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      一種用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法

      文檔序號:40442112發(fā)布日期:2024-12-24 15:16閱讀:來源:國知局

      技術(shù)特征:

      1.一種用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:該方法包括如下步驟:

      2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:各組膜管的膜層均包括公共組分和變量組分,公共組分為各組膜管共有的磷脂,變量組分為各組膜管區(qū)別于其他膜管的磷脂,變量組分按照選取的磷脂結(jié)構(gòu)分為頭基組、鏈長組和不飽和度組,公共組分和變量組分的添加數(shù)目比例范圍為1:1-1.5。

      3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:通過bumpy腳本工具建立膜管模型,選擇martini3粗粒化力場,溫度設(shè)置為310k以模擬體內(nèi)溫度環(huán)境,膜管上下以周期性對接。

      4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:初始的膜管模型需經(jīng)過能量最小化、預(yù)平衡模擬和平衡模擬得到穩(wěn)定的膜管模型;得到穩(wěn)定的膜管模型后,插入探針,探針正對膜管的中央,膜管上下加入5nm的水層和離子,再進(jìn)行能量最小化、預(yù)平衡模擬、平衡模擬,得到收縮分裂前的穩(wěn)定的膜管分裂模型。

      5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:能量最小化為采用兩次5000步最速下降法進(jìn)行;

      6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:一個探針環(huán)由10-16個均勻分布的探針組成,每一個探針由64個水珠以4×4×4的立方體排列,珠子間是由144個直接晶格鍵、216個平面對角鍵和108個對角鍵連接,每個鍵的簡諧力常數(shù)為1250?kj·nm-2·mol-1。

      7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:機械收縮過程是對每一個探針進(jìn)行勻速的拉伸動力學(xué)模擬,探針運動速度為0.001nm×ps-1;

      8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:分裂完成過程在完成一次牽引后松弛的條件為:在pr壓浴下,對每一個探針施加一個速度為0的力勢。

      9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,其特征在于:步驟(3)中傘型采樣的具體方法為:

      10.一種如權(quán)利要求1-9任一項所述的用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法在微觀角度研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂的影響規(guī)律及微觀機理方面的應(yīng)用。


      技術(shù)總結(jié)
      本發(fā)明提供了一種用于研究磷脂結(jié)構(gòu)對生物膜分裂影響的分子模擬方法,該方法運用了MD(Molecular?Dynamics)模擬方法對膜管系統(tǒng)進(jìn)行建模,精確構(gòu)建了不同磷脂成分的膜管分裂模型,探明了膜分裂的微觀動態(tài)過程,系統(tǒng)剖析了不同磷脂結(jié)構(gòu)對分裂過程的微觀作用機理。該發(fā)明有助于從分子尺度上闡釋磷脂結(jié)構(gòu)與分裂路徑選擇的導(dǎo)向關(guān)系,可深化現(xiàn)今針對磷脂結(jié)構(gòu)的理論研究。該計算模擬方法的實施還將有助于解釋磷脂結(jié)構(gòu)如何調(diào)控分裂過程,為深入理解磷脂結(jié)構(gòu)多樣性和生物膜的特異性功能奠定理論基礎(chǔ),對帕金森等疾病研究和機理探索提供研究方向。

      技術(shù)研發(fā)人員:李振,彭潤宇,張軍,燕友果,王曉
      受保護(hù)的技術(shù)使用者:中國石油大學(xué)(華東)
      技術(shù)研發(fā)日:
      技術(shù)公布日:2024/12/23
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