背景技術(shù)：

0、背景

1、癌癥基因組學(xué)的一個(gè)重要方面是精確鑒定基因改變的來源，以便對患者進(jìn)行適當(dāng)?shù)闹委?。最近的一?xiàng)研究發(fā)現(xiàn)，超過2％的晚期癌癥患者可能具有在針對可靶向的體細(xì)胞改變的下一代測序(ngs)期間偶然發(fā)現(xiàn)的未鑒定出的種系改變。然而，在不與正常組織比較的情況下，基于組織的ngs可能無法準(zhǔn)確區(qū)分種系突變與體細(xì)胞突變。在血漿中，體細(xì)胞變異(variant)通常以可能比種系變異的突變等位基因分?jǐn)?shù)(mutant?allele?fraction；maf)低1-2個(gè)數(shù)量級的突變等位基因分?jǐn)?shù)出現(xiàn)，并且因此液體活組織檢查可以準(zhǔn)確分配種系/體細(xì)胞來源。然而，某些因素諸如來自拷貝數(shù)變異(cnv)或雜合性喪失(loss?ofheterozygosity；loh)的等位基因不平衡可以使種系maf偏離種系maf的預(yù)期范圍。因此，存在對在確定變異來源時(shí)能夠考慮到這些因素的方法的需求。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

0、概述

1、本公開內(nèi)容提供了用于區(qū)分核酸分子諸如無細(xì)胞脫氧核糖核酸(cfdna)樣品中的體細(xì)胞變異與種系變異的方法和系統(tǒng)。這樣的方法可以使用常見單核苷酸多態(tài)性(snp)對局部種系等位基因計(jì)數(shù)行為建模，并且可以基于maf與觀察到的種系maf的偏差來區(qū)分體細(xì)胞變異。

2、在一方面，本公開內(nèi)容提供了鑒定來自核酸分子樣品(例如，組織樣品、無細(xì)胞dna樣品和/或類似樣品)的核酸變異的體細(xì)胞來源或種系來源的方法。所述方法包括(a)確定針對來自核酸樣品的核酸變異的一種或更多種定量測量。定量測量包括核酸變異的總等位基因計(jì)數(shù)和次要等位基因計(jì)數(shù)。所述方法還包括(b)鑒定來自核酸樣品的核酸變異的至少一個(gè)相關(guān)變量，和(c)確定核酸變異的相關(guān)變量的定量值。所述方法還包括(d)產(chǎn)生針對核酸變異的基因組基因座處的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型；和(e)基于針對預(yù)期種系等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型和核酸變異的相關(guān)變量的定量值以及針對核酸變異的至少一個(gè)定量測量，產(chǎn)生核酸變異的概率值(p值)。另外，所述方法還包括(f)將核酸變異(i)當(dāng)核酸變異的p值低于閾值時(shí)分類為體細(xì)胞來源的，或(ii)當(dāng)核酸變異的p值處于閾值或高于閾值時(shí)分類為種系來源的。

3、在一方面，本公開內(nèi)容提供了鑒定來自無細(xì)胞核酸分子(例如，無細(xì)胞脫氧核糖核酸(cfdna)分子)樣品的核酸變異的體細(xì)胞來源或種系來源的方法，所述方法包括：(a)確定針對來自無細(xì)胞核酸分子樣品的核酸變異的多于一個(gè)定量測量，其中所述多于一個(gè)定量測量包括核酸變異的總等位基因計(jì)數(shù)和次要等位基因計(jì)數(shù)；(b)鑒定來自無細(xì)胞核酸分子樣品的核酸變異的相關(guān)變量；(c)確定核酸變異的相關(guān)變量的定量值；(d)產(chǎn)生針對核酸變異的基因組基因座處的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型；(e)至少部分地基于針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量中的至少一個(gè)、針對預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型以及核酸變異的相關(guān)變量的定量值，產(chǎn)生核酸變異的概率值(p值)；以及(f)將核酸變異(i)當(dāng)核酸變異的p值低于預(yù)定閾值時(shí)分類為體細(xì)胞來源的，或(ii)當(dāng)核酸變異的p值處于閾值或高于預(yù)定閾值時(shí)分類為種系來源的。

4、在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括從受試者獲得無細(xì)胞核酸分子樣品。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括接收從無細(xì)胞核酸分子樣品產(chǎn)生的測序信息，其中測序信息包括包含核酸變異的無細(xì)胞核酸測序讀段和核酸變異的相關(guān)變量，所述相關(guān)變量包括在涉及核酸變異的指定基因組區(qū)域內(nèi)的至少一種雜合單核苷酸多態(tài)性(het?snp)。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括對來自無細(xì)胞核酸分子樣品的核酸進(jìn)行測序以產(chǎn)生測序信息，其中針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量和相關(guān)變量的定量值從測序信息來確定。

5、在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量，鑒定核酸變異的相關(guān)變量，以及根據(jù)從無細(xì)胞核酸分子樣品產(chǎn)生的測序信息確定相關(guān)變量的定量值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括使用無細(xì)胞核酸分子樣品的核酸的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的β-二項(xiàng)式模型來產(chǎn)生預(yù)定閾值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括對來自無細(xì)胞核酸分子樣品的多于一個(gè)基因組基因座的多于一個(gè)核酸變異的體細(xì)胞來源或種系來源進(jìn)行分類。

6、在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種雜合單核苷酸多態(tài)性(hetsnp)。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少兩種het?snp。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括與包含核酸變異的基因組基因座相連的基因組基因座。

7、在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定核酸變異的相關(guān)變量的一個(gè)或更多個(gè)突變等位基因計(jì)數(shù)的平均值和/或方差值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定核酸變異的相關(guān)變量的平均定量值。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括以下中的一項(xiàng)或更多項(xiàng)：雜合單核苷酸多態(tài)性(het?snp)、gc含量測量、探針特異性偏倚測量、片段長度值、測序統(tǒng)計(jì)測量、拷貝數(shù)斷點(diǎn)(breakpoint)以及受試者的臨床數(shù)據(jù)。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定核酸變異的相關(guān)變量的平均值和/或方差值。

8、在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定核酸變異的局部種系折疊突變等位基因分?jǐn)?shù)(maf)，μ箱，其中箱是包含核酸變異的基因或另一指定基因組區(qū)域，且折疊maf是min(maf,1-maf)。在一些實(shí)施方案中，指定基因組區(qū)域是在核酸變異的約101個(gè)、102個(gè)、103個(gè)、104個(gè)、105個(gè)、106個(gè)、107個(gè)、108個(gè)、109個(gè)或1010個(gè)堿基對內(nèi)的區(qū)域。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種單核苷酸多態(tài)性(snp)，所述單核苷酸多態(tài)性(snp)包含大于約0.001的群體等位基因頻率(af)。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種非致癌性單核苷酸多態(tài)性(snp)。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種單核苷酸多態(tài)性(snp)，所述單核苷酸多態(tài)性(snp)包含小于約0.9的突變等位基因分?jǐn)?shù)(maf)。

9、在一些實(shí)施方案中，相關(guān)變量包括在涉及核酸變異的指定基因組區(qū)域內(nèi)的至少一種雜合單核苷酸多態(tài)性(snp)，并且其中所述方法包括使用下式估計(jì)β二項(xiàng)式分布參數(shù)：(x,y)～β二項(xiàng)式(μ箱,ρ)，其中y＝至少一種種系雜合snp的總分子計(jì)數(shù)的向量，對于每一種種系雜合snp有一個(gè)條目；x＝min(至少一種種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù)，y-至少一種種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù))的向量，對于每一種種系雜合snp有一個(gè)條目；μ箱＝箱中雜合snp的平均突變等位基因計(jì)數(shù)的估計(jì)值，其中箱是涉及核酸變異的指定基因組區(qū)域；以及ρ＝分散度參數(shù)(dispersion?parameter)的估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括計(jì)算p值的上限和下限。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括使用下式計(jì)算核酸變異的雙尾p值：p值＝2*min(prbb(x'>a|μ箱,ρ,b),prbb(x'<a|μ箱,ρ,b))，其中prbb＝β二項(xiàng)式的概率；x'＝以所述β二項(xiàng)式分布的隨機(jī)變量；a＝核酸變異的突變等位基因計(jì)數(shù)；以及b＝核酸變異的總分子計(jì)數(shù)。在一些實(shí)施方案中，ρ包括來自歷史樣品集的至少一組ρ值的中值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括用核酸變異的gc含量的函數(shù)代替中值ρ參數(shù)。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定μ箱的最大似然估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定μ箱的平均估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定ρ的最大似然估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括確定ρ的方差估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括產(chǎn)生呈電子形式和/或紙質(zhì)形式的報(bào)告，所述報(bào)告提供核酸變異分類為體細(xì)胞來源或種系來源的指示。

10、在另一方面中，本公開內(nèi)容提供了非瞬時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，所述非瞬時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包含計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令，所述計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令當(dāng)被至少一個(gè)電子處理器執(zhí)行時(shí)執(zhí)行包括以下步驟的方法：(a)根據(jù)從無細(xì)胞核酸分子(例如，無細(xì)胞脫氧核糖核酸(cfdna)分子)樣品產(chǎn)生的測序信息確定針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量，其中所述多于一個(gè)定量測量包括核酸變異的總等位基因計(jì)數(shù)和次要等位基因計(jì)數(shù)；(b)從測序信息鑒定核酸變異的相關(guān)變量；(c)確定核酸變異的相關(guān)變量的定量值；(d)產(chǎn)生針對核酸變異的基因組基因座處的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型；(e)至少部分地基于針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量中的至少一個(gè)、針對預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型以及核酸變異的相關(guān)變量的定量值，產(chǎn)生核酸變異的概率值(p值)；以及(f)將核酸變異(i)當(dāng)核酸變異的p值低于預(yù)定閾值時(shí)分類為體細(xì)胞來源的，或(ii)當(dāng)核酸變異的p值處于預(yù)定閾值或高于預(yù)定閾值時(shí)分類為種系來源的。

11、在一些實(shí)施方案中，使用無細(xì)胞核酸分子(例如，cfdna分子)樣品的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的β-二項(xiàng)式模型產(chǎn)生預(yù)定閾值。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種雜合單核苷酸多態(tài)性(het?snp)。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少兩種het?snp。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括與包含核酸變異的基因組基因座相連的基因組基因座。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量的一個(gè)或更多個(gè)突變等位基因計(jì)數(shù)的平均值和/或方差值被確定。在一些實(shí)施方案中，所述多于一個(gè)定量測量中的至少一個(gè)包括無細(xì)胞核酸分子樣品的包含核酸變異的核酸分子的數(shù)目。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括以下中的一項(xiàng)或更多項(xiàng)：雜合單核苷酸多態(tài)性(het?snp)、gc含量測量、探針特異性偏倚測量、片段長度值、測序統(tǒng)計(jì)測量、拷貝數(shù)斷點(diǎn)(breakpoint)以及受試者的臨床數(shù)據(jù)。

12、在一些實(shí)施方案中，核酸變異的局部種系折疊突變等位基因分?jǐn)?shù)(maf)，μ箱被確定，其中箱是包含核酸變異的基因或另一指定基因組區(qū)域，且折疊maf是min(maf,1-maf)。在一些實(shí)施方案中，指定基因組區(qū)域是在核酸變異的約101個(gè)、102個(gè)、103個(gè)、104個(gè)、105個(gè)、106個(gè)、107個(gè)、108個(gè)、109個(gè)或1010個(gè)堿基對內(nèi)的區(qū)域。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種單核苷酸多態(tài)性(snp)，所述單核苷酸多態(tài)性(snp)包含大于約0.001的群體等位基因頻率(af)。在一些實(shí)施方案中，相關(guān)變量包括至少一種非致癌性單核苷酸多態(tài)性(snp)。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種單核苷酸多態(tài)性(snp)，所述單核苷酸多態(tài)性(snp)包含小于約0.9的突變等位基因分?jǐn)?shù)(maf)。

13、在一些實(shí)施方案中，相關(guān)變量包括在涉及核酸變異的指定基因組區(qū)域內(nèi)的至少一種雜合單核苷酸多態(tài)性(snp)，并且其中β二項(xiàng)式分布參數(shù)使用下式估計(jì)：(x,y)～β二項(xiàng)式(μ箱,ρ)，其中y＝至少一種種系雜合snp的總分子計(jì)數(shù)的向量，對于所述至少一種種系雜合snp中的每一種有一個(gè)條目；x＝min(至少一種種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù)，y-至少一種種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù))的向量，對于所述至少一種種系雜合snp中的每一種有一個(gè)條目；μ箱＝箱中雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù)的估計(jì)值，其中箱是涉及核酸變異的指定基因組區(qū)域；并且ρ＝分散度參數(shù)的估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算p值的上限和下限。在一些實(shí)施方案中，使用下式計(jì)算核酸變異的雙尾p值：

14、p值＝2*min(prbb(x'>x|μ箱,ρ,b),prbb(x'<x|μ箱,ρ,b))，其中prbb＝β

15、二項(xiàng)式的概率；x'＝以所述β二項(xiàng)式分布的隨機(jī)變量；a＝核酸變異的突變等位基因計(jì)數(shù)；以及b＝核酸變異的總分子計(jì)數(shù)。

16、在另一方面，本公開內(nèi)容提供了包括控制器的系統(tǒng)，所述控制器包含非瞬時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)或能夠訪問非瞬時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，所述非瞬時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包含計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令，所述計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令當(dāng)被至少一個(gè)電子處理器執(zhí)行時(shí)，執(zhí)行包括以下步驟的方法：(a)根據(jù)從核酸分子樣品(例如，無細(xì)胞脫氧核糖核酸(cfdna)分子樣品)產(chǎn)生的測序信息確定針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量，其中所述多于一個(gè)定量測量包括核酸變異的總等位基因計(jì)數(shù)和次要等位基因計(jì)數(shù)；(b)從測序信息鑒定核酸變異的相關(guān)變量；(c)確定核酸變異的相關(guān)變量的定量值；(d)產(chǎn)生針對核酸變異的基因組基因座處的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型；(e)至少部分地基于針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量中的至少一個(gè)、針對預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型以及核酸變異的相關(guān)變量的定量值，產(chǎn)生核酸變異的概率值(p值)；以及(f)將核酸變異(i)當(dāng)核酸變異的p值低于預(yù)定閾值時(shí)分類為體細(xì)胞來源的，或(ii)當(dāng)核酸變異的p值處于預(yù)定閾值或高于預(yù)定閾值時(shí)分類為種系來源的。

17、在一些實(shí)施方案中，系統(tǒng)包括可操作地連接至控制器的核酸測序儀，所述核酸測序儀被配置成提供來自核酸分子(例如，無細(xì)胞核酸分子)樣品的核酸的測序信息。在一些實(shí)施方案中，系統(tǒng)包括可操作地連接至控制器的樣品制備組件，所述樣品制備組件被配置成制備待由核酸測序儀測序的樣品的核酸。在一些實(shí)施方案中，系統(tǒng)包括可操作地連接至控制器的核酸擴(kuò)增組件，所述核酸擴(kuò)增組件被配置成擴(kuò)增樣品的核酸。在一些實(shí)施方案中，系統(tǒng)包括可操作地連接至控制器的物質(zhì)轉(zhuǎn)移組件，所述物質(zhì)轉(zhuǎn)移組件被配置成在核酸測序儀和樣品制備組件之間轉(zhuǎn)移一種或更多種物質(zhì)。

18、在一些實(shí)施方案中，使用樣品(例如，cfdna分子)中的核酸的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的β-二項(xiàng)式模型來產(chǎn)生預(yù)定閾值。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種雜合單核苷酸多態(tài)性(het?snp)。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少兩種het?snp。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括與包含核酸變異的基因組基因座相連的基因組基因座。

19、在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量的一個(gè)或更多個(gè)突變等位基因計(jì)數(shù)的平均值和/或方差值被確定。在一些實(shí)施方案中，使用p值對核酸變異進(jìn)行分類。在一些實(shí)施方案中，所述多于一個(gè)定量測量中的至少一個(gè)包括無細(xì)胞核酸分子樣品的包含核酸變異的核酸分子的數(shù)目。在一些實(shí)施方案中，相關(guān)變量包括以下中的一項(xiàng)或更多項(xiàng)：雜合單核苷酸多態(tài)性(het?snp)、gc含量測量、探針特異性偏倚測量、片段長度值、測序統(tǒng)計(jì)測量、拷貝數(shù)斷點(diǎn)以及受試者的臨床數(shù)據(jù)。

20、在一些實(shí)施方案中，核酸變異的局部種系折疊突變等位基因分?jǐn)?shù)(maf)，μ箱被確定，其中箱是包含核酸變異的基因或另一指定基因組區(qū)域，且折疊maf是min(maf,1-maf)。在一些實(shí)施方案中，指定基因組區(qū)域是在核酸變異的約101個(gè)、102個(gè)、103個(gè)、104個(gè)、105個(gè)、106個(gè)、107個(gè)、108個(gè)、109個(gè)或1010個(gè)堿基對內(nèi)的區(qū)域。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種單核苷酸多態(tài)性(snp)，所述單核苷酸多態(tài)性(snp)包含大于約0.001的群體等位基因頻率(af)。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種非致癌性單核苷酸多態(tài)性(snp)。在一些實(shí)施方案中，核酸變異的相關(guān)變量包括至少一種單核苷酸多態(tài)性(snp)，所述單核苷酸多態(tài)性(snp)包含小于約0.9的突變等位基因分?jǐn)?shù)(maf)。

21、在一些實(shí)施方案中，相關(guān)變量包括在涉及核酸變異的指定基因組區(qū)域內(nèi)的至少一種雜合snp，并且其中β二項(xiàng)式分布參數(shù)使用下式估計(jì)：(x,y)～β二項(xiàng)式(μ箱,ρ)，其中y＝至少一種種系雜合snp的總分子計(jì)數(shù)的向量，對于每一種種系雜合snp有一個(gè)條目；x＝min(至少一種種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù)，y-至少一種種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù))的向量，對于每一種種系雜合snp有一個(gè)條目；μ箱＝箱中雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù)的估計(jì)值，其中箱是涉及核酸變異的指定基因組區(qū)域；并且ρ＝分散度參數(shù)的估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算p值的上限和下限。在一些實(shí)施方案中，使用下式計(jì)算核酸變異的雙尾p值：p值＝2*min(prbb(x'>a|μ箱,ρ,b),prbb(x'<a|μ箱,ρ,b))，其中prbb＝β二項(xiàng)式的概率；x'＝以所述β二項(xiàng)式分布的隨機(jī)變量；a＝核酸變異的突變等位基因計(jì)數(shù)；以及b＝核酸變異的總分子計(jì)數(shù)。

22、在另一方面，本公開內(nèi)容提供了鑒定來自無細(xì)胞脫氧核糖核酸(cfdna)分子樣品的核酸變異的體細(xì)胞來源或種系來源的方法，所述方法包括：(a)確定來自cfdna分子樣品的核酸變異的突變等位基因計(jì)數(shù)(a)和總分子計(jì)數(shù)(b)；(b)鑒定涉及所述核酸變異的指定基因組區(qū)域內(nèi)的至少一種種系雜合單核苷酸多態(tài)性(snp)；(c)確定所述至少一種種系雜合snp的總分子計(jì)數(shù)(y)和突變等位基因計(jì)數(shù)；(d)通過以下步驟計(jì)算所述核酸變異的概率值(p值)：(i)確定來自以下β二項(xiàng)式分布的μ箱和ρ的估計(jì)值：(x,y)～β二項(xiàng)式(μ箱,ρ)，其中y＝至少一種種系雜合snp的總分子計(jì)數(shù)的向量，對于每一種種系雜合snp有一個(gè)條目；x＝min(至少一種種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù)，y-至少一種種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù))的向量，對于每一種種系雜合snp有一個(gè)條目；μ箱＝箱中種系雜合snp的突變等位基因計(jì)數(shù)的估計(jì)值，其中箱是涉及核酸變異的指定基因組區(qū)域；以及ρ＝分散度參數(shù)的估計(jì)值；(ii)根據(jù)以下等式計(jì)算雙尾p值：

23、p值＝2*min(prbb(x'>a|μ箱,ρ,b),prbb(x'<a|μ箱,ρ,b))，其中prbb＝β二項(xiàng)式的概率；x'＝以所述β二項(xiàng)式分布分布的隨機(jī)變量；a＝核酸變異的突變等位基因計(jì)數(shù)；并且b＝核酸變異的總分子計(jì)數(shù)；以及(e)將核酸變異(i)當(dāng)p值低于預(yù)定閾值時(shí)分類為體細(xì)胞來源的，或(ii)當(dāng)p值處于預(yù)定閾值或高于預(yù)定閾值時(shí)分類為種系來源的。

24、在一些實(shí)施方案中，ρ包括來自歷史樣品集的至少一組ρ值的中值。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括確定μ箱的最大似然估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括確定μ箱的平均估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括確定ρ的最大似然估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法包括確定ρ的方差估計(jì)值。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括產(chǎn)生呈電子形式和/或紙質(zhì)形式的報(bào)告，所述報(bào)告提供核酸變異分類為體細(xì)胞來源或種系來源的指示。

25、在另一方面，本公開內(nèi)容提供了包括通信接口的系統(tǒng)，所述通信接口通過通信網(wǎng)絡(luò)獲得從核酸分子樣品(例如，無細(xì)胞脫氧核糖核酸(cfdna)分子樣品)的核酸產(chǎn)生的測序信息；以及與通信接口通信的計(jì)算機(jī)，其中計(jì)算機(jī)包括至少一個(gè)計(jì)算機(jī)處理器和包含機(jī)器可執(zhí)行代碼的非瞬時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，所述機(jī)器可執(zhí)行代碼在被至少一個(gè)計(jì)算機(jī)處理器執(zhí)行時(shí)執(zhí)行包括以下步驟的方法：(a)從測序信息確定針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量，其中所述多于一個(gè)定量測量包括核酸變異的總等位基因計(jì)數(shù)和次要等位基因計(jì)數(shù)；(b)從測序信息鑒定核酸變異的相關(guān)變量；(c)確定核酸變異的相關(guān)變量的定量值；(d)產(chǎn)生針對核酸變異的基因組基因座處的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型；(e)至少部分地基于針對核酸變異的多于一個(gè)定量測量中的至少一個(gè)、針對預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型以及核酸變異的相關(guān)變量的定量值，產(chǎn)生核酸變異的概率值(p值)；以及(f)將核酸變異(i)當(dāng)核酸變異的p值低于預(yù)定閾值時(shí)分類為體細(xì)胞來源的，或(ii)當(dāng)核酸變異的p值處于預(yù)定閾值或高于所述預(yù)定閾值時(shí)分類為種系來源的。

26、在一些實(shí)施方案中，測序信息由核酸測序儀提供。在一些實(shí)施方案中，核酸測序儀對核酸進(jìn)行焦磷酸測序、單分子測序、納米孔測序、半導(dǎo)體測序、合成測序、連接測序或雜交測序，以產(chǎn)生測序信息。在一些實(shí)施方案中，核酸測序儀使用源自測序文庫的克隆單分子陣列來產(chǎn)生測序信息。在一些實(shí)施方案中，核酸測序儀包含具有微孔陣列的芯片以便對測序文庫進(jìn)行測序來產(chǎn)生測序信息。在一些實(shí)施方案中，非瞬時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包括存儲(chǔ)器、硬盤驅(qū)動(dòng)器或計(jì)算機(jī)服務(wù)器的存儲(chǔ)器或硬盤驅(qū)動(dòng)器。在一些實(shí)施方案中，通信網(wǎng)絡(luò)包括一個(gè)或更多個(gè)能夠進(jìn)行分布式計(jì)算的計(jì)算機(jī)服務(wù)器。在一些實(shí)施方案中，分布式計(jì)算是云計(jì)算。在一些實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)是位于遠(yuǎn)離核酸測序儀的位置的計(jì)算機(jī)服務(wù)器的一部分。在一些實(shí)施方案中，系統(tǒng)還包括：通過網(wǎng)絡(luò)與計(jì)算機(jī)通信的電子顯示器，其中所述電子顯示器包括用于在執(zhí)行(a)-(f)的至少一部分后顯示結(jié)果的用戶界面。在一些實(shí)施方案中，用戶界面是圖形用戶界面(gui)或基于網(wǎng)絡(luò)的用戶界面。在一些實(shí)施方案中，電子顯示器是個(gè)人計(jì)算機(jī)的一部分。在一些實(shí)施方案中，電子顯示器是能夠連接互聯(lián)網(wǎng)的計(jì)算機(jī)的一部分。在一些實(shí)施方案中，能夠連接互聯(lián)網(wǎng)的計(jì)算機(jī)位于遠(yuǎn)離計(jì)算機(jī)的位置。在一些實(shí)施方案中，非瞬時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包括存儲(chǔ)器、硬盤驅(qū)動(dòng)器或計(jì)算機(jī)服務(wù)器的存儲(chǔ)器或硬盤驅(qū)動(dòng)器。在一些實(shí)施方案中，通信網(wǎng)絡(luò)包括電信網(wǎng)絡(luò)、互聯(lián)網(wǎng)、外聯(lián)網(wǎng)或內(nèi)聯(lián)網(wǎng)。

27、在另一方面中，本公開內(nèi)容提供了治療受試者的疾病的方法，所述方法包括向受試者施用一種或更多種定制療法，從而治療受試者的疾病，其中所述定制療法已經(jīng)通過以下步驟被鑒定：(a)確定針對來自核酸分子樣品(例如，無細(xì)胞dna樣品)的核酸變異的一個(gè)或更多個(gè)定量測量，其中定量測量包括核酸變異的總等位基因計(jì)數(shù)和次要等位基因計(jì)數(shù)；(b)鑒定來自核酸分子樣品的核酸變異的至少一個(gè)相關(guān)變量；(c)確定核酸變異的相關(guān)變量的定量值；(d)產(chǎn)生核酸變異的基因組基因座處的預(yù)期種系突變等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型；(e)基于針對預(yù)期種系等位基因計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)模型和核酸變異的相關(guān)變量的定量值以及針對核酸變異的至少一個(gè)定量測量，產(chǎn)生核酸變異的概率值(p值)；(f)將核酸變異(i)當(dāng)核酸變異的p值低于閾值時(shí)分類為體細(xì)胞來源的，或(ii)當(dāng)所述核酸變異的p值處于閾值或高于閾值時(shí)分類為種系來源的；(g)將經(jīng)分類的核酸變異與用一種或更多種療法進(jìn)行索引的一種或更多種比較用結(jié)果(comparator?result)進(jìn)行比較；以及(h)當(dāng)經(jīng)分類的核酸變異與比較用結(jié)果之間存在基本匹配時(shí)，鑒定用于治療受試者的疾病的一種或更多種定制療法。

28、從以下詳述描述，本公開內(nèi)容的另外的方面和優(yōu)勢對本領(lǐng)域技術(shù)人員而言將變得明顯，在該詳細(xì)描述中僅示出和描述了本公開內(nèi)容的說明性實(shí)施方案。如將被認(rèn)識到的，本公開內(nèi)容能夠具有其他且不同的實(shí)施方案，并且其若干細(xì)節(jié)能夠在多個(gè)明顯的方面進(jìn)行修改，所有這些都不偏離本公開內(nèi)容。相應(yīng)地，附圖和描述應(yīng)被認(rèn)為本質(zhì)上是說明性的而不是限制性的。

29、從以下詳述描述，本公開內(nèi)容的另外的方面和優(yōu)勢對本領(lǐng)域技術(shù)人員而言將變得明顯，在該詳細(xì)描述中僅示出和描述了本公開內(nèi)容的說明性實(shí)施方案。如將被認(rèn)識到的，本公開內(nèi)容能夠具有其他且不同的實(shí)施方案，并且其若干細(xì)節(jié)能夠在多個(gè)明顯的方面進(jìn)行修改，所有這些都不偏離本公開內(nèi)容。相應(yīng)地，附圖和描述應(yīng)被認(rèn)為本質(zhì)上是說明性的而不是限制性的。