1.一種用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:該方法包括如下步驟:
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:各組膜管的膜層均包括公共組分和變量組分,公共組分為各組膜管共有的磷脂,變量組分為各組膜管區(qū)別于其他膜管的磷脂,變量組分按照選取的磷脂結(jié)構(gòu)分為頭基組、鏈長組和不飽和度組,公共組分和變量組分的添加數(shù)目比例范圍為1:1-1.5。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:通過bumpy腳本工具建立膜管模型,選擇martini3粗粒化力場,溫度設(shè)置為310k以模擬體內(nèi)溫度環(huán)境,膜管上下以周期性對接。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:初始的膜管模型需經(jīng)過能量最小化、預(yù)平衡模擬和平衡模擬得到穩(wěn)定的膜管模型;得到穩(wěn)定的膜管模型后,插入探針,探針正對膜管的中央,膜管上下加入5nm的水層和離子,再進(jìn)行能量最小化、預(yù)平衡模擬、平衡模擬,得到收縮分裂前的穩(wěn)定的膜管分裂模型。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:能量最小化為采用兩次5000步最速下降法進(jìn)行;
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:一個探針環(huán)由10-16個均勻分布的探針組成,每一個探針由64個水珠以4×4×4的立方體排列,珠子間是由144個直接晶格鍵、216個平面對角鍵和108個對角鍵連接,每個鍵的簡諧力常數(shù)為1250?kj·nm-2·mol-1。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:機械收縮過程是對每一個探針進(jìn)行勻速的拉伸動力學(xué)模擬,探針運動速度為0.001nm×ps-1;
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:分裂完成過程在完成一次牽引后松弛的條件為:在pr壓浴下,對每一個探針施加一個速度為0的力勢。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:步驟(3)中傘型采樣的具體方法為:
10.一種如權(quán)利要求1-9任一項所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法在微觀角度研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂的影響規(guī)律及微觀機理方面的應(yīng)用。