專利名稱:基于插值算法的柔性體點(diǎn)分布模型的特征值和特征向量計(jì)算方法
技術(shù)領(lǐng)域:
本發(fā)明涉及柔性體點(diǎn)分布模型分析技術(shù),結(jié)合圖形學(xué)、矩陣?yán)碚摗⒕€性代數(shù)、醫(yī)學(xué)圖像分析、計(jì)算機(jī)圖像處理技術(shù)和柔性體模型的參數(shù)計(jì)算方法。
背景技術(shù):
柔性體相對于剛性體,在計(jì)算機(jī)中進(jìn)行建模和分析比較復(fù)雜,而在現(xiàn)實(shí)生活中物體隨時(shí)間柔性變化的情況是非常普遍的,如文獻(xiàn)1王敏琴 韓國強(qiáng) 涂泳秋.基于形變模型的醫(yī)學(xué)圖像分割綜述[J].醫(yī)療衛(wèi)生裝備,2009,30(2)-37-39;文獻(xiàn)2“Munsell,B.C.;Dalal,P.;Song Wang,″Evaluating Shape Correspondence forStatistical Shape AnalysisA Benchmark Study,″IEEE Transactions on PatternAnalysis and Machine Intelligence,vol.30,no.11,pp.2023-2039,Nov.2008,即馬塞爾,B.C;戴拉,P.;王松,”統(tǒng)計(jì)形狀分析中的形狀匹配估計(jì)一種校準(zhǔn)研究”,IEEE模式分析與機(jī)器智能會(huì)刊,vol.30,no.11,2008(11)2023-2039;以及文獻(xiàn)3龔永義 羅笑南 賈維嘉 黃厚生.基于改進(jìn)的彈簧質(zhì)子模型的醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn).計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào),2008(7)1224-1233。對于許多生物醫(yī)學(xué)組織,如人的心臟,雙手,骨骼,腎臟、大腦、細(xì)胞等等,這些人們可以很好地描述其外部形狀特征但卻很難給出準(zhǔn)確的剛性模型,如文獻(xiàn)4陳昱 莊天戈 王合.直方圖估計(jì)互信息在非剛性圖像配準(zhǔn)中的應(yīng)用.計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào),2000(4)444-448;文獻(xiàn)5簡江濤 馮煥清 熊進(jìn).點(diǎn)分布模型約束的主動(dòng)輪廓及其在腦MR圖像分割中的應(yīng)用.中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報(bào),2006,25(5)513-517;以及文獻(xiàn)6周壽軍,梁斌,陳武凡.心臟序列圖像運(yùn)動(dòng)估計(jì)新方法基于廣義模糊梯度矢量流場的形變曲線運(yùn)動(dòng)估計(jì)與跟蹤.計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào).2003.26(11)。點(diǎn)分布模型(PDM)是一種新近崛起的技術(shù),它能很好的對研究對象進(jìn)行描述,可以成功地應(yīng)用于非剛性模型的分解與合成處理。近年來,柔性體的統(tǒng)計(jì)學(xué)建模及其與圖像解釋技術(shù)的結(jié)合催生了一些高級(jí)應(yīng)用軟件,這些軟件不僅針對生物醫(yī)學(xué),還涉及目標(biāo)跟蹤、識(shí)別、以至影視等領(lǐng)域,如文獻(xiàn)7唐果 趙曉東 汪元美.三維醫(yī)學(xué)圖像分割與可視化研究.計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào),1998(3)204-209;文獻(xiàn)8段儕杰 馬竟鋒 張藝寶 侯凱 包尚聯(lián).能量傳導(dǎo)模型及在醫(yī)學(xué)圖像分割中的應(yīng)用[J].軟件學(xué)報(bào),2009(5)-1106-1115;文獻(xiàn)9侯立華.改進(jìn)Snake模型在醫(yī)學(xué)超聲圖像分割中的應(yīng)用[J].計(jì)算機(jī)仿真,2008,25(8)-183-185,322;以及文獻(xiàn)10閔小平 王博亮 戴培山 黃曉陽.基于主動(dòng)形變模型的醫(yī)學(xué)序列圖像的分割[J].系統(tǒng)仿真學(xué)報(bào),2007,19(22)-5331-5335。
PDM是一種基于對象樣本分析的統(tǒng)計(jì)模型。從Cootes等人開始,這種基于訓(xùn)練樣本上標(biāo)記點(diǎn)的形體建模思想一直被貫徹下來,如文獻(xiàn)11Timothy F.Cootes,Christopher J.Taylor,“Combining point distribution models with shape models basedon finite element analysis”,Image Vision Comput.13(5)403-409(1995),即蒂姆F.古茨,克里斯托弗J.泰勒,“有限元分析中點(diǎn)分布模型與形狀模型的結(jié)合”,計(jì)算機(jī)圖像與視覺,1995,13(5)403-409。最典型的想法是,使標(biāo)記點(diǎn)自動(dòng)對齊以確定圖形的位置和形變類型。對齊圖像后可以很容易的比較同組標(biāo)記點(diǎn)在不同例圖中的位置變化,只需要計(jì)算它們的坐標(biāo)就可以了。因而,PDM模型對于形狀的描述是通過輪廓點(diǎn)向量來完成的,它由中間形狀和形狀變化樣式組成。通過對這種分布情況建模,我們可以得到與原始訓(xùn)練集相似的新形狀。
在三維空間,如果訓(xùn)練集圖像中的每個(gè)圖形都由一組數(shù)量為n的標(biāo)記點(diǎn)描述,那么它可以用一個(gè)3n維的矢量表示(如果是二維對象即為2n維矢量)。訓(xùn)練集中的標(biāo)記工作非常重要,通常是手動(dòng)完成的。另外,在研究中我們要收集數(shù)百名例柔性體的個(gè)例以得到比較好的統(tǒng)計(jì)結(jié)果,如文獻(xiàn)12Guoyan Zheng;XiaoDong;Rajamani,K.T.;Xuan Zhang;Styner,M.;Thoranaghatte,R.U.;Nolte,L.-P.;Ballester,M.A.G.,″Accurate and Robust Reconstruction of a Surface Model of theProximal Femur From Sparse-Point Data and a Dense-Point Distribution Model forSurgical Navigation,″IEEE Transactions on Biomedical Engineering,vol.54,no.12,pp.2109-2122,Dec.2007,即張國艷,董曉,阿雅曼尼,K,T;張璇,斯蒂那,M;索拉納哈迪,R U.;諾蒂,L,P.;巴耶斯特爾,M.A.G.,“手術(shù)導(dǎo)航系統(tǒng)中基于稀疏點(diǎn)數(shù)據(jù)及密集點(diǎn)分布模型的股骨近端精確魯棒重建”,IEEE生物醫(yī)學(xué)工程會(huì)刊,vol.54,no.12,2007(12)2109-2122;文獻(xiàn)13Koikkalainen,J.;Tolli,T.;Lauerma,K.;Antila,K.;Mattila,E.;Lilja,M.;Lotjonen,J.,″Methods of Artificial Enlargementof the Training Set for Statistical Shape Models,″IEEE Transactions on MedicalImaging,vol.27,no.11,pp.1643-1654,Nov.2008,即考克克萊納,J.;托里,T.;勞爾瑪,K.;按提拉,K.;馬蒂拉,E.;莉亞,M.;羅提那,J.,“統(tǒng)計(jì)形狀模型訓(xùn)練集人工擴(kuò)大方法”,IEEE醫(yī)學(xué)圖像會(huì)刊,vol.27,2008(11)1643-1654。訓(xùn)練集形成的概率模型維度可能非常的大(在一個(gè)心臟模型中通??蛇_(dá)到上萬維),所以建立PDM的過程是非??菰镉仲M(fèi)時(shí)費(fèi)力的。然而,在一些應(yīng)用中,單獨(dú)的一個(gè)PDM模型或是有限個(gè)PDM模型都不足以很好的描述對象變化。事實(shí)上,不論是連續(xù)PDM模型還是模型插入方法都是為了滿足對象的性質(zhì),即對象時(shí)間和空間上的變化。例如在心臟建模時(shí),需要不同時(shí)間段的模型才能很好地描述心室形狀在心臟跳動(dòng)不同階段的變化。但是,在構(gòu)建整個(gè)心臟運(yùn)動(dòng)周期的連續(xù)模型時(shí),我們只能由已知的模型序列得到特定幾個(gè)時(shí)刻的模型,而其他任意時(shí)刻的模型就不得而知了,盡管在基于模型的圖像分割領(lǐng)域PDM建模出現(xiàn)已有十來年,但對于模型插值及相關(guān)內(nèi)容的深入研究還沒有開展過。
發(fā)明內(nèi)容
為了克服已有的柔性體點(diǎn)分布模型的不能形成實(shí)時(shí)分布的模型、模型精度差、實(shí)用性差的不足,本發(fā)明提供一種能夠形成實(shí)時(shí)分布的中間過渡模型、模型精度高、實(shí)用性良好的基于插值算法的柔性體點(diǎn)分布模型的特征值和特征向量計(jì)算方法。
本發(fā)明解決其技術(shù)問題所采用的技術(shù)方案是 一種基于插值算法的柔性體點(diǎn)分布模型的特征值和特征向量的計(jì)算方法,所述計(jì)算方法包括以下步驟 1)、載入兩個(gè)相鄰時(shí)刻Ta和Tb的柔性體分布模型Ma和Mb,其計(jì)算式為 Ma=<ya,Φa,λa>,Mb=<yb,Φb,λb>; 2)、通過所述柔性體分布模型Ma和Mb,分別計(jì)算平均形狀ya和yb、特征矩陣Φa和Φb、以及特征值λa和λb,設(shè)定柔性體從Ta到Tb呈連續(xù)變化, 2.1)中間模型的特征值的計(jì)算 λt≈a2λa+b2λb,(25) 這里λa和λb分別為前后兩個(gè)相鄰PDM模型的特征值向量,即 λa=(λa1,λa2,λa3,...),(26) λb=(λb1,λb2,λb3,...). (27) 2.2)、中間模型的特征向量的估計(jì) 插入中間模型的協(xié)方差矩陣近似為 St≈a2Sa+b2Sb (28) 其中,協(xié)方差矩陣Sa和Sb由特征矩陣Φa和Φb近似得到,Φa和Φb從插補(bǔ)前已知的點(diǎn)分布模型中得到;設(shè)定中間模型建立前先對訓(xùn)練集數(shù)據(jù)進(jìn)行PCA分析以減少參數(shù)個(gè)數(shù),并選取t種形變模式來描述整個(gè)對象的形變;由于Φ是協(xié)方差矩陣中最前面的t個(gè)特征矢量,則有 其中,Λa和Λb是由特征矢量λa和λb組合形成的對角矩陣;用奇異值分解的方法從式得到插入中間模型的特征矢量 由兩個(gè)已知的相鄰PDM模型及相關(guān)參數(shù)a、b、Λa、Λb、Φa和Φb確定正交矩陣Ut,所述正交矩陣Ut的前t行就是特征矩陣Φt。
進(jìn)一步,所述步驟2)中還包括 2.3)、中間模型的協(xié)方差矩陣由下式推導(dǎo)得出 令 因?yàn)? 顯然有 根據(jù)協(xié)方差矩陣,矩陣St由Sa、Sb和Sab計(jì)算得到,通過如下公式 用奇異值分解法,可令 通常Φab≠Φba,因?yàn)榫仃嘢ab并非對稱矩陣,Φab和Φba都包含t個(gè)矢量; 在插補(bǔ)時(shí),點(diǎn)分布模型保留特征值和特征向量,中間模型的協(xié)方差矩陣通過下式計(jì)算 再進(jìn)一步,所述步驟2)中還包括 2.3)、特征向量組的計(jì)算 通過式(31)來計(jì)算特征向量時(shí),將(31)改寫為 其中是一個(gè)r×N維的矩陣,其中r是主成分?jǐn)?shù)目,N是樣本維數(shù),即標(biāo)定點(diǎn)的數(shù)量與標(biāo)記點(diǎn)維度的乘積; 如果Ui是矩陣G=LΦa的主要特征向量,對應(yīng)特征值為λi,則(Φaui)和λi分別為矩陣S=ΦaL的特征向量和特征值。
由Gui=λiui,,得 S(Φaui)=ΦaL(Φaui)=ΦaGui=Φa(λiui)=λi(Φaui)(36)。
本發(fā)明的技術(shù)構(gòu)思為PDM方法是一種先驗(yàn)建模方法,它建立在目標(biāo)對象的一組樣本(即訓(xùn)練集)已知的基礎(chǔ)上。這組樣本集可以提供對象的形狀及形變的統(tǒng)計(jì)學(xué)描述。在實(shí)際應(yīng)用中,這組對象樣本的形狀描述通常是使用輪廓來進(jìn)行的(如圖片上的一組像素的坐標(biāo)值)。進(jìn)一步的,可以在輪廓上選取一些標(biāo)記點(diǎn)來描述目標(biāo)物形狀,而這些標(biāo)記點(diǎn)往往與目標(biāo)物的某種特征相關(guān)聯(lián)。
不同樣本上的對應(yīng)標(biāo)記點(diǎn)在選取的時(shí)候遵循著“特征位置大致相同”的原則,但往往這種定位是不夠精確的,存在一定偏差。這種偏差要?dú)w因于不同個(gè)體間的自然形變。我們期望相對于整個(gè)形體的尺度而言,這種偏差是十分微小的。PDM方法允許我們模仿這種微小的差異,并且指出哪些偏差的確是微小的,哪些相對而言更大一些。
由于訓(xùn)練集中的形體是從不同的圖片集中獲得的,而不同圖片集的坐標(biāo)系并不統(tǒng)一,因此有必要先將所有訓(xùn)練集形體進(jìn)行坐標(biāo)歸一化,即將它們對齊。對齊的過程實(shí)際上就是對每一個(gè)樣本模型尋找適當(dāng)?shù)南嗨菩宰儞Q的過程,包括平移、縮放和旋轉(zhuǎn),以使得不同樣本之間盡可能的接近,另一方面,選定的變換也應(yīng)該令各個(gè)樣本模型與由所有樣本得到的平均模型盡可能接近。為了方便表述,假設(shè)我們的樣本只有兩個(gè),歸一化簡化為對齊這兩個(gè)樣本。每個(gè)樣本的形狀都由一個(gè)標(biāo)記點(diǎn)坐標(biāo)組成的向量來表示 x=(x1,y1,z1,...,xn,yn,zn)T, (1) 其中(xi,yi,zi)是某個(gè)標(biāo)記點(diǎn)在三維圖像中的空間坐標(biāo)。如果是二維醫(yī)學(xué)圖像,則標(biāo)記點(diǎn)用(xi,yi)表示。
圖片上標(biāo)記點(diǎn)的獲取有多種方式,人工手動(dòng)標(biāo)記或采用一定得自動(dòng)標(biāo)記算法都是可以的。例如,Izard等人提出的一種MRI圖像標(biāo)記方法,使用統(tǒng)一的算法規(guī)則在不同人腦圖片中進(jìn)行組織結(jié)構(gòu)標(biāo)記,如文獻(xiàn)14C.Izard,B.Jedynak,and C.Stark,Automatic Landmarking of Magnetic Resonance brain Images,Proc.of theSPIE International Symposium on Medical Imaging,12-17 February 2005,San Diego,California,USA,即C.伊扎德,B.扎第納克,C.斯塔克,“大腦核磁共振圖像的自動(dòng)標(biāo)記”,SPIE醫(yī)學(xué)圖像網(wǎng)絡(luò)研討會(huì),2005年2月12-17日,美國,加利福尼亞,圣地亞哥。得到一組經(jīng)過標(biāo)記的訓(xùn)練樣本后,我們需要將它們對齊到一個(gè)統(tǒng)一的坐標(biāo)系下??梢允褂脧V義對齊算法(GPA)來將訓(xùn)練樣本對齊,并使得所有樣本形狀到平均模型的距離平方和最小,實(shí)際上也就是尋找變換Ti(平移,旋轉(zhuǎn),縮放),使下式最小化 Dm=∑|m-Ti(xi)|2, (2) 其中 且xi是訓(xùn)練集中的一個(gè)形狀樣本,它是一個(gè)3n維的向量表示(在三維空間中有n個(gè)標(biāo)記點(diǎn)的情況下)。
對齊后的訓(xùn)練集組成了一個(gè)三維空間上的點(diǎn)云,可以看作是一個(gè)概率密度函數(shù)。為了降低運(yùn)算成本和內(nèi)存占用,我們采用主成分分析法(PCA)尋找點(diǎn)云中的主元,并以前列最大的少數(shù)分量建立模型。這些被選出的分量可以描述對象主要的形變。以心動(dòng)周期內(nèi)左心室的模型為例,我們經(jīng)過主成分分析后的用60個(gè)特征向量已經(jīng)能足夠描述心室的形狀及其變化了。最后,PDM模型可以表達(dá)為 x=x+p1b1+…+ptbt=x+Φc(4) 其中,x是對齊后的平均形狀向量,Φ是一個(gè)3n×t的矩陣,Φ的每一列表示主成分方向上的單位向量,c是由形狀參數(shù)組成的t維列向量??梢?,經(jīng)過PCA分析后形狀的維度已經(jīng)由3n下降到了t。
經(jīng)過以上步驟我們得到了一個(gè)類似于點(diǎn)分布模型的統(tǒng)計(jì)學(xué)模型,該模型可應(yīng)用于柔性體的物體建模,以及在新的圖像中定位和分割新個(gè)例。在訓(xùn)練集的學(xué)習(xí)過程中我們可以得到形狀參數(shù)b的變化范圍,只要在該范圍內(nèi)變化,任意b的值都可以生成合理的新樣本(仿真形體)。通常bi的變化為λj(矩陣Φ中對應(yīng)第i大的特征值)或者
從樣本集中訓(xùn)練出一個(gè)統(tǒng)計(jì)學(xué)形態(tài)模型后,就可以用PDM來解釋新的圖像個(gè)例了。為了將模型與圖像匹配,通常采用一種主動(dòng)重復(fù)迭代的方法。該方法使模型不斷地變形來適應(yīng)新圖像中目標(biāo)對象的輪廓。模型形狀的變化受到一些統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)的約束,也即只能在訓(xùn)練樣本集中所得出的范圍內(nèi)進(jìn)行變化。對于形狀模型,我們還要求圖像輪廓大致位于模型點(diǎn)的附近??梢员硎緸槟滁c(diǎn)的梯度與輪廓上過該點(diǎn)的法線方向的變化。令統(tǒng)計(jì)模型的輪廓沿圖像輪廓不斷移動(dòng),同時(shí)計(jì)算兩輪廓的馬氏距離最小化就可以最終得到真實(shí)的邊界位置。因此,要在特定實(shí)例中獲得目標(biāo)柔性對象的形狀需要反復(fù)執(zhí)行以下兩步直到收斂(1)沿模型各點(diǎn)的法線尋找圖像輪廓上相匹配的對應(yīng)點(diǎn)(使得模型點(diǎn)與對應(yīng)圖像點(diǎn)的馬氏距離最小);(2)改變模型位置及形狀參數(shù)使得模型各標(biāo)記點(diǎn)更接近圖像輪廓上找到的對應(yīng)點(diǎn)。也就是說,模型的擬合過程實(shí)際上就是在圖像上搜尋模型點(diǎn)的最相似位置及不斷修正整體幾何變換T及形狀參數(shù)c的過程,使之最小化。數(shù)學(xué)上可以表示為 f=|X-T(x+Pc)|2=f(b,Xc,Yc,Zc,s,α,β,γ)(5) =|X-T(x+Pc;Xc,Yc,Zc,s,α,β,γ)|2 其中X是在當(dāng)前迭代時(shí)得到的臨時(shí)模型。
這是一個(gè)尋找最小值的問題,可以通過一些非線性優(yōu)化的迭代方法求解。最終我們可以確定整體變換參數(shù)T,以及個(gè)體實(shí)例的形狀參數(shù)b c=PT(T-1(X)-x). (6) 近幾年,人們已經(jīng)就基于PDM的柔性體建模方法的許多相關(guān)問題進(jìn)行了深入的研究,如形體對齊、自動(dòng)標(biāo)記、平均形體生成、形變建模、模態(tài)分析、圖像分割等等問題,如文獻(xiàn)15蔣曉悅,趙榮椿,一種改進(jìn)的活動(dòng)輪廓圖像分割技術(shù),中國圖象圖形學(xué)報(bào)A輯,2004,9(9)1019-1024;文獻(xiàn)16馬峰,唐澤圣,夏紹瑋.多尺度幾何活動(dòng)曲線及MR圖像邊界提取.計(jì)算機(jī)學(xué)報(bào).2000.23(8);文獻(xiàn)17Gilliam,A.D.;Epstein,F(xiàn).H.;Acton,S.T.,″Cardiac Motion Recovery via ActiveTrajectory Field Models,″IEEE Transactions on Information Technology inBiomedicine,vol.13,no.2,pp.226-235,March 2009,即吉列姆,A.D.;愛潑斯坦,F(xiàn).H.;??松?,S.T.,“基于軌跡場模型的心動(dòng)復(fù)原”,IEEE生物醫(yī)學(xué)信息技術(shù)會(huì)刊,vol.13,2009(3)226-235。此外,在該思想廣泛地應(yīng)用于非剛體對象建模的基礎(chǔ)上,并可進(jìn)一步擴(kuò)展為諸如活動(dòng)形體模型(ASM)和活動(dòng)表現(xiàn)建模(AAM)等以應(yīng)用于更深入的圖像分析。目前,對PDM模型最成功的表達(dá)是通過PCA方法得到的,如文獻(xiàn)18Tobon-Gomez,C.;Butakoff,C.;Aguade,S.;Sukno,F(xiàn).;Moragas,G.;Frangi,A.F.,″Automatic Construction of 3D-ASM Intensity Models by Simulating ImageAcquisitionApplication to Myocardial Gated SPECT Studies,″IEEE Transactions onMedical Imaging,vol.27,no.11,pp.1655-1667,Nov.2008,即托頓-哥麥茨,C.;巴塔考夫,C.;阿古愛德,S.;薩克諾,F(xiàn).;莫拉蓋斯,G.;弗蘭基,A.F.,“基于模擬圖像采集的三維ASM密度模型自動(dòng)重建應(yīng)用于心臟門閘SPECT圖像研究”,IEEE醫(yī)學(xué)圖像會(huì)刊,vol.27,2008(11)1655-1667。PCA方法非常簡單易懂,如文獻(xiàn)19Engelen,S.,Hubert,M.,Vanden Branden,K.,A comparison of three procedures forrobust PCA in high dimensions,Workshop on Robustness for High-dimensional Data(RobHD2004),2004,即英格倫,S.,赫伯特,M.,范登布蘭登,K.,“高維度PCA魯棒分析的三個(gè)過程對比”,高維數(shù)據(jù)魯棒性學(xué)術(shù)討論會(huì),2004,首先把一個(gè)形體投影到經(jīng)過學(xué)習(xí)PCA空間(由線性無關(guān)方向形成的正交空間),然后從訓(xùn)練樣本中提取少量與形變模式相關(guān)的參數(shù)(稱為主要成分),再用這些參數(shù)來控制形體的變形。顯然,這種形變是沿著樣本集所確定的最大形變方向進(jìn)行的。由于只研究幾個(gè)主要方向上的形變,無論是計(jì)算復(fù)雜度還是對存儲(chǔ)空間的要求都大大降低了。從數(shù)學(xué)角度講,首先是從訓(xùn)練集中估計(jì)得到平均形狀y和形體協(xié)方差矩陣S 這樣,一個(gè)合理的形狀可以被表達(dá)為 y=y(tǒng)+Φc (8) 式中向量c由對應(yīng)于各個(gè)特征向量的形變參數(shù)組成。矩陣Φ則包含了一組由協(xié)方差矩陣S分解得到的特征向量,這組向量可線性組合成任意的新形狀y。根據(jù)PCA理論,c中的每個(gè)參數(shù)都控制形體在某一方向上的形變,并且,各個(gè)方向都彼此獨(dú)立,參數(shù)按照形體在對應(yīng)方向上形變由大到小順序排列。本發(fā)明考慮在一個(gè)PDM模型僅包含平均形狀、特征值和特征向量而不包括原始訓(xùn)練集的數(shù)據(jù)的情況下進(jìn)行插值運(yùn)算。即 M=<y,Φ,λ>(9) 如上所述,單個(gè)PDM模型可以由一組柔性對象的形體獲得,例如,我們研究的醫(yī)院患者的心臟圖片(一些被觀測的柔性體個(gè)例)。然而,有時(shí)我們要觀測這些柔性體隨時(shí)間的變化情況,這樣可以得到一系列的形狀信息,例如心臟在整個(gè)活動(dòng)周期內(nèi)的三維變形。而醫(yī)院現(xiàn)有設(shè)備只能獲得若干時(shí)刻的三維圖像,即對應(yīng)于某些Ti時(shí)刻的模型Mi。
對一個(gè)特定的動(dòng)態(tài)形變物體,假設(shè)我們已經(jīng)在離散的時(shí)間坐標(biāo)(T1,T2,...)上建立起一組PDM模型(M1,M2,...)。我們可以把問題描述為給出已知的兩個(gè)PDM模型,Ta時(shí)刻的模型Ma和Tb時(shí)刻的模型Mb(模型已知意味著我們知道了平均形狀ya和yb、特征矩陣Φa和Φb、以及特征值λa和λb),如何得到在t(Ta≤t≤Tb)時(shí)刻的中間模型Mt的相關(guān)參數(shù)。這些參數(shù)有平均形狀、特征值和特征向量,即Mt=<yt,Φt,λt>(圖1)。這里我們假設(shè)在Ta到Tb的時(shí)間段中,一個(gè)形體從Yai連續(xù)變化到Y(jié)bi,二者都是n維的,如Yai=(xai1,xai2,xai3,...,xain)T。這里還定義了兩個(gè)常數(shù) b=1-a(11) a和b反映了中間模型相對于Ma和Mb的距離。
(1)中間模型的平均形狀 根據(jù)以上的定義和假設(shè),用線性插值(可滿足大部分的實(shí)際應(yīng)用)得到Y(jié)ai和Ybi之間的中間模型形狀為 yti=ayai+bybi(12) a和b由式(10)和(11)定義,即a+b=1。
插入的平均形狀為 所以,我們得到以下結(jié)論 定理1線性插值時(shí),插入的PDM中間模型平均形狀是相鄰模型平均形狀的線性組合,其參數(shù)由式(13)確定。
(2)中間模型的形變 相似的,中間PDM模型的形變可以這樣算出 Δyti=y(tǒng)ti-yt=(ayai+bybi)-(aya+byb) =a(yai-ya)+b(ybi-yb) (14) =aΔyai+bΔybi 從上式可以得到以下結(jié)論 定理2線性插值時(shí),插入的PDM中間模型的形狀變化速度是相鄰模型形變速度的線性組合,其參數(shù)由式(14)確定。
(3)中間模型的協(xié)方差矩陣 中間模型的協(xié)方差矩陣可以由下式推導(dǎo)得出 令 因?yàn)? 顯然有 最終,得到以下推論。
推論1線性插值時(shí),中間模型的協(xié)方差矩陣可由以下表達(dá)式得到 這里Sab表示模型Ma和Mb的交變矩陣。我們知道協(xié)方差矩陣是通過對同一時(shí)間段內(nèi)不同個(gè)體的采樣數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析得出的,而交變矩陣則描述了在不同采樣時(shí)間得到的兩個(gè)對象模型的形變過程。
中間模型的估算 (1)交變矩陣 為方便我們的討論,假設(shè)模型是n維的,如 Δyai=[da1i da2i ... dani]T (21) 則,交變矩陣為 通常情況下,樣本是正態(tài)或平均分布的,交變矩陣中的各元素趨于零,即 所以,交變矩陣對角線元素遠(yuǎn)小于矩陣Sa和Sb中的對應(yīng)元素,即 (2)特征值的估算 可以看出,交變矩陣Sab和Sba對于中間模型特征值的計(jì)算影響非常小,因此我們可以估計(jì) λt≈a2λa+b2λb, (25) 這里λa和λb分別為前后兩個(gè)相鄰PDM模型的特征值向量,即 λa=(λa1,λa2,λa3,...), (26) λb=(λb1,λb2,λb3,...).(27) 對λt中元素估計(jì)的精度主要取決于樣本集的數(shù)量和分布情況。經(jīng)過計(jì)算機(jī)模擬發(fā)現(xiàn),當(dāng)樣本集為30個(gè)隨機(jī)均勻分布時(shí),誤差率可維持在百分之五以下。
(3)特征向量的估計(jì)方法 當(dāng)樣本集很大時(shí),插入中間模型的協(xié)方差矩陣可以近似為 St≈a2Sa+b2Sb(28) 所以,協(xié)方差矩陣Sa和Sb可以由特征矩陣Φa和Φb近似得到,而Φa和Φb是可以從插補(bǔ)前已知的點(diǎn)分布模型中得到。假設(shè)PDM模型建立前先對訓(xùn)練集數(shù)據(jù)進(jìn)行PCA分析以減少參數(shù)個(gè)數(shù),并選取t種形變模式來描述整個(gè)對象的形變。由于Φ是協(xié)方差矩陣中最前面的t個(gè)特征向量,我們知道 其中Λa和Λb是由特征向量λa和λb組合形成的對角矩陣。然后,我們可以用奇異值分解(SVD)的方法從式得到插入中間模型的特征向量 現(xiàn)在,已由兩個(gè)已知的相鄰PDM模型及相關(guān)參數(shù)a、b、Λa、Λb、Φa和Φb,確定了正交矩陣Ut,且Ut的前t行就是特征矩陣Φt。
(4)特征向量的精確計(jì)算方法 通過上面的公式,我們可以由兩個(gè)已知PDM模型計(jì)算得到插入中間模型的各個(gè)參數(shù)(如平均形狀、特征值、特征向量等)。然而,由于我們忽略了交變矩陣的作用,因此這種方法存在一定的誤差,尤其是當(dāng)樣本集容量很小或其分布比較異常時(shí)這種誤差就更明顯。事實(shí)上我們有一種精確的方法,就是直接生成訓(xùn)練集中所有相鄰兩個(gè)PDM模型的交變矩陣。根據(jù)式(20),矩陣St可由Sa、Sb和Sab計(jì)算得到,這意味著矩陣Sab需要在構(gòu)建Ma和Mb時(shí)就得到。實(shí)際上,可以通過如下公式 用奇異值分解法,可令 通常Φab≠Φba,這是因?yàn)榫仃嘢ab并不是一個(gè)對稱矩陣。Φab和Φba都包含t個(gè)矢量。
在插補(bǔ)時(shí),由于點(diǎn)分布模型只保留了特征值和特征向量的信息,中間模型的協(xié)方差矩陣應(yīng)通過下式計(jì)算 相似的,中間模型的特征向量可以由式(31)得到。這種方法由于不受訓(xùn)練樣本分布的影響,因此是一種更加準(zhǔn)確的解決方案。
(5)特征向量組的計(jì)算 當(dāng)直接通過式(31)來計(jì)算特征向量時(shí),我們會(huì)發(fā)現(xiàn)由于矩陣通常很大,計(jì)算過程對存儲(chǔ)空間和運(yùn)算效率都有很高的要求。例如,我們實(shí)驗(yàn)中有一個(gè)三維心臟模型,包含2848個(gè)標(biāo)記點(diǎn),通過主成分分析后選擇了90種形變模式,那么該模型的一個(gè)協(xié)方差矩陣將占據(jù)584MB的內(nèi)存空間,連最簡單的加減操作可能也要用數(shù)分鐘時(shí)間。因此,為了簡化計(jì)算復(fù)雜度,我們將(31)改寫為 其中是一個(gè)r×N維的矩陣,其中r是主成分?jǐn)?shù)目,N是樣本維數(shù),即標(biāo)定點(diǎn)的數(shù)量與標(biāo)記點(diǎn)維度的乘積。下面我們來描述簡化后的計(jì)算方法。
定理3如果Ui是矩陣G=LΦa的主要特征向量,對應(yīng)特征值為λi,則(Φaui)和λi分別為矩陣S=ΦaL的特征向量和特征值。
其證明相當(dāng)簡單,由Gui=λiui,,得 S(Φaui)=ΦaL(Φaui)=ΦaGui=Φa(λiui)=λi(Φaui) (36) 本發(fā)明的有益效果主要表現(xiàn)在能夠形成實(shí)時(shí)分布的中間過渡模型、模型精度高、實(shí)用性良好。
圖1是從時(shí)間序列中的臨近模型插值到得的瞬時(shí)PDM模型的示意圖。
圖2是典型的心動(dòng)周期分為六個(gè)階段的示意圖。
圖3是心臟不同階段特征的六個(gè)PDM模型的示意圖。
圖4是插值生成新的PDM模型以進(jìn)行柔性體分析的示意圖。
圖5是通過插值生成的PDM心臟模型的時(shí)間平滑變化的示意圖。
具體實(shí)施例方式 下面結(jié)合附圖對本發(fā)明作進(jìn)一步描述。
參照圖1~圖5,一種基于插值算法的柔性體點(diǎn)分布模型的特征值和特征向量的計(jì)算方法,其特征在于所述計(jì)算方法包括以下步驟 1)、載入兩個(gè)相鄰時(shí)刻Ta和Tb的柔性體分布模型Ma和Mb,其計(jì)算式為 Ma=<ya,Φa,λa>,Mb=<yb,Φb,λb>; 2)、通過所述柔性體分布模型Ma和Mb,分別計(jì)算平均形狀ya和yb、特征矩陣Φa和Φb、以及特征值λa和λb,設(shè)定柔性體從Ta到Tb呈連續(xù)變化, 2.1)中間模型的特征值的計(jì)算 λt≈a2λa+b2λb,(25) 這里λa和λb分別為前后兩個(gè)相鄰PDM模型的特征值向量,即 λa=(λa1,λa2,λa3,...),(26) λb=(λb1,λb2,λb3,...). (27) 2.2)、中間模型的特征向量的估計(jì) 插入中間模型的協(xié)方差矩陣近似為 St≈a2Sa+b2Sb (28) 其中,協(xié)方差矩陣Sa和Sb由特征矩陣Φa和Φb近似得到,Φa和Φb從插補(bǔ)前已知的點(diǎn)分布模型中得到;設(shè)定中間模型建立前先對訓(xùn)練集數(shù)據(jù)進(jìn)行PCA分析以減少參數(shù)個(gè)數(shù),并選取t種形變模式來描述整個(gè)對象的形變;由于Φ是協(xié)方差矩陣中最前面的t個(gè)特征矢量,則有 其中,Λa和Λb是由特征矢量λa和λb組合形成的對角矩陣;用奇異值分解的方法從式得到插入中間模型的特征矢量 由兩個(gè)已知的相鄰PDM模型及相關(guān)參數(shù)a、b、Λa、Λb、Φa和Φb確定正交矩陣Ut,所述正交矩陣Ut的前t行就是特征矩陣Φt; 2.3)、中間模型的協(xié)方差矩陣由下式推導(dǎo)得出 令 因?yàn)? 顯然有 根據(jù)協(xié)方差矩陣,矩陣St由Sa、Sb和Sab計(jì)算得到,通過如下公式 用奇異值分解法,可令 通常Φab≠Φba,因?yàn)榫仃嘢ab并非對稱矩陣,Φab和Φba都包含t個(gè)矢量; 在插補(bǔ)時(shí),點(diǎn)分布模型保留特征值和特征向量,中間模型的協(xié)方差矩陣通過下式計(jì)算 2.3)、特征向量組的計(jì)算 通過式(31)來計(jì)算特征向量時(shí),將(31)改寫為 其中是一個(gè)r×N維的矩陣,其中r是主成分?jǐn)?shù)目,N是樣本維數(shù),即標(biāo)定點(diǎn)的數(shù)量與標(biāo)記點(diǎn)維度的乘積; 如果Ui是矩陣G=LΦa的主要特征向量,對應(yīng)特征值為λi,則(Φaui)和λi分別為矩陣S=ΦaL的特征向量和特征值。
由Gui=λiui,,得 S(Φaui)=ΦaL(Φaui)=ΦaGui=Φa(λiui)=λi(Φaui) (36)。
在我們一個(gè)關(guān)于心臟圖像分析的研究項(xiàng)目中,可以根據(jù)心動(dòng)周期定義一個(gè)規(guī)范化的時(shí)間坐標(biāo)軸。例如,一個(gè)心跳周期可以分為六個(gè)生理階段心房收縮、心室收縮、心室射血、心室舒張、心室快速填充及舒張后期休息(圖2)。也有人進(jìn)一步將心室射血的過程分為射血前期和射血后期。左心與右心的運(yùn)動(dòng)過程相似但不完全相同。主要的差別是,左心室與動(dòng)脈的收縮壓比右心的大三至四倍,而且左右心泵血過程的時(shí)間方面也有顯著區(qū)別,如文獻(xiàn)20楊柳,汪天富,林江莉等,旋轉(zhuǎn)掃描超聲心臟圖像的中軸匹配與圖像插值,生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)雜志,2004,21(1)28-33,41;文獻(xiàn)21陳強(qiáng),周則明,王平安,夏德深,帶標(biāo)記線左心室MR圖像的自動(dòng)分割,中國圖象圖形學(xué)報(bào)A輯,2004,9(6)666-673;文獻(xiàn)22羅渝蘭,鄭昌瓊等,基于Snake模型的B超心臟圖像的腔體分割及算法研究,四川師范大學(xué)學(xué)報(bào)自然科學(xué)版,2002,25(1)66-69。由于整個(gè)心臟的空間形態(tài)在一個(gè)心動(dòng)周期內(nèi)變化很大,而單一的模型很難準(zhǔn)確描述動(dòng)態(tài)的心臟運(yùn)動(dòng)過程,所以我們需要建立一組模型來描述心動(dòng)不同階段的心臟形態(tài)。
在gated-SPECT的圖像研究中,可參考心電圖信號(hào)進(jìn)行時(shí)間規(guī)范化。我們希望通過對心臟形狀進(jìn)行統(tǒng)計(jì)后可以得到全部的六個(gè)模型,并且這些模型能用來準(zhǔn)確地描述心臟的特定狀態(tài),如心臟舒張末期和心臟收縮末期。圖3在標(biāo)準(zhǔn)心電圖曲線中標(biāo)出了各個(gè)階段模型出現(xiàn)的位置。圖中我們已經(jīng)把壓力值幅度經(jīng)過了修正,使得波峰處的壓力值為正常人體的收縮壓(120mm汞柱),所以圖中也表示一條典型的左心室壓力曲線。
如果在正常的心動(dòng)周期中有6個(gè)PDM模型,則式(6)中的Ti(代表某一相位所在的時(shí)刻)可以定義為
式中t是獲得gated-SPECT圖像的時(shí)間值,Hc是心率的的倒數(shù),
表示不大于某小數(shù)的最大整數(shù)。
然而,在實(shí)際的例子中,常會(huì)產(chǎn)生不同數(shù)目的相位(如圖4中有8個(gè)),這是由于心臟圖像的采樣通常有固定的頻率,如每100ms(圖4)。那么就有必要通過插值得到采樣時(shí)刻的PDM模型,以期得到更好的三維心臟形狀的分割。
柔性體點(diǎn)分布模型插值算法,作者研究過程中分別采用計(jì)算機(jī)仿真及真實(shí)心臟數(shù)據(jù)進(jìn)行了大量的實(shí)驗(yàn)。在仿真中,我們可以假設(shè)一組九維(或更高)的模型,yi=[x1i,x2i,...,x9i]T。兩個(gè)PDM模型M1和M2的數(shù)據(jù)集都是隨機(jī)產(chǎn)生的。各組數(shù)據(jù)都含有100個(gè)樣本,作為生成點(diǎn)分布模型的訓(xùn)練集,例如 為生成一個(gè)插入模型,我們從S1計(jì)算M1的特征值及特征向量,對S2也同樣。假設(shè)插入模型的左右距離為a=0.3,b=0.7。為了進(jìn)行對比,我們還計(jì)算它們的交變矩陣Sab和相應(yīng)的特征向量組。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,本中所述的方法能很好的計(jì)算出插入模型的各種參數(shù)。由式(31)計(jì)算出的特征值誤差小于1.83%,由式(35)計(jì)算出的特征值誤差小于0.05%。該仿真實(shí)驗(yàn)的C++程序已由所在實(shí)驗(yàn)室開發(fā)完成。
用真實(shí)的心臟數(shù)據(jù)進(jìn)行了測試。通過灌注SPECT成像法得到的大量圖像數(shù)據(jù)中,我們預(yù)先建立了左心室在不同時(shí)刻的五個(gè)PDM模型。每個(gè)模型由246組病例的真實(shí)圖像的訓(xùn)練得到(圖像主要由巴塞羅那醫(yī)院提供),包括一個(gè)平均形狀的VTK表達(dá),一組特征值矢量和特征向量。所有醫(yī)學(xué)圖像的處理過程和模型的插入運(yùn)算也由都C++程序?qū)崿F(xiàn)(研究組共開發(fā)了約600MB程序代碼)。實(shí)驗(yàn)時(shí),我們在每兩個(gè)相鄰的PDM之間均勻地插入四個(gè)中間模型,得到的實(shí)驗(yàn)結(jié)果令人非常滿意。圖5顯示通過插值生成的PDM模型隨時(shí)間能夠平滑地變化左心室柔性模型。
點(diǎn)分布模型作為一種描述柔性對象的統(tǒng)計(jì)學(xué)模型,已被證明在很多應(yīng)用上是非常有效的,尤其是在醫(yī)學(xué)圖像分析領(lǐng)域。為了分析柔性體的動(dòng)態(tài)變化情況,本發(fā)明首創(chuàng)研究了點(diǎn)分布模型的插值算法。研究結(jié)果表明,可由PDM的平均形狀、特征值和特征向量等參數(shù)生成任意時(shí)刻的中間模型。事實(shí)上,插入模型的平均形狀及形變就是它相鄰前后模型對應(yīng)項(xiàng)的線性組合,即yt=aya+byb,Δyti=aΔyai+bΔybi。其特征值則可以采用式λt≈a2λa+b2λb計(jì)算得到。最后,為求出插入模型的協(xié)方差矩陣和特征向量,本發(fā)明公開了交變矩陣形式及其相應(yīng)的計(jì)算方法。
權(quán)利要求
1、一種基于插值算法的柔性體點(diǎn)分布模型的特征值和特征向量的計(jì)算方法,其特征在于所述計(jì)算方法包括以下步驟
1)、載入兩個(gè)相鄰時(shí)刻Ta和Tb的柔性體分布模型Ma和Mb,其計(jì)算式為
Ma=<ya,Φa,λa>,Mb=<yb,Φb,λb>;
2)、所述柔性體分布模型Ma和Mb,包括計(jì)算平均形狀ya和yb、特征矩陣Φa和Φb、以及特征值λa和λb,設(shè)定柔性體從Ta到Tb呈連續(xù)變化,則
2.1)中間模型的特征值的計(jì)算
λt≈a2λa+b2λb,(25)
這里λa和λb分別為前后兩個(gè)相鄰PDM模型的特征值向量,即
λa=(λa1,λa2,λa3,...),(26)
λb=(λb1,λb2,λb3,...). (27)
2.2)、中間模型的特征向量的估算
插入中間模型的協(xié)方差矩陣近似為
St≈a2Sa+b2Sb (28)
其中,協(xié)方差矩陣Sa和Sb由特征矩陣Φa和Φb近似得到,Φa和Φb從插補(bǔ)前已知的點(diǎn)分布模型中得到;設(shè)定中間模型建立前先對訓(xùn)練集數(shù)據(jù)進(jìn)行PCA分析以減少參數(shù)個(gè)數(shù),并選取t種形變模式來描述整個(gè)對象的形變;由于Φ是協(xié)方差矩陣中最前面的t個(gè)特征矢量,則有
其中,Λa和Λb是由特征矢量λa和λb組合形成的對角矩陣;用奇異值分解的方法從式得到插入中間模型的特征矢量
由兩個(gè)已知的相鄰PDM模型及相關(guān)參數(shù)a、b、Λa、Λb、Φa和Φb確定正交矩陣Ut,所述正交矩陣Ut的前t行就是特征矩陣Φt。
2、如權(quán)利要求1所述的基于時(shí)變插值算法的柔性體點(diǎn)分布模型的特征值和特征向量的計(jì)算方法,其特征在于所述步驟2)中還包括
2.3)、中間模型的協(xié)方差矩陣由下式推導(dǎo)得出
令
因?yàn)?br>
顯然有
根據(jù)協(xié)方差矩陣,矩陣St由Sa、Sb和Sab計(jì)算得到,通過如下公式
用奇異值分解法,可令
通常Φab≠Φba,因?yàn)榫仃嘢ab并非對稱矩陣,Φab和Φba都包含t個(gè)矢量;
在插值計(jì)算時(shí),點(diǎn)分布模型保留特征值和特征向量,中間模型的協(xié)方差矩陣通過下式計(jì)算
3、如權(quán)利要求1或2所述的基于插值算法的柔性體點(diǎn)分布模型的特征值和特征向量的計(jì)算方法,其特征在于所述步驟2)中還包括
2.3)、特征向量組的計(jì)算
通過式(31)來計(jì)算特征向量時(shí),將(31)改寫為
其中是一個(gè)r×N維的矩陣,其中r是主成分?jǐn)?shù)目,N是樣本維數(shù),即標(biāo)定點(diǎn)的數(shù)量與標(biāo)記點(diǎn)維度的乘積;
如果Ui是矩陣G=LΦa的主要特征向量,對應(yīng)特征值為λi,則(Φaui)和λi分別為矩陣S=ΦaL的特征向量和特征值。
由Gui=λiui,,得
S(Φaui)=ΦaL(Φaui)=ΦaGui=Φa(λiui)=λi(Φaui)(36)。
全文摘要
一種基于插值算法的柔性體點(diǎn)分布模型的特征值和特征向量計(jì)算方法,包括以下步驟1)載入兩個(gè)相鄰時(shí)刻Ta和Tb的柔性體分布模型Ma和Mb,其中Ma=<ya,Φa,λa>,Mb=<yb,Φb,λb>;2)通過所述柔性體分布模型Ma和Mb,分別計(jì)算平均形狀ya和yb、特征矩陣Φa和Φb、以及特征值λa和λb,設(shè)定柔性體從Ta到Tb呈連續(xù)變化;2.1)中間模型的特征值的計(jì)算;2.2)中間模型的特征向量的估算。本發(fā)明能夠形成實(shí)時(shí)分布的中間過渡模型、模型精度高、實(shí)用性良好。
文檔編號(hào)G06T17/00GK101639948SQ20091010218
公開日2010年2月3日 申請日期2009年8月20日 優(yōu)先權(quán)日2009年8月20日
發(fā)明者陳勝勇, 杜雅慧, 秋 管, 毛國紅, 王萬良 申請人:浙江工業(yè)大學(xué)