本發(fā)明涉及智能檢測(cè),尤其涉及一種膀胱癌預(yù)后的預(yù)測(cè)方法及系統(tǒng)。
背景技術(shù):
1、膀胱癌是最常見的尿路上皮惡性腫瘤。根據(jù)病理診斷,膀胱癌可分為非肌層浸潤(rùn)性膀胱癌(non-muscle-invasive?bladder?cancer,nmibc)和肌層浸潤(rùn)性膀胱癌(muscle-invasive?bladder?cancer,mibc),大部分膀胱癌在初診時(shí)就已出現(xiàn)肌肉侵入或轉(zhuǎn)移,并且具有更差的預(yù)后。
2、腫瘤淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(tumor?node?metastasis,tnm)分期系統(tǒng)在mibc的風(fēng)險(xiǎn)分層和管理中起著關(guān)鍵作用,但由于腫瘤的異質(zhì)性,處于同一tnm分期的患者預(yù)后可能存在顯著差異。研究表明,腫瘤壞死與腎細(xì)胞癌、肝細(xì)胞癌、胰腺癌、乳腺癌、結(jié)直腸癌、骨肉瘤等多種實(shí)體瘤的不良預(yù)后有關(guān)。因此,腫瘤壞死有望成為mibc的補(bǔ)充預(yù)后生物標(biāo)志物。
3、壞死(necrosis)是以酶溶性變化為特點(diǎn)的活體內(nèi)局部組織細(xì)胞的死亡。壞死可因致病因素較強(qiáng)而直接導(dǎo)致,但大多數(shù)由可逆性損傷發(fā)展而來,其基本表現(xiàn)是細(xì)胞腫脹、細(xì)胞器崩解和蛋白質(zhì)變性,壞死常同時(shí)累及多個(gè)細(xì)胞。
4、通常認(rèn)為腫瘤治療之后,腫瘤細(xì)胞發(fā)生了壞死,或者腫瘤的實(shí)性成分明顯減少。在全身抗腫瘤治療過程中,腫瘤出現(xiàn)缺血、壞死,形成的改變,這與較好預(yù)后密切相關(guān)。若在腫瘤治療前發(fā)現(xiàn)腫瘤內(nèi)部存在壞死,則認(rèn)為在腫瘤持續(xù)增長(zhǎng)的過程中,由于腫瘤內(nèi)部血供應(yīng)缺乏,引起腫瘤中心局部缺血、缺氧性的腫瘤細(xì)胞壞死,考慮腫瘤相對(duì)比較大,而且可能治療時(shí)腫瘤負(fù)荷相對(duì)比較重,治療難度會(huì)增加。
5、探明癌癥患者治療前后腫瘤內(nèi)壞死區(qū)域的存在、大小、空間位置等指標(biāo)可以為醫(yī)務(wù)人員對(duì)患者治療以及預(yù)后情況做出判斷提供依據(jù),進(jìn)而為患者提供更為合理精準(zhǔn)的治療方案,同時(shí)也為臨床醫(yī)生進(jìn)行抗癌治療提供更多新思路與數(shù)據(jù)支撐。
6、目前,現(xiàn)有技術(shù)對(duì)瘤內(nèi)壞死區(qū)域進(jìn)行識(shí)別與觀察的方式主要為he染色后顯微鏡下識(shí)別,但這些指標(biāo)都需要專業(yè)的病理醫(yī)生對(duì)壞死區(qū)域進(jìn)行組織學(xué)測(cè)量、分析才能獲得,該過程是一個(gè)重復(fù)、耗時(shí)長(zhǎng)、專業(yè)性強(qiáng)、且難以量化的過程。
7、因此,亟需開發(fā)一種方案解決上述問題。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、本發(fā)明的目的在于提供一種膀胱癌預(yù)后的預(yù)測(cè)方法及系統(tǒng),通過利用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)高效、簡(jiǎn)潔、正確、成本低廉的優(yōu)勢(shì),訓(xùn)練一個(gè)針對(duì)膀胱癌壞死區(qū)域識(shí)別、空間分布指標(biāo)計(jì)算的模型為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展提供堅(jiān)實(shí)的科學(xué)基礎(chǔ)和技術(shù)支持。
2、本發(fā)明提供的一種膀胱癌預(yù)后的預(yù)測(cè)方法及系統(tǒng),采用如下的技術(shù)方案:
3、第一方面,一種膀胱癌預(yù)后的預(yù)測(cè)方法,具體包括:
4、獲取并預(yù)處理膀胱癌染色病理圖像得到有效色塊,基于所述有效色塊進(jìn)行標(biāo)注并劃分,得到腫瘤訓(xùn)練集和壞死訓(xùn)練集;
5、構(gòu)建兩個(gè)初始模型,基于腫瘤訓(xùn)練集和壞死訓(xùn)練集分別訓(xùn)練兩個(gè)初始模型,對(duì)應(yīng)獲得識(shí)別腫瘤實(shí)質(zhì)區(qū)域的腫瘤模型和識(shí)別壞死區(qū)域的壞死模型;
6、獲取待預(yù)測(cè)的膀胱癌病理圖像,基于腫瘤模型和壞死模型分別對(duì)所述膀胱癌病理圖像進(jìn)行膀胱癌腫瘤實(shí)質(zhì)和壞死區(qū)域識(shí)別,對(duì)應(yīng)得到腫瘤區(qū)域和壞死區(qū)域,基于所述腫瘤區(qū)域和壞死區(qū)域的空間坐標(biāo)信息,數(shù)值計(jì)算得到壞死區(qū)域相對(duì)于腫瘤區(qū)域的空間分布指標(biāo);
7、基于所述空間分布指標(biāo)進(jìn)行生存分析得到膀胱癌患者的生存預(yù)后信息。
8、本發(fā)明提供的一種膀胱癌預(yù)后的預(yù)測(cè)方法的有益效果在于:本發(fā)明能夠自動(dòng)識(shí)別膀胱癌wsi(whole?slide?imaging,全玻片掃描成像)中的腫瘤實(shí)質(zhì)和壞死區(qū)域,并量化壞死區(qū)域在腫瘤不同區(qū)域的面積占比,從而輔助臨床醫(yī)生對(duì)患者生存預(yù)后進(jìn)行評(píng)價(jià),為數(shù)字化、個(gè)體化診療決策提供參考依據(jù)。
9、可選地,基于所述有效色塊進(jìn)行標(biāo)注并劃分,得到腫瘤訓(xùn)練集和壞死訓(xùn)練集,包括:
10、將有效色塊進(jìn)行標(biāo)注并劃分為腫瘤色塊、非腫瘤色塊和壞死色塊、非壞死色塊;
11、基于腫瘤色塊、非腫瘤色塊劃分得到腫瘤區(qū)域與非腫瘤區(qū)域的訓(xùn)練集和測(cè)試集;
12、基于壞死色塊、非壞死色塊劃分得到壞死區(qū)域與非壞死區(qū)域的訓(xùn)練集和測(cè)試集。
13、可選地,構(gòu)建兩個(gè)初始模型,所述初始模型基于殘差網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)進(jìn)行構(gòu)建,由多個(gè)殘差塊堆疊組成,每個(gè)殘差塊內(nèi)部包含卷積層、激活函數(shù)和跨層連接,卷積層用于提取圖像特征,激活函數(shù)用于引入非線性,跨層連接用于將輸入直接連接到殘差塊的輸出。
14、可選地,基于腫瘤訓(xùn)練集和壞死訓(xùn)練集分別訓(xùn)練兩個(gè)初始模型,對(duì)應(yīng)獲得識(shí)別腫瘤實(shí)質(zhì)區(qū)域的腫瘤模型和識(shí)別壞死區(qū)域的壞死模型,包括:
15、初始化兩個(gè)初始模型的網(wǎng)絡(luò)權(quán)重,分別輸入腫瘤訓(xùn)練集和壞死訓(xùn)練集,經(jīng)過多個(gè)殘差塊進(jìn)行向前傳播;
16、基于損失函數(shù)計(jì)算初始模型的輸出與真實(shí)標(biāo)簽之間的損失,基于梯度下降法最小化交叉熵?fù)p失函數(shù),基于反向傳播迭代初始模型的網(wǎng)絡(luò)權(quán)重,直到所述損失趨于穩(wěn)定或達(dá)到最大迭代次數(shù),結(jié)束訓(xùn)練;
17、經(jīng)過評(píng)估驗(yàn)證后得到腫瘤模型和壞死模型。
18、可選地,經(jīng)過評(píng)估驗(yàn)證后得到腫瘤模型和壞死模型,所述評(píng)估驗(yàn)證具體包括:
19、基于梯度加權(quán)類激活映射進(jìn)行可視化腫瘤模型和壞死模型識(shí)別圖像的權(quán)重區(qū)域;
20、獲取已知的膀胱癌病理圖像切片作為遷移學(xué)習(xí)驗(yàn)證集,基于所述遷移學(xué)習(xí)驗(yàn)證集評(píng)估腫瘤模型和壞死模型在預(yù)測(cè)組織類型的可行性,得到腫瘤模型和壞死模型。
21、可選地,基于腫瘤模型和壞死模型分別對(duì)所述膀胱癌病理圖像進(jìn)行膀胱癌腫瘤實(shí)質(zhì)和壞死區(qū)域識(shí)別,對(duì)應(yīng)得到腫瘤區(qū)域和壞死區(qū)域,包括:
22、基于腫瘤模型對(duì)所述膀胱癌病理圖像進(jìn)行膀胱癌腫瘤實(shí)質(zhì)識(shí)別,得到腫瘤區(qū)域;
23、基于壞死模型對(duì)所述膀胱癌病理圖像進(jìn)行膀胱癌腫瘤壞死識(shí)別,得到壞死區(qū)域;
24、基于腫瘤區(qū)域空間分布進(jìn)行分析評(píng)估腫瘤區(qū)域的邊緣,將腫瘤組織劃分為腫瘤內(nèi)部、邊界區(qū)域和外部區(qū)域。
25、可選地,基于所述腫瘤區(qū)域和壞死區(qū)域的空間坐標(biāo)信息,數(shù)值計(jì)算得到壞死區(qū)域相對(duì)于腫瘤區(qū)域的空間分布指標(biāo),包括:
26、計(jì)算腫瘤區(qū)域中的腫瘤實(shí)質(zhì)組織、壞死組織和其他組織的分布比例,分別計(jì)算腫瘤組織、壞死組織在腫瘤內(nèi)部、邊界區(qū)域和外部區(qū)域中的面積占比;
27、基于上述計(jì)算結(jié)果構(gòu)建壞死區(qū)域相對(duì)于腫瘤區(qū)域的空間分布指標(biāo);
28、其中,所述空間分布指標(biāo)包括:腫瘤實(shí)質(zhì)總占比率、腫瘤在腫瘤內(nèi)部占比率、腫瘤在邊界區(qū)域占比率、腫瘤在外部區(qū)域占比率、壞死組織總占比率、壞死組織在腫瘤內(nèi)部占比率、壞死組織在邊界區(qū)域占比率和壞死組織在外部區(qū)域占比率。
29、可選地,基于所述空間分布指標(biāo)進(jìn)行生存分析得到膀胱癌患者的生存預(yù)后信息,包括:
30、基于cox比例風(fēng)險(xiǎn)回歸模型對(duì)所述空間分布指標(biāo)結(jié)合膀胱癌患者的生存率進(jìn)行相關(guān)性分析,構(gòu)建以生存率為y軸,空間分布指標(biāo)為x軸的森林圖,得到膀胱癌患者的生存預(yù)后信息。
31、第二方面,一種膀胱癌預(yù)后的預(yù)測(cè)系統(tǒng),具體包括:
32、數(shù)據(jù)收集模塊,用于獲取并預(yù)處理膀胱癌染色病理圖像得到有效色塊,基于所述有效色塊進(jìn)行標(biāo)注并劃分,得到腫瘤訓(xùn)練集和壞死訓(xùn)練集;
33、模型訓(xùn)練模塊,用于構(gòu)建兩個(gè)初始模型,基于腫瘤訓(xùn)練集和壞死訓(xùn)練集分別訓(xùn)練兩個(gè)初始模型,對(duì)應(yīng)得到識(shí)別腫瘤實(shí)質(zhì)區(qū)域的腫瘤模型和識(shí)別壞死區(qū)域的壞死模型;
34、指標(biāo)計(jì)算模塊,用于獲取待預(yù)測(cè)的膀胱癌病理圖像,基于腫瘤模型和壞死模型分別對(duì)所述膀胱癌病理圖像進(jìn)行膀胱癌腫瘤實(shí)質(zhì)和壞死區(qū)域識(shí)別,對(duì)應(yīng)得到腫瘤區(qū)域和壞死區(qū)域,基于所述腫瘤區(qū)域和壞死區(qū)域的空間坐標(biāo)信息,數(shù)值計(jì)算得到壞死區(qū)域相對(duì)于腫瘤區(qū)域的空間分布指標(biāo);
35、生存分析模塊,基于所述空間分布指標(biāo)進(jìn)行生存分析得到膀胱癌患者的生存預(yù)后信息。
36、可選地,所述模型訓(xùn)練模塊中,構(gòu)建的兩個(gè)初始模型的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)包括:輸入層、卷積層、激活層、池化層和全連接層;
37、輸入層,用于接收膀胱癌病理圖像數(shù)據(jù)并傳輸?shù)骄矸e層;
38、卷積層,由多個(gè)卷積核組成,每個(gè)卷積核負(fù)責(zé)提取局部特征,提取膀胱癌病理圖像數(shù)據(jù)的特征,通過將卷積核在輸入數(shù)據(jù)上滑動(dòng),計(jì)算卷積核與輸入數(shù)據(jù)的局部區(qū)域的點(diǎn)積,生成特征圖;
39、激活層,激活層緊接在卷積層之后,用于引入非線性計(jì)算,增強(qiáng)初始模型的表達(dá)能力,采用relu激活函數(shù);
40、池化層,用于降低特征圖的空間維度,減少參數(shù)數(shù)量,提高初始模型的泛化能力,通過取局部區(qū)域內(nèi)的最大值,保留最重要的特征或計(jì)算局部區(qū)域內(nèi)的平均值,使得特征更加平滑;
41、全連接層,全連接層的神經(jīng)元與前一層的所有神經(jīng)元相連,通過權(quán)重和偏置進(jìn)行線性組合,使用softmax函數(shù)進(jìn)行多類別分類,輸出分類結(jié)果;
42、其中,卷積層之間通過跳躍連接相連,將輸入直接添加到輸出上,形成殘差塊。
43、第二方面的有益效果可以參照第一方面的描述。