例如大小、序列、組成或量的抑制劑將是癌癥的候選藥劑?；蛘撸軌蚪档湍[瘤細(xì)胞活力的藥劑將是癌癥的候選藥劑，所述腫瘤細(xì)胞包含指示不利結(jié)果的標(biāo)記。
[0016]本發(fā)明還針對用治療方案，例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法方案(例如單獨(dú)或與附加藥劑組合，所述附加藥劑例如化學(xué)治療劑，例如糖皮質(zhì)激素劑、蛋白酶體抑制劑、烷基化劑、激酶抑制劑或拓?fù)洚悩?gòu)酶抑制劑)治療癌癥患者的方法，其包括以下步驟:選擇治療其標(biāo)記特征，例如大小、序列、組成或量表明所述患者預(yù)期具有所述治療方案的有利結(jié)果的患者，并用所述療法，例如NAE抑制，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法治療所述患者。在一些實(shí)施例中，所述方法可包括以下步驟:選擇其標(biāo)記特征，例如大小、序列、組成或量表明患者預(yù)期具有有利結(jié)果的患者并且投與除NAE抑制劑療法以外表明與NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法類似的預(yù)期存活時間的療法。
[0017]治療癌癥患者的附加方法包括選擇在用癌癥療法(例如NAE抑制劑,例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法)治療之后不太可能經(jīng)歷有利結(jié)果的患者。這些方法可以進(jìn)一步包括以下一或多者:如相比于經(jīng)鑒別用標(biāo)準(zhǔn)療法具有有利結(jié)果的患者的劑量或給藥時程，投與更高劑量或增加給藥時程的療法，例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯；投與除NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法以外的癌癥療法；投與NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯藥劑與附加藥劑的組合。進(jìn)一步提供選擇具有侵襲性疾病的患者的方法，所述患者預(yù)期展現(xiàn)更迅速的進(jìn)展和死亡時間。
[0018]附加方法包括以下方法:通過檢查患者的指示癌癥療法(例如NAE抑制劑，例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法方案)的結(jié)果的標(biāo)記的量，評估是否治療癌癥抑或支付癌癥的治療，所述癌癥例如血液癌癥(例如多發(fā)性骨髓瘤、白血病、淋巴瘤等)或?qū)嶓w腫瘤癌癥(例如黑素瘤、食道癌或膀胱癌)；并且作出關(guān)于是否應(yīng)該支付的決策或建議。
[0019]本文中所提到的所有公開案、專利申請案、專利和其它參考文獻(xiàn)的全部內(nèi)容都以引用的方式并入文本中。
[0020]本發(fā)明的其它特征和優(yōu)勢將從以下【具體實(shí)施方式】、圖式以及從權(quán)利要求書顯而易知。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0021]圖1.1-取代的氨基磺酸甲酯的通式結(jié)構(gòu)。G1是-O-或-CH2- ；G2是-H或-OH ；G3是-H或-OH ；G4是-NH-、-O-或共價鍵；以及G5是被取代的雜芳基。
[0022]圖2.用于蛋白質(zhì)底物的科林-環(huán)(cullin-ring)連接酶(CRL)泛素化和用于類泛素化修飾的通用路徑。在CRL中，科林次單位必須通過泛素樣蛋白NEDD8修飾保守賴氨酸以活化全酶活性。NEDD8活化和與科林蛋白的結(jié)合是通過酶級聯(lián)催化的，所述酶級聯(lián)與涉及NEDD8的El (NAE)和E2 (Ubc12)的泛素化是類似的。從科林去除NEDD8是通過C0P9信號體催化的。去類泛素化修飾有助于CRL組分的解離。科林-環(huán)核心通過結(jié)合到CANDl以非活性狀態(tài)隔離直到得到補(bǔ)充以形成新CRL為止。
[0023]圖3.第2組細(xì)胞系對MLN4924的反應(yīng)。每個點(diǎn)表示一種細(xì)胞系。
[0024]圖4A-B.比較各組細(xì)胞系對MLN4924的反應(yīng)。A.通過EC50對第2組細(xì)胞系排序。黑線表示存在于第I組中的細(xì)胞系。在兩個組中存在114個具有相同名稱的細(xì)胞系。B.比較存在于兩個組中的細(xì)胞系的對照百分比(POC)活力。重疊細(xì)胞系的結(jié)果具有0.72的斯皮爾曼等級相關(guān)系數(shù)，P值< 2.2e_16。
[0025]圖5.在TP53突變的情況下抗性的組織相關(guān)性。相比于TP53wt細(xì)胞系，TP53突變體結(jié)腸癌細(xì)胞系對MLN4924治療更具抗性(更高的對照百分比活力)。
[0026]圖6A-D.在用不同劑量的MLN4924處理之后在多個時間點(diǎn)TP53 Loss對癌細(xì)胞系活力的影響。通過ATPlite，在一系列MLN4924濃度和時間點(diǎn)下測量TP53基因剔除對成對的HCT-116結(jié)腸癌細(xì)胞系對MLN4924的敏感性的影響。數(shù)據(jù)表示為平均值土SEM，N = 3。虛線，P53基因剔除；實(shí)線，p53野生型。

【具體實(shí)施方式】
[0027]癌癥患者療法的持續(xù)問題之一是響應(yīng)于療法的個體差異。雖然在開發(fā)成功癌癥療法方面有所進(jìn)展，但是僅一個子集的患者對任一特定療法起反應(yīng)。在許多可獲得的癌癥療法的窄治療指數(shù)和潛在毒性的情況下，這些差別反應(yīng)可能造成患者經(jīng)歷不必要的、無效的并且甚至可能有害的療法方案。如果能夠優(yōu)化所設(shè)計的療法以治療個別患者，那么可以減少或甚至消除這些情況。此外，目標(biāo)設(shè)計療法可以提供總體而言更集中的成功患者療法。因此，需要鑒別預(yù)期當(dāng)投與特定癌癥療法時具有有利結(jié)果的特定癌癥患者以及使用更具侵襲性的和/或替代性癌癥療法(例如替代向所述患者投與的先前癌癥療法)可以具有有利結(jié)果的特定癌癥患者。因此提供癌癥患者的診斷、分期、預(yù)后和監(jiān)控將是有利的，所述癌癥患者包括例如血液癌癥患者(例如多發(fā)性骨髓瘤、白血病、淋巴瘤等)或?qū)嶓w腫瘤癌癥(例如黑素瘤、食道癌或膀胱癌)，所述癌癥患者將受益于特定癌癥抑制療法以及所述癌癥患者將受益于更具侵襲性的和/或替代性癌癥抑制療法，例如替代患者已接受的癌癥療法，從而產(chǎn)生恰當(dāng)?shù)念A(yù)防性測量。
[0028]本發(fā)明部分地基于以下認(rèn)知:標(biāo)記基因的突變可以與包含突變基因的細(xì)胞對NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯的敏感性相關(guān)。在一些實(shí)施例中，標(biāo)記基因參與科林-環(huán)連接酶(CRL)路徑，例如所編碼的蛋白質(zhì)與CRL或CRL相關(guān)蛋白質(zhì)相互作用的基因，或是CRL底物。由標(biāo)記基因編碼的蛋白質(zhì)可以具有作為腫瘤抑制基因的野生型功能。標(biāo)記基因的實(shí)例包括NF2、SMAD4和/或KDM6A。標(biāo)記基因的其它實(shí)例包括TP53、APCXDKN2A和/或CDKN2A_pl4。標(biāo)記基因可以展現(xiàn)突變，例如體細(xì)胞突變，突變的存在會影響所編碼的基因產(chǎn)物的表達(dá)或活性。在一些實(shí)施例中，在腫瘤細(xì)胞或腫瘤中可以在標(biāo)記基因中存在一種以上突變或可以存在一個以上具有突變的標(biāo)記基因。在附加實(shí)施例中，可以在附加基因中具有突變的細(xì)胞中存在標(biāo)記基因突變，包括可以引起腫瘤發(fā)生的突變，但附加突變基因可以不是如本文中所認(rèn)為的標(biāo)記基因。在一些實(shí)施例中，所述突變是失活性突變。在其它實(shí)施例中，所述突變影響標(biāo)記基因的表達(dá)。在其它實(shí)施例中，突變可以改變所編碼的基因產(chǎn)物與細(xì)胞結(jié)合伴侶的相互相用。鑒別和/或測量標(biāo)記基因的突變可以用于確定通過例如用NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法處理腫瘤是否可以預(yù)期有利結(jié)果；或用例如NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯抑制劑的替代性療法和/或更具侵襲性的療法是否可以延長預(yù)期存活時間。舉例來說，本文中所提供的組合物和方法可以用于確定是否預(yù)期患者對NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯治療劑或NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯給藥或投藥方案具有有利結(jié)果。一般來說，本文所述的腫瘤抑制基因標(biāo)記基因的突變與對NAE抑制劑的敏感性或NAE抑制劑處理的有利結(jié)果相關(guān)?？梢栽谂c科林-環(huán)連接酶相關(guān)的路徑中充當(dāng)腫瘤抑制基因并且其突變與對NAE抑制的敏感性相關(guān)的標(biāo)記基因的實(shí)例包括 NF2、SMAD4、KDM6A、FBXW7、CDKN2A 和 / 或 CDKN2A_pl4。然而，TP53 和 APC 也是腫瘤抑制基因標(biāo)記基因。具體來說，TP53路徑基因與NAE抑制劑作用相關(guān)。如本文所述，在許多腫瘤類型的一些實(shí)施例中，TP53和APC(在一些情況下)的突變產(chǎn)生對NAE抑制的抗性。因此，來自TP53和APC組成的群組的野生型標(biāo)記基因會與NAE敏感性相關(guān)。在一些實(shí)施例中，選自由TP53和APC組成的群組的標(biāo)記基因的突變與對NAE抑制劑的抗性相關(guān)。
[0029]基于這些鑒別，本發(fā)明提供(但不限于):1)用于確定NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法方案是否可有效獲得有利結(jié)果和/或管理癌癥的方法和組合物；2)用于監(jiān)控用于治療腫瘤的NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯療法(單獨(dú)或與藥劑組合)和給藥與投藥的有效性的方法和組合物；3)用于治療腫瘤的方法和組合物，包含例如NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯抑制療法方案；4)用于鑒別可有效治療特定患者的腫瘤的特定治療劑和治療劑組合以及給藥和投藥方案的方法和組合物；以及5)用于鑒別疾病管理策略的方法和組合物。
[0030]泛素和其它泛素樣分子(Ubl)是通過特異性酶(El酶)活化的，所述特異性酶催化形成與ubl的C端甘氨酸的?；?腺苷酸中間物。活化的ubl然后通過形成硫酯鍵中間物轉(zhuǎn)移到El酶內(nèi)的催化性半胱氨酸殘基中。El-ubl中間物和E2結(jié)合，產(chǎn)生硫酯交換，其中ubl轉(zhuǎn)移到E2的活性位點(diǎn)半胱氨酸。ubl然后直接地或連同E3連接酶一起，通過與目標(biāo)蛋白中的賴氨酸側(cè)鏈的氨基形成異肽鍵而結(jié)合到目標(biāo)蛋白。名為神經(jīng)前體細(xì)胞-表達(dá)發(fā)育下調(diào)8 (NEDD8)的ubl是通過雜二聚體NEDD8活化酶(NAE，也稱為APPBP1_UBA3、UBE1C (泛素活化酶ElC))活化的并且轉(zhuǎn)移到兩種E2結(jié)合酶(泛素載體蛋白12(UBC12)和UBC17)中的一種，最終通過科林-環(huán)亞型泛素連接酶產(chǎn)生NEDD8與科林蛋白的連接(參見圖2)。類泛素化修飾的功能是活化基于科林的泛素連接酶，所述連接酶參與許多細(xì)胞周期和細(xì)胞信號傳導(dǎo)蛋白、包括P27和Ι-κΒ的轉(zhuǎn)換。參見潘(Pan)等人，《致癌基因》(Oncogene) 23:1985-97(2004)。抑制NAE可以破壞科林-環(huán)連接酶介導(dǎo)的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)換并且可以在細(xì)胞(例如腫瘤細(xì)胞或病原性生物體(例如寄生蟲)的細(xì)胞)中引起細(xì)胞凋亡性死亡。參見蘇西(Soucy)等人(2010)《基因與癌癥》(Genes&Cancer) 1:708_716。
[0031]如本文所用，術(shù)語“E1”、“E1酶”或“El活化酶”是指參與活化或促進(jìn)泛素或泛素樣(統(tǒng)稱為“ubl”)與目標(biāo)分子的結(jié)合的相關(guān)ATP依賴性活化酶家族中的任一者。El活化酶通過腺苷?；饔?硫酯中間物形成起作用以通過轉(zhuǎn)硫醇反應(yīng)將恰當(dāng)?shù)膗bl轉(zhuǎn)移到相應(yīng)E2結(jié)合酶中。所得活化的ubl-E2促進(jìn)ubl與目標(biāo)蛋白的最終結(jié)合。在細(xì)胞信號傳導(dǎo)、細(xì)胞周期和蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)換中起作用的各種細(xì)胞蛋白是用于ubl結(jié)合的底物，所述結(jié)合通過El活化酶(例如NAE、UAE、SAE)進(jìn)行調(diào)節(jié)。除非上下文另有指示，否則術(shù)語“E1酶”打算是指任何El活化酶蛋白質(zhì)，包括(但不限于)NEDD8活化酶(NAE(APPBP1/Uba3))、泛素活化酶(UAE (Ubal))、sumo 活化酶(SAE (Aosl/Uba2))、UBA4、UBA5、UBA6、ATG7 或 I SG 15 活化酶(UbelL)。
[0032]術(shù)語“E1酶抑制劑”或“E1酶的抑制劑”是用于表示具有如本文中所定義的結(jié)構(gòu)的化合物，其能夠與El酶相互作用并抑制其酶活性。抑制El酶活性意指降低El酶活化泛素(如ubl)與底物肽或蛋白質(zhì)結(jié)合(例如泛素化、類泛素化修飾、蘇素化)的能力。在一些實(shí)施例中，El酶抑制劑可以抑制一種以上El酶。在其它實(shí)施例中，El酶抑制劑對特定的El酶具有特異性。在各種實(shí)施例中，El酶活性的此類降低是至少約50%，至少約75%，至少約90%，至少約95%或至少約99%。在各種實(shí)施例中，降低El酶活性所需的El酶抑制劑的濃度小于約I μ Μ,小于約500ηΜ，小于約ΙΟΟηΜ，小于約50nM或小于約10nM。
[0033] 如本文所用，術(shù)語“ΝΑΕ抑制劑”是指NAE雜二聚體的抑制劑。NAE抑制劑的實(shí)例包括1-取代的氨基磺酸甲酯(參見圖1)，包括MLN4924。蘭斯頓(Langston)S.等人的美國專利申請案第11/700,614號，其PCT申請案公開為W007/092213、W006084281和W02008/019124(上述公開專利申請案中每一個的全部內(nèi)容在此以引用的方式并入本文中)，揭示作為El活化酶的有效抑制劑的化合物，例如ΝΑΕ。在一些實(shí)施例中，NAE抑制劑不抑制或極差地抑制其它(非ΝΑΕ)Ε1酶。所述化合物適用于體外和體內(nèi)抑制El活性并且適用于治療細(xì)胞增殖病癥，例如癌癥；和與El活性相關(guān)的其它病癥，例如病原性感染和神經(jīng)退化性病癥。蘭斯頓等人所描述的一類化合物是4-取代的氨基磺酸((lS，2S，4R)-2-羥基-4-{7H-吡咯并[2，3-d]嘧啶-7-基}環(huán)戊基)甲酯。
[0034]MLN4924 (氨基磺酸((1S，2S，4R) _4_ {4_[ (IS) _2，3_ 二氫-1H-茚-1-基氨基]-7H-吡咯并[2，3-d]嘧啶-7-基} -2-羥基環(huán)戊基)甲酯)是一種NAE特異性El抑制劑，其通過擾動細(xì)胞蛋白質(zhì)體內(nèi)平衡破壞科林-環(huán)連接酶介導(dǎo)的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)換，引起人類腫瘤細(xì)胞的細(xì)胞凋亡性死亡(蘇西等人(2009)《自然》(Nature) 458:732-736)。細(xì)胞和腫瘤異種移植研究中的MLN4924評估已顯示兩種不同的作用機(jī)制。第一種是通過MLN4924介導(dǎo)的CRLIskp2和CRL4DDB1底物Cdt-1的調(diào)節(jié)異常來誘導(dǎo)DNA再復(fù)制、DNA損傷和細(xì)胞死亡(米爾霍林(Milhollen)等人(2011)《癌癥研究》(Cancer Res.) 71:3042-3051)。已經(jīng)顯示，P53狀態(tài)不影響誘導(dǎo)DNA再復(fù)制但會使細(xì)胞更易于經(jīng)歷細(xì)胞凋亡或衰老，這取決于恰當(dāng)?shù)倪z傳背景(米爾霍林等人(2011)，同前文獻(xiàn)；林(Lin)等人(2010)《自然》464 =374-379和林等人(2010)《癌癥研究》70:10310-20)。第二種機(jī)制是主要通過CRLl e?GP介導(dǎo)的磷酸化I K B α轉(zhuǎn)換的調(diào)節(jié)異常來抑制NF- K B依賴性彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤中的NF- κ B路徑活性(米爾霍林等人(2010)《血液》(Blood) 116:1515-1523)。另外，急性骨髓性白血病(AML)的臨床前模型對在細(xì)胞系和原始患者胚細(xì)胞兩者中通過與Cdt-1調(diào)節(jié)異常、NF-κ B抑制和誘導(dǎo)活性氧物質(zhì)相關(guān)的機(jī)制進(jìn)行的MLN4924抑制是敏感的(索茲(Swords)等人(2010)《血液》115:3796-3800)。
[0035]例如NF2(由阿羅諾維茨(Ahronowitz)等人(2007)《人類突變》(HumanMutat1n) 28:1-2 綜述)；KDM6A(由凡.哈福坦(van Haaften)等人(2009)《自然.遺傳學(xué)》(Nat.Genet.) 41:521-523 綜述)、FBXW7、TP53、CDKN2A 和 CDKN2A_pl4 的基因在許多癌癥類型中發(fā)生突變。SMAD4在多種癌癥中突變，但許多SMAD4突變發(fā)現(xiàn)于腸癌、胰腺癌(由宮木(Miyaki)和黑木(Kuroki) (2003)《生物化學(xué)與生物物理研究通訊》(B1chem.B1phys.Res.Commun.) 306 =799-804 綜述)或甲狀腺癌中。
[0036]如本文所用，“NF2”是指與基因庫寄存編號NM_000268，SEQ ID NO:1(開放閱讀框架是SEQ ID NO:2, SEQ ID NO:1的核苷酸444到2231)相關(guān)的編碼基因肽寄存編號NP_000259 (SEQ ID NO:3)的基因的較長同功異型物。NF2的其它名稱包括ACN、BANF、SCH和梅林蛋白(merlin)(膜突蛋白-埃茲蛋白-根蛋白樣蛋白(moesin-ezrin-radixin-likeprotein))。NF2充當(dāng)腫瘤抑制基因并且可見于22號染色體上。NF2與細(xì)胞骨架、細(xì)胞表面蛋白相互作用并且可以參與細(xì)胞骨架動力學(xué)和調(diào)節(jié)離子轉(zhuǎn)運(yùn)。NF2的可以涉及對NAE抑制、例如MLN4924的敏感性的功能包括其抑制E3泛素連接酶CRL4DGAF1的能力(李(Li)等人(2010)《細(xì)胞》(Cell) 140 =477-490)。NF2突變可以破壞其抑制活性并導(dǎo)致CRL4DGAF1的底物不受控制的泛素化和含有突變基因的細(xì)胞的增殖。
[0037]如本文所用， “SMAD4”是指與基因庫寄存編號NM_005359，SEQ ID NO:4(開放閱讀框架是SEQ ID N0:5, SEQ ID NO:4的核苷酸539到2197)相關(guān)的編碼基因肽寄存編號NP_005350, SEQ ID NO:6的基因。SMAD4的其它名稱包括胰腺癌缺失基因座4 (DPC4)、JIP或母親抗果蠅DPP同源物4(MAD4)。SMAD4是參與轉(zhuǎn)型生長因子(TGF)_i3信號傳導(dǎo)的一種信號轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白。SMAD4可以充當(dāng)腫瘤抑制基因并且可以靶向它以通過Skp-科林-F盒蛋白(SCF)復(fù)合物泛素化進(jìn)行降解。
[0038]如本文所用，“KDM6A”是指與基因庫寄存編號NM_021140，SEQ ID NO:7(開放閱讀框架是SEQ ID NO:8，SEQ ID NO:7的核苷酸376到4581，或SEQ ID NO:9)相關(guān)的編碼基因肽寄存編號 NP_066963，SEQ ID NO:10 或 SEQ ID NO: 11 (SEQ ID NO: 10 在位置 173 處是V而不是L并且在584處是R而不是L，在位置601處是N而不是S和/或在位置629處是K而不是E)的基因。KDM6A的其它名稱包括泛轉(zhuǎn)錄的三十四肽重復(fù)蛋白X連接或X染色體(UTX)上的泛轉(zhuǎn)錄的TPR基因或bA286N14.2。KDM6A是組蛋白脫甲基酶并且可以充當(dāng)腫瘤抑制基因。
[0039]如本文所用，“FBXW7”是指與基因庫寄存編號NM_033632，SEQ ID NO:12(開放閱讀框架是SEQ ID NO:13, SEQ ID NO:12的核苷酸150到2273)相關(guān)的編碼基因肽寄存編號NP_361014，SEQ ID NO:14的基因。FBXW7的其它名稱包括秀麗隱桿線蟲sel_10的同源物(SEL10)、群島同源物(AGO)、F盒蛋白FBX30 (FBX030)或細(xì)胞分裂控制蛋白4(CDC4)。FBXW7可以結(jié)合到泛素蛋白連接酶復(fù)合物中參與蛋白質(zhì)的磷酸化依賴性泛素化，包括參與細(xì)胞周期和存活的蛋白質(zhì)。FBXW7可以充當(dāng)腫瘤抑制基因。使用FBXW7作為標(biāo)記基因可以是器官特異性的，即，其可以是在一些組織中而不是其它組織中出現(xiàn)腫瘤的敏感性標(biāo)記。舉例來說，F(xiàn)BXW7可以是子宮、子宮頸或肝臟的腫瘤的敏感性標(biāo)記，但不是消化道腫瘤的敏感性標(biāo)記，其中其它基因突變可以占主導(dǎo)以引起來自那些腫瘤的細(xì)胞對MLN4924的不敏感性或抗性。
[0040]如本文所用，“TP53”是指與基因庫寄存編號NM_000546，SEQ ID NO:15(開放閱讀框架是SEQ ID NO:16, SEQ ID NO:15的核苷酸203到1384，或一種變異體，其中在位置417處的核苷酸是鳥嘌呤而不是胞嘧啶)相關(guān)的編碼基因肽寄存編號NP_000537，SEQ IDNO:17或一種變異體(其中在位置72處的氨基酸殘基是精氨酸R而不是脯氨酸P)的基因。TP53的其它名稱包括BCC7、LFS1和p53。TP53結(jié)合DNA并活化轉(zhuǎn)錄因子，而且可以充當(dāng)腫瘤抑制基因。
[0041]如本文所用，“CDKN2A”是指與基因庫寄存編號NM_000077，SEQ ID NO:18(開放閱讀框架是SEQ ID NO: 19，SEQ ID NO:18的核苷酸307到777)相關(guān)的編碼基因肽寄存編號NP_000068,SEQ ID NO:20的基因。CDKN2A的其它名稱包括交替開放閱讀框架(ARF)、pl6、P16ARF、周期素依賴性激酶4的抑制劑(INK4)和多腫瘤抑制基因-1(MTSl)。⑶KN2A的變異體在第一外顯子方面有所不同。一種變異體是“⑶KN2A_pl4”或“⑶KN2A.pl4”，也稱為P14ARF，是與基因庫寄存第號NM_058195，SEQ ID NO:21 (開放閱讀框架是SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:21 的核苷酸 38 到 559);基因肽 NP_478102，SEQ ID NO:23 或始于 SEQ ID NO:23的氨基酸殘基42處的變異體相關(guān)。CDKN2A_pl4產(chǎn)生于不同于pl6ARF(pl6INK4a，CDKN2A)的閱讀框架的轉(zhuǎn)譯。⑶KN2A和⑶KN2A_pl4抑制周期素依賴性激酶4，可以穩(wěn)定p53并且可以調(diào)節(jié)細(xì)胞周期Gl進(jìn)展。CDKN2A和CDKN2A_pl4可以充當(dāng)腫瘤抑制基因。
[0042]如本文所用，“APC”是指腺瘤性結(jié)腸息肉病，所述基因與基因庫寄存編號NM_000038, SEQ ID NO:24 (開放閱讀框架SEQ ID NO:25，或在核苷酸1458處具有胸腺嘧啶而不是胞嘧啶的變異體)相關(guān)，編碼基因肽寄存編號NP_000029，SEQ ID NO:26。APC的其它名稱包括BTSP2和DP2。APC結(jié)合微管并抑制Wnt信號傳導(dǎo)路徑，而且可以充當(dāng)腫瘤抑制基因。
[0043]對與癌癥相關(guān)的突變進(jìn)行公共編目一直受到關(guān)注。包括關(guān)于與癌癥相關(guān)的突變的信息的公用數(shù)據(jù)庫的實(shí)例是由美國國家生物技術(shù)信息中心(馬里蘭州的貝塞斯達(dá)(Bethesda, MD))維護(hù)的基因型和表型的數(shù)據(jù)庫(dbGaP)以及由維康信托桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)(英國劍橋(Cambridge, UK))維護(hù)的癌癥體細(xì)胞突變目錄(COSMIC)數(shù)據(jù)庫。
[0044]提供測定突變狀態(tài)，例如鑒別血液腫瘤(例如多發(fā)性骨髓瘤、白血病、淋巴瘤等)或?qū)嶓w腫瘤(例如黑素瘤、食道癌、肺癌或膀胱癌)中標(biāo)記基因的突變以預(yù)測對治療的反應(yīng)，進(jìn)展時間和治療之后的存活的組合物和方法。本文中所提供的組合物和方法也可以鑒別實(shí)體腫瘤，例如來自結(jié)腸癌、乳癌、頭頸癌或中樞神經(jīng)系統(tǒng)癌的標(biāo)記基因的突變。
[0045]標(biāo)記是基于展現(xiàn)對MLN4924治療的敏感性的腫瘤細(xì)胞的遺傳概況來鑒別的。TP53標(biāo)記也是基于在TP53基因的缺失方面有所不同的同基因細(xì)胞系的行為來鑒別的。所觀察到的敏感性可以在通過一種以上方法測試的腫瘤細(xì)胞中取得一致。
[0046]除非另外定義，否則本文中所使用的所有技術(shù)和科技術(shù)語具有本發(fā)明本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員的通常所理解的含義。一般來講，本文中所述的與分子生物學(xué)以及蛋白質(zhì)和寡核苷酸或聚核苷酸化學(xué)和雜交結(jié)合使用的命名法以及其細(xì)胞與組織培養(yǎng)技術(shù)是本領(lǐng)域中已知的那些?；驇旎蚧螂募拇婢幪柡陀杏玫暮怂岷碗男蛄锌梢娪谟神R里蘭州貝塞斯達(dá)的美國國家生物技術(shù)信息中心維護(hù)的網(wǎng)站。貫穿本申請案(包括表格)所引用的所有數(shù)據(jù)庫寄存記錄(例如來自昂飛HG133注釋文件(Affymetrix HG133annotat1n files)、英特茲(Entrez)、基因庫、RefSeq、COSMIC)的內(nèi)容在此以引用的方式并入本文中。使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行重組DNA、寡核苷酸合成、蛋白質(zhì)純化、組織培養(yǎng)和轉(zhuǎn)型以及轉(zhuǎn)染(例如電穿孔、脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染等)。酶促反應(yīng)是根據(jù)制造商的說明書或如此項(xiàng)技術(shù)中通常所實(shí)現(xiàn)或如本文中所述來進(jìn)行。以上技術(shù)和程序一般可根據(jù)本領(lǐng)域中已知的方法，例如如貫穿本發(fā)明說明書所引用并論述的各個一般性和較特定的參考文獻(xiàn)中所述來進(jìn)行。參見例如薩姆布魯克(Samtoook)等人(2000)《分子克隆實(shí)驗(yàn)手冊》(Molecular Cloning:A Laboratory Manual)(第 3版，冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社(Cold Spring Harbor Laboratory Press),冷泉港,紐約)或哈洛(Harlow)，E.和萊恩(Lane)，D.(1988)《抗體實(shí)驗(yàn)手冊》(Antibodies:A LaboratoryManual)(冷泉港實(shí)驗(yàn)室出版社，冷泉港，紐約)。本文中所述的與分析化學(xué)、合成有機(jī)化學(xué)和藥物與醫(yī)藥化學(xué)結(jié)合使用的命名法以及其實(shí)驗(yàn)室程序和技術(shù)是本領(lǐng)域中已知的。標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)用于化學(xué)合成、化學(xué)分析、醫(yī)藥制備、調(diào)配和傳遞以及治療患者。此外，除非另外為情形所需，否則單數(shù)術(shù)語應(yīng)包括復(fù)數(shù)并且復(fù)數(shù)術(shù)語應(yīng)包括單數(shù)。倘若有沖突，那么將以本說明書(包括定義)為主。
[0047]本文中使用冠詞“一 (a/an) ”和“至少一個”來指所述冠詞的一個或一個以上語法賓語。舉例來說，“一個要素”意指一個或一個以上要素、至少一個要素。倘若有沖突，那么將以本說明書(包括定義)為主。
[0048]如本文所用，“有利”結(jié)果或預(yù)后是指長期存活、長進(jìn)展時間(TTP)和/或良好反應(yīng)。反之，“不利”預(yù)后是指短期存活、短進(jìn)展時間(TTP)和/或不良反應(yīng)。
[0049]如本文所用的“標(biāo)記”包括與標(biāo)記基因相關(guān)的材料，所述標(biāo)記基因已經(jīng)被鑒別為具有患者腫瘤細(xì)胞的突變并且此外，所述突變是患者用例如NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯治療的結(jié)果是有利或不利的表征。標(biāo)記的實(shí)例包括材料，例如染色體基因座、基因的DNA、基因的RNA或基因的蛋白質(zhì)。舉例來說，標(biāo)記包括標(biāo)記基因材料，例如展示指示短期存活患者的特征(例如大小、序列、組成或量)的染色體基因座、DNA、RNA或蛋白質(zhì)；或者標(biāo)記包括標(biāo)記基因材料，例如展示指示長期存活患者的突變或特征(例如大小、序列、組成或量)的染色體基因座、DNA、RNA或蛋白質(zhì)。在另一實(shí)例中，標(biāo)記包括標(biāo)記基因材料，例如染色體基因座、DNA、RNA或蛋白質(zhì),其突變或特征(例如大小、序列、組成或量)指示患者具有不良的治療反應(yīng)；或者標(biāo)記包括標(biāo)記基因材料，例如染色體基因座、DNA> RNA或蛋白質(zhì),其突變或特征(例如大小、序列、組成或量)指示患者具有良好反應(yīng)。在另一實(shí)例中，標(biāo)記包括標(biāo)記基因材料，例如染色體基因座、DNA、RNA或蛋白質(zhì)，其突變或特征(例如大小、序列、組成或量)指示患者的疾病在治療之后具有短進(jìn)展時間(TTP);或者標(biāo)記包括標(biāo)記基因材料，例如染色體基因座、DNA、RNA或蛋白質(zhì)，其突變或特征(例如大小、序列、組成或量)指示患者的疾病具有長TTP。在又另一實(shí)例中,標(biāo)記包括標(biāo)記基因材料,例如染色體基因座、DNA、RNA或蛋白質(zhì),其突變或特征(例如大小、序列、組成或量)指示患者的疾病在治療之后具有短期存活；或者標(biāo)記包括標(biāo)記基因材料，例如染色體基因座、DNA、RNA或蛋白質(zhì)，其突變或特征(例如大小、序列、組成或量)指示患者的疾病具有長期存活。因此，如本文所用，標(biāo)記是打算包括這些可能性中的每一個，并且可以進(jìn)一步包括每個單一標(biāo)記單獨(dú)地作為標(biāo)記；或者當(dāng)提及“標(biāo)記”或“標(biāo)記組”時可共同地包括一或多個或所有特征。
[0050]適用于測量以確定預(yù)后或治療或疾病管理策略的染色體基因座標(biāo)記選自由以下組成的群組:染色體22ql2.2(NF2)，例如從堿基對29999545到30094589 ;染色體18q21.1-21.2(SMAD4)，例如從堿基對 48556583 到 48611412 ;染色體 Xpll.2 (KDM6A)，例如從堿基對44732423到44971847 ;染色體4q31.3 (FBXW7)，例如從堿基對153242410到153456172 ;染色體 17pl3.1 (TP53)，例如從堿基對 7571720 到 7590868 ;以及 9p21 (CDKN2A和⑶KN2A_pl4)，例如從堿基對21967751到21994490。染色體基因座編號是基于NCBI基因數(shù)據(jù)庫中的參考人類基因組Build37.3(從2011年10月5日至今)。標(biāo)記DNA、標(biāo)記RNA或標(biāo)記蛋白質(zhì)可以對應(yīng)于染色體基因座標(biāo)記上的堿基對。舉例來說，標(biāo)記DNA可以包括來自染色體基因座標(biāo)記的基因組DNA，標(biāo)記RNA可以包括從基因座標(biāo)記轉(zhuǎn)錄的聚核苷酸，并且標(biāo)記蛋白質(zhì)可以包括由樣品，例如包含腫瘤細(xì)胞的樣品中的染色體基因座標(biāo)記處表達(dá)產(chǎn)生的多肽。
[0051]“標(biāo)記核酸”是一種由本發(fā)明的標(biāo)記基因編碼或?qū)?yīng)于本發(fā)明的標(biāo)記基因的核酸(例如基因組DNA、mRNA、cDNA)。這些標(biāo)記核酸包括DNA，例如基因組DNA的有義和反義鏈(例如包括本文中出現(xiàn)的任何內(nèi)含子)，包含完整或部分序列，例如基因組DNA的外顯子中的一者或多者，最多并包括任何標(biāo)記基因的開放閱讀框架或此類序列的互補(bǔ)序列。標(biāo)記核酸也包括包含任何標(biāo)記的完整或部分序列或此類序列的互補(bǔ)序列的RNA，其中所有胸苷殘基被尿苷殘基置換，RNA通過基因組DNA的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生(即在剪接之前)，RNA通過剪接從基因組DNA轉(zhuǎn)錄的RNA產(chǎn)生，并且蛋白質(zhì)通過轉(zhuǎn)譯所剪接的RNA產(chǎn)生(即包括在通常裂解區(qū)域(例如跨膜信號序列)的裂解之前和之后的兩種蛋白質(zhì))。如本文所用，“標(biāo)記核酸”還可以包括通過反轉(zhuǎn)錄RNA (包括剪接RNA)制得的cDNA，所述RNA是通過轉(zhuǎn)錄基因組DNA產(chǎn)生的。標(biāo)記核酸還包括此類序列，其由于遺傳代碼的簡并而不同于某些核酸的核苷酸序列，所述核酸編碼對應(yīng)于本發(fā)明的標(biāo)記(例如突變標(biāo)記)的蛋白質(zhì)，并因此編碼相同蛋白質(zhì)，例如突變蛋白。如本文所用，短語“等位變異體”是指出現(xiàn)在指定基因座或通過核苷酸序列編碼的多肽的核苷酸序列。這些天然產(chǎn)生的等位變異通常會在指定基因的核苷酸序列中引起1-5%變化。交互等位基因可以通過對多個不同個體中，例如不患有癌癥的個體的細(xì)胞中，例如生殖系細(xì)胞中的相關(guān)基因進(jìn)行測序來鑒別。此測序可以通過使用雜交探針容易地進(jìn)行，從而鑒別各種個體中的相同遺傳基因座。任何和所有這些核苷酸變異和所得氨基酸多形現(xiàn)象或變異(這是天然產(chǎn)生的等位變異的結(jié)果并且不改變野生型標(biāo)記基因的功能活性)的檢測打算屬于本文所述標(biāo)記的野生型形式的范圍內(nèi)?！皹?biāo)記蛋白”是一種通過本發(fā)明的標(biāo)記(例如突變體核酸)編碼或與此對應(yīng)的蛋白質(zhì)。術(shù)語“蛋白質(zhì)”和“多肽”可互換地使用。標(biāo)記的蛋白質(zhì)可以特定地通過其名稱或氨基酸序列來提及，但本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員應(yīng)了解，突變、缺失和/或轉(zhuǎn)譯后修飾會影響蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、外觀、細(xì)胞定位和/或行為。除非另外規(guī)定，否則這些差異在本文中不進(jìn)行區(qū)分，并且本文所述的標(biāo)記打算包括任何或所有此類變種。
[0052]如本文所用，“標(biāo)記基因”是指可以具有突變以使得其DNA、RNA和/或蛋白質(zhì)具有能在治療之后提供關(guān)于預(yù)后的信息(即“提供信息的”)的特征(例如大小、序列、組成或量)的基因。本文中聯(lián)系NAE抑制劑、例如1-取代的氨基磺酸甲酯(例如MLN4924)治療之后的結(jié)果描述的標(biāo)記基因是上文所述的染色體基因座標(biāo)記內(nèi)的基因的實(shí)例并且提供在表1中。對應(yīng)于標(biāo)記基因的mRNA的序列、開放閱讀框架和蛋白質(zhì)也列舉在表1中。表1中所列舉的標(biāo)記基因可以具有同功異型物，其或者普遍存在或者表達(dá)受限。除了 CDKN2A_pl4同功異型物的獨(dú)立清單之外，表1中的DNA SEQ ID NO是指編碼主要或最長同功異型物的mRNA并且蛋白質(zhì)SEQ ID NO至少表示此類同功異型物的前體并且不一定是成熟蛋白質(zhì)。這些序列并不打算限制與所述同功異型物或前體的標(biāo)記基因一致性。通過檢查在英特茲基因(由馬里蘭州貝塞斯達(dá)的美國國家生物技術(shù)信息中心維護(hù)的數(shù)據(jù)庫)下所提供，通過表1中列舉的ID編號鑒別的信息，本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員可容易地獲取并理解附加同功異型物和成熟蛋白質(zhì)。
[0053]表1關(guān)于NAE抑制劑治療的標(biāo)記基因描述
[0054]

【權(quán)利要求】
1.一種用于確定是否用NEDD8活化酶NAE抑制劑治療患者的方法，其包含: a)測量包含腫瘤細(xì)胞的患者樣品中與至少一個標(biāo)記基因相關(guān)的至少一個標(biāo)記的至少一個特征； b)鑒別在步驟a)中所測量的所述至少一個特征是否提供關(guān)于在用所述NAE抑制劑治療之后的結(jié)果的信息；以及 c)如果所述提供信息的特征表明所述腫瘤細(xì)胞包含至少一個其突變狀態(tài)表明NAE抑制療法的有利結(jié)果的標(biāo)記基因，那么確定用NAE抑制劑治療所述患者， 其中所述至少一個標(biāo)記基因是與科林-環(huán)連接酶的活性具有相關(guān)性的腫瘤抑制基因。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個特征選自由大小、序列、組成和量組成的群組。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因的所述突變狀態(tài)是突變體。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因選自由NF2、SMAD4、KDM6A和FBXW7組成的群組。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在所述至少一個標(biāo)記基因中的突變是失活性突變。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因選自由NF2、SMAD4和KDM6A組成的群組。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記選自由對應(yīng)于所述至少一個標(biāo)記基因的核酸和蛋白質(zhì)組成的群組。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中所述患者樣品包含血液腫瘤細(xì)胞。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其中所述患者樣品包含實(shí)體腫瘤細(xì)胞。
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記是至少兩個標(biāo)記。
11.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述至少一個特征是至少一個標(biāo)記的序列。
12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記是核酸。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法，其中所述核酸選自由DNA、mRNA和cDNA或上述中的任一者的任何部分組成的群組，其中所述部分對應(yīng)于所述至少一個標(biāo)記基因的至少一個突變位點(diǎn)。
14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述NAE抑制劑是氨基磺酸((1S，2S，4R) -4- {4- [ (IS) -2，3- 二氫-1H-茚-1-基氨基]-7H-吡咯并[2，3-d]嘧啶-7-基} -2-羥基環(huán)戍基)甲基酷。
15.一種用于確定是否繼續(xù)患者癌癥的NAE抑制劑治療的方法，其包含: a)獲得來自患者的包含腫瘤細(xì)胞的第一生物樣品和來自所述患者的包含腫瘤細(xì)胞的第二生物樣品，其中所述第一樣品是在所述第二樣品之前獲得并且在所述第二樣品之前用NAE抑制劑治療所述患者； b)測量所述兩個樣品中至少一個標(biāo)記的至少一個特征； c)比較b)中所述測量的結(jié)果；以及 d)如果所述比較表明在所述第二樣品中的所述腫瘤細(xì)胞包含至少一個其突變狀態(tài)表明有利結(jié)果的標(biāo)記基因，那么確定繼續(xù)用所述NAE抑制劑治療，其中所述至少一個標(biāo)記基因是與科林-環(huán)連接酶的活性具有相關(guān)性的腫瘤抑制基因。
16.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述至少一個特征選自由大小、序列、組成和量組成的群組。
17.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因的所述突變狀態(tài)是突變體。
18.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因選自由NF2、SMAD4、KDM6A和FBXW7組成的群組。
19.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記選自由對應(yīng)于所述至少一個標(biāo)記基因的核酸和蛋白質(zhì)組成的群組。
20.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述患者樣品包含血液腫瘤細(xì)胞。
21.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述患者樣品包含實(shí)體腫瘤細(xì)胞。
22.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記是至少兩個標(biāo)記。
23.根據(jù)權(quán)利要求16所述的方法，其中所述至少一個特征是至少一個標(biāo)記的序列。
24.根據(jù)權(quán)利要求23所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記是核酸。
25.根據(jù)權(quán)利要求24所 述的方法，其中所述核酸選自由DNA、mRNA和cDNA或上述中的任一者的任何部分組成的群組，其中所述部分對應(yīng)于所述至少一個標(biāo)記基因的至少一個突變位點(diǎn)。
26.根據(jù)權(quán)利要求15所述的方法，其中所述NAE抑制劑是氨基磺酸((1S，2S，4R) -4- {4- [ (IS) -2，3- 二氫-1H-茚-1-基氨基]-7H-吡咯并[2，3-d]嘧啶-7-基} -2-羥基環(huán)戍基)甲基酷。
27.—種試劑盒，其包含用于測量患者樣品中的至少一個標(biāo)記的至少一個特征的試劑，其中對應(yīng)于至少一個標(biāo)記基因的所述至少一個標(biāo)記是與科林-環(huán)連接酶的活性具有相關(guān)性的腫瘤抑制基因。
28.根據(jù)權(quán)利要求27所述的試劑盒，其中所述至少一個特征選自由大小、序列、組成和量組成的群組。
29.根據(jù)權(quán)利要求27所述的試劑盒，其中所述至少一個標(biāo)記選自由與所述至少一個標(biāo)記基因相關(guān)的核酸和蛋白質(zhì)組成的群組。
30.根據(jù)權(quán)利要求27所述的試劑盒，其中所述至少一個標(biāo)記基因選自由NF2、SMAD4、KDM6A和FBXW7組成的群組。
31.根據(jù)權(quán)利要求27所述的試劑盒，其進(jìn)一步包含用于添加到所述樣品中的穩(wěn)定劑。
32.根據(jù)權(quán)利要求29所述的試劑盒，其中所述至少一個標(biāo)記是核酸并且所述試劑是至少一個引物。
33.根據(jù)權(quán)利要求32所述的試劑盒，其中所述至少一個引物與選自由以下組成的群組的核酸序列雜交:SEQ ID NO:1、2、4、5、7、8、9、12、13，在從堿基對 29999545 到 30094589 的染色體22q上的序列、在從堿基對48556583到48611412的染色體18q上的序列、在從堿基對44732423到44971847的染色體Xp上的序列、在從堿基對153242410到153456172的染色體4q上的序列，以及上述中的任一者的互補(bǔ)序列。
34.根據(jù)權(quán)利要求32所述的試劑盒，其進(jìn)一步包含第二引物。
35.根據(jù)權(quán)利要求32所述的試劑盒，其進(jìn)一步包含探針。
36.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其中包含血液腫瘤細(xì)胞的所述患者樣品是血液。
37.根據(jù)權(quán)利要求36所述的方法，其進(jìn)一步包含針對腫瘤細(xì)胞濃縮所述患者樣品。
38.一種用于鑒別作為NAE抑制劑之化合物的方法，其包含: a)使包含至少一個標(biāo)記基因的細(xì)胞與測試化合物接觸；以及 b)測定所述測試化合物對所述細(xì)胞的生長或活力的作用， 其中所述至少一個標(biāo)記基因是腫瘤抑制基因，其突變狀態(tài)與用NAE抑制劑治療的結(jié)果相關(guān)并且與科林-環(huán)連接酶的活性具有相關(guān)性， 并且其中如果 所述測試化合物降低所述細(xì)胞的所述生長或活力，那么所述測試化合物是NAE抑制劑。
39.根據(jù)權(quán)利要求38所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因的所述突變狀態(tài)是突變體。
40.一種用于支付用NAE抑制劑治療癌癥的方法，其包含: a)記錄包含腫瘤細(xì)胞的患者樣品中至少一個標(biāo)記基因的突變狀態(tài)，以及 b)如果所述突變狀態(tài)表明有利結(jié)果，那么授權(quán)支付所述NAE抑制劑治療。
41.根據(jù)權(quán)利要求40所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因的所述突變狀態(tài)是突變體。
42.根據(jù)權(quán)利要求40所述的方法，其中所述至少一個標(biāo)記基因選自由NF2、SMAD4、KDM6A和FBXW7組成的群組。
【文檔編號】G01N33/50GK104080926SQ201280065180
【公開日】2014年10月1日 申請日期:2012年10月26日 優(yōu)先權(quán)日:2011年10月28日
【發(fā)明者】斯蒂芬·J·布萊克莫爾, 斌·李, 喬治·J·馬利根, 馬修·C·舒, 彼得·G·史密斯 申請人:米倫紐姆醫(yī)藥公司