本發(fā)明涉及用于改善動物健康的益生菌組合物和方法。益生菌組合物包括一種或多種分離的羅伊氏乳桿菌菌株，其定殖在胃腸道中以增加動物的健康，包括減輕長期飲酒、腸漏、腸道通透性增加和炎癥的影響，并治療或預防與酒精相關(guān)的腸道微生態(tài)失調(diào)、腸漏和腸道通透性增加以及炎癥。

背景技術(shù)：

1、直接飼喂微生物(dfm)，通常也稱為益生菌，是一種至少暫時定殖于動物胃腸道并為該動物提供一些有益效果的微生物。微生物可以是細菌類的微生物，例如來自芽孢桿菌屬、乳酸桿菌屬、乳球菌屬和腸球菌屬的細菌。微生物也可以是酵母甚至霉菌。微生物可以通過口腔或粘膜提供給動物，或者在鳥類的情況下，提供給受精卵，即卵。

2、dfm或益生菌帶來的有益活性可以是宿主動物健康代謝所需的維生素或其他營養(yǎng)分子的合成。dfm或益生菌還可以保護宿主動物免受其他病原微生物引起的疾病、障礙或臨床癥狀的影響。例如，dfm或益生菌可產(chǎn)生對某些種類的病原體(如有害或致病細菌)具有抑制或細胞毒性活性的因子，或?qū)γ庖哒{(diào)節(jié)活性(如調(diào)節(jié)免疫反應或改善對外來試劑或外來抗原的免疫反應)的因子。dfm或益生菌可產(chǎn)生具有治療活性的因子或生物分子，所述治療活性包括阻斷或減少炎癥或炎癥反應。

3、酒精使用障礙(aud)影響1510萬美國成年人，并與更嚴重的醫(yī)療疾病有關(guān)(fernandezsola?j等人(1995)archives?of?internal?medicine?155：1649-1654；deroux，a等人(2006)chest，129：1219-1225)。在飲酒者中發(fā)現(xiàn)了肺炎和其他感染的高患病率，以及隨后的不良臨床結(jié)果，因為飲酒會損害先天免疫細胞和適應性免疫細胞(gonzalez-quintela?a等人(2008)clinical?and?experimental?immunology，151：42-50.；greenberg，ss等人(1999)alcoholism，clinical?and?experimental?research，23：735-744.；mandrekar，p等人(2004)the?journal?of?immunology，173：3398-3407；masoncm等人(2004)，infection?and?immunity，72：2556-2563；samuelson，dr等人(2017)plospath，13(6)，e1006426)。飲酒會擾亂正常的腸道微生物群落，并導致腸道生態(tài)失調(diào)。在動物模型中，長期飲酒會改變腸道微生物群的多樣性和功能能力。人類和嚙齒動物的研究報告稱，過量飲酒會改變腸道微生物群的組成、結(jié)構(gòu)和代謝功能(leclercq?s等人(2014)proceedings?of?the?national?academy?of?sciences?of?the?united?states?ofamerica，111，e4485-e4493.，2014a；mutlu，ea等人(2012)american?journal?ofphysiology-gastrointestinal?and?liver?physiology，302，g966-g978)。

4、最近的研究表明，酒精誘導的微生態(tài)失調(diào)導致的腸道免疫反應的改變促成宿主對克雷伯菌肺炎易感性的增加(samuelson?d.r.等人(2017)plos?pathogens?13(6)：e1006426；doi.org/10.1371/journal.ppat.1006426)。與酒精相關(guān)的肺炎克雷伯菌易感性在一定程度上是由腸道微生態(tài)失調(diào)介導的，因為與用對照微生物群重新定殖的小鼠相比，用從酒精飼喂的小鼠中分離的微生物群重新定殖的酒精未經(jīng)受動物的肺炎克雷伯菌呼吸負擔增加。酒精失調(diào)重新定殖動物易感性的增加與肺炎性細胞因子的增加以及克雷伯菌感染后肺中cd4+和cd8+t細胞數(shù)量的減少，但克雷伯菌感染后腸道中t細胞計數(shù)的增加有關(guān)，這表明腸道t細胞滯留是肺宿主防御受損的一個因素。如通過血清腸道脂肪酸結(jié)合蛋白水平的增加來測量的，酒精失調(diào)微生物群重新定殖的小鼠的腸道損傷也增加。

5、飲酒還會增加對肺炎球菌肺炎的易感性，這是由腸道微生態(tài)失調(diào)介導的，包括在人源化小鼠hiv模型中證明的(samuelson?d.r.等人(2019)alcohol?80：33-43；doi.org/10.1016/j.alchol.2018.08.012)。酒精飼喂小鼠的腸道微生物群(無論hiv狀態(tài)如何)顯著損害了肺炎鏈球菌的清除率。數(shù)據(jù)表明，酒精飼喂以及與酒精相關(guān)的腸道生態(tài)失調(diào)會損害肺部宿主對感染(包括感染性細菌，如肺炎球菌肺炎)的防御。大量飲酒會改變微生物群落結(jié)構(gòu)并使其功能失調(diào)。

6、腸(intestine)或腸道(gut)是半滲透性的。腸黏膜壁是為了將食物中的水分和營養(yǎng)物質(zhì)吸收到血液中。然而，一些動物或個體的腸道通透性或高滲透性增加，其中它們的腸或腸通過其釋放的水和營養(yǎng)物質(zhì)多于水和營養(yǎng)素，甚至可以允許其他分子或成分通過腸或腸道“泄漏”。這通?？梢员环Q為“腸漏”。在camilleri，m(camilleri?m(2019)gut?68(8)：1516-1527；doi：10.1136/gutjnl-2019-318427)中綜述了腸漏機制和臨床意義。

7、如上所述，飲酒會導致腸道通透性增加、腸道生態(tài)失調(diào)和腸漏。此外，研究表明，患有某些慢性胃腸道疾病的人腸漏，會讓更大的分子通過，包括潛在的有害或有毒分子。盡管腸壁是腸道內(nèi)細菌和其他感染源的重要屏障，但這種屏障是免疫系統(tǒng)中的重要因素和組成部分。如果腸道屏障受損，它會允許毒素和其他有害或炎癥分子進入血液。這些毒素可能會引發(fā)炎癥反應，表現(xiàn)為各種疾病。

8、腸道通透性改變或增加的最直接原因包括：慢性炎癥狀態(tài)，如ibd和乳糜瀉；導致腸道損傷的其他疾病，如hiv/艾滋?。唤到饽c粘膜的化學療法和放射療法；長期過量飲酒精或非甾體抗炎藥，如阿司匹林和布洛芬；對某些食物產(chǎn)生免疫反應的食物過敏。腸道通透性是幾種影響消化系統(tǒng)的炎癥性和自身免疫性疾病的公認特征，所述疾病包括炎癥性腸病、克羅恩病和乳糜瀉(bjarnason?i等人(1983)lancet?1：323-5；hollander?d等人(1986)annintern?med?1986；105：883-5；vazquez-roque?mi等人(2013)gastroenterology?144：903-11，e3；d’incàr等人(1999)am?j?gastroenterol?94：2956-60)。這些疾病會導致腸道慢性炎癥，隨著時間的推移，腸道屏障逐漸受到侵蝕。已檢測到胃腸道(gi)疾病患者血液中腸道細菌產(chǎn)物水平較高，所述胃腸道疾病已知會導致腸道通透性。

9、本領(lǐng)域需要一種方法和療法來介導和減輕長期飲酒的影響，包括腸道微生態(tài)失調(diào)、腸漏、腸道通透性增加和炎癥。需要益生菌組合物來糾正或解決具有長期飲酒、腸道疾病和炎癥的改變和受損的腸道微生物群落，并需要向動物的胃腸道提供有益細菌和/或分子并改善動物健康的方法，特別是在長期飲酒或大量飲酒的動物、腸漏、腸道通透性增加以及腸道衍生或腸道相關(guān)炎癥的動物中。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明提供了用于改善動物健康的組合物和方法。益生菌組合物和方法改善動物的健康，包括減輕長期飲酒、腸漏、腸道通透性增加和炎癥的影響，并治療或預防與酒精相關(guān)的腸道微生態(tài)失調(diào)、腸漏和腸道通透性增加及炎癥。

2、在一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種具有至少一種分離的羅伊氏乳桿菌菌株的組合物，其中與未施用該組合物的動物相比，當向動物施用有效量時，所述組合物促進動物的健康。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種組合物，其具有分離的第一羅伊氏乳桿菌菌株和分離的第二羅伊氏乳桿菌菌株中的至少一種，其中與未施用所述組合物的動物相比，當向動物施用有效量時，所述組合物促進了動物健康。

3、在一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種具有至少一種分離的羅伊氏乳桿菌菌株的組合物，其中與未施用該組合物的動物相比，當向動物施用有效量時，所述組合物促進動物健康，包括減輕長期飲酒、腸漏、腸道通透性增加和炎癥的影響。在一個實施方案中，本發(fā)明提供了一種組合物，其具有分離的第一羅伊氏乳桿菌菌株和分離的第二羅伊氏乳桿菌菌株中的至少一種，其中與未施用所述組合物的動物相比，當向動物施用有效量時，所述組合物促進動物健康，包括減輕長期飲酒、腸漏、腸通透性增加和炎癥的影響。

4、本發(fā)明提供了減少腸道通透性、減輕酒精誘導的或與疾病相關(guān)的腸漏綜合征、減輕長期飲酒的腸道和全身影響(包括腸道微生態(tài)失調(diào))以及減少炎癥(包括腸源性或腸道相關(guān)的炎癥)的方法，所有和任何方法都包括施用有效量的包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株的免疫原性益生菌組合物。在所述方法的實施方案中，施用兩種或至少兩種羅伊氏乳桿菌菌株的組合。

5、在一個實施方案中，本公開提供了一種減輕或調(diào)節(jié)受試者腸道通透性增加或腸漏的方法。在一個實施方案中，本公開提供了一種降低受試者腸道通透性的方法。所述方法包括施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株。在一個實施方案中，所述方法包括施用有效量的免疫原性益生菌組合物，所述組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?idno：1-55的序列和與seq?id?no：1-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。在一個實施方案中，所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，以及任選的抗炎劑、分子或細胞因子。

6、在一個實施方案中，本公開提供了一種減輕受試者炎癥的方法，包括腸源性或腸相關(guān)炎癥，包括與腸道疾病或腸通透性增加相關(guān)的炎癥。所述方法包括向受試者施用有效量的免疫原性益生菌組合物，所述組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，并且其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：1-55的序列和與seq?id?no：1-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。在一個實施方案中，所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，以及任選的抗炎劑、分子或細胞因子。在一個實施方案中，所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，以及任選的免疫調(diào)節(jié)劑或分子。

7、在所述方法的一個實施方案中，施用兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株的組合。在實施方案中，抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑與至少一種羅伊氏乳桿菌菌株或與兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株聯(lián)合施用。所述至少一種或兩種羅伊氏乳桿菌菌株可以在一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑之前施用；可以在一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑之前并與其聯(lián)合施用；可以在一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑之前、與之聯(lián)合并在其之后施用；或者可以與一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑聯(lián)合施用或在其之后不久施用。一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑可以單劑量或多劑量施用。所述至少一種或兩種羅伊氏乳桿菌菌株可在單劑量的一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑或多劑量的一種或多種抗炎劑、細胞因子或免疫力調(diào)節(jié)劑之前和/或之間和/或與之組合施用。

8、在本發(fā)明方法的一個實施方案中，兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株的組合包括或包含第一分離的羅伊氏乳桿菌菌株和第二分離的羅伊氏乳桿菌菌株，或者是第一分離的羅伊氏乳桿菌菌株和第二分離的羅伊氏乳桿菌菌株的組合。在一個實施方案中，分離的第一羅伊氏乳桿菌菌株包括以下中的至少一種：與seq?id?no：26具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?id?no：1具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?id?no：3具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列，編碼與seq?idno：8具有95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的氨基酸序列的核酸序列。

9、在一個實施方案中，所述第二分離的第二羅伊氏乳桿菌菌株包括以下中的至少一種：與seq?id?no：25具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?id?no：27具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?id?no：28具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?id?no：29具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列。

10、在一個實施方案中，分離的第一羅伊氏乳桿菌菌株具有以下核酸或氨基酸序列：包括seq?id?no：1-24、26和49-55中至少一個的序列、與seq?id?no：1-24、26和49-55中至少一個序列具有至少一個核酸或氨基酸序列差異的序列、與seq?id?no：1-24、26、49-55中至少一個中的序列具有一個或多個核酸或氨基序列差異且還與seq?id?no：1-24、26和49-55中的至少一個具有至少99％序列同一性的序列、與seq?id?no：1-24、26、49-55中至少一個的序列具有至少一個核酸或氨基酸序列差異且還與seq?id?no：1-24、26和49-55中的一個或多個具有至少99％序列同一性的序列、與seq?id?no：1-24、26和49-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％、或至少99.5％序列同一性的序列。在一個實施方案中，分離的第一羅伊氏乳桿菌菌株具有以下基因組核酸序列：包括seq?id?no：49-55中至少一個的序列、與seq?id?no：49-55中至少一個的序列具有一個或多個核酸序列差異的序列、與seq?id?no：49-55中至少一個中的序列具有至少一個核酸序列差異的序列，且還與seq?idno：49-55的一個或多個具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列、與seq?id?no：49-55具有至少98％、至少98.5％、至少99％、或至少99.5％序列同一性的序列。

11、在一個實施方案中，分離的第一羅伊氏乳桿菌菌株是羅伊氏乳桿菌菌株3632，其對應于atcc專利保藏號pta-126788。

12、在一個實施方案中，分離的第一羅伊氏乳桿菌菌株包含或具有與atcc菌株pta-126788的基因組核酸序列相對應的基因組核酸序列，或其變體，所述變體包含或具有與atcc菌株pta-126788的基因組核酸序列至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的核酸序列。

13、在一些實施方案中，分離的第二羅伊氏乳桿菌菌株具有以下核酸序列或氨基酸序列：包括seq?id?no：25、27-43和44-48中的至少一個的序列、與seq?id?no：25、27-43或44-48中至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。

14、在一個實施方案中，分離的第二羅伊氏乳桿菌具有以下核酸或氨基酸序列；包括seq?id?no：25、27-43和44-48中至少一個的序列、與seq?id?no：25、27-43或44-48中至少一個的序列具有至少一個核酸或氨基酸序列差異的序列、與seq?id?no：25、27-43和44-48的至少一個中的序列具有一個或多個核酸或氨基序列差異的序列、與seq?id?no：25、27-43和44-48中至少一個的序列具有至少一個核酸或氨酸序列差異且與seq?id?no：25、27-43和44-48中至少一個具有至少99％序列同一性的序列、與seq?id?no：25、27-43和44-48中的至少一個具有至少一個核酸或氨基酸序列差異的序列且與seq?id?no：25、27-43和44-48的一個或多個具有至少99％序列同一性的序列、與seq?id?no：25、27-43和44-48中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。在一個實施方案中，分離的第二羅伊氏乳桿菌菌株具有以下基因組核酸序列：包括seq?id?no：44-48中的至少一個的序列、與seq?id?no：44-48中的至少一個的序列具有一個或多個核酸序列差異的序列、與seq?id?no：44-48的至少一個的序列具有至少一個核酸序列差異且與seq?id?no：44-48中一個或多個具有至少97％、至少98％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列、與seq?id?no：44-48具有至少98％、至少98.5％、至少99％、或至少99.5％序列同一性的序列。

15、在一個實施方案中，第二羅伊氏乳桿菌是羅伊氏乳桿菌菌株3630，其對應于atcc專利保藏號pta-126787。

16、在一個實施方案中，分離的第二羅伊氏乳桿菌菌株包含或具有與atcc菌株pta-126787的基因組核酸序列相對應的基因組核酸序列，或其變體，所述變體包含或具有與atcc菌株pta-126787的基因組核酸序列至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的核酸序列。

17、在一個實施方案中，本公開提供了一種降低受試者腸道通透性或緩解腸漏的方法。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，并且其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?idno：1-55的序列和與seq?id?no：1-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株，第一羅伊氏乳桿菌菌株和第二羅伊氏乳桿菌菌株，其中所述第一羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：1-24、26和49-55的序列，以及與seq?id?no：1-24、26和49-55的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列，其中所述第二羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：25、27-43和44-48的序列，以及與seq?id?no：25、27-43和44-48的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。

18、在一個實施方案中，本公開提供了一種減輕受試者炎癥的方法，所述炎癥包括腸源性或腸相關(guān)炎癥，所述腸源性或腸相關(guān)炎癥包括與腸道疾病或腸通透性增加相關(guān)的炎癥。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，并且其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?idno：1-55的序列和與seq?id?no：1-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株，第一羅伊氏乳桿菌菌株和第二羅伊氏乳桿菌菌株，其中所述第一羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：1-24、26和49-55的序列，以及與seq?id?no：1-24、26和49-55的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列，其中所述第二羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：25、27-43和44-48的序列，以及與seq?id?no：25、27-43和44-48的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。所述方法包括進一步向受試者施用一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑。所述方法還包括向受試者施用，包括在組合物中組合施用，一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑。

19、在一個實施方案中，本公開提供了一種減輕與胃腸道疾病相關(guān)的腸道炎癥的方法，所述胃腸道疾病包括或例如受試者的炎癥性腸病(ibd)、克羅恩病或乳糜瀉。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，并且其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：1-55的序列和與seq?id?no：1-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。所述方法包括施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株，第一羅伊氏乳桿菌菌株和第二羅伊氏乳桿菌菌株，其中所述第一羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：1-24、26和49-55的序列，以及與seq?idno：1-24、26和49-55的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列，其中所述第二羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：25、27-43和44-48的序列，以及與seq?id?no：25、27-43和44-48的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。所述方法包括進一步向受試者施用一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑。所述方法還包括向受試者施用，包括在組合物中組合施用，一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑。

20、在一個實施方案中，本公開提供了一種減輕受試者腸道或腸道炎癥的方法。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，并且其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：1-55的序列和與seq?id?no：1-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株，第一羅伊氏乳桿菌菌株和第二羅伊氏乳桿菌菌株，其中所述第一羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：1-24、26和49-55的序列，以及與seq?id?no：1-24、26和49-55的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列，其中所述第二羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?idno：25、27-43和44-48的序列，以及與seq?id?no：25、27-43和44-48的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。所述方法包括進一步向受試者施用一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑。所述方法還包括向受試者施用，包括在組合物中組合施用，一種或多種抗炎劑、分子或細胞因子或免疫調(diào)節(jié)劑。

21、在一個實施方案中，本公開提供了一種減輕受試者長期飲酒的腸道影響的方法，包括腸道微生態(tài)失調(diào)。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，并且其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包含選自seq?id?no：1-55的至少一個序列和與其具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。所述方法包括向受試者施用有效量的益生菌組合物，所述益生菌組合物包含兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株，第一羅伊氏乳桿菌菌株和第二羅伊氏乳桿菌菌株，其中所述第一羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：1-24、26和49-55的序列，以及與seq?id?no：1-24、26和49-55的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列，其中所述第二羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?idno：25、27-43和44-48的序列，以及與seq?id?no：25、27-43和44-48的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。

22、在一個實施方案中，本公開提供了一種益生菌組合物。所述組合物包括至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，并且其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包括至少一個選自seq?idno：1-55的序列和與seq?id?no：1-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列，以及藥學上可接受的載體。所述組合物包含至少一種羅伊氏乳桿菌菌株，并且其中所述至少一種羅伊氏乳桿菌菌株包含選自seq?id?no：44-48或seqid?no：49-55的至少一個序列和與seq?id?no：44-48或seq?id?no：49-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列，以及藥學上可接受的載體。在一個實施方案中，所述免疫原性益生菌組合物包含兩種分離的羅伊氏乳桿菌菌株，第一羅伊氏乳桿菌菌株和第二羅伊氏乳桿菌菌株，其中所述第一羅伊氏乳桿菌菌株包含選自seq?id?no：1-24、26和49-55的至少一個序列和與seq?id?no：1-24、26或49-55中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列，其中第二羅伊氏乳桿菌菌株包含至少一個選自seq?id?no：25、27-43和44-48的序列和與seq?id?no：25、27-43和44-48中的至少一個具有至少98％、至少98.5％、至少99％或至少99.5％序列同一性的序列。

23、在一個實施方案中，所述第一分離的第一羅伊氏乳桿菌菌株包括以下中的至少一種：與seq?id?no：26具有至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?idno：1具有至少97％、至少98％、或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?id?no：3具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列和編碼與seq?idno：8具有至少97％、至少98％、或至少99％同一性的氨基酸序列的核酸序列。

24、在一個實施方案中，第二分離的第二羅伊氏乳桿菌菌株包括以下中的至少一種：與seq?id?no：25具有至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?idno：27具有至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列、與seq?id?no：28具有至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列和與seq?id?no：29具有至少97％、至少98％或至少99％序列同一性的核酸序列。

25、在一個實施方案中，提供了生物合成基因簇(bgc)，特別是聚酮合酶(pks)bgc。在一個實施方案中，提供了羅伊氏乳桿菌菌株3632的生物合成基因簇(bgc)，特別是聚酮合酶(pks)bgc。在一個實施方案中，pks?bgc能夠產(chǎn)生激活ahr的代謝產(chǎn)物。

26、在一些實施方案中，提供了包含seq?id?no：77所示核酸的pks?bgc。在一個實施方案中，pks?bgc包含編碼選自seq?id?no：78-92的一個或多個多肽的核酸。在一個實施方案中，pks?bgc包含編碼選自seq?id?no：78-85和87-92的一個或多個多肽的核酸。在一個實施方案中，pks?bgc包含編碼多肽seq?id?no：78-85和87-92的核酸。在一個實施方案中，提供了編碼蛋白質(zhì)seq?id?no：78-92、或至少seq?id?no：88-85和seq?id?no-86-92的ahr代謝產(chǎn)物合成基因簇。

27、在其他實施方案中，本文提供了包含編碼選自seq?id?no：78-92的一個或多個多肽的核酸的質(zhì)粒。在一個實施方案中，質(zhì)粒包含編碼選自seq?id?no：78-85和87-92的一個或多個多肽的核酸。在一個實施方案中，質(zhì)粒包含編碼多肽seq?id?no：78-85和87-92的核酸。在一個實施方案中，提供了包含ahr代謝產(chǎn)物合成基因簇的質(zhì)粒，所述基因簇編碼蛋白質(zhì)seq?id?no：78-92、或至少seq?id?no：88-85和seq?id?no-86-92。

28、在實施方案中，提供編碼ahr代謝物的基因簇，或包含編碼ahr代謝產(chǎn)物的基因簇的質(zhì)粒。ahr代謝產(chǎn)物與il-22的產(chǎn)生有關(guān)。ahr代謝產(chǎn)物能夠提高腸道中的il-22水平。ahr代謝產(chǎn)物能夠改善或減輕腸道炎癥。ahr代謝產(chǎn)物與維持腸道屏障完整性相關(guān)，并且能夠維持腸道屏障的完整性。ahr代謝產(chǎn)物與減少或緩解腸道通透性增加有關(guān)，并且能夠減少或緩解腸道通透性增加。在實施方案中，本文設(shè)想了pks基因簇的表達增加或產(chǎn)生，或蛋白質(zhì)seqid?no：78-92，或seq?id?no：88-85和87-92增加。在實施方案中，本文設(shè)想了pks基因簇的組成型或誘導型表達或產(chǎn)生，或蛋白質(zhì)seq?id?no：78-92或seq?id?no：88-85和87-92的組成型和誘導型表達和產(chǎn)生。

29、通過參考以下說明性附圖、實施方案和隨附權(quán)利要求進行的后續(xù)詳細描述，本領(lǐng)域技術(shù)人員將了解其他目的和優(yōu)點。