本發(fā)明涉及DNA的識別。它一方面特別地關(guān)于在時間非常重要的情形下的致病的DNA的識別，另一方面，關(guān)于針對任何特定的靶DNA的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)處理的優(yōu)化。

技術(shù)實現(xiàn)要素：

一般來說，為了檢查樣品是否含有被懷疑存在的特定的DNA，在DNA樣品上執(zhí)行PCR，類似地，RT-PCR用于RNA種類。通常通過在反應(yīng)容器中放置必要的試劑和被標(biāo)記的引物來為PCR制備樣品。然后通過循環(huán)地加熱至變性溫度來實施PCR，當(dāng)樣品DNA鏈分離時，冷卻至分離的鏈與引物結(jié)合的退火溫度，并且加熱至鏈延伸以制做DNA的新的部分的延伸點。因此在每個循環(huán)，靶DNA如果存在的話，將倍增。最終的數(shù)量對于檢測是充分的，即，保證了靶DNA確實存在。光學(xué)讀取裝置可以觀察當(dāng)DNA樣品已經(jīng)被充分擴增時所產(chǎn)生的熒光。

PCR處理已經(jīng)被并入很多分子診斷測試，但是仍然存在大量的，并且實際上由于突變而數(shù)量增加的感興趣的分子。因此，存在明顯的需求，既能快速地建立新的測試(例如在疾病爆發(fā)疫情的情況下)，并且又能在最短的可能時間內(nèi)完成用于檢測的現(xiàn)有的測試，特別是當(dāng)生命處于危險中時。

這是PCR處理的每個方面對于靶DNA都是特定的情況。因此，PCR處理的優(yōu)化，包括其可以被快速地執(zhí)行，可能包括非常大數(shù)量的迭代，如果被連續(xù)執(zhí)行，該迭代可能耗費很多天，甚至幾周。本發(fā)明的目的是提供這些迭代可以基本上同時在自動操作中被執(zhí)行，而且是其中來自同時測試中的每個的結(jié)果可被自動地比較，以針對靶DNA和引物的給定組合達到優(yōu)化的PCR處理的一種。這樣的方法不僅可以減少檢測耗費的時間，而且最終檢查PCR處理本身的動力學(xué)。

發(fā)明內(nèi)容

根據(jù)本發(fā)明的第一方面，一種用于優(yōu)化DNA檢測的處理包括：

·使用懷疑適于含有靶DNA的特定樣品的引物和試劑，以不同的量填充多個反應(yīng)容器；

·在每個反應(yīng)容器中放置靶DNA；

·使每個容器同時經(jīng)受不同的熱循環(huán)曲線；

·同時并且連續(xù)地光學(xué)觀察(通常是通過熒光)反應(yīng)容器中的整個PCR處理。

根據(jù)對來自每個反應(yīng)容器的結(jié)果的比較，可以確定用于特定的DNA靶的優(yōu)化的PCR處理。通常，為了在其中產(chǎn)生相應(yīng)的熒光信號，可能必須使用合適的光來激發(fā)反應(yīng)容器的內(nèi)容物。“連續(xù)地”意味指以小于一秒，優(yōu)選為25ms(毫秒)的間隔捕獲圖像。

反應(yīng)容器的數(shù)量便利地為常規(guī)的8×12微滴定容器陣列中的96個，并且在每個容器中的處理的定時是變化的，可能是根據(jù)來自光學(xué)裝置獲得的結(jié)果。隨著溫度和時間的完全控制，對于儀器，變得可能運行預(yù)編程的協(xié)議。因此，該儀器可以完成溫度對于時間的梯度，或許在每個反應(yīng)容器中是不同的梯度。然后，通過比較cT(循環(huán)閾值)值，和R(涉及相對于直線的分散的統(tǒng)計值)，可通過這些數(shù)據(jù)的比較來確定對于該特定DNA的優(yōu)化的條件。

此外，研究反應(yīng)相對于任何變量的酶動力學(xué)變得可能。例如，如果兩個反應(yīng)除了引物濃度之外，其它都是一致的，則如果連續(xù)地觀察到熒光的增強(與傳統(tǒng)的每個循環(huán)發(fā)生一次的方法不同)，則有可能確定酶相對于引物濃度的Km。因此，有可能以本質(zhì)上逐步的方式，但是在單板上(固定所有的變量除了將要被測試的單個)研究反應(yīng)中所有這些變量的影響。

許多直接影響所觀察的熒光的現(xiàn)象發(fā)生。在嵌入染料的增加之后，當(dāng)觀察時，靶序列的退火和熔化點是其中首要的。能夠光譜詢問的系統(tǒng)可在正好相同的時間和溫度觀察到從嵌入染料和序列特異性探針兩者發(fā)射的熒光。這使得能夠測定FRET(熒光共振能量轉(zhuǎn)移)并且因此可提供關(guān)于靶的雜交狀態(tài)的信息。此外，由于可以在毫秒時間量級對所有的數(shù)據(jù)進行對照，在觀察變化或者信號后，不必保持循環(huán)在任何溫度處超過幾個毫秒。

同樣地，在每個孔中使用相同的引物，也變得可能通過在每個孔中具有不同的嵌入劑或者特異性探針來研究處理的不同的方面，并且像這樣在單次運行中獲得關(guān)于試驗的不同方面的數(shù)據(jù)(因此確定例如一個孔中的熔點和另一個孔中的退火點)。

以上的方面產(chǎn)生了一個新的參數(shù)，本發(fā)明人稱之為循環(huán)效率(in-cycle efficiency)，這在本質(zhì)上是在特定的反應(yīng)條件下的酶的Km(該值越高表示反應(yīng)可被越快地執(zhí)行)。當(dāng)由于迄今一直是該情況，每個循環(huán)有單獨的讀數(shù)時，針對整個PCR處理，產(chǎn)生實時的PCR曲線。然而，當(dāng)通過本發(fā)明的手段觀察到任何單個循環(huán)的整體時，其中存在額外的并且有價值的信息。代替僅來自任何循環(huán)中觀察到的基線熒光的曲線，其反映循環(huán)已經(jīng)開始被觀察的點至已經(jīng)完成的點，還可以獲得倍增完成的瞬間的曲線。因此提供了兩個基準(zhǔn)點：首先是在該倍增完成時的時間點，其次是由整個循環(huán)序列描述的曲線的斜率。我們稱該曲線的斜率為循環(huán)效率因子，應(yīng)當(dāng)理解，倍增完成的點代表擴增步驟所要求的最小可能的時間。

如果采用嵌入染料，可能觀察到相對時間的變性、退火和延伸溫度的所有，以及此時的高分辨率的退火。高分辨率的退火代表了一種區(qū)分類似的序列并且另外能夠量化它們的相對豐度的新的方法。如果能夠視覺觀察到引物退火的點，這是在采用合適的探針時，循環(huán)中擴增信號具有初始峰值的點，則能夠區(qū)分具有相似退火溫度的兩個擴增子。此外，這里的關(guān)鍵是本發(fā)明給予的在僅僅幾毫秒的時間量級內(nèi)測量熒光的能力，因此提供非常高的分辨率，理論上當(dāng)每25毫秒執(zhí)行一次讀取并且以1℃/s冷卻時是0.04℃。這是不能由傳統(tǒng)的每個循環(huán)在延伸點讀取一次所能收集到的新的數(shù)據(jù)，但是它不會對PCR方案增加額外的時間要求，并且消除了對諸如高分辨率熔化的下游確認方法的需求。

本發(fā)明能夠?qū)ψR別特定的DNA的處理實現(xiàn)快速的因子的優(yōu)化。其中對優(yōu)化敏感的參數(shù)是：

·退火溫度；

·退火時間；

·變性溫度；

·變性時間；

·延伸溫度；

·延伸時間；

·進行熒光讀取的溫度；

·變化速度(對所有步驟)；

·氯化鎂濃度；

·dNTP濃度；

·引物濃度；

·靶濃度；

·酶的濃度。

其中，最重要的可能是退火溫度、延伸時間、氯化鎂濃度、以及引物濃度。

這些參數(shù)中任何一項的優(yōu)化取決于這些參數(shù)中其它的參數(shù)以及另外的參數(shù)的影響。如果延伸時間太短，則包括cT和R值的處理效率將下降，這意味著DNA樣品不會在每個循環(huán)都倍增。

如果選擇的退火溫變太高，則不是所有的引物點都將被覆蓋，再一次，處理效率降低。

此外，如果氯化鎂或者引物的濃度太低，則復(fù)制復(fù)合物劣化，這樣循環(huán)效率將下降。

根據(jù)本發(fā)明的因子優(yōu)化操作來測試對以上的參數(shù)做單獨的變動的影響，并且確定哪個參數(shù)組合將導(dǎo)致最低的cT和最接近1的R值。增加的循環(huán)效率因子(本質(zhì)上是這種酶處理的Km)，也被使用以最大化效率，并且最小化檢測的時間。

概略地說，用于因子的優(yōu)化的處理如下：

用戶被供應(yīng)一個96容器板，或者作為消耗品或者接到與在每個位置以什么濃度放置什么試劑有關(guān)的指令。在優(yōu)選的實施例中，板作為消耗品被供應(yīng)，使得反應(yīng)內(nèi)容物是高度可再現(xiàn)的并且被嚴格控制。用戶僅僅以指令規(guī)定的濃度加入引物、探針和靶物，并且板被密封，為熱循環(huán)做好準(zhǔn)備。該儀器，具有完全獨立的孔控制和監(jiān)控，對所有的反應(yīng)容器運行預(yù)先編程的熱循環(huán)曲線。與本實施例的光譜學(xué)方面有關(guān)的，溫度和熒光的讀數(shù)被緊密地連接在一起。這是因為許多的試驗具有多種成分，并且因此需要同時并且連續(xù)地獲得兩種染料用于iPCR處理。很清楚的是，基于標(biāo)準(zhǔn)過濾器的方法以及使用一組過濾器來區(qū)分染料永遠不可能滿足這些性能要求。儀器隨后將以小于1秒的頻率記錄針對每個容器獲得的全熒光譜。一旦完成，儀器具有被編程的軟件，以利用原始的光譜數(shù)據(jù)，光譜解卷積，以分離歸因于每個單獨成分染料的熒光。軟件隨后能夠繪制所要求的曲線圖，包括熒光相對時間的曲線，相對溫度的曲線，以及相對每個單獨的試劑濃度的效率曲線。一個例子是：如果一種方案具有4個相同的反應(yīng)容器，相同的熱曲線，除了例如引物濃度以外相同的試劑，則循環(huán)效率中相關(guān)性的圖將給出一個鐘形的曲線，并且軟件可以通過詢問這些數(shù)據(jù)確定最佳的濃度。系統(tǒng)隨后可以向用戶供應(yīng)每個試驗的理想的時間/溫度/濃度的全列表，并且進一步可以建議理想的優(yōu)化的PCR。這個處理被稱作因子的優(yōu)化，是該智能PCR方法中的關(guān)鍵優(yōu)勢，即熱系統(tǒng)的快速獨立的孔控制以及反應(yīng)的高頻率的“連續(xù)的”光譜詢問。

通過延伸，系統(tǒng)應(yīng)該能夠開展任何現(xiàn)有的試驗，并且僅關(guān)于溫度和時間方面執(zhí)行這種形式的優(yōu)化。例如，通過當(dāng)觀察到熒光倍增時自動地移動到下一個循環(huán)，總的反應(yīng)時間可被最小化。此外，為了減少反應(yīng)時間，系統(tǒng)還可以通過每個循環(huán)運行不同的曲線，使用單個孔執(zhí)行這樣的優(yōu)化。

總之，智能的PCR方法是要在與亞秒時間量級上光譜地詢問那些相同的孔的能力相結(jié)合時，借助使用被獨立地控制和監(jiān)控的熱循環(huán)所產(chǎn)生的技術(shù)優(yōu)勢。這會產(chǎn)生不能由現(xiàn)有的儀器獲得的新的數(shù)據(jù)，并且該智能的PCR是使用這些數(shù)據(jù)所產(chǎn)生的處理和方法。

根據(jù)本發(fā)明的第二方面，提供了一種用于循環(huán)生化操作(包括PCR)的裝置，該裝置包括微滴定反應(yīng)容器的陣列(每個都是可單獨控制的)、激光或者激光二極管光源、多通道成像光譜儀、被布置用于光源的準(zhǔn)直輸出的接收并且在至少八個反應(yīng)容器以上終止的多光纖探頭束，每個光纖探頭實際上包括多個激發(fā)光纖和至少一個收集光纖，所述至少一個收集光纖被布置為可能經(jīng)由衍射光棚來聚焦至大面積檢測器。

理想地，光纖束的數(shù)量是96，并且光譜儀是96通道的成像光譜儀。這樣，貫穿所有反應(yīng)的全光譜數(shù)據(jù)可同時被連續(xù)地收集。在96孔情形下僅采用8個光纖束的情況下，可存在移動穿梭部件，被布置為依次集中光譜儀在每列12個孔上。或者采用12束，移動穿梭部件被布置為依次集中光譜儀在每行8個孔上。

優(yōu)選地，由于使用在分子診斷中通常使用綠色的染料，光源是在488nm運行的激光或者激光二極管。也測試了使用相似波長的LED的更廉價的光源。也可以采用復(fù)用器。優(yōu)選地，單個488nm的源同時照射包含96個光纖的整個束。

根據(jù)本發(fā)明的這一方面的特點，每個光纖探針的端部可包括單個的中央芯，被布置為收集由擴增發(fā)生所產(chǎn)生的發(fā)射光。合適地，實際上可以有被6個激發(fā)光纖包圍的單個的中央芯收集光纖，對于具有相同直徑的光纖，這在幾何上是完美的。被發(fā)射的光因此被發(fā)送回光度計的第二支腳上的相似的多光纖束，但是在這種情況下，被組織成一個規(guī)定的陣列，使得該陣列可通過衍射光柵被聚焦在諸如CCD的大面積檢測器上。其結(jié)果是多個單獨的光譜被同時成像在CCD器件上，并且像這樣，在任何可見光波長上所有的發(fā)射光被從全部96個孔中同時收集，或者以8或者12的倍數(shù)被依次收集。

總之，單獨的激光(或者激光二極管)光源可被布置成提供頻譜準(zhǔn)直的高功率源，光纖收集和傳送，以及所有96個容器的同時高速成像。在優(yōu)選的實施例中，這是運行在50mw的488nm的激光二極管，但是基于所使用的染料，其他的波長和輸入功率也是可用的。這樣的系統(tǒng)的使用使得在25毫秒內(nèi)讀出完整的熒光光譜成為可能，但是任何在亞500ms的時間幀中的全光譜的讀出使這種方法成為可能。

光學(xué)裝置可被布置為從孔中捕獲全部可見光的光譜，優(yōu)選一次至少8個。光學(xué)器件可包括單個探測器和旋轉(zhuǎn)分布輪，8孔掃描頭，能夠讀取1至8個反應(yīng)容器的分光光度計(優(yōu)選不用移動)，或者如上所述能夠同時觀察全部反應(yīng)容器的成像光譜儀。后者是更加優(yōu)選的光學(xué)裝置。

8孔掃描頭可包括單個探測器和兩個衍射光柵以將八個光譜聚焦至一個傳感器上。激發(fā)的光和發(fā)射的光都可通過光纖來提供，它們分別被通入至8孔LED板和光譜儀。通過這樣的方法，通過捕獲單獨的波帶，光譜圖像可被建立。96個孔可通過來尋址。

系統(tǒng)包括用于實時PCR反應(yīng)的連續(xù)光譜詢問的新型的快速的成像光譜儀。而且，與這種快速成像結(jié)合的在例如96(12×8陣列)孔微滴定反應(yīng)容器內(nèi)被獨立地控制的超快的熱循環(huán)，使得既可實現(xiàn)任何試驗的自動優(yōu)化，也將靶DNA的探測時間減少至絕對最小值。

為了減少捕獲光譜耗費的時間，光譜儀的數(shù)量可一路增加至12個，此時將不需要移動部件。一個可替代的實施例包括用于將全部96個孔成像在攝像機上的裝置，該裝置還具有可同時被布置在鏡頭前的一系列光纖。

針對成像光譜儀的實施例，從每個孔中發(fā)出的光被轉(zhuǎn)換成光譜并且聚焦在大面積探測器上。探測器可以是CCD，或者優(yōu)選是CMOS?？赏ㄟ^488nm激光器的手段提供激發(fā)，但是優(yōu)選可以使用以該波長附近為中心的一個或多個LED并且具有截斷濾波器以移除其發(fā)射中不希望的部分。這形成了用于實施iPCR方法的裝置的優(yōu)選實施例，包括其中描述的因子優(yōu)化方法。

應(yīng)當(dāng)理解，在微滴定環(huán)境中，在每個孔上的可用于光學(xué)部件的計劃空間最大為9×9mm。

通過從本發(fā)明中可得到的分辨率，可能看到退火步驟發(fā)生的時間點和溫度兩者，以及熒光結(jié)合的分子成功退火的時間點和溫度。則可能區(qū)分多個等位基因，例如在任何給定基因位點上的SNP篩查以及數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化量化。設(shè)計一對引物以覆蓋感興趣的區(qū)域，他們的熔化點和熒光標(biāo)記都是不同的，以允許退火出現(xiàn)的溫度的精確確定。這將是兩者之間的細微差別。使用能夠光譜解卷積的系統(tǒng)，則可以從光譜上分離染料，但是如果需要的話結(jié)合它們總的熒光輸出，并且在必要時比較。在還不能在擴增子之間沒有顯著的串?dāng)_的情況下設(shè)計實時PCR探針時，通過這些手段，變得可能實現(xiàn)基因型SNP變異。

附圖說明

現(xiàn)在將以示例的形式，參照下面的附圖描述本發(fā)明的實施例，其中：

圖1至4例示具有單獨的PCR控制的96孔微滴定反應(yīng)容器陣列。

圖5是光纖束的陣列的示意圖；

圖6是一個光纖束的截面圖；

圖7和8是例示“連續(xù)地”讀取的優(yōu)點的曲線圖；以及

圖9至16是用于因子優(yōu)化的板的布局的示例的平面圖。

具體實施方式

英國專利2404883和共同待審的英國專利申請1401584.6的說明書(以及其他專利說明書)中描述了標(biāo)準(zhǔn)的12×8陣列形式的96孔微滴定反應(yīng)容器PCR裝置，二者均描述了單獨的孔控制。以下結(jié)合附圖1-4描述后者的內(nèi)容。

裝置包括12個散熱模塊片10，夾在具有冷卻液入口頸部52和出口頸部53的兩個端板51之間。每個片在頂部邊緣具有八個反應(yīng)站11、在每端穿過散熱模塊片的冷卻液入口12和出口13的歧管孔以及沿著一個面從散熱模塊片頂部延伸至底部邊緣的一系列凹槽14。換熱器液體中空部在歧管孔12和13之間延伸。

反應(yīng)站11是圓形中空的，其尺寸為反應(yīng)容器支架40的底座能夠過盈地在其中適配。小孔16從每個站11的基部通至凹槽14，并且其作用為當(dāng)容器支架被放入時，允許氣體(空氣)從站11逸出。

在片的一面，圍繞每個歧管的是用于O形密封圈的槽17，再外側(cè)是滑動附接孔18，其中每一個都具有定位套19。

在一面的每個底角是是分離槽口20，被布置為當(dāng)需要時協(xié)助分離所述片。在每個站11之間是切口21，被布置為最大化在每個站11之間的熱隔離。在每個片10的一側(cè)的槽口22為相似的目的而形成。

印刷電路板(PCB)30夾在凹槽14內(nèi)，并且從片10的頂部和底部突出。PCB 30帶有加熱器和傳感器的電導(dǎo)管，它們終止于在其頂部的連接器31和底部的連接器32。PCB 30的厚度是凹槽14的深度。

反應(yīng)容器支架40安裝進入每個反應(yīng)站11。反應(yīng)容器支架40包括反應(yīng)容器接收部分41；加熱器部分42和冷卻部分43，后者被布置為將反應(yīng)站錨固在散熱模塊中。容器接收部分41被成形為緊密地接收微滴定反應(yīng)容器，并且在其壁上定位有溫度傳感器44。加熱器部分42具有在其周圍的螺旋的凹槽，凹槽內(nèi)纏繞有加熱器線圈45。彈性的管(未示出)通過泵(未示出)將頸部52，53連接至散熱器冷卻液儲罐(未示出)。

反應(yīng)容器61是由碳載塑料材料形成的微滴定容器，全部長度為2cm。它按照從上往下的順序包括，蓋接收邊緣、填充部分和其上具有基座的反應(yīng)腔。填充部分具有7mm的最大外徑和5mm的深度。反應(yīng)腔從3mm向下逐漸變細為2.5mm，整個具有0.8mm的壁厚度。因此，反應(yīng)腔基本上是毛細管尺寸。

支架40的陣列適合于緊密地接收12×8的標(biāo)準(zhǔn)化微滴定孔托盤60。

在反應(yīng)中，經(jīng)由導(dǎo)管供給的電能被布置為根據(jù)預(yù)定的程序加熱孔61，而其它的導(dǎo)管傳輸與孔中的溫度相關(guān)的信號。該程序針對每個孔預(yù)先確定，因為該裝置特別適于在每個孔61中執(zhí)行完全獨立的反應(yīng)。因此，在反應(yīng)包括加熱-冷卻循環(huán)的情況下，例如在PCR的情況下，可以一個孔61在加熱階段，另一個在冷卻階段，一個是停止?fàn)顟B(tài)，另一個是完成狀態(tài)。

熱循環(huán)被布置為對抗被固定在40℃的HRM 50中的冷卻劑環(huán)境而發(fā)生，40℃通常高于室溫，并且是加熱和冷卻效率的中間點。

在每個反應(yīng)容器中的處理的進展在光學(xué)單元62中被監(jiān)控。

圖5例示在8×12的微滴定板中使用的光纖束的陣列。激發(fā)光纖71的束從CCD光源72發(fā)出，并且進入復(fù)用單元73，從其中出來的96個光纖束74每一個都包括激發(fā)光纖和至少一個收集光纖。束74每一個終止在探針75中，最終適當(dāng)?shù)卦诿總€反應(yīng)腔上安裝一個探針75。在復(fù)用單元73中，收集光纖被連接至通向光譜儀77的輸出束76。

圖6是一個光纖束74的截面圖，也就是從復(fù)用單元73發(fā)出并且在探針75中停止的束。每個束74包括收集光纖芯78和6個圍繞芯光纖78的激發(fā)光纖79。標(biāo)準(zhǔn)的保護罩包圍所述光纖。

在圖1中示出的光學(xué)單元62中的是探針75，被安裝為探針75面對各個孔61。

圖7和8是光發(fā)射(y軸)相對于循環(huán)的數(shù)量(x軸)的曲線圖。曲線圖例示傳統(tǒng)的PCR光學(xué)觀察與本發(fā)明的光學(xué)觀察之間的不同，圖8例示來自圖7的細節(jié)(四個循環(huán))。在傳統(tǒng)的采用濾光器或者移動的探針的光學(xué)觀察中，在每個循環(huán)的末尾(也就是在每次延伸后)進行單個的圖像捕獲，如果必要的話。在圖8和9中是在點80處。在連續(xù)的捕獲中，也就是每25ms一幅圖像中，在點81處捕獲圖像，能夠使得構(gòu)建實時的線82表示整個PCR處理。特別是延伸的瞬間可被捕獲(點83)，每個步驟的時間長度和傾斜角度，cT和R被觀察和優(yōu)化。因此虛線84提供了循環(huán)效率的一種測量。虛線85是倍增完成的點處的測量。

因此，當(dāng)實時觀察時，獲得的數(shù)據(jù)使得可以針對給定的循環(huán)，實現(xiàn)在已經(jīng)觀察到擴增到完成擴增時的點的測量。在該循環(huán)上任何額外的時間都是不需要的。此外，通過測量在每個循環(huán)內(nèi)熒光增加的斜率(線83)，可以可視化循環(huán)效率。不同的熒光化學(xué)物質(zhì)(例如嵌入染料和3’水解試驗)將在反應(yīng)的各段給出不同數(shù)量的數(shù)據(jù)。示出的例子是針對3’水解試驗的。嵌入劑也將示出DNA產(chǎn)品的熔點，并且這對自動化軟件是有利的。通過使用不同的探針系統(tǒng)詢問相同的DNA靶，可以建立反應(yīng)整體的反應(yīng)圖像；退火溫度、不同化學(xué)成分的作用、優(yōu)化的溫度的圖像、以及在這些條件下的保持時間。

圖9至圖16例示在標(biāo)準(zhǔn)的8×12微滴定反應(yīng)容器陣列中同時的PCR操作的圖案，其中引用的數(shù)字代表一個變量，例如，退火溫度、延伸時間、氯化鎂濃度等；因此：

·圖9示出了針對4×4×3×2個同時進行的測試而設(shè)置的陣列；

·圖10示出了針對6×4×2×2個同時進行的測試而設(shè)置的陣列；

·圖11示出了針對6×4×4個同時進行的測試而設(shè)置的陣列；

·圖12示出了針對3×8×4個同時進行的測試而設(shè)置的陣列；

·圖13示出了針對12×8個同時進行的測試而設(shè)置的陣列；

·圖14示出了針對6×16個同時進行的測試而設(shè)置的陣列；

·圖15示出了針對24×4個同時進行的測試而設(shè)置的陣列；

·圖16示出了針對3×3×3×3個同時進行的測試而設(shè)置的陣列。

“設(shè)置”意味著該陣列(在本領(lǐng)域中通常被稱作板)，是在例如氯化鎂、引物、酶和dNTP濃度的范圍內(nèi)預(yù)先制備的。

然后，在同時進行測試的過程中，時間梯度可例如在逐列基礎(chǔ)上被變化，溫度梯度可在逐行基礎(chǔ)上被變化，如在圖17中所示。