專利名稱：使用dna標(biāo)記和數(shù)量性狀數(shù)據(jù)產(chǎn)生遺傳預(yù)測(cè)器的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及產(chǎn)生遺傳預(yù)測(cè)器的方法，特別涉及使用脫氧核糖核酸(DNA)標(biāo)記和 數(shù)量性狀數(shù)據(jù)產(chǎn)生遺傳預(yù)測(cè)器的方法。
背景技術(shù)：
在近20年中，通過(guò)記錄系譜和性狀數(shù)據(jù)并分析這些數(shù)據(jù)以估計(jì)表型的繼承(遺 傳)成分的最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)法(BLUP)，在各種植物和動(dòng)物種類中已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了遺傳改 進(jìn)。對(duì)于這種方法，有很多修正和改進(jìn)。最近，方法的發(fā)展取得了顯著的進(jìn)步，可以使用分子標(biāo)記促進(jìn)遺傳預(yù)測(cè)。初期 主要關(guān)注標(biāo)記輔助選擇(MAS)，其經(jīng)常涉及合適的標(biāo)記或連鎖的多態(tài)性(經(jīng)常稱作數(shù)量 性狀位點(diǎn)，QTL)，作為BLUP分析中的固定或隨機(jī)效應(yīng)。這個(gè)領(lǐng)域最新的進(jìn)展是全基因 組MAS或基因組選擇，其中同時(shí)確定大量標(biāo)記(例如60000個(gè))的遺傳型。使用反復(fù)取 樣方法產(chǎn)生遺傳性能的SNP鍵預(yù)測(cè)器。這些方法的主要缺陷如下(1)數(shù)量測(cè)定要使用BLUP估計(jì)遺傳或育種值，動(dòng)物通常需要有系譜和性狀記 錄，并可以在環(huán)境/彼此間有遺傳聯(lián)系的組間理性地比較動(dòng)物。這極大地限制了遺傳預(yù) 測(cè)器的范圍，使其只能用于可以進(jìn)行大量記錄，并且在不同的組中和環(huán)境條件下存在遺 傳聯(lián)系(例如有共同的父親)連接不同動(dòng)物時(shí)。大多數(shù)數(shù)量估計(jì)的另一個(gè)缺陷是只有在 動(dòng)物有大量后代時(shí)估計(jì)才準(zhǔn)確，并且因此子畜中的準(zhǔn)確率通常為低至中等水平，高度可 遺傳的性狀除外。很多BLUP系統(tǒng)的另一個(gè)缺陷是它們只提供種群內(nèi)比較，因?yàn)槿狈?適的在相同環(huán)境中培養(yǎng)的物種與雜交物種的遺傳型數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)。盡管有種群比較實(shí)驗(yàn)，并 且存在世界上廣泛承認(rèn)的雜交物種遺傳評(píng)價(jià)體系，但是環(huán)境交互作用仍然使確定基因型 存在很多問(wèn)題。(2)MAS ；盡管理論上可行，但是MAS和上述(1)有很多相同的問(wèn)題，并且此 外，已經(jīng)證明標(biāo)記輔助選擇(MAS)在實(shí)踐中難于執(zhí)行。原因之一是，在實(shí)踐中，會(huì)大量 丟失遺傳型和/或表型數(shù)據(jù)。方法如遺傳型干擾可以容許丟失一些遺傳型數(shù)據(jù)。已經(jīng)在 個(gè)別的管理較好的大型育種計(jì)劃中成功使用了 MAS，但是參數(shù)估計(jì)和遺傳型數(shù)據(jù)非常稀 少的問(wèn)題意味著很難在對(duì)農(nóng)牧業(yè)的遺傳育種值服務(wù)中使用MAS。(3)基因組選擇表現(xiàn)出能提供可以不需要數(shù)量信息而使用的穩(wěn)健的預(yù)測(cè)器，但是 (1)基因組選擇需要的非常大量的標(biāo)記目前很昂貴，并且(2)產(chǎn)生的SNP鍵傾向于只與來(lái) 自相同種群/群體的動(dòng)物有關(guān)，除非密度非常高。在不同群體中應(yīng)用時(shí)，SNP鍵預(yù)測(cè)器 的能力會(huì)迅速下降。針對(duì)以上問(wèn)題，需要在多種條件下精確而穩(wěn)定的產(chǎn)生遺傳預(yù)測(cè)器的方法，并且 能跨種群和種群組成進(jìn)行比較。此外，需要產(chǎn)生這種遺傳預(yù)測(cè)器的方法，所述遺傳預(yù)測(cè)器在參數(shù)估計(jì)中的誤差 相對(duì)較少。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明通過(guò)提供基于DNA標(biāo)記和數(shù)量性狀數(shù)據(jù)而產(chǎn)生遺傳預(yù)測(cè)器的方法來(lái)滿足 上述需要。在本發(fā)明中，通過(guò)將價(jià)值的分子估計(jì)值(estimates)與由數(shù)量性狀測(cè)定推導(dǎo)出的 至少一個(gè)遺傳值的估計(jì)混合，產(chǎn)生遺傳預(yù)測(cè)器。個(gè)體分子估計(jì)值可以包括分子性狀估計(jì) 或分子性狀變異。個(gè)體分子估計(jì)值可以通過(guò)應(yīng)用個(gè)體脫氧核糖核酸(DNA)標(biāo)記、DNA 標(biāo)記組、其具體的參數(shù)估計(jì)和特定參數(shù)變化，和測(cè)試樣本的遺傳型而確定。數(shù)量性狀測(cè) 定可以包括估計(jì)育種值、原始性狀數(shù)據(jù)，和根據(jù)動(dòng)物祖先信息記錄的種群組成數(shù)據(jù)，和 祖先的種群狀態(tài)。本發(fā)明的遺傳預(yù)測(cè)器在多種條件下有益并有用，而且對(duì)于大于零的參 數(shù)值，在參數(shù)估計(jì)中誤差相對(duì)較少。根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，提供針對(duì)動(dòng)物或植物種類產(chǎn)生遺傳性狀預(yù)測(cè)器的方 法，其包括產(chǎn)生個(gè)體分子估計(jì)值；和將所述個(gè)體分子估計(jì)值與由數(shù)量性狀測(cè)定推導(dǎo)出的至少一個(gè)遺傳值的估計(jì)混 合，其中所述遺傳器與通過(guò)所述數(shù)量性狀測(cè)定而測(cè)得的性狀相關(guān)。在一個(gè)方面，通過(guò)分析來(lái)自動(dòng)物的不同群體的參比數(shù)據(jù)集而針對(duì)個(gè)體DNA標(biāo)記 或DNA標(biāo)記組推導(dǎo)參數(shù)，描述標(biāo)記對(duì)于具體性狀的效應(yīng)隨遺傳距離的衰退或變化，從而 產(chǎn)生個(gè)體分子估計(jì)值。在另一個(gè)方面，通過(guò)比較來(lái)自測(cè)試樣本和參比數(shù)據(jù)集的DNA標(biāo)記信息，計(jì)算測(cè) 試樣本和參比驗(yàn)證數(shù)據(jù)集之間的遺傳距離，從而產(chǎn)生個(gè)體分子估計(jì)值。在另一個(gè)方面， 在簡(jiǎn)單的情況下，雜交繁育的動(dòng)物的種群類型或種群類型的百分比可以用作遺傳距離的 替代指標(biāo)。在這種情況下，可以根據(jù)分子數(shù)據(jù)計(jì)算動(dòng)物的種群組成，并且使用對(duì)于指定 種群合適的個(gè)體分子效應(yīng)成比例地產(chǎn)生個(gè)體分子估計(jì)值?；蛘?，可以根據(jù)父母的種群組 成鑒定種群組成。在另一個(gè)方面，使用方法更準(zhǔn)確和簡(jiǎn)單地提供來(lái)自不同種群和種群混合群體的 動(dòng)物的相對(duì)遺傳價(jià)值的估計(jì)。在這種情況下，通過(guò)將動(dòng)物遺傳型與種群參比群體比較而 估計(jì)動(dòng)物的種群組成，并且使用種群組成(1)產(chǎn)生動(dòng)物的合適的基線性能(例如在雜交品 種中，種群針對(duì)性狀的權(quán)重平均性能)和⑵如上所述計(jì)算合適的種群特異性混合參數(shù)。通過(guò)使用測(cè)試樣本和參比樣本之間的遺傳距離，并使用上述計(jì)算的參數(shù)，推導(dǎo) 針對(duì)測(cè)試樣本的每個(gè)個(gè)體標(biāo)記/標(biāo)記組的特定參數(shù)估計(jì)值和變異，產(chǎn)生個(gè)體分子估計(jì) 值。然后對(duì)個(gè)體/標(biāo)記/生狀特異性參數(shù)和測(cè)試樣本的遺傳型應(yīng)用混合算法，其可計(jì)算 分子性狀估計(jì)和變異，可用于估計(jì)任何動(dòng)物的遺傳價(jià)值。在一個(gè)方面，遺傳價(jià)值是飼養(yǎng) 場(chǎng)畜肉脂肪紋路(大理石紋，feedlot marbling)。然而這可以用于對(duì)于任何性狀的遺傳 價(jià)值的任何估計(jì)，其中有分子預(yù)測(cè)器和收集與性狀相關(guān)的表型數(shù)據(jù)的能力。這包括繁殖 性狀比如，性成熟時(shí)的年齡、性成熟時(shí)的體重、生育能力、繁殖能力、產(chǎn)犢間隔、人工 受精的產(chǎn)出率、懷孕期時(shí)長(zhǎng)、生產(chǎn)難度、胚胎或嬰兒存活率、撫育能力；乳汁性狀，比 如體積、蛋白質(zhì)和脂肪百分比和組成、體細(xì)胞數(shù)、泌乳曲線線型；生長(zhǎng)和屠體組成性狀 比如出生體重、斷乳體重、周歲體重、成年體重、屠宰體重、屠體重、斷乳前和斷乳后每天平均體重增加量、屠體肌肉和脂肪和骨骼比例和屠體中的位置或分布、疾病耐受性 和免疫性狀比如對(duì)于內(nèi)部和外部寄生蟲(chóng)、細(xì)菌、病毒或朊病毒病的響應(yīng)；代謝性狀比如 對(duì)于毒素的耐受性、飼養(yǎng)效率、碳排放量；物理性狀比如畸形、足部結(jié)構(gòu)、種群定義特 性、顏色類型、是否有角；纖維性狀比如纖維量、纖維直徑、纖維曲度、纖維強(qiáng)度、纖 維顏色、纖維本體；行為性狀比如飛行距離、好斗性、溫順性、撫育能力；肉質(zhì)性狀， 比如柔軟度、質(zhì)量等級(jí)、顏色、顏色穩(wěn)定性、肌肉類型、切開(kāi)形狀、畜肉脂肪紋路、代 謝物或脂肪質(zhì)量和容量；生物化學(xué)或基因表達(dá)性狀比如組織樣本中RNA或特定基因產(chǎn)物 的量。在另一個(gè)方面，使用本文提供的公式，將個(gè)體分子估計(jì)值與由數(shù)量性狀測(cè)定推 導(dǎo)的遺傳值的估計(jì)混合。在另一個(gè)方面，由數(shù)量性狀測(cè)定推導(dǎo)的遺傳值的估計(jì)包括估計(jì)育種值、原始性 狀數(shù)據(jù)或種群組成數(shù)據(jù)(由可視、系譜或DNA標(biāo)記信息推導(dǎo))。


圖1是流程圖，闡述根據(jù)本發(fā)明用于產(chǎn)生遺傳預(yù)測(cè)器的步驟。
具體實(shí)施例方式如上所述，本發(fā)明涉及使用脫氧核糖核酸(DNA)標(biāo)記和數(shù)量性狀數(shù)據(jù)產(chǎn)生遺傳 預(yù)測(cè)器的方法，現(xiàn)在詳細(xì)描述所述方法。如本文所使用的，在介紹本發(fā)明或其優(yōu)選實(shí)施 方案的元素是，冠詞和“所述”意欲表示有一個(gè)或多個(gè)元素。定義。提供下述定義以幫助本領(lǐng)域的普通數(shù)量或分子遺傳學(xué)者或動(dòng)物育種者更 容易和更完整地了解本發(fā)明。本文提供的定義并不意欲作為唯一的定義，而是作為優(yōu)選 定義給出，意欲輔助技術(shù)人員理解本發(fā)明。通過(guò)“等位基因”，表示特定基因的特別版 本或變體。通過(guò)“動(dòng)物”，表示所有動(dòng)物比如牲畜，包括但不限于牛、羊、豬，水生種 類包括但不限于魚(yú)、軟體動(dòng)物和甲殼綱動(dòng)物，和家畜比如狗、貓和馬。通過(guò)“混合指 數(shù)”，表示標(biāo)記分?jǐn)?shù)Xm和針對(duì)目標(biāo)性狀α)的多性狀BLUP估計(jì)育種值的組合，通過(guò)公 式(Ib)表示。Mb = y ‘ Im+β · Ir其中γ和β是混合修正因子。通過(guò)“BLUP”，表示最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)(best linear unbiased prediction)的首字母縮略詞，并且指由 Henderson(1959-HENDERSON， C.R. ； KEMPTHORNE, O. ； SEARLE, S.R. ； VON KROSIGK, Biometrics
195913192-218)介紹的統(tǒng)計(jì)方法，其已經(jīng)成為動(dòng)物育種行業(yè)預(yù)測(cè)個(gè)體動(dòng)物育種值的標(biāo) 準(zhǔn)。BLUP程序和本領(lǐng)域已知的算法的常用輸入?yún)?shù)包括遺傳和表型參數(shù)估計(jì)、表型、 系譜和固定效應(yīng)。通過(guò)“育種值”，表示作為針對(duì)限定性狀或性能特性的母體的動(dòng)物的 真實(shí)值。與本發(fā)明聯(lián)用時(shí)也理解為動(dòng)物凈育種值的量度。通過(guò)“性能性狀”，表示一組 性狀，其以數(shù)量方式限定飼養(yǎng)牲畜的期望和/或不期望的屬性。這種性狀的實(shí)例包括但 不限于平均每天體重增加值、平均每天飼料攝入量、飼養(yǎng)效率、背膘厚度、腰眼肌面 積，和瘦肉百分比。通過(guò)“估計(jì)育種值”(EBV)，表示預(yù)測(cè)其“育種值”的動(dòng)物的具體 數(shù)值。通過(guò)“DNA標(biāo)記”或“DNA標(biāo)記組”，表示與各種動(dòng)物性狀相關(guān)的基因標(biāo)記，比如但不限于畜肉脂肪紋路、肌內(nèi)脂肪、柔軟度、乳汁量等。標(biāo)記是能在實(shí)驗(yàn)室測(cè)定的、 在染色體上有特殊定位的DNA的序列。本發(fā)明期望的標(biāo)記包括，但不限于RFLP(限 制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性)、SSR(簡(jiǎn)單序列重復(fù)或微衛(wèi)星標(biāo)記)和SNP (單核苷酸多態(tài)性)。 通過(guò)“遺傳距離”，表示與兩個(gè)群體之間進(jìn)化遺傳距離有關(guān)的量度，理想地，其應(yīng)該精 確測(cè)量?jī)蓚€(gè)個(gè)體之間的減數(shù)分裂次數(shù)(或兩個(gè)群體之間的減數(shù)分裂平均值)和它們最近的 共同祖先。通過(guò)“遺傳價(jià)值”，表示選擇作為繁殖親本而對(duì)遺傳后代將來(lái)性狀性能水平 改進(jìn)有貢獻(xiàn)的待研究動(dòng)物的值。在一個(gè)實(shí)施方案中，對(duì)于指定性狀，動(dòng)物的遺傳價(jià)值越 高，越可能提供該性狀水平改進(jìn)的后代。通過(guò)“固定效應(yīng)”，表示可對(duì)表型引起系統(tǒng)效 應(yīng)的季節(jié)、空間、地理或環(huán)境影響。通過(guò)“群”或“群體”，表示育種動(dòng)物的任何組， 其具有足夠數(shù)量的動(dòng)物，可有效使用本發(fā)明。這些術(shù)語(yǔ)可以用于動(dòng)物如豬、牛、羊、魚(yú) 或任何其它可以通過(guò)商業(yè)育種的動(dòng)物，包括，但不限于鳥(niǎo)或任何其它種類，其無(wú)論出于 何種原因，對(duì)于作為遺傳改進(jìn)項(xiàng)目的一部分在選擇育種動(dòng)物以產(chǎn)生后代之前分析一個(gè)或 多個(gè)性狀是理想的。動(dòng)物還可以包括家畜，例如，比如狗、貓和馬。通過(guò)“基因座”， 表示染色體上的特定位置(例如基因或DNA標(biāo)記所在處)。通過(guò)“多態(tài)性”，表示對(duì)于 特定標(biāo)記或基因，在DNA序列中存在的變化。通過(guò)“數(shù)量性狀”，表示由大量基因控制 的性狀，所述基因中每個(gè)基因具有小至中等的效應(yīng)。對(duì)于數(shù)量性狀的觀察通常遵循正態(tài) 分布。術(shù)語(yǔ)“數(shù)量性狀基因座(QTL) ”，表示包含多態(tài)性的基因組，所述多態(tài)性對(duì)于數(shù) 量性狀有影響?！斑x擇指數(shù)”指不同經(jīng)濟(jì)性狀的EBV的加權(quán)總和。參照?qǐng)D1，表示闡述了根據(jù)本發(fā)明用于產(chǎn)生遺傳預(yù)測(cè)器的步驟的流程圖。參照步驟10，分析來(lái)自動(dòng)物的不同群體的數(shù)據(jù)集，為個(gè)體DNA標(biāo)記或DNA標(biāo) 記組推導(dǎo)出參數(shù)，描述標(biāo)記對(duì)于特定性狀的效應(yīng)隨遺傳距離的衰退或變化。參照步驟20，通過(guò)比較來(lái)自測(cè)試樣本和參比數(shù)據(jù)集的DNA標(biāo)記信息，計(jì)算測(cè)試 樣本和參比驗(yàn)證數(shù)據(jù)集之間的遺傳距離?？蛇x地，可以使用種群類型組成作為遺傳距離 的替代指標(biāo)。參照步驟30，使用測(cè)試樣本和參比樣本之間的遺傳距離[步驟20]和步驟10中 計(jì)算的參數(shù)，計(jì)算每個(gè)個(gè)體DNA標(biāo)記或標(biāo)記組的特定參數(shù)估計(jì)值和變異。參照步驟40，通過(guò)應(yīng)用個(gè)體/標(biāo)記/性狀特異性參數(shù)和測(cè)試樣本的遺傳型，計(jì)算 分子估計(jì)值。參照步驟50，至少一個(gè)遺傳值的估計(jì)由數(shù)量性狀測(cè)定推導(dǎo)而來(lái)。數(shù)量性狀測(cè)定 的非限定性實(shí)例包括估計(jì)育種值51、原始性狀數(shù)據(jù)52和種群組成數(shù)據(jù)53。數(shù)量性狀測(cè) 定可以是估計(jì)育種值51、原始性狀數(shù)據(jù)52和種群組成數(shù)據(jù)53中的至少一個(gè)。數(shù)量性狀 測(cè)定可以是估計(jì)育種值51、原始性狀數(shù)據(jù)52和種群組成數(shù)據(jù)53中至少兩個(gè)的組合。數(shù) 量性狀測(cè)定可以是估計(jì)育種值51、原始性狀數(shù)據(jù)52和種群組成數(shù)據(jù)53。數(shù)量性狀測(cè)定 包括通過(guò)現(xiàn)場(chǎng)觀察產(chǎn)生的原始性狀數(shù)據(jù)，繁殖狀態(tài)或動(dòng)物行為，顏色和一致性；不同時(shí) 間生物體或生物體部位的重量或長(zhǎng)度；身體組成測(cè)定比如通過(guò)用聲波(超聲)掃描或電磁 輻射(χ-射線、近紅外)或直接測(cè)定確定的瘦肉、脂肪分布；取自組織樣本的免疫或代謝 或基因表達(dá)狀態(tài)的分析；肉質(zhì)測(cè)定，其通過(guò)機(jī)械測(cè)定，比如剪切力，化學(xué)測(cè)定比如脂肪 組成，或者通過(guò)消費(fèi)者口感調(diào)查。實(shí)施例
A.選擇指數(shù)理論i.概述根據(jù)本發(fā)明，針對(duì)影響利潤(rùn)的單性狀(后文稱作目標(biāo)性狀)，用于比較一組選擇 候選體的性能的標(biāo)準(zhǔn)選擇指數(shù)定義為
權(quán)利要求
1.產(chǎn)生遺傳性狀預(yù)測(cè)器的方法，其包括產(chǎn)生個(gè)體分子估計(jì)值；并將所述個(gè)體分子估計(jì)值與來(lái)自數(shù)量性狀測(cè)定的至少一個(gè)遺傳值的估計(jì)混合，其中所 述遺傳性狀預(yù)測(cè)器與通過(guò)所述數(shù)量性狀測(cè)定得到的性狀相關(guān)聯(lián)。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述數(shù)量性狀測(cè)定包括估計(jì)育種值。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述數(shù)量性狀測(cè)定包括通過(guò)實(shí)地觀察繁殖狀態(tài)或動(dòng)物行 為、顏色和一致性而產(chǎn)生的原始性狀數(shù)據(jù)；不同時(shí)刻生物體或生物體部位的重量或長(zhǎng) 度；通過(guò)聲波(超聲)掃描或電磁輻射或直接測(cè)量而確定的機(jī)體組成測(cè)量值，比如瘦肉、 脂肪分布；取自組織樣本的免疫或代謝或基因表達(dá)狀態(tài)的分析；采用機(jī)械比如剪切力， 化學(xué)比如脂肪組成，或者通過(guò)消費(fèi)者口味調(diào)查而得到的肉質(zhì)測(cè)量值。
4.權(quán)利要求1的方法，其中所述數(shù)量性狀測(cè)定包括種群組成數(shù)據(jù)。
5.權(quán)利要求1的方法，其中所述數(shù)量性狀測(cè)定包括至少兩個(gè)估計(jì)育種值、原始性狀數(shù) 據(jù)和種群組成數(shù)據(jù)的組合。
6.權(quán)利要求1的方法，其中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)分析來(lái)自動(dòng)物或植物群體的參比 數(shù)據(jù)集而產(chǎn)生。
7.權(quán)利要求6的方法，其中所述分析產(chǎn)生針對(duì)個(gè)體脫氧核糖核酸(DNA)標(biāo)記或DNA 標(biāo)記組而推導(dǎo)出的參數(shù)，其描述標(biāo)記對(duì)于具體性狀的效應(yīng)隨遺傳距離的衰退或變化。
8.權(quán)利要求7的方法，其中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)確定種群類型而產(chǎn)生。
9.權(quán)利要求7的方法，其中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)確定測(cè)試樣本和所述參比數(shù)據(jù)集 之間的遺傳距離而產(chǎn)生。
10.權(quán)利要求9的方法，其進(jìn)一步包括針對(duì)所述測(cè)試樣本的每個(gè)所述個(gè)體DNA標(biāo)記和 所述DNA標(biāo)記組推導(dǎo)出特定參數(shù)估計(jì)值和特定參數(shù)變化。
11.權(quán)利要求10的方法，其中所述特定參數(shù)估計(jì)值的所述變異使用所述測(cè)試樣本和所 述參比數(shù)據(jù)集之間的遺傳距離。
12.權(quán)利要求10的方法，其中所述特定參數(shù)估計(jì)值的推導(dǎo)使用針對(duì)所述個(gè)體DNA標(biāo) 記或所述DNA標(biāo)記組的參數(shù)。
13.權(quán)利要求10的方法，其中所述特定參數(shù)估計(jì)值的推導(dǎo)使用所述測(cè)試樣本和所述參 比數(shù)據(jù)集之間的遺傳距離，和針對(duì)所述個(gè)體DNA標(biāo)記或所述DNA標(biāo)記組的參數(shù)。
14.權(quán)利要求13的方法，其進(jìn)一步包括確定至少一個(gè)所述遺傳值的估計(jì)，其中至少一 個(gè)所述遺傳值的估計(jì)包括分子性狀估計(jì)和分子性狀變異中的至少一個(gè)。
15.權(quán)利要求14的方法，其中通過(guò)使用所述個(gè)體DNA標(biāo)記、所述特定參數(shù)估計(jì)值和 所述測(cè)試樣本的遺傳型中的至少一個(gè)確定所述分子性狀估計(jì)。
16.權(quán)利要求14的方法，其中通過(guò)使用所述個(gè)體DNA標(biāo)記、所述特定參數(shù)估計(jì)值和 所述測(cè)試樣本的遺傳型中的至少一個(gè)確定所述分子性狀變異。
17.權(quán)利要求14的方法，其中通過(guò)使用所述個(gè)體DNA標(biāo)記、所述特定參數(shù)估計(jì)值和 所述測(cè)試樣本的遺傳型確定所述分子性狀估計(jì)。
18.權(quán)利要求14的方法，其中所述數(shù)量性狀測(cè)定包括估計(jì)育種值、原始性狀數(shù)據(jù)和種 群組成數(shù)據(jù)中的至少一個(gè)。
19.權(quán)利要求18的方法，其中所述數(shù)量性狀測(cè)定包括所述估計(jì)育種值、所述原始性狀數(shù)據(jù)和所述種群組成數(shù)據(jù)中至少兩個(gè)的組合。
20.權(quán)利要求19的方法，其中所述數(shù)量性狀測(cè)定包括所述估計(jì)育種值、所述原始性狀 數(shù)據(jù)和所述種群組成數(shù)據(jù)。
21.權(quán)利要求19的方法，其中所述種群組成數(shù)據(jù)源自可視信息、系譜信息，或DNA 標(biāo)記信息。
22.產(chǎn)生遺傳性狀預(yù)測(cè)器的方法，其包括產(chǎn)生個(gè)體分子估計(jì)值；和將所述個(gè)體分子估計(jì)值和由數(shù)量性狀測(cè)定推導(dǎo)出的至少一個(gè)遺傳值的估計(jì)混合，其 中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)分析來(lái)自動(dòng)物或植物群體的參比數(shù)據(jù)集而產(chǎn)生，并且其中所 述分析產(chǎn)生針對(duì)個(gè)體脫氧核糖核酸(DNA)標(biāo)記或DNA標(biāo)記組推導(dǎo)出的參數(shù)，描述標(biāo)記 對(duì)具體性狀的效應(yīng)隨遺傳距離的衰退和變化，其中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)確定種群類 型而產(chǎn)生，并且其中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)測(cè)試樣本和所述參比數(shù)據(jù)集之間的遺傳距 離相關(guān)性而產(chǎn)生。
23.產(chǎn)生遺傳性狀預(yù)測(cè)器的方法，其包括產(chǎn)生個(gè)體分子估計(jì)值；和將所述個(gè)體分子估計(jì)值和由數(shù)量性狀測(cè)定推導(dǎo)出的至少一個(gè)遺傳值的估計(jì)混合，其 中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)分析來(lái)自動(dòng)物或植物群體的參比數(shù)據(jù)集而產(chǎn)生，并且其中所 述分析產(chǎn)生針對(duì)個(gè)體脫氧核糖核酸(DNA)標(biāo)記或DNA標(biāo)記組推導(dǎo)出的參數(shù)，描述標(biāo)記 對(duì)具體性狀的效應(yīng)隨遺傳距離的衰退和變化，其中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)確定種群類 型而產(chǎn)生，并且其中所述個(gè)體分子估計(jì)值通過(guò)測(cè)試樣本和所述參比數(shù)據(jù)集之間的種群類 型相關(guān)性而產(chǎn)生。
全文摘要
本發(fā)明涉及通過(guò)將個(gè)體分子估計(jì)值與來(lái)自數(shù)量性狀測(cè)定的至少一個(gè)屬值的估計(jì)混合而產(chǎn)生遺傳性狀預(yù)測(cè)器。所述個(gè)體分子估計(jì)值可以包括分子性狀估計(jì)或分子性狀變異。所述個(gè)體分子估計(jì)值可以通過(guò)應(yīng)用個(gè)體脫氧核糖核酸(DNA)標(biāo)記物、DNA標(biāo)記組、其具體的參數(shù)估計(jì)和特定參數(shù)變化，和測(cè)試樣本的遺傳型而確定。數(shù)量性狀測(cè)定可以包括估計(jì)的育種數(shù)據(jù)、原始性狀數(shù)據(jù)和種群組成數(shù)據(jù)。所述遺傳預(yù)測(cè)器在各種條件下精確而穩(wěn)定，并且參數(shù)估計(jì)中的誤差相對(duì)減少。
文檔編號(hào)G06F19/18GK102016858SQ200980116660
公開(kāi)日2011年4月13日 申請(qǐng)日期2009年5月6日 優(yōu)先權(quán)日2008年5月9日
發(fā)明者彼得·R·阿默, 邁克爾·L·泰特 申請(qǐng)人:美國(guó)輝瑞有限公司