案清晰度、被毛密度、皮張厚度、正身面積、板質(zhì)、毛色、花紋寬度、彎曲、圖案、光澤、毛色均勻度、皮張面積、皮重等。
【主權(quán)項】
1.一種山羊遺傳資源庫構(gòu)建方法，涉及研究國家遺傳資源大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)性狀機理的參考家系的構(gòu)建，其特征在于: 一、擬定資源群體構(gòu)建方案，制定基本體征信息記錄表、產(chǎn)絨性能記錄表、產(chǎn)肉性能記錄表、繁殖性能記錄表、皮用性能記錄表等，準備樣本采集試劑耗材，實驗人員分組； 二、按照資源群體構(gòu)建方案要求購買無血緣關(guān)系親代大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)，分別用大足黑山羊公羊(D)與內(nèi)蒙古絨山羊(I)母羊進行正交，大黑山羊母羊(D)與內(nèi)蒙古絨山羊公羊(I)進行反交得到Fl代，正、反交系后代公、母羊避免親緣關(guān)系進行隨機交配得到F2代； 三、體型組成員在山羊出生時、2月齡(斷奶)、6月齡、12月齡和24月齡分別對資源群體所有個體進行基本體征普查和記錄； 四、絨研組每年在山羊脫絨季節(jié)進行抓絨，并測定產(chǎn)絨性能所涉及的所有性狀指標并記錄在案； 五、肉研組在資源群體山羊屠宰時測定并記錄所有產(chǎn)肉性能記錄表涉及的指標，并負責(zé)米集各組織樣品； 六、繁殖組負責(zé)執(zhí)行涉及資源群體的同情發(fā)情技術(shù)，制定配種方案和系譜記錄，并采集繁殖性能記錄表的所列繁殖性狀參數(shù)； 七、皮研組負責(zé)采集所有資源群體個體皮用性能記錄表所涉及的指標； 八、采血組在6月齡采集頸靜脈血液(可多次采集)，分別采用肝素鈉抗凝、ACD抗凝和EDTA-Na2抗凝，對血樣進行編號并登記相關(guān)內(nèi)容； 九、實驗處理組I負責(zé)對采血組和肉研組采集的樣品進行基因組DNA和組織樣RNA提取，核對樣品ID號并保存樣本備用； 十、實驗處理組II負責(zé)挖掘資源群體個體SNP、SV和CNV變異數(shù)據(jù)； 十、建立系譜信息數(shù)據(jù)庫:根據(jù)繁殖的配種信息相關(guān)記錄建立資源群體信息數(shù)據(jù)庫； 十一、建立組織樣本庫:將肉研組采集的組織樣本裝入無菌凍存管中，管身注明ID號、組織名、采集日期等，所有組織樣本按照一定順序置于液氮保存，以備DNA或RNA提?。? 十二、建立資源群體DNA樣本庫:將實驗處理組提取的樣本基因組DNA核對編號后分別保存于-80°C超低溫冰箱中(每個個體保存2份基因組DNA樣本)； 十三、建立資源群體RNA樣本庫:將實驗處理組提取的RNA樣本核對編號后保存于液氮中備用； 十四、建立遺傳變異信息數(shù)據(jù)庫:將實驗處理組II的變異數(shù)據(jù)分類型存放于FTP服務(wù)器； 十五、建立資源群體表型性狀數(shù)據(jù)庫:包括紙質(zhì)版數(shù)據(jù)庫和電子檔數(shù)據(jù)庫；2.紙質(zhì)版數(shù)據(jù)庫按照不同類別統(tǒng)一封存存放；電子檔數(shù)據(jù)庫基于紙質(zhì)版記錄，通過Access軟件制定完成，并且刻錄光盤保存；3.并由專職研究人員負責(zé)數(shù)據(jù)庫的記錄管理工作； 十六、建立大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系總數(shù)據(jù)庫(簡稱為DIRF數(shù)據(jù)庫):總數(shù)據(jù)庫包括系譜信息數(shù)據(jù)庫、組織樣品庫、表型性狀數(shù)據(jù)庫、DNA數(shù)據(jù)庫、RNA數(shù)據(jù)庫和遺傳變異信息數(shù)據(jù)庫，匯編總數(shù)據(jù)庫目錄，制定總數(shù)據(jù)庫查看領(lǐng)用規(guī)則和管理辦法。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟一資源群體構(gòu)建方案涉及兩種國家遺傳資源山羊品種無血緣關(guān)系正、反交，正、反交后代避免親緣關(guān)系隨機交配；準備工作包括配種記錄表、基本體征信息記錄表、產(chǎn)絨性能記錄表、產(chǎn)肉性能記錄表、繁殖性能記錄表、皮用性能記錄表的制定；實驗人員分組為體型組、絨研組、肉研組、繁殖組、皮研組、采血組、實驗處理組I和II。3.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟三體型組采集的性狀包括:被毛顏色、膚色、體軀、角型、肉垂、皺紋、胡須、鼻部、脛部、耳型、蹄質(zhì)、蹄型、四肢、乳房形狀、乳頭是否均勻、有無副乳頭、角長(cm)、耳長(cm)、耳寬(cm)、體高(cm)、體重(kg)、胸圍(cm)、管圍(cm)、腰角寬(cm)、睪丸圍(cm)、頭長(cm)、頭寬(cm)、體長(cm)、胸寬(cm)、胸深(cm)、十字部高(cm)。4.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟四絨研組采集的性狀包括:毛色、絨色、絨毛比、羊絨長度(μπι)、羊絨細度(μ m)、羊絨密度(根/cm2)、絨層高度(cm)、羊絨強度(CN)，凈絨率。5.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟五肉研組采集的性狀包括:初生重(g)、育肥始重(kg)、斷奶重(kg)、育肥終重(kg)、6月齡重(kg)、宰前活重(kg)、周歲齡重(kg)、胴體重(kg)、18月齡重(kg)、屠宰率、成年重(24月齡)(kg)、胴體凈肉率、胴體品質(zhì)、背膘厚(cm)、肉色(5分制)、眼肌面積(cm2)、大理石花紋(12分制)、肋肉厚(GR值)、脂肪色澤(7分制)、肉骨比、失水率、PH值、貯藏損失率、嫩度(剪切力)、瘦肉率、肉骨比。6.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟六中繁殖組收集的性狀包括:產(chǎn)羔類型、羔羊性別、胎次、初生重(g)、子葉< 1cm、子葉^ 2_3cm、子葉^ l_2cm、子葉^ 4_5cm、子葉^ 3_4cm、子葉^ 5cm、胎盤重(g)、子葉寬徑(cm)、睪丸圍(cm)、精子密度、射精量(μ L)、精子活力、精子畸形率、頂體完整率、精子活力、精子生存指數(shù)、精液PH值、精液滲透壓、GOT (谷草轉(zhuǎn)氨酶)釋放量、受胎率。7.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟七皮研組收集的性狀包括:毛卷性狀、絲性、毛卷大小、毛長測定、花案面積、花案清晰度、被毛密度、皮張厚度、正身面積、板質(zhì)、毛色、花紋寬度、彎曲、圖案、光澤、毛色均勻度、皮張面積、皮重。8.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟八采血組每次采集血液5ml，至少采集三次，分別置于肝素鈉抗凝、ACD抗凝和 EDTA-Na^Jt凝。9.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟九實驗處理組I采取酚-氯提取法提取基因組DNA，采用天根試劑盒提取組織RNA，然后分別填寫DNA樣本信息表和RNA樣本信息表。10.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟十的實驗處理組II利用全基因組測序和高密度芯片篩查單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphism, SNP)、結(jié)構(gòu)變異(Structural variat1n, SV)和拷貝數(shù)變異(Copy number variat1n, CNV)等信息，這些信息按照不同類別和個體ID號存放于FTP服務(wù)器。11.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟九、十二的組織樣和RNA樣均保存于液氮中。12.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟九的DNA樣保存于-80 °C冰箱中。13.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟十五中建立的表型性狀數(shù)據(jù)庫包括紙質(zhì)版檔案、錄入的電子檔Access數(shù)據(jù)庫和刻錄的光盤資料。14.根據(jù)權(quán)利要求1所述大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:步驟十六DIRF參考家系數(shù)據(jù)庫包括系譜信息數(shù)據(jù)庫、組織樣品庫、表型性狀數(shù)據(jù)庫、DNA數(shù)據(jù)庫、RNA數(shù)據(jù)庫和變異信息數(shù)據(jù)庫，匯編總數(shù)據(jù)庫目錄，制定總數(shù)據(jù)庫查看領(lǐng)用規(guī)則和管理辦法。15.一種大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系構(gòu)建方法，其特征在于:構(gòu)建了大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)參考家系，構(gòu)建了大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊(阿拉善型)遺傳資源庫。16.如權(quán)利要求1-15中任意一項所述方法或步驟在構(gòu)建其他山羊群體遺傳資源庫中的應(yīng)用。
【專利摘要】本發(fā)明屬于群體遺傳資源庫的構(gòu)建領(lǐng)域，提供了一種科學(xué)地山羊資源群體庫的構(gòu)建方法，提供了一個山羊參考家系構(gòu)建案例，涉及兩個國家級遺傳資源品種——大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊（阿拉善型）。該資源群體構(gòu)建利用大足黑山羊和內(nèi)蒙古絨山羊（阿拉善型）正、反交，F(xiàn)1避免親緣關(guān)系隨機交配，使孟德爾遺傳性狀出現(xiàn)分離，然后利用基因組手段定位山羊經(jīng)濟性狀QTL或功能基因，為山羊育種提供相對精確的遺傳標記。該遺傳資源庫包括山羊群體、系譜信息數(shù)據(jù)庫、表型性狀數(shù)據(jù)庫、DNA樣本庫、RNA樣本庫和遺傳變異信息數(shù)據(jù)庫。
【IPC分類】A01K67/02
【公開號】CN105123621
【申請?zhí)枴緾N201510684788
【發(fā)明人】趙永聚, 管代祿, 張家驊
【申請人】西南大學(xué)
【公開日】2015年12月9日
【申請日】2015年10月22日