對相關申請的交叉引用

本申請要求2014年4月28日提交的臨時專利no.61/985,316和2014年3月24日提交的臨時申請no.61/969,706的優(yōu)先權，通過援引將其每一篇的內(nèi)容收入本文。

序列表

本申請含有序列表，已經(jīng)以ascii格式電子提交且通過援引完整收入本文。2015年3月20日創(chuàng)建的所述ascii拷貝命名為p5805r1-wo_sl.txt，并且大小為31,028個字節(jié)。

發(fā)明領域

本發(fā)明關注治療性處理的方法。特別地，本發(fā)明關注使用c-met拮抗劑對人癌癥患者的治療。另外，本發(fā)明關注生物標志物，諸如肝細胞生長因子。

發(fā)明背景

癌癥仍然是對人類健康的最致命威脅之一。在美國，癌癥每年影響近130萬新患者，而且是位于心臟病之后的第二位死因，占4例死亡中的大約1例。還預測癌癥可能在5年內(nèi)超越心血管疾病成為第一位死因。實體瘤對大多數(shù)上述死亡負有責任。雖然某些癌癥的醫(yī)學治療中已經(jīng)取得了重大進步，但是所有癌癥的總體5年存活率在最近20年里只改進了約10％。癌癥(或稱作惡性腫瘤)以不受控制的方式快速生長和轉(zhuǎn)移，使得及時檢測和治療極端困難。

膠質(zhì)瘤占所有惡性腦和cns腫瘤的81％。成膠質(zhì)細胞瘤--世界衛(wèi)生組織(who)iv級星形細胞瘤--占惡性膠質(zhì)瘤的60％至70％，而且仍然是膠質(zhì)瘤中最具攻擊性的亞型。它大多在成人中發(fā)生(診斷時的中值年齡：64歲)，而且它在美國的發(fā)病率估算是3.05/100,000，在歐洲的發(fā)病率估算是小于2/100,000，。鑒于1年和5年總體存活分別為29％和3％，成膠質(zhì)細胞瘤的預后仍然是特別差的(美國中樞腦腫瘤登記(2005)(cbtrus；http://www.cbtrus.org)。

雖然成膠質(zhì)細胞瘤的治療取得了一些進展，但是這種疾病面臨高度未滿足的醫(yī)療需求，只有有限的治療選項。

間皮瘤是自間皮(覆蓋許多內(nèi)臟的保護性襯里)的細胞發(fā)生的癌癥形式。惡性間皮瘤的發(fā)生率顯示國家間的顯著變化。在具有最高發(fā)生率的國家，澳大利亞，比利時，和英國，發(fā)生率估計是3/100,000左右。有證據(jù)指示暴露于石棉和發(fā)生間皮瘤之間的相關性。首次暴露于石棉和和診斷出間皮瘤之間的潛伏期變化較大，有可能是暴露于石棉的強度的變化的結(jié)果。由于當前療法較差的結(jié)果，惡性間皮瘤仍然是一個嚴重的健康問題(bianchi,c.andbianchi,t.,industrialhealth,45:379-387(2007))。

肝細胞癌(hcc，也稱作惡性肝瘤)是肝癌的最常見類型。hcc的大多數(shù)病例是病毒性肝炎感染(乙型或丙型肝炎)或硬化任一所繼發(fā)的。hcc是全世界最常見腫瘤之一。它在男性中比在女性中更常發(fā)生，而且通常在50歲或更老的人中看到。如果不能通過手術完全去除該癌癥，那么hcc通常在3-6個月內(nèi)導致死亡(medlineplus(2013)；http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000280.htm)。

胃癌最常見的是由細菌幽門螺旋桿菌感染引起的。約90-95％的胃癌是腺癌。胃癌大多在成人中發(fā)生(診斷時的平均年齡：69歲)。胃癌的發(fā)生率為約111人中1人。在美國所有具有胃癌的人中的總體5年相對存活率為約29％(americancancersociety(2014)；http://www.cancer.org/cancer/stomachcancer/index)。

腎細胞癌是腎癌的最常見類型，占到腎癌的約90％。腎細胞癌大多在成人中發(fā)生(診斷時的平均年齡：64)。發(fā)生腎癌的終生風險為約63人中1人。診斷有腎癌的人的5年存活率隨癌癥的階段而變化，自具有i期腎癌的人所具有的81％的5年存活率至具有iv期腎癌的人所具有的8％的5年存活率(americancancersociety(2015)；http://www.cancer.org/cancer/kidneycancer/index)。

肉瘤是源自間充質(zhì)起源的轉(zhuǎn)化細胞的癌癥。肉瘤可源自多種組織，包括骨，軟骨，脂肪，肌肉，血管，和造血組織。美國每年有約15,000個肉瘤新病例。骨肉瘤的5年存活率為約70％(longi,a.,etal.,cancertreat.rev.,32(6)；423-36(2006))。

通過援引而完整收錄本文中引用的所有參考文獻(包括專利申請和出版物)。

發(fā)明概述

提供了c-met拮抗劑用于有效治療癌癥患者的用途。本申請還提供了用于診斷疾病及用于任選用c-met拮抗劑治療疾病的更好方法。c-met拮抗劑任選與vegf拮抗劑組合使用以有效治療癌癥。

特別地，利用肝細胞生長因子(可互換稱作“hgf”)生物標志物來鑒定如下的患者群體，其中抗c-met拮抗劑，任選加vegf拮抗劑，治療提供臨床上有意義的好處。特別地，本發(fā)明提供來自抗c-met抗體metmab(奧奴珠單抗)與抗vegf抗體(貝伐珠單抗)組合在具有復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的受試者中的一項隨機化ii期臨床試驗的數(shù)據(jù)。利用hgf生物標志物來鑒定如下的患者群體，其中metmab加貝伐珠單抗治療提供臨床上有意義的好處，是通過無進展存活和總體存活評估的。在該臨床試驗中，用metmab和貝伐珠單抗治療對具有表達高水平的hgf生物標志物的復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者提供臨床上有意義的好處。結(jié)果顯示通過無進展存活(pfs)和總體存活(os)評估的功效是正面的，尤其是在與單獨貝伐珠單抗治療的pfs和os數(shù)據(jù)比較時。差異是統(tǒng)計上顯著的，而且對貝伐珠單抗添加metmab在具有表達高水平hgf生物標志物的復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者中延長無進展和總體存活二者。臨床試驗數(shù)據(jù)還顯示相對于單獨用貝伐珠單抗治療的具有表達低水平的hgf生物標志物的復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者中進展和死亡的風險，用metmab與貝伐珠單抗組合治療在此類患者中提高進展和死亡的風險。結(jié)果顯示在與單獨用貝伐珠單抗治療的具有表達低水平的hgf生物標志物的成膠質(zhì)細胞瘤的患者中的pfs和os數(shù)據(jù)比較時，通過pfs和os評估的功效在用metmab和貝伐珠單抗治療的患者中更差。差異是統(tǒng)計上顯著的。

一方面，提供的是用于治療具有癌癥的患者的方法，其包括如果該患者的癌癥已經(jīng)發(fā)現(xiàn)具有大量的hgf生物標志物的話對該患者施用有效量的c-met拮抗劑。

在一些實施方案中，該患者的癌癥過表達c-met。在一些實施方案中，該患者的癌癥展示c-met擴增。在一些實施方案中，該患者的癌癥不展示c-met擴增。

在一些實施方案中，該患者的癌癥表達c-met和hgf二者。在一些實施方案中，自細胞分泌的hgf結(jié)合以自分泌方式分泌它的細胞的表面上的c-met。在一些實施方案中，該患者的癌癥表達c-met和hgf二者且以自分泌方式發(fā)信號。在一些實施方案中，使用ihc或ish或本領域知道的其它方法測定患者的癌癥中的hgf表達。

在一些實施方案中，該c-met拮抗劑是拮抗性抗c-met抗體。在一些實施方案中，該抗c-met抗體包含(a)包含序列gytftsywlh(seqidno:1)的hvr1；(b)包含序列gmidpsnsdtrfnpnfkd(seqidno:2)的hvr2；(c)包含序列atyrsyvtpldy(seqidno:3)的hvr3-hc；(d)包含序列kssqsllytssqknyla(seqidno:4)的hvr1-lc；(e)包含序列wastres(seqidno:5)的hvr2-lc；和(f)包含序列qqyyaypwt(seqidno:6)的hvr3-lc。在一些實施方案中，該抗c-met抗體結(jié)合奧奴珠單抗(onartuzumab)表位。在一些實施方案中，該抗c-met抗體是奧奴珠單抗。在一些實施方案中，該抗c-met抗體的有效量是每三周15mg/kg。在一些實施方案中，該抗c-met抗體的有效量是每兩周10mg/kg。在一些實施方案中，該c-met拮抗劑是crizotinib，tivantinib，carbozantinib，mgcd-265，ficlatuzumab，人源化tak-701，rilotumumab，foretinib，h224g11，dn-30，mk-2461，e7050，mk-8033，pf-4217903，amg208，jnj-38877605，emd1204831，inc-280，ly-2801653，sgx-126，rp1040，ly2801653，bay-853474，和/或la480中的一種或多種。

在一些實施方案中，治療是用有效量的c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合。在一些實施方案中，該vegf拮抗劑是抗vegf抗體。在一些實施方案中，該抗vegf抗體結(jié)合a4.6.1表位。在一些實施方案中，該抗vegf抗體是貝伐珠單抗(bevacizumab)。在一些實施方案中，該抗vegf抗體包含可變重鏈(vh)和可變輕鏈(vl)，其中該vh具有氨基酸序列evqlvesggglvqpggslrlscaasgytftnygmnwvrqapgkglewvgwintytgeptyaadfkrrftfsldtskstaylqmnslraedtavyycakyphyygsshwyfdvwgqgtlvtvss(seqidno:14)且該vl具有氨基酸序列diqmtqspsslsasvgdrvtitcsasqdisnylnwyqqkpgkapkvliyftsslhsgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqystvpwtfgqgtkveikr(seqidno:15)。在一些實施方案中，所述抗vegf抗體的有效量是每兩周靜脈內(nèi)10mg/kg。在一些實施方案中，所述抗vegf抗體的有效量是每三周靜脈內(nèi)15mg/kg。在一些實施方案中，該有效量的該抗vegf抗體最初在90分鐘里靜脈內(nèi)施用，后續(xù)輸注在60分鐘里，然后在30分鐘里。在一些實施方案中，該抗vegf抗體在第一個周期第二個施用于所述患者。在一些實施方案中，該抗vegf抗體的后續(xù)施用或是在該c-met拮抗劑之前或之后。在一些實施方案中，該vegf拮抗劑與該c-met拮抗劑并行施用。

在一些實施方案中，該患者小于50歲齡。在一些實施方案中，該患者等于或大于50歲齡。在一些實施方案中，該患者具有70％至80％的karnofsky性能狀態(tài)。在一些實施方案中，該患者具有90％至100％的karnofsky性能狀態(tài)。

在一些實施方案中，該患者相對于不具有高hgf生物標志物的患者具有更大的pfs和/或os。在一些實施方案中，該患者相對于單獨用vegf拮抗劑治療的患者具有更大的pfs和/或os。

在一些實施方案中，該hgf生物標志物是hgfmrna，且使用原位雜交(ish)在來自該患者的樣品中測定hgf生物標志物mrna表達。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是ish得分為2+和/或3+。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是ish得分為2+和3+。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約12個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約15個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約20個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約25個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約30個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約35個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有1％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有2％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有3％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有4％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有5％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有10％或更多hgfish信號陽性細胞。

在一些實施方案中，該hgf生物標志物表達是核酸表達且使用基于擴增的測定法，rna-seq，微陣列分析，sage，massarray技術，或fish在來自該患者的樣品中測定。在一些實施方案中，該基于擴增的測定法是基于聚合酶鏈式反應(pcr)的測定法(例如定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)，和逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr))。

在一些實施方案中，該hgf生物標志物是hgfmrna，且使用基于擴增的測定法，rna-seq，微陣列分析，sage，massarray技術，或fish在來自該患者的樣品中測定hgf生物標志物mrna表達。在一些實施方案中，該基于擴增的測定法是基于pcr的測定法(例如定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)和逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr))。在一些實施方案中，該基于pcr的測定法是rt-qpcr。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前50％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前40％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前35％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前30％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前25％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前20％中的hgf表達水平。

在一些實施方案中，該樣品是該患者的癌癥的。該患者的癌癥的樣品可以包括癌細胞，淋巴細胞，白細胞，基質(zhì)，血管，結(jié)締組織，基底層，和與該癌癥有關的任何其它細胞類型。在一些實施方案中，該樣品包含癌細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，該癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，腎細胞癌，胃癌，肝細胞癌或肉瘤。在一些實施方案中，該癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤。在一些實施方案中，該樣品包含成膠質(zhì)細胞瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該良性基質(zhì)細胞是反應性星形細胞，膠質(zhì)細胞，周細胞和內(nèi)皮細胞中的一種或多種。在一些實施方案中，該癌癥是間皮瘤。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的間皮瘤。在一些實施方案中，該樣品包含間皮瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該癌癥是胃癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的胃癌。在一些實施方案中，該癌癥包含胃癌細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該良性基質(zhì)細胞是成纖維細胞，巨噬細胞，和內(nèi)皮細胞中的一種或多種。在一些實施方案中，該癌癥是腎細胞癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的腎細胞癌。在一些實施方案中，該樣品包含腎細胞癌細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該癌癥是肝細胞癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的肝細胞癌。在一些實施方案中，該樣品包含肝細胞癌細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該癌癥是肉瘤(例如骨肉瘤)。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的肉瘤(例如先前治療過的骨肉瘤)。在一些實施方案中，該樣品包含肉瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該樣品是患者的腫瘤的。腫瘤樣品可以包括癌細胞，淋巴細胞，白細胞，基質(zhì)，血管，結(jié)締組織，基底層，和與該腫瘤有關的任何其它細胞類型。

在一些實施方案中，該樣品是在用c-met拮抗劑治療之前獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在用vegf拮抗劑治療之前獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在用癌癥藥物治療之前獲得的。

在一些實施方案中，該樣品是福爾馬林固定和石蠟包埋的。在一些實施方案中，使用基于雜交的信號放大來檢測該ish。

在一些實施方案中，自該樣品分離rna。在一些實施方案中，自該福爾馬林固定和石蠟包埋的樣品分離rna。在一些實施方案中，純化該分離的rna。在一些實施方案中，使用該純化的rna作為基于擴增的測定法的rna來源。在一些實施方案中，該基于擴增的測定法是基于pcr的測定法。在一些實施方案中，該基于pcr的測定法是rt-qpcr。

在一些實施方案中，該癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，該癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，腎細胞癌，胃癌，肝細胞癌或肉瘤。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的間皮瘤。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的腎細胞癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的胃癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的肝細胞癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的肉瘤。

一方面，提供的是用于治療具有癌癥的患者的方法，其包括如果該患者的癌癥已經(jīng)發(fā)現(xiàn)具有小量的hgf生物標志物的話對該患者施用治療有效量的除c-met拮抗劑以外的藥物。

一方面，本發(fā)明提供用于鑒定有可能響應用c-met拮抗劑治療的癌癥患者的方法，其包括測定該患者的癌癥是否具有大量的hgf生物標志物的步驟，其中該hgf生物標志物表達指示該患者有可能響應用該c-met拮抗劑治療。

在一些實施方案中，該hgf生物標志物是hgfmrna，且使用原位雜交(ish)在來自該患者的樣品中測定hgf生物標志物mrna表達。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是ish得分為2+和/或3+。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是ish得分為2+和3+。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約12個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約15個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約20個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約25個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約30個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中存在約35個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物該樣品中有1％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有2％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有3％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有4％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有5％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是該樣品中有10％或更多hgfish信號陽性細胞。

在一些實施方案中，該hgf生物標志物表達是核酸表達且使用基于擴增的測定法，rna-seq，微陣列分析，sage，massarray技術，或fish在來自該患者的樣品中測定。在一些實施方案中，該基于擴增的測定法是基于聚合酶鏈式反應(pcr)的測定法(例如定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)，和逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr))。

在一些實施方案中，該hgf生物標志物是hgfmrna，且使用基于擴增的測定法，rna-seq，微陣列分析，sage，massarray技術，或fish在來自該患者的樣品中測定hgf生物標志物mrna表達。在一些實施方案中，該基于擴增的測定法是基于聚合酶鏈式反應(pcr)的測定法(例如定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)和逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr))。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前50％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前40％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前35％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前30％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前25％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，高hgf生物標志物是參照患者群體的前20％中的hgf表達水平。

一方面，提供的是用于鑒定不大可能響應用c-met拮抗劑治療的癌癥患者的方法，其包括測定該患者的癌癥是否具有小量的hgf生物標志物的步驟，其中該hgf生物標志物表達指示該患者不大可能響應用該c-met拮抗劑治療。在一些實施方案中，使用原位雜交(ish)在來自該患者的樣品中測定hgf生物標志物核酸表達。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是ish得分為小于2+。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是ish得分為小于1+。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是ish得分為0或1+。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是ish得分為0。在一些實施方案中，低hgf生物標志物是10個或更少細胞中存在hgfish陽性信號。在一些實施方案中，低hgf生物標志物是5個或更少細胞中存在hgfish陽性信號。在一些實施方案中，低hgf生物標志物是無細胞中存在hgfish陽性信號。

一方面，提供的是用于鑒定不大可能響應用c-met拮抗劑治療的癌癥患者的方法，其包括測定該患者的癌癥是否具有小量的hgf生物標志物的步驟，其中該hgf生物標志物表達指示該患者不大可能響應用該c-met拮抗劑治療。在一些實施方案中，使用基于擴增的測定法，rna-seq，微陣列分析，sage，massarray技術，或fish在來自該患者的樣品中測定hgf生物標志物核酸表達。在一些實施方案中，該基于擴增的測定法是基于聚合酶鏈式反應(pcr)的測定法(例如定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)，和逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr))。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是參照患者群體的后50％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是參照患者群體的后60％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是參照患者群體的后65％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是參照患者群體的后70％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是參照患者群體的后75％中的hgf表達水平。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是參照患者群體的后80％中的hgf表達水平。

在一些實施方案中，患者是人患者。該患者可以是癌癥患者，即罹患或有風險患上癌癥的一種或多種癥狀的。而且，該患者可以是先前接受過治療的癌癥患者。該患者可以是成膠質(zhì)細胞瘤患者，即罹患或有風險患上成膠質(zhì)細胞瘤的一種或多種癥狀的。而且，該患者可以是先前接受過治療的成膠質(zhì)細胞瘤患者。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用替莫唑胺治療過。在一些實施方案中，該患者先前用替莫唑胺與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用替莫唑胺與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該成膠質(zhì)細胞瘤是第二線成膠質(zhì)細胞瘤。該患者可以是間皮瘤患者，即罹患或有風險患上間皮瘤的一種或多種癥狀的。而且，該患者可以是先前接受過治療的間皮瘤患者。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該間皮瘤是第二線間皮瘤。該患者可以是胃癌患者，即罹患或有風險患上胃癌的一種或多種癥狀的。而且，該患者可以是先前接受過治療的胃癌患者。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該胃癌是第二線胃癌。該患者可以是腎細胞癌患者，即罹患或有風險患上腎細胞癌的一種或多種癥狀的。而且，該患者可以是先前接受過治療的腎細胞癌患者。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該腎細胞癌是第二線腎細胞癌。該患者可以是肝細胞癌患者，即罹患或有風險患上肝細胞癌的一種或多種癥狀的。而且，該患者可以是先前接受過治療的肝細胞癌患者。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該肝細胞癌是第二線肝細胞癌。

在一些實施方案中，該樣品是自癌癥患者獲得的細胞或流體的集合。組織或細胞樣品的來源可以是實體組織，如來自新鮮的、冷凍的和/或保存的器官或組織樣品或活檢或抽吸物；血液或任何血液組分；體液，諸如腦脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、或間隙液；來自受試者的妊娠或發(fā)育中任何時間的細胞。該組織樣品可以含有在自然界中天然不與組織混雜的化合物，諸如防腐劑、抗凝血劑、緩沖劑、固定劑、營養(yǎng)物、抗生素、諸如此類。本文中腫瘤樣品的例子包括但不限于腫瘤活檢、細針抽吸物、支氣管灌洗液、胸膜液(胸水)、痰液、尿液、手術標本、循環(huán)中的腫瘤細胞、血清、血漿、循環(huán)中的血漿蛋白質(zhì)、腹水、衍生自腫瘤或展現(xiàn)出腫瘤樣特性的原代細胞培養(yǎng)物或細胞系、以及保存的腫瘤樣品，諸如福爾馬林固定的、石蠟包埋的腫瘤樣品或冷凍的腫瘤樣品。腫瘤樣品可以包括癌細胞，淋巴細胞，白細胞，基質(zhì)，血管，結(jié)締組織，基底層，和與腫瘤有關的任何其它細胞類型。在一個實施方案中，該樣品包含成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品(例如包含良性基質(zhì)，例如反應性星形細胞，膠質(zhì)細胞，周細胞和/或內(nèi)皮細胞的成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品)。在一些實施方案中，該樣品包含宏觀解剖的成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品(例如其中已經(jīng)自該腫瘤樣品取出形態(tài)上正常的腦組織)。在一些實施方案中，該宏觀解剖的成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品包含良性基質(zhì)(例如反應性星形細胞，膠質(zhì)細胞，周細胞和/或內(nèi)皮細胞)。在一些實施方案中，該樣品是成膠質(zhì)細胞瘤活檢的。在一些實施方案中，該樣品是成膠質(zhì)細胞瘤癌癥切除的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的成膠質(zhì)細胞瘤復發(fā)之后獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的成膠質(zhì)細胞瘤復發(fā)之前獲得的。在一個實施方案中，該樣品包含間皮瘤腫瘤樣品(例如間皮瘤腫瘤樣品包含良性基質(zhì))。在一些實施方案中，該樣品包含宏觀解剖的間皮瘤腫瘤樣品(例如其中已經(jīng)自該腫瘤樣品取出形態(tài)上正常的間皮組織)。在一些實施方案中，該宏觀解剖的間皮瘤腫瘤樣品包含良性基質(zhì)。在一些實施方案中，該樣品是間皮瘤活檢的。在一些實施方案中，該樣品是間皮瘤癌癥切除的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的間皮瘤復發(fā)之后獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的間皮瘤復發(fā)之前獲得的。在一個實施方案中，該樣品包含胃癌腫瘤樣品(例如包含良性基質(zhì)，例如成纖維細胞，巨噬細胞和/或內(nèi)皮細胞的胃癌腫瘤樣品)。在一些實施方案中，該樣品包含宏觀解剖的胃癌腫瘤樣品(例如其中已經(jīng)自該腫瘤樣品取出形態(tài)上正常的胃組織)。在一些實施方案中，該宏觀解剖的胃癌腫瘤樣品包含良性基質(zhì)(例如成纖維細胞，巨噬細胞和/或內(nèi)皮細胞)。在一些實施方案中，該樣品是胃癌活檢的。在一些實施方案中，該樣品是胃癌切除的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的胃癌復發(fā)之后獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的胃癌復發(fā)之前獲得的。在一個實施方案中，該樣品包含腎細胞癌腫瘤樣品(例如腎細胞癌腫瘤樣品包含良性基質(zhì))。在一些實施方案中，該樣品包含宏觀解剖的腎細胞癌腫瘤樣品(例如其中已經(jīng)自該腫瘤樣品取出形態(tài)上正常的腎組織)。在一些實施方案中，該宏觀解剖的腎細胞癌腫瘤樣品包含良性基質(zhì)。在一些實施方案中，該樣品是腎細胞癌活檢的。在一些實施方案中，該樣品是腎細胞癌癌癥切除的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的腎細胞癌復發(fā)之后獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的腎細胞癌復發(fā)之前獲得的。在一個實施方案中，該樣品包含肝細胞癌腫瘤樣品(例如肝細胞癌腫瘤樣品包含良性基質(zhì))。在一些實施方案中，該樣品包含宏觀解剖的肝細胞癌腫瘤樣品(例如其中已經(jīng)自該腫瘤樣品取出形態(tài)上正常的肝組織)。在一些實施方案中，該宏觀解剖的肝細胞癌腫瘤樣品包含良性基質(zhì)。在一些實施方案中，該樣品是肝細胞癌活檢的。在一些實施方案中，該樣品是肝細胞癌癌癥切除的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的肝細胞癌復發(fā)之后獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的肝細胞癌復發(fā)之前獲得的。

在一些實施方案中，該樣品是該患者的癌癥的。在一些實施方案中，該樣品是該患者的成膠質(zhì)細胞瘤的。在一些實施方案中，該成膠質(zhì)細胞瘤是先前治療過的。在一些實施方案中，該樣品包含成膠質(zhì)細胞瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該良性基質(zhì)細胞是反應性星形細胞，膠質(zhì)細胞，周細胞和內(nèi)皮細胞中的一種或多種。在一些實施方案中，該樣品是該患者的間皮瘤的。在一些實施方案中，該間皮瘤是先前治療過的。在一些實施方案中，該樣品包含間皮瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該樣品是該患者的胃癌的。在一些實施方案中，該胃癌是先前治療過的。在一些實施方案中，該樣品包含胃癌細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該良性基質(zhì)細胞是成纖維細胞，巨噬細胞，和內(nèi)皮細胞中的一種或多種。在一些實施方案中，該癌癥是腎細胞癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的腎細胞癌。在一些實施方案中，該樣品包含腎細胞癌細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該癌癥是肝細胞癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的肝細胞癌。在一些實施方案中，該樣品包含肝細胞癌細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，該癌癥是肉瘤(例如骨肉瘤)。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的肉瘤(例如先前治療過的骨肉瘤)。在一些實施方案中，該樣品包含肉瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。

在一些實施方案中，先前治療過成膠質(zhì)細胞瘤的患者已經(jīng)為成膠質(zhì)細胞瘤接受過在先癌癥療法。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用替莫唑胺治療過。在一些實施方案中，該患者先前用替莫唑胺與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用替莫唑胺與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該成膠質(zhì)細胞瘤是第二線成膠質(zhì)細胞瘤。

在一些實施方案中，先前治療過間皮瘤的患者已經(jīng)為間皮瘤接受過在先癌癥療法。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該間皮瘤是第二線間皮瘤。

在一些實施方案中，先前治療過胃癌的患者已經(jīng)為胃癌接受過在先癌癥療法。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該胃癌是第二線胃癌。

在一些實施方案中，先前治療過腎細胞癌的患者已經(jīng)為腎細胞癌接受過在先癌癥療法。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該腎細胞癌是第二線腎細胞癌。

在一些實施方案中，先前治療過肝細胞癌的患者已經(jīng)為肝細胞癌接受過在先癌癥療法。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與放射組合治療過。在一些實施方案中，該患者先前用化療與另一種藥劑組合治療過。在一些實施方案中，該肝細胞癌是第二線肝細胞癌。

在一些實施方案中，該樣品是在用c-met拮抗劑治療之前獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在用vegf拮抗劑治療之前獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑治療之前獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在用癌癥藥物治療之前獲得的。在一些實施方案中，該樣品是福爾馬林固定和石蠟包埋的。在一些實施方案中，使用基于雜交的信號放大來檢查該ish。在一些實施方案中，自該樣品分離rna。在一些實施方案中，自該福爾馬林固定和石蠟包埋的樣品分離rna。在一些實施方案中，純化該分離的rna。在一些實施方案中，使用該純化的rna作為基于擴增的測定法的rna來源。在一些實施方案中，該基于擴增的測定法是基于pcr的測定法。在一些實施方案中，該基于pcr的測定法是rt-qpcr。

在一些實施方案中，該癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，該癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，腎細胞癌，胃癌，肝細胞癌或肉瘤。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的間皮瘤。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的腎細胞癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的胃癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的肝細胞癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的肉瘤。

在一些實施方案中，該c-met拮抗劑是拮抗性抗c-met抗體。在一些實施方案中，該抗c-met抗體包含(a)包含序列gytftsywlh(seqidno:1)的hvr1；(b)包含序列gmidpsnsdtrfnpnfkd(seqidno:2)的hvr2；(c)包含序列atyrsyvtpldy(seqidno:3)的hvr3-hc；(d)包含序列kssqsllytssqknyla(seqidno:4)的hvr1-lc；(e)包含序列wastres(seqidno:5)的hvr2-lc；和(f)包含序列qqyyaypwt(seqidno:6)的hvr3-lc。在一些實施方案中，該抗c-met抗體結(jié)合奧奴珠單抗表位。在一些實施方案中，該抗c-met抗體是奧奴珠單抗。在一些實施方案中，該抗c-met抗體的有效量是每三周15mg/kg。在一些實施方案中，該抗c-met抗體的有效量是每兩周10mg/kg。在一些實施方案中，該c-met拮抗劑是crizotinib，tivantinib，carbozantinib，mgcd-265，ficlatuzumab，人源化tak-701，rilotumumab，foretinib，h224g11，dn-30，mk-2461，e7050，mk-8033，pf-4217903，amg208，jnj-38877605，emd1204831，inc-280，ly-2801653，sgx-126，rp1040，ly2801653，bay-853474，和/或la480中的一種或多種。

在一些實施方案中，該vegf拮抗劑是抗vegf抗體。在一些實施方案中，該抗vegf抗體結(jié)合a4.6.1表位。在一些實施方案中，該抗vegf抗體是貝伐珠單抗。在一些實施方案中，該抗vegf抗體包含可變重鏈(vh)和可變輕鏈(vl)，其中該vh具有氨基酸序列evqlvesggglvqpggslrlscaasgytftnygmnwvrqapgkglewvgwintytgeptyaadfkrrftfsldtskstaylqmnslraedtavyycakyphyygsshwyfdvwgqgtlvtvss(seqidno:14)且該vl具有氨基酸序列diqmtqspsslsasvgdrvtitcsasqdisnylnwyqqkpgkapkvliyftsslhsgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqystvpwtfgqgtkveikr(seqidno:15)。在一些實施方案中，所述抗vegf抗體的有效量是每兩周靜脈內(nèi)10mg/kg。在一些實施方案中，所述抗vegf抗體的有效量是每三周靜脈內(nèi)15mg/kg。在一些實施方案中，該有效量的所述抗vegf抗體最初在90分鐘里靜脈內(nèi)施用，后續(xù)輸注在60分鐘里，然后在30分鐘里。在一些實施方案中，該抗vegf抗體在第一個周期第二個施用于所述患者。在一些實施方案中，該抗vegf抗體的施用在所述c-met拮抗劑之前或之后。在一些實施方案中，該vegf拮抗劑與所述c-met拮抗劑并行施用。

在一些實施方案中，該患者小于50歲齡。在一些實施方案中，該患者等于或大于50歲齡。在一些實施方案中，該患者具有70％至80％的karnofsky性能狀態(tài)。在一些實施方案中，該患者具有90％至100％的karnofsky性能狀態(tài)。

在一些實施方案中，該患者相對于不具有高hgf生物標志物的患者具有更大的pfs和/或os。在一些實施方案中，該患者相對于單獨用vegf拮抗劑治療的患者具有更大的pfs和/或os。

一方面，提供的是將具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有間皮瘤(例如先前治療過的間皮瘤)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有間皮瘤(例如先前治療過的間皮瘤)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有胃癌(例如先前治療過的胃癌)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有胃癌(例如先前治療過的胃癌)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有腎細胞癌(例如先前治療過的腎細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有腎細胞癌(例如先前治療過的腎細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有肝細胞癌(先前治療過的肝細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有肝細胞癌(例如先前治療過的肝細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有肉瘤(例如先前治療過的肉瘤)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有肉瘤(例如先前治療過的肉瘤)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過ish進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有間皮瘤(例如先前治療過的間皮瘤)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有間皮瘤(例如先前治療過的間皮瘤)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有胃癌(例如先前治療過的胃癌)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有胃癌(例如先前治療過的胃癌)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有腎細胞癌(例如先前治療過的腎細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有腎細胞癌(例如先前治療過的腎細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有肝細胞癌(例如先前治療過的肝細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有肝細胞癌(例如先前治療過的肝細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有肉瘤(例如先前治療過的肉瘤)的患者鑒定為有可能響應包含(a)抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是將具有肉瘤(例如先前治療過的肉瘤)的患者鑒定為有可能響應包含抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)在來自該患者的樣品中測量hgf生物標志物，其中該hgf生物標志物是hgf核酸(例如mrna)且測量通過基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法進行；并(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法進一步包含第二癌癥藥物。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，提供的是用于測定hgf生物標志物表達的方法，其包括測定患者的癌癥是否具有高水平的hgf生物標志物的步驟，其中該hgf生物標志物表達是mrna表達且使用ish在來自該患者的樣品中測定，其中高hgf生物標志物表達是ish得分大于2+，其中該高hgf生物標志物表達指示在用抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)與抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)組合治療該患者時該患者有可能具有延長的os和/或pfs。

一方面，提供的是用于測定hgf生物標志物表達的方法，其包括測定患者的癌癥是否具有高水平的hgf生物標志物的步驟，其中該hgf生物標志物表達是mrna表達且使用ish在來自該患者的樣品中測定，其中高hgf生物標志物表達是ish得分大于2+，其中該高hgf生物標志物表達指示在用抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)治療該患者時該患者有可能具有延長的os和/或pfs。在一些實施方案中，用抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)任選與第二癌癥藥物組合治療該患者。

一方面，提供的是用于測定hgf生物標志物表達的方法，其包括測定患者的癌癥是否具有高水平的hgf生物標志物的步驟，其中該hgf生物標志物表達是mrna表達且使用基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法在來自該患者的樣品中測定，其中高hgf生物標志物表達是參照患者群體的前25％中的hgf表達水平，其中該高hgf生物標志物表達指示在用抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)與抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)組合治療該患者時該患者有可能具有延長的os和/或pfs。

一方面，提供的是用于測定hgf生物標志物表達的方法，其包括測定患者的癌癥是否具有高水平的hgf生物標志物的步驟，其中該hgf生物標志物表達是mrna表達且使用基于pcr(例如rt-qpcr)的測定法在來自該患者的樣品中測定，其中高hgf生物標志物表達是參照患者群體的前25％中的hgf表達水平，其中該高hgf生物標志物表達指示在用抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)治療該患者時該患者有可能具有延長的os和/或pfs。在一些實施方案中，用抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)任選與第二癌癥藥物組合治療該患者。

在一些實施方案中，推薦治療指使用所生成的涉及患者的樣品中c-met的水平或存在的信息或數(shù)據(jù)來鑒定患者為適合或不適合用某種療法治療。在一些實施方案中，該療法可以包含c-met抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該療法可以包含vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)。在一些實施方案中，該療法可以包含與vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)組合的抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)。該信息或數(shù)據(jù)可以是任何形式，書面的、口頭的或電子的。在一些實施方案中，使用所生成的信息或數(shù)據(jù)包括傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、遞送、分發(fā)、或其組合。在一些實施方案中，傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、遞送、分發(fā)、或其組合是由計算裝置、分析單元或其組合實施的。在一些進一步的實施方案中，傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、分發(fā)、或其組合是由個人(例如實驗室或醫(yī)學專業(yè)人員)實施的。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括hgf的水平與參照水平的比較。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示樣品中存在或缺失hgf。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示hgfish信號強度以特定水平(例如0，1+，2+，3+)存在。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示hgfish信號強度存在于特定百分比的細胞(例如成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞，間皮瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞，胃癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞，肝細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞，腎細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞，或肉瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞)中。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示hgfmrna表達水平與自參照患者群體獲得的腫瘤中的hgfmrna表達水平相比處于特定百分位，該參照患者群體包含代表性數(shù)目的患者，包含具有特定癌癥(例如前50％，前40％，前35％，前30％，前25％，前20％，后50％，后60％，后65％，后70％，后75％，后80％)的患者。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示該患者適合或不適合用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示該患者適合或不適合用與第二癌癥藥物組合的包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示該患者適合或不適合用包含與vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療。

一方面，提供的是用于為c-met抗體做廣告的方法，其包括向目標受眾推廣基于hgf生物標志物的表達使用c-met抗體來治療具有癌癥的患者。在一些實施方案中，該推廣通過伴隨該抗c-met抗體的商業(yè)性配制劑的包裝插頁進行。在一些實施方案中，該推廣通過伴隨第二藥物的商業(yè)性配制劑的包裝插頁進行。在一些實施方案中，該第二藥物是化療劑。在一些實施方案中，該第二藥物是vegf拮抗劑。在一些實施方案中，該抗c-met抗體是奧奴珠單抗且該vegf拮抗劑是貝伐珠單抗。在一些實施方案中，如果該癌癥樣品以高水平表達該生物標志物的話選擇該患者用c-met拮抗劑治療。在一些實施方案中，該推廣通過包裝插頁來進行，其中該包裝插頁提供接受與vegf拮抗劑組合的抗c-met抗體療法的說明書。在一些實施方案中，該推廣繼以在有或無第二藥物的情況下用該抗c-met抗體治療該患者。

在一些實施方案中，推廣包括推廣治療劑諸如抗c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)和/或vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)用于治療適應癥，諸如成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)，間皮瘤(例如復發(fā)性間皮瘤)，胃癌(例如復發(fā)性胃癌)，腎細胞癌(例如復發(fā)性腎細胞癌)，肝細胞癌(例如復發(fā)性肝細胞癌)，或肉瘤(例如復發(fā)性肉瘤)，其中此類推廣得到食品和藥品管理局(foodanddrugadministration，fda)核準為已經(jīng)證明在受試者群體中與統(tǒng)計上顯著的治療功效和可接受的安全性有關。

一方面，提供的是診斷試劑盒，其包含用于測定來自癌癥患者的樣品中hgf生物標志物的表達的一種或多種試劑，其中檢測到大量的該hgf生物標志物意味著在用有效量的c-met拮抗劑治療該患者時延長的存活(例如pfs和/或os)。在一些實施方案中，該癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，腎細胞癌，胃癌，肝細胞癌，或肉瘤(例如骨肉瘤)。在一些實施方案中，檢測到大量的該hgf生物標志物意味著在用有效量的c-met拮抗劑和第二癌癥藥物的組合治療該患者時延長的存活(例如pfs和/或os)。在一些實施方案中，檢測到大量的該hgf生物標志物意味著在用有效量的c-met拮抗劑和標準護理抗腫瘤劑的組合治療該患者時延長的存活(例如pfs和/或os)。在一些實施方案中，檢測到大量的該hgf生物標志物意味著在用有效量的c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合治療該患者時延長的存活(例如pfs和/或os)。在一些實施方案中，該試劑盒進一步包含使用該試劑盒如果測定到大量的hgf生物標志物的話選擇c-met拮抗劑來治療該先前治療過的癌癥患者的說明書。

一方面，提供的是生成本文中提供的任何診斷試劑盒的方法，其包括在一個包裝中組合包含癌癥藥物的藥物組合物和指示該藥物組合物基于hgf生物標志物的表達用于治療具有癌癥的患者的包裝插頁。

在本發(fā)明的任何方法的一些實施方案中，該方法進一步包括對患者的癌癥的樣品測試生物標志物。在一些實施方案中，該生物標志物是c-met生物標志物。在一些實施方案中，使用本文中提供的任何方法測定高c-met生物標志物。在一些實施方案中，該生物標志物是hgf生物標志物。在一些實施方案中，使用本文中提供的任何方法測定高hgf生物標志物。

附圖簡述

圖1：顯示研究設計的概覽。

圖2：顯示總體存活依照hgfish狀態(tài)的亞組分析。41名患者(全部患者的大約32％)具有hgf2+或3+樣品。hr是未分層的。

圖3：顯示hgfish低(0/1+)患者和hgfish高(2+/3+)患者中的總體存活的kaplan-meier分析。貝伐珠單抗+安慰劑分支＝實線。貝伐珠單抗+奧奴珠單抗分支＝虛線。

圖4：顯示無進展存活依照hgfish狀態(tài)的亞組分析。hr是未分層的。

圖5：顯示hgfish低(0/1+)患者和hgfish高(2+/3+)患者中的無進展存活的kaplan-meier分析。貝伐珠單抗+安慰劑分支＝實線。貝伐珠單抗+奧奴珠單抗＝虛線。

圖6：顯示隨機化分至貝伐珠單抗+安慰劑的患者(實線)較之隨機化分至貝伐珠單抗+奧奴珠單抗的患者(虛線)中總體存活的分析。hr是來自分層分析的。

圖7：顯示隨機化分至貝伐珠單抗+安慰劑的患者(實線)較之隨機化分至貝伐珠單抗+奧奴珠單抗的患者(虛線)中無進展存活的分析。hr是來自分層分析的。

圖8：展示3+hgfish信號的成膠質(zhì)細胞瘤切片的例示性顯微照片。使用該10倍物鏡查看切片，而且陽性細胞容易鑒定。箭指向例示性hgfish信號陽性細胞。

圖9：圖10中顯示的成膠質(zhì)細胞瘤切片以高放大倍數(shù)(大致等同于40倍物鏡)查看時的例示性顯微照片。在遍布視野散布的多個細胞中觀察到hgfish信號。

圖10：展示1+hgfish信號的成膠質(zhì)細胞瘤切片的例示性顯微照片。使用低放大倍數(shù)(大致等同于10倍物鏡)查看切片，而且難以鑒定hgfish信號陽性細胞。

圖11：圖10中顯示的成膠質(zhì)細胞瘤切片以高放大倍數(shù)(大致等同于40倍物鏡)查看時的例示性顯微照片。在遍布視野散布的細胞中觀察到弱hgfish信號。箭指向例示性hgfish信號陽性細胞。

圖12：展示3+hgfish信號的成膠質(zhì)細胞瘤切片的例示性顯微照片，以中等放大倍數(shù)(大致等同于20倍物鏡)查看。在腫瘤的侵入性邊緣處的多個細胞中觀察到hgfish陽性信號。

圖13：顯示基質(zhì)細胞中有局灶性(箭頭)高表達(3+)的胃癌中hgfrna的代表性原位雜交。通過褐色色原體點針對藍色蘇木精復染劑來顯示探針雜交。棒＝100um。

圖14：顯示間皮瘤癌癥中hgfrna的代表性原位雜交。通過紅色色原體針對藍色蘇木精復染劑來顯示探針雜交。

圖15：顯示hgf表達有腫瘤內(nèi)異質(zhì)性的間皮瘤癌癥中hgfrna的代表性原位雜交。通過紅色色原體針對藍色蘇木精復染劑來顯示探針雜交。

圖16：顯示展示自分泌hgf表達的間皮瘤癌癥中hgf的代表性原位雜交。通過紅色色原體針對藍色蘇木精復染劑來顯示探針雜交。

圖17：顯示總體存活依照hgf-pcr狀態(tài)的亞組分析。hr是未分層的。

圖18：顯示hgf-pcr低(后75％)患者和hgf-pcr高(前25％)患者中總體存活的kaplan-meier分析。貝伐珠單抗+安慰劑分支＝實線。貝伐珠單抗+奧奴珠單抗分支＝虛線。

圖19：顯示無進展存活依照hgf-pcr狀態(tài)的亞組分析。hr是未分層的。

圖20：顯示hgf-pcr低(后75％)患者和hgf-pcr高(前25％)患者中無進展存活的kaplan-meier分析。貝伐珠單抗+安慰劑分支＝實線。貝伐珠單抗+奧奴珠單抗分支＝虛線。

圖21：顯示貝伐珠單抗+奧奴珠單抗分支中的hgf-pcr高(前25％)患者較之貝伐珠單抗+安慰劑分支中的患者中的總體響應率(orr)。

圖22：顯示貝伐珠單抗+安慰劑分支中的hgf-pcr低(后75％)患者和hgf-pcr高(前25％)患者中無進展存活(頂部)和總體存活(底部)的預后效果。

發(fā)明詳述

i.定義

術語“抗血管發(fā)生劑”或“血管發(fā)生抑制劑”指或是直接或是間接抑制血管發(fā)生(angiogenesis)，血管生成(vasculogenesis)或不想要的血管通透性的小分子量物質(zhì)，多核苷酸，多肽，分離的蛋白質(zhì)，重組蛋白，抗體，或其綴合物或融合蛋白。應當理解，抗血管發(fā)生劑包括那些結(jié)合并阻斷血管發(fā)生性因子或其受體的血管發(fā)生活性的藥劑。例如，抗血管發(fā)生劑是說明書全文定義的或本領域已知的血管發(fā)生劑的抗體或其它拮抗劑，例如但不限于vegf-a的抗體，vegf-a受體(例如kdr受體或flt-1受體)的抗體，vegf陷阱，抗pdgfr抑制劑諸如gleevec^tm(imatinibmesylate)?？寡馨l(fā)生劑還包括天然血管發(fā)生抑制劑，例如血管他丁(angiostatin)，內(nèi)皮他丁(endostatin)等。參見例如klagsbrunandd′amore,annu.rev.physiol.,53:217-39(1991)；streitanddetmar,oncogene,22:3172-3179(2003)(例如列舉惡性黑素瘤中的抗血管發(fā)生療法的表3)；ferrara&alitalo,naturemedicine5:1359-1364(1999)；toninietal.,oncogene,22:6549-6556(2003)(例如列舉已知的抗血管發(fā)生性因子的表2)；及sato.int.j.clin.oncol.,8:200-206(2003)(例如列舉臨床試驗中所使用的抗血管發(fā)生劑的表1)。

術語“貝伐珠單抗”(bevacizumab)指依照prestaetal.(1997)cancerres.57:4593-4599生成的重組人源化抗vegf單克隆抗體，也稱作“rhumabvegf”或它包含突變的人igg1框架區(qū)和來自鼠抗hvegf單克隆抗體a.4.6.1(其阻斷人vegf對其受體的結(jié)合)的抗原結(jié)合互補決定區(qū)。貝伐珠單抗大約93％的氨基酸序列(包括大部分框架區(qū))衍生自人igg1，而約7％的序列衍生自鼠抗體a4.6.1。貝伐珠單抗與雜交瘤atcchb10709生成的單克隆抗vegf抗體a4.6.1結(jié)合相同表位。

“表位a4.6.1”指受抗vegf抗體貝伐珠單抗(參見mulleryetal.,structure,15september1998,6:1153-1167)識別的表位。在本發(fā)明的某些實施方案中，抗vegf抗體包括但不限于與由雜交瘤atcchb10709生成的單克隆抗vegf抗體a4.6.1結(jié)合相同表位的單克隆抗體；依照prestaetal.(1997)cancerres.57:4593-4599生成的重組人源化抗vegf單克隆抗體。

術語“靜脈內(nèi)輸注”指以超過約5分鐘的一段時間，優(yōu)選約30-90分鐘，將藥物導入動物或人受試者的靜脈，盡管依照本發(fā)明，靜脈內(nèi)輸注或可施用10小時或更短。

“維持”(maintenance)劑量在本文中指在治療期間或之后施用于受試者的一個或多個劑量的治療劑。通常，維持劑量以一定的治療間隔施用，諸如以大約每周，大約每兩周，大約每三周，或大約每四周的間隔施用?！熬S持療法”意指為了降低疾病復發(fā)或進展的可能性而給予的治療方案。維持療法可持續(xù)任意長時間，包括長至受試者終身的延長的時段。維持療法可在初始療法之后或與初始或別的療法聯(lián)合提供。用于維持療法的劑量可變化，而且可包括與其它類型的療法使用的劑量相比降低的劑量。還可見本文中的“維持”。

在本文中，“患者”為人患者?；颊呖梢允恰鞍┌Y患者”，即患有或有風險患上一種或多種癌癥癥狀的患者。此外，患者可以是先前治療過的癌癥患者?；颊呖梢允恰俺赡z質(zhì)細胞瘤患者”，即患有或有風險患上一種或多種成膠質(zhì)細胞瘤癥狀的患者。此外，患者可以是先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤患者。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用替莫唑胺治療過。在一些實施方案中，該患者先前用與放射組合的替莫唑胺治療過。在一些實施方案中，該患者先前用與另一種藥劑組合的替莫唑胺治療過。在一些實施方案中，該成膠質(zhì)細胞瘤是第二線成膠質(zhì)細胞瘤。

如本文中使用的，除非另外指明，術語“c-met”或“met”指任何天然或變異(無論天然的或合成的)c-met多肽。術語“野生型c-met”一般指包含天然發(fā)生c-met蛋白的氨基酸序列的多肽。術語“野生型c-met序列”一般指在天然發(fā)生c-met中找到的氨基酸序列。

如本文中使用的，除非另外指明，術語“肝細胞生長因子”或“hgf”指任何天然或變異(無論天然的或合成的)hgf多肽。術語“野生型hgf”一般指包含天然發(fā)生hgf蛋白的氨基酸序列的多肽。術語“野生型hgf序列”一般指在天然發(fā)生hgf中找到的氨基酸序列。

術語“抗c-met抗體”和“結(jié)合c-met的抗體”指能夠以足夠的親和力結(jié)合c-met，使得抗體可用作靶向c-met中的診斷和/或治療劑的抗體。在一個實施方案中，抗c-met抗體對無關的，非c-met蛋白的結(jié)合程度小于抗體對c-met的結(jié)合的約10％，如例如通過放射性免疫測定法(ria)測量的。在某些實施方案中，結(jié)合c-met的抗體具有≤1μm，≤100nm，≤10nm，≤1nm，≤0.1nm，≤0.01nm，或≤0.001nm(例如10^-8m或更少，例如10^-8m至10^-13m，例如10^-9m至10^-13m)的解離常數(shù)(kd)。在某些實施方案中，抗c-met抗體結(jié)合在來自不同物種的c-met間保守的c-met表位。

術語“抗hgf抗體”和“結(jié)合hgf的抗體”指能夠以足夠的親和力結(jié)合hgf，使得抗體可用作靶向hgf中的診斷和/或治療劑的抗體。在一個實施方案中，抗hgf抗體對無關的，非hgf蛋白的結(jié)合程度小于抗體對hgf的結(jié)合的約10％，如例如通過放射性免疫測定法(ria)測量的。在某些實施方案中，結(jié)合hgf的抗體具有≤1μm，≤100nm，≤10nm，≤1nm，≤0.1nm，≤0.01nm，或≤0.001nm(例如10^-8m或更少，例如10^-8m至10^-13m，例如10^-9m至10^-13m)的解離常數(shù)(kd)。在某些實施方案中，抗hgf抗體結(jié)合在來自不同物種的hgf間保守的hgf表位。

“c-met活化”指c-met受體的活化或磷酸化。一般而言，c-met活化導致信號轉(zhuǎn)導(例如由c-met受體的細胞內(nèi)激酶結(jié)構域引起的，磷酸化c-met或底物多肽中的酪氨酸殘基)。c-met活化可以由c-met配體(hgf)結(jié)合感興趣c-met受體來介導。hgf對c-met的結(jié)合可活化c-met的激酶結(jié)構域并由此導致c-met中酪氨酸殘基的磷酸化和/或其它的底物多肽中酪氨酸殘基的磷酸化。

受試者“群體”指一組癌癥受試者，諸如臨床試驗中的，或?qū)μ囟ㄟm應證諸如成膠質(zhì)細胞瘤療法fda批準之后腫瘤學家看到的。

對于本發(fā)明的方法，術語“指導”患者意味著通過任何手段，但是優(yōu)選書面地，諸如以包裝插頁或其它書面推廣材料的形式提供關于可應用療法、藥療、處理、處理方案、等等的指導。

對于本發(fā)明的方法，術語“推廣(promoting)”意味著通過任何手段，包括書面地，諸如以包裝插頁的形式提供、登廣告、出售、或描述特定藥物、藥物組合、或治療模態(tài)。推廣在本文中指治療劑，諸如抗c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)和/或vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)用于適應證，諸如成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)治療的推廣，其中此類推廣得到食品和藥品管理局(fda)批準，認為已證明與受試者群體中統(tǒng)計上顯著的治療功效和可接受的安全性有關。

術語“銷售”在本文中用于描述產(chǎn)品(例如藥物)的推廣、出售或分發(fā)。銷售具體包括目的在于包裝、登廣告、和任何使產(chǎn)品商業(yè)化的商業(yè)活動。

為了本文中的目的，“先前接受過治療的”成膠質(zhì)細胞瘤患者已經(jīng)為成膠質(zhì)細胞瘤接受過在先癌癥療法。在一些實施方案中，該患者已經(jīng)用不多于一種在前線化療治療過。在一些實施方案中，該患者先前用替莫唑胺治療過。在一些實施方案中，該患者先前用與放射組合的替莫唑胺治療過。在一些實施方案中，該患者先前用與另一種藥劑組合的替莫唑胺治療過。在一些實施方案中，該成膠質(zhì)細胞瘤是第二線成膠質(zhì)細胞瘤。

“癌癥藥物”指有效治療癌癥的藥物。癌癥藥物的例子包括下文所述化療劑和化療方案；c-met拮抗劑，包括抗c-met抗體，諸如奧奴珠單抗；和vegf拮抗劑，包括抗vegf抗體，諸如貝伐珠單抗。

如本文中所使用的，術語“生物標志物”或“標志物”一般指其在哺乳動物組織或細胞中或上的表達或分泌可以通過已知方法(或本文中所公開的方法)來檢測且預示或可用于預測(或幫助預測)細胞、組織或患者對治療方案的響應性的分子，包括基因、mrna、蛋白質(zhì)、碳水化合物結(jié)構、或糖脂。本文中特別感興趣的生物標志物是hgf。

如本文中使用的，“陰性c-met染色強度”或“陰性染色強度”表示tov-112d，h522，h1155，lxfl529和/或h23的c-met染色強度。在一些實施方案中，陰性c-met染色強度表示對照細胞系tov-112d的c-met染色強度。在一些實施方案中，陰性c-met染色強度表示對照細胞系h522的c-met染色強度。在一些實施方案中，陰性c-met染色強度表示對照細胞系h1155的c-met染色強度。在一些實施方案中，陰性c-met染色強度表示對照細胞系lxfl529的c-met染色強度。在一些實施方案中，陰性c-met染色強度表示對照細胞系h23的c-met染色強度。用于c-metihc的方法是本領域知道的。在一些實施方案中，c-met染色強度是使用c-met抗體(例如sp44)染色對照細胞團粒的福爾馬林固定的石蠟包埋的細胞(例如在組織微陣列中制備的)測定的。

如本文中使用的，“弱c-met染色強度”或“弱染色強度”表示對照細胞系h1703，hek-293，和/或h460的c-metihc染色強度。在一些實施方案中，弱c-met染色強度表示對照細胞系h1703的c-met染色強度。在一些實施方案中，弱c-met染色強度表示對照細胞系hek-293的c-met染色強度。在一些實施方案中，弱c-met染色強度表示對照細胞系h460的c-met染色強度。用于c-metihc的方法是本領域知道的。在一些實施方案中，c-met染色強度是使用c-met抗體(例如sp44)染色對照細胞團粒的福爾馬林固定的石蠟包埋的細胞(例如在組織微陣列中制備的)測定的。

如本文中使用的，“中等c-met染色強度”或“中等染色強度”表示對照細胞系a549和/或skmes1的c-metihc染色強度。在一些實施方案中，中等c-met染色強度表示對照細胞系a549的c-met染色強度。在一些實施方案中，中等c-met染色強度表示對照細胞系skmes1的c-met染色強度。用于c-metihc的方法是本領域知道的。在一些實施方案中，c-met染色強度是使用c-met抗體(例如sp44)染色對照細胞團粒的福爾馬林固定的石蠟包埋的細胞(例如在組織微陣列中制備的)測定的。

如本文中使用的，“強c-met染色強度”或“強染色強度”表示對照細胞系ebc-1和/或h441的c-metihc染色強度。在一些實施方案中，強c-met染色強度表示對照細胞系ebc-1的c-met染色強度。在一些實施方案中，強c-met染色強度表示對照細胞系h441的c-met染色強度。用于c-metihc的方法是本領域知道的。在一些實施方案中，c-met染色強度是使用c-met抗體(例如sp44)染色對照細胞團粒的福爾馬林固定的石蠟包埋的細胞(例如在組織微陣列中制備的)測定的。

“患者樣品”指從癌癥患者得到的細胞或流體的集合。組織或細胞樣品的來源可以是實體組織，像來自新鮮的、冷凍的和/或保存的器官或組織樣品或活檢樣品或穿刺樣品；血液或任何血液組分；體液，諸如腦脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、或間隙液；來自受試者的妊娠或發(fā)育任何時間的細胞。組織樣品可能包含在自然界中天然不與組織混雜的化合物，諸如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、營養(yǎng)物、抗生素、等等。腫瘤樣品的例子在本文中包括但不限于腫瘤活檢、細針吸出物、支氣管灌洗液、胸膜液(胸水)、痰液、尿液、手術標本、循環(huán)中的腫瘤細胞、血清、血漿、循環(huán)中的血漿蛋白質(zhì)、腹水、衍生自腫瘤或展現(xiàn)出腫瘤樣特性的原代細胞培養(yǎng)物或細胞系，以及保存的腫瘤樣品，諸如福爾馬林固定的、石蠟包埋的腫瘤樣品或冷凍的腫瘤樣品。在一個實施方案中，所述樣品包含成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品(例如成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品包含良性基質(zhì)，例如反應性星形細胞，膠質(zhì)細胞，周細胞和/或內(nèi)皮細胞)。在一些實施方案中，該樣品包含宏觀解剖的成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品(例如其中已經(jīng)自該腫瘤樣品取出形態(tài)上正常的腦組織)。在一些實施方案中，該宏觀解剖的成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品包含良性基質(zhì)(例如反應性星形細胞，膠質(zhì)細胞，周細胞和/或內(nèi)皮細胞)。在一些實施方案中，該樣品是成膠質(zhì)細胞瘤活檢的。在一些實施方案中，該樣品是成膠質(zhì)細胞瘤癌癥切除的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的成膠質(zhì)細胞瘤復發(fā)之后獲得的。在一些實施方案中，該樣品是在該患者的成膠質(zhì)細胞瘤復發(fā)之前獲得的。

患者對藥物治療的“有效響應”或“響應性”及類似用語指在施用癌癥藥物后對處于癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤)風險或患有癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤)的患者給予的臨床或治療好處。此類好處包括如下任何一項或多項：延長存活(例如延長總體和/或無進展存活)；導致客觀響應(包括完全響應或部分響應)；或改善癌癥體征或癥狀，等，包括延長具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者經(jīng)歷的臨床重要的疾病相關癥狀惡化前時間。在一些實施方案中，該癥狀是癲癇、神經(jīng)認知功能(包括但不限于人物、時間和/或地點的取向)、閱讀、書寫、和理解中的任一項或多項(任意組合)。在一個實施方案中，使用生物標志物(例如hgfmrna表達，例如使用ish和/或qpcr測定的)來鑒定預期在用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑治療時相對于單獨用vegf拮抗劑治療的患者具有延長的存活(例如延長的總體和/或無進展存活)的患者。本文中的生物標志物的發(fā)生率(例如通過hgfmrnaish和/或rtpcr分析測定的)有效預測或以高靈敏度預測此類有效響應。

“延長存活”意味著使依照本發(fā)明治療的患者的總體或無進展存活相對于未接受治療的患者和/或相對于用一種或多種已獲批準的抗腫瘤劑治療但未接受依照本發(fā)明的治療的患者延長。在一個具體的例子中，“延長存活”意味著使接受本發(fā)明的組合療法(例如用c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)和vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的組合治療)的癌癥患者的無進展存活(pfs)和/或總體存活(os)相對于僅用貝伐珠單抗治療的患者延長。在另一個具體的例子中，“延長存活”意味著使接受本發(fā)明的組合療法(例如用奧奴珠單抗和貝伐珠單抗的組合治療)的癌癥患者(例如癌癥患者群體)的無進展存活(pfs)和/或總體存活(os)相對于僅用貝伐珠單抗治療的患者(例如癌癥患者群體)延長。

“存活”(survival)指患者保持存活，而且包括總體存活(overallsurvival)和無進展存活(progressfreesurvival)。在本發(fā)明根本的研究中，用于存活分析的事件是任何原因的死亡。

“總體存活”指保持一定時期諸如1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月、7個月、8個月、9個月、10個月、1年、2年、3年、等存活的患者，自診斷或治療時起計算?？梢酝ㄟ^kaplan-meier方法來評估存活。

“無進展存活”指保持存活且癌癥沒有進展或惡化的患者。在一些實施方案中，患者保持活著達1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月、7個月、8個月、9個月、10個月、或更多，沒有癌癥進展或惡化。在本發(fā)明的一個方面，可以通過神經(jīng)腫瘤學響應評估(responseassessmentinneuro-oncology,rano)標準來評估成膠質(zhì)細胞瘤的pfs。wenetal.,jclinoncol2010；28:1963-72。在一些實施方案中，使用resist標準來評估pfs。

“延長存活”意味著使接受治療的患者的總體存活或無進展存活相對于未接受治療的患者(即相對于未用藥物治療的患者)，或相對于不以指定水平表達生物標志物的患者，和/或相對于用已獲批準的抗腫瘤劑治療的患者有延長。在一些實施方案中，總體或無進展存活延長1個月、2個月、3個月、4個月、5個月、6個月、7個月、8個月、9個月、10個月、或更多。

“客觀響應”指可測量的響應，包括完全響應(cr)或部分響應(pr)。

“完全響應”或“cr”指癌癥的所有體征響應治療而消失。這并不總是意味著癌癥已經(jīng)治愈。

“部分響應”或“pr”指一處或多處腫瘤或損害的大小或體內(nèi)癌癥的程度響應治療而減小。

“總體響應率”或“客觀響應率”指經(jīng)歷癌的尺寸(或血液癌的量)降低達最小時間量的人的百分比。

危害比(hr)是事件比率的統(tǒng)計定義。為了本發(fā)明的目的，危害比定義為代表任何特定時間點時實驗分支中的事件概率除以對照分支中的事件概率。無進展存活分析中的“危害比”是兩條無進展存活曲線之間的差異的匯總，代表隨訪期里與對照相比治療的死亡風險降低。

術語“vegf”或“vegf-a”用于指165個氨基酸的人血管內(nèi)皮細胞生長因子及相關的121個、145個、189個和206個氨基酸的人血管內(nèi)皮細胞生長因子，如例如leungetal.science,246:1306(1989)；及houcketal.mol.endocrin.,5:1806(1991)所述，及其天然存在的等位基因形式和加工形式。vegf-a是包括vegf-b、vegf-c、vegf-d、vegf-e、vegf-f和plgf在內(nèi)的基因家族的一部分。vegf-a主要結(jié)合兩種高親和力受體酪氨酸激酶，即vegfr-1(flt-1)和vegfr-2(flk-1/kdr)，后者是vegf-a血管內(nèi)皮細胞有絲分裂信號的主要遞質(zhì)。另外，神經(jīng)氈蛋白-1已經(jīng)被鑒定為肝素結(jié)合vegf-a同種型(isoform)的受體，而且可在血管發(fā)育中發(fā)揮作用。術語“vegf”或“vegf-a”還指來自非人物種諸如小鼠、大鼠或靈長類動物的vegf。有時，來自特定物種的vegf表示如下，hvegf表示人vegf，mvegf表示鼠vegf。典型地，vegf指人vegf。術語“vegf”還用于指包含165個氨基酸的人血管內(nèi)皮細胞生長因子的氨基酸第8-109位或第1-109位的截短形式或多肽片段。本申請中可能通過例如“vegf(8-109)”、“vegf(1-109)”或“vegf165”來鑒別任何此類形式vegf。“截短的”天然vegf的氨基酸位置如天然vegf序列中所示編號。例如，截短的天然vegf中的第17位氨基酸(甲硫氨酸)也是天然vegf中的第17位(甲硫氨酸)。截短的天然vegf具有與天然vegf相當?shù)膶dr和flt-1受體的結(jié)合親和力。

“抗vegf抗體”指以足夠親和力和特異性結(jié)合vegf的抗體。所選擇的抗體通常會具有對vegf的結(jié)合親和力，例如，該抗體可以以介于100nm-1pm之間的kd值結(jié)合hvegf?？贵w親和力可通過例如基于表面等離振子共振的測定法(諸如pct申請公開文本no.wo2005/012359中所記載的biacore測定法)；酶聯(lián)免疫吸附測定法(elisa)；和競爭測定法(例如ria)來測定。在某些實施方案中，本發(fā)明的抗vegf抗體可用作治療劑，用于靶向和干擾其中涉及vegf活性的疾病或疾患。還有，可對該抗體進行其它生物學活性測定法，例如為了評估其作為治療劑的效力所進行的生物學活性測定法。此類測定法是本領域已知的，而且取決于抗體的靶抗原和預定用途。例子包括huvec抑制測定法；腫瘤細胞生長抑制測定法(如例如wo89/06692中所記載的)；抗體依賴性細胞的細胞毒性(adcc)和補體介導的細胞毒性(cdc)測定法(美國專利5,500,362)；及激動活性或造血測定法(參見wo95/27062)?？箆egf抗體通常不會結(jié)合其它vegf同系物，諸如vegf-b或vegf-c，也不會結(jié)合其它生長因子，諸如plgf、pdgf或bfgf。

“vegf拮抗劑”指能夠中和、阻斷、抑制、消除、降低或干擾vegf活性(包括其與一種或多種vegf受體的結(jié)合)的分子。vegf拮抗劑包括抗vegf抗體及其抗原結(jié)合片段、特異性結(jié)合vegf由此使其隔絕與一種或多種受體結(jié)合的受體分子及衍生物、抗vegf受體抗體和vegf受體拮抗劑諸如vegfr酪氨酸激酶的小分子抑制劑。

“嵌合vegf受體蛋白”指具有衍生自至少兩種不同蛋白質(zhì)(其中至少一種是vegf受體蛋白)的氨基酸序列的vegf受體分子。在某些實施方案中，嵌合vegf受體蛋白能夠結(jié)合vegf并抑制vegf的生物學活性。

術語“基因擴增”指在特定細胞或細胞系中形成多拷貝的基因或基因片段的過程。

術語“表達的水平”或“表達水平”一般可互換使用，而且一般指生物學樣品中多核苷酸、mrna、或氨基酸產(chǎn)物或蛋白質(zhì)的量?！氨磉_”一般指基因所編碼的信息轉(zhuǎn)換成細胞中存在的和運行的結(jié)構的過程。因此，依照本發(fā)明，基因的“表達”可以指轉(zhuǎn)錄成多核苷酸、翻譯成蛋白質(zhì)、或甚至蛋白質(zhì)的翻譯后修飾。轉(zhuǎn)錄得到的多核苷酸的、翻譯得到的蛋白質(zhì)的、或翻譯后修飾得到的蛋白質(zhì)的片段也應視為表達的，無論它們是源自通過可變剪接生成的轉(zhuǎn)錄物或經(jīng)過降解的轉(zhuǎn)錄物，或者是源自蛋白質(zhì)的翻譯后加工(例如通過蛋白水解)。在一些實施方案中，“表達的水平”指hgfmrna的存在或缺失或量或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)，如使用ish和/或rtpcr評估的。

在用于本文時，短語“基于……的表達”表示使用關于一種或多種本文中生物標志物的表達水平或表達的存在或缺失(例如成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤細胞和相關良性基質(zhì)中hgfish信號的存在或缺失或流行度(例如展示hgfish信號的細胞的百分比))的信息來通知治療決定、在包裝插頁上提供的信息、或銷售/推廣指導等。

如本文中使用的，就生物標志物而言，短語“不具有實質(zhì)性生物標志物表達”或“實質(zhì)性無生物標志物表達”表示生物標志物不展示背景水平以上(在一些實施方案中，具有統(tǒng)計學顯著性的背景水平以上)的表達水平。如本文中使用的，就生物標志物而言，短語“少至無生物標志物表達”表示生物標志物不展示有生物學意義的量的表達。正如本領域會理解的，表達的量可以定量或定性測定，只要能夠進行生物標志物樣品與參照對應物之間的比較。可以依照本領域已知的任何測定法或技術來測量或檢測表達，包括例如本文中記載的那些(諸如ish)。

與癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤)患者的臨床好處增多有關的生物標志物的“量”或“水平”指生物學樣品中的可檢測水平，其中生物標志物的水平與患者臨床好處增多有關。這些可以通過本領域技術專家知道及本發(fā)明也公開的方法來測量。評估的生物標志物的表達水平或量可用于測定對治療的響應。在一些實施方案中，生物標志物的量或水平使用ish(例如患者癌癥樣品的，例如包含腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞的成膠質(zhì)細胞瘤樣品)來測定。在一些實施方案中，高hgfmrna與臨床好處增多有關。在一些實施方案中，高hgfmrna是使用ish測定的。在一些實施方案中，高hgfmrna是hgfish信號強度為至少+2。在一些實施方案中，高hgfmrna是hgfish信號強度為至少+3。在一些實施方案中，高hgfmrna是hgfish信號強度為+2或+3。在一些實施方案中，高hgfmrna是使用pcr(例如rtpcr)測定的。

與癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤)患者的臨床好處減少有關的生物標志物的“量”或“水平”指生物學樣品中的低可檢測水平或無可檢測生物標志物，其中生物標志物的水平與患者臨床好處減少有關。這些可以通過本領域技術專家知道及本發(fā)明也公開的方法來測量。評估的生物標志物的表達水平或量可用于測定對治療的響應。在一些實施方案中，生物標志物的量或水平使用ish(例如患者癌癥樣品的，例如包含腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞的)來測定。在一些實施方案中，低hgfmrna與臨床好處減少有關。在一些實施方案中，低hgfmrna是使用ish測定的。在一些實施方案中，低hgfmrna是hfgish信號強度為0。在一些實施方案中，低hgfmrna是hgfish信號強度為+1。在一些實施方案中，低hgfmrna是hgfish信號強度為0或+1。在一些實施方案中，低hgfmrna是使用pcr(例如rtpcr)測定的。

“展示hgfmrna表達”的癌或生物學樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)hgfmrna的癌或生物學樣品?！罢故緃gfmrna表達”的成膠質(zhì)細胞瘤樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)hgfmrna的成膠質(zhì)細胞瘤樣品。在一些實施方案中，成膠質(zhì)細胞瘤樣品包括腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。

“展示c-met擴增”的癌或生物學樣品指在診斷測試中擴增了c-met基因的癌或生物學樣品。在一些實施方案中，擴增的c-met基因平均(在細胞群體中)大于或等于5個或更多個拷貝的c-met基因，或平均8個或更多個拷貝的c-met基因，或更多，諸如10個或更多個，15個或更多個或20個或更多個拷貝的c-met基因。

“不展示c-met擴增”的癌或生物學樣品指在診斷測試中沒有擴增c-met基因的癌或生物學樣品。

如本文中使用的，術語“突變”指特定蛋白質(zhì)或核酸(例如dna，rna)分別相對于野生型蛋白質(zhì)或核酸的氨基酸或核酸序列的差異。突變的蛋白質(zhì)或核酸可以由基因的一個等位基因(雜合的)或兩個等位基因(純合的)表達或者在其中找到。在本發(fā)明中，突變一般是體細胞的。突變包括序列重排，諸如插入、刪除、和點突變(包括單核苷酸/氨基酸多態(tài)性)。

術語“引物”指能夠與核酸雜交并且容許互補核酸聚合(一般通過提供游離的3’-oh基團)的單鏈多核苷酸。

術語“陣列”或“微陣列”指可雜交陣列元件，優(yōu)選多核苷酸探針(例如寡核苷酸)在基片上的有序排列?；梢允枪腆w基片，諸如玻璃載玻片，或半固體基片，諸如硝酸纖維素膜。

術語“擴增”指生成參照核酸序列或其互補物的一個或多個拷貝的過程。擴增可以是線性或指數(shù)的(例如pcr)。“拷貝”不一定意指相對于模板序列的完全序列互補性或同一性。例如，拷貝可以包含核苷酸類似物(諸如脫氧肌苷)、有意的序列變化(諸如經(jīng)由包含與模板可雜交但不完全互補的序列的引物引入的序列變化)、和/或擴增期間發(fā)生的序列錯誤。

術語“持家型生物標志物”指通常相似地存在于所有細胞類型中的一種生物標志物或一組生物標志物(例如多核苷酸和/或多肽)。在一些實施方案中，持家型生物標志物是“持家基因”?！俺旨一颉痹诒疚闹兄敢环N基因或一組基因，其編碼活性對于細胞功能維持而言必要的蛋白質(zhì)，且通常相似地存在于所有細胞類型中。

如本文中使用的，“擴增”一般指生成多拷貝的期望序列的過程?！岸嗫截悺敝钢辽?個拷貝?！翱截悺辈槐厝灰馕吨c模板序列有完全的序列互補性或同一性。例如，拷貝可以包含核苷酸類似物諸如脫氧肌苷、有意的序列變化(諸如經(jīng)由包含與模板可雜交但不互補的序列的引物引入的序列變化)和/或擴增期間發(fā)生的序列錯誤。

術語“多重pcr”指出于在單個反應中擴增兩種或更多種dna序列的目的，使用超過一套引物在自單一來源(例如個體)獲得的核酸(例如dna或rna)上進行的單個pcr反應。

“ish”或“原位雜交”指一種類型的雜交，其使用互補dna或rna鏈(例如引物或探針)在組織或細胞的一部分或切片中定位特定dna或rna序列(原位)。在一些實施方案中，使用互補dna鏈在組織或細胞的一部分或切片中原位定位特定rna序列。在一些實施方案中，ish進一步包含基于雜交的放大。

雜交反應的“嚴格性”可以由本領域中的普通技術人員容易地確定，而且通常根據(jù)探針長度、洗滌溫度和鹽濃度憑經(jīng)驗計算。一般而言，較長的探針要求較高的溫度以正確退火，而較短的探針需要較低的溫度。雜交通常依賴于當互補鏈存在于低于其解鏈溫度的環(huán)境中時變性dna或rna重新退火的能力。探針與可雜交序列之間的期望同源性程度越高，可使用的相對溫度也越高。結(jié)果，可推出較高相對溫度將趨向于使反應條件更為嚴格，而較低溫度也就較不嚴格。關于雜交反應嚴格性的其它細節(jié)和解釋，參見ausubeletal.,currentprotocolsinmolecularbiology,wileyintersciencepublishers,(1995)。

組織樣品的“切片”意指一塊或一片組織樣品，例如從組織樣品上切下來的一薄片組織或細胞。應當了解，可以制作多片組織樣品切片并進行分析。在一些實施方案中，可以將組織樣品的同一切片用于形態(tài)學和分子兩個水平的分析。在一些實施方案中，可以將組織樣品的同一切片針對多肽和多核苷酸二者進行分析。

“關聯(lián)”或“聯(lián)系”意指以任何方式將第一分析或方案的性能和/或結(jié)果與第二分析或方案的性能和/或結(jié)果進行比較。例如，可以將第一分析或方案的結(jié)果用于實施第二方案，和/或，可以使用第一分析或方案的結(jié)果來決定是否應當實施第二分析或方案。就多核苷酸分析或方案的實施方案而言，可以使用多核苷酸表達分析或方案的結(jié)果來決定是否應當實施特定治療方案。

如本文中使用的，術語“實質(zhì)性相同”表示兩個數(shù)值之間足夠高的相似程度，以致本領域技術人員會認為在用所述數(shù)值(例如kd值或表達)所測量的生物學特征背景內(nèi)兩個數(shù)值之間的差異具有很小的或沒有生物學和/或統(tǒng)計學顯著性。作為參照/比較值的函數(shù)，所述兩個數(shù)值之間的差異例如小于約50％，小于約40％，小于約30％，小于約20％，和/或小于約10％。

如本文中使用的，短語“實質(zhì)性不同”表示兩個數(shù)值之間足夠高的差異程度，以致本領域技術人員會認為在用所述數(shù)值(例如kd值)所測量的生物學特征背景內(nèi)兩個數(shù)值之間的差異具有統(tǒng)計學顯著性。作為參照/比較分子值的函數(shù)，所述兩個數(shù)值之間的差異例如大于約10％，大于約20％，大于約30％，大于約40％，和/或大于約50％。

詞語“標記物”在用于本文時指可檢測的化合物或組合物。標記物通常與試劑如多核苷酸探針或抗體直接或間接綴合或融合，而且協(xié)助對其所綴合或融合的試劑的檢測。標記物可以是通過自身就可檢測的(例如放射性同位素標記物或熒光標記物)，或者在酶標記物的情況中，可催化產(chǎn)生可檢測產(chǎn)物的底物化合物或組合物的化學改變。

“聚合酶鏈式反應”或“pcr”技術在用于本文時一般指其中擴增微量的核酸、rna和/或dna特定片段的流程。通常，需要獲知目的區(qū)域末端或以外的序列信息，從而可設計寡核苷酸引物；這些引物在序列上將與待擴增模板的相對鏈相同或相似。兩條引物的5’末端核苷酸可與所擴增物質(zhì)的末端一致。pcr可用于從總基因組dna和由總細胞rna轉(zhuǎn)錄的cdna、噬菌體或質(zhì)粒序列等擴增特定rna序列、特定dna序列。一般參見mullis等,coldspringharborsymp.quant.biol.51:263(1987)；erliched.,pcrtechnology,stocktonpress,ny,1989。在用于本文時，pcr視為用于擴增核酸測試樣品的核酸聚合酶反應方法的一個但非唯一的例子，包括使用已知核酸(dna或rna)作為引物并利用核酸聚合酶來擴增或生成特定核酸片段，或者擴增或生成與特定核酸互補的特定核酸片段。

“處理”和“治療”指治療性處理和預防性或防范性措施二者。那些需要治療的包括那些早就患有良性、癌前、或非轉(zhuǎn)移性腫瘤的以及那些要預防癌癥發(fā)生或復發(fā)的。

術語“治療有效量”指治療劑(藥物)在哺乳動物中治療或預防疾病或病癥的量。在癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的情況中，治療有效量的治療劑可減少癌細胞的數(shù)目；縮小原發(fā)性腫瘤的尺寸；抑制(即一定程度的減緩，優(yōu)選阻止)癌細胞浸潤入周圍器官；抑制(即一定程度的減緩，優(yōu)選阻止)腫瘤轉(zhuǎn)移；一定程度的抑制腫瘤生長；和/或一定程度的減輕一種或多種與病癥有關的癥狀。根據(jù)藥物可阻止現(xiàn)有癌細胞生長和/或殺死現(xiàn)有癌細胞的程度，它可以是細胞抑制性的和/或細胞毒性的。對于癌癥療法，體內(nèi)功效可以通過例如評估存活持續(xù)時間、疾病進展前時間(ttp)、響應率(rr)、響應持續(xù)時間、和/或生活質(zhì)量和/或tdd來測量。

術語“癌(癥)”和“癌(性)的”指向或描述哺乳動物中典型的以不受調(diào)節(jié)的細胞生長為特征的生理疾患。此定義中包括良性和惡性癌癥?！霸缙诎┌Y”或“早期腫瘤”指非侵入性的或轉(zhuǎn)移性的，或者歸為0期、i期、或ii期癌癥的癌癥。癌癥的例子包括但不限于癌瘤、淋巴瘤、母細胞瘤(包括髓母細胞瘤和視網(wǎng)膜母細胞瘤)、肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜細胞肉瘤)、神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤(包括類癌瘤、胃泌素瘤和胰島細胞癌)、間皮瘤、施旺氏細胞瘤(包括聽神經(jīng)瘤)、腦膜瘤、腺癌、黑素瘤、和白血病或淋巴樣惡性腫瘤。此類癌癥的另外的例子包括但不限于成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤，第二線成膠質(zhì)細胞瘤)。在一些實施方案中，癌癥是肺癌(例如nsclc)，腎細胞癌，胃癌，黑素瘤，乳腺癌(例如三重陰性乳腺癌)，結(jié)直腸癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，癌癥，膀胱癌，肝細胞癌，前列腺癌。

術語“并行”在本文中用于指施用兩種或更多種治療劑，其中至少部分施用在時間上交疊。因而，并行施用包括如下的劑量給藥方案，一種或多種藥劑的施用中斷后繼續(xù)施用一種或多種其它藥劑。

術語“多核苷酸”在以單數(shù)或復數(shù)使用時一般指任何多聚核糖核苷酸或多聚脫氧核糖核苷酸，可以是未經(jīng)修飾的rna或dna或者是經(jīng)過修飾的rna或dna。如此，例如，本文中所定義的多核苷酸包括但不限于單鏈和雙鏈dna、包含單鏈區(qū)和雙鏈區(qū)的dna、單鏈和雙鏈rna、及包含單鏈區(qū)和雙鏈區(qū)的rna，包含dna和rna的雜合分子，它可以是單鏈的，或者更典型的是雙鏈的，或者包含單鏈區(qū)和雙鏈區(qū)。另外，術語“多核苷酸”在用于本文時指包含rna或dna或rna和dna二者的三鏈區(qū)。此類區(qū)中的鏈可來自相同分子或來自不同分子。所述區(qū)可包含一種或多種分子的整個，但是更典型的是只包含有些分子的一個區(qū)。三股螺旋區(qū)的分子之一常常是寡核苷酸。術語“多核苷酸”明確包括cdna。該術語包括包含一種或多種經(jīng)修飾堿基的dna(包括cdna)和rna。如此，主鏈為穩(wěn)定性或其它原因而修飾的dna或rna也是“多核苷酸”該術語在本文中的意圖所在。此外，包含罕見堿基諸如肌苷或經(jīng)修飾堿基諸如氚化堿基的dna或rna也包括在本文中所定義的術語“多核苷酸”內(nèi)。一般而言，術語“多核苷酸”涵蓋未修飾多核苷酸的所有化學、酶學和/或代謝修飾形式，以及病毒和細胞，包括簡單和復雜細胞的特征性的dna和rna的化學形式。

術語“寡核苷酸”指相對較短的多核苷酸，包括但不限于單鏈脫氧核糖核苷酸、單鏈或雙鏈核糖核苷酸、rna:dna雜合物、及雙鏈dna。寡核苷酸，諸如單鏈dna探針寡核苷酸，常常通過化學方法來合成，例如使用商品化的自動化寡核苷酸合成儀。然而，寡核苷酸可通過多種其它方法來制備，包括體外重組dna介導的技術和通過dna在細胞和生物體中的表達。

具有指定抗體的“生物學特征”的抗體指擁有該指定抗體區(qū)別于其它結(jié)合相同抗原的抗體的一項或多項生物學特征的抗體。

與參照抗體“結(jié)合相同表位的抗體”指在競爭測定法中將參照抗體對其抗原的結(jié)合阻斷50％或更多的抗體，且相反，參照抗體在競爭測定法中將該抗體對其抗原的結(jié)合阻斷50％或更多。本文中提供了一種例示性競爭測定法。

如本文中使用的，短語“提供診斷”指使用所生成的涉及患者的樣品中hgf的水平或存在(例如hgfmrna的水平或存在或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))的信息或數(shù)據(jù)來診斷患者中的成膠質(zhì)細胞瘤。該信息或數(shù)據(jù)可以是任何形式，書面的、口頭的或電子的。在一些實施方案中，使用所生成的信息或數(shù)據(jù)包括傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、遞送、分發(fā)、或其組合。在一些實施方案中，傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、遞送、分發(fā)、或其組合是由計算裝置、分析單元或其組合實施的。在一些進一步的實施方案中，傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、分發(fā)、或其組合是由個人(例如實驗室或醫(yī)學專業(yè)人員)實施的。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括hgf的水平(例如hgfmrna的水平，例如使用ish或pcr測量的)與參照水平的比較。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括hgfish信號的流行度(例如成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品中的細胞中陽性hgfish信號的流行度)。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示樣品中存在或缺失hgf(例如hgfmrna)。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示患者診斷有成膠質(zhì)細胞瘤(在一些實施方案中，hgf陽性成膠質(zhì)細胞瘤)。

如本文中使用的，短語“推薦治療”指使用所生成的涉及患者的樣品中c-met的水平或存在的信息或數(shù)據(jù)來鑒定患者為適合或不適合用某種療法治療。在一些實施方案中，該療法可以包含c-met抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該療法可以包含vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)。在一些實施方案中，該療法可以包含與vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)組合的抗c-met抗體(例如奧奴珠單抗)。該信息或數(shù)據(jù)可以是任何形式，書面的、口頭的或電子的。在一些實施方案中，使用所生成的信息或數(shù)據(jù)包括傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、遞送、分發(fā)、或其組合。在一些實施方案中，傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、遞送、分發(fā)、或其組合是由計算裝置、分析單元或其組合實施的。在一些進一步的實施方案中，傳達、呈現(xiàn)、報告、存儲、發(fā)送、轉(zhuǎn)移、供應、傳輸、分發(fā)、或其組合是由個人(例如實驗室或醫(yī)學專業(yè)人員)實施的。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括hgf的水平與參照水平的比較。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示樣品中存在或缺失hgf。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示hgfish信號強度以特定水平(例如0，+1，+2，+3)存在。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示hgfish信號強度存在于特定百分比的細胞(例如成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞)中。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示該患者適合或不適合用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療。在一些實施方案中，該信息或數(shù)據(jù)包括指示該患者適合或不適合用包含與vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療。

“目標受眾(targetaudience)”指接受如通過推銷或做廣告(尤其為了特定用途、治療、或適應癥)進行的特定藥物推廣或意圖進行的特定藥物推廣的人群或機構，諸如患者個體，患者群體，報紙、醫(yī)學文獻、和雜志讀者，電視或因特網(wǎng)觀眾，無線電或因特網(wǎng)聽眾，內(nèi)科醫(yī)生，藥品公司，等。

術語“包裝插頁”用于指治療產(chǎn)品的商業(yè)包裝中通常包含的用法說明書，其含有關于涉及此類治療產(chǎn)品應用的適應癥、用法、劑量、施用、禁忌癥、要與包裝的產(chǎn)品組合的其它治療產(chǎn)品、和/或警告等的信息。

本文中的術語“抗體”以最廣義使用，并且涵蓋各種抗體結(jié)構，包括但不限于單克隆抗體、多克隆抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體)、和抗體片段，只要它們展現(xiàn)出期望的抗原結(jié)合活性。

“抗體片段”指與完整抗體不同的分子，其包含完整抗體中結(jié)合完整抗體結(jié)合的抗原的部分?？贵w片段的例子包括但不限于fv、fab、fab’、fab’-sh、f(ab’)2；雙抗體；線性抗體；單鏈抗體分子(例如scfv)；和由抗體片段形成的多特異性抗體。

術語“嵌合”抗體指其中的重和/或輕鏈的一部分自特定的來源或物種衍生，而重和/或輕鏈的剩余部分自不同來源或物種衍生的抗體。

抗體的“類”指其重鏈擁有的恒定域或恒定區(qū)的類型?？贵w有5大類：iga、igd、ige、igg、和igm，并且這些中的幾種可以進一步分成亞類(同種型)，例如，igg1、igg2、igg3、igg4、iga1、和iga2。與不同類免疫球蛋白對應的重鏈恒定域分別稱作α、δ、ε、γ、和μ。

本文中的術語“fc區(qū)”用于定義免疫球蛋白重鏈中至少含有恒定區(qū)一部分的c端區(qū)。該術語包括天然序列fc區(qū)和變體fc區(qū)。在一個實施方案中，人igg重鏈fc區(qū)自cys226，或自pro230延伸至重鏈的羧基端。然而，fc區(qū)的c端賴氨酸(lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有規(guī)定，fc區(qū)或恒定區(qū)中的氨基酸殘基的編號方式依照eu編號系統(tǒng)，又稱作eu索引，如記載于kabat等,sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第5版publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md,1991。

“框架”或“fr”指除高變區(qū)(hvr)殘基外的可變域殘基。一般地，可變域的fr由4個fr域組成：fr1、fr2、fr3、和fr4。因而，hvr和fr序列在vh(或vl)中一般以如下的順序出現(xiàn)：fr1-h1(l1)-fr2-h2(l2)-fr3-h3(l3)-fr4。

術語“全長抗體”、“完整抗體”、和“全抗體”在本文中可互換使用，指與天然抗體結(jié)構具有基本上類似的結(jié)構或者具有含有如本文中所限定的fc區(qū)的重鏈的抗體。

“人抗體”指擁有與由人或人細胞生成的或利用人抗體全集或其它人抗體編碼序列自非人來源衍生的抗體的氨基酸序列對應的氨基酸序列的抗體。人抗體的此定義明確排除包含非人抗原結(jié)合殘基的人源化抗體。

“人共有框架”指代表人免疫球蛋白vl或vh框架序列選集中最常存在的氨基酸殘基的框架。通常，人免疫球蛋白vl或vh序列選集來自可變域序列亞組。通常，序列亞組是如kabat等，sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第五版,nihpublication91-3242,bethesdamd(1991),第1-3卷中的亞組。在一個實施方案中，對于vl，亞組是如kabat等，見上文中的亞組κi。在一個實施方案中，對于vh，亞組是如kabat等，見上文中的亞組iii。

“人源化”抗體指包含來自非人hvr的氨基酸殘基和來自人fr的氨基酸殘基的嵌合抗體。在某些實施方案中，人源化抗體會包含至少一個，通常兩個基本上整個可變域，其中所有或基本上所有hvr(例如，cdr)對應于非人抗體的那些，且所有或基本上所有fr對應于人抗體的那些。任選地，人源化抗體可以至少包含自人抗體衍生的抗體恒定區(qū)的一部分?？贵w，例如非人抗體的“人源化形式”指已經(jīng)經(jīng)歷人源化的抗體。

如本文中使用的，術語“高變區(qū)”或“hvr”指抗體可變域中在序列上高變的(“互補決定區(qū)”或“cdr”)和/或形成結(jié)構上限定的環(huán)(“高變環(huán)”)和/或含有抗原接觸殘基(“抗原接觸”)的每個區(qū)。一般地，抗體包含6個hvr：三個在vh中(h1，h2，h3)，且三個在vl中(l1，l2，l3)。本文中的例示性hvr包括：

(a)高變環(huán)，存在于氨基酸殘基26-32(l1)，50-52(l2)，91-96(l3)，26-32(h1)，53-55(h2)，和96-101(h3)(chothiaandlesk,j.mol.biol.196:901-917(1987))；

(b)cdr，存在于氨基酸殘基24-34(l1)，50-56(l2)，89-97(l3)，31-35b(h1)，50-65(h2)，和95-102(h3)(kabatetal.,sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,5thed.publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md(1991))；

(c)抗原接觸，存在于氨基酸殘基27c-36(l1)，46-55(l2)，89-96(l3)，30-35b(h1)，47-58(h2)，和93-101(h3)(maccallumetal.j.mol.biol.262:732-745(1996))；和

(d)(a)，(b)，和/或(c)的組合，包括hvr氨基酸殘基46-56(l2)，47-56(l2)，48-56(l2)，49-56(l2)，26-35(h1)，26-35b(h1)，49-65(h2)，93-102(h3)，和94-102(h3)。在一個實施方案中，hvr殘基包含說明書中別處鑒定的那些。除非另有說明，hvr殘基及可變域中的其它殘基(例如fr殘基)在本文中是依照kabat等，見上文編號的。

在用于本文時，術語“細胞毒劑”指抑制或阻止細胞功能和/或引起細胞死亡或破壞的物質(zhì)。細胞毒劑包括但不限于：放射性同位素(例如at²¹¹、i¹³¹、i¹²⁵、y⁹⁰、re¹⁸⁶、re¹⁸⁸、sm¹⁵³、bi²¹²、p³²、pb²¹²和lu的放射性同位素)；化學治療劑或藥物(例如甲氨蝶呤(methotrexate)、阿霉素(adriamycin)、長春花生物堿類(vincaalkaloids)(長春新堿(vincristine)、長春堿(vinblastine)、依托泊苷(etoposide))、多柔比星(doxorubicin)、美法侖(melphalan)、絲裂霉素(mitomycin)c、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、柔紅霉素(daunorubicin)或其它嵌入劑)；生長抑制劑；酶及其片段，諸如溶核酶；抗生素；毒素，諸如小分子毒素或者細菌、真菌、植物或動物起源的酶活性毒素，包括其片段和/或變體；及下文公開的各種抗腫瘤或抗癌劑。

“效應器功能”指那些可歸于抗體fc區(qū)且隨抗體同種型而變化的生物學活性?？贵w效應器功能的例子包括：c1q結(jié)合和補體依賴性細胞毒性(cdc)；fc受體結(jié)合；抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(adcc)；吞噬作用；細胞表面受體(例如b細胞受體)下調(diào)；和b細胞活化。

“免疫綴合物”指與一種或多種異源分子，包括但不限于細胞毒劑綴合的抗體。

在用于本文時，術語“單克隆抗體”指從一群基本上同質(zhì)的抗體獲得的抗體，即構成群體的各個抗體是相同的和/或結(jié)合相同表位，除了例如含有天然存在的突變或在單克隆抗體制備物的生成期間發(fā)生的可能的變體抗體外，此類變體一般以極小量存在。與通常包含針對不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體制備物不同，單克隆抗體制備物的每種單克隆抗體針對抗原上的單一決定簇。如此，修飾語“單克隆”指示抗體自一群基本上同質(zhì)的抗體獲得的特性，而不應解釋為要求通過任何特定方法來生成抗體。例如，可以通過多種技術來生成要依照本發(fā)明使用的單克隆抗體，包括但不限于雜交瘤方法、重組dna方法、噬菌體展示方法、和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的轉(zhuǎn)基因動物的方法，本文中描述了用于生成單克隆抗體的此類方法和其它例示性方法。

“裸抗體”指未與異源模塊(例如細胞毒性模塊)或放射性標記物綴合的抗體。裸抗體可以存在于藥物配制劑中。

“天然抗體”指具有不同結(jié)構的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然igg抗體是約150,000道爾頓的異四聚糖蛋白，由二硫化物鍵合的兩條相同輕鏈和兩條相同重鏈構成。從n至c端，每條重鏈具有一個可變區(qū)(vh)，又稱作可變重域或重鏈可變域，接著是三個恒定域(ch1、ch2、和ch3)。類似地，從n至c端，每條輕鏈具有一個可變區(qū)(vl)，又稱作可變輕域或輕鏈可變域，接著是一個恒定輕(cl)域。根據(jù)其恒定域氨基酸序列，抗體輕鏈可歸入兩種類型中的一種，稱作卡帕(κ)和拉姆達(λ)。

為了本文中的目的，“奧奴珠單抗”(onartuzumab)和“metmab”可互換使用，指包含分別在seqidno：8和7中的可變輕和可變重氨基酸序列，和seqidno:13的fc序列的抗體。在一些實施方案中，它包含seqidno：12中的輕鏈氨基酸序列和seqidno：11中的重鏈氨基酸序列和seqidno:13的fc序列。該抗體任選是由大腸桿菌細胞生成的。術語“奧奴珠單抗”和“metmab”在本文中涵蓋具有美國采用的名稱(unitedstatesadoptedname,usan)或國際非專有名稱(internationalnonproprietaryname,inn)：奧奴珠單抗的藥物的生物相似型式。

“奧奴珠單抗表位”指受到抗c-met抗體奧奴珠單抗識別的表位(參見merchant,m.etal.,pnas(2013)110(32):e2987-e2996)。

術語“藥物配制劑”指其形式容許藥物的生物學活性是有效的，且不含對會施用該配制劑的受試者產(chǎn)生不可接受的毒性的別的成分的無菌制備物。

“無菌”配制劑是無菌的或不含所有活的微生物及其孢子。

“試劑盒”指包含至少一種試劑(例如用于治療癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤)的藥物，或用于特異性檢測本發(fā)明的生物標志物基因或蛋白質(zhì)的試劑(例如抗體))的任何制品(例如包裝或容器)。所述制品優(yōu)選以用于實施本發(fā)明方法的單位來推廣、分發(fā)、或銷售。

“藥學可接受載體”指藥物配制劑中與活性成分不同的，且對受試者無毒的成分。藥學可接受載體包括但不限于緩沖劑、賦形劑、穩(wěn)定劑、或防腐劑。

關于參照多肽序列的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定義為比對序列并在必要時引入缺口以獲取最大百分比序列同一性后，且不將任何保守替代視為序列同一性的一部分時，候選序列中與參照多肽序列中的氨基酸殘基相同的氨基酸殘基的百分率。為測定百分比氨基酸序列同一性目的的對比可以以本領域技術范圍內(nèi)的多種方式進行，例如使用公眾可得到的計算機軟件，諸如blast、blast-2、align或megalign(dnastar)軟件。本領域技術人員可以決定用于比對序列的合適參數(shù)，包括對所比較序列全長獲得最大對比所需的任何算法。然而，為了本發(fā)明的目的，％氨基酸序列同一性值是使用序列比較計算機程序align-2產(chǎn)生的。align-2序列比較計算機程序由genentech,inc.編寫，并且源代碼已經(jīng)連同用戶文檔一起提交給美國版權局(uscopyrightoffice,washingtond.c.,20559)，其中其以美國版權注冊號txu510087注冊。公眾自genentech,inc.,southsanfrancisco,california可獲得align-2程序，或者可以從源代碼編譯。align2程序應當編譯成在unix操作系統(tǒng)，包括數(shù)碼unixv4.0d上使用。所有序列比較參數(shù)由align-2程序設定且不變。

在采用align-2來比較氨基酸序列的情況中，給定氨基酸序列a相對于(to)、與(with)、或針對(against)給定氨基酸序列b的％氨基酸序列同一性(或者可表述為具有或包含相對于、與、或針對給定氨基酸序列b的某一％氨基酸序列同一性的給定氨基酸序列a)如下計算：

分數(shù)x/y乘100

其中x是由序列比對程序align-2在該程序的a和b比對中評分為相同匹配的氨基酸殘基數(shù)，且其中y是b中的氨基酸殘基總數(shù)。應當領會，若氨基酸序列a的長度與氨基酸序列b的長度不相等，則a相對于b的％氨基酸序列同一性將不等于b相對于a的％氨基酸序列同一性。除非另有明確說明，本文中所使用的所有％氨基酸序列同一性值都是依照上一段所述，使用align-2計算機程序獲得的。

“化療劑”指可用于治療癌癥的化學化合物?；焺┑睦影ㄍ榛瘎╊?，諸如例如替莫唑胺，即烷化劑達卡巴嗪的咪唑四嗪衍生物?；焺┑膭e的例子包括例如帕利他賽或托泊替康或peg化脂質(zhì)體多柔比星(pld)。化療劑的其它例子包括烷化劑類(alkylatingagents)，諸如塞替派(thiotepa)和環(huán)磷酰胺(cyclosphosphamide)；磺酸烷基酯類(alkylsulfonates)，諸如白消安(busulfan)，英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶類(aziridines)，諸如苯佐替派(benzodopa)，卡波醌(carboquone)，美妥替派(meturedopa)和烏瑞替派(uredopa)；乙撐亞胺類(ethylenimines)和甲基蜜胺類(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)，三乙撐蜜胺(triethylenemelamine)，三乙撐磷酰胺(triethylenephosphoramide)，三乙撐硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羥甲蜜胺(trimethylolomelamine)；番荔枝內(nèi)酯類(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜樹堿(camptothecin)；苔蘚抑素(bryostatin)；callystatin；cc-1065(包括其阿多來新(adozelesin)，卡折來新(carzelesin)和比折來新(bizelesin)合成類似物)；隱藻素類(cryptophycins)(特別是隱藻素1和隱藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；duocarmycin(包括合成類似物，kw-2189和cb1-tm1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海綿抑素(spongistatin)；氮芥類(nitrogenmustards)，諸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)，萘氮芥(chlornaphazine)，膽磷酰胺(cholophosphamide)，雌莫司汀(estramustine)，異環(huán)磷酰胺(ifosfamide)，雙氯乙基甲胺(mechlorethamine)，鹽酸氧氮芥(mechlorethamineoxidehydrochloride)，美法侖(melphalan)，新氮芥(novembichin)，苯芥膽甾醇(phenesterine)，潑尼莫司汀(prednimustine)，曲磷胺(trofosfamide)，尿嘧啶氮芥(uracilmustard)；亞硝脲類(nitrosoureas)，諸如卡莫司汀(carmustine)，氯脲菌素(chlorozotocin)，福莫司汀(fotemustine)，洛莫司汀(lomustine)，尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素類，諸如烯二炔類抗生素(enediyne)(如加利車霉素(calicheamicin)，尤其是加利車霉素γ1i和加利車霉素ωi1(參見例如agnew,chem.intl.ed.engl.,33:183-186(1994))；蒽環(huán)類抗生素(dynemicin)，包括dynemicina；二膦酸鹽類(bisphosphonates)，諸如氯膦酸鹽(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)發(fā)色團和相關色蛋白烯二炔類抗生素發(fā)色團)，阿克拉霉素(aclacinomysin)，放線菌素(actinomycin)，氨茴霉素(anthramycin)，偶氮絲氨酸(azaserine)，博來霉素(bleomycin)，放線菌素c(cactinomycin)，carabicin，洋紅霉素(caminomycin)，嗜癌霉素(carzinophilin)，色霉素(chromomycinis)，放線菌素d(dactinomycin)，柔紅霉素(daunorubicin)，地托比星(detorubicin)，6-二氮-5-氧-l-正亮氨酸，多柔比星(doxorubicin)(包括嗎啉代多柔比星，氰基嗎啉代多柔比星，2-吡咯代多柔比星和脫氧多柔比星)，表柔比星(epirubicin)，依索比星(esorubicin)，伊達比星(idarubicin)，麻西羅霉素(marcellomycin)，絲裂霉素類(mitomycins)諸如絲裂霉素c，霉酚酸(mycophenolicacid)，諾拉霉素(nogalamycin)，橄欖霉素(olivomycin)，培洛霉素(peplomycin)，泊非霉素(potfiromycin)，嘌呤霉素(puromycin)，三鐵阿霉素(quelamycin)，羅多比星(rodorubicin)，鏈黑菌素(streptonigrin)，鏈佐星(streptozocin)，殺結(jié)核菌素(tubercidin)，烏苯美司(ubenimex)，凈司他丁(zinostatin)，佐柔比星(zorubicin)；抗代謝物類，諸如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-fu)；葉酸類似物，諸如二甲葉酸(denopterin)，甲氨蝶呤，蝶酰三谷氨酸(pteropterin)，三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤類似物，諸如氟達拉濱(fludarabine)，6-巰基嘌呤(mercaptopurine)，硫咪嘌呤(thiamiprine)，硫鳥嘌呤(thioguanine)；嘧啶類似物，諸如安西他濱(ancitabine)，阿扎胞苷(azacitidine)，6-氮尿苷，卡莫氟(carmofur)，阿糖胞苷(cytarabine)，雙脫氧尿苷(dideoxyuridine)，去氧氟尿苷(doxifluridine)，依諾他濱(enocitabine)，氟尿苷(floxuridine)；雄激素類，諸如卡魯睪酮(calusterone)，丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)，表硫雄醇(epitiostanol)，美雄烷(mepitiostane)，睪內(nèi)酯(testolactone)；抗腎上腺類，諸如氨魯米特(aminoglutethimide)，米托坦(mitotane)，曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如亞葉酸(folinicacid)；醋葡醛內(nèi)酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinicacid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依達曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elformithine；依利醋銨(elliptiniumacetate)；埃坡霉素(epothilone)；依托格魯(etoglucid)；硝酸鎵；羥脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼達明(lonidainine)；美登木素生物堿類(maytansinoids)，諸如美登素(maytansine)和安絲菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌達醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；噴司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinicacid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖復合物(jhsnaturalproducts,eugene,oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲蘭(sizofuran)；螺旋鍺(spirogermanium)；細交鏈孢菌酮酸(tenuazonicacid)；三亞胺醌(triaziquone)；2,2′,2”-三氯三乙胺；單端孢菌素類(trichothecenes)(尤其是t-2毒素，疣孢菌素(verracurin)a，桿孢菌素(roridin)a和蛇行菌素(anguidine))；烏拉坦(urethan)；長春地辛(vindesine)；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴衛(wèi)矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“ara-c”)；環(huán)磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；類紫杉醇(taxoids)，例如帕利他賽(paclitaxel)(bristol-myerssquibboncology,princeton,n.j.)，不含克列莫佛(cremophor)，清蛋白改造的納米顆粒劑型的帕利他賽(americanpharmaceuticalpartners,schaumberg,ill.)和多西他塞(docetaxel)(rhone-poulencrorer,antony,france)；苯丁酸氮芥(chloranbucil)；吉西他濱(gemcitabine)；6-硫鳥嘌呤(thioguanine)；巰基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；鉑類似物，諸如順鉑(cisplatin)，奧沙利鉑(oxaliplatin)和卡鉑(carboplatin)；長春堿(vinblastine)；鉑；依托泊苷(etoposide)(vp-16)；異環(huán)磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；長春新堿(vincristine)；長春瑞濱(vinorelbine)；能滅瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依達曲沙(edatrexate)；道諾霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；希羅達(xeloda)；伊本膦酸鹽(ibandronate)；伊立替康(irinotecan)(camptosar，cpt-11)(包括伊立替康及5-fu和亞葉酸(leucovorin)的治療方案)；拓撲異構酶抑制劑rfs2000；二氟甲基鳥氨酸(dmfo)；類視黃酸(retinoids)，諸如視黃酸(retinoicacid)；卡培他濱(capecitabine)；考布他汀(combretastatin)；亞葉酸(leucovorin)(lv)；拉帕替尼(lapatinib)其降低細胞增殖的；及任何上述物質(zhì)的藥學可接受鹽，酸或衍生物。在一些實施方案中，該化療劑是替莫唑胺；丙卡巴肼；洛莫司汀；長春新堿(pcv)，卡莫司汀，卡莫司汀注入晶片，順鉑；及任何上述物質(zhì)的藥學可接受鹽，酸或衍生物。

ii.癌癥藥物

一方面，提供的是治療癌癥的方法，其包括施用c-met拮抗劑。在一些實施方案中，該治療癌癥的方法包括任選與第二癌癥藥物組合施用c-met拮抗劑。在一些實施方案中，該治療癌癥的方法包括施用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合。一方面，提供的是基于一種或多種本文中公開的生物標志物的表達來選擇能用癌癥藥物治療的患者的方法。癌癥藥物的例子包括但不限于：

-c-met拮抗劑，包括抗c-met抗體；

-vegf拮抗劑，包括抗vegf抗體；

-化療劑和化療方案；

-用于治療癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，肝細胞癌，腎細胞癌，和肉瘤)的開發(fā)中的或已批準的其它藥物或其組合。

c-met拮抗劑

在一個實施方案中，該藥物是抗體，包括但不限于結(jié)合人c-met的抗體。在一些實施方案中，該抗體干擾(例如阻斷)c-met結(jié)合肝細胞生長因子(hgf)。在一些實施方案中，該抗體結(jié)合c-met。在一些實施方案中，該抗體結(jié)合hgf。在一個實施方案中，抗c-met抗體對無關的，非c-met蛋白的結(jié)合程度小于抗體對c-met的結(jié)合的約10％，如例如通過放射性免疫測定法(ria)測量的。在一個實施方案中，抗hgf抗體對無關的，非c-met蛋白的結(jié)合程度小于抗體對hgf的結(jié)合的約10％，如例如通過放射性免疫測定法(ria)測量的。本文中的抗體包括：單克隆抗體，包括嵌合抗體、人源化抗體或人抗體。在一個實施方案中，抗體是抗體片段，例如fv、fab、fab’、單臂抗體、scfv、雙抗體、或f(ab’)2片段。在另一個實施方案中，抗體是全長抗體，例如完整igg1抗體或其它抗體類或同種型，如本文中定義的。在一個實施方案中，抗體是單價的。在另一個實施方案中，抗體是包含fc區(qū)的單臂抗體(即重鏈可變域和輕鏈可變域形成單一抗原結(jié)合臂)，其中fc區(qū)包含第一和第二fc多肽，其中第一和第二fc多肽以復合物存在且形成fc區(qū)，與包含所述抗原結(jié)合臂的fab分子相比，該fc區(qū)提高所述抗體片段的穩(wěn)定性。單臂抗體可以是單價的。

在一個實施方案中，抗c-met抗體是奧奴珠單抗。在另一個實施方案中，抗c-met抗體包含重鏈可變域，其包含下述一項或多項：(a)hvr1，其包含序列gytftsywlh(seqidno:1)；(b)hvr2，其包含序列gmidpsnsdtrfnpnfkd(seqidno:2)；和/或(c)hvr3-hc，其包含序列atyrsyvtpldy(seqidno:3)。在一些實施方案中，抗體包含輕鏈可變域，其包含下述一項或多項：(a)hvr1-lc，其包含序列kssqsllytssqknyla(seqidno:4)；hvr2-lc，其包含序列wastres(seqidno:5)；和/或(c)hvr3-lc，其包含序列qqyyaypwt(seqidno:6)。在一些實施方案中，抗c-met抗體包含重鏈可變域和輕鏈可變域，該重鏈可變域包含：(a)hvr1，其包含序列gytftsywlh(seqidno:1)；(b)hvr2，其包含序列gmidpsnsdtrfnpnfkd(seqidno:2)；和(c)hvr3-hc，其包含序列atyrsyvtpldy(seqidno:3)，該輕鏈可變域包含：(a)hvr1-lc，其包含序列kssqsllytssqknyla(seqidno:4)；hvr2-lc，其包含序列wastres(seqidno:5)；和(c)hvr3-lc，其包含序列qqyyaypwt(seqidno:6)。

在任何上述實施方案中，例如，抗c-met抗體可以是人源化的。在一個實施方案中，抗c-met抗體包含任何上述實施方案中的hvr，且進一步包含受體人框架，例如人免疫球蛋白框架或人共有框架。

另一方面，抗c-met抗體包含與seqidno:7的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％序列同一性的重鏈可變域(vh)序列。在某些實施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的vh序列相對于參照序列含有替代(例如保守替代)、插入、或刪除，但是包含該序列的抗c-met抗體保留結(jié)合人c-met的能力。在某些實施方案中，在seqidno:7中替代、改變插入和/或刪除了總共1到10個氨基酸。在某些實施方案中，替代、插入、或刪除存在于hvr以外的區(qū)域(即在fr中)。任選地，抗c-met抗體包含seqidno:7中的vh序列，包括該序列的翻譯后修飾。

另一方面，提供抗c-met抗體，其中該抗體包含與seqidno:8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％序列同一性的輕鏈可變域(vl)。在某些實施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、或99％同一性的vl序列相對于參照序列含有替代(例如保守替代)、插入、或刪除，但是包含該序列的抗c-met抗體保留結(jié)合c-met的能力。在某些實施方案中，在seqidno:8中替代、插入和/或刪除了總共1到10個氨基酸。在某些實施方案中，替代、插入、或刪除存在于hvr以外的區(qū)域(即在fr中)。任選地，抗c-met抗體包含seqidno:8中的vl序列，包括該序列的翻譯后修飾。

在還有另一個實施方案中，抗c-met抗體包含與seqidno:8的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％序列同一性的vl區(qū)和與seqidno:7的氨基酸序列具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％序列同一性的vh區(qū)。在還有又一個實施方案中，抗c-met抗體包含：hvr-l1，其包含氨基酸序列seqidno:1；hvr-l2，其包含氨基酸序列seqidno:2；hvr-l3，其包含氨基酸序列seqidno:3；hvr-h1，其包含氨基酸序列seqidno:4；hvr-h2，其包含氨基酸序列seqidno:5；和hvr-h3，其包含氨基酸序列seqidno:6。

另一方面，抗c-met抗體包含上文提供的任何實施方案中的vh和上文提供的任何實施方案中的vl。在一些實施方案中，抗c-met抗體是單價的且進一步包含fc多肽。

另一方面，該c-met拮抗劑結(jié)合奧奴珠單抗表位。在一些實施方案中，該c-met拮抗劑(例如抗c-met抗體)在包含至少一個來自1)a319-a347；2)s360-v427；3)l439-t457；或4)r461-l480的氨基酸殘基的結(jié)合位點處結(jié)合人c-met，其中氨基酸殘基的位置是基于(或依照)seqidno:16中的位置。在一些實施方案中，該結(jié)合位點包含至少一個選自下組的氨基酸殘基：c-met的a327，q328，r331，q332，i333，g334，a335，s336，l337，n338，d339，k368，y369，r426，i446，g448，d449，或r469，其中氨基酸殘基的位置基于seqidno:16中的位置。在一些實施方案中，該結(jié)合位點包含至少一個來自a319-a347的氨基酸殘基。在一些實施方案中，該結(jié)合位點包含氨基酸殘基a327，q328，r331，q332，i333，g334，a335，s336，l337，n338，或d339中的至少一個。在一些實施方案中，該結(jié)合位點包含氨基酸殘基q328，r331，l337，和n338中的至少一個。在依照這一段中的任一實施方案的一些實施方案中，該結(jié)合位點進一步包含至少一個來自1)s360-v427；2)l439-t457；或3)r461-l480的氨基酸殘基。在依照這一段中的任一實施方案的一些實施方案中，該結(jié)合位點包含至少一個選自下組的氨基酸殘基：k368，y369，r426，i446，g448，d449，和r469。在依照任一上文所述實施方案的一些實施方案中，該結(jié)合位點包含氨基酸殘基q328，r331，l337，和n338。在一些實施方案中，該結(jié)合位點進一步包含氨基酸殘基r331，q332，i333，g334，a335，s336，d339，k368，y369，r426，i446，g448，d449，和r469。

又一方面，本發(fā)明提供與本文中提供的抗c-met抗體結(jié)合相同表位的抗體。例如，在某些實施方案中，提供與包含vh序列seqidno:7和vl序列seqidno:8的抗c-met抗體結(jié)合相同表位的抗體。

另一方面，本發(fā)明提供與奧奴珠單抗具有相同生物學特征的抗c-met抗體。

在本發(fā)明的又一個方面，依照本文中任何實施方案的抗c-met抗體可以是單克隆抗體，包括單價抗體、嵌合抗體、人源化抗體或人抗體。在一個實施方案中，抗c-met抗體是抗體片段，例如單臂、fv、fab、fab’、scfv、雙抗體、或f(ab’)2片段。在另一個實施方案中，抗體是全長抗體，例如完整igg1或igg4抗體或其它抗體類或同種型，如本文中定義的。依照另一個實施方案中，抗體是雙特異性抗體。在一個實施方案中，雙特異性抗體包含上文所述hvr或包含上文所述vh和vl區(qū)。

在一些實施方案中，抗c-met抗體是單價的，而且包含下述各項：(a)第一多肽，其包含重鏈可變域(其具有序列：evqlvesggglvqpggslrlscaasgytftsywlhwvrqapgkglewvgmidpsnsdtrfnpnfkdrftisadtskntaylqmnslraedtavyycatyrsyvtpldywgqgtlvtvss(seqidno:7))、ch1序列、和第一fc多肽；(b)第二多肽，其包含輕鏈可變域(其具有序列：diqmtqspsslsasvgdrvtitckssqsllytssqknylawyqqkpgkapklliywastresgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqyyaypwtfgqgtkveikr(seqidno:8))、和cl1序列；和(c)第三多肽，其包含第二fc多肽。在一些實施方案中，第一多肽包含fc序列cppcpapellggpsvflfppkpkdtlmisrtpevtcvvvdvshedpevkfnwyvdgvevhnaktkpreeqynstyrvvsvltvlhqdwlngkeykckvsnkalpapiektiskakgqprepqvytlppsreemtknqvslscavkgfypsdiavewesngqpennykttppvldsdgsfflvskltvdksrwqqgnvfscsvmhealhnhytqkslslspgk(seqidno:9)，而第二多肽包含fc序列cppcpapellggpsvflfppkpkdtlmisrtpevtcvvvdvshedpevkfnwyvdgvevhnaktkpreeqynstyrvvsvltvlhqdwlngkeykckvsnkalpapiektiskakgqprepqvytlppsreemtknqvslwclvkgfypsdiavewesngqpennykttppvldsdgsfflyskltvdksrwqqgnvfscsvmhealhnhytqkslslspgk(seqidno:10)。

在另一些實施方案中，抗c-met抗體是單價的，而且包含：(a)第一多肽，其包含重鏈，所述多肽包含序列：evqlvesggglvqpggslrlscaasgytftsywlhwvrqapgkglewvgmidpsnsdtrfnpnfkdrftisadtskntaylqmnslraedtavyycatyrsyvtpldywgqgtlvtvssastkgpsvfplapsskstsggtaalgclvkdyfpepvtvswnsgaltsgvhtfpavlqssglyslssvvtvpssslgtqtyicnvnhkpsntkvdkkvepkscdkthtcppcpapellggpsvflfppkpkdtlmisrtpevtcvvvdvshedpevkfnwyvdgvevhnaktkpreeqynstyrvvsvltvlhqdwlngkeykckvsnkalpapiektiskakgqprepqvytlppsreemtknqvslscavkgfypsdiavewesngqpennykttppvldsdgsfflvskltvdksrwqqgnvfscsvmhealhnhytqkslslspgk(seqidno:11)；(b)第二多肽，其包含輕鏈，所述多肽包含序列diqmtqspsslsasvgdrvtitckssqsllytssqknylawyqqkpgkapklliywastresgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqyyaypwtfgqgtkveikrtvaapsvfifppsdeqlksgtasvvcllnnfypreakvqwkvdnalqsgnsqesvteqdskdstyslsstltlskadyekhkvyacevthqglsspvtksfnrgec(seqidno:12)；和第三多肽，其包含fc序列，所述多肽包含序列dkthtcppcpapellggpsvflfppkpkdtlmisrtpevtcvvvdvshedpevkfnwyvdgvevhnaktkpreeqynstyrvvsvltvlhqdwlngkeykckvsnkalpapiektiskakgqprepqvytlppsreemtknqvslwclvkgfypsdiavewesngqpennykttppvldsdgsfflyskltvdksrwqqgnvfscsvmhealhnhytqkslslspgk(seqidno:13)。

作為生成多特異性抗體和/或單臂抗體和/或免疫粘附素的方法，節(jié)入穴的使用是本領域公知的。參見美國專利no.5,731,168、pct公開no.wo2009089004、和美國專利公開no.20090182127。還可參見marvinandzhu,actapharmacologicasincia(2005)26(6):649-658及kontermann(2005)actapharmacol.sin.,26:1-9。在一個實施方案中，抗體包含構成“節(jié)”和“穴”的fc突變，如wo2005/063816中描述的。例如，穴突變可以是fc多肽中的t366a、l368a和/或y407v中的一項或多項，而空腔突變可以是fc多肽中的t366w。

本文中描述了且本領域知道適合用于本發(fā)明方法的其它抗c-met抗體。例如，wo05/016382中公開的抗c-met抗體(包括但不限于抗體13.3.2、9.1.2、8.70.2、8.90.3)；由以iclc編號pd03001保藏于cba(genoa)的雜交瘤細胞系生成或識別hgf受體β鏈胞外域上表位(所述表位與該單克隆抗體識別的表位相同)的抗c-met抗體；wo2007/126799中公開的抗c-met抗體(包括但不限于04536、05087、05088、05091、05092、04687、05097、05098、05100、05101、04541、05093、05094、04537、05102、05105、04696、04682)；wo2009/007427中公開的抗c-met抗體(包括但不限于于2007年3月14日以編號i-3731、于2007年3月14日以編號i-3732、于2007年7月6日以編號i-3786、于2007年3月14日以編號i-3724保藏于cncm(institutpasteur,paris,france)的抗體)；20110129481中公開的抗c-met抗體；us20110104176中公開的抗c-met抗體；wo2009/134776中公開的抗c-met抗體；wo2010/059654中公開的抗c-met抗體；wo2011020925中公開的抗c-met抗體(包括但不限于自于2008年3月12日以編號i-3949保藏于cncm(institutpasteur,paris,france)的雜交瘤和于2010年1月14日以編號i-4273保藏的雜交瘤分泌的抗體)。

在一些實施方案中，c-met拮抗劑是抗肝細胞生長因子(hgf)抗體，包括但不限于人源化抗hgf抗體tak701、rilotumumab、ficlatuzumab、和/或wo2007/143090中描述的人源化抗體2b8。在一些實施方案中，抗hgf抗體是us7718174b2中描述的抗hgf抗體。

在一些實施方案中，c-met拮抗劑是c-met小分子抑制劑。在一些實施方案中，c-met小分子抑制劑是選擇性c-met小分子抑制劑。

在一個實施方案中，c-met拮抗劑結(jié)合c-met胞外域。在一些實施方案中，c-met拮抗劑結(jié)合c-met激酶域。在一些實施方案中，c-met拮抗劑與hgf競爭c-met結(jié)合。在一些實施方案中，c-met拮抗劑與c-met競爭hgf結(jié)合。在一些實施方案中，c-met拮抗劑結(jié)合hgf。

在某些實施方案中，c-met拮抗劑是下述任一：sgx-523，crizotinib；jnj-38877605(casno.943540-75-8)，bms-698769，pha-665752(pfizer)，su5416，inc-280(incyte；su11274(sugen；[(3z)-n-(3-氯苯基)-3-({3,5-二甲基-4-[(4-甲基哌嗪-1-基)羰基]-1h-吡咯-2-基}亞甲基)-n-甲基-2-氧二氫吲哚-5-磺酰胺；casno.658084-23-2])，foretinib，mgcd-265(methylgene；mgcd-265靶向c-met、vegfr1、vegfr2、vegfr3、ron和tie-2受體；casno.875337-44-3)，tivantinib(arq197)，ly-2801653(lilly)，ly2875358(lilly)，mp-470，rilotumumab(amg102，抗hgf單克隆抗體)，抗體223c4或人源化抗體223c4(wo2009/007427)，人源化l2g7(人源化tak701；人源化抗hgf單克隆抗體)；emd1214063(mercksorono)，emd1204831(merckserono)，nk4，cabozantinib(carbozantinib是met和vegfr2的一種雙重抑制劑)，mp-470(supergen；是c-kit、met、pdgfr、flt3、和axl的一種抑制劑)，comp-1，ficlatuzumab(av-299；抗hgf單克隆抗體)，e7050(casno.1196681-49-8；e7050是一種雙重c-met和vegfr2抑制劑(esai)；mk-2461(merck；n-((2r)-1,4-二惡烷-2-基甲基)-n-甲基-n′-[3-(1-甲基-1h-吡唑-4-基)-5-氧-5h-苯并[4,5]環(huán)庚[1,2-b]吡啶-7-基]磺酰胺；casno.917879-39-1)；mk8066(merck)，pf4217903(pfizer)，amg208(amgen)，sgx-126，rp1040，ly2801653，amg458，emd637830，bay-853474，dp-3590。在某些實施方案中，c-met拮抗劑是crizotinib、tivantinib、carbozantinib、mgcd-265、ficlatuzumab、人源化tak-701、rilotumumab、foretinib、h224g11、dn-30、mk-2461、e7050、mk-8033、pf-4217903、amg208、jnj-38877605、emd1204831、inc-280、ly-2801653、sgx-126、rp1040、ly2801653、bay-853474,和/或la480中任一種或多種。在某些實施方案中，c-met拮抗劑是crizotinib、tivantinib、carbozantinib、mgcd-265、ficlatuzumab、人源化tak-701、rilotumumab、和/或foretinib中任一種或多種。

抗vegf抗體和拮抗劑

要用于生成vegf抗體的vegf抗原可以是例如vegf165分子以及vegf的其它同等型或其含有期望表位的片段。在一個實施方案中，期望表位是受到貝伐珠單抗識別的表位，貝伐珠單抗與由雜交瘤atcchb10709生成的單克隆抗vegf抗體a4.6.1結(jié)合相同表位(稱作本文中定義的“a.4.6.1表位”)?？捎糜谏杀景l(fā)明的抗vegf抗體的其它形式的vegf對于本領域技術人員會是顯而易見的。

人vegf首先是使用牛vegfcdna作為雜交探針篩選自人細胞制備的cdna文庫而獲得的。leung等(1989)science，246：1306。一種由此鑒定出的cdna編碼一種165個氨基酸的蛋白質(zhì)，其與牛vegf具有超過95％的同源性；此165個氨基酸的蛋白質(zhì)通常稱作人vegf(hvegf)或vegf165。人vegf的促有絲分裂活性通過在哺乳動物宿主細胞中表達人vegfcdna得到了驗證。由經(jīng)人vegfcdna轉(zhuǎn)染的細胞條件化的培養(yǎng)基促進毛細血管內(nèi)皮細胞增殖，而對照細胞不然。leung等(1989)science，見上文。進行進一步努力來經(jīng)重組dna技術克隆和表達vegf。(參見例如ferrara，laboratoryinvestigation72：615-618(1995)及其中引用的參考文獻)。

源自可變rna剪接，vegf在多種組織中作為多種同二聚體形式(每個單體121，145，165，189，和206個氨基酸)表達。vegf121是一種可溶性絲裂原，不結(jié)合肝素；更長形式的vegf以越來越高的親和力結(jié)合肝素。肝素結(jié)合形式的vegf可以在羧基末端被纖溶酶切割以釋放可擴散形式的vegf。纖溶酶切割后鑒定出的羧基末端肽的氨基酸測序是arg110-ala111。作為同二聚體分離到的氨基末端“核心”蛋白，vegf(1-110)以與完整vegf165同二聚體相比相似的親和力結(jié)合中和性單克隆抗體(諸如稱作4.6.1和3.2e3.1.1的抗體)和可溶性形式的vegf受體。

最近還鑒定出數(shù)種在結(jié)構上與vegf有關的分子，包括胎盤生長因子(pigf)，vegf-b，vegf-c，vegf-d和vegf-e。ferrara和davis-smyth(1987)endocr.rev.，見上文；ogawa等,j.biologicalchem.273：31273-31281(1998)；meyer等,emboj.，18：363-374(1999)。受體酪氨酸激酶flt-4(vegfr-3)鑒定為vegf-c和vegf-d的受體。joukov等,embo.j.15：1751(1996)；lee等,pnasusa93：1988-1992(1996)；achen等(1998)pnasusa95：548-553。vegf-c顯示出涉及對淋巴管發(fā)生的調(diào)節(jié)。jeltsch等,science276：1423-1425(1997)。

已經(jīng)鑒定出兩種vegf受體，即flt-1(也稱作vegfr-1)和kdr(也稱作vegfr-2)。shibuya等(1990)oncogene8：519-527；devries等(1992)science255：989-991；terman等(1992)biochem.biophys.res.commun.187：1579-1586。神經(jīng)氈蛋白-1顯示為選擇性vegf受體，能夠結(jié)合肝素結(jié)合性vegf同等型(soker等(1998)cell92：735-45)。

在本發(fā)明的方法中有用的抗vegf抗體包括任何抗體或其抗原結(jié)合片段，它們以足夠親和力和特異性結(jié)合vegf且能降低或抑制vegf的生物學活性?？箆egf抗體通常不會結(jié)合其它vegf同源物，諸如vegf-b或vegf-c，也不會結(jié)合其它生長因子，諸如plgf，pdgf，或bfgf。

在本發(fā)明的某些實施方案中，抗vegf抗體包括但不限于與由雜交瘤atcchb10709生成的單克隆抗vegf抗體a4.6.1；依照presta等(1997)cancerres.57：4593-4599生成的重組人源化抗vegf單克隆抗體結(jié)合相同表位的單克隆抗體。在一個實施方案中，抗vegf抗體是“貝伐珠單抗(bv)”，也稱作“rhumabvegf”或它包含經(jīng)過突變的人igg1框架區(qū)和來自小鼠抗hvegf單克隆抗體a.4.6.1的抗原結(jié)合互補決定區(qū)，阻斷人vegf結(jié)合其受體。貝伐珠單抗大約93％的氨基酸序列(包括大部分框架區(qū))是自人igg1衍生，而且約7％的序列是自小鼠抗體a4.6.1衍生的。

貝伐珠單抗是第一種得到fda批準的抗血管發(fā)生療法，而且批準用于治療轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(第一線和第二線治療，與基于靜脈內(nèi)5-fu的化療組合)，晚期非鱗狀，非小細胞肺癌(nsclc)(不可切除的，局部晚期，復發(fā)性或轉(zhuǎn)移性nsclc的一線治療，與卡鉑和帕利他賽組合)和轉(zhuǎn)移性her2陰性乳腺癌(先前未治療的，轉(zhuǎn)移性her2陰性乳腺癌，與帕利他賽組合)。

貝伐珠單抗和其它人源化抗vegf抗體進一步記載于2005年2月26日公告的美國專利no.6,884,879。別的抗體包括g6或b20系列抗體(例如g6-31，b20-4.1)，如記載于pct公開號wo2005/012359，pct公開號wo2005/044853，和美國專利申請60/991,302，通過援引明確將這些專利申請的內(nèi)容收入本文。對于別的抗體，參見美國專利no.7,060,269，6,582,959，6,703,020；6,054,297；wo98/45332；wo96/30046；wo94/10202；ep0666868b1；美國專利申請公開文本no.2006009360，20050186208，20030206899，20030190317，20030203409，和20050112126；和popkov等，journalofimmunologicalmethods288：149-164(2004)。其它抗體包括那些結(jié)合人vegf上包含殘基f17，m18，d19，y21，y25，q89，i91，k101，e103，和c104或者包含殘基f17，y21，q22，y25，d63，i83和q89的功能性表位的。

在本發(fā)明的一個實施方案中，抗vegf抗體具有包含下述氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)：diqmtqspsslsasvgdrvtitcsasqdisnylnwyqqkpgkapkvliyftsslhsgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqystvpwtfgqgtkveikr(seqidno:15)；和包含下述氨基酸序列的重鏈可變區(qū)：evqlvesggglvqpggslrlscaasgytftnygmnwvrqapgkglewvgwintytgeptyaadfkrrftfsldtskstaylqmnslraedtavyycakyphyygsshwyfdvwgqgtlvtvss(seqidno:14)。

依照本發(fā)明的“g6系列抗體”指自g6抗體的序列衍生的抗vegf抗體或依照pct公開文本no.wo2005/012359的圖7，24-26，和34-35之任一的g6衍生抗體，通過援引明確將其完整公開內(nèi)容收入本文。還可參見pct公開文本no.wo2005/044853，通過援引明確將其完整公開內(nèi)容收入本文。在一個實施方案中，g6系列抗體結(jié)合人vegf上的功能性表位，其包含殘基f17，y21，q22，y25，d63，i83和q89。

依照本發(fā)明的“b20系列抗體”指自b20抗體的序列衍生的抗vegf抗體或依照pct公開文本no.wo2005/012359的圖27-29之任一的b20衍生抗體，通過援引明確將其完整公開內(nèi)容收入本文。還可參見pct公開文本no.wo2005/044853和美國專利申請60/991,302，通過援引明確將這些專利申請的內(nèi)容收入本文。在一個實施方案中，b20系列抗體結(jié)合人vegf上的功能性表位，其包含殘基f17，m18，d19，y21，y25，q89，i91，k101，e103，和c104。

依照本發(fā)明的“功能性表位”指抗原中有力地促進抗體結(jié)合的氨基酸殘基?？乖胸暙I巨大的殘基中任一個的突變(例如，丙氨酸或同系物突變對野生型vegf的突變)會破壞抗體的結(jié)合，使得抗體的相對親和力比(ic50突變型vegf/ic50野生型vegf)會大于5(參見wo2005/012359的實施例2)。在一個實施方案中，相對親和力比是通過溶液結(jié)合噬菌體展示elisa測定的。簡言之，將96孔maxisorp免疫板(nunc)用fab形式的待測試抗體以pbs中2ug/ml的濃度于4℃包被過夜，并用pbs，0.5％bsa，和0.05％tween20(pbt)于室溫封閉2小時。首先將展示hvegf丙氨酸點突變體(殘基8-109形式)或野生型hvegf(8-109)的噬菌體在pbt中的連續(xù)稀釋液在fab包被的板上于室溫溫育15分鐘，并用pbs，0.05％tween20(pbst)清洗板。用在pbt中1:5000稀釋的抗m13單克隆抗體辣根過氧化物酶(amershampharmacia)綴合物檢測所結(jié)合的噬菌體，用3,3’,5,5’-四甲基聯(lián)苯胺(tmb,kirkegaard&perrylabs,gaithersburg,md.)底物顯色大約5分鐘，用1.0mh3po4淬滅，并以分光光度法于450nm讀數(shù)。ic50值的比(ic50,ala/ic50,wt)代表了結(jié)合親和力的降低倍數(shù)(相對結(jié)合親和力)。

vegf受體分子

兩種表征最全面的vegf受體是vegfr1(也稱作flt-1)和vegfr2(鼠同系物也稱作kdr和flk-1)。每一種受體對每一種vegf家族成員的特異性有所不同，但是vegf-a結(jié)合flt-1和kdr二者。flt-1和kdr都屬于受體酪氨酸激酶(rtk)家族。rtk包含具有多樣生物學活性的跨膜受體的大家族。鑒定出至少十九(19)個獨特rtk亞家族。受體酪氨酸激酶(rtk)家族包括對于多種細胞類型的生長和分化至關重要的受體(yarden和ullrich(1988)ann.rev.biochem.57：433-478；ullrich和schlessinger(1990)cell61：243-254)。rtk的內(nèi)在功能在配體結(jié)合后被活化，導致受體和多種細胞底物磷酸化，隨后導致多種細胞應答(ullrich和schlessinger(1990)cell61：203-212)。如此，受體酪氨酸激酶介導的信號轉(zhuǎn)導通過與特定生長因子(配體)的細胞外相互作用而啟動，通常接著是受體二聚化，刺激內(nèi)在蛋白質(zhì)酪氨酸激酶活性和受體轉(zhuǎn)磷酸。由此為細胞內(nèi)信號轉(zhuǎn)導分子創(chuàng)建結(jié)合位點，并導致與一系列細胞質(zhì)信號傳導分子的復合物形成，推動適宜細胞應答。(例如細胞分裂，分化，代謝影響，細胞外微環(huán)境的變化)參見schlessinger和ullrich(1992)neuron9：1-20。在結(jié)構上，flt-1和kdr都具有胞外域中的七個免疫球蛋白樣結(jié)構域，單個跨膜區(qū)，和被激酶插入域中斷的共有酪氨酸激酶序列。matthews等(1991)proc.natl.acad.sci.usa88：9026-9030；terman等(1991)oncogene6：1677-1683。胞外結(jié)構域涉及vegf結(jié)合，而胞內(nèi)結(jié)構域涉及信號轉(zhuǎn)導。

特異性結(jié)合vegf的vegf受體分子或其片段可以在本發(fā)明的方法中用于結(jié)合和隔絕vegf蛋白，由此阻止它發(fā)信號。在某些實施方案中，vegf受體分子或其vegf結(jié)合片段是可溶性形式，諸如sflt-1。受體的可溶性形式發(fā)揮對vegf蛋白生物學活性的抑制效應，其通過結(jié)合vegf，由此阻止它結(jié)合其在靶細胞表面上存在的天然受體來實現(xiàn)。還包括vegf受體融合蛋白，下文描述了它們的例子。

嵌合vegf受體蛋白指具有自至少兩種不同蛋白質(zhì)(其中至少一種是vegf受體蛋白，例如flt-1或kdr受體)衍生的氨基酸序列且能夠結(jié)合并抑制vegf生物學活性的受體分子。在某些實施方案中，本發(fā)明的嵌合vegf受體蛋白由自只有兩種不同vegf受體分子衍生的氨基酸序列組成；然而，可以將包含一個，兩個，三個，四個，五個，六個，或所有七個來自flt-1和/或kdr受體胞外配體結(jié)合區(qū)的ig樣結(jié)構域的氨基酸序列連接至來自其它無關蛋白質(zhì)的氨基酸序列，例如免疫球蛋白序列。與ig樣結(jié)構域組合的其它氨基酸序列對于本領域普通技術人員會是顯而易見的。嵌合vegf受體蛋白的例子包括例如可溶性flt-1/fc，kdr/fc，或flt1/kdr/fc(也稱作vegftrap)(參見例如pct申請公開文本no.wo97/44453)。

本發(fā)明的可溶性vegf受體蛋白或嵌合vegf受體蛋白包括沒有經(jīng)跨膜結(jié)構域而固定至細胞表面的vegf受體蛋白。因此，vegf受體(包括嵌合受體蛋白)的可溶性形式，雖然能夠結(jié)合并滅活vegf，但是不包含跨膜結(jié)構域，并如此一般不會變成與該分子在其中表達的細胞的細胞膜相結(jié)合。

在一個實施方案中，抗體(例如本文方法中使用的抗體)可摻入任何單一或組合特征，如下文1-6節(jié)描述的。

1.抗體片段

在某些實施方案中，本文中提供的抗體是抗體片段?？贵w片段包括但不限于fab、fab’、fab’-sh、f(ab’)2、fv、和scfv片段，單臂抗體，及下文所描述的其它片段。關于某些抗體片段的綜述，見hudson等,nat.med.9:129-134(2003)。關于scfv片段的綜述，見例如pluckthün,于thepharmacologyofmonoclonalantibodies,第113卷,rosenburg和moore編,(springer-verlag,newyork),第269-315頁(1994)；還可見wo93/16185；及美國專利no.5,571,894和5,587,458。關于包含補救受體結(jié)合表位殘基，并且具有延長的體內(nèi)半衰期的fab和f(ab’)2片段的討論，見美國專利no.5,869,046。

雙抗體是具有兩個抗原結(jié)合位點的抗體片段，其可以是二價的或雙特異性的。見例如ep404,097；wo1993/01161；hudson等,nat.med.9:129-134(2003)；及hollinger等,proc.natl.acad.sci.usa90:6444-6448(1993)。三抗體和四抗體也記載于hudson等,nat.med.9:129-134(2003)。

單域抗體是包含抗體的整個或部分重鏈可變域或整個或部分輕鏈可變域的抗體片段。在某些實施方案中，單域抗體是人單域抗體(domantis,inc.,waltham,ma；見例如美國專利no.6,248,516b1)。

單臂抗體(即重鏈可變域和輕鏈可變域形成單一抗原結(jié)合臂)公開于例如wo2005/063816；martensetal,clincancerres(2006),12:6144。對于需要拮抗功能且抗體二價性導致不想要的激動效應的病理狀況治療，單臂抗體(即包含單一抗原結(jié)合臂的抗體)的單價性狀導致和/或確?？贵w結(jié)合靶分子時的拮抗功能。另外，包含fc區(qū)的單臂抗體的特征在于與具有相似/基本上相同的抗原結(jié)合特征的fab形式相比卓越的藥動學屬性(諸如體內(nèi)降低的清除速率和/或延長的半衰期)，如此克服使用常規(guī)單價fab抗體的主要缺點。用于制備單臂抗體的技術包括但不限于“結(jié)入穴”工程(參見例如美國專利no.5,731,168)。奧奴珠單抗是單臂抗體的一個例子。

可以通過多種技術，包括但不限于對完整抗體的蛋白水解消化及重組宿主細胞(例如大腸桿菌或噬菌體)的生成來生成抗體片段，如本文中所描述的。

2.嵌合的和人源化的抗體

在某些實施方案中，本文中提供的抗體是嵌合抗體。某些嵌合抗體記載于例如美國專利no.4,816,567；及morrison等,proc.natl.acad.sci.usa,81:6851-6855(1984))。在一個例子中，嵌合抗體包含非人可變區(qū)(例如，自小鼠、大鼠、倉鼠、家兔、或非人靈長類，諸如猴衍生的可變區(qū))和人恒定區(qū)。在又一個例子中，嵌合抗體是“類轉(zhuǎn)換的”抗體，其中類或亞類已經(jīng)自親本抗體的類或亞類改變。嵌合抗體包括其抗原結(jié)合片段。

在某些實施方案中，嵌合抗體是人源化抗體。通常，將非人抗體人源化以降低對人的免疫原性，同時保留親本非人抗體的特異性和親和力。一般地，人源化抗體包含一個或多個可變域，其中hvr，例如cdr(或其部分)自非人抗體衍生，而fr(或其部分)自人抗體序列衍生。任選地，人源化抗體還會至少包含人恒定區(qū)的一部分。在一些實施方案中，將人源化抗體中的一些fr殘基用來自非人抗體(例如衍生hvr殘基的抗體)的相應殘基替代，例如以恢復或改善抗體特異性或親和力。

人源化抗體及其生成方法綜述于例如almagro和fransson,front.biosci.13:1619-1633(2008)，并且進一步記載于例如riechmann等,nature332:323-329(1988)；queen等,proc.nat’lacad.sci.usa86:10029-10033(1989)；美國專利no.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；kashmiri等,methods36:25-34(2005)(描述了sdr(a-cdr)嫁接)；padlan,mol.immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”)；dall’acqua等,methods36:43-60(2005)(描述了“fr改組”)；及osbourn等,methods36:61-68(2005)和klimka等,br.j.cancer,83:252-260(2000)(描述了fr改組的“引導選擇”方法)。

可以用于人源化的人框架區(qū)包括但不限于：使用“最佳擬合(best-fit)”方法選擇的框架區(qū)(見例如sims等,j.immunol.151:2296(1993))；自輕或重鏈可變區(qū)的特定亞組的人抗體的共有序列衍生的框架區(qū)(見例如carter等,proc.natl.acad.sci.usa,89:4285(1992)；及presta等,j.immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(體細胞突變的)框架區(qū)或人種系框架區(qū)(見例如almagro和fransson,front.biosci.13:1619-1633(2008))；和通過篩選fr文庫衍生的框架區(qū)(見例如baca等,j.biol.chem.272:10678-10684(1997)及rosok等,j.biol.chem.271:22611-22618(1996))。

3.人抗體

在某些實施方案中，本文中提供的抗體是人抗體?？梢允褂帽绢I域中已知的多種技術來生成人抗體。一般地，人抗體記載于vandijk和vandewinkel,curr.opin.pharmacol.5:368-74(2001)及l(fā)onberg,curr.opin.immunol.20:450-459(2008)。

可以通過對轉(zhuǎn)基因動物施用免疫原來制備人抗體，所述轉(zhuǎn)基因動物已經(jīng)修飾為響應抗原性攻擊而生成完整人抗體或具有人可變區(qū)的完整抗體。此類動物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替換內(nèi)源免疫球蛋白基因座，或者其在染色體外存在或隨機整合入動物的染色體中。在此類轉(zhuǎn)基因小鼠中，一般已經(jīng)將內(nèi)源免疫球蛋白基因座滅活。關于自轉(zhuǎn)基因動物獲得人抗體的方法的綜述，見lonberg,nat.biotech.23:1117-1125(2005)。還可見例如美國專利no.6,075,181和6,150,584，其描述了xenomouse^tm技術；美國專利no.5,770,429，其描述了技術；美國專利no.7,041,870，其描述了k-m技術，和美國專利申請公開文本no.us2007/0061900，其描述了技術)?？梢岳缤ㄟ^與不同人恒定區(qū)組合進一步修飾來自由此類動物生成的完整抗體的人可變區(qū)。

也可以通過基于雜交瘤的方法生成人抗體。已經(jīng)描述了用于生成人單克隆抗體的人骨髓瘤和小鼠-人異骨髓瘤細胞系(見例如kozborj.immunol.,133:3001(1984)；brodeur等,monoclonalantibodyproductiontechniquesandapplications,第51-63頁(marceldekker,inc.,newyork,1987)；及boerner等,j.immunol.,147:86(1991))。經(jīng)由人b細胞雜交瘤技術生成的人抗體也記載于li等,proc.natl.acad.sci.usa,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如記載于美國專利no.7,189,826(其描述了自雜交瘤細胞系生成單克隆人igm抗體)和ni,xiandaimianyixue,26(4):265-268(2006)(其描述了人-人雜交瘤)的。人雜交瘤技術(trioma技術)也記載于vollmers和brandlein,histologyandhistopathology,20(3):927-937(2005)及vollmers和brandlein,methodsandfindingsinexperimentalandclinicalpharmacology,27(3):185-91(2005)。

也可以通過分離自人衍生的噬菌體展示文庫選擇的fv克隆可變域序列生成人抗體。然后，可以將此類可變域序列與期望的人恒定域組合。下文描述了自抗體文庫選擇人抗體的技術。

4.文庫衍生的抗體

可以通過對組合文庫篩選具有期望的一種或多種活性的抗體來分離本發(fā)明的抗體。例如，用于生成噬菌體展示文庫并對此類文庫篩選擁有期望結(jié)合特征的抗體的多種方法是本領域中已知的。此類方法綜述于例如hoogenboom等,于methodsinmolecularbiology178:1-37(o’brien等編,humanpress,totowa,nj,2001)，并且進一步記載于例如mccafferty等,nature348:552-554；clackson等,nature352:624-628(1991)；marks等,j.mol.biol.222:581-597(1992)；marks和bradbury,于methodsinmolecularbiology248:161-175(lo編,humanpress,totowa,nj,2003)；sidhu等,j.mol.biol.338(2):299-310(2004)；lee等,j.mol.biol.340(5):1073-1093(2004)；fellouse,proc.natl.acad.sci.usa101(34):12467-12472(2004)；及l(fā)ee等,j.immunol.methods284(1-2):119-132(2004)。

在某些噬菌體展示方法中，將vh和vl基因的全集分別通過聚合酶鏈式反應(pcr)克隆，并在噬菌體文庫中隨機重組，然后可以對所述噬菌體文庫篩選抗原結(jié)合噬菌體，如記載于winter等,ann.rev.immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌體通常以單鏈fv(scfv)片段或以fab片段展示抗體片段。來自經(jīng)免疫的來源的文庫提供針對免疫原的高親和力抗體，而不需要構建雜交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在沒有任何免疫的情況中提供針對一大批非自身和還有自身抗原的抗體的單一來源，如由griffiths等,emboj,12:725-734(1993)描述的。最后，也可以通過自干細胞克隆未重排的v基因區(qū)段，并使用含有隨機序列的pcr引物編碼高度可變的cdr3區(qū)并在體外實現(xiàn)重排來合成生成未免疫文庫，如由hoogenboom和winter,j.mol.biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗體噬菌體文庫的專利公開文本包括例如：美國專利no.5,750,373、和美國專利公開文本no.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。

認為自人抗體文庫分離的抗體或抗體片段是本文中的人抗體或人抗體片段。

5.多特異性抗體

在某些實施方案中，本文中提供的抗體是多特異性抗體，例如雙特異性抗體。多特異性抗體是對至少兩個不同位點具有結(jié)合特異性的單克隆抗體。在某些實施方案中，結(jié)合特異性之一針對c-met，而另一種針對任何其它抗原。在某些實施方案中，雙特異性抗體可以結(jié)合c-met的兩個不同表位。也可以使用雙特異性抗體來將細胞毒劑定位于表達c-met的細胞。雙特異性抗體可以以全長抗體或抗體片段制備。

用于生成多特異性抗體的技術包括但不限于具有不同特異性的兩對免疫球蛋白重鏈-輕鏈對的重組共表達(見milstein和cuello,nature305:537(1983)、wo93/08829、和traunecker等,emboj.10:3655(1991))、和“突起-入-空穴”工程化(見例如美國專利no.5,731,168)。也可以通過用于生成抗體fc-異二聚體分子的工程化靜電操縱效應(wo2009/089004a1)；交聯(lián)兩個或更多個抗體或片段(見例如美國專利no.4,676,980,及brennan等,science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉鏈來生成雙特異性抗體(見例如kostelny等,j.immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成雙特異性抗體片段的“雙抗體”技術(見例如hollinger等,proc.natl.acad.sci.usa,90:6444-6448(1993))；及使用單鏈fv(sfv)二聚體(見例如gruber等,j.immunol.,152:5368(1994))；及如例如tutt等,j.immunol.,147:60(1991)中所描述的，制備三特異性抗體來生成多特異性抗體。

本文中還包括具有三個或更多個功能性抗原結(jié)合位點的工程化改造抗體，包括“章魚抗體”(見例如us2006/0025576a1)。

本文中的抗體或片段還包括包含結(jié)合c-met及另一種不同抗原(諸如egfr)的抗原結(jié)合位點的“雙重作用fab”或“daf”(見例如us2008/0069820)。

6.抗體變體

在某些實施方案中，涵蓋本文中提供的抗體的氨基酸序列變體。例如，可以期望改善抗體的結(jié)合親和力和/或其它生物學特性?？梢酝ㄟ^將合適的修飾引入編碼抗體的核苷酸序列中，或者通過肽合成來制備抗體的氨基酸序列變體。此類修飾包括例如對抗體的氨基酸序列內(nèi)的殘基的刪除、和/或插入和/或替代?？梢赃M行刪除、插入、和替代的任何組合以得到最終的構建體，只要最終的構建體擁有期望的特征，例如，抗原結(jié)合。

在某些實施方案中，提供了具有一處或多處氨基酸替代的抗體變體。替代誘變感興趣的位點包括hvr和fr。可以將氨基酸替代引入感興趣的抗體中，并且對產(chǎn)物篩選期望的活性，例如保留/改善的抗原結(jié)合、降低的免疫原性、或改善的adcc或cdc。

一類替代變體牽涉替代親本抗體(例如人源化或人抗體)的一個或多個高變區(qū)殘基。一般地，為進一步研究選擇的所得變體相對于親本抗體會具有某些生物學特性的改變(例如改善)(例如升高的親和力、降低的免疫原性)和/或會基本上保留親本抗體的某些生物學特性。例示性的替代變體是親和力成熟的抗體，其可以例如使用基于噬菌體展示的親和力成熟技術諸如本文中所描述的那些技術來方便地生成。簡言之，將一個或多個hvr殘基突變，并將變體抗體在噬菌體上展示，并對其篩選特定的生物學活性(例如結(jié)合親和力)。

氨基酸序列插入包括長度范圍為1個殘基至含有100或更多個殘基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及單個或多個氨基酸殘基的序列內(nèi)插入。末端插入的例子包括具有n端甲硫氨酰基殘基的抗體。抗體分子的其它插入變體包括抗體的n或c端與酶(例如對于adept)或延長抗體的血清半衰期的多肽的融合物。

在某些實施方案中，改變本文中提供的抗體以提高或降低抗體糖基化的程度?？梢酝ㄟ^改變氨基酸序列，使得創(chuàng)建或消除一個或多個糖基化位點來方便地實現(xiàn)對抗體的糖基化位點的添加或刪除。

在抗體包含fc區(qū)的情況中，可以改變其附著的碳水化合物。由哺乳動物細胞生成的天然抗體通常包含分支的、雙觸角寡糖，其一般通過n連接附著于fc區(qū)的ch2域的asn297。見例如wright等,tibtech15:26-32(1997)。寡糖可以包括各種碳水化合物，例如，甘露糖、n-乙酰葡糖胺(glcnac)、半乳糖、和唾液酸，以及附著于雙觸角寡糖結(jié)構“主干”中的glcnac的巖藻糖。在一些實施方案中，可以對本發(fā)明抗體中的寡糖進行修飾以創(chuàng)建具有某些改善的特性的抗體變體。

在一個實施方案中，提供了抗體變體，其具有缺乏附著(直接或間接)于fc區(qū)的巖藻糖的碳水化合物結(jié)構。例如，此類抗體中的巖藻糖量可以是1％至80％、1％至65％、5％至65％或20％至40％。通過相對于附著于asn297的所有糖結(jié)構(例如，復合的、雜合的和高甘露糖的結(jié)構)的總和，計算asn297處糖鏈內(nèi)巖藻糖的平均量來測定巖藻糖量，如通過maldi-tof質(zhì)譜術測量的，例如如記載于wo2008/077546的。asn297指位于fc區(qū)中的約第297位(fc區(qū)殘基的eu編號方式)的天冬酰胺殘基；然而，asn297也可以由于抗體中的微小序列變異而位于第297位上游或下游約±3個氨基酸，即在第294位和第300位之間。此類巖藻糖基化變體可以具有改善的adcc功能。見例如美國專利公開文本no.us2003/0157108(presta,l.)；us2004/0093621(kyowahakkokogyoco.,ltd)。涉及“脫巖藻糖基化的”或“巖藻糖缺乏的”抗體變體的出版物的例子包括：us2003/0157108；wo2000/61739；wo2001/29246；us2003/0115614；us2002/0164328；us2004/0093621；us2004/0132140；us2004/0110704；us2004/0110282；us2004/0109865；wo2003/085119；wo2003/084570；wo2005/035586；wo2005/035778；wo2005/053742；wo2002/031140；okazaki等,j.mol.biol.336:1239-1249(2004)；yamane-ohnuki等,biotech.bioeng.87:614(2004)。能夠生成脫巖藻糖基化抗體的細胞系的例子包括蛋白質(zhì)巖藻糖基化缺陷的lec13cho細胞(ripka等,arch.biochem.biophys.249:533-545(1986)；美國專利申請nous2003/0157108a1,presta,l；及wo2004/056312a1,adams等，尤其在實施例11)，和敲除細胞系，諸如α-1,6-巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶基因fut8敲除cho細胞(見例如yamane-ohnuki等,biotech.bioeng.87:614(2004)；kanda,y.等,biotechnol.bioeng.,94(4):680-688(2006)；及wo2003/085107)。

進一步提供了具有兩分型寡糖的抗體變體，例如其中附著于抗體fc區(qū)的雙觸角寡糖是通過glcnac兩分的。此類抗體變體可以具有降低的巖藻糖基化和/或改善的adcc功能。此類抗體變體的例子記載于例如wo2003/011878(jean-mairet等)；美國專利no.6,602,684(umana等)；及us2005/0123546(umana等)。還提供了在附著于fc區(qū)的寡糖中具有至少一個半乳糖殘基的抗體變體。此類抗體變體可以具有改善的cdc功能。此類抗體變體記載于例如wo1997/30087(patel等)；wo1998/58964(raju,s.)；及wo1999/22764(raju,s.)。

在某些實施方案中，可以將一處或多處氨基酸修飾引入本文中提供的抗體的fc區(qū)中，由此生成fc區(qū)變體。fc區(qū)變體可以包含在一個或多個氨基酸位置包含氨基酸修飾(例如替代)的人fc區(qū)序列(例如，人igg1、igg2、igg3或igg4fc區(qū))。

在某些實施方案中，本發(fā)明涵蓋擁有一些但不是所有效應器功能的抗體變體，所述效應器功能使其成為如下應用的期望候選物，其中抗體的體內(nèi)半衰期是重要的，而某些效應器功能(諸如補體和adcc)是不必要的或有害的。

具有降低的效應器功能的抗體包括那些具有fc區(qū)殘基238,265,269,270,297,327和329中的一個或多個的替代的(美國專利no.6,737,056)。此類fc突變體包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的兩處或更多處具有替代的fc突變體，包括殘基265和297替代成丙氨酸的所謂的“dana”fc突變體(美國專利no.7,332,581)。

描述了具有改善的或降低的對fcr的結(jié)合的某些抗體變體(見例如美國專利no.6,737,056；wo2004/056312，及shields等,j.biol.chem.9(2):6591-6604(2001))。

在某些實施方案中，抗體變體包含具有改善adcc的一處或多處氨基酸替代，例如fc區(qū)的位置298、333、和/或334(殘基的eu編號方式)的替代的fc區(qū)。

在一些實施方案中，對fc區(qū)做出改變，其導致改變的(即，改善的或降低的)c1q結(jié)合和/或補體依賴性細胞毒性(cdc)，例如，如記載于美國專利no.6,194,551、wo99/51642、及idusogie等,j.immunol.164:4178-4184(2000)的。

具有延長的半衰期和改善的對新生兒fc受體(fcrn)的結(jié)合的抗體記載于us2005/0014934a1(hinton等)，新生兒fc受體(fcrn)負責將母體igg轉(zhuǎn)移至胎兒(guyer等,j.immunol.117:587(1976)及kim等,j.immunol.24:249(1994))。那些抗體包含其中具有改善fc區(qū)對fcrn結(jié)合的一處或多處替代的fc區(qū)。此類fc變體包括那些在fc區(qū)殘基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一處或多處具有替代，例如，fc區(qū)殘基434的替代的(美國專利no.7,371,826)。

還可見duncan和winter,nature322:738-40(1988)；美國專利no.5,648,260；美國專利no.5,624,821；及wo94/29351，其關注fc區(qū)變體的其它例子。

在某些實施方案中，可以期望創(chuàng)建經(jīng)半胱氨酸工程化改造的抗體，例如，“thiomab”，其中抗體的一個或多個殘基用半胱氨酸殘基替代。在具體的實施方案中，替代的殘基存在于抗體的可接近位點。通過用半胱氨酸替代那些殘基，反應性硫醇基團由此定位于抗體的可接近位點，并且可以用于將抗體與其它模塊，諸如藥物模塊或接頭-藥物模塊綴合，以創(chuàng)建免疫綴合物，如本文中進一步描述的。在某些實施方案中，可以用半胱氨酸替代下列殘基之任一個或多個：輕鏈的v205(kabat編號方式)；重鏈的a118(eu編號方式)；和重鏈fc區(qū)的s400(eu編號方式)?？梢匀缋缑绹鴮＠鹡o.7,521,541所述生成經(jīng)半胱氨酸工程化改造的抗體。

在某些實施方案中，可以進一步修飾本文中提供的抗體以含有本領域知道的且易于獲得的額外非蛋白質(zhì)性質(zhì)模塊。適合于抗體衍生化的模塊包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(peg)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纖維素、右旋糖苷、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊環(huán)、聚-1,3,6-三口惡烷、乙烯/馬來酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或隨機共聚物)、和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、環(huán)氧丙烷/環(huán)氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的穩(wěn)定性，聚乙二醇丙醛在生產(chǎn)中可能具有優(yōu)勢。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附著到抗體上的聚合物數(shù)目可以變化，而且如果附著了超過一個聚合物，那么它們可以是相同或不同的分子。一般而言，可根據(jù)下列考慮來確定用于衍生化的聚合物的數(shù)目和/或類型，包括但不限于抗體要改進的具體特性或功能、抗體衍生物是否將用于指定條件下的治療等。

在另一個實施方案中，提供了抗體和可以通過暴露于輻射選擇性加熱的非蛋白質(zhì)性質(zhì)模塊的綴合物。在一個實施方案中，非蛋白質(zhì)性質(zhì)模塊是碳納米管(kam等,proc.natl.acad.sci.usa102:11600-11605(2005))。輻射可以是任何波長的，并且包括但不限于對普通細胞沒有損害，但是將非蛋白質(zhì)性質(zhì)模塊加熱至抗體-非蛋白質(zhì)性質(zhì)模塊附近的細胞被殺死的溫度的波長。

在一個實施方案中，藥物是包含與一種或多種細胞毒劑，諸如化學治療劑或藥物、生長抑制劑、毒素(例如，蛋白質(zhì)毒素、細菌、真菌、植物、或動物起源的酶活性毒素、或其片段)、或放射性同位素綴合的抗體(諸如c-met抗體)的免疫綴合物。

在一個實施方案中，免疫綴合物是抗體-藥物綴合物(adc)，其中抗體與一種或多種藥物綴合，包括但不限于美登木素生物堿(見美國專利no.5,208,020、5,416,064和歐洲專利ep0425235b1)；auristatin諸如單甲基auristatin藥物模塊de和df(mmae和mmaf)(見美國專利no.5,635,483和5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利車霉素(calicheamicin)或其衍生物(見美國專利no.5,712,374,5,714,586,5,739,116,5,767,285,5,770,701,5,770,710,5,773,001和5,877,296；hinman等,cancerres.53:3336-3342(1993)；及l(fā)ode等,cancerres.58:2925-2928(1998))；蒽環(huán)類抗生素諸如道諾霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(見kratz等,currentmed.chem.13:477-523(2006)；jeffrey等,bioorganic&med.chem.letters16:358-362(2006)；torgov等,bioconj.chem.16:717-721(2005)；nagy等,proc.natl.acad.sci.usa97:829-834(2000)；dubowchik等,bioorg.&med.chem.letters12:1529-1532(2002)；king等,j.med.chem.45:4336-4343(2002)；及美國專利no.6,630,579)；甲氨蝶呤；長春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)諸如多西他賽(docetaxel)、帕利他塞、larotaxel、tesetaxel、和ortataxel；單端孢霉素(trichothecene)；和cc1065。

在另一個實施方案中，免疫綴合物包含與酶活性毒素或其片段綴合的如本文中所描述的抗體，所述酶活性毒素包括但不限于白喉a鏈、白喉毒素的非結(jié)合活性片段、外毒素a鏈(來自銅綠假單胞菌(pseudomonasaeruginosa))、蓖麻毒蛋白(ricin)a鏈、相思豆毒蛋白(abrin)a鏈、蒴蓮根毒蛋白(modeccin)a鏈、α-帚曲霉素(sarcin)、油桐(aleutitesfordii)毒蛋白、香石竹(dianthin)毒蛋白、美洲商陸(phytolacaamericana)蛋白(papi、papii和pap-s)、苦瓜(momordicacharantia)抑制物、麻瘋樹毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonariaofficinalis)抑制劑、白樹毒蛋白(gelonin)、絲林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依諾霉素(enomycin)和單端孢菌素(trichothecenes)。

在另一個實施方案中，免疫綴合物包含與放射性原子綴合以形成放射性綴合物的如本文中所描述的抗體。多種放射性同位素可用于生成放射性綴合物。例子包括at²¹¹、i¹³¹、i¹²⁵、y⁹⁰、re¹⁸⁶、re¹⁸⁸、sm¹⁵³、bi²¹²、p³²、pb²¹²和lu的放射性同位素。在使用放射性綴合物進行檢測時，它可以包含供閃爍法研究用的放射性原子，例如tc⁹⁹m或i¹²³，或供核磁共振(nmr)成像(又稱為磁共振成像，mri)用的自旋標記物，諸如再一次的碘-123、碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、釓、錳或鐵。

可以使用多種雙功能蛋白質(zhì)偶聯(lián)劑來生成抗體和細胞毒劑的綴合物，諸如n-琥珀酰亞氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(spdp)，琥珀酰亞氨基-4-(n-馬來酰亞氨基甲基)環(huán)己烷-1-羧酸酯(smcc)，亞氨基硫烷(it)，亞氨酸酯(諸如鹽酸己二酰亞氨酸二甲酯)、活性酯類(諸如辛二酸二琥珀酰亞氨基酯)、醛類(諸如戊二醛)、雙疊氮化合物(諸如雙(對-疊氮苯甲酰基)己二胺)、雙重氮衍生物(諸如雙(對-重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二異硫氰酸酯(諸如甲苯2,6-二異氰酸酯)、和雙活性氟化合物(諸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的雙功能衍生物。例如，可以如vitetta等,science238:1098(1987)中所述制備蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14標記的1-異硫氰酸芐基-3-甲基二亞乙基三胺五乙酸(mx-dtpa)是用于將放射性核苷酸與抗體綴合的例示性螯合劑。參見wo94/11026。接頭可以是便于在細胞中釋放細胞毒性藥物的“可切割接頭”。例如，可使用酸不穩(wěn)定接頭、肽酶敏感性接頭、光不穩(wěn)定接頭、二甲基接頭或含二硫化物接頭(chari等,cancerres52:127-131(1992)；美國專利no.5,208,020)。

本文中的免疫綴合物或adc明確涵蓋，但不限于用交聯(lián)試劑制備的此類綴合物，所述交聯(lián)試劑包括但不限于bmps、emcs、gmbs、hbvs、lc-smcc、mbs、mpbh、sbap、sia、siab、smcc、smpb、smph、sulfo-emcs、sulfo-gmbs、sulfo-kmus、sulfo-mbs、sulfo-siab、sulfo-smcc、和sulfo-smpb，及svsb(琥珀酰亞氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它們是商品化的(例如，來自piercebiotechnology,inc.,rockford,il.,u.s.a)。

結(jié)合測定法和其它測定法

一方面，對抗體測試其抗原結(jié)合活性，例如通過已知的方法諸如elisa，western印跡，等來進行。

另一方面，可使用競爭測定法來鑒定與包含包含氨基酸序列seqidno：1的hvr-l1；包含氨基酸序列seqidno：2的hvr-l2；包含氨基酸序列seqidno：3的hvr-l3；包含氨基酸序列seqidno：4的hvr-h1；包含氨基酸序列seqidno：5的hvr-h2；和包含氨基酸序列seqidno：6的hvr-h3的抗c-met抗體和/或包含vh序列seqidno:7和vl序列seqidno:8的抗c-met抗體競爭對人c-met的結(jié)合的抗體。在一些實施方案中，可以使用此類競爭測定法來鑒定與奧奴珠單抗競爭對人c-met的結(jié)合的抗體。

用于定位拮抗劑(例如抗體)結(jié)合的表位的例示性方法是本領域公知的。參見例如merchant,m.etal,pnas(2013)110(32):e2987–e2996,andmorris(1996)“epitopemappingprotocols,”inmethodsinmolecularbiologyvol.66(humanapress,totowa,nj)。例如，可以對藥劑篩選結(jié)合人c-met或其片段和改變形式的c-met或其片段(其中結(jié)合位點上的氨基酸殘基是改變的)的能力二者。如果c-met拮抗劑對改變形式的c-met的結(jié)合與人c-met或其片段相比降低(例如顯著降低)，那么它測定為結(jié)合人c-met或其片段。針對改變形式的c-met或其片段的結(jié)合測定法可以與針對人c-met或其片段的結(jié)合測定法同時進行，例如作為高通量篩選背景中的反篩選(counter-screen)。或者，針對改變形式的c-met的結(jié)合測定法可以在該藥劑已經(jīng)鑒定/確認為結(jié)合人c-met或其片段之后進行。在一些實施方案中，該方法包括：比較a)c-met拮抗劑(例如c-met抗體)對人c-met或其片段的結(jié)合與b)c-met拮抗劑對包含q328，r331，l337，和n338中至少一個氨基酸殘基(包括例如至少2，3，或4個氨基酸殘基)改變的改變形式的c-met或其片段的結(jié)合，其中選擇對人c-met或其片段展現(xiàn)比對改變形式更大的結(jié)合親和力的c-met拮抗劑作為選擇性結(jié)合人c-met上包含在改變形式中改變的此類氨基酸殘基的結(jié)合位點的c-met拮抗劑。

iii.診斷方法

一方面，本發(fā)明提供診斷方法，例如用于鑒定有可能響應用c-met拮抗劑治療的癌癥患者。在一些實施方案中，該c-met拮抗劑是抗c-met抗體。在一些實施方案中，該抗c-met抗體是奧奴珠單抗。

提供的是將具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者鑒定為有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是將具有間皮瘤(例如先前治療過的間皮瘤)的患者鑒定為有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是將具有胃癌(例如先前治療過的胃癌)的患者鑒定為有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是將具有腎細胞癌(例如先前治療過的腎細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是將具有肝細胞癌(例如先前治療過的肝細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

一方面，本發(fā)明提供診斷方法，例如用于鑒定有可能響應用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)治療的癌癥患者。

提供的是將具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者鑒定為有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇該包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是將具有間皮瘤(例如先前治療過的間皮瘤)的患者為鑒定有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇該包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是將具有胃癌(例如先前治療過的胃癌)的患者為鑒定有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇該包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是將具有腎細胞癌(例如先前治療過的腎細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇該包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是將具有肝細胞癌(例如先前治療過的肝細胞癌)的患者鑒定為有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法的方法，該方法包括：(i)測量來自該患者的樣品中hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比)；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者鑒定為更有可能響應包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇該包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供癌癥診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的癌癥。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供癌癥診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的癌癥。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供成膠質(zhì)細胞瘤診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的成膠質(zhì)細胞瘤。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供成膠質(zhì)細胞瘤診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的成膠質(zhì)細胞瘤。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供間皮瘤診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的間皮瘤。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供間皮瘤診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的間皮瘤。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供胃癌診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的胃癌。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供胃癌診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的胃癌。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供腎細胞癌診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的腎細胞癌。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供腎細胞癌診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的腎細胞癌。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供肝細胞癌診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的肝細胞癌。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法或推薦包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是提供肝細胞癌診斷的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時將該患者診斷為具有包含高hgf生物標志物的肝細胞癌。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)為該患者選擇包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法或推薦包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含(a)c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和(b)抗vegf抗體(例如貝伐珠單抗)的療法治療該患者。

提供的是對患者推薦治療的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時推薦用c-met拮抗劑(任選用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合)治療。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該療法包含與vegf拮抗劑組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。

提供的是對成膠質(zhì)細胞瘤患者推薦治療的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時推薦用c-met拮抗劑(任選用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合)治療。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該療法包含與vegf拮抗劑組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。

提供的是對間皮瘤患者推薦治療的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時推薦用c-met拮抗劑(任選用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合)治療。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該療法包含與vegf拮抗劑組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。

提供的是對胃癌患者推薦治療的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時推薦用c-met拮抗劑(任選用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合)治療。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該療法包含與vegf拮抗劑組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。

提供的是對腎細胞癌患者推薦治療的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時推薦用c-met拮抗劑(任選用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合)治療。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法是體外方法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該療法包含與vegf拮抗劑組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。

提供的是對肝細胞癌患者推薦治療的方法，其包括：(i)測量來自該患者的樣品中的hgf生物標志物(例如hgf的水平或存在或缺失或流行度(例如表達hgfmrna的細胞的百分比))；(ii)在該樣品具有高hgf生物標志物表達時推薦用c-met拮抗劑(任選用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑的組合)治療。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iii)選擇包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法。在一些實施方案中，該方法進一步包括(iv)用包含c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)的療法治療該患者。在一些實施方案中，該療法包含任選與第二癌癥藥物組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該療法包含與vegf拮抗劑組合的c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)。在一些實施方案中，該方法是體外方法。

在本文中提供的任何發(fā)明的一些實施方案中，樣品是在用c-met拮抗劑治療之前獲得的。在本文中提供的任何發(fā)明的一些實施方案中，樣品是在用vegf拮抗劑治療之前獲得的。在本文中提供的任何發(fā)明的一些實施方案中，樣品是在用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑治療之前獲得的。在一些實施方案中，樣品是在用癌癥藥物治療之前獲得的。在一些實施方案中，樣品是在癌癥已經(jīng)轉(zhuǎn)移之后獲得的。在一些實施方案中，樣品是福爾馬林固定和石蠟包埋的(ffpe)。在一些實施方案中，對第一樣品測試hgf表達(例如使用ish或pcr)。在一些實施方案中，樣品是活檢(例如芯活檢)，手術標本(例如來自手術切除的標本)，或細針吸出物的。

對來自患者的樣品測試本文中一種或多種生物標志物的表達。組織或細胞樣品的來源可以是固體組織，如來自新鮮的，冷凍的和/或保存的器官或組織樣品或活檢或吸出物(包括但不限于細針吸出物)；血液或任何血液組分；體液，諸如腦脊液、羊膜液(羊水)、腹膜液(腹水)、支氣管灌洗液、胸膜液(胸水)、痰液、或間隙液；來自受試者的妊娠或發(fā)育任何時間的細胞。組織樣品可能包含在自然界中天然不與組織混雜的化合物，諸如防腐劑、抗凝劑、緩沖劑、固定劑、營養(yǎng)物、抗生素、等等。本文中腫瘤樣品的例子包括但不限于腫瘤活檢、腫瘤細胞、血清、血漿、循環(huán)中的血漿蛋白質(zhì)、腹水、衍生自腫瘤或展現(xiàn)出腫瘤樣特性的原代細胞培養(yǎng)物或細胞系，支氣管灌洗液，胸膜液(胸水)，痰液，腦脊液，尿液，以及保存的腫瘤樣品，諸如福爾馬林固定、石蠟包埋的腫瘤樣品(包括但不限于福爾馬林固定的石蠟包埋的細針吸出物樣品)或冷凍的腫瘤樣品。在一個實施方案中，患者樣品為福爾馬林固定、石蠟包埋(ffpe)的腫瘤樣品(例如成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品，間皮瘤腫瘤樣品，或胃癌腫瘤樣品)。在一個實施方案中，患者樣品是活檢(例如針活檢)。在一個實施方案中，患者樣品是來自細針吸出物的福爾馬林固定的石蠟包埋的樣品。在一個實施方案中，樣品是來自芯活檢(例如成膠質(zhì)細胞瘤芯活檢，間皮瘤芯活檢，胃癌芯活檢，或腎細胞癌芯活檢)的ffpe腫瘤樣品。在一個實施方案中，患者樣品是手術切除樣品?？梢栽谟冒┌Y藥物(諸如抗c-met拮抗劑)治療患者之前或期間獲得樣品?？梢栽谟冒┌Y藥物治療患者之前或期間獲得樣品?？梢宰栽l(fā)性腫瘤或自轉(zhuǎn)移性腫瘤獲得樣品?？梢栽诘谝淮卧\斷癌癥時或者例如在腫瘤已經(jīng)轉(zhuǎn)移之后獲得樣品。腫瘤樣品可以包括癌細胞，淋巴細胞，白細胞，基質(zhì)，血管，結(jié)締組織，基底層，和與腫瘤有關的任何其它細胞類型。在一些實施方案中，腫瘤樣品是肺，淋巴結(jié)，胃，肝，腦，或腎的。在一些實施方案中，對腫瘤進行宏觀解剖，例如為了自成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品去除形態(tài)上正常的腦組織。在一些實施方案中，宏觀解剖的成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤樣品包含良性基質(zhì)細胞(例如反應性星形細胞，膠質(zhì)細胞，周細胞和/或內(nèi)皮細胞)。在一些實施方案中，對腫瘤進行宏觀解剖，例如為了自間皮瘤腫瘤樣品去除形態(tài)上正常的間皮組織。在一些實施方案中，宏觀解剖的間皮瘤腫瘤樣品包含良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，對腫瘤進行宏觀解剖，例如為了自胃癌腫瘤樣品去除形態(tài)上正常的胃組織。在一些實施方案中，宏觀解剖的胃癌腫瘤樣品包含良性基質(zhì)細胞(例如成纖維細胞，巨噬細胞和/或內(nèi)皮細胞)。在一些實施方案中，對腫瘤進行宏觀解剖，例如為了自腎細胞癌腫瘤樣品去除形態(tài)上正常的腎組織。在一些實施方案中，宏觀解剖的腎細胞癌腫瘤樣品包含良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，對腫瘤進行宏觀解剖，例如為了自肝細胞癌腫瘤樣品去除形態(tài)上正常的肝組織。在一些實施方案中，宏觀解剖的肝細胞癌腫瘤樣品包含良性基質(zhì)細胞。

展示hgfmrna表達的癌癥或生物學樣品指在診斷性測試中表達(包括過表達)hgfmrna的癌癥或生物學樣品。展示hgfmrna表達的成膠質(zhì)細胞瘤樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)hgfmrna的成膠質(zhì)細胞瘤樣品。在一些實施方案中，成膠質(zhì)細胞瘤樣品包括腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。展示hgfmrna表達的間皮瘤樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)hgfmrna的間皮瘤樣品。在一些實施方案中，間皮瘤樣品包括腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。展示hgfmrna表達的胃癌樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)hgfmrna的胃癌樣品。在一些實施方案中，胃癌樣品包括腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。展示hgfmrna表達的腎細胞癌樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)hgfmrna的腎細胞癌樣品。在一些實施方案中，腎細胞癌樣品包括腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。展示hgfmrna表達的肝細胞癌樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)hgfmrna的肝細胞癌樣品。在一些實施方案中，肝細胞癌樣品包括腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。展示hgfmrna表達的肉瘤樣品指在診斷測試中表達(包括過表達)hgfmrna的肉瘤樣品。在一些實施方案中，肉瘤樣品包括腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。

展示c-met擴增的癌癥或生物學樣品指在診斷測試中具有擴增的c-met基因的癌癥或生物學樣品。在一些實施方案中，擴增的c-met基因是平均(在細胞群體中)大于或等于4或更多個拷貝的c-met基因，5或更多個拷貝的c-met基因，或平均8或更多個拷貝的c-met基因，或更多，諸如10或更多，12或更多，15或更多或20或更多個拷貝的c-met基因。

用于測定基因擴增、蛋白質(zhì)、或mrna表達的各種方法包括但不限于基因表達序型分析、聚合酶鏈式反應(pcr)(包括定量實時pcr(qrt-pcr))、逆轉(zhuǎn)錄酶定量pcr(rt-qpcr)、rna-seq、fish、cish、微陣列分析、基因表達連續(xù)分析(sage)、massarray、蛋白質(zhì)組學、免疫組織化學(ihc)、northern和southern印跡分析、原位雜交(例如單一或多重核酸原位雜交技術諸如advancedcelldiagnostic的rnascope技術)，rna酶保護測定法，和微陣列(例如illuminabeadarray^tm技術；用于檢測基因表達的珠陣列(badge))。還可以通過基于聚合酶鏈式反應(pcr)的測定法，例如定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)，和逆轉(zhuǎn)錄酶定量pcr(rt-qpcr)來測量生物標志物。其它基于擴增的方法包括例如轉(zhuǎn)錄物介導的擴增(tma)，鏈置換擴增(sda)，基于核酸序列的擴增(nasba)，和信號放大方法諸如bdna。還可以通過例如nanostringncounter和高覆蓋率表達序型分析(hicep)來測量核酸生物標志物?？梢允褂酶鞣N技術諸如微芯片，熒光極化測定法，測序，和基質(zhì)輔助激光解吸離子化(maldi)質(zhì)譜術來實施對擴增的核酸序列的分析。在一些實施方案中，通過測序來分析擴增的核酸。在一些實施方案中，對核酸表達進行測量和/或定量。在一些實施方案中，對蛋白質(zhì)表達進行測量和/或定量。

現(xiàn)在會更加詳細地描述用于測定生物標志物表達的多種例示性方法。

pcr測定法是本領域公知的，包括但不限于實時pcr(rt-pcr)測定法諸如定量pcr測定法，包括逆轉(zhuǎn)錄酶定量pcr(rt-qpcr)。用于實施定量pcr測定法的平臺包括：fluidigm(例如biomark^tmhd系統(tǒng))，rochemolecularsystem(例如cobas4800系統(tǒng))。

在一個實施方案中，使用如下方法來檢測hgf核酸(例如hgfmrna)，該方法包括(a)使用至少一種引物通過逆轉(zhuǎn)錄自樣品生成cdna；(b)擴增cdna；并(c)檢測擴增的cdna的存在。另外，此類方法可以包括一個或多個容許測定樣品中mrna的水平的步驟(例如通過同時或分開檢查某種基因(例如持家基因，諸如肌動蛋白家族成員)的比較性對照mrna序列的水平)。任選地，可以測定擴增的cdna的序列。

在一些實施方案中，使用如下方法來檢測hgf核酸(例如hgfmrna)，該方法包括(a)對自患者癌癥樣品(諸如ffpe固定的患者癌癥樣品)提取的核酸(例如mrna)實施pcr；并(b)測定樣品中核酸的表達。

在核酸水平，可以通過電泳，northern和southern印跡分析，原位雜交(例如單一或多重核酸原位雜交)，rna酶保護測定法，和微陣列(例如illuminabeadarray^tm技術；用于檢測基因表達的珠陣列(badge))來測量生物標志物。還可以通過基于聚合酶鏈式反應(pcr)的測定法，例如定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)，和逆轉(zhuǎn)錄酶定量pcr(rt-qpcr)來測量生物標志物。其它基于擴增的方法包括例如轉(zhuǎn)錄物介導的擴增(tma)，鏈置換擴增(sda)，基于核酸序列的擴增(nasba)，和信號放大方法諸如bdna。還可以通過基于測序的技術諸如例如，基因表達連續(xù)分析(sage)，rna-seq，和高通量測序技術(例如大量平行測序)，和sequenom技術來測量核酸生物標志物。還可以通過例如nanostringncounter和高覆蓋率表達序型分析(hicep)來測量核酸生物標志物。

在上文所列的技術中，一種靈敏且靈活的定量方法是rt-qpcr，其可用于比較不同樣品群中的，正常和腫瘤組織中的，有或無藥物處理下的mrna水平，表征基因表達樣式，區(qū)分密切相關的mrna，及分析rna結(jié)構。

第一步是自靶樣品分離mrna。起始材料典型的是分別從人腫瘤或腫瘤細胞系及相應的正常組織或細胞系分離的總rna。如此，可從多種原發(fā)性腫瘤中分離rna，包括乳房、肺、結(jié)腸、前列腺、腦、肝、腎、胰、胃、膽囊、脾、胸腺、睪丸、卵巢、子宮、等，相應的正常的組織，或腫瘤細胞系。如果mrna的來源是原發(fā)性腫瘤，那么mrna可從例如冷凍的或歸檔的石蠟包埋且固定(例如福爾馬林固定)的組織樣品提取。用于提取mrna的通用方法是本領域公知的，公開于分子生物學的標準教科書中，包括ausubel等人，《currentprotocolsofmolecularbiology》，johnwileyandsons，1997。用于從石蠟包埋組織提取rna的方法公開于例如ruppandlocker,labinvest.56:a67(1987)；deandrésetal.,biotechniques18:42044(1995)。具體而言，rna分離可使用來自商業(yè)制造商諸如qiagen的純化試劑盒、緩沖液組和蛋白酶依照制造商的說明書實施。例如，來自培養(yǎng)細胞的總rna可使用qiagenrneasy微型柱分離。其它商品化rna分離試劑盒包括完整dna和rna純化試劑盒(madison,wis.)和石蠟塊rna分離試劑盒(ambion,inc.)。來自組織樣品的總rna可使用rnastat-60(tel-test)分離。從腫瘤制備的rna可通過例如氯化銫密度梯度離心來分離。

由于rna不能充當pcr的模板，通過pcr進行基因表達序型分析的第一步是將rna模板逆轉(zhuǎn)錄成cdna，接著是它在pcr反應中的指數(shù)式擴增。最常用的兩種逆轉(zhuǎn)錄酶是禽類成髓細胞白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(amv-rt)和莫洛尼(moloney)鼠白血病病毒逆轉(zhuǎn)錄酶(mmlv-rt)。逆轉(zhuǎn)錄步驟典型的使用特異性引物、隨機六聚物、或oligo-dt引物引發(fā)，取決于表達序型分析的境況和目標。例如，提取的rna可使用geneamp^tmrnapcr試劑盒(perkinelmer,calif.,usa)遵循制造商的說明書逆轉(zhuǎn)錄。然后可將衍生的cdna作為模板用于后續(xù)pcr反應。盡管pcr步驟可使用多種熱穩(wěn)定的dna依賴性dna聚合酶，典型的采用taqdna聚合酶，它具有5′-3′核酸酶活性但缺乏3′-5′校正內(nèi)切核酸酶活性。如此，pcr典型地利用taq或tth聚合酶的5′-核酸酶活性來水解與其靶擴增子結(jié)合的雜交探針，但是可使用具有等效5′核酸酶活性的任何酶。使用兩種寡核苷酸引物來生成擴增子，典型的是pcr反應的。第三種寡核苷酸或探針設計用于檢測位于前兩種pcr引物之間的核苷酸序列。探針是taqdna聚合酶不可延伸的且用報道熒光染料和淬滅熒光染料標記。在兩種染料正如它們在探針上的那樣位置靠近時，任何激光誘發(fā)的來自報道染料的發(fā)射受到淬滅染料的淬滅。在擴增反應期間，taqdna聚合酶以模板依賴性方式切割探針。所得探針片段在溶液中解離，來自所釋放報道染料的信號不再受到第二熒光團的淬滅效應的作用。每合成一個新的分子就釋放一個分子的報道染料，未淬滅報道染料的檢測提供了數(shù)據(jù)定量闡述的基礎。

pcr可使用商品化設備實施，諸如例如abiprism(perkin-elmer-appliedbiosystems,fostercity,calif.,usa)或lightcycler(rochemolecularbiochemicals,mannheim,germany)。在一個實施方案中，在實時定量pcr裝置上運行5′核酸酶規(guī)程，諸如abiprism序列檢測系統(tǒng)。該系統(tǒng)由熱循環(huán)儀、激光(器)、電荷耦合裝置(ccd)、照相機和計算機組成。該系統(tǒng)在熱循環(huán)儀上以96孔形式擴增樣品。在擴增過程中，通過光纖電纜實時收集所有96個孔的激光誘發(fā)的熒光信號，并在ccd處檢測。該系統(tǒng)包括用于運行設備和分析數(shù)據(jù)的軟件。

5′-核酸酶測定法數(shù)據(jù)最初可以表述為ct，或循環(huán)閾值(thresholdcycle)。在每個循環(huán)期間記錄熒光值并代表至擴增反應中該點時擴增的產(chǎn)物的量。首次記錄到有統(tǒng)計學意義的熒光信號的點即循環(huán)閾值(ct)。

為了將錯誤和樣品間變異的影響降至最低，通常使用內(nèi)部標準物實施pcr，內(nèi)部標準物在不同組織間以恒定水平表達，不受實驗處理的影響。最頻繁的用于基因表達樣式標準化的rna是持家基因甘油醛-3-磷酸脫氫酶(gapdh)和β-肌動蛋白的mrna。

pcr技術的一種最新變異是定量實時pcr(qrt-pct)，它通過雙重標記的熒光生成探針(即探針)測量pcr產(chǎn)物積累。定量實時聚合酶鏈式反應技術指pcr的一種形式，其中在pcr反應的每個步驟測量pcr產(chǎn)物的量。這種技術已經(jīng)記載于多份出版物，包括croninetal.,am.j.pathol.164(1):35-42(2004)；maetal.,cancercell.5:607-616(2004)。實時pcr與定量競爭性pcr(其中使用每種靶序列的內(nèi)部競爭物來進行標準化)和定量比較性pcr(使用樣品內(nèi)包含的標準化基因或持家基因供pcr之用)都兼容。更多詳情參閱例如heldetal.,genomeresearch6:986-994(1996)。逆轉(zhuǎn)錄定量聚合酶鏈式反應(rt-qpcr)技術是pcr的一種形式，其中要擴增的核酸是rna，首先將rna逆轉(zhuǎn)錄成cdna，并在pcr反應的每個步驟測量pcr產(chǎn)物的量。

多份發(fā)表的期刊論文給出了使用固定的、石蠟包埋的組織作為rna來源用于基因表達序型分析的代表性方案的步驟，包括mrna分離、純化、引物延伸和擴增(例如godfreyetal.,j.molec.diagnostics2:84-91(2000)；spechtetal.,am.j.pathol.158:419-29(2001))。簡言之，一種代表性方法由切出石蠟包埋的腫瘤組織樣品的約10微米厚切片開始。然后，提取mrna，并除去蛋白質(zhì)和dna。分析rna濃度后，在必要時可包括rna修復和/或擴增步驟，并使用基因特異啟動子逆轉(zhuǎn)錄rna，隨后是pcr。

依照本發(fā)明的一個方面，pcr引物和探針是基于待擴增基因中存在的內(nèi)含子序列設計的。在這個實施方案中，引物/探針設計的第一步是描繪基因內(nèi)的內(nèi)含子序列。這可通過公眾可得到的軟件來進行，諸如由kent,w.,genomeres.12(4):656-64(2002)開發(fā)的dnablat軟件或blast軟件，包括其變異。后續(xù)步驟遵循完全建立的pcr引物和探針設計方法。

因而，在一個實施方案中，可以使用如下方法來測定hgf生物標志物，該方法包括：(a)提供包含或懷疑包含靶核酸的樣品；(b)自所述樣品分離mrna；(c)自所述樣品純化mrna；(d)實施rna逆轉(zhuǎn)錄cdna；(e)提供至少一套能夠雜交至所述靶核酸的cdna的兩種pcr探針；(f)提供設計成在兩種pcr探針之間雜交至所述靶核酸的第三探針，其中該第三探針是taqdna聚合酶不可延伸的且用報道熒光染料和淬滅熒光染料標記；(g)使用pcr擴增所述靶核酸的cdna；(h)通過檢測未淬滅的報道染料的量對所述樣品中所述靶核酸的量定量；(i)比較所述樣品中所述靶核酸的量與內(nèi)部標準的表達水平。

在一個實施方案中，可以使用如下方法來測定hgf生物標志物，該方法包括：(a)提供包含或懷疑包含hgf核酸的樣品，其中該樣品包含石蠟包埋的，福爾馬林固定的組織樣品(例如石蠟包埋的，福爾馬林固定的成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤組織樣品)；(b)自所述樣品分離hgfmrna；(c)自所述樣品純化hgfmrna；(d)實施rna逆轉(zhuǎn)錄成cdna；(e)提供至少一套能夠雜交至hgf的cdna的兩種pcr探針(f)提供設計成在兩種pcr探針之間雜交至所述靶核酸的第三探針，其中該第三探針是taqdna聚合酶不可延伸的且用報道熒光染料和淬滅熒光染料標記；(g)使用pcr擴增hgf的cdna；(h)通過檢測未淬滅的報道染料的量對所述樣品中hgf核酸的量定量；(i)基于hgf的ct值和內(nèi)部標準的均值ct值的差異比較所述樣品中hgf核酸的量與一種或多種內(nèi)部標準的表達水平(例如gapdh，β-肌動蛋白，al-1377271，和/或vps-33b的表達水平)。

在一些實施方案中，大量的hgf生物標志物(高hgf生物標志物)指高hgfmrna(例如樣品中，例如患者的癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的腫瘤切片中)。在一些實施方案中，hgfmrna表達是使用基于擴增的測定法測定的。在一些實施方案中，基于擴增的測定法是基于pcr的測定法。在一些實施方案中，基于pcr的測定法是定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)或逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr)。在一些實施方案中，hgfmrna表達是使用rt-qpcr測定的。在一些實施方案中，hgfmrna表達是使用fluidigm基因表達分析測定的。在一些實施方案中，高hgfmrna是基于與如下的標準相比的相對表達水平而確定的，該標準是通過測量自患者的參照群體獲得的腫瘤樣品中的hgfmrna水平而確立的，該參照群體包含代表性數(shù)目的患者，包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者。在一些實施方案中，該代表性數(shù)目的患者是10或更多名患者。在一些實施方案中，該代表性數(shù)目的患者是25或更多名患者。在一些實施方案中，該代表性數(shù)目的患者是50或更多名患者。在一些實施方案中，該代表性數(shù)目的患者是100或更多名患者。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的成膠質(zhì)細胞瘤患者(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的間皮瘤患者(例如復發(fā)性間皮瘤)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的胃癌患者(例如復發(fā)性胃癌)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的腎細胞癌患者(例如復發(fā)性腎細胞癌)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的肝細胞癌患者(例如復發(fā)性肝細胞癌)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的肉瘤患者(例如復發(fā)性肉瘤)。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的高hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其大于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中50％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的高hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其大于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中60％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的高hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其大于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中65％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的高hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其大于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中70％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的高hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其大于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中75％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的高hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其大于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中80％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含間皮瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含胃癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含腎細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含肝細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含肉瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。

在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是使用基于擴增的測定法測定的。在一些實施方案中，基于擴增的測定法是基于pcr的測定法。在一些實施方案中，基于pcr的測定法是定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)或逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr)。在一些實施方案中，基于pcr的測定法是rt-qpcr。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是使用fluidigm基因表達分析測定的。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是通過測定hgfmrna的ct與來自參照基因的mrna的ct比較而確定的。在一些實施方案中，參照基因是在多種細胞系間，在新鮮冷凍的組織樣品中，和在福爾馬林固定的石蠟包埋的組織樣品中以相等水平穩(wěn)定表達的基因。在一些實施方案中，測定數(shù)種參照基因的ct，并將均值ct與hgfmrna的ct比較。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是通過測定hgf表達的δct而確定的，其中δct等于hgf的均值ct減去靶基因的均值ct。

在一些實施方案中，小量的hgf生物標志物(低hgf生物標志物)指低hgfmrna生物標志物(例如樣品中，例如患者的癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的腫瘤切片中)。在一些實施方案中，低mrna表達是使用基于擴增的測定法確定的。在一些實施方案中，基于擴增的測定法是基于pcr的測定法。在一些實施方案中，基于pcr的測定法是定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)或逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr)。在一些實施方案中，hgfmrna表達是使用rt-qpcr測定的。在一些實施方案中，hgfmrna表達是使用fluidigm基因表達分析測定的。在一些實施方案中，低hgfmrna是基于與如下的標準相比的相對表達水平而確定的，該標準是通過測量自患者的參照群體獲得的腫瘤樣品中的hgfmrna水平而確立的，該參照群體包含代表性數(shù)目的患者，包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者。在一些實施方案中，該代表性數(shù)目的患者是10或更多名患者。在一些實施方案中，該代表性數(shù)目的患者是25或更多名患者。在一些實施方案中，該代表性數(shù)目的患者是50或更多名患者。在一些實施方案中，該代表性數(shù)目的患者是100或更多名患者。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的成膠質(zhì)細胞瘤患者(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的間皮瘤患者(例如復發(fā)性間皮瘤)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的胃癌患者(例如復發(fā)性胃癌)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的腎細胞癌患者(例如復發(fā)性腎細胞癌)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的肝細胞癌患者(例如復發(fā)性肝細胞癌)。在一些實施方案中，本文所述患者的參照群體包含代表性數(shù)目的肉瘤患者(例如復發(fā)性肉瘤)。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的低hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其小于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中50％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的低hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其小于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中60％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的低hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其小于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中65％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的低hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其小于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中70％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的低hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其小于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中75％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，患者腫瘤樣品的低hgfmrna表達水平是如下的hgfmrna表達水平，其小于自包含具有特定癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者的參照患者群體獲得的腫瘤樣品中80％的hgfmrna表達水平。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含間皮瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含胃癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含腎細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含肝細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，腫瘤樣品包含肉瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。

在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是使用基于擴增的測定法測定的。在一些實施方案中，基于擴增的測定法是基于pcr的測定法。在一些實施方案中，基于pcr的測定法是定量pcr，實時pcr，定量實時pcr(qrt-pcr)，逆轉(zhuǎn)錄酶pcr(rt-pcr)或逆轉(zhuǎn)錄定量pcr(rt-qpcr)。在一些實施方案中，基于pcr的測定法是rt-qpcr。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是使用fluidigm基因表達分析測定的。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是通過測定hgfmrna的ct與來自參照基因的mrna的ct比較而確定的。在一些實施方案中，參照基因是在多種細胞系間，在新鮮冷凍的組織樣品中，和/或在福爾馬林固定的石蠟包埋的組織樣品中以相等水平穩(wěn)定表達的基因。在一些實施方案中，測定數(shù)種參照基因的ct，并將均值ct與hgfmrna的ct比較。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是通過測定hgf表達的δct而確定的，其中δct等于hgf的均值ct減去靶基因的均值ct。

ish指一種類型的雜交，其使用互補dna或rna鏈(即探針)在組織的一部分或切片中定位特定dna或rna序列(原位)。引物和探針類型包括但不限于雙鏈dna(dsdna)，單鏈dna(ssdna)，單鏈互補rna(sscrna)，信使rna(mrna)，微小rna(mirna)，和合成寡核苷酸。在一些實施方案中，探針是經(jīng)過標記的，例如用熒光標記物(例如fish，或熒光原位雜交)。在一些實施方案中，探針是經(jīng)過標記的，例如用產(chǎn)色標記物(例如cish，或產(chǎn)色原位雜交)。在一些實施方案中，實施ish(例如使用dna引物)，然后使用基于雜交的信號放大(例如使用放大探針和標記物探針)來放大ish信號。基于雜交的信號放大的例子包括使用分支dna分子來放大ish信號。利用基于雜交的信號放大的例示性平臺包括：(affymetrix)；(advancedcelltechnology)?？梢詥温?單一靶)或多路(多個靶)實施ish。例如，對于quantigene測定法，使用探針套組雜交至靶mrna。一種典型的探針套組利用多至20或更多對寡核苷酸探針。在探針套組雜交后，添加前置放大器，放大器和標記物探針以生成信號進行顯現(xiàn)。前置放大器探針結(jié)合至靶特異性探針，然后放大器探針結(jié)合至前置放大器探針，接著是標記物探針結(jié)合至放大器探針。例如，對于測定法技術(advancedcelltechnology)，兩種或更多種捕捉探針連續(xù)雜交到靶mrna上。捕捉探針可以含有例如18-25個堿基的與靶rna互補的區(qū)域，間隔物序列，和15個堿基的尾部。使用一對靶探針，各自擁有不同類型的尾部序列，并連續(xù)雜交至靶區(qū)域(約50bp)。探針上的兩種“尾部”序列形成28個堿基的前置放大器探針雜交位點，前置放大器探針含有多個(例如20個)放大器探針結(jié)合位點，放大器探針繼而含有多個(例如20個)標記物探針結(jié)合位點。前置放大器，放大器和標記物探針順序雜交至每一對捕捉探針，導致積累多達8,000個標記物分子/1kb靶rna。標記物探針可以綴合至熒光團或產(chǎn)色酶(例如辣根過氧化物酶或堿性磷酸酶)，從而能夠分別在標準明視場或落射熒光顯微鏡下查看雜交信號。因而，在一個實施方案中，可以使用如下方法來測定hgf生物標志物，該方法包括：(a)提供包含或懷疑包含所述靶核酸的樣品；(b)提供至少一套能夠雜交至所述靶核酸的兩種或更多種捕捉探針；(c)提供：(i)能夠雜交至標記物探針的放大器；(ii)能夠雜交至放大器且能夠雜交至所述兩種或更多種捕捉探針的套組的前置放大器；(iii)標記物探針；(d)將所述兩種或更多種捕捉探針的套組與所述靶核酸雜交；(e)將前置放大器，放大器和標記物探針捕捉至所述兩種或更多種捕捉探針的套組，由此將標記物探針捕捉至所述靶核酸；并(f)檢測與捕捉到的標記物探針有關的標記物的存在，缺失，或量。

在一些實施方案中，大量的hgf生物標志物(高hgf生物標志物)指高hgfmrna生物標志物(例如樣品中，例如患者的癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的腫瘤切片中)。在一些實施方案中，hgfmrna表達是使用ish測定的。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有1％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有2％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有3％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有4％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有5％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有6％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有7％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有8％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有9％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有10％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有12％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有15％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有20％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有25％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有30％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有35％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有40％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有50％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有55％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有60％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有65％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有70％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是樣品中有75％或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，細胞是成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是間皮瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是胃癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是腎細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是肝細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是肉瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。

在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在(例如樣品中，例如患者的癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)腫瘤切片中)約10個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約11個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約12個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約13個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約14個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約15個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約16個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約20個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約25個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約30個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約35個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約40個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約45個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約50個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約55個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約60個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約70個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約75個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在約80個或更多hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，細胞是成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是間皮瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是胃癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是腎細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是肝細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是肉瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。

在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是ish得分為大于2+。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是ish得分為大于3+。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是ish得分為2+或3+。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是ish得分為大于1+。

在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是眾多細胞中存在hgfish陽性信號(例如如使用配備有低倍數(shù)物鏡的光學顯微鏡觀察的)。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是頻繁的細胞中存在hgfish陽性信號(例如如使用中等或高倍數(shù)物鏡使用光學顯微鏡觀察的)。

在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在用配備有低倍數(shù)物鏡(例如10倍物鏡)的光學顯微鏡查看樣品時容易觀察到的hgfish陽性信號。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在用配備有中等倍數(shù)物鏡(例如20倍物鏡)或高倍數(shù)物鏡(例如40倍物鏡)的光學顯微鏡查看樣品時容易觀察到的hgfish陽性信號。

在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過2個包含hgfish信號陽性細胞的灶(例如樣品中，例如患者的癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的腫瘤切片中)。如本文中使用的，“灶”指hgfmrnaish信號陰性細胞圍繞的一個或多個hgfish信號陽性細胞。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過3個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過4個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過5個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過6個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過7個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過8個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過9個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過10個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過11個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過12個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過13個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過14個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過15個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過16個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過17個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過18個包含hgfish信號陽性細胞的灶。在一些實施方案中，高hgfmrna生物標志物是存在超過19個包含hgfish信號陽性細胞的灶(或更多，諸如超過20，25，30，35，40，45，50或更多個包含hgfish信號陽性細胞的灶)。在一些實施方案中，細胞是成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是間皮瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是胃癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是腎細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是肝細胞癌腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。在一些實施方案中，細胞是肉瘤腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞。

在一些實施方案中，在以低放大倍數(shù)(例如大致等同于10倍物鏡)使用光學顯微鏡查看載片時，灶是可見的。在一些實施方案中，在以中等放大倍數(shù)(例如大致等同于20倍物鏡)使用光學顯微鏡查看載片時，灶是可見的。在一些實施方案中，在以高放大倍數(shù)(例如大致等同于40倍物鏡)使用光學顯微鏡查看載片時，灶是可見的。

在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是ish得分為小于2+。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是ish得分為小于1+。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是ish得分為0或1+。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是ish得分為0。

在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是少數(shù)細胞中存在hgfish陽性信號，例如10個或更少，諸如9，8，7，6個，或更少(例如如使用配備有中等或高倍數(shù)物鏡的光學顯微鏡觀察的)，例如患者的癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的切片中。在一些實施方案中，低hgfmrna生物標志物是沒有細胞中存在hgfish陽性信號(例如如使用配備有中等或高倍數(shù)物鏡的光學顯微鏡觀察的)。

在一些實施方案中，比較hgfmrnaish陽性信號與陽性對照，例如對已知表達和分泌hgf的kp4胰腺腫瘤細胞(rikenbioresourcecenter，訂購號rcb1005)實施的hgfish。在一些實施方案中，比較hgfmrnaish陽性信號與陰性對照，例如用dapbish探針探查的kp4細胞。

在一些實施方案中，ihc(下文進一步討論)和ish測定法型式包括對為了顯微鏡檢查在合適固體支持物(例如載玻片或其它平坦支持物)上封固的組織切片進行一系列處理步驟，通過選擇性染色突顯疾病狀態(tài)的某些形態(tài)學指示物或檢測生物學標志物。

在一些實施方案中，在實施在ish或ihc(下文進一步討論)測定法型式中檢測靶物之前，要實施檢測前規(guī)程。它可以涉及例如下述步驟：切割和修整組織，固定，脫水，石蠟浸潤，切成薄切片，封固到載玻片上，烘烤，脫石蠟，再水合，抗原修復，封閉步驟，應用一抗，清洗，應用二抗-酶綴合物和清洗。

許多固定和包埋組織標本的方法是已知的，例如醇固定和福爾馬林固定和后續(xù)石蠟包埋(ffpe)。下文關于ihc進一步討論固定和包埋組織標本的方法。

在一些實施方案中，經(jīng)由預處理標本來修復或揭露靶抗原以提高大多數(shù)靶物的反應性?？乖迯?抗原揭露)的廣泛綜述可參見shietal.,1997,jhistochemcytochem,45(3):327?？乖迯桶ㄊ沟冒形飳τ谂c特異性檢測試劑的反應性而言的可及性最大化的各種方法。最常見的技術是在適宜緩沖液中蛋白水解酶(例如蛋白酶，鏈霉蛋白酶，胃蛋白酶，木瓜蛋白酶，胰蛋白酶或神經(jīng)氨酸酶)的酶促消化或在適宜ph穩(wěn)定的緩沖液(通常含有edta，egta，tris-hcl，檸檬酸鹽，脲，甘氨酸-hcl或硼酸)中使用微波照射，水浴，蒸箱，普通烤箱，高壓滅菌鍋或高壓鍋加熱的熱誘導表位修復(hier)?？乖迯途彌_液可以是含水的，但是也可以含有其它溶劑，包括沸點超過水的溶劑。另外，在一些實施方案中，可以通過不同物理方法來提高信噪比，包括在試劑溫育之前或期間冷凍和融化切片，或應用真空和超聲。作為檢測規(guī)程中的一個步驟，可以去除內(nèi)源生物素結(jié)合位點或內(nèi)源酶活性(例如磷酸酶，過氧化氫酶或過氧化物酶)，例如，可以通過用過氧化物處理來去除內(nèi)源生物素和過氧化物酶活性?？梢酝ㄟ^用左旋咪唑處理來去除內(nèi)源磷酸酶活性?？梢酝ㄟ^加熱來破壞內(nèi)源磷酸酶和酯酶?？梢允褂糜枚栊缘鞍踪|(zhì)像馬血清清蛋白(hsa)，酪蛋白，牛血清清蛋白(bsa)，和卵清蛋白，胎牛血清或其它血清，或去污劑像tween20，tritonx-100，saponin，brij或pluronics封閉非特異性結(jié)合位點。也可以使用用未標記且靶物非特異性型式的特異性試劑封閉組織或細胞中的非特異性結(jié)合位點。

在一些實施方案中，于探針的解鏈溫度tm以下約15至約25℃的溫度實施雜交。通過使用含有探針及其它成分(例如有機溶劑，離子溶液)的雜交緩沖液實施雜交?？梢詫嵤╇s交后清洗以去除未結(jié)合的探針和僅僅部分結(jié)合的探針。例如，可以于tm以下約10至約15℃的溫度和/或通過使用具有遞減鹽濃度的溶液實施清洗。

在一些實施方案中，可以遵循該方法的規(guī)程(a)在與免疫特異性試劑的關鍵溫育之后在載片上封固組織切片。然后對載片上封固的組織切片進行檢測過程的剩余部分。在一些實施方案中，還可以使用自由漂浮技術來制備樣品和檢測靶分子。在這種方法中，在適宜的容器(例如微量離心管)中以懸浮或自由漂浮狀態(tài)使組織切片接觸不同試劑和清洗緩沖液。

rna-seq(也稱作全轉(zhuǎn)錄組鳥槍測序(wtss))指使用高通量測序技術來對cdna測序以獲得關于樣品的rna內(nèi)容物的信息。描述rna-seq的出版物包括：wangetal.“rna-seq:arevolutionarytoolfortranscriptomics”naturereviewsgenetics10(1):57-63(january2009)；ryanetal.biotechniques45(1):81-94(2008)；及maheretal."transcriptomesequencingtodetectgenefusionsincancer".nature458(7234):97-101(january2009)。

差異基因表達也可使用微陣列技術來鑒定或驗證。如此，可使用微陣列技術在新鮮的或石蠟包埋的腫瘤組織中測量成膠質(zhì)細胞瘤相關基因、間皮瘤相關基因、胃癌相關基因、腎細胞癌相關基因、肝細胞癌相關基因、或肉瘤相關基因的表達序型。在這種方法中，在微芯片基片上涂布(plate)或排列(array)感興趣多核苷酸序列(包括cdna和寡核苷酸)。然后使排列的序列與來自感興趣細胞或組織的特異性dna探針雜交。正如在pcr方法中一樣，mrna的來源典型的是從人腫瘤或腫瘤細胞系及相應的正常組織或細胞系分離的總rna。如此，rna可以從多種原發(fā)性腫瘤或腫瘤細胞系分離。如果mrna的來源是原發(fā)性腫瘤，那么mrna可從例如冷凍的或歸檔的石蠟包埋且固定(例如福爾馬林固定)的組織樣品提取，所述組織樣品是日常臨床實踐中常規(guī)制備和保存的。

在微陣列技術的一個具體實施方案中，將pcr擴增的cdna克隆的插入物以密集陣列應用至基片。優(yōu)選的是，將至少10,000種核苷酸序列應用至基片。以每種10,000個成分固定在微芯片上的微陣列基因適于在嚴格條件下雜交。熒光標記的cdna探針可通過從感興趣組織提取的rna的逆轉(zhuǎn)錄中摻入熒光核苷酸來生成。應用至芯片的經(jīng)標記cdna探針與陣列上的每個dna斑點以特異性發(fā)生雜交。嚴格清洗以除去非特異性結(jié)合的探針后，通過共聚焦激光顯微鏡檢術或通過其它檢測方法諸如ccd照相機掃描芯片。每種陣列成分的雜交的定量容許評估相應mrna的豐度。憑借雙重有色熒光，將從兩種rna來源生成的分開標記的cdna探針與陣列成對雜交。如此同時測定來自對應于每種指定基因的兩種來源的轉(zhuǎn)錄物的相對豐度。小型化規(guī)模的雜交提供了大量基因表達樣式的便利且快速評估。此類方法已經(jīng)顯示出檢測以每個細胞少數(shù)拷貝表達的罕見轉(zhuǎn)錄物所要求的靈敏度及可再現(xiàn)的檢測表達水平的至少約2倍差異(schenaetal.,proc.natl.acad.sci.usa93(2):106-149(1996))。微陣列分析可使用商品化設備遵循制造商的方案進行，諸如使用affymetrixgenchip^tm技術、或incyte的微陣列技術。

為大規(guī)模分析基因表達而開發(fā)的微陣列方法使得有可能系統(tǒng)搜索多種腫瘤類型中的癌癥分類和后果預測的分子標志物。

基因表達連續(xù)分析(sage)是容許同時且定量分析大量基因轉(zhuǎn)錄物且不需要為每種轉(zhuǎn)錄物提供個別雜交探針的一種方法。首先，生成包含足以唯一鑒定一種轉(zhuǎn)錄物的信息的一種短序列標簽(約10-14bp)，倘若該標簽是從每種轉(zhuǎn)錄物內(nèi)的一個唯一位置得到的。然后，將許多轉(zhuǎn)錄物連接起來以形成長、連續(xù)分子，它們可測序，以同時揭示多種標簽的身份(identity)。任何轉(zhuǎn)錄物群的表達樣式可通過測定個別標簽的豐度并鑒定與每種標簽對應的基因來定量評估。更多詳情參見例如velculescuetal.,science270:484-487(1995)；velculescuetal.,cell88:243-51(1997)。

massarray(sequenom,sandiego,calif.)技術是一種使用質(zhì)譜術(ms)進行檢測的自動化、高通量基因表達分析方法。依照此方法，在分離rna、逆轉(zhuǎn)錄并pcr擴增之后，對cdna進行引物延伸。純化cdna衍生的引物延伸產(chǎn)物，并分配到芯片陣列上，該芯片陣列預先加載有maldi-tofms樣品制備所需要的成分。通過分析所獲得的質(zhì)譜中的峰面積對反應中存在的各種cdna定量。

一般而言，基因表達序型分析的方法可分成兩大組：基于多核苷酸雜交分析的方法，和基于多核苷酸測序的方法。本領域中已知用于樣品中mrna表達定量的最常使用的方法包括northern印跡和原位雜交(parker&barnes,methodsinmolecularbiology106:247-283(1999))；rna酶保護測定法(hod,biotechniques13:852-854(1992))；及聚合酶鏈式反應(pcr)(weis等,trendsingenetics8:263-264(1992))?；蛘?，可采用能識別特定雙鏈體(包括dna雙鏈體、rna雙鏈體、及dna-rna雜合雙鏈體或dna-蛋白質(zhì)雙鏈體)的抗體?；跍y序的基因表達分析的代表性方法包括基因表達連續(xù)分析(sage)和通過大規(guī)模平行簽名測序(mpss)的基因表達分析。

可以自患者樣品(例如血漿，血清，尿液，腦脊液，痰液，糞便，呼吸冷凝液，腫瘤，其它組織測定hgf蛋白質(zhì)。用于測定hgf蛋白質(zhì)的方法是本領域知道的且包括elisa，質(zhì)譜術，表面等離振子共振，western印跡，ihc，和其它公知方法。參見例如maietal,moleccancerther(2013)13(2):540-52。用于檢測hgf的試劑盒可通過商業(yè)途徑獲得。

組織切片的免疫組化染色(ihc)已經(jīng)證明是一種評估或檢測樣品中蛋白質(zhì)存在的可靠方法。免疫組化技術利用抗體來探查和顯現(xiàn)原位細胞抗原，通常通過顯色或者熒光方法。如此，使用對每種標志物特異性的抗體或抗血清，在一些實施方案中，多克隆抗血清，和在一些實施方案中，單克隆抗體來檢測表達。如下文極為詳細討論的，抗體可通過直接標記抗體自身來檢測，例如用放射性標記物、熒光標記物、半抗原標記物諸如生物素、或酶諸如辣根過氧化物酶或堿性磷酸酶?；蛘?，未標記一抗與經(jīng)標記二抗聯(lián)合使用，包括對一抗特異性的抗血清、多克隆抗血清或單克隆抗體。免疫組化方案和試劑盒是本領域眾所周知的，而且可通過商業(yè)途徑獲得。

在一些實施方案中，ihc測定法是直接測定法，其中直接測定抗體與靶抗原的結(jié)合。這種直接測定法使用經(jīng)過標記的試劑，諸如熒光標簽或酶標記的一抗，其不需要進一步的抗體相互作用就能顯現(xiàn)。在一些實施方案中，ihc測定法是間接測定法。在一種典型的間接測定法中，未綴合的第一抗體結(jié)合至抗原，然后經(jīng)過標記的第二抗體(secondaryantibody)結(jié)合至第一抗體。若第二抗體綴合有酶標記物，則添加顯色底物或熒光底物以提供抗原的顯現(xiàn)。因為數(shù)個第二抗體可以與第一抗體上的不同表位反應，所以發(fā)生信號放大。

用于免疫組化的第一和/或第二抗體通常用可檢測模塊進行標記?？衫迷S多標記物，一般可分成以下幾類：

(a)放射性同位素，諸如³⁵s、¹⁴c、¹²⁵i、³h和¹³¹i。例如，可使用currentprotocolsinimmunology,卷1和2,coligen等編,wiley-interscience,newyork,n.y.,pubs.1991中描述的技術用放射性同位素標記抗體，并可使用閃爍計數(shù)來測量放射性。

(b)膠體金顆粒。

(c)熒光標記物，包括但不限于稀士螯合物(銪螯合物)、德克薩斯紅、若丹明、熒光素、丹酰、麗絲胺、傘形酮、藻紅蛋白、藻藍蛋白、或商品化熒光團諸如spectrum和spectrum和/或上述一種或多種的衍生物。例如，可使用currentprotocolsinimmunology,見上文中披露的技術使熒光標記物與抗體綴合?？墒褂脽晒庥媽晒膺M行定量。

(d)可利用各種酶-底物標記物且美國專利no.4,275,149中提供了有關它們中的一些的綜述。酶一般催化可使用多種技術測量的顯色底物的化學改變。例如，酶可以催化可通過分光光度法測量的底物的顏色改變?；蛘?，酶可以改變底物的熒光或化學發(fā)光。上文描述了用于對熒光改變進行定量的技術?；瘜W發(fā)光底物通過化學反應變成電子激發(fā)態(tài)，然后可發(fā)射可測量(例如使用化學發(fā)光計)或給熒光受體提供能量的光。酶標記物的例子包括螢光素酶(例如螢火蟲螢光素酶和細菌螢光素酶；美國專利no.4,737,456)、螢光素、2,3-二氫酞嗪二酮類、蘋果酸脫氫酶、尿素酶、過氧化物酶諸如辣根過氧化物酶(hrpo)、堿性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖氧化酶(例如葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶和葡萄糖-6-磷酸脫氫酶)、雜環(huán)氧化酶(諸如尿酸酶和黃嘌呤氧化酶)、乳過氧化物酶、微過氧化物酶等。用于使酶與抗體綴合的技術描述于o′sullivan等,methodsforthepreparationofenzyme-antibodyconjugatesforuseinenzymeimmunoassay,methodsinenzym.,j.langone和h.vanvunakis編,academicpress,newyork,73:147-166(1981)。

酶-底物組合的例子包括例如：

(i)辣根過氧化物酶(hrpo)，其以過氧化氫為底物，其中過氧化氫氧化染料前體(例如鄰苯二胺(opd)或3,3′,5,5′-四甲基聯(lián)苯胺鹽酸鹽(tmb))。3,3-diaminobenzidine(dab)也可以用于觀察hrp標記的抗體；

(ii)堿性磷酸酶(ap)與作為顯色底物的對硝基苯基磷酸酯；和

(iii)β-d-半乳糖苷酶(β-d-gal)與顯色底物(例如對硝基苯基-β-d-半乳糖苷)或熒光底物(例如4-甲基傘形基-β-d-半乳糖苷)。

本領域技術人員可利用許多其它酶-底物組合。有關它們的一般性綜述參見美國專利no.4,275,149和4,318,980。

有時，將標記物與抗體間接綴合。熟練技術人員了解實現(xiàn)這一目的的多種技術。例如，可將抗體與生物素綴合，而且可以將上述四大類標記物中的任一種與親合素綴合，或反之亦然。生物素選擇性結(jié)合親合素，由此標記物可與抗體以這種間接方式綴合?；蛘?，為了實現(xiàn)標記物與抗體的間接綴合，將抗體與小型半抗原綴合，并將上述不同類型的標記物之一與抗半抗原抗體綴合。由此，可實現(xiàn)標記物與抗體的間接綴合。

在上文討論的樣品制備規(guī)程外，可能還需要在ihc之前、期間或之后對組織切片進行進一步的處理。例如，可以實施表位修復法，諸如在檸檬酸鹽緩沖液中對組織樣品進行加熱(參見例如leong等,appl.immunohistochem.4(3):201(1996))。

在任選的封閉步驟后，將組織切片在合適條件下暴露于第一抗體足夠時間，使得第一抗體結(jié)合至組織樣品中的靶蛋白抗原。實現(xiàn)這一目的的適宜條件可以通過常規(guī)實驗來確定。

抗體與樣品的結(jié)合程度通過使用上文討論的任一種可檢測標記物來測定。優(yōu)選地，標記物是酶標記物(例如hrpo)，其催化顯色底物諸如3,3′-二氨基聯(lián)苯胺色原體的化學變化。優(yōu)選的是，將酶標記物綴合至特異性結(jié)合第一抗體的抗體(例如第一抗體是家兔多克隆抗體，第二抗體是山羊抗家兔抗體)。

可以將如此制備的標本放置好并蓋上蓋玻片。然后進行載玻片評估，例如利用顯微鏡。

ihc可以與形態(tài)學染色組合，或是在之前或是在之后。脫石蠟后，可以用形態(tài)學染料對封固在載玻片上的切片染色以進行評估。使用的形態(tài)學染料提供組織切片的精確形態(tài)學評估?？梢杂靡环N或多種染料對切片染色，每種染料獨特染色不同細胞成分。在一個實施方案中，使用蘇木精來對載玻片上的細胞核染色。蘇木精廣泛可得。合適蘇木精的一個例子是蘇木精ii(ventana)。當期望淺藍色核時，可以在蘇木精染色之后使用發(fā)藍試劑。本領域技術人員會領會，通過延長或縮短載玻片保持在染料中的時間長度可以對給定組織優(yōu)化染色。

用載玻片制備和ihc加工的自動化系統(tǒng)是商品化的。benchmarkxt系統(tǒng)是此類自動化系統(tǒng)的一個例子。autostainerplus和leicabondiii也是此類自動化系統(tǒng)的例子。

染色后，可以通過顯微術的標準技術來分析組織切片。通常，病理學家或類似人員對組織評估異?；蛘＜毎蛱囟毎愋偷拇嬖诓⑻峁└信d趣細胞類型的位置。如此，例如，病理學家或類似人員會檢查載玻片并鑒定正常細胞(諸如正常肺細胞)和異常細胞(諸如異?；蛸樕渭毎??？梢允褂枚x感興趣細胞位置的任何手段(例如x-y軸上的坐標)。

在一些實施方案中，使用抗hgf抗體實施ihc。

在一些實施方案中，例如使用ihc檢測c-met生物標志物。適合用于ihc的抗c-met抗體是本領域公知的，而且包括sp-44(ventana)，dl-21(upstate)，d1c2(cellsignalingtechnologies)，ab27492(abcam)，pa1-37483(pierceantibodies)，met4(由以登錄號pta-7680保藏于美國典型培養(yǎng)物保藏中心的雜交瘤細胞系生成的一種單克隆抗體；參見例如美國專利no.6,548，640)。在一些實施方案中，抗c-met抗體是sp44。在一些實施方案中，抗c-met抗體是dl-21。在一些實施方案中，抗c-met抗體是d1c2。在一些實施方案中，抗c-met抗體是met4。普通技術人員理解，例如使用本文中公開的ihc方案和例子，通過與c-met抗體比較，可以鑒定和表征別的合適的抗c-met抗體。

可以利用具有各種染色強度(例如在用c-met抗體sp44染色時)的對照細胞系(例如離心成細胞團粒并福爾馬林固定和石蠟包埋，例如制備成組織微陣列，和例如用sp44染色)作為ihc分析的對照。例如，h441(強c-met染色強度)；ebc1(強c-met染色強度)；a549(中等c-met染色強度)；skmes1(中等c-met染色強度)；h1703(弱c-met染色強度)，hek-293(弱c-met染色強度)；h460(弱c-met染色強度)；和tov-112d(陰性c-met染色強度)，lxfl529(陰性c-met染色強度)，h522(陰性c-met染色強度)，h23(陰性c-met染色強度)或h1155(陰性c-met染色強度)。普通技術人員理解，使用本申請的教導及本領域公知的和本文中公開的方法可以容易地鑒定具有陰性，弱，中等和高c-met染色強度的其它對照細胞團粒。因而，在一些實施方案中，強c-met染色強度是具有h441和/或ebc1的c-met染色強度的對照細胞的c-met染色強度。在一些實施方案中，中等c-met染色強度是具有a549和/或skmes1的c-met染色強度的對照細胞的c-met染色強度。在一些實施方案中，弱c-met染色強度是具有hek-293和/或h460的c-met染色強度的對照細胞的c-met染色強度。在一些實施方案中，陰性c-met染色強度是具有l(wèi)xfl529，h522，h23，和/或h1155的c-met染色強度的對照細胞的c-met染色強度。具有不同染色強度的對照細胞團粒對于ihc分析的用途(例如癌癥樣品的c-metihc的評分和分析)是本領域公知的。本文中例示了c-met免疫組織化學方案和評分方案。在一些實施方案中，使用下述方案分析c-metihc：

表a

在一些實施方案中，使用下述方案分析c-metihc：

表b

在一些實施方案中，依照表x或表b分析c-metihc，而且癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，依照表b分析c-met，而且癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤。在一些實施方案中，依照表b分析c-met，而且癌癥是間皮瘤。在一些實施方案中，依照表b分析c-met，而且癌癥是胃癌。在一些實施方案中，依照表b分析c-met，而且癌癥是腎細胞癌。在一些實施方案中，依照表b分析c-met，而且癌癥是肝細胞癌。在一些實施方案中，依照表b分析c-met，而且癌癥是肉瘤。

在一些實施方案中，在樣品中1％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中超過1％的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中5％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中10％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中15％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中20％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中25％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中30％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中35％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中40％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中45％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中50％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中55％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中60％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中65％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中70％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中75％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中80％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中85％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中90％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中95％或更多的腫瘤細胞表達c-met蛋白質(zhì)(例如以任何強度表達c-met蛋白質(zhì))時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，c-met表達是膜的。在一些實施方案中，c-met表達是胞質(zhì)的。在一些實施方案中，c-met-表達是膜和胞質(zhì)的。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)。在一些實施方案中，癌癥是間皮瘤。在一些實施方案中，癌癥是胃癌。在一些實施方案中，癌癥是腎細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肝細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肉瘤。

在一些實施方案中，在樣品中1％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中超過1％的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中5％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中10％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中15％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中20％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中25％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中30％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中35％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中40％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中45％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中50％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中55％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中60％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中65％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中70％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中75％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中80％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中85％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中90％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中95％或更多的腫瘤細胞以中等和/或強染色強度表達c-met蛋白質(zhì)時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，c-met表達是膜的。在一些實施方案中，c-met表達是胞質(zhì)的。在一些實施方案中，c-met表達是膜和胞質(zhì)的。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)。在一些實施方案中，癌癥是間皮瘤。在一些實施方案中，癌癥是胃癌。在一些實施方案中，癌癥是腎細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肝細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肉瘤。

在一些實施方案中，在腫瘤的最大染色強度是1時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在腫瘤的最大染色強度是2時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在腫瘤的最大染色強度是3時，患者的腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，c-met表達是膜的。在一些實施方案中，c-met表達是胞質(zhì)的。在一些實施方案中，c-met表達是膜和胞質(zhì)的。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)。在一些實施方案中，癌癥是間皮瘤。在一些實施方案中，癌癥是胃癌。在一些實施方案中，癌癥是腎細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肝細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肉瘤。在一些實施方案中，使用ihc測量c-met多肽或hgf。在一些實施方案中，使用ihc測量c-met多肽，而且患者樣品是福爾馬林固定的和石蠟包埋的。在一些實施方案中，通過使樣品接觸結(jié)合(在一些實施方案中，特異性結(jié)合)c-met多肽的藥劑，由此形成藥劑和c-met生物標志物之間的復合物來測量c-met多肽，其中在樣品中50％或更多的腫瘤細胞具有中等或高c-met染色強度時，腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中50％或更多的腫瘤細胞具有高c-met染色強度時，腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中50％或更多的腫瘤細胞具有中等c-met染色強度時，腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，在樣品中50％或更多的腫瘤細胞具有低，中等或高c-met染色強度時，腫瘤是c-met陽性的。在一些實施方案中，結(jié)合c-met的藥劑是抗c-met抗體sp44。在一些實施方案中，結(jié)合c-met的藥劑是抗c-met抗體d1c1。在一些實施方案中，結(jié)合c-met的藥劑是抗c-met抗體met4。在一些實施方案中，結(jié)合c-met的藥劑是抗c-met抗體dl21。在一些實施方案中，通過比較樣品中的c-met染色與參照水平來測定c-met強度。在一些實施方案中，參照水平是對照細胞團粒(例如對照細胞系a549，skmes1，ebc-1，h441，或具有與a549，skmes1，ebc-1，h441任一相當?shù)膹姸鹊募毎蚣毎?的c-met染色。在一些實施方案中，中等c-met染色強度表示對照細胞系a549的c-met染色強度。在一些實施方案中，中等c-met染色強度表示對照細胞系skmes1的c-met染色強度。在一些實施方案中，強c-met染色強度表示對照細胞系ebc-1的c-met染色強度。在一些實施方案中，強c-met染色強度表示對照細胞系h441的c-met染色強度。在一些實施方案中，患者樣品是在用c-met拮抗劑和/或vegf拮抗劑治療之前獲得的。在一些實施方案中，樣品是在癌癥已經(jīng)轉(zhuǎn)移之后獲得的。在一些實施方案中，樣品是在用癌癥藥物治療之前獲得的。在一些實施方案中，樣品是活檢，手術標本，或細針吸出物的。在一些實施方案中，樣品是福爾馬林固定和石蠟包埋的。在一些實施方案中，其中對照細胞團粒是福爾馬林固定和石蠟包埋的。在一些實施方案中，對照細胞團粒制備成組織微陣列。在一些實施方案中，c-met表達是膜的。在一些實施方案中，c-met表達是胞質(zhì)的。在一些實施方案中，c-met表達是膜和胞質(zhì)的。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)。在一些實施方案中，癌癥是間皮瘤。在一些實施方案中，癌癥是胃癌。在一些實施方案中，癌癥是腎細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肝細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肉瘤。在一些實施方案中，使用h-得分對c-metihc打分(例如為c-met陽性)。在一些實施方案中，使用h-得分對hgfihc打分(例如為hgf陽性)。本領域公開了用于計算h-得分的方法。簡言之，以弱，中等，和強強度顯示染色的腫瘤細胞的比例(例如使用本文中討論的細胞系對照)可以作為給定成膠質(zhì)細胞瘤樣品中腫瘤細胞總數(shù)的百分比來計數(shù)或估算?；诠接嬎憔C合h得分：(％以弱強度染色的腫瘤細胞x1)+(％以中等強度染色的腫瘤細胞x2)+(％以強強度染色的腫瘤細胞x3)。遵循該公式，給定腫瘤可以與介于“0”(無腫瘤細胞顯示任何染色)和“300”(100％的腫瘤細胞顯示強染色)之間的值有關。在本文中的任何方法的一些實施方案中，高c-met或hgf表達對應于h得分為約160或更高(約161，162，163，164，165，166，167，168，169，或更高)，160或更高，約160至約230，約160至230，約160(約161，162，163，164，165，166，167，168，169，或更高任一至約220，221，223，224，225，226，227，228，229，230或更高任一)，230或更高，約220，221，223，224，225，226，227，228，229，230或更高任一)，約170或更高，或170或更高(例如約171，172，173，175，175，176，177，178，179，180或更高任一)。在一個實施方案中，h得分是約180或更高。在一些實施方案中，h得分是大于約10。在一些實施方案中，h得分是大于約25。在一些實施方案中，h得分是大于約50。在一些實施方案中，h得分是大于約75。在一些實施方案中，h得分是大于約100。在一些實施方案中，h得分是大于約125。在一些實施方案中，h得分是大于約150。在一些實施方案中，h得分是大于約175。在一些實施方案中，h得分是大于約200。在一些實施方案中，c-met表達是膜的。在一些實施方案中，c-met表達是胞質(zhì)的。在一些實施方案中，c-met表達是膜和胞質(zhì)的。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，肝細胞癌，腎細胞癌，胃癌，肉瘤(例如骨肉瘤)，非小細胞肺癌，小細胞肺癌，乳腺癌，膽囊癌，或胰腺癌。在一些實施方案中，癌癥是成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)。在一些實施方案中，癌癥是間皮瘤。在一些實施方案中，癌癥是胃癌。在一些實施方案中，癌癥是腎細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肝細胞癌。在一些實施方案中，癌癥是肉瘤。

在一些實施方案中，分析(例如ihc分析)進一步包括形態(tài)學染色，或是在之前或是在之后。在一個實施方案中，使用蘇木精對載玻片的細胞核染色。蘇木精廣泛可得。合適的蘇木精的一個例子是蘇木精ii(ventana)。當期望淺藍色核時，可以在蘇木精染色之后使用發(fā)藍試劑。

iv.治療療法

提供c-met拮抗劑用于有效治療癌癥患者的用途。提供c-met拮抗劑和vegf拮抗劑用于有效治療癌癥患者的用途。特別地，使用hgf生物標志物來鑒定奧奴珠單抗，奧奴珠單抗加第二癌癥藥物，奧奴珠單抗加化療劑，或奧奴珠單抗加vegf拮抗劑治療在其中提供臨床上有意義的好處的患者群體。

癌癥藥物可以與其它癌癥藥物組合使用。例如，c-met抗體可以與別的c-met拮抗劑共施用。上文所述此類組合療法涵蓋組合施用(其中同一配制劑或分開的配制劑中包括兩種或更多種治療劑)和分開施用，在該情況中，第一藥物的施用可以在第二藥物的施用之前、同時、和/或之后。癌癥藥物的例子包括但不限于手術，放射療法(放療)，生物療法，免疫療法，化療(例如替莫唑胺)，或者這些療法的組合。另外，可以與抗vegf拮抗劑和/或c-met拮抗劑組合使用細胞毒劑，抗血管發(fā)生劑和抗增殖劑。

所涵蓋的化療劑的例示性和非限制性列表在本文中在“定義”下提供或在本文中描述。在一個實施方案中，化療劑是替莫唑胺。在另一個實施方案中，化療劑與放療伴隨施用。

可以通過任何合適的手段，包括胃腸外、肺內(nèi)、和鼻內(nèi)，及若期望用于局部治療的話，損傷內(nèi)施用來施用本文中的藥物。胃腸外輸注包括肌肉內(nèi)、靜脈內(nèi)、動脈內(nèi)、腹膜內(nèi)、或皮下施用。部分根據(jù)施用是短暫的還是長期的，劑量給藥可以通過任何合適的路徑，例如通過注射，諸如靜脈內(nèi)或皮下注射進行。本文中涵蓋各種劑量給藥日程表，包括但不限于單次施用或在多個時間點里的多次施用、推注施用、和脈沖輸注。

為了預防或治療疾病，本發(fā)明的抗體(當單獨使用或與一種或多種其它別的治療劑組合使用時)的合適劑量會取決于要治療的疾病的類型、抗體的種類、疾病的嚴重性和病程、是出于預防還是治療目的施用抗體、之前的治療、患者的臨床史和對抗體的應答、以及主治醫(yī)師的斟酌決定。抗體適合于在一次或一系列的治療中施用于患者。對于幾天或更長時間的重復施用，取決于病情，治療通常會持續(xù)直至出現(xiàn)疾病癥狀得到期望的抑制為止。然而，可使用其它劑量方案。通過常規(guī)技術和測定方法易于監(jiān)測治療的進展。

根據(jù)疾病的類型和嚴重程度，約1μg/kg至100mg/kg(例如0.1-20mg/kg)抗c-met抗體作為初始候選劑量施用于受試者，無論例如通過一次或多次分開的施用或通過連續(xù)輸注。在一個實施方案中，期望的劑量包括例如6mg/kg，8mg/kg，10mg/kg，和15mg/kg。對于持續(xù)數(shù)天或更久的重復施用或周期，根據(jù)狀況，持續(xù)治療直至癌癥得到治療，如通過上文所述或本領域已知方法測量的。然而，其它劑量方案可能也是有用的。在一個例子中，每周，每兩周，或每三周一次施用抗c-met抗體，劑量范圍為約6mg/kg至約15mg/kg，包括但不限于6mg/kg，8mg/kg，10mg/kg或15mg/kg。本發(fā)明療法的進展易于通過常規(guī)技術和測定法來監(jiān)測。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在成膠質(zhì)細胞瘤中組合使用。下文實施例中提供關于合適劑量的進一步信息。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在間皮瘤中組合使用。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在胃癌中組合使用。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在腎細胞癌中組合使用。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在肝細胞癌中組合使用。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在肉瘤中組合使用。在一些實施方案中，抗c-met抗體的有效量是每三周15mg/kg，例如靜脈內(nèi)施用。在一些實施方案中，抗c-met抗體的有效量是每兩周10mg/kg，例如靜脈內(nèi)施用。

根據(jù)疾病的類型和嚴重程度，約1μg/kg至100mg/kg(例如0.1-20mg/kg)抗vegf抗體作為初始候選劑量施用于受試者，無論例如通過一次或多次分開的施用或通過連續(xù)輸注。在一個實施方案中，期望的劑量包括例如6mg/kg，8mg/kg，10mg/kg，和15mg/kg。對于持續(xù)數(shù)天或更久的重復施用或周期，根據(jù)狀況，持續(xù)治療直至癌癥得到治療，如通過上文所述或本領域已知方法測量的。然而，其它劑量方案可能也是有用的。在一個例子中，每周，每兩周，或每三周一次施用抗vegf抗體，劑量范圍為約6mg/kg至約15mg/kg，包括但不限于6mg/kg，8mg/kg，10mg/kg或15mg/kg。本發(fā)明療法的進展易于通過常規(guī)技術和測定法來監(jiān)測。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在成膠質(zhì)細胞瘤中組合使用。下文實施例中提供關于合適劑量的進一步信息。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在間皮瘤中組合使用。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在胃癌中組合使用。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在腎細胞癌中組合使用。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在肝細胞癌中組合使用。在其它實施方案中，此類劑量給藥方案與化療方案在肉瘤中組合使用。在一些實施方案中，所述抗vegf抗體的有效量是每兩周靜脈內(nèi)10mg/kg，例如最初在90分鐘里靜脈內(nèi)施用，后續(xù)輸注在60分鐘里，然后在30分鐘里。在一些實施方案中，所述抗vegf抗體的有效量是每三周靜脈內(nèi)15mg/kg，例如最初在90分鐘里靜脈內(nèi)施用，后續(xù)輸注在60分鐘里，然后在30分鐘里。在上文所述方法中，該抗vegf抗體在第一個周期第二個施用于所述患者，然后所述抗vegf抗體的后續(xù)施用在所述化療之前或之后。在另一個實施方案中，該抗vegf抗體與所述化療和放療并行施用。在一些實施方案中，中止對患者施用類固醇。

在一些實施方案中，奧奴珠單抗的有效量是每三周靜脈內(nèi)15mg/kg，且貝伐珠單抗的有效量是每三周靜脈內(nèi)15mg/kg。

在任何方法和用途的一些其它方面，治療進一步包括施用別的癌癥藥物。例示性癌癥藥物包括涉及腫瘤生長的其它因子(諸如egfr，erbb3，erbb4，或tnf)的拮抗劑。有時，還對受試者施用一種或多種細胞因子可能是有益的。在一個實施方案中，與生長抑制劑共施用抗vegf抗體。例如，可以先施用生長抑制劑，接著是vegf抗體。然而，也涵蓋同時施用或先施用vegf抗體。生長抑制劑的合適劑量就是當前所用的那些，而且可以由于生長抑制劑與抗vegf抗體的聯(lián)合作用(協(xié)同)而降低。

本文中的配制劑還可以含有所治療具體適應證所必需的超過一種活性化合物，優(yōu)選活性互補且彼此沒有不利影響的。例如，可能希望在一種配制劑中進一步提供結(jié)合egfr、vegf(例如結(jié)合vegf上不同表位或相同表位的抗體)、vegfr、或erbb2(例如)的抗體?；蛘?另外，所述組合物可以包含化療劑或細胞毒劑。合適的是，此類分子以對于預定目的有效的量組合存在。

在任何方法和用途的某些方面，對于本發(fā)明抗體的組合癌癥療法有用的其它治療劑包括其它抗血管發(fā)生劑。已經(jīng)鑒定了許多抗血管發(fā)生劑，而且是本領域已知的，包括carmeliet和jain(2000)列出的那些。在一個實施方案中，抗vegf抗體與另一種vegf拮抗劑或vegf受體拮抗劑諸如vegf變體、可溶性vegf受體片段、能夠阻斷vegf或vegfr的適體、中和性抗vegfr抗體、vegfr酪氨酸激酶的低分子量抑制劑及其任意組合聯(lián)合使用?；蛘?另外，可以對受試者共施用兩種或更多種抗vegf抗體。

正如本領域普通技術人員會理解的，化療劑或其它抗癌劑的適宜劑量一般大約會是臨床療法(例如單獨地或與其它化療劑組合地施用化療劑的)中早就采用的劑量。劑量變化有可能會隨所治療的狀況而發(fā)生。施行治療的醫(yī)師會能夠確定對受試者個體適宜的劑量。

在一些實施方案中，治療導致在施用癌癥藥物后對有風險或罹患癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者賦予的臨床或治療好處。此類好處包括下述任一項或多項：延長存活(例如提高總體和/或無進展存活)；導致客觀響應(包括完全響應或部分響應)；或改善癌癥的體征或癥狀，等，包括延長具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間，延長具有間皮瘤(例如先前治療過的間皮瘤)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間，延長具有胃癌(例如先前治療過的胃癌)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間，延長具有腎細胞癌(例如先前治療過的腎細胞癌)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間，延長具有肝細胞癌(例如先前治療過的肝細胞癌)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間，或延長具有肉瘤(例如先前治療過的肉瘤)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間。在一些實施方案中，該癥狀是癲癇、神經(jīng)認知功能(包括但不限于：人物、時間和/或地點的取向)、閱讀、書寫、和理解中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，該癥狀是胸壁痛，胸腔積液，呼吸短促，疲勞，貧血，喘鳴，聲嘶，咳嗽，痰中帶血，腹痛，腹水，腹部腫塊，腸功能問題，重量減輕，血塊，彌散性血管內(nèi)凝血，黃疸，低血糖水平，和肺栓子中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，該癥狀是消化不良，燒心，虛弱，疲勞，腹脹，腹痛，惡心，嘔吐，腹瀉，便秘，重量減輕，出血，貧血，和吞咽困難中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，該癥狀是血尿(或尿中帶血)，體側(cè)痛，腹部或體側(cè)腫塊，重量減輕，食欲不振，發(fā)熱，高血壓，不適，盜汗，貧血，紅細胞增多，精索靜脈曲張，高血壓，和高鈣血中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，該癥狀是皮膚發(fā)黃，腹部液體所致腹脹，凝血異常所致容易淤血，食欲不振，非故意的重量減輕，腹痛，惡心，嘔吐，和不適中的任一項或多項(任意組合)。在一個實施方案中，使用該生物標志物(例如hgfmrna表達，例如使用ish和/或rt-qpcr測定的)來鑒定預期在用c-met拮抗劑治療時具有延長的存活(例如延長的總體和/或無進展存活)的患者。在一些實施方案中，使用該生物標志物(例如hgfmrna表達，例如使用ish和/或rt-qpcr測定的)來鑒定預期在用c-met拮抗劑和vegf拮抗劑治療時相對于單獨用vegf拮抗劑治療的患者具有延長的存活(例如延長的總體和/或無進展存活)的患者。本文中的生物標志物的發(fā)生率(例如通過hgfmrnaish和/或rt-qpcr分析測定的)有效預測或以高靈敏度預測此類有效響應。

在一些實施方案中，延長存活意味著使依照本發(fā)明治療的患者的總體或無進展存活相對于未接受治療的患者和/或相對于用一種或多種已獲批準的抗腫瘤劑治療但未接受依照本發(fā)明的治療的患者延長。在一個具體的例子中，延長存活意味著使接受本發(fā)明的療法(例如用c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)治療)的癌癥患者的無進展存活(pfs)和/或總體存活(os)相對于未接受治療的患者和/或相對于用一種或多種已獲批準的抗腫瘤劑治療但未接受c-met拮抗劑治療的患者延長。在另一個具體的例子中，延長存活意味著使接受本發(fā)明的療法(例如用c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)治療)的癌癥患者(例如癌癥患者群體)的無進展存活(pfs)和/或總體存活(os)相對于未接受治療的患者(例如癌癥患者群體)和/或相對于用一種或多種已獲批準的抗腫瘤劑治療但未接受c-met拮抗劑治療的患者(例如癌癥患者群體)延長。在另一個具體的例子中，延長存活意味著使接受本發(fā)明的組合療法(例如用c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)和vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的組合治療)的癌癥患者的無進展存活(pfs)和/或總體存活(os)相對于僅用貝伐珠單抗治療的患者延長。在另一個具體的例子中，延長存活意味著使接受本發(fā)明的組合療法(例如用奧奴珠單抗和貝伐珠單抗的組合治療)的癌癥患者(例如癌癥患者群體)的無進展存活(pfs)和/或總體存活(os)相對于僅用貝伐珠單抗治療的患者(例如癌癥患者群體)延長。

在一些實施方案中，治療導致改善癌癥的體征或癥狀，等，包括延長具有成膠質(zhì)細胞瘤(例如先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間。在一些實施方案中，該癥狀是癲癇、神經(jīng)認知功能(包括但不限于：人物、時間和/或地點的取向)、閱讀、書寫、和理解中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，提供用于預防此類癌癥體征或癥狀變多/變重的方法。

在一些實施方案中，治療導致改善癌癥的體征或癥狀，等，包括延長具有間皮瘤(例如先前治療過的間皮瘤)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間。在一些實施方案中，該癥狀是胸壁痛，胸腔積液，呼吸短促，疲勞，貧血，喘鳴，聲嘶，咳嗽，痰中帶血，腹痛，腹水，腹部腫塊，腸功能問題，重量減輕，血塊，彌散性血管內(nèi)凝血，黃疸，低血糖水平，和肺栓子中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，提供用于預防此類癌癥體征或癥狀變多/變重的方法。

在一些實施方案中，治療導致改善癌癥的體征或癥狀，等，包括延長具有胃癌(例如先前治療過的胃癌)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間。在一些實施方案中，該癥狀是消化不良，燒心，虛弱，疲勞，腹脹，腹痛，惡心，嘔吐，腹瀉，便秘，重量減輕，出血，貧血，和吞咽困難中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，提供用于預防此類癌癥體征或癥狀變多/變重的方法。

在一些實施方案中，治療導致改善癌癥的體征或癥狀，等，包括延長具有肝細胞癌(例如先前治療過的肝細胞癌)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間。在一些實施方案中，該癥狀是皮膚發(fā)黃，腹部液體所致腹脹，凝血異常所致容易淤血，食欲不振，非故意的重量減輕，腹痛，惡心，嘔吐，和不適中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，提供用于預防此類癌癥體征或癥狀變多/變重的方法。

在一些實施方案中，治療導致改善癌癥的體征或癥狀，等，包括延長具有腎細胞癌(例如先前治療過的腎細胞癌)的患者經(jīng)歷的臨床上重要的疾病相關癥狀的惡化前時間。在一些實施方案中，該癥狀是血尿(或尿中帶血)，體側(cè)痛，腹部或體側(cè)腫塊，重量減輕，食欲不振，發(fā)熱，高血壓，不適，盜汗，貧血，紅細胞增多，精索靜脈曲張，高血壓，和高鈣血中的任一項或多項(任意組合)。在一些實施方案中，提供用于預防此類癌癥體征或癥狀變多/變重的方法。

在一些實施方案中，該患者是成膠質(zhì)細胞瘤患者。在一些實施方案中，該患者沒有接受過c-met拮抗劑在先治療。在一些實施方案中，該患者沒有接受過大腦內(nèi)藥劑在先治療。在一些實施方案中，該患者沒有24小時中大于1.0g蛋白質(zhì)的蛋白尿，如使用針對蛋白尿的尿液試紙測試測定的。在一些實施方案中，該患者沒有控制不當?shù)母哐獕?例如抗高血壓藥療時收縮血壓大于150mmhg和/或舒張血壓大于100mmhg)。在一些實施方案中，該患者沒有高血壓危象或高血壓腦病的在先歷史。在一些實施方案中，該患者沒有心肌梗死(例如在12個月內(nèi))或不穩(wěn)定心絞痛(例如在6個月內(nèi))的在先歷史。在一些實施方案中，該患者沒有中風或短暫性缺血發(fā)作的歷史(例如在6個月內(nèi))。在一些實施方案中，該患者沒有重大血管疾病(例如需要手術修復的主動脈瘤或最近的周圍動脈血栓形成，例如在6個月內(nèi))。在一些實施方案中，該患者沒有腹瘺或胃腸穿孔的歷史(例如在6個月內(nèi))。在一些實施方案中，該患者沒有出血素質(zhì)或凝血病(在治療性抗凝缺失下)的證據(jù)。在一些實施方案中，該患者沒有顱內(nèi)膿腫的歷史(例如在6個月內(nèi))。

在一些實施方案中，該患者接受過替莫唑胺在先治療。在一些實施方案中，該患者接受過不多于一種在前線化療(例如一種在前線替莫唑胺，例如并行或輔助替莫唑胺)。在一些實施方案中，該患者具有大于或等于70％的karnofsky性能狀態(tài)。

另一方面，提供的是用于在患者中評估與使用本文所述任何方法治療先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤有關的不利事件的方法，其中治療是用c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)，該方法包括對患者監(jiān)測一種或多種不利事件的步驟。在一些實施方案中，對患者監(jiān)測一種或多種不利事件的數(shù)目和/或嚴重性。例示性不利事件在本文中有公開，而且包括但不限于：外周水腫。

另一方面，提供的是用于在患者中評估與使用本文所述任何方法治療先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤有關的不利事件的方法，其中治療是用c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)和化療劑，該方法包括對患者監(jiān)測一種或多種不利事件的步驟。在一些實施方案中，對患者監(jiān)測一種或多種不利事件的數(shù)目和/或嚴重性。例示性不利事件在本文中有公開，而且包括但不限于：外周水腫。

另一方面，提供的是用于在患者中評估與使用本文所述任何方法治療先前治療過的成膠質(zhì)細胞瘤或腎細胞癌有關的不利事件的方法，其中治療是用c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)和vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)，該方法包括對患者監(jiān)測一種或多種不利事件的步驟。在一些實施方案中，對患者監(jiān)測一種或多種不利事件的數(shù)目和/或嚴重性。例示性不利事件在本文中有公開，而且包括但不限于：外周水腫。

要理解，可以替換抗體或在抗體外使用抗體的免疫綴合物作為藥物來實施任何本文所述配制劑或治療方法。

v.制品

在本發(fā)明的另一個實施方案中，提供了用于治療癌癥(諸如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的制品。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的癌癥(諸如先前治療過的(例如第二線)成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)。所述制品包括容器和容器上或伴隨容器的標簽或包裝插頁。合適的容器包括例如瓶(bottles)、管形瓶(vials)、注射器(syringes)、等。所述容器可以用多種材料諸如玻璃或塑料制成。所述容器容納或裝有包含癌癥藥物作為活性劑的組合物，并可以具有無菌出入口(例如該容器可以是具有可被皮下注射針頭刺穿的塞子的靜脈內(nèi)溶液袋或管形瓶)。

所述制品可以進一步包括第二容器，該容器裝有藥學可接受的稀釋緩沖劑，諸如抑菌性注射用水(bwfi)、磷酸鹽緩沖鹽水、林格氏(ringer)溶液、和右旋糖溶液。制品還可包括從商業(yè)和使用者觀點看有需要的其它材料，包括其它緩沖劑、稀釋劑、濾器、針頭、和注射器。

本發(fā)明的制品還包括信息，例如以包裝插頁的形式，指示所述組合物用于如本文中公開的那樣基于生物標志物的表達，治療癌癥。所述插頁或標簽可采取任何形式，諸如紙或在電子介質(zhì)上，諸如磁記錄介質(zhì)(例如軟盤)或cd-rom。所述標簽或插頁還可包括關于所述試劑盒或制品中藥物組合物和劑量形式的其它信息。

本發(fā)明還涉及用于制造制品的方法，包括在包裝中組合藥物組合物和包裝插頁，該藥物組合物包含c-met拮抗劑(例如抗c-met抗體，例如奧奴珠單抗)，該包裝插頁指示該藥物組合物如本文中公開的那樣基于hgf生物標志物的表達用于治療具有癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的癌癥(例如第二線成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)。

本發(fā)明還涉及用于制造制品的方法，包括在包裝中組合藥物組合物和包裝插頁，該藥物組合物包含vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)，該包裝插頁指示該藥物組合物用于如本文中公開的那樣基于hgf生物標志物的表達治療具有癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)的患者。在一些實施方案中，該癌癥是先前治療過的癌癥(例如第二線成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)。

所述制品可以進一步包括別的容器，該容器裝有藥學可接受的稀釋緩沖劑，諸如抑菌性注射用水(bwfi)、磷酸鹽緩沖鹽水、林格氏(ringer)溶液、和/或右旋糖溶液。制品還可包括從商業(yè)和使用者觀點看有需要的其它材料，包括其它緩沖劑、稀釋劑、濾器、針頭、和注射器。

vi.診斷試劑盒

本發(fā)明還涉及可用于檢測任何一種或多種本文中鑒定的生物標志物的診斷試劑盒。因而，提供了診斷試劑盒，其包含用于測定來自癌癥患者(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤患者)的樣品中一種或多種hgf生物標志物的表達的一種或多種試劑。任選地，該試劑盒進一步包含使用該試劑盒如果該患者的癌癥已經(jīng)測定為具有大量的hgf生物標志物(例如通過ish，或pcr)的話選擇癌癥藥物(例如c-met拮抗劑，諸如抗c-met抗體，例如奧奴珠單抗)來治療成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤患者的說明書。在一些實施方案中，該癌癥患者是先前接受過治療的癌癥患者(例如先前接受過治療的成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤患者)。任選地，該試劑盒進一步包含使用該試劑盒如果該患者的癌癥已經(jīng)測定為具有大量的hgf生物標志物(例如通過ish，或pcr)的話選擇癌癥藥物(例如c-met拮抗劑，諸如抗c-met抗體，例如奧奴珠單抗)來治療該先前接受過治療的成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤患者的說明書。在另一個實施方案中，該試劑盒進一步包含使用該試劑盒如果該患者的癌癥(例如成膠質(zhì)細胞瘤，間皮瘤，胃癌，腎細胞癌，肝細胞癌，或肉瘤)已經(jīng)測定為具有大量的hgf生物標志物的話選擇c-met拮抗性抗體(例如奧奴珠單抗)和vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)的治療的說明書。在一些實施方案中，該試劑盒包含與hgfmrna互補的引物和/或探針(例如1，2，3，4，或更多)。

vii.做廣告的方法

本文中的發(fā)明還關注一種用于為癌癥藥物做廣告的方法，其包括給目標受眾推廣所述癌癥藥物(例如抗c-met抗體，任選與抗vegf抗體組合)用于基于hgf生物標志物的表達，治療癌癥患者的用途，如本文中公開的。

做廣告為經(jīng)由非個人媒體進行的、通常付費的通訊，其中發(fā)起人受到鑒別且信息受到控制。為本文目的的做廣告包括宣傳(publicity)、公共關系(publicrelations)、產(chǎn)品布置(productplacement)、贊助(sponsorship)、保險(underwriting)、和促銷(salespromotion)。該術語還包括出現(xiàn)在任何印刷傳播媒體中的商業(yè)信息公告，其設計用于引起大眾的興趣以勸說、通知、推廣、激發(fā)、或以其它方式改變行為，向購買、支持、或認可本文中發(fā)明的有利方式發(fā)展。

本文中診斷方法的廣告和推廣可通過任何手段實現(xiàn)。用于傳遞這些信息的廣告媒體的例子包括電視、電臺、電影、雜志、報紙、因特網(wǎng)、和告示板，包括商業(yè)性的，即出現(xiàn)在廣播媒體中的信息。廣告還包括那些在食品貨車座位上、機場通道墻壁上、和公共汽車側(cè)面上的廣告、或電話等候信息或店內(nèi)pa系統(tǒng)中聽到的廣告、或可放置視覺或聽覺通訊的任何地方的廣告。

推廣或做廣告手段的更特定的例子包括電視、電臺、電影、因特網(wǎng)(諸如網(wǎng)絡傳播和網(wǎng)絡研討會(webinar))、意圖到達同步用戶的交互式計算機網(wǎng)絡、固定的或電子的告示板和其它公共標牌、海報、傳統(tǒng)的或電子的文獻(諸如雜志和報紙)、其它媒體渠道、講座或個體接觸，例如通過電子郵件、電話、即時信息、郵寄、快遞、大眾(mass)、或載體郵件(carriermail)、親自訪問等進行。

所使用的做廣告的類型會取決于許多因素，例如待傳達的目標受眾的性質(zhì)，例如醫(yī)院、保險公司、診所、醫(yī)生、護士、和患者，以及成本考慮和管理藥物和診斷劑做廣告的相關管轄權法律和條例?？筛鶕?jù)由服務相互作用和/或其它數(shù)據(jù)(諸如用戶人口統(tǒng)計狀況和地理學定位)限定的用戶表征使做廣告?zhèn)€性化或用戶化。

在一些實施方案中，推廣指推廣治療劑諸如抗c-met拮抗劑(例如奧奴珠單抗)和/或vegf拮抗劑(例如貝伐珠單抗)用于治療適應癥，諸如成膠質(zhì)細胞瘤(例如復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤)，間皮瘤(例如復發(fā)性間皮瘤)，胃癌(例如復發(fā)性胃癌)，腎細胞癌(例如復發(fā)性腎細胞癌)，肝細胞癌(例如復發(fā)性肝細胞癌)，或肉瘤(例如復發(fā)性肉瘤)，其中此類推廣得到食品和藥品管理局(foodanddrugadministration，fda)核準為已經(jīng)證明在受試者群體中與統(tǒng)計上顯著的治療功效和可接受的安全性有關。

序列

seqidno:16

mkapavlapgilvllftlvqrsngeckealaksemnvnmkyqlpnftaetpiqnvilhehhiflgatnyiyvlneedlqkvaeyktgpvlehpdcfpcqdcsskanlsggvwkdninmalvvdtyyddqliscgsvnrgtcqrhvfphnhtadiqsevhcifspqieepsqcpdcvvsalgakvlssvkdrfinffvgntinssyfpdhplhsisvrrlketkdgfmfltdqsyidvlpefrdsypikyvhafesnnfiyfltvqretldaqtfhtriirfcsinsglhsymempleciltekrkkrstkkevfnilqaayvskpgaqlarqigaslnddilfgvfaqskpdsaepmdrsamcafpikyvndffnkivnknnvrclqhfygpnhehcfnrtllrnssgcearrdeyrtefttalqrvdlfmgqfsevlltsistfikgdltianlgtsegrfmqvvvsrsgpstphvnflldshpvspevivehtlnqngytlvitgkkitkiplnglgcrhfqscsqclsappfvqcgwchdkcvrseeclsgtwtqqiclpaiykvfpnsapleggtrlticgwdfgfrrnnkfdlkktrvllgnesctltlsestmntlkctvgpamnkhfnmsiiisnghgttqystfsyvdpvitsispkygpmaggtlltltgnylnsgnsrhisiggktctlksvsnsilecytpaqtistefavklkidlanretsifsyredpivyeihptksfisggstitgvgknlnsvsvprmvinvheagrnftvacqhrsnseiiccttpslqqlnlqlplktkaffmldgilskyfdliyvhnpvfkpfekpvmismgnenvleikgndidpeavkgevlkvgnkscenihlhseavlctvpndllklnselniewkqaisstvlgkvivqpdqnftgliagvvsistalllllgfflwlkkrkqikdlgselvrydarvhtphldrlvsarsvspttemvsnesvdyratfpedqfpnssqngscrqvqypltdmspiltsgdsdisspllqntvhidlsalnpelvqavqhvvigpsslivhfnevigrghfgcvyhgtlldndgkkihcavkslnritdigevsqfltegiimkdfshpnvlsllgiclrsegsplvvlpymkhgdlrnfirnethnptvkdligfglqvakgmkylaskkfvhrdlaarncmldekftvkvadfglardmydkeyysvhnktgaklpvkwmaleslqtqkfttksdvwsfgvllwelmtrgappypdvntfditvyllqgrrllqpeycpdplyevmlkcwhpkaemrpsfselvsrisaifstfigehyvhvnatyvnvkcvapypsllssednaddevdtrpasfwets

實施例

實施例1：成膠質(zhì)細胞瘤樣品中hgfmrna表達的原位雜交分析

樣品：分析治療前患者成膠質(zhì)細胞瘤樣品，該樣品來自為評估奧奴珠單抗加貝伐珠單抗治療較之貝伐珠單抗加安慰劑在具有復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者中的初步活性和安全性而設計的一項盲試的，ii期，隨機化的，多中心的試驗(下文進一步描述)。對于加入該研究的所有患者要求提交代表成膠質(zhì)細胞瘤的福爾馬林固定的石蠟包埋的腫瘤標本。

原位雜交(ish)：實施ish測定法，使用靶dna探針套組雜交至感興趣靶rna，繼以基于雜交的信號放大。靶探針是設計成成對雜交的寡核苷酸，每對為前置放大器創(chuàng)建一個結(jié)合位點。該前置放大器在有利于雜交至靶探針對而非靶探針個體的溫度雜交至靶探針。這確保了如果未配對的靶探針非特異性雜交至非特異性rna的話，不會發(fā)生信號放大。然后，放大器雜交至前置放大器。最后，綴合有發(fā)色分子的標記物探針雜交至放大器。

依照制造商的說明書(rnascope2.0manualassay)實施測定法，只是相對于制造商的說明書改變了預處理步驟。預處理步驟的改變對于例如優(yōu)化信號是重要的。

方案：

1.將載片于60℃烘烤60分鐘。

2.脫石蠟/再水合：將載片用3x二甲苯(emdmilliporechemicals；產(chǎn)品目錄號xx0060-4)處理5分鐘，接著用2x100％試劑醇(thermoscientific；產(chǎn)品目錄號9111)處理2分鐘。

使所有保存于4℃的試劑升至室溫。在使用之前大約10分鐘將探針預加熱至40℃。

3.將載片風干，并在組織周圍設置疏水性屏障。

4.通過滴管將預處理(pt)1溶液(內(nèi)源過氧化物酶，advancedcelldiagnostics，產(chǎn)品目錄號310020)添加至每個載片以覆蓋標本，然后將樣品于室溫溫育10分鐘，然后將載片轉(zhuǎn)移至h2o2次各2分鐘

5.制備1.5升預處理(pt)2溶液(advancedcelldiagnostics；產(chǎn)品目錄號320043；溶液來時為10x儲液，在使用之前在dh2o中稀釋至1x)并轉(zhuǎn)移入pt模塊，然后將載片置于裝有pt2溶液的pt模塊中，并在其中于92℃煮沸20分鐘，然后將載片置于pt模塊(labvision^tmptmodule，thermoscientific，part.號a80400112)中并于92℃放置20分鐘，然后將載片轉(zhuǎn)移至h2o以使載片冷卻2次各2分鐘。

6.通過滴管將預處理(pt)3(advancedcelldiagnostics；產(chǎn)品目錄號310020)添加至每個載片以覆蓋標本，將載片于40℃放置20分鐘，然后轉(zhuǎn)移至磷酸鹽緩沖鹽水2次各2分鐘。

7.將載片在pbsph7.4(genentechmediaprep)中的4％低聚甲醛中于室溫固定5分鐘，然后在pbs中清洗2次各1-5分鐘以漂洗掉低聚甲醛。

8.依照制造商的說明書(參見rnascope2.0manualassay方案)實施探針雜交。探針(hgf探針或?qū)φ仗结?于40℃雜交2小時，然后在清洗緩沖液(rnascope50xffpe清洗緩沖液；advancedcelldiagnostics，產(chǎn)品目錄號310091；在dh2o中稀釋至1x)中清洗2次各2分鐘。

8.放大步驟1：將載片于40℃溫育30分鐘，然后在清洗緩沖液中清洗2次各2分鐘。

9.放大步驟2：將載片于40℃溫育15分鐘，然后在清洗緩沖液中清洗2次各2分鐘。

10.放大步驟3：將載片于40℃溫育30分鐘，然后在清洗緩沖液中清洗2次各2分鐘。

11.放大步驟4：將載片于40℃溫育15分鐘，然后在清洗緩沖液中清洗2次各2分鐘。

12.放大步驟5：將載片于室溫溫育30分鐘，然后在清洗緩沖液中清洗2次各2分鐘。

13.放大步驟6：將載片于室溫溫育15分鐘，然后在清洗緩沖液中清洗2次各2分鐘。

14.檢測：將daba和dabb(均來自2.0檢測試劑盒–褐色；advancedcelldiagnostics；訂購號310033)1:1混合，添加至載片，然后將載片于室溫溫育10分鐘，然后在dh2o中漂洗。

15.復染：將在水中1:1稀釋的gill氏蘇木精(gill氏蘇木精#2；polysciences，inc.；訂購號24243-500)添加至載片達2分鐘，然后在dh2o中漂洗載片。將載片在銨水(氫氧化銨；sigmaaldrich；221228-25ml-a–在dh2o中稀釋至0.01％)中浸入5次，然后將載片在dh2o中浸入5次。

16.脫水：將載片在70％試劑醇(70％試劑醇，americanmastertechscientific，inc.；#alrea70gal)中浸入1次2分鐘，然后100％試劑醇2次各2分鐘，然后二甲苯1次5分鐘。

17.在permount封固介質(zhì)(tissueglas^tm封固介質(zhì)；sakura；訂購號6419)中給載片蓋上蓋玻片。

步驟6-11在濕度控制盤(hybez^tm濕度控制盤；advancedcelldiagnostics；訂購號310012，與dh2o浸泡的增濕紙一起使用，hybez^tm增濕紙；acd；訂購號310015)中實施，并在hybez^tm爐(advancedcelldiagnostics；訂購號241000acd)中溫育。

hgfish中使用的探針為：hgf探針：hs-hgf探針(advancedcelldiagnostics；訂購號310761)；陽性對照探針hs-ubc探針(遍在蛋白c)(advancedcelldiagnostics；訂購號310041)；和陰性對照探針dapb探針(二氫吡啶二羧酸還原酶)(advancedcelldiagnostics；訂購號310043)。

以hgfmrna的ish對成膠質(zhì)細胞瘤樣品打分：展示陽性hgfish信號的樣品在細胞的核和/或胞質(zhì)中展示點狀褐色點。在腫瘤細胞和良性基質(zhì)細胞(例如反應性星形細胞，膠質(zhì)細胞，周細胞和內(nèi)皮細胞)中觀察到陽性hgfish信號，而且在形態(tài)上正常的腦組織中(例如，在正常的腦的廣泛部分在切片上遠離腫瘤存在的情況中)從未觀察到陽性hgfish信號。hgfish信號在絕大多數(shù)(如果不是全部的話)樣品中是局灶性的，使得腫瘤和/或良性基質(zhì)中的陽性hgfish信號能在切片的一些部分中觀察到且在切片的其它部分中觀察不到。事實上，切片在一些視野中具有陽性hgfish信號且在其它視野中缺乏hgfish信號(有時數(shù)個視野缺乏hgfish信號)并不異常。因而，對整個切片關于腫瘤和良性基質(zhì)細胞中陽性ish信號的存在或缺失和流行度打分，只是對切片上遠離腫瘤存在的形態(tài)上正常的腦組織不打分。在有些情況中，進行打分分析的組織視野中包括的區(qū)域內(nèi)可以已經(jīng)存在正常的腦組織(例如，在腫瘤區(qū)域內(nèi)含有正常的腦組織時)。

還將來自相同腫瘤的切片與陽性(ubc)和陰性(dapb)對照探針雜交作為對照。自分析排除沒有ubc陽性對照ish陽性信號的任何病例。

ish測定法具有極低水平的非特異性(或背景)信號，這有助于檢測低水平和流行度的陽性hgfish信號。通過在每個實驗中包括hgf表達的陽性和陰性對照和背景染色來評估該測定法中背景信號的水平：已知kp4細胞系表達并分泌hgf。用ffpe固定的kp4細胞團粒的切片制備載片，并使用hgf探針(陽性對照)和dapb探針(陰性對照)進行分析。dapb是在哺乳動物細胞中不表達的細菌基因，因而預期在kp4細胞中不會觀察到陽性dapbish信號。

如下所述實施打分，即在光學顯微鏡上使用10倍物鏡掃描整個切片，然后使用20x或40倍物鏡掃描整個切片。如下所述在自0至3+的尺度上根據(jù)具有陽性hgfish信號的細胞的流行度對樣品打分。為了測定罕見的，偶爾的或眾多細胞中是否存在信號，采取下述辦法：使用10倍物鏡掃描整個腫瘤切片(如上所述，聚焦于樣品中的腫瘤和相鄰良性基質(zhì)，并自腫瘤排除形態(tài)上正常的腦組織的廣泛部分)。如果使用10倍物鏡容易觀察到陽性hgfish信號，那么該樣品表征為眾多細胞中顯示hgfish信號并打分為hgfish3+。圖8顯示展示3+hgfish信號的成膠質(zhì)細胞瘤切片的顯微照片，在低放大倍數(shù)下查看。圖9顯示同一切片的顯微照片，以高放大倍數(shù)查看。

如果使用10倍物鏡不容易觀察到陽性hgfish信號，那么使用20x和/或40倍物鏡掃描整個腫瘤切片。如果在多個細胞中觀察到陽性hgfish信號，在20或40x下查看的(典型地在載片的數(shù)個視野中；有時在定位有陽性信號的視野之前不得不掃描切片的數(shù)個視野)，那么該樣品表征為偶爾的細胞中顯示hgfish信號并打分為hgfish2+。如果觀察到很少的細胞(典型地整個切片中約10個或更少)有陽性hgfish信號，例如通常在觀察到陽性hgfish信號之前需要搜索載片的多個視野，那么該樣品表征為罕見細胞中顯示hgfish信號，并打分為hgfish1+。圖10顯示展示1+hgfish信號的成膠質(zhì)細胞瘤切片的例示性顯微照片。使用低放大倍數(shù)(大致等同于10倍物鏡)查看切片，而且難以鑒定hgfish信號陽性細胞。圖11顯示同一成膠質(zhì)細胞瘤切片的例示性顯微照片，是以高放大倍數(shù)(大致等同于40倍物鏡)查看的。在遍布視野散布的細胞中觀察到弱hgfish信號。箭指向例示性hgfish信號陽性細胞。圖12顯示展示3+hgfish信號的成膠質(zhì)細胞瘤切片的例示性顯微照片，是以中等放大倍數(shù)(大致等同于20倍物鏡)查看的。在腫瘤的侵入性邊緣處的多個細胞中觀察到hgfish陽性信號。

如果在切片中沒有觀察到hgfish信號，那么對樣品打分為hgfish0。

評估了128份樣品。4份樣品的組織不足以進行評估。8份樣品因rna質(zhì)量不夠(陽性對照ubc基因ish的染色為陰性)而被排除。27份樣品對于hgf呈陰性(23％)，49份樣品對于hgf呈1+(42％)，34份樣品對于hgf呈2+(29％)而6份樣品對于hgf呈3+(5％)。34％打分為hgf診斷陽性(hgfish2+和3+)。22份樣品在根據(jù)細胞學標準(細胞/核非典型)為明顯惡性的腫瘤細胞中顯示陽性hgfish信號。

實施例2：胃癌和間皮瘤樣品中hgfmrna表達的原位雜交分析

如上文關于成膠質(zhì)細胞瘤樣品描述的那樣對福爾馬林固定的石蠟包埋的胃癌樣品進行針對hgfrna的ish分析，并且基本上如上文關于成膠質(zhì)細胞瘤樣品描述的那樣對樣品打分，只是在胃癌樣品中找到的基質(zhì)細胞包括成纖維細胞，巨噬細胞，內(nèi)皮細胞。在一些情況中，腫瘤樣品可以包括癌細胞，淋巴細胞，白細胞，基質(zhì)，血管，結(jié)締組織，基底層，和與腫瘤有關的任何其它細胞類型。圖13：顯示基質(zhì)細胞中有局灶性(箭頭)高表達(3+)的胃癌中hgf的代表性原位雜交。通過褐色色原體針對藍色蘇木精復染劑來顯示探針雜交。棒＝100um。

如上文關于成膠質(zhì)細胞瘤樣品描述的那樣對福爾馬林固定的石蠟包埋的間皮瘤樣品進行針對hgfrna的ish分析，并且基本上如上文關于成膠質(zhì)細胞瘤樣品描述的那樣對樣品打分。圖14：顯示基質(zhì)細胞中有局灶性高表達(3+)的間皮瘤癌癥中hgfrna的代表性原位雜交。通過紅色色原體針對藍色蘇木精復染劑來顯示探針雜交。圖15：顯示hgf表達有腫瘤內(nèi)異質(zhì)性的間皮瘤癌癥中hgfrna的代表性原位雜交。通過紅色色原體針對藍色蘇木精復染劑來顯示探針雜交。圖16：顯示展示自分泌hgf表達的間皮瘤癌癥中hgfrna的代表性原位雜交。通過紅色色原體針對藍色蘇木精復染劑來顯示探針雜交。

實施例3：評估奧奴珠單抗與貝伐珠單抗組合在具有復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者中的功效和安全性的一項隨機化的，雙盲的，安慰劑作對照的，多中心的ii期研究

這是一項隨機化的，雙盲的，安慰劑作對照的，多中心的ii期試驗，該試驗用于評估奧奴珠單抗+貝伐珠單抗相對于安慰劑+貝伐珠單抗在具有成膠質(zhì)細胞瘤的患者中首次復發(fā)時的功效和安全性。

背景：用于新診斷的成膠質(zhì)細胞瘤的標準治療是手術減積(debulking)，繼以放療和替莫唑胺(tmz)及另外的維持tmz。雖然此類治療與存活好處有關，但是幾乎所有患者在初始療法后復發(fā)。具有復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者具有約4個月的中值無進展存活(pfs)和小于10個月的os。仍然不清楚具有復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者的最佳管理，因為沒有直接比較主動干預與支持護理的隨機化試驗。來自再干預的好處的最重要的預后因子是治療前性能狀態(tài)和患者年齡。主動干預包括重復手術，再照放射，或系統(tǒng)性療法，目的是改善或保留神經(jīng)學功能和延長無進展存活(pfs)和總體存活(os)。tmz化療在初始試驗中作為第二線療法展現(xiàn)存活延長。然而，現(xiàn)在一般使用tmz作為第一線治療的一種成分，因而沒有已建立的化療方案可用于復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤。

研究設計：將患者隨機指派(1:1)指兩個治療分支之一：安慰劑+貝伐珠單抗(分支a)或奧奴珠單抗+貝伐珠單抗(分支b)。基于karnofsky性能狀態(tài)(70％-80％對90％-100％)和年齡(<50對≥50歲)對患者分層，因為已經(jīng)使用cox比例風險模型將這些特征鑒定為接受主動治療的具有復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者中的預后因子。代表成膠質(zhì)細胞瘤診斷的石蠟包埋的腫瘤樣品的可得性對于隨機化分入研究是強制性的。來自再發(fā)生手術的組織是優(yōu)選的，但是來自初始手術的組織對于進入研究是足夠的。繼續(xù)研究治療，直至疾病進展，不可接受的毒性，患者或內(nèi)科醫(yī)生決定中止，或死亡。自安慰劑貝伐珠單抗(分支a)轉(zhuǎn)換至奧奴珠單抗治療是不容許的。在治療中止后，每6周跟蹤患者的存活情況。圖1顯示研究設計的概覽。

為了表征安慰劑+貝伐珠單抗和奧奴珠單抗+貝伐珠單抗的安全性和耐受性概況，貫穿研究監(jiān)測患者的不利事件(所有級別)，嚴重不利事件，任何需要中斷或中止藥物的不利事件，實驗室數(shù)值的變化，和體檢發(fā)現(xiàn)。

功效結(jié)局測量：這項研究的功效結(jié)局測量如下。

這項研究的主要功效結(jié)局測量是：

·無進展存活(pfs)，定義為自隨機化之日至第一次記錄疾病進展或死亡(以先發(fā)生者為準)之日的時間。會使用rano標準基于調(diào)查人員評估測定疾病進展。因為成膠質(zhì)細胞瘤典型地不展現(xiàn)延長的疾病不活動(與低級膠質(zhì)瘤相反)，所以沒有腫瘤進展的持續(xù)時間通常是臨床上有意義的。這項研究的次要功效結(jié)局測量是：

·總體存活(os)，定義為自隨機化直至任何原因的死亡的時間

·總體存活-9(os-9)，定義為在隨機化之后9個月時活著的患者的的百分比

·無進展存活-6(pfs-6)，定義為在隨機化之后6個月時活著且無進展的患者的百分比

·總體響應率(orr)，定義為每個治療分支中調(diào)查人員判斷為具有客觀響應(如使用rano標準確定的)的患者的百分比

·響應持續(xù)時間(dor)，定義為研究期間自第一次發(fā)生記錄的客觀響應至疾病進展(如調(diào)查人員使用rano標準確定的)或任何原因的死亡的時間這項研究的安全性結(jié)局測量如下：

·依照ncictcaeversion4.0的不利事件，包括嚴重不利事件(sae)的發(fā)生率，性質(zhì)，和嚴重性

·施用研究藥物期間和之后臨床實驗室結(jié)果的變化

·針對奧奴珠單抗的ata的發(fā)生率和血清水平

這項研究的pk結(jié)局測量如下：

·周期1，2，3和4第1天時第一次輸注之前和研究藥物中止拜訪(sddv)時血清中奧奴珠單抗和貝伐珠單抗的最小濃度(cmin)

·周期1，2，3，和4第1天時最后一次輸注之后30分鐘血清中奧奴珠單抗和貝伐珠單抗的最大濃度(cmax)

這項研究的探索性結(jié)局測量如下：

·皮質(zhì)類固醇使用

·生物標志物的變化，和生物標志物與pfs，orr，和os的相關性

·如使用mmse確定的神經(jīng)認知功能

·成膠質(zhì)細胞瘤和治療相關癥狀嚴重性和干預的患者報告的結(jié)局，如使用mdasi-bt確定的

材料和方法

患者：如果患者在并行或輔助化放療之后第一次復發(fā)時具有成膠質(zhì)細胞瘤的話，他們對于這項研究是潛在適格的。研究中的患者滿足下述標準來進入研究：

疾病特征包括下述：

·并行或輔助化放療之后第一次復發(fā)時組織學確認的成膠質(zhì)細胞瘤

·如通過rano標準定義的第一次腫瘤進展或再生長的成像確認

·替莫唑胺(tmz)在先治療。

·不多于一種在前線化療?；诓⑿泻洼o助tmz的化療(包括tmz與調(diào)查性藥劑的組合)認為是一條線化療。

·無貝伐珠單抗或其它靶向vegf或vegf受體的藥劑在先治療

·無靶向hgf或met途徑的實驗性治療在先暴露

·容許伽馬刀或其它局灶性高劑量放療在先療法，但是患者必須具有復發(fā)的后續(xù)組織學證明，除非復發(fā)是照射場以外的新病變

·無伴有卡莫司汀晶片的prolifeprospan20在先治療

·無在先大腦內(nèi)藥劑

·自在先療法的有毒效應恢復

·沒有基線腦mri上近期出血的證據(jù)

·不需要針對重大疾病(例如即將形成疝)的緊急姑息干預

·代表成膠質(zhì)細胞瘤的福爾馬林固定的石蠟包埋的腫瘤組織可得

患者特征包括下述：

·根據(jù)調(diào)查人員的判斷，愿意和能夠提供知情同意書和遵從研究方案

·年齡≥18歲

·karnofsky性能狀態(tài)≥70％

·在隨機化之前5天內(nèi)穩(wěn)定或遞減劑量的皮質(zhì)類固醇

·自研究進入排除滿足某些標準任一的患者，包括下述：

·患者不能經(jīng)受iv釓的腦mri掃描

·在登記之前7天內(nèi)絕對嗜中性細胞計數(shù)(anc)<1.5x10⁹/l；血小板計數(shù)<100x10⁹/l；或血紅蛋白(hb)<9.0g/dl。注意：使用輸血或其它干預來實現(xiàn)hb≥9g/dl是可接受的。

·總膽紅素≥1.5xuln(診斷有吉爾伯特氏病的患者除外)

ast(sgot)，alt(sgpt)，或堿性磷酸酶(alp)≥2.5xuln

·血清肌酸酐＞1.5xuln或計算肌酸酐清除(crcl)<60ml/min(cockcroft和gault)

·針對蛋白尿的尿液試紙測試≥2+；發(fā)現(xiàn)具有≥2+蛋白尿的患者應當經(jīng)受24小時尿液收集且必須展現(xiàn)24小時中≤1.0g蛋白質(zhì))

·國際標準化比率(inr)，凝血酶原時間(pt)，或活化部分凝血活酶時間

(aptt)如下：

在意圖對患者抗凝的治療劑缺失下：inr＞1.5或pt＞1.5xuln或aptt＞1.5xuln

或

在意圖對患者抗凝的治療劑存在下：inr或pt和aptt不在治療限度內(nèi)(依照制度中的醫(yī)療標準)或患者在隨機化之前尚未服用穩(wěn)定劑量的抗凝血劑至少2周。(注意：遵照asco指導方針，低分子量肝素[lmwh]應當是優(yōu)選的辦法。)

·控制不當?shù)母哐獕?定義為抗高血壓藥療時收縮血壓＞150mmhg和/或舒張血壓＞100mmhg)

·未受控制的糖尿病，表現(xiàn)為空腹血清葡萄糖水平＞200mg/dl

·高血壓危象或高血壓腦病的在先歷史

·紐約心臟協(xié)會(nyha)ii級或更高級充血性心力衰竭

·在隨機化之前心肌梗死(12個月內(nèi))或不穩(wěn)定心絞痛(6個月內(nèi))的歷史

·在隨機化之前6個月內(nèi)中風或短暫性缺血發(fā)作的歷史

·在隨機化之前6個月內(nèi)重大血管病(例如需要手術修復的主動脈瘤或最近的周圍動脈血栓形成)

·出血素質(zhì)或凝血病(在治療性抗凝缺失下)的證據(jù)

·在隨機化之前6個月內(nèi)腹瘺或胃腸穿孔的歷史

·在隨機化之前6個月內(nèi)顱內(nèi)膿腫的歷史

·在隨機化之前28內(nèi)重大手術規(guī)程，開放式活檢，或顯著外傷性損傷

·預期試驗過程期間需要重大手術規(guī)程

·嚴重非愈合傷口，活動性潰瘍，或未治療的骨折

·之前3年中另一惡性腫瘤的歷史，無疾病間隔<3年。具有原位癌或基細胞或鱗狀細胞皮膚癌的在先歷史的患者是適格的。

·在隨機化之前2周內(nèi)需要入院或iv抗生素的任何活動性感染的證據(jù)

·已知的對奧奴珠單抗或貝伐珠單抗的任何賦形劑的超敏感性

·對中國倉鼠卵巢細胞產(chǎn)品或其它重組人或人源化抗體的超敏感性

研究治療

奧奴珠單抗/奧奴珠單抗安慰劑。在裝有600mg奧奴珠單抗的單次使用15-cc管形瓶中作為無菌液體提供奧奴珠單抗。奧奴珠單抗藥物產(chǎn)品配制成10mm組氨酸乙酸酯，120mm蔗糖，0.4mg/ml聚山梨酯20，ph5.4中的60mg/ml奧奴珠單抗。奧奴珠單抗安慰劑由250cc0.9％生理鹽水溶液(nss)iv袋組成，而且會由調(diào)查場所提供。一旦稀釋奧奴珠單抗，溶液必須在8小時內(nèi)施用。

貝伐珠單抗。在單次使用管形瓶中作為用于iv輸注的無防腐劑的清澈至略微乳濁，無色至淺棕色，無菌液體供應貝伐珠單抗。它在具有16ml填充的20ml(400mg，25mg/ml)玻璃管形瓶中供應。配制劑含有磷酸鈉，海藻糖，聚山梨酯20，和無菌注射用水(swfi)，usp。

劑量，施用

奧奴珠單抗/貝伐珠單抗/安慰劑的給藥依賴于指派的治療分支。在這項研究中，首先施用奧奴珠單抗/奧奴珠單抗安慰劑繼以貝伐珠單抗。在奧奴珠單抗/奧奴珠單抗安慰劑輸注結(jié)束時繼以60分鐘推薦觀察期之后，施用貝伐珠單抗。

分支a中的患者貫穿研究接受奧奴珠單抗安慰劑。分支b中的患者貫穿研究每三周接受15mg/kg奧奴珠單抗。奧奴珠單抗/奧奴珠單抗安慰劑的劑量基于患者在篩選時的重量。此劑量貫穿研究施用且不會根據(jù)重量而變化。將液體奧奴珠單抗用0.9％nss稀釋成250ml總體積。一旦將奧奴珠單抗稀釋入nss，溶液推薦在8小時內(nèi)使用。不應用右旋糖稀釋奧奴珠單抗。推薦丟棄任何剩余溶液。作為iv輸注施用奧奴珠單抗/奧奴珠單抗安慰劑。第一劑在60分鐘(±10分鐘)里輸注。對于經(jīng)歷輸注相關癥狀的患者，奧奴珠單抗/奧奴珠單抗安慰劑輸注可以減緩或中斷。在奧奴珠單抗/奧奴珠單抗安慰劑給藥后對患者觀察發(fā)熱，發(fā)冷，或其它輸注相關癥狀至少60分鐘。隨后，在30(±10)分鐘里施用奧奴珠單抗/奧奴珠單抗安慰劑劑量，前提是患者耐受在前的輸注。

分支a和分支b中的患者貫穿研究每三周接受15mg/kg貝伐珠單抗(在奧奴珠單抗輸注之后)。貝伐珠單抗的劑量基于患者在篩選時的重量，而且會貫穿研究保持相同，除非患者的重量變化超過10％。將貝伐珠單抗在0.9％氯化鈉注射液，usp中稀釋至100ml的總體積。在90±15分鐘里投遞初始劑量。如果第一次輸注得到耐受，沒有任何輸注相關不利事件(發(fā)熱和/或發(fā)冷)，那么在60±10分鐘里投遞第二次輸注。如果60分鐘輸注得到較好耐受，那么在30±10分鐘里投遞所有后續(xù)輸注。

統(tǒng)計分析。pfs的治療比較基于0.05顯著性水平(雙側(cè))的分層的秩和檢驗。分層因子為karnofsky性能狀態(tài)(70％-80％對90％-100％)和年齡(<50對≥50歲)。使用kaplan-meier方法學來評估每個治療分支的中值pfs，并構建kaplan-meier曲線以提供奧奴珠單抗+貝伐珠單抗和安慰劑+貝伐珠單抗之間差異的視覺描述。治療效果的估值經(jīng)由使用分層cox模型表述成危害比(hr)，包括95％置信區(qū)間(ci)。os定義為自隨機化直至任何原因的死亡的時間。沒有報告在分析時已經(jīng)死亡的患者的數(shù)據(jù)在知道活著的最后時間之日審查；如果基線后數(shù)據(jù)不可得，在隨機化之日審查os。分析方法與pfs的相同。os-9定義為在9個月時活著的患者的百分比。使用kaplan-meier方法來評估os-9，連同標準誤差和相應的95％ci，使用greenwood方程進行。使用自greenwood方程估算的標準誤差通過z檢驗確定來自分支a和b的os-9之間差異的95％ci和p值。pfs-6定義為在6個月(24周)時活著且無進展的患者的百分比。分析方法與os-9的相同?？陀^響應定義為cr或pr。沒有基線后疾病評估的患者認為是非響應者。orr的分析群體是在基線時具有可測量疾病的所有隨機化患者。使用blyth-still-casella方法計算每個治療分支的orr估值及其95％ci。使用二項分布的正態(tài)近似確定兩個分支之間orr的差異的ci。dor定義為研究期間經(jīng)歷cr或pr的患者中自初始響應至疾病進展或死亡的時間。在分析時沒有進展或死亡的患者在最后疾病評估日審查。使用kaplan-meier方法學估算dor。治療分支之間經(jīng)由使用不分層秩和檢驗的比較只為描述目的進行。

探索性分析包括下述：

迷你心理狀態(tài)檢查(mmse)。以治療分支和時間點匯總使用mmse的神經(jīng)認知功能相對于基線的變化。

皮質(zhì)類固醇。以治療分支和時間點匯總基線時皮質(zhì)類固醇的使用和地塞米松等效劑量相對于基線的變化。

生物標志物。實施了探索性生物標志物分析以努力了解這些標志物與研究藥物響應，包括功效和/或不利事件的關聯(lián)。

患者報告的結(jié)局(pro)。使用mdanderson癥狀盤點-腦腫瘤問卷(mdasi-bt)評估疾病和治療相關癥狀嚴重性和癥狀干預的pro。對于所有患者，以均值(和95％ci)匯總mdasi-bt癥狀嚴重性和癥狀干預子量表并隨時間繪圖。報告每個時間點的均值(和95％ci)相對于基線(周期1第1天給藥前)的變化以及絕對得分。打分基于mdasi和mdasi-bt驗證文件(cleelandetal.,cancer(2000)89:1634-46；armstrongetal.,neurooncol(2006)80:27-35)。在兩個主要治療分支(奧奴珠單抗+貝伐珠單抗和貝伐珠單抗+安慰劑)之間比較均值(和95％ci)相對于基線(周期1第1天)的變化。

結(jié)果。將129名患者隨機化分入這兩個分支。以月計的中值存活隨訪為9.9(安慰劑+貝伐珠單抗)，9.8(奧奴珠單抗+貝伐珠單抗)。這項分析的臨床數(shù)據(jù)截止日期為2013年11月07日。

在復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤患者中，用c-met拮抗劑奧奴珠單抗和vegf拮抗劑貝伐珠單抗的組合治療展現(xiàn)出：

(i)hgfish2+/3+中相對于對照分支顯著更長的pfs和os；和

(ii)hgfish0/1+中相對于對照分支顯著更短的pfs和os。

圖2：顯示總體存活依照hgfish狀態(tài)的亞組分析。具有高hgfish(2+/3+)的患者在用安慰劑+貝伐珠單抗治療時具有6.6個月的中值總體存活，較之在用奧奴珠單抗+貝伐珠單抗治療時10.9個月的中值總體存活(hr＝0.39(95％ci0.16，0.96))。具有低hgfish(0/1+)的患者在用安慰劑+貝伐珠單抗治療時具有12.6個月的中值總體存活，較之在用奧奴珠單抗+貝伐珠單抗治療時8.6個月的中值總體存活(hr＝2.37(95％ci1.21，4.66))。

圖3：顯示hgfish低(0/1+)患者和hgfish高(2+/3+)患者中的總體存活的kaplan-meier分析。

圖4：顯示無進展存活依照hgfish狀態(tài)的亞組分析。具有高hgfish(2+/3+)的患者在用安慰劑+貝伐珠單抗治療時具有2.8個月的中值無進展存活，較之在用奧奴珠單抗+貝伐珠單抗治療時8.3個月的中值總體存活(hr＝0.32(95％ci0.15，0.6))。具有低hgfish(0/1+)的患者在用安慰劑+貝伐珠單抗治療時具有4.1個月的中值無進展存活，較之在用奧奴珠單抗+貝伐珠單抗治療時2.9個月的中值總體存活(hr＝1.63(95％ci0.99，2.68))。

圖5：顯示hgfish低(0/1+)患者和hgfish高(2+/3+)患者中的無進展存活的kaplan-meier分析。

圖6：顯示隨機化分至貝伐珠單抗+安慰劑的所有患者(實線)較之隨機化分至貝伐珠單抗+奧奴珠單抗的患者(虛線)中總體存活的分析。

圖7：顯示隨機化分至貝伐珠單抗+安慰劑的所有患者(實線)較之隨機化分至貝伐珠單抗+奧奴珠單抗的患者(虛線)中無進展存活的分析。

雖然出于清楚理解的目的，前述發(fā)明已經(jīng)通過舉例說明相當詳細地進行了描述，但是說明書和實施例不應解釋為限制本發(fā)明的范圍。

實施例3a：使用pcr評估奧奴珠單抗與貝伐珠單抗組合在具有復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤的患者中的功效和安全性的隨機化的，雙盲的，安慰劑作對照的，多中心的ii期研究的分析

使用pcr評估上文所述隨機化的，雙盲的，安慰劑作對照的，多中心的ii期試驗，該試驗用于評估奧奴珠單抗+貝伐珠單抗相對于安慰劑+貝伐珠單抗在具有成膠質(zhì)細胞瘤的患者中首次復發(fā)時的功效和安全性。對于這項分析，使用fluidigm基因表達分析評估hgfmrna表達水平。

方案：

切出石蠟包埋的，福爾馬林固定的成膠質(zhì)細胞瘤腫瘤組織樣品的10微米厚切片。然后提取rna，并去除蛋白質(zhì)和dna。使用superscriptiii/platinumtaq(invitrogen)和預擴增反應混合物(invitrogen)在一個反應中將2μl總rna逆轉(zhuǎn)錄成cdna并預擴增。預擴增反應(其包括額外的95對探針引物)中包括為了檢測hgf的表達而選擇的引物/探針套組，終濃度為0.05倍初始taqman測定法濃度(appliedbiosystems)。熱循環(huán)條件如下：1個循環(huán)的50℃達15min，1個循環(huán)的70℃達2min，然后是14個循環(huán)的95℃達15sec和60℃達4min。

將預擴增的cdna稀釋1.94倍，然后依照制造商的說明書在biomarkbmk-m-96.96平臺(fluidigm)上使用taqman通用pcr大師級混合物(appliedbiosystems)進行擴增。一式三份測定所有樣品。表達組團中包括先前在多種細胞系，新鮮冷凍的組織樣品，和ffpe組織樣品間評估了它們的表達穩(wěn)定性的兩種定制設計的參照基因，al-1377271和vps-33b。為每份樣品計算這兩種參照基因的ct值的均值，并如下使用δct(dct)法測定hgf的表達水平：均值ct(靶基因)–均值ct(參照基因)。

結(jié)果。將129名患者隨機化分入這兩個分支。以月計的中值存活隨訪為9.9(安慰劑+貝伐珠單抗)，9.8(奧奴珠單抗+貝伐珠單抗)。這項分析的臨床數(shù)據(jù)截止日期為2013年11月07日。

在復發(fā)性成膠質(zhì)細胞瘤患者中，用c-met拮抗劑奧奴珠單抗和vegf拮抗劑貝伐珠單抗的組合治療展現(xiàn)出：

(i)具有前25％hgf-pcr表達的患者中相對于對照分支顯著更長的pfs和os；和

(ii)具有后75％hgf-pcr表達的患者中相對于對照分支顯著更短的pfs和os。

圖17：顯示總體存活依照hgf-pcr表達的亞組分析。具有高hgf-pcr(前25％)的患者在安慰劑+貝伐珠單抗分支中具有7.3個月的中值總體存活，較之奧奴珠單抗+貝伐珠單抗分支中未達到的中值總體存活(hr＝0.29(95％ci0.08,1.06))。具有低hgf-pcr(后75％)的患者在安慰劑+貝伐珠單抗分支中具有未達到的中值總體存活，較之奧奴珠單抗+貝伐珠單抗分支中8.6個月的中值總體存活(hr＝1.86(95％ci1.03，3.36))。

圖18：顯示低hgf-pcr(后75％)患者和高hgf-pcr(前25％)患者中總體存活的kaplan-meier分析。

圖19：顯示無進展存活依照hgf-pcr表達的亞組分析。具有高hgf-pcr(前25％)的患者在安慰劑+貝伐珠單抗分支中具有2.8個月的中值無進展存活，較之奧奴珠單抗+貝伐珠單抗分支中6.1個月的中值無進展存活(hr＝0.37(95％ci0.16，0.86))。具有低hgf-pcr(后75％)的患者在安慰劑+貝伐珠單抗分支中具有4.1個月的中值無進展存活，較之奧奴珠單抗+貝伐珠單抗分支中2.9個月的中值無進展存活(hr＝1.39(95％ci0.87，2.20))。

圖20：顯示低hgf-pcr(后75％)患者和高hgf-pcr(前25％)患者中無進展存活的kaplan-meier分析。

圖21：顯示貝伐珠單抗+奧奴珠單抗分支中的hgf-pcr高(前25％)患者較之貝伐珠單抗+安慰劑分支中的患者中的總體響應率(orr)。

圖22：顯示貝伐珠單抗+安慰劑分支中的hgf-pcr低(后75％)患者和hgf-pcr高(前25％)患者中無進展存活和總體存活的預后效果。

序列表

<110>基因泰克公司（genentech,inc.）等

<120>使用c-met拮抗劑的癌癥治療及前者與hgf表達的關聯(lián)

<130>p5805r1-wo

<140>

<141>

<150>61/985,316

<151>2014-04-28

<150>61/969,706

<151>2014-03-24

<160>16

<170>patentinversion3.5

<210>1

<211>10

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的肽"

<400>1

glytyrthrphethrsertyrtrpleuhis

1510

<210>2

<211>18

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的肽"

<400>2

glymetileaspproserasnseraspthrargpheasnproasnphe

151015

lysasp

<210>3

<211>12

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的肽"

<400>3

alathrtyrargsertyrvalthrproleuasptyr

1510

<210>4

<211>17

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的肽"

<400>4

lysserserglnserleuleutyrthrserserglnlysasntyrleu

151015

ala

<210>5

<211>7

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的肽"

<400>5

trpalaserthrarggluser

15

<210>6

<211>9

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的肽"

<400>6

glnglntyrtyralatyrprotrpthr

15

<210>7

<211>119

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>7

gluvalglnleuvalgluserglyglyglyleuvalglnproglygly

151015

serleuargleusercysalaalaserglytyrthrphethrsertyr

202530

trpleuhistrpvalargglnalaproglylysglyleuglutrpval

354045

glymetileaspproserasnseraspthrargpheasnproasnphe

505560

lysaspargphethrileseralaaspthrserlysasnthralatyr

65707580

leuglnmetasnserleuargalagluaspthralavaltyrtyrcys

859095

alathrtyrargsertyrvalthrproleuasptyrtrpglyglngly

100105110

thrleuvalthrvalserser

115

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<211>114

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>8

aspileglnmetthrglnserproserserleuseralaservalgly

151015

aspargvalthrilethrcyslysserserglnserleuleutyrthr

202530

serserglnlysasntyrleualatrptyrglnglnlysproglylys

354045

alaprolysleuleuiletyrtrpalaserthrarggluserglyval

505560

proserargpheserglyserglyserglythraspphethrleuthr

65707580

ileserserleuglnprogluaspphealathrtyrtyrcysglngln

859095

tyrtyralatyrprotrpthrpheglyglnglythrlysvalgluile

100105110

lysarg

<210>9

<211>222

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>9

cysproprocysproalaprogluleuleuglyglyproservalphe

151015

leupheproprolysprolysaspthrleumetileserargthrpro

202530

gluvalthrcysvalvalvalaspvalserhisgluaspprogluval

354045

lyspheasntrptyrvalaspglyvalgluvalhisasnalalysthr

505560

lysproargglugluglntyrasnserthrtyrargvalvalserval

65707580

leuthrvalleuhisglnasptrpleuasnglylysglutyrlyscys

859095

lysvalserasnlysalaleuproalaproileglulysthrileser

100105110

lysalalysglyglnproarggluproglnvaltyrthrleupropro

115120125

serarggluglumetthrlysasnglnvalserleusercysalaval

130135140

lysglyphetyrproseraspilealavalglutrpgluserasngly

145150155160

glnprogluasnasntyrlysthrthrproprovalleuaspserasp

165170175

glyserphepheleuvalserlysleuthrvalasplysserargtrp

180185190

glnglnglyasnvalphesercysservalmethisglualaleuhis

195200205

asnhistyrthrglnlysserleuserleuserproglylys

210215220

<210>10

<211>222

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>10

cysproprocysproalaprogluleuleuglyglyproservalphe

151015

leupheproprolysprolysaspthrleumetileserargthrpro

202530

gluvalthrcysvalvalvalaspvalserhisgluaspprogluval

354045

lyspheasntrptyrvalaspglyvalgluvalhisasnalalysthr

505560

lysproargglugluglntyrasnserthrtyrargvalvalserval

65707580

leuthrvalleuhisglnasptrpleuasnglylysglutyrlyscys

859095

lysvalserasnlysalaleuproalaproileglulysthrileser

100105110

lysalalysglyglnproarggluproglnvaltyrthrleupropro

115120125

serarggluglumetthrlysasnglnvalserleutrpcysleuval

130135140

lysglyphetyrproseraspilealavalglutrpgluserasngly

145150155160

glnprogluasnasntyrlysthrthrproprovalleuaspserasp

165170175

glyserphepheleutyrserlysleuthrvalasplysserargtrp

180185190

glnglnglyasnvalphesercysservalmethisglualaleuhis

195200205

asnhistyrthrglnlysserleuserleuserproglylys

210215220

<210>11

<211>449

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>11

gluvalglnleuvalgluserglyglyglyleuvalglnproglygly

151015

serleuargleusercysalaalaserglytyrthrphethrsertyr

202530

trpleuhistrpvalargglnalaproglylysglyleuglutrpval

354045

glymetileaspproserasnseraspthrargpheasnproasnphe

505560

lysaspargphethrileseralaaspthrserlysasnthralatyr

65707580

leuglnmetasnserleuargalagluaspthralavaltyrtyrcys

859095

alathrtyrargsertyrvalthrproleuasptyrtrpglyglngly

100105110

thrleuvalthrvalserseralaserthrlysglyproservalphe

115120125

proleualaproserserlysserthrserglyglythralaalaleu

130135140

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145150155160

asnserglyalaleuthrserglyvalhisthrpheproalavalleu

165170175

glnserserglyleutyrserleuserservalvalthrvalproser

180185190

serserleuglythrglnthrtyrilecysasnvalasnhislyspro

195200205

serasnthrlysvalasplyslysvalgluprolyssercysasplys

210215220

thrhisthrcysproprocysproalaprogluleuleuglyglypro

225230235240

servalpheleupheproprolysprolysaspthrleumetileser

245250255

argthrprogluvalthrcysvalvalvalaspvalserhisgluasp

260265270

progluvallyspheasntrptyrvalaspglyvalgluvalhisasn

275280285

alalysthrlysproargglugluglntyrasnserthrtyrargval

290295300

valservalleuthrvalleuhisglnasptrpleuasnglylysglu

305310315320

tyrlyscyslysvalserasnlysalaleuproalaproileglulys

325330335

thrileserlysalalysglyglnproarggluproglnvaltyrthr

340345350

leuproproserarggluglumetthrlysasnglnvalserleuser

355360365

cysalavallysglyphetyrproseraspilealavalglutrpglu

370375380

serasnglyglnprogluasnasntyrlysthrthrproprovalleu

385390395400

aspseraspglyserphepheleuvalserlysleuthrvalasplys

405410415

serargtrpglnglnglyasnvalphesercysservalmethisglu

420425430

alaleuhisasnhistyrthrglnlysserleuserleuserprogly

435440445

lys

<210>12

<211>220

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>12

aspileglnmetthrglnserproserserleuseralaservalgly

151015

aspargvalthrilethrcyslysserserglnserleuleutyrthr

202530

serserglnlysasntyrleualatrptyrglnglnlysproglylys

354045

alaprolysleuleuiletyrtrpalaserthrarggluserglyval

505560

proserargpheserglyserglyserglythraspphethrleuthr

65707580

ileserserleuglnprogluaspphealathrtyrtyrcysglngln

859095

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100105110

lysargthrvalalaalaproservalpheilepheproproserasp

115120125

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130135140

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145150155160

glnserglyasnserglngluservalthrgluglnaspserlysasp

165170175

serthrtyrserleuserserthrleuthrleuserlysalaasptyr

180185190

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195200205

serprovalthrlysserpheasnargglyglucys

210215220

<210>13

<211>227

<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>13

asplysthrhisthrcysproprocysproalaprogluleuleugly

151015

glyproservalpheleupheproprolysprolysaspthrleumet

202530

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354045

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505560

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65707580

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859095

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100105110

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145150155160

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165170175

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210215220

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225

<210>14

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<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>14

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151015

serleuargleusercysalaalaserglytyrthrphethrasntyr

202530

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354045

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505560

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65707580

leuglnmetasnserleuargalagluaspthralavaltyrtyrcys

859095

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100105110

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115120

<210>15

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<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>15

aspileglnmetthrglnserproserserleuseralaservalgly

151015

aspargvalthrilethrcysseralaserglnaspileserasntyr

202530

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354045

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505560

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65707580

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100105

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<212>prt

<213>人工序列

<220>

<221>來源

<223>/注釋="人工序列的描述:合成的多肽"

<400>16

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151015

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202530

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354045

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65707580

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100105110

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130135140

valpheprohisasnhisthralaaspileglnsergluvalhiscys

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165170175

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180185190

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195200205

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245250255

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275280285

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485490495

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515520525

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530535540

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545550555560

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580585590

asnasnlyspheaspleulyslysthrargvalleuleuglyasnglu

595600605

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