1.一種用于表征包含特征為核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)的一種或多種多核苷酸類型的DNA分析物的方法,每種所述多核苷酸類型分別包含具有式-X-Y-Z-的靶標(biāo)區(qū),其中X和Z分別是第一和第二特征性側(cè)翼寡核苷酸區(qū),并且Y是組成所述位點(diǎn)的變體中的一種,所述方法特征在于下述步驟:
(a)在連接酶的存在下,使包含來(lái)源于至少一種所述多核苷酸類型的靶標(biāo)區(qū)的單鏈寡核苷酸與未使用的探針組反應(yīng),所述未使用的探針組包含:(i)一種單鏈第一適體,所述單鏈第一適體在其3’端以與–X或–X-Y的序列互補(bǔ)的序列終止,和(ii)一種或多種第二單鏈適體,所述第二單鏈適體在其5’端以與–Z-Y或–Z(當(dāng)情形可能如此時(shí))的序列互補(bǔ)的序列終止,并且用處在不可檢測(cè)狀態(tài)的可檢測(cè)元件標(biāo)記,從而產(chǎn)生包含所述寡核苷酸、第一適體、和第二適體中的一種的部分雙鏈的使用的探針;
(b)使用外切核酸酶或表現(xiàn)出雙鏈外切核酸酶活性的聚合酶將所述使用的探針在3’至5’方向完全或部分消化成其組成的單一核苷酸,它們中的至少一種包含現(xiàn)在處于可檢測(cè)狀態(tài)的可檢測(cè)元件,并且
(c)然后檢測(cè)與所述現(xiàn)在可檢測(cè)元件相關(guān)的檢測(cè)特性,由此鑒定Y變體的性質(zhì)。
2.一種用于表征包含特征為核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)的一種或多種多核苷酸類型的DNA分析物的方法,每種所述多核苷酸類型分別包含具有式-X-Y-Z-的靶標(biāo)區(qū),其中X和Z分別是第一和第二特征性側(cè)翼寡核苷酸區(qū),并且Y是組成所述位點(diǎn)的變體中的一種,所述方法特征在于下述步驟:
(a)在連接酶的存在下,使包含來(lái)源于至少一種所述多核苷酸類型的靶標(biāo)區(qū)的單鏈寡核苷酸與未使用的探針組反應(yīng),所述未使用的探針組包含:(i)一種或多種單鏈第一適體,所述單鏈第一適體在其3’端以與–X或–X-Y的序列互補(bǔ)的序列終止,并且用處在不可檢測(cè)狀態(tài)的可檢測(cè)元件標(biāo)記,和(ii)一種第二單鏈適體,所述第二單鏈適體在其5’端以與–Z-Y或–Z(當(dāng)情形可能如此時(shí))的序列互補(bǔ)的序列終止,從而產(chǎn)生包含所述寡核苷酸、第一適體中的一種和第二適體的部分雙鏈的使用的探針;
(b)使用外切核酸酶或表現(xiàn)出雙鏈外切核酸酶活性的聚合酶將所述使用的探針在5’至3’方向完全或部分消化成其組成的單一核苷酸,它們中的至少一種包含現(xiàn)在處于可檢測(cè)狀態(tài)的可檢測(cè)元件,并且
(c)然后檢測(cè)與所述現(xiàn)在可檢測(cè)元件相關(guān)的檢測(cè)特性,由此鑒定Y變體的性質(zhì)。
3.如權(quán)利要求1或權(quán)利要求2所述的方法,其特征在于在進(jìn)行步驟(c)之前,循環(huán)重復(fù)單獨(dú)的步驟(a)或步驟(a)和(b)。
4.如權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于所述未使用的探針包含三種成分,包括第一適體和兩種對(duì)于不同的Y變體有選擇性的標(biāo)記的第二適體。
5.如權(quán)利要求2所述的方法,其特征在于所述未使用的探針包含三種成分,包括兩種對(duì)于不同的Y變體有選擇性的標(biāo)記的第一適體,和第二適體。
6.如權(quán)利要求1、3和4中任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于所述第一適體抗核酸外切降解。
7.如權(quán)利要求6所述的方法,其特征在于所述第一適體在其3’端包含核苷酸間的至少一個(gè)硫代磷酸酯連接。
8.如權(quán)利要求1、3、4、6和7中任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于包含在第二適體中的所述可檢測(cè)的元件是熒光團(tuán)。
9.如權(quán)利要求2、3和5中任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于第二適體抗核酸外切降解。
10.如權(quán)利要求9所述的方法,其特征在于第二適體在其5’端包含核苷酸間的至少一個(gè)硫代磷酸酯連接。
11.如權(quán)利要求2、3、5、9和10中任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于包含在第一適體中的所述可檢測(cè)的元件是熒光團(tuán)。
12.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于至少一個(gè)猝滅劑與所述可檢測(cè)元件相聯(lián)。
13.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于所述連接酶是熱穩(wěn)定的,表現(xiàn)出外切核酸酶活性的酶是熱啟動(dòng)的,并且步驟(b)在60-100℃范圍內(nèi)的溫度進(jìn)行。
14.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法,其特征在于以微滴進(jìn)行。
15.如權(quán)利要求14所述的方法,其特征在于其包括計(jì)數(shù)由個(gè)體微滴得到的結(jié)果的步驟。
16.一種用于表征包含特征為核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)的一種或多種多核苷酸類型的DNA分析物的方法,每種所述多核苷酸類型包含具有式-X-Y-Z-的靶標(biāo)區(qū),其中X和Z分別是第一和第二特征性側(cè)翼寡核苷酸區(qū),并且Y是組成所述位點(diǎn)的變體中的一種,所述方法特征在于下述步驟:
(a)在連接酶的存在下,使包含來(lái)源于至少一種所述多核苷酸類型的靶標(biāo)區(qū)的單鏈寡核苷酸與未使用的探針組反應(yīng),所述未使用的探針組包含:(i)一種單鏈第一適體,所述單鏈第一適體在其3’端以與–X的序列互補(bǔ)的序列終止,和(ii)一種或多種第二單鏈適體,所述第二單鏈適體在其5’端以與–Z-Y的序列互補(bǔ)的序列終止并且用處在不可檢測(cè)狀態(tài)的可檢測(cè)元件標(biāo)記,從而產(chǎn)生包含所述寡核苷酸、第一適體、和第二適體中的一種的部分雙鏈的使用的探針;
(b)使用外切核酸酶或表現(xiàn)出雙鏈外切核酸酶活性的聚合酶將所述使用的探針在3’至5’方向完全或部分消化成其組成的單一核苷酸,它們中的至少一種包含現(xiàn)在處于可檢測(cè)狀態(tài)的可檢測(cè)元件,并且
(c)然后檢測(cè)與所述現(xiàn)在可檢測(cè)元件相關(guān)的檢測(cè)特性,由此鑒定Y變體的性質(zhì)。